lowQualScore : 11111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 222222222 00000000000000000000 1111 1 1111111 11 1 1111 111111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22222222 111 11 111 22 11111 222 111 1111 555555555555555555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 2222222222222222 1 1 1 3333333333333 2
lowQualScore : 2222 77 1 5 888888888 1 99999999999999999999 5 5 3333 9 0 5 5 2222222 5 0 888 777 00 5 2 1111 3 9999 4 4 777777777 777777 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 9999 7 2 55 22222222 1 0 1 2 4 2 0 666 22 66 66 7 000 9999 2 5 3 99 77 3 6 55555 3 111 1 111 3 4444 666666666666666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3333333333333333 4 2 0 55 4 4 55 4 55 4 1 3 7 0 3 4 4 6 2222222222222 5 1 5 8
lowQualScore : .... .. . . ......... . .................... . . .... . . . . ....... . . ... ... .. . . .... . .... . . ......... ...... . ................................................................................................................................................................................................................................ . .... . . .. ........ . . . . . . . ... .. .. .. . ... .... . . . .. .. . . ..... . ... . ... . .... ..................... .......................................................................................................................... . ................ . . . .. . . .. . .. . . . . . . . . . ............. . . . .
lowQualScore : 1111 44 7 7 444444444 4 44444444444444444444 1 0 4444 9 8 0 0 2222222 0 2 888 111 11 2 2 6666 7 4444 4 4 888888888 222222 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 4444 0 0 44 77777777 0 1 3 7 4 2 8 111 22 11 11 0 888 9999 5 7 5 22 22 5 7 22222 0 888 0 777 7 2222 777777777777777777777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222222222222222 0 0 4 55 4 0 55 0 55 0 9 6 8 2 0 4 4 2 7777777777777 0 2 7 6
consensus : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC-AGTTCCGAATA-ATTN------AAGTTTGATGAG----TGAA-AACTT---TCTTC-TCGT--G-CGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAA---T--N--T----TG-----TT-----------AGCTCCTT---AA---G-A-G--G--GAGTGCTT------AATT-C---CC---G-AAAATCCGCC-ATGTTTGTTTTNT----------GA---------AA------GGACG----C----CCTCATTTTCAAGAC--TG---A-A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTTT------GNAGA---TCTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAGTCCAAATTT-TATTCTTCTTT--AGATG--C--AT--TTTCTAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AA-AATCGAT-G----CAAGGCACNAAAAT--AGGC---GTCTTT----TTCGTCG---------------------TCATAGAAA------------A------------C-------------T-----------T---T---------------G------------TG---------AGA--TA-------T------------TTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TNTA---T------T-GTTGG-TATGG--AAAAA-TGGT--TT-C--A-AACACG-TAACGTAGA-G-ATAAT-A--T---CCCAGT-CTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
Reference ( gi|6 ) : TAGTTCCGAATAGTTT----TCT-AGTTCCGAATA-ATTA------AAGTTTGATAAGCCCGTGAA-A-------TCCTC-TCGT--A-CGAAACTATTAAATAA-AA-CATCACGGTGAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTC-AAACAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAA---T--G--A----T------TT-----------AG---------AA---G-A-G--G--GAGTGCTT------AA---C---CC---G-AAAATCAGCC-ATGCTTGTTTTAT----------GA---------AA------GG------------CCTCATTTTCAAGAC--TG--GA-A--AAGT-CTATAA---ATGAACAGTTTT------GTACA---TCTGCATA----AGTTATGCGTGATTCTTCAGATAAAAGATAAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATTCAAATTT-TATTCTTCTTT--TGATA--C--AT--TCTCTGC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AA-TATCGAT-G----TAAGGCACAAAAAA--AGGT---GTCTTT----TTCGTCG---------------------TCATAGAAA------------A------------T-------------T-----------T---T---------------G------------TG---------AGA--TA-------T------------TTAAAGTAACAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGG--AAATA-TGGT--TT-C--A-AACATG-TAATGTATA-G-ATGAT-A--C---CCCA-T-CTAAAACTACCCTATTCG-GAACCAGGCAA
gi|4 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC-AGTTC----TACATTA-----------TGAT-------TGAA-------------CATCAT--G-CAAAA---TTAAA--A-AG-CATCATGATAAT-AATTTTTTAAAATCCTTCATC--TGTTTAAACAATTCTTTATT--G-TTCGT----AAATT-TA----------TGAGCATTGGCGCA-TGAA---T----------T------TTGTTGCTCCTTCAA---------AA---G-ATG--G--GAGTGCTT------AA---TTTGCC---G-AAAATCCACC-ATGTTTGTTTTAT----------GAGAAAATCAGAA------AGCCC---------CCTCATTTTCAAGATG-TG--AATA--AAGT----------ATGAATGGTTTTTTTTTAATAGA---TGTACACA----AATTATGCATGATTCTTTAGA-----------------TTCTAGAATTTTATTTCACTCCAAATTT-TA---TTCTTT--AGATG--C--AT--TTTCTAC-CCCTGTGAATAG---GGGTCATTCGGAA-CTGGT--AA-AATCAAC-A----TAAGGCACATAGAT--ATGT---TTCTTT----TTCGTCG---------------------TCATAGAAACACTAGATGGTGA------------C-------------T-----------T---TTACAAAAACTATTTTG------------TG---------AGA--TA-------T------------TTAGAGTAAAAAGT------------------------TTGG-TATTG--AGAAA-TGAT--TT-C--A-AACATG-TAAAGTAGA-G-ACGAT-A--T---CCTAGT-CTAAAAATACCCTATTCG-GATCTACGCAA
gi|2 : ttgccTAGTTCCGAATAGTTT----TCC-ACTTCCGAATA-CTTT------AATTTCGAGGAG----TGAA-AACTTTA-TCTTC-TCGT--A-CGAAATTATCAAATAA-AA-CATTATGATAAT-ACACTTT---AATCCTTTAAT--T---------ATT-TGTTAT--A-TTCAT----AA-TTCTAC---------TGAGT------GCA-TGGA---T--T--T----TG-----TT-----------AGCTCCTT---AA---A-ATGTTG--GAGTGCCT------AATTTC---CC---G-AAAATCCGCC-ACGTTTGTTTTCT----------GA---------AAATATTGGGAAGCCC------CCTCATTTTCCAGA--------------GGT-TTATACGGTATGAACGGTTTT------GAAGA---TCTATCTA----AACTATGCTTGATTCTTCAGTTGAAAGATCAAA----TTTCTAAAAATGTATTTCAATCCTAATTT-AATTCTCCTTT--AGGTG--C--AG--TTTCATA-CCCTGCCAATGG---AAGCTATTTGGAA-C-GGT--AA--ATCGTT-G----CAAAACTCAAGAAT--AGGTTGGGTTTTT----TTTGTGG---------------------TCATAGAAA------------AACTAGAGGTGACT-------------TTAGAATAATTAT---T---------------A------------TG---------AAA--TA-------T------------TTAGAGTAAAAGGTTC-AA--TTTA---T------T-GTTGG-TA-GG--AAAAA-TGGT--TT-C--A-AACACG-CAACGTAGA-G-AT-AT-ATTT---TCAA-T-CTGGAA-TACCCTTTTGG-GAACTAGGatg
gi|1 : TAGTTCCGA-TAGTTTATTTCCC-AGTTCCGAATA-TTTA------AAGTTTAATGA-----TTAA-ACTTTAT-TCTTT-TCGTTCG-CGAAATTATTAAATAA-AAACATTATGATAATTAAACTTT---AATCTTTCATTCTTGCT-AAATAATTCT-CAAT--T-TTTTTGTTTAT-TT-TAC---------TGAGCC-----GCAATGATGT-T--G--A----TAGCTCCTT-----------AA---------AAA--G-A-A--C--GAGTGTTT------ATTT-C---CC---G-AAAATTCCCC-ATG-TTGTTTTAT----------GA---------AA------AATCGAAAACT---CCTCATTTC--AGACGATA--AA-G--AAGT--TATGA---ATTGAT--TTCT------ATAGA---TCTACATA----AATTATG-ATGGTTCTTCAGATGAA-GATCTAAGTTTTTTCTATGTTTTTATTTCAATTCAAATTTCTATTCTTCTTT--AGATG--C--ATCTTTTCTAC-CCATTTGAATAT---TGGCTATTCGGAAACTGGTTTAA-AATCGATTG----CAAGGCACCAAAAATTGGGC---GTCTTTTTCGTTCATCATAGAAACTCTAGATGGGTGACTTATACAGA------------ACTACGGG-----T-------------T-----------T---T---------------G------------TG---------AGT--TA-------T------------TTAAAGAAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------TAATTGGAAATGG--AAAAA-TTATTATT-C--A-AACACG-TAACG-ATAGG-ATGAT-A--TTCACTCAGT-CTAAAAATTCCCTATTCGTAAACTAGCCAAagaacg
gi|3 : gccTAGTTCCAAATGATTT----TTC-AGTTCCGAACA-ATTC------ATGTTTGATGAGA----GAATA-------TTCTA-TCTT--C-AGCAA-----AATTAA-AA-CAT-AT--T--T-GAA-TTT---AATCCTTCCTC--TGTT-AAATAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TG-TAT---------TCAAC------TCA-TGGACTTT--G--------------TT-----------AGCTCCTT---GA---A-A-G--GATGAATGCTT------GG---TTTTCC---A-AAAATCTGCC-TTGTTTGTTTTCT----------GA---------AGAAATCGGGAAGCGCCC----CCTCATTTTCAAGAC---------ATCAAGT----------ATGA----------------------TCTACCTA----AATTATGCTTGATTCTTCAGAGAATAGCCAAG-----TATCAAAACTTTTATTTCAGTCCACAGTT-TAATC--CTTTAGTGATATGC--CT--TTTCTAT-CTCAGTGAATAG---AGCCCATTCGAGA-CAGGG--AA-AATCGAT-GCAACTAAAACACAAAAAT--AGGT---GT-TTT----TTCATCG---------------------TCATAGAAA------------A------------CCTAGATGATGACCT-----------T---T---------------G------------CA---------AAAATTA-------T------------TTTACGTGACA--TCTAAAG-TATA---T------T-GTTGG-TATGG--AAAAA-AGGT--TT-C--A-GGCACG-TAACGAAGA-A-TTAATCA--T---TCCAGT-TTAAAAATACTTCATTCG-GAACAAGGAAAacgga
gi|5 : attttctTCCGAATAGTTT----ATT-AAGTCTACATG-A-----------GT--GATAAACTT-TGAA-A-------TCTTC-TCGT--G-AGAAA-TATTAATTAA-CA-CAT---GATAAT-AAACTT-----ATCCCTCAT----GTT-TAATAATTCTTCAAT--T-T-CAC----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGCA---T--T--T----TG-----TT-----------AGCTCTA----AA---G-A-G--G--GA-TGCTTTTGCGAAA---C---CC---G----------C-AT-----TTTTATTGAAGAAATCGA---------AA------GC------------CCTCATTTTCAAG-C--------------GT-CAATAA---AGTAATGGCTT---------ACAGATTCTACATA----ATTTAAGC-TATTTCTCTAGATGAAATATCAA-----TATCTAATCTTTCATTTCAATCCAAATTT-TATTCT-CTCT--CAGTA--TGGAT--TATCTACACCCTGTGAATAG---GG-CTAT-CGAGA-ATGGT--AAAGATCG-T-G----CAAGGCAACAAAAT--ATAT---GTTCTT----TTCGTCG---------------------TCATAGAAAAACAGAACGGTGA------------C-------------T-----------T---T---------------GTACAAGAATTTTTG---------AGA--TA-------T------------T--AAGTAAAAAG-TCAAGATTAAA---T------T-GTTGG-TATTGAAAAATACTAGT--TT-CAAA-AACATGTTAAGGTAAA-A-ACAATAA--T---CAGA-TCCTAAAA-TACCCTATTCG-GAACTAGCCAAatg
gi|12 : ctattcAATCGTTT----TCC-AGTTTCAAATG-ATTTTTTTTTAAGTTTGACGAG----TGAA-AACTGTA-TCTTC-TCGT--A-CGAAATCGTTCATTTTTAA-TATTATGATAAG-AAACTTT---AATCATTCATC--TGTT-AGATAATTCTTCAAT--T-TTCAT----AA-GT-TACTGATTTATATGAAC------GCA-TGAA---T--T--T----TG-----TT-----------AGCTCCTTGAAAA---G-A-T--G--GAGCGCTT------AG---C---atga
gi|8 : TTT----TCTTAGTTCTGAATA-ATTT------AAGTTTGATGAG----TGAA-AACTTTTATCTTC-TCTT--G-CAAAAGTATTAAATAA-AA-CATCACAATAAT-AAATTTT---AATCCTTCATC--TATT-AAATAATTCTAGAA---T-TTCAT----AA-AT-TAC---------CGAGT------GCA-TGAA---T--T--T----TG-----TT-----------AGCTTGTTAAAAA---G-A-T--G--AAGTGCTT------GA---TTTACC---A-AAAAGCCG-C-ATGTTTGTTTTCT----------GA---------AA------AAATCTGAACACCCCCTCATTTTCAAGA---TG--TA-T--AAG---TATAA---ATG----GTTTT------GTACA---TCTGCACC----AATTATGTGTGATTCTTCAGATGAAAGATCAGA----TT--TA-----TTGCTT---TCCAAATTT-TATTCTTCGTT--AGATA--C--AT--TTTCTGC-CCCTGt
gi|11 : -A-------TCTTC-TTGT--AGCGAA-TTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---TATCATTTATC--TGTC-AAAT-ATTCT-CAAT--TAGTC-T-------TT-TAC---------TAAGT------GCT-TGAATT-T--G--T----T------TT-----------AGCTTCCTTC-AAAATG-A-GCAG--GAGTGCTT------AATTTC---CCTAAA-AAAATTCGCCAATGCTT
gi|13 : tttcctaagtgtcgatatagttttcgcacttgaagaagtgaaaactttATAATTC-ACAATAATATTCCT----AA-TT-TAC---------TGGGC------GCA-TGGA---TTTGTTACCTCT------TT-----------AA---------AA---ACA-T--G--GAGTGCTT------AATTTC---CC---GAAAAATCTGCC-ATGTCTGTTTT
gi|7 : ------------CCTCATTTTCAAGAC--------------AT-CAA-AT---ATGATTCGTTTT------AGAGA---TCTACCTA----AATTCTGCTTGATTCTTCAGAGAAAAGCCAAA-----TCTCAAAACTTTTATTTCAGTCCAAAGTT-TAATCCTTTCG--TGATATGC--CT--TTTCTAC-CTCAGTGAATAG---AGCCTATTCGtttttaaaaatgttttgtgatacatttaaacggtgcccctatctctactttcaaaat
gi|10 : gcgcccTTATTTTCAAGACATTACTAA-ATTAAGTACTATAA----TGAACTGCTTT------GAAGA---TCTATATACCTAAATTATGCTTGATTCTTCAGATGGAAGATCAAA----TTTCAAAACTTTAATTTCAGTCCAAGGTC-CATTCTTATGT--AGATG--C--GT--TTT-------CTATGAATAGACCAGGCTATTCGGAA-atgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgtaacgaagaattaatcattccagtttaaaaatacctcattcggaacaaggaaaatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|9 : gttttccaaaaaaaaaagaagcttgggagccccatTACATA----AATTATGCATGATTCTTCAGATGATAGATCAAA----TTTCTAAACTATTATTTCAATTCAAATTT-TATTCTTCTTT--AGATG--C--AT--TTTCTAA-CCACCTGAATAT---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AA-AATCGAT-G----CAAGGCACCAAAAT--TAGC---GTCTTT----TTCGTCA---------------------TCATAGAAA------------C------------T-------------C-----------TAGATG--------------G------------TGACTTATACAAGAACTA-------TTTTGTGAGATATTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------T-GTTGG-AATGG--AAAAA-TGAT--TT-A--A-AACACG-TAACGTagcattgtaagataac
gi|15 : AAT------------A------------T-------------T-----------T---T---------------G------------TG---------ATA--TACTCAGTAT------------TTAAAATAAAAGGTTCAAA--TTTA---T------T-GCTGT-T-TAA--AAAAA-AGTT--TT-T--A-AACATA-TAACGTTGA-G-ATAAT-A--T---CCCA-
gi|14 : aaaaactaggaaaacaagtttaaaaaagaatAGTTCAAA--TATAATAT------T-GTTGG-TGTGG--AAAAA-TGGT--TT-C--A-AACACA-TAACGTAAA-G-ATAAT-A--T---CCTAGT-CTAAATATAACCTATTCgtc
gi|17 : atgtctttgttcagcagtggtggcaacatcagaggcaaatttcattcaaacggtcttgtaatttttccAGTTCAAA--TATA---TATAAATT-GTTGGATGTGG--AAAAA-TTGT--TTTC--A-AACACA-TAACGTAAA-GAATAAT-A--T---CCTAGT-CTAAATATAACCTAT
gi|19 : GTTCAAA--TATA---TATAAT-T-GTTGGATGTGG--AAAAA-TGTT--TT-C--AAAACACA-TAACGTA
gi|7 : CACG-TAACGAAGA-A-TTAATCA--T---TCCAGT-TTAAAAATACCTCATTCG-GAACAAGGAAAa
gi|4 : gcgccccctcattttcaagacatcaaatatgattcgttttagagatctacctaaattctgcttgattcttcagagaaaagccaaatctcaaaacttttatttcagtccaaagtttaatcctttcgtgatatgccttttctacctcagtgaatagagcctattcgatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCTATTCG-GAACTAGGCAAatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GATTAATTATAAAGTGGTGAACTACGTTTAGAATTCAATTTAAAATGATTTTAAACACGTAACGTAGAGATAATATCCCAGTCTTAAATACACAATTAAAAACTAGGAAAA
Unaligned ( gi|18 ): TGCGGTATGAATTGTTACTAAATTATTTGCCTACCTCAAGCTAATGGTTATTTATTTTTATTGCTTTTTCCATTTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 11 22222222222 333333333 11 111111111 111111 2222222222222222222 111 888888888888888888888888888888 888888888888888888888888888888888888 2222222222 1111 1111 1111 1111 444444444444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222 1111111 111111 1
lowQualScore : 0000 11 4 4 22222222222 66 4 4 9999 4 0 999999999 00 1 4 4 6 2 4 777 666 4 8 9999 0 2 8888 4 4 666666666 555555 4 4 4 4 1 9999999999999999999 4 666 9999 4 55 1 333333333333333333333333333333 222222222222222222222222222222222222 1111111111 4 8888 4 5 0 8888 1 1 3 4 1 55 2222 55 4 88 0 8888 5 1 77 5 1 5 2222 1 77 1111 1 2222 888888888888888888888 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555 66 6666666 88 22 666 999999 3 0 555 44 3 77 3 3 3 7 3 666 3 4
lowQualScore : .... .. . . ........... .. . . .... . . ......... .. . . . . . . ... ... . . .... . . .... . . ......... ...... . . . . . ................... . ... .... . .. . .............................. .................................... .......... . .... . . . .... . . . . . .. .... .. . .. . .... . . .. . . . .... . .. .... . .... ..................... . ...................................................... ............ .. ....... .. .. ... ...... . . ... .. . .. . . . . . ... . .
lowQualScore : 6666 99 4 4 44444444444 11 4 4 4444 4 1 444444444 66 9 4 4 4 7 4 888 222 4 8 5555 8 4 5555 0 0 000000000 555555 0 9 0 0 6 6666666666666666666 4 777 4444 4 66 0 000000000000000000000000000000 777777777777777777777777777777777777 6666666666 4 5555 9 7 9 5555 2 6 0 0 1 55 5555 55 0 11 1 9999 0 7 99 7 7 7 1111 0 99 4444 7 1111 666666666666666666666 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666 99 2222222 66 55 444 555555 6 9 888 66 3 99 1 1 6 3 6 444 4 4
consensus : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATA-ATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTGTTTTNTGAAA--AT--GGA--------CG-----CCCC--TCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCACAAAAA--TAGGC---GTCTTTT----TCGTCGT---------------------CATAG-AAA------------AC-------------T----G------T--------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
Reference ( family-527 ) : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATA-ATTN------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATNT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTGTTTTNTGAAA------GGA--------CG-----CCC---TCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAGTCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCACNAAAA--TAGGC---GTCTTTT----TCGTCGT---------------------CATAG-AAA------------AC-------------T--------------------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TNTA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
gi|1 : TAGTTCCGA-TAGTTTATTTCCC--AGTTCCGA-ATA-TTTA------A---AGT--TTA-ATGA-T----T---AAACT-T-TATT--CTTTTCGTTCGCGAAATTATTAAATAA-AAACATTATGATAATTAAACTTT---AATCTTTCATTCTTGCT-AAATAATTCT-CAAT--T-TTTTTGTTTAT-TT-TAC---------TGAGCC-----GCAATGA-TGT-TGATAGC-TCCTT---AA---AA-A---GAACGAGTGTTTAT-TT-C-CC----G-AAAATTCCCC-ATGTT-GTTTTATGAAA------AAT--------CGAAAACTCC---TCATTTC--AGACGA---TA-A--AG-AAGT--TATGA---AT---TGATTTCT------ATAGAT-CTACATA----AATTATG-ATGGTTCTTCAGATGAA-GATCTAAGTTTTTTCTATGTTTTTATTTCAATTCAAATTTCTATTC--TTCTTTAG----ATGCATCTTTTC-TAC-CCATTTGAATAT---TGGCTATTCGGAAACTGGTTTAAA-ATCGATTGCAA----GGCACCAAAAATTGGGC---GTCTTTTTCGTTCATCATAGAAACTCTAGATGGGTGACTTATAC-AGA------------AC-------------TACGGGTT-------------------TTG------------TGAGT--TA-------TTTAAAGAAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------TAATTGGAAATGGAAAAA---TTATTATT-C--AAACACG-TAACGATAG-G-ATGAT-A-TTCACTCAGTCTAAAAATTCCCTATTCGTAAACTAGCCAA
gi|10 : gcc------GGA---------G-----CCCCATTTATTTTCAAGACATTACTA-A--ATTAAGTACTATAA----TGAACTGCTT-T------GAAGAT-CTATATACCTAAATTATGCTTGATTCTTCAGATGGAAGATCAAA----TTTCAAAACTTTAATTTCAGTCCAAGGTC-CATTC--TTATGTAG----ATGCGT--TTTC-TA-------TGAATAGACCAGGCTATTCGGAA-acgga
gi|11 : gttttccaaaaaaaaaagaagcttgTT----TCCTAAGTGTCGATATA-GTTT------T---CGCACTTG-AAGAAG----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTTGTA-GCGAA-TTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---TATCATTTATC--TGTC-AAAT-ATTCT-CAAT--TAGTC-T-------TT-TAC---------TAAGT------GCT-TGAATTTGTTTTAGCTTCCTTC--AAAATGA-GCA-G---GAGTGCTTAA-TT-T-CCCTAAA-AAAATTCGCCAATGCTTagcattgtaagataac
gi|12 : AATCGTTT----TCC--AGTTTCAA-ATG-ATTTTTTTTTA---AGT--TTG-ACGA-G----TGA-AAACTGTAT-----CTTCTCGT--ACGAAATCGTTCATTTTTAA-TATTATGATAAG-AAACTTT---AATCATTCATC--TGTT-AGATAATTCTTCAAT--T-TTCAT----AA-GT-TACTGATTTATATGAAC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTTGAAAA---GA-T---G---GAGCGCTTA
gi|13 : ATAATTC-ACAATAATATTCCT----AA-TT-TAC---------TGGGC------GCA-TGGAT-T-TGTTACC-TCTTT---AA---AA-ACATG---GAGTGCTTAATTT-C-CC----GAAAAATCTGCC-ATGTCTGTTTTTTgct
gi|14 : AGTTCAAA--TATAATAT------T-GTTGG-TGTGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACA-TAACG-TAAAG-ATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATTCtttaaaaatgttttgtgatacatttaaacggtgcccctatctctactttcaaaat
gi|15 : atgtctttgttcagcagtggtggcaacatcagaggcaaatttcattcaaacggtcttgtaatttttcc-AAT------------AT-------------T--------------------------TTG------------TGATA--TACTCAGTATTTAAAATAAAAGGTTCAAA--TTTA---T------T-GCTGT-T-TAAAAAAA---AGTT--TT-T--AAACATA-TAACG-TTGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTC
gi|16 : aaaaactaggaaaacaagtttaaaaaagaatAAAA---TGAT--TT-T--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCT-TAAATACACAATTAA-AAACTAGGAAA
gi|17 : gattaattataaagtggtgaactacgtttagaattcaatttAGTTCAAA--TATA---TATAAATT-GTTGGATGTGGAAAAA---TTGT--TTTC--AAACACA-TAACG-TAAAGAATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATa
gi|19 : GTTCAAA--TATA---TATAAT-T-GTTGGATGTGGAAAAA---TGTT--TT-CA-AAACACA-TAACG-TA
gi|2 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--ACTTCCGA-ATA-CTTT------A---ATT--TCG-AGGA-G----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTCGT--ACGAAATTATCAAATAA-AA-CATTATGATAAT-ACACTTT---AATCCTT---------T-AATTATTTGTT--AT--A-TTCAT----AA-TTCTAC---------TGAGT------GCA-TGGATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---AATGTT-G---GAGTGCCTAA-TTTC-CC----G-AAAATCCGCC-ACGTTTGTTTTCTGAAAATATTGGGA--------AG-----CCCCC-TCATTTTCCAGA----------------GGT-TTATACGGTATGAACGGTTT-T------GAAGAT-CTATCTA----AACTATGCTTGATTCTTCAGTTGAAAGATCAAA----TTTCTAAAAATGTATTTCAATCCTAATTT-AATTC--TCCTTTAG----GTGCAG--TTTCATA--CCCTGCCAATGG---AAGCTATTTGGAA-C-GGT---AA-ATCGTT-GCAA----AACTCAAGAA--TAGGTTGGGTTTTTT----TTGTGGT---------------------CATAGAAAA------------AC-------------TAGAGGTGACTTTAGAATAATTA----TTA------------TGAAA--TA-------TTTAGAGTAAAAGGTTC-AA--TTTA---T------T-GTTGG-TA-GGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-CAACG-TAGAG-AT-AT-ATT---TTCAATCT-GGAATACCCTTTTGG-GAACTAGGa
gi|3 : TAGTTCCAAATGATTT----TTC--AGTTCCGA-ACA-ATTC------A---TGT--TTG-ATGA-G----AGA-ATATT-C-T-----ATCTTCA---GCAAAATTA-------A-AA-CAT----ATT-T-GAA-TTT---AATCCTTCCTC--TGTT-AAATAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TG-TAT---------TCAAC------TCA-TGGACTT-TGTTAGC-TCCTT---GA---AA-G---GAT-GAATGCTTGG-TT-TTCC----A-AAAATCTGCC-TTGTTTGTTTTCTGAAGAAATCGGGAAG------CG-----CCCCC-TCATTTTCAAGAC----------------------------ATCAA--GTAT-----------GAT-CTACCTA----AATTATGCTTGATTCTTCAGA-GAATAGCCAAG----TATCAAAACTTTTATTTCAGTCCACAGTT-TAATC----CTTTAGTGATATGCCT--TTTC-TAT-CTCAGTGAATAG---AGCCCATTCGAGA-CAGGG--AAA-ATCGAT-GCAACTAAAACACAAAAA--TAGGT---GT-TTTT----TCATCGT---------------------CATAG-AAA------------ACCTAGATGATGACCT--------------------------TTG------------CAAAAATTA-------TTTTACGTGACA--TCTAAAG-TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---AGGT--TT-C--AGGCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACTTCATTCG-GAACAAGGAAAagaacg
gi|4 : attttctCTATTCG-GAACTAGGCAAatg
gi|4 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTC-----TACATT--------------------ATGA-T----TGA-ACA---------------TCAT--GCAAAATTA----A-AA-AG-CATCATGATAAT-AATTTTTTAAAATCCTTCATC--TGTTTAAACAATTCTTTATT--G-TTCGT----AAATT-TA----------TGAGCATTGGCGCA-TGAATTT-TGTT-GC-TCCTTCAAAA---GATG---G---GAGTGCTTAA-TT-TGCC----G-AAAATCCACC-ATGTTTGTTTTATGAGA------AAATCAGAAAGCC-----CCC---TCATTTTCAAGATG----TG-AATA--AAGT----------ATGAATGGTTT-TTTTTTAATAGAT-GTACACA----AATTATGCATGATTCTTTAGA-----------------TTCTAGAATTTTATTTCACTCCAAATTT-TA-----TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGTCATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCAAC-ATAA----GGCACATAGA--TATGT---TTCTTTT----TCGTCGT---------------------CATAG-AAAC-----------AC-------------TAGATGGTGACTTTTACAAAAACTATTTTG------------TGAGA--TA-------TTTAGAGTAAAAAGT------------------------TTGG-TATTGAGAAA---TGAT--TT-C--AAACATG-TAAAG-TAGAG-ACGAT-A-T---CCTAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GATCTACGCAAttttccagttctacattatgattgaacatcatgcaaaattaaaaagcatcatgataataattttttaaaatccttcatctgtttaaacaattctttattgttcgtaaatttatgagcattggcgcatgaattttgttgctccttcaaaagatgggagtgcttaatttgccgaaaatccaccatgtttgttttatgagaaaatcagaaagccccctcattttcaagatgtgaataaagtatgaatggtttttttttaatagatgtacacaaattatgcatgattctttagattctagaattttatttcactccaaattttattctttagatgcattttctacccctgtgaataggggtcattcggaactggtaaaatcaacataaggcacatagatatgtttctttttcgtcgtcatagaaacactagatggtgacttttacaaaaactattttgtgagatatttagagtaaaaagtttggtattgagaaatgatttcaaacatgtaaagtagagacgatatcctagtctaaaaataccctattcggatctacgcaaatg
gi|5 : ttgccTCCGA-ATA-GTTT------ATTAAGT--CTACATGA-G----TGATAAACT-T-TGAAATCTTCTCGT--GAGAAAT-ATTAATTAA-CA-CAT---GATAAT-AAACTT-----ATCCCTCAT----GTT-TAATAATTCTTCAAT--T-T-CAC----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGCATTT-TGTTAGC-TC-TA---AA---GA-G---G---GA-TGCTT----T-T-GC----G-AAA-CCCGC--ATTTTTATTGAA-GAAATC----GAA--------AG-----CCC---TCATTTTCAAG-C----------------GT-CAATAA---AGTAATGGCTT--------ACAGATTCTACATA----ATTTAAGC-TATTTCTCTAGATGAAATATCAA-----TATCTAATCTTTCATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TCTCTCAGT---ATGGAT--TATC-TACACCCTGTGAATA----GGGCTA-TCGAGA-ATGGT--AAAGATCG-T-GCAA----GGCAACAAAA--TATAT---GTTCTTT----TCGTCGT---------------------CATAG-AAAAACAGAACGGTGAC-------------T--------------------------TTGTACAAGAATTTTTGAGA--TA-------TT--AAGTAAAAAG-TCAAGATTAAA---T------T-GTTGG-TATTGAAAAATACTAGT--TT-CAAAAACATGTTAAGG-TAAAA-ACAAT-A-A---TCAGATCCTAAAATACCCTATTCG-GAACTAGCCAAatg
gi|6 : ctattcTAGTTCCGAATAGTTT----TCT--AGTTCCGA-ATA-ATTA------A---AGT--TTG-ATAA-GCCCGTGA-AA------T-----CCTCTCGT--ACGAAACTATTAAATAA-AA-CATCACGGTGAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTC-AAACAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATGA-T-TTAG----------AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA----C-CC----G-AAAATCAGCC-ATGCTTGTTTTATGAAA------GG-----------------CC---TCATTTTCAAGAC-----TGGA--A--AAGT-CTATAA---ATGAACAGTTT-T------GTACAT-CTGCATA----AGTTATGCGTGATTCTTCAGATAAAAGATAAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTTG----ATACAT--TCTC-TGC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAT-ATCGAT-GTAA----GGCACAAAAA--AAGGT---GTCTTTT----TCGTCGT---------------------CATAG-AAA------------AT-------------T--------------------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAACAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAATA---TGGT--TT-C--AAACATG-TAATG-TATAG-ATGAT-A-C---CCCA-TCTAAAACTACCCTATTCG-GAACCAGGCAAatga
gi|7 : -----CCC---TCATTTTCAAGACA----TC-A--A--A-----TATGA---TT---CG-TTT-T------AGAGAT-CTACCTA----AATTCTGCTTGATTCTTCAGA-GAAAAGCCAAA----TCTCAAAACTTTTATTTCAGTCCAAAGTT-TAATCCTTTCGTGAT----ATGCCT--TTTC-TAC-CTCAGTGAATAG---AGCCTATTCG
gi|7 : gcgccCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACCTCATTCG-GAACAAGGAAAatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgtaacgaagaattaatcattccagtttaaaaatacctcattcggaacaaggaaaatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|8 : gcgccccctcattttcaagacatcaaatatgattcgttttagagatctacctaaattctgcttgattcttcagagaaaagccaaatctcaaaacttttatttcagtccaaagtttaatcctttcgtgatatgccttttctacctcagtgaatagagcctattcgatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTT----TCTT-AGTTCTGA-ATA-ATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-TTAT--CTTCTCTT--GCAAAAGTATTAAATAA-AA-CATCACAATAAT-AAATTTT---AATCCTTCATC--TATT-AAATAATTCTAGAAT--T-T-CAT----AA-AT-TAC---------CGAGT------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TTGTT---AAAAAGA-T---G---AAGTGCTTGA-TT-TACC----A-AAAAGCCGC--ATGTTTGTTTTCTGAAAAAATCTGAA--------CA-----CCCCC-TCATTTTCAAGA------TG-T--AT-AAGT---ATAA---ATG----GTTT-T------GTACAT-CTGCACC----AATTATGTGTGATTCTTCAGATGAAAGATCAGA----TTT----A---TTGCTT---TCCAAATTT-TATTC--TTCGTTAG----ATACAT--TTTC-TGC-CCCTGatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|9 : TACATA----AATTATGCATGATTCTTCAGATGATAGATCAAA----TTTCTAAACTATTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAA-CCACCTGAATAT---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCACCAAAA--TTAGC---GTCTTTT----TCGTCAT---------------------CATAG-AAACTCTAGATGGTGAC-------------TTATACAAGAACTATT-----------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------T-GTTGG-AATGGAAAAA---TGAT--TT-A--AAACACG-TAACG-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGCGGTATGAATTGTTACTAAATTATTTGCCTACCTCAAGCTAATGGTTATTTATTTTTATTGCTTTTTCCATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 11 1111111111 333333333 11 111111111 111111 2222222222222222222 111 3333333333333333333 22 8888888888888888888888888888888888 2222222222 1111 1111 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 1111111 111111 1
lowQualScore : 0000 11 4 2 4444444444 66 4 4 9999 4 0 999999999 00 1 4 4 6 2 4 777 666 4 8 9999 0 2 8888 4 4 666666666 555555 4 4 4 1 9999999999999999999 4 666 9999 4 55 888 2 66 7777777777777777777 33 2222222222222222222222222222222222 1111111111 4 8888 4 5 0 8888 1 1 0 4 1 55 2222 55 4 88 0 8888 5 1 77 5 1 5 2222 5 5 1111 1 5 222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555 66 6666666 88 22 666 999999 3 0 555 44 3 77 3 3 3 7 3 666 3 4
lowQualScore : .... .. . . .......... .. . . .... . . ......... .. . . . . . . ... ... . . .... . . .... . . ......... ...... . . . . ................... . ... .... . .. ... . .. ................... .. .................................. .......... . .... . . . .... . . . . . .. .... .. . .. . .... . . .. . . . .... . . .... . . ......... ..................................................................................................... ............ .. ....... .. .. ... ...... . . ... .. . .. . . . . . ... . .
lowQualScore : 6666 99 4 6 4444444444 11 4 4 4444 4 1 444444444 66 9 4 4 4 7 4 888 222 4 8 5555 8 4 5555 0 0 000000000 555555 0 0 0 6 6666666666666666666 4 777 4444 4 66 888 8 99 8888888888888888888 99 7777777777777777777777777777777777 6666666666 4 5555 9 7 9 5555 2 6 3 0 1 55 5555 55 0 11 1 9999 0 7 99 7 7 7 1111 7 7 4444 7 7 999999999 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666 99 2222222 66 99 444 555555 6 9 888 66 3 99 1 1 6 3 6 444 4 4
consensus : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNTGA--A--AA----T----GGA--AGCCCCC-TCATTTTCAAGAC-----TG-AA--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
Reference ( family-527 ) : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNTGA--A--AA----T----GGA--CGCCCC--TCATTTTCAAGAC-----TG-AA--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
gi|1 : TAGTTCCGA-TAGTTTATTTCCC--AGTTCCGA-ATATTTA------A---AGT--TTA-ATGA-T----T---AAACT-T-TATT--CTTTTCGTTCGCGAAATTATTAAATAA-AAACATTATGATAATTAAACTTT---AATCTTTCATTCTTGCT-AAATAATTCT-CAAT--T-TTTTTGTTTAT-TT-TAC---------TGAGCC-----GCAATGA-TGT-TGATAGC-TCCTT---AA---AA-A---GAACGAGTGTTTAT-TT-C-CC----G-AAAATTCCCC-ATGTT-G---TTTTATGA--A--AAAT--C----GAA--AACTCC--TCATTTC--AGACGA---TA-AAG-AAGT--TATGA---AT---TGATTTCT------ATAGAT-CTACATA----AATTATG-ATGGTTCTTCAGATGAA-GATCTAAGTTTTTTCTATGTTTTTATTTCAATTCAAATTTCTATTC--TTCTTTAG----ATGCATCTTTTC-TAC-CCATTTGAATAT---TGGCTATTCGGAAACTGGTTTAAA-ATCGATTGCAA----GGCACCAAAAATTGGGC---GTCTTTTTCGTTCATCATAGAAACTCTAG-ATGGGTGACTTATACAG------------------------A-AC--------T----ACGGGT-------------------T----------------TTG------------TGAGT--TA-------TTTAAAGAAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------TAATTGGAAATGGAAAAA---TTATTATT-C--AAACACG-TAACGATAG-G-ATGAT-A-TTCACTCAGTCTAAAAATTCCCTATTCGTAAACTAGCCAA
gi|10 : gcc----T----GGG--AGCCCCATTTATTTTCAAGACATTACTA-AATTAAGTACTATAA----TGAACTGCTT-T------GAAGAT-CTATATACCTAAATTATGCTTGATTCTTCAGATGGAAGATCAAA----TTTCAAAACTTTAATTTCAGTCCAAGGTC-CATTC--TTATGTAG----ATGCGT--TTTC-TA-------TGAATAGACCAGGCTATTCGGAA-acgga
gi|11 : gttttccaaaaaaaaaagaagctTT----TCCTAAGTGTCGATATAGTTT------T---CGCACTTG-AAGAAG----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTTGTA-GCGAA-TTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---TATCATTTATC--TGTC-AAAT-ATTCT-CAAT--TAGTC-T-------TT-TAC---------TAAGT------GCT-TGAATTTGTTTTAGCTTCCTTC--AAAATGA-GCA-G---GAGTGCTTAA-TT-T-CCCTAAA-AAAATTCGCCAATGCTTagcattgtaagataac
gi|12 : AATCGTTT----TCC--AGTTTCAA-ATGATTTTTTTTTA---AGT--TTG-ACGA-G----TGA-AAACTGTAT-----CTTCTCGT--ACGAAATCGTTCATTTTTAA-TATTATGATAAG-AAACTTT---AATCATTCATC--TGTT-AGATAATTCTTCAAT--T-TTCAT----AA-GT-TACTGATTTATATGAAC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTTGAAAA---GA-T---G---GAGCGCTTA
gi|13 : ATAATTC-ACAATAATATTCCT----AA-TT-TAC---------TGGGC------GCA-TGGA-TT-TGTTACC-TCTTT---AA---AA-ACATG---GAGTGCTTAATTT-C-CC----GAAAAATCTGCC-ATGTCTGTTTTTTTTTAA--A--AA----T----Ggct
gi|14 : AGTTCAAA--TATAATAT------T-GTTGG-TGTGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACA-TAACG-TAAAG-ATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATTCttttgtgatacatttaaacggtgcccctatctctactttcaaaat
gi|15 : atgtctttgttcagcagtggtggcaacatcagaggcaaatttcattcaaacggtcttgtaatttttcc------------------------T----------------TTG------------TGATA--TACTCAGTATTTAAAATAAAAGGTTCAAA--TTTA---T------T-GCTGT-T-TAAAAAAA---AGTT--TT-T--AAACATA-TAACG-TTGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTC
gi|16 : aaaaactaggaaaacaagtttaaaaaagaataatatAAAA---TGAT--TT-T--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCT-TAAATACACAATTAA-AAACTAGGAAA
gi|17 : gattaattataaagtggtgaactacgtttagaattcaatttAGTTCAAA--TATA---TATAAATT-GTTGGATGTGGAAAAA---TTGT--TTTC--AAACACA-TAACG-TAAAGAATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATa
gi|19 : GTTCAAA--TATA---TATAAT-T-GTTGGATGTGGAAAAA---TGTT--TT-CA-AAACACA-TAACG-TA
gi|2 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--ACTTCCGA-ATACTTT------A---ATT--TCG-AGGA-G----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTCGT--ACGAAATTATCAAATAA-AA-CATTATGATAAT-ACACTTT---AATCCTT---------T-AATTATTTGTT--AT--A-TTCAT----AA-TTCTAC---------TGAGT------GCA-TGGATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---AATGTT-G---GAGTGCCTAA-TTTC-CC----G-AAAATCCGCC-ACGTTTG---TTTTCTGA--A--AA----TATTGGGA--AGCCCCC-TCATTTTCCAGA--------------GGT-TTATACGGTATGAACGGTTT-T------GAAGAT-CTATCTA----AACTATGCTTGATTCTTCAGTTGAAAGATCAAA----TTTCTAAAAATGTATTTCAATCCTAATTT-AATTC--TCCTTTAG----GTGCAG--TTTCATA--CCCTGCCAATGG---AAGCTATTTGGAA-C-GGT---AA-ATCGTT-GCAA----AACTC-AAGAAT-AGGTTGGGTTTTTTTTGT-GGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-AC--------TAGAGG------------------------TGACTTTAGAATAATTATTA------------TGAAA--TA-------TTTAGAGTAAAAGGTTC-AA--TTTA---T------T-GTTGG-TA-GGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-CAACG-TAGAG-AT-AT-ATT---TTCAATCT-GGAATACCCTTTTGG-GAACTAGGa
gi|3 : TAGTTCCAAATGATTT----TTC--AGTTCCGA-ACAATTC------A---TGT--TTG-ATGA-G----AGA-ATATT-C-T-----ATCTTCA---GCAAAATTA-------A-AA-CAT----ATT-T-GAA-TTT---AATCCTTCCTC--TGTT-AAATAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TG-TAT---------TCAAC------TCA-TGGACTT-TGTTAGC-TCCTT---GA---AA-G---GAT-GAATGCTTGG-TT-TTCC----A-AAAATCTGCC-TTGTTTG---TTTTCTGA--AGAAA----TCG--GGAAGCGCCCCC-TCATTTTCAAGAC--------------------------ATCAA--GTAT-----------GAT-CTACCTA----AATTATGCTTGATTCTTCAGA-GAATAGCCAAG----TATCAAAACTTTTATTTCAGTCCACAGTT-TAATC----CTTTAGTGATATGCCT--TTTC-TAT-CTCAGTGAATAG---AGCCCATTCGAGA-CAGGG--AAA-ATCGAT-GCAACTAAAACAC-AAAAAT-AGGT---GT-TTTTTCAT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-ACCTAGATGAT----GACC---------------------T----------------TTG------------CAAAAATTA-------TTTTACGTGACA--TCTAAAG-TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---AGGT--TT-C--AGGCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACTTCATTCG-GAACAAGGAAAagaacg
gi|4 : attttctCTATTCG-GAACTAGGCAAatg
gi|4 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTC----------T------A---CAT--T---ATGA-T----TGA-ACA---------------TCAT--GCAAAATTA----A-AA-AG-CATCATGATAAT-AATTTTTTAAAATCCTTCATC--TGTTTAAACAATTCTTTATT--G-TTCGT----AAATT-TA----------TGAGCATTGGCGCA-TGAATTT-TGTT-GC-TCCTTCAAAA---GATG---G---GAGTGCTTAA-TT-TGCC----G-AAAATCCACC-ATGTTTG---TTTTATGAGAA--AA----TCA--GAA--AGCCCCC-TCATTTTCAAGATG----TG-AATAAAGT----------ATGAATGGTTT-TTTTTTAATAGAT-GTACACA----AATTATGCATGATTCTTTAGA-----------------TTCTAGAATTTTATTTCACTCCAAATTT-TA-----TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGTCATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCAAC-ATAA----GGCAC-ATAGAT-ATGT---TTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------ACAC--------T----AGATGGTGACTTTTACAAAAACTATT----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAGAGTAAAAAGT------------------------TTGG-TATTGAGAAA---TGAT--TT-C--AAACATG-TAAAG-TAGAG-ACGAT-A-T---CCTAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GATCTACGCAAttttccagttctacattatgattgaacatcatgcaaaattaaaaagcatcatgataataattttttaaaatccttcatctgtttaaacaattctttattgttcgtaaatttatgagcattggcgcatgaattttgttgctccttcaaaagatgggagtgcttaatttgccgaaaatccaccatgtttgttttatgagaaaatcagaaagccccctcattttcaagatgtgaataaagtatgaatggtttttttttaatagatgtacacaaattatgcatgattctttagattctagaattttatttcactccaaattttattctttagatgcattttctacccctgtgaataggggtcattcggaactggtaaaatcaacataaggcacatagatatgtttctttttcgtcgtcatagaaacactagatggtgacttttacaaaaactattttgtgagatatttagagtaaaaagtttggtattgagaaatgatttcaaacatgtaaagtagagacgatatcctagtctaaaaataccctattcggatctacgcaaatg
gi|5 : ttgccTCCGA-ATAGTTT------ATTAAGT--CTACATGA-G----TGATAAACT-T-TGAAATCTTCTCGT--GAGAAAT-ATTAATTAA-CA-CAT---GATAAT-AAACTT-----ATCCCTCAT----GTT-TAATAATTCTTCAAT--T-T-CAC----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGCATTT-TGTTAGC-TC-TA---AA---GA-G---G---GA-TGCTT----T-T-GC----G-AAA-CCCGC--ATTTTTA---TT----GA--AGAAA----T----CGA--AAGCCC--TCATTTTCAAG-C--------------GT-CAATAA---AGTAATGGCTT--------ACAGATTCTACATA----ATTTAAGC-TATTTCTCTAGATGAAATATCAA-----TATCTAATCTTTCATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TCTCTCAGT---ATGGAT--TATC-TACACCCTGTGAATA----GGGCTA-TCGAGA-ATGGT--AAAGATCG-T-GCAA----GGCAA-CAAAAT-ATAT---GTTCTTTTCGT-CGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-ACAGAACGG-T----GAC----------------------T----------------TTGTACAAGAATTTTTGAGA--TA-------TT--AAGTAAAAAG-TCAAGATTAAA---T------T-GTTGG-TATTGAAAAATACTAGT--TT-CAAAAACATGTTAAGG-TAAAA-ACAAT-A-A---TCAGATCCTAAAATACCCTATTCG-GAACTAGCCAAatg
gi|6 : ctattcTAGTTCCGAATAGTTT----TCT--AGTTCCGA-ATAATTA------A---AGT--TTG-ATAA-GCCCGTGA-AA------T-----CCTCTCGT--ACGAAACTATTAAATAA-AA-CATCACGGTGAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTC-AAACAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATGA-T-TTAG----------AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA----C-CC----G-AAAATCAGCC-ATGCTTG---TTTTATGA--A--A----------GG-------CC--TCATTTTCAAGAC-----TGGAA--AAGT-CTATAA---ATGAACAGTTT-T------GTACAT-CTGCATA----AGTTATGCGTGATTCTTCAGATAAAAGATAAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTTG----ATACAT--TCTC-TGC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAT-ATCGAT-GTAA----GGCAC-AAAAAA-AGGT---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AT--------------------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAACAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAATA---TGGT--TT-C--AAACATG-TAATG-TATAG-ATGAT-A-C---CCCA-TCTAAAACTACCCTATTCG-GAACCAGGCAAatga
gi|7 : CCCC--TCATTTTCAAGACA----TC-AA--A-----TATGA---TT---CG-TTT-T------AGAGAT-CTACCTA----AATTCTGCTTGATTCTTCAGA-GAAAAGCCAAA----TCTCAAAACTTTTATTTCAGTCCAAAGTT-TAATCCTTTCGTGAT----ATGCCT--TTTC-TAC-CTCAGTGAATAG---AGCCTATTCG
gi|7 : gcgcCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACCTCATTCG-GAACAAGGAAAatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgtaacgaagaattaatcattccagtttaaaaatacctcattcggaacaaggaaaatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|8 : gcgccccctcattttcaagacatcaaatatgattcgttttagagatctacctaaattctgcttgattcttcagagaaaagccaaatctcaaaacttttatttcagtccaaagtttaatcctttcgtgatatgccttttctacctcagtgaatagagcctattcgatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTT----TCTT-AGTTCTGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-TTAT--CTTCTCTT--GCAAAAGTATTAAATAA-AA-CATCACAATAAT-AAATTTT---AATCCTTCATC--TATT-AAATAATTCTAGAAT--T-T-CAT----AA-AT-TAC---------CGAGT------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TTGTT---AAAAAGA-T---G---AAGTGCTTGA-TT-TACC----A-AAAAGCCGC--ATGTTTG---TTTTCTGA--A--AAAATCT----GAA--CACCCCC-TCATTTTCAAGA------TG-TAT-AAGT---ATAA---ATG----GTTT-T------GTACAT-CTGCACC----AATTATGTGTGATTCTTCAGATGAAAGATCAGA----TTT----A---TTGCTT---TCCAAATTT-TATTC--TTCGTTAG----ATACAT--TTTC-TGC-CCCTGatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|9 : TACATA----AATTATGCATGATTCTTCAGATGATAGATCAAA----TTTCTAAACTATTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAA-CCACCTGAATAT---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-CAAAAT-TAGC---GTCTTTTTCGT-CATCA---------TAG-A---------------AACTCTAGATGGTGACTTATACAAGA-AC--------T----AT-----------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------T-GTTGG-AATGGAAAAA---TGAT--TT-A--AAACACG-TAACG-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGCGGTATGAATTGTTACTAAATTATTTGCCTACCTCAAGCTAATGGTTATTTATTTTTATTGCTTTTTCCATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 11 1111111111 333333333 11 111111111 111111 2222222222222222222 111 3333333333333 888888888888888888888888888888888888 2222222222 1111 1111 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 1111111 111111 1
lowQualScore : 0000 11 4 2 4444444444 66 4 4 9999 4 0 999999999 00 1 4 4 6 2 4 777 666 4 8 9999 0 2 8888 4 4 666666666 555555 4 4 4 1 9999999999999999999 4 666 9999 4 55 888 2 66 5555555555555 66 4 222222222222222222222222222222222222 1111111111 4 8888 4 5 0 8888 1 1 0 4 1 55 2222 55 4 88 0 8888 5 1 77 5 1 5 2222 5 5 1111 1 5 222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555 66 6666666 88 22 666 999999 3 0 555 44 3 77 3 3 3 7 3 666 3 4
lowQualScore : .... .. . . .......... .. . . .... . . ......... .. . . . . . . ... ... . . .... . . .... . . ......... ...... . . . . ................... . ... .... . .. ... . .. ............. .. . .................................... .......... . .... . . . .... . . . . . .. .... .. . .. . .... . . .. . . . .... . . .... . . ......... ..................................................................................................... ............ .. ....... .. .. ... ...... . . ... .. . .. . . . . . ... . .
lowQualScore : 6666 99 4 6 4444444444 11 4 4 4444 4 1 444444444 66 9 4 4 4 7 4 888 222 4 8 5555 8 4 5555 0 0 000000000 555555 0 0 0 6 6666666666666666666 4 777 4444 4 66 888 8 99 5555555555555 11 4 777777777777777777777777777777777777 6666666666 4 5555 9 7 9 5555 2 6 3 0 1 55 5555 55 0 11 1 9999 0 7 99 7 7 7 1111 7 7 4444 7 7 999999999 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666 99 2222222 66 99 444 555555 6 9 888 66 3 99 1 1 6 3 6 444 4 4
consensus : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNT--GAA--AA----T----GGAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
Reference ( family-527 ) : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNT--GAA--AA----T----GGAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
gi|1 : TAGTTCCGA-TAGTTTATTTCCC--AGTTCCGA-ATATTTA------A---AGT--TTA-ATGA-T----T---AAACT-T-TATT--CTTTTCGTTCGCGAAATTATTAAATAA-AAACATTATGATAATTAAACTTT---AATCTTTCATTCTTGCT-AAATAATTCT-CAAT--T-TTTTTGTTTAT-TT-TAC---------TGAGCC-----GCAATGA-TGT-TGATAGC-TCCTT---AA---AA-A---GAACGAGTGTTTAT-TT-C-CC----G-AAAATTCCCC-ATGTT-G---TTTTAT--GAA--AAA---T----CGAAAA--CTC-CTCATTTC--AGACGA---TA-A--AG-AAGT--TATGA---AT---TGATTTCT------ATAGAT-CTACATA----AATTATG-ATGGTTCTTCAGATGAA-GATCTAAGTTTTTTCTATGTTTTTATTTCAATTCAAATTTCTATTC--TTCTTTAG----ATGCATCTTTTC-TAC-CCATTTGAATAT---TGGCTATTCGGAAACTGGTTTAAA-ATCGATTGCAA----GGCACCAAAAATTGGGC---GTCTTTTTCGTTCATCATAGAAACTCTAG-ATGGGTGACTTATACAG------------------------A-AC--------T----ACGGGT-------------------T----------------TTG------------TGAGT--TA-------TTTAAAGAAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------TAATTGGAAATGGAAAAA---TTATTATT-C--AAACACG-TAACGATAG-G-ATGAT-A-TTCACTCAGTCTAAAAATTCCCTATTCGTAAACTAGCCAA
gi|10 : gcc----T----GGGAGC--CCCATTTATTTTCAAGACATTACTA-A--ATTAAGTACTATAA----TGAACTGCTT-T------GAAGAT-CTATATACCTAAATTATGCTTGATTCTTCAGATGGAAGATCAAA----TTTCAAAACTTTAATTTCAGTCCAAGGTC-CATTC--TTATGTAG----ATGCGT--TTTC-TA-------TGAATAGACCAGGCTATTCGGAA-acgga
gi|11 : gttttccaaaaaaaaaagaagctTT----TCCTAAGTGTCGATATAGTTT------T---CGCACTTG-AAGAAG----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTTGTA-GCGAA-TTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---TATCATTTATC--TGTC-AAAT-ATTCT-CAAT--TAGTC-T-------TT-TAC---------TAAGT------GCT-TGAATTTGTTTTAGCTTCCTTC--AAAATGA-GCA-G---GAGTGCTTAA-TT-T-CCCTAAA-AAAATTCGCCAATGCTTagcattgtaagataac
gi|12 : AATCGTTT----TCC--AGTTTCAA-ATGATTTTTTTTTA---AGT--TTG-ACGA-G----TGA-AAACTGTAT-----CTTCTCGT--ACGAAATCGTTCATTTTTAA-TATTATGATAAG-AAACTTT---AATCATTCATC--TGTT-AGATAATTCTTCAAT--T-TTCAT----AA-GT-TACTGATTTATATGAAC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTTGAAAA---GA-T---G---GAGCGCTTA
gi|13 : ATAATTC-ACAATAATATTCCT----AA-TT-TAC---------TGGGC------GCA-TGGA-TT-TGTTACC-TCTTT---AA---AA-ACATG---GAGTGCTTAATTT-C-CC----GAAAAATCTGCC-ATGTCTGTTTTTTTTT--AAA--AA----T----Ggct
gi|14 : AGTTCAAA--TATAATAT------T-GTTGG-TGTGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACA-TAACG-TAAAG-ATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATTCttttgtgatacatttaaacggtgcccctatctctactttcaaaat
gi|15 : atgtctttgttcagcagtggtggcaacatcagaggcaaatttcattcaaacggtcttgtaatttttcc------------------------T----------------TTG------------TGATA--TACTCAGTATTTAAAATAAAAGGTTCAAA--TTTA---T------T-GCTGT-T-TAAAAAAA---AGTT--TT-T--AAACATA-TAACG-TTGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTC
gi|16 : aaaaactaggaaaacaagtttaaaaaagaataatatAAAA---TGAT--TT-T--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCT-TAAATACACAATTAA-AAACTAGGAAA
gi|17 : gattaattataaagtggtgaactacgtttagaattcaatttAGTTCAAA--TATA---TATAAATT-GTTGGATGTGGAAAAA---TTGT--TTTC--AAACACA-TAACG-TAAAGAATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATa
gi|19 : GTTCAAA--TATA---TATAAT-T-GTTGGATGTGGAAAAA---TGTT--TT-CA-AAACACA-TAACG-TA
gi|2 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--ACTTCCGA-ATACTTT------A---ATT--TCG-AGGA-G----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTCGT--ACGAAATTATCAAATAA-AA-CATTATGATAAT-ACACTTT---AATCCTT---------T-AATTATTTGTT--AT--A-TTCAT----AA-TTCTAC---------TGAGT------GCA-TGGATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---AATGTT-G---GAGTGCCTAA-TTTC-CC----G-AAAATCCGCC-ACGTTTG---TTTTCT--GAA--AA----TATTGGGAAGC--CCC-CTCATTTTCCAGA----------------GGT-TTATACGGTATGAACGGTTT-T------GAAGAT-CTATCTA----AACTATGCTTGATTCTTCAGTTGAAAGATCAAA----TTTCTAAAAATGTATTTCAATCCTAATTT-AATTC--TCCTTTAG----GTGCAG--TTTCATA--CCCTGCCAATGG---AAGCTATTTGGAA-C-GGT---AA-ATCGTT-GCAA----AACTC-AAGAAT-AGGTTGGGTTTTTTTTGT-GGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-AC--------TAGAGG------------------------TGACTTTAGAATAATTATTA------------TGAAA--TA-------TTTAGAGTAAAAGGTTC-AA--TTTA---T------T-GTTGG-TA-GGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-CAACG-TAGAG-AT-AT-ATT---TTCAATCT-GGAATACCCTTTTGG-GAACTAGGa
gi|3 : TAGTTCCAAATGATTT----TTC--AGTTCCGA-ACAATTC------A---TGT--TTG-ATGA-G----AGA-ATATT-C-T-----ATCTTCA---GCAAAATTA-------A-AA-CAT----ATT-T-GAA-TTT---AATCCTTCCTC--TGTT-AAATAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TG-TAT---------TCAAC------TCA-TGGACTT-TGTTAGC-TCCTT---GA---AA-G---GAT-GAATGCTTGG-TT-TTCC----A-AAAATCTGCC-TTGTTTG---TTTTCT--GAAGAAA----TCG--GGAAGCGCCCC-CTCATTTTCAAGAC----------------------------ATCAA--GTAT-----------GAT-CTACCTA----AATTATGCTTGATTCTTCAGA-GAATAGCCAAG----TATCAAAACTTTTATTTCAGTCCACAGTT-TAATC----CTTTAGTGATATGCCT--TTTC-TAT-CTCAGTGAATAG---AGCCCATTCGAGA-CAGGG--AAA-ATCGAT-GCAACTAAAACAC-AAAAAT-AGGT---GT-TTTTTCAT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-ACCTAGATGAT----GACC---------------------T----------------TTG------------CAAAAATTA-------TTTTACGTGACA--TCTAAAG-TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---AGGT--TT-C--AGGCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACTTCATTCG-GAACAAGGAAAagaacg
gi|4 : attttctCTATTCG-GAACTAGGCAAatg
gi|4 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTC----------T------A---CAT--T---ATGA-T----TGA-ACA---------------TCAT--GCAAAATTA----A-AA-AG-CATCATGATAAT-AATTTTTTAAAATCCTTCATC--TGTTTAAACAATTCTTTATT--G-TTCGT----AAATT-TA----------TGAGCATTGGCGCA-TGAATTT-TGTT-GC-TCCTTCAAAA---GATG---G---GAGTGCTTAA-TT-TGCC----G-AAAATCCACC-ATGTTTG---TTTTATGAGAA--AA----TCA--GAAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGATG----TG-AATA--AAGT----------ATGAATGGTTT-TTTTTTAATAGAT-GTACACA----AATTATGCATGATTCTTTAGA-----------------TTCTAGAATTTTATTTCACTCCAAATTT-TA-----TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGTCATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCAAC-ATAA----GGCAC-ATAGAT-ATGT---TTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------ACAC--------T----AGATGGTGACTTTTACAAAAACTATT----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAGAGTAAAAAGT------------------------TTGG-TATTGAGAAA---TGAT--TT-C--AAACATG-TAAAG-TAGAG-ACGAT-A-T---CCTAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GATCTACGCAAttttccagttctacattatgattgaacatcatgcaaaattaaaaagcatcatgataataattttttaaaatccttcatctgtttaaacaattctttattgttcgtaaatttatgagcattggcgcatgaattttgttgctccttcaaaagatgggagtgcttaatttgccgaaaatccaccatgtttgttttatgagaaaatcagaaagccccctcattttcaagatgtgaataaagtatgaatggtttttttttaatagatgtacacaaattatgcatgattctttagattctagaattttatttcactccaaattttattctttagatgcattttctacccctgtgaataggggtcattcggaactggtaaaatcaacataaggcacatagatatgtttctttttcgtcgtcatagaaacactagatggtgacttttacaaaaactattttgtgagatatttagagtaaaaagtttggtattgagaaatgatttcaaacatgtaaagtagagacgatatcctagtctaaaaataccctattcggatctacgcaaatg
gi|5 : ttgccTCCGA-ATAGTTT------ATTAAGT--CTACATGA-G----TGATAAACT-T-TGAAATCTTCTCGT--GAGAAAT-ATTAATTAA-CA-CAT---GATAAT-AAACTT-----ATCCCTCAT----GTT-TAATAATTCTTCAAT--T-T-CAC----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGCATTT-TGTTAGC-TC-TA---AA---GA-G---G---GA-TGCTT----T-T-GC----G-AAA-CCCGC--ATTTTTA---TT------GAAGAAA----TC---GAAAGC--CC---TCATTTTCAAG-C----------------GT-CAATAA---AGTAATGGCTT--------ACAGATTCTACATA----ATTTAAGC-TATTTCTCTAGATGAAATATCAA-----TATCTAATCTTTCATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TCTCTCAGT---ATGGAT--TATC-TACACCCTGTGAATA----GGGCTA-TCGAGA-ATGGT--AAAGATCG-T-GCAA----GGCAA-CAAAAT-ATAT---GTTCTTTTCGT-CGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-ACAGAACGG-T----GAC----------------------T----------------TTGTACAAGAATTTTTGAGA--TA-------TT--AAGTAAAAAG-TCAAGATTAAA---T------T-GTTGG-TATTGAAAAATACTAGT--TT-CAAAAACATGTTAAGG-TAAAA-ACAAT-A-A---TCAGATCCTAAAATACCCTATTCG-GAACTAGCCAAatg
gi|6 : ctattcTAGTTCCGAATAGTTT----TCT--AGTTCCGA-ATAATTA------A---AGT--TTG-ATAA-GCCCGTGA-AA------T-----CCTCTCGT--ACGAAACTATTAAATAA-AA-CATCACGGTGAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTC-AAACAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATGA-T-TTAG----------AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA----C-CC----G-AAAATCAGCC-ATGCTTG---TTTTAT--GAA--A----------GG--------C-CTCATTTTCAAGAC-----TGGA--A--AAGT-CTATAA---ATGAACAGTTT-T------GTACAT-CTGCATA----AGTTATGCGTGATTCTTCAGATAAAAGATAAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTTG----ATACAT--TCTC-TGC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAT-ATCGAT-GTAA----GGCAC-AAAAAA-AGGT---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AT--------------------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAACAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAATA---TGGT--TT-C--AAACATG-TAATG-TATAG-ATGAT-A-C---CCCA-TCTAAAACTACCCTATTCG-GAACCAGGCAAatga
gi|7 : GC--CCC-CTCATTTTCAAGACA----TC-A--A--A-----TATGA---TT---CG-TTT-T------AGAGAT-CTACCTA----AATTCTGCTTGATTCTTCAGA-GAAAAGCCAAA----TCTCAAAACTTTTATTTCAGTCCAAAGTT-TAATCCTTTCGTGAT----ATGCCT--TTTC-TAC-CTCAGTGAATAG---AGCCTATTCG
gi|7 : gcCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACCTCATTCG-GAACAAGGAAAatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgtaacgaagaattaatcattccagtttaaaaatacctcattcggaacaaggaaaatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|8 : gcgccccctcattttcaagacatcaaatatgattcgttttagagatctacctaaattctgcttgattcttcagagaaaagccaaatctcaaaacttttatttcagtccaaagtttaatcctttcgtgatatgccttttctacctcagtgaatagagcctattcgatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTT----TCTT-AGTTCTGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-TTAT--CTTCTCTT--GCAAAAGTATTAAATAA-AA-CATCACAATAAT-AAATTTT---AATCCTTCATC--TATT-AAATAATTCTAGAAT--T-T-CAT----AA-AT-TAC---------CGAGT------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TTGTT---AAAAAGA-T---G---AAGTGCTTGA-TT-TACC----A-AAAAGCCGC--ATGTTTG---TTTTCT--GAA--AAAATCT----GAACAC--CCC-CTCATTTTCAAGA------TG-T--AT-AAGT---ATAA---ATG----GTTT-T------GTACAT-CTGCACC----AATTATGTGTGATTCTTCAGATGAAAGATCAGA----TTT----A---TTGCTT---TCCAAATTT-TATTC--TTCGTTAG----ATACAT--TTTC-TGC-CCCTGatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|9 : TACATA----AATTATGCATGATTCTTCAGATGATAGATCAAA----TTTCTAAACTATTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAA-CCACCTGAATAT---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-CAAAAT-TAGC---GTCTTTTTCGT-CATCA---------TAG-A---------------AACTCTAGATGGTGACTTATACAAGA-AC--------T----AT-----------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------T-GTTGG-AATGGAAAAA---TGAT--TT-A--AAACACG-TAACG-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGCGGTATGAATTGTTACTAAATTATTTGCCTACCTCAAGCTAATGGTTATTTATTTTTATTGCTTTTTCCATTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 11 1111111111 333333333 11 111111111 111111 2222222222222222222 111 3333333333333 888888888888888888888888888888888888 2222222222 1111 1111 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 1111111 111111 1
lowQualScore : 0000 11 4 2 4444444444 66 4 4 9999 4 0 999999999 00 1 4 4 6 2 4 777 666 4 8 9999 0 2 8888 4 4 666666666 555555 4 4 4 1 9999999999999999999 4 666 9999 4 55 888 2 66 5555555555555 66 4 222222222222222222222222222222222222 1111111111 4 8888 4 5 0 8888 1 1 0 4 1 55 2222 55 4 88 0 8888 5 1 77 5 1 5 2222 5 5 1111 1 5 222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555 66 6666666 88 22 666 999999 3 0 555 44 3 77 3 3 3 7 3 666 3 4
lowQualScore : .... .. . . .......... .. . . .... . . ......... .. . . . . . . ... ... . . .... . . .... . . ......... ...... . . . . ................... . ... .... . .. ... . .. ............. .. . .................................... .......... . .... . . . .... . . . . . .. .... .. . .. . .... . . .. . . . .... . . .... . . ......... ..................................................................................................... ............ .. ....... .. .. ... ...... . . ... .. . .. . . . . . ... . .
lowQualScore : 6666 99 4 6 4444444444 11 4 4 4444 4 1 444444444 66 9 4 4 4 7 4 888 222 4 8 5555 8 4 5555 0 0 000000000 555555 0 0 0 6 6666666666666666666 4 777 4444 4 66 888 8 99 5555555555555 11 4 777777777777777777777777777777777777 6666666666 4 5555 9 7 9 5555 2 6 3 0 1 55 5555 55 0 11 1 9999 0 7 99 7 7 7 1111 7 7 4444 7 7 999999999 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666 99 2222222 66 99 444 555555 6 9 888 66 3 99 1 1 6 3 6 444 4 4
consensus : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNT--GAA--AA----T----GGAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
Reference ( family-527 ) : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNT--GAA--AA----T----GGAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
gi|1 : TAGTTCCGA-TAGTTTATTTCCC--AGTTCCGA-ATATTTA------A---AGT--TTA-ATGA-T----T---AAACT-T-TATT--CTTTTCGTTCGCGAAATTATTAAATAA-AAACATTATGATAATTAAACTTT---AATCTTTCATTCTTGCT-AAATAATTCT-CAAT--T-TTTTTGTTTAT-TT-TAC---------TGAGCC-----GCAATGA-TGT-TGATAGC-TCCTT---AA---AA-A---GAACGAGTGTTTAT-TT-C-CC----G-AAAATTCCCC-ATGTT-G---TTTTAT--GAA--AAA---T----CGAAAA--CTC-CTCATTTC--AGACGA---TA-A--AG-AAGT--TATGA---AT---TGATTTCT------ATAGAT-CTACATA----AATTATG-ATGGTTCTTCAGATGAA-GATCTAAGTTTTTTCTATGTTTTTATTTCAATTCAAATTTCTATTC--TTCTTTAG----ATGCATCTTTTC-TAC-CCATTTGAATAT---TGGCTATTCGGAAACTGGTTTAAA-ATCGATTGCAA----GGCACCAAAAATTGGGC---GTCTTTTTCGTTCATCATAGAAACTCTAG-ATGGGTGACTTATACAG------------------------A-AC--------T----ACGGGT-------------------T----------------TTG------------TGAGT--TA-------TTTAAAGAAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------TAATTGGAAATGGAAAAA---TTATTATT-C--AAACACG-TAACGATAG-G-ATGAT-A-TTCACTCAGTCTAAAAATTCCCTATTCGTAAACTAGCCAA
gi|10 : gcc----T----GGGAGC--CCCATTTATTTTCAAGACATTACTA-A--ATTAAGTACTATAA----TGAACTGCTT-T------GAAGAT-CTATATACCTAAATTATGCTTGATTCTTCAGATGGAAGATCAAA----TTTCAAAACTTTAATTTCAGTCCAAGGTC-CATTC--TTATGTAG----ATGCGT--TTTC-TA-------TGAATAGACCAGGCTATTCGGAA-acgga
gi|11 : gttttccaaaaaaaaaagaagctTT----TCCTAAGTGTCGATATAGTTT------T---CGCACTTG-AAGAAG----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTTGTA-GCGAA-TTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---TATCATTTATC--TGTC-AAAT-ATTCT-CAAT--TAGTC-T-------TT-TAC---------TAAGT------GCT-TGAATTTGTTTTAGCTTCCTTC--AAAATGA-GCA-G---GAGTGCTTAA-TT-T-CCCTAAA-AAAATTCGCCAATGCTTagcattgtaagataac
gi|12 : AATCGTTT----TCC--AGTTTCAA-ATGATTTTTTTTTA---AGT--TTG-ACGA-G----TGA-AAACTGTAT-----CTTCTCGT--ACGAAATCGTTCATTTTTAA-TATTATGATAAG-AAACTTT---AATCATTCATC--TGTT-AGATAATTCTTCAAT--T-TTCAT----AA-GT-TACTGATTTATATGAAC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTTGAAAA---GA-T---G---GAGCGCTTA
gi|13 : ATAATTC-ACAATAATATTCCT----AA-TT-TAC---------TGGGC------GCA-TGGA-TT-TGTTACC-TCTTT---AA---AA-ACATG---GAGTGCTTAATTT-C-CC----GAAAAATCTGCC-ATGTCTGTTTTTTTTT--AAA--AA----T----Ggct
gi|14 : AGTTCAAA--TATAATAT------T-GTTGG-TGTGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACA-TAACG-TAAAG-ATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATTCttttgtgatacatttaaacggtgcccctatctctactttcaaaat
gi|15 : atgtctttgttcagcagtggtggcaacatcagaggcaaatttcattcaaacggtcttgtaatttttcc------------------------T----------------TTG------------TGATA--TACTCAGTATTTAAAATAAAAGGTTCAAA--TTTA---T------T-GCTGT-T-TAAAAAAA---AGTT--TT-T--AAACATA-TAACG-TTGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTC
gi|16 : aaaaactaggaaaacaagtttaaaaaagaataatatAAAA---TGAT--TT-T--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCT-TAAATACACAATTAA-AAACTAGGAAA
gi|17 : gattaattataaagtggtgaactacgtttagaattcaatttAGTTCAAA--TATA---TATAAATT-GTTGGATGTGGAAAAA---TTGT--TTTC--AAACACA-TAACG-TAAAGAATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATa
gi|19 : GTTCAAA--TATA---TATAAT-T-GTTGGATGTGGAAAAA---TGTT--TT-CA-AAACACA-TAACG-TA
gi|2 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--ACTTCCGA-ATACTTT------A---ATT--TCG-AGGA-G----TGA-AAACT-T-TAT---CTTCTCGT--ACGAAATTATCAAATAA-AA-CATTATGATAAT-ACACTTT---AATCCTT---------T-AATTATTTGTT--AT--A-TTCAT----AA-TTCTAC---------TGAGT------GCA-TGGATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---AATGTT-G---GAGTGCCTAA-TTTC-CC----G-AAAATCCGCC-ACGTTTG---TTTTCT--GAA--AA----TATTGGGAAGC--CCC-CTCATTTTCCAGA----------------GGT-TTATACGGTATGAACGGTTT-T------GAAGAT-CTATCTA----AACTATGCTTGATTCTTCAGTTGAAAGATCAAA----TTTCTAAAAATGTATTTCAATCCTAATTT-AATTC--TCCTTTAG----GTGCAG--TTTCATA--CCCTGCCAATGG---AAGCTATTTGGAA-C-GGT---AA-ATCGTT-GCAA----AACTC-AAGAAT-AGGTTGGGTTTTTTTTGT-GGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-AC--------TAGAGG------------------------TGACTTTAGAATAATTATTA------------TGAAA--TA-------TTTAGAGTAAAAGGTTC-AA--TTTA---T------T-GTTGG-TA-GGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-CAACG-TAGAG-AT-AT-ATT---TTCAATCT-GGAATACCCTTTTGG-GAACTAGGa
gi|3 : TAGTTCCAAATGATTT----TTC--AGTTCCGA-ACAATTC------A---TGT--TTG-ATGA-G----AGA-ATATT-C-T-----ATCTTCA---GCAAAATTA-------A-AA-CAT----ATT-T-GAA-TTT---AATCCTTCCTC--TGTT-AAATAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TG-TAT---------TCAAC------TCA-TGGACTT-TGTTAGC-TCCTT---GA---AA-G---GAT-GAATGCTTGG-TT-TTCC----A-AAAATCTGCC-TTGTTTG---TTTTCT--GAAGAAA----TCG--GGAAGCGCCCC-CTCATTTTCAAGAC----------------------------ATCAA--GTAT-----------GAT-CTACCTA----AATTATGCTTGATTCTTCAGA-GAATAGCCAAG----TATCAAAACTTTTATTTCAGTCCACAGTT-TAATC----CTTTAGTGATATGCCT--TTTC-TAT-CTCAGTGAATAG---AGCCCATTCGAGA-CAGGG--AAA-ATCGAT-GCAACTAAAACAC-AAAAAT-AGGT---GT-TTTTTCAT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-ACCTAGATGAT----GACC---------------------T----------------TTG------------CAAAAATTA-------TTTTACGTGACA--TCTAAAG-TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---AGGT--TT-C--AGGCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACTTCATTCG-GAACAAGGAAAagaacg
gi|4 : attttctCTATTCG-GAACTAGGCAAatg
gi|4 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTC----------T------A---CAT--T---ATGA-T----TGA-ACA---------------TCAT--GCAAAATTA----A-AA-AG-CATCATGATAAT-AATTTTTTAAAATCCTTCATC--TGTTTAAACAATTCTTTATT--G-TTCGT----AAATT-TA----------TGAGCATTGGCGCA-TGAATTT-TGTT-GC-TCCTTCAAAA---GATG---G---GAGTGCTTAA-TT-TGCC----G-AAAATCCACC-ATGTTTG---TTTTATGAGAA--AA----TCA--GAAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGATG----TG-AATA--AAGT----------ATGAATGGTTT-TTTTTTAATAGAT-GTACACA----AATTATGCATGATTCTTTAGA-----------------TTCTAGAATTTTATTTCACTCCAAATTT-TA-----TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGTCATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCAAC-ATAA----GGCAC-ATAGAT-ATGT---TTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------ACAC--------T----AGATGGTGACTTTTACAAAAACTATT----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAGAGTAAAAAGT------------------------TTGG-TATTGAGAAA---TGAT--TT-C--AAACATG-TAAAG-TAGAG-ACGAT-A-T---CCTAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GATCTACGCAAttttccagttctacattatgattgaacatcatgcaaaattaaaaagcatcatgataataattttttaaaatccttcatctgtttaaacaattctttattgttcgtaaatttatgagcattggcgcatgaattttgttgctccttcaaaagatgggagtgcttaatttgccgaaaatccaccatgtttgttttatgagaaaatcagaaagccccctcattttcaagatgtgaataaagtatgaatggtttttttttaatagatgtacacaaattatgcatgattctttagattctagaattttatttcactccaaattttattctttagatgcattttctacccctgtgaataggggtcattcggaactggtaaaatcaacataaggcacatagatatgtttctttttcgtcgtcatagaaacactagatggtgacttttacaaaaactattttgtgagatatttagagtaaaaagtttggtattgagaaatgatttcaaacatgtaaagtagagacgatatcctagtctaaaaataccctattcggatctacgcaaatg
gi|5 : ttgccTCCGA-ATAGTTT------ATTAAGT--CTACATGA-G----TGATAAACT-T-TGAAATCTTCTCGT--GAGAAAT-ATTAATTAA-CA-CAT---GATAAT-AAACTT-----ATCCCTCAT----GTT-TAATAATTCTTCAAT--T-T-CAC----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGCATTT-TGTTAGC-TC-TA---AA---GA-G---G---GA-TGCTT----T-T-GC----G-AAA-CCCGC--ATTTTTA---TT------GAAGAAA----TC---GAAAGC--CC---TCATTTTCAAG-C----------------GT-CAATAA---AGTAATGGCTT--------ACAGATTCTACATA----ATTTAAGC-TATTTCTCTAGATGAAATATCAA-----TATCTAATCTTTCATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TCTCTCAGT---ATGGAT--TATC-TACACCCTGTGAATA----GGGCTA-TCGAGA-ATGGT--AAAGATCG-T-GCAA----GGCAA-CAAAAT-ATAT---GTTCTTTTCGT-CGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-ACAGAACGG-T----GAC----------------------T----------------TTGTACAAGAATTTTTGAGA--TA-------TT--AAGTAAAAAG-TCAAGATTAAA---T------T-GTTGG-TATTGAAAAATACTAGT--TT-CAAAAACATGTTAAGG-TAAAA-ACAAT-A-A---TCAGATCCTAAAATACCCTATTCG-GAACTAGCCAAatg
gi|6 : ctattcTAGTTCCGAATAGTTT----TCT--AGTTCCGA-ATAATTA------A---AGT--TTG-ATAA-GCCCGTGA-AA------T-----CCTCTCGT--ACGAAACTATTAAATAA-AA-CATCACGGTGAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTC-AAACAATTCTACAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATGA-T-TTAG----------AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA----C-CC----G-AAAATCAGCC-ATGCTTG---TTTTAT--GAA--A----------GG--------C-CTCATTTTCAAGAC-----TGGA--A--AAGT-CTATAA---ATGAACAGTTT-T------GTACAT-CTGCATA----AGTTATGCGTGATTCTTCAGATAAAAGATAAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTTG----ATACAT--TCTC-TGC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAT-ATCGAT-GTAA----GGCAC-AAAAAA-AGGT---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AT--------------------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAACAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAATA---TGGT--TT-C--AAACATG-TAATG-TATAG-ATGAT-A-C---CCCA-TCTAAAACTACCCTATTCG-GAACCAGGCAAatga
gi|7 : GC--CCC-CTCATTTTCAAGACA----TC-A--A--A-----TATGA---TT---CG-TTT-T------AGAGAT-CTACCTA----AATTCTGCTTGATTCTTCAGA-GAAAAGCCAAA----TCTCAAAACTTTTATTTCAGTCCAAAGTT-TAATCCTTTCGTGAT----ATGCCT--TTTC-TAC-CTCAGTGAATAG---AGCCTATTCG
gi|7 : gcCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACCTCATTCG-GAACAAGGAAAatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgtaacgaagaattaatcattccagtttaaaaatacctcattcggaacaaggaaaatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|8 : gcgccccctcattttcaagacatcaaatatgattcgttttagagatctacctaaattctgcttgattcttcagagaaaagccaaatctcaaaacttttatttcagtccaaagtttaatcctttcgtgatatgccttttctacctcagtgaatagagcctattcgatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTT----TCTT-AGTTCTGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-TTAT--CTTCTCTT--GCAAAAGTATTAAATAA-AA-CATCACAATAAT-AAATTTT---AATCCTTCATC--TATT-AAATAATTCTAGAAT--T-T-CAT----AA-AT-TAC---------CGAGT------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TTGTT---AAAAAGA-T---G---AAGTGCTTGA-TT-TACC----A-AAAAGCCGC--ATGTTTG---TTTTCT--GAA--AAAATCT----GAACAC--CCC-CTCATTTTCAAGA------TG-T--AT-AAGT---ATAA---ATG----GTTT-T------GTACAT-CTGCACC----AATTATGTGTGATTCTTCAGATGAAAGATCAGA----TTT----A---TTGCTT---TCCAAATTT-TATTC--TTCGTTAG----ATACAT--TTTC-TGC-CCCTGatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|9 : TACATA----AATTATGCATGATTCTTCAGATGATAGATCAAA----TTTCTAAACTATTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAA-CCACCTGAATAT---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-CAAAAT-TAGC---GTCTTTTTCGT-CATCA---------TAG-A---------------AACTCTAGATGGTGACTTATACAAGA-AC--------T----AT-----------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------T-GTTGG-AATGGAAAAA---TGAT--TT-A--AAACACG-TAACG-T
blockSeqs : . TA T G TTTTTTA AC C A CCCG T TTGAAAT A T T . C C . TAA C T T AATA A . A C TGATTTATA ATTGGC . G T C CAAAATGAGCAG T TC CTAA A CA TTT T GA AATATTG GC A CATTACTAAATTAAGTACTATAATGAACT TTTTTTAAT T CCTA T T . A C . T CT TGAT . A CA GACC . A . G T . CTAA . . TTGG T . . AAACACTAGATGGTGACTTTTACAAAAACTATT TACAAGAATTTT AT CTCAGTA AT AT ATA ATAAAT . A TAC . T AA T . A C T . A .
blockSeqs : . T . A ATTA . . . . . TTTAT . T . . T T . . C . A TA C . . . . . . . . C CAAAAGATGG . TT . . C . C . GAAATCG . . CTGGAAAAGTCTATAAATGAACA TGA . . T T . T A . T . T . . T G . T . . A . . . . T C . . AAACTCTAGATGGTGACTTATACAAGAACTATT . . . G TT . ATAAT . A . . . A . . . C . . A .
blockSeqs : . . . C T . . . . . TTAT . T . . T T . . C . T T A . . . . . . . . T GAAAAGATG . TG . . C . C . AAAATCT . . GGTTTATACGGTATGAACG TGA . . T T . A C . A . . . . C G . T . . A . . . . T T . . AAAAACTAGAGGTGACTTTAGAATAATTA . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A A . . . . . GTAT . T . . C T . . C . A A A . . . . . . . . C AAAAACATG . TA . . C . A . GAAATC . . TGTGAATAAAGTATGAATG TGT . . A T . T A . T . . . . C G . T . . A . . . . T C . . AAAACCTAGATGATGACCT . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . G A . . . . . TTAT . T . . C C . . C . T T G . . . . . . . . C AAAATGTTG . T . . C . A . AATCA . . CGTCAATAAAGTAATG TAG . . G T . T C . T . . . . C G . T . . A . . . . T C . . AAAAACAGAACGGTGACT . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . A A . . . . . CT . T . . C C . . C . T G A . . . . . . . . C AAAAAGATG . C . . C . C . AAT . . CATCAAATATGATTCG TGT . . T T . T C . A . . . . C G . . . . . . . . . C . . . AAAATT . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . A A . . . . . T . . . . . . . . . . A T A . . . . . . . . G GAAAGGAT . T . . . . . . A . . TGTATAAGTATAAATG AC . . G . . A C . T . . . . A T . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A T A . . . . . . . . . AAGAGG . C . . . . . CATCAA . . . A . . T C . T . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . AAGAGG . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **** TTAT***** ** C** **** ****** T** AAATCG******* CGTCGATAAAGTATGAACG***************** TGN******* **** ** ** ********* ** ***
originalCons : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACT-T-T-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TT-C-CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNT--GAA--AA----T----GGAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGAC-----TG-A--A--AAGT-CTATAA---ATGAACGGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
finalCons : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATAATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACTTTAT-----CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TGTT-AAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AA-TT-TAC---------TGAGC------GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TTT--CC----G-AAAATCCGCC-ATGTTTG---TTTTNT--GAAAAATCG-------GGAAGC--CCC-CTCATTTTCAAGACGTCGATAAAGTATGAACG-----------------GTTTTGN-------AGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GCAA----GGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC--------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGCGGTATGAATTGTTACTAAATTATTTGCCTACCTCAAGCTAATGGTTATTTATTTTTATTGCTTTTTCCATTTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 11 22222222222 111 11 1111 111111111 111111 2222222222222222222 2222 222222222 22222222222 11111111111111111 1111111111 1111 1111 1111 222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222 1111111 111111 1
lowQualScore : 0000 11 4 4 11111111111 66 4 4 9999 4 0 0 222 4 00 1 2 4 4 6 2 4 777 666 4 8 9999 0 2 2222 4 666666666 111111 4 4 4 4 1 9999999999999999999 4 8 0000 55 66 2 4 8 4 222222222 2 9999 4 88888888888 66666666666666666 0 666 8888888888 4 8888 4 5 0 8888 1 1 0 4 1 55 2222 55 4 88 0 8888 5 1 77 5 1 5 2222 5 5 1111 1 5 222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555555555 66 6666666 88 22 666 999999 3 0 555 44 3 77 3 3 3 7 3 666 3 4
lowQualScore : .... .. . . ........... .. . . .... . . . ... . .. . . . . . . . ... ... . . .... . . .... . ......... ...... . . . . . ................... . . .... .. .. . . . . ......... . .... . ........... ................. . ... .......... . .... . . . .... . . . . . .. .... .. . .. . .... . . .. . . . .... . . .... . . ......... .................................................................................................... ............ .. ....... .. .. ... ...... . . ... .. . .. . . . . . ... . .
lowQualScore : 6666 99 4 4 00000000000 11 4 4 4444 4 1 7 222 4 66 9 1 4 4 4 7 4 888 222 4 8 5555 8 4 5555 0 000000000 555555 0 0 0 0 6 6666666666666666666 4 9 0000 66 11 6 4 9 4 222222222 2 3333 4 44444444444 33333333333333333 1 222 8888888888 4 5555 9 7 9 5555 2 6 3 0 1 55 5555 55 0 11 1 9999 0 7 99 7 7 7 1111 7 7 4444 7 7 999999999 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666 99 2222222 66 99 444 555555 6 9 888 66 3 99 1 1 6 3 6 444 4 4
consensus : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATA-ATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACTTT---AT-CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TG-TTAAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AATT-TAC---------TGA------GC-GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TTT-CC----GAAAATCCGCC-ATGTTTG--TTTTCTGA-A-AA-A---------TCGGGAA--GCCCC-CTCATTTTCAAGAC-------GTC-ATAAA----G----TA------TGAAC-GGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GC----AAGGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC-------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
Reference ( family-527 ) : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTCCGA-ATA-ATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACTTT---AT-CTTCTCGT--GCGAAATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TG-TTAAATAATTCTNCAAT--T-TTCAT----AATT-TAC---------TGA------GC-GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-TTT-CC----GAAAATCCGCC-ATGTTTG--TTTTNTGA-A-AA-A---------TCGGGAA--GCCCC-CTCATTTTCAAGAC-------GTCGATAAA----G----TA------TGAAC-GGTTT-T------GNAGAT-CTACATA----AATTATGCNTGATTCTTCAGATGAAAGATCAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GC----AAGGCAC-AAAAAT-AGGC---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AC-------T----G------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GAACTAGGCAA
gi|1 : TAGTTCCGA-TAGTTTATTTCCC--AGTTCCGA-ATA-TTTA------A---AGT--TTA-ATGA-T----T---AAACTTT---ATTCTTTTCGTTCGCGAAATTATTAAATAA-AAACATTATGATAATTAAACTTT---AATCTTTCATTCTTG-CTAAATAATTCT-CAAT--T-TTTTTGTTTATTT-TAC---------TGA------GCCGCAATGA-TGT-TGATAGC-TCCTT---AA---AA-A---GAACGAGTGTTTAT-TTC-CC----GAAAATTCCCC-ATGTT-G--TTTTATGA-A-AA-A---------TCGAAAA----CTC-CTCATTTC--AGAC-------G---ATAAA----GAAGTTA------TGAATTGATTTCT------ATAGAT-CTACATA----AATTATG-ATGGTTCTTCAGATGAA-GATCTAAGTTTTTTCTATGTTTTTATTTCAATTCAAATTTCTATTC--TTCTTTAG----ATGCATCTTTTC-TAC-CCATTTGAATAT---TGGCTATTCGGAAACTGGTTTAAA-ATCGATTGC----AAGGCACCAAAAATTGGGC---GTCTTTTTCGTTCATCATAGAAACTCTAG-ATGGGTGACTTATACAG------------------------A-AC-------T----ACGGGT-------------------T----------------TTG------------TGAGT--TA-------TTTAAAGAAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------TAATTGGAAATGGAAAAA---TTATTATT-C--AAACACG-TAACGATAG-G-ATGAT-A-TTCACTCAGTCTAAAAATTCCCTATTCGTAAACTAGCCAA
gi|10 : gccG--TTTTCCAA-A-AA-AAAAAGAAGCTTGGGA---GCCCCATTTATTTTCAAGAC-------ATTACTAAATTAAG----TACTATAATGAAC-TGCTT-T------GAAGAT-CTATATACCTAAATTATGCTTGATTCTTCAGATGGAAGATCAAA----TTTCAAAACTTTAATTTCAGTCCAAGGTC-CATTC--TTATGTAG----ATGCGT--TTTC-TA-------TGAATAGACCAGGCTATTCGGAA-acgga
gi|11 : TT----TCCTAAGTGTCGATATA-GTTT------T---CGCACTTG-AAGAAG----TGA-AAACTTT---AT-CTTCTTGTA-GCG-AATTATTAAATAA-AA-CATCACGATAAT-AAACTTT---TATCATTTATC--TG-TCAAAT-ATTCT-CAAT--TAGTC-T------TT-TAC---------TAA------GT-GCT-TGAATTTGTTTTAGCTTCCTTC--AAAATGA-GCA-G---GAGTGCTTAA-TTT-CCCTAAAAAAATTCGCCAATGCTTagcattgtaagataac
gi|12 : AATCGTTT----TCC--AGTTTCAA-ATG-ATTTTTTTTTA---AGT--TTG-ACGA-G----TGA-AAACTGT---AT-CTTCTCGT--ACGAAATCGTTCATTTTTAA-TATTATGATAAG-AAACTTT---AATCATTCATC--TG-TTAGATAATTCTTCAAT--T-TTCAT----AAGT-TACTGATTTATATGA------AC-GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TCCTTGAAAA---GA-T---G---GAGCGCTTA
gi|13 : ATAATTC-ACAATAATATTCCT----AATT-TAC---------TGG------GC-GCA-TGGA-TT-TGTTACC-TCTTT---AA---AA-ACATG---GAGTGCTTAA-TTT-CCCG--AAAAATCTGCC-ATGTCTGTTTTTTTTTA-A-AA-A---------Tgct
gi|14 : AGTTCAAA--TATAATAT------T-GTTGG-TGTGGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACA-TAACG-TAAAG-ATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATTCgttttgtgatacatttaaacggtgcccctatctctactttcaaaat
gi|15 : atgtctttgttcagcagtggtggcaacatcagaggcaaatttcattcaaacggtcttgtaatttttcc------------------------T----------------TTG------------TGATA--TACTCAGTATTTAAAATAAAAGGTTCAAA--TTTA---T------T-GCTGT-T-TAAAAAAA---AGTT--TT-T--AAACATA-TAACG-TTGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTC
gi|16 : aaaaactaggaaaacaagtttaaaaaagaataatatAAAA---TGAT--TT-T--AAACACG-TAACG-TAGAG-ATAAT-A-T---CCCAGTCT-TAAATACACAATTAA-AAACTAGGAAA
gi|17 : gattaattataaagtggtgaactacgtttagaattcaatttAGTTCAAA--TATA---TATAAATT-GTTGGATGTGGAAAAA---TTGT--TTTC--AAACACA-TAACG-TAAAGAATAAT-A-T---CCTAGTCTAAATATAACCTATa
gi|19 : GTTCAAA--TATA---TATAAT-T-GTTGGATGTGGAAAAA---TGTT--TT-CA-AAACACA-TAACG-TA
gi|2 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--ACTTCCGA-ATA-CTTT------A---ATT--TCG-AGGA-G----TGA-AAACTTT---AT-CTTCTCGT--ACGAAATTATCAAATAA-AA-CATTATGATAAT-ACACTTT---AATCCTT----------TAATTATTTGTT--AT--A-TTCAT----AATTCTAC---------TGA------GT-GCA-TGGATTT-TGTTAGC-TCCTT---AA---AATGTT-G---GAGTGCCTAA-TTT-CCC---GAAAATCCGCC-ACGTTTG--TTTTCTGA-A-AATA---------TTGGGAA--GCCCC-CTCATTTTCCAGAG-------GTTTATACG----G----TA------TGAAC-GGTTT-T------GAAGAT-CTATCTA----AACTATGCTTGATTCTTCAGTTGAAAGATCAAA----TTTCTAAAAATGTATTTCAATCCTAATTT-AATTC--TCCTTTAG----GTGCAG--TTTCATA--CCCTGCCAATGG---AAGCTATTTGGAA-C-GGT---AA-ATCGTT-GC----AAAACTC-AAGAAT-AGGTTGGGTTTTTTTTGT-GGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-AC-------TAGAGG------------------------TGACTTTAGAATAATTATTA------------TGAAA--TA-------TTTAGAGTAAAAGGTTC-AA--TTTA---T------T-GTTGG-TA-GGAAAAA---TGGT--TT-C--AAACACG-CAACG-TAGAG-AT-AT-ATT---TTCAATCT-GGAATACCCTTTTGG-GAACTAGGa
gi|3 : TAGTTCCAAATGATTT----TTC--AGTTCCGA-ACA-ATTC------A---TGT--TTG-ATGA-G----AGA-ATATTCT---AT-CTTCA-----GCAAAATTA-------A-AA-CAT----ATT-T-GAA-TTT---AATCCTTCCTC--TG-TTAAATAATTCTACAAT--T-TTCAT----AATG-TAT---------TCA------AC-TCA-TGGACTT-TGTTAGC-TCCTT---GA---AA-G---GAT-GAATGCTTGGTTTT-CC----AAAAATCTGCC-TTGTTTG--TTTTCTGA-AGAA-A---------TCGGGAAGCGCCCC-CTCATTTTCAAGAC-------ATC----AA----G----TA------T---------------------GAT-CTACCTA----AATTATGCTTGATTCTTCAGA-GAATAGCCAAG----TATCAAAACTTTTATTTCAGTCCACAGTT-TAATC----CTTTAGTGATATGCCT--TTTC-TAT-CTCAGTGAATAG---AGCCCATTCGAGA-CAGGG--AAA-ATCGAT-GCAACTAAAACAC-AAAAAT-AGGT---GT-TTTTTCAT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-ACCTAGA--T----GATGACC------------------T----------------TTG------------CAAAAATTA-------TTTTACGTGACA--TCTAAAG-TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAAAA---AGGT--TT-C--AGGCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACTTCATTCG-GAACAAGGAAAagaacg
gi|4 : attttctCTATTCG-GAACTAGGCAAatg
gi|4 : TAGTTCCGAATAGTTT----TCC--AGTTC-----TACATT--------------------ATGA-T----TGA-ACA--------------TCAT--GCAAAATTA--A---AA-AG-CATCATGATAAT-AATTTTTTAAAATCCTTCATC--TGTTTAAACAATTCTTTATT--G-TTCGTA---AATT-TA----------TGAGCATTGGC-GCA-TGAATTT-TGTT-GC-TCCTTCAAAA---GATG---G---GAGTGCTTAA-TTTGCC----GAAAATCCACC-ATGTTTG--TTTTATGAGA-AA-A---------TCAGAAA--GCCCC-CTCATTTTCAAGAT-------GTGAATAAA----G----TA------TGAAT-GGTTT-TTTTTTAATAGAT-GTACACA----AATTATGCATGATTCTTTAGA-----------------TTCTAGAATTTTATTTCACTCCAAATTT-TA-----TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAC-CCCTGTGAATAG---GGGTCATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCAAC-AT----AAGGCAC-ATAGAT-ATGT---TTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------ACAC-------T----AGATGGTGACTTTTACAAAAACTATT----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAGAGTAAAAAGT------------------------TTGG-TATTGAGAAA---TGAT--TT-C--AAACATG-TAAAG-TAGAG-ACGAT-A-T---CCTAGTCTAAAAATACCCTATTCG-GATCTACGCAAttttccagttctacattatgattgaacatcatgcaaaattaaaaagcatcatgataataattttttaaaatccttcatctgtttaaacaattctttattgttcgtaaatttatgagcattggcgcatgaattttgttgctccttcaaaagatgggagtgcttaatttgccgaaaatccaccatgtttgttttatgagaaaatcagaaagccccctcattttcaagatgtgaataaagtatgaatggtttttttttaatagatgtacacaaattatgcatgattctttagattctagaattttatttcactccaaattttattctttagatgcattttctacccctgtgaataggggtcattcggaactggtaaaatcaacataaggcacatagatatgtttctttttcgtcgtcatagaaacactagatggtgacttttacaaaaactattttgtgagatatttagagtaaaaagtttggtattgagaaatgatttcaaacatgtaaagtagagacgatatcctagtctaaaaataccctattcggatctacgcaaatg
gi|5 : ttgccTCCGA-ATA-GTTT------ATTAAGT--CTACATGA-G----TGATAAACTTTGAAAT-CTTCTCGT--GAGAAAT-ATTAATTAA-CA-CAT---GATAAT-AAACTT-----ATCCCTCAT----G-TTTAATAATTCTTCAAT--T-T-CAC----AATT-TAC---------TGA------GC-GCA-TGCATTT-TGTTAGC-TC-TA---AA---GA-G---G---GA-TGCTT----TT-GC----GAAA-CCCGC--ATTTTTA--TT----GA-AGAA-A---------TCGA-AA--GCCC---TCATTTTCAAG-C-------GTCAATAAA----G----TA---------AT-GGCTT--------ACAGATTCTACATA----ATTTAAGC-TATTTCTCTAGATGAAATATCAA-----TATCTAATCTTTCATTTCAATCCAAATTT-TATTC--TCTCTCAGT---ATGGAT--TATC-TACACCCTGTGAATA----GGGCTA-TCGAGA-ATGGT--AAAGATCG-T-GC----AAGGCAA-CAAAAT-ATAT---GTTCTTTTCGT-CGTCA---------TAGAA---------------A------------------------A-ACAGAACGGT----GAC----------------------T----------------TTGTACAAGAATTTTTGAGA--TA-------TT--AAGTAAAAAG-TCAAGATTAAA---T------T-GTTGG-TATTGAAAAATACTAGT--TT-CAAAAACATGTTAAGG-TAAAA-ACAAT-A-A---TCAGATCCTAAAATACCCTATTCG-GAACTAGCCAAatg
gi|6 : ctattcTAGTTCCGAATAGTTT----TCT--AGTTCCGA-ATA-ATTA------A---AGT--TTG-ATAA-GCCCGTGA-AA---------T-CCTCTCGT--ACGAAACTATTAAATAA-AA-CATCACGGTGAT-AAACTTT---AATCCTTCATC--TG-TCAAACAATTCTACAAT--T-TTCAT----AATT-TAC---------TGA------GC-GCA-TGAATGA-T-TTAG----------AA---GA-G---G---GAGTGCTTAA-C---CC----GAAAATCAGCC-ATGCTTG--TTTTATGA-A-A---------------GG--------C-CTCATTTTCAAGACTGGAAAAGTCTATAAA-----------------TGAAC-AGTTT-T------GTACAT-CTGCATA----AGTTATGCGTGATTCTTCAGATAAAAGATAAAA----TTTCTAAACTTTTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTTG----ATACAT--TCTC-TGC-CCCTGTGAATAG---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAT-ATCGAT-GT----AAGGCAC-AAAAAA-AGGT---GTCTTTTTCGT-CGTCA---------TAG-A---------------A------------------------A-AT-------------------------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAACAAGTTCAAA--TATA---T------T-GTTGG-TATGGAAATA---TGGT--TT-C--AAACATG-TAATG-TATAG-ATGAT-A-C---CCCA-TCTAAAACTACCCTATTCG-GAACCAGGCAAatga
gi|7 : --GCCCC-CTCATTTTCAAGAC-------ATC----AA----A----TA------TGATT-CGTTT-T------AGAGAT-CTACCTA----AATTCTGCTTGATTCTTCAGA-GAAAAGCCAAA----TCTCAAAACTTTTATTTCAGTCCAAAGTT-TAATCCTTTCGTGAT----ATGCCT--TTTC-TAC-CTCAGTGAATAG---AGCCTATTCG
gi|7 : gcCACG-TAACG-AAGAA-TTAATCA-T---TCCAGTTTAAAAATACCTCATTCG-GAACAAGGAAAatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgtaacgaagaattaatcattccagtttaaaaatacctcattcggaacaaggaaaatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|8 : gcgccccctcattttcaagacatcaaatatgattcgttttagagatctacctaaattctgcttgattcttcagagaaaagccaaatctcaaaacttttatttcagtccaaagtttaatcctttcgtgatatgccttttctacctcagtgaatagagcctattcgatgtaactaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTT----TCTT-AGTTCTGA-ATA-ATTT------A---AGT--TTG-ATGA-G----TGA-AAACTTTT--AT-CTTCTCTT--GCAAAAGTATTAAATAA-AA-CATCACAATAAT-AAATTTT---AATCCTTCATC--TA-TTAAATAATTCTAGAAT--T-T-CAT----AAAT-TAC---------CGA------GT-GCA-TGAATTT-TGTTAGC-TTGTT---AAAAAGA-T---G---AAGTGCTTGA-TTTACC----AAAAAGCCGC--ATGTTTG--TTTTCTGA-A-AA-AA--------TCTGAAC--ACCCC-CTCATTTTCAAGAT-------GT--ATAA-----G----TA------TAAAT-GGTTT-T------GTACAT-CTGCACC----AATTATGTGTGATTCTTCAGATGAAAGATCAGA----TTT----A---TTGCTT---TCCAAATTT-TATTC--TTCGTTAG----ATACAT--TTTC-TGC-CCCTGatgactgcggtatgaattgttactttaactctgtgtataactttgcctaagccgccagatttacctcaagctaatgtttatctttattgctctttccatttt
gi|9 : TACATA----AATTATGCATGATTCTTCAGATGATAGATCAAA----TTTCTAAACTATTATTTCAATTCAAATTT-TATTC--TTCTTTAG----ATGCAT--TTTC-TAA-CCACCTGAATAT---GGGCTATTCGGAA-CTGGT--AAA-ATCGAT-GC----AAGGCAC-CAAAAT-TAGC---GTCTTTTTCGT-CATCA---------TAG-A---------------AACTCTAGATGGTGACTTATACAAGA-AC-------T----AT-----------------------T----------------TTG------------TGAGA--TA-------TTTAAAGTAAAAAGTTCAAA--TTAA---T------T-GTTGG-AATGGAAAAA---TGAT--TT-A--AAACACG-TAACG-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGCGGTATGAATTGTTACTAAATTATTTGCCTACCTCAAGCTAATGGTTATTTATTTTTATTGCTTTTTCCATTTT