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Reference ( gi|3 )            :  CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG--AAA--C-A-----------AAGT-----TGTGTGC-ATAA-ACAGTTGTA--CA-TT-----GTA--TATTA--CTA---GATAT--T-T------CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTAT-TATTATATGAC
gi|19                         :  CATAAAAAG-TTAAAG-A-CG-TGTG-AA-AGGTT-AAA-A-GG--AA---C-A-----------AAGT-----TGTGTGC-ATAA-GCAGTTGTA--CA-TT-----GTA--TAT-----TA---AATAT--T-T------CA--G--TTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CA
gi|2                          :  CATAAAA-GATTAAAA-A-------------GGTT-AAA-A-GA--AAA--C-ATT---------AAGT-----TGGGTGC-ATAA-ACAGTTATAACCA-TT-----GTA--AAT-A--TTA---GATAT--T-TTATTTTCA--GATTTT-TTTTTG--G-TG-TA-AATA-T-TCCATTCT-TGTAATAAAAA---------AATTGTGTATA-TATATGAC
gi|27                         :  CATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG--AAAT-T-A-----------AAGT-----TGTCTGC-ATAA-GCAGTTGTA--CA-TT-----GTA--agt
gi|18                         :  CATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-GTTATAA-AGGTT-AAA-A-GG--AAA--TTA-----------AAGT-----TGTCTGC-ATAA-GCAGTTGTA--CA-TT-----GTA--TATTA--ATG---ATTATTAT-T------TATTGATTTT-
gi|14                         : gCATAAAA-G-TTAAAA-A-CGTTGTA-AA-AGGTT--AA-A-GT--AAA--C-A-----------AA-T-----TGTGTGCAATAA-GT--TTGTA--CA-TT-----GTA--TGT----------AATA-----T------CA--CATTCT-T--------------------------------GT-----AAA---------AATTG--T-TATTATATGAC
gi|20                         : aCATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGCA-AA-ATTTTTAGA-A-GA--AAAA-C-A-----------AATT-----TGCTTAC-ACCA-ACAGTTGTA--T----------TA--TA-------A---AATAT--T-T------CA--GAGTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-a
gi|5                          : aCATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A--G--CAA--C-A-----------AAGT-----TGTGT-C-AGAACACATCTCAA--TA-TT----------CGTTAACCTAAATGATAT--T-C------CA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TAT-TATTAT
gi|6                          : aCATAAAAAG-TTAAAA-AACG-TGTA-AA-AG-TT-AAA-A-C---AAA--C-A-----------AAGT-----TGTGT-C-AGAACACATCTCAA--TA-TT----------CGTTAACCTAAATGATAT--T-C------CA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TAT-TATTAT
gi|1                          :  CATAAAA-G-TTAAAA-C-CG-TGGAGAA-AAATT-AGA-A-AG--AAA----------------AA---------------ATAA-AT--TTG-A--CA-TCACGAAGTAATTATTA--TAA---AATAT--T-TT-----CA--GATTTT-T-------G-TG-TATAATATT-CACATTATGTGT-----A
gi|8                          :   ATAAAA-G-TTAAAA-A-TG-CGTA-AACAAGTT-AAA-A-AG--GAATGC-A-----------TATT-----CGTCTAC-ACAA-GCAGTTTTA--C----------TA--T-TTA----A---GAAAT--T--------CA---ATTTTAT-------ACTG-TA-AATA-C-CACATTCT-TGT-------A---------AATTATAT-TATAATATGAttgttgcaaaagtcggttgttttatccttttattgtggatttcctagtcagatatatgtt
gi|23                         :    TAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG--AAA--C-A-----------AAGT-----TGTGAGC-ATGA-ACAGATATA--CA-TT-----GTA--TAT-----TA---GATAT--T-T------CA--GATTta
gi|4                          :  acTAAAA-G-TTAAAA-T-TG-TGTA-AA-AAGAT-AAATA-GA--AAAA-C-A-----------AATT-----CGCATAC-ACAA-GCAGTTGTA--T----------TA--TA-------A---AATAT--T-G------CA--GATTGC-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAAAAAAAAAATAATTGCAT-TA-TA-ATGAC
gi|11                         :    TAAAA-A-TTAAAA-AATG-TGTA-TA-AG--T-AAA-A-AA--AAA--C-AGAAAAAAAAAAAAAT-----T---CGC-ATAT-ACA--TGTA---G-TT-----GTA--T--TA--CAA---------------------------TT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTAT-TATAATATGAa
gi|21                         :    TAAAA-G-TTAAAA---TG-TGTA-AACAAGTT-AAA-A-GG--AAAAAC-A-----------AATCCACA-TAT-TAT-ACAA-GCAGCTGTA-----TT-----GTA-----------A---AATAT--C-T------CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-ta
gi|9                          :     AAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-ATGTT-AAA-A-GT--AAA--C-A-----------AAGT-----TGTGTGC-ATAA-ACAGTTGTA--CA-TT-----GTA--TAT-----TA---AATAT--T-T------CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTAT-TATTATATGA
gi|7                          :     AAAA-G-TTAAAA-AACG-TGTA-AA---GTT-AAA-A-GC--AAA--C-A-----------AAGT-----TGTGT-C-AGAACACATCTCAA--TA-TT----------CGTTAACCTAAATGATAT--T-C------CA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TAT-TATTAT
gi|22                         :   ataAAA-A-TTAAAA---TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-GGAAAAA--C-A-----------AA-TCCACATAT-TAT-ACAA-GCGGCTGT----A-TT-----GTA--AA-------A---AATA---T-T------CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-
gi|10                         :        A-G-TTGATA-A-CG-GGTA-AA-ATGTT-AAA-A-AG--AAAAAC-A-----------AATT-----TGCATAC-ACAA-GCAGTTGTA-----TT-----ATA--AATTA------------T--T-G------CA--GATTTT-T-------G-AG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTAT-TATCATAT
gi|13                         :        A-G-TTAAAA-A-CA-TGTA-AATAGTTT-TAA-A-----AAA--C-A-----------AATT-----TGCATAC-ACGA-GCAGTTGTA--T----------TA--TA-------A---AATAT--T-T------CA--GATTTT-A-------G-TA-TA-TATA-T-CACATTCT-TGC-----AAA---------GCTTGTAT-TATTATTTGACtatg
gi|16                         :           acTAAAA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-ACAA--AAA--C-A-----------AATA-----CGCTTAC-GCGA-TCAGTTGTA-------------------TTA--TGA---AATAT--T-T------CA--GATTTT-T-------T-TG-TA-AATG-T-CGCATTCT-TGT-----AAA---------AATTGT
gi|15                         :              AAAA-A-TG-TGTA-AA-TCGTT-AAA-A-AG--AAAAAC-A-----------AATT-----TGCATGC-ACAA-GCAGTTGTA--TA----------A--TA-------A---AATAT--T-T------CA--GATT----------------------A-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTAT-TATTATA
gi|12                         :                AA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-CG--AAAAAC-A-----------AA---------TACGC-ATAC-ACAAT------CAGTT-----GTA--T--TA--TGA---AATAT--T--------CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTAA-TGTAATATGAcaa
