lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11 11111 111 1111111111 111111111 2222222 333333333333333 44444444444444444444 222222222222222222 1111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222 22222 1111111 33333 111
lowQualScore : 11 1 22222 55 888 22 4 8 0 55555 1 000 1 9999999999 2 66 0 55 777777777 5 9999 9999 0 2222222 666666666666666 1 00000000000000000000 333333333333333333 5555555555555 4 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 99999 3 555555555555 00000 7777777 8888 55 4 33333 888888 2 111
lowQualScore : .. . ..... .. ... .. . . . ..... . ... . .......... . .. . .. ......... . .... .... . ....... ............... . .................... .................. ............. . ... .......................................................................... . ..... . ............ ..... ....... .... .. . ..... ...... . ...
lowQualScore : 88 4 55555 55 888 00 4 3 6 66666 1 888 9 4444444444 9 11 9 11 888888888 7 9999 4444 1 5555555 555555555555555 9 66666666666666666666 222222222222222222 6666666666666 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 11111 6 888888888888 66666 8888888 5555 55 0 33333 000000 6 000
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AAACCNTTTATCTTGATTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AATT---------TGTTN---TG----TATTTAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATAACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-T---T-ACGTCTGTTCG---TT--ATACCG---TAC-AAA--------AGGCGNA--G---------TTA---ACG--------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCGTTN----------ATTAAGCATTTAATGTCA-TTT------CT----T--A-AGTTTTT---TGGT-AGTCNTTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( gi|4 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AATT---------TGTTT---TG----TATTTAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGCTAACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-T---T-ACGTTTGTTTG---TT--ATACCA---TACAAAA--------AGGCGAA--G---------TTA---ACA--------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCATTT----------ATTAAGCATTTAATGTTC-CTT------CT----T--A-AGTTTTT---TGGT-AGTCCTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGT
gi|7 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AATT---------TTTTT---TG----TATTTAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT---------------------GCAAAGCTAACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-T---T-ACGTTTGTTTG---TT--ATAC-A---TACAAAA--------AGGCGAA--G---------TTA---ACA--------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCATTT----------ATTAAGCATTTAATGTTC-ATT------CT----T--ATAG-TTTT---TGGT-AGTCCTTGAAATTTTATCACAGTA
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AATT---------T-TTT---TG----TATTTAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTAACC------------GTTCGTTTTGCA-------AGT---T-ACGTTTGTTTG---TT--ATACCA---TACAAAA--------AGGCGAA--G---------TTA---ACA--------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCATTT-----------TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT----T--A-AGTTTTT-----GT-AGTCCTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|5 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AATT---------T-TTT---TG----TATTTAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTAACC------------GTTCGTTTTGCA-------AGT---T-ACGTTTGTTTG---TT--ATACCA---TACAAAA--------AGGCGAA--G---------TTA---ACA--------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCATTT-----------TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT----T--A-AGTTTTT-----GT-AGTCCTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|2 : tTATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGTAA--CATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AATT---------TGCTA---AG----AATTT--AAGTGA--TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTTTGCAAATACAGCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-A---T-ATGTCTGTTCG---TT--AGAC------AC---------------CGGATTG---------TTA---ATATTGCTTTCTTGTCAATTTGTTT-TG-----C-AAAAACGTCCGTTG----------GTTAAGCATTTAGTATCA-TTTACAGTATT----TAAA-AGTTTTTA--TGGT-ttat
gi|15 : CATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACTAT--CAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CATT---------TGCTA---TA----CATTcattacattatattaagtgtttatttcctcctataaagtatt
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAATTCGTTTGTATTGTTT---TGGTTTTTTTTAAA---------TAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATGATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------A-CGGAT--CGTTCATTTGCTTTC--ATGTTA---T---------------TGTATA--G---------TT------G--------------------TTTTG-----CAAAAAAGGTCCGTTG----------ATTAAGCATTTAATACCA-TTT------CT----T--A-AGTTTCT-----AT-AGTCATTGAAATTATATaag
gi|3 : atgtatatcttccttATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAATAT--CACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CATT---------TGTTG---TG----TATT---AAGTGG--TTTGTC-------------TTGTT--TTTA-------------------TGC-------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-T---TAACATCTGTTTG---TT--AT---G---TAC---------------CG-G--G---------TC---------------------------TT-T----------AACTGTCTA-TA----------ATTTTGCATTTAATG--C-CTT------TTATTAT--A-AGTTTTTA--TGCTCAG----TGAAATAATCTTACCGTAAGTGTtgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATC---------TATTGCCATG----CATTTAAAAGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATTTGTTT--------------------TAAAAAGATTA----------------TCGATTTGCA-------A-C---T-ACGTCTGTTCA---TCGAGTACCAGATTATTAAATTGCATTCATGTGTA--T---------TT----ATT--------------------TT-TG-----C--AAAAGGTCCAttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|10 : aTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GATT---------CGTTT---TG----TTTTTAA---------GTAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAAATAATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-T---T-ACATCTGTTCG---TT--AT
gi|11 : gtataaatggatcTATTCGTTT--------------------TGCAAAGAT-----------------TTAGTTTTGCA-------A-T---T-ACGTCTGTTCG---TT--A---CG---TAC---------------CGGATCG---------TTA---AT---------------------TT-TG-----C-TTTTATGTGTATTTGGTTTGCAAGACTAAGCTTTTATTGCCA-TTT------AT----T--A-AGTTTTG---T-AT-GGTCTTTGTAATTATAT-----TAGGTATgtaccggatcattaattttgcttttatgta
gi|9 : tATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-T---T-ATGTCTGTTCG---TTCCGTACCG---T---------------GTCGTT--GATTTTGCTTTTATGTATG--------------------TT-TGCTTTGC-AAACAGGCCCGTTA----------ATTAGGCATTTAATGTCA-TTT------AT----T--A-AGTCGTT---ATGT---TCAATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|13 : agatccatttatacatatatatt--------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCGCTA----------ATTAAGCATTTAAAGTCA-TTTA-----TT----T--C-AGTTTTA---T-GT---TCATTGAAATTATATTA-AGTttattttctcttatatgctattctttgccttttccgccgctca
