lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333 111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 22222222 22
lowQualScore : 000 7 44 2 999 777777 44 6666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 1 1 1 1 44 1 1 222 3333 22 1 444 1 1 8 66 1 1 3 44 555 1 22 3 0 22 22 1 1 1 22222222 1 22 44 44 44444 77 1 22 1 1 888 1 1
lowQualScore : ... . .. . ... ...... .. .... ................................................................................................. .. . . . . .. . . ... .... .. . ... . . . .. . . . .. ... . .. . . .. .. . . . ........ . .. .. .. ..... .. . .. . . ... . .
lowQualScore : 000 3 66 1 888 777777 22 5555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 7 7 7 7 00 7 7 999 5555 33 7 666 7 7 7 55 7 7 5 33 000 8 55 6 2 55 55 8 8 8 11111111 8 55 33 33 55555 33 0 55 8 8 444 9 9
consensus : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNGNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT-TT--AA--C-A-C-TGGG----T--TTT-T--ACA--TC--A-----AG--TCCA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
Reference ( gi|6 ) : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTTCCCCCTGGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTTATT--AA--C-A-C-TGGA----T--TTT-T--ACA--TC--A-----AGC-TCCA--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAA
gi|4 : GGGAGT---C-GG--GG--TCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C--GT---T----G--G-A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT-TA--AA--C-A-C-TGGA-------TTT-T--ACA--TC--A-----AG---TCA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|3 : gtggggatgtccGGGTGC---C-GG--GGGGCCTTCCCC--GGAAAA------TT--TTA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATA-AGGA-TC-A--A-C-TGTAGTT----G--G-A---ACA-TG-GAGCAA--GA-T-TTT-ACC-A---T-TT--TCA-ATTT-TT--CA--C-A-CGTGGG----TG-TTT-T--ACA--TC--A-----AAG-TCAA--AA-C-ACA--T-TATAAAAA
gi|2 : GGGGGTTCCC-GG--GGGGT--TCCC---GGGAAA------AT--TTC----AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTC--CCATA-AT-AATC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---ACA-TGAAA-CAAT-GA-T-TTTCACCAA---TATT--TCATTTTTACC--AA----A-C-TGGA----T--TTC-TTAACAT-TC--A-----AG--TCCA--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAttc
gi|12 : GGGAT---C-TG--GGGGTCTCCCCC--GGTAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------C--CCATATAT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G----A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT-TT--AA--C-A-C-TGGA----T--TTT-T--ACA--TC--A-----AG--TCC---AA-A-ACA------TAAAAAAt
gi|10 : GGGAT---T-GG--GAGGTC--CTCCCTGGGAAA------TT--TCA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----C--CCATA------TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---ACA-TA-CA-CAA--AA-T-TTT-AT--A---T-TT--TCA-ATTTTTT--AA--C-A-C-TGTG----T--TTT-T--ACA--TC--ATATTTAG--TCCA--AA-A-ACATTT-T-TAAAAa
gi|11 : GGGAT---CCGG--GGGGTCTCCCCC--GGGGAA------TTCATTC----TAA------AAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT--CCATC-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G----A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTC---------C-TT--TC--ATTT-TT---A--C-A-C-TGGA-------TTT-T--ACA--TA--A-----AG--TC----AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|9 : GGGT---C-CG--GGGGTCTCCCC---GGGAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-AGT---T----G--G-A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TAT-AC--A---T-TT--TTA-AGTT-TT--AA--C-A-C-TGGG----C--TTT-T--ACA--TC--A-----AG--TCCA--AA-A-ATA--T-T-TAAAAAttc
gi|7 : GGGT---CCGG--GGGGTCTCCCC---GGAAAA------TT--TTT----AAA-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---AAA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---A-TT--TCA-ATTT-TC--AA--C-A-C-TGGG----A--TTT-T--ACA--TCTTA-----AGT-CCCA--AA-A-ACT--T-T-TTAAAAgttc
gi|1 : GGGTA--C-GG--GGGGGGGTTCCCTCGGGACA------TT--TTCCCAAAAA-----TCTGCGATCAAAATCGTGCATCAACATAAAGCTATACTCATTAGGAATAAATGAAATTTTTGTGACCGAACATTTAGTTATTTTCTGACTCTC--CCATA------TC-A--A-CATGT---T----G--G-A---A-A-TA-AAACAATGGA-CATTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTTATT--AACCC-A-C-TGG-----T--TTT-T--ACAACTC--------ACC-TCGATCAA-A-ACA--TCT-TACAAAgt
