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Reference ( gi|2 )            :    TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT------GGGA-----G-AA--C-TTCTTTAC-TT----A-T----CTA----TTT-AAGGT--------------TACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACT-TGT-GG-CA--------AA-AC--TC--G---T-AA--TT----CGCG-GA---GGGGCT--G--T-CAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATTTTTACCATTT-----TTCAAGA-G--A--AAGTATGG-AC-TTGCTCTCC--T-AAACTTTT-C-A-TGTT--TAAGAAT-TTTTATATCTTTATGAGCTTA----ATTAATAA-A--TTCC-----TTCCGC--T--G---AACAC---GC-AT-AT---TG-TG-AAA--TT---TT-GCATTGT-TAAGAAGGGC----CT---GTTGA--T-GTTTTC-C--AAA--TA-------------------A-AGTGATACGTAA-TCAT-AGCTGACGTCGACGGGTAATT
gi|5                          :    TAT-TTTT-T----GAAA---A--GT-GTT------GGGA-----GCAA--C-TTC-ATAC-TT----A-T----ATA----TTT-AATG---------------TACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTGTG--GG-C----------A-AC--TCCGG---T-AG--TT----TGCT-GA----GCGCT--G--T-CAA-----TATCAT-T--A-T--ATTTATCTTTACCATTT-----TCAGAGA-GATA--GAGCATGT-AC-TTGCTCTCC----AAACTTTT-C-A-TG-T--GAAGAAT-TTTTATATTTTTTTGAGTTT-----ATTAGTAA-A--TTC-------TTAGC--T--GGT-AACAC---GC-AT-AT---TG-TGAAAA--TT---TT-GCAT--T-TAAGCATTGT----CT---CTTAA--T-GTTTTC-C--AAATTTA-------------------A-AATGTTACGTAA-
gi|13                         :     ATATTTT-TTTACGAGA---A--AT-GTT------TGGGTTAACG-AATGC-TCGTATAC-TTTAC-ACT----TTA----TTT-AAAGG--------------TACGG--T-ATCTA-AAC----GCACT-TGT-GG-C----------A-AC--TCCGG---T-AATGTT----GGCGAGAAAGAGAGCT--GCTC-CAT-----TAT-AG-T--G-CGCATTGGATTTTAATATAT-----TTCAAGG-G--
gi|3                          :       ATTTTGT----GAAA---A--GT-ATT------GGGA-----GCAA--C-TTCTT-GC-TA----A-T----ATT----TTT-AAGGT---------------GCGG--C-ATCTA-AAC----G-ACT--GT-TG--A--------AA-AT--TG--GGG-T-AA--AT----TGCT-GA---TCG-CT--C--T-CAA-----TAT-GT-T--GTC---TTCATTTTTATCATGT-----T----GA-G--ATTGAGTATGA-AC-TTGCTCCCC----AAACATTT-C-A-TGTTGATAATTTT-TTTTATATCTATA-GAGCTTA-----TCAATGA-A--TTC-------TCAGT--T--GGT-AACAC---GC-AT-AT---CC-TT-AAAT-TT---TT-GCA-TG--TAAGAAGAAC----ATCAAG-TGA--T-GTTTTA-C--AAA-------------------------------ACATA-------AGCTGACGT-AACGGGTTATT
gi|4                          :      cATTTT-T----TTAA---A--GT-GT-------GGAA-----G-GA--A-TT--TTACATT----A------ATA----TTG-AAGGC--------------T------T-GTTTATAAA----G-TCT--GT-GG-GC--------AA-GC--CC--G---TTAA--AT----CACT-AA---TAT-CT--G--C-CAA-----TAT-TT-T--G-CA--TTGTTTTTTATCATGT-----TC--ATA-T--A--AAGTATGC-AC-TTGATCCCCAAT-AAA---TT-C-A-TGTT---AAGAAT-TGTAATATCTTTTTGAACTT-----ATCAAAAG-G--T--------TTCAGC--TAGA---AATAT---GC-TT-TC---CC-TGAAAA--TT---TT-GAA-TG--CAACA--GGC-------------------TTTTCAA--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACATAA-TTATAAACTTTTGTC-ACGGATAATTgtaac
gi|10                         :        TTTT-T----GAAA---AAAGT-GTT------GGGA-----ACAA--C-TT-TTTAC-TT----A-T----ATT----TTT-AAGA---------------TACGG--T-ATC-A-AAA----A-AAG-TGTGGG-C----------A-AC--TCCGG---T-AA--TT----CGCT-GA----GCGCT--G--T-TAC-----TGT-AT-T--G--A-ATTGATTTTGACCA-TT-----TTCAA-A-G--A--ACGTATGC-AC-TTGCT-TTC--G-AAACTTTT-C-A-TA-T--CAAAAAT-TTGTATATCTTTTTGAGCTT-----ATTAATAA-A--TTC-------TTAGC--T--GGT-AACAC---GC-AT-AT---Tattatg
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gi|21                         : tcataatTTTT-T----GAAA---AA-GT-GTT------GGAG-----GCAA--C-TTTCTTAC-TTTATAA-T----CTAGGTGTTC-AA------------------ACGG--T-ATCaatt
gi|7                          :        tTTT-T----GAAA---A--GTCGTT------GGGT-----G-CA--C-TTCTTTAC-TT----A------ATA----TTTTAAGGC---------------ACGG--T-ATCTA-AA-----G-ACT--GT-GG-CA--------AA-GT--CC--G---T-----TT----TGCG-GC---AGGTCT--G--T-CAA-----TAT-GTAT--T-CA-ATTG-TTTTTACCATTT-----TC--AGA-A--A--AAGTA-GC-AT-TTGCTCTCC--T-AA-CTTTT-C-AATGTT--AAGAAAG-TTTTATATCTTTTTGAACTTA-----TTAATAA-A--TC--------TCCGC--T--GGT-AACAC---GC-AT-AT---TG-TG-AAAACTT---TTAGCAT-GT-TAAGAAGGG-----CT---G-TGT--T-GTTTCG-A--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGcgtgtttcacaaaagctgtgggcaac
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gi|6                          :                                                             gatacacatactctagacttgcatgtattttttctgtctgacaacgttatgggcagcaactctggcttaacacgg-TGT-AG-AC--------AA-AC--CC--GG--T-AA--TT----CGCT-GA---TGA-TT--G--T-CAA-----TAT-GT-T-------ATTGATTTATAGCATATGTACATGTAATATA--A--AATTATGC-AA-TTGCTCTCA--T--AATTTTT-C-A-TG-C--AAAGGAT-TTGTATTTCCTTTTAAGTGCA------TAA-AA-A--T--------GTTAGC--T--GGT-AATAA---GC-ATGAT---CT-TG-AAC--TT---TT-GTGTAG---AAGTAGGGC----CT---CTTGA--T-GTTTTC-C---AA--CA-------------------A----------TAA-TT-C-AGCTGACGTC-ACGGGAAATT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AGATACATATTCTGGATATATTTTGTTTGGAACAACTGCCTCGTACAGTAATGGTATGGTATCAATAGGGATGTGAACAAATCCTATAATCACTTATGACTGTGAAAAAGTGGATAAATTATGTAGCATTTTTAGTTTGAGCATATATTTCCTGCCAGTAGTATTCATATAACGGATTTCTATTTCTGGTTTGATATATCAATAAATGTTCAGTGGGTACCCTGCAGCTTTCGTTGGTACATGTAAGCAGGGCTATCCAAAAATGAAATATTGAGTGATTTTCAGTTGAGGTCATGGAAATGACCATGACTGGAATTTTTAGTA






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consensus                     :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAGCTTA-ATCAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCGACGGGTAATT
Reference ( family-888 )      :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------N-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTT--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAGCTTA-ATTAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCAACGGGTAATT
gi|1                          :             TATATTTT-------------------GTT---TG-G--AA-CAA------CTGC-------C-TC-GTA-----------------CA-G--T-AAT-GGT------ATGG--T-ATC-A-ATA----G-GGATGT-GAACA--------AA-TCC--T--A---T-AAT-CACTT-ATG---------A-------CTG--TGAA-----AAA-GT-G--G----ATAAATTATGTAGCAT--TTTT--AG-T--------T----TGAGCAT-ATAT-TT--CCTGC--C-AGTAGTATT-C-ATATA-ACG-GAT-TTCT---ATTTCTGGT--TTGA---TATATCAATAA-A--TGT-------TCAGTGGG--TA------C-CCT-----GC-AGCT-TT---CG-T----------TG--GT-ACAT-G--TAAGCAGGGC------------------TATCCAAAAA--TG-------------------A-AATATTGAGTGATTTT-CAGTTGAGGTCA
gi|10                         : agatacatattctggaTTTT-T----GAAA---AAAGT-GTT---GG-G--AA-CAA------CTT-TT---TAC-TT-ATA-----------------TT-T--T-TAA-GAT------ACGG--T-ATC-A-AAA----A-AAGTGTGGG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AATTCGCTG-AGC---------G-------CTG--TTAC-----TGT-AT-T--G--A-ATTGATT-TTGACCAT--TTTC--AA-A--------G----AACGTAT-GCAC-TTGCT-TTC--G-AA-ACTTTT-C-ATATC-AAA-AAT-TTGT---ATATCTT-T--TTGAGCTT--ATTAATAA-A--TTC-------TTAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---tggaaatgaccatgactggaatttttagta
gi|11                         :                                          T---GG-GC-AG-CAA------CTC--T---GGC-TT-A-A-----------------CA-C--GGTAATGAT------ACGAGTT-ATCCA-ATA----G-GAATGT-GGACA--------AACACCA-C---------ATTCACTG-ATA---------A-------CTG--TCAA-----TAC-TT-TTAA-TA-ATTAA---AATATCAT--GTTT--AGTT--------G----CGAGTAT-GAAT-TTGCTCTTC----AT-ATTTTT-C-ATG-T-AAG-GATATTCT---At
gi|12                         :                                                                                                           gatacacatactctagacttgcatgtattttttctgtctgacaacgtta--------AA-ACC--C--AA--T-GATTCGCTG-ATG---------A-------CTG--TAAT-----TAT-GT-T-------ATGAAAT-TATAGCAT--GTTT--AA-T--------A----TAAATAT-GCAA-TTGCTCTCA----GA-ATTTTT-C-ATGTA-AAG-GAT-TTTT---GTTTCTT-T--TTGAGTATATAAAAAAAA-A--CCCCAAACATTCACCTGG--TA------A-C-C------T-A--T-ATAAACT-TA-AA---C--TT--TT---AT-GTATAAGTAGGACCTC-----TTGA--T-GTTT
gi|13                         :              ATATTTT-TTTACGAGA---A--AT-GTTT--GG-GTTAA-CGA------ATGCTCGTATAC-TTTACACTT--------------TA-T--T-TAAAGGT------ACGG--T-ATCTA-AAC----GCACTTGT-GG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AAT--GTTG-GCGAGAAAGAGAG-------CTGCTCCAT-----TAT-AG-T--G-CGCATTGGAT-TTTAATAT--ATTT--CA-A--------G----GG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TC--AG-A--------T----AGAGCAT-TCAC-ATGTTCCCC----AA-ACTTTT-G-ATGGT-AAG-A---CTTT---ATATCTT-T--TTGAATTTA--CTGATAAGA--TTC--------CAGCGGGGGTG------A-CAC-----GG-A--T-AT---CC-TG-AA---AC-TT--TT-GCAT-CT---AGAAGGACATC-----TTGA--T-GTTTTTCATAAA--TA-------------------A-A
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CAC-----GCCA--T-AT---TG-T--AA---A--TT--TGAGCAT-GT--AAGAAGGGCGCCACTAGTTGAGGTAGTTTTCC--AGA--TATAAAATCACTAAAAAGTATATAGTGTTACGTAA-TCA-TAGCTGACGTCGTCACGTAAttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAGCTTA-GTAAAAAA-AAATT--------TCCGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TG-GCAT-A--TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCCAAAAA--TA-------------------A-AGTGTTAC
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                    -GT-T--G-TA--TTGATT-TTTACCAT--TTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GTAC-TTGATCTCC----AA-ACTTTT-T-ATGTT-AAG-AAT-GTTT---ATATCTT-T--TTGAGC-TA-ATCAATAA-A--TTA-------TCagta
gi|2                          :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG--AA------CTTCTT---TAC-TT-ATC-----------------TA-T--T-TAA-GGTT-----ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACT--C--G---T-AATTCGCGG-AGG---------GG------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--TTTTCAAG-A--------G----AAAGTAT-GGAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTTTAAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--ATGAGCTTA-ATTAATAA-A--TTCCT-----TCCGCTG----A------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---A--TT--TT-GCATTGT-TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGATACGTAA-TCA-TAGCTGACGTCGACGGGTAATT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tCAGCTGG--TACATGTAA-CGC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---AA-TG--TT-GCAT-GT--AAGAAGGACCTC-----TTGA--T-CTTTTCC--AAA--AA-------------------T-AGTGTTATGTAA-cgtgtttcacaaaagctgtgggcaac
gi|3                          :                ATTTTGT----GAAA---A--GT-ATT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT----GC-TA-ATA-----------------TT-T--T-TAA-GGT------GCGG--C-ATCTA-AAC----G-ACT-GT-TG--A--------AA-ATT--G--GGG-T-AAATTGCTG-ATC---------G-------CTC--TCAA-----TAT-GT-T--GTC---TTCATT-TTTATCAT--GTTG--AG-A--------T----TGAGTAT-GAAC-TTGCTCCCC----AA-ACATTT-C-ATGTT-GAT-AAT-TTTTTTTATATCTA-T--A-GAGCTTA--TCAATGA-A--TTC-------TCAGTTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CC-TT-AA---AT-TT--TT-GCAT-G--TAAGAAGAACATCAA---GTGA--T-GTTTTAC--AAA-------------------------------ACATA-------AGCTGACGT-AACGGGTTATT
gi|4                          :               cATTTT-T----TTAA---A--GT-GT----GG-A--AG-GAA------TTT------TACATT-A-A-----------------TA-T--T-GAA-GGC---------T--T-GTTTATAAA----G-TCT-GT-GG-GC--------AA-GCC--C--G---TTAAATCACTA-ATA---------T-------CTG--CCAA-----TAT-TT-T--G-CA--TTGTTT-TTTATCAT--GTTC--AT-A--------T----AAAGTAT-GCAC-TTGATCCCCAAT-AA-A---TT-C-ATGTT-AAG-AAT-TGTA---ATATCTT-T--TTGAACTT--ATCAA-AA-G--GTT-------TCAGCTAG--AA------A-TAT-----GC-T--T-TC---CC-TGAAA---A--TT--TT-GAAT-G--CAACA--GGCTTT-----TCAA-------------AAA--TA-------------------A-AGTGTTACATAA-TTATAAACTTTTGTC-ACGGATAATTgtaac
gi|5                          :             TAT-TTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCAT----AC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-TGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-AC-TGTGGG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AGTTTGCTG-AGC---------G-------CTG--TCAA-----TATCAT-T--A-T--ATTTATC-TTTACCAT--TTTC--AG-A--------GAGATAGAGCAT-GTAC-TTGCTCTCC----AA-ACTTTT-C-ATGTG-AAG-AAT-TTTT---ATATTTT-T--TTGAGTTT--ATTAGTAA-A--TTC-------TTAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TT-GCAT--T-TAAGCATTGTCTC-----TTAA--T-GTTTTCC--AAATTTA-------------------A-AATGTTACGTAA-attatg
gi|6                          :                                                                            -TT-ATA-----------------CA-G--T-AAT-GAT------ATGA--T-TTCAA-TAG----G-AAT-GT-AG-AC--------AA-ACC--C--GG--T-AATTCGCTG-ATG---------A-------TTG--TCAA-----TAT-GT-T-------ATTGATT-TATAGCAT--ATGT--AC-ATGTAATATA----AAATTAT-GCAA-TTGCTCTCA--T-AA--TTTTT-C-ATGCA-AAG-GAT-TTGT---ATTTCCT-T--TTAAGTGCA---TAA-AA-A--TGT-------T-AGCTGG--TA------A-TAA-----GC-A--TGAT---CT-TG-AA---C--TT--TT-G--T-GTAGAAGTAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AA---CA-------------------A----------TAA-TT--CAGCTGACGTC-ACGGGAAATT
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gi|8                          :              ttaTTTT-T----CAAAGCAA--GT-GTTTATGGTG--AGACAATTGAACCTTCTT---TAC-TT-ATAGGCTTATTTAATATATGTA-TCTT-TAA-AAT------ATGG--TCATCTA-AAAAGGAG-ACTCGG-GG-CAGACACATTAA-ACAGGC--GGGGT-AATT-GCTACATG---------AAGAGCCTCTG--TCAAGGTATTAT-GT-T--G-TA--TTGATT-TTTACCATTCTTTC--AG-A--------G----AAAGTATGGCACTTTGCTCTCC--TAAA-ACTTTT-C-----T-ATG-AAT-T
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consensus                     :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAG--CTTA-ATCAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCGACGGGTAATT
Reference ( family-888 )      :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAG--CTTA-ATCAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCGACGGGTAATT
gi|1                          :             TATATTTT-------------------GTT---TG-G--AA-CAA------CTGC-------C-TC-GTA-----------------CA-G--T-AAT-GGT------ATGG--T-ATC-A-ATA----G-GGATGT-GAACA--------AA-TCC--T--A---T-AAT-CACTT-ATG---------A-------CTG--TGAA-----AAA-GT-G--G----ATAAATTATGTAGCAT--TTTT--AG-T--------T----TGAGCAT-ATAT-TT--CCTGC--C-AGTAGTATT-C-ATATA-ACG-GAT-TTCT---ATTTCTGGT--TTGA-----TATATCAATAA-A--TGT-------TCAGTGGG--TA------C-CCT-----GC-AGCT-TT---CG-T----------TG--GT-ACAT-G--TAAGCAGGGC
gi|10                         : agatacatattctggaTTTT-T----GAAA---AAAGT-GTT---GG-G--AA-CAA------CTT-TT---TAC-TT-ATA-----------------TT-T--T-TAA-GAT------ACGG--T-ATC-A-AAA----A-AAGTGTGGG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AATTCGCTG-AGC---------G-------CTG--TTAC-----TGT-AT-T--G--A-ATTGATT-TTGACCAT--TTTC--AA-A--------G----AACGTAT-GCAC-TTGCT-TTC--G-AA-ACTTTT-C-ATATC-AAA-AAT-TTGT---ATATCTT-T--TTGAG--CTT--ATTAATAA-A--TTC-------TTAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---tatccaaaaatgaaatattgagtgattttcagttgaggtcatggaaatgaccatgactggaatttttagta
gi|11                         :                                          T---GG-GC-AG-CAA------CTC--T---GGC-TT-A-A-----------------CA-C--GGTAATGAT------ACGAGTT-ATCCA-ATA----G-GAATGT-GGACA--------AACACCA-C---------ATTCACTG-ATA---------A-------CTG--TCAA-----TAC-TT-TTAA-TA-ATTAA---AATATCAT--GTTT--AGTT--------G----CGAGTAT-GAAT-TTGCTCTTC----AT-ATTTTT-C-ATG-T-AAG-GATATTCT---At
gi|12                         :                                                                                                           gatacacatactctagacttgcatgtattttttctgtctgacaacgtta--------AA-ACC--C--AA--T-GATTCGCTG-ATG---------A-------CTG--TAAT-----TAT-GT-T-------ATGAAAT-TATAGCAT--GTTT--AA-T--------A----TAAATAT-GCAA-TTGCTCTCA----GA-ATTTTT-C-ATGTA-AAG-GAT-TTTT---GTTTCTT-T--TTGAG--TATATAAAAAAAA-A--CCCCAAACATTCACCTGG--TA------A-C-C------T-A--T-ATAAACT-TA-AA---C--TT--TT---AT-GTATAAGTAGGACCTC-----TTGA--T-GTTT
gi|13                         :              ATATTTT-TTTACGAGA---A--AT-GTTT--GG-GTTAA-CGA------ATGCTCGTATAC-TTTACACTT--------------TA-T--T-TAAAGGT------ACGG--T-ATCTA-AAC----GCACTTGT-GG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AAT--GTTG-GCGAGAAAGAGAG-------CTGCTCCAT-----TAT-AG-T--G-CGCATTGGAT-TTTAATAT--ATT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TC--AG-A--------T----AGAGCAT-TCAC-ATGTTCCCC----AA-ACTTTT-G-ATGGT-AAG-A---CTTT---ATATCTT-T--TTGAA--TTTA-CT-GATAAGA--TTC--------CAGCGGGGGTG------A-CAC-----GG-A--T-AT---CC-TG-AA---AC-TT--TT-GCAT-CT---AGAAGGACATC-----TTGA--T-GTTTTTCATAAA--TA-------------------A-Atcaaggg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -CAC-----GCCA--T-AT---TG-T--AA---A--TT--TGAGCAT-GT--AAGAAGGGCGCCACTAGTTGAGGTAGTTTTCC--AGA--TATAAAATCACTAAAAAGTATATAGTGTTACGTAA-TCA-TAGCTGACGTCGTCACGTAAttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAG--CTTA-GTAAAAAA-AAATT--------TCCGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TG-GCAT-A--TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCCAAAAA--TA-------------------A-AGTGTTAC
