lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 44444444444444444444 1 111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 1111111 11 11 1 22222 1
lowQualScore : 88888 3 3 44 99 11111111111111111111 9 0 44 3 666666666 5 3 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3 8 555 3 666 6666666 33 2 33 3 7777777 11 0 5 11 00 7 3 5 4 33333 3 2 3
lowQualScore : ..... . . .. .. .................... . . .. . ......... . . . .................................................................................. . . . ... . ... ....... .. . .. . ....... .. . . .. .. . . . . ..... . . .
lowQualScore : 22222 3 3 66 33 11111111111111111111 5 8 77 2 000000000 5 2 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 6 444 1 222 5555555 99 9 99 6 7777777 11 2 7 22 11 1 1 9 8 11111 1 1 3
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATTCTCGT---ACATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAGTGGGACA---------AATATCCATCAC---TGCATAAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGCTGAATAAGNANNNACGNNAA--TACG-AATT---TA-GAGAGTA---AA-T----AAACA--C-ATGGAAT--TCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-GTCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( gi|2 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATTCTCGT---ACTTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGATTGGGACA---------AGTACTCGTCAC---TGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TACG-AACT---TA-GAGAGTA---AA-T----AAACA--C-ATGGAAT--TCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-ATCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATTCTCGT---TTATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAGTGGGACG---------AAAAGTCGTCAC---TGCA
gi|7 : ggTTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATTCTTGT---TCATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAGTGGtaagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|15 : aTTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATACTCGT---ACATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAGTGGGATA---------AACATCCATCAC---TGCAattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatacgaatttagagagtaaataaacacatggaatttctattatatcatgttattttgttggtcctaggtatcatatcctgaatattacttgcaaata
gi|3 : catcggTTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATTCTCAT---ACATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAGTGGGACG---------AATTCCCATAAT---TGCAtgagtga
gi|17 : ccggTTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATTCTCGT---ACATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgatacgaatttagagaataattaaatacatggaattccttttatatcgttggttgaaggtatcataaccaagatattacttgccaatatgacataaatgttgttttt
gi|13 : cggTTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATTCTCGT---ATATAG-T--GA------------C-TTGTTCCTGTGCGGGAATGAGACA---------AATATTCATCAC---TG
gi|5 : acgccggtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA----------ATTGA-----AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAGCGCGACA---------AATATCCATCACGCTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGA-TATG-AATT---TA-GAGAGTAATCAA-A----AAATA--C-ATGGAAT--TC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-GTCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcgtaagtgaatgtactcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA----------ATTGA-----AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAGCGCGACA---------AATATCCATCACGCTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGA--TATG-AATT---TA-GAGAGTAATCAA-A----AAATA--C-ATGGAAT--TC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-GTCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|4 : AGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACT--------GCTCAA----AA----CGAAA------TGTTTTCATGTGGGATTTGGACAGAAGTCACAAATACTCATCAC---TGCATAAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAAAGAATAACACAAAC-TA---AA-----TA-AAGAATA---AA-TTAAAAAATT--C-ATTGAAT--TCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-CTCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAga
gi|9 : gtAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA-------T---GCC------------GCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGcaaca
gi|8 : TAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT------------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAATGGAACN---------NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGTATGCAGGGT----------ATT---TA-GGAAGTG---GT-T----AAATG--T-ATGGAAC--TCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTGGATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAAatagctgatacactcataaagattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgatacgaatcgtgtaaaaagtaattaaacaccatggaatttctctttatgtcaagtctatatcgttgtgtcgttagatatcatatccaggatgtt
gi|11 : cggtttcggtgtacatgTATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATTCTCGTCCGAC--GG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAGT-GGACA---------AATATTCAT
gi|10 : ct--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAGCGCGACA---------AATATCCATCACGCTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGATATG-AATT---TA-GAGAGTAATCAA-A----AAATA--C-ATGGAAT--TC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-GTCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATacgtacctcataagtttctcacaccgaaaattgattgaaccccaaacagataagtgatacatacggaattcacaagagtaaaataaacaatcatgtaatgttcctattatatcacgtctatatcgtttgca
gi|1 : -TACG-AATT---TC-GAAAGTA---AA-T----AATCA--C-GTGGAAT--TCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-ATCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATga
gi|14 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataa-TACG-AATT---TA-GAGAGTA---AA-T----AAACA--C-ATGGAAT--TCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-GTCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATATctg
gi|7 : ataaactaagtaagtaa-TACG-AATT---TA-GAGAGTA---AA-T----AAACA--C-ATGGAAT--TTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-GTCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAgaca
gi|3 : atttcgcgatacatacgagtgacttccctttggagaattcttgttcatagctaaggcgcgaaagaatttgtttacatgcgggagtggattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaa-TACG-AATT---TA-GAGAATA---AT-T----AAATA--C-ATGGAAT--TCCTTT----T-ATAT--CGT-TG----GTTG-A-----AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|11 : ccggtttcgaaataggtacgaggtttcttccctttggataattctcatacatagtaaggtgcgaaagaagaaggtttacatgcaggagtgggacgaattcccataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtga-TACGGAATT---CACAAGAGTA---AAAT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTgacataaatgttgttttt
gi|9 : cttatgagtttatttccctttggagaattctcgtccgacggtacaaggcgcgaaagaattgtttacatgcgggagtggacaaatattcatacgtacctcataagtttctcacaccgaaaattgattgaaccccaaacagataagtgataca-TACG-AATCGTGTA-AAAAGTA---AT-T----AAACA--CCATGGAAT--TTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTGTCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TTtgca
gi|12 : agataagtccgagttgtcttaccttttggagatgccgcgaaataatttgtttacatgcgatagctgatacactcataaagattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtgaACG-AATT---TA-GAGGGTA---AT-T----AGATA--C-ATGAAAT--TCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-GTCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AA
gi|13 : aaatatccatcactgcatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaATT---TA-GGGAGTA---AT-T----AATTA--C-ATGAAAT--TCCTAT----T-ACAT
gi|16 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcactgcgtaagtgaatgtactcagtgaaaagt-T----AAACA--C-A-AGAGT--T-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-CTCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|18 : T-TATTTTGTTG-GTTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGTgacatt
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 22222
lowQualScore : 66666 3 3 44 3 4444444444444444444 0 33 3 999999999 33 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 33 555 2 2 000 777777777 33 2 33 2 5555 33 11 5 66 2 2 2 11111 2 0 3
lowQualScore : ..... . . .. . ................... . .. . ......... .. ............................................................................................... . .. ... . . ... ......... .. . .. . .... .. .. . .. . . . ..... . . .
lowQualScore : 77777 1 1 22 1 2222222222222222222 1 77 1 666666666 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 44 000 9 9 000 222222222 77 7 77 7 7777 55 33 3 00 9 9 9 44444 9 5 1
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT--CAC---TG-CA-T----------AAGTGAACGTACAGTTTCAT--CACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGTANNCACGNTA--A-TAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( family-908 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT--CAC---TG-CA-T----------AAGGGAACATACAGTTTCAT--CACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGCTGAATAAGNANNNACGNNA--A-TAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATT-CTCGTTT-ATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAG-TGGGACG---------AAAAGTCGT--CAC---TG-CA-T----------AAGTGAA
gi|1 : ggA--A-TAC-GAATT---TC-GAAAGT-A---A---AT----AATCA--C-GTGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-A-TCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|10 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT--CACGCTTG-TN-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGA-TAT-GAATT---TA-GAGAGT-A---ATCAAA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TAT--CGTTG-G-TCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATctg
gi|11 : TATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTCCGACGG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAG-T-GGACA---------AATATTCAT---ACG--TA-CC-T-----------------CATA-AGTTTC-TCACACCGAAAATTGATTGAACC-----C-CAAACAG-ATAAGT-GATAC------A-TACGGAATT---CACAAGAGTAA---A---AT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTga
gi|12 : ctA---------AATATCCAT--CAC---TG-CA-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGA--A--AC-GAATT---TA-GAGGGT-A---A---TT----AGATA--C-ATGAAA--TTCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-G-TCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AAtgca
gi|13 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATT-CTCGTAT-ATAG-T--------------GAC-TTGTTCCTGTGCGGGAA-TGAGACA---------AATATTCAT--CAC---TG-CG-T----------AAGTGAATGTAC
gi|13 : acgccggtTGCGTAAG-TGAAT--GTACTCA-GTGA--A--AA-GTATT---TA-GGGAGT-A---A---TT----AATTA--C-ATGAAA--TTCCTAT----T-ACATtcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|14 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcacATAAACTAAGTAAGTA-----------A-TAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATAT
gi|15 : TTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATA-CTCGTAC-ATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAG-TGGGATA---------AACATCCAT--CAC---TG-CA-T----------GAGTGAgaca
gi|16 : catcggT----AAACA--C-A-AGAG--TT-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-C-TCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|17 : TTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tgacatt
gi|18 : cggT-TATTTTGTTG-G-TTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGT
gi|2 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATT-CTCGTAC-TTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAT-TGGGACA---------AGTACTCGT--CAC---TG-TANN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-TAC-GAACT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-A-TCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATATgaca
gi|3 : TTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATT-CTCATAC-ATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAG-TGGGACG---------AATTCCCAT--AAT---TG-CA-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGA--------------------TAC-GAATT---TA-GAGAAT-A---A---TT----AAATA--C-ATGGAA--TTCCTTT----T-ATA-----------TCGTTG-G-TTGA-AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|4 : ccggAGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACTGCTCA------------AAA---CGAAA------TGTTTTCATGTGGGAT-TTGGACAGAAGTCACAAATACTCAT--CAC---TG-CA-T----------AAGGGAACATACAGTTTCAT--CACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAAAGAATAACACAA--ACTA---AA-----TA-AAGAAT-A---A---ATTAAAAAATT--C-ATTGAA--TTCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-C-TCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAgacataaatgttgttttt
gi|5 : gtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT--CACGCTTGTNN-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG--A-TAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcaaca
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT--CACGCTTG-TN-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG--A-TAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|7 : TTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTTGTTC-ATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGG--------------------ATTGCAN---NN-NN-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTA--A-TAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-G-TCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAga
gi|8 : aTAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT-----------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAA-TGGAACN---------NNNNNNNNN--NNN---NN-NN-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGTATGCAGGGTA-----------TT---TA-GGAAGT-G---G---TT----AAATG--T-ATGGAA--CTCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTG-GATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAA
gi|9 : cggtttcggtgtacatgAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA--------TGC-------------CGCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGATAGCTGATACACTCATA---AAGATTNNN--NNN---NN-NN-N----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTG--A-TAC-GAATCGTGTA-AAAAGT-A---A---TT----AAACA--CCATGGAA--TTTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTG-TCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111 22222
lowQualScore : 66666 3 3 44 3 4444444444444444444 0 33 3 999999999 888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 000 2 2 000 777777777 33 2 33 2 5555 33 11 5 66 2 2 2 11111 2 0 3
lowQualScore : ..... . . .. . ................... . .. . ......... ... .......................................................................................... . . ... . . ... ......... .. . .. . .... .. .. . .. . . . ..... . . .
lowQualScore : 77777 1 1 22 1 2222222222222222222 1 77 1 666666666 999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 000 9 9 000 222222222 77 7 77 7 7777 55 33 3 00 9 9 9 44444 9 5 1
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGTANGCAGGGTG-ATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( family-908 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTTTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGTANNCACGNTA-ATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATT-CTCGTTT-ATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAG-TGGGACG---------AAAAGTCGT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAA
gi|1 : ggTA-ATAC-GAATT---TC-GAAAGT-A---A---AT----AATCA--C-GTGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-A-TCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|10 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCTTGTN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG-ATAT-GAATT---TA-GAGAGT-A---ATCAAA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TAT--CGTTG-G-TCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATctg
gi|11 : TATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTCCGACGG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAG-T-GGACA---------AATATTCATACGTAC-----CT-CA-T---------AAGT-----T----TCTCA-CACCGAAAATTGATTGAACC-----C-CAAACAG-ATAAGT------GATACATACGGAATT---CACAAGAGTAA---A---AT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTga
gi|12 : ctA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTG-AAAC-GAATT---TA-GAGGGT-A---A---TT----AGATA--C-ATGAAA--TTCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-G-TCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AAtgca
gi|13 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATT-CTCGTAT-ATAG-T--------------GAC-TTGTTCCTGTGCGGGAA-TGAGACA---------AATATTCAT---CAC-----TG-CG-T---------AAGTGAATGTAC
gi|13 : acgccggtTGCGTAAG-TGAAT--GTACTCA--GTG-AAAA-GTATT---TA-GGGAGT-A---A---TT----AATTA--C-ATGAAA--TTCCTAT----T-ACATtcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|14 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcacTAAGTAAG-----TA-ATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATAT
gi|15 : ataaacTTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATA-CTCGTAC-ATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAG-TGGGATA---------AACATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------GAGTGAgaca
gi|16 : catcggT----AAACA--C-A-AGAG--TT-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-C-TCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|17 : TTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tgacatt
gi|18 : cggT-TATTTTGTTG-G-TTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGT
gi|2 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATT-CTCGTAC-TTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAT-TGGGACA---------AGTACTCGT---CAC-----TG-TANN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTAC-GAACT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-A-TCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATATgaca
gi|3 : TTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATT-CTCATAC-ATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAG-TGGGACG---------AATTCCCAT---AAT-----TG-CA-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGA------------------TAC-GAATT---TA-GAGAAT-A---A---TT----AAATA--C-ATGGAA--TTCCTTT----T-ATA-----------TCGTTG-G-TTGA-AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|4 : ccggAGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACTGCTCA------------AAA---CGAAA------TGTTTTCATGTGGGAT-TTGGACAGAAGTCACAAATACTCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAA------AGAATA-ACAC-AAACTAAATA-AAGAAT-A---A---ATTAAAAAATT--C-ATTGAA--TTCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-C-TCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAgacataaatgttgttttt
gi|5 : gtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TGTNN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG-ATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcaaca
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TG-TN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATG-ATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|7 : TTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTTGTTC-ATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGG--------------------ATTG-CAN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTA-ATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-G-TCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAga
gi|8 : aTAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT-----------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAA-TGGAACN---------NNNNNNNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGTATGCAGGGTA---------TT---TA-GGAAGT-G---G---TT----AAATG--T-ATGGAA--CTCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTG-GATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAA
gi|9 : cggtttcggtgtacatgAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA--------TGC-------------CGCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGATAGCTGATACACTCATA---AAGATTNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTG-ATAC-GAATCGTGTA-AAAAGT-A---A---TT----AAACA--CCATGGAA--TTTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTG-TCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111 22222
lowQualScore : 66666 3 3 44 3 4444444444444444444 0 33 3 999999999 888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 000 2 2 000 777777777 33 2 33 2 5555 33 11 5 66 2 2 2 11111 2 0 3
lowQualScore : ..... . . .. . ................... . .. . ......... ... ........................................................................................... . . ... . . ... ......... .. . .. . .... .. .. . .. . . . ..... . . .
lowQualScore : 77777 1 1 22 1 2222222222222222222 1 77 1 666666666 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 9 000 9 9 000 222222222 77 7 77 7 7777 55 33 3 00 9 9 9 44444 9 5 1
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ANGCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( family-908 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ANGCAGGGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATT-CTCGTTT-ATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAG-TGGGACG---------AAAAGTCGT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAA
gi|1 : ggTAATAC-GAATT---TC-GAAAGT-A---A---AT----AATCA--C-GTGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-A-TCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|10 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCTTGTN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-A---ATCAAA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TAT--CGTTG-G-TCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATctg
gi|11 : TATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTCCGACGG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAG-T-GGACA---------AATATTCATACGTAC-----CT-CA-T---------AAGT-----T----TCTCA-CACCGAAAATTGATTGAACC-----C-CAAACAG-ATAAGTGATAC------ATACGGAATT---CACAAGAGTAA---A---AT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTga
gi|12 : ctA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTGAAAC-GAATT---TA-GAGGGT-A---A---TT----AGATA--C-ATGAAA--TTCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-G-TCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AAtgca
gi|13 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATT-CTCGTAT-ATAG-T--------------GAC-TTGTTCCTGTGCGGGAA-TGAGACA---------AATATTCAT---CAC-----TG-CG-T---------AAGTGAATGTAC
gi|13 : acgccggtTGCGTAAG-TGAAT--GT-ACTCAG--TGAAAA-GTATT---TA-GGGAGT-A---A---TT----AATTA--C-ATGAAA--TTCCTAT----T-ACATtcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|14 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcacTAAGT-AAGTA-----ATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATAT
gi|15 : ataaacTTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATA-CTCGTAC-ATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAG-TGGGATA---------AACATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------GAGTGAgaca
gi|16 : catcggT----AAACA--C-A-AGAG--TT-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-C-TCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|17 : TTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tgacatt
gi|18 : cggT-TATTTTGTTG-G-TTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGT
gi|2 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATT-CTCGTAC-TTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAT-TGGGACA---------AGTACTCGT---CAC-----TG-TANN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTAC-GAACT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-A-TCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATATgaca
gi|3 : TTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATT-CTCATAC-ATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAG-TGGGACG---------AAT-TCC----------------CA-T---------AATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----------GATAC-GAATT---TA-GAGAAT-A---A---TT----AAATA--C-ATGGAA--TTCCTTT----T-ATA-----------TCGTTG-G-TTGA-AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|4 : ccggAGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACTGCTCA------------AAA---CGAAA------TGTTTTCATGTGGGAT-TTGGACAGAAGTCACAAATACTCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAA-------AGAATAACAC-AAACTAAATA-AAGAAT-A---A---ATTAAAAAATT--C-ATTGAA--TTCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-C-TCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAgacataaatgttgttttt
gi|5 : gtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TGTNN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcaaca
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TG-TN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|7 : TTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTTGTTC-ATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGG--------------------ATTG-CAN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-G-TCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAga
gi|8 : aTAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT-----------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAA-TGGAACN---------NNNNNNNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGT-ATGCAGGGT--------ATT---TA-GGAAGT-G---G---TT----AAATG--T-ATGGAA--CTCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTG-GATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAA
gi|9 : cggtttcggtgtacatgAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA--------TGC-------------CGCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGATAGCTGATACACTCATA---AAGATTNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNAGTGATAC-GAATCGTGTA-AAAAGT-A---A---TT----AAACA--CCATGGAA--TTTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTG-TCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111 22222
lowQualScore : 66666 3 3 44 3 4444444444444444444 0 33 3 999999999 888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 000 2 2 000 777777777 33 2 33 2 5555 33 11 5 66 2 2 2 11111 2 0 3
lowQualScore : ..... . . .. . ................... . .. . ......... ... ........................................................................................... . . ... . . ... ......... .. . .. . .... .. .. . .. . . . ..... . . .
lowQualScore : 77777 1 1 22 1 2222222222222222222 1 77 1 666666666 999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 9 000 9 9 000 222222222 77 7 77 7 7777 55 33 3 00 9 9 9 44444 9 5 1
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( family-908 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ANGCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATT-CTCGTTT-ATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAG-TGGGACG---------AAAAGTCGT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAA
gi|1 : ggTAATAC-GAATT---TC-GAAAGT-A---A---AT----AATCA--C-GTGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-A-TCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|10 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCTTGTN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-A---ATCAAA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TAT--CGTTG-G-TCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATctg
gi|11 : TATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTCCGACGG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAG-T-GGACA---------AATATTCATACGTAC-----CT-CA-T---------AAGT-----T----TCTCA-CACCGAAAATTGATTGAACC-----C-CAAACAG-ATAAGTGATAC------ATACGGAATT---CACAAGAGTAA---A---AT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTga
gi|12 : ctA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTGAAAC-GAATT---TA-GAGGGT-A---A---TT----AGATA--C-ATGAAA--TTCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-G-TCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AAtgca
gi|13 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATT-CTCGTAT-ATAG-T--------------GAC-TTGTTCCTGTGCGGGAA-TGAGACA---------AATATTCAT---CAC-----TG-CG-T---------AAGTGAATGTAC
gi|13 : acgccggtTGCGTAAG-TGAAT--GT-ACTCAG--TGAAAA-GTATT---TA-GGGAGT-A---A---TT----AATTA--C-ATGAAA--TTCCTAT----T-ACATtcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|14 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcacTAAGT-A-----AGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATAT
gi|15 : ataaacTTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATA-CTCGTAC-ATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAG-TGGGATA---------AACATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------GAGTGAgaca
gi|16 : catcggT----AAACA--C-A-AGAG--TT-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-C-TCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|17 : TTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tgacatt
gi|18 : cggT-TATTTTGTTG-G-TTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGT
gi|2 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATT-CTCGTAC-TTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAT-TGGGACA---------AGTACTCGT---CAC-----TG-TANN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTAC-GAACT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-A-TCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATATgaca
gi|3 : TTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATT-CTCATAC-ATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAG-TGGGACG---------AAT-TCC----------------CA-T---------AATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----------GATAC-GAATT---TA-GAGAAT-A---A---TT----AAATA--C-ATGGAA--TTCCTTT----T-ATA-----------TCGTTG-G-TTGA-AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|4 : ccggAGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACTGCTCA------------AAA---CGAAA------TGTTTTCATGTGGGAT-TTGGACAGAAGTCACAAATACTCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAA-------AGAATAACAC-AAACTAAATA-AAGAAT-A---A---ATTAAAAAATT--C-ATTGAA--TTCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-C-TCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAgacataaatgttgttttt
gi|5 : gtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TGTNN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcaaca
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TG-TN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|7 : TTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTTGTTC-ATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGG--------------------ATTG-CAN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-G-TCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAga
gi|8 : aTAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT-----------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAA-TGGAACN---------NNNNNNNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGT-ATGCAGGGT--------ATT---TA-GGAAGT-G---G---TT----AAATG--T-ATGGAA--CTCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTG-GATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAA
gi|9 : cggtttcggtgtacatgAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA--------TGC-------------CGCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGATAGCTGATACACTCATA---AAGATTNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNAGTGATAC-GAATCGTGTA-AAAAGT-A---A---TT----AAACA--CCATGGAA--TTTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTG-TCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111 22222
lowQualScore : 66666 3 3 44 3 4444444444444444444 0 33 3 999999999 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 000 2 2 000 777777777 33 2 33 2 5555 33 11 5 66 2 2 2 11111 2 0 3
lowQualScore : ..... . . .. . ................... . .. . ......... ... ........................................................................................... . . ... . . ... ......... .. . .. . .... .. .. . .. . . . ..... . . .
lowQualScore : 77777 1 1 22 1 2222222222222222222 1 77 1 666666666 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 9 000 9 9 000 222222222 77 7 77 7 7777 55 33 3 00 9 9 9 44444 9 5 1
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( family-908 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATT-CTCGTTT-ATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAG-TGGGACG---------AAAAGTCGT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAA
gi|1 : ggTAATAC-GAATT---TC-GAAAGT-A---A---AT----AATCA--C-GTGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-A-TCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|10 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCTTGTN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-A---ATCAAA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TAT--CGTTG-G-TCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATctg
gi|11 : TATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTCCGACGG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAG-T-GGACA---------AATATTCATACGTAC-----CT-CA-T---------AAGT-----T----TCTCA-CACCGAAAATTGATTGAACC-----C-CAAACAG-ATAAGTGATAC------ATACGGAATT---CACAAGAGTAA---A---AT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTga
gi|12 : ctA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTGAAAC-GAATT---TA-GAGGGT-A---A---TT----AGATA--C-ATGAAA--TTCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-G-TCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AAtgca
gi|13 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATT-CTCGTAT-ATAG-T--------------GAC-TTGTTCCTGTGCGGGAA-TGAGACA---------AATATTCAT---CAC-----TG-CG-T---------AAGTGAATGTAC
gi|13 : acgccggtTGCGTAAG-TGAAT--GT-ACTCAG--TGAAAA-GTATT---TA-GGGAGT-A---A---TT----AATTA--C-ATGAAA--TTCCTAT----T-ACATtcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|14 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcacTAAGT-A-----AGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATAT
gi|15 : ataaacTTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATA-CTCGTAC-ATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAG-TGGGATA---------AACATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------GAGTGAgaca
gi|16 : catcggT----AAACA--C-A-AGAG--TT-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-C-TCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|17 : TTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tgacatt
gi|18 : cggT-TATTTTGTTG-G-TTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGT
gi|2 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATT-CTCGTAC-TTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAT-TGGGACA---------AGTACTCGT---CAC-----TG-TANN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTAC-GAACT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-A-TCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATATgaca
gi|3 : TTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATT-CTCATAC-ATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAG-TGGGACG---------AAT-TCC----------------CA-T---------AATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----------GATAC-GAATT---TA-GAGAAT-A---A---TT----AAATA--C-ATGGAA--TTCCTTT----T-ATA-----------TCGTTG-G-TTGA-AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|4 : ccggAGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACTGCTCA------------AAA---CGAAA------TGTTTTCATGTGGGAT-TTGGACAGAAGTCACAAATACTCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAA-------AGAATAACAC-AAACTAAATA-AAGAAT-A---A---ATTAAAAAATT--C-ATTGAA--TTCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-C-TCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAgacataaatgttgttttt
gi|5 : gtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TGTNN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcaaca
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TG-TN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|7 : TTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTTGTTC-ATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGG--------------------ATTG-CAN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-G-TCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAga
gi|8 : aTAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT-----------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAA-TGGAACN---------NNNNNNNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGT-ATGCAGGGT--------ATT---TA-GGAAGT-G---G---TT----AAATG--T-ATGGAA--CTCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTG-GATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAA
gi|9 : cggtttcggtgtacatgAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA--------TGC-------------CGCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGATAGCTGATACACTCATA---AAGATTNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNAGTGATAC-GAATCGTGTA-AAAAGT-A---A---TT----AAACA--CCATGGAA--TTTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTG-TCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TT
blockSeqs : ATACT G T TA A TTCTCGTCCGACGGTAC GA C GAAGTCACA ACG TGCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG G AAA C A ATC ATTAAA AT C TG C ATTA TA CG C TA T A T TACCG T A
blockSeqs : ATACT . . . . TTCTTGTTCATAGCT T . CTCATA TG GCTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . GTG . . ATC TCAAA . . . C . A CG C TA . . . TACCG . .
blockSeqs : . . . . . TTCTCGTATATAGT C . . . GCTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . AT . . . C . A CC . TT . . . TACCG . .
blockSeqs : . . . . . TACTCGTACATCGT A . . . TGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . TT . . . C . A CA . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTCTCGTACATAGT T . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . . . TT . . . C . A CG . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTCTCGTACTTAGT T . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGTATGCAGGG . . . . . AT . . . C . A CG . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTCTCATACATAGT T . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG . . . . . AT . . . T . A TG . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CTGCTCA T . . . TGCATAAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAAAGAA . . . . . TT . . . C . A CA . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATTGA T . . . CATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT . . . . . AA . . . C . A AG . GT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ATTGA T . . . CTCATAAGTTTCTCACACCGAAAATTGATTGAACCCCAAACAGATAAGTGATAC . . . . . AA . . . C . A . . TA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TGC T . . . . . . . . AT . . . . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
finalCons : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111 22222
lowQualScore : 66666 3 3 44 3 4444444444444444444 0 33 3 999999999 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 000 2 2 000 777777777 33 2 33 2 5555 33 11 5 66 2 2 2 11111 2 0 3
lowQualScore : ..... . . .. . ................... . .. . ......... ... ........................................................................................... . . ... . . ... ......... .. . .. . .... .. .. . .. . . . ..... . . .
lowQualScore : 77777 1 1 22 1 2222222222222222222 1 77 1 666666666 999 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 9 000 9 9 000 222222222 77 7 77 7 7777 55 33 3 00 9 9 9 44444 9 5 1
consensus : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
Reference ( family-908 ) : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGGGACA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAACGTACAGTCTCATCACCNAAANTCGACTGAACCAGATGCGCAAGCTGAATAAGT-ATNCAGAGTGATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGGTATCATATCCAGGA-----TA-TTACTTGC-AAATAT
gi|1 : TTTTGAGATAC-----GTACGGG-TT-ATTC--CCCAT-TGGAGAATT-CTCGTTT-ATAG-T--AAGGCACGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGAAG-TGGGACG---------AAAAGTCGT---CAC-----TG-CA-T---------AAGTGAA
gi|1 : ggTAATAC-GAATT---TC-GAAAGT-A---A---AT----AATCA--C-GTGGAA--TTCCTAT----T-ATATCACGT-TACTTCGTTG-A-TCGT-AGGTATCATATCCAGGG-----TA-TTATTTGC-AAATttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataatacgaatttcgaaagtaaataatcacgtggaattcctattatatcacgttacttcgttgatcgtaggtatcatatccagggtattatttgcaaatctg
gi|10 : ggttttgagatacgtacgggttattccccattggagaattctcgtttatagtaaggcacgaaagaatttgtttacatgcggaagtgggacgaaaagtcgtcactgcataagtgaattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCTTGTN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-A---ATCAAA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TAT--CGTTG-G-TCGT-GGATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGCAAAATATctg
gi|11 : TATGAG-TTTATTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTCGTCCGACGG-TACAAGGCGCGAAAGAA--TTGTTTACATGCGGGAG-T-GGACA---------AATATTCATACGTAC-----CT-CA-T---------AAGT-----T----TCTCA-CACCGAAAATTGATTGAACC-----C-CAAACAG-ATAAGTGATAC------ATACGGAATT---CACAAGAGTAA---A---AT----AAACAATC-ATGTAATGTTCCTAT----T-ATATCACGTCTATATCGTTga
gi|12 : ctA---------AATATCCAT---CAC-----TG-CA-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTGAAAC-GAATT---TA-GAGGGT-A---A---TT----AGATA--C-ATGAAA--TTCCTTT----T-ATATCACGT-TATATCGTTG-G-TCTT-AGGTATCATATTCAGGA-----TA-CTACTTGC-AAtgca
gi|13 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTG--CCCTT-TGTATAATT-CTCGTAT-ATAG-T--------------GAC-TTGTTCCTGTGCGGGAA-TGAGACA---------AATATTCAT---CAC-----TG-CG-T---------AAGTGAATGTAC
gi|13 : acgccggtTGCGTAAG-TGAAT--GT-ACTCAG--TGAAAA-GTATT---TA-GGGAGT-A---A---TT----AATTA--C-ATGAAA--TTCCTAT----T-ACATtcagtgaaaagtatttagggagtaattaattacatgaaattcctattacat
gi|14 : acgccggttttcgagatacgtacgagttattgccctttgtataattctcgtatatagtgacttgttcctgtgcgggaatgagacaaatattcatcacTAAGT-A-----AGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTATATTAT-ATATCACCT-TATTTCGTTG-G-TCGT-AGATATTATATCCAGGA-----TG-TTACTTGC-AAATAT
gi|15 : ataaacTTTTGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTTATAGAGAATA-CTCGTAC-ATCG-T--AGGGCGCGAAAAAAA-TTGTTCACCTGCAGGAG-TGGGATA---------AACATCCAT---CAC-----TG-CA-T---------GAGTGAgaca
gi|16 : catcggT----AAACA--C-A-AGAG--TT-----------ATATCCCAT-TATTTCATTG-C-TCAT-ACATACCACATGTAGGA-----TATTTACTTGC-AAATAT
gi|17 : TTTCGAGATAC-----GTAAAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAATT-CTCGTAC-ATAG-T--AAGGCGCTAAAGAAT-Tgacatt
gi|18 : cggT-TATTTTGTTG-G-TTGC-AGGTATCATATCTGGAA-----TA-ATACTTGC-AAATGT
gi|2 : TTTCGAGATAC-----GTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-CGGAGAATT-CTCGTAC-TTAG-T--AAGGTGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAT-TGGGACA---------AGTACTCGT---CAC-----TG-TANN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNTAC-GAACT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTCCTAT----C-ATATCACGT-TATTTCGTTG-A-TCAT-AGTTATCACATCCAGGA-----TA-TTACATGC-AAATATgaca
gi|3 : TTTCGAAATAG-----GTACGAGGTT-TCTT--CCCTT-TGGATAATT-CTCATAC-ATAG-T--AAGGTGCGAAAGAAGAAGGTTTACATGCAGGAG-TGGGACG---------AAT-TCC----------------CA-T---------AATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT----------GATAC-GAATT---TA-GAGAAT-A---A---TT----AAATA--C-ATGGAA--TTCCTTT----T-ATA-----------TCGTTG-G-TTGA-AGGTATCATAACCAAGA-----TA-TTACTTGC-CAATAT
gi|4 : ccggAGATAC-----GTCAGAG-TT-ACTT--CCCTT-TATAGAACTGCTCA------------AAA---CGAAA------TGTTTTCATGTGGGAT-TTGGACAGAAGTCACAAATACTCAT---CAC-----TG-CA-T---------AAGGGAACATACAGTTTCATCACCTAAATTCGACTGAATCAGATACACAAGTTAAATAA-------AGAATAACAC-AAACTAAATA-AAGAAT-A---A---ATTAAAAAATT--C-ATTGAA--TTCTTAT----T-ATATCACGT-TATTTTGTTG-C-TCGT-ATGTATCTTATCTAGGA-----TA-TTATATGC-AAATAgacataaatgttgttttt
gi|5 : gtTCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TGTNN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATcaaca
gi|6 : TCGAGATACATACTGTACGAG-TT-ATTT--CCCTT-TGAAGAA-----------ATTG-A--AAGGCGCGAAAGAAT-TTCTTTACATGTGGGAG-CGCGACA---------AATATCCAT---CACGCT--TG-TN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATGATAT-GAATT---TA-GAGAGT-AATCA---AA----AAATA--C-ATGGAA--TTC--AT----T---------T-TA--TCGTTG-G-TCGT--GATATCATATCGAGGATACCGTA-TTACGTGC-AAATATga
gi|7 : TTTCGCGATAC-----ATACGAG-TG-ACTT--CCCTT-TGGAGAATT-CTTGTTC-ATAGCT--AAGGCGCGAAAGAAT-TTGTTTACATGCGGGAG-TGG--------------------ATTG-CAN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGTAATAC-GAATT---TA-GAGAGT-A---A---AT----AAACA--C-ATGGAA--TTTCTAT----T-ATATCATGT-TATTTTGTTG-G-TCCT-AGGTATCATATCCTGAA-----TA-TTACTTGC-AAATAga
gi|8 : aTAC-----GTCCAAG-TT-ATTT--CCCTT-TGGAAAATT-----------------AAGA-GCAAAACAAT-TAGTTCACATGTGGGAA-TGGAACN---------NNNNNNNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAATAAGT-ATGCAGGGT--------ATT---TA-GGAAGT-G---G---TT----AAATG--T-ATGGAA--CTCCTAT----A-ATCTTACAT-TAGTTCTTTG-GATTGT-ACGTATCATATCCAGGA-----TA-TTATTTGC-AAA
gi|9 : cggtttcggtgtacatgAGATAA-----GTCCGAG-TT-GTCTTACCTTT-TGGAGA--------TGC-------------CGCGAAATAAT-TTGTTTACATGCGATAGCTGATACACTCATA---AAGATTNNN---NNN-----NN-NN-N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNAGTGATAC-GAATCGTGTA-AAAAGT-A---A---TT----AAACA--CCATGGAA--TTTCTCT----TTATGTCAAGTCTATATCGTTGTG-TCGTTAGATATCATATCCAGGA-----TG-TT