lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1 111 22222222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 111111 22
lowQualScore : 33 33 2 44444444444 22 4 99 3 0 3333 99999 1 1 1 222 555 1 66 1 77777777777777777777777 1 1 44 33 1 1 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 33333 4 333333 3 33 55 2
lowQualScore : .. .. . ........... .. . .. . . .... ..... . . . ... ... . .. . ....................... . . .. .. . . .. .......................................................................................................... .. ..... . ...... . .. .. .
lowQualScore : 44 44 5 99999999999 66 3 22 8 0 5555 66666 5 5 5 777 222 5 55 5 99999999999999999999999 5 5 88 77 5 5 77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 33333 7 222222 5 22 99 7
consensus : CCCAATTT--A--GC-TTG---CN--T---TTTTCC--CCAA-TA-ATAAAATT----AGGAAATG---A-A-AACG-CA---TTTG---A-A--AAA-A--N---A---------A--A---CA-TT-CG-A--T-G-TGAA--TAATA-TACAT------TACATC--AGAC-TTAA-CAA-----A---G--AGTTATGGGA-AT--GATG--A-TT----T--AGAT-A-GAATA-ATT------ATTG-A-A--AA-ATTTTAGAAG-G-T---TAAAGAA--AATA-AGATG-TGTA
Reference ( gi|2 ) : CCCAATTT--A--GC-TTG---CT--T---TTTTCC--CCAG-TA-ATGAAATT----AGGAAATG---A-A-AACG-CA---TTTG---A-A--AAA-A--T---A---------T--A---CA-TT-CG-A--T-G-TGAA--TAATA-TACAT----G-TACATC--AGGC-TTAA-CAA-----A---A--AGTTATGGGA-AG--GATG--A-TT----T--AGAT-A-GTATA-ATT-CATTTATTG-A-A--AA-ATTCTAGAAG-G-T---TAAAGAA--AAT--AGATG-TGTAT
gi|3 : CCCAATTT--A--AC-TTG----T--C---TTTTCC--CCAA-TA-ATAAAATT----AGAAATTG---A-A-AACG-CA---TTAG---A-A--AAA-A--A---A---------A--C---CA-TT-TG-A--T-G-TGAA--TAATA------------TATATC--AGAC-TAAA-CAA-----A---G--AGCCATAGGA-AT--GATG--A-GT----T--AGGT-A-GAGTA-ATT-----------G-A--AA-ATATTAGAAG-G-T---AAAAGAA--AATA-AGATG-TGTA
gi|1 : cCCCAATTT--A--GC-TTG---CG--T---TTTTCC--C-AA-TA-ATAAAATT----AGGAAAGT---A-A-TACA-CA---TTTG---A-A--AAA-AATT---A---------A--A---CA-TT-CG-A--T-G-TGAA--CAATA-TACAT------TAAA----AGAC-TTAT-AAAGAGCTA---G--AGCTATGGGA-AT--GATG--A-TT----T--AGAT-ACATGTA-A----AATAATTG-A-A--AA---TTTAGAAG-G-TAA-CAAAGAA--AATA-AGATG-TGTAaa
gi|25 : CCCAATTT--A--AC-TTG---CA--C---TTT-CC--CCAA-TA-ATAAGATT----AGGAAATC---A-A-AACG-CA---TTTGA--A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CA-TT-TG-A--T-G-TGAA--TAATA------------TACATT--GGAC-TTAA-CAA-----A---A------------------ATG--ATTT----T--AGAT-A-GAATA-ATT-aaata
gi|4 : CCCAATTT--A--GC-TTA---CA--T---TTTTCT--C-AA-TA-ATAAAATT----AGGAAATG---A-A-AACG-CA----TTGAA-A-A--AAA-A--T---A---------A--A---AA-TT-TT-A--T-G-TGAA--TAATA------------TACATC--AGAC-TTTA-CAA-----G---ACTAA-TATAGAC-AATTGAT---A-TT----T--AGAT-A-GAATA-ATT-------------A--GA-ATATTAGAAG-C-T---TAAAAAA--TAT--AGATA-AGTAgaaaa
gi|22 : cCCAAATTT--A--AC-TTG---CA--C---TTT-CC--CCAA-TA--TAAGATT----AGGAAATC---A-A-A-CG-CA---TTTGAA-A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CA-TT-TGAA--T-G-TGAA--TAATA-TA----------ACATT--GGAC-TTAA-CAA-----A---A--AAT---------G--AAT-----TT----T--AGAT-A-GAATATATT-
gi|23 : cccCCAAATTT--A--AC-TTG---CA--C---TTTCCC--C-------ATAAGATT----AGGAAATC---A-A-A-CG-CA---TTTGAA-A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CATTT-CG-A--T-G-TGAA--TAATACTACA----------GTT--GGAC-TTAA-CAA-----A---A------------------ATG--A-TT----TTAAGAT-A-GAATA--------CTATTG-A-A--Aga
gi|12 : ccCCCCAGTT--A--GC-TC--------C---ATTTAC--CCA--TG-ATAAAATTTAATAGGTAA-G---A-A-AAC--CA---TTTG---A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CA-TT---------------------A--ACAT----G-TATA----AGAC-T-AA-CAA-----A---T--AGTTAAGGGA-AT--GATG--A-TT----T--AGAT-A-GAATA----------ATTG-A-A--AA-TTTTT----GCG-T---GAAAGAA--AATA-AGATG-TGTA
gi|15 : cCCCAATTG--A--GC-TTG---CA--T---TTTTCC--CCAA-TA-ATGAA--------------------A-AAC--CA---ATT-------------------------------------CA-TT-CG-GATT-G-CGAA--TAATACTAAGC----A-TACATC--ACACCTTAA-CAA-----A---G--AGTTATGGGA-AT----TG--A-TTGGACT--AGAT-A-G---A-A------TTATTG-A-A--AATATTATA
gi|28 : tCCCAATTTTAA--GC-TTA---CTGGTACATTTTCC--CCGA-TA-ATAGAATT----AGGAAATG---A-A-AACG-CA---TTTG---G-A--AAA-A--tgtaaaataaagtcta
gi|17 : cCCCAATTT--A---C-TTGGCACT--T-------CC--CCAA-TA--T-AGATT----AGGAAATC---A-A-AACG-CA---TTTGA--A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CA-TT-TC-G--T-G-TGAAT-TAATA-TA-AC----A-GA-ATT--GGAC-TTAA-CAA-----A---A------------------ATG--ATTT----T--AGAT-A-GAATA--------CTATTG-G-A--A----TCGAGAAat
gi|7 : CCCAATGT--A--GCGTTG---CT--T---TGTTCC--CATA-TA-ATGCA-TC------GAAA-G---G-A-AATG-CA---TTTG---A-A--AAA-A---------------------------T-CG-A--TGG-TGAA--TAATA-CACA------------C--AAGA-CTAA-CAG-----A---G--AATTACGGGA-TT--GATC--A-TT----T--ATAT---GAATA-CTC-TA-TTATAGCA-ATTAA-GTTCTAct
gi|6 : cCAATTT--A--GC---A---AT--T---T----C--CAAA-TG-GTAAAATT----AGGAAAGG---A-A-AATG-CA---TTTGA--A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CA-TT-CG-A--T-G-TGAATTTAATA-TACATAAGAG-TG-ATA--AGAC-TTCA-CCG-----A---A----TTATAGGA-AT--GATA--A-TT----T--AGAT-G-G-ATA-AT--------TTG-AGA--AG-ATT-----AG-G-TGG-GAAAAAA--AAT--AAAatagaatatttaaaataa
gi|13 : CAATTT--A--GT-TTG---CC--T---TTTTCT----AA-TC-ATAAAATT----AAGAAATT---A-A-AACG-CA---TTT----A-A--AAT-A--C---A---------C--A---CA-TT-CA-A--T-G-TGAA--TGATA-T-CA--------ACA----AGAT-TT---CGA-----G---A--ACT-----GA-A---AAT-----TT----T--AGAT-------------------TTG---A--AA-ATTTTAGAAG-G-T---TAAA-AA--AATA-AGATG-TGat
gi|29 : CAACTT--A--GT-TTG---CA--T---TCTTCC--C-AA-TT-ATAAAGTT----AGGAAATG---A-A-TACA-CA---TTTC---A-A--AAACA--T---A---------A--A---CA-Tgaagataaa
gi|18 : tATTT--A--GC-TTG---TA--T---TTTTCC--CAAA--A-ATAAAAAT----CAGAAAGG---A-A-AATA-CA---TTTG---A-AC-AAA-A--A---A---------TTAA---CA-TT-CA-G--T-G-TGAG--TAATA-TACAT----A---------AGAT-TTGA-CAA-----A---G--AGTTAAGGGA-AT--GATA--A-TT----T--GGAT-T-GAATA-ATT-
gi|14 : TTT--AAGGT-TTG---CC--TG--TTTTCTAATCAA-TA-A--AAATT----AAGAAATT---A-A-AACG-CA---TTT----A-A--AAT-A--C---A---------C--A---CA-TTCCA-A--T-G-TGAA--TAA-A-TAT----------CAAC--AAGA-TTTT-CGA-----G---A--AAT----GAA-AA--AAT-----TT----T--AGAT-------------------TTG---A--AA-ATTTTAGAAG-G-T---TATAAAA--AATA-AGATA-TGtgacaag
gi|9 : TTTC--CCAA-TT-ATAAAATT----AGGAAATGAAAA-A-AATG-TA---TTTG---A-A--CAA-A--A---A---------T--AAT-CA-TT-CA-A--T-G-TG-A--T--TA-TCCGT------TAAATTAAAGCC-TTAACCAA-----A---G--AGTTATAGTA-AT--GATG--A-TT----T--AGAG-A-G---A-ATT-----------G-A--AA-ATTTTAAAAG-G-A---TGAA----------AGATG-TGTA
gi|11 : TTC--CCAA-TT-ATAAAATT----AGGAAATGAAAA-A-AATG-TA---TTTG---A-A--CAA-A--A---A---------T--AAT-CA-TT-CA-A--T-G-TG-A--T--TA-TCCGT------TAAATTAAAGCC-TTAACCAA-----A---G--AGTTATAGTA-AT--GATG--A-TT----T--AGAG-A-G---A-ATT-----------G-A--AA-ATTTTAAAAG-G-A---TGAA----------AGATG-TGTAaaataaa
gi|10 : C--CCAA-TATAT--AGTT----AGGAAAGG---A-A-AAAG-CA---TTTG---A-ATTAAA-A--A---A---------A--A---TA-TT-CC-AG-T-G-TG-A--TGATA-TAC-T----C-TAAAGC--A----TT----AA-----G---A--AGTTATGGAATAT--GATG--A-TTA---A--AGAT-A-GAATA----------ATTG-A-A--AA-----TAGAGG-G-T-----AAAAA--ATT--AGATG-TGTaaataaa