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gi|2                          :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG--AA------CTTCTT---TAC-TT-ATC-----------------TA-T--T-TAA-GGTT-----ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACT--C--G---T-AATTCGCGG-AGG---------GG------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--TTTTCAAG-A--------G----AAAGTAT-GGAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTTTAAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--ATGAG--CTTA-ATTAATAA-A--TTCCT-----TCCGCTG----A------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---A--TT--TT-GCATTGT-TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGATACGTAA-TCA-TAGCTGACGTCGACGGGTAATT
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gi|5                          :             TAT-TTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCAT----AC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-TGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-AC-TGTGGG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AGTTTGCTG-AGC---------G-------CTG--TCAA-----TATCAT-T--A-T--ATTTATC-TTTACCAT--TTTC--AG-A--------GAGATAGAGCAT-GTAC-TTGCTCTCC----AA-ACTTTT-C-ATGTG-AAG-AAT-TTTT---ATATTTT-T--TTGAG--TTT--ATTAGTAA-A--TTC-------TTAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TT-GCAT--T-TAAGCATTGTCTC-----TTAA--T-GTTTTCC--AAATTTA-------------------A-AATGTTACGTAA-attatg
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gi|8                          :              ttaTTTT-T----CAAAGCAA--GT-GTTTATGGTG--AGACAATTGAACCTTCTT---TAC-TT-ATAGGCTTATTTAATATATGTA-TCTT-TAA-AAT------ATGG--TCATCTA-AAAAGGAG-ACTCGG-GG-CAGACACATTAA-ACAGGC--GGGGT-AATT-GCTACATG---------AAGAGCCTCTG--TCAAGGTATTAT-GT-T--G-TA--TTGATT-TTTACCATTCTTTC--AG-A--------G----AAAGTATGGCACTTTGCTCTCC--TAAA-ACTTTT-C-----T-ATG-AAT-T
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lowQualScore                  :                     0 5555    999999  0   000  6 66  6   555555   0000000  3  3 5 22222222222222222  3333 3   7   999999    22 1   8 3   1111 3 555  7  55555555555  44  555555555 1         999999999999999999999   22    77777   9  9 99999999      9    4   999   99  2222222222222222      9    9         5555  7      7 7     5   5   5    777  1    9 99     5555 11111  6  9 99   2222222        77  777777 5   22222  4 22 4  666666  5  333333  44  44   5 111   9        33333    77 7       88   44444444444444444444444 1    5       0  111         33          
consensus                     :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAG--CTTA-ATCAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCGACGGGTAATT
Reference ( family-888 )      :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAG--CTTA-ATCAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCGACGGGTAATT
gi|1                          :             TATATTTT-------------------GTT---TG-G--AA-CAA------CTGC-------C-TC-GTA-----------------CA-G--T-AAT-GGT------ATGG--T-ATC-A-ATA----G-GGATGT-GAACA--------AA-TCC--T--A---T-AAT-CACTT-ATG---------A-------CTG--TGAA-----AAA-GT-G--G----ATAAATTATGTAGCAT--TTTT--AG-T--------T----TGAGCAT-ATAT-TT--CCTGC--C-AGTAGTATT-C-ATATA-ACG-GAT-TTCT---ATTTCTGGT--TTGA-----TATATCAATAA-A--TGT-------TCAGTGGG--TA------C-CCT-----GC-AGCT-TT---CG-T----------TG--GT-ACAT-G--TAAGCAGGGC
gi|10                         : agatacatattctggaTTTT-T----GAAA---AAAGT-GTT---GG-G--AA-CAA------CTT-TT---TAC-TT-ATA-----------------TT-T--T-TAA-GAT------ACGG--T-ATC-A-AAA----A-AAGTGTGGG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AATTCGCTG-AGC---------G-------CTG--TTAC-----TGT-AT-T--G--A-ATTGATT-TTGACCAT--TTTC--AA-A--------G----AACGTAT-GCAC-TTGCT-TTC--G-AA-ACTTTT-C-ATATC-AAA-AAT-TTGT---ATATCTT-T--TTGAG--CTT--ATTAATAA-A--TTC-------TTAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---tatccaaaaatgaaatattgagtgattttcagttgaggtcatggaaatgaccatgactggaatttttagta
gi|11                         :                                          T---GG-GC-AG-CAA------CTC--T---GGC-TT-A-A-----------------CA-C--GGTAATGAT------ACGAGTT-ATCCA-ATA----G-GAATGT-GGACA--------AACACCA-C---------ATTCACTG-ATA---------A-------CTG--TCAA-----TAC-TT-TTAA-TA-ATTAA---AATATCAT--GTTT--AGTT--------G----CGAGTAT-GAAT-TTGCTCTTC----AT-ATTTTT-C-ATG-T-AAG-GATATTCT---At
gi|12                         :                                                                                                           gatacacatactctagacttgcatgtattttttctgtctgacaacgtta--------AA-ACC--C--AA--T-GATTCGCTG-ATG---------A-------CTG--TAAT-----TAT-GT-T-------ATGAAAT-TATAGCAT--GTTT--AA-T--------A----TAAATAT-GCAA-TTGCTCTCA----GA-ATTTTT-C-ATGTA-AAG-GAT-TTTT---GTTTCTT-T--TTGAG--TATATAAAAAAAA-A--CCCCAAACATTCACCTGG--TA------A-C-C------T-A--T-ATAAACT-TA-AA---C--TT--TT---AT-GTATAAGTAGGACCTC-----TTGA--T-GTTT
gi|13                         :              ATATTTT-TTTACGAGA---A--AT-GTTT--GG-GTTAA-CGA------ATGCTCGTATAC-TTTACACTT--------------TA-T--T-TAAAGGT------ACGG--T-ATCTA-AAC----GCACTTGT-GG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AAT--GTTG-GCGAGAAAGAGAG-------CTGCTCCAT-----TAT-AG-T--G-CGCATTGGAT-TTTAATAT--ATT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    TC--AG-A--------T----AGAGCAT-TCAC-ATGTTCCCC----AA-ACTTTT-G-ATGGT-AAG-A---CTTT---ATATCTT-T--TTGAA--TTTA-CT-GATAAGA--TTC--------CAGCGGGGGTG------A-CAC-----GG-A--T-AT---CC-TG-AA---AC-TT--TT-GCAT-CT---AGAAGGACATC-----TTGA--T-GTTTTTCATAAA--TA-------------------A-Atcaaggg
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gi|2                          :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG--AA------CTTCTT---TAC-TT-ATC-----------------TA-T--T-TAA-GGTT-----ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACT--C--G---T-AATTCGCGG-AGG---------GG------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--TTTTCAAG-A--------G----AAAGTAT-GGAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTTTAAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--ATGAG--CTTA-ATTAATAA-A--TTCCT-----TCCGCTG----A------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---A--TT--TT-GCATTGT-TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGATACGTAA-TCA-TAGCTGACGTCGACGGGTAATT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tCAGCTGG--TACATGTAA-CGC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---AA-TG--TT-GCAT-GT--AAGAAGGACCTC-----TTGA--T-CTTTTCC--AAA--AA-------------------T-AGTGTTATGTAA-cgtgtttcacaaaagctgtgggcaac
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gi|4                          :               cATTTT-T----TTAA---A--GT-GT----GG-A--AG-GAA------TTT------TACATT-A-A-----------------TA-T--T-GAA-GGC---------T--T-GTTTATAAA----G-TCT-GT-GG-GC--------AA-GCC--C--G---TTAAATCACTA-ATA---------T-------CTG--CCAA-----TAT-TT-T--G-CA--TTGTTT-TTTATCAT--GTTC--AT-A--------T----AAAGTAT-GCAC-TTGATCCCCAAT-AA-A---TT-C-ATGTT-AAG-AAT-TGTA---ATATCTT-T--TTGAA--CTT--ATCAA-AA-G--GTT-------TCAGCTAG--AA------A-TAT-----GC-T--T-TC---CC-TGAAA---A--TT--TT-GAAT-G--CAACA--GGCTTT-----TCAA-------------AAA--TA-------------------A-AGTGTTACATAA-TTATAAACTTTTGTC-ACGGATAATTgtaac
gi|5                          :             TAT-TTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCAT----AC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-TGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-AC-TGTGGG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AGTTTGCTG-AGC---------G-------CTG--TCAA-----TATCAT-T--A-T--ATTTATC-TTTACCAT--TTTC--AG-A--------GAGATAGAGCAT-GTAC-TTGCTCTCC----AA-ACTTTT-C-ATGTG-AAG-AAT-TTTT---ATATTTT-T--TTGAG--TTT--ATTAGTAA-A--TTC-------TTAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TT-GCAT--T-TAAGCATTGTCTC-----TTAA--T-GTTTTCC--AAATTTA-------------------A-AATGTTACGTAA-attatg
gi|6                          :                                                                            -TT-ATA-----------------CA-G--T-AAT-GAT------ATGA--T-TTCAA-TAG----G-AAT-GT-AG-AC--------AA-ACC--C--GG--T-AATTCGCTG-ATG---------A-------TTG--TCAA-----TAT-GT-T-------ATTGATT-TATAGCAT--ATGT--AC-ATGTAATATA----AAATTAT-GCAA-TTGCTCTCA--T-AA--TTTTT-C-ATGCA-AAG-GAT-TTGT---ATTTCCT-T--TTAAGTGCATA-A-----AA-A--TGT-------T-AGCTGG--TA------A-TAA-----GC-A--TGAT---CT-TG-AA---C--TT--TT-G--T-GTAGAAGTAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AA---CA-------------------A----------TAA-TT--CAGCTGACGTC-ACGGGAAATT
gi|7                          :                 tTTT-T----GAAA---A--GTCGTT---GG-G--TG-C-A------CTTCTT---TAC-TT-A-A-----------------TATT--T-TAA-GGC------ACGG--T-ATCT--AAA----G-AC-TGT-GG-CA--------AA-GTC--C--G---T---TTTGCGGCAGG---------T-------CTG--TCAA-----TAT-GTAT--T-CA-ATTG-TT-TTTACCAT--TTTC--AG-A--------A----AAAGTA--GCAT-TTGCTCTCC--T--A-ACTTTT-CAATGTT-AAGAAAG-TTTT---ATATCTT-T--TTGAA--CTT--ATTAATAA-A---TC-------TCCGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---AACTT--TTAGCAT-GT-TAAGAAGGGC--T-----GTGT--T-GTTTCGA--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGtccacgggggaacttatagta
gi|8                          :              ttaTTTT-T----CAAAGCAA--GT-GTTTATGGTG--AGACAATTGAACCTTCTT---TAC-TT-ATAGGCTTATTTAATATATGTA-TCTT-TAA-AAT------ATGG--TCATCTA-AAAAGGAG-ACTCGG-GG-CAGACACATTAA-ACAGGC--GGGGT-AATT-GCTACATG---------AAGAGCCTCTG--TCAAGGTATTAT-GT-T--G-TA--TTGATT-TTTACCATTCTTTC--AG-A--------G----AAAGTATGGCACTTTGCTCTCC--TAAA-ACTTTT-C-----T-ATG-AAT-T
gi|9                          :                                                                                                                      tcataat--T-ATCAA-TAA----G-AAT-GT-AGACA--------TC-ACC--CCAG---T-AATTCACTG----------------------T---TCAA-----TAT-GT-T--G----ATAAATT-AT-AGCAT--GTGT--AG-T--------T----TGAGTAT-ACAT-TTGCTCTCA--T-CA---TTTTAC-ATGTA-AAG-G---TTTT---AAATTTT-TGTTTTAG----TATATCAATAA-A--TGT-------TCGGCTGG--TA------A--ACCCCTTGT-G--T-AT----G-CG-AA---C--TT--TT-GTTT-AT--AAGTAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCTAAAAA--TA-------------------A-AGTGTTGCGTGA-T


blockSeqs                     :                     G TTAC    GCAA    C   TAT  T TT  A   TTGAAC   CTCGTAT  A  T T GGCTTATTTAATATATG  TCT  G   T   GTTCAA    GT C   C T   AGGA C AGT  G  CAGACACATT   CA  GGCGGGG   T         GCGAGAAAGAGAG           CT    GGTAT   C  A TAATAA        .    C   TCT   CA  ATGTAATATAA           G    T         AAT   .      A A     T   A   A    TTT       . GT     TGCA ATAAA  T  G AA   CAAACAT        GG  CATGTA A   CCCTT  C .  G  AAACT   A  AATA    AA  AG   T TAT   T        ACTAG    GG A       AA   TATAAAATCACTAAAAAGTAT   T    T       T  ATA         CG
blockSeqs                     :                     . .       AAA     .   T    . C   .   .        CTTT     .  . C CTT                TT   .   A   T         .  .   T .   .    . AAT  G  ACA          T   GGGG      .         CATGAAGAGCCT            .     .       .  . GCGCA         .    T   T     .   AGAGATA               .    .         TA    .      . .     .   .   .    .         . .      CT   ATATC  A  . .    CT             .   .      .   .      . .  .  TGA     A  AAC     .   AG   . TAG   A        AA       .  .       AA   ACAA                    .    A       .  AA          A 
blockSeqs                     :                     . .       AA      .   .    . .   .   .        TCTT     .  . T .                  T    .   .   .         .  .   T .   .    . CTT  .  ACA          A   CCAG      .         AGGGG                   .     .       .  . GCAA          .    G   G     .   TTGC                  .    .         G     .      . .     .   .   .    .         . .      TA   AGTA   T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  CC      A  AC      .   G    . TT    A        .        .  .       .    AATA                    .    C       .  AT          C 
blockSeqs                     :                     . .       A       .   .    . .   .   .        CTTT     .  . T .                  C    .   .   .         .  .   T .   .    . CTT  .  CA           T   CAA       .         CAGGT                   .     .       .  . TCAA          .    A   G     .   AGA                   .    .         T     .      . .     .   .   .    .         . .      TT   AATC   A  . .    .              .   .      .   .      . .  .  TG      .  AA      .   G    . TT    A        .        .  .       .    TTTA                    .    T       .  AA          A 
blockSeqs                     :                     . .       A       .   .    . .   .   .        CTTT     .  . T .                  T    .   .   .         .  .   T .   .    . CTC  .  CA           A   CGG       .         AGCG                    .     .       .  . GAA           .    C   A     .   TAT                   .    .         T     .      . .     .   .   .    .         . .      CT   AATT   T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  TG      .  AT      .   G    . TT    A        .        .  .       .    TA                      .    T       .  C           C 
blockSeqs                     :                     . .       A       .   .    . .   .   .        TTT      .  . T .                  T    .   .   .         .  .   T .   .    . CT   .  CA           A   GG        .         ATAA                    .     .       .  . GTA           .    C   T     .   ATA                   .    .         T     .      . .     .   .   .    .         . .      TT   ATT    T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  TG      .  C       .   G    . T     A        .        .  .       .    TA                      .    T       .  .           C 
blockSeqs                     :                     . .       A       .   .    . .   .   .        CTT      .  . T .                  A    .   .   .         .  .   A .   .    . CT   .  GC           G   AC        .         ATGA                    .     .       .  . GTC           .    T   T     .   AGA                   .    .         T     .      . .     .   .   .    .         . .      CT   ACT    T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  TG      .  A       .   G    . T     A        .        .  .       .    AA                      .    T       .                
blockSeqs                     :                     . .       A       .   .    . .   .   .        CAT      .  . T .                  T    .   .   .         .  .   T .   .    . CT   .  CA           T   GG        .         ATCG                    .     .       .  . GCA           .    T   G     .   AGA                   .    .         T     .      . .     .   .   .    .         . .      CT   ATT    T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  TG      .  A       .   G    . T     A        .        .  .       .    TA                      .    T       .                
blockSeqs                     :                     . .       A       .   .    . .   .   .        TG       .  . . .                  T    .   .   .         .  .   T .   .    . AT   .  AC           A   CG        .         ATAT                    .     .       .  . ATA           .    C   G     .   ATT                   .    .         .     .      . .     .   .   .    .         . .      CT   ATC    T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  TG      .  A       .   G    . T     A        .        .  .       .    CA                      .    .       .                
blockSeqs                     :                                           .    . .   .   .        T        .  . . .                  T    .   .   .         .  .   A .   .    . CT   .  CA           G   CG        .         AGCG                    .     .       .  . GTA           .    G   T     .   ATA                   .    .         .     .      . .     .   .   .    .         . .      TT   ATC    T  . .    .              .   .      .   .      . .  .  CC      .  A       .   G    . T     A        .        .  .       .    TA                      .    .                        
blockSeqs                     :                                                                            .  . . .                  G    .   .   .         .  .   . .   .    . AT   .  A            A   GG        .         ATGA                    .     .       .  . GA            .    C   A     .   AAA                   .    .         .     .      . .     .   .   .    .         . .      CT   ATT    .  . .    .              .   .      .   .      . .  .  CC      .  A       .   G    . T     C        .        .  .       .    TA                      .    .                        
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .  . A             .    G   G     .   TTT                   .    .         .     .      . .     .   .   .    .         . .      .    AA     .  . .    .              .   .      .   .      . .  .  CT      .  A       .   .    . T     A        .        .  .       .                                                          
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originalCons                  :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATCTA-AAA----G-ACTTGT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-T--G-CA-ATTGATT-TTTACCAT--NTTC--AG-A--------G----AGAGTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AAT-TTTT---ATATCTT-T--TTGAG--CTTA-ATCAATAA-A--TTC-------TCAGCTGG--TA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTCGACGGGTAATT
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consensus                     :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATC---------TA-A-AA----G-AC-T-GT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-TGC-A-TTGATT--TTTACCAT--NTTC--AG-A--------GAGA----GTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AA---T-TTTTATATCTT-T--TTGAGCT-TA-TCAA---------TAA-A---TTC--TCAGC--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTC-ACGGGTAATT
Reference ( family-888 )      :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT---TAC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-GGT------ACGG--T-ATC---------TA-A-AA----G-AC-T-GT-GG-CA--------AA-ACC--C--G---T-AATTCGCTG-ATG---------G-------CTG--TCAA-----TAT-GT-TGC-A-TTGATT--TTTACCAT--NTTC--AG-A--------GAGA----GTAT-GCAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTT-AAG-AA---T-TTTTATATCTT-T--TTGAGCT-TA-TTAA---------TAA-A---TTC--TCAGC--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CG-TG-AA---A--TT--TT-GCAT-GT-TAAGAAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGTAA-TCA-NAGCTGACGTC-ACGGGTAATT
gi|1                          :             TATATTTT-------------------GTT---TG-G--AA-CAA------CTGC-------C-TC-GTA-----------------CA-G--T-AAT-GGT------ATGG--T-ATC---------AA-T-AG----G-GA-T-GT-GAACA--------AA-TCC--T--A---T-AAT-CACTT-ATG---------A-------CTG--TGAA-----AAA-GT-GG--A-TAAATTA-TGTAGCAT--TTTT--AG-T--------TTGA----GCAT-ATAT-TT--CCTGC--C-AGTAGTATT-C-ATATA-ACG-GA---T-TTCTATTTCTGGT--TTGA--TATA-TCAA---------TAA-A---TGT--TCAGT--GGGTA------C-CCT-----GC-AGCT-TT---CG-T----------TG--GT-ACAT-G--TAAGCAGGGC------------------TATCCAAAAA--TG-------------------A-AATATTGAGTGATTTT-CAGTTGAGGTC-ATGG
gi|10                         : agatacatattctggaTTTT-T----GAAA---AAAGT-GTT---GG-G--AA-CAA------CTT-TT---TAC-TT-ATA-----------------TT-T--T-TAA-GAT------ACGG--T-ATC---------AA-A-AA----A-AG-T-GT-GGGCA--------AC-TCC--G--G---T-AATTCGCTG-AGC---------G-------CTG--TTAC-----TGT-AT-TGA-A-TTGATT--TTGACCAT--TTTC--AA-A--------GAAC----GTAT-GCAC-TTGCTTTCG----AA-ACTTTT-C-ATATC-AAA-AA---T-TTGTATATCTT-T--TTGAGCT-TA-TTAA---------TAA-A---TTC--TTAGC--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---aaatgaccatgactggaatttttagta
gi|11                         :                                          T---GG-GC-AG-CAA------CTC--T---GGC-TT-A-A-----------------CA-C--GGTAATGAT------ACGAGTT-ATC---------CA-ATAG----G-AA-T-GT-GGACA--------AACACCA-C---------ATTCACTG-ATA---------A-------CTG--TCAA-----TAC--T-TTT-A-ATAATTAAAATATCAT--GTTT--AGTT--------GCGA----GTAT-GAAT-TTGCTCTTC----AT-ATTTTT-C-ATG-T-AAG-GA---TATTCTAt
gi|12                         :                                                                                                                      gatacacatactctagacttgcatgtattttttctgtctgacaacgtta--------AA-ACC--C--AA--T-GATTCGCTG-ATG---------A-------CTG--TAAT-----TAT-GT-T---A-TGAAAT--TATAGCAT--GTTT--AA-T--------ATAA----ATAT-GCAA-TTGCTCTCA----GA-ATTTTT-C-ATGTA-AAG-GA---T-TTTTGTTTCTT-T--TTGAGTA-TA-TAAAAAAAAACCCCAA-A---CAT--TCACC--TGGTA------A-C-C------T-A--T-ATAAACT-TA-AA---C--TT--TT---AT-GTATAAGTAGGACCTC-----TTGA--T-GTTT
gi|13                         :              ATATTTT-TTTACGAGA---A--AT-GTTT--GG-GTTAA-CGA------ATGCTCGTATAC-TTTACACTT--------------TA-T--T-TAAAGGT------ACGG--T-ATC---------TA-A-AC----GCACTT-GT-GG-CA--------AC-TCC--G--G---T-AAT--GTTG-GCGAGAAAGAGAG-------CTGCTCCAT-----TATAGTGCGC-A-TTGGAT--TTTAATAT--ATT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             TC--AG-A--------TAGA----GCAT-TCAC-ATGTTCCCC----AA-ACTTTT-G-ATGGT-AAG-A------CTTTATATCTT-T--TTGAATT-TA-CTGA---------TAAGA---TTC---CAGCGGGGGTG------A-CAC-----GG-A--T-AT---CC-TG-AA---AC-TT--TT-GCAT-CT---AGAAGGACATC-----TTGA--T-GTTTTTCATAAA--TA-------------------A-Atcaaggg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -CAC-----GCCA--T-AT---TG-T--AA---A--TT--TGAGCAT-GT--AAGAAGGGCGCCACTAGTTGAGGTAGTTTTCC--AGA--TATAAAATCACTAAAAAGTATATAGTGTTACGTAA-TCA-TAGCTGACGTC-ttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TT-AAG-AA---T-TTTTATATCTT-T--TTGAGCT-TA-GTAA---------AAA-AAAATT---TCCGC--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TG-GCAT-A--TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCCAAAAA--TA-------------------A-AGTGTTACgtcacgtaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCC--T-TA-ACTTAG-A-ATGTT-A-G-AA---C-TCTTAT---TT-T--TTGAGTT-TA-TTAA---------T--------TC--TCAG---TGGTA------AACAA-----G--A--T-AT---TGATG-AA---A--TT--TT-GAA--GT---AGA--GGCCTC-----T-GA--T-GTTTTCC--AAA--
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agcaactGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AAAATA--TA--TT--CAT-G--TAAG-AGGACCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAAACAA-------------------A-AGTG-CACGTAATTCA-AAGCTGACGTA-ACAGTTAATTat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                               -GT-TGT-A-TTGATT--TTTACCAT--TTTC--AG-A--------GAGA----GTAT-GTAC-TTGATCTCC----AA-ACTTTT-T-ATGTT-AAG-AA---T-GTTTATATCTT-T--TTGAGCT-AA-TCAA---------TAA-A---TTA--TCagta
gi|2                          :             TATATTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG--AA------CTTCTT---TAC-TT-ATC-----------------TA-T--T-TAA-GGTT-----ACGG--T-ATC---------TA-A-AA----G-AC-TTGT-GG-CA--------AA-ACT--C--G---T-AATTCGCGG-AGG---------GG------CTG--TCAA-----TAT-GT-TGC-AATTGATT--TTTACCAT--TTTTCAAG-A--------GAAA----GTAT-GGAC-TTGCTCTCC--T-AA-ACTTTT-C-ATGTTTAAG-AA---T-TTTTATATCTT-T--ATGAGCT-TAATTAA---------TAA-A---TTCCTTCCGC--TG--A------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---A--TT--TT-GCATTGT-TAAGAAGGGCCTG-----TTGA--T-GTTTTCC--AAA--TA-------------------A-AGTGATACGTAA-TCA-TAGCTGACGTCGACGGGTAATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          C-A--T-AT---TG-TG-AA---A--ATAATT--CAT-GT--AAGAAGGACCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AAAAATA-------------------A-AGTGCAACGTAA-TCA-AAGCTGACGTC-ACAGGTAATT
gi|21                         :                 TTTT-T----GAAA---AA-GT-GTT---GG-A--GG-CAA------CTTTCT---TAC-TT--TA-----------------TA-A--T-CTA-GGTGTTCAAACGG--T-ATCCGTGTTTCACA-A-AA----G--C-T-GTGGG-CA--------A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tCAGC--TGGTACATGTAA-CGC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---AA-TG--TT-GCAT-GT--AAGAAGGACCTC-----TTGA--T-CTTTTCC--AAA--AA-------------------T-AGTGTTATGTAA-c
gi|3                          :                ATTTTGT----GAAA---A--GT-ATT---GG-G--AG-CAA------CTTCTT----GC-TA-ATA-----------------TT-T--T-TAA-GGT------GCGG--C-ATC---------TA-A-AC----G-AC-T-GT-TG--A--------AA-ATT--G--GGG-T-AAATTGCTG-ATC---------G-------CTC--TCAA-----TAT-GT-TGT-C-TTCATT--TTTATCAT--GTTG--AG-A--------TTGA----GTAT-GAAC-TTGCTC-CC--C-AA-ACATTT-C-ATGTT-GAT-AATTTT-TTTTATATC-T-A--TAGAGCT-TA-TCAA---------TGA-A---TTC--TCAGT--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---CC-TT-AA---AT-TT--TT-GCAT-G--TAAGAAGAACATCAA---GTGA--T-GTTTTAC--AAA-------------------------------ACATA-------AGCTGACGTA-ACGGGTTATT
gi|4                          :               cATTTT-T----TTAA---A--GT-GT----GG-A--AG-GAA------TTT------TACATT-A-A-----------------TA-T--T-GAA-GGC---------T--T-GTT---------TATA-AA----G-TC-T-GT-GG-GC--------AA-GCC--C--G---TTAAATCACTA-ATA---------T-------CTG--CCAA-----TAT-TT-TGC-A-TTGTTT--TTTATCAT--GTTC--AT-A--------TAAA----GTAT-GCAC-TTGATCCCCAAT-AA-A---TT-C-ATGTT-AAG-AA---T-TGTAATATCTT-T--TTGAACT-TA-TCAA----------AA-G---GTT--TCAGC--TAGAA------A-TAT-----GC-T--T-TC---CC-TGAAA---A--TT--TT-GAAT-G--CAACA--GGCTTT-----TCAA-------------AAA--TA-------------------A-AGTGTTACATAA-TTATAAACTTTTGTC-ACGGATAATTgtaac
gi|5                          :             TAT-TTTT-T----GAAA---A--GT-GTT---GG-G--AG-CAA------CTTCAT----AC-TT-ATA-----------------TA-T--T-TAA-TGT------ACGG--T-ATC---------TA-A-AA----G-AC-T-GT-GGGCA--------AC-TCC--G--G---T-AGTTTGCTG-AGC---------G-------CTG--TCAA-----TATCAT-TAT-A-TTTATC--TTTACCAT--TTTC--AG-A--------GAGATAGAGCAT-GTAC-TTGCTCTCC----AA-ACTTTT-C-ATGTG-AAG-AA---T-TTTTATATTTT-T--TTGAGTT-TA-TTAG---------TAA-A---TTC--TTAGC--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TGAAA---A--TT--TT-GCAT--T-TAAGCATTGTCTC-----TTAA--T-GTTTTCC--AAATTTA-------------------A-AATGTTACGTAA-attatg
gi|6                          :                                                                            -TT-ATA-----------------CA-G--T-AAT-GAT------ATGA--T-TTC---------AA-T-AG----G-AA-T-GT-AG-AC--------AA-ACC--C--GG--T-AATTCGCTG-ATG---------A-------TTG--TCAA-----TAT-GT-T---A-TTGATT--TATAGCAT--ATGT--AC-ATGTAATATAAAA----TTAT-GCAA-TTGCTCTCA--T-AA--TTTTT-C-ATGCA-AAG-GA---T-TTGTATTTCCT-T--TTAAGTG-CA-T-AA----------AA-A---TGT--T-AGC--TGGTA------A-TAA-----GC-A--TGAT---CT-TG-AA---C--TT--TT-G--T-GTAGAAGTAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCC--AA---CA-------------------A----------TAA-TT--CAGCTGACGTC-ACGGGAAATT
gi|7                          :                 tTTT-T----GAAA---A--GTCGTT---GG-G--TG-C-A------CTTCTT---TAC-TT-A-A-----------------TATT--T-TAA-GGC------ACGG--T-ATC---------T--A-AA----G-AC-T-GT-GG-CA--------AA-GTC--C--G---T---TTTGCGGCAGG---------T-------CTG--TCAA-----TAT-GTATTCAA-TTG-TT--TTTACCAT--TTTC--AG-A--------AAAA----GTA--GCAT-TTGCTCTCC--T--A-ACTTTT-CAATGTT-AAGAAA---G-TTTTATATCTT-T--TTGAACT-TA-TTAA---------TAA-A----TC--TCCGC--TGGTA------A-CAC-----GC-A--T-AT---TG-TG-AA---AACTT--TTAGCAT-GT-TAAGAAGGGC--T-----GTGT--T-GTTTCGA--AAA--TA-------------------A-AGTGTTACGtccacgggggaacttatagta
gi|8                          :              ttaTTTT-T----CAAAGCAA--GT-GTTTATGGTG--AGACAATTGAACCTTCTT---TAC-TT-ATAGGCTTATTTAATATATGTA-TCTT-TAA-AAT------ATGG--TCATC---------TA-A-AAAGGAG-AC-TCGG-GG-CAGACACATTAA-ACAGGC--GGGGT-AATT-GCTACATG---------AAGAGCCTCTG--TCAAGGTATTAT-GT-TGT-A-TTGATT--TTTACCATTCTTTC--AG-A--------GAAA----GTATGGCACTTTGCTCTCC--TAAA-ACTTTT-C-----T-ATG-AA---T-T
gi|9                          :                                                                                                                      tcataat--T-ATC---------AA-T-AA----G-AA-T-GT-AGACA--------TC-ACC--CCAG---T-AATTCACTG----------------------T---TCAA-----TAT-GT-TG--A-TAAATT--AT-AGCAT--GTGT--AG-T--------TTGA----GTAT-ACAT-TTGCTCTCA--T-CA---TTTTAC-ATGTA-AAG-G------TTTTAAATTTT-TGTTTTAGTA-TA-TCAA---------TAA-A---TGT--TCGGC--TGGTA------A--ACCCCTTGT-G--T-AT----G-CG-AA---C--TT--TT-GTTT-AT--AAGTAGGGCCTC-----TTGA--T-GTTTTCTAAAAA--TA-------------------A-AGTGTTGCGTGA-T