lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111
lowQualScore : 1 66666666666666 1 11 33 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 44444444444444444444444 1 66666666666666666666666 3333 44 1 55 44 7777777 4
lowQualScore : 1 33333333333333 55 0 5 5 22 1 5 1 77 000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 4 22222 66 77777777777777777777777 2 0 0 77 5 5 2 6 11111111111111111111111 3333 66 7 55 66 6 3333333 0
lowQualScore : . .............. .. . . . .. . . . .. ... ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . ..... .. ....................... . . . .. . . . . ....................... .... .. . .. .. . ....... .
lowQualScore : 4 00000000000000 22 0 0 0 33 7 7 6 44 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 55555 99 55555555555555555555555 1 1 7 99 3 7 5 7 33333333333333333333333 0000 00 0 00 00 0 0000000 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-ATT--GTACTTGATTGACA-CCT-GT-GA-CCTAGA-CAAG-NTTCTA---GACG----TT------------C-GACGTTTGTCAGTTCA--A--A--A---TNA-CGTAACACT--T--TTTGT-CGTAA--GATAACTGTAACCGCG-T-TACTTCNANAAAAG----C------TCTGGAAACTTCA-TTTT-AGTATAAATA-CACTGTAAATT-TTGG---------TA-T--ATTAAGGCACT-C----TTGTG-ANAAAC-ATT--G-T-TT-GGA---TTCA-----TTA----------AGCATTCT---AT-CTTAG-G-A-CTG-A---TT-GGA-ATT--AACG-GC--CGATTT-G---TGACA-GTTT---AC-----------AT-TCTCGT--GTG-A--NA-----A-TTCAGC-T---------GAAC--ATA-TTGCCAGCATCGGACANCGATNTT--GT-ATACCT----GTTGTAAG-T------A-T---------AACAT--TT-TNTT--TG-------TAT------------AATTG-TANAT-----AAA--TTGT-TTNA-ATTN--TATGAATTGNCTTTGTGATTGATT--TCT-GCTGNA-TTTATATTTTGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( gi|2 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------TGATT--GTACTTGATTGACA-CCT-GT-GA-CTGAAA-TAAGTTTTCTA---GA-A----TT------------C-GATGTTTGT-------------------TGA-CGTAACATT--C--TTTGT-TGTAAAGGATAACTATAACCGCG-T-TACTTCCATAAAAG----C------TTTGGAAGTTTTA-TTCTAAGTGTAAATG-CATTGTGAATT-TTGT---------TA-T--ATTAAGGCATT-T----TTGTGAAAAAAA-ATT--A-T-TT-GGA---TTTA-----TTA----------GGCATTCT---AT-CCTAG-G-A-CTG-A---TT-GGA-ATC--AACG-GC--CGATTT-G---TGACA-GTGT---AC-----------AT-TCTCA---GTG-A--TA-----A-TTCAGA-T---------AAAC--ATA-TTGCCAGCGTCAGGCAATGAATTT--GT-ATACCT----ATTGTAAG-T------A-T---------AACAT--GC-TGTT--TG-------TAG------------AATTG-TAAAT-----AAA--TTGC-TTCA-ATTG--TATGGACTGTCTTTGCGATTGATT--TCT-GCTGCA-TTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGAGTACTTAGATTTAT
gi|1 : TGTTGTTGTAATACAT-------GTATT--GTACTTGATTGACAGCCTGGTGGA-CTGAAATTAAG-TTTCTA---GATG----CT------------CGGATGTTTGT-------------------TGACCGTAACATT-----TTTGTATGTAAAGGATA--TAT-ACCGCATT-TACTGTTATGAAAG-----------TCTGGAAGTTCTA-TTCTTAGTGTTAATACCACTGTGAATTGTTAG---------TA-T--AT--AG--ATTCC----TTGTG--------ATT--T-TATT-GG----TTTAT----TTA----------AGCA-TCT---AT-CTGAT-G-ACCTG-G---TT-GGA-ATC--AACG-GTAATG-TTT-GGACTGATACCTGT---ACGATCGTAACTGAT-TCTCGT--GTGTA--TATTTTGA-TTCAGAGT---------AAAC--ATATTTGCCAGCATCGCGCATTG-ATTG--GTCATAAC-----ATTGTAAG-TTC----C-T---------AACATAGGC-TGTTTCTG-------TAG------------AATTGTTAAAT-----AA----TGC-TTTA-AATGCCTAT-AACT-TCTTTG-GATT-ATTTCTCT-G-TGCA-TTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|5 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTGTTGT-GTAAAACAT-------T---T--GCAGTTGTTTGATA-CCT-GT-GA-CCTAGA-TTTGATTTCTG---AA-A----TA------------T-AAAGATT-----------------------A-CATAAAATT--T--GTT-T-TGCCA----TAACT-TGAC-ATG-C-T-CTTGAAATGAAG----C------TCTGGAAA----A-CTTTA-GTATAAATA-CACTGTGAATT-TTGA---------GG-T--ATTAAG-CACT-C--------GATCGAGC-ATTCTA-T-AT-GAA---ATTA-----C-A----------G----------------AG-G-A-TT------TT-GGA-TTT--AAAA-GC--CTATTT-G---TGAGA-GTTT---AC-----------AT-TCTT----GTGTA--CA-----AATTCAGC-T---------CAAC--ATT-CAACCAGCATCAGACACTGATATT--GT-AT-TGT----ATTGTAAG-TTAGTAAA-TTGTCATTGAAATAT--TCTTCTT--TC-------AAG------------AACTG-TAAAT-----GAA--TTGT-Tcatgacttcacatatat
gi|11 : TGTTATAGTGATACATGTATACCTAATTTTGTACTTGATTGATA-TTT-GT-GA-CCTAAA-CACG-ATTCTAGATGA-A----TA------------C-AATGTTTGTCAGTTCAG-----------TTA-CGTAACACTAGT--TTCGT-CGTAAg
gi|16 : TGTTGT-ATGATACAT---------AT---GTACATGATTGACA--AT-GT-AA-C--AGA-CAAG-CTTCAA---GATG----TT------------C-TATTTTTtcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|3 : gTTGT-GTAATGTAT-------TG------TACTTGATTTACA-TTTGGT-GA-CTGAGA-CAAG-ATTCTA---GACA----TTCTATTTTTAGAAC-GATGTTTGTCCGAGTTTGAATAGAAGGATGA-TGTAACACT--T--TTTGC-CAT----GAC-ACTGTA--CG--------TTCCAGAAAAGAATAA------TCCAGAA-TATTA-TTTT-AGCATAAAAA-GACTGTAAATT-TTGTGGTGATTCATA-TTCATTAA-GCATT-C----T-----ATAAAC-ACT--C-T-AC-AGA---AATAGG---TTC----------GGAAATCT---ACATCTGG-GAA-TTGCA---TT-GGACATC---ACA-GT--CAATTT-G---ACAAA-GTGT---AT-----------CT-TTTTGTATGTG-----A-----A-TTCAGagaactgtatacctgtttactgacattgtacactttctagatttggtataaatagtctgtagattttgtggtaataagcactct
gi|23 : T-GTAATATAT-------TG------CACTTAATCGACA-CCT-GT-GACCTTAGA-CAAG-GCTCTA---GACG----TT------------C-TGCATTTGcttggcagtaaaccagcattggacattgtttttgagaacttcgattagacttaatgtacatgtaagttagatattttttcattgatgtatcttttttctgtcaataaattgtaaactccttaaaaattttgtgactgagttttgct
gi|15 : T-GTAATACAT-------T---T--GAATTTGATTGCCA-CTT-GT-GA-ggaggatgttagtcagacttcagtaaaaagataatat
gi|4 : tTTGATTTACA-CCT-GT-TA-CCTAGA-TACGATT-CTA---GA-AGGAAT---------------GGCGTTTGTCAGTTCAATATAAAGA---TTA-TGTAACACT--TGTTTTGC-TGTAA----T--CT-TATTTGTC-TATATATC-GTAAAAA----CGAAGGATCTGGGAACTTCA-TTTTCAATATAAATA-CACTGTAAAAT-TAGG---------CAGT--A--AAAGCACT-CACACCTGT----AAGT-ATT--AGT-CT-GGAATCTTTAGGGTTTTATAAGATCGATGGGATTTTGG-AT-TTTTG-G-G-CTG-ACA-TT-GGA-TTG--AACA-GC--AAATTT-G-----ATA-CTTT---AC-----------AT-TTTCAT--GTG-G--GA-----A-TGCAGC-T---------GGGC--ATT-AAACCAGCATCGGACACTGATGTT--GT-ATCGTT----ATTGTAAGTT------ACT---------AATAT--GT-TATTCACA-------TAGTTTTCTTTCTGTGATTG-TAAAT-----AAA--TTG---------TG--TA-AAA----CTTTGTGATTGATT--T-T-GCTactagatttgatgctttaaaatgtttagaatgatgctttaattgtcagttcaacacacttgtattaccataatcctatttatctaaggtatcaaagccaaaggtctggaaggttaatttctagtatataataa
gi|14 : AAAG----C------CCTGGAAACTTCAGTTTT--GTATAAATA-CACTGTAAATT-TTGG---------TG-T--GGT-AGGCA----------GTATAAGGTA-CTTG-A-T-TA-GGA---CTCA-----TTA----------AGCATTCT----T-CAAAATG-A-CT--ATTTTT-GGA-TTG--AATG-GA--TGACTT-C---TGAT--GTGT---
gi|8 : GTGAACAAAACATTT-G-T-TT-GAA---TCCA-----GCA----------AGC-TTCGGGGAT-TTTCG---A-CAA-A---TTTAGA-ATT--GAAGAGT--CGATAT-G---CGATA-GTTT---AC-----------AT-TCTC----GTG-AAGTA-----A-TTAAG------------------------GTCGGC--CGGACAACGATGTT--GT-ACACCT----GGTACAAG-T--------T---------AACAA--TT-TGTTAATGA------TAT------------AATTT-TATATCTTTGAAG--TTAC-TTgggaattcagcttggcattaaaccagcattgga
gi|7 : aatcaggcaatactatgaaTGTAAAAAC-ATT--G-T-TTTGGA---TTCA-----TTA----------AGCAtttcatttttcgtcccgctaattttgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
gi|6 : cactaaaattagacgataaaaagcacTGTAAAAAC-ATT--G-T-TTTGGA---TTCA-----TTA----------AGCAactgaggaagaagggggggggggtgactgatttagaatttaaactgccgatttttgacagtttacatccacgtgcgggaattcagcttcgtccggagaactgatattgcgcaccaactgttagttagtaacctcgagttgaaatatttttctttcaataattgtatttaaattgtgttaaatcttagaattgactttgtgattgatttatgctgaattttgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|11 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcaaatacactaaaattagacgataaaaagcac-----TTA----------AGCATTCC---AT-CTTAA-G-A-CTG-A---TT-GGA-AT-----------------------TGGCA-GTTT---AC-----------AT-TCTCGT--GTG-A--GA-----A-TTCAactgaggaagaagggggggggggtgactgatttagaatttaaactgccgatttttgacagtttacatccacgtgcgggaattcagcttcgtccggagaactgatattgcgcaccaactgtttagttttagtaacctcgaggttgaaatatttttttctttcaataattgtatgtaaattgtgtgaatcttagaattgactttgtgatgattattctgaattttgtgttattctgaccca
gi|7 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-G-A-CTG-A---TTTAGA-ATTTAAACT-GC--CGATTT-T---TGACA-GTTT---AC-----------AT-CCACGT--GCG-G--GA-----A-TTCAGC-TTCGTCCGGAGAACTGATA-TTGC--GCACCAA-CTGTTAGTTA--GT-A-ACCTCGA-GTTG-AAA-T------A-T-------------T--TT-TCTT--TC-------AAT------------AATTG-TATTT-----AAA--TTGTGTTAA-ATCT--TA-GAATTGACTTTGTGATTGATT--TAT-GCTGAA-TTT
gi|6 : cactaaaattagacgataaaaagcactgtaaaaacattgttttggattcattaagcaactgaggaagaagggggggggggt-G-A-CTG-A---TTTAGA-ATTTAAACT-GC--CGATTT-T---TGACA-GTTT---AC-----------AT-CCACGT--GCG-G--GA-----A-TTCAGC-TTCGTCCGGAGAACTGATA-TTGC--GCACCAACTGTTTAGTTTTAGT-A-ACCTCGAGGTTG-AAA-T------A-T-----------TTT--TT-TCTT--TC-------AAT------------AATTG-TATGT-----AAA--TTGT-GTGA-ATCT--TA-GAATTGACTTTGTGA-TGATT--ATT--CTGAA-TTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcaaatacactaaaattagacgataaaaagcactgtaaaaacattgttttggattcattaagcaactgaggaagaagggggggggggt-A---TT-GGA-ATTGTAAGA-GT--TGATCTCG---TGACA-GTGTTAAAC-----------ATATCTTA---GTG-tgtgttattctgaccca
gi|12 : aaactttagcca---TT-GGA-ATTG-AATC-GT--TGTTCT-G---TGACA-GCTT---AC-----------AT-TCTC----GTG-AAGTA-----A-TCAAGG-T-------------------CTGC------CGGACAACGATGTT--GT-ACACCT----GGTGCACG-T--------T---------AACA-------ATT--TGATAATACTAT------------AATTC-TATAT-----AAACTTTGT-TTGA---TC--TTTGAAGTGACTTT----TTCATT--TTTCGCTGAG-CTTATATTgaaggtaatcaaggtctgccggacagcgattgttgtaccgcaccatggctgcagtgttaacaatttgataataaatcaataatttactatataaaactttgtttgatctttgaagtgactttttcattatattcgtctgttagcttttatattcgcggttaatggtgtgacccataacaataatagggggtagggacactaaagatg
gi|25 : aaactttagccaaatTT--TG-------TAT------------AATTG-TAAAT-----AAA--CTGT-ATCATATT---TATGAATTGTCTTTGTGGTTGAAT--TCT-GCTGCA-TTTATATTTgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|24 : GACTATCTTTGTGACTGATT--TCT-GCT-CAGTTTGTTTTTTGGcg
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAGCATTCTACAGAATTTTGACTTTTACCTCTGGGGATTGGGAATGGACCTAAATGGCCATATTGTGACAGTTATATATTCGTTTGTGAATTCATTTATATTCGTTTGTGAATCTCAGTTCTGCATTAAACTGAGCATTCGACACGATTTTGGTGAACTTCGATTAAAACCTACTGCAAGTTAGTAAATTTTTAAATATATTTTCATAAATAACTGGTCCATAACATCATTCAATTCTGTTGGACTGATTTTTGC
Unaligned ( gi|13 ): TAATTTTATGCGTGCATTAAAATGGAAAGGCCCTGGAAACTTCAGTTTTGTTATAAATACCACTGTAAATTTTTTGGTGTGGTAGCAGTATAAGGTACTTGATTTAGGACTCATTTAAGCATTCTTCAAAATGACTATTTTTGGATGAATGGATGATTTCTGGATGTGTGGGAATTCAGCTTGCATTTAAACCAGCATTGGAC
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|18 ): CTATAAAGGTGACATAACACTTGTTTTGTCGTAATCTTGCTTATTTGAGTCGTAAAAAAACTAAAGCTCAAAAAATTTCATTTTACTATCAATACACTGTTACAGCATTGGAGTATCAAGCATTCGTCG
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|21 ): AGAATGATATTTGTCAGTTTAGAGCAAAGATGATGTAACCCTTCCATTTGAATCGTAAAATGGAAAGGTCGGGAATCTTCATTTTAGTACAAATAAACTGTACAT
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Unaligned ( gi|27 ): TGACCTAGACAAGATTTTAAACGTTCTAGTTGTAGAACGGTGCTT
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTATGAATAGACAGTACATTTTGTAGTAATAAACACTCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 2222222222222222222222222 11111 777777777777777777777777777777 222222 44444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11111111111 66666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666666666 222222222 222222222 2222222 22222 11 1 22 2 22 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 9999999999999999999999999 4 2 11111 555555555555555555555555555555 1 4 4 777777 6666 2 33333333333333333333333333333333333333333 7777 55555 4 2 7 3 3 3 3 3 3 3 3 3 55 4 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 0 444 8888 444 0 3 555 5 6 44444444444 2 999 77777 55555555555555555555555555 1 1 33 9999 5 4 0000000000000000000000000000000 5 999999999999999999999999999999999999999999 1 000000000 99999 3 4 55 6666 1 444444444 77777 1 1 66 1 8888888 77777 88 2 5 4 77 0 77 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . ......................... . . ..... .............................. . . . ...... .... . ......................................... .... ..... . . . . . . . . . . . . .. . .. ................................................................................................................................................ . . ... .... ... . . ... . . ........... . ... ..... .......................... . . .. .... . . ............................... . .......................................... . ......... ..... . . .. .... . ......... ..... . . .. . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 9999999999999999999999999 4 4 11111 000000000000000000000000000000 0 4 4 888888 6666 9 55555555555555555555555555555555555555555 7777 99999 9 0 3 3 3 3 3 1 1 6 6 6 00 0 55 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 7 222 2222 999 2 1 444 2 2 66666666666 7 000 77777 22222222222222222222222222 2 4 44 4444 3 4 9999999999999999999999999999999 2 999999999999999999999999999999999999999999 0 666666666 11111 6 5 55 2222 0 000000000 77777 1 9 11 0 4444444 00000 00 5 5 0 55 0 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AGT-T-----CAA------G-------ATGA-C-GTAACACT--T---TTTG--T-CGTAA--GATA------CTATA--CC--GCGTT-AC-TCAANA---AA----AGC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-T--TGGC-----G-TANT-A--AGGCACTC----TTGTGAA--AAACA-TT-G-TTT-GG--ATTCA-TT-AAG------------C------ATTCT---ATCT----N-----AGGA------------------C-TG--A------TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGTG-GGA-----ATTCAGC-T---------GAAC--A-TATT--GCCAGCATCGGACANTG----ATNTT-G-----------T-ATACC---T----GT---TGTAAGT-----ATA--------A-----CA---T----T---------TTCTT-----TN-TATAAT-----TGT-AAATAAA--TTG-T-TTAA-AT-CCTATGAATTGACTTTGTGATTGATTTCT--GCTGAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ACGT-----TTGTC--AGT-T-----CAA------A-------ATNA-C-GTAACACT--T---TTTG--T-CGTAA--GATAA-----CTGTA-ACC--GCGTT-ACTTCNANA---AA----AGC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-T--TGGT-----A-TATT-A--AGGCACTC----TTGTGAN--AAACA-TT-G-TTT-GG--ATTCA-TT-AAG------------C------ATTCT---ATCT----T-----AGGA------------------C-TG--A------TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGTG-ANA-----ATTCAGC-T---------GAAC--A-TATT--GCCAGCATCGGACANCG----ATNTT-G-----------T-ATACC---T----GT---TGTAAGT-----ATA--------A-----CA---T----T---------TTNTT-----TG-TATAAT-----TGT-ANATAAA--TTG-T-TTNA-AT-TNTATGAATTGNCTTTGTGATTGATTTCT--GCTGNATTTATATTTTGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT-------------------------------TGA-CCGTAACA-T--T---TTTG--TATGTAAAGGATA-------TATA--CC--GCATTTACTGTTATG---AA----AG-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGT--TAGT-----A-TAT-----AG--ATTCC---TTGTGAT--------TT-T-ATT-GG---TTTA-TTTAAG------------C------AT-CT---ATCT----G-----ATGA------------------CCTG--G------TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TTGGACTGATACCTGTACGATCGTAACTGATTCTCGTGTGTATATTTTGATTCAGAGT---------AAAC--A-TATTT-GCCAGCATCGCGCATTG----AT-TG-G-----------TCATAAC--------AT---TGTAAGTTC---CTA--------A-----CA---TAGGCT---------GTTTC-----TG-TAGAAT-----TGTTAAATAA----TGCT-TTAA-ATGCCTATAACTT--CTTTG-GATT-ATTTCTCTG-TGCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCT----G-----GGGA------------------T-TGGGA------AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATTG---TGACAGTTATAT-----------AT--TCGTTTG-TGA-----ATTCAcatgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AGT-T-----C--------A-------GTTA-C-GTAACACTAGT---TTCG--T-CGTAAT-CCTA-------TGTA-TCCAAGTGGT-A----AACACGTGA----AG-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-tttatattcgtttgtgaatctcagttctgcattaaactgagcattcgacacgattttggtgaacttcgattaaaacctactgcaagttagtaaatttttaaatatattttcataaataactggtccataacatcattcaattctgttggactgatttttgc
