lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 111 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11 11 222222222222222 444444444 4 111111111111111111111111 111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 222 11
lowQualScore : 4 4 777 4 55 8888 4 666 55 3 44 7777 22 3 666 3 3 000 44 3 6666666 3 3 3 55 3 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 3 3 88 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 77 55 55 88 22 4 666666666666666 3 55 3 3 3 3 55 3 4 55 333333333 4 4 5 5 5 0 9 5 333333333333333333333333 3 6 6 4 222 55 6 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 99 000 6 99 55 6
lowQualScore : . . ... . .. .... . ... .. . .. .... .. . ... . . ... .. . ....... . . . .. . . .......................................................................................... . . . .. . .......................................................................................................... .. .. .. .. .. .. . ............... . .. . . . . .. . . .. ......... . . . . . . . . ........................ . . . . ... .. . . ................................................. .... .. ... . .. .. .
lowQualScore : 4 4 888 0 55 9999 0 333 55 3 66 1111 55 3 777 3 3 666 22 6 5555555 6 6 6 00 6 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 6 6 66 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 66 55 55 44 22 0 444444444444444 6 00 6 6 6 6 00 6 0 55 111111111 0 0 0 0 0 0 6 0 333333333333333333333333 2 7 7 2 555 88 7 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 22 888 7 88 88 7
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-AN--AAGATTT-TA-T-TT-T--TAA-TG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA-----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTNGAAG--AAAATGATTG-TT-TATA--CCAAAATAAAAATATGA-----AATACAANCNAANNNTNGGATTCTACATTCAACAAGGGCGATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTNNCNTNTNTNNGA-----AAAAAATG--ACTTCACAATGT--T--AT-GCAA-GAAAA-GC---------------T-GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC--CAGC--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCCGTATAATCGGCAATCTTCAGAA-CAA--TGATAAATG---GGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTAT-CGCGT-----------------------C------------TGAA-------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( gi|4 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-AA--AAGATTT-TA-T-TT-T--TAA-TG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AAAATGATTG-TT-TATA--CCAAAATAAAGATATGA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG--ACTCCACAATGT--T--AA-GCAA-GAAAA-AC---------------T-GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC--CAG---TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCCGTATGATCGGCAATCTTCAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTAT-CGC-------------------------C------------TAAA-------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-AA--AAGATTT--A-T-TT-TATTAA-TG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT--AAAATGATTG-TT-TATA--CCAAAATAAAGATATGA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG--ACTCCACAATGT--T--AA-GCAA-GAAAA-AC---------------T-GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG---CAGC--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTT
gi|20 : cTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-AA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT------------------GACATCT-TG-T-TG-A--AAG-TG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCttcttagt
gi|6 : ccctcCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-AA--AAGATTC-CA-T-TT-T--TGA-TG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA-----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATTG------AAAATGATTG-TT-TATA--CCAAAATAAAAATATGA-----AATACAAGCTAAATGTTGGATTCTACATTCAACAAGGGCGATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG--ACTTCACAATGT--T--AT-GCAA---AAA-GC---------------T-GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG---CAC---TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATAA--AAGATTC-CAAT-GT-T--TAA-TGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA-----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTG-----AAAATGATTG-TTATATA--CCAAAATAAAAATATGA-----AATACAACTAAATGTTGGAATTCTACATTCAACAAGGGCGATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGATTCATTTATCTGA-------AAAAAATG--ACTC-ACA-TGT--T--ATTGCAA--AAAA-GC---------------T-GTA--CTATTG-ATA-ACA--TT-TA--TGT-A-CATCGCTGC--C-----TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCt
gi|2 : cgcTGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-AT--AATATTT-TA-T-TTAT--TA-----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTGAAAAT-ATTGGTC-TATA--C-AAAATAAAACTAT----------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNAAATGG-ACTTCACAATGT--T--AT-GTAA-GAAAA-AC---------------T---A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGC--AAAC--TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCCtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|13 : gcttaGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-AT--AAGATTT-TA-TGTTAT--TCA-TG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AAAATGATTG-TT-TATA--CTAATATAAAAATATtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|12 : CA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-AT--AAAATTT-AA-TGTG-T--TAAGTG---TT--GA-A-GATGAATTGTTA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--AACATTATTA-TT-TATAT-CTAAATTAGAAATATAA-----
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-AT--AAGATTT-TA-T-GTAT--TAA-TG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA-------GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AAAATGATTG-TT-TATA--CC-AAATAAAAATATGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNAAATGAAACT-TACAATGTTGT--AT-GCAA-GAAAA-GC---------------T-GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GC--AAGC--TTTTG-ACA-ATCATAAT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-AC-GAATTTT-T-AACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAA-TG-T-CTTATA-A-AATTCAATGCa
gi|10 : taaaatgct-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-AT--AAGA-TT-TG-C-TA-T--GAA-TG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AAAATAATTG-TT-TATA--CCAGAATAAAAATATGA-----ggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-AT--AAGA-TT-TG-C-TA-T--GAA-TG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AAAA--ATTG-TT-TATA--CCAGAATAAAAATATGA-----aatgcagggtcctacattccacaagggcgataac
gi|19 : ataaca--AAAAT-ATTG-TT-TATA--CCAAAATAAAAATATGA-----aatgcagggttacattccacaagggcgataact
gi|22 : --AAAATGATTG-TT-TATATACCAAAACAAAAATACGA-----aatgcaagctatttaacgttgcatacctattccgcaagaacacataact
gi|14 : AAAAATG--ACATCACAATAT--T--TT-GCAA-AAAGA-ACTCCAAAAAACAAATTT-GTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGCAGC-G---CTTTG--AA-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCCaatgcaagctatttaattttg
gi|23 : gtatagcgtttatcttctacctcAAATG--ACTTCACAATGT--T--AT-GCAA--AAAA-GC---------------T-GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-ctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|9 : AATG--ACTTAACAATGT--TTTAT-GCAAAGAAAA-ACG--------------T-GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGC--AAGC--TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|21 : ACAATGT--T--AT-GCAA-GAAAA-TC---------------T-GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG---CAGC--TTTTG-AAA-ATtctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg
gi|5 : ACAATGT--T--AT-GCAA-AAAAGCAC---------------TTGTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGC--CAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTA
gi|8 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtatt---------------T-GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGT--AA------CTG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTaggcctttataaaac
gi|1 : AAGCGCCGTATAATCGGCAATCTTCAGAA------TAGTGAATGCCCGGA-ATGA-TGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGCT-A-T-A--TTAT-CGCAT-----------------------CCAGTGTATTTG-TACACATTCGTGA-AATTG--TTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|3 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagAACGCCGTATGATCGGCAATCTTCAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTAT-CGC-------------------------C------------TAAA-------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|9 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCCGTAT-ATCGGCAATCTTCAGA
gi|8 : aatgacttaacaatgttttatgcaaagaaaaacgtgaactattgataatacatttatgtacaagtgcaagcttttgaaaatcaaaattgtttttgatgttttagcctctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCGCCGTATAATCTGCAATTTTCA----------GATAA----------ATGAATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGTATA-TCA--TTAT-CGCATCCAGTGTATTTGTACACATT---C------------TGAA-------GATTT-TT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTtaatgatg
gi|16 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCGTCGTATAATC--CGATCTTCAG---CAA-----------------TATG-----GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTA-AATCAG-TTAT-TGCGCATCCATGTATTTGTACCAGCATTC------------TGAA-------GA-GA-TG--TTTTT-GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGG
gi|2 : ATGAATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGTA-A-TCATGTTATGCAT-------------------------CCAGTGTTATTTGTACACATTC--GAGAA-TGGTTTT---GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGg
gi|24 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataTGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|18 : TTTGTA----CA--T-AT-T---------------------------C------------TGAA-------GA-AT-TT--TTT---GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAAAAGGGAATTACTAGTATTTTGTAATTATTATCATATCCAATGTGTTTGTAAACATTCTGAATAACTTTTTGTAATTTTCTAGTCATGATCTTTAATTTCGCCACCTTTTTGGAACATGCAAAATGTTACCAATATCTTGGACACTATGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333 222222222222222222 111111 11 11 2222222222222222222 11 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 111 11
lowQualScore : 4 4 777 3 55 6666 3 55 55 3 44 6666 11 3 3 3 44 888888888 44 3 6 44 3 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 3 3 3 77 77777 555 55 1 55555555555555 77 0 3 4 22 1 0 999999999999999999 4 55 111111 00 3 11 1111111111111111111 44 3 3 3 3 44 3 3 55 55 3 7 3 3 4 4 4 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 7 5 3333333333333333333333333333 5 5 6 999 33 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666 000 5 77 33 5
lowQualScore : . . ... . .. .... . .. .. . .. .... .. . . . .. ......... .. . . .. . . ............................................................................................ .. . . . .. ..... ... .. . .............. .. . . . .. . . .................. . .. ...... .. . .. ................... .. . . . . .. . . .. .. . . . . . . . . ................................................................................................................................................ . . . . ............................ . . . ... .. . ....................................................... ........ ... . .. .. .
