lowQualScore                  :                                                                                 11111           
lowQualScore                  :          1     1   222 1 8888 2 1   7777 99999999 11 1   1   1       3  1 3333  55555     1     
lowQualScore                  :          .     .   ... . .... . .   .... ........ .. .   .   .       .  . ....  .....     .     
lowQualScore                  :          8     7   888 5 6666 7 3   6666 00000000 88 3   3   3       0  5 1111  66666     6     
consensus                     :     TAGCC-GAGTT-GCA---A-C--G-A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GG-T----GA----TGGCGG-GCGGG
Reference ( gi|16 )           :     TAGCC-GAGTT-GCA---A-C--G-A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GA-T----GA----GGGCGG-GCGGG
gi|19                         :     TAGCC-GAG-T-GCA---A-C--T-C-G-TTG-CA-A--------C--T-CGG-C
gi|17                         :     TAGCC-GAGTT-GCA---A----G-A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTTCGG-T----GA----TGGCGG-GCGttggtttggtgatgacgggcggg
gi|17                         :   ttTAGCC-GAGT--GCA---A-C--T-C---TTG-C--AA-------C--T-CGG-CTA-
gi|5                          :   ttTAGCC-GAGTTTGCA---A-C--G-A-G-TTG-C--A--------C--TGCAG-CTG-TTGGTTT-G--T----GA----TGGCGG-GCGGGttggtttcggtgatggcgggcg
gi|9                          :  tttTAGCC-GAGTT-GCA---A-C----A-G-TTA-C--A--------C--T-CGA-CTA-TTGTTTT-GA-T----GA----TGGCAG-c
gi|10                         :   ttTAGCT-GAGTT-GCA---A-C--GAA-G-TTG-A--A--------C--T-CGG-TTA-TT-GTTT-GA-T----GA----TGACGT-GCGGGttgg
gi|11                         :     TAGCC-GAGTT-GCA---A-C--GAA-G-TTGAA--A--------C--T-CGG-CTA-TTATTTT-GA-T-----A----TGGCGG-GCGa
gi|11                         :    tTAGCC-GAGTT-TCA---A-CT-T-C-G-TTG-CA-A--------C--T-CGG-CTA-a
gi|13                         :    tTAGCCCGAGTT-GCA---A-C--G-A-G-TTG-C--ACC------C--T-CGG-CTA-TTAGTTTCGG-T----GA----ttattttgatatggcgggcga
gi|2                          : gtttTAGCC-GAGTT-GCA---A-T--G-A-G-TTG-C--AATGAGTTGCAAT-C-G-CTA-TTGGTTT-AA-T----GA----TGGCGG-GCtagg
gi|18                         :   ttTAGCC-GAGTT-GCA---A-T--GAA-G-TTGAA--A--------C--T-TGG-CTA-T---TTT-GA-T----GA----TGGCGG-GTGGGaag
gi|3                          :     TAACC-GAGTT-GGA---A-C--A-ACG-CTG-A--A--------C--T-CAG-CTT-TTGTTTT-GA-T----GA----TGGCGG-ACGGGc
gi|25                         : ttttTAGCC-GAGTT-GCA---G-T--GAA-G-TTG-A--A--------C--T-TCG-CTA-TT-GTTT-GA-T----GA----caggcg
gi|14                         :    tTAGCC-GAGTG-TCA---A-C--G-A----TG-C--AA-------C--T-CGA-CTA-T--GTT--AA-T----GA----TGGCGG-GCG
gi|14                         :   ttTAGTC-GAGTT-GCA---T-C------G-TTGAC--A--------C--T-CGG-CTA-tgcgg
gi|4                          :   ttTAGTG-GAATC-CCA---A-CC-A-A-G-TTG-A--A--------T--T-CAG-CTA-TTGTTTT-GA-T----GA----TGGTCG-GAGGGtgttaatgatggcgggcgtgcgg
gi|8                          :    ttAGCC-AAGTT-GCA---A-C--ACA-G-TTG-A--A--------C--T-CTG-CTA-TTGGTTT-GA-T----GA----TGGTGG-GTGGGtaggtggg
gi|1                          :      AGCC-GAGTT-GCAAGCA-C--G-A-G-TTG-CGAA--------C--T-CGG-C-A-TTGGTTT-GGTT----GAGATGGGGCGG-GCGGta
gi|7                          : ttttaAGCC-GAGTT-GCA---A-C--G-A-GTTTG-CG-A--------C--T-CGGTCTATTTGTTTT-GG-T----GA----TGACGG-
gi|19                         :   cttaGCC-GAGTT-GCA---A-C--G-A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GG-T----GA----TGACGG-GCGGGc
gi|6                          :       GCC-GAGTT-GCA---A-CGGG-A-G-TTG-C--A--------C--T-C-G-CTA-TTGGTTT-GG-T----GAT---GAACGG-GCGG
gi|12                         :     ttttC-GAGTT-GCA---ACC--G-A-G--TG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TT-GTTT-GG-T----GA----TGACGGAGCGGcg
gi|21                         :              gT-GCA---A-C--G-AAG-TTG-A--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GG-T----GA----TGGTGG-GTGtcggg
gi|22                         :               T-GCA-----C--G-A---TTG----A--------C--T-CGG-CGA-TTGGTTT-GA-T----------GGGCGG-GCGGGaaagg
gi|23                         :            ttagacgA---G-C--G-A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GA-T----GA----TGGCGG-GCGGGcg
gi|26                         :                      tt-C--G-A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GA-T----AA----TAGCGG-GAGGGcggg
