lowQualScore : 22222222222 11 111111111 111111 111
lowQualScore : 1 4 5555 4 1 1 99999999999 11 33 2 1 222222222 2 2222 1 555 222 1 999999 2 44 8 1 1 444 2 1 777 1 1 333333 1 333 1 2 1 2 1
lowQualScore : . . .... . . . ........... .. .. . . ......... . .... . ... ... . ...... . .. . . . ... . . ... . . ...... . ... . . . . .
lowQualScore : 7 8 4444 4 5 5 77777777777 88 44 9 4 222222222 8 9999 4 777 444 4 999999 8 55 2 3 3 000 7 3 333 3 3 888888 3 777 3 7 3 8 5
consensus : AATGAA-GAA-TT----AAAT-G-G-G--N--TCATTTACC-A--TAA-TTT-GGGG--G---G--A-AA----AT-TT---CA---T-TC---AA-C-C--TTTG-C-AG---AA-A-T-N-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
Reference ( gi|17 ) : AATGAA-GAA-TT----AAAT-G-G-G--T--TCATTTACT-A--TAA-TTT-GGGG--G---G--A-AA----AT-TT---CA---T-TC---A--C-C--TCTG-C-AG---AA-A-T-T-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
gi|5 : AATGAACGAAGTT----AAAT-G-G-G--AA-TCATT-GCC-A--TAAATTT-GGGG--G---G--GGAA----AT-TT---CA---T-TC---A--C-CT-TTTG-C-AG---AA-A-T-TAT-GC-C------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAA
gi|7 : AACGAA-G---TT----AAAT-G-G-G--AA-TCATT-GCC-A--TAAATTT-GGGG--G---G--GGAA----AT-TT---CA---T-TC---A--C-CT-TTTG-C-AG---AA-A-T-TAT-GC-C------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagta
gi|16 : tgAATGAG-GAA-TT----GAAG-GAG-G--T--TCATT-ACA-A--TAA-TTT-GGTA--A---A--A-AG----GT-TT---TA---T-TC---A--CAC--TTTG-C-AA---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-AC-GCAAagta
gi|2 : AATGAA-GAA-TTTTAAAAAT-G-G-G--GA-GCATT-ACC-A--TAA-TTT-AGGG--G---T--A-AA-----T-TT---CA---T-TC---AA-C-C--TTCG-C-AG---AA-A-TAT-TAGC-T------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAag
gi|10 : aAATGAA-GAA-CT----GAATGG-G-G--T--TC-TTTACA-A--TAA-TTT-GGAA--A---C--A-AT----TT-TT---TA---T-TCA--A--C-C--TTAG-C-CG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagta
gi|14 : taAATGA--GAA-TT----GAAT-A-G-G--G--TCATT-ACA-A--TA--TTT-GAAA--A------A-AA----ATATT---CA---T-TC---AACC-T--TCTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TG-A-ACAC-ACAAagt
gi|12 : AATGAA-GAA-TT----AAAT-G-G-G--T--TT-CTTACC-A--AAA-TTT-GAAA--A---A--A-AA----A---T---CC---T-TC---A--A-C--TTTT-C-AGAGAAA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAagt
gi|30 : aAATGAA-GAA-TT----AAAT-A-G-G--AGATCATT-ACC-A--TAA-TTTAGGGG--G---G--A-AA----AT-TTC--CA---T-TCAGAA--C-C--TTTG-C-AG---Aaga
gi|15 : AATGAA-GA--TT----GAAT-G-G-G--T--TAAT--ACA-A--TAA-TTT-GAA----------A-CA----AT-TTTTGCA---T-TC---AATC-C--T-TG-C-AG---AA-A-T-T-T--C-T------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAA
gi|8 : aAATGAA-GAA-TT----AAAT-G-G-G--GA-TC--TTACA-T--TAA-TTT-GGGGAAA---A--A-AA----AT-TT---CA---TATC---AACC-C--TTTA-C--G---AA-A---T-A-GC-T------A-T---C-TG-A-ACAC-AAAAGTtaaag
gi|13 : aAATGAA-GAAATT----GAAT-G-A-G--G--TTAATTACA-A--TCA-TTT-GGA----------A-AA----AT-TTTT-CA---T-TC---AA-C-C--TTTGGC-AG---AA-A-T-T-T-G--T------A-T---C-TG-A-A-AC-a
gi|1 : aAATGAA-GAACTT----AAAT-A-G-G--GAATCATT-AC--A--TAA-TTT-GGGG--G---G--agtaa
gi|21 : cAATGAA-GA--TT----GAAT-G-G-G--T--TC---TACA-A--TA--TTT-GAAA--T---A--A-AT----CT-TT---TA---T-TA---A--C-C--TTTG-C-AG---AA-A---T-T-GC-T------A-T---C-TT-A-A-A--ACAAggggggggggggggggggggggggggggggaatttcattcaacctttgcagaaatatgccatctgagagacaaaaagtaa
gi|11 : taAATGAA-GAA-CTTA--AAAT-G-GAG--A--TC--TTACC-A--TAA-TTT-GGGGA-A---A--A-AA----AT-GT---CA---T-TCA--A--C-T--TTTG-C-AGAT-AA-A-T-A-T-GC-C------A-T-----TG-A-A-aa
