lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55 11 333333 9999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1111 11 1111 1 111111 111 555555555555555555555555 3333333333333333333333 1111111 1111 11 2222222 111 111111111 11111111111111111111111111 222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6 55 6 2 88 2 222222 3 77 4 3 66 6666666666666666666666666666666666666666666666 66666 3 5 4444444 0000 66 3 5 3 2 5 2 8888 2 2 2 55555 2 2 2 2 333 222222 2 55555 55 000 999999999999999999999999 4 8888888888888888888888 7 33 2222222 3333 22 2 6 2 2 4 2 2222222 1 1 22 3 3 333 777 3 666 444444444 1 1 3 1 55555555555555555555555555 1 2 7777 2 44 33 666666666666666 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 11
lowQualScore : . .. . . .. . ...... . .. . . .. .............................................. ..... . . ....... .... .. . . . . . . .... . . . ..... . . . . ... ...... . ..... .. ... ........................ . ...................... . .. ....... .... .. . . . . . . ....... . . .. . . ... ... . ... ......... . . . . .......................... . . .... . .. .. ............... .. ................................................................................ . . ... ........................................................ . ..
lowQualScore : 0 00 0 5 22 5 000000 3 99 4 3 77 6666666666666666666666666666666666666666666666 55555 3 6 2222222 7777 22 3 6 1 9 4 9 4444 1 1 0 00000 0 0 8 1 777 333333 2 66666 33 555 888888888888888888888888 1 7777777777777777777777 2 99 1111111 4444 66 9 9 9 7 1 9 4444444 9 7 44 5 6 222 000 6 444 111111111 7 7 3 7 99999999999999999999999999 9 0 6666 2 77 77 777777777777777 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 33
consensus : NTTGTCAGATC-TTGTATCTTT-ATGTCGACTTNTCCGAAAATAAT-C--ACC-ATGAT-TAGGGA-----ANTC-------T-----C-------TTG---TTAT-TAA--TGCGTGTT-AATGCCACT-------AACT--GCCATC-T-ACTTG-T-CATCA-TAA--T-AT-C-TG-AC-----AAG-T-CGACAT-A---ATT----N-TCTG-ACAA-----GTCATGAC-TAGGAA---------A---GT-----T---CTTGTTATT-----AA--TGC----GTG---TTAATGC-CACT-------AACT--GCCATC-T-ACTTG-T-CATCA-TA-A--T--AT-CT-GA--C-AAGTC-G---A-C-A-TA---ATT----N---TCT-GA-C-AA-GT-----CG---AC--------------A-TAATT-AT---CTGACA-AG-TCGAC--AT--------AN--N--TAT-CTGACA----TG------A-A---AC--ATTGCATG-T---A-A---AN-T--T--C--AT--T-T--T--CTGACAA--G-T--CGACT-TGT-CA---GAT--A--TTA-T---G-TCGA--CTT-G-TC-A---G--ATN---A----A--AT---GTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( gi|2 ) : TTCGTCAGATAATTATATCTTT-GTGTCGACTTTTCCGCAAATAAT-C--ATC-ATGAC-TAGGGA-----AAT--------T-----C-------TTG---CTATGTAA--TGTGTGTT-AATACCACT-------AACT--GTCATA-T-ACTCG-T-CATCA-TAA--G-AT-C-TG-AC-----AAG-T-CGAAAT-A---ATT----T-TCTG-ACAA-----GNCATGAC-TAGGAA---------A---GT-----T---CTTGCTATT----TAA--TGT----GTA---TTAATAC-CACT-------AACT--GTCATA-T-ACTCG-T-CATCA-TA-A--G--AT-CT-GA--C-AAGTC-G---A-A-A-TA---ATT----T---TCT-GA-C-AA-GT-----CA---AT--------------A-TAATT-AT---TTGACA-AA-TCAAC--AT--------AC--A--TAT-CTGACA----TG------A-A--AAC--ATTGCATG-T---A-A---AC-T--T--C--AT--T-T--T--CTGACAA--A-T--CGACT-TGT-CA---GAT--A--TTA-T---C-TCGA--ATT-G-TC-A---A--ATG---A----A--AT---GTCGACTTATCAGACGTT
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGTAT------TGTCGACGTTGTCAGAAATAATAA--ACC-ATGAT-TAGGAACTC--GGT--------T-----C-------TTG------TGTA
gi|12 : aATCTTTTATGTCGATTTGTCTGAAAATAAT-C--AAC-ATGAC-T--GGA-----AAT--------T-----C-------ACGATCTTAT-TAA--CGCGTGTT-AATGCCAT----------CT-----ATA-T-ACTTA-T-CATCA-T------AT-C-TG-AC-----AAG-T-CGACAT-A---Atagtt
gi|1 : tcacaagggctgATCTTT-ATGTCGACTTT--CA-AAATAAT-CA-ACC-ATGAT-T--TGA-----ACTCGTA----T-----C-------TTG---TTAT-T-A--TGCGTGTT-A
gi|9 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTT-ATGT-GACTTGTCAGAAAATAAT-C--ACC-ATGAT-TAGG-------AAC--------T-----CGTTAGCCTTG---TTAT-TAA--T-CGTGTT-AATGCCACT-------AACT--GCCATT-T-ACTcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|5 : aaAAATAAT-C--ACC-ATGAT-TAAGGG-----ACTCGTTA---T-----C-------TTG---TTAT-TAT--TGCGTGTT-AA-GCAACT-------AACT--GCCATT-T-ACTTG-T-CATCAATAA--T-AT-C-TG-AC-----AAG-T-CGACAC-A---ATT----T-TCTG-ACCA-----G-CATCAA-CAATAA---------A---TTA----T---CTGACAATCAAAATAA--TTTTCTGACAAAGTTAATATATATT--------ACT--G-CACA---AGTTG-G-CATTG-T-----T--AT-CT-GA--C-AAGTA-G---A-C-A-TA---ATT----acgacaagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctattgacaagtggtggcaagaaatatgccacatac
gi|4 : atAAATAAT-C--ACC-ATGGT-TCAGCA------------------------------TTG---TTAT-TAA---GCGTGTTTAATGCCACTT------ACCT--GTCATC-TTACTTG-T-CATTG-TA---T-AT-C-TG-AC-----AAG-TCCGACAT-A---A-T----T-TCTG-AC-A-----GTCAAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : cgtctgacaagttgacttcattatcgataagtggccttgtcagaaattatggttaacttatcaggcattaagtcgatttgtcagaaaattagtttacttgtcagataattaAAATAAT-C--ATC-ATGAC-TAGAAACTTAAAAT--------TAGTATC-------TTG---TTAT-TGA--TGTGTGTT-ATTGCCACTTATAATTAACT--GCCATC-T-ACTTG-T-CATCA-TAG--T-AT-C-TG-AC-----AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|3 : AAATAAT-C--ACCTATGAT-T--GGA-----AAC--------T-----CGATATC-TTG---TTAT-TAA--TGCGTGTT-AATGCCACT-------AACT--TCCATT-T-ACT---T-CATtgaaatttctggcaagtcgaatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|10 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAATAAT-C--ACC-ATGAT-T--TGA-----ACTCGGTA---T-----C-------TTG---TTAT-TAA--TGCGTGTT-AATGCCACT-------AACT--TCCATC-T-ACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|8 : AATAAT-C--ACC-ATGAT-TAGG-------AAC--------T-----CGTTAGCCTTG---TTAT-TAA--T-CGTGTT-AATGCCACT-------AACT--GCCATT-T-ACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|18 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaATGAT-CCAACC-ATGATATAGG-A-----ACTCGGTA---T-----C-------TTG---TTA---AAATTATTTGTT-GTTAC-ACT-------AATT--GCGATGCT-ACTTG-TTCAT-A-TAA--T-AT-C-TG-AC-----AA
gi|6 : -C--ATC-ATGAT-C--GGA-----ACTCCGTTGTCT-----C-------TTG---TTATG-AA--GGTGT-TT-AAAGCCACT-------AACTTGGACATC-T-ACTTGCT-CTTCA-TAATTT-AT-C-TA-AC-----AA--T-CGACAT-ATTTTTT----T-TCTT-ATAA-----GT--TGAC----------------A---AT-----T---TTTCCCA------CAA---------GTC---ATAAT------T-------ATCT--G--ACA-C-AGTCG-T-CATGA-T-----T--AT-C--GA--C-AAATTAG---A-C-ATTA---ATT----A---TAT-GT-T-AG-GT-----TC---AG--------------A-TAGTT-ATAGGTCGACT-TA-TCAACTGAT---------------TAT-ATGTCA----T-----------------ACTGC----T---A-G---A--------T--AT--T-T--TA-TTG--------T--TGACT-TGT-CA---Ggatt
gi|25 : gtcaatataaagaaGTATT-AATTTAATT-------AACT--ACCATC-C-ACTGG-T-CAAAA-TAA--T-TT-C-TG-AC-----AAG-T-CGACAT-A---ATC----A-TCGG-ACgata
gi|15 : CT-------AACT--GCCATC-T-ACTTA-T-CATCA-TAA--T-AT-C-TG-AC-----AAG-T-CGATAT-A---ATT----T-TCTT-ACAA-----GTCAg
gi|22 : gacatgtcatataattatgttgatttgtcagataagtatgcTCG-A-CAT-A-TAAA-G-AT-C-TGGAC-----AAAAT-CGACATTA---ATT----A-TCTG-ACAA-----GTGGTGGC--AGAAA---------
gi|20 : ctgacaagTCG-A-CATCA-T-------T-CCTG-AC-----AAG-T-CAACAT-C---A-T----T-ACTG-ACAA-----GT--TGAC-tatgccaccca
gi|24 : tctgaacaagtccaacataatccatctgaaccaTCG-A-CATAA--AA--G-AT-T-TG-A-------AG-T-CGACAT-A---ATT----A-TCTGAACAA-----GTGGTGGC--AGAAA---------atcaataataattatgt
gi|16 : tgacaagG-T-CATCA-TAA--TTAT-C-TG-AC-----AAG-T-tatgccaccatac
gi|7 : tttttctgacaaatcaacatatagatctacaagtgacaataaagatttgacaa-CAT-A-TAATTA-AT-C-TG-AC-----AAG-T-CG-TAT-A---ATT----A-TCTG-ACAA-----GTGGTGGC--AGAAA---------ggggcaagaaatatgccaacat
gi|12 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaaatttctggcaagtcgaatttagatctggccaagttgggTCA-CAA--G-GG-C-TG-ATCTTTTATG-T-CGA---------TT----TGTCTG-AAAATAATCAACATGAC-T-GGAA---------A----T-----T---CACGATCTTAT--TAA--CGC----GTG---TTAATGC-CAT----------CT-----ATA-T-ACTTA-T-CATCA-TA--------T-CT-GA--C-AAGTC-G---A-C-A-TA---Atattgccaccata
gi|16 : AA--G-AT-T-TG-AC-----AAG-T-CATCAT-A---ATT----A-TCTG-ACAA-----G
gi|21 : tttttctgacaaatcaacatatagatctacaagtgacaataAA--G-ATTC-T---C-----AAG-T-CGACAT-A---ATTCTCAT-TCTG-ACAA-----GTGGTGGT-TAGtggggcaagaaatatgccaacat
gi|3 : cacagaagttagacaata-AT-C-TG-AC-----AAG-T-CAAATT-C---ATT----A-TCTG-ACAA-----agatgattgccggccataa
gi|14 : catT-C-TG-AC-----AAG-T-CAATAC-A---GTT----A-TCTG-ACAG-----GTCAagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|19 : aaattgacaaatcttcataactt-C-TG-AC-----ATG-T-CGACAT-A---ATT----A-TCTG-ACAA-----GTGATGatatacatttccgagatttcaatacaggtatgtgacaaatatacattttc
gi|11 : ttcccgacaagtggacataattatctgacaatttaacttaattggG-AC-----AAG-T-CAACAT-A---ATT----A-TTTG-ACAA-----ATCAtcataaatgcgccatca
gi|25 : cgaaatgagtatccgacattgG-T-CAAAAT-A---ATT----T--CTG-ACAA-----GTCatatacgaatattaatgtgcggattagttacatgtaatcatgttgaatggtatgtcgactctcagaatagcgagttgacagtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|7 : gtccgatgattatgtc-T-CAAAAT-A---AT-------------CA-------TCATGAC-TAGAAACTTAAAATTA---GTA----T---CTTGTTATT-----GA--TGT----GTG---TTATTGC-CACTTATAATTAACT--GCCATC-T-ACTTG-T-CATCA-TA-G--T--AT-CT-GA--C-AAcagtggatggtagttaattaaattaatacg
gi|18 : A-----ACCATGATATAGGAACTC------G---GTA----T---CTTGTTA-------AAATTAT----TTG---TTGTTAC--ACT-------AATT--GCGATGCT-ACTTG-TTCAT-A-TA-A--T--AT-CT-GA--C-AAaatttctggcaagtcgaatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|5 : CATGAT-TAAGGG---------ACTCGT-----TAT-CTTGTTATT-----AT--TGC----GTG---TTAA-GC-AACT-------AACT--GCCATT-T-ACTTG-T-CATCAATA-A--T--AT-CT-GA--C-AAGTC-G---A-C-A-CA---ATT----T---TCT-GA-C-CA-GCATCAACA---AT--------------A--AATT-AT---CTGAC--AA-TCAAA--AT--------AA--T--TTT-CTGACAAAGTTA------ATA--TAT--ATTAC-TG-C---ACA---AG-T--TGGC--AT--TGTTAT--CTGACAA--G-T--AGACggatcatgatt
