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Reference ( gi|2 ) : TATTATTCTTTCTGACATGACATATAGGCCTAATTAAATATTTTCATTGT---TAAT-A--AGCGAATTCGAATGGTTCATACTTTAATTAATAATTATCATTACAGTACACATGATCGAATCGTTCAAGAACATAAATATGCTAACTATCAATCACTATGATATTTATTAACCTGAGTAT------TAT---------TTGGGGGGGGGGGGTTGTAAAA-ATTAAAGGGGAGGTGGCCAAAAGGAAAAAAGA-------GGGGGGTTTTTATACGGG--GTTTGAAATTTAAA-TGAATTGGGGGGCCAGATGGGGTA--AC-TGG----------------------GTAAA------TGGGGGA---GAGGGTGG-----GGTT-TTTAATTTGGCCGATGAATTTCT-TTATACGCCAA-GAC-TTTGAAAAAAGTTGAGTCTGTTAATGAAAAAAAAGAAAGAATTACCTTATGATAATCTGTTCATGTACGTAATTGTA-TTATTTTCATTTTAAATCT----TATGT----T---TTTAGTTCTGATGGATGCATT--------------ATAATACT--TGAACCACCACTC----TATTTATAATAGGCT-AAGGAAGATTAATCTGACGA-GCAATTCAAACAAGAAAAAAATCTTCCCAAGTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAT-TAATAACTATTCTATATAAACCTG-A-TTCAATACCGTGTATATATA-ATAACC-TTCAAG-AAAGAA--A-C-ATGAAAAAGTGTAAATTCAGGCG-TG-CAAATATTTTTATGTCA--A---TAAATTTTAAA-----TGATACA-A-GGAT-TTTC--GAAA--GGTC------A--GCCA---GTGT------AGA--CGATG---TTTTT-AA-GTTGTTATTGTT---TCAACC-AGC------CAAGTATCAT--G-G-TAGTT-TCATCAGA-TG-AAGGGGT--C-----T-G-A----TGTACT-T-T-T----CA--TGTAGGAG-CCAA--ACAATT-A-C-TA-AAATTGCAT--CTTG-AGCATTGC-----ATCTGTTGCATGA-ATTATTG--TATA-CGTTG--ACTTTTT-----AGC-CTA----TTG-AATA--CC----AC-----C-----C---C-----C-----CTTCA--AAGTGT-ATGTCA---AA-------TCAA-------AA-CAT---GCAGTCA-CTGA-TGG--------ATAGGTGT----TACATTAT---CA------T-TCAACTGGGGT--AG-T-T--T-GC-C--ATTA-----GT---ACTTCA----CCAAGCTTT-ATTTC-ATGAGAT
gi|1 : TATTATTCTTTCTGATATGATATGTAGGCCTAATTAAATATTTTCATTGT---TAATTATCAGCGAATTCGAATGGTTTATACTTTAATTGATAATTATCATTACAGTGCGCATGATTGAATCGTTCAAG----TAGATATGCTAACTACCAATCACTATGACATTTATTAACCTGAGTATGAAGCGTGTTTTTTTTCCTTGGGGGTGGTAGA--ATAAAACAGTAA-----AGGT-GCCAAAATGGAACAAGAAGGAGCGGGGGGGCTGTTATACATGTCGTGGAAAAATCAAATTCAACTAGTGAGCCATATGTGTTACTACATGGAAATCTTTTCTTTATAATAAGTATAAC------TGGGTAAATTGAGTATGGGGGTGGGTTGCTGAATTTGGCCGATGAATTTCTCTTATACGTCAATTACTTTTGAAAGAAGTTGAGTTTGTTCATGAAAAAATA-AATGAAATACTTTATGATAATCTGTTCATGTACG-AATGCTATTTAATTTAATTTTAAATGT----TAT
