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Reference ( family-99 )       :                               CGACA----TCNAT-ACG-----T------T----T--TTT--C-T-----T---ANTCCTCAGGTAAT--A-TTGACT--------AAGAAC--TT-TATCGTGC----AT-A--A--AT-----AAAA-A------A-------A---C-ATATA--TTTG-A-AAGTT--TAT--A---TA--TTTAT-TT-GTT--CTCTTTT---AGT-GCTG-AG-ATAAACG-T-GT-A-TT--TAC--A-AAACATG-TTT-CNC-AAAACGTTTC-ACCGT--CGCAAC-AT---AC---AAAAAAAGCTAAGA-CA------GT----C-G-TTTTACACAAG-GAATA-AACGTT--TCAAATT-TA-----ACAGT--CTCTAGATCGAGC-ACAAACGTCTCA-A----TTTAGTT-CTCTATTTTTTTAAAGTAAAGAAGCTGCTGTGCAA
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Reference ( family-99 )       :                               CGACATCT----AT-ACG-----T------T----T--TTT--C-T-----T---ANTCCTCAGGTAAT--A-TTGACT--------AAGAAC--TT-TATCGTGC----AT-A--AAT-----AAAA-A------A-------AC-ATGTA--TTTG-A-AAGTT--TAT--A---TA--TTTAT-TT-GTT--CTCTTTT---AGT-GCTG-AG-ATAAACG-T-GT-A-TT--TAC--A-AAACATG-TTT-C-ACAAAACGTTTC-ACCGT--CGCAAC-AT---AC---AAAAAAAGCTAAGA-CA------GT----C-G-TTTTACACAAG-GAATA-AACGTT--TCAAATT-TA-----ACAGT--CTCTAGATCGAGC-ACAAACGTCTCA-A----TTTAGTT-CTCTATTTTTTTAAAGTAAAGAAGCTGCTGTGCAA
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Reference ( family-99 )       :                               CGACATCT----AT-ACG-----T------T----T--TTT--C-T-----T---ANTCCTCAGGTAAT--A-TTGACT--------AAGAAC--TT-TATCGTGC----AT-A--AAT-----AAAA-A------A-------AC-ATGTA--TTTG-A-AAGTT--TAT--A---TA--TTTAT-TT-GTT--CTCTTTT---AGT-GCTG-AG-ATAAACG-T-GT-A-TT--TAC--A-AAACATG-TTT-C-ACAAAACGTTTC-ACCGT--CGCAAC-AT---AC---AAAAAAAGCTAAGA-CA------GT----C-G-TTTTACACAAG-GAATA-AACGTT--TCAAATT-TA-----ACAGT--CTCTAGATCGAGC-ACAAACGTCTCA-A----TTTAGTT-CTCTATTTTTTTAAAGTAAAGAAGCTGCTGTGCAA
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blockSeqs                     :                                       .     .   GGTTTTT           .    .  . .     .   T C          A         .             .   .        .     . AT   .        . AAAAAAATAC            .     . .     C    TAA     .      .  .   .       T      .    A  .       . .  . T  .    AA         A   . .            .     .  A  TTATAC                TAAGACA         .    G             .     .      .        .  .       GT        A      .     T  CT  A            .     T
blockSeqs                     :                                       .     .   TTGTTT            .    .  . .     .   T C          A         .             .   .        .     . .    .        . AAATAC                .     . .     .    TAA     .      .  .   .       T      .    .  .       . .  . T  .    AA         .   . .            .     .  G  ACATAC                CAAGACA         .    G             .     .      .        .  .       GT        .      .     T  .   A            .     .
blockSeqs                     :                                       .     .   TT                .    .  . .     .   T C          A         .             .   .        .     . .    .        . ATAC                  .     . .     .    A       .      .  .   .       T      .    .  .       . .  . .  .    AT         .   . .            .     .  G  ATATAC                AAA             .    A             .     .      .                                                                     
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lowQualScore                  :                                       ....  .   ................. ..   .. . ..... ... . .          ....      ........   .  ..  .           ..   ...........    ...........  ..     . .     ..   ......  ..     .  .   ..      ....   .    .  .       . .  . .  ..   ....       .   . .            .     .. .  .............         ..............  .... ...           .     .      ..       .  .....   ....      .      .     .  ..  ......       .     .                             
lowQualScore                  :                                       5555  0   99999999999999999 55   55 0 00000 000 0 4          2222      22222222   9  00  1           33   88888888888    00000000000  11     5 5     99   999999  99     5  5   77      2222   7    3  7       7 7  7 0  77   9999       7   9 9            7     99 7  0000000000000         11111111111111  1111 333           7     7      99       0  00000   2222      2      0     0  22  222222       0     2                             
consensus                     :                               CGACATCT----AT-ACG-----T------T----T--TTT--C-T-----T---ANTCCTCAGGTAAT--A-TTGACT--------AAGAAC--TT-TATCGTGCATA--AAT------A----AAAA-----AATAC-ATGTATTTG-A-AAGTT--TAT--A---TA--TTTAT-TT-GTT--CTCTTTT---AGT-GCTG-AG-ATAAACG-T-GT-A-TT--TAC--A-AAACATG-TTT-C-ACAAAACGTTTC-ACCGT--CGCAAC-AT---AC---AAAAAAAGCT-AAGACA------GT----C-G-TTTTACACAAG-GAATA-AACGTT--TCAAATT-TA-----ACAGT--CTCTAGATCGAGC-ACAAACGTCTCA-A----TTTAGTT-CTCTATTTTTTTAAAGTAAAGAAGCTGCTGTGCAA
Reference ( family-99 )       :                               CGACATCT----AT-ACG-----T------T----T--TTT--C-T-----T---ANTCCTCAGGTAAT--A-TTGACT--------AAGAAC--TT-TATCGTGCATA--AAT------A----AAAA-----AATAC-ATGTATTTG-A-AAGTT--TAT--A---TA--TTTAT-TT-GTT--CTCTTTT---AGT-GCTG-AG-ATAAACG-T-GT-A-TT--TAC--A-AAACATG-TTT-C-ACAAAACGTTTC-ACCGT--CGCAAC-AT---AC---AAAAAAAGC--AAGACA------GT----C-G-TTTTACACAAG-GAATA-AACGTT--TCAAATT-TA-----ACAGT--CTCTAGATCGAGC-ACAAACGTCTCA-A----TTTAGTT-CTCTATTTTTTTAAAGTAAAGAAGCTGCTGTGCAA
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