lowQualScore : 1 11 1 11 11 11 1111 1 33333333
lowQualScore : 1 3 6 44 8 66 22 6 2 4 2 5 00 55 55 777 0000 0 5 5 77777777 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . . . . . .. .. .. ... .... . . . ........ .
lowQualScore : 2 1 2 22 2 88 22 1 7 2 5 6 44 00 88 111 8888 5 0 7 00000000 0
consensus : TTTTCTGCTTT-TCCTAAA--TATNCA-TTTAG-TTTTTA-TACCGTATCAGC-AAACN-TAAA-GAAGTCTTT-CAAATGATAAAG--ACA---ATAATC-ACTA-CAA-TAATN-TTGGCCCCA
Reference ( gi|9 ) : TTTCCTGCTTT-TCCTACA--TATTCA-CTTAT-TTTGTA-TACCGTATCAGC-AGACA-TAAA-TAAGTCTTT-AAAATGATAAAG--ACA---GTAAAC-ACTA-CAG-T-ATA-TTGACCCCA
gi|17 : TTTCCTGCTTTCTCCTCAA--TATGCA-CTTAG-TTTTTA-TACCCTATCATC-AAATA-TAAT-CAAGCCTTT-CAAATGATAAAG--AC
gi|2 : ttaTCTTCTGCTTT-TTCTATA--TATGCA-TTCAG-TTTTTA-TACTGCGTCAGC-AAACA-TAAA-GAAGTC-TT-GAAAT-ATAAAG--AC
gi|7 : cccTTTCCTGTTTT-TCCTAAA--TA-TCATCTTAG-TTTTTA-TACAGTTTCATC-AAACA-TAAA-GCAGCC--------TGATAAAG--ACACTTATAATC-ATCA-CAA-T-AAATTTGGTCCCAtttagctagagtaattttggattcaccttggaccaagtccttaccc
gi|6 : cTTTTCAGCTTT-TCGTAAA--TATCCA-TTTAG-TTTTTA-TACTATATCAGT-AAATT-TGAA-TAAGTCTTT-CAAATGACAAccctg
gi|16 : catctTTTTCTGCTTT-TACTAAA--TATGCA-TATAT-TTT-CA-CACTGTATCAGC-AAAC--TAG---AAGTCATT-CAAATGAT--------A---GTAATC-ATTA-TAttttaatcactgtaataatcacagcccca
gi|1 : tccTTTTCAGCTTT-TCGTA-A--TATCCA-TTTAG-TTTTTAATACTATATCAGT-AAATT-TGAA--AAGTCTTT-CAAAT-ACAAA
gi|13 : catctTCTTCTGCTTT-TCCTAAA--TATGCA-TTGAG-TTTTTC-TACCGTATGAACAAAACA-TGAA-GAAttttaatcactgtaataatcacaagcccaccatgaaacctaagcccttacacc
gi|21 : tccTTTTCTGCTTT-TCCTAAA--TAT--------------TA-TATTGTATCAAC-ACACT-GACA-GAAGTCTTT-CAAATaaaaaaaacaacatgcaatcactgtaatga
gi|5 : catccTTTCTGCTTT-CCTTAAA---ACTGA-ATTTTGTTTGTA-CAACGCATCAGC-AAATT-TAAA-CAAGTCTTT-TAAATGATACAG--ACA---ATAATC-ACCA-TAA-TAATC-CTGGCCCCA
gi|14 : attccTTCTTGCTTT-TCCTAAA--TTATCA-TTAAA-TTTTTA-TCCCGTATCAGC-AAACT-TAAA-GAAATCTct
gi|8 : accCTGCTTT-TCCTAAA--TATGCA-CTTTG-TTTATG-TACTGTATCAGC-GAGCT-TTGA-GAAG--TTT-AAAA----AAAA--AAT---GAAAATGACTA-AAATT-ACA-TCGATCCCcacacaagtaataatcactgaacaatta
gi|4 : TGCTTT-TTCTAAAATTATGCG-TTTAG-TTT-TA-AACAGTATCAGC-TAATA-TAAA-GAGGTATTT-CAAATGATAAA---ACA---ATGATC-ACTA-tccctggtacca
gi|20 : acatccttcttTTT-TTCTAAA--TAATCA-TTTAC-TTTTCA-CCCTATATCAGT-AAACAATAAG--AAGTCTTC-CAAATGATttataataattctggttcca
gi|11 : ttttgT-CTTCTA-TACTGTAT-AGC-TAACG-TAGAGTAAGTCTTTTCAAATGATACAGGAACA---AT-AAC-ACTATCA----ATT-TTGGCCCCA
gi|19 : ttaaaactgctattagtcTTTTA-TACAGTACTAGA-AGATC-TAAA-TAAGTTTTT-CAAATGATAAAT--ACA---ATAATC-GCTA-CAA-TAATT-TTGGCCCCAcactgaaa
