lowQualScore                  :                                       111111                        
lowQualScore                  :                 66        1 22 888    555555   33 33 1 33  88       
lowQualScore                  :                 ..        . .. ...    ......   .. .. . ..  ..       
lowQualScore                  :                 55        4 00 111    111111   44 44 4 99  00       
consensus                     :          GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C-GAAA--TN--TTT--C--G-G--GG--AGCATAA
Reference ( gi|16 )           :          GGCGACTG-TATGCTCC-C--C-C-GAAA--TA--TTT--C--G-G--GG--AGCATAA
gi|7                          :          GGCGACTG-TATGCTCCTC--C-C-GAAA--TA--TTT--C--G-G--GG--AGCATAA
gi|11                         :         cGGCGACTA-TATGCTCC-C--CTC-GAAA--TT--TTT--C--G-G--GA--GGCATAAa
gi|6                          :         cGGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C-GAAA--TT--TTG--C--G-G--GA--AGCATAA
gi|17                         :        atGGCGACTA-TATAATCC-C--C-C--AAA--TT--TTT--C--G-G--GG--AGCATAAa
gi|5                          :          GGCGACTACTATGCTCC-C--C-CCGAAACCTT--TTT--C--G-G--AG--AGCATA
gi|2                          :        acGGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C-AAAA--TT--TTTTGC--A-GGCGA--AGCATAA
gi|8                          :       gatGGTGATTA-TATACTCC-C--C-CTAAAA--TT--TTT--C--A-G--GT--AGCATAAaa
gi|14                         :           GTGGCTA-TATGCTCC-C--C-C-GAAA--TT--TTT--C--G-G--AG--ATCATAAaa
gi|4                          :           GCGACTA-TGTGCTAC-C--C-C-GAAA---A--TTTA-T--G-G--GA--AGCATAAa
gi|1                          :       aacaGCGACTA-TATGCTCC-A--A-C-GAAT--TT--TTG--G--G-G--GG--AGCATAAaa
gi|10                         :      cgattGTGACTA-TATGTTCC-C--T-T-TAGA--AA--TTT--A--G-G--GG--AGCATAcaaatt
gi|9                          :      tgacaGTGACTA-TATGTTCC-C--T-T-TAGA--AA--TTT-----G-G--GG--AGCATAA
gi|12                         :      tgacaGCGATTA-TACACTCC-T--C-C-AAAA--AT--TTT--C--T-G--GC--AGCATAA
gi|15                         :          caCGACTA-TATGCTCC-C--C-C-GAAA--TT--TTT--C--G-G--GG--AGCATAAa
gi|3                          :           tCAACTA-TATGCTCC-C--CAT-AAAA--T---TTT--C--A-G--CG--AACATAAa
gi|18                         :        gacaaGACTA-TATGCTCC-C--C-C-GAAA--TT--TTT--C--G-G--GG--AGCATaaa
gi|7                          :                  -TATGCTCC-C--C---GAAA--TA--TTT--C--G-GGAGG--AGCATA
gi|15                         :         cggcgactg-TATGCTCC-C--C---GAAA--AA--TTT--C--G-G--GGG-AGCATAaa
gi|11                         :           tcgacta-TATGC-CT-C--C-C-GAAA--AA--TTT--CGAG-G--GG--AGCATAaa
gi|6                          :         cggcgacta-TATGCTTC-C--C-G-CAAA---A--TTT--C--G-G--GGG-AGCATAa
gi|17                         :        atggtgacta-TATGCTCC-C----C-GAAA--AA--TTT--G--G-G--GG--ATTATAaa
gi|14                         :          ggcgacta-TATGATCT-C--C---GAAA--AA--TTT--CG-G-G--GG--AGCATAa
gi|5                          :           gtggcta-TATGCTCT-C--C---GAAA--AAGGTTT--C--G-G--GGGGAGCATAaa
gi|4                          :       acggcgactac-TATGCTTC-C--C-A-TAAA--T---TTT--C--G-G--GGT-AGCACA
gi|1                          :       aacagcgacta-TATGCTCC-C--C-C-CAAA---A--ATT--C--GTT--GG--AGCATAaaa
gi|13                         :      cgattgcgacta-TATGCTCC-C----C-GAAA--TT--TTT--C--G-G--acaaatt
gi|18                         : nnnnnncccccccccccttATGCTCC-C--C---GAAA--AA--TTT--C--G-G--GGG-AGCATAa
gi|13                         :                  gactaCCCC-CTTC-C-GAAA--AA--TTT--C--G-G--GG--AGCATAA





Alignments
lowQualScore                  :                    2        2 33 2 77    33 1   33   33         
lowQualScore                  :                    .        . .. . ..    .. .   ..   ..         
lowQualScore                  :                    4        2 11 2 55    11 0   11   11         
consensus                     :            GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
Reference ( family-929 )      :            GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TNTTT--CGG--GGAGCATAA
gi|1                          :             GCGACTA-TATGCTCC-A--A-C--GAAT--TTTTG--GGG--GGAGCATAA
gi|10                         :        cgattGTGACTA-TATGTTCC-C--T-T--TAGA--AATTT--AGG--GGAGCATAcaaatt
gi|11                         :       tgacaGGCGACTA-TATGCTCC-C--CTC--GAAA--TTTTT--CGG--GAGGCATAA
gi|12                         :            cGCGATTA-TACACTCC-T--C-C--AAAA--ATTTT--CTG--GCAGCATAA
gi|13                         :                       caCCCC-CTTC-C--GAAA--AATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|14                         : nnnnnnccccccGTGGCTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--AGATCATAA
gi|15                         :              CGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|16                         :           tGGCGACTG-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|17                         :            GGCGACTA-TATAATCC-C--C-C---AAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
gi|18                         :               GACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCAT
gi|2                          :            GGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C--AAAA--TTTTTTGCAGGCGAAGCATAA
gi|3                          :           gatCAACTA-TATGCTCC-C--C-A--TAAA--ATTTT--CAG--CGAACATAAaa
gi|4                          :        gacaaGCGACTA-TGTGCTAC-C--C-C--GAAA--ATTTA--TGG--GAAGCATAAaaa
gi|5                          :        aacaGGCGACTACTATGCTCC-C--C-CC-GAAACCTTTTT--CGG--AGAGCATAaa
gi|6                          :          acGGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTG--CGG--GAAGCATAA
gi|7                          :          atGGCGACTG-TATGCTCCTC--C-C--GAAA--TATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|8                          :           cGGTGATTA-TATACTCC-C--C-CT-AAAA--TTTTT--CAG--GTAGCATAAa
gi|9                          :             GTGACTA-TATGTTCC-C--T-TTAGAAA--TTT-----GG--GGAGCATAAaa





Alignments
lowQualScore                  :                                           11                           
lowQualScore                  :                           2        2 22 2 00    22     22   22         
lowQualScore                  :                           .        . .. . ..    ..     ..   ..         
lowQualScore                  :                           2        1 99 1 00    99     99   99         
consensus                     :                   GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
Reference ( family-929 )      :                   GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
gi|1                          :                    GCGACTA-TATGCTCC-A--A-C--GAAT--TTTTG--GGG--GGAGCATAA
gi|10                         :               cgattGTGACTA-TATGTTCC-C--T-TTAGAAA--TTT----AGG--GGAGCATAcaaatt
gi|11                         :              tgacaGGCGACTA-TATGCTCC-C--CTC--GAAA--TTTTT--CGG--GAGGCATAA
gi|12                         :                   cGCGATTA-TACACTCC-T--C-C--AAAA--ATTTT--CTG--GCAGCATAA
gi|13                         :                              caCCCC-CTTC-C--GAAA--AATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|13                         :               nnnnnncccccc-TATGCTCC-C--C----GAAA--TTTTT--CGG--
gi|14                         : nnnnnncccccccccccttGTGGCTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--AGATCATAAa
gi|15                         :                     CGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|16                         :                  tGGCGACTG-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|17                         :                   GGCGACTA-TATAATCC-C--C-C---AAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
gi|18                         :                      GACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCAT
gi|2                          :                   GGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C--AAAA--TTTTTTGCAGGCGAAGCATAA
gi|3                          :                  gatCAACTA-TATGCTCC-C--C-A--TAAA--ATTTT--CAG--CGAACATAAaa
gi|4                          :               gacaaGCGACTA-TGTGCTAC-C--C-C--GAAA--ATTTA--TGG--GAAGCATAAaaa
gi|5                          :               aacaGGCGACTACTATGCTCC-C--C-CC-GAAACCTTTTT--CGG--AGAGCATAaa
gi|6                          :                 acGGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTG--CGG--GAAGCATAA
gi|7                          :                 atGGCGACTG-TATGCTCCTC--C-C--GAAA--TATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|8                          :                  cGGTGATTA-TATACTCC-C--C-CT-AAAA--TTTTT--CAG--GTAGCATAAa
gi|9                          :                    GTGACTA-TATGTTCC-C--T-TTAGAAA--TTT-----GG--GGAGCATAAaa


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blockSeqs                     :                           .        . .  . C     .      .    . 
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blockSeqs                     :                           .        . .  . .     .      .    . 
blockSeqs                     :                           .        . .  . .     .      .    . 
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blockSeqs                     :                           .        . .  . .     .      .    . 
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blockSeqs                     :                           .        . .  . .     .      .    . 
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blockSeqs                     :                                    . .  . .     .      .    . 


blockSeqCons                  :                   
originalCons                  :                   GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
finalCons                     :                   GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA





Alignments
lowQualScore                  :                                           11                           
lowQualScore                  :                           2        2 22 2 00    22     22   22         
lowQualScore                  :                           .        . .. . ..    ..     ..   ..         
lowQualScore                  :                           2        1 99 1 00    99     99   99         
consensus                     :                   GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
Reference ( family-929 )      :                   GGCGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
gi|1                          :                    GCGACTA-TATGCTCC-A--A-C--GAAT--TTTTG--GGG--GGAGCATAA
gi|10                         :               cgattGTGACTA-TATGTTCC-C--T-TTAGAAA--TTT----AGG--GGAGCATAcaaatt
gi|11                         :              tgacaGGCGACTA-TATGCTCC-C--CTC--GAAA--TTTTT--CGG--GAGGCATAA
gi|12                         :                   cGCGATTA-TACACTCC-T--C-C--AAAA--ATTTT--CTG--GCAGCATAA
gi|13                         :                              caCCCC-CTTC-C--GAAA--AATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|13                         :               nnnnnncccccc-TATGCTCC-C--C----GAAA--TTTTT--CGG--
gi|14                         : nnnnnncccccccccccttGTGGCTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--AGATCATAAa
gi|15                         :                     CGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|16                         :                  tGGCGACTG-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|17                         :                   GGCGACTA-TATAATCC-C--C-C---AAA--TTTTT--CGG--GGAGCATAA
gi|18                         :                      GACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTT--CGG--GGAGCAT
gi|2                          :                   GGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C--AAAA--TTTTTTGCAGGCGAAGCATAA
gi|3                          :                  gatCAACTA-TATGCTCC-C--C-A--TAAA--ATTTT--CAG--CGAACATAAaa
gi|4                          :               gacaaGCGACTA-TGTGCTAC-C--C-C--GAAA--ATTTA--TGG--GAAGCATAAaaa
gi|5                          :               aacaGGCGACTACTATGCTCC-C--C-CC-GAAACCTTTTT--CGG--AGAGCATAaa
gi|6                          :                 acGGTGACTA-TATGCTCC-C--C-C--GAAA--TTTTG--CGG--GAAGCATAA
gi|7                          :                 atGGCGACTG-TATGCTCCTC--C-C--GAAA--TATTT--CGG--GGAGCATAAa
gi|8                          :                  cGGTGATTA-TATACTCC-C--C-CT-AAAA--TTTTT--CAG--GTAGCATAAa
gi|9                          :                    GTGACTA-TATGTTCC-C--T-TTAGAAA--TTT-----GG--GGAGCATAAaa