gi|27 : AATGGA-GA--TT----GAAT-G-G-GG-T--TCATT-ACA-A--TGA-TTT-GGGG--A---A--A-AA----A--TT---CA---T-TA---A-------TATG-CTAG--------------GC-T------A-T---C-TG-A-A-GC-ACgaaaataa
gi|29 : AATGAA-GAA-TT----GAAT-G-G-GG-T--TCGTT-ACA-A--TAA-CAT-GGA-----------------------------------------------------AG---AA-A-T-G-T-GT-T------A-T---C-TG-A-A-CC-ACAA
gi|3 : ttATGAA-GAA-TT----AAATGG-G-G--T--TCA-TTACTGA--AAA-TTA-GGGG--G---G--G-GG----A--TT---CA---T-TC---A--C-C--TCTG-C-AG---AA-A-TATAT-GC-TATCTAGA-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagtaag
gi|6 : ATGAA-GAA-TT----AATT-G-G-G--GAATCATTTACC-AC-TTA-TTT-GGGG--G---GCGA-AA----AT------CA---T-TC---AA-C-C--TATG-C-AG---AA-AATAT-T-GCCT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagta
gi|4 : ATGAA-GAA-TT----AAAT-G-G-G----------GATC-A--TGA-GTT-GGGGA-A---A--A-AA----AT-TT---TA---T-TCAAAA--C-CTTTTTG-C-GG---AATA-T-A-T-GC-T------A-TCTCC-TG-ATA-AC-ACAAagca
gi|18 : acTGAA-GAA-T-----GAAT-G-G-GGTT--TC-CTTACT-A--TAA-TTT--TGG--A---A--A-AA----AG-TT---CA---T-TCA--A--C-C--TTTG-C-AG----A-A-T-C-T-AC-T------A-T---C-TG-A-A-ACTACAAagcaa
gi|19 : TAAA-GAA-TT----AAAT-G-G-G--GA-TCA-TTATC-A--TAA-TTT-GGGG--A---A--A-AA----TT-TT---TATGGT-TC---AACC-C--TTTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GA-T------A-TC--C-TG-A-A-Aaag
gi|26 : GAA-GAA-T-----AAAT-G-G-G--GA-TCAATTACC-A--TAA-TTT-TGGG--G---G--A-AA----AA-TT---TA---T-TC---A--A-C--TTTG-C-AG---CA-A-T-A-T-GC-T------A-T-----TG-A-g
gi|22 : A-GAA-TT----GAAA-G-G-G--T--TCATT-AC--A--CAA-ATT-TGGA--A---A--C-AA----TT-TT---CA---A-TC---A--A-A--TTTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---CTTG-A-A-AC--CAA
gi|20 : A-TT----AAATGG-G-G--T--TCA-TTACC-A--TAA-TTT-GGAA--AAATA--A-AA----AT-TT----A---T-TC---A--C-C--T----C-AG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-A--ACAAag
gi|24 : tgag-TT----AAAT-G-G-G--A--TCAT--ACC-GATTAA-GTT-GGGG--G---G--A-AA----AT-TC--------T-TC---AA-C-C--TTTG-C-GG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C--G-A-A-AC-ACAAagta
gi|23 : T----AAAT-G-G-G--GA-TCATT-ATC-A--TAA-TTT-GGGG--G---G--G-GGGGGGAT-TG---CA---T-TC---AA-C-C--ATTG-C-AG---AA-A-T-C-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAcagt
gi|25 : -G-G-G--T--TCATT-ACT-A--TGA-TTT-GGGA--A---A--C-AA----AT-TT---CA---T-TC---AA-C-C--TCTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC--------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAA
gi|31 : atgTTTACC-A--CAA-TTT-GGAG--A---A--A-AA----AA-TT---CA---T-TT---A--AAC--TTTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-Aagt
gi|1 : c-GGGG--G---G--G-GA----AT-TT---CA---T-TC---AA-C-C--TTTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC-C------A-T---C-TG-A-G-AG-ACAAatga
gi|9 : caatgaagaacttaaatagggaatcattacataatttggggggggggggggggggggggggggggGGG--G---G--A--------T-CG---CA---T-TC---AAGC-A--T-TG-C-AG---AACA-T-CCT-GC-T------AAT---C-TG-A-A-AC-ACAAaaagtaa
gi|32 : ttaaatttggggaatcattacattaactctcgcgggggtgc--TCTG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAa
gi|33 : TG-C-AG---AA-A-T-A-T-GC-T------A-T---C-TG-A-A-GC-GCAAagta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGATGGGGTCGCCCTGTCGTTACAAGAATTCGAAAACAATTTTTCATTCAAATTTCGCAGAAATATTCTCTCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111
lowQualScore : 1 4 5555 7777 1 1 88888888888 555 33 2 44444 5555555555 2 2222 4444444 666 222 1 33 2 11 1 1 555 44 2 444 11 1 333333 1 333 1 2 1 2 1
lowQualScore : . . .... .... . . ........... ... .. . ..... .......... . .... ....... ... ... . .. . .. . . ... .. . ... .. . ...... . ... . . . . .