gi|14 : --------------------TT-TG-----C-AAAAAGGTCCGTCG----------ATTAAGCATTTCAT------TT------AT----T--A-ACTTTTTATGTGTT-AA---TTGAAATATTGTgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC
Unaligned ( gi|16 ): ATTTGTTAAGCAAAAAGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTGTGTTAAAGCTTTCATGGTCATTCGAATTATATATTAAGTGTTTATTCTCCCTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111111 22222222222222 11 22222222222222 33333333333333333333 111111111111111111 222222222222222 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1 1111111 33
lowQualScore : 0 11111 4 777 2 1 1 1 0 44444 0 55 1 4 7777777777 1 55 4 777 2 4 33333333333333 11 4 66 3 55555555555555 66666666666666666666 1 999999999999999999 111111111111111 3 55 55 44444 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 22222 22 0 6666666 55 55 3 33 5 1 1 999
lowQualScore : . ..... . ... . . . . . ..... . .. . . .......... . .. . ... . . .............. .. . .. . .............. .................... . .................. ............... . .. .. ..... . .................................................... . . ..... .. . ....... .. .. . .. . . . ...
lowQualScore : 1 11111 4 888 9 0 9 4 5 00000 1 55 0 9 5555555555 6 55 0 000 5 9 55555555555555 88 6 11 9 66666666666666 88888888888888888888 9 666666666666666666 999999999999999 6 00 00 55555 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 6 77777 33 9 1111111 00 00 6 00 4 0 0 444
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAAT--ANCACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTA--------------TTTAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCGTA----CAA--A-A----------AGGC---GNAG---------TTA---A--CGT-T-TGC-----AAAAAGGTCCGTTNATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTTT--GTGGTCNTTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( family-10628 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AAACCNTTTATCTTGATTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAAT--ANCACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTA--------------TTTAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCGTA----C-A--A-A----------AGGC---GNAG---------TTA---A--CGT-T-TGC-----AAAAAGGTCCGTTNATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTTTTGGTAGTCNTTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAAT--ATCACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAAT---TCGTT-TGTATTGTTTTGGTTTTTTTTAAA-------TAT-----------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATG--ATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------ACGGATCGTT--CATTTGCTTTCATGTT--A--T--TGTA------------------------------TAG---------TT--------GT-TTTGCA----AAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATA-CCATTT------CT--T--A-AGTTTCT--ATAGTCATTGAAATTATAT
gi|10 : atgtatatcttccttTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GAT---TCGTTTTGTT--------------TTTA-----AG--TAT-----------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAAATA--ATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACATCTG--TTC--GTT--ATGTACCGtgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|11 : gtataaatggatcTATTCGTTT--------------------TGCAAAGAT-------------------TTAGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--ACGTACCGGAT---C-GTTA-ATTTTGCTTTTATGT---GTAT---------TTG-------GT-T-TGC-----AA-----------GACTAAGCTTTTATTG-CCATTT------AT--T--A-AGTTTTGT-ATGGTCTTTGTAATTATAT-----TAGGTATgatcattaattttgcttttatgta
gi|13 : tT-T-TGC-----AAAAAGGTCCGCTAATTAAGCATTTAAAG-TCATTTA-----TT--T--C-AGTTTTAT-GT--TCATTGAAATTATATTA-AGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|14 : GT-T-TGC-----AAAAAGGTCCGTCGATTAAGCATT------TCATTT------AT--T--A-ACTTTTTATGTGTTAATTGAAATgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
gi|15 : tgCATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACT--ATCAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CAT---TTGCTATACA--------------TTattgtttaatttctttcatatgctattttttgccctttccgccgccc
gi|2 : TATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGT--AACATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AAT---TTGCTAAGAA--------------TTT--AAGTGA--TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTTTGCAAATACA--GCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-------AT-ATGTCTG--TTC--GTTAGA--CACCGGATTGTT-A--ATA----------TTGCTTTCTTG---------TCA---ATTTGTTT-TGC-----AAAAACGTCCGTTGGTTAAGCATTTAGTA-TCATTTACAGTATT--TAAA-AGTTTTT--ATGGTCATT-ACATTATATTA-AGTaag
gi|3 : ATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAAT--ATCACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CAT---TTGTTGTGTA--------------TT---AAGTGG--TTTGTC-------------TTGTT--TTTA-------------------TGC---------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-------TTAACATCTG--TTT--GTT--A--T---GTA----C--------------------C---GG-G---------TC---------T-T-T---------AACTGTCTA-TAATTTTGCATTTAATG-CCTTTT------ATTAT--A-AGTTTTT--ATGCTCAGTGAAATAATCTTACCGTAAGTGTgtttatttcctcctataaagtatt
gi|4 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAAT--AGCACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTTTGTA--------------TTTAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCATA----CAA--A-A----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CAT-T-TGC-----AAAAAGGTCCATTTATTAAGCATTTAATG-TTCCTT------CT--T--A-AGTTTTTTGGTAGTCCTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGTttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|5 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGA-CTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATA--AGCACTG-TTGT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTA--------------TTT-AAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCATA----CAA--A-A----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CAT-T-TGC-----AAAAAGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTTT--GTAGTCCTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGA-CTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATA--AGCACTG-TTGT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTA--------------TTT-AAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCATA----CAA--A-A----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CAT-T-TGC-----AAAAAGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTTT--GTAGTCCTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|7 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAAT--AGCACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTTTTTTGTA--------------TTTAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT---------------------GCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TA-CATA----CAA--A-A----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CAT-T-TGC-----AAAAAGGTCCATTTATTAAGCATTTAATGTTCA-TT------CT--T--ATAG-TTTTTGGTAGTCCTTGAAATTTTATCACAGTAttat
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAAT--ATCACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATCTATTGCCATGCA--------------TTTAAAAGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATTTGTTT--------------------TAAAAAGATT--A----------------TCGATTTGCA-------A-------CT-ACGTCTG--TTC--AT
gi|9 : aTCCATTTA-------------------TACATATATATTATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ATGTCTG--TTC--GTTCCG--TACCGT------------------------GTC---GTTGATTTTGCTTTTATGTA--TGT-T-TGCTTTGCAAACAGGCCCGTTAATTAGGCATTTAATG-TCATTT------AT--T--A-AGTCGTTATGT--TCAATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTcgagtaccagattattaaattgcattcatgtgtatttatttttgcaaaaggtcca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC
Unaligned ( gi|16 ): ATTTGTTAAGCAAAAAGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTGTGTTAAAGCTTTCATGGTCATTCGAATTATATATTAAGTGTTTATTCTCCCTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111111 2222222222222222222 333333333333333 33333333333333333333 111111111111111111 222222222222222 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1111111 111
lowQualScore : 0 11111 4 777 88 3 1 0 44444 0 666 0 7777777777 1 55 4 777 2 4 7777777777777777777 2 66 000000000000000 4 66666666666666666666 1 999999999999999999 111111111111111 3 55 55 88888 666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 33 0 8888888 44 44 3 88888 1 1 555
lowQualScore : . ..... . ... .. . . . ..... . ... . .......... . .. . ... . . ................... . .. ............... . .................... . .................. ............... . .. .. ..... ... ........................................................... . . .. . ....... .. .. . ..... . . ...
lowQualScore : 1 11111 4 888 66 0 4 5 00000 1 555 8 5555555555 6 55 0 000 5 9 3333333333333333333 3 11 222222222222222 4 88888888888888888888 9 666666666666666666 999999999999999 6 00 00 77777 444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 66 0 1111111 66 66 3 11111 0 0 555
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GNAG---------TTA---A--CG-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT--T--ATGGTCATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( family-10628 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GNAG---------TTA---A--CG-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGTTNATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT--T--GTGGTCNTTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAAT---TCGTT-TGTATTGTTTTGGTTTTTTTTAAA---------TAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATG--ATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------ACGGATCGTT--CATTTGCTTTCATGTT--A--T--TG---TA-----------------------------TAG---------TT--------G-T-----TTTGCAAAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATA-CCATTT------CT--T--A-AGTTTC--T--ATAGTCATTGAAATTATAT
gi|10 : atgtatatcttccttTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GAT---TCGTTTTGTTTT--------------TAA---------GTAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAAATA--ATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACATCTG--TTC--GTT--ATGTACCG---tgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|11 : gtataaatggatcTATTCGTTT--------------------TGCAAAGAT-------------------TTAGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--ACGTACCG---GA----TCGTTAATTTTGCTTTTATGT---GTAT---------TTG-------G-T-----TT-GCAA------------GACTAAGCTTTTATTG-CCATTT------AT--T--A-AGTTTTG-T--ATGGTCTTTGTAATTATAT-----TAGGTATgatcattaattttgcttttatgta
gi|13 : t-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGCTAATTAAGCATTTAAAG-TCATTTA-----TT--T--C-AG-TTT--T--ATGTTCATTGAAATTATATTA-AGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|14 : G-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGTCGATTAAGCATT------TCATTT------AT--T--A-ACTTTTTAT--GTGTTAATTGAAATgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
gi|15 : tgCATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACTAT--CAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CAT---TTGCTATACATT--------------attgtttaatttctttcatatgctattttttgccctttccgccgccc
gi|16 : G---------TTA---A--------------GCAAAA-AGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTG-T-GTTA-------------A-AGCTTT--C--ATGGTCATTCGAATTATAT---ATTAAGTGTaag
gi|2 : atttTATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGTAA--CATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AAT---TTGCTAAGAATT--------------T--AAGTGA--TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTTTGCAAATACA--GCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-------AT-ATGTCTG--TTC--GTTAGA--CACCG---GATTGTTAA--TA----------TTGCTTTCTTG---------TCA---ATTTGTT-----TT-GCAAAA-ACGTCCGTTGGTTAAGCATTTAGTA-TCATTTACAGTATT--TAAA-AGTTTT--T--ATGGTCATT-ACATTATATTA-AGTttattctcccttat
gi|3 : ATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAATAT--CACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CAT---TTGTTGTGTATT-----------------AAGTGG--TTTGTC-------------TTGTT--TTTA-------------------TGC---------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-------TTAACATCTG--TTT--GTT--A--T---G---TA----C-------------------C---GG-G---------TC----------T-----TT-----AA-CTGTCTA-TAATTTTGCATTTAATG-CCTTTT------ATTAT--A-AGTTTT--T--ATGCTCAGTGAAATAATCTTACCGTAAGTGTgtttatttcctcctataaagtatt
gi|4 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTTTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CA-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATG-TTCCTT------CT--T--A-AGTTTT--TTGGTAGTCCTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGTttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|5 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CA-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT--T--GTAGTCCTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CA-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT--T--GTAGTCCTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|7 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTTTTTTGTATT--------------T-AAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TA-CA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--CA-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATGTTCA-TT------CT--T--ATAGTTTT--TG-GTAGTCCTTGAAATTTTATCACAGTAttat
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATCTATTGCCATGCATT--------------TAAAAGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATTTGTTT--------------------TAAAAAGATT--A----------------TCGATTTGCA-------A-------CT-ACGTCTG--TTC--ATCGAG--TACCAGATTA----TTA--AATTGCATTC--ATGT---GTAT---------TT----A--TT-T-----TT-GC-AAA-AGGTCC
gi|9 : aTCCATTTA-------------------TACATATATATTATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ATGTCTG--TTC--GTTCCG--TACCG---T-----------------------GTC---GTTGATTTTGCTTTTATGTA--TG-TTTGCTTT-GCAAAC-AGGCCCGTTAATTAGGCATTTAATG-TCATTT------AT--T--A-AGTCGT--T--ATGTTCAATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111111 2222222222222222222 333333333333333 33333333333333333333 111111111111111111 222222222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1111111 111
lowQualScore : 0 11111 4 777 88 3 1 0 44444 0 666 0 7777777777 1 55 4 777 2 4 7777777777777777777 2 66 000000000000000 4 66666666666666666666 1 999999999999999999 111111111111111 3 55 55 88888 666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 99 0 8888888 44 44 3 3 77 3 44 1 555
lowQualScore : . ..... . ... .. . . . ..... . ... . .......... . .. . ... . . ................... . .. ............... . .................... . .................. ............... . .. .. ..... ... ............................................................ . . .. . ....... .. .. . . .. . .. . ...
lowQualScore : 1 11111 4 888 66 0 4 5 00000 1 555 8 5555555555 6 55 0 000 5 9 3333333333333333333 3 11 222222222222222 4 88888888888888888888 9 666666666666666666 999999999999999 6 00 00 77777 444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 88 0 1111111 66 66 3 3 99 3 55 0 555
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( family-10628 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GNAG---------TTA---A--C-G-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAAT---TCGTT-TGTATTGTTTTGGTTTTTTTTAAA---------TAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATG--ATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------ACGGATCGTT--CATTTGCTTTCATGTT--A--T--TG---TA-----------------------------TAG---------TT---------G-T-----TTTGCAAAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATA-CCATTT------CT--T--A-AGTTTC-T--ATA-GTC-ATTGAAATTATAT
gi|10 : atgtatatcttccttTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GAT---TCGTTTTGTTTT--------------TAA---------GTAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAAATA--ATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACATCTG--TTC--GTT--ATGTACCG---tgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|11 : gtataaatggatcTATTCGTTT--------------------TGCAAAGAT-------------------TTAGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--ACGTACCG---GA----TCGTTAATTTTGCTTTTATGT---GTAT---------TTG--------G-T-----TT-GCAA------------GACTAAGCTTTTATTG-CCATTT------AT--T--A-AGTTTTGT--ATG-GTC-TTTGTAATTATAT-----TAGGTATgatcattaattttgcttttatgta
gi|13 : t-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGCTAATTAAGCATTTAAAG-TCATTTA-----TT--T--C-AG-TTT-T--ATG-TTC-ATTGAAATTATATTA-AGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|14 : -G-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCGTCGATTAAGCATT------TCATTT------AT--T--A-ACTTTT-T--ATGTGTTAATTGAAATgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
gi|15 : tgCATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACTAT--CAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CAT---TTGCTATACATT--------------attgtttaatttctttcatatgctattttttgccctttccgccgccc
gi|16 : G---------TTA---A---------------GCAAAA-AGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTG-T-GTTA-------------A-AGCTTT-C--ATG-GTC-ATTCGAATTATAT---ATTAAGTGTaag
gi|2 : atttTATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGTAA--CATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AAT---TTGCTAAGAATT--------------T--AAGTGA--TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTTTGCAAATACA--GCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-------AT-ATGTCTG--TTC--GTTAGA--CACCG---GATTGTTAA--TA----------TTGCTTTCTTG---------TCA---ATTT-GTT-----TT-GCAAAA-ACGTCCGTTGGTTAAGCATTTAGTA-TCATTTACAGTATT--TAAA-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATT-ACATTATATTA-AGTttattctcccttat
gi|3 : ATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAATAT--CACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CAT---TTGTTGTGTATT-----------------AAGTGG--TTTGTC-------------TTGTT--TTTA-------------------TGC---------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-------TTAACATCTG--TTT--GTT--A--T---G---TA----C----------------CGG----GTCT---------TTA---A--CTG-T-----CT-ATAA----------TT--TT--GCATTTAATG-CCTTTT------ATTAT--A-AGTTTT-T--ATG-CTC-AGTGAAATAATCTTACCGTAAGTGTgtttatttcctcctataaagtatt
gi|4 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTTTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATG-TTCCTT------CT--T--A-AGTTTT-TTGGTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGTttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|5 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|7 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTTTTTTGTATT--------------T-AAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TA-CA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-T-----TT-GCAAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATGTTCA-TT------CT--T--ATAGTTTT-TG-GTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAttat
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATCTATTGCCATGCATT--------------TAAAAGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATTTGTTT--------------------TAAAAAGATT--A----------------TCGATTTGCA-------A-------CT-ACGTCTG--TTC--ATCGAG--TACCAGATTA----TTA--AATTGCATTC--ATGT---GTAT---------TT----A--T-T-T-----TT-GC-AAA-AGGTCC
gi|9 : aTCCATTTA-------------------TACATATATATTATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ATGTCTG--TTC--GTTCCG--TACCG---T-----------------------GTC---GTTGATTTTGCTTTTATGTA--T-G-TTTGCTTT-GCAAAC-AGGCCCGTTAATTAGGCATTTAATG-TCATTT------AT--T--A-AGTCGT-T--ATG-TTC-AATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111111 2222222222222222222 333333333333333 33333333333333333333 111111111111111111 222222222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1111111 111
lowQualScore : 0 11111 4 777 88 3 1 0 44444 0 666 0 7777777777 1 55 4 777 2 4 7777777777777777777 2 66 000000000000000 4 66666666666666666666 1 999999999999999999 111111111111111 3 55 55 88888 666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 77777 3 99 0 6666666 44 44 3 3 77 3 44 1 555
lowQualScore : . ..... . ... .. . . . ..... . ... . .......... . .. . ... . . ................... . .. ............... . .................... . .................. ............... . .. .. ..... ... ...................................................... . ..... . .. . ....... .. .. . . .. . .. . ...
lowQualScore : 1 11111 4 888 66 0 4 5 00000 1 555 8 5555555555 6 55 0 000 5 9 3333333333333333333 3 11 222222222222222 4 88888888888888888888 9 666666666666666666 999999999999999 6 00 00 77777 444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 77777 1 88 0 0000000 66 66 3 3 99 3 55 0 555
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( family-10628 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAAT---TCGTT-TGTATTGTTTTGGTTTTTTTTAAA---------TAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATG--ATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------ACGGATCGTT--CATTTGCTTTCATGTT--A--T--TG---TA-----------------------------TAG---------TT---------G-TTTTGC-----AAAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATA-CCATTT------CT--T--A-AGTTTC-T--ATA-GTC-ATTGAAATTATAT
gi|10 : atgtatatcttccttTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GAT---TCGTTTTGTTTT--------------TAA---------GTAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAAATA--ATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACATCTG--TTC--GTT--ATGTACCG---tgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|11 : gtataaatggatcTATTCGTTT--------------------TGCAAAGAT-------------------TTAGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--ACGTACCG---GA----TCGTTAATTTTGCTTTTATGT---GTAT---------TTG--------G-TTT-GC-----AA------------GACTAAGCTTTTATTG-CCATTT------AT--T--A-AGTTTTGT--ATG-GTC-TTTGTAATTATAT-----TAGGTATgatcattaattttgcttttatgta
gi|13 : t-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGCTAATTAAGCATTTAAAG-TCATTTA-----TT--T--C-AG-TTT-T--ATG-TTC-ATTGAAATTATATTA-AGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|14 : -G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTCGATTAAGCATT------TCATTT------AT--T--A-ACTTTT-T--ATGTGTTAATTGAAATgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
gi|15 : tgCATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACTAT--CAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CAT---TTGCTATACATT--------------attgtttaatttctttcatatgctattttttgccctttccgccgccc
gi|16 : G---------TTA---A----------GC-----AAAA-AGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTG-T-GT---------T--A--A-AGCTTT-C--ATG-GTC-ATTCGAATTATAT---ATTAAGTGTaag
gi|2 : atttTATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGTAA--CATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AAT---TTGCTAAGAATT--------------T--AAGTGA--TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTTTGCAAATACA--GCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-------AT-ATGTCTG--TTC--GTTAGA--CACCG---GATTGTTAA--TA----------TTGCTTTCTTG---------TCA---ATTT-GTTTT-GC-----AAAA-ACGTCCGTTGGTTAAGCATTTAGTA-TCATTTACAGTATT--TAAA-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATT-ACATTATATTA-AGTttattctcccttat
gi|3 : ATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAATAT--CACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CAT---TTGTTGTGTATT-----------------AAGTGG--TTTGTC-------------TTGTT--TTTA-------------------TGC---------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-------TTAACATCTG--TTT--GTT--A--T---G---TA----C----------------CGG----GTCT---------TTA---A--CTG-TCT-AT-----AA----------TT--TT--GCATTTAATG-CCTTTT------ATTAT--A-AGTTTT-T--ATG-CTC-AGTGAAATAATCTTACCGTAAGTGTgtttatttcctcctataaagtatt
gi|4 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTTTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATG-TTCCTT------CT--T--A-AGTTTT-TTGGTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGTttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|5 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|7 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTTTTTTGTATT--------------T-AAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TA-CA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATGTTCA-TT------CT--T--ATAGTTTT-TG-GTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAttat
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATCTATTGCCATGCATT--------------TAAAAGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATTTGTTT--------------------TAAAAAGATT--A----------------TCGATTTGCA-------A-------CT-ACGTCTG--TTC--ATCGAG--TACCAGATTA----TTA--AATTGCATTC--ATGT---GTAT---------TT----A--T-T-TTT-GC------AAA-AGGTCC
gi|9 : aTCCATTTA-------------------TACATATATATTATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ATGTCTG--TTC--GTTCCG--TACCG---T-----------------------GTC---GTTGATTTTGCTTTTATGTA--T-G-TTT-GCTTTGCAAAC-AGGCCCGTTAATTAGGCATTTAATG-TCATTT------AT--T--A-AGTCGT-T--ATG-TTC-AATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111111 2222222222222222222 333333333333333 33333333333333333333 111111111111111111 222222222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1111111 111
lowQualScore : 0 11111 4 777 88 3 1 0 44444 0 666 0 7777777777 1 55 4 777 2 4 7777777777777777777 2 66 000000000000000 4 66666666666666666666 1 999999999999999999 111111111111111 3 55 55 88888 666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 77777 3 99 0 6666666 44 44 3 3 77 3 44 1 555
lowQualScore : . ..... . ... .. . . . ..... . ... . .......... . .. . ... . . ................... . .. ............... . .................... . .................. ............... . .. .. ..... ... ...................................................... . ..... . .. . ....... .. .. . . .. . .. . ...
lowQualScore : 1 11111 4 888 66 0 4 5 00000 1 555 8 5555555555 6 55 0 000 5 9 3333333333333333333 3 11 222222222222222 4 88888888888888888888 9 666666666666666666 999999999999999 6 00 00 77777 444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 77777 1 88 0 0000000 66 66 3 3 99 3 55 0 555
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( family-10628 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAAT---TCGTT-TGTATTGTTTTGGTTTTTTTTAAA---------TAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATG--ATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------ACGGATCGTT--CATTTGCTTTCATGTT--A--T--TG---TA-----------------------------TAG---------TT---------G-TTTTGC-----AAAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATA-CCATTT------CT--T--A-AGTTTC-T--ATA-GTC-ATTGAAATTATAT
gi|10 : atgtatatcttccttTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GAT---TCGTTTTGTTTT--------------TAA---------GTAT---------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAAATA--ATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACATCTG--TTC--GTT--ATGTACCG---tgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|11 : gtataaatggatcTATTCGTTT--------------------TGCAAAGAT-------------------TTAGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--ACGTACCG---GA----TCGTTAATTTTGCTTTTATGT---GTAT---------TTG--------G-TTT-GC-----AA------------GACTAAGCTTTTATTG-CCATTT------AT--T--A-AGTTTTGT--ATG-GTC-TTTGTAATTATAT-----TAGGTATgatcattaattttgcttttatgta
gi|13 : t-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGCTAATTAAGCATTTAAAG-TCATTTA-----TT--T--C-AG-TTT-T--ATG-TTC-ATTGAAATTATATTA-AGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|14 : -G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTCGATTAAGCATT------TCATTT------AT--T--A-ACTTTT-T--ATGTGTTAATTGAAATgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
gi|15 : tgCATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACTAT--CAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CAT---TTGCTATACATT--------------attgtttaatttctttcatatgctattttttgccctttccgccgccc
gi|16 : G---------TTA---A----------GC-----AAAA-AGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTG-T-GT---------T--A--A-AGCTTT-C--ATG-GTC-ATTCGAATTATAT---ATTAAGTGTaag
gi|2 : atttTATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGTAA--CATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AAT---TTGCTAAGAATT--------------T--AAGTGA--TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTTTGCAAATACA--GCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-------AT-ATGTCTG--TTC--GTTAGA--CACCG---GATTGTTAA--TA----------TTGCTTTCTTG---------TCA---ATTT-GTTTT-GC-----AAAA-ACGTCCGTTGGTTAAGCATTTAGTA-TCATTTACAGTATT--TAAA-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATT-ACATTATATTA-AGTttattctcccttat
gi|3 : ATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAATAT--CACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CAT---TTGTTGTGTATT-----------------AAGTGG--TTTGTC-------------TTGTT--TTTA-------------------TGC---------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-------TTAACATCTG--TTT--GTT--A--T---G---TA----C----------------CGG----GTCT---------TTA---A--CTG-TCT-AT-----AA----------TT--TT--GCATTTAATG-CCTTTT------ATTAT--A-AGTTTT-T--ATG-CTC-AGTGAAATAATCTTACCGTAAGTGTgtttatttcctcctataaagtatt
gi|4 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTTTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATG-TTCCTT------CT--T--A-AGTTTT-TTGGTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGTttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|5 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|7 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTTTTTTGTATT--------------T-AAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCG-TT--------------------TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TA-CA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCATTTATTAAGCATTTAATGTTCA-TT------CT--T--ATAGTTTT-TG-GTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAttat
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATCTATTGCCATGCATT--------------TAAAAGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATTTGTTT--------------------TAAAAAGATT--A----------------TCGATTTGCA-------A-------CT-ACGTCTG--TTC--ATCGAG--TACCAGATTA----TTA--AATTGCATTC--ATGT---GTAT---------TT----A--T-T-TTT-GC------AAA-AGGTCC
gi|9 : aTCCATTTA-------------------TACATATATATTATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ATGTCTG--TTC--GTTCCG--TACCG---T-----------------------GTC---GTTGATTTTGCTTTTATGTA--T-G-TTT-GCTTTGCAAAC-AGGCCCGTTAATTAGGCATTTAATG-TCATTT------AT--T--A-AGTCGT-T--ATG-TTC-AATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTa
blockSeqs : . G . CG T T TTAAA AAT GATAAATTGC G AC . CTA G T TAAAA G TT TAACATATAAGTTAG T TTTTTATGAATTGTTCGTTT A ATTATC AAGATGCA A . . ATG GAT TCGTTAATTTTGCTTTTATGTGTATTTGG . TTTGC . GA T ACAGTAT TA AA T G TG T AA A TAC
blockSeqs : . . . CG T T A T . G . . . G A TAAAA G . TT T A A AATT AG . . . ACG . TTGTTAATATTGCTTTCTTGTCAATTTGT . . . AA T AT . . . . G . T A CAC
blockSeqs : . . . CG T T . A . G . . . G A TAAA A . CT T A A AGCC AG . . . AGA . TTAAATTGCATTCATGTGTATTTATT . . . GA T A . . . . . . A A CAC
blockSeqs : . . . CT C T . T . G . . . G G TAAA A . CG T . C AACC A . . . GAG . GTCGTTGATTTTGCTTTTATGTATG . . . GT . A . . . . . . A A CAC
blockSeqs : . . . CT C A . G . G . . . G T TAAA A . CG T . C AACC A . . . CCG . CAAAAAGGCGAAGTTAACA . . . GG . A . . . . . . A A CAC
blockSeqs : . . . T C A . G . G . . . T T TAA A . CG T . C AACC A . . . A . CAAAAAGGCGAAGTTAACA . . . TA . C . . . . . . A T TA
blockSeqs : . . . T C A . G . G . . . G T TAA C . CG T . C AACC A . . . A . CAAAAAGGCGAAGTTAACA . . . TA . C . . . . . . C T TA
blockSeqs : . . . T T A . G . . . . . . T AA . . . . . A ATT A . . . A . CAAAAAGGCGAAGTTAACA . . . AA . C . . . . . . C T .
blockSeqs : . T . T . . . . . . A . . A TA A . . . A . CCGGGTCTTTAACTG . . . T . C . . . . . . C T .
blockSeqs : . . . . A . . . A . . . . T . A . . . . . . C T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ***** *** TAAA*************** CG************* AACC************** A************** ** ** A**** CAC
originalCons : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAAAGTAG--TGTGTC-------------GTGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
finalCons : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATTTAAA---------------GTAG--TGTGTCG-------------TGTTCGTTT--------------------TGCAAAGATAACC--------------GTTCGTTTTGCAA--------------TT-ACGTCTG--TTC--GTTA----TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTT-GC-----AAAA-AGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111111 22222222222222 1111111111 333333333333333 22222222222222222222 111111111111111111 222222222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 1111111 111
lowQualScore : 0 11111 4 777 88 3 1 0 44444 0 666 0 7777777777 1 55 4 777 2 4 33333333333333 5555555555 000000000000000 99999999999999999999 4 7 1 999999999999999999 111111111111111 3 55 55 88888 666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000 99 0 6666666 44 44 3 3 77 3 44 1 555
lowQualScore : . ..... . ... .. . . . ..... . ... . .......... . .. . ... . . .............. .......... ............... .................... . . . .................. ............... . .. .. ..... ... ...................................................... ..... .. . ....... .. .. . . .. . .. . ...
lowQualScore : 1 11111 4 888 66 0 4 5 00000 1 555 8 5555555555 6 55 0 000 5 9 55555555555555 4444444444 222222222222222 55555555555555555555 4 3 9 666666666666666666 999999999999999 6 00 00 77777 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888 88 0 0000000 66 66 3 3 99 3 55 0 555
consensus : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAA-GTAG-----TGTGTC-------------GTGTT--------------------CGTTT-TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTTGC-----AAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
Reference ( family-10628 ) : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAN--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTNTGTATT--------------TAAA-GTAG-----TGTGTC-------------GTGTT--------------------CGTTT-TGCAAAGATA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--A--TACCG---TA----CAA--AA----------AGGC---GTAG---------TTA---A--C-G-TTTGC-----AAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATG-TCATTT------CT--T--A-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATTGAAATTNTATCACAGTAGGTGT
gi|1 : TTGATATATGTATAAATT-ATGAGAAACCATTCATCTTGATTCTATTGTCATTCATTTGC-----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TATTCAT--ATAGAATCAAT---TCGTT-TGTATTGTTTTGGTTTTTTTTAAA------------TAT---------------TGTT--------------------CGTTT-TGCAAAGATG--ATCATTTGTTTTCGTGTTCGTTTCGTA-------ACGGATCGTT--CATTTGCTTTCATGTT--A--T--TG---TA----TA----------------------GTTG---------TT------------TTGCA----AAAAAGGTCCGTTGATTAAGCATTTAATA-CCATTT------CT--T--A-AGTTTC-T--ATA-GTC-ATTGAAATTATAT
gi|10 : atgtatatcttccttTCTTGATTTTATTGTCATTCATTCGTTTAAAAAAATAAATCACTGTTTGTGATAAATTGCTGTGTAT--TTTAGG--GAT---TCGTTTTGTTTT--------------TAA------------GTAT---------------TGTT--------------------CGTTT-TGCAAAAATA--ATT------------ATTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACATCTG--TTC--GTT--ATGTACCG---tgagtgtttctttctcttatatgctattctttgccatttacaccgt
gi|11 : gtataaatggatcTATT--------------------CGTTT-TGCAAAGAT-------------------TTAGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTCTG--TTC--GTT--ACGTACCG---GA----TCGTTAATTTTGCTTTTATGT---GTAT---------TTG--------G-TTTGC-----AA-----------GACTAAGCTTTTATTG-CCATTT------AT--T--A-AGTTTTGT--ATG-GTC-TTTGTAATTATAT-----TAGGTATgatcattaattttgcttttatgta
gi|13 : t-TTTGC-----AAAAAGGTCCGCTAATTAAGCATTTAAAG-TCATTTA-----TT--T--C-AG-TTT-T--ATG-TTC-ATTGAAATTATATTA-AGTttattttcccttttcaaattattctc
