lowQualScore                  :                                                                                                                    22      555555555555555555555555       1111111                           111     8888888888888888888888888888888888888                      888888888888888888888888888                    3333                             55555555         99999999999999999999999999999999999                               11                             11111        11                      111111                       11111                    66666666666666666666666        2222                 
lowQualScore                  :            444 3  5555 777777             2   7      55555 33               777777  33 2     99999  2    4         00    3 666666666666666666666666  3    5555555     55  3  99999   55 3   333     5555555555555555555555555555555555555    0                 000000000000000000000000000         0    0 3   3333   22          66    66      55555555       2 66666666666666666666666666666666666            66     44 44       55  3      3  1    5 55   44   00000   7    33    9999     44  3    222222   1    4   4   7      11111   66    4   9999   11111111111111111111111 4      0000        9   4    
lowQualScore                  :            ... .  .... ......             .   .      ..... ..               ......  .. .     .....  .    .         ..    . ........................  .    .......     ..  .  .....   .. .   ...     .....................................    .                 ...........................         .    . .   ....   ..          ..    ..      ........       . ...................................            ..     .. ..       ..  .      .  .    . ..   ..   .....   .    ..    ....     ..  .    ......   .    .   .   .      .....   ..    .   ....   ....................... .      ....        .   .    
lowQualScore                  :            444 2  3333 222222             2   6      99999 22               222222  44 5     11111  7    9         11    3 333333333333333333333333  3    7777777     88  6  11111   00 6   666     1111111111111111111111111111111111111    2                 888888888888888888888888888         2    1 1   6666   99          33    11      66666666       7 77777777777777777777777777777777777            11     99 66       66  0      8  4    6 55   55   00000   3    33    0000     55  3    222222   2    4   1   9      11111   11    4   4444   11111111111111111111111 4      3333        9   1    
consensus                     :  NTGGGGTGGG---ACGA----T------ACCCTTTCTAGCCGAATCGATACG-----T--ATCACGATATTTGAC------AC--A-CGATA--C-GAT-ACATATCGTGATAC-TTTGC-A----------------------TTAT-CAAT-----A-AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GAT--NTCAAA---------TT------T-T-CAT-T-T-TATC----TCATGAAGCTCCAAAAACTTCAC----CAA--A----TTCTT-TT----AAGAAAGATGATGTTTATTAT-TACACCGTTTACGCTTTCGTAGA--ATGGCAA----AGCCAAACCTCT---ATTT------T--T-T--GCTCTAC-T-T---TTCATTTTCTAC--TAGGCGGAC-TAAAAATA-CCCGACTTGNAACGTTCGT--ATA-CTTT-----TGG-AAAACGCTATGTCGGGTATCGTA-ATTT-G---ATAGACATGTATCGATCCGTATAT-----CGC--CAAG-ATG----AGT-A----T--C--GATGCAT-CG-G-TGCACCG--ATGGATCGTCCCACCCTT
Reference ( gi|2 )            :  TTGGGGTGGG---ATGA----T------ACCCTTTCTAGCCGAATTGATACG-----T--ATCACAATATTTGAC------AC--A-CGATA--C-AAT-ACATGTCGTGATAC-ATTGC-A----------------------TTAT-CAAT-----G-AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GAT--GTCAAA---------TT------T-TACAT-TAT-TATT----TCATGAAGCTCCAAAAACTTCACG--TCAA--G----TTC----T----AAGAAAGATGATGTTTATTATGTGCACTGTTTACACTTTCATAGA--ATGGCAA-TTGAGTCAAACCTTT---ATTT------T--T-T--GCTCTACATGTACATTCATTTTCTAC--TAGGCAAAC-TAAAAATT-CCTGACTTGTGACGTTCAT--ATA-CTTT-----TGG-AAAATTCTATATCAGGTATCATA-ATTT-A---ATAGACATGCATCAATCTGTATAT-----CGC--CAAG-ATG----AGT-C----T--C--GATGTAT-T--G-TGCACCA--CTGGATCGTACCATCCTT
gi|10                         :   TAGGGTGGG---ACGA----T------ACACTTTCTAGCCAAATCGTTATG-----T--ATCACGATATTTGAC------AC--G-CGATA--C-AAT-ACATATCGTGACAC-TTTGC-A-----------------------GAT-CAAT-----A-AAAAC-AAG--------GAA--A-GAT--TTGAAA-------------------TATATATATGTA-------CATGAGG--CCAAA
gi|3                          :    GGGGAGGG---ACGA----T------ACC-TTTATAGCCAAATCGATATG-----T--ATCACGATATTTGAC------TC--C-CGATA--T-GAT-ACATATTGTGATAC-TTTGC-A----------------------T-AT-CAAA-----A-ATATC-TAG-AA-----AAA--A-AAT--ATCAAA---------CT------TATTTAT-TCT-TATC----TCATGAAGCTCCGAAAACTTC-----TTAA--ATTCTTTC----T----AAGAAA---GATGTTTATTGTATACACCATGTACACTTTCATAGAATATGGCAATTTAAACCAAACCTCT---TTTT------T--T-T------------TACATTCATTTTCTACTATAGGCAGAA-TAAAAATA-CCCAACTTGTGATGTTTGT--ATA-CTTT-----TGG-AAGG------AACGGGTATCATA-ATTT-G---ATAGACATGTATTGATCCATATAT-----CGC--CAAG-ATGATCAAGT-A----T--CATGATGCAT-CG-G-TGCACTAATCCGGATTGTCCTATCCTTcctcctttaatgttatatattcattttctaccaggcggactaaaatacccgacttgtgacgtttgtataattttggaaaatgctatgtcaggcatcatactttgctggacatgtattaatccgtata
gi|5                          :    GGGGTGGG---ACAA----T------GTCC--------------AATATG-----T--ATCGCAATATTTGAC------AC--A-CGATA--CCAAT-GCTTATCCTGATAC-TTTGC-A----------------------TT-T-CAAT-----A-AAAAC-TAG-AAGAAAAAAA--A-GAT--TTCAGC---------TT------TATTCAT-TGT-TATC----TCATGAAGCTCCAAAATTTTCAC-----AA--A----TTC----TTTATAAGAAAGATTATGTTTATTATGTACACTGTTTACACATTCATAGA--ATGGCAA-----GCCAATCCTCT----TTT------T--T-G--GTTCAACCT-----TTCATTTTCTAC--AAGGTGGAC-TAAAAATA-CCCGACTTGTAAAATTCGT--ATA-CTTT-----TGG-AAAACGCTATGTCGGGTAT-------------------CATGTATCGATCTGTATAT-----TGT--CAAG-ATG----AGT-A----T--CCAGATGCAT-TG-G-TACACCA--GTGGATCATCTTACCCTT
gi|4                          :    GGGGTGGG---ACGA----T------ACCCTTTCTCTCCAAATCGATACG-----T--ATC---ATATTTGAC------AT--A-CG--------AT-GCATATCGTGATAC-TCTGCGA------------------------AC-CAAT-----A-AAAAC-TAG-AA-----ACA--A-GAT--ATAAAATTTAGTTATTT------T-TACAT---G-TATC----TCGTAAAGCTCCAAAGACTTTACA----AATTG----TTCT---T----GAGAAAGATAATGTTTATTA----CCCTATTTACACTTTTGTAGA--ATCGCA-----AGCCAAACCCCT----TTT------T--T-----CT----ATG----TTAATTTTCTTC--TACGCAGAC-TAAATATA-TCCGACTTGAAAC-TTCTT--TTT-TTTTGTATGTGGAAAAACGCTAT------TATCGTATATTA-A---ATGGGCATGTATCGATCCGCATAT-----CGC--CAAA-AGG----AGT-TAGTAT--CATGATGTAT-TG-G-TGCACCC--ATGGATCGCCTCACCCTT
