lowQualScore : 1111111111 11111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 222 22 4444444444 1 1111111111 1 22 1 1 111111 22222 22 3333 1 111111 4444444444 1 66666666 1 111 4444444444444 1 222 33 111 77777777777777777777777777777 11 77777777777777777777777777777 11 222 444444444444 22 66666 11111 1 1 111 77777777777777 11 1 1 1 111 1 4444 11 333 22222 2 11111111111 22 1 333 99999999999 1 22222 1 1 22 11 22 2 1 333 1 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1111 2 5555 3333333 4 22 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 1 2222 1 1 11 000000000 1 1 111 4 3333 1 777777777777777 1 22
lowQualScore : 999 66 6 5555555555 5 6 6 4444444444 4 0 5 6 22 6 0 1 999999 9 6 22222 6 99 5 88 33 0000 66 0 999999 5 8 77 5555555555 8 1 66666666 6 6 9 7 1 222 44 1111111111111 3 0 8 777 9 6 00 444 99999999999999999999999999999 99 6 666 66666666666666666666666666666 8 00 6 333 111111111111 33 11111 99999 3 0 0 9 777 22222222222222 0 44 5 5 3 888 3 1 8888 88 111 66 88888 0 2 55555555555 44 5 2 000 6 99999999999 5 88888 6 5 5 11 88 77 4 0 7 000 5 3 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 3 8888 0 2222 0000000 6 0 6 11 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666 6 8888 5 3 3 66 0 7 55 888888888 2 6 7 333 2 0 6666 7 6 888888888888888 7 33 6 6
lowQualScore : ... .. . .......... . . . .......... . . . . .. . . . ...... . . ..... . .. . .. .. .... .. . ...... . . .. .......... . . ........ . . . . . ... .. ............. . . . ... . . .. ... ............................. .. . ... ............................. . .. . ... ............ .. ..... ..... . . . . ... .............. . .. . . . ... . . .... .. ... .. ..... . . ........... .. . . ... . ........... . ..... . . . .. .. .. . . . ... . . . ........................................................................ . . .... . .... ....... . . . .. .. .................................................................................................................................................. ... . .... . . . .. . . .. ......... . . . ... . . .... . . ............... . .. . .
lowQualScore : 333 55 0 0000000000 0 0 0 7777777777 0 2 5 0 00 0 5 4 222222 0 7 00000 7 22 7 00 11 0000 99 0 555555 0 6 99 0000000000 1 4 33333333 7 0 8 8 0 000 55 8888888888888 0 6 0 000 8 0 22 000 44444444444444444444444444444 77 7 888 77777777777777777777777777777 0 88 0 333 777777777777 88 00000 55555 5 0 0 2 777 33333333333333 7 00 7 0 3 000 3 0 3333 33 555 55 00000 0 5 00000000000 00 5 5 555 0 00000000000 5 00000 0 5 0 00 00 55 0 0 0 555 5 0 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0000 0 0000 0000000 0 0 0 00 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 0 0000 0 0 0 55 5 3 77 000000000 5 0 0 000 5 0 0000 0 0 000000000000000 0 00 0 0
consensus : AGAGGAGT-GTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTG-GAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACGTTGACAC-TTG---ATCACTGAACCGCAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGG--AAAAAGAGCAAA-CAATGCACTT--G-AATTN-G-GG-CCTATAT--AAA---AGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAA-CCCGTA-G--ATATT-CATCGTGAGGTCTGTGATATCTATGGGAATGAT-AAATGTCTCA---------T---AGGTCTGTTT-GTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGCTCGGATGACAAACTTGTCG-TTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAATCT-AAAGCTTAGAAA-GA-T-A---------A-C----GCT-A-GG-TGGGATACCT-CATTTGCTTAGCGATGAACAAA---AGAG--TCCGCGT-T-GAAA--TGCAAAGAGAAATTATT-AAANT-TGT-ATCCAAAATATACCAAAAAGACT---TTT-G--TT--ATTTA-GTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGAGCC--AAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNTGGGCANNAGAAAATGCAAAAACGTCCCTANTACATAACATGTATTGCTNAAAGGATTANGGANACCGTGAAGGTTTTACA-AATGTTATTTCTTTGACAGTAAAGGCCNTGCCCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGCTAAAGACNGTCAACAGGNCAAACTTCTATAAAGATNTTGNTNTTAAAAAAAAAAAAAAAAATNNNCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGNATCTCCGACCGTTCGCACGACAA-TAAGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTNCGTCTNCAATTTATCAGTATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGATGGAGCATGAANAANGTTTCCAGANNTNGATTGATCGTCTAAAAAAGACNAAGTGTATCCAGGCNAAGGGTGAGTACTTTGNNGGGCANGGACGAAT-AAAAGGATCAANGA-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGT
Reference ( gi|1 ) : AGAGGAGC-TTTCCAAAC-TAATGTCATTCCACCTTCTTTATGTG-GAAAATCTTGTAAATATCTTATTGAAACTACATTGACACGTAGTATATCATTGAACCGTATCGGAAGAGAAGTTTATGTTCACAAATTCACTGACTTTGCTTCAGCGTACATTGCTTTGTAGCGTA-TTCATTAT----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAAAAGAGCAAG-ATATGCACTT--G-AATTT-G-GG-CCTACAT--AAA---ATATCTTTCCTTACTTTGCATTAAA-CC-GCATT--ATATT-CATCGTGAAGTCTGTGATATCTATGTGAATGGTCAAATGTCTCA---------T---AAGTATGTTT-GTA-G-TGGATTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCAGATGACAACATTGTTA-TTAAGCGCATGTTCAACATATTTGTAGAAGGAAAAAAAATCC-AAAGCTTAGAAA-GA-T-A---------G-T----GCT-T-GA-T-G-ATACCT-CATTTATTTAGCAATGAACAAA---AGAG--TCCGAAT-T-GAAA--TGCAA--G--AATTACC-ATAAT-TGT-ATCCAAAATATAGCAAAAAGACT---TT--G--CT--ATCTG-GTTAATGGTCATGAG-ATCTGAACAT-ACTATTTTGAGAG--AAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATCCTGGCATCAGAAAATGC-GAA-CGT-CCTAGTA-----------TTGC-AAAAAGATTACG--AACCATGAAAGTTTTATAAAATAAT-TTTCTTTGACAATAAAGGCCCAGT-CACGCAAATTCATGTGTAAAAGGGC--AAAACAGTC-ACTGGT--AACTTCTATAGAAATGT--TTATT-AA---------------CATCTGAAG-AAATATTACGAAAGTCG---ACGAAGTCGTCGGCCCAAAACGGGTATGAAGTATATTTGACT-TTTGCACGACAATTGCGCCTGCACACATTTTAGCAAGCAC-CATTGTGACGAAGTATTTGGAGATGGA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACATATTTGTAAAATGAT-------------TGCCC-TTGGGTCTGCAAT------A------TATATGATGTGTTGTCCATATTGA-GG-GTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTAGATTGATAGTCTAAAA-----T---TGTATCCAGGCCAAGTGTGAGTACATTAAAGGGCAGGGACAAATAAAAAGGATCAAAGAGTAATAAATGTGGGTGATAAAA-AGCC-AGTGTCATTTTTACTAGAACATCCCTCGT
gi|14 : AGAGGGGTGTTTAAAAAA-TAATGTCATTTCACCGTCG--ACGCGTAAAAATCGTGTAAATACCTTA
gi|5 : ataGGGGAGA-GTTCCAAACATAATGTCATTTCACCTTCTTCGTGTG--AAAATTGTGTAAATATCTTACTGAAAACACATTGACAC------------TGAACTGCAGTGGAAGAAAATGTCATGTTCATCATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACA--------TAGC-----TCATTAC----A-CAG--TACTTAAAATGAT-TGG--AAAAAGAGCAAA-CAATGCACTT--G-AA--------------AT--AAA---AGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACCC-GTA-G--ATATT-CATCGTGAGGTTTGTGACAT--------------AAGTGTT-----------------AGTCTGTTT-GTA-GATGGGTTGCTcgcc
gi|15 : acGAGGAGT-GTTCCAAATATAATGTCATTTCACCTTCGCCGCGT--GAAAATCGTGTAAATACCTTAaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcgagtgacaaacttgtcgttagcacgtgtttatggtattttaaagaaaaaaattaaaacttagaaagattaacactaggtggatacctccatttgcttaagcggcaag
gi|12 : tacAAAA-TGATGTCATTTCGCCTTCGTCGCGT--GCAAATCGTGTACAAATCTTACTGAAACCACGTTGACAaa
gi|6 : acacaaggattgtttaaTCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACAATGA----TTG---ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTCTAGCGTA-TTTATTAA----A-CTA--TACTCAAAATTAC-TGG--AAAAAGAGCAAA-CAATGCACTT--GAAATTA-G-GA-TCTATAT--GAA---ATATAGGTCCTTATTTGGCATTAAA-CCTGCA-G--ATATT-CATCGTGAGGTCTGTGATATCTATGGGAATGATCTAATGTCTCA---------T---AGGTCTGTTT-GTAGG-TGGGTTGCg
gi|19 : ATCACTGAACCGTAGCGGAAGAAAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaacttgtcgttagcacgtgttcatgatattttagaaaaaaatctaaagcttagaaagataa
gi|10 : attgGAACAACAACGGAAGGAAATTTCATGTTCACAGTTTCA-----TATACAT----GTACATTACTTTATAGCGTT-TTCACTTC----A-CTA--TACTCAAAATGACATGG---AAAACAGCAAA-CAATGCACTT--GCAATTA-G-GG-Ctgtctt
gi|4 : AATT-ACTGACTTGGC--CAGTGTACATCGCTTTATAGGGTAATTCATTACCAAAATCTAAATGCTCAAAATGGC-TGGGGAAAAAG--CAAA-ACATGCTCTTTGA-AATTA-G-GG-GCTATATTGAAA---AGGTAGGTCCTTATTGGGCATTAAA-CCCGTAGA--ATATTTCATCGTGGGCCTTGTGA-GCCTATGGGAATGGTAAAATGTCTCAAAATTACAGT---AGGTATGTTTCATA-T-TGG-TTG
gi|8 : cCACTGACTTAGCTACAATGTACATTGCTTTATAGCGTA-TCTATTGC----A-CAA--TACTCAAAATGAC-TGG--AAAAAGAGCAAACAT-TGCACTA--G-AAATT-ATGG-CCTATAT--AAA---AGGTAGGTCCTCACTTTGCATTAAATCC-GTA-G--ATATT-TATCGTGAGGTCTTTCA-ATTCATATATATGA--GAATAT-TCA---------TAGAAGGTTTGTTT-GTAGG-TGGGTTGCtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttagctaggatgacaaacttgtcgttagcacgtgtccagcgtatttgaaaaaaaaatatcctaaagcttggaaaagataacgctataggtggatacttcatttgcttagcgatgaacaaaaagagaatctgcgtgtgaaatttgcaaagaaattattaaaactgtaatccaaatatattaaaagacctaattgaattaaatttagttactggtgatgagaacctgggtataaatatcttgaggccaaaacgtagaaaagtact
gi|9 : TTACTTTATGGCGTA-TTCAATAC----A-CTA--TAATCAAA-TGAA-TGGAAAA--AGAGCAAA-CAATGTACTT--G-AAGTTAG-GA-CCCATAT--AAAGGTAGA----TCCTTACTTGGCATTAAA-CC--C-TTAGATATT-CATCATGAGGTTTGTGATATGTATGGGAATTGTCAAATGTC
gi|7 : CAAAATGAC-AGGAAAAT--GAGCAAA-CCATGCACTT--G-AAAGT-ATGG-CCTAAAT--ACA---AAGTAGGTCCTTAGTTGGCATTAAA-CCTGTA-G--ATATT-CATCATGGGGTCAGTGATATTTATGGAAATGATAAAATGTTTCA---------T---AGGTCTGTTT-GCA-GATAAATTGCTcgtgtgtaggtcggtcg
gi|17 : --G-AATTT-G-GGGCCTATAT--AAA---ATATCTGTCCTTACTTTGCATTAAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaactttagttgggattttgaaaaaaacaccctaaaacttagaacgacaaacgctaggttgataccccatttgcttagcgatgaacaaaagagagtgttttcaaaatgcaaagaaattattaaaatcgtatcccaaatat
gi|6 : ttgcccATTGGCTCGGATGACAAACTTGTCG-TTA-GCACGTGTTCATGATATTT-TAGAA-----AAAAATCT-AAAGCTTAGAAA-GA-T-A---------t
gi|5 : tcgtgtaaatatcttactgaaaccacaatgattgatcattgaaccgtagcggaagaaaatgtcatgttcacaatttcactgacttagctacagtgtacattgctttctagcgtatttattaaactatactcaaaattactggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaattaggatctatatgaaatataggtccttatttggcattaaacctgcagatattcatcgtgaggtctgtgatatctatgggaatgatctaatgtctcataggtctgtttgtaggtgggttgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGGCTCGAGTGACAAACTTGTCG-TTA-GCACGTGTTTATGGTATTT-TA-AAG--AAAAAAATT--AAAACTTAGAAA-GATT-A---------A-C----ACT-A-GG-TGG-ATACCTCCATTTGCTTAa
gi|7 : acggggagagttccaaacataatgtcatttcaccttcttcgtgtgaaaattgtgtaaatatcttactgaaaacacattgacactgaactgcagtggaagaaaatgtcatgttcatcatttcactgacttagctacagtgtacatagctcattacacagtacttaaaatgattggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaataaaaggtaggtccttacttggcattaaacccgtagatattcatcgtgaggtttgtgacataagtgttagtctgtttgtagatgggttgctaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTGGCTCGGATGACAA-ACT-TTAGTTGGG---AT----------TTT------GAAAAAAACACCCTAAAACTTAGAAC-GA-CAA---------A-C----GCT-A-GGTT-G-ATACCC-CATTTGCTTAGCGATGAACAAA---AGAG--AGTGTTT-TCAAAA--TGCAAAGA--AATTATT-AAAAT-CGT-ATCCCAAATATagcggcaag