gi|16 : ccaattcagtC--CCAGATA-AATAAAT-----AGGAAA-G---A-A-AAAG-TA---TTTA---ATA--AAA-A--A---A---------A--A---AA-TT-C------------A--TAATA-TA---------TAC--T--AGAA-TTAA-GA---------------TTATGGAA-----TATG--A-CT----T--AAAT-A-GAATA-ATT---------G-A-A--AA----TTAGAAG-G-T----AAAGAA--AAT--A-ATA-TGTtgaa
gi|8 : agatC--CCAA-TATAT--AATT----AGGAAA-G---A-ATAAAG-TAAATTCTGAATA-A--AAA-A--A---A---------A--A---TA-TT-C--A--T-G-TGAA--TGATA----AT----C-TA-----------TGAA------------------TTATGGGA-AT--GA-G--A-TT----A--AGATAA-GAATA----------ATTG-A-A--A----TTTAGAAG-G-G---TAAAGAA--AATAAAGATGCTGTctgaaataag
gi|24 : ccaattcagatTAAAATT----TTGAAAGG---A-A-AATGGCA---TT-G---A-A--AAA-A--A---A------------A---CA-TT-CA-A--T-G-GGAA---AATA-TACA------------C--AGAC-CTA--CAA-----G---A--TATCATGGGA-AT--TAAG--A-TT----T--AGAT-A-GAATA-ACT-gaaaataag
gi|5 : ATT----AGGAAAGG---AGA-AAAG-TA---TTTG---A-AT-AAA-A--TCAAA---------A--G---TA-CT-CA-G--T-G-TGAT--TGATA-TA--T----C-TA------AGAA-TTAA-------------G--AGTTATGGGA-AT--TATGTAG-TT----A--AGAT-A-GAATA-ATT-----------G-A--AA-ATTTTAGTAGCG-G---TAAAGGAATAATA-AGATG-TGTgaaaacagaaaataagatttttaaaata
gi|31 : agagtcccaattcgtatat----AGGAAATG---A-A-AATG-CA---TCTGAA-A-A--AAA-A--T---A---------A--A---CA-TT-AG-A--T-G-TGgaaataa
gi|20 : tcccaatttagcttgG---A-G-AAAG-TA---TTTG---A-AT-AAA-A--A---A---------G--A---TA-TT-CA-G--T-G-TGAA--TGATA-TA--T----C-TA------AGAA-TTAA-TGA-------------GTTATTGGA-A----ATG--A-TTA---T--AGAT-A-CAATA-ATT---------G-A-A--AA----TTAGAAG-G-G---TAAAGAA--AATA-AGATG-TGT
gi|26 : cagag---A-A-AATG-CA---TTTG---A-A--AAA-A--A---AAGAACAACGT--T---CA-TT-CA-A--T-G-TGAA--TAATA-TACAC-------AC------GAC-TTAA-------------G--AGTTATGGGA-AT--GATG--A-TT----T--AGAT-A-GGATA-A----AT-------G-A--AA-ATTTTAAAAG-G-TTAATAAAGAA--gaaataag
gi|19 : ctt---A-A--AAA-A--T---AATAA-----T--AACTCA-TT-CG-A--T-GGTGAA--TAATA-------------ACGTC--AAAC-TTAT-CCA-----ACAGA--AGTTATGGAA-AT--GTTG--A-TT----T--AGAG-A-GAATA-ATTGAATATATT-------AA-GT----GAAG-GAT---TAAGAAA--AATA-AGATG-TGT
gi|27 : c---CA-TT-TG-A--T-G-TGAA--TATTA-TCCAT----AATACAT---A----TTAA-CAA-----A---G--CGTTATGAAA-AT--GATG--A-TT----T--CAAT-A-GAACA-ATT-------------A--AA-ATTTGAGAAT-G-T---TAAAGAA--AATA-AGATG-TGTAtgaatttaaa
gi|30 : -G-TGAA--TAATG-TACA---------CA----AAAC-TTTA-CAA-----A---A--AGTTATGGCA-AT--GATG--A-TT----T--AGAT-A-GAATA-ATT-aaataa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAATTCAGCTCCCAATATATTAATTAGGGAAAGGAGGAAAGTACTTGAAAAAATAAAACATTTTCATGTTTGAATAATAGTGGGAATGGATGGAAATTTAGAAGGGTAAAGAAAATAAGATGTGCCGAAATAAGG
Alignments
lowQualScore : 11 111 55555555555555555555555 2222222222222 11111
lowQualScore : 33 33 2 2 8888888 3 22 6 333 3333 6 1 33 555 1 222 11 1 222 33 777 22 555555555555555 11 33 1 55 33 1 33 33 55555555555555555555555 44 1 77777777777777 1 22 11 1 1 1 333 444444 6666 1 1 222 9999999999999 666 22 77 333 3 33333 0 22 2 2 2
lowQualScore : .. .. . . ....... . .. . ... .... . . .. ... . ... .. . ... .. ... .. ............... .. .. . .. .. . .. .. ....................... .. . .............. . .. .. . . . ... ...... .... . . ... ............. ... .. .. ... . ..... . .. . . .
lowQualScore : 11 11 2 2 1111111 4 44 3 666 3333 0 4 44 000 4 555 77 4 888 33 666 00 666666666666666 99 33 4 22 44 4 33 44 00000000000000000000000 11 5 88888888888888 6 00 99 5 5 1 444 333333 1111 5 5 666 2222222222222 111 00 88 222 8 22222 2 66 0 0 4
consensus : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----AC-AA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
Reference ( family-528 ) : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA--A--NA--A-----A---------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----AC-AA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|1 : CCCAATTT--A--GC-TTG-CG--T---TTTTCC--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAAGTA-A--TA---CA-CA---TTTG--A-A---AAA--AATTA--A-----A---------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--CAATA-TA--CAT--TA----A---A--AGA--C-TTA----TA-AAGAGCTAGAGC--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-CATGTAAA----A-----TAATTG-A-A--AA---TTTA---GAAG-G-TAA-CAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|10 : C--CCAATA---TATAGTT----AGGAAAGGA-A--AA---AG-CA---TTTG--A-ATT-AAA--A--AA--A-----A---------T--A--TT-CC-AG-T-G--TG-A--TGATA-TA--CTC--TA----A---AGCA------TTA----AG-A--------AGT--TATGGA-ATA-TGATG--A------TTA---A-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-----TA---GAGG-G-T------AAAA--AAT-T-AGATG-TGTaaata
gi|11 : ccaattcagtTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AAAAATG-TA---TTTG--A-ACA-AAA--A--TA--A-----T---------C--A--TT-CA-A--T-G--TGA---T--TA-TC--CGT--TA----A---ATTAAAGCC-TTA----ACCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGAGA-GA------------------ATTG---A--AA-ATTTTA---AAAG-G-A---TGA----------A-AGATG-TGTAtgaa
gi|12 : CCCCAGTT--A--GC-T---CC--A---TTTACC--C--ATG-A-TAAAATTTAATAGGTAA-GA-A--AA---C--CA---TTTG--A-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT--A-A--C-A--TG-------TA-TA--------------------AGA--C-T-A----AC-AA-----ATAGT--TAAGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-TTTTT-------GCG-T---GAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTAaaataaa
gi|13 : cCAATTT--A--GT-TTG-CC--T---TTTTCT----AATC-A-TAAAATT----AAGAAATTA-A--AA---CG-CA---TTT---A-A---AAT--A--CA--C-----A---------C--A--TT-CA-A--T-G--TGAA--TGATA-T---CA----A----C---A--AGA--T-TT------C--G-----AGAAC----TGAA-A-A-T-------------TT----T-AGAT-----------------------TTG---A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAA-AA--AAT-A-AGATG-TG
gi|14 : TTT--AAGGT-TTG-CC--TG--TTTTCTAATCAATA-A---AAATT----AAGAAATTA-A--AA---CG-CA---TTT---A-A---AAT--A--CA--C-----A---------C--A--TTCCA-A--T-G--TGAA--TAA-------------A----T---ATCA-A--C------------A-----AGATT--TTCGAG-A-A---ATG--AAAAAATTT----T-AGAT-----------------------TTG---A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TATAAAA--AAT-A-AGATA-TGgaagataaa
gi|15 : CCCAATTG--A--GC-TTG-CA--T---TTTTCC--CCAATA-A-TGAAA-------------------AA---C--CA---ATT-------------------------------------C--A--TT-CG-GATT-G--CGAA--TAATACTAAGCAT---A----C---ATCACA--CCTTA----AC-AA-----AGAGT--TATGGG-A-A-T--TG--A------TTGGACT-AGATA-G------A----A-----TTATTG-A-A--AATATTATA---
gi|16 : tTCC--CAGATA-AATAAA--T----AGGAAA-GA-A--AA---AG-TA---TTTA--ATA---AAA--A--AA--A-----A---------A--A--TT-C-------------A--TAATA-TA--TAC--TA------------GA--A-TTA----A----------GA-T--TATGG--A-A-T-ATG--A------CT----T-AAATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA----TTA---GAAG-G-----TAAAGAA--AAT-A-ATATG-tgtaaaataaagtcta
gi|17 : agaCCCAATTT--A---C-TTGGCA--C---TT--CC--CCAATA---TAGA-TT----AGGAAATCA-A--AA---CG-CA---TTTGA-A-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT-TC-G--T-G--TGAAT-TAATA-TA--------A----CAGAATTGGA--C-TTA----AC-AA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGATA-GA---AT-----A-----CTATTG-G-A--Actgaaataag
gi|18 : ATTT--A--GC-TTG-TA--T---TTTTCC--CAAA-A-A-TAAAAAT----CAGAAAGGA-A--AA---TA-CA---TTTG--A-AC--AAA--A--AATTA-----A---------C--A--TT-CA-G--T-G--TGAG--TAATA-TA--CAT------------A--AGA--T-TTG----AC-AA-----AGAGT--TAAGGG-A-A-TGATA--A------TT----T-GGATT-GA---ATA----A-----T--TTG-A-C--AA-tcgagaact
gi|19 : --A-A---AAA--A--TA--ATAATAA---------CTCA--TT-CG-A--T-GG-TGAA--TAATA-----------A----C---GTCAAA--C-TTATCCAAC-AG-----A-AGT--TATGGA-A-A-TGTTG--A------TT----T-AGAGA-GA---ATA----A-----TTG------A--AT-ATATTAAGTGAAG-GAT---TAAGAAA--AAT-A-AGATG-TGTg
gi|2 : cCCCAATTT--A--GC-TTG-CT--T---TTTTCC--CCAGTA-A-TGAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA--A--TA--T-----A---------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CATG-TA----C---ATCAGG--C-TTA----AC-AA-----AAAGT--TATGGG-A-A-GGATG--A------TT----T-AGATA-GT---ATA----ATTCATTTATTG-A-A--AA-ATTCTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT---AGATG-TGTAtgaatttaaa
gi|20 : GA-G--AA---AG-TA---TTTG--A-AT--AAA--A--AA--G-----A---------T--A--TT-CA-G--T-G--TGAA--TGATA-TA--T-C--TA-----------AGA--A-TTA----AT---------GAGT--TATTGG-A-A---ATG--A------TTA---T-AGATA-CA---ATA----A-----TT---G-A-A--AA----TTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTt
gi|21 : cagagCAATTC--A--GC-T----------------C--CCAATATA-TTAA-TT----AGGGAAAGG-AGGAA---AG-TA---CTTG--A-A---AAA--AT-AA--A-----A---------C--ATTTT-C--A--T-GTTTGAA--TAATA-gaaataag
gi|21 : TG-G-A--AA---TTTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGgtgggaatggatggaaatttagaagggtaaagaaaataagatgtgccgaaataagg
gi|22 : caattcagctcccaatatattaattagggaaaggaggaaagtacttgaaaaaataaaacattttcatgtttgaataatagtgggaatggaCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA---TAAGATT----AGGAAATCA-A--A----CG-CA---TTTGAAA-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT-TGAA--T-G--TGAA--TAATA-TA--------A----C---ATTGGA--C-TTA----AC-AA-----AAAAT-------G-A-A-T-------------TT----T-AGATA-GA---ATA-----------TATTG-A-ccgaaataagg
gi|23 : cccCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTTCCC--C------A-TAAGATT----AGGAAATCA-A--A----CG-CA---TTTGAAA-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--AT-TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATACTA--CA-------------GTTGGA--C-TTA----AC-AA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----TAAGATA-GA---AT-----A-----CTATTG-A-A--A
gi|24 : cc-TAAAATT----TTGAAAGGA-A--AA---TGGCA---TT-G--A-A---AAA--A---A--A-----A---------C--A--TT-CA-A--T-G--GGAA---AATA-TA--CA---------------CAGA--C-CTA-----C-AA-----GATAT--CATGGG-A-A-TTAAG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ACTG-A-A--A-----------------------ACAGAA--AAT-A-AGAT
gi|25 : CCCAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA-A-TAAGATT----AGGAAATCA-A--AA---CG-CA---TTTGA-A-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--T------------GGA--C-TTA----AC-AA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-ttttaaaata
gi|26 : A-A--AA---TG-CA---TTTG--A-A---AAA--A--AA--A-----GAACAACGTTC--A--TT-CA-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CA---CA----C-------GA--C-TT---------A-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GG---ATA----A-------AT---G-A--AA-ATTTTA---AAAG-G-TTAATAAAGAA--
gi|27 : ctt---------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TATTA-TC--CATAATA----C---AT---A----TTA----AC-AA-----AGCGT--TATGAA-A-A-TGATG--A------TT----T-CAATA-GA---ACA----A-----TT-------A--AA-ATTTGA---GAAT-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|28 : CCCAATTTTAA--GC-TTA-CTGGTACATTTTCC--CCGATA-A-TAGAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--G-A---AAA--A--aaataa
gi|29 : cCAACTT--A--GT-TTG-CA--T---TCTTCC--C-AATT-A-TAAAGTT----AGGAAATGA-A--TA---CA-CA---TTTC--A-A---AAAC-A--TA--A-----A---------C--A--Tat
gi|3 : tCCCAATTT--A--AC-TTG-TC--T---TTT-CC--CCAATA-A-TAAAATT----AGAAATTGA-A--AA---CG-CA---TTAG--A-A---AAA--A--AA--A-----C---------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TAATA----------TA----T---ATCAGA--C-TAA----AC-AA-----AGAGC--CATAGG-A-A-TGATG--A------GT----T-AGGTA-GA---GTA----A-----TT-----G-A--AA-ATATTA---GAAG-G-T---AAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|30 : c-G--TGAA--TAATG-TA--CA---------C---A--AAA--C-TTT----AC-AA-----AAAGT--TATGGC-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--Aaa
gi|31 : ----AGGAAATGA-A--AA---TG-CA---TCTGAAA-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT-AG-A--T-G--TG
gi|4 : tcccaatttagcttgCCCAATTT--A--GC-TTA-CA--T---TTTTCT--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA----TTGAAA-A---AAA--A--TA--A-----A---------A--A--TT-TT-A--T-G--TGAA--TAATA----------TA----C---ATCAGA--C-TTT----AC--A-----AGACTAATATAGACA-ATTGAT---A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TT-------A--GA-ATATTA---GAAG-C-T---TAA--AA--AAT-ATAGATA-AGTA
gi|5 : cATT----AGGAAAGGAGA--AA---AG-TA---TTTG--A-ATA-AAATCA--AA--A-----G---------T--A--CT-CA-G--T-G--TGAT--TGATA-TA--T-C--TA-----------AGA--A-TTA----A----------GAGT--TATGGG-A-A-TTATGTAG------TT----A-AGATA-GA---ATA----A-----TT-----G-A--AA-ATTTTA---GTAGCG-G---TAAAGGAATAAT-A-AGATG-TGT
gi|6 : agagtcccaattcgtatatCAATTT--A--GC-----AA--T---TT---C--CAAATG-G-TAAAATT----AGGAAAGGA-A--AA---TG-CA---TTTGA-A-A---AAA--A--TA--A-----A---------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAATTTAATA-TA--CAT--AAGAGTG---ATAAGA--C-TT------C-AC-----CGAAT--TATAGG-A-A-TGATA--A------TT----T-AGAT--GG---ATA----A-----T--TTG-AGA--AG-ATT--------AG-G-TGG-GAAAAAA--AAT-A-AAATgaaataa
gi|7 : CCCAATGT--A--GCGTTG-CT--T---TGTTCC--CATATA-A-TGCA-TC------GAAA-GG-A--AA---TG-CA---TTTG--A-A---AAA--A-----------------------------T-CG-A--TGG--TGAA--TAATA-CA--C-----A----C---A--AGA--C--TA----AC-AG-----AGAAT--TACGGG-A-T-TGATC--A------TT----T-ATAT--GA---ATACTCTA-----TTATAGCA-ATTAA-GTTCTA---ATAG-A-A---TATTTAA--AAT-A-A
gi|8 : cC--CCAATA---TATAATT----AGGAAA-GA-AT-AA---AG-TAAATTCTG--A-ATAAAAA--A--AA--A-----A---------T--A--TT-C--A--T-G--TGAA--TGATA--------------------ATC--------TA----T----------GAAT--TATGGG-A-A-TGA-G--A------TT----A-AGATAAGA---ATA----A-----TT---G-A-A--A----TTTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AATAA-AGATGCTGT
gi|9 : ccaattcagatTTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AAAAATG-TA---TTTG--A-ACA-AAA--A--TA--A-----T---------C--A--TT-CA-A--T-G--TGA---T--TA-TC--CGT--TA----A---ATTAAAGCC-TTA----ACCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGAGA-GA------------------ATTG---A--AA-ATTTTA---AAAG-G-A---TGA----------A-AGATG-TGTAgaaaataag
Alignments
lowQualScore : 11 55555555555555555555555 2222222222222 11111
lowQualScore : 33 33 2 2 8888888 3 22 6 333 3333 88888 1 33 1 222 11 55 999 1 888888 33333 6666666666 11 33 1 55 33 1 33 33 55555555555555555555555 44 1 77777777777777 1 22 11 1 1 1 333 444444 6666 1 1 222 9999999999999 666 22 77 333 3 33333 0 22 2 2 2
lowQualScore : .. .. . . ....... . .. . ... .... ..... . .. . ... .. .. ... . ...... ..... .......... .. .. . .. .. . .. .. ....................... .. . .............. . .. .. . . . ... ...... .... . . ... ............. ... .. .. ... . ..... . .. . . .