gi|9 : ataattatCATGAT-TAGGAA---------CTC-GT-----TAGCCTTGTTATT-----AA--T-C----GTG---TTAATGC-CACT-------AACT--GCCATT-T-ACTgtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|8 : aaCATGAT-TAGGAA---------CTC-GT-----TAGCCTTGTTATT-----AA--T-C----GTG---TTAATGC-CACT-------AACT--GCCATT-T-ACTgtgattattttctgacaagtcacataaagaacgacaagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctattgacaagtggtggcaagaaatatgccacatac
gi|3 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaATGAT-T-GGAA---------A---CTCGATAT---CTTGTTATT-----AA--TGC----GTG---TTAATGC-CACT-------AACT--TCCATT-T-ACT---T-CATgtgattatt
gi|10 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----T---CTTGTTATT-----AA--TGC----GTG---TTAATGC-CACT-------AACT--TCCATC-T-ACTaggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|6 : -----T---CTTGTTATG-----AA--GGT----GT----TTAAAGC-CACT-------AACTTGGACATC-T-ACTTGCT-CTTCA-TA-ATTT--AT-CT-AA--C-AA-TC-G---A-C-A-TATTTTTT----T---TCT-TA-T-AA-GTTGA--CA---ATTTTTCCCACAAGTCA-TAATT-AT---CTGACACAG-TCGTC--ATGATTATCGAC--A--AAT-TAGACA----TT------A---------ATTATATG-T---T-A---GG-T--T--C--AG--A-T--A--GTTATAG--G-T--CGACT-TAT-CAACTGAT--T--ATA-T---G-TCAT--ACT-G-CT-A---G--AT----ATTTTA--TT---GTTGACTTGTCAGtaccgagttcaaatcatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|4 : gtcaatataaagaaTTGTTATT----AAG--CGT----GT----TTAATGC-CACTT------ACCT--GTCATC-TTACTTG-T-CATTG-TA----T--AT-CT-GA--C-AAGTCCG---A-C-A-TA---ATT----T----CT-GA-C-A--GT-----CA---AG--------------A-TAATT-AT---CTGACA-AG-TAAAC---T--------AA--T--TTT-CTGACA------------A-ATCGACTTAATGCCTGAT---A-A---GT-TAAC--C--ATAAT-T--T--CTGACAA--G-G--CCACT-TAT-C----GAT----------------------------------A--ATG---A----A-------GTCAACTTGTCAGACGgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|25 : ----GTA---TTAATTT-AATT-------AACT--ACCATC-C-ACTGG-T-CAAAA-TA-A--T--TT-CT-GA--C-AAGTC-G---A-C-A-TA---ATC----A---TCG-GA-C-tgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|15 : CT-------AACT--GCCATC-T-ACTTA-T-CATCA-TA-A--T--AT-CT-GA--C-AAGTC-G---A-T-A-TA---ATT----T---TCT-TA-C-AA-GT-----CA---GC--------------A-TACTT-AT---CTGACA-AA-TCAAC--AT--------AA--T--TAT-ATGACA----TG------g
gi|22 : gaTCG-A-CAT-A-TA-AA-G--AT-CTGGA--CAAAATC-G---A-C-ATTA---ATT----A---TCT-GA-C-AA-GT-----
gi|6 : ctgacaagG-T-CAATA-TA-AA-G--AA-CT-GA--C-AAGTC-A---ACA-A-TA---AAA----TA--TCT-AG-C-AGTAT-----GAC--AT--------------A-TAATC-AG---TTGATA-AG-TCGAC--CT--------AT--AACTAT-CTGA--------------------AC--CTAACATA-T---A-ATTAAT-G--T--CTAAT--T-T--G--TCGATAATCA-TGACGACTGTGT-CA---GATA-A--TTA-T-------GA--CTT-G-TG-G---G--AAA---A----A--TT---GTCAACTTATAAGAggtggcagaaatatgccaccca
gi|16 : -T-CAACA-TATA--G--AT-CT--A--C-AAGT--G---ACA-A-TA---AAG----A---TTT-GA-C-AA-GT-----CA---TC--------------A-TAATT-AT---CTGACA-AG-Taaaaaaatatgtcgattgttagataaattatgaagagcaagtagatgtccaagttagtggctttaaacaccttcataacaagagacaacggagttccgatcatgatggata
gi|20 : tttttctgacaaa-CAACA-TA-A--TCCAT-CT-GAACC-A--TC-G---A-C-A-TC---ATT----C----CT-GA-C-AA-GT-----CA---AC--------------A-TCATT-A----CTGACA-AG-TTGAC--AT--------ggggcaagaaatatgccaacat
gi|21 : tctgaacaagtcA-A--G--ATTCT-----C-AAGTC-G---A-C-A-TA---ATTCTCAT---TCT-GA-C-AA-GT-----caataataattatgt
gi|7 : cacagaagttagacaata-A--G--AT-CT-GG--CCAAGTT-GGGCA-T-A-TA---ATT----AA--TCT-GA-C-AA-GT-----CG----T--------------A-TAATT-AT---CTGACA-AG-Tggtggttagagatgattgccggccataa
gi|3 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaaatttctggcaagtcgaattt--AT-CT-GA--C-AAGTC-A---A-A-T-TC---ATT----A---TCT-GA-CAAA-GT-----CG---AC--------------A-TCATA-AT---ggtggcagaaatattgccaccata
gi|7 : catT-CT-GG--C-AAGTC-G----------A---ATT----TAGATCT-GGCC-AA-GT-----TGGGCAT--------------A-TAATTAAT---CTGACA-AG-TC-GT--AT--------AA--T--TAT-CTGACAAG--TGGTGGCAG-A--AAT--ATTGCacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|16 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaaattT-CT-GA--C-AAATC-A---A-C-A-TATAGATC----T--------A-C-AA-GTGA---CA---AT--------------A-AAG---AT---TTGACA-AG-TCATC--AT--------AA--T--TAT-CTGACA----caccata
gi|19 : tttt-CC-GA--C-AAGTG-G---A-C-A-TA---ATT----A---TCT-GA-C-AA-TT-----TA---AC--------------T-TAATT-GG---CTGACA-TG-TCGAC--AT--------AA--T--TAT-CTGACA----agtggggcaagaaatatgccaacat
gi|22 : ttc-CT-GA--C-AAGTC-G---ACATA-TA---AAG----A---TCTGGA-CAAA-AT-----CG---AC--------------ATTAATT-AT---CTGACA-AG-Tagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|14 : T-GA--C-AAATC-T---T-C-A-TA---ACT----T---TCT-GA-C-AA-GT-----CA---AT--------------A-CAGTT-AT---CTGACA-GG-TCAAT--AT--------AC--A--TTT-CCGAGATT--TC------A-A--TAC--A-GGTATG-TGACA-A---ATAT--A--C--AT--T-T--T--Cggtggcagaaatatgccaccca
gi|11 : aaat-GA--C-AAGTC-A---A-C-A-TA---ATT----A---TTT-GA-C-AA-AT-----CA---AT--------------A-TA
gi|25 : cgaaatgagtatccgacattgGTC-A---A-A-A-TA---ATT----T----CT-GA-C-AA-GT-----CG---AC--------------A-TAATC-AT---CGGACcgaatattaatgtgcggattagttacatgtaatcatgttgaatggtatgtcgactctcagaatagcgagttgacagtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|19 : T----T---CCC-GA-C-AA-GT-----GG---AC--------------A-TAATT-AT---CTGACA-AT-TTAAC--TT--------A---A--T----TGGC-----TG------A-------------CATG-T---C-G---AC-A--T--A--AT--T-A--T--CTGACAA--G-T---GA---TGT-CA---cagtggatggtagttaattaaattaatacg
gi|3 : ---TCT-GA-C-AA-GT-----CA---AA--------------T-TCATT-AT---CTGACA-AAGTCGAC--AT---------C--A--TAtaaatgcgccatca
gi|15 : cata-GA-C-AT-GT-----CA----T--------------A-TAATT-ATG--TTGATT-TG-TCAG---AT--------AA--G--TATGCTGAC------------------------TTGTAAG-A---A-A---AT-T--------AT-------------------A-T--CGACT-TGT-CA---GAT--A--TTA-T---atacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|11 : -GA-C-AA-GT-----CA---AC--------------A-TAATT-AT---TTGACA-AA-TCAAT--AT--------ACGAA--TAT--TAATG----TG------C-G--GATTAGTTACATG-T---A-A---------T--C--AT--G-T--TGAATGGTAT--G-T--CGACT-C-T-CA---GA--------A-T---A-GCGA--GTT-G-AC-A---gatgataagtagatggcagttag
gi|3 : cgaaatgagtatccgacattgC--A--TAT-CTGACA---------------------------A-G-T---C-A---AA-T--T--C--AT--T-A--T--CTGACAA--AGT--CGAC---AT-CAT--AAT--AC-TTA-T---G-TCTA--CGT-G-TC-A---G--ATA---A----gtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|4 : ---AC-T--T--C--AT--T-A--T--C-GATAA--G-T--GGCCT-TGT-CA---GAA--A--TTA-TG--G-TTAA--CTT-A-TC-A---GGCATT---A----A-------GTCGATTTGTCAGAccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|7 : cgtctgacaagttg--C--AC--T-TG-T--CAGATAATTA-TA-CGACT-TGT-CA---GATTAA--TTA-TATGC-CCAA--CTT-GGCC-A---G--ATCT--A----A--AT----TCGACTTGCCAGAaaattagtttacttgtcagataattatcttgactgtcagaaattatgtcggacttgtcagatatacaatgacaagtaagatgacaggtaagtggcattaaacacgcttaataacaatgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|22 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaaatt--C--ATA-T-T--T--CTGCCA--------CCACT-TGT-CA---GAT--AA-TTAAT---G-TCGA--TTTTG-TCCA---G--ATCTTTA----T--AT---GTCGACTTGTCAGgtggcagaaatattgccaccata
gi|24 : --C--ATA-T-T--T--CTGCCA--------CCACT-TGTTCA---GAT--AA-TTA-T---G-TCGA--CTT----C-A---A--ATC---T----TTTAT---GTCGACTTGTCAccaccca
gi|7 : --T-T--T--CTGCCA--------CCACT-TGT-CA---GATA-A--TTA-T---A--CGA--CTT-G-TC-A---G--ATT---A----A--ccaccatac
gi|19 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaaatttctggcaagtcgaatttagatctggccaagttgggcatataa--T-T--T--ATGACA-----T--C-ACT-TGT-CA---GATA-A--TTA-T---G-TCGA--CAT-G-TC-AGCCA--ATT---A----A-------GTTAAATTGTCAGAtattgccaccata
gi|15 : ttcccgacaagtggacataatta-T--TGATT-TGT-CA---GAT--AA-GTA-T---G-CTGA--CTT-G-TA-A---G--A-A---A----ATTAT---ATCGACTTGTCAGATATTtgcgccatca
gi|5 : gacatgtcatataattatg-T--CGACT-TGT-CA---GAT--A--TTA-------TTGA----T-G-AC-A---A--GT----A----A--AT---Gatgatgataagtagatggcagttag
gi|25 : ataattatgtctacttgtcagataacaatgccaacttgtgcagtaatatatattaactttgtcagaaaattattttgattgtcagataatttattgttgatgctggtcagaaaattgtg-T--CGACT-TGT-CA---GAA--A--TTA-T---T-TTGA--gcagttagttgcttaacacgcaataataacaagataacgagtcccttaatcatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|20 : gtccgatgattatg-T--CAACT-TGT-CA---GTA--A--TGA-T---G-TTGA--CTT-G-TC-AGG-A--ATG-----------AT---GTCGAccagtggatggtagttaattaaattaatacg
gi|16 : tctgaacaagtccaacataatccatctgaaccaACT-TGT-CA---GATA-A--TTA-T---G-ATGA--CTT-G-TC-A---A--ATcatcaataataattatgt
gi|5 : tttttctgacaaatcaacatatagatctacaagtgacaataaagT-TGT-CA---GAT--AATTTA-T---TGTTGATGCTG-G-TC-A---G--A-----A----A--ATTGTGTCGACTTGTCAGATATTggggcaagaaatatgccaacat
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTCAACTTTGTCAGAAAATTTTGGAAAGTTCTCAGAAGTTATGTTGATGGATCAAGTGTTATGTTGACTGGCCAGACAATGAAGTTGACAAGTGGATGACAATCGGT
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|26 ): ACAAGTAGAAATGGGCAGTTAAGTGCTTAACATGCCATTAATAACAAGATA
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|30 ): ATAATTATGTCTACTTGTCAGATAACAATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 1111111 55555555555555555555555 1111111 22222 888888888888888888 11 1 222 1 1 111 1111111 11111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 111 111 111 1 44444444444
lowQualScore : 0 77777 8 6 7 3 55 1111111 88 3 3 66666666666666666666666 3 3 555 3 55 3 2 3 1111111 3 55 44 5 99 22222 000000000000000000 2 88 0 3 222 6 0 0 88 99 88 6 6 000 4444444 33 3 2 2 444 444 2 7777 77 44444 88888888888888888 2 444 4 33 2 33 2 33 7777 44 33 44 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 4 4 444 888 444 5 333 5 1 5 33333333333
lowQualScore : . ..... . . . . .. ....... .. . . ....................... . . ... . .. . . . ....... . .. .. . .. ..... .................. . .. . . ... . . . .. .. .. . . ... ....... .. . . . ... ... . .... .. ..... ................. . ... . .. . .. . .. .... .. .. .. ............................................................... ... . . ... ... ... . ... . . . ...........
