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Reference ( gi|9 ) : ATCA-TGCGCCA-A--AG----CTTGA-TAAA-GCTGATAAA-AA--GTA-A--AT-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----CAAG--T---------T-CT-CTC-ATA--------A--------A-------TT-----TT------A-GG---------AT------C------------T--C-CC--------TTT---CTT-C-----A-G-T--TTAT-C----C-TTG-AAAAATA-TTC-GTCA
gi|8 : ATCA-TGCCCCA-A--GG----CTCGA-TAAA-GCCGATAAA-AA--GCA-C--AT-------------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----CGAG--T---------T-CT-CTC-ATA--------A--------A-------TT-----TT------C-AA---------AT------C------------T--C-CCT-------TTT---CTT-C-----A-G-T--TTAT-C----C-TCG-AACAATT-TTC-TTCA
gi|11 : aATCA-TGCGCCACA--AG----CTCGAATCAA-GCTGATAAA-A---GTA-C--AT-------------CAG----A-G-AGTACA-------T-----GG--AG-TC----CGA---T---------T-CT-CTC-ATA--------A--------A-------TT-----TT------T-GG---------AT------C------------T--C-CT--------TTT---CTT-T-----A-G-T--TTAT-C----C-TCG--AAAATA-TTC-GTCg
gi|12 : aATCA-GGCGCCA-A--AG----CTCGA-TAAA-GCTGAT-AA-AA--GTA-C--AT-------------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----CGAG--TC--------T-CT-CTC-ATAT-------A--------A-------TT-----TT------C-GG---------AT------C------------T----CC--------TTT---GTT-C-----A-G-T--T--T-T----C-TCG-AAAAATA--TC-GTCAgg
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gi|2 : aATCAATGCACCA-AGGAG----CTTGA-TAAACGCTGATAAA-AA---TACA--AT-------------CAAGCATA-G-AGTAC--------TA--TGGG--AGGTC----CGAG--T---------TACT-CTC-ATA--------A--------AA------TTA----TT------ACGG---------AT------C------------T--C-CC--------TTTTC-TTT-C-----AGG-T--TGAT-CA---C-TCA-AAACATA-TTCTGTCg
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gi|6 : gA-GTTGATAAA-AA--GTT-T--AT-------------CAG----A-G-AGTGCAGAGAGTGCA--TAGG--AG-TC----CGAA--T---------T-CT-CTC-ATG--------ACCAACGCAG-------TT-----TTCGATTGG-GGTCAATC---AT------C------------T--C-CC--------TTT---TTTGT-----A-G-T--TTAT-C----C-TTG-AAAAATA-TTT-GTCcg
gi|23 : A-GCTGATAAA-AA--GTA-A--AT-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----Cgg
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gi|16 : agtgaAAA-AA--GTACA--AT-------------CAG----A-GGAGTACG--------A--TGAC---G-CC----GAGG--T---------T-CT-CTCAATA--------A--------A-------TT-----TC------A--G---------AT------C---------------A-CC--------TTT---TTT-CGTTTGA-G-T--CTATAC----C-TTGAAAAAATATTTC-GTg
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gi|19 : taataaaatcgtacatgttctT------A-TG---------AT------C------------T--CGTT--------TTT---CTT-C-----A-GGT--TTAT-CAATCC-TTG-AAAAA-A-ATC-GTCggggcaaactgacgtttggtttcttcggttgaatatttaa
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-666 ) : ATCA-TGCGCCA-A--AGCT--CGA-TAAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----CGA-G--T---------T-C-TCTC-ATA--------A-------A-----TT-TTN-G---G-------------AT---C------------T--CC-----------C-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCA
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gi|11 : ATCA-TGCGCCACA--AGCT--CGAATCAA-GCTGATAAA-A----GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------T-----GG--AG-TC----CGA----T---------T-C-TCTC-ATA--------A-------A-----TT-TTT-G---G-------------AT---C------------T--CC-----------T-TTT---CTT-T-----A-GT--TT-AT-C-C-TCG--AAAATA-TTC-GTCgg
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gi|17 : AA-ACTGATAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G---TACA-------C----GGG--AG-TC----CGA-T--T---------A-C-TCTC-ATA--------A-------A-----TT-TTC-G---G-------------AT---C------------T--CC-----------C-TTTG--CTT-C-----G-CT--TT-AT-C-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCAagg
gi|2 : ATCAATGCACCA-AGGAGCT--TGA-TAAACGCTGATAAA-A-A---T--AC-AAT-------------CAAGCATA-G-AGTAC--------TA--TGGG--AGGTC----CGA-G--T---------TAC-TCTC-ATA--------A-------AA----TTATTACG---G-------------AT---C------------T--CC-----------C-TTTTC-TTT-C-----AGGT--TG-AT-CAC-TCA-AAACATA-TTCTGTC
gi|20 : -TAAA-GCTGAAAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----CGA-G--T---------T-CTTCTC-ATA--------A-------A-----TT-TTC-G---G-------------AT---C------------T--CC-----------CATTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-
gi|21 : TCA-TGCGCCA-A--AGAT--CGA-TAAA-GCTGATAAA-A----GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------T----GGG--AA-TC----AGA-G--T---------T-C-TCTC-ATA--------A-------A-----TT-TTC-A---A-------------AT---C------------T--C
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gi|4 : gATCA-TGCCGCA-A--ATCT--CGA-TAAA-GCTGATAAAGA-A--GT--AC-G-TT------------CAT----A-G-AGTACA-------C---TGGG--AA-TC----CGA-G--TG--------T-C-TCTC-ATA--------A-------A-----TT-TTC-GCGGG-------------AT---CC-----------T--CC-----------C-TTTGATTTT-C-----C-GT--TT-AT-T-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCAcg
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gi|6 : gA-GTTGATAAA-A-A--GT--TT-A-T-------------CAG----A-G-AGTGCAGAGAGTGCA--TAGG--AG-TC----CGA-A--T---------T-C-TCTC-ATGACCAACGCA-------G-----TT-TTC-G---ATTGGGGTCAATC-AT---C------------T--CC-----------C-TTT---TTTGT-----A-GT--TT-AT-C-C-TTG-AAAAATA-TTT-GTCcg
gi|7 : CG-TGCACCA-A--AGGAAACGA-TAAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AC-A-G-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA----GG--AG-TC----CAA-G--T---------T-C-TCTC-ATG--------ACCT----ACGCATTT-TTT-T---A-------------AT---C------------T--CC-----------CGTTT---CTT-C-----A-GT--CTAAT-------G-AAAAATA-TTC-GTgg
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): AGAGTCCTATTTTTTCATGACCAACGCAATATCGGATTAGGTCCATATGATCTCGTTTTTCTTCAGGTTTATCAATCCTTGAAAAAAATCGTCGG
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Reference ( family-666 ) : ATCA-TGCGCCA-A--AGCT--CGA-TAAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----CGA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------C-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCA
gi|1 : TAATAAA-ATC--GT--AC-A-TGTTCTT-------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----AAA-G--TACCTGTCTCT-C-TCTC-ATAACCAA--------A-------A-----TAGT-TT-TG---G-------------GCTGGGCGCCATT---CG-----------T--CT-----------C-TCG---CTT-C-----A-AT--TT-AT-T-A-ATG-AAGAACA-TTC-GTC
gi|10 : CTGATAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTGCA-------TAGCTAGG--AA-TC----CAA-A--T---------T-C-TCTC-AT-----G--------ACCAACGCA-----G--T-TA-CG---GATTGAGGTAACTAA-----------T---C------------T--CC-----------C-TTT---TTT-C-----A-GT--TT-AT-T-C-TTG-AAAAATA-TTC-GTCggggcaaactgacgtttggtttcttcggttgaatatttaa
gi|11 : ATCA-TGCGCCACA--AGCT--CGAATCAA-GCTGATAAA-A----GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------T-----GG--AG-TC----CGA----T---------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-TG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------T-TTT---CTT-T-----A-GT--TT-AT-C-C-TCG--AAAATA-TTC-GTCgg
gi|12 : aATCA-GGCGCCA-A--AGCT--CGA-TAAA-GCTGAT-AA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----CGA-G--TC--------T-C-TCTC-AT-----AT-------A-------A-----T--T-TT-CG---G-------------A-----------T---C------------T---C-----------C-TTT---GTT-C-----A-GT--T---T-T-C-TCG-AAAAATA--TC-GTCAgg
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-666 ) : ATCA-TGCGCCA-A--AGCT--CGA-TAAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----CGA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------C-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCA
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gi|15 : agtgaAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AA-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----CAA-G--T---------T---TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-AG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------T-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TTG-AAAAATA-TTC-GTCAg
gi|16 : AAA-A-A--GT--ACAA-T-------------CAG----AGG-AGTACG--------A--T--G--AC-GC----CGAGG--T---------T-C-TCTCAAT-----A--------A-------A--------T-TT-CA---G-------------A-----------T---C---------------AC-----------C-TTT---TTT-CGTTTGA-GT--CT-ATAC-C-TTGAAAAAATATTTC-GTg
gi|17 : AA-ACTGATAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G---TACA-------C----GGG--AG-TC----CGA-T--T---------A-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------C-TTTG--CTT-C-----G-CT--TT-AT-C-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCAagg
gi|2 : ATCAATGCACCA-AGGAGCT--TGA-TAAACGCTGATAAA-A-A---T--AC-AAT-------------CAAGCATA-G-AGTAC--------TA--TGGG--AGGTC----CGA-G--T---------TAC-TCTC-AT-----A--------A-------AA----T--TATTACG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------C-TTTTC-TTT-C-----AGGT--TG-AT-CAC-TCA-AAACATA-TTCTGTC
gi|20 : -TAAA-GCTGAAAAA-A-A--GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----CGA-G--T---------T-CTTCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------CATTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-
gi|21 : TCA-TGCGCCA-A--AGAT--CGA-TAAA-GCTGATAAA-A----GT--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------T----GGG--AA-TC----AGA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CA---A-------------A-----------T---C------------T--C
gi|22 : GATAAA-A-A-----------T-------------TGG----A-G-AGTG-A--------A--TGGG--AG-TTTGCTCGA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----
gi|23 : A-GCTGATAAA-A-A--GT--AA-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----Cggccaacgcagattcggattggggtca
gi|3 : AG-GCTGATAAA-A-AATGT--AG-A-TACTATACTTCCTGCAG----A-G-AGTACA------------GGGACAG-GC----TGA-GT-T---------T-T-TCTA-AC-----A--------ACGT----A-----T--T-TT-TG---G-------------A-----------T---TACTTCTTTCATAT--TC-----------T-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-CTTTG-AAAAAAA-ATC-GTC
gi|4 : gATCA-TGCCGCA-A--ATCT--CGA-TAAA-GCTGATAAAGA-A--GT--AC-G-TT------------CAT----A-G-AGTACA-------C---TGGG--AA-TC----CGA-G--TG--------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CGCGGG-------------A-----------T---CC-----------T--CC-----------C-TTTGATTTT-C-----C-GT--TT-AT-T-C-TCG-AAAAATA-TTC-GTCAcg
gi|5 : aTGATAAA-A-AT-GT--AG-A-TACTATACTTCCTGCAG----A-G-AGTACA------------GGAC-AG-GC----TGA-G--T---------T---TTTC-AT-----A--------ACAACGT-A-----G--T-TT-TG---G-------------A-----------TTAAC------------T--TCTTTCATATTCGT-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TTGAAAAAAAA-TTC-GTCg
gi|6 : gA-GTTGATAAA-A-A--GT--TT-A-T-------------CAG----A-G-AGTGCAGAGAGTGCA--TAGG--AG-TC----CGA-A--T---------T-C-TCTC-AT-----GACCAACGCA-------G-----T--T-TT-CG---ATTGGGGTCAATC-A-----------T---C------------T--CC-----------C-TTT---TTTGT-----A-GT--TT-AT-C-C-TTG-AAAAATA-TTT-GTCcg
gi|7 : CG-TGCACCA-A--AGGAAACGA-TAAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AC-A-G-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA----GG--AG-TC----CAA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----G--------ACCT----ACGCATT--T-TT-TT---A-------------A-----------T---C------------T--CC-----------CGTTT---CTT-C-----A-GT--CTAAT-------G-AAAAATA-TTC-GTgg
gi|8 : atcATCA-TGCCCCA-A--GGCT--CGA-TAAA-GCCGATAAA-A-A--GC--AC-A-T-------------CAG----A-G-AGTAC---------A--TGGG--AG-TC----CGA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-CA---A-------------A-----------T---C------------T--CC-----------CTTTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TCG-AACAATT-TTC-TTCA
gi|9 : aATCA-TGCGCCA-A--AGCT--TGA-TAAA-GCTGATAAA-A-A--GT--AA-A-T-------------CAG----A-G-AGTACA-------TA--TGGG--AG-TC----CAA-G--T---------T-C-TCTC-AT-----A--------A-------A-----T--T-TT-AG---G-------------A-----------T---C------------T--CC-----------C-TTT---CTT-C-----A-GT--TT-AT-C-C-TTG-AAAAATA-TTC-GTCAg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTCTCCTCCTCAACGCAGATTCGGATTGGGGTCATTCATATCCCTTTATCTTCATTTTAAAATTGAAAAATATTCGTCGGGGCAAACTGACGTNNNG
Unaligned ( gi|19 ): AGAGTCCTATTTTTTCATGACCAACGCAATATCGGATTAGGTCCATATGATCTCGTTTTTCTTCAGGTTTATCAATCCTTGAAAAAAATCGTCGG
Unaligned ( gi|24 ): CGGGTAAACGTTATATATCTTCGGGTGAAATTTGA