lowQualScore : 11 11 2 2 1111111 4 44 3 666 3333 44444 4 44 4 555 77 22 555 4 666666 66666 0000000000 99 33 4 22 44 4 33 44 00000000000000000000000 11 5 88888888888888 6 00 99 5 5 1 444 333333 1111 5 5 666 2222222222222 111 00 88 222 8 22222 2 66 0 0 4
consensus : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
Reference ( family-528 ) : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|1 : CCCAATTT--A--GC-TTG-CG--T---TTTTCC--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAAGT---A-A--TACA-CA---TTTG--A--A---AAA-AATT---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--CAATA-TA--CAT--TA----A---A--AGA--C-TTA----T-AAAGAGCTAGAGC--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-CATGTAAA----A-----TAATTG-A-A--AA---TTTA---GAAG-G-TAA-CAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|10 : C--CCAATA---TATAGTT----AGGAAAGG---A-A--AAAG-CA---TTTG--A--ATT-AAA-A--A---AA-----A----------T--A--TT-CC-AG-T-G--TG-A--TGATA-TA--CTC--TA----A---AGCA------TTA----A-GA--------AGT--TATGGA-ATA-TGATG--A------TTA---A-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-----TA---GAGG-G-T------AAAA--AAT-T-AGATG-TGTaaata
gi|11 : ccaattcagtTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGAAAA-A--AATG-TA---TTTG--AACA---AAA-A--T---AA-----T----------C--A--TT-CA-A--T-G--TG-A--T--TA-TC--CGT--TA----A---ATTAAAGCC-TTA----ACCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGAGA-GA------------------ATTG---A--AA-ATTTTA---AAAG-G-A---TGA----------A-AGATG-TGTAtgaa
gi|12 : CCCCAGTT--A--GC-T---CC--A---TTTACC--C--ATG-A-TAAAATTTAATAGGTAA-G---A-A--AAC--CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT--A-A--C-A--TG-------TA-TA--------------------AGA--C-T-A----A-CAA-----ATAGT--TAAGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-TTTTT-------GCG-T---GAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTAaaataaa
gi|13 : cCAATTT--A--GT-TTG-CC--T---TTTTCT----AATC-A-TAAAATT----AAGAAATT---A-A--AACG-CA---TTT---A--A---AAT-A--C---AC-----A----------C--A--TT-CA-A--T-G--TGAA--TGATA-T---CA----A----C---A--AGA--T-TT-------C-G-----AGAAC----TGAA-A-A-T-------------TT----T-AGAT-----------------------TTG---A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAA-AA--AAT-A-AGATG-TG
gi|14 : TTT--AAGGT-TTG-CC--TG--TTTTCTAATCAATA-A---AAATT----AAGAAATT---A-A--AACG-CA---TTT---A--A---AAT-A--C---AC-----A----------C--A--TTCCA-A--T-G--TGAA--TAA-------------A----T---ATCA-A--C------------A-----AGATT--TTCGAG-A-A---ATG--AAAAAATTT----T-AGAT-----------------------TTG---A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TATAAAA--AAT-A-AGATA-TGgaagataaa
gi|15 : CCCAATTG--A--GC-TTG-CA--T---TTTTCC--CCAATA-A-TGAAA----------------------AAC--CA---ATT---------------------------------------C--A--TT-CG-GATT-G--CGAA--TAATACTAAGCAT---A----C---ATCACA--CCTTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-T--TG--A------TTGGACT-AGATA-G------A----A-----TTATTG-A-A--AATATTATA---
gi|16 : tTCC--CAGATA-AATAAA--T----AGGAAA-G---A-A--AAAG-TA---TTTA--AT-A---AAA-A--A---AA-----A----------A--A--TT-C-------------A--TAATA-TA--TAC--TA------------GA--A-TTA----A----------GA-T--TATGG--A-A-T-ATG--A------CT----T-AAATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA----TTA---GAAG-G-----TAAAGAA--AAT-A-ATATG-tgtaaaataaagtcta
gi|17 : agaCCCAATTT--A---C-TTGGCA--C---TT--CC--CCAATA---TAGA-TT----AGGAAATC---A-A--AACG-CA---TTTGA-A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-TC-G--T-G--TGAAT-TAATA-TA--------A----CAGAATTGGA--C-TTA----A-CAA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGATA-GA---AT-----A-----CTATTG-G-A--Actgaaataag
gi|18 : ATTT--A--GC-TTG-TA--T---TTTTCC--CAAA-A-A-TAAAAAT----CAGAAAGG---A-A--AATA-CA---TTTG--A--ACAAAAA-A--T---TA-----A----------C--A--TT-CA-G--T-G--TGAG--TAATA-TA--CAT------------A--AGA--T-TTG----A-CAA-----AGAGT--TAAGGG-A-A-TGATA--A------TT----T-GGATT-GA---ATA----A-----T--TTG-A-C--AA-tcgagaact
gi|19 : --A--A---AAA-A--T---AATAATAA----------CTCA--TT-CG-A--T-GG-TGAA--TAATA-----------A----C---GTCAAA--C-TTATCCAA-CAG-----A-AGT--TATGGA-A-A-TGTTG--A------TT----T-AGAGA-GA---ATA----A-----TTG------A--AT-ATATTAAGTGAAG-GAT---TAAGAAA--AAT-A-AGATG-TGTg
gi|2 : cCCCAATTT--A--GC-TTG-CT--T---TTTTCC--CCAGTA-A-TGAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AT-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CATG-TA----C---ATCAGG--C-TTA----A-CAA-----AAAGT--TATGGG-A-A-GGATG--A------TT----T-AGATA-GT---ATA----ATTCATTTATTG-A-A--AA-ATTCTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT---AGATG-TGTAtgaatttaaa
gi|20 : G---A-G--AAAG-TA---TTTG--A--AT--AAA-A--A---AG-----A----------T--A--TT-CA-G--T-G--TGAA--TGATA-TA--T-C--TA-----------AGA--A-TTA----A-T--------GAGT--TATTGG-A-A---ATG--A------TTA---T-AGATA-CA---ATA----A-----TT---G-A-A--AA----TTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTt
gi|21 : cagagCAATTC--A--GC-T----------------C--CCAATATA-TTAA-TT----AGGGAAAG---G-AGGAAAG-TA---CTTG--A--A---AAA-A--TA--AA-----A----------C--ATTTT-C--A--T-GTTTGAA--TAATA-gaaataag
gi|21 : TG-G-A--AA---TTTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGgtgggaatggatggaaatttagaagggtaaagaaaataagatgtgccgaaataagg
gi|22 : caattcagctcccaatatattaattagggaaaggaggaaagtacttgaaaaaataaaacattttcatgtttgaataatagtgggaatggaCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA---TAAGATT----AGGAAATC---A-A--A-CG-CA---TTTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-TGAA--T-G--TGAA--TAATA-TA--------A----C---ATTGGA--C-TTA----A-CAA-----AAAAT-------G-A-A-T-------------TT----T-AGATA-GA---ATA-----------TATTG-A-ccgaaataagg
gi|23 : cccCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTTCCC--C------A-TAAGATT----AGGAAATC---A-A--A-CG-CA---TTTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--AT-TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATACTA--CA-------------GTTGGA--C-TTA----A-CAA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----TAAGATA-GA---AT-----A-----CTATTG-A-A--A
gi|24 : cc-TAAAATT----TTGAAAGG---A-A--AATGGCA---TT-G--A--A---AAA-A------AA-----A----------C--A--TT-CA-A--T-G--GGAA---AATA-TA--CA---------------CAGA--C-CTA------CAA-----GATAT--CATGGG-A-A-TTAAG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ACTG-A-A--A-----------------------ACAGAA--AAT-A-AGAT
gi|25 : CCCAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA-A-TAAGATT----AGGAAATC---A-A--AACG-CA---TTTGA-A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--T------------GGA--C-TTA----A-CAA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-ttttaaaata
gi|26 : ---A-A--AATG-CA---TTTG--A--A---AAA-A------AA-----AGAACAACGTTC--A--TT-CA-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CA---CA----C-------GA--C-TT---------A-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GG---ATA----A-------AT---G-A--AA-ATTTTA---AAAG-G-TTAATAAAGAA--
gi|27 : ctt----------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TATTA-TC--CATAATA----C---AT---A----TTA----A-CAA-----AGCGT--TATGAA-A-A-TGATG--A------TT----T-CAATA-GA---ACA----A-----TT-------A--AA-ATTTGA---GAAT-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|28 : CCCAATTTTAA--GC-TTA-CTGGTACATTTTCC--CCGATA-A-TAGAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--G--A---AAA-A--aaataa