gi|18 : ACAGCATCAGC-AAATT-TCAA-GAACTCTTT-TAAATGATAAAG--ACA---ATAATC-ACT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TACATCCCTGTCTGCTTTTTTTTTTTAATATGCATTTAGCCTTAATAAAGTATCAGCAAAATTATAGAAGTGTGTTAATTGATAGGCAGTTAATCACTATGACCTTTTTGGTCCAAGCCT
Unaligned ( gi|10 ): TATATTCCTCTCTGCTTTTCCTTAATATGCATTTCTTTACCATAAAATATCATCAAAATCAAAGGACCTAGACATTTAATCACTATGAACATTTTGCTCCACCCTG
Unaligned ( gi|12 ): TGGTTTTCCTGAATATGCATTTAACTTTCATTCAGTCCCAGCAAAATAACGGAAACATGAAATAATCACTGTAAAATGTTTGGTCTCACTTTGGAA
Unaligned ( gi|15 ): AATATACATTTGATTTTCATACTGTATCAGCAAACTTAACAATGTATTTTAAGTAATCACTGCAATAATTTTAGTTGCACAATATGACAAA
Unaligned ( gi|22 ): TATACAAATCTTTCGAATGATACGTTTAAAGACAATAATCATTTTGATAACTTTGGTCCCACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 2 333 55 7 2 0 333 2 5 1 11 1 1 2 22 88888888888888888888888888 333 22 3 33
lowQualScore : . ... .. . . . ... . . . .. . . . .. .......................... ... .. . ..
lowQualScore : 4 999 33 5 1 4 555 0 2 9 11 9 8 1 33 11111111111111111111111111 777 99 2 77
consensus : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---T--ATAATAAT-TTTGGCCCCA
Reference ( family-1052 ) : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATNCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---T--ACAATAAT-NTTGGCCCCA
gi|1 : TTTTCAGCTTT-TCGTA---A---TATCCAT-TTAGT---TTTTAATACTATATCAGT-AAATTTGA-A--AAGTCTTT-CAAAT---------------ACA---AATTTTAATCAC---T--GTAATAAT-
gi|10 : catctTCTCTGCTTT-TCCTT---AA--TATGCAT-TTCTT---TACC-ATAAAATATCATC-AAAATCAA-AG-GA-CCT-------------------AG--ACAT--T----TAATCAC---T--ATGAACAT-TTT-GCTCCAcacaagcccaccatgaaacctaagcccttacacc
gi|11 : tatattcc-TTAGTCTCTTCT-ATACTGTAT-AGC-TAACGTAG-AGTAAGTCTTTTCAAATGATA------CAGGAACA---A----TAA-CAC---T--AT--CAAT-TTTGGCCCCAccctg
gi|12 : ttaaaactgctaTGGTTT-TCCTG---AA--TATGCAT-TTAAC---TTTC-ATTCAGTCCCAGC-AAA-ATAACGG-AA--------ACATGA---------------A---A----TAATCAC---T--GTAA-AATGTTTGGTCTCAcactgaaa
gi|13 : TCTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TGAGT---TTTT-CTACCGTATGAACAAAACATGA-AG-AA--------AAA----A------AAA--ACA---ACATGCAATCAC---T--GTAATGActttggaa
gi|14 : tccTTCTTGCTTT-TCCTA---AAT-TAT-CAT-TAAAT---TTTT-ATCCCGTATCAGC-AAACTTAA-AG-AAATC--T-CACAC----------AAG---TA---A----TAATCAC---TGAACAAT
gi|15 : acc---AA--TATACAT-TTGAT---TTTC-ATACTGTATCAGC-AAACTTAA-CA-ATGTATTT-TA--------------------A---G----TAATCAC---T--GCAATAAT-TTTAGta
gi|16 : TTTTCTGCTTT-TACTA---AA--TATGCAT-ATA-T---TTTC-ACACTGTATCAGC-AAACT----AG-AAGTCATT-CAAATGAT--------------A---G----TAATCAT---T--ATAttgcacaatatgacaaa
gi|17 : tccTTTCCTGCTTTCTCCTC---AA--TATGCAC-TTAGT---TTTT-ATACCCTATCATC-AAATATAA-TC-AAGCCTTT-CAAATGATA------AAG--AC
gi|18 : ttaACAGCATCAGC-AAATTTCA-AG-AACTCTTT-TAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---T--GAAATAA
gi|19 : taaacctaaattctagcaca---TTTT-ATACAGTACTAGA-AGATCTAA-AT-AAGTTTTT-CAAATGATA------AAT--ACA---A----TAATCGC---T--ACAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|2 : TCTTCTGCTTT-TTCTA---TA--TATGCAT-TCAGT---TTTT-ATACTGCGTCAGC-AAACATAA-AG-AAGTC-TT-GAAAT-ATA------AAG--ACT---T----TA---GC---T--AGAGTAAT-TTTGG
gi|20 : cccTTTTGTTTT-TC-TA---AA--TAATCAT-TTACT---TTTC-ACCCTATATCAGT-AAACAATA-AG-AAGTCTTC-CAAATGATattcaccttggaccaagtccttaccc
gi|21 : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TAT----------------T-ATATTGTATCAAC-ACACTGAC-AG-AAGTCTTT-CAAAT
gi|22 : catcc-AAATCTTT-CGAATGATACGTTTAAAG--ACA---A----TAATCAT---T--TTGATAAC-TTTGGTCCCA
gi|3 : tatacTCTGCTTT-TTTTTTTTAA--TATGCAT-TTAGC---CTTA-ATAAAGTATCAGC-AAAATTAT-AG-AAGTGTGT-TAATTGAT--------AG--GCA---GT---TAATCAC---T--ATGACCTT-TTTGGTCCcc
gi|4 : tacatccctgTTCTTTGCTTT-TTCTA---AAATTATGCGT-TTAGT---TTTA-A-ACAGTATCAGC-TAATATAA-AG-AGGTATTT-CAAATGATA------AA---ACA---A----TGATCACTATT--ATAATAAT-TCTGGTTCCAaagcct
gi|5 : acatccTTTCTGCTTT-CCTTA---AA--ACTGAAT-TTTGT---TTGT-ACAACGCATCAGC-AAATTTAA-AC-AAGTCTTT-TAAATGATA------CAG--ACA---A----TAATCAC---C--ATAATAAT-CCTGGCCCCA
gi|6 : attccTTTTCAGCTTT-TCGTA---AA--TATCCAT-TTAGT---TTTT-ATACTATATCAGT-AAATTTGA-AT-AAGTCTTT-CAAAT------------G--ACA---ATTT-TAATCAC---T--GTAATAAT-CACAGCCCCAct
gi|7 : catctTTTCCTGTTTT-TCCTA---AA--TAT-CATCTTAGT---TTTT-ATACAGTTTCATC-AAACATAA-AG-CAGCC--------TGATA------AAG--ACACTTA----TAATCAT---C--ACAATAAA-TTTGGTCCCA
gi|8 : cCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAC-TTTGT---TTAT-GTACTGTATCAGC-GAGCTTTG-AG-AAG---TT-TAAA--AAA------AAA--ATG---A----AAATGAC---T--AAAATTAC-ATCGATCCCccctg
gi|9 : TTTCCTGCTTT-TCCTA---CA--TATTCAC-TTATT---TTGT-ATACCGTATCAGC-AGACATAA-AT-AAGTCTTT-AAAATGATA------AAG--ACA---G----TAAACAC---T--ACAGT-AT-ATTGACCCCAtccctggtacca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 2 333 55 4 2 0 333 2 5 1 11 1 1 2 22 88888888888888888888888888 333 0 2
lowQualScore : . ... .. . . . ... . . . .. . . . .. .......................... ... . .
lowQualScore : 4 999 33 8 1 4 555 0 2 9 11 9 8 1 33 11111111111111111111111111 777 7 7
consensus : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
Reference ( family-1052 ) : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|1 : TTTTCAGCTTT-TCGTA---A---TATCCAT-TTAGT---TTTTAATACTATATCAGT-AAATTTGA-A--AAGTCTTT-CAAAT---------------ACA---AATTTTAATCAC---TGTAATAAT-
gi|10 : catctTCTCTGCTTT-TCCTT---AA--TATGCAT-TTCTT---TACC-ATAAAATATCATC-AAAATCAA-AG-GA-CCT-------------------AG--ACAT--T----TAATCAC---TATGAACAT-TTT-GCTCCAcacaagcccaccatgaaacctaagcccttacacc
gi|11 : tatattcc-TTAGTCTCTTCT-ATACTGTAT-AGC-TAACGTAG-AGTAAGTCTTTTCAAATGATA------CAGGAACA---A----TAA-CAC---TAT--CAAT-TTTGGCCCCAccctg
gi|12 : ttaaaactgctaTGGTTT-TCCTG---AA--TATGCAT-TTAAC---TTTC-ATTCAGTCCCAGC-AAA-ATAACGG-AA--------ACATGA---------------A---A----TAATCAC---TGTAA-AATGTTTGGTCTCAcactgaaa
gi|13 : TCTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TGAGT---TTTT-CTACCGTATGAACAAAACATGA-AG-AA--------AAA----A------AAA--ACA---ACATGCAATCAC---TGTAATGActttggaa
gi|14 : tccTTCTTGCTTT-TCCTA---AAT-TAT-CAT-TAAAT---TTTT-ATCCCGTATCAGC-AAACTTAA-AG-AAATC--T-CACAC----------AAG---TA---A----TAATCAC---TG-AACAAT-
gi|15 : acc---AA--TATACAT-TTGAT---TTTC-ATACTGTATCAGC-AAACTTAA-CA-ATGTATTT-TA--------------------A---G----TAATCAC---TGCAATAAT-TTTAGa
gi|16 : TTTTCTGCTTT-TACTA---AA--TATGCAT-ATA-T---TTTC-ACACTGTATCAGC-AAACT----AG-AAGTCATT-CAAATGAT--------------A---G----TAATCAT---TATAttgcacaatatgacaaa
gi|17 : tccTTTCCTGCTTTCTCCTC---AA--TATGCAC-TTAGT---TTTT-ATACCCTATCATC-AAATATAA-TC-AAGCCTTT-CAAATGATA------AAG--AC
gi|18 : ttaACAGCATCAGC-AAATTTCA-AG-AACTCTTT-TAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TGAAATAA
gi|19 : taaacctaaattctagcaca---TTTT-ATACAGTACTAGA-AGATCTAA-AT-AAGTTTTT-CAAATGATA------AAT--ACA---A----TAATCGC---TACAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|2 : TCTTCTGCTTT-TTCTA---TA--TATGCAT-TCAGT---TTTT-ATACTGCGTCAGC-AAACATAA-AG-AAGTC-TT-GAAAT-ATA------AAG--ACT---T----TA---GC---TAGAGTAAT-TTTGG
gi|20 : cccTTTTGTTTT-TC-TA---AA--TAATCAT-TTACT---TTTC-ACCCTATATCAGT-AAACAATA-AG-AAGTCTTC-CAAATGATattcaccttggaccaagtccttaccc
gi|21 : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TAT----------------T-ATATTGTATCAAC-ACACTGAC-AG-AAGTCTTT-CAAAT
gi|22 : catcc-AAATCTTT-CGAATGATACGTTTAAAG--ACA---A----TAATCAT---TTTGATAAC-TTTGGTCCCA
gi|3 : tatacTCTGCTTT-TTTTTTTTAA--TATGCAT-TTAGC---CTTA-ATAAAGTATCAGC-AAAATTAT-AG-AAGTGTGT-TAATTGAT--------AG--GCA---GT---TAATCAC---TATGACCTT-TTTGGTCCcc