gi|11 : -TT-AAG------------C------ATTCC---ATCT----T-----AAGA------------------C-TG--A------TT-GGAAT------------------------TGGCAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGTG-AGA-----ATTCAacagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt------TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CTG---TGACAGCT-TAC-----------ATTCTCGTGAA-GTA-----ATCAAGG-T-------------------CT--GCC------GGACAACG----ATGTT-G-----------T-ACACC---T----GG---TGCACGT------TA--------A-----CA---A----T---------TTGATAA---TACTATAAT-----TCT-ATATAAACTTTG-T-TTGA----TCTTTGAAGTGACTTTTTCATT--TTTC---GCTGAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AA----GGC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-T--TGGT-----G-TGGT-A----GCA-------GTATAAG--GTAC--TT-GATTTAGG--ACTCATTT-AAG------------C------ATTCT------T----C-----AAAA--------------------TG--ACTATTTTT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TTC---TGG--------------------AT----GTGTG-GGA-----ATTCAGCTT---------G--C--A-T-TTAAACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AA----AGC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-T--TGGT-----G-TGGT----AGGCA-------GTATAAG--GTAC--TT-GATTA-GG--ACTCA-TT-AAG------------C------ATTCT------T----C-----AAAA--------------------TG--ACTATTTTT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TTC---TGA-------------------------TGTGTG-GGA-----ATTCAGC-T---------TGGC--A-TTAA--ACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AGT-T-----CAAC-----ACACTTGTATTACC-ATAATCCT--A---TTTA--T-C-TAA--GGTA--------------------------TCAAAGCC-AA----AGG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------a
gi|16 : gT-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-T--TGTG-----G-TAAT-A--A-GCACTC----Ttatttttagaactgtatacctgtttactgacattgtacactttctagatttggtataaatagtctgtagattttgtggtaataagcactct
gi|18 : gtgttgtatgatacatatgtacatgattgacaatgtaacagacaagcttcaagatgttctatttttagaactgtatacctgtttactgacattgtacactttctagaAA------G-------GTGA-C-ATAACACT--TGT-TTTG--T-CGTAA--TCTTG-----CT-TA-TTT--GAGT---CGTAAAAA---AACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-T--TGGA-----G-TATC-A--A-GCATTC----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT-------------------------------TGA-C-GTAACATT--C---TTTG--T-TGTAAAGGATAA-----CTATA-ACC--GCGTT-ACTTCCATA---AA----AGC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-T--TGTT-----A-TATT-A--AGGCATTT----TTGTGAA--AAAAAATT-A-TTT-GG--ATTTA-TT-AGG------------C------ATTCT---ATCC----T-----AGGA------------------C-TG--A------TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGTG-TAC-----------ATTCTCA-GTG-ATA-----ATTCAGA-T---------AAAC--A-TATT--GCCAGCGTCAGGCAATG----AATTT-G-----------T-ATACC---T----AT---TGTAAGT-----ATA--------A-----CA---T----G---------CTGTT-----TG-TAGAAT-----TGT-AAATAAA--TTG-C-TTCA-AT-TGTATGGACTGTCTTTGCGATTGATTTCT--GCTGCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AGT-TTAGAGCAA------AG------ATGA-T-GTAACCCT--TCCATTTGAAT-CGTAA--AAT-------------------------------GG---AA----AGG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----C------------T-GCAT-----TTG
gi|24 : ---T----T---------TTCTT-----TC-AATAAT-----TGT-A-----A--TTG-T-T-AA-AC-C---TGA-CTATCTTTGTGACTGATTTCT--GCTCAGTTTGTTTTTTGG---ggaggatgttagtcagacttcagtaaaaagataatat
gi|25 : atatatTT-----TG-TATAAT-----TGT-AAATAAA--CTG-T-ATCATAT-T-TATGAATTGTCTTTGTGGTTGAATTCT--GCTGCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : -TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAGT-T-----TGA------ATAGAAGGATGA-T-GTAACACT--T---TTTG--C-CAT----GACA------CTGTA-------CGTT-----CCAGA---AA----AGAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTGGTGATTCA-TATTCATTAAGCATTC----T----AT--AAACA-CT-C-TAC-AGAAATAGG-TT-CGG------------A------AATCTAC-ATCT----G-----GGAA------------------T-TGC-A------TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TTG---ACAAAGTG-TAT-----------CTTTTTGTATG-TGA-----ATTCAGC-T---------TGGC--AGTA-A--ACCAGCATTGGACATTG----TTTTT-GAGAACTTCGATT-AGACTTAAT----GTACATGTAAGT------TAG-------A-----TA---T----T---------TTTTCATTGATG-TATCTTTTTTCTGT-CAATAAA--TTG----TAA-AC-TCCTTAAA--AATTTTGTGACTGAGTTTT--GCTtagttgtagaacggtgctt
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AGT-T-----CAATATAAAG-------ATTA-T-GTAACACT--TGT-TTTG--C-TGTAA--TCTTATTTGTCTATATATC--G---T-A----AAAACG-AA----GGA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-T--AGGC-----AGTA---A--AAGCACTCACACCTGT-----AAGTA-TTAG-TCT-GG--AATCT-TT-AGGGTTTTATAAGATCGATGGGATTTTGG-ATTT----T-----TGGG------------------C-TG--ACA----TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TTG-----ATACTT-TAC-----------ATTTTCATGTG-GGA-----ATGCAGC-T---------GGGC--A-TTAA--ACCAGCATCGGACACTG----ATGTT-G-----------T-ATCGT---T----AT---TGTAAGTTACTAATATGTTATTCA-----CATAGT----T---------TTCTT-----TC-TGTGAT-----TGT-AAATAAA--TTG-T-GTAA-A-------------ACTTTGTGATTGATTT-T--GCT
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AATAT-----AAA------G-------ATTA-C-ATAAAATT--TGT-TTTG--C-C-------ATAA-----CT-TG-AC---ATGCT--CTTGAAAT---GA----AGC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-T--TGAG-----G-TATT-A--AG-CACTC-----------------------------G--ATC------GAG------------C------ATTCT---ATATGAAATTACAGAGGA------------------T-T----------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TTG---TGAGAGTT-TAC-----------ATTCTTGTGTA-CAA-----ATTCAGC-T---------CAAC--A-TTCA--ACCAGCATCAGACACTG----ATATT-G-----------T-AT-TG---T----AT---TGTAAGTTA---GTA--------AATTGTCA---T----TGAAATATTCTTCTT-----TC-AAGAAC-----TGT-AAATGAA--TTG-T-T
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-T--AGACG----A-TAA--A--AAGCACT-------GT-AA--AAACA-TT-G-TTTTGG--ATTCA-TT-AAG------------C------A-------A-CT----G-----AGGAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-TG--A------TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TTT---TGACAGTT-TAC-----------ATCCACGTGCG-GGA-----ATTCAGC-TTCGTCCGGAGAACTGA-TATT--GC--GCACCA---ACTGTTTAGTTTTAG-----------T-A-ACC---TCGAGGT---TG-AAAT-----AT---------------TT---T----T---------TTCTT-----TC-AATAAT-----TGT-ATGTAAA--TTG-T-GTGA-AT-CTTA-GAATTGACTTTGTGA-TGATTATT---CTGAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgc-A--AAGCACT-------GT-AA--AAACA-TT-G-TTTTGG--ATTCA-TT-AAG------------C------A-------A-CT----G-----AGGAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-TG--A------TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TTT---TGACAGTT-TAC-----------ATCCACGTGCG-GGA-----ATTCAGC-TTCGTCCGGAGAACTGA-TATT--GC--GCACCA-ACTGTT----AGTTA-G-----------T-A-ACC---TCGA-GT---TG-AAAT-----AT--------------------T----T---------TTCTT-----TC-AATAAT-----TGT-ATTTAAA--TTG-TGTTAA-AT-CTTA-GAATTGACTTTGTGATTGATTTAT--GCTGAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataaGTGAACAAAACA-TTTG-TTT-GA--ATCCA-GC-AAG------------C-------TTCGGGGATTT----T-----CG-A------------------C-AA--A------TTTAGAATT--GA-AGAGT--CGAT-ATG---CGATAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGAA-GTA-----ATTAAG--------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATGTT-G-----------T-ACACC---T----GG---TACAAGT------TA--------A-----CA---A----T---------TTGTTAA---TGATATAAT-----TTT-ATATtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AAACTTTAGCCAATTGGAATTGTAAGAGTTGATCTCGTGACAGTGTTAAACATATCTTAGTGGAAGGTAATCAAGGTCTGCCGGACAGCGATTGTTGTACCGCACCATGGCTGCAGTGTTAACAATTTGATAATAAATCAATAATTTACTATATAAAACTTTGTTTGATCTTTGAAGTGACTTTTTCATTATATTCGTCTGTTAGCTTTTATATTCGCGGTTAATGGTGTGACCCATAACAATAATAGGGGGTAGGGACACTAAAGATG
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTATGAATAGACAGTACATTTTGTAGTAATAAACACTCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11111111111 6666666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 22222222 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 4 66 000 4 8888 44444444444444444444444444444444444444444444444 7777 55555 4 2 7 3 3 3 3 3 3 3 3 3 44 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 0 444 8888 444 0 3 555 5 6 44444444444 2 0 888888 5555555555555555555555555555 3 1 1 9999 5 4 0000000000000000000000000000000 5 1111111111111111111111111111111111111111111 0 22222222222 99999 3 3 55 777 22222222 77777 5 99999 55 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................... . . .. ... . .... ............................................... .... ..... . . . . . . . . . . . . .. . .................................................................................................................................................... . . ... .... ... . . ... . . ........... . . ...... ............................ . . . .... . . ............................... . ........................................... . ........... ..... . . .. ... ........ ..... . ..... .. ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 4 11 666 4 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333 7777 99999 9 0 3 3 3 3 3 1 1 6 3 3 66 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 7 222 2222 999 2 1 444 2 2 66666666666 7 2 888888 2222222222222222222222222222 6 4 0 4444 3 4 9999999999999999999999999999999 2 7777777777777777777777777777777777777777777 7 77777777777 11111 6 6 00 777 00000000 00000 0 22222 55 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACT--TG--T-TTG--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--AANA---AA----AGC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC----T-GTGAA--AAACA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAG------------C------ATTCT---ATCT---------GAG-GA------------------C-TG--A---TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGTGGG------AATTCAG-C-T---------GAAC--A-TA-TT--GCCAGCATCGGACANTG----ATNTT-G-----------T-ATACC---T----GT---TGTAAGT-----ATA--------A-----C-A---T----T---------TTCT--T-----TCTATAAT-----TG-TAAATA-AA--TTG-T-TTAAA-T-CTTATGAATTGACTTTGTGATTGATTT----CTGC--TGAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACT--T---T-TTG--T-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT-CAANA---AA----AGC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGC-G-T-----------ANTAAGGCACTC----TTGTGAA--AAACA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAG------------C------ATTCT---ATCT---------NAG-GA------------------C-TG--A---TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGTGGG------AATTCAG-C-T---------GAAC--A-TA-TT--GCCAGCATCGGACANTG----ATNTT-G-----------T-ATACC---T----GT---TGTAAGT-----ATA--------A-----C-A---T----T---------TTCT--T-----TNTATAAT-----TG-TAAATA-AA--TTG-T-TTAAA-T-CCTATGAATTGACTTTGTGATTGATTT----CTGC--TGAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACA-T--T---T-TTG--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACTGTTATG---AA----AG-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AG--ATTCC---TTGTGA---------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAG------------C------AT-CT---ATCT---------GAT-GA------------------CCTG--G---TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TTGGACTGATACCTGTACGATCGTAACTGATTCTCGTGTGTATATTTTGATTCAGAG-T---------AAAC--A-TATTT--GCCAGCATCGCGCATTG----AT-TG-G-----------TCATAAC--------AT---TGTAAGTTC---CTA--------A-----C-A---TAGGCT---------GTTT--C-----TGTAGAAT-----TGTTAAATA-A----TGCT-TTAAA-TGCCTATAACTT--CTTTG-GATT-ATTT----CT-CTGTGCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCT---------GGG-GA------------------T-TGGGA---AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATTG---TGACAGTTATAT-----------AT--TCGTTTGTG------AATTCAcatgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTAGT---T-TCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----AACACGTGA----AG-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-tttatattcgtttgtgaatctcagttctgcattaaactgagcattcgacacgattttggtgaacttcgattaaaacctactgcaagttagtaaatttttaaatatattttcataaataactggtccataacatcattcaattctgttggactgatttttgc
gi|11 : -TT-AAG------------C------ATTCC---ATCT---------TAA-GA------------------C-TG--A---TT-GGAAT------------------------TGGCAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGTGAG------AATTCAacagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt---TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CTG---TGACAGCT-TAC-----------ATTCTCGTGAAGT------AATCAAG-G-T--------------------CT--GC------CGGACAACG----ATGTT-G-----------T-ACACC---T----GG---TGCACGT------TA--------A-----CAA---T----T---------TGATAAT-----ACTATAAT-----TC-TATATA-AACTTTG-T-TT-GA-T-CTT-TGAAGTGACTTTTTCATT--TTT----C-GC--TGAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AA----GGC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA---------GTATA--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAG------------C------ATTCT----TCA---------AAATGA------------------C-T---ATTTTT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TTC---TGG--------------------AT----GTGTGGG------AATTCAG-CTT---------G--C--A-T--TTAAACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AA----AGC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA---------GTATA--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAG------------C------ATTCT----TCA---------AAATGA------------------C-T---ATTTTT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TTC---TGA-------------------------TGTGTGGG------AATTCAG-C-T---------TGGC--A-TT-AA--ACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACT--TG--TATTA--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-A-T-CAAAGCC-AA----AGG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TTa
gi|16 : gT-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC----Tagaactgtatacctgtttactgacattgtacactttctagatttggtataaatagtctgtagattttgtggtaataagcactct
