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Reference ( gi|2 )            : CCAGTGTAACGACG-AAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGTTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCATAGA-AA--TT--A------T--T--CC-C--T--T----GGGG--TCA-TT-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-GACC---C-CA----------TAGA-AT-ACTGACTCTATAG-ATATTTT-A-CATACTCCATATAT-T-CACTTG-TTTC--GG-GTGT--AACTTATTTTC-TT-AAGGGC-GGATACA-----T-AG-GT-------G-G-G-TGGG------G-A------CAAATCCTATTGCT-TGG-AACAT-AT-ATTTAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-G-TTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCATAT-TTATGTCA--ACGTTC
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gi|8                          :                               ttgaccggagagtcatattctctcagtaactgtagaaacaatgaccccattTTGTTT-AAG-AA---------T-ACT----TGTGA-T---GCTT-CCGTAGA-AAC-TT--A------T--G--TC-C--T--TCCGGAGGG--T-A-TT-ATT-CT-CTCCG-TGTG---GT--TGT------AG-AAAA---T-GAAC---CACAGTTCGGCCGTTAGA-AT-ACTGACTGTATA---TATTTC-A-CATACTTCTTATAT-T-TAGTGGGTTTC--GG-GTGT--ATTTTGTGTTC-TT-A-GGGC-GGATACA-------GG-GT-------G-tggc
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gi|4                          :                                                                 ttctatctaaaaaatgaaccccgaggc-AA---------T--CT----TG-GC-TACAGACT-TCGTAGA-AA--T---A------T--TG-TC-C--T--C----GGGG--TCA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT---GT------AG-AAAA---T-GACC---C-C-----------TG----T-ACTGAC--------GTATTTT-A-CATACTCC-TATATCT-TACT-G-TTCC--GG-GTGT--AAATTATTTTC-TT-A-GGGC-GGATGCA-----GGAG-TT-------GTG-G-TGGG------G--------CAAATCC-ATTGCT-TTG-AACAT-GTCATGTAT--TATGG-GAAATATG--TTTTAT-TTTT--C-C-TTCCTTTT----CAGCTCACC----AAATTAA----C------------------------------CTGTTGTTGCCT--ATCATCT-TTATGTC
gi|1                          :                                                                    gcgaacgacgaaaagtgacccccgtgaattattgacggggtatatttctactagaaaaatgacccGA-AA--TC--A------T--G--TC-C--T--C----GGGG--TCA-TTTATT-CT-C--CG-TGTGCA-GT--TGT------AG-AAAAGA-T-GACC---G-TA----------TAGA-AT-ATGGACTGTGTA---TTTTTT-A-CATACTCT-TATAT-T-TACTCG-TTTCAGAG-GTGT--AAATTATTTTCTTT-TAGGGC----TGCA-----G-GGAGT-------G-GTG-TGGG------G-AGCGGGTCAAACCCCATTGCTGTGGAAACAG-GT-ATTTCAATTATGG-GAAATATG-TTGTTATATTTTCCC-C-TTCTGTTT----CAGCTCAGCC---AAATTA-------------------------AAC------C-CTGTTGTTGCC---ATCATCT-TTATGTCAGTATGTTCgtctgtttctaa
gi|1                          :                                  acgacgaaaaagtggaccctcccgctagtaacttttagacctgggggtcatattgctacgtagaaaaatgatcccattttcgttgtagacaatgcggccgatgtctaccttgagcattatataccgtcag--T----GGGA--TCA-TT-TTT-CT-A--C--------------GT------AG-CAAT-A-T-GACC---C-C
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTCC-TT-AAGG-T-GGATACA--------G-GG-------G-A-G--AAA------G-A------CAAATTCCATT---------ACATCGT-ATTGAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--T-T-TTTCGTTT----CAGCTCACCC---GAATTAA----CAGCAAAGGTGAGCTTTTCTAATCTGACAT-CTGTTTTTGTCT--GTAAT-T-TTAaacagcgcttaaaagttaggtt
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-1078 )     :                                                                                                                                                  CCGGTGTAACGACG-AAAAGTGACNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCCNTAGTTGTTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCGTAGA-AA-TTA------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGA-CTCTAT--A-ATATTTTACATACTCC-T-ATAT-T-TACTGG-TTTCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTN-AGGG--CGGATACA-----------GGG-G-T--G-G-G-TGGG------GG------CAAATCCCATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CCT--GGG--GG--T--------CA--T-ATTGCT-A--C--------------GT------AG-AAA-A-A-T-GA-TC---------CC--------A-T-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                               acgacgaaaaagtggaccctcccgctagtaacttttagaGA-AA-TCA------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TTTATT-CT-C--CG-TGTGCA-GT--TGT------AG-AAA-AGA-T-GA-CC---------GT--------A-T-A-GAAT-ATGGA-CTGTGT--A-TT-TTTTACATACTCT-T-ATAT-T-TACTCG-TTTCAGAGGTGT--AAATTATTTTCTTTTAGGG--C---TGCA-----------GGGAG-T--G-GTG-TGGG------GAGCGGGTCAAACCCCATTGCTGTGGAAACAG-GT-ATT-TCAATTATGG-GAAATATG-TTGTTATATTTTCCC-CTTCTGTTT----CAGCTCAGCC---AAATTA-------------------------AAC------C-CTGTTGTTGCC---ATCAT-CT-TTATGTCAGTATGTTCtttcgttgtagacaatgcggccgatgtctaccttgagcattatataccgtcaggaaatcatgtcctcggggtcatttattctccgtgtgcagttgtagaaaagatgaccgtatagaatatggactgtgtattttttacatactcttatatttactcgtttcagaggtgtaaattattttcttttagggctgcagggagtggtgtggggagcgggtcaaaccccattgctgtggaaacaggtatttcaattatgggaaatatgttgttatattttccccttctgtttcagctcagccaaattaaaccctgttgttgccatcatctttatgtcagtatgttc
gi|10                         :                 acgacgaaaaagtggaccctcccgctagtaacttttagacctgggggtcatattgctacgtagaaaaatgatcccattttcgttgtagacaatgcggccgatgtctaccttgagcattatataccgtcagCGGTGTAATGACG-AATAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCG----TGTCG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GC-T---GCTT-TTGT-GG-AA-TTT------TGATCCT--GGG--GGGTT--------AA-TT--TT-CT-A--CG-TCTT-G-CT--CGT------AG-AGT-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAA-AATGA-CCCT-T--AGACATTCTTCAGA-----T-A-AA-T-TATT-G-TTT-----ATGT--AGATTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G--AG--T--------CA-T--ATT-CT-C--TC-AGTA-A--C--TGT------AG-AAACA-A-T-GA-CC---------CCATTTTGTTG-T-AGGAAT-ACTcattacattttcgatccaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                          ttgaccggaTTGTTG-TAGGAA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCGTAGA-AAATCA------TGGTCCA--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CGTTGTG-G-G---TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGACCTCTGC--A-TTCTTTACCATACT-C-T-ATAT-T-TA-TGG-TTCCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATGTA-----------GAG------G-A-G-TGGG------Gtggatgacttcgtagaaaatcatggtccacggggtcattattctccgttgtgggtgtagaaaaatgaccccgtagaatactgacctctgcattctttaccatactctatatttatggttccgggtgtaaattattttctttagggcggatgtagaggagtggggtggc
gi|12                         :                                                                                                  ttgaccggagagtcatattctctcagtaactgtagaaacaatgaccccattGTG-AACGACG-AAAGGTGACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTATGGT--TTG-TAGAAA---------T-ACT----TG-GATT---GGCT-TCGTATA-AA-TTA------TG-TCCT--TAG--GG--T--------CT-TT-ATT-AT-----G-TGTG-G-GT--TGC------AG-AAA-A-ATT-GA-CC---------CA--------GTT-G-GAAT-ACTGA-T----T--A-CTATTTTACATACTCC-T--CAT-T-TACTGG-TTTT-T--GCGC--AA--TATTTTTTtggc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                       taaaACCCAT--TTGTTGATAG-AA---------TCA-------G-GA-T---GCTT-TTCTATATAA-TTAACAATATG-TCCT--TAA--GG--T--------CATTT-ATT-CTCC--CG-TGTG-GTGTCATGTGTGATAAGAAAA-A-A-T-AA-CC---------CC----------T-A--AAT-AGTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccccctcggtagatatttatcctgtcaggtaacattgtgctctacgtaaaaaatgaaG-G-G--G-G-G-GGGG------GG------CAAAACCCATTGCT-TGGAA-CAT-TC-ATT-TAGATTATAG-GAAGGATG-TTGTCATATTTT--T-CTTCCCTTTTGAACAATTCA-CC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATTGT-CG-TTATGTCA--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgcagggtgtgtgtgtgtTTCCTT-AAGG--TGGATACA-----------GGG-G-A--G-A-A----A------GA------CAAATTCCATT--------A-CATCGT-ATT-GAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--T-TTTTCGTTT----CAGCTCACCC---GAATTAA----CAGCAAAGGTGAGCTTTTCTAATCTGACAT-CTGTTTTTGTCT--GTAAT-TT-Tgtc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                   atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaaTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCGTAGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGA-CAGTAT----AT-TTTCACATACT-G-T-ATAT-T-TACTGG-TATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                        G-TAG-AA---------T-ATT----TG-GC-T---CAATACCGTGGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG--GG--T--------AA-TT-TTC-CA-C--CG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CAT-G-A-T-GG-TC---------GC--------G-T-A-GAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                       ttctatctaaaaaatgaaccccgaggcCCAGTGTAACGACG-AAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGTTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCATAGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------A-T-A-GAAT-ACTGA-CTCTAT--AGATATTTTACATACTCCAT-ATAT-T-CACTTG-TTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TACTC--T-ATAT-T-TACTGG-TTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ----CAGCTCCCCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA-----------CCT--ATCAT-CTAATATGTCA--
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gi|3                          :                                                                                                                                                  CCAGTGTAACGACG-AAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGTT--TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCATAGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG--GG--T--------C---T-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------A-T-A-GAAT-ACTGA-CTCTATAGA-ATA-TTTACATACTCCAT-ATAT-T-CACTTG-TTTCGGT-GTGT--AACTTA-TTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGC---GGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAGAGAAATATG--AGTT-TATTTT--TGTTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAAATTA----CAG-------------TTTTAAT----CACTTTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTCtctgtttct
gi|4                          :                                                                                                                                                         AACGACG-AAAAGTGAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                          gcg-AA---------T--CT----TG-GC-TACAGACT-TCGTAGA-AA-TAT------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-G---TGT------AG--AA-A-A-T-GA-CC---------CC----------T-----GT-ACTGA-C---------GTATTTTACATACTCC-T-ATATCT-TACT-G-TTCCGG--GTGT--AAATTATTTTCTT--AGGG--CGGATGCA-----------GGA-GTT--GTG-G-T-GG------GG------CAAAT-CCATTGCT-TTGAA-CAT-GTCATG-T--ATTATGG-GAAATATG-TT-TTAT-TTTT--C-CTTCCTTTT----CAGCTCA-CC---AAATTA---------------------------------AC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTCccccgtgaattattgacggggtatatttctactagaaaaatgacccaatcttggctacagacttcgtagaaatattgtcctcggggtcattattctccgtgtgggtgtagaaaatgacccctgtactgacgtattttacatactcctatatcttactgttccgggtgtaaattattttcttagggcggatgcaggagttgtggtggggcaaatccattgctttgaacatgtcatgtattatgggaaatatgttttatttttccttccttttcagctcaccaaattaacctgttgttgcctatcatctttatgtcgtctgtttctaa
gi|5                          :                                                                                    gcgaacgacgaaaagtgacccccgtgaattattgacggggtatatttctactagaaaaatgacccGTGTAACGACG-AAAAGTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NN---------N-NNN----NN-NN-N---NNNN-NNNNT------TTA------TG-TCCT--TGG--GG--T--------CA-CA-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TAT------AG-AAT-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGA-CCCTAT--A--TGTTT-ACATACTT--T-ATAT-T-TACTAG-TATCAG--GTGT--AAAAAAATAGCTTT-AGGG--CGG-------------------------------------------------------CTATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCTTTT----CAGCTCACCC---AAATTAATGTTCAG-------------TTCTAAT----CAC-CTTTTGTTGgtctgtttctaa
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gi|9                          : aaaaatatttcacgtaaaaaatgacccaatttgtttaagaatacttgtgatgcttccgtagaaacttatgtccttccggagggtattattctctccgtgtggttgtagaaaatgaaccacagttcggccgttagaatactgactgtatatatttcacatacttcttatatttagtgggtttcgggtgtattttgtgttcttagggcggatacagggtgttgaacaGTTGTTG-TAG-GAATTTACATGT-ACTCACGTG-GA-T---GACT-TCGCAAA-AA-AGT------TG-TCCG--CGGT-GG--TGGAGGGGGTA-TT-ATTCCT-C--CG-TGTT-A-GT--CGT------AA-CAA-A-A-CAGA-CCGGG------CC--------G-T-A--AATGACCGA-CCTAAT--ATATATTTTACATACT---T-ATAT-TAAACTTG-TTTTGG--GTGCTAAAATTATTTCCTTG-AAGGACTGGATAGA-----------Gg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                   atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaaTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCGTAGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGA-CAGTAT----AT-TTTCACATAC-T-G-TATAT-T-TACT-GGTATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                        G-TAG-AA---------T-ATT----TG-GC-T---CAATACCGTGGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG--GG--T--------AA-TT-TTC-CA-C--CG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CAT-G-A-T-GG-TC---------GC--------G-T-A-GAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                       ttctatctaaaaaatgaaccccgaggcCCAGTGTAACGACG-AAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGTTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCATAGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------A-T-A-GAAT-ACTGA-CTCTAT--AGATATTTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAC-TC--TATAT-T-TACT-GGTTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ----CAGCTCCCCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA-----------CCT--ATCAT-CTAATATGTCA--
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttgaaAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TCATGTCA--ggcctcagtct
gi|3                          :                                                                                                                                                  CCAGTGTAACGACG-AAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATTGTT--TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCATAGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG--GG--T--------C---T-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------CC--------A-T-A-GAAT-ACTGA-CTCTATAGA-ATA-TTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGGT-GTGT--AACTTA-TTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGC---GGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAGAGAAATATG--AGTT-TATTTT--TGTTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAAATTA----CAG-------------TTTTAAT----CACTTTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTCtctgtttct
gi|4                          :                                                                                                                                                         AACGACG-AAAAGTGACC-------CCCGTGAATTATTGACGGGGTATATTTCTACTAGAAAAATGACCC---------------AA---------T--CT----TG-GC-TACAGACT-TCGTAGA-AA-TAT------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-G---TGT------AG--AA-A-A-T-GA-CC---------CC----------T-----GT-ACTGA-C---------GTATTTTACATAC-TCC-TATATCT-TACT--GTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTC-TT-AGGG--CGGATGCA-----------GGA-GTT--GTG-G-TGGG------G-------CAAAT-CCATTGCT-TTGAA-CAT-GTCATG-T--ATTATGG-GAAATATG-TT-TTAT-TTTT--C-CTTCCTTTT----CAGCTCA-CC---AAATTA---------------------------------AC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTC
gi|5                          :                                                                                                                                                  gcgGTGTAACGACG-AAAAGTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NN---------N-NNN----NN-NN-N---NNNN-NNNNT------TTA------TG-TCCT--TGG--GG--T--------CA-CA-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TAT------AG-AAT-A-A-T-GA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGA-CCCTAT--A--TGTTT-ACATAC-TT--TATAT-T-TACT-AGTATCAG--GTGT--AAAAAAATAGCTTT-AGGG--CGG-------------------------------------------------------CTATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCTTTT----CAGCTCACCC---AAATTAATGTTCAG-------------TTCTAAT----CAC-CTTTTGTTGgtctgtttctaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                   TTGTTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCGTAGA-AA-TCA------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-AA-CC---------CC--------G-T-A-GAAT-ACTGA-CT-----------TTTTACATAC-T-C-TATAT-T-TACT-GGTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATACAGGCCCTGGAGTGGG-G-TGGG-G-G-TGGG------GG------CAAATCCCA---CT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TGAATT-TGG-GAAATATGTTTGTTATATTTT--TCCTTCCGTTT----CAGCTCACCC---AAATTA--------------------------------CAC-CTGTTGTTTCCTC-ATCAT-CT-
gi|7                          :                                                                                                                         atttctacgtagaaaaatgaaccattCGGTGTAACGACGGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTA--TGTTG-TAG-AA---------T-ACT----TG-GA-T---GACT-TCGTAGA-AA-TTA------TG-CCCT--CGG--G---T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAA-A-A-T-GA-CC---------TC--------C-T-A-GAAT-ACTGA-CTCTGT--A---ATTCTACATAC-T-C-TATAT-T-TACT-GGTTTCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATGCA-----------GGGTG-T--G-G-GATGGGGGAGGTGG------CAAATCCCATTGCC-TGGAA-CAT-GT-ATT-gttttcagtctgtttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                           ACCCA-ATTTGTTT-AAG-AA---------T-ACT----TGTGA-T---GCTT-CCGTAGA-AACTTA------TG-TCCTTCCGGAGGG--T---------A-TT-ATT-CT-CTCCG-TGTG-G--T--TGT------AG-AAA-A---T-GAACCACAGTTCGGCC--------G-TTA-GAAT-ACTGA-CTGTAT----ATATTTCACATACTTCT-TATAT-T-TAGTGGGTTTCGG--GTGT--ATTTTGTGTTC-TT-AGGG--CGGATACA-----------GGG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaaaatatttcacgtaaaaaatg----CAGCTCACCT---AA-TTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA---TGTTGCTGCATA-ATCATGCT-Ttgttgaacacagctcacctaattaacagttctaatcatgttgctgcataatcatgcttg
gi|9                          : aaaaatatttcacgtaaaaaatgacccaatttgtttaagaatacttgtgatgcttccgtagaaacttatgtccttccggagggtattattctctccgtgtggttgtagaaaatgaaccacagttcggccgttagaatactgactgtatatatttcacatacttcttatatttagtgggtttcgggtgtattttgtgttcttagggcggatacagggtgttgaacaGTTGTTG-TAG-GAATTTACATGT-ACTCACGTG-GA-T---GACT-TCGCAAA-AA-AGT------TG-TCCG--CGGT-GG--TGGAGGGGGTA-TT-ATTCCT-C--CG-TGTT-A-GT--CGT------AA-CAA-A-A-CAGA-CCGGG------CC--------G-T-A--AATGACCGA-CCTAAT--ATATATTTTACATAC-T---TATAT-TAAACT-TGTTTTGG--GTGCTAAAATTATTTCCTTG-AAGGACTGGATAGA-----------Gg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                GTG-AACGAC-GAAAG-GTG-ACCANNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNA--TTT-AT-G-GT--TTG-TAG-A--AA--------T-ACT----TG-G---ATT--G---GCT-T--------------CGT--ATA-AA-TTA------TG-TCCT--TAG-GG--T--------CT-TT-AT--T-AT---G-TGTG-G-GT--TGC------AG-AAAA-ATT-G-ACC---------CAGTTGGAAT-ACTGA-T----T--A-CTATTTTACATAC-TCC-T-CAT-T-TACT-GGTTTT-T--GCGC--AA--TATTTTTTtggc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaa-TCT-----A-CGT--A-AAA-AATGAAACCC-AT---TT-GTTGATAG-A--A---------TCA-------G-G---AT---G---CTT-T--------------TCT--ATATAA-TTAACAATATG-TCCT--TAA-GG--T--------CATTT-AT--T-CTCCCG-TGTG-GTGTCATGTGTGATAAGAAAAA-A-T-A-ACC---------CC--TA-AAT-AGTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccccctcggtagatatttatcctgtcaggtaacattgtgcG-G-G--G-G-G-GGGG------GG------CAAAACCCATTGCT-TGGAA-CAT-TC-ATT-TAGATTATAG-GAAGGATG-TTGTCATATTTT--T-CTTCCCTTTTGAACAATTCA-CC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATTGT-CG-TTATGTCA--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgcagggtgtgtgtgtgtTTCCTT-AAGG--TGGATACA-----------GGG-G-A--G-A-A----A------GA------CAAATTCCATT--------A-CATCGT-ATT-GAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--T-TTTTCGTTT----CAGCTCACCC---GAATTAA----CAGCAAAGGTGAGCTTTTCTAATCTGACAT-CTGTTTTTGTCT--GTAAT-TT-Tgtc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaaTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CAGTAT----AT-TTTCACATAC-T-G-TATAT-T-TACT-GGTATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T-TCT-----ATC-T--A-AAA-AATGAA-CCC-CG-A----GGCG-TAG-A--A---------T-ATT----TG-G---CT---C---AATAC--------------CGT--GGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG-GG--T--------AA-TT-TT--C-CA-CCG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CATG-A-T-G-GTC---------GCG-TAGAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGAC-GAAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---NNN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NT-AATT-GTTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTAT--AGATATTTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAC-TC--TATAT-T-TACT-GGTTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttgaaAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TCATGTCA--ggcctcagtct
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ccccctcggtagatatttatcctgtcaggtaacattgtgcG-G-G--G-G-G-GGGG------GG------CAAAACCCATTGCT-TGGAA-CAT-TC-ATT-TAGATTATAG-GAAGGATG-TTGTCATATTTT--T-CTTCCCTTTTGAACAATTCA-CC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATTGT-CG-TTATGTCA--
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaaTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CAGTAT----AT-TTTCACATAC-T-G-TATAT-T-TACT-GGTATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T-TCT-----ATC-T--A-AAA-AATGAACCCCGA-------GGCG-TAG-A--A---------T-ATT----TG-G---CT---C---AATAC--------------CGT--GGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG-GG--T--------AA-TT-TT--C-CA-CCG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CATG-A-T-G-GTC---------GCG-TAGAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNTAATT-GTTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTAT--AGATATTTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAC-TC--TATAT-T-TACT-GGTTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----CAGCTCCCCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA-----------CCT--ATCAT-CTAATATGTCA--
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNTAATT-GTT--TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------C---T-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTATAGA-ATA-TTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGGT-GTGT--AACTTA-TTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGC---GGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAGAGAAATATG--AGTT-TATTTT--TGTTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAAATTA----CAG-------------TTTTAAT----CACTTTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTCtctgtttct
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgcagggtgtgtgtgtgtTTCCTT-AAGG--TGGATACA-----------GGG-G-A--G-A-A----A------GA------CAAATTCCATT--------A-CATCGT-ATT-GAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--T-TTTTCGTTT----CAGCTCACCC---GAATTAA----CAGCAAAGGTGAGCTTTTCTAATCTGACAT-CTGTTTTTGTCT--GTAAT-TT-Tgtc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaaTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CAGTAT----AT-TTTCACATAC-T-G-TATAT-T-TACT-GGTATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-TCT-----ATC-T--A-AAA-AATGAACCCCGA--------G--GCG-TAG-A--A---------T-ATT----TG-G---CT---C---AATAC--------------CGT--GGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG-GG--T--------AA-TT-TT--C-CA-CCG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CATG-A-T-G-GTC---------GCG-TAGAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNTAAT-T-G--TTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTAT--AGATATTTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAC-TC--TATAT-T-TACT-GGTTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----CAGCTCCCCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA-----------CCT--ATCAT-CTAATATGTCA--
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttgaaAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TCATGTCA--ggcctcagtct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNTAAT-T-G--TT--TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------C---T-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTATAGA-ATA-TTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGGT-GTGT--AACTTA-TTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGC---GGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAGAGAAATATG--AGTT-TATTTT--TGTTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAAATTA----CAG-------------TTTTAAT----CACTTTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTCtctgtttct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                    AACGACG-AAAA-GTG-ACCC------CCGT--GAATTATTGACG---GG---GT-ATATT-TCT-----A-C-T--AGAAA-AATGA--CCC-A----------------------A---------T--CT----TG-G---CTACAG---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TAT------TG-TCCT--CGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-G---TGT------AG--AAA-A-T-G-ACC---------CC--T---GT-ACTGA-C---------GTATTTTACATAC-TCC-TATATCT-TACT--GTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTC-TT-AGGG--CGGATGCA-----------GGA-GTT--GTG-G-TGGG------G-------CAAAT-CCATTGCT-TTGAA-CAT-GTCATG-T--ATTATGG-GAAATATG-TT-TTAT-TTTT--C-CTTCCTTTT----CAGCTCA-CC---AAATTA---------------------------------AC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                             gcgGTGTAACGACG-AAAA-GTG-AC--ANNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNN--N-N-N--NNN-NNN-N--N---------N-NNN----NN-N---NN---N---NNN-N--------------NNN--NNN-NT-TTA------TG-TCCT--TGG-GG--T--------CA-CA-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TAT------AG-AATA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CCCTAT--A--TGTTT-ACATAC-TT--TATAT-T-TACT-AGTATCAG--GTGT--AAAAAAATAGCTTT-AGGG--CGG-------------------------------------------------------CTATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCTTTT----CAGCTCACCC---AAATTAATGTTCAG-------------TTCTAAT----CAC-CTTTTGTTGgtctgtttctaa
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Reference ( family-1078 )     :                                                                                                                                                                                                                             CCGGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ACCCNCCCGCCCGT--GAATTATTGACC---GG---GT-ATATT-TCT-----A-C-T--AGAAA-AATGA--CCC-ATT--T-T-G--TTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCCT--CGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CTCTAT--A-ATATTTTACATAC-TCC-TATAT-T-TACT-GGTTTCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATACA-----------GGG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCCATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                     ACGACG-AAAAAGTGGACCCTCCCGCTAGT--AACTTTTAGACCTGGGG---GTCATATT-GCT-----A-CGT--AGAAA-AATGAT-CCC-ATT--T-TCG--TTG-TAG-ACAA---------T-GC------G-GCCGAT---GTCTACC-TTGAGCATTATATACCGTCAGGA-AA-TCA------TG-TCCT--CGG-GG--T--------CA-TTTAT--T-CT-CCG-TGTGCA-GT--TGT------AG-AAAAGA-T-G-ACC---------GTA-TAGAAT-ATGGA-CTGTGT--A-TT-TTTTACATAC-TCT-TATAT-T-TACT-CGTTTCAGAGGTGT--AAATTATTTTCTTTTAGGG--C---TGCA-----------GGGAG-T--G-GTG-TGGG------GAGCGGGTCAAACCCCATTGCTGTGGAAACAG-GT-ATT-TCAATTATGG-GAAATATG-TTGTTATATTTTCCC-CTTCTGTTT----CAGCTCAGCC---AAATTA-------------------------AAC------C-CTGTTGTTGCC---ATCAT-CT-TTATGTCAGTATGTTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                              CGGTGTAATGACG-AATA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNC---C--G-T-G--TCG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---CT---G---CTT-T--------------TGT--GGA-AT-TT-------TGATCCT--GGG-GGGTT--------AA-TT--T--T-CT-ACG-TCTT-G-CT--CGT------AG-AGTA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAA-AATGA-CCCT-T--AGACATTCTTCAGA------TA-AA-T-TATT--GTTT-----ATGT--AGATTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGACC---GGAGAGTCATATTCTCTCAGTAA-C-TGTAGAAACAATGA--CCCCATT--T-T-G--TTG-TAGGA--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AAATCA------TGGTCCA--CGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCGTTGTG-G-G---TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGACCTCTGC--A-TTCTTTACCATAC-T-C-TATAT-T-TA-T-GGTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATGTA-----------GAG------G-A-G-TGGG------Gcattacattttcgatccaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                GTG-AACGACG-AAAG-GTG-ACCANNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN------ATT--TAT-GGTTTG-TAG-A--AA--------T-ACT----TG-G---ATT--G---GCT-T--------------CGT--ATA-AA-TTA------TG-TCCT--TAG-GG--T--------CT-TT-AT--T-AT---G-TGTG-G-GT--TGC------AG-AAAA-ATT-G-ACC---------CAGTTGGAAT-ACTGA-T----T--A-CTATTTTACATAC-TCC-T-CAT-T-TACT-GGTTTT-T--GCGC--AA--TATTTTTTtggc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaa-TCT-----A-CGT--A-AAA-AATGAAACCC-ATT--T---G--TTGATAG-A--A---------TCA-------G-G---AT---G---CTT-T--------------TCT--ATATAA-TTAACAATATG-TCCT--TAA-GG--T--------CATTT-AT--T-CTCCCG-TGTG-GTGTCATGTGTGATAAGAAAAA-A-T-A-ACC---------CC--TA-AAT-AGTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ccccctcggtagatatttatcctgtcaggtaacattgtgcG-G-G--G-G-G-GGGG------GG------CAAAACCCATTGCT-TGGAA-CAT-TC-ATT-TAGATTATAG-GAAGGATG-TTGTCATATTTT--T-CTTCCCTTTTGAACAATTCA-CC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATTGT-CG-TTATGTCA--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgcagggtgtgtgtgtgtTTCCTT-AAGG--TGGATACA-----------GGG-G-A--G-A-A----A------GA------CAAATTCCATT--------A-CATCGT-ATT-GAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--T-TTTTCGTTT----CAGCTCACCC---GAATTAA----CAGCAAAGGTGAGCTTTTCTAATCTGACAT-CTGTTTTTGTCT--GTAAT-TT-Tgtc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaaTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CAGTAT----AT-TTTCACATAC-T-G-TATAT-T-TACT-GGTATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-TCT-----ATC-T--A-AAA-AATGAACCCCGA--------G--GCG-TAG-A--A---------T-ATT----TG-G---CT---C---AATAC--------------CGT--GGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG-GG--T--------AA-TT-TT--C-CA-CCG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CATG-A-T-G-GTC---------GCG-TAGAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNTAAT-T-G--TTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTAT--AGATATTTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAC-TC--TATAT-T-TACT-GGTTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----CAGCTCCCCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA-----------CCT--ATCAT-CTAATATGTCA--
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttgaaAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TCATGTCA--ggcctcagtct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNTAAT-T-G--TT--TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG-GG--T--------C---T-AT--T-CT-ACG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------CCA-TAGAAT-ACTGA-CTCTATAGA-ATA-TTTACATAC-TCCATATAT-T-CACT-TGTTTCGGT-GTGT--AACTTA-TTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGC---GGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAGAGAAATATG--AGTT-TATTTT--TGTTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAAATTA----CAG-------------TTTTAAT----CACTTTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTCtctgtttct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                    AACGACG-AAAA-GTG-ACCC------CCGT--GAATTATTGACG---GG---GT-ATATT-TCT-----A-C-T--AGAAA-AATGA--CCC-A----------------------A---------T--CT----TG-G---CTACAG---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TAT------TG-TCCT--CGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-G---TGT------AG--AAA-A-T-G-ACC---------CC--T---GT-ACTGA-C---------GTATTTTACATAC-TCC-TATATCT-TACT--GTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTC-TT-AGGG--CGGATGCA-----------GGA-GTT--GTG-G-TGGG------G-------CAAAT-CCATTGCT-TTGAA-CAT-GTCATG-T--ATTATGG-GAAATATG-TT-TTAT-TTTT--C-CTTCCTTTT----CAGCTCA-CC---AAATTA---------------------------------AC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                             gcgGTGTAACGACG-AAAA-GTG-AC--ANNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NNN--N-N-N--NNN-NNN-N--N---------N-NNN----NN-N---NN---N---NNN-N--------------NNN--NNN-NT-TTA------TG-TCCT--TGG-GG--T--------CA-CA-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TAT------AG-AATA-A-T-G-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CCCTAT--A--TGTTT-ACATAC-TT--TATAT-T-TACT-AGTATCAG--GTGT--AAAAAAATAGCTTT-AGGG--CGG-------------------------------------------------------CTATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCTTTT----CAGCTCACCC---AAATTAATGTTCAG-------------TTCTAAT----CAC-CTTTTGTTGgtctgtttctaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATT-TCT-----A-CGT--AGAAA-AATGA--ACC-ATT--T-T-G--TTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TCA------TG-TCCT--CGG-GG--T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-A-ACC---------CCG-TAGAAT-ACTGA-CT-----------TTTTACATAC-T-C-TATAT-T-TACT-GGTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATACAGGCCCTGGAGTGGG-G-TGGG-G-G-TGGG------GG------CAAATCCCA---CT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TGAATT-TGG-GAAATATGTTTGTTATATTTT--TCCTTCCGTTT----CAGCTCACCC---AAATTA--------------------------------CAC-CTGTTGTTTCCTC-ATCAT-CT-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                              CGGTGTAACGACGGAAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNN-NTT--A-T-G--TTG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-CCCT--CGG-G---T--------CA-TT-AT--T-CT-CCG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-G-ACC---------TCC-TAGAAT-ACTGA-CTCTGT--A---ATTCTACATAC-T-C-TATAT-T-TACT-GGTTTCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATGCA-----------GGGTG-T--G-G-GATGGGGGAGGTGG------CAAATCCCATTGCC-TGGAA-CAT-GT-ATT-gttttcagtctgtttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           -ATATT-TC------A-CGT--A-AAA-AATGA--CCC-AAT--T-T-G--TTT-AAG-A--A---------T-ACT----TGTG---AT---G---CTT-C--------------CGT--AGA-AACTTA------TG-TCCTTCCGGAGG--G--------TA-TT-ATTCT-CT-CCG-TGT--G-GT--TGT------AG--AAA-A-T-GAACCACAGTTCGGCCGTTAGAAT-ACTGA-CTGTAT----ATATTTCACATACTTCT-TATAT-T-TAGTGGGTTTCGG--GTGT--ATTTTGTGTTC-TT-AGGG--CGGATACA-----------GGG-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaa----CAGCTCACCT---AA-TTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA---TGTTGCTGCATA-ATCATGCT-Ttgttgaacacagctcacctaattaacagttctaatcatgttgctgcataatcatgcttg
gi|9                          : aaaaatatttcacgtaaaaaatgacccaatttgtttaagaatacttgtgatgcttccgtagaaacttatgtccttccggagggtattattctctccgtgtggttgtagaaaatgaaccacagttcggccgttagaatactgactgtatatatttcacatacttcttatatttagtgggtttcgggtgtattttgtgttcttagggcggatacagggtgttgaacaGTAACG-C--AAAA-GCG-ACCC------CCGGAAGAAT-ATTGACC---GG-------------CG-----A---T--AAATA-AATGA--CAA-ATG--T-T-G--TTG-TAG-G--AATTTACATGT-ACTCACGTG-G---AT---G---ACT-T--------------CGC--AAA-AA-AGT------TG-TCCG--CGGTGG--TGGAGGGGGTA-TT-AT--TCCT-CCG-TGTT-A-GT--CGT------AA-CAAA-A-CAG-ACCGGG------CCG-TA-AATGACCGA-CCTAAT--ATATATTTTACATAC-T---TATAT-TAAACT-TGTTTTGG--GTGCTAAAATTATTTCCTTG-AAGGACTGGATAGA-----------Gg


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           G    .   .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                      C     NNNNNTAATT      GT   A   G .  ATTTACATG C   CACG  T .    ACA .     A .                .    T  A  AACAATA  A    TC   A  GT GGAGGGGG  T  .  TC C  C   T    . T  CA   GTGATA  AA   . T A A   ACAGTTCGG  GT      G     C TCTATAGAA  A          T CCA     C A    GG       T     TA              .    AC        GGCCCTGGAGT   AGTG   TG  AT   GGAGGTGG                   T      .   C  C   A          A       GTTTG  A      TG           TGAA          GAG      ACAGCAAAGGTGAGCTT           CTGA   T            AG     G  A        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .    .   .  CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                      .     NNNNNTAATT      .    .   . .  A         .   .     . .    T   .     . .                .    .  C  A        G    .    T  .  .         .  .  .  .  .   .    . .  .    .       A    . . . .   GGG        GT      .     . TCTATAGA   C          . CCA     . .    G        .     .               .    .         .             GTGG   A   T    GG                         T      .   .  .   .          .       GTTG   A      TC           .             .        ACAGCTCGAGTGTGCTT           .      .            C      .  .        . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .    .   .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                      .     AACCCATTT       .    .   . .  .         .   .     . .    .   .     . .                .    .  .  A        .    .    .  .  .         .  .  .  .  .   .    . .  .    .       A    . . . .   .          G       .     . CCTTAGA    A          . CC      . .    G        .     .               .    .         .             GAT    A   T    GA                         T      .   .  .   .          .       GTTG   A      T            .             .        ACAG                        .      .            .      .  .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .    .   .  NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                      .     NNNNNNNN        .    .   . .  .         .   .     . .    .   .     . .                .    .  .  A        .    .    .  .  .         .  .  .  .  .   .    . .  .    .       A    . . . .   .          G       .     . TCTGCAT    A          . CT      . .    T        .     .               .    .         .             GTT    G   T    GA                         T      .   .  .   .          .       GAG    A      T            .             .        ACAG                        .      .            .      .  .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .    .   .  ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                        .     ACCATTTT        .    .   . .  .         .   .     . .    .   .     . .                .    .  .  A        .    .    .  .  .         .  .  .  .  .   .    . .  .    .       C    . . . .   .          G       .     . AGTATA     A          . C       . .    G        .     .               .    .         .             TGT    G   T    GA                         T      .   .  .   .          .       GTT    .      A            .             .        ACAG                        .      .            .      .  .        . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                           .    .   .  CCCCGTGAATTATTGACGGGGTATATTTCTACTAG                            .     NNNNTTAT        .    .   . .  .         .   .     . .    .   .     . .                .    .  .  T        .    .    .  .  .         .  .  .  .  .   .    . .  .    .       A    . . . .   .          A       .     . CCTATA     G          . G       . .    T        .     .               .    .         .             GG     G   T    GA                         T      .   .  .   .          .       .      .      T            .             .        ACAG                        .      .            .      .  .          
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCTCGTAGAGTGAGTATTGATCCCGTATGAAAACTGACCCTCAGACATATTTTCATAGAATATTGAAATAAATGTAGATTACATATAGATTATTCAAATCCATTA
Unaligned ( gi|23 ): CATCTTTGTTGTTTATCATCTTTACGTCAGTCTGTTTCTAA
Unaligned ( gi|24 ): GACTATAGATAATTTTTACGTCAGTCTGTTTCTAATTATTT






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Reference ( family-1078 )     :                                                                                                                                                                                                                             CCGGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ACCCNCCCGCCCGT--GAATTATTGACC---GG---GT-ATATT-TCT-----A-C-T--AGAAA-AATGA--CCCAAT--TT--GT----TG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-GA-CC---------CCG-T-AGAAT-ACTGA-CTC--TAT---A--TATTTTA-CATACT--C--T-ATAT-T-TACT-GGTTTCGG--GTGT--AAATTATTTTCTTT-AGGG--CGGATACA-----------GGG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCCATTGCT-TGGAA-CAT-GT-ATT-TAGATTATAG-GAAATATG-TTGTTATATTTT--T-CTTCCGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTCA--ACGTTC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccccctcggtagatatttatcctgtcaggtaacattgtgcG-G-G--G-G-G-GGGG------GG------CAAAACCCATTGCT-TGGAA-CAT-TC-ATT-TAGATTATAG-GAAGGATG-TTGTCATATTTT--T-CTTCCCTTTTGAACAATTCA-CC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CAC-CTGTTGTTGCCT--ATTGT-CG-TTATGTCA--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tgcagggtgtgtgtgtgtTTCCTT-AAGG--TGGATACA-----------GGG-G-A--G-A-A----A------GA------CAAATTCCATT--------A-CATCGT-ATT-GAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--T-TTTTCGTTT----CAGCTCACCC---GAATTAA----CAGCAAAGGTGAGCTTTTCTAATCTGACAT-CTGTTTTTGTCT--GTAAT-TT-Tgtc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTTCCTTT--GGG--CGGATACA-----------GGGAA-T--G------GGG------GA------CAAATTTC-TTCCT-Ta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TT--T-CTTCCTTTT----CAGTTTACCC---GAATTAA----CAGCTCGAGTGTGCTTTTCTCAC----CAC-CTGTTGTTGTCTAGATCAT-TT-TTAAGTCA--GCttcagtttacccgaattaacagctcgagtgtgcttttctcaccacctgttgttgtctagatcatttttaagtcagcctgtttctaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atttcctttgggcggatacagggaatgggggacaaa----TG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TTA------TG-TCTA--TGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-GA-CC---------CCG-T-AGAAT-ACTGA-CAG--TAT---A--T-TTTCA-CATACT--G--T-ATAT-T-TACT-GGTATTGG--GTGctgtttctaaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTCCTT-AGGA--CGGATACA-----------GGG-GAT--G-G-G----G------GA------CAAATCCCTTTGTC-TGGTA-C-------TTATAGATTATAA-GAAATAT---------ATTTT--A-CTTCCGTTT----CAGATCACCCGAGGAATTAA----
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-TCT-----ATC-T--A-AAA-AATGAACCCCGA-------GG----CG-TAG-A--A---------T-ATT----TG-G---CT---C---AATAC--------------CGT--GGA-AA-AT-------TG-ACC---CGG--GG--T--------AA-TT-TTC-CA-C--CG-CGTA-G-GG--TAT------AA-CATG-A-T-GG-TC---------GCG-T-AGAAaacagcgcttaaaagttaggtt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNNNNTAATT--GT----TG-TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-GA-CC---------CCA-T-AGAAT-ACTGA-CTC--TAT---AGATATTTTA-CATACT--CCAT-ATAT-T-CACT-TGTTTCGG--GTGT--AACTTATTTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGCT-TGGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAG-GAAATATG-ATGTTATATTTT--T-GTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAATTAA----CAG-------------TTTTAAT----CAC-TTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACT--C--T-ATAT-T-TACT-GGTTCCGA--GTGT--AAATGATTTTCTTT-AGGG--GGGATGCA-----------GGGAG-TG-G-G-G-TGGG------G
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----CAGCTCCCCC---AAATTAA----CAG-------------TTCTAAT----CA-----------CCT--ATCAT-CTAATATGTCA--
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttgaaAC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TCATGTCA--ggcctcagtct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                             CCAGTGTAACGACG-AAAA-GTG-ANNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NNNNN-NNN-----N-N-N--NNNNN-NNNNN--NNNNNTAATT--GT----T--TAG-A--A---------T-ACT----TG-G---AT---G---ACT-T--------------CAT--AGA-AA-TTA------TT-CCCT--TGG--GG--T--------C---T-ATT-CT-A--CG-TGTG-A-GT--TGT------AG-AAAA-A-T-GA-CC---------CCA-T-AGAAT-ACTGA-CTC--TATAGAA--TA-TTTA-CATACT--CCAT-ATAT-T-CACT-TGTTTCGGT-GTGT--AACTTA-TTTCTTA-AGGG--CGGATACA-----------TAG-G-T--G-G-G-TGGG------GA------CAAATCCTATTGC---GGAA-CAT-AT-ATT-TAGAATATAGAGAAATATG--AGTT-TATTTT--TGTTTCAGTTT----CAGCTCACCC---AAAATTA----CAG-------------TTTTAAT----CACTTTGTTGTTGCCT--ATCAT-AT-TTATGTCA--ACGTTCtctgtttct
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                    AACGACG-AAAA-GTG-ACCC------CCGT--GAATTATTGACG---GG---GT-ATATT-TCT-----A-C-T--AGAAA-AATGA--CCCAAT-----------------------------------CT----TG-G---CTACAG---ACT-T--------------CGT--AGA-AA-TAT------TG-TCCT--CGG--GG--T--------CA-TT-ATT-CT-C--CG-TGTG-G-G---TGT------AG--AAA-A-T-GA-CC---------CC--T----GT-ACTGA-C----------G--TATTTTA-CATACTC-C--T-ATATCT-TACT--GTTCCGG--GTGT--AAATTATTTTC-TT-AGGG--CGGATGCA-----------GGA-GTT--GTG-G-TGGG------G-------CAAAT-CCATTGCT-TTGAA-CAT-GTCATG-T--ATTATGG-GAAATATG-TT-TTAT-TTTT--C-CTTCCTTTT----CAGCTCA-CC---AAATTA---------------------------------AC-CTGTTGTTGCCT--ATCAT-CT-TTATGTC
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGCTCGTAGAGTGAGTATTGATCCCGTATGAAAACTGACCCTCAGACATATTTTCATAGAATATTGAAATAAATGTAGATTACATATAGATTATTCAAATCCATTA
Unaligned ( gi|23 ): CATCTTTGTTGTTTATCATCTTTACGTCAGTCTGTTTCTAA
Unaligned ( gi|24 ): GACTATAGATAATTTTTACGTCAGTCTGTTTCTAATTATTT