gi|14 : -G-TTTGC-----AAAAAGGTCCGTCGATTAAGCATT------TCATTT------AT--T--A-ACTTTT-T--ATGTGTTAATTGAAATgtttattttctcttatatgctatttttgccctttccgccgc
gi|15 : tgCATTAAATTAA-----A-----GTTGAG---AAACCGTTTATCTTCATTTTAGTGCCATTCATTTGC-----AAACTAT--CAT--TTTGT----------TGTGCAT--ATAGAAT-CAT---TTGCTATACATT--------------attgtttaatttctttcatatgctattttttgccctttccgccgccc
gi|16 : G---------TTA---A---------GC-----AAAAAGGTCCGTTGTGCAGGTATGCAGTG-T-GT---------T--A--A-AGCTTT-C--ATG-GTC-ATTCGAATTATAT---ATTAAGTGTaag
gi|2 : atttTATGTATCTTGATTTC------------TAGG-----GTA-AT---AAACCGTTTATCTTGA-TTTATTGTCATTAATTTGA-----AAAGTAA--CATTGATTGT----------TGTGCTT--ATGAAAT-AAT---TTGCTAAGAATT--------------T-AA-GTGA-----TTTTTT-------------TTTTTTTTTTTTTTTATGAATTGTTCGTTT-TGCAAATACA--GCC------------GTTGGTTTTGCA-------A-------AT-ATGTCTG--TTC--GTTAGA--CACCG---GATTGTTAA--TA----------TTGCTTTCTTG---------TCA---ATTT-GTTTTGC-----AAAAACGTCCGTTGGTTAAGCATTTAGTA-TCATTTACAGTATT--TAAA-AGTTTT-T--ATG-GTC-ATT-ACATTATATTA-AGTttattctcccttat
gi|3 : ATAAATG-----GCA-AG---AAACCGTTCATCCTGATTTCATTGTCATTTATTTGC-----AAAATAT--CACTGCTTCT----------TGTGCATACATAGAAT-CAT---TTGTTGTGTATT----------------AA-GTGG-----TTTGTC-------------TTGTT----------------------TTTATGC---------ATT------------GTTCGTTCCGTAAAGATGCA-------TTAACATCTG--TTT--GTT--A--T---G---TA----C----------------CGG----GTCT---------TTA---A--CTG-TCTAT-----AA---------TT--TT--GCATTTAATG-CCTTTT------ATTAT--A-AGTTTT-T--ATG-CTC-AGTGAAATAATCTTACCGTAAGTGTgtttatttcctcctataaagtatt
gi|4 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGACCTTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTGTTTTGTATT--------------TAAAAGTAG-----TGTGTC-------------GTGTT--------------------CGTTT-TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTTGC-----AAAAAGGTCCATTTATTAAGCATTTAATG-TTCCTT------CT--T--A-AGTTTT-TTGGTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAGGTGTttattttctcttatattgatatgatattttttgtgccttttccaccgc
gi|5 : TATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG-----TGTGTC-------------GTGTT--------------------CG-TT-TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTTGC-----AAAAAGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGT
gi|6 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAATAAG--CACTGTT-GT----------T-TGCAT--ATGAAAT-AAT---TT-TTTTGTATT--------------TAAA-GTAG-----TGTGTC-------------GTGTT--------------------CG-TT-TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------AG------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TACCA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTTGC-----AAAAAGGTCCATTT-TTAAGCATTTAATGTTCACTT------CT--T--A-AGTTTT-T--GTA-GTC-CTTGAAGTTTTATCACAGTAGGTGTttat
gi|7 : tTATGTATGTTGATTTCAATAAATTAATATATG-----GTT-AT---AGAC-TTTTATCTTGACTTTATTGTCAATTATTTGC-----AAAATAG--CACTGTTTGT----------TGTGCAT--ATGAAAT-AAT---TTTTTTTGTATT--------------TAAA-GTAG-----TGTGTC-------------GTGTT--------------------CG-TT-TGCAAAGCTA--ACC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ACGTTTG--TTT--GTT--A--TA-CA---TA----CAA--AA----------AGGC---GAAG---------TTA---A--C-A-TTTGC-----AAAAAGGTCCATTTATTAAGCATTTAATGTTCA-TT------CT--T--ATAGTTTT-TG-GTA-GTC-CTTGAAATTTTATCACAGTAttat
gi|8 : tATG-----GCG-AG---AAATCTTTTATCATTATTTTATTGTCATTCATTTGCA----AAAATAT--CACTGTTTGT----------TGTACAT-----AAAG-CATCTATTGCCATGCATT--------------TAAA---AGCCGTTTGTGTTAACATATAAGTTAGTATT--------------------TGTTT-TAAAAAGATT--A----------------TCGATTTGCA-------A-------CT-ACGTCTG--TTC--ATCGAG--TACCAGATTA----TTA--AATTGCATTC--ATGT---GTAT---------TT----A--T-T-TTTGC------AAAAGGTCC
gi|9 : aTC--------------------CATTTATACATATATATTATC------------GTTCGTTTTGCA-------A-------TT-ATGTCTG--TTC--GTTCCG--TACCG---T-----------------------GTC---GTTGATTTTGCTTTTATGTA--T-G-TTTGCTTTGCAAACAGGCCCGTTAATTAGGCATTTAATG-TCATTT------AT--T--A-AGTCGT-T--ATG-TTC-AATG--ATTTTAT---ATTAAGTGTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTTTCAACATATAGCTTGTTTTGATAATAATGCTCTTAATTATGCATTTAATATCATCTATTTCGCTGAAGCATATTCAATGAAAATATTTGTGAATTAGGTGTATATTGTATTCTTTGCTCTTTCCGCCGCCC