gi|4 : tacatccctgTTCTTTGCTTT-TTCTA---AAATTATGCGT-TTAGT---TTTA-A-ACAGTATCAGC-TAATATAA-AG-AGGTATTT-CAAATGATA------AA---ACA---A----TGATCACTATTATAATAAT-TCTGGTTCCAaagcct
gi|5 : acatccTTTCTGCTTT-CCTTA---AA--ACTGAAT-TTTGT---TTGT-ACAACGCATCAGC-AAATTTAA-AC-AAGTCTTT-TAAATGATA------CAG--ACA---A----TAATCAC---CATAATAAT-CCTGGCCCCA
gi|6 : attccTTTTCAGCTTT-TCGTA---AA--TATCCAT-TTAGT---TTTT-ATACTATATCAGT-AAATTTGA-AT-AAGTCTTT-CAAAT------------G--ACA---ATTT-TAATCAC---TGTAATAAT-CACAGCCCCAct
gi|7 : catctTTTCCTGTTTT-TCCTA---AA--TAT-CATCTTAGT---TTTT-ATACAGTTTCATC-AAACATAA-AG-CAGCC--------TGATA------AAG--ACACTTA----TAATCAT---CACAATAAA-TTTGGTCCCA
gi|8 : cCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAC-TTTGT---TTAT-GTACTGTATCAGC-GAGCTTTG-AG-AAG---TT-TAAA--AAA------AAA--ATG---A----AAATGAC---TAAAATccctg
gi|9 : TTTCCTGCTTT-TCCTA---CA--TATTCAC-TTATT---TTGT-ATACCGTATCAGC-AGACATAA-AT-AAGTCTTT-AAAATGATA------AAG--ACA---G----TAAACAC---TACAGT-AT-ATTGACCCCAtacatcgatccctccctggtacca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 2 333 55 4 2 0 333 2 5 1 11 1 1 2 22 88888888888888888888888888 333 0 2
lowQualScore : . ... .. . . . ... . . . .. . . . .. .......................... ... . .
lowQualScore : 4 999 33 8 1 4 555 0 2 9 11 9 8 1 33 11111111111111111111111111 777 7 7
consensus : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
Reference ( family-1052 ) : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|1 : TTTTCAGCTTT-TCGTA---A---TATCCAT-TTAGT---TTTTAATACTATATCAGT-AAATTTGA-A--AAGTCTTT-CAAAT---------------ACA---AATTTTAATCAC---TGTAATAAT-
gi|10 : catctTCTCTGCTTT-TCCTT---AA--TATGCAT-TTCTT---TACC-ATAAAATATCATC-AAAATCAA-AG-GA-CCT-------------------AG--ACAT--T----TAATCAC---TATGAACAT-TTT-GCTCCAcacaagcccaccatgaaacctaagcccttacacc
gi|11 : tatattcc-TTAGTCTCTTCT-ATACTGTAT-AGC-TAACGTAG-AGTAAGTCTTTTCAAATGATA------CAGGAACA---A----TAA-CAC---TAT--CAAT-TTTGGCCCCAccctg
gi|12 : ttaaaactgctaTGGTTT-TCCTG---AA--TATGCAT-TTAAC---TTTC-ATTCAGTCCCAGC-AAA-ATAACGG-AA--------ACATGA---------------A---A----TAATCAC---TGTAA-AATGTTTGGTCTCAcactgaaa
gi|13 : TCTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TGAGT---TTTT-CTACCGTATGAACAAAACATGA-AG-AA--------AAA----A------AAA--ACA---ACATGCAATCAC---TGTAATGActttggaa
gi|14 : tccTTCTTGCTTT-TCCTA---AAT-TAT-CAT-TAAAT---TTTT-ATCCCGTATCAGC-AAACTTAA-AG-AAATC--T-CACAC----------AAG---TA---A----TAATCAC---TG-AACAAT-
gi|15 : acc---AA--TATACAT-TTGAT---TTTC-ATACTGTATCAGC-AAACTTAA-CA-ATGTATTT-TA--------------------A---G----TAATCAC---TGCAATAAT-TTTAGa
gi|16 : TTTTCTGCTTT-TACTA---AA--TATGCAT-ATA-T---TTTC-ACACTGTATCAGC-AAACT----AG-AAGTCATT-CAAATGAT--------------A---G----TAATCAT---TATAttgcacaatatgacaaa
gi|17 : tccTTTCCTGCTTTCTCCTC---AA--TATGCAC-TTAGT---TTTT-ATACCCTATCATC-AAATATAA-TC-AAGCCTTT-CAAATGATA------AAG--AC
gi|18 : ttaACAGCATCAGC-AAATTTCA-AG-AACTCTTT-TAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TGAAATAA
gi|19 : taaacctaaattctagcaca---TTTT-ATACAGTACTAGA-AGATCTAA-AT-AAGTTTTT-CAAATGATA------AAT--ACA---A----TAATCGC---TACAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|2 : TCTTCTGCTTT-TTCTA---TA--TATGCAT-TCAGT---TTTT-ATACTGCGTCAGC-AAACATAA-AG-AAGTC-TT-GAAAT-ATA------AAG--ACT---T----TA---GC---TAGAGTAAT-TTTGG
gi|20 : cccTTTTGTTTT-TC-TA---AA--TAATCAT-TTACT---TTTC-ACCCTATATCAGT-AAACAATA-AG-AAGTCTTC-CAAATGATattcaccttggaccaagtccttaccc
gi|21 : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TAT----------------T-ATATTGTATCAAC-ACACTGAC-AG-AAGTCTTT-CAAAT
gi|22 : catcc-AAATCTTT-CGAATGATACGTTTAAAG--ACA---A----TAATCAT---TTTGATAAC-TTTGGTCCCA
gi|3 : tatacTCTGCTTT-TTTTTTTTAA--TATGCAT-TTAGC---CTTA-ATAAAGTATCAGC-AAAATTAT-AG-AAGTGTGT-TAATTGAT--------AG--GCA---GT---TAATCAC---TATGACCTT-TTTGGTCCcc
gi|4 : tacatccctgTTCTTTGCTTT-TTCTA---AAATTATGCGT-TTAGT---TTTA-A-ACAGTATCAGC-TAATATAA-AG-AGGTATTT-CAAATGATA------AA---ACA---A----TGATCACTATTATAATAAT-TCTGGTTCCAaagcct
gi|5 : acatccTTTCTGCTTT-CCTTA---AA--ACTGAAT-TTTGT---TTGT-ACAACGCATCAGC-AAATTTAA-AC-AAGTCTTT-TAAATGATA------CAG--ACA---A----TAATCAC---CATAATAAT-CCTGGCCCCA
gi|6 : attccTTTTCAGCTTT-TCGTA---AA--TATCCAT-TTAGT---TTTT-ATACTATATCAGT-AAATTTGA-AT-AAGTCTTT-CAAAT------------G--ACA---ATTT-TAATCAC---TGTAATAAT-CACAGCCCCAct
gi|7 : catctTTTCCTGTTTT-TCCTA---AA--TAT-CATCTTAGT---TTTT-ATACAGTTTCATC-AAACATAA-AG-CAGCC--------TGATA------AAG--ACACTTA----TAATCAT---CACAATAAA-TTTGGTCCCA
gi|8 : cCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAC-TTTGT---TTAT-GTACTGTATCAGC-GAGCTTTG-AG-AAG---TT-TAAA--AAA------AAA--ATG---A----AAATGAC---TAAAATccctg
gi|9 : TTTCCTGCTTT-TCCTA---CA--TATTCAC-TTATT---TTGT-ATACCGTATCAGC-AGACATAA-AT-AAGTCTTT-AAAATGATA------AAG--ACA---G----TAAACAC---TACAGT-AT-ATTGACCCCAtacatcgatccctccctggtacca
blockSeqs : C TTT AT G C CTC . A A AT C T T TC GATACGTTTAAAGACAA TAT G
blockSeqs : . . T G . . . T . CG . . T C GATAAAGACACTTA . .
