lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 1 111 1111 333 5555555555555 2222 444 111 11 3333333333333333333 5555555555555555 1 11 111 3333333 3333333 222 44444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 3333 1 1 66666666666666 1 222 22 1 22 44444444444444444444 11 11 222222222222222 11 3 1 11 11 22 5555 3 2222 111 22222 2222 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1111 1111 22 1 1111
lowQualScore : 77777 2 0 8888 3 8888888888888888888888888888888888888888888888 444 0 0 111 4444 333 9999999999999 1111 33 111 555 33 0000000000000000000 2 9 5555555555555555 3 0 22 3 7 999 2 3 2222222 8888888 3 999 2 4 77777777777777 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 1111 2 3 88888888888888 1 3 555 00 3 33 44444444444444444444 44 44 6 7 111111111111111 22 1 2 0 22 22 22 0 8888 5 0 6666 2 99 111 33333 99 6 3 6 2222 99 6 6 0 7777 666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 7777 7777 4 33 2 5 5 0000 5 2
lowQualScore : ..... . . .... . .............................................. ... . . ... .... ... ............. .... .. ... ... .. ................... . . ................ . . .. . . ... . . ....... ....... . ... . . .............. . ................................................................ . . .... . . .............. . . ... .. . .. .................... .. .. . . ............... .. . . . .. .. .. . .... . . .... . .. ... ..... .. . . . .... .. . . . .... ......... .................................................................................................................... .... .... .... . .. . . . .... . .
lowQualScore : 22222 5 8 5555 2 0000000000000000000000000000000000000000000000 000 8 0 000 5555 555 0000000000000 2222 55 222 888 88 5555555555555555555 2 8 8888888888888888 0 0 00 2 0 000 5 2 5555555 5555555 5 555 2 0 22222222222222 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 3 7777 0 3 33333333333333 0 3 000 00 3 77 33333333333333333333 00 77 7 3 000000000000000 55 5 0 0 55 55 00 8 0000 4 8 0000 8 22 777 55555 22 7 7 7 7777 22 7 7 8 0000 000000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0000 2222 6666 4 11 2 0 0 6666 0 2
consensus : GAACATGATGA-TT-TNAAA-A--TATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCAC--AAATC-GATA--AC--C-TCAC-AATCAG---TTGTCA-TT-T-CAC-T-NGTT-ATTTTCAACTAATG---TAAAAAT----ATCATTTTT--ATTCAAATGGA--TAAANNTAAC-AGT-AT-TTT-ACTGTTGAAAAA--TG--T---A-AT-AAAT-GTACAATATAAT--ACGTTCTTTTCCATTC-------AAATGAC-CCGT-GTATNTGGG-AGCACANGTN--AT-TATTTA--TAAAAGGTGT-T-AATAAA---T-ATCTTAGAAAGAGCAT-GNA-T-TCTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA-TCTTTAATA--NTCCGGGTAACTT-TGC---AAA-CTAN-ACAATGTGGGG-GT--GAGAT-AATTG-TTT--AATATG--TATAATAAATAT-TGNCTATTGT-ATATTGTTGGGACT-T-----G-T-----TTGG-TATG-CAC-CT-CAAACGC-CCCG-ATAATAAAAGTTTCCTATCA----ACATGC-GATTTGT--TATCA--AA---ACGACGTAN-AAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-TG-G-TTTAATGA-AA-ATNT---NT--GTC-N-C-AAAAATAT---TTCCT---TTT-AGCATGA----ANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATTTTTTCG-----T--C---G-ACNTT-ACNAACAAATAAT-CAT---TCTTTT---NA-AAGTCGTGGTAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
Reference ( gi|2 ) : GAACATGATGG-TCCTCAAA-A--TATAAAGCTAATGACAAAACATA---TCAC--AAATC-AATA--AC--CTTCACAAATCAG---TTGTTA-TT-T-CAC-T-AGTTCATTTTCAACTAACG---TAAAAAT----ATCATTTT---ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-TTTAACTATTGAAAAA--TG--T---A-AT-AAAT-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGAC-CCGTAATATTTGGA-AACACAAGTA--A--TATTTA--TAAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAAAAAGAG-AT-GAA-T-TCTATAAAGT--ATGAAGG-------CTGAAA-TCTTTAATA--TCCCCGGTAACTT-TGC---AA---TATAAAAATATGGGG-GT--GAGAG-AATTG-TTTAAAATATAT-TATGATAAATATTCAACTATTGC-ATATTGTTGGGACT-TTTAGGG-TG--CATTGG-TATGACGC-CT-CAAACGC-CCCG--TAATAAAAGTTTCCTATCAA--GACATGCTGATTT-T--TGTCA--AA---ACGACATGA-AAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-TT-TG-GTTTTAATGA-AA-ATTT---CT--GTC-T-C-AAAAATGT---TTCCT---TTT-AGC-TGA----ATA----ATCCATC---T--AGTGA-GATCTTTT-G-----T--C---G-ATCCT-ACAAACAAATAAT-CAT---TCTTTT---TA-AAGTCGTGGCAAAAACAAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
gi|3 : GAACATGATGA-T--TCAAA-AGATATAAAGCTA-TG-CAAAACATA---------AAAT--GACA--AC----TCAGTAATCAT---TTGTCA-TT-T-CAC-T-TGTT-ATTTTCAA-TAAT-------AAAT----ATTATTTTTCAATTCAA-TGGA--TAAATATAAC--GC-AT-T---ACTGTTGTAAA---TG--T---A-ATTAAAT-GTA-AATATAAT--ACGTTCTTTTCCA-TC-------AAATGAC-C----GTATTTGG--AGCACATGTC--AT-TATTGA--TAAAAGGTGT-TAAATATA---T-GT------AAGAG-AT-GAATT-TCTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA-TCGTTAATA--GTCCTGGTATCTT-TGC---AAACCTAC-ACAATGTGGGG-GT---AAAT-AATTG-TTT--AATATG--TATAATAAATAT---GCTATTGT-ATA-TGTTGGG--T---------------TTGG-TATG-CAC-CT---AACG--CCCG--GAAT-AAAGTTTCCTATCA----ACATGC-GATTTCT--TATCA--AA---AC-ACGTAC-AAA--GCG-A-T-TT--A-TC--A-A-G--------NNN-NN-NN-NNNNNNNNNN-NN-NNNN---NN--NNN-N-N-NNNNNNNN---NNNNN---NNN-NNN-NNN----NNN----NNNNNNN---N--NNNNN-NNNNNNNN-N-----N--N---N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-CAT---CCTTTT---TA-AA-TCGTGCCAAAACCAGT-GG-CG----ACATTAA-TCTATTTGA
gi|11 : attttaGAACATGATGATTTCTAAGG-A--CATAAATCT-ATG-CAAAACATAATGTTAC---AATC-AGTATTATGACATCAC-AATCAC---TTG
gi|5 : tggtcttaACATGATGC-ATATCAAAGA--TATAAAGCTCATGTCAAT---TA---T-ACTGAAATT-AATA--GT---------AATCAGATCCTGCCA-TT-TACACAT-AGTT-ATTTTCAA--AAGGGTATAAAAAT----ATAATTTTT--ATTCAA-TGTG--TAAAATTA-C-AGTCAT-TATTACTGTTGAAAA---TG--T---ACAT-ACATTGTACA-TACAATTTATGTTCTTTTCCATTC-------ACATGA--CCGT-ATATGTAAG-AGCACAAACATCAT-TATTTA--TAAAAGGTGTATTAATAAAACGTAATCTAAGAAAGAGCATGGAA-T-TTCAAAATGT--AT--AGGTAAGTATCTG-AA-TCTTTATCA--ATCCGGGTAATTT-TGC---AAAGCTAAACAACTGTACGG-GTCAGAGAT-AATTG-TTTTTAATATG--TATAAT-AGTAATTGCCTATTGT-AT-TTGTTGGGACT-T-----G-T-----TTA---ATGGCACACT-CAAACGC-TCCGCATAATAA
gi|1 : gatttcaatgTGATGG-TC-TAACA-G--TATAG-GCTA-TGGCACA-TATA---TC-C--ACATCCGATA--AC--TT--ACAGATCAG---TT--TA-TTGT-CAC-TTAGTCTTTTCTCAATCGATT---AAAAAAT----ATCATTTTAG-ATTCCAATGGA--TAA---T-AC-AGT-AT-TTT-ACTATTGAGAAAACTGAATCTAA-AT-AACT-GT--AATA-AAT--GCGTTCTTTT--ATTTTTCAAAAAAATGACGCGGTAGTGTTTGCAGAACACAAGTA--ATCTATTTATTTAAAAAGTG-----AT-----------TTAAAAGAAGCAT-GTA-T-TTTATTAGGTGAATG--GG-------CTGAAAGTCTTTAATAAGCCCCAGGTAACTTATGCAAAAA---TAT-ACAATATGGGGCGT--GAGAGAAATTGTTTTAATATGTATAGACTAAAAACATATAA-TATTGCAATATTGTT-GGACTATTTAGGGTTGACCATTGGATATG-CGA-CTACAAACGC-CCGGAATAATAAAGTTTTCCCATCAGTCAACATGC-GATTG-T--TGCTC--AA---ACGACTTAACAAA--ACGCACT-TTTGA-TCAAA-A-GTCGCGCACTTA-TTATG-G-TTTAATGACAA-A--T---AT--GTCGTAC-AAAAAAATAGATTCCTTTGTTT-AGCATGA----A-A----AGCCATCCTAT--GTTGAGGATTTTTT-GCATCTT--C---G-A-ATT-AC-AACAAAT-AT-CA----TCTTTTAAACA-AGGTCGATGCAAAAACCAGCAG-CG-----CATTCA-TTTAAT
gi|10 : gaagcaatATCAG---TTGTTATTT-T-CAC-T-CAT--GTTTTT--CTA--G---TGAAAATTCTCATC-TTTT---ATTC-AATGGAACTAAACCTTACTAGT-ATATTCAGCTGTTG-AAAA--TG-------------AT-ATACAATTTA
gi|12 : GTTCTTTTCCATTC-------AAATGA--CCGT-ATATATGG--AGCACATGTC--A--C-------TAAAATGTGT-----TAAA---T-ATCTT--AAAGAG-AT-GCA-TCTCTA
gi|7 : G-TATG-CAC-CC-CAAACGCTCCCG--TAATAAAAGTTTCATATCA----ATATGC-GATTTGTTATATCA--GA---ACGACGTAC-AAAGCGCG-ACT-TT--A-TC--A-A-G
gi|4 : --TAATAAAAGTTTCCTATCA----ACATGC-GA-TT-T--TATCA--AA---ACGACGTAC-AAA--GCG-ATG-TT--AGTA--A-A-GTCG----CTTACCT-TG-G-TTTAATGA-A----CT---AT--GTC-G-CAAAAAATAT---TTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|6 : cattcaattaatagactcgtattattgcgggaaactacgtgcattggtcagcttaatatctcagggctaggtttcaatattaatatctcttaaaaagattgattttgacatcgacctcattagcgttaatattaggcgttgacaaatcttttaatagccctctcgggttaacttatgcaatattgctcctaactctgaatgtgggaggggagtgggataaatgtttatattattcgacctacaaaatagcgaccaaacatgttatttgtatatgattgggatcttttaggtgtggggtgccgattaattttattgacttccaagaattcaggcccccccacttcaccaaaagccgacaactccatttgctatgataACATGCAGATTTGT--TATAACTAACCTACGATAC-A-AAA--GCG-ATTCTT--AGTC--ACA-GTCG----CTTA-GT-TC-GGTTAAATGA-AAGATGT---C---GCA-T-T-ATTAATGC---TTCCT---TTT-GGCATGAACACATA----ACAC-TC---T--A-TGA-GATCTTTTCG-----T--CCTTG-ACTTT-TTAAGCAACAAATGTAT---TAGTAT---TATAAGTC-T-GCAAAAACCAG-GGCCT----ACATTCATTTTCATTG
gi|8 : tca--AA---ACGACTTTA-CAA--AAG-ACT-TTTAA-TA--A-AAGTCG----CATA-AT-TGTATTATAATGA-AA-ATATGTACTACGTC-G-A-AAAAATCT---TTCTT---TTTTAGCATGA----AAAGGGCATCCATT---TGAATTGATGACTTTTTCG-----TTTC---GCATCTTTACTAACAAATA-T-CATATATTCTTT---GA-AAGTCGTG
gi|13 : tt---TCTTTT---AA-AAGTCATG-TAAAAACCAG-GG-CGTTCGACATTCA-TTTCATCGAc
gi|16 : aTTTT---AA-AAGTCGT-GTAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|14 : TTTT---AA-AAGTCGT-GTAAAAACCAG-GA-CG----AAATTCA-TTTTATTGAc
gi|15 : TTTT---AA-AAGTCACA-TAAAAACTAG-GG-GG----ATATTCA-TTTCATTGAct
gi|17 : A-AAGTCGTG-TAAAAACCAG-GG-AG----ACATTCA-TTTTATTGAc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATCTCAAAACTGAAGGTACAAGGTAAGTAAAGTTATACAAAATATTTGACGTCACATTCAGTAACATGACGTCACCATCAATTATTATTTTCACTAGTGATAATATAATTTCTATTCAATGAATAAAATAGTGTATTTCACTGTTGAAAATGCAATCAATTGTAT
Alignments
lowQualScore : 22 11 4444444444444444444444444444444444 22222222222 1 11 222222 1111 1 11 1111 1111 1 111 22222222 11 2222222 2222 11 11 111 11 33333333333333 111 2 11 111 11 11 3333333 1 11 111 1 1 22 1 1 111 11 22 11 1 2222 2222 1 88888888888888888888 22 1111 1 1 11 1111 1111 22222 111 111 333333 22222222 1 3333333333333333333333333 22 1111 1111 22
lowQualScore : 8 88 1 22 1 00 6 6666666666666666666666666666666666 666 11111111111 6 3 6 6 77 6 6 22 666666 1 6 0000 3 5 99 33 6666 6 6 2222 6 1 666 44444444 6 6 6 5 0 3 33 0 6666666 8 1111 1 11 3 1 11 1 222 0 11 88888888888888 8 333 0 1 11 8 8 555 0 33 33 2222222 0 33 444 6 0 0 22 1 2 0 0 666 33 33 33 0 1111 1 7777 0 66 11111111111111111111 8 0 8 8 8 33 4444 99 3 6 99 77 0 5 1 1 33 5 1 5 8888 77 5 5 4444 77 6 6 777 6 6 0 88 1 33333 11 6 6 99 1 111 444 8 2 222222 1 11111111 6 0000000000000000000000000 8 33 7777 3333 11 8 4 9999 4 0
lowQualScore : . .. . .. . .. . .................................. ... ........... . . . . .. . . .. ...... . . .... . . .. .. .... . . .... . . ... ........ . . . . . . .. . ....... . .... . .. . . .. . ... . .. .............. . ... . . .. . . ... . .. .. ....... . .. ... . . . .. . . . . ... .. .. .. . .... . .... . .. .................... . . . . . .. .... .. . . .. .. . . . . .. . . . .... .. . . .... .. . . ... . . . .. . ..... .. . . .. . ... ... . . ...... . ........ . ......................... . .. .... .... .. . . .... . .
lowQualScore : 0 99 0 55 7 55 7 2222222222222222222222222222222222 111 77777777777 7 3 7 7 77 7 7 55 000000 0 7 8888 2 5 22 22 5555 7 7 5555 7 7 555 22222222 7 7 7 0 8 8 88 8 0000000 0 8888 0 22 2 0 00 0 666 6 00 66666666666666 0 000 0 0 00 0 0 555 2 88 88 5555555 0 88 888 5 0 0 55 0 5 0 0 222 00 88 88 0 2222 2 2222 0 55 22222222222222222222 0 8 0 0 0 22 2222 22 3 7 22 99 7 7 4 0 66 7 7 7 1111 99 7 7 2222 77 7 7 888 7 7 8 22 0 33333 22 7 7 22 7 777 000 0 8 888888 0 66666666 0 2222222222222222222222222 8 66 3333 1111 99 9 4 4444 4 9
consensus : GAACATGATG-ATC-TNAAAG-ATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----AC-T-CA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAACTAA---TG-AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG--T---A-AT-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGAC-CCGTAATATTTG-GGAGCACAAG--TCAT-TATTTA--TAAAAGGTG-T--TAATAAA---TA-TCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTA-T-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATA--NCCCNGGTAACTT-TGC-AAA-NTANACAA-TGTGGGG-GT--GAGAN-AATTGT-TTT--AATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT--G--GT--A---TTGG-TATG-CGC-CT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GTCGC-AA-A--AATGT---TTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATCTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATG-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGCAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
Reference ( family-928 ) : GAACATGATG-ATT-TNAAA--ATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----ACCT-CA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TN-GTT-ATTT-TCAACTAA---TGTAAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAANNTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG--T---A-AT-AAA-T-GTACAATATAAT--ACGTTCTTTTCCATTC-------AAATGAC-CCGT-GTATNTG-GGAGCACANG--TNAT-TATTTA--TAAAAGGTG-T--TAATAAA---TA-TCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTA-T-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATA--NTCCGGGTAACTT-TGC-AAA-CTANACAA-TGTGGGG-GT--GAGAT-AATTG--TTT--AATATG-TATA----ATAAATATT-GNCTATTGT-ATATTGTTGGG--ACTT-----GT------TTGG-TATG-CAC-CT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ANAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTNT-----GTCNC-AA-A--AATAT---TTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATTTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATA-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGTAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
gi|1 : TGATG-GTC-TAACA--GTATAG-GCTA-TG-GCACATATA---TC-CACATCCG-----ATA----ACTT--A-CAGA-TCAG---T-------T--TA-TTGT-CAC-TTAGTC-TTTTCTCAATCGA---TTAAAAAATATCAT-TTTAG--ATTCCAATGGA--TAA---TA-C-AGT-AT-T-TT-A-CTATTGAGAAAACTGAATCTAA-AT-AAC-T-GT--AATA-AAT--GCGTTCTTTT--ATTTTTCAAAAAAATGACGCGGTAGTGTTTGCAGAACACAAG--TAATCTATTTATTTAAAAAGTG------AT-----------TTAAAAGAAGCATGTA--T-T-TTATT-AGGTGAAT--GGG-------CTG-AAAGTCTTTAATAAGCCCCAGGTAACTTATGCAAAA-ATATACAA-TATGGGGCGT--GAGAGAAATTGT-TTT--AATATG-TATAGACTAAAAACATA-TAATATTGCAATATTGTTGGACTATTTAGG--GTTGACCATTGGATATG-CGA-CTACAAACGCCCGGAATAATAAAGTTTTCCCATCAGTCA--ACATGC-GA-TTGT--TGCTC--AAACGACT-TAACAAA--ACGCACT-TTTGA-TCAAA-A-GTCGCGCACTTA-TTAT-G-G-TT-TAATGACAAATATGTC----GT-AC-AA-A--AAAATAGATTCCTTTGTTT-AGCATGAA-A----AGCCATCCTAT--GTTGAGGATTTTTTGCATCT--TC---G-A--ATT---AC-AACAAAT--ATCA----TCTTTTAAACAAGGTCGATGCAAAAACCAGCAG-CG-----CATTCA-TTTAAT
gi|10 : gaagcaat-A-TCAG---T-------TGTTATTT-T-CAC-TC-ATG-TTTT-T---CTAG---TG-AAAATTCTCATCTTT-T--ATTC-AATGGAACTAAACCTTACTAGT-ATAT-TC-AGCTGTTG-AAAA--TG-------------A-T-ATACAATTTA
gi|11 : GAACATGATG-ATT-TCTAAGGACATAAATCT-ATG-CAAAACATAATGTTAC-AATC-AGTATTATG----ACAT-CA-CA-A-TCAC---T-------TG
gi|12 : tggtcttaGTTCTTTTCCATTC-------AAATGA--CCGT-ATATAT--GGAGCACATG--TCAC---------TAAAATGTG-T-----TAAA---TA-TCTT--AAAGAG-ATGCA--TCT-CTA-
gi|13 : ---TCTTTT---AAAAGTCATG-TAAAAACCAG-GG-CGTTCGACATTCA-TTTCATCGA
gi|14 : aTTTT---AAAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GA-CG----AAATTCA-TTTTATTGAc
gi|15 : TTTT---AAAAGTCACA-TAAAAACTAG-GG-GG----ATATTCA-TTTCATTGAct
gi|16 : TTTT---AAAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|17 : AAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GG-AG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|2 : tgaGAACATGATG-GTCCTCAAA--ATATAAAGCTAATGACAAAACATA---TCACAAATC-A-----ATA----ACCTTCA-CA-AATCAG---T-------TGTTA-TT-T-CAC-TA-GTTCATTT-TCAACTAA---CGTAAAAATATCA--TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TTAA-CTATTGAAAAA--TG--T---A-AT-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGAC-CCGTAATATTTG-GAAACACAAG--TAA--TATTTA--TAAAAGGTGTT--TAATAAA---TA-TCTTAAAAAGAG-ATGAA--T-T-CTA-TAAAGT--ATGAAGG-------CTGAAA--TCTTTAATA--TCCCCGGTAACTT-TGC-AAT-ATAAA-AA-TATGGGG-GT--GAGAG-AATTG--TTTAAAATATATTATG----ATAAATATTCAACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTTTTAGGGTGCA---TTGG-TATGACGC-CT-CAAACGCCCCG--TAATAAAAGTTTCCTA----TCAAGACATGCTGATTT-T--TGTCA--AAACGACA-T-GAAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-TT-T-G-GTTT-TAATGA-AAATTTCT-----GTCTC-AA-A--AATGT---TTCCT---TTT-AGC-TGAATA----ATCCATC---T--AGTGA-GATCTTT----T-G--TC---G-A-TCCT---ACAAACAAATA-ATCAT---TCTTTT---TAAAGTCGTGGCAAAAACAAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGAc
gi|3 : GAACATGATG-ATT-CAAAAG-ATATAAAGCTA-TG-CAAAACATA-------AAAT--G-----ACA----AC-T-CAGTA-A-TCAT---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TT-GTT-ATTT-TCAA-TAA---T----AAATATTAT-TTT-TCAATTCAA-TGGA--TAAATATAAC--GC-AT-T----A-CTGTTGTAAA---TG--T---A-ATTAAA-T-GTA-AATATAAT--ACGTTCTTTTCCAT-C-------AAATGAC-C----GTATTTG-G-AGCACATG--TCAT-TATTGA--TAAAAGGTG-T--TAA---A---TA-TAT--GTAAGAG-ATGAA--T-TTCTA-T-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCGTTAATA--GTCCTGGTATCTT-TGC-AAACCTACACAA-TGTGGGG-GT---AAAT-AATTG--TTT--AATATG-TATA----ATAAATAT---GCTATTGT-ATA-TGTTGG------------GT------TTGG-TATG-CAC-CT---AACGCCCGG---AAT-AAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTCT--TATCA--AAAC-ACG-T-ACAAA--GCG-A-T-TT--A-TC--A-A-G---------NN-NN-N-N-N-NN-NNNNNN-NNNNNNNN-----NNNNN-NN-N--NNNNN---NNNNN---NNN-NNNNNNNNNN----NNNNNNN---N--NNNNN-NNNNNNN----NNN--NN---N-N-NNNN---NNNNNNNNNNN-NNCAT---CCTTTT---TAAA-TCGT-GCCAAAACCAGTGG-CG----ACATTAA-TCTATTTGA
gi|4 : atttta-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATT--T--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ATG-TT--AGTA--A-A-GTCG----CTTACCT-T-G-G-TT-TAATGA-A---CTAT-----GTCGCAAA-A--AATAT---TTCC
gi|5 : cattcaattaatagactcgtattattgcgggaaactacgtgcattggtcagcttaatatctcagggctaggtttcaatattaatatctcttaaaaagattgattttgacatcgacctcattagcgttaatattaggcgttgacaaatcttttaatagccctctcgggttaacttatgcaatattgctcctaactctgaatgtgggaggggagtgggataaatgtttatattattcgacctacaaaatagcgaccaaacatgttatttgtatatgattgggatcttttaggtgtggggtgccgattaattttattgacttccaagaattcaggcccccccacttcaccaaaagccgacaactccatttgctatgatACATGATGCATA-TCAAAG-ATATAAAGCTCATG-TCAATTATA---CTG-AAATT-A-----ATA----GT-------A-A-TCAGATCC-------TGCCA-TT-TACACATA-GTT-ATTT-TCAA--AAGGGTATAAAAATATAAT-TTT-T--ATTCAA-TGTG--TAAAATTA-C-AGTCAT-TATT-A-CTGTTGAAAA---TG--T---ACAT-ACA-TTGTACA-TACAATTTATGTTCTTTTCCATTC-------ACATGAC-C-GT-ATATGTA-AGAGCACAAACATCAT-TATTTA--TAAAAGGTG-TATTAATAAAACGTAATCTAAGAAAGAGCATGGAATT-T-CAA-A-ATGT--AT--AGGTAAGTATCTG-AA--TCTTTATCA--ATCCGGGTAATTT-TGC-AAAGCTAAACAACTGTACGG-GTCAGAGAT-AATTGTTTTT--AATATG-TATA----ATAGTAATT-GCCTATTGT-AT-TTGTTGGG--ACTT-----GT------TTAA-TG-G-CACACT-CAAACGCTCCGCATAATAA
gi|6 : gatttcaatg----TCA--ACATGCAGATTTGT--TATAACTAACCTACGAT-ACAAAA-GCG-ATTCTT--AGTC--ACA-GTCG----CTTA-GT-TCG-G-TT-AAATGA-AAG---AT-----GTCGC-ATTATTAATGC---TTCCT---TTT-GGCATGAACACAT-AACACTC---T--A-TGA-GATCTTT----TCG--TCCTTG-A-CTTTTTAAGCAACAAATGTATTAG---TATTAT-----AAGTC-T-GCAAAAACCAG-GGCCT----ACATTCATTTTCATTG
gi|7 : G-TATG-CAC-CC-CAAACGCTCCC-GTAATAAAAGTTTCATA----TCA--ATATGC-GATTTGTTATATCA--GAACGACG-T-ACAAAGCGCG-ACT-TT--A-TC--A-A-G
gi|8 : --AAACGACT-TTACAAA--A-G-ACT-TTTAA-TA--A-AAGTCG----CATA-AT-T-GTA-TTATAATGA-AAATATGTACTACGTCGA-AA-A--AATCT---TTCTT---TTTTAGCATGAAAAGGGCATCCATT---TGAATTGATGACTTTT----TCGTTTC---GCATCTTT---ACTAACAAAT--ATCATATATTCTTT---GAAAGTCGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|9 : tt-TGAAG--GTACAAGG-TAA-G-TAAAGT-TA---T-ACAAA---------ATATTTGACGT-CA-CA-T-TCAG---TAACATGACGTCA-CCAT-CAA-TT-ATT-ATTT-TCA-CTAG---TG--ATAATATAAT-TTC-T--ATTCAA-TGAA--TAAAA-TAGT--GT-AT-T-TC-A-CTGTTG-AAAA--TG--C---A-AT-CAATT-GTAc
Alignments
lowQualScore : 111111 11 444444444444444444444444444444 22222222222 1 11 11 222222 1111 1 11 1111 1111 1 111 22222222222 1 11 2222222 1 1111 111 111 11 444444444444444 111 2 11 2 11 11 3333333 1 11 111 1 333 1 1 111 1 11 1 1 2222 2222 1 9999999999999999999 22 1111 1 1 11 1111 1111 22222 111 333333 22222222 1 3333333333333333333333333 22 1111 1111 22
lowQualScore : 6 77 999999 1 1 00 6 555555555555555555555555555555 6 666 11111111111 6 3 6 6 33 6 6 22 888888 3 1 6 0000 3 5 99 22 6666 6 6 2222 6 1 666 00000000000 6 6 0 0 3 33 0 6666666 0 7777 5 8 3 222 222 0 11 777777777777777 5 333 0 1 11 8 8 0 0 33 33 2222222 0 33 444 1 0 111 1 2 0 0 666 1 0 33 0 0 1111 1 5555 0 66 1111111111111111111 8 999 8 33 4444 99 3 6 99 77 0 5 1 33 5 1 5 8888 77 5 5 4444 77 6 6 777 6 6 0 88 1 33333 6 66 6 99 6 444 8 2 222222 1 11111111 6 0000000000000000000000000 8 33 7777 3333 00 8 4 9999 4 0
lowQualScore : . .. ...... . . .. . .............................. . ... ........... . . . . .. . . .. ...... . . . .... . . .. .. .... . . .... . . ... ........... . . . . . .. . ....... . .... . . . ... ... . .. ............... . ... . . .. . . . . .. .. ....... . .. ... . . ... . . . . ... . . .. . . .... . .... . .. ................... . ... . .. .... .. . . .. .. . . . .. . . . .... .. . . .... .. . . ... . . . .. . ..... . .. . .. . ... . . ...... . ........ . ......................... . .. .... .... .. . . .... . .
lowQualScore : 7 77 222222 7 7 55 7 222222222222222222222222222222 7 111 77777777777 7 3 7 7 00 7 7 55 555555 5 0 7 8888 2 5 22 77 5555 7 7 5555 7 7 555 88888888888 7 7 0 8 8 88 8 0000000 0 4444 6 0 2 444 666 6 00 000000000000000 0 000 0 0 00 0 0 0 2 88 88 5555555 0 88 888 0 0 000 0 5 0 0 222 0 0 22 0 0 2222 2 0000 0 55 0000000000000000000 0 444 0 22 2222 22 3 7 22 99 7 7 4 66 7 7 7 1111 99 7 7 2222 77 7 7 888 7 7 8 22 3 33333 7 88 7 22 7 000 0 8 888888 0 66666666 0 2222222222222222222222222 8 44 3333 1111 88 9 4 4444 4 9
consensus : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----AC--TCA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAACTAAT-G----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GGAGCACAA--GTCAT-TATTTAT--AAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATCTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATG-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGCAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
Reference ( family-928 ) : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----AC--TCA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAACTAAT-G----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GGAGCACAA--GTCAT-TATTTAT--AAAAGGTG--TTAATAAA---T-ATCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAN--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATCTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATG-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGCAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
gi|1 : TGATG-GTCT-AACA------G-TATAG-GCTA-TG-GCACATATA---TC-CACATCCG-----ATA----AC--TTA-CAGA-TCAG---T-------T--TA-TTGT-CAC-TTAGTC-TTTTCTCAATCGATTA----AAAAATATCAT-TTTAG--ATTCCAATGGA--TAA---TA-C-AGT-AT-T-TT-A-CTATTGAGAAAACTGAATCTA-AAT-AAC-T-GTA--ATA-AAT--GCGTTCTTTT--ATTTTTCAAAAAAATGACGCGGTA-GTGTTTGCAGAACACAA--GTAATCTATTTATTTAAAAAGTG---------------AT-TTAAAAGAAGCATGTA--T-T-TTATTAGGTGAAT--GGG-------CTG-AAAGTCTTTAATAAGCCCCAGGTAACTTATGCAAA-AATATACAA-TATGGGGCGT--GAGAGAAATTG-TTT-TAATATG-TATAGACTAAAAACATA-TAATATTGCAATATTGTTGGACTATTTAG--G-GTTGACCATTGGATATG-CGACTACAAACGCCCGGAATAATAAAGTTTTCCCATCAGTCA--ACATGC-GA-TTGT--TGCTC--AAACGACT-TAACAAA--ACGCACT-TTTGA-TCAAA-A-GTCGCGCACTTA-TTAT-G-G-TT-TAATGACAAATATGTC----GTACAA-AA-A--AATAGATTCCTTTGTTT-AGCATGAA-A----AGCCATCCTAT--GTTGAGGATTTTTTGCATCT--TC---G-A--ATT---AC-AACAAAT--ATCA----TCTTTTAAACAAGGTCGATGCAAAAACCAGCAG-CG-----CATTCA-TTTAAT
gi|10 : gaagcaat-A-TCAG---T-------TGTTATTT-T-CAC-TC-ATG-TTTT-T---CTAGT-G----AAAATTCTCATCTTT-T--ATTC-AATGGAACTAAACCTTACTAGT-ATAT-TC-AGCTGTTG-AAAA--TG-------------A-T-ATACAATTTA
gi|11 : GAACATGATG-ATTTCTAAG------GACATAAATCT-ATG-CAAAACATAATGTTAC-AATC-AGTATTATG----ACA-TCA-CA-A-TCAC---T-------TG
gi|12 : tggtcttaGTTCTTTTCCATTC-------AAATGA-CCG-TATATAT----GGAGCACAT--GTCAC-------T--AAAATGTG--T---TAAA---T-ATCTT--AAAGAG-ATGCA--TCT-CTA
gi|13 : ---TCTTTT---AAAAGTCATG-TAAAAACCAG-GG-CGTTCGACATTCA-TTTCATCGA
gi|14 : aTTTT---AAAAGTCGT-GTAAAAACCAG-GA-CG----AAATTCA-TTTTATTGAc
gi|15 : TTTT---AAAAGTCACA-TAAAAACTAG-GG-GG----ATATTCA-TTTCATTGAct
gi|16 : TTTT---AAAAGTCGT-GTAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|17 : AAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GG-AG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|2 : tgaGAACATGATG-GTCC-TCAA------AATATAAAGCTAATGACAAAACATA---TCACAAATC-A-----ATA----ACCTTCA-CA-AATCAG---T-------TGTTA-TT-T-CAC-TA-GTTCATTT-TCAACTAAC-GT---AAAAATATCA--TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TTAA-CTATTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GAAACACAA--GTAA--TATTTAT--AAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAAAAAGAG-ATGAA--T-T-CTATAAAGT--ATGAAGG-------CTGAAA--TCTTTAATAT--CCCCGGTAACTT-TGCAAT-A-TAAA-AA-TATGGGG-GT--GAGAGAA-TTG-TTTAAAATATATTATG----ATAAATATTCAACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTTTTAGG-GTGC---ATTGG-TATGACGCCT-CAAACGCCCCG--TAATAAAAGTTTCCTA----TCAAGACATGCTGATTT-T--TGTCA--AAACGACA-T-GAAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-TT-T-G-GTTT-TAATGA-AAATTTCT-----GT-CTC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGC-TGAATA----ATCCATC---T--AGTGA-GATCTTT----T-G--TC---G-A-TCCT---ACAAACAAATA-ATCAT---TCTTTT---TAAAGTCGTGGCAAAAACAAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGAc
gi|3 : GAACATGATG-ATTC-AAAA------GATATAAAGCTA-TG-CAAAACATA-------AAAT--G-----ACA----AC--TCAGTA-A-TCAT---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TT-GTT-ATTT-TCAA-TAAT--------AAATATTAT-TTT-TCAATTCAA-TGGA--TAAATATAAC--GC-AT-T----A-CTGTTGTAAA---TG----TA-A-TTAAA-T-GTA-AATATAAT--ACGTTCTTTTCCAT-C-------AAATGACC------GTATTTG-G-AGCACAT--GTCAT-TATTGAT--AAAAGGTG--TTAA---A---T-ATAT--GTAAGAG-ATGAA--T-TTCTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCGTTAATAG--TCCTGGTATCTT-TGCAAACC-TACACAA-TGTGGGG-GT---AAATAA-TTG--TT-TAATATG-TATA----ATAAATAT---GCTATTGT-ATA-TGTTGGG----T---------------TTGG-TATG-CACCT---AACGCCCGG---AAT-AAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTCT--TATCA--AAAC-ACG-T-ACAAA--GCG-A-T-TT--A-TC--A-A-G---------NN-NN-N-N-N-NN-NNNNNN-NNNNNNNN-----NN-NNN-NN-N--NNN-NNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNN----NNNNNNN---N--NNNNN-NNNNNNN----NNN--NN---N-N-NNNN---NNNNNNNNNNN-NNCAT---CCTTTT---TAAA-TCGT-GCCAAAACCAGTGG-CG----ACATTAA-TCTATTTGA
gi|4 : atttta-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATT--T--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ATG-TT--AGTA--A-A-GTCG----CTTACCT-T-G-G-TT-TAATGA-A---CTAT-----GT-CGCAAA-A--AAT-ATTTCC
gi|5 : cattcaattaatagactcgtattattgcgggaaactacgtgcattggtcagcttaatatctcagggctaggtttcaatattaatatctcttaaaaagattgattttgacatcgacctcattagcgttaatattaggcgttgacaaatcttttaatagccctctcgggttaacttatgcaatattgctcctaactctgaatgtgggaggggagtgggataaatgtttatattattcgacctacaaaatagcgaccaaacatgttatttgtatatgattgggatcttttaggtgtggggtgccgattaattttattgacttccaagaattcaggcccccccacttcaccaaaagccgacaactccatttgctatgatACATGATGCATAT-CAAA------GATATAAAGCTCATG-TCAATTATA---CTG-AAATT-A-----ATA----GT-------A-A-TCAGATCC-------TGCCA-TT-TACACATA-GTT-ATTT-TCAA--AAG-GGTATAAAAATATAAT-TTT-T--ATTCAA-TGTG--TAAAATTA-C-AGTCAT-TATT-A-CTGTTGAAAA---TG----TACA-T-ACA-TTGTACA-TACAATTTATGTTCTTTTCCATTC-------ACATGA-CCG-T--ATATGTA-AGAGCACAAACATCAT-TATTTAT--AAAAGGTGTATTAATAAAACGTAATCTAAGAAAGAGCATGGAATT-T-CAAA-ATGT--AT--AGGTAAGTATCTG-AA--TCTTTATCAA--TCCGGGTAATTT-TGCAAAGC-TAAACAACTGTACGG-GTCAGAGATAA-TTGTTTT-TAATATG-TATA----ATAGTAATT-GCCTATTGT-AT-TTGTTGGG--ACTT----GTTT-----AATGG-CACA----CT-CAAACGCTCCGCATAATAA
gi|6 : gatttcaatg----TCA--ACATGCAGATTTGT--TATAACTAACCTACGAT-ACAAAA-GCG-ATTCTT--AGTC--ACA-GTCG----CTTA-GT-TCG-G-TT-AAATGA-AAG---AT-----GT-CGC-ATTATTAAT-GCTTCCT---TTT-GGCATGAACACAT-AACACTC---T--A-TGA-GATCTTT----TCG--TCCTTG-A-CTTTTTAAGCAACAAATGTATTAG---TATTAT-----AAGTC-T-GCAAAAACCAG-GGCCT----ACATTCATTTTCATTG
gi|7 : G-TATG-CACCC-CAAACGCTCCC-GTAATAAAAGTTTCATA----TCA--ATATGC-GATTTGTTATATCA--GAACGACG-T-ACAAAGCGCG-ACT-TT--A-TC--A-A-G
gi|8 : --AAACGACT-TTACAAA--A-G-ACT-TTTAA-TA--A-AAGTCG----CATA-AT-T-GTA-TTATAATGA-AAATATGTACTACGT-CGA-AA-A--AAT-CTTTCTT---TTTTAGCATGAAAAGGGCATCCATT---TGAATTGATGACTTTT----TCGTTTC---GCATCTTT---ACTAACAAAT--ATCATATATTCTTT---GAAAGTCGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|9 : ttG-ATCT-CAAAACTGAAGGTACAAGG-TAA-G-TAAAGT-TA---T-ACAAA---------ATATTTGACG-TCA-CA-T-TCAG---TAACATGACGTCA-CCAT-CAA-TT-ATT-ATTT-TCA-CTAGT-G----ATAA-TATAAT-TTC-T--ATTCAA-TGAA--TAAAA-TAGT--GT-AT-T-TC-A-CTGTTG-AAAA--TG----CA-A-T-CAATT-GTAc
Alignments
lowQualScore : 111111 11 444444444444444444444444444444 22222222222 1 11 11 222222 1111 1 11 1111 1111 1 111 22222222222 1 11 2222222 1 1111 111 111 11 11111 333333333333 2 11 2 11 11 3333333 1 11 111 1 333 1 1 111 1 11 1 1 2222 2222 1 9999999999999999999 22 1111 1 1 11 1111 1111 22222 111 333333 22222222 1 3333333333333333333333333 22 1111 1111 22
lowQualScore : 6 77 999999 1 1 00 6 555555555555555555555555555555 6 666 11111111111 6 3 6 6 33 6 6 22 888888 3 1 6 0000 3 5 99 22 6666 6 6 2222 6 1 666 00000000000 6 6 0 0 3 33 0 6666666 0 7777 5 8 3 222 222 0 11 66666 777777777777 0 0 1 11 8 8 0 0 33 33 2222222 0 33 555 1 0 111 1 2 0 0 666 1 0 33 0 0 1111 1 5555 0 66 1111111111111111111 8 999 8 33 4444 99 3 6 99 77 0 5 1 33 5 1 5 8888 77 5 5 4444 77 6 6 777 6 6 0 88 1 33333 6 66 6 99 6 444 8 2 222222 1 11111111 6 0000000000000000000000000 8 33 7777 3333 11 8 4 9999 4 0
lowQualScore : . .. ...... . . .. . .............................. . ... ........... . . . . .. . . .. ...... . . . .... . . .. .. .... . . .... . . ... ........... . . . . . .. . ....... . .... . . . ... ... . .. ..... ............ . . . .. . . . . .. .. ....... . .. ... . . ... . . . . ... . . .. . . .... . .... . .. ................... . ... . .. .... .. . . .. .. . . . .. . . . .... .. . . .... .. . . ... . . . .. . ..... . .. . .. . ... . . ...... . ........ . ......................... . .. .... .... .. . . .... . .
lowQualScore : 7 77 222222 7 7 55 7 222222222222222222222222222222 7 111 77777777777 7 3 7 7 00 7 7 55 555555 5 0 7 8888 2 5 22 77 5555 7 7 5555 7 7 555 88888888888 7 7 0 8 8 88 8 0000000 0 4444 6 0 2 444 666 6 00 00000 666666666666 8 0 0 00 0 0 0 2 88 88 5555555 0 88 000 0 0 000 0 5 0 0 222 0 0 22 0 0 2222 2 0000 0 55 0000000000000000000 0 444 0 22 2222 22 3 7 22 99 7 7 4 66 7 7 7 1111 99 7 7 2222 77 7 7 888 7 7 8 22 3 33333 7 88 7 22 7 000 0 8 888888 0 66666666 0 2222222222222222222222222 8 44 3333 1111 99 9 4 4444 4 9
consensus : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----AC--TCA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAACTAAT-G----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GGAGCACAA--GTCAT-TATTTAT--AAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATCTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATG-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGCAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
Reference ( family-928 ) : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----AC--TCA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAACTAAT-G----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GGAGCACAA--GTCAT-TATTTAT--AAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATCTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATG-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGCAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
gi|1 : TGATG-GTCT-AACA------G-TATAG-GCTA-TG-GCACATATA---TC-CACATCCG-----ATA----AC--TTA-CAGA-TCAG---T-------T--TA-TTGT-CAC-TTAGTC-TTTTCTCAATCGATTA----AAAAATATCAT-TTTAG--ATTCCAATGGA--TAA---TA-C-AGT-AT-T-TT-A-CTATTGAGAAAACTGAATCTA-AAT-AAC-T-GTA--ATA-AAT--GCGTTCTTTT--ATTTTTCAAAAAAATGACGCGGTA-GTGTTTGCAGAACACAA--GTAATCTATTTATTTAAAAAGTGA-TT--TAAA----------AGAA---GCATGTA--T-T-TTATTAGGTGAAT--GGG-------CTG-AAAGTCTTTAATAAGCCCCAGGTAACTTATGCAAA-AATATACAA-TATGGGGCGT--GAGAGAAATTG-TTT-TAATATG-TATAGACTAAAAACATA-TAATATTGCAATATTGTTGGACTATTTAG--G-GTTGACCATTGGATATG-CGACTACAAACGCCCGGAATAATAAAGTTTTCCCATCAGTCA--ACATGC-GA-TTGT--TGCTC--AAACGACT-TAACAAA--ACGCACT-TTTGA-TCAAA-A-GTCGCGCACTTA-TTAT-G-G-TT-TAATGACAAATATGTC----GTACAA-AA-A--AATAGATTCCTTTGTTT-AGCATGAA-A----AGCCATCCTAT--GTTGAGGATTTTTTGCATCT--TC---G-A--ATT---AC-AACAAAT--ATCA----TCTTTTAAACAAGGTCGATGCAAAAACCAGCAG-CG-----CATTCA-TTTAAT
gi|10 : gaagcaat-A-TCAG---T-------TGTTATTT-T-CAC-TC-ATG-TTTT-T---CTAGT-G----AAAATTCTCATCTTT-T--ATTC-AATGGAACTAAACCTTACTAGT-ATAT-TC-AGCTGTTG-AAAA--TG-------------A-T-ATACAATTTA
gi|11 : GAACATGATG-ATTTCTAAG------GACATAAATCT-ATG-CAAAACATAATGTTAC-AATC-AGTATTATG----ACA-TCA-CA-A-TCAC---T-------TG
gi|12 : tggtcttaGTTCTTTTCCATTC-------AAATGA-CCG-TATATAT----GGAGCACAT--GTCAC-------T--AAAATGTGT-----TAAA---T-ATCTT--AAAGAG-ATGCA--TCT-CTA
gi|13 : ---TCTTTT---AAAAGTCATG-TAAAAACCAG-GG-CGTTCGACATTCA-TTTCATCGA
gi|14 : aTTTT---AAAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GA-CG----AAATTCA-TTTTATTGAc
gi|15 : TTTT---AAAAGTCACA-TAAAAACTAG-GG-GG----ATATTCA-TTTCATTGAct
gi|16 : TTTT---AAAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|17 : AAAGTCGTG-TAAAAACCAG-GG-AG----ACATTCA-TTTTATTGAc
gi|2 : tgaGAACATGATG-GTCC-TCAA------AATATAAAGCTAATGACAAAACATA---TCACAAATC-A-----ATA----ACCTTCA-CA-AATCAG---T-------TGTTA-TT-T-CAC-TA-GTTCATTT-TCAACTAAC-GT---AAAAATATCA--TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TTAA-CTATTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GAAACACAA--GTAA--TATTTAT--AAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAAAAAGAG-ATGAA--T-T-CTATAAAGT--ATGAAGG-------CTGAAA--TCTTTAATAT--CCCCGGTAACTT-TGCAAT-A-TAAA-AA-TATGGGG-GT--GAGAGAA-TTG-TTTAAAATATATTATG----ATAAATATTCAACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTTTTAGG-GTGC---ATTGG-TATGACGCCT-CAAACGCCCCG--TAATAAAAGTTTCCTA----TCAAGACATGCTGATTT-T--TGTCA--AAACGACA-T-GAAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-TT-T-G-GTTT-TAATGA-AAATTTCT-----GT-CTC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGC-TGAATA----ATCCATC---T--AGTGA-GATCTTT----T-G--TC---G-A-TCCT---ACAAACAAATA-ATCAT---TCTTTT---TAAAGTCGTGGCAAAAACAAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGAc
gi|3 : GAACATGATG-ATTC-AAAA------GATATAAAGCTA-TG-CAAAACATA-------AAAT--G-----ACA----AC--TCAGTA-A-TCAT---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TT-GTT-ATTT-TCAA-TAAT--------AAATATTAT-TTT-TCAATTCAA-TGGA--TAAATATAAC--GC-AT-T----A-CTGTTGTAAA---TG----TA-A-TTAAA-T-GTA-AATATAAT--ACGTTCTTTTCCAT-C-------AAATGACC------GTATTTG-G-AGCACAT--GTCAT-TATTGAT--AAAAGGTGT-TAAATATA---T-GT------AAGAG-ATGAA--T-TTCTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCGTTAATAG--TCCTGGTATCTT-TGCAAACC-TACACAA-TGTGGGG-GT---AAATAA-TTG--TT-TAATATG-TATA----ATAAATAT---GCTATTGT-ATA-TGTTGGG----T---------------TTGG-TATG-CACCT---AACGCCCGG---AAT-AAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTCT--TATCA--AAAC-ACG-T-ACAAA--GCG-A-T-TT--A-TC--A-A-G---------NN-NN-N-N-N-NN-NNNNNN-NNNNNNNN-----NN-NNN-NN-N--NNN-NNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNN----NNNNNNN---N--NNNNN-NNNNNNN----NNN--NN---N-N-NNNN---NNNNNNNNNNN-NNCAT---CCTTTT---TAAA-TCGT-GCCAAAACCAGTGG-CG----ACATTAA-TCTATTTGA
gi|4 : atttta-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATT--T--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ATG-TT--AGTA--A-A-GTCG----CTTACCT-T-G-G-TT-TAATGA-A---CTAT-----GT-CGCAAA-A--AAT-ATTTCC
gi|5 : cattcaattaatagactcgtattattgcgggaaactacgtgcattggtcagcttaatatctcagggctaggtttcaatattaatatctcttaaaaagattgattttgacatcgacctcattagcgttaatattaggcgttgacaaatcttttaatagccctctcgggttaacttatgcaatattgctcctaactctgaatgtgggaggggagtgggataaatgtttatattattcgacctacaaaatagcgaccaaacatgttatttgtatatgattgggatcttttaggtgtggggtgccgattaattttattgacttccaagaattcaggcccccccacttcaccaaaagccgacaactccatttgctatgatACATGATGCATAT-CAAA------GATATAAAGCTCATG-TCAATTATA---CTG-AAATT-A-----ATA----GT-------A-A-TCAGATCC-------TGCCA-TT-TACACATA-GTT-ATTT-TCAA--AAG-GGTATAAAAATATAAT-TTT-T--ATTCAA-TGTG--TAAAATTA-C-AGTCAT-TATT-A-CTGTTGAAAA---TG----TACA-T-ACA-TTGTACA-TACAATTTATGTTCTTTTCCATTC-------ACATGA-CCG-T--ATATGTA-AGAGCACAAACATCAT-TATTTAT--AAAAGGTGTATTAATAAAACGTAATCTAAGAAAGAGCATGGAATT-T-CAAA-ATGT--AT--AGGTAAGTATCTG-AA--TCTTTATCAA--TCCGGGTAATTT-TGCAAAGC-TAAACAACTGTACGG-GTCAGAGATAA-TTGTTTT-TAATATG-TATA----ATAGTAATT-GCCTATTGT-AT-TTGTTGGG--ACTT----GTTT-----AATGG-CACA----CT-CAAACGCTCCGCATAATAA
gi|6 : gatttcaatg----TCA--ACATGCAGATTTGT--TATAACTAACCTACGAT-ACAAAA-GCG-ATTCTT--AGTC--ACA-GTCG----CTTA-GT-TCG-G-TT-AAATGA-AAG---AT-----GT-CGC-ATTATTAAT-GCTTCCT---TTT-GGCATGAACACAT-AACACTC---T--A-TGA-GATCTTT----TCG--TCCTTG-A-CTTTTTAAGCAACAAATGTATTAG---TATTAT-----AAGTC-T-GCAAAAACCAG-GGCCT----ACATTCATTTTCATTG
gi|7 : G-TATG-CACCC-CAAACGCTCCC-GTAATAAAAGTTTCATA----TCA--ATATGC-GATTTGTTATATCA--GAACGACG-T-ACAAAGCGCG-ACT-TT--A-TC--A-A-G
gi|8 : --AAACGACT-TTACAAA--A-G-ACT-TTTAA-TA--A-AAGTCG----CATA-AT-T-GTA-TTATAATGA-AAATATGTACTACGT-CGA-AA-A--AAT-CTTTCTT---TTTTAGCATGAAAAGGGCATCCATT---TGAATTGATGACTTTT----TCGTTTC---GCATCTTT---ACTAACAAAT--ATCATATATTCTTT---GAAAGTCGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|9 : ttG-ATCT-CAAAACTGAAGGTACAAGG-TAA-G-TAAAGT-TA---T-ACAAA---------ATATTTGACG-TCA-CA-T-TCAG---TAACATGACGTCA-CCAT-CAA-TT-ATT-ATTT-TCA-CTAGT-G----ATAA-TATAAT-TTC-T--ATTCAA-TGAA--TAAAA-TAGT--GT-AT-T-TC-A-CTGTTG-AAAA--TG----CA-A-T-CAATT-GTAc
blockSeqs : C CT ACTGAA A A AA A ATGTTACAATCAGTATTATGACA G AA TAACATGA T A A A C C . AC GGTAT T C C TCA A A AC CC ACTA C A TTA G A A TAATT T T C T TT . C TAT T . G AAC TT . ATTAA ACGTAATCTAAG C C AT C T A . GA TAAGTAT A . T C . CC A C C . CAG G . TT A T . T TCAA . AT ACTTTTAGGGTGC . ACG . CA . AG T C TA CT A T GC . C C TAA . C A . CC . C GT A . TT C ACTAC . CA T TT . . T N AAGGGC T TGAAT T TCGTCCTTGACTTTTTA A GT TATA A GG T C TTCG T
blockSeqs : . T . A A CA . TCACAAATCAATAACCT . A ATCC . . . . A . . C GT A C . T A A . AC ACA . . ATT . T A TACAT . . C T . . C TA T . A T TT . TTAA TATCTTAA . A . . . . . . . . . G T . GC C C . . G T . T . . . T TGC . A ACTTGTTT . CA . A . . A G . . . . A . T . AG . . . . T . . TA . . NN N . . C . . . . . A CACAT N TAG . TCGTTTCGCATCTTT N A T A G . . . .
blockSeqs : . A . A A AA . TACAAAATATTTGACG . A T . . . . T . . A G A T . T A . . TA AC . . TC . A A TAAT . . C T . . . T G . G A C . TAAA TATCTT . A . . . . . . . . . A G . A A . . . . T . . . . . A G . T T . CA . G . . . G . . . . . . T . AG . . . . N . . N . . TA A . . N . . . . . A TA A NNN . NNNNNNNNNNN C N T A G . . . .
blockSeqs : . C . A A A . CTGAAATTAATAGT . A T . . . . A . . A G A A . T A . . AT CA . . TC . . . CAAT . . . C . . . . . . T T . . TGT . G . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . G . . G . . C A . . C . . . . . . NN T TA . TGTCGATCCT T . G A A . . . .
blockSeqs : . C . G G A . AAATGACAAC . A T . . . . T . . C . . A . T . . . A GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . A . . G . . . G . . A . . . T G . . . .
blockSeqs : T T . . . . . . . A . . . T G . . . .
blockSeqs : G G . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqCons : AA TTACAAATTAATAGNCG************* A** N* N* G***** T*** NC A** TAAT******* ******* T*** T** ** TAA** TATCT******* G* **** AG** ** **** ***** *** NAG*** TAT***** TCGTTTCGCNTCCN*********** ** T*** A*** G*
originalCons : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---TCACAAATC-G-----ATA----AC--TCA-CA-A-TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAACTAAT-G----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TA-ATATTTG-GGAGCACAA--GTCAT-TATTTAT--AAAAGGTGT-TTAATAAA---T-ATCTTAGAAAGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-ATAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT--A-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANA----ANCCATC---T--ATTGA-GATCTTT----TCG--TC---G-A-CNTT---ACNAACAAATG-ATCAT---TCTTTT---NAAAGTCGTGGCAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
finalCons : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATATTACAAATTAATAGNCG-------------TCA-CAA--TCAG---T-------TGTCA-TT-T-CAC-TN-GTT-ATTT-TCAN-TAATG-----AAAAATATCAT-TTTT---ATTCAAATGGA--TAAANCTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TGTAAT-------AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCGT---ATATTTG-GGAGCACAA--GTCAT--ATTTAT--AAAAGGTGTTAA--TAAATATCT-------AAAGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCGG-TAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TTAG--TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANAG---ANCCATCTAT-----TGA-GATCTTTTCGTTTCGCNTCCN-----------ACNAACAAAT--ATCAT---TCTTTTA---AAAGTCGTG-CAAAAACCAG-GG-CG----ACATTCA-TTTCATTGA
Alignments
lowQualScore : 111111 33333333333333333333333333 1111111 111 2222222222222 1111 1 11 1111 1111 1 111 22222222222 1 11 2222222 1111111 11 11 222 11 4444444444444444444444444 1111 2 11 2 11 11 3333333 1 11 111 1 333 1 1 111 1 11 1 1 2222 2222 1 9999999999999999999 1 11111 1111 1 1111 1 11 1111 1111 22222 111 33333333 111111 1 333333333333333333333 1111 1111
lowQualScore : 6 77 999999 1 1 999 6 1 88888888888888888888888888 77 666 0 8888888 777 6 77 6 6 9999999999999 3 1 6 0000 3 5 99 22 6666 6 6 2222 6 1 666 00000000000 6 6 0 0 3 33 0 6666666 8888888 1 11 3 1 11 777 0 11 3333333333333333333333333 7777 0 1 11 8 8 0 0 33 33 2222222 0 33 555 1 0 111 1 2 0 0 666 1 0 33 0 0 1111 1 5555 0 66 1111111111111111111 8 999 8 0 55555 4444 99 3 5555 77 0 5 1 33 5 1 5 9999 77 5 5 4444 77 6 6 777 6 6 0 88 1 33333 6 66 6 99 6 444 8 2 1 33333333 8 888888 2 6 777777777777777777777 8 2222 5 4 777 4 4 8 3333 4 0
lowQualScore : . .. ...... . . ... . . .......................... .. ... . ....... ... . .. . . ............. . . . .... . . .. .. .... . . .... . . ... ........... . . . . . .. . ....... ....... . .. . . .. ... . .. ......................... .... . . .. . . . . .. .. ....... . .. ... . . ... . . . . ... . . .. . . .... . .... . .. ................... . ... . . ..... .... .. . .... .. . . . .. . . . .... .. . . .... .. . . ... . . . .. . ..... . .. . .. . ... . . . ........ . ...... . . ..................... . .... . . ... . . . .... . .
lowQualScore : 7 77 222222 7 7 888 7 8 00000000000000000000000000 77 111 7 6666666 777 7 77 7 7 0000000000000 5 0 7 8888 2 5 22 77 5555 7 7 5555 7 7 555 88888888888 7 7 0 8 8 88 8 0000000 8888888 0 22 2 4 00 888 6 00 8888888888888888888888888 8888 0 0 00 0 0 0 2 88 88 5555555 0 88 000 0 0 000 0 5 0 0 222 0 0 22 0 0 2222 2 0000 0 55 0000000000000000000 0 444 0 0 44444 2222 22 3 0000 99 7 7 4 66 7 7 7 9999 99 7 7 2222 77 7 7 888 7 7 8 22 3 33333 7 88 7 22 7 000 0 8 0 00000000 0 000000 8 0 000000000000000000000 0 5555 2 4 000 0 0 9 9999 4 9
consensus : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---T-TACAAATC-GATA----GCC-TCA-CA-A-TCAGT-------TGTCATT-T-CAC-TC-GTT-ATTT-TCAA-T--AATG----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-T-A-TATTTG-GGAGCACAAG--TCATT-ATTTAT--AAAAGGTG--T--TAATAAA---TA-TC-T---AA---AGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-G--TAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT-AG-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANAG---ATC-CA-TC---T--ATTGA-GATCTTTT-CGTC-TTCGCATC-TTACG-AACAAAT-ATCAT---TCTT-TTA---AAAGTCG-T-GCAAAAACCAG-GG----CGACATTCA-TTTCATTGA
Reference ( family-928 ) : GAACATGATG-ATCT-NAAA------GATATAAAGCTAATG-CAAAACATA---T-TACAAATT-AATA----GNCGTCA-CA-A-TCAGT-------TGTCATT-T-CAC-TN-GTT-ATTT-TCAN-T--AATG----AAAAATATCAT-TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAANCTAAC-AGT-AT-T-TT-A-CTGTTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-T-A-TATTTG-GGAGCACAAG--TCAT--ATTTAT--AAAAGGTG--T--TAATAAA---TA-TC-T---AA---AGAGCATGNA--T-T-CTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCTTTAATAA--CCCNGGTAACTT-TGCAAA-N-TANACAA-TGTGGGG-GT--GAGANAA-TTG-TTT-TAATATG-TATA----ATAAATATT-NACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTT----G-GT-----ATTGG-TATG-CGCCT-CAAACGCCCCG-G--TAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTGT--TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ACT-TT-AG-TC--A-A-GTCG----CTTA-NT-T-G-G-TT-TAATGA-AAATNTGT-----GT-CGC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGCATGAANAG---ANC-CA-TC---T--ATTGA-GATCTTTT-CGT--TTCGCNTC-CNACN-AACAAAT-ATCAT---TCTT-TTA---AAAGTCG-T-GCAAAAACCAG-GG----CGACATTCA-TTTCATTGA
gi|1 : TGATG-GTCT-AACA------G-TATAG-GCTATGG-CA---CATA---TATCCACATCCGATA----AC--TTA-CAGA-TCAGT-------T--TATTGT-CAC-TTAGTC-TTTTCTCAA-TCGATTA----AAAAATATCAT-TTTAG--ATTCCAATGGA--TAA---TA-C-AGT-AT-T-TT-A-CTATTGAGAAAACTGAATCTA-AAT-AAC-T-GTA--ATA-AAT--GCGTTCTTTT--ATTTTTCAAAAAAATGACGCGGT-AGTGTTTGCAGAACACAAG--TAATCTATTTATTTAAAAAGTGATT--TAA-----------------AA---GAAGCATGTA--T-T-TTATTAGGTGAAT--GGG-------CTG-AAAGTCTTTAATAAGCCCCAGGTAACTTATGCAAA-AATATACAA-TATGGGGCGT--GAGAGAAATTG-TTT-TAATATG-TATAGACTAAAAACATA-TAATATTGCAATATTGTTGGACTATTTAG--G-GTTGACCATTGGATATG-CGACTACAAACG-CCCG-GAATAATAAAGTTTTCCCATCAGTCA--ACATGC-GA-TTGT--TGCTC--AAACGACT-TAACAAA--ACGCACT-TT-TGATCAAA-A-GTCGCGCACTTA-TTAT-G-G-TT-TAATGACAAATATGTC----GTACAA-AA-A--AATAGATTCCTTTGTTT-AGCATGAAAAG-----C-CA-TCCTAT--GTTGAGGATTTTTTGCATC-TTCGAAT---TAC--AACAAAT-ATCA----TCTT-TTAAACAAGGTCGAT-GCAAAAACCAGCAG----CG-CATTCA-TTTAAT
gi|10 : gaagcaat-A-TCAGT-------TGTTATT-TTCAC-TC-ATG-TTTT-TC---T--AGTG----AAAATTCTCATCTTT-T--ATTC-AATGGAACTAAACCTTACTAGT-ATAT-TC-AGCTGTTG-AAAA--TG-------------A-T-ATACAATTTA
gi|11 : GAACATGATG-ATTTCTAAG------GACATAAATCT-ATG-CAAAACATAATGT-TAC-AATC-AGTATTATGACATCA-CA-A-TCACT-------TG
gi|12 : tggtcttaGTTCTTTTCCATTC-------AAATGA-CCG-T-A-TATAT--GGAGCACATG--TCAC-------T--AAAATGTG--T-----TAAA---TA-TCTT---AA---AGAG-ATGCA--TCT-CTA
gi|13 : ---TCTT-TTA---AAAGTCA-T-GTAAAAACCAG-GGCGTTCGACATTCA-TTTCATCGA
gi|14 : aTT-TTA---AAAGTCG-T-GTAAAAACCAG-GA----CGAAATTCA-TTTTATTGAc
gi|15 : TT-TTA---AAAGTCA-C-ATAAAAACTAG-GG----GGATATTCA-TTTCATTGAct
gi|16 : TT-TTA---AAAGTCG-T-GTAAAAACCAG-GG----CGACATTCA-TTTTATTGAc
gi|17 : A---AAAGTCG-T-GTAAAAACCAG-GG----AGACATTCA-TTTTATTGAc
gi|2 : tgGAACATGATG-GTCC-TCAA------AATATAAAGCTAATGACAAAACATA---T-CACAAATC-AATA----ACCTTCA-CA-AATCAGT-------TGTTATT-T-CAC-TA-GTTCATTT-TCAACT--AACGT---AAAAATATCA--TTT-T--ATTCAAATGGA--TAAAACTAAC-AGT-AT-T-TTAA-CTATTGAAAAA--TG----TA-A-T-AAA-T-GTACAATATAAT--GCGTTCTTTTCCATTC-------AAATGACCCG-TAA-TATTTG-GAAACACAAG--TAAT--ATTTAT--AAAAGGTGT-T--TAATAAA---TA-TC-TTAAAA---AGAG-ATGAA--T-T-CTATAAAGT--ATGAAGG-------CTGAAA--TCTTTAATAT--CCCCGGTAACTT-TGCAAT-A-TAAA-AA-TATGGGG-GT--GAGAGAA-TTG-TTTAAAATATATTATG----ATAAATATTCAACTATTGC-ATATTGTTGGG--ACTTTTAGG-GTGC---ATTGG-TATGACGCCT-CAAACGCCCC--G--TAATAAAAGTTTCCTA----TCAAGACATGCTGATTT-T--TGTCA--AAACGACA-T-GAAAA--GCG-ACT-TT-A--TC--A-A-GTCG----CTTA-TT-T-G-GTTT-TAATGA-AAATTTCT-----GT-CTC-AA-A--AAT-GTTTCCT---TTT-AGC-TGAATA----ATC-CA-TC---T--AGTGA-GATCTTTT--G----TCG-ATC-CTACA-AACAAATAATCAT---TCTT-TTT---AAAGTCG-TGGCAAAAACAAG-GG----CGACATTCA-TTTCATTGAc
gi|3 : GAACATGATG-ATTC-AAAA------GATATAAAGCTA-TG-CAAAACATA--------AAAT--GACA----AC--TCAGTA-A-TCATT-------TGTCATT-T-CAC-TT-GTT-ATTT-TCAA-T--AAT-------AAATATTAT-TTT-TCAATTCAA-TGGA--TAAATATAAC--GC-AT-T----A-CTGTTGTAAA---TG----TA-A-TTAAA-T-GTA-AATATAAT--ACGTTCTTTTCCAT-C-------AAATGACC-----G-TATTTG-G-AGCACATG--TCATT-ATTGAT--AAAAGGTG--T--TAA-ATA---TA-TG-T---AA----GAG-ATGAA--T-TTCTAT-AGGT--AT--AGG-------CTG-AA--TCGTTAATAG--TCCTGGTATCTT-TGCAAACC-TACACAA-TGTGGGG-GT---AAATAA-TTG--TT-TAATATG-TATA----ATAAATAT---GCTATTGT-ATA-TGTTGGG----T---------------TTGG-TATG-CACCT---AACG-CCCG-G---AAT-AAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTTCT--TATCA--AAAC-ACG-T-ACAAA--GCG-A-T-TT-A--TC--A-A-G---------NN-NN-N-N-N-NN-NNNNNN-NNNNNNNN-----NN-NNN-NN-N--NNN-NNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNN---NNN-NN-NN---N--NNNNN-NNNNNNNN-NNN--NNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNC-ATCCT---T--T-TTA---AA--TCG-T-GCCAAAACCAGTGG----CGACATTAA-TCTATTTGA
gi|4 : atttta--TAATAAAAGTTTCCTA----TCA--ACATGC-GATTT----TATCA--AAACGACG-T-ACAAA--GCG-ATG-TT-AG-TA--A-A-GTCG----CTTACCT-T-G-G-TT-TAATGA-A---CTAT-----GT-CGCAAA-A--AAT-ATTTCC
gi|5 : cattcaattaatagactcgtattattgcgggaaactacgtgcattggtcagcttaatatctcagggctaggtttcaatattaatatctcttaaaaagattgattttgacatcgacctcattagcgttaatattaggcgttgacaaatcttttaatagccctctcgggttaacttatgcaatattgctcctaactctgaatgtgggaggggagtgggataaatgtttatattattcgacctacaaaatagcgaccaaacatgttatttgtatatgattgggatcttttaggtgtggggtgccgattaattttattgacttccaagaattcaggcccccccacttcaccaaaagccgacaactccatttgctatgataACATGATGCATAT-CAAA------GATATAAAGCTCATG-TCAATTATA---C-TG-AAATT-AATA----GTAATCA--G-A-TC--C-------TGCCATT-TACACATA-GTT-ATTT-TCAA----AAGGGTATAAAAATATAAT-TTT-T--ATTCAA-TGTG--TAAAATTA-C-AGTCAT-TATT-A-CTGTTGAAAA---TG----TACA-T-ACA-TTGTACA-TACAATTTATGTTCTTTTCCATTC-------ACATGACC-G-T-A-TATGTA-AGAGCACAAACATCATT-ATTTAT--AAAAGGTG--TATTAATAAAACGTAATC-T---AAGAAAGAGCATGGAATT-T-CAAA-ATGT--AT--AGGTAAGTATCTG-AA--TCTTTATCAA--TCCGGGTAATTT-TGCAAAGC-TAAACAACTGTACGG-GTCAGAGATAA-TTGTTTT-TAATATG-TATA----ATAGTAATT-GCCTATTGT-AT-TTGTTGGG--ACTT----GTTT-----AATGG-CACA----CT-CAAACGCTCCGCA--TAATAA
gi|6 : gatttcaatg----TCA--ACATGCAGATTTGT--TATAACTAACCTACGAT-ACAAAA-GCG-ATTCTT-AG-TC--ACA-GTCG----CTTA-GT-TCG-G-TT-AAATGA-AAG---AT-----GT-CGC-ATTATTAAT-GCTTCCT---TTT-GGCATGAACAC---ATAACACTC---T--AT-GA-GATCTTTT-CGTCCTTGACTTT-TTAAGCAACAAAT-GT-AT---TAGTATTA---TAAGTC--T-GCAAAAACCAG-GGC---CTACATTCATTTTCATTG
gi|7 : G-TATG-CACCC-CAAACGCTCCC-G--TAATAAAAGTTTCATA----TCA--ATATGC-GATTTGTTATATCA--GAACGACG-T-ACAAAGCGCG-ACT-TT-A--TC--A-A-G
gi|8 : --AAACGACT-TTACAAA--A-G-ACT-TTTAA-TA--A-AAGTCG----CATA-AT-T-GTA-TTATAATGA-AAATATGTACTACGT-CGA-AA-A--AAT-CTTTCTT---TTTTAGCATGAAAAGGGCATC-CA-TT---TGAATTGATGACTTTTT-CGT--TTCGCATCTTTACT-AACAAAT-ATCATATATTCT-TTG---AAAGTCG-T-GCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|9 : ttG-ATCT-CAAAACTGAAGGTACAAGG-TAA-G-TAAAGT-TA---T--ACAAAAT-ATTT----GACGTCA-CA-T-TCAGTAACATGACGTCACCAT-CAA-TT-ATT-ATTT-TCAC-T--AGTG----ATAA-TATAAT-TTC-T--ATTCAA-TGAA--TAAAA-TAGT--GT-AT-T-TC-A-CTGTTG-AAAA--TG----CA-A-T-CAATT-GTA