lowQualScore                  :                                      11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                      33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                2222                        666666666666666666666666666666666666666666               111   2     22222        1111111              11111   111               111      22222222222222222             3333333333333333333333333       111    4444     1     222                1111    11              55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555              
lowQualScore                  :          1                      77   11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111          666   5555                 8      999999999999999999999999999999999999999999   6 0      6  555   2     88888     6  0000000    3  5      00000   111  77   0       666  5   11111111111111111     77  5   6666666666666666666666666       666    7777     0 1   555         5  5   2222    33   77 1  1    66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5            
lowQualScore                  :          .                      ..   .........................................................................................          ...   ....                 .      ..........................................   . .      .  ...   .     .....     .  .......    .  .      .....   ...  ..   .       ...  .   .................     ..  .   .........................       ...    ....     . .   ...         .  .   ....    ..   .. .  .    .......................................................................... .            
lowQualScore                  :          7                      77   33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333          000   0000                 0      222222222222222222222222222222222222222222   0 2      0  000   8     88888     7  5555555    2  7      11111   111  99   4       444  7   66666666666666666     99  7   9999999999999999999999999       444    9999     5 0   000         1  7   6666    44   11 6  4    99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7            
consensus                     :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTTACTGGC-----C------C---C----------------------CAAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTCAACTGTACAGTTAANTTAGCGAGACTTTGTCTAAACACTTACTT-T-N-TATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATTA--TA-CAA--ANAAGNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCT-NAAAT------CCACTGGCCN----C-GG-TCTTC----GGACCAC-------TG-AGTTTTCGTGAA
Reference ( gi|3 )            :   TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTTACAGAC-----C------C---C----------------------CAAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACATTAGGGGATG---------------TAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCACATACTT-T-T-TATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATTG--TA-CAA--AGAAGTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCT-CAAAT------CCTCTGGCCA----T-GG-TCTTT-G--GGACCAC-------TG-AGTTTTCGTGAA
gi|4                          :   TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTTACTGGC-----C------C---C----------------------CAAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TATTTACTT-C-A-TATGC-CA--TGTT-GCCA---------------CTT--TTG--ATGTTAAAAATGAATA-CA---------------------AA--TA-TCT-AC---CA-TCTCAA-----A--C-TTTGAGC-ATATGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCT-TATAT------CCACTTGGCA----TCGGTTCTTTCG--GTACCAC-------TG-AGTTTTCGTG
gi|1                          :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGAC-----CATTAGTC---A----------------------CNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTTGTCAAAACACTTACTT-T-A-TATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATTA--TACCAAATAGCGGTG-GTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCA-TCTCTA----CA--T-TTTATTCAA-AAGTGAATTTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCACTGACCTCAGGCCA----TCGA-ACT--------ACCA---------G-AG-TTTCGTGA
gi|14                         :  gTCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AAT
gi|16                         : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTA
gi|15                         : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|2                          :  agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTTACTGGC-----C------CGGCC----------------------CAAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACGTTATGAGATG---------------CAAT--GTTTAATT-------------AGTGAGACTGTATCTAAACACTTACTT-TAT-TATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAA--AGAAATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACA-TCTCAAGACACA--CATTTAGTC-A-ATGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC------------------GGCCT----C-GG-TCTTC-C--G-ATCA---------G-AGTTTTCGTGAga
gi|10                         :         CAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATG-----------------------A----AATTTAC-TACTCCTTC------C---C----------------------CAAATTTTCA-------T-TGTTTATCATAACCATTA
gi|11                         :                                     AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTTACTGGC-----C------C---CAAGTGCATTTTATTGGCCCCCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATCtgag
gi|8                          :                                                                                                         ----------------------CAGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATGTT-AA--GTACAGTTAAGT-AGTTAGACTTTGTCTTAATAC---CTTAT-TATATGCATATTT-TT-ACCAATT-
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                       TGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATTA--AA-C-A--ATACGAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC----TGCA-----AAA--GTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTT-TAAAT------CCACTGGCCT----C-CG-TCTTT-AATGGACCACCAACCAATGAAGTCTTTATGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                         C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATTA--TA-TAA--AATAGGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCA-TCTCAA----CT--T-TTTATTC-A-ATATAgacgtac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATTA--TA-CAA--ATAAGAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----ATTT-TTTATTT---ATGT---------GA--CT----AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCT-TACAT------CCACTGGCCT----T-GG-TCTTC----GGACCA---------G-ATTTTaactttaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                              tcatttcagaacttaaTTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTTA--TG-CAA--ATAAGAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----A-TC-CAA----CA--T-TTTATAT-A-GTGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCA-AAAAT------TCAC---CCAGATCT-CG-TCTTT----GGACCAC-------AG-AGTTTTTGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A---AAAAT------CCACTGGCCT----C-GG-TCTTC----GGAGCAC-------TG-AGTTTt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA






Alignments
lowQualScore                  :                                      7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111                   1111                        555555555555555            11                                                                                                                    1   1111             222222         11111             11111  11                1                         1              22222222     1111111                                       2222222222              
lowQualScore                  :                                  0   1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  111  77               6666                        000000000000000    2  999  88          3 5  77 5         6    8        1 8    5  77 5 77       5 1    888 5   777  66           66   5   22  5 2 0   0000     66  5   555555   5 0   66666  5   66     55555  00  5 1   0    00 0            5    888     1   55 0  0    66666666 5   1111111 0      7777    1 5   66   99999  5    5555555555 5            
lowQualScore                  :                                  .   ..................................................................................  ...  ..               ....                        ...............    .  ...  ..          . .  .. .         .    .        . .    .  .. . ..       . .    ... .   ...  ..           ..   .   ..  . . .   ....     ..  .   ......   . .   .....  .   ..     .....  ..  . .   .    .. .            .    ...     .   .. .  .    ........ .   ....... .      ....    . .   ..   .....  .    .......... .            
lowQualScore                  :                                  4   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  777  99               7777                        000000000000000    8  222  00          8 8  22 0         0    0        0 0    7  99 7 44       0 7    888 0   111  99           99   0   99  0 8 0   6666     99  0   999999   0 1   22222  0   99     88888  33  7 4   3    44 0            0    111     6   11 2  1    22222222 0   4444444 2      8888    0 0   99   88888  0    9999999999 0            
consensus                     :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 )    :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTCAACTGTACAGTTAANTTAGCGAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTNT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAANAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCNC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1                          :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CA---CN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCAT-CTCTA----CAT-TTT--ATTCA-AAAGTG-AAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10                         :        gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTCC---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCATTATGAG
gi|11                         :                                     AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----CC---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14                         :   TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15                         : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16                         : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2                          :  agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----CCGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACGTTATGAGATG---------------CAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACAT-CTCAAGACACACATTT--AGTCA-A---TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3                          :   TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----CC---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACATTAGGGGATG---------------TAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4                          :   TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CAT-CTCAA-----AC-TTT--GAGCATA---TGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----AT-TTTTTATTTA-----TGTGAC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                       tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC------TGC-------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----AT-C-CAA----CAT-TTT--ATATA-G---TGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8                          :                                                                                                                              C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATGTT-AA--GTACAGTTAAGT-AGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                         C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCAT-CTCAA----CTT-TTT--ATTCA-A---T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA






Alignments
lowQualScore                  :                                      7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111                   1111              444444444444444                 1    11                                                                                                                    1   1111             222222         11111             11111  11                1                         1              22222222     1111111                                       2222222222              
lowQualScore                  :                                  0   1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  111  77               6666              111111111111111              2  2    88          7     1 5         6    8          8    5  77 5 77       5 1    888 5   777  66           66   5   33  5 2 0   0000     66  5   555555   5 0   66666  5   66     55555  00  5 1   0    00 0            5    888     0   55 0  0    66666666 5   1111111 0      7777      5   66   99999  5    5555555555 5            
lowQualScore                  :                                  .   ..................................................................................  ...  ..               ....              ...............              .  .    ..          .     . .         .    .          .    .  .. . ..       . .    ... .   ...  ..           ..   .   ..  . . .   ....     ..  .   ......   . .   .....  .   ..     .....  ..  . .   .    .. .            .    ...     .   .. .  .    ........ .   ....... .      ....      .   ..   .....  .    .......... .            