lowQualScore : 7 4 0000 1111 4 4 22222222222 111 11 6 44444 1111111111 6 7777 8888888 666 333 3 55 6 77 2 2 000 22 5 777 77 2 666666 2 444 2 5 3 7 5
consensus : AATGAA-GAA-TT----AAAT----G-G-GG--T--CATTTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
Reference ( family-1141 ) : AATGAA-GAA-TT----AAAT----G-G-GN--T--CATTTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-T-N-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
gi|1 : AATGAA-GAACTT----AAAT----A-G-GGAAT--CATT-AC---A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--
gi|1 : c-----GGGG---G---G--G-GA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CC------A-T---C-TG-A-G-AG-ACAAggggggggggggggggggggggggggggggaatttcattcaacctttgcagaaatatgccatctgagagacaaaaagtaa
gi|10 : caatgaagaacttaaatagggaatcattacataatttggggggggggggggggggggggggggggAATGAA-GAA-CT----GAAT----G-G-GG--T--TCTTTAC-A-A--TAA-TTT-----GGAA---A---C--A-AT----T-----T-TT---TA---T-TC--AA-CC--TT-A-GCCG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAaaagtaa
gi|11 : taAATGAA-GAA-CTTA--AAAT----G-GAGA--T--C--TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----AA----T-GT---CA---T-TC--AA-CT--TT-T-GCAGAT-AA--A-T-A-T--G-CC------A-T-----TG-A-A-agt
gi|12 : AATGAA-GAA-TT----AAAT----G-G-GT--T--T-CTTAC-C-A--AAA-TTT-----GAAA---A---A--A-AA----A--------T---CC---T-TC--AA-CT--TT-T--CAGAGAAA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAgaaaataa
gi|13 : aAATGAA-GAAATT----GAAT----G-A-GG--T--TAATTAC-A-A--TCA-TTT-----GGA-----------A-AA----A-----T-TTTT-CA---T-TC--AA-CC--TT-TGGCAG---AA--A-T-T-T--G--T------A-T---C-TG-A-A-AC-aga
gi|14 : aAATGA--GAA-TT----GAAT----A-G-GG--T--CATT-AC-A-A--TA--TTT-----GAAA---A------A-AA----A-----TATT---CA---T-TC--AA-CC--TTCT-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-ACAAagtaa
gi|15 : AATGAA-GA--TT----GAAT----G-G-GT--T--AAT--AC-A-A--TAA-TTT-----GAA-----------A-CA----A-----T-TTTTGCA---T-TC--AA-TC--CT-T-GCAG---AA--A-T-T-T----CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagt
gi|16 : aAATGAG-GAA-TT----GAAG----GAG-GT--T--CATT-AC-A-A--TAA-TTT-----GGTA---A---A--A-AG----G-----T-TT---TA---T-TC--AC-AC--TT-T-GCAA---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-GCAAtaaag
gi|17 : AATGAA-GAA-TT----AAAT----G-G-GT--T--CATTTAC-T-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC---A-CC--TC-T-GCAG---AA--A-T-T-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGTag
gi|18 : TGAA-GAA-T-----GAAT----G-G-GG--TTTC-CTTAC-T-A--TAA-TTT-----TGGA---A------A-AA----A-----G-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG----A--A-T-C-T--A-CT------A-T---C-TG-A-A-ACTACAA
gi|19 : TAAA-GAA-TT----AAATG---G-G-GA--T--CA-TTAT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----T-----T-TT---TATGGT-TC--AACCC--TT-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-AT------A-TC--C-TG-A-A-Aaag
gi|2 : AATGAA-GAA-TTTTAAAAAT----G-G-GGA-G--CATT-AC-C-A--TAA-TTT-----AGGG---G---T--A-AA----------T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-C-GCAG---AA--A-T-A-TTAG-CT------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAg
gi|20 : aA-TT----AAAT----G-G-GG--TT-CATT-AC-C-A--TAA-TTT-----GGAA---AAATA--A-AA----A-----T-TT----A---T-TC---A-CC--T-----CAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A--ACAAagta
gi|21 : tgagAATGAA-GA--TT----GAAT----G-G-GT--T--C---TAC-A-A--TA--TTT-----GAAA---T---A--A-AT----C-----T-TT---TA---T-T---AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-T---T--G-CT------A-T---C-TT-A-A-A--ACAAagta
gi|22 : taA-GAA-TT----GAAA----G-G-GT--T--CATT-ACAC-A---AA-TTT-----GGAA----------A-CA----A-----T-TTT--CA---A-TC--AA-A---TT-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---CTTG-A-A-AC--CAAaa
gi|23 : T----AAAT----G-G-GGA-T--CATT-AT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--G-GGGGGGA-----T-TG---CA---T-TC--AA-CC--AT-T-GCAG---AA--A-T-C-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAag
gi|24 : -TT----AAAT----G-G-GA--T--CAT--AC-C-GATTAA-GTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TC--------T-TC--AA-CC--TT-T-GCGG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C--G-A-A-AC-ACAA
gi|25 : ----G-G-GT--T--CATT-AC-T-A--TGA-TTT-----GGGA---A---A--C-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TC-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-C-------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAcagt
gi|26 : atgGAA-GAA-T-----AAAT----G-G-GGA-T--CAATTAC-C-A--TAA-TTT-----TGGG---G---G--A-AA----A-----A-TT---TA---T-TC--AA--C--TT-T-GCAG---CA--A-T-A-T--G-CT------A-T-----TG-A-agt
gi|27 : AATGGA-GA--TT----GAAT----G-G-GG--TT-CATT-AC-A-A--TGA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----A-------TT---CA---T-T---AA-----TA-T-GC-----------T-A-G--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-AC
gi|28 : TTAC-A-A--GAA-TTC-----G-------------A-AA----ACAATTT-TT---CA---T-TC--AA-AT--TT-C-GCAG---AA--A-T-A-T--T-CT------C-T---C-TG-
gi|29 : ggatggggtcgccctgtcgAATGAA-GAA-TT----GAAT----G-G-GG--T--TCGTTAC-A-A--TAA-CAT-----GGA---------------------------------------------------------AG---AA--A-T-G-T--G-TT------A-T---C-TG-A-A-CC-ACAA
gi|3 : ttATGAA-GAA-TT----AAATG---G-G-GT--T--CA-TTAC-TGA--AAA-TTA-----GGGG---G---G--G-GG----A-------TT---CA---T-TC---A-CC--TC-T-GCAG---AAATA-T-A-T--G-CTATCTAGA-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagtaag
gi|30 : AATGAA-GAA-TT----AAAT----A-G-GAGAT--CATT-AC-C-A--TAA-TTTA----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TTC--CA---T-TCAGAA-CC--TT-T-GCAG---Aagta
gi|31 : TTTAC-C-A--CAA-TTT-----GGAG---A---A--A-AA----A-----A-TT---CA---T-TT--AA-AC--TT-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A
gi|32 : c--TC-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAatga
gi|33 : T-T-GCAG---AA--A-T-A-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-GCAAagta
gi|4 : ATGAA-GAA-TT----AAAT----G-G-GG----------AT-C-A--TGA-GTT-----GGGGA--A---A--A-AA----A-----T-TT---TA---T-TCAAAA-CCTTTT-T-GCGG---AAT-A-T-A-T--G-CT------A-TCTCC-TG-ATA-AC-ACAAagta
gi|5 : acAATGAACGAAGTT----AAAT----G-G-GAA-T--CATT-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-T-GCAG---AA--ATT-A-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagcaa
gi|6 : ATGAA-GAA-TT----AATT----G-G-GGAAT--CATTTAC-C-AC-TTA-TTT-----GGGG---G---GCGA-AA----A-----T------CA---T-TC--AA-CC--TA-T-GCAGA--AA--A-TAT-T--GCCT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagta
gi|7 : AACGAA-G---TT----AAAT----G-G-GAA-T--CATT-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-T-GCAG---AA--ATT-A-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagca
gi|8 : tgAATGAA-GAA-TT----AAATG---G-G-GA--T--C--TTAC-A-T--TAA-TTT-----GGGGAA-A---A--A-AA----A-----T-TT---CA---TATC--AACCC--TT-T-AC-G---AA--A-T-A----G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-AAAAGTagta
gi|9 : a-TT----AAATTTGGG-G-AA--T--CATT-AC-A-T--TAA-CTCTCGCGGGGGTGCG---G--G-GG----A-----T-CG---CA---T-TC--AA-GC--AT-T-GCAG---AAC-A-T-CCT--G-CT------AAT---C-TG-A-A-AC-ACAAa
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 1111111111
lowQualScore : 1 4 5555 11 00000000000000000 555 33 2 44444 5555555555 2 2222 4444444 666 222 1 33 2 11 1 1 555 44 2 2 11 1 333333 1 333 1 2 1 2 1
lowQualScore : . . .... .. ................. ... .. . ..... .......... . .... ....... ... ... . .. . .. . . ... .. . . .. . ...... . ... . . . . .
