lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222 333333333333333333333333333 2222 1111 2222222222 2222222 222 1111 22222222222222222222222222222222222 11111111 111111111 1 8888888888888888888888 111111 11 55555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777777777777777 222222222222222222222222 44444444444444444444 222222222222 1111111 3333333333 1 9999999999 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 11 111 11111
lowQualScore : 2 2 2 33 33 6 8 22 4444 2 6 222222222 2 2 333333333333333333333333333 2 2 0000 2 8888 5555555555 33 6666666 33 000 2 2 5555 7777 3 77777777777777777777777777777777777 00000000 6666 222222222 44 666 44 3 3 55 3 6 888 3 6 8888888888888888888888 44 3 44 777777 77 555 44 99999999 3 6 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444 6 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 3 6 888888888888888888888 555 555 2 6 999999999999999999999999 3 3 99999999999999999999 3 888888888888 3 888888 3 0000000 7777 0000000000 4 3 6666 7777 3 0 2 4 33 0000000000 4 6 33 5555555 2 2 44 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 555 4 2 9 1 2 2 2 2 77 5555 3 66 222 9 3 3 555 3 33 5555 11111 4
lowQualScore : . . . .. .. . . .. .... . . ......... . . ........................... . . .... . .... .......... .. ....... .. ... . . .... .... . ................................... ........ .... ......... .. ... .. . . .. . . ... . . ...................... .. . .. ...... .. ... .. ........ . . ... .................................................... ...... . . . ................................................................................. . . . . ..................... ... ... . . ........................ . . .................... . ............ . ...... . ....... .... .......... . . .... .... . . . . .. .......... . . .. ....... . . .. ............................................................................................ ... . . . . . . . . .. .... . .. ... . . . ... . .. .... ..... .
lowQualScore : 4 7 7 77 77 6 5 44 5555 7 3 777777777 7 5 444444444444444444444444444 7 7 1111 7 9999 5555555555 77 3333333 99 444 9 9 0000 1111 3 22222222222222222222222222222222222 44444444 5555 333333333 22 000 22 1 1 88 9 1 222 3 8 1111111111111111111111 22 3 66 888888 44 888 55 88888888 6 7 000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444 0 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 0 111111111111111111111 888 000 7 0 111111111111111111111111 3 9 44444444444444444444 6 222222222222 6 666666 3 8888888 1111 7777777777 8 1 5555 8888 3 7 9 8 99 1111111111 3 0 99 3333333 9 9 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 8 7 4 9 9 9 9 9 22 2222 1 22 222 2 3 3 888 3 77 7777 33333 6
consensus : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCCAG-A-G--CT-TTCTCAA--T------T-TTT-GTTG-----C-----ATA--------G-T-T-GAATGT-ATG---AA-CTTT--G-CGAAA---------ATTACACATTTATAAAGT--TGAAAATTC-GCG-TTTA--AACGC---AA-AATTAAT-AC----TTTTTGACGGCCCAT----A-C--------------AAAAA-A--------------GC--------CT----TTC---------GATCTTTACACG--CATG--CG--C-ACA-GA-CGGTAAACATTN--CGGC-ATGT------------CGA----T--GCGTACA-ATGG--ATATACCCG--GAATTTTTACAGA---TTA-TGGG--A--G-GAAAAG-AGGT---TAGAGTAGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--A---C---GCAAAA------TGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTCGATAAACCAAGAGCCA---GG------A------GACACGCACGCAGGGCTATTA-----AGT-A-TAT--TT--------------------TT-T-T-ATCTGAAAACGTCACATG-------N-----T-------AAA---AAC--ATTGTTTAGTCTA--------------------AAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTT---GGAA--TAA--TG--A-TTTAT-AATT-GCT-----TNA-T----TAT-AAGAG-------GCAGG----G---N------ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCCT-TTAAGGGGTA--TTT---T-T-TATAAGTTTCTA--CACAA------CACGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCAC-NCNNNNNGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAANC-----A---AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTAT-TTTA-AATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGTGTCTCTTT
Reference ( gi|2 ) : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGGCAATTTTCTCAT-A-G--CT-TTTTCAA--G------T-TTT-GTTT-----C-----ATA--------G-C-T-GAATGT-ATC---AA-CTTT--C-CGAAA---------TTTACACATTTATAAAGT--TGAAAATTT-TCG-ATTA--AACGC---AA-AATTAAT-AC----TTTTTGACGGCCCAT----A-C--------------A--------------------GC--------CT----TTC---------GATCTTTACACG--CATG--TG--C-ACA-GA-CGATATACATTG--CAGC-ACGT------------AAA-ATTT--GTATACA-ATGG--ATATACCCC--GAATTTCCACAGA---TTA-TGGG--ATCGAAAAAAG-AAGT---TAGAGTAGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--A---T---GCAAAA------TATGATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCAAGACCCA---GG------A------GACATGTACACAAGGTTACTA-----AGTAA-TATT-TTG-------------------TT-T-T-ATCTGAAAACGCCACATG-------G-----T-------AAA---AAC--ATTGTTTGGTCTA--------------------AAAGG-ACATGGAAGGGTTTCCGTT---GTAATTTAA--TG--C-TTTAT-AATC-ATT-----TTA-T----TGT-AAGAG-------GCAGG----G---T------ATATTCCCAATCT-TGAA----AAGC--GGGT-GTGGACCCT-TTAAGGGGTA--TTTACATGTATACAAGTTTCCA--CACAA------TACGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-----A---AATTGTTCAAAATAATC-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTCGTCGATAGGCAT-TTTC-AATAGCA--TTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGTGTCTTTTT
gi|4 : AGACACTA-CAACTCATTTTGCGCAAA-------TAT--C--ATGACAATTTATCCAG-A-A--CT-TTCTCAA--A------T-TTT-G---------------------------------GTGT-ATG---AA-CTCT--G-CAAAA---------ATTACACATTT-TAAAGT--TGAAAATTT-GCA-TTTA--AATGC---AA-AACTAAT-AC----TTTT-GACGGCCCGT----A-C--------------AAAAAAATTTGAGTCCCT---GC--------CT----TTC---------AATCTTTACACA--CATG--AG--C-ACA-GA-CGATAAACATTG--CAGC-ATAT------------CAA----T--GCATACA-ATAG--ATATACCCA--TAATTTTCACAGA---TTA-TGGG--A----GAAAAG-AGGT---TAAAGTAGAATGAGAA----------------ACA-------------AC-TC---GT----------GCAAAA------TGTAATTTACGCGGGGATAATT-ATG-ACCATTTGATAAACCAAGAGCCT---GG------A------GACACACACACAGGG---------------A-TATT-TT-------------------------T-ATCTGAAAATGT---------------------------------AAC--GCT-TTTAATCTA--------------------AAAGG-ACATGAAAGGGCTTCTGTT---GGAA--TAA-----------------C-A-------TGA-T----TAT-AAAAG-------GCAGG----G---A------ATATTCCCTTTCT-TG-A----ATGC--AAGT-GTTGACACT-TTAAGCGGTA--TTT---T---TATAAGTTTCTA--TACAA----------TCTA-TG-TCA-TTCT--AAATCACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTCAAAAT-----A---GCCTGTTC----TAA------------TAATAT-T-T-ACATCATTTTGTTGACACATAT-ATTA-AATGGCA--CTCTCTTAAA-A-TAT---G-AAACATAAGC--TG----T-----AGTGTCTCTTT
gi|1 : aagAGACACTA-CAGCTCATTGTGCGCATAT-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTCCCCAG-A-G--CT-TTCTCAA--T------T-TTC-GTTA-----C-----ATA--------A-T-T-CAATGC-ATG---AA-CTTT--C-CGAAA---------ATTACACATTTATAAAGT--TGAAGATTA-GCA-TTTC--AACGC---AA-AATTAAT-AC----TTTTTGATTACCCAT----A-C--------------AAAAAAAACAAATGAAGCTCCGC--------CT----TTC---------TCTCTCTACACG--CATG--CG--G-GCAGGG-CGA-AAAAATAT--CGGC-ATGT----------------CTAT--GCATACA-ATGG--ATATG-CGG--GGATATACACAGAATTTTA-GAGGTCATTGGGAAACA-ATGC---TATATTAGAGTGAGAT----------------AAT-------------AC-TCATAAT--A---T---GCGAGC------TATAATTTACGTTGAGAT-A---ATG-ACCGTTTTAAAAACCAAGAGCCA---TGAGAGTCA------GACACGCACAGAGGGCTAATATCGCTGGTCA-TATTATTACGGGGGATATANGTGCTATTT-T-T-ATCCGATAACGTCACATGTTTGAAAA-----T-------AAA---AGC--ATTCTTTAGT-TG--------------------AA--G-ACATGGAAGGGATTTCGTT---GGAG--TAA--TG--A-TTTATAAATC--CT-----TAA-T----TAT-TAGAG-------GCAGG----G----------ATACTTCCATTCT-TGAA----AAGC--AAAT-GTGGATTCT-TTAAGTTGTG--T-----TGT-TATAAGTTGATA--CGTAA------CACGTCTGTTA-TCA-TTTT--AAACCAC-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-----A---AATTGTTTAAAATAATC-GGAAT-GATTATCGT-T-T-TTATCATTTTATCGATCAGTAT-TTTA-AAAAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----C-----AGTATCTCTTa
gi|10 : aaagAGACACTA-CAGCTCATTTT
gi|13 : gtgttattcttacctgaaaacatcacatgtttaaaaataaaaacattgtttagtctaaaaggacatggaagggtttttggtggagtaattataattgtttaattatacgaggcagggtcccgggatattcccattcttgaaaagcgagtgtggattctttaaggggtatttttataagtttctacataacacgtctgttgtcattctagatcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaattgttcaagataatcggaatcgatgttatttttatcattttatcaatatatattttaaatagcacttgatgaaaatatgaAGACACTAACAGCTCATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCCAC-A-G--CT-TTCTCAA--T------T-TTT-GTTG-----C-----AAT--------G-T-T-GAATTT-ATTTTAAA-CTTT--T-TGAAA---------ATTACACATTTATAAAGT--TGAAAATTC-TCG-TTTA--AATGCA--AA-AATTAAC-AC----TTTTTAACGGCCCAT----ACC--------------AAAAAAAAAAAACGAGTCCCCGC--------CT----TTC---------GATCTGGACACGATCATG--TG--C-ACA-GA-GGGTAAACATTT--TGGC-ATGT------------CGA----T--GATTAGA-ATGGATATATACCCT--GAATTTTTACAGA---TTA-GGGG--Ac
gi|20 : aagAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAC-ATCA-TAT--G--ATGACAATATTCCCAG-A-A--CT-TTCTCAA--TCTCAATT-TTT-GTTG-----C-----ATA--------G-T-T-GAATGT-ATG---AA-CTTT--G-CAAAA---------ATTGCACATTTATAAAGT--TGAAA---------------------------ATTAAT-AC----TTTTTGACGACCCAT----A-C--------------AAAAAAAT-------------GC--------CT----CTC---------GATCTTTACAGG--CATGCATG--C-GCA-gaa
gi|12 : aagAGACAC----AGCTCATTTTGCGCAAAAGATCAATATGCA--ATGACAATTT-CTCAG-AAG--CAATTCTCAT--A------TATTT-GTGG-----------ATA--------GGT-T-GAATGT--TG---AA-CTTT--TGCGAAAATAAAACAATTTATATTTATATACAGT--TCAAAATCTATCC-GTTATGAACGC---AA-AA--AATCGC----AT-----CAGCCCAT----A-C--------------AAAAATACGC-----------GCGAGTTCCGCT----TTC---------GATCTTTACACA--CATG--CAGAC-ACA-GAACGGTAAACATTGTGCAGC-ATGT------------CAA-A-----GCGTACA-ACGG--ATATACCCA--GAATTTTAGCAGA---TTG-TAGG--------AGAAG-AGGT---TAGCGTAGAACc
gi|16 : aaAGGCACTA-CAGCTTATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATTAAAATCATCCCAG-A-T--CT-GTATCCA--T------T-TTT-GTTG-----C-----ATT--------G-T-T-GAATGC-AT----------------GA------------TAACACATTTATAAAGT--TCAAGGTTC-TCG-TTTA--AACACAAAAA-AATT-AT-AC----TGTTTGATGGCCCATTCAAA-C--------------AAAAGAAACCNTTAAGTTTCCGC--------CT----TTT---------GATCTTCACGCG--TATG--CG--C-ACA-TA-CGTTAAACATTG--CAGtacatg
gi|3 : aagAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGAAAAA-ATCA-TAC--A--ATGACAATTTTCCCCT-A-A--CT-TTCTCAA--A------------GTTG-----A-----A-A--------G-TAT-GCATATGATG---AA-CTTT--G-CGAAA------------A----------------TGAAAATTC-GCG-TTTA--AATGCA--AA-AATTAAT-AC----TTTTTAATGGATCAT----A-C--------------A--------------------
gi|17 : aagAAACATTA-CGGCTCATTT-GTGCAAAA-GCCA-TAT--A--ATGATAATTTAC-AAG-A-C--CT-TCCTCAATTA------T-TTT-TTTTTTTTGC-----ATACCGGGGTAG-C-T-GAATAT-ATA---TA-CTTT--G-TGAAA---------GTATCATATTTATAAAGT--TGAAAATTC-TCG-TTTA--AATGCA--AA-AATTAAT-ACT---TTTTTGACGGCCCAatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccgcccttcgatctgtacacgcatgcgcacagagggtaaacatttcggcatgtctatgcatacccagaatatttacgaggctagagtggaacgagatacaactcataatacgcaaagtataatttacgtggggatcattatgactgcagtatgagagtcagacactcacgcagggctattttcatctgaaagtcacatgattgtttaaaactaaaattgtttagtgtacagacatgaaaactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagtaatatttataatttgcttaattataagaggtagggatattcccaatctttaaggtttttttttttaatttctacacaacacgtctgttggtcaattctcaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagtgttcaaaatagttggaatcgatattatttttatcattttatcgatgcatatttcaaatag
gi|22 : aagAGACACCA-CAGTTCATTTGGCACAAAA-ACCA------G--ATGACAATTTCC-CAG-A-G--CT-TTCTCAA--T------T-TTTTGTTG-----C-----A-A--------G-T-T-GAAAAT-ATG---AAACTTTGGC-AAAAA---------TTAGCACATTAATAAAGTGTTGACAATTC-GCT-ATTT--AATGCCA-AA-AATTAAT-AC----TTTTTGATAGCCCAT----A-gtaaaaaaaaattaagttaaaatttatgtcatttcatcaatttca
gi|30 : aaagAGACACTA-CAGCTCATTTT
gi|33 : gtgttcaaaatagtcgaaatcgatatcaatagttatcattttatcgatacgtaatttaaatggcacttgatgaaaatataaaaaAGACACTA-CAGCTTATTTTcttta
gi|36 : ttgttcgaaatactcggaatcgatattatattgttatcattttatcgatacgtatcttaaatagcaattgaAGACAATA-CAGCTCCATTGACGCAAAA-ATCA-TGG--A--ATGACAATTTTACCAA-A-C--CC-TTCTGAA--A------T-ATT-ctt
gi|28 : ggGACAATG-CAGCTTATTTTGCGCGAAA-A-AA-TAT--ACTATTACAATTTTCCCAG-A-G--CT-TTGTCAA--T------T-TTT-GTTG-----C-----ACT--------G-T-T-GAATGT-ATG---AA-A-TA--G-CGAAA---------ATTACGAATTTATTATGT--TTCAAAT
gi|6 : aagtACACCA-CAACTCATTTTGCGCAAAA-ATTA-TAT--A--ATGTCAATTTTCCAGT-A-G--CT-TTCTCAA--T------A-TTT-GTTG-----CATATAATA--------G-T-T-AAATGT-G-----AA-CTTT--TGCGAAA---------ATTCCACAATTATAAAGT--TGAAAATTC-GTG-TTTA--AACGC---AA-AAATAAT-AC----TGTTTGACGACCCAT----G-C--------------A--------------------CC--------C
gi|5 : aACGCTA-CAGCTGATTTTGCG-AAAA-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTTCCCAG-A-G--CC-TTCTCAA--A------T-TTT-TTTG-----C-----A-A--------G-T-TAGAAAGT-ATG---AT-CTGT--G-AGAAA---------ATTACACATTTATAAAGT--TAAAAATTC-GTG-TTTA--AAAGCA--AA-AATTAAC-AG----GTTTTAACGTCCCAT----A-C--------------A--------------------cccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtacccccttttcggtctttacacgcatgtgcacagagggtaaacatttcagcatgccgatgtatacaattaatatacccagaaattgcacatattaatggggaaaaacaggttagggcagaacgaaatacactcttaaatgtaatttacgcgagaatcattatgaccgttaaatatcccaagagccaagcacgctgctagggtattaagtaagtactatttttatctgaaaacgtcacatgtttagtctaaaatgacatggaatggttttggttggaatactgatttataattgtttaattataagagacagggaatattcccatccttgaaaagcgacgtctgttgtcatttta
gi|9 : aCACTA-CAGTTCATTTTGCACAAAA-ATCA-TAC--A--ACAACAATTTTCCAAG-A-G--CT-TTCTCAA--T------T-TTT-GTTG-----C-----ATA--------A-T-T-GAATGT-ATG---AA-CTTT--G-CAAAA---------ATTACACATTTATAAAGT--TGAAAATTT-GTGTTTTA--AACAC---AAGAAATAAT-ACTAA-TTTTTGATGGCCCAT----A-CAAAAAAACCCACCAA--------------------AC--------CTAGAGTTCCCACCTTTTGATCTTTACATG--CATG--CG--C-ACA-GA-GGGCAAACATTA--CAGC-ATGT------------CAA----T--GC------ATGA--ATA--------GAATTTTTACAGA---TTA-TGGG--A--GGAAATAGTAGGT---TATAGTAGAACAACAT----------------ACATGCCATTTTATATACATC---AT--A---T---GCAAAA------TGCAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACGGTTTGATAAACCAGGAGCCA---TG------A------GACATGCATGCAGGGCTA-----------------------------------------TT-T-T-ATCTGAAAAaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgagtgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|8 : ATTTTGCGCAAAA-ATTA-TGT--A--ATGACAATTTT-TCATGA-GATTT-TTTTCAA--T------T-TTT-TATG-----C-----ATA--------G-T-T-GAATG-------------------CGAAA---------ATTAAACATTTATAAAGT--TAAGAATTC-TCC-TTTA--AACG---------TCCAT-ACACCCCCCCCCCCAGCCC--------C-----------------------------------GC--------CT----TTC---------GATCTTTACACG--CATG--CG--C-ACA-GA-CGGTAAATATTG--CAGC-ATGT------------CAA-A-----GCGTACA-A-AG--AT------------TTT--ACAGA---TTG-TTGG--A----GAAAAT-ATGT---TAGAATTGAACGAGATACTACTTAATTAAGATACA-------------AC-TC---AT--A---A---ACAAAA------TATAATTTATGTGGGGATCATT-AAG-GCCGTTTGATAAACCAAGAGTCA---GG------A------GGCATGCACGCAAG-----TA-----AGTGC-TAT------------------------TT-T-T-ATCTCAAAACGTCACGCG-------T-----T-------GAA---AACAAAATGTTTAGTCTG--------------------AAAGG-ATATGGAAGGATTTCCGTT---GGAA--TAA--TG--A-TTTAT-AATT-Aattatatcacatgtt
gi|35 : TT-GTTG-----C-----ATA--------G-T-T-CAATGT-ATT---AA-CTTT--G-CGAAA---------ATAACATATTGATAAATT--TGAAAATTC-TTG--TTA--AGCCT---AA-TATTAAT-A
gi|5 : tg--------------------GC--------CT----TTT---------GATCTGTATACG--C---------T-AC----------CACA-----CAGT-GGGT------------AAATATGTCGGCATACC-ATGC--ATATA---------TTTTTACAGA---TTA-AGGG--A--GAAGAACG-A
gi|3 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttccc--------------------GC--------CC----TTC---------GATCTGTACACG--CATG--CG--C-ACA-GA-GGGTAAACATTT--CGGC-ATGT------------C----------TATGCA----------TACCCA--GAATATTTAC--------------------------G-AGGC---TAGAGTGGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--AATAC---GCAAAG------TATAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACTG--CAGTA---TGAGAGTC------------A------GACACTCACGCAGGGCTAT----------------------------------------TT-T-C-ATCTGAAA--GTCACATG-------ATTGTTT-------AAAACTAAA--ATTGTTTAGTGTA--------------------CA--G-ACATGAAAgtgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|19 : aagagacactacagctcattttgcgaaaaaatcatacaatgacaattttcccctaactttctcaaagttgaaagtatgcatatgatgaactttgcgaaaatgaaaattcgcgtttaaatgcaaaaattaatactttttaatggatcatacaatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctcc--------------------GC--------CT----T-C---------AATCTGTAC--G--CAT---TG--CGACA-GA-GGGTAAACATTA--CGGCCATGT------------CA-----T--GCATACC-ATGG--ATATACTCCCAGAAGTTT-AC-GA---TTA-TGGG--A---AGAAAAG-AGGC---TCGAGTTGAATGAGAC----------------ACA-------------AC-TC---ATCAA---TACAGCAACA------TAAAATTTACGTGGGGATCATTAATGCACTATTTAAactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagtaatatttataatttgcttaattataagaggtagggatattcccaatctttaaggtttttttttttaatttctacacaacacgtctgttggtcaattctcaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagtgttcaaaatagttggaatcgatattatttttatcattttatcgatgcatatttcaaatag
gi|6 : aacgactcccC--------TT----TTC---------GGTCTTTACACG--CATG--TG--C-ACA-GA-GGGTAAACATTT--CAGC-ATGC------------CGA----T--GTATACA-ATTA--ATATACCCA--GAAATTGCACATA---TTAATGGG--G----AAAAAC-AGGT---TAGGGCAGAACGAAAT----------------ACA--------------C-TC---TT--A-----------AA------TGTAATTTACGCGAGAATCATT-ATG-ACCGTTAAATATCCCAAGAGCCA---AG---------------CACGC-TGCTAGGGTATTA-----AGTAAGTACT-AT--------------------TT-T-T-ATCTGAAAACGTCACATG------------------------------------TTTAGTCTA--------------------AAATG-ACATGGAATGGTTTTGGTT---GGAAT--AC--TG--A-TTTAT-AATT-GTT-----TAA-T----TAT-AAGAG-------ACAGG----G---A------ATATTCCCATCCT-TGAA----AAGC--Gctatgagagtcaacacatacca
gi|25 : aacaccacaactcattttgcgcaaaaattatataatgtcaattttccagtagctttctcaatatttgttgcatataatagttaaatgtgaacttttgcgaaaattccacaattataaagttgaaaattcgtgtttaaacgcaaaaataatactgtttgacgacccatgcaccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtaccccC--------CT----T-----------GGTCTTAAGTCG--CAT---TG--C-AAA-GA-CGATGAACAGCG--CAGC-ATGTCGTCCATTGAGAGAA-A-----GTGTACATACGG---CAGACTCG--GAATTTTGACAGA---TT-----C--AGCGAGGAAAG-GAGTATGTACA-TAGAACacgtctgttgtcatttta
gi|7 : acgcccatacaaagcaatattgagtctcctcaACATGT--CAGC-ATGT------------CGA----T--GCAAACA-ATGA--ATATACTCA--GAATTTTTACAGA---TAA-TGGG--A----GATAAG-AGGT---TGGAGTAGAACGAGAT----------------GCA-------------AC-TC---AA--G---C---GCAAAAATTTAATGTAATTTACG-GGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAA-CAAGG---A---GGTCGTTAA------GAC--GCACGCAGGGCTATTG-----AGTAA--ACG-CTA-------------------TT-TGT-ACCTGAAAACGTCACATA-------T-----TTAAA---AAA---AAA--AATGTTTAGTCTA--------------------AAAGGAACATGGAATGGTTTTCGTT---GGAA--TAA--TG--A-TATAT-AATT-GTTAA---CTA-TAAGATTT-AAGAG-------GCAAG----G---A------ATATTCCC-TTCT-TGAA----AA-T--GAGT-GTGGACCCT-TTAAATGGTAAGTTT---TGTGT--AAGTTTTTA--CACAA------CACGTCTGCTT-TCA-TTCT--ATTTC---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-----A---AATTGTTCAAAATAGTC-GAAATCAA-TATTA--T-T-TTATCAT--------------T-TTTA-AATAGCA--C----TTAAA-ATTAT---GAAAAAAAGAGC--TG----T-----AGTGTCTCTT
gi|5 : GTGGGGGTCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCAAATGCCAT--GG------AAGTCA-GACACGCAAGCAGGGTTATT----------------------------------------T-T-T-ATCTGAAAACGTC---TT-------T-----A-------AAA---AAA--ATTGTTTA--TTA--------------------AAA---AAATGGAAGGGTTATCGTT----TGAGT-AA--TG--A-TTTAT-AATT-GCT-----TAA-T----AAT-AAGAG-------GCAGA----G---G------ACATTCCCTTTCT-TGAAAACGAAGCTAAAGT-GTGGATTCT-TTAAGGGGTA--TTT---T---TAAAAGTTTCTA--CAAAAAACATGTTCGTCTGTTG-CCA-TTCT--AATTCAC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAATC-----A---AATTGTTCAAAATAGTC-
gi|11 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgaT-ATA-ATCAATCAATAAACCAAGAGCCA---CG------AGAGCCGGACACGCACGCAGG
gi|27 : taaaTAAACCAAGTGCCATATGAGAGTC-A------GACACGCACGCAGGGCGATTA-----AGTGC-TAT------------------------TT-T-T-ATCCGAAAACGTCACATGTTTAAAAA-----T-------AAA---AAC--ATTGTTTAGTCT-----------------------ATG-ACATGGACGGGTTTTCGT-----TAACATAACTTG--C-TTTaaaacgtcacatgtttaaaaagaaaaacatggtttagtctaattctatttattatttatttaaaggacttagaagggtttttgttggagtaataattcatttaaggtgtgtcttgataagcttctacacaacacggctattgtcattttaaatcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcggaatcgatattattttcattattatatcgatacgtattttaaatagcacttgatgaaaaatgagctgtctagcagtgtatcct
gi|10 : g-TTA-------------------TTCT-T-ACCTGAAAACATCACATGTTTAAAAA-----T-------AAA---AAC--ATTGTTTAGTCTA--------------------AAAGG-ACATGGAAGGGTTTTTGGT---GGAG--TAA---------TTAT-AATT-GTT-----TAA-T----TAT-ACGAG-------GCAGG----G---TCCCGGGATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGATTCT-TTAAGGGGTA--TTT---T---TATAAGTTTCTA--CATAA------CACGTCTGTTG-TCA-TTCT--AGATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNTGAATTGTTCAAGATAATC-GGAATCGA-TGTTAT-T-T-TTATCATTTTATCAATATATAT-TTTA-AATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGTGTCT
gi|23 : gtg-TTG-------------------TT-T-TTATCTGAAGACGTCATGTT-------------T-------AAA---AAA--A--GTTTATTATA--------------------CTAGG-ACATGGAAGG--------------AATT---------C-TT---------ACT-----TGA-T----TAT-AAGAA-------GCAGG----G---A------GGAACCCCATTCT-CGAA----AAGT--GAGT-GTAAACTCT-T-GAGGGGTA--TTCATAT------AATTTTCTA--CATAA------TACGTCTGTTG-TCA-Tc
gi|11 : agtgGAAAACGTCACATG-------T-----TTAAAAAGAAA---AAC--ATGGTTTAGTCTAATTCTATTTATTATTTATTTAAAGG-ACTTAGAAGGGTTTTTGTTGGAGTAA--TAA--TT--CATTTA
gi|26 : taaatataatcaatcaataaaccaagagccacgagagccggacacgcacgcagAA---AAC--ATTGTTTAATCTA--------------------A---G-ACATGAAGGGGTTTTTGTT---GGAGTC--A--TG--A-TTTAT-AATA-ATTATTGTTTAAT----TAT-AAGAG-------GCAGG----G---G------ATATTCCTATTCT-TTAA----AAGC--AAGT-GT------------GGGGTA--TTT-----TTTATAAGTTTCTA--CAGAA------CATGTCTGaggtgtgtcttgataagcttctacacaacacggctattgtcattttaaatcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcggaatcgatattattttcattattatatcgatacgtattttaaatagcacttgatgaaaaatgagctgtctagcagtgtatcct
gi|24 : aaatCGTT---GTA--TCGA--TGTTC-TTTCC-AGTT-GTA-----TCA-T----GGTCAAGAATAACGTTGCGGGTACTG---T------ACAT--CTATTCT-TGAA----AACC--GAGT-GTGGATCCT-ATAAGGAG----TTTAAATATA---AA--TTCTA--AGCAG------CACATCCGTTG-TCA-TTCT--AATTCA
gi|3 : TAA--TA----TTTAT-AATTTGCT-----TAA-T----TAT-AAGAG-------GTAGG----G----------ATATTCCCAAT-----------------------------CT-TTAAGG--TT--TTT---TTTTT-TAA-TTTCTA--CACAA------CACGTCTGTTGGTCAATTCTCAAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA---AAGTGTTCAAAATAGTT-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGAT--GCATATTTCAAATAGtgtggtttaaaatg
gi|37 : aagagacactacagctcattttgcgaaaaaatcatacaatgacaattttcccctaactttctcaaagttgaaagtatgcatatgatgaactttgcgaaaatgaaaattcgcgtttaaatgcaaaaattaatactttttaatggatcatacaatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccgcccttcgatctgtacacgcatgcgcacagagggtaaacatttcggcatgtctatgcatacccagaatatttacgaggctagagtggaacgagatacaactcataatacgcaaagtataatttacgtggggatcattatgactgcagtatgagagtcagacactcacgcagggctattttcatctgaaagtcacatgattgtttaaaactaaaattgtttagtgtacagacatgaaaactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagA-T----TAT-AAGAG--------CAGG----AATTC------ATGTTCC-ATTCT-TGAA----A-GT--GAATCGTGGACCCT-TTAAGG
gi|14 : a-AAGAG-------GCAGG----G---A------ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCCT-TTAAGGGGTA--T------------AAGTTTCTA--CAGAG------CACGTCAGTTG-TCA-TTCT--AAATCAC
gi|32 : TCTATGAA----AACC--GAGT-GTGGATCCT-ATAAGGAG----TTTAAATATA---AA--TTCTAAGCGCAG------CACATCCGTTG-TCA-TTCT--ACATgtgatgtgaatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttaaattgttcaaaatagtcgatatcgatattatttttatcattttgtccataagtattttgaatagcacttgattaaaatatgaaaaatgagcgttagtatctcga
gi|15 : tatACCCTGTTAAAG--TA--ATT---TGTATACA--TTTCTA--CACAA------CACGTACGTTT-TCA-TTCT--AAATTA---------GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTC-----A---AATTGTTCAAAAT--TCCGGAATAGA--ATCAT-T-T---AGCATTGTATCGATACGTAT-TATA-AATAGCAACTTTGATGAAATA-TAT---G-AAAAATGAGT--TG----TGTA--AGTCTCTTtcatgtggtttaaaatgt
gi|11 : ttgaaT-TTAAGGTGTG--TCT---TG---ATAAGCTTCTA--CACAA------CACGGCTATTG-TCA-TTTT--AAATCACTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT-----A---G-----TCGGAA---TC-GATAT-------TAT-T-T-TCATTATTATATCGATACGTAT-TTTA-AATAGCA--CTTG----------AT---G-AAAAATGAGC--TG----TCTAGCAGTGT
gi|21 : taaatataatcaatcaataaaccaagagccacgagagccggacacgcacgcaggaaaacgtcacatgtttaaaaagaaaaacatggtttagtctaattctatttattatttatttaaaggacttagaagggtttttgttggagtaataattcaAGGTGTA--TTTAGAT---TA---GTTTCTA--CACAA------AATGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-----G---AATCGTTCAAAATAGTC-GGTATCAA-TATTAT-T-T-Tatcct
gi|18 : GTCTGTTG-TTA-TTCT--AAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-----A---AATTGTTCAAA-TAGTC-GGAATCTT-TCTTAT-T-T-TTATCCTTTTATCAATATGTAA-TTTA-AAAAGCA--CTTGATAAAA-A-TAT---G-ACCAATGAGA--TG----T-----AGTGTCTCTTT
gi|14 : -----A---AATTGTTCAAAATAGTC-GATATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTGTCCATAAGTAT-TTTG-AATAGCA--CTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--GT----T-----AGTATCT
gi|31 : aagaggcagggaatattcccattcttgaaaagcgagtgtggaccctttaaggggtataagtttctacagagcacgtcagttgtcattctaaatcacgtgatgtgaatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcattt---AATTGTTCAAAGTAGTT-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TCATCATTTTGTCGATACGCAT-TTTA-AATAGCA--CTTGACTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGCTATA----T-----AATGTCTCTTTcga
gi|33 : TTGTTCGAAATACTC-GGAATCGA-TATTATAT-TGTTATCATTTTATCGATACGTAT-CTTA-AATAGCA------AT---------T---G-AAAAATAAGC--TG----T-----AGTGTCTCTT
gi|30 : TGTTCAAAATAGTC-GAAATCGA-TATCAA-TAG-TTATCATTTTATCGATACGTAA-TTTA-AATGGCA--CTTGATGAAA-A-TATAAAA-AAAAATGAGC--TG----T-----AGTGTCTCTTT
gi|34 : gAAAATAGTC-GGAATTGA-TATTAT-T-T-TTATTGCTACGT--------AT-TTTA-AACAGCA--CTTGATGAAA-A-TTT---G-AAAAATGAGT--TGTGCAT-----AGTGTa
gi|4 : AAAATGAGT--TG----T-----AGTGTCTCTT
gi|20 : AAAATGAGC--TG----T-----AGTGTCTCTTgcgcaaatatcatgacaatttatccagaactttctcaaattttggtgtatgaactctgcaaaaattacacattttaaagttgaaaatttgcatttaaatgcaaaactaatacttttgacggcccgtacaaaaaaatttgagtccctgcctttcaatctttacacacatgagcacagacgataaacattgcagcatatcaatgcatacaatagatatacccataattttcacagattatgggagaaaagaggttaaagtagaatgagaaacaactcgtgcaaaatgtaatttacgcggggataattatgaccatttgataaaccaagagcctggagacacacacacagggatatttttatctgaaaatgtaacgcttttaatctaaaaggacatgaaagggcttctgttggaataacatgattataaaaggcagggaatattccctttcttgaatgcaagtgttgacactttaagcggtatttttataagtttctatacaatctatgtcattctaaatcacaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataattgctcaaaatagcctgttctaataatatttacatcattttgttgacacatatattaaatggcactctcttaaaatatgaaacataagctgtagtgtctcttta
gi|3 : AAAATGAGC--TG----T-----AGTGTCTCTTgcgcaaacatcatatgatgacaatattcccagaactttctcaatctcaatttttgttgcatagttgaatgtatgaactttgcaaaaattgcacatttataaagttgaaaattaatactttttgacgacccatacaaaaaaatgcctctcgatctttacaggcatgcatgcgcac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CCACACTTCAGGTGCCTGTGGTCATTTCTAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|38 ): GTATCAGTTGATCAAGAATAACGTTCGGGTACTGTATATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 111 9999999999999999999999999999999 11111 111111111111111111 1111111111 11111 333333333333333333333333333333333 222222222222 111111 3333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 444444444444444444 1111111111 1111111 2222222 2222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 2 2 2 33 33 2 33 2 2 2 777777 2 2 8888888 6666666666 2 2 2 2 444 2 7 2 8888888 2 2 33 444 5 2 2 2 666 2 2 2 777 2 5555 9999999 44 6666666666666666666666666666666 33333 888888 6666 33 2 2 33 3 44 1 33 2 888888888888888888 8 3 3333333333 44 44 0 8 2 3 22222 3 3 3 444444444444444444444444444444444 4 666666666666 222222 3 3 55 44 9999999999999999999999999999 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 6666 3333333333 222222222222222222 99999 888888 6 3 0 0 444 888888 1111111111 1 0000000 77777 1111111 2 0 5555 33 2 0 2 2 2 5555555555555555 33 33 5555 2 2 33 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 2 2 2 44 6 3 3 555 3 44 6666 77777 44
lowQualScore : . . . .. .. . .. . . . ...... . . ....... .......... . . . . ... . . . ....... . . .. ... . . . . ... . . . ... . .... ....... .. ............................... ..... ...... .... .. . . .. . .. . .. . .................. . . .......... .. .. . . . . ..... . . . ................................. . ............ ...... . . .. .. ............................ . ............................................................. .. .... .......... .................. ..... ...... . . . . ... ...... .......... . ....... ..... ....... . . .... .. . . . . . ................ .. .. .... . . .. . ................................................................................................... . . . . . .. . . . ... . .. .... ..... ..
lowQualScore : 7 5 5 44 44 8 44 5 5 5 222222 5 5 7777777 9999999999 5 5 5 5 444 5 5 5 1111111 5 5 44 444 0 7 7 7 333 7 7 7 999 7 7777 3333333 66 4444444444444444444444444444444 22222 222222 1111 99 9 9 99 1 66 0 99 9 555555555555555555 9 1 5555555555 22 22 2 2 4 1 00000 3 3 3 222222222222222222222222222222222 4 111111111111 888888 6 6 11 66 5555555555555555555555555555 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5555 5555555555 555555555555555555 00000 888888 2 1 5 3 777 555555 8888888888 0 8888888 77777 2222222 7 8 7777 77 9 3 7 7 1 0000000000000000 77 77 7777 7 7 99 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 7 7 7 7 22 6 1 1 444 1 22 5555 77777 22
consensus : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATG-------TT-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAA--TG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGAGGC-----AGGGA------ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
Reference ( family-954 ) : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCGGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTCGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATG-------NT-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAA--TAA--TG--ATTTATAAT------T-GCTTNATTA-------TAAGAGGC-----AGGGN------ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCNNNNNGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|1 : AGACACTA-CAGCTCATTGTGCGCATAT-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTCCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTCGTTACATA--------A-T-T-CAATGC-AT---G-AACTTT-CCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAGAT---TAGC-A-TT-TCAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATTACCCA-T----AC-------AAA--AA--------AAACAAATGAAGCTCC-------GC-----CTT------TCTCTCTCTA----CACG--C-AT-GCG--GGCAGGG-CGA-AAAAATATCG--G-CATGTCT---A---T---------GCATACA-ATGGATATGCGGGG--ATATA--CACAGAA-TTTTAGAGGTC-ATTG-----GGAAA-C-A-ATGCTATATTAGAGTGAGA----------------TAAT-------------AC-TCATA-ATA---T-GCGA------GCTATAATTTACGTTGAGAT-A---ATG-ACCGTTTTAAAAACCA--AGAGCCA------TGAGAGTCA-----GA------CACGCACAG-AGGGCTAAT---------ATCGCTGGTCA--TA---T--TATTACGGGGGATATANGTGCTAT--TTTTAT--CCGATA----ACGTC----------ACATGTTTGAAAAT-------AAAAGC--ATTCTTTA------GT-TGAA--G-ACATGGAAGGGATTTCGTTGGAG--TAA--TG--ATTTATAAA------T-CCTTAATTA-------TTAGAGGC-----AGGG-------ATACTTCCATTCT-TGAA----AAGC--AAAT-GTGGATTC-T-TTAAGTTGTG---TT-----GT---TATAAGTTGATA--C--GTAACA----CGTCTGTTA-TCA-TTTT--AAACCA-C-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTTAAAATAATC-GGAAT-GATTATCGT-T-T-TTATCATTTTATCGATCAGTATTTTAAAAAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----C-----AGT--ATCTCTT
gi|10 : aaag----------------------T--TCTTAC--CTGAAA----ACATC----------ACATG-------TTTAAAAATAAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTTGGTGGAG--TAA--T------TATAAT------T-GTTTAATTA-------TACGAGGC-----AGGGTCCCGGGATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ATAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AGATCA-T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N------NNNTGAATTGTTCAAGATAATC-GGAATCGA-TGTTAT-T-T-TTATCATTTTATCAATATATATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTC
gi|11 : gtgttaT-ATA-ATCAATCAATAAACCA--AGAGCCA------CG------A-----GAGCCGGACACGCACGC-AGG-------------------------------------------------------------------------AAA----ACGTC----------ACATG-------TT-------TAAAA----------A------G---AAAA---ACATGG------TTTAGTC------TAA--TTCTATTTATTAT------T-----TATT--------TAAAGGACTTAGAAGGGT---------TT----TTGT-TG------------GAGT-AATAATTCAT-TTAAGGTGTG--TCT-----TG----ATAAGCTTCTA--C--ACAACA----CGGCTATTG-TCA-TTTT--AAATCA-C-
gi|11 : taaaATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TCATTATTATATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTG----------AT---G-AAAAATGAGC--TG----TCTAGCAGT--GTATCCTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcggaatcgatattattttcattattatatcgatacgtattttaaatagcacttgatgaaaaatgagctgtctagcagtgtatcct
gi|12 : taaatataatcaatcaataaaccaagagccacgagagccggacacgcacgcaggaaaacgtcacatgtttaaaaagaaaaacatggtttagtctaattctatttattatttatttaaaggacttagaagggtttttgttggagtaataattcatttaaggtgtgtcttgataagcttctacacaacacggctattgtcattttaaatcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGACAC----AGCTCATTTTGCGCAAAAGATCAATATGCA--ATGACAATTT-CTC--AG-AAGCAATTCTC------ATA-TA-------TTTGTGG-ATA--------GGT-T-GAATGT--T---G-AACTTTTGCGAAAATAA-AACAATTTATATTTATATACA--GTTCAAAATCTATC-C-G-TTATGAACGC---AA-AA---AATCGC---AT-----CAGCCCA-T----AC-------AAA--AATACGCGCGA----------------------GTTCCG-CTT------TCGATCTTTA----CACA--C-AT-GCAGACACA-GAACGGTAAACATTGTGCAG-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-AC----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTAGCAGATT-GTAGGA---G---A-A-G-AGGTTAGCGTAGAAC
gi|13 : aaAGACACTAACAGCTCATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AC-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCAAT--------G-T-T-GAATTT-ATTTTA-AACTTT-TTGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGC---AA-AAATTAAC-AC---TTTTTAACGGCCCA-T----ACCAAAAAAAAA--AA--------ACGAGTCCCC-------------GC-----CTT------TCGATCTGGA----CACGATC-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTTG--G-CATGTCG---A---T---------GATTAGA-AT----------GGATATATA--CCCTGAATTTTTACAGATT-AGGGGA---GAAtacatg
gi|14 : aagAAGAGGC-----AGGGA------ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGG-----------------TATAAGTTTCTA--C--AGAGCA----CGTCAGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-GTGATGTGA
gi|14 : ------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GATATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTGTCCATAAGTATTTTGAATAGCA--CTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--GT----T-----AGT--ATCTCatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttaaattgttcaaaatagtcgatatcgatattatttttatcattttgtccataagtattttgaatagcacttgattaaaatatgaaaaatgagcgttagtatctcga
gi|15 : aagaggcagggaatattcccattcttgaaaagcgagtgtggaccctttaaggggtataagtttctacagagcacgtcagttgtcattctaaatcacgtgatgtgaatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttACCC-TGTTAAAG--TA--ATT-----TG---TATACATTTCTA--C--ACAACA----CGTACGTTT-TCA-TTCT--AAATTA----------GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-C------A----AATTGTTCAAAAT--TCCGGAATAGA--ATCAT-T-T---AGCATTGTATCGATACGTATTATAAATAGCAACTTTGATGAAATA-TAT---G-AAAAATGAGT--TG----T------GTAAGTCTCTTTga
gi|16 : ttgaaAGGCACTA-CAGCTTATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATTAAAATCATCCC--AG-A-TCT-GTATC------C-A-TT-------TTTGTTGCATT--------G-T-T-GAATGC-AT---G-A-------------TAA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTCAAGGT---TCTC-G-TT-TAAACACAAAAA-AA-TT-AT-AC---TGTTTGATGGCCCA-TTCAAAC-------AAA--AG--------AAACCNTTAAGTTTCC-------GC-----CTT------TTGATCTTCA----CGCG--T-AT-GCG--CACA-TA-CGTTAAACATTGCA--G-
gi|17 : aagAAACATTA-CGGCTCATTT-GTGCAAAA-GCCA-TAT--A--ATGATAATTT-ACA--AG-A-CCT-TCCTC------A-A-TTATTTTTTTTTTTTGCATACCGGGGTAG-C-T-GAATAT-AT---A-TACTTT-GTGAAAGTAT-CATA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-ACT--TTTTTGACGGCCCAGT----AA-------AAA--AA--------A----------------------
gi|18 : aagGTCTGTTG-TTA-TTCT--AAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC------A----AATTGTTC-AAATAGTC-GGAATCTT-TCTTAT-T-T-TTATCCTTTTATCAATATGTAATTTAAAAAGCA--CTTGATAAAA-A-TAT---G-ACCAATGAGA--TG----T-----AGT--GTCTCTTTattaagttaaaatttatgtcatttcatcaatttca
gi|19 : ----------------------GC-----CTT-------CAATCTGTA----C--G--C-ATTGCG---ACA-GA-GGGTAAACATTACG--GCCATGTC----A---T---------GCATACC-AT----------GG--ATATACTCCCAGAA-GTTTAC-GATT-ATGGGA---AGAAA-A-G-AGGCTCGAGTTGAATGAGA----------------CACA-------------AC-TCATCAATA---CAGCAA------CATAAAATTTACGTGGGGATCATTAATGCACTATTT----AACTATGAGAGTCA---------------------A------CACATAC
gi|2 : aacgactcccAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGGCAATTTTCTC--AT-A-GCT-TTTTC------A-A-GT-------TTTGTTTCATA--------G-C-T-GAATGT-AT---C-AACTTT-CCGAAATTTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTTC-G-AT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC----------------------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-CGATATACATTGCA--G-CACGTAA---AATTT---------GTATACA-AT----------GG--ATATA--CCCCGAATTTCCACAGATT-ATGGGATCGAAAAA-A-G-AAGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---T-GCAA------AATATGATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGACCCA------GG------A-----GA------CATGTACAC-AAGGTTACT---------A-----AGTAA--TA---T--T----------------------TTGTTTTAT--CTGAAA----ACGCC----------ACATG-------GT-------AAAAAC--ATTGTTTG------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTCCGTTGTAATTTAA--TG--CTTTATAAT------C-ATTTTATTG-------TAAGAGGC-----AGGGT------ATATTCCCAATCT-TGAA----AAGC--GGGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTTACATGTA---TACAAGTTTCCA--C--ACAATA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAATC-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTCGTCGATAGGCATTTTCAATAGCA--TTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTTTTTca
gi|20 : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAC-ATCA-TAT--G--ATGACAATATTCCC--AG-A-ACT-TTCTCAATCTCA-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTG-CACA-------TTTATA-A-A--GTTG----------------------------AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGACCCA-T----AC-------AAA--AA--------AAT--------------------GC-----CTC------TCGATCTTTACAGGCATG--C-AT-GCG--CAC
gi|21 : aagAGGTGTA--TTT-----AG----ATTAGTTTCTA--C--ACAAAA----TGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCGTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------G----AATCGTTCAAAATAGTC-GGTATCAA-TATTAT-T-T-T
gi|22 : AGACACCA-CAGTTCATTTGGCACAAAA-ACCA------G--ATGACAATTT-CCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-ATTT-------TTTGTTGCA-A--------G-T-T-GAAAAT-AT---GAAACTTTGGCAAAAATTAGCACA-------TTAATA-A-AGTGTTGACAAT---TCGCTA-TT-T-AATGCCA-AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATAGCCCA-T----A
gi|23 : aaag----------------------T--TTTTAT--CTGAAG----ACGTC----------ATGT--------TT-------AAAAAA--A--GTTTA------TTATACTAGG-ACATGGAAGGA-----------------------ATTC----T------T-ACTTGATTA-------TAAGAAGC-----AGGGA------GGAACCCCATTCT-CGAA----AAGT--GAGT-GTAAACTC---TTGAGGGGTA---TT-----CA---TATAATTTTCTA--C--ATAATA----CGTCTGTTG-TCA-T
gi|24 : agtgttgCTATTCT-TGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAG------T-----TTAAATATAAA-TTCTA--A--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--AATTCA-
gi|25 : cgttgtatcgatgttctttccagttgtatcatggtcaagaataacgttgcgggtactgtacatGCCCA-T----AC-------AAAGCAATATTG---A----------------------GT-----CTCCTCACCTTGGTCTTAA----GTCG--C-AT--TG--CAAA-GA-CGATGAACAGCGCA--G-CATGTCGTCCA---TTGAGAGAAAGTGTACATAC----------GG---CAGA--CTCGGAATTTTGACAGATT-CAGCGA---GGAAA-G-G-AGtgtggtttaaaatg
gi|26 : acAAAAC--ATTGTTTA------ATCTAA---G-ACATGAAGGGGTTTTTGTTGGAG--TCA--TG--ATTTATAATAATTATT-GTTTAATTA-------TAAGAGGC-----AGGGG------ATATTCCTATTCT-TTAA----AAGC--AAGT-GT-------------GGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--AGAACA----TGTCTGtatgtacatagaac
gi|27 : aaatTAAACCA--AGTGCCATATGAGAGTC----A-----GA------CACGCACGC-AGGGCGATT---------A-----AGT-GC-TA---T--T----------------------T--TT--AT--CCGAAA----ACGTC----------ACATGTTTAAAAAT-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCT---ATG-ACATGGACGGGTTTTCGTTAACA--TAACTTG--CTTT
gi|28 : gGACAATG-CAGCTTATTTTGCGCGAAA-A-AA-TAT--ACTATTACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTGTC------A-A-TT-------TTTGTTGCACT--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AAA-TA-GCGAAAATTA-CGAA-------TTTATT-A-T--GTTTCAAAT---
gi|3 : aagtAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGAAAAA-ATCA-TAC--A--ATGACAATTTTCCC--CT-A-ACT-TTCTC------A-A------------AGTTGAA-A--------G-TAT-GCATATGAT---G-AACTTT-GCGAAAA-----------------------------TGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTAATGGATCA-T----AC-------AA
gi|3 : aag----------------------GC-----CCT------TCGATCTGTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCG--G-CATGTCT---A---T---------GC------------------------ATA--CCCAGAATATTTAC-----------------------G-AGGCTAGAGTGGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATAATAC-GCAA------AGTATAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACTG--CAGTA---TG--AGAGTCA------G--------------A------CACTCACGC-AGGGCTATTTTCATCTGAA-----AGTCA--CA---TGAT----------------------T--GTTTAAAACTAAAA----TTGTTTAGTGTACAGACATG-----------------AAAAC---TAGCCTACNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAG--TAA--T---ATTTATAAT------TTGCTTAATTA-------TAAGAGGT-----AGGG-------ATATTCCCAATCT-TTAA-----------------GG-----T-TT----------TTT-----TT---TTTAA-TTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTGGTCAATTCTCAAAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNGA----AAGTGTTCAAAATAGTT-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATGCATATTTCAAATAGtcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccgcccttcgatctgtacacgcatgcgcacagagggtaaacatttcggcatgtctatgcatacccagaatatttacgaggctagagtggaacgagatacaactcataatacgcaaagtataatttacgtggggatcattatgactgcagtatgagagtcagacactcacgcagggctattttcatctgaaagtcacatgattgtttaaaactaaaattgtttagtgtacagacatgaaaactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagtaatatttataatttgcttaattataagaggtagggatattcccaatctttaaggtttttttttttaatttctacacaacacgtctgttggtcaattctcaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagtgttcaaaatagttggaatcgatattatttttatcattttatcgatgcatatttcaaatag
gi|30 : aagagacactacagctcattttgcgaaaaaatcatacaatgacaattttcccctaactttctcaaagttgaaagtatgcatatgatgaactttgcgaaaatgaaaattcgcgtttaaatgcaaaaattaatactttttaatggatcatacaatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccTGTTCAAAATAGTC-GAAATCGA-TATCAA-TAG-TTATCATTTTATCGATACGTAATTTAAATGGCA--CTTGATGAAA-A-TATAAAA-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|31 : g----AATTGTTCAAAGTAGTT-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TCATCATTTTGTCGATACGCATTTTAAATAGCA--CTTGACTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGCTATA----T-----AAT--GTCTCTTTa
gi|32 : ATTCTATGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAGT-----------TTAAATATAAATT-CTAAGC--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--ACAT
gi|33 : tTTGTTCGAAATACTC-GGAATCGA-TATTATAT-TGTTATCATTTTATCGATACGTATCTTAAATAGCA------AT---------T---G-AAAAATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTtcatgtggtttaaaatgt
gi|34 : AAAATAGTC-GGAATTGA-TATTAT-T-T-TTATT--------GCTACGTATTTTAAACAGCA--CTTGATGAAA-A-TTT---G-AAAAATGAGT--TGTGCAT-----AGT--GT
gi|35 : TTGTTGCATA--------G-T-T-CAATGT-AT---T-AACTTT-GCGAAAATAA-CATA-------TTGATA-A-A--TTTGAAAAT---TCTT-G--T-TAAGCCT---AA-TA-TTAAT-A
gi|36 : tgAGACAATA-CAGCTCCATTGACGCAAAA-ATCA-TGG--A--ATGACAATTTTACC--AA-A-CCC-TTCTG------A-A-
gi|37 : ggATTA-------TAAGAG-C-----AGGAATTC---ATGTTCC-ATTCT-TG-A----AAGT--GAATCGTGGACCC-T-TTAAGGatatt
gi|4 : aAGACACTA-CAACTCATTTTGCGCAAA-------TAT--C--ATGACAATTTATCC--AG-A-ACT-TTCTC------A-A-AT-------TTTG-----------------------GTGT-AT---G-AACTCT-GCAAAAATTA-CACA-------TTT-TA-A-A--GTTGAAAAT---TTGC-A-TT-TAAATGC---AA-AA-CTAAT-AC---TTTT-GACGGCCCG-T----AC-------AAA--AA--------AATTTGAGTCCCT----------GC-----CTT------TCAATCTTTA----CACA--C-AT-GAG--CACA-GA-CGATAAACATTGCA--G-CATATCA---A---T---------GCATACA-AT----------AG--ATATA--CCCATAATTTTCACAGATT-ATGGGA----GAAA-A-G-AGGTTAAAGTAGAATGAGA----------------AACA-------------AC-TC----GT------GCAA------AATGTAATTTACGCGGGGATAATT-ATG-ACCATTTGATAAACCA--AGAGCCT------GG------A-----GA------CACACACAC-AGGG------------------------A--TA-----------------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ATGT-----------------------------------AAC--GCT-TTTA------ATCTAAAAGG-ACATGAAAGGGCTTCTGTTGGAA--TAA------------------------CATGATTA-------TAAAAGGC-----AGGGA------ATATTCCCTTTCT-TG-A----ATGC--AAGT-GTTGACAC-T-TTAAGCGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--T--ACAA--------TCTA-TG-TCA-TTCT--AAATCA-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTCAAAA-T------A----GCCTGTTC----TA-----------A-TAATAT-T-T-ACATCATTTTGTTGACACATATATTAAATGGCA--CTCTCTTAAA-A-TAT---G-AAACATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|5 : aagACGCTA-CAGCTGATTTTGCG-AAAA-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCC-TTCTC------A-A-AT-------TTTTTTGCA-A--------G-T-TAGAAAGT-AT---G-ATCTGT-GAGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTAAAAAT---TCGT-G-TT-TAAAAGCA--AA-AA-TTAAC-AG---GTTTTAACGTCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------Ga
gi|5 : a----------------------GC-----CTT------TTGATCTGTA----TACG--CTAC--CA--CACA-GT-GGGTAAATATGTCG--G-CAT-------------------------ACC-AT----------GC--ATATA---------TTTTTACAGATT-AAGGGA---GAAGA-ACG-AGaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgagtgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|5 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccGTGGGGGTCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AATGCCAT-----GG------AAGTCAGA------CACGCAAGC-AGGGTTATT---------------------------------------------------------TTTAT--CTGAAA----ACGTC-------------TT-------TA-------AAAAAA--ATTGTTTA--------TTAAAA---AAATGGAAGGGTTATCGTTTGAG--TAA--TG--ATTTATAAT------T-GCTTAATAA-------TAAGAGGC-----AGAGG------ACATTCCCTTTCT-TGAAAACGAAGCTAAAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TAAAAGTTTCTA--CAAAAAACATGTTCGTCTGTTG-CCA-TTCT--AATTCA-C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAT-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-tgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|6 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgaACACCA-CAACTCATTTTGCGCAAAA-ATTA-TAT--A--ATGTCAATTTTCC---AGTA-GCT-TTCTC------A-A-TA-------TTTGTTGCATATAATA---G-T-T-AAATGT------G-AACTTTTGCGAAAATTC-CACA-------ATTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGT-G-TT-TAAACGC---AA-AA-ATAAT-AC---TGTTTGACGACCCA-T----GC-------A
gi|6 : aC-----TTT------TCGGTCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCA--G-CATGCCG---A---T---------GTATACA-AT----------TA--ATATA--CCCAGAAATTGCACATATTAATGGG----GAAAA-A-C-AGGTTAGGGCAGAACGAAA----------------TAC--------------AC-TC----TT---------A------AATGTAATTTACGCGAGAATCATT-ATG-ACCGTTAAATATCCCA--AGAGCCA------AG--------------------CACGC-TGCTAGGG-TATT---------A-----AGT-AAGTA---C--TA---------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACA----------------------------TGTTTA------GTCTAAAATG-ACATGGAATGGTTTTGGTTGGAA--TAC--TG--ATTTATAAT------T-GTTTAATTA-------TAAGAGAC-----AGGGA------ATATTCCCATCCT-TGAA----AAGC--GAccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtacccccttttcggtctttacacgcatgtgcacagagggtaaacatttcagcatgccgatgtatacaattaatatacccagaaattgcacatattaatggggaaaaacaggttagggcagaacgaaatacactcttaaatgtaatttacgcgagaatcattatgaccgttaaatatcccaagagccaagcacgctgctagggtattaagtaagtactatttttatctgaaaacgtcacatgtttagtctaaaatgacatggaatggttttggttggaatactgatttataattgtttaattataagagacagggaatattcccatccttgaaaagcgacgtctgttgtcatttta
gi|7 : aacaccacaactcattttgcgcaaaaattatataatgtcaattttccagtagctttctcaatatttgttgcatataatagttaaatgtgaacttttgcgaaaattccacaattataaagttgaaaattcgtgtttaaacgcaaaaataatactgtttgacgacccatgcaccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtaccccACATGTCA--G-CATGTCG---A---T---------GCAAACA-AT----------GA--ATATA--CTCAGAATTTTTACAGATA-ATGGGA----GATA-A-G-AGGTTGGAGTAGAACGAGA----------------TGCA-------------AC-TC----AAG---C-GCAAAAATTTAATGTAATTTACG-GGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACAA--GGAGGTC------GT------T-----AA------GACGCACGC-AGGGCTATT---------G-----AGT-A--AACGCT--A----------------------T--TTGTAC--CTGAAA----ACGTC----------ACATA-------TTTAAA---AAAAAA--AATGTTTA------GTCTAAAAGGAACATGGAATGGTTTTCGTTGGAA--TAA--TG--ATATATAAT------T-G-TTAACTATAAGATTTAAGAGGC-----AAGGA------ATATTCCC-TTCT-TGAA----AA-T--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAATGGTAAGTTT-----TG---TGTAAGTTTTTA--C--ACAACA----CGTCTGCTT-TCA-TTCT----ATTT-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GAAATCAA-TATTA--T-T-TTATCAT--------------TTTTAAATAGCA--CTT----AAA-ATTAT---GAAAAAAAGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTcgtctgttgtcatttta
gi|8 : ATTTTGCGCAAAA-ATTA-TGT--A--ATGACAATTTTTCATGAG-A-TTT-TTTTC------A-A-TT-------TTTTATGCATA--------G-T-T-GAATG-----------------CGAAAATTA-AACA-------TTTATA-A-A--GTTAAGAAT---TCTC-C-TT-TAAACG----------TCCAT-AC---------ACCCCCCC-C----CC-------------C--------A----------------------GCCCCGCCTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAATATTGCA--G-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-A-----------AG--A--------------TTTTACAGATT-GTTGGA----GAAA-A-T-ATGTTAGAATTGAACGAGATACTACTTAATTAAGATACA-------------AC-TC----ATA---A-ACAA------AATATAATTTATGTGGGGATCATT-AAG-GCCGTTTGATAAACCA--AGAGTCA------GG------A-----GG------CATGCACGC-AAG-----T---------A-----AGT-GC-TA-----------------------------T--TTTTAT--CTCAAA----ACGTC----------ACGCG-------TT-------GAAAACAAAATGTTTA------GTCTGAAAGG-ATATGGAAGGATTTCCGTTGGAA--TAA--TG--ATTTATAAT------T-
gi|9 : CACTA-CAGTTCATTTTGCACAAAA-ATCA-TAC--A--ACAACAATTTTCCA--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------A-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTGT-GTTT-TAAACAC---AAGAA-ATAAT-ACTAATTTTTGATGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------AACCCACCAAACCTAGAGTTCCCAC-----CTT------TTGATCTTTA----CATG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGCAAACATTACA--G-CATGTCA---A---T---------GC------AT----------GA--ATA--------GAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAATA-GTAGGTTATAGTAGAACAACA----------------TACATGCCATTTTATATACATC----ATA---T-GCAA------AATGCAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACGGTTTGATAAACCA--GGAGCCA------TG------A-----GA------CATGCATGC-AGGGCTA----------------------------------------------------------TTTTAT--CTGAAAAATTATATC----------ACATG-------TT-------a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CCACACTTCAGGTGCCTGTGGTCATTTCTAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|38 ): GTATCAGTTGATCAAGAATAACGTTCGGGTACTGTATATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 111 9999999999999999999999999999999 11111 111111111111111111 11111111111111 11111 333333333333333333333333333333333 222222222222 111111 3333333333333333333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 333333333333333333 1111111111 1111111 2222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 2 2 2 33 33 2 33 2 2 2 777777 2 2 8888888 6666666666 2 2 2 2 444 2 7 2 8888888 2 2 33 444 5 2 2 2 666 2 2 2 777 2 5555 9999999 44 6666666666666666666666666666666 33333 888888 6666 33 2 2 33 3 44 1 33 2 888888888888888888 8 3 44444444444444 44 0 2 3 22222 3 3 3 444444444444444444444444444444444 4 666666666666 222222 3 3 1 44 9999999999999999999999999999 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 44 6666 3333333333 666666666666666666 99999 888888 6 3 0 0 555 8888 1111111111 0000000 555 888888 9999 2 0 5555 33 2 0 2 2 2 5555555555555555 33 33 5555 2 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 2 2 2 44 6 3 3 555 3 44 6666 77777 44
lowQualScore : . . . .. .. . .. . . . ...... . . ....... .......... . . . . ... . . . ....... . . .. ... . . . . ... . . . ... . .... ....... .. ............................... ..... ...... .... .. . . .. . .. . .. . .................. . . .............. .. . . . ..... . . . ................................. . ............ ...... . . . .. ............................ . ............................................................. . .. .... .......... .................. ..... ...... . . . . ... .... .......... ....... ... ...... .... . . .... .. . . . . . ................ .. .. .... . . .. ..................................................................................................... . . . . . .. . . . ... . .. .... ..... ..
lowQualScore : 7 5 5 44 44 8 44 5 5 5 222222 5 5 7777777 9999999999 5 5 5 5 444 5 5 5 1111111 5 5 44 444 0 7 7 7 333 7 7 7 999 7 7777 3333333 66 4444444444444444444444444444444 22222 222222 1111 99 9 9 99 1 66 0 99 9 555555555555555555 9 1 22222222222222 22 2 4 1 00000 3 3 3 222222222222222222222222222222222 4 111111111111 888888 6 6 2 66 5555555555555555555555555555 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 22 5555 5555555555 666666666666666666 00000 888888 2 1 5 3 444 2222 8888888888 8888888 444 888888 4444 7 8 7777 77 9 3 7 7 1 0000000000000000 77 77 7777 7 7 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 7 7 7 7 22 6 1 1 444 1 22 5555 77777 22
consensus : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
Reference ( family-954 ) : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|1 : AGACACTA-CAGCTCATTGTGCGCATAT-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTCCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTCGTTACATA--------A-T-T-CAATGC-AT---G-AACTTT-CCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAGAT---TAGC-A-TT-TCAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATTACCCA-T----AC-------AAA--AA--------AAACAAATGAAGCTCC-------GC-----CTT------TCTCTCTCTA----CACG--C-AT-GCG--GGCAGGG-CGA-AAAAATATCG--G-CATGTCT---A---T---------GCATACA-ATGGATATGCGGGG--ATATA--CACAGAA-TTTTAGAGGTC-ATTG-----GGAAA-C-A-ATGCTATATTAGAGTGAGA----------------TAAT-------------AC-TCATA-ATA---T-GCGA------GCTATAATTTACGTTGAGAT-A---ATG-ACCGTTTTAAAAACCA--AGAGCCA------TGAGAGTCA-----GA------CACGCACAG-AGGGCTAAT---------ATCGCTGGTCA--TA---T--TATTACGGGGGATATANGTGCTAT--TTTTAT--CCGATA----ACGTC----------ACATGTTTGAAAAT-------AAAAGC--ATTCTTTA------GT-TGAA--G-ACATGGAAGGGATTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAA------T-CCTTAATTA-------TTAGA---GGCAG------GG----ATACTTCCATTCT-TGAA----AAGC--AAAT-GTGGATTC-T-TTAAGTTGTG---TT-----GT---TATAAGTTGATA--C--GTAACA----CGTCTGTTA-TCA-TTTT--AAACCA-C-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTTAAAATAATC-GGAAT-GATTATCGT-T-T-TTATCATTTTATCGATCAGTATTTTAAAAAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----C-----AGT--ATCTCTT
gi|10 : aaag----------------------T--TCTTAC--CTGAAA----ACATC----------ACATGT-------TTAAAAATAAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTTGGTGGAG--TAA------TTATAAT------T-GTTTAATTA-------TACGA---GGCAGGGTCCCGGG---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ATAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AGATCA-T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N------NNNTGAATTGTTCAAGATAATC-GGAATCGA-TGTTAT-T-T-TTATCATTTTATCAATATATATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTC
gi|11 : gtgttaT-ATA-ATCAATCAATAAACCA--AGAGCCA------CG------A-----GAGCCGGACACGCACGC-AGG-------------------------------------------------------------------------AAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------TAAAA----------A------G---AAAA---ACATGG------TTTAGTC------TAATTCTATTTATTAT------T----TATTTA-------AAGGACTTAGAAG------GG-------TTT---TTGT-TG------------GAGT-AATAATTCAT-TTAAGGTGTG--TCT-----TG----ATAAGCTTCTA--C--ACAACA----CGGCTATTG-TCA-TTTT--AAATCA-C-
gi|11 : taaaATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TCATTATTATATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTG----------AT---G-AAAAATGAGC--TG----TCTAGCAGT--GTATCCTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcggaatcgatattattttcattattatatcgatacgtattttaaatagcacttgatgaaaaatgagctgtctagcagtgtatcct
gi|12 : taaatataatcaatcaataaaccaagagccacgagagccggacacgcacgcaggaaaacgtcacatgtttaaaaagaaaaacatggtttagtctaattctatttattatttatttaaaggacttagaagggtttttgttggagtaataattcatttaaggtgtgtcttgataagcttctacacaacacggctattgtcattttaaatcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGACAC----AGCTCATTTTGCGCAAAAGATCAATATGCA--ATGACAATTT-CTC--AG-AAGCAATTCTC------ATA-TA-------TTTGTGG-ATA--------GGT-T-GAATGT--T---G-AACTTTTGCGAAAATAA-AACAATTTATATTTATATACA--GTTCAAAATCTATC-C-G-TTATGAACGC---AA-AA---AATCGC---AT-----CAGCCCA-T----AC-------AAA--AATACGCGCGA----------------------GTTCCG-CTT------TCGATCTTTA----CACA--C-AT-GCAGACACA-GAACGGTAAACATTGTGCAG-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-AC----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTAGCAGATT-GTAGGA---G---A-A-G-AGGTTAGCGTAGAAC
gi|13 : aaAGACACTAACAGCTCATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AC-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCAAT--------G-T-T-GAATTT-ATTTTA-AACTTT-TTGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGC---AA-AAATTAAC-AC---TTTTTAACGGCCCA-T----ACCAAAAAAAAA--AA--------ACGAGTCCCC-------------GC-----CTT------TCGATCTGGA----CACGATC-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTTG--G-CATGTCG---A---T---------GATTAGA-AT----------GGATATATA--CCCTGAATTTTTACAGATT-AGGGGA---GAAtacatg
gi|14 : aagAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGG-----------------TATAAGTTTCTA--C--AGAGCA----CGTCAGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-GTGATGTGA
gi|14 : ------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GATATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTGTCCATAAGTATTTTGAATAGCA--CTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--GT----T-----AGT--ATCTCatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttaaattgttcaaaatagtcgatatcgatattatttttatcattttgtccataagtattttgaatagcacttgattaaaatatgaaaaatgagcgttagtatctcga
gi|15 : aagaggcagggaatattcccattcttgaaaagcgagtgtggaccctttaaggggtataagtttctacagagcacgtcagttgtcattctaaatcacgtgatgtgaatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttACCC-TGTTAAAG--TA--ATT-----TG---TATACATTTCTA--C--ACAACA----CGTACGTTT-TCA-TTCT--AAATTA----------GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-C------A----AATTGTTCAAAAT--TCCGGAATAGA--ATCAT-T-T---AGCATTGTATCGATACGTATTATAAATAGCAACTTTGATGAAATA-TAT---G-AAAAATGAGT--TG----T------GTAAGTCTCTTTga
gi|16 : ttgaaAGGCACTA-CAGCTTATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATTAAAATCATCCC--AG-A-TCT-GTATC------C-A-TT-------TTTGTTGCATT--------G-T-T-GAATGC-AT---G-A-------------TAA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTCAAGGT---TCTC-G-TT-TAAACACAAAAA-AA-TT-AT-AC---TGTTTGATGGCCCA-TTCAAAC-------AAA--AG--------AAACCNTTAAGTTTCC-------GC-----CTT------TTGATCTTCA----CGCG--T-AT-GCG--CACA-TA-CGTTAAACATTGCA--G-
gi|17 : aagAAACATTA-CGGCTCATTT-GTGCAAAA-GCCA-TAT--A--ATGATAATTT-ACA--AG-A-CCT-TCCTC------A-A-TTATTTTTTTTTTTTGCATACCGGGGTAG-C-T-GAATAT-AT---A-TACTTT-GTGAAAGTAT-CATA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-ACT--TTTTTGACGGCCCAGT----AA-------AAA--AA--------A----------------------
gi|18 : aagGTCTGTTG-TTA-TTCT--AAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC------A----AATTGTTC-AAATAGTC-GGAATCTT-TCTTAT-T-T-TTATCCTTTTATCAATATGTAATTTAAAAAGCA--CTTGATAAAA-A-TAT---G-ACCAATGAGA--TG----T-----AGT--GTCTCTTTattaagttaaaatttatgtcatttcatcaatttca
gi|19 : ----------------------GC-----CTT-------CAATCTGTA----C--G--C-ATTGCG---ACA-GA-GGGTAAACATTACG--GCCATGTC----A---T---------GCATACC-AT----------GG--ATATACTCCCAGAA-GTTTAC-GATT-ATGGGA---AGAAA-A-G-AGGCTCGAGTTGAATGAGA----------------CACA-------------AC-TCATCAATA---CAGCAA------CATAAAATTTACGTGGGGATCATTAATGCACTATTT----AACTATGAGAGTCA---------------------A------CACATAC
gi|2 : aacgactcccAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGGCAATTTTCTC--AT-A-GCT-TTTTC------A-A-GT-------TTTGTTTCATA--------G-C-T-GAATGT-AT---C-AACTTT-CCGAAATTTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTTC-G-AT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC----------------------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-CGATATACATTGCA--G-CACGTAA---AATTT---------GTATACA-AT----------GG--ATATA--CCCCGAATTTCCACAGATT-ATGGGATCGAAAAA-A-G-AAGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---T-GCAA------AATATGATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGACCCA------GG------A-----GA------CATGTACAC-AAGGTTACT---------A-----AGTAA--TA---T--T----------------------TTGTTTTAT--CTGAAA----ACGCC----------ACATGG-------T-------AAAAAC--ATTGTTTG------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTCCGTTGTAATTTAATG--CTTTATAAT------C-ATTTTATTG-------TAAGA---GGCAG------GGT---ATATTCCCAATCT-TGAA----AAGC--GGGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTTACATGTA---TACAAGTTTCCA--C--ACAATA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAATC-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTCGTCGATAGGCATTTTCAATAGCA--TTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTTTTTca
gi|20 : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAC-ATCA-TAT--G--ATGACAATATTCCC--AG-A-ACT-TTCTCAATCTCA-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTG-CACA-------TTTATA-A-A--GTTG----------------------------AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGACCCA-T----AC-------AAA--AA--------AAT--------------------GC-----CTC------TCGATCTTTACAGGCATG--C-AT-GCG--CAC
gi|21 : aagAGGTGTA--TTT-----AG----ATTAGTTTCTA--C--ACAAAA----TGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCGTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------G----AATCGTTCAAAATAGTC-GGTATCAA-TATTAT-T-T-T
gi|22 : AGACACCA-CAGTTCATTTGGCACAAAA-ACCA------G--ATGACAATTT-CCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-ATTT-------TTTGTTGCA-A--------G-T-T-GAAAAT-AT---GAAACTTTGGCAAAAATTAGCACA-------TTAATA-A-AGTGTTGACAAT---TCGCTA-TT-T-AATGCCA-AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATAGCCCA-T----A
gi|23 : aaag----------------------T--TTTTAT--CTGAAG----ACGTC----------ATGT-T-------T-------AAAAAA--A--GTTTA------TTATACTAGG-ACATGGAAGGA---------------------ATTC----T------T-ACTTGATTA-------TAAGA---AGCAG------GGA---GGAACCCCATTCT-CGAA----AAGT--GAGT-GTAAACTC---TTGAGGGGTA---TT-----CA---TATAATTTTCTA--C--ATAATA----CGTCTGTTG-TCA-T
gi|24 : agtgttgCTATTCT-TGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAG------T-----TTAAATATAAA-TTCTA--A--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--AATTCA-
gi|25 : cgttgtatcgatgttctttccagttgtatcatggtcaagaataacgttgcgggtactgtacatGCCCA-T----AC-------AAAGCAATATTG---A----------------------GT-----CTCCTCACCTTGGTCTTAA----GTCG--C-AT--TG--CAAA-GA-CGATGAACAGCGCA--G-CATGTCGTCCA---TTGAGAGAAAGTGTACATAC----------GG---CAGA--CTCGGAATTTTGACAGATT-CAGCGA---GGAAA-G-G-AGtgtggtttaaaatg
gi|26 : acAAAAC--ATTGTTTA------ATCTAA---G-ACATGAAGGGGTTTTTGTTGGAG--TCATG--ATTTATAATAATTATT-GTTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGG---ATATTCCTATTCT-TTAA----AAGC--AAGT-GT-------------GGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--AGAACA----TGTCTGtatgtacatagaac
gi|27 : aaatTAAACCA--AGTGCCATATGAGAGTC----A-----GA------CACGCACGC-AGGGCGATT---------A-----AGT-GC-TA---T--T----------------------T--TT--AT--CCGAAA----ACGTC----------ACATGTTTAAAAAT-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCT---ATG-ACATGGACGGGTTTTCGTT
gi|28 : gGACAATG-CAGCTTATTTTGCGCGAAA-A-AA-TAT--ACTATTACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTGTC------A-A-TT-------TTTGTTGCACT--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AAA-TA-GCGAAAATTA-CGAA-------TTTATT-A-T--GTTTCAAAT---aacataacttgcttt
gi|3 : aagtAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGAAAAA-ATCA-TAC--A--ATGACAATTTTCCC--CT-A-ACT-TTCTC------A-A------------AGTTGAA-A--------G-TAT-GCATATGAT---G-AACTTT-GCGAAAA-----------------------------TGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTAATGGATCA-T----AC-------AA
gi|3 : aag----------------------GC-----CCT------TCGATCTGTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCG--G-CATGTCT---A---T---------GC------------------------ATA--CCCAGAATATTTAC-----------------------G-AGGCTAGAGTGGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATAATAC-GCAA------AGTATAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACTGC--AGTA---TG--AGAGTCA------G--------------A------CACTCACGC-AGGGCTATTTTCATCTGAA-----AGTCA--CA---TGAT----------------------T--GTTTAAAACTAAAA----TTGTTTAGTGTACAGACATG-----------------AAAAC---TAGCCTACNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAG--TAAT---ATTTATAAT------TTGCTTAATTA-------TAAGA---GGTAG------GGA----TATTCCCAATCT-TTAA-----------------GG-----T-TT----------TTT-----TT---TTTAA-TTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTGGTCAATTCTCAAAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNGA----AAGTGTTCAAAATAGTT-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATGCATATTTCAAATAGtcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccgcccttcgatctgtacacgcatgcgcacagagggtaaacatttcggcatgtctatgcatacccagaatatttacgaggctagagtggaacgagatacaactcataatacgcaaagtataatttacgtggggatcattatgactgcagtatgagagtcagacactcacgcagggctattttcatctgaaagtcacatgattgtttaaaactaaaattgtttagtgtacagacatgaaaactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagtaatatttataatttgcttaattataagaggtagggatattcccaatctttaaggtttttttttttaatttctacacaacacgtctgttggtcaattctcaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagtgttcaaaatagttggaatcgatattatttttatcattttatcgatgcatatttcaaatag
gi|30 : aagagacactacagctcattttgcgaaaaaatcatacaatgacaattttcccctaactttctcaaagttgaaagtatgcatatgatgaactttgcgaaaatgaaaattcgcgtttaaatgcaaaaattaatactttttaatggatcatacaatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccTGTTCAAAATAGTC-GAAATCGA-TATCAA-TAG-TTATCATTTTATCGATACGTAATTTAAATGGCA--CTTGATGAAA-A-TATAAAA-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|31 : g----AATTGTTCAAAGTAGTT-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TCATCATTTTGTCGATACGCATTTTAAATAGCA--CTTGACTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGCTATA----T-----AAT--GTCTCTTTa
gi|32 : ATTCTATGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAGT-----------TTAAATATAAATT-CTAAGC--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--A---CA-T-TC-ATGTGGT
gi|33 : tTTGTTCGAAATACTC-GGAATCGA-TATTATAT-TGTTATCATTTTATCGATACGTATCTTAAATAGCA------AT---------T---G-AAAAATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTttaaaatgt
gi|34 : AAAATAGTC-GGAATTGA-TATTAT-T-T-TTATT--------GCTACGTATTTTAAACAGCA--CTTGATGAAA-A-TTT---G-AAAAATGAGT--TGTGCAT-----AGT--GT
gi|35 : TTGTTGCATA--------G-T-T-CAATGT-AT---T-AACTTT-GCGAAAATAA-CATA-------TTGATA-A-A--TTTGAAAAT---TCTT-G--T-TAAGCCT---AA-TA-TTAAT-A
gi|36 : tgAGACAATA-CAGCTCCATTGACGCAAAA-ATCA-TGG--A--ATGACAATTTTACC--AA-A-CCC-TTCTG------A-A-
gi|37 : ggAATTA-------TAAGA---G-CAG------GAATTCATGTTCC-ATTCT-TG-A----AAGT--GAATCGTGGACCC-T-TTAAGGatatt
gi|4 : AGACACTA-CAACTCATTTTGCGCAAA-------TAT--C--ATGACAATTTATCC--AG-A-ACT-TTCTC------A-A-AT-------TTTG-----------------------GTGT-AT---G-AACTCT-GCAAAAATTA-CACA-------TTT-TA-A-A--GTTGAAAAT---TTGC-A-TT-TAAATGC---AA-AA-CTAAT-AC---TTTT-GACGGCCCG-T----AC-------AAA--AA--------AATTTGAGTCCCT----------GC-----CTT------TCAATCTTTA----CACA--C-AT-GAG--CACA-GA-CGATAAACATTGCA--G-CATATCA---A---T---------GCATACA-AT----------AG--ATATA--CCCATAATTTTCACAGATT-ATGGGA---G-AAA-A-G-AGGTTAAAGTAGAATGAGA----------------AACA-------------AC-TC----GT------GCAA------AATGTAATTTACGCGGGGATAATT-ATG-ACCATTTGATAAACCA--AGAGCCT------GG------A-----GA------CACACACAC-AGGG------------------------A--TA---T--T----------------------T--TT--AT--CTGAAA----ATGT-----------------------------------AAC--GCT-TTTA------ATCTAAAAGG-ACATGAAAGGGCTTCTGTTGGAA--TAA----------------------CATGATTA-------TAAAA---GGCAG------GGA---ATATTCCCTTTCT-TG-A----ATGC--AAGT-GTTGACAC-T-TTAAGCGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--T--ACAA--------TCTA-TG-TCA-TTCT--AAATCA-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTCAAAA-T------A----GCCTGTTC----TA-----------A-TAATAT-T-T-ACATCATTTTGTTGACACATATATTAAATGGCA--CTCTCTTAAA-A-TAT---G-AAACATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|5 : aagACGCTA-CAGCTGATTTTGCG-AAAA-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCC-TTCTC------A-A-AT-------TTTTTTGCA-A--------G-T-TAGAAAGT-AT---G-ATCTGT-GAGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTAAAAAT---TCGT-G-TT-TAAAAGCA--AA-AA-TTAAC-AG---GTTTTAACGTCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------Ga
gi|5 : a----------------------GC-----CTT------TTGATCTGTA----TACG--CTAC--CA--CACA-GT-GGGTAAATATGTCG--G-CAT-------------------------ACC-AT----------GC--ATATA---------TTTTTACAGATT-AAGGGA---GAAGA-ACG-AGaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgagtgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|5 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccGTGGGGGTCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AATGCCAT-----GG------AAGTCAGA------CACGCAAGC-AGGGTTATT---------------------------------------------------------TTTAT--CTGAAA----ACGTC-------------TTT-------A-------AAAAAA--ATTGTTTA--------TTAAAA---AAATGGAAGGGTTATCGTTTGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATAA-------TAAGA---GGCAG------AGG---ACATTCCCTTTCT-TGAAAACGAAGCTAAAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TAAAAGTTTCTA--CAAAAAACATGTTCGTCTGTTG-CCA-TTCT--AATTCA-C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAT-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-tgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|6 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgaACACCA-CAACTCATTTTGCGCAAAA-ATTA-TAT--A--ATGTCAATTTTCC---AGTA-GCT-TTCTC------A-A-TA-------TTTGTTGCATATAATA---G-T-T-AAATGT------G-AACTTTTGCGAAAATTC-CACA-------ATTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGT-G-TT-TAAACGC---AA-AA-ATAAT-AC---TGTTTGACGACCCA-T----GC-------A
gi|6 : aC-----TTT------TCGGTCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCA--G-CATGCCG---A---T---------GTATACA-AT----------TA--ATATA--CCCAGAAATTGCACATATTAATGGG----GAAAA-A-C-AGGTTAGGGCAGAACGAAA----------------TAC--------------AC-TC----TT---------A------AATGTAATTTACGCGAGAATCATT-ATG-ACCGTTAAATATCCCA--AGAGCCA------AG--------------------CACGC-TGCTAGGG-TATT---------A-----AGT-AAGTA---C--TA---------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACA----------------------------TGTTTA------GTCTAAAATG-ACATGGAATGGTTTTGGTTGGAA--TACTG--ATTTATAAT------T-GTTTAATTA-------TAAGA---GACAG------GGA---ATATTCCCATCCT-TGAA----AAGC--GAccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtacccccttttcggtctttacacgcatgtgcacagagggtaaacatttcagcatgccgatgtatacaattaatatacccagaaattgcacatattaatggggaaaaacaggttagggcagaacgaaatacactcttaaatgtaatttacgcgagaatcattatgaccgttaaatatcccaagagccaagcacgctgctagggtattaagtaagtactatttttatctgaaaacgtcacatgtttagtctaaaatgacatggaatggttttggttggaatactgatttataattgtttaattataagagacagggaatattcccatccttgaaaagcgacgtctgttgtcatttta
gi|7 : aacaccacaactcattttgcgcaaaaattatataatgtcaattttccagtagctttctcaatatttgttgcatataatagttaaatgtgaacttttgcgaaaattccacaattataaagttgaaaattcgtgtttaaacgcaaaaataatactgtttgacgacccatgcaccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtaccccACATGTCA--G-CATGTCG---A---T---------GCAAACA-AT----------GA--ATATA--CTCAGAATTTTTACAGATA-ATGGGA----GATA-A-G-AGGTTGGAGTAGAACGAGA----------------TGCA-------------AC-TC----AAG---C-GCAAAAATTTAATGTAATTTACG-GGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACAA--GGAGGTC------GT------T-----AA------GACGCACGC-AGGGCTATT---------G-----AGT-A--AACGCT--A----------------------T--TTGTAC--CTGAAA----ACGTC----------ACATAT-------TTAAA---AAAAAA--AATGTTTA------GTCTAAAAGGAACATGGAATGGTTTTCGTTGGAA--TAATG--ATATATAAT------T-G-TTAACTATAAGATTTAAGA---GGCAA------GGA---ATATTCCC-TTCT-TGAA----AA-T--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAATGGTAAGTTT-----TG---TGTAAGTTTTTA--C--ACAACA----CGTCTGCTT-TCA-TTCT----ATTT-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GAAATCAA-TATTA--T-T-TTATCAT--------------TTTTAAATAGCA--CTT----AAA-ATTAT---GAAAAAAAGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTcgtctgttgtcatttta
gi|8 : ATTTTGCGCAAAA-ATTA-TGT--A--ATGACAATTTTTCATGAG-A-TTT-TTTTC------A-A-TT-------TTTTATGCATA--------G-T-T-GAATG-----------------CGAAAATTA-AACA-------TTTATA-A-A--GTTAAGAAT---TCTC-C-TT-TAAACG----------TCCAT-AC---------ACCCCCCC-C----CC-------------C--------A----------------------GCCCCGCCTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAATATTGCA--G-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-A-------------------------AGA--TTTTACAGATT-GTTGGA----GAAA-A-T-ATGTTAGAATTGAACGAGATACTACTTAATTAAGATACA-------------AC-TC----ATA---A-ACAA------AATATAATTTATGTGGGGATCATT-AAG-GCCGTTTGATAAACCA--AGAGTCA------GG------A-----GG------CATGCACGC-AAG-----T---------A-----AGT-GC-TA-----------------------------T--TTTTAT--CTCAAA----ACGTC----------ACGCGT-------T-------GAAAACAAAATGTTTA------GTCTGAAAGG-ATATGGAAGGATTTCCGTTGGAA--TAATG--ATTTATAAT------T-
gi|9 : CACTA-CAGTTCATTTTGCACAAAA-ATCA-TAC--A--ACAACAATTTTCCA--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------A-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTGT-GTTT-TAAACAC---AAGAA-ATAAT-ACTAATTTTTGATGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------AACCCACCAAACCTAGAGTTCCCAC-----CTT------TTGATCTTTA----CATG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGCAAACATTACA--G-CATGTCA---A---T---------GC------AT----------GA--AT--------AGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAATA-GTAGGTTATAGTAGAACAACA----------------TACATGCCATTTTATATACATC----ATA---T-GCAA------AATGCAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACGGTTTGATAAACCA--GGAGCCA------TG------A-----GA------CATGCATGC-AGGGCTA----------------------------------------------------------TTTTAT--CTGAAAAATTATATC----------ACATGT-------T-------a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CCACACTTCAGGTGCCTGTGGTCATTTCTAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|38 ): GTATCAGTTGATCAAGAATAACGTTCGGGTACTGTATATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 111 9999999999999999999999999999999 11111 111111111111111111 11111111111111 11111 333333333333333333333333333333333 222222222222 111111 3333333333333333333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 333333333333333333 1111111111 1111111 2222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 2 2 2 33 33 2 33 2 2 2 777777 2 2 8888888 6666666666 2 2 2 2 444 2 7 2 8888888 2 2 33 444 5 2 2 2 666 2 2 2 777 2 5555 9999999 44 6666666666666666666666666666666 33333 888888 6666 33 2 2 33 3 44 1 33 2 888888888888888888 8 3 44444444444444 44 0 2 3 22222 3 3 3 444444444444444444444444444444444 4 666666666666 222222 3 3 1 44 9999999999999999999999999999 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 44 6666 3333333333 666666666666666666 99999 888888 6 3 0 0 555 8888 1111111111 0000000 555 888888 9999 2 0 5555 33 2 0 2 2 2 5555555555555555 33 33 5555 2 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 2 2 2 44 6 3 3 555 3 44 6666 77777 44
lowQualScore : . . . .. .. . .. . . . ...... . . ....... .......... . . . . ... . . . ....... . . .. ... . . . . ... . . . ... . .... ....... .. ............................... ..... ...... .... .. . . .. . .. . .. . .................. . . .............. .. . . . ..... . . . ................................. . ............ ...... . . . .. ............................ . ............................................................. . .. .... .......... .................. ..... ...... . . . . ... .... .......... ....... ... ...... .... . . .... .. . . . . . ................ .. .. .... . . .. ..................................................................................................... . . . . . .. . . . ... . .. .... ..... ..
lowQualScore : 7 5 5 44 44 8 44 5 5 5 222222 5 5 7777777 9999999999 5 5 5 5 444 5 5 5 1111111 5 5 44 444 0 7 7 7 333 7 7 7 999 7 7777 3333333 66 4444444444444444444444444444444 22222 222222 1111 99 9 9 99 1 66 0 99 9 555555555555555555 9 1 22222222222222 22 2 4 1 00000 3 3 3 222222222222222222222222222222222 4 111111111111 888888 6 6 2 66 5555555555555555555555555555 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 22 5555 5555555555 666666666666666666 00000 888888 2 1 5 3 444 2222 8888888888 8888888 444 888888 4444 7 8 7777 77 9 3 7 7 1 0000000000000000 77 77 7777 7 7 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 7 7 7 7 22 6 1 1 444 1 22 5555 77777 22
consensus : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
Reference ( family-954 ) : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|1 : AGACACTA-CAGCTCATTGTGCGCATAT-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTCCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTCGTTACATA--------A-T-T-CAATGC-AT---G-AACTTT-CCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAGAT---TAGC-A-TT-TCAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATTACCCA-T----AC-------AAA--AA--------AAACAAATGAAGCTCC-------GC-----CTT------TCTCTCTCTA----CACG--C-AT-GCG--GGCAGGG-CGA-AAAAATATCG--G-CATGTCT---A---T---------GCATACA-ATGGATATGCGGGG--ATATA--CACAGAA-TTTTAGAGGTC-ATTG-----GGAAA-C-A-ATGCTATATTAGAGTGAGA----------------TAAT-------------AC-TCATA-ATA---T-GCGA------GCTATAATTTACGTTGAGAT-A---ATG-ACCGTTTTAAAAACCA--AGAGCCA------TGAGAGTCA-----GA------CACGCACAG-AGGGCTAAT---------ATCGCTGGTCA--TA---T--TATTACGGGGGATATANGTGCTAT--TTTTAT--CCGATA----ACGTC----------ACATGTTTGAAAAT-------AAAAGC--ATTCTTTA------GT-TGAA--G-ACATGGAAGGGATTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAA------T-CCTTAATTA-------TTAGA---GGCAG------GG----ATACTTCCATTCT-TGAA----AAGC--AAAT-GTGGATTC-T-TTAAGTTGTG---TT-----GT---TATAAGTTGATA--C--GTAACA----CGTCTGTTA-TCA-TTTT--AAACCA-C-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTTAAAATAATC-GGAAT-GATTATCGT-T-T-TTATCATTTTATCGATCAGTATTTTAAAAAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----C-----AGT--ATCTCTT
gi|10 : aaag----------------------T--TCTTAC--CTGAAA----ACATC----------ACATGT-------TTAAAAATAAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTTGGTGGAG--TAA------TTATAAT------T-GTTTAATTA-------TACGA---GGCAGGGTCCCGGG---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ATAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AGATCA-T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N------NNNTGAATTGTTCAAGATAATC-GGAATCGA-TGTTAT-T-T-TTATCATTTTATCAATATATATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTC
gi|11 : gtgttaT-ATA-ATCAATCAATAAACCA--AGAGCCA------CG------A-----GAGCCGGACACGCACGC-AGG-------------------------------------------------------------------------AAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------TAAAA----------A------G---AAAA---ACATGG------TTTAGTC------TAATTCTATTTATTAT------T----TATTTA-------AAGGACTTAGAAG------GG-------TTT---TTGT-TG------------GAGT-AATAATTCAT-TTAAGGTGTG--TCT-----TG----ATAAGCTTCTA--C--ACAACA----CGGCTATTG-TCA-TTTT--AAATCA-C-
gi|11 : taaaATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TCATTATTATATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTG----------AT---G-AAAAATGAGC--TG----TCTAGCAGT--GTATCCTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcggaatcgatattattttcattattatatcgatacgtattttaaatagcacttgatgaaaaatgagctgtctagcagtgtatcct
gi|12 : taaatataatcaatcaataaaccaagagccacgagagccggacacgcacgcaggaaaacgtcacatgtttaaaaagaaaaacatggtttagtctaattctatttattatttatttaaaggacttagaagggtttttgttggagtaataattcatttaaggtgtgtcttgataagcttctacacaacacggctattgtcattttaaatcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGACAC----AGCTCATTTTGCGCAAAAGATCAATATGCA--ATGACAATTT-CTC--AG-AAGCAATTCTC------ATA-TA-------TTTGTGG-ATA--------GGT-T-GAATGT--T---G-AACTTTTGCGAAAATAA-AACAATTTATATTTATATACA--GTTCAAAATCTATC-C-G-TTATGAACGC---AA-AA---AATCGC---AT-----CAGCCCA-T----AC-------AAA--AATACGCGCGA----------------------GTTCCG-CTT------TCGATCTTTA----CACA--C-AT-GCAGACACA-GAACGGTAAACATTGTGCAG-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-AC----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTAGCAGATT-GTAGGA---G---A-A-G-AGGTTAGCGTAGAAC
gi|13 : aaAGACACTAACAGCTCATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AC-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCAAT--------G-T-T-GAATTT-ATTTTA-AACTTT-TTGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGC---AA-AAATTAAC-AC---TTTTTAACGGCCCA-T----ACCAAAAAAAAA--AA--------ACGAGTCCCC-------------GC-----CTT------TCGATCTGGA----CACGATC-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTTG--G-CATGTCG---A---T---------GATTAGA-AT----------GGATATATA--CCCTGAATTTTTACAGATT-AGGGGA---GAAtacatg
gi|14 : aagAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGG-----------------TATAAGTTTCTA--C--AGAGCA----CGTCAGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-GTGATGTGA
gi|14 : ------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GATATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTGTCCATAAGTATTTTGAATAGCA--CTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--GT----T-----AGT--ATCTCatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttaaattgttcaaaatagtcgatatcgatattatttttatcattttgtccataagtattttgaatagcacttgattaaaatatgaaaaatgagcgttagtatctcga
gi|15 : aagaggcagggaatattcccattcttgaaaagcgagtgtggaccctttaaggggtataagtttctacagagcacgtcagttgtcattctaaatcacgtgatgtgaatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttACCC-TGTTAAAG--TA--ATT-----TG---TATACATTTCTA--C--ACAACA----CGTACGTTT-TCA-TTCT--AAATTA----------GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-C------A----AATTGTTCAAAAT--TCCGGAATAGA--ATCAT-T-T---AGCATTGTATCGATACGTATTATAAATAGCAACTTTGATGAAATA-TAT---G-AAAAATGAGT--TG----T------GTAAGTCTCTTTga
gi|16 : ttgaaAGGCACTA-CAGCTTATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATTAAAATCATCCC--AG-A-TCT-GTATC------C-A-TT-------TTTGTTGCATT--------G-T-T-GAATGC-AT---G-A-------------TAA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTCAAGGT---TCTC-G-TT-TAAACACAAAAA-AA-TT-AT-AC---TGTTTGATGGCCCA-TTCAAAC-------AAA--AG--------AAACCNTTAAGTTTCC-------GC-----CTT------TTGATCTTCA----CGCG--T-AT-GCG--CACA-TA-CGTTAAACATTGCA--G-
gi|17 : aagAAACATTA-CGGCTCATTT-GTGCAAAA-GCCA-TAT--A--ATGATAATTT-ACA--AG-A-CCT-TCCTC------A-A-TTATTTTTTTTTTTTGCATACCGGGGTAG-C-T-GAATAT-AT---A-TACTTT-GTGAAAGTAT-CATA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-ACT--TTTTTGACGGCCCAGT----AA-------AAA--AA--------A----------------------
gi|18 : aagGTCTGTTG-TTA-TTCT--AAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC------A----AATTGTTC-AAATAGTC-GGAATCTT-TCTTAT-T-T-TTATCCTTTTATCAATATGTAATTTAAAAAGCA--CTTGATAAAA-A-TAT---G-ACCAATGAGA--TG----T-----AGT--GTCTCTTTattaagttaaaatttatgtcatttcatcaatttca
gi|19 : ----------------------GC-----CTT-------CAATCTGTA----C--G--C-ATTGCG---ACA-GA-GGGTAAACATTACG--GCCATGTC----A---T---------GCATACC-AT----------GG--ATATACTCCCAGAA-GTTTAC-GATT-ATGGGA---AGAAA-A-G-AGGCTCGAGTTGAATGAGA----------------CACA-------------AC-TCATCAATA---CAGCAA------CATAAAATTTACGTGGGGATCATTAATGCACTATTT----AACTATGAGAGTCA---------------------A------CACATAC
gi|2 : aacgactcccAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGGCAATTTTCTC--AT-A-GCT-TTTTC------A-A-GT-------TTTGTTTCATA--------G-C-T-GAATGT-AT---C-AACTTT-CCGAAATTTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTTC-G-AT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC----------------------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-CGATATACATTGCA--G-CACGTAA---AATTT---------GTATACA-AT----------GG--ATATA--CCCCGAATTTCCACAGATT-ATGGGATCGAAAAA-A-G-AAGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---T-GCAA------AATATGATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGACCCA------GG------A-----GA------CATGTACAC-AAGGTTACT---------A-----AGTAA--TA---T--T----------------------TTGTTTTAT--CTGAAA----ACGCC----------ACATGG-------T-------AAAAAC--ATTGTTTG------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTCCGTTGTAATTTAATG--CTTTATAAT------C-ATTTTATTG-------TAAGA---GGCAG------GGT---ATATTCCCAATCT-TGAA----AAGC--GGGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTTACATGTA---TACAAGTTTCCA--C--ACAATA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAATC-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTCGTCGATAGGCATTTTCAATAGCA--TTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTTTTTca
gi|20 : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAC-ATCA-TAT--G--ATGACAATATTCCC--AG-A-ACT-TTCTCAATCTCA-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTG-CACA-------TTTATA-A-A--GTTG----------------------------AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGACCCA-T----AC-------AAA--AA--------AAT--------------------GC-----CTC------TCGATCTTTACAGGCATG--C-AT-GCG--CAC
gi|21 : aagAGGTGTA--TTT-----AG----ATTAGTTTCTA--C--ACAAAA----TGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCGTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------G----AATCGTTCAAAATAGTC-GGTATCAA-TATTAT-T-T-T
gi|22 : AGACACCA-CAGTTCATTTGGCACAAAA-ACCA------G--ATGACAATTT-CCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-ATTT-------TTTGTTGCA-A--------G-T-T-GAAAAT-AT---GAAACTTTGGCAAAAATTAGCACA-------TTAATA-A-AGTGTTGACAAT---TCGCTA-TT-T-AATGCCA-AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATAGCCCA-T----A
gi|23 : aaag----------------------T--TTTTAT--CTGAAG----ACGTC----------ATGT-T-------T-------AAAAAA--A--GTTTA------TTATACTAGG-ACATGGAAGGA---------------------ATTC----T------T-ACTTGATTA-------TAAGA---AGCAG------GGA---GGAACCCCATTCT-CGAA----AAGT--GAGT-GTAAACTC---TTGAGGGGTA---TT-----CA---TATAATTTTCTA--C--ATAATA----CGTCTGTTG-TCA-T
gi|24 : agtgttgCTATTCT-TGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAG------T-----TTAAATATAAA-TTCTA--A--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--AATTCA-
gi|25 : cgttgtatcgatgttctttccagttgtatcatggtcaagaataacgttgcgggtactgtacatGCCCA-T----AC-------AAAGCAATATTG---A----------------------GT-----CTCCTCACCTTGGTCTTAA----GTCG--C-AT--TG--CAAA-GA-CGATGAACAGCGCA--G-CATGTCGTCCA---TTGAGAGAAAGTGTACATAC----------GG---CAGA--CTCGGAATTTTGACAGATT-CAGCGA---GGAAA-G-G-AGtgtggtttaaaatg
gi|26 : acAAAAC--ATTGTTTA------ATCTAA---G-ACATGAAGGGGTTTTTGTTGGAG--TCATG--ATTTATAATAATTATT-GTTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGG---ATATTCCTATTCT-TTAA----AAGC--AAGT-GT-------------GGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--AGAACA----TGTCTGtatgtacatagaac
gi|27 : aaatTAAACCA--AGTGCCATATGAGAGTC----A-----GA------CACGCACGC-AGGGCGATT---------A-----AGT-GC-TA---T--T----------------------T--TT--AT--CCGAAA----ACGTC----------ACATGTTTAAAAAT-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCT---ATG-ACATGGACGGGTTTTCGTT
gi|28 : gGACAATG-CAGCTTATTTTGCGCGAAA-A-AA-TAT--ACTATTACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTGTC------A-A-TT-------TTTGTTGCACT--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AAA-TA-GCGAAAATTA-CGAA-------TTTATT-A-T--GTTTCAAAT---aacataacttgcttt
gi|3 : aagtAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGAAAAA-ATCA-TAC--A--ATGACAATTTTCCC--CT-A-ACT-TTCTC------A-A------------AGTTGAA-A--------G-TAT-GCATATGAT---G-AACTTT-GCGAAAA-----------------------------TGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTAATGGATCA-T----AC-------AA
gi|3 : aag----------------------GC-----CCT------TCGATCTGTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCG--G-CATGTCT---A---T---------GC------------------------ATA--CCCAGAATATTTAC-----------------------G-AGGCTAGAGTGGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATAATAC-GCAA------AGTATAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACTGC--AGTA---TG--AGAGTCA------G--------------A------CACTCACGC-AGGGCTATTTTCATCTGAA-----AGTCA--CA---TGAT----------------------T--GTTTAAAACTAAAA----TTGTTTAGTGTACAGACATG-----------------AAAAC---TAGCCTACNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAG--TAAT---ATTTATAAT------TTGCTTAATTA-------TAAGA---GGTAG------GGA----TATTCCCAATCT-TTAA-----------------GG-----T-TT----------TTT-----TT---TTTAA-TTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTGGTCAATTCTCAAAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNGA----AAGTGTTCAAAATAGTT-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATGCATATTTCAAATAGtcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccgcccttcgatctgtacacgcatgcgcacagagggtaaacatttcggcatgtctatgcatacccagaatatttacgaggctagagtggaacgagatacaactcataatacgcaaagtataatttacgtggggatcattatgactgcagtatgagagtcagacactcacgcagggctattttcatctgaaagtcacatgattgtttaaaactaaaattgtttagtgtacagacatgaaaactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagtaatatttataatttgcttaattataagaggtagggatattcccaatctttaaggtttttttttttaatttctacacaacacgtctgttggtcaattctcaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagtgttcaaaatagttggaatcgatattatttttatcattttatcgatgcatatttcaaatag
gi|30 : aagagacactacagctcattttgcgaaaaaatcatacaatgacaattttcccctaactttctcaaagttgaaagtatgcatatgatgaactttgcgaaaatgaaaattcgcgtttaaatgcaaaaattaatactttttaatggatcatacaatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccTGTTCAAAATAGTC-GAAATCGA-TATCAA-TAG-TTATCATTTTATCGATACGTAATTTAAATGGCA--CTTGATGAAA-A-TATAAAA-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|31 : g----AATTGTTCAAAGTAGTT-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TCATCATTTTGTCGATACGCATTTTAAATAGCA--CTTGACTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGCTATA----T-----AAT--GTCTCTTTa
gi|32 : ATTCTATGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAGT-----------TTAAATATAAATT-CTAAGC--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--A---CA-T-TC-ATGTGGT
gi|33 : tTTGTTCGAAATACTC-GGAATCGA-TATTATAT-TGTTATCATTTTATCGATACGTATCTTAAATAGCA------AT---------T---G-AAAAATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTttaaaatgt
gi|34 : AAAATAGTC-GGAATTGA-TATTAT-T-T-TTATT--------GCTACGTATTTTAAACAGCA--CTTGATGAAA-A-TTT---G-AAAAATGAGT--TGTGCAT-----AGT--GT
gi|35 : TTGTTGCATA--------G-T-T-CAATGT-AT---T-AACTTT-GCGAAAATAA-CATA-------TTGATA-A-A--TTTGAAAAT---TCTT-G--T-TAAGCCT---AA-TA-TTAAT-A
gi|36 : tgAGACAATA-CAGCTCCATTGACGCAAAA-ATCA-TGG--A--ATGACAATTTTACC--AA-A-CCC-TTCTG------A-A-
gi|37 : ggAATTA-------TAAGA---G-CAG------GAATTCATGTTCC-ATTCT-TG-A----AAGT--GAATCGTGGACCC-T-TTAAGGatatt
gi|4 : AGACACTA-CAACTCATTTTGCGCAAA-------TAT--C--ATGACAATTTATCC--AG-A-ACT-TTCTC------A-A-AT-------TTTG-----------------------GTGT-AT---G-AACTCT-GCAAAAATTA-CACA-------TTT-TA-A-A--GTTGAAAAT---TTGC-A-TT-TAAATGC---AA-AA-CTAAT-AC---TTTT-GACGGCCCG-T----AC-------AAA--AA--------AATTTGAGTCCCT----------GC-----CTT------TCAATCTTTA----CACA--C-AT-GAG--CACA-GA-CGATAAACATTGCA--G-CATATCA---A---T---------GCATACA-AT----------AG--ATATA--CCCATAATTTTCACAGATT-ATGGGA---G-AAA-A-G-AGGTTAAAGTAGAATGAGA----------------AACA-------------AC-TC----GT------GCAA------AATGTAATTTACGCGGGGATAATT-ATG-ACCATTTGATAAACCA--AGAGCCT------GG------A-----GA------CACACACAC-AGGG------------------------A--TA---T--T----------------------T--TT--AT--CTGAAA----ATGT-----------------------------------AAC--GCT-TTTA------ATCTAAAAGG-ACATGAAAGGGCTTCTGTTGGAA--TAA----------------------CATGATTA-------TAAAA---GGCAG------GGA---ATATTCCCTTTCT-TG-A----ATGC--AAGT-GTTGACAC-T-TTAAGCGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--T--ACAA--------TCTA-TG-TCA-TTCT--AAATCA-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTCAAAA-T------A----GCCTGTTC----TA-----------A-TAATAT-T-T-ACATCATTTTGTTGACACATATATTAAATGGCA--CTCTCTTAAA-A-TAT---G-AAACATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|5 : aagACGCTA-CAGCTGATTTTGCG-AAAA-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCC-TTCTC------A-A-AT-------TTTTTTGCA-A--------G-T-TAGAAAGT-AT---G-ATCTGT-GAGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTAAAAAT---TCGT-G-TT-TAAAAGCA--AA-AA-TTAAC-AG---GTTTTAACGTCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------Ga
gi|5 : a----------------------GC-----CTT------TTGATCTGTA----TACG--CTAC--CA--CACA-GT-GGGTAAATATGTCG--G-CAT-------------------------ACC-AT----------GC--ATATA---------TTTTTACAGATT-AAGGGA---GAAGA-ACG-AGaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgagtgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|5 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccGTGGGGGTCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AATGCCAT-----GG------AAGTCAGA------CACGCAAGC-AGGGTTATT---------------------------------------------------------TTTAT--CTGAAA----ACGTC-------------TTT-------A-------AAAAAA--ATTGTTTA--------TTAAAA---AAATGGAAGGGTTATCGTTTGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATAA-------TAAGA---GGCAG------AGG---ACATTCCCTTTCT-TGAAAACGAAGCTAAAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TAAAAGTTTCTA--CAAAAAACATGTTCGTCTGTTG-CCA-TTCT--AATTCA-C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAT-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-tgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|6 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgaACACCA-CAACTCATTTTGCGCAAAA-ATTA-TAT--A--ATGTCAATTTTCC---AGTA-GCT-TTCTC------A-A-TA-------TTTGTTGCATATAATA---G-T-T-AAATGT------G-AACTTTTGCGAAAATTC-CACA-------ATTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGT-G-TT-TAAACGC---AA-AA-ATAAT-AC---TGTTTGACGACCCA-T----GC-------A
gi|6 : aC-----TTT------TCGGTCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCA--G-CATGCCG---A---T---------GTATACA-AT----------TA--ATATA--CCCAGAAATTGCACATATTAATGGG----GAAAA-A-C-AGGTTAGGGCAGAACGAAA----------------TAC--------------AC-TC----TT---------A------AATGTAATTTACGCGAGAATCATT-ATG-ACCGTTAAATATCCCA--AGAGCCA------AG--------------------CACGC-TGCTAGGG-TATT---------A-----AGT-AAGTA---C--TA---------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACA----------------------------TGTTTA------GTCTAAAATG-ACATGGAATGGTTTTGGTTGGAA--TACTG--ATTTATAAT------T-GTTTAATTA-------TAAGA---GACAG------GGA---ATATTCCCATCCT-TGAA----AAGC--GAccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtacccccttttcggtctttacacgcatgtgcacagagggtaaacatttcagcatgccgatgtatacaattaatatacccagaaattgcacatattaatggggaaaaacaggttagggcagaacgaaatacactcttaaatgtaatttacgcgagaatcattatgaccgttaaatatcccaagagccaagcacgctgctagggtattaagtaagtactatttttatctgaaaacgtcacatgtttagtctaaaatgacatggaatggttttggttggaatactgatttataattgtttaattataagagacagggaatattcccatccttgaaaagcgacgtctgttgtcatttta
gi|7 : aacaccacaactcattttgcgcaaaaattatataatgtcaattttccagtagctttctcaatatttgttgcatataatagttaaatgtgaacttttgcgaaaattccacaattataaagttgaaaattcgtgtttaaacgcaaaaataatactgtttgacgacccatgcaccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtaccccACATGTCA--G-CATGTCG---A---T---------GCAAACA-AT----------GA--ATATA--CTCAGAATTTTTACAGATA-ATGGGA----GATA-A-G-AGGTTGGAGTAGAACGAGA----------------TGCA-------------AC-TC----AAG---C-GCAAAAATTTAATGTAATTTACG-GGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACAA--GGAGGTC------GT------T-----AA------GACGCACGC-AGGGCTATT---------G-----AGT-A--AACGCT--A----------------------T--TTGTAC--CTGAAA----ACGTC----------ACATAT-------TTAAA---AAAAAA--AATGTTTA------GTCTAAAAGGAACATGGAATGGTTTTCGTTGGAA--TAATG--ATATATAAT------T-G-TTAACTATAAGATTTAAGA---GGCAA------GGA---ATATTCCC-TTCT-TGAA----AA-T--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAATGGTAAGTTT-----TG---TGTAAGTTTTTA--C--ACAACA----CGTCTGCTT-TCA-TTCT----ATTT-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GAAATCAA-TATTA--T-T-TTATCAT--------------TTTTAAATAGCA--CTT----AAA-ATTAT---GAAAAAAAGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTcgtctgttgtcatttta
gi|8 : ATTTTGCGCAAAA-ATTA-TGT--A--ATGACAATTTTTCATGAG-A-TTT-TTTTC------A-A-TT-------TTTTATGCATA--------G-T-T-GAATG-----------------CGAAAATTA-AACA-------TTTATA-A-A--GTTAAGAAT---TCTC-C-TT-TAAACG----------TCCAT-AC---------ACCCCCCC-C----CC-------------C--------A----------------------GCCCCGCCTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAATATTGCA--G-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-A-------------------------AGA--TTTTACAGATT-GTTGGA----GAAA-A-T-ATGTTAGAATTGAACGAGATACTACTTAATTAAGATACA-------------AC-TC----ATA---A-ACAA------AATATAATTTATGTGGGGATCATT-AAG-GCCGTTTGATAAACCA--AGAGTCA------GG------A-----GG------CATGCACGC-AAG-----T---------A-----AGT-GC-TA-----------------------------T--TTTTAT--CTCAAA----ACGTC----------ACGCGT-------T-------GAAAACAAAATGTTTA------GTCTGAAAGG-ATATGGAAGGATTTCCGTTGGAA--TAATG--ATTTATAAT------T-
gi|9 : CACTA-CAGTTCATTTTGCACAAAA-ATCA-TAC--A--ACAACAATTTTCCA--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------A-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTGT-GTTT-TAAACAC---AAGAA-ATAAT-ACTAATTTTTGATGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------AACCCACCAAACCTAGAGTTCCCAC-----CTT------TTGATCTTTA----CATG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGCAAACATTACA--G-CATGTCA---A---T---------GC------AT----------GA--AT--------AGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAATA-GTAGGTTATAGTAGAACAACA----------------TACATGCCATTTTATATACATC----ATA---T-GCAA------AATGCAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACGGTTTGATAAACCA--GGAGCCA------TG------A-----GA------CATGCATGC-AGGGCTA----------------------------------------------------------TTTTAT--CTGAAAAATTATATC----------ACATGT-------T-------a
blockSeqs : A G A GC CT T TG T A A AATCTC T T ATTTTTT TACCGGGGTA G A A G TTT A T G ATTTATA T C GT CTA T T T A AAA G A C TAA G TCAA CAAAAAA GC AACCCACCAAACCTAGAGTTCCC CCCGC CTCACC CAGG AT T T GA . AC G CA C GTCCATTGAGAGAAA G T GGAT CT T A TCGAA T C T TACTACTTAATTAAGATACA A ATCAATACA AAATTT A C A TG TATGAGAGTCAGA T CTATTTTCATCTGAAAGTCACATGATT T AA AATT TAGTGTACAG GTTTAAAAATA CAAAA CNNNNN G A ATT TTCT AATTATTGT TAAGATT CTT GGTCCC ATTC A AACG TA C A G G ATTTACATGTA AG AA TGTT G A CA CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA C . A A G AC G T T AAA A TA TGCA CTAGC AA
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TATAATA . . . . . . G . . . . . . T . . . CA . . . T . . . . AAACCNTTAAGTTTCC TCCG . . . . . . . G T . . AAATTT T . GG . T . GA . . . TACATGCCATTTTATAT . ATAATAC . . . G . CGAGAGCCGGA . TTACTAAGTAATATTTTG T . . . GTTTAAAAATA CAT . G . G TG TTGC . . . G . . . . . . T AAGTTTTG . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . T . . . . . . T . . . A . . . . . . . . AATTTGAGTCCCT . . . . . . . . C G . . AAA A . GG . T . AG . . . CACA . ATAT . . . A . TGGAAGTCAGA . CTATTGAGTAAACGCTAT T . . . ATTTAAAA CAT . G . G TG TGT . . . A . . . . . . G GTCTTG . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . ACGAGTCCCC . . . . . . . . G A . . GAT A . GG . T . GG . . . TACA . AAGC . . . G . GGAGA . TATTAAGTAAGTACTAT T . . . GTTT CAT . T . G TG CAT . . . T . . . . . . G AATTTG . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . TACGCGCGA . . . . . . . . C G . . TAT G . GG . T . GA . . . TACA . ATAA . . . G . GGAGA . CGATTAAGTGCTATTT T . . . GGTA CAT . N . A TG TAC . . . A . . . . . . T ATTTAG . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TATTGA . . . . . . . . C G . . AAT A . AG . T . GA . . . AACA . ATAT . . . A . GTTAA . TAAGTGCTAT T . . . TTAA CGC . G . G TG TGC . . . G . . . . . . G TTTAAA . . . . . . CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTCAAAATA . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . . . . G T . . GAT A . GC . T . GG . . . TGCA . GT . . . G . GGAGG . ATATTT G . . . GTTG AAT . T . A TG TGT . . . A . . . . . . A ATTTTT . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C G . . GAT A . TA . A . G . . . TAC . TT . . . G . TGAGA . TTATT T . . . TTA AAA . G . A T TG . . . A . . . . . . G ATTTT . . . . . . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAATCA . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G T . . AAA G . GA . T . G . . . . . G . GA . CTA T . . . G AA . G . A . T . . . G . . . . . . A ATTCA . . . . . . GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCA . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G T . . AAT . . GA . T . G . . . . . . . AG . . . . . . . CT . . . . . C . . . A . . . . . . G TTTTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C T . . AT . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . G TTAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G ATTTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . ATTTT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA***************************** GG************ ATAT******** GGAGA*********************** GTTN************** A***
originalCons : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AA--------A----------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TC----ATA---C-GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATGT-------T-------AAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
finalCons : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------AAA--AAAA-----------------------------GC-----CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-ATGG------------ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGA----------------TACA-------------AC-TCATAT--------GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCAGGAGA-----------------------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTC----------ACATGTTN--------------AAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAG------GGA---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CCACACTTCAGGTGCCTGTGGTCATTTCTAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|38 ): GTATCAGTTGATCAAGAATAACGTTCGGGTACTGTATATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 111 888888888888888888888888888 1111111111 111111111111111111 11111111111111 11111 33333333333333333333333333333333 222222222222222 111111 3333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333333 111111111111 1111111111 1111111 1111111111 2222222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 2 2 2 33 33 2 33 2 2 2 777777 2 2 8888888 6666666666 2 2 2 2 444 2 7 2 8888888 2 2 33 444 5 2 2 2 666 2 2 2 9999 2 5555 888888 3 3 999999999999999999999999999 2222222222 888888 6666 33 2 2 33 3 44 1 33 2 888888888888888888 8 3 44444444444444 44 0 2 3 22222 3 3 3 88888888888888888888888888888888 4 555555555555555 222222 3 3 1 44 9999999999999999999999999999 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 6666 6666666666666 777777777777 888888 6 3 0 0 555 999 1111111111 0000000 555 8888888888 2 0 5555 33 2 0 2 2 2 5555555555555555 33 33 5555 2 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 2 2 2 44 6 3 3 555 3 44 6666 77777 44
lowQualScore : . . . .. .. . .. . . . ...... . . ....... .......... . . . . ... . . . ....... . . .. ... . . . . ... . . . .... . .... ...... . . ........................... .......... ...... .... .. . . .. . .. . .. . .................. . . .............. .. . . . ..... . . . ................................ . ............... ...... . . . .. ............................ . ............................................................. .. .... ............. ............ ...... . . . . ... ... .......... ....... ... .......... . . .... .. . . . . . ................ .. .. .... . . .. ..................................................................................................... . . . . . .. . . . ... . .. .... ..... ..
lowQualScore : 7 5 5 44 44 8 44 5 5 5 222222 5 5 7777777 9999999999 5 5 5 5 444 5 5 5 1111111 5 5 44 444 0 7 7 7 333 7 7 7 4444 7 7777 222222 3 3 444444444444444444444444444 5555555555 222222 1111 99 9 9 99 1 66 0 99 9 555555555555555555 9 1 22222222222222 22 2 4 1 00000 3 3 3 77777777777777777777777777777777 4 000000000000000 888888 6 6 2 66 5555555555555555555555555555 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5555 6666666666666 222222222222 888888 2 1 5 3 444 222 8888888888 8888888 444 2222222222 7 8 7777 77 9 3 7 7 1 0000000000000000 77 77 7777 7 7 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 7 7 7 7 22 6 1 1 444 1 22 5555 77777 22
consensus : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC------AAAA-A-A-----A---------------------GC----------CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--A---C---GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTCACATGT-------T----NAAAA-------C--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAGGG------A---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
Reference ( family-954 ) : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC------AAAA-A-A-----A---------------------GC----------CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAACATTNCG--G-CATGTCG---A---T---------GCGTACA-AT----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAA-A-G-AGGTTAGAGTAGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--A---T---GCAA------AATGTAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGAGCCA------GG------A-----GA------CACGCACGC-AGGGCTATT---------A-----AGT-A--TA---T--T----------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTCACATGT-------T----NAAAA-------C--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATTA-------TAAGA---GGCAGGG------A---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-NCGATGTGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTNNAAN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|1 : AGACACTA-CAGCTCATTGTGCGCATAT-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTCCCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTCGTTACATA--------A-T-T-CAATGC-AT---G-AACTTT-CCGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAGAT---TAGC-A-TT-TCAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATTACCCA-T----AC------AAAA-A-A-----AACAAATGAAGCTCC-------GC----------CTT------TCTCTCTCTA----CACG--C-AT-GCG--GGCAGGG-CGA-AAAAATATCG--G-CATGTCT---A---T---------GCATACA-ATGGATATGCGGGG--ATATA--CACAGAA-TTTTAGAGGTC-ATTG-----GGAAA-C-A-ATGCTATATTAGAGTGAGAT----------------AAT-------------AC-TCATAAT--A---T---GCGA------GCTATAATTTACGTTGAGAT-A---ATG-ACCGTTTTAAAAACCA--AGAGCCA------TGAGAGTCA-----GA------CACGCACAG-AGGGCTAAT---------ATCGCTGGTCA--TA---T--TATTACGGGGGATATANGTGCTAT--TTTTAT--CCGATA----ACGTCACATGTTTGAAAAT----AAAAG-------C--ATTCTTTA------GT-TGAA--G-ACATGGAAGGGATTTCGTTGGAG--TAATG--ATTTATAAA------T-CCTTAATTA-------TTAGA---GGCAGGG----------ATACTTCCATTCT-TGAA----AAGC--AAAT-GTGGATTC-T-TTAAGTTGTG---TT-----GT---TATAAGTTGATA--C--GTAACA----CGTCTGTTA-TCA-TTTT--AAACCA-C-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTTAAAATAATC-GGAAT-GATTATCGT-T-T-TTATCATTTTATCGATCAGTATTTTAAAAAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----C-----AGT--ATCTCTT
gi|10 : aaag----------------------T--TCTTAC--CTGAAA----ACATCACATGT-------T----TAAAAATAAAAAC--ATTGTTTA------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTTTGGTGGAG--TAAT------TATAAT------T-GTTTAATTA-------TACGA---GGCAGGGTCCCGGG---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--ATAACA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AGATCA-T-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N------NNNTGAATTGTTCAAGATAATC-GGAATCGA-TGTTAT-T-T-TTATCATTTTATCAATATATATTTTAAATAGCA--CTTGATGAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTC
gi|11 : gtgttaT-ATA-ATCAATCAATAAACCA--AGAGCCA------CG------A-----GAGCCGGACACGCACGC-AGG-------------------------------------------------------------------------AAA----ACGTCACATGT-------T----TAAAA-----------------A------G---AAAA---ACATGG------TTTAGTC------TAATTCTATTTATTAT------T----TATTTA-------AAGGACTTAGAAGGG-------------TTT---TTGT-TG------------GAGT-AATAATTCAT-TTAAGGTGTG--TCT-----TG----ATAAGCTTCTA--C--ACAACA----CGGCTATTG-TCA-TTTT--AAATCA-C-
gi|11 : taaaATAGTC-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TCATTATTATATCGATACGTATTTTAAATAGCA--CTTG----------AT---G-AAAAATGAGC--TG----TCTAGCAGT--GTATCCTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagtcggaatcgatattattttcattattatatcgatacgtattttaaatagcacttgatgaaaaatgagctgtctagcagtgtatcct
gi|12 : taaatataatcaatcaataaaccaagagccacgagagccggacacgcacgcaggaaaacgtcacatgtttaaaaagaaaaacatggtttagtctaattctatttattatttatttaaaggacttagaagggtttttgttggagtaataattcatttaaggtgtgtcttgataagcttctacacaacacggctattgtcattttaaatcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGACAC----AGCTCATTTTGCGCAAAAGATCAATATGCA--ATGACAATTT-CTC--AG-AAGCAATTCTC------ATA-TA-------TTTGTGG-ATA--------GGT-T-GAATGT--T---G-AACTTTTGCGAAAATAA-AACAATTTATATTTATATACA--GTTCAAAATCTATC-C-G-TTATGAACGC---AA-AA---AATCGC---AT-----CAGCCCA-T----AC------AAAA-ATA-----C---------------------GCGCGAGTTCCGCTT------TCGATCTTTA----CACA--C-AT-GCAGACACA-GAACGGTAAACATTGTGCAG-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-AC----------GG--ATATA--CCCAGAATTTTAGCAGATT-GTAGGA---G---A-A-G-AGGTTAGCGTAGAAC
gi|13 : aaAGACACTAACAGCTCATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGACAATTTTCCC--AC-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCAAT--------G-T-T-GAATTT-ATTTTA-AACTTT-TTGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGC---AA-AAATTAAC-AC---TTTTTAACGGCCCA-T----ACCAAAAAAAAA-A-A-----ACGAGTCCCC------------GC----------CTT------TCGATCTGGA----CACGATC-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTTG--G-CATGTCG---A---T---------GATTAGA-AT----------GGATATATA--CCCTGAATTTTTACAGATT-AGGGGA---GAAtacatg
gi|14 : aagAAGA---GGCAGGG------A---ATATTCCCATTCT-TGAA----AAGC--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGG-----------------TATAAGTTTCTA--C--AGAGCA----CGTCAGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-C-GTGATGTGA
gi|14 : ------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GATATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTGTCCATAAGTATTTTGAATAGCA--CTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--GT----T-----AGT--ATCTCatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttaaattgttcaaaatagtcgatatcgatattatttttatcattttgtccataagtattttgaatagcacttgattaaaatatgaaaaatgagcgttagtatctcga
gi|15 : aagaggcagggaatattcccattcttgaaaagcgagtgtggaccctttaaggggtataagtttctacagagcacgtcagttgtcattctaaatcacgtgatgtgaatgtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcatttACCC-TGTTAAAG--TA--ATT-----TG---TATACATTTCTA--C--ACAACA----CGTACGTTT-TCA-TTCT--AAATTA----------GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-C------A----AATTGTTCAAAAT--TCCGGAATAGA--ATCAT-T-T---AGCATTGTATCGATACGTATTATAAATAGCAACTTTGATGAAATA-TAT---G-AAAAATGAGT--TG----T------GTAAGTCTCTTTga
gi|16 : ttgaaAGGCACTA-CAGCTTATTTTGTGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATTAAAATCATCCC--AG-A-TCT-GTATC------C-A-TT-------TTTGTTGCATT--------G-T-T-GAATGC-AT---G-A-------------TAA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTCAAGGT---TCTC-G-TT-TAAACACAAAAA-AA-TT-AT-AC---TGTTTGATGGCCCA-TTCAAAC------AAAA-G-A-----AACCNTTAAGTTTCC-------GC----------CTT------TTGATCTTCA----CGCG--T-AT-GCG--CACA-TA-CGTTAAACATTGCA--G-
gi|17 : aagAAACATTA-CGGCTCATTT-GTGCAAAA-GCCA-TAT--A--ATGATAATTT-ACA--AG-A-CCT-TCCTC------A-A-TTATTTTTTTTTTTTGCATACCGGGGTAG-C-T-GAATAT-AT---A-TACTTT-GTGAAAGTAT-CATA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCTC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-ACT--TTTTTGACGGCCCAGT----AA------AAAA-A-A-----A---------------------
gi|18 : aagGTCTGTTG-TTA-TTCT--AAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC------A----AATTGTTC-AAATAGTC-GGAATCTT-TCTTAT-T-T-TTATCCTTTTATCAATATGTAATTTAAAAAGCA--CTTGATAAAA-A-TAT---G-ACCAATGAGA--TG----T-----AGT--GTCTCTTTttaagttaaaatttatgtcatttcatcaatttca
gi|19 : ---------------------GC----------CTT-------CAATCTGTA----C--G--C-ATTGCG---ACA-GA-GGGTAAACATTACG--GCCATGTC----A---T---------GCATACC-AT----------GG--ATATACTCCCAGAA-GTTTAC-GATT-ATGGGA---AGAAA-A-G-AGGCTCGAGTTGAATGAGAC----------------ACA-------------AC-TC---ATCAA---TACAGCAA------CATAAAATTTACGTGGGGATCATTAATGCACTATTT----AACTATGAGAGTCA---------------------A------CACATAC
gi|2 : aacgactcccAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAA-ATCA-TAT--A--ATGGCAATTTTCTC--AT-A-GCT-TTTTC------A-A-GT-------TTTGTTTCATA--------G-C-T-GAATGT-AT---C-AACTTT-CCGAAATTTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTTC-G-AT-TAAACGC---AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGGCCCA-T----AC-------------------A---------------------GC----------CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-CGATATACATTGCA--G-CACGTAA---AATTT---------GTATACA-AT----------GG--ATATA--CCCCGAATTTCCACAGATT-ATGGGATCGAAAAA-A-G-AAGTTAGAGTAGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--A---T---GCAA------AATATGATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AGACCCA------GG------A-----GA------CATGTACAC-AAGGTTACT---------A-----AGTAA--TA---T--T----------------------TTGTTTTAT--CTGAAA----ACGCCACATGG-------T----AAAAA-------C--ATTGTTTG------GTCTAAAAGG-ACATGGAAGGGTTTCCGTTGTAATTTAATG--CTTTATAAT------C-ATTTTATTG-------TAAGA---GGCAGGG------T---ATATTCCCAATCT-TGAA----AAGC--GGGT-GTGGACCC-T-TTAAGGGGTA--TTTACATGTA---TACAAGTTTCCA--C--ACAATA----CGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCA-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAATC-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTCGTCGATAGGCATTTTCAATAGCA--TTTGATTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTTTTTca
gi|20 : AGACACTA-CAGCTCATTTTGCGCAAAC-ATCA-TAT--G--ATGACAATATTCCC--AG-A-ACT-TTCTCAATCTCA-A-TT-------TTTGTTGCATA--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTG-CACA-------TTTATA-A-A--GTTG----------------------------AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGACGACCCA-T----AC------AAAA-A-A-----AT--------------------GC----------CTC------TCGATCTTTACAGGCATG--C-AT-GCG--CAC
gi|21 : aagAGGTGTA--TTT-----AG----ATTAGTTTCTA--C--ACAAAA----TGTCTGTTG-TCA-TTCT--AAATCGTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------G----AATCGTTCAAAATAGTC-GGTATCAA-TATTAT-T-T-T
gi|22 : AGACACCA-CAGTTCATTTGGCACAAAA-ACCA------G--ATGACAATTT-CCC--AG-A-GCT-TTCTC------A-ATTT-------TTTGTTGCA-A--------G-T-T-GAAAAT-AT---GAAACTTTGGCAAAAATTAGCACA-------TTAATA-A-AGTGTTGACAAT---TCGCTA-TT-T-AATGCCA-AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTGATAGCCCA-T----A
gi|23 : aaag----------------------T--TTTTAT--CTGAAG----ACGTCA--TGT-------T----TAAAA-------A--AA-GTTTA------TTATACTAGG-ACATGGAAGGA---------------------ATTC----T------T-ACTTGATTA-------TAAGA---AGCAGGG------A---GGAACCCCATTCT-CGAA----AAGT--GAGT-GTAAACTC---TTGAGGGGTA---TT-----CA---TATAATTTTCTA--C--ATAATA----CGTCTGTTG-TCA-T
gi|24 : agtgttgCTATTCT-TGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAG------T-----TTAAATATAAA-TTCTA--A--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--AATTCA-
gi|25 : cgttgtatcgatgttctttccagttgtatcatggtcaagaataacgttgcgggtactgtacatGCCCA-T----AC------AAAGCA-ATATTGA---------------------GT----------CTCCTCACCTTGGTCTTAA----GTCG--C-AT--TG--CAAA-GA-CGATGAACAGCGCA--G-CATGTCGTCCA---TTGAGAGAAAGTGTACATAC----------GG---CAGA--CTCGGAATTTTGACAGATT-CAGCGA---GGAAA-G-G-AGtgtggtttaaaatg
gi|26 : acAAAA-------C--ATTGTTTA------ATCTAA---G-ACATGAAGGGGTTTTTGTTGGAG--TCATG--ATTTATAATAATTATT-GTTTAATTA-------TAAGA---GGCAGGG------G---ATATTCCTATTCT-TTAA----AAGC--AAGT-GT-------------GGGGTA--TTT-----TT---TATAAGTTTCTA--C--AGAACA----TGTCTGtatgtacatagaac
gi|27 : aaatTAAACCA--AGTGCCATATGAGAGTC----A-----GA------CACGCACGC-AGGGCGATT---------A-----AGT-GC-TA---T--T----------------------T--TT--AT--CCGAAA----ACGTCACATGTTTAAAAAT----AAAAA-------C--ATTGTTTA------GTCT---ATG-ACATGGACGGGTTTTCGTT
gi|28 : gGACAATG-CAGCTTATTTTGCGCGAAA-A-AA-TAT--ACTATTACAATTTTCCC--AG-A-GCT-TTGTC------A-A-TT-------TTTGTTGCACT--------G-T-T-GAATGT-AT---G-AAA-TA-GCGAAAATTA-CGAA-------TTTATT-A-T--GTTTCAAAT---aacataacttgcttt
gi|3 : aagtAGACACTA-CAGCTCATTTTGCGAAAAA-ATCA-TAC--A--ATGACAATTTTCCC--CT-A-ACT-TTCTC------A-A------------AGTTGAA-A--------G-TAT-GCATATGAT---G-AACTTT-GCGAAAA-----------------------------TGAAAAT---TCGC-G-TT-TAAATGCA--AA-AA-TTAAT-AC---TTTTTAATGGATCA-T----AC------AA
gi|3 : aag---------------------GC----------CCT------TCGATCTGTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCG--G-CATGTCT---A---T---------GC------------------------ATA--CCCAGAATATTTAC-----------------------G-AGGCTAGAGTGGAACGAGAT----------------ACA-------------AC-TC---AT--AATAC---GCAA------AGTATAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACTGC--AGTA---TG--AGAGTCA------G--------------A------CACTCACGC-AGGGCTATTTTCATCTGAA-----AGTCA--CA---TGAT----------------------T--GTTTAAAACTAAAA----TTGTTTAGTGTACAGACAT----GAAAA-------C---TAGCCTACNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAG--TAAT---ATTTATAAT------TTGCTTAATTA-------TAAGA---GGTAGGG------A----TATTCCCAATCT-TTAA-----------------GG-----T-TT----------TTT-----TT---TTTAA-TTTCTA--C--ACAACA----CGTCTGTTGGTCAATTCTCAAAATCA-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNGA----AAGTGTTCAAAATAGTT-GGAATCGA-TATTAT-T-T-TTATCATTTTATCGATGCATATTTCAAATAGtcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccgcccttcgatctgtacacgcatgcgcacagagggtaaacatttcggcatgtctatgcatacccagaatatttacgaggctagagtggaacgagatacaactcataatacgcaaagtataatttacgtggggatcattatgactgcagtatgagagtcagacactcacgcagggctattttcatctgaaagtcacatgattgtttaaaactaaaattgtttagtgtacagacatgaaaactagcctacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggagtaatatttataatttgcttaattataagaggtagggatattcccaatctttaaggtttttttttttaatttctacacaacacgtctgttggtcaattctcaaaatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagtgttcaaaatagttggaatcgatattatttttatcattttatcgatgcatatttcaaatag
gi|30 : aagagacactacagctcattttgcgaaaaaatcatacaatgacaattttcccctaactttctcaaagttgaaagtatgcatatgatgaactttgcgaaaatgaaaattcgcgtttaaatgcaaaaattaatactttttaatggatcatacaatcaaacaaaaaacaacaaaaaaatcccccaaaaactaacgagtctccTGTTCAAAATAGTC-GAAATCGA-TATCAA-TAG-TTATCATTTTATCGATACGTAATTTAAATGGCA--CTTGATGAAA-A-TATAAAA-AAAAATGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|31 : g----AATTGTTCAAAGTAGTT-GGTATCGA-TATTAT-T-T-TCATCATTTTGTCGATACGCATTTTAAATAGCA--CTTGACTAAA-A-TAT---G-AAAAATGAGCTATA----T-----AAT--GTCTCTTTa
gi|32 : ATTCTATGAA----AACC--GAGT-GTGGATCC-T-ATAAGGAGT-----------TTAAATATAAATT-CTAAGC--GCAGCA----CATCCGTTG-TCA-TTCT--A---CA-T-TC-ATGTGGT
gi|33 : tTTGTTCGAAATACTC-GGAATCGA-TATTATAT-TGTTATCATTTTATCGATACGTATCTTAAATAGCA------AT---------T---G-AAAAATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTttaaaatgt
gi|34 : AAAATAGTC-GGAATTGA-TATTAT-T-T-TTATT--------GCTACGTATTTTAAACAGCA--CTTGATGAAA-A-TTT---G-AAAAATGAGT--TGTGCAT-----AGT--GT
gi|35 : TTGTTGCATA--------G-T-T-CAATGT-AT---T-AACTTT-GCGAAAATAA-CATA-------TTGATA-A-A--TTTGAAAAT---TCTT-G--T-TAAGCCT---AA-TA-TTAAT-A
gi|36 : tgAGACAATA-CAGCTCCATTGACGCAAAA-ATCA-TGG--A--ATGACAATTTTACC--AA-A-CCC-TTCTG------A-A-
gi|37 : ggAATTA-------TAAGA---G-CAGGA------ATTCATGTTCC-ATTCT-TG-A----AAGT--GAATCGTGGACCC-T-TTAAGGatatt
gi|4 : AGACACTA-CAACTCATTTTGCGCAAA-------TAT--C--ATGACAATTTATCC--AG-A-ACT-TTCTC------A-A-AT-------TTTG-----------------------GTGT-AT---G-AACTCT-GCAAAAATTA-CACA-------TTT-TA-A-A--GTTGAAAAT---TTGC-A-TT-TAAATGC---AA-AA-CTAAT-AC----TTTTGACGGCCCG-T----AC------AAAA-A-A-----ATTTGAGTCCCT----------GC----------CTT------TCAATCTTTA----CACA--C-AT-GAG--CACA-GA-CGATAAACATTGCA--G-CATATCA---A---T---------GCATACA-AT----------AG--ATATA--CCCATAATTTTCACAGATT-ATGGGA----GAAA-A-G-AGGTTAAAGTAGAATGAGAA----------------ACA-------------AC-TC-------G---T---GCAA------AATGTAATTTACGCGGGGATAATT-ATG-ACCATTTGATAAACCA--AGAGCCT------GG------A-----GA------CACACACAC-AGGG------------------------A--TA-----------------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ATGT----------------------AA-------C--GCT-TTTA------ATCTAAAAGG-ACATGAAAGGGCTTCTGTTGGAA--TAA----------------------CATGATTA-------TAAAA---GGCAGGG------A---ATATTCCCTTTCT-TG-A----ATGC--AAGT-GTTGACAC-T-TTAAGCGGTA---TT-----TT---TATAAGTTTCTA--T--ACAA--------TCTA-TG-TCA-TTCT--AAATCA-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATTGCTCAAAA-T------A----GCCTGTTC----TA-----------A-TAATAT-T-T-ACATCATTTTGTTGACACATATATTAAATGGCA--CTCTCTTAAA-A-TAT---G-AAACATAAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTT
gi|5 : aagACGCTA-CAGCTGATTTTGCG-AAAA-ATCA-TAA--A--ATGACAATTTTCCC--AG-A-GCC-TTCTC------A-A-AT-------TTTTTTGCA-A--------G-T-TAGAAAGT-AT---G-ATCTGT-GAGAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTAAAAAT---TCGT-G-TT-TAAAAGCA--AA-AA-TTAAC-AG---GTTTTAACGTCCCA-T----AC------AAAA-A-A-----a
gi|5 : a---------------------GC----------CTT------TTGATCTGTA----TACG--CTAC--CA--CACA-GT-GGGTAAATATGTCG--G-CAT-------------------------ACC-AT----------GC--ATATA---------TTTTTACAGATT-AAGGGA---GAAGA-ACG-AGgaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgagtgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|5 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccGTGGGGGTCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACCA--AATGCCAT-----GG------AAGTCAGA------CACGCAAGC-AGGGTTATT---------------------------------------------------------TTTAT--CTGAAA----ACGTC---TTT-------A----AAAAA-------A--ATTGTTTA--------TTAAAA---AAATGGAAGGGTTATCGTTTGAG--TAATG--ATTTATAAT------T-GCTTAATAA-------TAAGA---GGCAGAG------G---ACATTCCCTTTCT-TGAAAACGAAGCTAAAGT-GTGGATTC-T-TTAAGGGGTA---TT-----TT---TAAAAGTTTCTA--CAAAAAACATGTTCGTCTGTTG-CCA-TTCT--AATTCA-C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAT-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-tgggggtcattatgaccgtttgataaaccaaatgccatggaagtcagacacgcaagcagggttatttttatctgaaaacgtctttaaaaaaaattgtttattaaaaaaatggaagggttatcgtttgagtaatgatttataattgcttaataataagaggcagaggacattccctttcttgaaaacgaagctaaagtgtggattctttaaggggtatttttaaaagtttctacaaaaaacatgttcgtctgttgccattctaattcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaatcaaattgttcaaaatagtc
gi|6 : aacgctacagctgattttgcgaaaaatcataaaatgacaattttcccagagccttctcaaatttttttgcaagttagaaagtatgatctgtgagaaaattacacatttataaagttaaaaattcgtgtttaaaagcaaaaattaacaggttttaacgtcccatacaaaaaagaaaataacaatttgcaaaacaaacaaacgagttcccgccttttgatctgtatacgctaccacacagtgggtaaatatgtcggcataccatgcatatatttttacagattaagggagaagaacgaACACCA-CAACTCATTTTGCGCAAAA-ATTA-TAT--A--ATGTCAATTTTCC---AGTA-GCT-TTCTC------A-A-TA-------TTTGTTGCATATAATA---G-T-T-AAATGT------G-AACTTTTGCGAAAATTC-CACA-------ATTATA-A-A--GTTGAAAAT---TCGT-G-TT-TAAACGC---AA-AA-ATAAT-AC---TGTTTGACGACCCA-T----GC------A
gi|6 : aC----------TTT------TCGGTCTTTA----CACG--C-AT-GTG--CACA-GA-GGGTAAACATTTCA--G-CATGCCG---A---T---------GTATACA-AT----------TA--ATATA--CCCAGAAATTGCACATATTAATGGG----GAAAA-A-C-AGGTTAGGGCAGAACGAAAT----------------AC--------------AC-TC---TT-------------A------AATGTAATTTACGCGAGAATCATT-ATG-ACCGTTAAATATCCCA--AGAGCCA------AG--------------------CACGC-TGCTAGGG-TATT---------A-----AGT-AAGTA---C--TA---------------------T--TTTTAT--CTGAAA----ACGTCACA--------------------------------TGTTTA------GTCTAAAATG-ACATGGAATGGTTTTGGTTGGAA--TACTG--ATTTATAAT------T-GTTTAATTA-------TAAGA---GACAGGG------A---ATATTCCCATCCT-TGAA----AAGC--GAccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtacccccttttcggtctttacacgcatgtgcacagagggtaaacatttcagcatgccgatgtatacaattaatatacccagaaattgcacatattaatggggaaaaacaggttagggcagaacgaaatacactcttaaatgtaatttacgcgagaatcattatgaccgttaaatatcccaagagccaagcacgctgctagggtattaagtaagtactatttttatctgaaaacgtcacatgtttagtctaaaatgacatggaatggttttggttggaatactgatttataattgtttaattataagagacagggaatattcccatccttgaaaagcgacgtctgttgtcatttta
gi|7 : aacaccacaactcattttgcgcaaaaattatataatgtcaattttccagtagctttctcaatatttgttgcatataatagttaaatgtgaacttttgcgaaaattccacaattataaagttgaaaattcgtgtttaaacgcaaaaataatactgtttgacgacccatgcaccccccccccccaataaaaaaacaacaaaaaacaaaaaaacaaaaacattgagtaccccACATGTCA--G-CATGTCG---A---T---------GCAAACA-AT----------GA--ATATA--CTCAGAATTTTTACAGATA-ATGGGA----GATA-A-G-AGGTTGGAGTAGAACGAGAT----------------GCA-------------AC-TC---AA--G---C---GCAAAAATTTAATGTAATTTACG-GGGGATCATT-ATG-ACCGTTTGATAAACAA--GGAGGTC------GT------T-----AA------GACGCACGC-AGGGCTATT---------G-----AGT-A--AACGCT--A----------------------T--TTGTAC--CTGAAA----ACGTCACATAT-------TTAAAAAAAA-------A--AATGTTTA------GTCTAAAAGGAACATGGAATGGTTTTCGTTGGAA--TAATG--ATATATAAT------T-G-TTAACTATAAGATTTAAGA---GGCAAGG------A---ATATTCCC-TTCT-TGAA----AA-T--GAGT-GTGGACCC-T-TTAAATGGTAAGTTT-----TG---TGTAAGTTTTTA--C--ACAACA----CGTCTGCTT-TCA-TTCT----ATTT-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-C------A----AATTGTTCAAAATAGTC-GAAATCAA-TATTA--T-T-TTATCAT--------------TTTTAAATAGCA--CTT----AAA-ATTAT---GAAAAAAAGAGC--TG----T-----AGT--GTCTCTTcgtctgttgtcatttta
gi|8 : ATTTTGCGCAAAA-ATTA-TGT--A--ATGACAATTTTTCATGAG-A-TTT-TTTTC------A-A-TT-------TTTTATGCATA--------G-T-T-GAATG-----------------CGAAAATTA-AACA-------TTTATA-A-A--GTTAAGAAT---TCTC-C-TT-TAAACG----------TCCAT-AC---------ACCCCCCC-C----CC------CAGC-C-C-----C---------------------GC----------CTT------TCGATCTTTA----CACG--C-AT-GCG--CACA-GA-CGGTAAATATTGCA--G-CATGTCA---A---A---------GCGTACA-A-------------------------AGA--TTTTACAGATT-GTTGGA---G-AAA-A-T-ATGTTAGAATTGAACGAGATACTACTTAATTAAGATACA-------------AC-TC---AT--A---A---ACAA------AATATAATTTATGTGGGGATCATT-AAG-GCCGTTTGATAAACCA--AGAGTCA------GG------A-----GG------CATGCACGC-AAG-----T---------A-----AGT-GC-TA-----------------------------T--TTTTAT--CTCAAA----ACGTCACGCGT-------T----GAAAA-------CAAAATGTTTA------GTCTGAAAGG-ATATGGAAGGATTTCCGTTGGAA--TAATG--ATTTATAAT------T-
gi|9 : CACTA-CAGTTCATTTTGCACAAAA-ATCA-TAC--A--ACAACAATTTTCCA--AG-A-GCT-TTCTC------A-A-TT-------TTTGTTGCATA--------A-T-T-GAATGT-AT---G-AACTTT-GCAAAAATTA-CACA-------TTTATA-A-A--GTTGAAAAT---TTGT-GTTT-TAAACAC---AAGAA-ATAAT-ACTAATTTTTGATGGCCCA-T----AC------AAAA-A-A-----ACCCACCAAACCTAGAGTTCCCAC----------CTT------TTGATCTTTA----CATG--C-AT-GCG--CACA-GA-GGGCAAACATTACA--G-CATGTCA---A---T---------GC------AT----------GA--AT--------AGAATTTTTACAGATT-ATGGGA---GGAAATA-GTAGGTTATAGTAGAACAACAT----------------ACATGCCATTTTATATACATC---AT--A---T---GCAA------AATGCAATTTACGTGGGGATCATT-ATG-ACGGTTTGATAAACCA--GGAGCCA------TG------A-----GA------CATGCATGC-AGGGCTA----------------------------------------------------------TTTTAT--CTGAAAAATTATATCACATGT-------T----a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CCACACTTCAGGTGCCTGTGGTCATTTCTAAATCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|38 ): GTATCAGTTGATCAAGAATAACGTTCGGGTACTGTATATTCA