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lowQualScore                  :                  2     2              5 6666666 66666    2  88 1   2  2 2 555  3        
lowQualScore                  :                  .     .              . ....... .....    .  .. .   .  . . ...  .        
lowQualScore                  :                  7     5              0 8888888 22222    5  33 9   9  9 9 777  1        
consensus                     :      AATTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG-ATATAA-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
Reference ( gi|7 )            :      AATTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AGTATATAA-CC-T-GAT-TT-GGGTCAGTGT
gi|8                          :      AATTAAGGAATG-ATTTT-AATTTTGGGGAATG-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-GGT-TT-GGTTAAGT
gi|2                          :      AATTAAGGA-TG--CTCT-AATTTTGGG-CATA-TGGATTGAA-----T-CG-AG-ATCTAA-CC-T-GGT-TT-GGGT-AGTtt
gi|5                          :   gtacATTGAAGAATA-GATTT-AATTATGGGGCATG-C----T--A-----TA-A-AG-ATACAA-CC-T-GGT-TT-TGGTCAGTttag
gi|16                         :     gatTTAAGGAATG-ACTCT-AATTTGGGGGCATA-T----T--A-----TCCG-tta
gi|13                         :      atTTAAGGATTG-ACTCT-AATTTTGGGGC-----------------------------TAA-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGTg
gi|9                          :    atatTTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGTCATA-T----TC-A-----TAC-----ATGTAA-TT-T-Gttacgc
gi|17                         : aatatatTTAAGGAAGG-ATTCT-AATTTTGGGGCATA-C----T--A-----TGCG-Atacagcct
gi|3                          :        tTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGGCATA-T----T--ATACCTTACG-AGTG-ATAA-CC-TCGGT-TTGGGGTCAG
gi|10                         :         TAAGGAATTTACTCT----TTTGGGGCATA-T-------A-----TACG-AGTATA--G-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGTgtta
gi|6                          :     attaTAAGGAATT-ACTTT-GATTTGGAGGCATG-T----T--A-----TACT-AGT-T-TAA-CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTtt
gi|4                          :     attaTAAGGAATT-ACTTT-GATTTGGAGGCATGTT----T--A-----TACT-AGT-TTTAA-CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTttac
gi|14                         :       attaAAGAATG-ACTCT-AATTGTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-AGC-TT-GGGttac
gi|11                         :           AGGCATG-ACTCTAAATTTTGGGGCATAGT----T--A-----TACG-AG--TGTAA-CCTT-GG---T-GGGTCAGT
gi|12                         :              AATG-AATTT-AATTTTGGGGCCTA-T----T--A-----AACG-AG--TATAA-CC-T-AGT-TT-TGGTCAGt
gi|1                          :              ataG-ACTCT-AATTT-GGTGCATA-T----T--A-----TACGCAGTATATAGTCC-T-GATCTT-GGGTCAGT
gi|15                         :       taattcataagtattta-AATTTTTGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-GGG-TT-GGGTCAGTtac





Alignments
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lowQualScore                  :                           2     2              2 8888888 55555    2  44     2  2 2   2  2        
lowQualScore                  :                           .     .              . ....... .....    .  ..     .  . .   .  .        
lowQualScore                  :                           5     4              4 2222222 99999    4  33     7  7 7   9  9        
consensus                     :               AATTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
Reference ( family-814 )      :               AATTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG-ATATAA-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|1                          :                          G-ACTCT-AATTT-GGTGCATA-T----T--A-----TACGCAGTATATAGTCC-T-GATCTT-GGGTCAGT
gi|10                         : taattcataagtatttaTAAGGAATTTACTCT----TTTGGGGCATA-T-------A-----TACG-AG--TATAG-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGTtac
gi|11                         :                attaAGGCATG-ACTCTAAATTTTGGGGCATAGT----T--A-----TACG-AG--TGTAA-CCTT-GG---T-GGGTCAGTtt
gi|12                         :                       AATG-AATTT-AATTTTGGGGCCTA-T----T--A-----AACG-AG--TATAA-CC-T-AGT-TT-TGGTCAGt
gi|13                         :              ataTTAAGGATTG-ACTCT-AATTTTGGGGC-----------------------------TAA-CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|14                         :                atatAAGAATG-ACTCT-AATTGTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-AGC-TT-GGGttacgc
gi|15                         :                                 -AATTTTTGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-GGG-TT-GGGTCAGT
gi|16                         :                 TTAAGGAATG-ACTCT-AATTTGGGGGCATA-T----T--A-----TCCG-t
gi|17                         :               atTTAAGGAAGG-ATTCT-AATTTTGGGGCATA-C----T--A-----TGCG-Ag
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gi|3                          :              gtacTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGGCATA-T----T--ATACCTTACG-AG-TGATAA-CC-TCGGT-TTGGGGTCAGttag
gi|4                          :                  TAAGGAATT-ACTTT-GATTTGGAGGCATG-T----TT-A-----TACT-AG-TTTTAA-CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTgtta
gi|5                          :            attaATTGAAGAATA-GATTT-AATTATGGGGCATG-C----T--A-----TA-A-AG-ATACAA-CC-T-GGT-TT-TGGTCAGTttac
gi|6                          :               gatTAAGGAATT-ACTTT-GATTTGGAGGCATG-T----T--A-----TACT-AG--TTTAA-CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTtta
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gi|8                          :               AATTAAGGAATG-ATTTT-AATTTTGGGGAATG-T----T--A-----TACG-AG--TATAA-CC-T-GGT-TT-GGTTAAGTgt
gi|9                          :                 TTAAGGAATG-ACTCT-AATTTTGGGTCATA-T----TC-A-----TAC-----ATGTAA-TT-T-Gtt





Alignments
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lowQualScore                  :                           .       .            . ....... .....    .  .. .   . ..  . .   .  .        
lowQualScore                  :                           5       4            7 9999999 99999    4  00 7   9 99  9 9   9  9        
consensus                     :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
Reference ( family-814 )      :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|1                          :                          G-ACTCTAA-TTT-GGTGCATA-T----T--A-----TACGCAG--T-ATATAGTCC-T-GATCTT-GGGTCAGT
gi|10                         : taattcataagtatttaTAAGGAATTTACTCT----TTTGGGGCATA-T-------A-----TACG-AG--T-ATA-G--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGTtac
gi|11                         :                attaAGGCATG-ACTCTAAATTTTGGGGCATAGT----T--A-----TACG-AG--T-GTA-A--CCTT-GG---T-GGGTCAGTtt
gi|12                         :                       AATG-AATTTAA-TTTTGGGGCCTA-T----T--A-----AACG-AG--T-ATA-A--CC-T-AGT-TT-TGGTCAGt
gi|13                         :              ataTTAAGGATTG-ACTCTAA-TTTTGGGGC------------------------------TA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|14                         :                atatAAGAATG-ACTCTAA-TTGTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-AGC-TT-GGGttacgc
gi|15                         :                                 AA-TTTTTGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGG-TT-GGGTCAGT
gi|16                         :                 TTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTGGGGGCATA-T----T--A-----TCCG-t
gi|17                         :               atTTAAGGAAGG-ATTCTAA-TTTTGGGGCATA-C----T--A-----TGCG-Ag
gi|2                          :              tAATTAAGGA-TG--CTCTAA-TTTTGGG-CATA-TGGATTGAA-----T-CG-AGA-T-CTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGT-AGT
gi|3                          :              gtacTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--ATACCTTACG-AG--TGATA-A--CC-TCGGT-TTGGGGTCAGttag
gi|4                          :                  TAAGGAATT-ACTTTGA-TTTGGAGGCATGTT----T--A-----TACT-AGT-T-TTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTgtta
gi|5                          :            attaATTGAAGAATA-GATTTAA-TTATGGGGCATG-C----T--A-----TAAA-GA--T-ACA-A--CC-T-GGT-TT-TGGTCAGTttac
gi|6                          :               gatTAAGGAATT-ACTTTGA-TTTGGAGGCATG-T----T--A-----TACT-AG--T-TTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTtta
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gi|8                          :               AATTAAGGAATG-ATTTTAA-TTTTGGGGAATG-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGTTAAGTgt
gi|9                          :                 TTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGTCATA-T----TC-A-----TACA-TG--T-Att