lowQualScore : 7 4 0000 88 77777777777777777 111 11 6 44444 1111111111 6 7777 8888888 666 333 3 55 6 77 2 2 000 22 5 5 77 2 666666 2 444 2 5 3 7 5
consensus : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG--T--CAT-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
Reference ( family-1141 ) : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG--T--CAT-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
gi|1 : AATGAA-GAACTT----AAAT--AGGGAAT--CAT-------T-AC---A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--
gi|1 : c-----GGGG---G---G--G-GA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-G-AG-ACAAggggggggggggggggggggggggggggggaatttcattcaacctttgcagaaatatgccatctgagagacaaaaagtaa
gi|10 : caatgaagaacttaaatagggaatcattacataatttggggggggggggggggggggggggggggAATGAA-GAA-CT----GAAT--GGGG--T--TCT-------TTAC-A-A--TAA-TTT-----GGAA---A---C--A-AT----T-----T-TT---TA---T-TC--AA-CC--TT-A-GCCG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAaaagtaa
gi|11 : taAATGAA-GAA-CTTA--AAAT--GGAGA-T--C---------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----AA----T-GT---CA---T-TC--AA-CT--TT-T-GCAGAT-AA--A-TA-T--G-CC------A-T-----TG-A-A-agt
gi|12 : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGT--T--T-C-------TTAC-C-A--AAA-TTT-----GAAA---A---A--A-AA----A--------T---CC---T-TC--AA-CT--TT-T--CAGAGAAA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAgaaaataa
gi|13 : aAATGAA-GAAATT----GAAT--GAGG--T--TAA-------TTAC-A-A--TCA-TTT-----GGA-----------A-AA----A-----T-TTTT-CA---T-TC--AA-CC--TT-TGGCAG---AA--A-TT-T--G--T------A-T---C-TG-A-A-AC-aga
gi|14 : aAATGA--GAA-TT----GAAT--AGGG--T--CAT-------T-AC-A-A--TA--TTT-----GAAA---A------A-AA----A-----TATT---CA---T-TC--AA-CC--TTCT-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-ACAAagtaa
gi|15 : AATGAA-GA--TT----GAAT--GGGT--T--AAT---------AC-A-A--TAA-TTT-----GAA-----------A-CA----A-----T-TTTTGCA---T-TC--AA-TC--CT-T-GCAG---AA--A-T--T--T-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagt
gi|16 : aAATGAG-GAA-TT----GAAG--GAGG--TT-CAT-------T-AC-A-A--TAA-TTT-----GGTA---A---A--A-AG----G-----T-TT---TA---T-TC--AC-AC--TT-T-GCAA---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-GCAAtaaag
gi|17 : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGT--T--CAT-------TTAC-T-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC---A-CC--TC-T-GCAG---AA--A-TT-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGTag
gi|18 : TGAA-GAA-T-----GAAT--GGGG--TTTC-C-------TTAC-T-A--TAA-TTT-----TGGA---A------A-AA----A-----G-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG----A--A-TC-T--A-CT------A-T---C-TG-A-A-ACTACAA
gi|19 : TAAA-GAA-TT----AAAT--GGGGA-T--CA--------TTAT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----T-----T-TT---TATGGT-TC--AACCC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-AT------A-TC--C-TG-A-A-Aaag
gi|2 : AATGAA-GAA-TTTTAAAAAT--GGGGA-G--CAT-------T-AC-C-A--TAA-TTT-----AGGG---G---T--A-AA----------T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-C-GCAG---AA--A-TA-TTAG-CT------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAg
gi|20 : aA-TT----AAAT--GGGGT-T--CA--------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGAA---AAATA--A-AA----A-----T-TT----A---T-TC---A-CC--T-----CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A--ACAAagta
gi|21 : tgagAATGAA-GA--TT----GAAT--GGGT--T--C----------TAC-A-A--TA--TTT-----GAAA---T---A--A-AT----C-----T-TT---TA---T-T---AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-T--T--G-CT------A-T---C-TT-A-A-A--ACAAagta
gi|22 : taA-GAA-TT----GAAA--GGGT--T--CAT-------T-ACAC-A---AA-TTT-----GGAA----------A-CA----A-----T-TTT--CA---A-TC--AA-A---TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---CTTG-A-A-AC--CAAaa
gi|23 : T----AAAT--GGGGA-T--CAT-------T-AT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--G-GGGGGGA-----T-TG---CA---T-TC--AA-CC--AT-T-GCAG---AA--A-TC-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAag
gi|24 : -TT----AAAT--GGGA--T--CAT---------AC-C-GATTAA-GTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TC--------T-TC--AA-CC--TT-T-GCGG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C--G-A-A-AC-ACAA
gi|25 : AT--GGGG--TT-CAT-------T-AC-T-A--TGA-TTT-----GGGA---A---A--C-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TC-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-C-------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAcagt
gi|26 : GAA-GAA-T-----AAAT--GGGGA-T--CAA-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----TGGG---G---G--A-AA----A-----A-TT---TA---T-TC--AA--C--TT-T-GCAG---CA--A-TA-T--G-CT------A-T-----TG-A-agt
gi|27 : AATGGA-GA--TT----GAAT--GGGGT-T--CA--------TTAC-A-A--TGA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----A-------TT---CA---T-T---AA-----TA-T-GC-----------TA-G--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-AC
gi|28 : AT--GGGG--T--CGCCCTGTCGTTAC-A-A--GAA-TTC-----G-------------A-AA----ACAATTT-TT---CA---T-TC--AA-AT--TT-C-GCAG---AA--A-TA-T--T-CT------C-T---C-TG-
gi|29 : ggAATGAA-GAA-TT----GAAT--GGGG--T--TCG-------TTAC-A-A--TAA-CAT-----GGA---------------------------------------------------------AG---AA--A-TG-T--G-TT------A-T---C-TG-A-A-CC-ACAA
gi|3 : ttATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGGT-T--CA--------TTAC-TGA--AAA-TTA-----GGGG---G---G--G-GG----A-------TT---CA---T-TC---A-CC--TC-T-GCAG---AAATA-TA-T--G-CTATCTAGA-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagtaag
gi|30 : AATGAA-GAA-TT----AAAT--AGGAGAT--CAT-------T-AC-C-A--TAA-TTTA----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TTC--CA---T-TCAGAA-CC--TT-T-GCAG---Aagta
gi|31 : T-------TTAC-C-A--CAA-TTT-----GGAG---A---A--A-AA----A-----A-TT---CA---T-TT--AA-AC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A
gi|32 : c--TC-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAatga
gi|33 : T-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-GCAAagta
gi|4 : ATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG-----------------AT-C-A--TGA-GTT-----GGGGA--A---A--A-AA----A-----T-TT---TA---T-TCAAAA-CCTTTT-T-GCGG---AAT-A-TA-T--G-CT------A-TCTCC-TG-ATA-AC-ACAAagta
gi|5 : acAATGAACGAAGTT----AAAT--GGGAA-T--CAT-------T-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-T-GCAG---AA--ATTA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagcaa
gi|6 : ATGAA-GAA-TT----AATT--GGGGAAT--CAT-------TTAC-C-AC-TTA-TTT-----GGGG---G---GCGA-AA----A-----T------CA---T-TC--AA-CC--TA-T-GCAGA--AA--A-TATT--GCCT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagta
gi|7 : AACGAA-G---TT----AAAT--GGGAA-T--CAT-------T-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-T-GCAG---AA--ATTA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagca
gi|8 : tgAATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGGA-T--C---------TTAC-A-T--TAA-TTT-----GGGGAA-A---A--A-AA----A-----T-TT---CA---TATC--AACCC--TT-T-AC-G---AA--A-TA----G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-AAAAGTagta
gi|9 : a-TT----AAATTTGGGGAAT--CAT-------T-AC-A-T--TAA-CTCTCGCGGGGGTGCG---G--G-GG----A-----T-CG---CA---T-TC--AA-GC--AT-T-GCAG---AAC-A-TCCT--G-CT------AAT---C-TG-A-A-AC-ACAAa
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 1111111111
lowQualScore : 1 4 5555 11 00000000000000000 555 33 2 44444 5555555555 2 2222 4444444 666 222 1 33 2 11 1 1 555 44 2 2 11 1 333333 1 333 1 2 1 2 1
lowQualScore : . . .... .. ................. ... .. . ..... .......... . .... ....... ... ... . .. . .. . . ... .. . . .. . ...... . ... . . . . .