gi|6                          : gtaGGGGTGGG---ACGA----T------ACCCTTTCTAGCTGAAT-------------------CAAT----GAC------AC--A-CGATA--C-AAT-GCATATCGTGATAC-TTTGC-A----------------------T-AT-CAAT-----A-AAAA----------------------T--ATCAAA---------TT------T----AT-T---TAT------CAT-AATCTC-AAGAACTTAACAAATCA--------TTC----TT---AATAAAGATTAT---TATTATGTATACCAGTTACATTTTTGTAGA--ATGGCAA-----GCAAAGCCTCT---TTTT------T--T-TTGGCTCTACCT-----TTTATTTTGTAC--TTGGTGGAC-TAAAACTT-CCTGACTTGAAATGTTTGT--ATA-CTTT------GG-AAAACACGGTGTCAGATATCGTA-ATTT-A---GTAGACAAGCATCGATCCATATAT-----CGC--CAAA-ATG----AGT-A----TCAC--AATGCATAG--G-AGTACTG--ATGGATCATTTCACTCTa
gi|13                         :   aGGGGTGGG---ACGA----T------GCCCTTTCTAGCCAAACTGATACG-----T--ATCACAATATTTGAT------AC--T-CTATA--T-GAT-TCATATCGTGATAC--TT-----------------------------T-CAAT-----A-AAAAC-TAG-AA-----AAAAGA-GAT--TTCAAA---------TT------
gi|7                          :    GGGGTGGA---ACGA----T------ACCATTTCTGGGTGAACCGATACG-----T--ATCACAAAATATGAC------AC--A-CGATA--T-GAT-ACATATTGTGATAC-TTTGC-A-----------------------TAT-CAAT-----G-AAAgattcagctcattagaaaccaa
gi|1                          :  taGGGGCGGG---ACGA----T------ACCCTTACTAGCCGATCAGATACG-----T--ATCATGTTACTTGAT------AC--A-CGATA--C-GAT-AAATAACGCTATAC-TTTGC-ATATAAAAATAAAGGATTTTAATTTATTCAATTCAAAGCAAAAC--AG-AA-----AAA--A-TATCAG-CAAA---------TTGCTTGAC-TAGAC-TAA-AATGAACATCATAATGCTCCAAAAACTTCA-----CAA--A----TTCTTTTT----AAGGACGATGATTTTTCTTA----CACCATTTTTCCTTTTGTAAA------CCA-GTAAGCCAAACCTtttattcaacccacacttcagctagttttaagaataatgttccaacaccattttcacttttgtagaatgacaacccaaacctctcccatttccctgatttgcttccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgtcatttttggttctactttcattttctactaggcagaataaaaatacccaacttgaaatgttcgtttattttttggaaaatactatgtcaggtatcata
gi|12                         :   aGGGGTGG----ATGA----TCGCTATACCCTTTCTTGCTGAACTTATACA-----T--ATCACAAT-TTTAAC------AC--A-CAATA--C-GAT-AAATATCTTGATAC-TTTGC-A-----------------------TAT-CAAT-----A-AAAACTTTG-TA-----AAG--A-AA----TCAAA---------TT------cccccgtgcccctgacttgcttaaagttggttttgataaggttcatgtatgtaattcatttgttttagtgtgttctacttttcattatctgataaacggattaaaaatacccaacttgagacgtatggatattttttgcaaaatgctacgtcgggtatcatcactttatagtgtatcgatccgtatattgccaagatgagtatcacgatgcattgatgcacagatgcatcgtaacacact
gi|20                         :    GAGGTGGG---ACGA----T------ACCCCTTCTAGCCCAAATGATACA-----TAAATCACAATATTTGAT------AC--A-CAATA--T-GAT-ACATATCattcagctcaatacaaaccagaaaacttgactatatatctcactagaataaaatagatctcatgatgctcacaattcttctta
gi|19                         : gtaGGGGTGGG---ACGA----T------ACCCTTTCTAGCCAAATCGATACG-----T--ATCACGGTATTTCATAATTTGAC--A-TAATA--C-GAT-ACATATa
gi|14                         :   aGGGGTGGG---ACGAAAACT------ACCCTTTCTGGCT-AAT-------------------CAAC---TGCC------AC--A-CGATA--C--AT-GCATA-CGTGA-ACTGTTGC-A-----------------------TAT-CA-------------------AA-----TAA--A-AAT--ATCAAA---------TT------T-aca
gi|23                         :   aGGGTTGGGCATACGA----T------ATCCTCTCTTACTGAACCAATACG-----T--ATCGCGATATTTAAat
gi|21                         :   agGGGTGGG---ATGA----T------ACCCTTTCTAGCCGAATCGATACG-----T--AGCAGGATATTTGAC------AC--A-CGATttgaca
gi|8                          :      GGTGGG---ACGA----T------ACCCTTTCTAGCCAAATCGATACG-----T--ATCGCGGTATTTGAC------AC--A-TGACA--T-GGTAACATGTCGTGATAC-TTTGC-A-----------------------TAT-CAAT-----A-AAAAG-TAGAAA-----AAA--A-GAT--ATCAAA---------T-----------------T-TATC----TCCTGAAGCTCTAAAAACTTCA-----CAA--A----TTCTTCTT----AAGAAAGAttaaatgt
gi|18                         :   agtGGTGGG---ATGA----T------ACCCTTTCTAGCCGAATCGATACG-----T--AGCAGGATA-TTGAC------ACAGA-CGATcaaagaagaccatttacacattttttactaggctgactaaaaaagcccgctttgtgatgtttgtatacttttggaacatgctatgtgggtatcgtaatttcaattatagacttgtatcgatccatatccctgcaggtatgatgcattaatgcaccaatggatcatcccacc
gi|3                          :                                              TTGATATGCAAAGT--ATCACAATATGTATC------AT--ATCGGGAGTC-AA----ATATCGTGATAC-ATtaaatgttcaaattcatactaagcggctaaaaat
gi|9                          :                                                                   ggggagggacgatacctttatagccaaatcgatT-GCATATTGTGATACTATTGC-A----------------------T-AT-CAAT-----A-AAAAC-TCG-AA-----AAA--AAGAT--TTCAAA---------T--------------------GCC----TCATGAAGCTCCAAAAACTTCA-----CAA--A----TTCTTCTT----GAGAAAGATGATGTTTATTA----CAATGTTTACGCCTTCGTAGA--ATCGCAA-aaatatctagaaaaaaaatatcaaacttatttattcttatctcatgaagctccgaaaacttcttaaattctttctaagaaagatgtttattgtatacaccatgtacactttcatagaatatggcaatttaaaccaaacctctttttttttacattcattttctactataggcagaataaaaatacccaacttgtgatgtttgtatacttttggaaggaacgggtatcataatttgatagacatgtattgatccatatatcgccaagatgatcaagtatcatgatgcatcggtgcactaatccggattgtcctatcctt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                         cACTTCA-G---CTA--G----TTT----T----AAGAA---TAATGTTC--CA---ACACCATTTTCACTTTTGTAGA--ATGACAA-C----CCAAACCTCTCCCATTTCCCTGAT--T-T--GCTgccaatactctcccgacttgcttcctgtcaaaagttacgttacacagtctgctatggtttatttcattattttttctacattcattacccgacttggagcgttcgtatatttttggaaaactccatgcagggtatcataatttgatagacat
gi|16                         :                                                                                                                                                                              taggggtggaacgataccatttctgggtgaaccgatacgtatcacaaaatatgacacacgatatgatacatattgtgatactttgcatatcaatgaaatttattcaacccacAAAGATGATGT-----ACATACACCATTTACACTTT-GTAGA--ATGGCA-----AGCCAAACCTCTCCCATTT------tccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgtcatttttggttctactttcattttctactaggcagaataaaaatacccaacttgaaatgttcgtttattttttggaaaatactatgtcaggtatcata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAT-TGCACAGTTTACGCTTTCCTAGA--ATGGCAA-----GCCAAACCTCTC--ATTT---------------CCCTG-----------ACTTGCTTC--CAGTCAAAAGTATATGTA-CCTGACTTGTAAAGTTCGT--ACA-TTCT-----TGG-AAAACGTTATGTCCAGTGTGGTA-ATTC-A---ATAGACATTTATCAATCCATATAT-----CGC--AAAG-ATG----AGTACTA--T--CAGGATGCATCT--G-TGATCCG--ATGGATTGTCCCACCCTTccctgaagttatgttatgtagcccaccatattttt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTT---GTTT------TAGTGT--GTTCTACTT-----TTCATTATCTGA--TAAACGGAT-TAAAAATA-CCCAACTTGAGACGT--ATGGATA-TTTT-----TTGCAAAATGCTACGTCGGGTATCATC-ACTT-T---ATAG---TGTATCGATCCGTATAT-----TGC--CAAG-ATG----AGT-A----TCAC--GATGCAT-T--GATGCACAG--ATGCATCGTAACAa
