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lowQualScore : 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333 11 1111111111111 22222 22222
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|14 : -AGGTC--AA--GGTCA------CTATGGTGCATGAT--AGAA----ACAGCCTGTA---------------AGTGGA--TAATGTCCCATCTTTTGGAGCTCTTGtgaaa
gi|15 : g----TGATTTTGGG--------GT----CAA-AACTC--AA--AGGCA------TTATGGAATTTCAT--AGGA----AAGACTTGTAGATACT
gi|16 : TTGCAGACACTA--ATTGCAAGGTGA--T-ATACCCCGCCTTGTGGAACTCCTGT
gi|17 : ACTTCAT--AGAG----AAAGCTTGTAAACACTC--ATTGCG
gi|2 : ATCCCCTTGTCTTTCATTGTGAAAGG--TTAT-----ATATA-GTAACGGG--C-TCATTCATGTATAGGTGAGT--------GTGTGTA-----CTAAGCCTGAAGACACTCCACATGCCACATTATTTGC----TTCATTTTATGCTT-----CACATG------AAGCTTTGTTNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NN---------NNN----NNNNNNNNNN--------NNN---NNN-NNNNN--NN--NNNNN------NNNNNNNACTTTAA--AGAA----AAAGCTGGTACATACTC--TTTACAAGAGGA--T-GTGCCAAGCCTTGCAGAGCTCTTGCT
gi|3 : cagCCCCTCGCCATTTATTGTGAGAGG--GGA---C--ATAC------CGG-----TAGTT-GTGTG---GC---C-----TGT-TGTGTAA--TACTGATATTGCAGGCACTCTACATGCCAC-CTTTATATTTGATTGGTTTGATACTT-----TGAATGCACCGGTAG--TTGTT----------ATCAA-GA-GAGGAAAAT--CCTGAATTTATTTTGGG--------GGT---CAATAGGTC--AAATGATTATAGTTCCTGTGATACTTTTT--GGAG----AAAGCTTGTAAGCACTC--ATTGCGATGAAA--T-ATGTTTTGCCTTGCGGTGCCCaa
gi|4 : CCCTCGCAATTCATTGCAAGACA--GGATATT--GTA----TTACAGA--C-TCGTTCATGTGCAAGT-------------------A--CA-------TACATATGTTT-ACACATCACATTTCATGCTCAATTGATTTGATATTT-----TACATA------TAGCTTTGTT----------ATTAATGG-GGTAAAATCTTCAT----TGATTTTGGGATGATAAAGTTAAATAA-AAGTC--AA--AGTCA------TGATAGGATTTCAA--AAAACCCCAAAATTCCTAAGCTCTC--ATTGCGAGGGTA--T-ATGCCCTGCCTTGCAGA
gi|5 : ttatGGTGAGTG----TGTGTGCGTAA--CAATGAGCTTACAAAAGCTCTACAGGCCATATTTTTTGCTCCAACGATTTGAT-CTT-----TACATG------TAGCTTTGTT----------ATTAA-GGTGG---------CC
gi|6 : catctagttattcctcattcgcaattcattgggagagagACACGCCACAGTTTTTGTGTAAATGATTGGATAATT-----TACTTG------TAGGTTTAAA----------TTTAA-----------------T----TGATTTTGGG--------ATT---AAA-AGGT-----------A------CTAGAAGACTTTGTAAAAAA----AAAAATTGAAGAGGCAT--ATTATGTGGGAA--T-ATGCTCTGCCTTTCGGAGCACTTGTTcattacatctgggaaaagtttctcaaaatgaaatgatttgattttaaaaga
gi|7 : tttTTTGCTTGATTAATTTTATACTCACATGTACATG------TAACTTTACT----------ATCAA-GA-AGAAT------CCTAT--TGATTTTGAG--------GT----CAA-AGG----------TCA------CTACAGTTCTTAAC--AGGA----AAAGTTTGTAGACAATC--ATTGCAAGGGGA--T-ATACCCCGTCTTGTGGAGCTCTTatatg
gi|8 : gATTCCCTACTATTTCATTGCACGACGATAGA---C--ATATA-GTAATGGGGTC-TCGAGCGCGCACA----------------TGTATAA--CACTGAGTATGCAGACACTCCACAGGGCACGTTTTGTGCTCCATTGAGTCAACACCT-----CTCATG------CAACTTT
gi|9 : attatgATTCCCTTGCATTTCATTGTGAGAGG--GGAT-----GTAC----AATGGG--TATTGGTCG-----AGG---GTA----TATGTGTGTTA--CA-TAAGCTTATACACACTCCACAGACCATATTGTTT
blockSeqs : T CT AT TATATAGTAACGGGCTCATTCATGTATAGGTGAGTG . C C C T TTG ACATG CACCGG C NNNNNNNNNN GAGAGGAAAATCCTGAAT ATGATAAAGTTAAA T TAAG TAGTTC CAGG T AA CCCC TT TT A
blockSeqs : C CA . TATTGTATTACAGACTCGTTCATGTGCAAGT . C T T T TCA . . C . TGGGGTAAAATCTTCAT GTT . AAAT . TGGT C . . . . .
blockSeqs : C AA . CATATAGTAATGGGGTCTCGAGCGCGCACA . A T T C TCC . . C . GAAGAATCCTAT GTC . AA . TGGA T . . . . .
blockSeqs : A AT . TGTACAATGGGTATTGGTCGAGGGTATATG . C A C G GTA . . G . NNNNNNN NNN . GA . NNNN G . . . . .
blockSeqs : T AT . CATACCGGTAGTTGTGTGGCCTGT . . T C C TTG . . C . T GGT . AA . TGAT C . . . . .
blockSeqs : . . . . G TCC . . C . ATT . AA . TAGG C . . . . .
blockSeqs : G . . . . GT . NN . GAAG T . . . . .
blockSeqs : GT . AA . CAGT T . . . . .
blockSeqs : . . . . TGG C . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** GNAAAATCCTAT**********
originalCons : ATCCCCTCGCGNTTCATTGCGAGAGG--GGAT--C--GTACA-GTAACGGG--C-TCGTTCGTGTGCAGGTGAGT-----TGTGTGTGTAA--CACTGAGCTTGCAGACGCTCCACANGCCACATTTTTTGCTCGATTGATTTGATACTT-----TACATG------TAGCTTTGTT----------ATTAA-GG-GG---------CCT----TGATTTTGGG--------GTT---CAA-AGGTC--AA--GGTCA------CTACGGGACTTCAT--AGAA----AAAGCTTGTAGACACTC--ATTGCGAGGGGA--T-ATGCCCCGCCTTGCGGAGCTCTTGTT
finalCons : ATCCCCTCGCGNTTCATTGCGAGAGG--GGAT--C--GTACA-GTAACGGG--C-TCGTTCGTGTGCAGGTGAGT-----TGTGTGTGTAA--CACTGAGCTTGCAGACGCTCCACANGCCACATTTTTTGCTCGATTGATTTGATACTT-----TACATG------TAGCTTTGTT----------ATTAAGNAAAATCCTAT----------TGATTTTGGG--------GTT---CAA-AGGTC--AA--GGTCA------CTACGGGACTTCAT--AGAA----AAAGCTTGTAGACACTC--ATTGCGAGGGGA--T-ATGCCCCGCCTTGCGGAGCTCTTGTT
Alignments
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lowQualScore : 2 77 0 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 0 2 5 1 444 22222 444444 1 3 44444 0 1111111111111 33 22222222222222 3 555555 999999 5555 1 44 6666 0 44 44 3 0
lowQualScore : . .. . .. ..................................................... .. . . . . ... ..... ...... . . ..... . ............. .. .............. . ...... ...... .... . .. .... . .. .. . .
lowQualScore : 2 33 7 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 1 4 3 0 666 55555 444444 4 0 33333 1 5555555555555 66 33333333333333 6 333333 666666 7777 9 22 5555 6 22 66 3 2
consensus : ATCCCCTCGCGNTTCATTGCGAGAGG--GGAT--C--GTACA-GTAACGGG--C-TCGTTCGTGTGCAGGTGAGT-----TGTGTGTGTAA--CACTGAGCTTGCAGACGCTCCACANGCCACATTTTTTGCTCGATTGATTTGATACTT-----TACATG------TAGCTTTGTT-----ATTAA----GA----AA-AATCCT--ATTGATTTTGGG--------GTT---CAA-AGGTC--AA--GGTCA------CTACGGGACTTCAT--AGAA----AAAGCTTGTAGACACTC--ATTGCGAGGGGA--T-ATGCCCCGCCTTGCGGAGCTCTTGTT
Reference ( family-642 ) : ATCCCCTCGCGNTTCATTGCGAGAGG--GGAT--C--GTACA-GTAACGGG--C-TCGTTCGTGTGCAGGTGAGT-----TGTGTGTGTAA--CACTGAGCTTGCAGACGCTCCACANGCCACATTTTTTGCTCGATTGATTTGATACTT-----TACATG------TAGCTTTGTT-----ATTAA----GN----AA-AATCCT--ATTGATTTTGGG--------GTT---CAA-AGGTC--AA--GGTCA------CTACGGGACTTCAT--AGAA----AAAGCTTGTAGACACTC--ATTGCGAGGGGA--T-ATGCCCCGCCTTGCGGAGCTCTTGTT
gi|1 : ATCCCCTTATGATTTATTATGAGAGG--GGAT--TTAGTACATGTAACAGA--A-TCGTTTGTGTGCGGATGAGTAGCTATGTGTGTGTAAAACATTGAACCAGTAGATGCTTGACAGGTCACATTTTTGGTTTGATTACTTTGATACTT-----TGCATG------TACTTTTCTT-----ATTAA----------------CCT----TGATTTTAGG--------ATC---CAA-AGGTC--AA--GGTCA------CTATCAGACTTCAT--AGGA----AAAGTTTGTAGTTACTC--ATTGTGAGGGGA--T-ATACCCCGCCTTGCAGAGCTATTGTT
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