lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 111 5555555555555 1 333333333333333333333333333333333 333333333333333333 1111111 222222222222222222222 1111 55555555555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 444444444444444444 1 11111111 11 22222222
lowQualScore : 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333 0000000 1 4 000 0000000000000 55 2 0 3 222222222222222222222222222222222 22 2 999999999999999999 0 44 3333333 44 777777777777777777777 44 0 1 3 99 0000 00000000000 5 5 4 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000000 5 66 444444444444444444 6 6 8888 777 4 33333333 55 5 44 99 44444444 7 4
lowQualScore : . .................................................. ....... . . ... ............. .. . . . ................................. .. . .................. . .. ....... .. ..................... .. . . . .. .... ........... . . . . .................................................................................. ...... . .. .................. . . .... ... . ........ .. . .. .. ........ . .
lowQualScore : 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444 5555555 1 4 999 1111111111111 00 0 5 6 111111111111111111111111111111111 22 5 555555555555555555 6 22 6666666 22 333333333333333333333 22 2 2 6 77 3333 99999999999 3 4 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444 7 11 111111111111111111 7 8 1111 888 0 55555555 55 6 11 22 22222222 0 8
consensus : TCTTCATAT---TTT--TACANGCAAG-ACCTCTN-TATTCG---AATG-CAANNG-TGTGCGATNT-----TTGT-GAC-CTTGACCT-GA--TT-AAAGTTT--GACCTACTTT-TAAG-----G--AAA-AATTAA-CCTATN------CAATATTTCCTAAACTATT-T-----TAAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A----C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTT-T--GAC-T---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---CT------TTTA---A-G--AN---NA--TAGTA---T--------TTTG-AATATATC----TCGAACTA--------TTTTAAG----C-AGG-GCTTTC--ATATNT-TGTG-TATNC--GTAGATTCTTTA--TGG---CA-AGA--C---C-TT--GNTATTAC--TTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( gi|1 ) : TCTTTATAT---TTTAGTACAGGGAAG-ACCTCTT-TATTCA---AATG-CAAGTG-TGTGCGATAT-----TTGT-GAC-TCTGACCTAGA--TT-AAAGTTT--GACCAACTTT-TAAG-----G--AAA-AATTAA-CGTATA------CAATATTTCCTAAACTGTT-T-----TAAAGTACATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A----C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTTATA-TCATAGGTTT-T--GAC-T---A-AA--TGTGGCCTTGAATTC-AAAGTTTG-AC---CT------TTTA---A-G--AC---CA--TAGTA---T--------TTTG-AAGATATT----TTAAAATA--------TTTTAAG----C-AGG-GCTTTC--ATA-AT-TGTA-TATACCGGTAGATTGTTTA--TAG---CA-AGA--C---C-TT--GGTAGTAC--TTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|12 : TCTTTATATACATTCTTTACAGCT-AG-ACCTTTCGTGT------GATG-CAATGG-TGTGTGATAA-----TT-T-GAC-CTTGACCTGG-------AAGTTC--AATTAAATTT-T------------------------TATT------CAATGTTTTCTGAAC
gi|6 : tcagctaggcctttcatatTTCATAT---TTT-GTATATACATGTACTTCTT-T---CATGTAATA-CA-GTGGTATGCAATAT-----T-GT-GAC-CTTGACCTGGA-------GGTTT--TGCCAACTTT-TAAT-----A--AAACAA--AACCGTATA------AAATATTTCCTATACTATT-CATGAACAAAGTAGATCCTTCACATTTTT--T-T----A--T--A----C----------ATT-ACA-GG----------TGTTTCATA-ACATATGTT
gi|4 : tgaactatataagctagggctTCATAT---TTT--TAC-TGGAAT-ACCT-TA-TATTTG---A-------------TGCAATTT-----TTGT-GACCTTTGGC-------TT-AAAGTTT--GACC---TTA-TAAG-----G--AAA-AATAAA-CATTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATACTGGATAC----G--T--A----C----------ATC-ATATGACAAATCATTTTATTTTATA-TCATAGCATT-T--TAC-T------G--CGTGACCCTTATCTT-AAAATTTA-GC---C-------------------------------TA---T--------TTTT-AAGACA------ACAACATC--------TTTTAGA----C-AGA-GCTTTC--ATA-CT-T-TG--ATGCCTGTA-CTTACTTACTTAGGCCCATAGT--C---C-TT--GGTacatttttaacttt
gi|5 : TACAGGCAAG-ATGT----TATTGT---GATG-TAATGG-TATGTGATCG-----TT-C-GA--TCTTTCC---A--TG-AACGTTTTTAACCTACTTTATACA-----G--AA----TTGA-CTTATT------CAATATTTCCTGAGCTA-T-T-----TAGAATATATCT---GTA-------TAT----A--T--A----C----------GTCAAAATGT--AAATATTTCAATTTATATTCATGTGTTT-C--G-T-T---ACAA--TGTAACCTTCAACCC-GAAGTTGG-AT---TG------CTTA---A-
gi|7 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtatacaaattcttTTCA---AATGGCAAATC-CTTTTGATTTCGACCTTGT-GAC-CTTGA-----A--TTCAAAGTTT--GACCAACTTT-TAAG-----A--CAA-CA-GAA-TCTTTG-------AATATATCTTCAACTATT-T--------------TCTTGCACATTTT
gi|2 : aaattaatatacacaatatttttttaatactcatggtacacttttcatattttgtatacatgtacatgtATG-CAAAAC-TGTGCAAT-T-----TTGT-GAC-ATTGTACTGGA--TG-A----TT--GACCTAGTTT-TAAT-----TTTAAA-AA--AG-CGTATA------CAATATTTCCCA---TATCAT-----TAAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----A--T--A----CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAAAATTGATTTTATA-TCATAGCTTT-T--AAC-T------T--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTT-AT---CT------ATTATTGA-T--ACGTGTA--CAATA---TACACAAACTATACAATGTATCTCAGTTGAACTA--------TTTTAAG----C-AGG-GGTTTA--ATATTT-TGTA-TGTCCACATAGATTCTTTA--TGA---CA-AGA--C---C-TT--GTTATTA----TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGA
gi|16 : tgttTAC-----TTGT-GAC-CTTGACC---A--TT--GAGTTT--GGCCTACTTT-T
gi|10 : aagattccttgttattacttgtagcttgT-----TTGT-GAC-CTTGA---AG---TT-GAAGTTT--GACGTATTTT-TAAG-----G--AAA-CAT-AG-CCTATT------AAATATATCTGACACTGTT-T-----TAG-GTATGGCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--AGATTC----------TT---TATGGCAAGA--TATTGTTTTtttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|8 : ttacTGTAGAC-TTGGACCT------T-GGAGTTA--AACCTAATTT-TAAAAAAAAG--AAA-ACTTGA-CCTATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT-T------AAAGTAATTTTTTCATCTTTTG--TAT----A--T--AG---G----------TTC-TGATGCCAAGACC-TTTATTTCTTA-CCAT-GATCTAT--GAC-tccgtaaagttggaactt
gi|17 : TGATCTTGAACTC-AAAGTTT--GAACTACTTT-TAAG-----A--Acttg
gi|13 : atatatactcatatggcaagacctttcatgtcttggctttgactaaaaatgT--GACCTACTTC-TAAG-----G--AAA-AATT----------------------TCCTAAACT--------------------CTTTCATATTTTG--TACAA--G--T--A----C----------CT----ATGGCAAAATCTTTTATTTTATA-TCATA-GTTT-T--AGC-------AT--TTTAACCTTGAACTCGGAAGTTTG-AC---C
gi|7 : A-AATTAA-TATACA------CAATATTTTTTTAA-TACT-C------ATGGTACACTTTTCATATTTTG--TATACATG--T--A----CATGT------TTC-AAATGGCAAATCCTTTT--------------GATTT-C--GACCT---------TGTGACCTTGAATTC-AAAGTTTG-ACCAACT------TTTA---A-G--AC---AA--CAGAA---TC-------TTTG-AATATATC----TTCAACTA--------TTTT
gi|11 : A-CCTATT------CAATACTTCCCAAA-TAAA-T-----TAAGGTAGAACTTTCCTATTT-----------A--T--A----C----------TTC-AGATGGCAAACCCTATCATATCATA-T-ATATGTCT-TTAGAC-T------T--TGTGACGATGAACTC-GAAGTATG-GC---CT------cttgcacatttt
gi|14 : gA-CCTATT------CAACATCTCCTAAACTATG-T------AAGGAAGAATTTTCATATTTTG--TAT----A--TAGA----T----------TTC-TTGTTGCAAGGTGTTTCTTTTCACA-agcta
gi|3 : caaag-T-----TAAGGTTGATCTTTCATAT---G--CAT----GCAT--A----T----------TTC-ATATGGCAAAACCTTGAATTTCATG-TCATATATGT-----AC-TTTCA-AC--TTTGGCGTTGAACTC-AAAGTTTG-ACCTACT------TTTA---A-G--AT---GA--T-GTACACT--------TTTG-AATATA------TCAAACTATTTTCTACTTTTAAGATGAT-AGACACTTTTGAATATAT-CAAACTATTTCAATAGATT-CTGA--AGG---CA-AGA--T---T-TT--GCTTTTAC--TTATA--------GTTGGAACTTGTGACCctgacctttgacct
gi|23 : TTTCATGTTGTG--TAT----G--T--A----CA---------TTCTTTATAGCAAGATCTTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|17 : gg--TAT----A--T--A----C----------T-C-ATATGGCAAGACCTTTCAT-----G-TCTT-GGCTT-T--GAC-T---A-AAAATGTGATCTTGAACTC-AAAGTTTGAACTA-CT------TTTA---A-G--Ac
gi|10 : a--TGTGACCTTGAAGTT-GAAGTTTG-ACGTATT------TTTA---A-GGAAA---CA--TAGCC---T--------ATTA-AATATATC----TGACACTG--------TTTTAGG----T-ATG-GCTTTC--AT--AT-TTTG-TAT----GTAGATTCTTTA--TGG---CA-AGA--T---A-TT--GTTTTTCC--GTAAA--------GTTGGAACTTa
gi|15 : ttactt--TGTGCCCTTGGACTC-GTAATTTG-AT---CTATACTTTTTA---AAG--AG---CAAATAGTA---T--------GTTG-AATATATA----CGGATCTC--------TTTTAAG----T-AAG-GCTTTC--AT
gi|6 : atctTAAG----CTAGG-GCTTTC--ATATTT-TGTA-TATACATGTACTTCTTTCA--T-G---TA-ATA--C---A-GT--GGTA
gi|12 : tgaactataAG----CTAGG-CCTTTC--ATA-TTCTTTA-TATAC------ATTCTTTA--CAG---CT-AGA--C---C-TT--tgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|23 : tcTTTC--ATG--T-TGTG-TAT----GTACATTCTTTA--TAG---CA-AGA--T---C-TT--tcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|9 : ggTTC--ATT--T-TGTG-TATAC----ATATTTTTTA--CGG---CA-AGA--T---CATTCAGGCGATGCAATCAC---------GTATGATCTTGTGACCtc
gi|19 : AGATTCCTTA--TGG---CA-AGA--CAGACACT--GTTACTAC--TTACA--------GTTGGAACTTGTGACCgtgacgtttgacgtatactttttaataaaaacctgacctactcagtacatcccaacctttcatatcttgtgtacatata
gi|16 : A-AGATTC---C-TT--GTTATTAC--TTGTA--------GCTTGTACTTGTGACCttgaagattgacctac
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGAACTTTATAAGCTAGGGATTCTAAATTTTTACAGTAAGATCTTTTATATAACACAATGGGGTGTGATCTTGACCTGGAAATTT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAGTTGTAACTTTTGACCTTGGAGTTTAACCTACCTTTTTAAAACTCGGACATATTCAATATTTC
Unaligned ( gi|21 ): ATCTGTACAGCAAGACCTTTCATGTGATACAATGGTGTCTGTGATCTTGACCTGAAAGTTT
Unaligned ( gi|22 ): TATATAGGTTTCTTATGGCAAGATCCTTTATTTCGTACCATGATGTATGGCCGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11 11 444444444444444444 5555555555555 111111 222222222 11111 1111111 333333333333333 1111111 2222222222222 333333333 33333333333333 11111 33333333333333333333 222222222222222222222 111111 2222222 11111111 22222222
lowQualScore : 22222 5 11 5 88 5 5 555555555555555555 55 6 0 3 6 3 5555555555555 000000 6666 444444444 3 00000 77 0000000 333333333333333 1 3 33 3333333 33 4444444444444 2 0 2 3 77 7777 666666666 3 3 22222222222222 11111 4 66 22 33333333333333333333 5 333333333333333333333 666666 4 55 11 888 3 3 9999999 5 5 2 11111111 1 44444444
lowQualScore : ..... . .. . .. . . .................. .. . . . . . ............. ...... .... ......... . ..... .. ....... ............... . . .. ....... .. ............. . . . . .. .... ......... . . .............. ..... . .. .. .................... . ..................... ...... . .. .. ... . . ....... . . . ........ . ........
lowQualScore : 55555 0 99 0 99 0 0 222222222222222222 11 3 4 1 2 1 2222222222222 111111 4444 999999999 3 88888 66 2222222 222222222222222 0 3 99 1111111 99 1111111111111 9 9 1 1 11 5555 555555555 6 6 33333333333333 11111 4 99 00 33333333333333333333 7 444444444444444444444 444444 4 55 88 888 7 9 0000000 0 0 2 00000000 0 22222222
consensus : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-A-CCTCT-T-ATTCG---A---ATGCAATGGTGTGCGATNTTTGT-GACCTT-G-ACCT-G----TTGAAGTTTGACCTA---C--TT--T-TAAN-----G--AAA-AATT--AACN-TATN------CAATATTTCCTAAACTATT-T------AAGGTAGATCTTTCATATTT-TG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-G--ANNA--CAGTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTA--------TTTTAAG----C-AGG-GCTTTC--ATATTTTG---TATAT--AC--GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( family-518 ) : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACANGCAAG-A-CCTCTNT-ATTCG---A---ATGCAANNGTGTGCGATNTTTGT-GACCTT-G-ACCT-GA---TTAAAGTTTGACCTA---C--TT--T-TAAG-----G--AAA-AATT--AACC-TATN------CAATATTTCCTAAACTATT-T-----TAAGGTAGATCTTTCATATTT-TG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-G--ANNA--TAGTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTA--------TTTTAAG----C-AGG-GCTTTC--ATATNTTG---TGTAT--NC--GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGNTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|1 : TCTTTATAT-----T-TTAGT-ACAGGGAAG-A-CCTCTTT-ATTCA---A---ATGCAAGTGTGTGCGATATTTGT-GACTCT-G-ACCTAGA---TTAAAGTTTGACCAA---C--TT--T-TAAG-----G--AAA-AATT--AACG-TATA------CAATATTTCCTAAACTGTT-T-----TAAAGTACATCTTTCATATTT-TG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTTATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AA--TGTGGCCTTGAATTC-AAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-G--ACCA--TAGTA---T--------TTTG-AAGATATTTT----AA-AATA--------TTTTAAG----C-AGG-GCTTTC--ATA-ATTG---TATAT--ACCGGTAGA-TTGTTT-ATAGCAAGA--C---C-TTGGTAGTACTTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|10 : --TGTGACCTTGAAGTT-GAAGTTTG-ACGTAT---T------TT-----TAA-GGAAACA--TAGCC---T--------ATTA-AATATATCT-----GACACTG--------TTTTAGG----T-ATG-GCTTTC--ATATTTTG---TAT--------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--T---A-TTGTTTTTCCGTAAA--------GTTGGAACTT
gi|11 : ttacttACC-TATT------CAATACTTCCCAAA-TAAA-T-----TAAGGTAGAACTTTCCTATTT------------A--T--A--C----------TTC-AGATGGCAAACCCTATCATATCATA-T-ATATGTCTTTAGACT------T--TGTGACGATGAACTC-GAAGTATG-GC---C---T------
gi|12 : gAG----CTAGG-CCTTTC--ATATTCTT---TATAT--AC------A-TTCTTT-ACAGCTAGA--C---C-TTagcta
gi|12 : tcTCTTTATATACATTC-TT--T-ACA-GCTAG-A-CCT------TTCGTGTG---ATGCAATGGTGTGTGATAATT-T-GACCTT-G-ACCT-G------GAAGTTCAA----------TT------------------A-AATT----TT-TATT------CAATGTTTTCTGAACtcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|13 : tcagctaggcctttcatatTGACCTA---C--TT--C-TAAG-----G--AAA-AATT------------------------TCCTAAACT--------------------CTTTCATATTT-TG--TACAA--G--T--A--C----------CT----ATGGCAAAATCTTTTATTTTATA-TCATA-GTTTT--AGC------AT--TTTAACCTTGAACTCGGAAGTTTG-AC---C---
gi|14 : ACC-TATT------CAACATCTCCTAAACTATG-T------AAGGAAGAATTTTCATATTT-TG--TAT----A--TAGA--T----------TTC-TTGTTGCAAGGTGTTTCTTTTCACA-
gi|15 : caaag--TGTGCCCTTGGACTC-GTAATTTG-AT---C---TATACTTTT-----TAAAG--AGCAAATAGTA---T--------GTTG-AATATATACG----GA-TCTC--------TTTTAAG----T-AAG-GCTTTC--ATctgacctttgacct
gi|16 : atctAAGATTC---C-TTGTTATTACTTGTA--------GCTTGTACTTGTGACC
gi|16 : TACTTGT-GACCTT-G-ACC---A---TTGA-GTTTGGCCTA---C--TT--T-Tttgaccattgagtttggcctactttttttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|17 : aagattccttgttattacttgtagcttg--TAT----A--T--A--C----------T-C-ATATGGCAAGACCTTT-----CATG-TCTT-GGCTTT--GACT---A-AAAATGTGATCTTGAACTC-AAAGTTTGAACTA-C---T------TT-----TAA-G--Atttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|18 : aAT-----T-TT--T-ACA-GTAAG-ATCTTTTAT-AT------A---ACACAATGGGGTGTGATCT---T-GACCTG-G-Aa
gi|19 : ttgaactttataagctagggattctaaAGA-TTCCTT-ATGGCAAGA--CAGACACTGTTACTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACCaattt
gi|2 : ---ATGCAAAACTGTGCAAT-TTTGT-GACATT-GTACTG-GA---TGA----TTGACCTA---G--TT--T-TAAT-----TTTAAA-AA----AGCG-TATA------CAATATTTCCCA---TATCAT-----TAAGGTAGATCTTTCATATTT-TG--TAT----A--T--A--CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAAAATTGATTTTATA-TCATAGCTTTT--AACT------T--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTT-AT---C---TA-----TTATTGATAC-G--TGTA--CAATA---TACACAAACTATACAATGTATCTCAGTTGA-ACTA--------TTTTAAG----C-AGG-GGTTTA--ATATTTTG---TATGTCCAC--ATAGA-TTCTTT-ATGACAAGA--C---C-TTGTTATTA--TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGAttgaagattgacctac
gi|20 : tgttTTGT-AACTTTTG-ACCT-------TGGAGTTTAACCTA---CCTTT--T-TAA-------------AACTCGGACA-TATT------CAATATTTC
gi|21 : ttttagAT-----C-TG--T-ACA-GCAAG-A-CCTTTC--ATGTG---A----TACAATGGTGT-------CTGT-GATCTT-G-ACCT-G------AAAGTTT
gi|22 : --TAT----A--T--AGGT----------TTC-TTATGGCAAGATCCTTTATTTCGTA-CCAT
gi|23 : TTTC--AT--GTTG---TGTAT------GTACA-TTCTTT-ATAGCAAGA--T---C-TTgatgtatggccgt
gi|3 : gg-T-----TAAGGTTGATCTTTCATAT----G--CAT----GCAT--A--T----------TTC-ATATGGCAAAACCTTGAATTTCATG-TCATATATGT----ACTTTCA-AC--TTTGGCGTTGAACTC-AAAGTTTG-ACCTAC---T------TT-----TAA-G--ATGA--T-GTACACT--------TTTG-AATATA--TC----AA-ACTATTTTCTACTTTTAAGATGAT-AGACACTTTTGAATATATCAAACTATTT--CA--ATAGA-TTC-TG-AAGGCAAGA--T---T-TTGCTTTTACTTATA--------GTTGGAACTTGTGACCtc
gi|3 : TTGT-GACCTT-G-G-------------AGTTTGACTTA---C--TTTCT-TA-------T--AAA-AAGC--AATA-TATC------TAATATTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|4 : ttaaggttgatctttcatatgcatgcatatttcatatggcaaaaccttgaatttcatgtcatatatgtactttcaactttggcgttgaactcaaagtttgacctacttttaagatgatgtacacttttgaatatatcaaactattttctacttttaagatgatagacacttttgaatatatcaaactatttcaatagattctgaaggcaagattttgcttttacttatagttggaacTCATAT-----T-TT--T-AC-TGGAAT-A-CCT-TAT-ATTTG---A--------------TGCAATTTTTGT-GACCTTTG-GC--------TTAAAGTTTGACCT--------T--A-TAAG-----G--AAA-AATA--AACA-TTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATAC-TGGATAC----G--T--A--C----------ATC-ATATGACAAATCATTTTATTTTATA-TCATAGCATTT--TACT------G--CGTGACCCTTATCTT-AAAATTTA-GC---CTATT------TT-----TAA-G--ACAA--CA-----------------------ACATC---------------------TTTTAGA----C-AGA-GCTTTC--ATACTTTG---
gi|5 : CAAAT-----TCTT--T-ACAGGCAAG-A-TGT---T-ATTGT---G---ATGTAATGGTATGTGATCGTT-C-GATCTT-T-CCAT-GAACGTT----TTTAACCTA---C--TT--TATACA-----G--AA----TT--GACT-TATT------CAATATTTCCTGAGCTATT-T-------AG---AAT-----ATATCTGTA--TAT----A--T--A--C----------GTCAAAATGT--AAATATTTCAATTTATATTCATGTGTTTC--G-TT---ACAA--TGTAACCTTCAACCC-GAAGTTGG-AT---T---G------CT-----TAA-atgcctgtacttacttacttaggcccatagtccttggt
gi|6 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtata----GA-ACTA--------TAT-AAG----CTAGG-GCTTTC--ATATTTTG---TATAT--AC--ATGTACTTCTTTCAT-GTAATA--C---A-GTGGTAT
gi|6 : tTTCATAT-----T-TTG-T-ATATACATGTA-CTTCTTTCAT--GT--A---ATACAGTGGTATGCAATATT-GT-GACCTT-G-ACCT-GG------AGGTTTTGCCAA---C--TT--T-TAAT-----A--AAACAA----AACCGTATA------AAATATTTCCTATACTATT-CATGAACAAAGTAGATCCTTCACATTT-TT--T-T----A--T--A--C----------ATT-ACA-GG----------TGTTTCATA-ACATATGTTgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|7 : tgaactatataagctagggctA-AATT--AATA-TACA------CAATATTTTTTTAA-TACT-C------ATGGTACACTTTTCATATTT-TG--TATACATG--T--A--CATGT------TTC-AAATGGCAAATCCTTTT--------------GATTTC--GACC------T--TGTGACCTTGAATTC-AAAGTTTG-ACCAAC---T------TT-----TAA-G--ACAA--CAGAA---TC-------TTTG-AATATATCTT----CA-ACTA--------TTTT--------------CTTGC--ACATTTTacatttttaacttt
gi|8 : TGTAGACTTG-G-ACCT-------TGGAGTTAAACCTA---A--TT--T-TAAAAAAAAG--AAA-ACTT--GACC-TATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT-T------AAAGTAATTTTTTCATCTTT-TG--TAT----A--T--AG-G----------TTC-TGATGCCAAGACC-TTTATTTCTTA-CCAT-GAT-------CT---A-------TGACCTTG
gi|9 : CATAT-----T-TT--TTAC-GGCAAG-A-TC------ATTCA---GGCGATGCAATCACGTATGATCTT-GT-GACCGT-G-AC-------------GTTTGACGTATACT--TT--T-TAAT-----A--AAA-ACCT--GACC-TACT------CAGTACATCCCA----------------------ACCTTTCATATCT-TG----T----G--T--A---------------C-ATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11 222222222222 11 11111 333333 222222222 1111111 1111111111111 1111111 2222222222222 333333333 33333333333333 11111 4444444444444444444444 1111111 111111 11111 3333333333333 111111 22222222
lowQualScore : 7777777 11 0 22 5 0 3 666666666666 0 77 3 3 33333 333333 1 555 3 2 222222222 3 9999 44 0000000 1 8888888888888 1 00 33 3333333 33 4444444444444 2 0 2 3 77 7777 666666666 3 3 22222222222222 11111 4 22 0000000000000000000000 5 9999999 5 3 8 0 111111 00000 66 0 6666666666666 3 4 4 111111 4 44444444
lowQualScore : ....... .. . .. . . . ............ . .. . . ..... ...... . ... . . ......... . .... .. ....... . ............. . .. .. ....... .. ............. . . . . .. .... ......... . . .............. ..... . .. ...................... . ....... . . . . ...... ..... .. . ............. . . . ...... . ........
lowQualScore : 2222222 99 4 11 0 2 1 777777777777 1 33 1 1 88888 666666 6 888 3 2 111111111 3 1111 99 2222222 4 0000000000000 8 88 99 1111111 99 1111111111111 9 9 1 1 11 5555 555555555 6 6 33333333333333 11111 4 00 6666666666666666666666 7 9999999 0 2 9 1 555555 00000 11 9 4444444444444 9 4 4 000000 4 22222222
consensus : TCTTCATAT-----T-TT--TACAGGCAAG-ACCTTTT-AT-TCG---AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-----GACCTG---TGAAGTTTGACCTA---CTTT-TAAT-----G--AAA-AATTA-ACN-TATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( family-518 ) : TCTTCATAT-----T-TT--TACAGGCAAG-ACCTCTT-AT-TCG---AATGCAATGGTGTGCGATNTTTGT-GACCT-T-----GACCTG--TTGAAGTTTGACCTA---CTTT-TAAN-----G--AAA-AATTA-ACN-TATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|1 : TCTTTATAT-----T-TTAGTACAGGGAAG-ACCTCTTTAT-TCA---AATGCAAGTGTGTGCGATATTTGT-GACTC-T-----GACCTAGATTAAAGTTTGACCAA---CTTT-TAAG-----G--AAA-AATTA-ACG-TATA------CAATATTTCCTAAACTGTT------TTAAAGTACATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTTATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AA--TGTGGCCTTGAATTC-AAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GACCA--TA--GTA---T--------TTTG-AAGATATTTT----AA-AATATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA------ATTG--TATAT---ACCG-----GTAGA-TTGTTT-ATAGCAAGA--C---C-TTGGTAGTACTTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|10 : --TGTGACCTTGAAGTT-GAAGTTTG-ACGTAT---T------TT-----TAA-GGAAA--CATAGCC---T--------ATTA-AATATATCT-----GACACTGTTTTAGGT-ATGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TAT--------------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--T---A-TTGTTTTTCCGTAAA--------GTTGGAACTT
gi|11 : ttactt-ACC-TATT------CAATACTTCCCAAATAAAT------T-AAGGTAGAACTTTCCTATT-------T----A--T--A--C----------TTC-AGATGGCAAACCCTATCATATCATA-T-ATATGTCTTTAGACT------T--TGTGACGATGAACTC-GAAGTATG-GC---C---T------
gi|12 : gAGCTAGGCCTTTC------ATA-----TTCTT--TATAT---AC-----------A-TTCTTT-ACAGCTAGA--C---C-TTagcta
gi|12 : tcTCTTTATATACATTC-TT--TACAG-CTAG-ACCTTTC-GT-GTG---A-TGCAATGGTGTGTGATAATT-T-GACCT-T-----GACCTG----GAAGTTCAA--------TT----------------A-AATT---TT-TATT------CAATGTTTTCTGAACtcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|13 : tcagctaggcctttcatatTGACCTA---CTTC-TAAG-----G--AAA-AATT-----------------------TCCTAAACT--------------------CTTTCATATTTTG--TACAA--G--T--A--C----------CT----ATGGCAAAATCTTTTATTTTATA-TCATA-GTTTT--AGC------AT--TTTAACCTTGAACTCGGAAGTTTG-AC---C---
gi|14 : -ACC-TATT------CAACATCTCCTAAACTATG------T-AAGGAAGAATTTTCATATTTTG--TAT----A--TAGA--T----------TTC-TTGTTGCAAGGTGTTTCTTTTCACA-
gi|15 : caaag--TGTGCCCTTGGACTC-GTAATTTG-AT---C---TATACTTTT-----TAAAGAGCAAATA--GTA---T--------GTTG-AATATATACG----GA-TCTCTTTTAAGT-AAGGCTTTC------ATctgacctttgacct
gi|16 : atctAAGATTC---C-TTGTTATTACTTGTA--------GCTTGTACTTGTGACC
gi|16 : TACTTGT-GACCT-T-----GACC-A--TTGA-GTTTGGCCTA---CTTT-Tttgaccattgagtttggcctactttttttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|17 : aagattccttgttattacttgtagcttg--TAT----A--T--A--C----------T-C-ATATGGCAAGACCTTT-----CATG-TCTT-GGCTTT--GACT---A-AAAATGTGATCTTGAACTC-AAAGTTTGAACTA-C---T------TT-----TAA-GAtttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|18 : aAT-----T-TT--TACAG-TAAG-ATCTTTT-ATAT-----AACACAATGGGGTGTGAT----------CT-T-----GACCTG----GAAATTTa
gi|19 : ttgaactttataagctagggattctaaAGA-TTCCTT-ATGGCAAGA--CAGACACTGTTACTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|2 : ATGCAAAACTGTGCAAT-TTTGT-GACAT-T-----GTACTG----GATGATTGACCTA---GTTT-TAAT-----TTTAAA-AA--A-GCG-TATA------CAATATTTCCCATATCATT--------AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----A--T--A--CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAAAATTGATTTTATA-TCATAGCTTTT--AACT------T--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTT-AT---C---TA-----TTATTGATAC-GTGTA--CA--ATA---TACACAAACTATACAATGTATCTCAGTTGA-ACTATTTTAAGC-AGGGGTTTA------ATA-----TTTTG--TATGTCC-AC-------ATAGA-TTCTTT-ATGACAAGA--C---C-TTGTTATTA--TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGAttgaagattgacctac
gi|20 : tgttTTGT-AACTT-TT----GACCT----TGGAGTTTAACCTA---CCTT-T--T-----T--AAA-ACTCGGACA-TATT------CAATATTTC
gi|21 : ttttagAT-----C-TG--TACAG-CAAG-ACCTTTC-AT-GTG---A-TACAATGGTGT-------CTGT-GATCT-T-----GACCTG----AAAGTTT
gi|22 : --TAT----A--T--AGGT----------TTC-TTATGGCAAGATCCTTTATTTCGTA-CCAT
gi|23 : TTTC------ATG-----TTGTG--TATGT---AC-----------A-TTCTTT-ATAGCAAGA--T---C-TTgatgtatggccgt
gi|3 : ggT------T-AAGGTTGATCTTTCATAT---G--CAT----GCAT--A--T----------TTC-ATATGGCAAAACCTTGAATTTCATG-TCATATATGT----ACTTTCA-AC--TTTGGCGTTGAACTC-AAAGTTTG-ACCTAC---T------TT-----TAA-GATGA--T---GTACACT--------TTTG-AATATA--TC----AA-ACTATTTT---C---TACTTTTAAGATGATAGACACTTTTGAATATATCAAACTATTTCAATAGA-TTC-TG-AAGGCAAGA--T---T-TTGCTTTTACTTATA--------GTTGGAACTTGTGACCtc
gi|3 : ATAGTTGG-AACTTGT-----GACCT----TGGAGTTTGACTTA---CTTTCTTAT--------AAA-AAGCA-ATA-TATC------TAATATTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|4 : ttaaggttgatctttcatatgcatgcatatttcatatggcaaaaccttgaatttcatgtcatatatgtactttcaactttggcgttgaactcaaagtttgacctacttttaagatgatgtacacttttgaatatatcaaactattttctacttttaagatgatagacacttttgaatatatcaaactatttcaatagattctgaaggcaagattttgcttttacttTCATAT-----T-TT--TACTGG-AAT-ACCTTAT-AT-TTG---A-----------TGCAATTTTTGT-GACCT-TT----GGC-----TTAAAGTTTGACCT------TA-TAAG-----G--AAA-AATAA-ACA-TTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATACTGGATAC----G--T--A--C----------ATC-ATATGACAAATCATTTTATTTTATA-TCATAGCATTT--TACT------G--CGTGACCCTTATCTT-AAAATTTA-GC---CTATT------TT-----TAA-GACAA--CA-------------------------ACATC-------------TTTTAGAC-AGAGCTTTC------ATA-----CTTTG--
gi|5 : CAAAT-----TCTT--TACAGGCAAG-A--TGTT-AT-TGT---GATGTAATGGTATGTGATCGTT-C-GATCT-TTCCATGAAC-G--TT----TTTAACCTA---CTTT---AT-----A--CAG-AATTG-ACT-TATT------CAATATTTCCTGAGCTATT------T-AGAATATATCT---GTA-------TAT----A--T--A--C----------GTCAAAATGT--AAATATTTCAATTTATATTCATGTGTTTC--G-TT---ACAA--TGTAACCTTCAACCC-GAAGTTGG-AT---T---G------CT-----TAA-atgcctgtacttacttacttaggcccatagtccttggt
gi|6 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtata----GA-ACTATAT-AAGCTAGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------ATGTACTTCTTTCATG
gi|6 : tTTCATAT-----T-TTG-TATATACATGTACTTCTT----TCATGTAATACAGTGGTATGCAATATT-GT-GACCT-T-----GACCTG----GAGGTTTTGCCAA---CTTT-TAAT-----A--AAACAA--A-ACCGTATA------AAATATTTCCTATACTATTCATGAAC-AAAGTAGATCCTTCACATTTTT--T-T----A--T--A--C----------ATT-ACA-GG----------TGTTTCATA-ACATATGTTtaatacagtggtatgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|7 : tgaactatataagctagggctA-AATTA-ATA-TACA------CAATATTTTTTTAA-TACT------C-ATGGTACACTTTTCATATTTTG--TATACATG--T--A--CATGT------TTC-AAATGGCAAATCCTTTT--------------GATTTC--GACC------T--TGTGACCTTGAATTC-AAAGTTTG-ACCAAC---T------TT-----TAA-GACAA--CA--GAA---TC-------TTTG-AATATATCTT----CA-ACTATTTT---------CTTGC------ACA-----TTTTacatttttaacttt
gi|8 : TGTAGACTT-G-----GACCT----TGGAGTTAAACCTA---ATTT-TAAAAAAAAG--AAA-ACTTG-ACC-TATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT------T-AAAGTAATTTTTTCATCTTTTG--TAT----A--T--AG-G----------TTC-TGATGCCAAGACC-TTTATTTCTTA-CCAT-GAT-------CT---A-------TGACCTTG
gi|9 : A-----TTTTG--TGTAT---AC-------ATA---TTTTTT-ACGGCAAGA--T---C-