gi|18 : gtgttgtatgatacatatgtacatgattgacaatgtaacagacaagcttcaagatgttctatttttagaactgtatacctgtttactgacattgtacactttctagaA------A-------GGTGAC-ATAACACT--TGT-T-TTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T-AAAAA---AACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACATT--C---T-TTG--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCCATA---AA----AGC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT----TTGTGAA--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGG------------C------ATTCT---ATCC---------TAG-GA------------------C-TG--A---TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGTG-TAC-----------ATTCTCA-GTGAT------AATTCAG-A-T---------AAAC--A-TA-TT--GCCAGCGTCAGGCAATG----AATTT-G-----------T-ATACC---T----AT---TGTAAGT-----ATA--------A-----C-A---T----G---------CTGT--T-----TGTAGAAT-----TG-TAAATA-AA--TTG-C-TTCAA-T-TGTATGGACTGTCTTTGCGATTGATTT----CTGC--TGCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCT--TCCAT-TTGAAT-CGTAA----AAT----------------------------------GG---AA----AGG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T----T---------TTCT--T-----TCAATAAT-----TG-TAA--------TTG-T-T-AAA-C-C---TGA-CTATCTTTGTGACTGATTT----CTGC--TCAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatT--T-----TGTATAAT-----TG-TAAATA-AA--CTG-TATCATA-T--TTATGAATTGTCTTTGTGGTTGAATT----CTGC--TGCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : -TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACT--T---T-TTG--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC----AGA---AA----AGAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC----T----AT--AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGG------------A------AATCTAC-ATCT---------GGG-AA------------------T-TGC-A---TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TTG---ACAAAGTG-TAT-----------CTTTTTGTATGTG------AATTCAG-C-T---------TGGC--AGTA--A--ACCAGCATTGGACATTG----TTTTT-GAGAACTTCGATT-AGACTTAAT----GTACATGTAAGT------TAG-------A-----T-A---T----T---------TTTT--CATTGATGTATCTTTTTTCTG-TCAATA-AA--TTG----TAAACT-CCT-TAAA--AATTTTGTGACTGAGTT----TTGC--Ttagttgtagaacggtgctt
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACT--TGT-T-TTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---AACG---AA----GGA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCTGT-----AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGGGTTTTATAAGATCGATGGGATTTTGG-ATTT---------TTG-GG------------------C-TG--ACA-TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TTG-----ATACTT-TAC-----------ATTTTCATGTGGG------AATGCAG-C-T---------GGGC--A-TT-AA--ACCAGCATCGGACACTG----ATGTT-G-----------T-ATCGT---T----AT---TGTAAGTTACTAATATGTTATTCA-----C-ATAGT----T---------TTCT--T-----TCTGTGAT-----TG-TAAATA-AA--TTG-T-GTAAA--------------ACTTTGTGATTGATTT-----TGC--T
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATT--TGT-T-TTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT--CT-TGAAAT--GA----AGC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAAG-CACTC------------------------------G--ATC------GAG------------C------ATTCT---ATATGAAATTACAGAG-GA------------------T-T-------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TTG---TGAGAGTT-TAC-----------ATTCTTGTGTACA------AATTCAG-C-T---------CAAC--A-TT-CA--ACCAGCATCAGACACTG----ATATT-G-----------T-AT-TG---T----AT---TGTAAGTTA---GTA--------AATTGTC-A---T----TGAAATATTCTTCT--T-----TCAAGAAC-----TG-TAAATG-AA--TTG-T-T
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT-------GT-AA--AAACA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAG------------C------A-------A-CT---------GAG-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-TG--A---TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TTT---TGACAGTT-TAC-----------ATCCACGTGCGGG------AATTCAG-C-TTCGTCCGGAGAACTGA-TA-TT--GC--GCACCA---ACTGTTTAGTTTTAG-----------T-A-ACC---TCGAGGT---TG-AAAT-----AT---------------T-T---T----T---------TTCT--T-----TCAATAAT-----TG-TATGTA-AA--TTG-T-GTGAA-T-CTTA-GAATTGACTTTGTGA-TGATTA----TT-C--TGAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgc-TA-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT-------GT-AA--AAACA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAG------------C------A-------A-CT---------GAG-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-TG--A---TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TTT---TGACAGTT-TAC-----------ATCCACGTGCGGG------AATTCAG-C-TTCGTCCGGAGAACTGA-TA-TT--GC--GCACCA-ACTGTT----AGTTA-G-----------T-A-ACC---TCGA-GT---TG-AAAT-----AT---------------------T----T---------TTCT--T-----TCAATAAT-----TG-TATTTA-AA--TTG-TGTTAAA-T-CTTA-GAATTGACTTTGTGATTGATTT----ATGC--TGAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cacGTGAACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAG------------C-------TTCGGGGATTT---------TCG--A------------------C-AA--A---TTTAGAATT--GA-AGAGT--CGAT-ATG---CGATAGTT-TAC-----------ATTCTCGTGAAGT------AATTAAG----------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATGTT-G-----------T-ACACC---T----GG---TACAAGT------TA--------A-----C-A---A----T---------TTGT------------TAAT----------GATATAA--T---T-TTATA-T-CTT-TGAAGTTACTTTTTCATT--TTTCGTCCCGC--T-AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AAACTTTAGCCAATTGGAATTGTAAGAGTTGATCTCGTGACAGTGTTAAACATATCTTAGTGGAAGGTAATCAAGGTCTGCCGGACAGCGATTGTTGTACCGCACCATGGCTGCAGTGTTAACAATTTGATAATAAATCAATAATTTACTATATAAAACTTTGTTTGATCTTTGAAGTGACTTTTTCATTATATTCGTCTGTTAGCTTTTATATTCGCGGTTAATGGTGTGACCCATAACAATAATAGGGGGTAGGGACACTAAAGATG
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTATGAATAGACAGTACATTTTGTAGTAATAAACACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111111111 6666666666666666666666666666 33333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666 111111111111 111 11 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 66 3 6 3 3 3 3 2 444 3 3 44 3 666 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 666 9999 555 2 66666 4 666 33 33333333333 44 888888 6666666666666666666666666666 44 0 0 1 8888 88 4 77777777777777777777777777777777777 5 4 44444444444444444444444444444444444444444 3 44 999999 6 44 777777777777 77 0 3 000 3 6 0 6666 55 5555 88 55 7777 55 3 1 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................................................................................................... ........... .. . . . . . . . ... . . .. . ... . ...................................................... .. . . ...................................................................... . ... .... ... . ..... . ... .. ........... .. ...... ............................ .. . . . .... .. . ................................... . . ......................................... . .. ...... . .. ............ .. . . ... . . . .... .. .... .. .. .... .. . . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 88 1 7 1 1 1 1 9 555 3 3 66 6 666 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444 1111 000 9 88888 1 444 99 66666666666 77 222222 1111111111111111111111111111 88 3 4 0 5555 99 0 44444444444444444444444444444444444 3 0 33333333333333333333333333333333333333333 6 66 666666 0 66 111111111111 99 9 3 444 3 7 4 8888 44 4444 77 00 7777 00 6 7 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAACA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCAG-C-T---------GAAC--A-TA-TT--GCCAGCATCGGACANCG----ATT-TT-G-----------T-AC---ACC---T----G-T---TGTAA-GT-----ATA--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCNAT--AAT------------TG--TAAATA-AA---TTG-T-TTAAA--T-CTTATGAATTGACTTTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAACA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCAG-C-T---------GAAC--A-TA-TT--GCCAGCATCGGACANTG----ATN-TT-G-----------T-AT---ACC---T----G-T---TGTAA-GT-----ATA--------A-----C-A---T--T---------TTCT--T------TCTAT--AAT------------TG--TAAATA-AA---TTG-T-TTAAA--T-CTTATGAATTGACTTTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACATTT-----TT-G--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACT--GTTATG---AAA-----G-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AGATTCCT-----T-GT-GA---------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAGCAT-CT--ATCTGA---------------------T-GA------------------CCT---G--G-----TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TT-GGACTGATACC-TGTA--CGATCGTAACTGAT-TCTCGTGTGTATATTTTGATTCAGAG-T---------AAAC--A-TATTT--GCCAGCATCGCGCATTG----AT--TG-G-----------TCAT---AAC--------A-T---TGTAA-GTTC---CTA--------A-----C-A---TAGG---------CTGT--T------TCTGTAGAAT------------TGT-TAAATA-A-----TGCT-TTAAA--TGCCTATAACTT--CTTTG-GATT--ATT--T----CT-CTGT-GCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCTGG---------------------G-GA------------------T-T---GGGA-----AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATT-G---TGACAGT-TATA--T-----------AT---TCGTTTGTG------AATTCAcatgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTA--GT-TTCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----A--ACACGTGAA-----G-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-tttatattcgtttgtgaatctcagttctgcattaaactgagcattcgacacgattttggtgaacttcgattaaaacctactgcaagttagtaaatttttaaatatattttcataaataactggtccataacatcattcaattctgttggactgatttttgc
gi|11 : -TT-AAGCATTCC--ATCTTA---------------------A-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT-------------------------TGGCAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGAG------AATTCAacagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-----TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CT-G---TGACAGC-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATCAAG-G-T--------------------CT--GC------CGGACAACG----ATG-TT-G-----------T-AC---ACC---T----G-G---TGCAC-GT------TA--------A-----CAA---T--T---------TGATAAT------ACTAT--AAT------------TC--TATATA-AACT-TTG-T-TT-GA--T-CTT-TGAAGTGACTTTTTCATT---TT--T----C-GC--T-GAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AAG-----GC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TT-C---TGG-----------------------AT-----GTGTGGG------AATTCAG-CTT---------G--C--A-T--TTAAACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AAA-----GC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TT-C---TGA-----------------------------TGTGTGGG------AATTCAG-C-T---------TGGC--A-TT-AA--ACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACTT--GTATT-A--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-ATC--A--AAGCC-AAA-----GG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TT--------------------A-------GA--ACTGT-ATACCT--GT-TT-A--C-T--------GAC-A-----TTG--TA---C---------ACT--------------------T----TCTAGA---------T-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC-----T-a
gi|18 : gA------A-------GGTGAC-ATAACACTT--GT-TTTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T--A--AAA---AAACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC-----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACA-TT--CT-TT-G--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCC--ATA---AAA-----GC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT-----TTGT-GAA--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGGCATTCT--ATCCTA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-G-TA--C-----------AT-TCTCA-GTGAT------AATTCAG-A-T---------AAAC--A-TA-TT--GCCAGCGTCAGGCAATG----AAT-TT-G-----------T-AT---ACC---T----A-T---TGTAA-GT-----ATA--------A-----C-A---T--G---------CTGT--T------TGTAG--AAT------------TG--TAAATA-AA---TTG-C-TTCAA--T-TGTATGGACTGTCTTTGCGATTG-ATT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCTTCCAT-TT-GAAT-CGTAA----AAT------------------------------------GG---AAA-----GG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T--T---------TTCT--T------TCAAT--AAT------------TG--TAA---------TTG-T-T-AAA--C-CT----GACTATCTTTGTGACTG-ATT--T----CTGC--T-CAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatT--T------TGTAT--AAT------------TG--TAAATA-AA---CTG-TATCATA--T--TTATGAATTGTCTTTGTGGTTG-AAT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : -TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|28 : -T-T-G-GTATG-AATA-G-ACAG-TA-CA--TT-TTGTA-G-T-----------AATAA-ACACTC-----T-tagttgtagaacggtgctt
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACTT---T-TT-G--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC------AGA---AAA-----GAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC-----T-AT------AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGGAAATCTACATCTGG---------------------G-AA------------------T-T---GC-A-----TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TT-G---ACAAAGT-G-TA--T-----------CT-TTTTGTATGTG------AATTCAG-C-T---------TGGC--AGTA--A--ACCAGCATTGGACATTG----TTT-TT-GAGAACTTCGATT-AG---ACTTAAT----G-TACATGTAA-GT------TAG-------A-----T-A---T--T---------T--T--T------TCATT--GATGTATCTTTTTTCTG--TCAATA-AA---TTG----TAAACTC-CTTAAAAAT----TTTGTGACTG-AGT--T----TTGC--T-a
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACTT--GT-TTTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---A--ACG---AAG-----GA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCT-GT------AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGG-GTTTT--ATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTG-GG------------------C-T---G--ACA---TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TT-G-----ATACT-T-TA--C-----------AT-TTTCATGTGGG------AATGCAG-C-T---------GGGC--A-TT-AA--ACCAGCATCGGACACTG----ATG-TT-G-----------T-AT---CGT---T----A-T---TGTAA-GTTACTAATATGTTATTCA-----C-ATAGT--T---------TTCT--T------TCTGT--GAT------------TG--TAAATA-AA---TTG-T-GTAAA---------------ACTTTGTGATTG-ATT--T-----TGC--T-
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATTT--GT-TTTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT-CTT--G--AAAT--GAA-----GC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAAG-CACTC-----G-ATCGAG-----CA-TT-C-T--------AT--A-TG-AA--ATTAC--A---GA---------------------G-GA------------------T-T------------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TT-G---TGAGAGT-T-TA--C-----------AT-TCTTGTGTACA------AATTCAG-C-T---------CAAC--A-TT-CA--ACCAGCATCAGACACTG----ATA-TT-G-----------T-AT----TG---T----A-T---TGTAA-GTTA---GTA--------AATTGTC-A---T--TGAAATATTCTTCT--T------TCAAG--AAC------------TG--TAAATG-AA---TTG-T-T