lowQualScore : 0 0 000 6 00 4444 6 00 00 1 22 5555 55 1 1 1 11 555555555 66 3 7 66 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1 1 1 33 77777 444 00 0 66666666666666 99 9 2 0 00 0 1 333333333333333333 0 55 555555 00 6 00 0000000000000000000 66 3 3 3 3 66 3 6 00 55 6 3 6 6 4 4 4 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 9 7 7777777777777777777777777777 7 7 3 444 66 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333 000 7 11 66 7
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AANGTTGGAT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTATCGCA-----------------------TC----------TGAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( family-550 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-NAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTNGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAANCNA---ANNNTNGGAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTNNCNTNTNTNNGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCA-GAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---GGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTATCGCG-----------------------TC----------TGAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATA-AAAGATTC-CAAT-GT-T--TAATGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTGAA--------AAT-GATT-G-TTATATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAACTAA---ATGTTGGAAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGATT--CATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--C-T------CAC-ATGTT--ATTGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-AC--ATT-TA--TGT-A-CATCGCTGC----C-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : cgcAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-TAG--TG---AATGCCCGGA-ATG-ATGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGCT-A-T-A--TTATCGCA-----------------------TCCAG-------TGTATTTGTACACATTCGTGA-AATTG--TTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|10 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgag-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT--G-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAT-AATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GGGT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-A-TAAGA-TT-TG-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAA---ATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GGGT---TACATTCCACAAGGGCG-ATAACT
gi|12 : ataacaCA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-A-TAAAATTT-AA-TGTG-T--TAA-G-TGTT--GA-A-GATGAATTGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------AACAT-TATT-A-TT-TATAT-CTAA-----ATTA---GAAATATAA
gi|13 : GCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-TGTTAT--TCATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CTAA-----TATA---AAAATAT
gi|14 : AAAAATG-A--CAT------CACAATATT--T-TGCAA-AAAGAAC---TCCAAAAAACAAATTTGTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGC-A-GCGCTTTG-A-A-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCC
gi|16 : gtatagcgtttatcttctacctcCGTC-GTATAA-TC--CGATCTT-CAG---CAA--T-------------------ATG-GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTA-AATCAG-TTATTGCGCATCCATGTATTTGTACCAGCATTC----------TGAA---------------GA-GA-TGTTTTT---GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGGctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT---GACATCTT-G-T-TGAA-----------------AGTG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCg
gi|18 : ccctcTTTGTA----CA--T-AT---------------------------TC----------TGAA---------------GA-AT-TT--TTT---GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
gi|19 : atcaattatcgcaaatccgagtggtaAAAAT--ATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTATTTAACGTTGCATACCT--ATTCCGCAAGAACACATAACT
gi|2 : TGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-A-TAATATTT-TA-T-TTAT--TA----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---GAAAAT--ATT-GGTC-TATA--C-AA-----AATA---AAACTAT-AN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATGGA--CTT------CACAATGTT--A-TGTAA-GAAAAAC---T-----------------A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGCAA-AC-TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCC
gi|2 : gcttaGCGCCCGT-TAAGTC--CAATCTTTCAGAA-TAA--TGA-----------------ATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGTA-A-TCATGTTAT-GCA-----------------------TCCAGTGTTATTTGTACACATTC--------GAGAA-TGGTTTT---GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|20 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-
gi|21 : ACAATGTT--A-TGCAA-GAAAATC---T---------------GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATattcttagt
gi|22 : AAAAT-GATT-G-TT-TATATACCAA-----AACA---AAAATACGAA--ATGCAAGCTA---
gi|23 : AAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-tttaattttg
gi|24 : TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT--A-T-TT-TATTAATG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCA-GAGCAATTT
gi|3 : cAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTATCGC-------------------------C----------TAAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|4 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-G--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTATCGC-------------------------C----------TAAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-ACGAATTTTT-A-ACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAATG-T-CTTATA-A-AATTCAATGC
gi|5 : taaaatgct-----GAAAATTGATTTG-TA-TATA--GCAA-----AAAA---AAAAAAAGAATNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNATG-A--CTTAAGTATTACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGCACTT---------------GTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGCCAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTAggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|6 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-A-AAAGATTC-CA-T-TT-T--TGATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATT---------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAAGCTA---AATGTTGGAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCA---AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC---AC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCaggcctttataaaac
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-GTAT--TAATG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAAATAAAAATATGAANNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATG-AAACTT-------ACAATGTTGTA-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GCAA-GC-TTTTG-ACA-ATCATAATt
gi|8 : ---T---------------GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-TA-AC----TG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTa
gi|8 : GCGCC-GTATAA-TCTGCAATTTT-CAGA----------TAAATG----------AATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGTATA-TCA--TTATCGCATCCAGTGTATTTGTACACAT---TC----------TGAA---------------GATTT-TT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|9 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A--CTT------AACAATGTTTTA-TGCAAAGAAAAACG--T---------------GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGCAA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|9 : GCGCC-GTATA--TCGGCAATCTT-CAG-A-TAA--TGATtctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAAAAGGGAATTACTAGTATTTTGTAATTATTATCATATCCAATGTGTTTGTAAACATTCTGAATAACTTTTTGTAATTTTCTAGTCATGATCTTTAATTTCGCCACCTTTTTGGAACATGCAAAATGTTACCAATATCTTGGACACTATGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222 22222 111111 11 11 2222222222222222222 11 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888 11 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 111 11
lowQualScore : 4 4 777 3 55 6666 3 55 55 3 44 6666 11 3 3 3 3 888888888 44 3 6 44 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 3 3 3 77 77777 555 55 222222222222222222222 0 0 4 22 1 0 33 0 33333 4 55 111111 00 3 11 1111111111111111111 44 3 3 3 3 44 3 3 55 55 3 7 3 3 4 4 4 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 7 5 3333333333333333333333333333 5 5 6 999 33 222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666666 000 5 77 33 5
lowQualScore : . . ... . .. .... . .. .. . .. .... .. . . . . ......... .. . . .. . . ............................................................................................ .. . . . .. ..... ... .. ..................... . . . .. . . .. . ..... . .. ...... .. . .. ................... .. . . . . .. . . .. .. . . . . . . . . ................................................................................................................................................ . . . . ............................ . . . ... .. ... ............................................................... ........ ... . .. .. .