gi|29 : cCAACTT--A--GT-TTG-CA--T---TCTTCC--C-AATT-A-TAAAGTT----AGGAAATG---A-A--TACA-CA---TTTC--A--A---AAACA--T---AA-----A----------C--A--Tat
gi|3 : tCCCAATTT--A--AC-TTG-TC--T---TTT-CC--CCAATA-A-TAAAATT----AGAAATTG---A-A--AACG-CA---TTAG--A--A---AAA-A--A---AA-----C----------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TAATA----------TA----T---ATCAGA--C-TAA----A-CAA-----AGAGC--CATAGG-A-A-TGATG--A------GT----T-AGGTA-GA---GTA----A-----TT-----G-A--AA-ATATTA---GAAG-G-T---AAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|30 : c-G--TGAA--TAATG-TA--CA---------C---A--AAA--C-TTT----A-CAA-----AAAGT--TATGGC-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--Aaa
gi|31 : ----AGGAAATG---A-A--AATG-CA---TCTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-AG-A--T-G--TG
gi|4 : tcccaatttagcttgCCCAATTT--A--GC-TTA-CA--T---TTTTCT--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA----TTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------A--A--TT-TT-A--T-G--TGAA--TAATA----------TA----C---ATCAGA--C-TTT----A-C-A-----AGACTAATATAGACA-ATTGAT---A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TT-------A--GA-ATATTA---GAAG-C-T---TAA--AA--AAT-ATAGATA-AGTA
gi|5 : cATT----AGGAAAGG---AGA--AAAG-TA---TTTG--A--AT--AAA-A--TCAAAA-----G----------T--A--CT-CA-G--T-G--TGAT--TGATA-TA--T-C--TA-----------AGA--A-TTA----A----------GAGT--TATGGG-A-A-TTATGTAG------TT----A-AGATA-GA---ATA----A-----TT-----G-A--AA-ATTTTA---GTAGCG-G---TAAAGGAATAAT-A-AGATG-TGT
gi|6 : agagtcccaattcgtatatCAATTT--A--GC-----AA--T---TT---C--CAAATG-G-TAAAATT----AGGAAAGG---A-A--AATG-CA---TTTGA-A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAATTTAATA-TA--CAT--AAGAGTG---ATAAGA--C-TT-------CAC-----CGAAT--TATAGG-A-A-TGATA--A------TT----T-AGAT--GG---ATA----A-----T--TTG-AGA--AG-ATT--------AG-G-TGG-GAAAAAA--AAT-A-AAATgaaataa
gi|7 : CCCAATGT--A--GCGTTG-CT--T---TGTTCC--CATATA-A-TGCA-TC------GAAA-G---G-A--AATG-CA---TTTG--A--A---AAA-A-------------------------------T-CG-A--TGG--TGAA--TAATA-CA--C-----A----C---A--AGA--C--TA----A-CAG-----AGAAT--TACGGG-A-T-TGATC--A------TT----T-ATAT--GA---ATACTCTA-----TTATAGCA-ATTAA-GTTCTA---ATAG-A-A---TATTTAA--AAT-A-A
gi|8 : cC--CCAATA---TATAATT----AGGAAA-G---A-AT-AAAG-TAAATTCTG--A--ATAAAAA-A--A---AA-----A----------T--A--TT-C--A--T-G--TGAA--TGATA--------------------ATC--------TA----T----------GAAT--TATGGG-A-A-TGA-G--A------TT----A-AGATAAGA---ATA----A-----TT---G-A-A--A----TTTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AATAA-AGATGCTGT
gi|9 : ccaattcagatTTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGAAAA-A--AATG-TA---TTTG--AACA---AAA-A--T---AA-----T----------C--A--TT-CA-A--T-G--TG-A--T--TA-TC--CGT--TA----A---ATTAAAGCC-TTA----ACCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGAGA-GA------------------ATTG---A--AA-ATTTTA---AAAG-G-A---TGA----------A-AGATG-TGTAgaaaataag
Alignments
lowQualScore : 11 55555555555555555555555 2222222222222 11111
lowQualScore : 33 33 2 2 8888888 3 22 6 333 3333 88888 1 33 1 222 11 55 999 1 888888 33333 6666666666 11 33 1 55 33 1 33 33 55555555555555555555555 44 1 77777777777777 1 22 11 1 1 1 333 444444 6666 1 1 222 9999999999999 666 22 77 333 3 33333 0 22 2 2 2
lowQualScore : .. .. . . ....... . .. . ... .... ..... . .. . ... .. .. ... . ...... ..... .......... .. .. . .. .. . .. .. ....................... .. . .............. . .. .. . . . ... ...... .... . . ... ............. ... .. .. ... . ..... . .. . . .
lowQualScore : 11 11 2 2 1111111 4 44 3 666 3333 44444 4 44 4 555 77 22 555 4 666666 66666 0000000000 99 33 4 22 44 4 33 44 00000000000000000000000 11 5 88888888888888 6 00 99 5 5 1 444 333333 1111 5 5 666 2222222222222 111 00 88 222 8 22222 2 66 0 0 4
consensus : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
Reference ( family-528 ) : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|1 : CCCAATTT--A--GC-TTG-CG--T---TTTTCC--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAAGT---A-A--TACA-CA---TTTG--A--A---AAA-AATT---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--CAATA-TA--CAT--TA----A---A--AGA--C-TTA----T-AAAGAGCTAGAGC--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-CATGTAAA----A-----TAATTG-A-A--AA---TTTA---GAAG-G-TAA-CAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|10 : C--CCAATA---TATAGTT----AGGAAAGG---A-A--AAAG-CA---TTTG--A--ATT-AAA-A--A---AA-----A----------T--A--TT-CC-AG-T-G--TG-A--TGATA-TA--CTC--TA----A---AGCA------TTA----A-GA--------AGT--TATGGA-ATA-TGATG--A------TTA---A-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-----TA---GAGG-G-T------AAAA--AAT-T-AGATG-TGTaaata
gi|11 : ccaattcagtTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGAAAA-A--AATG-TA---TTTG--AACA---AAA-A--T---AA-----T----------C--A--TT-CA-A--T-G--TG-A--T--TA-TC--CGT--TA----A---ATTAAAGCC-TTA----ACCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGAGA-GA------------------ATTG---A--AA-ATTTTA---AAAG-G-A---TGA----------A-AGATG-TGTAtgaa
gi|12 : CCCCAGTT--A--GC-T---CC--A---TTTACC--C--ATG-A-TAAAATTTAATAGGTAA-G---A-A--AAC--CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT--A-A--C-A--TG-------TA-TA--------------------AGA--C-T-A----A-CAA-----ATAGT--TAAGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-TTTTT-------GCG-T---GAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTAaaataaa
gi|13 : cCAATTT--A--GT-TTG-CC--T---TTTTCT----AATC-A-TAAAATT----AAGAAATT---A-A--AACG-CA---TTT---A--A---AAT-A--C---AC-----A----------C--A--TT-CA-A--T-G--TGAA--TGATA-T---CA----A----C---A--AGA--T-TT-------C-G-----AGAAC----TGAA-A-A-T-------------TT----T-AGAT-----------------------TTG---A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAA-AA--AAT-A-AGATG-TG
gi|14 : TTT--AAGGT-TTG-CC--TG--TTTTCTAATCAATA-A---AAATT----AAGAAATT---A-A--AACG-CA---TTT---A--A---AAT-A--C---AC-----A----------C--A--TTCCA-A--T-G--TGAA--TAA-------------A----T---ATCA-A--C------------A-----AGATT--TTCGAG-A-A---ATG--AAAAAATTT----T-AGAT-----------------------TTG---A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TATAAAA--AAT-A-AGATA-TGgaagataaa
gi|15 : CCCAATTG--A--GC-TTG-CA--T---TTTTCC--CCAATA-A-TGAAA----------------------AAC--CA---ATT---------------------------------------C--A--TT-CG-GATT-G--CGAA--TAATACTAAGCAT---A----C---ATCACA--CCTTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-T--TG--A------TTGGACT-AGATA-G------A----A-----TTATTG-A-A--AATATTATA---
gi|16 : tTCC--CAGATA-AATAAA--T----AGGAAA-G---A-A--AAAG-TA---TTTA--AT-A---AAA-A--A---AA-----A----------A--A--TT-C-------------A--TAATA-TA--TAC--TA------------GA--A-TTA----A----------GA-T--TATGG--A-A-T-ATG--A------CT----T-AAATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA----TTA---GAAG-G-----TAAAGAA--AAT-A-ATATG-tgtaaaataaagtcta
gi|17 : agaCCCAATTT--A---C-TTGGCA--C---TT--CC--CCAATA---TAGA-TT----AGGAAATC---A-A--AACG-CA---TTTGA-A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-TC-G--T-G--TGAAT-TAATA-TA--------A----CAGAATTGGA--C-TTA----A-CAA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGATA-GA---AT-----A-----CTATTG-G-A--Actgaaataag