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT--------GT--AA--AAACA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCAG-C-TTCGTCCGGAGAACTGA-TA-TT--GC--GCACCA---ACTGTTTAGTT-TTAG-----------T-A----ACC---TCGAGG-T---TG-AA-AT-----AT---------------T-T---T--T---------TTCT--T------TCAAT--AAT------------TG--TATGTA-AA---TTG-T-GTGAA--T-CTTA-GAATTGACTTTGTGA-TG-ATT--A----TT-C--T-GAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcAAAGCACT--------GT--AA--AAACA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCAG-C-TTCGTCCGGAGAACTGA-TA-TT--GC--GCACCA-ACTGTT----AGT-TA-G-----------T-A----ACC---TCGA-G-T---TG-AA-AT-----AT---------------------T--T---------TTCT--T------TCAAT--AAT------------TG--TATTTA-AA---TTG-TGTTAAA--T-CTTA-GAATTGACTTTGTGATTG-ATT--T----ATGC--T-GAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataa-GT-GAACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAGC-TTC-------GG---------------------G-GA------------------T-TTTCG--ACAAATTT-AGAATT--GA-AGAGT--CGAT-AT-G---CGATAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATTAAG----------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATG-TT-G-----------T-AC---ACC---T----G-G---TACAA-GT------TA--------A-----C-A---A--T---------TTGT-------------T--AAT------------------GATATAA---T---T-TTATA--T-CTT-TGAAGTTACTTTTTCATT---TT--TCGTCCCGC--T--AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : aatcaggcaatactatgaa--A-----TT-GGAATTGTAA-GA-GT--TGAT-CTCG---TGACAGTGT-TAAAC-----------ATATCTTA-GTGGA------AGGTAAT-C------------AAG--G-T--CT--GCC------GGACAGCG----ATTGTT-G-----------T-ACCGCACCA--T----GGC---TGCAGTGT------TA--------A-----C-A---A--T---------TTGA--TAATAAATCAAT--AAT------------TTACTATATA-AAACTTTG-T-TTGA---T-CTT-TGAAGTGACTTTTTCATTATATTCGT----CTGT--TAGCTTTTATATTtgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 33333333333333333333333333333333333333 1 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222 11 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 66 3 6 3 3 3 3 2 444 3 3 44 3 666 3 99999999999999999999999999999999999999 2 99999999 55 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 666 9999 555 2 66666 4 666 33 33333333333 44 888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 44 888888 1 44 3 0000000000000000000 0 999 3 8888 3 5555 66 1 99 3 0 77 44 77777 44 3 1 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................................................................................................... ........... .. . . . . . . . ... . . .. . ... . ...................................... . ........ .. . . ...................................................................... . ... .... ... . ..... . ... .. ........... .. ...... ................................................................................................................................................................................ . .. ...... . .. . ................... . ... . .... . .... .. . .. . . .. .. ..... .. . . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 88 1 7 1 1 1 1 9 555 3 3 66 6 666 6 11111111111111111111111111111111111111 0 66666666 55 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444 1111 000 9 88888 1 444 99 66666666666 77 222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 22 888888 0 22 1 2222222222222222222 8 666 1 1111 3 5555 77 5 44 3 4 22 66 33333 66 6 7 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GTGA-A--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-CT--GCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC---T----G-T---TGCAA-GT-----ATA--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GTGA-A--AAACA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-TT--GCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC---T----G-T---TGTAA-GT-----ATA--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCNAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACATTT-----TT-G--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACT--GTTATG---AAA-----G-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AGATTCCT-----T-GTGA----------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAGCAT-CT--ATCTGA---------------------T-GA------------------CCT---G--G-----TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TT-GGACTGATACC-TGTA--CGATCGTAACTGAT-TCTCGTGTGTATATTTTGATTCA---------GAG---T---------AAA-----------C--A-T---ATTT--GCCAGCATCGCGCATTG----ATTGGTC-A-----------T--A-----------AC---------A-T---TGTAA-GTTC---CTA--------A-----C-A---TAGG---------CTGT--T------TCTGTAGA-AT------------T---GT-TAAATAA-----TGCT-T--TAA-A--TGCCTATAACTT--CT-TTG-GATT--ATT--T----CT-CTGT-GCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCTGG---------------------G-GA------------------T-T---GGGA-----AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATT-G---TGACAGT-TATA--T-----------AT---TCGTTTGTG------AATTCATTTATATTCG-TTTGT---------GAATCTCAGTTCTGC--A-TTAAA-CT--G--AGCATTCGACA-CG----ATT--TTGG-----------TGAACTTCGATTAAAACC---T----A-C---TGCAA-GTTA---GTA--------A-------A---T--T------------T--T------TAAAT--ATAT------------TTTCA--TAAATAAC---TGG-T-CCATAACA--T-CAT-TCAATT--CTGTTG-GACTG-ATT--T----TTGC--catgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTA--GT-TTCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----A--ACACGTGAA-----G-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-
gi|11 : -TT-AAGCATTCC--ATCTTA---------------------A-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT-------------------------TGGCAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGAG------AATTCA---------acagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-----TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CT-G---TGACAGC-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATCAA---------G-G---T----------------------------------CT--GCC------GGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC---T----G-G---TGCAC-GT------TA--------A-----CAA---T--T---------TGATAAT------ACTAT--A-AT------------T---C--TATATAAACT-TTG-T-T--T-G-A--T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATT---TT--T----C-GC--T-GAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AAG-----GC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA----------GTAT-A--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TT-C---TGG-----------------------AT-----GTGTGGG------AATTCA---------G-CT--T---------G-------------C--A-T-----TTAAACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AAA-----GC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA----------GTAT-A--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TT-C---TGA-----------------------------TGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--A-T---T-AA--ACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACTT--GTATT-A--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-ATC--A--AAGCC-AAA-----GG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TT--------------------A-------GA--ACTGT-ATACCT--GT-TT-A--C-T--------GAC-A-----TTG--TA---C---------ACT--------------------T----TCTAGA---------T-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC-----T-a
gi|18 : gA------A-------GGTGAC-ATAACACTT--GT-TTTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T--A--AAA---AAACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC-----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACA-TT--CT-TT-G--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCC--ATA---AAA-----GC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT-----TTGTGA-A--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGGCATTCT--ATCCTA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-G-TA--C-----------AT-TCTCA-GTGAT------AATTCA---------G-A---T---------AAA-----------C--A-T---A-TT--GCCAGCGTCAGGCAATG----AAT--TT-G-----------T--AT----------ACC---T----A-T---TGTAA-GT-----ATA--------A-----C-A---T--G---------CTGT--T------TGTAG--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-C-T--TCA-A--T-TGTATGGACTGTCT-TTGCGATTG-ATT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCTTCCAT-TT-GAAT-CGTAA----AAT------------------------------------GG---AAA-----GG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAA--------TTG-T-T---AA-A--C-CT----GACTATCT-TTGTGACTG-ATT--T----CTGC--T-CAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatT--T------TGTAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---CTG-TAT--CAT-A--T--TTATGAATTGTCT-TTGTGGTTG-AAT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : -TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|28 : -T-T-G-GTATG-AATA-G-ACAG-TA-CA--TT-TTGTA-G-T-----------AATAA-ACACTC-----T-tagttgtagaacggtgctt
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACTT---T-TT-G--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC------AGA---AAA-----GAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC-----T-AT------AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGGAAATCTACATCTGG---------------------G-AA------------------T-T---GC-A-----TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TT-G---ACAAAGT-G-TA--T-----------CT-TTTTGTATGTG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--AGT---A--A--ACCAGCATTGGACATTG----TTT--TT-GAGAACTTCGATT--AG----------ACTTAAT----G-TACATGTAA-GT------TA--------G-------A---T--A---------TTTT--T------TCATT--G-ATGTATCTTTTTTCT---G--TCAATAAA---TTG------TAA-ACTC-CTTAAAAAT----T-TTGTGACTG-AGT--T----TTGC--T-a
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACTT--GT-TTTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---A--ACG---AAG-----GA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCT-GT------AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGG-GTTTT--ATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTG-GG------------------C-T---G--ACA---TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TT-G-----ATACT-T-TA--C-----------AT-TTTCATGTGGG------AATGCA---------G-C---T---------GGG-----------C--A-T---T-AA--ACCAGCATCGGACACTG----ATG--TT-G-----------T--AT----------CGT---T----A-T---TGTAA-GTTACTAATATGTTATTCA-----C-ATAGT--T---------TTCT--T------TCTGT--G-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-G--TAA-A---------------ACT-TTGTGATTG-ATT--T-----TGC--T-
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATTT--GT-TTTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT-CTT--G--AAAT--GAA-----GC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAA-GCACTC---------GATC--GAGCA-TT-C-T--------AT--A-TG-AA--ATTAC--A---GA---------------------G-GA------------------T-T------------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TT-G---TGAGAGT-T-TA--C-----------AT-TCTTGTGTACA------AATTCA---------G-C---T---------CAA-----------C--A-T---T-CA--ACCAGCATCAGACACTG----ATA--TT-G-----------T--AT-----------TG---T----A-T---TGTAA-GTTA---GTA--------AATTGTC-A---T--TGAAATATTCTTCT--T------TCAAG--A-AC------------T---G--TAAATGAA---TTG-T-T--
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT--------GT-A-A--AAACA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TT--GC--GCACCA---ACTGTTTAGTT--TTAG-----------T--A-----------ACC---TCGAGG-T---TG-AA-AT-----AT---------------T-T---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATGTAAA---TTG-T-G--TGA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGA-TG-ATT--A----TT-C--T-GAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcAAAGCACT--------GT-A-A--AAACA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TT--GC--GCACCA-ACTGTT----AGT--TA-G-----------T--A-----------ACC---TCGA-G-T---TG-AA-AT-----AT---------------------T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATTTAAA---TTG-TGT--TAA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----ATGC--T-GAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataa-GTGA-ACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAGC-TTC-------GG---------------------G-GA------------------T-TTTCG--ACAAATTT-AGAATT--GA-AGAGT--CGAT-AT-G---CGATAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATTAA---------G--------------------------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC---T----G-G---TACAA-GT------TA--------A-----C-A---A--T---------TTGT--T--------AAT--G-AT----------------------AT-AA---T---T-T--TAT-A--T-CTT-TGAAGTTACT-TTTTCATT---TT--TCGTCCCGC--T--AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : aatcaggcaatactatgaa--A-----TT-GGAATTGTAA-GA-GT--TGAT-CTCG---TGACAGTGT-TAAAC-----------ATATCTTA-GTGGA------AGGTAA---------T-C--------------AA-----------G--G-T-----CT--GCC------GGACAGCG----ATTG-TT-G-----------T--ACCGC-------ACCA--T----GGC---TGCAGTGT------TA--------A-----C-A---A--T---------TTGA--TAATAAATCAAT--A-AT------------T---TACTATATAAAACTTTG-T-T--TGA----T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATTATATTCGT----CTGT--TAGCTTTTATATTtgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 11111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222 11 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 66 3 6 3 3 3 3 2 444 3 3 44 3 666 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 66666 9999 555 5 555 4 666 33 33333333333 44 888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 44 999999 44 3 000000000000000000 0 999 3 8888 333 5555 66 1 99 3 0 77 44 77777 44 3 1 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................................................................................................... ........... .. . . . . . . . ... . . .. . ... . ...................................................... .. . . ...................................................................... . ..... .... ... . ... . ... .. ........... .. ...... ................................................................................................................................................................................ . .. ...... .. . .................. . ... . .... ... .... .. . .. . . .. .. ..... .. . . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 88 1 7 1 1 1 1 9 555 3 3 66 6 666 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 44444 1111 000 7 000 1 444 99 66666666666 77 222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 66 666666 22 1 222222222222222222 8 666 1 1111 666 5555 77 5 44 3 4 22 66 33333 66 6 7 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT--T--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGT-T-T--AC-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--A---C----------ACC---T----GT---TGCAAGT-----G-TA--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G-TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT--T--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGT-T-T--AC-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-CTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--A---C----------ACC---T----GT---TGCAAGT-----A-TA--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G-TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACATTT-----TT-G--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACT--GTTATG---AAA-----G-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AGATTCCT-----T-GT-GA---------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAGCAT-CT--ATCTGA---------------------T-GA------------------CCT---G--G-----TT-GGAAT--C--AA-CG-GTAATG-T-TTGGACTGATACC-TGT--ACGATCGTAACTGAT-TCTCGTGTGTATATTTTGATTCA---------GAG---T---------AAA-----------C--A-T---ATTTGCCAGCATCGCGCATTG----ATTGGTC-A-----------T--A--------------AC---------AT---TGTAAGTTC---C-TA--------A-----C-A---TAGG---------CTGT--T------TCTGTAGA-AT------------T---GTTAAATAA-----TGCT-T--TAA-A--TGCCTATAACTT--CT-TTG-GATT--ATT--T----CT-CTGT-GCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCTGG---------------------G-GA------------------T-T---GGGA-----AT-GGACC--T--AAATG-GC--C-ATATTG---TGACAGT-TAT--AT-----------AT---TCGTTTGTG------AATTCATTTATATTCG-TTTGT---------GAATCTCAGTTCTGC--A-TTAAA-CTG--AGCATTCGACA-CG----ATT--TTGG-----------TGAA---CTTCGATTAAAACC---T----AC---TGCAAGTTA---G-TA--------A-------A---T--T------------T--T------TAAAT--ATAT------------TTTCA-TAAATAAC---TGG-T-CCATAACA--T-CAT-TCAATT--CTGTTG-GACTG-ATT--T----TTGC--catgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTA--GT-TTCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----A--ACACGTGAA-----G-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-