gi|8 : ctgtGT---C-GGTCGGGGTCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-GGT---T----G--G-A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT-TA--AA--C-A-C-TGGA-------TTT-T--ACA--TC--A-----AG---TCA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAgt
gi|13 : gat---C-AG--GGGGTCTCCCCC--AGAAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AA-A-TC-A--A-C-TGT-------------------A-TG-AA-CAA--GA-T-TTC-AT--A---A-TT--TCA-ATTT-TT--AA--C-A-C-TGGG-------TTT-T--ACA--TC--A-----AG--TCCA--AA-A-
gi|14 : --GGGGCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA-------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---A----------AA--AA-T-TTT-A
gi|15 : CCTCCCCC-GGAAAA------TT--TTT----AAA-------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---Aa
gi|5 : gC--CCATA-AT---TC-A--A-C-TGT---T----G--G-AT--AAA-TG-AA-CAA--GA---TTT-AC--A------T--TCA-ATTT-TC--AA--C-ATC-TGGG----A--TTT-A--CCA--TCT-A-----AG--TCC---AA-A-ATA--T-T-TATAAAaaaattt
gi|24 : ggggtccggggggtctccccggaaaatgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttctCATA-AG-A-TC-A--A-C-TGT---T----G--G-A---ACA-TG-GA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT-TT--AA--C-A-C-TGGG----T--TTT-T--ACA--TC--A-----AG--TCCA--AA-C-ACA--T-A-TAAAAAgttc
gi|28 : CATA-AT-A-TA-C--A-C-TGT---T----G--G-A---ACA-TG-AA-CAG--AT-T-TTT-AC--A---T-TT--TTA-ATTT-TT---A--C-A-C-TGGA----T--TTT-T--ACA--T---A-----AG---TCA--AA-A-G------T-TAAAAAAgtt
gi|21 : CATA-AT----C-A--A-C-TGT---T----GTGG-A---ACA-GA-AG-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTCTTTTAAA--C-A-T-CGGGTTTCT--TTT-T--ACA--TC--A-----AG--TCAA--AA-ATACA--T-T-TAATAAt
gi|19 : CATT-AT-A-TC-AGAA-C-T-----T----G--G-A---AAAATG-AAGCAA--GA-T-TTTTAC--A---A-TTCGTCA-ATTTTCA--AA--CTA-C-TGGG----A--TTT-T--ATA--TC--T-----AACGTCCA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAt
gi|26 : ATA-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----G----A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT--T--AA--C-A-C-TGGG----T--TTT-T--ATA--TC--A-----AGT-CCAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgct
gi|25 : ATC-AT-A-TC-A--A-C-TGT---T----T--GTA---ACA-TG-AAACAA-----T-TTT-AT--A---T-TT--TTAGATTT--T--AA--C-A-C-TGAAT---T--TTT-T--AAA--TC--A-----AG--TCTA--AA-A-GCG--A-T-TAAAAgtt
gi|27 : TA-AT-A-T-----A-C-TGT---T----G--G-A----CA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATTT-TT--AA--C-A-C-TGGT----G--TTT-T--ACA--TC--A-----ATT-TC-----A-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|20 : agA-AT-A-TCTA--A-C-TGT---TTTTTG--G-ATGTACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--ATCTT-TT--CCA-ATGTTTT--AA--C-A-C-TGGGTT--T--TTT-T--ACA--TC--A-----G---TCCA--AA-A------T-T-TAAAAGAgttc
gi|23 : ta-AT-A-TC-A--AAC-TGT---T----G--G-A---ACA-TG-AAACAA--GAAT-TTT-AC--AT--T-TT--TCA-ATTT-TT--AA--C-A-C-TGGGT---T--TTT-T--ACA--TC--A-----CGT-CCAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgt
gi|22 : -A-TC-AT-A-C-TGT---G----G--G-A---ACT-TG-AA-CAACTGA-T-TTT-AC--A---T-TT--TCA-ATT--TT--AA--C-A-C-TGTA----TCGTTTGT--ACA--TC--A-----AGT-CTCA--AATG-ACA--T-T-TAAAAAgtt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGGTCTTTCCCCCGGAACAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GGAAATTTTCAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAAAATTTTAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111
lowQualScore : 555 9 33 33 555555 33 8888 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 1 1 1 1 33 1 1 1 222 3333 22 444 1 1 8 66 1 1 3 44 333 1 22 1 1 1 3 333 44 44 1 333 555555 22 22 1 77 44444 1 1 1 6666 1 1 22 1 1
lowQualScore : ... . .. .. ...... .. .... ................................................................................................. .. . . . . .. . . . ... .... .. ... . . . .. . . . .. ... . .. . . . . ... .. .. . ... ...... .. .. . .. ..... . . . .... . . .. . .