lowQualScore : 0 0 000 6 00 4444 6 00 00 1 22 5555 55 1 1 1 1 555555555 66 3 7 66 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1 1 1 33 77777 444 00 333333333333333333333 9 5 0 00 0 1 66 5 11111 0 55 555555 00 6 00 0000000000000000000 66 3 3 3 3 66 3 6 00 55 6 3 6 6 4 4 4 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 9 7 5555555555555555555555555555 7 7 3 444 66 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333 000 7 11 66 7
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGCA--------------------TCCA-------------------TGAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( family-550 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AANGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGCA--------------------TC---------------------TGAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATA-AAAGATTC-CAAT-GT-T--TAATGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTGAA--------AAT-GATT-G-TTATATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAA-CTA---AATGTTGGAAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGAT--TCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--C-T------CAC-ATGTT--ATTGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-AC--ATT-TA--TGT-A-CATCGCTGC----C-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : cgcAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-TAG--TG---AATGCCCGGA-ATG-ATGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGCT-A-T-A--TTAT--CGCA--------------------TCCAG------------------TGTATTTGTACACATTCGTGA-AATTG--TTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|10 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgag-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT--G-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAT-AATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GG-GT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-A-TAAGA-TT-TG-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAA---ATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAGG---------GT---------TACATTCCACAAGGGCG-ATAACT
gi|12 : ataacaCA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-A-TAAAATTT-AA-TGTG-T--TAA-G-TGTT--GA-A-GATGAATTGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------AACAT-TATT-A-TT-TATAT-CTAA-----ATTA---GAAATATAA
gi|13 : GCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-TGTTAT--TCATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CTAA-----TATA---AAAATAT
gi|14 : TTATCTTCTACCTCA-----AAAA--TG-A--CAT------CACAATATT--T-TGCAA-AAAGAAC---TCCAAAAAACAAATTTGTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGC-A-GCGCTTTG-A-A-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCC
gi|16 : gtatagcgtCGTC-GTATAA-TC--CGATCTT-CAG---CAA--T-------------------ATG-GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTA-AATCAG-TTATTGCGCA--------------------TCCATGTATTTGTACCAGCATTCTGAA---------------GA-GA-TGTTTTT---GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGGctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT---GACATCTT-G-T-TGAA-----------------AGTG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCg
gi|18 : ccctcTTTGTA----CA--T-AT--------------------------TC---------------------TGAA---------------GA-AT-TT--TTT---GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
gi|19 : atcaattatcgcaaatccgagtggtaAAAAT--ATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTATTTAACGTTGC-ATACCT--ATTCCGCAAGAACACATAACT
gi|2 : TGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-A-TAATATTT-TA-T-TTAT--TA----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---GAAAAT--ATT-GGTC-TATA--C-AA-----AATA---AAACTAT-AN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATGGA--CTT------CACAATGTT--A-TGTAA-GAAAAAC---T-----------------A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGCAA-AC-TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCC
gi|2 : gcttaGCGCCCGT-TAAGTC--CAATCTTTCAGAA-TAA--TG-----------------AATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGTA-A-TCATGTTAT---GCA--------------------TCCAGTGTTATT-----------TGTACACATTC--------GAGAA-TGGTTTT---GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|20 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-
gi|21 : ACAATGTT--A-TGCAA-GAAAATC---T---------------GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATattcttagt
gi|22 : AAAAT-GATT-G-TT-TATATACCAA-----AACA---AAAATACGAA--ATGCAAGCTA---
gi|23 : AAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-tttaattttg
gi|24 : TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT--A-T-TT-TATTAATG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTT
gi|3 : cAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGC----------------------C---------------------TAAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|4 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-G--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGC----------------------C---------------------TAAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-ACGAATTTTT-A-ACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAATG-T-CTTATA-A-AATTCAATGC
gi|5 : taaaatgct-----GAAAATTGATTTG-TA-TATA--GCAA-----AAAA---AAAAAAAGAATNNNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNATG-A--CTTAAGTATTACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGCACTT---------------GTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGCCAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTAggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|6 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-A-AAAGATTC-CA-T-TT-T--TGATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATT---------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAAGCTA---AATGTTGG-AT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCA---AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC---AC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCaggcctttataaaac
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-GTAT--TAATG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAAATAAAAATATGAANNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATG-AAACTT-------ACAATGTTGTA-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GCAA-GC-TTTTG-ACA-ATCATAATt
gi|8 : ---T---------------GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-TA-AC----TG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTa
gi|8 : GCGCC-GTATAA-TCTGCAATTTT-CAGA----------TAAATG----------AATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGTATA-TCA--TTAT--CGCATCCAGTGTATTTGTACACATTC---------------------TGAA---------------GATTT-TT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|9 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A--CTT------AACAATGTTTTA-TGCAAAGAAAAACG--T---------------GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGCAA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|9 : GCGCC-GTATA--TCGGCAATCTT-CAG-A-TAA--TGATtctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAAAAGGGAATTACTAGTATTTTGTAATTATTATCATATCCAATGTGTTTGTAAACATTCTGAATAACTTTTTGTAATTTTCTAGTCATGATCTTTAATTTCGCCACCTTTTTGGAACATGCAAAATGTTACCAATATCTTGGACACTATGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222 22222 111111 11 11 2222222222222222222 11 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888 11 4444444444444444444444444444444444444444 11111111 111 11
lowQualScore : 4 4 777 3 55 6666 3 55 55 3 44 6666 11 3 3 3 3 888888888 44 3 6 44 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 3 3 3 77 77777 555 55 222222222222222222222 0 0 4 22 1 0 33 0 33333 4 55 111111 00 3 11 1111111111111111111 44 3 3 3 3 44 3 3 55 55 3 7 3 3 4 4 4 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 7 5 3333333333333333333333333333 5 5 6 888 55 99 7 7777777777777777777777777777777777777777 66666666 000 5 77 33 5
lowQualScore : . . ... . .. .... . .. .. . .. .... .. . . . . ......... .. . . .. . . ............................................................................................ .. . . . .. ..... ... .. ..................... . . . .. . . .. . ..... . .. ...... .. . .. ................... .. . . . . .. . . .. .. . . . . . . . . ................................................................................................................................................ . . . . ............................ . . . ... .. .. . ........................................ ........ ... . .. .. .
lowQualScore : 0 0 000 6 00 4444 6 00 00 1 22 5555 55 1 1 1 1 555555555 66 3 7 66 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1 1 1 33 77777 444 00 222222222222222222222 9 5 0 00 0 1 66 5 11111 0 55 555555 00 6 00 0000000000000000000 66 3 3 3 3 66 3 6 00 55 6 3 6 6 4 4 4 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 9 7 5555555555555555555555555555 7 7 3 777 88 22 3 8888888888888888888888888888888888888888 33333333 000 7 11 66 7
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCAG-----T------------TGAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( family-550 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCA-------------------TGAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATA-AAAGATTC-CAAT-GT-T--TAATGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTGAA--------AAT-GATT-G-TTATATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAA-CTA---AATGTTGGAAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGAT--TCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--C-T------CAC-ATGTT--ATTGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-AC--ATT-TA--TGT-A-CATCGCTGC----C-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : cgcAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-TAG--TG---AATGCCCGGA-ATG-ATGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGC-T-AT-A--TTAT--CGCATCCAG------------------TGTATTTGTACACATTCGTGA-AATTG--TTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|10 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgag-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT--G-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAT-AATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GG-GT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-A-TAAGA-TT-TG-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAA---ATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAGG---------GT---------TACATTCCACAAGGGCG-ATAACT
gi|12 : ataacaCA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-A-TAAAATTT-AA-TGTG-T--TAA-G-TGTT--GA-A-GATGAATTGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------AACAT-TATT-A-TT-TATAT-CTAA-----ATTA---GAAATATAA
gi|13 : GCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-TGTTAT--TCATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CTAA-----TATA---AAAATAT
gi|14 : TTATCTTCTACCTCA-----AAAA--TG-A--CAT------CACAATATT--T-TGCAA-AAAGAAC---TCCAAAAAACAAATTTGTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGC-A-GCGCTTTG-A-A-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCC
gi|16 : gtatagcgtCGTC-GTATAA-TC--CGATCTT-CAG---CAA--T-------------------ATG-GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTAA-ATCAG-TTATTGCGCATCCATGTATTTGTACCAGCATTCTGAA---------------GA-GA-TGTTTTT---GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGGctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT---GACATCTT-G-T-TGAA-----------------AGTG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCg
gi|18 : ccctc-------------------TGAA---------------GA-AT-TT--TTT---GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
gi|19 : atcaattatcgcaaatccgagtggtatttgtacatattcAAAAT--ATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTATTTAACGTTGC-ATACCT--ATTCCGCAAGAACACATAACT
gi|2 : TGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-A-TAATATTT-TA-T-TTAT--TA----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---GAAAAT--ATT-GGTC-TATA--C-AA-----AATA---AAACTAT-AN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATGGA--CTT------CACAATGTT--A-TGTAA-GAAAAAC---T-----------------A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGCAA-AC-TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCC
gi|2 : gcttaGCGCCCGT-TAAGTC--CAATCTTTCAGAA-TAA--TG-----------------AATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGT-A-ATCATGTTAT---GCATCCAGTGTTATT-----------TGTACACATTC--------GAGAA-TGGTTTT---GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|20 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-
gi|21 : ACAATGTT--A-TGCAA-GAAAATC---T---------------GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATattcttagt
gi|22 : AAAAT-GATT-G-TT-TATATACCAA-----AACA---AAAATACGAA--ATGCAAGCTA---
gi|23 : AAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-tttaattttg
gi|24 : TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT--A-T-TT-TATTAATG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTT
gi|3 : cAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGC--C---------------------TAAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|4 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-G--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGC--C---------------------TAAA---------------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-ACGAATTTTT-A-ACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAATG-T-CTTATA-A-AATTCAATGC
gi|5 : taaaatgct-----GAAAATTGATTTG-TA-TATA--GCAA-----AAAA---AAAAAAAGAATNNNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNATG-A--CTTAAGTATTACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGCACTT---------------GTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGCCAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTAggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|6 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-A-AAAGATTC-CA-T-TT-T--TGATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATT---------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAAGCTA---AATGTTGG-AT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCA---AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC---AC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCaggcctttataaaac
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-GTAT--TAATG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAAATAAAAATATGAANNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATG-AAACTT-------ACAATGTTGTA-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GCAA-GC-TTTTG-ACA-ATCATAATt
gi|8 : ---T---------------GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-TA-AC----TG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTa
gi|8 : GCGCC-GTATAA-TCTGCAATTTT-CAGA----------TAAATG----------AATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGT-ATATCA--TTAT--CGCATCCAGTGTATTTGTACACATTC-TGAA---------------GATTT-TT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|9 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A--CTT------AACAATGTTTTA-TGCAAAGAAAAACG--T---------------GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGCAA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|9 : GCGCC-GTATA--TCGGCAATCTT-CAG-A-TAA--TGATtctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAAAAGGGAATTACTAGTATTTTGTAATTATTATCATATCCAATGTGTTTGTAAACATTCTGAATAACTTTTTGTAATTTTCTAGTCATGATCTTTAATTTCGCCACCTTTTTGGAACATGCAAAATGTTACCAATATCTTGGACACTATGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222 22222 111111 11 11 2222222222222222222 11 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888 11 3333333333333333333333333333333333333333333 11111111 111 11
lowQualScore : 4 4 777 3 55 6666 3 55 55 3 44 6666 11 3 3 3 3 888888888 44 3 6 44 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 3 3 3 77 77777 555 55 222222222222222222222 0 0 4 22 1 0 33 0 33333 4 55 111111 00 3 11 1111111111111111111 44 3 3 3 3 44 3 3 55 55 3 7 3 3 4 4 4 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 7 5 3333333333333333333333333333 5 5 6 888 55 99 1111111111111111111111111111111111111111111 66666666 000 5 77 33 5
lowQualScore : . . ... . .. .... . .. .. . .. .... .. . . . . ......... .. . . .. . . ............................................................................................ .. . . . .. ..... ... .. ..................... . . . .. . . .. . ..... . .. ...... .. . .. ................... .. . . . . .. . . .. .. . . . . . . . . ................................................................................................................................................ . . . . ............................ . . . ... .. .. ........................................... ........ ... . .. .. .
