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lowQualScore                  :         .  ..  .........   . ...... .... . ...........  ........ .. . . .. ... ..     .     .. . .  .... .. .. . . .   .. . . ... . ... .  . . . . .. . . ...     .. .  .. .   .......... . ...  .. ..... .. ..... .  .  ..  ....  .  ... .   .....   . .. ..  ...  .. . ....  ..  .. . .     .   .............   ..... . ..   .. .     .  .... ..    . .... ..  .. . .  .   .. ..  .  .....  .  .    . . .   .  .. ....  .  .  ........    ...... ..  .......  .....      .. . ..  . .  .. ......................  . ..............   .................... .  .. .. ...... . .. .. ... ..  ....   ....   . .... . ............... .  .........  ............................................................................................   .   . . . ... .. .. .. . .   ..  ...  ..   . ....... .... ......  .... .....  ... .  .. .    ....  .. . ... . ..  .... .. . ...  .  .. .  .. ...  . ..  ...... .  .  ......  ...  .  ..  .................... . . . ..  .  ... . .. .......... .. ....  .. . .... . . .  ....  .  .  .    .    
lowQualScore                  :         7  33  777777777   4 444444 7777 4 66666666666  11111111 11 2 2 88 777 99     2     99 1 3  7777 99 99 2 1 2   99 1 2 777 1 777 1  1 1 1 1 99 0 0 222     88 0  99 1   4444444444 1 888  99 44444 99 88888 1  1  00  5555  2  111 4   66666   4 11 99  999  33 2 7777  55  11 2 2     2   6666666666666   99999 2 77   11 2     4  8888 55    4 6666 66  77 4 4  4   88 22  7  99999  4  4    4 4 4   4  66 0000  4  4  88888888    888888 22  4444444  99999      22 4 66  4 2  11 7777777777777777777777  1 55555555555555   00000000000000000000 1  99 99 555555 2 00 00 888 99  4444   2222   3 5555 1 222222222222222 1  444444444  00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   1   1 1 2 888 11 33 11 2 4   00  000  33   4 6666666 4444 555555  9999 66666  999 2  11 1    7777  99 7 000 7 22  0000 44 7 444  7  44 7  44 555  8 55  666666 2  9  444444  999  2  11  88888888888888888888 2 2 2 11  4  111 2 33 4444444444 33 7777  33 2 7777 2 4 2  9999  2  2  4    4    
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Reference ( gi|12 )           :  TAGAGGT-GT--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T-G-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-C--G-C-CA--ATCCA--G-AA--A-ACC-----G----G-T---TT--T-----T--T-----C-GA-TA--CG----GG-TT---T-AAA-----AAT-T--TT-AA---TT--C-A----GT--AA--A-A-CATAT-TAC-------T-----TAT-----C-T-AGTC--A-ATTTT-GC---CT--TTTG-G--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-T---TG-AA-TCAG-C-A-TGT-TT--T----TG-TT-TT----G---TTCT------T--CT---A---TT-----GTTGTT--T-T--TT-C-TT--G-A---T--AA--A----A----TG-T-----T-TCT----ATA---T--A----A-A--G-T-T-AA--A--T--T---G-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-AAA-A-AA--CAG-A-------A----C------AC---AA-----TG---G-GA--A-AGCG----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TC------AC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-T-A--TC-AC---G-A--TA-AC---GGTT--T----TT--T-G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCT
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gi|11                         :  tAGAGGT-GT--AA---------TGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-G--T---A--TTGCG-ATATT--T-TTTT--C-T--T--T-G-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CA-G-T-A-C--G-C-CA--ATCCA--G-AA--A-ACC-----A----T-T---TT--T-----T--T-----T-AA-TA--CG----GG-TT---T-AAA-----AAT-T--TG-AA---TT--C-A----GT--AA--A-A-CATAT-TAC-------T-----TAT-----C-T-AGTC--A-ATTTT-GC---AT--TTTG-G--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-T---TG-AA-TCAG-C-A-TGT-TT--T----TG-TT-TT----GTTTTTCT------T--TT---G---TT-----GTTGTT--T-T--TT-C-TT--GAA---T--AA--A----ATGT-TG-T-----T-TCT----ATA---T--A----A-A--G-T-T-AA--A--T--G---G-T--T--T---T--AA----TTT----GCA-A--A-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---C--A--A--T-A-GCT-AAA-A-AAACCAG-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-GA--A-AGTG----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TC------AC---AA-AA--TA---T--T----G----A---T-A-T-A--TC-AC---G-A--T--AC----GCT--T----TT--T-A----T-A-T-AT----CA-AT-AC-TCAA-ACC
