lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 222222222 22 111 11111 111 111 111111111 11 11111 11111 11 111111 55555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555555555 3333333 1 2 5555555555555 11 11 1 1 888888888888888888888888888888888888888888 22 11 44444444444444444444 2222222 111111 1 6666666666666666666 111 22 222222 11 99999999999 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 444 2 1 555555 33 33 2
lowQualScore : 6 000000000 0 11 0 555 333 22 2 4 4 4 4 5 4 666 00000 8 666 4 111 8888 111 4 0 666666666 33 00000 2 55 00000 55 8888 55 4 77 4 333333 77777 2 5 5 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 77777777777777 2 2222222 3 0 2 3 0 3 4444444444444 33 7 11 0 0 8 666666666666666666666666666666666666666666 3 11 8 11 00 99999999999999999999 1111111 000000 99 0 6 6666666666666666666 5 8 555 44 0 333333 77 11111111111 5 1 1 5 99 0 6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 333 6 66 0 5 999999 6 00 66 0
lowQualScore : . ......... . .. . ... ... .. . . . . . . . ... ..... . ... . ... .... ... . . ......... .. ..... . .. ..... .. .... .. . .. . ...... ..... . . . .. ........................................................................................................................................................................................................................ . . .............. . ....... . . . . . . ............. .. . .. . . . .......................................... . .. . .. .. .................... ....... ...... .. . . ................... . . ... .. . ...... .. ........... . . . . .. . . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ... . .. . . ...... . .. .. .
lowQualScore : 0 000000000 1 88 1 111 888 44 9 0 0 0 0 7 0 444 00000 0 222 0 000 5555 000 0 8 000000000 66 00000 2 55 00000 55 0000 00 4 11 4 000000 22222 5 0 0 99 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 22222222222222 0 0000000 2 0 5 2 0 2 0000000000000 88 0 55 0 0 2 000000000000000000000000000000000000000000 8 88 0 66 88 00000000000000000000 7777777 333333 22 8 0 8888888888888888888 0 0 888 44 8 000000 22 44444444444 0 0 0 8 22 0 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 000 0 55 0 0 000000 0 55 00 0
consensus : TAAAGCTGACA---------TGATTT-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTA-CGC-TT-----CACTTCA---ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCGGG--------T--------CT--CGACAGGTAACAC------T-GTAC-ATA-C-TCG--GTA-------A-----TACGGG--AAAT-AA---C----------ATTTT-AGAATACCAA----GCAGTN-C--------TC--AA-AATT-ACAA-TAAAAA---T-AC--CGTA-CA---TCTGT---AGAAA-ATCC-----T--ACAA-TT-TTGAAAAATAAATTT-AAAA-T--AAAAAGTTC-T-ATACATCTG-TACATG-CAATGT----AT-GC-AC-AGTTGCAG--TAAACATGT-CC-AAATA--TG--CAATA-G-------AACT-T-----GC-AA---A--ATATTTTACCAGC-TATAGA-TTGATGGA-ATC---T--AGAAT---AAGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCATA-CATT---T-ATTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAAAA-TACAGAA------ATATGCAC--ACG-G----ACGAGATGCATGCTCGCNTT--GAAAACGCA-TCGAATG--CT-----GCG---GACGACG---------ATTTACC------TNGTAA---T----------AT-----CTGT------------A--AAGG-AT-C----------GGA--NA---TGTAC-ACGCGTGCACAC-TTGTCG----A-AA-TA--CC--CA-AGTAAGTGG-C---AA-AA-TTCC----TTTATTATC--ATAAT-CC--ATG-A-----AA-G----AA-A-A---CG--ATAAAC-TCCACTTGT---TTCCTAC-TACAGNAA--AC-AGTT-AC-GG-T-TG--TNTTCATTGCGCAAA--C---CT-CG-----TGCCGATCAA----------------AAATCTTCAATCAGGGGAAGTTAAGTCAAAGTNGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTGGCTNTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGNNGGAACATCATTT-AGTTTACATAANTTGCACCTTGCATTAGAT
Reference ( gi|2 ) : TAAAGTTGACA---------TGATTTTCATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTA-TGC-TT-----CACTTCACGTACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCGG---------T--------CT--CGACAGGTAACAC---ACGT-GTAC-ATG-C-TCA--ATA-------A-----TACAGG--AAGT-AA---C----------ATTTT-AGAATAC-AA----GAAGCC-C--------TC--AA-AATC-ATAA-CAGAAG---T-AT--CGTA-CA---TCTGT---AGATA-ATTC-----T--AT---TTATTGAAAAATAAGTTC-AGGA-T--GAAAAGCTC-T-ATGCATCTG-TACATG-CAATGT----AT-GC-AC-AGTTGCAG--TAAACACGT-CC-AGATA--TG--CAATA---------AACT-T-----G--AA---A--ATATTTTATAAGC-TATAGA-CTGATGGA-AT-------AGAAC---AAGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCATA-CATT-CATAATTTACTCACG-TCAAGCA-ATTGAAAAG-TACAGAA------ATGTGCAC--ACGCG-TAGACGAGATGCATGCTCGCATT--GAAA-CGCA-TCGAATG--TT-----ATG---GACAGC----------ATTTACC------TG------------------AT-----CTGC------------A--AAGG-AT-C----------GGA--GA---TGTAC-ACGTGTGCATACATTGTCG----A-AA-TA--CC--CACAGTGAGTGG-C---AA-CA-TCCC----TTTATTATC--ATAA--CC--ATG-------AA-G----AA-A-A---CG--ATAAAC-TCCATTTGT--AATCCTACGTACAGTAA--AC-AGTTGAC-GGTT-TGTCTCTTCATT-------------CT-CG-----TGCAGATCAA----------------AAATCTTCAATCAGGGGAAG-TA--TCAAAGTTGAA------------TAGT---T-ACTA--TGTTTATATTGGT---CAGAATTTTGC-AGATTT--GTAAAAGCAGGAA-ATAATTTAAG-GTATATAAAGTGCACA-TGCA-TAGATA
gi|9 : TAAAGCTGACA---------TGATTT-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCA-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGTCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----TTT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GCCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTA-TGC-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCGT---------TC-------CT--CGAGAGGTAACAC--------GTAC-AT
gi|7 : TAAAGCTGACA---------T---------AAA----A---GCAGAATTCTTCAA-GTCT-G-C-CAT------------------------------ATAT-TAGATTG---AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATAT-GT-----GTCGGGA--TCAGATCTGCAG--GGTATA---TAA--GGGGATGAGTTTTGCTA-CGC-TT-----CACTTCACAT----CAGCG-TTTCCG-ATTTA--CCTGTGCGGGTAT-----C--------CT--CGACAGGTAACAC--------GTAC-GTC-T-CCA--ATAGAATATTA-----TACAGG--AAAT-AA---TTAAGTTAAAAATTTT-ATAATACCAACCATGCAGTG-C--------TC--AA-AATT-ACAA-TAAAAAATAT-AT--CGTA-CA---TCTGT---AGA-A-ATT
gi|14 : tTAAAGCTGACG---------TGAATT--ATAAATATCAT--GCAGAAATCTTCAA-GTCCAG-CGCAT-T-TT--CCT-----T--CAATCTG-CCTAATAT-TAGTTAG---AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GTC-GGA--TC-----TGCA---GGTATA---
gi|15 : tTAAAGCTGACA---------TGATTT-CATAAATAG-A---GCA----------A-GTCC-G-C-CATAT-T---CTT-----TGCCAACCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT---CTA-TTGTT---------
gi|12 : TAAAACTGATA---------TG-TATTCTTAGATAT-ACATGTAGATTTTTGCAGCGACC-G-C-TTTATATT--CTTGTTTCTGCTTATCCG-CC--ATAT-TAGATGACGAATCACGATT---CAA-TTGTT------------TTG------------A--TT-----TGCAT--GGTATA---CAT--GGG-ATAAGGTTTGTTA-CGC-TT-----CACCTC
gi|4 : agtAAGCTGACAGCCCCCCCTTGATTTCTA---ATAT-A---GCAGAATT-TCCAA-GTGC-A-C-TAT-T-TT--CTT-----TGCCAATCAGTCC--AT-T-TAGTTGGC--AT----ATT----TA-TTGTT---------ATAT-GT-----GT--GGA--TT------GCAG--GCTAT----TAG--GGG--TG-GCTGTGCTA-CGT-T----------TCA-----------------TA-ATTTAAGCTCGTGAGA---------TAGGTAGTACTAACGACAGGTAA--------GTCGTAC-AT--C-TCC--GTA-------GATATCTACGGG--GAAT-AA---T-----------TTTT-ATAA--C-AA----ACAGTG-TG-------TC--AA-AATT-ACAA-TCAAAA---T-AC--TGTA-CA---TCTGT----GA-A-ATCC-----TCAAT---TT-TTGAATAATAGATTT-AA-A-T---AAAAGTCA-T-ATAC-TCTG-TA--TT-CA-TGT----A---C-ACTAGTTGCAG--TAA-CATGT-CC-ATATAAGTG--CAA-A---------AACT-T-----GC-AG---ATTATATTTCA-AAGCGTA-AGA-TTGATG---AC-------AAAACT--AAGCA--TGGCAA--------GAATTT--A--T--CC-TA-CAGT-T----TTTACTCAT--TCAAGCA-AT-GAAAA--TACAGAATACAGAATG---ACTAATGTG--ACATGAGATGCATGCTCGCTTG--GAAA-AGCC-ACAAATG--CTGGCGGATC---GACA------------ATTTA-C------TGGGGA--------------ATG----CGGC------------A--AAAT-AT-CCTGTAATACAGGACCGG---TATGT-ACGTGTA---AC-TTGTCG----ATAA-TA--AC--CA-AGTATGT-G-C---AA-TT-TCC------TTATT-TC--AT-A--CC--ATG-------AA-A----GA-A-A---CG---T-AAC-T-CACTTGT---TTCCTACATGCAGGAACTACAAGTTGtga
gi|5 : tCA---------TGATTT--ATAAAT-T-A---GCAGAGTTCTTCAA-GTC--G-C----AT-TA--CTT-----TGCCA--TCG-C---ATTTATAGT-GG---AT----ATTTACCTAATTATTTCATTCCTTACATTGTTATATGTCAGGA--TT-----TGTAG--GGTATA---AAG--GGG-ATGAGCTGT-TTA-CGC-TT-----CACTT-----ACACGAATGATTTCTG--TTTA--C-TGTGGGA---------TTAC-----CT--CGACAGATAGCACGATACAT-TTCCGATGGCATTATTGTA-------A-----CTCGGG--AA-T-AA---C----------ATTTTTAGAATAC-AA----GCAGTA-C--------T----A-TATT-ACAAATAAAAT---TGAC--CGTAACA---TCAGT---AGAAA-ATCC-----T--ACAAATT-TTGAAAAATAAATTT-AAGAAT--AACAAGCT----ATACATCTG-CACATGTCAATGT----ATTGC-A--AGTTGCAA--TAAGCATGTTCC-AAATA--TG--AAATATATTGCTTTAACT-T-----GCAGA---A--ATATTTTATCAGT-AAT-GA-TTGATG-A-AT-------GTAAC---AAGCAAATG--AA-------AGA-TTC--AATTA-ACATAACA----ATTATTTCCTCACT-TCAGTCA-AATGAAAAGATACAGAA------AT-TGCAC-----------ACGAGAT-CATGCTCG
gi|1 : g---------TGATTATCATAA-TAG-A---GC---------CAA-GTCC-GAC-CATAT-TTATTTT-----TGCCAATCCGACC--AAAT-T-GTTGG---AT----ATTT--CTA-CTGTG---------ATATTCT-----GTCAGGAATTT-----TGCAGTAGGTTTAGCATAA--GGG-GTGAGCTGTGCTA-CGCGTTTCGCACGCTTCACA-ACA-----G-TTACCGTATTTA--CCTGGCCGGGATGACGACT--------CT---GACAAG-AACAC--------GTAC-ATA-G-TC--------------------ACAGGGTAAAT-AATAGC----------ATTTT-AGGATTT-AAT---CAAGTC-CAGTGAGCTTCATAA-AGTCTACAA-CAATAT---T-ACAACGTA-CAT--TCTGCTAAAGAAA-ATCCTTACAT--AT---TT-TTG--AAATAAATTTAAAAA-TAAAAAAAGTTC-TGGTACATCTG-TACA-G-CAATGT----AT-GCAAT-AGTTGCAGAATAAACATGT-CC-AAATA--AGGCCAATAAG-------AACTGTGAGCAG--AA---A--GTTGTTTACCA-C-TATAGATCTGATGAACATCATATTCAGTATATAAAGCAAATGGCAAGATATATAAAATTCAGA--TACCCATA-CATTACTTACTT--CTCACGTTCAAGCA-AAT-AAAAA-TACAGAA------ATATGCAC--ACGAGATCGGCCA-ATATCTGGTC-CATTTAAAAA-CGCA-TCGAATG---C-----GCG---GACGACA---------ATTTACC------TGGTAAGTTT----------AC-----CTTCATTGATATCGTAA--AAGGTATCC----------CGA--TA---TATATAACGTGTACAC---TTGTCGGAATA-AA-TA--CCAAGATATTCAGTGG-CCAAAA-AA-TTTCCTATTTTATTACCATATAA--TCCAATG-------AA-ATTGCAA-A-AAACCG--ATAAACAGCCACTTGT--TTTCC----TACAGAAA--AC-A---CAC-TGTTATG---ATTCATTGAGCACAAAC---CTGCGGAGAATGCCGATCAAAACATCATGCGATCAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTTA--TCAAAGTT--A------------TAGT------CTAGCTCTTTA-ATT--T---CAGtc
gi|11 : ctgaagcggagtCTTCAA-ATCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT---CTA-TTG-T---------ATA-TGT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTG-CGA-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCGGATAA-----C--------CT--CGACAGGTAACAC---caaaaaattt
gi|13 : TTCAA-ATCC-G-C-CATAA-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT---CTA-TTG-T---------ATA-TGT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA----AG--GGG-ATGAGCTGTGCTG-CGA-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCGGATA------C--------CT--CGACAGGTAAC
gi|3 : tTGT-----GTCAGGA--TT-----TGC-G--GGTATA---TAATGGGG-GT-AGCTGTGCTACTGC-T------CACT-CA---GCACCAGT----TCTG-ATTTA--ACTGGCCGG---------TGC------CT--CGCTAAGTGAC------C-T-GTAC--TA-T-TCG--A-----------------CGGG--GAATGAA---CG---------ATTTT-GGA-TACCAA----GCAGTTGC--------TC--AATAAGC-ACAA-CAAATA---T-AC--CGTA-CAATTTCTGT---AGAAAGATCC-----G--ACAA-TT-TTGAAAA-TAA--TC-TAAA-T---AAAAGTTCGT-A---ATCTGATACATGACAATGTGCCAAT-G-----AGTTGCAG--TAAAC--GT-CCGAAATA---G--CA-TA---------ACCT-T-----G--CAGCCA--ATATTC-----GC-TATAGA-TTGATTGA-AT-------AGAAT---CAGCAAATGGCAA-------AAAATT---A--TA--CATAGCATT-----ACTTAC-CAC--TCAA-CATAATAAAAAA-TACAG--------AT-TGCAC-----------ACGAGATGCA-ACTGGCCTT--GAAA-CGCAGTCG-ATG---T-----GCG---GACGACA---------ATTTACCCTAATATT------------------AT-----CTGT------------ATGAAGG-A--C----------ACC--GATTTTATAC-ATACATGTATAC-TTGTCGA---A-AA-TA---C--GAAAGT-AGTGGCC---AA-AA-TTCC----TTTATTACC--ATAATCTC--ATGGA-----AA-G----AA-AGA---CT--AT-ATC-TCCCTTTTT----TCC----TACAATAA--AC-AGC--ACTGG-------TCTTCATTGCCATAC------TT-CG-----TGCTGATCAA----------------AACTC-TCTATCA-GGGAAG-TAAGTC-AAGTAGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTG--TAT---TATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGATGGAACATCATT--AGTTTACATAACTTGCACCTTGCATTAGAT
gi|16 : ---A--ATATTTTACCAGC-TATAGA-TTGATTGA-ATCTATT--AGAAT---AAGCAAATGGCAA-------AAAATTC--A--TA-C
gi|6 : AGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCATA-CAT------ACTTACT-----TCAAGCT-AATGAAAA--TACAGAA------ATATGTAC--ACG-----------ATGCATACTCACATT--GAAAACGCA-TCGAATG--CT-----GCGTACGACAATGTACCCGGTAATTTACC------TC------------------ATATTATCTAT------------A--GGGG-AC-C----------CGA--TA---TGTAC-----GTGTACAC-TTGTCG----A-AAATA--CC--CA-AGT-AGTGG-C---AA-AAATCCC----TTTATTATC--ATAGT-CC--ATG-------AAAG----AA-A-A---CG--ATAAAC-TCCACTTGT--ATTCC----TATAGTAA-------TT-AC-G--T-TGTCTTTTCATTGCACAAACCTAAGCC-CG-----TGCCGATAAA----------------AAATCTTCA
gi|18 : ATGCATACTCGCCTT--GAAAACGCA-CCAAATG--CT-----
gi|8 : TT--GAAAACGCA-TCGAATGCCTG-----ACG---TACACA----------ATTTACC------TAGTAATACTCATAATCTTAAT-----CTGT------------A--AAGG-GC-CC---------GGT--AA---TGTAC-----GTGCACAC-TTGTCG----A-AAATA--CC--CA-AG-AAGTGG-C---AA-AA-TTCC----ATTA-TATC--ATAAT-CC--ATGAAAGTAAAA-G----AGTA-A---CGATATAAAC-TCCGACTGTTAGATTCTACgcg
gi|5 : acgaaatatatgttgaacaacaaatttttacaatg-AT-C----------GGA--AA---TGTAT----CGTGC-TAT-CTGTCG----A-GG-TAATCC--CACAGTAAACAG-A---AATCA-TTC
gi|17 : gcatgatttataaattagcagagttcttcaagtcgcattactttgccatcgcatttatagtggatatttacctaattatttcattccttacattgttatatgtcaggatttgtagggtataaaggggatgagctgtttacgcttcacttacacGC-AGATT---GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACT-TGCA-TAGATggcattattgtaactcgggaataacatttttagaatacaagcagtactatattacaaataaaattgaccgtaacatcagtagaaaatcctacaaattttgaaaaataaatttaagaataacaagctatacatctgcacatgtcaatgtattgcaagttgcaataagcatgttccaaatatgaaatatattgctttaacttgcagaaatattttatcagtaatgattgatgaatgtaacaagcaaatgaaagattcaattaacataacaattatttcctcacttcagtcaaatgaaaagatacagaaattgcacacgagatcatgctcgtc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGGTATCATAGGGGAAGATTTTGAAATACGCTGTAATTCACATCAATGTTTTAGAGTACCTGTCGAATAACCCTCAACAGTACACAGCGCTACATCTCCAATAGTAATGTAATTGTAAAGGGTATACGTAAGTAAATAAATATTTGTAGTGACCATAAGTGTTACAGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 111 111 111 111111111 1 11 22222 5555555555555555555 2222 11 8888888888888888888888888888 44444444444444 11111 1111111 222222 1111 111 111 2222222 1111 111 1 3333333333333 11 55555555555555555555 11111111111 11 4444444444444 111 1111111 11 2222222 22 11 111111 111111 1 555555555555555 11 111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 2222 33333 2222 1 11111 222 1111 22222222222222 22222 11 44444444444444444444444 444444444444444444444444 6666666666666666 55555 22222222 22222 55 222 222 1 222 2 1 11 111 2
lowQualScore : 777777777 4 000 1 4 222 0 1 3 3 3 3 3 55 99999 7 55 3 666 3 7777 000 3 444444444 0 99999 1 55 99999 55 666 33 4 4 55 8888 66666 88 4 66 2222222222222222222 66 6666 0 22 1111111111111111111111111111 1 6 22222222222222 6 11111 6666666 111111 99 6 6 6 3333 6 99 6 111 6 111 6 2222222 8 8 66 3 0 0000 3 111 3 0 8 0 8 0 0 6 0 1111111111111 11 0 0 8 8 66666666666666666666 8 99999999999 99 1 00 6 6 6 4444444444444 000 8888888 55 6 6 6 9999999 3 22 2 00 1 999999 88 999999 2 1 111111111111111 1 55 00 6 111 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444444 1111 6 88 44444 0 3 6 0000 6 3 6 66666 555 4444 99 44 6 6 6 22222222222222 6 99 99 6 1 00000 3 44 1 66666666666666666666666 444444444444444444444444 0 6666666666666666 3 6 22222 7 1 00000000 77777 55 1 111 000 5 999 22 3 7 5 66 222 3
lowQualScore : ......... . ... . . ... . . . . . . . .. ..... . .. . ... . .... ... . ......... . ..... . .. ..... .. ... .. . . .. .... ..... .. . .. ................... .. .... . .. ............................ . . .............. . ..... ....... ...... .. . . . .... . .. . ... . ... . ....... . . .. . . .... . ... . . . . . . . . . ............. .. . . . . .................... . ........... .. . .. . . . ............. ... ....... .. . . . ....... . .. . .. . ...... .. ...... . . ............... . .. .. . ... . ............................................................... ...... .... . .. ..... . . . .... . . . ..... ... .... .. .. . . . .............. . .. .. . . ..... . .. . ....................... ........................ . ................ . . ..... . . ........ ..... .. . ... ... . ... .. . . . .. ... .
lowQualScore : 888888888 4 333 9 4 222 9 6 6 6 6 6 6 00 11111 3 00 6 444 6 7777 000 6 555555555 6 11111 2 00 11111 00 444 55 0 0 55 5555 77777 33 4 11 4444444444444444444 11 3333 1 22 2222222222222222222222222222 7 7 88888888888888 7 88888 0000000 333333 22 7 7 7 8888 7 22 7 777 7 777 7 6666666 0 0 44 8 8 8888 8 888 8 8 0 8 0 8 8 0 8 8888888888888 00 8 8 0 0 66666666666666666666 0 33333333333 22 7 33 7 7 7 2222222222222 000 6666666 77 7 7 7 0000000 2 55 5 22 0 222222 33 222222 3 0 555555555555555 0 99 77 7 777 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 8888 7 88 77777 7 7 7 8888 7 3 7 88888 000 2222 22 88 7 7 7 88888888888888 7 22 22 7 7 33333 2 11 0 00000000000000000000000 222222222222222222222222 2 2222222222222222 2 7 00000 3 0 77777777 00000 00 0 555 555 5 333 00 3 3 3 33 333 7
consensus : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---G-G--------TA-C-CT--CGACAGGTAACAC----GTACATNTTCG-----------GTA-------A-----TACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGTG---C-TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-ACA-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CA-G--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----TAGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACACG-----A-CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGAC---C-GGATATGTACA-ACGTGTACAC-TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCT-CTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTTAGTGCATAACTG--TGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTTAG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
Reference ( family-734 ) : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTCA---ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---G-G--------T----CT--CGACAGGTAACAC---TGTACATACTCG-----------GTA-------A-----TACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGTN---C-TCA--A-AAT-TACAA-TAAAA---AT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-ACA-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CA-A--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------ATC---TAGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ATTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATATGCACACG----GA-CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACGATTTACC-TNG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGAT---C-GGANATGTACACGCGTGCACAC-TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGNAA--AC-AGTT-ACGG-TTG--T-NTTCATT--GCGCAAACCT-----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTT----AAGTCAAAGTNGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTGGCTNTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGNNGGAACATCATTTAGTTTACATAANTTGCACCTTGCATTAGAT
gi|1 : TGAAGCGGAGT---------TGATTAT-CATAA-TAG-A---GC---------CAA-GTCC-GAC-CATAT-TTATTTT-----TGCCAATCCGACC--AAAT-T-GTT---GG-AT----ATTT--CTA-CTGTG---------ATATTCT-----GTCAGGAATTT-----TGCAGTAGGTTTAGCATAA--GGG-GTGAGCTGTGCTAC-GCGTTTCGCACGCTTCA----CAACAGT---TACCGTATTTA--CCTGGCCG---G-GATGACGACT----CT---GACAAG-AACAC----GTACATAGTC----------------------A-----CAGGGTAAAT-AATAGC----------ATTTT-AGGATTTAATCAA----GTCCAGTGAGCT-TCATAA-AGTCTACAA-CAATA---TT-ACAACGTA-CA---TTCTGCTAAAGAAA-ATCCTTACATA-TT-TTTGAAA--TAAATTTAA-AAATAAAAAAAGTTCTGGTACATCTG-TACA-G-CAATGT----A-TGCAAT-AGTTGCAGAATAAACATG-TCC-AAATA--AGGCCAATAA---G----AACTGTGAGCA-G--A--AAGTTGTTTACCA-C-TATAGATCTGATGAACATCATATT---CAGTATATAAAGCAAATGGCAAGATATATAAAATTCAGATACCCAT-A-CATTACTT---ACTT-CTCACGTTCAAGCA-AAT-AAA------A-ATACAGA------AATATGCACACGA---GATCGGCCAATATCTGGTCCATTTAAAAACGCA-TCGAATGC--GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AAGTTT------------A-------------C-CTTCATTGATATCGTA--A---AAGGTATCC-CGATATATATA-ACGTGTACAC-TTGTCGGAATA-AA-TACCAA-GATATTCAGTGGCCAAAAAATTTCCTATTTTATTACCATATAATC-CAATG-AAATTGCA-AA------A-AACCG--ATAAACAGCCACTTGT-T---TTC--C-TACAGAAA--AC-A--C-ACTG-TTA--TGATTCATTGAGCACAAACCTG----CGGAGAATGCCGATCAAAACATCATGCGATCAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTTATCAAAGTTATAGTCTAGCTCTTTA-ATTTCAG
gi|11 : cCTTCAA-ATCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTG-T---------ATA-TGT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---G-A--------TAAC-CT--CGACAGGTAACAC---caaaaaattt