lowQualScore : 7 4 0000 88 77777777777777777 111 11 6 44444 1111111111 6 7777 8888888 666 333 3 55 6 77 2 2 000 22 5 5 77 2 666666 2 444 2 5 3 7 5
consensus : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG--T--CAT-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
Reference ( family-1141 ) : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG--T--CAT-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
gi|1 : AATGAA-GAACTT----AAAT--AGGGAAT--CAT-------T-AC---A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--
gi|1 : c-----GGGG---G---G--G-GA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-G-AG-ACAAggggggggggggggggggggggggggggggaatttcattcaacctttgcagaaatatgccatctgagagacaaaaagtaa
gi|10 : caatgaagaacttaaatagggaatcattacataatttggggggggggggggggggggggggggggAATGAA-GAA-CT----GAAT--GGGG--T--TCT-------TTAC-A-A--TAA-TTT-----GGAA---A---C--A-AT----T-----T-TT---TA---T-TC--AA-CC--TT-A-GCCG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAaaagtaa
gi|11 : taAATGAA-GAA-CTTA--AAAT--GGAGA-T--C---------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----AA----T-GT---CA---T-TC--AA-CT--TT-T-GCAGAT-AA--A-TA-T--G-CC------A-T-----TG-A-A-agt
gi|12 : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGT--T--T-C-------TTAC-C-A--AAA-TTT-----GAAA---A---A--A-AA----A--------T---CC---T-TC--AA-CT--TT-T--CAGAGAAA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAgaaaataa
gi|13 : aAATGAA-GAAATT----GAAT--GAGG--T--TAA-------TTAC-A-A--TCA-TTT-----GGA-----------A-AA----A-----T-TTTT-CA---T-TC--AA-CC--TT-TGGCAG---AA--A-TT-T--G--T------A-T---C-TG-A-A-AC-aga
gi|14 : aAATGA--GAA-TT----GAAT--AGGG--T--CAT-------T-AC-A-A--TA--TTT-----GAAA---A------A-AA----A-----TATT---CA---T-TC--AA-CC--TTCT-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-ACAAagtaa
gi|15 : AATGAA-GA--TT----GAAT--GGGT--T--AAT---------AC-A-A--TAA-TTT-----GAA-----------A-CA----A-----T-TTTTGCA---T-TC--AA-TC--CT-T-GCAG---AA--A-T--T--T-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagt
gi|16 : aAATGAG-GAA-TT----GAAG--GAGG--TT-CAT-------T-AC-A-A--TAA-TTT-----GGTA---A---A--A-AG----G-----T-TT---TA---T-TC--AC-AC--TT-T-GCAA---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-GCAAtaaag
gi|17 : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGT--T--CAT-------TTAC-T-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC---A-CC--TC-T-GCAG---AA--A-TT-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGTag
gi|18 : TGAA-GAA-T-----GAAT--GGGG--TTTC-C-------TTAC-T-A--TAA-TTT-----TGGA---A------A-AA----A-----G-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG----A--A-TC-T--A-CT------A-T---C-TG-A-A-ACTACAA
gi|19 : TAAA-GAA-TT----AAAT--GGGGA-T--CA--------TTAT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----T-----T-TT---TATGGT-TC--AACCC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-AT------A-TC--C-TG-A-A-Aaag
gi|2 : AATGAA-GAA-TTTTAAAAAT--GGGGA-G--CAT-------T-AC-C-A--TAA-TTT-----AGGG---G---T--A-AA----------T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-C-GCAG---AA--A-TA-TTAG-CT------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAg
gi|20 : aA-TT----AAAT--GGGGT-T--CA--------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGAA---AAATA--A-AA----A-----T-TT----A---T-TC---A-CC--T-----CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A--ACAAagta
gi|21 : tgagAATGAA-GA--TT----GAAT--GGGT--T--C----------TAC-A-A--TA--TTT-----GAAA---T---A--A-AT----C-----T-TT---TA---T-T---AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-T--T--G-CT------A-T---C-TT-A-A-A--ACAAagta
gi|22 : taA-GAA-TT----GAAA--GGGT--T--CAT-------T-ACAC-A---AA-TTT-----GGAA----------A-CA----A-----T-TTT--CA---A-TC--AA-A---TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---CTTG-A-A-AC--CAAaa
gi|23 : T----AAAT--GGGGA-T--CAT-------T-AT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--G-GGGGGGA-----T-TG---CA---T-TC--AA-CC--AT-T-GCAG---AA--A-TC-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAag
gi|24 : -TT----AAAT--GGGA--T--CAT---------AC-C-GATTAA-GTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TC--------T-TC--AA-CC--TT-T-GCGG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C--G-A-A-AC-ACAA
gi|25 : AT--GGGG--TT-CAT-------T-AC-T-A--TGA-TTT-----GGGA---A---A--C-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TC-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-C-------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAcagt
gi|26 : GAA-GAA-T-----AAAT--GGGGA-T--CAA-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----TGGG---G---G--A-AA----A-----A-TT---TA---T-TC--AA--C--TT-T-GCAG---CA--A-TA-T--G-CT------A-T-----TG-A-agt
gi|27 : AATGGA-GA--TT----GAAT--GGGGT-T--CA--------TTAC-A-A--TGA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----A-------TT---CA---T-T---AA-----TA-T-GC-----------TA-G--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-AC
gi|28 : AT--GGGG--T--CGCCCTGTCGTTAC-A-A--GAA-TTC-----G-------------A-AA----ACAATTT-TT---CA---T-TC--AA-AT--TT-C-GCAG---AA--A-TA-T--T-CT------C-T---C-TG-
gi|29 : ggAATGAA-GAA-TT----GAAT--GGGG--T--TCG-------TTAC-A-A--TAA-CAT-----GGA---------------------------------------------------------AG---AA--A-TG-T--G-TT------A-T---C-TG-A-A-CC-ACAA
gi|3 : ttATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGGT-T--CA--------TTAC-TGA--AAA-TTA-----GGGG---G---G--G-GG----A-------TT---CA---T-TC---A-CC--TC-T-GCAG---AAATA-TA-T--G-CTATCTAGA-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagtaag
gi|30 : AATGAA-GAA-TT----AAAT--AGGAGAT--CAT-------T-AC-C-A--TAA-TTTA----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TTC--CA---T-TCAGAA-CC--TT-T-GCAG---Aagta
gi|31 : T-------TTAC-C-A--CAA-TTT-----GGAG---A---A--A-AA----A-----A-TT---CA---T-TT--AA-AC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A
gi|32 : c--TC-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAatga
gi|33 : T-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-GCAAagta
gi|4 : ATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG-----------------AT-C-A--TGA-GTT-----GGGGA--A---A--A-AA----A-----T-TT---TA---T-TCAAAA-CCTTTT-T-GCGG---AAT-A-TA-T--G-CT------A-TCTCC-TG-ATA-AC-ACAAagta
gi|5 : acAATGAACGAAGTT----AAAT--GGGAA-T--CAT-------T-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-T-GCAG---AA--ATTA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagcaa
gi|6 : ATGAA-GAA-TT----AATT--GGGGAAT--CAT-------TTAC-C-AC-TTA-TTT-----GGGG---G---GCGA-AA----A-----T------CA---T-TC--AA-CC--TA-T-GCAGA--AA--A-TATT--GCCT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagta
gi|7 : AACGAA-G---TT----AAAT--GGGAA-T--CAT-------T-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-T-GCAG---AA--ATTA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagca
gi|8 : tgAATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGGA-T--C---------TTAC-A-T--TAA-TTT-----GGGGAA-A---A--A-AA----A-----T-TT---CA---TATC--AACCC--TT-T-AC-G---AA--A-TA----G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-AAAAGTagta
gi|9 : a-TT----AAATTTGGGGAAT--CAT-------T-AC-A-T--TAA-CTCTCGCGGGGGTGCG---G--G-GG----A-----T-CG---CA---T-TC--AA-GC--AT-T-GCAG---AAC-A-TCCT--G-CT------AAT---C-TG-A-A-AC-ACAAa
blockSeqs : C A TTAA TT TCGCCCTGTCGTT AC AT A TCGCG AAATA G GGGG CAATTT TTG TGG A AG C TT C G AGA AT T T TA C ATCTAG A CTC T A T C T
blockSeqs : . G TA . AATCATTT TG C A A TGCGG G . AT TT . . AA C . . . AT T T C . . . . C . A . C .
blockSeqs : . . . . TTTCCTT A . . . GGCG . . TA T . . . . . . . A C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATCAATT C . . . AAAA . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GATCATT C . . . AAA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AATCATT A . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCTTT A . . . AC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTAATT A . . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCATT A . . . AA . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TCATTT T . . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATCATT T . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCATT C . . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCATT C . . . GT . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATCATT C . . . TA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCATT A . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCATT C . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCGTT C . . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCATT T . . . GG . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATCATT C . . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATCATT A . . . GG . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATCTT A . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTCTT A . . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TCATT C . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TCATT C . . . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATCTT C . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TAAT C . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TCAT C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TCT C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TTCATT*********** C**
originalCons : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGG--T--CAT-------TTAC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
finalCons : AATGAA-GAA-TT----AAAT--GGGGTTCATT-----------ACC--A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-T-GCAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111111
lowQualScore : 1 4 5555 222 1 222222222 33 1 555 33 2 44444 4444444444 2 2222 4444444 666 222 1 33 2 11 1 1 555 44 2 2 11 1 333333 1 333 1 2 1 2 1
lowQualScore : . . .... ... . ......... .. . ... .. . ..... .......... . .... ....... ... ... . .. . .. . . ... .. . . .. . ...... . ... . . . . .
lowQualScore : 7 4 0000 333 3 222222222 66 3 111 11 6 44444 1111111111 6 7777 8888888 666 333 3 55 6 77 2 2 000 22 5 5 77 2 666666 2 444 2 5 3 7 5
consensus : AATGAA-GAA-TT----AAAT---GGG-G-N-------TCA-TT-AC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
Reference ( family-1141 ) : AATGAA-GAA-TT----AAAT---GGG-G-T-------TCA-TT-AC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGT
gi|1 : AATGAA-GAACTT----AAAT---AGG-G-AA------TCA-TT-AC---A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--
gi|1 : c-----GGGG---G---G--G-GA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-G-AG-ACAAggggggggggggggggggggggggggggggaatttcattcaacctttgcagaaatatgccatctgagagacaaaaagtaa
gi|10 : caatgaagaacttaaatagggaatcattacataatttggggggggggggggggggggggggggggAATGAA-GAA-CT----GAAT---GGG-G-T-------TCT-TT-AC-A-A--TAA-TTT-----GGAA---A---C--A-AT----T-----T-TT---TA---T-TC--AA-CC--TT-AG-CCG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAaaagtaa
gi|11 : taAATGAA-GAA-CTTA--AAAT---GGA-G-A-------TC--TT-AC-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----AA----T-GT---CA---T-TC--AA-CT--TT-TG-CAGAT-AA--A-TA-T--G-CC------A-T-----TG-A-A-agt
gi|12 : AATGAA-GAA-TT----AAAT---GGG-T-T-------TC--TT-AC-C-A--AAA-TTT-----GAAA---A---A--A-AA----A--------T---CC---T-TC--AA-CT--TT-T--CAGAGAAA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAgaaaataa
gi|13 : aAATGAA-GAAATT----GAAT---GAG-G-T-------TAA-TT-AC-A-A--TCA-TTT-----GGA-----------A-AA----A-----T-TTTT-CA---T-TC--AA-CC--TT-TGGCAG---AA--A-TT-T--G--T------A-T---C-TG-A-A-AC-aga
gi|14 : aAATGA--GAA-TT----GAAT---AGG-G-T--------CA-TT-AC-A-A--TA--TTT-----GAAA---A------A-AA----A-----TATT---CA---T-TC--AA-CC--TTCTG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-ACAAagtaa
gi|15 : AATGAA-GA--TT----GAAT---GGG-----------TTA-AT-AC-A-A--TAA-TTT-----GAA-----------A-CA----A-----T-TTTTGCA---T-TC--AA-TC--CT-TG-CAG---AA--A-T--T--T-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagt
gi|16 : aAATGAG-GAA-TT----GAAG---GAG-G-T-------TCA-TT-AC-A-A--TAA-TTT-----GGTA---A---A--A-AG----G-----T-TT---TA---T-TC--AC-AC--TT-TG-CAA---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-GCAAtaaag