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gi|29                         :                                                                                 agaatgtttaaaaacacatgataataattacaaaacaagagtgtgatgtcAT--A-T------CA--CATTTT-TAATGATAG-TG-TA-AAT---------TCT-TGT-----AAA---------AATTGTAT-TATTATATGAC
gi|25                         :                                                                                                                                                        aa-T-------G-TG-TA-CATA-GATACATTTT-TGT-----AAA---------AATTATAT-TATCATag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTAGTGTTCCGCATATATGTTATGCAACCCAGTAGGTTTTGTATGTTTTGTAGTTCGTAATAAAATAGCTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          0 0      7 2  7    5  2 3   7   7 999999   22 7 77777777777  8  7 888888 0 444  6  8         6666666666666666666666666666666   5 00 11  00      5 2222222 6  8  6    6 7        9   55555   000000000           1        
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Reference ( family-1218 )     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A-----------AAGTT-G-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
gi|1                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-C-CG-TGGAGAA-AAATT-AGA-A-AGAAAAAA--T-A-----------AATTT-GACA---T-C---ACGAA-GTAATT------ATT-A---------TA--A--A------ATATT--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TATAATATT-CACATTATGTGT-----A
gi|10                         :                                                         A-G-TTGATA-A-CG-GGTA-AA-ATGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A-----------AATTT-G-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------TTA-T--T-GCA--GATTTT-T-------G-AG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-CATATttgttgcaaaagtcggttgttttatccttttattgtggatttcctagtcagatatatgtt
gi|11                         :                                                     TAAAA-A-TTAAAA-AATG-TGTA-TA-AG--T-AAA-A-AA---AAA--C-AGAAAAAAAAAAAAATTCG-CA---TAT---AC-AT-GTAGTTGTA----------------TTA--C--A------AT-----------------T-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-AATATGAtatg
gi|12                         :                                                                 AA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-CG---AAAAAC-A-----------AATAC-G-CA---TAC---AC-AA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T--CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTAATGT-AATATGAta
gi|13                         :                                                   attttcA-G-TTAAAA-A-CA-TGTA-AATAGTTT-TAA-A------AAA--C-A-----------AATTT-G-CA---TAC---AC-GA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-A-------G-TA-TA-TATA-T-CACATTCT-TGC-----AAA---------GCTTGTATTAT-TATTTGACta
gi|14                         :                                                 acCATAAAA-G-TTAAAA-A-CGTTGTA-AA-AGGTT--AA-A-GT---AAA--C-A-----------AA-TT-G-TG---TGCA--AT-AA-GT--TTGTA--CATT-GTA--TG--T---------------------------------------------------AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTG--TTAT-TATATGAC
gi|15                         :                                                              aAAAA-A-TG-TGTA-AA-TCGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A-----------AATTT-G-CA---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA------------TA--ATA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATT----------------------A-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATAa
gi|16                         :                                                              TAAAA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-ACAA---AAA--C-A-----------AATAC-G-CT---TAC---GC-GA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------T-TG-TA-AATG-T-CGCATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        A-T--TGTCA--GATTTC-T-------T-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTATATTAT-TATATGAC
gi|18                         : agaatgtttaaaaacacatgataataattacaaaacaagagtgtgatgtcCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-GTTATAA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--TTA-----------AAGTT-G-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--ATGA------TTA-TTAT-TTATTGATTTT-
gi|19                         :                                                  gCATAAAAAG-TTAAAG-A-CG-TGTG-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AA---C-A-----------AAGTT-G-TG---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--G--TTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CA
gi|2                          :                                                   CATAAAA-GATTAAAA-A-------------GGTT-AAA-A-GA---AAA--C-ATT---------AAGTT-G-GG---TGC---AT-AA-ACAGTTATAACCATT-GTAAATA--TTA--G--ATATTTTAT--T--T-TCA--GATTTT-TTTTTG--G-TG-TA-AATA-T-TCCATTCT-TGTAATAAAAA---------AATTGTG-TATATATATGAC
gi|20                         :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGCA-AA-ATTTTTAGA-A-GA---AAAA-C-A-----------AATTT-G-CT---TAC---AC-CA-ACAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GAGTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-agt
gi|21                         :                                                    aTAAAA-G-TTAAAA---TG-TGTA-AACAAGTT-AAA-A-GG---AAAAAC-A-----------AATCC-A-CA---TATTATAC-AA-GCAGCTGTA----TT-GTA-----------A--A------ATA-T--C-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-
gi|22                         :                                                       AAA-A-TTAAAA---TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-GGAA-AAA--C-A-----------AATCC-A-CATATTAT---AC-AA-GCGGCTGT----ATT-GTA---A----A--A--A------ATA----T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-
gi|23                         :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A-----------AAGTT-G-TG---AGC---AT-GA-ACAGATATA--CATT-GTA--TA--TT---A--G------ATA-T--T-TCA--GATT
gi|24                         :                                                                                                                                   ac---AC-AA-GCAGTTGTA-------GTA--TA-------A--A------ATA-T--T-TCA--AATTTT-T-------G-TG-TA-ATTA-T-CACATTCT-TCT-----AAA---------ACTTGCATTAT-GATATGA