gi|18 : ATTT--A--GC-TTG-TA--T---TTTTCC--CAAA-A-A-TAAAAAT----CAGAAAGG---A-A--AATA-CA---TTTG--A--ACAAAAA-A--T---TA-----A----------C--A--TT-CA-G--T-G--TGAG--TAATA-TA--CAT------------A--AGA--T-TTG----A-CAA-----AGAGT--TAAGGG-A-A-TGATA--A------TT----T-GGATT-GA---ATA----A-----T--TTG-A-C--AA-tcgagaact
gi|19 : --A--A---AAA-A--T---AATAATAA----------CTCA--TT-CG-A--T-GG-TGAA--TAATA-----------A----C---GTCAAA--C-TTATCCAA-CAG-----A-AGT--TATGGA-A-A-TGTTG--A------TT----T-AGAGA-GA---ATA----A-----TTG------A--AT-ATATTAAGTGAAG-GAT---TAAGAAA--AAT-A-AGATG-TGTg
gi|2 : cCCCAATTT--A--GC-TTG-CT--T---TTTTCC--CCAGTA-A-TGAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AT-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CATG-TA----C---ATCAGG--C-TTA----A-CAA-----AAAGT--TATGGG-A-A-GGATG--A------TT----T-AGATA-GT---ATA----ATTCATTTATTG-A-A--AA-ATTCTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT---AGATG-TGTAtgaatttaaa
gi|20 : G---A-G--AAAG-TA---TTTG--A--AT--AAA-A--A---AG-----A----------T--A--TT-CA-G--T-G--TGAA--TGATA-TA--T-C--TA-----------AGA--A-TTA----A-T--------GAGT--TATTGG-A-A---ATG--A------TTA---T-AGATA-CA---ATA----A-----TT---G-A-A--AA----TTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTt
gi|21 : cagagCAATTC--A--GC-T----------------C--CCAATATA-TTAA-TT----AGGGAAAG---G-AGGAAAG-TA---CTTG--A--A---AAA-A--TA--AA-----A----------C--ATTTT-C--A--T-GTTTGAA--TAATA-gaaataag
gi|21 : TG-G-A--AA---TTTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGgtgggaatggatggaaatttagaagggtaaagaaaataagatgtgccgaaataagg
gi|22 : caattcagctcccaatatattaattagggaaaggaggaaagtacttgaaaaaataaaacattttcatgtttgaataatagtgggaatggaCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA---TAAGATT----AGGAAATC---A-A--A-CG-CA---TTTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-TGAA--T-G--TGAA--TAATA-TA--------A----C---ATTGGA--C-TTA----A-CAA-----AAAAT-------G-A-A-T-------------TT----T-AGATA-GA---ATA-----------TATTG-A-ccgaaataagg
gi|23 : cccCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTTCCC--C------A-TAAGATT----AGGAAATC---A-A--A-CG-CA---TTTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--AT-TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATACTA--CA-------------GTTGGA--C-TTA----A-CAA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----TAAGATA-GA---AT-----A-----CTATTG-A-A--A
gi|24 : cc-TAAAATT----TTGAAAGG---A-A--AATGGCA---TT-G--A--A---AAA-A------AA-----A----------C--A--TT-CA-A--T-G--GGAA---AATA-TA--CA---------------CAGA--C-CTA------CAA-----GATAT--CATGGG-A-A-TTAAG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ACTG-A-A--A-----------------------ACAGAA--AAT-A-AGAT
gi|25 : CCCAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA-A-TAAGATT----AGGAAATC---A-A--AACG-CA---TTTGA-A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--T------------GGA--C-TTA----A-CAA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--AA-ttttaaaata
gi|26 : ---A-A--AATG-CA---TTTG--A--A---AAA-A------AA-----AGAACAACGTTC--A--TT-CA-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CA---CA----C-------GA--C-TT---------A-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GG---ATA----A-------AT---G-A--AA-ATTTTA---AAAG-G-TTAATAAAGAA--
gi|27 : ctt----------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TATTA-TC--CATAATA----C---AT---A----TTA----A-CAA-----AGCGT--TATGAA-A-A-TGATG--A------TT----T-CAATA-GA---ACA----A-----TT-------A--AA-ATTTGA---GAAT-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|28 : CCCAATTTTAA--GC-TTA-CTGGTACATTTTCC--CCGATA-A-TAGAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--G--A---AAA-A--aaataa
gi|29 : cCAACTT--A--GT-TTG-CA--T---TCTTCC--C-AATT-A-TAAAGTT----AGGAAATG---A-A--TACA-CA---TTTC--A--A---AAACA--T---AA-----A----------C--A--Tat
gi|3 : tCCCAATTT--A--AC-TTG-TC--T---TTT-CC--CCAATA-A-TAAAATT----AGAAATTG---A-A--AACG-CA---TTAG--A--A---AAA-A--A---AA-----C----------C--A--TT-TG-A--T-G--TGAA--TAATA----------TA----T---ATCAGA--C-TAA----A-CAA-----AGAGC--CATAGG-A-A-TGATG--A------GT----T-AGGTA-GA---GTA----A-----TT-----G-A--AA-ATATTA---GAAG-G-T---AAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|30 : c-G--TGAA--TAATG-TA--CA---------C---A--AAA--C-TTT----A-CAA-----AAAGT--TATGGC-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA------------ATTG-A-A--Aaa
gi|31 : ----AGGAAATG---A-A--AATG-CA---TCTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-AG-A--T-G--TG
gi|4 : tcccaatttagcttgCCCAATTT--A--GC-TTA-CA--T---TTTTCT--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA----TTGAAA--A---AAA-A--T---AA-----A----------A--A--TT-TT-A--T-G--TGAA--TAATA----------TA----C---ATCAGA--C-TTT----A-C-A-----AGACTAATATAGACA-ATTGAT---A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TT-------A--GA-ATATTA---GAAG-C-T---TAA--AA--AAT-ATAGATA-AGTA
gi|5 : cATT----AGGAAAGG---AGA--AAAG-TA---TTTG--A--AT--AAA-A--TCAAAA-----G----------T--A--CT-CA-G--T-G--TGAT--TGATA-TA--T-C--TA-----------AGA--A-TTA----A----------GAGT--TATGGG-A-A-TTATGTAG------TT----A-AGATA-GA---ATA----A-----TT-----G-A--AA-ATTTTA---GTAGCG-G---TAAAGGAATAAT-A-AGATG-TGT
gi|6 : agagtcccaattcgtatatCAATTT--A--GC-----AA--T---TT---C--CAAATG-G-TAAAATT----AGGAAAGG---A-A--AATG-CA---TTTGA-A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAATTTAATA-TA--CAT--AAGAGTG---ATAAGA--C-TT-------CAC-----CGAAT--TATAGG-A-A-TGATA--A------TT----T-AGAT--GG---ATA----A-----T--TTG-AGA--AG-ATT--------AG-G-TGG-GAAAAAA--AAT-A-AAATgaaataa
gi|7 : CCCAATGT--A--GCGTTG-CT--T---TGTTCC--CATATA-A-TGCA-TC------GAAA-G---G-A--AATG-CA---TTTG--A--A---AAA-A-------------------------------T-CG-A--TGG--TGAA--TAATA-CA--C-----A----C---A--AGA--C--TA----A-CAG-----AGAAT--TACGGG-A-T-TGATC--A------TT----T-ATAT--GA---ATACTCTA-----TTATAGCA-ATTAA-GTTCTA---ATAG-A-A---TATTTAA--AAT-A-A
gi|8 : cC--CCAATA---TATAATT----AGGAAA-G---A-AT-AAAG-TAAATTCTG--A--ATAAAAA-A--A---AA-----A----------T--A--TT-C--A--T-G--TGAA--TGATA--------------------ATC--------TA----T----------GAAT--TATGGG-A-A-TGA-G--A------TT----A-AGATAAGA---ATA----A-----TT---G-A-A--A----TTTA---GAAG-G-G---TAAAGAA--AATAA-AGATGCTGT
gi|9 : ccaattcagatTTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGAAAA-A--AATG-TA---TTTG--AACA---AAA-A--T---AA-----T----------C--A--TT-CA-A--T-G--TG-A--T--TA-TC--CGT--TA----A---ATTAAAGCC-TTA----ACCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGAGA-GA------------------ATTG---A--AA-ATTTTA---AAAG-G-A---TGA----------A-AGATG-TGTAgaaaataag
blockSeqs : TA AG G G TGGTACA T AA C AA TAAT TGAAA G GG G AAT AA AC CAA C TCAA TAATA GAACAACGTT TC TT C GA AT G TT TT TACATAAGAGTGATA GC C TCCAACAG G AA AC T T G GTA AAAAAT GGAC A A . ATTCATTTA AG TT TA AGT C TTAA AT A T C
blockSeqs : . . . . CTG A . C TA . TGAAA . T . . AA AC TAA . TA . . . T . C G . G T CTAAGCATACATC GC . ACCAA T . A . . G G . A . . . CTCTATTA CA . A . C TGG . . . .
blockSeqs : . . . . CA T . C A . GG . . . . AA T TT . A . . . . . A . . . . TACATGTACATC . . ACCAA G . T . . G G . A . . . ATTA A . T . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . CT T . C A . TT . . . . AA . T . T . . . . . A . . . . TCCATAATACAT . . ACAA G . G . . G G . . . . . ACTA A . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . AT T . A A . TT . . . . A . T . T . . . . . A . . . . TACTCTAAAGC . . ACAA G . A . . G G . . . . . ATTG A . A . . A . . . .
blockSeqs : . . . . AC T . C A . TC . . . . A . . . C . . . . . A . . . . TCCGTTAAATT . . ACAA G . G . . G G . . . . . ACTA A . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . AT T . A A . GG . . . . A . . . C . . . . . G . . . . TCCGTTAAATT . . ACAA G . G . . G G . . . . . ATT G . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . TT T . C A . TG . . . . . . . . A . . . . . C . . . . TAACAGAATT . . ACAA A . G . . G A . . . . . ATT A . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . AC C . C A . AG . . . . . . . . T . . . . . A . . . . CTACAGTT . . ACAA G . A . . T G . . . . . ATT A . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . AC T . C A . TC . . . . . . . . T . . . . . G . . . . TATACTA . . ACAA A . G . . G G . . . . . ATT A . A . . G . . . .
blockSeqs : . . . . AC T . C A . TC . . . . . . . . T . . . . . G . . . . TAACATT . . ACAA A . G . . G G . . . . . ATT G . A . . G . . . .
blockSeqs : . . . . AT T . C A . GG . . . . . . . . T . . . . . A . . . . TACACAC . . ACAA G . G . . G G . . . . . ATT A . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . CT T . C A . TC . . . . . . . . A . . . . . G . . . . TCAACA . . ACAA G . G . . G G . . . . . AT A . A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . AT T . A A . TG . . . . . . . . T . . . . . A . . . . TACATA . . ACAA G . G . . G G . . . . . TA A . G . . T . . . .
blockSeqs : . . . . AT . . A A . TG . . . . . . . . T . . . . . G . . . . TATCTA . . ACAG A . A . . G G . . . . . AA A . A . . G . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . C G . TG . . . . . . . . T . . . . . A . . . . TACATT . . AGA G . G . . T G . . . . . AT G . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C A . TG . . . . . . . . T . . . . . G . . . . TATATC . . CAA G . C . . G A . . . . . A G . . . . G . . .
blockSeqs : . . . A . TG . . . . . . . . A . . . . . G . . . . TACACA . . ACA G . G . . G C . . . . . A A . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . G . . . . TACATC . . CAC G . G . . G G . . . . . A G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . T . . . . TATCTA . . CG G . G . . G G . . . . . A A . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . T . . . . . A . . . . CACACA . . AT G . G . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . A . . . . . G . . . . ATATC . . A . . T . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . T . . . . . G . . . . ACGTC . . A . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . TACAC . . A . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATC . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : T***** TACATC***************** ACAA********** *** ATT********** A* N****
originalCons : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATA-TA--CAT--TA----C---ATCAGA--C-TTA----A-CAA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATA----A-----TTATTG-A-A--AA-ATTTTA---GAAG-G-T---TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
finalCons : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATG---A-A--AACG-CA---TTTG--A--A---AAA-AT-----AA-----A----------C--A--TT-CG-A--T-G--TGAA--TAATATACATC-----------------AGA--C-TTAACAA----------AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATA-GA---ATAATT----------TTG-A-A--AAA-TTTTA---GAAG-GN----TAAAGAA--AAT-A-AGATG-TGTA
Alignments
lowQualScore : 11 111 111111 111111111111111111111 1111111111111111 2222222222 1111
lowQualScore : 33 33 2 2 8888888 3 22 6 333 3333 6 1 33 555 1 222 00 1 333 1 000000 33333 6666666666 11 33 666 33 1 33 33 555 111111111111111111111 1 666666 22 3333 3333333333333333 0 22 1 1 2 333 444444 5555 1 444444 1 3333333333 1 4444 555 3 9999 0 1 22 2 2 2
lowQualScore : .. .. . . ....... . .. . ... .... . . .. ... . ... .. . ... . ...... ..... .......... .. .. ... .. . .. .. ... ..................... . ...... .. .... ................ . .. . . . ... ...... .... . ...... . .......... . .... ... . .... . . .. . . .
lowQualScore : 11 11 2 2 1111111 4 44 3 666 3333 0 4 44 000 4 555 33 4 333 4 000000 66666 0000000000 99 33 999 44 4 33 44 000 444444444444444444444 4 555555 00 0000 0000000000000000 9 00 4 4 9 555 111111 9999 4 111111 4 5555555555 0 4444 222 8 5555 3 9 88 1 1 4
consensus : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TTC-G-A--T-G--TGAA--TA---ATA-------T-AC---A-TN---A-GA--C---T--TA----A-----C-AA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------TA-GAATAATT------TTGAAAA-ATTTTA---GAAG-G---NTAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTA
Reference ( family-528 ) : CCCAATTT--A--GC-TTG-CN--T---TTTTCC--CCAATA-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TTC-G-A--T-G--TGAA--TA---ATA-------T-AC---A-TC---A-GA--C---T--TA----A-----C-AA-----AGAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------TA-GAATAATT------TTGAAAA-ATTTTA---GAAG-G---NTAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|1 : CCCAATTT--A--GC-TTG-CG--T---TTTTCC--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAAGTA-A--TA---CA-CA---TTTG--A-A---AAA-AATT---AA-----A----------C--A--TTC-G-A--T-G--TGAA--CA---ATA-------T-AC---A-TTAAAA-GA--C---T--TA----T-----A-AAGAGCTAGAGC--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGATACATGTA-AAATAA--------TTGAAAA---TTTA---GAAG-GTA-ACAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|10 : C--CCAATA---TATAGTT----AGGAAAGGA-A--AA---AG-CA---TTTG--A-ATT-AAA-A--A---AA-----A----------T--A--TTC-C-AG-T-G--TG-A--TG---ATA-------T-AC-----TCTAAA-GC--A---T--TA----A-----G-A--------AGT--TATGGA-ATA-TGATG--A------TTA---A-AGA------TA-GAATAA--------TTGAAAA-----TA---G-AG-G---GTAA---AA--AAT-T-AGATG-TGTaaata
gi|11 : ccaattcagtTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AAAAATG-TA---TTTG--A-ACA-AAA-A--T---AA-----T----------C--A--TTC-A-A--T-G--TGAT--TATCCGT--------T-AA---A-TT---A-AAGCC---T--TA----A-----CCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------GA-GAA-----------TTG-AAA-ATTTTA---AAAG-G---ATGA-----------A-AGATG-TGTAtgaa
gi|12 : CCCCAGTT--A--GC-T---CC--A---TTTACC--C--ATG-A-TAAAATTTAATAGGTAA-GA-A--AA---C--CA---TTTG--A-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TT-------------------A---ACA-------T-GT---A-TA---A-GA--C---T---A----A-----C-AA-----ATAGT--TAAGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------TA-GAATAA--------TTGAAAA-TTTTT-------GCG---TGAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTAaaataaa
gi|13 : cCAATTT--A--GT-TTG-CC--T---TTTTCT----AATC-A-TAAAATT----AAGAAATTA-A--AA---CG-CA---TTT---A-A---AAT-A--C---AC-----A----------C--A--TTC-A-A--T-G--TGAA--TG---ATA-------T--------------------------CA----A-----C-AA------GATT--T-CGAG-A-ACTGAAA--A------TT----T----------TA-GA-----T------TTGAAAA--TTTTA---GAAG-G---TTAAA--AA--AAT-A-AGATG-TG
gi|14 : TTT--AAGGT-TTG-CC--TG--TTTTCTAATCAATA-A---AAATT----AAGAAATTA-A--AA---CG-CA---TTT---A-A---AAT-A--C---AC-----A----------C--A--TTCCA-A--T-G--TGAA--TA---A-----------AT---A-TC---A------------------A-----C-AA------GATT--TTCGAG-A-A---ATG--AAAAAATTT----T-AGA------T----------------TTGAAAA--TTTTA---GAAG-G---TTATAA-AA--AAT-A-AGATA-TGgaagataaa
gi|15 : CCCAATTG--A--GC-TTG-CA--T---TTTTCC--CCAATA-A-TGAAA-------------------AA---C--CA---ATT--------------------------------------C--A--TTC-G-GATT-G--CGAA--TA---ATACTAAGCAT-AC---A-TC---A-CA--CC--T--TA----A-----C-AA-----AGAGT--TATGGG-A-A-T--TG--A------TTGGACT-AGA------TA-GAAT--TA------TTGAAAATATTATAT--GTAA-A---ATAAAG-
gi|16 : tTCC--CAGATA-AATAAA--T----AGGAAA-GA-A--AA---AG-TA---TTTA--ATA---AAA-A--A---AA-----A----------A--A--TTC--------------A--TA---ATA-------T-AT---A-CT---A-GA--A---T--TA----A---------------GA-T--TATGG--A-A-T-ATG--A------CT----T-AAA------TA-GAATAA--------TTGAAAA----TTA---GAAG-G----TAAAG-AA--AAT-A-ATATG-tcta
gi|17 : agaCCCAATTT--A---C-TTGGCA--C---TT--CC--CCAATA---TAGA-TT----AGGAAATCA-A--AA---CG-CA---TTTGA-A-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TTT-C-G--T-G--TGAAT-TA---ATA-------TAACAGAA-TT---G-GA--C---T--TA----A-----C-AA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGA------TA-GAATACTA------TTGGAActgaaataag
gi|18 : ATTT--A--GC-TTG-TA--T---TTTTCC--CAAA-A-A-TAAAAAT----CAGAAAGGA-A--AA---TA-CA---TTTG--A-ACAAAAA-A--T---TA-----A----------C--A--TTC-A-G--T-G--TGAG--TA---ATA-------T-AC---A-TA---A-GA--T---T--TG----A-----C-AA-----AGAGT--TAAGGG-A-A-TGATA--A------TT----T-GGA------TT-GAATAATT------Ttcgagaact
gi|19 : --A-A---AAA-A--T---AATAATAA----------CTCA--TTC-G-A--T-GG-TGAA--TA---ATA---------AC---G-TC---A-AA--C---T--TATCCAA-----C-AG-----A-AGT--TATGGA-A-A-TGTTG--A------TT----T-AGA------GA-GAATAATT---------GAAT-ATATTAAGTGAAG-G---ATTAAGAAA--AAT-A-AGATG-TGTgacaag
gi|2 : cCCCAATTT--A--GC-TTG-CT--T---TTTTCC--CCAGTA-A-TGAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA-A--T---AT-----A----------C--A--TTC-G-A--T-G--TGAA--TA---ATATACATG-T-AC---A-TC---A-GG--C---T--TA----A-----C-AA-----AAAGT--TATGGG-A-A-GGATG--A------TT----T-AGA------TA-GTATAATTCATTTATTGAAAA-ATTCTA---GAAG-G---TTAAAG-AA--AAT---AGATG-TGTAtgaatttaaa
gi|20 : GA-G--AA---AG-TA---TTTG--A-AT--AAA-A--A---AG-----A----------T--A--TTC-A-G--T-G--TGAA--TG---ATA-------T-AT---C-TA---A-GA--A---T--TA----A-----T---------GAGT--TATTGG-A-A---ATG--A------TTA---T-AGA------TA-CAATAATT--------GAAAA----TTA---GAAG-G---GTAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTt
gi|21 : cagagCAATTC--A--GC-T----------------C--CCAATATA-TTAA-TT----AGGGAAAGG-AGGAA---AG-TA---CTTG--A-A---AAA-A--TA--AA-----A----------C--ATTTTC---A--T-GTTTGAA--TA---ATA---------------------------------------------------------------GTGGG-A-A-TG---------------------GA------TG-GA--AATT------T------------A---GAAG-G---GTAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGgaaataag
gi|22 : CCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA---TAAGATT----AGGAAATCA-A--A----CG-CA---TTTGAAA-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TTT-GAA--T-G--TGAA--TA---ATA-------TAAC---A-TT---G-GA--C---T--TA----A-----C-AA-----AAAAT-------G-A-A-T-------------TT----T-AGA------TA-GAAT-ATA------TTGAccgaaataagg
gi|23 : cccCCAAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTTCCC--C------A-TAAGATT----AGGAAATCA-A--A----CG-CA---TTTGAAA-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--AT-TTC-G-A--T-G--TGAA--TA---ATAC------T-AC---AGTT---G-GA--C---T--TA----A-----C-AA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----TAAGA------TA-GAATACTA------TTGAAA
gi|24 : cc-TAAAATT----TTGAAAGGA-A--AA---TGGCA---TT-G--A-A---AAA-A------AA-----A----------C--A--TTC-A-A--T-G--GGAA---A---ATA-------T-AC---A--C---A-GA--C---C--TA----------C-AA-----GATAT--CATGGG-A-A-TTAAG--A------TT----T-AGA------TA-GAATAA--------CTGAAA----------------------ACAG-AA--AAT-A-AGAT
gi|25 : CCCAATTT--A--AC-TTG-CA--C---TTT-CC--CCAATA-A-TAAGATT----AGGAAATCA-A--AA---CG-CA---TTTG--A-A---AAA-AA-T---AA-----A----------C--A--TTT-G-A--T-G--TGAA--TA---ATA-------T-AC---A-TT---G-GA--C---T--TA----A-----C-AA-----A-------------A-A-TGAT----------TT----T-AGA------TA-GAATAA--------TTGAAAA-ttttaaaata
gi|26 : A-A--AA---TG-CA---TTTG--A-A---AAA-A------AA-----AGAACAACGTTC--A--TTC-A-A--T-G--TGAA--TA---ATA-------T-AC---A--C---ACGA--C---T--TA----A---------------GAGT--TATGGG-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------TA-GGATAAAT---------GAAA-ATTTTA---AAAG-GTTAATAAAG-AA--
gi|27 : ctt----------C--A--TTT-G-A--T-G--TGAA--TA---TTA-------T-CC---A-TA---A-TA--CATAT--TA----A-----C-AA-----AGCGT--TATGAA-A-A-TGATG--A------TT----T-CAA------TA-GAACAATT----------AAA-ATTTGA---GAAT-G---TTAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|28 : CCCAATTTTAA--GC-TTA-CTGGTACATTTTCC--CCGATA-A-TAGAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA---TTTG--G-A---AAA-A--aaataa
gi|29 : cCAACTT--A--GT-TTG-CA--T---TCTTCC--C-AATT-A-TAAAGTT----AGGAAATGA-A--TA---CA-CA---TTTC--A-A---AAACA--T---AA-----A----------C--A--Tat
gi|3 : tCCCAATTT--A--AC-TTG-TC--T---TTT-CC--CCAATA-A-TAAAATT----AGAAATTGA-A--AA---CG-CA---TTAG--A-A---AAA-A--A---AA-----C----------C--A--TTT-G-A--T-G--TGAA--TA---ATA-------T-AT---A-TC---A-GA--C---T--AA----A-----C-AA-----AGAGC--CATAGG-A-A-TGATG--A------GT----T-AGG------TA-GAGTAATT---------GAAA-ATATTA---GAAG-G---TAAAAG-AA--AAT-A-AGATG-TGTA
gi|30 : c-G--TGAA--TA---ATG-------T-AC---A-CA---A-AA--C---T--TT----A-----C-AA-----AAAGT--TATGGC-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------TA-GAATAA--------TTGAAAaa
gi|31 : ----AGGAAATGA-A--AA---TG-CA---TCTGAAA-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TTA-G-A--T-G--TG
gi|4 : tcccaatttagcttgCCCAATTT--A--GC-TTA-CA--T---TTTTCT--C-AATA-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AA---CG-CA----TTGAAA-A---AAA-A--T---AA-----A----------A--A--TTT-T-A--T-G--TGAA--TA---ATA-------T-AC---A-TC---A-GA--C---T--TT----A-----C--A-----AGACTAATATAGACA-ATTGAT---A------TT----T-AGA------TA-GAATAATT----------AGA-ATATTA---GAAG-C---TTAA---AA--AAT-ATAGATA-AGTA
gi|5 : cATT----AGGAAAGGAGA--AA---AG-TA---TTTG--A-AT--AAA-A--TCAAAA-----G----------T--A--CTC-A-G--T-G--TGAT--TG---ATA-------T-AT---C-TA---A-GA--A---T--TA----A---------------GAGT--TATGGG-A-A-TTATGTAG------TT----A-AGA------TA-GAATAATT---------GAAA-ATTTTA---GTAGCG---GTAAAG-GAATAAT-A-AGATG-TGT
gi|6 : agagtcccaattcgtatatCAATTT--A--GC-----AA--T---TT---C--CAAATG-G-TAAAATT----AGGAAAGGA-A--AA---TG-CA---TTTGA-A-A---AAA-A--T---AA-----A----------C--A--TTC-G-A--T-G--TGAATTTA---ATA-------T-AC---A-TA---A-GA--G---TGATA----AGACTTC-AC-----CGAAT--TATAGG-A-A-TGATA--A------TT----T-AGA------T--GGATAATT------TGAGAAG-A--TTA---GGTG-G---G-AAAA-AA--AAT-A-AAATgaaataa
gi|7 : CCCAATGT--A--GCGTTG-CT--T---TGTTCC--CATATA-A-TGCA-TC------GAAA-GG-A--AA---TG-CA---TTTG--A-A---AAA-A-------------------------------TC-G-A--TGG--TGAA--TA---ATA-------C-AC---A-CA---A-GA--C------TA----A-----C-AG-----AGAAT--TACGGG-A-T-TGATC--A------TT----T-ATA------T--GAATA
gi|8 : cC--CCAATA---TATAATT----AGGAAA-GA-AT-AA---AG-TAAATTCTG--A-ATAAAAA-A--A---AA-----A----------T--A--TTC---A--T-G--TGAA--TG---ATA--------------A-TC----------------TA----T---------------GAAT--TATGGG-A-A-TGA-G--A------TT----A-AGA------TAAGAATAATT--------GAAA----TTTA---GAAG-G---GTAAAG-AA--AATAA-AGATGCTGTctctattatagcaattaagttctaatagaatatttaaaataa
gi|9 : ccaattcagatTTTC--CCAATT-A-TAAAATT----AGGAAATGA-A--AAAAATG-TA---TTTG--A-ACA-AAA-A--T---AA-----T----------C--A--TTC-A-A--T-G--TGAT--TATCCGT--------T-AA---A-TT---A-AAGCC---T--TA----A-----CCAA-----AGAGT--TATAGT-A-A-TGATG--A------TT----T-AGA------GA-GAA-----------TTG-AAA-ATTTTA---AAAG-G---ATGA-----------A-AGATG-TGTAgaaaataag