lowQualScore : 888 2 99 77 333333 99 9999 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 7 6 6 6 88 6 6 6 888 4444 22 444 7 7 3 22 7 7 3 11 000 7 44 7 7 7 5 000 88 11 7 000 999999 44 44 7 66 33333 7 7 7 0000 7 7 55 8 8
consensus : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
Reference ( family-1036 ) : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNGNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|1 : -GG--GGGGT-TCCCTC--GGGACA------TT--TTCCCAAAAA-----TCTGCGATCAAAATCGTGCATCAACATAAAGCTATACTCATTAGGAATAAATGAAATTTTTGTGACCGAACATTTAGTTATTTTCTGACTCTC--CCATA------TC-A--A-CATG-T---T----G--GA---A-A-TA-AAACAATGGA-CATTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TTATT---AACCCA--C-T----GG----T-TTTT--ACAACT-C--A-----C-C-TC-G-ATCAA-A-ACA--TCT-TACAAA
gi|10 : ctgtgggtacgggGGGAT---T-GG--GAGGTCCTCCCT--GGGAAA------TT--TCA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC----------AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TA-CA-CAA--AA-T-TTT-AT--A---T-TT--T-CAATT-TT-TT---AA--CA--C-TG---TG----T-TTTT--ACA--T-C--ATATTTA-G-TC-C-A--AA-A-ACATTT-T-TAAAAgt
gi|11 : GGGAT---CCGG--GGGGTCTCCCCC--GGGGAA------TTCATTCT---AAA-----AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTC--C-ATC-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTC---------C-TT--T-C-A-T-TT-TT----A--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-A--A-----A-G-TC------AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|12 : GGGAT---C-TG--GGGGTCTCCCCC--GGTAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------CCATATAT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C----AA-A-ACA------TAAAAAAttc
gi|13 : ---C-AG--GGGGTCTCCCCC--AGAAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AA-A-TC-A--A-C-TG-T------------------A-TG-AA-CAA--GA-T-TTC-AT--A---A-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-a
gi|14 : --GGGGCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---A----------AA--AA-T-TTT-A
gi|15 : GCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---Aa
gi|19 : CATT-AT-A-TC-AGAA-C-T------T----G--GA---AAAATG-AAGCAA--GA-T-TTTTAC--A---A-TTCGT-CAA-T-TT-TC---AAACTA--C-TG---GG----A-TTTT--ATA--T-CT-A-----ACG-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAaaaattt
gi|2 : GGGGGTTCCC-GG--GGGGTT---CCC--GGGAAA------AT--TTC----AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTC--CCATA-AT-AATC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AAACAAT-GA-T-TTTCACCAA---TATT--T-CA--T-TT-TT---AC--CAAAC-TG---GA----T-TTCTTAACA--TTC--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAgct
gi|20 : A-AT-A-TCTA--A-C-TG-T---TTTTTG--GATGTACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--ATCTT-TT--C-CAA-TGTT-TT---AA--CA--C-TG---GGTT--T-TTTT--ACA--T-C--------A-G-TC-C-A--AA-----A--T-T-TAAAAGAt
gi|21 : taCATA-AT----C-A--A-C-TG-T---T----GTGGA---ACA-GA-AG-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TC-TTTTAAA--CA--T-CG---GGTTTCT-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-A-A--AA-ATACA--T-T-TAATAAgt
gi|22 : -A-TC-AT-A-C-TG-T---G----G--GA---ACT-TG-AA-CAACTGA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA---TT-TT---AA--CA--C-TGTATCG----T-TTGT--ACA--T-C--A-----A-G-TCTC-A--AATG-ACA--T-T-TAAAAAt
gi|23 : g-AT-A-TC-A--AAC-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AAACAA--GAAT-TTT-AC--A---T-TT--TTCAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GGT---T-TTTT--ACA--T-C--A-----C-G-TC-CAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|24 : CATA-AG-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-GA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-C-ACA--T-A-TAAAAAgtt