gi|24                         :                       c-C--G-A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GA-T----GG----TGACAG-GGGGtg
gi|20                         :                          --G-A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GG-T----GA----TGGCGG-GCGGtggac
gi|28                         :                    agccga--G-A-G-TAG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GG-T----GA----TGGTGG-GCGacggg
gi|15                         :                          --G-A-G-TTG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGTTTT-GA-T----GA----TGGCCA-GCGGt
gi|27                         :                            ttttagcaG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGGTTT-GG-TGATGGA----GGGAGG-GCGGGatgggcag





Alignments
lowQualScore                  :                                              11111111                                            
lowQualScore                  :              2     1   333 1 1 88 4 1   3333 00000000 22 1   1   1       2   222   22 1    1     
lowQualScore                  :              .     .   ... . . .. . .   .... ........ .. .   .   .       .   ...   .. .    .     
lowQualScore                  :              1     9   222 7 5 00 4 5   7777 00000000 00 4   4   4       9   555   00 5    5     
consensus                     :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
Reference ( family-955 )      :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
gi|1                          :          AGCC-GAGTT-GCAAGCA-C-G--A-G-TTG-CGAA--------C--T-CGG-C-A-TTGGTTT-GGTTGAGATGGG-GCGG-GCGG
gi|10                         :    ttttaTAGCT-GAGTT-GCA---A-C-GA-A-G-TTG-A--A--------C--T-CGG-TTA-TT-GTTT-GAT---GAT--G-ACGT-GCGGG
gi|11                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-GA-A-G-TTGAA--A--------C--T-CGG-CTA-TTATTTT-GAT----AT--G-GCGG-GCGa
gi|12                         :            tC-GAGTT-GCA---ACC-G--A-G--TG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TT-GTTT-GGT---GAT--G-ACGGAGCGGa
gi|13                         :        gTAGCCCGAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--ACC------C--T-CGG-CTA-TTAGTTTCGGT---GAT--A-Gtcggg
gi|14                         :     gtttTAGCC-GAGTG-TCA---A-C-G--A----TG-C--AA-------C--T-CGA-CTA-T--GTT--AAT---GAT--G-GCGG-GCGg
gi|15                         :                            tt-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCCA-GCGGtgcgg
gi|16                         : ttttagcaTAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAG--G-GCGG-GCGGGatgggcag
gi|17                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---A---G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTTCGGT---GAT--G-GCGG-GCG
gi|18                         :       ttTAGCC-GAGTT-GCA---A-T-G--AAG-TTG-A--AA-------C--T-TGG-CTA-TT---TT-GAT---GAT--G-GCGG-GTGGG
gi|19                         :           GCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-ACGG-GCGGGc
gi|2                          :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-T-G--A-G-TTG-C--AATGAGTTGCAAT-C-G-CTA-TTGGTTT-AAT---GAT--G-GCGG-GC
gi|20                         :                            tt-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGaag
gi|21                         :             agccgaT-GCA---A-C-G--AAG-TTG-A--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GTGG-GTGacggg
gi|22                         :                   T-GCA-----C-G--A---TTG----A--------C--T-CGG-CGA-TTGGTTT-GAT---G----G-GCGG-GCGGGaaagg
gi|23                         :                ttagacgA---G-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAT--G-GCGG-GCGGGcg
gi|24                         :                          tt-C-G--A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GAT---GGT--G-ACAG-GGGGcggg
gi|25                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---G-T-GA-A-G-TTG-A--A--------C--T-TCG-CTA-TT-GTTT-GAT---GAtggac
gi|26                         :                           t-C-G--A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GAT---AAT--A-GCGG-GAGGG
gi|27                         :                                       cG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GAGG-GAGGGtg