gi|25                         :                                                                                                                        tT-A-CA---TGT---AC-AA-GCAGCTGTA----TC-ATA--TA--T-------------------------------------------G-TG-TA-CATA-GATACATTTT-TGT-----AAA---------AATTATATTAT-CATt
gi|27                         :                                          attcgcataCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAAT-T-A-----------AAGTT-G-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--
gi|28                         :                                                                                                                                                                         A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                         a--A--A------ATA-T-----CA--CATTTT-TAATGATAG-TG-TA-AAT---------TCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGACa
gi|3                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A-----------AAGTT-G-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTACTA--G------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGACag
gi|4                          :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-T-TG-TGTA-AA-AAGAT-AAATA-GA---AAAA-C-A-----------AATTC-G-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-GCA--GATTGC-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAAAAAAAAAATAATTGCATTA--TA-ATGAC
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gi|6                          :                                                  aCATAAAAAG-TTAAAA-AACG-TGTA-AA-AG-TT-AAA-A-C----AAA--C-A-----------AAGTT-G-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TAT
gi|7                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-AACG-TGTA-AA---GTT-AAA-A-GC---AAA--C-A-----------AAGTT-G-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TAT
gi|8                          :                                                 ataATAAAA-G-TTAAAA-A-TG-CGTA-AACAAGTT-AAA-A-AG---GAATGC-A-----------TATTC-G-TC---TAC---AC-AA-GCAGTTTTA--C-----TA--T---TTA--A--G------AAA-T--T--CA---ATTTTAT-------ACTG-TA-AATA-C-CACATTCT-TGT-------A---------AATTATATTAT-AATATGA
gi|9                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-ATGTT-AAA-A-GT---AAA--C-A-----------AAGTT-G-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTAGTGTTCCGCATATATGTTATGCAACCCAGTAGGTTTTGTATGTTTTGTAGTTCGTAATAAAATAGCTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          0 0      444  7    5  2 5   7   7 999999   22 7 333333333333  7   888888 0 444  6  8         6666666666666666666666666666666   5 00 11  00      5 2222222 6  8  6    6 7        9   55555   000000000           1        
consensus                     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
Reference ( family-1218 )     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AANTTG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
gi|1                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-C-CG-TGGAGAA-AAATT-AGA-A-AGAAAAAA--T-A------------AATTTGACA---T-C---ACGAA-GTAATT------ATT-A---------TA--A--A------ATATT--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TATAATATT-CACATTATGTGT-----A
gi|10                         :                                                         A-G-TTGATA-A-CG-GGTA-AA-ATGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------TTA-T--T-GCA--GATTTT-T-------G-AG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-CATATttgttgcaaaagtcggttgttttatccttttattgtggatttcctagtcagatatatgtt
gi|11                         :                                                     TAAAA-A-TTAAAA-AATG-TGTA-TA-AG--T-AAA-A-AA---AAA--C-AGAAAAAAAAAAAAATTCG-CA---TAT---AC-AT-GTAGTTGTA----------------TTA--C--A------AT-----------------T-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-AATATGAtatg
gi|12                         :                                                                 AA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-CG---AAAAAC-A------------AATACG-CA---TAC---AC-AA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T--CA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTAATGT-AATATGAta
gi|13                         :                                                   attttcA-G-TTAAAA-A-CA-TGTA-AATAGTTT-TAA-A------AAA--C-A------------AATTTG-CA---TAC---AC-GA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-A-------G-TA-TA-TATA-T-CACATTCT-TGC-----AAA---------GCTTGTATTAT-TATTTGACta
gi|14                         :                                                 acCATAAAA-G-TTAAAA-A-CGTTGTA-AA-AGGTT--AA-A-GT---AAA--C-A------------AA-TTG-TG---TGCA--AT-AA-GT--TTGTA--CATT-GTA--TG--T---------------------------------------------------AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTG--TTAT-TATATGAC
gi|15                         :                                                              aAAAA-A-TG-TGTA-AA-TCGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CA---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA------------TA--ATA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATT----------------------A-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATAa
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                        A-T--TGTCA--GATTTC-T-------T-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTATATTAT-TATATGAC
gi|18                         : agaatgtttaaaaacacatgataataattacaaaacaagagtgtgatgtcCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-GTTATAA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--TTA------------AAGTTG-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--ATGA------TTA-TTAT-TTATTGATTTT-
gi|19                         :                                                  gCATAAAAAG-TTAAAG-A-CG-TGTG-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AA---C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--G--TTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CA
