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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-1153 ) : TCAC--GG-CG-TCA--GG-CATAA-CTT--A-GG----TT--T--A--------AT-------------G----------C-T-C------CG----AAACTGT-----G-CGAA--CAATACA-AACAAT-AAAAG-GCAAC----AAT----GC-AT-GTTGA-AG-TTCTT-GA-T-G-CC-T-T-C-CATAAGA-A--AG----------AAA-T-C--T--AT-AG---CATTT-T-----TATT--AGT-A-T-T--G-AA----A--A-C--A-AAGCAACAAGTAAAAANGA-T--A-------AATC----AAGCG-G-G-AGT-A-TG-TT-GCG-A----------ATGCGAAC---AAT----CTA--TAAA--TAGT-GCCTGA-TGT--------C------------A--C--------GG----------------------ACA-------------GG-T-TCG-TA--TCG-C-G-C-AA----AGTT-CA--AGG-TCAT-C-GAACA-TCGAA
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gi|12 : acgtcatggcgtcaggcataacttaggtttaattaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacaataataagcaacaatgcatgttgaagttcttgatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CG-TCA--GG-CATAA-CTT--A-GG----TT--T--A--------AT-------------G----------C-T-C------CG----AAACTGT-----G-CGAA--CAA-ACA-AACAAT-AAA-G-GCAAC----AAT----GC-AT-G-TGA-AA-TTCTT-TAGT-G--C-T-T-C-CATAAGACA--AG----------AAA-T-C--T--AT-AG---CATTT-T-----ATTT--AGT-A-T-T--G-AA----A--A-C--A-GAGCAACAAGTAAAAATGA-T--A-------AATC----AAGCG-G-G-AGT-A-TG-TT-GCG-A----------ATGTGAAC---AAT----CTA--TAAA--TAGT-GCCTGA-TAT--------C------------A--C--------GG----------------------ACA-------------GG-T-TAG-CA--TTG-CGG-C-AA----AGTT-Ccgtaacat
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gi|27 : a--------AT-------------G----------C-T-C------CG----AAACTGT-----G-CGAA--CGATAGA-AGC
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gi|3 : ttgaagagtctacttaatatgaaggtaaatTCAC--GG-CG-ACA--GG-CATAA-CTT--A-GG----TT--T--A--------ATATTTGCAT-----G----------C-T-C------CG----AAATTGT-----G-CGAA--CAATACA-AACAAT-AAAAG-GCAAC----AAT----GC-AT-GTTGA-AG-TTCTA-GA-T-G-CC-T-T-C-CATTAGA-A--AG----------AAA-T-A-----AT-AG---CATTT-T-----TATT--AGT-A-T-T--G-AA----AACA-C--A-AAGCAACAAGTAAAAAGGA-T--T-------AATC----AAGTG-G-A-AAT-A-TG-TT-GCA-A----------ATGCGAAC---AAT----CTA--TAAA--TAGT-GCCTAA-TGT--------C------------A--CTGTA----AG----------------------ACA-------------GG-T-TCG-TA--TCG-C-G-C-AA----AGTT-CA--TGG-TCAT-C-GAATA-TCGAAaagcttat
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blockSeqs : . . . . . . G . . GCATG . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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consensus : TCAC--GG-CG-TCAGG-CATAA-CTT--A-GG----TTTAA----TATTT--G--C-A-T--GC-T-CCG----AAACTGT-----G-CGAA--CAATACA-AACAAT-AAAAG-GCAAC----AAT----GC-AT-GTTGA-AG-TTCTT-GA-T-G-CC-T-T-C-CATAAGA-A--AG----------A-------AA-T-C--T--AT-AG---CATTT-T-----TATT--AGT-AT-T--G-AA----A--A-C--A-AAGCAACAAGTAAAAANGA-T--A-------AATC----AAGCG-G-G-AGT-A-TG-TT-GCG-A----------ATGCGAAC---AAT----CTA--TAAA--TAGT-GCCTGA-TGT--------C------------A---C--------GG----------------------ACA-------------GG-T-TCG-TA--TCG-C-G-CAA----A-GTT-CA--AGG-TCAT-C-GAACA-TCGAA
Reference ( family-1153 ) : TCAC--GG-CG-TCAGG-CATAA-CTT--A-GG----TTTAA----TATTT--G--C-A-T--GC-T-CCG----AAACTGT-----G-CGAA--CAATACA-AACAAT-AAAAG-GCAAC----AAT----GC-AT-GTTGA-AG-TTCTT-GA-T-G-CC-T-T-C-CATAAGA-A--AG----------A-------AA-T-C--T--AT-AG---CATTT-T-----TATT--AGT-AT-T--G-AA----A--A-C--A-AAGCAACAAGTAAAAANGA-T--A-------AATC----AAGCG-G-G-AGT-A-TG-TT-GCG-A----------ATGCGAAC---AAT----CTA--TAAA--TAGT-GCCTGA-TGT--------C------------A---C--------GG----------------------ACA-------------GG-T-TCG-TA--TCG-C-G-CAA----A-GTT-CA--AGG-TCAT-C-GAACA-TCGAA
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gi|6 : tcactagtgCAC--GG-CG-TCAGG-CACAA-CTT--A-GG----TT--------ATT---G--CTA-T--GC-T-CCG----AAACTGT-----G-CGAA--CAATACA-AACAAT-AAAAG-GCAAC----AAT-----C-AT-GTTAA-AG-TTCTTTGA-T-G-CC-T-TTC-CATAGAA-A--AG----------A-------AA-TTC--T--AT-AG---CATTT-T-----TATT--AGT-AT-T--G-AA----A--A-C--A-GAGCAACAAGTAAAAATGA-T--A-------AATC----AAGCGCG-G-AGT-A-TG-TT-GCG-A----------ATGTGAAC---AAT----CTA--TAAAATTTGT-GCCTGA-TAT--------C------------A-------------G----------------------ACA-------------GG-TCTCG-AA--TCA-C-G-C-A----A-GTT-CA--AAGTTCAT-C-GAACA-gaatggtccactccacatatgtaggtaaaagctgtttgttttgcagcttaacaaacatgatattgtgccagagaagaacaaaaggttatcaatatgttta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): CGCTATGAAGCTTATTGTTGAAATATTGTCAGATAACGAAGGTTATGTAATATGTGTAATCTACA
Unaligned ( gi|33 ): GTATTGTCAGAGAACAAAGGTTATGTAATATGTGTATTATACA