lowQualScore : 111111111 111111111111111111111111111 22222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111
lowQualScore : 1 444 111 555555555 111 666666666 33333333333333333333 22222 111 2222 1 111 000000000000000000000000000 11 2222 111 1 1111 33333333333333 222 33333333 33333333333333333333333333 333333 1 77777 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 777777 1 333333333 11 1 1 1 0000000000000000000 1 1111111 444444444 1
lowQualScore : 6 5 666 888 111111111 888 555555555 3 3 8 22222222222222222222 8 00000 8 0 8 444 8888 3 6 6 0 6 111 444444444444444444444444444 55 3 99 99 2222 000 0 77 0000 777 5 33333333333333 3 111 0 0 22222222 6 00000000000000000000000000 7 000000 7 66666 3 2 6 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1 7 222222 3 0 6 6 666666666 8 44 6 5 5 99 7 6666666666666666666 5 2 999 4 7777777 6 777777777 3
lowQualScore : . . ... ... ......... ... ......... . . . .................... . ..... . . . ... .... . . . . . ... ........................... .. . .. .. .... ... . .. .... ... . .............. . ... . . ........ . .......................... . ...... . ..... . . . . ..................................................... . . . ...... . . . . ......... . .. . . . .. . ................... . . ... . ....... . ......... .
lowQualScore : 0 0 000 000 000000000 000 777777777 9 9 4 55555555555555555555 0 00000 0 6 0 000 8888 0 7 0 8 7 777 777777777777777777777777777 88 3 22 22 4444 000 1 99 7777 333 7 66666666666666 3 888 2 2 00000000 0 33333333333333333333333333 7 777777 0 00000 3 5 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 0 333333 3 7 7 0 777777777 3 00 0 5 5 00 0 0000000000000000000 0 5 333 0 0000000 7 777777777 3
consensus : ATACATATTCATTGCGAGATATACAAATTCAATTCA-TTTATTGGCAATAAAGCACATA--T--ATATACAAGTGTTGTTAGCCATGGAATA--------------------TAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTATAT-CCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-A-----AGAC--AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTC-AG-TAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TA--------------TTTTTNA-CATGTTTGTAC-TA-A-AGGACAATCAAGCAAAAAA-------------------TTTTTCATCTTCGACA-T-ATGGTCTTACAATGGTAACAAAAT-----CTG-TTTCTCTAGNAATGACAGGATTGCAATGTCTACCTGTT--------TTTCTATGTATATATATAGTNNNCGTGCGCTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT--G---ATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGT-AAAT----AATGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATATTTTCCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAANTCGTGAAGTTTGGAACTAGCTAGT---TTTAATTGGTTGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTNTTTGTAATTGCNTTATAAGGCT-TGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( gi|1 ) : ATACACATGCAGT-CGGAGTATACG--------TCA-TATATTGGCAATAAAGCACATA--TATATATACAAGTGTTGTTAGCCATGGAATG--------------------TAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAGAA-CTGTAACAATGCTTTGTTCCTAAGAT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-G-----AGAC--AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTC-TA-TAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TA--------------TTTCTCA-TATGTTTGTATTTA-A-AGGACAATTAAGCAAAAAATGGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTTTATCTTCTACAAT-ATAGTCTTACAATGGTAACAATAT-TAGCCTG-TTTCTCTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG---ATATA-AGTTGACGTGCACTTG----------TGTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGGTTTTAATTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAAT----AATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|6 : ATACATATTCATTGCGAGATATACAAATTCAATTCAATTTATTGGCAATAAAGCACATA--T------ACAAGTGTTGTTAGCCATAGAATG--------------------TA
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattA-TTTATTGGCAATAAAGCACATA--TA------CAAGTGTTGTTAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATATACATGTATAAGTATA-TATACTGT-T---TTATAT-CCGTAACAATGCTTCGTTTCTAGCAT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-ATATAAAGAC--AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTC-AG-TAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TA--------------TTTTTaaagtataacacaaaatatacatgtataattatatatactgtgctacataatgttttatatccgtaacaatgctttgtttctaacataaaaagagtctctaatataaagacaaatttcgtttgtagtcacaagagatggagaggattcagtaaagatacatgattaatatacgctaatattag
gi|13 : ttcaatttcaattcaA-TTTATTGGCAATAAAGCACATAATTCTATATACAAGTGTTGTTAGCCATGGAATG--------------------TAgaataatttttt
gi|16 : ttatttttttcatgtcgtattcaattcaA-TTTATTGGCAATAAAGCACATA--T------ACAAGTGTTGTTAGCCATGGAATG--------------------TAgaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|14 : tcaatttcaTATTGGCAATTAAACACATA--TG------CAAGTGTTGTTAGCCATGGAACA--------------------TAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|15 : attatgcaattgaaatttaccaataaattaaattcttTATTGACAATTAAGCGCATA--TA------CAGATGTTGTTAGCCATGGAATA--------------------TAaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|6 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaagagatacattttttgaattcttAGTATAACACAAA-----ATATACATGTATAATTA----T---ATA--------------------TAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTATAT-CCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTCTAATA----T---------A-A-----AGAC--AAATTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTC-AG-TAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TA--------------TTaagtataata
gi|8 : aaaaaaaaagatatataattatacatattcattgcgagatatacaaattcaattcaatttattggcaataaagcacatatacaagtgttgttagccatagaatgtaaaAGTATAACACAAA-----ATATACATGTATAGTTA----T---ATA--------------------TAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-TAAATTATAT-CCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACATAAA---AAAGAGTCTCTTATTAATAT---------A-A-----AGACA-AAATTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA---TC-TAGTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTA--------------TTTTTag
gi|4 : gaatatttcaattcaatataacaaatgttgttagccatggaatgtaATATAGCACAAA-----ATATACA--TGGTATT---TAT--AATA--------------------TAC-TGTGC-----TATCATAATGTCT---TTATTATCCGTAACAATGCTC-GTTTCTAACAT-AGGAGAAAGAGTCTAA--------T---------ATA-----AGACCCAAATTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGG-TAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TA--------------TTTTTGA-CATATTTATgaatactttt
gi|2 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacatatacaagtattctattagccctggaatgtaggATA--------------------TAT-TGTGC-----TA-CATACAGT-T---TTATAG-CTGTAACAATGCTTTGTTTATAAGA--AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-ATATAAAGAC--AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTC-AG-TAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TA--------------TTTTTGAATACTTTTTT-CTCA-A-AGGACAATCAAGCAAAAA------TGTTTTTC------------ATCTTGTACAAT-A--GTCTTACAATGGTAACAAAAT-----CTG-TTTCTCTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTGTT----------TCTATGTATATATATAGTATTCTTA-GCTT-----------TGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTTTTA----TTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAAC----GATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATATTTTCT-AATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGGT-GACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCA
gi|3 : atAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---A--GACTCTC---------TCTCTAATATA-A-----AGAC--AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTC-AG-TAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTG-TATGTTTGTA--TA-A-AGGACAATCAAGCAAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCGACA---ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT-----CTATTTTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTG----------TTTCTAT----ATAT--AGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGT----T----AATGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAGT--------TTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCCTAAT-------TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|9 : g-TA-TAA------CACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TA--------------CTTTTTT-CTTGTTTGTATATATATAGGACAATCAAGTAAAAAA---------------AAAGTTTTTCATCTTCAACATTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAATCCATTCTG-TT
gi|11 : ttaaaagaattaacttaaagagtttctgatatatgaactgcaaggtttcgtttgtaggtttaaAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGGGT--GA--ATTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAGTGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTGcagaaattacacagttatacatttct
gi|12 : acagtatctacctacctctatctgtaatctgcaagcacttattcttaatttagtcaaaaATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333 222222222222 222222222222 22222222222222222222 11111 111 111 22222 111 1111 44444444444444444 777777777777777777777777777 1111111 444444444444444 333333 00000000000000000000000000 3333 2222 1 1 777777777777777777777 2222222222 5555555555 1 3333333333 1 2 5555 5555555 3 333333333 1
lowQualScore : 3 3 5 77 666 44444 000000000000 444444444444 1 77777777777777777777 555 5 44444 5 000 000 55555 6 111 2222 77 00000000000000000 5 888 333333333333333333333333333 5 2222222 5 777 66 5 888 0 66 7777 55 5 1 000000000000000 8 999999 88888888888888888888888888 6 9999 2 1111 0 0 0 1 2 222222222222222222222 44 1111111111 3 00 1111111111 0 2 7777777777 4 0 8 1 0 0 2222 3333333 1 3 44 2 0 2 333333333 0
lowQualScore : . . . .. ... ..... ............ ............ . .................... ... . ..... . ... ... ..... . ... .... .. ................. . ... ........................... . ....... . ... .. . ... . .. .... .. . . ............... . ...... .......................... . .... . .... . . . . . ..................... .. .......... . .. .......... . . .......... . . . . . . .... ....... . . .. . . . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 55 222 66666 555555555555 555555555555 6 11111111111111111111 888 7 33333 7 000 000 22222 7 777 1111 99 00000000000000000 7 888 000000000000000000000000000 0 5555555 0 000 99 0 888 2 99 1111 11 0 0 000000000000000 0 000000 22222222222222222222222222 5 2222 0 2222 0 2 0 0 0 222222222222222222222 00 5555555555 2 55 8888888888 0 5 0000000000 0 0 7 0 7 7 0000 3333333 0 2 22 5 0 5 555555555 0
consensus : ATACACATNCANTGCGAGATATACAANTTC--AATTC---A-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------AT---AC-TGTGC-----TA-C---ATA---ATGT-T---TTAT-AT---CCGTA----ACAATGCTTCGTTTC--TAAC-----------------AT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-ATAT--A-GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATG-TTTGTAT---TCAAAGGACAATCAAGCAAAAA-A----TG------------------TTTTCATCTTCNACA-T--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTGTT--------TCTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT-----TT-ATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA-----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATATTTT-CTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( family-816 ) : ATACATATTCATTGCGAGATATACAAATTC--AATTC---A-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------AT---AC-TGTGC-----TA-C---ATA---ATGT-T---TTAT-AT---CCGTA----ACAATGCTTCGTTTC--TAAC-----------------AT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-A-----A-GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTNA--------------CATG-TTTGTAC---T-AAAGGACAATCAAGCAAAAA-A----T-------------------TTTTCATCTTCGACA-T--ATGGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGNAATGACAGGATTGCAATGTCTACCTGTT--------TTTCTATGTATATATATAGTNNNCGTGCGCTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGG-T-----TG-ATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAG-TAAA-----TAATGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATATTTTCCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAANTCGTGAAGTTTGGAACTAGCTAGT---TTTAATTGGTTGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTNTTTGTAATTGCNTTATAAGGCT-TGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|1 : ATACACATGCAGT-CGGAGTATACG----------TC---A-TATATTGGC------------AATAAAGCACATA----TATATATACAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GT---AC-TGTGC-----TA-C---ATA---ATGT-T---TTAG-AA---CTGTA----ACAATGCTTTGTTCC--TAAG-----------------AT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-G-----A-GA----C--AAA-TTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCT-ATAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTCTCA--------------TATG-TTTGTAT---TTAAAGGACAATTAAGCAAAAA-A----TGGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTTTATCTTCTACAAT--ATAGTCTTACAATGGTAACAATATTAGCCTGTT-TCT-CTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG-ATATA---AGTTGACGTGCACTTG----------TGTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGG-TTTTAATT-ATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAA-----TAATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|11 : CAGTATCTACCTACC--------TCT--------ATCTGTAATCTGCAAGCACTTATTCTTAATTTAGTCAAAAAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGG-G-----TGAATTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAG-TGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTG
gi|12 : aAATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
gi|13 : ctttcagaATTC--AATTCA--A-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATAATTCTATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GT---Attttttaatacaaggttattacatgtatcatctttggatgtggtctggagtagtaattaaatgcaagctgaaatattttgacat
gi|13 : ttatttttttcatgtcgtAT--------------------AT---AC-TGTGC-----TA-C---ATA---Agaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|14 : ttatttttttcatgtcgtattcaattcaatttattggcaataaagcacataattctatatacaagtgttgttagccatggaatgtagaagtataacaccaaatatacatgtagaattatATAAATTA--AATTC-----TTTATTGGC------------AATTAAACACATA----TG------CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAC--------------------AT---A
gi|15 : attatgcaattgaaatttaccaAGAGATACATTTTTTGAATTC-----TTTATTGAC------------AATTAAGCGCATA----TA------CAGATGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------AT---Aaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|16 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaTC--AATTTCA-A-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----T----A--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GT---Aaagtataata
gi|2 : AT--------------------AT---AT-TGTGC-----TA-C---ATA---CAGT-T---TTAT-AG---CTGTA----ACAATGCTTTGTTTA--TAAG-----------------A--AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-ATATAAA-GA----C--AAA-TTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTCA-GTAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TATTTTTGA---------------ATACTTTTTTC---TCAAAGGACAATCAAGCAAAAATG----T-------------------TTTTCATCTTGTACA----ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATGTATATATATAG------------TATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT-----TT-ATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA-----CGATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATATTTT-CTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGG-TGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|3 : atA----ACAATGCTTCGTTTC--TAAC-----------------AT-AA---A--GACTCTC---------TCTCTAATATA-A-----A-GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTGTATG-TTTGTA----T-AAAGGACAATCAAGCAAAAA-A----TGT-----------------TTTTCATCTTCGACA----ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT----CTATT-TTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTGTT--------TCT--------ATATATAGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT-----TT-ATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAG-T--------TAATGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATATTTT-CTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTG-------GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCC---TAA---T-TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|4 : gTTC--AATTTTCAA-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TA
gi|4 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactATATACAAGT-----ATTC-------TATTAGCCCTGGAATGTAGGATATAGCACAAA-----ATATA--CA--TGGTATT---TAT--AAT--------------------AT---AC-TGTGC-----TATC---ATA---ATGTCT---TTATTAT---CCGTA----ACAATGCT-CGTTTC--TAAC-----------------AT-AGGAGAAAGAGTCTAA--------T---------ATA-----A-GA----CCCAAA-TTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGGTAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TATTTTTGA--------------CATA-TTTATcaagtattctattagccctggaatgtaggatatagcacaaaatatacatggtatttataatatactgtgctatcataatgtctttattatccgtaacaatgctcgtttctaacataggagaaagagtctaatataagacccaaatttcgtttgtagtctcaagatggagaggaacttcaggtaaagtggatacatgatttcaatatatagatatttttgacatatttat
gi|6 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacATACATATTCATTGCGAGATATACAAATTC--AATTCA--A-TTTATTGGC------------AATAAAGCAC--------ATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATAGAAT--------------------GTAAAAG-TATAA-----CA-CAAAATATACATGTATAA-TTAT-ATATACTGTGCTACATAATGTTTTATATCCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTCTAATA----T---------A-A-----A-GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TATT
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattCAATTTC--AATTC---AATTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TA------CAAGTGTTGTTAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATAT---ACATGTATAAGTATA-T---ATA---CTGT-T---TTAT-AT---CCGTA----ACAATGCTTCGTTTC--TAGC-----------------AT-AA---AAAGAGTCTC---------T---------A-ATATAAA-GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------ag
gi|8 : ttA----TATA-A--CAAATGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GT---Aataatttttt
gi|8 : gaatatttcaattca------------AGTATAACACAAA-----ATATA--CATGTATAGTTA----T---AT--------------------AT---AC-TGTGC-----TA-C---ATA---ATGT-TAAATTAT-AT---CCGTA----ACAATGCTTCGTTTC--TAAC-----------------ATAAA---AAAGAGTCTCTTATTAATAT---------A-A-----A-GA----CA-AAA-TTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA--TCTA-GTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTATTTTTGA--------------agtataacacaaaatatacatgtatagttatatatactgtgctacataatgttaaattatatccgtaacaatgcttcgtttctaacataaaaaagagtctcttattaatataaagacaaaatttcgtttgtagtcacagatggagaggatctagtaaacatacatgattaatatatgattatttttgaatactttt
gi|9 : gaatatttcaattcaatataacaaatgttgttagccatggaatgta---AAAGAGTTTC---------T---------G-ATAT--ATGAACTGC--AAGGTTTCGTTTGTAG------------------G--TTTA-ATATA----ACACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TACTTTTTT--------------CTTG-TTTGTATATAT-ATAGGACAATCAAGTAAAAA-AAAAGT-------------------TTTTCATCTTCAACA-TTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAAT----CCATTCTGT-TCAGAAATTACAatactttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA
Alignments
lowQualScore : 2 1111 33333 111111111111 11111 22222222222222222222 11111 111 111111111 33333 1111111 444444444444444 2222222 9999999999999999999999999 2 3333 2222 1 1 7777777777777777777 111111 2222 1 2222222 1 1 2222 333333 333333333 1
lowQualScore : 1 1 3 0000 66 666 11111 888888888888 2 44444 666666 1 1 5 55555555555555555555 5 44444 5 6 111 6 5 888 555555555 55555 2222222 5 777 66 5 888 0 66 7777 55 5 000000000000000 6666666 1111111111111111111111111 0 1 9999 1111 0 0 0 0 3333333333333333333 44 777777 3 00 3 1111 0 2 6666666 1 0 3 0 8888 333333 3 0 44 2 2 333333333 0
lowQualScore : . . . .... .. ... ..... ............ . ..... ...... . . . .................... . ..... . . ... . . ... ......... ..... ....... . ... .. . ... . .. .... .. . ............... ....... ......................... . . .... .... . . . . ................... .. ...... . .. . .... . . ....... . . . . .... ...... . . .. . . ......... .
lowQualScore : 0 0 3 6666 11 222 11111 666666666666 5 33333 555555 5 4 1 00000000000000000000 7 33333 7 7 777 7 7 888 222222222 44444 5555555 0 000 99 0 888 2 99 1111 11 0 000000000000000 0000000 8888888888888888888888888 0 0 2222 2222 0 2 0 2 2222222222222222222 00 888888 2 55 5 2222 0 5 0000000 0 0 3 7 3333 333333 2 8 00 5 5 555555555 0
consensus : ATACACATGCANT-CGAGATATAC----AATTTC--AATTC---A-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATAT--AAAGA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTAT-TTA-A-AGGACAATCAAGCAAAAAA----TG------------------TTTTTCATCTTCNACA-T--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTGTT--------TCT--ATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTTTTA----TTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATATTTTCT-AATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGGT-G---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( family-816 ) : ATACACATNCANTGCGAGATATAC----AANTTC--AATTC---A-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATAT--A--GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTAT-TCA-A-AGGACAATCAAGCAAAAAA----TG------------------TTTT-CATCTTCNACA-T--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTGTT--------TCTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTTTTA----TTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATATTTTCT-AATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGGT-G---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|1 : ATACACATGCAGT-CGGAGTATAC----G----------TC---A-TATATTGGC------------AATAAAGCACATA----TATATATACAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAG-AACTGTAACAATGCTTTGTTCCTAAGAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AG-----A--GA----C--AAA-TTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCT-ATAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTCTCA--------------TATGTTTGTAT-TTA-A-AGGACAATTAAGCAAAAAA----TGGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTT-TATCTTCTACAAT--ATAGTCTTACAATGGTAACAATATTAGCCTGTT-TCT-CTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG-ATATA---AGTTGACGTGCACTTGT----------GTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGGTTTTAATTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAA----TAATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|11 : CAGTATCTACCTACC--------TCT--------ATCTGTAATCTGCAAGCACTTATTCTTAATTTAGTCAAAAAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGGGTGAA----TTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAGTGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTG
gi|12 : aAATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
gi|13 : ctttcagaTTC--AATTC---AATTTATTGGC------------AATAAAGCACATAATTCTATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAttttttaatacaaggttattacatgtatcatctttggatgtggtctggagtagtaattaaatgcaagctgaaatattttgacat
gi|13 : ttatttttttcatgtcgtaAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAAgaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|14 : ttatttttttcatgtcgtattcaattcaatttattggcaataaagcacataattctatatacaagtgttgttagccatggaatgtagaagtataacaccaaatatacatgtagaattatATGCAAT-TGAAATTTACCAATAAATTA--AATTC-----TTTATTGGC------------AATTAAACACATA----TG------CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAC--------------------ATA
gi|15 : attAGAGATAC----ATTTTTTGAATTC-----TTTATTGAC------------AATTAAGCGCATA----TA------CAGATGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|16 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaC----AATTTC--AA--------TTTATTGGC------------AATAAAGCAC--------ATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAaagtataata
gi|2 : tAT--------------------ATAT-TGTGC-----TA-CATACAGT-T---TTAT-AGCTGTAACAATGCTTTGTTTATAAGA--AA---AAAGAGTCTC----T----AATAT--AAAGA----C--AAA-TTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTCA-GTAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TATTTTTGA---------------ATACTTTTTTCTCA-A-AGGACAATCAAGCAAAAA-----TG------------------TTTTTCATCTTGTACA----ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTGTT--------TCT--ATGTATATATATAGT------------ATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTTTTA----TTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----CGATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATATTTTCT-AATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGGT-GACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|3 : atAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---A--GACTCTC----TCTCTAATAT--AAAGA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTGTATGTTTGTAT---A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAA----TG------------------TTTTTCATCTTCGACA----ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT----CTATT-TTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTGTT--------TCT--------ATATATAGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTTTTA----TTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGTTAA--------TGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATATTTTCT-AATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGGT-G------TGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCCTAAT-------TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|4 : gC----ACTTTC--AATTTTCAA-TTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TA
gi|4 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttATATAC----AAGT-----ATTC-------TATTAGCCCTGGAATGTAGGATATAGCACAAA-----ATATA--CA--TGGTATT---TAT--AAT--------------------ATAC-TGTGC-----TATCATAATGTCT---TTATTATCCGTAACAATGCT-CGTTTCTAACAT-AGGAGAAAGAGTCT----------AATAT--AA-GA----CCCAAA-TTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGGTAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TATTTTTGA--------------CATATTTATcaagtattctattagccctggaatgtaggatatagcacaaaatatacatggtatttataatatactgtgctatcataatgtctttattatccgtaacaatgctcgtttctaacataggagaaagagtctaatataagacccaaatttcgtttgtagtctcaagatggagaggaacttcaggtaaagtggatacatgatttcaatatatagatatttttgacatatttat
gi|6 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacATACATATTCATTGCGAGATATAC----AAATTC--AATTCA--A-TTTATTGGC------------AATAAAGCAC--------ATATA--CAAGTGTTGTTAGCCATAGAAT--------------------GTA
gi|6 : aaaaaaaaagatatataatt------------AGTATAACACAAA-----ATATA--CATGTATAATTA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAA--GA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TATTaaagtataacacaaaatatacatgtataattatatatactgtgctacataatgttttatatccgtaacaatgctttgtttctaacataaaaagagtctctaatataaagacaaatttcgtttgtagtcacaagagatggagaggattcagtaaagatacatgattaatatacgctaatattag
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattatacatattcattgcgagatatacaaattcaattcaatttattggcaataaagcacatatacaagtgttgttagccatagaatgtaaaC----AATTTC--AATTC---AATTTATTGGC------------AATAAAGCACATA----TA------CAAGTGTTGTTAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATATACATGTATAAGTATA-TATACTGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAGCAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATAT--AAAGA----C--AAA-TTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------ag
gi|8 : ttA----TATA-A--CAAATGTTGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAataatttttt
gi|8 : gaatatttcaattca------------AGTATAACACAAA-----ATATA--CATGTATAGTTA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-TAAATTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACATAAA---AAAGAGTCTCTTATT----AATATAAA--GA----CA-AAA-TTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA--TCTA-GTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTATTTTTGA--------------agtataacacaaaatatacatgtatagttatatatactgtgctacataatgttaaattatatccgtaacaatgcttcgtttctaacataaaaaagagtctcttattaatataaagacaaaatttcgtttgtagtcacagatggagaggatctagtaaacatacatgattaatatatgattatttttgaatactttt
gi|9 : gaatatttcaattcaatataacaaatgttgttagccatggaatgta---AAAGAGTTTC----T----GATAT--AT-GAACTGC--AAGGTTTCGTTTGTAG------------------G--TTTA-ATATA----ACACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TACTTTTTT--------------CTTGTTTGTAT-ATATATAGGACAATCAAGTAAAAAAAAAGT-------------------TTTT-CATCTTCAACA-TTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAAT----CCATTCTGT-TCAGAAATTACAatactttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 33333 222222222222 22222222222222222222 11111 111 111111111 2222 444444444444444 2222222 7777777777777777777777 33333 2222 1 1 4444444444 333333333 111111 2222 1 2222222 1 1 2222 1 3333 333333333 1
lowQualScore : 1 3 5 22222 66 00000 0 777777777777 0 44 0 3 33333333333333333333 5 44444 5 6 111 6 5 888 555555555 2222 777 66 5 888 0 66 7777 55 5 000000000000000 2222222 4444444444444444444444 1 00000 1111 0 0 0 0 3333333333 888888888 777777 3 00 1111 0 2 6666666 1 0 3 0 8888 3 0000 3 0 44 2 2 333333333 0
lowQualScore : . . . ..... .. ..... . ............ . .. . . .................... . ..... . . ... . . ... ......... .... ... .. . ... . .. .... .. . ............... ....... ...................... . ..... .... . . . . .......... ......... ...... . .. .... . . ....... . . . . .... . .... . . .. . . ......... .
lowQualScore : 0 3 7 00000 99 00000 3 777777777777 7 66 4 8 22222222222222222222 7 33333 7 7 777 7 7 888 222222222 5555 000 99 0 888 2 99 1111 11 0 000000000000000 5555555 5555555555555555555555 0 22222 2222 0 2 0 2 8888888888 000000000 888888 2 55 2222 0 5 0000000 0 0 3 7 3333 3 0000 2 8 00 5 5 555555555 0
consensus : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AAT---TTC--AATTC---AATTTATTGGCAATAAAGCACATA----TATATA--CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAAT--G-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( family-816 ) : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AAT---TTC--AATTC---A-TTTATTGGCAATAAAGCACATA----TATATA--CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATTT-A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAAT--G-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|1 : ATACACATGCAGT-CGGAGTATAC-G-------------TC---A-TATATTGGCAATAAAGCACATA----TATATATACAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAG-AACTGTAACAATGCTTTGTTCCTAAGAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AG-----AGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCT-ATAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTCTCA--------------TATGTTTGTATTT-A-A-AGGACAATTAAGCAAAAAAT--GGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTTTATCTTCTACAAT--ATAGTCTTACAATGGTAACAATATTAGCCTGTT-TCT-CTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG-ATATA---AGTTGACGTGCACTTG----------TGTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGGTTTTAATTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAA----TAATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|11 : CAGTATCTACCTA----------CCTCTATC------TGTAATCTGCAAGCACTTATTCTTAATTTAGTCAAAAAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGGGT----GAATTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAGTGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTG
gi|12 : aAATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
gi|13 : ctttcaga---TTC--AATTC---AATTTATTGGCAATAAAGCACATAATTCTATATA--CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAttttttaatacaaggttattacatgtatcatctttggatgtggtctggagtagtaattaaatgcaagctgaaatattttgacat
gi|13 : ttatttttttcatgtcgtaAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAAgaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|14 : ttatttttttcatgtcgtattcaattcaatttattggcaataaagcacataattctatatacaagtgttgttagccatggaatgtagaagtataacaccaaatatacatgtagaattatATGCAAT-TGAAATTTACCAATAAATTA--AATTC-----TTTATTGGCAATTAAACACATA----TG------CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAC--------------------ATA
gi|15 : attAGAGATAC-ATT---TTTTGAATTC-----TTTATTGACAATTAAGCGCATA----TA------CAGATGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|16 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaC-AAT---TTC--AATT--------TATTGGCAATAAAGCACATA----T----A--CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAaagtataata
gi|2 : tAT--------------------ATAT-TGTGC-----TA-CATACAGT-T---TTAT-AGCTGTAACAATGCTTTGTTTATAAGA--AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTCA-GTAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TATTTTTGA---------------ATACTTTTTTCTCA-A-AGGACAATCAAGCAAAAA-T--G-----------------TTTTTCATCTTGTAC-A---ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATGTATATATATAGT------------ATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----CGATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGG-TGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|3 : atAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---A--GACTCTC----TCTCTAATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTGTATGTTTGTAT---A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAAT--G-----------------TTTTTCATCTTCGAC-A---ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT----CTATT-TTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTG----------TTTCTAT------ATATAGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGTTAA--------TGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG------TGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCCTAAT-------TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|4 : gC-ACT---TTC--AATTTTCAA-TTTATTGGCAATAAAGCAC--------ATATA--CAAGTATTCTATTAGCCCTGGAAT--------------------
gi|4 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttATATAGCACAAA-----ATATA--CA--TGG--TATT---TAT--AAT--------------------ATAC-TGTGC-----TATCATAATGTCT---TTATTATCCGTAACAATGCT-CGTTTCTAACAT-AGGAGAAAGAGTCT----------AATATAA-GACCC--AAATTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGGTAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TATTTTTGA--------------CATATTTATgtaggatatagcacaaaatatacatggtatttataatatactgtgctatcataatgtctttattatccgtaacaatgctcgtttctaacataggagaaagagtctaatataagacccaaatttcgtttgtagtctcaagatggagaggaacttcaggtaaagtggatacatgatttcaatatatagatatttttgacatatttat
gi|6 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacatatacaagtattctattagccctggaatgtaggATACATATTCATTGCGAGATATAC-AAA---TTC--AATTC---AATTTATTGGCAATAAAGCACATA----T----A--CAAGTGT--TGTTAGCCATAGAAT--------------------GTA
gi|6 : aaaaaaaaagatatataattAGTATAACACAAA-----ATATA--CATGTAT--AATTA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TATTaaagtataacacaaaatatacatgtataattatatatactgtgctacataatgttttatatccgtaacaatgctttgtttctaacataaaaagagtctctaatataaagacaaatttcgtttgtagtcacaagagatggagaggattcagtaaagatacatgattaatatacgctaatattag
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattatacatattcattgcgagatatacaaattcaattcaatttattggcaataaagcacatatacaagtgttgttagccatagaatgtaaaC-AAT---TTC--AATTC---AATTTATTGGCAATAAAGCACATA----TA------CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATATACATGTATAAGTATA-TATACTGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAGCAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------ag
gi|8 : ttA----TATA-A--CAAATGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAataatttttt
gi|8 : gaatatttcaattcaAGTATAACACAAA-----ATATA--CATGTAT--AGTTA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-TAAATTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACATAAA---AAAGAGTCTCTTATT----AATATAAAGACA---AAATTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA--TCTA-GTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTATTTTTGA--------------agtataacacaaaatatacatgtatagttatatatactgtgctacataatgttaaattatatccgtaacaatgcttcgtttctaacataaaaaagagtctcttattaatataaagacaaaatttcgtttgtagtcacagatggagaggatctagtaaacatacatgattaatatatgattatttttgaatactttt
gi|9 : gaatatttcaattcaatataacaaatgttgttagccatggaatgta---AAAGAGTTTC----T----GATATATGAACTGCAAGGTTTCGTTTGTAG------------------G--TTTA-ATATA----ACACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TACTTTTTT--------------CTTGTTTGTATAT-ATATAGGACAATCAAGTAAAAAAAAAG-----------------TTTTTCATCTTCAAC-ATTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAAT----CCATTCTGT-TCAGAAATTACAatactttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 6666666666666666666666666666 11111 111 11111 111111111111 111 22222222222222222222 11111 111 111111111 2222 444444444444444 1111111 11 77777777777777777 33333 2222 1 1 4444444444 333333333 111111 2222 1 2222222 1 1 2222 1 3333 333333333 1
lowQualScore : 1 3 555555555 66 0000000000000000000000000000 11111 222 00000 33 888888888888 4 222 4 5 77777777777777777777 5 44444 5 6 111 6 5 888 555555555 2222 777 66 5 888 0 66 7777 55 5 000000000000000 9999999 33 3 00000000000000000 1 00000 1111 0 0 0 0 3333333333 888888888 777777 3 00 1111 0 2 6666666 1 0 3 0 8888 3 0000 3 0 44 2 2 333333333 0
lowQualScore : . . ......... .. ............................ ..... ... ..... .. ............ . ... . . .................... . ..... . . ... . . ... ......... .... ... .. . ... . .. .... .. . ............... ....... .. . ................. . ..... .... . . . . .......... ......... ...... . .. .... . . ....... . . . . .... . .... . . .. . . ......... .
lowQualScore : 0 3 111111111 11 2222222222222222222222222222 11111 555 00000 33 888888888888 0 555 0 0 11111111111111111111 7 33333 7 7 777 7 7 888 222222222 5555 000 99 0 888 2 99 1111 11 0 000000000000000 8888888 88 2 00000000000000000 0 22222 2222 0 2 0 2 8888888888 000000000 888888 2 55 2222 0 5 0000000 0 0 3 7 3333 3 0000 2 8 00 5 5 555555555 0
consensus : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( family-816 ) : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|1 : ATACACATGCAGT-CGGAGTATAC-G---------------T------CA-T------------------ATATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATATAC-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------GTAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAG-AACTGTAACAATGCTTTGTTCCTAAGAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AG-----AGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCT-ATAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTCTCA--------------TATGTTTGTATTT-A-A-AGGACAATTAAGC--AAAAAATGGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTTTATCTTCTACAAT--ATAGTCTTACAATGGTAACAATATTAGCCTGTT-TCT-CTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG-ATATA---AGTTGACGTGCACTTG----------TGTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGGTTTTAATTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAA----TAATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|11 : CAGTATCTACCTA----------CCTCTATC------TGTAATCTGCAAGCACTTATTCTTAATTTAGTCAAAAAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGGGT----GAATTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAGTGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTG
gi|12 : aAATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
gi|13 : ctttcaga---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATAATTCTATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------GTAttttttaatacaaggttattacatgtatcatctttggatgtggtctggagtagtaattaaatgcaagctgaaatattttgacat
gi|13 : ttatttttttcatgtcgtaAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAAgaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|14 : ttatttttttcatgtcgtattcaattcaatttattggcaataaagcacataattctatatacaagtgttgttagccatggaatgtagaagtataacaccaaatatacatgtagaattatATGCAAT-TGAAATTTACCAA--TAAATTA--AATT------C--T------------------TTATTGGC-----AAT---TAAA-----CACATA----TG------C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAC--------------------ATA
gi|15 : attAGAGATAC-AT--T---TTTTGAATT------C--T------------------TTATTGAC-----AAT---TAAG-----CGCATA----TA------C-AGATGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|16 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaTC--AATTT-----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CAC--------ATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------GTAaagtataata
gi|2 : AT--------------------ATAT-TGTGC-----TA-CATACAGT-T---TTAT-AGCTGTAACAATGCTTTGTTTATAAGA--AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTCA-GTAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TATTTTTGA---------------ATACTTTTTTCTCA-A-AGGACAATCAAGC--AAAAA-TG-----------------TTTTTCATCTTGTAC-A---ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATGTATATATATAGT------------ATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----CGATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGG-TGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|3 : atAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---A--GACTCTC----TCTCTAATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTGTATGTTTGTAT---A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCGAC-A---ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT----CTATT-TTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTG----------TTTCTAT------ATATAGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGTTAA--------TGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG------TGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCCTAAT-------TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|4 : gC-AC--T---TTC--AATTTT----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CAC--------ATATA--C-AAGTATTC-TAT-TAGCCCTGGAAT--------------------
gi|4 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttAT---ATAG-----CACAAA-----ATATA--C-A--TGG---TAT-T---TAT--AAT--------------------ATAC-TGTGC-----TATCATAATGTCT---TTATTATCCGTAACAATGCT-CGTTTCTAACAT-AGGAGAAAGAGTCT----------AATATAA-GACCC--AAATTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGGTAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TATTTTTGA--------------CATATTTATgtaggatatagcacaaaatatacatggtatttataatatactgtgctatcataatgtctttattatccgtaacaatgctcgtttctaacataggagaaagagtctaatataagacccaaatttcgtttgtagtctcaagatggagaggaacttcaggtaaagtggatacatgatttcaatatatagatatttttgacatatttat
gi|6 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacatatacaagtattctattagccctggaatgtaggATACATATTCATTGCGAGATATAC-AAATTCAATTC--AATTTATTGGCAATAAAGCACATATACAAGTGTTGTTAGCCATAGAATGTAAAAGTATAACACAAA-----ATATA--C-ATGTAT---AAT-TA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TATT
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TA------C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATATACATGTATAAGTATA-TATACTGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAGCAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------ag