gi|28                         :                              -G--A-G-TAG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GTGG-GCGcgggcatc
gi|3                          :         TAACC-GAGTT-GGA---A-C-A--ACG-CTG-A--A--------C--T-CAG-CTT-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCGG-ACGGGt
gi|4                          :     ttttTAGTG-GAATC-CCA---A-CCA--A-G-TTG-A--A--------T--T-CAG-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GTCG-GAGGGcaggcg
gi|5                          :       ttTAGCC-GAGTTTGCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--TGCAG-CTG-TTGGTTT--GT---GAT--G-GCGG-GCGGGtaggtggg
gi|6                          :        tttGCC-GAGTT-GCA---A-C-GGGA-G-TTG-C--A--------C--T-CG--CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--GAACGG-GCGGc
gi|7                          :      ttttAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-GTTTG-CG-A--------C--T-CGGTCTATTTGTTTT-GGT---GAT--G-ACGG-cg
gi|8                          :      cttaAGCC-AAGTT-GCA---A-C-AC-A-G-TTG-A--A--------C--T-CTG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAT--G-GTGG-GTGGGc
gi|9                          :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C----A-G-TTA-C--A--------C--T-CGA-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCAG-ta





Alignments
lowQualScore                  :                                              11111111                                            
lowQualScore                  :              2     1   333 1 1 88 4 1   3333 00000000 22 1   1   1       2   222   22 1    1     
lowQualScore                  :              .     .   ... . . .. . .   .... ........ .. .   .   .       .   ...   .. .    .     
lowQualScore                  :              1     9   222 7 5 00 4 5   7777 00000000 00 4   4   4       9   555   00 5    5     
consensus                     :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
Reference ( family-955 )      :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
gi|1                          :          AGCC-GAGTT-GCAAGCA-C-G--A-G-TTG-CGAA--------C--T-CGG-C-A-TTGGTTT-GGTTGAGATGGG-GCGG-GCGG
gi|10                         :    ttttaTAGCT-GAGTT-GCA---A-C-GA-A-G-TTG-A--A--------C--T-CGG-TTA-TT-GTTT-GAT---GAT--G-ACGT-GCGGG
gi|11                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-GA-A-G-TTGAA--A--------C--T-CGG-CTA-TTATTTT-GAT----AT--G-GCGG-GCGa
gi|12                         :            tC-GAGTT-GCA---ACC-G--A-G--TG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TT-GTTT-GGT---GAT--G-ACGGAGCGGa
gi|13                         :        gTAGCCCGAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--ACC------C--T-CGG-CTA-TTAGTTTCGGT---GAT--A-Gtcggg
gi|14                         :     gtttTAGCC-GAGTG-TCA---A-C-G--A----TG-C--AA-------C--T-CGA-CTA-T--GTT--AAT---GAT--G-GCGG-GCGg
gi|15                         :                            tt-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCCA-GCGGtgcgg
gi|16                         : ttttagcaTAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAG--G-GCGG-GCGGGatgggcag
gi|17                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---A---G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTTCGGT---GAT--G-GCGG-GCG
gi|18                         :       ttTAGCC-GAGTT-GCA---A-T-G--AAG-TTG-A--AA-------C--T-TGG-CTA-TT---TT-GAT---GAT--G-GCGG-GTGGG
gi|19                         :           GCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-ACGG-GCGGGc
gi|2                          :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-T-G--A-G-TTG-C--AATGAGTTGCAAT-C-G-CTA-TTGGTTT-AAT---GAT--G-GCGG-GC
gi|20                         :                            tt-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGaag
gi|21                         :             agccgaT-GCA---A-C-G--AAG-TTG-A--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GTGG-GTGacggg
gi|22                         :                   T-GCA-----C-G--A---TTG----A--------C--T-CGG-CGA-TTGGTTT-GAT---G----G-GCGG-GCGGGaaagg
gi|23                         :                ttagacgA---G-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAT--G-GCGG-GCGGGcg
