lowQualScore : 1 111 3333 1 111111 11 11111 11 2222222 999999999999999999999999999999 1111111 333333333333 111111 11 999999999999999999 222222222 3333 1 11111 2222222222 222222 111 444444444444 33 222222222 11 333333333333333333333333333 2 111 2222222222222 11 1111 11 11 444444 11 1 11 3333333333 333 22222222 1 333 11 666666666666666666666666666666666 1 333 111 777777777 4 1 1 111 2 1 1 2
lowQualScore : 7 4 3 888 2222 4 8 5 5 444444 11 22222 5 88 6 1111111 6 99 99 111111111111111111111111111111 6666666 5 666666666666 444444 8 44 111111111111111111 77 888888888 99 4444 3 99 5 88888 5 5 6 5 3333333333 333333 888 7 8 8 8 8 444 8 6 333333333333 5 99 1 5 000000000 66 5 11 66 66 0 66 66 666666666666666666666666666 66 5 66 0 666 0 8 6666666666666 11 4444 77 8 0 22 88 999999 33 6 33 6666666666 666 11111111 0 3 444 11 2 666666666666666666666666666666666 7 000 777 7 888888888 1 0 7 3 6 3 666 3 6 3 3 7 6 0
lowQualScore : . . . ... .... . . . . ...... .. ..... . .. . ....... . .. .. .............................. ....... . ............ ...... . .. .................. .. ......... .. .... . .. . ..... . . . . .......... ...... ... . . . . . ... . . ............ . .. . . ......... .. . .. .. .. . .. .. ........................... .. . .. . ... . . ............. .. .... .. . . .. .. ...... .. . .. .......... ... ........ . . ... .. . ................................. . ... ... . ......... . . . . . . ... . . . . . . .
lowQualScore : 0 8 1 888 1111 5 1 0 0 444444 99 55555 0 88 7 7777777 7 22 22 222222222222222222222222222222 2222222 0 666666666666 444444 8 88 000000000000000000 99 000000000 22 2222 3 22 7 99999 7 7 7 7 0000000000 222222 333 8 0 0 0 0 000 0 0 444444444444 7 00 7 7 000000000 99 0 99 44 99 4 99 99 222222222222222222222222222 99 0 99 0 222 8 0 8888888888888 00 0000 55 0 8 55 88 888888 88 2 22 8888888888 555 22222222 0 2 000 22 0 777777777777777777777777777777777 0 000 777 3 777777777 0 0 3 3 0 3 777 7 7 3 3 3 0 0
consensus : ACAATATCTTTATTTTCCAT--AAGA--A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAACAAA-T-------ACA-T--G--ACA---TA---------A------AA------TAACAAC-------T-GATTTCAACAAAATGTATGC-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCTA--A-TGAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-T-TATT-TT-GTAAA-ATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CAC--GAGTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------T--G-TGT--CTTG-TGCA--GAAG--AG--AC-G-A--CCT-AGATG--TGTCTCTCATCT--GCA-AAA--GGCACAC-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CTC--TGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCATG--G--AATG--TTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGTG-CCCTG-G-GT-CGTGT-ATGTCAATCCTTGGTGCTT--GNAGCA--G---A-CCGGCTATA-ATTTT-AGTAAGTAGACACG-AC-T-GCTAAA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTCGATAC
Reference ( gi|2 ) : ACATTACTTTTATTTTCCAT--CAGA--AATGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAACAAA-T-------ACA-T--G--AC----CA---------A------AG------TAACAAC-------T-GATTTCAACAAAATG-ATG--AATA------TAGACATTTTTTGTTA-TA--TCTGTCAGTGAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-T-TATT-TT-GTAAA-ATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAGAAA-ATC-A-A-CAT--AAGTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TACTCAT-CCT---------T--G-TGT--CTTG-TGCA--GAAG--AG--AC-G-A--CCT-AGATG--TGTCTCTCACCT--GCA-AAA--GG-AC-C-AAGGGACG-ATCCTCAATG-CA--CTC--TGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT---A--AATG--TTTATAT-AATGAC----A-TA--ATGTGGCCTTG-G-GT-C-TGT-ATGTCA--CCTTGGTGCCT-CGAAGCA--G---A-CCGGCTGTA-ATTTTGGGTAAGAAGACA-G-AC-T-GCTAAAAGGCCTAACCAAGGACGGT-CTCTAT-GACATCA-GAC-C-ACAAGCCA-GT-ATATGTCC-ATAC
gi|6 : ACAATATCTTTATTTGT-AT--AAGA--A-TGGACCC-ACAT-GG-GAT------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATATCAAA-TAAAAGAAATA-TAAG--ACAGAGTA---------AC-----AA------TAACAAC-------T-AATTTCAAC-AAATG-TAG--AATA------AAG
gi|9 : gttACAATATCTTTATT--CCAT--AAGA--A-TGG-CCCCACTT-GG-GT--------T--TA-----CA-AGAACATTTATAATAtagtgctctgacacaattagtggtgcatccagtcgattctcttccacaaaaaaatgttgcttattaggataactaagcccggttaactataggcctatacaggatttaaatatcaa
gi|3 : catTATTTTTATTTTCCATACCTTG--AATGGGCCC-ACGT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAACAAA-T-------ACA-T--G--ACA---TA---------A------AGTAACAATAACAAC-------T-GATTTCAAC-AAATGTATGC-AATACAGGCCTAGACA-TTTTTGTTA-CA--TC------TGAGTTGCATATA-T-C---T-GTTTC--ACTAAAAA-TTT--GT-GTG--T-TATT-TTGGTAAATAT-------TCTGCGT-CAAATATAACAGA--A-TATAAA-GTC-A-A-CAT--GAGTT-TC----T------------GAATCCCAGG-TA--TAT-CCT---------T--G-TGTC-CTTG-TGCA--GAAG--AG--AA-T-A--CCT-AGATGTCTGTCT-TCA-CT--GCA-AAA--GGTACAC-AAGGGACGTATGCTCAATGACAACCTC--TGGAA--TCCTTTTAATAAT-GGTCAAGCAT---GACAATGGTTTTATA--AATGAC------TA--ATGTA--CCTG-A-GT-C-TGT-G-ATCA---CTAGGTGCTT-tcgcaatatcatatagggaaaaatattaaacagagtaaactataacaagctatgtaaaaaaaatgtacgaaataagat
gi|4 : TAGTTTTATATTCCAT--AAGA--T-TGGGCCC-ACAT-GG-GGC------AT--GATCCGACA-AGAGCA--TATAACAAA-T-------ACA-T--G--ACA---TA---------AAATAACAA------TAACAAC-------T-GATTTCAAC-AAATGTATGC-AATA------TAGACA-TTTTTGTTA-CA--TCTAATA-TGAGTTGC--ATA-T-T---TAGTTTC--ACA---AA-TTT--GT-GTG--T-TATT-TT-GTAAA-ATG-CTA----TA-GTCAAAATA----GATT-C-CAAAAA-CTC-A-A-CAT--GAGTT-TTAAGGTTTGCGTG-----GAATCCAGAG-GA-TCAT-CCT---------T--G-TGT--TTTG-TGCA--GAAG--AG--ACAG-A--CCT-AGATG--TG--TCTCACCT--GCA-AAA--GGCAC-C-AAG
gi|10 : TACTTTTATTTTCCAT--AAGA--A-TGG--CCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----TA-AGAGGT--TATAACAAA-T-------ATA-T--GCAAT----AA---------A------AGTAACAATAACAAC-------T-GATTTC-AC-AAATGTATGCCAATA------TA-AGATATTTTG--A-CA--TCCG-----GAGTTTC--AT
gi|15 : TATCTTTGTTT--CAT--AAGA--A-TGGGTCC-ACGT-TG-GGC------AT--GG-----CA-AGAACATTTATAACA
gi|7 : aaTTTTCCAT--AAGACAAATGGGTC--ATAT-GG-GGC------ATA-GA-----CAGATAGCA--TATAACAAAAT-------ATAAT--G--AA----CATTAAGTAACA------AA------TAACAAC-------TAGATTTCAACAAA-----TG--AATA------TAGACAT--------------------ACGGAGTTGC--ATA-T-CTGTT-GTTTC--ACA---AA-TTT--GT-GTGT-TATA-T-TT-GTAAA-ATG-CTATTTCTA-GT-CAAAT-----AGAT-A-t
gi|1 : tTTCCAT--AAGA--T-TGGGCCCCAAATTGGTGGCTAGTTGATCCGA-----CA-AGAGCAC-TATTACAA--T-------ACA-T--G--ACATT-TA---------A------AA------TAACAATAACAACTT-GATT-CAACAAAATGTATGCCAATA------TA-ACATTTTTGGTTAACAGTTCTAATA-TGAGTTGC--AGA-G-T---TAGTTTCCAAC----AAATTT--GTTGTGT-T-CATTGTT-GTAAA-ATG-CTA--T--A-GATCAAA-A----AGAT-A-CCAAAATATCCATA-CAT--GAGTTATTAAGGTT----TGCGGTGGAATCCAGAGGTA-TCATTCCTCCCCACTCCT--G-TGT--CTTG-TGCA--GAAG--AGGAACAG-AGCCCTCAGATG------TCTCACCTGCGCA-AAACTGC-AC-CGAAGGGACG-ATGCTCAACGACA--CCC--TGGGATCTCT-TTTAA-AATGGGTC-AGTATG--G--AATG--TTTTTATGAGTGAC----ATTATTATGT-GCCTTGCG-GT-CGTGT-ATGTCAATCCTT-GTGCTT---GAGCA--GCCCATCCGGCTAT--ATTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTT-GCTAA---GC---ACCAGGGACGGTGCTCTATGGACACCA-GACTC-AC-AGCCACGT-A-ATGTTCGATACaaca
