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Reference ( gi|2 )            :                                  CACAGGG-G-C-T-CGG--CT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTAT------TA-T-A---TTATT-TG----CT---C------------A--A-T-------TAT-------G--T-A-AA--TAAAACCC-AC---C-CCTA-AAT-A----AT------GTA--A-AT---AAAA--TCC-ACCACCA-T-AA-TCT-GT-A-TA-T--T--TC--G--T-CG-T----TT---T--AAAAAAGGTG-TAGGGGCCCCCATACACAT--------GTACATTTTTTAATGTACA-T--GTGAT--AC-ACCTTTT--TT--A---AA----A-CG-A--C--GA--C--A-TATG-C-GGATT-T-C-GGTGGT-GGA--TTTT---AT-T--------T-A--T-------ATT-AT--T-TAGGAAT-G-G-GG--TT-T--A--T--T-TA--C-------A-TA--AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G--CA-AA--TA-----GT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCGA-G-CAGGCCTGTGG
gi|1                          :                                  CACAGGG-A-C-T-CGG--TT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--TCAT------TG-T-A---TTATT-TG----CT---CCCA---------A--A-TAAA----TACTTTAATGG--T-AGAA--TAAAACCG------C-CCTA-AAT-A----AT------ATA-----C---TAAA--TCC-AC-ACCA-A-AA-TCC----A-CA-T--T--TC--G--T-CG-T----TT---T--AAAAAAGGTG-TA-----TCGTATGTACATTAAAAAAAGTAC-TTTTTTAATGTACA-T---CGAT--AC-AC-TTTT--TC--A---AA----A-CG-A--C--GA-----A-TATG-C-GGATT-T-T-GGTGGT-GGT--TTTT---AT-T--------T-A--T-------ATT-AT--T-TAGGGGT-G-G-GT--TT-T--A--T--T-TA--C-------A-T---AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G---A-AA--TA-----AT-A---------C----A---ACAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCGA-G-C--CCCTGTG
gi|1                          :                                  CACAGGG-G-C-T-CGG--TT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTGT------TG-T-A---TTATT-T-----CT---CCCAAAT------A--A-TAAA----TAT-------G--T-A-AA--TAAAACCC-AC---C-CCTA-AAT-A----AT------ATA--A-AT---AAAA--ACC-ACCACCA-A-AA-TCC-GC-A-TA----T--TC--G--T-CG-T----TT---T--GAAAAA-GTG-TA------TCGATGTACATTAAAAAA-GTACTTTTTTTAATGTACA-T--ACGAT--AC-ACCTTTT--TT--A---AA----A-CG-A--C--GA-----A--ATG-T-GGATT-T-T-GGT-GT-GGA--TTTA---G-----------T-A--T-------ATT-AT--T-TAGG----GCG-GT--TT-T--A--T--TCTAC-C-------ATTA--AA-G-TAT-T--TATTTGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATGA--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCGA-GTC---CCTGTG
gi|3                          :                                  CACACAG-G-C-T-CGG--TT-A-T-TCAAAACA-A-T---AA--CTAT------T--T-A---TTATT-TG----CT---CCCCAATA-----ATCA-T-------TAT-------G----A-AA--TAAAACCC-AC---C-CCTT-ACT-A----AC------ATAT-A-AT---AAAA--TCC-ACCACCA-A-AAATAC-GC-A-TA-T--TATTT--G--TACG-T----TT---T--AAAAA----------------------------------TACTTTTTTAAATG-ACAAT--TTGATCTACCACTTTTT--TT--A---AA----C-CG-A--C--AA-----A-TATGAC-TTATT-T----GTGTA-GGA--TTTT---ATGC--------T-A--T-------ATT-AT--T-T-------G-G-GG--GT-T--A--T--T-TA--C-------A-TA--AT-CGTA--T--TATTTGG--A-G--CA-AA---A-----AT-A--------------A---ATAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AAACCCGA-G-C
gi|7                          :                                  CACAGGG-G-C-T-CAG--TT-G-TTC--AGATA-A-TG--AA--CTAT------TG-T-A---TTATT-TG----CT---CCCA---------A--A-TAATAAAATAT-------A--TGA-AA--TAAAACCC-AC---T-CCTA-AAT-A----AT------ATA--A-A----AAAG--T---ACTTTTT-T-AA-TGT-AC-A-TA-TGAT--AC--A--C-CT-T----TT---T--TAAAAcc
gi|9                          :                                 cCACATGG-G-C-T-CGG--TT-G-T-C--TGATA-C-TG--AA--ATTT------TG-T-T---TTATT-TG----TT---C-----------------------------------C--C-G-AA--TAA---------------TA-AAT-G----AC------ATA--A--------AG--TCC-ACCACTA-A-AA-TGT-GC-T-TT-T--T--TC--G--T-TG-T----TT---TAAAAAAAAGGTG-TAcgacgaaatatgcggattttggtggtggcatttatattattat
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gi|16                         :                                   ACAGGG-G-C-T-CGG--TT-G-T-C--G-------TG--AA--CTAT------TG-T-A---TTATT-TG----CT---CCCAAATAATA--A--A-T-------TAT-------G--T-A-AA--TAAg
gi|6                          :                                   ACAGGGCG-CAT-CGG--TT-GGT-C--AGATA-AATGGGAAGGCTATCTGGCGTA-T-GGAGTTATG-GG----CT---CCGGAATATAATAA--A-T-------TAT-------GGGT-A-AA--TAAGACCC-AC---C-CTTA-AAT-ATAGTATAGTTTGGTT--A-ATAAGAAAA--TCCTACCACCA-TCAA-TCCGGC-A-TA-T--T--TCATG--T-TG-T----TC---T----AAAAGGTG-TA
gi|12                         :                                   ACAGGG-G-C-T-CGG--TT-G-G-C-----TA-A-AG--AG---TAT------CA-T-----TTGTT-T-----CTGAAC------------A--AAT-------TAT-------G--T-A-AA--TATGATCA-AA---C-AATG-AGT-C----GT------ATA--A-AT---AAAA--TCC-ACCGCTA---AA-TCC-GC-T-TT-T--T--T------T-CA-T----TT---T--AAAAAAGTTG-TAtcata
gi|17                         :                     taaggtttataaaaACAGGG-G-C-T-CGG--TT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTAT------
gi|20                         :              tacttcggaatagaaagacgnACAGGG-GGC-T-CGG--TT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTAT------Ta
gi|18                         :                                 ctACAGGG-G-C-T-CAA--TT-G-T-C--AGATG-T-TG--AAG-TTTT------TG-T-A---TTGTT-TG----TT---C------------
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gi|19                         :                                  ttaAGGG-T-C-T-TGG--TT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTAT------TG-T-A---TTGTT-T
gi|3                          :                                       GG-G-C-T-CGGGTTT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTAT------T--T-A---TT-TT-TG----CT---CCAAATAATAC--G--A-T-------TAT-------G--T-A-AA--TAA-------C---C-CCCA-AAT-A----AT------ATA--GCAT---AAAA--TCC-TACACAAAT-AA-----GTCA-TA-T--T--T---G--T-CG-G----TT---T--AAAAAAAGTGGTAG--------AT-CAAATT-------GT-CATTTAAAAAAGTA--------------------TTT--TT--A---AA----A-CGTA--C--AA--ATAA-TATG-C-GTATT-T-TTGGTGGT-GGA--TTTT---AT-TA-------T-A--T-------GTT-AG--T-AAGGGGT-G-G-GT--TT-T--A--T--T-T---C-------A-TA--A--T-GA--T--TATTGGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A--------------A---ATAG--TT---A-T-TGTTTTGA---A-T-AA--CCGA------GCCTGTG
gi|10                         :                                      caG-G-C-T-CGG--TT-G-T-C--AGATA-A-TG--AA--CTAT------TG-T-A---TTATT-TG----CT---CCCGAATTATA--A--A-T-------TAT-------G--T-A-AAAATAAAACCC-AG---C-CCAA-AAT-A----AT------ATA--A-AT---AAAA--TCC-ACTACCA-A-AA-TCC-CC-A-TT-T--T--TT--G--T-CG-T----TT---G--AAAAAAGGTG-TA
gi|4                          :                                                                  cA-A-T---AA--C-AT------AA-T-A---TTATC-CG----AT----------------A--A-------------------G--G-A-AA--TGAAAACC-ACGATC-CCTATAAT-A----AT------ATA--A-A-----AAA--TCA-ACCACCA-C-AA-TCC-GC-ATTG-T--T--TC--G--T-CGTT----TT---T--AAAAATGTTG-TAtcatatac
gi|8                          :                                                     acaggcggcgcgttgtaggcagatgaagaactactgcgatatatgtattaattttgcgtctcg------------A--A-T-------TAT-------G--T-A-AA--TATAAACC-AC---CTCCTA-AATAA----AT------ATA--A-AG---AAAATGTCC-ACCACTT-A-AA-TCC-AC-A-TATT--T--TC--G--T-TGAT----TTTTAT--AAAAAGGGTG-TAtcatgaatgttacttttgttttcattgtaaatacgaatac
gi|7                          :                                                                                                                         gagaggcccgaggcttgtcgatttgtatgctatatgtgtatgtattgctcatcgaacaata-AAT-A----AT------ATA--A-AT---G------CC-ACCACCA-A-AA-TCC-GC-A-TA-T--T--TC--G--T-CG-T----TT---T--AAAAAAGGTG-T----------AT-CATAT--------GTACA----TTAA---AAA-A--GT--------ACTTTTT--T-------------------------------A-TAT-----TATT-T-A-GG-AGT-GGG--TTTT---AT-T--------TCA--T-------A-T-AT--T-T----------------------------------------------------TA--T--TATTTGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T-TATCT--GA--A-C-AA--CTGA-G-C--CCCTGTGGcatatggtagc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --------GTAC-TTTTTTAATGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTT--TT--A---AA----A-CG-A--C--GA--A--A-TATG-C-GGATT-T-T-GGTGGT-GG------C---AT-T--------T-A--T-------ATT-AT--T-at
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                   ccacaggggctcagttgttcagataatgaactattgtattatttgctcccaaataataaaatatatgaaataaaacccactcctaaataatataaaaaaTAAT-TATA-TT-ATGAT--AC-ACCTTTTTTTT--A---AA----A-CA-A--C--GA--A--A-AAAG-C-ACATT-T-T-AGTGGT-GGA--CTTT---ATGT--------C-ATTT-------ATT-AT--T-CGGGAAat
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CA-T--ATG-T--AC-ACCCTTT--TT--ATAAAA----ATCA-A--C--GA--A--AATATG-T-GGATT-T-A-AGTGGT-GGACATTTT---CT-T--------T-A--T-------ATTTAT--T-TAGGA---G-GTGG--TT-T--A--TATT-TA--C-------A-TA--AT-T-TA--T--TGTTCGATGA-G--C--AA--TAC----AT-A---------C----ACATATAG------CA-T------------A-CAAA--TCGA---CAAGCCTtacttttgttttcattgtaaatacgaatac
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gagaggcccgA-T--ATGAT--AC-ACCTTTT--TT--C---AA----A-CG-A--C--AA--A--A-AATG-G-GGATT-T-T-GGTAGT-GGA--TTTT---AT-T--------T-A--T-------ATT-AT--T-TTGGGCT-G-G-GT--TT-T--ATTT--T-TA--C-------A-TA--AT-T-TA--T--AATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCGA-G-Cgtagc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cg-T--ATGAT--AC-ACCTTTT------A---GA----A-CA-A--CATGA--A--A-TATG-CCGGATT-GAT-GGTGGTAGGA--TTTTCTTAT-TAACCAAACT-A--T-------ACT-ATATT-TAAGGGT-G-G-GT--CT-T--A--T--T-TACCC-------A-TA--AT-T-TA--TTATATTCCG-GA-G--CC-CA--TAACTCCAT-A---------CGCCAG---ATAGCCTTCCCATT-TATCT--G---ACC-AA--CCGATG-C-GCCCTGTac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AT--AC-ACCTTTT--GTCAA---AA----A-AG-A--C--TA--C----TATG-C-GGATT-T---GGTGGT-G-A--TTTT---AT-T--------T-A--C-------AT--AT--T-GTGG------G-GG--TT-T--A--T--T-TA--C-------A-TA--A--T-TA--C--TATTTGG-GA-A--CATAA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA---TATCT--G---A-CAAA--CCGA-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttAT--AC-AACTTTT--TT--A---AA----A-TG-A------A--A--A-AAAG-C-GGATT-T---AGCGGT-GGA--TTTT---AT-T--------T-A--TACGACTCATT-GT--T-T-----------GA--TCAT--A--T--T-TA--C-------A-TA--AT-------T--TGTTCAG-AA-A--CA-AA--TG-----AT-A---------C---------------T--CT-T-TA-----G---C-C-AA--CCGA-G-C--CCCTGTagcccct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaggtttataaa--AC-ACTTTTT--TT--A---AATAAAG-CG-AACC--GA--A--A--ATG-C-GGATTAT----GTGGT-G-A--TTTT---AT-TGT------C-A--T-------ATG-AT--T-TAGGAGT-T-G-GG--TT-TT-A--T--T-TA--C-------A-TA--AT-T-TA--T--CACGCGA-GA-GATTA-AA--TA-----AT-AT--------C---------TAG---T--CA-T-T-TCT--G---A-C-TA--CCGA-G-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acaggaaT--T-TAGTGGT-G-G-AC--TT-T--A--T----------------G-TC--AT-T-TA--T--TATTCGG-GA-A--CA-AA--TA-----AA-A---------C----A---AAAT--TT--CA-G-TATCA--G---A-C-AA--CCGA-G-Cg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taaacaaatcaattctgtataattatattatgatacaccttttttttaaaacaacgaaaaaagcacatT-G-A-GGATTT-T--A--T--T-TA--T-------A-TATAGT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G--CA-GA--CA-----AA-A---------C----C---TCAA--TT--GA-TATATTT--G---A-C-AA--CCGA-G-C--CCCTGTGccatgtg
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -T--A--T--T-TA--T-------A-TA--AT-T-CA--T--TGTTCAG-AA-A--CA-GA--TA-----ATTA---------C----T---AAAG--TT--AA-A-TATCT--G---A-C-AA--C
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                caggggttc--TACTTCG-GA-A--TA-GA--AA-----G--A---------CG---N---ATAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCGA-G-C--CCCTGTtgatcaacaaaaaatcatgaaaaaaagtaaaggggtgacactcgccatcttggattctggggcctcgattcacacactgttttaacacttttttcctttctgactcctggtatacttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 G-GA-A--CA-AA--CA-----AT-A---------C----A---AAAAC-TT--CA-A-CATCT--G---A-C-AA--TTGA-G-C--CCCTGTa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A-AA--CA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCAA-G-
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agggt----A---ATAG--TT--CA-T-TATCT--G---A-C-AA--CCGA-G-C
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATACACTGTGTTTTTGTACATAAATGTATGTGAGTATGTATGTTTGTGACGACAAAATAAAAATAAATAAATAAATAAAAAAAT






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consensus                     :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATAATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCGAATAA--AT----TA-TG-TA-AATAAAACCNACCCCTAAATAATAT-A-AATAAAATCCACCACCAAAA-TCCGCATATT--TCGT-CGTTTTAAAAAAGGTGTA--G------ATGCACAT--------GTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGT-TTTA--TTTA--C-------ATAAT-T-TA--T--TATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTGG
Reference ( family-11412 )    :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATAATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCGAA--A--AT----TA-TG-TA-AATAAAACCCACCCCTAAATAATAT-A-AATAAAATCCACCACCAAAA-TCCGCATATT--TCGT-CGTTTTAAAAAAGGTGTA---------ATGCACATT-------GTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGN-TTTA--TTTA--C-------ATAAT-T-TA--T--TATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTGG
gi|1                          :   CACAGGGACTCGGTTGT-C--AGATAATGAA-TCATT-GTATTATTTGCTCCCAAATAA--ATACTTTAATGGTAGAATAAAACCG--CCCTAAATAATAT-A---CTAAATCCAC-ACCAAAA-TCCACAT--T--TCGT-CGTTTTAAAAAAGGTGTATCGT-----ATGTACATTAAAAAAAGTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T---CGAT--AC-AC-TTTTTC--A---AA----A-CGA--C--GAA--TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGT--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGT-TTTA--TTTA--C-------AT-AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G---A-AA--TA-----AT-A---------C----A---ACAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                               A-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--C---AA----A-CGA--C--AAAA-AA-TG-GGGATTT-TGGTAGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TTGG-G---CT-GGGT-TTTATTTTTA--C-------ATAAT-T-TA--T--AATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                        c--AC-ACTTTTTTT--A---AATAAAG-CGAACC--GAAA--A-TG-CGGATTA-TG-TGGT-G-A--TT---TTAT-TGT------CAT-AT--G-ATT-TAGG-A---GTTGGGT-TTTA--TTTA--C-------ATAAT-T-TA--T--CACGCGA-GA-GATTA-AA--TA-----AT-AT--------C---------TAG---T--CA-T---T-TCTG---A-C-TA---CCG-A-G-T--T-CCTGTac
gi|12                         :    ACAGGGGCTCGGTTGG-C-----TAAAGA--------GTATCATTTGTTTCTGAACAA--AT----TA-TG-TA-AATATGATCAAACAATGAGTCGTAT-A-AATAAAATCCACCGCT-AAA-TCCGCTTTTT--T--T-CATTTTAAAAAAGTTGTA---------g
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                         taaggtttataaaaAT--AC-ACCTTTTGTCAA---AA----A-AGA--C--TAC--TA-TG-CGGATTT--GGTGGT-G-A--TT---TTAT-T--------TAC-AT----ATT----------GT-GGGGGTTTA--TTTA--C-------ATAAT-T--A--C--TATTTGG-GA-A--CATAA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-----TATCTG---A-CAAA---CCGAA-G-C--C-CCT
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gi|18                         : tacACAGGGGCTCAATTGT-C--AGATGTTGAAGTTTTT-GTATTGTTTGTTCCa
gi|19                         :      AGGGTCTTGGTTGT-C--AGATAATGAA-CTATT-GTATTGTTT
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Reference ( family-11412 )    :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCGAATAA--AT----TA-TG-TA-AATAAAACCNACCCCTAAATAATAT-A-AATAAAATCCACCACC-AAAATCCGCATAT--TTCGT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTA--G--------ATGCACAT--------GTAC-TTTTTT-AATGTAC-AT--ATGA--TA-CACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGTTTTA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--TATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTGG
gi|1                          :   CACAGGGACTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-TCATT-GTATTATTTGCTCCCAAATAA--ATACTTTAATGGTAGAATAAAACCG--CCCTAAATAATAT-A---CTAAATCCAC-ACC-AAAATCCACAT----TTCGT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTATCGT-------ATGTACATTAAAAAAAGTAC-TTTTTT-AATGTAC-AT---CGA--TA-CAC-TTTTTC--A---AA----A-CGA--C--GAA--TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGT--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGTTTTA--TTTA--C-------AT---AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G---A-AA--TA-----AT-A---------C----A---ACAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTG
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gi|12                         :    ACAGGGGCTCGGTTGG-C-----TA-AAGA--------GTATCATTTGTTTCTGAACAA--AT----TA-TG-TA-AATATGATCAAACAATGAGTCGTAT-A-AATAAAATCCACCGCT--AAATCCGCTTTT--TT--T-CATTTT--AAAAAAGTTGTA--g
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tt-GGATTTTA--TTTA--T-------ATATAGT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G--CA-GA--CA-----AA-A---------C----C---TCAA--TT--GA-TA--TATTTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTG
gi|14                         :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AAATATATCAA-TTGAG-GTTTTGTCTGCTCCCAAATAA--------------TA-AA------------CT--AT-ATAT-A-AATAAAATCCTCAACC-AAAAT-----TAT--CT------TCTT--GAAAATGGTATtcaaccaaaattatcttcttgaaaatggtattcttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA---------CG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTtcttt
gi|17                         :    ACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATNCGTCTT-TCTA-TTCCGAA
gi|18                         : tacACAGGGGCTCAATTGT-C--AGATG-TTGAAGTTTTT-GTATTGTTTGTTCCa
gi|19                         :      AGGGTCTTGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTGTTT
gi|2                          :   CACAGGGGCTCGGCTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATT-ATATTATTTGCTC-------A--AT----TA-TG-TA-AATAAAACCCACCCCTAAATAATGT-A-AATAAAATCCACCACC-ATAATCTGTATAT--TTCGT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTA--GGGGCCCCCATACACAT--------GTACATTTTTT-AATGTAC-AT--GTGA--TA-CACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GACA-TA-TG-CGGATTT-CGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-A---AT-GGGGTTTA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G--CA-AA--TA-----GT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-CAGG-CCTGTGG
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gi|3                          :   CACACAGGCTCGGTTAT-TCAAAACA-AT-AA-CTATT--TATTATTTGCTCCCCAATAATCAT----TA-TG--A-AATAAAACCCACCCCTTACTAACAT-ATAATAAAATCCACCACCAAAAATACGCATATTATTTGTACGTTTT--AAAAA-----------------------------------TAC-TTTTTTAAATG-ACAAT--TTGATCTACCACTTTTTTT--A---AA----C-CGA--C---AAA-TA-TGACTTATTT---GTGTA-GGA--TT---TTATGC--------TAT-AT--T-ATT-TGGG-G---G-------TTA--TTTA--C-------ATA--AT-CGTA--T--TATTT-G-GA-G--CA-AA---A-----AT-A--------------A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AAAC-CCG-A-G-C--C-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                  AC-ATTCATGA--TA-CAACATTTTT--A---AA----AACGA--C--GAAA-CAATG-CGGATTG-TGGTGGT-TGA--TT---T--T-T--------TAT-AT--T-ATTATAGG-GATCGT-GGTTTTCA--TTTC--CTTATCGGATA--ATAT-TATGT--TATTCGA-GACG--CA-AAATTA-----AT-ACATATATCGC----A---GTAG--TT--CT-T---CATCTGCCTA-C-AA----CG-C-G-C--CGCCTGT
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gi|7                          :   CACAGGGGCTCAGTTGTTC--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCAAATAA-------------------TAAAAT-------------ATATGA-AATAAAACCCACT-CC-TAAATA---ATAT----------------AAAAAAG---------------------------------TAC-TTTTTT-AATGTAC-AT--ATGA--TA-CACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GG---------CAT-T--------TAT-AT--T-ATT-
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gi|9                          :  gCACATGGGCTCGGTTGT-C--TGATA-CTGAA-ATTTT-GTTTTATTTGTTCCCGAATAA--------------TA-AAT------GAC-----------------ATAAAGTCCACCACT-AAAATGTGCTTTT--TTCGT-TGTTTTAAAAAAAAGGTGTA--gtagc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-11412 )    :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCGAATAA--AT----TA-TG-TA-AATAAAACCGACCCCT-AA-TAA----TAT-A-AATAAAATCCACCACCAAAA-TNCGCATATT--TCGT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTA--G--------ATGCACAT--------GTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGTTTTA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--TATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTGG
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Reference ( family-11412 )    :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCGAATAA--AT----TA-TG-TA-AATAAAACCGACCCCT-AA-TAA----TAT-A-AATAAAATCCACCACCAAAA-TNCGCATATT--TCGT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTA--G--------ATGCACAT--------GTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGTTTTA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--TATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTGG
gi|1                          :   CACAGGGACTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-TCATT-GTATTATTTGCTCCCAAATAA--ATACTTTAATGGTAGAATAAAACCG--CCCT-AAATAA----TAT-A---CTAAATCCAC-ACCAAAA-TCCACAT--T--TCGT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTATCGT-------ATGTACATTAAAAAAAGTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T---CGAT--AC-AC-TTTTTC--A---AA----A-CGA--C--GAA--TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGT--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGTTTTA--TTTA--C-------AT---AT-T-TA--T--TATTTGG-GA-G---A-AA--TA-----AT-A---------C----A---ACAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                         A-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--C---AA----A-CGA--C--AAAA-AA-TG-GGGATTT-TGGTAGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TTGG-G---CT-GGGTTTTATTTTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--AATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                  c--AC-ACTTTTTTT--A---AATAAAG-CGAACC--GAAA--A-TG-CGGATTA-TG-TGGT-G-A--TT---TTAT-TGT------CAT-AT--G-ATT-TAGG-A---GTTGGGTTTTA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--CACGCGA-GA-GATTA-AA--TA-----AT-AT--------C---------TAG---T--CA-T---T-TCTG---A-C-TA---CCG-A-G-T--T-CCTGTac
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gi|18                         : tacACAGGGGCTCAATTGT-C--AGATG-TTGAAGTTTTT-GTATTGTTTGTTCCa
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gi|3                          :   CACACAGGCTCGGTTAT-TCAAAACA-AT-AA-CTATT--TATTATTTGCTCCCCAATAATCAT----TA-TG--A-AATAAAACCCACCCCTTAC-TAA----CAT-ATAATAAAATCCACCACCAAAAATACGCATATTATTTGTACGTTTT--AAAAA-----------------------------------TAC-TTTTTTAAATG-ACAAT--TTGATCTACCACTTTTTTT--A---AA----C-CGA--C---AAA-TA-TGACTTATTT---GTGTA-GGA--TT---TTATGC--------TAT-AT--T-ATT-TGGG-G---GT-------TA--TTTA--C-------ATA--AT-CGTA--T--TATTTGG--A-G--CA-AA---A-----AT-A--------------A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AAAC-CCG-A-G-C--C-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                       ACA-TTCATGAT--AC-AACATTTTT--A---AA----AACGA--C--GAAA-CAATG-CGGATTG-TGGTGGT-TGA--TT---T--T-T--------TAT-AT--T-ATTATAGG-GATCGT-GGTTTTCA--TTTC--CTTATCGGATA--ATAT-TATGT--TATTCGA-GACG--CA-AAATTA-----AT-ACATATATCGC----A---GTAG--TT--CT-T---CATCTGCCTA-C-AA----CG-C-G-C--CGCCTGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --TT---TTTT-T--------CATGAT--T-TTT-T--------GT-TGATCATA--TTTA--T-------ATA--AT-T-CA--T--TGTTCAG-AA-A--CA-GA--TA-----ATTA---------C----T---AAAG--TT--AA-A---TATCTG---A-C-AA----CG-A-A-C--C-CCTGtacttttgttttcattgtaaatacgaatac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          -T--ATGAT--AC-ACC--TTTT--A---GA----A-CAA--CATGAAA-TA-TGCCGGATTGATGGTGGTAGGA--TTTTCTTAT-TAACCAAACTAT-ACTAT-ATT-TAAG-G---GT-GGGTCTTA--TTTACCC-------ATA--AT-T-TA--TTATATTCCG-GA-G--CC-CA--TAACTCCAT-A---------CGCCAG---ATAGCCTTCCCATT---TATCTG---ACC-AA---CCG-ATG-CG-C-CCTGTgtaaaggggtgacactcgccatcttggattctggggcctcgattcacacactgttttaacacttttttcctttctgactcctggtatacttt
gi|7                          :   CACAGGGGCTCAGTTGTTC--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCAAATAA-------------------TAAAAT--------------A----TATGA-AATAAAACCCACT-CCTAAA-TA---ATAT----------------AAAAAAG---------------------------------TAC-TTTTTTAA-TGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GG---------CAT-T--------TAT-AT--T-ATT-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                       cCA-T--ATG-T--AC-ACCCTTTTT--ATAAAA----ATCAA--C--GAAAATA-TG-TGGATTT-AAGTGGT-GGACATT---TTCT-T--------TAT-AT--TTATT-TAGGAG---GT-GGTTTATA--TTTA--C-------ATA--AT-T-TA--T--TGTTCGATGA-G--C--AA--TAC----AT-A---------C----ACATATAG------CA-TACAAATC-G---A-C-AAGCCTCG-G-G-C--C-TCTat
gi|9                          :  gCACATGGGCTCGGTTGT-C--TGATA-CTGAA-ATTTT-GTTTTATTTGTTCCCGAATAA--------------TA-AAT------GAC----------------------ATAAAGTCCACCACTAAAA-TGTGCTTTTT--TCGT-TGTTTTAAAAAAAAGGTGTA--gtagc


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blockSeqs                     :                    . .      .     .     .               G     ATTATGTAAATAAAACCCACCCCTAAATAA                 AA             CA  A   . GTGCTTTTTTCGT         .      A G    .                              .        .  .   . G      .   .         .  .    AT       .  .    A   .  .       T       .   .   .      . .          .  T      . G  . .    G  A     .     .  .         .   . .  .  .        .  . .   .  .   .      . CACAT                 .   .   TT         .   . .  .     . . . .  .
blockSeqs                     :                    . .      .     .     .               C     TAAACTATA                                      AA             CA  T   . CCGCTTTTTTT           .      A G                                                   . T      .   .         .  .    A        .  .    A   .  .       C       .   .   .      . .          .  G      . A  . .    G  G     .     .  .         .   . .  .  .        .  . .   .  .   .      . CA                    .   .   T          .   . .  .     . . . .  .
blockSeqs                     :                    . .      .     .     .               A     TAAATGAC                                       AA             CA  A   . TATCT                 .      A .                                                   . A      .   .         .  .    A        .  .    A   .  .       T       .   .   .      . .          .  T      . G  . .    G  T     .     .  .         .   . .  .  .        .  . .   .  .   .      . TC                    .   .   T          .   . .  .     . . . .  .
blockSeqs                     :                    . .      .     .     .               G     TAAAATA                                        .              T   .   . AATAT                 .      . .                                                   . A      .   .         .  .    A        .  .    A   .  .       T       .   .   .      . .          .  T      . A  . .    T  A     .     .  .         .   . .  .  .        .  . .   .  .   .      . CA                    .   .   T          .   . .  .     . . . .  .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATACACTGTGTTTTTGTACATAAATGTATGTGAGTATGTATGTTTGTGACGACAAAATAAAAATAAATAAATAAATAAAAAAAT






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Reference ( family-11412 )    :   CACAGGGGCTCGGTTGT-C--AGATA-ATGAA-CTATT-GTATTATTTGCTCCCGAATAA--AT----TA-TG-TA-AATAAAATC-ACC--T-------AT-----ATA---TAA-ATA--AAATCCACCACCAAAA-TACGCNTATT---T-GT-CGTTTT--AAAAAAGGTGTA--G--------ATGCACAT--------GTAC-TTTTTTAA-TGTACA-T--ATGAT--AC-ACCTTTTTT--A---AA----A-CGA--C--GAAA-TA-TG-CGGATTT-TGGTGGT-GGA--TT---TTAT-T--------TAT-AT--T-ATT-TAGG-G---GT-GGGTTTTA--TTTA--C-------ATAAT-T-TA--T--TATTCGG-GA-G--CA-AA--TA-----AT-A---------C----A---ATAG--TT--CA-T---TATCTG---A-C-AA---CCG-A-G-C--C-CCTGTGG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATACACTGTGTTTTTGTACATAAATGTATGTGAGTATGTATGTTTGTGACGACAAAATAAAAATAAATAAATAAATAAAAAAAT