gi|24                         :                          tt-C-G--A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GAT---GGT--G-ACAG-GGGGcggg
gi|25                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---G-T-GA-A-G-TTG-A--A--------C--T-TCG-CTA-TT-GTTT-GAT---GAtggac
gi|26                         :                           t-C-G--A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GAT---AAT--A-GCGG-GAGGG
gi|27                         :                                       cG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GAGG-GAGGGtg
gi|28                         :                              -G--A-G-TAG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GTGG-GCGcgggcatc
gi|3                          :         TAACC-GAGTT-GGA---A-C-A--ACG-CTG-A--A--------C--T-CAG-CTT-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCGG-ACGGGt
gi|4                          :     ttttTAGTG-GAATC-CCA---A-CCA--A-G-TTG-A--A--------T--T-CAG-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GTCG-GAGGGcaggcg
gi|5                          :       ttTAGCC-GAGTTTGCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--TGCAG-CTG-TTGGTTT--GT---GAT--G-GCGG-GCGGGtaggtggg
gi|6                          :        tttGCC-GAGTT-GCA---A-C-GGGA-G-TTG-C--A--------C--T-CG--CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--GAACGG-GCGGc
gi|7                          :      ttttAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-GTTTG-CG-A--------C--T-CGGTCTATTTGTTTT-GGT---GAT--G-ACGG-cg
gi|8                          :      cttaAGCC-AAGTT-GCA---A-C-AC-A-G-TTG-A--A--------C--T-CTG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAT--G-GTGG-GTGGGc
gi|9                          :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C----A-G-TTA-C--A--------C--T-CGA-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCAG-ta


blockSeqs                     :              C     T   .   C C GG A T   AA   ATGAGTTG AA G   T   T       C   .     .  A    A
blockSeqs                     :              .     .   .   . . A  A .   CG   CC       .  .   .   .       C   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . A  C .   A    A        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . A  . .   C    A        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . C  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   A    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   A    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   A    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :              .     .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                    .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                    .   .   . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                        .   . . .  . .   A    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                            . . .  . .   A    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                            . . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                              . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                              . .  . .   A    .        .  .   .   .       .   .     .  .    .
blockSeqs                     :                              . .  . .   C    .        .  .   .   .       .   .     .  .     
blockSeqs                     :                                         .    .        .  .   .   .       .   .              


blockSeqCons                  :                        ***              C***                                 ***   **
originalCons                  :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
finalCons                     :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTGC---A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG





Alignments
lowQualScore                  :                                              11111111                                            
lowQualScore                  :              2     1   333 1 1 88 4 1   3333 00000000 22 1   1   1       2   222   22 1    1     
lowQualScore                  :              .     .   ... . . .. . .   .... ........ .. .   .   .       .   ...   .. .    .     