gi|4 : caaaatgacaggaaaatgagcaaaccatgcacttgaaagtatggcctaaatacaaagtaggtccttagttggcattaaacctgtagatattcatcatggggtcagtgatatttatggaaatgataaaatgtttcataggtctgtttgcagataaattgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAGCTAGGATGACAAACTTGTCG-TTA-GCACGTGTCCAGCGTATTTG----AAAAAAAAATATCCTAAAGCTTGGAAAAGA-T-A---------A-C----GCTATAGG-T-GGATACTT-CATTTGCTTAGCGATGAACAAAAAGAGAA--TCTGCGTGT-GAAATTTGCAAAGA--AATTATT-AAAAC-TGTAATCC-AAATATATT-AAAAGACCTAATT--GAATTAAATTTA-GTTACTGGTGATGAGAACCTGGGTATAAATATCTTGAG-GCCAAAACGTAGAAAAGTACT
gi|11 : caattactgacttggccagtgtacatcgctttatagggtaattcattaccaaaatctaaatgctcaaaatggctggggaaaaagcaaaacatgctctttgaaattaggggctatattgaaaaggtaggtccttattgggcattaaacccgtagaatatttcatcgtgggccttgtgagcctatgggaatggtaaaatgtctcaaaattacagtaggtatgtttcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAAC-TTGTCG-TTA-GCACGTGTTCATGGGATTT-T-GAAAAAAAAAAAATCT-ACAGCTTAGAAA-GA-T-A---------ACT----GCT-A-AG-TGG-ATACCC-CATTTGGTTA
gi|3 : GAAG--AAAAAAATCT-AAAGCTTAGAAA-GA-T-ACACACGTACG-TAAACGCT-A-GG-T-GGATACCT-CATTTACTTAACGATGAACAAA---AGAGAGTCCGTGT-T-GAAAA-TGCAA--AGAAATTATTGATATTATAT-ATCCAAAATATACCAAAAAGACT---TTT-G--AT--AACTGAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGAGCC--AAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATTTGGGCAAAAGAAAATGC-AAAACGT-CCTAGTACATAACATGTATTGCTAAAAGGATTACG--CACCGTGAAGGTTTTACA---TG-T-TTTCTTTGACAATAAAGACCATGC-CGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAA---------------AAGCTGAAG-AAATAT--CGA----CA---ATAAGGTCGTC--CCC-AAACGGGTATGAAGGATCTCCGACT-TTTGCACGACAA-TAAGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTTCATCTCCAAT------ATATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGA-GGAGCATGAACAATGTTTCCAAATGTGGATTGATCATCTAAA
gi|2 : AAA--TGCAA--AGAAATTATC-AAACT-TGA-ATCCAAAATATACCAAAAAGACT---TTTGG--TA--ATTTA-GTTATTGGTGATGAG-GTCTAGGTAT-ACTATTCTGGGCC--AGAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATATGAGCATCAGAAAATGCAAAA-CGTCCCTACTAC----------TTGC-TAAAAGA-TAGGGAAACCGTGAAAGTTTT----AATGTTATTTCTTTGACAGT-AAGGCCCTGTCCATGC-AATTCCTGTGCCAA--GGCTAAAGACTGTCAACAGGGCAAACTTC-ATA-AAATTT--GTTTT-AAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACG-------------AAAAC-GGTATGAAGTATCTCCGACCGTTCGCACG
gi|2 : tgaaC-TTGGGTCTGCAATTTATCAG------TATATGATA-GATGTCCTTATTGATGA-GTAT-AAAAAGGTTTCCAGAATTCGAA-GTTCGTCTAAAAA----G---TGTATCCAGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGTAGGGACGAAT-AAAAGGATCAAA---TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGTtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatcttgggtctgcaatttatcagtatatgatagatgtccttattgatgagtataaaaaggtttccagaattcgaagttcgtctaaaaagtgtatccaggccaagggtgagtactttgaagggtagggacgaataaaaggatcaaataattaatatggggcaaaacaaccaagtgtcattatttttggaacatctctcgt
gi|13 : tgaaaaatgcaaagaaattatcaaacttgaatccaaaatataccaaaaagacttttggtaatttagttattggtgatgaggtctaggtatactattctgggccagaacgtaagagttctaacagaatatgagcatcagaaaatgcaaaacgtccctactacttgctaaaagatagggaaaccgtgaaagttttaatgttatttctttgacagtaaggccctgtccatgcaattcctgtgccaaggctaaagactgtcaacagggcaaacttcataaaatttgttttaaaaaaaaaaaaaaaatcccctgaagaaaatattcgaaagtcgtgcacgaaaacggtatgaagtatctccgaccgttcgcacgtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatATTGATCATCTAAAAAAGACTAAGTGTATCCAGGCAAAGAGTGAGTACTTTGTCGGACATGGACAAAT-AAAAGGATCAACGA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTAGCTCGGATGACAGAACTTTTCGTTAGTACGTGTTAATAGTATTTTGAAGAGAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATTGTCTCGGATGACAAAGGGTCGTTAGCAAGTGTTCATGGTATT
Unaligned ( gi|20 ): TAGGTGGATACTTCATTTGCTTAGCGATGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222222 1111 1 11111 333 222222222222222222 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111 3333333333333 2 333 2222222 11 4444 11 33333333 1 1 1 11 4 2 66666666666 333 33333333333 2 33 2 333 1 1 11 1111111111111111111 2 1 333333333333333333333333 22 222222222 444444444444444 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2222222222222222222 8888888888888 1 222 44444444 1 1111 22 1 1
lowQualScore : 11 33 2 2 444444 4 0 1 0 5 2222 5 77 5 66 0 66 3 8 2 4 66 1 5 5 5 44444 00 3 4 000 3 666666666666666666 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 44444 1 000 5 5 5 1111111111111 5 6 77 9 4 5 5 111 3 0 4 0000000 11 1111 8 1 8 8 5 0 3 7 33 66666666 0 0 0 0 33 1 22 0 3 77777777777 88 7 1 111 0 88888888888 0 7 1 8 0 7 0 7 00 0 1 3 111 7 2 4 22 1 7 7777777777777777777 3 7 3 555555555555555555555555 6 1 44 0 222222222 6 777777777777777 6 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 4 7777777777777777777 77 1 4444444444444 3 3 3 888 0 6 1 1 22 1 3 77777777 1 3 22 1 0 3 6666 4 77 5 5 4 4
lowQualScore : .. .. . . ...... . . . . . .... . .. . .. . .. . . . . .. . . . . ..... .. . . ... . .................. ... ...................................................................................................................................... . . ..... . ... . . . ............. . . .. . . . . ... . . . ....... .. .... . . . . . . . . .. ........ . . . . .. . .. . . ........... .. . . ... . ........... . . . . . . . . .. . . . ... . . . .. . . ................... . . . ........................ . . .. . ......... . ............... . . .............................................................................. . . . ................... .. . ............. . . . ... . . . . .. . . ........ . . .. . . . .... . .. . . . .
lowQualScore : 88 22 0 5 888888 2 8 0 1 7 1111 7 99 0 99 2 11 3 9 6 4 99 4 7 7 7 33333 33 0 3 000 0 333333333333333333 444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88888 4 000 7 7 7 4444444444444 7 7 99 3 3 7 7 222 2 2 2 5555555 00 0000 0 0 0 0 6 2 2 0 88 88888888 2 0 0 0 88 0 00 0 3 33333333333 33 3 0 333 7 33333333333 7 3 0 7 7 3 7 3 77 7 0 7 333 3 0 0 33 0 3 0000000000000000000 7 3 3 777777777777777777777777 7 0 00 7 333333333 7 333333333333333 7 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5 0 3333333333333333333 77 0 7777777777777 3 7 7 777 7 7 0 0 00 0 2 22222222 0 7 00 0 7 3 7777 0 55 0 5 0 0
consensus : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGG--AAAAAGAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TTAGGG-CCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACCCGTA-G-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTT-AGCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-T-------------AA-C-GC--TAGGT-GGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAAAG-AGAGTCCGCGT-T---G-AAA--TGCAA--AGAAATTATTAA-AAT-TGT-ATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTGA-TT--A-TTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGC-AAAACGT-CCTA-TAC-------GTATTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTAC-AATGT-A-TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA-------------C-NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATNCCC-TTGGGTCTGCAAT------GTAT--GTATATGATG-GNTGTCCNTATTGA-GGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAA-----AAGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATCAA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
Reference ( family-938 ) : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACGTTGACACTTG----ATCACTGAACCGCAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGG--AAAAAGAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TTNGGG-CCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACCCGTA-G-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGAT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTT-AGCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-T-------------AA-C-GC--TAGGTGGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAA---AGAGTCCGCGT-T---G-AAA--TGCAAAGAGAAATTATTAA-ANT-TGT-ATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG--TT--A-TTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNTGGGCANNAGAAAATGCAAAAACGTCCCTANTACATAACATGTATTGCTNAAAGGATTANGGANACCGTGAAGGTTTTACAAATGTTA-TTTCTTTGACAGTAAAGGCCNTGCCCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGCTAAAGACNGTCAACAGGNCAAACTTCTATAAAGATNTTGNTNTTAAAAAAAAAAAAAAAAATNNNCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGNATCTCCGACCGTTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTNCGTCTNCAATTTATCAGTATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGATGGAGCATGAANAANGTTTCCAGANNTNGATTGATCGTCTAAAAAAGACNAAGTGTATCCAGGCNAAGGGTGAGTACTTTGNNGGGCANGGACGAAT-AAAAGGATCAANGA-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGT
gi|1 : AGAGGAGCTTTCCAAAC-TAATGTCATTCCACCTTCTTTATGTGGAAAATCTTGTAAATATCTTATTGAAACTACATTGACACGTAGTATATCATTGAACCGTATCGGAAGAGAAGTTTATGTTCACAAATTCACTGACTTTGCTTCAGCGTACATTGCTTTGTAGCGTA-TTCATTAT----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAAAAGAGCAAGATATGCACTT--G-AA-TTTGGG-CCTACAT--AAAATATCTTTCCTTACTTTGCATTAAA-CCGCATT-ATA-TTCATCGTGAAGTCT-----GTGATATCTATGTGAATGGTCA-AATGTCT---CA---------T---AAGTATGTTTGTAG--TGGATTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCAGATGACA-ACATTGTTATTAAGCGCATGTTCAACATATTTGTAGAAGGAAAAAAAAT---C-CAAAGCTTAG-AAAGA-T-------------AG-T-GC--TTGAT--GATACCT-CATTTATTT-AGCAATGAACAAA---AGAGTCCGAAT-T---G-AAA--TGCAA----GAATTACCAT-AAT-TGT-ATCCAAAATATAGCAAAAAGAC-T--TTG--CT--A-TCTGGTTAATGGTCATGAG-ATCTGAACAT-ACTATTTTGA-GAGAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATCCTGGCATCAGAAAATGC--GAACGT-CCTA-----------GTATTGC-AAAAAGATTACG--AACCATGAAAGTTTTATAAA-ATAATTTTCTTTGACAATAAAGGCCCAG-TCACGCAAATTCATGTGTAAAAGGGC--AAAACAGTC-ACTGGT--AACTTCTATAGAAATGTT--TATTAA----------------CATCTGAAG-AAATATTACGAAAGTCG---ACGAAGTCGTCGGCCCAAAACGGGTATGAAGTATATTTGACT-TTTGCACGACAATTG--CGCCTGCACACATTTTAGCAAGCAC-CATTGTGACGAAGTATTTGGAGATGGA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACATATTTGTAAAATGAT-------------TGCCC-TTGGGTCTGCAAT------------ATATATGATGTGTTGTCCATATTGA--GGGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTAGATTGATAGTCTAA--------AATTGTATCCAGGCCAAGTGTGAGTACATTAAAGGGCAGGGACAAATAAAAAGGATCAAAGAGTAATAAATGTGGGTGATAAAA-AGCC-AGTGTCATTTTTACTAGAACATCCCTCGT