gi|6                          :   AGAGGT-GT--AA-----------A-T------A----T-AACCGGCATGATCC--------G--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATTGTT-T-TT--C-T--T--T-GAG-TTCCGG-A-T---A-A---C-CG-GGT-A-C--G-C-CTTTATCCA--G-AA--A-ACC-----G----T-C---TT--T-----T--TTGTT-C-GA-TA--CG----GG-TT---T-AAA-----AAT-T--TTTAA---TT--C-A----GT--AA--A-ATCATAT-TAC-------T-----TATG----C-T-CGTC--A--TTTT-GC----T--TTTG-G--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TATCTGT---TG-AA-TCAG-C-A-TTT-TT--T----TG-AT-GT----GGG-TTCT------T--CT---T---TT-----GTGGTT--T-T--TTTC-TT--G-A---TTAAA--A----A----TG-TATTGTT-TCTG---ATA---TGAA----A-A--G-A-A-TA--A--C--T---G-T--T--T---G--AA----TTT----ACA-A--A-T-G---------------GGTG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------TACATTTGTTTTTA-AAG-T-T-----A--A--A--T-A-ACT-AAA-A-AAA-CAG-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-GA--A-AGCG----AT--AGT---A-T--AT----C--G-GATTTA-CG--T-ATCGC---AC-A-ATA------C-AC-TC------TC---AA-AA--TA---TGGT----G----A---T-A-T-A--TCGAC---G-A--TA-AG---CGCT--T----TT--G-G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAAGCCCT
gi|15                         :    GAGGT-GT--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-A--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T-G-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-C--G-C-CA--ATCCA--G-AA--A-ACC-----G----A-T---TT--TTTTTTT--T-----C-GA-TA--CG----GG-TT---A-AAA-----AAT-T--TG-AA---TT--C-A----GT--AA--A-A-CATAT-TAC-------T-----TAT-----T-T-AGTC--A-ATTTT-GC---TT--TTTT-C--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-G---TG-AA-TCAG---A---------T----TG-TT-TT----G---TTCT------T--CT---T---TT-----GTTGTT--T-T--TT-C-TT--GAA---T--AA--A----A----TG-T-----TGTTT----ATA---T-------T-A--G-T-T-AA--A--T--G---G-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA---------T---A--G--A--T-A-ACT-CAA-T-AA--CAG-A-------A----C------AC---AA-----TG---G-GA--A-AGCA----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TA------AC---AA-AA--TA---T--------------------T-A--TC-AC---G-A--T--AC---GG-T--T----TT--T-G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCT
gi|2                          :    GAGGTTGTTAGA---------CGA-T------A----TTA-----------CC--------G----T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T---G-TTC--GCA-T---C-A---C-CACG-TAA-C--G-C-CT--ATCCA--GAAA--A-ACCATATTG----G-T---TT--G-----T--T-----CTGA-TA--CG----GG-TT---T-AAA-----AAT-C--TTGAA---TT--C-A----GTC-AA--G-A-C-TAT-TAC-------G-----TATATGTCC-T--CTC--A-A-TTT-GC---TTTATTTG-GA-A-T--TTTAA-T-CC-AAATTT--TA--T-T---TG-AA-TCAGCC-A-TG--TT--T----TG--T-TA----G---TTCT------T--TT-------TT-----GTTGTG--T-T--TT-T-TT--G-A---T--TA--A----A----TA-T-----TGTCTTCTCATA---T--A----A-A--GAA-T-AA--A--TG-T---G-TTAT--T---T--AA----TTTTTACACA-G--C-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------GAAACTGTGTT---T---------------T----------TTA-AAA-T-T-T---A--ATTA--T-A-CTT-AAATA-AA--CAG-A-------A----CT-----ACT--GA-----TG---G-GAAGA-AGCG----ATTAA-C---GTT--ATATA-C--G-A---TAGTG--T-AT--CT--ACAG-ATA------CTACATC------AC---AA-AA--TATTCT--C----AGATTA---T-A-T-G--TC-ACT--G-ATTTATAC-----TT--TAAGCTT--TGG----T-A-T-ATG---CG--T-AC-TCAA-CCTT