lowQualScore                  :              1     9   222 7 5 00 4 5   7777 00000000 00 4   4   4       9   555   00 5    5     
consensus                     :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
Reference ( family-955 )      :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGG
gi|1                          :          AGCC-GAGTT-GCAAGCA-C-G--A-G-TTG-CGAA--------C--T-CGG-C-A-TTGGTTT-GGTTGAGATGGG-GCGG-GCGG
gi|10                         :    ttttaTAGCT-GAGTT-GCA---A-C-GA-A-G-TTG-A--A--------C--T-CGG-TTA-TT-GTTT-GAT---GAT--G-ACGT-GCGGG
gi|11                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C-GA-A-G-TTGAA--A--------C--T-CGG-CTA-TTATTTT-GAT----AT--G-GCGG-GCGa
gi|12                         :            tC-GAGTT-GCA---ACC-G--A-G--TG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TT-GTTT-GGT---GAT--G-ACGGAGCGGa
gi|13                         :        gTAGCCCGAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--ACC------C--T-CGG-CTA-TTAGTTTCGGT---GAT--A-Gtcggg
gi|14                         :     gtttTAGCC-GAGTG-TCA---A-C-G--A----TG-C--AA-------C--T-CGA-CTA-T--GTT--AAT---GAT--G-GCGG-GCGg
gi|15                         :                            tt-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCCA-GCGGtgcgg
gi|16                         : ttttagcaTAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAG--G-GCGG-GCGGGatgggcag
gi|17                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---A---G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTTCGGT---GAT--G-GCGG-GCG
gi|18                         :       ttTAGCC-GAGTT-GCA---A-T-G--AAG-TTG-A--AA-------C--T-TGG-CTA-TT---TT-GAT---GAT--G-GCGG-GTGGG
gi|19                         :           GCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-ACGG-GCGGGc
gi|2                          :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-T-G--A-G-TTG-C--AATGAGTTGCAAT-C-G-CTA-TTGGTTT-AAT---GAT--G-GCGG-GC
gi|20                         :                            tt-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GCGG-GCGGaag
gi|21                         :             agccgaT-GCA---A-C-G--AAG-TTG-A--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GTGG-GTGacggg
gi|22                         :                   T-GCA-----C-G--A---TTG----A--------C--T-CGG-CGA-TTGGTTT-GAT---G----G-GCGG-GCGGGaaagg
gi|23                         :                ttagacgA---G-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAT--G-GCGG-GCGGGcg
gi|24                         :                          tt-C-G--A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GAT---GGT--G-ACAG-GGGGcggg
gi|25                         :         TAGCC-GAGTT-GCA---G-T-GA-A-G-TTG-A--A--------C--T-TCG-CTA-TT-GTTT-GAT---GAtggac
gi|26                         :                           t-C-G--A-G-TTA-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGTTTT-GAT---AAT--A-GCGG-GAGGG
gi|27                         :                                       cG-C--A--------C--T-TGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GAGG-GAGGGtg
gi|28                         :                              -G--A-G-TAG-C--A--------C--T-CGG-CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--G-GTGG-GCGcgggcatc
gi|3                          :         TAACC-GAGTT-GGA---A-C-A--ACG-CTG-A--A--------C--T-CAG-CTT-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCGG-ACGGGt
gi|4                          :     ttttTAGTG-GAATC-CCA---A-CCA--A-G-TTG-A--A--------T--T-CAG-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GTCG-GAGGGcaggcg
gi|5                          :       ttTAGCC-GAGTTTGCA---A-C-G--A-G-TTG-C--A--------C--TGCAG-CTG-TTGGTTT--GT---GAT--G-GCGG-GCGGGtaggtggg
gi|6                          :        tttGCC-GAGTT-GCA---A-C-GGGA-G-TTG-C--A--------C--T-CG--CTA-TTGGTTT-GGT---GAT--GAACGG-GCGGc
gi|7                          :      ttttAGCC-GAGTT-GCA---A-C-G--A-GTTTG-CG-A--------C--T-CGGTCTATTTGTTTT-GGT---GAT--G-ACGG-cg
gi|8                          :      cttaAGCC-AAGTT-GCA---A-C-AC-A-G-TTG-A--A--------C--T-CTG-CTA-TTGGTTT-GAT---GAT--G-GTGG-GTGGGc
gi|9                          :         TAGCC-GAGTT-GCA---A-C----A-G-TTA-C--A--------C--T-CGA-CTA-TTGTTTT-GAT---GAT--G-GCAG-ta