gi|8 : ttA--T---TTC--AATT------CAATATAACAAATG--------TTGTTAGC-----CATGG-AATG-----TAAGTA----TA-ACA--CAAAATATACATGTATAGTTAT---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-TAAATTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACATAAA---AAAGAGTCTCTTATT----AATATAAAGACA---AAATTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA--TCTA-GTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTATTTTTGA--------------ataatttttt
gi|9 : gaat---AAAGAGTTTC----T----GATATATGAACTGCAAGGTTTCGTTTGTAG------------------G--TTTA-ATATA----ACACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TACTTTTTT--------------CTTGTTTGTATAT-ATATAGGACAATCAAGTAAAAAAAAAG-----------------TTTTTCATCTTCAAC-ATTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAAT----CCATTCTGT-TCAGAAATTACAatactttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA
Alignments
lowQualScore : 1 222222222 6666666666666666666666666666 11111 111 11111 111111111111 111 22222222222222222222 11111 111 111111111 2222 444444444444444 1111111 11 77777777777777777 33333 2222 1 1 4444444444 333333333 111111 2222 1 2222222 1 1 2222 1 3333 333333333 1
lowQualScore : 1 3 555555555 66 0000000000000000000000000000 11111 222 00000 33 888888888888 4 222 4 5 77777777777777777777 5 44444 5 6 111 6 5 888 555555555 2222 777 66 5 888 0 66 7777 55 5 000000000000000 9999999 33 3 00000000000000000 1 00000 1111 0 0 0 0 3333333333 888888888 777777 3 00 1111 0 2 6666666 1 0 3 0 8888 3 0000 3 0 44 2 2 333333333 0
lowQualScore : . . ......... .. ............................ ..... ... ..... .. ............ . ... . . .................... . ..... . . ... . . ... ......... .... ... .. . ... . .. .... .. . ............... ....... .. . ................. . ..... .... . . . . .......... ......... ...... . .. .... . . ....... . . . . .... . .... . . .. . . ......... .
lowQualScore : 0 3 111111111 11 2222222222222222222222222222 11111 555 00000 33 888888888888 0 555 0 0 11111111111111111111 7 33333 7 7 777 7 7 888 222222222 5555 000 99 0 888 2 99 1111 11 0 000000000000000 8888888 88 2 00000000000000000 0 22222 2222 0 2 0 2 8888888888 000000000 888888 2 55 2222 0 5 0000000 0 0 3 7 3333 3 0000 2 8 00 5 5 555555555 0
consensus : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( family-816 ) : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|1 : ATACACATGCAGT-CGGAGTATAC-G---------------T------CA-T------------------ATATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATATAC-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------GTAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAG-AACTGTAACAATGCTTTGTTCCTAAGAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AG-----AGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCT-ATAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTCTCA--------------TATGTTTGTATTT-A-A-AGGACAATTAAGC--AAAAAATGGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTTTATCTTCTACAAT--ATAGTCTTACAATGGTAACAATATTAGCCTGTT-TCT-CTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG-ATATA---AGTTGACGTGCACTTG----------TGTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGGTTTTAATTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAA----TAATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|11 : CAGTATCTACCTA----------CCTCTATC------TGTAATCTGCAAGCACTTATTCTTAATTTAGTCAAAAAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGGGT----GAATTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAGTGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTG
gi|12 : aAATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
gi|13 : ctttcaga---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATAATTCTATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------GTAttttttaatacaaggttattacatgtatcatctttggatgtggtctggagtagtaattaaatgcaagctgaaatattttgacat
gi|13 : ttatttttttcatgtcgtaAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAAgaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|14 : ttatttttttcatgtcgtattcaattcaatttattggcaataaagcacataattctatatacaagtgttgttagccatggaatgtagaagtataacaccaaatatacatgtagaattatATGCAAT-TGAAATTTACCAA--TAAATTA--AATT------C--T------------------TTATTGGC-----AAT---TAAA-----CACATA----TG------C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAC--------------------ATA
gi|15 : attAGAGATAC-AT--T---TTTTGAATT------C--T------------------TTATTGAC-----AAT---TAAG-----CGCATA----TA------C-AGATGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|16 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaTC--AATTT-----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CAC--------ATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------GTAaagtataata
gi|2 : AT--------------------ATAT-TGTGC-----TA-CATACAGT-T---TTAT-AGCTGTAACAATGCTTTGTTTATAAGA--AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTCA-GTAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TATTTTTGA---------------ATACTTTTTTCTCA-A-AGGACAATCAAGC--AAAAA-TG-----------------TTTTTCATCTTGTAC-A---ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATGTATATATATAGT------------ATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----CGATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGG-TGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|3 : atAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---A--GACTCTC----TCTCTAATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTGTATGTTTGTAT---A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCGAC-A---ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT----CTATT-TTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTG----------TTTCTAT------ATATAGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGTTAA--------TGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG------TGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCCTAAT-------TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|4 : gC-AC--T---TTC--AATTTT----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CAC--------ATATA--C-AAGTATTC-TAT-TAGCCCTGGAAT--------------------
gi|4 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttAT---ATAG-----CACAAA-----ATATA--C-A--TGG---TAT-T---TAT--AAT--------------------ATAC-TGTGC-----TATCATAATGTCT---TTATTATCCGTAACAATGCT-CGTTTCTAACAT-AGGAGAAAGAGTCT----------AATATAA-GACCC--AAATTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGGTAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TATTTTTGA--------------CATATTTATgtaggatatagcacaaaatatacatggtatttataatatactgtgctatcataatgtctttattatccgtaacaatgctcgtttctaacataggagaaagagtctaatataagacccaaatttcgtttgtagtctcaagatggagaggaacttcaggtaaagtggatacatgatttcaatatatagatatttttgacatatttat
gi|6 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacatatacaagtattctattagccctggaatgtaggATACATATTCATTGCGAGATATAC-AAATTCAATTC--AATTTATTGGCAATAAAGCACATATACAAGTGTTGTTAGCCATAGAATGTAAAAGTATAACACAAA-----ATATA--C-ATGTAT---AAT-TA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TATT
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TA------C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATATACATGTATAAGTATA-TATACTGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAGCAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------ag
gi|8 : ttA--T---TTC--AATT------CAATATAACAAATG--------TTGTTAGC-----CATGG-AATG-----TAAGTA----TA-ACA--CAAAATATACATGTATAGTTAT---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-TAAATTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACATAAA---AAAGAGTCTCTTATT----AATATAAAGACA---AAATTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA--TCTA-GTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTATTTTTGA--------------ataatttttt
gi|9 : gaat---AAAGAGTTTC----T----GATATATGAACTGCAAGGTTTCGTTTGTAG------------------G--TTTA-ATATA----ACACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TACTTTTTT--------------CTTGTTTGTATAT-ATATAGGACAATCAAGTAAAAAAAAAG-----------------TTTTTCATCTTCAAC-ATTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAAT----CCATTCTGT-TCAGAAATTACAatactttt
blockSeqs : A G AAATTCAA TG TATTGGCAATAAAGCACATATACAAGTG CATAG GTA TATAA AT ATTCTATATA A ACA A G GTAGAAGTATAACACAAAAT A AAGTA T C AAA T A GAG TCTCT TGCA AAG AC G GTG TC ATTA CT T ATACTTTTTTCTTGT ATATAT AA A . T ATTC . C T . GTATATATA CTGCAA T . G C ATTATTA T G . . . ACCG T AA C C GTTTTTT A
blockSeqs : T . CAATAAA . CAATATAACAAATG . GG . AT ATATA . TC . G . . . . . . . . . TTATT CC A . . . . AT T . C CTCAA . A . G A . . . . CTG TGATGT T . . C ACG A . . . . . T AA A C TAA .
blockSeqs : ATT . TTCAAT . . . AT ATATA . . . G . . . . . . . . . T A A . . . . AT T . C AA . . . A A . . . . ATA . T . . . . T . . . . . T .
blockSeqs : ACT . TCAAT . . . AA ATATA . . . G . . . . . . . . . T . A . . . . AT T . .
blockSeqs : AAT . CAAT . . . AA ATATA . . . G . . . . . . . . . T . A . . . . AT T .
blockSeqs : . CAAT . . . AT TAACA . . . G . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . CT . . . GT TG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CT . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . TA . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ANT****** TCAAT*********************** ATATA*******
originalCons : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA----TATATA--C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
finalCons : ATACACATGCANT-CGAGATATACANT------TTC--AATTTCAAT-----------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATAATATA-------C-AAGTGT---TGT-TAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGC--AAAAAATG-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA
Alignments
lowQualScore : 1 333333333 5555555555555555555555555555 11111 11111 111111 22222222222222222222 11111 111 222222222 2222 444444444444444 1111111 7777777777777777777777 33333 2222 1 1 4444444444 333333333 111111 2222 1 2222222 1 1 2222 1 3333 333333333 1
lowQualScore : 1 3 111111111 66 8888888888888888888888888888 11111 777 00000 44 999999 3 1 55 1 3 77777777777777777777 6 66666 6 6 111 6 5 888 111111111 2222 777 66 5 888 0 66 7777 55 5 000000000000000 9999999 4444444444444444444444 1 00000 1111 0 0 0 0 3333333333 888888888 777777 3 00 1111 0 2 6666666 1 0 3 0 8888 3 0000 3 0 44 2 2 333333333 0
lowQualScore : . . ......... .. ............................ ..... ... ..... .. ...... . . .. . . .................... . ..... . . ... . . ... ......... .... ... .. . ... . .. .... .. . ............... ....... ...................... . ..... .... . . . . .......... ......... ...... . .. .... . . ....... . . . . .... . .... . . .. . . ......... .
lowQualScore : 0 3 888888888 99 0000000000000000000000000000 11111 000 00000 44 888888 6 5 00 4 6 11111111111111111111 7 77777 7 7 777 7 7 888 444444444 5555 000 99 0 888 2 99 1111 11 0 000000000000000 8888888 5555555555555555555555 0 22222 2222 0 2 0 2 8888888888 000000000 888888 2 55 2222 0 5 0000000 0 0 3 7 3333 3 0000 2 8 00 5 5 555555555 0
consensus : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AA--T---TTC--AATTT-----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA-----ATATA-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAAT--G-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
Reference ( family-816 ) : ATACACATGCANT-CGAGATATAC-AN--T---TTC--AATTT-----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA-----ATATA-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------CATGTTTGTATNT-A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAAT--G-----------------TTTTTCATCTTCNAC-AT--ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAGGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATG-ATATATATAGTCGACGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----TAATGTACTATAGAATGANAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCTTTATAAGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|1 : ATACACATGCAGT-CGGAGTATAC-G--------TC--------------AT------------------ATATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATATAT--ATATA-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAG-AACTGTAACAATGCTTTGTTCCTAAGAT-AA---AAAGAGTCTC-------------TAGAGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCT-ATAAA---GATACAGGATT--AAT--ATATA-TGA-TATTTCTCA--------------TATGTTTGTATTT-A-A-AGGACAATTAAGCAAAAAAT--GGGTTGTTTTTTTTAATTTTTTTTATCTTCTACAAT--ATAGTCTTACAATGGTAACAATATTAGCCTGTT-TCT-CTAGGAATGGCGGGATTGCAATATCTACCTGTTCATAATACTTTCTATG-ATATA---AGTTGACGTGCACTTG----------TGTAAGGTAAGAGCGCAAATTTCTAGGAATTGGAAAACATAAATAAGGTTTTAATTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAATTAAA----TAATGTACTATAGAATGAAAGTTTTCCA-CATTGAGTGTTTTTAATATTTTTTTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAACCATGTAGTTTGGAACTAACTAGCTAATTTAATTAATTG---GTGTGTCACAGGTAATATTCAGCGTTCTTTGTGATTGCTTTATAGGGCTCTGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|11 : CAGTATCTACCTA----------CCTCTATC------TGTAATCTGCAAGCACTTATTCTTAATTTAGTCAAAAAAGAGCGAAGCGTTTTGGAAATGGGAAAATTCAAATATGGGT----GAATTTCCAGTTTGTTTAGATT--TAGTGAAATTATTAATTGACTGTAGAATGATAGTTTTCCAGTATTG
gi|12 : aAATTACTTTATAAGGCTCTGCCAACATTGTTTTTT--TTTATTTTTAATCGCCAAATTTGTATCTTCC-AGAAATGCAcccttttctttgacatt
gi|13 : ctttcaga---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATAATTCTATATA-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAttttttaatacaaggttattacatgtatcatctttggatgtggtctggagtagtaattaaatgcaagctgaaatattttgacat
gi|14 : ttatttttttcatgtcgtaATGCAAT-TGAAATTTACCAA--TAAATTA--AATTC--------T------------------TTATTGGC-----AAT---TAAA-----CACATA--------TG-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAC--------------------ATAgaagtataacaccaaatatacatgtagaattatatatactgtgctacataa
gi|15 : attAGAGATAC-AT--T---TTTTGAATTC--------T------------------TTATTGAC-----AAT---TAAG-----CGCATA--------TA-CAGATGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------ATAaaagtacaacacaaaataattatatacagtttgtgccacataatattataac
gi|16 : gagaagaaggaaataaataataataataaaaaaaTC--AATTT-----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CAC--------ATATA-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAaagtataata
gi|2 : AT--------------------ATAT-TGTGC-----TA-CATACAGT-T---TTAT-AGCTGTAACAATGCTTTGTTTATAAGA--AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGCAGTCACA--AGATGGAGAGGT--TTCA-GTAAA---GACACAGGATT--AAT--ATAT---GA-TATTTTTGA---------------ATACTTTTTTCTCA-A-AGGACAATCAAGCAAAAA-T--G-----------------TTTTTCATCTTGTAC-A---ATAGTCTTACAATGGTAACAAAAT----CTGTT-TCT-CTAAGAATGACAGGATTGCAATATCTACCTG----------TTTCTATGTATATATATAGT------------ATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCACAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTGTCCTCATAGTTAAA----CGATGTACTATGAAATGAAAGTTTTCCA-CATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAAATCATGAAGTTTGGAACTAGCTAG----TTTAATTGG-TGACCGTGTGTCACAGGTAATATTCAGCTTTCTTTGTAATTGCGTTATAAGGCTATGCCAACATT------T--TTTATTTTCAATAGCTAACTTTGTATTTTTCAAGGAATGCAgaagtataattaacacaaaatatatat
gi|3 : atAACAATGCTTCGTTTCTAACAT-AA---A--GACTCTC----TCTCTAATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGGTGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AATTAATACA-TGA-TATTTTTGAATACTTTTTTCTTGTATGTTTGTAT---A-A-AGGACAATCAAGCAAAAAAT--G-----------------TTTTTCATCTTCGAC-A---ATAGTCTTACAATGGCAACAAAAT----CTATT-TTTTCTAGTAATGACAGGATTACAATGTCTACCTG----------TTTCTAT------ATATAGTTGATGTGCACTTATTCTTAGCTTTGTAAGGTAAGAGCGCAGATTTCTAGGAATTGGAAGACATAAATATGGTT----TTATTTCTAATTT-TTTATCCTCATAGTTAA--------TGTACTATAGAATGATAGTTTTCCA-TATTGGGTGTTTTTAATA-TTTTCTAATTCATCAAAAGTTTTGTTTACAAAGAACTCGTGAAGTTTGGAACTAACTAG----TTTAATTGG-TG------TGTCACAGGTAATATTCAGCTTTATTTGTAG--GCCTAAT-------TGC-----TT------TAATTTATTTTCATTAGCCAACTTTGTATCTTCC-AGGAATGCA
gi|4 : gC-AC--T---TTC--AATTTT----CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CAC--------ATATA-CAAGTATTCTATTAGCCCTGGAAT--------------------
gi|4 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttAT---ATAG-----CACAAA-----ATATA-CA--TGG--TATT---TAT--AAT--------------------ATAC-TGTGC-----TATCATAATGTCT---TTATTATCCGTAACAATGCT-CGTTTCTAACAT-AGGAGAAAGAGTCT----------AATATAA-GACCC--AAATTTCGTTTGTAGTCTCA--AGATGGAGAGGAACTTCAGGTAAAGTGGATACATGATTTCAAT--ATATA--GA-TATTTTTGA--------------CATATTTATgtaggatatagcacaaaatatacatggtatttataatatactgtgctatcataatgtctttattatccgtaacaatgctcgtttctaacataggagaaagagtctaatataagacccaaatttcgtttgtagtctcaagatggagaggaacttcaggtaaagtggatacatgatttcaatatatagatatttttgacatatttat
gi|6 : tagtatttagtggaaaattctgttaatgggtcaaattttgaaataagtgcaggaggaatgacattatgattggccatggagttttttgaggcccgatccacagttgtaactcatgaatttgacctctatcaaaggatcttgggcctgattctatttgactcatattaaaaataaggcatggaccatatgttttatgacattattgaggttcactttcaattttcaatttattggcaataaagcacatatacaagtattctattagccctggaatgtaggATACATATTCATTGCGAGATATAC-AAATTCAATTC--AATTTATTGGCAATAAAGCACATATACAAGTGTTGTTAGCCATAGAATGTAAAAGTATAACACAAA-----ATATA-CATGTAT--AATTA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTTGTTTCTAACAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACAAGAGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--AAT--ATACGCTAA-TATT
gi|7 : aaaaaaaaagatatataattC-AA--T---TTC--AATT------CAAT------------------TTATTGGC-----AAT---AAAG-----CACATA--------TA-CAAGTGT--TGTTAGCCATGGAATGTAGAAGTATAACACAAAATATACATGTATAAGTATA-TATACTGT-T---TTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAGCAT-AA---AAAGAGTCTC----T----AATATAAAGAC----AAATTTCGTTTGTAGTCACA--AGATGGAGAGGA--TTCA-GTAAA---GATACATGATT--A----ATATA-TGA-TATTTTTGA--------------ag
gi|8 : ttA-----ATATAACAAATGT--TGTTAGCCATGGAAT--------------------GTAataatttttt
gi|8 : gaatatttcaattc-----AGT---ATAA-----CACAAA-----ATATA-CATGTAT--AGTTA----T---AT--------------------ATAC-TGTGC-----TA-CATAATGT-TAAATTAT-ATCCGTAACAATGCTTCGTTTCTAACATAAA---AAAGAGTCTCTTATT----AATATAAAGACA---AAATTTCGTTTGTAGTCAC---AGATGGAGAGGA--TCTA-GTAAA---CATACATGATT--A----ATATA-TGATTATTTTTGA--------------agtataacacaaaatatacatgtatagttatatatactgtgctacataatgttaaattatatccgtaacaatgcttcgtttctaacataaaaaagagtctcttattaatataaagacaaaatttcgtttgtagtcacagatggagaggatctagtaaacatacatgattaatatatgattatttttgaatactttt
gi|9 : gaatatttcaattcaatataacaaatgttgttagccatggaatgta---AAAGAGTTTC----T----GATATATGAACTGCAAGGTTTCGTTTGTAG------------------G--TTTA-ATATA----ACACAAGAT---AAT---TATA-TGA-TACTTTTTT--------------CTTGTTTGTATAT-ATATAGGACAATCAAGTAAAAAAAAAG-----------------TTTTTCATCTTCAAC-ATTCATGGTCTTGCAAAGGTAGCAAAAT----CCATTCTGT-TCAGAAATTACAatactttt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TAGTATTTTAGGAAAAAAAATGTAATGGGTCAAAATATTTGAAATAAAGTGAATGGAAGGAATGACATTTGATTGGCCCAAGATTTTGAGCCGAATCCAGACAAGTTGTAAACATCATGAAATATGACCTCTAAAAGGCATGGGACCATACGTTTTTGATGACATATTTGAGGTTCACTAGTGTCATTCTTCCACTGGATATGGACAGTTTTGAGAAAATGTGCATACATATTTTTCTTGGAAGTAAAAGGTTAGTATGGAAGTCTATGGAATTTTATTTTGTGGTTTCATCCCTACAATATGCA
Unaligned ( gi|10 ): AGACAAGTTGCAAAACATCATGAAATTTGTCTATAAAAGCATGGACCATACGTTTGATGACATATTCGAGTTCACTAGTGTACATTCATTCCACTAGAATGGACAATTGGAGAAATCTGCAGATAAATTTTTGTCTATGATGATAAGGTTAGTATGAAGCAATGGGATTTTATTTAGTGTTTTTATCCCAACAATCTACA
Unaligned ( gi|17 ): AAACAAGACAAGTAACTTTACAGTATGAAGAACATTGCAA
Unaligned ( gi|18 ): CATGGAATGTAGAAGTATAGCACAAAATATATATGTA