lowQualScore : 22222 1 2222222222222222 1111 222222222222222222222222 11 3333333333 2222222 222 1 111111 2222 222 3333333333333333 11 3333 55555555555555555555555555 22222 1111 7777777777777777 11111 222222222 1 111111 4444444444444444444 222 333 222222 444444444 1
lowQualScore : 33333 7 4 1 6666666666666666 6666 888888888888888888888888 44 0000000000 0 999999 88888 9999999 6 0 222 44 555 2 4 7777 333333 888888 9999 6666 3 7 777 3 99 1 3333333333333333 3 3 3 3 66 55 1111 88 6 77777777777777777777777777 44444 4 8888 1111 5555555555555555 22222 1 999999999 3 3 4 0 55 3 9999 99 4 111111 5555555555555555555 4 1 000 0 2 555 888888 1 9 666666666 0
lowQualScore : ..... . . . ................ .... ........................ .. .......... . ...... ..... ....... . . ... .. ... . . .... ...... ...... .... .... . . ... . .. . ................ . . . . .. .. .... .. . .......................... ..... . .... .... ................ ..... . ......... . . . . .. . .... .. . ...... ................... . . ... . . ... ...... . . ......... .
lowQualScore : 55555 1 0 6 5555555555555555 4444 999999999999999999999999 88 6666666666 7 666666 33333 2222222 2 2 333 22 888 0 0 7777 888888 888888 1111 2222 3 5 888 3 55 3 7777777777777777 6 6 6 6 55 55 3333 66 5 44444444444444444444444444 55555 0 5555 6666 0000000000000000 55555 8 222222222 9 9 4 8 22 4 2222 33 0 555555 2222222222222222222 0 1 000 1 0 666 777777 4 0 333333333 5
consensus : AACCTGGATGGA-T---GACCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCA-CATT--T-ATCAG------G---TTTATTA-TTCTCCAAAAA--N--TT-ATGTAAG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACT-GAATGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAAAAAA----TG-----TAAGTT------TGC---TGGTTCTTTCACTGAATGAC-CAAAACCCCGG-AATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AA--GTA--AAA-TT-GA-AAAGAT-AA-ATG--GTACAGTTACCGT--TAT--ACAGCCGATTA--------ATCGGGA---AATCA-AACAACACGGCCG-CCAT-TGC----TCAGGG---ACGTAT-T------A------TGT-----ACGGTA-C-AC-AA-GCCCGATTAAAGAC-TATA-TAACGTGA--T-ATCCT-GTCC------TTTA------TTT----TCC-TTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAAT--T-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATN----GA--TTGGTTGNTTG
Reference ( gi|1 ) : AACTTGGATGGA-G---GACTG-CTACACGGTA----------------CATTA----GCA-AATT--TTATCAG------G---TTTATTT-TTCTCCAAAAA--A--TT-ATGCAAG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACT-AATTTGCCAGAACCTTCGAATTCA--TAT---CAAGANA----TG-----CAAGTT------TGT---TGGTTCTTTCACTGATTTGC-CAGAACCTTCG-AATTCATATCAAGATGGTTCATAAATGGTT-C-T-A-AA--TTA--AAA-TT-GA-AAAGAT-AC-ATG--GTACAGTTACCG---CAT--ACAGTCGATTA--------ACTGGGA---AGTAAAAACAACACGGCCA-CATT-TGC----TCAGGG---GCGTAT-T-----AA-----ATGT-----ATGGTA-C-AC-AAGGCCCAATTTAAGAC-TATA-TAACGTGA--T-ATTTT-GTCC------TTTA------TTT----TC----TCTTA-ATGAAATATT--TTAATGAGTTTTATATGGAAAT--T-GAGTGATGAAATAAATGTAAAACATG----GG--TTGGTTGGTTG
gi|3 : AACCTGGATGAA-------CCG-CTACACGTTA----------------CAAGA----GGA-CATA--T-ATCAA------A---TTTAATTATTCGCAAAAAA--A--TT-ATGTAAA------TTTG-----CTGGCTCTTTCACT-GAATGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAAAA
gi|8 : cAACCTGGATAGATGATCGACCG-CTATGCGTTA----------------CATTA----GCA-CATT--T-ATCAG------AAGTTTTATTA-TTCTCCAAAAT--T--TT-TGGCACG------TTTGATTTGCTGGTTCTCTCACT-GAATGAGCAAAACCCCGAAATTCA--TAT---CAtgattcatagtacaattggcaaagagaaatgatacagttaccgtatacagccgattaataacgccattgttcagtctacacgtattgtacggtaccagagacatatataacatatatgtctctgacggtacacaacgcccgattaaagactaaaacacaccatcctgtcctttatttttcatttcttaatgaaatatatta
gi|13 : gcACTTGGATGGA-T---GACCAACTACACGTTT----------------CATTAT---GCACAATT--TCTGAAA------G---TTTATTA-TTCTCCAAATTTTA--TT-GT-TAAG------TTTG-----CTGGTTC-TTCACTGAAT----CAGAA---TTG-ATTCA--Tgaatggttcataaacggttttaaaagttaaattgaaacgataacaatgggacagctaccgttatacagccgatcaatcg
gi|2 : acTTGGATGTG-T---AGCCG-CTATACGTCA----------------CATTA----ACA-CA-T--TCGTCAA------ACATTTTATTA-TTCTCCAAAAAT-G--TT-GTGCAAGTTGTTTTTTT-----TTTGTTCTTTCTCT-GGATGACCAATACCACGGAATGCA--TAT---TAgaatggtttaaaagaaaatttggaaggataccgttataccgctgacgattatctgg
gi|5 : agcaaTGGATGGA-T---GGCCG-CTACACGTTA----------------CATTA----CCA-AATT--C-ATCAG------G---TTTATCA-TTCTCCAAAAA--AA-TT-ATGCAAG------TTCG-----CTGGTTCTCTCACT-GAATGACGAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAgaatggtccaaaaatagttttagaagtaaaattgaaaatataaatggtaaggctaccattttacagttgattaatcagaaaatcagagctgcatgaccacagttgctcagaggcgtattgtaccgtaccacacacgattaaagataatatattctgatatcctgtccattatgttcctattctttatgaaacatactaaggaatattaggaagaaatgagtgaagaaaagatgtaaaacatgaattggttggttga
gi|4 : tcGGATGGA-G---GACCG-CTATACGTTA----------------CATGA----GCA-----------CA-------------TATTT-CTCTCCAAATA--T--TTTATGTAAG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACT-GAATGACCA-AATCTTGGAATTCA--TAT---CAgaatggttcataagtggctaaaaaagtaaattggaaaagataaatggtacagctaccgttatatacagccgattaatcgggaaatcagaacacagccgccatttctcagggacgtggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : aGGATGGA-T---GACCG-CTAAATGGTGGAGAACAATAAACCTTCATTA----GCA-AATTAATCAGAAG------G---TTTATTG-TTCT---------------ATGTAAG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACT-GAACGACCAAGATCACGGAATTCA--TAT---CAgaatggttcataaatagttataaaagtaaaattgaaaagataaatgatacagctaccgttatacagccgatttaacaccacggccgccattgcttagggacgtattgtacggtactacgcccgattaaaaactatataacatgacctatcatctccaaccttttttttttttgttaatta
gi|9 : gGGATTGA-T---GACAG-CTACACAATA----------------CATTAATTAGCA-CATT--T-ATCGGAA----G---TTTAATTATTCTCCAAAAAT-G--TT-ATACACG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCA--TAT---C-AGA-A----TG--------GTT------CATAAATGGTTTTgactggttcataaatggttgaaaaagtaaaattgaaaagataaatcgtacagttaccgttatacagccgattcatcgggaaatcataacaacacagacgccatggcccaggggcgtatggtaaggcatacaacgcccgattaaaga
gi|16 : cccGATGGA-T---GACCG-CTGCACGTTA----------------CATTA----GCA-CATT--T-ATTAG------G---TTTTTTA-TTCTCCAAAAA--T--TTTATGTATG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACT-GAATGACCAAAACTCTGGAATTCA--CAT---CAaaaagtaaaattgaaaagatgaaatcccatgttcccttgatactag
gi|11 : ATAGA-T---GATCA-CTACACGTTA----------------CATTATA--GCA-C-TT--TTATCAGTTCAAGG---TTTATTA-TTCTCCAAAC----------TGTAAG------TTTG-----CTGGCTCTTT--CT-GAATGACCAAAATCCAGGAATCCA--TAT---CAga
gi|10 : TA----GCA-AATT--T-ATCAG------G---TTTATTT-T------------------ATGTAAA------TTTG-----CTGGCTCTTTCACT-GAGTGACCAAAACCCAGGATTTCA--TAT---CAgaatggtccataaatggttattaaagtaaaattgaacagatgaatagtacagttaccgtcataaacgcccgattaa