gi|7                          :                              aggggcgggacgatacccttactagccgatcagatacgtatcatgttacttgatacacgatacgataaataacgctatactttgcatataaaaataaaggattttaatttattcaattcaaagcaaaacagaaaaaatatcagcaaattgcttgactagactaaaatgaacatcataatgctccaaaaacttcacaaattctttttaaggacgatgatttttcttacaccatttttccttttgtaaaccagtaagccaaacctcccccgtgcccctgacttgcttaaagttggttttgataaggttcatgtatgtaattcaTC---ATTT------T--T-G--GTTCTAC---T---TTCATTTTCTAC--TAGGCAGAA-TAAAAATA-CCCAACTTGAAATGTTCGT--TTATTTTT-----TGG-AAAATACTATGTCAGGTATCATA-cact
gi|8                          :                                                                                                                                        taggggtggaacgataccatttctgggtgaaccgatacgtatcacaaaatatgacacacgatatgatacatattgtgatactttgcatatcaatgaaatttattcaacccacacttcagctagttttaagaataatgttccaacaccattttcacttttgtagaatgacaacccaaacctctcccatttccctgatttgcttccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgCATTTACA--CATTTTTTAC--TAGGCTGAC-TAAAAAAG-CCCGCTTTGTGATGTTTGT--ATA-CTTT-----TGG-AACATGCTATGT-GGGTATCGTA-ATTTCAATTATAGACTTGTATCGATC--CATAT-----CCCTGCAGGTAT--------------------GATGCAT-TA-A-TGCACCA--ATGGATCATCCCAC
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Reference ( family-10578 )    :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             NTGGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--ATCACGATATTTGAC------AC--ACGATAC-GAT-ACATATCGTGATACT-TTGC-A----------------------TTAT-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATN-TCAAATT--T--T-CAT-T---------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCAC--CAAAT-TC-TT-T-TAAGAAAGATGATGTTTATTAT-TACACCGTTTACGCTTTCGTAGA--ATGGCA----A---AGCCAAACCTCT---ATTT------TTT--GCTCTACTT-----TTCATTTTCTAC--TAGGCGGAC-TAAAAATACCCGACTTGNAACGTTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTATCGTA-ATT----TGATAGACATGTATCGATCCGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TAT--C--GATGCATCGG-TGCACCGAT--GGATCGTCCCACCCTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGCGG--G---A-CG--A----TACCCTTACTAGCCGA-TCAGATACGT--ATCATGTTACTTGAT------AC--ACGATAC-GAT-AAATAACGCTATACT-TTGC-ATATAAAAATAAAGGATTTTAATTTATTC-AATTCAAAGCAAAAC--AG-AA-----AAA--A-TATCAGCAAATTGCT--T-GAC-TAGACTAAAAT-------GAACAT-CATAATGCTCCA-AAAACTTCA---CAAAT-TCTTT-T-TAAGGACGATGAT-TT--TTCT-TACACCATTTTTCCTTTTGTAAA--CCAGT-----A---AGCCAAACCTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aT--GTTCTACTT-----TTCATTATCTGA--TAAACGGAT-TAAAAATACCCAACTTGAGACGTATGGATATTTTT-----TGC-AA--AATGCTACGTCGGGTATCATC-ACT----TTATAG---TGTATCGATCCGTATAT-----TGCCAAGATG----AG---TATCAC--GATGCATTGA-TGCACAGAT--GCATCGTAACACACTccccgtgcccctgacttgcttaaagttggttttgataaggttcatgtatgtaattcatttgttttagtgtgttctacttttcattatctgataaacggattaaaaatacccaacttgagacgtatggatattttttgcaaaatgctacgtcgggtatcatcactttatagtgtatcgatccgtatattgccaagatgagtatcacgatgcattgatgcacagatgcatcgtaacacact
gi|10                         : aggggcgggacgatacccttactagccgatcagatacgtatcatgttacttgatacacgatacgataaataacgctatactttgcatataaaaataaaggattttaatttattcaattcaaagcaaaacagaaaaaatatcagcaaattgcttgactagactaaaatgaacatcataatgctccaaaaacttcacaaattctttttaaggacgatgatttttcttacaccatttttccttttgtaaaccagtaagccaaacctcccccgtgcccctgacttgcttaaagttggttttgataaggttcatgtatgtaattcatttgttttagtgTAGGGTGG--G---A-CG--A----TACACTTTCTAGCCAAATC-GTTATGT--ATCACGATATTTGAC------AC--GCGATAC-AAT-ACATATCGTGACACT-TTGC-A-----------------------GAT-C-AAT----A--AAAAC-AAG--------GAA--A-GATT-TGAAAT---------ATAT---------A-------TATG-TACATGAGG--CCA-AA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----A---GGCCAAACCTCC----TTT------AAT--GTTATA-TA-----TTCATTTTCTAC--CAGGCGGAC-TAAAA-TACCCGACTTGTGACGTTTGTATA-ATTT-----TGG-AA--AATGCTATGTCAGGCATCATA-CTT----TGCTGGACATGTATTAATCCGTATAcctcctttaatgttatatattcattttctaccaggcggactaaaatacccgacttgtgacgtttgtataattttggaaaatgctatgtcaggcatcatactttgctggacatgtattaatccgtata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tagggtgggacgatacactttctagccaaatcgttatgtatcacgatatttgacacgcgatacaatacatatcgtgacactttgcagatcaataaaaacaaggaaagatttgaaatatatatatgtacatgTAT-TGCACAGTTTACGCTTTCCTAGA--ATGGCA----A----GCCAAACCTCTC--ATTT------------CCCTG-----------ACTTGCTTC--CAGTCAAAAGTATATGTACCTGACTTGTAAAGTTCGTACA-TTCT-----TGG-AA--AACGTTATGTCCAGTGTGGTA-ATT----CAATAGACATTTATCAATCCATATAT-----CGCAAAGATG----AGTACTAT--CAGGATGCATCTG-TGATCCGAT--GGATTGTCCCACCCTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGGATG---ATCGCTA----TACCCTTTCTTGCTGAACT-TATACAT--ATCACAAT-TTTAAC------AC--ACAATAC-GAT-AAATATCTTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----A--AAAACTTTG-TA-----AAG--A-AA---TCAAATTA-T--T-CAG-C---------T-------CAAT-A-CA--AA---CCAGAAAACTTGAC--TATATATC-Ta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TGCCCTTTCTAGCCAAACT-GATACGT--ATCACAATATTTGAT------AC--TCTATAT-GAT-TCATATCGTGATACT-T------------------------------T-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAAAGA-GATT-TCAAATTGAT--T-CAcactagaataaaatagatctcatgatgctcacaattcttctta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--AAAACTACCCTTTCTGGCT-AATC-AA-----------------CTGCC------AC--ACGATAC--AT-GCATA-CGTGA-ACTGTTGC-A-----------------------TAT-CAAAT----A--AAA----------------------ATA-TCAAATT--T--gctcattagaaaccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTGTTTCTATCCGTATATAATATCGCCAAGATG----AA---CAT--C-------ATCAGATGCACTGAT--GGATCGTACCACCCTat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tttcacaaaattctacacaggtgatgtgAAAGATGATGTACAT-----ACACCATTTACACTTT-GTAGA--ATGGC-----A---AGCCAAACCTCTCCCATTT------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTATTG---ATT----TAATAGACATTTATTGATCCGTATGT-----CGCCATTATG----AG---TATCAC--GATGCATCAG-TGCACCGAT--GGATTGACCCGCCCTTccctgaagttatgttatgtagcccaccatattttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATA-TTGAC------ACAGACGATag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCAAATC-GATACGT--ATCACGGTATTTCATAATTTGAC--ATAATAC-GAT-ACATATtaaatgttcaaattcatactaagcggctaaaaat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTGGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATT-GATACGT--ATCACAATATTTGAC------AC--ACGATAC-AAT-ACATGTCGTGATACA-TTGC-A----------------------TTAT-C-AAT----G--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATG-TCAAATT--T--TACAT-TA--------T-------TATT-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCACGTCAAGT-TC------TAAGAAAGATGATGTTTATTATGTGCACTGTTTACACTTTCATAGA--ATGGCA----ATTGAGTCAAACCTTT---ATTT------TTT--GCTCTACATGTACATTCATTTTCTAC--TAGGCAAAC-TAAAAATTCCTGACTTGTGACGTTCATATA-CTTT-----TGG-AA--AATTCTATATCAGGTATCATA-ATT----TAATAGACATGCATCAATCTGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TCT--C--GATGTATT-G-TGCACCACT--GGATCGTACCATCCTTaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGAGGTGG--G---A-CG--A----TACCCCTTCTAGCCCAAAT-GATACATAAATCACAATATTTGAT------AC--ACAATAT-GAT-ACATATC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATATTTGAC------AC--ACGATa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGTTGG--GCATA-CG--A----TATCCTCTCTTACTGAACC-AATACGT--ATCGCGATATTTAAttaaatgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agGGGGAGG--G---A-CG--A----TACC-TTTATAGCCAAATC-GATATGT--ATCACGATATTTGAC------TC--CCGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAA----A--ATATC-TAG-AA-----AAA--A-AATA-TCAAACTTAT--T-TAT-TC--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCG-AAAACTTC-T--TAAAT-TC-TT-TCTAAGAAA---GATGTTTATTGTATACACCATGTACACTTTCATAGAATATGGCAATTTA---AACCAAACCTCT---TTTT------TTT------TAC-A-----TTCATTTTCTACTATAGGCAGAA-TAAAAATACCCAACTTGTGATGTTTGTATA-CTTT-----TGG-AAGGAA--------CGGGTATCATA-ATT----TGATAGACATGTATTGATCCATATAT-----CGCCAAGATGATCAAG---TAT--CATGATGCATCGG-TGCACTAATCCGGATTGTCCTATCCTTttgaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTCTCCAAATC-GATACGT--ATC---ATATTTGAC-------------ATAC-GAT-GCATATCGTGATACT-CTGCGA------------------------AC-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----ACA--A-GATA-TAAAATT--TAGT-TAT-T---------TTTACATGTATC-T-CGTAAAGCTCCA-AAGACTTTA---CAAAT-TG-TTCT-TGAGAAAGATAATGT---TTAT-TACCCTATTTACACTTTTGTAGA--ATCGC-----A---AGCCAAACCCCT----TTT------T------TCTA-TG-----TTAATTTTCTTC--TACGCAGAC-TAAATATATCCGACTTGAAAC-TTCTTTTT-TTTTGTATGTGGAAA--AACGCTAT------TATCGTATATT----AAATGGGCATGTATCGATCCGCATAT-----CGCCAAAAGGAGTTAG---TAT--CATGATGTATTGG-TGCACCCAT--GGATCGCCTCACCCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtaGGGGTGG--G---A-CA--A----TGTCC---------------AATATGT--ATCGCAATATTTGAC------AC--ACGATACCAAT-GCTTATCCTGATACT-TTGC-A----------------------TT-T-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AAGAAAAAAA--A-GATT-TCAGCTT--TATT-CAT-TG--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAATTTTCAC---AAAT-TC-TT-TATAAGAAAGATTATGTTTATTATGTACACTGTTTACACATTCATAGA--ATGGCA----A----GCCAATCCTCT----TTT------TTG--GTTCAACCT-----TTCATTTTCTAC--AAGGTGGAC-TAAAAATACCCGACTTGTAAAATTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTAT-------------------CATGTATCGATCTGTATAT-----TGTCAAGATG----AG---TAT--CCAGATGCATTGG-TACACCAGT--GGATCATCTTACCCTTa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCTGAATC-AAT------------------GAC------AC--ACGATAC-AAT-GCATATCGTGATACT-TTGC-A----------------------T-AT-C-AAT----A--AAAA----------------------TA-TCAAATT--T-----AT-T---------T--------ATC----AT-AATCTC-A-AGAACTTAAC---AAAT-CA-TTCT-TAATAAAGATTAT---TATTATGTATACCAGTTACATTTTTGTAGA--ATGGC-----A---AGCAAAGCCTCT---TTTT------TTTTGGCTCTACCT-----TTTATTTTGTAC--TTGGTGGAC-TAAAACTTCCTGACTTGAAATGTTTGTATA-C-TT-----TGG-AA--AACACGGTGTCAGATATCGTA-ATT----TAGTAGACAAGCATCGATCCATATAT-----CGCCAAAATG----AG---TATCAC--AATGCATAGG-AGTACTGAT--GGATCATTTCACTCT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aGGGGTGG--A---A-CG--A----TACCATTTCTGGGTGAACC-GATACGT--ATCACAAAATATGAC------AC--ACGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----G--AAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taACTTCAG--CTAGT-T-----T-TAAGAA---TAATGTTC--CA---ACACCATTTTCACTTTTGTAGA--ATGAC-----A---ACCCAAACCTCTCCCATTTCCCTGATTT--GCTtttattcaacccacacttcagctagttttaagaataatgttccaacaccattttcacttttgtagaatgacaacccaaacctctcccatttccctgatttgcttccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgtcatttttggttctactttcattttctactaggcagaataaaaatacccaacttgaaatgttcgtttattttttggaaaatactatgtcaggtatcata
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gi|8                          :                                                                                           taggggtggaacgataccatttctgggtgaaccgatacgtatcacaaaatatgacacacgatatgatacatattgtgatactttgcatatcaatgaaatttattcaacccacacttcagctagttttaagaataatgttccaacaccattttcacttttgtagaatgacaacccaaacctctcccatttccctgatttgcttccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgtcGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCAAATC-GATACGT--ATCGCGGTATTTGAC------AC--ATGACAT-GGTAACATGTCGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----A--AAAAG-TAGAAA-----AAA--A-GATA-TCAAA-------------T---------T-------TATC-T-CCTGAAGCTCTA-AAAACTTCA---CAAAT-TC-TTCT-TAAGAAAGA
