lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 11111111111 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 1111111 1 222222222222222 11111 33333333333333 111111111 11 1111111 11111111 11 66666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 99 4 4 55 8 7 99999999999 4 22 4 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 44 3 44 4444444444 3 666 3 7777 5555555 666 2 3 3 55 0 4 777 4 4 555555555555555 22222 3 888 3 3 7 55 4 4 33333333333333 4 4 777 55 99999 55 666 3 666666666 6 3 3 33 44 3 888 555 6 0000000 555 3 3 3 22222222 3 99 11111111111111111111111111111111 3 5 2 2 99 5 2 2 2 2 2 2 3 88 6 0 3 3 3
lowQualScore : .. . . .. . . ........... . .. . . ..................................................................................................................................... . . . .. . .. .......... . ... . .... ....... ... . . . .. . . ... . . ............... ..... . ... . . . .. . . .............. . . ... .. ..... .. ... . ......... . . . .. .. . ... ... . ....... ... . . . ........ . .. ................................ . . . . .. . . . . . . . . .. . . . . .
lowQualScore : 00 0 0 55 0 5 00000000000 0 55 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 66 3 66 4444444444 6 444 6 7777 4444444 444 0 6 6 00 3 0 000 0 0 000000000000000 77777 6 111 6 6 3 55 0 0 00000000000000 0 0 000 55 11111 55 222 6 777777777 7 3 3 77 22 1 222 888 7 8888888 888 3 3 3 11111111 3 00 66666666666666666666666666666666 1 3 7 7 77 3 9 9 9 9 9 9 1 55 2 2 1 1 1
consensus : ATACAAGC-ACGT-G-G--AAAGTGTTNA-----------ATAA-ACCAC-CGGG-ATG---AT--CA----TGC-----------CAT-N--G-----C--AN-----A-----T--------------ACC--CGTAA------GT------A---T---A---CC-GAA-----ATAAG-TTCTCTTTATCG-A-AA-T--A-A--GTG-C--A-T---GAC-A---AA-A----TCCGCA----G--A---GGC-AAAC-ACT--AATC-TA---TTT-TT-A---------------CCTTG-----CC-TG--TA-A-GT-AT--A-CT-T-TATA----T----TATAC-CAA-CA---TT--TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----TA-CCGC-TT-GTTTT-AAAGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-GAAATAT-----A-C-G---A---TAAATA---AAT-TAAT-AC-AAT-AA-A--TT-ATTTATC-TA-TTTTCC-TG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
Reference ( gi|6 ) : ATACAAGA-ACGT-G-G--AA-GTGTTCA-----------ATAA-ACCAC-CGGG-ATG---AT--CA----TGC-----------CAT-T--G-----C--AT-----A-----T--------------ACT--CGTAA------GT------A---T---A---CCTGAA-----A-AAGTTTTTCTTTATCG-A-AA-T--A-A--GTG-C--A-T---GAC-A---AA-A----TCCGCA----G--A---GGC-AAAC-ACT--AGTC-TA---TTT-TT-A---------------CCTTG-----CC-TG--CA-A-GT-AT--A-CT-T-C-TA----T----TATAC-CAA-CA---TT--TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----TA-CCGC-TT-GTTTC-AAAGAAA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-AAAATAT-----A-C-G---A---TAAATACTGAAT-TGAT-AC-AAT-AA-A--TT-ATTTATC-TA-TTTTCC-TG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|4 : ATACAAGC-AC-T-G-G--AAAGTGTTCA-----------ATAA-A-CAC-C-GG-AT----AT--CACAGCTGCATAACAGTT--CAT-A--G-----T--AA-----A-----T--------------ACC--CGTAA------GT------A---T---A---CC-GAA-----ATAA---TTTCTTTATCG-A-AA-T--A-A--GTG-C--A-T---GAC-A---AA-A----TCCGCA----A--A---GCA-AAAC-AAT--ATTC-TA---TTT-TT-A---------------CCTTG-----CC-TG--TA-A-GT-AT--A-CT-T-TATA----T----TAT-C-C-A-CA---TT--TTC---ATGTT--GAATATATTA-AG---------TA-CCGC-TT-GTTTT-AAAGAAA--TT-C--TCA-TT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG---AATAT-----A-C-G---A---TAAATA---AA--TAAT-AA-CAT-AA-AT-TT-ATTTATCTTA-TTTTCC-TG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTT
gi|2 : aaaATACACGC-ACGTTG-G--AA-ATGTTCATAGAGTTATGAATAACAACACACGGG-ATG---AT--CAA---TCG-----------CAT----G-----C--AT-----A-----TCAACCATAGTAAA-ACC--CGTAA------AG------A---TCAAA---C--GAA-----ATAAATTT--CTTTATCG-A-AA-T--A-A--GTG-C--A-G---GCC-A---AA-A----TCTGCA----G--A---GGCGAAAC-AAT--AATT-CA---TTT-TT-A---------------CCTTGC----CC-TG--TA-A-GT--T--A-CT-T-TATA----T----TATAC-CAA-CA-------TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AGCTGCC----TA-CCGC-TT-GTTTT-AAAGAAAGTTT-T--ATGTTT---ACT-GCTTATAGTTT---A-TTCAG-TA-AG--------TGCGC-GAAATATAGCGAA-C-A---A---TAAATA---AAT----C-AC-AAT-A--------ATTTTTC-GA-C---------A-CT-GAACTG--T-ACT-CA---CGATTTTTTTtttcatata
gi|7 : aatATACAAGCCACGT-G-G--AAAGTGTTCA-----------ATAA-AC-AC-CGGG-ATG---AT--CA----TGCATG--------CAT-T--ATCAGCC--ATAGTAAA-----T--------------ACC--CGTAAGTACATGT------A---T---A---CC-GAA-----ATAAG--TTTCTTTATCG-A-AA-G--T-A--GTG-CA-A-T---GACAA---AA-A----TCCGCA----A--A---GGC-AAAC-ACT--AATCTTACTTTTT-TT-A---------------CCTTGGCCGCCC-TGTTTA-A-GTAATAAA-CT-T---TAT---T----TATAC-CAA-CA---TT--TTC----TG-T--GA--ATATTA-AA----T----TA-CCAT-TT-GTTT--AAAGAAA--TT-T--ATATaaata
gi|10 : ATAAAAGC-ACGT-G-G--AAAGTGTTGA-----------ATAA-AC-AC-CGGG-A-GCACAT--CA----AGC-----------CAT-A--G-----T--AA-----G-----T--------------ACC--CGTAA------GTTTT---G---T---AGTTCCCGAA-----ATAAGTTT--CTTCATT--A-AA-T--A-A--GTG-----------AC-A--------------------------------AAAC-ACT--AATC-TA---TTT-TT-ACTATCACAGTTACCGCCTTG-----TT-TT--CA-A-GA-AT-----T-T-C-TA----T----T-TAC-Ccatattcctgactgaatgtacccaccgacttttttcata
gi|11 : aATAAAAGC-ACGT-A-GGAAA-GTGTG-A-----------ATAA-A--AC-CGGG-A-----AT--------TGC-----------CACATCAG-----C--AT-----AGTAAGT--------------ACC--CGTAA------GTTTTGATAGTTT---A---CC-GAA-----T-AAGTTTCTCT-------A-AA-T--A-A--GTG-gcttattcagtaagtgggaaaaatacacgataaatagaaaacatgtacaaataaaatttatttatttatttttcctgactgaatgtacccaccg
gi|15 : aaATACAAAC-ACAT-G-G--AAAGTGTTGA-----------ATGA-AC-AC-CGGG-ATACATAT--CA----GGCG----------TAG-T--------C--A------A-----T--------------AC------AA------GC------A---TT--A---CC-GAA-----ATAAGTTTCCCC--GTCG-A-AA-T--A-A--GTG-----------AC-A---AA-A----ATCGAA----G--A---GAC-AAGC-ACT--Aacaatacatcatctaattttactatacagttacagcttgttttcaagaaatttaatttaccgcttatttagataagtgggtaaaatacagcgataataaataatacatgtacaataaactttctatctatttcctgactgaagtacccacacgac
gi|3 : aTACAAGC-ACGC-G-G--AAAGTGTTCA-----------ATAC-AACAC-CGGGAATG---ATTACA----TG------------CAT-G--G-----CCAAT-----A-----TCAAGCCATCAGTAAACTACCGTAA------GT----------T---A---CC-GAA-----ATAAG--TTTCTTTATCGAA-AA-TTAA-A--GTG----A-T---GGC-A---AACA----TCCGCA----A--A---GGC-AAAC-GCT--AATC-TA---TTT-GT-A---------------CCTTC-----CCTTG--TA-A-GTAAT--A-CTAT-A-TA----TCCC-TATAC-CAA-CATTCTT--CTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----TA-CCGT-TT-GGTTT-AAAGAAA--TT-T--ATATTT---ACCGGC-------TT---A-TT-AG-CA-AG--------TG-GG--AAATAT-----A-CAG---A---TAATAAATAAAT-TCAT-A--ACT-A------T-GTTTAT--TA-TTTCAC-CG-A-CT-a
gi|9 : TGCAAGC-ACAT-GTA--AA-GCGTTAA-----------ATAA-AC-AC-CGGG-A------------------------------A-----G-----C--AT-----A-----TC-------------ACC--CGT---------T------A---TT--A---C-----------------------TACCG-A-AA-T--A-A--GTT-A--AGT---GAC-A---AA-A----ACCGAA----G--A---AGC-AAAC-ACTTAAATC-TA---TTT-TT-A---------------CCTTT-----CC-TT--TA-A-GT-AT--A-CT-T-TATA----T----TATAC-CAA-CA---TT--TTA---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----T--CCAC---------------AA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-AG-AA-----------------------------TGAA--TAAT-AA-AAT-AA-AT-TT-ATTTATC-TA-TTTTCC-TG-A-CT-GAA-TGTAT-ACC-CA-C-CGACCTTTTTtttttttcactatggatta
gi|8 : TACAAGC-ACGT-G-G--AAAGTGTTGA-----------ATAA-AACAC-CAGG-ATGCAGAT--CA-----GC-----------CAT-A--G-----T--GA-----G-----T--------------ACC--CGTA--------------------------------------------------CTACCA-A-AA-T--A-A--GT--C--AGT---GAC-A---AA-A----TCCGAA----G--A---G-C-AAAG-ACT--AATC-TA---TTT-TTTA---------------CCTT---------TA--CA---GT-AT--A-CT-TAC-TA----T-----ATAC-CAAACA---TT--T------------------ATTA-AG----T----TA-CCGC-TT-GATTT-ACAGAAA--TG-T--CTATTT---ACC-TC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------GG-GG---AATAC-----A-C-C---A---TAGATA---AA--TAATAAC-AAT-AA-AC-TT-ATTTATC-TA-TTTTCC-TG-A-CT-GAA-TG--T-A-C-CA-C-GGAATTTTTTttcatatga
gi|5 : gCAAGC-ACGT-G-G--AAAGTGTCAA-----------ATAA---CAC-CGGG-ATG---AT--CA----TGCATCATATCAGCCAT-A--G-----T--AA-----A-----T--------------ACC--C-TAA------GT------A---T---AA--CCGGAA-----T-AAGGTTTCTTTAATCG-A-AAAT--A-A--GTG-CCAA-T---GAC-A---AA-A----TCCGCA-------A---GGT-AAAC-ACT--AATC-TA---TTT-TT-A---------------CCGTG-----CT-TG--TA-A-GT-AT--A-CT-T-TATA----T----TATAC--AA-CA---TT--TTTTCAATGT----G--ATATTA-AG----T----TAACCGT-TT-GTTTTTAAAGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT-----TTCAG-CA-AG--------TG-GG-AAA-TATG----A-C-G---A---TAAA----GAAA-TAAT-AC-TAT-AA-A--TTTGTTTTTC-TA-TTTTCCCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTT
gi|1 : CC--CGTAA------GA------A---T---A---CCCAAACTAGCA-GAGATTCT---TATCG-ACAA-T--ACA--GTGGC--A-T---GAC-A---GA-AATTATCCGCATTCGG--ATAGGAC-AAACCACT--AAGC-TG---TTT-TC-A---------------CCG-G-----CC-TG--TA-ATGT-AT--AACT-T-A-TAA---TGAGATATAC-CGG-AT---TT--TTT---A-GTT--GA---TATTA-AG---------TA-CGGT-TTGGTTTT-AAAGAAA--AT-TGATTACTTTCGACCTGC-------TTCAAA-ATCAG-CA-GGCCCACAGATA-GG-GAAAGAT-----A-CAG---AGTTTAAATCC--AAT-C-AC-AT-GAT-AATC--TT-ATT--------TTCTCA-TG-A-CTGGAA-TG--TCACCACA-C-GGACCTTTTca
gi|13 : ctgtaaatatgacaatggcacgtgtggaaatggtcaataacacgattcggtggagactgaatcaatgcatgaatgcatcagccatgaggaaaattacct-A-AG-T--A-ATGGTG-C--A-TATAGAC-ATAGAA-G----TC-GCA----AGAA---AGC-AAAC-ACT--A-TC--A---TTTCTT-A---------------CCGTG-----CC-CG--TA-A-GT-gcttg
gi|12 : gtcaactgaatacccgcgattaaggtataaccgaaacttcatagtttccgcttataatcgatacttagacc-----CC-TG--TACA-GT-AT--A-AA-T-T-TAATGAT----TATACTCAA-CA---TT--T-C---ATGTTTGAA--ATATTA-AG----TGGACTATCCGC-TT-TCTTA-TAAGAAA--TTCT--CTATTT---ACC-GT-------TT---ATTTCAG-TATAG--------TT-AG-GAAATAT---------------------TAC-------GAT-AC-AAT-GA-A--TA-ATACAAC-TA-ATTCCT-TG-ACCT-GAA-TG--T-ATC-CA-C-CGACTTTTTTctcatataacctttataatta
gi|10 : gcAA-CA---CTAATCT---ATTTT--TA--CTATCACAG----T----TA-CCGCCTT-GTTTT-CAAGAA---TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GGAAAAATAC-----A-C-G---A---TAAATAGAAAACATG-T-ACAAAT-AA-AATTT-ATTTATT-TATTTTTCC-TG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGtttaatatatgggt
gi|11 : aataaaagcacgtggaaagtgttgaataaacaccgggagcacatcaagccatagtaagtacccgtaagttttgtagttcccgaaataagtttcttcattaaataagtgacaa-AG----T----TA-CAGC-TT-GTTTT-CAAGAAA--TT-T--A-ATTT---ACC-GC-------TT---A-TTTAGATA-AG--------TG-GGTAAAATAC-----AGC-GATAA---TAAATAATACAT---GT-AC-AAT-AA-A--CT-TTCTATC-TA--TTTCC-TG-A-CT-GAA--G--T-ACC-CA-CACGAC
gi|14 : aaataaaagcacgtaggaaagtgtgaataaaaccgggaattgccacatcagcatagtaagtacccgtaagttttgatagtttaccgaataagtttctctaaataagtgacaatacatcatctaattttactatacA-CCG--TT-GTTTT-ATAGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-CA-A------------GG-GAAATAT-----A-C-G---A---TAAATA---AA--TAAT-CCAAAT-AA-AT-TT-GTTTATC-TA-TTTTCC-TGAA-CT-GAA-TG--TAACC-CAGC-CGACTTTTT
gi|17 : --TT-T--CTATTG---ACC-GC-------TT---A-TTCAA-TA-AG--------TG-GG--AAATAC-----A-C-A---A---TGGATA---AAT-T-AT-AC-AAT-GA-AT-TT-ATTaa
gi|18 : T-AC-AATTAA-AC-TT-ATTTATC-TA-TTTTCC-TG-A-CT-GGA-TGTAT-ATC-CA-C-CGACCTTTTa
gi|7 : -AAG-AA-A--TT--TATATC--A-TATTCC-TG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|16 : atacaagccacgtggaaagtgttcaataaacaccgggatgatcatgcatgcattatcagccatagtaaatacccgtaagtacatgtataccgaaataagtttctttatcgaaagtagtgcaatgacaaaaatccgcaaaggcaaacactaatcttactttttttaccttggccgccctgtttaagtaataaactttatttataccaacattttctgtgaatattaaattaccatttgttta-AAT-AA-A--TTTATTTATC-TA-CTTTGC-TA-A-CT-AAA-CG--T-A---CA-C-CGACCTTTTata
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCCAACATTTTCTGGGAATATTGATCATTACTATTTGTTTGGAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 222 88888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222222 333333333333333333333 1111 11111 3333333333333333333333333333 11111111 1111 1111111 11111 111 1111 1 1111 111111111 1111111 11111111111 222 22
lowQualScore : 3 3 2 55555555555 3 000 3 3 33333333333333333333333333333333333333333333333 555 2 1 6 3333333333333333333333 6666 000000000000000000000 44 2222 3 00000 44 555 4444444444444444444444444444 3 44 3 44 3 66666666 3 555 0000 3333333 555 1 3 3 44 3 666 3 3 0 22222 3 55 7 3 333 55 2222 0 4444 4 3 666 55 66666 777777 3 444444444 3 3 3 3 33 3 33 2 444 555 6 0000000 555 3 3 3 55555555555 77 333 6 6 666666 555 333 555 77777 5 5 2 2 00 2 2 2 2 2 2 2 2 2 77 5 2 2 2
lowQualScore : . . . ........... . ... . . ............................................... ... . . . ...................... .... ..................... .. .... . ..... .. ... ............................ . .. . .. . ........ . ... .... ....... ... . . . .. . ... . . . ..... . .. . . ... .. .... . .... . . ... .. ..... ...... . ......... . . . . .. . .. . ... ... . ....... ... . . . ........... .. ... . . ...... ... ... ... ..... . . . . .. . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 6 3 2 88888888888 3 111 3 3 11111111111111111111111111111111111111111111111 666 8 0 2 2222222222222222222222 5555 333333333333333333333 22 7777 1 88888 22 444 4444444444444444444444444444 1 22 1 22 1 44444444 3 888 4444 3333333 888 0 3 3 66 6 444 6 6 7 77777 6 00 3 6 666 00 7777 9 1111 0 6 444 00 55555 333333 3 666666666 1 1 1 1 55 1 99 9 999 444 2 0000000 444 1 1 1 55555555555 55 666 2 2 777777 444 666 444 11111 7 0 5 5 99 5 5 7 7 7 7 7 7 9 99 7 9 9 9
consensus : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATAA-A--CAC-CGGG-A--TGC---AT--CA------T-------------GC-----------CATA--GTAAAT-AC------------------C---CG----TAA------G---T----A-----T--A----CC-GAAA-----TA--AG---TT-T-CTTTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-CA---TT--TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----T-A-CCGC-TT-G-TTTTA-AAGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-GAAATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---A-----T-AC-AAT-AA-A--T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
Reference ( family-1079 ) : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATAA-AC-CAC-CGGG-A--TG----AT--CA------T-------------GC-----------CATN--GCANAT-AC------------------C---CG----TAA------G---T----A-----T--A----CC-GAAA-----TA--AG---TTCT-CTTTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-CA---TT--TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----T-A-CCGC-TT-G-TTTTA-AAGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-GAAATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---A-----T-AC-AAT-AA-A--T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|1 : GT-GGAGACTG---A-----------ATCA-ATGCAT---GA-A--TGC---AT--CA--------------------GC-----------CATGAGGAAAATTAC------------------CTCCCG----TAA------G---A----A-----T--A----CC-CAAAC----TAGCAGAGATTC----TTA-T---CG-AC----------AA-T--ACA--GTGGC--AT---GAC-A---GAAATTATCCGCATTCGG--ATAGGAC-AAACCACT--AAGC-TG---TTT-TC-ACC-GG-----CC-TG--TA-ATGT---AT--A----ACTTATAATGAGATATAC-CGG-AT---TT--TTT---A-GTT--G---ATATTA-AG---------T-A-CGGT-TTGG-TTTTA-AAGAAA--AT-TGATTACTTTCGACCTGC-------TTCAAA-ATCAG-CA-GGCCCACAGATA-GG-GAAAGA-T-A-CAGAGTTTA-AATC---CAA--TC---A-----C-AT-GAT-AATC--T-T-ATT--------TTCT-CATG-A-CTGGAA-TG--TCACCACA-C-GGACCTTTT
gi|10 : ctgtaaatatgacaatggcacgtgtggaaatggtcaataacacgattcgATAAAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATAA-A--CAC-CGGG-A---GCAC-AT--CA------A-------------GC-----------CATA--GTAAGT-AC------------------C---CG----TAA------GTTTT----G-----T--AGTTCCC-GAAA-----TA--AG---TT-T-CTTCA-T---T--A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A-------------------------------AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACgcttg
gi|10 : aAA-CA---CTAATCT---ATTTT--TA--CTATCACAG----T----T-A-CCGCCTT-G-TTTTC-AAGAA---TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GGAAAAATA-C-A-C-GA---TA-AATA---GA----A---AACATGT-ACAAAT-AA-AATT-T-ATTTATT-TATTTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGtatcacagttaccgccttgttttcaagaatttctatttaccgcttattcagtaagtgggaaaaatacacgataaatagaaaacatgtacaaataaaatttatttatttatttttcctgactgaatgtacccaccg
gi|11 : aataaaagcacgtggaaagtgttgaataaacaccgggagcacatcaagccatagtaagtacccgtaagttttgtagttcccgaaataagtttcttcattaaataagtgacaaATAAAAGC-ACGTAGGAAAGTGT-GA-----------ATAA-A---AC-CGGG-AATTGCCACAT--CA--------------------GC------------ATA--GTAAGT-AC------------------C---CG----TAA------G---TTTTGATAGTTT--A----CC-G-AA-----TA--AG---TT-T-CTCT---------A-----------AA-T--A-A--GT-G
gi|11 : aa-AG----T----T-A-CAGC-TT-G-TTTTC-AAGAAA--TT-T--A-ATTT---ACC-GC-------TT---A-TTTAGATA-AG--------TG-GGTAAAATA-C-AGC-GA---T--AATA---AATAATACATG-----T-AC-AAT-AA-A--C-T-TTCTATC-TA--TTT-CCTG-A-CT-GAA--G--T-ACC-CA-CACGACacaatacatcatctaattttactatacagttacagcttgttttcaagaaatttaatttaccgcttatttagataagtgggtaaaatacagcgataataaataatacatgtacaataaactttctatctatttcctgactgaagtacccacacgac
gi|12 : aaataaaagcacgtaggaaagtgtgaataaaaccgggaattgccacatcagcatagtaagtacccgtaagttttgatagtttaccgaataagtttctctaaataagtgacaatacatcatctaattttactatac-----CC-TG--TACA-GT---AT--AAA--TTTAATGAT----TATACTCAA-CA---TT--T-C---ATGTTTGAA--ATATTA-AG----TGGACT-ATCCGC-TT---TCTTATAAGAAA--TTCT--CTATTT---ACC-GT-------TT---ATTTCAG-TATAG--------TT-AG-GAAATATT-A-C-GA---TACAATG---AA---TA---A-----T-AC-AA------------------C-TA-ATTC-CTTG-ACCT-GAA-TG--T-ATC-CA-C-CGACTTTTTT
gi|13 : gcAT-AC------------------C---CGCGATTAA------GG--T----A-----T--AA---CC-GAAACTTCATA--GT---TTCC-GCTTA-TAATCG-ATACTTAGACCAAG-T--A-ATGGT-GC--ATATAGAC-ATAGAA----GTC-GCA----AGAA---AGC-AAA-CACT---ATC--A---TTTCTT-ACCGTG-----CC-CG--TA-A-GTCTCAT--ATAACCTTTATAAT----TAtttaatatatgggt
gi|14 : gtcaactga-A-CCG--TT-G-TTTTA-TAGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-CA-A------------GG-GAAATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---A-----T-CCAAAT-AA-AT-T-T-GTTTATC-TA-TTTT-CCTGAA-CT-GAA-TG--TAACC-CAGC-CGACTTTTT
gi|15 : ATACAAAC-ACAT-GGAAAGTGTTGA-----------ATGA-A--CAC-CGGG-A--TACAT-AT--CA--------------------GG-----------CGTA--GTCAAT-AC-----------------------------AA------G---C----AT----T--A----CC-GAAA-----TA--AG---TT-T-CCCCG-T---CG-A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A---AA----AATCGAA----G--A---GAC-AAG-CACT--AAaa
gi|16 : a-AAT-AA-A--T-TTATTTATC-TA-CTTT-GCTA-A-CT-AAA-CG--T-A---CA-C-CGACCTTTT
gi|17 : gg--TT-T--CTATTG---ACC-GC-------TT---A-TTCAA-TA-AG--------T--GG-GAAATA-C-A-C-AA---TG-GATA---AAT--T----A-----T-AC-AAT-GA-AT-T-T-ATTaattttacagcatagcaatcatatgggtactag
gi|18 : -----T-AC-AATTAA-AC-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GGA-TGTAT-ATC-CA-C-CGACCTTTTa
gi|2 : ATACACGC-ACGT-TGGAAATGTTCATAGAGTTATGAATAACAA-CACACGGG-A--TG----AT--CAATCGCAT-------------GCATATCAAC---CATA--GTAAA--AC------------------C---CG----TAA------A---G----A-----TCAA----AC-GAAA-----TA--AA---TT-T-CTTTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AG---GCC-A---AA----ATCTGCA----G--A---GGCGAAA-CAAT--AATT-CA---TTT-TT-ACCTTGC----CC-TG--TA-A-GT----T--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-CA-------TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AGCTGCC----T-A-CCGC-TT-G-TTTTA-AAGAAAGTTT-T--ATGTTT---ACT-GCTTATAGTTT---A-TTCAG-TA-AG--------TGCGC-GAAATA-T-AGC-GA---AC-AATA---AAT--AA---A-----TCAC-AAT-A---------ATTTTTC-GA-C---------A-CT-GAACTG--T-ACT-CA---CGATTTTTTT
gi|3 : aatTACAAGC-ACGC-GGAAAGTGTTCA-----------ATAC-AA-CAC-CGGGAA--TG----ATTACA------T-------------G------------CATG--GCCAAT-ATCAAGCCATCAGTAAACTAC---CG----TAA------G---T----------T--A----CC-GAAA-----TA--AG---TT-T-CTTTA-T---CGAA-----------AA-TTAA-A--GT-G---AT---GGC-A---AAC---ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CGCT--AATC-TA---TTT-GT-ACCTTC-----CCTTG--TA-A-GTA--AT--A----CTATAT-ATCCC-TATAC-CAA-CATTCTT--CTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----T-A-CCGT-TT-G-GTTTA-AAGAAA--TT-T--ATATTT---ACCGGC-------TT---A-TT-AG-CA-AG--------T--GG-GAAATA-T-A-CAGA---T--AATA---AAT--AA---A-----T-TC--AT-AA-C--TAT-GTTTAT--TA-TTTC-ACCG-A-CT-aaata
gi|4 : ATACAAGC-AC-T-GGAAAGTGTTCA-----------ATAA-AC--AC-CGG--A--T-----AT--CACAGC--T-------------GCATAACAGTT--CATA--GTAAAT-AC------------------C---CG----TAA------G---T----A-----T--A----CC-GAAA-----TA--A-----TTT-CTTTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----A--A---GCA-AAA-CAAT--ATTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TAT-C-C-A-CA---TT--TTC---ATGTT--GAATATATTA-AG---------T-A-CCGC-TT-G-TTTTA-AAGAAA--TT-C--TCA-TT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG---AATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---A-----T-AA-CAT-AA-AT-T-T-ATTTATCTTA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTtttttttcactatggatta
gi|5 : aaaCAAGC-ACGT-GGAAAGTGTCAA-----------ATAA----CAC-CGGG-A--TG----AT--CA------T-------------GCATCATATCAGCCATA--GTAAAT-AC------------------C---C-----TAA------G---T----A-----T--AA---CC-GGAA-----TA--AG---GTTT-CTTTAAT---CG-A-----------AAAT--A-A--GT-GCCAAT---GAC-A---AA----ATCCGCA-------A---GGT-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCGTG-----CT-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATA--CAA-CA---TT--TTTTCAATGT----G--ATATTA-AG----T----TAA-CCGT-TT-GTTTTTA-AAGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT-----TTCAG-CA-AG--------T--GG-GAAATA-TGA-C-GA---TA-AAGA---AA---TA---A-----T-AC-TAT-AA-AT-T-T-GTTTTTC-TA-TTTTCCCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTtttcatata
gi|6 : ATACAAGA-ACGT-GGAA-GTGTTCA-----------ATAA-AC-CAC-CGGG-A--TG----AT--CA------T-------------GC-----------CATT--GCATAT-AC------------------T---CG----TAA------G---T----A-----T--A----CCTGAAA------A--AG---TTTTTCTTTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AGTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--CA-A-GT---AT--A----CTTC-T-AT----TATAC-CAA-CA---TT--TTC---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----T-A-CCGC-TT-G-TTTCA-AAGAAA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-AAAATA-T-A-C-GA---TA-AATACTGAAT--TG---A-----T-AC-AAT-AA-A--T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCca
gi|7 : ATACAAGCCACGT-GGAAAGTGTTCA-----------ATAA-A--CAC-CGGG-A--TG----AT--CA------TGCATGCATTATCAGC-----------CATA--GTAAAT-AC------------------C---CG----TAAGTACATG---T----A-----T--A----CC-GAAA-----TA--AG---TT-T-CTTTA-T---CG-A-----------AA-G--T-A--GT-GCA-AT---GACAA---AA----ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CACT--AATCTTACTTTTT-TT-ACCTTGGCCGCCC-TGTTTA-A-GTA--ATAAA----CTTTAT--T----TATAC-CAA-CA---TT--TTC----TG-T--GA--ATATTA-AA----T----T-A-CCAT-TT-G--TTTA-AAGAAA--TT-T--ATAT
gi|7 : -AAG-AA-A--T-T--TATATC--A-TATT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCcatattcctgactgaatgtacccaccgacttttttcata
gi|8 : atacaagccacgtggaaagtgttcaataaacaccgggatgatcatgcatgcattatcagccatagtaaatacccgtaagtacatgtataccgaaataagtttctttatcgaaagtagtgcaatgacaaaaatccgcaaaggcaaacactaatcttactttttttaccttggccgccctgtttaagtaataaactttatttataccaacattttctgtgaatattaaattaccatttgtttaTACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATAA-AA-CAC-CAGG-A--TGCAG-AT--CA--------------------GC-----------CATA--GTGAGT-AC------------------C---CG----TAC---------------------T--A----CC-AAAA-----TA--AG---TC------------------------------------A--GT-G---------AC-A---AA----ATCCGAA----G--A---G-C-AAA-GACT--AATC-TA---TTT-TTTACCTT-------------TACA-GT---AT--A----CTTACT-AT-----ATAC-CAAACA---TT--T------------------ATTA-AG----T----T-A-CCGC-TT-G-ATTTA-CAGAAA--TG-T--CTATTT---ACC-TC-------TT---A-TTCAG-TA-A----------G-GG-GGAATA-C-A-C-CA---TA-GATA---AA---TA---A-----TAAC-AAT-AA-AC-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-A-C-CA-C-GGAATTTTTTata
gi|9 : gTGCAAGC-ACAT-GTAAAGCGTTAA-----------ATAA-AC--AC-CGGG-A--------------------------------------------------A--GCATATCAC------------------C---CG----TTA------T---T----AC----T--A----CC-GAAA-----TA--AG---TT----------------------------------A-A--GT-G---------AC-A---AA----AACCGAA----G--A---AGC-AAA-CACTTAAATC-TA---TTT-TT-ACCTTT-----CC-TT--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-CA---TT--TTA---ATGTT--GA--ATATTA-AG----T----T---CCAC----------------AA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-AG----------------------AATG---AA---TA---A-----T-AA-AAT-AA-AT-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TGTAT-ACC-CA-C-CGACCTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCCAACATTTTCTGGGAATATTGATCATTACTATTTGTTTGGAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333 1111 11111111111 11111111 1111 1111111 111111 111 1111 1 1111 111111111 1111111 11111111111 222 111
lowQualScore : 3 3 2 55555555555 3 44 3 3 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 77 555 6666 333333333333333 44 2222 3 3 555 9999 3 44 555 3 555 3 77777777777 3 44 3 44 3 66666666 3 555 0000 3333333 555 1 3 3 44 3 666 3 3 2 333333 3 44 6 3 222 44 1111 0 2222 3 3 55 666 666 2 55 55 444444444 3 3 3333 44 3 555 33 2 444 555 6 0000000 555 3 3 3 66666666666 44 3 3 3 6 6 888888 555 111 555 5 2 2 888 2 2 2 2 2 2 2 2 2 77 5 2 2 2
lowQualScore : . . . ........... . .. . . . ............................................................. . .. ... .... ............... .. .... . . ... .... . .. ... . ... . ........... . .. . .. . ........ . ... .... ....... ... . . . .. . ... . . . ...... . .. . . ... .. .... . .... . . .. ... ... . .. .. ......... . . .... .. . ... .. . ... ... . ....... ... . . . ........... .. . . . . . ...... ... ... ... . . . ... . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 6 3 2 88888888888 3 66 3 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 33 444 5555 333333333333333 22 7777 1 1 444 6666 1 22 000 1 444 1 77777777777 1 22 1 22 1 44444444 3 888 4444 2222222 888 0 3 3 66 6 444 6 6 0 000000 3 66 7 3 555 66 7777 0 9999 6 6 00 444 444 1 00 00 666666666 1 1 6666 22 1 444 99 9 999 444 2 0000000 444 1 1 1 88888888888 55 1 1 1 2 2 555555 444 777 444 7 5 5 555 5 5 7 7 7 7 7 7 9 99 7 9 9 9
consensus : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG----------C---------A--T--CA-----G----CCAT-AGTAAA--TACC---CG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
Reference ( family-1079 ) : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG----------C---------A--T--CAT----G----CCAT-AGTAAA--TACC---CG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|1 : GT-GGAGACTG---A-----------ATC-A--A-T-GC-ATG--------A---------A--TG----------C---------A--T--CA-----G----CCATGAGGAAAATTACCTCCCG----TAAG---A----A------T--A----CC-CAAACT---AGCAGAG-ATT--C---TTA-T---CG-AC----------AA-T--ACA--GTGGC--AT---GAC-A---GAAATTATCCGCATTCGG--ATAGGAC-AAACCACT--AAGC-TG---TTT-TC-ACC-GG-----CC-TG--TA-ATGT---AT--A----ACTTATAATGAGATATAC-CGG-A--T---TTTTT---A-GTT--G---ATATTAAG---------T-A-CGGTTTGG-TTT--TA-A---AGAAA--AT-TGATTACTTTCGACCTGC-------TTCAAA-ATCAG-CA-GGCCCACAGATA-GG-GAA-AGA-T-A-CAGAGTTTA-AATC---CAA--TC---AC-AT-GAT-AATC-T-T-ATT--------TTCT-CATG-A-CTGGAA-TG--TCACCACA-C-GGACCTTTT
gi|10 : ctgtaaatatgacaatggcacgtgtggaaatggtcaataacacgattcgATAAAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------AG-CA----------C---------A--T--CAA----G----CCAT-AGTAAG--TACC---CG----TAAGTTTT----G------T--AGTTCCC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TCA-T---T--A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A-------------------------------AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-AC----------------TA-------------------TCAC-AG----T-TAC-CGC-CTTG---TTTTC---A---A--GA--ATTTCTAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTCAGTA-AGTGGGAAA--AA-T--ACA----------------------------CGA-TA-AA--------TA-GA-AAACATG-T-A-C-------A-AATA---A-----A---AT-------------T-T-ATTTATT-TATTTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGgcttg
gi|11 : aATAAAAGC-ACGTAGGAAAGTGT-GA-----------ATA-A--A---AC-CGG--------G---------AATTG----------CCAC------A--T--CA-----G----C-AT-AGTAAG--TACC---CG----TAAG---TTTTGATAGTT-T--A----CC-G-AA-T---A----AG-TTT--CT--CT---------A-----------AA-T--A-A--GT-G
gi|11 : aaAG----T----T-A-CAGCTT-G-TTT--TC-A---AGAAA--TT-T--A-ATTT---ACC-GC-------TT---A-TTTAGATA-AG--------TG-GGTAAA-ATA-C-AGC-GA---T--AATA---AATAATACATGT-AC-AAT-AA-A-C-T-TTCTATC-TA--TTT-CCTG-A-CT-GAA--G--T-ACC-CA-CACGACacaatacatcatctaattttactatacagttacagcttgttttcaagaaatttaatttaccgcttatttagataagtgggtaaaatacagcgataataaataatacatgtacaataaactttctatctatttcctgactgaagtacccacacgac
gi|12 : aaataaaagcacgtaggaaagtgtgaataaaaccgggaattgccacatcagcatagtaagtacccgtaagttttgatagtttaccgaataagtttctctaaataagtgacaatacatcatctaattttactatac-----CC-TG--TACA-GT---AT--AAA--TTTAATGAT----TATACTCAA-C--A---TTT-C---ATGTTTGAA--ATATTAAG----TGGACT-ATCCGCTT---TCT--TATA---AGAAA--TTCT--CTATTT---ACC-GT-------TT---ATTTCAG-TATAG--------TT-AG-GAA-ATATT-A-C-GA---TACAATG---AA---TA---AT-AC-AA-----------------C-TA-ATTC-CTTG-ACCT-GAA-TG--T-ATC-CA-C-CGACTTTTTT
gi|13 : gcTGAA--TACC---CGCGATTAAGG--T----A------T--AA---CC-GAAA-CTTCAT---AG-TTT--CCGCTTA-TAATCG-ATACTTAGACCAAG-T--A-ATGGT-GC--ATATAGAC-ATAGAA----GTC-GCA----AGAA---AGC-AAA-CACT---ATC--A---TTTCTT-ACCGTG-----CC-CG--TA-A-GTCTCAT--ATAACCTTTATAAT----TAtttaatatatgggt
gi|14 : gtcaac-A-CCG-TT-G-TTT--TA-T---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-CA-A------------GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---AT-CCAAAT-AA-ATT-T-GTTTATC-TA-TTTT-CCTGAA-CT-GAA-TG--TAACC-CAGC-CGACTTTTT
gi|15 : ATACAAAC-ACAT-GGAAAGTGTTGA-----------ATG-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TA----------CAT-------A--T--CA-----G----GCGT-AGTCAA--TAC-----------AAG---C----AT-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CC--CCG-T---CG-A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A---AA----AATCGAA----G--A---GAC-AAG-CACT--AAaa
gi|16 : a-AAT-AA-A-T-TTATTTATC-TA-CTTT-GCTA-A-CT-AAA-CG--T-A---CA-C-CGACCTTTT
gi|17 : gg--TT-T--CTATTG---ACC-GC-------TT---A-TTCAA-TA-AG--------T--GG-GAA-ATA-C-A-C-AA---TG-GATA---AAT--T----AT-AC-AAT-GA-ATT-T-ATTaattttacagcatagcaatcatatgggtactag
gi|18 : T-AC-AATTAA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GGA-TGTAT-ATC-CA-C-CGACCTTTTa
gi|2 : ATACACGC-ACGT-TGGAAATGTTCATAGAGTTATGAATA-ACAA-C-ACACGG--------G---------A--TGATCAATCG--C---------A--TG-CAT----ATCAACCAT-AGTAAA---ACC---CG----TAAA---G----A------TCAA----AC-GAAA-T---A----AA-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AG---GCC-A---AA----ATCTGCA----G--A---GGCGAAA-CAAT--AATT-CA---TTT-TT-ACCTTGC----CC-TG--TA-A-GT----T--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A-----TTC---ATGTT--GA--ATATTAAGCTGCC----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAAGTTT-T--ATGTTT---ACT-GCTTATAGTTT---A-TTCAG-TA-AG--------TGCGC-GAA-ATA-T-AGC-GA---AC-AATA---AAT--AA---ATCAC-AAT-A--------ATTTTTC-GA-C---------A-CT-GAACTG--T-ACT-CA---CGATTTTTTT
gi|3 : aatTACAAGC-ACGC-GGAAAGTGTTCA-----------ATACA--A-C-AC-CGG--------GAATGATTACA--TG----------CATGGCCAATA--T--CAA----G----CCATCAGTAAAC-TA-C---CG----TAAG---T-----------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CGAA-----------AA-TTAA-A--GT-G---AT---GGC-A---AAC---ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CGCT--AATC-TA---TTT-GT-ACCTTC-----CCTTG--TA-A-GTA--AT--A----CTATAT-ATCCC-TATAC-CAA-C--ATTCTTCTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGTTT-G-GTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACCGGC-------TT---A-TT-AG-CA-AG--------T--GG-GAA-ATA-T-A-CAGA---T--AATA---AAT--AA---AT-TC--AT-AA-C-TAT-GTTTAT--TA-TTTC-ACCG-A-CT-aaata
gi|4 : ATACAAGC-AC-T-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGGATATCACAG---------C--TG----------C---------A--TAACAG----T----TCAT-AGTAAA--TACC---CG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----A--TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----A--A---GCA-AAA-CAAT--ATTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TAT-C-C-A-C--A---TTTTC---ATGTT--GAATATATTAAG---------T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-C--TCA-TT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG---A-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---AT-AA-CAT-AA-ATT-T-ATTTATCTTA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTtttttttcactatggatta
gi|5 : aaaCAAGC-ACGT-GGAAAGTGTCAA-----------ATA-A----C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATG----C---------A--T--CATATCAG----CCAT-AGTAAA--TACC---C-----TAAG---T----A------T--AA---CC-GGAA-T---A----AGGTTT--CT--TTAAT---CG-A-----------AAAT--A-A--GT-GCCAAT---GAC-A---AA----ATCCGCA-------A---GGT-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCGTG-----CT-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATA--CAA-C--A---TTTTTTCAATGT----G--ATATTAAG----T----TAA-CCGTTT-GTTTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT-----TTCAG-CA-AG--------T--GG-GAA-ATA-TGA-C-GA---TA-AAGA---AA---TA---AT-AC-TAT-AA-ATT-T-GTTTTTC-TA-TTTTCCCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTtttcatata
gi|6 : ATACAAGA-ACGT-GGAA-GTGTTCA-----------ATA-A--A-CCAC-CGG--------G---------A--TG--------------------A--T--CAT----G----CCAT-TGCATA--TACT---CG----TAAG---T----A------T--A----CCTGAAA-----A----AG-TTTTTCT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AGTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--CA-A-GT---AT--A----CTTC-T-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--CA-A---AGAAA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-GG-AAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATACTGAAT--TG---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCca
gi|7 : ATACAAGCCACGT-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATGC---------A--T--TATCA--G----CCAT-AGTAAA--TACC---CG----TAAG---T----ACATGTAT--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-G--T-A--GT-GCA-AT---GACAA---AA----ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CACT--AATCTTACTTTTT-TT-ACCTTGGCCGCCC-TGTTTA-A-GTA--ATAAA----CTTTAT--T----TATAC-CAA-C--A---TTTTC----TG-T--GA--ATATTAAA----T----T-A-CCATTT-G--TT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATAT
gi|7 : -AAG-AA-A-T-T--TATATC--A-TATT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCcatattcctgactgaatgtacccaccgacttttttcata
gi|8 : atacaagccacgtggaaagtgttcaataaacaccgggatgatcatgcatgcattatcagccatagtaaatacccgtaagtacatgtataccgaaataagtttctttatcgaaagtagtgcaatgacaaaaatccgcaaaggcaaacactaatcttactttttttaccttggccgccctgtttaagtaataaactttatttataccaacattttctgtgaatattaaattaccatttgtttaTACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--AAC-AC-CAG--------G---------A--TG----------C---------AGAT--CA-----G----CCAT-AGTGAG--TACC---CG----TAC----------------T--A----CC-AAAA-T---A----AG-TC--------------------------------------A--GT-G---------AC-A---AA----ATCCGAA----G--A---G-C-AAA-GACT--AATC-TA---TTT-TTTACCTT-------------TACA-GT---AT--A----CTTACT-AT-----ATAC-CAAAC--A---TTT------------------ATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-ATT--TA-C---AGAAA--TG-T--CTATTT---ACC-TC-------TT---A-TTCAG-TA-A----------G-GG-GGA-ATA-C-A-C-CA---TA-GATA---AA---TA---ATAAC-AAT-AA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-A-C-CA-C-GGAATTTTTTata
gi|9 : gTGCAAGC-ACAT-GTAAAGCGTTAA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--AG----------C---------A--T----------------AT---------CACC---CG----TTAT---T----AC-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TT------------------------------------A-A--GT-G---------AC-A---AA----AACCGAA----G--A---AGC-AAA-CACTTAAATC-TA---TTT-TT-ACCTTT-----CC-TT--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTA---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T---CCAC--------------------AA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAG-TA-AG--------TG-AG-----------------------AATG---AA---TA---AT-AA-AAT-AA-ATT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TGTAT-ACC-CA-C-CGACCTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCCAACATTTTCTGGGAATATTGATCATTACTATTTGTTTGGAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333 1111 11111111111 11111111111 11111111111 11111111 111 1111 1111 111111 111111111 1111111 11111111111 222 111
lowQualScore : 3 3 2 55555555555 3 44 3 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 6 77 555 6666 333333333333333 44 2222 3 3 555 9999 3 44 555 3 555 3 77777777777 3 44 3 44 77777777777 3 555 9999 33333333333 2 3 3 44 3 555 3 3 33333333 3 44 6 3 111 44 0000 9 1111 3 3 000000 9999999999 44 444444444 3 3 4444 44 77777 33 2 555 0 555 6 0000000 66666 3 66666666666 44 3 3 3 6 6 888888 555 111 555 5 2 2 888 2 2 2 2 2 2 2 2 2 77 5 2 2 2
lowQualScore : . . . ........... . .. . . . ........................................................ . . . .. ... .... ............... .. .... . . ... .... . .. ... . ... . ........... . .. . .. ........... . ... .... ........... . . . .. . ... . . ........ . .. . . ... .. .... . .... . . ...... .......... .. ......... . . .... .. ..... .. . ... . ... . ....... ..... . ........... .. . . . . . ...... ... ... ... . . . ... . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 6 3 2 88888888888 3 66 3 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7 33 444 5555 333333333333333 22 7777 1 1 444 6666 1 22 000 1 444 1 77777777777 1 22 1 22 99999999999 1 444 6666 55555555555 1 1 1 22 3 888 3 3 44444444 1 22 2 1 555 22 8888 2 9999 3 3 777777 4444444444 66 666666666 1 1 8888 22 00000 99 9 999 8 444 2 0000000 99999 1 88888888888 55 1 1 1 2 2 555555 444 777 444 7 5 5 555 5 5 7 7 7 7 7 7 9 99 7 9 9 9
consensus : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
Reference ( family-1079 ) : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|1 : GT-GGAGACTG---A-----------ATC-A--A-T-GC-ATG--------A---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CATGAGGAAAATTACCTCCCG----TAAG---A----A------T--A----CC-CAAACT---AGCAGAG-ATT--C---TTA-T---CG-AC----------AA-T--ACA--GTGGC--AT---GAC-A---GAAATTATCCGCATTCGG--ATAGGAC-AAACCACT--AAGC-TG---TTT-TC-ACC-GG-----CC-TG--TA-ATGT---AT--A----ACTTATAATGAGATATAC-CGG-A--T---TTTTT---A-GTT--G---ATATTAAG---------T-A-CGGTTTGG-TTT--TA-A---AGAAA--AT-TGATTACTTTCGACCTGC-------TTCAAA-ATCAGCA-GGCCCACAGATA-GG-GAA-AGA-T-A-CAGAGTTTA-AATC---CAA--TC---AC-AT-GAT-AATC-T-T-ATT--------TTCT-CATG-A-CTGGAA-TG--TCACCACA-C-GGACCTTTT
gi|10 : ctgtaaatatgacaatggcacgtgtggaaatggtcaataacacgattcgATAAAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------AG-CA--------------C---A--T--CA-------A-GC-CAT-AGTAAG--TA---CCCG----TAAGTTTT----G------T--AGTTCCC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TCA-T---T--A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A-------------------------------AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-AC----------------TA-------------------TCAC-AG----T-TAC-CGC-CTTG---TTTTC---A---A--GA--ATTTCTAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTCAGTA-AGTGGGAAA--AA-T--ACA----------------------------CGATA-AA--------TA-GA-AAACATG-T-A-C-------A-AATA---A-----A---AT-------------T-T-ATTTATT-TATTTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGgcttg
gi|11 : aATAAAAGC-ACGTAGGAAAGTGT-GA-----------ATA-A--A---AC-CGG--------G---------AATTG--------------CCACA--T--C--------A-GC--AT-AGTAAG--TA---CCCG----TAAG---TTTTGATAGTT-T--A----CC-G-AA-T---A----AG-TTT--CT--CT---------A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC------A----AT----------------------A-CA-T--CATC-TA---ATT-TT-AC----------------------T---AT--A----C---A--GT----TA----CAG-CTTG---TTTTC---AAG----AA--AT-TTAAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTT---------AGA--------------------------------------------TA-AG--------TG-GGTAAA-ATA-C-AGC-GA---T--AATA---AATAATACATGT-AC-AAT-AA-A-C-T-TTCTATC-TA--TTT-CCTG-A-CT-GAA--G--T-ACC-CA-CACGAC
gi|12 : aa-----CC-TG--TACA-GT---AT--AAA--TTTAATGAT----TATACTCAA-C--A---TTT-C---ATGTTTGAA--ATATTAAG----TGGACT-ATCCGCTT---TCT--TATA---AGAAA--TTCT--CTATTT---ACC-GT-------TT---ATTTCAGTATAG--------TT-AG-GAA-ATATT-A-C-GA---TACAATG---AA---TA---AT-AC-AA-----------------C-TA-ATTC-CTTG-ACCT-GAA-TG--T-ATC-CA-C-CGACTTTTTT
gi|13 : gcTGAA--TA---CCCGCGATTAAGG--T----A------T--AA---CC-GAAA-CTTCAT---AG-TTT--CCGCTTA-TAATCG-ATACTTAGACCAAG-T--A-ATGGT-GC--ATATAGAC-ATAGAA----GTC-GCA----AGAA---AGC-AAA-CACT---ATC--A---TTTCTT-ACCGTG-----CC-CG--TA-A-GTCTCAT--ATAACCTTTATAAT----TAtttaatatatgggt
gi|14 : gtcaac-A-CCG-TT-G-TTT--TA-T---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGCA-A------------GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---AT-CCAAAT-AA-ATT-T-GTTTATC-TA-TTTT-CCTGAA-CT-GAA-TG--TAACC-CAGC-CGACTTTTT
gi|15 : ATACAAAC-ACAT-GGAAAGTGTTGA-----------ATG-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TA--------------CAT-A--T--C--------A-GG-CGT-AGTCAA--TA---C--------AAG---C----AT-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CC--CCG-T---CG-A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A---AA----AATCGAA----G--A---GAC-AAG-CACT--AAaa
gi|16 : a-AAT-AA-A-T-TTATTTATC-TA-CTTT-GCTA-A-CT-AAA-CG--T-A---CA-C-CGACCTTTT
gi|17 : gg--TT-T--CTATTG---ACC-GC-------TT---A-TTCAATA-AG--------T--GG-GAA-ATA-C-A-C-AA---TG-GATA---AAT--T----AT-AC-AAT-GA-ATT-T-ATTaattttacagcatagcaatcatatgggtactag
gi|18 : T-AC-AATTAA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GGA-TGTAT-ATC-CA-C-CGACCTTTTa
gi|2 : ATACACGC-ACGT-TGGAAATGTTCATAGAGTTATGAATA-ACAA-C-ACACGG--------G---------A--TGATCAATCGCATGCAT---A--T--C--------A-AC-CAT-AGTAAA---A---CCCG----TAAA---G----A------TCAA----AC-GAAA-T---A----AA-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AG---GCC-A---AA----ATCTGCA----G--A---GGCGAAA-CAAT--AATT-CA---TTT-TT-ACCTTGC----CC-TG--TA-A-GT----T--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A-----TTC---ATGTT--GA--ATATTAAGCTGCC----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAAGTTT-T--ATGTTT---ACT-GCTTATAGTTT---A-TTCAGTA-AG--------TGCGC-GAA-ATA-T-AGC-GA---AC-AATA---AAT--AA---ATCAC-AAT-A--------ATTTTTC-GA-C---------A-CT-GAACTG--T-ACT-CA---CGATTTTTTT
gi|3 : aatTACAAGC-ACGC-GGAAAGTGTTCA-----------ATACA--A-C-AC-CGG--------GAATGATTACA--TG--------------C---A--TGGCCAATATCAA-GC-CATCAGTAAAC-TA----CCG----TAAG---T-----------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CGAA-----------AA-TTAA-A--GT-G---AT---GGC-A---AAC---ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CGCT--AATC-TA---TTT-GT-ACCTTC-----CCTTG--TA-A-GTA--AT--A----CTATAT-ATCCC-TATAC-CAA-C--ATTCTTCTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGTTT-G-GTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACCGGC-------TT---A-TT-AGCA-AG--------T--GG-GAA-ATA-T-A-CAGA---T--AATA---AAT--AA---AT-TC--AT-AA-C-TAT-GTTTAT--TA-TTTC-ACCG-A-CT-aaata
gi|4 : ATACAAGC-AC-T-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGGATATCACAG---------C--TG--------------C---A--TAAC--------A-GTTCAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----A--TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----A--A---GCA-AAA-CAAT--ATTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TAT-C-C-A-C--A---TTTTC---ATGTT--GAATATATTAAG---------T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-C--TCA-TT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG---A-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---AT-AA-CAT-AA-ATT-T-ATTTATCTTA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTtttttttcactatggatta
gi|5 : aaaCAAGC-ACGT-GGAAAGTGTCAA-----------ATA-A----C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATCA---T---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCC-----TAAG---T----A------T--AA---CC-GGAA-T---A----AGGTTT--CT--TTAAT---CG-A-----------AAAT--A-A--GT-GCCAAT---GAC-A---AA----ATCCGCA-------A---GGT-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCGTG-----CT-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATA--CAA-C--A---TTTTTTCAATGT----G--ATATTAAG----T----TAA-CCGTTT-GTTTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT-----TTCAGCA-AG--------T--GG-GAA-ATA-TGA-C-GA---TA-AAGA---AA---TA---AT-AC-TAT-AA-ATT-T-GTTTTTC-TA-TTTTCCCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTtttcatata
gi|6 : ATACAAGA-ACGT-GGAA-GTGTTCA-----------ATA-A--A-CCAC-CGG--------G---------A--TG------------------A--T--C--------ATGC-CAT-TGCATA--TA---CTCG----TAAG---T----A------T--A----CCTGAAA-----A----AG-TTTTTCT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AGTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--CA-A-GT---AT--A----CTTC-T-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--CA-A---AGAAA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-AAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATACTGAAT--TG---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCca
gi|7 : ATACAAGCCACGT-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATGCAT-T---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----ACATGTAT--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-G--T-A--GT-GCA-AT---GACAA---AA----ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CACT--AATCTTACTTTTT-TT-ACCTTGGCCGCCC-TGTTTA-A-GTA--ATAAA----CTTTAT--T----TATAC-CAA-C--A---TTTTC----TG-T--GA--ATATTAAA----T----T-A-CCATTT-G--TT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATAT
gi|7 : -AAG-AA-A-T-T--TATATC--A-TATT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCcatattcctgactgaatgtacccaccgacttttttcata
gi|8 : atacaagccacgtggaaagtgttcaataaacaccgggatgatcatgcatgcattatcagccatagtaaatacccgtaagtacatgtataccgaaataagtttctttatcgaaagtagtgcaatgacaaaaatccgcaaaggcaaacactaatcttactttttttaccttggccgccctgtttaagtaataaactttatttataccaacattttctgtgaatattaaattaccatttgtttaTACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--AAC-AC-CAG--------G---------A--TG--------------C---AGAT--C--------A-GC-CAT-AGTGAG--TA---CCCG----TAC----------------T--A----CC-AAAA-T---A----AG-TC--------------------------------------A--GT-G---------AC-A---AA----ATCCGAA----G--A---G-C-AAA-GACT--AATC-TA---TTT-TTTACCTT-------------TACA-GT---AT--A----CTTACT-AT-----ATAC-CAAAC--A---TTT------------------ATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-ATT--TA-C---AGAAA--TG-T--CTATTT---ACC-TC-------TT---A-TTCAGTA-A----------G-GG-GGA-ATA-C-A-C-CA---TA-GATA---AA---TA---ATAAC-AAT-AA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-A-C-CA-C-GGAATTTTTTata
gi|9 : gTGCAAGC-ACAT-GTAAAGCGTTAA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--AG--------------C---A--T-----------------AT---------CA---CCCG----TTAT---T----AC-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TT------------------------------------A-A--GT-G---------AC-A---AA----AACCGAA----G--A---AGC-AAA-CACTTAAATC-TA---TTT-TT-ACCTTT-----CC-TT--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTA---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T---CCAC--------------------AA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-AG-----------------------AATG---AA---TA---AT-AA-AAT-AA-ATT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TGTAT-ACC-CA-C-CGACCTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCCAACATTTTCTGGGAATATTGATCATTACTATTTGTTTGGAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333 1111 11111111111 11111111111 11111111111 11111111 111 1111 1111 111111 111111111 1111111 11111111111 222 111
lowQualScore : 3 3 2 55555555555 3 44 3 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 6 77 555 6666 333333333333333 44 2222 3 3 555 9999 3 44 555 3 555 3 77777777777 3 44 3 44 77777777777 3 555 9999 33333333333 2 3 3 44 3 555 3 3 33333333 3 44 6 3 111 44 0000 9 1111 3 3 000000 9999999999 44 444444444 3 3 4444 44 77777 33 2 555 0 555 6 0000000 66666 3 66666666666 44 3 3 3 6 6 888888 555 111 555 5 2 2 888 2 2 2 2 2 2 2 2 2 77 5 2 2 2
lowQualScore : . . . ........... . .. . . . ........................................................ . . . .. ... .... ............... .. .... . . ... .... . .. ... . ... . ........... . .. . .. ........... . ... .... ........... . . . .. . ... . . ........ . .. . . ... .. .... . .... . . ...... .......... .. ......... . . .... .. ..... .. . ... . ... . ....... ..... . ........... .. . . . . . ...... ... ... ... . . . ... . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 6 3 2 88888888888 3 66 3 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7 33 444 5555 333333333333333 22 7777 1 1 444 6666 1 22 000 1 444 1 77777777777 1 22 1 22 99999999999 1 444 6666 55555555555 1 1 1 22 3 888 3 3 44444444 1 22 2 1 555 22 8888 2 9999 3 3 777777 4444444444 66 666666666 1 1 8888 22 00000 99 9 999 8 444 2 0000000 99999 1 88888888888 55 1 1 1 2 2 555555 444 777 444 7 5 5 555 5 5 7 7 7 7 7 7 9 99 7 9 9 9
consensus : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
Reference ( family-1079 ) : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|1 : GT-GGAGACTG---A-----------ATC-A--A-T-GC-ATG--------A---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CATGAGGAAAATTACCTCCCG----TAAG---A----A------T--A----CC-CAAACT---AGCAGAG-ATT--C---TTA-T---CG-AC----------AA-T--ACA--GTGGC--AT---GAC-A---GAAATTATCCGCATTCGG--ATAGGAC-AAACCACT--AAGC-TG---TTT-TC-ACC-GG-----CC-TG--TA-ATGT---AT--A----ACTTATAATGAGATATAC-CGG-A--T---TTTTT---A-GTT--G---ATATTAAG---------T-A-CGGTTTGG-TTT--TA-A---AGAAA--AT-TGATTACTTTCGACCTGC-------TTCAAA-ATCAGCA-GGCCCACAGATA-GG-GAA-AGA-T-A-CAGAGTTTA-AATC---CAA--TC---AC-AT-GAT-AATC-T-T-ATT--------TTCT-CATG-A-CTGGAA-TG--TCACCACA-C-GGACCTTTT
gi|10 : ctgtaaatatgacaatggcacgtgtggaaatggtcaataacacgattcgATAAAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------AG-CA--------------C---A--T--CA-------A-GC-CAT-AGTAAG--TA---CCCG----TAAGTTTT----G------T--AGTTCCC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TCA-T---T--A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A-------------------------------AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-AC----------------TA-------------------TCAC-AG----T-TAC-CGC-CTTG---TTTTC---A---A--GA--ATTTCTAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTCAGTA-AGTGGGAAA--AA-T--ACA----------------------------CGATA-AA--------TA-GA-AAACATG-T-A-C-------A-AATA---A-----A---AT-------------T-T-ATTTATT-TATTTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGgcttg
gi|11 : aATAAAAGC-ACGTAGGAAAGTGT-GA-----------ATA-A--A---AC-CGG--------G---------AATTG--------------CCACA--T--C--------A-GC--AT-AGTAAG--TA---CCCG----TAAG---TTTTGATAGTT-T--A----CC-G-AA-T---A----AG-TTT--CT--CT---------A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC------A----AT----------------------A-CA-T--CATC-TA---ATT-TT-AC----------------------T---AT--A----C---A--GT----TA----CAG-CTTG---TTTTC---AAG----AA--AT-TTAAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTT---------AGA--------------------------------------------TA-AG--------TG-GGTAAA-ATA-C-AGC-GA---T--AATA---AATAATACATGT-AC-AAT-AA-A-C-T-TTCTATC-TA--TTT-CCTG-A-CT-GAA--G--T-ACC-CA-CACGAC
gi|12 : aa-----CC-TG--TACA-GT---AT--AAA--TTTAATGAT----TATACTCAA-C--A---TTT-C---ATGTTTGAA--ATATTAAG----TGGACT-ATCCGCTT---TCT--TATA---AGAAA--TTCT--CTATTT---ACC-GT-------TT---ATTTCAGTATAG--------TT-AG-GAA-ATATT-A-C-GA---TACAATG---AA---TA---AT-AC-AA-----------------C-TA-ATTC-CTTG-ACCT-GAA-TG--T-ATC-CA-C-CGACTTTTTT
gi|13 : gcTGAA--TA---CCCGCGATTAAGG--T----A------T--AA---CC-GAAA-CTTCAT---AG-TTT--CCGCTTA-TAATCG-ATACTTAGACCAAG-T--A-ATGGT-GC--ATATAGAC-ATAGAA----GTC-GCA----AGAA---AGC-AAA-CACT---ATC--A---TTTCTT-ACCGTG-----CC-CG--TA-A-GTCTCAT--ATAACCTTTATAAT----TAtttaatatatgggt
gi|14 : gtcaac-A-CCG-TT-G-TTT--TA-T---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGCA-A------------GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---AT-CCAAAT-AA-ATT-T-GTTTATC-TA-TTTT-CCTGAA-CT-GAA-TG--TAACC-CAGC-CGACTTTTT
gi|15 : ATACAAAC-ACAT-GGAAAGTGTTGA-----------ATG-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TA--------------CAT-A--T--C--------A-GG-CGT-AGTCAA--TA---C--------AAG---C----AT-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CC--CCG-T---CG-A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A---AA----AATCGAA----G--A---GAC-AAG-CACT--AAaa
gi|16 : a-AAT-AA-A-T-TTATTTATC-TA-CTTT-GCTA-A-CT-AAA-CG--T-A---CA-C-CGACCTTTT
gi|17 : gg--TT-T--CTATTG---ACC-GC-------TT---A-TTCAATA-AG--------T--GG-GAA-ATA-C-A-C-AA---TG-GATA---AAT--T----AT-AC-AAT-GA-ATT-T-ATTaattttacagcatagcaatcatatgggtactag
gi|18 : T-AC-AATTAA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GGA-TGTAT-ATC-CA-C-CGACCTTTTa
gi|2 : ATACACGC-ACGT-TGGAAATGTTCATAGAGTTATGAATA-ACAA-C-ACACGG--------G---------A--TGATCAATCGCATGCAT---A--T--C--------A-AC-CAT-AGTAAA---A---CCCG----TAAA---G----A------TCAA----AC-GAAA-T---A----AA-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AG---GCC-A---AA----ATCTGCA----G--A---GGCGAAA-CAAT--AATT-CA---TTT-TT-ACCTTGC----CC-TG--TA-A-GT----T--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A-----TTC---ATGTT--GA--ATATTAAGCTGCC----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAAGTTT-T--ATGTTT---ACT-GCTTATAGTTT---A-TTCAGTA-AG--------TGCGC-GAA-ATA-T-AGC-GA---AC-AATA---AAT--AA---ATCAC-AAT-A--------ATTTTTC-GA-C---------A-CT-GAACTG--T-ACT-CA---CGATTTTTTT
gi|3 : aatTACAAGC-ACGC-GGAAAGTGTTCA-----------ATACA--A-C-AC-CGG--------GAATGATTACA--TG--------------C---A--TGGCCAATATCAA-GC-CATCAGTAAAC-TA----CCG----TAAG---T-----------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CGAA-----------AA-TTAA-A--GT-G---AT---GGC-A---AAC---ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CGCT--AATC-TA---TTT-GT-ACCTTC-----CCTTG--TA-A-GTA--AT--A----CTATAT-ATCCC-TATAC-CAA-C--ATTCTTCTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGTTT-G-GTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACCGGC-------TT---A-TT-AGCA-AG--------T--GG-GAA-ATA-T-A-CAGA---T--AATA---AAT--AA---AT-TC--AT-AA-C-TAT-GTTTAT--TA-TTTC-ACCG-A-CT-aaata
gi|4 : ATACAAGC-AC-T-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGGATATCACAG---------C--TG--------------C---A--TAAC--------A-GTTCAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----A--TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----A--A---GCA-AAA-CAAT--ATTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TAT-C-C-A-C--A---TTTTC---ATGTT--GAATATATTAAG---------T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-C--TCA-TT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG---A-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AA---TA---AT-AA-CAT-AA-ATT-T-ATTTATCTTA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTtttttttcactatggatta
gi|5 : aaaCAAGC-ACGT-GGAAAGTGTCAA-----------ATA-A----C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATCA---T---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCC-----TAAG---T----A------T--AA---CC-GGAA-T---A----AGGTTT--CT--TTAAT---CG-A-----------AAAT--A-A--GT-GCCAAT---GAC-A---AA----ATCCGCA-------A---GGT-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCGTG-----CT-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATA--CAA-C--A---TTTTTTCAATGT----G--ATATTAAG----T----TAA-CCGTTT-GTTTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT-----TTCAGCA-AG--------T--GG-GAA-ATA-TGA-C-GA---TA-AAGA---AA---TA---AT-AC-TAT-AA-ATT-T-GTTTTTC-TA-TTTTCCCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTtttcatata
gi|6 : ATACAAGA-ACGT-GGAA-GTGTTCA-----------ATA-A--A-CCAC-CGG--------G---------A--TG------------------A--T--C--------ATGC-CAT-TGCATA--TA---CTCG----TAAG---T----A------T--A----CCTGAAA-----A----AG-TTTTTCT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AGTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--CA-A-GT---AT--A----CTTC-T-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--CA-A---AGAAA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-AAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATACTGAAT--TG---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCca
gi|7 : ATACAAGCCACGT-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATGCAT-T---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----ACATGTAT--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-G--T-A--GT-GCA-AT---GACAA---AA----ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CACT--AATCTTACTTTTT-TT-ACCTTGGCCGCCC-TGTTTA-A-GTA--ATAAA----CTTTAT--T----TATAC-CAA-C--A---TTTTC----TG-T--GA--ATATTAAA----T----T-A-CCATTT-G--TT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATAT
gi|7 : -AAG-AA-A-T-T--TATATC--A-TATT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCcatattcctgactgaatgtacccaccgacttttttcata
gi|8 : atacaagccacgtggaaagtgttcaataaacaccgggatgatcatgcatgcattatcagccatagtaaatacccgtaagtacatgtataccgaaataagtttctttatcgaaagtagtgcaatgacaaaaatccgcaaaggcaaacactaatcttactttttttaccttggccgccctgtttaagtaataaactttatttataccaacattttctgtgaatattaaattaccatttgtttaTACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--AAC-AC-CAG--------G---------A--TG--------------C---AGAT--C--------A-GC-CAT-AGTGAG--TA---CCCG----TAC----------------T--A----CC-AAAA-T---A----AG-TC--------------------------------------A--GT-G---------AC-A---AA----ATCCGAA----G--A---G-C-AAA-GACT--AATC-TA---TTT-TTTACCTT-------------TACA-GT---AT--A----CTTACT-AT-----ATAC-CAAAC--A---TTT------------------ATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-ATT--TA-C---AGAAA--TG-T--CTATTT---ACC-TC-------TT---A-TTCAGTA-A----------G-GG-GGA-ATA-C-A-C-CA---TA-GATA---AA---TA---ATAAC-AAT-AA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-A-C-CA-C-GGAATTTTTTata
gi|9 : gTGCAAGC-ACAT-GTAAAGCGTTAA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--AG--------------C---A--T-----------------AT---------CA---CCCG----TTAT---T----AC-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TT------------------------------------A-A--GT-G---------AC-A---AA----AACCGAA----G--A---AGC-AAA-CACTTAAATC-TA---TTT-TT-ACCTTT-----CC-TT--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTA---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T---CCAC--------------------AA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-AG-----------------------AATG---AA---TA---AT-AA-AAT-AA-ATT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TGTAT-ACC-CA-C-CGACCTTTTT
blockSeqs : C A G TAGAGTTATGA C CA A C A GAATGATTACATGCATGGCCAATATCA T T C C . CGAT TTTTGATAGTT CA GTTC T . TTC T G TT CGC A AAT A TACTTAGACCA A TA . TG TGCATATA A TAG C AGAA G G . TA T CTT C T TTGGCCGC T TT C . CTC AA TAAC G CCC T A ATTC ATGTTTG AT TGGAC A T GTT AG AGTG GT C A . G TTATAGT AT T TGC TA C T G G A TAC CTG TAA CAT C A T AT A T T T C A C . C TA A . G A
blockSeqs : . . G . . . . . . GATGATCAATCGCATGCATATC . . . . . . TACATGTA . A . . . . . . T . . . . . . . . TGCCAAT . . . GA A . . . . . . . TTGC . . C . A . AA A . . . TTG TCAATGT . CTGCC . . AT . TA . . C . . . A . TA A . . . G . TA . T . A . . AT . . . . . . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GATGATCATGCATGCATTATC . . . . . . TTTTG . A . . . . . . T . . . . . . . . TGCAAT . . . GA G . . . . . . . GTG . . . . A . . . . . . TTG ATGTT . T . . AT . T . . A . . . A . TG G . . . . . TG . T . . . . AC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . GATGATCATGCATCATATC . . . . . . GTA . . . . . . . . C . . . . . . . . TGCAG . . . AA G . . . . . . . TTC . . . . . . . . . . . A ATGTT . T . . GT . A . . C . . . A . TT G . . . . . AC . T . . . . AT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . ATATCACAGCTGCATAAC . . . . . . CAT . . . . . . . . T . . . . . . . . TGCAT . . . AA C . . . . . . . TTG . . . . . . . . . . . A ATGTT . T . . GT . A . . A . . . A . TG G . . . . . TA . T . . . . AT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . GAATTGCCACATC . . . . . . TAC . . . . . . . . T . . . . . . . . TGCAT . . . GA G . . . . . . . GTG . . . . . . . . . . . A ATGTT . T . . GG . A . . A . . . A . TG G . . . . . TA . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . GAGCACATCA . . . . . . GA . . . . . . . . T . . . . . . . . TGAT . . . AA G . . . . . . . TTG . . . . . . . . . . . A ATGTT . T . . GT . A . . T . . . A . TG G . . . . . TA . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . GATACATATC . . . . . . TA . . . . . . . . T . . . . . . . . TG . . . GA G . . . . . . . TTT . . . . . . . . . . . A AAG . T . . GT . A . . A . . . A . T G . . . . . TA . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . GATGCAGATC . . . . . . TA . . . . . . . . T . . . . . . . . TG . . . GA G . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . A TGT . T . . GA . A . . C . . . A . T A . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GATGATC . . . . . . TA . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . T . . T . C . . A . . . . . T G . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . GAAGCAT . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . C . . . . . G . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** *** **** T** *********** TGCAT****** **** GA********* TTG***** **** ATGTT***** T******** GT** N** *** A**** TG********* TA**** ***
originalCons : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---A-TTCAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATA-T-A-C-GA---TA-AATA---AAT--TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
finalCons : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GTGCAT------GAC-A---AA----ATCCGCAGA---------GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTCATGTT-----GA--ATATTAAGT--------T-A-CCGCTTGT--TT--TA-A---AGAAA--TT-TN--TATTT---ACC-GC-------TTA----TTCAGTA-AGTG---------GG-GAA-ATA-T-A-C-GATA----AATA---AA---TA---AT-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-A-CT-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCCAACATTTTCTGGGAATATTGATCATTACTATTTGTTTGGAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333 1111 11111111111 11111111111 11111111111 11111111 111 1111 1111 111111 111111111 1111111 11111111111 111111 111
lowQualScore : 3 3 2 55555555555 3 44 3 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 6 77 555 6666 333333333333333 44 2222 3 3 555 9999 3 44 555 3 555 3 77777777777 3 44 3 44 77777777777 3 555 9999 33333333333 2 3 3 44 3 555 3 3 33333333 3 44 6 3 111 44 0000 9 1111 3 3 000000 9999999999 44 444444444 3 3 4444 44 77777 33 2 555 0 555 6 0000000 555 3 3 66666666666 44 3 6 6 6 888888 3 555 3 3 222222 2 2 2 888 2 2 2 2 2 2 2 2 2 77 5 2 2 2
lowQualScore : . . . ........... . .. . . . ........................................................ . . . .. ... .... ............... .. .... . . ... .... . .. ... . ... . ........... . .. . .. ........... . ... .... ........... . . . .. . ... . . ........ . .. . . ... .. .... . .... . . ...... .......... .. ......... . . .... .. ..... .. . ... . ... . ....... ... . . ........... .. . . . . ...... . ... . . ...... . . . ... . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 6 3 2 88888888888 3 66 3 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 7 33 444 5555 333333333333333 22 7777 1 1 444 6666 1 22 000 1 444 1 77777777777 1 22 1 22 99999999999 1 444 6666 55555555555 1 1 1 22 3 888 3 3 44444444 1 22 2 1 555 22 8888 2 9999 3 3 777777 4444444444 66 666666666 1 1 8888 22 00000 99 9 999 8 444 2 0000000 444 1 1 88888888888 55 1 2 2 2 555555 1 444 1 1 111111 9 5 5 555 5 5 7 7 7 7 7 7 9 99 7 9 9 9
consensus : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---ATT-CAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATAT-A-C-GA---TA-AAT-A---AA-T-AA------T-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
Reference ( family-1079 ) : ATACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTNA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-T--NTATTT---ACC-GC-------TT---ATT-CAGTA-AG--------TG-GG-GAA-ATAT-A-C-GA---TA-AAT-A---AA-T-AA------T-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTC
gi|1 : GT-GGAGACTG---A-----------ATC-A--A-T-GC-ATG--------A---------A--TG--------------C---A--T--C--------A-GC-CATGAGGAAAATTACCTCCCG----TAAG---A----A------T--A----CC-CAAACT---AGCAGAG-ATT--C---TTA-T---CG-AC----------AA-T--ACA--GTGGC--AT---GAC-A---GAAATTATCCGCATTCGG--ATAGGAC-AAACCACT--AAGC-TG---TTT-TC-ACC-GG-----CC-TG--TA-ATGT---AT--A----ACTTATAATGAGATATAC-CGG-A--T---TTTTT---A-GTT--G---ATATTAAG---------T-A-CGGTTTGG-TTT--TA-A---AGAAA--AT-TGATTACTTTCGACCTGC-------TTCAAAAT-CAGCA-GGCCCACAGATA-GG-GAA-AGAT-A-CAGAGTTTA-AATCC---AA-T-CA------C-AT-GAT-AATC-T-T-ATT--------TTCT-CATG-AC-TGGAA-TG--TCACCACA-C-GGACCTTTT
gi|10 : ctgtaaatatgacaatggcacgtgtggaaatggtcaataacacgattcgATAAAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------AG-CA--------------C---A--T--CA-------A-GC-CAT-AGTAAG--TA---CCCG----TAAGTTTT----G------T--AGTTCCC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TCA-T---T--A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A-------------------------------AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-AC----------------TA-------------------TCAC-AG----T-TAC-CGC-CTTG---TTTTC---A---A--GA--ATTTCTAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTCAGTA-AGTGGGAAA--AA-T--ACA----------------------------CGATA-AA--------TA-GA-AAACATGT-A-C-------A-AAT-A---A----AA------T-------------T-T-ATTTATT-TATTTTT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGgcttg
gi|11 : aATAAAAGC-ACGTAGGAAAGTGT-GA-----------ATA-A--A---AC-CGG--------G---------AATTG--------------CCACA--T--C--------A-GC--AT-AGTAAG--TA---CCCG----TAAG---TTTTGATAGTT-T--A----CC-G-AA-T---A----AG-TTT--CT--CT---------A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC------A----AT----------------------A-CA-T--CATC-TA---ATT-TT-AC----------------------T---AT--A----C---A--GT----TA----CAG-CTTG---TTTTC---AAG----AA--AT-TTAAT----T----T-A-CCGCTT-A-TTT---------AGA--------------------------------------------TA-AG--------TG-GGTAAA-ATAC-AGC-GA---T--AAT-A---AA-T-AATACATGT-AC-AAT-AA-A-C-T-TTCTATC-TA--TTT-CCTG-AC-T-GAA--G--T-ACC-CA-CACGAC
gi|12 : aa-----CC-TG--TACA-GT---AT--AAA--TTTAATGAT----TATACTCAA-C--A---TTT-C---ATGTTTGAA--ATATTAAG----TGGACT-ATCCGCTT---TCT--TATA---AGAAA--TTCT--CTATTT---ACC-GT-------TT---ATTTCAGTATAG--------TT-AG-GAA-ATATTA-C-GA---TACAAT-G---AA-T-AA------T-AC-AA-----------------C-TA-ATTC-CTTG-ACCT-GAA-TG--T-ATC-CA-C-CGACTTTTTT
gi|13 : gcTGAA--TA---CCCGCGATTAAGG--T----A------T--AA---CC-GAAA-CTTCAT---AG-TTT--CCGCTTA-TAATCG-ATACTTAGACCAAG-T--A-ATGGT-GC--ATATAGAC-ATAGAA----GTC-GCA----AGAA---AGC-AAA-CACT---ATC--A---TTTCTT-ACCGTG-----CC-CG--TA-A-GTCTCAT--ATAACCTTTATAAT----TAtttaatatatgggt
gi|14 : gtcaac-A-CCG-TT-G-TTT--TA-T---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT---ATT-CAGCA-A------------GG-GAA-ATAT-A-C-GA---TA-AAT-A---AA-T-AA------T-CCAAAT-AA-ATT-T-GTTTATC-TA-TTTT-CCTGAAC-T-GAA-TG--TAACC-CAGC-CGACTTTTT
gi|15 : ATACAAAC-ACAT-GGAAAGTGTTGA-----------ATG-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TA--------------CAT-A--T--C--------A-GG-CGT-AGTCAA--TA---C--------AAG---C----AT-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CC--CCG-T---CG-A-----------AA-T--A-A--G-------T---GAC-A---AA----AATCGAA----G--A---GAC-AAG-CACT--AAaa
gi|16 : a-AAT-AA-A-T-TTATTTATC-TA-CTTT-GCTA-AC-T-AAA-CG--T-A---CA-C-CGACCTTTT
gi|17 : gg--TT-T--CTATTG---ACC-GC-------TT---ATT-CAATA-AG--------T--GG-GAA-ATAC-A-C-AA---TG-GAT-A---AA-T-TA------T-AC-AAT-GA-ATT-T-ATTaattttacagcatagcaatcatatgggtactag
gi|18 : ------T-AC-AATTAA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-AC-T-GGA-TGTAT-ATC-CA-C-CGACCTTTTa
gi|2 : ATACACGC-ACGT-TGGAAATGTTCATAGAGTTATGAATA-ACAA-C-ACACGG--------G---------A--TGATCAATCGCATGCAT---A--T--C--------A-AC-CAT-AGTAAA---A---CCCG----TAAA---G----A------TCAA----AC-GAAA-T---A----AA-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AG---GCC-A---AA----ATCTGCA----G--A---GGCGAAA-CAAT--AATT-CA---TTT-TT-ACCTTGC----CC-TG--TA-A-GT----T--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A-----TTC---ATGTT--GA--ATATTAAGCTGCC----T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAAGTTT-T--ATGTTT---ACT-GCTTATAGTTT---ATT-CAGTA-AG--------TGCGC-GAA-ATAT-AGC-GA---AC-AAT-A---AA-T-AAAT----C-AC-AAT-A--------ATTTTTC-GA-C---------AC-T-GAACTG--T-ACT-CA---CGATTTTTTT
gi|3 : aatTACAAGC-ACGC-GGAAAGTGTTCA-----------ATACA--A-C-AC-CGG--------GAATGATTACA--TG--------------C---A--TGGCCAATATCAA-GC-CATCAGTAAAC-TA----CCG----TAAG---T-----------T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CGAA-----------AA-TTAA-A--GT-G---AT---GGC-A---AAC---ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CGCT--AATC-TA---TTT-GT-ACCTTC-----CCTTG--TA-A-GTA--AT--A----CTATAT-ATCCC-TATAC-CAA-C--ATTCTTCTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGTTT-G-GTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACCGGC-------TT---ATT--AGCA-AG--------T--GG-GAA-ATAT-A-CAGA---T--AAT-A---AA-TAAA------T-TC--AT-AA-C-TAT-GTTTAT--TA-TTTC-ACCG-AC-T-aaata
gi|4 : ATACAAGC-AC-T-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGGATATCACAG---------C--TG--------------C---A--TAAC--------A-GTTCAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----A------T--A----CC-GAAA-T---A----A--TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----A--A---GCA-AAA-CAAT--ATTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TAT-C-C-A-C--A---TTTTC---ATGTT--GAATATATTAAG---------T-A-CCGCTT-G-TTT--TA-A---AGAAA--TT-C--TCA-TT---ACC-GC-------TT---ATT-CAGTA-AG--------TG-GG---A-ATAT-A-C-GA---TA-AAT-A---AA-T-AA------T-AA-CAT-AA-ATT-T-ATTTATCTTA-TTTT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTtttttttcactatggatta
gi|5 : aaaCAAGC-ACGT-GGAAAGTGTCAA-----------ATA-A----C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATCA---T---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCC-----TAAG---T----A------T--AA---CC-GGAA-T---A----AGGTTT--CT--TTAAT---CG-A-----------AAAT--A-A--GT-GCCAAT---GAC-A---AA----ATCCGCA-------A---GGT-AAA-CACT--AATC-TA---TTT-TT-ACCGTG-----CT-TG--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATA--CAA-C--A---TTTTTTCAATGT----G--ATATTAAG----T----TAA-CCGTTT-GTTTT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATATTT---ACC-GC-------TT----TT-CAGCA-AG--------T--GG-GAA-ATATGA-C-GA---TA-AAG-A---AA-T-AA------T-AC-TAT-AA-ATT-T-GTTTTTC-TA-TTTTCCCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTtttcatata
gi|6 : ATACAAGA-ACGT-GGAA-GTGTTCA-----------ATA-A--A-CCAC-CGG--------G---------A--TG------------------A--T--C--------ATGC-CAT-TGCATA--TA---CTCG----TAAG---T----A------T--A----CCTGAAA-----A----AG-TTTTTCT--TTA-T---CG-A-----------AA-T--A-A--GT-GC--AT---GAC-A---AA----ATCCGCA----G--A---GGC-AAA-CACT--AGTC-TA---TTT-TT-ACCTTG-----CC-TG--CA-A-GT---AT--A----CTTC-T-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTC---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-TTT--CA-A---AGAAA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---ATT-CAGTA-AG--------TG-GG-AAA-ATAT-A-C-GA---TA-AAT-ACTGAATT-GA------T-AC-AAT-AA-A-T-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCca
gi|7 : ATACAAGCCACGT-GGAAAGTGTTCA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--TGATCATGCATGCAT-T---A--T--C--------A-GC-CAT-AGTAAA--TA---CCCG----TAAG---T----ACATGTAT--A----CC-GAAA-T---A----AG-TTT--CT--TTA-T---CG-A-----------AA-G--T-A--GT-GCA-AT---GACAA---AA----ATCCGCA----A--A---GGC-AAA-CACT--AATCTTACTTTTT-TT-ACCTTGGCCGCCC-TGTTTA-A-GTA--ATAAA----CTTTAT--T----TATAC-CAA-C--A---TTTTC----TG-T--GA--ATATTAAA----T----T-A-CCATTT-G--TT--TA-A---AGAAA--TT-T--ATAT
gi|7 : -AAG-AA-A-T-T--TATATC--A-TATT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-ACC-CA-C-CGACTTTTTTCcatattcctgactgaatgtacccaccgacttttttcata
gi|8 : atacaagccacgtggaaagtgttcaataaacaccgggatgatcatgcatgcattatcagccatagtaaatacccgtaagtacatgtataccgaaataagtttctttatcgaaagtagtgcaatgacaaaaatccgcaaaggcaaacactaatcttactttttttaccttggccgccctgtttaagtaataaactttatttataccaacattttctgtgaatattaaattaccatttgtttaTACAAGC-ACGT-GGAAAGTGTTGA-----------ATA-A--AAC-AC-CAG--------G---------A--TG--------------C---AGAT--C--------A-GC-CAT-AGTGAG--TA---CCCG----TAC----------------T--A----CC-AAAA-T---A----AG-TC--------------------------------------A--GT-G---------AC-A---AA----ATCCGAA----G--A---G-C-AAA-GACT--AATC-TA---TTT-TTTACCTT-------------TACA-GT---AT--A----CTTACT-AT-----ATAC-CAAAC--A---TTT------------------ATTAAG----T----T-A-CCGCTT-G-ATT--TA-C---AGAAA--TG-T--CTATTT---ACC-TC-------TT---ATT-CAGTA-A----------G-GG-GGA-ATAC-A-C-CA---TA-GAT-A---AA-T-AA------TAAC-AAT-AA-ACT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-AC-T-GAA-TG--T-A-C-CA-C-GGAATTTTTTata
gi|9 : gTGCAAGC-ACAT-GTAAAGCGTTAA-----------ATA-A--A-C-AC-CGG--------G---------A--AG--------------C---A--T-----------------AT---------CA---CCCG----TTAT---T----AC-----T--A----CC-GAAA-T---A----AG-TT------------------------------------A-A--GT-G---------AC-A---AA----AACCGAA----G--A---AGC-AAA-CACTTAAATC-TA---TTT-TT-ACCTTT-----CC-TT--TA-A-GT---AT--A----CTTTAT-AT----TATAC-CAA-C--A---TTTTA---ATGTT--GA--ATATTAAG----T----T---CCAC--------------------AA--TT-T--CTATTT---ACC-GC-------TT---ATT-CAGTA-AG--------TG-AG----------------------AAT-G---AA-T-AA------T-AA-AAT-AA-ATT-T-ATTTATC-TA-TTTT-CCTG-AC-T-GAA-TGTAT-ACC-CA-C-CGACCTTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GCCAACATTTTCTGGGAATATTGATCATTACTATTTGTTTGGAGA