gi|11 : -TT-AAGCATTCC--ATCTTA---------------------A-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT--------------------------TGGCAGT-T-T--AC-----------AT-TCTCGTGTGAG------AATTCA---------acagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-----TT-GGAAT--TG-AA-TC-GT--TGTT-CTG---TGACAGC-T-T--AC-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATCAA---------G-G---T----------------------------------CTGCC------GGACAACG----ATG--TT-G-----------T--A---C----------ACC---T----GG---TGCACGT-------TA--------A-----CAA---T--T---------TGATAAT------ACTAT--A-AT------------T---C-TATATAAACT-TTG-T-T--T-G-A--T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATT---TT--T----C-GC--T-GAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AAG-----GC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GG-AT--G--AA-TG-GA--TGAT-TTC---TGG-----------------------AT-----GTGTGGG------AATTCA---------G-CT--T---------GCA-----------T--T-T---A-A-ACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AAA-----GC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GGATT--G--AA-TG-GA--TGAC-TTC---TGA-----------------------------TGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACTT--GTATT-A--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-ATC--A--AAGCC-AAA-----GG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TT--------------------A-------GA--ACTGT-ATACCT--GT-TT-A--C-T--------GAC-A-----TTG--TA---C---------ACT--------------------T----TCTAGA---------T-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC-----T-a
gi|18 : gA------A-------GGTGAC-ATAACACTT--GT-TTTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T--A--AAA---AAACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC-----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACA-TT--CT-TT-G--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCC--ATA---AAA-----GC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT-----TTGT-GAA--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGGCATTCT--ATCCTA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT--C--AA-CG-GC--CGAT-TTG---TGACAGT-G-T--AC-----------AT-TCTCA-GTGAT------AATTCA---------G-A---T---------AAA-----------C--A-T---A-TTGCCAGCGTCAGGCAATG----AAT--TT-G-----------T--A---T----------ACC---T----AT---TGTAAGT-----A-TA--------A-----C-A---T--G---------CTGT--T------TGTAG--A-AT------------T---G-TAAATAAA---TTG-C-T--TCA-A--T-TGTATGGACTGTCT-TTGCGATTG-ATT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCTTCCAT-TT-GAAT-CGTAA----AAT------------------------------------GG---AAA-----GG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G-TAA--------TTG-T-T---AA-A--C-CT----GACTATCT-TTGTGACTG-ATT--T----CTGC--T-CAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatAT--A-AT------------T---G-TAAATAAA---CTG-TAT--CAT-A--T--TTATGAATTGTCT-TTGTGGTTG-AAT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : tttgt-TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|28 : -T-T-G-GTATG-AATA-G-ACAG-TA-CA--TT-TTGTA-G-T-----------AATAA-ACACTC-----T-tagttgtagaacggtgctt
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACTT---T-TT-G--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC------AGA---AAA-----GAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC-----T-AT------AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGGAAATCTACATCTGG---------------------G-AA------------------T-T---GC-A-----TT-GGACA--T--CA-CA-GT--CAAT-TTG---ACAAAGT-G-T--AT-----------CT-TTTTGTATGTG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--AGT---A-A-ACCAGCATTGGACATTG----TTT--TT-GAGAACTTCGATT--A---G----------ACTTAAT----GTACATGTAAGT-------TA--------G-------A---T--A---------TTTT--T------TCATT--G-ATGTATCTTTTTTCT---G-TCAATAAA---TTG------TAA-ACTC-CTTAAAAAT----T-TTGTGACTG-AGT--T----TTGC--T-a
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACTT--GT-TTTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---A--ACG---AAG-----GA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCT-GT------AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGG-GTTTT--ATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTG-GG------------------C-T---G--ACA---TT-GGATT--G--AA-CA-GC--AAAT-TTG-----ATACT-T-T--AC-----------AT-TTTCATGTGGG------AATGCA---------G-C---T---------GGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATCGGACACTG----ATG--TT-G-----------T--A---T----------CGT---T----AT---TGTAAGTTACTAA-TATGTTATTCA-----C-ATAGT--T---------TTCT--T------TCTGT--G-AT------------T---G-TAAATAAA---TTG-T-G--TAA-A---------------ACT-TTGTGATTG-ATT--T-----TGC--T-
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATTT--GT-TTTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT-CTT--G--AAAT--GAA-----GC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAAG-CACTC-----G-ATCGA-----GCA-TT-C-T--------AT--A-TG-AA--ATTAC--A---GA---------------------G-GA------------------T-T------------TT-GGATT--T--AA-AA-GC--CTAT-TTG---TGAGAGT-T-T--AC-----------AT-TCTTGTGTACA------AATTCA---------G-C---T---------CAA-----------C--A-T---T-CAACCAGCATCAGACACTG----ATA--TT-G-----------T--A---T-----------TG---T----AT---TGTAAGTTA---G-TA--------AATTGTC-A---T--TGAAATATTCTTCT--T------TCAAG--A-AC------------T---G-TAAATGAA---TTG-T-T--
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAAT--TTAAA-CT-GC--CGAT-TTT---TGACAGT-T-T--AC-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA---ACTGTTTAGTT--TTAG-----------T--A--------------ACC---TCGAGGT---TG-AAAT-----A-T---------------T-T---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G-TATGTAAA---TTG-T-G--TGA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGA-TG-ATT--A----TT-C--T-GAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcAAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAAT--TTAAA-CT-GC--CGAT-TTT---TGACAGT-T-T--AC-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA-ACTGTT----AGT--TA-G-----------T--A--------------ACC---TCGA-GT---TG-AAAT-----A-T---------------------T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G-TATTTAAA---TTG-TGT--TAA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----ATGC--T-GAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataa-GT-GAACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAGC-TTC-------GG---------------------G-GA------------------T-TTTCG--ACAAATTT-AGAAT--T--GA-AGAGT--CGAT-ATG---CGATAGT-T-T--AC-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATTAA---------G------------------------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATG--TT-G-----------T--A---C----------ACC---T----GG---TACAAGT-------TA--------A-----C-A---A--T---------TTGT--T--------AAT--G-AT---------------------AT-AA---T---T-T--TAT-A--T-CTT-TGAAGTTACT-TTTTCATT---TT--TCGTCCCGC--T--AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : aatcaggcaatactatgaa--A-----TT-GGAATTGT--AA-GA-GT--TGATCTCG---TGACAGTGT-TAAAC-----------ATATCTTA-GTGGA------AGGTAA---------T-C--------------AA-----------G--G-T-----CTGC------CGGACAGCG----ATTG-TT-G-----------T--ACCGC----------ACCA--TG---GC---TGC-AGT-----GTTA--------A-----C-A---A--T---------TTGA--TAATAAATCAAT--A-AT------------TTA-C-TATATAAAACTTTG-T-T--T-G-A--T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATTATATTCGT----CTGT--TAGCTTTTATATTtgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222 11 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 66 3 6 3 3 3 3 2 444 3 3 44 3 666 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 666 9999 555 2 66666 4 666 33 33333333333 44 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 44 999999 44 3 0000000000000000000 0 999 3 8888 3 5555 66 1 99 3 0 77 44 77777 44 3 1 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................................................................................................... ........... .. . . . . . . . ... . . .. . ... . ...................................................... .. . . ...................................................................... . ... .... ... . ..... . ... .. ........... .. ...... ......................................................................................................................................................................... . .. ...... .. . ................... . ... . .... . .... .. . .. . . .. .. ..... .. . . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 88 1 7 1 1 1 1 9 555 3 3 66 6 666 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444 1111 000 9 88888 1 444 99 66666666666 77 222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 66 666666 22 1 2222222222222222222 8 666 1 1111 3 5555 77 5 44 3 4 22 66 33333 66 6 7 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACATTT-----TT-G--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACT--GTTATG---AAA-----G-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AGATTCCT-----T-GT-GA---------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAGCAT-CT--ATCTGA---------------------T-GA------------------CCT---G--G-----TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TT-GGACTGATACC-TGTA--CGATCGTAACTGAT-TCTCGTGTGTATATTTTGATTCA---------GAG---T---------AAA-----------C--A-T---ATTTGCCAGCATCGCGCATTG----ATTGGTC-A-----------T--A-----------AC-------A-TTGTAAGTTC---CT-A--------A-----C-A---TAGG---------CTGT--T------TCTGTAGA-AT------------T---GT-TAAATAA-----TGCT-T--TAA-A--TGCCTATAACTT--CT-TTG-GATT--ATT--T----CT-CTGT-GCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCTGG---------------------G-GA------------------T-T---GGGA-----AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATT-G---TGACAGT-TATA--T-----------AT---TCGTTTGTG------AATTCATTTATATTCG-TTTGT---------GAATCTCAGTTCTGC--A-TTAAA-CTG--AGCATTCGACA-CG----ATT--TTGG-----------TGAACTTCGATTAAAACC-T----A-CTGCAAGTTA---GT-A--------A-------A---T--T------------T--T------TAAAT--ATAT------------TTTCA--TAAATAAC---TGG-T-CCATAACA--T-CAT-TCAATT--CTGTTG-GACTG-ATT--T----TTGC--catgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTA--GT-TTCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----A--ACACGTGAA-----G-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-
gi|11 : -TT-AAGCATTCC--ATCTTA---------------------A-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT-------------------------TGGCAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGAG------AATTCA---------acagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-----TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CT-G---TGACAGC-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATCAA---------G-G---T----------------------------------CTGCC------GGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-GTGCACGT------T-A--------A-----CAA---T--T---------TGATAAT------ACTAT--A-AT------------T---C--TATATAAACT-TTG-T-T--T-G-A--T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATT---TT--T----C-GC--T-GAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AAG-----GC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TT-C---TGG-----------------------AT-----GTGTGGG------AATTCA---------G-CT--T---------GCA-----------T--T-T---A-A-ACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AAA-----GC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TT-C---TGA-----------------------------TGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACTT--GTATT-A--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-ATC--A--AAGCC-AAA-----GG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TT--------------------A-------GA--ACTGT-ATACCT--GT-TT-A--C-T--------GAC-A-----TTG--TA---C---------ACT--------------------T----TCTAGA---------T-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC-----T-a
gi|18 : gA------A-------GGTGAC-ATAACACTT--GT-TTTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T--A--AAA---AAACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC-----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACA-TT--CT-TT-G--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCC--ATA---AAA-----GC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT-----TTGT-GAA--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGGCATTCT--ATCCTA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-G-TA--C-----------AT-TCTCA-GTGAT------AATTCA---------G-A---T---------AAA-----------C--A-T---A-TTGCCAGCGTCAGGCAATG----AAT--TT-G-----------T--AT----------ACC-T----A-TTGTAAGT-----AT-A--------A-----C-A---T--G---------CTGT--T------TGTAG--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-C-T--TCA-A--T-TGTATGGACTGTCT-TTGCGATTG-ATT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCTTCCAT-TT-GAAT-CGTAA----AAT------------------------------------GG---AAA-----GG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAA--------TTG-T-T---AA-A--C-CT----GACTATCT-TTGTGACTG-ATT--T----CTGC--T-CAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---CTG-TAT--CAT-A--T--TTATGAATTGTCT-TTGTGGTTG-AAT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : tttgt-TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|28 : -T-T-G-GTATG-AATA-G-ACAG-TA-CA--TT-TTGTA-G-T-----------AATAA-ACACTC-----T-tagttgtagaacggtgctt
