lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 22222 111 1 111 2 1 1 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111 22 3333333333 11 44444 2222 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 55555555 11 66666666666666666666666666666666666 1 1 1111 444444444444444444444444444 11 4444444444 1111 1111111 66666666666666666666666 11 1
lowQualScore : 88888 666 0 444 0 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 333 3 77 3333333333 3 77 11111 4444 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 7 4 77 33333333 77 5 55 77 5 5 999 5 33333333333333333333333333333333333 77 7 0 5 3 99 7777 000000000000000000000000000 6 5 33 1111111111 0 1 888 0000 5 6666666 5 11111111111111111111111 88 2 6 0
lowQualScore : ..... ... . ... . . . . . ................................................... .. ... . .. .......... . .. ..... .... . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . .. ........ .. . .. .. . . ... . ................................... .. . . . . .. .... ........................... . . .. .......... . . ... .... . ....... . ....................... .. . . .
lowQualScore : 00000 222 0 888 0 2 0 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 555 2 88 0000000000 2 55 22222 5555 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 3 99 11111111 99 7 44 99 7 7 666 7 44444444444444444444444444444444444 99 9 1 7 3 22 3333 888888888888888888888888888 7 7 66 6666666666 7 7 111 7777 7 7777777 7 00000000000000000000000 33 5 7 5
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-CACAGGTAAG--CATTTAAA-T-CCCGCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCG---GCACAGTT---CCTTTCTGAA-T---AG--GGGA-TGATN--GATA--ATGA-TTGAAGAAATTGG-ATTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAG-TTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTC-GATTTAAG--CTTCATGAAG-----------C-----------C----CA-------TTAAT---------A-A--AT--AA----CA---GTCTTCA---A-----ACAT----GGC-GTAGGAGTCGGGGGGGGGGGGG-------ATGGGGGCA-TT----TTGC-CCCC--CCTTCNTTTNTTCCCCANGNTGNNANTGNNNNCNCNGNGNCTNNNGNNNNTNTNNNCNNCGTCCCTCTGN--CTTTTGTTT---CCA----C---------CCTT-CAATTT---TGCTTGTCA-A--ATTTAGA-A-GTTT-G--C-C-CC-N---------TCNCCA-------T---TCAAAACAGA-GTA------GT---G---TG-T-AT---T--NGC-C-TTTTA-A------TTATTT---ATT---------T--A--TG---T---CA----A--T-------------AT----------TT-----T------------------TAGAA-------C----------C----C-CC-----C------C---CT------TCAAA-A--------------CAGA-G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-----TTTTTT--T---------------TTTTTGG-C---T-----------------------TG-TCACATTA---C-------TT-T-AG---------A------------------A-AG---------TT---------CCCCC----C-------TT-C-A----AAAAC--AGT-NC-T-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--TC-A-TTTAATAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCCAT-G-A-TGA------C--T--GGCACAAT-ACA-ATA-CANGGT----GAATANACATT-A-TG-AACACTTTTTCA--GGA----CA-GC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT---AC-----T-----CCC-AACC------AG---T--GGTCA-TCTTT-TTTCAAT-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-TGC-GA-----CA---AG-TG-GG--TTAT--TTT----TCACACACTTGCC-TC--G-GGCG-CGCA--AAG-CGCGC-CC---TCGTC--AA--GT----A--TGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( gi|2 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CACAGGTAAG--CATTTTAA-T-CCTG-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACT---AG--GTGATTGATG--GATAT-ATGA-TTAATAAAATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCAAATTTAAGTTCTTCATGAGG-----------C-----------C----CA-------TTAAT---------A-A--AT--AA----CA---GTCTTCA---A-----GCAT----GGCGGTAGGAATCCGGGGGGGGGGGGA-----CATGGGGGTAATT----TTGC-CCCC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTTTGTTT---CCA----C---------CCTT-CAATTT---TGCTTGTCA-A--ATTTAAA-A-GTTT-G--C-C-CC-A---------TCATCA-------T---TCAAAACAGA-GTA------GT---G---TG-T-AT---T--GGC-CGTTTTA-A------TTATTT---ATT---------T--A--TG---T---CA----A--T-------------AT----------TT-----T------------------TAGA--------C----------C----C-CC-----C------C---TT------TCAGA-A--------------CAG--G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CCCCTTTTTT--T---------------TTTTTGG-C---T-----------------------TG-TCACATTA---C-------TT-T-AG---------G-----------C------A-AG---------TT---------CCCCG----C-------TT-C-A----AAAAC--AGT-GC-T-ATG-----C---CTA---TG-----G--C-T--TC-A-TTTAAGAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCCATCG-A-TGA------T--T--GGCACAAC-ACACATACCACAGTAGAAAAATACAGATCCA-TG-AACACTTCTTCA--GGA----C--GC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT---AC-----T-----CCCGAATC------A----T--GGTCAATCTTT-TTTCAAT-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-TGC-CA-----CA---AG-TG-GG--TTAT--TTT----TCACACACTTGCC-TC--G-GGCG-CGCA--AAG-CGCGC-CC---TCTTC--AA--G-----A--TGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGCACAGGTAAG---ATTTAAA-T-CCCG-TGGCG-AATATTC-TGATGTCG---GCACAGGTTCC---TTCTGAA-T---AG--GGGA-TGATT--GATATAATGACTTAAAATAATTG--ATTAATCAAG---CACTCCGTT-GTAC--ATTCACTGTAA---TCTACGAGGCCT---ATTTAAGGT----ATGAAG-----------CATTAAAAAAAACACAACA-------TTAGTCTGACAATGA-A--AC--GA----CA---GTCTTCA---A------CAT----GGC-GTAG--AGCGGGGGGGGGGGGGG-----GATGGGGGCATTT----TT
gi|8 : TGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGACCACAGGTAAG--CATTTAAACC-CCCC-TGCAG-AAT-TTC-TGATCTCG---GCACAGTT----CATTCTGAA-T---AG----AA--GATG--------ATGA-TTGAGGAAATTGG-ATTAATCAAG---CAT-CTGTT-GTACAG-TTCACTGTAAG-TTCTAC-AAGCCTC---TTT---TGCTTCATAAAG----------------------------CA-------TTAAA---------A-A--AC--AAACGTTG---GTTTGTAGATA-----ACATTTTAGGC-GTAGGAG-CCGGGGAGGGGtcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaatttgtttgtcaaattttagatagaaccaccgccatcacccccttctcaaaacagaggcagtgtgtatgtgcccccccccctttttttggcttgtcacattcttaagaatttgccccccccccccccttccacaaacaaagtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-GACAGATAAGCTCATTTTAA-TCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTG---GCACAGTT---CCT--CTGAA-TAGAAG--GTGCATGATT--GATAA-ATG---TAAAGAAAT--GGATTAATC---AGCCA-CCCG-TGGTACAG--TCACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTC-GATGTAG---CTTCATGAAGCATTGAAAAAAC-----------C----CATCATTGTTTGAC---------ACA--AT--AA----TA----TCTTCA----------CAT----GGGTGTAG--AT-CGGGGGGGTTGGG---------GGGCGCA--T----TTGC-CCCCAATCATTATTCAAGCCCTATAATGAAATTACTAGTTTAGTGGCTAGTAACTTTATTTTTCTCTTTTTTTTAA--CATTCGTCTGTGCTA----CCTTTTTCCCCCTT-CAA-TT---TGCTTGTAA-A--ATTTAGATATGTTT-G--C-T-CC-AG--------TCATCA-------T---TC--AATAGA-GTA------G----G---TGTT-AT---T--CGC-C-TTTTATA------TTATTT---ATT---------T--A--T----T---CA----A--TTTTATGCTTGTCCAT----------TT-----T------------------TAGAACCCC---C----------C----C-CC-----C------C---CT------TCAGA-A--------------TAGA-G-CA-G-T-GTGTA---TG-------CCC-------------T--T---------------CTTTTGGCC---T-----------------------TGTTCACATTA---CAACA---TT-T-AA----------------------------A-AG---------TTTGCCCCC--CCCCC----C-------CT-C-A----AAAACG-AGT-GG-T-ATG-----CTTACTA---TGTAT--GC-C-T--TC-A-ATT---CAAAAGTCACAT----AAATGT-T-A-AACC-TCTC----AGCCAT-G-ACTGA------CTAT--GGCACATT-A---ATA--ACGTT----AATTAAACATT---TG-AACACT--TTCAGCGAA----CA-GC--AAG-GCC--CT--GCCC-A--GTTGAGTT---A------T-----CCC-AACC------AG---T--GGTCA---TTT-TTTCAAT-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-TGC-GG-----CA---AGTTG-GG--TTAT------------CACACTAGCC-TC--G-GGCG-CGCC--AAA-TGCGCGCC---TCGTC--AA--GT----A--TGTGAAA--TAA-C-CTTACTTAaagtgaggcatccccctccccattttttgtcaagtattattcaagctataatgaataactagtttc
gi|4 : CGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-CACAGGTAAG--CATTTGAA-T-CCTGCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCAG---GGT----CCTT-CTGAA-T---AGAAGGGA-TGACGAAGATA--ATGA-TTGATGGAATTGG-ATTAATCAAGAGCTATtt
gi|9 : gaCGTTG-TACAGTT-CACTATAAGTT-CTAC-AAGCTTCGAATT--AG--CTTAATGAAG-----------C-----------C--------------TNAT---------A-GGCATTGAA----CA---CTTTTCA---G-----GAAT----AGCttagcttcatgaagcatttaaaaaacacacatgtggtttgacaacgagcaataataaaattccacatgggacctaggagctatggagggacatggcattccccacttgttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctttcattcttcaatttgcttgtcaaatttgaagtttgccccaccatcactcaaacaggtagtgtgtatgtgccttttaatatttatttattcaatttatgcttgtcacattatagaagtccccccctctttcagaacaaagcgggtgtgtatgtgccccctttttttggcttgtcacattacttttagaagtcccccgtttcaaaaacagtgctacgcctatgcttaaatttcataaaagtccataaatttaaacctttcagccatgatgactatggcacaaatacgtgtaatagacattgaacacttttcagaaacagcaagcccctgccaattgattactccccatcagtggtcatctttttaattcaaagaacaatgtatcgtgcga
gi|7 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACT---------A-A--ATCCAG----CACATGTATTCA---ACTTTGACAT----GGGCATAGAAGTCGGGGTGGGGGGGG---------GGGGGCTATTGTTTTTGCTCCCC--CCTTCTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN---NCAGTATT---------CCTA-CT-TTT---TGATTGTCA-C--ATTTAGA-A-GTTT-G--T-T-CC-C---------CC---------------TCAAAACAGA-GCA------GA---G---T------------------------------------------C---------T--A--TG---TGCACA----A--T-------------AT----------TT-----A------------------GAGC--------C----------C----C-CC-----C------C---CC------CCAAA-AAAAAAATAAAAAAACAG----CA-G-C-GTATATTGTG-------C----------TTTTTT--G---------------CTATTG--C---A-----------------------TG-TCACATT---------------T-AG----------------------------A-AG---------TC---------CCCCC----CCTCACAATT-C-A----AAAAC--AGT-CC-T-ACG-----T---CTA---TG-----a
gi|10 : acaaacagtaatgaatagaaCAT----GGGAGTAGGAGCCAAAGTGGGGGGGG---------GGGGGAAG-------TGT-CCCC--CCCCCACTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTCTATTT---GCA--------------------------------TGTCA-G--ATTTAGA-A-GTTT-G--C-C-CC-----------TCCCCCTT-----T---TCAATACAGA-GTA------GT---G---TG-T-AT---
gi|5 : agtagcaaatggggtactGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGTA-TA----TTGC-CTCC--AATTACACATTTTTCCAAGCTACTAATGAATTCACTAAGTTTCTAGTGGATCTGAACAGTGTCCCTCTGTGCCTTTT-TTT---CCT----C---------CCTTTCAA-TT---TGCTTGTCA-A--gcg
gi|3 : cat--CTTTTCTT------A----G---------TCTT-CAATTT----GTTTGTCA-A--ATTTTAG-A---TA-GAAC-CACC-G---------CCATCACCCCCTTC---TCAAAACAGAGGCA------GT---G---TG-T-AT---ggggggcatacagtgtattacggccattttaaattattttatttattccgcagtcttatgctgtctacttttagacccccctctttcccttcagaaaagcgcagtgtgtatgtgaccgcccccctccttttttttttatatttttaacgcttttcgtcttttcacattacttttaataatttcttgcacgggcttggctctccccccttcaaaaaacagtggctatgtttttcctacattgtatgtgcattcaatttcataaaagatccatgaatttacaacctctctatgggccgatgatgaactagtttggcacaaattagggtgtagaatttatttcattgaaaatcttttcaagatcacaaaaggctctgggccaaggttgattactttctcccttaacctggccagtggggtcagtctttatctcaatcagaaagaggacaatgtatcttgtcgcgattcaagtgggtcttatggtggtcggacacttgctcgggcggctttgcgcgccctcgtagcagttatgtgaaaactaaccgcttacttat
gi|6 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttTTTTGTTT---CT-----C---------TTCT-CAATTT----GCTTGTCA-A--A-TTAGA-A-GTTT-G--CGC-CCAA---------TCATCA-------TTTGTCAAAAAAGA-GTAACTTGGGT---G----G-T-ACTGAT--GGCTCTTCTTA-A------TTATGTGGGATT---------T--A--TC---T---CA----ATTT-------------ATGTC-------TT-----TTGTGGTTAAAAATATAGGTAGA--------C----------A----C-CCATGGGC------C-----------TCAGA-A--------------CAGA-G-CA-G-TGGTGTATAGTG-------CCC----------------T---------------TTTTTGG-CATAT-----------------------TG-T-ACATTATCTT-------TT-T-AG---------GGAGTTCTGGCCC------A-AG---------TTTC-------CCCCGATCCT-------TT-C-A----AAAGC--AGT-GA-TCATG-----T---CTAT--TG-----T--C-TA-TA-A-TTTCAGAAA---TC-T-T----AAAT-T-TAA-AACC-TCTT-----GCCATAGTG-TGA------T--gtgcccccccccctttttttggcttgtcacattcttaagaatttgccccccccccccccttccacaaacaaagtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ccccacttatttgggttctaagtataatgaatgataaatgtttaagtgggtaagtgacaacagtggtctgtgctattgcctttcgtctattcttaTT---TCA----T---------TCTT-CAATTT----GCTTGTCA-A--ATTTGAA---GTTT-G--C-C-CC-A---------CCATCA-------C---TCAAA-CAG--GTA------GT---G---TG-T-AT---G--TGC-C-TTTTA-A------T-ATTT---ATT---------T--A--T----T---CA----A--TTT-----------ATGCTTGTCACATT-----A------------------TAGAAGTCC---C----------C----C-CC-----T------C---TT------TCAGA-A--------------CAAA-G-CG-GGT-GTGTAT-GTG-------CCCCC-----------T--T---------------TTTTTGG-C---T-----------------------TG-TCACATTA---C-------TT-TTAG----------------------------A-AG---------TC---------CCCCG----T-------TT-C-A----AAAAC--AGT-GC-T-ACG-----C---CTA---TG--------C-T--TA-AATTTCATAAAA-GTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TTTC----AGCCAT-G-A-TGA------C--TATGGCACAA--ATACGT------GTA-----ATAGACAT----TG-AACACTT-TTCA--GAAA---CA-GC--AAG-CCC--CT--G-CC-A--ATTGA-TT---AC-----T-----CCCCA-TC------AG---T--GGTCA-TCTTT-TT--AATTC--AAAGA-A-CAATGTATC---------G-TGC-actgtattacttatatgtgtctgaattgaattttcaggaaagcaaggccttgcagttgatttacggttgttcaatcagtactggtcatcctttttcatcaaagaaaatatatctctagttgggtgcgaagatagtgggattctaaaatacacactttctttgggttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|14 : gacgcacggttccgctgtttcaccacaggtaagcatttgaatcctgctgtagaatttctgatgtcggcagggtccttctgaatagaagggatgacgaagataatgattgatggaattggattaatcaagagctatttagcttcatgaagcatttaaaaaacacacatgtggtttgacaacgagcaataataaaattccacatgggacctaggagctatggagggacatggcattccccacttgttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcCTT-CAATTT----GCTTGTCA-A--ATTTAGA-A-GTCT-C--C-C-CC-C---------ACCCCC-------T---TCAAAACAGA-GTA------CTTAAG---TG-TCAC---T--G------TGTA---------TGCTT---G-T---------C--A--CG---T------------T-------------AT----------TT-----T------------------TAGAAATAATTGC----------C----C-CC-----C------CA--TT------GTATA-A--------------CAG--ga
gi|13 : tcttttTT-TAATTTCTTTTCTTGTCACACTATTCAGA-A-GTTTTG--C-C-CC-CCCCCCCCCTTCCCCA-------T---TCGAAACAGA-ACA------TT---GTCTTG-T-GT---C--TGC-CATTT----------TTATTT---AGC---------T-----TG---C---CACATTA--T-------------ATAGAAA-----TT-----A------------------TAGA--------CAAATTTACATC----C-CC-----C------C---CC------TAAAA-A--------------CAG--tcccacgcctatgatatttaa
gi|11 : tttTT---TGCATGTCA-G--ATTTAGA-A-GTTT-G--C-C-CC-----------TCCCCCTT-----T---TCAATACAGA-GTA------GT---G---TG-T-AT---G--CGC-CTTTCT---------TTGTTT---TTT---------T--GTTTT---T---TA----AT-T-------------AT----------TT-----T------------------Ttcctacacctatgactgtctttaa
gi|5 : tcta---G---TG-T-AT---TACGGC-CATTTTA-AATTATTTTATTT---ATTCCGCAGTCTT--A--TGCTGT---C--------T-------------AC----------TT-----T------------------TAGA--------C----------C----C-CC-----CTCTTTCC---CT------TCAGA-A--------------AAGC-G-CA-G-T-GTGTAT-GTGACCG---CCCCCC-TCCTTTTTTT--TTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C---T-----------------------TT-TCACATTA---CT------TT-T-AATAATTTCTTG-----------C------A-CGGGCTTGGCTCT---------CCCCC----C-------TT-CAA----AAAAC--AGTGGC-T-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--TCAA-TTTCATAAAAGATC-CAT----GAAT-T-T-ACAACC-TCTCTATGGGCCGATG-A-TGAACTAGTT--T--GGCACAA--------ATTAGGGT-GTAGAATTTAT-TTCATTG-AAAATCTTTTCA--AGAT---C--ACAAAAG-GC--TCTGGG-CC-AAGGTTGA-TT---AC-----TTTCTCCCTTAACCTGGCCAG----TGGGGTCAGTCTTTATCTCAAT-CAGAAAGAGGACAATGTATC---------T-TGT-CGCGATTCA---AG-TG-GGTCTTATGGTGG----TCGGACACTTG-C-TC--G-GGCG--GCT--TTG-CGCGC-CC---TCGT----A--GCAGTTA--TGTGAAAACTAACCGCTTACTTAtttattattatcatttttgtcacaatattttttagaagtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|3 : catgggtgggtgagtgttcatgggggtatattgcctccaattacacatttttccaagctactaatgaattcactaagtttctagtggatctgaacagtgtccctctgtgcctttttttcctccctttcaatttgcttgtcaaggggggcatacaATTT---GTT---------T------G---T---CA----A----------------AT----------TT-----TAGA---------------TAGAACCACCG-C----------CATCAC-CC-----C------C---TTC-----TCAAA-A--------------CAGAGG-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CCCC-----T--T---------------TTTTTGG-C---T-----------------------TG-TCACATT----C-------TT-A-AG----------------------------A-AT---------TTGCCCCCCCCCCCCC----C-------TTCC-A----CAAACAAAGT-GC-T-ACG-----C---CTA----A-----G--C-T--TC-A-ATGATCAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGT-A-A--C-T-TC----A-CCAT-G-A-TG-------------GACCTAATGACAAATA-CAT-GT-----AATATAGA-CAA-TGTGACAATT-TTCA---GA----CA-AC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A----TGA-TT---AC-----T-----CC--AATC------A----T--GGT-AATC-TT-TTTCAAT-C--AA--G-AACAATGTATC---------G-TGCGAA-----CA---AG-TG-AG--TTA----TT----TCACA-ACTTGCC-TC-----GCGACGCA--AAG-CGCGC-CC---TCGTC--AGTCGTCACTA--TGTGAAA--TAACC-CTTACATAt
gi|14 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaATTT---GCT---------T------G---T---CA----A----------------AT----------TT-------------------------AGAAGTCTCCCC----------C----CACC-----C------C---CT------TCAAA-A--------------CAG-----A-G-T-ACTTAA-GTG-------TCAC------------T--G---------------TGTATG--C---T-----------------------TG-TCACGTTAT--T-------TT-T-AG---------A-----------A------ATAA---------TT---------GCCC-----C-------CC-C-ATTGTATAAC--AGT-CC-C-ACG-----C---CTA---TG-----A--------T-A-TTTAAt
gi|10 : tcttttcttcaTCT---ATT---------TGCA--TG---T---CA----G----------------AT----------TTAGAAGT------------------TTGC--------C----------C----C-TC-----C------CCCTTT------TCAAT-A--------------CAGA-G-TA-G-T-GTGTAT-GCG-------
gi|11 : agtagcaaatggggtactcatgggagtaggagccaaagtgggggggggggggaagtgtcccccccccactttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctTCT---ATT---------TGCA--TG---T---CA----G----------------AT----------TTAGAAGT------------------TTGC--------C----------C----C-TC-----C------CCCTTT------TCAAT-A--------------CAGA-G-TA-G-T-GTGTAT-GCG-------CCTTTC-TTTGTTTTTTTGT---------------TTTTTAA-T---TATTTTTTTTATTATTATCATTTTTG-TCACAATATT-T-------TT-T-AG----------------------------A-AG---------T---------------------------TT-C-A----AAAAC--AGT-CC-T-ACC-----C---CTA---TG-----GTAC-TCATC-A-TATAA
gi|17 : T----------TT-----T------------------TAGAAGTC----C----------C----C-CC-----C------C---CT------TCAAAGA--------------CAA--G-CA-ataacccagttataaa
gi|13 : --------C----------C----C-CC-----C------C---TTCCCCATTCGAA-A--------------CAG--AACA-T-T-GTCT-T-GTG-------TCTGCC-A------TTT--T---------------TATTTAG-C---T-----------------------TG-CCACATTA---TATAGAAATTAT-AG---------A-----------C------A-AA---------TTTACAT----CCCCC----C-------CC-T-A----AAAAC--AGT-CC-T-ACA-----C---CTA---TG-----A--C-TG-TC---TTTAAtacgcctatgttaattaaataatcacattatgaaatttaaactgtttcag
gi|15 : ttttttaatttcttttcttgtcacactattcagaagttttgcccccc----C-CC-----T------C---TTAT----CCAAA-A--------------CAGA-G-CACG-T-GTTTAT-TTGTTGTCCTCCCCCCACCCCTTTTTC--T---------------------G-C---T-----------------------TG-TCATA
gi|19 : TT--T---------------GTTTTGG-C---T-----------------------TG-TCACATTA-----------TT-T-AG---------A------------------A-A------------------------CA----C-------TT-C-A----AAAAC--AGT-CC-T-ACA-----C---CTA---caccggtaaccatctttaaatgtttaccccccccccctttttcttcaaaaa
gi|18 : G-C---T-----------------------TG-TCACATTA---C-------TT-A-GA---------A-----------CTTTTTGA-AG---------TTTGC------CCCC--------------------------AC--AGT-CC-T-ACG-----C---CTA---TG----------T--TC-A-TCT-ATAAAAGTTC-TAT----A
gi|17 : -------TT-T-AG----------------------------A-AG---------TC---------CCCCC----CCC-----TT-C-A----AAGAC--AA--GCAT-ACG-----C---CTA---TG----------T--TA-A-TT----AAATAATCACATTATGAAAT-T-T-A-AACTGTTTC----AG
gi|12 : tt-TG-AACACTTTTT-A--GGAATAAC---C--AAGCGCCCTCT--G-CCCA--ATTGA-TTTCAAT-----C-----CCCGTCCC------AG---T--GGTCATCTTTT-TTTCAATTC--AAAGA-A-CAATGTATC---------GCTGC-GA-----CAC--AG-TG-GGC-TTA----TT----TCAC-CCCTTGCCTTC--G-GGCG-CGCA--AAGCCGCGC-CC---TCGTCCAAA--G-----A--TGTGAAA--TAACC-CTTACATA
gi|16 : t-TG-AACACTTTTT-A--GGA----ATAGC--AAG-GCCT-CT--G-CC-A--GGTGA-TT---AC-----T-----CCC-AATC------AG---T--GGTC-ATCTTT-Tcc
gi|6 : tctgccagttgattacntaaatacctgtaataggcatTTTTCA--GGA----AA-GC--AAG-GCCTT----G-C--A--GTTGA-TTT--ACGGTTGT-----TC--AATC------AGTACT--GGTCA-TCCTT-TTTCA-T-C--AAAGA-A--AATATATCTCTAGTTGGG-TGC-GA------AGATAG-TG-GG----AT--TCTAAAAT-ACACACTTTCT-TT--G-GGT--TGT-------CG-----------TTC--AA--G-----AATTGTGAAAAGTA--C-CTTAC
gi|1 : ccccacttatttgggttctaagtataatgaatgataaatgtttaagtgggtaagtgacaacagtggtctgtgctattgcctttcgtctattcttattttgtttctcttctcaatttgcttgtcaaattagaagtttgcgcccaatcatcatttgtcaaaaaagagtaacttgggtggtactgatggctcttcttaattatgtgggatttatctcaatttatgtcttttgtggttaaaaatataggtagacacccatgggcctcagaacagagcagtggtgtatagtgcccttttttggcatattgtacattatctttttagggagttctggcccaagtttcccccgatcctttcaaaagcagtgatcatgtctattgtctataatttcagaaatcttaaatttaaaacctcttgccatagtgtgatactgtattacttatatgtgtctgaattgaaA-----TA---AG-TAAGG--TTAT--T------TCACATACTTGA---C--GAGGCG-CGCATTTGG-CGCGC-CCGAGGCT-----A--G--------TGTG--A--TAACC-Ctagtgttt
