lowQualScore : 11 11111 1111 1111111 11111111 1111111111111 111 1111
lowQualScore : 2 55 2 1 88 1 444 5 1 22 8888 1 66666 22 1 0000 33 4 1 4444444 22 1 77777777 44 444444 7777777777777 555 444 4 4444 888 2 66 1111 2 55 2 333 4 2 99 55 3
lowQualScore : . .. . . .. . ... . . .. .... . ..... .. . .... .. . . ....... .. . ........ .. ...... ............. ... ... . .... ... . .. .... . .. . ... . . .. .. .
lowQualScore : 0 55 0 9 11 7 000 2 7 33 7777 7 99999 33 7 6666 77 6 5 4444444 22 6 11111111 11 666666 1111111111111 222 888 6 0000 000 0 88 0000 0 55 1 777 2 1 22 66 9
consensus : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATA-A-G-TTTTAAT-TT--TTA---A-A-AC-GT--TT-GTTA----GA--GAA-C-T-------AT--T-TT--T--C--GC-G------TT------T------A---A---ACGTT----TT-AAA-A--A----A-A--G-TTAT---A-AGC-C--AAA--ATAACAA
Reference ( gi|5 ) : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATA-A-G-TTTTAAT-TT--TTA---A-A-AT-GT--TT-GTTA----GA--GAA-C-T-------AT--T-TT--T--C--GC-G------TT------T------A---A---ACGTT----TT-TAA-A--A----A-A--G-TTAT---A-AGC-C--AAA--ACAACAA
gi|10 : TTTGTT-A--TT-TTT-GGGTCTTATA-A-G-TTTT--T-TT--TTGT--G-A-GC-GT--TT-GTTA----GA--GAA-----------GC--T-TT--T--T--GC-G-------T------T------A---A---ACG------TT-TAA-A--T----A-A--G-TTAT---A-AG--T--AAA--ATAACAA
gi|8 : TTTGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATA-A-G-TTTTAAT-TT--TT----A-A-AC-GT--TT-GTTA----AA--GAA-A-T-------AT--T-TT--G--C--GT-A------TTAA----T------AATTA---ACGCT----TT-TAA-A--A----A-A--
gi|17 : aTCTGTT-A--TT-TTT-GG--CTTATA-A-C-TTTT--------TTA---A-A--C-GT--TTAGTTA----GA--GAA-C-T-----------T-TT--T--T--GC-G------TT------T------A---A---ACTTT----TT-Taagataaca
gi|1 : taTTTATT-A--TT-TTC-GG--CTTATA-A----TTT--T-TT--TTA---A-A--C-GT--TC-GTTA----GCTCGAA-C-T-------AA--T-TT--G--C--GGAG------TT------CTCAAACA---A---ACGTT----T---AA-A--AAACTA-A--G-TTAA---A-AAC-C--GAA--Attctaaacaagaga
gi|3 : ttatcatTTTGTT-AACTT-TTT-GCGTCTTATA-A-G-TTTTAAT-TT--T-----A-A-AC-TT--TT-GATGC---GA--GAACC-T-------AG--T-TT--TGCC--GG-G------CT------T------A---A---ACGTT----T----A-A--ACC--G-A--GCTTTT---A-AGT-----AA--ACAAtaatttatttgctta
gi|16 : aTTTGTT-A--TT-TTC-GG--CTAATA-A-C-TTTT--T-TT--TTA---A-A-AC-GT--TT-GTTA----GA--GAA-C-T-------attaacaaaaata
gi|2 : taatcaaataaattaTTTGTT-A--TT-TCCAGGTT---ATA-A-C-TT---AT-TT--TTA---A-A-AC-GT--TT-GTTG----GA--GAA-C-TCCGCAAAAT--A-GT--T--CCAGA-G------AA------C------A---A---ACGTT----TA-AAA-A--AT---A-A--G-CTAT---A-AGCGT--AAA--ATAAccgcgaaatagttcaagctaat
gi|4 : tatTTTTTT-T--TT-TTT-G--CCTAATA-A-C-CTTT----TT--TTA---A-A--C-GC--TT-ATTATCTAGA--GAA-C-T-------AT--T-TT--T--C--GGAG------TT------CTCTAACA---A---ACGGT----TT-TAA-AA-A----A-A--G-TAAT---A-AAC-C--AAA--taatttatttgatt
gi|19 : ttatgTTGGTT-AAATT-TTT-GGTCTTAATA-A-G-TTTTAAT-TT--TAA---A-A-CC-AA--TT-GTTA----GAG-GAA-CGT-------AT--T-TT--T--TGAGC-G------TT------T------A---a
gi|21 : aTTTGT--A--TT-TTT-GGT-CGTAAA-A-G-TTTTAAT-TTAATT----A-A-AT-GTTGTT-GTTA----GA--GAA---T-------A---T-TA--T--C--GC-G------Tca