gi|17 : AATGAA-GAA-TT----AAAT----GG-G-T-------TCATTT-AC-T-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TT---CA---T-TC---A-CC--TC-TG-CAG---AA--A-TT-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAGTag
gi|18 : TGAA-GAA--T----GAAT---GGG-GTT-------TCC-TT-AC-T-A--TAA-TTT------TGG---A---A--A-AA----A-----G-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-TG-CAG----A--A-TC-T--A-CT------A-T---C-TG-A-A-ACTACAA
gi|19 : TAAA-GAA-TT----AAAT---GGG-G-A-------TCA-TT-AT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----T-----T-TT---TATGGT-TC--AACCC--TT-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-AT------A-TC--C-TG-A-A-Aaag
gi|2 : AATGAA-GAA-TTTTAAAAAT---GGG-G-A-------GCA-TT-AC-C-A--TAA-TTT-----AGGG---G---T--A-AA----------T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TT-CG-CAG---AA--A-TA-TTAG-CT------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAg
gi|20 : aA-TT----AAAT---GGG-G-T-------TCA-TT-AC-C-A--TAA-TTT-----GGAA---AAATA--A-AA----A-----T-TT----A---T-TC---A-CC--T-----CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A--ACAAagta
gi|21 : tgagAATGAA-GA--TT----GAAT---GGG---T-------TC---T-AC-A-A--TA--TTT-----GAAA---T---A--A-AT----C-----T-TT---TA---T-T---AA-CC--TT-TG-CAG---AA--A-T--T--G-CT------A-T---C-TT-A-A-A--ACAAagta
gi|22 : taA-GAA-TT----GAA----AGG-G-T-------TCA-TT-ACAC-A---AA-TTT-----GGAA----------A-CA----A-----T-TTT--CA---A-TC--AA-A---TT-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---CTTG-A-A-AC--CAAaa
gi|23 : T----AAAT---GGG-G-A-------TCA-TT-AT-C-A--TAA-TTT-----GGGG---G---G--G-GGGGGGA-----T-TG---CA---T-TC--AA-CC--AT-TG-CAG---AA--A-TC-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAag
gi|24 : -TT----AAAT---GGG-A-T--------CA-T--AC-C-GATTAA-GTT-----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TC--------T-TC--AA-CC--TT-TG-CGG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C--G-A-A-AC-ACAA
gi|25 : AT---GGG-G-T-------TCA-TT-AC-T-A--TGA-TTT-----GGGA---A---A--C-AA----A-----T-TT---CA---T-TC--AA-CC--TC-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-C-------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAcagt
gi|26 : GAA-GAA-T-----AAAT---GGG-G-A-------TCAATT-AC-C-A--TAA-TTT-----TGGG---G---G--A-AA----A-----A-TT---TA---T-TC--AA--C--TT-TG-CAG---CA--A-TA-T--G-CT------A-T-----TG-A-agt
gi|27 : AATGGA-GA--TT----GAAT---GGG-G-T-------TCA-TT-AC-A-A--TGA-TTT-----GGGG---A---A--A-AA----A-------TT---CA---T-T---AA-----TA-TG-C-----------TA-G--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-AC
gi|28 : AT---GGG-G-TCGCCCTGTCG-TT-AC-A-A--GAA-TTC-----G-------------A-AA----ACAATTT-TT---CA---T-TC--AA-AT--TT-CG-CAG---AA--A-TA-T--T-CT------C-T---C-TG-
gi|29 : ggAATGAA-GAA-TT----GAAT---GGG-G-T-------TCG-TT-AC-A-A--TAA-CAT-----GGA---------------------------------------------------------AG---AA--A-TG-T--G-TT------A-T---C-TG-A-A-CC-ACAA
gi|3 : ttATGAA-GAA-TT----AAAT---GGG-G-T-------TCA-TT-AC-TGA--AAA-TTA-----GGGG---G---G--G-GG----A-------TT---CA---T-TC---A-CC--TC-TG-CAG---AAATA-TA-T--G-CTATCTAGA-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagtaag
gi|30 : AATGAA-GAA-TT----AAAT---AGGAG-A-------TCA-TT-AC-C-A--TAA-TTTA----GGGG---G---G--A-AA----A-----T-TTC--CA---T-TCAGAA-CC--TT-TG-CAG---Aagta
gi|31 : -TT-AC-C-A--CAA-TTT-----GGAG---A---A--A-AA----A-----A-TT---CA---T-TT--AA-AC--TT-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-A
gi|32 : ct--TC-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TGAA-A-AC-ACAAatga
gi|33 : T-TG-CAG---AA--A-TA-T--G-CT------A-T---C-TG-A-A-GC-GCAAagta
gi|4 : ATGAA-GAA-TT----AAAT---GGG-G----------------AT-C-A--TGA-GTT-----GGGGA--A---A--A-AA----A-----T-TT---TA---T-TCAAAA-CCTTTT-TG-CGG---AAT-A-TA-T--G-CT------A-TCTCC-TG-ATA-AC-ACAAagta
gi|5 : acAATGAACGAAGTT----AAAT---GGG-A-A-------TCA-TT-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-TG-CAG---AA--ATTA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagcaa
gi|6 : ATGAA-GAA-TT----AATT---GGG-G-AA------TCA-TTTAC-C-AC-TTA-TTT-----GGGG---G---GCGA-AA----A-----T------CA---T-TC--AA-CC--TA-TG-CAGA--AA--A-TATT--GCCT------A-T---C-TG-A-A-AC-ACAAagta
gi|7 : AACGAA-G---TT----AAAT---GGG-A-A-------TCA-TT-GC-C-A--TAAATTT-----GGGG---G---G--GGAA----A-----T-TT---CA---T-TC--AC-CT--TT-TG-CAG---AA--ATTA-T--G-CC------A-T---C-TG-A-A-AG-ACAAagca
gi|8 : tgAATGAA-GAA-TT----AAAT---GGG-G-A-------TC--TT-AC-A-T--TAA-TTT-----GGGGAA-A---A--A-AA----A-----T-TT---CA---TATC--AACCC--TT-TA-C-G---AA--A-TA----G-CT------A-T---C-TG-A-ACAC-AAAAGTagta
gi|9 : a-TT----AAATTTGGGG-A-A-------TCA-TT-AC-A-T--TAA-CTCTCGCGGGGGTGCG---G--G-GG----A-----T-CG---CA---T-TC--AA-GC--AT-TG-CAG---AAC-A-TCCT--G-CT------AAT---C-TG-A-A-AC-ACAAa