lowQualScore : 0 0 000 6 00 4444 6 00 00 1 22 5555 55 1 1 1 1 555555555 66 3 7 66 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1 1 1 33 77777 444 00 222222222222222222222 9 5 0 00 0 1 66 5 11111 0 55 555555 00 6 00 0000000000000000000 66 3 3 3 3 66 3 6 00 55 6 3 6 6 4 4 4 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 9 7 5555555555555555555555555555 7 7 3 777 88 22 0000000000000000000000000000000000000000000 33333333 000 7 11 66 7
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCA-G------T----------------TGAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( family-550 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCA-G------T----------------TGAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATA-AAAGATTC-CAAT-GT-T--TAATGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTGAA--------AAT-GATT-G-TTATATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAA-CTA---AATGTTGGAAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGAT--TCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--C-T------CAC-ATGTT--ATTGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-AC--ATT-TA--TGT-A-CATCGCTGC----C-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : cgcAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-TAG--TG---AATGCCCGGA-ATG-ATGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGC-T-AT-A--TTAT--CGCATCCA-GTGTAT-T----------------TGTACACATTCGTGA-AATTG--TTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|10 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgag-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT--G-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAT-AATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GG-GT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-A-TAAGA-TT-TG-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAA---ATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAGG---------GT---------TACATTCCACAAGGGCG-ATAACT
gi|12 : ataacaCA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-A-TAAAATTT-AA-TGTG-T--TAA-G-TGTT--GA-A-GATGAATTGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------AACAT-TATT-A-TT-TATAT-CTAA-----ATTA---GAAATATAA
gi|13 : GCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-TGTTAT--TCATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CTAA-----TATA---AAAATAT
gi|14 : TTATCTTCTACCTCA-----AAAA--TG-A--CAT------CACAATATT--T-TGCAA-AAAGAAC---TCCAAAAAACAAATTTGTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGC-A-GCGCTTTG-A-A-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCC
gi|16 : gtatagcgtCGTC-GTATAA-TC--CGATCTT-CAG---CAA--T-------------------ATG-GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTAA-ATCAG-TTATTGCGCATCCATG------TATTTGTACCAGCATTCTGAA---------GA-GA-TGTTTTT---GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGGctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT---GACATCTT-G-T-TGAA-----------------AGTG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCg
gi|18 : ccctc----------------TGAA---------GA-AT-TT--TTT---GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
gi|19 : atcaattatcgcaaatccgagtggtatttgtacatattcAAAAT--ATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTATTTAACGTTGC-ATACCT--ATTCCGCAAGAACACATAACT
gi|2 : TGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-A-TAATATTT-TA-T-TTAT--TA----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---GAAAAT--ATT-GGTC-TATA--C-AA-----AATA---AAACTAT-AN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATGGA--CTT------CACAATGTT--A-TGTAA-GAAAAAC---T-----------------A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGCAA-AC-TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCC
gi|2 : gcttaGCGCCCGT-TAAGTC--CAATCTTTCAGAA-TAA--TG-----------------AATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGT-A-ATCATGTTAT---GCATCCA-GTGTTATT----------------TGTACACATTC--GAGAA-TGGTTTT---GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|20 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-
gi|21 : ACAATGTT--A-TGCAA-GAAAATC---T---------------GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATattcttagt
gi|22 : AAAAT-GATT-G-TT-TATATACCAA-----AACA---AAAATACGAA--ATGCAAGCTA---
gi|23 : AAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-tttaattttg
gi|24 : TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT--A-T-TT-TATTAATG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTT
gi|3 : cAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGC-------------C----------------TAAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|4 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-G--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGC-------------C----------------TAAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-ACGAATTTTT-A-ACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAATG-T-CTTATA-A-AATTCAATGC
gi|5 : taaaatgct-----GAAAATTGATTTG-TA-TATA--GCAA-----AAAA---AAAAAAAGAATNNNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNATG-A--CTTAAGTATTACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGCACTT---------------GTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGCCAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTAggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|6 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-A-AAAGATTC-CA-T-TT-T--TGATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATT---------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAAGCTA---AATGTTGG-AT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCA---AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC---AC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCaggcctttataaaac
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-GTAT--TAATG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAAATAAAAATATGAANNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATG-AAACTT-------ACAATGTTGTA-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GCAA-GC-TTTTG-ACA-ATCATAATt
gi|8 : ---T---------------GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-TA-AC----TG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTa
gi|8 : GCGCC-GTATAA-TCTGCAATTTT-CAGA----------TAAATG----------AATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGT-ATATCA--TTAT--CGCATCCA-G------TGTATTTGTACACATTCTGAA---------GATTT-TT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|9 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A--CTT------AACAATGTTTTA-TGCAAAGAAAAACG--T---------------GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGCAA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|9 : GCGCC-GTATA--TCGGCAATCTT-CAG-A-TAA--TGATtctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAAAAGGGAATTACTAGTATTTTGTAATTATTATCATATCCAATGTGTTTGTAAACATTCTGAATAACTTTTTGTAATTTTCTAGTCATGATCTTTAATTTCGCCACCTTTTTGGAACATGCAAAATGTTACCAATATCTTGGACACTATGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222 22222 111111 11 11 2222222222222222222 11 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888 11 3333333333333333333333333333333333333333333 11111111 111 11
lowQualScore : 4 4 777 3 55 6666 3 55 55 3 44 6666 11 3 3 3 3 888888888 44 3 6 44 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 3 3 3 77 77777 555 55 222222222222222222222 0 0 4 22 1 0 33 0 33333 4 55 111111 00 3 11 1111111111111111111 44 3 3 3 3 44 3 3 55 55 3 7 3 3 4 4 4 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 7 5 3333333333333333333333333333 5 5 6 888 55 99 1111111111111111111111111111111111111111111 66666666 000 5 77 33 5
lowQualScore : . . ... . .. .... . .. .. . .. .... .. . . . . ......... .. . . .. . . ............................................................................................ .. . . . .. ..... ... .. ..................... . . . .. . . .. . ..... . .. ...... .. . .. ................... .. . . . . .. . . .. .. . . . . . . . . ................................................................................................................................................ . . . . ............................ . . . ... .. .. ........................................... ........ ... . .. .. .
lowQualScore : 0 0 000 6 00 4444 6 00 00 1 22 5555 55 1 1 1 1 555555555 66 3 7 66 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1 1 1 33 77777 444 00 222222222222222222222 9 5 0 00 0 1 66 5 11111 0 55 555555 00 6 00 0000000000000000000 66 3 3 3 3 66 3 6 00 55 6 3 6 6 4 4 4 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 9 7 5555555555555555555555555555 7 7 3 777 88 22 0000000000000000000000000000000000000000000 33333333 000 7 11 66 7
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCA-G------T----------------TGAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( family-550 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCA-G------T----------------TGAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATA-AAAGATTC-CAAT-GT-T--TAATGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTGAA--------AAT-GATT-G-TTATATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAA-CTA---AATGTTGGAAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGAT--TCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--C-T------CAC-ATGTT--ATTGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-AC--ATT-TA--TGT-A-CATCGCTGC----C-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : cgcAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-TAG--TG---AATGCCCGGA-ATG-ATGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGC-T-AT-A--TTAT--CGCATCCA-GTGTAT-T----------------TGTACACATTCGTGA-AATTG--TTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|10 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgag-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT--G-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAT-AATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GG-GT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-A-TAAGA-TT-TG-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAA---ATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAGG---------GT---------TACATTCCACAAGGGCG-ATAACT
gi|12 : ataacaCA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-A-TAAAATTT-AA-TGTG-T--TAA-G-TGTT--GA-A-GATGAATTGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------AACAT-TATT-A-TT-TATAT-CTAA-----ATTA---GAAATATAA
gi|13 : GCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-TGTTAT--TCATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CTAA-----TATA---AAAATAT
gi|14 : TTATCTTCTACCTCA-----AAAA--TG-A--CAT------CACAATATT--T-TGCAA-AAAGAAC---TCCAAAAAACAAATTTGTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGC-A-GCGCTTTG-A-A-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCC
gi|16 : gtatagcgtCGTC-GTATAA-TC--CGATCTT-CAG---CAA--T-------------------ATG-GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTAA-ATCAG-TTATTGCGCATCCATG------TATTTGTACCAGCATTCTGAA---------GA-GA-TGTTTTT---GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGGctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT---GACATCTT-G-T-TGAA-----------------AGTG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCg
gi|18 : ccctc----------------TGAA---------GA-AT-TT--TTT---GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
gi|19 : atcaattatcgcaaatccgagtggtatttgtacatattcAAAAT--ATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTATTTAACGTTGC-ATACCT--ATTCCGCAAGAACACATAACT
gi|2 : TGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-A-TAATATTT-TA-T-TTAT--TA----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---GAAAAT--ATT-GGTC-TATA--C-AA-----AATA---AAACTAT-AN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATGGA--CTT------CACAATGTT--A-TGTAA-GAAAAAC---T-----------------A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGCAA-AC-TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCC
gi|2 : gcttaGCGCCCGT-TAAGTC--CAATCTTTCAGAA-TAA--TG-----------------AATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGT-A-ATCATGTTAT---GCATCCA-GTGTTATT----------------TGTACACATTC--GAGAA-TGGTTTT---GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|20 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-
gi|21 : ACAATGTT--A-TGCAA-GAAAATC---T---------------GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATattcttagt
gi|22 : AAAAT-GATT-G-TT-TATATACCAA-----AACA---AAAATACGAA--ATGCAAGCTA---
gi|23 : AAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-tttaattttg
gi|24 : TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT--A-T-TT-TATTAATG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTT
gi|3 : cAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGC-------------C----------------TAAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|4 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-G--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAACAAAATGATAAATA---AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGC-------------C----------------TAAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-ACGAATTTTT-A-ACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAATG-T-CTTATA-A-AATTCAATGC
gi|5 : taaaatgct-----GAAAATTGATTTG-TA-TATA--GCAA-----AAAA---AAAAAAAGAATNNNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNATG-A--CTTAAGTATTACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGCACTT---------------GTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGCCAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTAggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|6 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-A-AAAGATTC-CA-T-TT-T--TGATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATT---------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAAGCTA---AATGTTGG-AT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCA---AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC---AC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCaggcctttataaaac
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-GTAT--TAATG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAAATAAAAATATGAANNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATG-AAACTT-------ACAATGTTGTA-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GCAA-GC-TTTTG-ACA-ATCATAATt
gi|8 : ---T---------------GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-TA-AC----TG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTa
gi|8 : GCGCC-GTATAA-TCTGCAATTTT-CAGA----------TAAATG----------AATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGT-ATATCA--TTAT--CGCATCCA-G------TGTATTTGTACACATTCTGAA---------GATTT-TT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|9 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A--CTT------AACAATGTTTTA-TGCAAAGAAAAACG--T---------------GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGCAA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|9 : GCGCC-GTATA--TCGGCAATCTT-CAG-A-TAA--TGATtctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg
blockSeqs : . A AAT T AG TAAC C AT GA . TC CCGA AA A T . C TATGTTA AT . G TA G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG TG T G . TA ATAAA TGA TN AGCTATTTAACGTTGCATAC C NN N TA NNNNN G AA AAGTAT GT . AG TCCAAAAAACAAATTT AG T G C A AT G A . CA A G G G T A T A C G G T AAACAAAATGATAAATAAGATATGA . C A AA TG TG ATCCATGTATTTGTACCAGCATTCTGAA GAATGGT . A AG AA C
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . AT . . . . AATGTG . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG A . . . T . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . NN N NN NNNN . . . TT . A ACTT . . . . . . . . . CC . A . . . . . . . G . AAACAAAATGATAAATAAGATATGA . . A AT G . ATCCAGTGTATTTGTACACATTCTGAA GATGTT . . A . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . G . . . . TATTTA . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTG T . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . NN N NN . . . . . . G GT . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . T . AATAATGA . . G A . . ATCCAGTGTTATTTGTACACATTC TTTTT . . A . .
blockSeqs : . . . . . AT . . . . . . . . . . . CTATGT . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT G . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . NN N NN . . . . . . G T . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . G . ATAAATGA . . A A . . CTAAA ATTT . . A . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . . . . . . . . . TATGTA . . . . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . TA G NN . . . . . . G T . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . CAAT . . A A . . CTAAA AATG . . A . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . . . . . . . . . TGCTA . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA G . . . . . . . AGCTAAATGTTGGATT . NN N TA . . . . . . G T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AATG . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . . . . . . . . . TATTT . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG G . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNN . NN . . . . . . G T . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TC . . . . . . . . . . . CATTT . . . . . . GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG G . . . . . . . GGGTC . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AC . . . . . . . . . . . GCTA . . . . . . TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATTG G . . . . . . . GGGT . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . ATTT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AC** TA G* ** AACAATAAATAATGA************* ATCCATGTATTTGTACGCATTCTAAA***************** AATGTT** *** **
originalCons : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAA-CAA--TGATAAATG---AGA-ATGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCA-G------T----------------TGAA---------GA-AA-TG--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
finalCons : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AAAC--TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAAG-AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAGAACAATAAATAATGA-------------ATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGT-A-ATCA--TTAT--CGCATCCATGTATTTGTACGCATTCTAAA-----------------GAAATGTT--TTT---GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GAGAAAAGGGAATTACTAGTATTTTGTAATTATTATCATATCCAATGTGTTTGTAAACATTCTGAATAACTTTTTGTAATTTTCTAGTCATGATCTTTAATTTCGCCACCTTTTTGGAACATGCAAAATGTTACCAATATCTTGGACACTATGTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222 22222 111111 11 11 2222222222222222222 11 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888888888888888888888888888 11 111 2222222 111 1111111 11
lowQualScore : 4 4 777 3 55 6666 3 55 55 3 44 6666 11 3 3 3 3 888888888 44 3 6 44 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 3 3 3 77 77777 555 55 222222222222222222222 0 0 4 22 1 0 33 0 33333 4 55 111111 00 3 11 1111111111111111111 44 3 3 3 3 44 3 3 55 55 3 7 3 3 4 4 4 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 7 5 99999999999999999999999999999999999999 1 5 5 6 5 5 66 66 000 9999999 333 999 0000000 5 5 88 11 5
lowQualScore : . . ... . .. .... . .. .. . .. .... .. . . . . ......... .. . . .. . . ............................................................................................ .. . . . .. ..... ... .. ..................... . . . .. . . .. . ..... . .. ...... .. . .. ................... .. . . . . .. . . .. .. . . . . . . . . ................................................................................................................................................ . . . . ...................................... . . . . . . .. .. ... ....... ... ... ....... . . .. .. .
lowQualScore : 0 0 000 6 00 4444 6 00 00 1 22 5555 55 1 1 1 1 555555555 66 3 7 66 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 1 1 1 33 77777 444 00 222222222222222222222 9 5 0 00 0 1 66 5 11111 0 55 555555 00 6 00 0000000000000000000 66 3 3 3 3 66 3 6 00 55 6 3 6 6 4 4 4 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 9 7 99999999999999999999999999999999999999 4 7 7 3 0 0 99 99 111 0000000 111 888 4444444 0 0 44 99 0
consensus : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAG-AA-CA-----A-----TAAAT------A----A----TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGCA--TCC-AG-TG-TATTTGTAC--ACATTC-TGAAGAAA-TGTTTTT-GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
Reference ( family-550 ) : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTNNNNGTNTNNCNAANNNNGNCCCNNTNAAGGNTTTTNGANTCNANNNAANNANNAGNATATTCNNNNTTGAA-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTA---AACGTTGG-AT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAANNAATCCCTATGCATANGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAG-AA-CA-----A-----TAAAT------A----A----TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGCA--TCC-A--TG-TATTTGTAC--GCATTC-TAAAGAAA-TGTTTTT-GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|1 : CTTGCATAA-CTT---CACAGT-C--AA---TTA-T--TAA--TTA--GC------TGAAA--TGCATATAT-ACGAAATTTT-ATA-AAAGATTC-CAAT-GT-T--TAATGATGTT--TA-ATGATCAT-TGCTA----TTTTTATTTTGTATATATTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACAAATAATAAGTATATTCTGTATTGAA--------AAT-GATT-G-TTATATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAA-CTA---AATGTTGGAAT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAAATAATCCCTATGCATATGAT--TCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--C-T------CAC-ATGTT--ATTGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-AC--ATT-TA--TGT-A-CATCGCTGC----C-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCC
gi|1 : cgcAAGCGCC-GTATAA-TCGGCAATCTT-CAG-AA-TA-----G-----TGAATGCCCGGA----A----TG-ATGAG-TAGTGCAAACT-CG-AACTTTGCT-A-T-A--TTAT--CGCA--TCC-AG-TG-TATTTGTAC--ACATTCGT---GAAATTGTTTTTCGT-ACTCTCT-AAC-TATA-AATCTTTG-AGGTtataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgagaagcgccgtataatcggcaatcttcagaatagtgaatgcccggaatgatgagtagtgcaaactcgaactttgctatattatcgcatccagtgtatttgtacacattcgtgaaattgtttttcgtactctctaactataaatctttgaggttatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|10 : cgccttgcataacttcacagtcaattattaattagctgaaatgcatatatacgaaattttataaaagattccaatgtttaatgatgtttaatgatcattgctatttttattttgtatatattgccaaacacgaccccattaaagatttttgaattcaacaaataataagtatattctgtattgaaaatgattgttatataccaaaataaaaatatgaaatacaactaaatgttggaattctacattcaacaagggcgataactctttctgtttcaggaaataatccctatgcatatgattcatttatctgaaaaaaatgactcacatgttattgcaaaaaagctgtactattgataacatttatgtacatcgctgccttttgaaaatcaaaatcgttttgatgctttagcctataaaacaaatatttggaggacagaaaaagcttcctcccataaatttcatattgagttggttatacgtatttggctcatgtgttacgatacgtacatgactttgcaaagtgacgtaaaatgcatcaagtgcattgttacgtaacgag-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT--G-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAT-AATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCA--------------GG-GT-CCTACATTCCACAAGGGCG-ATAACtatatatccttttagcacatgcaaaatttcatcaaaacttagacctatg
gi|11 : ataaca-A--GC----AGTGAAA--TGCTTATATAACGAAATTTT-A-A-TAAGA-TT-TG-C-TA-T--GAATG-T-TT--TA-T-GATCAAATGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAA---ATT-G-TT-TATA--CCAG-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAGG---------GT---------TACATTCCACAAGGGCG-ATAACT
gi|12 : ataacaCA-AA-CTT---CACAGT-CAGAA--AATA-T----A--T-G--GT----GGTGAAT--TGCTTATAT-ACAAGATGTC-A-A-TAAAATTT-AA-TGTG-T--TAA-G-TGTT--GA-A-GATGAATTGTTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------AACAT-TATT-A-TT-TATAT-CTAA-----ATTA---GAAATATAA
gi|13 : GCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TTTA-A--TAA--C-A--GC----AGGGAAA--TGCTTAGAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-TGTTAT--TCATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGTTA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CTAA-----TATA---AAAATAT
gi|14 : TTATCTTCTACCTCA-----AAAA--TG-A--CAT------CACAATATT--T-TGCAA-AAAGAAC---TCCAAAAAACAAATTTGTA--GTATCA-ATT-ATG-AGT-TA--TCT-A-AA--GCTGC-A-GCGCTTTG-A-A-ATTGAAATAA-TTTTGAC-C-TTGTAGCC
gi|15 : gtatagcgtATTTTGTA-A-TTA--TTAT--CATA--TCCAA--TG-TGTTTGTAA--ACATTC-TGAATAA---CTTTTT-GTAATTTTCT-AGT-CAT--GATCTTTA-ctttatagaattattgtcggcaggacaatat
gi|16 : gagaaaagggaattactagtCGTC-GTATAA-TC--CGATCTT-CAG----CA-----A-----TA-----------------------TG-GATAGT-CAA-CT-CACAACTTTGTA-AATCAG-TTATTGCGCA--TCC-A--TG-TATTTGTACCAGCATTC-TGAAGAGA-TGTTTTT-GTAACTCTCGAACA-TAT--AATCGTTGCAGGtttcgccacctttttggaacatgcaaaatgttaccaatatcttggacactatgtc
gi|17 : TCTTGCA-GA-CTTAATCACAGT-C--AATAAC-A-T---AA--T-A--GT----GATGAAA--TGCTTATAT---GACATCTT-G-T-TGAA-----------------AGTG-T-TT--AA-A-GATCAAAAGCg
gi|18 : ccctc-A-TCAA-TTAT--CGCAAATCC-GAGTGGTATTTGTAC--ATATTC-TGAAG-AA-T-TTTTT-GTAACTCTCC-ACAGTATAAAATCTTTG-AGGT
gi|19 : AAAAT--ATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATGCAAGCTATTTAACGTTGC-ATACCT--ATTCCGCAAGAACACATAACT
gi|2 : TGCA-AAACTT---CACAGT-C--AA--ATT--T--TAA--T-ATCGC----GGTGAAAAATG-TTATAT-ACCAAATTTT-A-A-TAATATTT-TA-T-TTAT--TA----T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---GAAAAT--ATT-GGTC-TATA--C-AA-----AATA---AAACTAT-AN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATGGA--CTT------CACAATGTT--A-TGTAA-GAAAAAC---T-----------------A--CTATTG-A---ATA-ATT-TAATTATGA-CA--GCTGCAA-AC-TTTTG-AAA-ATACAAATCG-TTTTGAT-GTTTTTAGCC
gi|2 : gcttaGCGCCCGT-TAAGTC--CAATCTTTCAG-AA------------------T------A----A----TGAATGAGATAGT-CAAATTCCACAACTTTGTA-A-TCATGTTAT---GCA--TCC-AG-TGTTATTTGTAC--ACATTC---GAG-AA-TGGTTTT-GTAACT-TCT-AC---AT--AATCTTTG-AGtactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcccgttaagtccaatctttcagaataatgaatgagatagtcaaattccacaactttgtaatcatgttatgcatccagtgttatttgtacacattcgagaatggttttgtaacttctacataatctttgag
gi|20 : gcttatgcaaaacttcacagtcaaattttaatatcgcggtgaaaaatgttatataccaaattttaataatattttatttattattttaagatcaaatgctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgaaaatattggtctatacaaaataaaactatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatggacttcacaatgttatgtaagaaaaactactattgaataatttaattatgacagctgcaaacttttgaaaatacaaatcgttttgatgtttttagcctactatcaaacacaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-
gi|21 : ACAATGTT--A-TGCAA-GAAAATC---T---------------GTA--CTATTA-ATA-ATT-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATattcttagt
gi|22 : AAAAT-GATT-G-TT-TATATACCAA-----AACA---AAAATACGAA--ATGCAAGCTA---
gi|23 : AAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-tttaattttg
gi|24 : ----TGAATGAGATAGT-CAAACT-CGCAACTTTG
gi|3 : TCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--A-TA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCT-ATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT--A-T-TT-TATTAATG-T-T----A-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-CA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCC-AGAGCAATTT
gi|3 : cAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAG-AAACA-----AAATGATAAAT------A----AGATATGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGC-----------------------------C-TAAAGAAA-TG--TTT-GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacgccgtatgatcggcaatcttcagaaacaaaatgataaataagatatgaatgagatagtcaaactcacaactttgtaatcattatcgcctaaagaaatgtttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|4 : ctcttgcaaacttcacagtcaaatattaatagcggtgaaatgctatatatggaattttaaaaagatttattttattaatgttaagatcaaatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaatgattgtttataccaaaataaagatatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatgactccacaatgttaagcaagaaaaactgtactattgataataatttatgtacagctgcagcttttgaaaatcaaaatcgttttgatgttttagccagagcaatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--ACTA-T--TAA--T-A--GC----GGTGAAA--TGCTTATAT-ATGGAATTTT-A-A-AAAGATTT-TA-T-TT-T--TAATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAGATATGAN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAAAATG-A--CTC------CACAATGTT--A-AGCAA-GAAAAAC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGCCA-G--TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-TTTTAGCCAAGAGCAATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGCC-GTATGA-TCGGCAATCTT-CAGAAA-CAAAATGA-----TAAAT------AAGATA----TGAATGAGATAGT-CAAACT-CACAACTTTGTA-A-TCA--TTAT--CGC-----------------------------C-TAAAGAAA-TG--TTT-GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGT
gi|5 : CAGTTC--AA--ACTA-TATTAAGAT-A--GCCCGAGATGGAAATTGCTTATAT-ACGAATTTTT-A-ACTCAGATTTCTA-T-GT-A--TAATG-T-CTTATA-A-AATTCAATGC
gi|5 : taaaatgct-----GAAAATTGATTTG-TA-TATA--GCAA-----AAAA---AAAAAAAGAATNNNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNATG-A--CTTAAGTATTACAATGTT--A-TGCAA--AAAAGCACTT---------------GTGAGCTATTGTATAGATA-ATCATA--TGT-AACA--GCTGCCAAGCATTTTGGAAA-ATCAAA-TCG-TTTTGATAG-TTTTAggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggaaaattgatttgtatatagcaaaaaaaaaaaaagaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgacttaagtattacaatgttatgcaaaaaagcacttgtgagctattgtatagataatcatatgtaacagctgccaagcattttggaaaatcaaatcgttttgatagttttaaggcctttataaaac
gi|6 : taaaatgctcagttcaaactatattaagatagcccgagatggaaattgcttatatacgaatttttaactcagatttctatgtataatgtcttataaaattcaatgcggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgCTTGCA-AA-CTT---CACAGT-C--AA--TCTA-T--TAT--T-A--GC----G-TGAA---TGCTTATAT-ACGAAATTTTTA-A-AAAGATTC-CA-T-TT-T--TGATG-T-TT--TA-A-GATCAAATGCTA----TTTTTATTTTTGTAGTTTGCCAAACACGACCCCATTAAAGATTTTTGAATTCAACACAAATAATAAGATATTTATATT---------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAA-----AATA---AAAATATGAA--ATACAAGCTA---AATGTTGG-AT-TCTACATTCAACAAGGGCG-ATAACTCTTTCTGTTTCAGGAATAAATCCCTATGCATAGGGTTATCATTTATCTGA-----AAAAAATG-A--CTT------CACAATGTT--A-TGCA---AAAAGC---T---------------GTA--CTATTG-ATA-ACA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTGC---AC-TTTTG-AAA-ATCAAAATCG-TTTTGAT-G-CTTTAGCCaggcctttataaaac
gi|7 : A-AA-CTT---CACAGT-C--AT--ACAACT--T----T-A--GC----GGTGAAAG-TGCTTATAT-ACGAAATTTT-A-A-TAAGATTT-TA-T-GTAT--TAATG-T-TT--TAGA-GATCAAATGCTA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GAAAAT-GATT-G-TT-TATA--CCAAATAAAAATATGAANNNNNNNNN--NNNNNNNNNN---NNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNAAATG-AAACTT-------ACAATGTTGTA-TGCAA-GAAAAGC---T---------------GTA--C-ATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT---CA--GC-GCAA-GC-TTTTG-ACA-ATCATAATt
gi|8 : ---T---------------GCA--ACATTG-ATA-ATA-ATT-TA--TGT-A-CA--GCTG-TA-AC----TG-AAAGATCAAAATCG-TTTTTGT-G-TTTa
gi|8 : GCGCC-GTATAA-TCTGCAATTTT-CAG-A---------------TAAAT-----------------GAATGAGATAGT-CAAACT-C-CAACTTTGTATA-TCA--TTAT--CGCA--TCC-AG-TG-TATTTGTAC--ACATTC-TGAAG-AT-TTTTTTT-GTAACTCTCT-ACA-TAT--AATCTTTG-AGGTgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtataatctgcaattttcagataaatgaatgagatagtcaaactccaactttgtatatcattatcgcatccagtgtatttgtacacattctgaagattttttttgtaactctctacatataatctttgaggt
gi|9 : tgcaacattgataataatttatgtacagctgtaactgaaagatcaaaatcgtttttgtgtttgcctctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATG-A--CTT------AACAATGTTTTA-TGCAAAGAAAAACG--T---------------GAA--CTATTG-ATA-ATACATT-TA--TGT-A-CA--AGTGCAA-GC-TTTTG-AAA-ATCAAAATTGTTTTTGAT-G-TTTTAGCC
gi|9 : GCGCC-GTATA--TCGGCAATCTT-CAG-Atctataaacaatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgccgtatatcggcaatcttcagataatgatg