lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555 11111 22 1 1111111 1111111 1111111111 1111111 111111111 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111 77777777777777777777777777777777777777777 3333333 11 111111 111111 111 444444
lowQualScore : 4 3 3 4 11111111111111111 2 333 666666 2 55555 77777777 11 444 1 2 2 7 0000000 444 999999999 2 33 5555555 2 8888888888 444 2 2 0 88888888888 2 3333333 33 666666666 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 666 1 66 11111 22222222222222222222222222222222222222222 3 0 3 888888 3 3 555 2 0000000 2 00 999 3 6666 222222 44 0 3 3 44 000000 3 3 7777 3 3 55 333 66 111111
lowQualScore : . . . . ................. . ... ...... . ..... ........ .. ... . . . . ....... ... ......... . .. ....... . .......... ... . . . ........... . ....... .. ......... ....... .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . ... . .. ..... ......................................... . . . ...... . . ... . ....... . .. ... . .... ...... .. . . . .. ...... . . .... . . .. ... .. ......
lowQualScore : 0 1 1 9 00000000000000000 2 999 444444 2 44444 00000000 22 111 6 5 5 8 9999999 777 555555555 7 77 3333333 5 2222222222 444 5 7 3 99999999999 5 8888888 44 222222222 3333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 333 1 88 77777 99999999999999999999999999999999999999999 1 2 1 888888 1 1 444 1 7777777 5 88 888 1 5555 666666 22 7 1 1 22 555555 1 1 1111 3 3 00 222 11 999999
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATATATTGCCC--CC-CCCC-------GTTA-T---AAT------G-CCAC----CCCCGC------T-TATTGCCTGCAAA---TCCT-AAA-GAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-C--CCCGTTAT---AATGCC-A----A-----C---C-CCGCATAA-CGCC-----A-TATGCCA-CCG---AT--TT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCAT--CCG------TAATC-------------A------CA-C-----------------------AT---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT-G-------CT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAG-ATTATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--TAA---GC----CAN---AA-T-------AAATT-ACG-TA-ACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGCTAA--T-NAAATTCTCAGTAATG-GTGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCCA-AAT----CGG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCA--NT--ATAN----CGAGGGAGCACTGTA
Reference ( gi|6 ) : GTG-TTCC-C-TCAATATATTACCC--CCACCCC-------ATTA-T---AAT------G-CCAT----CCCCGC------T-TATTGCCAACAAA---TCAT-AAA-GAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-C--CCCGTTAT---AAGGCC-A----C-----C---C-CCGCATAA-TGCC-----A-TATGCCA-TCA---AT--TT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCAT--TCA------TAATC-------------A------TA-C-----------------------AT---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT-T-------CT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAA-CTTATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--TAA---GC----CAT---AA-T-------AAATG-ACA-TA-ACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGCTAA--A-GAAATTCTCAGTAATG-ATGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCCA-AAT----TGG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCA--TT--ATCA----CAAGGGAGCACTGTA
gi|4 : GTG-TTCC-C-TCAATATATTGCCC--CT----C-------TTTA-T---AAT------G-CCAC----CCTTGC------T-TATCGACTGCAAA---TCCT-TAA-TAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-C--ATCCTTAT---AATGCC-A----T-----C---C-CTGCATAA-TGCC-----A-TATACCA-CCA---TT--CT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTAG--CTG------TGATC-------------ACACCTGTG-C-----------------------AT---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT-C-------CT------CA-A------GTA-AA-ACTCAAA-ACTATGTAAATGTTTGTACAA-----AATG-TAC---CC----CA----AT-T-------AAGTT-TTG-TT-ACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGTTAG--C-TTAATTGTTGGTAATG-GTGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCCA-AAT----TGG-TCTT-GTAC--AACAGTTGGCA--AT--AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TCATAATGGTATGC--CC--CCC-------GTT--T---AAT------G-CCAC----CCCC--------T-TATTGCCTGCAAA---T----------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-C--CCCGTTAT---AACGCC-A----C-----C---C-CCAC-------------------------CA---AT--AT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTG------TAACTG---------------------AT---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT-T-------CT------TG-A------ATA-AA-AATCAAG-ATCATTTAAATGCCTATACAGGGAAAAATGATAAT--ACATCACAT---GACT-------GAATC-ACA-TG-ACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGCTAA--T-GAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TGC---ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCCA-AAT----TGG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCA--TT--ATAG----CGAGGAAGCACTGTAat
gi|3 : aGTG-TTCC-T-TCAATATATTGCTT--CC----T-------GTTA-T---AAT------G-TCAC----CCTCAC------T-TATTGCCTGCAAA---TCCT-AAA-GAACAGATTTAT--C----CCAATGTT-------------------------------AGGAC-A----A-----C---C-CTGCATAA-CACC-----A-TATATGA--CT---AT--TT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTAT--CTG------TAATC-------------ACACCTGTA-C-----------------------TT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT-G-------CT------CA-A------ATA-AA-ACTCAAA-ATCATGGAAATGTTTGTACAA-----AAT--GTA---GC----C-C---AATT-------AAATT-AAG-TT-ACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGCTAG--T-TTAATTGTCAGTAATG-GTGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCCA-AAT----TGG-TCTT-GGAC--AAACACTGGCA--AT--ATAT----CAGAGGAGCAATGTA
gi|2 : cacaGTG-TTCCACATCA-TATTTTGCCC--CCCCCCT-------A--A-C---AATCACACAG-CCAC----GATCGC------T-TATTGCCAGCAAA---TCCT-ACA-GAAC--ATTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-CATCACACTA-------GCC-A----A-----C---T---GCTTAA--GCT-----ACTACTCTC-TCA-------CT----C--ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCGT--CCA------TAATC-------------A------CA-CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGAT---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT-G-------CT------TG-A------ATA-AC-A---AAA-CT----------------CAA-----GAT--TAT---G--------------T-------AAATG-TT--TATACAGA-A------T------------GAATGCTAA--T-GAAATTCTCAGTAATG-ATGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCCA-AAT----CGGCTCTTGGGAC--AAAAATTGGCA--TTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGT
gi|1 : atacGTG-TTCC-C-TTGATATATTGCCC--C-------------GTTA-A---AAT------G-CCAC----CCCCAC------A-TATTGCCTGCTAA---TCGT-AA---------------------CCTATGTG---AA-------CGC-C--CCCATTAG---AATGTC-A----G-----C---C-CTGCATAA-CGAC-----A-TATGTCA-TTG---AT--TT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTAT--CTG------TAGTC-------------
gi|12 : aGTG-TTCC-C-TCGATATATTG-------ACCCC-------GTTA-T---AAT------G-CC-T----CCTCGC------T-TATTGCCTGCAAT---TCTTTAAA-AAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-T--CACATTAA---AATGCC-AAATGC-----CAAAT-CCGCATAT-TGTA-----A-TATGCTA-ATG---AT--TT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCAC--CCA------TAATC-------------A------CA-------------------------AC---T---G------------------TA-Cccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|17 : aGTG-CTCC-C-TCAATATATTGCC
gi|14 : aatagctgaataaagctggattttatctcattgtttatacacaatgcagcccaattaaattacatacctgaatttctgttgactgctcagtgtgaatttgttatattgcgcccccgctttattgcccaaattagtcttcaacagaaaagtGTG-TTCC-C-TCAATATATTGCCT----------------GTTA-T---AAC------G-CCAA----TCTCGC------T-TATTGTCTGCAAA---TCCT-AAA-GAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-C--CCTGTT---------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGCCACTTA---ATAGTT----TTGACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCAT--CTG------TAATA-------------A------CA-C-----------------------tgta
gi|28 : GTG-TTCC-C-TCGATATATTGGCC--CCG-----------GTTA-T---AAT------G-TCAC----CCC
gi|26 : tgtaGTGCTTCC-C-TCGATATATGGC-------CCCG-------GTTA-T---AAT------G-TCA-----CCCCG-------T-TATTt
gi|18 : aaaagggacaccgaattaaTTC-C-TCGATATATTGCCC--TTAG------------TA-T---AAT------G-C-AC----CCCCTC------T-TATTGCC--TGAA---CCCT-AA--GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAG--CTTGTTAT---AATGCC-A----A-----C---C-CTGCATAA-C-CC-----A-TATGCCA-CC----AT--TT--------TAAAAAAAtt
gi|8 : TTC-C-TTGATATATTGCCC--TTG------------TTA-T---AAT------G-CC-----------------------TG---A-AAA---TCCT-ACA-GAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-C--CCAGTTAT---AAAACTGA----C-----C---CACC---TAC-TGCC-----A-CATGCCA-CTG---AT--TT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCAT--TGA------TATTG-------------A------CA-CCTGT-------------------AC---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT-C-------CT------TA-T------ATATAA-ACTCAAT-ATTATCTA-------ATGGAG-----A-----------C----CA----AA-T-------AAAT------TA-A--------------TCTT-T-C----AGTG----------AATTGTCAGTAATG-GTGAATG-TGT-Tagcgatatagggtttacctttgatgataatg
gi|10 : c-C-TGAATATATTGCCTTGCCACCCC-----------------------------------TCCTGT------T-TATTGCCTGAAAA---TCCA-AAA-GAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-C--CCAGTTAT---GATGTC-A----A-----C---C-CTGCATAA-TGAT-----A-CATGCCA-CTG---AT--TT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCAT--CAA------TAATC-------------A------TG-C-----------------------
gi|13 : agtgatgtATATATTGCCT--GGGCCCCGTCAAATATTAAT---AAT------G-CCACGTACCCCTGC------T-TAATTCTTGCATA---TCCT-TCA-GAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-C--TCCGTTAA---AATACC-A----A-----C---C-CAACATAC-CCCT-----A-TATGCCA-TCATTTTT--TT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----ACtgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|15 : cgagCCC--CCCCCCC-------ATTA-TATAAAT------G-CCAA----CCCTGC------A-TATGGC--ACCAATTTTTAT-GAATAAACGG
gi|21 : attgccaccagagcataaagaacagatttcttccaatgttaaccccCTC-------GTTA-T---AAT------G-CCAC----CTCCGC------TGTATTGCC--CAAA---TCtcatattaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|20 : gcttaataaaactcaaaacatgtctacatgattacacagaatatattcataataaatttcataaccgaatttcttttgactgctaataaaattctcagtaatgtggaaC-------GTTA-T---AAT------GGCCGT----CCCCGCAGAAGTC-TA--GCCTGCAAA---TCCC-CAA-AAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-C--CCCTTTAT---AA-TTC-G----CTTGGAT---C-CCACAGAATTGCCCTATTA-TATGCCC-CCA---AT--TT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TTGggtcttgga
gi|22 : C-------ATCA-T---AAT---------CATAC--CCCTGC------A-TACAGCCA--------T--T-GAA-AA---GATTTTT--A----CAAATGCT---AA-------AAT-C--CCCGATAA---AACGCC-A----A-----A---C-TTGCTTAA-CGCT-----A-TCTGCCA-TCT---AT--CC----TT-ACAGACAAAA-------TGTCAA-----A------------------
gi|7 : tatagtgtccctcaggtaatcaTA-T---AAT------G-TCAC----ACCCGT------T-TATTTCCAGCAAA---TACC-AAA-GAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-C--CCTGTTAC---AATGTC-A----A-----C---C-CCTCATAC-TGCC-----T-TA-GCAA-CCA---AT--ATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCAC--CTG------CAATCTCACCT-------G------TA-A-----------------------ATTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-AA-ACTCAAG-ATCAACTACATG--------G-----CATCGTAA---------CAG---AG-T-------ACAT--ATATTA-ATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGCTAATTATGAGATTCTCACTAATG-GTATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|15 : ttcgaATTGCCACCAGA---GCAT-AAA-GAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-C--CCCATTATATAAATGCC-A----A-----C---C-CTG---------C-----A-TATGGCA-CCA---AT--TT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|22 : -A----C-----C---C-CTGCATAC-AGCC-----A-T-TGAAA---AG--AT--TT----TT-A----CAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----GCtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|16 : tatagtgtccctcaggtaatcacatcataatcat-----------------------AT---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-AATATTCAAG-GTTATCTAAATG-TGACCTGGT----AAT--TA----------CAT---GA-T-------------ACA-TA-ACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGTTAA--T-GA---TCTCAGTAATG-GCAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCCACGAT----TGA-TCTT-GAAC--AAAAATTtatctgccatctatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : -----------------------AT---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----T-------------------------GGTTA------A----TT-------------------CTA--A--A--A--TT-A-------CT------TA-GGCCTATATA-AA-ACTCAAG-ATTAT
gi|9 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatgg---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT-G-------CTGAGTCGTGGA------ATA-AA-CGTCAAG-ATTATCTAAATGTGTATACAG-----AAT--GTA---GC----CTA---AA-T-------AAACT-ATG-TA---TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGCTTA--G-TAAATTGTTAGTTATA-GCGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CCA-AAT----CAG-TCTC-AAAC--AAAAGATGTCA--AT--ATAT----CAAGGGAGCACT
gi|1 : ataatcacgcctgtacactatgagtggtgcagtgatgcataacgggc----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT-G-------AT------TT-A-------TA-AG-TCTGAAA-ATTATGTAAATGTTTGTACAG-----AATGTTAATGGGT----AATGTTAA-TTTAAAAAAAAT---CA-TG-ACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGGTAA--C-TAAATTGTTGGTAATG-GTGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCCA-AAT----TGA-TCTT-GGAC--TAAAGTTGGCAATTT--AT------TGAGGAAGCACTGTAt
gi|19 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtct----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT-G-------AT-------G-A------CTT-AA-ACTCAAT-ATTGTCCAATTGTTTAAACAG-----AAT--TAA---TC----CCA---AA-T-------ATTTGTATG-GA-ATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGC
gi|21 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaacaaactgagtat-------CT------T--A------ATA-AA-ACTCAAAACATGTCTACATGATTACACAG-----AAT--ATA---TT----CAT---AA-T-------AAATT-TCA-TA-ACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGCTAA--T-AAAATTCTCAGTAATG-TGGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCCA-AAT----CGG-TCTT-GGAacaatgaat
gi|17 : g------TG-A------ATA-AA-GCTGGAT-TTTATCTCATTGTTTATACAC-----AAT--GCA---GC----C-C---AATT-------AAATT-ACA-TA-CCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTG--------------CTCAGT-----GTGAATT-TGT-TA----TAT-----TG-C--GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCCA-AAT----TAG-TCTT-CAACAGAAAAG-TGGCA--AT--ATAT----TGAGGGAGCACTGTA
gi|23 : aatagcATC-ACG-TG-AATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGCTGA------------C---------TGAATT--GT-GA----AAT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCCA-AATAAACAGG-CCTT-GTAC--AAAATTTGGCA--AT--AT
gi|10 : acAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTG-AAagca
gi|25 : A----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCCG-AAT----TGG-TCTT-GGTC--AAAAGTTaatccaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|27 : atgC--T--T---T-ATTGCTGG-AAT----TGG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGATG--CT--ATAC----CAAGGTAGCACTGTAatatcgagaagtaagtttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 333333333333333333333333 222222222222222222222222222 11111 5555555555555555555555555 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 88888888888888888 2 777777 2 5555 99999999999 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 777777 777777777777777777777777 3 44 444444444444444444444444444 2 2 2 2 7 00000 4444444444444444444444444 77 6 5 33 2 888888 2 8888 555 2 555555 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 2 55 7777 1
lowQualScore : . . . . .... ................. . ...... . .... ........... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ...... ........................ . .. ........................... . . . . . ..... ......................... .. . . .. . ...... . .... ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. . .. .... .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 33333333333333333 5 222222 5 3333 99999999999 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 777777 111111111111111111111111 1 22 666666666666666666666666666 9 9 9 9 3 88888 2222222222222222222222222 44 2 7 33 9 222222 9 9999 000 9 888888 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 3 00 7777 0
