lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333 33333333333 11111 111 1 111 3333333333333333 2222222222222222222 333333333 333333333333333 33333333333 22 333333333333 222222222222 2222222 2 111 1 222222 2222222222 5555555555555555555555555 11 2 222 222222 111 444 11111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 22222 1 2 222222 2 666666666666666666666666666 1111111 1 33 11 44444444444444444 333333 33333333
lowQualScore : 4 2 7777 3 88 3 3 88 3 3 22222 3 3 3 11111111111 55 55555 222 55 9 3 55 777 7 55 0 7777777777777777 666 55 8888888888888888888 666666666 3 3 3 44 3 333333333333333 55 11111111111 44 3 3 3 55 888888888888 000000000000 3 3 7 7 7 88 3 3 3 666 88 44 4444 44 3 3 3 3 555 555 4444444 888888 555 6 3 6 888 8 3 66 222222 44 33 3 44 0000000000 6666666666666666666666666 00 77 4 6 222 77 222222 3 44 3 555 3 3 000 3 555 3 66666 3 44 3 3 55 3 55 2 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0000 7777 4 4444444444444444444444444444444444444444444444 99999 4 7777 9 22 55 55 3 3 1 3 999999 1 99 44 555555555555555555555555555 6666666 3 8 3 44 3 55 33 88 6666 7 88888888888888888 555 3 777777 3 44 2 55555555
lowQualScore : . . .... . .. . . .. . . ..... . . . ........... .. ..... ... .. . . .. ... . .. . ................ ... .. ................... ......... . . . .. . ............... .. ........... .. . . . .. ............ ............ . . . . . .. . . . ... .. .. .... .. . . . . ... ... ....... ...... ... . . . ... . . .. ...... .. .. . .. .......... ......................... .. .. . . ... .. ...... . .. . ... . . ... . ... . ..... . .. . . .. . .. . .. .............................................................................................. . . .... .... . .............................................. ..... . .... . .. .. .. . . . . ...... . .. .. ........................... ....... . . . .. . .. .. .. .... . ................. ... . ...... . .. . ........
lowQualScore : 0 0 7777 6 66 6 6 66 6 6 33333 6 6 6 33333333333 00 55555 777 00 9 6 00 333 3 00 5 6666666666666666 444 00 2222222222222222222 777777777 6 3 3 66 3 777777777777777 00 33333333333 77 6 6 6 00 555555555555 777777777777 6 6 3 3 3 66 6 6 3 444 66 66 1111 66 6 3 3 3 999 888 2222222 000000 888 7 3 7 222 5 1 55 999999 22 55 1 22 1111111111 9999999999999999999999999 44 33 6 2 777 33 444444 1 22 1 555 3 3 000 3 888 3 33333 6 66 3 6 99 6 00 5 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 3 4444 1111 0 5555555555555555555555555555555555555555555555 33333 0 3333 6 77 00 00 6 6 8 6 111111 8 22 66 000000000000000000000000000 1111111 6 8 6 11 6 00 66 66 8888 3 88888888888888888 888 3 444444 3 66 4 88888888
consensus : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CT-A-AAA----T-C-A-TAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTT--TTAAATGAA-TTCTA--C---TTT-C--ACA------T---T--T--T---TTA--TTT-------------------GGC--T-TC-GCCAG-GCTG-C-TAA--A-A----TAAA---AC--CTG--TTTCGGA--CT--C-GTCTTA-G-GGAGCA-GCC-TG--TCAC--ATCAC-CAGAACTT----TCC-----T-CAGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--G-CT-C-AGCA---T--CCGGAG--TC-AA-TCCTA--TAAATG-TCTGC-T-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC---TGTT-CTAGA-GTTAA-ATGTTT-GAT-NTTGGT-CA-AGGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAGGT--NT--------------------TTG--T--GCAA-TAAG-G-AA--TGTAGCC----A-A--TG-TAACCTTGA-TT-TTTGATTGGAT-T-T---AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATT--TTT--GAAAC-TTTA-----G-T--TA-TCTTCCTT-------ATTC--A-T-TTT---T-T----CTTTG-G---ACTT-ATCT-TT--A--ATT-TATCTTTA-GA----CTT----TTGGAA-TTATCTT-TAGG--ACTTTT---AACTTT-G-AATTG-TTTTCAG-----T--TTTTAAAATT--GT-T-ACAAA--TCTTT-TTACTAAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTTTCTGTT-TTGATT-GTGT-TTTTGCATTGGAA--TTG--TGTG-------TGC-------ATA--C-T--ATAA-----TTA-AATTT-TCGGTG-ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---AACAACA-TG-T-GTGATTATTA---CA---ACA-AAGGAA-A---TTC-C--CCAGTGAA-CATGTACCATAATCACAAC
Reference ( gi|5 ) : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CT-A-AA-----T-C-A-TAA-------T--GGTT--TC-G--AT---TAATTGTT--TTATATGAA-TTCTA--C---TTT-C--ACA------T---T--C--T---TTA--TTT-------------------GGC--T-TCAGCCAG-GCTG-C-TAA--A-A---GTAAA---AC--CTG--TTTCGGA--CT--C-GTCTTAAG-GGAGCA-GCC-TG--TCAC-TATCAC-CAGTACTT----TCC-----T-CAGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--G-CT-C-AGCA---T--CCGGAG--TC-AA-TCCTA--TAAATG-TCTGC-T-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC---T-TT-CTAGA-GTTAA-ATG-TT-GAT-CTTGAT-C--AGGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAGG---AT--------------------TTG--T--GC-A-TAAG-G-AA--TGTAG-C----A-A--TG-TAACCTTGA-TT-TTTGATTGG---T-T---AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTT--TTT--GAAAT-TTTA-----G-T--TATTCTTCCTT-------ATTC--A-T-TTT---T-T----CTTTG-G---ACTTCATCT-TT--A--ATT-TATCTTTA-GA----CTT----TTGGAA-TTATCTTCTAGGGCACTTTTTAAAACTTT-G-AATTG-TTTTTAGAGATGT--TTTTAAAATT--TTGT-ACAAA--TATTTATTACTAAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTTTCTG-T-TTGATTGGTGT-TTTTGCATT-GAA--TTG--TGTG-------TGC-------ATA--C-T--ATAA-----TAA-AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---AACAACA-TG-T-ATG--TATT----CA---ACA-AAGGAAGA---TTC-C--CCAGTGAACCATGTACCATAATCACAAC
gi|13 : ATTAC-T-CGAAT----T-ATTT-AGG-TT-T--CA-A-TA-----T-C-A-TA--------T--GGTT--TT-GGAAT---GAATTGTT--GTATATGAA-TTCTA--TA--TTT-C--A-ACTT---T---T--C--T---TTA---TT-------------------GGC--T-TC--CCAGAGCTC-T-TAA--A-A---TTAAAAC-AC--CTG--TTC--GA--CTC-C-GTGTT-AG-GGAGCAGGCC-TG--TCAC-AATCATATAA-ACGC----TCA-----C-AAGCT--TCAC-ATT-ATC------TT--G--T-C-AGCA---TCCCCGGAG-----------------------CTCG-T-GGG---C---C-G-G---ATTTGA------ACATTC---TATT-GCGGATGT--------TT-GAT-GTTGGT-C--AG--------AGCT-TT-CAA--T-----C------GAGG---TC--------------------TTGATT--GA-A-TAAGTA-AA--TGT---T----A-A--CG-TA
gi|6 : gttgttgtTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CT-A-AA-----TGC-A-TAAC------T--GGTT--TC-G--AT---TAAGTGTT--TTA-ATGAA-TTCTA--C---TTTTC--A-A------T---T--C--T---TTA--TTT-------------------GGC--T-T-AGCCAG---TG-C-TAA--A-A---GTAAA---AC--CTG--TT-CGGA--CT--CCGTCTTA-G-GGAGCA-GCC-TG--TCAA-CATCAC---ATACTT-----CC-----T-CAGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--G-CT-C-AGCA---T--CCGGAG--TC-AA-TCCTA--TAATGG-TCTGC-T-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC---T-T--CTAGA-GTTAA-ATG-TT-GAT-CTTGAT-C--AGGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAGG---AC--------------------TTG--TCTGC-AATAAG-G-AAA-TGTAG-C----C-A--TG-TAACCTTGA-TT-TT-GATTGG---T-T---AA-AC-AG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTT--TTTA-GAAAT-TTTA-----G-T--TATTCTTCCTT-------ATTC--ATT-TTT---T-T----CTTTG-G---ACT---TTT-TT--A--ATTCTATCTTTA-GA----CTT----TTGGAA-TTATCTTCTAGGGCACTTTTTAAAACTTT-G-AATTG-TTTTTAGAGATGT--TTTTAAAATT--TTGT-ACAAA--TATTTATTACTAAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTTTCTG-T-TTGATTGGTGT-TTTTGCATT-GAA--TTG--TGTG-------TGC-------ATA--C-T--ATAA-----TAA-AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---AACAACA-TG-T-ATG--TATT----CA---ACA-AAGGAAGA---TTC-C--CCAGTGAACCATGTACCATAATCACAACgtgaatctgatccagatattcgttcccaaaaattccccactgaatcagatgaaatatggtgc
gi|3 : tataTACAT-GTAAT----TTATC--AGG-TT-T--CT-A-AAA----T-C-A-TAT-------T--GTTT--TT-GC-AT---TACTTGAT--TTAAATGAA-TTCTA--CA--TTT-C--ACA------T---T--T--TCTTTTA--TTT-------------------GGC--T-T--ACCAG-GCTG-C-TAA--A------TAAAAC-AC--CTG--TTTC-GA--CTC-C-GTCTTAGG-GAGGCA-GCT-TGGTCCACATA-----CAGAACTT----T-C-----T-CAGCTA-TCACGCTT-ATCTTTAATTT--G-CT-CAAGCAATGC--CCGGAG--TCAAA-TCCTA--TAAATG-TCTGC-T-GAG--TC---C-GAA---GTTTGA-C----AAATTC---TGTT-CTAGA-GTTAAGGTGTTT-GAT-GTTGGT-C--AAGTAA--TTAACT-TT-CAA--TCA--ACAAA---GAGG---TC--------------------TTGT-T--GCAA-TAAG-GAAA--TGTGC-C----A-A--TG-TAA-CTTGATTT-TTTGATTGGA--T-TTAAAA-ACCAGAA---A-TGTGGG-GAAG---TT-ACTGATT-TTT--A-C--TTTGTGATT--TTTTAGAAA--TTTA-----G-TGGGA----TCTTT-------AATC--A-T-TCT---T-T----ATTT--------------T-TT--G--GCT-TATCTTTA-GA----CTT----TTGGAA-TTATCGTTTAGG--ACTT-----AACTTCAG-AATTG----------------TTTTAAAACT--GT-T-ATAAATGTATTTTTTACTAAATTTTGG--TG-T-CGAAGGCACATTTTCTT-T-TTTTTTGGTGT-TTTTGCATT-GGAATTTG--TGTGGT-----TGA-------A-A--CTT--ATAA-----TTA-AATTT-TTGGA--GCAAT-AA--T--TTGGTAAAACCTTAGAACAACA-T--T-GTGATTATTG---CA---AC--AAGGA--A---TTC-C--CCAGTGGAACAT-TACCATAATCACAA
gi|4 : ttataTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-TGTCT-A-AA-----T-C-A-TAT-------T--GGTT--TT-A--AT---TAATTGTTTATTA-ATGAATTTCTA--C---TTT-TCAACA------T---TTCT--T---TTA--TTT-------------------GGCAATAACAG--AG-GCTG-C-TAA--A-A----TAAA---TCA-CTG--TTTCCGA--CTACC-GTCTT-AG-GGAGCA-CGC-TG--TCAC--ATCAC-AGAAACTT----TCT-----A-CAGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TTTCG-CT-C-AGCA---TC-CCGGAG--TC--A-TCCTA--TAATGG-TCTGC-TAGAGATTC---C-GAA---GTTTGACC----AAATTC---TGTTACTAGA-GTTAA-ATGTTT-GAT-CTTGGT-CAAAGGTAA--TT-ACT-TTGCAA--AAC--AA--A---GAGG---TC--------------------TAG--TG-GCAA-TAA----AA--TGTAGCC----A-A--TG-TAAACTTGA-TG-TTTG-TTGGAT-T-T---AA-ACCAGAA---A-TGT-GGTGCAGTTTTT-ACTGATT-TATACA-C--CTTGTGATT--TCTTAGAAAT-TTGAGTGGGG-T--TATTCTTTTTT-------A-TC--A-T-TCTTTAT-T----CTTTA-G---ACTT----T-TCGGA--AAT-TATCTTTG-GA----CTG----TT--AA-------------GC---TTTCA--------G-AATTG-TTTT--------------TAAAATT--GT-T-ACACA--TCGTT-TTA-TACATTT--G--TG-TCCGAAGGAAAATTTTCTG-T-TTAATT-GTAT-TTTGCCATTGGAA--TTG---GTG-------TGCTGA----ATC--T-T--ATAA-----TTA-AAT-T-TTGGTG-ACAAT-AA--A---T--TTAAACTA---AACAACA-T--T-GTGATTATT----CAAAGACA-AGGGA--A---TTC-C--CCAGTG-ACAAT-TACCATAATC-CAAC
gi|8 : gttataTAC-TTGTAAT----T-ATC-------------T-A-AAA----T-C-A-TAAC------T--AGCT--TT-G--AT---TAATTGTT--TTAAATGAA-TTCTA--C---TTT-C--ATG------T---TTCT--T---TTA--TTT-------------------GGC--T-TC--TCAG-GCTG-C-TAA--A-A----TAAAAC-AC--CTG--TTTC-AA--CTA-T-GTCTT-AG-GGAGCA-GCC-TG--TCAC--ATCA--CAGGACTTTAAATTC-----T-TAGC----------T-ATCTTTAATTT--G-CT-C-AGCA---T--CTGGAT--TC-AA-TCCTA--TAAATT-TCTAC-T-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-T----ATATTT---TATT-TCAGG-GTT-A-ATGTTT-GAT-GTTGGT-CA-AGGTAA--TTGAC--CT-CAA--TAA--ACCAA---GAGGT--CT--------------------TTG--T--GTAA-TAAGAA-AA--CGTAGTC----A-A--TG-TATCC-TGA-TT-TTTGATTGGAT-T-T---AA--------------------------TTT-ACTGATT-TTT-----------TAG------------AC-TTTA-----GAT--TA----TCTTT-------AT----A-C-T-------------TTTG-G---AATT-ATCT-TT--AGGACT-TAACTTTA-GAATTGCTT----TT
gi|17 : tgtaTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CT-A-AAA----T-C-A-TAA-------TT-GGTT--TC-G--AT---TAATTGTT--TTTAATGAA-TTCTA--C---TTTTC--ACA------T---T--TCTT---TTA--TTT-------------------GGC--T-T--ACCAG-GCTG-C-TAA--A-A----TAAA---ACACCTG--TTTCG-A--CT--CCGTCTTA-G-GGAGCA-GCC-TG--TCAC--ATCAC--AGTACTT-----CC-----T-CAGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--G-CT-C-caaagattgttacaaatttgtatcgaagaaatattttccgttttgattgtattttgcatttgattgcatgtgtgctgaactaataattgaattttcggtgacaataaatttttaaacctaacaatattgttattattacaacaaaggaattccccagtgaacatgcataatcacaaca
gi|18 : ttataTAC-T-GTGATGCGTC-ATC--GGG-TT-T--CT-A-AAACGGTT-C-A-TAT-------T--GGTTAATT-GCCATTTATATTTGTT--TAAAATAAA-TTCTC--CTTATTT-C--ACACATACTC---T--T--T---TTA--ATT-------------------GGC--T-CCAG--AA-ACTGAC-TAACGA-A---TCAAA---AC--
gi|7 : ttgccgta-T-GTAAT----T-ATC--AAG-TT-T--CT-A-AAA----T-C-A-TAGGCTTAATT--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTT--TTGAATGAA-TTCAA--C---ATT-T--GCA------T---T--TCTT---TTA--TTT-------------------GGC--T-TC--CCAG-GCTG-T-TAA--A-A----TAAA---ACACCTG--TTTCGAA--T-----GTCCTA-G-GGAGCA-GCC-TG--TCAC--ATCAC--AGAACTT----TCT-----T--AGCTA-TCACATTT-ATCTTTCA-TT--TTCT-C-AGCA---T--CCACAG--TC-AA-TGCTA--TAAATT-TCTAC-T-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-C----AAATTC---TATT-TCAGA-GTT-A-ATGTTT-GAT-GTTGGTGA--AGGTAA--TCAA-T-TT-AAA--TAAAGAA--A---GAGGT--AT--------------------TTG--T--GTGA-TAAGAA-AA--TGTAGTC----A-A--TG-TTTTCCTGA-TT-TTTGTTTGGAT-T-T---AA-ACCAA-A---ATTGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTTTGATT--TTT---AGAC-TTTA-----GAT--TA----TCTTT-------GTC-----T-TTA---T-C----CTTT--G---ACTT-ATC----------TT-TATCTTTA-GA----CTT----TTAGAA-TTATCTTTT---GAACTT----AACCTTA-G-AATTGCTTTTCA-------------AAAATT--GT-T-ACAAA--TCTTT-TT----AATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATCTTCTGTT-TTGATT-GTA--TTTTGCATTGGAA--TTG--TGTGC------TG--------A-A--C-T--G-AA-----CTG-GATTT-TCGGTG-ACAATAAA--A--GT--TTAAACAT---ATCAACA-T--T-GTG---ATTATGAAA---ACA-AAGGA--A---TTC-C--CCAGTGAAC---ATACT-TAATCACAACatctg
gi|9 : gtatatt-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-TT-CT-A-AAA----T-C-A-TAA-------TT-GGTT--TT-G--AT---TAATTGTT--TTAAATGAA-TTCTA--CA--TTT-C--CCA------T---T--TCTT---TTA--TTT-------------------GGC--T-T--ACCAG-GCTG-C-TAA--A-A----TAAA---ACACCTG--TTTCG-A--CT--CTGTCTTA-G-GGAGCA-GCC-TG--TCAC--ATCAC--AGAACTT----TC------T-CAGCTA-TCAC-CTTTATCTTTAA-TT--G-CT-C-AGCA---T--CCGGAG--TC-GA-TCCTA--TAAATG-TCTGC-T-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTC---TGTT-CTAGA-GTT-A-ATG-T-------TTG-------------------------AA--CAA------A---GAGGT--AT--------------------TTG--T--GCAA-TGAG-GAAA--TGTAGCC----A-A--TG-TAAC--------------TTGA---T-T---AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTGGAG--TTG-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTGTGATT--TTT--AGAA--TTTG-----G-T--AAATCTTTCTT---------------C-TTT---T-T----TTTTG-G---ACTT-ATCT-TT--AT-ATT-TATCCTTA-GA----CTT----TTGGAA-TTATCTT-TAGGA-----TTTAA----------------TTTTAGAT-TTT--TTTTAAAAAT--TGCT-ACAAA--TCTTAAATACTAACTTT--G--TG-T-TGAAGGAACATTTTCTGTT-TTGACT-GTGT-TTT
gi|1 : tacatct-T-GTA-T----T-ATC--AGCCTT-T--CT-A-AAAT---T-C-AATAAAT-----T--GGTT--TTTA--AT---TAATTGTT--TTA-ATGCA-GTCTA--T---TTT-C--ACA------TATTT--A--T---TTA--TTTTTTTTTTATTGTGGGGCCGGGC--T---ACCAAG-GCTG-CATAA--A-ATTTATAAATCAAC--CTG--TTTC-GA--CTC-C-GTCTTAGG-GGAGCA-GCCATG--TCAC--AT-AC-CAGAACTT----T-C-----T-CAGCTA-TCA--CTT-A-CTTTAA--T--G-CT-C-AGGC---T--CCGGAAGTTC-AATTCCTA--TAAATGTTCTGCTT-GAG--TC---C-G-ACACGTCTGA-C----AAATTCTCTT-TC-CTAGA-GTT-A-ATT-TT-GATCCTTGTT-CAAAGGTAAACTTAACTCTT-CAAATTAA--AC--AAACGAGGCA-ATAAAAACAGAGACAAAACATCTTGA-T--GC-A-AAAG-GAAA--TTCAGCC----ACA--TGTTAAC--TGA-TTATTTGATTGGATAT-T---AACACCAG-A---A-AAGGGGTGGAG--TTT-TATGATTATTTA-A-C--CTTGTGATTTATTT--AGAAT-TTT----------------TTGCT---------TTT--A-C-TTT---T-T----ATC-------A-TTCCCCT-TT--T--AT----TCTTTA-GAC---CTT----TTGGAATTTATCTT-TAGG--ACTT-----AAC--------------TTCAGAAA-GT--TTTTAAAATT--GT-T-ACAAT--CGTTTAC-----AATGT--GGATGTT-CGAAGGAACA--TGCTG-TGTTAA---GTGTACTTTGCATG-GAA---GG--TGCT-------TG--------A-A--C-TG-ATAA-----ATA-AAT-T-TCGGTGGACAAG-AAAGA--TTG-TTAAACCT---AACAACA-TG-T-GAG--TATTA---CA---ACA-AAAAGAGAATGTTC-CAACAAGTA---CA-GTACCATTAACACAA
gi|2 : tT----T-ATCCCAGG-TTGT--CTCACAA-----T-CCA-CTA-------TTTGGTT--TT-C--ATGTACACTTGTT--TTTCATGAC-CTCTAACT---TTT-C--ACT------T---TT-C--T---TTAATTTT-------------------GGC-------ACCCG-GCTG-C-TCA--CTA---CT-------C--CTACTTTTCGCCTTCC--C-GTCTTACA-GGGGCA-GCC-TG--TCACATTTCA--CAGC-CTT----TGC-----TCCAGCTACTCCA-CTT-ATC-TTAT-TT--G-CTCC-AG-A---T--CCGGAG--TC-AC-TCCTAATCACTTG-TCTGC-T-GAG--TCGCAC-G-------TTGA-CCACTACGTTC---T-GT-CTCGACGTT-T-ATGTTT-GAT-CTTG-T-C--AGGTAT--TTACCT-TT-CCA--TCA--AC------GAGG---TC--------------------TTG--T--GC-A-TACG-G-AC--TGTAGCC----C-ACTTG-CAA-CTTGC-TT-TTTGATTGGAT-T-T---A----CAG-ACCCA-TGTGGGTGGCG--TTTAATTGATT-TTT--A-CCACCTGTGCTT--TTT--AGCACATTTG-----G-T--TAATCTTGTTTTTATCCCATTCTTA-TATTT---T-TGCGACTTTG-GCACACTTCTTCT-TT--
gi|11 : tgttaatattccttgttccacgCTG-C-TAA--A-A---C-------AC--CTG--TTTCG-A--CT--CCATCTT--GCGGAGCA-GTC-AG--TTAC--ATCAT--AGAACTC----TCTCATGAT-CAGCTA-TCAC-CTTTATCTTTAA-TTT-G-CT-C-TGCA---T--CAGGAG--TC-AA-TCCTA--TAAATG-TCTGC-T-GAG--CC---CAG-A---CTTTG---------------------------------ATG-TT-GGT-C---A-----AGGCAA--GTAACT-TT-CAA--TAA--GC--A---AAGATGTCT--------------------TTG--T--GTAA-TAAGAA-AA--TGTAcaggacttcaccttccgcaattgttttcacaccacacattgttcacgtttttactcacctttgtgtcgagcacctttgtctgtctgtcacttttcatgggttgcatttcttgggtacaactttgtgctgctgcccgtaccacttatttcttcggtggacaatcacactgttcccctacacaccattgtgagttctgtcacacatcacactaggctcccagtgacatactatacatc
gi|16 : -AGC----T--CCGGAG--TC-A--TCCTA--TAA-TG-TCTGC-T-GAG--TC---C-GCA---GTTTGA-C----AAATTC---TGTT-CTAGA-GTTAA-ATG-TT-GAT-CTTGAT-CA-AGGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAGA-------------------------TTG--T--GCAA-TAAG-G-AA--TGTAG-C----A-A--TG-TAA-CTTGA-TT-TTTGATTGGAT-T-T---AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGA---TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTT--TTT--GAAAT-TTTA-----G-T--TATTCTT-CTT-------A-TC--ATT-TTT---T-T----CTTTG-G---ACTTC--TT-TT--A--ATT-TA-CTTTAGGA----CTT----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttacttaatttatgtcgaagtaacattttctattttcattgtattttacattggaattgtgaactgaactta
gi|10 : --TC-AA-TACTA--TGAATG-TCTGC-T-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTT---TATT-CCAGA-GTT-G-ATGTTT-GAT-GTTGGT-CA-AGGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAG--ACGAA---GAGGT--CT--------------------TTG--T--GTAA-TAAG-GAAA--TGTAG-CTATTA-A--TG-TATTC-TGA-TT-TTTTATTGGAT-T-T---AA-AC
gi|12 : TAA-ATG-TTTGAT-GTTGGC-C--A---------AAC------AA--CAA--A-------GAGGT--AT--------------------TTG--T--GT-AATAAA-A-AAAATGTAGTC----A-A--TG-TATTCT-GA-TT-CTTGATTGG---A-T------------------TGTGTGTGGAG--------------TTT--A-C------TGATT--TAT--GA---------------------------TG-------ATGT--A-T-TTT---T-T-------TA-G---ACTT-------T--A--GAT-TATCTCTA-GA----CTTATCTTCAGAA-TTATCTT-TAGG--ACTT-----AACTTT-ACAATTG------------AT--TTTCAAAATA--TTGTTACAAC--TCTTT--TATTAAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTTTATGTT-TTGATT--TTA-TTTTGCATTCGAA--TTG--TGTT-------TTG-------A-A--CTT--ATAT-----TTA-AATTT-TCGGTG-ACAAT-AA--A--TT--TTATACCC---AATAACA-T--T-GTGATTATTA---CA---GCA-AAGGAA-A---TCC-C--CAAATGAA-CATA---CACGATCACAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattggaatttatgtggtgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattgcaacaaaggaattcccaagtgaacattacataatcacaac
gi|21 : gTAG-CC---A-A--TG-TAAC-TTGA-TT-TTTGATTGGA--TAT---AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTAGAA--TTT-a
gi|14 : G--TTT-ACTGATT-TTT--ATC--CCTGTGATT--T
gi|14 : TT-------ACTG--A-T-TTT---TAT----CCCTGTG---ATTT-ATCT-GT--A--------TCTTTA-GA----CTT----TTGGAA-TGATCTT-TAGG--ATTT-----AACTTTAG-AATTGCTTTTCA-------------AAAATT--GT-T-ACAAA--TCTTT-TTACTAAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAATTTTCAGTT-TTGATT-GTA--TTATGCATTGGAA--TTG--TGTGCTGAACTTAC-------A-A--C-T--TTAA-----TTA-AATTT-TCGGTG-ACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---AACAACA-TT-T--TGATTATTA---CA---ACA-AAGAA-------TC-C--CCAGTAAA-CATA---CATAATCACAACatctgtatctttagacttttggaatgatctttaggatttaactttagaattgcttttcaaaaattgttacaaatctttttactaaatttgtgttgaaggaaaattttcagttttgattgtattatgcattggaattgtgtgctgaacttacaactttaattaaattttcggtgacaatgaattttttaaaccgaacaacattttgattattacaacaaagaatccccagtaaacatacataatcacaaca
gi|15 : gtTT-------ACTG--A-T-TTT---TAT----CCCTGTG---ATT--ATCT-GT--A--------TCTTTA-GA----CTT----TTGGAA-TGATCTT-TAGG--ATT------AACTTT-A-GAATG-CTTT--------T--TTCAAAAATC--GT-T-ACAAA--TCTTT-TTACAAAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAA-TTTCTGTT-TTGATT-GTA--TTTTGCATTGGAA--TTG--TGTG-------TGCTGAACTTATAACT-T--ATAG-----TTA-AATTTGTCGGTG-ACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---AACAACA-TT-T--TGATTATTA---CA---ACA-AAGAA-------TC-C--CCAGTAAA-CATA---CATAATCACAACa
gi|8 : -TTT---T-T----GATTG-G---ATTTAATTTACT--G--ATT-T---TTTA-GA----CTT----TAG--A-TTATCTT-TA---TACTTTTG---------G-AATTA-TCTTTAG-GACTTAACTTTAGAATTGCTTTT--CAAA--GATT-GTTAC-AAATTT--G--TA-T-CGAAGAAATATTTTCCGTT-TTGATT-GTA--TTTTGCATT-TGA--TTGCATGTG-------TGCTG-----A-A--C-TA-ATAA-----TTG-AATTT-TCGGTG-ACAAT-AA--AT-TT--TTAAACCT---AACAATATTGTT-AT---TATTA---CA---ACA-AAGGA--A---TTC-C--CCAGTGAA-CATG---CATAATCACAACa
gi|11 : tgtatacttgtaattatctaaaatcataactagctttgattaattgttttaaatgaattctactttcatgtttcttttatttggcttctcaggctgctaaaataaaacacctgtttcaactatgtcttagggagcagcctgtcacatcacaggactttaaattcttagctatctttaatttgctcagcatctggattcaatcctataaatttctactgagcccaaagtttgatatattttatttcagggttaatgtttgatgttggtcaaggtaattgacctcaataaaccaagaggtctttgtgtaataagaaaacgtagtcaatgtatcctgaTTACTTAATTT--A--TG-T-CGAAGTAACATTTTCTA-T-TT--TCATTGTATTTTACATTGGAA--TTG--TGa
gi|10 : ctgctaaaacacctgtttcgactccatcttgcggagcagtcagttacatcatagaactctctcatgatcagctatcacctttatctttaatttgctctgcatcaggagtcaatcctataaatgtctgctgagcccagactttgatgttggtcaaggcaagtaactttcaataagcaaagatgtctttgtgtaataagaaaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCATT-GGAATTTA--TGTGG------TGA-------AC---T-T--ATAA-----TTA-AATTT-TCGGTG-ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---AACAACA-T--T-GTGATTATTG---CA---ACA-AAGGA--A---TTC-C--CAAGTGAA-CAT-TA-CATAATCACAACaactgaactta
gi|19 : tcaatactatgaatgtctgctgagccctaagtttgacaaattttattccagagttgatgtttgatgttggtcaaggtaattaactttcaatagacgaagaggtctttgtgtaataaggaaatgtagctattaatgtattctgattttttattggatttaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--TTG--TGTGAC-----TGA-------CTA--C-TTTATAACTAGATAATAATTT-TCATTG-ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCC---AACAACACTG-TGAT---TATTA---CA---ACACAAG--ATA---TTCAC--CAAATGCAC--TGTGACATA
gi|22 : gttgtaat--TATTA---CA---ACA-AAGGAA-----TTC-C--CCAGTGAAG-ATTTACCATAATCACAACcagcgatcatcaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATTCCAATTTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATAAAAACGTTTTTGAATTATTTCTTAACAAGATATGGATCCTACCTTCGCTTT
Alignments
lowQualScore : 1 22222222222 11 111 111 3333333333333333333333333 333333333 11 1111111 22 2222222222 22 22222222222 11 2222222 1 1111111 222222222222222222222222 111 111 1111111 1111 11111111 4444444444444444444444 111111111111 1111 222222222 22 1 6666666666666 444444444444444444444444 1111 11 3 111 11111
lowQualScore : 3 0 7777 3 77 3 3 77 3 88888 77 77777777777 44 3 22 111 3 3 44 555 6 77 5555555555555555555555555 555 44 3 333333333 3 22 3 3 88 2222222 44 44 44 44 8888888888 6 3 3 3 3 44 3 6 44 00 3 00000000000 3 3 6 6 3 44 3 3 555 77 44 3 3 44 2 3 6 44 555 2222222 666666 4 77 3 3 2 44 66 2 33 0 2 2 33 33 8888888 33 555555555555555555555555 2 2 888 66 555 3 44 3 000 3 3 0 3 5555 2222222 44 3 3 3333 55 44 88888888 0 7777777777777777777777 888888888888 4 44 7777 2 2 5 6666 2 44 6666 3 3 6 3 88 333333333 3 33 6 2 0000000000000 3 3 6 3 7777 3 6 33 44 44 3 3 3 2 3 6 999 888888 1 6666 0 6666 66 5 33 6666 555555555555555555555555 3 0000 888888 3 6 6 44 11 77 555 3 0 555 1 6666 33 2 2 555 2 2 33 5 77777 2
lowQualScore : . . .... . .. . . .. . ..... .. ........... .. . .. ... . . .. ... . .. ......................... ... .. . ......... . .. . . .. ....... .. .. .. .. .......... . . . . . .. . . .. .. . ........... . . . . . .. . . ... .. .. . . .. . . . .. ... ....... ...... . .. . . . .. .. . .. . . . .. .. ....... .. ........................ . . ... .. ... . .. . ... . . . . .... ....... .. . . .... .. .. ........ . ...................... ............ . .. .... . . . .... . .. .... . . . . .. ......... . .. . . ............. . . . . .... . . .. .. .. . . . . . . ... ...... . .... . .... .. . .. .... ........................ . .... ...... . . . .. .. .. ... . . ... . .... .. . . ... . . .. . ..... .
lowQualScore : 6 9 1111 3 99 3 3 99 3 44444 99 22222222222 66 3 55 777 3 3 66 888 7 99 5555555555555555555555555 888 66 3 555555555 3 55 1 1 55 2222222 22 22 22 66 3333333333 7 3 3 3 3 66 3 7 66 22 3 33333333333 3 3 7 7 3 66 1 3 888 99 22 1 1 22 6 1 2 22 444 3333333 666666 5 33 1 7 9 99 11 9 99 7 9 9 99 99 9999999 99 555555555555555555555555 9 9 666 88 444 1 22 1 222 1 1 4 1 8888 5555555 66 3 6 5555 00 66 77777777 8 0000000000000000000000 888888888888 8 22 9999 9 9 7 1111 9 22 5555 1 1 2 1 55 555555555 1 88 2 3 5555555555555 1 1 2 3 6666 1 2 55 22 22 1 1 1 3 1 2 777 888888 2 1111 7 1111 88 7 99 1111 111111111111111111111111 1 7777 888888 1 2 2 22 55 33 444 1 4 000 9 1111 99 9 9 555 9 9 99 7 44444 9
consensus : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTT-C--ACA------T--------------TTCTT---TTA--TT-TGGCTTC-A-----CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T-----AA--A--ACACCTG--TTTCGGA--CT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-AGA-ACTTT----CC-----TC-AGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TTAA-A--CCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TTTAG-T-T--A-TCTT-CTTATTCA-TTTTT-T----CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTT-T---AA-CTTTA-G-AATTG-TTTTCA-----GTTTT-A-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGTTT-TGATT-GTAT-TT------TTGCA----TTGG----AA--TT-G--TG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
Reference ( family-1048 ) : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTT-C--ACA------T--------------TT--T---TTA--TT-TGGCTTC-G-----CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T-----AA--A--AC--CTG--TTTCGGA--CT--C-GTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CACCAGA-ACTTT----CC-----TC-AGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATN-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TNT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TTAA-A--CCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAC-TTTAG-T-T--A-TCTTCCTTATTCA-TTTTT-T----CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTT-T---AA-CTTT--G-AATTG-TTTTCA-----GTTTTTA-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGTTT-TGATT-GTGT-TT------TTGCA----TTGG----AA--TT-G--TG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
gi|1 : -T-GTA-T----T-ATC--AGCCTT-T--CTAA-AA----TTCAATAAAT-----T--GGTT--TTTA--AT---TAATTGTTT-TAA-TGCAGT-CTA--T---TTT-C--ACA------TATTTATTTATTTTTTT--T---TTA--TTGTGGGGCC-GGGCTACCAAG--GCTG-CATAA--AA-TTTATAAATCA--AC--CTG--TTTCG-A--CT--CCGTCTTA-GGGGAG-CA-GCCATG--TCA-C-AT---ACCAGA-ACTTT----C------TC-AGCTA-TCAC--TT-A-CTTTAA-T---GCTC-A-GGC---T--CCGGAAGTTCAA-TTCCTA--TAAATGTTCTGCTTGAG--TC---C-G-ACACGTCTGA-C----AAATTCTCTTTCCTAGA-GTTAA--T-TTTGATCCTTGTTC-AAAGGTAAACTTAACTCTT-CAAATTAA--AC--AAACGAG--GCAATAAAAACAGAGACAAAACATCT-T-GATGCAAAAGG-A-AA--TTCAGC---CACA--TGTTAAC--TGATTATTT-GATTGGATATTAACA--CCAG-A---A-AAGGGGTGGAG--TTT-TATGATTATTT--AAC--CTTGTGATTTATTT--AGAAT-TTT------------TTGCTT--TTA-CTTTT-T----ATC----ATTC-CCCTTTT--ATT-----CTTTA-GA----CCTTTT--GGAA----TTTATC-TT-T-AGG--ACTT------AA-CTTCA-G-AA---------A-----GTTTTTA-AA-ATTGT-T-AC-AAT---C-G-T-TTAC---AATGT--GGATGTT-CGAAGGAACA--T-GCTGTGT-TAA---GTGTACT------TTGCA-----TGG----AA-----G---------G-------TGC-------TTGAA--C-TG-A-TAAATA------AA-TT-TCGGTGGACAAG-AAAGA--TTG-TTAAACCT---A-ACAACA--TGTGA---GTATTACA----ACAAA-A-AGAGA-ATGT-TCCAAC-AAGTA-CA-GTACCATT-AACACAA
gi|10 : t--TCAA-T-ACTA--TGAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTTTATT--CCAGA-GTT-GA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAG--ACGAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAG-GAAA--TGTAGCTATTA-A--TGT-ATTC-TGATT-TTT-TATTGGAT-TTAA-A--C
gi|10 : CA----TTGG----AA--TTTA--TG----TGG------TGA-------AC-----T-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCAAGT-GA--A-CAT-TA-CATA-ATCACAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattggaatttatgtggtgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattgcaacaaaggaattcccaagtgaacattacataatcacaac
gi|11 : tcaatactatgaatgtctgctgagccctaagtttgacaaattttattccagagttgatgtttgatgttggtcaaggtaattaactttcaatagacgaagaggtctttgtgtaataaggaaatgtagctattaatgtattctgattttttattggatttaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCTG-C-TAA--AA-C-----A-------C--CTG--TTTCG-A--CT--CCATCTTG-CGG-AG-CA-GTC-AG--TTA-C-AT--CAT-AGA-ACTCT----CTCATGATC-AGCTA-TCAC-CTTTATCTTTAA-TTT-GCTC-T-GCA---T--CAGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C---------------------------------AGA-CTT--------TGATG-TTGGTC-AA-GGCAA--GTAACT-TT-CAA--TAA--GC--A---AAGATG----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--TGTA
gi|11 : -T-TTACT-TAATTT--A--TG-T-CGAAGTAACATTT-TCTATTT-TCATT-GTA--TT------TTACA----TTGG----AA--TT-G--TG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttacttaatttatgtcgaagtaacattttctattttcattgtattttacattggaattgtgaactgaactta
gi|12 : ctgctaaaacacctgtttcgactccatcttgcggagcagtcagttacatcatagaactctctcatgatcagctatcacctttatctttaatttgctctgcatcaggagtcaatcctataaatgtctgctgagcccagactttgatgttggtcaaggcaagtaactttcaataagcaaagatgtctttgtgtaataagaaaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAA-TGTTTGATG-TTGGCC-AA-A----------------CAA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTAATAAA-A-AAAATGTAGT---CA-A--TGT-ATTCT-GATT-CTT-GATTGGAT-T-------------------GTGTGTGGAG--TTT-AC--------------------TGATTT--AT--GA-----------------------TGATGTA-TTTTT-TTAGACTTTA-GA-TT-ATCTCTAG-ACT-TA-TCTTCA-GA---------------A----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT------AA-CTTT--ACAATTGATTTTCA-----------A-AATATTGT-T-ACAACT---CTT-T-T-ATT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TATGTTT-TGATT-TTAT-TT------T-GCA----TTCG----AA--TT-G--TG----TT-------TTG-------A---A--C-TT-A-TATTTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTATACCC---A-ATAACAT-TGTGA---TTATTACA----GC--A-A-AGGAA-ATCC-CCAAAT-GA--A-CATA---CACG-ATCACAGCaactgaactta
gi|13 : gATTAC-T-CGAAT----T-ATTT-AGG-TT-T--C-AA-TA----TC--ATA--------T--GGTT--TT-GGAAT---GAATTGTTG-TATATGAATT-CTA--TA--TTT-CA-ACT------T--------------TTC-T---TTA---T-TGGCTTC-------CCA-GA-GCTC-T-TAA--AATT-----AA--AACAC--CTG--TTC--GA--CTC-C-GTGTTA-GGG-AG-CAGGCC-TG--TCA-CAAT--CATATAA-ACGCT----CA-----CA-AGCT--TCAC-ATT-ATC------TT--G-TC-A-GCA---TCCCCGGAG-----------------------CTCGT-GGG--CC---G-G-A----TTTGA------ACATTCTATT--GCGG-------A-TGTTTGATG-TTGGTC-AG-AG---------CT-TT-CAA--T-----C------GAG--G----------------------TCT-T-GATTGAATAAGTA-AA--TGTa
gi|14 : gttgttgtTTACTGA-TTTTTAT----CCCTGTGATTT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A--TT-T---AA-CTTTA-G-AATTGCTTTTCA-----------A-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACT-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAATTT-TCAGTTT-TGATT-GTA--TT------ATGCA----TTGG----AA--TT-G--TG----TGCTGAACTTAC-------A---A--C-T--T-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACtaacgtagtgaatctgatccagatattcgttcccaaaaattccccactgaatcagatgaaatatggtgc
gi|15 : gtTTACTGA-TTTTTAT----CCCTGTGA-TT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A---T-T---AA-CTTT--A-GAATG-CTTT--------TTTCAA-AA-ATCGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACA-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAA-TT-TCTGTTT-TGATT-GTA--TT------TTGCA----TTGG----AA--TT-G--TG----TG-------TGCTGAACTTAT--AACT-T--A-TAGTTA------AATTTGTCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACa
gi|16 : -A-GC----T--CCGGAG--TCA--T-CCTA--TAA-TGT-CTGCT-GAG--TC---C-GCA---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTT-GATC-TTGATC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--A----------------------T-----TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC----A-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-TTAA-A--CCAG-A---A-TGTGGGTGGA---TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TTTAG-T-T--A-TTCTTCTTA-TCATTTTTT-T----CTTTG-GACTT-CT-TTTA--ATT-TA--CTTTAGGA----C-TTa
gi|17 : TAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TTAATGAATT-CTA--C---TTTTC--ACA------T--------------TTCTT---TTA--TT-TGGCTT--A-----CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T-----AA--A--ACACCTG--TTTCG-A--CT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CA-CAGT-AC-TT----CC-----TC-AGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-
gi|18 : ttataTAC-T-GTGATGCGTC-ATC--GGG-TT-T--CTAA-AACGGTTC--ATAT-------T--GGTTAATT-GCCATTTATATTTGTTT-AAAATAAATT-CTC--CTTATTT-C--ACACATACTC--------------TT--T---TTA--AT-TGGCT---------CCA-GAAACTGAC-TAACGAA-TC----AA--A--AC--
gi|19 : ttgccgta----TTGT----AA--TTTG--TG----TGAC-----TGA-------CT--A--C-TTTA-TAACTAGATAATAATTT-TCATT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCC---A-ACAACAC-TGTGA---TTATTACA----AC--A-C-AAGAT-ATTCACCAAAT-GC--A-C-TGTGACATA-atctg
gi|2 : gT----T-ATCCCAGG-TTGT--CTCACAA----TCC-ACTA-------TTTGGTT--TT-C--ATGTACACTTGTTT-TTCATGACCT-CTAACT---TTT-C--ACT------T--------------TTC-T---TTAATTT-TGGC----A-----CCC-G--GCTG-C-TCACTAC-T-------------C--CTACTTTTCGCCTTCC--C-GTCTTACAGG-GG-CA-GCC-TG--TCA-C-ATTTCAC-AGC--CTTT----GC-----TCCAGCTACTCCA-CTT-ATCTT-AT-TT--GCTCCA-G-A---T--CCGGAG--TCAC-T-CCTAATCACTTGT-CTGCT-GAG--TCGCAC-G-------TTGA-CCACTACGTTCTG-T--CTCGACGTT-TA-TGTTTGATC-TT-GTC--A-GGTAT--TTACCT-TT-CCA--TCA--AC------GAG--G----------------------TC--T-TGTGC-ATACG-G-AC--TGTAGC---CC-ACTTGC-AA-CTTGCTT-TTT-GATTGGAT-TTA------CAG-ACCCA-TGTGGGTGGCG--TTTAATTGATT-TTT--A-CCACCTGTGCTTT--TT--AGCACATTTGG-T-TA-A-TCTT----------GTTTT-T----AT------CCC-ATTCTTA------TA-TTTTTGCGA----C--TTT--GGCACACTTC-TTC-TT-TCAGG--ACTTC------A-CCTTCCGCAATTG-TTTTCA-------CACCACAC-ATTGT-TCACG-------TT-T-TTACTCACCTTT--G--TG-T-CGA--GCACCTTTGTCTGTCTGTCACT----T-TTCATGGGTTGCATTTCTTGGGTACAACTTT-G--TGCTGCTG-------CCC-------GT--A--C-C--ACTTATT---------TCT-TCGGTGGACAATCAC--A--CT--GTTCCCCT---ACACACCAT-TGTGAGTTCTGTCACACATCAC--A-CTAGG-----CT-CCCAGT-G---A-CA--TACTATACATCcagcgatcatcaa
gi|21 : tgttaatattccttgttccacgTAGC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-ATAA-A--CCAGAA---A-TGTGGGTAGAA--TTT-
gi|22 : A---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA--TTC-CCCAGT-GA--A-GATTTACCATA-ATCACAAC
gi|3 : TACAT-GTAAT----TTATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAT-------T--GTTT--TT-GC-AT---TACTTGATT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTT-C--ACA------T--------------TT--TCTTTTA--TT-TGGCTT--A-----CCA-G--GCTG-C-TAA--A--T-----AA--A--ACACCTG--TTTCG-A--CT--CCGTCTTA-GGG-AGGCA-GCT-TGGTCCA-C-AT---AC-AGA-ACTTT----C------TC-AGCTA-TCACGCTT-ATCTTTAA-TTT-GCTC-AAGCAATGC--CCGGAG--TCAAAT-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-AA--GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAGGTGTTTGATG-TTGGTC-AA-G-TAA--TTAACT-TT-CAA--TCA--AC--AAA-GAG--G----------------------TCT-T-GTTGCAATAAG-G-AAA-TGT-GC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTTTGATTGGAT-TTAA-AAACCAG-A---AATGTGGG-GAAG--TT--ACTGATT-TTT--A-C--TTTGTGATTT--TTTAGAAA--TTTAG-T-GGGA-TCTT---TAATCA-TTCTT-T----ATTT-----------TTTG--GCT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATCGTT-T-AGG--ACTT------AA-CTTCA-G-AATTG-TTTT-------------A-AA-ACTGT-T-ATAAATGTATTT-T-TTACT-AAATTTTGG--TG-T-CGAAGGCACATTT-TCTTTTT-TTTTG-GTGT-TT------TTGCA----TTGG----AAT-TT-G--TG----TGGT-----TGA-------A---A--CTT--A-TAATTA------AATTT-TTGGA-G-CAAT-AA--T--TTGGTAAAACCTTAGA-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A---GGA-ATTC-CCCAGTGGA--A-CAT-TACCATA-ATCACAA
gi|4 : ttataTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-TGTCTAA-A-----TC--ATAT-------T--GGTT--TT-A--AT---TAATTGTTTATTAATGAATTTCTA--C---TTT-TCAACA------T--------------TTCTT---TTA--TT-TGGCAAT-A-----ACA-GAGGCTG-C-TAA--AA-T-----AA--A--TCA-CTG--TTTCCGA--CTACC-GTCTTA-GGG-AG-CA-CGC-TG--TCA-C-AT--CACAGAA-ACTTT----CT-----AC-AGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TTTCGCTC-A-GCA---TC-CCGGAG--TC-A-T-CCTA--TAATGGT-CTGCTAGAGATTC---C-GAA---GTTTGACC----AAATTCTGTTA-CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATC-TTGGTCAAA-GGTAA--TT-ACT-TTGCAA--AAC--AA--A---GAG--G----------------------TCTAG-TG-GCAATAA----AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AAACTTGATG-TTT-G-TTGGAT-TTAA-A--CCAGAA---A-TGT-GGTGCAGTTTTT-ACTGATT-TATACA-C--CTTGTGATTT--CTTAGAAAT-TTGAG-T-G--G-----GGTTATTC--TTTT----------------TT-ATCATT---CTT-TATTCTTTA-GA----C-TTTTCGGAAA----TT-ATC-TT-T--GG--ACTGT-T---AAGCTTTCAG-AATT-------------GTTTTTA-AA-ATTGT-T-ACACAT---CGT-T-TTA-T-ACATTT--G--TG-TCCGAAGGAAAATTT-TCTG-TT-TAATT-GTAT-TT------TGCCA----TTGG----AA--TT-G---G----TG-------TGCTGA----AT--C--T-T--A-TAATTA------AATTT-T-GGT-GACAAT-AA--A---T--TTAAACTA---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTCAA----AG--ACA-AGGGA-ATTC-CCCAGT-GA--C-AAT-TACCATA-ATC-CAAC
gi|5 : gttataATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-A-----TC--ATAA-------T--GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TATATGAATT-CTA--C---TTT-C--ACA------T--------------TC--T---TTA--TT-TGGCTTCAG-----CCA-G--GCTG-C-TAA--AAGT-----AA--A--AC--CTG--TTTCGGA--CT--C-GTCTTAAGGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-CTAT--CACCAGT-ACTTT----CC-----TC-AGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCT-TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G-----------------------AT-T-TGTGC-ATAAG-G-AA--TGTAG----CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGG---TTAA-A--CCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TTTAG-T-T--ATTCTTCCTTATTCA-TTTTT-T----CTTTG-GACTTCATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTT-TTAAAA-CTTT--G-AATTG-TTTTTAGAGATGTTTTTA-AA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT-TATTACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG-TT-TGATTGGTGT-TT------TTGCA----TT-G----AA--TT-G--TG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|6 : TAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AT----GC--ATAAC------T--GGTT--TC-G--AT---TAAGTGTTT-TAA-TGAATT-CTA--C---TTTTC--A-A------T--------------TC--T---TTA--TT-TGGCTTA-G-----CCA-G----TG-C-TAA--AAGT-----AA--A--AC--CTG--TT-CGGA--CT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCAAC-AT--CAC---ATACTT-----CC-----TC-AGCTA-TCAC-CTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAATGGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC--TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------ACT-TGTCTGCAATAAG-GAAA--TGTAGC---C--A--TGT-AACCTTGA-T-TTT-GATTGG---TTAA-A---CAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TTA-GAAAT-TTTAG-T-T--ATTCTTCCTTATTCATTTTTT-T----CTTTG-GACT---TTTTTA--ATTCTA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTT-TTAAAA-CTTT--G-AATTG-TTTTTAGAGATGTTTTTA-AA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT-TATTACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG-TT-TGATTGGTGT-TT------TTGCA----TT-G----AA--TT-G--TG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|7 : tata-T-GTAAT----T-ATC--AAG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAGGCTTAATT--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TGAATGAATT-CAA--C---ATT-T--GCA------T--------------TTCTT---TTA--TT-TGGCTTC-------CCA-G--GCTG-T-TAA--AA-T-----AA--A--ACACCTG--TTTCGAA--T-----GTCCTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CA-CAGA-ACTTT-----C-----TT-AGCTA-TCACATTT-ATCTTTCATTT--TCTC-A-GCA---T--CCACAG--TCAA-T-GCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-C----AAATTCTATT--TCAGA-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTG-AA-GGTAA--TCAA-T-TT-AAA--TAAAGAA--A---GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTGATAAGAA-AA--TGTAGT---CA-A--TGT-TTTCCTGATT-TTT-GTTTGGAT-TTAA-A--CCAA-A---ATTGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTTTGATTT--TT---AGAC-TTTAGAT-T--A-TCT---TTGTC---TTTAT-C----CTTT--GACTT-ATC-------TT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--AGAA----TT-ATC-TT-T-TGA--AC--T-T---AA-CCTTA-G-AATTGCTTTTCA-----------A-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TT-----AATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATCT-TCTGTTT-TGATT-GTA--TT------TTGCA----TTGG----AA--TT-G--TG----TGC------TG--------A---A--C-T--G--AACTG------GATTT-TCGGT-GACAATAAA--A--GT--TTAAACAT---A-TCAACAT-TGTGA---TTATGAAA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CA--TACT-TA-ATCACAAC
gi|8 : gtatattTAC-TTGTAAT----T-ATC-------------TAA-AA----TC--ATAAC------T--AGCT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTT-C--ATG------T--------------TTCTT---TTA--TT-TGGCTTC-------TCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T-----AA--A--ACACCTG--TTTCA-A--CTA-T-GTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-AGG-ACTTTAAATTC-----TT-AGCTA-TC----------TTTAA-TTT-GCTC-A-GCA---T--CTGGAT--TCAA-T-CCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-T----ATATTTTATT--TCAGG-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTGAC--CT-CAA--TAA--ACCAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--CGTAGT---CA-A--TGT-ATCC-TGATT-TTT-GATTGGAT-TTAA----------------------------TTT-ACTGATT-TTT--------T---------------AGAC-TTTAGAT-T--A-TCT---TTAT--A-CT----------TTTG-GAATT-ATCTTTAGGACT-TA-ACTTTA-GAATTGC-TTTT--CAAA-----G-ATT-GT-T-ACA--AATTTGT---AT-CGAA--G-AAATA-TTTTCC-----GTTTT----G-ATTGT-
gi|8 : tgtaTGATTT--TT--GA-----TTGG------A-TTTAATTTACTGA-TTTTT-T--------A-GACTT------TA--GAT-TA-TCTTTA-TA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT------AA-CTTTA-G-AATTGCTTTTCA-----------A-AG-ATTGT-T-ACAAAT-------------------TT--G--TA-T-CGAAGAAATATTT-TCCGTTT-TGATT-GTAT-TT------T-GCA----TTTG----A---TT-GCATG----TG-------TGCTG-----A---A--C-T--AATAATTG------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--AT-TT--TTAAACCT---A-ACAATAT-TGTTA---TTATTACA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATG---CATA-ATCACAACattttgcatttgattgcatgtgtgctgaactaataattgaattttcggtgacaataaatttttaaacctaacaatattgttattattacaacaaaggaattccccagtgaacatgcataatcacaaca
gi|9 : tgtatacttgtaattatctaaaatcataactagctttgattaattgttttaaatgaattctactttcatgtttcttttatttggcttctcaggctgctaaaataaaacacctgtttcaactatgtcttagggagcagcctgtcacatcacaggactttaaattcttagctatctttaatttgctcagcatctggattcaatcctataaatttctactgagcccaaagtttgatatattttatttcagggttaatgtttgatgttggtcaaggtaattgacctcaataaaccaagaggtctttgtgtaataagaaaacgtagtcaatgtatcc-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-TT-CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTT-C--CCA------T--------------TTCTT---TTA--TT-TGGCTT--A-----CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T-----AA--A--ACACCTG--TTTCG-A--CT--CTGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-AGA-ACTTT----C------TC-AGCTA-TCAC-CTTTATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCGA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTT-AA-TGTTTG--------------------------------AA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGCAATGAG-GAAA--TGTAGC---CA-A--TGT-AA-CTTGA----------------TTAA-A--CCAGAA---A-TGTGGGTGGAG--TTG-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTGTGATTT--TT--AGAA--TTTGG-TAA--A-TCTTTCTT------CTTTT-T----TTTTG-GACTT-ATCTTTAT-ATT-TA-TCCTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--A--TT-T---AA-TTTT--A-GATTT-TTTTTA-----------A-AA-ATTGC-T-ACAAAT---CTTAA-ATACT-AACTTT--G--TG-T-TGAAGGAACATTT-TCTGTTT-TGACT-GTGT-TT------Ta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATTCCAATTTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATAAAAACGTTTTTGAATTATTTCTTAACAAGATATGGATCCTACCTTCGCTTT
Alignments
lowQualScore : 1 22222222222 11 111 111 111111111111 1111111 1111 111111 11 1111111 11 2222222 1 1111111 2222222222222222222222 111 111 11111 1111 111 33333333333333 2222222222222222 111 22222222222 11 44444444444444 11111111 55555555555555555555555555555 111111 111 11111
lowQualScore : 3 0 7777 3 77 3 3 77 3 88888 77 77777777777 44 3 22 111 3 3 44 999 44 7777 777777777777 3 3 3 0000000 8888 3 77 3 3 44 111111 33 44 33 77 6 3 3 3 3 44 3 6 44 3 3 3 7777 3333333 3 3 999 3 6 11 3 3 555 77 44 3 3 44 2 3 6 44 555 2222222 666666 4 77 3 3 2 55 66 2 33 0 2 2 33 33 8888888 33 5555555555555555555555 0 2 2 888 66 555 3 44 3 000 3 3 0 3 44 3 44444 3 44 3 3 3333 55 55 444 0 55 55 77777777777777 0 999 3333333333333333 3 777 3 3 6 6666 3 44 7777 3 3 6 3 22222222222 3 44 3 44 11 33333333333333 3 6 3 555 888 6 3 3 44 44 3 3 0 3 44444444 77777 6 9 2 0 6666 66 5 6666 11111111111111111111111111111 3 888888 3 6 6 44 000000 555 3 6 555 1 6666 33 2 2 555 2 2 33 5 77777 2
lowQualScore : . . .... . .. . . .. . ..... .. ........... .. . .. ... . . .. ... .. .... ............ . . . ....... .... . .. . . .. ...... .. .. .. .. . . . . . .. . . .. . . . .... ....... . . ... . . .. . . ... .. .. . . .. . . . .. ... ....... ...... . .. . . . .. .. . .. . . . .. .. ....... .. ...................... . . . ... .. ... . .. . ... . . . . .. . ..... . .. . . .... .. .. ... . .. .. .............. . ... ................ . ... . . . .... . .. .... . . . . ........... . .. . .. .. .............. . . . ... ... . . . .. .. . . . . ........ ..... . . . . .... .. . .... ............................. . ...... . . . .. ...... ... . . ... . .... .. . . ... . . .. . ..... .
lowQualScore : 6 9 1111 3 99 3 3 99 3 44444 99 22222222222 66 3 55 777 3 3 66 222 66 1111 111111111111 3 3 3 8888888 4444 3 99 3 3 66 000000 66 22 99 99 7 3 3 3 3 66 3 7 66 3 3 3 1111 2222222 3 3 777 3 7 22 1 3 888 99 22 1 1 22 6 1 2 22 444 3333333 666666 5 33 1 7 9 44 11 9 99 7 9 9 99 99 9999999 99 4444444444444444444444 7 9 9 666 88 444 1 22 1 222 1 1 4 1 22 1 22222 3 66 3 6 5555 00 00 888 4 44 00 77777777777777 2 888 2222222222222222 1 555 1 1 2 5555 1 66 1111 3 3 7 3 11111111111 3 55 3 66 88 77777777777777 3 7 3 888 555 2 1 1 22 22 1 1 4 1 22222222 77777 2 8 4 7 1111 88 7 1111 44444444444444444444444444444 1 888888 1 2 2 22 222222 444 1 2 000 9 1111 99 9 9 555 9 9 99 7 44444 9
consensus : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT--TTATTCA-TTTTT-T----CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
Reference ( family-1048 ) : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT-CTTATTCA-TTTTT-T----CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
gi|1 : -T-GTA-T----T-ATC--AGCCTT-T--CTAA-AA----TTCAATAAAT-----T--GGTT--TTTA--AT---TAATTGTTT-TAA-TGCAGT-CTA--T---TTTC--AC----ATATTTATTTATTTTT-TTTTTATTGT-GGGGCCGGGCT--A-CCAAG--GCTG-CATAA--AA-TTTATAAATCAACCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGGGAG-CA-GCCATG--TCA-C-AT--ACC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCAC---TT-A-CTTTAA-T---GCTC-A-GGC---T--CCGGAAGTTCAA-TTCCTA--TAAATGTTCTGCTTGAG--TC---C-G-ACACGTCTGA-C----AAATTCTCTTTCCTAGA-GTTAA--T-TTTGATCCTTGTTC-AAAGGTAAACTTAACTCTT-CAAATTAA--AC--AAACGAG--GCAATAAAAACAGAGACAAAACATCT-T-GATGCAAAAGG-A-AA--TTCAGC---CACA--TGTTAAC--TGATTATTT-GATTGGATATT--AACACCAG-A---A-AAGGGGTGGAG--TTT-TATGATTATTT--AAC--CTTGTGATTTATTT--AGAAT-TT--T---T--T-G--CTT--TTACT---TTTTA-T----C------ATTC-CCCTTTT--ATT-----CTTTA-GA----CCTTTT--GGAA----TTTATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTC-AG-AA-----------AG------TTTTTAAA-ATTGT-T-AC-AAT---C-G---T-TT-AC---AATGT--GGATGTT-CGAAGGAACA--T-GCTGT-------GTT-----AAGT-GTA-CTTTGCA-TGG----AA-----G-------G-------TGC-------TTGAA--C-TG-A-TAAATA------AA-TT-TCGGTGGACAAG-AAAGA--TTG-TTAAACCT---A-ACAACA--TGTGA---GTATTACA----ACAAA-A-AGAGA-ATGT-TCCAAC-AAGTA-CA-GTACCATT-AACACAA
gi|10 : t--TCAA-T-ACTA--TGAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTTTATT--CCAGA-GTT-GA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAG--ACGAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAG-GAAA--TGTAGCTATTA-A--TGT-ATTC-TGATT-TTT-TATTGGAT-TT--AA-AC
gi|10 : CATTGG----AA--TTTATG----TGG------TGA-------AC-----T-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCAAGT-GA--A-CAT-TA-CATA-ATCACAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattggaatttatgtggtgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattgcaacaaaggaattcccaagtgaacattacataatcacaac
gi|11 : tcaatactatgaatgtctgctgagccctaagtttgacaaattttattccagagttgatgtttgatgttggtcaaggtaattaactttcaatagacgaagaggtctttgtgtaataaggaaatgtagctattaatgtattctgattttttattggatttaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCATCTTG-CGG-AG-CA-GTC-AG--TTA-C-AT--CAT-A-G-AACTC----TCTCATGATC-AGCTA-TCAC-C-TTTATCTTTAA-TTT-GCTC-T-GCA---T--CAGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C---------------------------------AGA-CTT--------TGATG-TTGGTC-AA-GGCAA--GTAACT-TT-CAA--TAA--GC--A---AAGATG----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--TGTA
gi|11 : ctgc---T-TT-ACT-TAATTT--A--TG-T-CGAAGTAACATTT-TCTAT-------TTT-----CATT-GTA-TTTTACATTGG----AA--TT-GTG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttacttaatttatgtcgaagtaacattttctattttcattgtattttacattggaattgtgaactgaactta
gi|12 : ctgctaaaacacctgtttcgactccatcttgcggagcagtcagttacatcatagaactctctcatgatcagctatcacctttatctttaatttgctctgcatcaggagtcaatcctataaatgtctgctgagcccagactttgatgttggtcaaggcaagtaactttcaataagcaaagatgtctttgtgtaataagaaaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAA-TGTTTGATG-TTGGCC-AA-A----------------CAA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTAATAAA-A-AAAATGTAGT---CA-A--TGT-ATTCT-GATT-CTT-GATTGGAT-T-------------------GTGTGTGGAG--TTT-AC--------------------TGATTT--AT--GA-------------------------TGATGTA-TTTTT-TTAGACTTTA-GA-TT-ATCTCTAG-ACT-TA-TCTTCA-GA---------------A----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTT-AC-AAT--TGATTTTCA------------AAATATTGT-T-ACAACT---CTT---T-T--ATT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TATGT-------TTT-----GATT-TTATTTT-GCATTCG----AA--TT-GTG----TT-------TTG-------A---A--C-TT-A-TATTTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTATACCC---A-ATAACAT-TGTGA---TTATTACA----GC--A-A-AGGAA-ATCC-CCAAAT-GA--A-CATA---CACG-ATCACAGCaactgaactta
gi|13 : gATTAC-T-CGAAT----T-ATTT-AGG-TT-T--C-AA-TA----TC--ATA--------T--GGTT--TT-GGAAT---GAATTGTTG-TATATGAATT-CTA--TA--TTTC--AA----CT------------TT-TCTTTA-T-T-GG-------CTTC--CCA-GA-GCTC-T-TAA--AATT----AAAACA-CCTG--TTC--GACT--CCGTGTTA-GGG-AG-CAGGCC-TG--TCA-CAAT--CAT-ATA-AACGC----TCA-----CA-AGCT--TCAC-A-TT-ATC------TT--G-TC-A-GCA---TCCCCGGAG-----------------------CTCGT-GGG--CC---G-G-A----TTTGA------ACATTCTATT--GCGG-------A-TGTTTGATG-TTGGTC-AG-AG---------CT-TT-CAA--T-----C------GAG--G----------------------TCT-T-GATTGAATAAGTA-AA--TGTa
gi|14 : gttgttgtTTACTGA-TTTTTAT----CCCTGTGATTT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-CTTT-AG-AAT--TGCTTTTCA------------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAATTT-TCAGT-------TTT-----GATT-GTA-TTATGCATTGG----AA--TT-GTG----TGCTGAACTTAC-------A---A--C-T--T-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACtaacgtagtgaatctgatccagatattcgttcccaaaaattccccactgaatcagatgaaatatggtgc
gi|15 : gtTTACTGA-TTTTTAT----CCCTGTGA-TT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A---TT---AA-CTTT-AG-AATGCTT-TTTTCA------------AAA-ATCGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACA-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAA-TT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGCTGAACTTAT--AACT-T--A-TAGTTA------AATTTGTCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACa
gi|16 : -A-GC----T--CCGGAG--TCA--T-CCTA--TAA-TGT-CTGCT-GAG--TC---C-GCA---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTT-GATC-TTGATC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--A----------------------T-----TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC----A-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGA---TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTT-CTTA-TCATTTTTT-T----CTTTG-GACTT-CT-TTTA--ATT-TA--CTTTAGGA----C-TTa
gi|17 : TAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TTAATGAATT-CTA--CT--TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-GACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-TAC-T----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-
gi|18 : ttataTAC-T-GTGATGCGTC-ATC--GGG-TT-T--CTAA-AACGGTTC--ATAT-------T--GGTTAATT-GCCATTTATATTTGTTT-AAAATAAATT-CTC--CTTATTTC--ACACATAC------------TC-TTTTTAAT-T-GG-------CTCCA--GA-A--ACTGAC-TAACGAA-TC---AAAACA-TCTG--
gi|19 : ttgccgtaTTGT----AA--TTTGTG----TGAC-----TGA-------CT--A--C-TTTA-TAACTAGATAATAATTT-TCATT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCC---A-ACAACAC-TGTGA---TTATTACA----AC--A-C-AAGAT-ATTCACCAAAT-GC--A-C-TGTGACATA-
gi|2 : gT----T-ATCCCAGG-TTGT--CTCACAA----TCC-ACTA-------TTTGGTT--TT-C--ATGTACACTTGTTT-TTCATGACCT-CTAACT---TTTC--AC----TT------------TT-CTTTAATT-TTGG-------C---A-CCC-G--GCTG-C-T-------C----ACTACT-CCTACTTTTCGC-CTTCCCGTCTTACAGG-GG-CA-GCC-TG--TCA-C-ATTTCAC-A-G-C-CTT----TGC-----TCCAGCTACTCCA-C-TT-ATCTT-AT-TT--GCTCCA-G-A---T--CCGGAG--TCAC-T-CCTAATCACTTGT-CTGCT-GAG--TCGCAC-G-------TTGA-CCACTACGTTCTG-T--CTCGACGTT-TA-TGTTTGATC-TT-GTC--A-GGTAT--TTACCT-TT-CCA--TCA--AC------GAG--G----------------------TC--T-TGTGC-ATACG-G-AC--TGTAGC---CC-ACTTGC-AA-CTTGCTT-TTT-GATTGGAT-TT--A----CAG-ACCCA-TGTGGGTGGCG--TTTAATTGATT-TTT--A-CCACCTGTGCTTT--TT--AGCACATT--TGG-T--TAA-TCTT-GTT-TTTA-T------------------CCC-ATTCTTA------TA-TTTTTGCGA----C--TTT--GGCACACTTC-TTC-TT-TCAGG--AC-TTC---AC-CTTC-CGCAAT--TG-TTTTCAC------ACCA-CAC-ATTGT-TCACG-------TT---T-TT-ACTCACCTTT--G--TG-T-CGA--GCACCTTTGTCTGTCTGTCACTTTTCATGGGTT-GCATTTC----TTGGGTACAACTTT-GTGCTGCTG-------CCC-------GT--A--C-C--ACTTATT---------TCT-TCGGTGGACAATCAC--A--CT--GTTCCCCT---ACACACCAT-TGTGAGTTCTGTCACACATCAC--A-CTAGG-----CT-CCCAGT-G---A-CA--TACTATACATCcagcgatcatcaa
gi|21 : tgttaatattccttgttccacgTAGC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-AT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTAGAA--TTT-
gi|22 : A---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA--TTC-CCCAGT-GA--A-GATTTACCATA-ATCACAAC
gi|3 : TACAT-GTAAT----TTATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAT-------T--GTTT--TT-GC-AT---TACTTGATT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTTC--AC----AT------------TTTCTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--A--T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGG-AGGCA-GCT-TGGTCCA-C-AT---AC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCACGC-TT-ATCTTTAA-TTT-GCTC-AAGCAATGC--CCGGAG--TCAAAT-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-AA--GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAGGTGTTTGATG-TTGGTC-AA-G-TAA--TTAACT-TT-CAA--TCA--AC--AAA-GAG--G----------------------TCT-T-GTTGCAATAAG-G-AAA-TGT-GC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTTTGATTGGAT-TTAAAA-ACCAGAA---A-TGTGGG-GAAG---TT-ACTGATT-TTT--A-C--TTTGTGATTT--TTTAGAAA--TT--TAG-TGGG-A-TCT---TTAATCA-TTCTT-T----ATTT-----------TTTG--GCT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATCGTT-T-AGG--AC--TT---AA-CTTC-AG-AAT--T--------G------TTTT-AAA-ACTGT-T-ATAAATGTATTT---T-TT-ACT-AAATTTTGG--TG-T-CGAAGGCACATTT-TCTTT-------TTT-----TTTG-GTGTTTTTGCATTGG----AAT-TT-GTG----TGGT-----TGA-------A---A--CTT--A-TAATTA------AATTT-TTGGA-G-CAAT-AA--T--TTGGTAAAACCTTAGA-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A---GGA-ATTC-CCCAGTGGA--A-CAT-TACCATA-ATCACAA
gi|4 : ttataTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-TGTCTAA-A-----TC--ATAT-------T--GGTT--TT-A--AT---TAATTGTTTATTAATGAATTTCTA--C---TTTTCAAC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CAATA-ACA-GAGGCTG-C-TAA--AA-T----AAATCA--CTG--TTTCCGACTA-CCGTCTTA-GGG-AG-CA-CGC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-GAAACTT----TCT-----AC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TTTCGCTC-A-GCA---TC-CCGGAG--TC-A-T-CCTA--TAATGGT-CTGCTAGAGATTC---C-GAA---GTTTGACC----AAATTCTGTTA-CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATC-TTGGTCAAA-GGTAA--TT-ACT-TTGCAA--AAC--AA--A---GAG--G----------------------TCTAG-TG-GCAATAA----AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AAACTTGATG-TTT-G-TTGGAT-TT--AA-ACCAGAA---A-TGT-GGTGCAGTTTTT-ACTGATT-TATACA-C--CTTGTGATTT--CTTAGAAAT-TT--GAG-T--G-G----G-GTTATTC--TTTT----------------TT-ATCATT---CTT-TATTCTTTA-GA----C-TTTTCGGAAA----TT-ATC-TT-T--GG--ACTGTT---AAGCTTTCAG-AAT--TG-T------------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACACAT---CGT---T-TT-A-T-ACATTT--G--TG-TCCGAAGGAAAATTT-TCTG--------TTT-----AATT-GTATTTTGCCATTGG----AA--TT-G-G----TG-------TGCTGA----AT--C--T-T--A-TAATTA------AATTT-T-GGT-GACAAT-AA--A---T--TTAAACTA---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTCAA----AG--ACA-AGGGA-ATTC-CCCAGT-GA--C-AAT-TACCATA-ATC-CAAC
gi|5 : gttataATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-A-----TC--ATAA-------T--GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TATATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TC---TTTATT-T-GG-------CTTCAGCCA-G--GCTG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TTTCGGACT--C-GTCTTAAGGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-CTAT--CACCA-G-TACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCT-TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G-----------------------AT-T-TGTGC-ATAAG-G-AA--TGTAG----CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGG---TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTCCTTATTCA-TTTTT-T----CTTTG-GACTTCATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AAT--TG-TTTTTAGAGATGTTTTT-AAA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT---TATT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|6 : TAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AT----GC--ATAAC------T--GGTT--TC-G--AT---TAAGTGTTT-TAA-TGAATT-CTA--C---TTTT---C----AA------------TT-CTTT-ATT-T-GG-------CTTAG-CCA-G----TG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TT-CGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCAAC-AT--CAC-A-T-A--CT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAATGGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC--TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------ACT-TGTCTGCAATAAG-GAAA--TGTAGC---C--A--TGT-AACCTTGA-T-TTT-GATTGG---TT--AA-A-CAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TTA-GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTCCTTATTCATTTTTT-T----CTTTG-GACT---TTTTTA--ATTCTA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AAT--TG-TTTTTAGAGATGTTTTT-AAA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT---TATT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|7 : tata-T-GTAAT----T-ATC--AAG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAGGCTTAATT--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TGAATGAATT-CAA--C---ATTT--GC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTC--CCA-G--GCTG-T-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGAA-----TGTCCTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TT-AGCTA-TCACAT-TT-ATCTTTCATTT--TCTC-A-GCA---T--CCACAG--TCAA-T-GCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-C----AAATTCTATT--TCAGA-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTG-AA-GGTAA--TCAA-T-TT-AAA--TAAAGAA--A---GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTGATAAGAA-AA--TGTAGT---CA-A--TGT-TTTCCTGATT-TTT-GTTTGGAT-TT--AA-ACCAA-A---ATTGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTTTGATTT--TT---AGAC-TT--TAGAT--T-A-TCTT-TGTCTTTA-TCCTT-T----------GACTT-ATC-------TT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--AGAA----TT-ATC-TT-T-TGA--AC--TT---AA-CCTT-AG-AAT--TGCTTTTCA------------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT------AATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATCT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TGC------TG--------A---A--C-T--G--AACTG------GATTT-TCGGT-GACAATAAA--A--GT--TTAAACAT---A-TCAACAT-TGTGA---TTATGAAA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CA--TACT-TA-ATCACAAC
gi|8 : gtatattTAC-TTGTAAT----T-ATC-------------TAA-AA----TC--ATAAC------T--AGCT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AT----GT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTC--TCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-AACT--ATGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-GACTTTAAATTC-----TT-AGC-----------T-ATCTTTAATTT--GCTC-A-GCA---T--CTGGAT--TCAA-T-CCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-T----ATATTTTATT--TCAGG-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTGAC--CT-CAA--TAA--ACCAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--CGTAGT---CA-A--TGT-ATCC-TGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA--------------------------TTT-ACTGATT-TTT--------T---------------AGAC-TT--TAGAT--T-A-TCT---TTAT--A-CT----------TTTG-GAATT-ATCTTTAGGACT-TA-ACTTTA-GAATTGC-TTTT--CAAA-----G-ATT-GT-T-ACA--AATTTG---TA-TCGA-AG-AAA--TA-TTTTCCG------TTTT---G-ATTGT-------AT---TTTGCAT-TTGATT-GCATGT--G--TG-C-TGAACTAA--------------------T-----AATT-GAATTTTCG-----------------GTG-----------------------------------A-CAA-TA------AATTT-T----------T-AA--A-----------CCT---A-ACAATAT-TGTTA---TTATTACA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATG---CATA-ATCACAAC
gi|9 : tgta-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-TT-CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTTC--CC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CTGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TC-AGCTA-TCAC-CTTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCGA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTT-AA-TGTTTG--------------------------------AA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGCAATGAG-GAAA--TGTAGC---CA-A--TGT-AA-CTTGA----------------TT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTGGAG--TTG-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTGTGATTT--TT--AGAAT-TTGGTAA------A-TCT---TTCTTC---TTTT-T----TTTTG-GACTT-ATCTTTAT-ATT-TA-TCCTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-TTTT-AG-A-------TTTT---------TTTTAAAA-ATTGC-T-ACAAAT---CTTA--A-AT-ACT-AACTTT--G--TG-T-TGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GACT-GTGTTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATTCCAATTTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATAAAAACGTTTTTGAATTATTTCTTAACAAGATATGGATCCTACCTTCGCTTT
Alignments
lowQualScore : 1 22222222222 11 111 111 111111111111 1111111 1111 111111 11 1111111 11 2222222 1 1111111 2222222222222222222222 111 111 11111 1111 111 222222222222222222222222222222222222222222 111 22222222222 11 44444444444444 11111111 55555555555555555555555555555 111111 111 11111
lowQualScore : 3 0 7777 3 77 3 3 77 3 88888 77 77777777777 44 3 22 111 3 3 44 999 44 7777 777777777777 3 3 3 0000000 8888 3 77 3 3 44 111111 33 44 33 77 6 3 3 3 3 44 3 6 44 3 3 3 7777 3333333 3 3 999 3 6 11 3 3 555 77 44 3 3 44 2 3 6 44 555 2222222 666666 4 77 3 3 2 55 66 2 33 0 2 2 33 33 8888888 33 5555555555555555555555 0 2 2 888 66 555 3 44 3 000 3 3 0 3 44 3 44444 3 44 3 3 3333 55 55 444 0 55 55 999999999999999999999999999999999999999999 3 777 3 3 6 6666 3 44 7777 3 3 6 3 22222222222 3 44 3 44 11 33333333333333 3 6 3 555 888 6 3 3 44 44 3 3 0 3 44444444 77777 6 9 2 0 6666 66 5 6666 11111111111111111111111111111 3 888888 3 6 6 44 000000 555 3 6 555 1 6666 33 2 2 555 2 2 33 5 77777 2
lowQualScore : . . .... . .. . . .. . ..... .. ........... .. . .. ... . . .. ... .. .... ............ . . . ....... .... . .. . . .. ...... .. .. .. .. . . . . . .. . . .. . . . .... ....... . . ... . . .. . . ... .. .. . . .. . . . .. ... ....... ...... . .. . . . .. .. . .. . . . .. .. ....... .. ...................... . . . ... .. ... . .. . ... . . . . .. . ..... . .. . . .... .. .. ... . .. .. .......................................... . ... . . . .... . .. .... . . . . ........... . .. . .. .. .............. . . . ... ... . . . .. .. . . . . ........ ..... . . . . .... .. . .... ............................. . ...... . . . .. ...... ... . . ... . .... .. . . ... . . .. . ..... .
lowQualScore : 6 9 1111 3 99 3 3 99 3 44444 99 22222222222 66 3 55 777 3 3 66 222 66 1111 111111111111 3 3 3 8888888 4444 3 99 3 3 66 000000 66 22 99 99 7 3 3 3 3 66 3 7 66 3 3 3 1111 2222222 3 3 777 3 7 22 1 3 888 99 22 1 1 22 6 1 2 22 444 3333333 666666 5 33 1 7 9 44 11 9 99 7 9 9 99 99 9999999 99 4444444444444444444444 7 9 9 666 88 444 1 22 1 222 1 1 4 1 22 1 22222 3 66 3 6 5555 00 00 888 4 44 00 777777777777777777777777777777777777777777 1 555 1 1 2 5555 1 66 1111 3 3 7 3 11111111111 3 55 3 66 88 77777777777777 3 7 3 888 555 2 1 1 22 22 1 1 4 1 22222222 77777 2 8 4 7 1111 88 7 1111 44444444444444444444444444444 1 888888 1 2 2 22 222222 444 1 2 000 9 1111 99 9 9 555 9 9 99 7 44444 9
consensus : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT--T-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
Reference ( family-1048 ) : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT--T-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
gi|1 : -T-GTA-T----T-ATC--AGCCTT-T--CTAA-AA----TTCAATAAAT-----T--GGTT--TTTA--AT---TAATTGTTT-TAA-TGCAGT-CTA--T---TTTC--AC----ATATTTATTTATTTTT-TTTTTATTGT-GGGGCCGGGCT--A-CCAAG--GCTG-CATAA--AA-TTTATAAATCAACCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGGGAG-CA-GCCATG--TCA-C-AT--ACC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCAC---TT-A-CTTTAA-T---GCTC-A-GGC---T--CCGGAAGTTCAA-TTCCTA--TAAATGTTCTGCTTGAG--TC---C-G-ACACGTCTGA-C----AAATTCTCTTTCCTAGA-GTTAA--T-TTTGATCCTTGTTC-AAAGGTAAACTTAACTCTT-CAAATTAA--AC--AAACGAG--GCAATAAAAACAGAGACAAAACATCT-T-GATGCAAAAGG-A-AA--TTCAGC---CACA--TGTTAAC--TGATTATTT-GATTGGATATT--AACACCAG-A---A-AAGGGGTGGAG--TTT-TATGATTATTT--AAC--CTTGTGATTTATTT--AGAAT-TT--T---T--T-G--CTT--T-TACT---TTTTA-T---C------ATTC-CCCTTTT--ATT-----CTTTA-GA----CCTTTT--GGAA----TTTATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTC-AG-AA-----------AG------TTTTTAAA-ATTGT-T-AC-AAT---C-G---T-TT-AC---AATGT--GGATGTT-CGAAGGAACA--T-GCTGT-------GTT-----AAGT-GTA-CTTTGCA-TGG----AA-----G-------G-------TGC-------TTGAA--C-TG-A-TAAATA------AA-TT-TCGGTGGACAAG-AAAGA--TTG-TTAAACCT---A-ACAACA--TGTGA---GTATTACA----ACAAA-A-AGAGA-ATGT-TCCAAC-AAGTA-CA-GTACCATT-AACACAA
gi|10 : t--TCAA-T-ACTA--TGAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTTTATT--CCAGA-GTT-GA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAG--ACGAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAG-GAAA--TGTAGCTATTA-A--TGT-ATTC-TGATT-TTT-TATTGGAT-TT--AA-AC
gi|10 : CATTGG----AA--TTTATG----TGG------TGA-------AC-----T-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCAAGT-GA--A-CAT-TA-CATA-ATCACAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattggaatttatgtggtgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattgcaacaaaggaattcccaagtgaacattacataatcacaac
gi|11 : tcaatactatgaatgtctgctgagccctaagtttgacaaattttattccagagttgatgtttgatgttggtcaaggtaattaactttcaatagacgaagaggtctttgtgtaataaggaaatgtagctattaatgtattctgattttttattggatttaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCATCTTG-CGG-AG-CA-GTC-AG--TTA-C-AT--CAT-A-G-AACTC----TCTCATGATC-AGCTA-TCAC-C-TTTATCTTTAA-TTT-GCTC-T-GCA---T--CAGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C---------------------------------AGA-CTT--------TGATG-TTGGTC-AA-GGCAA--GTAACT-TT-CAA--TAA--GC--A---AAGATG----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--TGTA
gi|11 : ctgc---T-TT-ACT-TAATTT--A--TG-T-CGAAGTAACATTT-TCTAT-------TTT-----CATT-GTA-TTTTACATTGG----AA--TT-GTG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttacttaatttatgtcgaagtaacattttctattttcattgtattttacattggaattgtgaactgaactta
gi|12 : ctgctaaaacacctgtttcgactccatcttgcggagcagtcagttacatcatagaactctctcatgatcagctatcacctttatctttaatttgctctgcatcaggagtcaatcctataaatgtctgctgagcccagactttgatgttggtcaaggcaagtaactttcaataagcaaagatgtctttgtgtaataagaaaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAA-TGTTTGATG-TTGGCC-AA-A----------------CAA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTAATAAA-A-AAAATGTAGT---CA-A--TGT-ATTCT-GATT-CTT-GATTGGAT-T-------------------GTGTGTGGAG--TTT-ACTGAT-------------TTATGAT--------GA----------------------T--G-TATT----TTTT-TAGACTTTA-GA-TT-ATCTCTAG-ACT-TA-TCTTCA-GA---------------A----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTT-AC-AAT--TGATTTTCA------------AAATATTGT-T-ACAACT---CTT---T-T--ATT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TATGT-------TTT-----GATT-TTATTTT-GCATTCG----AA--TT-GTG----TT-------TTG-------A---A--C-TT-A-TATTTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTATACCC---A-ATAACAT-TGTGA---TTATTACA----GC--A-A-AGGAA-ATCC-CCAAAT-GA--A-CATA---CACG-ATCACAGCaactgaactta
gi|13 : gATTAC-T-CGAAT----T-ATTT-AGG-TT-T--C-AA-TA----TC--ATA--------T--GGTT--TT-GGAAT---GAATTGTTG-TATATGAATT-CTA--TA--TTTC--AA----CT------------TT-TCTTTA-T-T-GG-------CTTC--CCA-GA-GCTC-T-TAA--AATT----AAAACA-CCTG--TTC--GACT--CCGTGTTA-GGG-AG-CAGGCC-TG--TCA-CAAT--CAT-ATA-AACGC----TCA-----CA-AGCT--TCAC-A-TT-ATC------TT--G-TC-A-GCA---TCCCCGGAG-----------------------CTCGT-GGG--CC---G-G-A----TTTGA------ACATTCTATT--GCGG-------A-TGTTTGATG-TTGGTC-AG-AG---------CT-TT-CAA--T-----C------GAG--G----------------------TCT-T-GATTGAATAAGTA-AA--TGTa
gi|14 : gttgttgtT--T-TACTGA-TTTTTAT---CCCTGTGATTT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-CTTT-AG-AAT--TGCTTTTCA------------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAATTT-TCAGT-------TTT-----GATT-GTA-TTATGCATTGG----AA--TT-GTG----TGCTGAACTTAC-------A---A--C-T--T-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACtaacgtagtgaatctgatccagatattcgttcccaaaaattccccactgaatcagatgaaatatggtgc
gi|15 : g--T-TACTGA-TTTTTAT---CCCTGTGA-TT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A---TT---AA-CTTT-AG-AATGCTT-TTTTCA------------AAA-ATCGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACA-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAA-TT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGCTGAACTTAT--AACT-T--A-TAGTTA------AATTTGTCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACa
gi|16 : -A-GC----T--CCGGAG--TCA--T-CCTA--TAA-TGT-CTGCT-GAG--TC---C-GCA---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTT-GATC-TTGATC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--A----------------------T-----TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC----A-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGA---TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTC-T-TA-TCATTTTTT-T---CTTTG-GACTT-CT-TTTA--ATT-TA--CTTTAGGA----C-TTa
gi|17 : TAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TTAATGAATT-CTA--CT--TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-GACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-TAC-T----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-
gi|18 : ttataTAC-T-GTGATGCGTC-ATC--GGG-TT-T--CTAA-AACGGTTC--ATAT-------T--GGTTAATT-GCCATTTATATTTGTTT-AAAATAAATT-CTC--CTTATTTC--ACACATAC------------TC-TTTTTAAT-T-GG-------CTCCA--GA-A--ACTGAC-TAACGAA-TC---AAAACA-TCTG--
gi|19 : ttgccgtaTTGT----AA--TTTGTG----TGAC-----TGA-------CT--A--C-TTTA-TAACTAGATAATAATTT-TCATT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCC---A-ACAACAC-TGTGA---TTATTACA----AC--A-C-AAGAT-ATTCACCAAAT-GC--A-C-TGTGACATA-
gi|2 : gT----T-ATCCCAGG-TTGT--CTCACAA----TCC-ACTA-------TTTGGTT--TT-C--ATGTACACTTGTTT-TTCATGACCT-CTAACT---TTTC--AC----TT------------TT-CTTTAATT-TTGG-------C---A-CCC-G--GCTG-C-T-------C----ACTACT-CCTACTTTTCGC-CTTCCCGTCTTACAGG-GG-CA-GCC-TG--TCA-C-ATTTCAC-A-G-C-CTT----TGC-----TCCAGCTACTCCA-C-TT-ATCTT-AT-TT--GCTCCA-G-A---T--CCGGAG--TCAC-T-CCTAATCACTTGT-CTGCT-GAG--TCGCAC-G-------TTGA-CCACTACGTTCTG-T--CTCGACGTT-TA-TGTTTGATC-TT-GTC--A-GGTAT--TTACCT-TT-CCA--TCA--AC------GAG--G----------------------TC--T-TGTGC-ATACG-G-AC--TGTAGC---CC-ACTTGC-AA-CTTGCTT-TTT-GATTGGAT-TT--A----CAG-ACCCA-TGTGGGTGGCG--TTTAATTGATT-TTT--A-CCACCTGTGCTTT--TT--AGCACATT--TGG-T--TAA-TCTT--G-TTTTTA-T-----------------CCC-ATTCTTA------TA-TTTTTGCGA----C--TTT--GGCACACTTC-TTC-TT-TCAGG--AC-TTC---AC-CTTC-CGCAAT--TG-TTTTCAC------ACCA-CAC-ATTGT-TCACG-------TT---T-TT-ACTCACCTTT--G--TG-T-CGA--GCACCTTTGTCTGTCTGTCACTTTTCATGGGTT-GCATTTC----TTGGGTACAACTTT-GTGCTGCTG-------CCC-------GT--A--C-C--ACTTATT---------TCT-TCGGTGGACAATCAC--A--CT--GTTCCCCT---ACACACCAT-TGTGAGTTCTGTCACACATCAC--A-CTAGG-----CT-CCCAGT-G---A-CA--TACTATACATCcagcgatcatcaa
gi|21 : tgttaatattccttgttccacgTAGC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-AT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTAGAA--TTT-
gi|22 : A---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA--TTC-CCCAGT-GA--A-GATTTACCATA-ATCACAAC
gi|3 : TACAT-GTAAT----TTATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAT-------T--GTTT--TT-GC-AT---TACTTGATT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTTC--AC----AT------------TTTCTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--A--T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGG-AGGCA-GCT-TGGTCCA-C-AT---AC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCACGC-TT-ATCTTTAA-TTT-GCTC-AAGCAATGC--CCGGAG--TCAAAT-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-AA--GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAGGTGTTTGATG-TTGGTC-AA-G-TAA--TTAACT-TT-CAA--TCA--AC--AAA-GAG--G----------------------TCT-T-GTTGCAATAAG-G-AAA-TGT-GC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTTTGATTGGAT-TTAAAA-ACCAGAA---A-TGTGGG-GAAG---TT-ACTGATT-TTT--A-C--TTTGTGATTT--TTTAGAAA--TT--TAG-TGGG-A-TC-T--T-TAATCA-TTCTT-T---ATTT-----------TTTG--GCT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATCGTT-T-AGG--AC--TT---AA-CTTC-AG-AAT--T--------G------TTTT-AAA-ACTGT-T-ATAAATGTATTT---T-TT-ACT-AAATTTTGG--TG-T-CGAAGGCACATTT-TCTTT-------TTT-----TTTG-GTGTTTTTGCATTGG----AAT-TT-GTG----TGGT-----TGA-------A---A--CTT--A-TAATTA------AATTT-TTGGA-G-CAAT-AA--T--TTGGTAAAACCTTAGA-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A---GGA-ATTC-CCCAGTGGA--A-CAT-TACCATA-ATCACAA
gi|4 : ttataTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-TGTCTAA-A-----TC--ATAT-------T--GGTT--TT-A--AT---TAATTGTTTATTAATGAATTTCTA--C---TTTTCAAC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CAATA-ACA-GAGGCTG-C-TAA--AA-T----AAATCA--CTG--TTTCCGACTA-CCGTCTTA-GGG-AG-CA-CGC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-GAAACTT----TCT-----AC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TTTCGCTC-A-GCA---TC-CCGGAG--TC-A-T-CCTA--TAATGGT-CTGCTAGAGATTC---C-GAA---GTTTGACC----AAATTCTGTTA-CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATC-TTGGTCAAA-GGTAA--TT-ACT-TTGCAA--AAC--AA--A---GAG--G----------------------TCTAG-TG-GCAATAA----AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AAACTTGATG-TTT-G-TTGGAT-TT--AA-ACCAGAA---A-TGT-GGTGCAGTTTTT-ACTGATT-TATACA-C--CTTGTGATTT--CTTAGAAAT-TT--GAG-T--G-G---GG--T-TATTC--TTTT---------------TT-ATCATT---CTT-TATTCTTTA-GA----C-TTTTCGGAAA----TT-ATC-TT-T--GG--ACTGTT---AAGCTTTCAG-AAT--TG-T------------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACACAT---CGT---T-TT-A-T-ACATTT--G--TG-TCCGAAGGAAAATTT-TCTG--------TTT-----AATT-GTATTTTGCCATTGG----AA--TT-G-G----TG-------TGCTGA----AT--C--T-T--A-TAATTA------AATTT-T-GGT-GACAAT-AA--A---T--TTAAACTA---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTCAA----AG--ACA-AGGGA-ATTC-CCCAGT-GA--C-AAT-TACCATA-ATC-CAAC
gi|5 : gttataATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-A-----TC--ATAA-------T--GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TATATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TC---TTTATT-T-GG-------CTTCAGCCA-G--GCTG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TTTCGGACT--C-GTCTTAAGGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-CTAT--CACCA-G-TACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCT-TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G-----------------------AT-T-TGTGC-ATAAG-G-AA--TGTAG----CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGG---TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTCCT-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTTCATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AAT--TG-TTTTTAGAGATGTTTTT-AAA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT---TATT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|6 : TAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AT----GC--ATAAC------T--GGTT--TC-G--AT---TAAGTGTTT-TAA-TGAATT-CTA--C---TTTT---C----AA------------TT-CTTT-ATT-T-GG-------CTTAG-CCA-G----TG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TT-CGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCAAC-AT--CAC-A-T-A--CT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAATGGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC--TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------ACT-TGTCTGCAATAAG-GAAA--TGTAGC---C--A--TGT-AACCTTGA-T-TTT-GATTGG---TT--AA-A-CAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TTA-GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTCCT-TATTCATTTTTT-T---CTTTG-GACT---TTTTTA--ATTCTA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AAT--TG-TTTTTAGAGATGTTTTT-AAA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT---TATT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|7 : tata-T-GTAAT----T-ATC--AAG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAGGCTTAATT--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TGAATGAATT-CAA--C---ATTT--GC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTC--CCA-G--GCTG-T-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGAA-----TGTCCTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TT-AGCTA-TCACAT-TT-ATCTTTCATTT--TCTC-A-GCA---T--CCACAG--TCAA-T-GCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-C----AAATTCTATT--TCAGA-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTG-AA-GGTAA--TCAA-T-TT-AAA--TAAAGAA--A---GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTGATAAGAA-AA--TGTAGT---CA-A--TGT-TTTCCTGATT-TTT-GTTTGGAT-TT--AA-ACCAA-A---ATTGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTTTGATTT--TT---AGAC-TT--TAGAT--T-A-TCTT--T---GTC--TTTAT-C---CTTT--GACTT-ATC-------TT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--AGAA----TT-ATC-TT-T-TGA--AC--TT---AA-CCTT-AG-AAT--TGCTTTTCA------------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT------AATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATCT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TGC------TG--------A---A--C-T--G--AACTG------GATTT-TCGGT-GACAATAAA--A--GT--TTAAACAT---A-TCAACAT-TGTGA---TTATGAAA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CA--TACT-TA-ATCACAAC
gi|8 : gtatattTAC-TTGTAAT----T-ATC-------------TAA-AA----TC--ATAAC------T--AGCT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AT----GT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTC--TCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-AACT--ATGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-GACTTTAAATTC-----TT-AGC-----------T-ATCTTTAATTT--GCTC-A-GCA---T--CTGGAT--TCAA-T-CCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-T----ATATTTTATT--TCAGG-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTGAC--CT-CAA--TAA--ACCAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--CGTAGT---CA-A--TGT-ATCC-TGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA--------------------------TTT-ACTGATT-TTT--------T---------------AGAC-TT--TAGAT--T-A-TCTT--TATACT--------------TTTG-GAATT-ATCTTTAGGACT-TA-ACTTTA-GAATTGC-TTTT--CAAA-----G-ATT-GT-T-ACA--AATTTG---TA-TCGA-AG-AAA--TA-TTTTCCG------TTTT---G-ATTGT-------AT---TTTGCAT-TTGATT-GCATGT--G--TG-C-TGAACTAA--------------------T-----AATT-GAATTTTCG-----------------GTG-----------------------------------A-CAA-TA------AATTT-T----------T-AA--A-----------CCT---A-ACAATAT-TGTTA---TTATTACA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATG---CATA-ATCACAAC
gi|9 : tgta-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-TT-CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTTC--CC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CTGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TC-AGCTA-TCAC-CTTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCGA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTT-AA-TGTTTG--------------------------------AA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGCAATGAG-GAAA--TGTAGC---CA-A--TGT-AA-CTTGA----------------TT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTGGAG--TTG-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTGTGATTT--TT--AGAAT-TTGGTAA------A-TCTT--T-C-TTC---TTTT-T---TTTTG-GACTT-ATCTTTAT-ATT-TA-TCCTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-TTTT-AG-A-------TTTT---------TTTTAAAA-ATTGC-T-ACAAAT---CTTA--A-AT-ACT-AACTTT--G--TG-T-TGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GACT-GTGTTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATTCCAATTTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATAAAAACGTTTTTGAATTATTTCTTAACAAGATATGGATCCTACCTTCGCTTT
Alignments
lowQualScore : 1 22222222222 11 111 111 111111111111 1111111 1111 111111 11 1111111 11 2222222 1 1111111 2222222222222222222222 111 111 11111 1111 111 222222222222222222222222222222222222222222 111 22222222222 11 44444444444444 11111111 55555555555555555555555555555 111111 111 11111
lowQualScore : 3 0 7777 3 77 3 3 77 3 88888 77 77777777777 44 3 22 111 3 3 44 999 44 7777 777777777777 3 3 3 0000000 8888 3 77 3 3 44 111111 33 44 33 77 6 3 3 3 3 44 3 6 44 3 3 3 7777 3333333 3 3 999 3 6 11 3 3 555 77 44 3 3 44 2 3 6 44 555 2222222 666666 4 77 3 3 2 55 66 2 33 0 2 2 33 33 8888888 33 5555555555555555555555 0 2 2 888 66 555 3 44 3 000 3 3 0 3 44 3 44444 3 44 3 3 3333 55 55 444 0 55 55 999999999999999999999999999999999999999999 3 777 3 3 6 6666 3 44 7777 3 3 6 3 22222222222 3 44 3 44 11 33333333333333 3 6 3 555 888 6 3 3 44 44 3 3 0 3 44444444 77777 6 9 2 0 6666 66 5 6666 11111111111111111111111111111 3 888888 3 6 6 44 000000 555 3 6 555 1 6666 33 2 2 555 2 2 33 5 77777 2
lowQualScore : . . .... . .. . . .. . ..... .. ........... .. . .. ... . . .. ... .. .... ............ . . . ....... .... . .. . . .. ...... .. .. .. .. . . . . . .. . . .. . . . .... ....... . . ... . . .. . . ... .. .. . . .. . . . .. ... ....... ...... . .. . . . .. .. . .. . . . .. .. ....... .. ...................... . . . ... .. ... . .. . ... . . . . .. . ..... . .. . . .... .. .. ... . .. .. .......................................... . ... . . . .... . .. .... . . . . ........... . .. . .. .. .............. . . . ... ... . . . .. .. . . . . ........ ..... . . . . .... .. . .... ............................. . ...... . . . .. ...... ... . . ... . .... .. . . ... . . .. . ..... .
lowQualScore : 6 9 1111 3 99 3 3 99 3 44444 99 22222222222 66 3 55 777 3 3 66 222 66 1111 111111111111 3 3 3 8888888 4444 3 99 3 3 66 000000 66 22 99 99 7 3 3 3 3 66 3 7 66 3 3 3 1111 2222222 3 3 777 3 7 22 1 3 888 99 22 1 1 22 6 1 2 22 444 3333333 666666 5 33 1 7 9 44 11 9 99 7 9 9 99 99 9999999 99 4444444444444444444444 7 9 9 666 88 444 1 22 1 222 1 1 4 1 22 1 22222 3 66 3 6 5555 00 00 888 4 44 00 777777777777777777777777777777777777777777 1 555 1 1 2 5555 1 66 1111 3 3 7 3 11111111111 3 55 3 66 88 77777777777777 3 7 3 888 555 2 1 1 22 22 1 1 4 1 22222222 77777 2 8 4 7 1111 88 7 1111 44444444444444444444444444444 1 888888 1 2 2 22 222222 444 1 2 000 9 1111 99 9 9 555 9 9 99 7 44444 9
consensus : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT--T-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
Reference ( family-1048 ) : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT--T-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
gi|1 : -T-GTA-T----T-ATC--AGCCTT-T--CTAA-AA----TTCAATAAAT-----T--GGTT--TTTA--AT---TAATTGTTT-TAA-TGCAGT-CTA--T---TTTC--AC----ATATTTATTTATTTTT-TTTTTATTGT-GGGGCCGGGCT--A-CCAAG--GCTG-CATAA--AA-TTTATAAATCAACCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGGGAG-CA-GCCATG--TCA-C-AT--ACC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCAC---TT-A-CTTTAA-T---GCTC-A-GGC---T--CCGGAAGTTCAA-TTCCTA--TAAATGTTCTGCTTGAG--TC---C-G-ACACGTCTGA-C----AAATTCTCTTTCCTAGA-GTTAA--T-TTTGATCCTTGTTC-AAAGGTAAACTTAACTCTT-CAAATTAA--AC--AAACGAG--GCAATAAAAACAGAGACAAAACATCT-T-GATGCAAAAGG-A-AA--TTCAGC---CACA--TGTTAAC--TGATTATTT-GATTGGATATT--AACACCAG-A---A-AAGGGGTGGAG--TTT-TATGATTATTT--AAC--CTTGTGATTTATTT--AGAAT-TT--T---T--T-G--CTT--T-TACT---TTTTA-T---C------ATTC-CCCTTTT--ATT-----CTTTA-GA----CCTTTT--GGAA----TTTATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTC-AG-AA-----------AG------TTTTTAAA-ATTGT-T-AC-AAT---C-G---T-TT-AC---AATGT--GGATGTT-CGAAGGAACA--T-GCTGT-------GTT-----AAGT-GTA-CTTTGCA-TGG----AA-----G-------G-------TGC-------TTGAA--C-TG-A-TAAATA------AA-TT-TCGGTGGACAAG-AAAGA--TTG-TTAAACCT---A-ACAACA--TGTGA---GTATTACA----ACAAA-A-AGAGA-ATGT-TCCAAC-AAGTA-CA-GTACCATT-AACACAA
gi|10 : t--TCAA-T-ACTA--TGAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTTTATT--CCAGA-GTT-GA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAG--ACGAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAG-GAAA--TGTAGCTATTA-A--TGT-ATTC-TGATT-TTT-TATTGGAT-TT--AA-AC
gi|10 : CATTGG----AA--TTTATG----TGG------TGA-------AC-----T-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCAAGT-GA--A-CAT-TA-CATA-ATCACAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattggaatttatgtggtgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattgcaacaaaggaattcccaagtgaacattacataatcacaac
gi|11 : tcaatactatgaatgtctgctgagccctaagtttgacaaattttattccagagttgatgtttgatgttggtcaaggtaattaactttcaatagacgaagaggtctttgtgtaataaggaaatgtagctattaatgtattctgattttttattggatttaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCATCTTG-CGG-AG-CA-GTC-AG--TTA-C-AT--CAT-A-G-AACTC----TCTCATGATC-AGCTA-TCAC-C-TTTATCTTTAA-TTT-GCTC-T-GCA---T--CAGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C---------------------------------AGA-CTT--------TGATG-TTGGTC-AA-GGCAA--GTAACT-TT-CAA--TAA--GC--A---AAGATG----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--TGTA
gi|11 : ctgc---T-TT-ACT-TAATTT--A--TG-T-CGAAGTAACATTT-TCTAT-------TTT-----CATT-GTA-TTTTACATTGG----AA--TT-GTG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttacttaatttatgtcgaagtaacattttctattttcattgtattttacattggaattgtgaactgaactta
gi|12 : ctgctaaaacacctgtttcgactccatcttgcggagcagtcagttacatcatagaactctctcatgatcagctatcacctttatctttaatttgctctgcatcaggagtcaatcctataaatgtctgctgagcccagactttgatgttggtcaaggcaagtaactttcaataagcaaagatgtctttgtgtaataagaaaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAA-TGTTTGATG-TTGGCC-AA-A----------------CAA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTAATAAA-A-AAAATGTAGT---CA-A--TGT-ATTCT-GATT-CTT-GATTGGAT-T-------------------GTGTGTGGAG--TTT-ACTGAT-------------TTATGAT--------GA----------------------T--G-TATT----TTTT-TAGACTTTA-GA-TT-ATCTCTAG-ACT-TA-TCTTCA-GA---------------A----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTT-AC-AAT--TGATTTTCA------------AAATATTGT-T-ACAACT---CTT---T-T--ATT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TATGT-------TTT-----GATT-TTATTTT-GCATTCG----AA--TT-GTG----TT-------TTG-------A---A--C-TT-A-TATTTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTATACCC---A-ATAACAT-TGTGA---TTATTACA----GC--A-A-AGGAA-ATCC-CCAAAT-GA--A-CATA---CACG-ATCACAGCaactgaactta
gi|13 : gATTAC-T-CGAAT----T-ATTT-AGG-TT-T--C-AA-TA----TC--ATA--------T--GGTT--TT-GGAAT---GAATTGTTG-TATATGAATT-CTA--TA--TTTC--AA----CT------------TT-TCTTTA-T-T-GG-------CTTC--CCA-GA-GCTC-T-TAA--AATT----AAAACA-CCTG--TTC--GACT--CCGTGTTA-GGG-AG-CAGGCC-TG--TCA-CAAT--CAT-ATA-AACGC----TCA-----CA-AGCT--TCAC-A-TT-ATC------TT--G-TC-A-GCA---TCCCCGGAG-----------------------CTCGT-GGG--CC---G-G-A----TTTGA------ACATTCTATT--GCGG-------A-TGTTTGATG-TTGGTC-AG-AG---------CT-TT-CAA--T-----C------GAG--G----------------------TCT-T-GATTGAATAAGTA-AA--TGTa
gi|14 : gttgttgtT--T-TACTGA-TTTTTAT---CCCTGTGATTT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-CTTT-AG-AAT--TGCTTTTCA------------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAATTT-TCAGT-------TTT-----GATT-GTA-TTATGCATTGG----AA--TT-GTG----TGCTGAACTTAC-------A---A--C-T--T-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACtaacgtagtgaatctgatccagatattcgttcccaaaaattccccactgaatcagatgaaatatggtgc
gi|15 : g--T-TACTGA-TTTTTAT---CCCTGTGA-TT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A---TT---AA-CTTT-AG-AATGCTT-TTTTCA------------AAA-ATCGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACA-AAATTT--G--TG-T-TGAAGGAAAA-TT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGCTGAACTTAT--AACT-T--A-TAGTTA------AATTTGTCGGT-GACAAT-GA--ATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACa
gi|16 : -A-GC----T--CCGGAG--TCA--T-CCTA--TAA-TGT-CTGCT-GAG--TC---C-GCA---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTT-GATC-TTGATC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--A----------------------T-----TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC----A-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGA---TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTC-T-TA-TCATTTTTT-T---CTTTG-GACTT-CT-TTTA--ATT-TA--CTTTAGGA----C-TTa
gi|17 : TAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TTAATGAATT-CTA--CT--TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-GACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-TAC-T----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-
gi|18 : ttataTAC-T-GTGATGCGTC-ATC--GGG-TT-T--CTAA-AACGGTTC--ATAT-------T--GGTTAATT-GCCATTTATATTTGTTT-AAAATAAATT-CTC--CTTATTTC--ACACATAC------------TC-TTTTTAAT-T-GG-------CTCCA--GA-A--ACTGAC-TAACGAA-TC---AAAACA-TCTG--
gi|19 : ttgccgtaTTGT----AA--TTTGTG----TGAC-----TGA-------CT--A--C-TTTA-TAACTAGATAATAATTT-TCATT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCC---A-ACAACAC-TGTGA---TTATTACA----AC--A-C-AAGAT-ATTCACCAAAT-GC--A-C-TGTGACATA-
gi|2 : gT----T-ATCCCAGG-TTGT--CTCACAA----TCC-ACTA-------TTTGGTT--TT-C--ATGTACACTTGTTT-TTCATGACCT-CTAACT---TTTC--AC----TT------------TT-CTTTAATT-TTGG-------C---A-CCC-G--GCTG-C-T-------C----ACTACT-CCTACTTTTCGC-CTTCCCGTCTTACAGG-GG-CA-GCC-TG--TCA-C-ATTTCAC-A-G-C-CTT----TGC-----TCCAGCTACTCCA-C-TT-ATCTT-AT-TT--GCTCCA-G-A---T--CCGGAG--TCAC-T-CCTAATCACTTGT-CTGCT-GAG--TCGCAC-G-------TTGA-CCACTACGTTCTG-T--CTCGACGTT-TA-TGTTTGATC-TT-GTC--A-GGTAT--TTACCT-TT-CCA--TCA--AC------GAG--G----------------------TC--T-TGTGC-ATACG-G-AC--TGTAGC---CC-ACTTGC-AA-CTTGCTT-TTT-GATTGGAT-TT--A----CAG-ACCCA-TGTGGGTGGCG--TTTAATTGATT-TTT--A-CCACCTGTGCTTT--TT--AGCACATT--TGG-T--TAA-TCTT--G-TTTTTA-T-----------------CCC-ATTCTTA------TA-TTTTTGCGA----C--TTT--GGCACACTTC-TTC-TT-TCAGG--AC-TTC---AC-CTTC-CGCAAT--TG-TTTTCAC------ACCA-CAC-ATTGT-TCACG-------TT---T-TT-ACTCACCTTT--G--TG-T-CGA--GCACCTTTGTCTGTCTGTCACTTTTCATGGGTT-GCATTTC----TTGGGTACAACTTT-GTGCTGCTG-------CCC-------GT--A--C-C--ACTTATT---------TCT-TCGGTGGACAATCAC--A--CT--GTTCCCCT---ACACACCAT-TGTGAGTTCTGTCACACATCAC--A-CTAGG-----CT-CCCAGT-G---A-CA--TACTATACATCcagcgatcatcaa
gi|21 : tgttaatattccttgttccacgTAGC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTT-GATTGGAT-AT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTAGAA--TTT-
gi|22 : A---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA--TTC-CCCAGT-GA--A-GATTTACCATA-ATCACAAC
gi|3 : TACAT-GTAAT----TTATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAT-------T--GTTT--TT-GC-AT---TACTTGATT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTTC--AC----AT------------TTTCTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--A--T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGG-AGGCA-GCT-TGGTCCA-C-AT---AC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCACGC-TT-ATCTTTAA-TTT-GCTC-AAGCAATGC--CCGGAG--TCAAAT-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-AA--GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAGGTGTTTGATG-TTGGTC-AA-G-TAA--TTAACT-TT-CAA--TCA--AC--AAA-GAG--G----------------------TCT-T-GTTGCAATAAG-G-AAA-TGT-GC---CA-A--TGT-AAC-TTGATT-TTTTGATTGGAT-TTAAAA-ACCAGAA---A-TGTGGG-GAAG---TT-ACTGATT-TTT--A-C--TTTGTGATTT--TTTAGAAA--TT--TAG-TGGG-A-TC-T--T-TAATCA-TTCTT-T---ATTT-----------TTTG--GCT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATCGTT-T-AGG--AC--TT---AA-CTTC-AG-AAT--T--------G------TTTT-AAA-ACTGT-T-ATAAATGTATTT---T-TT-ACT-AAATTTTGG--TG-T-CGAAGGCACATTT-TCTTT-------TTT-----TTTG-GTGTTTTTGCATTGG----AAT-TT-GTG----TGGT-----TGA-------A---A--CTT--A-TAATTA------AATTT-TTGGA-G-CAAT-AA--T--TTGGTAAAACCTTAGA-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A---GGA-ATTC-CCCAGTGGA--A-CAT-TACCATA-ATCACAA
gi|4 : ttataTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT-TGTCTAA-A-----TC--ATAT-------T--GGTT--TT-A--AT---TAATTGTTTATTAATGAATTTCTA--C---TTTTCAAC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CAATA-ACA-GAGGCTG-C-TAA--AA-T----AAATCA--CTG--TTTCCGACTA-CCGTCTTA-GGG-AG-CA-CGC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-GAAACTT----TCT-----AC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TTTCGCTC-A-GCA---TC-CCGGAG--TC-A-T-CCTA--TAATGGT-CTGCTAGAGATTC---C-GAA---GTTTGACC----AAATTCTGTTA-CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATC-TTGGTCAAA-GGTAA--TT-ACT-TTGCAA--AAC--AA--A---GAG--G----------------------TCTAG-TG-GCAATAA----AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AAACTTGATG-TTT-G-TTGGAT-TT--AA-ACCAGAA---A-TGT-GGTGCAGTTTTT-ACTGATT-TATACA-C--CTTGTGATTT--CTTAGAAAT-TT--GAG-T--G-G---GG--T-TATTC--TTTT---------------TT-ATCATT---CTT-TATTCTTTA-GA----C-TTTTCGGAAA----TT-ATC-TT-T--GG--ACTGTT---AAGCTTTCAG-AAT--TG-T------------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACACAT---CGT---T-TT-A-T-ACATTT--G--TG-TCCGAAGGAAAATTT-TCTG--------TTT-----AATT-GTATTTTGCCATTGG----AA--TT-G-G----TG-------TGCTGA----AT--C--T-T--A-TAATTA------AATTT-T-GGT-GACAAT-AA--A---T--TTAAACTA---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTCAA----AG--ACA-AGGGA-ATTC-CCCAGT-GA--C-AAT-TACCATA-ATC-CAAC
gi|5 : gttataATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-A-----TC--ATAA-------T--GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TATATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TC---TTTATT-T-GG-------CTTCAGCCA-G--GCTG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TTTCGGACT--C-GTCTTAAGGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-CTAT--CACCA-G-TACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCT-TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G-----------------------AT-T-TGTGC-ATAAG-G-AA--TGTAG----CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGG---TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTCCT-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTTCATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AAT--TG-TTTTTAGAGATGTTTTT-AAA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT---TATT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|6 : TAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AT----GC--ATAAC------T--GGTT--TC-G--AT---TAAGTGTTT-TAA-TGAATT-CTA--C---TTTT---C----AA------------TT-CTTT-ATT-T-GG-------CTTAG-CCA-G----TG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TT-CGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCAAC-AT--CAC-A-T-A--CT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAATGGT-CTGCT-GAG--TC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTC--TT--CTAGA-GTTAAA-TG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------ACT-TGTCTGCAATAAG-GAAA--TGTAGC---C--A--TGT-AACCTTGA-T-TTT-GATTGG---TT--AA-A-CAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTT--TTA-GAAAT-TT--TAG-T--T-ATTCTTCCT-TATTCATTTTTT-T---CTTTG-GACT---TTTTTA--ATTCTA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AAT--TG-TTTTTAGAGATGTTTTT-AAA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT---TATT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATAA------AATAT-TCGGT--ACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|7 : tata-T-GTAAT----T-ATC--AAG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAGGCTTAATT--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TGAATGAATT-CAA--C---ATTT--GC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTC--CCA-G--GCTG-T-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGAA-----TGTCCTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TT-AGCTA-TCACAT-TT-ATCTTTCATTT--TCTC-A-GCA---T--CCACAG--TCAA-T-GCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-C----AAATTCTATT--TCAGA-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTG-AA-GGTAA--TCAA-T-TT-AAA--TAAAGAA--A---GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTGATAAGAA-AA--TGTAGT---CA-A--TGT-TTTCCTGATT-TTT-GTTTGGAT-TT--AA-ACCAA-A---ATTGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTTTGATTT--TT---AGAC-TT--TAGAT--T-A-TCTT--T---GTC--TTTAT-C---CTTT--GACTT-ATC-------TT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--AGAA----TT-ATC-TT-T-TGA--AC--TT---AA-CCTT-AG-AAT--TGCTTTTCA------------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT------AATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATCT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TGC------TG--------A---A--C-T--G--AACTG------GATTT-TCGGT-GACAATAAA--A--GT--TTAAACAT---A-TCAACAT-TGTGA---TTATGAAA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CA--TACT-TA-ATCACAAC
gi|8 : gtatattTAC-TTGTAAT----T-ATC-------------TAA-AA----TC--ATAAC------T--AGCT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AT----GT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTC--TCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-AACT--ATGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-GACTTTAAATTC-----TT-AGC-----------T-ATCTTTAATTT--GCTC-A-GCA---T--CTGGAT--TCAA-T-CCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CC---CAA-A---GTTTGA-T----ATATTTTATT--TCAGG-GTT-AA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTGAC--CT-CAA--TAA--ACCAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAA-AA--CGTAGT---CA-A--TGT-ATCC-TGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA--------------------------TTT-ACTGATT-TTT--------T---------------AGAC-TT--TAGAT--T-A-TCTT--TATACT--------------TTTG-GAATT-ATCTTTAGGACT-TA-ACTTTA-GAATTGC-TTTT--CAAA-----G-ATT-GT-T-ACA--AATTTG---TA-TCGA-AG-AAA--TA-TTTTCCG------TTTT---G-ATTGT-------AT---TTTGCAT-TTGATT-GCATGT--G--TG-C-TGAACTAA--------------------T-----AATT-GAATTTTCG-----------------GTG-----------------------------------A-CAA-TA------AATTT-T----------T-AA--A-----------CCT---A-ACAATAT-TGTTA---TTATTACA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATG---CATA-ATCACAAC
gi|9 : tgta-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-TT-CTAA-AA----TC--ATAA-------TT-GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--CA--TTTC--CC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTT-A-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CTGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TC-AGCTA-TCAC-CTTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCGA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---CTA-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTT-AA-TGTTTG--------------------------------AA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGCAATGAG-GAAA--TGTAGC---CA-A--TGT-AA-CTTGA----------------TT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTGGAG--TTG-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTGTGATTT--TT--AGAAT-TTGGTAA------A-TCTT--T-C-TTC---TTTT-T---TTTTG-GACTT-ATCTTTAT-ATT-TA-TCCTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-TTTT-AG-A-------TTTT---------TTTTAAAA-ATTGC-T-ACAAAT---CTTA--A-AT-ACT-AACTTT--G--TG-T-TGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GACT-GTGTTTTa
blockSeqs : A T GCGT T CC . G GT C ACGGT C GGCTTAATT AA . GA TTA A T AC TTA CA ACAT . T . T . TCAG . AG A . CG TT A CT GC TC C . G G . GT A A TT C T A TAAA CTCATGA C C GC T T TC C A ATG CC . A . AT A . A AT GCA TAA CCACT A A C A G G AA . . . G . AG CGAA AT . A G GA AA TAT . CT . TCT . T . AA . ACCC T TT A . ACA CA . TAG CA GG TTATTCTTCCTTATTCATTTTTTTCTTTGGAC C GGA C T G ATTG . CG CACT . G C C GCACTTTTTAA G CA C GC GA TAGAGATGTTTTT T G C GTA GCA A G C TG . . C G TCTGTCAC TCATG G T T GTAC CT T CTGC TGCTGAACTTATAACTT C GATAAT G G C . TTTT TAG C G GTT G CATC . C T AAG A G . C TGTGA C
blockSeqs : . T . . T . . T . A . ATTT . . CC GTA . . . A . . . . . . . CCA . A . . . TC A . CG A A . . . . . . T . . . . . CA . . AT . T T . . . C . . . . A . . . . GCA CC A . . A . G A . . . . . . CAAA . . . . AA A . . . . ACT . . . . . AA . . . . AA . . TAG T . TTATTCTTCCTTATTCATTTTTTCTTTGGAC . GA . . C . . . . . . C . GCACTTTTTAA . A . . GC TAGAGATGTTTTT . G . . A A . . . . . . . T . G T T . T T . CTGAACTTACAACT . . . . A . TTTT . . G . A . . . . AAG . . . C TTTAC .
blockSeqs : . T . . . . . . . A . ATT . . C . . . . T . . . . . . . ATA . . . . . GT A . GG . . . . . . . . . . . . . . CC . . CT . . T . . . . . . . . T . . . . GAA C G . . A . G A . . . . . . CCAA . . . . TA . . . . . CCT . . . . . AA . . . . AA . . AG T . TTATTCTTCTTATCATTTTTTTCTTTGGAC . TA . . . . . . . . . . . ACTGTT . A . . GC CACACCA . . . . . . . . . . . . . T . . T T . . . . ACTGACTACTTT . . . . . . TTGG . . . . A . . . . AA . . . . TGTAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . ACT . . . . . . . A . . . . . . . TAG . . . . . GT A . GG . . . . . . . . . . . . . . GC . . C . . . . . . . . . . . A . . . . GAA C G . . A . G A . . . . . . CA . . . . GA . . . . . CCT . . . . . AA . . . . A . . G T . TGGGATCTTTAATCATTCTTTATTT . A . . . . . . . . . . . AATTTG . A . . T CCGTTTT . . . . . . . . . . . . . T . . T T . . . . TGCTGAATCTT . . . . . . TT . . . . A . . . . AT . . . . TGTAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . ACT . . . . . . . A . . . . . . . TC . . . . . T T . GA . . . . . . . . . . . . . . CT . . A . . . . . . . . . . . T . . . . AAA C G . . A . C A . . . . . . CA . . . . AA . . . . . TCC . . . . . AA . . . . A . . G T . ATTATCTTTGTCTTTATCCTTTGAC . G . . . . . . . . . . . ACTTC . C . . G GTTTT . . . . . . . . . . . . . T . . T G . . . . GTTGAAACTT . . . . . . TT . . . . A . . . . AA . . . . TTAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . ATT . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . T A . G . . . . . . . . . . . . . . CC . . C . . . . . . . . . . . A . . . . AAA C G . . A . C A . . . . . . AA . . . . AA . . . . . TC . . . . . A . . . . A . . A C . ATCTTTCTTCTTTTTTTTTGGAC . C . . . . . . . . . . . ACTT . A . . G TTTTA . . . . . . . . . . . . . T . . T T . . . . GTGAACTT . . . . . . TT . . . . A . . . . GA . . . . TTAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . TT . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . C A . G . . . . . . . . . . . . . . CC . . C . . . . . . . . . . . T . . . . TAA C A . . . . G A . . . . . . CA . . . . GA . . . . . CT . . . . . A . . . . A . . G C . TGTATTTTTTTAGACTTTAGA . A . . . . . . . . . . . ATTT . A . . G TTTT . . . . . . . . . . . . . T . . T T . . . . TTGAACTT . . . . . . CT . . . . A . . . . GA . . . . TTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . TT . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . T A . G . . . . . . . . . . . . . . TC . . C . . . . . . . . . . . A . . . . GA C A . . . . C A . . . . . . CA . . . . A . . . . . CT . . . . . A . . . . A . . A T . ATTATCTTTATACTTTTGGAA . A . . . . . . . . . . . ACTT . A . . G CA . . . . . . . . . . . . . T . . T T . . . . CCCGTACC . . . . . . TT . . . . G . . . . A . . . . TAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . TT . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . T A . G . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . . . A . . . . GA T G . . . . C A . . . . . . AA . . . . G . . . . . CT . . . . . A . . . . . . . . . . TTAATCTTGTTTTTATC . . . . . . . . . . . . . ACTT . A . . A CA . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . TGCATACT . . . . . . TT . . . . C . . . . A . . . . TAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . T A . A . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . . . A . . . . GA C . . . . . C . . . . . . . C . . . . G . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . TGGGGTTATTCTTTT . . . . . . . . . . . . . ATTT . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGCATACT . . . . . . GT . . . . A . . . . A . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . G . . . . . . . C . . . . G . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTGAACT . . . . . . T . . . . A . . . . A . . . . TA .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG .
blockSeqCons : ** ATT******** ************ ******* TN** T***** A* CC***** C** ** GAA**** ** G* ** ** CA***** ********************** GA* CT* AA*** A*** ** TATTCTTCTTGTCATTTTTTTCTTTGGAC************* G* CTTTN********* ** TGCTGAACCTT****************** ** TT**** ** AA* ** TGTAC
originalCons : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAA-------T--GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTCA-CCA-G--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---C-G-A---GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAG-G-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACCTTGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAG-T--T-A-TCTT--T-TATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCAG------TTTT-AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TG-------TGC-------AT--A--C-T--A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--A--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
finalCons : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT-T--CTAA-AA----TC--ATAATT--------GGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAATT-CTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CTTN--CCA-G--GCTG-C-TAA--AAT-----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCACC--TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CC---CGAA----GTTTGA-C----AAATTCTGTT--CTAGA-GTTAAA-TGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--ACA-----GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAGGA-AA--TGTAGC---CA-A--TGT-AACT-TGATT-TTT-GATTGGAT-TT--AA-ACCAGAA---A-TGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA---C--CTTGTGATTT--TT--GAAAT-TT--TAGTATTCTTCTTGTCATTTTTTTCTTTGGAC-------------TT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AAT--TG-TTTTCTTTN---------AAA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT---T-TT-ACT-AAATTT--G--TG-T-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA--TT-GTG----TGTGCTGAACCTT------------------A-TAATTA------AATTT-TCGGT-GACAAT-AA--ATT----TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATTCCAATTTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATAAAAACGTTTTTGAATTATTTCTTAACAAGATATGGATCCTACCTTCGCTTT
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 11 111 111 111111111111 111111111111111 1111 11 1111111 11 1 1111111 2222222222222222222222 1111 11111111 444444444444444444444 11111111111 1111 22222222222 55555555555555 11111111 1 1111 2222222 11 111 11111
lowQualScore : 3 0 7777 3 77 3 77 3 3 7777 77 3 44444444 44 3 22 111 3 3 44 999 44 7777 777777777777 3 3 3 222222222222222 3 77 3 3 44 6 2222 33 44 33 77 6 3 3 3 3 44 3 6 44 3 3 3 7777 3333333 3 3 999 3 6 11 3 3 555 77 44 3 3 44 2 3 6 44 44 3 3 6666 2 77 3 0 33 3 77 0 2 2 33 0 2 2 33 33 8888888 33 5555555555555555555555 2 2 2 6666 3 44 3 6 6 3 3 0 3 44 3 8888 44 2 3 6666 44 1 77777777 999999999999999999999 0 44444444444 4 66 7777 2 2 5 6666 2 44 7777 3 3 6 3 44444444444 3 44 3 1 3 22222222222222 3 3 6 3 7777 3 6 0 33 44 44 6 3 22222222 77777 6 1 5 0 6666 2 3333 2 2 2 33 6666666 3 888888 3 333 6 55 77 555 3 6 555 1 6666 33 2 2 555 2 2 33 5 77777 2
lowQualScore : . . .... . .. . .. . . .... .. . ........ .. . .. ... . . .. ... .. .... ............ . . . ............... . .. . . .. . .... .. .. .. .. . . . . . .. . . .. . . . .... ....... . . ... . . .. . . ... .. .. . . .. . . . .. .. . . .... . .. . . .. . .. . . . .. . . . .. .. ....... .. ...................... . . . .... . .. . . . . . . . .. . .... .. . . .... .. . ........ ..................... . ........... . .. .... . . . .... . .. .... . . . . ........... . .. . . . .............. . . . . .... . . . .. .. .. . . ........ ..... . . . . .... . .... . . . .. ....... . ...... . ... . .. .. ... . . ... . .... .. . . ... . . .. . ..... .
lowQualScore : 6 9 1111 3 99 3 99 3 3 1111 99 3 33333333 66 3 55 777 3 3 66 222 66 1111 111111111111 3 3 3 000000000000000 3 99 3 3 66 2 7777 66 22 99 99 7 3 3 3 3 66 3 7 66 3 3 3 1111 2222222 3 3 777 3 7 22 1 3 888 99 22 1 1 22 6 1 2 22 66 1 1 5555 6 33 1 3 66 2 11 6 9 9 99 7 9 9 99 99 9999999 99 4444444444444444444444 9 9 9 8888 1 22 1 2 2 1 1 4 1 22 1 8888 22 9 1 2222 22 2 11111111 777777777777777777777 8 88888888888 1 00 9999 9 9 7 1111 9 22 1111 3 3 7 3 11111111111 3 55 3 2 3 66666666666666 3 3 7 3 6666 1 2 4 55 22 22 2 1 33333333 77777 2 0 2 7 1111 9 2222 9 9 9 99 6666666 1 888888 1 888 2 88 33 444 1 2 000 9 1111 99 9 9 555 9 9 99 7 44444 9
consensus : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT--T-CTAA-AA----TC--A-TA------A-TTGGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAA-TTCTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------C--TTA--C-CAG--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CCCGA-A-GTTTGA-CAA----ATTCTGTT--CTAGA-GTTAA-ATGTTTGATN-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAGGAAA-TGTAGC---CA-A--TG-T-AA-CTTGA-TT-TTTGATTGGAT-TT--AA-ACCAGAA--ATGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTTTT--GAAAT-TTTAG-T--AT--TCTT--CTTG-TCATTTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AATTG-TTTT--------T-TTCNA-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACT-AAATTT--G--TGT-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA-TTG--TGTG-TG-CT-GA--AC------CTTA-TAATTA------AATTT-TCGGT-G-ACAAT-AAA--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
Reference ( family-1048 ) : ATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT--T-CTAA-AA----TC--A-TA------A-TTGGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAA-TTCTA--C---TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------C--TTN--C-CAG--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CCCGA-A-GTTTGA-CAA----ATTCTGTT--CTAGA-GTTAA-ATGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGCAATAAGGAAA-TGTAGC---CA-A--TG-T-AA-CTTGA-TT-TTTGATTGGAT-TT--AA-ACCAGAA--ATGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGATTTTT--GAAAT-TTTAG-T--AT--TCTT--CTTG-TCATTTTTT-T---CTTTG-GACTT-ATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTTTT---AA-CTTT-AG-AATTG-TTTT--------C-TTTNA-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACT-AAATTT--G--TGT-CGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTATTTTTGCATTGG----AA-TTG--TGTG-TG-CT-GA--AC------CTTA-TAATTA------AATTT-TCGGT-G-ACAAT-AAA--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATGTACCATA-ATCACAAC
gi|1 : -T-GTA-T----T-ATC--AGCCTT--T-CTAA-AA----TTCAA-TA------AATTGGTT--TTTA--AT---TAATTGTTT-TAA-TGCA-GTCTA--T---TTTC--AC----ATATTTATTTATTTTT-TTTTTATTGT-GGGGCCGGGC--TAC--C-AAG--GCTG-CATAA--AA-TTTATAAATCAACCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGGGAG-CA-GCCATG--TCA-C-AT--ACC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCAC---TT-A-CTTTAA-T---GCTC-A-GGC---T--CCGGAAGTTCAA-TTCCTA--TAAATGTTCTGCTTGAG--TCCGACACGTCTGA-CAA----ATTCTCTTTCCTAGA-GTTAA--T-TTTGATCCTTGTTC-AAAGGTAAACTTAACTCTT-CAAATTAA--AC--AAACGAG--GCAATAAAAACAGAGACAAAACATCT-T-GATGCAA-AAGGAAA-TTCAGC---CACA--TG-TTAA-CT-GA-TTATTTGATTGGATATT--AACACCAGAA--AAG-GGGTGGAG--TTT-TATGATTATTT--AAC--CTTGTGATTT-------AT-TT-AG-A--AT--TTTTTGCTT--TTACTTTTTAT---C------ATTC-CCCTTTT--ATT-----CTTTA-GA----CCTTTT--GGAA----TTTATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTC-AG-AAA-G-TTTT-------------TA-AA-ATTGT-T-ACAA-T---CGT-T-T-AC---AATGT--GGATGTTCGAAGGAACATG---CTGT-------GTT-----AAGT-GTACTTT-GCAT-GG----AA-------G-G-TG-CTTGA--AC-------TGA-TAAATA------AATTT--CGGT-GGACAAG-AAAGATTG-TTAAACCT---A-ACAACA--TGTGA---GTATTACA----ACAAA-A-AGAGA-ATGT-TCCAAC-AAGTA-CA-GTACCATT-AACACAA
gi|10 : t--TCAA-T-ACTA--TGAATGT-CTGCT-GAG--CCCTA-A-GTTTGA-CAA----ATTTTATT--CCAGA-GTT-G-ATGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAG--ACGAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGGAAA-TGTAGCTATTA-A--TG-T-AT-TCTGA-TT-TTTTATTGGAT-TT--AA-AC
gi|10 : CATTGG----AA-TT---TATG-TG-GT-GA--AC-------TTA-TAATTA------AATTT-TCGGT-G-ACAAT-AAA--TT--TTAAACCT---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCAAGT-GA--A-CAT-TA-CATA-ATCACAACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacattggaatttatgtggtgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattgcaacaaaggaattcccaagtgaacattacataatcacaac
gi|11 : tcaatactatgaatgtctgctgagccctaagtttgacaaattttattccagagttgatgtttgatgttggtcaaggtaattaactttcaatagacgaagaggtctttgtgtaataaggaaatgtagctattaatgtattctgattttttattggatttaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCATCTTG-CGG-AG-CA-GTC-AG--TTA-C-AT--CAT-A-G-AACTC----TCTCATGATC-AGCTA-TCAC-C-TTTATCTTTAA-TTT-GCTC-T-GCA---T--CAGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CCCAG-A-CTTTGA------------TGTT---------------------------GGTC-AA-GGCAA--GTAACT-TT-CAA--TAA--GC--A---AAGATG----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAAAA-TGTA
gi|11 : ctgc-T-TTACT-TAATTT--A--TGT-CGAAGTAACATTT-TCTAT-------TTT-----CATT-GTA-TTTTACATTGG----AA-T----TGTG-AA-CT-GA--AC------TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttacttaatttatgtcgaagtaacattttctattttcattgtattttacattggaattgtgaactgaactta
gi|12 : ctgctaaaacacctgtttcgactccatcttgcggagcagtcagttacatcatagaactctctcatgatcagctatcacctttatctttaatttgctctgcatcaggagtcaatcctataaatgtctgctgagcccagactttgatgttggtcaaggcaagtaactttcaataagcaaagatgtctttgtgtaataagaaaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-ATGTTTGATG-TTGGCC-AA-A----------------CAA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTAATAAAAAAAATGTAGT---CA-A--TG-T-AT-TCTGA-TT-CTTGATTGGAT-T-----------------GTGTGTGGAG--TTT-ACTGATT-T------------ATGAT------GA-------------------------TG-T-ATTTTTT-TAGACTTTA-GA-TT-ATCTCTAG-ACT-TA-TCTTCA-GA---------------A----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTT-AC-AATTGATTTT--------C----AA-AATATTGT-T-ACAACT---CTT-T-T-ATT-AAATTT--G--TGT-CGAAGGAACATTT-TATGT-------TTT-----GATT-TTATTTT-GCATTCG----AA-TTG--TGTT-T---T-GA--AC-------TTA-TATTTA------AATTT-TCGGT-G-ACAAT-AAA--TT--TTATACCC---A-ATAACAT-TGTGA---TTATTACA----GC--A-A-AGGAA-ATCC-CCAAAT-GA--A-CATA---CACG-ATCACAGCa
gi|13 : gATTAC-T-CGAAT----T-ATTT-AGG-TT--T-C-AA-TA----TC--A-TA---------TGGTT--TT-GGAAT---GAATTGTTG-TATATGAA-TTCTA--TA--TTTC--AA----CT------------TT-TCTTTATT---GG-------C--TTC--C-CAGA-GCTC-T-TAA--AA-TT---AAAACA-CCTG--TTC--GACT--CCGTGTTA-GGG-AG-CAGGCC-TG--TCA-CAAT--CAT-ATA-AACGC----TCA-----CA-AGCT--TCAC-A-TT-ATC------TT--G-TC-A-GCA---TCCCCGGAG-----------------------CTCGT-GGG--CCGGA----TTTGA--AC----ATTCTATT--GCGG--------ATGTTTGATG-TTGGTC-AG-AG---------CT-TT-CAA--T-----C------GAG--G----------------------TCT-T-GATTGAATAAGTAAA-TGTa
gi|14 : gttgttgtG--TTT-ACTGATT-TTT--ATC--CCTGTGATTTtaacgtagtgaatctgatccagatattcgttcccaaaaattccccactgaatcagatgaaatatggtgc
gi|14 : ATTTTTA-T---CCCTGTGATTT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-CTTT-AG-AATTG-CTTT-----------TCAA-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACT-AAATTT--G--TGT-TGAAGGAAAATTT-TCAGT-------TTT-----GATT-GTA-TTATGCATTGG----AA-T----TGTG-TG-CT-GA--ACTTACAACTT--TAATTA------AATTT-TCGGT-G-ACAAT-GAATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACatctgtatctttagacttttggaatgatctttaggatttaactttagaattgcttttcaaaaattgttacaaatctttttactaaatttgtgttgaaggaaaattttcagttttgattgtattatgcattggaattgtgtgctgaacttacaactttaattaaattttcggtgacaatgaattttttaaaccgaacaacattttgattattacaacaaagaatccccagtaaacatacataatcacaaca
gi|15 : gtttactgTT-ACTGATT-TTT--ATC--CCTGTGATTa
gi|15 : ATTTTTA-T---CCCTGTGA-TT-ATCTGTA---------TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TG-ATC-TT-T-AGG--A---TT---AA-CTTT-AG-AAT-G-CTTT--------T-TTCAA-AA-ATCGT-T-ACAAAT---CTT-T-TTACA-AAATTT--G--TGT-TGAAGGAAAA-TT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA-TTG--TGTG-TG-CT-GA--ACTTATAACTTA-TAGTTA------AATTTGTCGGT-G-ACAAT-GAATTTT--TTAAACCG---A-ACAACAT-TTTGA---TTATTACA----AC--A-A-AGAA----TC-CCCAGT-AA--A-CATA---CATA-ATCACAACatctgtatctttagacttttggaatgatctttaggattaactttagaatgcttttttcaaaaatcgttacaaatctttttacaaaatttgtgttgaaggaaaatttctgttttgattgtattttgcattggaattgtgtgtgctgaacttataacttatagttaaatttgtcggtgacaatgaattttttaaaccgaacaacattttgattattacaacaaagaatccccagtaaacatacataatcacaaca
gi|16 : ttactg-A-GC----T--CCGGAG--TCA--T-CCTA--TAA-TGT-CTGCT-GAG--TCCGC-A-GTTTGA-CAA----ATTCTGTT--CTAGA-GTTAA-ATG-TTGATC-TTGATC-AA-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--A--------------------------T-TGTGCAATAAGG-AA-TGTAG----CA-A--TG-T-AA-CTTGA-TT-TTTGATTGGAT-TT--AA-ACCAG-A--ATGTGGGTGGA---TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTTTT--GAAAT-TTTAGTT--AT--TCTT--CTTA-TCATTTTTT-T---CTTTG-GACTT-CT-TTTA--ATT-TA--CTTTAGGA----C-TTa
gi|17 : TAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TT--T-CTAA-AA----TC--A-TA------A-TTGGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TTAATGAA-TTCTA--CT--TTTC--AC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------C--TTA--C-CAG--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-GACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-TAC-T----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-
gi|18 : ttataTAC-T-GTGATGCGTC-ATC--GGG-TT--T-CTAA-AACGGTTC--A-T-------A-TTGGTTAATT-GCCATTTATATTTGTTT-AAAATAAA-TTCTC--CTTATTTC--ACACATAC------------TC-TTTTTAAT-T-GG-------C--T----C-CAGAAACTGAC-TAACGAA-TC---AAAACA-TCTG--
gi|19 : ttgccgtaTTGT----AA-TT---TGTG-TGACT-GACTAC------TTTA-TAACTAGATAATAATTT-TCATT-G-ACAAT-AAA--TT--TTAAACCC---A-ACAACAC-TGTGA---TTATTACA----AC--A-C-AAGAT-ATTCACCAAAT-GC--A-C-TGTGACATA-
gi|2 : gT----T-ATCCCAGG-TTG-T-CTCACAA----TCC-ACTA------T-TTGGTT--TT-C--ATGTACACTTGTTT-TTCATGAC-CTCTAACT---TTTC--AC----TT------------TT-CTTTAATT-TTGG-------C----A--C-CCG--GCTG-C-T-------C----ACTACT-CCTACTTTTCGC-CTTCCCGTCTTACAGG-GG-CA-GCC-TG--TCA-C-ATTTCAC-A-G-C-CTT----TGC-----TCCAGCTACTCCA-C-TT-ATCTT-AT-TT--GCTCCA-G-A---T--CCGGAG--TCAC-T-CCTAATCACTTGT-CTGCT-GAG--TCGCA-C-GTT-GA-CCACTACGTTCTGT---CTCGACGTTTA--TGTTTGATC-TTG-TC-A--GGTAT--TTACCT-TT-CCA--TCA--AC------GAG--G----------------------TCT-T--GTGCA-TACGGAC--TGTAGC---CC-ACTTG-C-AA-CTTGC-TT-TTTGATTGGAT-TT--A----CAGACCCATGTGGGTGGCG--TTTAATTGATT-TTT--A-CCACCTGTGCTTTTT--AGCACATTTGG-----T--TAAT--CTTG------TTTT-T---AT------CCC-ATTCTTA------TA-TTTTTGCGA----C--TTT--GGCACACTTC-TTC-TT-TCAGG--AC-TTC---AC-CTTC-CGCAATTG-TTTT--------CACACCACAC-ATTGT-TCACG-------TT-T-TTACTCACCTTT--G--TGT-CGA--GCACCTTTGTCTGTCTGTCACTTTTCATGGGTT-GCATTTC----TTGGGTACAA-CTT--TGTGCTG-CT-G---CC------CGTACCACTTA------TTTCT-TCGGTGG-ACAATCACA--CT--GTTCCCCT---ACACACCAT-TGTGAGTTCTGTCACACATCAC--A-CTAGG-----CT-CCCAGT-G---A-CA--TACTATACATCcagcgatcatcaa
gi|21 : tgttaatattccttgttccacgTAGC---CA-A--TG-T-AA-CTTGA-TT-TTTGATTGGAT-AT--AA-ACCAGAA--ATGTGGGTAGAA--TTT-
gi|22 : A---TTATTACA----AC--A-A-AGGAA--TTC-CCCAGT-GA--A-GATTTACCATA-ATCACAAC
gi|3 : TACAT-GTAAT----TTATC--AGG-TT--T-CTAA-AA----TC--A-TA--------TTGTTT--TT-GC-AT---TACTTGATT-TAAATGAA-TTCTA--CA--TTTC--AC----AT------------TTTCTTTTATT-T-GG-------C--TTA--C-CAG--GCTG-C-TAA--A--T----AAAACA-CCTG--TTTCG-ACT--CCGTCTTA-GGG-AGGCA-GCT-TGGTCCA-C-AT---AC-A-G-AACTT----TC------TC-AGCTA-TCACGC-TT-ATCTTTAA-TTT-GCTC-AAGCAATGC--CCGGAG--TCAAAT-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TCCGA-A-GTTTGA-CAA----ATTCTGTT--CTAGA-GTTAAGGTGTTTGATG-TTGGTC-AA--GTAA--TTAACT-TT-CAA--TCA--ACAAA---GAG--G----------------------TCT-T-GTTGCAATAAGGAAA-TGT-GC---CA-A--TG-T-AA-CTTGATTT-TTTGATTGGAT-TTAAAA-ACCAGAA--ATGTGGG-GAAG---TT-ACTGATT-TTT--A-C--TTTGTGATTTTTTAGAAA--TTTAG-T--GGGATCTT---TAA-TCATTCTTT------------ATTT----TTTG--GCT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATCGTT-T-AGG--AC--TT---AA-CTTC-AG-AATTG-TTTT--------------A-AA-ACTGT-T-ATAAATGTATTT-T-TTACT-AAATTTTGG--TGT-CGAAGGCACATTT-TCTTT-------TTT-----TTTG-GTGTTTTTGCATTGG----AATTTG--TGTG--G-TT-GA--AA------CTTA-TAATTA------AATTT-TTGGA-G--CAAT-AAT--TTGGTAAAACCTTAGA-ACAACAT-TGTGA---TTATTGCA----AC--A-A---GGA-ATTC-CCCAGTGGA--A-CAT-TACCATA-ATCACAA
gi|4 : ttataTAC-TTGTAAT----T-ATC--AGG-TTTGT-CT-A-AA----TC--A-T-------A-TTGGTT--TT-A--AT---TAATTGTTTATTAATGAATTTCTA--C---TTTTCAAC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------CAATAA--CAGAG--GCTG-C-TAA--AA-T----AAATCA--CTG--TTTCCGACTA-CCGTCTTA-GGG-AG-CA-CGC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-GAAACTT----TCT-----AC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TTTCGCTC-A-GCA---TC-CCGGAG--TC-A-T-CCTA--TAATGGT-CTGCTAGAGATTCCGA-A-GTTTGACCAA----ATTCTGTTA-CTAGA-GTTAA-ATGTTTGATC-TTGGTCAAA-GGTAA--TT-ACT-TTGCAA--AAC--AA--A---GAG--G----------------------TCTAG-TG-GCAATA---AAA-TGTAGC---CA-A--TG-TAAA-CTTGA-TG-TTTG-TTGGAT-TT--AA-ACCAGAA--ATGT-GGTGCAGTTTTT-ACTGATT-TATACA-C--CTTGTGATTTCTTAGAAAT-TTGAG-T--G----------GGG-TTATTCTTT-T------------TT-ATCATT---CTT-TATTCTTTA-GA----C-TTTTCGGAAA----TT-ATC-TT-T--GG--ACTGTT---AAGCTTTCAG-AATTG-T-------------TTTTA-AA-ATTGT-T-ACACAT---CGT-T-TTA-T-ACATTT--G--TGTCCGAAGGAAAATTT-TCTG--------TTT-----AATT-GTATTTTGCCATTGG----AA-TTG---GTG-TG-CT-GA--AT------CTTA-TAATTA------AATTT-T-GGT-G-ACAAT-AAA---T--TTAAACTA---A-ACAACAT-TGTGA---TTATTCAA----AG--ACA-AGGGA-ATTC-CCCAGT-GA--C-AAT-TACCATA-ATC-CAAC
gi|5 : gttataATTAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT--T-CTAA-A-----TC--A-TA------A-T-GGTT--TC-G--AT---TAATTGTTT-TATATGAA-TTCTA--C---TTTC--AC----AT------------TC---TTTATT-T-GG-------C--TTCAGC-CAG--GCTG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TTTCGGACT--C-GTCTTAAGGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-CTAT--CACCA-G-TACTT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--TCCG--A-GTTTGA-CAA----ATTCT-TT--CTAGA-GTTAA-ATG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G-----------------------AT-T-TGTGC-ATAAGG-AA-TGTAG----CA-A--TG-T-AACCTTGA-TT-TTTGATTGG---TT--AA-ACCAG-A--ATGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTTTT--GAAAT-TTTAGTT--AT--TCTTC-CTTATTCA-TTTTT-T---CTTTG-GACTTCATCTTTA--ATT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AATTG-TTTTTAGAGATGT-TTTTA-AA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT-TATTACT-AAATTT--G--TGT-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA-TTG--TGTG-TG-C------AT------ACTA-TAATAA------AATAT-TCGGT---ACAAT-AAA--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|6 : TAC-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT--T-CTAA-AT----GC--A-TA------A-CTGGTT--TC-G--AT---TAAGTGTTT-TAA-TGAA-TTCTA--C---TTTT---C----AA------------TT-CTTT-ATT-T-GG-------C--TTAG-C-CAG----TG-C-TAA--AAGT----AAAAC---CTG--TT-CGGACT--CCGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCAAC-AT--CAC-A-T-A--CT----TCC-----TC-AGCTA-TCAC-C-TT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCAA-T-CCTA--TAATGGT-CTGCT-GAG--TCCG--A-GTTTGA-CAA----ATTC--TT--CTAGA-GTTAA-ATG-TTGATC-TTGATC--A-GGTAA--TTAACT-TT-CAA--TAA--AC--A---GAG--G----------------------ACT-TGTCTGCAATAAGGAAA-TGTAGC---C--A--TG-T-AACCTTGA--T-TTTGATTGG---TT--AA-A-CAG-A--ATGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTT--A-C--CTTGTGGTTTTTA-GAAAT-TTTAGTT--AT--TCTTC-CTTATTCATTTTTT-T---CTTTG-GACT---TTTTTA--ATTCTA-TCTTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TTCT-AGGGCACTTTTTAAAA-CTTT--G-AATTG-TTTTTAGAGATGT-TTTTA-AA-ATTTTGT-ACAAAT---ATT-TATTACT-AAATTT--G--TGT-CGAAGGAACATTT-TCTG--------TTT-----GATTGGTGTTTTTGCATT-G----AA-TTG--TGTG-TG-C------AT------ACTA-TAATAA------AATAT-TCGGT---ACAAT-AAA--TT--TTAAACCT---A-ACAACATGTATG-----TATT-CA----AC--A-A-AGGAAGATTC-CCCAGT-GA--ACCATGTACCATA-ATCACAAC
gi|7 : tata-T-GTAAT----T-ATC--AAG-TT--T-CTAA-AA----TC--A-TAGGCTTAA-TTGGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TGAATGAA-TTCAA--C---ATTT--GC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------C--TTC--C-CAG--GCTG-T-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTCGAA-----TGTCCTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TT-AGCTA-TCACAT-TT-ATCTTTCATTT--TCTC-A-GCA---T--CCACAG--TCAA-T-GCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CCCAA-A-GTTTGA-CAA----ATTCTATT--TCAGA-GTT-A-ATGTTTGATG-TTGGTG-AA-GGTAA--TCAA-T-TT-AAA--TAAAGAA--A---GAG--G----------------------TAT-T-TGTGTGATAAGAAAA-TGTAGT---CA-A--TGTT-TT-CCTGA-TT-TTTGTTTGGAT-TT--AA-ACCAAAA--TTGTGGGTGGAG--TTT-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTTTGATTTTT---AGAC-TTTAG----AT--TATC--TTTG-TC--TTTAT-C---CTTT--GACTT-ATC-------TT-TA-TCTTTA-GA----C-TTTT--AGAA----TT-ATC-TT-T-TGA--AC--TT---AA-CCTT-AG-AATTG-CTT-----------TTCAA-AA-ATTGT-T-ACAAAT---CTT-T-TT-----AATTT--G--TGT-CGAAGGAACATCT-TCTGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTGG----AA-T----TGTG-TG-CT-GA--AC--------TG--AACTG------GATTT-TCGGT-G-ACAATAAAA--GT--TTAAACAT---A-TCAACAT-TGTGA---TTATGAAA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CA--TACT-TA-ATCACAAC
gi|8 : gtatattTAC-TTGTAAT----T-ATC-------------TAA-AA----TC--A-TA------A-CTAGCT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAA-TTCTA--C---TTTC--AT----GT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------C--TTC--T-CAG--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-AACT--ATGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-GACTTTAAATTC-----TT-AGC-----------T-ATCTTTAATTT--GCTC-A-GCA---T--CTGGAT--TCAA-T-CCTA--TAAATTT-CTACT-GAG--CCCAA-A-GTTTGA-TAT----ATTTTATT--TCAGG-GTT-A-ATGTTTGATG-TTGGTC-AA-GGTAA--TTGAC--CT-CAA--TAA--ACCAA---GAG--G----------------------TCT-T-TGTGTAATAAGAAAA-CGTAGT---CA-A--TG-T-AT-CCTGA-TT-TTTGATTGGAT-TT--AA------------------------TTT-ACTGATT-TTT--------T-------------AGAC-TTTAG----AT--TATC--TTTA-T-ACT----------TTTG-GAATT-ATCTTTAGGACT-TA-ACTTTA-GAATTGC-TTTT--
gi|8 : tgtaT-T---TTTTA-GACTT------TA--GAT-TA-TCTTTA-TA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--ACTT-----AA-CTTT-AG-AATTG-CTTT-----------TCAA-AG-ATTGT-T-ACAAAT-------------------TT--G--TAT-CGAAGAAATATTT-TCCGT-------TTT-----GATT-GTA-TTTTGCATTTG-----A-TTGCATGTG-TG-CT-GA--A-------CTAA-TAATTG------AATTT-TCGGT-G-ACAAT-AAAT-TT--TTAAACCT---A-ACAATAT-TGTTA---TTATTACA----AC--A-A-AGG-A-ATTC-CCCAGT-GA--A-CATG---CATA-ATCACAACcaaagattgttacaaatttgtatcgaagaaatattttccgttttgattgtattttgcatttgattgcatgtgtgctgaactaataattgaattttcggtgacaataaatttttaaacctaacaatattgttattattacaacaaaggaattccccagtgaacatgcataatcacaaca
gi|9 : tgtatacttgtaattatctaaaatcataactagctttgattaattgttttaaatgaattctactttcatgtttcttttatttggcttctcaggctgctaaaataaaacacctgtttcaactatgtcttagggagcagcctgtcacatcacaggactttaaattcttagctatctttaatttgctcagcatctggattcaatcctataaatttctactgagcccaaagtttgatatattttatttcagggttaatgtttgatgttggtcaaggtaattgacctcaataaaccaagaggtctttgtgtaataagaaaacgtagtcaatgtatcctgatttttgattggatttaatttactga-T-GTAAT----T-ATC--AGG-TT--TTCTAA-AA----TC--A-TA------A-TTGGTT--TT-G--AT---TAATTGTTT-TAAATGAA-TTCTA--CA--TTTC--CC----AT------------TT-CTTTTATT-T-GG-------C--TTA--C-CAG--GCTG-C-TAA--AA-T----AAAACA-CCTG--TTTC-GACT--CTGTCTTA-GGG-AG-CA-GCC-TG--TCA-C-AT--CAC-A-G-AACTT----T-C-----TC-AGCTA-TCAC-CTTT-ATCTTTAA-TT--GCTC-A-GCA---T--CCGGAG--TCGA-T-CCTA--TAAATGT-CTGCT-GAG--CCCTA-A-GTTTGA-CAA----ATTCTGTT--CTAGA-GTT-A-ATGTTTG--------------------------------AA--CAA--A-------GAG--G----------------------TAT-T-TGTGCAATGAGGAAA-TGTAGC---CA-A--TG-T-AA-CTTGA----------------TT--AA-ACCAGAA--ATGTGGGTGGAG--TTG-ACTGATT-TTTA-A-C--CTTGTGATTTTT--AGAA--TTTGG-TAAAT--CTTT--CT------TCTTTT-T---TTTTG-GACTT-ATCTTTAT-ATT-TA-TCCTTA-GA----C-TTTT--GGAA----TT-ATC-TT-T-AGG--A--TTT---AA-TTTT-AG-A-----TTTT--------T-TTTAA-AA-ATTGC-T-ACAAAT---CTTAA-ATACT-AACTTT--G--TGT-TGAAGGAACATTT-TCTGT-------TTT-----GACT-GTGTTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATATTCCAATTTATTTGAAGGAAATCAATTGGTTATAAAAACGTTTTTGAATTATTTCTTAACAAGATATGGATCCTACCTTCGCTTT