lowQualScore                  :                                                                                 11111111111111111111111111111111111111                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                 88888888888888888888888888888888888888                                            1               111                            
lowQualScore                  :                                                                        6  6     22222222222222222222222222222222222222  66          3     2               6  22   0   0 5       3 777       3                5   
lowQualScore                  :                                                                        .  .     ......................................  ..          .     .               .  ..   .   . .       . ...       .                .   
lowQualScore                  :                                                                        0  0     55555555555555555555555555555555555555  11          1     9               2  00   0   2 6       3 333       6                0   
consensus                     :                                                                     AAAATAGTTTCT-----TACATNTNTTNAANNNGCNG-G-GTT-----AGTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
Reference ( gi|8 )            :                                                                     AAAGTAATTTCTTGCTGTACATGTATTCAAGTGGCAGCGAGTT---CAAATA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
gi|1                          :                                                                     AAAATAGTTTCT--------ATCTTTTCAAGATGCTG-GTGTT-------TA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTGTTT-GTTACATATGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-
gi|14                         : tgaattctatctggacacatataacaatacatataggtaggtacaccgtgtagtttgtaaattggtctttaaaaaatacatgtaaTAC-TGTATTGAATTG-CA-----TT-----AATA--TTTCGGTTAA-AAGAT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGT
gi|2                          :                                                                                                           GAGTTATACAAGTAATTTTCGTTTAA-AAGCT-CTCTAGAGCTTGTGT-TGTGTTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATATTATTC-
gi|5                          :                                 gaattatagtcaatatataaagtactaaacaaggaagggatagcagtacagctcatattgtctaaaaaaaatacaagaaagaaaatTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
gi|7                          :                                                                          cataaagtacagtcatagtctaaatccttagttttgtcttgtattTA--CGTTGGTCCA-AAGCT-CCAGAGAACTTTTGT-TGTATTT-GTTACATTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCGTATTCATATtctattgcaaatgttaaatgagcctttccatatcaaact
gi|9                          :                                                                                                       caagatgataaattatgA--TGTCGGTTGA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAccattcctctattaaaaaacgaaataagt
gi|15                         :                                                                                                        atgtttgcttttcctgA--TTTCGGTTAA-AAGCT-C---GGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-at
gi|6                          :                                                                                                                     ataA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTACAGAGCTTATGT-TA---CT-G----TTTTAAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAA
gi|11                         :                                                       tgtagtttctaaactgaaatcaggggccacagcataggttttttatttattatgtttttttatgtc--TGTCGGTTAA-A-GCT-CTCTGGAGCTTGTGTATGTATTTGGTTGTATTTGCATAA---CTGACTTCTAAATAAATCTTATTC-attttctgaa
gi|13                         :                                                                                                                            GTCAGTCAA-AAGCT-CTATAGAACTTATGT-TA---CT-GTTA----TA-AT-AT--CTGACTA-TAAACAAAATTTAT
gi|3                          :                                                                                                                               GATTAA-AAGCTTCTCTGGAGCTTGTGTCTGT-TTT-GTTGC-TTTGCAT-ATATCCGATTT-AAGATAAATCTTATTC-gaatctga
gi|4                          :                                                                                                     agtttttataggattttatgatgcgggtTTAACAAATT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-tagtggggattctattcttattctttgtcaacatttgatccatgagaaacagtgagtaccttgttgctaaaaat
gi|7                          :                                                                          ataaatacgtgattgtaagtctgttgggattgttttaaagtaatttgggaggattgtAA-AAGTT-CTCTGGAGCTTtattcttaattcaaaattcatattctctacatttcagaccc
gi|12                         :                                                                                                           caagatgataaattatgtacgttggtccaGCT-CTTAAGAGCTAATGT-T--ATTT-GTA----TTGAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAATATTATTgttgtatttgttacatttgcataccgactttaaataaatcgtattcatatccattcctctattaaaaaacgaaataagt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTACTTCTCATCAGGTCAAAAAGCTCTACAGAGCTTTTACTGTTATATATATATCTGACTATAAATAAAATTTTCTAAATCTT
Unaligned ( gi|16 ): TTTTATCCTTTTTTTCTATGTTTGTGAAGAAGCACCTGTCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCCTGTTTTAAAAATCGGACTCTAAATAAAATTTTCTGAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                    444444444         111  44444444444444                                            1               111                            
lowQualScore                  :                                                    555555555 1 1  1  666  44444444444444  55          3     3               6       0     3       3 333       3                4   
lowQualScore                  :                                                    ......... . .  .  ...  ..............  ..          .     .               .       .     .       . ...       .                .   
lowQualScore                  :                                                    333333333 0 0  0  000  55555555555555  55          3     1               2       0     6       3 666       6                4   
consensus                     :                                        AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAGT-GCAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
Reference ( family-733 )      :                                        AAAATAGTTTCTT-----ACATNTNTTNAANNNGCNG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
gi|1                          :                                        AAAATAGTTTCT--------ATCTTTTCAAGATGCTG--GTGTT-----TA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTGTTT-GTTACATATGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-
gi|11                         :      tgaattctatctggacacatataacaatacatataggtaggtacaccgtgtagtttgtaaattggtctttaaaaaatacatgtaa--TGTCGGTTAA-A-GCT-CTCTGGAGCTTGTGTATGTATTTGGTTGTATTTGCATAA---CTGACTTCTAAATAAATCTTATTC-
gi|12                         :                                                                                                          GCT-CTTAAGAGCTAATGT-T--ATTT-GTA----TTGAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAATATTATT
gi|14                         :                                             gtactttT-----AC-TGTATTGAATT-GCA------TT--A-ATA--TTTCGGTTAA-AAGAT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTtgatttgat
gi|15                         :                                                                                          A--TTTCGGTTAA-AAGCT-C---GGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-
gi|2                          :                                                                                 ata--A-GTAATTTTCGTTTAA-AAGCT-CTCTAGAGCTTGTGT-TGTGTTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATATTATTC-
gi|3                          : gaattatagtcaatatataaagtactaaacaaggaagggatagcagtacagctcatattgtctaaaaaaaatacaagaaagaaaatgagttatacaGATTAA-AAGCTTCTCTGGAGCTTGTGTCTGT-TTT-GTTGC-TTTGCAT-ATATCCGATTT-AAGATAAATCTTATTC-
gi|4                          :                                                                       agtttttataggattttatgatgcgggtTTAACAAATT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-tagtggggattctattcttattctttgtcaacatttgatccatgagaaacagtgagtaccttgttgctaaaaat
gi|5                          :                                ataaatacgtgattgtaagtctgttgggattgttttaaagtaatttgggaggattgtTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATtattcttaattcaaaattcatattctctacatttcagaccc
gi|6                          :                                             cataaagtacagtcatagtctaaatccttagttttgtcttgtattA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTACAGAGCTTATGT-TA---CT-G----TTTTAAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAAtctattgcaaatgttaaatgagcctttccatatcaaact
gi|7                          :                tgtagtttctaaactgaaatcaggggccacagcataggttttttatttattatgtttttttatgtcTT--ATGTA--CGTTGGTCCA-AAGCT-CCAGAGAACTTTTGT-TGTATTT-GTTACATTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCGTATTCATATattttctgaa
gi|8                          :                            caagatgataaaAAAGTAATTTCTTGCTGTACATGTATTCAAGTGGCAGCGA-GTTCAA-ATA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATccattcctctattaaaaaacgaaataagt
gi|9                          :                                                                                          A--TGTCGGTTGA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTACTTCTCATCAGGTCAAAAAGCTCTACAGAGCTTTTACTGTTATATATATATCTGACTATAAATAAAATTTTCTAAATCTT
Unaligned ( gi|13 ): GTCAGTCAAAAGCTCTATAGAACTTATGTTACTGTTATAATATCTGACTATAAACAAAATTTATGAATCTGA
Unaligned ( gi|16 ): TTTTATCCTTTTTTTCTATGTTTGTGAAGAAGCACCTGTCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCCTGTTTTAAAAATCGGACTCTAAATAAAATTTTCTGAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                   444444444          1  4444444444444444                                            1               111                            
lowQualScore                  :                                                   555555555          3  6666666666666666  55          3     3               6       0     3       3 333       3                4   
lowQualScore                  :                                                   .........          .  ................  ..          .     .               .       .     .       . ...       .                .   
lowQualScore                  :                                                   333333333          3  5555555555555555  55          3     1               2       0     6       3 666       6                4   
consensus                     :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
Reference ( family-733 )      :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
gi|1                          :                                       AAAATAGTTTCT--------ATCTTTTCAAGATG-CTG--GTGTT-----TA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTGTTT-GTTACATATGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-
gi|11                         :      tgaattctatctggacacatataacaatacatataggtaggtacaccgtgtagtttgtaaattggtctttaaaaaatacatgtaa--TGTCGGTTAA-A-GCT-CTCTGGAGCTTGTGTATGTATTTGGTTGTATTTGCATAA---CTGACTTCTAAATAAATCTTATTC-
gi|12                         :                                                                                                          GCT-CTTAAGAGCTAATGT-T--ATTT-GTA----TTGAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAATATTATT
gi|14                         :                                            gtactttT-----AC-TGTATTGAAT-TG-CA------TT--A-ATA--TTTCGGTTAA-AAGAT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTtgatttgat
gi|15                         :                                                                                          A--TTTCGGTTAA-AAGCT-C---GGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-
gi|2                          :                                                                                 ata--A-GTAATTTTCGTTTAA-AAGCT-CTCTAGAGCTTGTGT-TGTGTTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATATTATTC-
gi|3                          : gaattatagtcaatatataaagtactaaacaaggaagggatagcagtacagctcatattgtctaaaaaaaatacaagaaagaaaatgagttatacaGATTAA-AAGCTTCTCTGGAGCTTGTGTCTGT-TTT-GTTGC-TTTGCAT-ATATCCGATTT-AAGATAAATCTTATTC-
gi|4                          :                                                                       agtttttataggattttatgatgcgggtTTAACAAATT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-tagtggggattctattcttattctttgtcaacatttgatccatgagaaacagtgagtaccttgttgctaaaaat
gi|5                          :                                ataaatacgtgattgtaagtctgttgggattgttttaaagtaatttgggaggattgtTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATtattcttaattcaaaattcatattctctacatttcagaccc
gi|6                          :                                             cataaagtacagtcatagtctaaatccttagttttgtcttgtattA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTACAGAGCTTATGT-TA---CT-G----TTTTAAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAAtctattgcaaatgttaaatgagcctttccatatcaaact
gi|7                          :                tgtagtttctaaactgaaatcaggggccacagcataggttttttatttattatgtttttttatgtcTT--ATGTA--CGTTGGTCCA-AAGCT-CCAGAGAACTTTTGT-TGTATTT-GTTACATTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCGTATTCATATattttctgaa
gi|8                          :                           caagatgataaaAAAGTAATTTCTTGCTGTACATGTATTCAAG-TGGCAGCGA-GTTCAA-ATA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATccattcctctattaaaaaacgaaataagt
gi|9                          :                                                                                          A--TGTCGGTTGA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTACTTCTCATCAGGTCAAAAAGCTCTACAGAGCTTTTACTGTTATATATATATCTGACTATAAATAAAATTTTCTAAATCTT
Unaligned ( gi|13 ): GTCAGTCAAAAGCTCTATAGAACTTATGTTACTGTTATAATATCTGACTATAAACAAAATTTATGAATCTGA
Unaligned ( gi|16 ): TTTTATCCTTTTTTTCTATGTTTGTGAAGAAGCACCTGTCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCCTGTTTTAAAAATCGGACTCTAAATAAAATTTTCTGAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                   444444444          1  4444444444444444                                            1               111                            
lowQualScore                  :                                                   555555555          3  6666666666666666  55          3     3               6       0     3       3 333       3                4   
lowQualScore                  :                                                   .........          .  ................  ..          .     .               .       .     .       . ...       .                .   
lowQualScore                  :                                                   333333333          3  5555555555555555  55          3     1               2       0     6       3 666       6                4   
consensus                     :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
Reference ( family-733 )      :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
gi|1                          :                                       AAAATAGTTTCT--------ATCTTTTCAAGATG-CTG--GTGTT-----TA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTGTTT-GTTACATATGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-
gi|11                         :      tgaattctatctggacacatataacaatacatataggtaggtacaccgtgtagtttgtaaattggtctttaaaaaatacatgtaa--TGTCGGTTAA-A-GCT-CTCTGGAGCTTGTGTATGTATTTGGTTGTATTTGCATAA---CTGACTTCTAAATAAATCTTATTC-
gi|12                         :                                                                                                          GCT-CTTAAGAGCTAATGT-T--ATTT-GTA----TTGAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAATATTATT
gi|14                         :                                            gtactttT-----AC-TGTATTGAAT-TG-CA------TT--A-ATA--TTTCGGTTAA-AAGAT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTtgatttgat
gi|15                         :                                                                                          A--TTTCGGTTAA-AAGCT-C---GGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-
gi|2                          :                                                                                 ata--A-GTAATTTTCGTTTAA-AAGCT-CTCTAGAGCTTGTGT-TGTGTTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATATTATTC-
gi|3                          : gaattatagtcaatatataaagtactaaacaaggaagggatagcagtacagctcatattgtctaaaaaaaatacaagaaagaaaatgagttatacaGATTAA-AAGCTTCTCTGGAGCTTGTGTCTGT-TTT-GTTGC-TTTGCAT-ATATCCGATTT-AAGATAAATCTTATTC-
gi|4                          :                                                                       agtttttataggattttatgatgcgggtTTAACAAATT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-tagtggggattctattcttattctttgtcaacatttgatccatgagaaacagtgagtaccttgttgctaaaaat
gi|5                          :                                ataaatacgtgattgtaagtctgttgggattgttttaaagtaatttgggaggattgtTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATtattcttaattcaaaattcatattctctacatttcagaccc
gi|6                          :                                             cataaagtacagtcatagtctaaatccttagttttgtcttgtattA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTACAGAGCTTATGT-TA---CT-G----TTTTAAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAAtctattgcaaatgttaaatgagcctttccatatcaaact
gi|7                          :                tgtagtttctaaactgaaatcaggggccacagcataggttttttatttattatgtttttttatgtcTT--ATGTA--CGTTGGTCCA-AAGCT-CCAGAGAACTTTTGT-TGTATTT-GTTACATTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCGTATTCATATattttctgaa
gi|8                          :                           caagatgataaaAAAGTAATTTCTTGCTGTACATGTATTCAAG-TGGCAGCGA-GTTCAA-ATA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATccattcctctattaaaaaacgaaataagt
gi|9                          :                                                                                          A--TGTCGGTTGA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TA


blockSeqs                     :                                                   TGCTGTACA          .  GCAGCGAGTTCAAA    AT          C     T               A       G     A       A TAT       C                A
blockSeqs                     :                                                   TAC                .  CATTAA            .           .     .               C       T     T       . T         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       T     T       . T         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       .     T       . .         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       .     T       . .         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       .     T       . .         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       .     A       . .         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       .     T       . .         .                .
blockSeqs                     :                                                                                           .           .     .               .       .     T       . .         .                 
blockSeqs                     :                                                                                                       .     .               .       .     .       . .         .                 
blockSeqs                     :                                                                                                       .     .               .       .     .       .                             
blockSeqs                     :                                                                                                             .               .                                                   


blockSeqCons                  :                                       
originalCons                  :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
finalCons                     :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTACTTCTCATCAGGTCAAAAAGCTCTACAGAGCTTTTACTGTTATATATATATCTGACTATAAATAAAATTTTCTAAATCTT
Unaligned ( gi|13 ): GTCAGTCAAAAGCTCTATAGAACTTATGTTACTGTTATAATATCTGACTATAAACAAAATTTATGAATCTGA
Unaligned ( gi|16 ): TTTTATCCTTTTTTTCTATGTTTGTGAAGAAGCACCTGTCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCCTGTTTTAAAAATCGGACTCTAAATAAAATTTTCTGAAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                   444444444          1  4444444444444444                                            1               111                            
lowQualScore                  :                                                   555555555          3  6666666666666666  55          3     3               6       0     3       3 333       3                4   
lowQualScore                  :                                                   .........          .  ................  ..          .     .               .       .     .       . ...       .                .   
lowQualScore                  :                                                   333333333          3  5555555555555555  55          3     1               2       0     6       3 666       6                4   
consensus                     :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
Reference ( family-733 )      :                                       AAAGTAGTTTCTT-----ACATGTATTCAAG-TG-CAG--G-GTT--A-GTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TAT
gi|1                          :                                       AAAATAGTTTCT--------ATCTTTTCAAGATG-CTG--GTGTT-----TA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTGTTT-GTTACATATGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-
gi|11                         :      tgaattctatctggacacatataacaatacatataggtaggtacaccgtgtagtttgtaaattggtctttaaaaaatacatgtaa--TGTCGGTTAA-A-GCT-CTCTGGAGCTTGTGTATGTATTTGGTTGTATTTGCATAA---CTGACTTCTAAATAAATCTTATTC-
gi|12                         :                                                                                                          GCT-CTTAAGAGCTAATGT-T--ATTT-GTA----TTGAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAATATTATT
gi|14                         :                                            gtactttT-----AC-TGTATTGAAT-TG-CA------TT--A-ATA--TTTCGGTTAA-AAGAT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTtgatttgat
gi|15                         :                                                                                          A--TTTCGGTTAA-AAGCT-C---GGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-
gi|2                          :                                                                                 ata--A-GTAATTTTCGTTTAA-AAGCT-CTCTAGAGCTTGTGT-TGTGTTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATATTATTC-
gi|3                          : gaattatagtcaatatataaagtactaaacaaggaagggatagcagtacagctcatattgtctaaaaaaaatacaagaaagaaaatgagttatacaGATTAA-AAGCTTCTCTGGAGCTTGTGTCTGT-TTT-GTTGC-TTTGCAT-ATATCCGATTT-AAGATAAATCTTATTC-
gi|4                          :                                                                       agtttttataggattttatgatgcgggtTTAACAAATT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTTTGTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-tagtggggattctattcttattctttgtcaacatttgatccatgagaaacagtgagtaccttgttgctaaaaat
gi|5                          :                                ataaatacgtgattgtaagtctgttgggattgttttaaagtaatttgggaggattgtTA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATtattcttaattcaaaattcatattctctacatttcagaccc
gi|6                          :                                             cataaagtacagtcatagtctaaatccttagttttgtcttgtattA--TGTCGGTCAA-AAGCT-CTACAGAGCTTATGT-TA---CT-G----TTTTAAAT-AT--CCGACTT-TAAATAAAtctattgcaaatgttaaatgagcctttccatatcaaact
gi|7                          :                tgtagtttctaaactgaaatcaggggccacagcataggttttttatttattatgtttttttatgtcTT--ATGTA--CGTTGGTCCA-AAGCT-CCAGAGAACTTTTGT-TGTATTT-GTTACATTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCGTATTCATATattttctgaa
gi|8                          :                           caagatgataaaAAAGTAATTTCTTGCTGTACATGTATTCAAG-TGGCAGCGA-GTTCAA-ATA--TGTCGGTTAA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TATccattcctctattaaaaaacgaaataagt
gi|9                          :                                                                                          A--TGTCGGTTGA-AAGCT-CTCTGGAGCTTGTGT-TGTATTT-GTTGCTTTTGCAT-A---CCGACTT-TAAATAAATCTTATTC-TA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTACTTCTCATCAGGTCAAAAAGCTCTACAGAGCTTTTACTGTTATATATATATCTGACTATAAATAAAATTTTCTAAATCTT
Unaligned ( gi|13 ): GTCAGTCAAAAGCTCTATAGAACTTATGTTACTGTTATAATATCTGACTATAAACAAAATTTATGAATCTGA
Unaligned ( gi|16 ): TTTTATCCTTTTTTTCTATGTTTGTGAAGAAGCACCTGTCTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCCTGTTTTAAAAATCGGACTCTAAATAAAATTTTCTGAAC