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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACTCCGCTCCAACACACATTGAGTAACCTCGGTCCGGGTCACAGGTCGGGGTTTTTGGTTACCTCTCTTTC
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Reference ( family-114 )      :       ACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-114 )      :       ACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|1                          :        CCTCCGC-TC-AATAATTG--A-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCCGG-TTTCAGC-AGGT---CCAGGGG
gi|10                         :       ATCTCTGC-TC-AAT-ATTG--G-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCGGG-TCACA-G-G--T---CAGGGGGgttttttggtaactcttcc
gi|12                         :       ACCACTTC-TC-AATACTTGCGG-G----T-A--AAACTGATGT--TCGGC-TAACA-C-A--T---ACGGGGGttttgtact
gi|13                         :     atACCTCTAC-TC-AAT-CTCG--GTG----T-A--AAGCTG-TGT--TCGGGTTTACA-C-AT-T---ACAGGG
gi|14                         :      tatCTCCGC-TC-AAT-ATTG--GCG----C-A--AC-CT--TGT--CCGGG-TCACA-G-G--T----CAGGGGa
gi|16                         :       ACCTCCGC-TC-AAT-ATAG--G-G----T-A--AA-CCT-TGT--CCGGG-TCActtgtactct
gi|17                         :        CCTCTGT-TC-AAT-ATTT--G-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCGGG-TCACA-G-G--T---CAGGGGGgggggtttggtaacctc
gi|18                         :           CTAC-TA-AAT-CTTG--G-A----T-C--AA-CTG-CAT--TCGGG-CTACG-C-A--T---CCGGGGtttgg
gi|19                         : acacacACCCTTTC-TC-AAT-CTTG--T-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TAACA-C-C--T---AAGGGGGat
gi|20                         :     atACCTCTGC-TT-TAT-CTTG--G-G----T-A--AT-CAG-CGT--TCGGG-TCACA-C-A--T---CCGGGGG
gi|21                         :     atACCTCTGC-CCTAAT-CTTG--G-G----TTA--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-CAA--T---ACGG
gi|22                         :     atACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCAGG-CTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|23                         :      tACCTCTGT-TT-AAT-TTTG--G-A----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|24                         :      tACCTCTGC-TCTAAT---TG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTCCA-C-A--T---ACGGGGG
gi|25                         :     atACCTCTGC-TC-A-T-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--CAGGT-TTTCA-C-A--T---ACGGGGG
gi|26                         :      atCCTCTGC-TC-AAT-CTTG--A-G----T-AAGAG-CTGTTGT--T--GA-TTTCA-C-A--T---ACGGGG
gi|27                         :     atACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--A-G----C-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTCCA-C-A--T---ACGGGGG
gi|28                         :       tCTTCTGCCTC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGG
gi|29                         :    atacCTTCTGCCTC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGtgtccactcggtg
gi|3                          :    atacCCTCCGC-TC-AAT-ATTG--G-GT---T-A--AA-CT--CGT--CCGGT-TCACA-G-G--T---CAGGGGGtgtccactcggtg
gi|30                         :       ATCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGtttggtacatgtactctcttt
gi|31                         :      tACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACAGGGG
gi|32                         :       ACCTCTAC-TT-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CGG-TGT--TCGGG-TTACA-T-A--T---ACGGGGG
gi|33                         :       ACCTCTGT-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|34                         :               -TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTT-CGT--CTGGG-TCACA-
gi|35                         :         CTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGAG-TTACA-C-A--T---ACGGGGGggtcaggaggtttgatac
gi|36                         :      tATCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AG-CTG-TGT--TCGAG-TTACA-C-A--T---ACGGG
gi|37                         :      tACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-G--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGG
gi|38                         :      tACCTCTGT-TC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTCCA-C-A--T---ACGG
gi|39                         :       ACCTCTGT-TC-AAT-CTTG--G-G----TAA--AA-CTG-CGT--TT-GG-TCACA-C-A--T---CCGGGa
gi|4                          :       ACCTCCGC-TC-AAT-ATTT--G-GAAGTT-A--AA-CC--CGTCGTCCGG-TCACA-G-G--T----CGGGG
gi|40                         :           CTGC-TC-AAT-ATTG--G-G----T-A--AA-CAG-CGT--TCGGG-TCACA-T-A--T---CCGGGGGttttggtactctct
gi|41                         :       ATCTCTGC-TC-AAC-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TAT--TCGGG-TTACA-C-A--T---
gi|42                         :            atC-TC-GAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TAACA-C-A--T---ACGGGG
gi|43                         :      tACCTCTGC-TC-AA--CTTG--A-G----T-A--AA-CTG------TCGG----CCA-C-A--T---ACGAG
gi|45                         :             at-TC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG---T--TCGGG-TTCTA-C-A--T---ACGGGGG
gi|46                         :                     T-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGAG-TTACA-C-A--T---GCGGGGG
gi|47                         :                     T-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TCACA-C-A--T---
gi|6                          :       ACCTCTGC-TC-AAT-ATTG--G-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCGGG-TCACA---A--TGTCAAGGGGGcc
gi|8                          :        CCTCTGC-TC-AAT-CACA--G-G----T-C--AA-CTG-CAT--CGGGG-TCACA-tttggtactct


blockSeqs                     :               C  T   A    CG T AAGT T AG  A   AT  CG     T     . A T  GTCA
blockSeqs                     :               C  T   .    .  C T    A .   G   TT  .      .     . . .  C   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  C   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  C   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  C   
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blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
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blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  C   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  C   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  A   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  G   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     . . .  .   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .  .   
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .      
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   T   .      .     . . .      
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     .          
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .     .          
blockSeqs                     :               .  .   .    .  . .    . .   .   C   .      .                
blockSeqs                     :                      .    .  . .    . .   .   .   .                       
blockSeqs                     :                      .    .  . .    . .   .   .   .                       


blockSeqCons                  :                                                                    **
originalCons                  :       ACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
finalCons                     :       ACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACTCCGCTCCAACACACATTGAGTAACCTCGGTCCGGGTCACAGGTCGGGGTTTTTGGTTACCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|5 ): CTCCGCTCAACTTATTGGAGTAAAACTTCGGTCCGGTGTCACAGGTCAGGGGGTTTGGTACTCTC
Unaligned ( gi|7 ): ATACCTCTACTCAGTCTTCCATTCGGGTCATAGGTCCGAGGAACTGGTACTCTCTTTCCA
Unaligned ( gi|9 ): CTCCGCTCATAATGAGTAAACCTCGTCCGGGTCACCGGTCAGGGGCGTGTGGTACTCTC
Unaligned ( gi|11 ): CCTCCGCTCAATAAGATACGCTCGTCGGGTCACAGGTCAGGGGGGTGTGGTACTCTC
Unaligned ( gi|15 ): GCTCAAGTATTGGGATAAACCTCGTCCGGGTCACAGGTCAGGGGTTTGTACTCTC
Unaligned ( gi|44 ): TACCTCCGCTCAATATTGGTAAACCCGTCGACACAGGTCA






Alignments
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lowQualScore                  :               .  .   .    .. . .... . ..  .   ..  ..     .     . . .. ....      
lowQualScore                  :               1  1   0    44 0 1111 0 44  0   55  44     1     1 1 77 2222      
consensus                     :       ACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
Reference ( family-114 )      :       ACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|1                          :        CCTCCGC-TC-AATAATTG--A-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCCGG-TTTCAGC-AGGT---CCAGGGG
gi|10                         :       ATCTCTGC-TC-AAT-ATTG--G-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCGGG-TCACA-G-G--T---CAGGGGGgttttttggtaactcttcc
gi|12                         :       ACCACTTC-TC-AATACTTGCGG-G----T-A--AAACTGATGT--TCGGC-TAACA-C-A--T---ACGGGGGttttgtact
gi|13                         :     atACCTCTAC-TC-AAT-CTCG--GTG----T-A--AAGCTG-TGT--TCGGGTTTACA-C-AT-T---ACAGGG
gi|14                         :      tatCTCCGC-TC-AAT-ATTG--GCG----C-A--AC-CT--TGT--CCGGG-TCACA-G-G--T----CAGGGGa
gi|16                         :       ACCTCCGC-TC-AAT-ATAG--G-G----T-A--AA-CCT-TGT--CCGGG-TCActtgtactct
gi|17                         :        CCTCTGT-TC-AAT-ATTT--G-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCGGG-TCACA-G-G--T---CAGGGGGgggggtttggtaacctc
gi|18                         :           CTAC-TA-AAT-CTTG--G-A----T-C--AA-CTG-CAT--TCGGG-CTACG-C-A--T---CCGGGGtttgg
gi|19                         : acacacACCCTTTC-TC-AAT-CTTG--T-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TAACA-C-C--T---AAGGGGGat
gi|20                         :     atACCTCTGC-TT-TAT-CTTG--G-G----T-A--AT-CAG-CGT--TCGGG-TCACA-C-A--T---CCGGGGG
gi|21                         :     atACCTCTGC-CCTAAT-CTTG--G-G----TTA--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-CAA--T---ACGG
gi|22                         :     atACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCAGG-CTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|23                         :      tACCTCTGT-TT-AAT-TTTG--G-A----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|24                         :      tACCTCTGC-TCTAAT---TG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTCCA-C-A--T---ACGGGGG
gi|25                         :     atACCTCTGC-TC-A-T-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--CAGGT-TTTCA-C-A--T---ACGGGGG
gi|26                         :      atCCTCTGC-TC-AAT-CTTG--A-G----T-AAGAG-CTGTTGT--T--GA-TTTCA-C-A--T---ACGGGG
gi|27                         :     atACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--A-G----C-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTCCA-C-A--T---ACGGGGG
gi|28                         :       tCTTCTGCCTC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGG
gi|29                         :    atacCTTCTGCCTC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGtgtccactcggtg
gi|3                          :    atacCCTCCGC-TC-AAT-ATTG--G-GT---T-A--AA-CT--CGT--CCGGT-TCACA-G-G--T---CAGGGGGtgtccactcggtg
gi|30                         :       ATCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGtttggtacatgtactctcttt
gi|31                         :      tACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACAGGGG
gi|32                         :       ACCTCTAC-TT-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CGG-TGT--TCGGG-TTACA-T-A--T---ACGGGGG
gi|33                         :       ACCTCTGT-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGGGGG
gi|34                         :               -TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTT-CGT--CTGGG-TCACA-
gi|35                         :         CTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGAG-TTACA-C-A--T---ACGGGGGggtcaggaggtttgatac
gi|36                         :      tATCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-A--AG-CTG-TGT--TCGAG-TTACA-C-A--T---ACGGG
gi|37                         :      tACCTCTGC-TC-AAT-CTTG--G-G----T-G--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTACA-C-A--T---ACGG
gi|38                         :      tACCTCTGT-TC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TTCCA-C-A--T---ACGG
gi|39                         :       ACCTCTGT-TC-AAT-CTTG--G-G----TAA--AA-CTG-CGT--TT-GG-TCACA-C-A--T---CCGGGa
gi|4                          :       ACCTCCGC-TC-AAT-ATTT--G-GAAGTT-A--AA-CC--CGTCGTCCGG-TCACA-G-G--T----CGGGG
gi|40                         :           CTGC-TC-AAT-ATTG--G-G----T-A--AA-CAG-CGT--TCGGG-TCACA-T-A--T---CCGGGGGttttggtactctct
gi|41                         :       ATCTCTGC-TC-AAC-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TAT--TCGGG-TTACA-C-A--T---
gi|42                         :            atC-TC-GAT-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGGG-TAACA-C-A--T---ACGGGG
gi|43                         :      tACCTCTGC-TC-AA--CTTG--A-G----T-A--AA-CTG------TCGG----CCA-C-A--T---ACGAG
gi|45                         :             at-TC-AAT-CTTG--A-G----T-A--AA-CTG---T--TCGGG-TTCTA-C-A--T---ACGGGGG
gi|46                         :                     T-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-TGT--TCGAG-TTACA-C-A--T---GCGGGGG
gi|47                         :                     T-CTTG--G-G----T-A--AA-CTG-CGT--TCGGG-TCACA-C-A--T---
gi|6                          :       ACCTCTGC-TC-AAT-ATTG--G-G----T-A--AA-CCT-CGT--CCGGG-TCACA---A--TGTCAAGGGGGcc
gi|8                          :        CCTCTGC-TC-AAT-CACA--G-G----T-C--AA-CTG-CAT--CGGGG-TCACA-tttggtactct
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACTCCGCTCCAACACACATTGAGTAACCTCGGTCCGGGTCACAGGTCGGGGTTTTTGGTTACCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|5 ): CTCCGCTCAACTTATTGGAGTAAAACTTCGGTCCGGTGTCACAGGTCAGGGGGTTTGGTACTCTC
Unaligned ( gi|7 ): ATACCTCTACTCAGTCTTCCATTCGGGTCATAGGTCCGAGGAACTGGTACTCTCTTTCCA
Unaligned ( gi|9 ): CTCCGCTCATAATGAGTAAACCTCGTCCGGGTCACCGGTCAGGGGCGTGTGGTACTCTC
Unaligned ( gi|11 ): CCTCCGCTCAATAAGATACGCTCGTCGGGTCACAGGTCAGGGGGGTGTGGTACTCTC
Unaligned ( gi|15 ): GCTCAAGTATTGGGATAAACCTCGTCCGGGTCACAGGTCAGGGGTTTGTACTCTC
Unaligned ( gi|44 ): TACCTCCGCTCAATATTGGTAAACCCGTCGACACAGGTCA