gi|2                          :                                                   CATAAAA-GATTAAAA-A-------------GGTT-AAA-A-GA---AAA--C-ATT----------AAGTTG-GG---TGC---AT-AA-ACAGTTATAACCATT-GTAAATA--TTA--G--ATATTTTAT--T--T-TCA--GATTTT-TTTTTG--G-TG-TA-AATA-T-TCCATTCT-TGTAATAAAAA---------AATTGTG-TATATATATGAC
gi|20                         :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGCA-AA-ATTTTTAGA-A-GA---AAAA-C-A------------AATTTG-CT---TAC---AC-CA-ACAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GAGTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-agt
gi|21                         :                                                    aTAAAA-G-TTAAAA---TG-TGTA-AACAAGTT-AAA-A-GG---AAAAAC-A------------AATCCA-CA---TATTATAC-AA-GCAGCTGTA----TT-GTA-----------A--A------ATA-T--C-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-
gi|22                         :                                                       AAA-A-TTAAAA---TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-GGAA-AAA--C-A------------AATCCA-CATATTAT---AC-AA-GCGGCTGT----ATT-GTA---A----A--A--A------ATA----T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-
gi|23                         :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---AGC---AT-GA-ACAGATATA--CATT-GTA--TA--TT---A--G------ATA-T--T-TCA--GATT
gi|24                         :                                                                                                                                   ac---AC-AA-GCAGTTGTA-------GTA--TA-------A--A------ATA-T--T-TCA--AATTTT-T-------G-TG-TA-ATTA-T-CACATTCT-TCT-----AAA---------ACTTGCATTAT-GATATGA
gi|25                         :                                                                                                                         tTA-CA---TGT---AC-AA-GCAGCTGTA----TC-ATA--TA--T-------------------------------------------G-TG-TA-CATA-GATACATTTT-TGT-----AAA---------AATTATATTAT-CATt
gi|27                         :                                          attcgcataCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAAT-T-A------------AAGTTG-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--
gi|28                         :                                                                                                                                                                         A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                         a--A--A------ATA-T-----CA--CATTTT-TAATGATAG-TG-TA-AAT---------TCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGACa
gi|3                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTACTA--G------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGACag
gi|4                          :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-T-TG-TGTA-AA-AAGAT-AAATA-GA---AAAA-C-A------------AATTCG-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-GCA--GATTGC-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAAAAAAAAAATAATTGCATTA--TA-ATGAC
gi|5                          :                                                   CATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A--G---CAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TATa
gi|6                          :                                                  aCATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-A-GTT-AAA-A--C---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TAT
gi|7                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-AACG-TGTA-AA---GTT-AAA-A-GC---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TAT
gi|8                          :                                                 ataATAAAA-G-TTAAAA-A-TG-CGTA-AACAAGTT-AAA-A-AG---GAATGC-A------------TATTCG-TC---TAC---AC-AA-GCAGTTTTA--C-----TA--T---TTA--A--G------AAA-T--T--CA---ATTTTAT-------ACTG-TA-AATA-C-CACATTCT-TGT-------A---------AATTATATTAT-AATATGA
gi|9                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-ATGTT-AAA-A-GT---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTAGTGTTCCGCATATATGTTATGCAACCCAGTAGGTTTTGTATGTTTTGTAGTTCGTAATAAAATAGCTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          0 0      7 2  7    5  2 3   7   7 999999   22 7 333333333333  4 6 888888 0 444  6  8         6666666666666666666666666666666   5 00 11  00      5 2222222 6  2 6 6    6 7        9   66666   000000000 0          1        
consensus                     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
Reference ( family-1218 )     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
gi|1                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-C-CG-TGGAGAA-AAATT-AGA-A-AGAAAAAA--T-A------------AATTTGACA---T-C---ACGAA-GTAATT------ATT-A---------TA--A--A------ATATT--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-ATAATATT-CACATTATGTGT-----A
gi|10                         :                                                         A-G-TTGATA-A-CG-GGTA-AA-ATGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------TTA-T--T-GCA--GATTTT-T-------G-AG-T-A-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-CATATttgttgcaaaagtcggttgttttatccttttattgtggatttcctagtcagatatatgtt
gi|11                         :                                                     TAAAA-A-TTAAAA-AATG-TGTA-TA-AG--T-AAA-A-AA---AAA--C-AGAAAAAAAAAAAAATTCG-CA---TAT---AC-AT-GTAGTTGTA----------------TTA--C--A------AT-----------------T-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-AATATGAtatg
gi|12                         :                                                                 AA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-CG---AAAAAC-A------------AATACG-CA---TAC---AC-AA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T--CA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------A-ATTGTAATGT-AATATGAta