gi|11 : gaA---------A------TG------TAACAGC-------T-GATTCCAAAAATATG--TG--AA-A------TA--CAGTTTTC---A-CA--TCGA--ACTCGGTTGC--ATATT-C---A-GTTTC--TTG---AA-TTTTAGT-GCGTGC-TATT-TT-ATAA
gi|17 : taag------AA------TAACAAC-------T-GATTTCAACAA-----ATGC-AATA------TAGACAtcatgaatcaaaa
gi|14 : taacTGA-TTGC--ATA-TTC---G-GTTCC--GC----AAATTT--GT-TTGC-T--ATA-TT-GTGAA-ATG-CTA--T
gi|12 : -GTGT-T--ATT-TC-GTAAA-ATGCCTA--TTTG---TCAAAT-----AGATGA-CAAAAA-ATC-A-AGCACCGATGTT-TTTAGGTT-----------GGATCCAGAG-atatataaaatagt
gi|5 : TG-CTA--TTTG-GTCAAAATA-----GAT-AACAAAAA-ATC-A-A-CAC--GAGTA-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TC-T-CCT---------T--G-TGT--TCTGTTGCC--GAAG--AG--AC----------AGA----------TCATCT--GCA-AAA--GGCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCC--TGG-G--TCC-TTCAA-AAT--GTC-AGCATG--A--AATG--TTT-TAT-AATGAC----A-TA--ATGTG--CCTG-G-GTCC-TGT-ATGTCA--TCCTTGTGCCT--GAAGCA--G---A--CAGC--TA-GGTTTTAGTAAGTAGACA-G-AC-T-GCT-AAAGGC--A--CAAGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-CAACAA-CCA-GT-ATATGT
gi|13 : ATCCAGAG-TGA-CAT-CCA---------T--G-CGC--CCTA-AGCT--GAAG--AG--ACTG-A--CCC-AAAT---TGTGTCTCAGCA--TCA-TAA--GGCAC-C-AAtata
gi|5 : GAG-CA-TCGT-CCC---------TTGG-TGC--CTTT-TGCA--GA------------------T--GATC--TGTCTCTT--CG--GCA-ACA--GA-ACAC-AAGGA--G-AT----------A--CTC--TGGAT--TCC-
gi|3 : tgctatttggtcaaaatagataacaaaaaatcaacacgagtattaaggttt-CCT---------T--G-TGTACCTTT-TGCAGTGAAGACAG--AC---A--TCT-AGGTA--T-TCTCT--TCT--GCA-CAA--GG-ACAC-AAGGaatgacaccctgggtccttcaaaatgtcagcatgaaatgttttataatgacataatgtgcctgggtcctgtatgtcatccttgtgcctgaagcagacagctaggttttagtaagtagacagactgctaaaggcacaaggacggtgctctatgacaccagaccaacaaccagtatatgttata
gi|4 : tatttttattttccataccttgaatgggcccacgtggggcatgacaagagcatataacaaatacatgacataaagtaacaataacaactgatttcaacaaatgtatgcaatacaggcctagacatttttgttacatctgagttgcatatatctgtttcactaaaaatttgtgtgttattttggtaaatattctgcgtcaaatataacagaatataaagtcaacatgagtttctgaatcccaggtatatCT---------T--GGTGC--CTTT-TGCA--GGTG--AG--AC-ACA--TCT-AGGTC--TGTCTCT--TCT--GCACAAA--AC-AC----AAGGATG-ATCCTC--TG-GA--TTCCACGCAA--ACC--TTAA-AAgacgtatgctcaatgacaacctctggaatccttttaataatggtcaagcatgacaatggttttataaatgactaatgtacctgagtctgtgatcactaggtgctt
gi|8 : tagttttatattccataagattgggcccacatggggcatgatccgacaagagcatataacaaatacatgacataaaataacaataacaactgatttcaacaaatgtatgcaatatagacatttttgttacatctaatatgagttgcatatttagtttcacaaatttgtgtgttattttgtaaaatgctatagtcaaaatagattccaaaaactcaacatgagC-TTTAA-A-T-GGTCA-GTATCGGA--AATG--TTTTTAT-GATGACGATTA-TT--ATGTG-CCTTG-CCGT-CGTGTGATGTCAATCCTTG-TGCTTGTGCAGCACCA---T-CCGGCTATATATTT--AGTAAGTAGACACGTAC-TTGCTAAA--GC---ACCAGGGACGGTGCTC-AT-GACACCACGAC-C-AC-AGCCA-GTCATATGTTC-
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATAAACAGTACGTCTGTTATAATGGATACGACTTCCGTTAGAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11 11111 11 1111111 888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1 111 111111 11 444444444444 222222222 2222 1 11 1111111111 111111 33333333333 222222222 22222 222222222 1 2 1 11 11 11 22222 2222222222 111 111 1 111 1 11 5555555 1 1 1 1 111 22 111 1 1 1 1 1 1 1 22
lowQualScore : 1 777 99999 5 4 4 222222 00 11111 4 66 4 9999 6666666 666 333333333333333333333333333333333333333333 66 4 3333333 4 7 3 222 222222 1 77 22 5 77 000000000000 66 000000000 77 9999 1 77 5 66 5 5 5 5 5 5555555555 777777 555 6 6 6 6 77 6 6 3 22222222222 5 6 6 666666666 6 6 99 66666 6 444444444 0 99 6 1 7 0 3 33 7 99 8 0 8 11 11111 5 8 8 4444444444 111 444 5 8 0 222 0 8 44 2222222 3 3 0 5 0 111 3 33 777 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 00
lowQualScore : . ... ..... . . . ...... .. ..... . .. . .... ....... ... .......................................... .. . ....... . . . ... ...... . .. .. . .. ............ .. ......... .. .... . .. . .. . . . . . .......... ...... ... . . . . .. . . . ........... . . . ......... . . .. ..... . ......... . .. . . . . . .. . .. . . . .. ..... . . . .......... ... ... . . . ... . . .. ....... . . . . . ... . .. ... . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 8 888 00000 0 4 4 888888 66 11111 4 77 4 4444 2222222 000 777777777777777777777777777777777777777777 11 0 0000000 0 9 2 888 888888 1 00 11 7 99 777777777777 99 000000000 99 3333 4 99 0 22 1 0 0 0 0 4444444444 333333 999 7 7 7 7 33 7 7 5 33333333333 7 7 7 777777777 7 7 22 77777 7 555555555 7 22 7 0 7 0 2 88 0 00 0 8 0 44 88888 6 0 0 0000000000 222 222 0 0 8 000 0 0 00 2222222 2 5 0 0 0 000 2 88 555 5 5 2 0 0 0 0 0 0 0 2 00
consensus : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGATG--TGT-TCTCACCTGC--AAAAG-GCAC-CAAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAATCC--TTTAA-AATGG-TCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AA-TGAC----AT-A--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CTTGAAGCAGC-C-ATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-AC-T-GCTAAAG-GC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
Reference ( family-1172 ) : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGATG--TGTCTCTCATCTGC--AAAAG-GCACACAAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CTCTGGAATCC--TTTAA-AATGG-TCAAGCAT--GG-AATGTTTTTAT-AA-TGAC----AT-A--ATGT-GCCCTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CTTGNAGCAG----A-CCGGCTATAATTTT-AGTAAGTAGACACG-AC-T-GCTAAA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
gi|1 : TTCCATAA---GA---T-TGGGCCCCAAATTGGTGGCTAGTTGATCCGA-----CA-AGAGCAC-TATTAC-A----A-T-------A-C-AT----------------G-ACA---TTTA------A-------A--ATAACAA-TAACAACTT-GATT-CAACAAAATGTATG-CCAATA------TA-ACATTTTTGGTTAACAGTTCT---A--A-TATGAGTTGC--AGA-G-T---TAGTTTCCAAC----AAATTT--GTTGTGT-TCAT-TGTT-GTAAAATG-CTA--T--A-GATCAAA-A----AGAT-A-CCAAAATATCCATA-CA-TGA-GTTATTAAGGTT----TGCGGTGGAATCCAGAGGTA-TCATTCCTCCCCACTCCTGTGT-CTTG-TGCAGAAGAGGAACAGAGCCCTCAGATG--T----CTCACCTGCGCAAAACTGCACCGAAGGGACG-ATGCTCAACGACA--CCCTGGGATCTCTTTTAA-AATGGGTCA-GTAT--GG-AATGTTTTTAT-GAGTGAC----ATTATTATGT-GCCTTGCG-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTG-TG-CTTG-AGCAGCCC-ATCCGGCTATA-TTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTT-GCT-AA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTATGGACACCA-GACTC-AC-AGCCACGT-A-ATGTTC-GATAC