lowQualScore                  :                                  4   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  777  99               7777              777777777777777              8  6    00          6     0 0         0    0          0    7  99 7 44       0 7    888 0   111  99           99   0   44  0 8 0   6666     99  0   999999   0 1   22222  0   99     88888  33  7 4   3    44 0            0    111     0   11 2  1    22222222 0   4444444 2      8888      0   99   88888  0    9999999999 0            
consensus                     :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 )    :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1                          :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CA---CN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCAT-CTCTA----CAT-TTT--ATTCA-AAAGTG-AAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10                         :        gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTCC---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCA---------------TTATGAG
gi|11                         :                                     AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----CC---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14                         :   TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15                         : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16                         : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2                          :  agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----CCGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACG---------------TTATGAGATGCAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACAT-CTCAAGACACACATTT--AGTCA-A---TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3                          :   TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----CC---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACA---------------TTAGGGGATGTAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4                          :   TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CAT-CTCAA-----AC-TTT--GAGCATA---TGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----AT-TTTTTATTTA-----TGTGAC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                       tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC------TGC-------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----AT-C-CAA----CAT-TTT--ATATA-G---TGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8                          :                                                                                                                              C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATG-TTAA--GTACAGTTAA-GTAGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                         C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCAT-CTCAA----CTT-TTT--ATTCA-A---T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA






Alignments
lowQualScore                  :                                      7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  111                   1111              444444444444444                 1    11                                                                                                                    1   1111             222222         11111             11111  11                1                         1              22222222     1111111                                       2222222222              
lowQualScore                  :                                  0   1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  111  77               6666              111111111111111              2  2    88          7     1 5         6    8          8    5  77 5 77       5 1    888 5   777  66           66   5   33  5 2 0   0000     66  5   555555   5 0   66666  5   66     55555  00  5 1   0    00 0            5    888     0   55 0  0    66666666 5   1111111 0      7777      5   66   99999  5    5555555555 5            
lowQualScore                  :                                  .   ..................................................................................  ...  ..               ....              ...............              .  .    ..          .     . .         .    .          .    .  .. . ..       . .    ... .   ...  ..           ..   .   ..  . . .   ....     ..  .   ......   . .   .....  .   ..     .....  ..  . .   .    .. .            .    ...     .   .. .  .    ........ .   ....... .      ....      .   ..   .....  .    .......... .            
lowQualScore                  :                                  4   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  777  99               7777              777777777777777              8  6    00          6     0 0         0    0          0    7  99 7 44       0 7    888 0   111  99           99   0   44  0 8 0   6666     99  0   999999   0 1   22222  0   99     88888  33  7 4   3    44 0            0    111     0   11 2  1    22222222 0   4444444 2      8888      0   99   88888  0    9999999999 0            
consensus                     :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 )    :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1                          :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CA---CN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCAT-CTCTA----CAT-TTT--ATTCA-AAAGTG-AAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10                         :        gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTCC---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCA---------------TTATGAG
gi|11                         :                                     AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----CC---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14                         :   TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15                         : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16                         : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2                          :  agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----CCGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACG---------------TTATGAGATGCAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACAT-CTCAAGACACACATTT--AGTCA-A---TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3                          :   TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----CC---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACA---------------TTAGGGGATGTAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4                          :   TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CAT-CTCAA-----AC-TTT--GAGCATA---TGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----AT-TTTTTATTTA-----TGTGAC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                       tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC------TGC-------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----AT-C-CAA----CAT-TTT--ATATA-G---TGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8                          :                                                                                                                              C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATG-TTAA--GTACAGTTAA-GTAGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                         C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCAT-CTCAA----CTT-TTT--ATTCA-A---T


blockSeqs                     :                                      GGACCAGTGGATTCTCTGGAATTTACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC                                  GGC  TC               ATAT              NNNNNNNNNNNNNNN              A  T    TT          T     G G         A    C          T    A  TT G TT       A A    GAT T   C    TG           GA   .   AG  . T C   ACGT     TT  C   TATTTA   T     GACAC  A   TT     TA     TG  A T           T            C    TTT     C   CT         CCCATG   C   CTTCCTT        CCA       .   TC   TAAT   T    CCAACCAAT  A
blockSeqs                     :                                      GGACCAGTGAACTGAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTTACTGGC                                       .    .                GTT               .                            A  T    CT          T     T G         A    .          .    .  .  . T        . A    .   .   T    .            .    .   AG  . T .   .        .   .   ATG      .     C      .   .      A      TA  . T           .            .    TT      T   T          ACC      .   CCTC           TT        .   .    TG     .    CT         .
blockSeqs                     :                                      GGACCAGTGGACTGCCTGAATTTACAGAC                                                       .    .                AT                .                            A  .    .           .     A T         T    .          .    .  .  . T        . A    .   .   C    .            .    .   AT  . A .   .        .   .   AAG      .     C      .   .      A      TG  . T           .            .    TT      T   T          CC       .   CCTT           T         .   .    C      .    CT         .
blockSeqs                     :                                      CAATGAAATTTACTACTCCTT                                                               .    .                AT                .                            .  .    .           .     T G         .    .          .    .  .  . T        . T    .   .   C    .            .    .   AT  . A .   .        .   .   ATG      .     C      .   .      G      TG  . T           .            .    TT      C   T          CC       .   CTTT           T         .   .    C      .    CT         .
blockSeqs                     :                                      TGTCAGGATTTACTGGC                                                                   .    .                TA                .                                                                                       .  .  . A        . A    .   .   C    .            .    .   AA  . A .   .        .   .   AC       .     .      .   .      A      CA  . .           .            .    TT      .   T          C        .   CCAA           T         .   .    C      .    CA         .
blockSeqs                     :                                                                                                                               .                T                                                                                                         .  .  . .        . .    .   .   A    .            .    .   T   . G .   .        .   .   TT       .     .      .   .      .      C   . .           .            .    .       .   .          C        .   AA             T         .   .    C      .    .          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                           .      .   .   .    .            .    .   .   . . .   .        .   .   .        .     .      .   .      .                        .            .    .       .   .          C        .   GC             .         .   .    T      .    .          .


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                ATT*                                                   **                                                                                 C**                                                     ATG***                           A****  TG                                  TT*                    CC******                                                   CT********
originalCons                  :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
finalCons                     :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATT-GTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAA--GTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTC--TG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCTATG---CAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCAA----TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGACC------C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCACT--------G-AGTTTTCGTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA






Alignments
lowQualScore                  :                                      7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777   111                   1111                        555555555555555            222                                                                                                                   1   1111             222222         2222222222       111    111                1                         1                 1111    1111111                                       2222222222              
lowQualScore                  :                                  0   1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 111  77               6666                        000000000000000    2  666  444         2 5   1           6    8          8    5  77 5 77       5 1    888 5   777  66           66   5   33  5 2 0   0000     66  5   555555  5  0   3333333333       333    222  5 22  0    00 0            5    888     0   55 0  0   5   0000    1111111 0      7777      5   66   99999  5    5555555555 5            
lowQualScore                  :                                  .   .................................................................................. . ...  ..               ....                        ...............    .  ...  ...         . .   .           .    .          .    .  .. . ..       . .    ... .   ...  ..           ..   .   ..  . . .   ....     ..  .   ......  .  .   ..........       ...    ...  . ..  .    .. .            .    ...     .   .. .  .   .   ....    ....... .      ....      .   ..   .....  .    .......... .            
lowQualScore                  :                                  4   5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777  99               7777                        000000000000000    8  444  222         6 8   0           0    0          0    7  99 7 44       0 7    888 0   111  99           99   0   44  0 8 0   6666     99  0   999999  0  1   1111111111       222    222  0 22  3    44 0            0    111     0   11 2  1   0   6666    4444444 2      8888      0   99   88888  0    9999999999 0            
consensus                     :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----C-C---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTTAA-TGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGT-G-AC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTG-ACC----CGAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 )    :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----C-C---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTTAA--GTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGT-G-AC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTG-ACC----CGAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1                          :   TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CAC---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCA-TCTCTA----CA--T-TTTATTCAA-AAGT-GAAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC----TGAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10                         :        gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTC-C---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCATTATGAG
gi|11                         :                                     AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----C-C---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CACGA-ACC----CGAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14                         :   TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15                         : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16                         : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2                          :  agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----C-CGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACGTTATGAGATG---------------CAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACA-TCTCAAGACACA--CATTTAGTC-A-ATGT-G-AC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTG-ACC----CGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3                          :   TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----C-C---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACATTAGGGGATG---------------TAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGT-A-GCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTG-A-C----CGAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4                          :   TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----C-C---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CA-TCTCAA-----A--C-TTTGAGC-ATATGT-G-AC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TG-ACC------AA---CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                           T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----ATTT-TTTATTT---ATGT-G-AC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTG-ACCCATGCAACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC----TGC---------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----AT----GA-TTTTCACTG-ACC----CAAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----A-TC-CAA----CA--T-TTTATAT-A-GTGC-A-AC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTG-ACC----CAAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8                          :                                                                                                                               C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATGTT-AA--GTACAGTTAAGT-AGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                          C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCA-TCTCAA----CT--T-TTTATTC-A-ATATAA-AC-TTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA