lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333 111 11 11111111 1111 22222 22222222222222 555555555555555555 22222222222222222 22222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222 1111111 2222222222222 1111111111111111111 111111 11 2222222222 1 11 22222222222222222222222222222 22222 11 3333333333333333 1 2222222 22222 99999999999999999999999999 222222 11 1111 333 11 1111111 1 11111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 5 2 2 555 2 33 2 2 2 5 2 5 4 444 2 55 11111111 2 1111 5555 88888 33 33 2 33 2 2 33 66 66666 66 44444444444444 2 66666 33 0 4 4 88888 777777777777777777 3 88 44 11111111111111111 3 555 3 3 888888 0 3 44444444 3 44 3 1 44 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 44 3 3 22222222222 3 44 6666666 3 5555555555555 3 0 0000000000000000000 2 8 3 000000 4 77 55 3 3 3 00 6666666666 5 6 77 1 6666 77777 3 3 555 22 44 44444444444444444444444444444 7777 3 3 77777 00 3333333333333333 5 55 2 3 66 666 3 3 3 7777 3 7 4 777 4 888888 1 0 6 6 55 1111111 4 4 4 8888 4 22222 66 66 55555555555555555555555555 44 000000 66 11 99 4 4 8 4 4 2 2222 88888888 55 4 2 4 666 55 55 4 4 55 99 77 0 11 5 5 5 888 0 5555555 55 1 00000 4 1
lowQualScore : ................................... . . . ... . .. . . . . . . . ... . .. ........ . .... .... ..... .. .. . .. . . .. .. ..... .. .............. . ..... .. . . . ..... .................. . .. .. ................. . ... . . ...... . . ........ . .. . . .. . ................................................................................................ . . .. . . ........... . .. ....... . ............. . . ................... . . . ...... . .. .. . . . .. .......... . . .. . .... ..... . . ... .. .. ............................. .... . . ..... .. ................ . .. . . .. ... . . . .... . . . ... . ...... . . . . .. ....... . . . .... . ..... .. .. .......................... .. ...... .. .. .. . . . . . . .... ........ .. . . . ... .. .. . . .. .. .. . .. . . . ... . ....... .. . ..... . .
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000 7 9 9 666 5 44 5 5 5 0 5 0 8 111 4 66 00000000 5 2222 3333 22222 44 44 5 44 7 7 77 33 77777 33 66666666666666 7 77777 77 2 0 0 55555 555555555555555555 6 44 66 99999999999999999 1 444 1 1 888888 2 1 33333333 1 22 1 5 22 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 3 66 3 3 66666666666 3 66 7777777 3 8888888888888 3 5 6666666666666666666 3 9 6 555555 8 33 00 6 6 6 11 0000000000 5 7 99 8 5555 77777 1 1 444 77 22 88888888888888888888888888888 1111 3 6 33333 00 5555555555555555 3 00 5 6 22 444 6 6 6 7777 6 3 0 000 0 222222 2 7 5 2 55 8888888 0 0 0 5555 0 22222 11 11 00000000000000000000000000 99 222222 55 88 55 0 0 0 0 0 5 7777 99999999 55 4 4 4 222 33 88 0 0 55 55 88 1 66 0 0 0 888 1 3333333 55 6 00000 0 0
consensus : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-AG-AAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT--A--AT--ATG--C-TT--TG-A-GT--A--AA-----A--AA----------G---TTGG-TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTAT--ATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT-A-AT-A--ACA-GC--A-TCGAG--TA-CTAT------GAA----A-----TG------TTTT---TTCA-----------C------------CA-----------------T--------------GCA-GA--TA-GAC-A-AAA-TT----AG-AC--AA-------AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATTAGTT-T------TACATGATAAA--TG-CAA-ACATAA-AA-GTAGAATTTTAT-GCATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA----AT-----G-AGT-A---AC--A--TA--CCT---GACA--G----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TG---GAGTT--AAACACTGGG-A---T----GATGGACCCCCAGATG--AAC-CCCAA---G-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGCC---AAGGAGT-AA----G-CATCCCCTGTCTGNC--TTACTAGT-----C-GC-ACCAGTC-G-TGA----A-TGCTCG-----CGC--T--ATATGATTTGAATTT--A-------------ATAATGA-CAAAGATAATATGC-AAGTTAC-AAAG--GC-AAAAA-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG---A----TACAATTTGCTGA--AT-ATCT-TGTTCA-CTTTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAATCTT-TG-CA-TTTT---TGTC-ANT---GAAA--AAATAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
Reference ( gi|3 ) : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-AT-AAAAC-G--TTGGTGTC-C----C----AT--A-AAT--ATG--C-TT--TG-A-GT--A--AA-----A--AA----------A---TTGG-TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTAT--ATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT-A-AT-G--CCA-GC--A-TCGAG--TA-CTAT------GTA----A-----TG------TTTT---TTC------------C------------CA-----------------T--------------GTA-GA--TA-GAC-A-AAA-CT----AG-AC--AA-------AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATTAATT-T------TACATGATAAA--TG-CAA-ACATAA-AA-GTAGAACTTTATAGTATTTCTTAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA----AT-----G-AGT-A---AC--A--T---CAT---GATA--G----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TG---TTGTT--AAAC----------------GATGTACCCTCAGATG--AGC-CTTAA---G-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAATTG-TTGCC---AAGGAGT-AA----G-CATCCCCTATCTGTC--TTACTAGT-----A-GC-ACCAGTT-G-TGA----A-TGCTCG-----CAC--T--ATATG------------A-------------ATAATGA-CAAAGATAATATGC-AAGTTAA-AAAG--GC-AAAAA-CAG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG---A----TACAATTTGCTGA--AT-ACCT-TGTT---TTTTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-A--AT--GGGACAAAAATCTT-TG-CA-TTTT---TGTC-ATT---GAAA--AATTAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|5 : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAAAAAAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-AG-AAGAT-G--TTTGTGTC-C----C----AT--A-AAT--ATG--C-TT--TG-A-GT--A--AA-----A--AT----------G---TTGG-TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATTA-G-A---G-ACAT------ATCTATA--A-C-ATGTTAT--ATA-TATGTC----------CCTGAC-AC---AA-T-CA------AGACTTTTT-A-A-------------A-T-AAG--AA-CTATTACGCGACA----A-----TG------TTTT---TTC------------C------------C------------------T--------------ACA-GA--CA-CGC-A-TG--CT-----G-AT--AA-------CA-A-ATC------------------------GT-----TAAGAA-GT--------------------ACATGATAAA--TG-CAA-ACATGA-AA-GTAGAATTTTATAGCATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA----AT-----G-AGT-A---AC--A--T---CAT---GA---------------------------C-ATTCATA-TG---GAGTT--AAAC----------------GATGAACCCTCAGATG--AGC-CCTAA---G-TCA-----TAG----A-ACTC----------------GGAGT-AA----G-CATCTTCTGTCTGTC--TTACTAGT-----C-GC-ACCAGTA-G-TGA----A-TGCTTG-----TGC--T--ATATGATTTGAATTTGAA-------------ATAATGA-CAAAGATAATATAC-AAGTTAC-CAAG--GG-AAAAA-CAG-ATGGA-AGAC-TTGCTTA-GGG---A----TACAATTTGCTGA--AT-ATCT-TGTT---CTTTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-AATAT--GGGACAAAAATCTT-TG-CA-TTTT---TATC-ATT---GAAA--AAATAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|10 : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAGTGTTGA-AAAA-G--C-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-AG-AAAAT-G--TTTCTGTC-CCA--C----AT--A-TAT--ATG--T-TT--TG-A-GT--A--AA-----A--A
gi|20 : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATTTTTAAAAAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATA-A-AAA-CATCTT---TA-AG-AAAA--G--GTAGTGTC-C----C----AT-----GC--ATG--G-CT--TG-A-AT--ATTAA-----AACAA----------G---CTAC-TGTCCAAT-----CA--CAAAtaacatgttatatatgtctctgacacaattaagacactttaataacagcatagagcactatgaaatgtcttttttttttcccactaacagacatgcattgcagatagatttagacaaaaattaaacaaagtaattttgagaatatatgctaaatgcaaacataaacataaaattggatttctaaaagtatacatgtgtggatgtaattgagtagcatatcctgacagagaatctaatcgctttcatatggagttaaa
gi|6 : AGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CATTGTTAAAAAAA-G--T-ATT-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---GA-AG-AAAAC-G--CTTGTGTC-C----C----AT--A---T--ATG--C-TT--TG-A-GT--A--AA-----A--AA----------AAG-TTGG-TGTTCCAC-----TA--CAAAGTAAAATCA-G-A---G-ACG-------T----TAT-A-C-ATGT-----ATA-T--GTT----------TCTGGC-AC---AA-T-GA------AGACTTTTG-A-AT-A--ACATGCTCA-TCGAG--TA-CTAT------ATATGACA-----TG------TTTTATTTTC------------C------------CG-----------------TAACAGACATGCATTGCA-GA--TA-GAC-A-AAA-TTTAATAG-AC--AA-------AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAAGT-----TAAGAA-GTGTAAAATAGTT-T------TACATTATAAA--TG-CAA-ACAAAA-AA-GTGTAATTCTATAACATTTCTAAAA-T--GACATATGTGGCTGTAA----AT-----G-AGT-A---ACATA--T---CCT---GACA--T----AG-------ACTCG----C-ATTCACA-TG---GAGTT--AAAC----------------AATGGACCCTCAGATG--AGC-CCCAA---G-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGCC---AAAGAGT-AAGCTTG-CATCCCCTGTCTGTC--TTACTAGT-----C-GC-ACCAGTT-G-TGA----A-TGCTTG-----CGC--T--ATATGATTTGAATTTTAA-------------ATAATGA-CAAAG---ATATTC-AAGTTAC-AAAA--GC-AAAAA-CAG-GTTGA-AAAC-TTTCGTA-GCG---A----TACAATTAAC-AA--ATAACCT-T
gi|19 : AGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAA--AAA-G--T-ATG-TGTTCT-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-AG-AAAAC-G--TTTGTGTC-C----C-----T----GAT--ATA--T-TT--TG-A-GT--A--AA-----A--AA----------G---TTGG-TGTCCCACTGGGTCA--CAAAGCACAATCttcaatgtcctg
gi|1 : TTTGAAAA-TCT-CAATGTTAATAAAATG--TTATG-TGTCC--ATGTC-AAA-CATCTT---TA-AT-CACACAG--TTGGTGTCACG---C----AT--A-AAT--ATG--CCTT--TG-A-GT--A--AA-----A--AA----------T---TGGG-TGTCCCAC-----C---CAAAG-ACAATCA-GCACGCG-ACA-------A---ATA----C--TGT-AT--ATAGT--GTCG---------TCTGGC-AC---AAAT-TA------AGACTTTTTTA-AT-G--CCA-GC--A-T-GAG--TA-CTATTG----GTA----A-----TGG-----TTTT---TTCAC----------C------------CA-----------------T--------------GTA-GA--TA-GAC-A-AA--CT----AG-AC--CACAT----AGTA-ATC-----------A-TCTAAATAA-GGT-----TAAGAAAGTGTAAATTA-TT-T------TACATGATAAA--TG-CAA-ACATAA-A--GTAGAACTTTATAGTATTTCTTAAA-T--TACAT-TGTGAATGTAA----AT-----G-AGT-A---A---A--T---CAT---GATA--G----AGA------AATCG----C-ATTCACA-TG---TTGTT--AAAC----------------GATGTACCCTCAGATG--AGC-CTTAA---GATAG-AGG-TAG----ATACTCAATTGATTGCA---AGGGAGTGAA----GTCAT--CCTATCTGTCCTTCGCTAGT-----A-GC-ACCAGTTGG-TGA----A-TGCTCG-----CAC--T--ATATG------------A-------------ATAATG--CAAAGATAATATGC-AAGTTAA-AAAAGTGC-AAAAA-CAATATGGACACACTTTGCTTAGGGG---A----TACAATTTGCTGAACAT-ACCT-TGTT---TTTT-CTGTAAATCATTCTCTTGAAATCC-A--AT--GGGACAAAA--TTT-TG-CA-TTTT---TGTCAATT---GAAAATAATTAGA-----TGTTCCCATCCAAATTATTCAC
gi|7 : ggacctgcaatactttctcaccggggtgcgcgcaccggtgcatTTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-AG-AAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-----AC--ATG--C-TT--TGAA-GT------A-----A--AA----------G---TTGG-TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|4 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcatTTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-AG-AAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-----AC--ATG--C-TT--TG-A-GT--AT-TA-----A--AA----------G---TTGG-TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGTtcactttttataacagcatcgagtactatgaaaaggttttttttttcataacagacatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcattagatgaaggtcaagaagtgtaaattagttttatatcataaatgcaaacatgaaagtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaaattttatgagtaacatatattctgacagagatttgcattcacatggagtttaaaactgggaacatcaattgatagacctccaaatgaaccccaagtcgcggtagaactcaactgttgccaaagagtacgcattccttgtctgacttgcaagtcgcgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtaacaaagatatctgagttacagagacaaaacggacggaacactttctggggatcatacaatttgctgaatatcttgttcactttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaatagatatctcatccaaattatcca
gi|2 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcatTTTGAAAAAT-T-CAATGTTT-TAAAA-GGTT-ATA-TGTCCC-ATG-C-AAAACATCT---------------------GGTGTC-C----CCAACAT--A-CATGTATA--C-TT--TG-A-GT--A--AG-----A--A---------------TCGG-TGTCC-AC-----CAGCCAAAGAACAATCA-G-A-----ACA-------A---ATATAA-CGATGATAT--ATA-T--ATCATGTATATTCTCTG-C-AT---AA-TATA------GAACTTTTT-A-ATTA--ACA-GC--A-TCGAG--TA-CTAT------G-A----A-----TG------TTTTG--TTG------------T------------CATTTTTTTTTTTTTTTTTT--------------GCATAA--CA-GAC-A-GCA-TT-------GC--AA-------AGTAGATCTAGACAAAAAAA-T-TAGAAAAAGGTAATTGTAAGAA-GTGTGAATT-ATT-T------TAAAT-ATACACCTG-CAATAC-TAATAA-GTGG--CTTTCTGGGATTTTT--AA-T--GCCATTTCTAAAAATAC----AT-----GAAGT-ATGCAT--A--T---CCT---AACA--A----AG-------AATCGTAGCT-ATCCTCATTG---GAGTT--AAACACTCGGGAACATT---GATG-GCCTCCCGATGCAACC-CCCAAAAGG-TTGAAGA-TAG----A-ACTCAtcactttttataaacagcatcagtaactatgaaaaggttttttttttcataacagaccatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcaattagatgaaggctaagaagtgttaaatagttttatatcataaatggcaaaatgaaatgtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaattttatgagttaacatatattctgacaaggagatttgcattcacatggagttgtttaaaactgggaacaatcaattgaatagacctccaaatgaactcccaagtcgcgttagaactcaactgttgtccacaaagagtaaccattccttgtctgacttgcaagtcgccgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtgaacaaagatatgctgagttacagagagcaaacggacggaacactttctgggaatcatacaatttgctgaatatcttgttcacttttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaagtagatatctcatccaaattatccac
gi|22 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccaTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-G--T-ATGCTGTCCC-ATG-C-AAA-C-TCTT---TA-ATAAAAAC-GT-TTGGTGgcttactagtccgcagaccaatgatttgatattgaaaataatgtcaaggatagaagttacaaagacaaaaaacagatggaacacttttgctgataatcttattcaatgttcctgtaaatcgttgtcttcaagtcaatgggggaaaatcttgtgcgttttttgtcaaatgaaaaaatagatatccctctaaattatccc
gi|8 : ccaatgcaatatttctcaccggggttgggaccggtgacaTTTGAAAA-T-TTCAGTGTTGAAAAAA-G--C-ATG-TGTCCC-ATG-CTAAA-CATC-T---TA-AG-AAAAT-G--TT-CTGTC-CCCAGC----AT--ATTAT--ATGTTT-TT--TG-ATGT--A--AATTTATA--AAGGTTTATTATA---TT---TGTCTC-----------TGA--CACAATTA-T-A---G-ACACTCTT--A---ATA--ACC-AAG-CAT--AGA---------------------GC-ACTAGAA-T-TA------TGTCTTTTT----T-T--CCA-CT--A-ACAA----A-CTAT------GCA----T-----TG-----------------------------------------CA-----------------G--------------ATA-GATTTATGAC-A-AAA-TT----AATATCAAA-------AGTA-ATT-------------T-TGAGTAA-------------------TATATTG----C------TA------AAA--TT-CAA-AACTAA-A---TAAAATTTT---GGATTTCTAAAAGTAATACATGTGTGGATGTAA----TT-----G-AGT-A---GC--A--TATGCCT---GACA--G----AGAAGTTCTAATCG----CTTTTCATA-TG---ATGTT--AAatacatgaccttctcagcataaaa