gi|10 : gaTACTTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGG--CCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----TA-AGAGGT--TATAAC-A----AAT-------A-T-AT----------------G-CAA---T--A------AAAGTAACA--ATAACAA-C-------T-GATTTC-AC-AAATGTATGCC-AATA------TA-AGATATTTTG--A-CA--TCC---G-------GAGTTTC--AT
gi|11 : TAACAG-C-------T-GATTCCAA--AAATATGTG-A-AATA------CAG------TTT-TCA-CA--TCG---A--ACT--CGGTTGC--ATATT-C---A-GTTTC--TTG---AA-TTTTAGT-GCGTGCTAT-T-TT-ATAA
gi|12 : taagaatg-GTGT-T-AT-T-TC-GTAAAATGCCTA--TTTG---TCAAAT-----AGATGA-CAAAAA-ATC-A-AGCACCGATGTT-TTTAGGTT-----------GGATCCAGAG-tcatgaatcaaaa
gi|13 : ATCCAGAG-TG-ACAT-CCA---------TGCGC-CCTA-AGCTGAAGAG--ACTGA--CCC-AAAT---TGTGTCTCAGCATC--ATAAG-GCAC-CAA
gi|14 : -T--GA-TTGC--ATA-TTC---G-GTTCC--GC----AAATTT--GT-TTGC-T-AT-A-TT-GTGAAATG-CTA--T
gi|15 : AATATCTTTGTTT--CATAA---GA---A-TGGGTCC-ACGT-TG-GGC------AT--GG-----CA-AGAACATTTATAAC-A----atatataaaatagt
gi|17 : ---T--A------AC------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAA-----ATG-C-AATA------TAGACAt
gi|2 : ACATTACTTTTATTTTCCATCA---GA---AATGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-AC----C--A------A-------A--GTAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATG-ATG---AATA------TAGACATTTTTTGTTA-TA--TCTGTCA--G-T--GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAGAAA-ATC-A-A-CA-TAA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TACTCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGATG--TGTCTCTCACCTGC--AAAAG-G-AC-CAAGGGACG-ATCCTCAATG-CA--CTCTGGAATCC--TTTAA-AATGG-TCAAGCAT---A-AATGTTTATAT-AA-TGAC----AT-A--ATGTGGCCTTG-G-GTC-TGT-ATGTCA--CCTTGGTGCCTCGAAGCAG----A-CCGGCTGTAATTTTGGGTAAGAAGACA-G-AC-T-GCTAAAAGGCCTAACCAAGGACGGT-CTCTAT-GACATCA-GAC-C-ACAAGCCA-GT-ATATGTCC--ATAC
gi|3 : TATTTTTATTTTCCATACCTTGA---A-TGGGCCC-ACGT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAGTAAC-A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATACAGGCCTAGACA-TTTTTGTTA-CA--TC---------T--GAGTTGCATATA-T-C---T-GTTTC--ACTAAAAA-TTT--GT-GTG--TTAT-T-TTGGTAAA-----TAT-TCTGCGT-CAAATATAACAGA--A-TATAAA-GTC-A-A-CA-TGA-GTT-TC----T------------GAATCCCAGG-TA-T-AT-CCT---------TGTGTCCTTG-TGCAGAAGAG--AA-TA--CCT-AGATGTCTGTCT-TCA-CTGC--AAAAG-GTACACAAGGGACGTATGCTCAATGACAACCTCTGGAATCCT-TTTAATAATGG-TCAAGCAT--GACAATGGTTTTATAAA-TGAC-----T-A--ATGT-A-CCTG-A-GTC-TGT-G-ATCA---CTAGGTG-CTT
gi|4 : TTTATATTCCATAA---GA---T-TGGGCCC-ACAT-GG-GGC------AT--GATCCGACA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAATAAC-A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATA------TAGACA-TTTTTGTTA-CA--TCT---AATA-T--GAGTTGC--ATA-T-T---TAGTTTC--ACA---AA-TTT--GT-GTG--TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA----TA-GTCAAAATA----GATT-C-CAAAAA-CTC-A-A-CA-TGA-GTT-TTAAGGTTTGCGTG-----GAATCCAGAG-GA-TCAT-CCT---------TGTGT-TTTG-TGCAGAAGAG--ACAGA--CCT-AGATG--TG--TCTCACCTGC--AAAAG-GCAC-CAAG
gi|5 : tagtTG-CTA--TTTG-GTCAAAATA-----GAT-AACAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTA-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TC-T-CCT---------TGTGT-TCTGTTGCCGAAGAG--AC---------AGA----------TCATCTGC--AAAAG-GCAC-CAAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGG-GTCC--TTCAA-AAT-G-TC-AGCAT--GA-AATG-TTTTAT-AA-TGAC----AT-A--ATGT-G-CCTG-G-GTCCTGT-ATGTC-ATCCTT-GTG-CCTGAAGCAG----A--CAGCTA-GGTTTT-AGTAAGTAGACA-G-AC-T-GCTAAAG-GC---A-CAAGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-CAAC-AACCA-GT-ATATGTT
gi|6 : ACAATATCTTTATTTGT-ATAA---GA---A-TGGACCC-ACAT-GG-GAT------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATATC-A----AATAAAAGAAA-T-ATAA--------------G-ACAGAGT--A------AC------A--ATAACAA-C-------T-AATTTCAAC-AAATGTAata
gi|7 : gttTTTTCCATAA---GACAAA-TGGGTC--ATAT-GG-GGC------ATA-GA-----CAGATAGCA--TATAACAA----AAT-------A-TAAT----------------GAACAT--T--AAGTAACA-------A--ATAACAA-C-------TAGATTTCAAC-AAATG-------AATA------TAGACA--------TA-CG----------------GAGTTGC--ATA-T-CTGTT-GTTTC--ACA---AA-TTT--GT-GTG--TTATAT-TT-GTAAAATG-CTATTTCTA-GT-CAAAT-----AGAT-A-gaataaagtagtgctctgacacaattagtggtgcatccagtcgattctcttccacaaaaaaatgttgcttattaggataactaagcccggttaactataggcctatacaggatttaaatatcaa
gi|8 : tC--TTTAA-A-TGG-TCA-GTATCGGA-AATGTTTTTAT-GA-TGACGATTAT-T--ATGT-GCCTTG-CCGTCGTGTGATGTCAATCCTTG-TG-CTTGT-GCAGCACCATCCGGCTATATATTT-AGTAAGTAGACACGTAC-TTGCTAAA--GC---ACCAGGGACGGTGCTC-AT-GACACCACGAC-C-AC-AGCCA-GTCATATGTTCAGATAaaca
gi|9 : ACAATATCTTTATT--CCATAA---GA---A-T-GGCCCCACTT-GG-GT--------T--TA-----CA-AGAACATTTATAAT-ATCGCAAT-------ATC-ATATAGGGAAAAATATTAA-ACAGAGT--A------A-------ACTATAACAAGC-------T--ATGTAAAAAAAATGTACG-A-AATA-------AGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATAAACAGTACGTCTGTTATAATGGATACGACTTCCGTTAGAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11 11111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222 1 111 111111 11 3333333333 222222222 2222 1 1111 1111111111 111111 3333333 222222222 22222 3333333 1 11 1111 11 11111 1 222222 11 1 111 1 111 2 11 222222 1 1 1 1 2 1 11 111 1 1 1 1 1 1 1 22
lowQualScore : 1 777 99999 5 4 4 222222 00 11111 4 66 4 9999 6666666 666 000000000000000000000000000000000000000000 66 00000000000000 4 3 3 222 222222 1 00 777 5 77 9999999999 66 000000000 77 3333 7 77 5 4444 5 5 5 5 6666666666 777777 555 6 6 6 6 77 6 6 3 2222222 5 6 6 666666666 6 6 99 66666 6 6 0000000 5 99 6 1 6 6 0 3 33 5555 8 8 0 8 11 33333 5 6 555555 11 8 0 444 5 8 0 222 0 8 11 9 444444 3 0 0 5 0 0 0 22 777 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 00
lowQualScore : . ... ..... . . . ...... .. ..... . .. . .... ....... ... .......................................... .. .............. . . . ... ...... . .. ... . .. .......... .. ......... .. .... . .. . .... . . . . .......... ...... ... . . . . .. . . . ....... . . . ......... . . .. ..... . . ....... . .. . . . . . . .. .... . . . . .. ..... . . ...... .. . . ... . . . ... . . .. . ...... . . . . . . . .. ... . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 8 888 00000 0 4 4 888888 66 11111 4 77 4 4444 2222222 000 999999999999999999999999999999999999999999 11 11111111111111 0 0 2 888 888888 1 00 000 7 99 8888888888 99 000000000 99 6666 1 99 0 2222 0 0 0 0 3333333333 333333 999 7 7 7 7 33 7 7 5 3333333 7 7 7 777777777 7 7 22 77777 7 7 2222222 2 22 7 0 7 7 0 2 88 5555 0 0 8 0 44 00000 6 0 888888 00 0 6 222 0 0 8 000 0 0 00 2 000000 2 8 0 0 0 0 0 00 555 5 5 2 0 0 0 0 0 0 0 2 00
