lowQualScore : 1 11 22222222222222222 22222222222 111111 1111111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 11111 1111111111111 44444444444444444444444444444444444 1111 11 111 11111111 22222222222222222 33333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111 11111 555555555555555555555555555555555 1111
lowQualScore : 6 0 3 999999 3 3 22 00000000000000000 77 3 3 3 6 44 555 66666666666 222222 3 3 77 5555555 666 3 3 1111 5555 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 44 44 3 6 3 3 6666 99999999 3 33333 3 4444444444444 3 3 666 11111111111111111111111111111111111 3 999 3 44 999 3 2222 555 3 3 44 3 44 555 3 9999 11 000 2 33 777777 2 33333333 5555 3 8888 0 33 33 2 66 55555555555555555 2 444 2 33333333 444 2 6666 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 6666666666666 33 2 2 2 77777 5 33333 2 3 44 000000000000000000000000000000000 4 555 4 4 1 0000 4 4 66 66 66 0
lowQualScore : . . . ...... . . .. ................. .. . . . . .. ... ........... ...... . . .. ....... ... . . .... .... . ....................................................... . .. .. . . . . .... ........ . ..... . ............. . . ... ................................... . ... . .. ... . .... ... . . .. . .. ... . .... .. ... . .. ...... . ........ .... . .... . .. .. . .. ................. . ... . ........ ... . .... .. ............................................................................................................................. . ............. .. . . . ..... . ..... . . .. ................................. . ... . . . .... . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 2 6 555555 6 6 33 88888888888888888 99 3 3 3 7 66 888 22222222222 999999 3 3 99 8888888 444 3 3 4444 2222 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 66 66 1 2 1 1 5555 99999999 1 88888 1 1111111111111 1 1 444 33333333333333333333333333333333333 1 666 1 22 666 1 3333 444 1 1 22 1 22 666 1 6666 99 666 9 99 777777 9 99999999 2222 2 9999 8 99 99 9 88 55555555555555555 7 777 7 55555555 777 7 0000 77 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 1111111111111 77 7 7 7 99999 7 99999 9 1 22 333333333333333333333333333333333 0 555 0 0 6 2222 4 4 11 33 11 4
consensus : GTTATTTTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT--TG-----TG-C--AGG-C-GA--TTTC-T-CGA-AT-ATG--C---GT--CGA-C-C--GAT------T-T-T--C--G-TC-AAA---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-AT-AG-A---T-A---TT-C-A-C--TNGA-A--T-T---T-G--ATAC---G---NA-T--TT--TT-TT-G-TT-T----TT--CGA-N-AC-G-----TC-A---------A-A-T-AT-T-A-CG--------------T-C------ANA---------TA-TT---G-A--C---GT-TTTT--G-T---GAA-AT-T--TC-G--GG--G-G----TCAGTTT--GTC-C--GGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT----TAA--AG--A-T--ATC--AACT--TCN----AA-T---TTT-CA------GGGA---T-TG--T-A--GA-------CGA--G-A--T------TTC-AT-AG-NT--G-TGCG-N----------A-GG-CGC--A-A-TCAAA--T-TT-CG-----T--T-NAC-------------G---C----G-----AAAAA-CGTC-GA---------A--GCT-C-G-C---C-AT-GA--C--CCG-AAAAA-A--CGT--------CA-AC----NTTTTT---N------AC-T-G-CA-TTTT-TGGC-C-A-CA-TT--TTC-GTCAAT--ATCTTTTCAT
Reference ( gi|12 ) : GTTACTTCTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT--TG-----TG-C--AGG-G-GA--TTTC-T-CGA-AT-ATG--C---GT--TGA-C-C--GAT------T-T-T--C--A-TC-AAA---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-AT-CG-A---T-A---TT-T-A-C--TAGA-A--T-T---T-G--ATAC---T---TA-T--TT--TT-TT-G-TT-T----TT--TGA-A-AC-G-----TC-A---------A-A-T-AT-T-A-CG--------------T-C------ACA---------TA-TT---G-A--C---GT-TTTT--G-T---GAA-AT-T--TT-G--GA--G-G----TCAGTTT--ATC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTGT----TAA--AG--A-T--ATT--AACT--TCC----GA-T---TTT-CA------TTGA---T-TG--T-A--GA-------TGA--G-A--C------TTC-AT-AG-TT--G-TGCA-T----------A-GG-TGC--A-A-TCAAA--T-TT-CA-----T--T-AAC-------------G---C----G-----AAAAA-CGTT-GA---------A--GCT-C-G-C---T-AT-GA--C--CCG-AAAAA-A--CGT--------C--AT----TTTTTT---T------AC-T-G-CA-TTTT-TGGT-C-A-CA-TT--TTC-GTCAAT--ATCTTTTTAT
gi|8 : GTAATTTTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TTG-TA-----TC-CCAACG-C-GA--TT-C-T-CGA-AT-ATG--C---GT--TTG-C-CTCGAT------T-T-G--C--G-GT-AAA---T----CAG-GCG--A----G-AT-AGGA---T-A---TT-G-A-C-----A-A--C-C---C-G--ATAT---A---CA-T--TT--TT-CTCG-AT-T----TT--TGT-T-AC-G-----TC-A---------AGA-TGAT-T-AACGA-------------T-C------AAA---------TA-GT---G-A--C---GT-TTTTT-G-T---GAATAT-T--TCCG--GA--G-GGTGGTCACTTT--GTC-C--GGGA--G---TG-TTTTC------G-GGAA-AACTATGAAGCAA--AG--A-C---TT--AA-----------AA-T---TTT-CA------G-GA---T-TG--TGA--GA-------CGA--ATA--C--------C-ATGAG-AT----TGCG-G----------A-AC-TGC--C-GCTCAAA--T-TTTCG-----T--T-CTC-------------G---C----C-----AAAAA-CGCCAGA---------C--GCTTC-G-C---T-AT-GA--C--CCG-AAAAAGA--CGTC-------C--AC----ATTTTT---G------AC-TGG-CA-TTTT-TG
gi|3 : tcgttccgttttcgcaaaccaaagcaccttaatttgtttattcttagtttttttctcttataTTATTT-TTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT--TG-----TG-C--AGC-C-GAATTTTC-T-CGA-AT-ATG--C---GTCATCA-C-A--AAT------TAT-T--C--G-TCAAAA---TTT-TCAG-G-GC-A-T--G-ATAAG-A---T-A---TT-C-A-A--TTGA-A--TGT---T-T--ATAC---G---GA-T--TT--TT-TT-G-TC-T----TTCCCGA-A-A--G-----TC-A---------A-A-A-GT-TAA-CGCC------------T-C------A-A---------TATTT---GCA--C---GTGTTTT--GCT---GAA-ATAT--TT-G--GG--T-G----TCATTTT--GGT-C--AGAC--GCGTTG-TTCTC------G-A--A-AACTGT----TAG--AG--A-TACATC--ACCTTCTCC----AA-T---TTT-CAGTGGAGTTGA---T-CG----A--GA-------CGA--G-A--T------TTCAAT-AA--T--G-TGCAGC----------A-GG-GGT--A-A-TCAAATCT-TT-AA-----T--T-CAC-------------G---CAG--A-----AAAAA-CGTC-AA---------A--G-T-C-G-C---CAAT-GA--C--CCG-AAAAA-A---GT--------CAAAC----ATGTTT---C------AC-T-G-CA-TTTT---GC-A-A-CA-CTTGTTC-GTCAAT--ATCTTTTCAT
gi|2 : tctttccgttataccaacggaagaccttacttgtttattctttacatttctttatctatttattatattattattcttatTTATTTTTTCTTCTT-ACAA-----A-T-TT--TG-----TGCC--AGG-C-GA--TTTC-T-CGA-ATAATG--C---TG--TCA-T-G--GAT------T-TGG--C--G-TC-AAT---TTTGTTAG-GAA--A-T--G-AT-AG-A---TAA---TT-T-A-CTGTAAA-A--T-C---G-GTTATAC-------CA-TGATT--TT-TT-G-TT-T----TT--GGGTT-AC-G-----TT-G---------A-A-T-ATGT-A-CGA-------------T-C------ATA---------TA-TT---G-A--C---GT-TTTTTCT-T---G-A-AT-T--TT-C--AG--G-G----TCTG-TT--GTC-T--TGAA------TG-TTCTC------A-G--AGAACTATG---TAA--AG--A-T--ATC--ATCT--TAA----AA-T---TTT-CA------GAGA---T-TG--TAA--GA-------AGATTA-A--T------TCC-AT-AG-AT--G-TGCG-T----------G-GGCCGCAAA-A-TGAAA--TCTT-GA-----T--G-AAC-------------G---CCGTTA-----GAAAA-CGTT------------A--GCT-C-G-C---T-AT-GGATC--CCG-AAAAA-A--CAT--------TA-AT----TTTTTT---TCGCCCCAT-T-G-CT-TTTT-TGAC-T-A-CT-TT--TTCGGTCAAT--ATCTTTTCA
gi|1 : tctaacattaatttttccattagctaatgtgaaggtcttccgttgttcgcaacggaagacctttattgttgattctacgtttttctctattattTTATTTTATTTTATT-AGAGCTTATA-T-TT--TGGAAGGTG-C----G-A-GA--TTTCATACGA-AT-AT---CATTGT--TGA------GATAATCAAT-T-T--C--AGTG-CAA---TTT-TCAG-G-GGTA-T--G-AT-AG-AATAT-A---TT-C-A-CGGTTGA-A--T-T---T-AT-ATAC---GGAATACT--TT--TT-TT-T-TT-T----TT--CGA-AGAC-GA----TCAA---------A-A-T-AT-T-G-CGGAACGGTATTGGTTT-C------ATAAGTATTGTTTG-TT---G-A--CACAGT-TTTT--G-TCAGGAA-AG-TAGTT-G--GGATG-C----TCAG-TT--GTC-C--AGAAAGA---TG-TTTTCCTCAGAG-G--A-AACTGT----TAG--AG--A-T--ATC--AACT--TCTCA--GA-A---TTT-TG------CCGGGACT-TG--T-AATGA-------TCA--G-A--TTA----TTC-ATAAG-TCTGG-TGGG-TCGATCCTAGGA-GG-GGC--ATG-TCAAA--T-TT-CA-----T--T-CACCGAGAGGTTTTAGG---C----G-----AAAAA-CGTC-AA---------A--GCT-C-GACCCAC-AT-GA--CT-CCACAAAAA-A--CGT--------C--A
gi|5 : ttatttctttagtggctgtattttagtctattatgtcTTTTTTTTCTTTACAA-----A-T-TTA-TA-----T--C--ACGCG-AA--TTTC-T-CGA-ATGATG--C---GT--TGC-CAC--GAC------T-T-CTGC--G-TC-AAA---TTT-TCAG-G-G--A-T--GCAT-AG-A---T-A---CT-TGA-C--AAAA-A--C-CCGAT-G--ATAC---A---TT-T--TTGATT-TC-GATT-T----TT--TGTTA-GT-GATTTTTC-A---------A-T-A-AT-T-A-CG--------------T-C------AAA---------TA-TT---G-A--C---GT-CTTT--GGT---GAA-AT-T--TT-G--GG--G-G----TCA-CTT--GTC-C--GGGA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTA-----TGA--AG--C-T--A-C--GACT--TAA----AA-T---TTT-CA------GGGA---TCTG--T-A--GA-------CGA--T-A--T------ACC-AT-AGAAT--G-TGCG-G----------A-AC-TGC--C-C-TCAAA--C-TT-CG-----TCAT-ATA-------------G---C----------AAAAA-CGCC-AG---------A--GCT-C-G-C---T-AT-GA-----ACG-AAAAA-ACGCGT--------CA-AA----TTTTTT---G------AC-T-G-CATTTTT-TGGT-C-ATCA-TT--TTT-GTCAATTCATCTTTTTATagaatcattttccacttaaattgatatatgttagccatttttgctttgacaccattattcgtacaatatcat
gi|4 : ggtcttcgttttccatacggcaagacttatttgttattcttagttttttctatattattttttTTTTTTTTCTT-AC------------T--CG------------------A--TTGC-T-CCA-AA-ACG--C---TC--CGA-C-G--GAC------T-T-T--C--A-TTGAAA---TTT-TCAG-T-G--A-T--G-AT-GT-A---T-AGGGT------C--TAGA-AGAT-T---G-G--AAAA---T---AA-T--TT--TG-T--G-T------------GA-G-GC-G-----TC-A---------C------T-T-C-CGG-------------T-CTGA---AGA---------TA-TT---G-GACC---GA-TT----G-T---GA---T-T--TT-AAAGA--G-G----GCTCTTTTGCTG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------TCG--T-AACTAC----TCA--AG--A-T--ATC--TTCT--TCA----AA-T---TTT-CA------CGGA---A-AGAAT-A--GA-------CAAAGG-A--C------T---GA-AG-TT--A-TACC-T----------ATGG-AGT--T-C-TCAAAG-T-CT-C---------T-AGC-------------T---C----A-----AAAAGCCGCC-GA---------A--GCG-C-G-G---T-AG-GG--CT-TCG-GAAAA-T--CG
gi|6 : aaggtctttcgttttccaacggaagacccttattgttatttctttaagtctttttatcacttatataaagggtcttccgtttccaacggaagaccattatgttattcttcgcgtttctttttctttatatatcttTTTTTTTCTT-ACAA-----A-TATT--TG-----TG-C--AGG-C-GAC-TTTC-T-CGA-AT-ATG--C---GT--TCATC-C--AAT------T-T-T--CTTG-TC-AAA---ATT-TTAG-G----A-T--G-AT-AG-A---T-A---TT-C-AAT--TGGA-A--T-T---T-T--ATAC---G---GA-T--TT--TT-TT-C-TTGT----TT--TCG-A-AC-G-----TC-A---------A-A-T-AT-T-A-CG--------------TGC------ATA---------TA-TT---G-A--C---GT-TTTT--GTT---GAA-A--T--TC-G--GG--T-G----TCATTTT--GTC-C--AGAG--G---TG--TCTC------G-A--A-ACTTGT----TAG--AG--A-T--ATC--ACCT--TCC----AA-----TTT-CA------GGGA---T-TG--T-A--GA-------CGAC-G-AATT------TTC-AT-AA-TT--GCTGCA-C----------A-GG--GG--A-A-TC-AA--T-TT-AA-----T--T-CAC-------------G--------G-----AAAAA-CGTC-AA---------ACGGCT-CGG-C---C-AT-GA--C--CCG-AAAAA-A---GT--------CA-AA----CATTTT---C------AC-T-GCCA-TTTT-TTGCAC-A-CATTT--TTC-GTCAAT--ATCTTTTCATagtttgaaaagcctgcgattttttttatgt
gi|17 : gtctttccgttttccaaacggaagaccttattttattcttaagtttttatctttattattattattcttaattaTTTTTTTTTT-ACAA-----A-T-TT--TG-----TG-C--AGG-C-GA--TTTC-T-CGA-AT-ATG--C---GT--CAA-C-T--GAT------T-T-T--C--G-T
gi|11 : TTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT--TG-----TG-C--AGA-GCGA--TTTC-T-CGA-AT-ATG--C---GTCATTC-C-C--AAT------T-T-TT-C--G-TC-AAAAATTTT-TCAG-G-G--A-TTTG-AT-AG-A---T-A---TT-C-A-C--TTGA-A--T-T---TTA--ATAC---G---TA-T--TT--TT----G-TT-T----TC---GA-A-AC-G-----TC-A---------G-A-T-AT-TTA-CG--------------T-C-------TA---------TA-TT---G-A--C---GT-TTTT--G-T---GAA-AT-T--TT-G--GG--T-G----TCAGTT---GTC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AAC-AT----TAG--AG--A-T--ATCGAAACTG-TCC----AAAT---TTT-CA------GGGA---T-TG--T-A--GA-------CGA--G-A--T------TTC-AT-AA-TT--G-TGCA-C----------A-GG-GGC--A-A-TCAA-----TT-CA-----T--T-CAC-------------G---C----G-----AAAAA-CGTC-AA---------A--GCT-C-G-C---C-ATGGA--C--CCG-AAAAA-A--CGT--------CAAAC----ATTATT---C------ACAT-G-CA-TTTTGTAGCAC-A-CA-TT--TTC-GTCAAT--ATCTTTTCAT
gi|9 : tTTTTTTCT-ACAG-----ACT-TT--TG-----TG-C--AGG-C-GA--TTTC-T-CGG-AT-ATGCTC---GT--CGA------GATC-----T-T-T--CTGA-TA-ATA---TTT-TATGTG-A--A-T--G-AT-AG-G---T-A---TTAA-A-CG-TTGACA--C-T---T-G--ATAG---T---GA-T--TT--TT-TT-G--T-T----TT--TGA-T-ACGG-----TC-----------A-A-T-A--T-A-C---------------T-C------AAA---------TA-TTAAAG-A--CAG-GT-TTTT--G-T---GAA-AT-T--TC-A--GG--G-G----CCA-CTT--GTC-CTTCGAA--G---TG-TTCTC------A-G--A-AACTAT----GAATGAG--C-TG-ACA--AAAC--TCA----AA-T---TTTGCA-------GGG---T-TG--T-A--AACCGATATTAA--G-A-------------AT-AG-AT----TGCAGT----------A-AA-TGC--C-A-TCAAA--T-TT-CG-----T--TCAAC-------------GAAAT----GAGA--AAAAA-CTTT-AA---------T--CCT-T-A-T---T-AC-AA--CGTCTG-AAAAa
gi|7 : tttccagattagtatcaatcggaagaaccttattgttcattgtacgagttctatcctatttctctactctcatgtatTTCCTT-ACA--------T-TTGATG-----TA-A--ACA-A-GA--TTTC-T-GGG-AT-ATG--C---TTG-TGA-C----GAT------T-T-T--C--G-TG-AAA---TTT--CGG-A-G--A-A--A-AT-AG-A---T-A---TT-C-A-C--CAGC-A--C-T---T-G--AAAGAAAT---AA-T--TT--CTATT-A-TG-A----TT--ATA-T-AC-G-----TC-ATGCACTTACA-G-T-AT-G-T-CG--------------T-A------AGA---------TG-TT---G-A--C---AT-TTTC----C---AGA-AT-T--TT-A--GA--G-GG---TCAGGTT--GTC------GA--G---TG-TTCTT------G-G--A-AACTAT----TCA--AGATA-T--ATC--AAAT--TAA----AA-T---TGT-CA------TTAA---T-TG--T-A--CA--------------G--T------TTC-AT----TT--A-TGCC-G----------A-AT-CGC--A-T-TCAAA--T-TT-CT-----T--T-TAA-------------G---C----GTAAAAAAAAA-AGTC-AG---------A--GCT-C-G-G---T-AA-GG--C--TCG-AAAAA-G--CGTTACGGTAAC--AT----TTTTTTAAAA------AT-T----A-TTTT-TGTA-C-A-AA-TT--CT---TCAAT---TTTTTTTGT
gi|10 : aagaacttattgttattgtacataaagaggtttttcccccttccttattactgaA--TTTC-T-CCACAA-ACG--C---CT--GGA-C-G--GAT------T-T-T--C--A-TG-AAA----TT-TCAG-T-G--ATT--G-AT-GT-A---T-A---TT-T---C--TAGA-AAGA-T---C-G--AAAA---T---AA-T--TT--TT-TTCG-TG-TGGCATA--TG-----C-G-----TC-A---------A-C-T-TC-C-A-GG--------------T-CTGAAGGATA---------T--TT---G-A--C---A--TTTT--G-T---G---AT-T--TA-A--GA--GTC----TCA-TTT--GTG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------C-G--T-AACTAC----TCA--AG--ACT--ATT----CT--TTCTTCAAA-T---TTT-CA------CGG-------G--A-A--GA-------TTA--G-A--CAAAGGACTG-A--AG-TT------TA-T----------A-CC-TG-----A-TTGAG--T-CT-CAAGCTCC--T-AGC-------------T---C----A-----AAAAG-CGCC-GAGCGCGGTAGG--GCT-C-G-A---A-ATCGA--CGTTTG-AAAAA-G--CGT--------CCGAT----TTTTTa
gi|13 : gacctattgtatttcttcggtctttcttattattacttttggctctttttcttcactc-TCAG-G-G--A-T--G-AT-------------------------AGA-A--T-T---T-T--ATAC---A---GA-T--TT--TT-TT-G-TT-T----TT--CGA-A-AC-G-----TC-A---------A-A-T-AT-T-A-TG--------------T-C------ACA---------TA-TT---G-A--C---GT-TTTT--G-T---GAA-AT-T--TT-G--GG--G-G----TCAGTTT--GCC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------A-G--T-AACTAT----TTA--AG--A-T--ATC--AGCT--TCA----AA-T---TTT-CA------GGGA---T-TG--T-A--GA-------GGA--G-A--C------GTC-AT-AG-AT--G-TGCA-T----------A-GG-CAC--A-A-TCAAA--T-TA-TG-----T--T-AAC-------------A---C----G-----AAAAA-CGGC-GA---------A--GCT-C-G-C---C-AC-AAC-C--CCA-AAAAA-A--CGTA-------A--AA----ATTTCA---T------AC-T-G-CA-TTTT-TGGT-T-A-CA-TT--TTT-ATCAAT--ATCTTTTTATaaatgttt
gi|14 : gT-TT-G-TT-T----TT--GCA-C-AC-AC----TC-A---------C-ACT-CT-T-G-CG--------------T-C------CCA---------CA-TTTC-G-A--C---GT-TTTT--G-T---GAA-AT-T--TC-G--GG--G-G----TC-GTTT--GCCAC--AGCC--G---TGTTTCTC------ACG--T-CACTTT----TAA--CG--C-T--ATC---GTT--TCC----CA-TGTGTCT-CA-------AGA---G-TG--C-G--CA-------TAA---------------TA-AT-AG-AT----TGCA-T----------G-G------------------T-TC-CA-----C--C-AAC-------------G------------------G-C-----A---------A--GCT-C-A-C---C-CT-GA--C--CC---CACA-A--CAT--------C--ACAAAATTTCTC---T------AC-T-G-TA-TTTT-T-GT-CAA-CA-TT--TTA-AT--AC--ATCTCTT
gi|16 : taacagtttacTT--GTC-C--GGAG--C---TT-TTCTG------C-A--A-AACGAT----TCA--AG--A-T--ACG--AAGC--TGT----AA-T---TTT-CA------GCGA---T-TG--T-A--GA-------CAA--G-G-----------T-AT-TG-GT--A-CGCT-C----------A-TG-TTC--ACA-T------T-TT-CATCGATT--T-AGC-------------T---C----A-----AAAGG-CGTC-GA---------A--GCT-C-G-C---
gi|15 : agagggtctcgT--TCA----AA-T---TTT-CA------GGGA---T-TG--T-A--GA-------CGA--G-A--T------TTC-AT-AA-TT--G-TGCA-A----------A-GG-GGC--A-A-TCAAA--T-TT-CA-----T--T-CAC-------------G---C----G-----AAAAA-CGTC-AA---------A--GCT-C-G-C---C-AT-GA--C--CCG-AAAAA-A--AGT--------C--A---------------------A-------A-TTTT-TGGT-C-A-TA-TT--TTC-GCCAAC--ATATTTTCATctg
Alignments
lowQualScore : 11 33333333333333333 11 1111111111111111 11111111111111 11111111 111111111 222222222222222222222222222222222 111 11 11111 11111111 1111111111111111 111111 222222222222222222222222 111 2222222222222222222222222 111111 333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 4 3 88888 3 3 6 3 0 77 3 44 6666 00 3 3 3 3 3 44 77 00000000000000000 3 3 00 77 33 3 999 33 3 3 77 3 77 3 3 3 555 8888888888888888 3 44444444444444 0 55 6666 44 44 44 5 2 66 33 00000000 2 5 2 999999999 333 333 2 2 5 999999999999999999999999999999999 444 2 33 888 2 2 22 555 2 2 33 11111 66 2 8 2 2 888 666666 2 22222222 4444 2 0 33 33 2 2 5555555555 33 999999 5 333 444 5 2 66 99 33 2 9999999999999999 2 2 444 000000 444 333333333333333333333333 5 33 5555 111 33 1 1111111111111111111111111 2 66 33 2 2 2 444 333 66 5 2 44444 88888888888 555555 333333333333333333333333333333 3 3 0000000 7 3 3 55 3 3 55
lowQualScore : . . ..... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . .. .. ................. . . .. .. .. . ... .. . . .. . .. . . . ... ................ . .............. . .. .... .. .. .. . . .. .. ........ . . . ......... ... ... . . . ................................. ... . .. ... . . .. ... . . .. ..... .. . . . . ... ...... . ........ .... . . .. .. . . .......... .. ...... . ... ... . . .. .. .. . ................ . . ... ...... ... ........................ . .. .... ... .. . ......................... . .. .. . . . ... ... .. . . ..... ........... ...... .............................. . . ....... . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 3 33333 3 3 7 3 4 99 3 66 5555 44 1 1 1 1 1 22 33 22222222222222222 1 1 44 33 66 3 222 55 1 1 33 1 33 1 1 1 444 5555555555555555 1 66666666666666 5 55 5555 22 22 22 7 9 88 99 99999999 9 7 9 666666666 000 111 9 9 7 555555555555555555555555555555555 666 9 99 999 9 9 55 000 9 9 99 99999 33 7 3 7 7 333 555555 7 33333333 3333 7 1 77 77 7 7 7777777777 77 333333 3 777 777 3 7 33 00 77 7 1111111111111111 7 7 666 999999 777 888888888888888888888888 3 77 7777 111 77 0 5555555555555555555555555 7 88 77 7 7 7 777 111 88 7 9 99999 33333333333 777777 777777777777777777777777777777 3 3 7777777 3 6 6 00 6 6 00
consensus : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---A--AATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-A---A----CNTTTTT------CAC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
Reference ( family-596 ) : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--GGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---N--AATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-A---A----CNTTTTT------NAC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|1 : TTATT-TTATTTTATT-AGAGCTTATA-T-TT-TG--GA--AG-GT--GCGAGA--TTTCATACGA-AT-A-T---C--ATTGTTGAGATAA-T-C--AAT-T-TC--A--GTG-CA-A---TTT-TCAG-G-GGTA-T--G-ATA-G-AATATA---TT-CA-CGGTT--GA-A--T--T---T-AT-ATACGGAATACT--T--T--TTTT-T-TT--T--TTC--GAAG-AC-GATCAA---------A-A-T-A-T-T-G-CGGAACGGTATTGGTTT-C----ATAAGTATTGTTTGTT---G-A--CACAGT-TTTT-G--TCAGGAA-AG-TAGTT----GGGATGC-TCAG-TTG-TC-C--AGAAAGA---TG-TTTTCCTCAGAG-G--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TCTCAG--AATTTTGCC-G-G---GACT-TG--T--AATGA-TCA--GA--TTA---T--TCA-T-AA-GTCTGG--TGGGTCGATCCTAGGA---GG-GGC--ATGTCAAA-T--T----TCA--T--TCACCGAGAGGTTTTAGGC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-GACCCACA-T-GA--CTCCACAAAAA-A--CGT-----C-A---AGAATCATTTTC------CACTTAAATT-GATATATGTTAGCCA-TTTT-TGCTTTGA-CACCA-TTAT--TC-GTACAAT--ATC
gi|10 : ttatttctttagtggctgtattttagtctattatgtc----A--TTTC-T-CCACAA-A-CG--C--CTGG--------A-C-G--GAT-T-TT--C--ATG-AA-A---TTT--CAG-T-G--A-TT-G-ATG-T-A---TA---TT-T--C--TA--GA-A--AGAT---C-G--AAAATAA----T--T--T--TTTTCG-TG--T--GGC--ATAT-GC-G-TC-A---------A-C-T-T-C-C-A-GG--------------T-CTGAAGGA---------TATTT--G-A--C---AT-TTT--G--T---GA---T-T--TA----AGA--GTCTCA-TTTG-TG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------C-G--T-AACTAC-TCA--AG--ACT-A--TT--CTTTCT--TC---A--AATTTT-CACG-GGAAGA-T-----T--A--GA-CAAAGGA--CTGAAGT--TTA-T-AC-CT---GATTG-------------A---GT-C-------TCAAG-C--T----CC------TAGC-------------TC----A-----AAAAG-CGCC-G-A--GC-GC-G-G---TA-G-GG--C-TCG-AAA--------T-----C-G---A----CGTTTat
gi|11 : gacctattgtatttcttcggtctttcttattattacttttggctctttttcttcactcTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AGAGC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATT------C-C-C--AAT-T-TTT-C--GTC-AA-AAATTTT-TCAG-G-G--A-TTTG-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TT--GA-A--T--T---TTA--ATACGTA----T--T--T--TT---G-TT--T--T-C--G-AA-AC-G-TC-A---------G-A-T-A-T-TTA-CG--------------T-C-----TA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--TG-TCAGTT-G-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AAC-AT-TAG--AG--A-T-A--TCGAA--ACTGTCC---A--AATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------ACA---GG-GGC--A-ATCAA-----T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-TGGA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----CAA---A----CATTATT------CACA-----T-G------------CA-TTTTGTA----GCACA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCATgaaaaagcgtccgattttttaaatgttt
gi|12 : GTTACT-TCTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GG--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--ATC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATC-G-A---TA---TT-TA-C--TA--GA-A--T--T---T-G--ATACTTA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTT--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGA--GG-TCAGTTTA-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTGT-TAA--AG--A-T-A--TT--A--ACT--TC---C--GATTTT-CA-T-T---GA-T-TG--T--A--GA-TGA--GA--C-----T--TCA-T-AG-TT---G--TG---C-------ATA---GG-TGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TAAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTT-GAA--GC-TC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-----A----TTTTTTT------TAC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTTATa
gi|13 : -TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A------------------------A--T--T---T-T--ATACAGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-TG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCAGTTTG-CC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------A-G--T-AACTAT-TTA--AG--A-T-A--TC--A--GCT--TC---A--AATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-GGA--GA--C-----G--TCA-T-AG-AT---G--TG---C-------ATA---GG-CAC--A-ATCAAA-T--T----ATG--T--TAAC-------------AC----G-----AAAAA-CGGC-GAA--GC-TC-G-C---CA-C-AAC-C-CCA-AAAAA-A--CGT-----A-A---A----AATTTCA------TAC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-TA-CA-TT-T--TT-AT-CAAT--ATCTTTTTAT
gi|14 : gTTT-G-TT--T--TTG--C-AC-AC-ACTC-A---------C-ACT-C-T-T-G-CG--------------T-C----CCA---------CATTTC-G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TC-GTTTG-CCAC--AGCC--G---TGTTTCTC------ACG--T-CACTTT-TAA--CG--C-T-A--TC--
gi|14 : taacagtttacAA-CGGC--AA--GC-TC-A-C---CC-T-GA--C-CCC-ACAA-----CAT-----C-ACAAA----ATTTCTC------TAC------T-G------------TA-TTTT-TG----TC-AA-CA-TT-T--TA-AT---AC--ATCTCTTgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccaacggcaagctcaccctgaccccacaacatcacaaaatttctctactgtatttttgtcaacattttaatacatctctt
gi|15 : taacagtttactttgtttttgcacacactcacactcttgcgtcccacatttcgacgtttttgtgaaatttcgggggtcgtttgccacagccgtgtttctcacgtcacttttaacgctatcgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccT--TC---A--AATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------AAA---GG-GGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--AGT-----C-A---A------------------------------------------A-TTTT-TG----GT-CA-TA-TT-T--TC-GC-CAAC--ATATTTTCAT
gi|16 : ----GAG--GG-TCTCGTTG-TC-C--GGAG--C---TT-TTCTG------C-A--A-AACGAT-TCA--AG--A-T-A--CG--A--AGC--TG---T--AATTTT-CA-G-C---GA-T-TG--T--A--GA-CAA--GG--T----------A-T-TG-GT---A--CG---C-------TCA---TG-T-------TCACA-T--TTTCATCGATT--TAGC-------------TC----A-----AAAGG-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---Ca
gi|17 : a-TTTTTTTTTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCA--------A-C-T--GAT-T-TT--C--GTtg
gi|2 : TTATT-TTTTCTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGCC-AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-AATG--CT-GTC---------A-T-G--GAT-T-TGG-C--GTC-AA-T---TTTGTTAG-G-A--AAT--G-ATA-G-A---TAA--TT-TA-C--TGTAAA-A--T--C---G-GTTATAC-CA----TGAT--T--TTTT-G-TT--T--TTG--G-GTTAC-G-TT-G---------A-A-T-A-TGT-A-CGA-------------T-C----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-TCTT---GAA-TT-T--TC----AGG--G--TCTGTT-G-TC-T--TGAA------TG-TTCTC------A-G--AGAACTATGTAA--AG--A-T-A--TC--A--TCT--TA---A--AATTTT-CA-G-A---GA-T-TG--TA-A--GA-AGATTAA--T-----T--CCA-T-AG-AT---G--TG---C-------GTG---GGCCGCAAA-ATGAAA-T--C----TTGA-T--GAAC-------------GCCGTTA-----GAAAA-CGTT---A--GC-TC-G-C---TA-T-GGATC-CCG-AAAAA-A--CAT-----T-A---A----TTTTTTTTCGCCCCAT------T-G------------CT-TTTT-TG----AC-TA-CT-TT-T--TCGGT-CAAT--ATCTTTTCA
gi|3 : tctaacattaatttttccattagctaatgtgaaggtcttccgttgttcgcaacggaagacctttattgttgattctacgtttttctctattattTTATT-TTTTTT-CTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-CC--G----AATTTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATC------A-C-A--AAT-TATT--C--GTC-AA-AA--TTT-TCAG-G-GC-A-T--G-ATAAG-A---TA---TT-CA-A--TT--GA-A--TG-T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-G-TC--T--TTCCCG-AA-A--G-TC-A---------A-A-A-G-T-T-AACGCC------------T-C----A-A---------TATTT--GCA--C---GTGTTTT-GC-T---GAA-ATAT--TT----GGG--TG-TCATTTTG-GT-C--AGAC--GCGTTG-TTCTC------G-A--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-ACATC--A--CCT--TC---TCCAATTTT-CA-GTG---GAGT-TGA-TCGA--GA-CGA--GA--T-----T--TCAAT-A--AT---G--TG---CA------GCA---GG-GGT--A-ATCAAA-TCTT----TAA--T--TCAC-------------GC----AGA---AAAAA-CGTC-AAA--G--TC-G-C---CAAT-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----C-A---AA---CATGTTT------CAC------T-G------------CA-TTTT-------GC-AA-CA-CT-TGTTC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|4 : tctttccgttataccaacggaagaccttacttgtttattctttacatttctttatctatttattatattattattcttatTT-TTTTTTTCTT-AC-----------------T--------C--G----A--TTGC-T-CCA-AA-A-CG--C--TCCG--------A-C-G--GAC-T-TT--C--ATTGAA-A---TTT-TCAG-T-G--A-T--G-ATG-T-A---TAGGGT-----C--TA--GA-AGAT--T---G-G--A-AAATA----A--T--T--TTGT-G-T-----------G-AG-GC-G-TC-A---------C-------T-T-C-CGG-------------T-CTGA-AGA---------TATT---G-GACC---GA-TT---G--T---GA---T-T--TTAAA-GAG--GG-CTCTTTTGCTG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------TCG--T-AACTAC-TCA--AG--A-T-A--TC--T--TCT--TC---A--AATTTT-CA-C-G---GA-A-AGAAT--A--GA-CAAAGGA--C-----T----G-A-AG-TT---A--TA---C-------CTAT--GG-AGT--T-CTCAAAGT--C----TC------TAGC-------------TC----A-----AAAAGCCGCC-GAA--GC-GC-G-G---TA-G-GG--CTTCG-GAAAA-T--CG
gi|5 : aaggtctttcgttttccaacggaagacccttattgttatttctttaagtctttttatcacttatataaagggtcttccgtttccaacggaagaccattatgttattcttcgcgtttctttttctttatatatctTTTTT-TTTTTTTCTTTACAA-----A-T-TTATA-T-C--AC-GC--G----AA-TTTC-T-CGA-ATGA-TG--C--GTTG--------C-CAC--GAC-T-TCTGC--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--GCATA-G-A---TAC--TT-GA-C--AA--AA-A--C--CCGAT-G--ATACATT----T--T--TGATTTC-GATT--T--TTT--G-TT-A--G-TG-ATTTTTC---A-A-T-AAT-T-A-CG--------------T-C----AAA---------TATT---G-A--C---GT-CTTT-GG-T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCA-CTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTA--TGA--AG--C-T-A---C--G--ACT--TA---A--AATTTT-CA-G-G---GA-TCTG--T--A--GA-CGA--TA--T-----A--CCA-T-AGAAT---G--TG---C-------GGA---AC-TGC--C-CTCAAA-C--T----TCG--TCATATA-------------GC----------AAAAA-CGCC-AGA--GC-TC-G-C---TA-T-GA----ACG-AAAAA-ACGCGT-----C-A---A----ATTTTTT------GAC------T-G------------CATTTTT-TG----GT-CATCA-TT-T--TT-GT-CAATTCATCTTTTTATagtttgaaaagcctgcgattttttttatgt
gi|6 : ggtcttcgttttccatacggcaagacttatttgttattcttagttttttctatattattATTATTTTTTTCTT-ACAA-----A-TATT-TG-TGC--AG-GC--G----AC-TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTC--------ATC-C--AAT-T-TT--CTTGTC-AA-A---ATT-TTAG-G----A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CAAT--TG--GA-A--T--T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-C-TTGTT--TTC--G-A--AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------TGC----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-GT-T---GAA-A--T--TC----GGG--TG-TCATTTTG-TC-C--AGAG--G---TG--TCTC------G-A--A-ACTTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--CCT--TC---C--AA-TTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGAC-GAATT-----T--TCA-T-AA-TT---GC-TG---C-------ACA---GG--GG--A-ATC-AA-T--T----TAA--T--TCAC-------------G-----G-----AAAAA-CGTC-AAACGGC-TCGG-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----C-A---A----ACATTTT------CAC------T-GC-----------CA-TTTT-TT----GCACA-CATTT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|7 : gtctttccgttttccaaacggaagaccttattttattcttaagtttttatctttattattattattcttaTTCCTT-ACA----------TT-TGATGT--AA-ACAAG----A--TTTC-T-GGG-AT-A-TG--CTTGT-G--------A-C----GAT-T-TT--C--GTG-AA-A---TTT--CGG-A-G--A-A--A-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--CA--GC-A--C--T---T-G--A-AAGAA----A--TAAT--TTCT-A-TTA-TGATTA--T-AT-AC-G-TC-ATGCACTTACA-G-T-A-T-G-T-CG--------------T-A----AGA---------TGTT---G-A--C---AT-TTTC-C--A---GAA-TT-T--TA----GAG--GG-TCAGGTTG-TC------GA--G---TG-TTCTT------G-G--A-AACTAT-TCA--AGATA-T-A--TC--A--AAT--TA---A--AATTGT-CA-T-T---AA-T-TG--T------A-C-A--G---T-----T--TCA-T----TT---A--TG---C-------CGA---AT-CGC--A-TTCAAA-T--T----TCT--T--TTAA-------------GC----GTAAAAAAAAA-AGTC-AGA--GC-TC-G-G---TA-A-GG--C-TCG-AAAAA-G--CGTTACGGT-A---A----CATTTTTTTAAA-AAT------T---------------A-TTTT-TG----TA-CA-AA-TT-C--T---T-CAAT--TTTTTTT
gi|8 : aagaacttattgttattgtacataaagaggtttttcccccttccttattactgaGTAATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TTGTA-TCCCAAC-GC--G----A--TT-C-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTT--------G-C-CTCGAT-T-TG--C--GGT-AA-A---T----CAG-GCG--A----G-ATA-GGA---TA---TT-GA-C-------A-A--C--C---C-G--ATATACA----T--T--T--TTCTCG-AT--T--TTT--G-TT-AC-G-TC-A---------AGA-TGA-T-T-AACGA-------------T-C----AAA---------TAGT---G-A--C---GT-TTTTTG--T---GAATAT-T--TCCGGAGGGT-GG-TCACTTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTTTC------G-GGAA-AACTAT-GAA--GC--A-A-A------G--ACT--TA---A--AATTTT-CA---G---GA-T-TG--TG-A--GA-CGA---A--T-----A--CCA-TGAG-AT------TG---C-------GGAACTGC-CGC-----TCAAATT--T----TCG--T--TCTC-------------GC----C-----AAAAA-CGCCAGAC--GCTTC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAAGA--CGT-----C-C---A----CATTTTT------GAC------TGG------------CA-TTTT-TG----gta
gi|9 : tcgttccgttttcgcaaaccaaagcaccttaatttgtttattcttagtttttttctcttata-TTTTTTTCT--ACAG-----ACT-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGG-AT-A-TGCTC--GTCG--------A------GATCT-TT--CT-GAT-AATA---TTT-TATGTG-A--A-T--G-ATA-G-G---TA---TTAAA-CG-TT--GACA--C--T---T-G--ATAGTGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TT---G-AT-ACGG-TC-----------A-A-T-A---T-A-C---------------T-C----AAA---------TATTAAAG-A--CAG-GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----AGG--GG-CCA-CTTG-TC-CTTCGAA--G---TG-TTCTC------A-G--A-AACTAT-GAATGAG--C-TGA--CA--A--AAC--TC---A--AATTTTGCA-G-G---G--T-TG--T--A--AACCGA--TA--T-----TAAGAA-T-AG-AT------TG---CA------GTA---AA-TGC--C-ATCAAA-T--T----TCG--T--TCA--------------AC----G-----AAA
Alignments
lowQualScore : 11 33333333333333333 11 1111111111111111 11111111111111 11111111 111111111 222222222222222222222222222222222 111 11 11111 11111111 1111111111111111 111111 222222222222222222222222 111 2222222222222222222222222 111111 33333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 4 3 88888 3 3 6 3 0 77 3 44 6666 00 3 3 3 3 3 44 77 00000000000000000 3 3 00 77 33 3 999 33 3 3 77 3 77 3 3 3 555 8888888888888888 3 44444444444444 0 55 6666 44 44 44 5 2 66 33 00000000 2 5 2 999999999 333 333 2 2 5 999999999999999999999999999999999 444 2 33 888 2 2 22 555 2 2 33 11111 66 2 8 2 2 33 666666 2 22222222 4444 2 0 33 33 2 2 5555555555 33 888 5 333 444 5 2 66 99 33 2 9999999999999999 2 2 444 000000 444 333333333333333333333333 5 33 5555 111 33 1 1111111111111111111111111 2 66 33 2 2 2 444 333 66 5 2 2 555 77777 3 555555 55555555555555555555555555555555555 3 3 0000000 7 3 3 55 3 3 55
lowQualScore : . . ..... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . .. .. ................. . . .. .. .. . ... .. . . .. . .. . . . ... ................ . .............. . .. .... .. .. .. . . .. .. ........ . . . ......... ... ... . . . ................................. ... . .. ... . . .. ... . . .. ..... .. . . . . .. ...... . ........ .... . . .. .. . . .......... .. ... . ... ... . . .. .. .. . ................ . . ... ...... ... ........................ . .. .... ... .. . ......................... . .. .. . . . ... ... .. . . . ... ..... . ...... ................................... . . ....... . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 3 33333 3 3 7 3 4 99 3 66 5555 44 1 1 1 1 1 22 33 22222222222222222 1 1 44 33 66 3 222 55 1 1 33 1 33 1 1 1 444 5555555555555555 1 66666666666666 5 55 5555 22 22 22 7 9 88 99 99999999 9 7 9 666666666 000 111 9 9 7 555555555555555555555555555555555 666 9 99 999 9 9 55 000 9 9 99 99999 33 7 3 7 7 77 555555 7 33333333 3333 7 1 77 77 7 7 7777777777 77 333 3 777 777 3 7 33 00 77 7 1111111111111111 7 7 666 999999 777 888888888888888888888888 3 77 7777 111 77 0 5555555555555555555555555 7 88 77 7 7 7 777 111 88 7 9 9 888 77777 1 777777 22222222222222222222222222222222222 3 3 7777777 3 6 6 00 6 6 00
consensus : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CATTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
Reference ( family-596 ) : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CNTTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|1 : TTATT-TTATTTTATT-AGAGCTTATA-T-TT-TG--GA--AG-GT--GCGAGA--TTTCATACGA-AT-A-T---C--ATTGTTGAGATAA-T-C--AAT-T-TC--A--GTG-CA-A---TTT-TCAG-G-GGTA-T--G-ATA-G-AATATA---TT-CA-CGGTT--GA-A--T--T---T-AT-ATACGGAATACT--T--T--TTTT-T-TT--T--TTC--GAAG-AC-GATCAA---------A-A-T-A-T-T-G-CGGAACGGTATTGGTTT-C----ATAAGTATTGTTTGTT---G-A--CACAGT-TTTT-G--TCAGGAA-AG-TAGTT----GGGATGC-TCAG-TTG-TC-C--AGAAAGA---TG-TTTTCCTCAGAG-G--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TCTCAGAATTTTGCC-G-G---GACT-TG--T--AATGA-TCA--GA--TTA---T--TCA-T-AA-GTCTGG--TGGGTCGATCCTAGGA---GG-GGC--ATGTCAAA-T--T----TCA--T--TCACCGAGAGGTTTTAGGC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-GACCCACA-T-GA--CTCCACAAAAA-A--CGT-----C-AAGAATCATTTTC------C-----ACTTAAATT-GATATATGTTAGCCA-TTTT-TGCTTTGA-CACCA-TTAT--TC-GTACAAT--ATC
gi|10 : ttatttctttagtggctgtattttagtctattatgtc----A--TTTC-T-CCACAA-A-CG--C--CTGG--------A-C-G--GAT-T-TT--C--ATG-AA-A---TTT--CAG-T-G--A-TT-G-ATG-T-A---TA---TT-T--C--TA--GA-A--AGAT---C-G--AAAATAA----T--T--T--TTTTCG-TG--T--GGC--ATAT-GC-G-TC-A---------A-C-T-T-C-C-A-GG--------------T-CTGAAGGA---------TATTT--G-A--C---AT-TTT--G--T---GA---T-T--TA----AGA--GTCTCA-TTTG-TG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------C-G--T-AACTAC-TCA--AG--ACT-A--TT--CTTTCT--TC---AAATTTT-CACG-GGAAGA-T-----T--A--GA-CAAAGGA--CTGAAGT--TTA-T-AC-CT---GATTG-------------A---GT-C-------TCAAG-C--T----CC------TAGC-------------TC----A-----AAAAG-CGCC-G-A--GC-GC-G-G---TA-G-GG--C-TCG-AAA--------T-----C-GA----CGTTTat
gi|11 : gacctattgtatttcttcggtctttcttattattacttttggctctttttcttcactcTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AGAGC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATT------C-C-C--AAT-T-TTT-C--GTC-AA-AAATTTT-TCAG-G-G--A-TTTG-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TT--GA-A--T--T---TTA--ATACGTA----T--T--T--TT---G-TT--T--T-C--G-AA-AC-G-TC-A---------G-A-T-A-T-TTA-CG--------------T-C-----TA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--TG-TCAGTT-G-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AAC-AT-TAG--AG--A-T-A--TCGAA--ACTGTCC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------ACA---GG-GGC--A-ATCAA-----T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-TGGA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----CAAA----CATTATT------C-----ACA-----T-G------------CA-TTTTGTA----GCACA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCATgaaaaagcgtccgattttttaaatgttt
gi|12 : GTTACT-TCTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GG--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--ATC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATC-G-A---TA---TT-TA-C--TA--GA-A--T--T---T-G--ATACTTA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTT--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGA--GG-TCAGTTTA-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTGT-TAA--AG--A-T-A--TT--A--ACT--TC---CGATTTT-CA-T-T---GA-T-TG--T--A--GA-TGA--GA--C-----T--TCA-T-AG-TT---G--TG---C-------ATA---GG-TGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TAAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTT-GAA--GC-TC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C--A----TTTTTTT------T-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTTATa
gi|13 : -TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A------------------------A--T--T---T-T--ATACAGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-TG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCAGTTTG-CC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------A-G--T-AACTAT-TTA--AG--A-T-A--TC--A--GCT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-GGA--GA--C-----G--TCA-T-AG-AT---G--TG---C-------ATA---GG-CAC--A-ATCAAA-T--T----ATG--T--TAAC-------------AC----G-----AAAAA-CGGC-GAA--GC-TC-G-C---CA-C-AAC-C-CCA-AAAAA-A--CGT-----A-AA----AATTTCA------T-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-TA-CA-TT-T--TT-AT-CAAT--ATCTTTTTAT
gi|14 : gTTT-G-TT--T--TTG--C-AC-AC-ACTC-A---------C-ACT-C-T-T-G-CG--------------T-C----CCA---------CATTTC-G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TC-GTTTG-CCAC--AGCC--G---TGTTTCTC------ACG--T-CACTTT-TAA--CG--C-T-A--TC--
gi|14 : taacagtttacAA-CGGC--AA--GC-TC-A-C---CC-T-GA--C-CCC-ACAAC-A--TCA-----C-AA----AATTTCT------CT----AC------T-G------------TA-TTTT-TG----TC-AA-CA-TT-T--TA-AT---AC--ATCTCTTgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccaacggcaagctcaccctgaccccacaacatcacaaaatttctctactgtatttttgtcaacattttaatacatctctt
gi|15 : taacagtttactttgtttttgcacacactcacactcttgcgtcccacatttcgacgtttttgtgaaatttcgggggtcgtttgccacagccgtgtttctcacgtcacttttaacgctatcgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------AAA---GG-GGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--AGT-----C-AA-----------------------------------------------A-TTTT-TG----GT-CA-TA-TT-T--TC-GC-CAAC--ATATTTTCAT
gi|16 : ----GAG--GG-TCTCGTTG-TC-C--GGAG--C---TT-TTCTG------C-A--A-AACGAT-TCA--AG--A-T-A--CG--A--AGC--TG---TAATTTT-CA-G-C---GA-T-TG--T--A--GA-CAA--GG--T----------A-T-TG-GT---A--CG---C-------TCA---TG-T-------TCACA-T--TTTCATCGATT--TAGC-------------TC----A-----AAAGG-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---Ca
gi|17 : a-TTTTTTTTTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCA--------A-C-T--GAT-T-TT--C--GTtg
gi|2 : TTATT-TTTTCTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGCC-AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-AATG--CT-GTC---------A-T-G--GAT-T-TGG-C--GTC-AA-T---TTTGTTAG-G-A--AAT--G-ATA-G-A---TAA--TT-TA-C--TGTAAA-A--T--C---G-GTTATAC-CA----TGAT--T--TTTT-G-TT--T--TTG--G-GTTAC-G-TT-G---------A-A-T-A-TGT-A-CGA-------------T-C----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-TCTT---GAA-TT-T--TC----AGG--G--TCTGTT-G-TC-T--TGAA------TG-TTCTC------A-G--AGAACTATGTAA--AG--A-T-A--TC--A--TCT--TA---AAATTTT-CA-G-A---GA-T-TG--TA-A--GA-AGATTAA--T-----T--CCA-T-AG-AT---G--TG---C-------GTG---GGCCGCAAA-ATGAAA-T--C----TTGA-T--GAAC-------------GCCGTTA-----GAAAA-CGTT---A--GC-TC-G-C---TA-T-GGATC-CCG-AAAAA-A--CAT-----T-AA----TTTTTTTTCGCCCC-----AT------T-G------------CT-TTTT-TG----AC-TA-CT-TT-T--TCGGT-CAAT--ATCTTTTCA
gi|3 : tctaacattaatttttccattagctaatgtgaaggtcttccgttgttcgcaacggaagacctttattgttgattctacgtttttctctattattTTATT-TTTTTT-CTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-CC--G----AATTTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATC------A-C-A--AAT-TATT--C--GTC-AA-AA--TTT-TCAG-G-GC-A-T--G-ATAAG-A---TA---TT-CA-A--TT--GA-A--TG-T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-G-TC--T--TTCCCG-AA-A--G-TC-A---------A-A-A-G-T-T-AACGCC------------T-C----A-A---------TATTT--GCA--C---GTGTTTT-GC-T---GAA-ATAT--TT----GGG--TG-TCATTTTG-GT-C--AGAC--GCGTTG-TTCTC------G-A--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-ACATC--A--CCT--TCTC-CAATTTT-CA-GTG---GAGT-TGA-TCGA--GA-CGA--GA--T-----T--TCAAT-A--AT---G--TG---CA------GCA---GG-GGT--A-ATCAAA-TCTT----TAA--T--TCAC-------------GC----AGA---AAAAA-CGTC-AAA--G--TC-G-C---CAAT-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----C-AAA---CATGTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-------GC-AA-CA-CT-TGTTC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|4 : tctttccgttataccaacggaagaccttacttgtttattctttacatttctttatctatttattatattattattcttatTT-TTTTTTTCTT-AC-----------------T--------C--G----A--TTGC-T-CCA-AA-A-CG--C--TCCG--------A-C-G--GAC-T-TT--C--ATTGAA-A---TTT-TCAG-T-G--A-T--G-ATG-T-A---TAGGGT-----C--TA--GA-AGAT--T---G-G--A-AAATA----A--T--T--TTGT-G-T-----------G-AG-GC-G-TC-A---------C-------T-T-C-CGG-------------T-CTGA-AGA---------TATT---G-GACC---GA-TT---G--T---GA---T-T--TTAAA-GAG--GG-CTCTTTTGCTG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------TCG--T-AACTAC-TCA--AG--A-T-A--TC--T--TCT--TC---AAATTTT-CA-C-G---GA-A-AGAAT--A--GA-CAAAGGA--C-----T----G-A-AG-TT---A--TA---C-------CTAT--GG-AGT--T-CTCAAAGT--C----TC------TAGC-------------TC----A-----AAAAGCCGCC-GAA--GC-GC-G-G---TA-G-GG--CTTCG-GAAAA-T--CG
gi|5 : aaggtctttcgttttccaacggaagacccttattgttatttctttaagtctttttatcacttatataaagggtcttccgtttccaacggaagaccattatgttattcttcgcgtttctttttctttatatatctTTTTT-TTTTTTTCTTTACAA-----A-T-TTATA-T-C--AC-GC--G----AA-TTTC-T-CGA-ATGA-TG--C--GTTG--------C-CAC--GAC-T-TCTGC--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--GCATA-G-A---TAC--TT-GA-C--AA--AA-A--C--CCGAT-G--ATACATT----T--T--TGATTTC-GATT--T--TTT--G-TT-A--G-TG-ATTTTTC---A-A-T-AAT-T-A-CG--------------T-C----AAA---------TATT---G-A--C---GT-CTTT-GG-T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCA-CTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTA--TGA--AG--C-T-A---C--G--ACT--TA---AAATTTT-CA-G-G---GA-TCTG--T--A--GA-CGA--TA--T-----A--CCA-T-AGAAT---G--TG---C-------GGA---AC-TGC--C-CTCAAA-C--T----TCG--TCATATA-------------GC----------AAAAA-CGCC-AGA--GC-TC-G-C---TA-T-GA----ACG-AAAAA-ACGCGT-----C-AA----ATTTTTT------G-----AC------T-G------------CATTTTT-TG----GT-CATCA-TT-T--TT-GT-CAATTCATCTTTTTATagtttgaaaagcctgcgattttttttatgt
gi|6 : ggtcttcgttttccatacggcaagacttatttgttattcttagttttttctatattattATTATTTTTTTCTT-ACAA-----A-TATT-TG-TGC--AG-GC--G----AC-TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTC--------ATC-C--AAT-T-TT--CTTGTC-AA-A---ATT-TTAG-G----A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CAAT--TG--GA-A--T--T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-C-TTGTT--TTC--G-A--AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------TGC----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-GT-T---GAA-A--T--TC----GGG--TG-TCATTTTG-TC-C--AGAG--G---TG--TCTC------G-A--A-ACTTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--CCT--TC---CAA-TTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGAC-GAATT-----T--TCA-T-AA-TT---GC-TG---C-------ACA---GG--GG--A-ATC-AA-T--T----TAA--T--TCAC-------------G-----G-----AAAAA-CGTC-AAACGGC-TCGG-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----C-AA----ACATTTT------C-----AC------T-GC-----------CA-TTTT-TT----GCACA-CATTT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|7 : gtctttccgttttccaaacggaagaccttattttattcttaagtttttatctttattattattattcttaTTCCTT-ACA----------TT-TGATGT--AA-ACAAG----A--TTTC-T-GGG-AT-A-TG--CTTGT-G--------A-C----GAT-T-TT--C--GTG-AA-A---TTT--CGG-A-G--A-A--A-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--CA--GC-A--C--T---T-G--A-AAGAA----A--TAAT--TTCT-A-TTA-TGATTA--T-AT-AC-G-TC-ATGCACTTACA-G-T-A-T-G-T-CG--------------T-A----AGA---------TGTT---G-A--C---AT-TTTC-C--A---GAA-TT-T--TA----GAG--GG-TCAGGTTG-TC------GA--G---TG-TTCTT------G-G--A-AACTAT-TCA--AGATA-T-A--TC--A--AAT--TA---AAATTGT-CA-T-T---AA-T-TG--T------A-C-A--G---T-----T--TCA-T----TT---A--TG---C-------CGA---AT-CGC--A-TTCAAA-T--T----TCT--T--TTAA-------------GC----GTAAAAAAAAA-AGTC-AGA--GC-TC-G-G---TA-A-GG--C-TCG-AAAAA-G--CGTTACGGT-AA----CATTTTT------TTAAAAAT------T---------------A-TTTT-TG----TA-CA-AA-TT-C--T---T-CAAT--TTTTTTT
gi|8 : aagaacttattgttattgtacataaagaggtttttcccccttccttattactgaGTAATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TTGTA-TCCCAAC-GC--G----A--TT-C-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTT--------G-C-CTCGAT-T-TG--C--GGT-AA-A---T----CAG-GCG--A----G-ATA-GGA---TA---TT-GA-C-------A-A--C--C---C-G--ATATACA----T--T--T--TTCTCG-AT--T--TTT--G-TT-AC-G-TC-A---------AGA-TGA-T-T-AACGA-------------T-C----AAA---------TAGT---G-A--C---GT-TTTTTG--T---GAATAT-T--TCCGGAGGGT-GG-TCACTTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTTTC------G-GGAA-AACTAT-GAA--GC--A-A-A------G--ACT--TA---AAATTTT-CA---G---GA-T-TG--TG-A--GA-CGA---A--T-----A--CCA-TGAG-AT------TG---C-------GGAACTGC-CGC-----TCAAATT--T----TCG--T--TCTC-------------GC----C-----AAAAA-CGCCAGAC--GCTTC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAAGA--CGT-----C-CA----CATTTTT------G-----AC------TGG------------CA-TTTT-TG----gta
gi|9 : tcgttccgttttcgcaaaccaaagcaccttaatttgtttattcttagtttttttctcttata-TTTTTTTCT--ACAG-----ACT-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGG-AT-A-TGCTC--GTCG--------A------GATCT-TT--CT-GAT-AATA---TTT-TATGTG-A--A-T--G-ATA-G-G---TA---TTAAA-CG-TT--GACA--C--T---T-G--ATAGTGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TT---G-AT-ACGG-TC-----------A-A-T-A---T-A-C---------------T-C----AAA---------TATTAAAG-A--CAG-GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----AGG--GG-CCA-CTTG-TC-CTTCGAA--G---TG-TTCTC------A-G--A-AACTAT-GAATGAG--C-TGA--CA--A--AAC--TC---AAATTTTGCA-G-G---G--T-TG--T--A--AACCGA--TA--T-----TAAGAA-T-AG-AT------TG---CA------GTA---AA-TGC--C-ATCAAA-T--T----TCG--T--TCA--------------AC----G-----AAA
Alignments
lowQualScore : 11 33333333333333333 11 1111111111111111 11111111111111 11111111 111111111 222222222222222222222222222222222 111 11 11111 11111111 1111111111111111 111111 222222222222222222222222 111 2222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 4 3 88888 3 3 6 3 0 77 3 44 6666 00 3 3 3 3 3 44 77 00000000000000000 3 3 00 77 33 3 999 33 3 3 77 3 77 3 3 3 555 8888888888888888 3 44444444444444 0 55 6666 44 44 44 5 2 66 33 00000000 2 5 2 999999999 333 333 2 2 5 999999999999999999999999999999999 444 2 33 888 2 2 22 555 2 2 33 11111 66 2 8 2 2 33 666666 2 22222222 4444 2 0 33 33 2 2 5555555555 33 888 5 333 444 5 2 66 99 33 2 9999999999999999 2 2 444 000000 444 333333333333333333333333 5 33 5555 111 33 1 1111111111111111111111111 2 66 33 2 2 2 444 333 66 5 2 2 555 8888888 11111 55555555555555555555555555555555555 3 3 0000000 7 3 3 55 3 3 55
lowQualScore : . . ..... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . .. .. ................. . . .. .. .. . ... .. . . .. . .. . . . ... ................ . .............. . .. .... .. .. .. . . .. .. ........ . . . ......... ... ... . . . ................................. ... . .. ... . . .. ... . . .. ..... .. . . . . .. ...... . ........ .... . . .. .. . . .......... .. ... . ... ... . . .. .. .. . ................ . . ... ...... ... ........................ . .. .... ... .. . ......................... . .. .. . . . ... ... .. . . . ... ....... ..... ................................... . . ....... . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 3 33333 3 3 7 3 4 99 3 66 5555 44 1 1 1 1 1 22 33 22222222222222222 1 1 44 33 66 3 222 55 1 1 33 1 33 1 1 1 444 5555555555555555 1 66666666666666 5 55 5555 22 22 22 7 9 88 99 99999999 9 7 9 666666666 000 111 9 9 7 555555555555555555555555555555555 666 9 99 999 9 9 55 000 9 9 99 99999 33 7 3 7 7 77 555555 7 33333333 3333 7 1 77 77 7 7 7777777777 77 333 3 777 777 3 7 33 00 77 7 1111111111111111 7 7 666 999999 777 888888888888888888888888 3 77 7777 111 77 0 5555555555555555555555555 7 88 77 7 7 7 777 111 88 7 9 9 888 2222222 77777 22222222222222222222222222222222222 3 3 7777777 3 6 6 00 6 6 00
consensus : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CATTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
Reference ( family-596 ) : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CATTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|1 : TTATT-TTATTTTATT-AGAGCTTATA-T-TT-TG--GA--AG-GT--GCGAGA--TTTCATACGA-AT-A-T---C--ATTGTTGAGATAA-T-C--AAT-T-TC--A--GTG-CA-A---TTT-TCAG-G-GGTA-T--G-ATA-G-AATATA---TT-CA-CGGTT--GA-A--T--T---T-AT-ATACGGAATACT--T--T--TTTT-T-TT--T--TTC--GAAG-AC-GATCAA---------A-A-T-A-T-T-G-CGGAACGGTATTGGTTT-C----ATAAGTATTGTTTGTT---G-A--CACAGT-TTTT-G--TCAGGAA-AG-TAGTT----GGGATGC-TCAG-TTG-TC-C--AGAAAGA---TG-TTTTCCTCAGAG-G--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TCTCAGAATTTTGCC-G-G---GACT-TG--T--AATGA-TCA--GA--TTA---T--TCA-T-AA-GTCTGG--TGGGTCGATCCTAGGA---GG-GGC--ATGTCAAA-T--T----TCA--T--TCACCGAGAGGTTTTAGGC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-GACCCACA-T-GA--CTCCACAAAAA-A--CGT-----C-AAGAATCATTTTC------C-----ACTTAAATT-GATATATGTTAGCCA-TTTT-TGCTTTGA-CACCA-TTAT--TC-GTACAAT--ATC
gi|10 : ttatttctttagtggctgtattttagtctattatgtc----A--TTTC-T-CCACAA-A-CG--C--CTGG--------A-C-G--GAT-T-TT--C--ATG-AA-A---TTT--CAG-T-G--A-TT-G-ATG-T-A---TA---TT-T--C--TA--GA-A--AGAT---C-G--AAAATAA----T--T--T--TTTTCG-TG--T--GGC--ATAT-GC-G-TC-A---------A-C-T-T-C-C-A-GG--------------T-CTGAAGGA---------TATTT--G-A--C---AT-TTT--G--T---GA---T-T--TA----AGA--GTCTCA-TTTG-TG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------C-G--T-AACTAC-TCA--AG--ACT-A--TT--CTTTCT--TC---AAATTTT-CACG-GGAAGA-T-----T--A--GA-CAAAGGA--CTGAAGT--TTA-T-AC-CT---GATTG-------------A---GT-C-------TCAAG-C--T----CC------TAGC-------------TC----A-----AAAAG-CGCC-G-A--GC-GC-G-G---TA-G-GG--C-TCG-AAA--------T-----C-GA----CGTTTat
gi|11 : gacctattgtatttcttcggtctttcttattattacttttggctctttttcttcactcTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AGAGC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATT------C-C-C--AAT-T-TTT-C--GTC-AA-AAATTTT-TCAG-G-G--A-TTTG-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TT--GA-A--T--T---TTA--ATACGTA----T--T--T--TT---G-TT--T--T-C--G-AA-AC-G-TC-A---------G-A-T-A-T-TTA-CG--------------T-C-----TA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--TG-TCAGTT-G-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AAC-AT-TAG--AG--A-T-A--TCGAA--ACTGTCC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------ACA---GG-GGC--A-ATCAA-----T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-TGGA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----CAAA----CATTATT------C-----ACA-----T-G------------CA-TTTTGTA----GCACA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCATgaaaaagcgtccgattttttaaatgttt
gi|12 : GTTACT-TCTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GG--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--ATC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATC-G-A---TA---TT-TA-C--TA--GA-A--T--T---T-G--ATACTTA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTT--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGA--GG-TCAGTTTA-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTGT-TAA--AG--A-T-A--TT--A--ACT--TC---CGATTTT-CA-T-T---GA-T-TG--T--A--GA-TGA--GA--C-----T--TCA-T-AG-TT---G--TG---C-------ATA---GG-TGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TAAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTT-GAA--GC-TC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C--A----TTTTTTT------T-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTTATa
gi|13 : -TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A------------------------A--T--T---T-T--ATACAGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-TG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCAGTTTG-CC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------A-G--T-AACTAT-TTA--AG--A-T-A--TC--A--GCT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-GGA--GA--C-----G--TCA-T-AG-AT---G--TG---C-------ATA---GG-CAC--A-ATCAAA-T--T----ATG--T--TAAC-------------AC----G-----AAAAA-CGGC-GAA--GC-TC-G-C---CA-C-AAC-C-CCA-AAAAA-A--CGT-----A-AA----AATTTCA------T-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-TA-CA-TT-T--TT-AT-CAAT--ATCTTTTTAT
gi|14 : gTTT-G-TT--T--TTG--C-AC-AC-ACTC-A---------C-ACT-C-T-T-G-CG--------------T-C----CCA---------CATTTC-G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TC-GTTTG-CCAC--AGCC--G---TGTTTCTC------ACG--T-CACTTT-TAA--CG--C-T-A--TC--
gi|14 : taacagtttacAA-CGGC--AA--GC-TC-A-C---CC-T-GA--C-CCC-ACAAC-A--TCA-----C-AA----AATTTCT------CT----AC------T-G------------TA-TTTT-TG----TC-AA-CA-TT-T--TA-AT---AC--ATCTCTTgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccaacggcaagctcaccctgaccccacaacatcacaaaatttctctactgtatttttgtcaacattttaatacatctctt
gi|15 : taacagtttactttgtttttgcacacactcacactcttgcgtcccacatttcgacgtttttgtgaaatttcgggggtcgtttgccacagccgtgtttctcacgtcacttttaacgctatcgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------AAA---GG-GGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--AGT-----C-AA-----------------------------------------------A-TTTT-TG----GT-CA-TA-TT-T--TC-GC-CAAC--ATATTTTCAT
gi|16 : ----GAG--GG-TCTCGTTG-TC-C--GGAG--C---TT-TTCTG------C-A--A-AACGAT-TCA--AG--A-T-A--CG--A--AGC--TG---TAATTTT-CA-G-C---GA-T-TG--T--A--GA-CAA--GG--T----------A-T-TG-GT---A--CG---C-------TCA---TG-T-------TCACA-T--TTTCATCGATT--TAGC-------------TC----A-----AAAGG-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---Ca
gi|17 : a-TTTTTTTTTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCA--------A-C-T--GAT-T-TT--C--GTtg
gi|2 : TTATT-TTTTCTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGCC-AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-AATG--CT-GTC---------A-T-G--GAT-T-TGG-C--GTC-AA-T---TTTGTTAG-G-A--AAT--G-ATA-G-A---TAA--TT-TA-C--TGTAAA-A--T--C---G-GTTATAC-CA----TGAT--T--TTTT-G-TT--T--TTG--G-GTTAC-G-TT-G---------A-A-T-A-TGT-A-CGA-------------T-C----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-TCTT---GAA-TT-T--TC----AGG--G--TCTGTT-G-TC-T--TGAA------TG-TTCTC------A-G--AGAACTATGTAA--AG--A-T-A--TC--A--TCT--TA---AAATTTT-CA-G-A---GA-T-TG--TA-A--GA-AGATTAA--T-----T--CCA-T-AG-AT---G--TG---C-------GTG---GGCCGCAAA-ATGAAA-T--C----TTGA-T--GAAC-------------GCCGTTA-----GAAAA-CGTT---A--GC-TC-G-C---TA-T-GGATC-CCG-AAAAA-A--CAT-----T-AA----TTTTTTTTCGCCCC-----AT------T-G------------CT-TTTT-TG----AC-TA-CT-TT-T--TCGGT-CAAT--ATCTTTTCA
gi|3 : tctaacattaatttttccattagctaatgtgaaggtcttccgttgttcgcaacggaagacctttattgttgattctacgtttttctctattattTTATT-TTTTTT-CTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-CC--G----AATTTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATC------A-C-A--AAT-TATT--C--GTC-AA-AA--TTT-TCAG-G-GC-A-T--G-ATAAG-A---TA---TT-CA-A--TT--GA-A--TG-T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-G-TC--T--TTCCCG-AA-A--G-TC-A---------A-A-A-G-T-T-AACGCC------------T-C----A-A---------TATTT--GCA--C---GTGTTTT-GC-T---GAA-ATAT--TT----GGG--TG-TCATTTTG-GT-C--AGAC--GCGTTG-TTCTC------G-A--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-ACATC--A--CCT--TCTC-CAATTTT-CA-GTG---GAGT-TGA-TCGA--GA-CGA--GA--T-----T--TCAAT-A--AT---G--TG---CA------GCA---GG-GGT--A-ATCAAA-TCTT----TAA--T--TCAC-------------GC----AGA---AAAAA-CGTC-AAA--G--TC-G-C---CAAT-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----C-AAA---CATGTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-------GC-AA-CA-CT-TGTTC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|4 : tctttccgttataccaacggaagaccttacttgtttattctttacatttctttatctatttattatattattattcttatTT-TTTTTTTCTT-AC-----------------T--------C--G----A--TTGC-T-CCA-AA-A-CG--C--TCCG--------A-C-G--GAC-T-TT--C--ATTGAA-A---TTT-TCAG-T-G--A-T--G-ATG-T-A---TAGGGT-----C--TA--GA-AGAT--T---G-G--A-AAATA----A--T--T--TTGT-G-T-----------G-AG-GC-G-TC-A---------C-------T-T-C-CGG-------------T-CTGA-AGA---------TATT---G-GACC---GA-TT---G--T---GA---T-T--TTAAA-GAG--GG-CTCTTTTGCTG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------TCG--T-AACTAC-TCA--AG--A-T-A--TC--T--TCT--TC---AAATTTT-CA-C-G---GA-A-AGAAT--A--GA-CAAAGGA--C-----T----G-A-AG-TT---A--TA---C-------CTAT--GG-AGT--T-CTCAAAGT--C----TC------TAGC-------------TC----A-----AAAAGCCGCC-GAA--GC-GC-G-G---TA-G-GG--CTTCG-GAAAA-T--CG
gi|5 : aaggtctttcgttttccaacggaagacccttattgttatttctttaagtctttttatcacttatataaagggtcttccgtttccaacggaagaccattatgttattcttcgcgtttctttttctttatatatctTTTTT-TTTTTTTCTTTACAA-----A-T-TTATA-T-C--AC-GC--G----AA-TTTC-T-CGA-ATGA-TG--C--GTTG--------C-CAC--GAC-T-TCTGC--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--GCATA-G-A---TAC--TT-GA-C--AA--AA-A--C--CCGAT-G--ATACATT----T--T--TGATTTC-GATT--T--TTT--G-TT-A--G-TG-ATTTTTC---A-A-T-AAT-T-A-CG--------------T-C----AAA---------TATT---G-A--C---GT-CTTT-GG-T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCA-CTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTA--TGA--AG--C-T-A---C--G--ACT--TA---AAATTTT-CA-G-G---GA-TCTG--T--A--GA-CGA--TA--T-----A--CCA-T-AGAAT---G--TG---C-------GGA---AC-TGC--C-CTCAAA-C--T----TCG--TCATATA-------------GC----------AAAAA-CGCC-AGA--GC-TC-G-C---TA-T-GA----ACG-AAAAA-ACGCGT-----C-AA----ATTTTTT------G-----AC------T-G------------CATTTTT-TG----GT-CATCA-TT-T--TT-GT-CAATTCATCTTTTTATagtttgaaaagcctgcgattttttttatgt
gi|6 : ggtcttcgttttccatacggcaagacttatttgttattcttagttttttctatattattATTATTTTTTTCTT-ACAA-----A-TATT-TG-TGC--AG-GC--G----AC-TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTC--------ATC-C--AAT-T-TT--CTTGTC-AA-A---ATT-TTAG-G----A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CAAT--TG--GA-A--T--T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-C-TTGTT--TTC--G-A--AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------TGC----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-GT-T---GAA-A--T--TC----GGG--TG-TCATTTTG-TC-C--AGAG--G---TG--TCTC------G-A--A-ACTTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--CCT--TC---CAA-TTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGAC-GAATT-----T--TCA-T-AA-TT---GC-TG---C-------ACA---GG--GG--A-ATC-AA-T--T----TAA--T--TCAC-------------G-----G-----AAAAA-CGTC-AAACGGC-TCGG-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----CAAA----CA-TTTT------C-----AC------T-GC-----------CA-TTTT-TT----GCACA-CATTT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|7 : gtctttccgttttccaaacggaagaccttattttattcttaagtttttatctttattattattattcttaTTCCTT-ACA----------TT-TGATGT--AA-ACAAG----A--TTTC-T-GGG-AT-A-TG--CTTGT-G--------A-C----GAT-T-TT--C--GTG-AA-A---TTT--CGG-A-G--A-A--A-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--CA--GC-A--C--T---T-G--A-AAGAA----A--TAAT--TTCT-A-TTA-TGATTA--T-AT-AC-G-TC-ATGCACTTACA-G-T-A-T-G-T-CG--------------T-A----AGA---------TGTT---G-A--C---AT-TTTC-C--A---GAA-TT-T--TA----GAG--GG-TCAGGTTG-TC------GA--G---TG-TTCTT------G-G--A-AACTAT-TCA--AGATA-T-A--TC--A--AAT--TA---AAATTGT-CA-T-T---AA-T-TG--T------A-C-A--G---T-----T--TCA-T----TT---A--TG---C-------CGA---AT-CGC--A-TTCAAA-T--T----TCT--T--TTAA-------------GC----GTAAAAAAAAA-AGTC-AGA--GC-TC-G-G---TA-A-GG--C-TCG-AAAAA-G--CGTTACGGT-AA----CATTTTT------TTAAAAAT------T---------------A-TTTT-TG----TA-CA-AA-TT-C--T---T-CAAT--TTTTTTT
gi|8 : aagaacttattgttattgtacataaagaggtttttcccccttccttattactgaGTAATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TTGTA-TCCCAAC-GC--G----A--TT-C-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTT--------G-C-CTCGAT-T-TG--C--GGT-AA-A---T----CAG-GCG--A----G-ATA-GGA---TA---TT-GA-C-------A-A--C--C---C-G--ATATACA----T--T--T--TTCTCG-AT--T--TTT--G-TT-AC-G-TC-A---------AGA-TGA-T-T-AACGA-------------T-C----AAA---------TAGT---G-A--C---GT-TTTTTG--T---GAATAT-T--TCCGGAGGGT-GG-TCACTTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTTTC------G-GGAA-AACTAT-GAA--GC--A-A-A------G--ACT--TA---AAATTTT-CA---G---GA-T-TG--TG-A--GA-CGA---A--T-----A--CCA-TGAG-AT------TG---C-------GGAACTGC-CGC-----TCAAATT--T----TCG--T--TCTC-------------GC----C-----AAAAA-CGCCAGAC--GCTTC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAAGA--CGT-----C-CA----CATTTTT------G-----AC------TGG------------CA-TTTT-TG----gta
gi|9 : tcgttccgttttcgcaaaccaaagcaccttaatttgtttattcttagtttttttctcttata-TTTTTTTCT--ACAG-----ACT-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGG-AT-A-TGCTC--GTCG--------A------GATCT-TT--CT-GAT-AATA---TTT-TATGTG-A--A-T--G-ATA-G-G---TA---TTAAA-CG-TT--GACA--C--T---T-G--ATAGTGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TT---G-AT-ACGG-TC-----------A-A-T-A---T-A-C---------------T-C----AAA---------TATTAAAG-A--CAG-GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----AGG--GG-CCA-CTTG-TC-CTTCGAA--G---TG-TTCTC------A-G--A-AACTAT-GAATGAG--C-TGA--CA--A--AAC--TC---AAATTTTGCA-G-G---G--T-TG--T--A--AACCGA--TA--T-----TAAGAA-T-AG-AT------TG---CA------GTA---AA-TGC--C-ATCAAA-T--T----TCG--T--TCA--------------AC----G-----AAA
blockSeqs : A T . C A A A CA A AA . AT . . C G A CT TT CATTCCC C A TG TT TG T AAT GT T C C A TT C A G . ATTTACTGTA C CCCGATG TA . GA AA GA C A GT GA CCCGAA G C . TGCACTTAC AC AA G T A TCTGAAGGA AAA C AC AG G T CT . T A . CCGGA T C G C A TT GCGT T AC GAA G TG AT C G TTCTTT GT TC G CG GAA G C AA CG . C AGGACTGAAGTT A G GAA GAT . GTGGGCCGCAAAA G CT TTCA GAT CA A GCGTAAAA C AG CG T G . . TG AT T . G CGC TACGGT AC TCGCCCCATTG T G GCA T T . GT G . TC
blockSeqs : . . . . . G . C . . . A . . . . . . T CATCACA . . T T G . A T . . . . T . . . . TTAAACGTT . AGATCG GT . . . . C . A . CATAT . . . TTTTTC GA GA . . A GTCTGAAGA TC . . . . . C . . . . TAAA . . G . . . A . TC AG . . . . . TCGAAA . . . GT . . . A A . . CGAATTTT . . CC GC . AGCAGGGGTAA T . . GA . C GCCGTTA . G . . . . . AT C . . . C CA C TTAAAAATT . . GCA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . TTGCCTC . . G . C . . T . . . . . . . . . CTTGACAA . TCGGTT TT . . . . . . . . GGGTT . . . . C T . . . ATCATA T . . . . . G . . . . A . . G . . . G . C T . . . . . CATCAC . . . G . . . . G . . TTAATTC . . AT G . CTATGGAGTTC . . . A . A GCAGA . A . . . . . G . . . . C CA C CACATG . . GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGCCAC . . . . C . . T . . . . . . . . . TTCAATTG . GATTGG AG . . . . . . . . CGAA . . . . A A . . . CCTCAA T . . . . . T . . . . T . . G . . . G . G A . . . . . TTAA . . . T . . . . . . . TATTAAG . . GT G . GGAACTGCCGC . . . A . A TCA . G . . . . . T . . . . C C T CTACTG . . GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCATCC . . . . C . . T . . . . . . . . . TTCACTT . TTTTA GG . . . . . . . . TGAA . . . . A A . . . TGCATA . . . . . . . . . . . T . . C . . . G . G A . . . . . TCAG . . . G . . . . . . . AGGACT . . GA G . AGTAAATGCCA . . . G . C GCG . G . . . . . C . . . . T C A CACTGC . . TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGACG . . . . C . . T . . . . . . . . . TTTACTA . TGTTT AT . . . . . . . . CGAA . . . . A A . . . ATCAAA . . . . . . . . . . . T . . G . . . G . A T . . . . . CGAA . . . G . . . . . . . GATTT . . AT G . ACAGGGGCAA . . . A . A GCG . A . . . . . T . . . . A A A GACTGG . . GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGACC . . . . C . . T . . . . . . . . . TTCAATT . TTTG AT . . . . . . . . GCAC . . . . A C . . . TCACA . . . . . . . . . . . C . . T . . . C . C T . . . . . TCAT . . . G . . . . . . . GACTT . . GG A . ATAGGTGCAA . . . A . A ACG . G . . . . . T . . . . C C T TACTG . . AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAACT . . . . C . . T . . . . . . . . . GGGTCTA . TTTT GG . . . . . . . . TGTT . . . . A A . . . TCACA . . . . . . . . . . . C . . T . . . A . A A . . . . . TCTT . . . G . . . . . . . GACGT . . GA G . ATAGGCACAA . . . G . C GCG . A . . . . . T . . . . C C A TACTG . . GC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGACG . . . . G . . T . . . . . . . . . TTCACCA . TTTT GA . . . . . . . . ATAT . . . . A G . . . TCCCA . . . . . . . . . . . T . . T . . . G . G A . . . . . TCAC . . . C . . . . . . . GATTT . . GT G . AAAGGGGCAA . . . A . A TCA . G . . . . . G . . . . C T C CACTG . . GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CATG . . . . T . . . . . . . . . . . . TTTCTA . CTTG AC . . . . . . . . TGTT . . . . A A . . . TCAAA . . . . . . . . . . . T . . G . . . G . G T . . . . . TCAA . . . G . . . . . . . GATTT . . AT A . GGAACTGCCC . . . T . A TCA . A . . . . . T . . . . C C C GACTG . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAC . . . . T . . . . . . . . . . . . TTGAC . CCCG TG . . . . . . . . GAG . . . . G A . . . TAAGA . . . . . . . . . . . C . . C . . . G . G A . . . . . CAAA . . . G . . . . . . . TATAC . . GA G . CGAATCGCAT . . . G . C GCC . A . . . . . T . . . . . C C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CGA . . . . . . . . . . . . . . . . CTTG C . . . . . . . . CGA . . . . A A . . . TCAAA . . . . . . . . . . . A . . . . . . G . G A . . . . . CGA . . . T . . . . . . . GTTT . . GA A . ACAGGGGAA . . . G . T ACG . A . . . . . A . . . . . C .
blockSeqs : . . . . GAT . . . . . . . . . TCTA . . . . . . . . . . . C . . . . . . G . G A . . . . . GA . . . G . . . . . . . ATAC . . A . . TCATGT . . . . . C GC . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . GGT . . T . . AGTC . . . . . C GG . . . . . . .
blockSeqCons : ***** **** CGACC************ ** *** TTCACTA********* TTTG********** **** CGAN**** TCANA**************************** *** *** ** ** G***** G******* *** ** GATTT*********** G***** *** ANAGGCGCAA************** GCG********************** *** C**** CACTG****************************** GC*****
originalCons : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT-CA-C--TN--GA-A--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------GNA---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CATTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
finalCons : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCGACC------------GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TATTCACTA---------GA-ATTTG----------ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTCGAN----AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CGTCANA----------------------------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAAG-----TG-TTCTCG-------G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGAGATTT-----------CA-T-AG-NTG-----TG---CANAGGCGCAA--------------TCAAA-T--T----TCG--T--TNACGCG----------------------AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AAC----ATTTTTCACTG------------------------------CA-TTTT-TGGC-----CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
Alignments
lowQualScore : 11 33333333333333333 11 111111111111111111 11111111111111 11111111 111111111 222222222222222222222222222222222 111 11 11111 11111111 1111111111111111 111111 22222222222222222222222222 111 2222222222222222222222222 11111 33333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 4 3 88888 3 3 6 3 0 77 3 44 6666 00 3 3 3 3 3 44 77 00000000000000000 3 3 00 77 33 3 999 33 3 3 77 3 77 3 3 3 555 888888888888888888 44444444444444 0 55 6666 44 44 44 5 2 66 33 00000000 2 5 2 999999999 333 333 2 2 5 999999999999999999999999999999999 444 2 33 888 2 2 22 555 2 2 33 11111 66 2 8 2 2 33 666666 2 22222222 4444 2 0 33 33 2 2 5555555555 33 888 5 333 444 5 2 66 99 33 2 9999999999999999 2 2 444 000000 444 33333333333333333333333333 5 33 5555 111 33 1 1111111111111111111111111 2 66 33 2 2 2 444 333 66 5 2 2 555 8888888 11111 55555555555555555555555555555555555 3 3 0000000 7 3 3 55 3 3 55
lowQualScore : . . ..... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . .. .. ................. . . .. .. .. . ... .. . . .. . .. . . . ... .................. .............. . .. .... .. .. .. . . .. .. ........ . . . ......... ... ... . . . ................................. ... . .. ... . . .. ... . . .. ..... .. . . . . .. ...... . ........ .... . . .. .. . . .......... .. ... . ... ... . . .. .. .. . ................ . . ... ...... ... .......................... . .. .... ... .. . ......................... . .. .. . . . ... ... .. . . . ... ....... ..... ................................... . . ....... . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 3 33333 3 3 7 3 4 99 3 66 5555 44 1 1 1 1 1 22 33 22222222222222222 1 1 44 33 66 3 222 55 1 1 33 1 33 1 1 1 444 000000000000000000 66666666666666 5 55 5555 22 22 22 7 9 88 99 99999999 9 7 9 666666666 000 111 9 9 7 555555555555555555555555555555555 666 9 99 999 9 9 55 000 9 9 99 99999 33 7 3 7 7 77 555555 7 33333333 3333 7 1 77 77 7 7 7777777777 77 333 3 777 777 3 7 33 00 77 7 1111111111111111 7 7 666 999999 777 33333333333333333333333333 3 77 7777 111 77 0 5555555555555555555555555 7 88 77 7 7 7 777 111 88 7 9 9 888 2222222 77777 22222222222222222222222222222222222 3 3 7777777 3 6 6 00 6 6 00
consensus : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT---CA-C--T--AGAA--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------G-N-A---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CATTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
Reference ( family-596 ) : GTTATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A---TA---TT---CA-C--T--AGAA--T--T---T-G--ATACGNA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AN-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ANA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TCAGTTTG-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTAT-TAA--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AG-NT---G--TG---C-------A-N-A---GG-CGC--A-ATCAAA-T--T----TCG--T--TNAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C-AA----CATTTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GC-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|1 : TTATT-TTATTTTATT-AGAGCTTATA-T-TT-TG--GA--AG-GT--GCGAGA--TTTCATACGA-AT-A-T---C--ATTGTTGAGATAA-T-C--AAT-T-TC--A--GTG-CA-A---TTT-TCAG-G-GGTA-T--G-ATA-G-AATATA---TT---CA-CGGT--TGAA--T--T---T-AT-ATACGGAATACT--T--T--TTTT-T-TT--T--TTC--GAAG-AC-GATCAA---------A-A-T-A-T-T-G-CGGAACGGTATTGGTTT-C----ATAAGTATTGTTTGTT---G-A--CACAGT-TTTT-G--TCAGGAA-AG-TAGTT----GGGATGC-TCAG-TTG-TC-C--AGAAAGA---TG-TTTTCCTCAGAG-G--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--ACT--TCTCAGAATTTTGCC-G-G---GACT-TG--T--AATGA-TCA--GA--TTA---T--TCA-T-AA-GTCTGG--TGGGTCGATCCTAG-G-A---GG-GGC--ATGTCAAA-T--T----TCA--T--TCACCGAGAGGTTTTAGGC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-GACCCACA-T-GA--CTCCACAAAAA-A--CGT-----C-AAGAATCATTTTC------C-----ACTTAAATT-GATATATGTTAGCCA-TTTT-TGCTTTGA-CACCA-TTAT--TC-GTACAAT--ATC
gi|10 : ttatttctttagtggctgtattttagtctattatgtc----A--TTTC-T-CCACAA-A-CG--C--CTGG--------A-C-G--GAT-T-TT--C--ATG-AA-A---TTT--CAG-T-G--A-TT-G-ATG-T-A---TA---TT---T--C--T--AGAA--AGAT---C-G--AAAATAA----T--T--T--TTTTCG-TG--T--GGC--ATAT-GC-G-TC-A---------A-C-T-T-C-C-A-GG--------------T-CTGAAGGA---------TATTT--G-A--C---AT-TTT--G--T---GA---T-T--TA----AGA--GTCTCA-TTTG-TG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------C-G--T-AACTAC-TCA--AG--ACT-A--TT--CTTTCT--TC---AAATTTT-CACG-GGAAGA-T-----T--A--GA-CAAAGGA--CTGAAGT--TTA-T-AC-CT---GATTG---------------A---GT-C-------TCAAG-C--T----CC------TAGC-------------TC----A-----AAAAG-CGCC-G-A--GC-GC-G-G---TA-G-GG--C-TCG-AAA--------T-----C-GA----CGTTTat
gi|11 : gacctattgtatttcttcggtctttcttattattacttttggctctttttcttcactcTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AGAGC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATT------C-C-C--AAT-T-TTT-C--GTC-AA-AAATTTT-TCAG-G-G--A-TTTG-ATA-G-A---TA---TT---CA-C--T--TGAA--T--T---TTA--ATACGTA----T--T--T--TT---G-TT--T--T-C--G-AA-AC-G-TC-A---------G-A-T-A-T-TTA-CG--------------T-C-----TA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--TG-TCAGTT-G-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AAC-AT-TAG--AG--A-T-A--TCGAA--ACTGTCC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------A-C-A---GG-GGC--A-ATCAA-----T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-TGGA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----CAAA----CATTATT------C-----ACA-----T-G------------CA-TTTTGTA----GCACA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCATgaaaaagcgtccgattttttaaatgttt
gi|12 : GTTACT-TCTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GG--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTG--------A-C-C--GAT-T-TT--C--ATC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--G-ATC-G-A---TA---TT---TA-C--T--AGAA--T--T---T-G--ATACTTA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTT--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGA--GG-TCAGTTTA-TC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTGT-TAA--AG--A-T-A--TT--A--ACT--TC---CGATTTT-CA-T-T---GA-T-TG--T--A--GA-TGA--GA--C-----T--TCA-T-AG-TT---G--TG---C-------A-T-A---GG-TGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TAAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTT-GAA--GC-TC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--CGT-----C--A----TTTTTTT------T-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-CA-CA-TT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTTATa
gi|13 : -TCAG-G-G--A-T--G-ATA-G-A-------------------------A--T--T---T-T--ATACAGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TTC--G-AA-AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-TG--------------T-C----ACA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCAGTTTG-CC-C--AGAA--G---TG-TTCTC------A-G--T-AACTAT-TTA--AG--A-T-A--TC--A--GCT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-GGA--GA--C-----G--TCA-T-AG-AT---G--TG---C-------A-T-A---GG-CAC--A-ATCAAA-T--T----ATG--T--TAAC-------------AC----G-----AAAAA-CGGC-GAA--GC-TC-G-C---CA-C-AAC-C-CCA-AAAAA-A--CGT-----A-AA----AATTTCA------T-----AC------T-G------------CA-TTTT-TG----GT-TA-CA-TT-T--TT-AT-CAAT--ATCTTTTTAT
gi|14 : gTTT-G-TT--T--TTG--C-AC-AC-ACTC-A---------C-ACT-C-T-T-G-CG--------------T-C----CCA---------CATTTC-G-A--C---GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----GGG--GG-TC-GTTTG-CCAC--AGCC--G---TGTTTCTC------ACG--T-CACTTT-TAA--CG--C-T-A--TC--
gi|14 : taacagtttacAA-CGGC--AA--GC-TC-A-C---CC-T-GA--C-CCC-ACAAC-A--TCA-----C-AA----AATTTCT------CT----AC------T-G------------TA-TTTT-TG----TC-AA-CA-TT-T--TA-AT---AC--ATCTCTTgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccaacggcaagctcaccctgaccccacaacatcacaaaatttctctactgtatttttgtcaacattttaatacatctctt
gi|15 : taacagtttactttgtttttgcacacactcacactcttgcgtcccacatttcgacgtttttgtgaaatttcgggggtcgtttgccacagccgtgtttctcacgtcacttttaacgctatcgtttcccatgtgtctcaagagtgcgcataataatagattgcatggttccaccT--TC---AAATTTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGA--GA--T-----T--TCA-T-AA-TT---G--TG---C-------A-A-A---GG-GGC--A-ATCAAA-T--T----TCA--T--TCAC-------------GC----G-----AAAAA-CGTC-AAA--GC-TC-G-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A--AGT-----C-AA-----------------------------------------------A-TTTT-TG----GT-CA-TA-TT-T--TC-GC-CAAC--ATATTTTCAT
gi|16 : ----GAG--GG-TCTCGTTG-TC-C--GGAG--C---TT-TTCTG------C-A--A-AACGAT-TCA--AG--A-T-A--CG--A--AGC--TG---TAATTTT-CA-G-C---GA-T-TG--T--A--GA-CAA--GG--T----------A-T-TG-GT---A--CG---C-------T-C-A---TG-T-------TCACA-T--TTTCATCGATT--TAGC-------------TC----A-----AAAGG-CGTC-GAA--GC-TC-G-C---Ca
gi|17 : a-TTTTTTTTTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCA--------A-C-T--GAT-T-TT--C--GTtg
gi|2 : TTATT-TTTTCTTCTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGCC-AG-GC--G----A--TTTC-T-CGA-AT-AATG--CT-GTC---------A-T-G--GAT-T-TGG-C--GTC-AA-T---TTTGTTAG-G-A--AAT--G-ATA-G-A---TAA--TT---TA-C--TGTAAAA--T--C---G-GTTATAC-CA----TGAT--T--TTTT-G-TT--T--TTG--G-GTTAC-G-TT-G---------A-A-T-A-TGT-A-CGA-------------T-C----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-TCTT---GAA-TT-T--TC----AGG--G--TCTGTT-G-TC-T--TGAA------TG-TTCTC------A-G--AGAACTATGTAA--AG--A-T-A--TC--A--TCT--TA---AAATTTT-CA-G-A---GA-T-TG--TA-A--GA-AGATTAA--T-----T--CCA-T-AG-AT---G--TG---C-------G-T-G---GGCCGCAAA-ATGAAA-T--C----TTGA-T--GAAC-------------GCCGTTA-----GAAAA-CGTT---A--GC-TC-G-C---TA-T-GGATC-CCG-AAAAA-A--CAT-----T-AA----TTTTTTTTCGCCCC-----AT------T-G------------CT-TTTT-TG----AC-TA-CT-TT-T--TCGGT-CAAT--ATCTTTTCA
gi|3 : tctaacattaatttttccattagctaatgtgaaggtcttccgttgttcgcaacggaagacctttattgttgattctacgtttttctctattattTTATT-TTTTTT-CTT-ACAA-----A-T-TT-TG-TGC--AG-CC--G----AATTTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTCATC------A-C-A--AAT-TATT--C--GTC-AA-AA--TTT-TCAG-G-GC-A-T--G-ATAAG-A---TA---TT---CA-A--T--TGAA--TG-T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-G-TC--T--TTCCCG-AA-A--G-TC-A---------A-A-A-G-T-T-AACGCC------------T-C----A-A---------TATTT--GCA--C---GTGTTTT-GC-T---GAA-ATAT--TT----GGG--TG-TCATTTTG-GT-C--AGAC--GCGTTG-TTCTC------G-A--A-AACTGT-TAG--AG--A-T-ACATC--A--CCT--TCTC-CAATTTT-CA-GTG---GAGT-TGA-TCGA--GA-CGA--GA--T-----T--TCAAT-A--AT---G--TG---C-------A-GCA---GG-GGT--A-ATCAAA-TCTT----TAA--T--TCAC-------------GC----AGA---AAAAA-CGTC-AAA--G--TC-G-C---CAAT-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----C-AAA---CATGTTT------C-----AC------T-G------------CA-TTTT-------GC-AA-CA-CT-TGTTC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|4 : tctttccgttataccaacggaagaccttacttgtttattctttacatttctttatctatttattatattattattcttatTT-TTTTTTTCTT-AC-----------------T--------C--G----A--TTGC-T-CCA-AA-A-CG--C--TCCG--------A-C-G--GAC-T-TT--C--ATTGAA-A---TTT-TCAG-T-G--A-T--G-ATG-T-A---TAGGGT-------C--T--AGAAGAT--T---G-G--A-AAATA----A--T--T--TTGT-G-T-----------G-AG-GC-G-TC-A---------C-------T-T-C-CGG-------------T-CTGA-AGA---------TATT---G-GACC---GA-TT---G--T---GA---T-T--TTAAA-GAG--GG-CTCTTTTGCTG-C--AGAA--A---TG-TTCTC------TCG--T-AACTAC-TCA--AG--A-T-A--TC--T--TCT--TC---AAATTTT-CA-C-G---GA-A-AGAAT--A--GA-CAAAGGA--C-----T----G-A-AG-TT---A--TA---C-------C-T-AT--GG-AGT--T-CTCAAAGT--C----TC------TAGC-------------TC----A-----AAAAGCCGCC-GAA--GC-GC-G-G---TA-G-GG--CTTCG-GAAAA-T--CG
gi|5 : aaggtctttcgttttccaacggaagacccttattgttatttctttaagtctttttatcacttatataaagggtcttccgtttccaacggaagaccattatgttattcttcgcgtttctttttctttatatatctTTTTT-TTTTTTTCTTTACAA-----A-T-TTATA-T-C--AC-GC--G----AA-TTTC-T-CGA-ATGA-TG--C--GTTG--------C-CAC--GAC-T-TCTGC--GTC-AA-A---TTT-TCAG-G-G--A-T--GCATA-G-A---TAC--TT---GA-C--A--AAAA--C--CCGAT-G--ATACATT----T--T--TGATTTC-GATT--T--TTT--G-TT-A--G-TG-ATTTTTC---A-A-T-AAT-T-A-CG--------------T-C----AAA---------TATT---G-A--C---GT-CTTT-GG-T---GAA-AT-T--TT----GGG--GG-TCA-CTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTCTC------G-G--A-AACTA--TGA--AG--C-T-A---C--G--ACT--TA---AAATTTT-CA-G-G---GA-TCTG--T--A--GA-CGA--TA--T-----A--CCA-T-AGAAT---G--TG---C-------G-G-A---AC-TGC--C-CTCAAA-C--T----TCG--TCATATA-------------GC----------AAAAA-CGCC-AGA--GC-TC-G-C---TA-T-GA----ACG-AAAAA-ACGCGT-----C-AA----ATTTTTT------G-----AC------T-G------------CATTTTT-TG----GT-CATCA-TT-T--TT-GT-CAATTCATCTTTTTATagtttgaaaagcctgcgattttttttatgt
gi|6 : ggtcttcgttttccatacggcaagacttatttgttattcttagttttttctatattattATTATTTTTTTCTT-ACAA-----A-TATT-TG-TGC--AG-GC--G----AC-TTTC-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTC--------ATC-C--AAT-T-TT--CTTGTC-AA-A---ATT-TTAG-G----A-T--G-ATA-G-A---TA---TT---CAAT--T--GGAA--T--T---T-T--ATACGGA----T--T--T--TTTT-C-TTGTT--TTC--G-A--AC-G-TC-A---------A-A-T-A-T-T-A-CG--------------TGC----ATA---------TATT---G-A--C---GT-TTTT-GT-T---GAA-A--T--TC----GGG--TG-TCATTTTG-TC-C--AGAG--G---TG--TCTC------G-A--A-ACTTGT-TAG--AG--A-T-A--TC--A--CCT--TC---CAA-TTT-CA-G-G---GA-T-TG--T--A--GA-CGAC-GAATT-----T--TCA-T-AA-TT---GC-TG---C-------A-C-A---GG--GG--A-ATC-AA-T--T----TAA--T--TCAC-------------G-----G-----AAAAA-CGTC-AAACGGC-TCGG-C---CA-T-GA--C-CCG-AAAAA-A---GT-----CAAA----CA-TTTT------C-----AC------T-GC-----------CA-TTTT-TT----GCACA-CATTT-T--TC-GT-CAAT--ATCTTTTCAT
gi|7 : gtctttccgttttccaaacggaagaccttattttattcttaagtttttatctttattattattattcttaTTCCTT-ACA----------TT-TGATGT--AA-ACAAG----A--TTTC-T-GGG-AT-A-TG--CTTGT-G--------A-C----GAT-T-TT--C--GTG-AA-A---TTT--CGG-A-G--A-A--A-ATA-G-A---TA---TT---CA-C--C--AGCA--C--T---T-G--A-AAGAA----A--TAAT--TTCT-A-TTA-TGATTA--T-AT-AC-G-TC-ATGCACTTACA-G-T-A-T-G-T-CG--------------T-A----AGA---------TGTT---G-A--C---AT-TTTC-C--A---GAA-TT-T--TA----GAG--GG-TCAGGTTG-TC------GA--G---TG-TTCTT------G-G--A-AACTAT-TCA--AGATA-T-A--TC--A--AAT--TA---AAATTGT-CA-T-T---AA-T-TG--T------A-C-A--G---T-----T--TCA-T----TT---A--TG---C-------C-G-A---AT-CGC--A-TTCAAA-T--T----TCT--T--TTAA-------------GC----GTAAAAAAAAA-AGTC-AGA--GC-TC-G-G---TA-A-GG--C-TCG-AAAAA-G--CGTTACGGT-AA----CATTTTT------TTAAAAAT------T---------------A-TTTT-TG----TA-CA-AA-TT-C--T---T-CAAT--TTTTTTT
gi|8 : aagaacttattgttattgtacataaagaggtttttcccccttccttattactgaGTAATT-TTTTTTTCTT-ACAA-----A-T-TTGTA-TCCCAAC-GC--G----A--TT-C-T-CGA-AT-A-TG--C--GTTT--------G-C-CTCGAT-T-TG--C--GGT-AA-A---T----CAG-GCG--A----G-ATA-GGA---TA---TT---GA-C-------AA--C--C---C-G--ATATACA----T--T--T--TTCTCG-AT--T--TTT--G-TT-AC-G-TC-A---------AGA-TGA-T-T-AACGA-------------T-C----AAA---------TAGT---G-A--C---GT-TTTTTG--T---GAATAT-T--TCCGGAGGGT-GG-TCACTTTG-TC-C--GGGA--G---TG-TTTTC------G-GGAA-AACTAT-GAA--GC--A-A-A------G--ACT--TA---AAATTTT-CA---G---GA-T-TG--TG-A--GA-CGA---A--T-----A--CCA-TGAG-AT------TG---C-------G-G-AACTGC-CGC-----TCAAATT--T----TCG--T--TCTC-------------GC----C-----AAAAA-CGCCAGAC--GCTTC-G-C---TA-T-GA--C-CCG-AAAAAGA--CGT-----C-CA----CATTTTT------G-----AC------TGG------------CA-TTTT-TG----gta
gi|9 : tcgttccgttttcgcaaaccaaagcaccttaatttgtttattcttagtttttttctcttata-TTTTTTTCT--ACAG-----ACT-TT-TG-TGC--AG-GC--G----A--TTTC-T-CGG-AT-A-TGCTC--GTCG--------A------GATCT-TT--CT-GAT-AATA---TTT-TATGTG-A--A-T--G-ATA-G-G---TA---TTAAACG-T--T--GACA--C--T---T-G--ATAGTGA----T--T--T--TTTT-G-TT--T--TT---G-AT-ACGG-TC-----------A-A-T-A---T-A-C---------------T-C----AAA---------TATTAAAG-A--CAG-GT-TTTT-G--T---GAA-AT-T--TC----AGG--GG-CCA-CTTG-TC-CTTCGAA--G---TG-TTCTC------A-G--A-AACTAT-GAATGAG--C-TGA--CA--A--AAC--TC---AAATTTTGCA-G-G---G--T-TG--T--A--AACCGA--TA--T-----TAAGAA-T-AG-AT------TG---C-------AGT-A---AA-TGC--C-ATCAAA-T--T----TCG--T--TCA--------------AC----G-----AAA