gi|18 : taagggaccattggcataatttctttaccggggcgggacctgggcaTTTGAAAAAT-T-CAATTTTTAAAAAA-G--T-ATG-TGT-CC-ATA---AAA-CATCTT---TA-AG-AAAGA-A--GTAGTGTC-C----C----AT-----GC--AGG--C--T--TG-A-ATTGA--AA-----AC-AA----------G---CTAACTGTCTAAT-----CA--CAGA
gi|14 : ggaccaggcaattatttatcaccggagtggacgggggcacAAA-T-T-CAATGTAAAAAAAA-G--T-ATG-TGTCCCAATGCC-AAA-CATCTT---TA-AG-AAAAA-AGTTTTGTGTC-C----C----AA--T-GAT---TG--C-TTTATG-A-GT--A--AA-----A--AA----------AAAGTTGG-TG-CCCA------CA--GAAAGCACAATCAGG-A---T-ACATGTATACA---TTA--A-C-ATGGTAA--ATA-T--ATG----------TTTGGCTAC---AA---TA------AGACTTTTT-ATAA-A--CAA-GC--ATTCGAG--AACCTAT------ttattaaaaaagaaac
gi|26 : ggaccatgcaatattttcctctccggggtggaccggtgcattatgAA-T-T-CAATGTTTAAATAA-G--C-ATG-TGTCCC-AAG-G-AAAGCATCTT---TT-A--AAAAC-G--TATATGT--C----C----A---A-AAT--ATG--C-TT--TA-A-Gtgaaaatg
gi|9 : AAA-G--T-ATG-TGTCCC-ATG-C----------T---TC-CC-ATAACTG--TTG-TGTT-C----C----TT--A---T--ATG--C-TT--TG-A-GA--A--AA-----A--GA----------G---TTGG-TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACA-----G-A---G-ACA---------------------TATCAT--AT---------------------------------T-TA------GACCTTTTT-A-AT-A--ACA-GC--A-TCGAG--TA-CTAT------GAA----C-----TGGGTT--TTTT---TTCATAAAAGACACGC------------AA-----------------T--------------GCA-GA--TA-GAG-A-AAAATT----AG-AC--AT-------A-TA-CTT-----------G-T--AGAT-----T-----TA------T-TACATTAGTT-T------TACATG-TATA--TG-------ATAA----GTAGA-----------TTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATATAA----AT-----G-AGT-A---AC--A--TAT-CCC---GACA--T----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TG---AAGTT--AAACACTGGGAACATT----GATGGACCCCCAGATG--AAC-CTTAA---G-TCG-AGG-TAGAAATA-ACTCTATTG-TTGCC---AATGAAT-AA--------------------C--TTACTAGT-----C-GC-ACCAGT
gi|28 : gA-G--T-ATG-TGTCCT-ATG-C-AAA-CATGTTAACTAGAG-AAAAC-A--TTTGTG-C-C----C----AT-----AT--ATG--T-TT--T
gi|10 : T---TG-AA-AAAGC-A--T--GTGTC-C----C----ATGCA-AAC--AT-----CT--TA-A-G------AA-----A--AT----------G---TTTC-TGTCCCAC------A--TATA-TATGTTTT-G-A---GTAAA-------A---ATA--A-C-ATGTTAT--ATA-T--GTC----------TCTGAC-AC---AA-T-TA------AGACACTTT-A-AT-A--ACA-GC--A-TAGAG--CA-CTAT------GAA----A-----TGTCTTTTTTTT---TTC------------C------------CA-----------------C---------------TA--A--CA-GAC-ATGCA-TTGC--AG-AT--AG-------A-T------------------T-TAGACAAAAAT-----TAA------ACAAAGTAATT-TTGAGAATATATGCTAAA--TG-CAA-ACATAA-AC-ATAAAATT-----GGATTTCTAAAAGTA-TACATGTGTGGATGTAA----TT-----G-AGT-A---GCATA--T---CCT---GACA--G----AGAATCT--AATCG----C-TTTCATA-TG---GAGTT--AAA
gi|15 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgaaaattcagtg--A--AA-----A--AA----------A---TAGG-TGTCCCAC-----CA--
gi|17 : tagcatccctgtcttcttactagtaattcgtgaagtgctcgcactatatgatttgaatttgcaataatgacaaagatatgcaataacaaaggcaaaataagaatggaacactgttttaggatacaatttgtggatatctatgtcacttgcttgtttacaagtctaatggggaaaaaaatctttgccattttcaatgaatttcgTGG-TGTCCCAC-----CA--CAAAGTACAATCG-A-A---G-ACA------------------------------TA-T--G----------------GC-AC---AA-T-TA------AGACATGTT-A-AT-AGTTCA-GC--A-TCGTG--TA-CTAT------GAA----A-----TGGTGGG-TTTT---TTT------------CAGAACAGACACACAAAT--------------T--------------GCA-GA--TA-GAC-A-AAAATT----AG-AC--AATTTTTTAAGTA-ATC-----------C-T-TGAATAAAGGT-----GAAGAA-GTGTAAATTAGTT-T------Taattatcac
gi|5 : TCA-G-G---G-ACATAT----AT--ATA--A-C-ATGTTATAGATA-T--GTC----------TCT
gi|12 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgaaaattcaatgttaaaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatctttaagaagatgtttgtgtcccataaatatgctttgagtaaaaatgttggtgtcccaccacaaagcacaatt-ATGTCAT--ATA-T--GTA----------TCTGGC-AC---AA-T-TACATGTAAGACTTTCT-A-AT-A--ACA-AC--A-TCCAG--TA-CTAT------GAA----A-----TGGGTTT-TTTT---TTCAGTT--------C------------CA-----------------TCAC-----------GCA-G---TG-CAC-A------T----AG-AC--TA-------AG-----------------A-T-TAGGCAAAG----------------------TAATCCT------TAAATAAAAAA--TA-GAA-ACATAA-AA-GTAGA---------T-TTTC----A-T--CGCATGTGTGGATGTAA----AT-----T-AGT-A---AC--AAAT---CTT---GACA--A----AG-------AATCG----C-AT-CACA-TG---GAGTT--AAACACTGAGAACATT----GATAGGCCGCCAGAGG--AAC-ACCAA---G-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACCA-TTGCC---AAGGAGT-AA----G-CATCcacaatcaagactttttaaataagaactattacgcgacaatgttttttccctacagacacgcatgctgataacaaatcgttaagaagtacatgataaatgcaaacatgaaagtagaattttatagcatttctaaaattacatgtgtgaatgtaaatgagtaacatcatgacattcatatggagttaaacgatgaaccctcagatgagccctaagtcatagaactcggagtaagcatcttctgtctgtcttactagtcgcaccagtagtgaatgcttgtgctatatgatttgaatttgaaataatgacaaagataatatacaagttaccaagggaaaaacagatggaagacttgcttagggatacaatttgctgaatatcttgttctttcctgtaaatcattctcttgaaatcaatatgggacaaaaatctttgcatttttatcattgaaaaaatagatgtcccatccaaattattcac
gi|23 : gAT--ATA-T--GTT----------TCTAGC-AC---AA-T-TA------AGACTATTT-A-AG-A--ACA-GC--A-TGGAGTATA-CTAT------GAA----A-----TG------GCTT---TCCATAA--------CAGA---------CACGCAT------------T--------------GCA-GA--AA-TACAA-AAA-TT----AG-AC--AA-------AGTA-ATC-----------T-T-TAAATA
gi|7 : aC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT-A--T-A--ACA-GC--A-TCGAG--TA-CTAT------GAA----AAGG--TT------TTTT---TTT------------T------------CA-----------------TAACAGACATACATTGCA-GA--TA-GAC-A-AAAATT----AG-AC--AA-------AGTA-ATC-----------A-T-TAGATGAAGGT-----CAAGAA-GTGTAAATTAGTT-T------TATATCATAAA--TG-CAA-ACATGA-AA-GTAGATTTGTATTGCATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA----ATTTTATG-AGT-A---AC--A--TA--TATTCTGACA--G----AG-------ATTTG----C-ATTCACA-TG---GAGTTTAAAACTGGGAACATCAATT--GATAGACCTCCAAATG--AAC-CCCAA---G-TCG-CGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGCC---AAAGAGT-AC----G-CATTCCTTGTCTGAC--TTGCAAGT-----C-GC-GCCAGTC-G-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGT--ATATG------------A-------------ATAGTAA-CAAAGAT-ATCTG---AGTTAC-AGAG--AC--AAAA-CGG-ACGGA-ACAC-TTTC-TG-GGGATCA----TACAATTTGCTGA--AT-ATCT-TGTTCA-CTTTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--G
gi|4 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgaagtaaaagttggtgtccaccacaaaaC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT-A-TA-A--ACA-GC--A-TC-AG--TAACTAT------GAA----AAGGTTTT------TTTT---TTCATAACAGA----C------------CA-----------------TACATT---------GCA-GA--TA-GAC-A-AAAATT----AG-AC--AA-------AGTA-ATC-----------AAT-TAGATGAAGGC-----TAAGAA-GTGTTAAATAGTT-T------TATATCATAAA--TGGCAA-A-ATGA-AATGTAGATTTGTATTGCATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAATTTTAT-----G-AGTTA---AC--A--TA--TATTCTGACAAGG----AG-------ATTTG----C-ATTCACA-TGGAGTTGTTTAAAACTGGGAACAATCAATTGAATAGACCTCCAAATG--AACTCCCAA---G-TCG-CGT-TAG----A-ACTCAACTG-TTGTCCACAAAGAGT-AA----C-CATTCCTTGTCTGAC--TTGCAAGT-----C-GCCGCCAGTC-G-TGA----A-CGCTCGTGCTACAC--TGTATATG------------A-------------ATAGTGAACAAAGATA---TGCTGAGTTAC-AGAGA-GC-AAA---CGG-ACGGA-ACAC-TTTCT---GGG---AATCATACAATTTGCTGA--AT-ATCT-TGTTCACTTTTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--Gaagaaatagatatctcatccaaattatcca
gi|25 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgagtattaaaagttggtgtccaccacaaaaAAA--TG-CAA-ACATAA-AC-GCAGACTTTTATTACATT------A-T--TAC------------AA----AT-----G-AGT-A---ACATA--T---CCT---GACA--GATTTAG-------AACCG----C-ATCCGCaagaaagtagatatctcatccaaattatccac
gi|30 : TATTGCATTTCTCCAA-T--TACATGTTTGAATGTAA----AT-----G-AGT-A---AC--A--T---tgggaacattgatgga
gi|11 : tagTAC----AT-----G-AGT-A---AC--A--TAT-CCT---GACA--G----AG-------AATCG----C-ATCCAAA-AG---GAGTT--ACACACTGGGGACATT----GAAGGATCCCCAGATG--AAC-ACCAA---G-TCG-AAG-TAG----A-ACTCAACTG-CTGCA---AAGGAGT-AA----G-CATCCCCTGTCTGAC--TTACTAGTCGTACATGT-ACCAGTT-G-TGA----A-TGATCG-----TAA--T--ACATG------------A------------------------------TATG--AATTTGA-AAT---------AA-CGG-ATAAA-ACAC-TTGCT-A-GAG---A----TACAATTTGCTGA--atcctgaca
gi|13 : at----------------GATGGACTCTCGCATG--AAC-CACAA---G-TGG-AGG-TAG----A-ACTCGACTA-TTACC---AAGGAGT-AA----G-CATTCCCTTTC---------------------GC-ACCGGTT-GCTAATGCTA-TGCTCA-----TGC--T--GTATG------------ATTTTCAATTTGAAATAATGA-TTAAGATA---TGC-AAGTTAC-AAAG--AC-AAAAA-CGG-ATG-A-ACAC-TTGCT-A-GGG---A----TACAGTTTGTTGA--AT-ATCA-TTCA---TTTTCCTGTATATCATTCTCTTCAAAT-C-G--AC--GGG---AGAAT----------TTTT---TGTC-AAT---GAGA--AAATAGA-----TG-TCCCATCCAAATTActttccaacggggaaaaatctttgcatttttgtcaaagaaaaaataaaataagtgttccatccaaattatccac
gi|24 : gagttaaacactgggaacattATG--GAC-CCCAA---A-TCG-AGGCTAA----A-ACTCAA--------------GGAGT-AA----G-CATCCCCTGCTTGAC--TTACTAGT-----C-GC-ACCAGTT-G-TAA----A-TGCT
gi|15 : A----G-CATCCC-TGTCT-TC--TTACTAGT-----A-------ATTC-G-TGA----AGTGCTCG-----CAC--T--ATATGATTTGAATTTGCA-------------ATAATGA-CAAAG---ATATGC-AA--TAACAAAG--GC-AAAAT-AAGAATGGA-ACAC--TGTTTT-AGG---A----TACAATTTG-TGG--AT-ATCTATGTCA--CTTGCTTGT---TTAC-------AAGT-CTA--ATG-GGGAAAAAAATCTT-TGCCA-TTTTCAATG-A-ATTTCGAAAA--AAATAGG-----TG-TCCCA-CCAAATTA-TCACatgtgatttgaatttgaaat
gi|16 : tGTT-G-GGA----A-TGCTCG-----TGC--T--ATATGATTTGAATTTGAA-------------ATAATGA-CAAAG---ATATGC-AAGTTAC-AAAG--ACAAAAAA-CGG-ATGGG-ACAC-TTGCTTA-GGG---A----TACAATTTGCTGA--AC-ATCT-TGTTCA-CTTTCTTGTAAATCATTCTCTTCAAAG-C-A--ATGGGGGGCAA--------TG-AA-------------------GAAA--AAATAGA-----TG-TTCAATCCATATTATCCAC
gi|2 : ------------A-------------ATAATGT-CAAGGATAG------AAGTTAC-AAAG--AC-AAAAAACAG-ATGGA-ACAC-TT-----------------------TTGCTGA--TA-ATCT-TATTCAATGTTCCTGTAAATCGTTGTCTTCAAGT-C-A--AT--GGGG-GAAAATCTTGTG-CGTTTTT---TGTCAAAT---GAAA--AAATAGA-----TA-TCCC-TCTAAATTATC
gi|27 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccatttgaaaaattcaatgttttaaaaggttatatgtcccatgcaaaacatctggtgtccccaacatacatgtatactttgagtaagaatcggtgtccaccagccaaagaacaatcagaacaaatataacgatgatatatatatcatgtatattctctgcataatatagaactttttaattaacagcatcgagtactatgaatgttttgttgtcattttttttttttttttttgcataacagacagcattgcaaagtagatctagacaaaaaaattagaaaaaggtaattgtaagaagtgtgaattattttaaatatacacctgcaatactaataagtggctttctgggatttttaatgccatttctaaaaatacatgaagtatgcatatcctaacaaagaatcgtagctatcctcattggagttaaacactcgggaacattgatggcctcccgatgcaacccccaaaaggttgaagatagaactcagcttactagtccgcagaccaatgatttgatattgaaTCATTCTCTCCAAAT-T-A--AT--GGGA--AAAATCAT-TG-CA-TTTT---TGTC-AAT---AAAA--AAT-AGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCc
gi|11 : -C-A--AC--GGGG-AAAAATCTT-TG-CA-TTTT---TGTC-AAA---GAAA--AAATAAAATAAGTG-TTCCATCCAAATTATCCAC
gi|7 : attacatgagtaacatatcctgacagagaatcgcatccaaaaggagttacacactggggacattgaaggatccccagatgaacaccaagtcgaagtagaactcaactgctgcaaaggagtaagcatcccctgtctgacttactagtcgtacatgtaccagttgtgaatgatcgtaatacatgatatgaatttgaaataacggataaaacacttgctagagatacaatttgctgactttcT---GAAG--AAATAGA-----TA-TCTCATCCAAATTATCCA
gi|4 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgaagtaaaagttggtgtccaccacaaaacacagttcactttttataacagcatcgagtactatgaaaaggttttttttttcataacagacatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcattagatgaaggtcaagaagtgtaaattagttttatatcataaatgcaaacatgaaagtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaaattttatgagtaacatatattctgacagagatttgcattcacatggagtttaaaactgggaacatcaattgatagacctccaaatgaaccccaagtcgcggtagaactcaactgttgccaaagagtacgcattccttgtctgacttgcaagtcgcgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtaacaaagatatctgagttacagagacaaaacggacggaacactttctggggatcatacaatttgctgaatatcttgttcactttcctgtaaatcacttttgtcaaA--AAGTAGA-----TA-TCTCATCCAAATTATCCAC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GGGGGACCGGTGCATTTGCAAATCTTAGCAAATTTTAAAAAAATGATATACGTGTCCTCATAACAGACATGCTCGTGAAAGAAAAAGGTAGTTGCGCCATGCATGGTATGTTGAACAAACAAAGCTAAACTGTTCACCATCAAA
Unaligned ( gi|29 ): TAGAAAAACCACAACAATCTTTCCACCAAGTGTAAGCATTTCTACATTGAAAAATTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333 222222222 1111111111111 1111111 444444444444444444 11 22222222222222222 2222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 1111111 2222222222222 11111111 22222222222 11111 3333 1111111 2222222 77777777777777777 111111 333333333333333 111 1111 2222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 5 2 2 3 2 4 2 2 4 2 4 3 444 2 2 33 33 2 7777 7777 777777777 33 2 33 2 2 8888888888888 66 1111111 66666 33 4 4 88888 333333333333333333 3 00 11111111111111111 2 555 2 2 888888 8888 2 2 33 2 2 33 2 2 2 33 5 6666 2 33 44 9999999999999 555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 99999999999999999 3 0000000 555 0 3 1111111111111 3 3 55555 88888 3 888 1 66666 3 0 3 2 3 44 3 3 3 44 22222222 5 66666666666 0 6 77 0 33333 2 5555 2 0000000 0000000 6666 3 3 0 555 77777777777777777 3 3 3 7777 3 3 3 7777 3 0 3 666 3 7777 3 0 3 55 3 000000 66 3 7777 3 4 6 666666666666666 44 666 55 88 3 3 3 3 3 3 1 9999 4444 55 3 6666 3 6 44 0 3 3 55 55 4444444444444444444444444444444444444444 3 3 99999 3
lowQualScore : ................................... . . . . . . . . . . . . ... . . .. .. . .... .... ......... .. . .. . . ............. .. ....... ..... .. . . ..... .................. . .. ................. . ... . . ...... .... . . .. . . .. . . . .. . .... . .. .. ............. ... ........................................................ . ................. . ....... ... . . ............. . . ..... ..... . ... . ..... . . . . . .. . . . .. ........ . ........... . . .. . ..... . .... . ....... ....... .... . . . ... ................. . . . .... . . . .... . . . ... . .... . . . .. . ...... .. . .... . . . ............... .. ... .. .. . . . . . . . .... .... .. . .... . . .. . . . .. .. ........................................ . . ..... .
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000 3 7 7 6 4 7 4 4 7 4 7 9 111 4 2 11 22 5 8888 8888 888888888 44 5 44 7 7 6666666666666 88 3333333 77777 77 0 0 55555 111111111111111111 6 55 99999999999999999 9 000 9 9 222222 9999 9 9 99 9 9 99 9 9 5 99 7 1111 9 99 66 1111111111111 444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 66666666666666666 1 0000000 444 4 1 2222222222222 1 8 00000 33333 3 111 3 00000 3 4 6 8 3 66 3 3 3 44 11111111 5 77777777777 5 2 33 8 22222 9 4444 9 6666666 8888888 5555 1 1 1 000 11111111111111111 3 3 3 1111 3 3 3 1111 3 2 6 444 6 1111 3 2 5 00 6 555555 11 6 7777 6 1 7 222222222222222 66 333 00 66 6 6 6 6 6 6 4 1111 1111 00 6 8888 6 5 44 3 6 6 00 00 4444444444444444444444444444444444444444 6 6 11111 6
consensus : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAGTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-G--C-A-TCGAG--TA-C----TA-T--GA-AA-----TG------TT---TTTT--------C-----A-----------C---C-A-----------------T-----GCA-GATAGAC-------AAAA-T----TA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAACATAT--CCT-GACA--G----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAACAT-----TG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AA----G-CATCCCCTGTCTGNC--TTACTAGTCG-CAC------CAGTC-G-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGG-CAAAAATCTT-TG-CA-TTTTTGTC-AATG--------AAAA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
Reference ( family-1178 ) : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAGTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-G--C-A-TCGAG--TA-C----TA-T--GA-AA-----TG------TT---TTTT--------C-----A-----------C---C-A-----------------T-----GCA-GATAGAC-------AAAA-T----TA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAACATA---CCT-GACA--G----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGA---------TG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AA----G-CATCCCCTGTCTGNC--TTACTAGTCG-CAC------CAGTC-G-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGG-CAAAAATCTT-TG-CA-TTTTTGTC-ANTG--------AAAA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
gi|1 : TTTGAAAA-TCT-CAATGTTAATAAAATGTTATG-TGTCC--ATGTC-AAA-CATCTT---TA-A-TCACACAG--TTGGTGTCACG---C----AT---A---AATATG--CCTT--TG-A-GT---A--A------AA--AATTGGG-------TGTCCCAC-----C---CAAAG-ACAATCA-GCACGCG-ACA-------A---ATA----C--TGT-ATATAGT--GTCG---------TCTGGC-AC---AAAT-TA------AGACTTTTTT---AA-T-GC--C-A-G--C-A-T-GAG--TA-C----TA-TTGGT-AA-----TGG-----TT---TTTT--------C-----A-----------C---CCA-----------------T-----GTA-GATAGAC-------AAA--C----TA-GACC-------ACATAGTA-ATC-----------A-TCTAAATAA-GGT-----TAAGAAAGTGTAAATT---A-TT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACAT-A-AA-G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACAT-TGTGAATGTAA-----ATGAG-TAA-AT----CAT-GATA--G----AGA------AATCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAGATAG-AGG-TAG----ATACTCAATTGATTGC---AAGGGAGTGAA----GTCAT--CCTATCTGTCCTTCGCTAGTAG-CAC------CAGTTGG-TGA----A-TGCTCGCACTATA-TG---------------AA--TAATG-CAAAGATAATATGC-AAGTTAAAAAAGTGC-AAAA-A-CAATATGGACACACTTTGCTTAGGGG----ATACAATTTGCTGAACATACCT-TGTT----T-TTTCTGTAAATCATTCTCTTGAAATCC-A--AT--GGGA-CAAAA--TTT-TG-CA-TTTTTGTCAATTG--------AAAATAATTAGA-----TGTTCCCATCCAAATTATTCAC
gi|10 : ggacctgcaatactttctcaccggggtgcgcgcaccggtgcatAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAGTGTTGAAAAA--GC-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAA
gi|10 : -GAAAAA-G--CATGTGTC-C----C----ATGCAA---A-CAT-----CT--TA-A-G-------A------AA--ATGTTTC-------TGTCCCAC------A--TATA-TATGTTTT-G-A---GTAAA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGAC-AC---AA-T-TA------AGACACTTT----AA-T-AA--C-A-G--C-A-TAGAG--CA-C----TA-T--GA-AA-----TG------TC---TTTTTTTTTTCCC-----A-----------C---T-AACAGACATGCAT-----T-----GCA-GATAGATTTAGACAAAAA-T----TA-AACA-------A---AGTA-ATT-------------------------T-----TGAGAA-------------------TATA-TGCT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-A--------TAAAATT--------G-GATTTCTAAAAGTA-TACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGCATAT--CCT-GACA--G----AGAATCT--AATCG----C-TTTCATA-TGGAGTTA---AAtgtttctgtcccacatatatatgttttgagtaaaaataacatgttatatatgtctctgacacaattaagacactttaataacagcatagagcactatgaaatgtcttttttttttcccactaacagacatgcattgcagatagatttagacaaaaattaaacaaagtaattttgagaatatatgctaaatgcaaacataaacataaaattggatttctaaaagtatacatgtgtggatgtaattgagtagcatatcctgacagagaatctaatcgctttcatatggagttaaa
gi|11 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgaaaattcagtgttTAC-----ATGAG-TAACATAT--CCT-GACA--G----AG-------AATCG----C-ATCCAAA-AGGAGTTA---CACACT-GGGGACAT-----TG-AAGGATCCCCAGATG-AAC-ACC----AAG-TCG-AAG-TAG----A-ACTCAACTG-CTGC---AAAGGAGT-AA----G-CATCCCCTGTCTGAC--TTACTAGTCG-TACATGTACCAGTT-G-TGA----A-TGATCG-----------------------------TAAT-ACA----TGATATG--AATTT--------GA-AATA-A-CGG-ATAAA-ACAC-TTGCT-A-GAG----ATACAATT---------------TGCTGAC-T-TTCC------------------------A--AC--GGGG--AAAAATCTT-TG-CA-TTTTTGTC-AAAG--------AAAA-AA-TAAAATAAGTG-TTCCATCCAAATTATCCAC
gi|12 : at-ATGTCATATA-T--GTA----------TCTGGC-AC---AA-T-TACATGTAAGACTTTCT----AA-T-AA--C-A-A--C-A-TCCAG--TA-C----TA-T--GA-AA-----TGGGTTT-TT---TTTT--------C-----AGTT--------C---C-A-----------------TCAC--GCA-G-TGCAC-------A---------TA-GACT-------A---AG-----------------A-T-TAGGCAAAG----------------------T---AATCCTTAAA-TAAA-AAA--T-AGAA-ACATAA-AA-G--------TAGA---------T-----TTTC----A-T--CGCATGTGTGGATGTAA-----ATTAG-TAACAAA---TCTTGACA--A----AG-------AATCG----C-AT-CACA-TGGAGTTA---AACACT-GAGAACAT-----TG-ATAGGCCGCCAGAGG-AAC-ACC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACCA-TTGC---CAAGGAGT-AA----G-CATC
gi|13 : gGAGTTA---AACACT-GGGAACAT-----TG-ATGGACTCTCGCATG-AAC-CAC----AAG-TGG-AGG-TAG----A-ACTCGACTA-TTAC---CAAGGAGT-AA----G-CATTCCCT-------------T--TCG-CAC------CGGTT-GCTAATGCTA-TGCTCATGCTGTA-TG-ATTTTCA-ATTTGAAA--TAATGATTAAGATA---TGC-AAGTTACAAAG--AC-AAAA-A-CGG-AT-GA-ACAC-TTGC-TA-GGG----ATACAGTTTGTTGA--ATATC---ATTCAT-T-TTCCTGTATATCATTCTCTTCAAAT-C-G--AC--GGG----AGAAT----------TTTTTGTC-AATG--------AGAA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTA
gi|14 : AAA-T-T-CAATGTAAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCCAATGCC-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAA-AGTTTTGTGTC-C----CA---AT---G---A-T-TG--C-TTTATG-A-GTAAAA--A------AA--AAGTTGG-------TG-CCCA------CA--GAAAGCACAATCAGG-A---T-ACATGTATACA---TTA--A-C-ATGGTAAATA-T--ATG----------TTTGGCTAC---AA---TA------AGACTTTTT----AT-A-AA--CAA-G--C-ATTCGAG--AACC----TATT--GA-AA-----
gi|15 : ggaccatgcaatattttcctctccggggtggaccggtgcattatgA----G-CATCCC-TGTCT-TC--TTACTAGT----A--------ATTC-G-TGA----AGTGCTCGCACTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGCAA--TAATGACAAAG---ATATGC-AA-TAACAAAG--GC-AAAATA-AGA-ATGGA-ACAC--TGTTTT-AGG----ATACAATTTG-TGG--ATATCTATG-TCAC-T-TGCTTGT---TTA-------CAAGT-CTA--AT--GGGGAAAAAAATCTT-TGCCA-TTT---TC-AATGAATTTCGAAAAA-AA-TAGG-----TG-TCCCA-CCAAATTATCatg
gi|16 : tGTT-G-GGA----A-TGCTCGTGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGAAA--TAATGACAAAG---ATATGC-AAGTTACAAAG--ACAAAAA-A-CGG-ATGGG-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ACATCT-TGTTCAC-T-TTCTTGTAAATCATTCTCTTCAAAG-C-A--ATGGGGGG-CAA--------TG-AA-------------G--------AAAA-AA-TAGA-----TG-TTCAATCCATATTATCCACac
gi|17 : TGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGTACAATCG-A-A---G-ACA----------------------------TA-T--G----------------GC-AC---AA-T-TA------AGACATGTT----AA-T-AGTTC-A-G--C-A-TCGTG--TA-C----TA-T--GA-AA-----TGGTGGGTTT---TTTT--------CAGA--A-----------CAGAC-ACACAAAT----------T-----GCA-GATAGACA------AAAA-T----TA-GACAATTTTTTA---AGTA-ATC-----------C-T-TGAATAAAGGT-----GAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TT
gi|18 : TTTGAAAAAT-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGT-CC-ATA---AAA-CATCTT---TA-A-GAAAGA-A--GTAGTGTC-C----C----AT-------G-CAGG--C--T--TG-A-ATTG-A--A------AAC-AAGCTAAC------TGTCTAAT-----CA--CAGA
gi|19 : ggaccaggcaattatttatcaccggagtggacgggggcacAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTT--AAAAA-GT-ATG-TGTTCT-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C-----T---G---A-TATA--T-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAGTTGG-------TGTCCCACTGGGTCA--CAAAGCACAATCttattaaaaaagaaac
gi|2 : TTTGAAAAAT-T-CAATGTTTTAAAAG-GTTATA-TGTCCC-ATG-C-AAAACATCT----------------G-----GTGTC-C----CCAACAT---ACATG-TATA--C-TT--TG-A-GT---A--A------GA--A--TCGG-------TGTCC-AC-----CAGCCAAAGAACAATCA-G-A-----ACA-------A---ATATAA-CGATGATATATA-T--ATCATGTATATTCTCTG-C-AT---AA-TATA------GAACTTTTT----AA-TTAA--C-A-G--C-A-TCGAG--TA-C----TA-T--G--AA-----TG------TT---TTGT--------T-----G-----------T---C-ATTTTTTTTTTTTTTTTTT-----GCATAACAGAC-------AGCA-T----T---GCA-------A---AGTAGATCTAGACAAAAAAA-T-TAGAAAAAGGTAATTGTAAGAA-GTGTGAATT---A-TT-TTAAA-T-AT-ACACCT-GCAATAC-TAATAA-GTGGCTTTCTGGGATTTTTAA-T-GCCATTTCTAAAA-A--TACAT-----GAAGT-------ATG------CATAT--CCT-AACA--A----AG-------AATCGTAGCT-ATCCTCATTGGAGTTA---AACACTCGGGAACAT-----TG-ATGG-CCTCCCGATGCAAC-CCCCAAAAGG-TTGAAGA-TAG----A-ACTCAGCT
gi|2 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccaA-TG-ATTTG-ATATTG--AAAATAATGTCAAGGATAG------AAGTTACAAAG--AC-AAAA-AACAG-ATGGA-ACAC-TT--------------------TTGCTGA--TAATCT-TATTCAA-TGTTCCTGTAAATCGTTGTCTTCAAGT-C-A--AT--GGGG--GAAAATCTTGTG-CGTTTTTTGTCAAATG--------AAAA-AA-TAGA-----TA-TCCC-TCTAAATTATCCtactagtccgcagaccaatgatttgatattgaaaataatgtcaaggatagaagttacaaagacaaaaaacagatggaacacttttgctgataatcttattcaatgttcctgtaaatcgttgtcttcaagtcaatgggggaaaatcttgtgcgttttttgtcaaatgaaaaaatagatatccctctaaattatccc
gi|20 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccatttgaaaaattcaatgttttaaaaggttatatgtcccatgcaaaacatctggtgtccccaacatacatgtatactttgagtaagaatcggtgtccaccagccaaagaacaatcagaacaaatataacgatgatatatatatcatgtatattctctgcataatatagaactttttaattaacagcatcgagtactatgaatgttttgttgtcattttttttttttttttttgcataacagacagcattgcaaagtagatctagacaaaaaaattagaaaaaggtaattgtaagaagtgtgaattattttaaatatacacctgcaatactaataagtggctttctgggatttttaatgccatttctaaaaatacatgaagtatgcatatcctaacaaagaatcgtagctatcctcattggagttaaacactcgggaacattgatggcctcccgatgcaacccccaaaaggttgaagatagaactcagcttactagtccgcagaccaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATA-A-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAA--G--GTAGTGTC-C----C----AT-------G-CATG--G-CT--TG-A-AT---ATTA------AAACAAGCTAC-------TGTCCAAT-----CA--CAAAc
gi|22 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATGCTGTCCC-ATG-C-AAA-C-TCTT---TA-ATAAAAAC-G--TTTG
gi|23 : ccaatgcaatatttctcaccggggttgggaccggtgacaATATA-T--GTT----------TCTAGC-AC---AA-T-TA------AGACTATTT----AA-G-AA--C-A-G--C-A-TGGAGTATA-C----TA-T--GA-AA-----TG------GC---TTTC--------C-----A-----------TAA-C-AGACACGCAT--------T-----GCA-GAAATACA------AAAA-T----TA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------T-T-TAAATAgtgatacatgaccttctcagcataaaa
gi|24 : aATG-GAC-CCC----AAA-TCG-AGGCTAA----A-ACTCAA--------------GGAGT-AA----G-CATCCCCTGCTTGAC--TTACTAGTCG-CAC------CAGTT-G-TAA----A-T------GCTATG-TG-ATTTG-A-ATTT--GA---AAT
gi|25 : -AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-G--------CAGACTTTT--A-TTA-CATT------A-T--TACA------------A-----ATGAG-TAACATAT--CCT-GACA--GATTTAG-------AACCG----C-ATCCGC--TGG----G---AACAT---------------TG-ATGGA
gi|26 : AA-T-T-CAATGTTTAAATAA-GC-ATG-TGTCCC-AAG-G-AAAGCATCTT---TT-A--AAAAC-G--TATATGTC-C----A----A----A---A-TATG--C-TT--TA-A-G
gi|27 : TCATTCTCTCCAAAT-T-A--AT--GGG---AAAAATCAT-TG-CA-TTTTTGTC-AAT---------AAAA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCC
gi|28 : A-GT-ATG-TGTCCT-ATG-C-AAA-CATGTTAACTAGA-GAAAAC-A--TTTGTG-C-C----C----AT-------A-TATG--T-TT--T
gi|3 : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-TAAAAC-G--TTGGTGTC-C----C----AT---A---AATATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAATTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-GC--C-A-G--C-A-TCGAG--TA-C----TA-T--GT-AA-----TG------TT---TTTT--------C-----------------C---C-A-----------------T-----GTA-GATAGAC-------AAAA-C----TA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AATT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAACAT----CAT-GATA--G----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAATTG-TTGC---CAAGGAGT-AA----G-CATCCCCTATCTGTC--TTACTAGTAG-CAC------CAGTT-G-TGA----A-TGCTCGCACTATA-TG---------------AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTAAAAAG--GC-AAAA-A-CAG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATACCT-TGTT--T-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-A--AT--GGGA-CAAAAATCTT-TG-CA-TTTTTGTC-ATTG--------AAAA-AT-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|30 : -T-G-CATTTCTCCAA-T--TACATGTTTGAATGTAA-----ATGAG-TAACATAT--CCT-GACA--
gi|4 : tagtatTTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-------A-CATG--C-TT--TG-A-GT---AT-T------AA--AAGTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|4 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcatC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT----AT-A-AA--C-A-G--C-A-TC-AG--TAAC----TA-T--GA-AAAGGTTTT------TT---TTTT--------C-----ATAACAGA----C---C-A-----------------TACATTGCA-GATAGAC-------AAAAAT----TA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AAT-TAGATGAAGGC-----TAAGAA-GTGTTAAAT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--TGGCAA-A-ATGA-AATG--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAATTTT-ATGAGTTAACATATATTCT-GACAAGG----AG-------ATTTG----C-ATTCACA-TGGAGTTGTTTAAAACT-GGGAACAATCAATTGAATAGACCTCCAAATG-AACTCCC----AAG-TCG-CGT-TAG----A-ACTCAACTG-TTGTCCACAAAGAGT-AA----C-CATTCCTTGTCTGAC--TTGCAAGTCGCCGC------CAGTC-G-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGTATATG-A-A--T--AG--TGA--ACAAAG---ATATGCTGAGTTACAGAGA-GC---AA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTCT---GGGAATCATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCACTT-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--G-----AAGAA-------------------------------------AG-TAGA-----TA-TCTCATCCAAATTATCCACtcactttttataaacagcatcagtaactatgaaaaggttttttttttcataacagaccatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcaattagatgaaggctaagaagtgttaaatagttttatatcataaatggcaaaatgaaatgtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaattttatgagttaacatatattctgacaaggagatttgcattcacatggagttgtttaaaactgggaacaatcaattgaatagacctccaaatgaactcccaagtcgcgttagaactcaactgttgtccacaaagagtaaccattccttgtctgacttgcaagtcgccgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtgaacaaagatatgctgagttacagagagcaaacggacggaacactttctgggaatcatacaatttgctgaatatcttgttcacttttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaagtagatatctcatccaaattatccac
gi|5 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgagtattaaaagttggtgtccaccacaaaaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAGAT-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---AATATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--ATGTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATTA-G-A---G-ACAT------ATCTATA--A-C-ATGTTATATA-TATGTC----------CCTGAC-AC---AA-T-CA------AGACTTTTT----AAAT-AA--G-A-A--CTA-T------TA-C-----G-C--GACAA-----TG------TT---TTTT--------C-----------------C---C-------------------T-----ACA-GACACGC-------ATGC-T-------GATA-------A---CA-A-ATC------------------------GT-----TAAGAA-GT-----------------ACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGAATTTT--A-TAG-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAACAT----CAT-GACA----------------------------TTCATA-TGGAGTTA---AAC------------------G-ATGAACCCTCAGATG-AGC-CCT----AAG-TCA-----TAG----A-ACTC----------------GGAGT-AA----G-CATCTTCTGTCTGTC--TTACTAGTCG-CAC------CAGTA-G-TGA----A-TGCTTGTGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGAAA--TAATGACAAAGATAATATAC-AAGTTACCAAG--GG-AAAA-A-CAG-ATGGA-AGAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTT--C-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-AATAT--GGGA-CAAAAATCTT-TG-CA-TTTTTATC-ATTG--------AAAA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|6 : AGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CATTGTTAAAAAAA-GT-ATT-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---GA-A-GAAAAC-G--CTTGTGTC-C----C----AT-------A-TATG--C-TT--TG-A-GTAA-A--A------AA--AAGTTGG-------TGTTCCAC-----TA--CAAAGTAAAATCA-G-A---G-AC--------G---TTAT-A-C-ATG---TATA-T--GTT----------TCTGGC-AC---AA-T-GA------AGACTTTTG----AA-T-AA--C-ATGCTC-A-TCGAG--TA-CTATATA-T--GA-CA-----TG------TTTTATTTT--------CCCGTAA-----------CAGAC-ATGCAT------------T-----GCA-GATAGAC-------AAAA-TTTAATA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAAGT-----TAAGAA-GTGTAAAAT---AGTT-TTACA-TTAT-AAA--T-GCAA-ACAAAA-AA-G--------TGTAATTCT--A-TAA-CATTTCTAAAA-T--GACATATGTGGCTGTAA-----ATGAG-TAACATAT--CCT-GACA--T----AG-------ACTCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACA-------------------ATGGACCCTCAGATG-AGC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-AAGCTTG-CATCCCCTGTCTGTC--TTACTAGTCG-CAC------CAGTT-G-TGA----A-TGCTTGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTTAAA--TAATGACAAAG---ATATTC-AAGTTACAAAA--GC-AAAA-A-CAG-GTTGA-AAAC-TTTCGTA-GCG----ATACAATTAAC-AA--ATAACC-TTTTCAA-T-GTCCTG
gi|7 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-------A-CATG--C-TT--TGAA-GT-------------AA--AAGTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|7 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcatC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT----A--T-AA--C-A-G--C-A-TCGAG--TA-C----TA-T--GA-AAAGGTTTT------TT---TTTT--------C-----A-----------TAA-C-AGACATACAT--------T-----GCA-GATAGACA------AAAA-T----TA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATGAAGGT-----CAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAAATTTTATGAG-TAACATATATTCT-GACA--G----AG-------ATTTG----C-ATTCACA-TGGAGTTT---AAAACT-GGGAACATCAAT-TG-ATAGACCTCCAAATG-AAC-CCC----AAG-TCG-CGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-AC----G-CATTCCTTGTCTGAC--TTGCAAGTCG-CGC------CAGTC-G-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGTATATG---------AA--TAGTAACAAAGAT-ATCTG---AGTTACAGAG--AC--AAA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTC-TG-GGGATC-ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--GAAG----AAAT----------------------------------A-GA-TA----------TCTCATCCAAATTATCCAtcactttttataacagcatcgagtactatgaaaaggttttttttttcataacagacatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcattagatgaaggtcaagaagtgtaaattagttttatatcataaatgcaaacatgaaagtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaaattttatgagtaacatatattctgacagagatttgcattcacatggagtttaaaactgggaacatcaattgatagacctccaaatgaaccccaagtcgcggtagaactcaactgttgccaaagagtacgcattccttgtctgacttgcaagtcgcgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtaacaaagatatctgagttacagagacaaaacggacggaacactttctggggatcatacaatttgctgaatatcttgttcactttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaatagatatctcatccaaattatcca
gi|8 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgaagtaaaagttggtgtccaccacaaaaTTTGAAAA-T-TTCAGTGTTGAAAAAA-GC-ATG-TGTCCC-ATG-CTAAA-CATC-T---TA-A-GAAAAT-G--TTC-TGTC-CCCAGC----AT---ATT-A-TATGTTT-TT--TG-ATGT---A--AATTTATAA--AGGTTTATTATATTTGTCTC-----------TGA--CACAATTA-T-A---G-ACACTCTT--A---ATA--ACC-AAG-CATAGA---------------------GC-ACTAGAA-T-TA------TGTCTTTTTTTCCAC-T-AA--C-A-A--------------A-C----TA-T--G----------------------------------C-----A-----------T-----------------------T-----GCA-GATAGAT------------T----TATGACA-------A---A------------------A-T-TA-ATA----T-----CAA-AA-GT---AATTTTGAGTA-ATATATTGCTAAAA--T-TCAA-AACTAA-A-----------TAAAATTT-----T-G-GATTTCTAAAAGTAATACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGCATATG-CCT-GACA--G----AGAAGTTCTAATCG----CTTTTCATA-TGATGTTA---A
gi|9 : taagggaccattggcataatttctttaccggggcgggacctgggcaAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C----------T---TC-C-CATAAC-T--GTTGTGTT-C----C----TT---A-----TATG--C-TT--TG-A-GA---A--A------AA--GAGTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACA-----G-A---G-ACA---------------------TATCATAT---------------------------------T-TA------GACCTTTTT----AA-T-AA--C-A-G--C-A-TCGAG--TA-C----TA-T--GA-AC-----TGGGTT--TT---TTTT--------C-----ATAAAAGACACGC---A-A-----------------T-----GCA-GATAGAG-------AAAAAT----TA-GACA-------T---A-TA-CTT-----------G-T--AGAT-----T-----TA------T-TACATT---AGTT-TTACA-TG-T-ATA--T-G------ATAA----G--------TAGA---------------TTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATATAA-----ATGAG-TAACATAT--CCC-GACA--T----AG-------AATCG----C-ATTCACA-TGAAGTTA---AACACT-GGGAACAT-----TG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAGAAATA-ACTCTATTG-TTGC---CAATGAAT-AA--------------------C--TTACTAGTCG-CAC------CAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GGGGGACCGGTGCATTTGCAAATCTTAGCAAATTTTAAAAAAATGATATACGTGTCCTCATAACAGACATGCTCGTGAAAGAAAAAGGTAGTTGCGCCATGCATGGTATGTTGAACAAACAAAGCTAAACTGTTCACCATCAAA
Unaligned ( gi|29 ): TAGAAAAACCACAACAATCTTTCCACCAAGTGTAAGCATTTCTACATTGAAAAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333 222222222 1111111111111 1111111 444444444444444444 22222222222222222 1111 2222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1111111 2222222222222 11111111111 22222222222 11111 1111111 1111111 111111111111111 111111 333333333 1111 11 111111111111 11111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 5 2 2 3 2 4 2 2 4 2 4 3 444 2 2 33 33 2 7777 7777 777777777 33 2 33 2 2 4444444444444 66 33 1111111 66666 33 4 4 88888 666666666666666666 3 88 11111111111111111 2 555 2 2 888888 8888 2 2 33 2 2 66 2 2 33 5 2 0000 2 9999999999999 555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 9999999 66 6666 3 0000000 555 0 3 1111111111111 3 3 55555 88888 3 888 1 66666 3 0 3 2 3 44 3 3 3 44444444444 5 66666666666 0 6 77 0 33333 2 77 2 0000000 7777777 3 6666 3 3 555 666666666666666 3 3 3 7777 3 3 3 7777 3 0 3 666 3 3 7777 2 3 55 3 000000 2 7 7777 3 4 6 6 1 444444444 44 8888 55 88 3 3 3 3 3 3 1 999 4444 55 3 6666 3 6 44 0 3 3 55 55 88 888888888888 22 3 555 33333333 3 3 99999 3
lowQualScore : ................................... . . . . . . . . . . . . ... . . .. .. . .... .... ......... .. . .. . . ............. .. .. ....... ..... .. . . ..... .................. . .. ................. . ... . . ...... .... . . .. . . .. . . .. . . .... . ............. ... ................................................................... . ....... .. .... . ....... ... . . ............. . . ..... ..... . ... . ..... . . . . . .. . . . ........... . ........... . . .. . ..... . .. . ....... ....... . .... . . ... ............... . . . .... . . . .... . . . ... . . .... . . .. . ...... . . .... . . . . . ......... .. .... .. .. . . . . . . . ... .... .. . .... . . .. . . . .. .. .. ............ .. . ... ........ . . ..... .
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000 3 7 7 6 4 7 4 4 7 4 7 9 111 4 2 11 22 5 8888 8888 888888888 44 5 44 7 7 7777777777777 88 99 3333333 77777 77 0 0 55555 555555555555555555 6 44 99999999999999999 9 000 9 9 222222 9999 9 9 99 9 9 88 9 5 99 7 9 0000 9 1111111111111 444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2222222 55 5555 1 0000000 444 4 1 2222222222222 1 8 00000 33333 3 111 3 00000 3 4 6 8 3 66 3 3 3 00000000000 5 77777777777 5 2 33 8 22222 9 99 9 6666666 7777777 1 5555 1 1 000 666666666666666 3 3 3 1111 3 3 3 1111 3 2 6 444 6 3 1111 0 5 00 6 555555 5 3 7777 6 1 7 7 3 777777777 66 7777 00 66 6 6 6 6 6 6 4 333 1111 00 6 8888 6 5 44 3 6 6 00 00 55 111111111111 55 6 999 22222222 6 6 11111 6
consensus : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
Reference ( family-1178 ) : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
gi|1 : TTTGAAAA-TCT-CAATGTTAATAAAATGTTATG-TGTCC--ATGTC-AAA-CATCTT---TA-A-TCACACAG--TTGGTGTCACG---C----AT---A---AATATG--CCTT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--TTGGG-------TGTCCCAC-----C---CAAAG-ACAATCA-GCACGCG-ACA-------A---ATA----C--TGT-ATATAGT--GTCG---------TCTGGC-AC---AAAT-TA------AGACTTTTTT---AA-T-GC--C-A-GC--A-T-GAG--TA-CTA-TTG--GT-AA-----TGG-----TTTT---TT--------C---------A-----------C---CCA------------T-----------------GTA-GATAGAC-------AAA--CT----A-GACC-------ACATAGTA-ATC-----------A-TCTAAATAA-GGT-----TAAGAAAGTGTAAATT---A-TT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-A--G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACAT-TGTGAATGTAA-----ATGAG-TAA-----AT-CATGATA--G----AG-------AAATCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAGATAG-AGG-TAG----ATACTCAATTGATTGC---AAGGGAGTGAAGTC----ATCC--TATCTGTCCTTCGCTAGTAG-CAC------CAGTTGGTGA----A-TGCTCGCACTATA-TG-A--------------A--TAATG-CAAAGATAATATGC-AAGTTAAAAAAGTGC-AAAA-A-CAATATGGACACACTTTGCTTAGGGG----ATACAATTTGCTGAACATACCT-TGTT----T-TTTCTGTAAATCATTCTCTTGAAATCC-A--AT--GGGACAAAA---TTT-TGC-A-TTTTTGTC-AATTGAA--------AATAATTAGA-----TGTTCCCATCCAAATTATTCAC
gi|10 : ggacctgcaatactttctcaccggggtgcgcgcaccggtgcatAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAGTGTTGAAAAA--GC-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAA
gi|10 : -GAAAAA-G--CATGTGTC-C----C----ATGCAA---A-CAT-----CT--TA-A-G-------A------AA--AT--GTTTC-------TGTCCCAC------A--TATA-TATGTTTT-G-A---GTAAA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGAC-AC---AA-T-TA------AGACACTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TAGAG--CA-CTA-T----GA-AA-----TG------TCTT---TTTTTTTTCCC---------A-----------C---T-AACAGACATGCATT-----------------GCA-GATAGATTTAGACAAAAA-TT----A-AACA-------A---AGTA-ATT-------------------------T-----TGAGAA-------------------TATA-TGCT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-A--------TAAAATT--------G-GATTTCTAAAAGTA-TACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGC--ATAT-CCTGACA--G----AGAATCT--AA-TCG----C-TTTCATA-TGGAGTTA---AAtgtttctgtcccacatatatatgttttgagtaaaaataacatgttatatatgtctctgacacaattaagacactttaataacagcatagagcactatgaaatgtcttttttttttcccactaacagacatgcattgcagatagatttagacaaaaattaaacaaagtaattttgagaatatatgctaaatgcaaacataaacataaaattggatttctaaaagtatacatgtgtggatgtaattgagtagcatatcctgacagagaatctaatcgctttcatatggagttaaa
gi|11 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgaaaattcagtgttTAC-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATCCAAA-AGGAGTTA---CACACT-GGGGAC-----ATTG-AAGGATCCCCAGATG-AAC-ACC----AAG-TCG-AAG-TAG----A-ACTCAACTG-CTGC---AAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGACTT--ACTAGTCG-TACATGTACCAGTTG-TGA----A-TGATCG-----------------------------TAAT-ACA----TGATATG--AATTT--------GA-AATA-A-CGG-ATAAA-ACAC-TTGCT-A-GAG----ATACAATT---------------TGCTGAC-T-TTCC------------------------A--AC--GGGG-AAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-AGAA--------AA-AA-TAAAATAAGTG-TTCCATCCAAATTATCCAC
gi|12 : at-ATGTCATATA-T--GTA----------TCTGGC-AC---AA-T-TACATGTAAGACTTTCT----AA-T-AA--C-A-AC--A-TCCAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TGGGTTT-TTTT---TT--------C---------AGTT--------C---C-A------------TCAC--------------GCA-G-TGCAC-------A-----T----A-GACT-------A---AG-----------------A-T-TAGGCAAAG----------------------T---AATCCTTAAA-TAAA-AAA--T-AGAA-ACATAA-AA-G--------TAGA---------T-----TTTC----A-T--CGCATGTGTGGATGTAA-----ATTAG-TAAC--AAAT-CTTGACA--A----AG-------AA-TCG----C-AT-CACA-TGGAGTTA---AACACT-GAGAAC-----ATTG-ATAGGCCGCCAGAGG-AAC-ACC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACCA-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATC
gi|13 : gGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACTCTCGCATG-AAC-CAC----AAG-TGG-AGG-TAG----A-ACTCGACTA-TTAC---CAAGGAGT-AAG-C----ATTCCCT-------------T--TCG-CAC------CGGTTGCTAATGCTA-TGCTCATGCTGTA-TG-ATTTTCA-ATTTGAAA--TAATGATTAAGATA---TGC-AAGTTACAAAG--AC-AAAA-A-CGG-ATG-A-ACAC-TTGCT-A-GGG----ATACAGTTTGTTGA--ATATC---ATTCAT-T-TTCCTGTATATCATTCTCTTCAAAT-C-G--AC--GGG---AGAA-T----------TTTTTGTC-AA-TGAG--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTA
gi|14 : AAA-T-T-CAATGTAAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCCAATGCC-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAA-AGTTTTGTGTC-C----CA---AT---G---A-T-TG--C-TTTATG-A-GTAAAA--A------AA--AA--GTTGG-------TG-CCCA------CA--GAAAGCACAATCAGG-A---T-ACATGTATACA---TTA--A-C-ATGGTAAATA-T--ATG----------TTTGGCTAC---AA---TA------AGACTTTTT----AT-A-AA--CAA-GC--ATTCGAG--AACCTATT----GA-AA-----
gi|15 : ggaccatgcaatattttcctctccggggtggaccggtgcattatgAG-C----ATCCC-TGTCT-TCTT--ACTAGT----A--------ATTCG-TGA----AGTGCTCGCACTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGCAA--TAATGACAAAGATA---TGC-AA-TAACAAAG--GC-AAAATA-AGA-ATGGA-ACAC-T-GTTTT-AGG----ATACAATTTG-TGG--ATATCTATGT-CAC-T-TGCTTGT---TTA-------CAAGT-CTA--AT--GGGGAAAAAAATCTT-TGCCA-TTTT---C-AA-TGAATTTCGAAAAA-AA-TAGG-----TG-TCCCA-CCAAATTATCatg
gi|16 : tGTTG-GGA----A-TGCTCGTGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGAAA--TAATGACAAAG---ATATGC-AAGTTACAAAG--ACAAAAA-A-CGG-ATGGG-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ACATCT-TGTTCAC-T-TTCTTGTAAATCATTCTCTTCAAAG-C-A--ATGGGGGGCAA---------TG-------------AA--GAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TTCAATCCATATTATCCACac
gi|17 : TGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGTACAATCG-A-A---G-ACA----------------------------TA-T--G----------------GC-AC---AA-T-TA------AGACATGTT----AA-T-AGTTC-A-GC--A-TCGTG--TA-CTA-T----GA-AA-----TGGTGGGTTTTT---TT--------CAGA------A-----------CAGAC-ACACAAAT-----T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACAATTTTTTA---AGTA-ATC-----------C-T-TGAATAAAGGT-----GAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TT
gi|18 : TTTGAAAAAT-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGT-CC-ATA---AAA-CATCTT---TA-A-GAAAGA-A--GTAGTGTC-C----C----AT-------G-CAGG--C--T--TG-A-ATTG-A--A------AAC-AA--GCTAAC------TGTCTAAT-----CA--CAGA
gi|19 : ggaccaggcaattatttatcaccggagtggacgggggcacAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTT--AAAAA-GT-ATG-TGTTCT-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C-----T---G---A-TATA--T-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCACTGGGTCA--CAAAGCACAATCttattaaaaaagaaac
