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Alignments
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Reference ( family-10612 ) : TTGCCGTTCGT-CGTGCCCAG-A-TTTGG-GTACCCTGT-ACCTAAA---C---GT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTT--G--AGG-CAGCCTTTTGA-TA-AA-G-GTA--AAG-GAT-ATGTTTGCAAAGGT-TCA-GAGTTA-TTT-T--GCTGTTGAAAGTATGCTTGTTGC--A-T-CCA--NA-T-ACAAG-CCATTA-TAAGTTAAAAATTGTCNNACAAAA-T-GACAAAAGTCAAAT---TC---AAAACTGTGCTGTCANAT--AAA----T------ATA-CACTTTTT-CCAG--TTGCA-TTTTTGTCC----GT-GAATGCATG----A----TCA--T-A--G-AATAATTA-TTGT-----ATACATTTTGTTAC-NAC------AACAT-CGTTTTCTTTAT-GAGAGAAA-ATA-TC---GTT-TTAAT-CC-NCTCAC-CT----TGATTCACG-------T-TTT-TA-T----A---A-NAGG----CTCCGCGTTCGT-AGTGTTTGTCA-GC-TCCGG-TT--CC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
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Reference ( family-10612 ) : TTGCCGTTCGT-CGTGCCCAG-A-TTTGG-GTACCCTGT-ACCTAAA---C---GT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTT--G--AGG-CAGCCTTTTGA-TA-AA-G-GTA--AAG-GAT-ATGTTTGCAAAGGT-TCA-GAGTTA-TTT-T--GCTGTTGAAAGTATGCTTGTTGC--AT-CCA---GAT-ACAAG-CCATT-A-TAAGTTAAAAATTGTCNNACAAAA-T-GACAAAAGTCAAAT---TC---AAAACTGTGCTGTCANAT--AAA----T------ATAC-ACTTTTT-CCAG--TTGCA-TTTTT-GTCC----GT-GAATGCATG----A----TCA--T-A--G-AATAATTA-TTGT-----ATACATTTTGTTAC-AAC------AACAT-CGTTTTCTTTAT-GAGAGAAA-ATA-TC---GTT-TTAAT---TCAGT-C-AC-CT----TGACTCA-CG-------T-TTT-TTT----A---A-AA------GGCTCCGCGTTCGT-AGTGTTTGTCA-GC-TCCGG-TT--CC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
gi|1 : TTGCCGTTCGT-CGTGCCCAG-A-TTTTG-GTACCCTGT-ACCTAAA---C---AT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTC--G--ACG-CTGCTTTTTGAATA-AA-A-GTAGAAAG-GAT-ATGTTTGCAAAG-T-TCA-GAGTTA-TTT-T--GCCGTTGAA-GTATGCTTGTTCC--AT-CCA---TAT-ACAAG-CCGTT-A-GAAGTTAAAAATTGTCCCACAAAA-T-GACAGAAGTCTTAT---TC---AAAACTGTGCTTTCATAT--AAA----T------ATAC-ACTTTTT-CCAG--TTGCATTTTTT-GTCCACGGGT-GAAT-CATG----A----TCA--T-A--G-AATAATTA-TTGC-----ATACATTTTGTTACTAAC------AACAT-CGTTTTCTTTAT-AAGAGAAA-ATA-TC---GTTATTAATCCCTC--T-C-AT-CT----TGACTTA-CG-------T-TGT-TAT----A---A-TC------GGCTCCGTGTTCGT-AGTGTCTGTCA-GC-TTCGG-TT--TC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
gi|10 : cgtG-GAT-ATATTTACAAAGTT-TCC-GAATTA-ATT-T--GCTATTGAAATTATGCTTGT--------------GA--------CCTTTCA-TAAGTTAATGATTG--------------ACAAAAGTCAAAT---AC---ACAATTCTGCTGTTAAAT--AAA----T------ATGC-ACCTTTT-CAAT--TTGCA--TTTT-GTCC----GT--------TA----A----TCA--T-AT-G-AATAATCA-TTGT-----A---ACTTTGTTAC-AAC------TA-AT-CGTTTTCATTTT-GAGAGAAA-ATA-TC---GTT-TTAAT-------T-C-AC-TT----TCATTCA-CG-------T-TTT-CTG----A---A-AA------GGATCCGCGTTCGT-----TTTGTCA-GC-TCCCG-TT--CC-----GT-T-TTAGGATAg
gi|11 : AAGTTGAAAATTGTTTAACAAAG-T-GACAAAAGTCGAAT---AC---ACAATTGTGCGGTCAAAT--AAA----TACTAGAATAC-ACTTTTT-ACTG--AAGTA-TTTTT-GTCC----GT-AAAAGCATA----A----TCA--T-------ATGA--A-TTGT-----ATACATGTTGTTAC---------------------TATTTAT-GGGAGAA-----------------------TCAGT-C-AC-CT----TGATTCA-CG-------T-ATT-TTG----A---A-AA------GGCTCCGCGTTTGT-atatcggt
gi|12 : C----GT-GAATGCATG----A----TCA--T-------ATGA------GT-----A--------------------------AT-CGTTTTCTTTAT-GAGAGAAA-ATA--A---GTT-TTAAT---TCAGT-C-AC-CT----TGATTCA-CGAATATTTT-TTT-TTT----AAATA-AA------GGCTTCGTGTTCAT-----TTTGTCA-GC-TCCGGTTT--CC-----GTGTATTACGATAACCGGCt
gi|13 : AT---ACACT-C-AC-CTCAGTTGATCCA-CG-------T-TTT-TTG----A---A-AA------GGTTCCGCGTTCGT---TG--TGTCA-GC-CCCGG-TT--CC-----GTGTGTAAGgt
gi|14 : ctacgtacggT-C-AT-CT----TGACTCG-CA-------T-TTT-T------A---A-AATGGGTCAGCTCCGTGTTTTT-AGTGT----CA-GC-TCCGG-TT--CC-----TTGTGTTAGGATACCCGGCt
gi|15 : ccT--AAA----T------ATAT-ATCTTTG-CCAG--TTGTA-TTTTT-GTCC----GT-GAAT-CATG----A----TCatg
gi|16 : atAG-A-TTTGC-GTACC-TGT-ACCGAAGGATC---GT---GGTGGTA-CG
gi|2 : TTGCCGTTCGT-CGTGCCCAG-A-TTTTG-GTACCCTGT-ACCTAAA---C---AT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTC--G--AGG-CTGCTTTTTGA-TA-AA-AAGTA--AAG-GAT-ATGTTTGCAAAGGT-TCA-GAGTTA-TTT-T--GCCGTTGAAAGTATGCTTGTTCC--AT-CCA---TAT-ACAAG-CCGTT-A-GAAGTTAAAAATTGTCCCACAAAA-T-GACAGAAGTCTTAT---TC---AAAACTGTGCTGTCATAT--AAA----T------ATAC-ACTTTTT-CCAG--TTGCA-TTTTT-GTCCACGGGT-GAAT-CATG----A----TCA--T-A--G-AATAATTA-TTGC-----ATACATTTTGTTAC-TAC------AACAT-CGTTTTCTTTAT-AAGAGAAA-ATA-TC---GTT-TTAAT---CCTCT-C-AT-CT----TGACTTA-CG-------T-TGT-TAT----A---A-TC------GGCTCCGTGTTCGT-AGTGTCTGTCA-GC-TTCGG-TT--TC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