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Reference ( family-10578 )    :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             NTGGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--ATCACGATATTTGAC------AC--ACGATAC-GAT-ACATATCGTGATACT-TTGC-A----------------------TTAT-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATN-TCAAATT--T--T-CAT-T---------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCAC--CAAAT-TCTT-CT----TAAGAAAG-----ATGATGTTTATTAT-TACACCGTTTACAC----TTTCGTAGA--ATGGC----A----A---AGCCAAAC-CTCT---AT--TT------TTT--GCTCTACTT-----TTCATTTTCTAC--TAGGCGGAC-TAAAAATACCCGACTTGNGACGTTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTATCGTA-ATTT-A---ATAGACATGTATCGATCCGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TAT--C--GATGCATCGG-TGCACCGAT--GGATCGTCCCACCCTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGCGG--G---A-CG--A----TACCCTTACTAGCCGA-TCAGATACGT--ATCATGTTACTTGAT------AC--ACGATAC-GAT-AAATAACGCTATACT-TTGC-ATATAAAAATAAAGGATTTTAATTTATTC-AATTCAAAGCAAAAC--AG-AA-----AAA--A-TATCAGCAAATTGCT--T-GAC-TAGACTAAAAT-------GAACAT-CATAATGCTCCA-AAAACTTCAC---AAAT-TCTT-TT----TAAGGACG-----ATGAT-TT--TTCT-TACACCATTTTTCC----TTTTGTAAA--CCAGT---------A---AGCCAAAC-CTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aT--GTTCTACTT-----TTCATTATCTGA--TAAACGGAT-TAAAAATACCCAACTTGAGACGTATGGATATTTTT-----TGC-AA--AATGCTACGTCGGGTATCATC-ACTT-T---ATAG---TGTATCGATCCGTATAT-----TGCCAAGATG----AG---TATCAC--GATGCATTGA-TGCACAGAT--GCATCGTAACACACTccccgtgcccctgacttgcttaaagttggttttgataaggttcatgtatgtaattcatttgttttagtgtgttctacttttcattatctgataaacggattaaaaatacccaacttgagacgtatggatattttttgcaaaatgctacgtcgggtatcatcactttatagtgtatcgatccgtatattgccaagatgagtatcacgatgcattgatgcacagatgcatcgtaacacact
gi|10                         : aggggcgggacgatacccttactagccgatcagatacgtatcatgttacttgatacacgatacgataaataacgctatactttgcatataaaaataaaggattttaatttattcaattcaaagcaaaacagaaaaaatatcagcaaattgcttgactagactaaaatgaacatcataatgctccaaaaacttcacaaattctttttaaggacgatgatttttcttacaccatttttccttttgtaaaccagtaagccaaacctcccccgtgcccctgacttgcttaaagttggttttgataaggttcatgtatgtaattcatttgttttagtgTAGGGTGG--G---A-CG--A----TACACTTTCTAGCCAAATC-GTTATGT--ATCACGATATTTGAC------AC--GCGATAC-AAT-ACATATCGTGACACT-TTGC-A-----------------------GAT-C-AAT----A--AAAAC-AAG--------GAA--A-GATT-TGAAAT---------ATAT---------A-------TATG-TACATGAGG--CCA-AA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----A---GGCCAAAC-CTCC----T--TT------AAT--GTTATA-TA-----TTCATTTTCTAC--CAGGCGGAC-TAAAA-TACCCGACTTGTGACGTTTGTATA-ATTT-----TGG-AA--AATGCTATGTCAGGCATCATA-CTTT-G---CTGGACATGTATTAATCCGTATAcctcctttaatgttatatattcattttctaccaggcggactaaaatacccgacttgtgacgtttgtataattttggaaaatgctatgtcaggcatcatactttgctggacatgtattaatccgtata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tagggtgggacgatacactttctagccaaatcgttatgtatcacgatatttgacacgcgatacaatacatatcgtgacactttgcagatcaataaaaacaaggaaagatttgaaatatatatatgtacatgTAT-TGCACAGTTTACGC----TTTCCTAGA--ATGGC----A----A----GCCAAAC-CTCTC--AT--TT------------CCCTG-----------ACTTGCTTC--CAGTCAAAAGTATATGTACCTGACTTGTAAAGTTCGTACA-TTCT-----TGG-AA--AACGTTATGTCCAGTGTGGTA-ATTC-A---ATAGACATTTATCAATCCATATAT-----CGCAAAGATG----AGTACTAT--CAGGATGCATCTG-TGATCCGAT--GGATTGTCCCACCCTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGGATG---ATCGCTA----TACCCTTTCTTGCTGAACT-TATACAT--ATCACAAT-TTTAAC------AC--ACAATAC-GAT-AAATATCTTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----A--AAAACTTTG-TA-----AAG--A-AA---TCAAATTA-T--T-CAG-C---------T-------CAAT-A-CA--AA---CCAGAAAACTTGAC--TATATATCTCACTAGAATAAAATAGATCTCATGATGCTCACAAT-Ta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TGCCCTTTCTAGCCAAACT-GATACGT--ATCACAATATTTGAT------AC--TCTATAT-GAT-TCATATCGTGATACT-T------------------------------T-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAAAGA-GATT-TCAAATTGAT--T-CActtctta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--AAAACTACCCTTTCTGGCT-AATC-AA-----------------CTGCC------AC--ACGATAC--AT-GCATA-CGTGA-ACTGTTGC-A-----------------------TAT-CAAAT----A--AAA----------------------ATA-TCAAATT--T--gctcattagaaaccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTGTTTCTATCCGTATATAATATCGCCAAGATG----AA---CAT--C-------ATCAGATGCACTGAT--GGATCGTACCACCCTat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacaaaattctacacaggtgatgtgAAAG-----ATGATGTACAT-----ACACCATTTACAC----TTT-GTAGA--ATGGC---------A---AGCCAAAC-CTCTCCCAT--TT------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTATTG---ATTT-A---ATAGACATTTATTGATCCGTATGT-----CGCCATTATG----AG---TATCAC--GATGCATCAG-TGCACCGAT--GGATTGACCCGCCCTTccctgaagttatgttatgtagcccaccatattttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATA-TTGAC------ACAGACGATag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCAAATC-GATACGT--ATCACGGTATTTCATAATTTGAC--ATAATAC-GAT-ACATATtaaatgttcaaattcatactaagcggctaaaaat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTGGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATT-GATACGT--ATCACAATATTTGAC------AC--ACGATAC-AAT-ACATGTCGTGATACA-TTGC-A----------------------TTAT-C-AAT----G--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATG-TCAAATT--T--TACAT-TA--------T-------TATT-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCACGTCAAGT-TC---------TAAGAAAG-----ATGATGTTTATTATGTGCACTGTTTACAC----TTTCATAGA--ATGGC----A----ATTGAGTCAAAC-CTTT---AT--TT------TTT--GCTCTACATGTACATTCATTTTCTAC--TAGGCAAAC-TAAAAATTCCTGACTTGTGACGTTCATATA-CTTT-----TGG-AA--AATTCTATATCAGGTATCATA-ATTT-A---ATAGACATGCATCAATCTGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TCT--C--GATGTATT-G-TGCACCACT--GGATCGTACCATCCTTaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGAGGTGG--G---A-CG--A----TACCCCTTCTAGCCCAAAT-GATACATAAATCACAATATTTGAT------AC--ACAATAT-GAT-ACATATC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATATTTGAC------AC--ACGATa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGTTGG--GCATA-CG--A----TATCCTCTCTTACTGAACC-AATACGT--ATCGCGATATTTAAttaaatgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agGGGGAGG--G---A-CG--A----TACC-TTTATAGCCAAATC-GATATGT--ATCACGATATTTGAC------TC--CCGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAA----A--ATATC-TAG-AA-----AAA--A-AATA-TCAAACTTAT--T-TAT-TC--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCG-AAAACTTC-T--TAAAT-TCTT-TC----TAAGAAA--------GATGTTTATTGTATACACCATGTACAC----TTTCATAGAATATGGC----AATTTA---AACCAAAC-CTCT---TT--TT------TTT------TAC-A-----TTCATTTTCTACTATAGGCAGAA-TAAAAATACCCAACTTGTGATGTTTGTATA-CTTT-----TGG-AAGGAA--------CGGGTATCATA-ATTT-G---ATAGACATGTATTGATCCATATAT-----CGCCAAGATGATCAAG---TAT--CATGATGCATCGG-TGCACTAATCCGGATTGTCCTATCCTTttgaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTCTCCAAATC-GATACGT--ATC---ATATTTGAC-------------ATAC-GAT-GCATATCGTGATACT-CTGCGA------------------------AC-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----ACA--A-GATA-TAAAATT--TAGT-TAT-T---------TTTACATGTATC-T-CGTAAAGCTCCA-AAGACTTTA---CAAAT-TGTT-CT----TGAGAAAG-----ATAATGT---TTAT-TACCCTATTTACAC----TTTTGTAGA--ATCGC---------A---AGCCAAAC-CCCT----T--TT------T------TCTA-TG-----TTAATTTTCTTC--TACGCAGAC-TAAATATATCCGACTTGAAAC-TTCTTTTT-TTTTGTATGTGGAAA--AACGCTAT------TATCGTATATTA-A---ATGGGCATGTATCGATCCGCATAT-----CGCCAAAAGGAGTTAG---TAT--CATGATGTATTGG-TGCACCCAT--GGATCGCCTCACCCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtaGGGGTGG--G---A-CA--A----TGTCC---------------AATATGT--ATCGCAATATTTGAC------AC--ACGATACCAAT-GCTTATCCTGATACT-TTGC-A----------------------TT-T-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AAGAAAAAAA--A-GATT-TCAGCTT--TATT-CAT-TG--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAATTTTCAC---AAAT-TCTT-TA----TAAGAAAG-----ATTATGTTTATTATGTACACTGTTTACAC----ATTCATAGA--ATGGC----A----A----GCCAATC-CTCT----T--TT------TTG--GTTCAACCT-----TTCATTTTCTAC--AAGGTGGAC-TAAAAATACCCGACTTGTAAAATTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTAT-------------------CATGTATCGATCTGTATAT-----TGTCAAGATG----AG---TAT--CCAGATGCATTGG-TACACCAGT--GGATCATCTTACCCTTa
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aGGGGTGG--A---A-CG--A----TACCATTTCTGGGTGAACC-GATACGT--ATCACAAAATATGAC------AC--ACGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----G--AAA
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Reference ( family-10578 )    :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             NTGGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--ATCACGATATTTGAC------AC--ACGATAC-GAT-ACATATCGTGATACT-TTGC-A----------------------TTAT-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATN-TCAAATT--T--T-CAT-T---------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCAC--CAAAT-TCTT-CT----TAAGAAAG-----ATGATGTTCATTAT-TACACCGTTTACAC----TTTCGTAGA--ATGGC----A----A---AGCCAAAC-CTCT---AT--TT------TTT--GCTCTACTT-----TTCATTTTCTAC--TAGGCGGAC-TAAAAATACCCGACTTGNGACGTTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTATCGTA-ATTT-A---ATAGACATGTATCGATCCGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TAT--C--GATGCATCGG-TGCACCGAT--GGATCGTCCCACCCTT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGGATG---ATCGCTA----TACCCTTTCTTGCTGAACT-TATACAT--ATCACAAT-TTTAAC------AC--ACAATAC-GAT-AAATATCTTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----A--AAAACTTTG-TA-----AAG--A-AA---TCAAATTA-T--T-CAG-C---------T-------CAAT-A-CA--AA---CCAGAAAACTTGAC--TATATATCTCACTAGAATAAAATAGATCTCATGATGCTCACAAT-Ta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TGCCCTTTCTAGCCAAACT-GATACGT--ATCACAATATTTGAT------AC--TCTATAT-GAT-TCATATCGTGATACT-T------------------------------T-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAAAGA-GATT-TCAAATTGAT--T-CActtctta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--AAAACTACCCTTTCTGGCT-AATC-AA-----------------CTGCC------AC--ACGATAC--AT-GCATA-CGTGA-ACTGTTGC-A-----------------------TAT-CAAAT----A--AAA----------------------ATA-TCAAATT--T--gctcattagaaaccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTGTTTCTATCCGTATATAATATCGCCAAGATG----AA---CAT--C-------ATCAGATGCACTGAT--GGATCGTACCACCCTat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttcacaaaattctacacaggtgatgtgAAAG-----ATGATGTACAT-----ACACCATTTACAC----TTT-GTAGA--ATGGC---------A---AGCCAAAC-CTCTCCCAT--TT------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTATTG---ATTT-A---ATAGACATTTATTGATCCGTATGT-----CGCCATTATG----AG---TATCAC--GATGCATCAG-TGCACCGAT--GGATTGACCCGCCCTTccctgaagttatgttatgtagcccaccatattttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATA-TTGAC------ACAGACGATag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCAAATC-GATACGT--ATCACGGTATTTCATAATTTGAC--ATAATAC-GAT-ACATATtaaatgttcaaattcatactaagcggctaaaaat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTGGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATT-GATACGT--ATCACAATATTTGAC------AC--ACGATAC-AAT-ACATGTCGTGATACA-TTGC-A----------------------TTAT-C-AAT----G--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATG-TCAAATT--T--TACAT-TA--------T-------TATT-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCACGTCAAGT-TC---------TAAGAAAG-----ATGATGTTTATTATGTGCACTGTTTACAC----TTTCATAGA--ATGGC----A----ATTGAGTCAAAC-CTTT---AT--TT------TTT--GCTCTACATGTACATTCATTTTCTAC--TAGGCAAAC-TAAAAATTCCTGACTTGTGACGTTCATATA-CTTT-----TGG-AA--AATTCTATATCAGGTATCATA-ATTT-A---ATAGACATGCATCAATCTGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TCT--C--GATGTATT-G-TGCACCACT--GGATCGTACCATCCTTaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGAGGTGG--G---A-CG--A----TACCCCTTCTAGCCCAAAT-GATACATAAATCACAATATTTGAT------AC--ACAATAT-GAT-ACATATC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATATTTGAC------AC--ACGATa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGTTGG--GCATA-CG--A----TATCCTCTCTTACTGAACC-AATACGT--ATCGCGATATTTAAttaaatgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agGGGGAGG--G---A-CG--A----TACC-TTTATAGCCAAATC-GATATGT--ATCACGATATTTGAC------TC--CCGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAA----A--ATATC-TAG-AA-----AAA--A-AATA-TCAAACTTAT--T-TAT-TC--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCG-AAAACTTC-T--TAAAT-TCTT-TC----TAAGAAA--------GATGTTTATTGTATACACCATGTACAC----TTTCATAGAATATGGC----AATTTA---AACCAAAC-CTCT---TT--TT------TTT------TAC-A-----TTCATTTTCTACTATAGGCAGAA-TAAAAATACCCAACTTGTGATGTTTGTATA-CTTT-----TGG-AAGGAA--------CGGGTATCATA-ATTT-G---ATAGACATGTATTGATCCATATAT-----CGCCAAGATGATCAAG---TAT--CATGATGCATCGG-TGCACTAATCCGGATTGTCCTATCCTTttgaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTCTCCAAATC-GATACGT--ATC---ATATTTGAC-------------ATAC-GAT-GCATATCGTGATACT-CTGCGA------------------------AC-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----ACA--A-GATA-TAAAATT--TAGT-TAT-T---------TTTACATGTATC-T-CGTAAAGCTCCA-AAGACTTTA---CAAAT-TGTT-CT----TGAGAAAG-----ATAATGT---TTAT-TACCCTATTTACAC----TTTTGTAGA--ATCGC---------A---AGCCAAAC-CCCT----T--TT------T------TCTA-TG-----TTAATTTTCTTC--TACGCAGAC-TAAATATATCCGACTTGAAAC-TTCTTTTT-TTTTGTATGTGGAAA--AACGCTAT------TATCGTATATTA-A---ATGGGCATGTATCGATCCGCATAT-----CGCCAAAAGGAGTTAG---TAT--CATGATGTATTGG-TGCACCCAT--GGATCGCCTCACCCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtaGGGGTGG--G---A-CA--A----TGTCC---------------AATATGT--ATCGCAATATTTGAC------AC--ACGATACCAAT-GCTTATCCTGATACT-TTGC-A----------------------TT-T-C-AAT----A--AAAAC-TAG-AAGAAAAAAA--A-GATT-TCAGCTT--TATT-CAT-TG--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAATTTTCAC---AAAT-TCTT-TA----TAAGAAAG-----ATTATGTTTATTATGTACACTGTTTACAC----ATTCATAGA--ATGGC----A----A----GCCAATC-CTCT----T--TT------TTG--GTTCAACCT-----TTCATTTTCTAC--AAGGTGGAC-TAAAAATACCCGACTTGTAAAATTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTAT-------------------CATGTATCGATCTGTATAT-----TGTCAAGATG----AG---TAT--CCAGATGCATTGG-TACACCAGT--GGATCATCTTACCCTTa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCTGAATC-AAT------------------GAC------AC--ACGATAC-AAT-GCATATCGTGATACT-TTGC-A----------------------T-AT-C-AAT----A--AAAA----------------------TA-TCAAATT--T-----AT-T---------T--------ATC----AT-AATCTC-A-AGAACTTAAC---AAAT-CATT-CT----TAATAAAG-----AT--TATT-ATTATGTATACCAGTTACAT----TTTTGTAGA--ATGGC---------A---AGCAAAGC-CTCT---TT--TT------TTTTGGCTCTACCT-----TTTATTTTGTAC--TTGGTGGAC-TAAAACTTCCTGACTTGAAATGTTTGTATA-C-TT-----TGG-AA--AACACGGTGTCAGATATCGTA-ATTT-A---GTAGACAAGCATCGATCCATATAT-----CGCCAAAATG----AG---TATCAC--AATGCATAGG-AGTACTGAT--GGATCATTTCACTCT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aGGGGTGG--A---A-CG--A----TACCATTTCTGGGTGAACC-GATACGT--ATCACAAAATATGAC------AC--ACGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC-A-----------------------TAT-C-AAT----G--AAA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cTACCCGACTTGGAGCGTTCGTATA-TTTT-----TGG-AA--AACTCCATGCAGGGTATCATA-ATTT-G---ATAGACATcccgacttgcttcctgtcaaaagttacgttacacagtctgctatggtttatttcattattttttctacattcattacccgacttggagcgttcgtatatttttggaaaactccatgcagggtatcataatttgatagacat


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AT CAT T  CT AAAC              A    .       AA               AATTTG  AG       C   A               G    G TT                        . A   .    .      TT  AAGAAAA    AG A   T       TTAGTTATTTTTACATGT                TA             G         CGTC    A    ACTAGAA        ATCTC  G    TTATTATG              ATTT   C     AT     AATTT     TTGA       G    CCCA GA  CCCTGATTTGC      CATGTACA            TA         G                 T            T    GTATG   A  GG  T                  T    CAATT                        AATAT          ATCA  TAC   CAG         CT A         CC
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Reference ( family-10578 )    :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             NTGGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--ATCACGATATTTGAC------AC--ACGATAC-GAT-ACATATCGTGATACT-TTGC--------AT-A----------------TC-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATN-TCAAATTTATTCATT---------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCAC--CAAAT-TCTT-CT----TAAGAAAG-----ATGATGTTCAT--TAT--A--CACCGTTTACAC----TTTCGTAGA--ATGGC----A----A---AGCCAAAC-CTCT---AT--TT------TTT--GCTCTACTT-----TTCATTTTCTAC--TAGGCGGAC-TAAAAATACCCGACTTGNGACGTTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTATCGTA-ATTT-A---ATAGACATGTATCGATCCGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TAT--C--GATGCATCGG-TGCACCGAT--GGATCGTCCCACCCTT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatGGGGTGGATG---ATCGCTA----TACCCTTTCTTGCTGAACT-TATACAT--ATCACAAT-TTTAAC------AC--ACAATAC-GAT-AAATATCTTGATACT-TTGC--------AT-A----------------TC-AAT----A--AAAACTTTG-TA-----AAG--A-AA---TCAAA-TTATTCAGC---------T-------CAAT-A-CA--AA---CCAGAAAACTTGAC--TATATATCTCACTAGAATAAAATAGATCTCATGATGCTCAa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TGCCCTTTCTAGCCAAACT-GATACGT--ATCACAATATTTGAT------AC--TCTATAT-GAT-TCATATCGTGATACT-T-------------------------------TC-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----AAAAGA-GATT-TCAAATTGATTCAcaattcttctta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--AAAACTACCCTTTCTGGCT-AATC-AAC-----------------TGCC------AC--ACGATAC--AT-GCATA-CGTGA-ACTGTTGC--------AT-A----------------TCAAAT----A--AAA----------------------ATA-TCAAATTTATgctcattagaaaccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aTGTTTCTATCCGTATATAATATCGCCAAGATG----AA---CAT--C-------ATCAGATGCACTGAT--GGATCGTACCACCCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttcacaaaattctacacaggtgatgtgAAAG-----ATGATGTACAT-------A--CACCATTTACAC----TTT-GTAGA--ATGGC---------A---AGCCAAAC-CTCTCCCAT--TT------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTATTG---ATTT-A---ATAGACATTTATTGATCCGTATGT-----CGCCATTATG----AG---TATCAC--GATGCATCAG-TGCACCGAT--GGATTGACCCGCCCTTccctgaagttatgttatgtagcccaccatattttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATA-TTGAC------ACAGACGATag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCAAATC-GATACGT--ATCACGGTATTTCATAATTTGAC--ATAATAC-GAT-ACATATtaaatgttcaaattcatactaagcggctaaaaat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTGGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATT-GATACGT--ATCACAATATTTGAC------AC--ACGATAC-AAT-ACATGTCGTGATACA-TTGC--------ATTA----------------TC-AAT----G--AAAAC-TAG-AA-----AAA--A-GATG-TCAAATTT-TACATTA--------T-------TATT-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCACGTCAAGT-TCT---------AAGAAAG-----ATGATGTTTAT--TAT--GTGCACTGTTTACAC----TTTCATAGA--ATGGC----A----ATTGAGTCAAAC-CTTT---AT--TT------TTT--GCTCTACATGTACATTCATTTTCTAC--TAGGCAAAC-TAAAAATTCCTGACTTGTGACGTTCATATA-CTTT-----TGG-AA--AATTCTATATCAGGTATCATA-ATTT-A---ATAGACATGCATCAATCTGTATAT-----CGCCAAGATG----AG---TCT--C--GATGTATT-G-TGCACCACT--GGATCGTACCATCCTTaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGAGGTGG--G---A-CG--A----TACCCCTTCTAGCCCAAAT-GATACATAAATCACAATATTTGAT------AC--ACAATAT-GAT-ACATATC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaGGGTGG--G---A-TG--A----TACCCTTTCTAGCCGAATC-GATACGT--AGCAGGATATTTGAC------AC--ACGATa