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC-C---G----TTA-TAAT------G-CCAC----CCCC---GC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-A----TT-------------------ACG--AAT-AA--TT--------GCT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT---------------TAA--C----CANAA-TAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCAAT--AT----ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC-CCCCG----TTA-TAAT------G-CCAC----CCCC---GC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-A----TT-------------------ACG--AAT-AA--TT--------GCT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT---------------TAA-GC----CANAA-TAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---ATNAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCANT--AT----ANCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G----TTA-AAAT------G-CCAC----CCCC---AC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA-A----TT-------------------ACC--AAT-AA--TT--------GAT------TT-A-------TA-AG-TCTGAAAAT-TATGTAAATGTTTGTACAG-----AATGTTAATGGGTAATGTTAA-TT----TAAAA-AAAAT-CATG--ACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGAC--TAAAGTTGGCAAT--TT----ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T-------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G----TTA-TAAT------G-CC-T----CCTC---GC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC-CGTCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACCCCT---GC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G----TTA-TAAC------G-CCAA----TCTC---GC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA-A----TC-------------------A----------------------------------A------GTA-AATATTCAAGGT-TATCTAAATG-TGACCTGGT----AAT---------------TA--------CATGA-------TACATAACTGATA------TATCTTGT----TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAAC--AAAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : -AA--TA--------GCT-------G-A------ATA-AA-GCTGGATTT-TATCTCATTGTTTATACAC-----AAT---------------GCA-GC----CCAAT-TAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T----T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAG-TGGCAAT--AT----ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT-----A----GTA-TAAT------G-C-AC----CCCC---TC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA-A----TA-------------------ACA--AAT-AA--GT--------GAT-------G-A------CTT-AA-ACTCAATAT-TGTCCAATTGTTTAAACAG-----AAT---------------TAA-TC----CCAAA-TATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T----T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC-CCCC-----TAA-CAATCACACAG-CCAC----GATC---GC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-------T-------------------A-----ATCAA--TT--------A--------TG-A------ATA-TA-A-------T-TGCTTGAATA-----ACAA-----AAC---------------T---------CA-----AGAT-TATGTAAATG---------TTTATA-CAGAAT---GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGAC--AAAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atacCG----TTA-TAAT------GGCCGT----CCCC---GCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-AA-ACTCAAAACATGTCTACATGATTACACAG-----AAT---------------ATA-TT----CATAA-TAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TG---T---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTAC--AAAATTTGGCAAT--AT----AGtatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA-A----TT--------------------CT--AA--AA--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-AA-ACTCAAGAT-TATa
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTC--AAAAGT------T--AT----ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TATGG--------C-CCCGG----TTA-TAAT------G-TCA-----CCCC---G-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGATGCT--AT----ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTG-------GC-CCCGG----TTA-TAAT------G-TCAC----CCCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC-T---G----TTA-TAAT------G-TCAC----CCTC---AC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA-A----TT-------------------AAC--AAT-AA--TT--------GCT------CA-A------ATA-AA-ACTCAAAAT-CATGGAAATGTTTGTACAA-----AAT---------------GTA-GC----CCAAT-TAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGAC--AAACACTGGCAAT--AT----ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT-CT-------TTA-TAAT------G-CCAC----CCTT---GC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA-A----TT-------------------ACC--AAT-AA--TT--------CCT------CA-A------GTA-AA-ACTCAAAAC-TATGTAAATGTTTGTACAA-----AATG--------------TA---C----CCCAATTAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTAC--AACAGTTGGCAAT--AT----A
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC-C---G----TT--TAAT------G-CCAC----CCCC-----------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-T----TT-------------------ATG--AAT-AA--CT--------TCT------TG-A------ATA-AA-AATCAAGAT-CATTTAAATGCCTATACAGGGAAAAATGA-------------TAATACATCACATGACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T----T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCATT--AT----AGCGAGGAAGCACTGTAt
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA----TTA-TAAT------G-CCAT----CCCC---GC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-A----TT-------------------ATG--AAT-AA--TT--------TCT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAACT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT---------------TAA-GC----CATAA-TAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGAC--AAAAGTTGGCATT--AT----CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : CG----ATA-TAAT------G-TCAC----ACCC---GT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG-A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GAT-AA--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-AA-ACTCAAGAT-CAACTACATG--------G-----CATCG-------------TAA-------CAGAG-TACATATAT-TAATTGA-A------TTTCTT-T----T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G----TTA-TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG-AGGTGTT-------------------CTGGTGGT-CAGGTT--------CCT------TA-T------ATATAA-ACTCAATAT-TATCTA-------ATGGAG-----A----------------------C----CA-AA-TAAAT-TA---A---------------TCTT-T----C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAGA----TT-------------------ATG--AAT-AA--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-AA-CGTCAAGAT-TATCTAAATGTGTATACAG-----AAT---------------GTA-GC----CTAAA-TAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T----T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAAC--AAAAGATGTCAAT--AT----ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 333333333333333333333333 222222222222222222222222222 11111 555555555555555555555555555555 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 777777 777777777777777777777777 3 44 444444444444444444444444444 2 2 2 2 9 0 00000 555555555555555555555555555555 3 5 33 2 888888 2 8888 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ...... ........................ . .. ........................... . . . . . . ..... .............................. . . .. . ...... . .... ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 777777 111111111111111111111111 1 22 666666666666666666666666666 9 9 9 9 2 8 88888 000000000000000000000000000000 1 7 33 9 222222 9 9999 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-A----TT-------------------ACG--AAT-AA--TT--------GCT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AATG--------------TAA-C------C-ANAA-TAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-A----TT-------------------ACG--AAT-AA--TT--------GCT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT---------------TAA-C------C-ANAA-TAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA-A----TT-------------------ACC--AAT-AA--TT--------GAT------TT-A-------TA-AG-TCTGAAAAT-TATGTAAATGTTTGTACAG-----AATGTTAATGGGTAATGTTAA-T------TTAAAA-AAAAT-CATG--ACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA-A----TC-------------------A----------------------------------A------GTA-AATATTCAAGGT-TATCTAAATG-TGACCTGGT----AAT---------------TA---------C-ATGA-------TACATAACTGATA------TATCTTGT----TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : -AA--TA--------GCT-------G-A------ATA-AA-GCTGGATTT-TATCTCATTGTTTATACAC-----AATG--------------CAG-C------C-CAAT-TAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T----T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA-A----TA-------------------ACA--AAT-AA--GT--------GAT-------G-A------CTT-AA-ACTCAATAT-TGTCCAATTGTTTAAACAG-----AAT---------------TAATC------C-CAAA-TATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T----T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-------T-------------------A-----ATCAA--TT--------A--------TG-A------ATA-TA-A-------T-TGCTTGAATA-----ACAA-----AAC---------------T----------C-A-----AGAT-TATGTAAATG---------TTTATA-CAGAAT---GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-AA-ACTCAAAACATGTCTACATGATTACACAG-----AATA--------------TAT-T------C-ATAA-TAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TG---T---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA-A----TT--------------------CT--AA--AA--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-AA-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA-A----TT-------------------AAC--AAT-AA--TT--------GCT------CA-A------ATA-AA-ACTCAAAAT-CATGGAAATGTTTGTACAA-----AATG--------------TAG-C------C-CAAT-TAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA-A----TT-------------------ACC--AAT-AA--TT--------CCT------CA-A------GTA-AA-ACTCAAAAC-TATGTAAATGTTTGTACAA-----AATG--------------TAC-C------C-CAAT-TAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-T----TT-------------------ATG--AAT-AA--CT--------TCT------TG-A------ATA-AA-AATCAAGAT-CATTTAAATGCCTATACAGGGAAAAATGA-------------TAA-TACATCAC-ATGACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T----T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA-A----TT-------------------ATG--AAT-AA--TT--------TCT------TG-A------ATA-AA-ACTCAAACT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT---------------TAAGC------C-ATAA-TAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T----T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG-A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GAT-AA--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-AA-ACTCAAGAT-CAACTACATG--------G-----CATCG-------------TAA--------C-AGAG-TACATATAT-TAATTGA-A------TTTCTT-T----T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG-AGGTGTT-------------------CTGGTGGT-CAGGTT--------CCT------TA-T------ATATAA-ACTCAATAT-TATCT-AATG--------G-----A------------------GA-C------C-A-AA-TAAAT-TA---A---------------TCTT-T----C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAGA----TT-------------------ATG--AAT-AA--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-AA-CGTCAAGAT-TATCTAAATGTGTATACAG-----AATG--------------TAG-C------C-TAAA-TAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T----T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333 111111111 1111111111111111 444444444444444444444444444444444444 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 33333333333 222222222222222222222222 44 44 111111111 8888888888888888 2 555 2 1 2 88888 77777 000000000000000000000000000000000000 5 66 0 2 888888 2 2 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ........... ........................ .. .. ......... ................ . ... . . . ..... ..... .................................... . .. . . ...... . . ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 22222222222 222222222222222222222222 22 22 666666666 6666666666666666 9 000 9 1 9 77777 77777 777777777777777777777777777777777777 7 99 3 9 222222 9 9 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--G-T--------------AA-C------C-AAAA-TAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--G-T--------------AA-C------C-ANAA-TAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------GAT------TT-A-------TA-A---G-TCTGAAAAT-TATGTAAATGTTTGTACAG-----AAT--G-TTAATGGGTAATGTTAA-T------TTAAAA-AAAAT-CATG--ACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-A---ATATTCAAGGT-TATCTAAATGT-------G-----ACCTGG-T--------------AA-T------T-ACA--TGA---TACATAACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : A--A--TA--------GCT-------G-A------ATA-A---A-GCTGGATTT-TATCTCATTGTTTATACAC-----AAT--G-C--------------AG-C------C-CAAT-TAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT--------GAT-------G-A------CTT-A---A-ACTCAATAT-TGTCCAATTGTTTAAACAG-----AAT----T--------------AATC------C-CAAA-TATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT--------GCT------TG-A------ATA-ACAAA-ACTCAAGAT-T------ATGT-------A-----AAT--G-T-----------------------------------T-TAT---ACAGA-A------T------------GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-A---A-ACTCAAAACATGTCTACATGATTACACAG-----AAT--A-T--------------AT-T------C-ATAA-TAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA------A----TT--------------------CT--AA-A--A--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-A---A-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT--------GCT------CA-A------ATA-A---A-ACTCAAAAT-CATGGAAATGTTTGTACAA-----AAT--G-T--------------AG-C------C-CAAT-TAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------CCT------CA-A------GTA-A---A-ACTCAAAAC-TATGTAAATGTTTGTACAA-----AAT--G-T--------------AC-C------C-CAAT-TAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-AATCAAGAT-CATTTAAATGCCTATACAGGGAAAAAT--GAT--------------AA-TACATCAC-ATGACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAACT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT----T--------------AAGC------C-ATAA-TAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-CAACTACATG--------G-----CATC-G-T--------------AA--------C-AGAG-TACATATAT-TAATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT--------CCT------TA-T------ATATA---A-ACTCAATAT-TATCT-AATG--------G-----A---------------------GA-C------C-A-AA-TAAAT-TA---A---------------TCTT-T-C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-A---A-CGTCAAGAT-TATCTAAATGTGTATACAG-----AAT--G-T--------------AG-C------C-TAAA-TAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333 111111111 1111111111111111 4444444444444444444444444444444444 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 33333333333 222222222222222222222222 44 44 111111111 8888888888888888 2 555 2 1 2 88888 77777 2222222222222222222222222222222222 5 5 66 0 2 888888 2 2 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ........... ........................ .. .. ......... ................ . ... . . . ..... ..... .................................. . . .. . . ...... . . ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 22222222222 222222222222222222222222 22 22 666666666 6666666666666666 9 000 9 1 9 77777 77777 6666666666666666666666666666666666 6 7 99 3 9 222222 9 9 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--G-T--------------AA-C-C-N------AAATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--G-T--------------AA-C-C-A------AAATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------GAT------TT-A-------TA-A---G-TCTGAAAAT-TATGTAAATGTTTGTACAG-----AAT--G-TTAATGGGTAATGTTAA-T-TTA------AAAAAAAT-CATG--ACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-A---ATATTCAAGGT-TATCTAAATGT-------G-----ACCTGG-T--------------AA-T-T-A------CA-TGA---TACATAACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : A--A--TA--------GCT-------G-A------ATA-A---A-GCTGGATTT-TATCTCATTGTTTATACAC-----AAT--G-C--------------AG-C-C-C------AATTAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT--------GAT-------G-A------CTT-A---A-ACTCAATAT-TGTCCAATTGTTTAAACAG-----AAT----T--------------AATC-C-C------AAATATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT--------GCT------TG-A------ATA-ACAAA-ACTCAAGAT-T------ATGT-------A-----AAT--G-T-----------------------------------T-TAT---ACAGA-A------T------------GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-A---A-ACTCAAAACATGTCTACATGATTACACAG-----AAT--A-T--------------AT-T-C-A------TAATAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA------A----TT--------------------CT--AA-A--A--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-A---A-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT--------GCT------CA-A------ATA-A---A-ACTCAAAAT-CATGGAAATGTTTGTACAA-----AAT--G-T--------------AG-C-C-C------AATTAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------CCT------CA-A------GTA-A---A-ACTCAAAAC-TATGTAAATGTTTGTACAA-----AAT--G-T--------------AC-C-C-C------AATTAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-AATCAAGAT-CATTTAAATGCCTATACAGGGAAAAAT--GAT--------------AA-TAC-ATCACATGACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAACT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT----T--------------AAGC-C-A------TAATAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-CAACTACATG--------G-----CATC-G-T--------------AA---C-A------GAGTACATATAT-TAATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT--------CCT------TA-T------ATATA---A-ACTCAATAT-TATCT-AATG--------G-----A---------------------GA-C-C--------AAATAAAT-TA---A---------------TCTT-T-C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-A---A-CGTCAAGAT-TATCTAAATGTGTATACAG-----AAT--G-T--------------AG-C-C-T------AAATAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333 111111111 1111111111111111 3333333333333333333333333333333333 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 33333333333 222222222222222222222222 44 44 111111111 8888888888888888 2 555 2 1 2 0 5 77777 9999999999999999999999999999999999 1 5 66 2 888888 2 2 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ........... ........................ .. .. ......... ................ . ... . . . . . ..... .................................. . . .. . ...... . . ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 22222222222 222222222222222222222222 22 22 666666666 6666666666666666 9 000 9 1 9 3 2 77777 5555555555555555555555555555555555 8 7 99 9 222222 9 9 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--G-T--------------A-------A-CCCA-AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT--G-T--------------A-------A-CCNA-AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------GAT------TT-A-------TA-A---G-TCTGAAAAT-TATGTAAATGTTTGTACAG-----AAT--G-TTAATGGGTAATGTTA-------A-TTTA-AAAAAAA-T-CATGACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-A---ATATTCAAGGT-TATCTAAATGT-------G-----ACCTGG-T--------------A-------A-T-TA-CATGA---TACATAACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : A--A--TA--------GCT-------G-A------ATA-A---A-GCTGGATTT-TATCTCATTGTTTATACAC-----AAT--G-C--------------A-------G-CCCA-ATTAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT--------GAT-------G-A------CTT-A---A-ACTCAATAT-TGTCCAATTGTTTAAACAG-----AAT----T--------------A-------ATCCCA-AATATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT--------GCT------TG-A------ATA-ACAAA-ACTCAAGAT-T------ATGT-------A-----AAT--G-T-----------------------------------T-TAT---ACAGA-A------T------------GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-A---A-ACTCAAAACATGTCTACATGATTACACAG-----AAT--A-T--------------A-------T-TCAT-AATAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA------A----TT--------------------CT--AA-A--A--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-A---A-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT--------GCT------CA-A------ATA-A---A-ACTCAAAAT-CATGGAAATGTTTGTACAA-----AAT--G-T--------------A-------G-CCCA-ATTAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------CCT------CA-A------GTA-A---A-ACTCAAAAC-TATGTAAATGTTTGTACAA-----AAT--G-T--------------A-------C-CCCA-ATTAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-AATCAAGAT-CATTTAAATGCCTATACAGGGAAAAAT--GAT--------------AATACATCA-CATG-ACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAACT-TATCTAAATGTTTATACAG-----AAT----T--------------A-------A-GCCATAATAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-CAACTACATG--------G-----CATC-G-T--------------A-------A--CAG-AGTACATATAT-TAATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT--------CCT------TA-T------ATATA---A-ACTCAATAT-TATCTA-------ATGGAG-----A--------------------------------CCA-AATAAAT-TA---A---------------TCTT-T-C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-A---A-CGTCAAGAT-TATCTAAATGTGTATACAG-----AAT--G-T--------------A-------G-CCTA-AATAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333 111111111 1111111111111111 444444444444444444444444444444444 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 33333333333 222222222222222222222222 44 44 111111111 8888888888888888 2 555 2 1 2 0 777 3 77777 444444444444444444444444444444444 0 66666 2 888888 2 2 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ........... ........................ .. .. ......... ................ . ... . . . . ... . ..... ................................. . ..... . ...... . . ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 22222222222 222222222222222222222222 22 22 666666666 6666666666666666 9 000 9 1 9 3 666 1 77777 333333333333333333333333333333333 7 99999 9 222222 9 9 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AA-CCCA-------AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AA-CCCA-------AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------GAT------TT-A-------TA-A---G-TCTGAAAAT-TATGTAAATGT--TTGT-ACAG-----AAT--G-TTAATGGGTAATGTTAA-TTTA-------AAAAAAA-T-CATGACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-A---ATATTCAAGGT-TATCTAAATGT----------G-----ACCTGG-T--------------AA-TT-A-------CATGA---TACATAACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : A--A--TA--------GCT-------G-A------ATA-A---A-GCTGGATTT-TATCTCATTGT--TTAT-ACAC-----AAT--G-C--------------AG-CCCA-------ATTAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT--------GAT-------G-A------CTT-A---A-ACTCAATAT-TGTCCAATTGT--TTAA-ACAG-----AAT----T--------------AATCCCA-------AATATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT--------GCT------TG-A------ATA-ACAAA-ACTCAAGAT-T------ATGT----------A-----AAT--G-T----------------------------------T-TAT---ACAGA-A------T------------GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-A---A-ACTCAAAACATGTCTACATGA--TTAC-ACAG-----AAT--A-T--------------A--TTCAT------AATAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA------A----TT--------------------CT--AA-A--A--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-A---A-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT--------GCT------CA-A------ATA-A---A-ACTCAAAAT-CATGGAAATGT--TTGT-ACAA-----AAT--G-T--------------AG-CCCA-------ATTAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------CCT------CA-A------GTA-A---A-ACTCAAAAC-TATGTAAATGT--TTGT-ACAA-----AAT--G-T--------------AC-CCCA-------ATTAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-AATCAAGAT-CATTTAAATGC--CTAT-ACAGGGAAAAAT--GAT--------------AA-TACATCACATGACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAACT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT----T--------------AA-GCCAT------AATAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-CAACTACATGGCATCGTAACAG-----AGT--------------------A-C-----------ATATAT-----TAATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT--------CCT------TA-T------ATATA---A-ACTCAATAT-TATCTA---------AT-GGAG-----A-------------------------CCA-------AATAAAT-TA---A---------------TCTT-T-C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-A---A-CGTCAAGAT-TATCTAAATGT--GTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AG-CCTA-------AATAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333 111111111 1111111111111111 444444444444444444444444444444444 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 33333333333 222222222222222222222222 44 44 111111111 8888888888888888 2 555 2 1 2 0 777 3 77777 444444444444444444444444444444444 0 66666 2 888888 2 2 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ........... ........................ .. .. ......... ................ . ... . . . . ... . ..... ................................. . ..... . ...... . . ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 22222222222 222222222222222222222222 22 22 666666666 6666666666666666 9 000 9 1 9 3 666 1 77777 333333333333333333333333333333333 7 99999 9 222222 9 9 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AA-CCCA-------AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AA-CCCA-------AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------GAT------TT-A-------TA-A---G-TCTGAAAAT-TATGTAAATGT--TTGT-ACAG-----AAT--G-TTAATGGGTAATGTTAA-TTTA-------AAAAAAA-T-CATGACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-A---ATATTCAAGGT-TATCTAAATGT----------G-----ACCTGG-T--------------AA-TT-A-------CATGA---TACATAACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : A--A--TA--------GCT-------G-A------ATA-A---A-GCTGGATTT-TATCTCATTGT--TTAT-ACAC-----AAT--G-C--------------AG-CCCA-------ATTAAAT-TACATACCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT--------GAT-------G-A------CTT-A---A-ACTCAATAT-TGTCCAATTGT--TTAA-ACAG-----AAT----T--------------AATCCCA-------AATATTTGTATGGAATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT--------GCT------TG-A------ATA-ACAAA-ACTCAAGAT-T------ATGT----------A-----AAT--G-T----------------------------------T-TAT---ACAGA-A------T------------GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-A---A-ACTCAAAACATGTCTACATGA--TTAC-ACAG-----AAT--A-T--------------A--TTCAT------AATAAAT-TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT-CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA------A----TT--------------------CT--AA-A--A--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-A---A-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT--------GCT------CA-A------ATA-A---A-ACTCAAAAT-CATGGAAATGT--TTGT-ACAA-----AAT--G-T--------------AG-CCCA-------ATTAAAT-TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------CCT------CA-A------GTA-A---A-ACTCAAAAC-TATGTAAATGT--TTGT-ACAA-----AAT--G-T--------------AC-CCCA-------ATTAAGT-TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-AATCAAGAT-CATTTAAATGC--CTAT-ACAGGGAAAAAT--GAT--------------AA-TACATCACATGACTGAAT-CACATGACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAACT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT----T--------------AA-GCCAT------AATAAAT-GACATAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-CAACTACATGGCATCGTAACAG-----AGT--------------------A-C-----------ATATAT-----TAATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT--------CCT------TA-T------ATATA---A-ACTCAATAT-TATCTA---------AT-GGAG-----A-------------------------CCA-------AATAAAT-TA---A---------------TCTT-T-C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-A---A-CGTCAAGAT-TATCTAAATGT--GTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AG-CCTA-------AATAAAC-TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
blockSeqs : C A A G ATGG TGGG CACCCC CC AATATTAA CACACA G GTACC AGAAGT T T CACCC TAA CCCCCCC A TATA TC TG AATG AAAT CT ATT CTATT C TCT TTAATAG AAAA C T CCCCCAA ATGTTATAGGGCTCACCCTTGATAA ATAT AC AACGGCTA CCCC CAA ACACGT ACACCTGTGCATTGAGAGAGGTGAGGTAGTCTGACAGACTGGACAAG AGAGACTGAC T GACTAGGTATTCAGGTGGCA TAATCAA GAACAATGGATTCAGGTAAACG TA GG ATGAGTAAA GAGTCGTGGA T CAA T G A CAT A GGAAA GATAATACATCACATG GTATG T AATTTT G G CTA A ATTATG C C TCC A AATG AGCAAC CT A C TG ATA C GA C AAACA C G GA ATTA A G
blockSeqs : . . . G . . CC . . . . CCCT . . G AAT . . . T A . TA . T AT . . . CATTTT . . C G CTGTTATAGGGTCTACTCTCGATGA . . . . . A ACACCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGATTGGACAATTAAG GGTG . ACAGAC AGGTG CTGGT . . G TAGGCCTAT . . . T . T . . TGGTAATTA TACA . . . . . . ATG C . AT . . T . . . . T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . TA . . . . C . . G T . . . A . . A . C TT . . . TGA . . T . ATGTTATCAGGTTTACACTCAACAA . . . . . C TGTGAGGTGAAGTGTAACTGATTGGACAAG TTG . TAAT GA ACA . . G TGA . . . T . T . . GCAGCCCA TACA . . . . . . ATG C . TT . . T . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . CC . . . . T . . G C . . . A . . A . A CC . . . TGA . . C . ATGTTATAGGGTTTGCTCTCCATAA . . . . . T ACACCTGTACTTTGAGAGAGGTGAG ATG . CCA A ATG . . G CAA . . . G . T . . TAATCCCA TTCA . . . . . . ATG G . TT . . T . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . CG . . . . C . . G C . . . T . . A . T AC . . . CAA . . T . ATGTCATAGGGTTTACCCTCGATAA . . . . . C TCACCTGTAAATTGATGGATTGAG ATT . GAC A AAC . . G CAA . . . A . T . . ATATTCAT CACG . . . . . . ATA G . TC . . T . . . . T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . CG . . . . G . . G T . . . C . . A . T AC . . . CAA . . A . AATTAATAGGGTTTGCACTTGATAA . . . . . T ACACCTGTACTGTGGGAGGAGT ATG . GCC A ACC . . A TGA . . . G . T . . GTAGCCCA TAAG . . . . . . ACT C . TC . . C . . . . G . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . CT . . . . C . . A C . . . T . . A . C CA . . . CAT . . C . ACTTTCAGGATTTACCCCTAATGA . . . . . T ATACATTGGACAAG ATT . GAC A ATG . . G TGA . . . A . C . . GTACCCCA TTTG . . . . . . GTT C . TT . . T . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . TC . . . . C . . G C . . . T . . A . T AC . . . CAA . . A . AAGGAGTTACCCTTGCTAA . . . . . T AGG . GAC A ATG . . C TCA . . . A . T . . TAAGCCAT CACA . . . . . . GCT C . AC . . T . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . CC . . . . C . . A C . . . T . . A . T AT . . . CAA . . C . TTTTTATAGGGTTTACTCT . . . . . C ATG . GTT T ATG . . T TAT . . . G . G . . GTAGCCTA GACA . . . . . . ATG G . GT . . C . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . G . . C . . . . C . . G C . . . T . . T . C AT . . . CAA . . C . AATAAAGTTGAGCCT . . . . . T TTT . TC A CT . . T GA . . . A . . . . CCA TATG . . . . . . AAG G . TT . . T . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . C . . A C . . . T . . C . C CT . . . TGA . . T . ATAATCCTCGA . . . . . G G . G A A . . C GA . . . G . . . . GT TAT . . . . . . AGT . . . . . C . . . . T . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . G C . . . C . . A . C CT . . . CA . . C . ATCCCCGATAA . . . . . . G TA . . . T . . . . AC TA . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . G . . . T . . A . C A . . . GA . . C . ATGATAA . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CC**** C****** GTAGCCCA************************* TACG* T*****
originalCons : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT--G-T--------------AA-CCCA-------AATAAAT-TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
finalCons : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCCC----G--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCTC------CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AATGTAGCCCA-------------------------AATAAATTACG-TAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--TT-----T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333 111111111 1111111111111111 333333333333333333333333333 111111 111111 111 111111
lowQualScore : 4 3 3 2 6666 6666 222222 33 99999999 777777 2 55555555 777777 2 1 9999999 444 8888888 2 5555 55 33 66666 5555 33 888 66666 2 444 6666666 5555 2 1 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 33 11111111 6666 555 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 3 33333333333333333333333 33333333333 222222222222222222222222 44 44 111111111 8888888888888888 2 555 2 1 2 9999999 77777 3 222222222222222222222222222 2 000000 2 888888 2 2 555 2 000000 5 2 000 2 6666 111111 33 2 2 33 999999 2 33 2 88888 3 3 44 7777 0 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... ...... .. ........ ...... . ........ ...... . . ....... ... ....... . .... .. .. ..... .... .. ... ..... . ... ....... .... . . ....... ........................................................................... .... .. ........ .... ... ...... ..................................................................................................... ........... . ....................... ........... ........................ .. .. ......... ................ . ... . . . ....... ..... . ........................... . ...... . ...... . . ... . ...... . . ... . .... ...... .. . . .. ...... . .. . ..... . . .. .... . . .