gi|2 : TTTGAAAAAT-T-CAATGTTTTAAAAG-GTTATA-TGTCCC-ATG-C-AAAACATCT----------------G-----GTGTC-C----CCAACAT---ACATG-TATA--C-TT--TG-A-GT---A--A------GA--A----TCGG-------TGTCC-AC-----CAGCCAAAGAACAATCA-G-A-----ACA-------A---ATATAA-CGATGATATATA-T--ATCATGTATATTCTCTG-C-AT---AA-TATA------GAACTTTTT----AA-TTAA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-A------TG------TTTT---GT--------T---------G-----------T---C-A------------TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATAACAGAC-------AGCA-TT----G---CA-------A---AGTAGATCTAGACAAAAAAA-T-TAGAAAAAGGTAATTGTAAGAA-GTGTGAATT---A-TT-TTAAA-T-AT-ACACCT-GCAATAC-TAATAA-GTGGCTTTCTGGGATTTTTAA-T-GCCATTTCTAAAA-A--TACAT-----GAAGT-------ATG------C--ATAT-CCTAACA--A----AG-------AA-TCGTAGCT-ATCCTCATTGGAGTTA---AACACTCGGGAAC-----ATTG-ATGG-CCTCCCGATGCAAC-CCCCAAAAGG-TTGAAGA-TAG----A-ACTCAGCT
gi|2 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccaA-TG-ATTTG-ATATTG--AAAATAATGTCAAGGATAG------AAGTTACAAAG--AC-AAAA-AACAG-ATGGA-ACAC-TT--------------------TTGCTGA--TAATCT-TATTCAA-TGTTCCTGTAAATCGTTGTCTTCAAGT-C-A--AT--GGGG-GAAAA-TCTTGTGC-GTTTTTTGTCAAA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TA-TCCC-TCTAAATTATCCtactagtccgcagaccaatgatttgatattgaaaataatgtcaaggatagaagttacaaagacaaaaaacagatggaacacttttgctgataatcttattcaatgttcctgtaaatcgttgtcttcaagtcaatgggggaaaatcttgtgcgttttttgtcaaatgaaaaaatagatatccctctaaattatccc
gi|20 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccatttgaaaaattcaatgttttaaaaggttatatgtcccatgcaaaacatctggtgtccccaacatacatgtatactttgagtaagaatcggtgtccaccagccaaagaacaatcagaacaaatataacgatgatatatatatcatgtatattctctgcataatatagaactttttaattaacagcatcgagtactatgaatgttttgttgtcattttttttttttttttttgcataacagacagcattgcaaagtagatctagacaaaaaaattagaaaaaggtaattgtaagaagtgtgaattattttaaatatacacctgcaatactaataagtggctttctgggatttttaatgccatttctaaaaatacatgaagtatgcatatcctaacaaagaatcgtagctatcctcattggagttaaacactcgggaacattgatggcctcccgatgcaacccccaaaaggttgaagatagaactcagcttactagtccgcagaccaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATA-A-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAA--G--GTAGTGTC-C----C----AT-------G-CATG--G-CT--TG-A-AT---ATTA------AAACAA--GCTAC-------TGTCCAAT-----CA--CAAAc
gi|22 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATGCTGTCCC-ATG-C-AAA-C-TCTT---TA-ATAAAAAC-G--TTTG
gi|23 : ccaatgcaatatttctcaccggggttgggaccggtgacaATATA-T--GTT----------TCTAGC-AC---AA-T-TA------AGACTATTT----AA-G-AA--C-A-GC--A-TGGAGTATA-CTA-T----GA-AA-----TG------GCTT---TC--------C---------A-----------TAA-C-AGACACGCAT---T-----------------GCA-GAAATACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------T-T-TAAATAgtgatacatgaccttctcagcataaaa
gi|24 : aATG-GAC-CCC----AAA-TCG-AGGCTAA----A-ACTCAA--------------GGAGT-AAG-C----ATCCCCTGCTTGACTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTTG-TAA----A-T------GCTATG-TG-ATTTG-A-ATTT--GA---AAT
gi|25 : -AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-G--------CAGACTTTT--A-TTA-CATT------A-T--TACA------------A-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--GATTTAG-------AA-CCG----C-ATC------------------CGCT-GGGAAC-----ATTG-ATGGA
gi|26 : AA-T-T-CAATGTTTAAATAA-GC-ATG-TGTCCC-AAG-G-AAAGCATCTT---TT-A--AAAAC-G--TATATGTC-C----A----A----A---A-TATG--C-TT--TA-A-G
gi|27 : TCATTCTCTCCAAAT-T-A--AT--GGG--AAAAA-TCAT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-T-AA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCC
gi|28 : A-GT-ATG-TGTCCT-ATG-C-AAA-CATGTTAACTAGA-GAAAAC-A--TTTGTG-C-C----C----AT-------A-TATG--T-TT--T
gi|3 : NNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-TAAAAC-G--TTGGTGTC-C----C----ATA--A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--ATTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-GC--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GT-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------------------C---C-A------------T-----------------GTA-GATAGAC-------AAAA-CT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AATT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC----AT-CATGATA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAATTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTATCTGTCTT--ACTAGTAG-CAC------CAGTTG-TGA----A-TGCTCGCACTATA-TG---------------AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTAAAAAG--GC-AAAA-A-CAG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATACCT-TGTT--T-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-A--AT--GGGACAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AT-TGAA--------AA-AT-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|30 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-G-CATTTCTCCAA-T--TACATGTTTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--
gi|4 : tagtatTTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-------A-CATG--C-TT--TG-A-GT---AT-T------AA--AA--GTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|4 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcatC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT----AT-A-AA--C-A-GC--A-TC-AG--TAACTA-T----GA-AAAGGTTTT------TTTT---TT--------C---------ATAACAGA----C---C-A------------TACATT------------GCA-GATAGAC-------AAAAATT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AAT-TAGATGAAGGC-----TAAGAA-GTGTTAAAT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--TGGCAA-A-ATGA-AATG--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAATTTT-ATGAGTTAACATATAT-TCTGACAAGG----AG-------AT-TTG----C-ATTCACA-TGGAGTTGTTTAAAACT-GGGAACAATCAATTGAATAGACCTCCAAATG-AACTCCC----AAG-TCG-CGT-TAG----A-ACTCAACTG-TTGTCCACAAAGAGT-AAC-C----ATTCCTTGTCTGACTT--GCAAGTCGCCGC------CAGTCG-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGTATATG-A-A--T--AG--TGA--ACAAAG---ATATGCTGAGTTACAGAGA-GC---AA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTCT---GGGAATCATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCACTT-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--G----AAGAA---------------------------------------AG-TAGA-----TA-TCTCATCCAAATTATCCACtcactttttataaacagcatcagtaactatgaaaaggttttttttttcataacagaccatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcaattagatgaaggctaagaagtgttaaatagttttatatcataaatggcaaaatgaaatgtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaattttatgagttaacatatattctgacaaggagatttgcattcacatggagttgtttaaaactgggaacaatcaattgaatagacctccaaatgaactcccaagtcgcgttagaactcaactgttgtccacaaagagtaaccattccttgtctgacttgcaagtcgccgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtgaacaaagatatgctgagttacagagagcaaacggacggaacactttctgggaatcatacaatttgctgaatatcttgttcacttttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaagtagatatctcatccaaattatccac
gi|5 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgagtattaaaagttggtgtccaccacaaaaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAGAT-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---AATATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AT--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATTA-G-A---G-ACAT------ATCTATA--A-C-ATGTTATATA-TATGTC----------CCTGAC-AC---AA-T-CA------AGACTTTTT----AAAT-AA--G-A-ACT-A-T------TA-C-G-C----GACAA-----TG------TTTT---TT--------C---------------------C---C--------------T-----------------ACA-GACACGC-------ATGC-T-------GATA-------A---CA-A-ATC------------------------GT-----TAAGAA-GT-----------------ACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGAATTTT--A-TAG-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC--AT---CATGACA-----------------------------TTCATA-TGGAGTTA---AAC------------------G-ATGAACCCTCAGATG-AGC-CCT----AAG-TCA-----TAG----A-ACTC----------------GGAGT-AAG-C----ATCTTCTGTCTGTCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTAG-TGA----A-TGCTTGTGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGAAA--TAATGACAAAGATAATATAC-AAGTTACCAAG--GG-AAAA-A-CAG-ATGGA-AGAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTT--C-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-AATAT--GGGACAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTATC-AT-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|6 : AGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CATTGTTAAAAAAA-GT-ATT-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---GA-A-GAAAAC-G--CTTGTGTC-C----C----AT---A-----TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAAAGTTGG-------TGTTCCAC-----TA--CAAAGTAAAATCA-G-A---G-ACG-------TT--ATA----C-ATGT---ATA-T--GTT----------TCTGGC-AC---AA-T-GA------AGACTTTTG----AA-T-AA--C-ATGCTCA-TCGAG--TA-CTA-TATATGA-CA-----TG------TTTTATTTT--------CCCGTAACAGA-----------CATGC-A------------TT----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TTTAATA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAAGT-----TAAGAA-GTGTAAAAT---AGTT-TTACA-TTAT-AAA--T-GCAA-ACAAAA-AA-G--------TGTAATTCT--A-T-AACATTTCTAAAA-T--GACATATGTGGCTGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--T----AG-------AC-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACA-------------------ATGGACCCTCAGATG-AGC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-AAG-CTTGCATCCCCTGTCTGTCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTTG-TGA----A-TGCTTGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTTAAA--TAATGACAAAG---ATATTC-AAGTTACAAAA--GC-AAAA-A-CAG-GTTGA-AAAC-TTTCGTA-GCG----ATACAATTAAC-AA--ATAACC-TTTTCAA-T-GTCCTG
gi|7 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-------A-CATG--C-TT--TGAA-GT-------------AA--AA--GTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|7 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcatC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT----A--T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AAAGGTTTT------TTTT---TT--------C---------A-----------TAA-C-AGACATACAT---T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATGAAGGT-----CAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAAATTTTATGAG-TAACATATAT-TCTGACA--G----AG-------AT-TTG----C-ATTCACA-TGGAGTTT---AAAACT-GGGAACATCA-ATTG-ATAGACCTCCAAATG-AAC-CCC----AAG-TCG-CGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-ACG-C----ATTCCTTGTCTGACTT--GCAAGTCG-CGC------CAGTCG-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGTATATG---------AA--TAGTAACAAAGAT-ATCTG---AGTTACAGAG--AC--AAA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTC-TG-GGGATC-ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--GAAG---AAA-T-----------------------------------A-GA-TA----------TCTCATCCAAATTATCCAtcactttttataacagcatcgagtactatgaaaaggttttttttttcataacagacatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcattagatgaaggtcaagaagtgtaaattagttttatatcataaatgcaaacatgaaagtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaaattttatgagtaacatatattctgacagagatttgcattcacatggagtttaaaactgggaacatcaattgatagacctccaaatgaaccccaagtcgcggtagaactcaactgttgccaaagagtacgcattccttgtctgacttgcaagtcgcgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtaacaaagatatctgagttacagagacaaaacggacggaacactttctggggatcatacaatttgctgaatatcttgttcactttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaatagatatctcatccaaattatcca
gi|8 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgaagtaaaagttggtgtccaccacaaaaTTTGAAAA-T-TTCAGTGTTGAAAAAA-GC-ATG-TGTCCC-ATG-CTAAA-CATC-T---TA-A-GAAAAT-G--TTC-TGTC-CCCAGC----AT---ATT-A-TATGTTT-TT--TG-ATGT---A--AATTTATAA--AG--GTTTATTATATTTGTCTC-----------TGA--CACAATTA-T-A---G-ACACTCTT--A---ATA--ACC-AAG-CATAGA---------------------GC-ACTAGAA-T-TA------TGTCTTTTTTTCCAC-T-AA--C-A-A-------------A-CTA-T----G----------------------------------C---------A-----------T------------------T-----------------GCA-GATAGAT------------TT----ATGACA-------A---A------------------A-T-TA-ATA----T-----CAA-AA-GT---AATTTTGAGTA-ATATATTGCTAAAA--T-TCAA-AACTAA-A-----------TAAAATTT-----T-G-GATTTCTAAAAGTAATACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGC--ATATGCCTGACA--G----AGAAGTTCTAA-TCG----CTTTTCATA-TGATGTTA---A
gi|9 : taagggaccattggcataatttctttaccggggcgggacctgggcaAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C----------T---TC-C-CATAAC-T--GTTGTGTT-C----C----TT---A-----TATG--C-TT--TG-A-GA---A--A------AA--GA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACA-----G-A---G-ACA---------------------TATCATAT---------------------------------T-TA------GACCTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AC-----TGGGTT--TTTT---TT--------C---------ATAAAAGACACGC---A-A------------T-----------------GCA-GATAGAG-------AAAAATT----A-GACA-------T---A-TA-CTT-----------G-T--AGAT-----T-----TA------T-TACATT---AGTT-TTACA-TG-T-ATA--T-G------ATAA----G--------TAGA---------------TTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATATAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCCGACA--T----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGAAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAGAAATA-ACTCTATTG-TTGC---CAATGAAT-AA--------------------CTT--ACTAGTCG-CAC------CAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GGGGGACCGGTGCATTTGCAAATCTTAGCAAATTTTAAAAAAATGATATACGTGTCCTCATAACAGACATGCTCGTGAAAGAAAAAGGTAGTTGCGCCATGCATGGTATGTTGAACAAACAAAGCTAAACTGTTCACCATCAAA
Unaligned ( gi|29 ): TAGAAAAACCACAACAATCTTTCCACCAAGTGTAAGCATTTCTACATTGAAAAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333 222222222 1111111111111 1111111 444444444444444444 22222222222222222 1111 2222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1111111 2222222222222 11111111111 22222222222 11111 1111111 1111111 111111111111111 111111 333333333 1111 11 111111111111 11111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 5 2 2 3 2 4 2 2 4 2 4 3 444 2 2 33 33 2 7777 7777 777777777 33 2 33 2 2 4444444444444 66 33 1111111 66666 33 4 4 88888 666666666666666666 3 88 11111111111111111 2 555 2 2 888888 8888 2 2 33 2 2 66 2 2 33 5 2 0000 2 9999999999999 555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 9999999 66 6666 3 0000000 555 0 3 1111111111111 3 3 55555 88888 3 888 1 66666 3 0 3 2 3 44 3 3 3 44444444444 5 66666666666 0 6 77 0 33333 2 77 2 0000000 7777777 3 6666 3 3 555 666666666666666 3 3 3 7777 3 3 3 7777 3 0 3 666 3 3 7777 2 3 55 3 000000 2 7 7777 3 4 6 6 1 444444444 44 8888 55 88 3 3 3 3 3 3 1 999 4444 55 3 6666 3 6 44 0 3 3 55 55 88 888888888888 22 3 555 33333333 3 3 99999 3
lowQualScore : ................................... . . . . . . . . . . . . ... . . .. .. . .... .... ......... .. . .. . . ............. .. .. ....... ..... .. . . ..... .................. . .. ................. . ... . . ...... .... . . .. . . .. . . .. . . .... . ............. ... ................................................................... . ....... .. .... . ....... ... . . ............. . . ..... ..... . ... . ..... . . . . . .. . . . ........... . ........... . . .. . ..... . .. . ....... ....... . .... . . ... ............... . . . .... . . . .... . . . ... . . .... . . .. . ...... . . .... . . . . . ......... .. .... .. .. . . . . . . . ... .... .. . .... . . .. . . . .. .. .. ............ .. . ... ........ . . ..... .
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000 3 7 7 6 4 7 4 4 7 4 7 9 111 4 2 11 22 5 8888 8888 888888888 44 5 44 7 7 7777777777777 88 99 3333333 77777 77 0 0 55555 555555555555555555 6 44 99999999999999999 9 000 9 9 222222 9999 9 9 99 9 9 88 9 5 99 7 9 0000 9 1111111111111 444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2222222 55 5555 1 0000000 444 4 1 2222222222222 1 8 00000 33333 3 111 3 00000 3 4 6 8 3 66 3 3 3 00000000000 5 77777777777 5 2 33 8 22222 9 99 9 6666666 7777777 1 5555 1 1 000 666666666666666 3 3 3 1111 3 3 3 1111 3 2 6 444 6 3 1111 0 5 00 6 555555 5 3 7777 6 1 7 7 3 777777777 66 7777 00 66 6 6 6 6 6 6 4 333 1111 00 6 8888 6 5 44 3 6 6 00 00 55 111111111111 55 6 999 22222222 6 6 11111 6
consensus : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
Reference ( family-1178 ) : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
gi|1 : TTTGAAAA-TCT-CAATGTTAATAAAATGTTATG-TGTCC--ATGTC-AAA-CATCTT---TA-A-TCACACAG--TTGGTGTCACG---C----AT---A---AATATG--CCTT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--TTGGG-------TGTCCCAC-----C---CAAAG-ACAATCA-GCACGCG-ACA-------A---ATA----C--TGT-ATATAGT--GTCG---------TCTGGC-AC---AAAT-TA------AGACTTTTTT---AA-T-GC--C-A-GC--A-T-GAG--TA-CTA-TTG--GT-AA-----TGG-----TTTT---TT--------C---------A-----------C---CCA------------T-----------------GTA-GATAGAC-------AAA--CT----A-GACC-------ACATAGTA-ATC-----------A-TCTAAATAA-GGT-----TAAGAAAGTGTAAATT---A-TT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-A--G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACAT-TGTGAATGTAA-----ATGAG-TAA-----AT-CATGATA--G----AG-------AAATCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAGATAG-AGG-TAG----ATACTCAATTGATTGC---AAGGGAGTGAAGTC----ATCC--TATCTGTCCTTCGCTAGTAG-CAC------CAGTTGGTGA----A-TGCTCGCACTATA-TG-A--------------A--TAATG-CAAAGATAATATGC-AAGTTAAAAAAGTGC-AAAA-A-CAATATGGACACACTTTGCTTAGGGG----ATACAATTTGCTGAACATACCT-TGTT----T-TTTCTGTAAATCATTCTCTTGAAATCC-A--AT--GGGACAAAA---TTT-TGC-A-TTTTTGTC-AATTGAA--------AATAATTAGA-----TGTTCCCATCCAAATTATTCAC
gi|10 : ggacctgcaatactttctcaccggggtgcgcgcaccggtgcatAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAGTGTTGAAAAA--GC-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAA
gi|10 : -GAAAAA-G--CATGTGTC-C----C----ATGCAA---A-CAT-----CT--TA-A-G-------A------AA--AT--GTTTC-------TGTCCCAC------A--TATA-TATGTTTT-G-A---GTAAA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGAC-AC---AA-T-TA------AGACACTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TAGAG--CA-CTA-T----GA-AA-----TG------TCTT---TTTTTTTTCCC---------A-----------C---T-AACAGACATGCATT-----------------GCA-GATAGATTTAGACAAAAA-TT----A-AACA-------A---AGTA-ATT-------------------------T-----TGAGAA-------------------TATA-TGCT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-A--------TAAAATT--------G-GATTTCTAAAAGTA-TACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGC--ATAT-CCTGACA--G----AGAATCT--AA-TCG----C-TTTCATA-TGGAGTTA---AAtgtttctgtcccacatatatatgttttgagtaaaaataacatgttatatatgtctctgacacaattaagacactttaataacagcatagagcactatgaaatgtcttttttttttcccactaacagacatgcattgcagatagatttagacaaaaattaaacaaagtaattttgagaatatatgctaaatgcaaacataaacataaaattggatttctaaaagtatacatgtgtggatgtaattgagtagcatatcctgacagagaatctaatcgctttcatatggagttaaa
gi|11 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgaaaattcagtgttTAC-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATCCAAA-AGGAGTTA---CACACT-GGGGAC-----ATTG-AAGGATCCCCAGATG-AAC-ACC----AAG-TCG-AAG-TAG----A-ACTCAACTG-CTGC---AAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGACTT--ACTAGTCG-TACATGTACCAGTTG-TGA----A-TGATCG-----------------------------TAAT-ACA----TGATATG--AATTT--------GA-AATA-A-CGG-ATAAA-ACAC-TTGCT-A-GAG----ATACAATT---------------TGCTGAC-T-TTCC------------------------A--AC--GGGG-AAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-AGAA--------AA-AA-TAAAATAAGTG-TTCCATCCAAATTATCCAC
gi|12 : at-ATGTCATATA-T--GTA----------TCTGGC-AC---AA-T-TACATGTAAGACTTTCT----AA-T-AA--C-A-AC--A-TCCAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TGGGTTT-TTTT---TT--------C---------AGTT--------C---C-A------------TCAC--------------GCA-G-TGCAC-------A-----T----A-GACT-------A---AG-----------------A-T-TAGGCAAAG----------------------T---AATCCTTAAA-TAAA-AAA--T-AGAA-ACATAA-AA-G--------TAGA---------T-----TTTC----A-T--CGCATGTGTGGATGTAA-----ATTAG-TAAC--AAAT-CTTGACA--A----AG-------AA-TCG----C-AT-CACA-TGGAGTTA---AACACT-GAGAAC-----ATTG-ATAGGCCGCCAGAGG-AAC-ACC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACCA-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATC
gi|13 : gGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACTCTCGCATG-AAC-CAC----AAG-TGG-AGG-TAG----A-ACTCGACTA-TTAC---CAAGGAGT-AAG-C----ATTCCCT-------------T--TCG-CAC------CGGTTGCTAATGCTA-TGCTCATGCTGTA-TG-ATTTTCA-ATTTGAAA--TAATGATTAAGATA---TGC-AAGTTACAAAG--AC-AAAA-A-CGG-ATG-A-ACAC-TTGCT-A-GGG----ATACAGTTTGTTGA--ATATC---ATTCAT-T-TTCCTGTATATCATTCTCTTCAAAT-C-G--AC--GGG---AGAA-T----------TTTTTGTC-AA-TGAG--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTA
gi|14 : AAA-T-T-CAATGTAAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCCAATGCC-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAA-AGTTTTGTGTC-C----CA---AT---G---A-T-TG--C-TTTATG-A-GTAAAA--A------AA--AA--GTTGG-------TG-CCCA------CA--GAAAGCACAATCAGG-A---T-ACATGTATACA---TTA--A-C-ATGGTAAATA-T--ATG----------TTTGGCTAC---AA---TA------AGACTTTTT----AT-A-AA--CAA-GC--ATTCGAG--AACCTATT----GA-AA-----
gi|15 : ggaccatgcaatattttcctctccggggtggaccggtgcattatgAG-C----ATCCC-TGTCT-TCTT--ACTAGT----A--------ATTCG-TGA----AGTGCTCGCACTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGCAA--TAATGACAAAGATA---TGC-AA-TAACAAAG--GC-AAAATA-AGA-ATGGA-ACAC-T-GTTTT-AGG----ATACAATTTG-TGG--ATATCTATGT-CAC-T-TGCTTGT---TTA-------CAAGT-CTA--AT--GGGGAAAAAAATCTT-TGCCA-TTTT---C-AA-TGAATTTCGAAAAA-AA-TAGG-----TG-TCCCA-CCAAATTATCatg
gi|16 : tGTTG-GGA----A-TGCTCGTGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGAAA--TAATGACAAAG---ATATGC-AAGTTACAAAG--ACAAAAA-A-CGG-ATGGG-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ACATCT-TGTTCAC-T-TTCTTGTAAATCATTCTCTTCAAAG-C-A--ATGGGGGGCAA---------TG-------------AA--GAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TTCAATCCATATTATCCACac
gi|17 : TGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGTACAATCG-A-A---G-ACA----------------------------TA-T--G----------------GC-AC---AA-T-TA------AGACATGTT----AA-T-AGTTC-A-GC--A-TCGTG--TA-CTA-T----GA-AA-----TGGTGGGTTTTT---TT--------CAGA------A-----------CAGAC-ACACAAAT-----T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACAATTTTTTA---AGTA-ATC-----------C-T-TGAATAAAGGT-----GAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TT
gi|18 : TTTGAAAAAT-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGT-CC-ATA---AAA-CATCTT---TA-A-GAAAGA-A--GTAGTGTC-C----C----AT-------G-CAGG--C--T--TG-A-ATTG-A--A------AAC-AA--GCTAAC------TGTCTAAT-----CA--CAGA
gi|19 : ggaccaggcaattatttatcaccggagtggacgggggcacAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTT--AAAAA-GT-ATG-TGTTCT-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C-----T---G---A-TATA--T-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCACTGGGTCA--CAAAGCACAATCttattaaaaaagaaac
gi|2 : TTTGAAAAAT-T-CAATGTTTTAAAAG-GTTATA-TGTCCC-ATG-C-AAAACATCT----------------G-----GTGTC-C----CCAACAT---ACATG-TATA--C-TT--TG-A-GT---A--A------GA--A----TCGG-------TGTCC-AC-----CAGCCAAAGAACAATCA-G-A-----ACA-------A---ATATAA-CGATGATATATA-T--ATCATGTATATTCTCTG-C-AT---AA-TATA------GAACTTTTT----AA-TTAA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-A------TG------TTTT---GT--------T---------G-----------T---C-A------------TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATAACAGAC-------AGCA-TT----G---CA-------A---AGTAGATCTAGACAAAAAAA-T-TAGAAAAAGGTAATTGTAAGAA-GTGTGAATT---A-TT-TTAAA-T-AT-ACACCT-GCAATAC-TAATAA-GTGGCTTTCTGGGATTTTTAA-T-GCCATTTCTAAAA-A--TACAT-----GAAGT-------ATG------C--ATAT-CCTAACA--A----AG-------AA-TCGTAGCT-ATCCTCATTGGAGTTA---AACACTCGGGAAC-----ATTG-ATGG-CCTCCCGATGCAAC-CCCCAAAAGG-TTGAAGA-TAG----A-ACTCAGCT
gi|2 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccaA-TG-ATTTG-ATATTG--AAAATAATGTCAAGGATAG------AAGTTACAAAG--AC-AAAA-AACAG-ATGGA-ACAC-TT--------------------TTGCTGA--TAATCT-TATTCAA-TGTTCCTGTAAATCGTTGTCTTCAAGT-C-A--AT--GGGG-GAAAA-TCTTGTGC-GTTTTTTGTCAAA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TA-TCCC-TCTAAATTATCCtactagtccgcagaccaatgatttgatattgaaaataatgtcaaggatagaagttacaaagacaaaaaacagatggaacacttttgctgataatcttattcaatgttcctgtaaatcgttgtcttcaagtcaatgggggaaaatcttgtgcgttttttgtcaaatgaaaaaatagatatccctctaaattatccc
gi|20 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccatttgaaaaattcaatgttttaaaaggttatatgtcccatgcaaaacatctggtgtccccaacatacatgtatactttgagtaagaatcggtgtccaccagccaaagaacaatcagaacaaatataacgatgatatatatatcatgtatattctctgcataatatagaactttttaattaacagcatcgagtactatgaatgttttgttgtcattttttttttttttttttgcataacagacagcattgcaaagtagatctagacaaaaaaattagaaaaaggtaattgtaagaagtgtgaattattttaaatatacacctgcaatactaataagtggctttctgggatttttaatgccatttctaaaaatacatgaagtatgcatatcctaacaaagaatcgtagctatcctcattggagttaaacactcgggaacattgatggcctcccgatgcaacccccaaaaggttgaagatagaactcagcttactagtccgcagaccaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATA-A-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAA--G--GTAGTGTC-C----C----AT-------G-CATG--G-CT--TG-A-AT---ATTA------AAACAA--GCTAC-------TGTCCAAT-----CA--CAAAc
gi|22 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATGCTGTCCC-ATG-C-AAA-C-TCTT---TA-ATAAAAAC-G--TTTG
gi|23 : ccaatgcaatatttctcaccggggttgggaccggtgacaATATA-T--GTT----------TCTAGC-AC---AA-T-TA------AGACTATTT----AA-G-AA--C-A-GC--A-TGGAGTATA-CTA-T----GA-AA-----TG------GCTT---TC--------C---------A-----------TAA-C-AGACACGCAT---T-----------------GCA-GAAATACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------T-T-TAAATAgtgatacatgaccttctcagcataaaa
gi|24 : aATG-GAC-CCC----AAA-TCG-AGGCTAA----A-ACTCAA--------------GGAGT-AAG-C----ATCCCCTGCTTGACTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTTG-TAA----A-T------GCTATG-TG-ATTTG-A-ATTT--GA---AAT
gi|25 : -AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-G--------CAGACTTTT--A-TTA-CATT------A-T--TACA------------A-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--GATTTAG-------AA-CCG----C-ATC------------------CGCT-GGGAAC-----ATTG-ATGGA
gi|26 : AA-T-T-CAATGTTTAAATAA-GC-ATG-TGTCCC-AAG-G-AAAGCATCTT---TT-A--AAAAC-G--TATATGTC-C----A----A----A---A-TATG--C-TT--TA-A-G
gi|27 : TCATTCTCTCCAAAT-T-A--AT--GGG--AAAAA-TCAT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-T-AA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCC
gi|28 : A-GT-ATG-TGTCCT-ATG-C-AAA-CATGTTAACTAGA-GAAAAC-A--TTTGTG-C-C----C----AT-------A-TATG--T-TT--T
gi|3 : NNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-TAAAAC-G--TTGGTGTC-C----C----ATA--A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--ATTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-GC--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GT-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------------------C---C-A------------T-----------------GTA-GATAGAC-------AAAA-CT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AATT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC----AT-CATGATA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAATTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTATCTGTCTT--ACTAGTAG-CAC------CAGTTG-TGA----A-TGCTCGCACTATA-TG---------------AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTAAAAAG--GC-AAAA-A-CAG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATACCT-TGTT--T-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-A--AT--GGGACAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AT-TGAA--------AA-AT-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|30 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-G-CATTTCTCCAA-T--TACATGTTTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--
gi|4 : tagtatTTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-------A-CATG--C-TT--TG-A-GT---AT-T------AA--AA--GTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|4 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcatC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT----AT-A-AA--C-A-GC--A-TC-AG--TAACTA-T----GA-AAAGGTTTT------TTTT---TT--------C---------ATAACAGA----C---C-A------------TACATT------------GCA-GATAGAC-------AAAAATT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AAT-TAGATGAAGGC-----TAAGAA-GTGTTAAAT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--TGGCAA-A-ATGA-AATG--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAATTTT-ATGAGTTAACATATAT-TCTGACAAGG----AG-------AT-TTG----C-ATTCACA-TGGAGTTGTTTAAAACT-GGGAACAATCAATTGAATAGACCTCCAAATG-AACTCCC----AAG-TCG-CGT-TAG----A-ACTCAACTG-TTGTCCACAAAGAGT-AAC-C----ATTCCTTGTCTGACTT--GCAAGTCGCCGC------CAGTCG-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGTATATG-A-A--T--AG--TGA--ACAAAG---ATATGCTGAGTTACAGAGA-GC---AA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTCT---GGGAATCATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCACTT-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--G----AAGAA---------------------------------------AG-TAGA-----TA-TCTCATCCAAATTATCCACtcactttttataaacagcatcagtaactatgaaaaggttttttttttcataacagaccatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcaattagatgaaggctaagaagtgttaaatagttttatatcataaatggcaaaatgaaatgtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaattttatgagttaacatatattctgacaaggagatttgcattcacatggagttgtttaaaactgggaacaatcaattgaatagacctccaaatgaactcccaagtcgcgttagaactcaactgttgtccacaaagagtaaccattccttgtctgacttgcaagtcgccgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtgaacaaagatatgctgagttacagagagcaaacggacggaacactttctgggaatcatacaatttgctgaatatcttgttcacttttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaagtagatatctcatccaaattatccac
gi|5 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgagtattaaaagttggtgtccaccacaaaaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAGAT-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---AATATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AT--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATTA-G-A---G-ACAT------ATCTATA--A-C-ATGTTATATA-TATGTC----------CCTGAC-AC---AA-T-CA------AGACTTTTT----AAAT-AA--G-A-ACT-A-T------TA-C-G-C----GACAA-----TG------TTTT---TT--------C---------------------C---C--------------T-----------------ACA-GACACGC-------ATGC-T-------GATA-------A---CA-A-ATC------------------------GT-----TAAGAA-GT-----------------ACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGAATTTT--A-TAG-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC--AT---CATGACA-----------------------------TTCATA-TGGAGTTA---AAC------------------G-ATGAACCCTCAGATG-AGC-CCT----AAG-TCA-----TAG----A-ACTC----------------GGAGT-AAG-C----ATCTTCTGTCTGTCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTAG-TGA----A-TGCTTGTGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTGAAA--TAATGACAAAGATAATATAC-AAGTTACCAAG--GG-AAAA-A-CAG-ATGGA-AGAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTT--C-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-AATAT--GGGACAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTATC-AT-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|6 : AGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CATTGTTAAAAAAA-GT-ATT-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---GA-A-GAAAAC-G--CTTGTGTC-C----C----AT---A-----TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAAAGTTGG-------TGTTCCAC-----TA--CAAAGTAAAATCA-G-A---G-ACG-------TT--ATA----C-ATGT---ATA-T--GTT----------TCTGGC-AC---AA-T-GA------AGACTTTTG----AA-T-AA--C-ATGCTCA-TCGAG--TA-CTA-TATATGA-CA-----TG------TTTTATTTT--------CCCGTAACAGA-----------CATGC-A------------TT----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TTTAATA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAAATAAAAGT-----TAAGAA-GTGTAAAAT---AGTT-TTACA-TTAT-AAA--T-GCAA-ACAAAA-AA-G--------TGTAATTCT--A-T-AACATTTCTAAAA-T--GACATATGTGGCTGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--T----AG-------AC-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACA-------------------ATGGACCCTCAGATG-AGC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-AAG-CTTGCATCCCCTGTCTGTCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTTG-TGA----A-TGCTTGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTTTAAA--TAATGACAAAG---ATATTC-AAGTTACAAAA--GC-AAAA-A-CAG-GTTGA-AAAC-TTTCGTA-GCG----ATACAATTAAC-AA--ATAACC-TTTTCAA-T-GTCCTG
gi|7 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGTGCGTC-T----C----AT-------A-CATG--C-TT--TGAA-GT-------------AA--AA--GTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT
gi|7 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcatC-AC---AG-T-TC------A--CTTTTT----A--T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AAAGGTTTT------TTTT---TT--------C---------A-----------TAA-C-AGACATACAT---T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATGAAGGT-----CAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAAATTTTATGAG-TAACATATAT-TCTGACA--G----AG-------AT-TTG----C-ATTCACA-TGGAGTTT---AAAACT-GGGAACATCA-ATTG-ATAGACCTCCAAATG-AAC-CCC----AAG-TCG-CGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-ACG-C----ATTCCTTGTCTGACTT--GCAAGTCG-CGC------CAGTCG-TGA----A-CGCTCGTGCTACACTGTATATG---------AA--TAGTAACAAAGAT-ATCTG---AGTTACAGAG--AC--AAA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTC-TG-GGGATC-ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--GAAG---AAA-T-----------------------------------A-GA-TA----------TCTCATCCAAATTATCCAtcactttttataacagcatcgagtactatgaaaaggttttttttttcataacagacatacattgcagatagacaaaaattagacaaagtaatcattagatgaaggtcaagaagtgtaaattagttttatatcataaatgcaaacatgaaagtagatttgtattgcatttctaaaattacatgtgtggatgtaaattttatgagtaacatatattctgacagagatttgcattcacatggagtttaaaactgggaacatcaattgatagacctccaaatgaaccccaagtcgcggtagaactcaactgttgccaaagagtacgcattccttgtctgacttgcaagtcgcgccagtcgtgaacgctcgtgctacactgtatatgaatagtaacaaagatatctgagttacagagacaaaacggacggaacactttctggggatcatacaatttgctgaatatcttgttcactttcctgtaaatcacttttgtcaatgaagaaatagatatctcatccaaattatcca
gi|8 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcattttgaaaattcaatgtttgaaaaagtatgtgtcccatgcaaacatcttaagaaaacgtgtgcgtctcatacatgctttgaagtaaaagttggtgtccaccacaaaaTTTGAAAA-T-TTCAGTGTTGAAAAAA-GC-ATG-TGTCCC-ATG-CTAAA-CATC-T---TA-A-GAAAAT-G--TTC-TGTC-CCCAGC----AT---ATT-A-TATGTTT-TT--TG-ATGT---A--AATTTATAA--AG--GTTTATTATATTTGTCTC-----------TGA--CACAATTA-T-A---G-ACACTCTT--A---ATA--ACC-AAG-CATAGA---------------------GC-ACTAGAA-T-TA------TGTCTTTTTTTCCAC-T-AA--C-A-A-------------A-CTA-T----G----------------------------------C---------A-----------T------------------T-----------------GCA-GATAGAT------------TT----ATGACA-------A---A------------------A-T-TA-ATA----T-----CAA-AA-GT---AATTTTGAGTA-ATATATTGCTAAAA--T-TCAA-AACTAA-A-----------TAAAATTT-----T-G-GATTTCTAAAAGTAATACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGC--ATATGCCTGACA--G----AGAAGTTCTAA-TCG----CTTTTCATA-TGATGTTA---A
gi|9 : taagggaccattggcataatttctttaccggggcgggacctgggcaAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C----------T---TC-C-CATAAC-T--GTTGTGTT-C----C----TT---A-----TATG--C-TT--TG-A-GA---A--A------AA--GA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACA-----G-A---G-ACA---------------------TATCATAT---------------------------------T-TA------GACCTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AC-----TGGGTT--TTTT---TT--------C---------ATAAAAGACACGC---A-A------------T-----------------GCA-GATAGAG-------AAAAATT----A-GACA-------T---A-TA-CTT-----------G-T--AGAT-----T-----TA------T-TACATT---AGTT-TTACA-TG-T-ATA--T-G------ATAA----G--------TAGA---------------TTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATATAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCCGACA--T----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGAAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAGAAATA-ACTCTATTG-TTGC---CAATGAAT-AA--------------------CTT--ACTAGTCG-CAC------CAGT
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . T G . T C A C T A T AAC G T A GT . CCAG CAAC GCAAA TT . TA A T AAATTTAT AC AA TTATATT TGGGT GC G . GT TGTATACATTAA G TT TATCATGTATATTC T TAG . A CATGTA TTCC A T TT A T TC T A TA C T ATAT C TGGTGGGT ATT TTTTTTCCCACTAACAGACATGCATT T TTAGACA AA TAAT T ATTTTTT . G TAGACAAAAAAA . G AAAGG AATTG . GTA T TTGAG C T G A CC G T T AGTGGCTTTC A TTTAATGCC G AA ATTTT T AT G GATTT AAGTTCT . TAGC T T TTT ACTGGGAACAATCA A C T CAAA . A C AAAT . . CCA . . TTGC C A . C ATGTAC T C TGCT G T C T T CAATTTGA AA ATAG CT A A T A . . . G TT AATC . A CACT G T CA . T AT GG GA ATCTTTGCCA TG A AA TTTCGAAA . . ATAAG .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . A . . . . . . G T . . . A . . . A ACATG . . . . . AAAAA C . C . . . . T CTCTTAATAAC . TC TATGTC . . . . . . . . . . . T . C . A . . . TGGGTTT . TGTCATTTTTTTTTTTTTTTTTT . A AA . . . . . AA . A AAAGG . . GTG T AA . . A . . . . . ATG A TTATTAC G A TTTT . AT . AGG AATCT . . . . . ACTGGGAACATCA . . . . . . . . . . . . . . C T . . . T . . . C C T T AATTTGC . ATAA C . . . . . . . G TA ATC . . GAC . T CA . . . . GC TCTTGTGCGT TG . AT . . . . .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . T . . . . . . . T . . . A . . . . ATTA . . . . . TGAA . . . . . . . G TATCTATAA . GT TGTC . . . . . . . . . . . . . C . . . . . AGGTTTT . CAGAACAGACACACAAATT . A A . . . . . A . G AAAGG . . GTA T AG . . G . . . . . CA C TTATAGT . . . . . . G . . . . . . ACTCGGGAAC . . . . . . . . . . . . . . C A . . . C . . . T . . T AATTTGA . ATAA C . . . . . . . G TA . . . CAT . T CA . . . . AC TCTTTGCA TG . AT . . . . .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . T . . . . . . . T . . . C . . . . AAA . . . . . ATTA . . . . . . . G AATATAA . AT TGTA . . . . . . . . . . . . . C . . . . . AGGTTTT . CCCGTAACAGACATGCATT . A A . . . . . C . A GAAGG . . GTT A AA . . C . . . . . AG A GTATTGC . . . . . . G . . . . . . ACTGGGGAC . . . . . . . . . . . . . . C T . . . T . . . C . . T AATTTGA . TGA C . . . . . . . G TA . . . CAC . T CA . . . . AC TCATTGCA TG . AT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . T . . . C . . . . AAA . . . . . ATT . . . . . . . G AATAA . TT TATG . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TGGGTT . CATAACAGACCATACATT . . A . . . . . T . A AAAAG . . GTA A AG . . G . . . . . CG T TTATAGC . . . . . . A . . . . . . ACTGAGAAC . . . . . . . . . . . . . . T A . . . T . . . T . . T AATTTTA . ATA C . . . . . . . G TA . . . CAC . T CA . . . . G TCTTTGCA TG . AT . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . . . C . . . . GA . . . . . AA . . . . . . . G AATAA . TT TGTT . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TG . CATAACAGACACGCATT . . A . . . . . A . G GAAGG . . GTA T AG . . T . . . . . AG A CTATAAC . . . . . . A . . . . . . ACTGGGAAC . . . . . . . . . . . . . . C T . . . T . . . T . . A ATATTG . ATA C . . . . . . . T TG . . . CAA . T GA . . . . G TCTTTGCA TA . TT . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . T . . . C . . . . GA . . . . . AA . . . . . . . G TTATA . TC TGTC . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TG . CATAACAGACATACATT . . A . . . . . A . A AAAG . . TA T AG . . C . . . . . AG A GTATTGC . . . . . . G . . . . . . GCTGGGAAC . . . . . . . . . . . . . . C T . . . C . . . C . . T AATTT . ATA C . . . . . . . G A . . . CAA . . GA . . . . G TG . . TT . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . . . C . . . . AA . . . . . AA . . . . . . . G . . T TGTT . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TG . CATAAAAGACACGCAAT . . C . . . . . A . G G . . . T AG . . G . . . . . AG T TTGG . . . . . . T . . . . . . ACTGGGAAC . . . . . . . . . . . . . . T A . . . A . . . T . . T AAT . A . . . . . . . . T A . . . CAC . . G . . . . . T . . A . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . T . . . C . . . . G . . . . . AA . . . . . . . . . . C TG . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TG . CAGTTCCATCAC . . A . . . . . A . G A . . . . A . . G . . . . . AG A GG . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . A . . . . . . . . T . . . . T . . G . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . . . T . . . . G . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TG . CCCAT . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . . . C . . . . A . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TG . CCCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : C* **** A******** G**** AATAA************* TT TGTN************* **** **** TG*********** A* *** AAAGG AG*** AG********* ACTGGGAAC****** ** AATTTG*** ATA* ** TA* ** CAC* TCTTTGCG**** AT*
originalCons : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----AT---A---A-TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AA-----TG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTG-A-ATTT--AA--TAATGACAAAGATAATATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGC-A-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
finalCons : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTTGTGTC-C----C----ATA--------TATG--C-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-AG----ACAAATAA-------------C-ATGTTATATATGTN-------------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGACTTTTT----AA-T-AA--C-A-GC--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AATG-----------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------A-T-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATTAG---TT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AAG---------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACTGGGAAC------ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CAC------CAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATA-TG-ATTTGAATTTG---AA--TAATGACAAAGATA-TATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAATCTTTGCG----TTTTTGTC-AAT-GAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GGGGGACCGGTGCATTTGCAAATCTTAGCAAATTTTAAAAAAATGATATACGTGTCCTCATAACAGACATGCTCGTGAAAGAAAAAGGTAGTTGCGCCATGCATGGTATGTTGAACAAACAAAGCTAAACTGTTCACCATCAAA
Unaligned ( gi|29 ): TAGAAAAACCACAACAATCTTTCCACCAAGTGTAAGCATTTCTACATTGAAAAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333 222222222 1111111111111 1111111 44444444444444444444444444444444 22222222222222222 111111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222 1111111 222222222222 11111111111 22222222222 11111 1111111 1111111 111111111111111 11 1 1111 11 22222222222 11111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 5 2 2 3 2 4 2 2 4 2 4 3 444 2 2 33 33 2 2 2 111111111 33 66 33 33 55 55 2 2 4444444444444 66 33 1111111 66666 33 33333333333333333333333333333333 55 44 66666666666666666 2 555 2 2 888888 666666 8888 2 2 33 2 2 2 888888 33 2 2 0000 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222 33 6666 3 0000000 555 0 3 111111111111 3 3 55555 88888 3 888 1 66666 3 0 3 2 3 44 3 3 3 44444444444 5 66666666666 0 6 77 0 33333 2 77 2 0000000 7777777 3 6666 3 3 555 666666666666666 3 3 3 7777 3 3 3 7777 3 0 3 666 3 3 7777 2 3 55 3 3 7 7777 3 1 99 1 999999 6 11 3 3 0 3 99999 88 3 3 3 3 3 3 1 999 4444 55 3 6666 3 6 44 0 3 3 55 55 88 22222222222 2 3 555 33333333 3 3 99999 3
lowQualScore : ................................... . . . . . . . . . . . . ... . . .. .. . . . ......... .. .. .. .. .. .. . . ............. .. .. ....... ..... .. ................................ .. .. ................. . ... . . ...... ...... .... . . .. . . . ...... .. . . .... . .................................................................................. . ....... .. .... . ....... ... . . ............ . . ..... ..... . ... . ..... . . . . . .. . . . ........... . ........... . . .. . ..... . .. . ....... ....... . .... . . ... ............... . . . .... . . . .... . . . ... . . .... . . .. . . . .... . . .. . ...... . .. . . . . ..... .. . . . . . . . ... .... .. . .... . . .. . . . .. .. .. ........... . . ... ........ . . ..... .
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000 3 7 7 6 4 7 4 4 7 4 7 9 111 4 2 11 22 4 4 4 222222222 22 55 22 22 66 66 5 5 3333333333333 33 77 3333333 77777 77 33333333333333333333333333333333 55 33 11111111111111111 9 000 9 9 222222 444444 9999 9 9 99 9 9 9 111111 99 9 9 0000 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3333333 44 5555 1 0000000 444 4 1 222222222222 1 8 00000 33333 3 111 3 00000 3 4 6 8 3 66 3 3 3 00000000000 5 77777777777 5 2 33 8 22222 9 99 9 6666666 7777777 1 5555 1 1 000 666666666666666 3 3 3 1111 3 3 3 1111 3 2 6 444 6 3 1111 0 5 00 6 3 3 7777 6 8 00 0 888888 7 22 6 6 9 6 55555 66 6 6 6 6 6 6 4 333 1111 00 6 8888 6 5 44 3 6 6 00 00 55 00000000000 8 6 999 22222222 6 6 11111 6
consensus : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTT-GTGTC-C-C---------AT--A--TA--TG--C--TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGA------CTTTTT----AA-T-AA--C-A-G-C--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AATG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AT-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CACCAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATATGATTTG-AA-TTTG-AA--TAATG-ACAA-AGAT-A-TATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGCA-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
Reference ( family-1178 ) : AAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTNAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTT-GTGTC-C-C---------AT--A--TA--TG--C--TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTN----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGA------CTTTTT----AA-T-AA--C-A-G-C--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-AATG------TTTT---TT--------C---------A-----------C---C-A------------T-----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AT-TAGATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAATTTT--A-T-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGNCTT--ACTAGTCG-CACCAGTCG-TGA----A-TGCTCGCGCTATATGATTTG-AA-TTTG-AA--TAATG-ACAA-AGAT-A-TATGC-AAGTTACAAAG--GC-AAAA-A-CGG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTNAAAT-C-A--AT--GGGGCAAAAA-TCTT-TGCG-TTTTTGTC-AA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCCAC
gi|1 : TTTGAAAA-TCT-CAATGTTAATAAAATGTTATG-TGTCC--ATGTC-AAA-CATCTT---TA-A-TCACACAG--TTG-GTGTCACGC---------AT--AAATA--TG--CC-TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--TTGGG-------TGTCCCAC-----C---CAAAG-ACAATCA-GCACGCG-ACA-------A---ATA----C--TGT-ATATAGT--GTCG---------TCTGGC-AC---AAAT-TA------AGA------CTTTTTT---AA-T-GC--C-A-G-C--A-T-GAG--TA-CTA-TTG--GT-AATGG-----TTTT---TT--------C---------A-----------C---CCA------------T-----------------GTA-GATAGAC-------AAA--CT----A-GACC-------ACATAGTA-ATC-----------ATCTAAATAA-GGT-----TAAGAAAGTGTAAATT---A-TT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-A--G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACAT-TGTGAATGTAA-----ATGAG-TAA-----AT-CATGATA--G----AG-------AAATCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAGATAG-AGG-TAG----ATACTCAATTGATTGC---AAGGGAGTGAAGTC----ATCC--TATCTGTCCTTCGCTAGTAG-CACCAGTTGGTGA----A-TGCTCGCACTATA-------------TG-AA--TAATG--CAA-AGATAA-TATGC-AAGTTAAAAAAGTGC-AAAA-A-CAATATGGACACACTTTGCTTAGGGG----ATACAATTTGCTGAACATACCT-TGTT----T-TTTCTGTAAATCATTCTCTTGAAATCC-A--AT--GGGACAAAA---TTT-TGCA-TTTTTGTC-AATTGAA--------AATAATTAGA-----TGTTCCCATCCAAATTATTCAC
gi|10 : ggacctgcaatactttctcaccggggtgcgcgcaccggtgcatAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAGTGTTGAAAAA--GC-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAA
gi|10 : -GAAAAA-G--CAT-GTGTC-C-C---------AT--G--CA--AA--CATCT--TA-A-G-------A------AA--AT--GTTTC-------TGTCCCAC------A--TATA-TATGTTTT-G-A---GTAAA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGAC-AC---AA-T-TA------AGA------CACTTT----AA-T-AA--C-A-G-C--A-TAGAG--CA-CTA-T----GA-AATG------TCTT---TTTTTTTTCCC---------A-----------C---T-AACAGACATGCATT-----------------GCA-GATAGATTTAGACAAAAA-TT----A-AACA-------A---AGTA-ATT------------------------T-----TGAGAA-------------------TATA-TGCT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-A--------TAAAATT--------G-GATTTCTAAAAGTA-TACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGC--ATAT-CCTGACA--G----AGAATCT--AA-TCG----C-TTTCATA-TGGAGTTA---AAtgtttctgtcccacatatatatgttttgagtaaaaataacatgttatatatgtctctgacacaattaagacactttaataacagcatagagcactatgaaatgtcttttttttttcccactaacagacatgcattgcagatagatttagacaaaaattaaacaaagtaattttgagaatatatgctaaatgcaaacataaacataaaattggatttctaaaagtatacatgtgtggatgtaattgagtagcatatcctgacagagaatctaatcgctttcatatggagttaaa
gi|11 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgaaaattcagtgttTAC-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--G----AG-------AA-TCG----C-ATCCAAA-AGGAGTTA---CACACT-GGGGAC-----ATTG-AAGGATCCCCAGATG-AAC-ACC----AAG-TCG-AAG-TAG----A-ACTCAACTG-CTGC---AAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTGTCTGACTT--ACTAGTCG-TAC--------------A-TG---------TACCAGTTG------TG-AA--TGATC-GTAATACATGA-TATG--AATTT--------GA-AATA-A-CGG-ATAAA-ACAC-TTGCT-A-GAG----ATACAATT---------------TGCTGAC-T-TTCC------------------------A--AC--GGGG-AAAAA-TCTT-TGCA-TTTTTGTC-AA-AGAA--------AA-AA-TAAAATAAGTG-TTCCATCCAAATTATCCAC
gi|12 : at-ATGTCATATA-T--GTA----------TCTGGC-AC---AA-T-TACATGTAAGA------CTTTCT----AA-T-AA--C-A-A-C--A-TCCAG--TA-CTA-T----GA-AATGGGTTT-TTTT---TT--------C---------AGTT--------C---C-A------------TCAC--------------GCA-G-TGCAC-------A-----T----A-GACT-------A---AG-----------------AT-TAGGCAAAG----------------------T---AATCCTTAAA-TAAA-AAA--T-AGAA-ACATAA-AA-G--------TAGA---------T-----TTTC----A-T--CGCATGTGTGGATGTAA-----ATTAG-TAAC--AAAT-CTTGACA--A----AG-------AA-TCG----C-AT-CACA-TGGAGTTA---AACACT-GAGAAC-----ATTG-ATAGGCCGCCAGAGG-AAC-ACC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACCA-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATC
gi|13 : gGAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACTCTCGCATG-AAC-CAC----AAG-TGG-AGG-TAG----A-ACTCGACTA-TTAC---CAAGGAGT-AAG-C----ATTCCCT-------------T--TCG-CACCGGTTGCTAATGCTA-TGCTCATGCTGTATGATTTTCAA-TTTG-AAA-TAATG-ATTA-AGAT-A-T--GC-AAGTTACAAAG--AC-AAAA-A-CGG-ATG-A-ACAC-TTGCT-A-GGG----ATACAGTTTGTTGA--ATATC---ATTCAT-T-TTCCTGTATATCATTCTCTTCAAAT-C-G--AC--GGG---AGAA-T---------TTTTTGTC-AA-TGAG--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTA
gi|14 : AAA-T-T-CAATGTAAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCCAATGCC-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAA-AGTTTT-GTGTC-C-C---------A---A--TGATTG--C--TTTATG-A-GTAAAA--A------AA--AA--GTTGG-------TG-CCCA------CA--GAAAGCACAATCAGG-A---T-ACATGTATACA---TTA--A-C-ATGGTAAATA-T--ATG----------TTTGGCTAC---AA---TA------AGA------CTTTTT----AT-A-AA--CAA-G-C--ATTCGAG--AACCTATT----GA-AA
gi|15 : ggaccatgcaatattttcctctccggggtggaccggtgcattatgAG-C----ATCCC-TGTCT-TCTT--ACTAGT----A--ATTCG-TGA----AGTGCTCGCACTATATGATTTG-AA-TTTGCAA--TAATG-ACAA-AGAT-A-T--GC-AA-TAACAAAG--GC-AAAATA-AGA-ATGGA-ACAC-T-GTTTT-AGG----ATACAATTTG-TGG--ATATCTATGT-CAC-T-TGCTTGT---TTA-------CAAGT-CTA--AT--GGGGAAAAAAATCTT-TGCC-ATTTT--C-AA-TGAATTTCGAAAAA-AA-TAGG-----TG-TCCCA-CCAAATTATCatg
gi|16 : tGTTG-GGA----A-TGCTCGTGCTATATGATTTG-AA-TTTGAAA--TAATG-ACAA-AG---A-TATGC-AAGTTACAAAG--ACAAAAA-A-CGG-ATGGG-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ACATCT-TGTTCAC-T-TTCTTGTAAATCATTCTCTTCAAAG-C-A--ATGGGGGGCAA---------TG------------AA--GAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TTCAATCCATATTATCCACac
gi|17 : TGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGTACAATCG-A-A---G-ACA----------------------------TA-T--G----------------GC-AC---AA-T-TA------AGA------CATGTT----AA-T-AGTTC-A-G-C--A-TCGTG--TA-CTA-T----GA-AATGGTGGGTTTTT---TT--------CAGA------A-----------CAGAC-ACACAAAT-----T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACAATTTTTTA---AGTA-ATC-----------CT-TGAATAAAGGT-----GAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TT
gi|18 : TTTGAAAAAT-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGT-CC-ATA---AAA-CATCTT---TA-A-GAAAGA-A--GTA-GTGTC-C-C---------AT--G--CA--GG--C---T--TG-A-ATTG-A--A------AAC-AA--GCTAAC------TGTCTAAT-----CA--CAGA
gi|19 : ggaccaggcaattatttatcaccggagtggacgggggcacAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTT--AAAAA-GT-ATG-TGTTCT-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAAC-G--TTT-GTGTC-C-CTG-------AT--A--TA--T------TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--GTTGG-------TGTCCCACTGGGTCA--CAAAGCACAATCttattaaaaaagaaac
gi|2 : TTTGAAAAAT-T-CAATGTTTTAAAAG-GTTATA-TGTCCC-ATG-C-AAAACATCT----------------G------GTGTC-C-CCAACATAC-AT--G--TA--TA--C--TT--TG-A-GT---A--A------GA--A----TCGG-------TGTCC-AC-----CAGCCAAAGAACAATCA-G-A-----ACA-------A---ATATAA-CGATGATATATA-T--ATCATGTATATTCTCTG-C-AT---AA-TATA------GAA------CTTTTT----AA-TTAA--C-A-G-C--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-A-TG------TTTT---GT--------T---------G-----------T---C-A------------TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATAACAGAC-------AGCA-TT----G---CA-------A---AGTAGATCTAGACAAAAAAAT-TAGAAAAAGGTAATTGTAAGAA-GTGTGAATT---A-TT-TTAAA-T-AT-ACACCT-GCAATAC-TAATAA-GTGGCTTTCTGGGATTTTTAA-T-GCCATTTCTAAAA-A--TACAT-----GAAGT-------ATG------C--ATAT-CCTAACA--A----AG-------AA-TCGTAGCT-ATCCTCATTGGAGTTA---AACACTCGGGAAC-----ATTG-ATGG-CCTCCCGATGCAAC-CCCCAAAAGG-TTGAAGA-TAG----A-ACTCAGCT
gi|2 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccaATGATTTG-AT-ATTG-AAAATAATG-TCAA-GGAT-A----G--AAGTTACAAAG--AC-AAAA-AACAG-ATGGA-ACAC-TT--------------------TTGCTGA--TAATCT-TATTCAA-TGTTCCTGTAAATCGTTGTCTTCAAGT-C-A--AT--GGGG-GAAAA-TCTTGTGCGTTTTTTGTCAAA-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TA-TCCC-TCTAAATTATCCtactagtccgcagaccaatgatttgatattgaaaataatgtcaaggatagaagttacaaagacaaaaaacagatggaacacttttgctgataatcttattcaatgttcctgtaaatcgttgtcttcaagtcaatgggggaaaatcttgtgcgttttttgtcaaatgaaaaaatagatatccctctaaattatccc
gi|20 : ggaccatagcaatattcgcacgggtggaactggtgccatttgaaaaattcaatgttttaaaaggttatatgtcccatgcaaaacatctggtgtccccaacatacatgtatactttgagtaagaatcggtgtccaccagccaaagaacaatcagaacaaatataacgatgatatatatatcatgtatattctctgcataatatagaactttttaattaacagcatcgagtactatgaatgttttgttgtcattttttttttttttttttgcataacagacagcattgcaaagtagatctagacaaaaaaattagaaaaaggtaattgtaagaagtgtgaattattttaaatatacacctgcaatactaataagtggctttctgggatttttaatgccatttctaaaaatacatgaagtatgcatatcctaacaaagaatcgtagctatcctcattggagttaaacactcgggaacattgatggcctcccgatgcaacccccaaaaggttgaagatagaactcagcttactagtccgcagaccaAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATTTTTAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATA-A-AAA-CATCTT---TA-A-GAAAA--G--GTA-GTGTC-C-C---------AT--G--CA--TG--G--CT--TG-A-AT---ATTA------AAACAA--GCTAC-------TGTCCAAT-----CA--CAAAc
gi|22 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATGCTGTCCC-ATG-C-AAA-C-TCTT---TA-ATAAAAAC-G--TTTGGTG---------------AT--A--CA--TGACC--TTC-TC-A-GC---A--T------AA--AA--
gi|23 : ccaatgcaatatttctcaccggggttgggaccggtgacaATATA-T--GTT----------TCTAGC-AC---AA-T-TA------AGA------CTATTT----AA-G-AA--C-A-G-C--A-TGGAGTATA-CTA-T----GA-AATG------GCTT---TC--------C---------A-----------TAA-C-AGACACGCAT---T-----------------GCA-GAAATACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------TT-TAAATA
gi|24 : aATG-GAC-CCC----AAA-TCG-AGGCTAA----A-ACTCAA--------------GGAGT-AAG-C----ATCCCCTGCTTGACTT--ACTAGTCG-CACCAGTTG-TAA----A-T------GCTATGTGATTTG-AA-TTTG-AA--
gi|25 : -AAA--T-GCAA-ACATAA-AC-G--------CAGACTTTT--A-TTA-CATT------A-T--TACA------------A-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--GATTTAG-------AA-CCG----C-ATC------------------CGCT-GGGAAC-----ATTG-ATGGAat
gi|26 : AA-T-T-CAATGTTTAAATAA-GC-ATG-TGTCCC-AAG-G-AAAGCATCTT---TT-A--AAAAC-G--TAT-ATGTC-C-A---------AA--A--TA--TG--C--TT--TA-A-G
gi|27 : TCATTCTCTCCAAAT-T-A--AT--GGG--AAAAA-TCAT-TGCA-TTTTTGTC-AA-T-AA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATCC
gi|28 : A-GT-ATG-TGTCCT-ATG-C-AAA-CATGTTAACTAGA-GAAAAC-A--TTT-GTG-C-C-C---------AT--A--TA--TG--T--TT--T
gi|3 : NNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAATAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-TAAAAC-G--TTG-GTGTC-C-C---------ATAAA--TA--TG--C--TT--TG-A-GT---A--A------AA--AA--ATTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATCA-G-A---G-ACA-------A---ATA--A-C-ATGTTATATA-T--GTC----------TCTGGC-AC---AA-T-TA------AGA------CTTTTT----AA-T-GC--C-A-G-C--A-TCGAG--TA-CTA-T----GT-AATG------TTTT---TT--------C---------------------C---C-A------------T-----------------GTA-GATAGAC-------AAAA-CT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AT-TAAATAAAGGT-----TAAGAA-GTGTAAATT---AATT-TTACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATAA-AA-G--------TAGAACTTT--A-TAG-TATTTCTTAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC----AT-CATGATA--G----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGTTGTTA---AAC------------------G-ATGTACCCTCAGATG-AGC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAATTG-TTGC---CAAGGAGT-AAG-C----ATCCCCTATCTGTCTT--ACTAGTAG-CACCAGTTG-TGA----A-TGCTCGCACTATA-------------TG-AA--TAATG-ACAA-AGATAA-TATGC-AAGTTAAAAAG--GC-AAAA-A-CAG-ATGGA-ACAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATACCT-TGTT--T-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-A--AT--GGGACAAAAA-TCTT-TGCA-TTTTTGTC-AT-TGAA--------AA-AT-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|30 : aagggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-G-CATTTCTCCAA-T--TACATGTTTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--
gi|4 : tagtatTTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGT-GCGTC-T-C---------AT--A--CA--TG--C--TT--TG-A-GT---AT-T------AA--AA--GTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT--------------------------TC--A-C-TTTTTATAAA-CA-GCA----------TCAGTA-AC---TA-T-GA------AAAGGTTTTTTTTTT----CA-T-AA--C-A-G--------------A-CCA-T-----A-CAT-----------------------------------------------------------------T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATCA----------AT-TAGATGAAGGC-----TAAGAA-GTGTTAAAT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--TGGCAA-A-ATGA-AATG--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAATTTT-ATGAGTTAACATATAT-TCTGACAAGG----AG-------AT-TTG----C-ATTCACA-TGGAGTTGTTTAAAACT-GGGAACAATCAATTGAATAGACCTCCAAATG-AACTCCC----AAG-TCG-CGT-TAG----A-ACTCAACTG-TTGTCCACAAAGAGT-AAC-C----ATTCCTTGTCTGACTT--GCAAGTCGCCGCCAGTCG-TGA----A-CGCTCGTGCTACA----CTG-TA-TATG-AA--TAGTGAACAA-AG---A-TATGCTGAGTTACAGAGA-GC---AA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTCT---GGGAATCATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCACTT-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--G----AAGAA--------------------------------------AG-TAGA-----TA-TCTCATCCAAATTATCCAC
gi|5 : accatgccaatattgctcaccgggggaccggtgcatAAGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CAATGTTAAAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---TA-A-GAAGAT-G--TTT-GTGTC-C-C---------AT--AAATA--TG--C--TT--TG-A-GT---A--A------AA--AT--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACAATTA-G-A---G-ACAT------ATCTATA--A-C-ATGTTATATA-TATGTC----------CCTGAC-AC---AA-T-CA------AGA------CTTTTT----AAAT-AA--G-A-A-CT-A-T------TA-C-G-C----GACAATG------TTTT---TT--------C---------------------C---C--------------T-----------------ACA-GACACGC-------ATGC-T-------GATA-------A---CA-A-ATC-----------------------GT-----TAAGAA-GT-----------------ACA-TGAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGAATTTT--A-TAG-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGAATGTAA-----ATGAG-TAAC--AT---CATGACA-----------------------------TTCATA-TGGAGTTA---AAC------------------G-ATGAACCCTCAGATG-AGC-CCT----AAG-TCA-----TAG----A-ACTC----------------GGAGT-AAG-C----ATCTTCTGTCTGTCTT--ACTAGTCG-CACCAGTAG-TGA----A-TGCTTGTGCTATATGATTTG-AA-TTTG-AAA-TAATG-ACAA-AGAT-AATATAC-AAGTTACCAAG--GG-AAAA-A-CAG-ATGGA-AGAC-TTGCTTA-GGG----ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTT--C-T-TTCCTGTAAATCATTCTCTTGAAAT-C-AATAT--GGGACAAAAA-TCTT-TGCA-TTTTTATC-AT-TGAA--------AA-AA-TAGA-----TG-TCCCATCCAAATTATTCAC
gi|6 : AGGGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAA-T-T-CATTGTTAAAAAAA-GT-ATT-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATCTT---GA-A-GAAAAC-G--CTT-GTGTC-C-C---------AT--A--TA--TG--C--TT--TG-A-GT---A--A------AA--AAAAGTTGG-------TGTTCCAC-----TA--CAAAGTAAAATCA-G-A---G-ACG-------TT--ATA----C-ATGT---ATA-T--GTT----------TCTGGC-AC---AA-T-GA------AGA------CTTTTG----AA-T-AA--C-ATG-CTCA-TCGAG--TA-CTA-TATATGA-CATG------TTTTATTTT--------CCCGTAACAGA-----------CATGC-A------------TT----------------GCA-GATAGAC-------AAAA-TTTAATA-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AT-TAAATAAAAGT-----TAAGAA-GTGTAAAAT---AGTT-TTACA-TTAT-AAA--T-GCAA-ACAAAA-AA-G--------TGTAATTCT--A-T-AACATTTCTAAAA-T--GACATATGTGGCTGTAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCTGACA--T----AG-------AC-TCG----C-ATTCACA-TGGAGTTA---AACA-------------------ATGGACCCTCAGATG-AGC-CCC----AAG-TCG-AGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-AAG-CTTGCATCCCCTGTCTGTCTT--ACTAGTCG-CACCAGTTG-TGA----A-TGCTTGCGCTATATGATTTG-AATTTTA-AA--TAATG-ACAA-AGAT-A-T-T-C-AAGTTACAAAA--GC-AAAA-A-CAG-GTTGA-AAAC-TTTCGTA-GCG----ATACAATTAAC-AA--ATAACC-TTTTCAA-T-GTCCTG
gi|7 : TTTGAAAA-T-T-CAATGTTTGAAAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C-AAA-CATC-T---TA-A-GAAAAC-G--TGT-GCGTC-T-C---------AT--A--CA--TG--C--TT--TGAA-GT-------------AA--AA--GTTGG-------TGT-CCAC-----CA--CAAAACACAGT--------------------------TC--A-C-TTTTTATA-A-CA-GCA----------TCGAGT-AC---TA-T-GA------AAAGGTTTTTTTTTT----CA-T-AA--C-A-GAC--A--------TA-C-A-T---------------------------------------------------------------------------T-----------------GCA-GATAGACA------AAAA-TT----A-GACA-------A---AGTA-ATC-----------AT-TAGATGAAGGT-----CAAGAA-GTGTAAATT---AGTT-TTATA-TCAT-AAA--T-GCAA-ACATGA-AA-G--------TAGATTTGT--ATT-G-CATTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATGTAAATTTTATGAG-TAACATATAT-TCTGACA--G----AG-------AT-TTG----C-ATTCACA-TGGAGTTT---AAAACT-GGGAACATCA-ATTG-ATAGACCTCCAAATG-AAC-CCC----AAG-TCG-CGG-TAG----A-ACTCAACTG-TTGC---CAAAGAGT-ACG-C----ATTCCTTGTCTGACTT--GCAAGTCG-CGCCAGTCG-TGA----A-CGCTCGTGCTACA----CTG-TA-TATG-AA--TAGTA-ACAA-AGAT-A-TCTG---AGTTACAGAG--AC--AAA-A-CGG-ACGGA-ACAC-TTTC-TG-GGGATC-ATACAATTTGCTGA--ATATCT-TGTTCAC-T-TTCCTGTAAATCA--CTTTTG---T-C-A--AT--GAAG---AAA-T----------------------------------A-GA-TA----------TCTCATCCAAATTATCCA
gi|8 : ccaatattgctcaccgggggaccggtgcatTTTGAAAA-T-TTCAGTGTTGAAAAAA-GC-ATG-TGTCCC-ATG-CTAAA-CATC-T---TA-A-GAAAAT-G--TTC--TGTC-C-CCAGCATATTAT--A--TG--TT--T--TT--TG-ATGT---A--AATTTATAA--AG--GTTTATTATATTTGTCTC-----------TGA--CACAATTA-T-A---G-ACACTCTT--A---ATA--ACC-AAG-CATAGA---------------------GC-ACTAGAA-T-TA------TGT------CTTTTTTTCCAC-T-AA--C-A-A--------------A-CTA-T----G-----------------------------C---------A-----------T------------------T-----------------GCA-GATAGAT------------TT----ATGACA-------A---A------------------AT-TA-ATA----T-----CAA-AA-GT---AATTTTGAGTA-ATATATTGCTAAAA--T-TCAA-AACTAA-A-----------TAAAATTT-----T-G-GATTTCTAAAAGTAATACATGTGTGGATGTAA-----TTGAG-TAGC--ATATGCCTGACA--G----AGAAGTTCTAA-TCG----CTTTTCATA-TGATGTTA---A
gi|9 : taagggaccattggcataatttctttaccggggcgggacctgggcaAAA-GT-ATG-TGTCCC-ATG-C----------T---TC-C-CATAAC-T--GTT-GTGTT-C-C---------TT--A--TA--TG--C--TT--TG-A-GA---A--A------AA--GA--GTTGG-------TGTCCCAC-----CA--CAAAGCACA-----G-A---G-ACA---------------------TATCATAT---------------------------------T-TA------GAC------CTTTTT----AA-T-AA--C-A-G-C--A-TCGAG--TA-CTA-T----GA-ACTGGGTT--TTTT---TT--------C---------ATAAAAGACACGC---A-A------------T-----------------GCA-GATAGAG-------AAAAATT----A-GACA-------T---A-TA-CTT-----------GT--AGAT-----T-----TA------T-TACATT---AGTT-TTACA-TG-T-ATA--T-G------ATAA----G--------TAGA---------------TTTCTAAAA-T--TACATGTGTGGATATAA-----ATGAG-TAAC--ATAT-CCCGACA--T----AG-------AA-TCG----C-ATTCACA-TGAAGTTA---AACACT-GGGAAC-----ATTG-ATGGACCCCCAGATG-AAC-CTT----AAG-TCG-AGG-TAGAAATA-ACTCTATTG-TTGC---CAATGAAT-AA--------------------CTT--ACTAGTCG-CACCAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GGGGGACCGGTGCATTTGCAAATCTTAGCAAATTTTAAAAAAATGATATACGTGTCCTCATAACAGACATGCTCGTGAAAGAAAAAGGTAGTTGCGCCATGCATGGTATGTTGAACAAACAAAGCTAAACTGTTCACCATCAAA
Unaligned ( gi|29 ): TAGAAAAACCACAACAATCTTTCCACCAAGTGTAAGCATTTCTACATTGAAAAATTCA