gi|8                          :     AGAT-GT--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CCAGTATACCG--G-T-G--T---A--TCACG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T-G-G-TTT--G-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-C--G-C-CA--ATCTG--G-AA--A-ACCAT---G----G-T---TT--T-----T--TT----C-GA-TA--TG----TG-TT---G-TAA-----AAT-T--TG-AA---TT--C-A----GC--AA--A-A-CATAT-TACAGTGTACT-----TAT-----C-T-AGTC--A-ATTTT--C---TT--TTTG-G--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-T---TG-AA-TCAG-C-A-TGT-TT--T----TG-TT-TT----G---TTCT------T--CTTTTG---TT-----GTTGTT--T-T--TT-C-TT--G-AA--T--AA--A----A----TG-TAG---T-T-T----ATA---T--A----A----G-T-T-AA--A--T--G---G-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--G-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------CTTGTACACT-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-CAG-T-AA--CAG-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-GA--A-AGCG----AT--A-T---G-T--AT----C--A-A---TA-CG--T-AT--C---AT-G-ATA------C-AC-TC------GC---AA-AA--TA---T--T----G----A---T-A-T-A--TC-AC---G-A--T--AC----GCT--T----TT--T-G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCT
gi|10                         :     AGGT-GT--AA---------TGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-GAAT---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--T-T--T--TTG-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CG---T-A-TTAG-C-C----TACA--G-AA--A-ACC-----G----G-T---TT--T-----T--C-----C-GAATA--CG----GG-TT---TTAAA-----AAT-T--TG-AA---TTTCC-A----GT--AA--ACA-CAT-T-TAC-------T-------------C-T-ACTCGTA-ATTT--GC--------TTG-G--AATA-TT--A-T-CC-AAA--T---A-CT-T---TA-AT-CCAG-C-A-TGT-TT--T-----G-TT-TT----G---TT-T------T--CT---------------TTGTT--TGT--TT-C-TT--G-A---TCTAA--A----A----TG-TGTG--T-TCTTC--ATA---T--A----A-A--G-A-T-AA--A--T--T---G-T--T--T------AA----TT-----ACA-A--G-T-G-----------------TG---------A-----------------A--------C--------T-------TTGTACAAGG-------------T---------------T----------TTA-AAGGTAT-T---ATCA--A--T-A-ACC-AAA-A-CA--CAG-A-------A----C------AC----A-----TG---G-GA--ACAGAG----AT--A-C---G-T--ATC---C--G-A---TA--G--T-AT--C---AC-G---A------C-AC-TC------AC---AATAA--TATC-T--C----A----C---T-A-TAA--TC-AC---GCA--T--AC---GCTT--T----TTGAT-G----T-A-T-AC----C--AT-AC-TCAA-CCCT
gi|9                          :      GGT-GT--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T-G-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CA-G-T-A-C--G-C-CT--ATCCA--G-AA--A-ACC-----AT---T-T---TT--T-----T--T-----C-GA-TA--CG----GG-TT---T-AAA-----AAT-T--GG-AA---TTG-C-A----GT--AA--A-A-CATAT-GA--------T-----TAT-----C-C--CTC--A-ATTTT-GC---TT--TTTG-G--T-T--TTTAA-T-CC-AAA--T--TA-TTATTGGTG-AA-T-AG-C-A-TGT-TT--T----TG-TT-TT----G---TTCT------T--CT---T---TT-----G-TGTT--T-T--TT-C-TT--G-AT--T--AC--A----A----TG-TTG---T-TTC----ATAG--T--A----AGA--G-A-T-AA--A--TG-T---GTT--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--AGT-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------GTACACACTTGT--T---------------T----------TTT-AAG-T-T-T---A--G--ATGT-A-ACTAAAA-A-AA--CAG-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-GA--AGAGCG----AT--A-C---G-TTAGT----C--G-A---TA-CG--T-AT--CAGTAC-G---G------C-AC-TC------ACGAAAA-AA--TT---C--C----G----A---TCA-T-A--TC-AC---G-A--T--AC----GTT--T----TT--T-G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-
gi|4                          :           T--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--T-G-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--T-C--T--T-T-G-TTC--G-A-T---ACA---C-CA-G-T-A-C--GAC-CT--ATCCA--G-AAAGA-ACC-----ATATTG-T---TT--G-----T--C-----C-GA-TA---G----GG-TT---T-AAA-----AAT-TCCTG-AA---TT--CAA----GTCAAG--A-A-CATATATAC-------G-----TATTGC--C-C---TC--A-A-TTT-GC---TT--TTTG-GGAA-T--TTAAA-T-CC-AAATTT--TA-CT-T---TGAAA-TCAG-C-A-TGT-TT--T----TG-TT-GTCTA-G---TTCT------T--TT-------TT-----GTTGTT--T-T--TT---TT--G-AT--T--AA--A----AT---TG-T-----C-TTT----ATA---T--AC---A-A--GAA-T-AA--ATGT--T---G-T--TA-TATAT--AATT--TTT----ACACA--G-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------GTAGACAACGTAGTT---------------T----------TTT-AAG-T-TAT---A--A--G--T-ATACT-AAA-A-AA--CAG-A-------A----C------ACT--GA-----TG---G-GA--AGAGCG----AT--A-C---G-TTAATATGAC--G-A---TA-CG--T-AT--CTA-GC-G-ATA------C-ACATC------AC---AA-AA--TA---T--TCTCAG----A---T-A-T-ATGTC-AC---G-GATTATAC---GTTTACT----TT--G-G----T-ATT-AT-----G-AT-ACTTCAA-TCc