gi|10 : GAACAACAACGGAAGGAAATTTCATGTTCACAGTTTCA------TA--TACA-TGTACATTACTTTATAGCGTT-TTCACTTC----A-CTA--TACTCAAAATGACATGG---AAAACAGCAAACAATGCACTT--GCAA-TTAGGG-C
gi|11 : -AACTTGTCGTT-AGCACGTGTTCATGGGATTT-T-GAAAAAAAAAAAAT---C-TACAGCTTAG-AAAGA-T-------------AA-CTGC--TAAGT-GGATACCC-CATTTGGTT-A
gi|12 : AGGATTGTTTAAAAAATGATGTCATTTCGCCTTCGTCGCGT-GCAAATCGTGTACAAATCTTACTGAAACCACGTTGACA
gi|13 : acacaATTGATCATCTAAAAAAGACTAAGTGTATCCAGGCAAAGAGTGAGTACTTTGTCGGACATGGACAAAT-AAAAGGATCAACGA-Tg
gi|14 : cAGAGGGGTGTTTAAAAAATAATGTCATTTCACCGTCGACGCGT-AAAAATCGTGTAAATACCTTACt
gi|15 : ataGAGGAGTGTTCCAAATATAATGTCATTTCACCTTCGCCGCGT-GAAAATCGTGTAAATACCTTAgcc
gi|16 : tacTTAGCTCGGATGACAGAACTTTTCGTT-AGTACGTGTTAATAGTATTT-T-GAAGAGAAAAaa
gi|17 : --G-AA-TTTGGGGCCTATAT--AAAATATCTGTCCTTACTTTGCATTAAA
gi|18 : ttgcccATTGTCTCGGATGACA-AAGG-GTCGTT-AGCAAGTGTTCATGGTATTt
gi|19 : TTG----ATCACTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTC
gi|2 : a-AAA--TGCAAAGA--AATTATCAA-ACT-TGA-ATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG--GT--AATTTAGTTATTGGTGATGAG-GTCTAGGTAT-ACTATTCTGG-GCCAGAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATATGAGCATCAGAAAATGC-AAAACGTCCCTACTAC----------TTGCTAAAAGA--TAGGGAAACCGTGAAAGTTTT---AATGTTA-TTTCTTTGACAGT-AAGGCCCTGTCCATGC-AATTCCTGTGCCAA--GGCTAAAGACTGTCAACAGGGCAAACTTC-ATAAA-AT-TTGTTTT--AAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACG-------------AAAAC-GGTATGAAGTATCTCCGACCGTTCGCACG-----TACCAGCCT-C-----------------CGCA---TGACCGAGCATTTGGAGGCGGAAtt
gi|2 : tgaaTACAGATCAAGAAATC----TTGGGTCTGCAATTTATCAGTAT------ATGATA-GATGTCCTTATTGATG-AGTAT-AAAAAGGTTTCCAGAATTCGAA-GTTCGTCTAAAAA-------GTGTATCCAGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGTAGGGACGAAT-AAAAGGATCAA--A-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatcttgggtctgcaatttatcagtatatgatagatgtccttattgatgagtataaaaaggtttccagaattcgaagttcgtctaaaaagtgtatccaggccaagggtgagtactttgaagggtagggacgaataaaaggatcaaataattaatatggggcaaaacaaccaagtgtcattatttttggaacatctctcgt
gi|20 : tgaaaaatgcaaagaaattatcaaacttgaatccaaaatataccaaaaagacttttggtaatttagttattggtgatgaggtctaggtatactattctgggccagaacgtaagagttctaacagaatatgagcatcagaaaatgcaaaacgtccctactacttgctaaaagatagggaaaccgtgaaagttttaatgttatttctttgacagtaaggccctgtccatgcaattcctgtgccaaggctaaagactgtcaacagggcaaacttcataaaatttgttttaaaaaaaaaaaaaaaatcccctgaagaaaatattcgaaagtcgtgcacgaaaacggtatgaagtatctccgaccgttcgcacgtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatc--TAGGTGG-ATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGA
gi|3 : GAAGAAAA--AAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TACACACGTACGTAAA-C-GC--TAGGT-GGATACCT-CATTTACTT-AACGATGAACAAAAG-AGAGTCCGTGT-T---GAAAA--TGCAA--AGAAATTATTGATATTATAT-ATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTGA-TA--A-CTGAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATTTGGGCAAAAGAAAATGC-AAAACGT-CCTAGTACATAACATGTATTGCTAAAAGGATTACG--CACCGTGAAGGTTTTAC--ATGT---TTTCTTTGACAATAAAGACCATG-CCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA---------------GCTGAAG-AAATA-T-CGACA-------ATAAGGTCGTC--CCC-AAACGGGTATGAAGGATCTCCGACT-TTTGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTTCATCTCCAAT------ATATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGA-GGAGCATGAACAATGTTTCCAAATGTGGATTGATCATCTAAA
gi|4 : CAATT--ACTGACTTGGC--CAGTGTACATCGCTTTATAGGGTAATTCATTACCAAAATCTAAATGCTCAAAATGGC-TGG--GGAAAAAGCAAAACATGCTCTTTGA-AA-TTAGGG-GCTATATTGAAAAGGTAGGTCCTTATTGGGCATTAAACCCGTA-GAATATTTCATCGTGGGCCTT-----GTGA-GCCTATGGGAATGGTAA-AATGTCT---CAAAATTACAGT---AGGTATGTTT
gi|4 : TTAGCTAGGATGACA-AACTTGTCGTT-AGCACGTGTCCAGCGTATTT------GAAAAAAAAATATCC-TAAAGCTTGGAAAAGA-T-------------AA-C-GCTATAGGT-GGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAAAAGAGAATCTGCGTGT---G-AAATTTGCAA--AGAAATTATTAA-AAC-TGTAATCC-AAATATATT-AAAAGACCTAATTGAATTAAA-TTTAGTTACTGGTGATGAGAACCTGGGTATAAATATCTTGAGGCCAAAACGTAGAAAAGTACTcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttagctaggatgacaaacttgtcgttagcacgtgtccagcgtatttgaaaaaaaaatatcctaaagcttggaaaagataacgctataggtggatacttcatttgcttagcgatgaacaaaaagagaatctgcgtgtgaaatttgcaaagaaattattaaaactgtaatccaaatatattaaaagacctaattgaattaaatttagttactggtgatgagaacctgggtataaatatcttgaggccaaaacgtagaaaagtact
gi|5 : caattactgacttggccagtgtacatcgctttatagggtaattcattaccaaaatctaaatgctcaaaatggctggggaaaaagcaaaacatgctctttgaaattaggggctatattgaaaaggtaggtccttattgggcattaaacccgtagaatatttcatcgtgggccttgtgagcctatgggaatggtaaaatgtctcaaaattacagtaggtatgtttcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGGGGAGAGTTCCAAACATAATGTCATTTCACCTTCTTCGTGTG-AAAATTGTGTAAATATCTTACTGAAAACACATTGACACT------------GAACTGCAGTGGAAGAAAATGTCATGTTCATCATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACAT--------AGC-----TCATTAC----A-CAG--TACTTAAAATGAT-TGG--AAAAAGAGCAAACAATGCACTT--G-AA-------------AT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACCCGTA-G-ATA-TTCATCGTGAGGTTT-----GTGAC-------------AT-A-AGTGT----------------T---A-GTCTGTTTGTA-GATGGGTTGCT
gi|5 : acATTGGCTCGAGTGACA-AACTTGTCGTT-AGCACGTGTTTATGGTATTT-TA-AAGAAAAAAA------T-TAAAACTTAG-AAAGATT-------------AA-C-AC--TAGGT-GGATACCTCCATTTGCTTAAGCGaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcgagtgacaaacttgtcgttagcacgtgtttatggtattttaaagaaaaaaattaaaacttagaaagattaacactaggtggatacctccatttgcttaagcggcaag
gi|6 : acggggagagttccaaacataatgtcatttcaccttcttcgtgtgaaaattgtgtaaatatcttactgaaaacacattgacactgaactgcagtggaagaaaatgtcatgttcatcatttcactgacttagctacagtgtacatagctcattacacagtacttaaaatgattggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaataaaaggtaggtccttacttggcattaaacccgtagatattcatcgtgaggtttgtgacataagtgttagtctgtttgtagatgggttgctaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACAATGA---TTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTCTAGCGTA-TTTATTAA----A-CTA--TACTCAAAATTAC-TGG--AAAAAGAGCAAACAATGCACTT--GAAA-TTAGGA-TCTATAT--GAAATATAGGTCCTTATTTGGCATTAAACCTGCA-G-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGAT-CTAATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGG-TGGGTTGCgcaag
gi|6 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTT-AGCACGTGTTCATGATATTT-TAG-----AAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-T-------------AA-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaacttgtcgttagcacgtgttcatgatattttagaaaaaaatctaaagcttagaaagataa
gi|7 : tcgtgtaaatatcttactgaaaccacaatgattgatcattgaaccgtagcggaagaaaatgtcatgttcacaatttcactgacttagctacagtgtacattgctttctagcgtatttattaaactatactcaaaattactggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaattaggatctatatgaaatataggtccttatttggcattaaacctgcagatattcatcgtgaggtctgtgatatctatgggaatgatctaatgtctcataggtctgtttgtaggtgggttgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAATGAC-AGG--AAAATGAGCAAACCATGCACTT--G-AAAGTATGG-CCTAAAT--ACAAAGTAGGTCCTTAGTTGGCATTAAACCTGTA-G-ATA-TTCATCATGGGGTCA-----GTGATATTTATGGAAATGATAA-AATGTTT---CA---------T---AGGTCTGTTTGCA-GATAAATTGCT
gi|7 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTT-----T-AGT---------TGGGATTT-T----GAAAAAAACAC---CCTAAAACTTAG-AACGA-C-------------AAAC-GC--TAGGTTG-ATACCC-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAA---AGAG--AGTGT-TTTCA-AAA--TGCAA--AGAAATTATTAA-AAT-CGT-ATCCCAAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaactttagttgggattttgaaaaaaacaccctaaaacttagaacgacaaacgctaggttgataccccatttgcttagcgatgaacaaaagagagtgttttcaaaatgcaaagaaattattaaaatcgtatcccaaatat
gi|8 : caaaatgacaggaaaatgagcaaaccatgcacttgaaagtatggcctaaatacaaagtaggtccttagttggcattaaacctgtagatattcatcatggggtcagtgatatttatggaaatgataaaatgtttcataggtctgtttgcagataaattgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGACTTAGCTACAATGTACATTGCTTTATAGCGTA-TCTATTGC----A-CAA--TACTCAAAATGAC-TGG--AAAAAGAGCAAACATTGCACTA--GAAA-TTATGG-CCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTCACTTTGCATTAAATCCGTA-G-ATA-TTTATCGTGAGGTCTTTCAATTCATATATATGAGAAT-AT---------T---CA---------TAGAAGGTTTGTTTGTAGG-TGGGTTGC
gi|9 : TTACTTTATGGCGTA-TTCAATAC----A-CTA--TAATCAAA-TGAA-TGG--AAAAAGAGCAAACAATGTACTT--G-AAGTTAGGA-CCCATAT---AAAGGTAGATCCTTACTTGGCATTAAACCCTTA-G-ATA-TTCATCATGAGGTTT-----GTGATATGTATGGGAATTGTCA-AATGTCCGTGTG---------T---AGGTCGGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222222 1111 1 11111 222222 222222222222222222 222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111111 3333333333333 1 11111 11 11 22222222222 1 1 1 11 7777777777777 1 11 33333333333 1 11 1 11 1 9999999999999999 1 1 22222222222222222222 1 222222222 444444444444444 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 4444444444444444444 111 33 1 3333333 1 1 2222 11 1 1
lowQualScore : 11 33 2 444444 0 0 1 0 5 2222 5 77 5 66 0 66 3 8 4 66 1 5 5 5 44444 0 33 666666 3 666666666666666666 555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 44444 222222 5 5 5 1111111111111 5 6 77 5 5 0 33 22 6 88888 99 8 11 5 0 3 55555555555 0 0 0 0 33 11 7 5555555555555 3 7 7 88 44444444444 7 3 11 7 7 88 3 88 7 2 6 7 7 6666666666666666 3 7 3 7 88888888888888888888 6 3 0 222222222 6 777777777777777 6 2 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 1 1 9999999999999999999 888 66 3 1 1 7 6 1 3 3 9999999 1 0 3 3 4444 1 88 5 5 1 1
lowQualScore : .. .. . ...... . . . . . .... . .. . .. . .. . . . .. . . . . ..... . .. ...... . .................. ... .................................................................................................................................... . . ..... ...... . . . ............. . . .. . . . .. .. . ..... .. . .. . . . ........... . . . . .. .. . ............. . . . .. ........... . . .. . . .. . .. . . . . . ................ . . . . .................... . . . ......... . ............... . . . ............................................................................. . . . ................... ... .. . . . . . . . . ....... . . . . .... . .. . . . .