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACTT---T-TT-G--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC------AGA---AAA-----GAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC-----T-AT------AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGGAAATCTACATCTGG---------------------G-AA------------------T-T---GC-A-----TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TT-G---ACAAAGT-G-TA--T-----------CT-TTTTGTATGTG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--AGT---A-A-ACCAGCATTGGACATTG----TTT--TT-GAGAACTTCGATT--AG----------ACT-T----A-ATGTACAT-----GT-AAGTT----A-----G-A---T--A---------TTTT--T------TCATT--G-ATGTATCTTTTTTCT---G--TCAATAAA---TTG------TAA-ACTC-CTTAAAAAT----T-TTGTGACTG-AGT--T----TTGC--T-a
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACTT--GT-TTTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---A--ACG---AAG-----GA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCT-GT------AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGG-GTTTT--ATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTG-GG------------------C-T---G--ACA---TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TT-G-----ATACT-T-TA--C-----------AT-TTTCATGTGGG------AATGCA---------G-C---T---------GGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATCGGACACTG----ATG--TT-G-----------T--AT----------CGT-T----A-TTGTAAGTTACTAAT-ATGTTATTCA-----C-ATAGT--T---------TTCT--T------TCTGT--G-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-G--TAA-A---------------ACT-TTGTGATTG-ATT--T-----TGC--T-
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATTT--GT-TTTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT-CTT--G--AAAT--GAA-----GC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAAG-CACTC-----G-ATCGA-----GCA-TT-C-T--------AT--A-TG-AA--ATTAC--A---GA---------------------G-GA------------------T-T------------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TT-G---TGAGAGT-T-TA--C-----------AT-TCTTGTGTACA------AATTCA---------G-C---T---------CAA-----------C--A-T---T-CAACCAGCATCAGACACTG----ATA--TT-G-----------T--AT-----------TG-T----A-TTGTAAGTTA---GT-A--------AATTGTC-A---T--TGAAATATTCTTCT--T------TCAAG--A-AC------------T---G--TAAATGAA---TTG-T-T--
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA---ACTGTTTAGTT--TTAG-----------T--A-----------ACC-TCGAGG-TTGAAA--------T-A--------T-----T-T---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATGTAAA---TTG-T-G--TGA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGA-TG-ATT--A----TT-C--T-GAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcAAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA-ACTGTT----AGT--TA-G-----------T--A-----------ACC-TCGA-G-TTG-AAAT-----AT----------------------T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATTTAAA---TTG-TGT--TAA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----ATGC--T-GAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataa-GT-GAACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAGC-TTC-------GG---------------------G-GA------------------T-TTTCG--ACAAATTT-AGAATT--GA-AGAGT--CGAT-AT-G---CGATAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATTAA---------G------------------------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-GTACAAGT------T-A--------A-----C-A---A--T---------TTGT--T--------AAT--G-AT----------------------AT-AA---T---T-T--TAT-A--T-CTT-TGAAGTTACT-TTTTCATT---TT--TCGTCCCGC--T--AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : aatcaggcaatactatgaa--A-----TT-GGAATTGTAA-GA-GT--TGAT-CTCG---TGACAGTGT-TAAAC-----------ATATCTTA-GTGGA------A--------------G-G---T---------AAT-----------C--A-----A-G-GTCTGC--CGGACAGCG----ATTG-TT-G-----------T--ACCGC-------ACCAT----GGCTGCA-GT-----GTTA--------A-----C-A---A--T---------TTGA--TAATAAATCAAT--A-AT------------T---TACTATATAAAACTTTG-T-T--TGA----T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATTATATTCGT----CTGT--TAGCTTTTATATTtgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222 11 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 66 3 6 3 3 3 3 2 444 3 3 44 3 666 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 666 9999 555 2 66666 4 666 33 33333333333 44 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 44 999999 44 3 0000000000000000000 0 999 3 8888 3 5555 66 1 99 3 0 77 44 77777 44 3 1 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................................................................................................... ........... .. . . . . . . . ... . . .. . ... . ...................................................... .. . . ...................................................................... . ... .... ... . ..... . ... .. ........... .. ...... ......................................................................................................................................................................... . .. ...... .. . ................... . ... . .... . .... .. . .. . . .. .. ..... .. . . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 88 1 7 1 1 1 1 9 555 3 3 66 6 666 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444 1111 000 9 88888 1 444 99 66666666666 77 222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 66 666666 22 1 2222222222222222222 8 666 1 1111 3 5555 77 5 44 3 4 22 66 33333 66 6 7 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACATTT-----TT-G--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACT--GTTATG---AAA-----G-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AGATTCCT-----T-GT-GA---------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAGCAT-CT--ATCTGA---------------------T-GA------------------CCT---G--G-----TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TT-GGACTGATACC-TGTA--CGATCGTAACTGAT-TCTCGTGTGTATATTTTGATTCA---------GAG---T---------AAA-----------C--A-T---ATTTGCCAGCATCGCGCATTG----ATTGGTC-A-----------T--A-----------AC-------A-TTGTAAGTTC---CT-A--------A-----C-A---TAGG---------CTGT--T------TCTGTAGA-AT------------T---GT-TAAATAA-----TGCT-T--TAA-A--TGCCTATAACTT--CT-TTG-GATT--ATT--T----CT-CTGT-GCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCTGG---------------------G-GA------------------T-T---GGGA-----AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATT-G---TGACAGT-TATA--T-----------AT---TCGTTTGTG------AATTCATTTATATTCG-TTTGT---------GAATCTCAGTTCTGC--A-TTAAA-CTG--AGCATTCGACA-CG----ATT--TTGG-----------TGAACTTCGATTAAAACC-T----A-CTGCAAGTTA---GT-A--------A-------A---T--T------------T--T------TAAAT--ATAT------------TTTCA--TAAATAAC---TGG-T-CCATAACA--T-CAT-TCAATT--CTGTTG-GACTG-ATT--T----TTGC--catgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTA--GT-TTCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----A--ACACGTGAA-----G-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-
gi|11 : -TT-AAGCATTCC--ATCTTA---------------------A-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT-------------------------TGGCAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGAG------AATTCA---------acagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-----TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CT-G---TGACAGC-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATCAA---------G-G---T----------------------------------CTGCC------GGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-GTGCACGT------T-A--------A-----CAA---T--T---------TGATAAT------ACTAT--A-AT------------T---C--TATATAAACT-TTG-T-T--T-G-A--T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATT---TT--T----C-GC--T-GAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AAG-----GC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TT-C---TGG-----------------------AT-----GTGTGGG------AATTCA---------G-CT--T---------GCA-----------T--T-T---A-A-ACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AAA-----GC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TT-C---TGA-----------------------------TGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACTT--GTATT-A--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-ATC--A--AAGCC-AAA-----GG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TT--------------------A-------GA--ACTGT-ATACCT--GT-TT-A--C-T--------GAC-A-----TTG--TA---C---------ACT--------------------T----TCTAGA---------T-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC-----T-a
gi|18 : gA------A-------GGTGAC-ATAACACTT--GT-TTTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T--A--AAA---AAACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC-----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACA-TT--CT-TT-G--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCC--ATA---AAA-----GC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT-----TTGT-GAA--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGGCATTCT--ATCCTA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-G-TA--C-----------AT-TCTCA-GTGAT------AATTCA---------G-A---T---------AAA-----------C--A-T---A-TTGCCAGCGTCAGGCAATG----AAT--TT-G-----------T--AT----------ACC-T----A-TTGTAAGT-----AT-A--------A-----C-A---T--G---------CTGT--T------TGTAG--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-C-T--TCA-A--T-TGTATGGACTGTCT-TTGCGATTG-ATT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCTTCCAT-TT-GAAT-CGTAA----AAT------------------------------------GG---AAA-----GG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAA--------TTG-T-T---AA-A--C-CT----GACTATCT-TTGTGACTG-ATT--T----CTGC--T-CAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---CTG-TAT--CAT-A--T--TTATGAATTGTCT-TTGTGGTTG-AAT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : tttgt-TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|28 : -T-T-G-GTATG-AATA-G-ACAG-TA-CA--TT-TTGTA-G-T-----------AATAA-ACACTC-----T-tagttgtagaacggtgctt
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACTT---T-TT-G--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC------AGA---AAA-----GAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC-----T-AT------AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGGAAATCTACATCTGG---------------------G-AA------------------T-T---GC-A-----TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TT-G---ACAAAGT-G-TA--T-----------CT-TTTTGTATGTG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--AGT---A-A-ACCAGCATTGGACATTG----TTT--TT-GAGAACTTCGATT--AG----------ACT-T----A-ATGTACAT-----GT-AAGTT----A-----G-A---T--A---------TTTT--T------TCATT--G-ATGTATCTTTTTTCT---G--TCAATAAA---TTG------TAA-ACTC-CTTAAAAAT----T-TTGTGACTG-AGT--T----TTGC--T-a
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACTT--GT-TTTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---A--ACG---AAG-----GA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCT-GT------AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGG-GTTTT--ATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTG-GG------------------C-T---G--ACA---TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TT-G-----ATACT-T-TA--C-----------AT-TTTCATGTGGG------AATGCA---------G-C---T---------GGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATCGGACACTG----ATG--TT-G-----------T--AT----------CGT-T----A-TTGTAAGTTACTAAT-ATGTTATTCA-----C-ATAGT--T---------TTCT--T------TCTGT--G-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-G--TAA-A---------------ACT-TTGTGATTG-ATT--T-----TGC--T-
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATTT--GT-TTTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT-CTT--G--AAAT--GAA-----GC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAAG-CACTC-----G-ATCGA-----GCA-TT-C-T--------AT--A-TG-AA--ATTAC--A---GA---------------------G-GA------------------T-T------------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TT-G---TGAGAGT-T-TA--C-----------AT-TCTTGTGTACA------AATTCA---------G-C---T---------CAA-----------C--A-T---T-CAACCAGCATCAGACACTG----ATA--TT-G-----------T--AT-----------TG-T----A-TTGTAAGTTA---GT-A--------AATTGTC-A---T--TGAAATATTCTTCT--T------TCAAG--A-AC------------T---G--TAAATGAA---TTG-T-T--
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA---ACTGTTTAGTT--TTAG-----------T--A-----------ACC-TCGAGG-TTGAAA--------T-A--------T-----T-T---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATGTAAA---TTG-T-G--TGA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGA-TG-ATT--A----TT-C--T-GAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcAAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA-ACTGTT----AGT--TA-G-----------T--A-----------ACC-TCGA-G-TTG-AAAT-----AT----------------------T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATTTAAA---TTG-TGT--TAA-A--T-CTTA-GAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----ATGC--T-GAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataa-GT-GAACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAGC-TTC-------GG---------------------G-GA------------------T-TTTCG--ACAAATTT-AGAATT--GA-AGAGT--CGAT-AT-G---CGATAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATTAA---------G------------------------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-GTACAAGT------T-A--------A-----C-A---A--T---------TTGT--T--------AAT--G-AT----------------------AT-AA---T---T-T--TAT-A--T-CTT-TGAAGTTACT-TTTTCATT---TT--TCGTCCCGC--T--AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : aatcaggcaatactatgaa--A-----TT-GGAATTGTAA-GA-GT--TGAT-CTCG---TGACAGTGT-TAAAC-----------ATATCTTA-GTGGA------A--------------G-G---T---------AAT-----------C--A-----A-G-GTCTGC--CGGACAGCG----ATTG-TT-G-----------T--ACCGC-------ACCAT----GGCTGCA-GT-----GTTA--------A-----C-A---A--T---------TTGA--TAATAAATCAAT--A-AT------------T---TACTATATAAAACTTTG-T-T--TGA----T-CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATTATATTCGT----CTGT--TAGCTTTTATATTtgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
blockSeqs : A C GTATACCTAATT . G T TTTG A T CATTCTATTTTTAGAACGATGTTTGTCCGAGTTTGAATAGAAGGATGATGTAACACTTTTTGCCATGACACTGTACGTTCCAGA CTAAAGC AT C T . C C A T CC T C TT . GCA A GATTCATATTCATTAAGCATTCTATAAACACTCTAC AA T . TTTTATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTGGGCTGACA T TTA ATG C A CG C TA AA . AT . TTTATATTCGTTTGTGAATCTCAGTTCTGCATTAAACTGAGCATTCGACACGATTTTGGTGAACTTCGATTAAAACCTACTGCAAGTTAGTAAATT A AA AATAAA . T GTATCTTTTTTCTG ACT . CCA C CTC AT T GA G AT CG CGTCC . A A TAGGAAA . . A . A GC T TA . .
blockSeqs : . C TGA . . . C C . AGGAATGGCGTTTGTCAGTTCAATATAAAGATTATGTAACACTTGTTTTGCTGTAATCTTATTTGTCTATATATCGTAAAAACG GAATAA AC C G . . . . . C . . . . GT . ATTAAGGCATTTTTGTGAAAAAAAATTATTT . . . ACTGAGGAAGAAGGGGGGGGGGGTGACTGA T TTA AGA T . G C GT . . T . GCTGGGCATTAAACCAGCATCGGACACTGATGTTGTATCGTTATTGTAAGTTACTAATATGTTATTCACATAGTT G . . . . TTTCA CT . AT . T AT G GT . G . T . . C TTGG
blockSeqs : . C TA . . . C C . TGTTTAGAATGATGCTTTAATTGTCAGTTCAACACACTTGTATTACCATAATCCTATTTATCTAAGGTATCAAAGCC GC AC C . . . . . . G . . . . GT . AAAAGCACTCACACCTGTAAGTATTAGTCT . . . ACTGAGGAAGAAGGGGGGGGGGGTGACTGA . TGT TC A . G C T . . T . GCTTGGCAGTAAACCAGCATTGGACATTGTTTTTGAGAACTTCGATTAGACTTAATGTACATGTAAGTTAGATA C . . . . TTAC . . GT . T AA C AT . G . C . . A
blockSeqs : . C TA . . . T T . TGAATACAATGTTTGTCAGTTCAGTTACGTAACACTAGTTTCGTCGTAATCCTATGTATCCAAGTGGTAAACACGT GC GG A . . . . . . C . . . . TG . GGTAGCAGTATAAGGTACTTGATTTA . . . ATCTACATCTGGGAATTGCA . TG TG A . C C T . . T . GCTCAACATTCAACCAGCATCAGACACTGATATTGTATTGTATTGTAAGTTAGTAAATTGTCATTGAAATATTC T . . . . TC . . T . T T C GT . G . C . . C
blockSeqs : . C T . . . C G . TTTGATTTCTGAAATATAAAGATTACATAAAATTTGTTTTGCCATAACTTGACATGCTCTTGAAAT GG AT C . . . . . . C . . . . GA . GGTAGGCAGTATAAGGTACTTGATTA . . . TTCGGGGATTTTCGACAAAT . T TG C . C A G . . T . GCTTCGTCCGGAGAACTGATATTGCGCACCAACTGTTTAGTTTTAGTAACCTCGAGGTTGAAATATTTTT C . . . . TG . . T . C T T GA . G . C . . A
blockSeqs : . . A . . . C A . ATTCGATGTTTGTTGACGTAACATTCTTTGTTGTAAAGGATAACTATAACCGCGTTACTTCCATA GC GT T . . . . . . A . . . . TT . AAAAAGCACTGTAAAAACATTGTTTT . . . TTCTTCAAAATGACTATTT . G CG T . G T G . . T . GCTTCGTCCGGAGAACTGATATTGCGCACCAACTGTTAGTTAGTAACCTCGAGTTGAAATATTT C . . . . TG . . T . T A T GA . G . C . . A
blockSeqs : . . T . . . C A . TGTTCTATTTTTAGAACTGTATACCTGTTTACTGACATTGTACACT GG TC C . . . . . . G . . . . TA . ATTAAGCACTCGATCGAGCATTCT . . . TTCTTCAAAATGACTATTT . G CA C . G G T . . T . GGTAATCAAGGTCTGCCGGACAGCGATTGTTGTACCGCACCATGGCTGCAGTGTTAACAAT C . . . . TG . . G . T A T TA . G . T . . A
blockSeqs : . . . T A . GA TA C . . . . . . G . . . . TG . . . . TTCCATCTTAAGACTGA . C CA C . G C T . . C . GATAAACATATTGCCAGCGTCAGGCAATGAATTTGTATACCTATTGTAAGTATAACATG C . . . . TG . . T . T T T GA . G . T . . C
blockSeqs : . . . . . GC AC . . . . . . . C . . . . AG . . . . TTCTATCCTAGGACTGA . T AA C . G C T . . C . GGTCTGCCGGACAACGATGTTGTACACCTGGTGCACGTTAACAATT G . . . . TG . . G . T T G A . G . A . .
blockSeqs : G A . . . . . . . C . . . . AC . . . TTACAGAGGATT . G CT C . T T T . . T . GGTCGGCCGGACAACGATGTTGTACACCTGGTACAAGTTAACAAT G . . . . TG . . T . T . G . . . . C . .
blockSeqs : T . . . . . . . . C . . . . T CT T . T C T . . . . . . . . . TG . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T GA T . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TA*********** C***** GC********* C** C** G**** T** *********** ****** ** TG***************** T*** T* GA G* **
originalCons : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A--T-CTTATGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
finalCons : TGTTGT-GTAATACATTA-----------TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGAC-----AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAAGC---------TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATAC--ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TTG----TGACAGTT--TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-ATTG-----------------TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-AT---CTTT-GAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222 2222222 22222 11 1 11 1 11 1 1
lowQualScore : 0 2 5555555555555 4 0 8 4 333333 0 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 66 3 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 55 4 555 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 666 9999 555 2 66666 4 666 33 33333333333 44 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 44 999999 44 3 0000000000000000000 0 999 3 8888 3 3 44 44 7777 3 0 77 44 77777 44 3 1 7777777 77777 88 2 5 1 77 5 88 5 5
lowQualScore : . . ............. . . . . ...... . . . .................................................................................................................................................... ........... .. . . . . . . . . . . . .. . ... . ...................................................... .. . . ...................................................................... . ... .... ... . ..... . ... .. ........... .. ...... ......................................................................................................................................................................... . .. ...... .. . ................... . ... . .... . . .. .. .... . . .. .. ..... .. . . ....... ..... .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 4444444444444 4 9 0 0 999999 8 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 88 1 7 3 3 3 3 1 1 6 6 6 00 0 777 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 444 1111 000 9 88888 1 444 99 66666666666 77 222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 66 666666 22 1 2222222222222222222 8 666 1 1111 3 3 66 88 2222 3 4 22 66 33333 66 6 7 7777777 00000 00 5 5 0 55 5 55 5 0
consensus : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A-T--CTT-TGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
Reference ( family-1115 ) : TGTTGT-GTAATACAT-------T-A---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACC-TAGA--C---AAGNTT-CTAGACG---TT-----C------------G-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA------A-------GATGAC-GTAACACTT--GT-TT-G--C-CGTAA----GAT-A-----CTA--TA---CC--GCGTT-ACT--A--ANA---AAA-----GC----TCTGGAAACTTCA-TT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGN-G-T-----------ANTAAGGCACTC-----T-GT-GAA--AAGCA-TT-G-T-TT-GG--ATTCA-TT-AAGCATTCT--ATCTGA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATT--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------GAA-----------C--A-T---A-NTGCCAGCATCGGACANCG----ATT--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-TTGCAAGT-----GT-A--------A-----C-A---T--T---------TTNT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-T--TAA-A-T--CTT-TGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----CTGC--T-GAATTTATATTTCGG---AAGATTTTTTCTCATCTCCATACCCGGTTTAATTCATCGTTNTGGCATAAAACATCTTTGCAATTCTAAGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|1 : TGTTGTTGTAATACATG------T-A---TTGTACTTGATTGACAGCCTGGTGGAC-TGAAATT---AAGTTT-CTAGATG---CT-----C------------GGATGT-----TTGT----------------------------TGACCGTAACATTT-----TT-G--TATGTAAAG--GAT-A------TA--TA---CC--GCATTTACT--GTTATG---AAA-----G-----TCTGGAAGTTCTA-TTCT-T-A-GTGTT-AATA-CCACTG-TG-AA--TTGTTAGT-A-T-----------AT--AGATTCCT-----T-GT-GA---------TT-T-TATT-GG---TTTA-TTTAAGCAT-CT--ATCTGA---------------------T-GA------------------CCT---G--G-----TT-GGAATC--AA-CG-GTAATG-T-TT-GGACTGATACC-TGTA--CGATCGTAACTGAT-TCTCGTGTGTATATTTTGATTCA---------GAG---T---------AAA-----------C--A-T---ATTTGCCAGCATCGCGCATTG----ATTGGTC-A-----------T--A-----------AC-------A-TTGTAAGTTC---CT-A--------A-----C-A---TAGG---------CTGT--T------TCTGTAGA-AT------------T---GT-TAAATAA-----TGCT-T--TAA-A-TGCCTA-TAACTT--CT-TTG-GATT--ATT--T----CT-CTGT-GCATTTATATT-------AAGATTTTTTCTCATCTCCATATTCAGTTTAATTCATCGTTTTG--ATAAAACA-CTTTACAATTT--AGATTTTATTTTATCCTCTAG
gi|10 : agctaagagtgagaggtactgcttgtaaagcggatggttgacacgtaaatagaaacattaatgtcttaggtttattttggagactctagaggccggttccaaatggtaataaataaatgcatttcgttcctcttctttttgatggTCTGG---------------------G-GA------------------T-T---GGGA-----AT-GGACCT--AAATG-GC--C-ATATT-G---TGACAGT-TATA--T-----------AT---TCGTTTGTG------AATTCATTTATATTCG-TTTGT---------GAATCTCAGTTCTGC--A-TTAAA-CTG--AGCATTCGACA-CG----ATT--TTGG-----------TGAACTTCGATTAAAACC-T----A-CTGCAAGTTA---GT-A--------A-------A---T--T------------T--T------TAAAT--ATAT------------TTTCA--TAAATAAC---TGG-T-CCATAACA-T--CAT-TCAATT--CTGTTG-GACTG-ATT--T----TTGC--catgacttcacatatat
gi|11 : aagcattctacagaattttgacttttaccTGTTATAGTGATACATGTATACCT-AATTTTGTACTTGATTGATA-TTTG-TGACC-TAAA--C---ACGATT-CTAGATGAA-TA-----C------------A-ATGT-----TTGTC--AG--T-TCA---------------GTTAC-GTAACACTA--GT-TTCG--T-CGTA------AT-C-----CTA--TGTATCCAAGTGGT-A----A--ACACGTGAA-----G-----TCTGAAAATTTCATTT-T-T-A-ATATA-AGTA-
gi|11 : -TT-AAGCATTCC--ATCTTA---------------------A-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAAT-------------------------TGGCAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGTGAG------AATTCA---------acagttttaagcattccatcttaagactgattggaattggcagtttacattctcgtgtgagaattca