gi|12 : TAAAACTGATA---------TGTAT-T-CTTAGATAT-ACATGTAGATTTTTGCAGCGACC-G-C-TTTATATT--CTTGTTTCTGCTTATCCG-CC--ATAT-TAGATGACGA-ATCACGATT---CAA-TTGTT------------TT------------GA--TT-----TGCAT--GGTATA---CAT--GGG-ATAAGGTTTGTTAC-GC--TTCAC----CTC
gi|13 : agtTTCAA-ATCC-G-C-CATAA-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTG-T---------ATA-TGT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA----AG--GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---G-A--------TAC--CT--CGACAGGTAACtga
gi|14 : tTAAAGCTGACG---------TGAAT-T--ATAAATATCAT--GCAGAAATCTTCAA-GTCCAG-CGCAT-T-TT--CCT-----T--CAATCTG-CCTAATAT-TAGTT---AG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GTC-GGA--TC-----TGCA---GGTATA---
gi|15 : tTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAG-A---GCA----------A-GTCC-G-C-CATAT-T---CTT-----TGCCAACCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------
gi|16 : --A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATTGA------ATCTATTAGAATA---AGCAAATGGCAA-------AAAATTCA--TAC
gi|17 : AGATT---GTGAAAGCAGGAA-ATCATTTAG-TTACATAAA-TGCA-CTTGCA-TAGAT
gi|18 : gcATGCATACTCGCCTTGAAAACGCA-CCAAATGCT-GCG
gi|2 : TAAAGTTGACA---------TGATT-TTCATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTCACGTACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGC----G-G--------T----CT--CGACAGGTAACACACGTGTACATGCTCA-----------ATA-------A-----TACAGGAAGT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---A-CAA----G--AAGCC---C-TCA--A-AAT-CATAA-CAGAA---GT-AT--CGTA-CA---T-CTGT---AGATA-ATTCT-AT----TTATT-GAAAAATAAGTTCAG-GA-TGAAAA--GCTCTA-TGCATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACACG-TCC-AGATA--TG--CAATA---------AACT-TG---A-A--A--ATATT--TTATAAGC-TATAGAC-TGATGGA------A-----TAGAACA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---CATAATTTACTCACG-TCAAGCA-ATTGAAA------A-GTACAGA------AATGTGCACACGCGTAGA-CGA--GATGCATGCTCGCATTG-AAACGCA-TCGAATGTT-ATGGA-CA---GC-ATTTACC-TG-------------------------------A-------------T-CT-----------GCA--A---AGGAT---C-GGAGATGTACACGTGTGCATACATTGTCG----A-AA-TACCCACAGTG---AGTGGC---AACATCCC----TTTATTATC--ATAA-C-C-ATG--AA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCATTTGTAA---TCCTACGTACAGTAA--AC-AGTTGACGGTTTGTCT-CTTCATT----------CT-----CG-----TGCAGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-------ATCAAAGTTGAA------------TAGT---T-ACTA--TGTTTATATTGGT---CAGAATTTTGC-AGATTT--GTAAAAGCAGGAA-ATAATTTAAGGTATATAAAGTGCACA-TGCA-TAGAT
gi|3 : TGT-----GTCAGGA--TT-----TGC-G--GGTATA---TAATGGGG-GT-AGCTGTGCTACTGC--T-CAC----T-CA---GCACCAGT----TCTG-ATTTA--ACTGGCCG---GTG--------C----CT--CGCTAAGTGAC-C---TGTAC-TATTCG----------------------------ACGGGGAATGAA---CG---------ATTTT-GGA-T---ACCAA----G--CAGTTG--C-TCA--ATAAG-CACAA-CAAAT---AT-AC--CGTA-CAATTT-CTGT---AGAAAGATCCG-ACA-A-TT-TT-GAAAA-TAA-TCTAA-A--TAAAA---GTTC-G-TA-ATCTGATACATGACAATGTGCCAA-TG-----AGTTGCAG--TAAAC--G-TCCGAAATA---G--CA-TA---------ACCT-TG--CA-GCCA--ATATT--C-----GC-TATAGAT-TGATTGA------AT-----AGAATC---AGCAAATGGCAA-------AAAATT-A--TAC--AT-AGCATT-------ACTTAC-CAC--TCAA-CATAATAAAA------A-ATACAGA--------T-TGCACACG---------A--GATGCA-ACTGGCCTTGAAA-CGCAGTCGA-TG-T-GCGGA-CG---ACAATTTACCCTAA----T-------AT---T------------A-------------T-CT-----------GTATGA---AGGACAC-C-GATTTTATACATACATGTATAC-TTGTCG----A-AAATACGAA-AGTA----GTGGCC--AAAATTCC----TTTATTACC--ATAATCTC-ATGGAAA----G-AA------AGA--CT--ATAT-C-TCC-CTTTT-T---TCCTAC----AATAA--AC-AGC--ACTG---G--T-CTTCATT--GC-CATACTT-----CG-----TGCTGAT----------------CAAAACTCT-CTATCAGGG-AAGT-----AAGTCAA-GTAGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTG--TATT---ATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGATGGAACATCA-TTAGTTTACATAACTTGCACCTTGCATTAGATa
gi|4 : AAGCTGACAGCCCCCCCTTGATT-T-C-TAA-TAT-A---GCAGAATT-TCCAA-GTGC-A-C-TAT-T-TT--CTT-----TGCCAATCAGTCC--AT-T-TAGTT---GGCAT----ATT----TA-TTGTT---------ATAT-GT-----GT--GGA--TT------GCAG--GCTAT----TAG--GGG--TG-GCTGTGCTAC-GT--TTCA--------------------------TA-ATTTAAGCTCGTGAGATAG-G--------TAGTACTAACGACAGGTAA-GT---CGTACAT-CTCC-----------GTA-------GATATCTACGGGGAAT-AA---T-----------TTTT-ATAA------CAA----A--CAGTG---TGTCA--A-AAT-TACAA-TCAAA---AT-AC--TGTA-CA---T-CTGT-----GAA-ATCCT--CA-ATTT-TT-GAATAATAGATTT-A-AA-T-AAAA--GTCATA-TAC-TCTG-T--ATT-C-ATGT----A---CA-CTAGTTGCAG--T-AACATG-TCC-ATATAAGTG--CA--A----A----AACT-TG--CA-G--ATTATATT--TCA-AAGCGTA-AGAT-TGATGAC------A------AAACTA---AGC--ATGGC-A-------AGAATTTA--T-CC--T-A-CAGT---T----TTTACTCAT--TCAAGC--AATGAAAATACAGA-ATACAGAATGACTAATGTG-AC--------A-TGA--GATGCATGCTCGCTTGGAAAAGCCA--CAAATGCTGGCGGATCG---ACAATTTA-C-TGGGGAATGCGGCAAAA---T------------A-------------TCCT-----------GTA--ATACAGGAC---C-GG-TATGTA----CGTGTA-AC-TTGTCG----ATAA-TAACCA-AGTA---TGT-GC-----AATTTC----CTTATT-TC--ATA--C-C-ATG-AAA----G--A------A-A--CG---T-AAC-T-CACTTGT-T---TCCTACATGCAGGAACTACAAGTT-
gi|5 : tCA---------TGATT-T--ATAAAT-T-A---GCAGAGTTCTTCAA-GTC--G-C----AT-TA--CTT-----TGCCA--TCG-C---ATTTATAGT----GG-AT----ATTTACCTAATTATTTCATTCCTTACATTGTTATATGTCAGGA--TT-----TGTAG--GGTATA---AAG--GGG-ATGAGCTGT-TTAC-GC--TTCAC----TT-----ACACGAATGATTTCTG--TTTA--C-TGTG-G---G-A--------TTAC-CT--CGACAGATAGCAC---GATACATTTCCGATGGCATTATTGTA-------A-----CTCGGGAA-T-AA---C----------ATTTTTAGAAT---AC-AA----G--CAGTA---C-T----A-TAT-TACAAATAAAA---TTGAC--CGTAACA---T-CAGT---AGAAA-ATCCT-ACA-AATT-TT-GAAAAATAAATTTAAGAA-TAACAA--G--CTA-TACATCTG-CACATGTCAATGT----ATTGCA---AGTTGCAA--TAAGCATGTTCC-AAATA--TG--AAATATATTGCTTTAACT-TG--CAGA--A--ATATT--TTATCAGT-AAT-GAT-TGAT-GA------ATG---T--AACA---AGCAAATG--AA-------AG-ATTCAATTAAC-ATAA-CAAT---T---ATTTCCTCACT-TCAGTCA-AATGAAA------AGATACAGA------AAT-TGCAC--------A-CGA--GAT-CATGCTCGg
gi|6 : g---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CAT--------ACTTACT-----TCAAGCT-AATGAAA------A--TACAGA------AATATGTACACG-------------ATGCATACTCACATTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGTA-CG---ACAATGTACC-CGG----T-------AA---TTTACCTCATATTA-------------T-CT-----------ATA--G---GGGAC---C-CGATATGTAC----GTGTACAC-TTGTCG----A-AAATACCCA-AGT----AGTGGCA--AAAATCCC----TTTATTATC--ATAGTC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGTAT---TC---C-TATAGTAA-------TT-AC-G-TTGTCT-TTTCATT--GCACAAACCTAAGCCCG-----TGCCGAT----------------AAAAAATCTTCAtc
gi|7 : TAAAGCTGACA---------T----------AAA----A---GCAGAATTCTTCAA-GTCT-G-C-CATAT------------------------------AT-TAGAT---TG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATAT-GT-----GTCGGGA--TCAGATCTGCAG--GGTATA---TAA--GGGGATGAGTTTTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACATCAGCG-TTTCCG-ATTTA--CCTGTGCG---G-G--------TATC-CT--CGACAGGTAACAC----GTACGTCTCCA-----------ATAGAATATTA-----TACAGGAAAT-AA---TTAAGTTAAAAATTTT-ATAAT---ACCAACCATG--CAGTG---C-TCA--A-AAT-TACAA-TAAAAAATAT-AT--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-
gi|8 : tTTGAAAACGCA-TCGAATGC---CTGA-CGTACACAATTTACC-TAG----T-------AA---T------------ACTCATAATCTTAAT-CT-----------GTA--A---AGGGC---CCGGTAATGTAC----GTGCACAC-TTGTCGA---A-AA-TACCCA-AG-A---AGTGGC---AAAATTCC----ATTA-TATC--ATAATC-C-ATG-AAA----GTAAAAGAGTA-A--CGATATAAAC-TCCGACTGT-TAGATTCTAC-tt
gi|9 : acgaaatatatgttgaacaacaaatttttacaatgTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCA-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGTCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----TTT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GCCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---T-T--------C----CT--CGAGAGGTAACAC----GTACAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGGTATCATAGGGGAAGATTTTGAAATACGCTGTAATTCACATCAATGTTTTAGAGTACCTGTCGAATAACCCTCAACAGTACACAGCGCTACATCTCCAATAGTAATGTAATTGTAAAGGGTATACGTAAGTAAATAAATATTTGTAGTGACCATAAGTGTTACAGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 111 111 111 111111111 11111111 11 2222222222222 1111 8888888888888888888888888888 4444444444444444 22222 1111111 1111111 1111 111 111 22222222 1111 111 1 3333333333333 11 55555555555555555555 11 11111 11 55555555555555 111 1111111 11 2222222 22 11 111111 111111 1 44444444444444444 11 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 111111 22 111 2222 1 11111 222 1111 22222222222222 22222 11 2222222222 11 1 22222 444444444444 6666666666666666 33333 1 1 2222222222 222 222 1 222 1 1 1 2 111 1
lowQualScore : 777777777 4 000 1 4 222 0 1 3 3 3 3 3 55 99999 7 55 3 0 666 3 7777 000 3 444444444 66666666 1 55 99999 55 666 33 4 4 55 8888 8888 88 4 888 0000000000000 66 4 0000 5 0 1 5555555555555555555555555555 4 6 8888888888888888 00000 6666666 7777777 99 6 6 6 2222 6 99 6 111 6 111 6 22222222 8 8 66 3 0 0000 3 111 3 0 8 0 8 0 0 6 0 1111111111111 11 0 0 8 8 66666666666666666666 8 11 66666 99 1 00 6 6 33333333333333 000 8888888 55 6 6 6 9999999 3 22 2 00 1 999999 88 999999 2 1 11111111111111111 1 55 00 6 111 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 333333 2 6 6 66 1 111 0000 6 3 6 66666 555 4444 99 44 6 6 6 22222222222222 6 99 99 6 1 00000 3 44 1 6666666666 9 33 2 2 11111 3 555555555555 0 6666666666666666 3 6 33333 7 7 3 2 3 5555555555 111 000 5 555 3 7 3 3 6 222 3
lowQualScore : ......... . ... . . ... . . . . . . . .. ..... . .. . . ... . .... ... . ......... ........ . .. ..... .. ... .. . . .. .... .... .. . ... ............. .. . .... . . . ............................ . . ................ ..... ....... ....... .. . . . .... . .. . ... . ... . ........ . . .. . . .... . ... . . . . . . . . . ............. .. . . . . .................... . .. ..... .. . .. . . .............. ... ....... .. . . . ....... . .. . .. . ...... .. ...... . . ................. . .. .. . ... . ............................................................ ...... ...... . . . .. . ... .... . . . ..... ... .... .. .. . . . .............. . .. .. . . ..... . .. . .......... . .. . . ..... . ............ . ................ . . ..... . . . . . .......... ... ... . ... . . . . . ... .
lowQualScore : 888888888 4 333 9 4 222 9 6 6 6 6 6 6 00 11111 3 00 6 2 444 6 7777 000 6 555555555 00000000 2 00 11111 00 444 55 0 0 55 5555 5555 33 4 000 7777777777777 11 4 6666 7 1 0 3333333333333333333333333333 2 7 7777777777777777 22222 0000000 2222222 22 7 7 7 7777 7 22 7 777 7 777 7 66666666 0 0 44 8 8 8888 8 888 8 8 0 8 0 8 8 0 8 8888888888888 00 8 8 0 0 66666666666666666666 0 00 00000 22 7 33 7 7 77777777777777 000 6666666 77 7 7 7 0000000 2 55 5 22 0 222222 33 222222 0 0 77777777777777777 0 99 77 7 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 555555 5 0 7 22 0 777 8888 7 3 7 88888 000 2222 22 88 7 7 7 88888888888888 7 22 22 7 7 33333 2 11 0 2222222222 2 22 5 8 88888 5 222222222222 2 2222222222222222 2 7 33333 3 3 7 0 3 7777777777 555 555 5 777 3 3 3 3 7 333 3
consensus : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CT-ATTG---------TTATATTG-----TGTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCG-----------ATA-------A-----TACGGGAAAT-AA---C----------A-TTTTAGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TAC-AACAAAA---NT-AC--CGT-ACA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C--CCGATA-TGTAC--ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
Reference ( family-734 ) : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CT-ATTG---------TTATATTG-----TGTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTTCG-----------GTA-------A-----TACGGGAAAT-AA---C----------A-TTTTAGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TAC-AACAAAA---NT-AC--CGT-ACA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C--CGGATA-TGTACA-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTCTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTTAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
gi|1 : TGAAGCGGAGT---------TGATTAT-CATAA-TAG-A---GC---------CAA-GTCC-GAC-CATAT-TTATTTT-----TGCCAATCCGACC--AAAT-T-GTT---GG-AT----ATTT--CT-ACTG---------TGATATTC-----TGTCAGGAATTT-----TGCAGTAGGTTTAGCATAA--GGG-GTGAGCTGTGCTAC-GCGTTTCGCACGCTTC----ACAACAGT---TACCGTATTTA--CCTGGCCG---GGATGA-CGACT--CTGACAAG-AACAC----G-TACATAGTC----------------------A-----CAGGGTAAAT-AATAGC----------A-TTTTAGGATTTAATCAA----GTCCAGT-GAGCT-TCATAA-AGTCTAC-AACAATA---TT-ACAACGT-ACA---TTCTGCTAAAGAAA-ATCCTTAC-ATA-TT-TTTGAAA--TAAATTTAA-AAATAAAAAAAGTTCTGGTACATCTG-TACA-G-CAATGT----A-TGCAAT-AGTTGCAGAATAAACATG-TCC-AAATA--AGGCCAATAA---G----AACTGTGAGCAG--A--AAGTTGTTTACCA-C-TATAGATCTGATGAACATCATAT----TCAGTATATAAAGCAAATGGCAAGATATATAAAATTCAGATACCCAT-A-CATTACTT---ACTT-CTCACGTTCAAGCA-AAT-AAA------A-ATACAGA------AATATGCACAC-----GAGATCGGCCAATATCTGGTCCATTTAAAAACGCA-TCGAATGC--GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AAGTTT------------A-------------C-CTTCATTGATATCGTA--A---AAGGTATC--CCGATA-TATATA-ACGTGTACAC---TTGTCGGAATA-AA-TACCAA-GATATTCAGTGGCCAAAAAATTTCCTATTTTATTACCATATAATC-CAATG-AAATTGCA-AA------A-AACCG--ATAAACAGCCACTTGT-T---TTC--C-TACAGAAA--AC-A--C-ACTG-TTAT-GATTCATTGAGCACAAACCTG----CGGAGAATGCCGATCAAAACATCATGCGATCAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTTATCAAAGTTATAGTCTAGCTCTTTA-ATTTCAG
gi|11 : cCTTCAA-ATCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CT-ATTG----------TATA-TG-----TGTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-TAA-C--CT--C-GACAGGTAACAC----caaaaaattt
gi|12 : TAAAACTGATA---------TGTAT-T-CTTAGATAT-ACATGTAGATTTTTGCAGCGACC-G-C-TTTATATT--CTTGTTTCTGCTTATCCG-CC--ATAT-TAGATGACGA-ATCACGATT---CA-ATTG---------TT---TT------------GA--TT-----TGCAT--GGTATA---CAT--GGG-ATAAGGTTTGTTAC-GC--TTCAC----CTC----
gi|13 : agtTTCAA-ATCC-G-C-CATAA-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CT-ATTG---------T-ATAT-G-----TGTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA----AG--GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACtga
gi|14 : tTAAAGCTGACG---------TGAAT-T--ATAAATATCAT--GCAGAAATCTTCAA-GTCCAG-CGCAT-T-TT--CCT-----T--CAATCTG-CCTAATAT-TAGTT---AG-AT----ATT---CT-ATTG---------TTATA-TG-----TGTC-GGA--TC-----TGCA---GGTATA---
gi|15 : tTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAG-A---GCA----------A-GTCC-G-C-CATAT-T---CTT-----TGCCAACCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CT-ATTG---------TT
gi|16 : --A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATTGA------ATCTATT-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AAAATTCA--TAC
gi|17 : AGATT---GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCA-CTTGCA-TAGAT
gi|18 : gcATGCATACTCGCCTTGAAAACGCA-CCAAATGCT-GCG
gi|2 : TAAAGTTGACA---------TGATT-TTCATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CT-ATTG---------TTATATTG-----TGTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTCACGTACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---G------T--CT--C-GACAGGTAACACACGTG-TACATGCTCA-----------ATA-------A-----TACAGGAAGT-AA---C----------A-TTTTAGAAT---A-CAA----G--AAGC-C---C-TCA--A-AAT-CAT-AACAGAA---GT-AT--CGT-ACA---T-CTGT---AGATA-ATTCT-AT-----TTATT-GAAAAATAAGTTCAG-GA-TGAAAA--GCTCTA-TGCATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACACG-TCC-AGATA--TG--CAATA---------AACT-TG---AA--A--ATATT--TTATAAGC-TATAGAC-TGATGGA------A-----T-AGAACA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---CATAATTTACTCACG-TCAAGCA-ATTGAAA------A-GTACAGA------AATGTGCACACGCGTAGA---CGA--GATGCATGCTCGCATTG-AAACGCA-TCGAATGTT-ATGGA-CA---GC-ATTTACC-TG-------------------------------A-------------T-CT-----------GCA--A---AGGA---T--CGGAGA-TGTAC--ACGTGTGCATACATTGTCG----A-AA-TACCCACAGTG---AGTGGC---AACATCCC----TTTATTATC--ATAA-C-C-ATG--AA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCATTTGTAA---TCCTACGTACAGTAA--AC-AGTTGACGGTTTGTCTCTTCATT----------CT-----CG-----TGCAGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----A--TCAAAGTTGAA-----TA-GTT----------ACTATGTTTATATTGGT---CAGAATTTTGC-AGATTT--GTAAAAGCAGGAA-ATAATTTAAG-GTATATAAAGTGCACA-TGCA-TAGAT
gi|3 : TG-----TGTCAGGA--TT-----TGC-G--GGTATA---TAATGGGG-GT-AGCTGTGCTACTGC--T-CAC----TCA----GCACCAGT----TCTG-ATTTA--ACTG-GCC---GG-T-G-C--CT--C-GCTAAGTGACCT----G-TAC-TATTCG----------------------------ACGGGGAATGAA---CG---------A-TTTTGGA-T---ACCAA----G--CAGTTG---C-TCA--ATAAG-CAC-AACAAAT---AT-AC--CGT-ACAATTT-CTGT---AGAAAGATCCG-AC-A-A-TT-TT-GAAAA-TAA-TCTAA-A--TAAAA---GTTC-G-TA-ATCTGATACATGACAATGTGCCAA-TG-----AGTTGCAG--TAAAC--G-TCCGAAATA---G--CA-TA---------ACCT-TG--CAGCCA--ATATT--C-----GC-TATAGAT-TGATTGA------AT------AGAATC---AGCAAATGGCAA-------AAAATT-A--TAC--AT-AGCATT-------ACTTAC-CAC--TCAA-CATAATAAAA------A-ATACAGA--------T-TGCACAC-----GA--------GATGCA-ACTGGCCTTGAAA-CGCAGTCGA-TG-T-GCGGA-CG---ACAATTTACCCTAA----T-------AT---T------------A-------------T-CT-----------GTATGA---AGGA---CACCGATTT-TATACATACATGTATAC---TTGTCG----A-AAATACGAA-AGTA----GTGGCC--AAAATTCC----TTTATTACC--ATAATCTC-ATGGAAA----G-AA------AGA--CT--ATAT-C-TCC-CTTTT-T---TCCTAC----AATAA--AC-AGC--ACTG---GTCT--TCATT--GC-CATACTT-----CG-----TGCTGAT----------------CAAAACTCT-CTATCAGGG-AAGT-----AAGTCAA-GTAGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTGTATT---ATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGATGGAACATCA-TT-AGTTTACATAACTTGCACCTTGCATTAGATa
gi|4 : AAGCTGACAGCCCCCCCTTGATT-T-C-TAA-TAT-A---GCAGAATT-TCCAA-GTGC-A-C-TAT-T-TT--CTT-----TGCCAATCAGTCC--AT-T-TAGTT---GGCAT----ATT----T-ATTG---------TTATAT-G-----TGT--GGA--TT------GCAG--GCTAT----TAG--GGG--TG-GCTGTGCTAC-GT--TTCA--------------------------TA-ATTTAAGCTCGTGAGATAGG-T-A-GTACTAAC-GACAGGTAAGTC----G-TACATCTCCG------------TA-------GATATCTACGGGGAAT-AA---T------------TTTTATAA------CAA----A--CAGT-G---TGTCA--A-AAT-TAC-AATCAAA---AT-AC--TGT-ACA---T-CTGT-----GAA-ATCCT--C-A-ATTT-TT-GAATAATAGATTT-A-AA-T-AAAA--GTCATA-TAC-TCTG-T--ATT-C-ATGT----A---CA-CTAGTTGCAG--T-AACATG-TCC-ATATAAGTG--CA--A----A----AACT-TG--CAG--ATTATATT--TCA-AAGCGTA-AGAT-TGATGAC------A-------AAACTA---AGC--ATGGC-A-------AGAATTTA--T-CC--T-A-CAGT---T----TTTACTCAT--TCAAGC--AATGAAAATACAGA-ATACAGAATGACTAATGTG-AC--------A---TGA--GATGCATGCTCGCTTGGAAAAGCCA--CAAATGCTGGCGGATCG---ACAATTTA-C-TGGGGAATGCGGCAAAA---T------------A-------------TCCT-----------GTA--ATACAGGA---C--CGG-TA-TGT----ACGTGTA-AC---TTGTCG----ATAA-TAACCA-AGTA---TGT-GC-----AATTTC----CTTATT-TC--ATA--C-C-ATG-AAA----G--A------A-A--CG---T-AAC-T-CACTTGT-T---TCCTACATGCAGGAACTACAAGTT-
gi|5 : tCA---------TGATT-T--ATAAAT-T-A---GCAGAGTTCTTCAA-GT-C-G-C----AT-TA--CTT-----TGCCA--TCG--C--ATTTATAG-T---GG-AT----ATTTACCTAATTATTTCATTCCTTACATTGTTATATGTCAGGA--TT-----TGTAG--GGTATA---AAG--GGG-ATGAGCTGT-TTAC-GC--TTCAC----TT-----ACACGAATGATTTCTG--TTTA---CTGTGGG---AT-T-A-C--CT--C-GACAGATAGCAC----GATACATTTCCGATGGCATTATTGTA-------A-----CTCGGG-AAT-AA---C----------ATTTTTAGAAT---A-CAA----G--CAGT-A---C-T----A-TAT-TACAAATAAAA---TTGAC--CGTAACA---T-CAGT---AGAAA-ATCCT-ACAA-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAAGAA-TAACAA--G--CTA-TACATCTG-CACATGTCAATGT----ATTGCA---AGTTGCAA--TAAGCATGTTCC-AAATA--TG--AAATATATTGCTTTAACT-TG--CAGA-A--ATATT--TTATCAGT-AAT-GAT-TGATGAA------------T-GTAACA---AGCAAATG--AA-------AG-ATTCAATTAAC-ATAA-CAAT---T---ATTTCCTCACT-TCAGTCA-AATGAAA------AGATACAGA------AAT-TGCAC--------A---CGA--GAT-CATGCTCGg
gi|6 : g---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CAT--------ACTTACT-----TCAAGCT-AATGAAA------A--TACAGA------AATATGTACAC-----GA----------TGCATACTCACATTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGTA-CG---ACAATGTACC-CGG----T-------AA---TTTACCTCATATTA-------------T-CT-----------ATA--G---GGGA---C--CCGATA-TGTAC----GTGTACAC---TTGTCG----A-AAATACCCA-AGT----AGTGGCA--AAAATCCC----TTTATTATC--ATAGTC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGTAT---TC---C-TATAGTAA-------TT-AC-G-TTGTCTTTTCATT--GCACAAACCTAAGCCCG-----TGCCGAT----------------AAAAAATCTTCAtc
gi|7 : TAAAGCTGACA---------T----------AAA----A---GCAGAATTCTTCAA-GTCT-G-C-CATAT------------------------------AT-TAGAT---TG-AT----ATT---CT-ATTG---------TTATAT-G-----TGTCGGGA--TCAGATCTGCAG--GGTATA---TAA--GGGGATGAGTTTTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACATCAGCG-TTTCCG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-ATC--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACGTCTCCA-----------ATAGAATATTA-----TACAGGAAAT-AA---TTAAGTTAAAAA-TTTTATAAT---ACCAACCATG--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TAC-AATAAAAAATAT-AT--CGT-ACA---T-CTGT---AGAAA-
gi|8 : tTTGAAAACGCA-TCGAATGC---CTGA-CGTACACAATTTACC-TAG----T-------AA---T------------ACTCATAATCTTAAT-CT-----------GTA--A---AGGG---C--CCGGTAATGTAC----GTGCACAC---TTGTCGA---A-AA-TACCCA-AG-A---AGTGGC---AAAATTCC----ATTA-TATC--ATAATC-C-ATG-AAA----GTAAAAGAGTA-A--CGATATAAAC-TCCGACTGT-TAGATTCTAC-tt
gi|9 : acgaaatatatgttgaacaacaaatttttacaatgTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCA-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGTCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----TTT---CT-ATTG---------TTATA-TG-----TGCCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGC-----G-T-T-C--CT--C-GAGAGGTAACAC----G-TACAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGGTATCATAGGGGAAGATTTTGAAATACGCTGTAATTCACATCAATGTTTTAGAGTACCTGTCGAATAACCCTCAACAGTACACAGCGCTACATCTCCAATAGTAATGTAATTGTAAAGGGTATACGTAAGTAAATAAATATTTGTAGTGACCATAAGTGTTACAGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 111 111 111 111111111 11 11 2222222222222 1111 7777777777777777777777777 44444444444444 11111 1111111 1111111 1111 111 111 22222222 1111 111 1 3333333333333 11 55555555555555555555 11 11111 11 55555555555555 111 1111111 11 2222222 22 11 111111 111111 1 44444444444444444 11 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111 111 11 111 2222 1 11111 222 1111 22222222222222 22222 11 2222222222 11 1 22222 444444444444 6666666666666666 33333 1 1 2222222222 222 222 1 222 1 1 1 2 111 1
lowQualScore : 777777777 4 000 1 4 222 0 1 3 3 3 3 3 55 99999 7 55 3 666 3 7777 000 3 444444444 00 99999 1 55 99999 55 666 33 4 4 55 8888 8888 88 4 66 0000000000000 66 4 0000 5 0 1 2222222222222222222222222 1 6 22222222222222 6 11111 6666666 7777777 99 6 6 6 2222 6 99 6 111 6 111 6 22222222 8 8 66 3 0 0000 3 111 3 0 8 0 8 0 0 6 0 1111111111111 11 0 0 8 8 66666666666666666666 8 11 66666 99 1 00 6 6 33333333333333 000 8888888 55 6 6 6 9999999 3 22 2 00 1 999999 88 999999 2 1 11111111111111111 1 55 00 6 111 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 99999 111 6 44 1 111 0000 6 3 6 66666 555 4444 99 44 6 6 6 22222222222222 6 99 99 6 1 00000 3 44 1 6666666666 9 33 2 0 11111 3 555555555555 0 6666666666666666 3 6 33333 7 7 3 2 3 5555555555 111 000 5 555 3 7 3 3 6 222 3
lowQualScore : ......... . ... . . ... . . . . . . . .. ..... . .. . ... . .... ... . ......... .. ..... . .. ..... .. ... .. . . .. .... .... .. . .. ............. .. . .... . . . ......................... . . .............. . ..... ....... ....... .. . . . .... . .. . ... . ... . ........ . . .. . . .... . ... . . . . . . . . . ............. .. . . . . .................... . .. ..... .. . .. . . .............. ... ....... .. . . . ....... . .. . .. . ...... .. ...... . . ................. . .. .. . ... . ............................................................ ...... ..... ... . .. . ... .... . . . ..... ... .... .. .. . . . .............. . .. .. . . ..... . .. . .......... . .. . . ..... . ............ . ................ . . ..... . . . . . .......... ... ... . ... . . . . . ... .
lowQualScore : 888888888 4 333 9 4 222 9 6 6 6 6 6 6 00 11111 3 00 6 444 6 7777 000 6 555555555 11 11111 2 00 11111 00 444 55 0 0 55 5555 5555 33 4 11 7777777777777 11 4 6666 7 1 0 5555555555555555555555555 7 7 88888888888888 7 88888 0000000 2222222 22 7 7 7 7777 7 22 7 777 7 777 7 66666666 0 0 44 8 8 8888 8 888 8 8 0 8 0 8 8 0 8 8888888888888 00 8 8 0 0 66666666666666666666 0 00 00000 22 7 33 7 7 77777777777777 000 6666666 77 7 7 7 0000000 2 55 5 22 0 222222 33 222222 0 0 77777777777777777 0 99 77 7 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 33333 777 7 00 0 777 8888 7 3 7 88888 000 2222 22 88 7 7 7 88888888888888 7 22 22 7 7 33333 2 11 0 2222222222 2 22 5 8 88888 5 222222222222 2 2222222222222222 2 7 33333 3 3 7 0 3 3333333333 555 555 5 777 3 3 3 3 7 333 3
consensus : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCG---AT-----------A-------ATACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGAT---A-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
Reference ( family-734 ) : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCG---AT-----------A-------ATACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGAT---A-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
gi|1 : TGAAGCGGAGT---------TGATTAT-CATAA-TAG-A---GC---------CAA-GTCC-GAC-CATAT-TTATTTT-----TGCCAATCCGACC--AAAT-T-GTT---GG-AT----ATTT--CTA-CTGTG---------ATATTCT-----GTCAGGAATTT-----TGCAGTAGGTTTAGCATAA--GGG-GTGAGCTGTGCTAC-GCGTTTCGCACGCTTC----ACAACAGT---TACCGTATTTA--CCTGGCCG---GGATGA-CGACT--CTGACAAG-AACAC----G-TACATAGTC-------------------------ACAGGGTAAAT-AATAGC----------ATTTT-AGGATTTAATCAA----GTCCAGT-GAGCT-TCATAA-AGTCTACAA-CAATA---TT-ACAACGTA-CA---TTCTGCTAAAGAAA-ATCCTTAC-ATA-TT-TTTGAAA--TAAATTTAA-AAATAAAAAAAGTTCTGGTACATCTG-TACA-G-CAATGT----A-TGCAAT-AGTTGCAGAATAAACATG-TCC-AAATA--AGGCCAATAA---G----AACTGTGAGCAG--A--AAGTTGTTTACCA-C-TATAGATCTGATGAACATCATAT----TCAGTATATAAAGCAAATGGCAAGATATATAAAATTCAGATACCCAT-A-CATTACTT---ACTT-CTCACGTTCAAGCA-AAT-AAA------A-ATACAGA------AATATGCACAC-----GAGATCGGCCAATATCTGGTCCATTTAAAAACGCA-TCGAATGC--GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AAGTTT------------A-------------C-CTTCATTGATATCGTA--A---AAGGTATC-CCGAT---A-TATATAACGTGTACAC---TTGTCGGAATA-AA-TACCAA-GATATTCAGTGGCCAAAAAATTTCCTATTTTATTACCATATAATC-CAATG-AAATTGCA-AA------A-AACCG--ATAAACAGCCACTTGT-T---TTC--C-TACAGAAA--AC-A--C-ACTG-TTAT-GATTCATTGAGCACAAACCTG----CGGAGAATGCCGATCAAAACATCATGCGATCAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTTATCAAAGTTATAGTCTAGCTCTTTA-ATTTCAG
gi|11 : cCTTCAA-ATCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTG-T---------ATA-TGT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-TAA-C--CT--C-GACAGGTAACAC----caaaaaattt
gi|12 : TAAAACTGATA---------TGTAT-T-CTTAGATAT-ACATGTAGATTTTTGCAGCGACC-G-C-TTTATATT--CTTGTTTCTGCTTATCCG-CC--ATAT-TAGATGACGA-ATCACGATT---CAA-TTGTT------------TT------------GA--TT-----TGCAT--GGTATA---CAT--GGG-ATAAGGTTTGTTAC-GC--TTCAC----CTC----
gi|13 : agtTTCAA-ATCC-G-C-CATAA-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGT----------ATAT-GT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA----AG--GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACtga
gi|14 : tTAAAGCTGACG---------TGAAT-T--ATAAATATCAT--GCAGAAATCTTCAA-GTCCAG-CGCAT-T-TT--CCT-----T--CAATCTG-CCTAATAT-TAGTT---AG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GTC-GGA--TC-----TGCA---GGTATA---
gi|15 : tTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAG-A---GCA----------A-GTCC-G-C-CATAT-T---CTT-----TGCCAACCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------
gi|16 : --A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATTGA------ATCTATT-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AAAATTCA--TAC
gi|17 : AGATT---GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCA-CTTGCA-TAGAT
gi|18 : gcATGCATACTCGCCTTGAAAACGCA-CCAAATGCT-GCG
gi|2 : TAAAGTTGACA---------TGATT-TTCATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTCACGTACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---G------T--CT--C-GACAGGTAACACACGTG-TACATGCTCA---AT-----------A-------ATACAGGAAGT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---A-CAA----G--AAGC-C---C-TCA--A-AAT-CATAA-CAGAA---GT-AT--CGTA-CA---T-CTGT---AGATA-ATTCT-AT-----TTATT-GAAAAATAAGTTCAG-GA-TGAAAA--GCTCTA-TGCATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACACG-TCC-AGATA--TG--CAATA---------AACT-TG---AA--A--ATATT--TTATAAGC-TATAGAC-TGATGGA------A-----T-AGAACA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---CATAATTTACTCACG-TCAAGCA-ATTGAAA------A-GTACAGA------AATGTGCACACGCGTAGA---CGA--GATGCATGCTCGCATTG-AAACGCA-TCGAATGTT-ATGGA-CA---GC-ATTTACC-TG-------------------------------A-------------T-CT-----------GCA--A---AGGA---T-CGGAG---A-TGTAC-ACGTGTGCATACATTGTCG----A-AA-TACCCACAGTG---AGTGGC---AACATCCC----TTTATTATC--ATAA-C-C-ATG--AA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCATTTGTAA---TCCTACGTACAGTAA--AC-AGTTGACGGTTTGTCTCTTCATT----------CT-----CG-----TGCAGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----A--TCAAAGTTGAA-----TA-GTT----------ACTATGTTTATATTGGT---CAGAATTTTGC-AGATTT--GTAAAAGCAGGAA-ATAATTTAAG-GTATATAAAGTGCACA-TGCA-TAGAT
gi|3 : TGT-----GTCAGGA--TT-----TGC-G--GGTATA---TAATGGGG-GT-AGCTGTGCTACTGC--T-CAC----TCA----GCACCAGT----TCTG-ATTTA--ACTG-GCC---GG-T-G-C--CT--C-GCTAAGTGACCT----G-TAC-TATTCG---A-----------------------CGGGGAATGAA---CG---------ATTTT-GGA-T---ACCAA----G--CAGTTG---C-TCA--ATAAG-CACAA-CAAAT---AT-AC--CGTA-CAATTT-CTGT---AGAAAGATCCG-AC-A-A-TT-TT-GAAAA-TAA-TCTAA-A--TAAAA---GTTC-G-TA-ATCTGATACATGACAATGTGCCAA-TG-----AGTTGCAG--TAAAC--G-TCCGAAATA---G--CA-TA---------ACCT-TG--CAGCCA--ATATT--C-----GC-TATAGAT-TGATTGA------AT------AGAATC---AGCAAATGGCAA-------AAAATT-A--TAC--AT-AGCATT-------ACTTAC-CAC--TCAA-CATAATAAAA------A-ATACAGA--------T-TGCACAC-----GA--------GATGCA-ACTGGCCTTGAAA-CGCAGTCGA-TG-T-GCGGA-CG---ACAATTTACCCTAA----T-------AT---T------------A-------------T-CT-----------GTATGA---AGGA---CACCGATTTTA-TACAT-ACATGTATAC---TTGTCG----A-AAATACGAA-AGTA----GTGGCC--AAAATTCC----TTTATTACC--ATAATCTC-ATGGAAA----G-AA------AGA--CT--ATAT-C-TCC-CTTTT-T---TCCTAC----AATAA--AC-AGC--ACTG---GTCT--TCATT--GC-CATACTT-----CG-----TGCTGAT----------------CAAAACTCT-CTATCAGGG-AAGT-----AAGTCAA-GTAGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTGTATT---ATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGATGGAACATCA-TT-AGTTTACATAACTTGCACCTTGCATTAGATa
gi|4 : AAGCTGACAGCCCCCCCTTGATT-T-C-TAA-TAT-A---GCAGAATT-TCCAA-GTGC-A-C-TAT-T-TT--CTT-----TGCCAATCAGTCC--AT-T-TAGTT---GGCAT----ATT----TA-TTGTT---------ATAT-GT-----GT--GGA--TT------GCAG--GCTAT----TAG--GGG--TG-GCTGTGCTAC-GT--TTCA--------------------------TA-ATTTAAGCTCGTGAGATAGG-T-A-GTACTAAC-GACAGGTAAGTC----G-TACATCTCCGTAGAT-----------AT------CTACGGGGAAT-AA---T-----------TTTT-ATAA------CAA----A--CAGT-G---TGTCA--A-AAT-TACAA-TCAAA---AT-AC--TGTA-CA---T-CTGT-----GAA-ATCCT--C-A-ATTT-TT-GAATAATAGATTT-A-AA-T-AAAA--GTCATA-TAC-TCTG-T--ATT-C-ATGT----A---CA-CTAGTTGCAG--T-AACATG-TCC-ATATAAGTG--CA--A----A----AACT-TG--CAG--ATTATATT--TCA-AAGCGTA-AGAT-TGATGAC------A-------AAACTA---AGC--ATGGC-A-------AGAATTTA--T-CC--T-A-CAGT---T----TTTACTCAT--TCAAGC--AATGAAAATACAGA-ATACAGAATGACTAATGTG-AC--------A---TGA--GATGCATGCTCGCTTGGAAAAGCCA--CAAATGCTGGCGGATCG---ACAATTTA-C-TGGGGAATGCGGCAAAA---T------------A-------------TCCT-----------GTA--ATACAGGA-----CCGGT---A-TGT---ACGTGTA-AC---TTGTCG----ATAA-TAACCA-AGTA---TGT-GC-----AATTTC----CTTATT-TC--ATA--C-C-ATG-AAA----G--A------A-A--CG---T-AAC-T-CACTTGT-T---TCCTACATGCAGGAACTACAAGTT-
gi|5 : tCA---------TGATT-T--ATAAAT-T-A---GCAGAGTTCTTCAA-GTC--G-C----AT-TA--CTT-----TGCCA--TCG-C---ATTTATAGT----GG-AT----ATTTACCTAATTATTTCATTCCTTACATTGTTATATGTCAGGA--TT-----TGTAG--GGTATA---AAG--GGG-ATGAGCTGT-TTAC-GC--TTCAC----TT-----ACACGAATGATTTCTG--TTTA--C-TGTGGG---AT-T-A-C--CT--C-GACAGATAGCAC----GATACATTTCCG---ATGGCATTATTGTA-------ACTCGGGAA-T-AA---C----------ATTTTTAGAAT---AC-AA----G--CAGT-A---C-T----A-TAT-TACAAATAAAA---TTGAC--CGTAACA---T-CAGT---AGAAA-ATCCT-ACAA-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAAGAA-TAACAA--G--CTA-TACATCTG-CACATGTCAATGT----ATTGCA---AGTTGCAA--TAAGCATGTTCC-AAATA--TG--AAATATATTGCTTTAACT-TG--CAGA-A--ATATT--TTATCAGT-AAT-GAT-TGATGAA------------T-GTAACA---AGCAAATG--AA-------AG-ATTCAATTAAC-ATAA-CAAT---T---ATTTCCTCACT-TCAGTCA-AATGAAA------AGATACAGA------AAT-TGCAC--------A---CGA--GAT-CATGCTCGg
gi|6 : g---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CAT--------ACTTACT-----TCAAGCT-AATGAAA------A--TACAGA------AATATGTACAC-----GA----------TGCATACTCACATTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGTA-CG---ACAATGTACC-CGG----T-------AA---TTTACCTCATATTA-------------T-CT-----------ATA--G---GGGA---C-CCGAT---A-TGTAC---GTGTACAC---TTGTCG----A-AAATACCCA-AGT----AGTGGCA--AAAATCCC----TTTATTATC--ATAGTC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGTAT---TC---C-TATAGTAA-------TT-AC-G-TTGTCTTTTCATT--GCACAAACCTAAGCCCG-----TGCCGAT----------------AAAAAATCTTCAtc
gi|7 : TAAAGCTGACA---------T----------AAA----A---GCAGAATTCTTCAA-GTCT-G-C-CATAT------------------------------AT-TAGAT---TG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATAT-GT-----GTCGGGA--TCAGATCTGCAG--GGTATA---TAA--GGGGATGAGTTTTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACATCAGCG-TTTCCG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-ATC--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACGTCTCCA---AT-----------AGAATATTATACAGGAAAT-AA---TTAAGTTAAAAATTTT-ATAAT---ACCAACCATG--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-TAAAAAATAT-AT--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-
gi|8 : tTTGAAAACGCA-TCGAATGC---CTGA-CGTACACAATTTACC-TAG----T-------AA---T------------ACTCATAATCTTAAT-CT-----------GTA--A---AGGG---C-CCGGT---AATGTAC---GTGCACAC---TTGTCGA---A-AA-TACCCA-AG-A---AGTGGC---AAAATTCC----ATTA-TATC--ATAATC-C-ATG-AAA----GTAAAAGAGTA-A--CGATATAAAC-TCCGACTGT-TAGATTCTAC-tt
gi|9 : acgaaatatatgttgaacaacaaatttttacaatgTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCA-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGTCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----TTT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GCCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGC-----G-T-T-C--CT--C-GAGAGGTAACAC----G-TACAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGGTATCATAGGGGAAGATTTTGAAATACGCTGTAATTCACATCAATGTTTTAGAGTACCTGTCGAATAACCCTCAACAGTACACAGCGCTACATCTCCAATAGTAATGTAATTGTAAAGGGTATACGTAAGTAAATAAATATTTGTAGTGACCATAAGTGTTACAGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 111 111 111 111111111 11 11 2222222222222 1111 7777777777777777777777777 44444444444444 11111 1111111 1111111 1111 111 111 22222222 1111 111 1 3333333333333 11 55555555555555555555 11 11111 11 55555555555555 111 1111111 11 2222222 22 11 111111 111111 1 44444444444444444 11 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111 111 11 111 2222 1 11111 222 1111 22222222222222 22222 11 2222222222 11 1 22222 444444444444 6666666666666666 33333 1 1 2222222222 222 222 1 222 1 1 1 2 111 1
lowQualScore : 777777777 4 000 1 4 222 0 1 3 3 3 3 3 55 99999 7 55 3 666 3 7777 000 3 444444444 00 99999 1 55 99999 55 666 33 4 4 55 8888 8888 88 4 66 0000000000000 66 4 0000 5 0 1 2222222222222222222222222 1 6 22222222222222 6 11111 6666666 7777777 99 6 6 6 2222 6 99 6 111 6 111 6 22222222 8 8 66 3 0 0000 3 111 3 0 8 0 8 0 0 6 0 1111111111111 11 0 0 8 8 66666666666666666666 8 11 66666 99 1 00 6 6 33333333333333 000 8888888 55 6 6 6 9999999 3 22 2 00 1 999999 88 999999 2 1 11111111111111111 1 55 00 6 111 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 99999 111 6 44 1 111 0000 6 3 6 66666 555 4444 99 44 6 6 6 22222222222222 6 99 99 6 1 00000 3 44 1 6666666666 9 33 2 0 11111 3 555555555555 0 6666666666666666 3 6 33333 7 7 3 2 3 5555555555 111 000 5 555 3 7 3 3 6 222 3
lowQualScore : ......... . ... . . ... . . . . . . . .. ..... . .. . ... . .... ... . ......... .. ..... . .. ..... .. ... .. . . .. .... .... .. . .. ............. .. . .... . . . ......................... . . .............. . ..... ....... ....... .. . . . .... . .. . ... . ... . ........ . . .. . . .... . ... . . . . . . . . . ............. .. . . . . .................... . .. ..... .. . .. . . .............. ... ....... .. . . . ....... . .. . .. . ...... .. ...... . . ................. . .. .. . ... . ............................................................ ...... ..... ... . .. . ... .... . . . ..... ... .... .. .. . . . .............. . .. .. . . ..... . .. . .......... . .. . . ..... . ............ . ................ . . ..... . . . . . .......... ... ... . ... . . . . . ... .
lowQualScore : 888888888 4 333 9 4 222 9 6 6 6 6 6 6 00 11111 3 00 6 444 6 7777 000 6 555555555 11 11111 2 00 11111 00 444 55 0 0 55 5555 5555 33 4 11 7777777777777 11 4 6666 7 1 0 5555555555555555555555555 7 7 88888888888888 7 88888 0000000 2222222 22 7 7 7 7777 7 22 7 777 7 777 7 66666666 0 0 44 8 8 8888 8 888 8 8 0 8 0 8 8 0 8 8888888888888 00 8 8 0 0 66666666666666666666 0 00 00000 22 7 33 7 7 77777777777777 000 6666666 77 7 7 7 0000000 2 55 5 22 0 222222 33 222222 0 0 77777777777777777 0 99 77 7 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 33333 777 7 00 0 777 8888 7 3 7 88888 000 2222 22 88 7 7 7 88888888888888 7 22 22 7 7 33333 2 11 0 2222222222 2 22 5 8 88888 5 222222222222 2 2222222222222222 2 7 33333 3 3 7 0 3 3333333333 555 555 5 777 3 3 3 3 7 333 3
consensus : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCG---AT-----------A-------ATACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGAT---A-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
Reference ( family-734 ) : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCG---AT-----------A-------ATACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGAT---A-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
gi|1 : TGAAGCGGAGT---------TGATTAT-CATAA-TAG-A---GC---------CAA-GTCC-GAC-CATAT-TTATTTT-----TGCCAATCCGACC--AAAT-T-GTT---GG-AT----ATTT--CTA-CTGTG---------ATATTCT-----GTCAGGAATTT-----TGCAGTAGGTTTAGCATAA--GGG-GTGAGCTGTGCTAC-GCGTTTCGCACGCTTC----ACAACAGT---TACCGTATTTA--CCTGGCCG---GGATGA-CGACT--CTGACAAG-AACAC----G-TACATAGTC-------------------------ACAGGGTAAAT-AATAGC----------ATTTT-AGGATTTAATCAA----GTCCAGT-GAGCT-TCATAA-AGTCTACAA-CAATA---TT-ACAACGTA-CA---TTCTGCTAAAGAAA-ATCCTTAC-ATA-TT-TTTGAAA--TAAATTTAA-AAATAAAAAAAGTTCTGGTACATCTG-TACA-G-CAATGT----A-TGCAAT-AGTTGCAGAATAAACATG-TCC-AAATA--AGGCCAATAA---G----AACTGTGAGCAG--A--AAGTTGTTTACCA-C-TATAGATCTGATGAACATCATAT----TCAGTATATAAAGCAAATGGCAAGATATATAAAATTCAGATACCCAT-A-CATTACTT---ACTT-CTCACGTTCAAGCA-AAT-AAA------A-ATACAGA------AATATGCACAC-----GAGATCGGCCAATATCTGGTCCATTTAAAAACGCA-TCGAATGC--GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AAGTTT------------A-------------C-CTTCATTGATATCGTA--A---AAGGTATC-CCGAT---A-TATATAACGTGTACAC---TTGTCGGAATA-AA-TACCAA-GATATTCAGTGGCCAAAAAATTTCCTATTTTATTACCATATAATC-CAATG-AAATTGCA-AA------A-AACCG--ATAAACAGCCACTTGT-T---TTC--C-TACAGAAA--AC-A--C-ACTG-TTAT-GATTCATTGAGCACAAACCTG----CGGAGAATGCCGATCAAAACATCATGCGATCAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTTATCAAAGTTATAGTCTAGCTCTTTA-ATTTCAG
gi|11 : cCTTCAA-ATCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTG-T---------ATA-TGT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-TAA-C--CT--C-GACAGGTAACAC----caaaaaattt
gi|12 : TAAAACTGATA---------TGTAT-T-CTTAGATAT-ACATGTAGATTTTTGCAGCGACC-G-C-TTTATATT--CTTGTTTCTGCTTATCCG-CC--ATAT-TAGATGACGA-ATCACGATT---CAA-TTGTT------------TT------------GA--TT-----TGCAT--GGTATA---CAT--GGG-ATAAGGTTTGTTAC-GC--TTCAC----CTC----
gi|13 : agtTTCAA-ATCC-G-C-CATAA-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGT----------ATAT-GT-----GTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA----AG--GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACtga
gi|14 : tTAAAGCTGACG---------TGAAT-T--ATAAATATCAT--GCAGAAATCTTCAA-GTCCAG-CGCAT-T-TT--CCT-----T--CAATCTG-CCTAATAT-TAGTT---AG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GTC-GGA--TC-----TGCA---GGTATA---
gi|15 : tTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAG-A---GCA----------A-GTCC-G-C-CATAT-T---CTT-----TGCCAACCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------
gi|16 : --A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATTGA------ATCTATT-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AAAATTCA--TAC
gi|17 : AGATT---GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCA-CTTGCA-TAGAT
gi|18 : gcATGCATACTCGCCTTGAAAACGCA-CCAAATGCT-GCG
gi|2 : TAAAGTTGACA---------TGATT-TTCATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTCACGTACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---G------T--CT--C-GACAGGTAACACACGTG-TACATGCTCA---AT-----------A-------ATACAGGAAGT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---A-CAA----G--AAGC-C---C-TCA--A-AAT-CATAA-CAGAA---GT-AT--CGTA-CA---T-CTGT---AGATA-ATTCT-AT-----TTATT-GAAAAATAAGTTCAG-GA-TGAAAA--GCTCTA-TGCATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACACG-TCC-AGATA--TG--CAATA---------AACT-TG---AA--A--ATATT--TTATAAGC-TATAGAC-TGATGGA------A-----T-AGAACA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---CATAATTTACTCACG-TCAAGCA-ATTGAAA------A-GTACAGA------AATGTGCACACGCGTAGA---CGA--GATGCATGCTCGCATTG-AAACGCA-TCGAATGTT-ATGGA-CA---GC-ATTTACC-TG-------------------------------A-------------T-CT-----------GCA--A---AGGA---T-CGGAG---A-TGTAC-ACGTGTGCATACATTGTCG----A-AA-TACCCACAGTG---AGTGGC---AACATCCC----TTTATTATC--ATAA-C-C-ATG--AA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCATTTGTAA---TCCTACGTACAGTAA--AC-AGTTGACGGTTTGTCTCTTCATT----------CT-----CG-----TGCAGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----A--TCAAAGTTGAA-----TA-GTT----------ACTATGTTTATATTGGT---CAGAATTTTGC-AGATTT--GTAAAAGCAGGAA-ATAATTTAAG-GTATATAAAGTGCACA-TGCA-TAGAT
gi|3 : TGT-----GTCAGGA--TT-----TGC-G--GGTATA---TAATGGGG-GT-AGCTGTGCTACTGC--T-CAC----TCA----GCACCAGT----TCTG-ATTTA--ACTG-GCC---GG-T-G-C--CT--C-GCTAAGTGACCT----G-TAC-TATTCG---A-----------------------CGGGGAATGAA---CG---------ATTTT-GGA-T---ACCAA----G--CAGTTG---C-TCA--ATAAG-CACAA-CAAAT---AT-AC--CGTA-CAATTT-CTGT---AGAAAGATCCG-AC-A-A-TT-TT-GAAAA-TAA-TCTAA-A--TAAAA---GTTC-G-TA-ATCTGATACATGACAATGTGCCAA-TG-----AGTTGCAG--TAAAC--G-TCCGAAATA---G--CA-TA---------ACCT-TG--CAGCCA--ATATT--C-----GC-TATAGAT-TGATTGA------AT------AGAATC---AGCAAATGGCAA-------AAAATT-A--TAC--AT-AGCATT-------ACTTAC-CAC--TCAA-CATAATAAAA------A-ATACAGA--------T-TGCACAC-----GA--------GATGCA-ACTGGCCTTGAAA-CGCAGTCGA-TG-T-GCGGA-CG---ACAATTTACCCTAA----T-------AT---T------------A-------------T-CT-----------GTATGA---AGGA---CACCGATTTTA-TACAT-ACATGTATAC---TTGTCG----A-AAATACGAA-AGTA----GTGGCC--AAAATTCC----TTTATTACC--ATAATCTC-ATGGAAA----G-AA------AGA--CT--ATAT-C-TCC-CTTTT-T---TCCTAC----AATAA--AC-AGC--ACTG---GTCT--TCATT--GC-CATACTT-----CG-----TGCTGAT----------------CAAAACTCT-CTATCAGGG-AAGT-----AAGTCAA-GTAGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTGTATT---ATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGATGGAACATCA-TT-AGTTTACATAACTTGCACCTTGCATTAGATa
gi|4 : AAGCTGACAGCCCCCCCTTGATT-T-C-TAA-TAT-A---GCAGAATT-TCCAA-GTGC-A-C-TAT-T-TT--CTT-----TGCCAATCAGTCC--AT-T-TAGTT---GGCAT----ATT----TA-TTGTT---------ATAT-GT-----GT--GGA--TT------GCAG--GCTAT----TAG--GGG--TG-GCTGTGCTAC-GT--TTCA--------------------------TA-ATTTAAGCTCGTGAGATAGG-T-A-GTACTAAC-GACAGGTAAGTC----G-TACATCTCCGTAGAT-----------AT------CTACGGGGAAT-AA---T-----------TTTT-ATAA------CAA----A--CAGT-G---TGTCA--A-AAT-TACAA-TCAAA---AT-AC--TGTA-CA---T-CTGT-----GAA-ATCCT--C-A-ATTT-TT-GAATAATAGATTT-A-AA-T-AAAA--GTCATA-TAC-TCTG-T--ATT-C-ATGT----A---CA-CTAGTTGCAG--T-AACATG-TCC-ATATAAGTG--CA--A----A----AACT-TG--CAG--ATTATATT--TCA-AAGCGTA-AGAT-TGATGAC------A-------AAACTA---AGC--ATGGC-A-------AGAATTTA--T-CC--T-A-CAGT---T----TTTACTCAT--TCAAGC--AATGAAAATACAGA-ATACAGAATGACTAATGTG-AC--------A---TGA--GATGCATGCTCGCTTGGAAAAGCCA--CAAATGCTGGCGGATCG---ACAATTTA-C-TGGGGAATGCGGCAAAA---T------------A-------------TCCT-----------GTA--ATACAGGA-----CCGGT---A-TGT---ACGTGTA-AC---TTGTCG----ATAA-TAACCA-AGTA---TGT-GC-----AATTTC----CTTATT-TC--ATA--C-C-ATG-AAA----G--A------A-A--CG---T-AAC-T-CACTTGT-T---TCCTACATGCAGGAACTACAAGTT-
gi|5 : tCA---------TGATT-T--ATAAAT-T-A---GCAGAGTTCTTCAA-GTC--G-C----AT-TA--CTT-----TGCCA--TCG-C---ATTTATAGT----GG-AT----ATTTACCTAATTATTTCATTCCTTACATTGTTATATGTCAGGA--TT-----TGTAG--GGTATA---AAG--GGG-ATGAGCTGT-TTAC-GC--TTCAC----TT-----ACACGAATGATTTCTG--TTTA--C-TGTGGG---AT-T-A-C--CT--C-GACAGATAGCAC----GATACATTTCCG---ATGGCATTATTGTA-------ACTCGGGAA-T-AA---C----------ATTTTTAGAAT---AC-AA----G--CAGT-A---C-T----A-TAT-TACAAATAAAA---TTGAC--CGTAACA---T-CAGT---AGAAA-ATCCT-ACAA-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAAGAA-TAACAA--G--CTA-TACATCTG-CACATGTCAATGT----ATTGCA---AGTTGCAA--TAAGCATGTTCC-AAATA--TG--AAATATATTGCTTTAACT-TG--CAGA-A--ATATT--TTATCAGT-AAT-GAT-TGATGAA------------T-GTAACA---AGCAAATG--AA-------AG-ATTCAATTAAC-ATAA-CAAT---T---ATTTCCTCACT-TCAGTCA-AATGAAA------AGATACAGA------AAT-TGCAC--------A---CGA--GAT-CATGCTCGg
gi|6 : g---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CAT--------ACTTACT-----TCAAGCT-AATGAAA------A--TACAGA------AATATGTACAC-----GA----------TGCATACTCACATTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGTA-CG---ACAATGTACC-CGG----T-------AA---TTTACCTCATATTA-------------T-CT-----------ATA--G---GGGA---C-CCGAT---A-TGTAC---GTGTACAC---TTGTCG----A-AAATACCCA-AGT----AGTGGCA--AAAATCCC----TTTATTATC--ATAGTC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGTAT---TC---C-TATAGTAA-------TT-AC-G-TTGTCTTTTCATT--GCACAAACCTAAGCCCG-----TGCCGAT----------------AAAAAATCTTCAtc
gi|7 : TAAAGCTGACA---------T----------AAA----A---GCAGAATTCTTCAA-GTCT-G-C-CATAT------------------------------AT-TAGAT---TG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATAT-GT-----GTCGGGA--TCAGATCTGCAG--GGTATA---TAA--GGGGATGAGTTTTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACATCAGCG-TTTCCG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-ATC--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACGTCTCCA---AT-----------AGAATATTATACAGGAAAT-AA---TTAAGTTAAAAATTTT-ATAAT---ACCAACCATG--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-TAAAAAATAT-AT--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-
gi|8 : tTTGAAAACGCA-TCGAATGC---CTGA-CGTACACAATTTACC-TAG----T-------AA---T------------ACTCATAATCTTAAT-CT-----------GTA--A---AGGG---C-CCGGT---AATGTAC---GTGCACAC---TTGTCGA---A-AA-TACCCA-AG-A---AGTGGC---AAAATTCC----ATTA-TATC--ATAATC-C-ATG-AAA----GTAAAAGAGTA-A--CGATATAAAC-TCCGACTGT-TAGATTCTAC-tt
gi|9 : acgaaatatatgttgaacaacaaatttttacaatgTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCA-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGTCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----TTT---CTA-TTGTT---------ATA-TGT-----GCCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGC-----G-T-T-C--CT--C-GAGAGGTAACAC----G-TACAT
blockSeqs : GCCCCCCCT . TCA A C CAT C C A . G A . GTTTC T TA A GAC C CACG TAC A TCATTCCTT TT TATAT A . AGATC . . TG G T . . ACGT GA . AG ATAGGTAGTA AA . ACGT A G GATGGCATTATTGTA G G TTAAGTTAAAA T AC CCATG TGC . T . A AATA G . A ATT . . G ACAAA A . AA G GAA G A C . A A GCCAATG . T G TGAAATATATTGCTTT . . CCA . T CC G . ATCTATT . . AT . A G CATA A G G AT G ATACAG GA ATGACT G C ACGCGTAGACGA C GT TG T TAC C GTAATACTCATAATCTTAATCT ATAC CA TTT A A C ACA A T A C GA C . . AT T . G GTAAAAGAGT G . AT . A TAGA T GT T CTACAAGTT G TT C C GCA T AAGCCCG . T G . A A T T C TTAGTGCATA . CGA A TTG C T A T G CCT T
blockSeqs : . . CT A . T T . . . . . . . . . . . . . . . . TT . A . . . . G . . . . . G . . GATAAC . . . . A AATAGAATATT A . CG . AC G GTG . . . . G . . . . . . . ACAA . . AA A GA A A T . . T ATGCAC . . . AGTGCAAA . . ATT . T TA . . AT . . . . . . T A T G A A . G . G C ACGA A C T . . . GGGAATGCGGCAAAATATCCT TGA T . . A T . . . A . AT A . . GT . . . GAA . . . . A AA T AT T ACAGTTG T T C T GC A CG . T . . . . A . . T . . . . T CA .
blockSeqs : . . CA A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . TT . A . . . . G . . . . . G . . GGTATC . . . . C GTAGATAT A . C . AC G CC . . . . A . . . . . . . CAAT . . AA A AA A A T . . . ATTGCA . . . TGCAATA . . AA . C TC . . AT . . . . . . T A . T A G . A . A C ATGA C T T . . . GTAATTTACCTCATATTATCT A C . . A C . . . . . AA . . . AT . . . GAA . . . . A AT T T G ACAGC . . C . . . CG . .
blockSeqs : . . CA A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . G . . GATAC . . . . T AATA A . T . A A AC . . . . A . . . . . . . AT . . A . A . . . . . . ACACT . . . GCATA . . A . T A . . A . . . . . . . C . G T G . A . . T ACGA T T T . . . ATATTATCT G C . . . C . . . . . A . . . A . . . GAA . . . . G T T . T TT
blockSeqs : . . A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . G . . GGTGC . . . . C GA . . C . . G GC . . . . T . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . A . . . G . . . . . ACGA A T T . . . ATCT A . . . . . . . . . . A . . . . . . . GA . . . . . T .
blockSeqs : . . C A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . G . . ATTAC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . GTTC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CA* ** *** T* ** ** *** ** **** G* GGTAC******** GATAGTAT***************** C************* AC*** G****** NC***** ** ** *** ACA***** AA GA** A** ATGCA******** ** TGCAATA************* ** ** AT************ *** ******* ** C****** ** ACGA************* T* C**** A* **** AA*** *** **** ** GAA*********** ** T* ACAGTT****
originalCons : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATATTGT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCG---AT-----------A-------ATACGGGAAAT-AA---C----------ATTTT-AGAAT---ACCAA----G--CAGT-G---C-TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCT-AC-A-A-TT-TT-GAAAAATAAATTTAA-AA-TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA-C-AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA----G----AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA------AT----T-AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATT---T---ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACAC-----GA---CGA--GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGAT---A-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
finalCons : TAAAGCTGACA---------TGATT-TCA-TAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTT---GG-AT----ATT---CTA-TTGTT---------ATAT-GT-----GTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC--TTCAC----TTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCGGGTAC--------CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCGATAGTAT-----------------ATACGGGAAAT-AAC-------------ATTTT-AGAATAC---CAAG------CAGTNC-----TCA--A-AAT-TACAA-CAAAA---NT-AC--CGTA-CA---T-CTGT---AGAAA-ATCCTACA-----TT-TT-GAAAAATAAATTTAAGA--TAAAAA--GTTCTA-TACATCTG-TACATG-CAATGTATGCA--------AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATATGCAATA-------------AACT-TG--CAG--A--ATATT--TTACCAGC-TATAGAT-TGATGGAAT------------AGAATA---AGCAAATGGCAA-------AGAATTCA--TACC-AT-A-CATTC------ACTTACTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCACACGA-------------GATGCATGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTACC-TGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGAC----CCGAT---A-TGTACA-CGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTAA---GTGGC---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-ATG-AAAGAA-----------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTACT-ACAGTAAACAGTT----ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGGTATCATAGGGGAAGATTTTGAAATACGCTGTAATTCACATCAATGTTTTAGAGTACCTGTCGAATAACCCTCAACAGTACACAGCGCTACATCTCCAATAGTAATGTAATTGTAAAGGGTATACGTAAGTAAATAAATATTTGTAGTGACCATAAGTGTTACAGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 111 111 111 333333333333333333 11 11111 2222222222222 1111 5555555555555555 4444444444444444 22222 1111111 2222222 1111 111 111 444444 22 111 1 222222222222 11 111111 444444444 11 11111 11 3333333 11111 1111111 3333333 111 22 11 111111 111111 1 22222222 1111 11111 11 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111 111 11 111 2222 2222 111 1111 22222222222222 222222222222 2222222222 11 111 22222 444444444444 6666666666666666 33333 1 1 2222222222 222 222 1 222 1 1 1 2 111 1
lowQualScore : 777777777 4 000 1 4 222 0 1 3 3 3 3 3 55 99999 7 55 3 000 7777 000000000000000000 666 3 3 1 55 99999 55 666 33 4 4 4 00000 8888 0 4 4 888 0000000000000 66 4 0000 5 7 3 5555555555555555 4 6 8888888888888888 00000 6666666 1111111 6 6 99 6 2222 6 99 6 888 111 6 8 0 000000 0 0 3 8 11 444 0 3 88 0 8 0 0 6 0 333333333333 11 0 0 8 8 888888 11 333333333 8 11 66666 99 1 00 6 6 9999 8888888 44444 8888888 77 77 66 6 6 4444444 111 22 2 00 1 999999 88 999999 2 1 44444444 0000 44444 1 5 55 00 6 111 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 99999 111 6 44 1 111 7777 6 6 6 1111 6 888 4444 99 44 6 6 6 22222222222222 6 99 99 7 6 1 666666666666 1 6666666666 9 33 666 11111 3 555555555555 0 6666666666666666 3 6 33333 7 7 3 2 3 5555555555 111 000 5 555 3 7 3 3 6 222 3
lowQualScore : ......... . ... . . ... . . . . . . . .. ..... . .. . ... .... .................. ... . . . .. ..... .. ... .. . . . ..... .... . . . ... ............. .. . .... . . . ................ . . ................ ..... ....... ....... . . .. . .... . .. . ... ... . . . ...... . . . . .. ... . . .. . . . . . . ............ .. . . . . ...... .. ......... . .. ..... .. . .. . . .... ....... ..... ....... .. .. .. . . ....... ... .. . .. . ...... .. ...... . . ........ .... ..... . . .. .. . ... . ............................................................ ...... ..... ... . .. . ... .... . . . .... . ... .... .. .. . . . .............. . .. .. . . . ............ . .......... . .. ... ..... . ............ . ................ . . ..... . . . . . .......... ... ... . ... . . . . . ... .
lowQualScore : 888888888 4 333 9 4 222 9 6 6 6 6 6 6 00 11111 3 00 6 000 7777 555555555555555555 444 6 6 2 00 11111 00 444 55 0 0 0 00000 5555 1 4 4 000 7777777777777 11 4 6666 7 1 3 0000000000000000 2 7 7777777777777777 22222 0000000 3333333 7 7 22 7 7777 7 22 7 333 777 7 0 8 222222 8 8 8 0 22 888 8 8 88 8 0 8 8 0 8 222222222222 00 8 8 0 0 000000 66 000000000 0 00 00000 22 7 33 7 7 3333 3333333 33333 6666666 99 99 44 7 7 7777777 777 55 5 22 0 222222 33 222222 0 0 22222222 7777 33333 0 0 99 77 7 777 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 33333 777 7 00 0 777 5555 7 7 7 5555 7 333 2222 22 88 7 7 7 88888888888888 7 22 22 3 7 7 888888888888 0 2222222222 2 22 222 88888 5 222222222222 2 2222222222222222 2 7 33333 3 3 7 0 3 3333333333 555 555 5 777 3 3 3 3 7 333 3
consensus : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT------------------CT---ATTGTTATA-TG-TGTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCGATAG--TA----TATA---CGGGAAAT-AA---C----------A-TTTTAGAAT---ACCAA----G--CAGT---N-C-TCA-A-AA--TTAC-AACAAAA---NT-AC--CGT-ACA---TCTGT---AGAAA-ATCC-TAC--AA--TTTTGAAAAATAAATTT-AAG-AT--AAAAAGTTCT-ATACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA--AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA---------AACT-T--GCAG--A--ATAT--TTTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA-AT-------AGAA-T---AAGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCAT-A-CA-TT----ACTTA---CTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCAC--------ACGAGAT-G--CA-----TGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTA-CCTGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGA---TA-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCGA---A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGG-C---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-AT-GAAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
Reference ( family-734 ) : TAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT------------------CT---ATTGTTATA-TG-TGTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAC-GC-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACATNTCCGATAG--TA----TATA---CGGGAAAT-AA---C----------A-TTTTAGAAT---ACCAA----G--CAGT---N-C-TCA-A-AA--TTAC-AACAAAA---NT-AC--CGT-ACA---TCTGT---AGAAA-ATCC-TAC--A---TTTTGAAAAATAAATTT-AAG-AT--AAAAAGTTCT-ATACATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCA--AGTTGCAG--TAAACATG-TCC-AAATA--TG--CAATA---------AACT-T--GCAG--A--ATAT--TTTACCAGC-TATAGAT-TGATGGA-AT-------AGAA-T---AAGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCAT-A-CA-TTC---ACTTA---CTCAC--TCAAGCA-AATGAAA------A-ATACAGA------AATGTGCAC--------ACGAGAT-G--CA-----TGCTCGCNTTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGGA-CG---ACAATTTA-CCTGG----T-------AA---T------------A-------------T-CT-----------GTA--A---AGGA---C-CCGA---TA-TGTAC-ACGTGTACAC---TTGTCG----A-AA-TACCCA-AGTA---AGTGG-C---AAAATTCC----TTTATTATC--ATAATC-C-AT-GAAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGT-T---TCCTAC-TACAGTAA--AC-AGTT-ACTG-TTGTCTNTTCATT--GCACAAACCTG----CG-----TGCCGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----AAGTCAAAGTCGAACTCTTTA-ATTTCAGTGCATAACTGTGTTTATATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTT--GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCACCTTGCA-TAGAT
gi|1 : TGAAGCGGAGT---------TGATTAT-CATAA-TAG-A---GC---------CAA-GTCC-GAC-CATAT-TTATTTT-----TGCCAATCCGACC--AAAT-T-GTTGG---AT----ATTT-----------------CT---ACTGTGATA-TTCTGTCAGGAATTT-----TGCAGTAGGTTTAGCATAA--GGG-GTGAGCTGTGCTAC-GCGTTTCGCACGCTTC----ACAACA--G-TTACCGTATTTA--CCTGGCCG---GGATGA-CGACT--CTGACAAG-AACAC----G-TAC-------ATAG--T-----CACA---GGGTAAAT-AATAGC----------A-TTTTAGGATTTAATCAA----GTCCAGTGAGC-T-TCATA-AAGTCTAC-AACAATA---TT-ACAACGT-ACAT--TCTGCTAAAGAAA-ATCCTTAC--ATATTTTTG--AAATAAATTTAAAA-ATAAAAAAAGTTCTGGTACATCTG-TACA-G-CAATGT----A-TGCAATAGTTGCAGAATAAACATG-TCC-AAATA--AGGCCAATAAG-------AACTGTGAGCAG--A--AAGTTGTTTACCA-C-TATAGATCTGATGAACATCATATTCAGTA-TATAAAGCAAATGGCAAGATATATAAAATTCAGA--TACCCAT-A-CA-TT----ACTTACTTCTCACGTTCAAGCA-AAT-AAA------A-ATACAGA------AATATGCAC--------ACGAGATCGGCCAATATCTGGTCCATTTAAAAACGCA-TCGAATGC--GCGGA-CG---ACAATTTA-CCTGG----T-------AAGTTT------------A-------------C-CTTCATTGATATCGTA--A---AAGGTATC-CCGA---TA-TATATAACGTGTACAC---TTGTCGGAATA-AA-TACCAA-GATATTCAGTGG-CCAAAAAATTTCCTATTTTATTACCATATAATC-CAAT-GAAATTGCA-AA------A-AACCG--ATAAACAGCCACTTGT-T---TTC--C-TACAGAAA--AC-A--C-ACTG-TTAT-GATTCATTGAGCACAAACCTG----CGGAGAATGCCGATCAAAACATCATGCGATCAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGTTATCAAAGTTATAGTCTAGCTCTTTA-ATTTCAG
gi|11 : cCTTCAA-ATCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT------------------CT---ATTG-TATA-TG-TGTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-TAA-C--CT--C-GACAGGTAACAC----caaaaaattt
gi|12 : TAAAACTGATA---------TGTAT-T-CTTAGATAT-ACATGTAGATTTTTGCAGCGACC-G-C-TTTATATT--CTTGTTTCTGCTTATCCG-CC--ATAT-TAGATGACGAATCACGATT------------------CA---ATTGTTTT-----------GA--TT-----TGCAT--GGTATA---CAT--GGG-ATAAGGTTTGTTAC-GC-TT-----CACCTC----
gi|13 : agtTTCAA-ATCC-G-C-CATAA-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CT--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT------------------CT---ATTGT-ATA-TG-TGTCAGGA--TC-----TGCAG--GGTATA----AG--GGG-ATGAGCTGTGCTGC-GA-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--TCTGTGCG---GA-T-A-C--CT--C-GACAGGTAACtga
gi|14 : tTAAAGCTGACG---------TGAAT-T--ATAAATATCAT--GCAGAAATCTTCAA-GTCCAG-CGCAT-T-TT--CCT-----T--CAATCTG-CCTAATAT-TAGTTAG---AT----ATT------------------CT---ATTGTTATA-TG-TGTC-GGA--TC-----TGCA---GGTATA---
gi|15 : tTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAG-A---GCA----------A-GTCC-G-C-CATAT-T---CTT-----TGCCAACCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT------------------CT---ATTGTT
gi|16 : --A--ATAT--TTTACCAGC-TATAGAT-TGATTGA-ATCTATT--AGAA-T---AAGCAAATGGCAA-------AAAATTC--A--TA-C
gi|17 : AGATT---GTGAAAGCAGGAA-ATCATTT-AG-TTACATAAA-TGCA-CTTGCA-TAGAT
gi|18 : gcAT-G--CA-----TACTCGCCTTGAAAACGCA-CCAAATGCT-GCG
gi|2 : TAAAGTTGACA---------TGATT-TTCATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCC-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGCCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----ATT------------------CT---ATTGTTATATTG-TGTCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAA--GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC-TT-----CACTTCACGTACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGCG---G------T--CT--C-GACAGGTAACACACGTG-TACATGCTCAATA----------ATA---CAGGAAGT-AA---C----------A-TTTTAGAAT---A-CAA----G--AAGC---C-C-TCA-A-AA--TCAT-AACAGAA---GT-AT--CGT-ACA---TCTGT---AGATA-ATTC-TAT--T---TATTGAAAAATAAGTTC-AGG-AT--GAAAAGCTCT-ATGCATCTG-TACATG-CAATGT----A-TGCAC-AGTTGCAG--TAAACACG-TCC-AGATA--TG--CAATA---------AACT-T--G-AA--A--ATAT--TTTATAAGC-TATAGAC-TGATGGA-AT-------AGAA-C---AAGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCAT-A-CA-TTCATAATTTA---CTCACG-TCAAGCA-ATTGAAA------A-GTACAGA------AATGTGCACACGCGTAGACGAGAT-G--CA-----TGCTCGCATTG-AAACGCA-TCGAATGTT-ATGGA-CA---GC-ATTTA-CCTG-------------------------------A-------------T-CT-----------GCA--A---AGGA---T-CGGA---GA-TGTAC-ACGTGTGCATACATTGTCG----A-AA-TACCCACAGTG---AGTGG-C---AACATCCC----TTTATTATC--ATAA-C-C-AT-G-AA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCATTTGTAA---TCCTACGTACAGTAA--AC-AGTTGACGGTTTGTCTCTTCATT----------CT-----CG-----TGCAGAT----------------CAAAAATCTTCAATCAGGGGAAGT-----A--TCAAAGTTGAA-----TA-GTT----------ACTATGTTTATATTGGT---CAGAATTTTGC-AGATTT--GTAAAAGCAGGAA-ATAATTTAAG-GTATATAAAGTGCACA-TGCA-TAGAT
gi|3 : -TG-TGTCAGGA--TT-----TGC-G--GGTATA---TAATGGGG-GT-AGCTGTGCTACTGC-T------CACTCA----GCACCAGT----TCTG-ATTTA--ACTG-GCC---GG-T-G-C--CT--C-GCTAAGTGACCT----G-TAC-TATTCGA------------------CGGGGAATGAA---CG---------A-TTTTGGA-T---ACCAA----G--CAGT---TGC-TCA-ATAA--GCAC-AACAAAT---AT-AC--CGT-ACAATTTCTGT---AGAAAGATCC-GAC--AA--TTTTGAAAA-TAA-TCT-AA--AT--AAAA-GTTC--GTA-ATCTGATACATGACAATGTGCCAA-TG----AGTTGCAG--TAAAC--G-TCCGAAATA---G--CA-TA---------ACCT-T--GCAGCCA--ATAT--TC-----GC-TATAGAT-TGATTGA-AT-------AGAA-T---CAGCAAATGGCAA-------AAAATT---A--TA--CAT-AGCA-TT----ACTTA---C-CAC--TCAA-CATAATAAAA------A-ATACAG--------AT-TGCAC--------ACGAGAT-G--CA------ACTGGCCTTG-AAACGCAGTCG-ATG-T-GCGGA-CG---ACAATTTACCCTAA----T-------AT---T------------A-------------T-CT-----------GTATGA---AGGA---CACCGATTTTA-TACAT-ACATGTATAC---TTGTCGA---A-AA-TACGAA-AGT----AGTGGCC---AAAATTCC----TTTATTACC--ATAATCTC-ATGGAAA----G-AA------AGA--CT--AT-ATC-TCC-CTTTT-T---TC---C-TACAATAA--AC-AG-C-ACTG---GTC--TTCATT--GC-CATACTT-----CG-----TGCTGAT----------------CAAAACTC-TCTATCA-GGGAAGT-----AAGTC-AAGTAGAATTCTTTACATTTTAGTGCATAACTGTAT---TATTGGTCGACAGAATTTTGCAAGATTTTGGTGAAAGATGGAACATCA-TT-AGTTTACATAACTTGCACCTTGCATTAGATa
gi|4 : AAGCTGACAGCCCCCCCTTGATT-T-C-TAA-TAT-A---GCAGAATT-TCCAA-GTGC-A-C-TAT-T-TT--CTT-----TGCCAATCAGTCC--AT-T-TAGTTGGC--AT----ATT-------------------T---ATTGTTATA-TG-TGT--GGA--TT------GCAG--GCTAT----TAG--GGG--TG-GCTGTGCTAC-GT-TT-----CA----------------------TA-ATTTAAGCTCGTGAGATAGG-T-A-GTACTAAC-GACAGGTAAGTC----G-TACATCTCCG-TAGA-TA----TCTA---CGGGGAAT-AA---T------------TTTTATAA------CAA----A--CAGT---G-TGTCA-A-AA--TTAC-AATCAAA---AT-AC--TGT-ACA---TCTGT-----GAA-ATCC-T-C--AAT-TTTTGAATAATAGATTT-AA--AT---AAAAGTCAT-ATAC-TCTG-T--ATT-C-ATGT----A-CACT--AGTTGCAG--T-AACATG-TCC-ATATAAGTG--CAA-A---------AACT-T--GCAG--ATTATAT--TTCA-AAGCGTA-AGAT-TGATG---AC-------AAAACT---AAGC--ATGGC-A-------AGAATTT--A--T--CC-T-A-CAGTT-----TTTA---CTCAT--TCAAGC--AATGAAAATACAGA-ATACAGAATGACTAATGTG-AC--------ATGAGAT-G--CA-----TGCTCGCTTGGAAAAGCCA--CAAATGCTGGCGGATCG---ACAATTTA--CTGGGGAATGCGGCAAAA---T------------A-------------TCCT-----------GTA--ATACAGGA-----CCGG---TA-TGT---ACGTGTA-AC---TTGTCG----ATAA-TAACCA-AGTA---TGT-G-C-----AATTTC----CTTATT-TC--ATA--C-C-AT-GAAA----G--A------A-A--CG---T-AAC-T-CACTTGT-T---TCCTACATGCAGGAACTACAAGTT-
gi|5 : tCA---------TGATT-T--ATAAAT-T-A---GCAGAGTTCTTCAA-GTC--G-C----AT-TA--CTT-----TGCCA--TCG-C---ATTTATAGT-GG---AT----ATTTACCTAATTATTTCATTCCTTACATTGTTATA-TG-T--CAGGA--TT-----TGTAG--GGTATA---AAG--GGG-ATGAGCTGT-TTAC-GC-TT-----CACTT-----ACACGAATGATTTCTG--TTTA---CTGTGGG---AT-T-A-C--CT--C-GACAGATAGCAC----GATACATTTCCGATGG--CATTATTGTAACTCGGG-AAT-AA---C----------ATTTTTAGAAT---A-CAA----G--CAGT---A-C-T---A-TA--TTACAAATAAAA---TTGAC--CGTAACA---TCAGT---AGAAA-ATCC-TACAAA---TTTTGAAAAATAAATTT-AAGAAT--AACAAG--CT-ATACATCTG-CACATGTCAATGT----ATTGCA--AGTTGCAA--TAAGCATGTTCC-AAATA--TG--AAATATATTGCTTTAACT-T--GCAGA-A--ATAT--TTTATCAGT-AAT-GAT-TGAT-GA-AT-------GTAA-C---AAGCAAATG--AA-------AG-ATTC--AATTA-ACATAA-CA-ATT---ATTTC---CTCACT-TCAGTCA-AATGAAA------AGATACAGA------AAT-TGCAC--------ACGAGAT----CA-----TGCTCGg
gi|6 : gAGCAAATGGCAA-------AGAATTC--A--TA-CCAT-A-CA-T-----ACTTA---CT-----TCAAGCT-AATGAAA------A--TACAGA------AATATGTAC--------ACGA--T-G--CA-----TACTCACATTGAAAACGCA-TCGAATGCT-GCGTA-CG---ACAATGTA-CCCGG----T-------AA---TTTACCTCATATTA-------------T-CT-----------ATA--G---GGGA---C-CCGA---TA-TGTAC---GTGTACAC---TTGTCG----A-AAATACCCA-AGT----AGTGG-CA--AAAATCCC----TTTATTATC--ATAGTC-C-AT-GAAA----G-AA------A-A--CG--ATAAAC-TCCACTTGTAT---TC---C-TATAGTAA-------TT-AC-G-TTGTCTTTTCATT--GCACAAACCTAAGCCCG-----TGCCGAT----------------AAAAAATCTTCAtc
gi|7 : TAAAGCTGACA---------T----------AAA----A---GCAGAATTCTTCAA-GTCT-G-C-CATAT------------------------------AT-TAGATTG---AT----ATT------------------CT---ATTGTTATA-TG-TGTCGGGA--TCAGATCTGCAG--GGTATA---TAA--GGGGATGAGTTTTGCTAC-GC-TT-----CACTTC----ACATCAGCG-TTTCCG-ATTTA--CCTGTGCG---GG-T-ATC--CT--C-GACAGGTAACAC----G-TACGTCTCCAATAGAATAT---TATA---CAGGAAAT-AA---TTAAGTTAAAAA-TTTTATAAT---ACCAACCATG--CAGT---G-C-TCA-A-AA--TTAC-AATAAAAAATAT-AT--CGT-ACA---TCTGT---AGAAA-
gi|8 : tTTGAAAACGCA-TCGAATGC---CTGA-CGTACACAATTTA-CCTAG----T-------AA---T------------ACTCATAATCTTAAT-CT-----------GTA--A---AGGG---C-CCGG---TAATGTAC---GTGCACAC---TTGTCGA---A-AA-TACCCA-AG-A---AGTGG-C---AAAATTCC----ATTA-TATC--ATAATC-C-AT-GAAA----GTAAAAGAGTA-A--CGATATAAAC-TCCGACTGT-TAGATTCTAC-tt
gi|9 : acgaaatatatgttgaacaacaaatttttacaatgTAAAGCTGACA---------TGATT-T-CATAAATAT-A---GCAGAATTCTTCAA-GTCA-G-C-CATAT-TT--CTT-----TGTCAATCCG-CC--ATAT-TAGTTGG---AT----TTT------------------CT---ATTGTTATA-TG-TGCCAGGA--TT-----TGCAG--GGTATA---TAAG-GGG-ATGAGCTGTGCTAT-GC-TT-----CACTTC----ACACCAGTG-TTTCTG-ATTTA--CCTGTGC-----G-T-T-C--CT--C-GAGAGGTAACAC----G-TACAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGGTATCATAGGGGAAGATTTTGAAATACGCTGTAATTCACATCAATGTTTTAGAGTACCTGTCGAATAACCCTCAACAGTACACAGCGCTACATCTCCAATAGTAATGTAATTGTAAAGGGTATACGTAAGTAAATAAATATTTGTAGTGACCATAAGTGTTACAGAAT