lowQualScore : 88 22 5 888888 8 8 0 1 7 1111 7 99 0 99 2 11 3 9 4 99 4 7 7 7 33333 1 11 999999 0 333333333333333333 444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88888 999999 7 7 7 4444444444444 7 7 99 7 7 0 55 88 5 55555 00 0 00 6 2 2 22222222222 2 0 0 0 88 77 3 3333333333333 3 3 3 33 33333333333 3 3 33 3 3 33 3 33 3 0 7 3 3 7777777777777777 3 3 3 3 00000000000000000000 7 3 7 333333333 7 000000000000000 7 0 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0 0 0000000000000000000 333 77 3 0 0 3 7 0 2 2 7777777 0 7 3 3 3333 0 00 0 5 0 0
consensus : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GTN--ATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-TATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
Reference ( family-938 ) : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-ATT--ATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA-------------CNCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATNCCC-TTGGGTCTGCAATGTAT--GTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
gi|1 : AGAGGAGCTTTCCAAAC-TAATGTCATTCCACCTTCTTTATGTGGAAAATCTTGTAAATATCTTATTGAAACTACATTGACACGTAGTATATCATTGAACCGTATCGGAAGAGAAGTTTATGTTCACAAATTCACTGACTTTGCTTCAGCGTACATTGCTTTGTAGCGTA-TTCATTAT----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAAAAGAGCAAGATATGCACTT--G-AA-TT-TGGGCCTACAT--AAAATATCTTTCCTTACTTTGCATTAAACCGCAT-T-ATA-TTCATCGTGAAGTCT-----GTGATATCTATGTGAATGGTCA-AATGTCT---CA---------T---AAGTATGTTTGTAG--TGGATTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCAGATGACA-ACATTGTTATTAAGCGCATGTTCAACATATTTGTAGAAGGAAAAAAAAT---C-CAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------G-T-GC--TTGATG-ATACCT-CATTTATTT-AGCAATGAAC-AAAAGAG--TCCGAAT-T---GAAA--TGCAAG--AATTACCATAATTGT-AT--CCAAAATATAGCAAAAAGACTT--T---GCT--ATCTGGTTAATGGTCATGAG-ATCTGAACAT-ACTATTTTGA-GAGAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATCCTGGCATCAGAAAATGC-GAACGTCCTA-----------GTA-TTGC-AAAAAGATTACG--AACCATGAAAGTTTTATAAAA-TAATTTTCTTTGACAATAAAGGCCCAG-TCACGCAAATTCATGTGTAAAAGGGC--AAAACAGTC-ACTGGT--AACTTCTATAGAAATGT--TTATTAACA---------------TCTGAAG-AAATATTACGAAAGTCG---ACGAAGTCGTCGGCCCAAAACGGGTATGAAGTATATTTGACT-TTTGCACGACAATTG--CGCCTGCACACATTTTAGCAAGCAC-CATTGTGACGAAGTATTTGGAGATGG-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACATATTTGTAAAATGAT-------------TGCCC-TTGGGTCTGCA----AT--ATATATGATGTGTTGTCCATATTGAGG-GTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTAGATTGATAGTCT---AAA-----ATTGTATCCAGGCCAAGTGTGAGTACATTAAAGGGCAGGGACAAATAAAAAGGATCAAA-GAGTAATAAATGTGGGTGATAAAA-AGCC-AGTGTCATTTTTACTAGAACATCCCTCGT
gi|10 : GAACAACAACGGAAGGAAATTTCATGTTCACAGTTTCA------TA--TACA-TGTACATTACTTTATAGCGTT-TTCACTTC----A-CTA--TACTCAAAATGACATGG-AAAA--CAGCAAACAATGCACTT--GCAA-TT-AGGGC
gi|11 : -AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGGATTT-T-GAAAAAAAAAAAAT---C-TACAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-CTGC--TAAGTGGATACCC-CATTTGGTT-A
gi|12 : AGGATTGTTTAAAAAATGATGTCATTTCGCCTTCGTCGCGT-GCAAATCGTGTACAAATCTTACTGAAACCACGTTGACA
gi|13 : acacaATTGATCATCTAAAAAAGACTAAGTGTATCCAGGCAAAGAGTGAGTACTTTGTCGGACATGGACAAAT-AAAAGGATC-AACGA-Tg
gi|14 : cAGAGGGGTGTTTAAAAAATAATGTCATTTCACCGTCGACGCGT-AAAAATCGTGTAAATACCTTACt
gi|15 : ataGAGGAGTGTTCCAAATATAATGTCATTTCACCTTCGCCGCGT-GAAAATCGTGTAAATACCTTAgcc
gi|16 : tacTTAGCTCGGATGACAGAACTTTTCGTTA-GTACGTGTTAATAGTATTT-T-GAAGAGAAAAaa
gi|17 : --G-AA-TTTGGGGCCTATAT--AAAATATCTGTCCTTACTTTGCATTAAA
gi|18 : ttgcccATTGTCTCGGATGACA-AAGG-GTCGTTA-GCAAGTGTTCATGGTATTt
gi|19 : TTG----ATCACTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTC
gi|2 : aAAA--TGCAAAGAAATTATCAAACTTGA-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GTA--ATTTAGTTATTGGTGATGAG-GTCTAGGTAT-ACTATTCTGG-GCCAGAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATATGAGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCC--TAC--------TACTTGCTAAAAGA--TAGGGAAACCGTGAAAGTTTT--AATGTTA--TTTCTTTGACAGT-AAGGCCCTGTCCATGC-AATTCCTGTGCCAA--GGCTAAAGACTGTCAACAGGGCAAACTTC-ATAAA-AT-TTGTT-TTAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACG-------------AAAAC-GGTATGAAGTATCTCCGACCGTTCGCACG-----TACCAGCCT-C-----------------CGCA---TGACCGAGCATTTGGAGGCGGAA----tt
gi|2 : tgaaTACAGATCA-AGAAATC---TTGGGTCTGCAATTTATCAGTATATGATA-GATGTCCTTATTGATGAGTAT-AAAAAGGTTTCCAGAATTCGAA-GTTCGTCTAAAA-------AGTGTATCCAGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGTAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA--A-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatcttgggtctgcaatttatcagtatatgatagatgtccttattgatgagtataaaaaggtttccagaattcgaagttcgtctaaaaagtgtatccaggccaagggtgagtactttgaagggtagggacgaataaaaggatcaaataattaatatggggcaaaacaaccaagtgtcattatttttggaacatctctcgt
gi|20 : tgaaaaatgcaaagaaattatcaaacttgaatccaaaatataccaaaaagacttttggtaatttagttattggtgatgaggtctaggtatactattctgggccagaacgtaagagttctaacagaatatgagcatcagaaaatgcaaaacgtccctactacttgctaaaagatagggaaaccgtgaaagttttaatgttatttctttgacagtaaggccctgtccatgcaattcctgtgccaaggctaaagactgtcaacagggcaaacttcataaaatttgttttaaaaaaaaaaaaaaaatcccctgaagaaaatattcgaaagtcgtgcacgaaaacggtatgaagtatctccgaccgttcgcacgtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatc--TAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGA
gi|3 : GAAGAAAAAAA--T---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TACACACGTACGTAAA-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTACTT-AACGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGTGT-T---GAAAA-TGCAAAGAAATTATTGATATTAT-ATATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-ATA--ACTGAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATTTGGGCAAAAGAAAATGCAAAACGTCCTAGTACATAACATGTA-TTGCTAAAAGGATTACG--CACCGTGAAGGTTTTAC-ATG-T---TTTCTTTGACAATAAAGACCATG-CCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------GCTGAAG-AAATA-T-CGA----CA---ATAAGGTCGTC--CCC-AAACGGGTATGAAGGATCTCCGACT-TTTGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTTCATCTCCAATATATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGAGGAGCATGAACAATGTTTCCAAATGTGGATTGATCATCTAAA
gi|4 : CAATT--ACTGACTTGGC--CAGTGTACATCGCTTTATAGGGTAATTCATTACCAAAATCTAAATGCTCAAAATGGC-TGGGGAAA--AAGCAAAACATGCTCTTTGA-AA-TT-AGGGGCTATATTGAAAAGGTAGGTCCTTATTGGGCATTAAACC-CGTAGAATATTTCATCGTGGGCCTT-----GTGA-GCCTATGGGAATGGTAA-AATGTCT---CAAAATTACAGT---AGGTATGTTT
gi|4 : TTAGCTAGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTCCAGCGTATTT------GAAAAAAAAATATCC-TAAAGCTTGGAAAAGA-TA-------------A-C-GCTATAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAAAAGAGAATCTGCGTGT---GAAATTTGCAAAGAAATTATTAAAACTGTAAT--CC-AAATATATT-AAAAGACCTAATTGAATTAAATTTAGTTACTGGTGATGAGAACCTGGGTATAAATATCTTGAGGCCAAAACGTAGAAAAGTACTcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttagctaggatgacaaacttgtcgttagcacgtgtccagcgtatttgaaaaaaaaatatcctaaagcttggaaaagataacgctataggtggatacttcatttgcttagcgatgaacaaaaagagaatctgcgtgtgaaatttgcaaagaaattattaaaactgtaatccaaatatattaaaagacctaattgaattaaatttagttactggtgatgagaacctgggtataaatatcttgaggccaaaacgtagaaaagtact
gi|5 : caattactgacttggccagtgtacatcgctttatagggtaattcattaccaaaatctaaatgctcaaaatggctggggaaaaagcaaaacatgctctttgaaattaggggctatattgaaaaggtaggtccttattgggcattaaacccgtagaatatttcatcgtgggccttgtgagcctatgggaatggtaaaatgtctcaaaattacagtaggtatgtttcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGGGGAGAGTTCCAAACATAATGTCATTTCACCTTCTTCGTGTG-AAAATTGTGTAAATATCTTACTGAAAACACATTGACACT------------GAACTGCAGTGGAAGAAAATGTCATGTTCATCATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACAT--------AGC-----TCATTAC----A-CAG--TACTTAAAATGAT-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-------------AT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTTT-----GTGACA-------------T-A-AGTGT----------------T---A-GTCTGTTTGTA-GATGGGTTGCT
gi|5 : acATTGGCTCGAGTGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTTATGGTATTT-TA-AAGAAAAAAA------T-TAAAACTTAG-AAAGATTA-------------A-C-AC--TAGGTGGATACCTCCATTTGCTTAAGCGaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcgagtgacaaacttgtcgttagcacgtgtttatggtattttaaagaaaaaaattaaaacttagaaagattaacactaggtggatacctccatttgcttaagcggcaag
gi|6 : acggggagagttccaaacataatgtcatttcaccttcttcgtgtgaaaattgtgtaaatatcttactgaaaacacattgacactgaactgcagtggaagaaaatgtcatgttcatcatttcactgacttagctacagtgtacatagctcattacacagtacttaaaatgattggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaataaaaggtaggtccttacttggcattaaacccgtagatattcatcgtgaggtttgtgacataagtgttagtctgtttgtagatgggttgctaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACAATGA---TTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTCTAGCGTA-TTTATTAA----A-CTA--TACTCAAAATTAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--GAAA-TT-AGGATCTATAT--GAAATATAGGTCCTTATTTGGCATTAAACC-TGCAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGAT-CTAATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGG-TGGGTTGCgcaag
gi|6 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGATATTT-TAG-----AAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaacttgtcgttagcacgtgttcatgatattttagaaaaaaatctaaagcttagaaagataa
gi|7 : tcgtgtaaatatcttactgaaaccacaatgattgatcattgaaccgtagcggaagaaaatgtcatgttcacaatttcactgacttagctacagtgtacattgctttctagcgtatttattaaactatactcaaaattactggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaattaggatctatatgaaatataggtccttatttggcattaaacctgcagatattcatcgtgaggtctgtgatatctatgggaatgatctaatgtctcataggtctgtttgtaggtgggttgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAATGAC-AGGAAAAT--GAGCAAACCATGCACTT--G-AAAGT-ATGGCCTAAAT--ACAAAGTAGGTCCTTAGTTGGCATTAAACC-TGTAG-ATA-TTCATCATGGGGTCA-----GTGATATTTATGGAAATGATAA-AATGTTT---CA---------T---AGGTCTGTTTGCA-GATAAATTGCT
gi|7 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTT-----TA-GT---------TGGGATTT-T----GAAAAAAACAC---CCTAAAACTTAG-AACGA-CA-------------AAC-GC--TAGGTTGATACCC-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGT----GT-TTTCAAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATCGT-AT--CCCAAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaactttagttgggattttgaaaaaaacaccctaaaacttagaacgacaaacgctaggttgataccccatttgcttagcgatgaacaaaagagagtgttttcaaaatgcaaagaaattattaaaatcgtatcccaaatat
gi|8 : caaaatgacaggaaaatgagcaaaccatgcacttgaaagtatggcctaaatacaaagtaggtccttagttggcattaaacctgtagatattcatcatggggtcagtgatatttatggaaatgataaaatgtttcataggtctgtttgcagataaattgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGACTTAGCTACAATGTACATTGCTTTATAGCGTA-TCTATTGC----A-CAA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACATTGCACTA--GAAA-TT-ATGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTCACTTTGCATTAAATC-CGTAG-ATA-TTTATCGTGAGGTCTTTCAATTCATATATATGAGAAT-------AT---T---CA---------TAGAAGGTTTGTTTGTAGG-TGGGTTGC
gi|9 : TTACTTTATGGCGTA-TTCAATAC----A-CTA--TAATCAAA-TGAA-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGTACTT--G-AAGTT-AGGACCCATAT---AAAGGTAGATCCTTACTTGGCATTAAACC-CTTAG-ATA-TTCATCATGAGGTTT-----GTGATATGTATGGGAATTGTCA-AATGTCCGTGTG---------T---AGGTCGGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222222 1111 1 11111 222222 222222222222222222 222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111111 3333333333333 1 11111 11 11 22222222222 1 1 1 11 7777777777777 1 11 33333333333 1 11 1 11 1 777777777777777 1 1 22222222222222222222 1 222222222 444444444444444 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 4444444444444444444 333 1 3333333 1 1 2222 11 1 1
lowQualScore : 11 33 2 444444 0 0 1 0 5 2222 5 77 5 66 0 66 3 8 4 66 1 5 5 5 44444 0 33 666666 3 666666666666666666 555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 44444 222222 5 5 5 1111111111111 5 6 77 5 5 0 33 22 6 88888 99 8 11 5 0 3 11111111111 0 0 0 0 33 11 7 5555555555555 3 7 7 88 44444444444 7 3 11 7 7 88 3 88 7 2 6 7 7 7 999999999999999 3 7 3 7 88888888888888888888 6 3 0 222222222 6 777777777777777 6 2 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 1 1 7777777777777777777 444 3 1 1 7 6 1 3 3 9999999 1 0 3 3 4444 1 88 5 5 1 1
lowQualScore : .. .. . ...... . . . . . .... . .. . .. . .. . . . .. . . . . ..... . .. ...... . .................. ... .................................................................................................................................... . . ..... ...... . . . ............. . . .. . . . .. .. . ..... .. . .. . . . ........... . . . . .. .. . ............. . . . .. ........... . . .. . . .. . .. . . . . . . ............... . . . . .................... . . . ......... . ............... . . . ............................................................................. . . . ................... ... . . . . . . . . ....... . . . . .... . .. . . . .
lowQualScore : 88 22 5 888888 8 8 0 1 7 1111 7 99 0 99 2 11 3 9 4 99 4 7 7 7 33333 1 11 999999 0 333333333333333333 444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88888 999999 7 7 7 4444444444444 7 7 99 7 7 0 55 88 5 55555 00 0 00 6 2 2 88888888888 2 0 0 0 88 77 3 3333333333333 3 3 3 33 33333333333 3 3 33 3 3 33 3 33 3 0 7 3 3 3 333333333333333 3 3 3 3 00000000000000000000 7 3 7 333333333 7 000000000000000 7 0 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0 0 0000000000000000000 000 3 0 0 3 7 0 2 2 7777777 0 7 3 3 3333 0 00 0 5 0 0
consensus : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
Reference ( family-938 ) : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--NATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
gi|1 : AGAGGAGCTTTCCAAAC-TAATGTCATTCCACCTTCTTTATGTGGAAAATCTTGTAAATATCTTATTGAAACTACATTGACACGTAGTATATCATTGAACCGTATCGGAAGAGAAGTTTATGTTCACAAATTCACTGACTTTGCTTCAGCGTACATTGCTTTGTAGCGTA-TTCATTAT----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAAAAGAGCAAGATATGCACTT--G-AA-TT-TGGGCCTACAT--AAAATATCTTTCCTTACTTTGCATTAAACCGCAT-T-ATA-TTCATCGTGAAGTCT-----GTGATATCTATGTGAATGGTCA-AATGTCT---CA---------T---AAGTATGTTTGTAG--TGGATTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCAGATGACA-ACATTGTTATTAAGCGCATGTTCAACATATTTGTAGAAGGAAAAAAAAT---C-CAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------G-T-GC--TTGATG-ATACCT-CATTTATTT-AGCAATGAAC-AAAAGAG--TCCGAAT-T---GAAA--TGCAAG--AATTACCATAATTGT-AT--CCAAAATATAGCAAAAAGACTT--T---GC--TATCTGGTTAATGGTCATGAG-ATCTGAACAT-ACTATTTTGA-GAGAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATCCTGGCATCAGAAAATGCGAA-CGTCCTA-----------GTA-TTGC-AAAAAGATTACG--AACCATGAAAGTTTTATAAAA-TAATTTTCTTTGACAATAAAGGCCCAG-TCACGCAAATTCATGTGTAAAAGGGC--AAAACAGTC-ACTGGT--AACTTCTATAGAAATGT--TTATT-AACA--------------TCTGAAG-AAATATTACGAAAGTCG---ACGAAGTCGTCGGCCCAAAACGGGTATGAAGTATATTTGACT-TTTGCACGACAATTG--CGCCTGCACACATTTTAGCAAGCAC-CATTGTGACGAAGTATTTGGAGATGG-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACATATTTGTAAAATGAT-------------TGCCC-TTGGGTCTGCAAT-------ATATATGATGTGTTGTCCATATTGAGG-GTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTAGATTGATAGTCT---AAA-----ATTGTATCCAGGCCAAGTGTGAGTACATTAAAGGGCAGGGACAAATAAAAAGGATCAAA-GAGTAATAAATGTGGGTGATAAAA-AGCC-AGTGTCATTTTTACTAGAACATCCCTCGT
gi|10 : GAACAACAACGGAAGGAAATTTCATGTTCACAGTTTCA------TA--TACA-TGTACATTACTTTATAGCGTT-TTCACTTC----A-CTA--TACTCAAAATGACATGG-AAAA--CAGCAAACAATGCACTT--GCAA-TT-AGGGC
gi|11 : -AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGGATTT-T-GAAAAAAAAAAAAT---C-TACAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-CTGC--TAAGTGGATACCC-CATTTGGTT-A
gi|12 : AGGATTGTTTAAAAAATGATGTCATTTCGCCTTCGTCGCGT-GCAAATCGTGTACAAATCTTACTGAAACCACGTTGACA
gi|13 : acacaATTGATCATCTAAAAAAGACTAAGTGTATCCAGGCAAAGAGTGAGTACTTTGTCGGACATGGACAAAT-AAAAGGATC-AACGA-Tg
gi|14 : cAGAGGGGTGTTTAAAAAATAATGTCATTTCACCGTCGACGCGT-AAAAATCGTGTAAATACCTTACt
gi|15 : ataGAGGAGTGTTCCAAATATAATGTCATTTCACCTTCGCCGCGT-GAAAATCGTGTAAATACCTTAgcc
gi|16 : tacTTAGCTCGGATGACAGAACTTTTCGTTA-GTACGTGTTAATAGTATTT-T-GAAGAGAAAAaa
gi|17 : --G-AA-TTTGGGGCCTATAT--AAAATATCTGTCCTTACTTTGCATTAAA
gi|18 : ttgcccATTGTCTCGGATGACA-AAGG-GTCGTTA-GCAAGTGTTCATGGTATTt
gi|19 : TTG----ATCACTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTC
gi|2 : aAAA--TGCAAAGAAATTATCAAACTTGA-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTATTGGTGATGAG-GTCTAGGTAT-ACTATTCTGG-GCCAGAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATATGAGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCC--TAC--------TACTTGCTAAAAGA--TAGGGAAACCGTGAAAGTTTT--AATGTTA--TTTCTTTGACAGT-AAGGCCCTGTCCATGC-AATTCCTGTGCCAA--GGCTAAAGACTGTCAACAGGGCAAACTTC-ATAAA-AT-TTGTT-TTAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACG-------------AAAAC-GGTATGAAGTATCTCCGACCGTTCGCACG-----TACCAGCCT-C-----------------CGCA---TGACCGAGCATTTGGAGGCGGAA----tt
gi|2 : tgaaTACAGATCA-AGAAATC---TTGGGTCTGCAAT-TTATCAGTATATGATA-GATGTCCTTATTGATGAGTAT-AAAAAGGTTTCCAGAATTCGAA-GTTCGTCTAAAA-------AGTGTATCCAGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGTAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA--A-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatcttgggtctgcaatttatcagtatatgatagatgtccttattgatgagtataaaaaggtttccagaattcgaagttcgtctaaaaagtgtatccaggccaagggtgagtactttgaagggtagggacgaataaaaggatcaaataattaatatggggcaaaacaaccaagtgtcattatttttggaacatctctcgt
gi|20 : tgaaaaatgcaaagaaattatcaaacttgaatccaaaatataccaaaaagacttttggtaatttagttattggtgatgaggtctaggtatactattctgggccagaacgtaagagttctaacagaatatgagcatcagaaaatgcaaaacgtccctactacttgctaaaagatagggaaaccgtgaaagttttaatgttatttctttgacagtaaggccctgtccatgcaattcctgtgccaaggctaaagactgtcaacagggcaaacttcataaaatttgttttaaaaaaaaaaaaaaaatcccctgaagaaaatattcgaaagtcgtgcacgaaaacggtatgaagtatctccgaccgttcgcacgtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatc--TAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGA
gi|3 : GAAGAAAAAAA--T---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TACACACGTACGTAAA-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTACTT-AACGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGTGT-T---GAAAA-TGCAAAGAAATTATTGATATTAT-ATATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-AT--AACTGAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATTTGGGCAAAAGAAAATGCAAAACGTCCTAGTACATAACATGTA-TTGCTAAAAGGATTACG--CACCGTGAAGGTTTTAC-ATG-T---TTTCTTTGACAATAAAGACCATG-CCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------GCTGAAG-AAATA-T-CGA----CA---ATAAGGTCGTC--CCC-AAACGGGTATGAAGGATCTCCGACT-TTTGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTTCATCTCCAATAT-ATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGAGGAGCATGAACAATGTTTCCAAATGTGGATTGATCATCTAAA
gi|4 : CAATT--ACTGACTTGGC--CAGTGTACATCGCTTTATAGGGTAATTCATTACCAAAATCTAAATGCTCAAAATGGC-TGGGGAAA--AAGCAAAACATGCTCTTTGA-AA-TT-AGGGGCTATATTGAAAAGGTAGGTCCTTATTGGGCATTAAACC-CGTAGAATATTTCATCGTGGGCCTT-----GTGA-GCCTATGGGAATGGTAA-AATGTCT---CAAAATTACAGT---AGGTATGTTT
gi|4 : TTAGCTAGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTCCAGCGTATTT------GAAAAAAAAATATCC-TAAAGCTTGGAAAAGA-TA-------------A-C-GCTATAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAAAAGAGAATCTGCGTGT---GAAATTTGCAAAGAAATTATTAAAACTGTAAT--CC-AAATATATT-AAAAGACCTAATTGAATTAAATTTAGTTACTGGTGATGAGAACCTGGGTATAAATATCTTGAGGCCAAAACGTAGAAAAGTACTcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttagctaggatgacaaacttgtcgttagcacgtgtccagcgtatttgaaaaaaaaatatcctaaagcttggaaaagataacgctataggtggatacttcatttgcttagcgatgaacaaaaagagaatctgcgtgtgaaatttgcaaagaaattattaaaactgtaatccaaatatattaaaagacctaattgaattaaatttagttactggtgatgagaacctgggtataaatatcttgaggccaaaacgtagaaaagtact
gi|5 : caattactgacttggccagtgtacatcgctttatagggtaattcattaccaaaatctaaatgctcaaaatggctggggaaaaagcaaaacatgctctttgaaattaggggctatattgaaaaggtaggtccttattgggcattaaacccgtagaatatttcatcgtgggccttgtgagcctatgggaatggtaaaatgtctcaaaattacagtaggtatgtttcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGGGGAGAGTTCCAAACATAATGTCATTTCACCTTCTTCGTGTG-AAAATTGTGTAAATATCTTACTGAAAACACATTGACACT------------GAACTGCAGTGGAAGAAAATGTCATGTTCATCATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACAT--------AGC-----TCATTAC----A-CAG--TACTTAAAATGAT-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-------------AT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTTT-----GTGACA-------------T-A-AGTGT----------------T---A-GTCTGTTTGTA-GATGGGTTGCT
gi|5 : acATTGGCTCGAGTGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTTATGGTATTT-TA-AAGAAAAAAA------T-TAAAACTTAG-AAAGATTA-------------A-C-AC--TAGGTGGATACCTCCATTTGCTTAAGCGaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcgagtgacaaacttgtcgttagcacgtgtttatggtattttaaagaaaaaaattaaaacttagaaagattaacactaggtggatacctccatttgcttaagcggcaag
gi|6 : acggggagagttccaaacataatgtcatttcaccttcttcgtgtgaaaattgtgtaaatatcttactgaaaacacattgacactgaactgcagtggaagaaaatgtcatgttcatcatttcactgacttagctacagtgtacatagctcattacacagtacttaaaatgattggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaataaaaggtaggtccttacttggcattaaacccgtagatattcatcgtgaggtttgtgacataagtgttagtctgtttgtagatgggttgctaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACAATGA---TTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTCTAGCGTA-TTTATTAA----A-CTA--TACTCAAAATTAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--GAAA-TT-AGGATCTATAT--GAAATATAGGTCCTTATTTGGCATTAAACC-TGCAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGAT-CTAATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGG-TGGGTTGCgcaag
gi|6 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGATATTT-TAG-----AAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaacttgtcgttagcacgtgttcatgatattttagaaaaaaatctaaagcttagaaagataa
gi|7 : tcgtgtaaatatcttactgaaaccacaatgattgatcattgaaccgtagcggaagaaaatgtcatgttcacaatttcactgacttagctacagtgtacattgctttctagcgtatttattaaactatactcaaaattactggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaattaggatctatatgaaatataggtccttatttggcattaaacctgcagatattcatcgtgaggtctgtgatatctatgggaatgatctaatgtctcataggtctgtttgtaggtgggttgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAATGAC-AGGAAAAT--GAGCAAACCATGCACTT--G-AAAGT-ATGGCCTAAAT--ACAAAGTAGGTCCTTAGTTGGCATTAAACC-TGTAG-ATA-TTCATCATGGGGTCA-----GTGATATTTATGGAAATGATAA-AATGTTT---CA---------T---AGGTCTGTTTGCA-GATAAATTGCT
gi|7 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTT-----TA-GT---------TGGGATTT-T----GAAAAAAACAC---CCTAAAACTTAG-AACGA-CA-------------AAC-GC--TAGGTTGATACCC-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGT----GT-TTTCAAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATCGT-AT--CCCAAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaactttagttgggattttgaaaaaaacaccctaaaacttagaacgacaaacgctaggttgataccccatttgcttagcgatgaacaaaagagagtgttttcaaaatgcaaagaaattattaaaatcgtatcccaaatat
gi|8 : caaaatgacaggaaaatgagcaaaccatgcacttgaaagtatggcctaaatacaaagtaggtccttagttggcattaaacctgtagatattcatcatggggtcagtgatatttatggaaatgataaaatgtttcataggtctgtttgcagataaattgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGACTTAGCTACAATGTACATTGCTTTATAGCGTA-TCTATTGC----A-CAA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACATTGCACTA--GAAA-TT-ATGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTCACTTTGCATTAAATC-CGTAG-ATA-TTTATCGTGAGGTCTTTCAATTCATATATATGAGAAT-------AT---T---CA---------TAGAAGGTTTGTTTGTAGG-TGGGTTGC
gi|9 : TTACTTTATGGCGTA-TTCAATAC----A-CTA--TAATCAAA-TGAA-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGTACTT--G-AAGTT-AGGACCCATAT---AAAGGTAGATCCTTACTTGGCATTAAACC-CTTAG-ATA-TTCATCATGAGGTTT-----GTGATATGTATGGGAATTGTCA-AATGTCCGTGTG---------T---AGGTCGGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 222222 1111 1 11111 222222 222222222222222222 222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111111 3333333333333 1 11111 11 11 2222222222 1 1 1 11 7777777777777 1 11 33333333333 1 11 1 11 1 777777777777777 1 1 22222222222222222222 1 222222222 444444444444444 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 4444444444444444444 333 1 3333333 1 1 2222 11 1 1
lowQualScore : 11 33 2 444444 0 0 1 0 5 2222 5 77 5 66 0 66 3 8 4 66 1 5 5 5 44444 0 33 666666 3 666666666666666666 555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 44444 222222 5 5 5 1111111111111 5 6 77 5 5 0 33 22 6 88888 99 8 11 5 0 3 0000000000 0 0 0 0 33 11 88 5555555555555 3 7 7 88 44444444444 7 3 11 7 7 88 3 88 7 2 6 7 7 7 999999999999999 3 7 3 7 88888888888888888888 6 3 0 222222222 6 777777777777777 6 2 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 1 1 7777777777777777777 444 3 1 1 7 6 1 3 3 9999999 1 0 3 3 4444 1 88 5 5 1 1
lowQualScore : .. .. . ...... . . . . . .... . .. . .. . .. . . . .. . . . . ..... . .. ...... . .................. ... .................................................................................................................................... . . ..... ...... . . . ............. . . .. . . . .. .. . ..... .. . .. . . . .......... . . . . .. .. .. ............. . . . .. ........... . . .. . . .. . .. . . . . . . ............... . . . . .................... . . . ......... . ............... . . . ............................................................................. . . . ................... ... . . . . . . . . ....... . . . . .... . .. . . . .
lowQualScore : 88 22 5 888888 8 8 0 1 7 1111 7 99 0 99 2 11 3 9 4 99 4 7 7 7 33333 1 11 999999 0 333333333333333333 444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88888 999999 7 7 7 4444444444444 7 7 99 7 7 0 55 88 5 55555 00 0 00 6 2 2 8888888888 2 0 0 0 88 77 00 3333333333333 3 3 3 33 33333333333 3 3 33 3 3 33 3 33 3 0 7 3 3 3 333333333333333 3 3 3 3 00000000000000000000 7 3 7 333333333 7 000000000000000 7 0 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0 0 0000000000000000000 000 3 0 0 3 7 0 2 2 7777777 0 7 3 3 3333 0 00 0 5 0 0
consensus : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
Reference ( family-938 ) : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
gi|1 : AGAGGAGCTTTCCAAAC-TAATGTCATTCCACCTTCTTTATGTGGAAAATCTTGTAAATATCTTATTGAAACTACATTGACACGTAGTATATCATTGAACCGTATCGGAAGAGAAGTTTATGTTCACAAATTCACTGACTTTGCTTCAGCGTACATTGCTTTGTAGCGTA-TTCATTAT----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAAAAGAGCAAGATATGCACTT--G-AA-TT-TGGGCCTACAT--AAAATATCTTTCCTTACTTTGCATTAAACCGCAT-T-ATA-TTCATCGTGAAGTCT-----GTGATATCTATGTGAATGGTCA-AATGTCT---CA---------T---AAGTATGTTTGTAG--TGGATTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCAGATGACA-ACATTGTTATTAAGCGCATGTTCAACATATTTGTAGAAGGAAAAAAAAT---C-CAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------G-T-GC--TTGATG-ATACCT-CATTTATTT-AGCAATGAAC-AAAAGAG--TCCGAAT-T---GAAA--TGCAAG--AATTACCATAATTGT-AT--CCAAAATATAGCAAAAAGACTT--T---GC--TATCTGGTTAATGGTCATGAG-ATCTGAACAT-ACTATTTTGA-GAGAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATCCTGGCATCAGAAAATGCG-AACGTCCTA-----------GTA-TTGC-AAAAAGATTACG--AACCATGAAAGTTTTATAAAA-TAATTTTCTTTGACAATAAAGGCCCAG-TCACGCAAATTCATGTGTAAAAGGGC--AAAACAGTC-ACTGGT--AACTTCTATAGAAATGT--TTATT-AACA--------------TCTGAAG-AAATATTACGAAAGTCG---ACGAAGTCGTCGGCCCAAAACGGGTATGAAGTATATTTGACT-TTTGCACGACAATTG--CGCCTGCACACATTTTAGCAAGCAC-CATTGTGACGAAGTATTTGGAGATGG-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACATATTTGTAAAATGAT-------------TGCCC-TTGGGTCTGCAAT-------ATATATGATGTGTTGTCCATATTGAGG-GTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTAGATTGATAGTCT---AAA-----ATTGTATCCAGGCCAAGTGTGAGTACATTAAAGGGCAGGGACAAATAAAAAGGATCAAA-GAGTAATAAATGTGGGTGATAAAA-AGCC-AGTGTCATTTTTACTAGAACATCCCTCGT
gi|10 : GAACAACAACGGAAGGAAATTTCATGTTCACAGTTTCA------TA--TACA-TGTACATTACTTTATAGCGTT-TTCACTTC----A-CTA--TACTCAAAATGACATGG-AAAA--CAGCAAACAATGCACTT--GCAA-TT-AGGGC
gi|11 : -AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGGATTT-T-GAAAAAAAAAAAAT---C-TACAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-CTGC--TAAGTGGATACCC-CATTTGGTT-A
gi|12 : AGGATTGTTTAAAAAATGATGTCATTTCGCCTTCGTCGCGT-GCAAATCGTGTACAAATCTTACTGAAACCACGTTGACA
gi|13 : acacaATTGATCATCTAAAAAAGACTAAGTGTATCCAGGCAAAGAGTGAGTACTTTGTCGGACATGGACAAAT-AAAAGGATC-AACGA-Tg
gi|14 : cAGAGGGGTGTTTAAAAAATAATGTCATTTCACCGTCGACGCGT-AAAAATCGTGTAAATACCTTACt
gi|15 : ataGAGGAGTGTTCCAAATATAATGTCATTTCACCTTCGCCGCGT-GAAAATCGTGTAAATACCTTAgcc
gi|16 : tacTTAGCTCGGATGACAGAACTTTTCGTTA-GTACGTGTTAATAGTATTT-T-GAAGAGAAAAaa
gi|17 : --G-AA-TTTGGGGCCTATAT--AAAATATCTGTCCTTACTTTGCATTAAA
gi|18 : ttgcccATTGTCTCGGATGACA-AAGG-GTCGTTA-GCAAGTGTTCATGGTATTt
gi|19 : TTG----ATCACTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTC
gi|2 : aAAA--TGCAAAGAAATTATCAAACTTGA-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTATTGGTGATGAG-GTCTAGGTAT-ACTATTCTGG-GCCAGAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATATGAGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCC--TAC--------TACTTGCTAAAAGA--TAGGGAAACCGTGAAAGTTTT--AATGTTA--TTTCTTTGACAGT-AAGGCCCTGTCCATGC-AATTCCTGTGCCAA--GGCTAAAGACTGTCAACAGGGCAAACTTC-ATAAA-AT-TTGTT-TTAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACG-------------AAAAC-GGTATGAAGTATCTCCGACCGTTCGCACG-----TACCAGCCT-C-----------------CGCA---TGACCGAGCATTTGGAGGCGGAA----tt
gi|2 : tgaaTACAGATCA-AGAAATC---TTGGGTCTGCAAT-TTATCAGTATATGATA-GATGTCCTTATTGATGAGTAT-AAAAAGGTTTCCAGAATTCGAA-GTTCGTCTAAAA-------AGTGTATCCAGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGTAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA--A-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatcttgggtctgcaatttatcagtatatgatagatgtccttattgatgagtataaaaaggtttccagaattcgaagttcgtctaaaaagtgtatccaggccaagggtgagtactttgaagggtagggacgaataaaaggatcaaataattaatatggggcaaaacaaccaagtgtcattatttttggaacatctctcgt
gi|20 : tgaaaaatgcaaagaaattatcaaacttgaatccaaaatataccaaaaagacttttggtaatttagttattggtgatgaggtctaggtatactattctgggccagaacgtaagagttctaacagaatatgagcatcagaaaatgcaaaacgtccctactacttgctaaaagatagggaaaccgtgaaagttttaatgttatttctttgacagtaaggccctgtccatgcaattcctgtgccaaggctaaagactgtcaacagggcaaacttcataaaatttgttttaaaaaaaaaaaaaaaatcccctgaagaaaatattcgaaagtcgtgcacgaaaacggtatgaagtatctccgaccgttcgcacgtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatc--TAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGA
gi|3 : GAAGAAAAAAA--T---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TACACACGTACGTAAA-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTACTT-AACGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGTGT-T---GAAAA-TGCAAAGAAATTATTGATATTAT-ATATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-AT--AACTGAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATTTGGGCAAAAGAAAATGCAAAACGTCCTAGTACATAACATGTA-TTGCTAAAAGGATTACG--CACCGTGAAGGTTTTAC-ATG-T---TTTCTTTGACAATAAAGACCATG-CCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------GCTGAAG-AAATA-T-CGA----CA---ATAAGGTCGTC--CCC-AAACGGGTATGAAGGATCTCCGACT-TTTGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTTCATCTCCAATAT-ATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGAGGAGCATGAACAATGTTTCCAAATGTGGATTGATCATCTAAA
gi|4 : CAATT--ACTGACTTGGC--CAGTGTACATCGCTTTATAGGGTAATTCATTACCAAAATCTAAATGCTCAAAATGGC-TGGGGAAA--AAGCAAAACATGCTCTTTGA-AA-TT-AGGGGCTATATTGAAAAGGTAGGTCCTTATTGGGCATTAAACC-CGTAGAATATTTCATCGTGGGCCTT-----GTGA-GCCTATGGGAATGGTAA-AATGTCT---CAAAATTACAGT---AGGTATGTTT
gi|4 : TTAGCTAGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTCCAGCGTATTT------GAAAAAAAAATATCC-TAAAGCTTGGAAAAGA-TA-------------A-C-GCTATAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAAAAGAGAATCTGCGTGT---GAAATTTGCAAAGAAATTATTAAAACTGTAAT--CC-AAATATATT-AAAAGACCTAATTGAATTAAATTTAGTTACTGGTGATGAGAACCTGGGTATAAATATCTTGAGGCCAAAACGTAGAAAAGTACTcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttagctaggatgacaaacttgtcgttagcacgtgtccagcgtatttgaaaaaaaaatatcctaaagcttggaaaagataacgctataggtggatacttcatttgcttagcgatgaacaaaaagagaatctgcgtgtgaaatttgcaaagaaattattaaaactgtaatccaaatatattaaaagacctaattgaattaaatttagttactggtgatgagaacctgggtataaatatcttgaggccaaaacgtagaaaagtact
gi|5 : caattactgacttggccagtgtacatcgctttatagggtaattcattaccaaaatctaaatgctcaaaatggctggggaaaaagcaaaacatgctctttgaaattaggggctatattgaaaaggtaggtccttattgggcattaaacccgtagaatatttcatcgtgggccttgtgagcctatgggaatggtaaaatgtctcaaaattacagtaggtatgtttcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGGGGAGAGTTCCAAACATAATGTCATTTCACCTTCTTCGTGTG-AAAATTGTGTAAATATCTTACTGAAAACACATTGACACT------------GAACTGCAGTGGAAGAAAATGTCATGTTCATCATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACAT--------AGC-----TCATTAC----A-CAG--TACTTAAAATGAT-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-------------AT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTTT-----GTGACA-------------T-A-AGTGT----------------T---A-GTCTGTTTGTA-GATGGGTTGCT
gi|5 : acATTGGCTCGAGTGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTTATGGTATTT-TA-AAGAAAAAAA------T-TAAAACTTAG-AAAGATTA-------------A-C-AC--TAGGTGGATACCTCCATTTGCTTAAGCGaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcgagtgacaaacttgtcgttagcacgtgtttatggtattttaaagaaaaaaattaaaacttagaaagattaacactaggtggatacctccatttgcttaagcggcaag
gi|6 : acggggagagttccaaacataatgtcatttcaccttcttcgtgtgaaaattgtgtaaatatcttactgaaaacacattgacactgaactgcagtggaagaaaatgtcatgttcatcatttcactgacttagctacagtgtacatagctcattacacagtacttaaaatgattggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaataaaaggtaggtccttacttggcattaaacccgtagatattcatcgtgaggtttgtgacataagtgttagtctgtttgtagatgggttgctaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACAATGA---TTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTCTAGCGTA-TTTATTAA----A-CTA--TACTCAAAATTAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--GAAA-TT-AGGATCTATAT--GAAATATAGGTCCTTATTTGGCATTAAACC-TGCAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGAT-CTAATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGG-TGGGTTGCgcaag
gi|6 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGATATTT-TAG-----AAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaacttgtcgttagcacgtgttcatgatattttagaaaaaaatctaaagcttagaaagataa
gi|7 : tcgtgtaaatatcttactgaaaccacaatgattgatcattgaaccgtagcggaagaaaatgtcatgttcacaatttcactgacttagctacagtgtacattgctttctagcgtatttattaaactatactcaaaattactggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaattaggatctatatgaaatataggtccttatttggcattaaacctgcagatattcatcgtgaggtctgtgatatctatgggaatgatctaatgtctcataggtctgtttgtaggtgggttgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAATGAC-AGGAAAAT--GAGCAAACCATGCACTT--G-AAAGT-ATGGCCTAAAT--ACAAAGTAGGTCCTTAGTTGGCATTAAACC-TGTAG-ATA-TTCATCATGGGGTCA-----GTGATATTTATGGAAATGATAA-AATGTTT---CA---------T---AGGTCTGTTTGCA-GATAAATTGCT
gi|7 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTT-----TA-GT---------TGGGATTT-T----GAAAAAAACAC---CCTAAAACTTAG-AACGA-CA-------------AAC-GC--TAGGTTGATACCC-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGT----GT-TTTCAAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATCGT-AT--CCCAAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaactttagttgggattttgaaaaaaacaccctaaaacttagaacgacaaacgctaggttgataccccatttgcttagcgatgaacaaaagagagtgttttcaaaatgcaaagaaattattaaaatcgtatcccaaatat
gi|8 : caaaatgacaggaaaatgagcaaaccatgcacttgaaagtatggcctaaatacaaagtaggtccttagttggcattaaacctgtagatattcatcatggggtcagtgatatttatggaaatgataaaatgtttcataggtctgtttgcagataaattgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGACTTAGCTACAATGTACATTGCTTTATAGCGTA-TCTATTGC----A-CAA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACATTGCACTA--GAAA-TT-ATGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTCACTTTGCATTAAATC-CGTAG-ATA-TTTATCGTGAGGTCTTTCAATTCATATATATGAGAAT-------AT---T---CA---------TAGAAGGTTTGTTTGTAGG-TGGGTTGC
gi|9 : TTACTTTATGGCGTA-TTCAATAC----A-CTA--TAATCAAA-TGAA-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGTACTT--G-AAGTT-AGGACCCATAT---AAAGGTAGATCCTTACTTGGCATTAAACC-CTTAG-ATA-TTCATCATGAGGTTT-----GTGATATGTATGGGAATTGTCA-AATGTCCGTGTG---------T---AGGTCGGT
blockSeqs : AA G C TG G A CAAA T AA A . TG C A T TG T . A T TTCAA CC GGTAA C CAAAATTACAGT GA G . TGA AATATC C A T CACACGTACGTAA A T TA C A A AG CC T TTTC TT A AT A A AATTGAATTA A A G AG AT AA AGTACATAACATG C T A GA AATGTTA A T AT A A TA A CA T G G T A A AAAAAAAAAAATCCC A T . A ATAAGGTCGTCCCC G G ACAATA G ACACAAAA G C A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G A ACATATCACGGAATTCCCA TT . A T A G C T A AAGACTA A . . CGA T . C A A T
blockSeqs : AA A C TG G . . . . . . . A G . . G . . . . TC GATCT C CATAGA GG . . TGA AAT . . . . . . . . . . AA CT C GT A . . A A TTGGT . . . . TT AA TAC . T . . ACATGT . . GT . . . . . . . . T . A G . . . . TGCACGA . . TACC . . G . A ACAGATCAAGAAATC AT . G C A . G T A . G . . A
blockSeqs : TA G . . G . . . . . . . A . . . G . . . . TT GATAA T GTGTGT GA . . TAA AAT . . . . . . . . . . AG . . T . . . C . TTGAT . . . . . A
blockSeqs : CA G A . . . . . . . . . . . T . . . . TA TGTCA C CAT GG . . TAG CAC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . TG TA . CAT . . T T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : NA G* ** GG* TGA**
originalCons : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTGGAAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGATGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-TAGAAGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
finalCons : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTG-AAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCT---CA---------T---AGGTCTGTTTGTAGG-TGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTTTGA--AGAAAAAAAAAT---C-TAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 1111 1 11111 3333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111111 3333333333333 1 11111 11 11 2222222222 1 1 1 11 7777777777777 1 11 33333333333 1 11 1 11 1 777777777777777 1 1 22222222222222222222 1 222222222 444444444444444 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 4444444444444444444 333 1 3333333 1 1 2222 11 1 1
lowQualScore : 11 8 2 444444 0 0 1 0 5 2222 5 77 5 66 0 66 3 8 4 66 1 5 5 5 44444 0 33 4444444444444444444444444444 3 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 0000 1 222222 5 5 1111111111111 5 6 77 5 5 0 33 22 6 88888 99 8 11 5 0 3 0000000000 0 0 0 0 33 11 0 7 5555555555555 3 7 7 88 44444444444 7 3 11 7 7 88 3 88 7 2 6 7 7 7 999999999999999 3 7 3 7 88888888888888888888 6 3 0 222222222 6 777777777777777 6 2 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 1 1 7777777777777777777 444 3 1 1 7 6 1 3 3 9999999 1 0 3 3 4444 1 88 5 5 1 1
lowQualScore : .. . . ...... . . . . . .... . .. . .. . .. . . . .. . . . . ..... . .. ............................ . . .................................................................................................................................... . . .... . ...... . . ............. . . .. . . . .. .. . ..... .. . .. . . . .......... . . . . .. .. . . ............. . . . .. ........... . . .. . . .. . .. . . . . . . ............... . . . . .................... . . . ......... . ............... . . . ............................................................................. . . . ................... ... . . . . . . . . ....... . . . . .... . .. . . . .
lowQualScore : 88 0 5 888888 8 8 0 1 7 1111 7 99 0 99 2 11 3 9 4 99 4 7 7 7 33333 1 11 3333333333333333333333333333 0 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 1111 4 999999 7 7 4444444444444 7 7 99 7 7 0 55 88 5 55555 00 0 00 6 2 2 8888888888 2 0 0 0 88 77 7 3 3333333333333 3 3 3 33 33333333333 3 3 33 3 3 33 3 33 3 0 7 3 3 3 333333333333333 3 3 3 3 00000000000000000000 7 3 7 333333333 7 000000000000000 7 0 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 0 0 0000000000000000000 000 3 0 0 3 7 0 2 2 7777777 0 7 3 3 3333 0 00 0 5 0 0
consensus : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTG-AAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCTCA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGTGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-T-GAAGAAAAAAAAAT---CTAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
Reference ( family-938 ) : AGAGGAGTGTTCCAAANATAATGTCATTTCACCTTCGTCGCGTG-AAAATCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACATTGACACTTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTATAGCGTA-TTCATTAC----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-TT-AGGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGGT-A-AATGTCTCA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGTGGGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGTATTT-T-GAAGAAAAAAAAAT---CTAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGCGT-T---GAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATTGT-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATNCGGGCATCAGAAAATGCGAAACGTCCTA-TAC-------GTA-TTGCTAAAAGGATTACG--AACCGTGAAAGTTTTACAATG-TA--TTTCTTTGACAATAAAGGCCCTG-CCGCGCAAATTCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------NCTGAAG-AAATATT-CGAAAGTCG---ACGAGGTCGTC--CCCAAAACGGGTATGAAGTATCTCCGACT-TTCGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAGCACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCACATATTTGNAAAANGATACA-ATCA-GGAATTCCC-TTGGGTCTGCAAT-T-ATCAGTATATGATG-GNTGTCCNTATTGAGGAGTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTNGATTGATCGTCTAAAAAA-----AGTGTATCCAGGCCAAGNGTGAGTACTTTGAAGGGCAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA-GA-TAATNAATGTGGGTGGCAAAACAGCCAAGTGTCATTNTTNCTGGAACATCCCTCGT
gi|1 : AGAGGAGCTTTCCAAAC-TAATGTCATTCCACCTTCTTTATGTGGAAAATCTTGTAAATATCTTATTGAAACTACATTGACACGTAGTATATCATTGAACCGTATCGGAAGAGAAGTTTATGTTCACAAATTCACTGACTTTGCTTCAGCGTACATTGCTTTGTAGCGTA-TTCATTAT----A-CTA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAAAAGAGCAAGATATGCACTT--G-AA-TT-TGGGCCTACAT--AAAATATCTTTCCTTACTTTGCATTAAACCGCAT-T-ATA-TTCATCGTGAAGTCT-----GTGATATCTATGTGAATGGTCA-AATGTCTCA---------T---AAGTATGTTTGTAG-TGGATTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTGGCTCAGATGACA-ACATTGTTATTAAGCGCATGTTCAACATATTTGTAGAAGGAAAAAAAAT---CCAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------G-T-GC--TTGATG-ATACCT-CATTTATTT-AGCAATGAAC-AAAAGAG--TCCGAAT-T---GAAA--TGCAAG--AATTACCATAATTGT-AT--CCAAAATATAGCAAAAAGACTT--T---GC--TATCTGGTTAATGGTCATGAG-ATCTGAACAT-ACTATTTTGA-GAGAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATCCTGGCATCAGAAAATGCGAA-CGTCCTA-----------GTA-TTGC-AAAAAGATTACG--AACCATGAAAGTTTTATAAAA-TAATTTTCTTTGACAATAAAGGCCCAG-TCACGCAAATTCATGTGTAAAAGGGC--AAAACAGTC-ACTGGT--AACTTCTATAGAAATGT--TTATT-AACA--------------TCTGAAG-AAATATTACGAAAGTCG---ACGAAGTCGTCGGCCCAAAACGGGTATGAAGTATATTTGACT-TTTGCACGACAATTG--CGCCTGCACACATTTTAGCAAGCAC-CATTGTGACGAAGTATTTGGAGATGG-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACATATTTGTAAAATGAT-------------TGCCC-TTGGGTCTGCAAT-------ATATATGATGTGTTGTCCATATTGAGG-GTATGAAAAATGTTTCCAGAAGTAGATTGATAGTCT---AAA-----ATTGTATCCAGGCCAAGTGTGAGTACATTAAAGGGCAGGGACAAATAAAAAGGATCAAA-GAGTAATAAATGTGGGTGATAAAA-AGCC-AGTGTCATTTTTACTAGAACATCCCTCGT
gi|10 : GAACAACAACGGAAGGAAATTTCATGTTCACAGTTTCA------TA--TACA-TGTACATTACTTTATAGCGTT-TTCACTTC----A-CTA--TACTCAAAATGACATGG-AAAA--CAGCAAACAATGCACTT--GCAA-TT-AGGGC
gi|11 : -AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGGGATTT-T-GAAAAAAAAAAAAT---CTACAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-CTGC--TAAGTGGATACCC-CATTTGGTT-A
gi|12 : AGGATTGTTTAAAAAATGATGTCATTTCGCCTTCGTCGCGTG-CAAATCGTGTACAAATCTTACTGAAACCACGTTGACA
gi|13 : acacaATTGATCATCTAAAAAAGACTAAGTGTATCCAGGCAAAGAGTGAGTACTTTGTCGGACATGGACAAAT-AAAAGGATC-AACGA-Tg
gi|14 : cAGAGGGGTGTTTAAAAAATAATGTCATTTCACCGTCGACGCGTA-AAAATCGTGTAAATACCTTACt
gi|15 : ataGAGGAGTGTTCCAAATATAATGTCATTTCACCTTCGCCGCGTG-AAAATCGTGTAAATACCTTAgcc
gi|16 : tacTTAGCTCGGATGACAGAACTTTTCGTTA-GTACGTGTTAATAGTATTT-T-GAAGAGAAAAaa
gi|17 : --G-AA-TTTGGGGCCTATAT--AAAATATCTGTCCTTACTTTGCATTAAA
gi|18 : ttgcccATTGTCTCGGATGACA-AAGG-GTCGTTA-GCAAGTGTTCATGGTATTt
gi|19 : TTG----ATCACTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTC
gi|2 : aAAA--TGCAAAGAAATTATCAAACTTGA-AT--CCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-GT--AATTTAGTTATTGGTGATGAG-GTCTAGGTAT-ACTATTCTGG-GCCAGAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATATGAGCATCAGAAAATGCAAAACGTCCC--TAC--------TACTTGCTAAAAGA--TAGGGAAACCGTGAAAGTTTT--AATGTTA--TTTCTTTGACAGT-AAGGCCCTGTCCATGC-AATTCCTGTGCCAA--GGCTAAAGACTGTCAACAGGGCAAACTTC-ATAAA-AT-TTGTT-TTAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGAAGAAAATATT-CGAAAGTCGTGCACG-------------AAAAC-GGTATGAAGTATCTCCGACCGTTCGCACG-----TACCAGCCT-C-----------------CGCA---TGACCGAGCATTTGGAGGCGGAA----tt
gi|2 : tgaaTACAGATCA-AGAAATC---TTGGGTCTGCAAT-TTATCAGTATATGATA-GATGTCCTTATTGATGAGTAT-AAAAAGGTTTCCAGAATTCGAA-GTTCGTCTAAAA-------AGTGTATCCAGGCCAAGGGTGAGTACTTTGAAGGGTAGGGACGAAT-AAAAGGATC-AA--A-TAATTAATATGG--GGCAAAACAACCAAGTGTCATTATTTTTGGAACATCTCTCGTatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatctacagatcaagaaatcttgggtctgcaatttatcagtatatgatagatgtccttattgatgagtataaaaaggtttccagaattcgaagttcgtctaaaaagtgtatccaggccaagggtgagtactttgaagggtagggacgaataaaaggatcaaataattaatatggggcaaaacaaccaagtgtcattatttttggaacatctctcgt
gi|20 : tgaaaaatgcaaagaaattatcaaacttgaatccaaaatataccaaaaagacttttggtaatttagttattggtgatgaggtctaggtatactattctgggccagaacgtaagagttctaacagaatatgagcatcagaaaatgcaaaacgtccctactacttgctaaaagatagggaaaccgtgaaagttttaatgttatttctttgacagtaaggccctgtccatgcaattcctgtgccaaggctaaagactgtcaacagggcaaacttcataaaatttgttttaaaaaaaaaaaaaaaatcccctgaagaaaatattcgaaagtcgtgcacgaaaacggtatgaagtatctccgaccgttcgcacgtaccagcctccgcatgaccgagcatttggaggcggaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttccacctaccggtatc--TAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGA
gi|3 : -GAAGAAAAAAA--T---CTAAAGCTTAG-AAAGA-TACACACGTACGTAAA-C-GC--TAGGTGGATACCT-CATTTACTT-AACGATGAAC-AAAAGAGAGTCCGTGT-T---GAAAA-TGCAAAGAAATTATTGATATTAT-ATATCCAAAATATACCAAAAAGACTT--TTG-AT--AACTGAGTTACTGGTGATGAG-ATCTGGGTAT-ACTATTCTGA-GCCAAAACGT--AAGAGTTCTAACAGAATTTGGGCAAAAGAAAATGCAAAACGTCCTAGTACATAACATGTA-TTGCTAAAAGGATTACG--CACCGTGAAGGTTTTAC-ATG-T---TTTCTTTGACAATAAAGACCATG-CCGTGCAAATCCCTGTGCCAAAGGGC--AAAACAGTC-ACAGGT--AACTTCTATAAAGATGTTGTTATTAAAAA--------------GCTGAAG-AAATA-T-CGA----CA---ATAAGGTCGTC--CCC-AAACGGGTATGAAGGATCTCCGACT-TTTGCACGACAA-TA--AGCCTGCACACA-------AAACACGCACTGTGACCGAGTATTTGGAGGCGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCCAC-TATTTGGAAAAAGATACATATCACGGAATTCCCATTTCATCTCCAATAT-ATCAGTATATGATG-GGTGTCCCTATTGAGGAGCATGAACAATGTTTCCAAATGTGGATTGATCATCTAAA
gi|4 : CAATT--ACTGACTTGGC--CAGTGTACATCGCTTTATAGGGTAATTCATTACCAAAATCTAAATGCTCAAAATGGC-TGGGGAAA--AAGCAAAACATGCTCTTTGA-AA-TT-AGGGGCTATATTGAAAAGGTAGGTCCTTATTGGGCATTAAACC-CGTAGAATATTTCATCGTGGGCCTT-----GTGA-GCCTATGGGAATGGTAA-AATGTCTCAAAATTACAGT---AGGTATGTTT
gi|4 : TTAGCTAGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTCCAGCGTATTT------GAAAAAAAAATATCCTAAAGCTTGGAAAAGA-TA-------------A-C-GCTATAGGTGGATACTT-CATTTGCTT-AGCGATGAACAAAAAGAGAATCTGCGTGT---GAAATTTGCAAAGAAATTATTAAAACTGTAAT--CC-AAATATATT-AAAAGACCTAATTGAATTAAATTTAGTTACTGGTGATGAGAACCTGGGTATAAATATCTTGAGGCCAAAACGTAGAAAAGTACTcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttagctaggatgacaaacttgtcgttagcacgtgtccagcgtatttgaaaaaaaaatatcctaaagcttggaaaagataacgctataggtggatacttcatttgcttagcgatgaacaaaaagagaatctgcgtgtgaaatttgcaaagaaattattaaaactgtaatccaaatatattaaaagacctaattgaattaaatttagttactggtgatgagaacctgggtataaatatcttgaggccaaaacgtagaaaagtact
gi|5 : caattactgacttggccagtgtacatcgctttatagggtaattcattaccaaaatctaaatgctcaaaatggctggggaaaaagcaaaacatgctctttgaaattaggggctatattgaaaaggtaggtccttattgggcattaaacccgtagaatatttcatcgtgggccttgtgagcctatgggaatggtaaaatgtctcaaaattacagtaggtatgtttcatattggttgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGGGGAGAGTTCCAAACATAATGTCATTTCACCTTCTTCGTGTG-AAAATTGTGTAAATATCTTACTGAAAACACATTGACACT------------GAACTGCAGTGGAAGAAAATGTCATGTTCATCATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACAT--------AGC-----TCATTAC----A-CAG--TACTTAAAATGAT-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--G-AA-------------AT--AAAAGGTAGGTCCTTACTTGGCATTAAACC-CGTAG-ATA-TTCATCGTGAGGTTT-----GTGACA-------------T-A-AGTGT-------------T---A-GTCTGTTTGTAGATGGGTTGCT
gi|5 : acATTGGCTCGAGTGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTTATGGTATTT-T-AAAGAAAAAAA------TTAAAACTTAG-AAAGATTA-------------A-C-AC--TAGGTGGATACCTCCATTTGCTTAAGCGaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcgagtgacaaacttgtcgttagcacgtgtttatggtattttaaagaaaaaaattaaaacttagaaagattaacactaggtggatacctccatttgcttaagcggcaag
gi|6 : acggggagagttccaaacataatgtcatttcaccttcttcgtgtgaaaattgtgtaaatatcttactgaaaacacattgacactgaactgcagtggaagaaaatgtcatgttcatcatttcactgacttagctacagtgtacatagctcattacacagtacttaaaatgattggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaataaaaggtaggtccttacttggcattaaacccgtagatattcatcgtgaggtttgtgacataagtgttagtctgtttgtagatgggttgctaattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGTGTAAATATCTTACTGAAACCACAATGA---TTG----ATCATTGAACCGTAGCGGAAGAAAATGTCATGTTCACAATTTCACTGACTTAGCTACAGTGTACATTGCTTTCTAGCGTA-TTTATTAA----A-CTA--TACTCAAAATTAC-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGCACTT--GAAA-TT-AGGATCTATAT--GAAATATAGGTCCTTATTTGGCATTAAACC-TGCAG-ATA-TTCATCGTGAGGTCT-----GTGATATCTATGGGAATGAT-CTAATGTCTCA---------T---AGGTCTGTTTGTAGGTGGGTTGCgcaag
gi|6 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTTGTCGTTA-GCACGTGTTCATGATATTT-T-----AGAAAAAAAT---CTAAAGCTTAG-AAAGA-TA-------------A-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaacttgtcgttagcacgtgttcatgatattttagaaaaaaatctaaagcttagaaagataa
gi|7 : tcgtgtaaatatcttactgaaaccacaatgattgatcattgaaccgtagcggaagaaaatgtcatgttcacaatttcactgacttagctacagtgtacattgctttctagcgtatttattaaactatactcaaaattactggaaaaagagcaaacaatgcacttgaaattaggatctatatgaaatataggtccttatttggcattaaacctgcagatattcatcgtgaggtctgtgatatctatgggaatgatctaatgtctcataggtctgtttgtaggtgggttgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAATGAC-AGGAAAAT--GAGCAAACCATGCACTT--G-AAAGT-ATGGCCTAAAT--ACAAAGTAGGTCCTTAGTTGGCATTAAACC-TGTAG-ATA-TTCATCATGGGGTCA-----GTGATATTTATGGAAATGATAA-AATGTTTCA---------T---AGGTCTGTTTGCAGATAAATTGCT
gi|7 : ATTGGCTCGGATGACA-AACTT-----TA-GT---------TGGGATTT-T-GAA--AAAAACACC---CTAAAACTTAG-AACGA-CA-------------AAC-GC--TAGGTTGATACCC-CATTTGCTT-AGCGATGAAC-AAAAGAGAGT----GT-TTTCAAAA--TGCAAAGAAATTATTAAAATCGT-AT--CCCAAATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattggctcggatgacaaactttagttgggattttgaaaaaaacaccctaaaacttagaacgacaaacgctaggttgataccccatttgcttagcgatgaacaaaagagagtgttttcaaaatgcaaagaaattattaaaatcgtatcccaaatat
gi|8 : caaaatgacaggaaaatgagcaaaccatgcacttgaaagtatggcctaaatacaaagtaggtccttagttggcattaaacctgtagatattcatcatggggtcagtgatatttatggaaatgataaaatgtttcataggtctgtttgcagataaattgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGACTTAGCTACAATGTACATTGCTTTATAGCGTA-TCTATTGC----A-CAA--TACTCAAAATGAC-TGGAAAAA--GAGCAAACATTGCACTA--GAAA-TT-ATGGCCTATAT--AAAAGGTAGGTCCTCACTTTGCATTAAATC-CGTAG-ATA-TTTATCGTGAGGTCTTTCAATTCATATATATGAGAAT-------AT---TCA---------TAGAAGGTTTGTTTGTAGGTGGGTTGC
gi|9 : TTACTTTATGGCGTA-TTCAATAC----A-CTA--TAATCAAA-TGAA-TGGAAAAA--GAGCAAACAATGTACTT--G-AAGTT-AGGACCCATAT---AAAGGTAGATCCTTACTTGGCATTAAACC-CTTAG-ATA-TTCATCATGAGGTTT-----GTGATATGTATGGGAATTGTCA-AAT---------------------GTCCGTGTGTAGGTCGGTCG