gi|12 : tgttatagtgatacatgtatacctaattttgtacttgattgatatttgtgacctaaacacgattctagatgaatacaatgtttgtcagttcagttacgtaacactagtttcgtcgtaatcctatgtatccaagtggtaaacacgtgaagtctgaaaatttcatttttaatataagtaacagtt-----TT-GGAATTG-AA-TC-GT--TGTT-CT-G---TGACAGC-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATCAA---------G-G---T----------------------------------CTGCC------GGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-GTGCACGT------T-A--------A-----CAA---T--T---------TGATAAT------ACTAT--A-AT------------T---C--TATATAAACT-TTG-T-T--T-G-A-T--CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATT---TT--T----C-GC--T-GAGCTTATATT
gi|13 : aaactttagccaaatA---AAG-----GC----CCTGGAAACTTCAGTT-T-T-G-TTATA-AATACC-ACTG-TA-AATTTT-TTGGT-G-T-----------GGTA--GCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TTAGG--ACTCATTT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GG-ATG--AA-TG-GA--TGAT-TT-C---TGG-----------------------AT-----GTGTGGG------AATTCA---------G-CT--T---------GCA-----------T--T-T---A-A-ACCAGCATTGGACgggtttggtgacccataacataatgggggttgggggctaaaaatg
gi|14 : taattttatgcgtgcattaaaatgg---AAA-----GC----CCTGGAAACTTCA-GT-T-T-T-GTATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--TT-TTGGT-G-T-----------GGT-AGGCA----------GT-ATA--AGGTACTT-GAT-TA-GG--ACTCA-TT-AAGCATTCT---TCAAA---------------------ATGA------------------C-T------ATTT--TT-GGATTG--AA-TG-GA--TGAC-TT-C---TGA-----------------------------TGTGTGGG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATTGGA
gi|15 : T-GTAATACAT-------T------TGAATTTGATTGCCA-CTTG-TGAAC-TAGA--TTTGATGCTT-TAAAATG---TTTAGAAT------------G-ATGCTTTAATTGTC--AG--T-TCA------------------AC----ACACTT--GTATT-A--C-CATA------AT-C-----CTATTTAT--CT--AAGGT-ATC--A--AAGCC-AAA-----GG----TCTGGAAGGTTAA-TT-TCT-A-GTATATAATA-
gi|16 : tTGTTGT-ATGATACAT---------A---T-GTACATGATTGACA-A-TG-TAAC---AGA--C---AAGCTT-CAAGATG---TT-----C------------T-ATTT-----TT--------------------A-------GA--ACTGT-ATACCT--GT-TT-A--C-T--------GAC-A-----TTG--TA---C---------ACT--------------------T----TCTAGA---------T-T-T-G-GTATA-AATA-G-TCTG-TA-GA--TT-TTGTG-G-T-----------AATAA-GCACTC-----T-a
gi|18 : gA------A-------GGTGAC-ATAACACTT--GT-TTTG--T-CGTAATCTTGCT--------TA--T----TT--GAGTC-G-T--A--AAA---AAACTAAAGC----TCAAAAAATTTCA-TT-T-T-A-CTATC-AATA-C-ACTGTTACAG--CA-TTGGA-G-T-----------ATCAA-GCATTC-----
gi|2 : ctataTGTTGT-GTAATACAT-------TGA---TTGTACTTGATTGACA-CCTG-TGACT-GAAA--T---AAGTTTTCTAGA-A---TT-----C------------G-ATGT-----TTGT----------------------------TGAC-GTAACA-TT--CT-TT-G--T-TGTAAAG--GAT-AA----CTA--TAA--CC--GCGTT-ACTTCC--ATA---AAA-----GC----TTTGGAAGTTTTA-TT-C-T-AAGTGTA-AATG-C-ATTG-TG-AA--TT-TTGTT-A-T-----------ATTAAGGCATTT-----TTGT-GAA--AAAAAATT-A-T-TT-GG--ATTTA-TT-AGGCATTCT--ATCCTA---------------------G-GA------------------C-T---G--A-----TT-GGAATC--AA-CG-GC--CGAT-TT-G---TGACAGT-G-TA--C-----------AT-TCTCA-GTGAT------AATTCA---------G-A---T---------AAA-----------C--A-T---A-TTGCCAGCGTCAGGCAATG----AAT--TT-G-----------T--AT----------ACC-T----A-TTGTAAGT-----AT-A--------A-----C-A---T--G---------CTGT--T------TGTAG--A-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-C-T--TCA-A-T--TGTATGGACTGTCT-TTGCGATTG-ATT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTAGGAAAAAAATT-----TCA--TCCATACCAGGTTTAATTT-TCGTTATGGCATAAAACATTTTTGCAATTCTAAGA-TTTATTTTAT-CTCTAGgtcg
gi|21 : ------------G-ATAT-----TTGTC--AG--T-TTAGAGCAAA-------GATGAT-GTAACCCTTCCAT-TT-GAAT-CGTAA----AAT------------------------------------GG---AAA-----GG----TCGGGAATCTTCA-TT-T-T-A-GTACA-AATA-A-ACTG-TA-CA--Tagtacttagatttat
gi|23 : agaatT-GTAATA----------T-A---TTGCACTTAATCGACA-CCTG-TGACCTTAGA--C---AAGGCT-CTAGACG---TT-----CTGCATTTGGGAGG-ATGT-----TAGTC--AGACT-TCA------
gi|24 : ---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TAA--------TTG-T-T---AA-A-C--CT----GACTATCT-TTGTGACTG-ATT--T----CTGC--T-CAGTTTGTTTTTTGG---gtaaaaagataatat
gi|25 : atatatAT--A-AT------------T---G--TAAATAAA---CTG-TAT--CAT-A-T--TTA-TGAATTGTCT-TTGTGGTTG-AAT--T----CTGC--T-GCATTTATATTTCGttattctgacccaa
gi|27 : tttgt-TGACC-TAGA--C---AAGATT-TTAAACG---TT-----C------------
gi|3 : TTGT-GTAATG----------T-A---TTGTACTTGATTTACA-TTTGGTGACT-GAGA--C---AAGATT-CTAGACA---TT-----CTATTTTTAGAACG-ATGT-----TTGTCCGAG--T-TTG------AATAGAAGGATGAT-GTAACACTT---T-TT-G--C-CAT------GAC-A-----CTG--TA---C-----GTT-CC------AGA---AAA-----GAATAATCCAGAATATT-A-TT-T-T-A-GCATA-AAAA-G-ACTG-TA-AA--TT-TTGTG-G-TGATTCATATTCATTAA-GCATTC-----T-AT------AAACA-CT-C-T-AC-AGAAATAGG-TT-CGGAAATCTACATCTGG---------------------G-AA------------------T-T---GC-A-----TT-GGACAT--CA-CA-GT--CAAT-TT-G---ACAAAGT-G-TA--T-----------CT-TTTTGTATGTG------AATTCA---------G-C---T---------TGG-----------C--AGT---A-A-ACCAGCATTGGACATTG----TTT--TT-GAGAACTTCGATT--AG----------ACT-T----A-ATGTACAT-----GT-AAGTT----A-----G-A---T--A---------TTTT--T------TCATT--G-ATGTATCTTTTTTCT---G--TCAATAAA---TTG------TAA-ACT--CCT-TAAA--AATT-TTGTGACTG-AGT--T----TTGC--T-tagttgtagaacggtgctt
gi|4 : TTGATTTACA-CCTG-TTACC-TAGA--T---ACGATT-CTAGAAGGAAT-------------------G-GCGT-----TTGTC--AG--T-TCA------ATATAAA-GATTAT-GTAACACTT--GT-TTTG--C-TGTAA----TCTTATTTGTCTA--TA---TA--TCGTA-AA---A--ACG---AAG-----GA----TCTGGGAACTTCA-TT-T-TCA-ATATA-AATA-C-ACTG-TA-AA--AT-TAGGCAG-T-----------A--AAAGCACTCACACCT-GT------AAGTA-TTAG-T-CT-GG--AATCT-TT-AGG-GTTTT--ATAAGATCGATGGGATTTTGGATTTTTG-GG------------------C-T---G--ACA---TT-GGATTG--AA-CA-GC--AAAT-TT-G-----ATACT-T-TA--C-----------AT-TTTCATGTGGG------AATGCA---------G-C---T---------GGG-----------C--A-T---T-AAACCAGCATCGGACACTG----ATG--TT-G-----------T--AT----------CGT-T----A-TTGTAAGTTACTAAT-ATGTTATTCA-----C-ATAGT--T---------TTCT--T------TCTGT--G-AT------------T---G--TAAATAAA---TTG-T-G--TAA-A---------------ACT-TTGTGATTG-ATT--T-----TGC--T-
gi|5 : TGTTGT-GTAAAACAT-------T------TGCAGTTGTTTGATA-CCTG-TGACC-TAGA-----------------------TT-----T------------G-ATTT-----CTG-A--AA--TATAA------A-------GATTAC-ATAAAATTT--GT-TTTG--C-CATAA--------------CT---TG---AC--ATGCT-CTT--G--AAAT--GAA-----GC----TCTGGAAA----A-CT-T-T-A-GTATA-AATA-C-ACTG-TG-AA--TT-TTGAG-G-T-----------ATTAAG-CACTC-----G-ATCGA-----GCA-TT-C-T--------AT--A-TG-AA--ATTAC--A---GA---------------------G-GA------------------T-T------------TT-GGATTT--AA-AA-GC--CTAT-TT-G---TGAGAGT-T-TA--C-----------AT-TCTTGTGTACA------AATTCA---------G-C---T---------CAA-----------C--A-T---T-CAACCAGCATCAGACACTG----ATA--TT-G-----------T--AT-----------TG-T----A-TTGTAAGTTA---GT-A--------AATTGTC-A---T--TGAAATATTCTTCT--T------TCAAG--A-AC------------T---G--TAAATGAA---TTG-T-T--
gi|6 : A-AATA-C-ACT---A-AA--AT-TAGAC-GAT-----------AA-AAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA---ACTGTTTAGTT--TTAG-----------T--A-----------ACC-TCGAGG-TTGAAA--------T-A--------T-----T-T---T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATGTAAA---TTG-T-G--TGA-A-T--CTT-AGAATTGACT-TTGTGA-TG-ATT--A----TT-C--T-GAATTTg
gi|7 : cactgtttttgccgttaaatcttatctatctaatcgtaaaaataattgcAAAGCACT--------GT-AAA--AA-CA-TT-G-T-TTTGG--ATTCA-TT-AAGCA------A-CTGA---------------------G-GAAGAAGGGGGGGGGGGTGAC-T---G--A-----TTTAGAATTTAAA-CT-GC--CGAT-TT-T---TGACAGT-T-TA--C-----------AT-CCACGTGCGGG------AATTCA---------G-C---TTCGTCCGGAGAA-----------CTGA-T---A-TTGC--GCACCA-ACTGTT----AGT--TA-G-----------T--A-----------ACC-TCGA-G-TTG-AAAT-----AT----------------------T--T---------TTCT--T------TCAAT--A-AT------------T---G--TATTTAAA---TTG-TGT--TAA-A-T--CTT-AGAATTGACT-TTGTGATTG-ATT--T----ATGC--T-GAATTTtgtgttattctgaccca
gi|8 : cactaaaattagacgataa-GT-GAACAAAACA-TTTG-T-TT-GA--ATCCA-GC-AAGC-TTC-------GG---------------------G-GA------------------T-TTTCG--ACAAATTT-AGAATT--GA-AGAGT--CGAT-AT-G---CGATAGT-T-TA--C-----------AT-TCTCGTGAAGT------AATTAA---------G------------------------------------------GTCGGC--CGGACAACG----ATG--TT-G-----------T--AC----------ACC-T----G-GTACAAGT------T-A--------A-----C-A---A--T---------TTGT--T--------AAT--G-AT----------------------AT-AA---T---T-T--TAT-A-T--CTT-TGAAGTTACT-TTTTCATT---TT--TCGTCCCGC--T--AATTTtgtgtcattctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacacattact
gi|9 : aatcaggcaatactatgaa--A-----TT-GGAATTGTAA-GA-GT--TGAT-CTCG---TGACAGTGT-TAAAC-----------ATATCTTA-GTGGA------A--------------G-G---T---------AAT-----------C--A-----A-G-GTCTGC--CGGACAGCG----ATTG-TT-G-----------T--ACCGC-------ACCAT----GGCTGCA-GT-----GTTA--------A-----C-A---A--T---------TTGA--TAATAAATCAAT--A-AT------------T---TACTATATAAAACTTTG-T-T--TGA---T--CTT-TGAAGTGACT-TTTTCATTATATTCGT----CTGT--TAGCTTTTATATTtgggttaatgctgacccataacataatgggggtgggggctaaaaatga
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCTAAGGTCAGAGGTGCTGCTTGTAGACGGATGGATTGACACTGCAATAGAAACAAATGTCTTATTTATTTAGGTAGACTCTAGGGCCGAGTCAAATTGGTAAAAAATAAGATGCATCTCGTCCTCTTTCTTTTTTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|20 ): TGGGAATTCAGCTCAAGCGGTATACCAGCATTAGGCTTGTTTAATATACTGAAATCTTTTGTTTGTTTAATACCAACTTCGTAATTGTTTCATCAATATACTTTTCTGTTAATAAATTG
Unaligned ( gi|22 ): GTGTTTGAATTCAACTCGGCAGTGAACGAACAGCGAACACTGGTTAATTACTGATAGTTAGTAACATGTATGTATGTATGTTTTCATGGATATAATCTATTT
Unaligned ( gi|26 ): CACTCTATAGAATTACATTGGGTTTGATATTACACCACTGGGGACTATTTAATAGCGGATATTGACAGGACT
Unaligned ( gi|28 ): TTGGTATGAATAGACAGTACATTTTGTAGTAATAAACACTCTA