gi|25 : ATC-AT-A-TC-A--A-C-TGTT---T----G--TA---ACA-TGAAA-CA----A-T-TTT-AT--A---T-TT--T-TAG-A-TT-TT---AA--CA--C-TG---AAT---T-TTTT--AAA--T-C--A-----A-G-TC-T-A--AA-A-GCG--A-T-TAAAAgtt
gi|26 : ATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-T----AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ATA--T-C--A-----A-G-TC-CAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|27 : TA-AT-A-T-----A-C-TG-T---T----G--GA----CA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GT----G-TTTT--ACA--T-C--A-----A-T-TT-C-----A-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|28 : agCATA-AT-A-TA-C--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAG--AT-T-TTT-AC--A---T-TT--T-TAA-T-TT-TT----A--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T----A-----A-G-T--C-A--AA-A-G------T-TAAAAAAgttc
gi|3 : GGGTGC---C-GG--GGGGCCTTCCCC--GGAAAA------TT--TTA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATA-AGGA-TC-A--A-C-TG-TAGTT----G--GA---ACA-TG-GAGCAA--GA-T-TTT-ACC-A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---CA--CA--CGTG---GG----TGTTTT--ACA--T-CA-A-----A-G-TC-A-A--AA-C-ACA--T-TATAAAAAt
gi|4 : GGGAGT---C-GG--GG--TCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C--G-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TA---AA--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-T--C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAttc
gi|5 : gtggggatgtccGGGGT---CCGG--GGGGTCT-CCCC--GGAAAA------T
gi|5 : CTC--CCATA-AT---TC-A--A-C-TG-T---T----G--GAT--AAA-TG-AA-CAA--GA---TTT-AC--A------T--T-CAA-T-TT-TC---AA--CAT-C-TG---GG----A-TTTA--CCA--T-CT-A-----A-G-TC-C----AA-A-ATA--T-T-TATAAAgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttctcccataattcaactgttggataaatgaacaagatttacattcaattttcaacatctgggatttaccatctaagtccaaaatatttataaagttc
gi|6 : ggggtccggggggtctccccggaaaatgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttGGGGGT---C-GG--GGGGTCTTCCCCCTGGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TTATT---AA--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-GCTC-C-A--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAgttc
gi|7 : GGGT---CCGG--GGGGTCTCCCC---GGAAAA------TT--TTT----AAA-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---AAA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---A-TT--T-CAA-T-TT-TC---AA--CA--C-TG---GG----A-TTTT--ACA--T-CTTA-----A-G-TC-CCA--AA-A-ACT--T-T-TTAAAA
gi|8 : GT---C-GGTCGGGGTCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-GG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TA---AA--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-T--C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAgt
gi|9 : gatGGGT---C-CG--GGGGTCTCCCC---GGGAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-AG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TAT-AC--A---T-TT--T-TAA-G-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----C-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ATA--T-T-TAAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGGTCTTTCCCCCGGAACAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GGAAATTTTCAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAAAATTTTAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111
lowQualScore : 555 9 33 33 555555 33 8888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 1 1 1 1 33 1 1 1 222 3333 22 444 1 1 8 66 1 1 3 44 333 1 22 1 1 1 3 333 44 44 1 333 555555 22 22 1 77 44444 1 1 1 6666 1 1 22 1 1
lowQualScore : ... . .. .. ...... .. .... ................................................................................................. .. . . . . .. . . . ... .... .. ... . . . .. . . . .. ... . .. . . . . ... .. .. . ... ...... .. .. . .. ..... . . . .... . . .. . .