gi|13                         :                                                   attttcA-G-TTAAAA-A-CA-TGTA-AATAGTTT-TAA-A------AAA--C-A------------AATTTG-CA---TAC---AC-GA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-A-------G-TA-T-A-TATA-T-CACATTCT-TGC-----AAA---------G-CTTGTATTAT-TATTTGACta
gi|14                         :                                                 acCATAAAA-G-TTAAAA-A-CGTTGTA-AA-AGGTT--AA-A-GT---AAA--C-A------------AATT-G-TG---TGCA--AT-AA-GT--TTGTA--CATT-GTA--TG--T----------------------------------------------------AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTG--TTAT-TATATGAC
gi|15                         :                                                              aAAAA-A-TG-TGTA-AA-TCGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CA---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA------------TA--ATA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATT-----------------------A-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATAa
gi|16                         :                                                              TAAAA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-ACAA---AAA--C-A------------AATACG-CT---TAC---GC-GA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------T-TG-T-A-AATG-T-CGCATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        A-T--TGTCA--GATTTC-T-------T-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTATATTAT-TATATGAC
gi|18                         : agaatgtttaaaaacacatgataataattacaaaacaagagtgtgatgtcCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-GTTATAA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--TTA------------AAGTTG-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--ATGA------TTA-TTAT-TTATTGATTTT-
gi|19                         :                                                  gCATAAAAAG-TTAAAG-A-CG-TGTG-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AA---C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--G--TTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CA
gi|2                          :                                                   CATAAAA-GATTAAAA-A-------------GGTT-AAA-A-GA---AAA--C-ATT----------AAGTTG-GG---TGC---AT-AA-ACAGTTATAACCATT-GTAAATA--TTA--G--ATATTTTAT--T--T-TCA--GATTTT-TTTTTG--G-TG-T-A-AATA-T-TCCATTCT-TGTAATAAAAA---------A-ATTGTG-TATATATATGAC
gi|20                         :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGCA-AA-ATTTTTAGA-A-GA---AAAA-C-A------------AATTTG-CT---TAC---AC-CA-ACAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GAGTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-agt
gi|21                         :                                                    aTAAAA-G-TTAAAA---TG-TGTA-AACAAGTT-AAA-A-GG---AAAAAC-A------------AATCCA-CA---TATTATAC-AA-GCAGCTGTA----TT-GTA-----------A--A------ATA-T--C-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-
gi|22                         :                                                       AAA-A-TTAAAA---TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-GGAA-AAA--C-A------------AATCCA-CATATTAT---AC-AA-GCGGCTGT----ATT-GTA---A----A--A--A------ATA----T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-
gi|23                         :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---AGC---AT-GA-ACAGATATA--CATT-GTA--TA--TT---A--G------ATA-T--T-TCA--GATT
gi|24                         :                                                                                                                                   ac---AC-AA-GCAGTTGTA-------GTA--TA-------A--A------ATA-T--T-TCA--AATTTT-T-------G-TG-T-A-ATTA-T-CACATTCT-TCT-----AAA---------A-CTTGCATTAT-GATATGA
gi|25                         :                                                                                                                           t-CA---TGT---AC-AA-GCAGCTGTA----TC-ATA--TA--T-------------------------------------------G-TG-T-A-CATA-GATACATTTT-TGT-----AAA---------A-ATTATATTAT-CATt
gi|27                         :                                        attcgcatataCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAAT-T-A------------AAGTTG-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--
gi|28                         :                                                                                                                                                                         A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                         a--A--A------ATA-T-----CA--CATTTT-TAATGATAG-TG-T-A-AAT---------TCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGACa
gi|3                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTACTA--G------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGACag
gi|4                          :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-T-TG-TGTA-AA-AAGAT-AAATA-GA---AAAA-C-A------------AATTCG-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-GCA--GATTGC-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAAAAAAAAAATA-ATTGCATTA--TA-ATGAC
gi|5                          :                                                   CATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A--G---CAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTT-A-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------C-AGT-TATTAT-TATa
gi|6                          :                                                  aCATAAAAAG-TTAAAA-AACG-TGTA-AA-AG-TT-AAA-A-C----AAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TG-TTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGT-----CAC---------ACAGT-TATTAT-TAT
gi|7                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-AACG-TGTA-AA---GTT-AAA-A-GC---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTT-A-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------C-AGT-TATTAT-TAT
gi|8                          :                                                 ataATAAAA-G-TTAAAA-A-TG-CGTA-AACAAGTT-AAA-A-AG---GAATGC-A------------TATTCG-TC---TAC---AC-AA-GCAGTTTTA--C-----TA--T---TTA--A--G------AAA-T--T--CA---ATTTTAT-------ACTG-T-A-AATA-C-CACATTCT-TGT-------A---------A-ATTATATTAT-AATATGA
gi|9                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-ATGTT-AAA-A-GT---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTAGTGTTCCGCATATATGTTATGCAACCCAGTAGGTTTTGTATGTTTTGTAGTTCGTAATAAAATAGCTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          0 0      7 2  7    5  2 3   7   7 999999   22 7 333333333333  4 6 888888 0 444  6  8         6666666666666666666666666666666   5 00 11  00      5 2222222 6  2 6 6    6 7        9   66666   000000000 0          1        
consensus                     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
Reference ( family-1218 )     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
gi|1                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-C-CG-TGGAGAA-AAATT-AGA-A-AGAAAAAA--T-A------------AATTTGACA---T-C---ACGAA-GTAATT------ATT-A---------TA--A--A------ATATT--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-ATAATATT-CACATTATGTGT-----A
gi|10                         :                                                         A-G-TTGATA-A-CG-GGTA-AA-ATGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------TTA-T--T-GCA--GATTTT-T-------G-AG-T-A-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-CATATttgttgcaaaagtcggttgttttatccttttattgtggatttcctagtcagatatatgtt
gi|11                         :                                                     TAAAA-A-TTAAAA-AATG-TGTA-TA-AG--T-AAA-A-AA---AAA--C-AGAAAAAAAAAAAAATTCG-CA---TAT---AC-AT-GTAGTTGTA----------------TTA--C--A------AT-----------------T-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-AATATGAtatg
gi|12                         :                                                                 AA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-CG---AAAAAC-A------------AATACG-CA---TAC---AC-AA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T--CA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------A-ATTGTAATGT-AATATGAta
gi|13                         :                                                   attttcA-G-TTAAAA-A-CA-TGTA-AATAGTTT-TAA-A------AAA--C-A------------AATTTG-CA---TAC---AC-GA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-A-------G-TA-T-A-TATA-T-CACATTCT-TGC-----AAA---------G-CTTGTATTAT-TATTTGACta
gi|14                         :                                                 acCATAAAA-G-TTAAAA-A-CGTTGTA-AA-AGGTT--AA-A-GT---AAA--C-A------------AATT-G-TG---TGCA--AT-AA-GT--TTGTA--CATT-GTA--TG--T----------------------------------------------------AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTG--TTAT-TATATGAC
gi|15                         :                                                              aAAAA-A-TG-TGTA-AA-TCGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CA---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA------------TA--ATA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATT-----------------------A-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATAa
gi|16                         :                                                              TAAAA-A-TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-ACAA---AAA--C-A------------AATACG-CT---TAC---GC-GA-TCAGTTGTA--T---------TA--T-G--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------T-TG-T-A-AATG-T-CGCATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        A-T--TGTCA--GATTTC-T-------T-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTATATTAT-TATATGAC
gi|18                         : agaatgtttaaaaacacatgataataattacaaaacaagagtgtgatgtcCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-GTTATAA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--TTA------------AAGTTG-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--ATGA------TTA-TTAT-TTATTGATTTT-
gi|19                         :                                                  gCATAAAAAG-TTAAAG-A-CG-TGTG-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AA---C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--G--TTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CA
gi|2                          :                                                   CATAAAA-GATTAAAA-A-------------GGTT-AAA-A-GA---AAA--C-ATT----------AAGTTG-GG---TGC---AT-AA-ACAGTTATAACCATT-GTAAATA--TTA--G--ATATTTTAT--T--T-TCA--GATTTT-TTTTTG--G-TG-T-A-AATA-T-TCCATTCT-TGTAATAAAAA---------A-ATTGTG-TATATATATGAC
gi|20                         :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGCA-AA-ATTTTTAGA-A-GA---AAAA-C-A------------AATTTG-CT---TAC---AC-CA-ACAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-TCA--GAGTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-agt
gi|21                         :                                                    aTAAAA-G-TTAAAA---TG-TGTA-AACAAGTT-AAA-A-GG---AAAAAC-A------------AATCCA-CA---TATTATAC-AA-GCAGCTGTA----TT-GTA-----------A--A------ATA-T--C-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-
gi|22                         :                                                       AAA-A-TTAAAA---TG-TGTA-AA-AAGTT-AAA-A-GGAA-AAA--C-A------------AATCCA-CATATTAT---AC-AA-GCGGCTGT----ATT-GTA---A----A--A--A------ATA----T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-
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gi|25                         :                                                                                                                           t-CA---TGT---AC-AA-GCAGCTGTA----TC-ATA--TA--T-------------------------------------------G-TG-T-A-CATA-GATACATTTT-TGT-----AAA---------A-ATTATATTAT-CATt
gi|27                         :                                        attcgcatataCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAAT-T-A------------AAGTTG-TC---TGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--