gi|12 : cttaTTGTTTA--TTATTT-GGT-CTTAAA-A-G-TTTTAAT-TT--T-----A-A-AC-TT--TA-GTTA----GA--GAA-C-T-------AT--A-TT--T--T--GC-G------TT------T------A---A---AC-----------------A----A-A--G-TTTT---A-AGC-C--AAA--
gi|1 : cTTATC-A--TT-TTC-GGTTTTTA---A----CTTAGT-TT--TTT---A-A-AC-GT--TT-GTTT----GA--GAA-C-TCCGCAA-AT--TAGT--T--C--GA-G------CT------A------ACG-A---ACG-T----TT-AAA-A--A----A-A--A-TTAT---A-AGC-CG-AAA--ATAATAAttaaaaga
gi|20 : TTGTT-A--TA-TT---GT-CTTATA-AAG-CTTTAAT-TT--TT----A-A-AT--T--TT-GTTA----GA--GAACC-T-------AT--A-TC--T--T--AT-G------TT------T------A---A---ataatttatttgctta
gi|6 : cttaaTGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATA-A-G-TTTTAAT-TT--TTA---ACA-AT-A---TT-GTTA----GA--GAA-C----------T--T-TT--T--T--GC-G------CT------T------A---A---ACGTT----TT-AAA-A--A----T-A--G-TTAT---A-AGG-C--AAA--A
gi|22 : GTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATA-A-G-TTTTAAT-TT--TTA---A-A-CT--T--TT-GTTA----GA--GAA-C-T-------AT--T-TT--G--C--GT-T------TT------T------A---A---Aattacac
gi|9 : TT-A--TT-TT--GGTCAAGATA-A-G-TTTTAAC-TT--TTA---A-A--T-GT--TT-GTTA----GA--GAA-C-T-------AT--T-TT--------GC-G------TT------T------G---A---ACGTT----TTACAA-A--A----A-A--G-TTAT---ACAG--C--AAA--ACAACAAaa
gi|2 : TT-A--TT-TTA-CG--CTTATA---G-CTT--AT-TT--TTT---A-A-AC-GT--TT-GTTCTCT-G---GAA-C-T-------AT--T-TT--G--CG-GA-G------TTCTCCAAC------A---A---ACGTT----TT-AAA-A--AT---A-A--G-TTAT---A-A-C-CTGGAA--ATAACAA
gi|4 : tatTT-A--TG-TTT-GGTT--TATT-A-C-TTTT-----T--TTA---A-A-ACCGT--TT-GTTA----GA--GAA-C-TCCGAAAAATAGT-TC--T--C--TA-G------ATAA----T------A---A---GCGTT----T---AA-A--A----A-AAGG-TTAT---T-AGG-C--AAA--AAAAAAAataatttatttgatt
gi|11 : T-A--TT-TTT-GGTT-TTATA-A-G-TTTTAAT-TT--TTA---A-A-CT--T--TT-ATTT----GA--GAA-C-T-------AT--T-TCAGT--T--GC-G------TT------T------A---A---ACGTTAAAA----AA-A--A----A-A--G-TTTT---A-AGC-C--AAA--aaa
gi|15 : T-A--TT-TTT-GCGACTTATA-A-G-TTTTA---TT--TTA---A-A-CT-TT--AT-GTTA----G---GAA-C-T-------AT--T-TT--------G--G------TT------TTAAA--A---A---ACG------TT-AAA-A--A----A-A--G-TTTT---A-AAC-A--AAta
gi|14 : T-GGT-CTTATA-A-A-GTTTAATATT--TTACTTA-ACAT-AT--TG-ATTACAA-GA--GAA-C-T-------AT--T-TT--------GC-G------TA------A------A---A---ACGTT----TT-AAA-AATA----A-A--G-TTGG---AGAGC-C--AAgtt
gi|7 : TCTTATA-A-GTTTTTAAT-TT--TTA---A-A-CT--T--TT-GTTA----GA--GAA-C-C-------A---T-TT--T--G--GC-G------TT------T------A---AT--ACG------TT-TAA-A--A----ATA--A-TTTTTTAA-AGC-C--AAAGTATAAC
gi|13 : tcgtgTCTTATATA-G-TTT-AAT-TT--TTT---A-A-CT--T--TT-GTTT----GA--GAATC-T-------AA--T-TT--T--T--GC-G------TT------T------ta
gi|18 : TTCAAT-TT--TTT---A-A-CT--T--TT-GTTA----GA--GAA-C-T-------AT--T-TT--------GC-G------TT------T------A---A---ACGTT----TA-AAATA--A----A-A--G-TTTT---A-AGC-C--AAAT-GTAACAAtttaagtttaatattttttttaaacccaatataacaagtaa
gi|23 : ----GA--AAG-T-T-------AT--T-TT--------GC-G------TT------T------A---A---ACGAT----GA-AAA-AT-A----A-A--G-TTAT---A-AGC-C--AAA--at
gi|16 : tagt--GAA-C-T-------AT--T-T------C--GC-GGAGTTCTC------T------A---ACAAACGTT----TT-AAA-A--A----A-AAAG-TTAT---T-AGC-CG-AAA--ATAACAAtttaacaaataag
gi|17 : taatcaaataaattat------T------A---A---ACGTT----T---AA-A--A----A-A--G-TTAT---A-AGC-CA-AAA--ATAACAaagctaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAACTCGAACTATTTTGGCGGAGTTCTCTACCATACGTTTAAAAAAAGTTATAAG
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 11111111 11
lowQualScore : 2 66 2 2 55 222 3 1 22 88 44 6 1 44 1 1 1 8888 1 3 1 0000000 1 77777777 1 555555 22 999999 666 555 66 2 2 2 2 88 2 2 1 33 5 8888 5 11
lowQualScore : . .. . . .. ... . . .. .. .. . . .. . . . .... . . . ....... . ........ . ...... .. ...... ... ... .. . . . . .. . . . .. . .... . ..
lowQualScore : 2 11 2 1 33 333 8 9 66 99 55 9 8 55 9 9 9 9999 7 5 7 7777777 8 33333333 8 222222 66 555555 000 555 44 2 3 4 4 88 4 5 7 44 0 8888 0 77
consensus : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
Reference ( family-517 ) : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
gi|1 : TTATC-A--TT-TTC-GGTTTTTA--A----CTTAGT-TT--TTT-A--AACGT--T-T-G-TTT----GA-GAA-C-TCCGCAA-ATTAGT--T--C--GA-G------CT--A------ACG-A---ACG--T-TTA-AA-A--A-AAA-TTAT--A-AGC---CGAAA--ATAATAA
gi|10 : TTTGTT-A--TT-TTT-GGGTCTTATAA-G-TTTT--T-TT--TTGTG--AGCGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-----------GCT-TT--T--T--GC-G-------T--T------A---A---ACG-TT-T---AA-A--T-AAG-TTAT--A-AG----T-AAA--ATAACAAataatttatttgctta
gi|11 : T-A--TT-TTT-GGTT-TTATAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-A-TTT----GA-GAA-C-T-------ATT-TCAGT--T--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TTAAAA-AA-A--A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAA--
gi|12 : TTGTTTA--TTATTT-GGT-CTTAAAA-G-TTTTAAT-TT--T---A--AACTT--T-A-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATA-TT--T--T--GC-G------TT--T------A---A---AC---------------A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAA--TTAAta
gi|14 : cT-GGT-CTTATAA-A-GTTTAATATT--TTA-CTTAACATA-T-T-GATTACAA-GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TA--A------A---A---ACG-TT-TTA-AA-AATA-AAG-TTGG--AGAGC---C-AAaaga
gi|15 : T-A--TT-TTT-GCGACTTATAA-G-TTTT-AT-TT--T---A--AACTT--TAT-G-TTA----G--GAA-C-T-------ATT-TT--------G--G------TT--TTAAA--A---A---ACG----TTA-AA-A--A-AAG-TTTT--A-AA----C-AAA--GT
gi|16 : TTTGTT-A--TT-TTC-GG--CTAATAA-C-TTTT--T-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------t
gi|16 : taatcaaataaatta-GAA-C-T-------ATT-T------C--GC-GGAGTTCTC--T------A---ACAAACG-TT-TTA-AA-AAAA-AAG-TTAT--T-AGC---CGAAA--ATAACAAccgcgaaatagttcaagctaat
gi|17 : taatcaaataaattatTCTGTT-A--TT-TTT-GG--CTTATAA-C-TTTT--------TTA-A--A-CGT--T-TAG-TTA----GA-GAA-C----------TT-TT--T--T--GC-G------TT--T------A---A---ACT-TT-TTaagctaat
gi|18 : taTTCAAT-TT--TTT-A--A-CTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TAA-AATA--A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAAT-GTAACAAtttctaaacaagaga
gi|19 : TTGGTT-AAATT-TTT-GGTCTTAATAA-G-TTTTAAT-TT--TAA-A--ACCAA--T-T-G-TTA----GAGGAA-CGT-------ATT-TT--T--TGAGC-G------TT--T------A---at
gi|2 : aTTTGTT-A--TT-TCCAGGTT---ATAA-C-TT---AT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTG----GA-GAA-C-TCCGCAAAATA-GT--T--CCAGA-G------AA--C------A---A---ACG-TT-TAA-AA-A--ATAAG-CTAT--A-AGCG--T-AAA--ATAAca
gi|20 : tatTTGTT-A--TA-TT---GT-CTTATAAAG-CTTTAAT-TT--TTA-A--A--TT--T-T-G-TTA----GA-GAACC-T-------ATA-TC--T--T--AT-G------TT--T------A---A---taatttatttgatt
gi|21 : cttaaTTTGT--A--TT-TTT-GGT-CGTAAAA-G-TTTTAAT-TTAATT--A--AATGTTGT-T-G-TTA----GA-GAA---T-------A-T-TA--T--C--GC-G------T
gi|22 : cttaGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--A-CTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--G--C--GT-T------TT--T------A---A---A
gi|23 : ----GA-AAG-T-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------A---A---ACG-AT-GAA-AA-AT-A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAAT-TTAACAAaa
gi|3 : tagtTTTGTT-AACTT-TTT-GCGTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--T---A--AACTT--T-T-G-ATGC---GA-GAACC-T-------AGT-TT--TGCC--GG-G------CT--T------A---A---ACG--T-TTA-AA-C--C-GAGCTTTT--A-AGTAAAC-AAA--TTAACAAataag
gi|4 : aTTTTTT-T--TT-TTT-G--CCTAATAA-C-CTTT----TT--TTA-A--A-CGC--T-T-A-TTATCTAGA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GGAG------TT--CTCTAACA---A---ACGGTT-TTA-AA-A--A-AAG-TAAT--A-AAC---C-AAAC-ATAAaaata
gi|5 : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AATGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTT-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ACAACAAa
gi|6 : TGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-AC-AATA---T-T-G-TTA----GA-GAA-C----------TT-TT--T--T--GC-G------CT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-TAG-TTAT--A-AGG---C-AAA--
gi|7 : TCTTATAA-GTTTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-C-------A-T-TT--T--G--GC-G------TT--T------A---AT--ACG-TT-TAA-AA-A--T-AAT-TTTTTAA-AGC---C-AAAGTATAACattacac
gi|8 : tcgtgTTTGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACGT--T-T-G-TTA----AA-GAA-A-T-------ATT-TT--G--C--GT-A------TTAAT------AATTA---ACGCTT-TTA-AA-A--A-AAta
gi|9 : aTT-A--TT-TT--GGTCAAGATAA-G-TTTTAAC-TT--TTA-A--A-TGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------G---A---ACG-TT-TTACAA-A--A-AAG-TTAT--ACAG----C-AAA--ACAACAAagataaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TCTTATATAGTTTAATTTTTTAACTTTTGTTTGAGAATCTAATTTTTGCGTTTTTTAAGTTTAATATTTTTTTTAAACCCAATATAACAAGTAA
Unaligned ( gi|24 ): TAACTCGAACTATTTTGGCGGAGTTCTCTACCATACGTTTAAAAAAAGTTATAAG
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 11111111 11
lowQualScore : 2 66 2 2 55 222 3 1 22 88 44 6 1 44 1 1 1 8888 1 3 1 0000000 1 77777777 1 555555 22 999999 666 555 66 2 2 2 2 88 2 2 1 33 5 8888 5 11
lowQualScore : . .. . . .. ... . . .. .. .. . . .. . . . .... . . . ....... . ........ . ...... .. ...... ... ... .. . . . . .. . . . .. . .... . ..
lowQualScore : 2 11 2 1 33 333 8 9 66 99 55 9 8 55 9 9 9 9999 7 5 7 7777777 8 33333333 8 222222 66 555555 000 555 44 2 3 4 4 88 4 5 7 44 0 8888 0 77
consensus : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
Reference ( family-517 ) : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
gi|1 : TTATC-A--TT-TTC-GGTTTTTA--A----CTTAGT-TT--TTT-A--AACGT--T-T-G-TTT----GA-GAA-C-TCCGCAA-ATTAGT--T--C--GA-G------CT--A------ACG-A---ACG--T-TTA-AA-A--A-AAA-TTAT--A-AGC---CGAAA--ATAATAA
gi|10 : TTTGTT-A--TT-TTT-GGGTCTTATAA-G-TTTT--T-TT--TTGTG--AGCGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-----------GCT-TT--T--T--GC-G-------T--T------A---A---ACG-TT-T---AA-A--T-AAG-TTAT--A-AG----T-AAA--ATAACAAataatttatttgctta
gi|11 : T-A--TT-TTT-GGTT-TTATAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-A-TTT----GA-GAA-C-T-------ATT-TCAGT--T--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TTAAAA-AA-A--A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAA--
gi|12 : TTGTTTA--TTATTT-GGT-CTTAAAA-G-TTTTAAT-TT--T---A--AACTT--T-A-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATA-TT--T--T--GC-G------TT--T------A---A---AC---------------A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAA--TTAAta
gi|14 : cT-GGT-CTTATAA-A-GTTTAATATT--TTA-CTTAACATA-T-T-GATTACAA-GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TA--A------A---A---ACG-TT-TTA-AA-AATA-AAG-TTGG--AGAGC---C-AAaaga
gi|15 : T-A--TT-TTT-GCGACTTATAA-G-TTTT-AT-TT--T---A--AACTT--TAT-G-TTA----G--GAA-C-T-------ATT-TT--------G--G------TT--TTAAA--A---A---ACG----TTA-AA-A--A-AAG-TTTT--A-AA----C-AAA--GT
gi|16 : TTTGTT-A--TT-TTC-GG--CTAATAA-C-TTTT--T-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------t
gi|16 : taatcaaataaatta-GAA-C-T-------ATT-T------C--GC-GGAGTTCTC--T------A---ACAAACG-TT-TTA-AA-AAAA-AAG-TTAT--T-AGC---CGAAA--ATAACAAccgcgaaatagttcaagctaat
gi|17 : taatcaaataaattatTCTGTT-A--TT-TTT-GG--CTTATAA-C-TTTT--------TTA-A--A-CGT--T-TAG-TTA----GA-GAA-C----------TT-TT--T--T--GC-G------TT--T------A---A---ACT-TT-TTaagctaat
gi|18 : taTTCAAT-TT--TTT-A--A-CTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TAA-AATA--A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAAT-GTAACAAtttctaaacaagaga
gi|19 : TTGGTT-AAATT-TTT-GGTCTTAATAA-G-TTTTAAT-TT--TAA-A--ACCAA--T-T-G-TTA----GAGGAA-CGT-------ATT-TT--T--TGAGC-G------TT--T------A---at
gi|2 : aTTTGTT-A--TT-TCCAGGTT---ATAA-C-TT---AT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTG----GA-GAA-C-TCCGCAAAATA-GT--T--CCAGA-G------AA--C------A---A---ACG-TT-TAA-AA-A--ATAAG-CTAT--A-AGCG--T-AAA--ATAAca
gi|20 : tatTTGTT-A--TA-TT---GT-CTTATAAAG-CTTTAAT-TT--TTA-A--A--TT--T-T-G-TTA----GA-GAACC-T-------ATA-TC--T--T--AT-G------TT--T------A---A---taatttatttgatt
gi|21 : cttaaTTTGT--A--TT-TTT-GGT-CGTAAAA-G-TTTTAAT-TTAATT--A--AATGTTGT-T-G-TTA----GA-GAA---T-------A-T-TA--T--C--GC-G------T
gi|22 : cttaGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--A-CTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--G--C--GT-T------TT--T------A---A---A
gi|23 : ----GA-AAG-T-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------A---A---ACG-AT-GAA-AA-AT-A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAAT-TTAACAAaa
gi|3 : tagtTTTGTT-AACTT-TTT-GCGTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--T---A--AACTT--T-T-G-ATGC---GA-GAACC-T-------AGT-TT--TGCC--GG-G------CT--T------A---A---ACG--T-TTA-AA-C--C-GAGCTTTT--A-AGTAAAC-AAA--TTAACAAataag
gi|4 : aTTTTTT-T--TT-TTT-G--CCTAATAA-C-CTTT----TT--TTA-A--A-CGC--T-T-A-TTATCTAGA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GGAG------TT--CTCTAACA---A---ACGGTT-TTA-AA-A--A-AAG-TAAT--A-AAC---C-AAAC-ATAAaaata
gi|5 : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AATGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTT-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ACAACAAa
gi|6 : TGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-AC-AATA---T-T-G-TTA----GA-GAA-C----------TT-TT--T--T--GC-G------CT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-TAG-TTAT--A-AGG---C-AAA--
gi|7 : TCTTATAA-GTTTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-C-------A-T-TT--T--G--GC-G------TT--T------A---AT--ACG-TT-TAA-AA-A--T-AAT-TTTTTAA-AGC---C-AAAGTATAACattacac
gi|8 : tcgtgTTTGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACGT--T-T-G-TTA----AA-GAA-A-T-------ATT-TT--G--C--GT-A------TTAAT------AATTA---ACGCTT-TTA-AA-A--A-AAta
gi|9 : aTT-A--TT-TT--GGTCAAGATAA-G-TTTTAAC-TT--TTA-A--A-TGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------G---A---ACG-TT-TTACAA-A--A-AAG-TTAT--ACAG----C-AAA--ACAACAAagataaca
blockSeqs : T AA A A GT AG A A AA GT TT G G TG A A A TCTA G C G CCGCAAA . AGTT A GAGTTC AA TCTAAC ATT CAA GT A A C T AT T C A TA G TAAA G GT
blockSeqs : . AC . . TT GT A . . A C A T A . . . CAA . C . . . TTGA . . . TAAA . T CT . T . . AA . . T . C CG . T
blockSeqs : . . . . GA G A . . A . A T . . . . C . . . . . TCCA . . . . . . T . T . . T . . T . . C . T
blockSeqs : . . . . TC G A . . A . A A . . . . . . . . . . TGCC . . . . . . T . T . . . . . G . . C . C
blockSeqs : . . . . TT G A . . T . A T . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . T . . . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . GT A A . . A . A G . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . A . . . . . A . . C . .
blockSeqs : . . . . TT G A . . A . C G . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . A . . . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . TC C A . . A . A T . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . A . . . . . A . . C . .
blockSeqs : . . . . T C A . . A . A A . . . . . . . . . . TC . . . . . . T . T . . . . . A . . C . .
blockSeqs : . . . . T G A . . A . A G . . . . . . . . . . GC . . . . . . A . T . . . . . T . . C . .
blockSeqs : . . . . T C A . . A . A T . . . . . . . . . . TC . . . . . . T . T . . . . . A . . G . .
blockSeqs : . . . . T G A . . A . A G . . . . . . . . . . TC . . . . . . T . T . . . . . A . . C . .
blockSeqs : . . . . T G A . . A . A T . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . A . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C G A . . . . A T . . . . . . . . . . TG . . . . . . T . T . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . T C . . . . . . G . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . T . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . G . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : T* G** ******* *** T*
originalCons : TTTGTT-A--TT-TTT-GGTTCTTATAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
finalCons : TTTGTT-A--TT-TTT-GGT-CTTATAAG--TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACGT-T-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TCTTATATAGTTTAATTTTTTAACTTTTGTTTGAGAATCTAATTTTTGCGTTTTTTAAGTTTAATATTTTTTTTAAACCCAATATAACAAGTAA
Unaligned ( gi|24 ): TAACTCGAACTATTTTGGCGGAGTTCTCTACCATACGTTTAAAAAAAGTTATAAG
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 11111111 11
lowQualScore : 2 66 2 4 4 2 2 2 222 3 1 22 11 44 4 1 44 1 1 1 8888 1 3 1 0000000 1 77777777 1 555555 22 999999 666 555 66 2 2 2 2 88 2 2 1 33 5 8888 5 11
lowQualScore : . .. . . . . . . ... . . .. .. .. . . .. . . . .... . . . ....... . ........ . ...... .. ...... ... ... .. . . . . .. . . . .. . .... . ..
lowQualScore : 2 11 2 2 0 0 0 0 333 8 9 66 22 55 5 8 55 9 9 9 9999 7 5 7 7777777 8 33333333 8 222222 66 555555 000 555 44 2 3 4 4 88 4 5 7 44 0 8888 0 77
consensus : TTTGTT-A--TT-TTT-G-GT-CT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
Reference ( family-517 ) : TTTGTT-A--TT-TTT-G-GT-CT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ATAACAA
gi|1 : TTATC-A--TT-TTC-G-GT-TT-T--TAA----CTTAGT-TT--TTT-A--AACGT--T-T-G-TTT----GA-GAA-C-TCCGCAA-ATTAGT--T--C--GA-G------CT--A------ACG-A---ACG--T-TTA-AA-A--A-AAA-TTAT--A-AGC---CGAAA--ATAATAA
gi|10 : TTTGTT-A--TT-TTTGG-GT-CT-TA-TAA-G-TTTT--T-TT--TTGTG--AGCGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-----------GCT-TT--T--T--GC-G-------T--T------A---A---ACG-TT-T---AA-A--T-AAG-TTAT--A-AG----T-AAA--ATAACAAataatttatttgctta
gi|11 : T-A--TT-TTT-G-GT-TT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-A-TTT----GA-GAA-C-T-------ATT-TCAGT--T--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TTAAAA-AA-A--A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAA--
gi|12 : TTGTTTA--TTATTT-G-GT-CT-TA-AAA-G-TTTTAAT-TT--T---A--AACTT--T-A-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATA-TT--T--T--GC-G------TT--T------A---A---AC---------------A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAA--TTAAta
gi|14 : cT-G-GT-CT-TA-TAA-A-GTTTAATATT--TTA-CTTAACATA-T-T-GATTACAA-GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TA--A------A---A---ACG-TT-TTA-AA-AATA-AAG-TTGG--AGAGC---C-AAaaga
gi|15 : T-A--TT-TTT-GCGA-CT-TA-TAA-G-TTTT-AT-TT--T---A--AACTT--TAT-G-TTA----G--GAA-C-T-------ATT-TT--------G--G------TT--TTAAA--A---A---ACG----TTA-AA-A--A-AAG-TTTT--A-AA----C-AAA--GT
gi|16 : TTTGTT-A--TT-TTC-G-G--CT-AA-TAA-C-TTTT--T-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------t
