lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 666666666666666666666666666666666666666666 111 2 22222 1111111 11111 111 111 22222222222222222 3333333333333333333333333 111 4444 1 222 1111 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 1 77 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 5555 8 999999999999999999999999999999999999999999 6 0 6 555 2 88888 6 0000000 3 5 00000 111 77 0 666 5 11111111111111111 77 5 6666666666666666666666666 666 7777 0 1 555 5 5 2222 33 77 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5
lowQualScore : . .. ......................................................................................... ... .... . .......................................... . . . ... . ..... . ....... . . ..... ... .. . ... . ................. .. . ......................... ... .... . . ... . . .... .. .. . . .......................................................................... .
lowQualScore : 7 77 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 0000 0 222222222222222222222222222222222222222222 0 2 0 000 8 88888 7 5555555 2 7 11111 111 99 4 444 7 66666666666666666 99 7 9999999999999999999999999 444 9999 5 0 000 1 7 6666 44 11 6 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7
consensus : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTTACTGGC-----C------C---C----------------------CAAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTCAACTGTACAGTTAANTTAGCGAGACTTTGTCTAAACACTTACTT-T-N-TATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATTA--TA-CAA--ANAAGNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCT-NAAAT------CCACTGGCCN----C-GG-TCTTC----GGACCAC-------TG-AGTTTTCGTGAA
Reference ( gi|3 ) : TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTTACAGAC-----C------C---C----------------------CAAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACATTAGGGGATG---------------TAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCACATACTT-T-T-TATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATTG--TA-CAA--AGAAGTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCT-CAAAT------CCTCTGGCCA----T-GG-TCTTT-G--GGACCAC-------TG-AGTTTTCGTGAA
gi|4 : TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTTACTGGC-----C------C---C----------------------CAAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TATTTACTT-C-A-TATGC-CA--TGTT-GCCA---------------CTT--TTG--ATGTTAAAAATGAATA-CA---------------------AA--TA-TCT-AC---CA-TCTCAA-----A--C-TTTGAGC-ATATGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCT-TATAT------CCACTTGGCA----TCGGTTCTTTCG--GTACCAC-------TG-AGTTTTCGTG
gi|1 : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGAC-----CATTAGTC---A----------------------CNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTTGTCAAAACACTTACTT-T-A-TATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATTA--TACCAAATAGCGGTG-GTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCA-TCTCTA----CA--T-TTTATTCAA-AAGTGAATTTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCACTGACCTCAGGCCA----TCGA-ACT--------ACCA---------G-AG-TTTCGTGA
gi|14 : gTCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AAT
gi|16 : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTA
gi|15 : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|2 : agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTTACTGGC-----C------CGGCC----------------------CAAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACGTTATGAGATG---------------CAAT--GTTTAATT-------------AGTGAGACTGTATCTAAACACTTACTT-TAT-TATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAA--AGAAATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACA-TCTCAAGACACA--CATTTAGTC-A-ATGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC------------------GGCCT----C-GG-TCTTC-C--G-ATCA---------G-AGTTTTCGTGAga
gi|10 : CAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATG-----------------------A----AATTTAC-TACTCCTTC------C---C----------------------CAAATTTTCA-------T-TGTTTATCATAACCATTA
gi|11 : AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTTACTGGC-----C------C---CAAGTGCATTTTATTGGCCCCCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATCtgag
gi|8 : ----------------------CAGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATGTT-AA--GTACAGTTAAGT-AGTTAGACTTTGTCTTAATAC---CTTAT-TATATGCATATTT-TT-ACCAATT-
gi|6 : TGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATTA--AA-C-A--ATACGAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC----TGCA-----AAA--GTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTT-TAAAT------CCACTGGCCT----C-CG-TCTTT-AATGGACCACCAACCAATGAAGTCTTTATGAA
gi|9 : C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATTA--TA-TAA--AATAGGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCA-TCTCAA----CT--T-TTTATTC-A-ATATAgacgtac
gi|5 : T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATTA--TA-CAA--ATAAGAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----ATTT-TTTATTT---ATGT---------GA--CT----AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCT-TACAT------CCACTGGCCT----T-GG-TCTTC----GGACCA---------G-ATTTTaactttaa
gi|7 : tcatttcagaacttaaTTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTTA--TG-CAA--ATAAGAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----A-TC-CAA----CA--T-TTTATAT-A-GTGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCA-AAAAT------TCAC---CCAGATCT-CG-TCTTT----GGACCAC-------AG-AGTTTTTGT
gi|12 : CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A---AAAAT------CCACTGGCCT----C-GG-TCTTC----GGAGCAC-------TG-AGTTTt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 555555555555555 11 1 1111 222222 11111 11111 11 1 1 22222222 1111111 2222222222
lowQualScore : 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 77 6666 000000000000000 2 999 88 3 5 77 5 6 8 1 8 5 77 5 77 5 1 888 5 777 66 66 5 22 5 2 0 0000 66 5 555555 5 0 66666 5 66 55555 00 5 1 0 00 0 5 888 1 55 0 0 66666666 5 1111111 0 7777 1 5 66 99999 5 5555555555 5
lowQualScore : . .................................................................................. ... .. .... ............... . ... .. . . .. . . . . . . .. . .. . . ... . ... .. .. . .. . . . .... .. . ...... . . ..... . .. ..... .. . . . .. . . ... . .. . . ........ . ....... . .... . . .. ..... . .......... .