gi|20 : --TTATCAGAA----G---TTTATTA-TTCTCCAAAAA--AAATT-ACGTAAG------TTTG-----CTGGTTCTTTCACgaatgtttcataaatagtttataaaagtaaaactgagtaagtaaatggtacagttaccgttatacagccgattaatcgggaaattacggccgccattgctcaaggacgtattgta
gi|9 : ATTTATCGGAAGTTT--AATTAT--TCT---CCAAAAA----TGTTATACACGTT------TGC---TGGTTCTTTCACCGAATTGA-CAAAAACCCCGGAAGTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-TAA-AA--GTA--AAA-TT-GA-AAAGAT-agaatgactaat
gi|3 : cccggattgatgacagctacacaatacattaattagcacTCAAATTTAATTATTCGCAAAAAAATTATG-----TAAATT------TGC---TGGCTCTTTCACTGAATGAC-CAAAACCCCGG-AATTCATATCAAAATGATTCATAG------------------TA--CAA-TT-GGCAAAGAG-AA-ATG--ATACAGTTACCG---TAT--ACAGCCGATTAATAACGCCATTGTTC---AGT-----CTACACG-----TATTGTACGGTACCAGAG---ACATATAT-----AACATATATGTCTCTGACGGTA-C-AC-AACGCCCGATTAAAGAC-TA-A--AACACAC--C-ATCCT-GTCC------TTTA------TTTTTCATT----TCTTA-ATGAAATATA--TTAgaaatcccatgttcccttgatactag
gi|4 : caacctggatgaaccgctacacgttacaagaggacatataA----TG-----TAAGTT------TGC---TGGTTCTTTCACTGAATGAC-CA-AATCTTGG-AATTCATATCAGAATGGTTCATAAATAGTT-A-TAA-AA--GTA--AAA-TT-GA-AAAGAT-AA-ATG--ATACAGCTACCGT--TAT--ACAGCCGATT-----------T-------------AACACCACGGCCG-CCAT-TGC----TTAGGG---ACGTAT---------------TGT-----ACGGTA-CTAC----GCCCGATTAAAAAC-TATA-TAACATGACCT-ATCAT-CTCCAACCTTTTTT------TTT----TT----TGTTA-AT
gi|6 : aggatggaggaccgctatacgttacatgagcacatatttctctccaaatattttA----TG-----TAAGTT------TGC---TGGTTCTTTCACTGAACGAC-CAAGATCACGG-AATTCATATCAGACTGGTTCATAAATGGTTGA-A-A-AA--GTA--AAA-TT-GA-AAAGAT-AA-ATC--GTACAGTTACCGT--TAT--ACAGCCGATTC--------ATCGGGA---AATCATAACAACACAGACG-CCAT-GGC----CCAGGG---GCGTAT---------------GGT-----AAGGCA-T-AC-AACGCCCGATTAAAGAta
gi|5 : gggatggatgaccgctaaatggtggagaacaataaaccttcattagcaaattaatcagaaggtttattgttctA----TG-----CAAGTT------CGC---TGGTTCTCTCACTGAATGAC-GAAAACCCCGG-AATTCATATCAGAATGGTTCATAAGTGG---C-T-A-AA--AAAGTAAA-TTGGA-AAAGAT-AA-ATG--GTACAGCTACCGTTATAT--ACAGCCGATTA--------ATCGGGA---AATCAG---AACACAGCCGCCATT-T-C----TCAGGG---ACGT
gi|10 : tctggatggatggccgctacacgttacattaccaaattcatcaggtttatcattctccaaaaaaattA----TG-----TAAATT------TGC---TGGCTCTTTCACTGAGTGAC-CAAAACCCAGG-ATTTCATATCAGAATGTTTCATAAATAGTT-TATAA-AA--GTA--AAA-CT-GA-GTAAGT-AA-ATG--GTACAGTTACCGT--TAT--ACAGCCGATTA--------ATCGGGA---AAT--------TACGGCCG-CCAT-TGC----TCAAGG---ACGTAT-T-----ggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|16 : tagcaaatttatcaggtttattttA----TG-----TATGTT------TGC---TGGTTCTTTCACTGAATGAC-CAAAACTCTGG-AATTCACATCAgta
gi|20 : gatggatgaccgctgcacgttacattagcacatttattaggttttttattctccaaaaattttA----CG-----TAAGTT------TGC---TGGTTCTTTCACAGAga
gi|2 : ttatcagaagtttattattctccaaaaaaaatt----TG-----CAAGTTGTTTTTTTT---TTGTTCTTTCTCTGGATGAC-CAATACCACGG-AATGCATATTAGAATGGTCCAAAAATAGTT-T-T-AGAA--GTA--AAA-TT-GA-AAATAT-AA-ATG--GTAAGGCTACCA---TTTT-ACAGTTGATTA--------ATCAGAA---AATCAGAGCTGCATGACCA-CAGT-TGC----TCAGAG---GCGTAT-T--------------GT-----ACCGTA-CCAC-A---CACGATTAAAGAT-AATA-TATTCTGA--T-ATCCT-GTCC------ATTA------TGT----TCCTATTCTTT-ATGAAACATA--CTAAGGAATATTAGGAAGAAAT----GAGTGAAGAAA-AGATGTAAAACATGAATTGG--TTGGTTGatgactaat
gi|11 : agcaattggatgtgtagccgctatacgtcacattaacacattcgtcaaacattttattattctccaaaaatgttg----TG-----TAAGTT------TGC---TGGCTCTTTC--TGAATGAC-CAAAATCCAGG-AATCCATATCAGAATGGTCCATAAATGGTTAT-T-A-AA--GTA--AAA-TT-GA-ACAGAT-GA-ATA--GTACAGTTACCGT--CATAAACGCCCGATTA--------Aa
gi|13 : atagatgatcactacacgttacattatagcacttttatcagttcaaggtttattattctccaaacAAGTT------TGC---TGGTTCTT-CACTGAAT----CAGAAT--------------------TGATTCATGAATGGTT---T-A-AA--AGA--AAATTT-GG-AAGGAT-AC--CG--TTA----TACCG---C-T-----GACGATTA--------TCTGG
gi|8 : acacttggatggatgaccaactacacgtttcattatgcacaatttctgaaagtttattattctccaaattttattgttTT------TGC---TGGTTCTCTCACTGAATGAG-CAAAACCCCGA-AATTCATATCAGAATGGTTCATAAACGGTT-T-T-A-AAAGTT---AAA-TT-GA-AACGATAACAATG--GGACAGCTACCGT--TAT--ACAGCCGATCA--------A
gi|7 : gcaacctggatagatgatcgaccgctatgcgttacattagcacatttatcagaagttttattattctccaaaatttttggcacgtttgaTGGTTTTCATAAAACC--CG-A-TTCACATAGAG-TTGTTCATAA--GGTT-A-TGA-AA--T-----AA-TT-GA-AA-GAT-A--ATGTAGTTTAGTT-------TAT--ACA--CGAT-A--------ATCGGGATCCGG----AACAACACGG------TA-TGC----TTGGGG------------------------TGT-----ATGGTA-G-GTGAAAGTCGA---TAAGAGATATA-CACTGTAA--TGATATT-GCCG------TTTA------TCCG---TT----TCTTA-TTGAAATATA--TTCATGAGTTGTATGAGGAAGT--TAAAGTGATGAAAT--ATGTAtcg
gi|12 : ttgagCAGTTTCCGA--TAT--ACAGCCGATTA--------CTCAGGA---AATCATAACAACATGGCTG-CCAT-TGC----TCGGGG---ACGTAT-T--------------GT-----ATGGTA-C--C-AAG-CCCGATTAAAGAC-TACA-TAACATGA--T-ATCCT-GTCG------TTTA------TTT----TCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTTATGA---------GGAAA---T-GAGTGATGAAAGAATTGT
gi|15 : AACACGACCG-CCAT-TAC----TCAGGG---ACGTAC-GCCCGAGA-----ACTT-----ATGTT--C-AC---GG--------AGGAC---------CGT-------CTTT-GTTT------TCCG-------TT----TC----T-----ATGAAATATA--TGAATG-GTTCGA---GGAAAC-----AGCGATGAAATAAATGt
gi|17 : GCCA----T-TGC----TCAGGACTTGCATGT--------A-----TTGT-----ACGGTATC-AC----GCCCGATTTAAGAC-TATA-TAACATGA--G-ATCCT-GTCC------TTTA------TTT----TCCGTTTCTAA-AAGATATATA--TCAATGAG
gi|18 : agctGCCCGATTAAAGAC-TATA-TAACATAA--T-ATTCT-ATCC------TTTA------TTT----TCCGTTTCGTA-ATGAAATATA--TTACTGGGTTTTATGAGGAAAT--T--AGTGATGAAATAAATGTAAACCA
gi|14 : GCCGAATT-AAGAC-TATAGTAACATGA--G-ATACTAGTCC------TTCAATG---TTT----CCATT-TCTTATAT-AAATATGAGTTAA---GTTTTATA-GGAAAT----GAGTGATGAAATAAAATTAAACCATT----GAACTTGATTGATT
gi|19 : TGA--T-ATCCT-GCCC------TTTACCGGTGTAT----TC----CGTTT-CT----TATT-----ATGAGTTTTAT---GAAATAAT-GAGTGTTGAAATAAATGTAAACCATA----AA--TTGGTTGTTTG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 1111 2222222222 22222 22222 111111 22222 2222222222222 111111 444444444444444444444444444444444444 111111 2 2222 11
lowQualScore : 7777 3 4444444444444444 5555 3 555 9999999999 6 33333 9999 3 3 3 888888 3 33 555 66 9999 00000 000000 3 1 88888 3 3 44 3 44 44 555 55 5555555555555 000000 99999 888888888888888888888888888888888888 0 4 777 2 7777 3 7777 666666 5 3 3 55 33 3 0000 0 1 33 1
lowQualScore : .... . ................ .... . ... .......... . ..... .... . . . ...... . .. ... .. .... ..... ...... . . ..... . . .. . .. .. ... .. ............. ...... ..... .................................... . . ... . .... . .... ...... . . . .. .. . .... . . .. .