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gi|5 : aataattatcattacaatacacagaatcgaatcgttcaagtagatatgctaactaccaatcactatgatatttattaacctgagtatgaaagcgttgttttttttttttttgaaaaaagggaaaatatatattggggggggggtgtggtgtgaagggttgtagaaataacagtaaaggtgccaaaatgaacaagaaaaaaagggagggggggtaaatgtatacatatcttgaaaatcaaaataactagtgagtcatatggtgtactacatgtaattctttttgtatcaataaattaaTA--AC-TGG----------------------GTAAAAGTGTGTGTGTGG---GGGGGGGG-----GGTG----AATTTGGCCGATGAATTTCT-TTTTACACCAA-GAC-TTTAAAAGAAGTTGAGTCTGTTAATGAAAAAAATG-----ATTACCTTATGATAATCTGTACATGTACGTAATTGTA-TTAATTTCATTTTAAATCTA---CATGTTTGCT---TTTAGTTTTGATGGATGCACTTATTTATTCAAAACATAAAACT--TGATCCACCACTC----tg
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gi|1 : T----T---TTTA-TTC-GATGGATGCATTT-------------ATTATACTATTCATCCACCACTCATTTCACTTCTAATAGGCTCAAGGGAGATTA-TC-GACGAAGCAATTCAAACa
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gi|12 : ttatatatgtacatatatcaacatcctttgtaggtatgtttacttatgtgttggtgACT--TGATCCACATCTC----CATTTCTACTAGGCT-AGTGGATATTAATC-GA------AATT------AGAAGAAAATGTC----AGT----GCAGTTCGCTTTCTCTAAAGTAAACATGTAAAAACTGCTCTATATTTGTCTGAA-TTGAATCCTGCTTATATCAA-ATAACC-TTCAAACAAATAA--A-acaaaa
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gi|1 : CTTA-A-TTCTATAC-ATGTTTATA-A-ATAACCACTCAAC-AAGACATCA-CTATAAAAAAAC-TAAATTCAGGGG-TGTCAAATAATCTTATGTTACCATACTAGATCTCAAGAGCCTTG-TACATA-GGGTGTTTCTTGAAAATGGTCTAGAAAA--GACACAGGTCTCTATACAGAGCCGATGTTATTTTT-AA-GTC-CTA-TGTCTCGTCAACC-AGC------CAAATATCATAGG-G-CATTTATCATAAGATTGTAAGAGGTTAC-----T-G-GAAATTGCAGTAT-T-TAAGACACCTG-AGTAGTCCAAATACAATT-G-G-TAGAAATTGCATTATTTGCCGCATTGCCTTGAACCTA-TGTGTG---TTATAT--CACAGCATTAGCACTTTGTGTGAGAGCGCTAAATTTTATAATG--CCCCTAAC-----C-----C---CCACCAC-----CTTCAATAAATTTAATTTCACATAC-------TCAG-------AATCATGCGGCAGTCATCTTT-TGGTTACTTTAAGAGGTGTGTAGTACTTTAT---TATACTATT-TCAACTGAGGTTAAG-TATGAT-GCACGAATTAAGTAGGT---ATTTCAATTTTCAAGCTTTAATTTCAATGAGAttgataaatatatcaattcattacgacatgaacaatacccaattacgattcagcatcagtccacacctcaaaatatctga
gi|19 : atattattctttctgatatgatatgtaggcctaattaaatattttcattgttaattatcagcgaattcgaatggtttatactttaattgataattatcattacagtgcgcatgattgaatcgttcaagtagatatgctaactaccaatcactatgacatttattaacctgagtatgaagcgtgttttttttccttgggggtggtagaataaaacagtaaaggtgccaaaatggaacaagaaggagcgggggggctgttatacatgtcgtggaaaaatcaaattcaactagtgagccatatgtgttactacatggaaatcttttctttataataagtataactgggtaaattgagtatgggggtgggttgctgaatttggccgatgaatttctcttatacgtcaattacttttgaaagaagttgagtttgttcatgaaaaaataaatgaaatactttatgataatctgttcatgtacgaatgctatttaatttaattttaaatgttattggaaagggcgggagagggagcgaaaatttttattcgatggatgcatttattatactattcatccaccactcatttcacttctaataggctcaagggagattatcgacgaagcaattcaaactctcacacctctctccGAT-TTTC--GAAA--GGTC------AAGGCCA---GTGC------AGA--CAATG---TTTAT-AAAGGTGTTATTGTT---TCAACT-AGC------C---TATCAT--GAA-TA-TT-T--------TG-AAGGGGT--C-----TGG-A----TTCACT-T-TAA----CA--AGTGGAAG-CCAC--AAAATT-AGG-TA-AAATTGTAT--CTT