gi|28                         :                                                                                                                                                                         A--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                         a--A--A------ATA-T-----CA--CATTTT-TAATGATAG-TG-T-A-AAT---------TCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGACa
gi|3                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTACTA--G------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGACag
gi|4                          :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-T-TG-TGTA-AA-AAGAT-AAATA-GA---AAAA-C-A------------AATTCG-CA---TAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T---------TA--T-A--A--A------ATA-T--T-GCA--GATTGC-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAAAAAAAAAATA-ATTGCATTA--TA-ATGAC
gi|5                          :                                                   CATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A--G---CAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTT-A-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------C-AGT-TATTAT-TATa
gi|6                          :                                                  aCATAAAAAG-TTAAAA-AACG-TGTA-AA-AG-TT-AAA-A-C----AAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TG-TTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGT-----CAC---------ACAGT-TATTAT-TAT
gi|7                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-AACG-TGTA-AA---GTT-AAA-A-GC---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---T-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACCTA--A--ATG----ATA-T--T-CCA--GAGTTT-T-------G-TGTT-A-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------C-AGT-TATTAT-TAT
gi|8                          :                                                 ataATAAAA-G-TTAAAA-A-TG-CGTA-AACAAGTT-AAA-A-AG---GAATGC-A------------TATTCG-TC---TAC---AC-AA-GCAGTTTTA--C-----TA--T---TTA--A--G------AAA-T--T--CA---ATTTTAT-------ACTG-T-A-AATA-C-CACATTCT-TGT-------A---------A-ATTATATTAT-AATATGA
gi|9                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-ATGTT-AAA-A-GT---AAA--C-A------------AAGTTG-TG---TGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TT---A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAta


blockSeqs                     :                                                          A A      A A  T    T  T     T   T GGAA     AA T GAAAAAAAAAAA  T T CATAT  A TAT  .  C         ACCATTGTAAATATTAGATATTTT          . TA GT  TT      A AATGATA C  T T .    . A        .   AATAA   AAAAAAAAT C          A
blockSeqs                     :                                                          A .      . A  .    .  C     .   . CAA      AA . TT            T C CA     A A    .  C         TATTCGTTAACCTAAATG                . .  G   .       . TTTTG   .  T . .    . .        .   C       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          A .      . A  .    .  C     .   . AG       AA . .             T C CA     A .    .  C         TATTCGTTAACCTAAATG                . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   C       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          A .      . .  .    .  .     .   . AA       AA . .             T T CA     A .    .  .         TATTCGTTAACCTAAATG                . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          A .      . .  .    .  .     .   . CG       TG . .             T T CA     G .    .  .         CATTGTATATTAATGA                  . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GT       A  . .             T C TG     G .    .  .         CATTGTATATTACTAG                  . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . AG       T  . .             T T CA     A .    .  .         CATTGTATATTAA                     . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GG       A  . .             G T CT     G .    .  .         CATTGTATATTAG                     . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GG       .  . .             G T TC     G .    .  .         CATTGTATATTAA                     . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GA       .  . .             G T TG     G .    .  .         CATTGTATGT                        . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GA       .  . .             T C GG     A .    .  .         ATTGTAAAAA                        . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GG       .  . .             T C CT     A .    .  .         CTATTTAAG                         . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GG       .  . .             T T CA     A .    .  .         TCATATAT                          . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GG       .  . .             G T TG     G .    .  .         TTATAAA                           . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GG       .  . .             G T CA     G .    .  .         TTATGAA                           . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GA       .  . .             G C TC     G .    .  .         TTATAAA                           . .  G   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GC       .  . .             T T TG     G .    .  .         TAATAAA                           . .  C   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . AG       .  . .             G T CA     A .    .  .         TTATGAA                           . .  C   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .          .
blockSeqs                     :                                                          . .      . .  .    .  .     .   . GT       .  . .             G T TG     A .    .  .         TTATAAA                           . .  C   .       . .       .  . . .    . .        .   .       .         .           
blockSeqs                     :                                                                   . .  .    .  .     .   . G        .  . .             G C TG     G .    .  .         TTGTAAA                           . .  T   .       . .       .  . . .    . .        .   .                             
blockSeqs                     :                                                                   . .  .    .  .     .   . C        .  . .             T T TG     . .    .  .         GTATAAA                           . .  .   .       . .       .  . . .    . .                                          
blockSeqs                     :                                                                   . .  .    .  .     .   . .        .  . .             G . TC     . .    .  .         TTATAAA                           . .  .   .       . .       .  . . .    . .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                            TG     . .    .  .         TTACA                             . .  .   .       . .       .  . . .    . .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .    .  .                                           . .  .   .       . .       .  . . .    .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         . .  .   .       .                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         . .  .   .                                                                          


blockSeqCons                  :                                                                                            GG****                          CG****                     TATTGTATATTAA******************
originalCons                  :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CG---TGC---AC-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTA--A--A------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
finalCons                     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-AGG----AAA--C-A------------AATTCGCG----TGC---AC-AA-GCAGTTGTATATTGTATATTAA------------------ATA-T--T-TCA--GATTTT-T-------G-TG-T-A-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------A-ATTGTATTAT-TATATGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTAGTGTTCCGCATATATGTTATGCAACCCAGTAGGTTTTGTATGTTTTGTAGTTCGTAATAAAATAGCTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                                                          0 0      444  7    5  2 5   7   7 555555   66 7 333333333333  4 6 999 0 222  6  8         555555555555555555555  111   5  00000000        6 2222222 6  8  6    6 7        9   55555   000000000           1        
consensus                     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CGTGC---AC-AA-GCAGTTGTA--TATT-GTA--TA--T---TAA---ATA-TT-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
Reference ( family-1218 )     :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AATTCG-CGTGC---AC-AA-GCAGTTGTA--TATT-GTA--TA--T---TAA---ATA-TT-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
gi|1                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-C-CG-TGGAGAA-AAATT-AGA-A-AGAAAAAA--T-A------------AATTTGACAT-C---ACGAA-GTAAT------TATT-ATA-----------AA---ATATTT-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TATAATATT-CACATTATGTGT-----A
gi|10                         :                                                         A-G-TTGATA-A-CG-GGTA-AA-ATGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CATAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T-----TA--TA-------AA---TTA-TT-G------CAGATTTT-T-------G-AG-TA-AATA-T-CACATTAT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-CATATttgttgcaaaagtcggttgttttatccttttattgtggatttcctagtcagatatatgtt
gi|11                         :                                                     TAAAA-A-TTAAAA-AATG-TGTA-TA-AG--T-AAA-A-AA---AAA--C-AGAAAAAAAAAAAAATTCG-CATAT---AC-AT-GTAGTTGTA--T------------------------TA-----------CAA---TT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-AATATGAtatg
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gi|14                         :                                                 acCATAAAA-G-TTAAAA-A-CGTTGTA-AA-AGGTT--AA-A-GT---AAA--C-A------------AATT-G-TGTGCA--AT-AA-GT--TTGTA--CATT-GTA--TG--T------------------------------------------------AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTG--TTAT-TATATGAC
gi|15                         :                                                              aAAAA-A-TG-TGTA-AA-TCGTT-AAA-A-AG---AAAAAC-A------------AATTTG-CATGC---AC-AA-GCAGTTGTA--TA-----A--TA-------AA---ATA-TT-T------CAGATT----------------------A-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATAa
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gi|18                         : agaatgtttaaaaacacatgataataattacaaaacaagagtgtgatgtcCATAAAAAG-TTAAAA-A-CG-GTTATAA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--TTA------------AAGTTG-TCTGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--T---TAA---
gi|19                         :                                                  gCATAAAAAG-TTAAAG-A-CG-TGTG-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AA---C-A------------AAGTTG-TGTGC---AT-AA-GCAGTTGTA--CATT-GTA--TA--T---TAA---ATA-TT-T------CAG--TTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CAtgattattatttattgatttt
gi|2                          :                                                   CATAAAA-GATTAAAA-A-------------GGTT-AAA-A-GA---AAA--C-ATT----------AAGTTG-GGTGC---AT-AA-ACAGTTATAACCATT-GTAAATA--T---TAG---ATA-TT-TTATTTTCAGATTTT-TTTTTG--G-TG-TA-AATA-T-TCCATTCT-TGTAATAAAAA---------AATTGTG-TATATATATGAC
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gi|21                         :                                                    aTAAAA-G-TTAAAA---TG-TGTA-AACAAGTT-AAA-A-GG---AAAAAC-A------------AATCCA-CATATTATAC-AA-GCAGCTGTA--T--T-GTA-----------AA---ATA-TC-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-
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gi|28                         :                                                                                                                                                                         AA---ATA-TT-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-CGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                       aaAA---ATA-T---------CACATTTT-TAATGATAG-TG-TA-AAT---------TCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGACa
gi|3                          :                                                   CATAAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A-GG---AAA--C-A------------AAGTTG-TGTGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--TTACTAG---ATA-TT-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGACag
gi|4                          :                                                     TAAAA-G-TTAAAA-T-TG-TGTA-AA-AAGAT-AAATA-GA---AAAA-C-A------------AATTCG-CATAC---AC-AA-GCAGTTGTA--T-----TA--TA-------AA---ATA-TT-G------CAGATTGC-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAAAAAAAAAATAATTGCATTA--TA-ATGAC
gi|5                          :                                                   CATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-AGGTT-AAA-A--G---CAA--C-A------------AAGTTG-TGT-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACC---TAAATGATA-TT-C------CAGAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TATa
gi|6                          :                                                  aCATAAAAAG-TTAAAAAA-CG-TGTA-AA-A-GTT-AAA-A--C---AAA--C-A------------AAGTTG-TGT-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACC---TAAATGATA-TT-C------CAGAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TAT
gi|7                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-AACG-TGTA-AA---GTT-AAA-A-GC---AAA--C-A------------AAGTTG-TGT-C---AG-AACACATCTCAA--TATTCGT---TAACC---TAAATGATA-TT-C------CAGAGTTT-T-------G-TGTTA-AATA-T-CA-ATTCC-TGTC----ACA---------CAGT-TATTAT-TAT
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gi|9                          :                                                      AAAA-G-TTAAAA-A-CG-TGTA-AA-ATGTT-AAA-A-GT---AAA--C-A------------AAGTTG-TGTGC---AT-AA-ACAGTTGTA--CATT-GTA--TA--T---TAA---ATA-TT-T------CAGATTTT-T-------G-TG-TA-AATA-T-CACATTCT-TGT-----AAA---------AATTGTATTAT-TATATGAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): CACTGTAGTGTTCCGCATATATGTTATGCAACCCAGTAGGTTTTGTATGTTTTGTAGTTCGTAATAAAATAGCTGT