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGTTGG--GCATA-CG--A----TATCCTCTCTTACTGAACC-AATACGT--ATCGCGATATTTAAttaaatgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agGGGGAGG--G---A-CG--A----TACC-TTTATAGCCAAATC-GATATGT--ATCACGATATTTGAC------TC--CCGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC--------AT-A----------------TC-AAA----A--ATATC-TAG-AA-----AAA--A-AATA-TCAAACTTATTTATTC--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCG-AAAACTTC-T--TAAAT-TCTT-TC----TAAGAAA--------GATGTTTATTGTAT--A--CACCATGTACAC----TTTCATAGAATATGGC----AATTTA---AACCAAAC-CTCT---TT--TT------TTT------TAC-A-----TTCATTTTCTACTATAGGCAGAA-TAAAAATACCCAACTTGTGATGTTTGTATA-CTTT-----TGG-AAGGAA--------CGGGTATCATA-ATTT-G---ATAGACATGTATTGATCCATATAT-----CGCCAAGATGATCAAG---TAT--CATGATGCATCGG-TGCACTAATCCGGATTGTCCTATCCTTttgaca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTCTCCAAATC-GATACGT--ATCA---TATTTGAC------A-------TAC-GAT-GCATATCGTGATACT-CTGC--------GA-A----------------CC-AAT----A--AAAAC-TAG-AA-----ACA--A-GATA-TAAAATTTAGTTATT---------TTTACATGTATC-T-CGTAAAGCTCCA-AAGACTTTA---CAAAT-TGTT-CT----TGAGAAAG-----ATAATGTTTAT----T--A--CCCTATTTACAC----TTTTGTAGA--ATCGC---------A---AGCCAAAC-CCCT----T--TT------T------TCTA-TG-----TTAATTTTCTTC--TACGCAGAC-TAAATATATCCGACTTGAAAC-TTCTTTTT-TTTTGTATGTGGAAA--AACGCTAT------TATCGTATATTA-A---ATGGGCATGTATCGATCCGCATAT-----CGCCAAAAGGAGTTAG---TAT--CATGATGTATTGG-TGCACCCAT--GGATCGCCTCACCCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtaGGGGTGG--G---A-CA--A----TGTCC---------------AATATGT--ATCGCAATATTTGAC------AC--ACGATACCAAT-GCTTATCCTGATACT-TTGC--------AT-T----------------TC-AAT----A--AAAAC-TAG-AAGAAAAAAA--A-GATT-TCAGCTTTATTCATTG--------T-------TATC-T-CATGAAGCTCCA-AAATTTTCAC---AAAT-TCTT-TA----TAAGAAAG-----ATTATGTTTAT--TATGTA--CACTGTTTACAC----ATTCATAGA--ATGGC----A----A----GCCAATC-CTCT----T--TT------TTG--GTTCAACCT-----TTCATTTTCTAC--AAGGTGGAC-TAAAAATACCCGACTTGTAAAATTCGTATA-CTTT-----TGG-AA--AACGCTATGTCGGGTAT-------------------CATGTATCGATCTGTATAT-----TGTCAAGATG----AG---TAT--CCAGATGCATTGG-TACACCAGT--GGATCATCTTACCCTTa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCTGAATC-AAT------------------GAC------AC--ACGATAC-AAT-GCATATCGTGATACT-TTGC--------AT-A----------------TC-AAT----A--AAAA----------------------TA-TCAAATTTATTTAT-------------------------CAT-AATCTC-A-AGAACTTAAC---AAAT-CATT-CT----TAATAAAG-----AT--TATT-AT--TATGTA--TACCAGTTACAT----TTTTGTAGA--ATGGC---------A---AGCAAAGC-CTCT---TT--TT------TTTTGGCTCTACCT-----TTTATTTTGTAC--TTGGTGGAC-TAAAACTTCCTGACTTGAAATGTTTGTATA-C-TT-----TGG-AA--AACACGGTGTCAGATATCGTA-ATTT-A---GTAGACAAGCATCGATCCATATAT-----CGCCAAAATG----AG---TATCAC--AATGCATAGG-AGTACTGAT--GGATCATTTCACTCT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aGGGGTGG--A---A-CG--A----TACCATTTCTGGGTGAACC-GATACGT--ATCACAAAATATGAC------AC--ACGATAT-GAT-ACATATTGTGATACT-TTGC--------AT-A----------------TC-AAT----G--A-------------------------------AATTTATTCA--------------------ACC---CAC-------------ACTTCAG--CTAGT-T-----T----TAAGAA--------TAATGTTC----CA---A--CACCATTTTCAC----TTTTGTAGA--ATGAC---------A---ACCCAAAC-CTCTCCCAT--TTCCCTGATTT--GCT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ta---AT--TT------TTG--GTTCTACTT-----T-CATTTTCTAC--TAGGCAGAA-TAAAAATACCCAACTTGAAATGTTCGTTTATTTTT-----TGG-AA--AATACTATGTCAGGTATCATA-tccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgtcatttttggttctactttcattttctactaggcagaataaaaatacccaacttgaaatgttcgtttattttttggaaaatactatgtcaggtatcata
gi|8                          :                                                                                           taggggtggaacgataccatttctgggtgaaccgatacgtatcacaaaatatgacacacgatatgatacatattgtgatactttgcatatcaatgaaatttattcaacccacacttcagctagttttaagaataatgttccaacaccattttcacttttgtagaatgacaacccaaacctctcccatttccctgatttgcttccagtcgaaagttacgctatgtagtccgctatatttaatttgtcGGTGG--G---A-CG--A----TACCCTTTCTAGCCAAATC-GATACGT--ATCGCGGTATTTGAC------AC--ATGACAT-GGTAACATGTCGTGATACT-TTGC--------AT-A----------------TC-AAT----A--AAAAG-TAGAAA-----AAA--A-GATA-TCAAA---------T---------T-------TATC-T-CCTGAAGCTCTA-AAAACTTCA---CAAAT-TCTT-CT----TAAGAAAG-----ACAAAG---A--------A--GACCATTTACACATTTTTTACTAGG--CTGACTAAAA----A---AGCC---CGCTTT---GTGATG------TTT--G-TATACTT-----TT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agtCATTTTTTAC--TAGGCTGAC-TAAAAAAGCCCGCTTTGTGATGTTTGTATA-CTTT-----TGG-AA--CATGCTATGT-GGGTATCGTA-ATTTCAATTATAGACTTGTATCGATCC--ATAT-----C-CC----TGCA--GG---TAT-----GATGCATTAA-TGCACCAAT--GGATCATCCCACCggaacatgctatgtgggtatcgtaatttcaattatagacttgtatcgatccatatccctgcaggtatgatgcattaatgcaccaatggatcatcccacc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                              agtggtgggacgataccctttctagccaaatcgatacgtatcgcggtatttgacacatgacatggtaacatgtcgtgatactttgcatatcaataaaaagtagaaaaaaagatatcaaatttatctcctgaagctctaaaaacttcacaaattcttcttaagaaagacaaagaagaccatttacaT-GCATATTGTGATACTATTGC--------AT-A----------------TC-AAT----A--AAAAC-TCG-AA-----AAA--AAGATT-TCAAAT---------------------------GCC-T-CATGAAGCTCCA-AAAACTTCAC---AAAT-TCTT-CT----TGAGAAAG-----ATGATGTTTAT----T--A--CAATGTTTACGC----CTTCGTAGA--ATCGC---------A---AGCCAATA-CTCT---
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cTACCCGACTTGGAGCGTTCGTATA-TTTT-----TGG-AA--AACTCCATGCAGGGTATCATA-ATTT-G---ATAGACATcccgacttgcttcctgtcaaaagttacgttacacagtctgctatggtttatttcattattttttctacattcattacccgacttggagcgttcgtatatttttggaaaactccatgcagggtatcataatttgatagacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTTTATTGTGAATTGATGTTTATGGAGTTCTTTTGGTGCATATTATATTTATTAAACTGTTAGA