gi|9 : ttcCATAT-----TTTT--TAC-GGCAAG-ATCATTC-AG-GCG----ATGCAATCACGTATGATC-TTGT-GACCG-T-----GAC----------GTTTGACGTATACTTTT-TAAT-----A--AAA-ACCTG-ACC-TACT------CAGTACATCCCA----------------------ACCTTTCATATCTTG----T----G--T--A---------------C-ATATattcaggcgatgcaatcacgtatgatcttgtgaccgtgacgtttgacgtatactttttaataaaaacctgacctactcagtacatcccaacctttcatatcttgtgtacatata
Alignments
lowQualScore : 11111 11 11111 3333333 11 22222 2222222222222 11111 1111111111111 1111111 2222222222222 333333333 33333333333333 11111 4444444444444444444444 1111111 111111 11111 3333333333333 111111 22222222
lowQualScore : 22222 5 11 5 88 4 66666 4 2222222 3 0 6 55 2 2 2 77777 2 33 555 3333333333333 3 11111 44 9999999 1 8888888888888 1 00 33 3333333 33 4444444444444 2 0 2 3 77 7777 666666666 3 3 22222222222222 11111 4 22 0000000000000000000000 5 9999999 5 3 8 0 111111 00000 66 0 6666666666666 3 4 4 111111 4 44444444
lowQualScore : ..... . .. . .. . ..... . ....... . . . .. . . . ..... . .. ... ............. . ..... .. ....... . ............. . .. .. ....... .. ............. . . . . .. .... ......... . . .............. ..... . .. ...................... . ....... . . . . ...... ..... .. . ............. . . . ...... . ........
lowQualScore : 55555 0 99 0 66 4 44444 4 8888888 2 7 4 99 9 9 9 11111 9 77 444 3333333333333 1 77777 66 6666666 4 0000000000000 8 88 99 1111111 99 1111111111111 9 9 1 1 11 5555 555555555 6 6 33333333333333 11111 4 00 6666666666666666666666 7 9999999 0 2 9 1 555555 00000 11 9 4444444444444 9 4 4 000000 4 22222222
consensus : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC----CT-TTCAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----G--AAA-AAT-CG-ACN-TATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( family-518 ) : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC----CT-TTTAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----G--AAA-AAT-TA-ACN-TATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|1 : TCTTTATAT-----T-TTAGT-ACAGGGAAG-AC----CTCTTTAT-TCA-AATGCAAGTGTGTGCGATATTTGT-GACTC-T-GACCTAGATTAAA-GTTT--GACCAAC---TTT-TAAG-----G--AAA-AAT-TA-ACG-TATA------CAATATTTCCTAAACTGTT------TTAAAGTACATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTTATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AA--TGTGGCCTTGAATTC-AAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GACCA--TA--GTA---T--------TTTG-AAGATATTTT----AA-AATATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA------ATTG--TATAT---ACCG-----GTAGA-TTGTTT-ATAGCAAGA--C---C-TTGGTAGTACTTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|10 : --TGTGACCTTGAAGTT-GAAGTTTG-ACGTAT---T------TT-----TAA-GGAAA--CATAGCC---T--------ATTA-AATATATCT-----GACACTGTTTTAGGT-ATGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TAT--------------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--T---A-TTGTTTTTCCGTAAA--------GTTGGAACTT
gi|11 : ttactt-ACC-TATT------CAATACTTCCCAAATAAAT------T-AAGGTAGAACTTTCCTATT-------T----A--T--A--C----------TTC-AGATGGCAAACCCTATCATATCATA-T-ATATGTCTTTAGACT------T--TGTGACGATGAACTC-GAAGTATG-GC---C---T------
gi|12 : gAGCTAGGCCTTTC------ATA-----TTCTT--TATAT---AC-----------A-TTCTTT-ACAGCTAGA--C---C-TTagcta
gi|12 : tcTCTTTATATACATTC-TT--T-ACAG-CTAG-AC----CT-TTCGT-GTG-A-TGCAATGGTGTGTGATAATT-T-GACCT-T-GACCTG----GAA-GTTC--AA--------TT----------------A-AAT-T---TT-TATT------CAATGTTTTCTGAACtcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|13 : tcagctaggcctttcatatT--GACCTAC---TTC-TAAG-----G--AAA-AAT-T-----------------------TCCTAAACT--------------------CTTTCATATTTTG--TACAA--G--T--A--C----------CT----ATGGCAAAATCTTTTATTTTATA-TCATA-GTTTT--AGC------AT--TTTAACCTTGAACTCGGAAGTTTG-AC---C---
gi|14 : -ACC-TATT------CAACATCTCCTAAACTATG------T-AAGGAAGAATTTTCATATTTTG--TAT----A--TAGA--T----------TTC-TTGTTGCAAGGTGTTTCTTTTCACA-
gi|15 : caaag--TGTGCCCTTGGACTC-GTAATTTG-AT---C---TATACTTTT-----TAAAGAGCAAATA--GTA---T--------GTTG-AATATATACG----GA-TCTCTTTTAAGT-AAGGCTTTC------ATctgacctttgacct
gi|16 : atctAAGATTC---C-TTGTTATTACTTGTA--------GCTTGTACTTGTGACC
gi|16 : TACTTGT-GACCT-T-GACCAT---TG-A-GTTT--GGCCTAC---TTT-T--T-----T--TAG-AATGCG-ATA-TATT------CAATttgaccattgagtttggcctactttttttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|17 : aagattccttgttattacttgtagcttg--TAT----A--T--A--C----------T-C-ATATGGCAAGACCTTT-----CATG-TCTT-GGCTTT--GACT---A-AAAATGTGATCTTGAACTC-AAAGTTTGAACTA-C---T------TT-----TAA-GAtaatt
gi|18 : aAT-----T-TT--T-ACAG-TAAG-AT----CT-TTTATAT---AACACAATGGGGTGTGAT----------CT-T-GACCTG----GAA-ATTT--a
gi|19 : ttgaactttataagctagggattctaaAGA-TTCCTT-ATGGCAAGA--CAGACACTGTTACTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|19 : ACAGTTGG-AACTTGT-GACCT----TGAA-GATT--GACCTAC---ttgaagattgacctac
gi|2 : agattccttatggcaagacagacactgttactacttATGCAAAACTGTGCAAT-TTTGT-GACAT-T-GTACTG----GAT-GATT--GACCTAG---TTT-TAAT-----TTTAAA-AA---A-GCG-TATA------CAATATTTCCCATATCATT--------AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----A--T--A--CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAAAATTGATTTTATA-TCATAGCTTTT--AACT------T--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTT-AT---C---TA-----TTATTGATAC-GTGTA--CA--ATA---TACACAAACTATACAATGTATCTCAGTTGA-ACTATTTTAAGC-AGGGGTTTA------ATA-----TTTTG--TATGTCC-AC-------ATAGA-TTCTTT-ATGACAAGA--C---C-TTGTTATTA--TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGA
gi|20 : tgttTAGTTGT-AACTT-TTGACCT----TGGA-GTTT--AACCTAC---CTT-T--T-----T--AAA-ACT-CGGACA-TATT------CAATATTTC
gi|21 : tttAT-----C-TG--T-ACAG-CAAG-AC----CT-TTCAT-GTG-A-TACAATGGTGT-------CTGT-GATCT-T-GACCTG----AAA-GTTT--
gi|22 : --TAT----A--T--AGGT----------TTC-TTATGGCAAGATCCTTTATTTCGTA-CCAT
gi|23 : TTTC------ATG-----TTGTG--TATGT---AC-----------A-TTCTTT-ATAGCAAGA--T---C-TTgatgtatggccgt
gi|3 : ggT------T-AAGGTTGATCTTTCATAT---G--CAT----GCAT--A--T----------TTC-ATATGGCAAAACCTTGAATTTCATG-TCATATATGT----ACTTTCA-AC--TTTGGCGTTGAACTC-AAAGTTTG-ACCTAC---T------TT-----TAA-GATGA--T---GTACACT--------TTTG-AATATA--TC----AA-ACTATTTT---C---TACTTTTAAGATGATAGACACTTTTGAATATATCAAACTATTTCAATAGA-TTC-TG-AAGGCAAGA--T---T-TTGCTTTTACTTATA--------GTTGGAACTTGTGACCtc
gi|3 : AGGCAAG-ATTTTGCT-TTTAC-TT--------ATAGT-TG-GA-ACTTGT-GACCT------------TGGA-GTTT--GACTTAC---TTTCTTAT--------AAA-AAG-CA-ATA-TATC------TAATATTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|4 : ttaaggttgatctttcatatgcatgcatatttcatatggcaaaaccttgaatttcatgtcatatatgtactttcaactttggcgttgaactcaaagtttgacctacttttaagatgatgtacacttttgaatatatcaaactattttctacttttaagatgatagacacttttgaatatatcaaactatttcaatagattctgaTCATAT-----T-TT--T-ACTGG-AAT-AC----CT-TATAT-TTG-A-TGCAAT---------T-TTTGT-GACCT-T-TGGCT----TAAA-GTTT--GACCT------TA-TAAG-----G--AAA-AAT-AA-ACA-TTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATACTGGATAC----G--T--A--C----------ATC-ATATGACAAATCATTTTATTTTATA-TCATAGCATTT--TACT------G--CGTGACCCTTATCTT-AAAATTTA-GC---CTATT------TT-----TAA-GACAA--CA-------------------------ACATC-------------TTTTAGAC-AGAGCTTTC------ATA-----CTTTG--
gi|5 : CAAAT-----TCTT--T-ACAGGCAAG-A------T-GTTAT-TGT-GATGTAATGGTATGTGATCGTT-C-GATCT-T---TCCA---TGAACGTTTTTAACCTAC---TTT---AT-----A--CAG-AAT-TG-ACT-TATT------CAATATTTCCTGAGCTATT------T-AGAATATATCT---GTA-------TAT----A--T--A--C----------GTCAAAATGT--AAATATTTCAATTTATATTCATGTGTTTC--G-TT---ACAA--TGTAACCTTCAACCC-GAAGTTGG-AT---T---G------CT-----TAA-atgcctgtacttacttacttaggcccatagtccttggt
gi|6 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtata----GA-ACTATAT-AAGCTAGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------ATGTACTTCTTTCATG
gi|6 : tTTCATAT-----T-TTG-T-ATATACATGTACTT--CT-TTCAT---GTAATACAGTGGTATGCAATA-TTGT-GACCT-T-GACCTG----GAG-GTTT--TGCCAAC---TTT-TAAT-----A--AAACAA---A-ACCGTATA------AAATATTTCCTATACTATTCATGAAC-AAAGTAGATCCTTCACATTTTT--T-T----A--T--A--C----------ATT-ACA-GG----------TGTTTCATA-ACATATGTTtaatacagtggtatgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|7 : tgaactatataagctagggctA-AAT-TA-ATA-TACA------CAATATTTTTTTAA-TACT------C-ATGGTACACTTTTCATATTTTG--TATACATG--T--A--CATGT------TTC-AAATGGCAAATCCTTTT--------------GATTTC--GACC------T--TGTGACCTTGAATTC-AAAGTTTG-ACCAAC---T------TT-----TAA-GACAA--CA--GAA---TC-------TTTG-AATATATCTT----CA-ACTATTTT---------CTTGC------ACA-----TTTTacatttttaacttt
gi|8 : TGTAGACTT-G-GACCT----TGGA-GTTA--AACCTAA---TTT-TAAAAAAAAG--AAA-ACT-TG-ACC-TATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT------T-AAAGTAATTTTTTCATCTTTTG--TAT----A--T--AG-G----------TTC-TGATGCCAAGACC-TTTATTTCTTA-CCAT-GAT-------CT---A-------TGACCTTG
gi|9 : A-----TTTTG--TGTAT---AC-------ATA---TTTTTT-ACGGCAAGA--T---C-
gi|9 : ttcCATAT-----T-TT--TTAC-GGCAAG-AT----CA-TTCAG-GCG-A-TGCAATCACGTATGAT-CTTGT-GACCG-T-GAC-----------GTTT--GACGTATACTTTT-TAAT-----A--AAA-ACC-TG-ACC-TACT------CAGTACATCCCA----------------------ACCTTTCATATCTTG----T----G--T--A---------------C-ATATattcaggcgatgcaatcacgtatgatcttgtgaccgtgacgtttgacgtatactttttaataaaaacctgacctactcagtacatcccaacctttcatatcttgtgtacatata
Alignments
lowQualScore : 11111 11 11 2222222 11 22222 22222222222 1111111 1111111111111 1111111 2222222222222 333333333 33333333333333 11111 4444444444444444444444 1111111 111111 11111 3333333333333 111111 22222222
lowQualScore : 22222 5 11 5 0 22 5 66 5 0 8888888 2 22 55 2 5 2 88888 2 33 555 33333333333 555 2222222 9999999 1 8888888888888 1 00 33 3333333 33 4444444444444 2 0 2 3 77 7777 666666666 3 3 22222222222222 11111 4 22 0000000000000000000000 5 9999999 5 3 8 0 111111 00000 66 0 6666666666666 3 4 4 111111 4 44444444
lowQualScore : ..... . .. . . .. . .. . . ....... . .. .. . . . ..... . .. ... ........... ... ....... ....... . ............. . .. .. ....... .. ............. . . . . .. .... ......... . . .............. ..... . .. ...................... . ....... . . . . ...... ..... .. . ............. . . . ...... . ........
lowQualScore : 55555 0 99 0 4 11 0 99 0 4 5555555 9 88 99 9 7 9 99999 9 77 444 88888888888 444 0000000 6666666 4 0000000000000 8 88 99 1111111 99 1111111111111 9 9 1 1 11 5555 555555555 6 6 33333333333333 11111 4 00 6666666666666666666666 7 9999999 0 2 9 1 555555 00000 11 9 4444444444444 9 4 4 000000 4 22222222
consensus : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC--CT-TTCAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----GAAA---AAT-CG-ACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( family-518 ) : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC--CT-TTCAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----GAAA---AAT-CG-ACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|1 : TCTTTATAT-----T-TTAGT-ACAGGGAAG-AC--CTCTTTAT-TCA-AATGCAAGTGTGTGCGATATTTGT-GACTC-T-GACCTAGATTAAA-GTTT--GACCAAC---TTT-TAAG-----GAAA---AAT-TA-ACGTATA------CAATATTTCCTAAACTGTT------TTAAAGTACATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTTATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AA--TGTGGCCTTGAATTC-AAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GACCA--TA--GTA---T--------TTTG-AAGATATTTT----AA-AATATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA------ATTG--TATAT---ACCG-----GTAGA-TTGTTT-ATAGCAAGA--C---C-TTGGTAGTACTTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|10 : --TGTGACCTTGAAGTT-GAAGTTTG-ACGTAT---T------TT-----TAA-GGAAA--CATAGCC---T--------ATTA-AATATATCT-----GACACTGTTTTAGGT-ATGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TAT--------------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--T---A-TTGTTTTTCCGTAAA--------GTTGGAACTT
gi|11 : ttacttG-ACCTATT------CAATACTTCCCAAATAAAT------T-AAGGTAGAACTTTCCTATT-------T----A--T--A--C----------TTC-AGATGGCAAACCCTATCATATCATA-T-ATATGTCTTTAGACT------T--TGTGACGATGAACTC-GAAGTATG-GC---C---T------
gi|12 : AGCTAGGCCTTTC------ATA-----TTCTT--TATAT---AC-----------A-TTCTTT-ACAGCTAGA--C---C-TTagcta
gi|12 : tcTCTTTATATACATTC-TT--T-ACAG-CTAG-AC--CT-TTCGT-GTG-A-TGCAATGGTGTGTGATAATT-T-GACCT-T-GACCTG----GAA-GTTC--AA--------TT--------------A---AAT-T---TTTATT------CAATGTTTTCTGAACtcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|13 : tcagctaggcctttcatatT--GACCTAC---TTC-TAAG-----GAAA---AAT-----------------------TTCCTAAACT--------------------CTTTCATATTTTG--TACAA--G--T--A--C----------CT----ATGGCAAAATCTTTTATTTTATA-TCATA-GTTTT--AGC------AT--TTTAACCTTGAACTCGGAAGTTTG-AC---C---
gi|14 : G-ACCTATT------CAACATCTCCTAAACTATG------T-AAGGAAGAATTTTCATATTTTG--TAT----A--TAGA--T----------TTC-TTGTTGCAAGGTGTTTCTTTTCACA-
gi|15 : caaa--TGTGCCCTTGGACTC-GTAATTTG-AT---C---TATACTTTT-----TAAAGAGCAAATA--GTA---T--------GTTG-AATATATACG----GA-TCTCTTTTAAGT-AAGGCTTTC------ATctgacctttgacct
gi|16 : atctAAGATTC---C-TTGTTATTACTTGTA--------GCTTGTACTTGTGACC
gi|16 : TACTTGT-GACCT-T-GACCAT---TG-A-GTTT--GGCCTAC---TTT-T--T-----TTAG---AATGCG-ATATATT------CAATttgaccattgagtttggcctactttttttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|17 : aagattccttgttattacttgtagcttg--TAT----A--T--A--C----------T-C-ATATGGCAAGACCTTT-----CATG-TCTT-GGCTTT--GACT---A-AAAATGTGATCTTGAACTC-AAAGTTTGAACTA-C---T------TT-----TAA-GAtaatt
gi|18 : aAT-----T-TT--T-ACAG-TAAG-AT--CT-TTTATAT---AACACAATGGGGTGTGAT----------CT-T-GACCTG----GAA-ATTT--a
gi|19 : ttgaactttataagctagggattctaaAGA-TTCCTT-ATGGCAAGA--CAGACACTGTTACTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|19 : ACAGTTGG-AACTTGT-GACCT----TGAA-GATT--GACCTAC---ttgaagattgacctac
gi|2 : agattccttatggcaagacagacactgttactacttATGCAAAACTGTGCAAT-TTTGT-GACAT-T-GTACTG----GAT-GATT--GACCTAG---TTT-TAATTTT--AAAA---AAG-CG----TATA------CAATATTTCCCATATCATT--------AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----A--T--A--CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAAAATTGATTTTATA-TCATAGCTTTT--AACT------T--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTT-AT---C---TA-----TTATTGATAC-GTGTA--CA--ATA---TACACAAACTATACAATGTATCTCAGTTGA-ACTATTTTAAGC-AGGGGTTTA------ATA-----TTTTG--TATGTCC-AC-------ATAGA-TTCTTT-ATGACAAGA--C---C-TTGTTATTA--TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGA
gi|20 : tgttTAGTTGT-AACTT-TTGACCT----TGGA-GTTT--AACCTAC---CTT-T--T-----TAAA---ACT-CGGACATATT------CAATATTTC
gi|21 : tttAT-----C-TG--T-ACAG-CAAG-AC--CT-TTCAT-GTG-A-TACAATGGTGT-------CTGT-GATCT-T-GACCTG----AAA-GTTT--
gi|22 : --TAT----A--T--AGGT----------TTC-TTATGGCAAGATCCTTTATTTCGTA-CCAT
gi|23 : TTTC------ATG-----TTGTG--TATGT---AC-----------A-TTCTTT-ATAGCAAGA--T---C-TTgatgtatggccgt
gi|3 : ggT------T-AAGGTTGATCTTTCATAT---G--CAT----GCAT--A--T----------TTC-ATATGGCAAAACCTTGAATTTCATG-TCATATATGT----ACTTTCA-AC--TTTGGCGTTGAACTC-AAAGTTTG-ACCTAC---T------TT-----TAA-GATGA--T---GTACACT--------TTTG-AATATA--TC----AA-ACTATTTT---C---TACTTTTAAGATGATAGACACTTTTGAATATATCAAACTATTTCAATAGA-TTC-TG-AAGGCAAGA--T---T-TTGCTTTTACTTATA--------GTTGGAACTTGTGACCtc
gi|3 : ATAGTTGG-AACTTGT-GACCT----TGGA-GTTT--GACTTAC---TTTCTTAT------AAA---AAG-CA-ATATATC------TAATATTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|4 : ttaaggttgatctttcatatgcatgcatatttcatatggcaaaaccttgaatttcatgtcatatatgtactttcaactttggcgttgaactcaaagtttgacctacttttaagatgatgtacacttttgaatatatcaaactattttctacttttaagatgatagacacttttgaatatatcaaactatttcaatagattctgaaggcaagattttgcttttacttTCATAT-----T-TT--T-ACTGG-AAT-AC--CT-TATAT-TTG-A-TGCAAT---------T-TTTGT-GACCT-T-TGGCT----TAAA-GTTT--GACCT------TA-TAAG-----GAAA---AAT-AA-ACATTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATACTGGATAC----G--T--A--C----------ATC-ATATGACAAATCATTTTATTTTATA-TCATAGCATTT--TACT------G--CGTGACCCTTATCTT-AAAATTTA-GC---CTATT------TT-----TAA-GACAA--CA-------------------------ACATC-------------TTTTAGAC-AGAGCTTTC------ATA-----CTTTG--
gi|5 : CAAAT-----TCTT--T-ACAGGCAAG-AT--GT-T--AT-TGT-GATGTAATGGTATGTGATCGTT-C-GATCT-T---TCCA---TGAACGTTTTTAACCTAC---TTT---AT-----ACAG---AAT-TG-ACTTATT------CAATATTTCCTGAGCTATT------T-AGAATATATCT---GTA-------TAT----A--T--A--C----------GTCAAAATGT--AAATATTTCAATTTATATTCATGTGTTTC--G-TT---ACAA--TGTAACCTTCAACCC-GAAGTTGG-AT---T---G------CT-----TAA-atgcctgtacttacttacttaggcccatagtccttggt
gi|6 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtata----GA-ACTATAT-AAGCTAGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------ATGTACTTCTTTCATG
gi|6 : tTTCATAT-----T-TTG-T-ATATACATGTACTTCT-TTCAT---GTAATACAGTGGTATGCAATA-TTGT-GACCT-T-GACCTG----GAG-GTTT--TGCCAAC---TTT-TAAT-----AAAACAAAAC-CG----TATA------AAATATTTCCTATACTATTCATGAAC-AAAGTAGATCCTTCACATTTTT--T-T----A--T--A--C----------ATT-ACA-GG----------TGTTTCATA-ACATATGTTtaatacagtggtatgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|7 : tgaactatataagctagggctA---AAT-TA-ATATACA------CAATATTTTTTTAA-TACT------C-ATGGTACACTTTTCATATTTTG--TATACATG--T--A--CATGT------TTC-AAATGGCAAATCCTTTT--------------GATTTC--GACC------T--TGTGACCTTGAATTC-AAAGTTTG-ACCAAC---T------TT-----TAA-GACAA--CA--GAA---TC-------TTTG-AATATATCTT----CA-ACTATTTT---------CTTGC------ACA-----TTTTacatttttaacttt
gi|8 : TGTAGACTT-G-GACCT----TGGA-GTTA--AACCTAA---TTT-TAAAAAAAAGAAA---ACT-TG-ACCTATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT------T-AAAGTAATTTTTTCATCTTTTG--TAT----A--T--AG-G----------TTC-TGATGCCAAGACC-TTTATTTCTTA-CCAT-GAT-------CT---A-------TGACCTTG
gi|9 : A-----TTTTG--TGTAT---AC-------ATA---TTTTTT-ACGGCAAGA--T---C-
gi|9 : ttcCATAT-----T-TT--TTAC-GGCAAG-AT--CA-TTCAG-GCG-A-TGCAATCACGTATGAT-CTTGT-GACCG-T-GAC-----------GTTT--GACGTATACTTTT-TAAT-----AAAA---ACC-TG-ACCTACT------CAGTACATCCCA----------------------ACCTTTCATATCTTG----T----G--T--A---------------C-ATATattcaggcgatgcaatcacgtatgatcttgtgaccgtgacgtttgacgtatactttttaataaaaacctgacctactcagtacatcccaacctttcatatcttgtgtacatata
Alignments
lowQualScore : 11111 11 11 2222222 11 22222 22222222222 1111111 1111111111111 1111111 2222222222222 333333333 33333333333333 11111 4444444444444444444444 1111111 111111 11111 3333333333333 111111 22222222
lowQualScore : 22222 5 11 5 0 22 5 66 5 0 8888888 2 22 55 2 5 2 88888 2 33 555 33333333333 555 2222222 9999999 1 8888888888888 1 00 33 3333333 33 4444444444444 2 0 2 3 77 7777 666666666 3 3 22222222222222 11111 4 22 0000000000000000000000 5 9999999 5 3 8 0 111111 00000 66 0 6666666666666 3 4 4 111111 4 44444444
lowQualScore : ..... . .. . . .. . .. . . ....... . .. .. . . . ..... . .. ... ........... ... ....... ....... . ............. . .. .. ....... .. ............. . . . . .. .... ......... . . .............. ..... . .. ...................... . ....... . . . . ...... ..... .. . ............. . . . ...... . ........
lowQualScore : 55555 0 99 0 4 11 0 99 0 4 5555555 9 88 99 9 7 9 99999 9 77 444 88888888888 444 0000000 6666666 4 0000000000000 8 88 99 1111111 99 1111111111111 9 9 1 1 11 5555 555555555 6 6 33333333333333 11111 4 00 6666666666666666666666 7 9999999 0 2 9 1 555555 00000 11 9 4444444444444 9 4 4 000000 4 22222222
consensus : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC--CT-TTCAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----GAAA---AAT-CG-ACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( family-518 ) : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC--CT-TTCAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----GAAA---AAT-CG-ACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|1 : TCTTTATAT-----T-TTAGT-ACAGGGAAG-AC--CTCTTTAT-TCA-AATGCAAGTGTGTGCGATATTTGT-GACTC-T-GACCTAGATTAAA-GTTT--GACCAAC---TTT-TAAG-----GAAA---AAT-TA-ACGTATA------CAATATTTCCTAAACTGTT------TTAAAGTACATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTTATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AA--TGTGGCCTTGAATTC-AAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GACCA--TA--GTA---T--------TTTG-AAGATATTTT----AA-AATATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA------ATTG--TATAT---ACCG-----GTAGA-TTGTTT-ATAGCAAGA--C---C-TTGGTAGTACTTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|10 : --TGTGACCTTGAAGTT-GAAGTTTG-ACGTAT---T------TT-----TAA-GGAAA--CATAGCC---T--------ATTA-AATATATCT-----GACACTGTTTTAGGT-ATGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TAT--------------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--T---A-TTGTTTTTCCGTAAA--------GTTGGAACTT
gi|11 : ttacttG-ACCTATT------CAATACTTCCCAAATAAAT------T-AAGGTAGAACTTTCCTATT-------T----A--T--A--C----------TTC-AGATGGCAAACCCTATCATATCATA-T-ATATGTCTTTAGACT------T--TGTGACGATGAACTC-GAAGTATG-GC---C---T------
gi|12 : AGCTAGGCCTTTC------ATA-----TTCTT--TATAT---AC-----------A-TTCTTT-ACAGCTAGA--C---C-TTagcta
gi|12 : tcTCTTTATATACATTC-TT--T-ACAG-CTAG-AC--CT-TTCGT-GTG-A-TGCAATGGTGTGTGATAATT-T-GACCT-T-GACCTG----GAA-GTTC--AA--------TT--------------A---AAT-T---TTTATT------CAATGTTTTCTGAACtcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|13 : tcagctaggcctttcatatT--GACCTAC---TTC-TAAG-----GAAA---AAT-----------------------TTCCTAAACT--------------------CTTTCATATTTTG--TACAA--G--T--A--C----------CT----ATGGCAAAATCTTTTATTTTATA-TCATA-GTTTT--AGC------AT--TTTAACCTTGAACTCGGAAGTTTG-AC---C---
gi|14 : G-ACCTATT------CAACATCTCCTAAACTATG------T-AAGGAAGAATTTTCATATTTTG--TAT----A--TAGA--T----------TTC-TTGTTGCAAGGTGTTTCTTTTCACA-
gi|15 : caaa--TGTGCCCTTGGACTC-GTAATTTG-AT---C---TATACTTTT-----TAAAGAGCAAATA--GTA---T--------GTTG-AATATATACG----GA-TCTCTTTTAAGT-AAGGCTTTC------ATctgacctttgacct
gi|16 : atctAAGATTC---C-TTGTTATTACTTGTA--------GCTTGTACTTGTGACC
gi|16 : TACTTGT-GACCT-T-GACCAT---TG-A-GTTT--GGCCTAC---TTT-T--T-----TTAG---AATGCG-ATATATT------CAATttgaccattgagtttggcctactttttttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|17 : aagattccttgttattacttgtagcttg--TAT----A--T--A--C----------T-C-ATATGGCAAGACCTTT-----CATG-TCTT-GGCTTT--GACT---A-AAAATGTGATCTTGAACTC-AAAGTTTGAACTA-C---T------TT-----TAA-GAtaatt
gi|18 : aAT-----T-TT--T-ACAG-TAAG-AT--CT-TTTATAT---AACACAATGGGGTGTGAT----------CT-T-GACCTG----GAA-ATTT--a
gi|19 : ttgaactttataagctagggattctaaAGA-TTCCTT-ATGGCAAGA--CAGACACTGTTACTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|19 : ACAGTTGG-AACTTGT-GACCT----TGAA-GATT--GACCTAC---ttgaagattgacctac
gi|2 : agattccttatggcaagacagacactgttactacttATGCAAAACTGTGCAAT-TTTGT-GACAT-T-GTACTG----GAT-GATT--GACCTAG---TTT-TAATTTT--AAAA---AAG-CG----TATA------CAATATTTCCCATATCATT--------AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----A--T--A--CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAAAATTGATTTTATA-TCATAGCTTTT--AACT------T--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTT-AT---C---TA-----TTATTGATAC-GTGTA--CA--ATA---TACACAAACTATACAATGTATCTCAGTTGA-ACTATTTTAAGC-AGGGGTTTA------ATA-----TTTTG--TATGTCC-AC-------ATAGA-TTCTTT-ATGACAAGA--C---C-TTGTTATTA--TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGA
gi|20 : tgttTAGTTGT-AACTT-TTGACCT----TGGA-GTTT--AACCTAC---CTT-T--T-----TAAA---ACT-CGGACATATT------CAATATTTC
gi|21 : tttAT-----C-TG--T-ACAG-CAAG-AC--CT-TTCAT-GTG-A-TACAATGGTGT-------CTGT-GATCT-T-GACCTG----AAA-GTTT--
gi|22 : --TAT----A--T--AGGT----------TTC-TTATGGCAAGATCCTTTATTTCGTA-CCAT
gi|23 : TTTC------ATG-----TTGTG--TATGT---AC-----------A-TTCTTT-ATAGCAAGA--T---C-TTgatgtatggccgt
gi|3 : ggT------T-AAGGTTGATCTTTCATAT---G--CAT----GCAT--A--T----------TTC-ATATGGCAAAACCTTGAATTTCATG-TCATATATGT----ACTTTCA-AC--TTTGGCGTTGAACTC-AAAGTTTG-ACCTAC---T------TT-----TAA-GATGA--T---GTACACT--------TTTG-AATATA--TC----AA-ACTATTTT---C---TACTTTTAAGATGATAGACACTTTTGAATATATCAAACTATTTCAATAGA-TTC-TG-AAGGCAAGA--T---T-TTGCTTTTACTTATA--------GTTGGAACTTGTGACCtc
gi|3 : ATAGTTGG-AACTTGT-GACCT----TGGA-GTTT--GACTTAC---TTTCTTAT------AAA---AAG-CA-ATATATC------TAATATTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|4 : ttaaggttgatctttcatatgcatgcatatttcatatggcaaaaccttgaatttcatgtcatatatgtactttcaactttggcgttgaactcaaagtttgacctacttttaagatgatgtacacttttgaatatatcaaactattttctacttttaagatgatagacacttttgaatatatcaaactatttcaatagattctgaaggcaagattttgcttttacttTCATAT-----T-TT--T-ACTGG-AAT-AC--CT-TATAT-TTG-A-TGCAAT---------T-TTTGT-GACCT-T-TGGCT----TAAA-GTTT--GACCT------TA-TAAG-----GAAA---AAT-AA-ACATTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATACTGGATAC----G--T--A--C----------ATC-ATATGACAAATCATTTTATTTTATA-TCATAGCATTT--TACT------G--CGTGACCCTTATCTT-AAAATTTA-GC---CTATT------TT-----TAA-GACAA--CA-------------------------ACATC-------------TTTTAGAC-AGAGCTTTC------ATA-----CTTTG--
gi|5 : CAAAT-----TCTT--T-ACAGGCAAG-AT--GT-T--AT-TGT-GATGTAATGGTATGTGATCGTT-C-GATCT-T---TCCA---TGAACGTTTTTAACCTAC---TTT---AT-----ACAG---AAT-TG-ACTTATT------CAATATTTCCTGAGCTATT------T-AGAATATATCT---GTA-------TAT----A--T--A--C----------GTCAAAATGT--AAATATTTCAATTTATATTCATGTGTTTC--G-TT---ACAA--TGTAACCTTCAACCC-GAAGTTGG-AT---T---G------CT-----TAA-atgcctgtacttacttacttaggcccatagtccttggt
gi|6 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtata----GA-ACTATAT-AAGCTAGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------ATGTACTTCTTTCATG
gi|6 : tTTCATAT-----T-TTG-T-ATATACATGTACTTCT-TTCAT---GTAATACAGTGGTATGCAATA-TTGT-GACCT-T-GACCTG----GAG-GTTT--TGCCAAC---TTT-TAAT-----AAAACAAAAC-CG----TATA------AAATATTTCCTATACTATTCATGAAC-AAAGTAGATCCTTCACATTTTT--T-T----A--T--A--C----------ATT-ACA-GG----------TGTTTCATA-ACATATGTTtaatacagtggtatgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|7 : tgaactatataagctagggctA---AAT-TA-ATATACA------CAATATTTTTTTAA-TACT------C-ATGGTACACTTTTCATATTTTG--TATACATG--T--A--CATGT------TTC-AAATGGCAAATCCTTTT--------------GATTTC--GACC------T--TGTGACCTTGAATTC-AAAGTTTG-ACCAAC---T------TT-----TAA-GACAA--CA--GAA---TC-------TTTG-AATATATCTT----CA-ACTATTTT---------CTTGC------ACA-----TTTTacatttttaacttt
gi|8 : TGTAGACTT-G-GACCT----TGGA-GTTA--AACCTAA---TTT-TAAAAAAAAGAAA---ACT-TG-ACCTATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT------T-AAAGTAATTTTTTCATCTTTTG--TAT----A--T--AG-G----------TTC-TGATGCCAAGACC-TTTATTTCTTA-CCAT-GAT-------CT---A-------TGACCTTG
gi|9 : A-----TTTTG--TGTAT---AC-------ATA---TTTTTT-ACGGCAAGA--T---C-
gi|9 : ttcCATAT-----T-TT--TTAC-GGCAAG-AT--CA-TTCAG-GCG-A-TGCAATCACGTATGAT-CTTGT-GACCG-T-GAC-----------GTTT--GACGTATACTTTT-TAAT-----AAAA---ACC-TG-ACCTACT------CAGTACATCCCA----------------------ACCTTTCATATCTTG----T----G--T--A---------------C-ATATattcaggcgatgcaatcacgtatgatcttgtgaccgtgacgtttgacgtatactttttaataaaaacctgacctactcagtacatcccaacctttcatatcttgtgtacatata
blockSeqs : ACATT C G T GC T TT . TGTGA G GT AA A G T TT C TT ACT TAAAAAAAAG CAA GCGATA AAGCTAT A CTATTCATGAAC G GA ACATG AG CATGTATATAC A C T AT TTAG TTCAAC G A CTATACTT ATTGA A AA CAATATACACAAACT C TCAGTTG C A T AAGATG GACAC AA CAAACTATTTCAA G C C CAGA A TGTATATG
blockSeqs : . . . . AC . . . GTGA G GT AC . G . AT . . . TAATTTTA . CGGACA T A TAAATT G . AAG . CATGT . T . AG TA AAAAA . . GTATT . . GC CATAGCCTA . CGG . A T . . . CCACA G . . TTC . .
blockSeqs : . . . . GC . . . ATAA A GC AG . . . G . . . TAAGG . CAATA T A CTATGT G . GCA . GGT . C . AT TG ACAA . . CTACT . . GT AATAGTATG . TCA . A . . . . ACA G . . T . .
blockSeqs : . . . . C . . . GTGA G GT AG . . . G . . . CTTAT . AAACA T A CTATTT G . A . GG . G . AG TA AT . . CTATT . . TG TGTACACTT . TTC . A . . . . ACA G . . C . .
blockSeqs : . . . . T . . . TTGA G GC AG . . . T . . . TAAGG . TGACT T T CTATTT G . A . C . T . GT TT T . . CAACT . . CA CAGAATCT . TG . A . . . . AC T . . C . .
blockSeqs : . . . . C . . . GTAA G AT CG . . . G . . . TAATA . TAATA A A TCATT T . A . C . A . AT CG T . . TACT . . CA CA . . . . . . . . AC . . . T .
blockSeqs : . . . . G . . . GCGA C . T . . . T . . . TAATA . TGACC T T TACTC G . A . T . T . A CG G . . CTA . . . . . . . . G . . . T .
blockSeqs : . . T . . . G . . . TTT . TGACC C A CT C . A . C . C . G . T . . CT . . . . . . . . . T .
blockSeqs : A . . . T . . . TTT . TTT A A . A . G . T . T . G . A . . TG . .
blockSeqs : C . . . T . . . ATA . CG T . . . . A . C . T . G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . CG A . . . A . C . T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . A . A . C . . .
blockSeqs : . . . . . . T . G . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** C* GTGA*** N**** CTATTT******* T******** CTACT********* CGTAANCT************** ACA**********
originalCons : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGGCAAG-AC--CT-TTCAT-TCG-AATGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTG---TGAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----GAAA---AAT-CG-ACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACT---A-AN--TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-AC---C---T------TT-----TAA-GANNA--CA--GTA---T--------TTTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
finalCons : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACAGC-AAG-AC--CT-TTCATGTGA---TGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACCTN----GAA-GTTT--GACCTAC---TTT-TAAT-----GAAA---AAT-CG-ACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATTT-------AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAACCTTTTATTTCATA-TCATAGGTTTT--GACTT--------TGTGACCTTGAACTC-GAAGTTTG-ACCTACT---------TT-----TAA-GANNACGTAANCT--------------TTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATATACA----------TAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Alignments
lowQualScore : 11111 11 1111111 222222222222222 1111111 1111111111111 1111111 2222222222222 222222222222222 333333333333333333333333 1111111 111111 11111 2222222222222 111111 22222222
lowQualScore : 22222 5 11 5 5 888 5 66 5 5 2 4 2 7777777 3 3 3 3 2 66666 3 33 555 666666666666666 2222222 9999999 1 8888888888888 1 00 33 3333333 33 4444444444444 2 0 66666 2 0 1 2 111111111111111 2 77777 6666666 3 3 55 66 888888888888888888888888 5 9999999 5 3 8 0 111111 00000 66 0 6666666666666 5555 4 111111 4 44444444
lowQualScore : ..... . .. . . ... . .. . . . . . ....... . . . . . ..... . .. ... ............... ....... ....... . ............. . .. .. ....... .. ............. . . ..... . . . . ............... . ..... ....... . . .. .. ........................ . ....... . . . . ...... ..... .. . ............. .... . ...... . ........
lowQualScore : 55555 0 99 0 0 222 0 99 0 0 2 4 9 5555555 1 1 1 1 1 66666 1 99 888 888888888888888 0000000 6666666 4 0000000000000 8 88 99 1111111 99 1111111111111 9 3 77777 7 6 9 7 999999999999999 9 55555 1111111 1 1 00 11 000000000000000000000000 7 9999999 0 2 9 1 555555 00000 11 9 8888888888888 4444 4 000000 4 22222222
consensus : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACA-G-C-AAG-AC--CT-T-TCATGTGA-TGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACC-TNGA----A-GTTT--GACCTA---CTTT-TAAT-----GA---AAAAT-C-GACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAAC-----CTT-TTATTTCATA-TCATAGG------T-----TT-T--G--ACT--T----TGTGACCTTGAAC-TCG-AAGTTTGACCTA--CTTTT--AAGA----------NNAC-GTA-ANCT-TTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
Reference ( family-518 ) : TCTTCATAT-----T-TT--T-ACA-G-C-AAG-AC--CT-T-TCATGTGA-TGCAATGGTGTGCGATANTTGT-GACCT-T-GACC-TNGA----A-GTTT--GACCTA---CTTT-TAAT-----GA---AAAAT-C-GACNTATN------CAATATTTCCTAAACTATT------T-AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAAC-----CTT-TTATTTCATA-TCATAGG------T-----TT-T--G--ACT--T----TGTGACCTTGAAC-TCG-AAGTTTGACCTA--CTTTT--AAGA----------NNAC-GTA-ANCT-TTG-AATATATCTC----GA-ACTATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------ATAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--C---C-TTGTTATTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|1 : TCTTTATAT-----T-TTAGT-ACA-G-GGAAG-AC--CTCT-TTATTCAAATGCAAGTGTGTGCGATATTTGT-GACTC-T-GACC-TAGATTAAA-GTTT--GACCAA---CTTT-TAAG-----GA---AAAAT-T-AACGTATA------CAATATTTCCTAAACTGTT------TTAAAGTACATCTTTCATATTTTG--TAT----G--T--A--C----------TTC-ATATGGCAAAAC-----CTT-TTATTTTATA-TCATAGG------T-----TT-T--G--ACTAAA----TGTGGCCTTGAAT-TCA-AAGTTTGAC-----CTTTT--AAGA----------CCATAGTA---TT-TTG-AAGATATTTT----AA-AATATTTTAAGC-AGGGCTTTC------ATA------ATTG--TATAT---ACCG-----GTAGA-TTGTTT-ATAGCAAGA--C---C-TTGGTAGTACTTACA--------GTTTGAGCTTGTGACC
gi|10 : --ACT--T----TGTGACCTTGAAG-TTG-AAGTTTGACGTA--TTTTT--AAGG----------AAAC-ATA-GCCTATTA-AATATATCT-----GACACTGTTTTAGGT-ATGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TAT--------------GTAGA-TTCTTT-ATGGCAAGA--T---A-TTGTTTTTCCGTAAA--------GTTGGAACTT
gi|11 : tt-GACCTATT------CAATACTTCCCAAATAAAT------T-AAGGTAGAACTTTCCTATT-------T----A--T--A--C----------TTC-AGATGGCAAACC-----CTA-TCATATCATA-T-ATATG------T-----CT-TTAG--ACT--T----TGTGACGATGAAC-TCG-AAGTATGGCCTA--
gi|12 : AGCTAGGCCTTTC------ATA-----TTCTT--TATAT---AC-----------A-TTCTTT-ACAGCTAGA--C---C-TTgcta
gi|12 : tcTCTTTATATACATTC-TT--T-ACA-G-C-TAG-AC--CT-T-TCGTGTGA-TGCAATGGTGTGTGATAATT-T-GACCT-T-GACC-TGGA----A-GTTC--AA--------TT-----------------AAAT-T---TTTATT------CAATGTTTTCTGAACtcgtgtgatgcaatggtgtgtgataatttgaccttgacctggaagttcaattaaatttttattcaatgttttctgaac
gi|13 : tcagctaggcctttcatatT--GACCTA---CTTC-TAAG-----GA---AAAAT-----------------------TTCCTAAACT--------------------CTTTCATATTTTG--TACAA--G--T--A--C----------CT----ATGGCAAAAT-----CTT-TTATTTTATA-TCATAG-------T-----TT-T--A--GCA--T----TTTAACCTTGAAC-TCGGAAGTTTGACC
gi|14 : -GACCTATT------CAACATCTCCTAAACTATG------T-AAGGAAGAATTTTCATATTTTG--TAT----A--TAGA--T----------TTC-TTGTTGCAAGGT-----GTT-TCTTTTCACA---------------------C-T--G--ACC--T----T-TGACCT
gi|15 : caaa--T----TGTGCCCTTGGAC-TCG-TAATTTGATCTATACTTTTTAAAGA----------GCAA-ATA-GTATGTTG-AATATATACG----GA-TCTCTTTTAAGT-AAGGCTTTC------AT
gi|16 : atcAAGATTC---C-TTGTTATTACTTGTA--------GCTTGTACTTGTGACC
gi|16 : C-----CTTGTTATTAC----TTGTAGC------T-----TG-T-----ACT--T-----GTGACCTTGACCATTG--AGTTTGGCCTA--CTTTT--ttgaccattgagtttggcctactttttttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|16 : aagattTACTTGT-GACCT-T-GACCATTG-----A-GTTT--GGCCTA---CTTT-T--T-----TT---AGAATGC-GATATATT------CAATtttagaatgcgatatattcaattaatt
gi|17 : aagattccttgttattacttgtagcttg--TAT----A--T--A--C----------T-C-ATATGGCAAGAC-----CTT-T-----CATG-TCTT-GG------C-----TT-T--G--ACT--AAAAATGTGATCTTGAAC-TCA-AAGTTTGAACTA--CTTTT--AAGA----------taatt
gi|18 : aAT-----T-TT--T-ACA-G-T-AAG-AT--CT-T-TTATATAA-CACAATGGGG---------TGT-GATCT-T-GACC-TGGA----A-ATTT--a
gi|19 : ttgaactttataagctagggattctaaAGA-TTCCTT-ATGGCAAGA--CAGACACTGTTACTACTTACA--------GTTGGAACTTGTGACC
gi|19 : TATGGCAAGACAGACACTG-TTACTAC----TTACAG-------------TT-G--G--AAC--T----TGTGACCTTGAA----G-A---TTGACCTA--Cttgaagattgacctac
gi|2 : agattcctTGTTA-TGCAAAACTGTGCAAT-TTTGT-GACAT-T-GTAC-TGGA----T-GATT--GACCTA---GTTT-TAATTTT--AA---AAAAG-C-G---TATA------CAATATTTCCCATATCATT--------AAGGTAGATCTTTCATATTTTG--TAT----A--T--A--CATGTATATACTTC-ATATTGCAAAAA-----AAT-TGATTTTATA-TCATAGC------T-----TT-T--A--ACT--T----TGTGACCTTGAAC-TCG-AAGTTTTATCTA--TTATT--GATACGTGTACAATATAC-ACA-AACT-ATACAATGTATCTCAGTTGA-ACTATTTTAAGC-AGGGGTTTA------ATA-----TTTTG--TATGTCC-AC-------ATAGA-TTCTTT-ATGACAAGA--C---C-TTGTTATTA--TACATGTATATGGTTGGAGCTTGTGA
gi|20 : TAGTTGT-AACTT-TTGACC-TTGG----A-GTTT--AACCTA---CCTT-T--T-----TA---AAACT-CGGACATATT------CAATATTTC
gi|21 : tttAT-----C-TG--T-ACA-G-C-AAG-AC--CT-T-TCATGTGA-TACAATGGTGT-------CTGT-GATCT-T-GACC-TGAA----A-GTTT--
gi|22 : --TAT----A--T--AGGT----------TTC-TTATGGCAAGAT-----CCT-TTATTTCGTA-CCAT
gi|23 : TTTC------ATG-----TTGTG--TATGT---AC-------AT-----TCTTT-ATAGCAAGA--T---C-TTgatgtatggccgt
gi|3 : ggT------T-AAGGTTGATCTTTCATAT---G--CAT----GCAT--A--T----------TTC-ATATGGCAAAAC-----CTT-GAATTTCATG-TCATATA------TGTACTTT-C--A--ACT--T----TG--GCGTTGAAC-TCA-AAGTTTGACCTA--CTTTT--AAGA----------TGAT-GTACACTT-TTG-AATATA--TC----AA-ACTATTTT---C---TACTTTTAAGATGATAGACACTTTTGAATATATCAAACTATTTCAATAGA-TTC-TG-AAGGCAAGA--T---T-TTGCTTTTACTTATA--------GTTGGAACTTGTGACCtc
gi|3 : ATAGTTGG-AACTTGT-GACC-TTGG----A-GTTT--GACTTA---CTTTCTTAT------A---AAAAG-C-AATATATC------TAATATTTttggagtttgacttactttcttataaaaagcaatatatctaatattt
gi|4 : ttaaggttgatctttcatatgcatgcatatttcatatggcaaaaccttgaatttcatgtcatatatgtactttcaactttggcgttgaactcaaagtttgacctacttttaagatgatgtacacttttgaatatatcaaactattttctacttttaagatgatagacacttttgaatatatcaaactatttcaatagattctgaaggcaagattttgcttttacttTCATAT-----T-TT--T-ACT-G-G-AAT-AC--CT-T-ATATTTGA-TGCAAT---------T-TTTGT-GACCT-T-TGGC-TTAA----A-GTTT--GACCT------TA-TAAG-----GA---AAAAT-A-AACATTTA------CAACTTTTCC------------------AGGTAGATTTTTCATATACTGGATAC----G--T--A--C----------ATC-ATATGACAAATC-----ATT-TTATTTTATA-TCATAGC------A-----TT-T--T--ACT--G----CGTGACCCTTATC-TTA-AAATTTAGCCTA--TTTTT--AAGA----------CAAC-----AAC-----------ATC-------------TTTTAGAC-AGAGCTTTC------ATA-----CTTTG--
gi|5 : CAAAT-----TCTT--T-ACA-GGC-AAG-AT--GT-TAT--TGTGA-TGTAATGGTATGTGATCGTT-C-GATCT-T-T-CC-ATGA----ACGTTTTTAACCTA---CTTT---AT-----AC---AGAAT-T-GACTTATT------CAATATTTCCTGAGCTATT------T-AGAATATATCT---GTA-------TAT----A--T--A--C----------GTCAAAATGT--AAAT-----ATT-TCAATTTATATTCATGTG------T-----TT-C--GTTACA--A----TGTAACCTTCAAC-CCG-AAGTTGGAatgcctgtacttacttacttaggcccatagtccttggt
gi|6 : ataagccattccttttctatgtttgttttgtata----GA-ACTATAT-AAGCTAGGGCTTTC------ATA-----TTTTG--TATAT---AC-------ATGTACTTCTTTCATGttgcttaa
gi|6 : tTTCATAT-----T-TTG-T-ATATA-C-ATGTACTTCT-T-TCATGTAA-TACAGTGGTATGCAATA-TTGT-GACCT-T-GACC-TGGA----G-GTTT--TGCCAA---CTTT-TAAT-----AAAACAAAAC-C-G---TATA------AAATATTTCCTATACTATTCATGAAC-AAAGTAGATCCTTCACATTTTT--T-T----A--T--A--C----------ATT-ACA-GG----------------TGTTTCATA-ACATATGTTACATT-----TT-T--A--ACT--T----Ttaatacagtggtatgcaatattgtgaccttgacctggaggttttgccaacttttaataaaacaaaaccgtataaaatatttcctatactattcatgaacaaagtagatccttcacatttttttatacattacaggtgtttcataacatatgttacatttttaacttt
gi|7 : tgaactatataagctagggctAAAT-T-AATATACA------CAATATTTTTTTAA-TACT------C-ATGGTACACTTTTCATATTTTG--TATACATG--T--A--CATGT------TTC-AAATGGCAAATC-----CTT-TT--------------GA------T-----TT-C--G--ACC--T----TGTGACCTTGAAT-TCA-AAGTTTGACCAA--CTTTT--AAGA----------CAAC-AGA-ATCT-TTG-AATATATCTT----CA-ACTATTTT---------CTTGC------ACA-----TTTT
gi|8 : TGTAGACTT-G-GACC-TTGG----A-GTTA--AACCTA---ATTT-TAAAAAAAAGA---AAACT-T-GACCTATAAGCTATTAATGTCTCCTGAACTATT------T-AAAGTAATTTTTTCATCTTTTG--TAT----A--T--AG-G----------TTC-TGATGCCAAGAC-----C-T-TTATTTCTTA-CCAT-GA------T-----CTAT--G--ACC--T----TG
gi|9 : A-----TTTTG--TGTAT---AC-------ATA---TTTTTT-ACGGCAAGA--T---C-
gi|9 : ttcCATAT-----T-TT--TTACG-G-C-AAG-AT--CA-T-TCAGGCGA-TGCAATCACGTATGAT-CTTGT-GACCG-T-GAC------------GTTT--GACGTATACTTTT-TAAT-----AA---AAACC-T-GACCTACT------CAGTACATCCCA----------------------ACCTTTCATATCTTG----T----G--T--A---------------C-ATATattcaggcgatgcaatcacgtatgatcttgtgaccgtgacgtttgacgtatactttttaataaaaacctgacctactcagtacatcccaacctttcatatcttgtgtacatata