lowQualScore : 888 2 99 77 333333 99 9999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 7 6 6 6 88 6 6 6 888 4444 22 444 7 7 3 22 7 7 3 11 000 7 44 7 7 7 5 000 88 11 7 000 999999 44 44 7 66 33333 7 7 7 0000 7 7 55 8 8
consensus : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
Reference ( family-1036 ) : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|1 : -GG--GGGGT-TCCCTC--GGGACA------TT--TTCCCAAAAA-----TCTGCGATCAAAATCGTGCATCAACATAAAGCTATACTCATTAGGAATAAATGAAATTTTTGTGACCGAACATTTAGTTATTTTCTGACTCTC--CCATA------TC-A--A-CATG-T---T----G--GA---A-A-TA-AAACAATGGA-CATTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TTATT---AACCCA--C-T----GG----T-TTTT--ACAACT-C--A-----C-C-TC-G-ATCAA-A-ACA--TCT-TACAAA
gi|10 : ctgtgggtacgggGGGAT---T-GG--GAGGTCCTCCCT--GGGAAA------TT--TCA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC----------AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TA-CA-CAA--AA-T-TTT-AT--A---T-TT--T-CAATT-TT-TT---AA--CA--C-TG---TG----T-TTTT--ACA--T-C--ATATTTA-G-TC-C-A--AA-A-ACATTT-T-TAAAAgt
gi|11 : GGGAT---CCGG--GGGGTCTCCCCC--GGGGAA------TTCATTCT---AAA-----AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTC--C-ATC-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTC---------C-TT--T-C-A-T-TT-TT----A--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-A--A-----A-G-TC------AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|12 : GGGAT---C-TG--GGGGTCTCCCCC--GGTAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------CCATATAT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C----AA-A-ACA------TAAAAAAttc
gi|13 : ---C-AG--GGGGTCTCCCCC--AGAAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AA-A-TC-A--A-C-TG-T------------------A-TG-AA-CAA--GA-T-TTC-AT--A---A-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-a
gi|14 : --GGGGCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---A----------AA--AA-T-TTT-A
gi|15 : GCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---Aa
gi|19 : CATT-AT-A-TC-AGAA-C-T------T----G--GA---AAAATG-AAGCAA--GA-T-TTTTAC--A---A-TTCGT-CAA-T-TT-TC---AAACTA--C-TG---GG----A-TTTT--ATA--T-CT-A-----ACG-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAaaaattt
gi|2 : GGGGGTTCCC-GG--GGGGTT---CCC--GGGAAA------AT--TTC----AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTC--CCATA-AT-AATC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AAACAAT-GA-T-TTTCACCAA---TATT--T-CA--T-TT-TT---AC--CAAAC-TG---GA----T-TTCTTAACA--TTC--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAgct
gi|20 : A-AT-A-TCTA--A-C-TG-T---TTTTTG--GATGTACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--ATCTT-TT--C-CAA-TGTT-TT---AA--CA--C-TG---GGTT--T-TTTT--ACA--T-C--------A-G-TC-C-A--AA-----A--T-T-TAAAAGAt
gi|21 : taCATA-AT----C-A--A-C-TG-T---T----GTGGA---ACA-GA-AG-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TC-TTTTAAA--CA--T-CG---GGTTTCT-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-A-A--AA-ATACA--T-T-TAATAAgt
gi|22 : -A-TC-AT-A-C-TG-T---G----G--GA---ACT-TG-AA-CAACTGA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA---TT-TT---AA--CA--C-TGTATCG----T-TTGT--ACA--T-C--A-----A-G-TCTC-A--AATG-ACA--T-T-TAAAAAt
gi|23 : g-AT-A-TC-A--AAC-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AAACAA--GAAT-TTT-AC--A---T-TT--TTCAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GGT---T-TTTT--ACA--T-C--A-----C-G-TC-CAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|24 : CATA-AG-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-GA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-C-ACA--T-A-TAAAAAgtt
gi|25 : ATC-AT-A-TC-A--A-C-TGTT---T----G--TA---ACA-TGAAA-CA----A-T-TTT-AT--A---T-TT--T-TAG-A-TT-TT---AA--CA--C-TG---AAT---T-TTTT--AAA--T-C--A-----A-G-TC-T-A--AA-A-GCG--A-T-TAAAAgtt