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15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1049 ) : TATTATTCTTTCTGATATGATATATAGGCCTAATTAAATATTTTCATTG-TTA--T-ATCAGCGAATTCGAATGGTTCGTACTTTAATTAATAATTATCATTACAGTACGCATGATCGAATCGTTCAAG----TAGATATGCTAACTACCAATCACTATGATATTTATTAACCTGAGTATG-AA-GCG-TGTTTTTTTTCTTTGGGGGCG-GTAGA--ATAAAACAGTAAAGG-----TG-CCAAAATGGAACAAG-AAA----GGGAGGGGGGGT---TGTTATACATGTCGTGGAAAAATCAAA-TAACTAGT----CAAC----TGGTG-AGCCATA-----TG-------T----------GT-------------T-----------A--AC-TGG-------------GTAA-AAGTGTG--TG---GG------------GAGGGTGGGGTTTTGAATTTGGCCGATGAATTTCT-TTATACGCCAA-GAC-TTTGAAAGAAGTTGAGTCTGTTAATGAAAAAATAGAATGAATTACCTTATGATAATCTGTTCATGTACGTAATTGTA-TTAATTTCATTTTAAATCT-TATGT----TTTT-A-TTCTGATGGATGCATTTATTTATT--AAAA-A-TAATACTTGATCCACCACTC----CATTTCTAATAGGCT-AAGGGAGATTAATCTGACG-AGCANTTTAAA-AAGAAAAAAATCTTCCTAAGTTT--GCAGTTCGCTTTCTCTAAAGTAAACAT-TAACAACTACTCTATATAAACCTGAATTCAATACTGCGTATATCAAATAACC-TTCAA-A-AAANA--AA-CATGAAAAAG-N-TAAATTCAG-GCGTG-CAAATA---NT---ATGTCA----A-TAAATTTTAAA----TGGCACA-AGG-AT-TTTC--GAAA--GGTC----AAAG-C-CAG-------TGCAGA--CGATGTT---T-TTAA-GTTGTTATTGTTTC---AACC-AGCCAA------GTATCA-TA-GGTATTT-TCATCAGA-TG-AAGGGGT--C---TG-GA---TGCACT-TTTA--ACACGTG-GAAG-CCAA--ACA-ATTAGGTA-AAATTGCAT--CTTG-CGC-A--TTGCTTC-----------TGTTGCAT----GA-ATTA-----TTG--TAT----ACGTTGACTTTTAAGCCTAT-TGAA---TA------CCCCTAACCCC-----C-----CTTCA--AAGTTT-ATGTCAAA-----T-CTCAAAA-CAT---GCAGTCA-CTGAT-GG-TAC-T---ATAGGTGT----TACNTTAT---CA------TTCAACTGGGGT--AGTTT--TGC-C--ATTA-----GT---ACTTCA----CCAAGCTTT-ATTTC-ATGAGAT
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Reference ( family-1049 ) : TATTATTCTTTCTGATATGATATATAGGCCTAATTAAATATTTTCATTG-TTA--T-ATCAGCGAATTCGAATGGTTCGTACTTTAATTAATAATTATCATTACAGTACGCATGATCGAATCGTTCAAG----TAGATATGCTAACTACCAATCACTATGATATTTATTAACCTGAGTATG-AA-GCG-TGTTTTTTTTCTTTGGGGGCG-GTAGA--ATAAAACAGTAAAGG-----TG-CCAAAATGGAACAAG-AAA----GGGAGGGGGGGT---TGTTATACATGTCGTGGAAAAATCAAAATAACTAGT----CAAC----TGGTG-AGCCATA-----TG-------T----------GT-------------T-----------A--AC-TGG-------------GTAA-AAGTGTG--TG---GG------------GGGGGTGGGGTTTTGAATTTGGCCGATGAATTTCT-TTATACGCCAA-GAC-TTTGAAAGAAGTTGAGTCTGTTAATGAAAAAATAGAATGAATTACCTTATGATAATCTGTTCATGTACGTAATTGTA-TTAATTTCATTTTAAATCT-TATGT----TTTT-A-TTCTGATGGATGCATTTATTTATT--AAAA-A-TAATACTTGATCCACCACTC----CATTTCTAATAGGCT-AAGGGAGATTAATCTGACG-AGCANTTTAAA-AAGAAAAAAATCTTCCTAAGTTT--GCAGTTCGCTTTCTCTAAAGTAAACAT-TAACAACTACTCTATATAAACCTGAATTCAATACTGCGTATATCAAATAACC-TTCAA-A-AAANA--AA-CATGAAAAAG-N-TAAATTCAG-GCGTG-CAAATA---NT---ATGTCA----A-TAAATTTTAAA----TGGCACA-AGG-AT-TTTC--GAAA--GGTC----AAAG-C-CAG-------TGCAGA--CGATGTT---T-TTAA-GTTGTTATTGTTTC---AACC-AGCCAA------GTATCA-TA-GGTATTT-TCATCAGA-TG-AAGGGGT--C---TG-GA---TGCACT-TTTA--ACACGTG-GAAG-CCAA--ACA-ATTAGGTA-AAATTGCAT--CTTG-CGC-A--TTGCTTC-----------TGTTGCAT----GA-ATTA-----TT--GTAT----ACGTTGACTTTTAAGCCTAT-TGAA---TA------CCCCTAACCCC-----C-----CTTCA--AAGTTT-ATGTC-AAA-----T-CTCAAAA-CAT---GCAGTCA-CTGAT-GG-TAC-T---ATAGGTGT----TACNTTAT---CA------TTCAACTGGGGT--AGTTT--TGC-C--ATTA-----GT---ACTTCA----CCAAGCTTT-ATTTC-ATGAGAT
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gi|4 : aataattatcattacaatacacagaatcgaatcgttcaagtagatatgctaactaccaatcactatgatatttattaacctgagtatgaaagcgttgttttttttttttttgaaaaaagggaaaatatatattggggggggggtgtggtgtgaaTAATAGGCT-AAGGGAGATTAATCTGACA-AGCATTTTAAAGAAGAAACATGTCTTCCTAAGTTT--GCA-----------------------T-TGACTACTACTCTATATAAATTTGAATTCA------------------AAC-----------AGAA--AA-CATGAAAAAG-TGTAAATTCAG-GTGTG-CAACTA---TT----TGTCA----A-TAAATTTTAAT----TGGCAGA-AGGGAT-TTTC--GAAA--TGTC----AAAA-C-CAG-------TGCAGA--TGATGTT---T-TTAAAGTTGTTATTGTTTC---AACC-ATCCAATTGCAAGTATCA-TG-GATATTT-TCATCAGA-TG-AAGGGGT--CGAATACGA---TGCACT-TA-A--AAATGTG-GAAA-CCAA--ACA-ATTAGGTA-CAATTGTAT--CTTG-AAC-A--TTGCTTC-----------TGTTGCA-----GACATTA-----TT--GTGT----ACGTTGACTTTTAAGCCTAT-TGAA---TAGCCTACCCCCT---CCC-----C-----TTTCA--AAGTTT-GTAT--AAAGTGTCT-CTCAAAA-TAT---TCAATCA-CTGATAGA-TACAT---ATAGGTTT----TACGTTAT---CA------TAAAACTGCGCT--AGTTT--TTT-C--ATTA-----GT---GCTTTC----CCAAAGTTT-AACTC-ATGATATtg
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14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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