consensus : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA------C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---AA-T--GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AAATTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTTTG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TCTCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
Reference ( family-1172 ) : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA------C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---AA-T--GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTTTG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TGT-TCTCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-AC-TGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
gi|1 : TTCCATAA---GA---T-TGGGCCCCAAATTGGTGGCTAGTTGATCCGA-----CA-AGAGCAC-TATTAC-A----A-T-------A-C-AT----------------G-ACA---TTTA------A-------A--ATAACAA------TAACAACTT-GATT-CAACAAAATGTATG-CCAATA------TA-ACATTTTTGGTTAACAGTTCT---AA-TATGAGTTGC--AGA-G-T---TAGTTTCCAAC----AAATTT--GTTGTGT-TCAT-TGTT-GTAAAATG-CTA--T--A-GATCAAA-A----AGAT-A-CCAAAATATCCATA-CA-TGA-GTTATTAAGGTTTGCGGTGGAATCCAGAGGTA-TCATTCCTCCCCACTCCTGTGT-CTTG-TGCAGAAGAGGAACAGAGCCCTCAGA-TG--T----CTCACCTGCGCAAAACTGCAC-CGAAGGGACG-ATGCTCAACGACA--CCCTGGGATCTCT-TTTAA-AATGGGTC-AGTAT--GG-AATGTTTTTATGAGTGAC----ATTATTATGT-GCCTTGCG-GTCGTGT-ATGTCAATCCTT-GTG-CT--TG-AGCAGCCCATCCGGCTATA-TTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTATGGACACCA-GACTC-AC-AGCCACGT-A-ATGTTC-GATAC
gi|10 : gaTACTTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGG--CCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----TA-AGAGGT--TATAAC-A----AAT-------A-T-AT----------------G-CAA---T--A------AAAGTAACA--ATAACAA------C-------T-GATTTC-AC-AAATGTATGCC-AATA------TA-AGATATTTTG--A-CA--TCC---G-----GAGTTTC--AT
gi|11 : TAACAG------C-------T-GATTCCAA--AAATATGTG-A-AATA------CAG------TTT-TCA-CA--TCG---AACT--CGGTTGC--ATATT-C---A-GTTTC--TTG---AA-TTTTAGT-GCGTGCTAT-T-TT-ATAA
gi|12 : taagaatg-GTGT-T-AT-T-TC-GTAAAATGCCTA--TTTG---TCAAAT-----AGATGA-CAAAAA-ATC-A-AGCACCGATGTT-TTTAGGTT-------GGATCCAGAG-tcatgaatcaaaa
gi|13 : ATCCAGAG-TG-ACAT-CCA---------TGCGC-CCTA-AGCTGAAGAG--ACTGA--CCC-AAATTG--TG--TCTCAGCATC--ATAAG-GCAC-C-AA
gi|14 : -T--GA-TTGC--ATA-TTC---G-GTTCC--GC----AAATTT--GT-TTGC-T-AT-A-TT-GTGAAATG-CTA--T
gi|15 : AATATCTTTGTTT--CATAA---GA---A-TGGGTCC-ACGT-TG-GGC------AT--GG-----CA-AGAACATTTATAAC-A----atatataaaatagt
gi|17 : ---T--A------AC------A--ATAACAA------C-------T-GATTTCAACAA-----ATG-C-AATA------TAGACAt
gi|2 : ACATTACTTTTATTTTCCATCA---GA---AATGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-AC----C--A------A-------A--GTAACAA------C-------T-GATTTCAACAAAATG-ATG---AATA------TAGACATTTTTTGTTA-TA--TCTGTCAG-T--GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAGAAA-ATC-A-A-CA-TAA-GTT-TTAAGGTTTG-----GAATCCAGAG-TACTCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TGTCTCTCACCTGC--AAAAG-G-AC-C-AAGGGACG-ATCCTCAATG-CA--CTCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT---A-AATGTTTATAT-AATGAC----A-TA--ATGTGGCCTTG-G-GTC-TGT-ATGTCA--CCTTGGTGCCT--CGAAGCAG---A-CCGGCTGTAATTTTGGGTAAGAAGACA-G-AC-TGCTAAAAGGCCTAACCAAGGACGGT-CTCTAT-GACATCA-GAC-C-ACAAGCCA-GT-ATATGTCC--ATAC
gi|3 : TATTTTTATTTTCCATACCTTGA---A-TGGGCCC-ACGT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAGTAAC-A--ATAACAA------C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATACAGGCCTAGACA-TTTTTGTTA-CA--TC-------T--GAGTTGCATATA-T-C---T-GTTTC--ACTAAAAA-TTT--GT-GTG--TTAT-T-TTGGTAAA-----TAT-TCTGCGT-CAAATATAACAGA--A-TATAAA-GTC-A-A-CA-TGA-GTT-TC----T--------GAATCCCAGG-TA-T-AT-CCT---------TGTGTCCTTG-TGCAGAAGAG--AA-TA--CCT-AGA-TGTCTGT-CTTCA-CTGC--AAAAG-GTACAC-AAGGGACGTATGCTCAATGACAACCTCTGGAA--TCCTTTTAATAAT-GGTCAAGCAT--GACAATGGTTTTATAAATGAC------TA--ATGT-ACC-TG-A-GTC-TGT-G-ATCA---CTAGGTG-CT--T
gi|4 : TTTATATTCCATAA---GA---T-TGGGCCC-ACAT-GG-GGC------AT--GATCCGACA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAATAACAAC-------T-GATTTCAACAAA-TGTATG-C-AATA------TAGACATTTTT-GTTA-CA--TCT---AA-TATGAGTTGC--ATA-T-T---TAGTTTC--AC----AAATTT--GT-GTGT-T-AT-T-TT-GTAAAATG-CTA--T--A-GTCAAAATA----GATT-C-CAAAAA-CTC-A-A-CA-TGA-GTT-TTAAGGTTTGCGTG-GAATCCAGAG-GA-TCAT-CCT---------TGTGT-TTTG-TGCAGAAGAG--ACAGA--CCT-AGA-TG--TG--TCTCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAG
gi|5 : tagtTG-CTA--TTTG-GTCAAAATA-----GAT-AACAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTA-TTAAGGTTTG-----GAATCCAGAG-TA-TC-T-CCT---------TGTGT-TCTGTTGCCGAAGAG--AC---------AGA-----------TCATCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGG-G--TCC-TTCAA-AAT--GTC-AGCAT--GA-AATG-TTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCC-TG-G-GTCCTGT-ATGTC-ATCCTT-GTG-CC--TGAAGCAG-ACA----GCTA-GGTTTT-AGTAAGTAGACA-G-AC-TGCT-AAAGGC---A-CAAGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-CAAC-AACCA-GT-ATATGTT
gi|6 : ACAATATCTTTATTTGT-ATAA---GA---A-TGGACCC-ACAT-GG-GAT------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATATC-A----AATAAAAGAAA-T-ATAA--------------G-ACAGAGT--A------AC------A--ATAACAA------C-------T-AATTTCAAC-AAATGTAata
gi|7 : gttTTTTCCATAA---GACAAA-TGGGTC--ATAT-GG-GGC------ATA-GA-----CAGATAGCA--TATAACAA----AAT-------A-TAAT----------------GAACAT--T--AAGTAACA-------A--ATAACAA------C-------TAGATTTCAAC-AAATG-------AATA------TAGACA--------TA-CG--------------GAGTTGC--ATA-T-CTGTT-GTTTC--ACA---AA-TTT--GT-GTG--TTATAT-TT-GTAAAATG-CTATTTCTA-GT-CAAAT-----AGAT-A-gaataaagtagtgctctgacacaattagtggtgcatccagtcgattctcttccacaaaaaaatgttgcttattaggataactaagcccggttaactataggcctatacaggatttaaatatcaa
gi|8 : tC-TTTAA-A-T-GGTCA-GTATCGGA-AATGTTTTTAT-GATGACGATTA-TT--ATGT-GCCTTG-CCGTCGTGTGATGTCAATCCTT-GTG-CTTGTGCAGCA--CCATCCGGCTATATATTT-AGTAAGTAGACACGTACTTGCT-AAA-GC---ACCAGGGACGGTGCTC-AT-GACACCACGAC-C-AC-AGCCA-GTCATATGTTCAGATAaaca
gi|9 : ACAATATCTTTATT--CCATAA---GA---A-T-GGCCCCACTT-GG-GT--------T--TA-----CA-AGAACATTTATAAT-ATCGCAAT-------ATC-ATATAGGGAAAAATATTAA-ACAGAGT--A------A-------ACTATAACAAG-----C-------T--ATGTAAAAAAAATGTACG-A-AATA-------AGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATAAACAGTACGTCTGTTATAATGGATACGACTTCCGTTAGAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11 11111 11 1111111 888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1 111 111111 11 3333333333333333 22222222222222 22 1111111111 111111 33333333333 222222222 22222 111111 1 11 1111 11 11111 1 222222 11 1 111 1 111 2 11 222222 1 1 1 1 1 1 11 111 1 1 1 1 1 1 1 22