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Reference ( family-10612 ) : TTGCCGTTCGT-CGTGCCCAG-A-TTTGG-GTACCCTGT-ACCTAAA---C---GT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTT--G--AGG-CAGCCTTTTGA-TA-AA----G---A---AAG-GAT-ATGTTTGCAAAGGT-TCA-GAGTTA-TTT-T--GCTGTTGAAAGTATGCTTGTTGC--A-T-CCA---GAT-ACAAG-CCATT-A-TAAGTTAAAAATTGTCNNACAAAA-T-GACAAAAGTCAAAT---TC---AAAACTGTG---CTGTCANA---------T--AAA----T------ATA-CACTTTTT-CCA----G--TTGCA-TTTTTGTCC----GT-GAATGCATG----ATCA--T-A-TG--AATAATTA-TTGT-----AT-ACATTTTGTTAC-AACT-AC------AT-CGTTT-TCTTTAT-GAGAGAAA-ATA-TC---GTT-TTAAT---TCAG-TC-AC-CT----TGACTCA-CG-------T-TTT-TTT----A---A-AA-GGCTCCGCGTTCGT-GT-----G--TGTCA-GC-TCCGG-TT--CC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
gi|1 : TTGCCGTTCGT-CGTGCCCAG-A-TTTTG-GTACCCTGT-ACCTAAA---C---AT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTC--G--ACG-CTGCTTTTTGAATA-AAAGTAG---A---AAG-GAT-ATGTTTGCAAAG-T-TCA-GAGTTA-TTT-T--GCCGTTGAA-GTATGCTTGTTCC--A-T-CCA---TAT-ACAAG-CCGTT-A-GAAGTTAAAAATTGTCCCACAAAA-T-GACAGAAGTCTTAT---TC---AAAACTGTG---CTTTCATA---------T--AAA----T------ATA-CACTTTTT-CCA----G--TTGCATTTTTTGTCCACGGGT-GAAT-CATG----ATCA--T-A--G--AATAATTA-TTGC-----AT-ACATTTTGTTACTAACA-AC------AT-CGTTT-TCTTTAT-AAGAGAAA-ATA-TC---GTTATTAATCCCTC---TC-AT-CT----TGACTTA-CG-------T-TGT-TAT----A---A-TC-GGCTCCGTGTTCGTAGT-----GTCTGTCA-GC-TTCGG-TT--TC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
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gi|4 : CCAGGA-TTTGC-GTAA--TGT-TCATG-----C---GT---GTCGGGA-CGCA-CA-AT----------GTTTT--G--AGG-CAGCCTGTT---------------------AG-GATTGTATTTGCAAAGGT-TCA-GAGTTACTTT-T--GCTATTGAA-----------TGC--ATT-CCA---GAT-GC-AG-CCATT-A-TAATTTAAAAATTG-CAAGC-AAA-T-GACAAAAGTCAAAT---ACGCGAGGACTATA---TGGAGATT---------T--AAA----T------ATATTATTCTTTGCCA----G--TTGTATTTTTTGTCC----GG-GAAT-CATG----ATCA--TAA-TG--AATAATTA----------A------TCTATTAC-AACTAAC------AT-CGTTT-TCTTTTTAGAGAGAAAGATA-TT---GTT-TTAAT---TCAGTTC-ACGCT----TATTTCA-CG-------T-TTTATTT----G---A-AA-GGCTTCGCGTTCGT--T--------TGTCAGGC-TCTGG-TCCGCC-----GTATGTTAGGATACCCGGgtg
gi|5 : tgcccgctgtacgcggcactCCGCT-GTACGCACCC-G-A-TTTGGCGTAA--TGT-TC--AGT---C---GT---GGTGG-A-CGCAACA-A--------AATAGTTTCTG--AGG-CAGCCTTT--------A----G---G---AGC-GAT------TGCACAAGTGTCACGAGTTA-TTTCT--GCTAT-GAA-----------TGC--A-T-C-----AAC-GCAAG-C-ATT-A-TAATTTAAAAATTGTCGAACACAA-TAGACAAAAGTCAAATACCGC---CGGACTATA----TGGAAGA---------TGTAAACTATT------ATA-TA-TCTTG-CCA----G--TTGTA-ATTTTTTCC----GTAGAAT-CATG----ATCA--T-C-TAGTAATAATTATTTAT-----GT-ACA------AAC-GA---AC------ATACGTTT---CTTAT-GAGAGAAA-ATACTCGTAGTT-TTAA----TCAG-TCAAC-CT----TTAATCACCG-------T-TTTATTTG---A---A-AA-GGCTTCGCGTTCGC--T-----T--TGTCA-GC-TGCTG-TG--CCCCACAATATGTTATGATAgc
gi|6 : gatgcCCGTACGT-AGTGCACAG-A-TTTGC-GTACCCTGT-ACCTAAA---CATCGT---GGTGGTA-CGCA-CA-AT-TGCATGAATGGTTT--G--AAG-CAGCCTTTTGA-TATAA----GGT-A---AAA-GAT-ATATTTGCAAAGGT-TCA-GAGTT-----------------------GCTTGTTGC--A-T-CCA---GAT-ACAAG-CTATG-A-TAAGTTGAAAATTGTCCAACAAAA-T-GGCAAAA------T---TC---AAAA-----------------------------------T------ATA-CACCTTTT-CCA----G--ATGCA-TTTTTGTCC----GT-GAATGCATG----GTCA--T-A-TG--AATGATTA-TTGT-----AT-ACACTTTGTTAC-AACT-ACTGTAATAT-CGTTT-TCTTTAT-GAGAGAAA-TTA-TT---GTT-TTAAT---TCAG-TA-CC-CC----TGGTTAA-CG-------T-TTT-TTG----A---A-AA-GGCTCAATGTTCGT--T-----G--TGTCA-GC-TCCGG-TT--CC-----GTGTGTTAGGATACCCGGC
gi|7 : GCCGTTCGT-CATGCCCAG-A-TTTGG-TTATCCTGT-ACCTACA---C---ATCATGGTGGTA-CACA-CA-AT-TGCATGGATGGTTT--G--AAG-CAGACTTTTGA-TA-AA----AGGTA---AAG-GAT-ATGTTTACAAAGGT-TCA-GATTTA-TTT-T--GCTGTTGAAAGTAAGCTTGTTGC--A-T-CCA---GAT-ACAAG-CCATT-A-TATGTTAAAAATTGTCCGACAAAA-C-GACAAAAGTCAAAT---TC---AAAAC---------------------------AAA----T------ATA-CACTTTTT-CCA----G--TT-CA---------C----AT-GAATGCATG----TTAA--T-A-AG--AAAAATTA-TTGT-----AT-ATATTTTGTTAC-AATT-AC------AT-CATTT-T-TTTAT-GAGAGAAA-ATA-TC---GTT-TTA
gi|8 : atgcctgcgttccgattgccattcattggcaataatgcccT---GGT--TA-CGCA-CACAT-TGCATGAATGGTTT--G--AGTTCAGCCTTTTGA-TA-TA-------------AG-G-------TTGCAAAGGT-TCA-GAGTTATTTT-T--GCT-TTG-AAGTATGCTTGTTGCATA-T-CCATTCACT-ATAAGCCCATT-ATTAAGTTAAA---TGTCGG-CAAA-------AAAAACAAAAT---TC---AAA---------CTGTTAAA---------T--AAA----T------ATG-CACTTTTT-CCT----GTCTTGCA---TTTGTCC----G--GAATGCATG----ATCAGTC-ATTG--AATGATCA-TAGT-----AA-ATGTTTT------AAC--AC------AG-TATTTGTCTTTAT-GAGAGAGA-ATA-TC---A------------CAA-CT-AC-CT----TGACTTC-TG-------CATTT-ATT----A---ATCG-GGCTCC-TGTTCGT-AA-----G--CGTGA-GCTTCCGG-TT--CC-------GTGTTA-GATACCC
gi|9 : CCCAG-AATTTGC-GTAAA-TGTTAC--AAT---C---GT---GGTGGGAACGCA-CA-AT-T------ATAGTTT--GTGAGG-CAGCCTTT----------------------AGCGAT-GTATTTGCCAAGGT-T-A-GA-TTA-TTT-TCTGCTATTGAA-----------TGC--A-TACCA---GATTGCAAG-CCATT-A-TAATTTAAAAATTGTGATACAAAAGT-GA-AAAAGTCAAAT-----------ACCGCGGGACT-TCATATGGGACGATT--AAA----TA-----ATATTATTTTTG-CCATGATA--TTAT--TTTTTGCTC----GT--AGTACAT-----ACAA--T-G-TG--ATCAA-TA-TTG------ATGACAT