blockSeqs : . . . G . . . A . CA . . T T GATACAGGAACAA . .
blockSeqs : . . . A . . . C . CT . . A C AAAAACAACATG . .
blockSeqs : . . . G . . . C . CT . . T C GATAAAGACAA . .
blockSeqs : . . . G . . . T . CT . . T T GATAAATACAA . .
blockSeqs : . . . G . . . T . TA . . T C GATACAGACAA . .
blockSeqs : . . . T . . . C . TT . . T G GATAAAGACAG . .
blockSeqs : . . . G . . . A . TC . . T C ATAAAGACTT . .
blockSeqs : . . . G . . . A . CA . . T C GATAGGCAGT . .
blockSeqs : . . . G . . . T . CA . . T C GATAAAACAA . .
blockSeqs : . . . C . . . T . CT . . T T AAAAAAATGA . .
blockSeqs : . . . G . . . T . AT . . T C GACAATTT . .
blockSeqs : . . . T . . . A . TA . . T T AGACATT . .
blockSeqs : . . . . . . . A . TT . . T C AAGTAA .
blockSeqs : . . . . . . . C . TT . . . T GATAG .
blockSeqs : . . . . . . T . CA . . . A GAAA .
blockSeqs : . . . A . CT . . . . AG .
blockSeqs : . . T . CA . . . .
blockSeqs : C . A . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GATAAAGACAA***************
originalCons : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
finalCons : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATAAAGACAA---------------TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 2 333 55 4 2 0 333 2 5 1 11 1 1 2 22 88888888888888888888888888 333 0 2
lowQualScore : . ... .. . . . ... . . . .. . . . .. .......................... ... . .
lowQualScore : 4 999 33 8 1 4 555 0 2 9 11 9 8 1 33 11111111111111111111111111 777 7 7
consensus : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
Reference ( family-1052 ) : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TTAGT---TTTT-ATACCGTATCAGC-AAACNTAA-AG-AAGTCTTT-CAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TATAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|1 : TTTTCAGCTTT-TCGTA---A---TATCCAT-TTAGT---TTTTAATACTATATCAGT-AAATTTGA-A--AAGTCTTT-CAAAT---------------ACA---AATTTTAATCAC---TGTAATAAT-
gi|10 : catctTCTCTGCTTT-TCCTT---AA--TATGCAT-TTCTT---TACC-ATAAAATATCATC-AAAATCAA-AG-GA-CCT-------------------AG--ACAT--T----TAATCAC---TATGAACAT-TTT-GCTCCAcacaagcccaccatgaaacctaagcccttacacc
gi|11 : tatattcc-TTAGTCTCTTCT-ATACTGTAT-AGC-TAACGTAG-AGTAAGTCTTTTCAAATGATA------CAGGAACA---A----TAA-CAC---TAT--CAAT-TTTGGCCCCAccctg
gi|12 : ttaaaactgctaTGGTTT-TCCTG---AA--TATGCAT-TTAAC---TTTC-ATTCAGTCCCAGC-AAA-ATAACGG-AA--------ACATGA---------------A---A----TAATCAC---TGTAA-AATGTTTGGTCTCAcactgaaa