lowQualScore : 1 777 99999 5 4 4 222222 00 11111 4 66 4 9999 6666666 666 333333333333333333333333333333333333333333 66 4 3333333 4 7 3 555 111111 55 3 5 5555555555555555 1 66 66 88888888888888 66 888 77 5 00 5 5 5 5 5555555555 777777 555 6 6 6 6 77 6 6 3 22222222222 5 6 6 666666666 6 6 99 66666 6 6 555555 6 5 99 6 1 6 6 0 3 33 5555 8 8 0 8 11 33333 5 6 555555 11 8 0 444 5 8 0 222 0 8 11 9 444444 3 0 0 5 0 5 0 22 777 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 00
lowQualScore : . ... ..... . . . ...... .. ..... . .. . .... ....... ... .......................................... .. . ....... . . . ... ...... .. . . ................ . .. .. .............. .. ... .. . .. . . . . .......... ...... ... . . . . .. . . . ........... . . . ......... . . .. ..... . . ...... . . .. . . . . . . .. .... . . . . .. ..... . . ...... .. . . ... . . . ... . . .. . ...... . . . . . . . .. ... . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 8 888 00000 0 4 4 888888 66 11111 4 77 4 4444 2222222 000 777777777777777777777777777777777777777777 11 0 0000000 0 9 2 555 555555 66 4 0 6666666666666666 1 11 11 44444444444444 99 888 99 0 55 0 0 0 0 4444444444 333333 999 7 7 7 7 33 7 7 5 33333333333 7 7 7 777777777 7 7 22 77777 7 7 888888 7 2 22 7 0 7 7 0 2 88 5555 0 0 8 0 44 00000 6 0 888888 00 0 6 222 0 0 8 000 0 0 00 2 000000 2 8 0 0 0 5 0 00 555 5 5 2 0 0 0 0 0 0 0 2 00
consensus : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
Reference ( family-1172 ) : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
gi|1 : TTCCATAA---GA---T-TGGGCCCCAAATTGGTGGCTAGTTGATCCGA-----CA-AGAGCAC-TATTAC-A----A-T-------A-C-AT----------------G-ACA---TTTA------A-------A--ATAACAA-TAACAACTT-GATT-CAACAAAATGTATG-CCAATA------TA-ACATTTTTGGTTAACAGTTCT---A--A-TATGAGTTGC--AG--A------G-T---TAGTTTCCAAC---AAATTT--GTTGTGT-TCAT-TGTT-GTAAAATG-CTA--T--A-GATCAAA-A----AGAT-A-CCAAAATATCCATA-CA-TGA-GTTATTAAGGTT----TGCGGTGGAATCCAGAGGTA-TCATTCCTCCCCACTCCTGTGT-CTTG-TGCAGAAGAGGAACAGAGCCCTCAGA-TG--T----C-TCACCTGCGCAAAACTGCAC-CGAAGGGACG-ATGCTCAACGACA--CCCTGGGATCTCT-TTTAA-AATGGGTC-AGTAT--GG-AATGTTTTTATGAGTGAC----ATTATTATGT-GCCTTGCG-GTCGTGT-ATGTCAATCCTT-GTG-CT--TG-AGCAGCCCATCCGGCTATA-TTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTATGGACACCA-GACTC-AC-AGCCACGT-A-ATGTTC-GATAC
gi|10 : gaTACTTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGG--CCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----TA-AGAGGT--TATAAC-A----AAT-------A-T-AT----------------G-CAA---T--A------AAAGTAACA--ATAACAA-C-------T-GATTTC-AC-AAATGTATGCC-AATA------TA-AGATATTTTG--A-CA--TCC---G-------GAGTTTC--AT--
gi|11 : TAACAG-C-------T-GATTCCAA--AAATATGTG-A-AATA------CAG------TTT-TCA-CA--TCG---A--ACT--CGGTTGC--AT--AT-----T-C---A-GTTTC--TT---GAATTTTAGT-GCGTGCTAT-T-TT-ATAA
gi|12 : taagaatg-GTGT-T-AT-T-TC-GTAAAATGCCTA--TTTG---TCAAAT-----AGATGA-CAAAAA-ATC-A-AGCACCGATGTT-TTTAGGTT-----------GGATCCAGAG-tcatgaatcaaaa
gi|13 : ATCCAGAG-TG-ACAT-CCA---------TGCGC-CCTA-AGCTGAAGAG--ACTGA--CCC-AAATTG--TG--TC-TCAGCATC--ATAAG-GCAC-C-AA
gi|14 : -T--GA-TTGC--AT--A------TTC---G-GTTCC--GC---AAATTT--GT-TTG--CTAT-A-TT-GTGAAATG-CTA--T
gi|15 : AATATCTTTGTTT--CATAA---GA---A-TGGGTCC-ACGT-TG-GGC------AT--GG-----CA-AGAACATTTATAAC-A----atatataaaatagt
gi|17 : ---T--A------AC------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAA-----ATG-C-AATA------TAGACAt
gi|2 : ACATTACTTTTATTTTCCATCA---GA---AATGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-AC----C--A------A-------A--GTAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATG-ATG---AATA------TAGACATTTTTTGTTA-TA--TCTGTCA--G-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAGAAA-ATC-A-A-CA-TAA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TACTCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TGTCTC-TCACCTGC--AAAAG-G-AC-C-AAGGGACG-ATCCTCAATG-CA--CTCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT---A-AATGTTTATAT-AATGAC----A-TA--ATGTGGCCTTG-G-GTC-TGT-ATGTCA--CCTTGGTGCCT--CGAAGCAG---A-CCGGCTGTAATTTTGGGTAAGAAGACA-G-AC-TGCTAAAAGGCCTAACCAAGGACGGT-CTCTAT-GACATCA-GAC-C-ACAAGCCA-GT-ATATGTCC--ATAC
gi|3 : TATTTTTATTTTCCATACCTTGA---A-TGGGCCC-ACGT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAGTAAC-A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATACAGGCCTAGACA-TTTTTGTTA-CA--TC---------T--GAGTTGCATAT--A------T-C---T-GTTTC--ACTAAAAATTT--GT-GTG--TTAT-T-TTGGTAAA-----TAT-TCTGCGT-CAAATATAACAGA--A-TATAAA-GTC-A-A-CA-TGA-GTT-TC----T------------GAATCCCAGG-TA-T-AT-CCT---------TGTGTCCTTG-TGCAGAAGAG--AA-TA--CCT-AGA-TGTCTG--TCTTCA-CTGC--AAAAG-GTACAC-AAGGGACGTATGCTCAATGACAACCTCTGGAA--TCCTTTTAATAAT-GGTCAAGCAT--GACAATGGTTTTATAAATGAC------TA--ATGT-ACC-TG-A-GTC-TGT-G-ATCA---CTAGGTG-CT--T
gi|4 : TTTATATTCCATAA---GA---T-TGGGCCC-ACAT-GG-GGC------AT--GATCCGACA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAATAAC-A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATA------TAGACA-TTTTTGTTA-CA--TCT---AATA-T--GAGTTGC--AT--A------T-T---TAGTTTC--AC---AAATTT--GT-GTG--TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA----TA-GTCAAAATA----GATT-C-CAAAAA-CTC-A-A-CA-TGA-GTT-TTAAGGTTTGCGTG-----GAATCCAGAG-GA-TCAT-CCT---------TGTGT-TTTG-TGCAGAAGAG--ACAGA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAG
gi|5 : tagtTG-CTA--TTTG-GTCAAAATA-----GAT-AACAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTA-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TC-T-CCT---------TGTGT-TCTGTTGCCGAAGAG--AC---------AGA------------TCATCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGG-G--TCC-TTCAA-AAT--GTC-AGCAT--GA-AATG-TTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCC-TG-G-GTCCTGT-ATGTC-ATCCTT-GTG-CC--TGAAGCAG-ACA----GCTA-GGTTTT-AGTAAGTAGACA-G-AC-TGCT-AAAGGC---A-CAAGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-CAAC-AACCA-GT-ATATGTT
gi|6 : ACAATATCTTTATTTGT-ATAA---GA---A-TGGACCC-ACAT-GG-GAT------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATATC-A----AATAAAAGAAA-T-ATAA--------------G-ACAGAGT--A------AC------A--ATAACAA-C-------T-AATTTCAAC-AAATGTA-G---AATA------AAGTAGTGCTCTGACA-CA--ATT---A--G-T--GG--TGC--ATCCAGTCGATT-C---T-CTTCC--AC---AAAata
gi|7 : gttTTTTCCATAA---GACAAA-TGGGTC--ATAT-GG-GGC------ATA-GA-----CAGATAGCA--TATAACAA----AAT-------A-TAAT----------------GAACAT--T--AAGTAACA-------A--ATAACAA-C-------TAGATTTCAAC-AAATG-------AATA------TAGACA--------TA-CG----------------GAGTTGC--AT--A------T-CTGTT-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTG--TTATAT-TT-GTAAAATG-CTATTTCTA-GT-CAAAT-----AGAT-A-aaaatgttgcttattaggataactaagcccggttaactataggcctatacaggatttaaatatcaa
gi|8 : tC-TTTAA-A-T-GGTCA-GTATCGGA-AATGTTTTTAT-GATGACGATTA-TT--ATGT-GCCTTG-CCGTCGTGTGATGTCAATCCTT-GTG-CTTGTGCAGCA--CCATCCGGCTATATATTT-AGTAAGTAGACACGTACTTGCT-AAA-GC---ACCAGGGACGGTGCTC-AT-GACACCACGAC-C-AC-AGCCA-GTCATATGTTCAGATAaaca
gi|9 : ACAATATCTTTATT--CCATAA---GA---A-T-GGCCCCACTT-GG-GT--------T--TA-----CA-AGAACATTTATAAT-ATCGCAAT-------ATC-ATATAGGGAAAAATATTAA-ACAGAGT--A------A-------ACTATAACAAGC-------T--ATGTAAAAAAAATGTACG-A-AATA-------AGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATAAACAGTACGTCTGTTATAATGGATACGACTTCCGTTAGAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11 11111 11 1111111 888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1 111 111111 11 3333333333333333 22222222222222 22 1111111111 111111 33333333333 222222222 22222 111111 1 11 1111 11 11111 1 222222 11 1 111 1 111 2 11 222222 1 1 1 1 1 1 11 111 1 1 1 1 1 1 1 22
lowQualScore : 1 777 99999 5 4 4 222222 00 11111 4 66 4 9999 6666666 666 333333333333333333333333333333333333333333 66 4 3333333 4 7 3 555 111111 55 3 5 5555555555555555 1 66 66 88888888888888 66 888 77 5 00 5 5 5 5 5555555555 777777 555 6 6 6 6 77 6 6 3 22222222222 5 6 6 666666666 6 6 99 66666 6 6 555555 6 5 99 6 1 6 6 0 3 33 5555 8 8 0 8 11 33333 5 6 555555 11 8 0 444 5 8 0 222 0 8 11 9 444444 3 0 0 5 0 5 0 22 777 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 00
lowQualScore : . ... ..... . . . ...... .. ..... . .. . .... ....... ... .......................................... .. . ....... . . . ... ...... .. . . ................ . .. .. .............. .. ... .. . .. . . . . .......... ...... ... . . . . .. . . . ........... . . . ......... . . .. ..... . . ...... . . .. . . . . . . .. .... . . . . .. ..... . . ...... .. . . ... . . . ... . . .. . ...... . . . . . . . .. ... . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 8 888 00000 0 4 4 888888 66 11111 4 77 4 4444 2222222 000 777777777777777777777777777777777777777777 11 0 0000000 0 9 2 555 555555 66 4 0 6666666666666666 1 11 11 44444444444444 99 888 99 0 55 0 0 0 0 4444444444 333333 999 7 7 7 7 33 7 7 5 33333333333 7 7 7 777777777 7 7 22 77777 7 7 888888 7 2 22 7 0 7 7 0 2 88 5555 0 0 8 0 44 00000 6 0 888888 00 0 6 222 0 0 8 000 0 0 00 2 000000 2 8 0 0 0 5 0 00 555 5 5 2 0 0 0 0 0 0 0 2 00
consensus : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
Reference ( family-1172 ) : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
gi|1 : TTCCATAA---GA---T-TGGGCCCCAAATTGGTGGCTAGTTGATCCGA-----CA-AGAGCAC-TATTAC-A----A-T-------A-C-AT----------------G-ACA---TTTA------A-------A--ATAACAA-TAACAACTT-GATT-CAACAAAATGTATG-CCAATA------TA-ACATTTTTGGTTAACAGTTCT---A--A-TATGAGTTGC--AG--A------G-T---TAGTTTCCAAC---AAATTT--GTTGTGT-TCAT-TGTT-GTAAAATG-CTA--T--A-GATCAAA-A----AGAT-A-CCAAAATATCCATA-CA-TGA-GTTATTAAGGTT----TGCGGTGGAATCCAGAGGTA-TCATTCCTCCCCACTCCTGTGT-CTTG-TGCAGAAGAGGAACAGAGCCCTCAGA-TG--T----C-TCACCTGCGCAAAACTGCAC-CGAAGGGACG-ATGCTCAACGACA--CCCTGGGATCTCT-TTTAA-AATGGGTC-AGTAT--GG-AATGTTTTTATGAGTGAC----ATTATTATGT-GCCTTGCG-GTCGTGT-ATGTCAATCCTT-GTG-CT--TG-AGCAGCCCATCCGGCTATA-TTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTATGGACACCA-GACTC-AC-AGCCACGT-A-ATGTTC-GATAC
gi|10 : gaTACTTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGG--CCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----TA-AGAGGT--TATAAC-A----AAT-------A-T-AT----------------G-CAA---T--A------AAAGTAACA--ATAACAA-C-------T-GATTTC-AC-AAATGTATGCC-AATA------TA-AGATATTTTG--A-CA--TCC---G-------GAGTTTC--AT--
gi|11 : TAACAG-C-------T-GATTCCAA--AAATATGTG-A-AATA------CAG------TTT-TCA-CA--TCG---A--ACT--CGGTTGC--AT--AT-----T-C---A-GTTTC--TT---GAATTTTAGT-GCGTGCTAT-T-TT-ATAA
gi|12 : taagaatg-GTGT-T-AT-T-TC-GTAAAATGCCTA--TTTG---TCAAAT-----AGATGA-CAAAAA-ATC-A-AGCACCGATGTT-TTTAGGTT-----------GGATCCAGAG-tcatgaatcaaaa
gi|13 : ATCCAGAG-TG-ACAT-CCA---------TGCGC-CCTA-AGCTGAAGAG--ACTGA--CCC-AAATTG--TG--TC-TCAGCATC--ATAAG-GCAC-C-AA
gi|14 : -T--GA-TTGC--AT--A------TTC---G-GTTCC--GC---AAATTT--GT-TTG--CTAT-A-TT-GTGAAATG-CTA--T
gi|15 : AATATCTTTGTTT--CATAA---GA---A-TGGGTCC-ACGT-TG-GGC------AT--GG-----CA-AGAACATTTATAAC-A----atatataaaatagt
gi|17 : ---T--A------AC------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAA-----ATG-C-AATA------TAGACAt
gi|2 : ACATTACTTTTATTTTCCATCA---GA---AATGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-AC----C--A------A-------A--GTAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATG-ATG---AATA------TAGACATTTTTTGTTA-TA--TCTGTCA--G-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AA-TTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAGAAA-ATC-A-A-CA-TAA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TACTCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TGTCTC-TCACCTGC--AAAAG-G-AC-C-AAGGGACG-ATCCTCAATG-CA--CTCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT---A-AATGTTTATAT-AATGAC----A-TA--ATGTGGCCTTG-G-GTC-TGT-ATGTCA--CCTTGGTGCCT--CGAAGCAG---A-CCGGCTGTAATTTTGGGTAAGAAGACA-G-AC-TGCTAAAAGGCCTAACCAAGGACGGT-CTCTAT-GACATCA-GAC-C-ACAAGCCA-GT-ATATGTCC--ATAC
gi|3 : TATTTTTATTTTCCATACCTTGA---A-TGGGCCC-ACGT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAGTAAC-A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATACAGGCCTAGACA-TTTTTGTTA-CA--TC---------T--GAGTTGCATAT--A------T-C---T-GTTTC--ACTAAAAATTT--GT-GTG--TTAT-T-TTGGTAAA-----TAT-TCTGCGT-CAAATATAACAGA--A-TATAAA-GTC-A-A-CA-TGA-GTT-TC----T------------GAATCCCAGG-TA-T-AT-CCT---------TGTGTCCTTG-TGCAGAAGAG--AA-TA--CCT-AGA-TGTCTG--TCTTCA-CTGC--AAAAG-GTACAC-AAGGGACGTATGCTCAATGACAACCTCTGGAA--TCCTTTTAATAAT-GGTCAAGCAT--GACAATGGTTTTATAAATGAC------TA--ATGT-ACC-TG-A-GTC-TGT-G-ATCA---CTAGGTG-CT--T
gi|4 : TTTATATTCCATAA---GA---T-TGGGCCC-ACAT-GG-GGC------AT--GATCCGACA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------AAATAAC-A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAAC-AAATGTATG-C-AATA------TAGACA-TTTTTGTTA-CA--TCT---AATA-T--GAGTTGC--AT--A------T-T---TAGTTTC--AC---AAATTT--GT-GTG--TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA----TA-GTCAAAATA----GATT-C-CAAAAA-CTC-A-A-CA-TGA-GTT-TTAAGGTTTGCGTG-----GAATCCAGAG-GA-TCAT-CCT---------TGTGT-TTTG-TGCAGAAGAG--ACAGA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAG
gi|5 : tagtTG-CTA--TTTG-GTCAAAATA-----GAT-AACAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTA-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TC-T-CCT---------TGTGT-TCTGTTGCCGAAGAG--AC---------AGA------------TCATCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGG-G--TCC-TTCAA-AAT--GTC-AGCAT--GA-AATG-TTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCC-TG-G-GTCCTGT-ATGTC-ATCCTT-GTG-CC--TGAAGCAG-ACA----GCTA-GGTTTT-AGTAAGTAGACA-G-AC-TGCT-AAAGGC---A-CAAGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-CAAC-AACCA-GT-ATATGTT
gi|6 : ACAATATCTTTATTTGT-ATAA---GA---A-TGGACCC-ACAT-GG-GAT------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATATC-A----AATAAAAGAAA-T-ATAA--------------G-ACAGAGT--A------AC------A--ATAACAA-C-------T-AATTTCAAC-AAATGTA-G---AATA------AAGTAGTGCTCTGACA-CA--ATT---A--G-T--GG--TGC--ATCCAGTCGATT-C---T-CTTCC--AC---AAAata
gi|7 : gttTTTTCCATAA---GACAAA-TGGGTC--ATAT-GG-GGC------ATA-GA-----CAGATAGCA--TATAACAA----AAT-------A-TAAT----------------GAACAT--T--AAGTAACA-------A--ATAACAA-C-------TAGATTTCAAC-AAATG-------AATA------TAGACA--------TA-CG----------------GAGTTGC--AT--A------T-CTGTT-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTG--TTATAT-TT-GTAAAATG-CTATTTCTA-GT-CAAAT-----AGAT-A-aaaatgttgcttattaggataactaagcccggttaactataggcctatacaggatttaaatatcaa
gi|8 : tC-TTTAA-A-T-GGTCA-GTATCGGA-AATGTTTTTAT-GATGACGATTA-TT--ATGT-GCCTTG-CCGTCGTGTGATGTCAATCCTT-GTG-CTTGTGCAGCA--CCATCCGGCTATATATTT-AGTAAGTAGACACGTACTTGCT-AAA-GC---ACCAGGGACGGTGCTC-AT-GACACCACGAC-C-AC-AGCCA-GTCATATGTTCAGATAaaca
gi|9 : ACAATATCTTTATT--CCATAA---GA---A-T-GGCCCCACTT-GG-GT--------T--TA-----CA-AGAACATTTATAAT-ATCGCAAT-------ATC-ATATAGGGAAAAATATTAA-ACAGAGT--A------A-------ACTATAACAAGC-------T--ATGTAAAAAAAATGTACG-A-AATA-------AGA
blockSeqs : T CTT CAAA C . . . A TCCGA G TT A TCGC AAAAGAA TA ATAGGGAAAAATATTAAACAGAGTAA CT G . A A T CC CAGGCC TA T . TCTGTCAGT G AT CC GTCGATTCT . TAA TA . TG A . G C TTCTGCGT ATAACA GA . . . G CC T . T TGCGTG . C . . C T . TGA . T TGTC T G . . C A . T A AC AA T T . AA CGGA T A GATTA . G T CC C G AAT G C TG A GACA T A G C T T A AG CTA C G T . C . A A . C T AG
blockSeqs : T . AA C . . . . . . TT . . . TC GAACATTAAGTAACA . . . . A T A . TT T . TCTAATAT G . . TCTGTT . . . . T . . . . TTTCTAGT AA AA . . . . T . . A TG . . . . . . . AGA . . TCTG . C . . T . . . A . AA . . . AA GAC G . A . . T G G . AT G . . A CCAT T G . . . . . AG . C G T . . . . . . . T .
blockSeqs : T . A C . . . . . . . . . . T GCAATAAAAGTAAC . . . . A T C . TG T . TCGAACT G . . TTCA . . . . T . . . . TCTGGTC AG A . . . . T . . A TG . . . . . . . GA . . TG . C . . C . . . . . G . . . A GA T . A . . . A . . A . . . C GA . T . . . . . A . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : T . A . . . . . . . . . . . C GACATAAAGTAAC . . . . . T C . T T . ATTAGT G . . TTCG . . . . . . . . . TTTGGTC A A . . . . T . . A . . . . . . . . TA . . TG . T . . C . . . . . A A . . . . . . G . . A . . .
blockSeqs : G . A . . . . . . . . . . . C GACATAAAATAAC . . . . . T C . T A . TCCG G . . TTTA . . . . . . . . . TTTGT A C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . T . . . . . . . . . . . C AAGACAGAGTAAC . . . . . T A . . . . TCT G . . TCT . . . . . . . . . TAGTC A A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . T GACCAA . . . . . . . . . . . . . . . TCT . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ****** ** ** GANATAAAGTAAC***************************** ******* C** TCCGT*********** ** ** TTTGGTC*** AA**** TG********* ********* ** GA*** TG**** ** A* GA*** A***** ** G** A**
originalCons : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT----------------G-ACA---T--A------A-------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATG-C-AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CA--TCT---A--A-T--GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTGT-TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTA--TCTG-GTCCAAATA----AGAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT----TG-----GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
finalCons : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-ATGANATAAAGTAAC-----------------------------A--ATAACAA-C-------T-GATTTCAACAAAATGTATGC--AATA------TAGACATTTTTTGTTA-CATCCGT-----------GAGTTGC--AT--A------T-C---T-GTTTC--AC---AAATTT--GT-GTG--TTAT-T-TT-GTAAAATG-CTATTTGGTC---CAAATAA----GAT-A-CAAAAA-ATC-A-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTTTG---------GAATCCAGAG-TA-TCAT-CCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--ACGA---CCT-AGA-TGTG----TC-TCACCTGC--AAAAG-GCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCA-GCATGA---AATGTTTTTAT-AATGACA-----TA--ATGT-GCCTTGG--GTCGTGT-ATGTCA--CCTTGGTG-CT--TGAAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATAAACAGTACGTCTGTTATAATGGATACGACTTCCGTTAGAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 111111 11 11111 11 1111111 222222222222222222 1111 1 11 22222222222222222222222 555555555555 11111 1111 1111 22222 1 333333 222222222 22222 22222 1 11 1111 1 11111 1 222222 11 1 111 1 222 222 222222 1 1 1 1 1 1 11 111 1 1 1 1 1 1 1 22
lowQualScore : 1 777 99999 5 4 4 222222 00 11111 4 66 4 9999 6666666 666 000000000000000000 0000 4 4 4 4 4 7 3 55 33333333333333333333333 3 5 66 888888888888 66 5 5 66666 66 888 2222 5 5 5 5 5 5 5 6666 9999 44444 1 6 6 6 6 77 6 6 3 444444 5 6 6 666666666 6 6 99 66666 6 11111 99 6 5 99 6 1 6 6 0 3 33 5555 8 8 0 8 6 33333 5 6 555555 11 8 0 444 5 8 0 555 5 8 333 444444 3 0 0 5 0 5 0 22 777 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 00
lowQualScore : . ... ..... . . . ...... .. ..... . .. . .... ....... ... .................. .... . . . . . . . .. ....................... . . .. ............ .. . . ..... .. ... .... . . . . . . . .... .... ..... . . . . . .. . . . ...... . . . ......... . . .. ..... . ..... .. . . .. . . . . . . .. .... . . . . . ..... . . ...... .. . . ... . . . ... . . ... ...... . . . . . . . .. ... . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 8 888 00000 0 4 4 888888 66 11111 4 77 4 4444 2222222 000 888888888888888888 6666 4 4 0 0 0 9 2 55 99999999999999999999999 1 0 99 555555555555 11 0 0 00000 99 888 1111 7 0 0 0 0 0 0 8888 9999 11111 4 7 7 7 7 33 7 7 5 000000 7 7 7 777777777 7 7 22 77777 7 55555 22 7 2 22 7 0 7 7 0 2 88 5555 0 0 8 0 0 00000 6 0 888888 00 0 6 222 0 0 8 222 0 0 000 000000 2 8 0 0 0 5 0 00 555 5 5 2 0 0 0 0 0 0 0 2 00
consensus : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT-----G-ACA-----T--AA----AGT-AAC-AATAACAA-C-T-GATTTCAACAAAATGTATG-CAATA------TAG---------ACA-TTTTTGTT-ACA--TC-AA--CGT----GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC---AAATT----TG-TGTG-TT-AT-T-TT-GTAAAATG-CTATT--TG-GTCCAAATA----AGAT-ACAAAAA-AT-CA-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT-----TGGAATCCAGA-GTA-TCA-TCCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCT--GCAAAA-GGCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCAATCCTTGGTG-CTTG--AAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
Reference ( family-1172 ) : ACAATATCTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT-----G-ANA-----T--AA----AGT-AAC-AATAACAA-C-T-GATTTCAACAAAATGTATG-CAATA------TAG---------ACATTTTTTGTT-ACA--TC-----CGT----GAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC---AAATT----TG-TGTG-TT-AT-T-TT-GTAAAATG-CTATT--TG-GTCCAAATA----AGAT-ACAAAAA-AT-CA-A-CA-CGA-GTT-TTAAGGTT-----TGGAATCCAGA-GTA-TCA-TCCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCT--GCAAAA-GGCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTC-AGCAT--GA-AATGTTTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCCTTG-G-GTCGTGT-ATGTCA--CCTTGGTG-CTTG--AAGCAG-CCATCCGGCTATANTTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AAAGGC---ACCAGGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-C-AC-AGCCA-GT-ATATGTTC-GATAC
gi|1 : TTCCATAA---GA---T-TGGGCCCCAAATTGGTGGCTAGTTGATCCGA-----CA-AGAGCAC-TATTAC-A----A-T-------A-C-AT-----G-ACA-----TTTAA----AAT-AAC-AATAACAA-CTT-GA-TTCAACAAAATGTATGCCAATA------TA----------ACATTTTTGGTTAACAGTTCTAA--TAT----GAGTTGC--AGA-G-T---TAGTTTCCAAC---AAATT----TGTTGTG-TTCAT-TGTT-GTAAAATG-CTA----TA-GATCAAA-A----AGAT-ACCAAAATATCCATA-CA-TGA-GTTATTAAGGTTTGCGGTGGAATCCAGAGGTA-TCATTCCTCCCCACTCCTGTGT-CTTG-TGCAGAAGAGGAACAGAGCCCTCAGA-----TG--TC-TCACCTGCGCAAAACTGCAC-CGAAGGGACG-ATGCTCAACGACA--CCCTGGGATCTCT-TTTAA-AATGGGTC-AGTAT--GG-AATGTTTTTATGAGTGAC----ATTATTATGT-GCCTTGCG-GTCGTGT-ATGTCAATCCTT-GTG-CTTG---AGCAGCCCATCCGGCTATA-TTTT-AGTAAGTAGACACG-ACTTGCT-AA--GC---ACCAGGGACGGTGCTCTATGGACACCA-GACTC-AC-AGCCACGT-A-ATGTTC-GATAC
gi|10 : gaTACTTTTATTTTCCATAA---GA---A-TGG--CCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----TA-AGAGGT--TATAAC-A----AAT-------A-T-AT-----G-CAA-----TA-AA----AGT-AAC-AATAACAA-C-T-GATTTC-AC-AAATGTATGCCAATA------TA----------AGATATTTTG---ACA--TC-----CG-----GAGTTTC--AT
gi|11 : TAACAG-C-T-GATTCCAA--AAATATGTG-AAATA------CAG---------------TTT-TC-ACA--TCGAACTCG-------GTTGC--ATATT-C---A-GTTTC--TT---GAATTTTAGTG-CGTG-CT-AT-T-TT-ATAA
gi|12 : taagaatgGTG-TT-AT-T-TC-GTAAAATGCCTATT--TG---TCAAAT-----AGATGACAAAAA-AT-CA-AGCACCGATGTT-TTTAGGTT-------GGATCCAGA-Gtcatgaatcaaaa
gi|13 : ATCCAGA-GTG-ACA-TCCA---------TGCGC-CCTA-AGCTGAAGAG--ACTGA--CCC-AAATTG--TG--TC-TCAGCA--TCATAA-GGCAC-C-AA
gi|14 : T----GA-TTGC--ATA-TTC---G-GTTCC--GC---AAATT----TG-TTTG-CT-AT-A-TT-GTGAAATG-CTAT
gi|15 : AATATCTTTGTTT--CATAA---GA---A-TGGGTCC-ACGT-TG-GGC------AT--GG-----CA-AGAACATTTATAAC-A----atatataaaatagt
gi|17 : T-AAC-AATAACAA-C-T-GATTTCAACAA-----ATG-CAATA------TAG---------ACAt
gi|2 : ACATTACTTTTATTTTCCATCA---GA---AATGGGCCCCACAT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT-----G-AC------C--AA----AGT-AAC-AA-------C-T-GATTTCAACAAAATG-ATG--AATA------TAG---------ACATTTTTTGTT-ATA--TC-----TGTCAGTGAGTTGC--ATA-T-C---T-GTTTC--AC----AATT----TG-TGTGTTT-AT-T-TT-GTAAAATG-CTATC--TG-GTCCAAATA----AGAT-ACAGAAA-AT-CA-A-CA-TAA-GTT-TTAAGGTT-----TGGAATCCAGA-GTACTCA-TCCT---------TGTGT-CTTG-TGCAGAAGAG--AC-GA--CCT-AGA-TG--TGTCTC-TCACCT--GCAAAA-GG-AC-C-AAGGGACG-ATCCTCAATG-CA--CTCTGGAA--TCC-TTTAA-AAT-GGTCAAGCAT---A-AATGTTTATAT-AATGAC----A-TA--ATGTGGCCTTG-G-GTC-TGT-ATGTCA--CCTTGGTGCCTCG--AAGCAG---A-CCGGCTGTAATTTTGGGTAAGAAGACA-G-AC-TGCTAAAAGGCCTAACCAAGGACGGT-CTCTAT-GACATCA-GAC-C-ACAAGCCA-GT-ATATGTCC--ATAC
gi|3 : TATTTTTATTTTCCATACCTTGA---A-TGGGCCC-ACGT-GG-GGC------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT-----G-ACA-----T--AA----AGT-AAC-AATAACAA-C-T-GATTTCAAC-AAATGTATG-CAATACAGGCCTAG---------ACA-TTTTTGTT-ACA--TC-------T----GAGTTGCATATA-T-C---T-GTTTC--ACTAAAAATT----TG-TGTG-TT-AT-T-TTGGTAAA-----TATTC-TGCGT-CAAATATAACAGA--ATATAAA-GT-CA-A-CA-TGA-GTT-TC----T--------GAATCCCAG-GTA-T-A-TCCT---------TGTGTCCTTG-TGCAGAAGAG--AA-TA--CCT-AGA-TGTCTG--TCTTCA-CT--GCAAAA-GGTACAC-AAGGGACGTATGCTCAATGACAACCTCTGGAA--TCCTTTTAATAAT-GGTCAAGCAT--GACAATGGTTTTATAAATGAC------TA--ATGT-ACC-TG-A-GTC-TGT-G-ATCA---CTAGGTG-CTT
gi|4 : TTTATATTCCATAA---GA---T-TGGGCCC-ACAT-GG-GGC------AT--GATCCGACA-AGAGCA--TATAAC-A----AAT-------A-C-AT-----G-ACA-----T--AA----AAT-AAC-AATAACAA-C-T-GATTTCAAC-AAATGTATG-CAATA------TAG---------ACA-TTTTTGTT-ACA--TCTAA--TAT----GAGTTGC--ATA-T-T---TAGTTTC--AC---AAATT----TG-TGTG-TT-AT-T-TT-GTAAAATG-CTA----TA-GTCAAAATA----GATT-CCAAAAA-CT-CA-A-CA-TGA-GTT-TTAAGGTTTGCG-TGGAATCCAGA-GGA-TCA-TCCT---------TGTGT-TTTG-TGCAGAAGAG--ACAGA--CCT-AGA-TG--TG--TC-TCACCT--GCAAAA-GGCAC-C-AAG
gi|5 : tagtTG-CTATT--TG-GTCAAAAT-----AGATAACAAAAA-AT-CA-A-CA-CGA-GTA-TTAAGGTT-----TGGAATCCAGA-GTA-TC--TCCT---------TGTGT-TCTGTTGCCGAAGAG--AC---------AGA------------TCATCT--GCAAAA-GGCAC-C-AAGGGACG-ATGCTCAATGACA--CCCTGG-G--TCC-TTCAA-AAT--GTC-AGCAT--GA-AATG-TTTTAT-AATGAC----A-TA--ATGT-GCC-TG-G-GTCCTGT-ATGTCA--TCCTTGTG-CCTG--AAGCAG-ACA----GCTA-GGTTTT-AGTAAGTAGACA-G-AC-TGCT-AAAGGC---A-CAAGGACGGTGCTCTAT-GACACCA-GAC-CAAC-AACCA-GT-ATATGTT
gi|6 : ACAATATCTTTATTTGT-ATAA---GA---A-TGGACCC-ACAT-GG-GAT------AT--GA-----CA-AGAGCA--TATATC-A----AATAAAAGAAA-T-AT-----A-AGA-----C--AG----AGT-AAC-AATAACAA-C-T-AATTTCAAC-AAATGTA-G--AATAAAG---TAGTGCTCTGACACAATTAGTGGT-GCA--TC-----C-------AGTCG---AT--T-C---T-CTTCC--AC---AAAata
gi|7 : gttTTTTCCATAA---GACAAA-TGGGTC--ATAT-GG-GGC------ATA-GA-----CAGATAGCA--TATAACAA----AAT-------A-TAAT-----GAACA-----T--TA----AGT-AACAAATAACAA-C-TAGATTTCAAC-AAATG------AATA------TAG---------ACA--------T-ACG----------------GAGTTGC--ATA-T-CTGTT-GTTTC--AC---AAATT----TG-TGTG-TT-ATAT-TT-GTAAAATG-CTATTTCTA-GT-CAAAT-----AGAT-Aaaaatgttgcttattaggataactaagcccggttaactataggcctatacaggatttaaatatcaa
gi|8 : tC-TTTAA-A-T-GGTC-AGTATCGGA-AATGTTTTTAT-GATGACGATTA-TT--ATGT-GCCTTG-CCGTCGTGTGATGTCAATCCTTG-TG-CTTGTGCAGCA--CCATCCGGCTATATATTT-AGTAAGTAGACACGTACTTGCT-AAA-GC---ACCAGGGACGGTGCTC-AT-GACACCACGAC-C-AC-AGCCA-GTCATATGTTCAGATAaaca
gi|9 : ACAATATCTTTATT--CCATAA---GA---A-T-GGCCCCACTT-GG-GT--------T--TA-----CA-AGAACATTTATAAT-ATCGCAAT-------ATC-ATATAGGG-AAAAATATT--AAACAGAGTAAAC-TATAACAAGC-T--ATGTAAAAAAAATGTACG-AAATA-------AG---------A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATAAACAGTACGTCTGTTATAATGGATACGACTTCCGTTAGAAAT