lowQualScore : 7777 6 1111111111111111 0000 1 444 1111111111 2 22222 6666 1 1 1 888888 1 99 000 11 4444 00000 555555 6 0 99999 3 3 66 3 66 66 888 55 1111111111111 555555 11111 777777777777777777777777777777777777 3 0 000 1 5555 6 7777 888888 5 6 6 55 66 4 9999 1 0 88 0
consensus : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAA--A----TGT-----AAGTT------TGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T---TGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------TTTTCCGT-TTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
Reference ( family-1066 ) : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-N--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAAAAA--A----TGT-----AAGTT------TGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T--ATGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------TTTTCC-T-TTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATNGA--TTGGTTGNTTG
gi|1 : AACTTGGATGGAGGA----CTG-CTACACGGTA----------------CATTA----GCAAATTTTATC---AG------G---TTTA-TTTTTCTCCAAAAA-A--TT----A-TG-CAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTAAT-TTGCCAGAACCTTCGAATTCA--TAT---CAAGAN--A----TGC-----AAGTT------TGTTGGTTCTTTCACTGATT-TGCCAGAACCTTCGAATTCATATCAAGATGGTTCATAAATGGTT-C-T-A-AATTAAAATTGA-AAAGATA--C-ATGGTACAGTTACCG---CAT--ACAGT---CGATTAAC--TGGGA--AGTAA--A-AACAACACGGCCACATTTGC------TCAGGG-----GCGTAT--------TAAATGT-----ATGGTA-C-AC--AAGGCCCAATTTAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATTTT-GT----CCTTTA------TTTTC-----TCTTA-ATGAAATATT--TTAATGAGTTTTATATGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAAACATGGG--TTGGTTGGTTG
gi|10 : TA----GCAAATTT-ATC---AG------G---TTTA-TT----------------TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAG-TGACCAAAACCCAGGATTTCA--TAT---CAGAA
gi|10 : --A----TGT-----AAATT------TGCTGGCTCTTTCACTGAGT-GACCAAAACCCAGGATTTCATATCAGAATGTTTCATAAATAGTT-TATAA-AAGTAAAACTGA-GTAAGTA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-----------TACGGCCGCCATTGC------TCAAGG-----ACGTAT--------T--GTtgtttcataaatagtttataaaagtaaaactgagtaagtaaatggtacagttaccgttatacagccgattaatcgggaaattacggccgccattgctcaaggacgtattgta
gi|11 : tagcaaatttatcaggtttattttATAGATGA----TCA-CTACACGTTA----------------CATTATA--GCACTTTT-ATC---AGTTCAAGG---TTTA-TTATTCTCCAAAC-------------TG-TAAG-TT------TGCTGGCTCTTTC--TGAA-TGACCAAAATCCAGGAATCCA--TAT---CAGAAa
gi|11 : AAA--C----TGT-----AAGTT------TGCTGGCTCTTTC--TGAAT-GACCAAAATCCAGGAATCCATATCAGAATGGTCCATAAATGGTTAT-T-A-AAGTAAAATTGA-ACAGATG--A-ATAGTACAGTTACCGT--CATAAACGCC---CGATTAAtggtccataaatggttattaaagtaaaattgaacagatgaatagtacagttaccgtcataaacgcccgattaa
gi|12 : atagatgatcactacacgttacattatagcacttttatcagttcaaggtttattattctccCAGTTTCCGA--TAT--ACAGC---CGATTACT--CAGGA--AAT-C--ATAACAACATGGCTGCCATTGC------TCGGGG-----ACGTAT--------T----GT-----ATGGTA-C--C--AA-GCCCGATTAAAGACTACA-TA---ACATGA--T-ATCCT-GT----CGTTTA------TTTTCCGT-TTCTTA-ATGAAATATA-----------TTTATGAGGAAA-T-GAGTGATGAAAGAATTGT
gi|13 : ACTTGGATGGATGA----CCAACTACACGTTT----------------CATTAT---GCACAATT--TCTGAAA------G---TTTA-TTATTCTCC-AAAT-T--TT----ATTGTTAAG-TT------TGCTGGTTC-TTCACTGAA-Tt
gi|13 : acT-----AAGTT------TGCTGGTTC-TTCACTGAAT------------CAGAAT-----------TGATTCATGAATGGTT-T-A-A-AAGAAAATTTGG-AAGGA----------------TACCGT--TAT--ACCGCTGACGATTAcagaattgattcatgaatggtttaaaagaaaatttggaaggataccgttataccgctgacgattatctgg
gi|14 : acacttggatggatgaccaactacacgtttcattatgcacaatttctgaaagtttattattctccaaattttattgtCCGAATTAAGACTATAGTA---ACATGA--G-ATACTAGT----CCTTCAATG---TTTCCA-T-TTCTTATAT-AAATATGAGTTAA---GTTTTAT-AGGAAAT--GAGTGATGAAATAAAATTAAACCATTGAACTTGATTGATTtctgg
gi|15 : gAACACGACCGCCATTAC------TCAGGG-----ACGTAC------------------------------------GCCCGA----GAACT-TA-TGTTCACG-GA--G-GACC--GT----C-TTTG------TTTTCCGT-TTCT---ATGAAATATA--TGAATG-GTTC---GAGGAAAC---AGCGATGAAATAAATG
gi|16 : GATGGATGA----CCG-CTGCACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATT---AG------G---TTTT-TTATTCTCCAAAAATT--TT----A-TG-TATG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACTCTGGAATTCA--CAT---CAGA
gi|17 : GCTGCCATTGC------TCAGGACTTGCATGTAT--------T----GT-----ACGGTATC-AC-----GCCCGATTTAAGACTATA-TA---ACATGA--G-ATCCT-GT----CCTTTA------TTTTCCGT-TTCTAA-AAGATATATA--TCAATGAG
gi|18 : a-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACATAA--T-ATTCT-AT----CCTTTA------TTTTCCGT-TTCGTA-ATGAAATATA--TTACTGGGTTTTATGAGGAAATT--AGTGATGAAATAAATGTAAACCA
gi|19 : TGA--T-ATCCT-GC----CCTTTACCGGTGTATTCCGT-TTCTTA-------------TTA-TGAGTTTTATGAAATAAT--GAGTGTTGAAATAAATGTAAACCATAAA--TTGGTTGTTTG
gi|2 : TGGATGTGTAG----CCG-CTATACGTCA----------------CATTA----ACACATTC-GTC---AA------ACATTTTA-TTATTCTCCAAAAA-TG-TT----G-TG-CAAG-TTGTTTTTTTTTTGTTCTTTCTCTGGA-TGACCAATACCACGGAATGCA--TAT---TAGAAg
gi|2 : agcaatATTC-----T---CCAAAA--A----TGTTGTGCAAGTTGTTTTTTTTTTGTTCTTTCTCTGGAT-GACCAATACCACGGAATGCATATTAGAATGGTCCAAAAATAGTT-T-T-AGAAGTAAAATTGA-AAATATA--A-ATGGTAAGGCTACCAT--TTT--ACAGT---TGATTAAT--CAGAA--AAT-C--AGAGCTGCATGACCACAGTTGC------TCAGAG-----GCGTAT------------TGT-----ACCGTA-C--C--AC-ACACGATTAAAGATAATA-TA---TTCTGA--T-ATCCT-GT----CCATTA------TGTTCC-TATTCTTT-ATGAAACATA--CTAAGGAATATTAGGAAGAAA-T-GAGTGAAGAAA-AGATGTAAAACATGAA--TTGGTTGGTTGtggtccaaaaatagttttagaagtaaaattgaaaatataaatggtaaggctaccattttacagttgattaatcagaaaatcagagctgcatgaccacagttgctcagaggcgtattgtaccgtaccacacacgattaaagataatatattctgatatcctgtccattatgttcctattctttatgaaacatactaaggaatattaggaagaaatgagtgaagaaaagatgtaaaacatgaattggttggttga
gi|20 : agcaattggatgtgtagccgctatacgtcacattaacacattcgtcaaacattttattTT-ATC---AGAA----G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-AAATT----A-CG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACAGAA-TGACTAAa
gi|3 : AACCTGGATGAA-------CCG-CTACACGTTA----------------CAAGA----GGACATAT-ATC---AA------A---TTTAATTATTCGCAAAAAA-A--TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAAAAt
gi|3 : cAATTTAATTATTCGCAAAAA--AATTATGT-----AAATT------TGCTGGCTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAAAATGATTCATA----------------GTACAATTGGCAAAGAGA--A-ATGATACAGTTACCGT---AT--ACAGC---CGATTAATAACGCCATTGTT-C--A-GTCTACACG-----TATTGTACGGTACCAGAG-----ACATATATAACATAT--ATGTCTCTGACGGTA-C-AC--AACGCCCGATTAAAGACTA-A--A---ACACAC--C-ATCCT-GT----CCTTTA------TTTTTCAT-TTCTTA-ATGAAATATA--TTAtgattcatagtacaattggcaaagagaaatgatacagttaccgtatacagccgattaataacgccattgttcagtctacacgtattgtacggtaccagagacatatataacatatatgtctctgacggtacacaacgcccgattaaagactaaaacacaccatcctgtcctttatttttcatttcttaatgaaatatatta
gi|4 : caacctggatgaaccgctacacgttacaagaggacatatatcaGGATGGAGGA----CCG-CTATACGTTA----------------CATGA----GCACAT------------------------A-TTTCTCTCCAAATA-T--TTT---A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACC-AAATCTTGGAATTCA--TAT---CAGAA
gi|4 : a--A----TGT-----AAGTT------TGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACC-AAATCTTGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATAGTTAT-A-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGATACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATT--T------------------AACACCACGGCCGCCATTGC------TTAGGG-----ACGTAT------------TGT-----ACGGTA-CTAC-----GCCCGATTAAAAACTATA-TA---ACATGACCT-ATCAT-CTCCAACCTTT-------TTTTTT-T-TTGTTA-ATtggttcataaatagttataaaagtaaaattgaaaagataaatgatacagctaccgttatacagccgatttaacaccacggccgccattgcttagggacgtattgtacggtactacgcccgattaaaaactatataacatgacctatcatctccaaccttttttttttttgttaatta
gi|5 : aggatggaggaccgctatacgttacatgagcacatatttctctccaaatattttCTGGATGGATGG----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----CCAAATTC-ATC---AG------G---TTTA-TCATTCTCCAAAAA-AA-TT----A-TG-CAAG-TT------CGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGACGAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAta
gi|5 : tAAAAATTA----TGC-----AAGTT------CGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GACGAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAGTGGCTAA-A-A-AAGTAAATTGGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGCTACCGTTATAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-G--AACACAGCCGCCATTTC------TCAGGG-----ACGTtggttcataagtggctaaaaaagtaaattggaaaagataaatggtacagctaccgttatatacagccgattaatcgggaaatcagaacacagccgccatttctcagggacgtggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : tctggatggatggccgctacacgttacattaccaaattcatcaggtttatcattctccaaGGATGGATGA----CCG-CTAAATGGTGGAGAACAATAAACCTTCATTA----GCAAATTA-ATC---AGAAG---G---TTTA-TTGTTCT-----------------A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-CGACCAAGATCACGGAATTCA--TAT---CAGAggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : g--A----TGT-----AAGTT------TGCTGGTTCTTTCACTGAAC-GACCAAGATCACGGAATTCATATCAGACTGGTTCATAAATGGTT-GAA-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATCGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTCAT--CGGGA--AAT-C--ATAACAACACAGACGCCATGGC------CCAGGG-----GCGTAT------------GGT-----AAGGCA-T-AC--AACGCCCGATTAAAGActggttcataaatggttgaaaaagtaaaattgaaaagataaatcgtacagttaccgttatacagccgattcatcgggaaatcataacaacacagacgccatggcccaggggcgtatggtaaggcatacaacgcccgattaaaga
gi|7 : gggatggatgaccgctaaatggtggagaacaataaaccttcattagcaaattaatcagaaggtttattgttctAAAACCC---GATTCACAT-AGAGTTGTTCATAA--GGTT-A-T-G-AAATAA--TTGA-AA-GATA--ATGTAGTTTAGTT-------TAT--ACA-----CGAT-AAT--CGGGA----T-CCGG-AACAACACGGT----AT-GC------TTGGGG-----------------------TGT-----ATGGTA-G-GTGAAA-GTC-GATAAGAGA-TATA-CA---CTGTAA--TGATATT-GC----CGTTTA------T---CCGT-TTCTTA-TTGAAATATA--TTCATGAGTTGTATGAGGAAGTTAAAGTGATGAAAT--ATGTA
gi|8 : ttgagtggttttcatAACCTGGATAGATGATCGACCG-CTATGCGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------AAGTTTTA-TTATTCTCCAAAAT-T--TTTGGCA-CG-TTTGATT------TGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGAGCAAAACCCCGAAATTCA--TAT---CAGAA
gi|8 : gcTT------TGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GAGCAAAACCCCGAAATTCATATCAGAATGGTTCATAAACGGTT-T-TAA-AAGTTAAATTGA-AACGATAACA-ATGGGACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATCAAT--CGtggttcataaacggttttaaaagttaaattgaaacgataacaatgggacagctaccgttatacagccgatcaatcg
gi|9 : gcaacctggatagatgatcgaccgctatgcgttacattagcacatttatcagaagttttattattctccaaaatttttggcacgtttgaCCCGGATTGATGA----CAG-CTACACAATA----------------CATTAATTAGCACATTT-ATC---GGAA----G---TTTAATTATTCTCCAAAAA-TG-TT----A-TA-CACG-TT------TGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCA--TAT---CAGAA
gi|9 : ATTC-----T---CCAAAA--A----TGTTATACACGTT------TGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-TAA-AAGTAAAATTGA-AAAGATG--A-Atggttcataaatggttttaaaagtaaaattgaaaagatgaaatcccatgttcccttgatactag
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 1111 2222222222 22222 11111 22222 2222222222222 111111 33333333333333 11111 3333333333 111111 2222 11
lowQualScore : 7777 3 4444444444444444 5555 3 555 9999999999 6 33333 9999 3 3 3 888888 3 44 555 9999 11111 3 1 88888 3 3 44 3 44 44 555 55 5555555555555 000000 99999 99999999999999 00000 0 1111111111 0 4 777 2 7777 3 7777 444444 3 3 55 33 3 0 0000 0 0 33 0
lowQualScore : .... . ................ .... . ... .......... . ..... .... . . . ...... . .. ... .... ..... . . ..... . . .. . .. .. ... .. ............. ...... ..... .............. ..... . .......... . . ... . .... . .... ...... . . .. .. . . .... . . .. .
lowQualScore : 7777 6 1111111111111111 0000 1 444 1111111111 2 55555 6666 1 1 1 888888 1 66 888 4444 11111 6 0 99999 3 3 66 3 66 66 888 55 1111111111111 555555 11111 66666666666666 00000 9 3333333333 3 0 000 1 5555 6 7777 111111 6 6 55 66 4 1 9999 1 2 88 2
consensus : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T---TGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
Reference ( family-1066 ) : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T---TGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
gi|1 : AACTTGGATGGAGGA----CTG-CTACACGGTA----------------CATTA----GCAAATTTTATC---AG------G---TTTA-TTTTTCTCCAAAAA-A--TT----A-TG-CAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTAAT-TTGCCAGAACCTTCGAATTCA--TAT---CAAGANA----TGC-----AAGTTTGTTGGTTCTTTCACTGATT-TGCCAGAACCTTCGAATTCATATCAAGATGGTTCATAAATGGTT-C-T-A-AATTAAAATTGA-AAAGATA--C-ATGGTACAGTTACCG---CAT--ACAGT---CGATTAAC--TGGGA--AGTAA--A-AACAACACGGCCACATTTGC------TCAGGG-----GCGTAT--------TAAATGT-----ATGGTA-C-AC--AAGGCCCAATTTAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATTTT-GT----CCTTTA------T-TTTC----TCTTA-ATGAAATATT--TTAATGAGTTTTATATGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAAACATGGG--TTGGTTGGTTG
gi|10 : TA----GCAAATTT-ATC---AG------G---TTTA-TT----------------TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAG-TGACCAAAACCCAGGATTTCA--TAT---CAGAA
gi|10 : A----TGT-----AAATTTGCTGGCTCTTTCACTGAGT-GACCAAAACCCAGGATTTCATATCAGAATGTTTCATAAATAGTT-TATAA-AAGTAAAACTGA-GTAAGTA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-----------TACGGCCGCCATTGC------TCAAGG-----ACGTA---------T---TGT-----Atgtttcataaatagtttataaaagtaaaactgagtaagtaaatggtacagttaccgttatacagccgattaatcgggaaattacggccgccattgctcaaggacgtattgta
gi|11 : tagcaaatttatcaggtttattttATAGATGA----TCA-CTACACGTTA----------------CATTATA--GCACTTTT-ATC---AGTTCAAGG---TTTA-TTATTCTCCAAAC-------------TG-TAAG-TT------TGCTGGCTCTTTC--TGAA-TGACCAAAATCCAGGAATCCA--TAT---CAGAA
gi|11 : AAAC----TGT-----AAGTTTGCTGGCTCTTTC--TGAAT-GACCAAAATCCAGGAATCCATATCAGAATGGTCCATAAATGGTTAT-T-A-AAGTAAAATTGA-ACAGATG--A-ATAGTACAGTTACCGT--CATAAACGCC---CGATTAAtggtccataaatggttattaaagtaaaattgaacagatgaatagtacagttaccgtcataaacgcccgattaa
gi|12 : atagatgatcactacacgttacattatagcacttttatcagttcaaggtttattattctccCAGTTTCCGA--TAT--ACAGC---CGATTACT--CAGGA--AAT-C--ATAACAACATGGCTGCCATTGC------TCGGGG-----ACGTAT--------T----GT-----ATGGTA-C--C--AA-GCCCGATTAAAGACTACA-TA---ACATGA--T-ATCCT-GT----CGTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA-----------TTTATGAGGAAA-T-GAGTGATGAAAGAATTGT
gi|13 : ACTTGGATGGATGA----CCAACTACACGTTT----------------CATTAT---GCACAATT--TCTGAAA------G---TTTA-TTATTCTCC-AAAT-T--TT----ATTGTTAAG-TT------TGCTGGTTC-TTCACTGAA-Tt
gi|13 : acT-----AAGTTTGCTGGTTC-TTCACTGAAT------------CAGAAT-----------TGATTCATGAATGGTT-T-A-A-AAGAAAATTTGG-AAGGA----------------TACCGT--TAT--ACCGCTGACGATTAcagaattgattcatgaatggtttaaaagaaaatttggaaggataccgttataccgctgacgattatctgg
gi|14 : acacttggatggatgaccaactacacgtttcattatgcacaatttctgaaagtttattattctccaaattttattgtCCGAATTAAGACTATAGTA---ACATGA--G-ATACTAGT----CCTTCAA-----TGTTTCCATTTCTTATAT-AAATATGAGTTAA---GTTTTAT-AGGAAAT--GAGTGATGAAATAAAATTAAACCATTGAACTTGATTGATTtctgg
gi|15 : gAACACGACCGCCATTAC------TCAGGG-----ACGTAC------------------------------------GCCCGA----GAACT-TA-TGTTCACG-GA--G-GACC--GT----C-TTTG------T-TTTCCGTTTCT---ATGAAATATA--TGAATG-GTT---CGAGGAAAC---AGCGATGAAATAAATG
gi|16 : GATGGATGA----CCG-CTGCACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATT---AG------G---TTTT-TTATTCTCCAAAAATT--TT----A-TG-TATG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACTCTGGAATTCA--CAT---CAGA
gi|17 : GCTGCCATTGC------TCAGGACTTGCATGTAT--------T----GT-----ACGGTATC-AC-----GCCCGATTTAAGACTATA-TA---ACATGA--G-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTAA-AAGATATATA--TCAATGAG
gi|18 : a-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACATAA--T-ATTCT-AT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCGTA-ATGAAATATA--TTACTGGGTTTTATGAGGAAATT--AGTGATGAAATAAATGTAAACCA
gi|19 : TGA--T-ATCCT-GC----CCTTTACCGGTGT-ATTCCGTTTCTTA-------------TTA-TGAGTTTTATGAAATAAT--GAGTGTTGAAATAAATGTAAACCATAAA--TTGGTTGTTTG
gi|2 : TGGATGTGTAG----CCG-CTATACGTCA----------------CATTA----ACACATTC-GTC---AA------ACATTTTA-TTATTCTCCAAAAA-TG-TT----G-TG-CAAG-TTGTTTTTTTTTTGTTCTTTCTCTGGA-TGACCAATACCACGGAATGCA--TAT---TAGAAg
gi|2 : agcaatGTTCTTTCTCTGGAT-GACCAATACCACGGAATGCATATTAGAATGGTCCAAAAATAGTT-T-T-AGAAGTAAAATTGA-AAATATA--A-ATGGTAAGGCTACCAT--TTT--ACAGT---TGATTAAT--CAGAA--AAT-C--AGAGCTGCATGACCACAGTTGC------TCAGAG-----GCGTA---------T---TGT-----ACCGTA-C--C--AC-ACACGATTAAAGATAATA-TA---TTCTGA--T-ATCCT-GT----CCATTA------T-GTTCCTATTCTTT-ATGAAACATA--CTAAGGAATATTAGGAAGAAA-T-GAGTGAAGAAA-AGATGTAAAACATGAA--TTGGTTGGTTGtggtccaaaaatagttttagaagtaaaattgaaaatataaatggtaaggctaccattttacagttgattaatcagaaaatcagagctgcatgaccacagttgctcagaggcgtattgtaccgtaccacacacgattaaagataatatattctgatatcctgtccattatgttcctattctttatgaaacatactaaggaatattaggaagaaatgagtgaagaaaagatgtaaaacatgaattggttggttga
gi|20 : agcaattggatgtgtagccgctatacgtcacattaacacattcgtcaaacattttattattctccaaaaatgttgtgcaagttgttttttttttTT-ATC---AGAA----G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-AAATT----A-CG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACAGAA-TGACTAAa
gi|3 : AACCTGGATGAA-------CCG-CTACACGTTA----------------CAAGA----GGACATAT-ATC---AA------A---TTTAATTATTCGCAAAAAA-A--TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---C--AAAA----TGt
gi|3 : cAATTTAATTATTCGCAAAAAAATTATGT-----AAATTTGCTGGCTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAAAATGATTCATA----------------GTACAATTGGCAAAGAGA--A-ATGATACAGTTACCGT---AT--ACAGC---CGATTAATAACGCCATTGTT-C--A-GTCTACACG-----TATTGTACGGTACCAGAG-----ACATATATAACATATA--TGTCTCTGACGGTA-C-AC--AACGCCCGATTAAAGACTA-A--A---ACACAC--C-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTTCATTTCTTA-ATGAAATATA--TTAattcatagtacaattggcaaagagaaatgatacagttaccgtatacagccgattaataacgccattgttcagtctacacgtattgtacggtaccagagacatatataacatatatgtctctgacggtacacaacgcccgattaaagactaaaacacaccatcctgtcctttatttttcatttcttaatgaaatatatta
gi|4 : caacctggatgaaccgctacacgttacaagaggacatatatcaGGATGGAGGA----CCG-CTATACGTTA----------------CATGA----GCACAT------------------------A-TTTCTCTCCAAATA-T--TTT---A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACC-AAATCTTGGAATTCA--TAT---CAGAA
gi|4 : aA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACC-AAATCTTGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATAGTTAT-A-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGATACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATT--T------------------AACACCACGGCCGCCATTGC------TTAGGG-----ACGTA---------T---TGT-----ACGGTA-CTAC-----GCCCGATTAAAAACTATA-TA---ACATGACCT-ATCAT-CTCCAACCTTTT------T-TTTT--TTTGTTA-ATtggttcataaatagttataaaagtaaaattgaaaagataaatgatacagctaccgttatacagccgatttaacaccacggccgccattgcttagggacgtattgtacggtactacgcccgattaaaaactatataacatgacctatcatctccaaccttttttttttttgttaatta
gi|5 : aggatggaggaccgctatacgttacatgagcacatatttctctccaaatattttCTGGATGGATGG----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----CCAAATTC-ATC---AG------G---TTTA-TCATTCTCCAAAAA-AA-TT----A-TG-CAAG-TT------CGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGACGAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAta
gi|5 : tA----TGC-----AAGTTCGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GACGAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAGTGGCTAA-A-A-AAGTAAATTGGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGCTACCGTTATAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-G--AACACAGCCGCCATTTC------TCAGGG-----ACGTGG--------T---TGtggttcataagtggctaaaaaagtaaattggaaaagataaatggtacagctaccgttatatacagccgattaatcgggaaatcagaacacagccgccatttctcagggacgtggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : tctggatggatggccgctacacgttacattaccaaattcatcaggtttatcattctccaaaaaaattGGATGGATGA----CCG-CTAAATGGTGGAGAACAATAAACCTTCATTA----GCAAATTA-ATC---AGAAG---G---TTTA-TTGTTCT-----------------A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-CGACCAAGATCACGGAATTCA--TAT---CAGAgttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : gA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAC-GACCAAGATCACGGAATTCATATCAGACTGGTTCATAAATGGTT-GAA-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATCGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTCAT--CGGGA--AAT-C--ATAACAACACAGACGCCATGGC------CCAGGG-----GCGTA---------T---GGT-----AAGGCA-T-AC--AACGCCCGATTAAAGActggttcataaatggttgaaaaagtaaaattgaaaagataaatcgtacagttaccgttatacagccgattcatcgggaaatcataacaacacagacgccatggcccaggggcgtatggtaaggcatacaacgcccgattaaaga
gi|7 : gggatggatgaccgctaaatggtggagaacaataaaccttcattagcaaattaatcagaaggtttattgttctAAAACCC---GATTCACAT-AGAGTTGTTCATAA--GGTT-A-T-G-AAATAA--TTGA-AA-GATA--ATGTAGTTTAGTT-------TAT--ACA-----CGAT-AAT--CGGGA----T-CCGG-AACAACACGGT----AT-GC------TTGGGG-----------------------TGT-----ATGGTA-G-GTGAAA-GTC-GATAAGAGA-TATA-CA---CTGTAA--TGATATT-GC----CGTTTA------T----CCGTTTCTTA-TTGAAATATA--TTCATGAGTTGTATGAGGAAGTTAAAGTGATGAAAT--ATGTA
gi|8 : ttgagtggttttcatAACCTGGATAGATGATCGACCG-CTATGCGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------AAGTTTTA-TTATTCTCCAAAAT-T--TTTGGCA-CG-TTTGATT------TGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGAGCAAAACCCCGAAATTCA--TAT---CAGAA
gi|8 : gcTTTGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GAGCAAAACCCCGAAATTCATATCAGAATGGTTCATAAACGGTT-T-TAA-AAGTTAAATTGA-AACGATAACA-ATGGGACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATCAAT--CGtggttcataaacggttttaaaagttaaattgaaacgataacaatgggacagctaccgttatacagccgatcaatcg
gi|9 : gcaacctggatagatgatcgaccgctatgcgttacattagcacatttatcagaagttttattattctccaaaatttttggcacgtttgaCCCGGATTGATGA----CAG-CTACACAATA----------------CATTAATTAGCACATTT-ATC---GGAA----G---TTTAATTATTCTCCAAAAA-TG-TT----A-TA-CACG-TT------TGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCA--TAT---CAGAA
gi|9 : AAAA----TGTTATACACGTTTGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-TAA-AAGTAAAATTGA-AAAGATG--A-Atggttcataaatggttttaaaagtaaaattgaaaagatgaaatcccatgttcccttgatactag
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 1111 2222222222 22222 11111 22222 2222222222222 111111 33333333333333 11111 3333333333 111111 2222 11
lowQualScore : 7777 3 4444444444444444 5555 3 555 9999999999 6 33333 9999 3 3 3 888888 3 44 555 9999 11111 3 1 88888 3 3 44 3 44 44 555 55 5555555555555 000000 99999 99999999999999 00000 0 1111111111 0 4 777 2 7777 3 7777 444444 3 3 55 33 3 0 0000 0 0 33 0
lowQualScore : .... . ................ .... . ... .......... . ..... .... . . . ...... . .. ... .... ..... . . ..... . . .. . .. .. ... .. ............. ...... ..... .............. ..... . .......... . . ... . .... . .... ...... . . .. .. . . .... . . .. .
lowQualScore : 7777 6 1111111111111111 0000 1 444 1111111111 2 55555 6666 1 1 1 888888 1 66 888 4444 11111 6 0 99999 3 3 66 3 66 66 888 55 1111111111111 555555 11111 66666666666666 00000 9 3333333333 3 0 000 1 5555 6 7777 111111 6 6 55 66 4 1 9999 1 2 88 2
consensus : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T---TGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
Reference ( family-1066 ) : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T---TGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
gi|1 : AACTTGGATGGAGGA----CTG-CTACACGGTA----------------CATTA----GCAAATTTTATC---AG------G---TTTA-TTTTTCTCCAAAAA-A--TT----A-TG-CAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTAAT-TTGCCAGAACCTTCGAATTCA--TAT---CAAGANA----TGC-----AAGTTTGTTGGTTCTTTCACTGATT-TGCCAGAACCTTCGAATTCATATCAAGATGGTTCATAAATGGTT-C-T-A-AATTAAAATTGA-AAAGATA--C-ATGGTACAGTTACCG---CAT--ACAGT---CGATTAAC--TGGGA--AGTAA--A-AACAACACGGCCACATTTGC------TCAGGG-----GCGTAT--------TAAATGT-----ATGGTA-C-AC--AAGGCCCAATTTAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATTTT-GT----CCTTTA------T-TTTC----TCTTA-ATGAAATATT--TTAATGAGTTTTATATGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAAACATGGG--TTGGTTGGTTG
gi|10 : TA----GCAAATTT-ATC---AG------G---TTTA-TT----------------TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAG-TGACCAAAACCCAGGATTTCA--TAT---CAGAA
gi|10 : A----TGT-----AAATTTGCTGGCTCTTTCACTGAGT-GACCAAAACCCAGGATTTCATATCAGAATGTTTCATAAATAGTT-TATAA-AAGTAAAACTGA-GTAAGTA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-----------TACGGCCGCCATTGC------TCAAGG-----ACGTA---------T---TGT-----Atgtttcataaatagtttataaaagtaaaactgagtaagtaaatggtacagttaccgttatacagccgattaatcgggaaattacggccgccattgctcaaggacgtattgta
gi|11 : tagcaaatttatcaggtttattttATAGATGA----TCA-CTACACGTTA----------------CATTATA--GCACTTTT-ATC---AGTTCAAGG---TTTA-TTATTCTCCAAAC-------------TG-TAAG-TT------TGCTGGCTCTTTC--TGAA-TGACCAAAATCCAGGAATCCA--TAT---CAGAA
gi|11 : AAAC----TGT-----AAGTTTGCTGGCTCTTTC--TGAAT-GACCAAAATCCAGGAATCCATATCAGAATGGTCCATAAATGGTTAT-T-A-AAGTAAAATTGA-ACAGATG--A-ATAGTACAGTTACCGT--CATAAACGCC---CGATTAAtggtccataaatggttattaaagtaaaattgaacagatgaatagtacagttaccgtcataaacgcccgattaa
gi|12 : atagatgatcactacacgttacattatagcacttttatcagttcaaggtttattattctccCAGTTTCCGA--TAT--ACAGC---CGATTACT--CAGGA--AAT-C--ATAACAACATGGCTGCCATTGC------TCGGGG-----ACGTAT--------T----GT-----ATGGTA-C--C--AA-GCCCGATTAAAGACTACA-TA---ACATGA--T-ATCCT-GT----CGTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA-----------TTTATGAGGAAA-T-GAGTGATGAAAGAATTGT
gi|13 : ACTTGGATGGATGA----CCAACTACACGTTT----------------CATTAT---GCACAATT--TCTGAAA------G---TTTA-TTATTCTCC-AAAT-T--TT----ATTGTTAAG-TT------TGCTGGTTC-TTCACTGAA-Tt
gi|13 : acT-----AAGTTTGCTGGTTC-TTCACTGAAT------------CAGAAT-----------TGATTCATGAATGGTT-T-A-A-AAGAAAATTTGG-AAGGA----------------TACCGT--TAT--ACCGCTGACGATTAcagaattgattcatgaatggtttaaaagaaaatttggaaggataccgttataccgctgacgattatctgg
gi|14 : acacttggatggatgaccaactacacgtttcattatgcacaatttctgaaagtttattattctccaaattttattgtCCGAATTAAGACTATAGTA---ACATGA--G-ATACTAGT----CCTTCAA-----TGTTTCCATTTCTTATAT-AAATATGAGTTAA---GTTTTAT-AGGAAAT--GAGTGATGAAATAAAATTAAACCATTGAACTTGATTGATTtctgg
gi|15 : gAACACGACCGCCATTAC------TCAGGG-----ACGTAC------------------------------------GCCCGA----GAACT-TA-TGTTCACG-GA--G-GACC--GT----C-TTTG------T-TTTCCGTTTCT---ATGAAATATA--TGAATG-GTT---CGAGGAAAC---AGCGATGAAATAAATG
gi|16 : GATGGATGA----CCG-CTGCACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATT---AG------G---TTTT-TTATTCTCCAAAAATT--TT----A-TG-TATG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACTCTGGAATTCA--CAT---CAGA
gi|17 : GCTGCCATTGC------TCAGGACTTGCATGTAT--------T----GT-----ACGGTATC-AC-----GCCCGATTTAAGACTATA-TA---ACATGA--G-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTAA-AAGATATATA--TCAATGAG
gi|18 : a-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACATAA--T-ATTCT-AT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCGTA-ATGAAATATA--TTACTGGGTTTTATGAGGAAATT--AGTGATGAAATAAATGTAAACCA
gi|19 : TGA--T-ATCCT-GC----CCTTTACCGGTGT-ATTCCGTTTCTTA-------------TTA-TGAGTTTTATGAAATAAT--GAGTGTTGAAATAAATGTAAACCATAAA--TTGGTTGTTTG
gi|2 : TGGATGTGTAG----CCG-CTATACGTCA----------------CATTA----ACACATTC-GTC---AA------ACATTTTA-TTATTCTCCAAAAA-TG-TT----G-TG-CAAG-TTGTTTTTTTTTTGTTCTTTCTCTGGA-TGACCAATACCACGGAATGCA--TAT---TAGAAg
gi|2 : agcaatGTTCTTTCTCTGGAT-GACCAATACCACGGAATGCATATTAGAATGGTCCAAAAATAGTT-T-T-AGAAGTAAAATTGA-AAATATA--A-ATGGTAAGGCTACCAT--TTT--ACAGT---TGATTAAT--CAGAA--AAT-C--AGAGCTGCATGACCACAGTTGC------TCAGAG-----GCGTA---------T---TGT-----ACCGTA-C--C--AC-ACACGATTAAAGATAATA-TA---TTCTGA--T-ATCCT-GT----CCATTA------T-GTTCCTATTCTTT-ATGAAACATA--CTAAGGAATATTAGGAAGAAA-T-GAGTGAAGAAA-AGATGTAAAACATGAA--TTGGTTGGTTGtggtccaaaaatagttttagaagtaaaattgaaaatataaatggtaaggctaccattttacagttgattaatcagaaaatcagagctgcatgaccacagttgctcagaggcgtattgtaccgtaccacacacgattaaagataatatattctgatatcctgtccattatgttcctattctttatgaaacatactaaggaatattaggaagaaatgagtgaagaaaagatgtaaaacatgaattggttggttga
gi|20 : agcaattggatgtgtagccgctatacgtcacattaacacattcgtcaaacattttattattctccaaaaatgttgtgcaagttgttttttttttTT-ATC---AGAA----G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-AAATT----A-CG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACAGAA-TGACTAAa
gi|3 : AACCTGGATGAA-------CCG-CTACACGTTA----------------CAAGA----GGACATAT-ATC---AA------A---TTTAATTATTCGCAAAAAA-A--TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---C--AAAA----TGt
gi|3 : cAATTTAATTATTCGCAAAAAAATTATGT-----AAATTTGCTGGCTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAAAATGATTCATA----------------GTACAATTGGCAAAGAGA--A-ATGATACAGTTACCGT---AT--ACAGC---CGATTAATAACGCCATTGTT-C--A-GTCTACACG-----TATTGTACGGTACCAGAG-----ACATATATAACATATA--TGTCTCTGACGGTA-C-AC--AACGCCCGATTAAAGACTA-A--A---ACACAC--C-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTTCATTTCTTA-ATGAAATATA--TTAattcatagtacaattggcaaagagaaatgatacagttaccgtatacagccgattaataacgccattgttcagtctacacgtattgtacggtaccagagacatatataacatatatgtctctgacggtacacaacgcccgattaaagactaaaacacaccatcctgtcctttatttttcatttcttaatgaaatatatta
gi|4 : caacctggatgaaccgctacacgttacaagaggacatatatcaGGATGGAGGA----CCG-CTATACGTTA----------------CATGA----GCACAT------------------------A-TTTCTCTCCAAATA-T--TTT---A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACC-AAATCTTGGAATTCA--TAT---CAGAA
gi|4 : aA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACC-AAATCTTGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATAGTTAT-A-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGATACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATT--T------------------AACACCACGGCCGCCATTGC------TTAGGG-----ACGTA---------T---TGT-----ACGGTA-CTAC-----GCCCGATTAAAAACTATA-TA---ACATGACCT-ATCAT-CTCCAACCTTTT------T-TTTT--TTTGTTA-ATtggttcataaatagttataaaagtaaaattgaaaagataaatgatacagctaccgttatacagccgatttaacaccacggccgccattgcttagggacgtattgtacggtactacgcccgattaaaaactatataacatgacctatcatctccaaccttttttttttttgttaatta
gi|5 : aggatggaggaccgctatacgttacatgagcacatatttctctccaaatattttCTGGATGGATGG----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----CCAAATTC-ATC---AG------G---TTTA-TCATTCTCCAAAAA-AA-TT----A-TG-CAAG-TT------CGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGACGAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAta
gi|5 : tA----TGC-----AAGTTCGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GACGAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAGTGGCTAA-A-A-AAGTAAATTGGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGCTACCGTTATAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-G--AACACAGCCGCCATTTC------TCAGGG-----ACGTGG--------T---TGtggttcataagtggctaaaaaagtaaattggaaaagataaatggtacagctaccgttatatacagccgattaatcgggaaatcagaacacagccgccatttctcagggacgtggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : tctggatggatggccgctacacgttacattaccaaattcatcaggtttatcattctccaaaaaaattGGATGGATGA----CCG-CTAAATGGTGGAGAACAATAAACCTTCATTA----GCAAATTA-ATC---AGAAG---G---TTTA-TTGTTCT-----------------A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-CGACCAAGATCACGGAATTCA--TAT---CAGAgttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : gA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAC-GACCAAGATCACGGAATTCATATCAGACTGGTTCATAAATGGTT-GAA-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATCGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTCAT--CGGGA--AAT-C--ATAACAACACAGACGCCATGGC------CCAGGG-----GCGTA---------T---GGT-----AAGGCA-T-AC--AACGCCCGATTAAAGActggttcataaatggttgaaaaagtaaaattgaaaagataaatcgtacagttaccgttatacagccgattcatcgggaaatcataacaacacagacgccatggcccaggggcgtatggtaaggcatacaacgcccgattaaaga
gi|7 : gggatggatgaccgctaaatggtggagaacaataaaccttcattagcaaattaatcagaaggtttattgttctAAAACCC---GATTCACAT-AGAGTTGTTCATAA--GGTT-A-T-G-AAATAA--TTGA-AA-GATA--ATGTAGTTTAGTT-------TAT--ACA-----CGAT-AAT--CGGGA----T-CCGG-AACAACACGGT----AT-GC------TTGGGG-----------------------TGT-----ATGGTA-G-GTGAAA-GTC-GATAAGAGA-TATA-CA---CTGTAA--TGATATT-GC----CGTTTA------T----CCGTTTCTTA-TTGAAATATA--TTCATGAGTTGTATGAGGAAGTTAAAGTGATGAAAT--ATGTA
gi|8 : ttgagtggttttcatAACCTGGATAGATGATCGACCG-CTATGCGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------AAGTTTTA-TTATTCTCCAAAAT-T--TTTGGCA-CG-TTTGATT------TGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGAGCAAAACCCCGAAATTCA--TAT---CAGAA
gi|8 : gcTTTGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GAGCAAAACCCCGAAATTCATATCAGAATGGTTCATAAACGGTT-T-TAA-AAGTTAAATTGA-AACGATAACA-ATGGGACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATCAAT--CGtggttcataaacggttttaaaagttaaattgaaacgataacaatgggacagctaccgttatacagccgatcaatcg
gi|9 : gcaacctggatagatgatcgaccgctatgcgttacattagcacatttatcagaagttttattattctccaaaatttttggcacgtttgaCCCGGATTGATGA----CAG-CTACACAATA----------------CATTAATTAGCACATTT-ATC---GGAA----G---TTTAATTATTCTCCAAAAA-TG-TT----A-TA-CACG-TT------TGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCA--TAT---CAGAA
gi|9 : AAAA----TGTTATACACGTTTGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-TAA-AAGTAAAATTGA-AAAGATG--A-Atggttcataaatggttttaaaagtaaaattgaaaagatgaaatcccatgttcccttgatactag
blockSeqs : TCGA A GAGAACAATAAACCTT ATTA . TGA TTCAAGG A AAAA TGGC T T A GTTTTT T AT TCG ATTA TATAC T A TATA G C AC T TA AA TGA AA TTGTTCAGT ACGGTA CTTGC TATAACATATAT CTCTG GGTGAAA G TTC A CCT A CCAA CCGGTG G T AG AT A TTAA AC
blockSeqs : . . . TA . . ACAT A ATT T . . . . . . . . . . A ATT . . . . . . . . AATCATAA . . GTT . CACAAC . . A TG . . A . . . AT G TG .
blockSeqs : . . . T . . AAGG . ATG . . . . . . . . . . . C ATA . . . . . . . . AATCAGAG . . TT . TACAAC . . G T . . . . . . CT A TG .
blockSeqs : . . . . . . AAGT . AAA . . . . . . . . . . . C AAA . . . . . . . . AATCATAA . . TT . CCAA . . A G . . . . . . AG A TT
blockSeqs : . . . . . . AAG . ATG . . . . . . . . . . . C GAA . . . . . . . . TCCGGAA . . TT . TCAC . . A G . . . . . . AT A TG
blockSeqs : . . . . . . AAG . TT . . . . . . . . . . . T TTA . . . . . . . . AATCAG . . TT . CCAC . . C G . . . . . . A . TG
blockSeqs : . . . . . . G . AA . . . . . . . . . . . C TTA . . . . . . . . AAT . . TT . CTAC . . A T . . . . . . T . C
blockSeqs : . . . . . . G . AT . . . . . . . . . . . C TA . . . . . . . . AA . . TG . . . . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . TT . . . . . . . . . C TT . . . . . . . . . . C . . . G T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . C AT . . . . . . . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AT*** NTA** TT************ CCAC****** TG**
originalCons : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTT-T-T-A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT--------T---TGT-----ACGGTA-C-AC--AA-GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATT-GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
finalCons : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAAT---TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGGTTNTA--A-AAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTATT------------GT-----ACGGTACCAC------GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAATG--AGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 1111 2222222222 22222 11111 2222222222222 111111 2222222222 11111 111111111 111111 11
lowQualScore : 7777 3 4444444444444444 5555 3 555 9999999999 6 33333 9999 3 3 3 888888 3 44 555 9999 11111 3 1 3 5 0 3 44 3 44 44 555 55 5555555555555 000000 99999 6666666666 00000 4 66 000000000 0 4 777 2 7777 3 7777 444444 3 3 55 33 3 0 5 888 0 0 33 0
lowQualScore : .... . ................ .... . ... .......... . ..... .... . . . ...... . .. ... .... ..... . . . . . . .. . .. .. ... .. ............. ...... ..... .......... ..... . .. ......... . . ... . .... . .... ...... . . .. .. . . . ... . . .. .
lowQualScore : 7777 6 1111111111111111 0000 1 444 1111111111 2 55555 6666 1 1 1 888888 1 66 888 4444 11111 6 0 3 4 5 3 66 3 66 66 888 55 1111111111111 555555 11111 0000000000 00000 7 11 999999999 3 0 000 1 5555 6 7777 111111 6 6 55 66 4 1 0 222 1 2 88 2
consensus : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGG-TTNTAAAAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT----------TGT-----ACGG--TAC-CA-C---GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAA-T--GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
Reference ( family-1066 ) : AACCTGGATGGATGA----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-T--TT----A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAAA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATGG-TTNTAAAAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-AACAACACGGCCGCCATTGC------TCAGGG-----ACGTAT----------TGT-----ACGG--TAC-CA-C---GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA--TTAATGAGTTTTATGAGGAAA-T--GAGTGATGAAATAAATGTAAACCATGGA--TTGGTTGGTTG
gi|1 : AACTTGGATGGAGGA----CTG-CTACACGGTA----------------CATTA----GCAAATTTTATC---AG------G---TTTA-TTTTTCTCCAAAAA-A--TT----A-TG-CAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTAAT-TTGCCAGAACCTTCGAATTCA--TAT---CAAGANA----TGC-----AAGTTTGTTGGTTCTTTCACTGATT-TGCCAGAACCTTCGAATTCATATCAAGATGGTTCATAAATGG-TTCT-AAATTAAAATTGA-AAAGATA--C-ATGGTACAGTTACCG---CAT--ACAGT---CGATTAAC--TGGGA--AGTAA--A-AACAACACGGCCACATTTGC------TCAGGG-----GCGTATTAAA------TGT-----ATGG--TA--CA-CAAGGCCCAATTTAAGACTATA-TA---ACGTGA--T-ATTTT-GT----CCTTTA------T-TTTC----TCTTA-ATGAAATATT--TTAATGAGTTTTATATGGAAATT--GAGTGATGAAATAAATGTAAAACATGGG--TTGGTTGGTTG
gi|10 : TA----GCAAATTT-ATC---AG------G---TTTA-TT----------------TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAG-TGACCAAAACCCAGGATTTCA--TAT---CAGAA
gi|10 : A----TGT-----AAATTTGCTGGCTCTTTCACTGAGT-GACCAAAACCCAGGATTTCATATCAGAATGTTTCATAAATAGTTTATAAAAGTAAAACTGA-GTAAGTA--A-ATGGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-----------TACGGCCGCCATTGC------TCAAGG-----ACGTAT----------TGT-----Atgtttcataaatagtttataaaagtaaaactgagtaagtaaatggtacagttaccgttatacagccgattaatcgggaaattacggccgccattgctcaaggacgtattgta
gi|11 : tagcaaatttatcaggtttattttATAGATGA----TCA-CTACACGTTA----------------CATTATA--GCACTTTT-ATC---AGTTCAAGG---TTTA-TTATTCTCCAAAC-------------TG-TAAG-TT------TGCTGGCTCTTTC--TGAA-TGACCAAAATCCAGGAATCCA--TAT---CAGAA
gi|11 : AAAC----TGT-----AAGTTTGCTGGCTCTTTC--TGAAT-GACCAAAATCCAGGAATCCATATCAGAATGGTCCATAAATGG-TTATTAAAGTAAAATTGA-ACAGATG--A-ATAGTACAGTTACCGT--CATAAACGCC---CGATTAAtggtccataaatggttattaaagtaaaattgaacagatgaatagtacagttaccgtcataaacgcccgattaa
gi|12 : atagatgatcactacacgttacattatagcacttttatcagttcaaggtttattattctccCAGTTTCCGA--TAT--ACAGC---CGATTACT--CAGGA--AAT-C--ATAACAACATGGCTGCCATTGC------TCGGGG-----ACGTAT----------TGT-----ATGG--TAC-CA-A---GCCCGATTAAAGACTACA-TA---ACATGA--T-ATCCT-GT----CGTTTA------T-TTTCCGTTTCTTA-ATGAAATATA-----------TTTATGAGGAAA-T--GAGTGATGAAAGAATTGT
gi|13 : ACTTGGATGGATGA----CCAACTACACGTTT----------------CATTAT---GCACAATT--TCTGAAA------G---TTTA-TTATTCTCC-AAAT-T--TT----ATTGTTAAG-TT------TGCTGGTTC-TTCACTGAA-Tt
gi|13 : acT-----AAGTTTGCTGGTTC-TTCACTGAAT------------CAGAAT-----------TGATTCATGAATGG-TT-TAAAAGAAAATTTGG-AAGGA----------------TACCGT--TAT--ACCGCTGACGATTAcagaattgattcatgaatggtttaaaagaaaatttggaaggataccgttataccgctgacgattatctgg
gi|14 : acacttggatggatgaccaactacacgtttcattatgcacaatttctgaaagtttattattctccaaattttattgtCCGAATTAAGACTATAGTA---ACATGA--G-ATACTAGT----CCTTCAA-----TGTTTCCATTTCTTATAT-AAATATGAGTTAA---GTTTTAT-AGGAAA-T--GAGTGATGAAATAAAATTAAACCATTGAACTTGATTGATTtctgg
gi|15 : gAACACGACCGCCATTAC------TCAGGG-----ACGTA--------------------------------C---GCCCGA----GAACT-TA-TGTTCACG-GA--G-GACC--GT----C-TTTG------T-TTTCCGTTTCT---ATGAAATATA--TGAATG-GTT---CGAGGAAA-C---AGCGATGAAATAAATG
gi|16 : GATGGATGA----CCG-CTGCACGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATT---AG------G---TTTT-TTATTCTCCAAAAATT--TT----A-TG-TATG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACTCTGGAATTCA--CAT---CAGA
gi|17 : GCTGCCATTGC------TCAGGACTTGCATGTAT----------TGT-----ACGG--TAT-CA-C---GCCCGATTTAAGACTATA-TA---ACATGA--G-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCTAA-AAGATATATA--TCAATGAG
gi|18 : a---GCCCGATTAAAGACTATA-TA---ACATAA--T-ATTCT-AT----CCTTTA------T-TTTCCGTTTCGTA-ATGAAATATA--TTACTGGGTTTTATGAGGAAA-T--TAGTGATGAAATAAATGTAAACCA
gi|19 : TGA--T-ATCCT-GC----CCTTTACCGGTGT-ATTCCGTTTCTTA-------------TTA-TGAGTTTTATGAAATAA-T--GAGTGTTGAAATAAATGTAAACCATAAA--TTGGTTGTTTG
gi|2 : TGGATGTGTAG----CCG-CTATACGTCA----------------CATTA----ACACATTC-GTC---AA------ACATTTTA-TTATTCTCCAAAAA-TG-TT----G-TG-CAAG-TTGTTTTTTTTTTGTTCTTTCTCTGGA-TGACCAATACCACGGAATGCA--TAT---TAGAAg
gi|2 : agcaatGTTCTTTCTCTGGAT-GACCAATACCACGGAATGCATATTAGAATGGTCCAAAAATAG-TTTTAGAAGTAAAATTGA-AAATATA--A-ATGGTAAGGCTACCAT--TTT--ACAGT---TGATTAAT--CAGAA--AAT-C--AGAGCTGCATGACCACAGTTGC------TCAGAG-----GCGTAT----------TGT-----ACCG--TAC-CA-C---ACACGATTAAAGATAATA-TA---TTCTGA--T-ATCCT-GT----CCATTA------T-GTTCCTATTCTTT-ATGAAACATA--CTAAGGAATATTAGGAAGAAA-T--GAGTGAAGAAA-AGATGTAAAACATGAA--TTGGTTGGTTGtggtccaaaaatagttttagaagtaaaattgaaaatataaatggtaaggctaccattttacagttgattaatcagaaaatcagagctgcatgaccacagttgctcagaggcgtattgtaccgtaccacacacgattaaagataatatattctgatatcctgtccattatgttcctattctttatgaaacatactaaggaatattaggaagaaatgagtgaagaaaagatgtaaaacatgaattggttggttga
gi|20 : agcaattggatgtgtagccgctatacgtcacattaacacattcgtcaaacattttattattctccaaaaatgttgtgcaagttgttttttttttTT-ATC---AGAA----G---TTTA-TTATTCTCCAAAAA-AAATT----A-CG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACAGAA-TGACTAAa
gi|3 : AACCTGGATGAA-------CCG-CTACACGTTA----------------CAAGA----GGACATAT-ATC---AA------A---TTTAATTATTCGCAAAAAA-A--TT----A-TG-TAAA-TT------TGCTGGCTCTTTCACTGAA-TGACCAAAACCCCGGAATTCA--TAT---C--AAAA----TGt
gi|3 : cAATTTAATTATTCGCAAAAAAATTATGT-----AAATTTGCTGGCTCTTTCACTGAAT-GACCAAAACCCCGGAATTCATATCAAAATGATTCATA--------------GTACAATTGGCAAAGAGA--A-ATGATACAGTTACCGT---AT--ACAGC---CGATTAATAACGCCATTGTT-C--A-GTCTACACG-----TATTGTACGGTACCAGAG-----ACATATATAACATATATGTCTCTGACGG--TACACAAC---GCCCGATTAAAGACTA-A--A---ACACAC--C-ATCCT-GT----CCTTTA------T-TTTTCATTTCTTA-ATGAAATATA--TTAattcatagtacaattggcaaagagaaatgatacagttaccgtatacagccgattaataacgccattgttcagtctacacgtattgtacggtaccagagacatatataacatatatgtctctgacggtacacaacgcccgattaaagactaaaacacaccatcctgtcctttatttttcatttcttaatgaaatatatta
gi|4 : caacctggatgaaccgctacacgttacaagaggacatatatcaGGATGGAGGA----CCG-CTATACGTTA----------------CATGA----GCACAT------------------------A-TTTCTCTCCAAATA-T--TTT---A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-TGACC-AAATCTTGGAATTCA--TAT---CAGAA
gi|4 : aA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAT-GACCAAA-TCTTGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAATAG-TTATAAAAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATGATACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATT--T------------------AACACCACGGCCGCCATTGC------TTAGGG-----ACGTAT----------TGT-----ACGG--TAC-TA-C---GCCCGATTAAAAACTATA-TA---ACATGACCT-ATCAT-CTCCAACCTTTT------T-TTTT--TTTGTTA-ATtggttcataaatagttataaaagtaaaattgaaaagataaatgatacagctaccgttatacagccgatttaacaccacggccgccattgcttagggacgtattgtacggtactacgcccgattaaaaactatataacatgacctatcatctccaaccttttttttttttgttaatta
gi|5 : aggatggaggaccgctatacgttacatgagcacatatttctctccaaatattttCTGGATGGATGG----CCG-CTACACGTTA----------------CATTA----CCAAATTC-ATC---AG------G---TTTA-TCATTCTCCAAAAA-AA-TT----A-TG-CAAG-TT------CGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGACGAAAACCCCGGAATTCA--TAT---CAGAAta
gi|5 : tA----TGC-----AAGTTCGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GACGAAAACCCCGGAATTCATATCAGAATGGTTCATAAGTGG-CTAAAAAAGTAAATTGGA-AAAGATA--A-ATGGTACAGCTACCGTTATAT--ACAGC---CGATTAAT--CGGGA--AAT-C--A-G--AACACAGCCGCCATTTC------TCAGGG-----ACGTtggttcataagtggctaaaaaagtaaattggaaaagataaatggtacagctaccgttatatacagccgattaatcgggaaatcagaacacagccgccatttctcagggacgtggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : tctggatggatggccgctacacgttacattaccaaattcatcaggtttatcattctccaaaaaaattGGATGGATGA----CCG-CTAAATGGTGGAGAACAATAAACCTTCATTA----GCAAATTA-ATC---AGAAG---G---TTTA-TTGTTCT-----------------A-TG-TAAG-TT------TGCTGGTTCTTTCACTGAA-CGACCAAGATCACGGAATTCA--TAT---CAGAggttggttgattgatagattgtgtatagtttaatgtcc
gi|6 : gA----TGT-----AAGTTTGCTGGTTCTTTCACTGAAC-GACCAAGATCACGGAATTCATATCAGACTGGTTCATAAATGG-TTGAAAAAGTAAAATTGA-AAAGATA--A-ATCGTACAGTTACCGT--TAT--ACAGC---CGATTCAT--CGGGA--AAT-C--ATAACAACACAGACGCCATGGC------CCAGGG-----GCGTAT----------GGT-----AAGGCATAC-AA-C---GCCCGATTAAAGActggttcataaatggttgaaaaagtaaaattgaaaagataaatcgtacagttaccgttatacagccgattcatcgggaaatcataacaacacagacgccatggcccaggggcgtatggtaaggcatacaacgcccgattaaaga
gi|7 : gggatggatgaccgctaaatggtggagaacaataaaccttcattagcaaattaatcagaaggtttattgttctAAAACCC---GATTCACAT-AGAGTTGTTCATAA--GG-TTATGAAA-TAA--TTGA-AA-GATA--ATGTAGTTTAGTT-------TAT--ACA-----CGAT-AAT--CGGGA----T-CCGG-AACAACACGGT----AT-GC------TTGGGG------TGTAT----------GGT-----A-GG--TG---A-A---AGTCGATAAGAGA-TATA-CA---CTGTAA--TGATATT-GC----CGTTTA------T----CCGTTTCTTA-TTGAAATATA--TTCATGAGTTGTATGAGGAAG-TTAAAGTGATGAAAT--ATGTA
gi|8 : ttgagtggttttcatAACCTGGATAGATGATCGACCG-CTATGCGTTA----------------CATTA----GCACATTT-ATC---AG------AAGTTTTA-TTATTCTCCAAAAT-T--TTTGGCA-CG-TTTGATT------TGCTGGTTCTCTCACTGAA-TGAGCAAAACCCCGAAATTCA--TAT---CAGAA
gi|8 : gcTTTGCTGGTTCTCTCACTGAAT-GAGCAAAACCCCGAAATTCATATCAGAATGGTTCATAAACGG-TTTTAAAAGTTAAATTGA-AACGATAACA-ATGGGACAGCTACCGT--TAT--ACAGC---CGATCAAT--CGtggttcataaacggttttaaaagttaaattgaaacgataacaatgggacagctaccgttatacagccgatcaatcg
gi|9 : gcaacctggatagatgatcgaccgctatgcgttacattagcacatttatcagaagttttattattctccaaaatttttggcacgtttgaCCCGGATTGATGA----CAG-CTACACAATA----------------CATTAATTAGCACATTT-ATC---GGAA----G---TTTAATTATTCTCCAAAAA-TG-TT----A-TA-CACG-TT------TGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCA--TAT---CAGAA
gi|9 : AAAA----TGTTATACACGTTTGCTGGTTCTTTCACCGAATTGACAAAAACCCCGGAAGTCATATCAGAATGGTTCATAAATGG-TTTTAAAAGTAAAATTGA-AAAGATG--A-Atggttcataaatggttttaaaagtaaaattgaaaagatgaaatcccatgttcccttgatactag