lowQualScore : 0 88888 0 7 5 5 55 8888888 66 6 6 88888888888888888888888 3 3 888 3 00 3 1 6 8888888 6 00 00 0 22 22222 333333333333333333 5 33 0 5 000 5 0 0 33 22 88 7 7 000 0000000 99 0 7 7 777 444 5 8888 99 99999 88888888888888888 4 111 7 22 5 44 5 44 6666 44 77 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 4 4 000 333 222 0 888 7 4 7 00000000000
consensus : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAA--A-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGGGA---------ACTCG-TA-TCT-TGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAATATCTGACAAGTCGACATAATT----TTCTGACAAG--TCG-------------TGACTAGNAAAGT--TCTTGTTA-TNAA-GCGTGTT-AATGC-CACT-AACT--GT-CATCT-ACTTG-TCA---TCGTAA--T--ATCTGA--CAAGTC-GA-CATA---A---T-T---NTCTGA--CAAGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGT--CGA---CATAATTA--TCTGAC--A--T-------G-AA---AC----AT--TGCATG-T---AA--A-NT--TC----AT--T----TTCTGACAA--GT-CG-ACTTGTCA---GAT-A-TTA-TG---TCG-ACTT-GTC-AGA---TN---A--AATGTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( family-723 ) : NTTGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTNTCCGAA--A-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGGGA---------ANTC-----TCT-TGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAATATCTGACAAGTCGACATAATT----NTCTGACAAG--TCA-------------TGACTAGGAAAGT--TCTTGTTA-TTAATGCGTGTT-AATGC-CACT-AACT--GC-CATCT-ACTTG-TCA---TCATAA--T--ATCTGA--CAAGTC-GA-CATA---A---T-T---NTCTGA--CAAGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGT--CGA---CATANNTA--TCTGAC--A--T-------G-AA---AC----AT--TGCATG-T---AA--A-NT--TC----AT--T----TTCTGACAA--GT-CG-ACTTGTCA---GAT-A-TTA-TG---TCG-ACTT-GTC-AGA---TN---A--AATGTCGACTTGTCAGATATT
gi|1 : CTGACAA--GTACG-ACA-ATCAT--AAT-A-ATA-TGA--TCT-ACTT-GTC-AGAGT-TA---AT-AATGCCGACTTTTCAGATA
gi|1 : ---T-T---TTCTGA--CAA-TC-A---AG----------------CA-TAAAATTT-A--TCTG-A--AA-AGT--CGG---CATTATTAACTCTGAC--A------------A-------------------G-T---AG--A-----TC----AT--A----TTATTATGATTGT-CGTACTTGTCA---Gaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : TCTGA--CAA-TC-AAGCATA---AAATT-T---ATCTGA--AAAGTC-G---G-----------------CA-TTA---TT-AACTCTG-A--CA-AGT--AGAT--CATA-TTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatcata-TTGTCGA--TCTTT-ATGTCGAC-TT-TC--AA--A-------ATAATCA-ACC-ATGAT-T--TGA---------ACTCGTA--TCT-TGT-TA---T-T-AT-GCGT-GTTAaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|10 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--A-------ATAATC--ACC-ATGAT-T--TGA---------ACTCGGTA-TCT-TGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-CTACTcagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|11 : CTGT--CAACTC-G---C-----------------TA-T-----------TCTG-A---G-AGT--CGA---CATACC-A--TTCAAC--A--T-------G-A-----------T--TACATG-T---AACTA-AT--CCGCACAT--TAATATTCGTATA----T-TG-ATTTGTCA---AAT-AATTA-TG---TTG-ACTT-GTC------------C--AATGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|12 : cgaaatgagtatc--A--TCTTTTATGTCGAT-TTGTCTGAA--A-------ATAATC--AAC-ATGAC-T-GGAA---------ATTC-----ACGATCT-TA---T-TAAC-GCGT-GTTAATGCCAT---------------CTA--T-ATACTTAT-CATC----ATATCTGACAAGTCGACATAAtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|13 : tcacaagggctgACC-GATT--GT-CATCC-ACTTG-TCAACTTCAT----T--GTCTGG--CCAGTC-AA-CATA---A---C-A---CT-TGATCCA--TC-A---A-----------------CA-TAA---CT----TCTG-A--GA-ACT--TTC---CAAAATTT--TCTGAC--A--
gi|14 : gtcaacttTGA--CAAATC-TT-CATA---A---C-T---TTCTGA--CAAGTC-A---A-----------------TA-CAG---TT-A--TCTG-A--CA-GGT--CAA---TATACATT--TCCGAG--A--TTTC----A-AT---AC----A---GGTATG-TGACAA--ATAT--AC----AT--T----TTC
gi|15 : aaatCT-AACT--GC-CATCT-ACTTA-TCA---TCATAA--T--ATCTGA--CAAGTC-GA-TATA---A---T-T---TTCTTA--CAAGTC-A---G-----------------CA-TAC---TT-A--TCTG-A--CA-AAT--CAA---CATAATTA--TATGAC--A--T-------G-
gi|16 : gaTCTGA--CAAATC-AA-CATA---T---A-G---ATCT-A--CAAGT--G---A-----------------CAATAA---AG-A--TTTG-A--CA-AGT--CAT---CATAATTA--TCTGAC--A--
gi|18 : tttt-------ATGATCCAACC-ATGATATAGG-A---------ACTCGGTA-TCT-TGT-TAAAAT-TA-T-TTGTTGTTA----CAC-T-------AATTG-CGA--TGCTACTTGTTCAT--ATAATATCTGACAAagtggggcaagaaatatgccaacat
gi|19 : CCGA--CAAGTG-GA-CATA---A---T-T---ATCTGA--CAATTT-A---A-----------------CT-TAA---TT-G--GCTG-A--CA-TGT--CGA---CATAATTA--TCTGAC--A--gatt
gi|19 : ttcCATAA--TT-ATCTGA--CAATTT-AA-CTTA---A---T-T---GGCTGA--CATGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGT---GATGTCATAAATagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|2 : ttcccgacaagtggaTCGTCAGATAATTAT--A--TCTTT-GTGTCGAC-TTTTCCGCA--A-------ATAATC--ATC-ATGAC-TAGGGA---------AAT------TCT-TGC-TA---TGTAAT-GTGT-GTTAATACCAC-T-------AACTG-TCA--T-ATACTCGT-CATC-ATAAGATCTGACAAGTCGAAATAATT----TTCTGACAAG--NCA-------------TGACTAGGAAAGT--TCTTGCTATTTAATGTGTATT-AATAC-CACT-AACT--GT-CATAT-ACTCG-TCA---TCATAA--G--ATCTGA--CAAGTC-GA-AATA---A---T-T---TTCTGA--CAAGTC-A---A-----------------TA-TAA---TT-A--TTTG-A--CA-AAT--CAA---CATACATA--TCTGAC--A--T-------GAAA---AC----AT--TGCATG-T---AA--A-CT--TC----AT--T----TTCTGACAA--AT-CG-ACTTGTCA---GAT-A-TTA-TC---TCG-AATT-GTC-AAA---TG---A--AATGTCGACTTATCAGACGTTgcgccatca
gi|20 : tTCTGAA-CAAGTCCA---A-----------------CA-TAA---TCCA--TCTG-AACCA---T--CGA---CATCATT---CCTGAC--A------------------------------A-G-T---CA--A-CA--TC----AT--T----A-CTGACAA--GT-TG-AC--ATCAAT-AATAA-TTA-TG---T
gi|20 : CA---ACATAA--TCCATCTGAACCA--TC-GA-CATC---A---T-T---C-CTGA--CAAGTC-A---A-----------------CA-TCA---TT-A---CTG-A--CA-AGT--TGA---CATCAATA--
gi|21 : tctgaacaagtcCAAGTCGACATAATTCTCATTCTGACAAG--TGG-------------TGGTTAGataattatgt
gi|22 : cacagaagttagacaataaagattctC----ATA-T----TTCTGCCA------CC-ACTTGTCA---GAT-AATTAATG---TCG-ATTTTGTCCAGA---TCTTTA--TATGTCGACTTGTCAGagatgattgccggccataa
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGT--A--T------TGTCGACGTTGTCAGAAATA-------ATAA----ACC-ATGAT-TA-GGA---------ACTCGGT--TCT-TGTGTA---T-ccaccca
gi|24 : TGA--CAAGTC-GA-CATA---A---AAG---ATTTGA----AGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTGAA--CA-AGTGGTGG---CAGAAATA--Ttagtt
gi|25 : CGT-ATTAATTTAAT-T-------AACTA-CCA--T-CCACTGGT-CAAA-ATAATTTCTGACAAGTCGACATAATC----ATCGGACgccaccatac
gi|26 : -----TCT-TGT-TA---T-TAATGGCAT-GTTAA-G-CACTT-------AACTGCCCATTT-CTACTTGT-
gi|3 : T--T----ATCTGACAC--GT-AG-ACAT---A---AGT-A-TTA-TGATGTCG-ACTTTGTC-AGA---TA---ATGAAT-TTGACTTGTCAGATATta
gi|3 : cA--A-------ATAATC--ACCTATGAT-T-GGAA---------ACTCGATA-TCT-TGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-TTACTTccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|30 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatg-GG-CATT---G---T-T---ATCTGA--CAAGTA-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|4 : TTGTTA-TTAA-GCGTGTTTAATGC-CACTTACCT--GT-CATCTTACTTG-TCA---TTGTA---T--ATCTGA--CAAGTCCGA-CATA---A---T-T----TCTGA--CA-GTC-A---A-----------------GA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGT--AAA---C-TAATTT--TCTGAC--A------------AATCGAC----TTAATGCCTGAT---AA--G-TTAACC----ATAAT----TTCTGACAA--GG-CC-ACTTATC----GATAA-TGA-AG---TCA-ACTT-GTC-AGA---a
gi|5 : cgA--A-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAAGGG---------ACTCGTTA-TCT-TGT-TA---T-TATT-GCGT-GTTAA-GCAAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTTGT-CATCAATAATATCTGACAAGTCGACACAATT----TTCTGACCAGCATCAACAATAAATTATCTGACAATCAAAATAATTTTCTGA-CAAA-----GTT-AATATATATT--ACT--GCACA----AGTTG-GCA---TTGT----T--ATCTGA--CAAGTA-GA-CATA---A---T-T---ATtgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|6 : --TCTTGTTA-TGAAGGTGT-TT-AAAGC-CACT-AACTTGGA-CATCT-ACTTGCTCT---TCATAATTT--ATCTAA--CAA-TC-GA-CATATTTT---T-T---TTCTTA--TAAGTT-G---ACAATTTTTCCCACAAGTCA-TAA---TT-A--TCTG-A--CACAGT--CGT---CATGATTA--TC-GACAAA--T-------T-AG---ACATTAAT--TATATG-T---TA--G-GT--TC----AG--A----TAGTTATAG--GT-CG-ACTTATCAACTGAT-T-ATA-TG---TCATAC-T-GCT-AGATATTT---T--ATTGTTGACTTGTCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : gtcaatataaagaaTCGAC-TTGCCAGAA--ATTTCAAAATAATC--ATC-ATGAC-TAGAAACTTAAAATTAGTA-----TCT-TGT-TA---T-TGAT-GTGT-GTTATTGCCAC-TTATAATTAACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAGTATCTGACAAgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|7 : AA--T--TTCTGG--CAAGTC-G-----A---A---T-TTAGATCTGGC-CAAGTT-GGGCA-----------------TA-TAA---TTAA--TCTG-A--CA-AGT--CG----TATAATTA--TCTGAC--AAGTGGTGGCAG-AA---AT----AT--TGCatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|8 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttga--A-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGG-A---------ACTCGTTAGCCT-TGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT-T-CAcaccata
gi|9 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-TTGT--CGTTCTTT-ATGT-GAC-TTGTCAGAA--A-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGG-A---------ACTCGTTAGCCT-TGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1111111 11 222222222222 1111111 11 11111 11 11 3333333 2 1111111 111111 11111111111111 11111111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 22222 111 111 111 333333333333333
lowQualScore : 0 77777 8 6 2 6666666 55 3 3 3 88 2 777777777777 3 555 3 55 3 2 3 1111111 3 44 3 4 00 5 88888 44 11 1 88 0000000 0 0 6 99 6 6 1111111 777777 000000 3 44 2 3 3 11111111111111 55 2 44444 88888888888888888 2 444 2 55 2 33 2 33 2 66 444 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000 8888 3333333 3 22222 3 33 1 3 333 888 3 000 4 8 4 666666666666666
lowQualScore : . ..... . . . ....... .. . . . .. . ............ . ... . .. . . . ....... . .. . . .. . ..... .. .. . .. ....... . . . .. . . ....... ...... ...... . .. . . . .............. .. . ..... ................. . ... . .. . .. . .. . .. ... .. ................................................. .... ....... . ..... . .. . . ... ... . ... . . . ...............