lowQualScore : 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 99 7777 000000000000000 8 222 00 8 8 22 0 0 0 0 0 7 99 7 44 0 7 888 0 111 99 99 0 99 0 8 0 6666 99 0 999999 0 1 22222 0 99 88888 33 7 4 3 44 0 0 111 6 11 2 1 22222222 0 4444444 2 8888 0 0 99 88888 0 9999999999 0
consensus : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 ) : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTCAACTGTACAGTTAANTTAGCGAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTNT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAANAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCNC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1 : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CA---CN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCAT-CTCTA----CAT-TTT--ATTCA-AAAGTG-AAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10 : gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTCC---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCATTATGAG
gi|11 : AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----CC---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12 : CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14 : TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15 : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16 : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2 : agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----CCGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACGTTATGAGATG---------------CAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACAT-CTCAAGACACACATTT--AGTCA-A---TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3 : TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----CC---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACATTAGGGGATG---------------TAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4 : TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CAT-CTCAA-----AC-TTT--GAGCATA---TGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5 : T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----AT-TTTTTATTTA-----TGTGAC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6 : tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC------TGC-------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7 : TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----AT-C-CAA----CAT-TTT--ATATA-G---TGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8 : C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATGTT-AA--GTACAGTTAAGT-AGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9 : C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCAT-CTCAA----CTT-TTT--ATTCA-A---T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 444444444444444 1 11 1 1111 222222 11111 11111 11 1 1 22222222 1111111 2222222222
lowQualScore : 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 77 6666 111111111111111 2 2 88 7 1 5 6 8 8 5 77 5 77 5 1 888 5 777 66 66 5 33 5 2 0 0000 66 5 555555 5 0 66666 5 66 55555 00 5 1 0 00 0 5 888 0 55 0 0 66666666 5 1111111 0 7777 5 66 99999 5 5555555555 5
lowQualScore : . .................................................................................. ... .. .... ............... . . .. . . . . . . . .. . .. . . ... . ... .. .. . .. . . . .... .. . ...... . . ..... . .. ..... .. . . . .. . . ... . .. . . ........ . ....... . .... . .. ..... . .......... .