gi|15                         :          ggttgt---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-A--T---A--TCGtc
gi|20                         :       gaggtgtaa---------CGG-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TTTCT-T--T--T-G-G-TTC--G-A-A---A-A---C-CG-G-T-A-C--A-CACC--ATCCA--GAAA--A-ACC-----G----G-T---TT--T-----TTCT-----C-GA-TATGCG----GGTTT---T-AAA-----AAT-T--TTGAA---TT--C-A----GTA-AA--A-A-CATAT-TAT-------TC----TAT-----CTT-AGTC--A-ATTTcgatattttttctttggttcgataaccggtacgccaatccagaaaaccgatttttttttttcgatacgggttaaaaaatttgaattcagtaaaacatattacttatttagtcaattttgcttttttcatttatccaaattactgtgaatcagattgttttgttcttcttttgttgttttttcttgaataaaatgttgtttatattagttaaatggttttaatttacaaatggtgacacttgttttatagataactcaataacagaacacaatgggaaagcaatacgtatcgatacgtatcacgatacactaacaaaatattatcacgatacggtttttgtatatcgatactcaaccct
gi|14                         :                           A-T------G----T-A-----------CC--------A--T-T-A--TCCCA--TCGCA-ATAAT--T-T-TT-------T--T-G-A-TTT--G-AAT---A-A---T-TG-G-T-A-T--A-G-CA--ATTTG--G-AA--A-ACC-----A----T-T---TT--T-----T--T-----C-GA-TA--TG----GT-TT---T-AAAATTAGAAT-T--TT--A---TC--C-----------A--A-A-TA----TAC-------T-----T---------C-AGTC--A-A-CAT-G-----T--TTTT-G--T-T--TT--G-T-TC-------------------TG-AA-C----------T-TTA-T----TA-TT-TT----G-----------------T---AAG-TT-----GTTGTT--T-C--TT-C-AT--G-A---A--TA--A----A----TG-T-----T-TTT----GTA---C--A----A-G--T-T-T-AATCA--T--TATGG-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-T-G---------------G-TG---------ACACATGAATACTAGTATA--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACTCAAA-A-AG--TAA-ATAATATTA----CTGACTAAT---AAATAACTG---G-AA--A-AGTG----AT--A-T---G-T--AT----T--G-A-----------------------G-ATA------C-AC-TA------GC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-A-A--TT-GC---G-A--T--GC----GCT--T----TT--T-G----T-G-T-AT----CG-AT-AC-TGAA-CCCT
gi|24                         :                           A-T------A----T-A-----------CC--------A--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--TGT--T--T-G-G-TTC--A-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-T--G-C-CA--ATCCA--G-a
gi|3                          :                              ------A----T-A-----------CC--------G--G-T-AGAT---AGATCGCG-ATATT--TCT-TT--C-T--T--TCA-G-TTC--G-A-T---A-AACCT-CG-G-T-A-C--G-C-CA--ATCCA--T-AA--A-ACC----------G-T---TT--T-----T--TGTGTGC-GA-T---CA----CG-TTA--T-AAA-----AAA-T--TT-GAATCTC--C-A----GT--AAACA-A-TATAT-AAC-------T-----TAT-----C-TGAGTA--AGATTTT--C---TTGGTTTGTT--A-T--TT--G-TCCC-AAA--TTGTA-CT-TG--TA-AAGTCAG-C-ATTGT-TTCCT----CGATG-TT----GA--TTCT------T--CT---T---TTCCTTAATTGAT--T-T--TT-C-TT--GAA---T--AA--AAC--A----TG-TTA---T-TTT----ATA---T--A----C-AT-G-TATAAA--A--T--TA--G-TG-T--T---T--AAAGTTTCT----ACA-AATA-T-G---------------A-TG---------AC----------------A--------C--------TA------T--------G-------------TA--------------T----------TTA-AAG-T-C-TTAAA--A--A--T-A-ACT-CAA-T-AA---AGTA-------ATTCTC------ACCAAAA-----TGCGTG-AA--ATAGCGAAGAAT--A-CCTGA-T--ATA---C--G-A---TA-CGAATAAT--C---AC-GAATA------C-ACTTT------AC---AA-GA--T----T--C----G----ACTCT-A---A--TC-AC---G-A--TACAC---TTTT--G----TT--T-T----T-A-TAAT----CG-ATAAC-TCAA-CCCT
gi|17                         :                                                                        g--T---A--TCGAG-ATATT--T-T-TT--T-C--T--T-G-GATTC--G-A-T---A-A---C-CG-A-T-A-C--A-G-CA--ATCCA--G-AA--A-ACT-----G----G-G---AT--T-----T-----------A-T----------G-TT---T-AAA---------------------T--C-T----GT--A-----------T-TAC-------T-----TAT-----C-T-AGTC--A-GTTTT-GC---TT--TTTG-G--A-T--TT--A-T-CA-ATA--T--TA-CT-T---TG-AG-CAAA-A-A-TGT-TT--T----TG-TT-TT----G---TTCTAAATCTT--CT---TGTTTT-----GTTGTG--T-T--TT-C-TT--G-A--------------------------------------ATA------A----A-A--G-T-T-TA--A--T--T---G-T--T--T---T--AA----TTT----ATA-A----T-G---------------G-TG---------AC----------------ATTTGTACTC--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-CTA-T-AA--TGA-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-AA--A-AGCG----AT--A-C---A-T--AT----CGTG-A---T---------T--C---AC-T--TG------T-TC-TCGTGTAAGC---AA-AA--TA---T--C----G--------------A--TC-AT---G-A--T--AC-----TC--T----TTA-T-G----T-G-T-AT----CG-AT-AC-TCAG-CCC
gi|16                         :                                                                                          ATT--T-T-TT--T-T--T--A-G-G-TTC--G-ACT---A-A---C----G-T-A-C--G-G-CA--ATC-A--G-AA--A-ACC-----G----GGT---TT--T-----T--T-----T-TA-TAT-CG----GG-TT---T-AAA-----AAA-A--TG-AA---TT--C-ATATGGT--AA--A-A-CAT-T-TAC-------T-----TATA----C-T-AGTC--A-ATTTTTGCTTTCT--TTAT-G--A-T--TT--A-T-CC-AAAA-T--TAACT-TA--TG-AA-TCAG-C-A-TGT-TT--T-----G-TT-AT----G---TTTT------T--CT---T---TT-----GCTGTTGTT-T--TT-C-TTCGA-A---T--AA--A----AATATTG-T-----T-TTA----ATA---T------------G-T-T-AA--A--C--T---GGT--T--T---C--AA----TTT----ACA-A--A-T-G---------------G-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TAA-AAG-T-TGT---A--A--GATT-A-ACT-CAATT-TA--CAG-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-GA--A-A-CG----AT--A-C---G-T--AT----C--T-----TA-CG--T--------------ATA------C-AC-TA------AC---AA-AA--TGC--T--C----G----A---T-A-T-A--TC-AT---G-A--TACAC------T--T----TT--T-G----TCA-T-AT----CG-A--AC-TCAA-ACC
gi|5                          :                                                                                                                                                    gcg-C-CT--ATCGA--A-AA--A-AC------G----G-T---TT--T-----C--T-----G-GA-TA--CG----G
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaaggtgtaatgattctaccggtataccggttgtatcgcgatatttttttctttggttcgataaccagtacgT-C-TT--G-A---A--TA--A----A----TG-T-----T-GTG----ATG---T--AGTATA-A--G-T-T-AA--C--T--G---G-T--T--T---TTTAA----TTT----ACA-A--A-TCGTGACACAAAAGACTTG-TG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---gtttaaaaaatttgaagtcagtaaaaaaaatacttatctcgtcaattttgcttttgggagtttatccaaaattagtttgaatcagcgagtgttttgtatcataagttctttacttttgttgtttttattcttttagtttaaattgtatgttttctatagtttacaacgataaaattgttttaatttccaaatggtgacactgtacacatgtttaaaagtttaaaataaccaaaaaaacagaaccacgatgggaaagcgatacgtatccgatatgtatcacgataactctgcactcacaaaaattatcggatattattacacagatacgcttaattggtagtatcgatactcaaaccc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----TG-T-----T-TCT----ATA---T--ATTA-A-A--G-A-T-AA--A--T--T---A-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-T-G---------------G-TG---------AA----------------A--------C--------T-------T--------G-------------TAAAATTGT-------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-AAA-A-AA--CAG-A-------A----C------AC---GA-----TG---G-GA--A-AGCG----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TC------AC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-T-A--TC-AC---G-A--T--AC----GCT--T----TT--T-G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCTtgaaaggtataa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atgtA-----TT---G-GA--A-AGCG----AT--A-C---A-T--AT----C--G-A---TA-----T-AT--CTTTCC-GTGTA------C-AC-TA------CC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-T-A--T--GC---G-A--TACAC------T--T----TT--T-G----T-G-T-AT----CGTAT-AC-TCAA-CCC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTG----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--C---AC-ct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agaggtgtaatgatataccggtgtattgcgatatttttttctttggttcgataaccagtacgccaatccagaaaaccattttttttaatacgggtttaaaaatttgaattcagtaaaacatattacttatctagtcaattttgcattttggatttatccaaattactttgaatcagcatgtttttgttttgtttttcttttgttgttgttttttcttgaataaaatgttgtttctatataaagttaaatggttttaatttgcaaatggtgacacttgttttaaagtttcaatagctaaaaaaaccagaacacgatgggaaaGTG----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--gatacactcacaaaatattgatatatcacgatacgctttttatatatcaatactcaaacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gaggtgtaacgatataccggtatatcgcgatattttttctttggttcgataaccggtacgccaatccagaaaaccgatttttttttttcgatacgggttaaaaaatttgaattcagtaaaacatattacttatttagtcaattttgcttttttcatttatccaaattactgtgaatcagattgttttgttcttcttttgttgttttttcttgaataaaatgttgtttatattagttaaatggttttaatttacaaatggtgacacttgttttatagataactcaataacagaacacaatgggaaagcaGTG----AT--A-C---A-T--AT----C--GGA---TA-CG--T-AT--C---GC-gatacactaacaaaatattatcacgatacggtttttgtatatcgatactcaaccct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaaggtgtaatgattctaccggtataccggttgtatcgcgatatttttttctttggttcgataaccagtacgccgtatccagaaaaccgttttttcgatagggtttaaaaaatttgaagtcagtaaaaaaaatacttatctcgtcaattttgcttttgggagtttatccaaaattagtttgaatcagcgagtgttttgtatcataagttctttacttttgttgtttttattcttttagtttaaattgtatgttttctatagtttacaacgataaaattgttttaatttccaaatggtgacactgtacacatgtttaaaagtttaaaataaccaaaaaaacagaaccacgatgggaaaGTG----AT--A-C---G-T--AT----C--G-A---TA-CG--T-AT--C---GC-gataactctgcactcacaaaaattatcggatattattacacagatacgcttaattggtagtatcgatactcaaaccc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atgttgtttctatatattaaagataaattattttaatttacaaatggtgaaacttgtaaaattgttttaaagtttaaataactaaaaaacagaacacgatgggaaaG----AT--A-C---G-T--AT----T--G-A---TA-CA--T-AT--C---GC-gatacactcacaaaatatcgatatatcacgatacgctttttgtatatcgatactcaaccct

Unaligned ( gi|23 ): AAATTGAATATCGTGATCATACACATTGTTCAACAGTAACGTATAGCGATTATCACTGTGCTCAGTTTGGTCATTAACTATC

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Reference ( family-1156 )     :       TAGAGGT-GT--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T-G-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-C--G-C-C-N--ATCCA--G-AA--A-ACC-----G----G-T---TT--T-----T--T-----C-GA-T-A--CG----GG-TT---T---AAAAA-T--T--TG-AA--TT--C-A----GT--AA--A-A-CATAT-TAC-------T-----TAT-----C-T-AG---TC--A-ATTTT-GCTT--T--TTG-G--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-T---TG-AA-TCAG-C-A-TGT-TT--TTG-TT-TT----G--TTCT------T--CTT---T---T-----GTTGTT---T-T--TT-C-TT--G-A---T--AA--A----A----TG-T-----T-TCT----ATA---T--A----A-A--G-T-T-AA--A--T--T---G-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-TGG-T----------------G---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-AAA-A-AA-----------CAG-A-------A-C--AC-GA---------TGG-GA--A-AGCG----AT--A-C---G-T--AT----C--GA---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TC------AC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-T-A--TC-AC---G-A--TA-A-C----GCTT---T----T---T--G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCT
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gi|14                         :                                A-T------G----T-A-----------CC--------A--T-T-A--TCCCA--TCGCA-ATAAT--T-T-TT-------T--T-G-A-TTT--G-AAT---A-A---T-TG-G-T-A-T--A-G-C-A--ATTTG--G-AA--A-ACC-----A----T-T---TT--T-----T--T-----C-GA-T-A--TG----GT-TT---T----AAAA-T--T--AG-AA--TT--T-T----AT--CC--A-A--ATA--TAC-------T-----T---------C-AG---TC--A-A-CAT-G-TT--T--TTG------T--T---------------T--TG-TT-C---TG-AA-C----------T-TTA-TTA-TT-TT----G------------T--AAG---T---T-----GTTGTT---T-C--TT-C-AT--G-A---A--TA--A----A----TG-T-----T-TTT----GTA---C--A----A-G--T-T-T-AATCA--T--TATGG-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-TGG-T----------------G---------ACACATGAATACTAGTATA--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACTCAAA-A-AG-----------TAA-ATAATATTA-CTGAC-TAATAAATAACTGG-AA--A-AGTG----AT--A-T---G-T--AT----T--GA-----------------------G-ATA------C-AC-TA------GC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-A-A--TT-GC---G-A--T--G-C----GCTT---T----T---T--G----T-G-T-AT----CG-AT-AC-TGAA-CCCT
gi|15                         :         GAGGT-GT--AA---------CGA-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-A--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T-G-G-TTC--G-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-C--G-C-C-A--ATCCA--G-AA--A-ACC-----G----A-T---TT--TTTTTTT--T-----C-GA-T-A--CG----GG-TT---A---AAAAA-T--T--TG-AA--TT--C-A----GT--AA--A-A-CATAT-TAC-------T-----TAT-----T-T-AG---TC--A-ATTTT-GCTT--T--TTT-C--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-G---TG-AA-TCAG---A---------TTG-TT-TT----G--TTCT------T--CTT---T---T-----GTTGTT---T-T--TT-C-TT--GAA---T--AA--A----A----TG-T-----TGTTT----ATA---T-------T-A--G-T-T-AA--A--T--G---G-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-TGG-T----------------G---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA---------T---A--G--A--T-A-ACT-CAA-T-AA-----------CAG-A-------A-C--AC-AA---------TGG-GA--A-AGCA----AT--A-C---G-T--AT----C--GA---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TA------AC---AA-AA--TA---T--------------------T-A--TC-AC---G-A--T--A-C----GGTT---T----T---T--G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCTa
gi|16                         :                                                                                               ATT--T-T-TT--T-T--T--A-G-G-TTC--G-ACT---A-A---C----G-T-A-C--G-G-C-A--ATC-A--G-AA--A-ACC-----G----GGT---TT--T-----T--T-----T-TA-T-AT-CG----GG-TT---T---AAAAA-A--A--TG-AA--TT--C-ATATGGT--AA--A-A-CAT-T-TAC-------T-----TATA----C-T-AG---TC--A-ATTTTTGCTT--TCTTTATG--A-T--TT--A-T-CC-AAAA-T--TAACT-TA--TG-AA-TCAG-C-A-TGT-TT--T-G-TT-AT----G--TTTT------T--CTT---T---T-----GCTGTTGT-T-T--TT-C-TTCGA-A---T--AA--A----AATATTG-T-----T-TTA----ATA---T------------G-T-T-AA--A--C--T---GGT--T--T---C--AA----TTT----ACA-A--A-TGG-T----------------G---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TAA-AAG-T-TGT---A--A--GATT-A-ACT-CAATT-TA-----------CAG-A-------A-C--AC-GA---------TGG-GA--A-A-CG----AT--A-C---G-T--AT----C--T----TA-CG--T--------------ATA------C-AC-TA------AC---AA-AA--TGC--T--C----G----A---T-A-T-A--TC-AT---G-A--T--A-C----ACTT---T----T---T--G----TCA-T-AT----CG-A--AC-TCAA-ACC
gi|17                         :                                                                           gcg--T---A--TCGAG-ATATT--T-T-TT--T-C--T--T-G-GATTC--G-A-T---A-A---C-CG-A-T-A-C--A-G-C-A--ATCCA--G-AA--A-ACT-----G----G-G---AT--T-----T-----------A-T-----------G-TT---T---AAA---T--C--TG------------------------------TAT-TAC-------T-----TAT-----C-T-AG---TC--A-GTTTT-GCTT--T--TTG-G--A-T--TT--A-T-CA-ATA--T--TA-CT-T---TG-AG-CAAA-A-A-TGT-TT--TTG-TT-TT----G--TTCTAAATCTT--CTTGTTT---T-----GTTGTG---T-T--TT-C-TT--G-A--------------------------------------ATA------A----A-A--G-T-T-TA--A--T--T---G-T--T--T---T--AA----TTT----ATA-A----TGG-T----------------G---------AC----------------ATTTGTACTC--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-CTA-T-AA-----------TGA-A-------A-C--AC-GA---------TGG-AA--A-AGCG----AT--A-C---A-T--AT----CGTGA---T---------T--C---AC-T--TG------T-TC-TCGTGTAAGC---AA-AA--TA---T--C----G--------------A--TC-AT---G-A--T--A-C----TCTT---T----A---T--G----T-G-T-AT----CG-AT-AC-TCAG-CCC
gi|18                         :       TAGAGGT-GT--AA---------TGA-T------AATTAT-A-----------CT--------G--T-T-A--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--T-T--TCTT-G-GATTC--G-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-C--A-G-C-A--ATTCG--G-AA--A-ACCTTTTTT----G-TTTATT--T-----T--C-----C-GA-T-A--CG----GG-TT---T---TAAAA-T--T--AG-AA--TT--C-A----GT--TA--A-A-TATAT-TAC-------T-----T------------G---TC--A-ATTTT-GCTT--T--TTG-G--A-T--TT--A-T-CC-AAA--T--TA-CT-T---TG-AG-TCAA-C-A-TGT-TT--TTG---------------------------TT---T---T-----GTTGTT---T-T--TT-C-TT--GAA---T--AA--A----A----TG-T-----TGTTT----GTA---T-------A-A--G-T-T-TG--A--T--G---G-T--T--T---T--AA----TTT----ACT-A--A-TGG-T----------------G---------AC----------------A--------A--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-CAA-T-AA-----------CAG-
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 a----TG-T-----T-TCT----ATA---T--ATTA-A-A--G-A-T-AA--A--T--T---A-T--T--T---T--AA----TTT----ACA-A--A-TGG-T----------------G---------AA----------------A--------C--------T-------T--------G-------------TAAAATTGT-------T----------TTA-AAG-T-T-T---A--A--A--T-A-ACT-AAA-A-AA-----------CAG-A-------A-C--AC-GA---------TGG-GA--A-AGCG----AT--A-C---G-T--AT----C--GA---TA-CG--T-AT--C---AC-G-ATA------C-AC-TC------AC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-T-A--TC-AC---G-A--T--A-C----GCTT---T----T---T--G----T-A-T-AT----CG-AT-AC-TCAA-CCCT
gi|2                          :     atgtGAGGTTGTTAGA---------CGA-T------A----TTA-----------CC--------G----T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--C-T--T--T---G-TTC--GCA-T---C-A---C-CACG-TAA-C--G-C-C-T--ATCCA--GAAA--A-ACCATATTG----G-T---TT--G-----T--T-----CTGA-T-A--CG----GG-TT---T---AAAAA-TC-T--TG-AA--TT--C-A----GTC-AA--G-A-C-TAT-TAC-------G-----TATATGTCC-T--C---TC--A-A-TTT-GCTTTAT--TTG-GA-A-T--TTTAA-T-CC-AAATTT--TA--T-T---TG-AA-TCAGCC-A-TG--TT--TTG--T-TA----G--TTCT------T---TT---T---T-----GTTGTG---T-T--TT-T-TT--G-A---T--TA--A----A----TA-T-----TGTCTTCTCATA---T--A----A-A--GAA-T-AA--A--TG-T---G-TTAT--T---T--AA----TTTTTACACA-G--C-TGG-T----------------G---------AC----------------A--------C--------T-------T--------GAAACTGTGTT---T---------------T----------TTA-AAA-T-T-T---A--ATTA--T-A-CTT-AAATA-AA-----------CAG-A-------A-CT-ACTGA---------TGG-GAAGA-AGCG----ATTAA-C---GTT--ATATA-C--GA---TAGTG--T-AT--CT--ACAG-ATA------CTACATC------AC---AA-AA--TATTCT--C----AGATTA---T-A-T-G--TC-ACT--G-AT-TT-A-T----ACTT---TAAGCT---TTGG----T-A-T-ATG---CG--T-AC-TCAA-CCTT
gi|20                         :                     ---------CGG-T------A----T-A-----------CC--------G--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TTTCT-T--T--T-G-G-TTC--G-A-A---A-A---C-CG-G-T-A-C--A-CAC-C--ATCCA--GAAA--A-ACC-----G----G-T---TT--T-----TTCT-----C-GA-T-ATGCG----GGTTT---T---AAAAATT--T--TG-AA--TT--C-A----GTA-AA--A-A-CATAT-TAT-------TC----TAT-----CTT-AG---TC--A-ATTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-C-TT--G-A---A--TA--A----A----TG-T-----T-GTG----ATG---T--AGTATA-A--G-T-T-AA--C--T--G---G-T--T--T---TTTAA----TTT----ACA-A--A-TCG-TGACACAAAAGACTTGTG---------AC----------------A--------C--------T-------T--------G-------------T---------------T----------TTA-AAG-T-T-T---
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A---------TTG-GA--A-AGCG----AT--A-C---A-T--AT----C--GA---TA-----T-AT--CTTTCC-GTGTA------C-AC-TA------CC---AA-AA--TA---T--C----G----A---T-A-T-A--T--GC---G-A--T--A-C----ACTT---T----T---T--G----T-G-T-AT----CGTAT-AC-TCAA-CCCtgaaaggtataa
gi|24                         :                                A-T------A----T-A-----------CC--------A--G-T-G--T---A--TCGCG-ATATT--T-T-TT--TGT--T--T-G-G-TTC--A-A-T---A-A---C-CG-G-T-A-T--G-C-C-A--ATCCA--G-ct
gi|3                          :                                   ------A----T-A-----------CC--------G--G-T-AGAT---AGATCGCG-ATATT--TCT-TT--C-T--T--TCA-G-TTC--G-A-T---A-AACCT-CG-G-T-A-C--G-C-C-A--ATCCA--T-AA--A-ACC----------G-T---TT--T-----T--TGTGTGC-GA-TCA--CG--------T---TATAAAAAA-T--T--TG-AATCTC--C-A----GT--AAACA-A-TATAT-AAC-------T-----TAT-----C-TGAG---TA--AGATTTT--CTTGGT--TTGTT--A-T--TT--G-TCCC-AAA--TTGTA-CT-TG--TA-AAGTCAG-C-ATTGT-TTCCTCGATG-TT----GA-TTCT------T--CTT---T---TCCTTAATTGAT---T-T--TT-C-TT--GAA---T--AA--AAC--A----TG-TTA---T-TTT----ATA---T--A----C-AT-G-TATAAA--A--T--TA--G-TG-T--T---T--AAAGTTTCT----ACA-AATA-TGA-T----------------G---------AC----------------A--------C--------TA------T--------G-------------TA--------------T----------TTA-AAG-T-C-TTAAA--A--A--T-A-ACT-CAATA-AAGTAATTCTCACCAA-A-------A-T--GC-G----------TGA-AA--T-AGCGAAGAAT--A-CCTGA-T--ATA---C--GA---TA-CGAATAAT--C---AC-GAATA------C-ACTTT------AC---AA-GA--T----T--C----G----ACTCT-A---A--TC-AC---G-A--T--A-C----ACTTTTGT----T---T--T----T-A-TAAT----CG-ATAAC-TCAA-CCCT
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