Alignments
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lowQualScore                  :                           .       .            . ....... .....    .  .. .   . ..  . .   .  .        
lowQualScore                  :                           5       4            7 9999999 99999    4  00 7   9 99  9 9   9  9        
consensus                     :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
Reference ( family-814 )      :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|1                          :                          G-ACTCTAA-TTT-GGTGCATA-T----T--A-----TACGCAG--T-ATATAGTCC-T-GATCTT-GGGTCAGT
gi|10                         : taattcataagtatttaTAAGGAATTTACTCT----TTTGGGGCATA-T-------A-----TACG-AG--T-ATA-G--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGTtac
gi|11                         :                attaAGGCATG-ACTCTAAATTTTGGGGCATAGT----T--A-----TACG-AG--T-GTA-A--CCTT-GG---T-GGGTCAGTtt
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gi|2                          :              tAATTAAGGA-TG--CTCTAA-TTTTGGG-CATA-TGGATTGAA-----T-CG-AGA-T-CTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGT-AGT
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gi|4                          :                  TAAGGAATT-ACTTTGA-TTTGGAGGCATGTT----T--A-----TACT-AGT-T-TTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTgtta
gi|5                          :            attaATTGAAGAATA-GATTTAA-TTATGGGGCATG-C----T--A-----TAAA-GA--T-ACA-A--CC-T-GGT-TT-TGGTCAGTttac
gi|6                          :               gatTAAGGAATT-ACTTTGA-TTTGGAGGCATG-T----T--A-----TACT-AG--T-TTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTtta
gi|7                          :           attaAATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AGTAT-ATA-A--CC-T-GAT-TT-GGGTCAGTttac
gi|8                          :               AATTAAGGAATG-ATTTTAA-TTTTGGGGAATG-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGTTAAGTgt
gi|9                          :                 TTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGTCATA-T----TC-A-----TACA-TG--T-Att


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blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  T  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .   . .   . .   .  .
blockSeqs                     :                           .       .            . T       .        .  .  .                   
blockSeqs                     :                           .       .            . .       .        .                         
blockSeqs                     :                                   .            . .       .        .                         


blockSeqCons                  :                                                                               **
originalCons                  :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
finalCons                     :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT





Alignments
lowQualScore                  :                           2       2            4 5555555 55555    2  99 2   2 33  2 2   2  2        
lowQualScore                  :                           .       .            . ....... .....    .  .. .   . ..  . .   .  .        
lowQualScore                  :                           5       4            7 9999999 99999    4  00 7   9 99  9 9   9  9        
consensus                     :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
Reference ( family-814 )      :               AATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|1                          :                          G-ACTCTAA-TTT-GGTGCATA-T----T--A-----TACGCAG--T-ATATAGTCC-T-GATCTT-GGGTCAGT
gi|10                         : taattcataagtatttaTAAGGAATTTACTCT----TTTGGGGCATA-T-------A-----TACG-AG--T-ATA-G--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGTtac
gi|11                         :                attaAGGCATG-ACTCTAAATTTTGGGGCATAGT----T--A-----TACG-AG--T-GTA-A--CCTT-GG---T-GGGTCAGTtt
gi|12                         :                       AATG-AATTTAA-TTTTGGGGCCTA-T----T--A-----AACG-AG--T-ATA-A--CC-T-AGT-TT-TGGTCAGt
gi|13                         :              ataTTAAGGATTG-ACTCTAA-TTTTGGGGC------------------------------TA-A--CC-T-GGT-TT-GGGTCAGT
gi|14                         :                atatAAGAATG-ACTCTAA-TTGTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-AGC-TT-GGGttacgc
gi|15                         :                                 AA-TTTTTGGGCATA-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGG-TT-GGGTCAGT
gi|16                         :                 TTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTGGGGGCATA-T----T--A-----TCCG-t
gi|17                         :               atTTAAGGAAGG-ATTCTAA-TTTTGGGGCATA-C----T--A-----TGCG-Ag
gi|2                          :              tAATTAAGGA-TG--CTCTAA-TTTTGGG-CATA-TGGATTGAA-----T-CG-AGA-T-CTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGT-AGT
gi|3                          :              gtacTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--ATACCTTACG-AG--TGATA-A--CC-TCGGT-TTGGGGTCAGttag
gi|4                          :                  TAAGGAATT-ACTTTGA-TTTGGAGGCATGTT----T--A-----TACT-AGT-T-TTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTgtta
gi|5                          :            attaATTGAAGAATA-GATTTAA-TTATGGGGCATG-C----T--A-----TAAA-GA--T-ACA-A--CC-T-GGT-TT-TGGTCAGTttac
gi|6                          :               gatTAAGGAATT-ACTTTGA-TTTGGAGGCATG-T----T--A-----TACT-AG--T-TTA-A--CC-T-GGT-TT-GGGCCAGTtta
gi|7                          :           attaAATTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGGCATA-T----T--A-----TACG-AGTAT-ATA-A--CC-T-GAT-TT-GGGTCAGTttac
gi|8                          :               AATTAAGGAATG-ATTTTAA-TTTTGGGGAATG-T----T--A-----TACG-AG--T-ATA-A--CC-T-GGT-TT-GGTTAAGTgt
gi|9                          :                 TTAAGGAATG-ACTCTAA-TTTTGGGTCATA-T----TC-A-----TACA-TG--T-Att