gi|16 : taatcaaataaatta-GAA-C-T-------ATT-T------C--GC-GGAGTTCTC--T------A---ACAAACG-TT-TTA-AA-AAAA-AAG-TTAT--T-AGC---CGAAA--ATAACAAccgcgaaatagttcaagctaat
gi|17 : taatcaaataaattatTCTGTT-A--TT-TTT-G-G--CT-TA-TAA-C-TTTT--------TTA-A--A-CGT--T-TAG-TTA----GA-GAA-C----------TT-TT--T--T--GC-G------TT--T------A---A---ACT-TT-TTaagctaat
gi|18 : taTTCAAT-TT--TTT-A--A-CTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TAA-AATA--A-AAG-TTTT--A-AGC---C-AAAT-GTAACAAtttctaaacaagaga
gi|19 : TTGGTT-AAATT-TTT-G-GT-CT-TAATAA-G-TTTTAAT-TT--TAA-A--ACCAA--T-T-G-TTA----GAGGAA-CGT-------ATT-TT--T--TGAGC-G------TT--T------A---at
gi|2 : aTTTGTT-A--TT-TCCAG-GT----TA-TAA-C-TT---AT-TT--TTA-A--AACGT--T-T-G-TTG----GA-GAA-C-TCCGCAAAATA-GT--T--CCAGA-G------AA--C------A---A---ACG-TT-TAA-AA-A--ATAAG-CTAT--A-AGCG--T-AAA--ATAAca
gi|20 : tatTTGTT-A--TA-TT----GT-CT-TA-TAAAG-CTTTAAT-TT--TTA-A--A--TT--T-T-G-TTA----GA-GAACC-T-------ATA-TC--T--T--AT-G------TT--T------A---A---taatttatttgatt
gi|21 : cttaaTTTGT--A--TT-TTT-G-GT-CG-TA-AAA-G-TTTTAAT-TTAATT--A--AATGTTGT-T-G-TTA----GA-GAA---T-------A-T-TA--T--C--GC-G------T
gi|22 : cttaGTT-A--TT-TTT-G-GT-CT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--G--C--GT-T------TT--T------A---A---A
gi|23 : ----GA-AAG-T-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------A---A---ACG-AT-GAA-AA-AT-A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAAT-TTAACAAaa
gi|3 : tagtTTTGTT-AACTT-TTT-GCGT-CT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--T---A--AACTT--T-T-G-ATGC---GA-GAACC-T-------AGT-TT--TGCC--GG-G------CT--T------A---A---ACG--T-TTA-AA-C--C-GAGCTTTT--A-AGTAAAC-AAA--TTAACAAataag
gi|4 : aTTTTTT-T--TT-TTT-T-GC-CT-AA-TAA-C-CTTT----TT--TTA-A--A-CGC--T-T-A-TTATCTAGA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GGAG------TT--CTCTAACA---A---ACGGTT-TTA-AA-A--A-AAG-TAAT--A-AAC---C-AAAC-ATAAaaata
gi|5 : TTTGTT-A--TT-TTT-G-GTTCT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-A--AATGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--T--C--GC-G------TT--T------A---A---ACG-TT-TTT-AA-A--A-AAG-TTAT--A-AGC---C-AAA--ACAACAA
gi|6 : TGTT-A--TT-TTT-G-GT-CT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TTA-AC-AATA---T-T-G-TTA----GA-GAA-C----------TT-TT--T--T--GC-G------CT--T------A---A---ACG-TT-TTA-AA-A--A-TAG-TTAT--A-AGG---C-AAA--
gi|7 : -GT-CT-TA-TAA-GTTTTTAAT-TT--TT--A--AACTT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-C-------A-T-TT--T--G--GC-G------TT--T------A---AT--ACG-TT-TAA-AA-A--T-AAT-TTTTTAA-AGC---C-AAAGTATAACattacac
gi|8 : tcgtTTTGTT-A--TT-TTT-G-GT-CT-TA-TAA-G-TTTTAAT-TT--TT--A--AACGT--T-T-G-TTA----AA-GAA-A-T-------ATT-TT--G--C--GT-A------TTAAT------AATTA---ACGCTT-TTA-AA-A--A-AAta
gi|9 : aTT-A--TT-TT--G-GT-CAAGA-TAA-G-TTTTAAC-TT--TTA-A--A-TGT--T-T-G-TTA----GA-GAA-C-T-------ATT-TT--------GC-G------TT--T------G---A---ACG-TT-TTACAA-A--A-AAG-TTAT--ACAG----C-AAA--ACAACAAagataaca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TCTTATATAGTTTAATTTTTTAACTTTTGTTTGAGAATCTAATTTTTGCGTTTTTTAAGTTTAATATTTTTTTTAAACCCAATATAACAAGTAA
Unaligned ( gi|24 ): TAACTCGAACTATTTTGGCGGAGTTCTCTACCATACGTTTAAAAAAAGTTATAAG