gi|5 : tcgcacggttccgctgttcgagacagataagctcattttaatccctgctgcagtaatttctgatgttggcacagttcctctgaatagaaggtgcatgattgataaatgtaaagaaatggattaatcagccacccgtggtacagtcactgtaatttctacaaggctcgatgtagcttcatgaagcattgaaaaaacccatcattgtttgacacaataatatcttcacatgggtgtagatcgggggggttggggggcgcatttgcccccaatcattattcaagccctataatgaaattactagtttagtggctagtaactttatttttctcttttttttaacattcgtctgtgctacctttttcccccttcaatttgcttgtaaaatttagatatgtttgctccagtcatcattcaatagagtaggtgttattcgccttttatattatttatttattcaattttatgcttgtccatttttagaaccccccccccccttcagaatagagcagtgtgtatgcccttcttttggccttgttcacattacaacatttaaaagtttgcccccccccccctcaaaaacgagtggtatgcttactatgtatgccttcaattcaaaagtcacataaatgttaaacctctcagccatgactgactatggcacattaataacgttaattaaacatttgaacactttcagcgaacagcaaggccctgcccagttgagttatcccaaccagtggtcattttttcaatcaaagaacaatgtatcgtgcggcaagtt-GG--TTAG--TTT----TCACATAACTGCT-ACGAG-GGCG-CGCA--AAG-C-CGC-CC---t
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 22222222 11 1111 222222 111 1 11 22 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 222222222222222222 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 33333333333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 2222222222222 1111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1111 11 11 1 1111111 222222222 1111 1 11 333333333 111 333333333333333 333333333333333 11
lowQualScore : 77 111 11 4 8 3 0 8 8 8 444 00000000 8 11 1 7777 8 555555 111 0 1 4 8 0 8 0 5 77 9 2 6 00 6 222222222 99 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 888888 4 66 0 888888 5 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555 5 00000 0 4 4 4 4 666666666666666666 2 4 55 111111 1 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444444 6666 77777 555 3 66666666666666666 3 3 4 4 4 4 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 555 8888888888888 555 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 6 6 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 0000 0 11 5 77 66 5 5 777 0 66 6666666 66 111111111 1111 66 0 5 5 5 5 77 22 5 000000000 5 5 5 77 888 6 999999999999999 2 6 8 1 8 8 000000000000000 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... ........ . .. . .... . ...... ... . . . . . . . . .. . . . .. . ......... .. . ......................................................................................... .... ...... . .. . ...... . . ............................................................................................................................. ... . ..... . . . . . .................. . . .. ...... . . .............................................................................................................................................................................. .......... .... ..... ... . ................. . . . . . . . ................................................................................................................................................................................. .. ....... . . .. .. . ..... ... ... ............. ... . . ... . .... . . . . . . ..... . . . ............................................................ . .... . .. . .. .. . . ... . .. ....... .. ......... .... .. . . . . . .. .. . ......... . . . .. ... . ............... . . . . . . ............... .. . .
lowQualScore : 66 000 00 4 0 2 8 0 0 0 000 44444444 0 00 4 0000 0 888888 888 8 4 4 0 8 0 8 4 00 3 5 7 55 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 666666 4 99 2 000000 0 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666 4 00000 8 0 0 0 0 777777777777777777 6 0 55 555555 1 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666666 5555 77777 444 1 33333333333333333 3 6 0 0 0 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 888 7777777777777 555 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 33333 7 7 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 1111 1 99 0 44 99 0 0 111 0 99 9999999 99 111111111 2222 99 0 0 7 7 7 99 99 0 777777777 7 7 7 99 333 7 333333333333333 5 7 0 0 0 0 666666666666666 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT----GGG-C-G-TAGGAGCC--GGGGGGGGGGGGG---A--TGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCC--CCT--T---CATTTTTTCCCCAAGCTGATAATG--ANAGTTTAGTGGTTNNTGACNNTATNNNTNNCGTNCCTTTAT--CTTTTGT-------------TTCCA----CCCTTCAATTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GTTTGC-C-CCN-CCACC-N----TT---CAAAACAGA-G--TA------GTGTGT-ATGC---G--------C-C-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--AT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-------------T-AGA---A-T---------CC----------CC----C-----CC---CT-T---C-------------A-GAACAGAG-CA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC----TCC---------------------TTTTTTT----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-C-AAAAAC--AGT-NCT-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGCACA-T-AC-A-A--TAC-ACG-GT---G----A-ATAGACATT---TGAACACTTTTTCA--G-GACAGC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TCAG---T--GGTCA-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG--TTAT--TTT----TCACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTAAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGAAGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT----GG--C-G-TAGGAGTC--GGGGGGGGGGGGG---A--TGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCC--CCT--T---CNTTTNTTCCCCANGNTGNNANTG--NNNNCNCNGNGNCTNNNGNNNNTNTNNNCNNCGTCCCTCTGN--CTTTTGT-------------TTCCA----CCCTTCAATTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GTTTGC-C-CCN-TCNCC-A----TT---CAAAACAGA-G--TA------GTGTGT-ATTN---G--------C-C-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--AT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-------------T-AGA---A-----------CC----------CC----C-----CC---CT-T---C-------------A-AAACAGAG-CA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC----TTT---------------------TTTTTTT----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-C-AAAAAC--AGT-NCT-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGCACAAT-AC-A-A--TAC-ANG-GT---G----A-ATANACATT-A-TGAACACTTTTTCA--G-GACAGC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----CCAG---T--GGTCA-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG--TTAT--TTT----TCACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAGTT---CCT--CTGAA-TAG--AAGGTGCAT-GATT--G--ATA-AATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCCGT-GGTACAGT--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT----GGG-T-G-TAGA--TC--GGGGGGGTTGGGG--------GGCGC-A-TT----T-GC-CCCCAATCA--T---TATTCAAGCCCTATAATGAAATTA--CTAGTTTAGTGGCTAGTAACTTTATTTTTCTCTTTTTTTTAA--CATTCGTCTGTGCTACCTTTTTCC-----CCCTTCAATTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGTTTGC-T-CCAGTCATC-A----TT---CAA--TAGA-G--TA------G-GTGTTATTC---G--------C-C-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------T--AT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT-------------T-AGA---A-----------CC----------CCCCCCC-----CC---CT-T---C-------------A-GAATAGAG-CA-G-TG-TGTA----TG-------CCC---------------------------------TTCTT----TT-------------------GGCC----TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A--------AAGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-C-AAAAACG-AGT-GGT-ATG-----CTTACTA---TG-----T--A-T--G-C-CTTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GACTGA------CTATGGCACATT----A-A--TA--ACG-TT---A----A-TTAAACATT---TGAACAC--TTTCAGCG-AACAGC--AAG-GCC--CT--GCCC-A--GTTGAGTT--A-------T--CCC--AA-----CCAG---T--GGTCA---TTT-TTT-CAA-T-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG--TTAT------------CACACTAGCC-TCGGGCG-CGCCAAA-TGCGCGCCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT----GG--GAG-TAGGAGCC--AAAGTGGGGGGGG-------GGGGGA-A-GT------GT-CCCC--CCC--C---CACTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTCTAT-------------TTGCA-------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GTTTGC-C-CCT-CCCCCTT----TT---CAATACAGA-G--TA------GTGTGT-ATtt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTCT--------------ATT---------TGCAT-------------G---TCA--G----------------AT----------T-T----------------AGA---AGTTTGCC----CC----------TC----C-----CC---CT-TTT-C-------------A-ATACAGAG-TA-G-TG-TGTA-T-GCG-------CCTTTC----TTTGTTTTTTTGTTTTTTAATTATTTTTTTTATTATT-------------------AT-CATTTTTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA--------A-GT---------------T------------------------------------------------T-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACC-----C---CTA---TG-----GTAC-TCAT-C-AT---A-TAAATAACC-CAgcg
gi|11 : TTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GTTTGC-C-CCT-CCCCC-T----TTT--CAATACAGA-G--TA------GTGTGT-ATGC---G--------C-C-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------T--TT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT-------------T-AGA---A-----------gttataaa
gi|12 : tcta-TGAACACTTTTTAG--G-AATAACC-AAGCGCCCTCT--G-CCCA--ATTGA-TTTCA----A--T--CCC--CGTC---CCAG---T--GGTCA-TCTTT-TTTTCAA-TTC--AAAGA-A-CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGC-TTA----TT----TCAC-CCCTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGT--CCAA------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|13 : t-TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T---T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT-------------C-AGA---AGTTTTGCCCCCCC----------CC----C-----CC---CT-T---CCCCATTC------G-AAACAGAA-CA-T-TG-TCT--T-GTG-------TCTGCC----ATT---------------------TTTATTT-------------------------AG-C----TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA--------AATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-T-AAAAAC--AGT-CCT-ACA-----C---CTA---TG-----A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : ttCTTCAATTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GTCTCC-C-CCC-ACCCC-C----TT---CAAAACAGA-G--TA------CT---T-AAGT---G--------T-C-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------C--TT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT-------------T-AGA---AATAATTG----CC----------CC----C-----CC---AT-TG--T-------------A-TAACAG
gi|15 : tcttttC----C-----CT---CT-TATCC-------------A-AAACAGAG-CACG-TG-TTTA-T-TTGTTGTCCTCCCCCC----ACC---------------------CCTTTTT----CT--------------------G-C----TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A--------ATGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : ----A-ATAGGCATT----GAACACTTTTTAG--G-AATAGC--AAG-GCCT-CT--G-CC-A--GGTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TCAG---T--GGTCA-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : tctgccagttgattacntaaatacctgt----TTT--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-C-AAAGAC--AAG-CAT-ACG-----C---CTA---TG----------T--T-A-ATTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-TA-AA-CTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C-----TT--AGAACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC----------------AC--AGT-CCT-ACG-----C---CTA---TG----------T--T-C-ATCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGTT----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA--------AA-----------------------------------------------------C--AC-------TT-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACA-----C---CTA---
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTG----ATTGATG--G--ATATA-TGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT----GG--C-GGTAGGAATC--CGGGGGGGGGGGG---ACATGGGGGT-AATT----TTGC-CCCC--NNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTTTGT-------------TTCCA----CCCTTCAATTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GTTTGC-C-CCA-TCATC-A----TT---CAAAACAGA-G--TA------GTGTGT-ATTG---G--------C-CGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--AT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-------------T-AGA---------------CC----------CC----C-----CC---TT-T---C-------------A-GAACAG-G-CA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCCCCCCTTT---------------------TTTTTTT----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGC-------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-C-AAAAAC--AGT-GCT-ATG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-ATCGA-TGA------T--TGGCACAAC-AC-ACA--TACCACA-GT---AGAAAA-ATACAGATCCA-TGAACACTTCTTCA--G-GAC-GC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCCG-AA-----TCA----T--GGTCAATCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG--TTAT--TTT----TCACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCTT--C--A------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGT---TCCTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATT--GATATA-A-TGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCCGTT-GTACA-TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG--C-G-TA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---A--TGGGGGC-A-TT----TT-----------T--T---CA----------AAGCT-ATAATGAAACAGTTTAGTGGTTTCTGACAGTATCGGTT---TGCCTTTAT--TTTCTTT-------------TCTTA----GTCTTCAA-TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A---CCAC-CGCCA-TCACC-CCCTTCT---CAAAACAGAGG--CA------GTGTGT-ATGT---GCCCCCCCCC-C-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T---T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT-------------TAAGA---ATTTGCCCCCC-CC----------CC----C-----CC---CT-TC--C-------------ACAAACAAAG-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T-----------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGA----------T-AGA---A-----------CCACCGCCATCACC----C-----CC---TTCT---C-------------A-AAACAGAGGCA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC-----CC---------------------CCTTTTT----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA--------A--T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCC-ACAAACAAAGT-GCT-ACG-----C---CTA----A-----G--C-T--T-C-AATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGTA-A---C-T-TC----A-CC-AT-GA-TG-----------GACCTAATGACAA-A--TAC-AT--GT---A----ATATAGACAAT-G-TG-ACAA-TTTTCA----GACAAC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A----TGA-TT--A----C--T---CC--AA-----TCA----T--GGTAA-TC-TT-TTT-CAA-T-C--AA--G-AACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG--TTA----TT----TCACA-ACTTGCC-TC--GCGACGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGGTC---C--TTCTGAA-TAGAAGGG----AT-GACGAAG--ATA-A-TGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTAT----TTAGC----TT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT----GGGAC-C-TAGGAGCT--ATGGAGGGAC------A--TGG---C-A-TT-------C-CCCA--CTTGTT---CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNTTCT-------------TTC-A----TTCTTCAATTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GTTTGC-C-CCA-CCATC-A----CT---CAAA-CAG--G--TA------GTGTGT-ATGT---G--------C-C-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------T--AT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA-------------T-AGA---AGTCC-------CC----------CC----C-----TC---TT-T---C-------------A-GAACAAAG-CG-GGTG-TGTA-T-GTG-------CCCCC-------------------------------TTTTT----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG--------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-C-AAAAAC--AGT-GCT-ACG-----C---CTA---T------G--C-T--TAA-ATTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TTTC----AGCC-AT-GA-TGA------CTATGGCACA------A-A--TAC-----GT---GT---A-ATAGACAT----TGAACAC-TTTTCA--GAAACAGC--AAG-CCC--CT--G-CC-A--ATTGA-TT--A----C--T--CCC--CA-----TCAG---T--GGTCA-TCTTT-TT---AATT-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : ga--GGGTGGGTGAGTGTTCA--TGGGGGT-A-TA----TTGC-CTCC--AAT--TACACATTTTT---CCAAGCTACTAATG--AATTCACTAAGTTTCTAGTGGATCTGAACAGTGTCCCTCTGTGCCTTTT-T-------------TT--------CCTCC-------CTT-TCAA-TT-----T------GCTTG--------------------T---CAAGG-GGG-GCATA------CAGTGT-ATTACG-G--------C-CATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTT--AT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT-------------T-AGA---C-----------CC----------CC----CTCTTTCC---CT-T---C-------------A-GAAAAGCG-CA-G-TG-TGTA-T-GTGACCG---CCCCCC----TCC---------------------TTTTTTT----TTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C----TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA--------TAAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-TACAA-CC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-TGAACTAGTT--TGGCACA------A-A--T-T-AGG-GTGTAG----A-ATTTATTTC-ATTGAAAATCTTTTCA--A-GATCACAAAAG-GC--TCTGGG-CC-AAGGTTGA-TT--ACTTTC--T--CCCTTAACCTGGCCAG---TGGGGTCAGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGGTCTTATGGTGG----TCGGACACTTG-C-TCGGGCG--GCTTTG-CGCGC-CCTCGTAGC--A------GTTATGTGAAAACTAACCGCTTACTTA
gi|6 : catTTTTGT-------------TTCT-----CTTCTCAATTT-GCTTGTCAAATT------AGA-A-GTTTGCGC-CCAATCATC-A----TTTGTCAAAAAAGA-G--TAACTTGGGTG-GT-ACTGATGG--------CTC-TTC-----------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------T--AT-------------C---TCA--A--TTT-----------ATGTCT------T-TTGTGGTTAAAAATAT-AGGTAGA-----------CA----------CC----C-----ATGGGCC-T---C-------------A-GAACAGAG-CA-G-TGGTGTA-TAGTG-------CCC----------------------------------TTTT----TT-------------------GG-CATA-TTG-T-ACAT-----TA-----TCTT-TTT--AGG--------GAGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-C-AAAAGC--AGT-GATCATG-----T---CTA---TT-----GT-C-TA-T-A-ATTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TA-AAACC-TCTT-----GCC-AT-AG-TG----------TGATACTGT-AT-T-ACTTAT-ATGTGTCT-G----A-AT----------TGAA----TTTTCA--G-GAAAGC--AAG-GCCT--T--G--C-A--GTTGATTT--A----CGGTTGTTC--AA-----TCAGTACT--GGTCA-TCCTT-TTT-C-A-T-C--AAAGA-A--AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG----AT--TCTAAAAT-ACACACTTTCT-TTGGGt
gi|7 : ccccacttatttgggttctaagtataatgaatgataaatgtttaagtgggtaagtgacaacagtggtctgtgctattgcctttcgtctattcttaTA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT----GGG-C-A-TAGAAGTC--GGGGTGGGGGGGG-------GGGGGCTA-TTGTTTTTGCTCCCC--CCT--T---CTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-------------NNNCAGTATTCCTACT-TTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GTTTGT-T-CCC-CC----------T---CAAAACAGA-G--CA------GAGTCT-ATGT---G--------C---------------------------------------------------------------------A-------------------CA--A--T-------------AT----------T-T----------------AGA---G-----------CC----------CC----C-----CC---CC-C---CCAAAAAAAAAATAA-AAAAACAG-CA-G-CG-TATATT-GTG------------C----TTT---------------------TTTGCTA----TT--------------------G-C----ATG-TCACA------------------TTT--AG---------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACG-----T---CTA---TG-----ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAGTT---CATT-CTGAA-TAG--AAG----AT-GAT-------------GATTGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CAT-CTGTT-GTACAGTT-CACTGTAAG-TTCTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAG-------------CATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG--C-G-TAGGAGCC--GGGGAGGGGAAG-------T-GAGGC-A-T--------C-CCCC--TCC--C---CATTTTTT
gi|9 : --------C-C-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--ATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT-------------T-AGA---AACC--------CC----------CC----C-----CC---CT-T---gtcaagtattattcaagctataatgaataactagtttc
gi|9 : CGTTG-TACAGTT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---G-----GAAT----AG--C-tttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 22222222 11 1111 222222 111 1 11 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 22222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 111111111111111 111111 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111 777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 1111 2222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 222222222222222222 1111 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 11 1 1111 11 2222222222 1 1111 333333333 111 33333333333333 333333333333333 11
lowQualScore : 77 111 11 1 8 3 0 8 8 8 444 00000000 8 11 1 7777 8 555555 111 0 1 1 8 0 8 0 5 7777 77 2 6 22 6 222222222 99 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 666 0 77777 5 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 5 00000 0 4 4 4 4 4 888888888888888 000000 4 111111 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 3 888888888888 3 4 4 4 8 222222222222222222222222222222222222222 55 7777 8888888888888888888 3 2222 3 88888 3333333333 44 0 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 777777777777777777 4 4 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 5 5 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 999999 4 66 5 77 11 5 777 0 66 66 7777 11 1111111111 66 0 5 5 5 5 77 1111 000000000 5 5 5 77 888 6 99999999999999 2 77 8 1 8 8 000000000000000 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... ........ . .. . .... . ...... ... . . . . . . . . .... .. . . .. . ......... .. . ......................................................................................... ... . ... . ..... . . .................................................................................................................................................... ... . ..... . . . . . . ............... ...... . ...... . .................................................................................................................................................................................................................................. .. . ............ . . . . . ....................................... .. .... ................... . .... . ..... .......... .. . . ............................................................ .. ....... . . .. .. . ..... ... .................. . . . . ... . .... . . . . . . ..... . . . . ................................................................... . ...... . .. . .. .. . ... . .. .. .... .. .......... .. . . . . . .. .... ......... . . . .. ... . .............. . .. . . . . ............... .. . .
lowQualScore : 66 000 00 0 0 2 8 0 0 0 000 44444444 0 00 4 0000 0 888888 888 8 4 0 0 8 0 8 4 7777 77 5 7 33 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 7 000 2 55555 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 4 00000 8 0 0 0 0 0 111111111111111 999999 0 555555 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 1 666666666666 6 0 0 0 0 999999999999999999999999999999999999999 00 7777 2222222222222222222 3 9999 3 33333 3333333333 22 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 888888888888888888 0 0 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 99999 7 7 7 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 444444 4 99 0 44 99 0 111 0 99 99 5555 99 6666666666 99 0 0 7 7 7 99 0000 777777777 7 7 7 99 333 7 33333333333333 5 77 0 0 0 0 666666666666666 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCCCT--T---CATTTTTTGTC----------CAAGCTN-ATAA-TG--AN-------A------GTTT--AGTGGNTNNTGACNGTATCCCTCTCGTNCNTTTA----TCTTCTGT---------TTCCA----CCCTTCAATTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCN-CCNCC-NT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--AT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT---T-------AG-AA---------C---------C----C-------C----C---C-----CC-----C--------TT---C--A-GAACAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC---------------------TTTTTT--T----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA-A--------AGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-T-GA------C----TGGCAC-A-TA-A-A--TAC-ACG-GT--G----A-ATAGA---C-ATT--T----GAACAC-TTTTCA--G-G-ACAGC-AA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TCA-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TAT-TT----TCACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCCCT--T---CATTTTTTCCC----------CAAGCTG-ATAA-TG--AN-------A------GTTT--AGTGGTTNNTGACNNTATNNNTNNCGTNCCTTTA----TCTTTTGT---------TTCCA----CCCTTCAATTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCN-CCACC-NT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--AT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT---T-------AG-AA---------T---------C----C-------C----C---C-----CC-----C--------TT---C--A-GAACAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCCTCC---------------------TTTTTT--T----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA-A--------AGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-T-GA------C----TGGCAC-A-TACA-A--TAC-ACG-GT--G----A-ATAGA---C-ATT--T----GAACACTTTTTCA--G-G-ACAGC-AA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TCA-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TATTTT----TCACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAGTT---CCT--CTGAA-TAG--AAGGTGCAT-GATT--G--ATA-AATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCCGT-GGTACAGT--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT---GGG-TGTAGA---T-CGGGGGGGTTGGGG------GGCGC-A-TT----T-GC-CCCCAAT------CATTATT--------------CAAGCCCTATAA-TG--AA-------ATTACTAGTTT--AGTGGCTAGTAACTTTATTTTTCTCTTTTTTTTAACATTCGTCTGTGCTACCTTTTTCC-----CCCTTCAATTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGT-TTGC-T-CCAGTCATC-AT-T---CAA------TAGA-GTA------G-GTGTTAT-----TCG--------CC-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------T--AT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT---T-------AG-AA---------C---------C----C-------C----CCCCC-----CC-----C--------TT---C--A-GAATAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-G-----------CCCTTC---------------------------T--T----TT-------------------GGCC----TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A-A--------AGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-CAAAAA-CG-AGTG-GT-ATG-----CTTACTA-------TG-T--A-T--G-CC-TTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GACT-GA------CTA--TGGCAC-A-T-TA-A--TA--ACG-TT--A----A-TTAAA---C-ATT--T----GAACAC--TTTCAGCG-A-ACAGC-AA--G-GCC--CTGC-CC-A--GTTGAGTT--A---T----CCC--AACC-----AG---TGG--TCA---TTT-TTT-CAA-T-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG-T--TAT----------CACACTAGCC-TCGGGCG-CGCCAAA-TGCGCGCCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT---GGG-AGTAGGAG-C-CAAAGTGGGGGGGG-----GGGGGA-A-GT------GT-CCCCCCC--C---CACTTTTTNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NCTTCTAT---------TTGCA-------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCT-CCCCCTTT-T---CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------tt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTCT--------------ATT---------TGCAT-------------G---TCA--G----------------AT----------T-T------------AG-AAGTTTGC---C---------C----C-------T----C---C-----CC-----C--------TTTT-C--A-ATACAGA------------G-TA-G-TG-TGTAT-GCG-------CCTTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTAATTATTTTTTT--TATTATT-------------------AT-CATTTTTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA-A---------GT---------------T------------------------------------------------T-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACC-----C---CTA-------TG-GTAC-TCAT-CA-T---A-TAAATAACC-CA
gi|11 : TTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCT-CCCCC-TT-TT--CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------T--TT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT---T-------AG-AA---------gttataaa
gi|12 : tctaT--T----GAACACTTTTTAG--G-A-ATAACCAA--GCGCCCTCTG--CCCA--ATTGA-TTTCAA--T----CCC--CGTCCC---AG---TGG--TCA-TCTTT-TTTTCAA-TTCA--AAGAA--CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGCT--TA--TT----TCAC-CCCTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGT--CCAA------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|13 : -TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T---T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT---C-------AG-AAGTTTTGCCCC---------C----C-------C----C---C-----CC-----CCTTCCCCATT---C--G-AAACAGA------------A-CA-T-TG-TCT-T-GTG-------TCTGC--CA---------------------TTTTTA--T----TT-------------------AG-C----TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA-A--------ATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-TAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------TG-A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : ttCTTCAATTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-CTCC-C-CCC-ACCCC-CT-T---CAAAA----CAGA-GTA------CT---T-AA-----GTG--------TC-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------C--TT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT---T-------AGAAA---------TAATTG----C----C-------C----C---C-----CC-----A--------TTG--T--A-TAACAG
gi|15 : tctttt----C---C-----CT-----C--------TTATCC--A-AAACAGA------------G-CACG-TG-TTTAT-TTGTTGTCCTCCCCCCACC---------------------CCTTTT--T----CT-------------------G--C----TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A-A--------TGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : TC----TGCC-A--GT-T-GA------T----T---AC-N-TA-A-A--TAC--CT-GT-------A-ATAGG---C-ATT-------GAACACTTTTTAG--G-A-ATAGC-AA--G-GCCT-CTG--CC-A--GGTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TCA-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : ----TTT--AGA-A---------GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-CAAAGA-C--AAGC-AT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-AA-TTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-TA-AA-CTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TT---AGA-ACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC---------------A-C--AGTC-CT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-CA-TCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGT--T----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA-A--------A-----------------------------------------------------C--AC-------TT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTG----ATTGATG--G--ATATA-TGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT---GGC-GGTAGGAATC-CGGGGGGGGGGGGAC--ATGGGGGT-AATT----TTGC-CCCCNNN--N---NNNNNNNNNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NCTTTTGT---------TTCCA----CCCTTCAATTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GT-TTGC-C-CCA-TCATC-AT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----TGG--------CCGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--AT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT---T-------AG-A--------------------C----C-------C----C---C-----CC-----T--------TT---C--A-GAACAG-------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCCCCCCTTT-----------------TTTTTT--T----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGCA--------AGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ATG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-ATCGA-T-GA------T----TGGCAC-AACACACA--TACCACA-GT--AGAAAA-ATACA---G-ATCCAT----GAACACTTCTTCA--G-G-AC-GC-AA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCCG-AATC-----A----TGG--TCAATCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG-T--TATTTT----TCACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCTT--C--A------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGT---TCCTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATT--GATATA-A-TGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCCGTT-GTACA-TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG-CGTA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TT---------T--T---CA--------------------AAGCT--ATAA-TGAAAC-------A------GTTT--AGTGGTTTCTGACAGTATCGGTT---TGCCTTTA----TTTTCTTT---------TCTTA----GTCTTCAA-TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A-CCACCGC-CATCA-CCCCC-TTCT---CAAAA----CAGAGGCA------GTGTGT-AT-----GTGCCCCCCCCCC-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T---T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT---TA------AG-AA---------TTTGCCCCCCC----C-------C----C---C-----CC-----C--------TTC--C--ACAAACAAA------------G-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T-----------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGAT-------AG-AA---------C---------CACCGC-------CATCAC---C-----CC-----C--------TT---CTCA-AAACAGA------------GGCA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC---------------------CCTTTT--T----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA-A----------T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCCACAAA-CAAAGTG-CT-ACG-----C---CTA--------A-G--C-T--T-CA-ATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGTA-A---C-T-TC----A-CC-AT-GA-TGGA------CCTAATGACA-------A-A--TAC-AT--GT--A----ATATAGA---CAATG--T----G-ACAA-TTTTCA----G-ACAAC-AA--G-GCCTTCTG--CC-A----TGA-TT--AC--T-----CC--AATC-----A----TGG--TAA-TC-TT-TTT-CAA-T-CA--A--GA-ACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG-T--TA--TT----TCACA-ACTTGCC-TC--GCGACGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGGTC---C--TTCTGAA-TAGAAGGG----AT-GACGAAG--ATA-A-TGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTAT----TTAGC----TT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT---GGGACCTAGGAG-C-TATGGAGGGAC------ATGG---C-A-TT-------C-CCCACTTGTT---CNNNNNNNNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNTTCT---------TTC-A----TTCTTCAATTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GT-TTGC-C-CCA-CCATC-AC-T---CAAA-----CAG--GTA------GTGTGT-AT-----GTG--------CC-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------T--AT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA---T-------AG-AAG--------T---------C----C-------C----C---C-----CC-----TCT------TT---C--A-GAACAAA------------G-CG-GGTG-TGTAT-GTG-------CCCCC---------------------------TTTT--T----TT-------------------GG-C----TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG-A--------AGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ACG-----C---CTA-------T--G--C-T--TAAA-TTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TTTC----AGCC-AT-GA-T-GA------CTA--TGGCAC-A----A-A--TAC-----GT--GT---A-ATAGA---C-A-T--T----GAACAC-TTTTCA--GAA-ACAGC-AA--G-CCC--CTG--CC-A--ATTGA-TT--AC--T----CCC--CATC-----AG---TGG--TCA-TCTTT-TT---AATT-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : gaGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGT-A-TA----TTGC-CTCCAAT--TACACATTTTT---C----------CAAGCTA-CTAA-TG--AATTCACTAA------GTTTCTAGTGGATCTGAACAGTGTCCCTCT-GTGC----------CTTTT-T---------TT--------CCTCC-------CTT-TCAA-TT-----T------GC-TTG-----------------T---CAAGGGGGGCATA--CA------GTGTATTAC-----G-G--------CCATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTT--AT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT---T-------AG-A----------C---------C----C-------C----C---CTCTTTCC-----C--------TT---C--A-GAAAAGC------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTGACCG---CCCCCCTCC---------------------TTTTTT--T----TTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C----TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA-T--------AAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-TACAA-CC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-T-GAACTAGTT----TGGCAC-A----A-A--T-T-AGG-GT--G-------TAGAATTT-ATT--TCATTGAAAATCTTTTCA--A-G-ATCAC-AAAAG-GC--TCTGGGCC-AAGGTTGA-TT--AC--TTTCTCCCTTAACCTGGCCAG---TGGGGTCAGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGG-TCTTATGGTGG--TCGGACACTTGC--TCGGGCG--GCTTTG-CGCGC-CCTCGTAGC--A------GTTATGTGAAAACTAACCGCTTACTTA
gi|6 : catAAGTGG-GTAAGTG--AC-------A------AC----AGTGGTCTGTG-CTAT-TGCCTTTCGTCTATTCT----TATTTTGT---------TTCT-----CTTCTCAATTT-GCTTGTCAAATT------AGA-A-GT-TTGCGC-CCAATCATC-AT-TTGTCAAAA----AAGA-GTAACTTGGGTG-GT-ACTGATGGCT--------CT-TC------------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------T--AT-------------C---TCA--A--TTT-----------ATGTC-------T-TT---TGTGGTTAAA-AA---------T---------A----TAGGTAGAC----A---C-----CCATGGGC--------CT---C--A-GAACAGA------------G-CA-G-TGGTGTATAGTG-------CCC------------------------------TTT--T----TT-------------------GG-CATA-TTG-T-ACAT-----TA-----TCTT-TTT--AGG-G--------AGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-CAAAAG-C--AGTG-ATCATG-----T---CTA-------TT-GT-C-TA-T-AA-TTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TA-AAACC-TCTT-----GCC-AT-AG-T-G------------TGATACTG-TATT-ACTTAT-ATGTGTCTG----A-AT-------------T----GAA----TTTTCA--G-G-AAAGC-AA--G-GCCT--TG---C-A--GTTGATTT--ACGGTTG--TTC--AATC-----AGTACTGG--TCA-TCCTT-TTT-C-A-T-CA--AAGAA---AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG-----ATTCTAAAAT-ACACACTTTCT-TTGGGt
gi|7 : ccccacttatttgggttctaagtataatgaatgataaatgtttTA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT---GGG-CATAGAAG-T-CGGGGTGGGGGGGG-----GGGGGCTA-TTGTTTTTGCTCCCCCCT--T---CTTTTGNNNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNN---------NNNCAGTATTCCTACT-TTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GT-TTGT-T-CCC-CC-------T---CAAAA----CAGA-GCA------GAGTCT-AT-----GTG--------C--------------------------------------------------------------------A-------------------CA--A--T-------------AT----------T-T------------AG-AG---------C---------C----C-------C----C---C-----CC-----C--------CC---C--A-AAAAAAAAATAAAAAAACAG-CA-G-CG-TATATTGTG-------C-----------------------------TTTTTTGCT----AT-------------------TG-C----ATG-TCACAT-----T-------------T--AGA-A---------GT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACG-----T---CTA-------TG-ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAGTT---CATT-CTGAA-TAG--AAG----AT-GAT-------------GATTGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CATCT-GTTG-TACAGTT-CACTGTAAGTT-CTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAGC-------------ATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG-CGTAGGAG-C-CGGGGAGGGGAAG-----T-GAGGC-A-T--------C-CCCCTCC--C---CATTTTTTGTCAAGTATTATTCAAGCT--ATAA-TG--A
gi|9 : --------CC-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------T--ATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT---T-------AG-AA---------A---------C----C-------C----C---C-----CC-----CCCTTT---TT---C--A-Gataactagtttc
gi|9 : CGTTG-TACAGTT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
gi|9 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGG---C-ATT-------GAACAC-TTTTCA--G-GAATAGC-Aggaatagca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 22222222 11 1111 222222 111 1 11 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 22222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222222222222222222 1 11111 111 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111111111 111111111111 44444444444444444444444 3333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 2222222222222 1111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11 1 1111111 111111111 1111 11 333333333 111 44444444444444444 333333333333333 11
lowQualScore : 77 111 11 1 8 3 0 8 8 8 444 00000000 8 11 1 7777 8 555555 111 0 1 1 8 0 8 0 5 7777 77 2 6 22 6 222222222 99 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 666 0 77777 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 22222 11 4 111 888 111 999999999999999999999999999999999999 4 66 7 11111 4 4 4 4 4 99 5 77 4 222 2 4 111111 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 2222 88888 77777777777 3 888888888888 4 4 4 4 555 77777777777777777777777 55 1111111111111111111 3 555 3 88888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 555 8888888888888 555 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 5 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 000000 777 66 5 77 66 5 5 777 0 66 6666666 66 444444444 66 1111 66 5 5 5 5 5 5 77 22 5 000000000 5 5 5 77 888 6 00000000000000000 6 8 1 8 8 000000000000000 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... ........ . .. . .... . ...... ... . . . . . . . . .... .. . . .. . ......... .. . ......................................................................................... ... . ... . ..... . .................................................................................. . ..... .. . ... ... ... .................................... . .. . ..... . . . . . .. . .. . ... . . ...... . .............................................................................................................................................................................. .... .... ..... ........... . ............ . . . . ... ....................... .. ................... . ... . ..... ............................................................................... .. ....... . . .. .. . ..... ... ... ............. ... . . ... . .... . . . . . . ..... . . . .................................................................... . . ...... ... .. . .. .. . . ... . .. ....... .. ......... .. .... .. . . . . . . .. .. . ......... . . . .. ... . ................. . . . . . ............... .. . .
lowQualScore : 66 000 00 0 0 2 8 0 0 0 000 44444444 0 00 4 0000 0 888888 888 8 4 0 0 8 0 8 4 7777 77 5 7 33 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 7 000 2 55555 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 66666 66 0 999 888 555 111111111111111111111111111111111111 4 11 9 11111 4 4 4 4 4 99 3 00 4 222 2 4 555555 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7777 9999 33333 44444444444 6 666666666666 0 4 4 4 333 88888888888888888888888 55 0000000000000000000 6 888 3 33333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 888 7777777777777 555 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 99999 7 7 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 333333 000 11 0 44 99 0 0 111 0 99 9999999 99 222222222 99 2222 99 0 0 0 7 7 7 99 99 0 777777777 7 7 7 99 333 7 77777777777777777 7 0 0 0 0 666666666666666 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A----TTTTGC-CCCCNCTT---CATTTTTTGTC----------CAAGCTN-ATAA-TG--AN-------A------GTTT--AGTGGNTNNTGACNGTATCCCTCTCGTNCCTTTA----TCTTCTGT---------TTC---CACC----CTT-CAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCN-CCNCC-NT-T---CAAAACAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAG------------AG-CA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-C-AAAAAC--AGT-NCT-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACGG-T----G-A-ATAGA---C-AT----T--TGAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG--TTA-T--T-TT----CACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A----TTTTGC-CCCCCCTT---CATTTTTTGTC----------CAAGCTN-ATAA-TG--AN-------A------GTTT--AGTGGNTNNTGACNGTATCCCTCTCGTNCNTTTA----TCTTCTGT---------TTC---CACC----CTT-CAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCN-CCNCC-NT-T---CAAAACAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAG------------AG-CA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-C-AAAAAC--AGT-NCT-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACGG-T----G-A-ATAGA---C-AT----T--TGAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG--TTA-T--T-TT----CACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAGTT---CCT--CTGAA-TAG--AAGGTGCAT-GATT--G--ATA-AATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCCGT-GGTACAGT--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT---GGG-TGTAGA---T-CGGGGGGGTTGGGG------GGCGC-A----TTT-GC-CCCCAAT----CATTATT--------------CAAGCCCTATAA-TG--AA-------ATTACTAGTTT--AGTGGCTAGTAACTTTATTTTTCTCTTTTTTTTAACATTCGTCTGTGCTACCTTTTTC---C-CC----CTT-CAA--TTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGT-TTGC-T-CCAGTCATC-AT-T---CAA--TAGA-GTA------G-GTGTTAT-----TCG--------CC-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CCCCC-CC-----CCCTT---C-------A-GAATAG------------AG-CA-G-TG-TGTA----TG-------CCC-------------TTCT--TTT-------------------GGCC---TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A--------AAGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-C-AAAAACG-AGT-GGT-ATG-----CTTACTA---TG-----T--A-T--G-C-CTTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GACTGA------CTATGGC---AC---ATTA---ATA--ACGT-T----A-A-TTAAA---C-AT----T--TGAACA-C-T-TTCAGCG-A-AC--AGC--AAG-GCC--CT--GCCC-A--GTTGAGTT--A-------T--CCC--AA-----CC--AG---T--GGTC-A---TTT-TTT-CAA-T-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG--TTA-T------------CACACTAGCC-TCGGGCG-CGCCAAA-TGCGCGCCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT---GGG-AGTAGGAG-C-CAAAGTGGGGGGGG-----GGGGGA-A----GT--GT-CCCCCCCC---CACTTTTTNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NCTTCTAT---------TTG---CA----------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCT-CCCCCTTT-T---CAATACAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------tt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCT-CCCCC-TT-TT--CAATACAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------TTT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT-----------------T-AGA-A----------
gi|11 : tcta---TTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA--------A-GT---------------T------------------------------------------------T-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACC-----C---CTA---TG-----GTAC-TCAT-C-AT---A-TAAATAACC-CAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|12 : tctatttgcatgtcagatttagaagtttgcccctcccccttttcaatacagagtagtgtgtatgcgcctttctttgtttttttgttttttaattattttttttattattatcattt----T--TGAACA-CTT-TTTA--G-G-AATAACC--AAGCGCCCTCT--G-CCCA--ATTGA-TTTCA----A--T--CCC--CG-----TCCCAG---T--GGTC-A-TCTTT-TTTTCAA-TTC--AAAGA-A-CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGC-TTA----T-TT----CAC-CCCTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGT--CCAA------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgttataaa
gi|13 : -TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T-T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT-----------------C-AGA-AGTTTTGCCCCCC----CC----CC-----CCCTT---CCCCATTCG-AAACAG------------AA-CA-T-TG-TCT--T-GTG-------TCTGCC-A------TTTTTA--TTT-------------------AG-C---TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA--------AATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-T-AAAAAC--AGT-CCT-ACA-----C---CTA---TG-----A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : tt----CTT-CAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-CTCC-C-CCC-ACCCC-CT-T---CAAAACAGA-GTA------CT---T-AA-----GTG--------TC-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------CTT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-AATAATTG---CC----CC----CC-----CATTG---T-------A-TAACAG------------
gi|15 : tctttt----CC-----CTCTTATCC-------A-AAACAG------------AG-CACG-TG-TTTA-T-TTGTTGTCCTCCCCCCACC-----CCTTTT--TCT-------------------G--C---TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A--------ATGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : TC----TGCC-A--GT-TGA------T--T------AC---NTAA---ATA-C-CTG-T------A-ATAGG---C-AT----T---GAACA-CTT-TTTA--G-GAAT--AGC--AAG-GCC-TCT--G-CC-A--GGTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : ----TTT--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-C-AAAGAC--AAG-CAT-ACG-----C---CTA---TG----------T--T-A-ATTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-TA-AA-CTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C-----TT--AGAACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC----------------AC--AGT-CCT-ACG-----C---CTA---TG----------T--T-C-ATCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA--------AA-----------------------------------------------------C--AC-------TT-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACA-----C---CTA---
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTG----ATTGATG--G--ATATA-TGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT---GGC-GGTAGGAATC-CGGGGGGGGGGGGAC--ATGGGGGT-AA---TTTTGC-CCCCNNNN---NNNNNNNNNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NCTTTTGT---------TTC---CACC----CTT-CAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GT-TTGC-C-CCA-TCATC-AT-T---CAAAACAGA-GTA------GTGTGT-AT-----TGG--------CCGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-------------C----CC----CC-----CCTTT---C-------A-GAACAG-------------G-CA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC-CCCCTTTTTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGC-------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-C-AAAAAC--AGT-GCT-ATG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-ATCGA-TGA------T--TGGCACAAC---ACAC---ATACCACAG-TAGAAA-A-ATACA---G-AT----CCATGAACA-CTTCTTCA--G-G-AC---GC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCCG-AA-----TC--A----T--GGTCAA-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG--TTATT--T-TT----CACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCTT--C--A------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGT---TCCTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATT--GATATA-A-TGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCCGTT-GTACA-TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG-CGTA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A----TTTT---------TT---CA--------------------AAGCT--ATAA-TGAAAC-------A------GTTT--AGTGGTTTCTGACAGTATCGGTT---TGCCTTTA----TTTTCTTT---------TCT---TAGT----CTT-CAA---TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A-CCACCGC-CATCA-CCCCC-TTCT---CAAAACAGAGGCA------GTGTGT-AT-----GTGCCCCCCCCCC-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T-T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT-----------------TAAGA-ATTTGCCCCC-CC----CC----CC-----CCCTTC--C-------ACAAACAA------------AG-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T---------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGA--------------T-AGA-A----------CCACCGCCATCACC-----CCCTT---CTC-----A-AAACAG------------AGGCA-G-TG-TGTA-T-GTG-------CCCCCC-CC-----CCTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA--------A--T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCC-ACAAACAAAGT-GCT-ACG-----C---CTA----A-----G--C-T--T-C-AATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGTA-A---C-T-TC----A-CC-AT-GA-TGGAC----C--TAAT---G----ACAA---ATA-CAT-G-T----A-ATATAGA---CAAT----G--TG-ACA-ATT-TTCA----G-AC--AAC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A----TGA-TT--A----C--T---CC--AA-----TC--A----T--GGTA-A-TC-TT-TTT-CAA-T-C--AA--G-AACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG--TTA----T-TT----CACA-ACTTGCC-TC--GCGACGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGGTC---C--TTCTGAA-TAGAAGGG----AT-GACGAAG--ATA-A-TGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTAT----TTAGC----TT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT---GGGACCTAGGAG-C-TATGGAGGGAC------ATGG---C-A----TT-----CCCCACTT----GTTCNNNNNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNN---------TTCTTTCATT----CTT-CAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GT-TTGC-C-CCA-CCATC-AC-T---CAAA-CAG--GTA------GTGTGT-AT-----GTG--------CC-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA-----------------T-AGA-AGTC-------CC----CC----CC-----TCTTT---C-------A-GAACAA------------AG-CG-GGTG-TGTA-T-GTG-------CCCCC-----------TTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG--------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-C-AAAAAC--AGT-GCT-ACG-----C---CTA---T------G--C-T--TAA-ATTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TTTC----AGCC-AT-GA-TGA------CTATGGC---AC-----AA---ATA-C---G-T----GTA-ATAGA---C-A-----T--TGAACA-CTT-TTCA--GAA-AC--AGC--AAG-CCC--CT--G-CC-A--ATTGA-TT--A----C--T--CCC--CA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-TT---AATT-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : gaGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGT-A----TATTGC-CTCCAATTACACATTTTT---C----------CAAGCTA-CTAA-TG--AATTCACTAA------GTTTCTAGTGGATCTGAACAGTGTCCCTCT-GTGCCTTT----------T-T---------TTC---CTCC----CTTTCAA--TTT-GCTTGTCAA
gi|5 : catA------GTGTATTAC-----G-G--------CCATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTTAT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT-----------------T-AGA------------CC----CC----CCTCTTTCCCTT---C-------A-GAAAAG------------CG-CA-G-TG-TGTA-T-GTGACCGC--CCCCCT-CC-----TTTTTT--TTTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C---TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA--------TAAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-TACAA-CC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-TGAACTAGTT--TGGC---AC-----AA---AT--TAGGG-T----G----TAGAATTT-ATTTCAT--TGAAAATCTT-TTCA--A-G-AT--CACAAAAG-GC--TCTGGG-CC-AAGGTTGA-TT--ACTTTC--T--CCCTTAACCTGGCC--AG---TGGGGTC-AGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGGTCTTA-TGGTGGT----CGGACACTTG-C-TCGGGCG--GCTTTG-CGCGC-CCTCGTAGC--A------GTTATGTGAAAACTAACCGCTTACTTAggggggcatacagtgtattacggccattttaaattattttatttattccgcagtcttatgctgtctacttttagacccccctctttcccttcagaaaagcgcagtgtgtatgtgaccgcccccctccttttttttttatatttttaacgcttttcgtcttttcacattacttttaataatttcttgcacgggcttggctctccccccttcaaaaaacagtggctatgtttttcctacattgtatgtgcattcaatttcataaaagatccatgaatttacaacctctctatgggccgatgatgaactagtttggcacaaattagggtgtagaatttatttcattgaaaatcttttcaagatcacaaaaggctctgggccaaggttgattactttctcccttaacctggccagtggggtcagtctttatctcaatcagaaagaggacaatgtatcttgtcgcgattcaagtgggtcttatggtggtcggacacttgctcgggcggctttgcgcgccctcgtagcagttatgtgaaaactaaccgcttacttat
gi|6 : catgggtgggtgagtgttcatgggggtatattgcctccaattacacatttttccaagctactaatgaattcactaagtttctagtggatctgaacagtgtccctctgtgcctttttttcctccctttcaatttgcttgtcaaggggggcatacTGTT----------TAAGTGG-GTAAGTG--AC-------A------AC----AGTGGTCTGTG-CTAT-TGCCTTTCGTCTATTCT----TATTTTGT---------TTC---T-CT----TCT-CAA--TTT-GCTTGTCAAATT------AGA-A-GT-TTGCGC-CCAATCATC-AT-TTGTCAAAAAAGA-GTAACTTGGGTG-GT-ACTGATGGCT--------CT-TC------------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------TAT-------------C---TCA--A--TTT-----------ATGTCT------T-TTGTGGTTAAAAATATAGGT-AGACA----------CC----CA----TG-----GGCCT---C-------A-GAACAG------------AG-CA-G-TGGTGTA-TAGTG-------CCC--------------TTT--TTT-------------------GG-CATATTG-T-ACAT-----TA-----TCTT-TTT--AGG--------GAGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-C-AAAAGC--AGT-GATCATG-----T---CTA---TT-----GT-C-TA-T-A-ATTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TA-AAACC-TCTT-----GCC-AT-AG-TG----------TGAT---ACTGTATTACTTATA-TGTGTCT----G-A-AT-----------------TGAA----TT-TTCA--G-G-AA--AGC--AAG-GCCT--T--G--C-A--GTTGATTT--A----CGGTTGTTC--AA-----TC--AGTACT--GGTC-A-TCCTT-TTT-C-A-T-C--AAAGA-A--AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG----A-T--T-CTAAAATACACACTTTCT-TTGGGt
gi|7 : ccccacttatttgggttctaagtataatgaatgataaaTA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT---GGG-CATAGAAG-T-CGGGGTGGGGGGGG-----GGGGGCTATTGTTTTTGCTCCCCCCTT---C---TTTTGNN----------NNNNNNN-NNNN-NN--NN-------N------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNN---------NNN---NNNCAGTATTC-CTACTTTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GT-TTGT-T-CCC-CC-------T---CAAAACAGA-GCA------GAGTCT-AT-----GTG--------C------------------------A-------------------------------------------------------------CA--A--T-------------A-------------TT-----------------T-AGA-G----------CC----CC----CC-----CCCCC---C-------A-AAAAAAAAATAAAAAAACAG-CA-G-CG-TATATT-GTG---------------C-----TTTTTTGCTAT-------------------TG-C---ATG-TCACA------------------TTT--AG---------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACG-----T---CTA---TG-----ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAGTT---CATT-CTGAA-TAG--AAG----AT-GAT-------------GATTGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CATCT-GTTG-TACAGTT-CACTGTAAGTT-CTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAGC-------------ATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG-CGTAGGAG-C-CGGGGAGGGGAAG-----T-GAGGC-A----T----C-CCCCTCCC---CATTTTTTGTCAAGTATTATTCAAGCT--ATAA-TG--A
gi|9 : --------CC-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-AAC--------CC----CC----CC-----CCCTT---ataactagtttc
gi|9 : CGTTG-TACAGTT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---tttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
gi|9 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGG---C-AT----T---GAACA-CTT-TTCA--G-GAAT--AGC--Aggaatagca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 22222222 11 1111 222222 111 1 11 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 22222 2222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111 111111111111111 111111 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111111111 222222222222 44444444444444444444444 3333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 2222222222222 1111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11 1 1111111 111111111 1111 11 333333333 111 44444444444444444 333333333333333 11
lowQualScore : 77 111 11 1 8 3 0 8 8 8 444 00000000 8 11 1 7777 8 555555 111 0 1 1 8 0 8 0 5 7777 77 2 6 22 6 222222222 99 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 666 0 77777 5 5 8888888888 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 777 5 00000 0 4 4 4 4 4 666666666666666 000000 4 111111 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 2222 88888 77777777777 3 000000000000 4 4 4 4 8 77777777777777777777777 55 1111111111111111111 3 555 3 88888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 555 8888888888888 555 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 5 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 000000 777 66 5 77 66 5 5 777 0 66 6666666 66 444444444 66 1111 66 5 5 5 5 5 5 77 22 5 000000000 5 5 5 77 888 6 00000000000000000 6 8 1 8 8 000000000000000 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... ........ . .. . .... . ...... ... . . . . . . . . .... .. . . .. . ......... .. . ......................................................................................... ... . ... . ..... . . .......... . ........................................................................................................................................................ . ... . ..... . . . . . . ............... ...... . ...... . .............................................................................................................................................................................. .... .... ..... ........... . ............ . . . . . ....................... .. ................... . ... . ..... ............................................................................... .. ....... . . .. .. . ..... ... ... ............. ... . . ... . .... . . . . . . ..... . . . .................................................................... . . ...... ... .. . .. .. . . ... . .. ....... .. ......... .. .... .. . . . . . . .. .. . ......... . . . .. ... . ................. . . . . . ............... .. . .
lowQualScore : 66 000 00 0 0 2 8 0 0 0 000 44444444 0 00 4 0000 0 888888 888 8 4 0 0 8 0 8 4 7777 77 5 7 33 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 7 000 2 55555 0 0 6666666666 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 999 4 00000 8 0 0 0 0 0 555555555555555 999999 0 555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 9999 33333 44444444444 6 555555555555 0 4 4 4 9 88888888888888888888888 55 0000000000000000000 6 888 3 33333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 888 7777777777777 555 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 99999 7 7 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 333333 000 11 0 44 99 0 0 111 0 99 9999999 99 222222222 99 2222 99 0 0 0 7 7 7 99 99 0 777777777 7 7 7 99 333 7 77777777777777777 7 0 0 0 0 666666666666666 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--A-GTGGNTNN-TGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCN-CCNCC-NT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-C-AAAAAC--AGT-NCT-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACGG-T----G-A-ATAGA---C-AT----T--TGAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG--TTA-T--T-TT----CACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCNCTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TN-AT-AATG--AN-------A------GTTT--A-GTGGNTNN-TGACNGTA----TC----------CCTCTCGTNCCTTTA----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCN-CCNCC-NT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-C-AAAAAC--AGT-NCT-ACG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACGG-T----G-A-ATAGA---C-AT----T--TGAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG--TTA-T--T-TT----CACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAGTT---CCT--CTGAA-TAG--AAGGTGCAT-GATT--G--ATA-AATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCCGT-GGTACAGT--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT---GGG-TGTAGA---T-CGGGGGGGTTGGGG------GGCGC-A-TT----T-GC-CCCCAAT----CATTATT--------------CAAGC-CCTAT-AATG--AA-------ATTACTAGTTT--A-GTGGCTAG-TAACTTTA----TT----------TTTCTCTTTTTTTTAACATT--CGTCTGTGCTACCTTTTTC---C-CC----CTTCAA--TTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGT-TTGC-T-CCAGTCATC-AT-T---CAA------TAGA-GTA------G-GTGTTAT-----TCG--------CC-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CCCCC-CC-----CCCTT---C-------A-GAATAGA------------G-CA-G-TG-TGTA---TG-------CCC-------------TTCT--TTT-------------------GGCC---TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A--------AAGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-C-AAAAACG-AGT-GGT-ATG-----CTTACTA---TG-----T--A-T--G-C-CTTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GACTGA------CTATGGC---AC---ATTA---ATA--ACGT-T----A-A-TTAAA---C-AT----T--TGAACA-C-T-TTCAGCG-A-AC--AGC--AAG-GCC--CT--GCCC-A--GTTGAGTT--A-------T--CCC--AA-----CC--AG---T--GGTC-A---TTT-TTT-CAA-T-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG--TTA-T------------CACACTAGCC-TCGGGCG-CGCCAAA-TGCGCGCCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT---GGG-AGTAGGAG-C-CAAAGTGGGGGGGG-----GGGGGA-A-GT------GT-CCCCCCCC---CACTTTTTNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--CTTCTAT---------TTG---CA---------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCT-CCCCCTTT-T---CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------tt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCT-CCCCC-TT-TT--CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------TTT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT-----------------T-AGA-A----------
gi|11 : tcta---TTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA--------A-GT---------------T------------------------------------------------T-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACC-----C---CTA---TG-----GTAC-TCAT-C-AT---A-TAAATAACC-CAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|12 : tctatttgcatgtcagatttagaagtttgcccctcccccttttcaatacagagtagtgtgtatgcgcctttctttgtttttttgttttttaattattttttttattattatcattt----T--TGAACA-CTT-TTTA--G-G-AATAACC--AAGCGCCCTCT--G-CCCA--ATTGA-TTTCA----A--T--CCC--CG-----TCCCAG---T--GGTC-A-TCTTT-TTTTCAA-TTC--AAAGA-A-CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGC-TTA----T-TT----CAC-CCCTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGT--CCAA------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgttataaa
gi|13 : -TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T-T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT-----------------C-AGA-AGTTTTGCCCCCC----CC----CC-----CCCTT---CCCCATTCG-AAACAGA------------A-CA-T-TG-TCT-T-GTG-------TCTGCC-A------TTTTTA--TTT-------------------AG-C---TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA--------AATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-T-AAAAAC--AGT-CCT-ACA-----C---CTA---TG-----A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : tt----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-CTCC-C-CCC-ACCCC-CT-T---CAAAA----CAGA-GTA------CT---T-AA-----GTG--------TC-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------CTT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-AATAATTG---CC----CC----CC-----CATTG---T-------A-TAACAG
gi|15 : tctttt----CC-----CTCTTATCC-------A-AAACAGA------------G-CACG-TG-TTTAT-TTGTTGTCCTCCCCCCACC-----CCTTTT--TCT-------------------G--C---TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A--------ATGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : TC----TGCC-A--GT-TGA------T--T------AC---NTAA---ATA-C-CTG-T------A-ATAGG---C-AT----T---GAACA-CTT-TTTA--G-GAAT--AGC--AAG-GCC-TCT--G-CC-A--GGTGA-TT--A----C--T--CCC--AA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : ----TTT--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-C-AAAGAC--AAG-CAT-ACG-----C---CTA---TG----------T--T-A-ATTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-TA-AA-CTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C-----TT--AGAACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC----------------AC--AGT-CCT-ACG-----C---CTA---TG----------T--T-C-ATCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA--------AA-----------------------------------------------------C--AC-------TT-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACA-----C---CTA---
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTG----ATTGATG--G--ATATA-TGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT---GGC-GGTAGGAATC-CGGGGGGGGGGGGAC--ATGGGGGT-AATT----TTGC-CCCCNNNN---NNNNNNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--CTTTTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GT-TTGC-C-CCA-TCATC-AT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----TGG--------CCGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-------------C----CC----CC-----CCTTT---C-------A-GAACAG-------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CCCCTTTTTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGC-------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-C-AAAAAC--AGT-GCT-ATG-----C---CTA---TG-----G--C-T--T-C-ATTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-ATCGA-TGA------T--TGGCACAAC---ACAC---ATACCACAG-TAGAAA-A-ATACA---G-AT----CCATGAACA-CTTCTTCA--G-G-AC---GC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A--GTTGA-TT--A----C--T--CCCG-AA-----TC--A----T--GGTCAA-TCTTT-TTT-CAA-T-C--AAAGA-AACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG--TTATT--T-TT----CACACACTTGCC-TCGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCTT--C--A------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGT---TCCTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATT--GATATA-A-TGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCCGTT-GTACA-TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG-CGTA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TT---------TT---CA--------------------AAGC-T--AT-AATGAAAC-------A------GTTT--A-GTGGTTTC-TGACAGTA----TC----------GGTT---TGCCTTTA----T--TTTCTTT---------TCT---TAGT----CTTCAA---TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A-CCACCGC-CATCA-CCCCC-TTCT---CAAAA----CAGAGGCA------GTGTGT-AT-----GTGCCCCCCCCCC-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T-T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT-----------------TAAGA-ATTTGCCCCC-CC----CC----CC-----CCCTTC--C-------ACAAACAAA------------G-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T---------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGA--------------T-AGA-A----------CCACCGCCATCACC-----CCCTT---CTC-----A-AAACAGA------------GGCA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----CCTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA--------A--T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCC-ACAAACAAAGT-GCT-ACG-----C---CTA----A-----G--C-T--T-C-AATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGTA-A---C-T-TC----A-CC-AT-GA-TGGAC----C--TAAT---G----ACAA---ATA-CAT-G-T----A-ATATAGA---CAAT----G--TG-ACA-ATT-TTCA----G-AC--AAC--AAG-GCCTTCT--G-CC-A----TGA-TT--A----C--T---CC--AA-----TC--A----T--GGTA-A-TC-TT-TTT-CAA-T-C--AA--G-AACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG--TTA----T-TT----CACA-ACTTGCC-TC--GCGACGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C--AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGGTC---C--TTCTGAA-TAGAAGGG----AT-GACGAAG--ATA-A-TGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTAT----TTAGC----TT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT---GGGACCTAGGAG-C-TATGGAGGGAC------ATGG---C-A-TT---------CCCCACTT----GTTCNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------TTCTTTCATT----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GT-TTGC-C-CCA-CCATC-AC-T---CAAA-----CAG--GTA------GTGTGT-AT-----GTG--------CC-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA-----------------T-AGA-AGTC-------CC----CC----CC-----TCTTT---C-------A-GAACAAA------------G-CG-GGTG-TGTAT-GTG-------CCCCC-----------TTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG--------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-C-AAAAAC--AGT-GCT-ACG-----C---CTA---T------G--C-T--TAA-ATTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TTTC----AGCC-AT-GA-TGA------CTATGGC---AC-----AA---ATA-C---G-T----GTA-ATAGA---C-A-----T--TGAACA-CTT-TTCA--GAA-AC--AGC--AAG-CCC--CT--G-CC-A--ATTGA-TT--A----C--T--CCC--CA-----TC--AG---T--GGTC-A-TCTTT-TT---AATT-C--AAAG--AACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : gaGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGT-A-TA----TTGC-CTCCAATTACACATTTTT---C----------CAAGC-TA-CT-AATG--AATTCACTAA------GTTTCTA-GTGGATCT-GAACAGT-----------------------GTCCCTCTG----TGCCTTTT-T---------TT-------C----CTCC---------CTT-TCAA-TT-----T------GC-TTG-----------------T---CAAGGGGGGCATA--CA------GTGTATTAC-----G-G--------CCATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTTAT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT-----------------T-AGA------------CC----CC----CCTCTTTCCCTT---C-------A-GAAAAGC------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTGACCGC--CCCCCT-CC-----TTTTTT--TTTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C---TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA--------TAAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-TACAA-CC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-TGAACTAGTT--TGGC---AC-----AA---AT--TAGGG-T----G----TAGAATTT-ATTTCAT--TGAAAATCTT-TTCA--A-G-AT--CACAAAAG-GC--TCTGGG-CC-AAGGTTGA-TT--ACTTTC--T--CCCTTAACCTGGCC--AG---TGGGGTC-AGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGGTCTTA-TGGTGGT----CGGACACTTG-C-TCGGGCG--GCTTTG-CGCGC-CCTCGTAGC--A------GTTATGTGAAAACTAACCGCTTACTTA
gi|6 : cat-CCCCACTT----ATTTGGGTTC----------TAAGTATA-ATGAATG--AT-------AAAT---GTTT--AAGTGGGTAAGTGACAACAGTGGTCTGTGCTATTGCCTTTCGTCTATTCT----T--ATTTTGT---------TTC---T-CT----TCTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT------AGA-A-GT-TTGCGC-CCAATCATC-AT-TTGTCAAAA----AAGA-GTAACTTGGGTG-GT-ACTGATGGCT--------CT-TC------------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------TAT-------------C---TCA--A--TTT-----------ATGTCT------T-TTGTGGTTAAAAATATAGGT-AGACA----------CC----CA----TG-----GGCCT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TGGTGTATAGTG-------CCC--------------TTT--TTT-------------------GG-CATATTG-T-ACAT-----TA-----TCTT-TTT--AGG--------GAGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-C-AAAAGC--AGT-GATCATG-----T---CTA---TT-----GT-C-TA-T-A-ATTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TA-AAACC-TCTT-----GCC-AT-AG-TG----------TGAT---ACTGTATTACTTATA-TGTGTCT----G-A-AT-----------------TGAA----TT-TTCA--G-G-AA--AGC--AAG-GCCT--T--G--C-A--GTTGATTT--A----CGGTTGTTC--AA-----TC--AGTACT--GGTC-A-TCCTT-TTT-C-A-T-C--AAAGA-A--AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG----A-T--T-CTAAAATACACACTTTCT-TTGGGt
gi|7 : TA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT---GGG-CATAGAAG-T-CGGGGTGGGGGGGG-----GGGGGCTA-TTGTTTTTGCTCCCCCCTT---C---TTTTGNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------NNN---NNNCAGTATTCCTACTTTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GT-TTGT-T-CCC-CC-------T---CAAAA----CAGA-GCA------GAGTCT-AT-----GTG--------C------------------------------------------------------------------A-------------------CA--A--T-------------AT----------T-T--------------------AGA-G----------CC----CC----CC-----CCCCC---C-------A-AAAAAAAAATAAAAAAACAG-CA-G-CG-TATATTGTG-------C-------------TTTTTTGCTAT-------------------TG-C---ATG-TCACAT-----T-------------T--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-C-AAAAAC--AGT-CCT-ACG-----T---CTA---TG-----ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAGTT---CATT-CTGAA-TAG--AAG----AT-GAT-------------GATTGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CATCT-GTTG-TACAGTT-CACTGTAAGTT-CTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAGC-------------ATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG-CGTAGGAG-C-CGGGGAGGGGAAG-----T-GAGGC-A-T--------C-CCCCTCCC---CATTTTTTGTCAAGTATTATTCAAGC-T--AT-AATG--A
gi|9 : --------CC-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-AAC--------CC----CC----CC-----CCCTT---ataactagtttc
gi|9 : CGTTG-TACAGTT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---tttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
gi|9 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGG---C-AT----T---GAACA-CTT-TTCA--G-GAAT--AGC--Aggaatagca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 22222222 11 1111 222222 111 1 11 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 22222 2222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 11111 22222222222222 111111 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111111111 222222222222 44444444444444444444444 3333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 222222222222222222 1111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11 11 1 1111 11 2222222222 1111 333333333 111 444444444444444444 333333333333333 11
lowQualScore : 77 111 11 1 8 3 0 8 8 8 444 00000000 8 11 1 7777 8 555555 111 0 1 1 8 0 8 0 5 7777 77 2 6 22 6 222222222 99 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 666 0 77777 5 5 8888888888 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 555555 00000 0 4 4 4 4 4 11111111111111 4 000000 4 111111 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 2222 88888 77777777777 3 000000000000 4 4 4 4 8 77777777777777777777777 55 1111111111111111111 3 555 3 88888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 777777777777777777 4 4 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 5 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 000000 777 66 5 77 11 5 777 0 66 66 7777 11 1111111111 66 5 5 5 5 5 5 77 1111 000000000 5 5 5 77 888 6 000000000000000000 1 6 8 1 8 8 000000000000000 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... ........ . .. . .... . ...... ... . . . . . . . . .... .. . . .. . ......... .. . ......................................................................................... ... . ... . ..... . . .......... . ....................................................................................................................................................... . ...... ..... . . . . . . .............. . ...... . ...... . ............................................................................................................................................................................... .... .... ..... ........... . ............ . . . . . ....................... .. ................... . ... . ..... ............................................................................... .. ....... . . .. .. . ..... ... .................. . . . . ... . .... . . . . . . ..... . . . .................................................................... . . ...... ... .. . .. .. . ... . .. .. .... .. .......... .. . . . . . . .. .... ......... . . . .. ... . .................. . . . . . . ............... .. . .
lowQualScore : 66 000 00 0 0 2 8 0 0 0 000 44444444 0 00 4 0000 0 888888 888 8 4 0 0 8 0 8 4 7777 77 5 7 33 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 7 000 2 55555 0 0 6666666666 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 444444 00000 8 0 0 0 0 0 55555555555555 0 999999 0 555555 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 9999 33333 44444444444 6 555555555555 0 4 4 4 9 88888888888888888888888 55 0000000000000000000 6 888 3 33333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 444444444444444444 0 0 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 99999 7 7 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 333333 000 99 0 44 99 0 111 0 99 99 5555 99 6666666666 99 0 0 0 7 7 7 99 0000 777777777 7 7 7 99 333 7 777777777777777777 0 7 0 0 0 0 666666666666666 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--AGTGGNT-NNTGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-N-CCNCC-NT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACG-GT----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA-TT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--AGTGGNT-NNTGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-N-CCNCC-NT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACG-GT----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA-TT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAGTT---CCT--CTGAA-TAG--AAGGTGCAT-GATT--G--ATA-AATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCCGT-GGTACAGT--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT---GGG-TGTAGA---T-CGGGGGGGTTGGGG------GGCGC-A-TT----T-GC-CCCCAAT----CATTATT--------------CAAGC-CCTAT-AATG--AA-------ATTACTAGTTT--AGTGGCT-AGTAACTTTA----TT----------TTTCTCTTTTTTTTAACATT--CGTCTGTGCTACCTTTTTC---C-CC----CTTCAA--TTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGT-TTGC-T-CC-AGTCATC-AT---T-CAA------TAGA-GTA------G-GTGTTAT-----TCG--------CC-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CCCCC-CC-----CCCTT---C-------A-GAATAGA------------G-CA-G-T-GTGTA---TG-------CCC-------------TTCT--TTT-------------------GGCC---TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A--------AAGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-CAAAAA-CG-AGTG-GT-ATG-----CTTACTA-------TG-T--A-T--G-CC-TTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GACTGA------CTATGGC---AC---ATTA---ATA--ACG-TT----A-A-TTAAA---C-ATT--T----GAACA-C-T-TTCAGCG-A-AC--AGCAA--G-GCC--CTGC-CC-A--GTTGAGTT--A---T----CCC--AACC-----AG---TGG--TC-A---TTT-TTT-CAA-T-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG-T--TA-T------------CACACTAGCCT-CGGGCG-CGCCAAAT-GCGCGCCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT---GGG-AGTAGGAG-C-CAAAGTGGGGGGGG-----GGGGGA-A-GT------GT-CCCCCCCC---CACTTTTTNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--CTTCTAT---------TTG---CA---------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-T-CCCCCTTT---T-CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------tt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-T-CCCCC-TT---TTCAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------TTT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT------------------T-AGA-A----------
gi|11 : tcta---TTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA--------A-GT---------------T------------------------------------------------T-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACC-----C---CTA-------TG-GTAC-TCAT-CA-T---A-TAAATAACC-CAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|12 : tctatttgcatgtcagatttagaagtttgcccctcccccttttcaatacagagtagtgtgtatgcgcctttctttgtttttttgttttttaattattttttttattattatcatttT--T----GAACA-CTT-TTTA--G-G-AATAACCAA--GCGCCCTCTG--CCCA--ATTGA-TTTCAA--T----CCC--CGTCCC---AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTTTCAA-TTCA--AAGAA--CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGCT--TA-TT-T-------CACCC-CTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGT--CCAA------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgttataaa
gi|13 : -TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T-T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT------------------C-AGA-AGTTTTGCCCCCC----CC----CC-----CCCTT---CCCCATTCG-AAACAGA------------A-CA-T-T-GTCT-T-GTG-------TCTGCC-A------TTTTTA--TTT-------------------AG-C---TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA--------AATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-TAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------TG-A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : tt----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-CTCC-C-CC-C-ACCCC-CT---T-CAAAA----CAGA-GTA------CT---T-AA-----GTG--------TC-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------CTT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-AATAATTG---CC----CC----CC-----CATTG---T-------A-TAACAG
gi|15 : tctttt----CC-----CTCTTATCC-------A-AAACAGA------------G-CACG-T-GTTTAT-TTGTTGTCCTCCCCCCACC-----CCTTTT--TCT-------------------G--C---TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A--------ATGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : TC----TGCC-A--GT-TGA------T--T------AC---NTAA---ATA-C-CT-GT------A-ATAGG---C-ATT-------GAACA-CTT-TTTA--G-GAAT--AGCAA--G-GCC-TCTG--CC-A--GGTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : ----TTT--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-CAAAGA-C--AAGC-AT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-AA-TTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-T-A-AACTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C-----TT--AGAACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC---------------A-C--AGTC-CT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-CA-TCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA--------AA-----------------------------------------------------C--AC-------TT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTG----ATTGATG--G--ATATA-TGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT---GGC-GGTAGGAATC-CGGGGGGGGGGGGAC--ATGGGGGT-AATT----TTGC-CCCCNNNN---NNNNNNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--CTTTTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GT-TTGC-C-CC-A-TCATC-AT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----TGG--------CCGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-------------C----CC----CC-----CCTTT---C-------A-GAACAG-------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CCCCTTTTTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGC-------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ATG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-ATCGA-TGA------T--TGGCACAAC---ACAC---ATACCACA-GTAGAAA-A-ATACA---G-ATCCAT----GAACA-CTTCTTCA--G-G-AC---GCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCCG-AATC-----A----TGG--TCAA-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG-T--TATTT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCTT--C--A------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGT---TCCTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATT--GATATA-A-TGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCCGTT-GTACA-TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG-CGTA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TT---------TT---CA--------------------AAGC-T--AT-AATGAAAC-------A------GTTT--AGTGGTT-TCTGACAGTA----TC----------GGTTT-G--CCTTTA----T--TTTCTTT---------TCT---TAGT----CTTCAA---TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A-CCACCGC-CATC-A-CCCCC-TTC--T-CAAAA----CAGAGGCA------GTGTGT-AT-----GTGCCCCCCCCCC-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T-T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT------------------TAAGA-ATTTGCCCCC-CC----CC----CC-----CCCTTC--C-------ACAAACAAA------------G-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T---------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGA---------------T-AGA-A----------CCACCGCCATCACC-----CCCTT---CTC-----A-AAACAGA------------GGCA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----CCTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA--------A--T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCCACAAA-CAAAGTG-CT-ACG-----C---CTA--------A-G--C-T--T-CA-ATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGT-A-A--C-T-TC----A-CC-AT-GA-TGGAC----C--TAAT---G----ACAA---ATA-CAT--GT----A-ATATAGA---CAATG--T----G-ACA-ATT-TTCA----G-AC--AACAA--G-GCCTTCTG--CC-A----TGA-TT--AC--T-----CC--AATC-----A----TGG--TA-A-TC-TT-TTT-CAA-T-CA--A--GA-ACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG-T--TA--T-T--T----CACA-ACTTGCCT-C--GCGACGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGGTC---C--TTCTGAA-TAGAAGGG----AT-GACGAAG--ATA-A-TGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTAT----TTAGC----TT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT---GGGACCTAGGAG-C-TATGGAGGGAC------ATGG---C-A-TT---------CCCCACTT----GTTCNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------TTCTTTCATT----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GT-TTGC-C-CC-A-CCATC-AC---T-CAAA-----CAG--GTA------GTGTGT-AT-----GTG--------CC-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA------------------T-AGA-AGTC-------CC----CC----CC-----TCTTT---C-------A-GAACAAA------------G-CG-GGT-GTGTAT-GTG-------CCCCC-----------TTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG--------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ACG-----C---CTA-------T--G--C-T--TAAA-TTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TTTC----AGCC-AT-GA-TGA------CTATGGC---AC-----AA---ATA-C----GT----GTA-ATAGA---C-A-T--T----GAACA-CTT-TTCA--GAA-AC--AGCAA--G-CCC--CTG--CC-A--ATTGA-TT--AC--T----CCC--CATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TT---AATT-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : gaGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGT-A-TA----TTGC-CTCCAATTACACATTTTT---C----------CAAGC-TA-CT-AATG--AATTCACTAA------GTTTCTAGTGGAT-CTGAACAGT-----------------------GTCCCTCTG----TGCCTTTT-T---------TT-------C----CTCC---------CTT-TCAA-TT-----T------GC-TTG--------------------T-CAAGGGGGGCATA--CA------GTGTATTAC-----G-G--------CCATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTTAT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT------------------T-AGA------------CC----CC----CCTCTTTCCCTT---C-------A-GAAAAGC------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTGACCGC--CCCCCT-CC-----TTTTTT--TTTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C---TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA--------TAAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-T-ACAACC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-TGAACTAGTT--TGGC---AC---A--A---AT--TAGG-GT----G----TAGAATTT-ATT--TCATTGAAAATCTT-TTCA--A-G-AT--CACAAAAG-GC--TCTGGGCC-AAGGTTGA-TT--AC--TTTCTCCCTTAACCTGGCCAG---TGGGGTC-AGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGG-TCTTA-TGGTGGT----CGGACACTTGC-T-CGGGCG--GCTTTGC-GCGC-CCTCGTAGC--A------GTTATGTGAAAACTAACCGCTTACTTA
gi|6 : cat-CCCCACTT----ATTTGGGTTC----------TAAGTATA-ATGAATG--AT-------AAAT---GTTTA-AGTGGGTAAGTGACAACAGTGGTCTGTGCTATTGCCTTTCGTCTATTCT----T--ATTTTGT---------TTC---T-CT----TCTCAA---TTTGCTTGTCAAA-T-----TAGA-A-GT-TTGCGC-CCAA-TCATC-ATTTGT-CAAAA----AAGA-GTAACTTGGGTG-GT-ACTGATGGCT--------CT-TC------------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------TAT-------------C---TCA--ATTT-------------ATGTC-------T-TTTGTGGTTAAAAATATAGGT-AGACA----------CC----CA----TG-----GGCCT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TGGTGTATAGTG-------CCC--------------TTT--TTT-------------------GG-CATATTG-T-ACAT-----TATCT--T----TTT--AGG--------GAGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-CAAAAG-C--AGTG-ATCATG-----T---CTAT------TG-T--C-TA-T-AA-TTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TAA-AACC-TCTT-----GCC-AT-AG-TG----------TGAT---ACTGTATTACTTATA-TGTGTCT----G-A-A-----------T--T----GAA----TT-TTCA--G-G-AA--AGCAA--G-GCCT--TG---C-A--GTTGATTT--ACGGTTG--TTC--AATC-----AGTACTGG--TC-A-TCCTT-TTT-C-A-T-CA--AAGAA---AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG-----A-TT-C--TAAAATACACACTTTCTT-TGGGt
gi|7 : TA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT---GGG-CATAGAAG-T-CGGGGTGGGGGGGG-----GGGGGCTA-TTGTTTTTGCTCCCCCCTT---C---TTTTGNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------NNN---NNNCAGTATTCCTACTTTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GT-TTGT-T-CC-C-CC---------T-CAAAA----CAGA-GCA------GAGTCT-AT-----GTG--------C------------------------------------------------------------------A-------------------CA--A--T-------------AT----------T-T---------------------AGA-G----------CC----CC----CC-----CCCCC---C-------A-AAAAAAAAATAAAAAAACAG-CA-G-C-GTATATTGTG-------C-------------TTTTTTGCTAT-------------------TG-C---ATG-TCACAT-----T-------------T--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACG-----T---CTA-------TG-ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAGTT---CATT-CTGAA-TAG--AAG----AT-GAT-------------GATTGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CATCT-GTTG-TACAGTT-CACTGTAAGTT-CTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAGC-------------ATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG-CGTAGGAG-C-CGGGGAGGGGAAG-----T-GAGGC-A-T--------C-CCCCTCCC---CATTTTTTGTCAAGTATTATTCAAGC-T--AT-AATG--A
gi|9 : --------CC-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-AAC--------CC----CC----CC-----CCCTT---ataactagtttc
gi|9 : CGTTG-TACAGTT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---tttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
gi|9 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGG---C-ATT-------GAACA-CTT-TTCA--G-GAAT--AGCAggaatagca
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 22222222 11 1111 222222 111 1 11 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 22222 2222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 11111 22222222222222 111111 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111111111 222222222222 44444444444444444444444 3333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 222222222222222222 1111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11 11 1 1111 11 2222222222 1111 333333333 111 444444444444444444 333333333333333 11
lowQualScore : 77 111 11 1 8 3 0 8 8 8 444 00000000 8 11 1 7777 8 555555 111 0 1 1 8 0 8 0 5 7777 77 2 6 22 6 222222222 99 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 666 0 77777 5 5 8888888888 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 555555 00000 0 4 4 4 4 4 11111111111111 4 000000 4 111111 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 2222 88888 77777777777 3 000000000000 4 4 4 4 8 77777777777777777777777 55 1111111111111111111 3 555 3 88888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 777777777777777777 4 4 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 5 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 000000 777 66 5 77 11 5 777 0 66 66 7777 11 1111111111 66 5 5 5 5 5 5 77 1111 000000000 5 5 5 77 888 6 000000000000000000 1 6 8 1 8 8 000000000000000 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... ........ . .. . .... . ...... ... . . . . . . . . .... .. . . .. . ......... .. . ......................................................................................... ... . ... . ..... . . .......... . ....................................................................................................................................................... . ...... ..... . . . . . . .............. . ...... . ...... . ............................................................................................................................................................................... .... .... ..... ........... . ............ . . . . . ....................... .. ................... . ... . ..... ............................................................................... .. ....... . . .. .. . ..... ... .................. . . . . ... . .... . . . . . . ..... . . . .................................................................... . . ...... ... .. . .. .. . ... . .. .. .... .. .......... .. . . . . . . .. .... ......... . . . .. ... . .................. . . . . . . ............... .. . .
lowQualScore : 66 000 00 0 0 2 8 0 0 0 000 44444444 0 00 4 0000 0 888888 888 8 4 0 0 8 0 8 4 7777 77 5 7 33 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 7 000 2 55555 0 0 6666666666 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 444444 00000 8 0 0 0 0 0 55555555555555 0 999999 0 555555 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 9999 33333 44444444444 6 555555555555 0 4 4 4 9 88888888888888888888888 55 0000000000000000000 6 888 3 33333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 444444444444444444 0 0 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 99999 7 7 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 333333 000 99 0 44 99 0 111 0 99 99 5555 99 6666666666 99 0 0 0 7 7 7 99 0000 777777777 7 7 7 99 333 7 777777777777777777 0 7 0 0 0 0 666666666666666 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--AGTGGNT-NNTGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-N-CCNCC-NT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACG-GT----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA-TT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--AGTGGNT-NNTGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-N-CCNCC-NT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACG-GT----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA-TT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAGTT---CCT--CTGAA-TAG--AAGGTGCAT-GATT--G--ATA-AATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCCGT-GGTACAGT--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT---GGG-TGTAGA---T-CGGGGGGGTTGGGG------GGCGC-A-TT----T-GC-CCCCAAT----CATTATT--------------CAAGC-CCTAT-AATG--AA-------ATTACTAGTTT--AGTGGCT-AGTAACTTTA----TT----------TTTCTCTTTTTTTTAACATT--CGTCTGTGCTACCTTTTTC---C-CC----CTTCAA--TTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGT-TTGC-T-CC-AGTCATC-AT---T-CAA------TAGA-GTA------G-GTGTTAT-----TCG--------CC-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CCCCC-CC-----CCCTT---C-------A-GAATAGA------------G-CA-G-T-GTGTA---TG-------CCC-------------TTCT--TTT-------------------GGCC---TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A--------AAGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-CAAAAA-CG-AGTG-GT-ATG-----CTTACTA-------TG-T--A-T--G-CC-TTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GACTGA------CTATGGC---AC---ATTA---ATA--ACG-TT----A-A-TTAAA---C-ATT--T----GAACA-C-T-TTCAGCG-A-AC--AGCAA--G-GCC--CTGC-CC-A--GTTGAGTT--A---T----CCC--AACC-----AG---TGG--TC-A---TTT-TTT-CAA-T-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG-T--TA-T------------CACACTAGCCT-CGGGCG-CGCCAAAT-GCGCGCCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT---GGG-AGTAGGAG-C-CAAAGTGGGGGGGG-----GGGGGA-A-GT------GT-CCCCCCCC---CACTTTTTNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--CTTCTAT---------TTG---CA---------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-T-CCCCCTTT---T-CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------tt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-T-CCCCC-TT---TTCAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------TTT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT------------------T-AGA-A----------
gi|11 : tcta---TTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA--------A-GT---------------T------------------------------------------------T-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACC-----C---CTA-------TG-GTAC-TCAT-CA-T---A-TAAATAACC-CAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|12 : tctatttgcatgtcagatttagaagtttgcccctcccccttttcaatacagagtagtgtgtatgcgcctttctttgtttttttgttttttaattattttttttattattatcatttT--T----GAACA-CTT-TTTA--G-G-AATAACCAA--GCGCCCTCTG--CCCA--ATTGA-TTTCAA--T----CCC--CGTCCC---AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTTTCAA-TTCA--AAGAA--CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGCT--TA-TT-T-------CACCC-CTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGT--CCAA------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgttataaa
gi|13 : -TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T-T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT------------------C-AGA-AGTTTTGCCCCCC----CC----CC-----CCCTT---CCCCATTCG-AAACAGA------------A-CA-T-T-GTCT-T-GTG-------TCTGCC-A------TTTTTA--TTT-------------------AG-C---TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA--------AATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-TAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------TG-A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : tt----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-CTCC-C-CC-C-ACCCC-CT---T-CAAAA----CAGA-GTA------CT---T-AA-----GTG--------TC-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------CTT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-AATAATTG---CC----CC----CC-----CATTG---T-------A-TAACAG
gi|15 : tctttt----CC-----CTCTTATCC-------A-AAACAGA------------G-CACG-T-GTTTAT-TTGTTGTCCTCCCCCCACC-----CCTTTT--TCT-------------------G--C---TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A--------ATGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : TC----TGCC-A--GT-TGA------T--T------AC---NTAA---ATA-C-CT-GT------A-ATAGG---C-ATT-------GAACA-CTT-TTTA--G-GAAT--AGCAA--G-GCC-TCTG--CC-A--GGTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : ----TTT--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-CAAAGA-C--AAGC-AT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-AA-TTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-T-A-AACTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C-----TT--AGAACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC---------------A-C--AGTC-CT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-CA-TCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA--------AA-----------------------------------------------------C--AC-------TT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAGTTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTG----ATTGATG--G--ATATA-TGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCATCCCGTTGGTACTGTTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT---GGC-GGTAGGAATC-CGGGGGGGGGGGGAC--ATGGGGGT-AATT----TTGC-CCCCNNNN---NNNNNNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--CTTTTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GT-TTGC-C-CC-A-TCATC-AT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----TGG--------CCGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-------------C----CC----CC-----CCTTT---C-------A-GAACAG-------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CCCCTTTTTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGC-------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ATG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-ATCGA-TGA------T--TGGCACAAC---ACAC---ATACCACA-GTAGAAA-A-ATACA---G-ATCCAT----GAACA-CTTCTTCA--G-G-AC---GCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCCG-AATC-----A----TGG--TCAA-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG-T--TATTT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCTT--C--A------AG-ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGT---TCCTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATT--GATATA-A-TGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCCGTT-GTACA-TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG-CGTA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TT---------TT---CA--------------------AAGC-T--AT-AATGAAAC-------A------GTTT--AGTGGTT-TCTGACAGTA----TC----------GGTTT-G--CCTTTA----T--TTTCTTT---------TCT---TAGT----CTTCAA---TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A-CCACCGC-CATC-A-CCCCC-TTC--T-CAAAA----CAGAGGCA------GTGTGT-AT-----GTGCCCCCCCCCC-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T-T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT------------------TAAGA-ATTTGCCCCC-CC----CC----CC-----CCCTTC--C-------ACAAACAAA------------G-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T---------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGA---------------T-AGA-A----------CCACCGCCATCACC-----CCCTT---CTC-----A-AAACAGA------------GGCA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----CCTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA--------A--T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCCACAAA-CAAAGTG-CT-ACG-----C---CTA--------A-G--C-T--T-CA-ATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGT-A-A--C-T-TC----A-CC-AT-GA-TGGAC----C--TAAT---G----ACAA---ATA-CAT--GT----A-ATATAGA---CAATG--T----G-ACA-ATT-TTCA----G-AC--AACAA--G-GCCTTCTG--CC-A----TGA-TT--AC--T-----CC--AATC-----A----TGG--TA-A-TC-TT-TTT-CAA-T-CA--A--GA-ACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG-T--TA--T-T--T----CACA-ACTTGCCT-C--GCGACGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGGTC---C--TTCTGAA-TAGAAGGG----AT-GACGAAG--ATA-A-TGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTAT----TTAGC----TT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT---GGGACCTAGGAG-C-TATGGAGGGAC------ATGG---C-A-TT---------CCCCACTT----GTTCNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------TTCTTTCATT----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GT-TTGC-C-CC-A-CCATC-AC---T-CAAA-----CAG--GTA------GTGTGT-AT-----GTG--------CC-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA------------------T-AGA-AGTC-------CC----CC----CC-----TCTTT---C-------A-GAACAAA------------G-CG-GGT-GTGTAT-GTG-------CCCCC-----------TTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG--------AAGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ACG-----C---CTA-------T--G--C-T--TAAA-TTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TTTC----AGCC-AT-GA-TGA------CTATGGC---AC-----AA---ATA-C----GT----GTA-ATAGA---C-A-T--T----GAACA-CTT-TTCA--GAA-AC--AGCAA--G-CCC--CTG--CC-A--ATTGA-TT--AC--T----CCC--CATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TT---AATT-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : gaGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGT-A-TA----TTGC-CTCCAATTACACATTTTT---C----------CAAGC-TA-CT-AATG--AATTCACTAA------GTTTCTAGTGGAT-CTGAACAGT-----------------------GTCCCTCTG----TGCCTTTT-T---------TT-------C----CTCC---------CTT-TCAA-TT-----T------GC-TTG--------------------T-CAAGGGGGGCATA--CA------GTGTATTAC-----G-G--------CCATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTTAT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT------------------T-AGA------------CC----CC----CCTCTTTCCCTT---C-------A-GAAAAGC------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTGACCGC--CCCCCT-CC-----TTTTTT--TTTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C---TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA--------TAAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-T-ACAACC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-TGAACTAGTT--TGGC---AC---A--A---AT--TAGG-GT----G----TAGAATTT-ATT--TCATTGAAAATCTT-TTCA--A-G-AT--CACAAAAG-GC--TCTGGGCC-AAGGTTGA-TT--AC--TTTCTCCCTTAACCTGGCCAG---TGGGGTC-AGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGG-TCTTA-TGGTGGT----CGGACACTTGC-T-CGGGCG--GCTTTGC-GCGC-CCTCGTAGC--A------GTTATGTGAAAACTAACCGCTTACTTA
gi|6 : cat-CCCCACTT----ATTTGGGTTC----------TAAGTATA-ATGAATG--AT-------AAAT---GTTTA-AGTGGGTAAGTGACAACAGTGGTCTGTGCTATTGCCTTTCGTCTATTCT----T--ATTTTGT---------TTC---T-CT----TCTCAA---TTTGCTTGTCAAA-T-----TAGA-A-GT-TTGCGC-CCAA-TCATC-ATTTGT-CAAAA----AAGA-GTAACTTGGGTG-GT-ACTGATGGCT--------CT-TC------------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------TAT-------------C---TCA--ATTT-------------ATGTC-------T-TTTGTGGTTAAAAATATAGGT-AGACA----------CC----CA----TG-----GGCCT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TGGTGTATAGTG-------CCC--------------TTT--TTT-------------------GG-CATATTG-T-ACAT-----TATCT--T----TTT--AGG--------GAGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-CAAAAG-C--AGTG-ATCATG-----T---CTAT------TG-T--C-TA-T-AA-TTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TAA-AACC-TCTT-----GCC-AT-AG-TG----------TGAT---ACTGTATTACTTATA-TGTGTCT----G-A-A-----------T--T----GAA----TT-TTCA--G-G-AA--AGCAA--G-GCCT--TG---C-A--GTTGATTT--ACGGTTG--TTC--AATC-----AGTACTGG--TC-A-TCCTT-TTT-C-A-T-CA--AAGAA---AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG-----A-TT-C--TAAAATACACACTTTCTT-TGGGt
gi|7 : TA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT---GGG-CATAGAAG-T-CGGGGTGGGGGGGG-----GGGGGCTA-TTGTTTTTGCTCCCCCCTT---C---TTTTGNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--NNNNNNN-NNNNNNNNNN----NN----------NNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------NNN---NNNCAGTATTCCTACTTTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GT-TTGT-T-CC-C-CC---------T-CAAAA----CAGA-GCA------GAGTCT-AT-----GTG--------C------------------------------------------------------------------A-------------------CA--A--T-------------AT----------T-T---------------------AGA-G----------CC----CC----CC-----CCCCC---C-------A-AAAAAAAAATAAAAAAACAG-CA-G-C-GTATATTGTG-------C-------------TTTTTTGCTAT-------------------TG-C---ATG-TCACAT-----T-------------T--AGA--------A-GT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACG-----T---CTA-------TG-ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAGTT---CATT-CTGAA-TAG--AAG----AT-GAT-------------GATTGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CATCT-GTTG-TACAGTT-CACTGTAAGTT-CTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAGC-------------ATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG-CGTAGGAG-C-CGGGGAGGGGAAG-----T-GAGGC-A-T--------C-CCCCTCCC---CATTTTTTGTCAAGTATTATTCAAGC-T--AT-AATG--A
gi|9 : --------CC-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-AAC--------CC----CC----CC-----CCCTT---ataactagtttc
gi|9 : CGTTG-TACAGTT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---tttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
gi|9 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGG---C-ATT-------GAACA-CTT-TTCA--G-GAAT--AGCAggaatagca
blockSeqs : AT GC . T . T . A A GCA TCCCCTTC C AA T . T TGAT TA A T T A A TCCC GG G T GT G AAATTTAA TT C CATTAAAAAAAACACAACATTAGTCTGACAATGAAACGACAGTCTTCA TTT A TC GTTCA T A TGTTTTTGCT C TATTTGGGTTCTAAGTATAATGAATGATAAATGTTTAAGTGGGTAAGTGACAACAGTGGTCTGTGCTATTGCCTTTCGTCTATTCTTATTTTGTTTCTCT A CTTTTT TTAGA . . A G A AATCATCATTTG T GGGGGG G ACTTGG T GCGCCTTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTAATTATTTTTTTTATTATTATCATTTTTGTCACAATATTTTTTAGAA ACCG ATCA TCTTT CCCCATTC C AATAAAAAAACA G C G G A TTGTCCTCCCCCCACCCC GC TATATTTTTAACGCTTTTC . ATA . ACCGG CTTTTAATAATTTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC CC CTCACAA C A AA GG C TTTTT . CATTGTATGTGCAT A A A . TAA A TATG . G A C G T TATGG G C . ATTGGCACAACACACATACCACAGTAGAAAAATACAGATCCAT T C GGA ATA AA C CT GG C AGG T TC GG TTCT TT TGGCCAG GG A G A T T T GA AGGA TCTAGTTGG C C A TT GAT . TCTTATGGTGGT C T A A C . CAGTCGTCACT AC G A
blockSeqs : T CC . A . C . . . . TCCTT . . G . . GAAG A T A . . A CTCC AG G . GC . ACATGTG . G CATTAAAAAACAAACGTTGGTTTGTAGATA . . CG ACA . . TTTGC N TGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTTTCATT A TTTT . . . . . . TCCCCCTTT . TA . . . TGATGGCTCTTCTTAATTATGTGGGATTTATCTCAATTTATGTCTTTTGTGGTTAAAAATATAGGTAGACA . . . ATCC . . . . . . T CCCCCCCCCCTTTTT . . . . . . TCTTTTTAGGGAGTTCTGGCCCAAGTTT . GATCCT . . . C . . . TGGTACTCA . . A . AGT . . . . . . . C T . . . AACTAGTTTGGCACAAATTAGGGTGTAGAATTTATTTCATT . . GAA T . . TT . . A . . . TG G AGTAC . . . . . . . . AAA TT . . . . C . ATTCTAAAA C . . A . . AGCAGTT . . G
blockSeqs : C C . G . C . . . . CATT . . G . . GG A G T . . . TCT G G . GT . ATTTAA . C CCCATTAATAAATAACAGTCTTCAA . . C GA . . ATTGC A TCTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGTA A TTT . . . . . . ACCCCCTTC . TA . . . GGCCATTTTAAATTATTTTATTTATTCCGCAGTCTTATGCTGTCTACTTTTAGA . . . CTC . . . . . . . ACCGCCCCCCTCCTT . . . . . . TATAGAAATTATAGACAAATTTACATC . . . . . C . . . TTGTCTA . . A . AAG . . . . . . . T A . . . GACCTAATGACAAATACATGTAATATAGACAATGT . . GGA C . . TT . . G . . . . . CCAG . . . . . . . . GAA . . . . . . . TTATTTTT C . . A . . CCAAAG . . A
blockSeqs : T C . A . . . . . . CTT . . A . . . . G G . . . T G . . G . GAATTA . A AGCAATAATAAAATTCC . . C G . . TGT A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTGTTTCCACC A TTT . . . . . . TCCCCCTT . AA . . . GTGCCTTTTAATATTTATTTATTCAATTTATGCTTGTCACATTATAGAAGTC . . . CC . . . . . . . CCCCCCCCCC . . . . . . CTTAGAACTTTTTGAAGTTTG . . . . . C . . . TGACTG . . A . AAG . . . . . . . C A . . . TGATACTGTATTACTTATATGTGTCTGAATT . . GG C . . T . . G . . . . . AG . . . . . . . . AA . . . . . . . CTTATTT T . . T . . CAAG . . T
blockSeqs : G . . . . TTTT . . . . T A . . TTT A CCACTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCTATTTGCA A TTT . . . . . . CACCCCCT . AA . . . GTGCCCCCCCCCCTTTTTTTGGCTTGTCACATTCTTAAGAATTTGCCCCC . . . T . . . . . . . TCTGCCATT . . . . . . CTTAAGAATTTGCCCCCCCCC . . . . . C . . . TGGCT . . C . AAG . . . . . . . C A . . . ACTATGGCACAAATACGTGTAATAGACATT . . GG C . . T . . A . . . . . AG . . . . . . . . AA . . . . . . . TTATTT . .
blockSeqs : . . C G . . T C TACACATTTTTCCAAGCTACTAATGAATTCACTAAGTTTCTAGTGGATCTGAACAGTGTCCCTCTGTGCCTTTTTTTC T TTT . . . . . . ATCATCAT . AA . . . GTGTCACTGTGTATGCTTGTCACGTTATTTTTAGAAATAATTG . . . C . . . . . . . CCCCC . . . . . . ACCATCTTTAAATGTTTAC . . . . . C . . . AGCT . . C . AGA . . . . . . . . A . . . ATTACNTAAATACCTGTAATAGGCATT . . AG T . . T . . G . . . . . A . . . . . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . C T TCAAAGCTATAATGAAACAGTTTAGTGGTTTCTGACAGTATCGGTTTGCCTTTATTTTCTTTTCTTAGT . . . . . . . . ACCATCAC . AA . . . TGGCCGTTTTAATTATTTATTTATGTCAATATTTTTAGA . . . C . . . . . . . CCC . . . . . . CTTTAGGCAAGTTC . . . . . G . . . TGCT . . C . . . . . . . GG A . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CCC . AA . . . GTGCACAATATTTAGAG . . . C . . . . . . . CTT . . . . . . TTTTTTAGAAGTT . . . . . G . . . TGT . . . . . . . . G T
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . . . CTTTTAGAAGTCC . . . . . G . . . TGT . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . TAGAAGTCC . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . TTTAGAAA . . . . . C . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T* ** CCTT**** **** G***** A** TCC* G* GT TTTGC***** NCCCCCNT****** AA**** **** ** *** TGGCT************* GG**** TT ** TTATTT************ CAGTG**********
originalCons : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTT---CCTTTCTGAA-TAG--GGG----AT-GATN--G--ATA-A-TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCCCGTTGGTACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--AGTGGNT-NNTGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CC-N-CCNCC-NT---T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACG-GT----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA-TT-T--T----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCGT--C--A------AGTATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
finalCons : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTCT-GA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAGTTCCTT----CTGAA-TAG--GGG----AT-GATG-----ATAA--TGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCATCC-GTTG-TACAGTT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TTTTGC-----CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--AGTGGNT-NNTGACAGTA----TC----------NNTTTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCNCCCCCNT------T-CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT------------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-T-GTGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA--------AAGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTATGGCT-------------T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-T-A-AACC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACG-GT----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCAGG----AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGGTTATTT------------CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAGC-GCGC-CCTCGTCAGTG----------ATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 11 111 1111 11 44444444444444 1 11 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 22222 2222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111 111111111111 111111 111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111111111 222222222222 44444444444444444444444 3333333333333333333 2222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 222222222222222222 1111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11 11 1 1111 11 2222222222 1111 333333333 111 33333333333333333333 44444444444444 11
lowQualScore : 11 111 11 1 8 3 0 8 8 8 444 8 4444 0 8 8 11 1 8 8 8 33333333333333 99 1 1 8 0 8 0 5 8 6 6 6 6 22 6 222222222 99 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 5 666 0 77777 5 5 8888888888 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 777 5 00000 0 4 4 4 4 4 44 888888888888 000000 4 111111 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 2222 88888 77777777777 3 000000000000 4 4 4 4 8 77777777777777777777777 55 1111111111111111111 3 555 3 88888 3333333333 44 0 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 8888888 3 3 77 44 3 88888 555 777777777777777777 4 4 5 4 333 8 0000 5 5 5 5 5 1 22222 5 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 000000 777 66 5 77 11 5 777 0 66 66 7777 11 1111111111 66 5 5 5 5 5 5 77 1111 000000000 5 5 5 77 888 6 22222222222222222222 1 6 8 1 8 8 33333333333333 11 8 1
lowQualScore : .. ... .. . . . . . . . ... . .... . . . .. . . . . .............. .. . . . . . . . . . . . . .. . ......... .. . ......................................................................................... ... . ... . ..... . . .......... . ........................................................................................................................................................ . ... . ..... . . . . . . .. ............ ...... . ...... . .............................................................................................................................................................................. .... .... ..... ........... . ............ . . . . . ....................... .. ................... . ... . ..... .......... .. . . ............................................................ .. ....... . . .. .. . ..... ... .................. . . . . ... . .... . . . . . . ..... . . . .................................................................... . . ...... ... .. . .. .. . ... . .. .. .... .. .......... .. . . . . . . .. .... ......... . . . .. ... . .................... . . . . . . .............. .. . .
lowQualScore : 88 000 00 0 0 2 8 0 0 0 000 0 8888 8 0 0 00 4 0 0 0 88888888888888 22 4 0 0 8 0 8 4 0 7 7 7 7 33 7 777777777 22 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 7 000 2 55555 0 0 6666666666 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 999 4 00000 8 0 0 0 0 0 00 000000000000 999999 0 555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 9999 33333 44444444444 6 555555555555 0 4 4 4 9 88888888888888888888888 55 0000000000000000000 6 888 3 33333 3333333333 22 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 8888888 3 3 99 33 3 33333 888 888888888888888888 0 0 5 0 666 9 6666 7 7 7 7 7 7 99999 7 7 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 333333 000 99 0 44 99 0 111 0 99 99 5555 99 6666666666 99 0 0 0 7 7 7 99 0000 777777777 7 7 7 99 333 7 88888888888888888888 0 7 0 0 0 0 44444444444444 00 0 0
consensus : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-CGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAG-TT---CCTTC-TGAA-TAG--GGGAT-G-A-TG--A---T-----A-ATGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCA-TCC-GTTG-TACAG-TT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--A-GTGGNTNN-TGACAGTA----TCTGT----------TTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCNCCC-CC-NT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA-A--------AGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACGG-T----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA--T--T--T-----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C-AGT-G-----ATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
Reference ( family-732 ) : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTNAATCCC-GCTGCAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---CAG-TT---CCTTC-TGAA-TAG--GGGAT-G-A-TG--A---T-----A-ATGATTGANGA-AATTGGA-TTAATCAAGAGCCA-TCC-GTTG-TACAG-TT-CACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCG-A-TTTAAG--CTTCATGAAGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----ACAT---GGG-CGTAGGAG-C-CGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TTGC-CCCCACTT---CATTTTTTGTC----------CAAGC-TA-AT-AATG--AN-------A------GTTT--A-GTGGNTNN-TGACAGTA----TCNNT----------TTCGTCCCTTTN----T--CTTCTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCNCCC-CC-NT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CC----CC-----CCCTT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----TTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGA-A--------AGT---------------T--------------------C------------CCC--CC-------TT-CAAAAA-C--AGTN-CT-ACG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-TAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GA-TGA------C--TGGC---AC---ATAA---ATA-CACGG-T----G-A-ATAGA---C-ATT--T----GAACA-CTT-TTCA--G-G-AC--AGCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--CA---AG-TGGG-T--TA--T--T--T-----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C-AGT-G-----ATGTGAAA--TAACC-CTTACNTA
gi|1 : TCGCACGGTTCCGCTGTTC--GA-G-ACAGATAAGCTCATTTTAATCCCTGCTGCAGTAAT-TTC-TGATGTTGGCA---CAG-TT---CCT-C-TGAA-TAG--AAGGT-GCA-TG--A---TTGATAA-ATG--TAAAGA-AAT-GGA-TTAATCA---GCCA-CCC-GTGG-TACAG-T--CACTGTAA-TTTCTAC-AAGGCTCG-A-TGTA-G--CTTCATGAAGCATTGAAAAAACCCATCATTGTTTGACACA--A---------------T--AA----TA----T-----------CTTCA----------CAT---GGG-TGTAGA---T-CGGGGGGGTTGGGG------GGCGC-A-TT----T-GC-CCCCAAT----CATTATT--------------CAAGC-CCTAT-AATG--AA-------ATTACTAGTTT--A-GTGGCTAG-TAACTTTA----TTTTT----------CTCTTTTTTTTAACATT--CGTCTGTGCTACCTTTTTC---C-CC----CTTCAA--TTT-GCTTGTAAAATT-----TAGATATGT-TTGC-T-CCAGTCATC-AT-T---CAA------TAGA-GTA------G-GTGTTAT-----TCG--------CC-TT------------------TTATA------TTATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTTTATGCTTGTCCAT----------T-TT-----------------T-AGA-A----------CC----CCCCC-CC-----CCCTT---C-------A-GAATAGA------------G-CA-G-TG-TGTA---TG-------CCC-------------TTCT--TTT-------------------GGCC---TTGTTCACAT-----TA-----CAACATTT--A-A-A--------AGT---------------TTGCCCCC-------------C------------CCC--CC-------CT-CAAAAA-CG-AGTG-GT-ATG-----CTTACTA-------TG-T--A-T--G-CC-TTCAATTCAAAAGTCACAT----AAATGT-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-AT-GACTGA------CTATGGC---AC---ATTA---ATA--ACGT-T----A-A-TTAAA---C-ATT--T----GAACA-C-T-TTCAGCG-A-AC--AGCAA--G-GCC--CTGC-CC-A--GTTGAGTT--A---T----CCC--AACC-----AG---TGG--TC-A---TTT-TTT-CAA-T-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-G--CA---AGTTGGG-T--TA--T-------------CACACTAGCCT-CGGGCG-CGCCAAA-TGCGCGCCTCGT--CAAGT-------ATGTGAAA--TAA-C-CTTACTTA
gi|10 : CAT---GGG-AGTAGGAG-C-CAAAGTGGGGGGGG-----GGGGGA-A-GT------GT-CCCCCCCC---CACTTTTTNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NNNNN----------NNNNNNNNNNNN----N--CTTCTAT---------TTG---CA---------------------TGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCTCCC-CCTTT-T---CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------tt
gi|11 : agtagcaaatggggtactTTTGCATGTCAGATT-----TAGA-A-GT-TTGC-C-CCTCCC-CC-TT-TT--CAATA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----GCG--------CC-TTTCTTTGTTTTTTTGTTTTTTA-A------TTATTTTTTTTATTATTATCATT---------TTT-------------G---TCACAA--T-------------ATT---------T-TT-----------------T-AGA-A----------
gi|11 : tcta---TTG-TCACAA-----TA-----T----TTTTTAGA-A---------GT---------------T------------------------------------------------T-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACC-----C---CTA-------TG-GTAC-TCAT-CA-T---A-TAAATAACC-CAgtttcaaaaacagtcctacccctatggtactcatcatataaataacccagttataaa
gi|12 : tctatttgcatgtcagatttagaagtttgcccctcccccttttcaatacagagtagtgtgtatgcgcctttctttgtttttttgttttttaattattttttttattattatcatttT--T----GAACA-CTT-TTTA--G-G-AATAACCAA--GCGCCCTCTG--CCCA--ATTGA-TTTCAA--T----CCC--CGTCCC---AG---TGG--TC-A-TCTTT-TTTTCAA-TTCA--AAGAA--CAATGTATC---------GCT-GCG-A--CAC--AG-TGGGCT--TA--T--T--T-----CACCC-CTTGCCTTCGGGCG-CGCAAAGCCGCGC-CCTCGTC-C-AAA-G-----ATGTGAAA--TAACC-CTTACATAgttataaa
gi|13 : -TT------------------TTA-A------TTTCTT--------------TTC---------T-T-------------G---TCA-----C-------------AC----------TATT-----------------C-AGA-AGTTTTGCCCCCC----CC----CC-----CCCTT---CCCCATTCG-AAACAGA------------A-CA-T-TG-TCT-T-GTG-------TCTGCC-A------TTTTTA--TTT-------------------AG-C---TTG-CCACAT-----TA----------TAT--AGA-A--------ATTATAGACAAATTTACAT--------------------C------------CCC--CC-------CC-TAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------TG-A--C-TG-T-C--TTTAA-cc
gi|14 : tt----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----TAGA-A-GT-CTCC-C-CCCACC-CC-CT-T---CAAAA----CAGA-GTA------CT---T-AA-----GTG--------TC-------------------------A------CTGTGT--------------ATG---------CTT-------------G---TCA--CGTT-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-AATAATTG---CC----CC----CC-----CATTG---T-------A-TAACAG
gi|15 : tctttt----CC-----CTCTTATCC-------A-AAACAGA------------G-CACG-TG-TTTAT-TTGTTGTCCTCCCCCCACC-----CCTTTT--TCT-------------------G--C---TTG-TCATACACCGGTAACCATC----TTT--A-A-A--------TGT---------------TTA------------------C------------CCC--CC-------tcccacgcctatgatatttaa
gi|16 : TC----TGCC-A--GT-TGA------T--T------AC---NTAA---ATA-C-CTG-T------A-ATAGG---C-ATT-------GAACA-CTT-TTTA--G-GAAT--AGCAA--G-GCC-TCTG--CC-A--GGTGA-TT--AC--T----CCC--AATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-Tccccctttttcttcaaaaa
gi|17 : ----TTT--AGA-A---------GT---------------C--------------------C------------CCCCCCC-------TT-CAAAGA-C--AAGC-AT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-AA-TTAAA-TAA----TCACATTATGAAAT-T-TA-AA-CTGTTTC----AG
gi|18 : ttG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TT---AGA-ACTTTTTGAAGT---------------T--------------------TG-----------CCC--CC---------------A-C--AGTC-CT-ACG-----C---CTA-------TG------T--T-CA-TCT-A-TAAAAGTTC-TAT----A
gi|19 : TTTGT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA----------TTT--AGA-A--------A-----------------------------------------------------C--AC-------TT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACA-----C---CTA-------
gi|2 : TTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-C-ACAGGTAAGC--ATTTTAATCCT-G-TGCAG-AAT-TTCATGATGTCGGCAGCACAG-TTTCCCCTTCCTGAACTAG--GTGATTG-A-TGG-A---T-----ATATGATTAATAA-AATTGGAATTAATCAAAAGCCA-TCCCGTTGGTACTG-TTTCACTGTAAGTTTCTAC-AAGCCTCA-AATTTAAGTTCTTCATGAGGC-----------CCATTA-------ATA-A--A---------------T--AA----CA---GT-----------CTTCA---A-----GCAT---GGC-GGTAGGAATC-CGGGGGGGGGGGGAC--ATGGGGGT-AATT----TTGC-CCCCNNNN---NNNNNNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NNNNN----------NNNNNNNNNNNN----N--CTTTTGT---------TTC---CACC----CTTCAA--TTTTGCTTGTCAAATT-----TAAA-A-GT-TTGC-C-CCATCA-TC-AT-T---CAAAA----CAGA-GTA------GTGTGT-AT-----TGG--------CCGTT------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TAT-------------G---TCA--A--T-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-------------C----CC----CC-----CCTTT---C-------A-GAACAG-------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CCCCTTTTTTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--AGGCA--------AGT---------------T--------------------C------------CCC--GC-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ATG-----C---CTA-------TG-G--C-T--T-CA-TTTAA-GAAAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TCTC----AGCC-ATCGA-TGA------T--TGGCACAAC---ACAC---ATACCACAG-TAGAAA-A-ATACA---G-ATCCAT----GAACA-CTTCTTCA--G-G-AC---GCAA--G-GCCTTCTG--CC-A--GTTGA-TT--AC--T----CCCG-AATC-----A----TGG--TCAA-TCTTT-TTT-CAA-T-CA--AAGAA-ACAATGTATC---------G-T-GCC-A--CA---AG-TGGG-T--TATTT--T--T-----CACACACTTGCCT-CGGGCG-CGCAAAG-CGCGC-CCTCTT--C-AA--G-----ATGTGAAA--TAACC-CTTACGTA
gi|3 : TTGTCGCACGGTTTCGCTGTTCATGAGC-ACAGGTAAG---ATTTAAATCCC-GTGGC-G-AATATTC-TGATGTCGGCA---CAGGTT---CCTTC-TGAA-TAG--GGGAT-G-ATTGATA---T-----A-ATGACTTAAAATAATT-GA-TTAATCAAG---CACTCC-GTTG-TACA--TT-CACTGTAA---TCTACGAGGCCT---A-TTTAAG--GT--ATGAAG-------------CATTA-------AAA-A--AAACACAACATTAGTCT--GA----CA---ATGAAACGACAGTCTTC----A-----ACAT----GG-CGTA-GAG-CGGGGGGGGGGGGGGG---ATGGGGGC-A-TT----TT---------TT---CA--------------------AAGC-T--AT-AATGAAAC-------A------GTTT--A-GTGGTTTC-TGACAGTA----TCGGT----------TT-G--CCTTTA----T--TTTCTTT---------TCT---TAGT----CTTCAA---TTTGTTTGTCAAATTTTAGATAGA-A-CCACCGC-CATCACCC-CC-TTCT---CAAAA----CAGAGGCA------GTGTGT-AT-----GTGCCCCCCCCCC-TT------------------TT------------TTT--------------GGC---------T-T-------------G---TC---A--C-------------AT----------T-CT-----------------TAAGA-ATTTGCCCCC-CC----CC----CC-----CCCTTC--C-------ACAAACAAA------------G-
gi|3 : ATTT--------------GTT---------T---------------G---TCA--A----------------AT----------T-TTAGA--------------T-AGA-A----------CCACCGCCATCACC-----CCCTT---CTC-----A-AAACAGA------------GGCA-G-TG-TGTAT-GTG-------CCCCCC-CC-----CCTTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----T------C----TTA--AGA-A----------T---------------TTGCCCCCCCC----------C------------CCC--CC-------TTCCACAAA-CAAAGTG-CT-ACG-----C---CTA--------A-G--C-T--T-CA-ATGAT-CAAAAAGTC-CAT----CAAT-TGTA-A---C-T-TC----A-CC-AT-GA-TGGAC----C--TAAT---G----ACAA---ATA-CAT-G-T----A-ATATAGA---CAATG--T----G-ACA-ATT-TTCA----G-AC--AACAA--G-GCCTTCTG--CC-A----TGA-TT--AC--T-----CC--AATC-----A----TGG--TA-A-TC-TT-TTT-CAA-T-CA--A--GA-ACAATGTATC---------G-T-GCGAA--CA---AG-TGAG-T--TA--T--T--T-----CACA-ACTTGCCT-C--GCGACGCAAAG-CGCGC-CCTCGT--C-AGTCGTCACTATGTGAAA--TAACC-CTTACATAtgctacgcctaagcttcaatgatcaaaaagtccatcaattgtaacttcaccatgatggacctaatgacaaatacatgtaatatagacaatgtgacaattttcagacaacaaggccttctgccatgattactccaatcatggtaatctttttcaatcaagaacaatgtatcgtgcgaacaagtgagttatttcacaacttgcctcgcgacgcaaagcgcgccctcgtcagtcgtcactatgtgaaataacccttacatat
gi|4 : ttgtcgcacggtttcgctgttcatgagcacaggtaagatttaaatcccgtggcgaatattctgatgtcggcacaggttccttctgaataggggatgattgatataatgacttaaaataattgattaatcaagcactccgttgtacattcactgtaatctacgaggcctatttaaggtatgaagcattaaaaaaaacacaacattagtctgacaatgaaacgacagtcttcaacatggcgtagagcgggggggggggggggatgggggcattttttcaaagctataatgaaacagtttagtggtttctgacagtatcggtttgcctttattttcttttcttagtcttcaCGCACGGTTCCGCTGTTT-CAC-C-ACAGGTAAGC--ATTTGAATCCT-GCTGTAG-AAT-TTC-TGATGTCGGCA---GGG-T----CCTTC-TGAA-TAGAAGGGAT-G-A-CG--AAGAT-----A-ATGATTGATGG-AATTGGA-TTAATCAAGAGCTA-T----TT-----AGCTT-CA-TG-AAGCATTTAA-AAAACACACA-TGTG-G--TTTGACAACGA-----------GCAATA-------ATA-A--A-------------------------A---TT-----------CC------------ACAT---GGGACCTAGGAG-C-TATGGAGGGAC------ATGG---C-A-TT---------CCCCACTT----GTTCNNNNNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NNNNN----------NNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------TTCTTTCATT----CTTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT-----T-GA-A-GT-TTGC-C-CCACCA-TC-AC-T---CAAA-----CAG--GTA------GTGTGT-AT-----GTG--------CC-TT------------------TTA-A------T-ATTT--------------ATT---------TAT-----------------TCA--A--TTT-----------ATGCTTGTCACAT-TA-----------------T-AGA-AGTC-------CC----CC----CC-----TCTTT---C-------A-GAACAAA------------G-CG-GGTG-TGTAT-GTG-------CCCCC-----------TTTT--TTT-------------------GG-C---TTG-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAG-A--------AGT---------------C--------------------C------------CCC--GT-------TT-CAAAAA-C--AGTG-CT-ACG-----C---CTA-------T--G--C-T--TAAA-TTTCA-T-AAAAGTC-CAT----AAAT-T-TA-AA-CC-TTTC----AGCC-AT-GA-TGA------CTATGGC---AC-----AA---ATA-C---G-T----GTA-ATAGA---C-A-T--T----GAACA-CTT-TTCA--GAA-AC--AGCAA--G-CCC--CTG--CC-A--ATTGA-TT--AC--T----CCC--CATC-----AG---TGG--TC-A-TCTTT-TT---AATT-CA--AAG-A-ACAATGTATC---------G-T-GCG-A--t
gi|5 : gaGGGTGGGTGAGTGTTCATGGGGGT-A-TA----TTGC-CTCCAATTACACATTTTT---C----------CAAGC-TA-CT-AATG--AATTCACTAA------GTTTCTA-GTGGATCT-GAACAGT-----------------------GTCCCTCTG----TGCCTTTT-T---------TT-------C----CTCC---------CTT-TCAA-TT-----T------GC-TTG-----------------T---CAAGGGGGGCATA--CA------GTGTATTAC-----G-G--------CCATT------------------TTA-AATTATTTTATTT--------------ATTCCGCAGTCTTAT-------------GCTGTC------T-------------AC----------T-TT-----------------T-AGA------------CC----CC----CCTCTTTCCCTT---C-------A-GAAAAGC------------G-CA-G-TG-TGTAT-GTGACCGC--CCCCCT-CC-----TTTTTT--TTTTATATTTTTAACGCTTTTCGT-C---TTT-TCACAT-----TA-----C----TTT--TAA-T--------AAT---------------TTCTTGCACGGGCTTGGCTCTC------------CCC--CC-------TT-CAAAAAAC--AGTGGCT-ATGTTTTTC---CTACATTGTATGTG--CAT--T-CAATTTCA-TAAAAGATC-CAT----GAAT-T-TACAA-CC-TCTCTATGGGCCGAT-GA-TGAACTAGTT--TGGC---AC---A--A---AT--TAGGG-T----G----TAGAATTT-ATT--TCATTGAAAATCTT-TTCA--A-G-AT--CACAAAAG-GC--TCTGGGCC-AAGGTTGA-TT--AC--TTTCTCCCTTAACCTGGCCAG---TGGGGTC-AGTCTTTATCT-CAA-T-CAGAAAGAGGACAATGTATCTT-------G-TCGCG-ATTCA---AG-TGGG-TCTTA--TGGTGGT-----CGGACACTTGC-T-CGGGCG--GCTTTG-CGCGC-CCTCGTAGC-AGT-T-----ATGTGAAAACTAACCGCTTACTTA
gi|6 : cat-CCCCACTT----ATTTGGGTTC----------TAAGTATA-ATGAATG--AT-------AAAT---GTTT--AAGTGGGTAAGTGACAACAGTGGTCTGTGCTATTGCCTTTCGTCTATTCT----T--ATTTTGT---------TTC---T-CT----TCTCAA--TTT-GCTTGTCAAATT------AGA-A-GT-TTGCGC-CCAATCATC-AT-TTGTCAAAA----AAGA-GTAACTTGGGTG-GT-ACTGATGGCT--------CT-TC------------------TTA-A------TTATGTGGG-----------ATT---------TAT-------------C---TCA--A--TTT-----------ATGTCT------T-TTGTGGTTAAAAATATAGGT-AGACA----------CC----CA----TG-----GGCCT---C-------A-GAACAGA------------G-CA-G-TGGTGTATAGTG-------CCC--------------TTT--TTT-------------------GG-CATATTG-T-ACAT-----TA-----TCTT-TTT--AGG-G--------AGT---------------T--------------------CTGGCCCAAGTTTCCC--CCGATCCT-TT-CAAAAG-C--AGTG-ATCATG-----T---CTA-------TT-GT-C-TA-T-AA-TTTCA-GAAA---TC-T-T----AAAT-T-TA-AAACC-TCTT-----GCC-AT-AG-TG----------TGAT---ACTGTATTACTTATA-TGTGTCT----G-A-AT-------------T----GAA----TT-TTCA--G-G-AA--AGCAA--G-GCCT--TG---C-A--GTTGATTT--ACGGTTG--TTC--AATC-----AGTACTGG--TC-A-TCCTT-TTT-C-A-T-CA--AAGAA---AATATATCTCTAGTTGGG-T-GCG-A---AGATAG-TGGG-----A--T--T--CTAAAATACACACTTTCTT-TGGGt
gi|7 : TA-------CTA-A--A---------------TCCAG----CACATGT-----------ATTCA---ACTTTGACAT---GGG-CATAGAAG-T-CGGGGTGGGGGGGG-----GGGGGCTA-TTGTTTTTGCTCCCCCCTT---C---TTTTGNN----------NNNNN-NN-NN-NNNN--NN-------N------NNNN--N-NNNNNNNN-NNNNNNNN----NNNNN----------NNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN---------NNN---NNNCAGTATTCCTACTTTTTGATTGTCACATT-----TAGA-A-GT-TTGT-T-CCCCC--------T---CAAAA----CAGA-GCA------GAGTCT-AT-----GTG--------C------------------------------------------------------------------A-------------------CA--A--T-------------AT----------T-T--------------------AGA-G----------CC----CC----CC-----CCCCC---C-------A-AAAAAAAAATAAAAAAACAG-CA-G-CG-TATATTGTG-------C-------------TTTTTTGCTAT-------------------TG-C---ATG-TCACAT-----T-------------T--AGA-A---------GT---------------C--------------------C------------CCC--CCCTCACAATT-CAAAAA-C--AGTC-CT-ACG-----T---CTA-------TG-ttgtcgttcaagaattgtgaaaagtaccttactagtgttt
gi|8 : acaaacagtaatgaatagaaTGTCGCACGGTTCCGCTGTTC-TGA-CCACAGGTAAGC--ATTTAAACCCC-CCTGCAG-AAT-TTC-TGATCTCGGCA---CAG-TT---CATTC-TGAA-TAG--AAGAT-G-A-TG--A---T------------TGAGGA-AATTGGA-TTAATCAAG---CA-TCT-GTTG-TACAG-TT-CACTGTAAGTT-CTAC-AAGCCTCT---TTT--G--CTTCATAAAGC-------------ATTA-------AAA-A--A---------------C--AAACGTTG---GT-----------TTGTAGATA-----ACATTTTAGG-CGTAGGAG-C-CGGGGAGGGGAAG-----T-GAGGC-A-T--------C-CCCCTCCC---CATTTTTTGTCAAGTATTATTCAAGC-T--AT-AATG--A
gi|9 : --------CC-TA------------------TTA-A------TTATTT--------------ATT---------TATTTAATTTTTGCTTG---TCA-----C-------------AT----------T-TT-----------------T-AGA-AAC--------CC----CC----CC-----CCCTT---ataactagtttc
gi|9 : C-GTTG-TACAG-TT-CACTATAAG-TTCTAC-AAGCTTCG-A-ATT-AG--CTTAATGAAGC-----------C---TN-------ATA-GGCA---------------TTGAA----CA---CT-----------TTTCA---tttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttgtacagttcactataagttctacaagcttcgaattagcttaatgaagcctnataggcattgaacacttttcaggaatagca
gi|9 : cctattaattatttatttatttaatttttgcttgtcacatttttagaaacccccccccctttttcagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGG---C-ATT-------GAACA-CTT-TTCA--G-GAAT--AGCAggaatagca