lowQualScore : 0 3 3 6 1111 1111 555555 44 11111111 222222 5 44444444 777777 7 5 2222222 777 7777777 7 0000 99 44 55555 3333 22 999 22222 5 444 4444444 3333 5 8 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 99 22222222 5555 888 888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666 3 55555555555555555555555 22222222222 222222222222222222222222 22 22 666666666 6666666666666666 9 000 9 1 9 2222222 77777 1 666666666666666666666666666 7 888888 9 222222 9 9 000 9 444444 4 9 666 9 1111 000000 99 9 9 99 111111 9 99 9 11111 1 1 66 7777 1 6 6
consensus : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AATG-T--------------AGCCCA-------AATAAAT--TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
Reference ( family-1019 ) : GTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGCC----CCC----CG--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CCCGC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CC-GCATAA-CGCC-----A-TATGC---CACCGA----TTT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----CGTAATC----------------ACA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ACG--AATA--A--TT--------GCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AATG-T--------------AGCCCA-------AATAAAT--TACGTAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ACGAAATTCTCAGTAATGG-TGAATT-CGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----AAT-AT-ATCGAGGGAGCACTGTA
gi|1 : GTG-TTCC-C-TTGATA----TATTGCC----CC------G--TTA--------AAAT------G-CCAC----C---CCCAC------ATATTGCCTGCTAATCGT-AA--------------------CCTATGTG---AA-------CGC-CCCCATTAG---AAT--GTC--A-G---CC----CT-GCATAA-CGAC-----A-TATGT---CATTGA----TTT----TC-TCAAACAGCT-------GGTAAA-----ATTGTATAGGGTTTACCCTT-------------G------------------AT----GA----------TAATGCTA----A--TTACTG--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAGTC----------------CCA------C-----------------------
gi|1 : a----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---ACC-----------------AACTTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------GAT------TT-A-------TA-A---G-TCTGAAAAT-TATGTAAATGT--TTGT-ACAG-----AATG-TTAATGGGTAATGTTAATTTA-------AAAAAAA--T-CATGACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGG-TA---ACTAAATTGTTGGTAATGG-TGAATC-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACTCC-T-AC--TAGTCTAT-ATTGCCC--A-AAT---T-GA-TCTT-GGACT--AAAGTTGGC----AAT-TT-ATTGAGGAAGCACTGTActgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctggtattcaggtgaccaacttaattaccaataattgatttataagtctgaaaattatgtaaatgtttgtacagaatgttaatgggtaatgttaatttaaaaaaaatcatgactgaatttcttttgactggtaactaaattgttggtaatggtgaatctgttatattgccactcctactagtctatattgcccaaattgatcttggactaaagttggcaatttattgaggaagcactgta
gi|10 : agtgttcccttgatatattgccccgttaaaatgccacccccacatattgcctgctaatcgtaacctatgtgaacgcccccattagaatgtcagccctgcataacgacatatgtcattgattttctcaaacagctggtaaaattgtatagggtttacccttgatgataatgctaattactgaacacctatctgtagtcccacctgtatttatagagaggttacatatctgtagtcacacctgtacttatagagaggtgagataatatctgatagtctAGTGATGTCTGAATA-TAT-TG----CCT-----TGCC--ACCCC-T-CCTGT--T---T-ATTGCCTGAA-AAT---C-
gi|10 : ATA----TATTGCC----T------------------------T------G-CCAC----CCCTCCTGT------TTATTGCCTGAAAATCCA-AAAGAACATTTTTCT--T----GCCATGTT---TG-------CAT-CCCAGTTAT---GAT--GTC--A-A---CC----CT-GCATAA-TGAT-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TC-ATGAACGCAT-------GGTCAA-----A---------------------------------------------------AT----AAAGTTGAGCCTCAATGCCA----A--TTACCTAACGGCTAAAC----GCCCA---TC-----AATAATC----------------Acaaaagaacatttttcttgccatgtttgcatcccagttatgatgtcaaccctgcataatgatacatgccactgattttcatgaacgcatggtcaaaataaagttgagcctcaatgccaattacctaacggctaaacgcccatcaataatcatgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|12 : agtgatgtctgaGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGAC----CCC-----G--TTA--------TAAT------G-CC-T----C---CTCGC------TTATTGCCTGCAATTCTTTAAAAAGTAGATTTCT--C----CATATGTT---AG-------AAC-TCACATTAA---AAT--GCC--A-AATGCCAAATCC-GCATAT-TGTA-----A-TATGC---TAATGA----TTT----TT-ACAAAGAAATG------GGTCAA-----ATGTTATAGGGCTCACCCTT-------------G------------------AT----AA----------TAGTGGCA----A--TTATCT--------AAC----ACCCA---CC-----CATAATC----------------ACA------------------------------A--C---T---G------------------TA-Ctgctgtacctatgtgtggtgctgatgcgtgacgggctggtaataatcacgcctgtacactatgagtgatgcgtgacgggctggta
gi|13 : aGATA----TATTGCCTGGGCCC----CG--TCAAATATTAATAAT------G-CCACGTACC---CCTGC------TTAATTCTTGCATATCCT-TCAGAACAGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CTCCGTTAA---AAT--ACC--A-A---CC----CA-ACATAC-CCCT-----A-TATGC---CATC-ATTTTTTT----TT-ATAAAGAAAT-------GGTCAACTGTTA------------------TAGGGTCTACTCTCG------------------AT----GA----------TAATGCCAATATA--TTACCC--------AAC----AC
gi|14 : cgaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----T-------G--TTA--------TAAC------G-CCAA----T---CTCGC------TTATTGTCTGCAAATCCT-AAAGAACAGGTTTCTAAT----CCCATGTT---AA-------CTC-CCCTGTT--------------------------------ATAA-CGCT-----A-TATGC---CACTTAATAGTTT----TG-ACAAGCAATT-------GGTCAA-----A------------------T-------------GTTATCAGGTTTACACTCAAC----AA----------TAATGTCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCA---TC-----TGTAATA----------------ACA------C-----------------------
gi|15 : ATTGCCACCAGAGCAT-AAAGAACAGATTTCT--T----CCAATGTT---AACCCCCCCCCC-CCCCATTATATAAAT--GCC--A-A---CC----CT-G---------C-----A-TATGG---CACCAA----TTT----TT-ATGAATAAAC-------GGTCAT-----A------------------T-------------
gi|16 : -----------------------A--T---C---G------------------GA-CA---------A----CATGT-T-----TG--CAG-GTG---CCA-----------------AGGTCA------A----TC-------------------A-----------------------------------A------GTA-A---ATATTCAAGGT-TATCTAAATGT----------------GACC-T--------------GGT--A-------ATTACATGATACATAACTGATA------TATCTTGT-TCTAGACTGT-TA---ATGA---TCTCAGTAATGG-CAAATTCCGT-TAAATGTAT------GCC--ATTCC-TCGT--T--T---T-ATT-CCC--ACGAT---T-GA-TCTT-GAACA--AAAATTtaggtctgtacttcaagagagatgaaatgtagtgtgactgactggagagggaagtctggtgactaggttacatcacgtgaatgaatttc
gi|17 : A--A--TA--------GCT-------G-A------ATA-A---A-GCTGGATTT-TATCTCATTGT--TTAT-ACAC-----AATG-C--------------AGCCCA-------ATTAAAT--TACATACCTGA-A------TTTCTG-T-T---GACTGC-T--------------CAGT----G-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGC---GCCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-AG-TCTT-CAACAGAAAAGT-GGC----AAT-AT-ATTGAGGGAGCACTGTA
gi|18 : TTC-C-TCGATA----TATTGCC----CTT----AG--T-A--------TAAT------G-C-AC----C---CCCTC------TTATTGCCTG--AACCCT-AA-GAACAGATTTCT--C----CCCAT-TT---AA-------AACAGCTTGTTAT---AAT--GCC--A-A---CC----CT-GCATAA-C-CC-----A-TATGC---CACCA------TT----TT-AAAAAAAAGC-------GAT
gi|19 : ----------------ACA------A-----------------------A--C---T---G------------------AG-TA---------T----G--GT-A-----TG--CAG-TTG---T-C-----------------AGATTA------A----TA-------------------ACA--AATA--A--GT--------GAT-------G-A------CTT-A---A-ACTCAATAT-TGTCCAATTGT--TTAA-ACAG-----AATT-A--------------ATCCCA-------AATATTTG-TATGGAATTGA-A-------TTCTT-T-T----ACTGCACA---ATGAAatagggtttacctttgatgataatg
gi|2 : tactcacaccatacttttaatgcagtgtaGTG-TTCCACATC-ATA----TTTTGCC----CCC----CCCCTAA--------CAATCACACAG-CCAC----G---ATCGC------TTATTGCCAGCAAATCCT-ACAGAACA--TTCCC--CACCCCCCATGTT---AA-------AAC-C---ATCAC---ACTA-GCC--A-A---CT-------GCTTAA--GCT-----ACTACTCTCTCAC--------------TC-ACAGATAAAT-------GGCCGT-----A------------------T-------------GTTATAGGGTTTGCTCTCCAT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACCCG---TC-----CATAATC----------------ACA------CCTTTGAGAGGTGAGGTGTGACGGA--T---T---G------------------GA-CA---------ATTAAG--AT-A-----TT--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTATAATCAA----TT-------------------ATG--AATATAA--TT--------GCT------TG-A------ATA-ACAAA-ACTCAAGAT-T------ATGT----------A-----AATG-T---------------------------------T--TAT---ACAGA-A------T------------GAATGC-TA---ATGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----TGCC--ACCTC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GGCTCTTGGGACA--AAAATTGGCATTAAATAATGATCGAGGGAGCACTGTt
gi|20 : atac----CG--TTA--------TAAT------GGCCGT----C---CCCGCAGAAGTCTA--GCCTGCAAATCCC-CAAAAACGAATTTCT-------CGCATGTTTAAAA-------AAC-CCCCTTTAT---AATTCGCTTGG-A---TC----CC-ACAGAATTGCCCTATTA-TATGC---CCCCAA----TTT----TT-A-----AAAT-------GTT--------A------------------T-------------A------------------ATCCTCGA----------TAATGTCA----G--TT
gi|21 : --------GCT------T--A------ATA-A---A-ACTCAAAACATGTCTACATGA--TTAC-ACAG-----AATA-T--------------ATTCAT-------AATAAAT--TTCATAACCGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---ATAAAATTCTCAGTAATGT-GGAACT-CGT-TA----TAA-----TGCC--ACCTC-C-GC--T--G---T-ATTGCCC--A-AAT---C-GG-TCTT-GGAg
gi|22 : CATCAT---AAT----C--ATA---CC----CCTGCATAC-AGCC-----A-T-TGA---AAA-GA----TTT----TT-----ACAAAT-------GCTAAA-----A------------------TCCCC---------G------------------AT----AA-----------AACGCCA----AACTTGCTT--------AAC----G-CTA---TC-----TGCCATC----------------
gi|23 : tatagtgtccctcaggtaatcaAT--CACGTGAATGA-A------TTTCTT-TGT---GACTGC-TG---ACTGAATT----------G-TGAA--------------AT-----CACT------T-T-GC--T--T---TCATTGCCC--A-AATAAACAGG-CCTT-GTACA--AAATTTGGC----AAT-AT-tatccttacagacaaaatgtcaaa
gi|24 : ac-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----A--GT-A-----TG--C----TG---G----------------------TTA------A----TT--------------------CT--AA-A--A--TT--------ACT------TA-GGCCTATATA-A---A-ACTCAAGAT-TATgca
gi|25 : aatcacaactttgaaagaggtgaagtgtgatggA----TAA-----TGTC--ACTC--T-GC--T--T---C-ATTGCCC--G-AAT---T-GG-TCTT-GGTCA--AAAGT----------T-AT-ATCGAG
gi|26 : atgGTGCTTCC-C-TCGATA----TA-TGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCA-----C---CCCG-------TTATTaagtaagtttaa
gi|27 : aaaagggacaccgaattaaC--T--T---T-ATTGCTG--G-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGAT----GCT-AT-ACCAAGGTAGCACTGTAtt
gi|28 : tGTG-TTCC-C-TCGATA----TATTGGC----CCC----GG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CCta
gi|3 : tgtaGTG-TTCC-T-TCAATA----TATTGCT----TCC----TG--TTA--------TAAT------G-TCAC----C---CTCAC------TTATTGCCTGCAAATCCT-AAAGAACAGATTTAT--C----CCAATGTT---AG-------GA---------------------C--A-A---CC----CT-GCATAA-CACC-----A-TATAT---GACT-A----TTT----TT-AAAAACAAATCCCCCAATGTTAA-----AAGGAGTTACCCT------T-------------G------------------CT----AA----------TAATGCCT----A--TTACTC--------AAC----ACCTA---TC-----TGTAATC----------------ACA------CCTGT-------------------ACTT---T---GA-----------------GA-GAGGTG-----A----G--GT-AGAGACTGACCAG-CTG---GACTAGGTATTCAGGTGGCAAGGTTA------A----TT-------------------AAC--AATA--A--TT--------GCT------CA-A------ATA-A---A-ACTCAAAAT-CATGGAAATGT--TTGT-ACAA-----AATG-T--------------AGCCCA-------ATTAAAT--TAAGTTACTGC-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---GTTTAATTGTCAGTAATGG-TGAATT-CAT-TA----TAT-----TGCC--AC-----------------T-ATGGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AACACTGGC----AAT-AT-ATCAGAGGAGCAATGTAt
gi|4 : cacaGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTGCC----CCT----CT--TTA--------TAAT------G-CCAC----C---CTTGC------TTATCGACTGCAAATCCT-TAATAACAAATTTCT--C----TCCATGTT---AA-------AAC-CATCCTTAT---AAT--GCC--A-T---CC----CT-GCATAA-TGCC-----A-TATAC---CACCAT----TCT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAATT---T------------------T-------------T------------------AT----AGGGTTTACTCTTGATACCA----A--TTAGCT--------AAA----ACCTA---GC-----TGTGATC----------------ACACCTGTGC-----------------------A--T---T---GAGAGAGGTGAGGTAGTCTGA-CAGACTGGACAA----G--GT-A-----TT--CAG-GTG---GCC-----------------AGGCTA------A----TT-------------------ACC--AATA--A--TT--------CCT------CA-A------GTA-A---A-ACTCAAAAC-TATGTAAATGT--TTGT-ACAA-----AATG-T--------------ACCCCA-------ATTAAGT--TTTGTTACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGT-TA---GCTTAATTGTTGGTAATGG-TGAAT--------------T-----CACC--ACTCC-T-GC--TA-TA--T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GTACA--ACAGTTGGC----AAT-AT-AT
gi|5 : aGTG-TCCC-C-TC-ATAATGGTAT-GCC----CCC----CG--TT---------TAAT------G-CCAC----C---CCC--------TTATTGCCTGCAAAT---------------TTC---C----CTCACGTT---AA-------A-C-CCCCGTTAT---AAC--GCC--A------C----CC-----------------------C---CACCAA----TAT----TT-ACAAACAAAT-------GGTCAT-----A------------------T-------------GTCATAGGGTTTACCCTCGAT----AA----------TAATGCCA----A--TTTCGT--------AACCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTTGTGAGGTGAAGTGTAACT------G-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--AT-A-----GG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------T----TT-------------------ATG--AATA--A--CT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-AATCAAGAT-CATTTAAATGC--CTAT-ACAGGGAAAAATGAT--------------AATACATCACATGACTGAAT--CACATGACTGA-A------TTTCGT-T-T---GACTGC-TA---ATGAACTTCTCAGTA--------------T-TA----TAT-----TG-C--ACCCC-C-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-AGCGAGGAAGCACTGTA
gi|6 : aGTG-TTCC-C-TCAATA----TATTACC----CCCACCCCA--TTA--------TAAT------G-CCAT----C---CCCGC------TTATTGCCAACAAATCAT-AAAGAACGGATTTCT--C----CCCATGTT---AA-------AAC-CCCCGTTAT---AAG--GCC--A-C---CC----CC-GCATAA-TGCC-----A-TATGC---CATCAA----TTT----CT-ATAAACAAAT-------GGTCAA-----A------------------T-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTGCCT--------AAC----ACCCA---TT-----CATAATC----------------ATA------C-----------------------A--T---T---G------------------GA-CA---------A----G--GT-A-----TG--CAG-GTG---GAC-----------------AGGTTA------A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------TCT------TG-A------ATA-A---A-ACTCAAACT-TATCTAAATGT--TTAT-ACAG-----AAT--T--------------AAGCCAT------AATAAAT--GACATAACTGA-A------TTTCTT-T-T---GACTGC-TA---AAGAAATTCTCAGTAATGA-TGAATT-TGT-TA----TAT-----CGCC--ACCCC-T-GC--T--T---T-ATTGCCC--A-AAT---T-GG-TCTT-GGACA--AAAGTTGGC----ATT-AT-CACAAGGGAGCACTGTA
gi|7 : ----CG--ATA--------TAAT------G-TCAC----A---CCCGT------TTATTTCCAGCAAATACC-AAAGAACAAATTTCC--C----ACCGTGTT---AA-------AAC-CCCTGTTAC---AAT--GTC--A-A---CC----CC-TCATAC-TGCC-----T-TA-GC---AACCAA----TATAAAATT-ACAAACAAAT-------GTTCAA-----ACTTTCAGGATTTACCCC-T-------------A------------------AT----GA----------TAATGCCA----A--TTATCT--------AAA----ACTCA---CC-----TGCAATC----------------TCA------CCTGTAA-----------------A--TTGAT---G------------------GATTG---------A----G--GT-G----------AG-GTGT--AAT-----------------AGTTTG------A----TTGAACAATGGATTCAGGTAAACG--GATA--A--TTATGAGTAAACT------TC-A------ATA-A---A-ACTCAAGAT-CAACTACATGGCATCGTAACAG-----A--G-T--------------A-C-----------ATATAT------TAATTGA-A------TTTCTT-T-T---GACAGC-TAATTATGAGATTCTCACTAATGG-TATACA-CGTATA----TAT-----TGCC--ACCCC-T-
gi|8 : ttTTC-C-TTGATA----TATTGCC----CTT-----G--TTA--------TAAT------G-CC-----------------------------TGAAAATCCT-ACAGAAGAGATGTCT--G----GCTTTGTT---AA-------CAC-CCCAGTTAT---AAA--ACT--G-A----C----CC-ACCTAC-TGCC-----A-CATGC---CACTGA----TTT----TTCACTCACAAAG-------GGTCAA-----AATTAATAGGGTTTGCACTT-------------G------------------AT----AA----------TAATGCCA----A--TTACCT--------AAC----ACTCA---TT-----GATATTG----------------ACA------CCTGT-------------------A--C---TGTGG------------------GA-GG---------A----GT-GTGG-----TG--AAGTGTGACAGAC-----------------AGGGCG------AGGTGTT-------------------CTGGTGGTC--AGGTT--------CCT------TA-T------ATATA---A-ACTCAATAT-TATCT----------------------AATG-G--------------AGACCA-------AATAAAT--TA---A---------------TCTT-T-C----AGTG-----------AATTGTCAGTAATGG-TGAATG-TGT-T
gi|9 : c---T---G------------------GT-CA---------A----G--GT-T-----TT--CAG-GTG---GTT-----------------AGATTAG-----A----TT-------------------ATG--AATA--A--TT--------GCTGAGTCGTGGA------ATA-A---A-CGTCAAGAT-TATCTAAATGT--GTAT-ACAG-----AATG-T--------------AGCCTA-------AATAAAC--TATGTA--TGG-AAATTTTTTTTTT-T-T---TACTGC-TT---AGTAAATTGTTAGTTATAG-CGAATT-TGA-TA----TATAGCAACACCCTACCCCAT-GT--T--T---T-AT---CC--A-AAT---C-AG-TCTC-AAACA--AAAGATGTC----AAT-AT-ATCAAGGGAGCACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CGTATGTTCATAGGGTTTACCCTCAGATAATAATGCATTATTTTCGTACGGACTCCCCACCCACAATCACACGTGTAATTGTTGGTGAGGTTGAAGTATTGTAACTGAAATTTGGGACAAGATAGGAACATGATAGTTGGACGCAGGTTATATTATGGTATTAAATTTTTCTTGTTCTAAAAATCAAGGGTTCATATTAATGCCTTATTAACTAGGAACTGTCTTAGAGCATAATTACAGTCTACATGATCTTGATCACATGACTGATATTGCGATT