lowQualScore : 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 99 7777 777777777777777 8 6 00 6 0 0 0 0 0 7 99 7 44 0 7 888 0 111 99 99 0 44 0 8 0 6666 99 0 999999 0 1 22222 0 99 88888 33 7 4 3 44 0 0 111 0 11 2 1 22222222 0 4444444 2 8888 0 99 88888 0 9999999999 0
consensus : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 ) : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1 : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CA---CN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCAT-CTCTA----CAT-TTT--ATTCA-AAAGTG-AAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10 : gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTCC---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCA---------------TTATGAG
gi|11 : AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----CC---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12 : CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14 : TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15 : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16 : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2 : agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----CCGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACG---------------TTATGAGATGCAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACAT-CTCAAGACACACATTT--AGTCA-A---TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3 : TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----CC---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACA---------------TTAGGGGATGTAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4 : TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CAT-CTCAA-----AC-TTT--GAGCATA---TGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5 : T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----AT-TTTTTATTTA-----TGTGAC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6 : tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC------TGC-------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7 : TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----AT-C-CAA----CAT-TTT--ATATA-G---TGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8 : C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATG-TTAA--GTACAGTTAA-GTAGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9 : C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCAT-CTCAA----CTT-TTT--ATTCA-A---T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 444444444444444 1 11 1 1111 222222 11111 11111 11 1 1 22222222 1111111 2222222222
lowQualScore : 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 77 6666 111111111111111 2 2 88 7 1 5 6 8 8 5 77 5 77 5 1 888 5 777 66 66 5 33 5 2 0 0000 66 5 555555 5 0 66666 5 66 55555 00 5 1 0 00 0 5 888 0 55 0 0 66666666 5 1111111 0 7777 5 66 99999 5 5555555555 5
lowQualScore : . .................................................................................. ... .. .... ............... . . .. . . . . . . . .. . .. . . ... . ... .. .. . .. . . . .... .. . ...... . . ..... . .. ..... .. . . . .. . . ... . .. . . ........ . ....... . .... . .. ..... . .......... .
lowQualScore : 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 99 7777 777777777777777 8 6 00 6 0 0 0 0 0 7 99 7 44 0 7 888 0 111 99 99 0 44 0 8 0 6666 99 0 999999 0 1 22222 0 99 88888 33 7 4 3 44 0 0 111 0 11 2 1 22222222 0 4444444 2 8888 0 99 88888 0 9999999999 0
consensus : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 ) : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1 : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CA---CN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCAT-CTCTA----CAT-TTT--ATTCA-AAAGTG-AAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC-----T-GAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10 : gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTCC---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCA---------------TTATGAG
gi|11 : AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----CC---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12 : CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CAC-GAACC-----C-GAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14 : TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15 : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16 : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2 : agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----CCGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACG---------------TTATGAGATGCAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACAT-CTCAAGACACACATTT--AGTCA-A---TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTGA--C-----CCGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3 : TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----CC---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACA---------------TTAGGGGATGTAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGTAGCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4 : TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CAT-CTCAA-----AC-TTT--GAGCATA---TGTGAC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TGA--C-----C-AA----CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5 : T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----AT-TTTTTATTTA-----TGTGAC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTGA--CCCATGC-AACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6 : tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC------TGC-------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----A----TGA-TTTTCACTGAC-C-----C-AAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7 : TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----AT-C-CAA----CAT-TTT--ATATA-G---TGCAAC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTGAC-C-----C-AAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8 : C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATG-TTAA--GTACAGTTAA-GTAGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9 : C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCAT-CTCAA----CTT-TTT--ATTCA-A---T
blockSeqs : GGACCAGTGGATTCTCTGGAATTTACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC GGC TC ATAT NNNNNNNNNNNNNNN A T TT T G G A C T A TT G TT A A GAT T C TG GA . AG . T C ACGT TT C TATTTA T GACAC A TT TA TG A T T C TTT C CT CCCATG C CTTCCTT CCA . TC TAAT T CCAACCAAT A
blockSeqs : GGACCAGTGAACTGAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTTACTGGC . . GTT . A T CT T T G A . . . . . T . A . . T . . . AG . T . . . . ATG . C . . A TA . T . . TT T T ACC . CCTC TT . . TG . CT .
blockSeqs : GGACCAGTGGACTGCCTGAATTTACAGAC . . AT . A . . . A T T . . . . . T . A . . C . . . AT . A . . . . AAG . C . . A TG . T . . TT T T CC . CCTT T . . C . CT .
blockSeqs : CAATGAAATTTACTACTCCTT . . AT . . . . . T G . . . . . . T . T . . C . . . AT . A . . . . ATG . C . . G TG . T . . TT C T CC . CTTT T . . C . CT .
blockSeqs : TGTCAGGATTTACTGGC . . TA . . . . A . A . . C . . . AA . A . . . . AC . . . . A CA . . . . TT . T C . CCAA T . . C . CA .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A . . . T . G . . . . TT . . . . . C . . . . . . . C . AA T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . GC . . . T . . .
blockSeqCons : ATT* ** C** ATG*** A**** TG TT* CC****** CT********
originalCons : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAACTGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCA-A---TGCGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGA--C-----C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
finalCons : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----CC---CC--AAATTTTCATAGTACATT-GTTTATCACATACA---------------TTATGGGATGTAATATGTTTAA--GTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTC--TG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCTATG---CAT-CTCAA----CAT-TTT--ATTCAA----TGTGAC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTGACC------C-GAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCACT--------G-AGTTTTCGTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 555555555555555 222 1 1111 222222 2222222222 111 111 1 1 1111 1111111 2222222222
lowQualScore : 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 111 77 6666 000000000000000 2 666 444 2 5 1 6 8 8 5 77 5 77 5 1 888 5 777 66 66 5 33 5 2 0 0000 66 5 555555 5 0 3333333333 333 222 5 22 0 00 0 5 888 0 55 0 0 5 0000 1111111 0 7777 5 66 99999 5 5555555555 5
lowQualScore : . .................................................................................. . ... .. .... ............... . ... ... . . . . . . . .. . .. . . ... . ... .. .. . .. . . . .... .. . ...... . . .......... ... ... . .. . .. . . ... . .. . . . .... ....... . .... . .. ..... . .......... .
lowQualScore : 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777 99 7777 000000000000000 8 444 222 6 8 0 0 0 0 7 99 7 44 0 7 888 0 111 99 99 0 44 0 8 0 6666 99 0 999999 0 1 1111111111 222 222 0 22 3 44 0 0 111 0 11 2 1 0 6666 4444444 2 8888 0 99 88888 0 9999999999 0
consensus : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----C-C---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTTAA-TGTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGT-G-AC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTG-ACC----CGAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
Reference ( family-10745 ) : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------TGGC-----C-C---CC--AAATTTTCATAGTACAT-TGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATGTTTAA--GTACAGTTAATTTAGTNAGACTTTGTCTAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GNT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGT-G-AC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTG-ACC----CGAC---CCTNAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|1 : TCTTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAATA------CAG-GG-ATTTAG------------CCAG----GGTTTTTAGACCAT--------------------TAGT-----CAC---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTTGTCAAAACA-CTTACTTTAT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATTTATTG--ATGAT-AAATT--ATACCAAATAGCGGTGGTC----TAGAA--TA-TATGATG-GCA-TCTCTA----CA--T-TTTATTCAA-AAGT-GAAT-TTAAAAAGTCTACAAAGCCCTGTGGA--------GCTTCTTGA-TTTTCACTGAACC----TGAC---CTTACAAGTCAC-T--GACCTCAGGC--CAT---C-GA-ACTAC-------CAG-AG-TTTCGTGA
gi|10 : gCAAAAATTTTCAAAATTTGCTGGCC--TA------CAATGA-A--------------------------ATTT-------AC--------------------TA-CTCCTTC-C---CC--AAATTTTCAT--------TGTTTATCATAACCATTATGAG
gi|11 : AGGA--CCAGTGG-ATT--C------------TCTGG---AATTT-------ACTGGCCCCAAGTGCATTTTATTGGC-----C-C---CCTCAAATTTTCATAGTACA--TGTTTATC
gi|12 : CTAC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTC--G------CACGA-ACC----CGAT---A--AAAATCCAC-T--GGCCTC-GGT--CTT---C-GG-AGCAC-------T-G-AGTTT
gi|14 : TCCTCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAGGAATCTAGTGGAACT--G------------CCTG----AATgc
gi|15 : agTCCTCACGAAAACTTTTAAAACTTGCTGGCCAG
gi|16 : agTCTCCACGAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCCAGTAga
gi|2 : agCTTCAAGAAAACTTTCAAAATGTGCTGGCCTGTAGGA--CCAGTGA-ACT--GAATTTACTGCCCCCTAGTGAAAGTT-------AC--------------------TGGC-----C-CGGCCC--AAATTTTCAAAATACAT--GTTTATCACATACGTTATGAGATG---------------CAAT--GTTTAA-------------TTAGTGAGACTGTATCTAAACA-CTTACTTTATTATGC-TA--T-TTTACCAATTATATCTT---T-ATT--CTG--ATGACAAAGTC---TA-CAAAGAA-ATTCATTACGTTAGAA--TACTCTTATTTACA-TCTCAAGACACA--CATTTAGTC-A-ATGT-G-AC-TTAAAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTCTTTGATTCCTGA-TTATC-CTG-ACC----CGAC---GC--------------GGCCTC-GGT--CTT---C-CG-ATCA----------G-AGTTTTCGTGA
gi|3 : TCTTCACAAAAACTTTCAAAACTTGCTGGCTAGTAGGA--CCAGTGG-ACT--G------------CCTG----AATTT-------AC--------------------AGAC-----C-C---CC--AAATTTTCATAATACGT-TGTTTATCACATACATTAGGGGATG---------------TAATATGTTTAATTGTACAGTTAATTCAGTTAGACTTTGCCTAAGCA-CATACTTTTT-ATGC-TA--T-TT-ACCAATT-TATTTT---T-ATT--TTG--ATGGTAAAATT--GTA-CAAAGAA-GTT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AT--GCA-TCTCAA----CA--T-TTTATTC-A-ATGT-A-GCATTAAAGAGTCTTC-AAGCCCATCAGA-CTTCTT-GATTCTTGA-TTTTCACTG-A-C----CGAC---CCTCAAATCCTC-T--GGCCAT-GGT--CTT---TGGG-ACCAC-------T-G-AGTTTTCGTGAA
gi|4 : TCTTCACAAAAACTCTCAAAACTTGCTGGCCAGTA---------------T--G------------TCAG----GATTT-------AC--------------------TGGC-----C-C---CC--AAATTTTCATAGTACATATGTTTATCACATACATTATGGGATG---------------TAATATG--CAACTGTACAGTTAATTTAGCAATACTTTGTCT---TA-TTTACTTCAT-ATGC-CA--TGTT-GCCACTT-T----------------TG--ATGTTAAAAATGAATA-CA--------------------AA--TA-TCT-AC---CA-TCTCAA-----A--C-TTTGAGC-ATATGT-G-AC-TTAAATAATCTACTAAGCCCATCGGACCTTCTT-GATT-TTGA--------TG-ACC------AA---CCTTATATCCACTT--GGCATC-GGTTCTTT---C-GGTACCAC-------T-G-AGTTTTCGTG
gi|5 : T-TACTTTGATT-ATT--CTG--ATGGTAAAATT--ATA-CAAATAA-GAT-GTT----TAGAA--TA-TCT-AA--GCATTCTCAA-----ATTT-TTTATTT---ATGT-G-AC-T--------------AGCCCATCGGA-CTTCTT-GATTCCTGACTTTTCACTG-ACCCATGCAACCTTCCTTACATCCAC-T--GGCCTT-GGT--CTT---C-GG-ACCA----------G-ATTTT
gi|6 : tcatttcagaacttaaTGT-TA--T-T--ACCACTT-TTTTTT---TTATT--CTG--ATTGTAAAATT--AAA-CAA-TAC-GAT-GAT----TAGAA--TA--------------------------------ATTC----TGC---------AAAAGTCTAC-AAGCCCATCGGA-CTTC----AT----GA-TTTTCACTG-ACC----CAAC---CTTTAAATCCAC-T--GGCCTC-CGT--CTTTAAT-GG-ACCACCAACCAAT-GAAGTCTTTATGAA
gi|7 : TTTT---T-ATT--CTGTGATGGTAAATTT--ATG-CAAATAA-GAT-GTT----GAGAA--TA-TCT-TT----A-TC-CAA----CA--T-TTTATAT-A-GTGC-A-AC-TTGAAAAGTC--C-AA----AT---A-CTT------TTC--GA-TTTTCAGTG-ACC----CAAC---CCAAAAATTCAC-CCAGATCTC--GT--CTT---T-GG-ACCAC-------A-G-AGTTTTTGTgacgtac
gi|8 : C--AGATTTTCATAGTAC-T-AGTTTATTACATACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATATGTT-AA--GTACAGTTAAGT-AGTTAGACTTTGTCTTAATACCTTA--TTAT-ATGCATATTT-TT-ACCAATT-t
gi|9 : C-TA--T-CA-ACCAATT-CATTTT---T-ATT--ATG--ATGATAAAATT--ATA-TAAAATA-GGT-GTT----TAGAATTTA-TCG-AT--GCA-TCTCAA----CT--T-TTTATTC-A-ATATAA-AC-TTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TAACGTTAATGTTCAGTTATATTGTGGCAATCATTTCAATTGTACACAAATGCTCAAATAACCTGTTTGCA