gi|13 : TCTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAT-TGAGT---TTTT-CTACCGTATGAACAAAACATGA-AG-AA--------AAA----A------AAA--ACA---ACATGCAATCAC---TGTAATGActttggaa
gi|14 : tccTTCTTGCTTT-TCCTA---AAT-TAT-CAT-TAAAT---TTTT-ATCCCGTATCAGC-AAACTTAA-AG-AAATC--T-CACAC----------AAG---TA---A----TAATCAC---TG-AACAAT-
gi|15 : acc---AA--TATACAT-TTGAT---TTTC-ATACTGTATCAGC-AAACTTAA-CA-ATGTATTT-TA--------------------A---G----TAATCAC---TGCAATAAT-TTTAGa
gi|16 : TTTTCTGCTTT-TACTA---AA--TATGCAT-ATA-T---TTTC-ACACTGTATCAGC-AAACT----AG-AAGTCATT-CAAATGAT--------------A---G----TAATCAT---TATAttgcacaatatgacaaa
gi|17 : tccTTTCCTGCTTTCTCCTC---AA--TATGCAC-TTAGT---TTTT-ATACCCTATCATC-AAATATAA-TC-AAGCCTTT-CAAATGATA------AAG--AC
gi|18 : ttaACAGCATCAGC-AAATTTCA-AG-AACTCTTT-TAAATGATA------AAG--ACA---A----TAATCAC---TGAAATAA
gi|19 : taaacctaaattctagcaca---TTTT-ATACAGTACTAGA-AGATCTAA-AT-AAGTTTTT-CAAATGATA------AAT--ACA---A----TAATCGC---TACAATAAT-TTTGGCCCCA
gi|2 : TCTTCTGCTTT-TTCTA---TA--TATGCAT-TCAGT---TTTT-ATACTGCGTCAGC-AAACATAA-AG-AAGTC-TT-GAAAT-ATA------AAG--ACT---T----TA---GC---TAGAGTAAT-TTTGG
gi|20 : cccTTTTGTTTT-TC-TA---AA--TAATCAT-TTACT---TTTC-ACCCTATATCAGT-AAACAATA-AG-AAGTCTTC-CAAATGATattcaccttggaccaagtccttaccc
gi|21 : TTTTCTGCTTT-TCCTA---AA--TAT----------------T-ATATTGTATCAAC-ACACTGAC-AG-AAGTCTTT-CAAAT
gi|22 : catcc-AAATCTTT-CGAATGATACGTTTAAAG--ACA---A----TAATCAT---TTTGATAAC-TTTGGTCCCA
gi|3 : tatacTCTGCTTT-TTTTTTTTAA--TATGCAT-TTAGC---CTTA-ATAAAGTATCAGC-AAAATTAT-AG-AAGTGTGT-TAATTGAT--------AG--GCA---GT---TAATCAC---TATGACCTT-TTTGGTCCcc
gi|4 : tacatccctgTTCTTTGCTTT-TTCTA---AAATTATGCGT-TTAGT---TTTA-A-ACAGTATCAGC-TAATATAA-AG-AGGTATTT-CAAATGATA------AA---ACA---A----TGATCACTATTATAATAAT-TCTGGTTCCAaagcct
gi|5 : acatccTTTCTGCTTT-CCTTA---AA--ACTGAAT-TTTGT---TTGT-ACAACGCATCAGC-AAATTTAA-AC-AAGTCTTT-TAAATGATA------CAG--ACA---A----TAATCAC---CATAATAAT-CCTGGCCCCA
gi|6 : attccTTTTCAGCTTT-TCGTA---AA--TATCCAT-TTAGT---TTTT-ATACTATATCAGT-AAATTTGA-AT-AAGTCTTT-CAAAT------------G--ACA---ATTT-TAATCAC---TGTAATAAT-CACAGCCCCAct
gi|7 : catctTTTCCTGTTTT-TCCTA---AA--TAT-CATCTTAGT---TTTT-ATACAGTTTCATC-AAACATAA-AG-CAGCC--------TGATA------AAG--ACACTTA----TAATCAT---CACAATAAA-TTTGGTCCCA
gi|8 : cCTGCTTT-TCCTA---AA--TATGCAC-TTTGT---TTAT-GTACTGTATCAGC-GAGCTTTG-AG-AAG---TT-TAAA--AAA------AAA--ATG---A----AAATGAC---TAAAATccctg
gi|9 : TTTCCTGCTTT-TCCTA---CA--TATTCAC-TTATT---TTGT-ATACCGTATCAGC-AGACATAA-AT-AAGTCTTT-AAAATGATA------AAG--ACA---G----TAAACAC---TACAGT-AT-ATTGACCCCAtacatcgatccctccctggtacca