lowQualScore : 0 88888 0 7 5 8888888 00 6 6 6 55 0 666666666666 3 888 3 00 3 1 6 8888888 6 66 3 4 00 7 44444 55 55 0 00 2222222 0 2 7 22 7 7 4444444 999999 555555 1 22 1 1 1 00000000000000 99 5 99999 88888888888888888 4 111 4 66 5 44 5 00 7 33 777 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 7777777 3 22222 3 88 6 3 888 888 6 000 0 0 0 888888888888888
consensus : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAA-TATCTGACAAGTCGACATAATT----TTCTGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATT-AA-GCGTGTTTAATGCCACT-AACT--GTCATCT-ACTTG-TCA---TCG-TAA--T--AT------CTG-A--CAAGTC-GA-CATA---A---T-TN---TCTGA--C-AAGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A--T-------G-AA---AC----AT--TGCATG-T---A-A--A-NT--TC----AT--T----T-TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA---GAT-AATTA-TG---TCG-ACTT-GTC-AG---A---TN---A--AATGTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( family-723 ) : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAA-TATCTGACAAGTCGACATAATT----TTCTGACAAGTCGTGACTAGNAAAGTTCTTGTTATN-AA-GCGTGTT-AATGCCACT-AACT--GTCATCT-ACTTG-TCA---TCG-TAA--T--AT------CTG-A--CAAGTC-GA-CATA---A---T-TN---TCTGA--C-AAGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A--T-------G-AA---AC----AT--TGCATG-T---A-A--A-NT--TC----AT--T----T-TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA---GAT-A-TTA-TG---TCG-ACTT-GTC-AG---A---TN---A--AATGTCGACTTGTCAGATATT
gi|1 : CTGACAA----GTACG-ACA-AT-CAT--AAT-A-ATA-TGA--TCT-ACTT-GTC-AG---AGT-TA---AT-AATGCCGACTTTTCAGATA
gi|1 : ---T-TT---TCTGA--C-AA-TC-A---AG----------------CA-TAAAATTT-A--TCTG-A--AA-AGTCGG-CAT-T--ATTAACTCTGAC--A------------A-------------------G-T---A-G--A-----TC----AT--A----T-TATTATGATT--GT-CGTACTTGT-CA---Gaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : T------CTG-A--CAA-TC-AAGCATA---AAATT-TA---TCTGA--A-AAGTC-G---G-----------------CA-TTA---TT-AACTCTG-A--CA-AGTAGATCAT-ATTATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatc-TTGTCGA--TCTTT-ATGTCGAC-TT-TCA--AA-------ATAATC--AACC-ATGAT-T--TGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-T-AT-GCGT-GTTAaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|10 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-T--TGAACTC-------GGT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-CTACTcagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|11 : CTGT--C-AACTC-G---C-----------------TA-T-----------TCTG-A---G-AGTCGA-CAT-A---CCA--TTCAAC--A--T-------G-A-----------T--TACATG-T---A-ACTA-AT--CCGCACAT--TAATAT-TCGTATA------T-TG-ATTTGT-CA---AAT-AATTA-TG---TTG-ACTT-GTC---------------C--AATGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|12 : cgaaatgagtatc--A--TCTTTTATGTCGAT-TTGTCTGAAA-------ATAATC--A-AC-ATGAC-T-GGAAATTC-------A-CG-ATC---T-TA---T-TAAC-GCGT-GTTAATGCCAT---------------CTA--T-ATACTTAT-CATC----A-TATCTGACAAGTCGACATAAtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|13 : tcacaagggctgACC-GATT--GTCATCC-ACTTG-TCAACTTCA-T----T--GT------CTG-G--CCAGTC-AA-CATA---A---C-AC---T-TGATCC-A--TC-A---A-----------------CA-TAA---CT----TCTG-A--GA-ACTTTC-CAA-A--ATTT--TCTGAC--A--
gi|14 : gtcaacttTG-A--CAAATC-TT-CATA---A---C-TT---TCTGA--C-AAGTC-A---A-----------------TA-CAG---TT-A--TCTG-A--CA-GGTCAA-TAT-AC-ATT---TCCGAG--A--TTTC----A-AT---AC----A---GGTATG-TGACA-A--ATAT--AC----AT--T----T-TC
gi|15 : aaatCT-AACT--GCCATCT-ACTTA-TCA---TCA-TAA--T--AT------CTG-A--CAAGTC-GA-TATA---A---T-TT---TCTTA--C-AAGTC-A---G-----------------CA-TAC---TT-A--TCTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--ATTA--TATGAC--A--T-------G-
gi|16 : gaT------CTG-A--CAAATC-AA-CATA---T---A-GA---TCT-A--C-AAGT--G---A-----------------CAATAA---AG-A--TTTG-A--CA-AGTCAT-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A--
gi|16 : ttttA--T-CTACAAGT-GACA-ATAAAGATTTGACAAGTCATCATAATT----ATCTGACAAGT-GGGGCAAGAAAagtggggcaagaaatatgccaacat
gi|18 : tttttctgacaaatcaacatatag-------ATGATCCAA-CC-ATGATATAGG-AACTC-------GGT--ATCTTGT-TAAAAT-TA-T-TTGTTGTTA----CAC-T-------AATTG-CGA--TGCTACTTGTTCAT--ATAA-TATCTGACAAtatgccaacat
gi|19 : ------CCG-A--CAAGTG-GA-CATA---A---T-TA---TCTGA--C-AATTT-A---A-----------------CT-TAA---TT-G--GCTG-A--CA-TGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A--gatt
gi|19 : ttcGCATT-T---ATG--A-CA--TC----AC--T----TGTCAGATAATTATGT-CG-ACATGT-CA---GCC-AATTA-AG---TTA-AATT-GTC-AG---A---TA---AT-TATGTCCACTTGTCGGagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|19 : ttc--T----T-TATGACA------T-C--ACTTGT-CA---GAT-AATTA-TG---TCG-ACAT-GTC-AGCCAA---TT---A--A--GTTAAATTGTCAGATAgccatca
gi|2 : ttcccgacaagtggacataatTCGTCAGATAATTAT--A--TCTTT-GTGTCGAC-TTTTCCGCAA-------ATAATC--A-TC-ATGAC-TAGGGAAAT--------------TCTTGC-TA---TGTAAT-GTGT-GTTAATACCAC-T-------AACTG-TCA--T-ATACTCGT-CATC-ATAA-GATCTGACAAGTCGAAATAATT----TTCTGACAAGNCATGACTAGGAAAGTTCTTGCTATTTAATGTGTATT-AATACCACT-AACT--GTCATAT-ACTCG-TCA---TCA-TAA--G--AT------CTG-A--CAAGTC-GA-AATA---A---T-TT---TCTGA--C-AAGTC-A---A-----------------TA-TAA---TT-A--TTTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--CATA--TCTGAC--A--T-------GAAA---AC----AT--TGCATG-T---A-A--A-CT--TC----AT--T----T-TCTGACAA----AT-CG-ACTTGT-CA---GAT-A-TTA-TC---TCG-AATT-GTC-AA---A---TG---A--AATGTCGACTTATCAGACGTTtgcgccatca
gi|20 : t---TCTGAA-C-AAGTCCA---A-----------------CA-TAA---TCCA--TCTG-AACCA---TCGA-CAT-C--ATT---CCTGAC--A------------------------------A-G-T---C-A--A-CA--TC----AT--T----A--CTGACAA----GT-TG-AC--AT-CAAT-AATAA-TTA-TG---T
gi|20 : CA---ACA-TAA--TCCAT------CTG-AACCA--TC-GA-CATC---A---T-TC----CTGA--C-AAGTC-A---A-----------------CA-TCA---TT-A---CTG-A--CA-AGTTGA-CATCA--ATAA--T
gi|21 : tctgaacaagtcCAAGTCGACATAATTCTCATTCTGACAAGTGGTGGTTAGAGAaattatgt
gi|22 : cacagaagttagacaataaagattctC----ATA-T----T-TCTGCCA--------CC-ACTTGT-CA---GAT-AATTAATG---TCG-ATTTTGTCCAG---A---TCTTTA--TATGTCGACTTGTCAGtgattgccggccataa
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGT--A--T------TGTCGACGTTGTCAGAAATA-----ATAA----A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-G--TTCTTGTGTA---T-ccaccca
gi|24 : TG-A--CAAGTC-GA-CATA---A---AAGA---TTTGA-----AGTC-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--TCTGAA--CA-AGTtagtt
gi|24 : C----ATA-T----T-TCTGCCA--------CC-ACTTGTTCA---GAT-AATTA-TG---TCG-ACT---TC-AA---ATC-TT---T--TATGTCGACTTGTCAggtggcagaaatatgccaccatac
gi|25 : CGT-ATTAATTTAAT-T-------AACTA-CCA--T-CCACTGGT-CAAA-ATAA-TTTCTGACAAGTCGACATAATC----ATCGGACccaccatac
gi|26 : -T--ATCTTGT-TA---T-TAATGGCAT-GTTAA-G-CACTT-------AACTGCCCATTT-CTACTTGT-
gi|3 : T--T----A-TCTGACAC----GT-AG-ACAT----A---AGT-A-TTA-TGATGTCG-ACTTTGTC-AG---A---TA---ATGAAT-TTGACTTGTCAGATAT
gi|3 : cAA-------ATAATC--A-CCTATGAT-T-GGAAACTC-------GAT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-TTACTTccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|30 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatg-G---G-----------------CA-TTG---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAGA-CAT-A--ATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|4 : TTGTTATT-AA-GCGTGTTTAATGCCACTTACCT--GTCATCTTACTTG-TCA---TTG-TA---T--AT------CTG-A--CAAGTCCGA-CATA---A---T-T----TCTGA--C-A-GTC-A---A-----------------GA-TAA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAAA-C-T-A--ATTT--TCTGAC--A------------AATCGAC----TTAATGCCTGAT---A-A--G-TTAACC----ATAAT----T-TCTGACAA----GG-CC-ACTTAT-C----GATAA-TGA-AG---TCA-ACTT-GTC-AG---A---a
gi|5 : cgAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAAGGGACTC-------GTT--ATCTTGT-TA---T-TATT-GCGT-GTTAA-GCAAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTTGT-CATCAATAA-TATCTGACAAGTCGACACAATT----TTCTGACCAG-CATCAACAATAAA-------TTATC-------TGAC-AATCAAAAT-AATT--TTC--------TG-ACA---AAGTTAA--T--ATATATTACTGCA--CAAGTT-GG-CATT---G---T-TA---TCTGA--C-AAGTA-G---A-----------------CA-TAA---TT-A--Ttgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|6 : TCTTGTTATG-AA-G-GTGTTTAAAGCCACT-AACTTGGACATCT-ACTTGCTCT---TCA-TAATTT--AT------CTA-A--CAA-TC-GA-CATATTTT---T-TT---TCTTA--T-AAGTT-G---ACAATTTTTCCCACAAGTCA-TAA---TT-A--TCTG-A--CACAGTCGT-CAT-G--ATTA--TC-GACAAA--T-------T-AG---ACATTAAT--TATATG-T---T-A--G-GT--TC----AG--A----T-AGTTATAG----GT-CG-ACTTAT-CAACTGAT-T-ATA-TG---TCATAC-T-GCT-AG---ATATTT---T--ATTGTTGACTTGTCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : gtcaatataaagaaTCGAC-TTGCCAGAAATTTCAAAATAATC--A-TC-ATGAC-TAGA-AACTTAAAATTAG-T--ATCTTGT-TA---T-TGAT-GTGT-GTTATTGCCAC-TTATAATTAACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAG-TATCTGACAAgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|7 : AA--T--TT------CTG-G--CAAGTC-GA--------A---T-TTAGATCTGG--CCAAGTT-GGGCA-----------------TA-TAA---TT-AA-TCTG-A--CA-AGTCG--TAT-A--ATTA--TCTGAC--AAGTGGTGGCAG-AA---AT----AT--TGCatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|8 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT-T-CAcaccata
gi|9 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-TTGT--CGTTCTTT-ATGT-GAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1111111 11 222222222222 1111111 11 11111 1 111 1 111 11111111111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 33333333333333
lowQualScore : 0 77777 8 6 2 6666666 55 3 3 3 88 2 777777777777 3 555 3 55 3 2 3 1111111 3 44 3 4 00 5 88888 2 1 000 0 3 9 6 99 0 6 6 000 99 3 77777 44 2 3 3 99999999999999 55 2 33 99999999999999999999999 2 2 2 444 2 55 2 33 2 2 2 55 555 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999 3 3 66 3 3 77 7777 3 4 4 4 4 55555555555555
lowQualScore : . ..... . . . ....... .. . . . .. . ............ . ... . .. . . . ....... . .. . . .. . ..... . . ... . . . . .. . . . ... .. . ..... .. . . . .............. .. . .. ....................... . . . ... . .. . .. . . . .. ... .. .................................................................... ..... . . .. . . .. .... . . . . . ..............
lowQualScore : 0 88888 0 7 5 8888888 00 6 6 6 55 0 666666666666 3 888 3 00 3 1 6 8888888 6 66 3 4 00 7 22222 8 2 555 0 2 8 7 22 3 7 7 000 44 2 88888 22 1 1 1 88888888888888 99 5 44 88888888888888888888888 4 4 4 111 4 66 4 22 4 5 5 99 444 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 1 1 66 1 1 33 0000 6 0 0 0 0 77777777777777
consensus : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAA-TATCTGACAAGTCGACATAATT----NTCTGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A---T-TT---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( family-723 ) : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAA-TATCTGACAAGTCGACATAATT----TTCTGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCG-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A---T-TN---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
gi|1 : CTGACAA----GTACG-ACA-AT-CATA--ATAAT----ATGATCT-A-CTT-GT-CAG---AGT-TAAT-A-ATGCCGACTTTTCAGATA
gi|1 : ---T-TT---TCTGA--C-AA---TC-A---AG----------------C-A-T-AAAATTT-A--TCTG-A--AA-AGTCGG-CAT-T--ATTAACTCTGAC--A-------------A-----------------G-T---A-G--A-----T--C----AT--A----T--TATTATGATT--GT-CGTACTTGT-CA-G--aattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : TCTGA--CAA-T-CAAGCATA---AAATT-TA---TCTGA--A-AAG--TC-G---G-----------------C-A-T-TA---TT-AACTCTG-A--CA-AGTAGATCAT-ATTATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatc-TTGTCGA--TCTTT-ATGTCGAC-TT-TCA--AA-------ATAATC--AACC-ATGAT-T--TGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-T-AT-GCGT-GTTAaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT----ATCTGACAAGTTGTGGCCAGAAcagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|10 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-T--TGAACTC-------GGT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-CTACTtatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|11 : CTGT--C-AAC--TC-G---C-----------------T-A-T------------TCTG-A---G-AGTCGA-CAT-A---CCA--TTCAAC--A---T-------G-A-----------TTACATG-T---A-ACTA-AT--C--CGCACAT--TAATAT--TCGTATA------T-TG-ATTTGT-CA-A--ATAAT--T-ATG-TTG-A-CTT-GT-C-----------C--A-ATGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|12 : cgaaatgagtatc--A--TCTTTTATGTCGAT-TTGTCTGAAA-------ATAATC--A-AC-ATGAC-T-GGAAATTC-------A-CG-ATC---T-TA---T-TAAC-GCGT-GTTAATGCCAT---------------CTA--T-ATACTTAT-CATC----A-TATCTGACAAGTCGACATAAtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|13 : tcacaagggctgAC-CGATT--GTCATC-CACTTG-TCAACTTCA-T----T--GTCTGG--CCAGT-CAA-CATA---A---C-AC---T-TGATCC-A----TC-A---A-----------------C-A-T-AA---CT----TCTG-A--GA-ACTTTC-CAA-A--ATTT--TCTGAC--A---
gi|14 : gtcaacttTGA--CAAAT-CTT-CATA---A---C-TT---TCTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------T-A-C-AG---TT-A--TCTG-A--CA-GGTCAA-TAT-AC-ATT---TCCGAG--A---TTTC----A-AT---AC----A-GGTATG-TGACA-A--ATAT--A--C----AT--T----T--TC
gi|15 : aaatC-TAACT--GCCATC-TACTTA-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-TATA---A---T-TT---TCTTA--C-AAG--TC-A---G-----------------C-A-T-AC---TT-A--TCTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--ATTA--TATGAC--A---T-------G-
gi|16 : gaTCTGA--CAAAT-CAA-CATA---T---A-GA---TCT-A--C-AAG--T--G---A-----------------C-AAT-AA---AG-A--TTTG-A--CA-AGTCAT-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---
gi|16 : ttttA--T-CTACAAGT-GACA-ATAAAGATTTGACAAGTCATCATAATT----ATCTGACAAGT-GGGGCAAGAAAagtggggcaagaaatatgccaacat
gi|18 : tttttctgacaaatcaacatatag-------ATGATCCAA-CC-ATGATATAGG-AACTC-------GGT--ATCTTGT-TAAAAT-TA-T-TTGTTGTTA----CAC-T-------AATTG-CGA--TGCTACTTGTTCAT--ATAA-TATCTGACAAtatgccaacat
gi|19 : CCGA--CAAGT-GGA-CATA---A---T-TA---TCTGA--C-AAT--TT-A---A-----------------C-T-T-AA---TT-G--GCTG-A--CA-TGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---gatt
gi|19 : ttcGCATT-T---ATG--A-CA--T--C----AC--T----TG-TCAGATAATTATGT-CG-ACATGT-CA-G--CCAAT--T-AAG-TTA-A-ATT-GT-CAG---A---TAA--TTATGTCCACTTGTCGGagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|19 : ttc--T----T--TATGACA------T-C--ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CAT-GT-CAGCCAA---TTA--A---GTTAAATTGTCAGATAgccatca
gi|2 : ttcccgacaagtggacataatTCGTCAGATAATTAT--A--TCTTT-GTGTCGAC-TTTTCCGCAA-------ATAATC--A-TC-ATGAC-TAGGGAAAT--------------TCTTGC-TA---TGTAAT-GTGT-GTTAATACCAC-T-------AACTG-TCA--T-ATACTCGT-CATC-ATAA-GATCTGACAAGTCGAAATAATT----TTCTGACAAGNCATGACTAGGAAAGTTCTTGCTATTTA-ATGTGTATTAATACCAC-TAACT--GTCATA-TACTCG-TCA---TCA-TAA--G--ATCTGA--CAAGT-CGA-AATA---A---T-TT---TCTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------T-A-T-AA---TT-A--TTTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--CATA--TCTGAC--A---T-------GAAA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-CT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----AT-CG-ACTTGT-CA-G--AT-AT--T-ATC-TCG-A-ATT-GT-CAA---A---TGA--A-ATGTCGACTTATCAGACGTTtgcgccatca
gi|20 : t---TCTGAA-C-AAG--TCCA---A-----------------C-A-T-AA---TCCA--TCTG-AACCA---TCGA-CAT-C--ATT---CCTGAC--A-----------------------------A-G-T---C-A--A-CA--T--C----AT--T----A---CTGACAA----GT-TG-AC--AT-CA-ATAATAAT--T-ATG-T
gi|20 : CA---ACA-TAA--TCCATCTGAACCA--T-CGA-CATC---A---T-TC----CTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------C-A-T-CA---TT-A---CTG-A--CA-AGTTGA-CATCA--ATAA--T
gi|21 : tctgaacaagtcCAAGTCGACATAATTCTCATTCTGACAAGTGGTGGTTAGAGAaattatgt
gi|22 : cacagaagttagacaataaagattct--C----ATA-T----T--TCTGCCA--------CC-ACTTGT-CA-G--ATAAT--TAATG-TCG-ATTTT-GTCCAG---ATCTTTA--T-ATGTCGACTTGTCAGtgattgccggccataa
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGT--A--T------TGTCGACGTTGTCAGAAATA-----ATAA----A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-G--TTCTTGTGTA---T-ccaccca
gi|24 : TGA--CAAGT-CGA-CATA---A---AAGA---TTTGA-----AG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTGAA--CA-AGTtagtt
gi|24 : --C----ATA-T----T--TCTGCCA--------CC-ACTTGTTCA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CT---T-CAA---ATC-TTT--T-ATGTCGACTTGTCAggtggcagaaatatgccaccatac
gi|25 : CGT-ATTAATTTAAT-T-------AACTA-CCA--T-CCACTGGT-CAAA-ATAA-TTTCTGACAAGTCGACATAATC----ATCGGACccaccatac
gi|26 : -T--ATCTTGT-TA---T-TAATGGCAT-GTTAA-G-CACTT-------AACTGCCCATTT-CTACTTGT-
gi|3 : T--T----A--TCTGACAC----GT-AG-AC--AT-AA-GT-ATTAT--G-ATG-TCG-A-CTTTGT-CAG---A---TAATGA-AT-TTGACTTGTCAGATAT
gi|3 : cAA-------ATAATC--A-CCTATGAT-T-GGAAACTC-------GAT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-TTACTTccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|30 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatg-G---G-----------------C-A-T-TG---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAGA-CAT-A--ATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|4 : TTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCACTTACCT--GTCATCTTACTTG-TCA---TTG-T-A--T--ATCTGA--CAAGTCCGA-CATA---A---T-T----TCTGA--C--AG--TC-A---A-----------------G-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAAA-C-T-A--ATTT--TCTGAC--A-------------AATCGACTT--AATGCCTGAT---A-A--G-TTAAC--C----ATAAT----T--TCTGACAA----GG-CC-ACTTAT-C--G--ATAAT--G-AAG-TCA-A-CTT-GT-CAG---A---a
gi|5 : cgTCTTGTTATTATTGCGTGT-T-AA-GCAAC-TAACT--GCCATT-TACTTG-TCA---TCAATAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CACA---A---T-TT---TCTGA--C-CAGCATC-A---A-----------------CAA-TAAA---TT-A--TCTG-A--CA-A-TCAA-AAT-A--ATTT--TCTGAC--AAAGT-------T-AATATAT----ATTAC-TG-C---ACA--A-GT--TGGC----AT--TG---TTATCTGACAA----GT-AG-AC-----------ATAAT--T-ATtgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|5 : AA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAAGGGACTC-------GTT--ATCTTGT-TA---T-TATT-GCGT-GTTAA-GCAAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTTGT-CATCAATAA-TATCTGACAAGTCGACACAATT----TTCTGACCAGtaacgagtcccttaatcatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|6 : ataattatgtctacttgtcagataacaatgccaacttgtgcagtaatatatattaactttgtcagaaaattattttgattgtcagataatttattgttgatgTCTTGTTATGAA-G-GTGT-TTAAAGCCAC-TAACTTGGACATC-TACTTGCTCT---TCA-TAATTT--ATCTAA--CAA-T-CGA-CATATTTT---T-TT---TCTTA--T-AAG--TT-G---ACAATTTTTCCCACAAGTC-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CACAGTCGT-CAT-G--ATTA--TC-GACAAA---T-------T-AG---ACATTAATTATATG-T---T-A--G-GT--T--C----AG--A----T--AGTTATAG----GT-CG-ACTTAT-CA-A--CTGATTAT-ATG-TCATA-C-T-GC-TAG---ATATTTT--A-TTGTTGACTTGTCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : gtcaatataaagaaTCGAC-TTGCCAGAAATTTCAAAATAATC--A-TC-ATGAC-TAGA-AACTTAAAATTAG-T--ATCTTGT-TA---T-TGAT-GTGT-GTTATTGCCAC-TTATAATTAACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATC-ATAG-TATCTGACAAgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|7 : AA--T--TTCTGG--CAAGT-CGA--------A---T-TTAGATCTGG--CCAAG--TT-GGGCA-----------------T-A-T-AA---TT-AA-TCTG-A--CA-AGTCG--TAT-A--ATTA--TCTGAC--AAG-TGGTGGCAG-AA---AT----ATTGCatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|8 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT-T-CAcaccata
gi|9 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-TTGT--CGTTCTTT-ATGT-GAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1111111 11 222222222222 1111111 1111 1 111 1 111 11111111 11111111111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 33333333333333
lowQualScore : 0 77777 8 6 2 6666666 55 3 3 3 88 2 777777777777 3 555 3 55 3 2 3 1111111 3 44 3 4 888 5 1 4444 2 1 000 0 3 9 6 99 0 6 6 000 5 3 77777 44 2 3 3 33333333 8888 55 2 33 99999999999999999999999 2 2 2 444 2 55 2 33 2 2 2 55 555 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999 3 3 66 3 3 77 7777 3 4 4 4 4 55555555555555
lowQualScore : . ..... . . . ....... .. . . . .. . ............ . ... . .. . . . ....... . .. . . ... . . .... . . ... . . . . .. . . . ... . . ..... .. . . . ........ .... .. . .. ....................... . . . ... . .. . .. . . . .. ... .. .................................................................... ..... . . .. . . .. .... . . . . . ..............
lowQualScore : 0 88888 0 7 5 8888888 00 6 6 6 55 0 666666666666 3 888 3 00 3 1 6 8888888 6 66 3 4 000 7 0 2222 8 2 555 0 2 8 7 22 3 7 7 000 7 2 88888 22 1 1 1 88888888 1111 99 5 44 88888888888888888888888 4 4 4 111 4 66 4 22 4 5 5 99 444 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 1 1 66 1 1 33 0000 6 0 0 0 0 77777777777777
consensus : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAA-TATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( family-723 ) : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAA-TATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
gi|1 : CTGACAA----GTACG-ACA-AT-CATA--ATAAT----ATGATCT-A-CTT-GT-CAG---AGT-TAAT-A-ATGCCGACTTTTCAGATA
gi|1 : ----TTT---TCTGA--C-AA---TC-A---AG----------------C-A-T-AAAATTT-A--TCTG-A--AA-AGTCGG-CAT-T--ATTAACTCTGAC--A-------------A-----------------G-T---A-G--A-----T--C----AT--A----T--TATTATGATT--GT-CGTACTTGT-CA-G--aattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : TCTGA--CAA-T-CAAGCATA---AAA--TTTA--TCTGA--A-AAG--TC-G---G-----------------C-A-T-TA---TT-AACTCTG-A--CA-AGTAGATCAT-ATTATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatc-TTGTCGA--TCTTT-ATGTCGAC-TT-TCA--AA-------ATAATC--AACC-ATGAT-T--TGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-T-AT-GCGT-GTTAaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTATC----TGACAAGTTGTGGCCAGAAcagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|10 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-T--TGAACTC-------GGT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-CTACTtatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|11 : CTGT--C-AAC--TC-G---C-----------------T-A-T------------TCTG-A---G-AGTCGA-CAT-A---CCA--TTCAAC--A---T-------G-A-----------TTACATG-T---A-ACTA-AT--C--CGCACAT--TAATAT--TCGTATA------T-TG-ATTTGT-CA-A--ATAAT--T-ATG-TTG-A-CTT-GT-C-----------C--A-ATGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|12 : cgaaatgagtatc--A--TCTTTTATGTCGAT-TTGTCTGAAA-------ATAATC--A-AC-ATGAC-T-GGAAATTC-------A-CG-ATC---T-TA---T-TAAC-GCGT-GTTAATGCCAT---------------CTA--T-ATACTTAT-CATC----A-TATCTGACAAGTCGACATAAtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|13 : tcacaagggctgAC-CGATT--GTCATC-CACTTG-TCAACTTCA-T----T--GTCTGG--CCAGT-CAA-CATA---A----CAC---T-TGATCC-A----TC-A---A-----------------C-A-T-AA---CT----TCTG-A--GA-ACTTTC-CAA-A--ATTT--TCTGAC--A---
gi|14 : gtcaacttTGA--CAAAT-CTT-CATA---A----CTT---TCTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------T-A-C-AG---TT-A--TCTG-A--CA-GGTCAA-TAT-AC-ATT---TCCGAG--A---TTTC----A-AT---AC----A-GGTATG-TGACA-A--ATAT--A--C----AT--T----T--TC
gi|15 : aaatC-TAACT--GCCATC-TACTTA-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-TATA---A----TTT---TCTTA--C-AAG--TC-A---G-----------------C-A-T-AC---TT-A--TCTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--ATTA--TATGAC--A---T-------G-
gi|16 : gaTCTGA--CAAAT-CAA-CATATAGA----TCT-------A--C-AAG--T--G---A-----------------C-AAT-AA---AG-A--TTTG-A--CA-AGTCAT-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---
gi|16 : ttttA--T-CTACAAGT-GACAA-TAAAGATTTGACAAGTCATCATAATTATC----TGACAAGT-GGGGCAAGAAAagtggggcaagaaatatgccaacat
gi|18 : tttttctgacaaatcaacatatag-------ATGATCCAA-CC-ATGATATAGG-AACTC-------GGT--ATCTTGT-TAAAAT-TA-T-TTGTTGTTA----CAC-T-------AATTG-CGA--TGCTACTTGTTCAT-A-TAA-TATCTGACAAtatgccaacat
gi|19 : CCGA--CAAGT-GGA-CATA---A----TTA---TCTGA--C-AAT--TT-A---A-----------------C-T-T-AA---TT-G--GCTG-A--CA-TGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---gatt
gi|19 : ttcGCATT-T---ATG--A-CA--T--C----AC--T----TG-TCAGATAATTATGT-CG-ACATGT-CA-G--CCAAT--T-AAG-TTA-A-ATT-GT-CAG---A---TAA--TTATGTCCACTTGTCGGagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|19 : ttc--T----T--TATGACA------T-C--ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CAT-GT-CAGCCAA---TTA--A---GTTAAATTGTCAGATAgccatca
gi|2 : ttcccgacaagtggacataatTCGTCAGATAATTAT--A--TCTTT-GTGTCGAC-TTTTCCGCAA-------ATAATC--A-TC-ATGAC-TAGGGAAAT--------------TCTTGC-TA---TGTAAT-GTGT-GTTAATACCAC-T-------AACTG-TCA--T-ATACTCGT-CATCA-TAA-GATCTGACAAGTCGAAATAATTTTC----TGACAAGNCATGACTAGGAAAGTTCTTGCTATTTA-ATGTGTATTAATACCAC-TAACT--GTCATA-TACTCG-TCA---TCA-TAA--G--ATCTGA--CAAGT-CGA-AATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------T-A-T-AA---TT-A--TTTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--CATA--TCTGAC--A---T-------GAAA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-CT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----AT-CG-ACTTGT-CA-G--AT-AT--T-ATC-TCG-A-ATT-GT-CAA---A---TGA--A-ATGTCGACTTATCAGACGTTtgcgccatca
gi|20 : t---TCTGAA-C-AAG--TCCA---A-----------------C-A-T-AA---TCCA--TCTG-AACCA---TCGA-CAT-C--ATT---CCTGAC--A-----------------------------A-G-T---C-A--A-CA--T--C----AT--T----A---CTGACAA----GT-TG-AC--AT-CA-ATAATAAT--T-ATG-T
gi|20 : CA---ACA-TAA--TCCATCTGAACCA--T-CGA-CATC---A----TTC----CTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------C-A-T-CA---TT-A---CTG-A--CA-AGTTGA-CATCA--ATAA--T
gi|21 : tctgaacaagtcCAAGTCGACATAATTCTCATTCTGACAAGTGGTGGTTAGAGAaattatgt
gi|22 : cacagaagttagacaataaagattct--C----ATA-T----T--TCTGCCA--------CC-ACTTGT-CA-G--ATAAT--TAATG-TCG-ATTTT-GTCCAG---ATCTTTA--T-ATGTCGACTTGTCAGtgattgccggccataa
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGT--A--T------TGTCGACGTTGTCAGAAATA-----ATAA----A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-G--TTCTTGTGTA---T-ccaccca
gi|24 : TGA--CAAGT-CGA-CATA---AAAGATTT------GA-----AG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTGAA--CA-AGTtagtt
gi|24 : --C----ATA-T----T--TCTGCCA--------CC-ACTTGTTCA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CT---T-CAA---ATC-TTT--T-ATGTCGACTTGTCAggtggcagaaatatgccaccatac
gi|25 : CGT-ATTAATTTAAT-T-------AACTA-CCA--T-CCACTGGT-CAAAA-TAA-TTTCTGACAAGTCGACATAATCATC----GGACccaccatac
gi|26 : -T--ATCTTGT-TA---T-TAATGGCAT-GTTAA-G-CACTT-------AACTGCCCATTT-CTACTTGT-
gi|3 : T--T----A--TCTGACAC----GT-AG-AC--AT-AA-GT-ATTAT--G-ATG-TCG-A-CTTTGT-CAG---A---TAATGA-AT-TTGACTTGTCAGATAT
gi|3 : cAA-------ATAATC--A-CCTATGAT-T-GGAAACTC-------GAT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-TTACTTccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|30 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatg-G---G-----------------C-A-T-TG---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAGA-CAT-A--ATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|4 : TTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCACTTACCT--GTCATCTTACTTG-TCA---TTG-T-A--T--ATCTGA--CAAGTCCGA-CATA---A-----TT---TCTGA--C--AG--TC-A---A-----------------G-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAAA-C-T-A--ATTT--TCTGAC--A-------------AATCGACTT--AATGCCTGAT---A-A--G-TTAAC--C----ATAAT----T--TCTGACAA----GG-CC-ACTTAT-C--G--ATAAT--G-AAG-TCA-A-CTT-GT-CAG---A---a
gi|5 : cgTCTTGTTATTATTGCGTGT-T-AA-GCAAC-TAACT--GCCATT-TACTTG-TCA---TCAATAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CACA---A----TTT---TCTGA--C-CAGCATC-A---A-----------------CAA-TAAA---TT-A--TCTG-A--CA-A-TCAA-AAT-A--ATTT--TCTGAC--AAAGT-------T-AATATAT----ATTAC-TG-C---ACA--A-GT--TGGC----AT--TG---TTATCTGACAA----GT-AG-AC-----------ATAAT--T-ATtgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|5 : AA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAAGGGACTC-------G-TT-ATCTTGT-TA---T-TATT-GCGT-GTTAA-GCAAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTTGT-CATCAATAA-TATCTGACAAGTCGACACAATTTTC----TGACCAGtaacgagtcccttaatcatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|6 : ataattatgtctacttgtcagataacaatgccaacttgtgcagtaatatatattaactttgtcagaaaattattttgattgtcagataatttattgttgatgTCTTGTTATGAA-G-GTGT-TTAAAGCCAC-TAACTTGGACATC-TACTTGCTCT---TCA-TAATTT--ATCTAA--CAA-T-CGA-CATATTTT----TTT---TCTTA--T-AAG--TT-G---ACAATTTTTCCCACAAGTC-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CACAGTCGT-CAT-G--ATTA--TC-GACAAA---T-------T-AG---ACATTAATTATATG-T---T-A--G-GT--T--C----AG--A----T--AGTTATAG----GT-CG-ACTTAT-CA-A--CTGATTAT-ATG-TCATA-C-T-GC-TAG---ATATTTT--A-TTGTTGACTTGTCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : gtcaatataaagaaTCGAC-TTGCCAGAAATTTCAAAATAATC--A-TC-ATGAC-TAGA-AACTTAAAATTAG-T--ATCTTGT-TA---T-TGAT-GTGT-GTTATTGCCAC-TTATAATTAACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAG-TATCTGACAAgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|7 : AA--T--TTCTGG--CAAGT-CGA--------A----TTTAGATCTGG--CCAAG--TT-GGGCA-----------------T-A-T-AA---TT-AA-TCTG-A--CA-AGTCG--TAT-A--ATTA--TCTGAC--AAG-TGGTGGCAG-AA---AT----ATTGCatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|8 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT-T-CAcaccata
gi|9 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-TTGT--CGTTCTTT-ATGT-GAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1111111 11 222222222222 1111111 1111 1 111 1 111 11111111 11111111111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 33333333333333
lowQualScore : 0 77777 8 6 2 6666666 55 3 3 3 88 2 777777777777 3 555 3 55 3 2 3 1111111 3 44 3 4 888 5 1 4444 2 1 000 0 3 9 6 99 0 6 6 000 5 3 77777 44 2 3 3 33333333 8888 55 2 33 99999999999999999999999 2 2 2 444 2 55 2 33 2 2 2 55 555 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99999 3 3 66 3 3 77 7777 3 4 4 4 4 55555555555555
lowQualScore : . ..... . . . ....... .. . . . .. . ............ . ... . .. . . . ....... . .. . . ... . . .... . . ... . . . . .. . . . ... . . ..... .. . . . ........ .... .. . .. ....................... . . . ... . .. . .. . . . .. ... .. .................................................................... ..... . . .. . . .. .... . . . . . ..............
lowQualScore : 0 88888 0 7 5 8888888 00 6 6 6 55 0 666666666666 3 888 3 00 3 1 6 8888888 6 66 3 4 000 7 0 2222 8 2 555 0 2 8 7 22 3 7 7 000 7 2 88888 22 1 1 1 88888888 1111 99 5 44 88888888888888888888888 4 4 4 111 4 66 4 22 4 5 5 99 444 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88888 1 1 66 1 1 33 0000 6 0 0 0 0 77777777777777
consensus : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAA-TATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( family-723 ) : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAA-TATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
gi|1 : CTGACAA----GTACG-ACA-AT-CATA--ATAAT----ATGATCT-A-CTT-GT-CAG---AGT-TAAT-A-ATGCCGACTTTTCAGATA
gi|1 : ----TTT---TCTGA--C-AA---TC-A---AG----------------C-A-T-AAAATTT-A--TCTG-A--AA-AGTCGG-CAT-T--ATTAACTCTGAC--A-------------A-----------------G-T---A-G--A-----T--C----AT--A----T--TATTATGATT--GT-CGTACTTGT-CA-G--aattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : TCTGA--CAA-T-CAAGCATA---AAA--TTTA--TCTGA--A-AAG--TC-G---G-----------------C-A-T-TA---TT-AACTCTG-A--CA-AGTAGATCAT-ATTATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatc-TTGTCGA--TCTTT-ATGTCGAC-TT-TCA--AA-------ATAATC--AACC-ATGAT-T--TGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-T-AT-GCGT-GTTAaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTATC----TGACAAGTTGTGGCCAGAAcagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|10 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-T--TGAACTC-------GGT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-CTACTtatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|11 : CTGT--C-AAC--TC-G---C-----------------T-A-T------------TCTG-A---G-AGTCGA-CAT-A---CCA--TTCAAC--A---T-------G-A-----------TTACATG-T---A-ACTA-AT--C--CGCACAT--TAATAT--TCGTATA------T-TG-ATTTGT-CA-A--ATAAT--T-ATG-TTG-A-CTT-GT-C-----------C--A-ATGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|12 : cgaaatgagtatc--A--TCTTTTATGTCGAT-TTGTCTGAAA-------ATAATC--A-AC-ATGAC-T-GGAAATTC-------A-CG-ATC---T-TA---T-TAAC-GCGT-GTTAATGCCAT---------------CTA--T-ATACTTAT-CATC----A-TATCTGACAAGTCGACATAAtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|13 : tcacaagggctgAC-CGATT--GTCATC-CACTTG-TCAACTTCA-T----T--GTCTGG--CCAGT-CAA-CATA---A----CAC---T-TGATCC-A----TC-A---A-----------------C-A-T-AA---CT----TCTG-A--GA-ACTTTC-CAA-A--ATTT--TCTGAC--A---
gi|14 : gtcaacttTGA--CAAAT-CTT-CATA---A----CTT---TCTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------T-A-C-AG---TT-A--TCTG-A--CA-GGTCAA-TAT-AC-ATT---TCCGAG--A---TTTC----A-AT---AC----A-GGTATG-TGACA-A--ATAT--A--C----AT--T----T--TC
gi|15 : aaatC-TAACT--GCCATC-TACTTA-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-TATA---A----TTT---TCTTA--C-AAG--TC-A---G-----------------C-A-T-AC---TT-A--TCTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--ATTA--TATGAC--A---T-------G-
gi|16 : gaTCTGA--CAAAT-CAA-CATATAGA----TCT-------A--C-AAG--T--G---A-----------------C-AAT-AA---AG-A--TTTG-A--CA-AGTCAT-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---
gi|16 : ttttA--T-CTACAAGT-GACAA-TAAAGATTTGACAAGTCATCATAATTATC----TGACAAGT-GGGGCAAGAAAagtggggcaagaaatatgccaacat
gi|18 : tttttctgacaaatcaacatatag-------ATGATCCAA-CC-ATGATATAGG-AACTC-------GGT--ATCTTGT-TAAAAT-TA-T-TTGTTGTTA----CAC-T-------AATTG-CGA--TGCTACTTGTTCAT-A-TAA-TATCTGACAAtatgccaacat
gi|19 : CCGA--CAAGT-GGA-CATA---A----TTA---TCTGA--C-AAT--TT-A---A-----------------C-T-T-AA---TT-G--GCTG-A--CA-TGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---gatt
gi|19 : ttcGCATT-T---ATG--A-CA--T--C----AC--T----TG-TCAGATAATTATGT-CG-ACATGT-CA-G--CCAAT--T-AAG-TTA-A-ATT-GT-CAG---A---TAA--TTATGTCCACTTGTCGGagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|19 : ttc--T----T--TATGACA------T-C--ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CAT-GT-CAGCCAA---TTA--A---GTTAAATTGTCAGATAgccatca
gi|2 : ttcccgacaagtggacataatTCGTCAGATAATTAT--A--TCTTT-GTGTCGAC-TTTTCCGCAA-------ATAATC--A-TC-ATGAC-TAGGGAAAT--------------TCTTGC-TA---TGTAAT-GTGT-GTTAATACCAC-T-------AACTG-TCA--T-ATACTCGT-CATCA-TAA-GATCTGACAAGTCGAAATAATTTTC----TGACAAGNCATGACTAGGAAAGTTCTTGCTATTTA-ATGTGTATTAATACCAC-TAACT--GTCATA-TACTCG-TCA---TCA-TAA--G--ATCTGA--CAAGT-CGA-AATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------T-A-T-AA---TT-A--TTTG-A--CA-AATCAA-CAT-A--CATA--TCTGAC--A---T-------GAAA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-CT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----AT-CG-ACTTGT-CA-G--AT-AT--T-ATC-TCG-A-ATT-GT-CAA---A---TGA--A-ATGTCGACTTATCAGACGTTtgcgccatca
gi|20 : t---TCTGAA-C-AAG--TCCA---A-----------------C-A-T-AA---TCCA--TCTG-AACCA---TCGA-CAT-C--ATT---CCTGAC--A-----------------------------A-G-T---C-A--A-CA--T--C----AT--T----A---CTGACAA----GT-TG-AC--AT-CA-ATAATAAT--T-ATG-T
gi|20 : CA---ACA-TAA--TCCATCTGAACCA--T-CGA-CATC---A----TTC----CTGA--C-AAG--TC-A---A-----------------C-A-T-CA---TT-A---CTG-A--CA-AGTTGA-CATCA--ATAA--T
gi|21 : tctgaacaagtcCAAGTCGACATAATTCTCATTCTGACAAGTGGTGGTTAGAGAaattatgt
gi|22 : cacagaagttagacaataaagattct--C----ATA-T----T--TCTGCCA--------CC-ACTTGT-CA-G--ATAAT--TAATG-TCG-ATTTT-GTCCAG---ATCTTTA--T-ATGTCGACTTGTCAGtgattgccggccataa
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGT--A--T------TGTCGACGTTGTCAGAAATA-----ATAA----A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-G--TTCTTGTGTA---T-ccaccca
gi|24 : TGA--CAAGT-CGA-CATA---AAAGATTT------GA-----AG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTGAA--CA-AGTtagtt
gi|24 : --C----ATA-T----T--TCTGCCA--------CC-ACTTGTTCA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CT---T-CAA---ATC-TTT--T-ATGTCGACTTGTCAggtggcagaaatatgccaccatac
gi|25 : CGT-ATTAATTTAAT-T-------AACTA-CCA--T-CCACTGGT-CAAAA-TAA-TTTCTGACAAGTCGACATAATCATC----GGACccaccatac
gi|26 : -T--ATCTTGT-TA---T-TAATGGCAT-GTTAA-G-CACTT-------AACTGCCCATTT-CTACTTGT-
gi|3 : T--T----A--TCTGACAC----GT-AG-AC--AT-AA-GT-ATTAT--G-ATG-TCG-A-CTTTGT-CAG---A---TAATGA-AT-TTGACTTGTCAGATAT
gi|3 : cAA-------ATAATC--A-CCTATGAT-T-GGAAACTC-------GAT--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-TTACTTccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|30 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatg-G---G-----------------C-A-T-TG---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAGA-CAT-A--ATTA--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|4 : TTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCACTTACCT--GTCATCTTACTTG-TCA---TTG-T-A--T--ATCTGA--CAAGTCCGA-CATA---A-----TT---TCTGA--C--AG--TC-A---A-----------------G-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTAAA-C-T-A--ATTT--TCTGAC--A-------------AATCGACTT--AATGCCTGAT---A-A--G-TTAAC--C----ATAAT----T--TCTGACAA----GG-CC-ACTTAT-C--G--ATAAT--G-AAG-TCA-A-CTT-GT-CAG---A---a
gi|5 : cgTCTTGTTATTATTGCGTGT-T-AA-GCAAC-TAACT--GCCATT-TACTTG-TCA---TCAATAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CACA---A----TTT---TCTGA--C-CAGCATC-A---A-----------------CAA-TAAA---TT-A--TCTG-A--CA-A-TCAA-AAT-A--ATTT--TCTGAC--AAAGT-------T-AATATAT----ATTAC-TG-C---ACA--A-GT--TGGC----AT--TG---TTATCTGACAA----GT-AG-AC-----------ATAAT--T-ATtgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|5 : AA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAAGGGACTC-------G-TT-ATCTTGT-TA---T-TATT-GCGT-GTTAA-GCAAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTTGT-CATCAATAA-TATCTGACAAGTCGACACAATTTTC----TGACCAGtaacgagtcccttaatcatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|6 : ataattatgtctacttgtcagataacaatgccaacttgtgcagtaatatatattaactttgtcagaaaattattttgattgtcagataatttattgttgatgTCTTGTTATGAA-G-GTGT-TTAAAGCCAC-TAACTTGGACATC-TACTTGCTCT---TCA-TAATTT--ATCTAA--CAA-T-CGA-CATATTTT----TTT---TCTTA--T-AAG--TT-G---ACAATTTTTCCCACAAGTC-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CACAGTCGT-CAT-G--ATTA--TC-GACAAA---T-------T-AG---ACATTAATTATATG-T---T-A--G-GT--T--C----AG--A----T--AGTTATAG----GT-CG-ACTTAT-CA-A--CTGATTAT-ATG-TCATA-C-T-GC-TAG---ATATTTT--A-TTGTTGACTTGTCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : gtcaatataaagaaTCGAC-TTGCCAGAAATTTCAAAATAATC--A-TC-ATGAC-TAGA-AACTTAAAATTAG-T--ATCTTGT-TA---T-TGAT-GTGT-GTTATTGCCAC-TTATAATTAACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAG-TATCTGACAAgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|7 : AA--T--TTCTGG--CAAGT-CGA--------A----TTTAGATCTGG--CCAAG--TT-GGGCA-----------------T-A-T-AA---TT-AA-TCTG-A--CA-AGTCG--TAT-A--ATTA--TCTGAC--AAG-TGGTGGCAG-AA---AT----ATTGCatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|8 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT-T-CAcaccata
gi|9 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-TTGT--CGTTCTTT-ATGT-GAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TA-GGAACTC-------G-TTAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT
blockSeqs : A CGT T G G TTTCAAA CA . T A AG G AAAATTAGT G AAA G GG T T T TATAATT C TT G T CAA A A ATTC C A TGC . T T T TG T C . A A TCC AC G C . AAAGA AGAT TC C CA GACAATTTTTCCCACAAGT A A A . C AC A AC C T C TT A AA AAGTTAATATATATTACTGCACAAGTTGGCATTGTTA ATTAT . T TT T . TA TAT . T T T C CCAATTAA
blockSeqs : . A . . T TA . . . . AG A GTTA . . . G . T . . . . . . AA . T . G T GC . T A . . . . . . A TTT . A . . TAGA AT A . . GGGCA . . . . . A . . . . . C A . AATCGACTTAATGCCTGATAAGTTAACCATAATT ATT . . TT . . T TA . . . . . ATCTTTAT
blockSeqs : . A . . G . . . . . AA G GTTA . . . G . T . . . . . . CA . C . . T G . . . . . . . . . A T . G . . TTTT T . . . CAA . . . . . . . . . . . . T . TGATTACATGTAACTAATCCGCACATTAATAT A . . AT . . . T . . . . . ATATTTTA
blockSeqs : A . . G . . . . . AG G GGT . . . T . T . . . . . . AA . A . . . . . . . A G . A . . A T . . . GG . . . . . . . . . . . . A . TTTCAATACAGGTATGTGACAAATATACATTT A . . TT . . . T . . . . . ATCTTTT
blockSeqs : . G . . . . . G A ACG . . . G . T . . . . . . CA . T . . . . . . . A T . G . . A T . . . GC . . . . . . . . . . . . A . TTAGACATTAATTATATGTTAGGTTCAGAT C . . TT . . . T . . . . . ATAATGA
blockSeqs : . . . . . A G GGT . . . G . T . . . . . . A . . . A T . G . . A T . . . AA . . . . . . . . . . . . A . TGAAAACATTGCATGTAAACTTCATTT A . . TT . . . T . . . . . ATAATT
blockSeqs : . . . . . G G GAT . . . G . T . . . . . . . T . G . . A T . . . AA . . . . . . . . . . . . A . AGTCAACATCATTA A . . TT . . . T . . . . . ATGAA
blockSeqs : . . . . . A G GTT . . . G . . . . . . . . . G . . A T . . . AG . . . . . . . . . . . . A . G . . TT . . . T . . . . . CA
blockSeqs : . . . . . A . GG . . . . . . . . . . . . G . . A T . . . GA . . . . . . . . . . . . A . . . . TT . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A T . . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A T . . . AA . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . A . . . . AA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GA . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . GG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AA . . . . . . . . .
blockSeqCons : A**** AG GNT********* NA* *** A******* AA********************* *** A** TT T***
originalCons : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTC-------G-T--ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATCA-TAA-TATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATA---A----TTT---TCTGA--C-AAG--TC-G---A-----------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAAT--T-ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
finalCons : NTCGTCAGATC-TTGTA----TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--A-CC-ATGAT-TAGGGAACTCGNT---------ATCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CATNA-TAA-TATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TAA--T--ATCTGA--CAAGT-CGA-CATAA-------TTT---TCTGA--C-AAG--TCAA---------------------C-A-T-AA---TT-A--TCTG-A--CA-AGTCGA-CAT-A--ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GT-CG-ACTTGT-CA-G--ATAATT---ATG-TCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--A-ATGTCGACTTGTCAGATATT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Alignments
lowQualScore : 22222 1111111 1111 1111111 1111111 11 1111 111 1 11111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 333333333333
lowQualScore : 0 88888 22222 6 5 0 5 5555555 88 3 3 6666 5555555 6 3 555 3 55 3 2 3 1111111 3 55 44 5 44 1 7777 3 000 0 3 9 6 99 0 6 5 888 5 66 88888 55 3 3 666 555 77 3 33 555 2 555 99999999999999 2 2 555 2 2 2 33 2 3 3 888 44 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 33 5 3 77 44 3 4 4 4 4 000000000000
lowQualScore : . ..... ..... . . . . ....... .. . . .... ....... . . ... . .. . . . ....... . .. .. . .. . .... . ... . . . . .. . . . ... . .. ..... .. . . ... ... .. . .. ... . ... .............. . . ... . . . .. . . . ... .. .................................................................... ..... .. . . .. .. . . . . . ............
lowQualScore : 7 99999 55555 7 7 7 1 4444444 66 6 6 5555 4444444 7 3 888 3 00 3 1 6 8888888 6 00 00 0 22 0 0000 7 555 0 2 8 7 22 3 7 7 888 0 33 66666 00 6 6 444 444 33 1 99 000 9 000 66666666666666 9 9 000 9 9 9 99 9 1 1 888 66 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 88 4 3 33 66 3 0 0 0 0 666666666666
consensus : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGGGAACTCGN------TA-TCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CAT-CATAATATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TA-A--T--ATCTGA--CAAGT-CGACA-TA---ATTT---TCTGA--C-AAG--T---C-A---A--------------C-AT-AA---TT-A-T-CTGA--CA-AGTCGACAT-A-ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GTCG-ACTTGT-CAG--ATAAT--T-ATGTCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--AATGTCGACTTGTCAGATATT
Reference ( family-723 ) : NTCGTCAGATC-TTGT--A--TCTTT-ATGTCGAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGGGAACTCGN------TA-TCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-CTACTTGT-CAT-NATAATATCTGACAAGTCGACATAATTNTC----TGACAAGTCGTGGCTAGAAAAGTTCTTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCAC-TAACT--GTCATC-TACTTG-TCA---TCA-TA-A--T--ATCTGA--CAAGT-CGACA-TA---ATTT---TCTGA--C-AAG--T---C-A---A--------------C-AT-AA---TT-A-T-CTGA--CA-AGTCGACAT-A-ATTA--TCTGAC--A---T-------G-AA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-NT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----GTCG-ACTTGT-CAG--ATAAT--T-ATGTCG-A-CTT-GT-CAG---A---TNA--AATGTCGACTTGTCAGATATT
gi|1 : TTT---TCTGA--C-AA---T---C-A---AG-------------C-AT-AAAATTT-A-T-CTGA--AA-AGTCGGCAT-T-ATTAACTCTGAC--A-------------A-----------------G-T---A-G--A-----T--C----AT--A----T--TATTATGATT--GTCGTACTTGT-CAG--
gi|1 : -TTGTCGA--TCTTT-ATGTCGAC-TT-TC--AAA-------ATAATCA-ACC-ATGAT-T--TGAACTCG-------TA-TCTTGT-TA---T-T-AT-GCGT-GTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|1 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTATC----TGACAAGTTGTGGCCAGAAcagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctgacaagttgtggccagaatatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|10 : ctgacaagtacgacaatcataataatatgatctacttgtcagagttaataatgccgacttttcagataaattttatgcttgattgtcagaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacacgcataataacaagatacgagttcaaatcatggttgattattttgaaagtcgacataaagatcgacaacagttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA-------ATAATC--ACC-ATGAT-T--TGAACTCGG------TA-TCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-CTACTtatgccccatacaaaagtattccacaaaaacggataaagtttagatttacagtcaaaatgcgc
gi|11 : G--T---C-A---A--------------C--T-CG---CT-A-TTCTGA---G-AGTCGACAT-A--CCA--TTCAAC--A---T-------G-A-----------TTACATG-T---A-ACTA-AT--C--CGCACAT--TAATAT--TCGTATA------TTG-ATTTGT-CAA--ATAAT--T-ATGTTG-A-CTT-GT-C-----------C--AATGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtggcagaaatatgccaccata
gi|12 : cgaaatgagtatc--A--TCTTTTATGTCGAT-TTGTCTGAAA-------ATAATC--AAC-ATGAC-T-GGAAATTCAC------GA-TC---T-TA---T-TAAC-GCGT-GTTAATGCCAT---------------CTA--T-ATACTTAT-CAT-C---ATATCTGACAAGTCGACATAAagtggatggtacatgtaatgatgacgttttcgca
gi|13 : tcacaagggctgAC-CGATT--GTCATC-CACTTG-TCAACTTCA-T-----T--GTCTGG--CCAGT-CAACA-TA---ACAC---T-TGATCC-A----T---C-A---A--------------C-AT-AA---CT---T-CTGA--GA-ACTTTCCAA-A-ATTT--TCTGAC--A---
gi|14 : gtcaacttTGA--CAAAT-CTTCA-TA---ACTT---TCTGA--C-AAG--T---C-A---A--------------T-AC-AG---TT-A-T-CTGA--CA-GGTCAATAT-ACATT---TCCGAG--A---TTTC----A-AT---AC----A-GGTATG-TGACA-A--ATAT--A--C----AT--T----T--TC
gi|15 : aaatC-TAACT--GCCATC-TACTTA-TCA---TCA-TA-A--T--ATCTGA--CAAGT-CGATA-TA---ATTT---TCTTA--C-AAG--T---C-A---G--------------C-AT-AC---TT-A-T-CTGA--CA-AATCAACAT-A-ATTA--TATGAC--A---T-------G-
gi|16 : gaTTGTCA---C-TTGT--AGATCTAT-ATGTTGAT-TTGTCAGAAA-------A
gi|16 : t-TCA---ACA-TATA--G--ATCT-A--CAAGT--GACAATA---AAGA---TTTGA--C-AAG--T---C-A---T--------------C-AT-AA---TT-A-T-CTGA--CA-AGTtaaagatttgacaagtcatcataattatctgacaagtggggcaagaaatatgccaacat
gi|18 : tttttctgacaaa-------ATGATCCAACC-ATGATATAGG-AACTCGG------TA-TCTTGT-TAAAAT-TA-T-TTGTTGTTA----CAC-T-------AATTG-CGA--TGCTACTTGTTCAT--ATAATATCTGACAAggggcaagaaatatgccaacat
gi|19 : CCGA--CAAGT-GGACA-TA---ATTA---TCTGA--C-AAT--T---T-A---A--------------C-TT-AA---TT-G-G-CTGA--CA-TGTCGACAT-A-ATTA--TCTGAC--A---gatt
gi|19 : ttcGCATT-T---ATG--A-CA--T--C----AC--T----TG-TCAGATAATTATGTCG-ACATGT-CAG--CCAAT--T-AAGTTA-A-ATT-GT-CAG---A---TAAT-TATGTCCACTTGTCGGagtgatgtcataaatgcgccatca
gi|19 : ttc--T----T--TATGACA------TC--ACTTGT-CAG--ATAAT--T-ATGTCG-A-CAT-GT-CAGCCAA---TTA--A--GTTAAATTGTCAGATAgccatca
gi|2 : ttcccgacaagtggacataatTCGTCAGATAATTAT--A--TCTTT-GTGTCGAC-TTTTCCGCAA-------ATAATC--ATC-ATGAC-TAGGGAAAT------------TCTTGC-TA---TGTAAT-GTGT-GTTAATACCAC-T-------AACTG-TCA--T-ATACTCGT-CAT-CATAAGATCTGACAAGTCGAAATAATTTTC----TGACAAGNCATGACTAGGAAAGTTCTTGCTATTTA-ATGTGTATTAATACCAC-TAACT--GTCATA-TACTCG-TCA---TCA-TA-A--G--ATCTGA--CAAGT-CGAAA-TA---ATTT---TCTGA--C-AAG--T---C-A---A--------------T-AT-AA---TT-A-T-TTGA--CA-AATCAACAT-A-CATA--TCTGAC--A---T-------GAAA---AC----ATTGCATG-T---A-A--A-CT--T--C----AT--T----T--TCTGACAA----ATCG-ACTTGT-CAG--AT-AT--T-ATCTCG-A-ATT-GT-CAA---A---TGA--AATGTCGACTTATCAGACGTTtgcgccatca
gi|20 : t---TCTGAA-C-AAG--T---CCA---A--------------C-AT-AA---TCCA-T-CTGAACCA---TCGACAT-C-ATT---CCTGAC--A-----------------------------A-G-T---C-A--A-CA--T--C----AT--T----A---CTGACAA----GTTG-AC--AT-CAATAATAAT--T-ATGT
gi|20 : CA---ACA-TA-A--TCCATCTGAACCA--T-CGACA-TC---ATTC----CTGA--C-AAG--T---C-A---A--------------C-AT-CA---TT-A---CTGA--CA-AGTTGACATCA-ATAA--T
gi|21 : tctgaacaagtcCAAGTCGACATAATTCTCATTCTGACAAGTGGTGGTTAGAGAaattatgt
gi|22 : cacagaagttagacaataaagattct--C----ATA-T----T--TCTGCCA-------CC-ACTTGT-CAG--ATAAT--TAATGTCG-ATTTT-GTCCAG---ATCTTTA--TATGTCGACTTGTCAGtgattgccggccataa
gi|23 : TTGTCAGATC-TTGT--A--T------TGTCGACGTTGTCAGAAATA-----ATAA----ACC-ATGAT-TA-GGAACTCGG------T--TCTTGTGTA---T-ccaccca
gi|24 : --C----ATA-T----T--TCTGCCA-------CC-ACTTGTTCAG--ATAAT--T-ATGTCG-A-CT---T-CAA---ATC-TTT--TATGTCGACTTGTCAtagtt
gi|25 : CGT-ATTAATTTAAT-T-------AACTA-CCA--T-CCACTGGT-CAA-AATAATTTCTGACAAGTCGACATAATCATC----GGACccaccatac
gi|26 : ------TA-TCTTGT-TA---T-TAATGGCAT-GTTAA-G-CACTT-------AACTGCCCATTT-CTACTTGT-
gi|3 : T--T----A--TCTGACAC----GTAG-AC--AT-AAGT-ATTAT--G-ATGTCG-A-CTTTGT-CAG---A---TAATGAAT-TTGACTTGTCAGATAT
gi|3 : cAA-------ATAATC--ACCTATGAT-T-GGAAACTCGA------TA-TCTTGT-TA---T-TAAT-GCGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTT-CCA--T-TTACTTccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaagtaaatggaagttagtggcattaacacgcattaataacaagatatcgagtttccaatcataggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|30 : catatctgacaagtcaaattcattatctgacaaagtcgacatcataatacttatgtctacgtgtcagataaccaagccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatg--ATAAT--T-ATGTCT-A-CTT-GT-CAG---A---TAAC-AATGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggcagaaatatgccaccatact
gi|4 : TTGTTATTAA-GCGTGT-TTAATGCCACTTACCT--GTCATCTTACTTG-TCA---TTG-T--A--T--ATCTGA--CAAGTCCGACA-TA---A-TT---TCTGA--C--AG--T---C-A---A--------------G-AT-AA---TT-A-T-CTGA--CA-AGTAAAC-T-A-ATTT--TCTGAC--A-------------AATCGACTT--AATGCCTGAT---A-A--G-TTAAC--C----ATAAT----T--TCTGACAA----GGCC-ACTTAT-C-G--ATAAT--G-AAGTCA-A-CTT-GT-CAG---A---a
gi|5 : cgTCTTGTTATTATTGCGTGT-T-AA-GCAAC-TAACT--GCCATT-TACTTG-TCA---TCAATA-A--T--ATCTGA--CAAGT-CGACA-CA---ATTT---TCTGA--C-CAGCAT---C-A---A--------------CAATAAA---TT-A-T-CTGA--CA-A-TCAAAAT-A-ATTT--TCTGAC--AAAGT-------T-AATATAT----ATTAC-TG-C---ACA--A-GT--TGGC----AT--TG---TTATCTGACAA----GTAG-AC----------ATAAT--T-ATtgctgaaccatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgacagaaatatgccaccat
gi|5 : AA-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAAGGGACTCGT------TA-TCTTGT-TA---T-TATT-GCGT-GTTAA-GCAAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTTGT-CATCAATAATATCTGACAAGTCGACACAATTTTC----TGACCAGtaacgagtcccttaatcatggtgattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|6 : ataattatgtctacttgtcagataacaatgccaacttgtgcagtaatatatattaactttgtcagaaaattattttgattgtcagataatttattgttgatgTCTTGTTATGAA-G-GTGT-TTAAAGCCAC-TAACTTGGACATC-TACTTGCTCT---TCA-TA-ATTT--ATCTAA--CAA-T-CGACA-TATTTTTTT---TCTTA--T-AAG--TTGAC-A---ATTTTTCCCACAAGTC-AT-AA---TT-A-T-CTGA--CACAGTCGTCAT-G-ATTA--TC-GACAAA---T-------T-AG---ACATTAATTATATG-T---T-A--G-GT--T--C----AG--A----T--AGTTATAG----GTCG-ACTTAT-CAA--CTGATTAT-ATGTCATA-C-T-GC-TAG---ATATTTT--ATTGTTGACTTGTCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcgttgcagaaatatgccaccata
gi|7 : gtcaatataaagaaTCGAC-TTGCCAGAAATTTCAAAATAATC--ATC-ATGAC-TAGA-AACTTAAAATTAGTA-TCTTGT-TA---T-TGAT-GTGT-GTTATTGCCAC-TTATAATTAACTG-CCA--T-CTACTTGT-CAT-CATAGTATCTGACAAgacaacggagttccgatcatgatggata
gi|7 : A-A--T--TTCTGG--CAAGT-CGA--------ATTTAGATCTGG--CCAAG--T---T-GGGCA--------------T-AT-AA---TT-AAT-CTGA--CA-AGTCG-TAT-A-ATTA--TCTGAC--AAG-TGGTGGCAG-AA---AT----ATTGCatttagatctggccaagttgggcatataattaatctgacaagtcgtataattatctgacaagtggtggcagaaatattgccaccata
gi|8 : ttgtcagatactatgatgacaagtagatggcagttaattataagtggcaataacacacatcaataacaagatactaattttaagtttctagtcatgatgattattttgaA-------ATAATC--ACC-ATGAT-TAGG-AACTCGT------TAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT-T-CAcaccata
gi|9 : tacttgtaataacgatgccaacttgtcccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-TTGT--CGTTCTTT-ATGT-GAC-TTGTCAGAAA-------ATAATC--ACC-ATGAT-TA-GGAACTCGT------TAGCCTTGT-TA---T-TAAT--CGT-GTTAATGCCAC-T-------AACTG-CCA--T-TTACTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATAGGCTCCACAGAGCCACATTTGGATAATGACAGAAAATACACAATGGGTTCAAGTATCATATCATTCTTATATTTTATCTAAATCTTGACTTGAAG
Unaligned ( gi|27 ): TATCTGACAAGTAGTGGCAGAAATATGCCACCATA
Unaligned ( gi|28 ): ACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCACAATCAT
Unaligned ( gi|29 ): TCTGACAAGTGGTGGCAGAAATATGCCACCATA