gi|26 : ATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-T----AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ATA--T-C--A-----A-G-TC-CAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|27 : TA-AT-A-T-----A-C-TG-T---T----G--GA----CA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GT----G-TTTT--ACA--T-C--A-----A-T-TT-C-----A-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|28 : agCATA-AT-A-TA-C--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAG--AT-T-TTT-AC--A---T-TT--T-TAA-T-TT-TT----A--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T----A-----A-G-T--C-A--AA-A-G------T-TAAAAAAgttc
gi|3 : GGGTGC---C-GG--GGGGCCTTCCCC--GGAAAA------TT--TTA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATA-AGGA-TC-A--A-C-TG-TAGTT----G--GA---ACA-TG-GAGCAA--GA-T-TTT-ACC-A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---CA--CA--CGTG---GG----TGTTTT--ACA--T-CA-A-----A-G-TC-A-A--AA-C-ACA--T-TATAAAAAt
gi|4 : GGGAGT---C-GG--GG--TCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C--G-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TA---AA--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-T--C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAttc
gi|5 : gtggggatgtccGGGGT---CCGG--GGGGTCT-CCCC--GGAAAA------T
gi|5 : CTC--CCATA-AT---TC-A--A-C-TG-T---T----G--GAT--AAA-TG-AA-CAA--GA-T-TT--AC--A---T-T-----CAA-T-TT-TC---AA--CAT-C-TG---GG----A-TTTA--CCA--T-CT-A-----A-G-TC-C----AA-A-ATA--T-T-TATAAAgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttctcccataattcaactgttggataaatgaacaagatttacattcaattttcaacatctgggatttaccatctaagtccaaaatatttataaagttc
gi|6 : ggggtccggggggtctccccggaaaatgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttGGGGGT---C-GG--GGGGTCTTCCCCCTGGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TTATT---AA--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-GCTC-C-A--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAgttc
gi|7 : GGGT---CCGG--GGGGTCTCCCC---GGAAAA------TT--TTT----AAA-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---AAA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---A-TT--T-CAA-T-TT-TC---AA--CA--C-TG---GG----A-TTTT--ACA--T-CTTA-----A-G-TC-CCA--AA-A-ACT--T-T-TTAAAA
gi|8 : GT---C-GGTCGGGGTCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-GG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TA---AA--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-T--C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAgt
gi|9 : gatGGGT---C-CG--GGGGTCTCCCC---GGGAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-AG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TAT-AC--A---T-TT--T-TAA-G-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----C-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ATA--T-T-TAAAAA
blockSeqs : TCC C TC CT AGAAAT CA T ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTT NT T G A T GA A . T AGT TTTT TG TGT A A G CT A . T CA TCT A CG T T G A TTA AC AA G TAT TTTCT TA . T TT TATTT C C T AA T T TT . A
blockSeqs : . C . . AGAAAT . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . T . . . . . . T . . A T . . C C . . . . . . . . . T . . TTT . . . T . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . A . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** ** ** A***
originalCons : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
finalCons : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-CA---AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGGTCTTTCCCCCGGAACAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GGAAATTTTCAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAAAATTTTAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111
lowQualScore : 555 9 33 33 555555 33 8888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 1 1 1 1 33 1 1 1 222 3333 22 444 1 1 8 66 1 1 3 44 333 1 22 1 1 1 3 333 44 44 1 333 555555 22 22 1 77 44444 1 1 1 6666 1 1 22 1 1
lowQualScore : ... . .. .. ...... .. .... ................................................................................................. .. . . . . .. . . . ... .... .. ... . . . .. . . . .. ... . .. . . . . ... .. .. . ... ...... .. .. . .. ..... . . . .... . . .. . .
lowQualScore : 888 2 99 77 333333 99 9999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 7 6 6 6 88 6 6 6 888 4444 22 444 7 7 3 22 7 7 3 11 000 7 44 7 7 7 5 000 88 11 7 000 999999 44 44 7 66 33333 7 7 7 0000 7 7 55 8 8
consensus : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
Reference ( family-1036 ) : GGGGGT---C-GG--GGGGTCTCCCCC--GGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCNNNCNCTC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|1 : -GG--GGGGT-TCCCTC--GGGACA------TT--TTCCCAAAAA-----TCTGCGATCAAAATCGTGCATCAACATAAAGCTATACTCATTAGGAATAAATGAAATTTTTGTGACCGAACATTTAGTTATTTTCTGACTCTC--CCATA------TC-A--A-CATG-T---T----G--GA---A-A-TA-AAACAATGGA-CATTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TTATT---AACCCA--C-T----GG----T-TTTT--ACAACT-C--A-----C-C-TC-G-ATCAA-A-ACA--TCT-TACAAA
gi|10 : ctgtgggtacgggGGGAT---T-GG--GAGGTCCTCCCT--GGGAAA------TT--TCA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC----------AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TA-CA-CAA--AA-T-TTT-AT--A---T-TT--T-CAATT-TT-TT---AA--CA--C-TG---TG----T-TTTT--ACA--T-C--ATATTTA-G-TC-C-A--AA-A-ACATTT-T-TAAAAgt
gi|11 : GGGAT---CCGG--GGGGTCTCCCCC--GGGGAA------TTCATTCT---AAA-----AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CTC--C-ATC-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTC---------C-TT--T-C-A-T-TT-TT----A--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-A--A-----A-G-TC------AA-A-ACA--T-T-TAAAAAA
gi|12 : GGGAT---C-TG--GGGGTCTCCCCC--GGTAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------CCATATAT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C----AA-A-ACA------TAAAAAAttc
gi|13 : ---C-AG--GGGGTCTCCCCC--AGAAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AA-A-TC-A--A-C-TG-T------------------A-TG-AA-CAA--GA-T-TTC-AT--A---A-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-a
gi|14 : --GGGGCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---A----------AA--AA-T-TTT-A
gi|15 : GCCTCCCCC--GGAAAA------TT--TTT----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---Aa
gi|19 : CATT-AT-A-TC-AGAA-C-T------T----G--GA---AAAATG-AAGCAA--GA-T-TTTTAC--A---A-TTCGT-CAA-T-TT-TC---AAACTA--C-TG---GG----A-TTTT--ATA--T-CT-A-----ACG-TC-C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAaaaattt
gi|2 : GGGGGTTCCC-GG--GGGGTT---CCC--GGGAAA------AT--TTC----AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTC--CCATA-AT-AATC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AAACAAT-GA-T-TTTCACCAA---TATT--T-CA--T-TT-TT---AC--CAAAC-TG---GA----T-TTCTTAACA--TTC--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAgct
gi|20 : A-AT-A-TCTA--A-C-TG-T---TTTTTG--GATGTACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--ATCTT-TT--C-CAA-TGTT-TT---AA--CA--C-TG---GGTT--T-TTTT--ACA--T-C--------A-G-TC-C-A--AA-----A--T-T-TAAAAGAt
gi|21 : taCATA-AT----C-A--A-C-TG-T---T----GTGGA---ACA-GA-AG-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TC-TTTTAAA--CA--T-CG---GGTTTCT-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-A-A--AA-ATACA--T-T-TAATAAgt
gi|22 : -A-TC-AT-A-C-TG-T---G----G--GA---ACT-TG-AA-CAACTGA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA---TT-TT---AA--CA--C-TGTATCG----T-TTGT--ACA--T-C--A-----A-G-TCTC-A--AATG-ACA--T-T-TAAAAAt
gi|23 : g-AT-A-TC-A--AAC-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AAACAA--GAAT-TTT-AC--A---T-TT--TTCAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GGT---T-TTTT--ACA--T-C--A-----C-G-TC-CAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|24 : CATA-AG-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-GA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-C-ACA--T-A-TAAAAAgtt
gi|25 : ATC-AT-A-TC-A--A-C-TGTT---T----G--TA---ACA-TGAAA-CA----A-T-TTT-AT--A---T-TT--T-TAG-A-TT-TT---AA--CA--C-TG---AAT---T-TTTT--AAA--T-C--A-----A-G-TC-T-A--AA-A-GCG--A-T-TAAAAgtt
gi|26 : ATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G---A---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-T----AA--CA--C-TG---GG----T-TTTT--ATA--T-C--A-----A-G-TC-CAA--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|27 : TA-AT-A-T-----A-C-TG-T---T----G--GA----CA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---AA--CA--C-TG---GT----G-TTTT--ACA--T-C--A-----A-T-TT-C-----A-A-ACA--T-T-TAAAAAgtt
gi|28 : agCATA-AT-A-TA-C--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAG--AT-T-TTT-AC--A---T-TT--T-TAA-T-TT-TT----A--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T----A-----A-G-T--C-A--AA-A-G------T-TAAAAAAgttc
gi|3 : GGGTGC---C-GG--GGGGCCTTCCCC--GGAAAA------TT--TTA----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATA-AGGA-TC-A--A-C-TG-TAGTT----G--GA---ACA-TG-GAGCAA--GA-T-TTT-ACC-A---T-TT--T-CAA-T-TT-TT---CA--CA--CGTG---GG----TGTTTT--ACA--T-CA-A-----A-G-TC-A-A--AA-C-ACA--T-TATAAAAAt
gi|4 : GGGAGT---C-GG--GG--TCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C--G-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TA---AA--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-T--C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAttc
gi|5 : gtggggatgtccGGGGT---CCGG--GGGGTCT-CCCC--GGAAAA------T
gi|5 : CTC--CCATA-AT---TC-A--A-C-TG-T---T----G--GAT--AAA-TG-AA-CAA--GA-T-TT--AC--A---T-T-----CAA-T-TT-TC---AA--CAT-C-TG---GG----A-TTTA--CCA--T-CT-A-----A-G-TC-C----AA-A-ATA--T-T-TATAAAgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttctcccataattcaactgttggataaatgaacaagatttacattcaattttcaacatctgggatttaccatctaagtccaaaatatttataaagttc
gi|6 : ggggtccggggggtctccccggaaaatgcgctcacatctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggaattttactgatttGGGGGT---C-GG--GGGGTCTTCCCCCTGGGAAA------TT--TTC----AAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TTATT---AA--CA--C-TG---GA----T-TTTT--ACA--T-C--A-----A-GCTC-C-A--AA-A-ACG--T-T-TAAAAAAgttc
gi|7 : GGGT---CCGG--GGGGTCTCCCC---GGAAAA------TT--TTT----AAA-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-TG-T---T----G--GA---AAA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---A-TT--T-CAA-T-TT-TC---AA--CA--C-TG---GG----A-TTTT--ACA--T-CTTA-----A-G-TC-CCA--AA-A-ACT--T-T-TTAAAA
gi|8 : GT---C-GGTCGGGGTCTCCCCC--GGGAAAAGAAATTT--TTC----AAA-----TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---C--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-GG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TTT-AC--A---T-TT--T-CAA-T-TT-TA---AA--CA--C-TG---GA------TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-T--C-A--AA-A-ACA--T-T-TAAAAAAgt
gi|9 : gatGGGT---C-CG--GGGGTCTCCCC---GGGAAA------TT--TTC----AAA------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--CCATA-AT-A-TC-A--A-C-AG-T---T----G--GA---ACA-TG-AA-CAA--GA-T-TAT-AC--A---T-TT--T-TAA-G-TT-TT---AA--CA--C-TG---GG----C-TTTT--ACA--T-C--A-----A-G-TC-C-A--AA-A-ATA--T-T-TAAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGGGTCTTTCCCCCGGAACAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCT
Unaligned ( gi|17 ): GGAAATTTTCAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAAAATTTTAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC