lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 111111111 1111111111 222222222222222222 8888888888888888888888888888888 11111111 1111 11111 11111 22222222 33333333333333333333333333333333333 111 2222222222222 1111111111 444444 22222222222 333333333333333333333333333333 2222222222 1 1 11
lowQualScore : 11 8 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 0 6666666 4 4 3 6 0000000000000000000000000000000000 00000000 5 0 555 2 555 666666666 2 2222222222 2 666 4444 3 44 6666 3 000000000000000000 55 4 4 55 3333333333333333333333333333333 4 4 4 55 44444444 7777 3 3 3 999999 44 1 999999 3 3 3 3 6 3 3 3 3 3 0000 3 6 3 44 66666 44 6 66666 3 33333333 7777 66666666666666666666666666666666666 555 33 3 3 55 3 55 55 5555555555555 777 5555555555 66 0 888 5 444444 66 66 9 11111111111 5 666666666666666666666666666666 6 6 6 4444444444 6 0 33 0 3 33
lowQualScore : .. . . ............................................................. .. . ....... . . . . .................................. ........ . . ... . ... ......... . .......... . ... .... . .. .... . .................. .. . . .. ............................... . . . .. ........ .... . . . ...... .. . ...... . . . . . . . . . . .... . . . .. ..... .. . ..... . ........ .... ................................... ... .. . . .. . .. .. ............. ... .......... .. . ... . ...... .. .. . ........... . .............................. . . . .......... . . .. . . ..
lowQualScore : 00 0 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 8 2222222 0 0 6 6 5555555555555555555555555555555555 44444444 0 1 000 9 000 444444444 9 5555555555 9 999 7777 1 22 5555 1 555555555555555555 00 0 0 55 6666666666666666666666666666666 0 0 0 55 99999999 1111 3 3 3 666666 66 7 666666 3 3 3 3 2 1 1 1 1 1 8888 1 2 1 22 66666 88 2 99999 3 00000000 1111 66666666666666666666666666666666666 000 88 3 3 00 1 00 00 7777777777777 000 9999999999 99 8 888 0 000000 99 99 6 88888888888 7 000000000000000000000000000000 7 7 7 7777777777 7 0 55 0 2 88
consensus : AACAACAC--GGG-TCTT-TGTAT----TTTCT--------CAAGA--A-----------------A----------------TTA--GGCGG-------AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-CA-----------TG-A---CA-CACA--------AGTATCTG---GTA-TC---ACA--------T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT--A-----C----TCAA-TT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATCGG--A-NAA-GTA-TAGTTCT--N--CT-CTT----A--TCAT----GAGT------T----CTC----A-------ACT-TA-GCATTTTG---ATATG-CG-ATTG-GGA--ATAATATA--CA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTA---A-ACG-----TGAAT--TG--GATGCGTTTT----A-TCAG-TC-TTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGTA----T-CG-AA-GTT--GGNC-GT-A-TGATTT-CCTCAAAT-ATCAA--CTGAAC
Reference ( gi|4 ) : AACAATAC--GGG-TCTT-TGT------TTTCT--------CAAGA--G-----------------A----------------TTA--GACGG-------AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-CA-----------TGTA---TA-CACA--------AGTATCTG---GTA-TT---ACA--------T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT--G-----C----TCAA-TT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATCGG--A-AAG-GTA-TAGTTCT--G--CT-CTA----A--TCAT----GAGT------T----TTC----A-------ACT-TA-ACATTTTG---ATATG-CG-ATTG-GGA--ATGATATA--CA--CGA------------AC---T---T------CGA--ACTA---A-ACG----ATGAAT--TG--GATGCGTTTT----A-TCA--TC-TTG---TA---ACAC-AT---ACA-TGCA----T-CG-AA-GTT--AGCT-GC-A-TGATTT-CCTCAAAT-ATCAA--CTGAAC
gi|7 : AACAACAC--GGGGTCTT-TGTAT----TTTCT--------CAAGA--G-----------------AGATTCCTTGGAATCAATTA--GGCGG-------AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTA-TC---ACA--------T-GCC----------ATGT-G----AG--T-AT-TTCA----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAGGA--------------T-T--------------A-TC-T-AT-CAAGC---A-----C----TCAA-TT-TAAA------A--TCA------TGTCT-GCCTCT-GTC-CAACAA-CT-AT-C-GA-AG-----TTGA-CGAACT-TTAATCGG--A-TAA-GTA-TA-TTCT--T--CT-CTT----A--TCAT-----AAT------T----CTC-------------------ACATTTTG---AT-TG-CG-ATTG-GGA--A-AAAATA--CA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAA---A-AC-----CTGAAT--TG--GATGTGTTTT----A-TCAG-TC-TTG---CA---
gi|9 : cagacAACAACAC--GGG-TCTT-TGTATTTTGTTTCT---------AAGA--ATCAATTCCTTGGAAATCA----------------TTA--G-CGG-------AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-CA-----------C--A---CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTA-TC---ACG--------T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT--A-----C----TAAA-TT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTTT-GTC-CTA-AA-CT-AT-C-GA-AG----ATTGA-C-AACT-T--ACCGGATA-AAA-GTA-TAGTTCT--T--CT-CTT----ATTTCAT----GAGT------T----CTC----A-------AAC-TATGTAATTTG---ATATT-C--ATTG-GGA--ATAATATA--CA--CAG------------AC---T---T------Ctac
gi|8 : aaacAACAACAC--GGG-TCTT-TGTATTTTGTTTCT---------AAGA--ATCAATTCCTTGGAAATCA----------------TTA--G-CGG-------AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-CA-----------C--A---CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTA-TC---ACG--------T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT--A-----C----TAAA-TT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTTT-GTC-CTA-AA-CT-AT-C-GA-AG----ATTGA-C-AACT-T--ACCGGATA-AAA-GTA-TAGTTCT--T--CT-CTT----ATTTCAT----GAGT------T----CTC----A-------AAC-TATGTAATTTG---ATATT-C--ATTG-GGA--ATAATATA--CA--CAG------------AC---T---T------Cc
gi|1 : aaacAACAATAC--GG--TCTT-CGTG-----TTTCT--------CAAGA--A-----------------AGAA-------------TTA--GACGG-------AGC-GTGA-AATTTACG--GACTG-TA-CA-----------TGTA----A-CACA--------AGT-TCTG---GTA-TTCATACA--------TTGCC----------ACGTTGC--GAAGTT-AA-T--------C-CG------------------ACCTG--TCT-TCTACAAAATACAAAGA--------------A-T--------------A-TC-TAATTCA--CTTTG-----TCATATCAAATT-T-GG------A--TTAATGATATGTCT-C-ATGA-GTC-TAA-AA-CTGAT-CTGA-AGGT--TTTAAAC-AATT-T--ATCGG--A-AAG-GTA-TAGTTCTTAGATCT-CTA----AT-TCATATGCGAGT------T----TAC----ACTATAACACT-TA-ACATTTTG---ATATGTCG-ATTGTGGAGGAGGATAAAATCAAGCAA------------AA---TGTCT------CGATGACTA---A-CTGCAGTATGGAT--CGCCGAT---TTTTTCCAA-TCA--TT-CTT---TAC--ACACTAT---ACA-T-CATTATT-CGTAA-GTA--GGCG-TCGA-TGATTTCCCTCAAATAATCAAGCCTGCACc
gi|2 : cAATACAGGGG-TCTTGTGT------TTTCCTTCAGATGCAAGAC-A-----------------A----------------TTAAGGATGGCGAGTATAGCAG-GACTATTAACGCAA--TGGTA-GAGAATTCGTGAGTGTAAGCCA-CACACTGCTCACAGTATCTG---GTA-TT---CCAGTCATACCT-GCCGCGCCTAACGACGT-TCTAGAG--TGAA-T--AACAGCC-TG----TGAGCCCAATAGTTACCTGGTTCT-AGT--AAAA--CAA-GG--------------A-T--------------A-TCCTAAT-CA---T--GAGAGCT----TCAA-CCAT-AGTTACGCA--TTA------TGTCT-G-CTCTTGTC-CAA-AAACT-AT-C-GG-AGGAGGTTTGA-CCAACTGT--ATCAGGAA-AAGAGTAATAGTTCTT-G--CT-CTACCAAA--TC-T----GAGTGCAACTT----TTC----A-------ACT-AT-ACATTTTG---AAATG-CGTATTG-
gi|15 : -TAT------TTCCT--------TGAAATCA-----------------A----------------TTT--GGTAG-------TGC-G-GA-TATTTACC--A--TC-TA-C------------TG-A---TA-CATT--------AGTG-CGG---ATATTT---GCA--------T--CT----------ACAT-AC--ATG--T-Atttgagtgacaagagacaca
gi|5 : ggaaagaaa-----------------A----------------TTA--GGCGG-------AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TA-CA-----------T-------A-CACA--------AGTATATGCAGGTA-TC---ACA--------T-GCC-----------CGT-GC--TAG--T-AA-T--A----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGC-AAAAA--CAAGAG--------------A-TTTGCTTTGGAATATA-TC-TAGT-CA--CT--A-----C----TCAA-TT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTTT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-G--ATCGG--T-TAA-GTA-TAGTTCT--T--CT-CTT----A--TCAT----AAGT------T----CTC----A-------ACTATA-TAATTTTG---ATATT-CG-ATTG-CGA--ATAATATA--CA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAA---A-AC------TGAAT--TG--GATG------------------C-TTG---T------AC-AC---ACA-T--A----T-CG-AA-GTT--GGGC-GT-A-TGATCT-CCTAAAAT-ATCAA--CTGAtgtggtatcacaatttccacg
gi|10 : ttgtattttctcaagaacaattccttggaatca-----------------A----------------TTA--GGCGG-------AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTA-TC---ACA--------T-GCC----------AAGT-GT--GAG--T-AT-T--A----CC-TG----T-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-TT-------------A-TC-TAAT-CA--GC--A-----C----TCAA-TT-T-AA------A--TCA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATCGG--A-TAA-GTA-TAGTTCT--T--CT-CT-----A--TCAT----AAGT------T----CTC----A-------AC---A---ATTTTG---ATATG-CG-ATTG-GGA--ATAATATA--CA--tg
gi|6 : ccttggaatcaC-G-GA-TATT-ACG--A--TG-TAGCC-----------TGTA---TATCACA--------A-TATCTG---GTA-TT---ATC--------T-GCC----------ACGT-GC--GAG----AA-T--A----CCGTG----T-------------AC-TG--TCTAGGT-CAAAA--TCAAAG--------------A-T--------------AGTC-TAAT-C---CT--G-----C----TCAA-TT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTCGCAATAA-CT-ATGC-GACAG----TTTGA-C-AACT-T--ATCGG--A-AAG-GTA-TAGTTCT--G--GTCCTA----A--TCAT----GA-T------T----TTC----A-------ACTATA-GCATTTTG---ATAT--CG-ATTG-GGA--ATGCAATA--CA--CAG------------AC---T---T-------GA--ACTA---AGAC------TGAATCGTG--GATGCGTTTT----T-ACA--TT-CTG---TAGC-ACAC-AT---ACATTGCAG---T-CG-AACGTTTAGGCTGGC-ATTGATTT-CCTC-AAT-A-CAA--CTGA
gi|3 : -G-GA-TATT-ACG--A--TC-TA-CT-----------TG--------CACA--------TATATCTC---GTA-TC---ACAAT------T-TCC----------ACGC-GT--GAG--T-A--T--A----TC-TG----T-------------TCTTC--TCT-TTT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTACGATTA-T--------------A-TC-TACT-CA--CT--A-----C----TCAA-TT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-TTCT-GTC-CTA-AA-AT-AT-C-GA-AG----TTTGT-C-AAAT-T--ACCG-----------------TGT--G--TT-CTT----A--TCAT----GCGTTCAGA-T----TTT----ACAC----ACT-CATATATTTTA---ATATG-TA-ACTG-AGA--ATATTGTG--AA--CGATTTATTTGGTATAC---T---TTATCTACGA--ACAA---A-ATG------GAAT--TG--GATGCGCATT----C-CCA--TTATTG---T------AT-AT---ACT-CATA----T-CG-AA-GTA--GGAC-AT-A-TGACTT-CAATATAT-ATCAA--ATGA
gi|14 : aaaatatttccttgaaatacatgaggtagtagA-TATTTACG--A--TG-TA---------------------TA-CACA--------AG-ATCAG---GTA-TC---ACA--------T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AAAT--A----CC-TG----T-------------A-CTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAAG--------------ATT--------------A-TC-TAAT-CA--CT--A-----C----TCAA-TT-T-AG------A--TTA------CGTCT-G-CTCC-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-CA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATCGG--A-TAA-GTA-TAGTTtaca
gi|5 : ACA--------GGTA-CAG---GTA-TT---AC---------T-AGC----------ACGG-GC--ATG--T-GA-T--A----CC-TGCATAT-------------ACTTG--T
gi|9 : ttgtattttctcaagaacaattccttggaatcaattaggcggagcggatatttatgatgtacatacACA--------GGTA-CAG---GTA-TT---ACT--------C-GCC----------ACGT-G-----------A-T--A----CC-TG----C-------------Acttgcaaaaacaagagatttgctttggaatatatctagtcactactcaatttagattatgtctgctttgtccaaaactatcgaagtttgacaactgatcggttaagtatagttcttctcttatcataagttctcaactatataattttgatattcgattgcgaataatatacacggacttcgaacaaaactgaattggatgcttgtacacacatatcgaagttgggcgtatgatctcctaaaatatcaactgatg
gi|8 : aaacaacaacacgggtctttgtattttgtttctaagaatcaattccttggaaatcattagcggagcggatatttatgatgttcacacacaaagtatcACA--------GGTA-CAG---GTA-TT---ACT--------C-GCC----------ACGT-G-----------A-T--A----CC-TG----C-------------Acttgtcaaaacaaaggatttgctttcgaaatatctaatcactactaaattttgattgtctgctttgtcctaaactatcgaagattgacaacttaccggataaaagtatagttcttctcttatttcatgagttctcaaactatgtaatttgatattcattgggaataatatacacagacttcc
gi|12 : aaacaacaacacgggtctttgtattttgtttctaagaatcaattccttggaaatcattagcggagcggatatttatgatgttcacacacaaagtatcT--A-----C----TCAA-TT-G-AG------A--TTA------TGTTT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AA----TTTGA-C-AACT-T--ATCGA--A-TAA-GTA-TAGTTCT--A--CT-CTT----A--TCAT----GAAT------T----CTC----A-------ACT-AT-ATATTTTGAT-ATATG-CG-ATTG-GGA--ATAATATA--CA--CAT------------AC---T---T------CGA--AATG---A-AC------TGAAT--TG--GATGAGTTTT----A-TCAG-TC-TTG---TATATACAT-GT---ACA-CATA----T-CG-AA-ATT--GGTC-GT-A-TGATcttgtcaaaacaaaggatttgctttcgaaatatctaatcactactaaattttgattgtctgctttgtcctaaactatcgaagattgacaacttaccggataaaagtatagttcttctcttatttcatgagttctcaaactatgtaatttgatattcattgggaataatatacacagacttcc
gi|11 : T--A-----C----TCAA-TT-G-AG------AAATTA------TGTTTTG-CTCT--TC-CAA-AA--T-AT-C-GA-AA----TTTGA-C-AACT-T--ATCGA--A-TAA-GTATTAGTTCT--A---T-CTT----A--TCAT----GCAA------T----TTC----T-------ACTATA-TAGTTTTGATTATATG-CG-ATTG-GGA--ATAAT-TA--CA--CAT------------AC---TA--T------CGA--A-TG---A-AC------TGAAT--TG--GATGAGTTTT----ATTCAGTTC-TTGGTATA---GTAC-ATGTAACA-CATA----TCCG-AA-ATT--GGTC-GT-A-TGAT
gi|13 : A-AA-CT-AT-C-AA-AG----TTTGA-C-AAAT-T--ACCGG--GTAAG-G-A-TAGT--T--A--AT-CTT----A--TCAT----GTGT------TAAGATTTTAAAA-------ACT-CG-GC-TTTTGTA-ATATG-TG-ATTG-TGA--ATATTAGA--TA--CGG------------ACGTGT---G------TGA--ACTATTTA-TTG----AT-AAT--T----CTGTACTTT----A-TC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTCTCAAAAGAATTCCTTGGAATCAATTAGGCTGAGCGGATTT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 1111 555555555555555555555555 11111111 111 11 1111111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777 1111111 1111 11111 1111111111 333333333333333333 111 111111111111 1111111111 22 11 111 1111111 11 22222222 111 1 1 11
lowQualScore : 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 11111 2222 3 3 3 4 44444 3 333333333333333333333333 0 11111111 777 999999 555 33 3 4444444444 3 55 55 3 33 8888888 3 0000000000000 55 3 3 55 4444444444444444444444444444444 3 3 3 55 0000000 6666 3 3 888888 44 0 888888 3 3 3 3 5 2 2 2 2 2 0000 2 5 2 33 2 77 2 33 5 00000 3 88 3 6666 6666 3 888888 4444444444 6666 444444444444444444 333 3 3 6666 44 44 888888888888 666 3333333333 66 5 33 11 5 111 7777777 33 55555555 5 000 1 1 5 5 1 5 666 6 77 77 5 8 0 8 0 11
lowQualScore : . . ............................................................. ... ..... .... . . . . ..... . ........................ . ........ ... ...... ... .. . .......... . .. .. . .. ....... . ............. .. . . .. ............................... . . . .. ....... .... . . ...... .. . ...... . . . . . . . . . . .... . . . .. . .. . .. . ..... . .. . .... .... . ...... .......... .... .................. ... . . .... .. .. ............ ... .......... .. . .. .. . ... ....... .. ........ . ... . . . . . . ... . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 7 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 00000 5555 3 3 1 2 33333 1 555555555555555555555555 2 22222222 555 666666 888 88 3 6666666666 6 00 00 6 88 2222222 6 0000000000000 00 6 6 00 4444444444444444444444444444444 6 6 6 00 0000000 5555 1 1 888888 22 8 888888 1 1 1 1 7 9 9 9 9 9 0000 9 7 9 99 9 99 0 99 7 66666 1 55 1 5555 5555 1 888888 2222222222 5555 555555555555555555 888 1 1 5555 66 66 666666666666 444 6666666666 11 0 11 99 0 444 8888888 88 55555555 7 000 4 4 7 7 4 7 000 6 99 99 7 0 8 0 8 00
consensus : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANAAG--TA-TAGTTCTN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AGT------T----C-----TC----A-------ACTA--TA-GCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-ACG-TGAAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCAN-TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
Reference ( family-905 ) : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANAAG--TA-TAGTTCTN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AGT------T----C-----TC----A-------ACT---TA-GCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-ACG-TGAAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCAG-TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
gi|1 : AACAATACGG--TCTTCGTGTTT-----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------AGAATTA-----GACGG----AGC-GTGA-AATTTACG--GACTG-TA-------CATG-T--------AA-CACA--------AGT-TCTG---GTAT------TCATACA--TTGCC----------ACGTTGC--GAAGTT-AA-T--------C-CG--------------ACCTG--TCT-TCTACAAAATACAAAGA--------------A-T--------------A-TC-TAATTCA--CTTTGTCATA----TCAAATT-T-GG------A--TTAATGATATGTCT-C-ATGA-GTC-TAA-AA-CTGAT-CTGA-AGGT--TTTAAAC-AATT-T--ATC-GG--AAAGG--TA-TAGTTCTTAGATCTCTA-A--TTCA----TATGCG-AGT------T----T-----AC----ACTATAACACT---TA-ACATTTTG---ATATGTCG-ATTGTGGAGGAGGATAAAAT-CAAGCAA------------AA---TGTCT------CGATGACTAA-CTG-C-AGTA-TGGATCGCCGATTTTTTCCAA-TCAT-TCTT----TAC--ACACTAT---ACATCATTA-TTCGTAA-G-TAGG-C--GTCGA-TGATTTCCCTCAAATAATCAAGCCTGCAC
gi|10 : c----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------AAGT-GT--GAG--T-AT-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-TT-------------A-TC-TAAT-CA--GC-------A----CTCAATT-T-AA------A--TCA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATAAG--TA-TAGTTCTT----CTC-T-A--T-CA----T----A-AGT------T----C-----TC----A-------AC-----A---ATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--
gi|11 : ccttggaatcT-------A----CTCAATT-G-AG------AAATTA------TGTTTTG-CTCT--TC-CAA-AA--T-AT-C-GA-AA----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATAAG--TATTAGTTCTA-----TCTT-A--T-CA----T----GCAAT------T----------TC----T-------ACTATATA-G--TTTTGATTATATG-CG-ATTG----GGA--ATAAT-TACA--CAT------------AC---TA--T------CGA--A-TGA-AC--TGAAT--TGGAT-GA--GTTTT-----ATTCAGTTCTTGGTATA---GTAC-ATGTAACA-CAT-A-TCCG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|12 : T-------A----CTCAATT-G-AG------A--TTA------TGTTT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AA----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATAAG--TA-TAGTTCTA----CTCTT-A--T-CA----T----G-AAT------T----C-----TC----A-------ACTA--TA--TATTTTGAT-ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CAT------------AC---T---T------CGA--AATGA-AC--TGAAT--TGGAT-GA--GTTTT-----A-TCAG-TCTTG---TATATACAT-GT---ACA-CAT-A-T-CG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|13 : A-AA-CT-AT-C-AA-AG----TTTGA-C-AAAT-T--ACC-GG--GTAAG--GA-TAGT--TA----ATCTT-A--T-CA----T----G-TGT------TAAGAT-----TTTAAAA-------ACT---CG-GC-TTTTGTA-ATATG-TG-ATTG----TGA--ATATTAGATA--CGG------------ACGTGT---G------TGA--ACTA
gi|14 : A-TATTTACG--A--TG-TA-------TA---------------CACA--------AG-ATCAG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AAAT--A----CC-TGT-------------A-CTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAAG--------------ATT--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------CGTCT-G-CTCC-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-CA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATAAG--TA-TAGTTtttattgataattctgtactttatctccaaacaaaactgaattgtgtgcgtttactcattcat
gi|15 : TATTTC----CT--------T--GA-------AATC--------------A----------------A---TTT-----GGTAG----TGC-G-GA-TATTTACC--A--TC-TA-------C-TG-A--------TA-CATT--------AGT
gi|15 : ggaaagaaaGC-G-GA-TATTTGC---A--TC-TA-------CAT---------------ACA--------TGTATGTG---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGgcggatatttgcatctacatacatgtatgtggtatcacaatttccacg
gi|2 : ggaaagaaatatttccttgaaatcaatttggtagtgcggatatttaccatctactgatacattagtACAGGGG-TCTT-GTGTTTT----CCTTCAGATGC--AA-------GAC---------------A----------------A---TTAAGGATGGCGAGTATAGCAG-GACTATTAACGCAA--TGGTAGAGAATTCGTG-AGTGTAAGCCA-CACACTGCTCACAGTATCTG---GTATTCCAGTC---ATACCT-GCCGCGCCTAACGACGT-TCTAGAG--TGAA-T--AACAGCC-TGTGAGCCCAATAGTTACCTGGTTCT-AGT--AAAA--CAA-GG--------------A-T--------------A-TCCTAAT-CA--TG-------AGAGCTTCAACCAT-AGTTACGCA--TTA------TGTCT-G-CTCTTGTC-CAA-AAACT-AT-C-GG-AGGAGGTTTGA-CCAACTGT--ATCAGG--AAAAGAGTAATAGTTCTTG---CTCT--A--C-CAAATCT----G-AGTGCAACTT----T-----TC----A-------ACTA--TA--CATTTTG---AAATG-CGTATTG----
gi|3 : aatTATTTC----CT--------TGAAA-------TA----------------C----------------A---TGA-----GGTAGT---AG--G-GA-TATT-ACG--A--TC-TA-------CTTG----------CA-CATA----------TATCTC---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGC-GT--GAG--T-A--T--A----TC-TGT-------------TCTTC--TCT-TTT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTACGATTA-T--------------A-TC-TACT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-TTCT-GTC-CTA-AA-AT-AT-C-GA-AG----TTTGT-C-AAAT-T--ACC-G-----------------TGTG----TTCTT-A--T-CA----T----G-CGT------T----CAGATTTT----ACAC----ACT---CATATATTTTA---ATATG-TA-ACTG----AGA--ATATTGTGAA--CGATTTATTTGGTATAC---T---TTATCTACGA--ACAAA-ATG--GAAT--TGGAT-GC--GCATT-----C-CCAT-TATTG---T------AT-AT---ACT-CAT-A-T-CG-AA-G-TAGGAC--AT--A-TGACTTCA-ATATAT-ATCAA--ATGAtttgagtgacaagagacaca
gi|4 : aaaaAACAATACGGG-TCTTTGT--TTT----CT--------C--AA-------GA----------------G----------------A---TTA-----GACGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATGTA--------TA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------T---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAAGG--TA-TAGTTCTG----CTCTA-A--T-CA----T----G-AGT------T----T-----TC----A-------ACT---TA-ACATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATGATATACA--CGA------------AC---T---T------CGA--ACTAA-ACGATGAAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA--TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-TGC-A-T-CG-AA-G-TTAGCT--GC--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAACtaca
gi|5 : TTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------ACAATTCCTTGGAATCAA---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TA-------CAT------------A-CACA--------AGTATATGCAGGTAT------C---ACA--T-GCC-----------CGT-GC--TAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGC-AAAAA--CAAGAG--------------A-TTTGCTTTGGAATATA-TC-TAGT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTTT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-G--ATC-GG--TTAAG--TA-TAGTTCTT----CTCTT-A--T-CA----T----A-AGT------T----C-----TC----A-------ACTA--TA-TAATTTTG---ATATT-CG-ATTG----CGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-AC--TGAAT--TGGAT-G---------------------CTTG---T---------AC---ACA-CAT-A-T-CG-AA-G-TTGGGC--GT--A-TGATCTCC-TAAAAT-ATCAA--CTGA
gi|6 : C-G-GA-TATT-ACG--A--TG-TAG------CCTGTA--------TATCACA--------A-TATCTG---GTAT------T---ATC--T-GCC----------ACGT-GC--GAG----AA-T--A----CCGTGT-------------AC-TG--TCTAGGT-CAAAA--TCAAAG--------------A-T--------------AGTC-TAAT-C---CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTCGCAATAA-CT-ATGC-GACAG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAAGG--TA-TAGTTCTG----GTCCTAA--T-CA----T----G-A-T------T----T-----TC----A-------ACTA--TA-GCATTTTG---ATAT--CG-ATTG----GGA--ATGCAATACA--CAG------------AC---T---T-------GA--ACTAAGAC--TGAATCGTGGAT-GC--GTTTT-----T-ACAT-TC-TG---TAGC-ACAC-AT---ACATTGC-AGT-CG-AACGTTTAGGCTGGC--ATTGATTTCC-TC-AAT-A-CAA--CTGAtg
gi|7 : AACAACACGGGGTCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GAGAGATTCCTTGGAATCA----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ATGT-G----AG--T-AT-TTCA----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAGGA--------------T-T--------------A-TC-T-AT-CAAGC--------A----CTCAATT-TAAA------A--TCA------TGTCT-GCCTCT-GTC-CAACAA-CT-AT-C-GA-AG-----TTGA-CGAACT-TTAATC-GG--ATAAG--TA-TA-TTCTT----CTCTT-A--T-CA----T------AAT------T----C-----TC----A-----------------CATTTTG---AT-TG-CG-ATTG----GGA--A-AAAATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-ACC-TGAAT--TGGAT-GT--GTTTT-----A-TCAG-TCTTG---CA---
gi|8 : cagacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTTT-GTC-CTA-AA-CT-AT-C-GA-AG----ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAAAG--TA-TAGTTCTT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AGT------T----C-----TC----A-------AAC---TATGTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Ctac
gi|9 : aaacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTTT-GTC-CTA-AA-CT-AT-C-GA-AG----ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAAAG--TA-TAGTTCTT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AGT------T----C-----TC----A-------AAC---TATGTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Cc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTCTCAAAAGAATTCCTTGGAATCAATTAGGCTGAGCGGATTT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 1111 555555555555555555555555 11111111 111 11 1111111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777 1111111 11 1111111111 222222222222222222222 111 111111111111 1111111111 22 11 1111111 11 22222222 111 1 11
lowQualScore : 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 11111 2222 3 3 3 4 44444 3 333333333333333333333333 0 11111111 777 999999 555 33 3 4444444444 3 55 55 3 33 8888888 3 0000000000000 55 3 3 55 4444444444444444444444444444444 3 3 3 55 0000000 6666 3 3 888888 44 0 888888 3 3 3 3 3 5 2 2 8888 2 33 5 2 2 33 2 77 2 33 2 2 3 77777 11 3 6666 6666 3 888888 4444444444 555555555555555555555 333 3 3 6666 44 44 888888888888 555 3333333333 55 1 4 55 00 4 999 7777777 11 55555555 5 000 888888 5 1 5 5 77 6 8888 5 8 0 8 0 11
lowQualScore : . . ............................................................. ... ..... .... . . . . ..... . ........................ . ........ ... ...... ... .. . .......... . .. .. . .. ....... . ............. .. . . .. ............................... . . . .. ....... .... . . ...... .. . ...... . . . . . . . . .... . .. . . . .. . .. . .. . . . ..... .. . .... .... . ...... .......... ..................... ... . . .... .. .. ............ ... .......... .. . . .. .. . ... ....... .. ........ . ... ...... . . . . .. . .... . . . . . ..
lowQualScore : 7 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 00000 5555 3 3 1 2 33333 1 555555555555555555555555 2 22222222 555 666666 888 88 3 6666666666 6 00 00 6 88 2222222 6 0000000000000 00 6 6 00 4444444444444444444444444444444 6 6 6 00 0000000 5555 1 1 888888 22 8 888888 1 1 1 1 1 7 9 9 9999 9 99 7 9 9 99 9 99 0 99 9 9 1 55555 55 1 5555 5555 1 888888 2222222222 222222222222222222222 888 1 1 5555 66 66 666666666666 888 0000000000 55 4 4 00 66 4 000 4444444 33 55555555 7 000 444444 7 4 7 7 99 6 9999 7 0 8 0 8 00
consensus : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTTA--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-AC--TGAAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-C-GT-A-T-CG-AA-GTT--GGNCG-T--AT-GATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
Reference ( family-905 ) : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTTA--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-ACG-TGAAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-NTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-C-GT-A-T-CG-AA-GTT--GGNCG-T--AT-GATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
gi|1 : AACAATACGG--TCTTCGTGTTT-----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------AGAATTA-----GACGG----AGC-GTGA-AATTTACG--GACTG-TA-------CATG-T--------AA-CACA--------AGT-TCTG---GTAT------TCATACA--TTGCC----------ACGTTGC--GAAGTT-AA-T--------C-CG--------------ACCTG--TCT-TCTACAAAATACAAAGA--------------A-T--------------A-TC-TAATTCA--CTTTGTCATA----TCAAATT-T-GG------A--TTAATGATATGTCT-C-ATG-AGTC-T-AA-AACTGAT-CT---GA-AGGTTTTAAAC-AATT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TTAGATCTCTAA--TTCA----TATGCG-AG------TT----T-----AC----ACTATAACACT--TAACATTTTG---ATATGTCG-ATTGTGGAGGAGGATAAAAT-CAAGCAA------------AA---TGTCT------CGATGACTAA-CTG-C-AGTA-TGGATCGCCGATTTTTTCCAA-TCA-TTCTT----TAC--ACACTAT---ACATC-ATTA-TTCGTAA-GTA--GG-CG-TCGAT-GATTTCCCTCAAATAATCAAGCCTGCAC
gi|10 : c----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------AAGT-GT--GAG--T-AT-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-TT-------------A-TC-TAAT-CA--GC-------A----CTCAATT-T-AA------A--TCA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTC-TA--T-CA----T----A-AG------TT----C-----TC----A-------AC--A----ATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--
gi|11 : ccttggaatcT-------A----CTCAATT-G-AG------AAATTA------TGTTTTG-CTC-T-TC-C-AA-AA-T-AT-C----GA-AA--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATA--AGT-ATTAGTTC-TA-----TCTTA--T-CA----T----GCAA------TT----------TC----T-------ACT-ATATAGTTTTGATTATATG-CG-ATTG----GGA--ATAAT-TACA--CAT------------AC---TA--T------CGA--A-TGA-AC--TGAAT--TGGAT-GA--GTTTT-----ATTCAGTTCTTGGTATA---GTAC-ATGTAACA-C-AT-A-TCCG-AA-ATT--GGTCG-T--AT-GAT
gi|12 : T-------A----CTCAATT-G-AG------A--TTA------TGTTT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AA--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATA--AGT-A-TAGTTC-TA----CTCTTA--T-CA----T----G-AA------TT----C-----TC----A-------ACT-ATA-TATTTTGAT-ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CAT------------AC---T---T------CGA--AATGA-AC--TGAAT--TGGAT-GA--GTTTT-----A-TCA-GTCTTG---TATATACAT-GT---ACA-C-AT-A-T-CG-AA-ATT--GGTCG-T--AT-GAT
gi|13 : A-AACT-AT-C----AA-AG--TTTGA-C-AAAT-T--ACC-GG--GTA--AGG-A-TAGT---TA----ATCTTA--T-CA----T----G-TG------TTAAGAT-----TTTAAAA-------ACT--CGGC-TTTTGTA-ATATG-TG-ATTG----TGA--ATATTAGATA--CGG------------ACGTGT---G------TGA--ACTA
gi|13 : C---T---C------CAA--ACAAA-AC--TGAAT--TGTGT-GC--GTTTA-----C-TCA-TTCtttattgataattctgtactttatctccaaacaaaactgaattgtgtgcgtttactcattcat
gi|14 : aaactatcaaagtttgacaaattaccgggtaaggatagttaatcttatcatgtgttaagattttaaaaactcggcttttgtaatatgtgattgtgaatattagatacggacgtgtgtgaactatttattgataattctgtactttatA-TATTTACG--A--TG-TA-------TA---------------CACA--------AG-ATCAG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AAAT--A----CC-TGT-------------A-CTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAAG--------------ATT--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------CGTCT-G-CTC-CGTC-C-AA-AACT-AT-C----CA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATA--AGT-A-TAGTTat
gi|15 : TATTTC----CT--------T--GA-------AATC--------------A----------------A---TTT-----GGTAG----TGC-G-GA-TATTTACC--A--TC-TA-------C-TG-A--------TA-CATT--------AGT
gi|15 : ggaaagaaaGC-G-GA-TATTTGC---A--TC-TA-------CAT---------------ACA--------TGTATGTG---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGgcggatatttgcatctacatacatgtatgtggtatcacaatttccacg
gi|2 : ggaaagaaatatttccttgaaatcaatttggtagtgcggatatttaccatctactgatacattagtACAGGGG-TCTT-GTGTTTT----CCTTCAGATGC--AA-------GAC---------------A----------------A---TTAAGGATGGCGAGTATAGCAG-GACTATTAACGCAA--TGGTAGAGAATTCGTG-AGTGTAAGCCA-CACACTGCTCACAGTATCTG---GTATTCCAGTC---ATACCT-GCCGCGCCTAACGACGT-TCTAGAG--TGAA-T--AACAGCC-TGTGAGCCCAATAGTTACCTGGTTCT-AGT--AAAA--CAA-GG--------------A-T--------------A-TCCTAAT-CA--TG-------AGAGCTTCAACCAT-AGTTACGCA--TTA------TGTCT-G-CTCTTGTC-CAAA-AACT-AT-CGGAGGA-GG--TTTGACC-AACTGT--ATCAGG--AAAAGAGTAA-TAGTTCTTG----CTC-TA--C-CAAATCT----G-AGTGCAACTT----T-----TC----A-------ACT-ATA-CATTTTG---AAATG-CGTATTG----
gi|3 : aatTATTTC----CT--------TGAAA-------TA----------------C----------------A---TGA-----GGTAGT---AG--G-GA-TATT-ACG--A--TC-TA-------CTTG----------CA-CATA----------TATCTC---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGC-GT--GAG--T-A--T--A----TC-TGT-------------TCTTC--TCT-TTT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTACGATTA-T--------------A-TC-TACT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-TTC-TGTC-C-TA-AAAT-AT-C----GA-AG--TTTGT-C-AAAT-T--ACC-G------------------TG-TG----TTCTTA--T-CA----T----G-CG------TT----CAGATTTT----ACAC----ACTCATA-TATTTTA---ATATG-TA-ACTG----AGA--ATATTGTGAA--CGATTTATTTGGTATAC---T---TTATCTACGA--ACAAA-ATG--GAAT--TGGAT-GC--GCATT-----C-CCA-TTATTG---T------AT-AT---ACT-C-AT-A-T-CG-AA-GTA--GGACA-T--AT-GACTTCA-ATATAT-ATCAA--ATGAtttgagtgacaagagacaca
gi|4 : aaaaAACAATACGGG-TCTTTGT--TTT----CT--------C--AA-------GA----------------G----------------A---TTA-----GACGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATGTA--------TA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------T---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TG----CTCTAA--T-CA----T----G-AG------TT----T-----TC----A-------ACT--TAACATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATGATATACA--CGA------------AC---T---T------CGA--ACTAA-ACGATGAAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA--TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-T-GC-A-T-CG-AA-GTT--AGCTG-C--AT-GATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAACtaca
gi|5 : TTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------ACAATTCCTTGGAATCAA---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TA-------CAT------------A-CACA--------AGTATATGCAGGTAT------C---ACA--T-GCC-----------CGT-GC--TAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGC-AAAAA--CAAGAG--------------A-TTTGCTTTGGAATATA-TC-TAGT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-G--ATC-GG--TTA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTTA--T-CA----T----A-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATATAATTTTG---ATATT-CG-ATTG----CGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-AC--TGAAT--TGGAT-G---------------------CTTG---T---------AC---ACA-C-AT-A-T-CG-AA-GTT--GGGCG-T--AT-GATCTCC-TAAAAT-ATCAA--CTGA
gi|6 : C-G-GA-TATT-ACG--A--TG-TAG------CCTGTA--------TATCACA--------A-TATCTG---GTAT------T---ATC--T-GCC----------ACGT-GC--GAG----AA-T--A----CCGTGT-------------AC-TG--TCTAGGT-CAAAA--TCAAAG--------------A-T--------------AGTC-TAAT-C---CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTCGC-AATAACT-ATGC----GACAG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TG----GTCCTAA-T-CA----T----G-A-------TT----T-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATAT--CG-ATTG----GGA--ATGCAATACA--CAG------------AC---T---T-------GA--ACTAAGAC--TGAATCGTGGAT-GC--GTTTT-----T-ACA-TTCT-G---TAGC-ACAC-AT---ACA-TTGC-AGT-CG-AACGTTTAGGCTGGC--ATTGATTTCC-TC-AAT-A-CAA--CTGAtg
gi|7 : AACAACACGGGGTCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GAGAGATTCCTTGGAATCA----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ATGT-G----AG--T-AT-TTCA----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAGGA--------------T-T--------------A-TC-T-AT-CAAGC--------A----CTCAATT-TAAA------A--TCA------TGTCT-GCCTC-TGTC-C-AACAACT-AT-C----GA-AG---TTGA-CGAACT-TTAATC-GG--ATA--AGT-A-TA-TTC-TT----CTCTTA--T-CA----T------AA------TT----C-----TC----A---------------CATTTTG---AT-TG-CG-ATTG----GGA--A-AAAATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-ACC-TGAAT--TGGAT-GT--GTTTT-----A-TCA-GTCTTG---CA---
gi|8 : cagacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-TA-AACT-AT-C----GA-AG--ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTTATTT-CA----T----G-AG------TT----C-----TCA---A-------ACT-AT-GTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Ctac
gi|9 : aaacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-TA-AACT-AT-C----GA-AG--ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTTATTT-CA----T----G-AG------TT----C-----TCA---A-------ACT-AT-GTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Cc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTCTCAAAAGAATTCCTTGGAATCAATTAGGCTGAGCGGATTT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 1111 555555555555555555555555 11111111 111 11 1111111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777 1111111 1111111111 222222222222222222222 111 111111111111 1111111111 11 1111111 22222222 111 1 1 11
lowQualScore : 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 11111 2222 3 3 3 4 44444 3 333333333333333333333333 0 11111111 777 999999 555 33 3 4444444444 3 55 55 3 33 8888888 3 0000000000000 55 3 3 55 4444444444444444444444444444444 3 3 3 55 0000000 6666 3 3 888888 44 0 888888 3 3 3 3 3 5 2 2 8888 2 33 5 2 2 33 2 77 2 33 2 2 3 77777 3 88 3 6666 6666 3 888888 4444444444 555555555555555555555 333 3 3 6666 44 44 888888888888 555 3333333333 55 1 555 66 4 00 4 999 7777777 88 55555555 5 000 1 1 5 5 1 5 666 6 77 77 5 8 0 8 0 11
lowQualScore : . . ............................................................. ... ..... .... . . . . ..... . ........................ . ........ ... ...... ... .. . .......... . .. .. . .. ....... . ............. .. . . .. ............................... . . . .. ....... .... . . ...... .. . ...... . . . . . . . . .... . .. . . . .. . .. . .. . . . ..... . .. . .... .... . ...... .......... ..................... ... . . .... .. .. ............ ... .......... .. . ... .. . .. . ... ....... .. ........ . ... . . . . . . ... . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 7 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 00000 5555 3 3 1 2 33333 1 555555555555555555555555 2 22222222 555 666666 888 88 3 6666666666 6 00 00 6 88 2222222 6 0000000000000 00 6 6 00 4444444444444444444444444444444 6 6 6 00 0000000 5555 1 1 888888 22 8 888888 1 1 1 1 1 7 9 9 9999 9 99 7 9 9 99 9 99 0 99 9 9 1 55555 1 55 1 5555 5555 1 888888 2222222222 222222222222222222222 888 1 1 5555 66 66 666666666666 888 0000000000 55 4 333 11 4 66 4 000 4444444 99 55555555 7 000 4 4 7 7 4 7 000 6 99 99 7 0 8 0 8 00
consensus : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
Reference ( family-905 ) : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
gi|1 : AACAATACGG--TCTTCGTGTTT-----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------AGAATTA-----GACGG----AGC-GTGA-AATTTACG--GACTG-TA-------CATG-T--------AA-CACA--------AGT-TCTG---GTAT------TCATACA--TTGCC----------ACGTTGC--GAAGTT-AA-T--------C-CG--------------ACCTG--TCT-TCTACAAAATACAAAGA--------------A-T--------------A-TC-TAATTCA--CTTTGTCATA----TCAAATT-T-GG------A--TTAATGATATGTCT-C-ATG-AGTC-T-AA-AACTGAT-CT---GA-AGGTTTTAAAC-AATT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TTAGATCTCTA-A--TTCA----TATGCG-AG------TT----T-----AC----ACTATAACACT--TAACATTTTG---ATATGTCG-ATTGTGGAGGAGGATAAAAT-CAAGCAA------------AA---TGTCT------CGATGACTAA---C--TGCAGTA-TGGATCGCCGATTTTTTCCAA-TCA-TTCTT----TAC--ACACTAT---ACATCATTA-TTCGTAA-G-TAGG-C--GTCGA-TGATTTCCCTCAAATAATCAAGCCTGCAC
gi|10 : c----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------AAGT-GT--GAG--T-AT-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-TT-------------A-TC-TAAT-CA--GC-------A----CTCAATT-T-AA------A--TCA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTC-T-A--T-CA----T----A-AG------TT----C-----TC----A-------AC--A----ATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--
gi|11 : ccttggaatcT-------A----CTCAATT-G-AG------AAATTA------TGTTTTG-CTC-T-TC-C-AA-AA-T-AT-C----GA-AA--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATA--AGT-ATTAGTTC-TA-----TCTT-A--T-CA----T----GCAA------TT----------TC----T-------ACT-ATATAGTTTTGATTATATG-CG-ATTG----GGA--ATAAT-TACA--CAT------------AC---TA--T------CGA--A-TGA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GA--GTTTT-----ATTCAGTTCTTGGTATA---GTAC-ATGTAACA-CAT-A-TCCG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|12 : T-------A----CTCAATT-G-AG------A--TTA------TGTTT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AA--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATA--AGT-A-TAGTTC-TA----CTCTT-A--T-CA----T----G-AA------TT----C-----TC----A-------ACT-ATA-TATTTTGAT-ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CAT------------AC---T---T------CGA--AATGA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GA--GTTTT-----A-TCA-GTCTTG---TATATACAT-GT---ACA-CAT-A-T-CG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|13 : A-AACT-AT-C----AA-AG--TTTGA-C-AAAT-T--ACC-GG--GTA--AGG-A-TAGT---TA----ATCTT-A--T-CA----T----G-TG------TTAAGAT-----TTTAAAA-------ACT--CGGC-TTTTGTA-ATATG-TG-ATTG----TGA--ATATTAGATA--CGG------------ACGTGT---G------TGA--ACTA
gi|13 : C---T---C------CAA--ACAAA-A-C--TG-AAT--TGTGT-GC--GTTTA-----C-TCA-TTCtttattgataattctgtactttatctccaaacaaaactgaattgtgtgcgtttactcattcat
gi|14 : aaactatcaaagtttgacaaattaccgggtaaggatagttaatcttatcatgtgttaagattttaaaaactcggcttttgtaatatgtgattgtgaatattagatacggacgtgtgtgaactatttattgataattctgtactttatA-TATTTACG--A--TG-TA-------TA---------------CACA--------AG-ATCAG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AAAT--A----CC-TGT-------------A-CTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAAG--------------ATT--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------CGTCT-G-CTC-CGTC-C-AA-AACT-AT-C----CA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATA--AGT-A-TAGTTat
gi|15 : TATTTC----CT--------T--GA-------AATC--------------A----------------A---TTT-----GGTAG----TGC-G-GA-TATTTACC--A--TC-TA-------C-TG-A--------TA-CATT--------AGT
gi|15 : ggaaagaaaGC-G-GA-TATTTGC---A--TC-TA-------CAT---------------ACA--------TGTATGTG---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGgcggatatttgcatctacatacatgtatgtggtatcacaatttccacg
gi|2 : ggaaagaaatatttccttgaaatcaatttggtagtgcggatatttaccatctactgatacattagtACAGGGG-TCTT-GTGTTTT----CCTTCAGATGC--AA-------GAC---------------A----------------A---TTAAGGATGGCGAGTATAGCAG-GACTATTAACGCAA--TGGTAGAGAATTCGTG-AGTGTAAGCCA-CACACTGCTCACAGTATCTG---GTATTCCAGTC---ATACCT-GCCGCGCCTAACGACGT-TCTAGAG--TGAA-T--AACAGCC-TGTGAGCCCAATAGTTACCTGGTTCT-AGT--AAAA--CAA-GG--------------A-T--------------A-TCCTAAT-CA--TG-------AGAGCTTCAACCAT-AGTTACGCA--TTA------TGTCT-G-CTCTTGTC-CAAA-AACT-AT-CGGAGGA-GG--TTTGACC-AACTGT--ATCAGG--AAAAGAGTAA-TAGTTCTTG----CTC-T-A--C-CAAATCT----G-AGTGCAACTT----T-----TC----A-------ACT-ATA-CATTTTG---AAATG-CGTATTG----
gi|3 : aatTATTTC----CT--------TGAAA-------TA----------------C----------------A---TGA-----GGTAGT---AG--G-GA-TATT-ACG--A--TC-TA-------CTTG----------CA-CATA----------TATCTC---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGC-GT--GAG--T-A--T--A----TC-TGT-------------TCTTC--TCT-TTT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTACGATTA-T--------------A-TC-TACT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-TTC-TGTC-C-TA-AAAT-AT-C----GA-AG--TTTGT-C-AAAT-T--ACC-G------------------TG-TG----TTCTT-A--T-CA----T----G-CG------TT----CAGATTTT----ACAC----ACTCATA-TATTTTA---ATATG-TA-ACTG----AGA--ATATTGTGAA--CGATTTATTTGGTATAC---T---TTATCTACGA--ACAAA-A-T--GG-AAT--TGGAT-GC--GCATT-----C-CCA-TTATTG---T------AT-AT---ACT-CAT-A-T-CG-AA-G-TAGGAC--AT--A-TGACTTCA-ATATAT-ATCAA--ATGAtttgagtgacaagagacaca
gi|4 : aaaaAACAATACGGG-TCTTTGT--TTT----CT--------C--AA-------GA----------------G----------------A---TTA-----GACGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATGTA--------TA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------T---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TG----CTCTA-A--T-CA----T----G-AG------TT----T-----TC----A-------ACT--TAACATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATGATATACA--CGA------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-CGATG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA--TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-TGC-A-T-CG-AA-G-TTAGCT--GC--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAACtaca
gi|5 : TTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------ACAATTCCTTGGAATCAA---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TA-------CAT------------A-CACA--------AGTATATGCAGGTAT------C---ACA--T-GCC-----------CGT-GC--TAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGC-AAAAA--CAAGAG--------------A-TTTGCTTTGGAATATA-TC-TAGT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-G--ATC-GG--TTA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTT-A--T-CA----T----A-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATATAATTTTG---ATATT-CG-ATTG----CGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-G---------------------CTTG---T---------AC---ACA-CAT-A-T-CG-AA-G-TTGGGC--GT--A-TGATCTCC-TAAAAT-ATCAA--CTGA
gi|6 : C-G-GA-TATT-ACG--A--TG-TAG------CCTGTA--------TATCACA--------A-TATCTG---GTAT------T---ATC--T-GCC----------ACGT-GC--GAG----AA-T--A----CCGTGT-------------AC-TG--TCTAGGT-CAAAA--TCAAAG--------------A-T--------------AGTC-TAAT-C---CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTCGC-AATAACT-ATGC----GACAG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TG----GTCCTAA--T-CA----T----G-A-------TT----T-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATAT--CG-ATTG----GGA--ATGCAATACA--CAG------------AC---T---T-------GA--ACTAAGA-C--TG-AATCGTGGAT-GC--GTTTT-----T-ACA-TTC-TG---TAGC-ACAC-AT---ACATTGC-AGT-CG-AACGTTTAGGCTGGC--ATTGATTTCC-TC-AAT-A-CAA--CTGAtg
gi|7 : AACAACACGGGGTCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GAGAGATTCCTTGGAATCA----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ATGT-G----AG--T-AT-TTCA----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAGGA--------------T-T--------------A-TC-T-AT-CAAGC--------A----CTCAATT-TAAA------A--TCA------TGTCT-GCCTC-TGTC-C-AACAACT-AT-C----GA-AG---TTGA-CGAACT-TTAATC-GG--ATA--AGT-A-TA-TTC-TT----CTCTT-A--T-CA----T------AA------TT----C-----TC----A---------------CATTTTG---AT-TG-CG-ATTG----GGA--A-AAAATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-ACC--TG-AAT--TGGAT-GT--GTTTT-----A-TCA-GTCTTG---CA---
gi|8 : cagacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-TA-AACT-AT-C----GA-AG--ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AG------TT----C-----TCA---A-------ACT-AT-GTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Ctac
gi|9 : aaacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-TA-AACT-AT-C----GA-AG--ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AG------TT----C-----TCA---A-------ACT-AT-GTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Cc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTCTCAAAAGAATTCCTTGGAATCAATTAGGCTGAGCGGATTT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 1111 555555555555555555555555 11111111 111 11 1111111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777 1111111 1111111111 222222222222222222222 111 111111111111 1111111111 11 1111111 22222222 111 1 1 11
lowQualScore : 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 11111 2222 3 3 3 4 44444 3 333333333333333333333333 0 11111111 777 999999 555 33 3 4444444444 3 55 55 3 33 8888888 3 0000000000000 55 3 3 55 4444444444444444444444444444444 3 3 3 55 0000000 6666 3 3 888888 44 0 888888 3 3 3 3 3 5 2 2 8888 2 33 5 2 2 33 2 77 2 33 2 2 3 77777 3 88 3 6666 6666 3 888888 4444444444 555555555555555555555 333 3 3 6666 44 44 888888888888 555 3333333333 55 1 555 66 4 00 4 999 7777777 88 55555555 5 000 1 1 5 5 1 5 666 6 77 77 5 8 0 8 0 11
lowQualScore : . . ............................................................. ... ..... .... . . . . ..... . ........................ . ........ ... ...... ... .. . .......... . .. .. . .. ....... . ............. .. . . .. ............................... . . . .. ....... .... . . ...... .. . ...... . . . . . . . . .... . .. . . . .. . .. . .. . . . ..... . .. . .... .... . ...... .......... ..................... ... . . .... .. .. ............ ... .......... .. . ... .. . .. . ... ....... .. ........ . ... . . . . . . ... . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 7 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 00000 5555 3 3 1 2 33333 1 555555555555555555555555 2 22222222 555 666666 888 88 3 6666666666 6 00 00 6 88 2222222 6 0000000000000 00 6 6 00 4444444444444444444444444444444 6 6 6 00 0000000 5555 1 1 888888 22 8 888888 1 1 1 1 1 7 9 9 9999 9 99 7 9 9 99 9 99 0 99 9 9 1 55555 1 55 1 5555 5555 1 888888 2222222222 222222222222222222222 888 1 1 5555 66 66 666666666666 888 0000000000 55 4 333 11 4 66 4 000 4444444 99 55555555 7 000 4 4 7 7 4 7 000 6 99 99 7 0 8 0 8 00
consensus : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
Reference ( family-905 ) : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
gi|1 : AACAATACGG--TCTTCGTGTTT-----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------AGAATTA-----GACGG----AGC-GTGA-AATTTACG--GACTG-TA-------CATG-T--------AA-CACA--------AGT-TCTG---GTAT------TCATACA--TTGCC----------ACGTTGC--GAAGTT-AA-T--------C-CG--------------ACCTG--TCT-TCTACAAAATACAAAGA--------------A-T--------------A-TC-TAATTCA--CTTTGTCATA----TCAAATT-T-GG------A--TTAATGATATGTCT-C-ATG-AGTC-T-AA-AACTGAT-CT---GA-AGGTTTTAAAC-AATT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TTAGATCTCTA-A--TTCA----TATGCG-AG------TT----T-----AC----ACTATAACACT--TAACATTTTG---ATATGTCG-ATTGTGGAGGAGGATAAAAT-CAAGCAA------------AA---TGTCT------CGATGACTAA---C--TGCAGTA-TGGATCGCCGATTTTTTCCAA-TCA-TTCTT----TAC--ACACTAT---ACATCATTA-TTCGTAA-G-TAGG-C--GTCGA-TGATTTCCCTCAAATAATCAAGCCTGCAC
gi|10 : c----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------AAGT-GT--GAG--T-AT-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-TT-------------A-TC-TAAT-CA--GC-------A----CTCAATT-T-AA------A--TCA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTC-T-A--T-CA----T----A-AG------TT----C-----TC----A-------AC--A----ATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--
gi|11 : ccttggaatcT-------A----CTCAATT-G-AG------AAATTA------TGTTTTG-CTC-T-TC-C-AA-AA-T-AT-C----GA-AA--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATA--AGT-ATTAGTTC-TA-----TCTT-A--T-CA----T----GCAA------TT----------TC----T-------ACT-ATATAGTTTTGATTATATG-CG-ATTG----GGA--ATAAT-TACA--CAT------------AC---TA--T------CGA--A-TGA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GA--GTTTT-----ATTCAGTTCTTGGTATA---GTAC-ATGTAACA-CAT-A-TCCG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|12 : T-------A----CTCAATT-G-AG------A--TTA------TGTTT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AA--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATA--AGT-A-TAGTTC-TA----CTCTT-A--T-CA----T----G-AA------TT----C-----TC----A-------ACT-ATA-TATTTTGAT-ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CAT------------AC---T---T------CGA--AATGA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GA--GTTTT-----A-TCA-GTCTTG---TATATACAT-GT---ACA-CAT-A-T-CG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|13 : A-AACT-AT-C----AA-AG--TTTGA-C-AAAT-T--ACC-GG--GTA--AGG-A-TAGT---TA----ATCTT-A--T-CA----T----G-TG------TTAAGAT-----TTTAAAA-------ACT--CGGC-TTTTGTA-ATATG-TG-ATTG----TGA--ATATTAGATA--CGG------------ACGTGT---G------TGA--ACTA
gi|13 : C---T---C------CAA--ACAAA-A-C--TG-AAT--TGTGT-GC--GTTTA-----C-TCA-TTCtttattgataattctgtactttatctccaaacaaaactgaattgtgtgcgtttactcattcat
gi|14 : aaactatcaaagtttgacaaattaccgggtaaggatagttaatcttatcatgtgttaagattttaaaaactcggcttttgtaatatgtgattgtgaatattagatacggacgtgtgtgaactatttattgataattctgtactttatA-TATTTACG--A--TG-TA-------TA---------------CACA--------AG-ATCAG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AAAT--A----CC-TGT-------------A-CTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAAG--------------ATT--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------CGTCT-G-CTC-CGTC-C-AA-AACT-AT-C----CA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATA--AGT-A-TAGTTat
gi|15 : TATTTC----CT--------T--GA-------AATC--------------A----------------A---TTT-----GGTAG----TGC-G-GA-TATTTACC--A--TC-TA-------C-TG-A--------TA-CATT--------AGT
gi|15 : ggaaagaaaGC-G-GA-TATTTGC---A--TC-TA-------CAT---------------ACA--------TGTATGTG---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGgcggatatttgcatctacatacatgtatgtggtatcacaatttccacg
gi|2 : ggaaagaaatatttccttgaaatcaatttggtagtgcggatatttaccatctactgatacattagtACAGGGG-TCTT-GTGTTTT----CCTTCAGATGC--AA-------GAC---------------A----------------A---TTAAGGATGGCGAGTATAGCAG-GACTATTAACGCAA--TGGTAGAGAATTCGTG-AGTGTAAGCCA-CACACTGCTCACAGTATCTG---GTATTCCAGTC---ATACCT-GCCGCGCCTAACGACGT-TCTAGAG--TGAA-T--AACAGCC-TGTGAGCCCAATAGTTACCTGGTTCT-AGT--AAAA--CAA-GG--------------A-T--------------A-TCCTAAT-CA--TG-------AGAGCTTCAACCAT-AGTTACGCA--TTA------TGTCT-G-CTCTTGTC-CAAA-AACT-AT-CGGAGGA-GG--TTTGACC-AACTGT--ATCAGG--AAAAGAGTAA-TAGTTCTTG----CTC-T-A--C-CAAATCT----G-AGTGCAACTT----T-----TC----A-------ACT-ATA-CATTTTG---AAATG-CGTATTG----
gi|3 : aatTATTTC----CT--------TGAAA-------TA----------------C----------------A---TGA-----GGTAGT---AG--G-GA-TATT-ACG--A--TC-TA-------CTTG----------CA-CATA----------TATCTC---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGC-GT--GAG--T-A--T--A----TC-TGT-------------TCTTC--TCT-TTT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTACGATTA-T--------------A-TC-TACT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-TTC-TGTC-C-TA-AAAT-AT-C----GA-AG--TTTGT-C-AAAT-T--ACC-G------------------TG-TG----TTCTT-A--T-CA----T----G-CG------TT----CAGATTTT----ACAC----ACTCATA-TATTTTA---ATATG-TA-ACTG----AGA--ATATTGTGAA--CGATTTATTTGGTATAC---T---TTATCTACGA--ACAAA-A-T--GG-AAT--TGGAT-GC--GCATT-----C-CCA-TTATTG---T------AT-AT---ACT-CAT-A-T-CG-AA-G-TAGGAC--AT--A-TGACTTCA-ATATAT-ATCAA--ATGAtttgagtgacaagagacaca
gi|4 : aaaaAACAATACGGG-TCTTTGT--TTT----CT--------C--AA-------GA----------------G----------------A---TTA-----GACGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATGTA--------TA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------T---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TG----CTCTA-A--T-CA----T----G-AG------TT----T-----TC----A-------ACT--TAACATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATGATATACA--CGA------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-CGATG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA--TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-TGC-A-T-CG-AA-G-TTAGCT--GC--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAACtaca
gi|5 : TTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------ACAATTCCTTGGAATCAA---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TA-------CAT------------A-CACA--------AGTATATGCAGGTAT------C---ACA--T-GCC-----------CGT-GC--TAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGC-AAAAA--CAAGAG--------------A-TTTGCTTTGGAATATA-TC-TAGT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-G--ATC-GG--TTA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTT-A--T-CA----T----A-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATATAATTTTG---ATATT-CG-ATTG----CGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-G---------------------CTTG---T---------AC---ACA-CAT-A-T-CG-AA-G-TTGGGC--GT--A-TGATCTCC-TAAAAT-ATCAA--CTGA
gi|6 : C-G-GA-TATT-ACG--A--TG-TAG------CCTGTA--------TATCACA--------A-TATCTG---GTAT------T---ATC--T-GCC----------ACGT-GC--GAG----AA-T--A----CCGTGT-------------AC-TG--TCTAGGT-CAAAA--TCAAAG--------------A-T--------------AGTC-TAAT-C---CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTCGC-AATAACT-ATGC----GACAG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAA--GGT-A-TAGTTC-TG----GTCCTAA--T-CA----T----G-A-------TT----T-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATAT--CG-ATTG----GGA--ATGCAATACA--CAG------------AC---T---T-------GA--ACTAAGA-C--TG-AATCGTGGAT-GC--GTTTT-----T-ACA-TTC-TG---TAGC-ACAC-AT---ACATTGC-AGT-CG-AACGTTTAGGCTGGC--ATTGATTTCC-TC-AAT-A-CAA--CTGAtg
gi|7 : AACAACACGGGGTCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GAGAGATTCCTTGGAATCA----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ATGT-G----AG--T-AT-TTCA----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAGGA--------------T-T--------------A-TC-T-AT-CAAGC--------A----CTCAATT-TAAA------A--TCA------TGTCT-GCCTC-TGTC-C-AACAACT-AT-C----GA-AG---TTGA-CGAACT-TTAATC-GG--ATA--AGT-A-TA-TTC-TT----CTCTT-A--T-CA----T------AA------TT----C-----TC----A---------------CATTTTG---AT-TG-CG-ATTG----GGA--A-AAAATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-ACC--TG-AAT--TGGAT-GT--GTTTT-----A-TCA-GTCTTG---CA---
gi|8 : cagacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-TA-AACT-AT-C----GA-AG--ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AG------TT----C-----TCA---A-------ACT-AT-GTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Ctac
gi|9 : aaacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTT-TGTC-C-TA-AACT-AT-C----GA-AG--ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAA--AGT-A-TAGTTC-TT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AG------TT----C-----TCA---A-------ACT-AT-GTAATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Cc
blockSeqs : G GTTTCTAAGAATCAATTCCTTGGAA . AGGAT GTAT A . C T CAA G GAGAATTCGTGAGTGTAAGCCA CTGCTCAC CAG TCCAGT . AT . GCGCCTAACG . TA . G AA AACAG G GAGCCCAATAGTT GT A . . ATTTGCTTACGATTAT G C . AG . GAGC A A TTACGC AA . T C T G A T . G GGAG C . C G G TA A AT T AG A T T T A TT . AATC . C TGCAAC CAGATT TAAAAACTCGGC ATT . T . . . TTTATTTGGTAT GTG TTATCTA . T GA GA . CG . A AT GT GTATA . GTA T A . G C . CGT T TG . T . . .
blockSeqs : . GTTTCTAAGAATCAATTCCTTGGAA . TT T . . . T A . GCCTGTATAT . CAG . . CC . . . . . . T TCA . . . . . . ATTTGCTTTGGAATAT . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . AT T . . . . A . TT . . . . . AAGAT ACACACTCATAT AT . . . . . . . AT . T AC . . . . A A G TATAT . . . A . . . . A T . . . . . .
blockSeqs : . CTCAAGAACAATTCCTTGGAATCA . TT . . . . T A . CATGTATA . CAG . . AT . . . . . . A A . . . . . . ATTTGCTTTCGAAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . C TACTATATA TA . . . . . . . T . T A . . . . C C T TAGC . . . A . . . . A A . . . . . .
blockSeqs : . CTCAAGAGAGATTCCTTGGAATCA . . . . . . A A . CTGATA . . . . . . . . . . . A A . . . . . . ATTTGCTTTCGAAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . C AACTATATA . . . . . . . . G . A A . . . . C C T TA . . . G . . . . G C . . . . . .
blockSeqs : . CCTTCAGATGCAAGACA . . . . . . T A . CTTGCA . . . . . . . . . . . A A . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . T AACTATAGC . . . . . . . . C . A A . . . . C A T CA . . . A . . . . G G . . .
blockSeqs : CTTGAAATCA . . . . . . T A . CACACA . . . . . . . . . . . A A . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . T AAACTATGT . . . . . . . . T . T A . . . . C T G T . . . G . . . . G G . . .
blockSeqs : CTTGAAATAC . . . . . . T A . CACACA . . . . . . . . . . . T A . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . C AAACTATGT . . . . . . . . T . A A . . . . T A . T
blockSeqs : CTCAAGAG . . . . . . T A . CATA . . . . . . . . . . . A A . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . T AACTATAT . . . . . . . . T . T A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . CAT . . . . . . . . . . . A A . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . C AACTATAC . . . . . . . . T . A
blockSeqs : . . . . A . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . C AACTTAAC . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . C AACA . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** A**** CATGACA***************** *** ** A****** ** ******* ****** **** ** N**** **** AACTATAC************* **** ** ** T********* ** A** ** C** N****** TA****** ** **
originalCons : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TC----A-------ACT-ATAGCATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-----A-TCA-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
finalCons : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACGA----TG-TACATGACA-----------------CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-TA------CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTC-TGTC-C-AA-AACT-AT-C----GA-AG--TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANA--AGT-A-TAGTTC-TN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AG------TT----C-----TCAACTATAC-------------ATTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---TT---------CGA--ACTAAA--C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTTN------TCA-TTCTTGTA------ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTCTCAAAAGAATTCCTTGGAATCAATTAGGCTGAGCGGATTT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 1111 555555555555555555555555 11111111 111 11 1111111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777 1111111 1111 11111 1111111111 11111111 1111111111 111 111111111111 1111111111 11 11111111 22222222 111 1 1 11
lowQualScore : 6 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 11111 2222 3 3 3 4 44444 3 333333333333333333333333 0 11111111 777 999999 555 33 3 4444444444 3 55 55 3 33 8888888 3 0000000000000 55 3 3 55 4444444444444444444444444444444 3 3 3 55 0000000 6666 3 3 888888 44 0 888888 3 3 3 3 5 2 2 2 2 2 0000 2 5 2 33 2 77 2 33 5 00000 3 88 3 6666 6666 3 888888 4444444444 44444444 3 0 6666666666 3 333 3 3 6666 44 44 888888888888 555 3333333333 55 1 555 66 4 00 4 999 77 33333333 55555555 5 000 1 1 5 5 1 5 666 6 77 77 5 8 0 8 0 11
lowQualScore : . . ............................................................. ... ..... .... . . . . ..... . ........................ . ........ ... ...... ... .. . .......... . .. .. . .. ....... . ............. .. . . .. ............................... . . . .. ....... .... . . ...... .. . ...... . . . . . . . . . . .... . . . .. . .. . .. . ..... . .. . .... .... . ...... .......... ........ . . .......... . ... . . .... .. .. ............ ... .......... .. . ... .. . .. . ... .. ........ ........ . ... . . . . . . ... . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 7 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 00000 5555 3 3 1 2 33333 1 555555555555555555555555 2 22222222 555 666666 888 88 3 6666666666 6 00 00 6 88 2222222 6 0000000000000 00 6 6 00 4444444444444444444444444444444 6 6 6 00 0000000 5555 1 1 888888 22 8 888888 1 1 1 1 7 9 9 9 9 9 0000 9 7 9 99 9 99 0 99 7 66666 1 55 1 5555 5555 1 888888 2222222222 88888888 1 5 6666666666 1 888 1 1 5555 66 66 666666666666 888 0000000000 55 4 333 11 4 66 4 000 00 77777777 55555555 7 000 4 4 7 7 4 7 000 6 99 99 7 0 8 0 8 00
consensus : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANAAG--TA-TAGTTCTN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AGT------T----C-----TC----A---ACT-ATA--------C-A-TTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-NTC-----A-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
Reference ( family-905 ) : AACAACACGGG-TCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATG-A--------CA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ANAAG--TA-TAGTTCTN----CTCTT-A--T-CA----T----G-AGT------T----C-----TC----A---ACT-ATA--------C-A-TTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-NTC-----A-TTCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-CGT-A-T-CG-AA-G-TTGGNC--GT--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAAC
gi|1 : AACAATACGG--TCTTCGTGTTT-----CT--------C--AA-------GA----------------A----------------AGAATTA-----GACGG----AGC-GTGA-AATTTACG--GACTG-TA-------CATG-T--------AA-CACA--------AGT-TCTG---GTAT------TCATACA--TTGCC----------ACGTTGC--GAAGTT-AA-T--------C-CG--------------ACCTG--TCT-TCTACAAAATACAAAGA--------------A-T--------------A-TC-TAATTCA--CTTTGTCATA----TCAAATT-T-GG------A--TTAATGATATGTCT-C-ATGA-GTC-TAA-AA-CTGAT-CTGA-AGGT--TTTAAAC-AATT-T--ATC-GG--AAAGG--TA-TAGTTCTTAGATCTCTA-A--TTCA----TATGCG-AGT------T----T-----AC----A----CT-ATAACACTTAAC-A-TTTTG---ATATGTCG-ATTGTGGAGGAGGATAAAAT-CAAGCAA------------AA---TGTCT------CGATGACTAA---C--TGCAGTA-TGGATCGCCGATTTT-TTCCAATCA-TTCTT----TAC--ACACTAT---ACATCATTA-TTCGTAA-G-TAGG-C--GTCGA-TGATTTCCCTCAAATAATCAAGCCTGCAC
gi|10 : c----------------A----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------AAGT-GT--GAG--T-AT-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-TT-------------A-TC-TAAT-CA--GC-------A----CTCAATT-T-AA------A--TCA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATAAG--TA-TAGTTCTT----CTC-T-A--T-CA----T----A-AGT------T----C-----TC----A---AC--A------------A-TTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--
gi|11 : ccttggaatcT-------A----CTCAATT-G-AG------AAATTA------TGTTTTG-CTCT--TC-CAA-AA--T-AT-C-GA-AA----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATAAG--TATTAGTTCTA-----TCTT-A--T-CA----T----GCAAT------T----------TC----T---ACT-ATA--------T-AGTTTTGATTATATG-CG-ATTG----GGA--ATAAT-TACA--CAT------------AC---TA--T------CGA--A-TGA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GA--GTTTTATTC-----AGTTCTTGGTATA---GTAC-ATGTAACA-CAT-A-TCCG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|12 : T-------A----CTCAATT-G-AG------A--TTA------TGTTT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AA----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GA--ATAAG--TA-TAGTTCTA----CTCTT-A--T-CA----T----G-AAT------T----C-----TC----A---ACT-ATA--------T-A-TTTTGAT-ATATG-CG-ATTG----GGA--ATAATATACA--CAT------------AC---T---T------CGA--AATGA-A-C--TG-AAT--TGGAT-GA--GTTTT-ATC-----A-GTCTTG---TATATACAT-GT---ACA-CAT-A-T-CG-AA-A-TTGGTC--GT--A-TGAT
gi|13 : A-AA-CT-AT-C-AA-AG----TTTGA-C-AAAT-T--ACC-GG--GTAAG--GA-TAGT--TA----ATCTT-A--T-CA----T----G-TGT------TAAGAT-----TTTAAAA---ACT-CGG--------C---TTTTGTA-ATATG-TG-ATTG----TGA--ATATTAGATA--CGG------------ACGTGT---G------TGA--ACTA
gi|13 : C---T---C------CAA--ACAAA-A-C--TG-AAT--TGTGT-GC--GTTTA-CTC-----A-TTCtttattgataattctgtactttatctccaaacaaaactgaattgtgtgcgtttactcattcat
gi|14 : aaactatcaaagtttgacaaattaccgggtaaggatagttaatcttatcatgtgttaagattttaaaaactcggcttttgtaatatgtgattgtgaatattagatacggacgtgtgtgaactatttattgataattctgtactttatA-TATTTACG--A--TG-TA-------TA---------------CACA--------AG-ATCAG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AAAT--A----CC-TGT-------------A-CTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAAG--------------ATT--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------CGTCT-G-CTCC-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-CA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--ATAAG--TA-TAGTTat
gi|15 : TATTTC----CT--------T--GA-------AATC--------------A----------------A---TTT-----GGTAG----TGC-G-GA-TATTTACC--A--TC-TA-------C-TG-A--------TA-CATT--------AGT
gi|15 : ggaaagaaaGC-G-GA-TATTTGC---A--TC-TA-------CAT---------------ACA--------TGTATGTG---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGgcggatatttgcatctacatacatgtatgtggtatcacaatttccacg
gi|2 : ggaaagaaatatttccttgaaatcaatttggtagtgcggatatttaccatctactgatacattagtACAGGGG-TCTT-GTGTTTT----CCTTCAGATGC--AA-------GAC---------------A----------------A---TTAAGGATGGCGAGTATAGCAG-GACTATTAACGCAA--TGGTAGAGAATTCGTG-AGTGTAAGCCA-CACACTGCTCACAGTATCTG---GTATTCCAGTC---ATACCT-GCCGCGCCTAACGACGT-TCTAGAG--TGAA-T--AACAGCC-TGTGAGCCCAATAGTTACCTGGTTCT-AGT--AAAA--CAA-GG--------------A-T--------------A-TCCTAAT-CA--TG-------AGAGCTTCAACCAT-AGTTACGCA--TTA------TGTCT-G-CTCTTGTC-CAA-AAACT-AT-C-GG-AGGAGGTTTGA-CCAACTGT--ATCAGG--AAAAGAGTAATAGTTCTTG---CTCT--A--C-CAAATCT----G-AGTGCAACTT----T-----TC----A---ACT-ATA--------C-A-TTTTG---AAATG-CGTATTG----
gi|3 : aatTATTTC----CT--------TGAAA-------TA----------------C----------------A---TGA-----GGTAGT---AG--G-GA-TATT-ACG--A--TC-TA-------CTTG----------CA-CATA----------TATCTC---GTAT------C---ACAATT-TCC----------ACGC-GT--GAG--T-A--T--A----TC-TGT-------------TCTTC--TCT-TTT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTACGATTA-T--------------A-TC-TACT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-TTCT-GTC-CTA-AA-AT-AT-C-GA-AG----TTTGT-C-AAAT-T--ACC-G-----------------TGTG----TTCTT-A--T-CA----T----G-CGT------T----CAGATTTT----ACACACTCATA--------T-A-TTTTA---ATATG-TA-ACTG----AGA--ATATTGTGAA--CGATTTATTTGGTATAC---T---TTATCTACGA--ACAAA-A-T--GG-AAT--TGGAT-GC--GCATT-CCC-----A-TTATTG---T------AT-AT---ACT-CAT-A-T-CG-AA-G-TAGGAC--AT--A-TGACTTCA-ATATAT-ATCAA--ATGAtttgagtgacaagagacaca
gi|4 : aaaaAACAATACGGG-TCTTTGT--TTT----CT--------C--AA-------GA----------------G----------------A---TTA-----GACGG----AGC-G-GA-TATTTACG--A--TG-TA-------CATGTA--------TA-CACA--------AGTATCTG---GTAT------T---ACA--T-GCC----------ACGT-GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGG--------------A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAAGG--TA-TAGTTCTG----CTCTA-A--T-CA----T----G-AGT------T----T-----TC----A---ACT-TAA--------C-A-TTTTG---ATATG-CG-ATTG----GGA--ATGATATACA--CGA------------AC---T---T------CGA--ACTAA-A-CGATG-AAT--TGGAT-GC--GTTTT-ATC-----A--TCTTG---TA---ACAC-AT---ACA-TGC-A-T-CG-AA-G-TTAGCT--GC--A-TGATTTCC-TCAAAT-ATCAA--CTGAACtaca
gi|5 : TTGTATTTT----CT--------C--AA-------GA----------------ACAATTCCTTGGAATCAA---TTA-----GGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TA-------CAT------------A-CACA--------AGTATATGCAGGTAT------C---ACA--T-GCC-----------CGT-GC--TAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGC-AAAAA--CAAGAG--------------A-TTTGCTTTGGAATATA-TC-TAGT-CA--CT-------A----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTTT-GTC-CAA-AA-CT-AT-C-GA-AG----TTTGA-C-AACT-G--ATC-GG--TTAAG--TA-TAGTTCTT----CTCTT-A--T-CA----T----A-AGT------T----C-----TC----A---ACT-ATA--------TAA-TTTTG---ATATT-CG-ATTG----CGA--ATAATATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-A-C--TG-AAT--TGGAT-G---------------------CTTG---T---------AC---ACA-CAT-A-T-CG-AA-G-TTGGGC--GT--A-TGATCTCC-TAAAAT-ATCAA--CTGA
gi|6 : C-G-GA-TATT-ACG--A--TG-TAG------CCTGTA--------TATCACA--------A-TATCTG---GTAT------T---ATC--T-GCC----------ACGT-GC--GAG----AA-T--A----CCGTGT-------------AC-TG--TCTAGGT-CAAAA--TCAAAG--------------A-T--------------AGTC-TAAT-C---CT-------G----CTCAATT-T-AG------A--TTA------TGTCT-G-CTCT-GTCGCAATAA-CT-ATGC-GACAG----TTTGA-C-AACT-T--ATC-GG--AAAGG--TA-TAGTTCTG----GTCCTAA--T-CA----T----G-A-T------T----T-----TC----A---ACT-ATAG-------C-A-TTTTG---ATAT--CG-ATTG----GGA--ATGCAATACA--CAG------------AC---T---T-------GA--ACTAAGA-C--TG-AATCGTGGAT-GC--GTTTT-TAC-----A-TTC-TG---TAGC-ACAC-AT---ACATTGC-AGT-CG-AACGTTTAGGCTGGC--ATTGATTTCC-TC-AAT-A-CAA--CTGAtg
gi|7 : AACAACACGGGGTCTTTGTATTTT----CT--------C--AA-------GAGAGATTCCTTGGAATCA----------------A---TTA-----GGCGG----AGC-G-AA-TAT----------------------------------------ACA--------AGTATGTG---GTAT------C---ACA--T-GCC----------ATGT-G----AG--T-AT-TTCA----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAGGA--------------T-T--------------A-TC-T-AT-CAAGC--------A----CTCAATT-TAAA------A--TCA------TGTCT-GCCTCT-GTC-CAACAA-CT-AT-C-GA-AG-----TTGA-CGAACT-TTAATC-GG--ATAAG--TA-TA-TTCTT----CTCTT-A--T-CA----T------AAT------T----C-----TC--------------A--------C-A-TTTTG---AT-TG-CG-ATTG----GGA--A-AAAATACA--CGG------------AC---T---T------CGA--ACAAA-ACC--TG-AAT--TGGAT-GT--GTTTT-ATC-----A-GTCTTG---CA---
gi|8 : cagacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTTT-GTC-CTA-AA-CT-AT-C-GA-AG----ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAAAG--TA-TAGTTCTT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AGT------T----C-----TCA---A---ACT-ATG--------T-A-ATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Ctac
gi|9 : aaacAACAACACGGG-TCTTTGTATTTTGTTTCTAAGAAT--C--AATTCCTTGGA----------------A----------------A---TCATT---AGCGG----AGC-G-GA-TATTTATG--A--TG-TT-------CAC--A--------CA-CA-A--------AGTATCTGCAGGTAT------C---ACG--T-G-----------------GC--GAG--T-AA-T--A----CC-TGT-------------ACCTG--TCT-TGT-CAAAA--CAAAGGATTTGCTTTCGAA-A-T--------------A-TC-TAAT-CA--CT-------A----CTAAATT-T-TG------A--T--------TGTCT-G-CTTT-GTC-CTA-AA-CT-AT-C-GA-AG----ATTGA-C-AACT-T--ACC-GGATAAAAG--TA-TAGTTCTT----CTCTT-ATTT-CA----T----G-AGT------T----C-----TCA---A---ACT-ATG--------T-A-ATTTG---ATATT-C--ATTG----GGA--ATAATATACA--CAG------------AC---T---T------Cc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTCTCAAAAGAATTCCTTGGAATCAATTAGGCTGAGCGGATTT