lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 33 1111111 111 111111 11111111 33333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555 22222222 1111 333333333333333333 3333333333333333 1 333333 1111 1111 111111 333333 222 22 222222 1 3333333333 2222222222 2222222222 111 11 111 1111111 22222222 11 11111111111111111 1111111111111 1111 111 1 3333333333333333 6666666666666666666666666666666666 1 222222 11 000000000000 111111 3333 22222222222222222222 22 111 111111 33 111111111 11 3333333333 222222222 111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 11 22222 11111111 111 444444444444444444444444444444444444 111 11111 111 1111111 1111 222222 11 22222222222 11 222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 1 444444444444444444444 222222222222 1 11 4444444 333333333
lowQualScore : 3 8888888888 6 6 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 111 6666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 4 4 555555555 66 00 1111111 000 999999 66 4 777 4 66666666 4 66 99999999999999999999999 555555555555555555555555555555555555555 55 4 777 00000000 4 4 0 7 4444 000000000000000000 5 6666666666666666 1 77 000000 5 2222 0000 5 0 5 0 8 4 666666 444444 5 5 999 111 77 111111 5 1 1111111111 5 5555555555 777 3333333333 000 11 8 5 333 5 5 8888888 5 5 33333333 5 11 77777777777777777 3 77 9999999999999 4 77 5 0000 77 5 5 111 6 3 6 1111111111111111 55 9999999999999999999999999999999999 7 222222 33 5 5 999999999999 5 111111 9999 8888 6666 5 77 77 0 1111 999999 55555555555555555555 66 3 444 66 000000 4 4 00 0 4 4 555555555 11 777 7777777777 4 222222222 4 4 777 222 11111 8 7777777777777777777777777777777777777777777 22 4 55 777 55 66666 22222222 222 999999999999999999999999999999999999 5 5 5 555 1 44444 333 44 5 8888888 5 2222 777777 5 1 11 3 66 4 55555555555 11 888 8 222222222222 1 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 0 5 222222 66 99999 5 0 333333333333333333333 888888888888 4 3 66 777 777 2 0 5 77 1111111 666666666 55
lowQualScore : . .......... . . ... ........................................................................... . ... .... ................................................................................................................................. .. . . ......... .. .. ....... ... ...... .. . ... . ........ . .. ....................... ....................................... .. . ... ........ . . . . .... .................. . ................ . .. ...... . .... .... . . . . . . ...... ...... . . ... ... .. ...... . . .......... . .......... ... .......... ... .. . . ... . . ....... . . ........ . .. ................. . .. ............. . .. . .... .. . . ... . . . ................ .. .................................. . ...... .. . . ............ . ...... .... .... .... . .. .. . .... ...... .................... .. . ... .. ...... . . .. . . . ......... .. ... .......... . ......... . . ... ... ..... . ........................................... .. . .. ... .. ..... ........ ... .................................... . . . ... . ..... ... .. . ....... . .... ...... . . .. . .. . ........... .. ... . ............ . . ........................................................................ ... . . ...... .. ..... . . ..................... ............ . . .. ... ... . . . .. ....... ......... ..
lowQualScore : 6 8888888888 7 7 777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 777 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 4 4 333333333 11 77 6666666 222 000000 11 4 888 4 44444444 4 11 77777777777777777777777 111111111111111111111111111111111111111 55 0 000 55555555 4 6 9 9 9999 111111111111111111 0 4444444444444444 4 99 444444 7 1111 4444 7 5 0 1 9 4 777777 666666 0 7 999 333 11 777777 7 4 1111111111 7 0000000000 000 4444444444 000 99 8 0 888 0 7 0000000 7 7 99999999 7 11 66666666666666666 9 99 6666666666666 3 99 7 7777 99 7 7 999 7 2 7 5555555555555555 55 6666666666666666666666666666666666 1 999999 66 7 7 444444444444 7 999999 7777 3333 0000 7 99 99 1 4444 666666 88888888888888888888 99 9 111 11 222222 4 4 66 8 4 4 333333333 99 888 6666666666 4 888888888 4 4 888 222 11111 9 7777777777777777777777777777777777777777777 66 0 55 777 55 11111 77777777 999 999999999999999999999999999999999999 7 7 7 777 4 33333 999 77 7 6666666 7 1111 444444 7 7 77 9 11 4 88888888888 99 888 9 999999999999 9 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 2 0 888888 99 88888 0 0 444444444444444444444 666666666666 4 7 11 888 000 2 0 0 00 6666666 999999999 22
consensus : NNTATGATNAAAANNC-CC-CTGCT-CA-T---TCCAA---ATA--TCCA-T-TTAG-TTTTA--NATT-A------A-TATCAAT-AGC-ATTAAAAAAGA-A----TG--TTTT-T-C-AAA-T--GTTTT-AC-C-NTAANA----A--CACT--AT--G--TA-C--C--AAG-----T------GT---------C------------C--C-CT-GGGG--T-CAGAACCT-CCTAC--------CCCCTCCCCCGGGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT--TTG--GTA-G-AGG--C---T--TC-C---T-GCT---C-TA-C-A--TC----AC--AT-GCA---TTTTG-GTTTCTCTCA-----G-AC-ATG-ATGC-G---TTT---G-TAC-GA-GAAG--A-AG---ATTTTT---GA-AAA-TTGGTCACTTTTT-G-GCAG----T--T-TT-G--CC-CCG-CCCCCA--AG--CCCAGGGGG-TGCAAG-AGA--CC-T--GA-AA----TTT--A-C-AATTT-TATGTGCCC-CT-T-GNCCCAAANGATGGCT-TC-ATAC-CAAA-NTTTG--AAA-G----AATT-G-GACTTGGT--G-GTT-AT----------CA-AGAAGAAG----TT----AAAA---AT--GTTCAATT-GT---T-AACAC-ATT-----T-CAT-CA-AT------G-A-CCA-ATT----T----GG------CCCC--ACCC--TAA--NA--CNAAAACCCCT--A-C-C--CTAG--GG-T-CAC-GAAA-TTTACAA-TTAT--AAT-A---A---AAAACTCCC--TG--CTCA--TTC--AAA-ATA--TC-C-AT-TTTAGTTTT-A--CATT--AA-TATCAAT-AGCATTAAAAG-A---AT-G-TTTTTC-AAA-T-G--TTTT-AC-AT--A-TA-AA-CAC-T--ATG--TAC--C-AAGT---T--TG--------GCCCC--NC--CCTGGGGT-TCAGAA--ACC--CCT--A---C-C-CCGGGGATCACCAAA-T-T------T--ACAATTTTG-GT---AGAGGC-------C-T-TCCTGCT---C--TA-C-AT-CA---CT---ATGCATT-----TG-GTT----TC-TC--AGG--C-A---T-G-T--GC-G---NTT-G--TAAAGAA-AG--AAG--ATTT--TT-TGAAAAAAT-TGGT---CACTTT-TGGGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCC--CCC--A--A-G-CCCC-A-GGG--GTG-----CAAG--AGNCC-TG-------A-AA----TTT--A---C-AATTTTA-TGTGCC--C-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA-T--A-------CNA-AAT----T--G--A-AA-------G----AA--T--G-G---------A--C--TGGT-GGTTTATT--CA-A--GAAGA-AGTTTAAAA---A--T--GTT-CAA-T-T-GTTAACG------NACGAA-GGACG--CGCACGAC-GACG-GAACGGAAGAC-CAATTG--CA---ATA---GGTC-A-CC-TGAGTT---NACTCAGG---------TGA-CCTAAAA
Reference ( gi|3 ) : AATATGATAAAAAGGC-CC-CT-CT-CA-T---TCCAA---AT---TCC--T-TTAC-TTCCA--CATT-A------A-TATCAA--AAC-ATTGAAAAAGA-A----TG--CTTT-T-C-AAA-T--GTTTG-AC-C-CTAACA----A--CACT--AT--G--TA-C--C--AAG-----T------GT---------C------------C--T-CT-GGGG--T-CAGAACCC-CCTAC--------CCCCCCCCCCGGGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAAATTT--TTG--GTA-A-AGG--C---T--TC-C---T-GCT---C-TA-C-A--TCC---AC--AT-GCA---TTTTG-GTTTCTCTCA-----A-AC-ATG-ATGC-G---TTT---G-TAC-AA-GAAG--A-AG---ATTTTT---GA-ACA-TTGGTCATTTTTT-G-GCAG----T--T-TT-G--CC-CCA-CCCCCA--AG--CCCAAGGAT-TGCAAG-AGA--CT-T--CA-AA----TTT--A-C-AATTT-TATGTGCCC-CT-T-TACCAAAAAAATGGCT-TC-ATGC-CAAG-ATTTG--AAA-G----AATT-G-GACTTGGT--G-GTT-AT----------TA-AGAAGAAG----TT----AAAA---AT--GTTCCATT-GT---T-AACAC-ATT-----T-CAT-CA-AT------G-A-CCA-ATT----T----GG------CTCC--ACCC--TAA--TA--CTAAAACCCCT--A-C-C--CTAG--GA-T-CAT-GAAA-TTTGCAA-TT-T--GAT-A---A---AAGGCTCCC--AA--ATTA--TTC--AAA-AAA--TT-C-A--TT-AGTTTC-A--CATT--AA-TATCAAT-AGCATTAAAAGTAGTTATTGCTTTTTC-AAA-T-G--TTTT-AT-AT--A-TA-AA-CAC-T--ATG--TAC--CAAAGT---T--TG--------GCCCC--AC--CCTGGGGTTTCAGAA--ACC--CCT--A---C-C-C--GGGATCACCAAA-T-T------T--ACAATTTTT-GT---AGAAGC-------CTT-TCCTGCT---C--TA-C-AT-CA---CT---ATGCATT-----TG-GTT---ATC-TC--AGG--C-A---T-G-T--AC-G---CTT-G--TAAAGAA-AG--AAG--ATTT--TT-TGAAAAAAT-TAGT---CACTTT-TGGGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCC--TCC--A--A-G-CCCC-A-GGC--GTG-----CAAG--AGACC-TG-------A-AA----TTT--A---C-AATTTTT-TGTGCC--C-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA-T--A-------CAA-AAT----T--G--A-AA-------G----AA--T--G-G---------A--C--TGGT-GGTTTATTC-CA-A--GAAGA-AGTTTAAAA---A--T--GTT-TAA-T-T-GTTAACG------GACGAA-GGACG-TCGCACGAC-GACG-GAACGGAAGAC-CAATTG--CA---ATA---GATC-A-CA-TGA-TA---AACTCAGGT--------TGA-CCTAAAA
gi|7 : TATAATCAGAAACT-CC-CTGCT-CA-T---TCCCA--------TCCAAT-TTAG-TTTTGGTTACT-A------A--ATCAAT-AGC-ATT--AAAGGA-A----TGGATTTT-T-C-AAAAT--GTTTT-ACACACTA-TA----A--CACT--AT--G--TA-CAGC--AAG-----TTAGAGCGC---------C------------CG-T-CTAGGGG--TACAGAACCT-CT----------------CCCCTGGGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--A--CAA--TT--TTG--GAA-C-AGG--C---TCTTC-C---T-GCT---C--A-C-A--TC----ACTGAT-GCA---TTT-A-GTTTCTC--A-----G-GC-A---ATGT-G---TGT---GCTTT-GA-AAAG--A-AG---ATTTTTAT-GA-AAA-TTG-TCACTTTTA-G-GCAG----TTAT-TT-A--TG-CCA-CC
gi|10 : aaaatatttggttcaattgtgtagcacagtctatatcattcaattttcgaaaccaatttcttgagctccccaccctaaaaaccaaaaactcctaccctaggggtcagaaactttataatTATAATAGAAAACT-GC-CTGCT-CA-T---TCCAA---ATA--TCCA-T-TTAG-TTTTA---ATTCA------A-TATCAAC-AGC-ATTAAAAAAAA-AAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-T--GTGT--AC-C-ATATAA----A--TGCT--AT--G--TA-C--C--AAG-----T------TTG--------A------------T--T-CT-GGTG--T-CAGAAgc
gi|1 : acatttcatcaataaccattttggcccaacattaataccaaaacccctacccctaggattgagaaatttacagtTGATCAAAACGCTCC-CT-AT-GA-TGAGTTCAACATAT---TTTA-T-TTAG-TTTCA--CATT-A------A-TCTCAA--TACGATTAAAGAAG--A----TA--TTTT-T-CAAAA-TG-GTTTT-A--C-ATATAA----A--CACTAAAT--A--TA----C--AAG-----T------TTATGGCCCCGC------------C--TCCT-GGGGA-T-AAGAAC------A-----------CCTCCACCGGGGATCACCAAATT-T------T--A--CAA--TT--TTG--GTA-A---G--C---T--TT-A---TCGCT---C-TATC-A--TCA---TT--AT-GCA----TTTG-GTTTTCTTCA-----G-AC-ATC-GTGCGG---TTC---G-T-C-AA-AAAA--ACAGCCCCTCTTT---GA-AAA-T--AT-ATATTTT-G-GCAGTTCTT--T-TT-G---C-CCA-CCCCCAAGAG--CCGCAGGGG-TGCAAG-AGA--CC-T--GACAA----TTT--ACC-AAATT-TATGTG-CC-CT-T-GATCCCAAAGAT-GCTATC-ATACACAAA-ATATGACAAA-A----AATT-G-GACAT--T--G-GTT-AT----------CA-ATAAGAAG----TTTA--AAAA---ATCGATTCCTAT-GT---T-AAC
gi|6 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaattttTGATAAAA-GGC-TCGCA-GTGCA-T---TCCAA---ATAC-TTA--T-TTAC-TTTTA--AATC-A------A-TACTAAT-AGC-ATT---AAAGA------TG--TTTT-T-T-AAA-T--GTTTT-AC-A-TTTA-A----A--CACT--AC--G--TA-C--C--AAG-----T------TT--------------------------------GG--C-CA---CTC-CCTACGGTCAATACCCCTACCCCGAGAATCACCAAA-T-T------T--A--CTA--TT--TTG--GTA-G-AGGT-C---T--TC-C---T-GCT---T-CA-C-A--TC----AC---T-AGA---TATTAAGTTTCTCTTG-----G-AC-AT--ATGA-G---TTT---G-TAC-A--GAAG--A-AG---A-------------A-TGTATCACTTTTT-A-TCAG----T--TTTT-G--CC-CTA-gatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|2 : tttatatatgccccttgagctaaagattcttcaaaccgtatttgcaaataattggaatggtagttattaagaagataaaaaagatgttcaatagttaacacgtttcatcactgaccatttttgtcccaccctacccctatgatcatgaaatttacaagtcGATGAAAA--C-TC-CTGCT-CA-T---TCCAC---AT---CCA--TGTTAGGTTTTG--AATT-GTTTACTA-TATCAT--AGC-ATT---AAAGA-T----TG--TTTT-TTC-AAA-TATGTTT--AC------ACATTATA--CACT--AT--G--TA-C--CCGAAGGGT--T------GT---------C------------CGCC-CT-GGGG--T-CAGAAACT-TCTAC--------CCCT-------GGGAT-A--GAA-T-T------T--AAACAAATTT--T-G--GAA-C-AGC--CATTT--CC-C---T-GCT---C-TA-C-A--TC----ACT-AT-GCAACTTTTCG-TTTTCACTCA-----G-GCCATG-ATGT-A---GTT---G-GATTGA-AAAG--A-AG---ATTTTTT--GATAAA-TTGGTCACTTTTAAG-GCAG----T--T-TTTG--CC-ACG-CTCCC---------CAAGGGG-TGCAAG-AGA--CC-TGATA-AA----TTT--A-C-AGATT-TCTGTGCCC-CT-TGTCCCAAAG---CTGCT-TC-ATAT-CAAA-TTTTG--AAAAG----AATT-GAGACA-GGT--A-GTTTAT----------CA-A--AGAAA----TCTATAAAAA---ATC-GTTCAATT-GT---T-AACA--ATT-------CAT-CA-AT------GGA-CCA-ATT----T----GGTTGGGGCCCC--ACCCATTAT--CA--C-AAAACC-----A-C-C--ATAG--AG-TACAC--AAA-TT--CCA-TT-A--AAT-ACTTA---GAAACTCCCTGCA--CTCA--TTCTCAAC-ACA--T--C-A--TTTAGTTTT-A---ATT--TC-TATCAAT-AGCATTAAAAG-----AT-G-TTTTTC-AAA-T-AGCTTTT-AC-AA--A-TA----CAT-T--ATG--T----CTAAGT---T--TG--------CCCCCCCAC--GCTGGGGTCTATTGA--ACC--CCT--AACCCGC-C--GAAATCACCACA-T-T------T--ACAATTTTT-GT---GGTAGCAGG----CTT-TCCTGCT---C---A---GT-CA---CTTAAATGCATCATTTATGAGTTAC-ATCGTT--AGG--CAA---T-G-T--GCAG---GTT-G--TAAACGA-AG--AAG--ATTTAATTATG-AAAAAT-GAGTTCACACTTTATGAGCAG----TGG-G---T-A-TC-TTGTC--CCC-----A-G-CCCA-G-AGCGGGTG-----CAAG--AGA-C-TG-------A-AT----TTT--ACACC-AATTCTA-TGT--C--C-CTTGGTATTCCC---AA--AAGACTGCTATCA-A--ATCACCATCAA-ATT----T--GC-A-AA-------G----AAT-T--G-G---------ACCC--TG-------TGTTCTCA-AG-GAAGA-AATTTAAAA---A--T--GTT-CAATT-T-GTTAACG------CAC-----GACG-ATGAACGA---ACG-GAACG--AAAC-C-ATTG--CA---ATA---TGTCAA-CC-TGAGTT---TACTCAGGA--------TGATCCTAAAAaatataaggcgccaggggtgaaatacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|4 : taAAAACTC-CC-TG-CT-CAAT---TCCAA---ACACATCCA-T-TTAG-TTTTAA-TATT-ACA----A-TATCAATCAGC-ATTAAA------------G--CTTT-TTC-AAA-T--TTTTT-AT-CAC--ATA----AGTTACTT-AT--GGCTAAC--T--AAGCTAATT------GC---------CGCCCCCACCCCCC--C-CC-GGGGGTT-CAGAACCT-CCTAC--------CGCC------GGGGATC-CCAAA-TAT------T--A--CAA-TTT--GTGT-GTG-AGAGG--CC--T--TC-C---T-GCT---T-AG-C-A--GC----ACT-AT-GC-----TTTG-TATTCTCTCAGG---A-AT-GTG-A--C-A---GTT---G-TCT-AACGAAG--A-AG---ATTTTTTGAGA-AAA-TTGGTCA--CTTT-GAGCAG----TA-T-TT-AGTCC-CCT-GCCCCA--GG-----GGGG----GCAAGAAGA--CC-T--GA-CA----TTT--A-CAAATTT-TATGTGCCCGCT-T-GTCC--AACGAT-GCT-TC-ATAC-CAA--ATGTGA-AAA-G----AATT-G-GAC-TGGTAGA-GTT-AT----------CA-AGAAGAAG----TA----TAAA---AT--GTTCAATTAGT---T-AAtat
gi|5 : cagggggtgcaagagaaccgtgaaatttacatgttttgtgccccttgtccaaaatgcttctatatcaaattttgaaaagattgaaattgaacaggtaattatcaagaatttagaaaagttcaattgtttaacaccattttcagcaatgaaccagattatggtggccccccctaatacaaaaacccctacacctagagtccaaaatttcaattattattaggg--T-TTAG-TTGTA--CATT-A------AATAT-AT--AGC-ATT-AAACCGAGA----TG--TTTTAT-C-AAAAT--GTTTTTAC-A-TTAATA----A---ACT--ATAAG--TG-C------AG-----T------GTGGCC-----CG-----------C--C-CT-GGGG--T-CAGAAT-----TAC--------CCTCCCC----GGGGTCAACTAA-T-T---------A--CA--TTTAATAGAAGTA-A-AGGGGC---T--TCTC---T-GCTTATC-TA-CCA--TC----AC--TTAGCA---TTT-G-GTTTCTCTCA-----GGAT-ATG-GTGC-GGTATTT---G-TCA-AA-GAAGTTA-AG---ATTTT----GC-AAA-TTGGTCACTTTG--G-GCAG----T--T-TTTGT-CC-CCA-CCCCCA--GG--CCGCAGGGG-TGCAAGTGGA--C--T--GA-AACTCCTTTCAG-C-AATTT-CATGTGCCC-TTGG-TCCCTTAAAGAT-GCT-TC-ATAA-CAA--ATTTGCAAAA-GCTAAAATTCGCGAC-TGGT--G-GTT--T----------CATAGAAGAAG----Tagcacgaacggacgagccgcccgtagcgaagaccgattgcaataagc
gi|11 : catttaaaataggttacaG--T-CAGAACCGGCCTAC--------CCC-------GGAGATCCCCAAA-T-T------T--A--CAA--TT--TTG--GTA-G-AGG--CC--T--TC-C---T-GCT---C-TA-C-A--TCA---AT--AT-GTA----TTTA-GTTTCTCTTG-----T-AC-ATG--TGC-G---GTT---G-TA------GAG--A-AT---ATTTTT---GA-AAA-TTGGTgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgagttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|10 : t--------CCCCTACCCCTAGGATTGAGAAA-T-T------T--A--CAG--TT--ATA--ATAGA-AAA--C---T--GC-C---T-GCT--------C-A--TTCCAAAT--AT-CCA---TTTAG-TTTTAATTCAATATCA-AC-A-----GC-A---T-------TAA-AA-AAAA--A-AA---GTTTTT---
gi|8 : acatttcatcaataaccattttggcccaacattaataccaaaaAAA-T-C------TCCA--CAAATTT--T-A--GTA-G-AAG--T---T--CT-CGCTT-GTT---CATG-C-AAGTCT---AT--AC-ACA---T-----GTCTGTCTC---------C-TTGTATGC-C---CCCTGAG-TA------AAG--G-AG---ATTGTT---AA-AAA-A-GATCCTTTTT-----CAG----T--T-TT-GA-CCACCATTCCCTA--AG--TTCAGAGCCGTGCAGT-GGC--CCAT--GA-AA----TTC--A-C-AATCT-TACTTTCCC-C--T-TATCCAAACAATGCCT-Tttttaaatgtgtaccatataaatgctatgtaccaagtttgattctggtgtcagaa
gi|12 : agaacctctggaccaaggccaggAG--A-AG---ATTTTT---GA-AAAATTAGTCAATTCTT-G-GCA-------------------CTG-CCCCCA--AGGCCCCAGGGG---GCAGG-AGT--CC-T--GA-AA----TTT--T-C-AATTT-AA---GCCCACC-T-TGTCCAAAAGATGgttatgaaatatgatgaaacaatgtgggttgtttttat
gi|4 : atagCAGGGGG-TGCAAG-AGAACCG-T--GA-AA----TTT--A-C-ATGTT-T-TGTGCCC-CT-T-GTCCAAAA---TG-CT-TCTATAT-CAAA-TTTTG--AAA-A----GATT-G-AAATTGAACAG-GTA-AT----------TA-TCAAGAAT----TT----AGAA---AA--GTTCAATT-GT---TTAACACCATT-----TTCAG-CA-AT------G-AACCAGATTATGGT----GG------CCCC---CCC--TAA--TA--CAAAAACCCCT--A-CAC--CTAG--AG-T-C-C-AAAA-TTT-CAA-TTAT--TAT-T---AGGGAAAACTCCC--TG--CTCAATTCC--AAACACA--TC-C-AT-TT-AGTTTTAA--TATTACAA-TATCAATCAGCATTAAA----------GCTTTTTC-AAA-T-T--TTTT-ATCAC--A-TA-AGTTACTT--ATGGCTAA--CTAAGCTAAT--TGCCGCCCCCACCCC--CC--CCCGGGGGTTCAGAA--CCT--CCT--A---C-CGCCGGGGATC-CCAAA-TAT------T--ACAATTTGT-GTGTGAGAGGC-------C-T-TCCTGCT---T--AG-C-AG-CA---CT---ATGC-TT-----TGTATT---CTC-TC--AGG--A-A---T-G-TG-AC-A---GTT-GTCTAACG-A-AG--AAG--ATTT--TT-TGAGAAAAT-TGGT---CAC-TT-TGAGCAG----TAT-T---TAG-TC-C--CC--T---------G-CCCC-AGGGG--GGG-----CAAGA-AGACC-TG-------A-CA----TTT--A---CAAATTTTA-TGTGCC--CGCTTG---T--CC---AAC-GA---TGCT-TCA-T--A-------CCA-AATG---T--GA-A-AA-------G----AAT-T--G-G---------A--C--TGGTAGAGTTAT---CA-A--GAAGA-AGTAT-AAA---A--T--GTT-CAA-T-TAGTTAAAG------CACGAACGGACG--AGC-CGCC---CG-TAGC-GAAGAC-CGATTG--CA---ATA---ttacacgc
gi|6 : TTTATATATGCCC-CT-T-GAGCTAAAGATT--CT-TC-AAAC-C--GTATTTGC-AAA-T----AATT-G-GAAT-GGT--A-GTT-AT----------TA-AGAAGA-------T----AAAAAAGAT--GTTCAATA-GT---T-AACAC-GTT-----T-CAT-CA-CT------G-A-CCA-TTT----T----TG------TCCC--ACCC--T-------------ACCCCT--A-T----------GA-T-CAT-GAAA-TTTACAAGTC-T--GAT-A---A---AAGGCTCGC--AG--TGCA--TTC--CAA-ATA--CT-T-AT-TT-ACTTTT-A--AATC--AA-TACTAAT-AGCATTAAAGATG--------TTTTTT-AAA-T-G--TTTT-AC-AT--T-TA-AA-CAC-T--ACG--TAC--C-AAGT---T--TG--------GCCAC--TC--CCTACGG--TCA-AT--ACC--CCT--A---C-C-CCGAGAATCACCAAA-T-T------T--ACTATTTTG-GT---AGAGGT-------C-T-TCCTGCT---T--CA-C-AT-CA---CT---AGATATT-----AA-GTT----TC-TCTTGGA--C-A---T-A-T--GA-G---TTT-G--TACAG-A-AG--AAG-----------------AATGTA-T---CACTTT-TTATCAGT---T-T-T---T-G-CC-CTAAA--TAT--A--AGG-CGCC-A-GGG--GTGAAATACAAGTCCGTCT-TGTAAATGTA-AA----TTT------C-AGTTTTTCTG-GCC--C-agc
gi|9 : GTGCCC-CT-T-GTCCTAAAGA-TG-CT-TT-GTAC-CAAA-TTTTG--AAAAG----CATT-G-GAAT-GGT--GTGCC-ATAACTATGGTTTA-AAATGAAGATCGTT----TAAA---AT--GTTCCATT-GT---T-CACGC-Aagtggttttttgagaagatt
gi|1 : cggttgtagagaatatttttgaaaattgT----ACAA---AT--GTTCAATT-GTATAT-AAATC-ATT-----T-CAT-CA-AT------T-A-GCA--TT----T----GG------CCCC--ACCC--AAACTTA--CTAAAACC--T--A-C-CACCTAAATGA-T-CATCGAAA-TTTACAA-TT-TTTGATCA---A---AACGCTCCC--TATGATGAG-TTC--AAC-ATA--TT-TTA--TTTAGTTTC-A--CATT--AA-TCTCAAT-ACGATT-AAAGAAGATA----TTTTTCAAAA-TGG--TTTT-AC-AT--A-TA-AA-CAC-TAAATA--TAC----AAGT---TTATG--------GCCCC--GCCTCCTGGGG-ATAAGAAC-ACC--TCC--A---C-C-G--GGGATCACCAAATT-T------T--ACAATTTTG-GT-----AAGC-------TTTATC--GCT---C--TATC-AT-CA---TT---ATGCATT-----TG-GTT---TTCTTC--AGA--C-A---TCG-T--GC-G---GTTCG--TCAAAAA-AA--CAGCCCCTC--TT-TGAAAATATATA--------TTT-T-GGCAGTTCTT-T-T---T-G--C-CCACC--CCC--AAGA-G-CCGC-A-GGG--GTG-----CAAG--AGACC-TG-------ACAA----TTT--AC--C-AAATTTA-TGTG-C--C-CTTG---ATCCCA--AA--GA---TGCTATCA-TACA-------CAA-AATA---T--G--ACAA-------A----AAATT--G-G---------A--CATTGG-----TTAT---CA-A--TAAGA-AGTTTAAAA---AATC--GAT-TCC-TAT-GTTAAC-------GATG-A-GGCCGATCGGACGCC-GACG-G--CG--AAAC-CAATTG--CA---Acgacgacggacgaagacccataacaatatgtcatagcaatatgtcacccaagtgaatcaggtgatctaaaaat
gi|7 : gttactcaggtgacc--GTTCAATT-GTG--T-AGCAC-AGTCTATAT-CATTCA-ATTTTCGAA-A-CCA-ATT----TCTTGAG------CTCCCCACCC--TAA--AAACCAAAAACTCCT--A-C-C--CTAG--GGGT-CA--GAAACTTTATAA-TTAT--AAT-C---A---GAAACTCCC--TG--CTCA--TTC--CCA------TC-C-AATTT-AGTTTT-GGTTACT--AA--ATCAAT-AGCATTAAAGG-A---ATGGATTTTTC-AAAAT-G--TTTT-AC-AC--ACTATAA-CAC-T--ATG--TACAGCAA-GT---T--AGA-------GCGCC--CG--TCTAGGGGTACAGAA---CC--TCT--C---C-C-CTGGGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--ACAATTTTG-GA---ACAGGC-------TCT-TCCTGCT---C---A-C-AT-CA---CTG--ATGCATT-----TA-GTT----TC-TC--AGG--C-AATGT-G-T--GT-G---CTT----TGAA--A-AG--AAG--ATTT--TTATGAAAA--T-T-GT---CACTTT-TAGGCAG----T-TATTTAT-G-CCACCGCatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|10 : aaaatatttgAC-ATT-----T-CAT-CA-AT------A-A-CCA-TTT----T----GG------CCCA--ACAT--TAA--TA--CCAAAACCCCT--ACC-C--CTAG--GA-T-TGA-GAAA-TTTACAG-TTAT--AAT-A---G---AAAACTGCC--TG--CTCA--TTC--CAA-ATA--TC-C-AT-TT-AGTTTT-A---ATTC-AA-TATCAAC-AGCATTAAAAAAAAAAAGTTTTTTTTT-AAA-T-G--TGTA-CC-AT--A-TA-AA-TGC-T--ATG--TAC--C-AAGT---T--TG---------------AT--TCTGGTG--TCAGAA--
gi|17 : TT-----T-CAT-TGCAT------T-A-C---ATG----T----GG------CCCC--ACCC--TGA--AA--CTAAAACCCTTACA-C-C--CTGG--GG-T-CAT-G
gi|5 : A--TTT--AAA-ATAGGTTAC-A--TTTAGTTGT-A--CATT--AAATAT--AT-AGCATTAAACCGAG--AT-GTTTTATC-AAAAT-G--TTTTTAC-ATTAA-TA-AA-CTA-T--AAG--TGC-----AGT---G--TG--------GCCC---GC--CCTGGGGT--CAGAATTACC--C-T--C---C-C-C--GGGGTCAACTAA-T-T---------ACA--TTTA-AT---AGAAGTAAAGGGGCTT-CTCTGCTTATC--TA-CCAT-CA---CT---TAGCATT-----TG-GTTT--CTC-TC--AGGA-T-A---T-GGT--GC-GGTATTT-G--TCAAAGA-AGTTAAG--ATTT--TG-C----AAAT-TGGT---CACTTT--GGGCAG----T-T-T---TTGTCC-CCACC--CCC--A--G-G-CCGC-A-GGG--GTG-----CAAG--TGGAC-TG-------A-AACTCCTTTCAG---C-AATTTCA-TGTG-C--C-CTTG---GTCCCTTAAA--GA---TGCT-TCA-TA-A-------CAA-ATT----T--GCAA-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------A--C--TGGT-GGTTT-----CATA--GAAGA-AGTGTCCAA---A--TTAATTACAA-T-TCGTGAATAGGAATCGACGAA-CGACA--CGCACGACAGACA-GGACGAAGAAC-AAATTG--CA---ATAAGCGATCAA-CC-TGA-GT---TACTCAGG---------TGA-CCTACAA
gi|10 : cT---T--TG--------GCCCA--AC--ATTAA--TACCA-AA--ACC--CCT--A---C-C-CCTAGGATTGAGAAA-T-T------T--ACAGTTATA-AT---AGAAAA-------C-T-GCCTGCT---CATTC-C-A---A---AT---ATCCATT-----TA-GTTTTAAT--TC--A------A---T-A-TCAACAG---CAT----TAAAAAA-AA--AAA--GTTT--TT-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|11 : acatttcatcaataaccatTCAGAA---CCGGCCT--A---C-C-CCGGAGATCCCCAAA-T-T------T--ACAATTTTG-GT---AGAGGC-------C-T-TCCTGCT---C--TA-C-AT-CA---AT---ATGTATT-----TA-GTT----TC-TC--TTGTAC-A---T-G-T--GC-G---GTT-G--TAGAGAATA----------TT--TT-TG--AAAAT-TGGT---tttaaatgtgtaccatataaatgctatgtaccaagtttgattctggtgtcagaa
gi|8 : tgA--ACC--TCTGGA---C-C-A--AGG-CCAGGAAA-T-C------TCCACAAATTTTAGT---AGAAG----------T-TCTCGCT---TG-TT-C-ATGCAAGTCT---ATACACA-----TG-TCT---GTC-TC-------C-T---T-G-T--AT-G---CCC-CC-TGAGTAA-AG--GAG--ATTG--TT---AAAAAA---GAT---CCTTTT-T---CAG----T-T-T---T-G-AC-C-ACCATTCCCTA--A-G-TTCAGA-GCC--GTG-----CAGT--GGCCCATG-------A-AA----TTC--A---C-AATCTTA-CTTTCC--C-CTTA---T--CC---AAACAA---TGCC-TTGTT--A-------TGA-AATATGAT--G--A-AA-------C----AA--T--GTG----------------GGT-TGTTT
gi|12 : agAG-AG--AAG--ATTT--TT---GAAAAAT-TAGT---CAATTC-TTGGCA--------------------CTGCC--CCC--A--A-GGCCCC-A-GGG--G-G-----CAGG--AGTCC-TG-------A-AA----TTT--T---C-AA---TT-TAAGCCCAC-CTTG---TCCAA---AA--GA---TGTT-ACA-ttat
gi|9 : atTT-GGTGCC--C-CTTG---TCCTA---AA--GA---TGCT-TTG-T--A-------CCA-AAT----TTTG--A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAA--C--TA-T-GGTTTA-----A-AATGAAGATCGTTTAAAA------T--GTT-CCA-T-T-GTTCAC----------------------GCACGAC-GACG-G-AC-GAAGAC-CCATAA--CA---ATA---TGTC-A-TAGCAA-TATGTCACCCAAGTGAATCAGGTGA-TCTAAAAcgc
gi|6 : cggttgtagagaatatttttgaaaa-TATGCC--C-CTTG---AGCTA---AA--GA---TTCT-TCA-A--A-------CCGTATT----T--GC-A-AA-------T----AAT-T--G-G---------A--A--TGGT-AG-TTATT---A-A--GAAGA-----TAAAAAAGA--T--GTT-CAA-T-A-GTTAACat
gi|15 : tttataGCT-TCA-C--A-------AAA-AAT----G--G--T-AG-------C----AA--T--------------------TGGC-CATATTTTT-CA-A--GAAG-----TTGAAA---A--T--GTA-AGA-T-T-GTTAACG------GACGAA-GCACG-acgtttcatcactgaccatttttgtcccaccctacccctatgatcatgaaatttacaagtctgataaaaggctcgcagtgcattccaaatacttatttacttttaaatcaatactaatagcattaaagatgttttttaaatgttttacatttaaacactacgtaccaagtttggccactccctacggtcaatacccctaccccgagaatcaccaaatttactattttggtagaggtcttcctgcttcacatcactagatattaagtttctcttggacatatgagtttgtacagaagaagaatgtatcactttttatcagtttttgccctaaatataaggcgccaggggtgaaatacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|14 : cA-AAT----T--G--A-AA-------G----AA--TT-G-G---------A--G--TAGG-AGTT-ATC---------AAAA-AATT--AAA---A--T--GTT-TAT-T-T-CTTATCG------CACGGT-GGACG-ACGCAC--------------GAAGAC-CAATTG--CA---ACA---
gi|16 : CGCACGAC-GATG-GA-CG-AACAC-CTATTG--CA---ATA---GGTC-A-TC-TGAGTT---TACTCAGG---------TGA-CCTAAagt
gi|13 : ttaaCACACGAC-G-CGCGGACGAAAGACACAGTTG--CA---ATA---GGT--A-CC-TGA-GT---GACTCAGG---------TGA--CTAAAtaat
gi|5 : acgacacgacaag-CAATTGAACATTTGTA---GGTC-A-CC-TGA-GT---AACTCAGGT--------TGA-Ttaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|16 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcTA---GGTC-A-CC-TGAGTA---AACTCAGA---------TGA-CCTAtatataaatcatttcatcaat
gi|2 : ttaacgcacgacgatggacgaacacctattgcaa---GATC-ATCC-TGAGTA---AACTCAGGT--------TGA-CATAataat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 22 1 3333 222 22 555555 33 222 2 2 2 1 22 333 22 3333333 2222 22 22 1 333 2222 333 2 2 1 1 1 1 111111 22222 1 1 11 1111 11 222222 1 1 1 44444444 1 111 111111 111 222 11111 11111111 22222222222 111111111 1111 11 1111 111111111111 11 2 111 111111111 5555555555555555555555 111111 2222222222 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 2222222 1111111111111 11111 11 11111 1111 2222222 33333333333 11111 11 11 1111 11111 11111 111 11 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11 11111 1111111111 11111 11 111 22222 111111 111111 1 11 1
lowQualScore : 1 88 5 2222 666 22 1 777777 11 111 4 0 0 3 0 1 4 1 5 77 555 77 2 8888888 3333 77 44 4 0 2 555 1111 555 2 4 0 3 3 0 3 3 3 3 3 666666 33333 3 0 0 33 22 0000 11 66 3 999999 0 1 0 0 0 00000000 2 0 555 888888 1 777 5 222 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 222222222 4 1 66 4 0000 66 666 4 00 5 66 5 5 1111 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 0 777 3 4 4 4 666 888888888 4 4 4444444444444444444444 4 4 8 4 6666 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 777777 777 66 6666666666 4 1 66 777 444 55 0 88 55 4 55 0 4 4 222222222 55 8 111 4 4 4 3333333 666 55 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 2222222 4 3333333333333 4 8 555 1 777 88888 0 11 55 55 4 55 88888 0 666 777 0000 9999 8 4 777 7777777 00000000000 5 888 66 22222 11 1 5 5 11 0000 66 55555 5 5 33333 333 11 888 8 777777777 11 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 22222 66 77 000 22222 4 111111 111111 4 55 777 777 1 11 1 77
lowQualScore : . .. . .... ... .. . ...... .. ... . . . . . . . . . .. ... .. . ....... .... .. .. . . . ... .... ... . . . . . . . . . . . ...... ..... . . . .. .. .... .. .. . ...... . . . . . ........ . . ... ...... . ... . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ......... . . .. . .... .. ... . .. . .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. . ... . . . . ... ......... . . ...................... . . . . .... . . . .. . . . . . .. .. . ...... ... .. .......... . . .. ... ... .. . .. .. . .. . . . ......... .. . ... . . . ....... ... .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ....... . ............. . . ... . ... ..... . .. .. .. . .. ..... . ... ... .... .... . . ... ....... ........... . ... .. ..... .. . . . .. .... .. ..... . . ..... ... .. ... . ......... .. . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ..... .. .. ... ..... . ...... ...... . .. ... ... . .. . ..
lowQualScore : 0 55 0 5555 555 55 0 555555 00 555 0 0 0 0 0 0 0 0 5 55 000 55 5 0000000 5555 55 00 0 5 5 000 0000 000 5 0 0 0 0 0 3 3 3 7 3 000000 00000 2 0 0 88 22 6666 00 00 2 999999 0 0 0 2 0 55555555 0 0 000 444444 5 999 0 555 4 0 00000 0 0 11111111 66 11111111111 11 11 11 666666666 4 1 11 4 6666 11 000 4 99 0 99 2 0 6666 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 6 888 7 0 4 4 333 999999999 4 4 8888888888888888888888 4 4 9 4 9999 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 444444 888 11 1111111111 4 0 11 888 111 55 8 66 55 0 55 8 0 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 222 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 5555555 0 9999999999999 0 0 333 0 000 00000 3 99 55 55 0 55 11111 8 333 000 0000 4444 9 4 888 1111111 55555555555 0 888 99 55555 99 0 0 0 99 6666 99 00000 6 0 00000 888 99 888 9 777777777 99 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 2222 66 4 4 11111 9 6666666666 77777 11 55 000 00000 0 555555 555555 0 55 000 888 4 77 4 77
consensus : NNTATGATGAAAAGGCCCCTGCTCATTCCAAACATCCATGTTANGTTCCGNATTGTTTACTATATCAATAGCATTGAAAAAGANTGCTTTTTCAAATGTGTTNACACNTNACAACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAANCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCGAATTTAAACAAANTTTTGGNANAGNCATTTCCCTGCTCTACATCCACTATGCAACTTTTCGNTTTCNCTCAGGCCATGATGCGNTTGNACTGAGAAGAAGATTTTT-GA-AAA-TTGGTCANTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCGCCCCCAAG--CCCAGGGGGTGCAAGAGA-CC-TGA--AATTTACAATTT-TATGTGCC--CCTTGTCCNAAAAGATGGCTTC-ATACCAAATTTTG-AAAGAATTG-GANTT-----GGTAG-TTATCAAGAAGAANT---TAAAAA---TGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCCA-TTTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-----AA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGG-TTCA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-A---T-G-TG-C-GGT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------GCCCCA-G---GG--GTG-----CAAG--AGACC-TG-A--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCCC-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA------T--ACCAAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-ACGGA-CGGAAGAC-C------AAT------T-G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATNAAAANNCCCCTGCTCATTCCAAATATCCAT-TTAG-TTTTANATTA------ATATCAATAGCATTAAAAAAGAATGTTTTT-CAAATGT-TTTAC-CNTAANAACACTATGTACC--AAG---TGTCC--CCTGGGGTCAGAACCTCCTACCCCCTCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAA-TTTTTGGTAGAGGC---TTCCTGCTCTACATC-AC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAGAC-ATGATGCGTTTGTAC-GAGAAGAAGATTTTT-GA-AAA-TTGGTCACTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCGCCCCCAAG--CCCAGGGGGTGCAAGAGA-CC-TGA--AATTTACAATTT-TATGTGCC--CCTTGNCCCAAANGATGGCTTC-ATACCAAANTTTG-AAAGAATTG-GACTT-----GGTGG-TTATCAAGAAGAAGT---TAAAAA---TGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-AATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ATA---TCCATTTTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-----AA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CCCNC--C---CTGGGG-TTCA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-A---T-G-TG-C-GNT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------GCCCCA-G---GG--GTG-----CAAG--AGNCC-TG-A--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCCC-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA------T--ACNAAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGNACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-ACGGAACGGAAGAC-C------AAT------T-G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ---TACAAA---TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA--CT-AAAAC-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAA-T--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTATTTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAAG--AA-----GA------TA--TTTT-T-CAAAA-TGG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-A---C---AAGT---TTATG--G-------C-CCCGCCTC---CTGGGG-ATAA--GAAC-ACC--TCCA---CCG--GGGATCACCAAATT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT----A-------AGC-T-TT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---TTC-T-TC--AGA--C-A---TCG-TG-C-GGT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCC-TC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGTTCTT-T-T---T-G--C-CCACCCCC-AAGA------GCCGCA-G---GG--GTG-----CAAG--AGACC-TG-AC-AA----TTT--AC--C-AAATTTATGTG-CC-CTTG---ATCCCA--AA--GA---TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-ACGG--CG--AAAC-C------AAT------T-G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgaccAAA---TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A--CACAAAACTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CA-AGAAA-TCTTTTCATATTTT-CATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCCATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA----G-----AT------TG--TTTT-TTC-AAA-T-A--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-T--ATG--T-AC--CCGAAGGG---T--TG------------TCCGC--C---CTGGGG-T-CA--GAA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAA-T-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-A-TTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC-TC--AGG--CCA---T-GATG-T-AGT---T-GGATTGAA--AAG--AAG--AT-TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAG----T-T-T---TTG-CC-ACGCTCCC--------------CAA-G---GG--GTG-----CAAG--AGACC-TG-ATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCCC-CTTG---TCCCA---AA--GC---TGCT-TCA------T--ATCAAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A--CC-AAAAC-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TG-AGAAA-T--TTACA-GTTAT-AATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCCA-TTTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---AA-----AAAAAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG---------------AT--T---CTGGTG--TCA--GAA--
gi|11 : TCA--GAA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--TTGTAC-A---T-G-TG-C-GGT---T-G---TAGAGA----------ATATT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tgAGAAGATTTTT-GA-AAAATTAGTCAATTCTT-GGCA---------CTGCCCCCAAGGCCCCAGGGGG--CAGGAGT-CC-TGA--AATTTTCAATTT-AA---GCCCACCTTGT-CCAAAAGATG
gi|13 : atagACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGCGGA-CGAAAGACAC------AGT------T-G--CA---ATA---GGT--ACCTGAGT-GACTCAGG-TGA--CTAAAttacacgc
gi|14 : AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACGG-T-GGAC--GA-CGCAC--------------GAAGAC-C------AAT------T-G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : GCT-TCA------C--AAAAAA-T----G---G-T-AG-------C----AA--T------------------TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : c--CGCACGAC-G-ATGGA-CG-AACAC-C------TAT------T-G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A--CT-AAAAC-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CA-TGtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCA--CATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCA-TAGCATTAAA---GATTGTTTTTTCAAATATGTTTACACATTATA-CACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAA-ATTTTGGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAA-TTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-------CAAGGGGTGCAAGAGA-CC-TGATAAATTTACAGATT-TCTGTGCC--CCTTGTCCCAAA-GCT-GCTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTGAGAC-A-----GGTAGTTTATCA--AAGAAATCTATAAAAAAT-CGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A--C--AAAAC-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACA-C-AAA-T--T--CC-ATTA--AATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-CA-TTTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---AG------A------TG--TTTT-T-C-AAA-T-AGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-T--ATG--T--C--T---AAGT---T--T---G-------C-CCCCC--CACGCTGGGG-TCTATTG-A--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACA-T-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-T-TT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CGTT--AGG--CAA---T-G-TG-CAGGT---T-G---TAAACGAAG--AAG--AT-TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAG----TGG-G---T-A-TC-TTGTCCCC-A--G--------CCCA-GAGCGG--GTG-----CAAG--AGA-C-TG-A--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--CC-CTTGGTATTCCC---AA--AAGACTGCTATCAAATCACC--ATCAAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCAC------GAC--GA-TGAACGA----ACGGAACG--AAAC-C-------AT------T-G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAAT-TCC-T-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAA-AACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAATGT-TTGAC-CCTAACAACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAGAAGAAGATTTTT-GA-ACA-TTGGTCATTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCACCCCCAAG--CCCAAGGATTGCAAGAGA-CT-TCA--AATTTACAATTT-TATGTGCC--CCTTTACCAAAAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATTTG-AAAGAATTG-GACTT-----GGTGG-TTATTAAGAAGAAGT---TAAAAA---TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A--CT-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CA-TGAAA-T--TTGCA-ATT-T-GATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTCA--TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGTAGTTAT------TGC-TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--CA--AAGT---T--TG--G-------C-CCCAC--C---CTGGGGTTTCA--GAA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C-TC--AGG--C-A---T-G-TA-C-GCT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCTCC-A--A------GCCCCA-G---GC--GTG-----CAAG--AGACC-TG-A--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCCC-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA------T--ACAAAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-ACGGAACGGAAGAC-C------AAT------T-G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aaCAGGGGGTGCAAGAGAACCGTGA--AATTTACATGTT-T-TGTGCC--CCTTGTCCAAAATG----CTTCTATATCAAATTTTG-AAAAGATTG-AAATTGAACAGGTAA-TTATC---AAGAATT---TAGAAA---AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A--CA-AAAAC-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C--CAAAA-T--TT-CA-ATTAT-TATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCCA-TTTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA-------------------GC-TTTT-T-C-AAA-T-T--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTT--ATGGCTAAC--T---AAGCTAAT--TGCCGCCCCCACC-CCCCC--C---CGGGGG-TTCA--GAA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAA-TAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C-TC--AGG--A-A---T-G-TGAC-AGT---T-GTC-TAACG-AAG--AAG--AT-TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAG----TAT-T---T-A------GTCCCC----T------GCCCCAGG---GG--GGG-----CAAGA-AGACC-TG-A--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCCCGCTTG---T--CC---AAC-GA---TGCT-TCA------T--ACCAAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----CGTAGC-GAAGAC-C------GAT------T-G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTACATTT-AG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGAG-----A-------TG--TTTTAT-C-AAAAT-G--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-T--AAG--T-GC-------AGT---G--TG--G-------C-CC-GC--C---CTGGGG-T-CA--GAATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAA-T-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-C-TT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TCTCAGGA-T-A---T-GGTG-C-GGTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAG--AT-TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAG----T-T-T---TTGTCC-CCACCCCC-A--G------GCCGCA-G---GG--GTG-----CAAG--TGGAC-TG-A--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTG-CC-CTTG---GTCCCTTAAA--GA---TGCT-TCA------T--AACAAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGGACGAAGAAC-A------AAT------T-G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : -C------AAT------T-GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatca---TACAAA---TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgagttactcaggtgaccTTTATATATGCC--CCTTGAGCTAAA-GATT-CTTC-AAACCGTATTTGC-AAATAATTG-GAAT------GGTAG-TTATTAAGAAGA------TAAAAAAGATGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T--------------AC-CCCT--AT-----------G-A-T-CA-TGAAA-T--TTACA-AGTCT-GATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTTA-TTTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA----------GA------TG--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-T--ACG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CACTC--C---CTACGG--TCA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAA-T-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-C-TT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C-TCTTGGA--C-A---T-A-TG-A-GTT---T-G---TACAG-AAG--AAG------------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAG----T-T-T---T-------TGCCCTA-A--ATATAAGGCGCCA-G---GG--GTGAAATACAAGTCCGTCT-TGTA--AA----TGT--A-----AATTTCA
gi|7 : GTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AACCA-AAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CA--GAAACT--TTATA-ATTAT-AATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAATTTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---GG-----AA------TGGATTTT-T-CAAAA-T-G--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-T--ATG--T-ACAGC---AAGT---T--AGA-G-------CGCCCGT--C---TAGGGG-TACA--G-A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTC-TT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--AGG--C-AATGT-G-TG-T-GCT---T-----TGA--AAAG--AAG--AT-TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAG----T-TATTTAT-G-CCACCGCgtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAA-T-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG----TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C-TC-------C-T---T-G-TA-T-GCC---C-CC--TGAGTAAAG--GAG--AT-TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAG----T-T-T---T-GACCACCATTCCCTA--A------GTTC-A-G---AGCCGTG-----CAGT--GGCCCATG-A--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCCC-CTTA---T--CC---AAACAA---TGCC-TTGT-----T--ATGAAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TT
gi|9 : agGTGCCC-CTTG---TCCTA---AA--GA---TGCT-TTG------T--ACCAAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-ACGGA-CG-AAGAC-CCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAGTGAA-TCAGG-TGA-TCTAAAAttat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 33 3333 33 333 2 66666666 4444 2 2 11 1 1 11 1 33333333 1 11 11 111111 1 333333 1 11 11111 11 222 11111 11111111 22222222222 111111111 1111 11 1111 111111111111 11 111 111111111 5555555555555555555555 111111 2222222222 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 2222222 111111111 111 11 11111 1111 2222222 33333333333 11111111 111111 11111 111 11 1 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 1111111111 3333333333333 111111 111111 111111 1 111 1
lowQualScore : 00 0 6 3333 7 6 77 11 1 7 11 777 1 0 7 0 6 1 7 1 1 0 3 6 6 6 1 11 44444444 4444 7 7 1 1 1 7 3 7 7 1 1 6 222 1 3 33 6 6 8 0 11 77 6 8 8 00000000 6 6 3 88 22 5 55 77 11 999999 6 0 99 3 1 6 1 111111 3 6 66 88888 1 888 33 4 000 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 222222222 4 1 66 4 0000 66 666 4 00 5 66 5 5 1111 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 777 3 8 4 4 4 666 888888888 4 4 4444444444444444444444 4 4 8 4 6666 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 777777 777 66 6666666666 4 1 66 777 444 55 0 88 55 4 55 0 4 4 222222222 55 8 111 4 4 4 3333333 666 55 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 2222222 4 777777777 4 8 555 4 777 4 666 0 11 55 55 4 55 88888 0 666 777 0000 9999 8 4 777 7777777 00000000000 5 888 66 5 0 5 44444444 666666 5 5 5 33333 333 11 888 0 999999 555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 2222222222222 1 4 8 4 4 000000 555555 4 111111 55 777 777 1 333 1 77
lowQualScore : .. . . .... . . .. .. . . .. ... . . . . . . . . . . . . . . . .. ........ .... . . . . . . . . . . . . ... . . .. . . . . .. .. . . . ........ . . . .. .. . .. .. .. ...... . . .. . . . . ...... . . .. ..... . ... .. . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ......... . . .. . .... .. ... . .. . .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. ... . . . . . ... ......... . . ...................... . . . . .... . . . .. . . . . . .. .. . ...... ... .. .......... . . .. ... ... .. . .. .. . .. . . . ......... .. . ... . . . ....... ... .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ....... . ......... . . ... . ... . ... . .. .. .. . .. ..... . ... ... .... .... . . ... ....... ........... . ... .. . . . ........ ...... . . . ..... ... .. ... . ...... ... . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ............. . . . . . ...... ...... . ...... .. ... ... . ... . ..
lowQualScore : 00 7 7 3333 3 7 77 33 0 3 00 333 0 7 3 7 7 0 3 0 0 7 7 7 7 7 0 33 00000000 3333 3 0 0 0 0 3 3 3 3 0 0 7 333 0 2 88 0 0 0 8 88 44 0 0 0 22222222 7 7 3 33 22 7 00 99 66 000000 7 7 22 3 0 7 0 222222 3 7 33 00000 9 888 88 4 000 4 0 00000 0 0 11111111 66 11111111111 11 11 11 666666666 4 1 11 4 6666 11 000 4 99 0 99 2 0 0000 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 888 7 9 4 4 4 333 999999999 4 4 8888888888888888888888 4 4 9 4 9999 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 444444 888 11 1111111111 4 9 11 888 111 55 8 66 55 0 55 8 0 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 222 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 5555555 0 333333333 0 0 333 0 000 0 555 3 99 55 55 0 55 11111 8 333 000 0000 4444 9 4 888 1111111 55555555555 0 888 99 7 7 7 99999999 777777 7 6 0 00000 888 99 888 0 444444 777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 66 4 4 11111 9 0000000000 1111111111111 1 4 9 4 4 000000 555555 0 555555 55 000 888 4 333 4 77
consensus : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCA--CATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCA-TAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTTACACATTATA-CACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAA-TTTTGGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACAT-CACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGACTGAG--AAGAAGATTTTTTGATAAA-TTGGTCACTTTTATGGCAGTTTTTG-CC-CCGCTCCC-AAG--CCCAGGGG-GTGCAAGAGA-CC-TG--AAATTTACAATTT-TATGTGCC--CCTTGTCCNAAAAGATGGCTTC-ATATCAAATTT--TG-AAAGAAT-TGGGATN-----GGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT---TANAA---A--CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-----AA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGG-TTCA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------GCCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCCC-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATGAAAAGGCCCCTGCTCATTCCAAACATCCATGTTANGTTCCGNATTGTTTACTATATCAATAGCATTGAAAAAGANTGCTTTTTCAAATGTGTTNACACNTNACAACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAANCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCGAATTTAAACAAANTTTTGGNANAGNCATTTCCCTGCTCTACATCCACTATGCAACTTTTCGNTTTCNCTCAGGCCATGATGCGNTTGNACTGAG--AAGAAGA-TTTTTGA-AAA-TTGGTCANTTTT-TGGCAG-TTTTG-CC-CCGCCCCC-AAG--CCCAGGGG-GTGCAAGAGA-CC-TG--AAATTTACAATTT-TATGTGCC--CCTTGTCCNAAAAGATGGCTTC-ATACCAAATTT--TG-AAAGAAT-TGGANTT-----GGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT---TAAAA---A--TGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-----AA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGG-TTCA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------GCCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCCC-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ACC---TACAA---A--TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA--CT-AAAAC-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAA-T--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTAT-TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAAG--AA-----GA------TA--TTTT-T-CAAAA-TGG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-A---C---AAGT---TTATG--G-------C-CCCGCCTC---CTGGGG-ATAA--GAAC-ACC--TCCA---CCG--GGGATCACCAAATT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT----A-------AGC-T-TT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---TTC-T-TC--AGA--C-ATCG-TG-C-G-GT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCC-TC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGTTCTT-T-T---T-G--C-CCACCCCC-AAGA------GCCGCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGAC-AA----TTT--AC--C-AAATTTATGTG-CC-CTTG---ATCCCA--AA--GA---TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-AC-GG--CG-----AAAC------CAAT-T------G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgAAT---TGCAA---A--TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A--CACAAAACTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CA-AGAAA-TCTTTTCATATTTT-CATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCC-ATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA----G-----AT------TG--TTTT-TTC-AAA-T-A--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-T--ATG--T-AC--CCGAAGGG---T--TG------------TCCGC--C---CTGGGG-T-CA--GAA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAA-T-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-A-TTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC-TC--AGG--CCAT-GATG-T-A-GT---T-GGATTGAA--AAG--AAG--AT-TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAG----T-T-T---TTG-CC-ACGCTCCC--------------CAA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCCC-CTTG---TCCCA---AA--GC---TGCT-TCA------TAT-C-AAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|1 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCA--CATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCA-TAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTTACACATTATA-CACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAA-TTTTGGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACAT-CACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAA--AAGAAGATTTTTTGATAAA-TTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTG-CC-ACGCTC--------CCCAAGGG-GTGCAAGAGA-CC-TGATAAATTTACAGATT-TCTGTGCC--CCTTGTCCC-AAAGCT-GCTTC-ATATCAAATTT--TGAAAAGAAT-TGAGACA-----GGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAAAA---AATCGTTCAATTG-T---TAAC
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcataA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A--CC-AAAAC-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TG-AGAAA-T--TTACA-GTTAT-AATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---AA-----AAAAAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG---------------AT--T---CTGGTG--TCA--GAA--
gi|11 : TCA--GAA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--TTGTAC-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAGAGA----------ATATT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tgAGAAGA-TTTTTGA-AAAATTAGTCAATTCT-TGGCA-----------CTGCCCCC-AAGGCCCCAGGGG-G--CAGGAGT-CC-TG--AAATTTTCAATTT-AA---GCCCACCTTGTCC-AAAAGATG
gi|13 : atagACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGC-GG-ACGAA---AGACA-----CAGT-T------G--CA---ATA---GGT--ACCTGAG-TGACTCAGG-TGA--CTAAAttacacgc
gi|14 : -AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACG----------G--TG---GAC-G-AC-GC-AC-GA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : -A-AA-------A----AA--T--G-GTAGCA----AT--TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : cgcttcac--CGCACGAC-G-AT-GG-ACG-A---ACAC------CTAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A--CT-AAAAC-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CA-TGtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCA--CATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCA-TAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTTACACATTATA-CACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAA-TTTTGGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACAT-CACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAA--AAGAAGATTTTTTGATAAA-TTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTG-CC-ACGCTC--------CCCAAGGG-GTGCAAGAGA-CC-TGATAAATTTACAGATT-TCTGTGCC--CCTTGTCCC-AAAGCT-GCTTC-ATATCAAATTT--TGAAAAGAAT-TGAGACA-----GGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAAAA---AATCGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A--C--AAAAC-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACA-C-AAA-T--T--CC-ATTA--AATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-C-AT-TTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---AG------A------TG--TTTT-T-C-AAA-T-AGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-T--ATG--T--C--T---AAGT---T--T---G-------C-CCCCC--CACGCTGGGG-TCTATTG-A--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACA-T-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-T-TT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CGTT--AGG--CAAT-G-TG-CAG-GT---T-G---TAAACGAAG--AAG--AT-TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAG----TGG-G---T-A-TC-TTGTCCCC-A--G--------CCCA-GAGCGG--GTGCAAG-AGA-C-TGA--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--CC-CTTGGTATTCCC---AA--AAGACTGCTATCAAATCACCAT-C-AAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCACG----------------ACGAT-GAAC-GA-ACGGAACGAAAC------C-AT-T------G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAAT-TCC-T-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAA-AACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAATGT-TTGAC-CCTAACAACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAG--AAGAAGA-TTTTTGA-ACA-TTGGTCATTTTT-TGGCAG-TTTTG-CC-CCACCCCC-AAG--CCCAAGGA-TTGCAAGAGA-CT-TC--AAATTTACAATTT-TATGTGCC--CCTTTACCAAAAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATT--TG-AAAGAAT-TGGACTT-----GGTGG-TTA-TTAAGAAGAAGT---TAAAA---A--TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A--CT-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CA-TGAAA-T--TTGCA-ATT-T-GATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTC-A--TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGTAGTTAT------TGC-TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--CA--AAGT---T--TG--G-------C-CCCAC--C---CTGGGGTTTCA--GAA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C-TC--AGG--C-AT-G-TA-C-G-CT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCTCC-A--A------GCCCCA-G---GC--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCCC-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA------TAC-A-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-AC-GGAACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aaCAGGGG-GTGCAAGAGAACCGTG--AAATTTACATGTT-T-TGTGCC--CCTTGTCCAAAA---TG-CTTCTATATCAAATTT--TG-AAAAGAT-TGAAATTGAACAGGTAA-TTA-TC---AAGAATT---TAGAA---A--AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A--CA-AAAAC-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C--CAAAA-T--TT-CA-ATTAT-TATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCC-AT-TTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA-------------------GC-TTTT-T-C-AAA-T-T--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTT--ATGGCTAAC--T---AAGCTAAT--TGCCGCCCCCACC-CCCCC--C---CGGGGG-TTCA--GAA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAA-TAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C-TC--AGG--A-AT-G-TGAC-A-GT---T-GTC-TAACG-AAG--AAG--AT-TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAG----TAT-T---T-A------GTCCCC----T------GCCCCAGG---GG--GGGCAAGAAGACC-TGA--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCCCGCTTG---T--CC---AAC-GA---TGCT-TCA------TAC-C-AAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----C-GT-AGCGA---AGAC------CGAT-T------G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTAC-AT-TTAG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGAG-----A-------TG--TTTTAT-C-AAAAT-G--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-T--AAG--T-GC-------AGT---G--TG--G-------C-CC-GC--C---CTGGGG-T-CA--GAATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAA-T-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-C-TT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TCTCAGGA-T-AT-GGTG-C-G-GTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAG--AT-TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAG----T-T-T---TTGTCC-CCACCCCC-A--G------GCCGCA-G---GG--GTGCAAG-TGGAC-TGA--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTG-CC-CTTG---GTCCCTTAAA--GA---TGCT-TCA------TAA-C-AAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGG-ACGAA---GAAC------AAAT-T------G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : ------CAAT-T------GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaAG-TTACTCAGG--TGACC---TACAA---A--TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgTTTATATATGCC--CCTTGAGCTAAA-GATT-CTTC-AAACCGTATTT--GC-AAATAAT-TGGAAT------GGTAG-TTA-TTAAGAAGA------TAAAAAAGA--TGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T--------------AC-CCCT--AT-----------G-A-T-CA-TGAAA-T--TTACA-AGTCT-GATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTT-AT-TTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA----------GA------TG--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-T--ACG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CACTC--C---CTACGG--TCA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAA-T-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-C-TT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C-TCTTGGA--C-AT-A-TG-A-G-TT---T-G---TACAG-AAG--AAG------------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAG----T-T-T---T-------TGCCCTA-A--ATATAAGGCGCCA-G---GG--GTGAAA
gi|7 : GTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AACCA-AAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CA--GAAACT--TTATA-ATTAT-AATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAAT-TTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---GG-----AA------TGGATTTT-T-CAAAA-T-G--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-T--ATG--T-ACAGC---AAGT---T--AGA-G-------CGCCCGT--C---TAGGGG-TACA--G-A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTC-TT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--AGG--CAAT-G-TG-T-GTGC---T-T---TGA--AAAG--AAG--AT-TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAG----T-TATTTAT-G-CCACCGCtacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAA-T-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG----TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C-TC-------C-TT-G-TA-T-G-CC---C-CC--TGAGTAAAG--GAG--AT-TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAG----T-T-T---T-GACCACCATTCCCTA--A------GTTC-A-G---AGCCGTGCAGT-GGCCCATGA--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCCC-CTTA---T--CC---AAACAA---TGCC-TTGT-----TAT-G-AAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TT
gi|8 : agCTGAGTAAAGGAGA-TTGTTAA-AAA-A-GATC-CTTTT-T--CAG-TTTTGACCACCATTCCCTAAG--TTCAGAGCCGTGCAGTGGC-CCATG--AAATTCACAATCT-TACTTTCC--CCTTATCCAAACA-ATGCCTTG-TTATGAAATATGATG-AAACAATGTGGGTTttat
gi|9 : agaacctctggaccaaggccaggaaatctccacaaattttagtagaagttctcgcttgttcatgcaagtctatacacatgtctgtctccttgtatgccccGTGCCC-CTTG---TCCTA---AA--GA---TGCT-TTG------TAC-C-AAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-AC-GG-AC-GA---AGACCCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAG-TGAATCAGG-TGA-TCTAAAAgtttttat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11 222 1 2222 44444444 2222 1 1 11 1 22 11 333333 22222 222222 1 11111 1 11 111 22222 222 11111 11111111 22222222222 111111111 1111 11 1111 111111111111 11 111 111111111 5555555555555555555555 111111 2222222222 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 2222222 111111111 111 11 22222 3333333333333333333 2222222222222 11 1111 111111 11111 111 11 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 1111111111 3333333333333 111111 111111 111111 1 111 1
lowQualScore : 88 6 6 6 0 7 333 7 7 3 8888 7 6 6 6 44444444 2222 7 3 7 3 7 7 6 3 33 9 5 3 55 9 22 666666 8 8 44444 55 6 7 88 888888 6 99 3 1 6 66666 8 3 6 66 000 1 888 44444 4 000 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 222222222 4 1 66 4 0000 66 666 4 00 5 66 5 5 1111 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 777 3 8 4 4 4 666 888888888 4 4 4444444444444444444444 4 4 8 4 6666 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 777777 777 66 6666666666 4 1 66 777 444 55 0 88 55 4 55 0 4 4 222222222 55 8 111 4 4 4 3333333 666 55 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 2222222 4 777777777 4 8 555 4 777 4 666 0 00 55 55 3 55 11111 55 666 4 99 4444444444444444444 7777777777777 4 777 66 5 5 11 0000 666666 5 3 66 4 11111 222 00 777 8 1111111 555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 2222222222222 1 4 8 4 4 000000 555555 4 111111 55 777 777 1 333 1 77
lowQualScore : .. . . . . . ... . . . .... . . . . ........ .... . . . . . . . . .. . . . .. . .. ...... . . ..... .. . . .. ...... . .. . . . ..... . . . .. ... . ... ..... . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ......... . . .. . .... .. ... . .. . .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. ... . . . . . ... ......... . . ...................... . . . . .... . . . .. . . . . . .. .. . ...... ... .. .......... . . .. ... ... .. . .. .. . .. . . . ......... .. . ... . . . ....... ... .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ....... . ......... . . ... . ... . ... . .. .. .. . .. ..... .. ... . .. ................... ............. . ... .. . . .. .... ...... . . .. . ..... ... .. ... . ....... ... . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ............. . . . . . ...... ...... . ...... .. ... ... . ... . ..
lowQualScore : 33 7 7 7 7 3 333 3 3 3 3333 3 7 7 7 00000000 7777 3 3 3 3 3 3 7 2 88 8 5 2 55 2 55 000000 0 0 00000 99 7 2 33 222222 7 22 3 0 7 77777 8 3 7 33 555 0 888 44444 4 000 4 0 00000 0 0 11111111 66 11111111111 11 11 11 666666666 4 1 11 4 6666 11 000 4 99 0 99 2 0 0000 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 888 7 9 4 4 4 333 999999999 4 4 8888888888888888888888 4 4 9 4 9999 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 444444 888 11 1111111111 4 9 11 888 111 55 8 66 55 0 55 8 0 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 222 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 5555555 0 333333333 0 0 333 0 000 0 555 3 55 00 00 6 00 22222 66 444 0 77 7777777777777777777 9999999999999 4 888 11 0 0 99 6666 888888 0 9 11 4 22222 222 66 888 9 4444444 777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 66 4 4 11111 9 0000000000 1111111111111 1 4 9 4 4 000000 555555 0 555555 55 000 888 4 333 4 77
consensus : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGACTGAG--AAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCC-NCGCTCCC-AAGCCCAAGGG-GTGCAAGAGA-CC-TGATAAATTTACAGNTT-TATGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATGGCTTC-ATATCAAATTT--TG-AAAGAAT-TG-----GGACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-----AA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGG-TTCA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------G-CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG---TCCCC---AA--GA---TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGACTGAG--AAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTATGGCAGTTTTTGCC-CCGCTCCC-AAGCCCAGGGG-GTGCAAGAGA-CC-TG--AAATTTACAATTT-TATGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATGGCTTC-ATATCAAATTT--TG-AAAGAAT-TG-----GGATNGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-----AA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGG-TTCA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------G-CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA--CT-AAAAC-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAA-T--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTAT-TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAAG--AA-----GA------TA--TTTT-T-CAAAA-TGG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-A---C---AAGT---TTATG--G-------C-CCCGCCTC---CTGGGG-ATAA--GAAC-ACC--TCCA---CCG--GGGATCACCAAATT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT----A-------AGC-T-TT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---TTC-T-TC--AGA--C-ATCG-TG-C-G-GT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCC-TC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGTTCTT-T-T---T-G--C-CCACCCCC-AAGA------G-CCGCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGAC-AA----TTT--AC--C-AAATTTATGTG-C--C-CTTG---ATCCCA--AA--GA---TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-AC-GG--CG-----AAAC------CAAT-T------G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgAAT-TGCAA---A----TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A--CACAAAACTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CA-AGAAA-TCTTTTCATATTTT-CATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCC-ATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA----G-----AT------TG--TTTT-TTC-AAA-T-A--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-T--ATG--T-AC--CCGAAGGG---T--TG------------TCCGC--C---CTGGGG-T-CA--GAA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAA-T-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-A-TTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC-TC--AGG--CCAT-GATG-T-A-GT---T-GGATTGAA--AAG--AAG--AT-TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAG----T-T-T---TTG-CC-ACGCTCCC---------------CAA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCC--C-CTTG---TCCCA---AA--GC---TGCT-TCA------TAT-C-AAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|1 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAA--AAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCC-ACGCTC------CCCAAGGG-GTGCAAGAGA-CC-TGATAAATTTACAGATT-TCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCT-GCTTC-ATATCAAATTT--TGAAAAGAAT-TG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAAC
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcataA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A--CC-AAAAC-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TG-AGAAA-T--TTACA-GTTAT-AATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---AA-----AAAAAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-T--ATG--T-AC--C---AAGT---T--TG---------------AT--T---CTGGTG--TCA--GAA--
gi|11 : TCA--GAA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--TTGTAC-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAGAGA----------ATATT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tgAGAG--AAG--AT-TT--TT---GAAAAATTA-GT---CAATTC-TT-GGCA--------------------CTGCCCCC-A--A------GGCCCCA-G---GG--G-GCAGG-AGTCC-TGA--AA----TTT--T---C-AATTTAA---GCCCAC-CTTG---TCCAA---AA--GA---TGTT-
gi|13 : atACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGC-GG-ACGAA---AGACA-----CAGT-T------G--CA---ATA---GGT--ACCTGAG-TGACTCAGG-TGA--CTAAAacacgc
gi|14 : -AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACG----------G--TG---GAC-G-AC-GC-AC-GA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : -A-AA-------A----AA--T--G-GTAGCA----AT--TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : cgcttcac--CGCACGAC-G-AT-GG-ACG-A---ACAC------CTAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A--CT-AAAAC-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CA-TGtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAA--AAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCC-ACGCTC------CCCAAGGG-GTGCAAGAGA-CC-TGATAAATTTACAGATT-TCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCT-GCTTC-ATATCAAATTT--TGAAAAGAAT-TG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A--C--AAAAC-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACA-C-AAA-T--T--CC-ATTA--AATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-C-AT-TTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---AG------A------TG--TTTT-T-C-AAA-T-AGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-T--ATG--T--C--T---AAGT---T--T---G-------C-CCCCC--CACGCTGGGG-TCTATTG-A--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACA-T-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-T-TT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CGTT--AGG--CAAT-G-TG-CAG-GT---T-G---TAAACGAAG--AAG--AT-TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAG----TGG-G---T-A-TC-TTGTCCCC-A--G---------CCCA-GAGCGG--GTGCAAG-AGA-C-TGA--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--C--C-CTTGGTATTCCC---AA--AAGACTGCTATCAAATCACCAT-C-AAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCACG----------------ACGAT-GAAC-GA-ACGGAACGAAAC------C-AT-T------G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAATTCCT-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAAAACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAAT--GTTTGACCCTAACA----ACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAG--AAGAAGATTTTT-GA-ACATTGGTCATTTTT-TGGCAGTTTT-GCC-CCACCCCC-AAGCCCAAGGA-TTGCAAGAGA-CT-TC--AAATTTACAATTT-TATGTGCCCCTTTACCAAAAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATT--TG-AAAGAAT-TG-----GACTTGGTGG-TTA-TTAAGAAGAAGT-TAAAA---A----TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A--CT-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CA-TGAAA-T--TTGCA-ATT-T-GATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTC-A--TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGTAGTTAT------TGC-TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--CA--AAGT---T--TG--G-------C-CCCAC--C---CTGGGGTTTCA--GAA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C-TC--AGG--C-AT-G-TA-C-G-CT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCTCC-A--A------G-CCCCA-G---GC--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCC--C-CTTG---TTCCC---AA--GA---TGCT-TCA------TAC-A-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-AC-GGAACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aaCAGGGG-GTGCAAGAGAACCGTG--AAATTTACATGTT-T-TGTGCCCCTTGTCCAAAA---TG-CTTCTATATCAAATTT--TG-AAAAGAT-TGAAATTGAACAGGTAA-TTA-TC---AAGAATT-TAGAA---A----AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A--CA-AAAAC-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C--CAAAA-T--TT-CA-ATTAT-TATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCC-AT-TTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA-------------------GC-TTTT-T-C-AAA-T-T--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTT--ATGGCTAAC--T---AAGCTAAT--TGCCGCCCCCACC-CCCCC--C---CGGGGG-TTCA--GAA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAA-TAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-C-TT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C-TC--AGG--A-AT-G-TGAC-A-GT---T-GTC-TAACG-AAG--AAG--AT-TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAG----TAT-T---T-A------GTCCCC----T------G-CCCCAGG---GG--GGGCAAGAAGACC-TGA--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCC--CGCTTG---T--CC---AAC-GA---TGCT-TCA------TAC-C-AAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----C-GT-AGCGA---AGAC------CGAT-T------G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTAC-AT-TTAG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGAG-----A-------TG--TTTTAT-C-AAAAT-G--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-T--AAG--T-GC-------AGT---G--TG--G-------C-CC-GC--C---CTGGGG-T-CA--GAATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAA-T-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-C-TT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TCTCAGGA-T-AT-GGTG-C-G-GTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAG--AT-TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAG----T-T-T---TTGTCC-CCACCCCC-A--G------G-CCGCA-G---GG--GTGCAAG-TGGAC-TGA--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTG-C--C-CTTG---GTCCCTTAAA--GA---TGCT-TCA------TAA-C-AAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGG-ACGAA---GAAC------AAAT-T------G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : ------CAAT-T------GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaAG-TTACTCAGG--TGACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgTTTATATATGCCCCTTGAGCTAAA-GATT-CTTC-AAACCGTATTT--GC-AAATAAT-TG-----GAAT-GGTAG-TTA-TTAAGAAGA----TAAAAAAGA----TGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T--------------AC-CCCT--AT-----------G-A-T-CA-TGAAA-T--TTACA-AGTCT-GATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTT-AT-TTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA----------GA------TG--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-T--ACG--T-AC--C---AAGT---T--TG--G-------C-CACTC--C---CTACGG--TCA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAA-T-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-C-TT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C-TCTTGGA--C-AT-A-TG-A-G-TT---T-G---TACAG-AAG--AAG------------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAG----T-T-T---T-------TGCCCTA-A--ATATAAGG-CGCCA-G---GG--GTGAAA
gi|7 : GTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AACCA-AAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CA--GAAACT--TTATA-ATTAT-AATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAAT-TTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---GG-----AA------TGGATTTT-T-CAAAA-T-G--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-T--ATG--T-ACAGC---AAGT---T--AGA-G-------CGCCCGT--C---TAGGGG-TACA--G-A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTC-TT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--AGG--CAAT-G-TG-T-GTGC---T-T---TGA--AAAG--AAG--AT-TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAG----T-TATTTAT-G-CCACCGCtacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAA-T-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG----TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C-TC-------C-TT-G-TA-T-G-CC---C-CC--TGAGTAAAG--GAG--AT-TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAG----T-T-T---T-GACCACCATTCCCTA--A------G-TTC-A-G---AGCCGTGCAGT-GGCCCATGA--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCC--C-CTTA---T--CC---AAACAA---TGCC-TTGT-----TAT-G-AAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TT
gi|8 : agCTGAGTAAAGGAGATTGTTAAA-AAA--GATCCTTTTT----CAGTTTTGACCACCATTCCCTAAGTTCAGAGCCGTGCAGTGGC-CCATG--AAATTCACAATCT-TACTTTCCCCTTATCCAAACA-ATGCCTTG-TTATGAAATATGATG-AAACAATGTG-----GGttat
gi|9 : agaacctctggaccaaggccaggaaatctccacaaattttagtagaagttctcgcttgttcatgcaagtctatacacatgtctgtctccttgtatgccccGTGCC--C-CTTG---TCCTA---AA--GA---TGCT-TTG------TAC-C-AAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-AC-GG-AC-GA---AGACCCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAG-TGAATCAGG-TGA-TCTAAAAttgtttttat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11 222 1 2222 44444444 2222 1 1 55555 1 11 2 1 22222 1 11 111 22222 222 11111 11111111 22222222222 111111111 1111 11 1111 111111111111 11 111 111111111 55555555555555555 111111 2222222222 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 2222222 111111111 111 11 22222 3333333333333333333 2222222222222 11 1111 111111 111 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 1111111111 3333333333333 111111 111111 111111 1 111 1
lowQualScore : 88 6 6 6 0 7 333 7 7 3 8888 7 6 6 6 44444444 2222 7 3 7 3 7 7 6 88 0 7 7 7 7 1 00000 666 11 0 1 11 66 0 5 8 6 00000 6 3 6 66 000 1 888 44444 4 000 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 222222222 4 1 66 4 0000 66 666 4 00 5 66 5 5 1111 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 777 3 8 4 4 4 666 888888888 4 4 44444444444444444 4 4 8 4 6666 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 333333 4 777 66 6666666666 4 1 66 777 333 55 0 88 55 4 55 0 4 4 222222222 55 8 111 4 4 4 3333333 4 99 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 2222222 4 777777777 4 8 555 4 777 4 666 0 00 55 55 3 55 11111 55 666 4 99 4444444444444444444 7777777777777 4 777 66 5 5 11 0000 666666 5 66 4 777 111 4 777 8 1111111 555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 2222222222222 1 4 8 4 4 000000 555555 4 111111 55 777 777 1 333 1 77
lowQualScore : .. . . . . . ... . . . .... . . . . ........ .... . . . . . . . .. . . . . . . ..... ... .. . . .. .. . . . . ..... . . . .. ... . ... ..... . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ......... . . .. . .... .. ... . .. . .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. ... . . . . . ... ......... . . ................. . . . . .... . . . .. . . . . . .. .. . ...... . ... .. .......... . . .. ... ... .. . .. .. . .. . . . ......... .. . ... . . . ....... . .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ....... . ......... . . ... . ... . ... . .. .. .. . .. ..... .. ... . .. ................... ............. . ... .. . . .. .... ...... . .. . ... ... . ... . ....... ... . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ............. . . . . . ...... ...... . ...... .. ... ... . ... . ..
lowQualScore : 33 7 7 7 7 3 333 3 3 3 3333 3 7 7 7 00000000 7777 3 3 3 3 3 3 7 00 7 3 3 3 3 0 77777 888 22 4 4 66 44 6 0 0 0 00000 0 3 7 33 555 0 888 44444 4 000 4 0 00000 0 0 11111111 66 11111111111 11 11 11 666666666 4 1 11 4 6666 11 000 4 99 0 99 2 0 0000 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 888 7 9 4 4 4 333 999999999 4 4 88888888888888888 4 4 9 4 9999 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 000000 4 888 11 1111111111 4 9 11 888 777 55 8 66 55 0 55 8 0 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 0 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 5555555 0 333333333 0 0 333 0 000 0 555 3 55 00 00 6 00 22222 66 444 0 77 7777777777777777777 9999999999999 4 888 11 0 0 99 6666 888888 0 11 4 888 888 4 888 9 4444444 777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 66 4 4 11111 9 0000000000 1111111111111 1 4 9 4 4 000000 555555 0 555555 55 000 888 4 333 4 77
consensus : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTC-----CCCAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCNAAAAGAT-GCTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGAA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AA-GT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------G-CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG---TCCCA--AA-GA---TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGACTGAGAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCNCGCTCCCAAGCCCAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGNTTTATGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATGGCTTC-ATATCAAATTTTG-AAAGAATTG-----GGACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGAA------TG--TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AA-GT---T--TG--G-------C-CCCGC--C---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCCCC-A--A------G-CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG---TCCCC--AA-GA---TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA--CT-AAAAC-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAA-T--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTAT-TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAAG--AAGA------TA--TTTT-T-CAAAA-TGG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-A---C---AA-GT---TTATG--G-------C-CCCGCCTC---CTGGGGAT-AA--GAAC-ACC--TCCA---CCG--GGGATCACCAAATT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT----A-------AGC-TTT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---TTC-T-TC--AGA--C-ATCG-TG-C-G-GT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCC-TC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGTTCTT-T-T---T-G--C-CCACCCCC-AAGA------G-CCGCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGAC-AA----TTT--AC--C-AAATTTATGTGCC--C-TTGA---TCCCA--AA-GA---TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-AC-GG--CG-----AAAC------CAAT-T------G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgAAT-TGCAA---A----TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A--CACAAAACTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CA-AGAAA-TCTTTTCATATTTT-CATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCC-ATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA----GAT------TG--TTTT-TTC-AAA-T-A--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-T--ATG--T-AC--CCGAAG-GG---T--TG------------TCCGC--C---CTGGGGT--CA--GAA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAA-T-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-ATTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC-TC--AGG--CCAT-GATG-T-A-GT---T-GGATTGAA--AAG--AAG--AT-TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAG----T-T-T---TTG-CC-ACGCTCCC---------------CAA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCC--C-CTTG---TCCCA--AA-GC---TGCT-TCA------TAT-C-AAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|1 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTC-----CCCAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCT-GCTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAAC
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcataA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A--CC-AAAAC-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TG-AGAAA-T--TTACA-GTTAT-AATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---AAAAAAAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-T--ATG--T-AC--C---AA-GT---T--TG---------------AT--T---CTGGTG-T-CA--GAA--
gi|11 : T-CA--GAA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--TTGTAC-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAGAGA----------ATATT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tgAGAG--AAG--AT-TT--TT---GAAAAATTA-GT---CAATTC-TT-GGCA--------------------CTGCCCCC-A--A------GGCCCCA-G---GG--G-GCAGG-AGTCC-TGA--AA----TTT--T---C-AATTTAA---GCCCAC-CTTG---TCCAA--AA-GA---TGTT-
gi|13 : atACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGC-GG-ACGAA---AGACA-----CAGT-T------G--CA---ATA---GGT--ACCTGAG-TGACTCAGG-TGA--CTAAAacacgc
gi|14 : -AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACG----------G--TG---GAC-G-AC-GC-AC-GA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : -A-AA-------A----AA--T--G-GTAGCA----AT--TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : cgcttcac--CGCACGAC-G-AT-GG-ACG-A---ACAC------CTAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A--CT-AAAAC-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CA-TGtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTC-----CCCAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCT-GCTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A--C--AAAAC-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACA-C-AAA-T--T--CC-ATTA--AATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-C-AT-TTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---AG-A------TG--TTTT-T-C-AAA-T-AGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-T--ATG--T--C--T---AA-GT---T--T---G-------C-CCCCC--CACGCTGGGGTC-TATTG-A--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACA-T-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-TTT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CGTT--AGG--CAAT-G-TG-CAG-GT---T-G---TAAACGAAG--AAG--AT-TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAG----TGG-G---T-A-TC-TTGTCCCC-A--G---------CCCA-GAGCGG--GTGCAAG-AGA-C-TGA--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--C--C-CTTGGTATTCCC--AA-AAGACTGCTATCAAATCACCAT-C-AAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCACG----------------ACGAT-GAAC-GA-ACGGAACGAAAC------C-AT-T------G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAATTCCT-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAAAACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAAT--GTTTGACCCTAACA----ACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAGAAGAAGATTTTT-GA-ACATTGGTCATTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCACCCCCAAGCCCAAGGATTGCAAGAGACTT--CAAATTTACAATTTTATGTGCCCCTTTACCAAAAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATTTG-AAAGAATTG-----GACTTGGTGG-TTA-TTAAGAAGAAGT-TAAAA---A----TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A--CT-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CA-TGAAA-T--TTGCA-ATT-T-GATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTC-AT-T-AG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGTAGTTAT-TGC-TTTT-T-C-AAA-T-G--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-T--ATG--T-AC--C---AAAGT---T--TG--G-------C-CCCAC--C---CTGGGGTTTCA--GAA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT-C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C-TC--AGG--C-AT-G-TA-C-G-CT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAG----T-T-T---T-G-CC-CCGCCTCC-A--A------G-CCCCA-G---GC--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCC--C-CTTG---TTCCC--AA-GA---TGCT-TCA------TAC-A-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-AC-GGAACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aaCAGGGGGTGCAAGAGAACCGTGAAATTTACATGTTT-TGTGCCCCTTGTCCAAA---AT-GCTTCTATATCAAATTTTG-AAAAGATTGAAATTGAACAGGTAA-TTA-TC---AAGAATT-TAGAA---A----AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A--CA-AAAAC-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C--CAAAA-T--TT-CA-ATTAT-TATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCC-AT-TTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA--------------GC-TTTT-T-C-AAA-T-T--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTT--ATGGCTAAC--T---AA-GCTAAT--TGCCGCCCCCACC-CCCCC--C---CGGGGGTT-CA--GAA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAA-TAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C-TC--AGG--A-AT-G-TGAC-A-GT---T-GTC-TAACG-AAG--AAG--AT-TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAG----TAT-T---T-A------GTCCCC----T------G-CCCCAGG---GG--GGGCAAGAAGACC-TGA--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCC--CGCTTG---T--CC--AACGA---TGCT-TCA------TAC-C-AAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----C-GT-AGCGA---AGAC------CGAT-T------G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTAC-AT-TTAG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGAGA-------TG--TTTTAT-C-AAAAT-G--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-T--AAG--T-GC-------A-GT---G--TG--G-------C-CC-GC--C---CTGGGGT--CA--GAATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAA-T-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-CTT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TCTCAGGA-T-AT-GGTG-C-G-GTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAG--AT-TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAG----T-T-T---TTGTCC-CCACCCCC-A--G------G-CCGCA-G---GG--GTGCAAG-TGGAC-TGA--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTGCC--C-TTGG---TCCCTTAAA-GA---TGCT-TCA------TAA-C-AAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGG-ACGAA---GAAC------AAAT-T------G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : ------CAAT-T------GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaAG-TTACTCAGG--TGACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgTATATGCCCCTTGAGCTAAA-GATT-CTTC-AAACCGTATTTGC-AAATAATTG-----GAAT-GGTAG-TTA-TTAAGAAGA----TAAAAAAGA----TGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T--------------AC-CCCT--AT-----------G-A-T-CA-TGAAA-T--TTACA-AGTCT-GATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTT-AT-TTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA-----GA------TG--TTTT-T-T-AAA-T-G--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-T--ACG--T-AC--C---AA-GT---T--TG--G-------C-CACTC--C---CTACGG-T-CA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAA-T-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-CTT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C-TCTTGGA--C-AT-A-TG-A-G-TT---T-G---TACAG-AAG--AAG------------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAG----T-T-T---T-------TGCCCTA-A--ATATAAGG-CGCCA-G---GG--GTGAAA
gi|7 : tttaGTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AACCA-AAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CA--GAAACT--TTATA-ATTAT-AATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAAT-TTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---GGAA------TGGATTTT-T-CAAAA-T-G--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-T--ATG--T-ACAGC---AA-GT---T--AGA-G-------CGCCCGT--C---TAGGGGTA-CA--G-A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTCTT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--AGG--CAAT-G-TG-T-GTGC---T-T---TGA--AAAG--AAG--AT-TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAG----T-TATTTAT-G-CCACCGCtacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAA-T-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG---TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C-TC-------C-TT-G-TA-T-G-CC---C-CC--TGAGTAAAG--GAG--AT-TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAG----T-T-T---T-GACCACCATTCCCTA--A------G-TTC-A-G---AGCCGTGCAGT-GGCCCATGA--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCC--C-CTTA---TCCAA--AC-AA---TGCC-TTGT-----TAT-G-AAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TT
gi|9 : agGTGCC--C-CTTG---TCCTA--AA-GA---TGCT-TTG------TAC-C-AAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-AC-GG-AC-GA---AGACCCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAG-TGAATCAGG-TGA-TCTAAAAttat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11 222 1 2222 44444444 2222 1 1 22222 11 22222 1 11 111 22222 222 11111 11111111 22222222222 111111111 1111 11 1111 111111111111 11 111 111111111 555555555555555555 11 111111 2222222222222 111 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 111 111111111 111 11 22222 3333333333333333333 222222222222 11 1111 111111 1 11 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 1111111111 3333333333333 111111 111111 111111 1 111 1
lowQualScore : 88 6 6 6 0 7 333 7 7 3 8888 7 6 6 6 44444444 2222 7 3 7 3 7 7 6 7 7 7 7 7 55555 666 11 8 1 11 66 0 8 8 0 0 0 00000 6 3 6 66 000 1 888 44444 4 000 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 222222222 4 1 66 4 0000 66 666 4 00 5 66 5 5 1111 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 777 3 8 4 4 4 666 888888888 4 4 444444444444444444 4 4 4 8 00 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 888888 4 777 7777777777777 4 1 333 333 55 0 88 55 4 55 0 4 666666666 55 8 111 4 4 4 3333333 4 99 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 999 777 99 777777777 4 8 555 4 777 4 666 0 00 55 88 55 11111 55 666 4 99 7777777777777777777 777777777777 4 777 66 5 5 11 0000 111111 0 66 4 9999 00 4 8 1111111 555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 2222222222222 1 4 8 4 4 000000 555555 4 111111 55 777 777 1 333 1 77
lowQualScore : .. . . . . . ... . . . .... . . . . ........ .... . . . . . . . . . . . . ..... ... .. . . .. .. . . . . . . ..... . . . .. ... . ... ..... . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ......... . . .. . .... .. ... . .. . .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. ... . . . . . ... ......... . . .................. . . . . .. . . . .. . . . . . .. .. . ...... . ... ............. . . ... ... .. . .. .. . .. . . ......... .. . ... . . . ....... . .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ... ... .. ......... . . ... . ... . ... . .. .. .. .. ..... .. ... . .. ................... ............ . ... .. . . .. .... ...... . .. . .... .. . . ....... ... . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ............. . . . . . ...... ...... . ...... .. ... ... . ... . ..
lowQualScore : 33 7 7 7 7 3 333 3 3 3 3333 3 7 7 7 00000000 7777 3 3 3 3 3 3 7 3 3 3 3 3 00000 888 55 8 4 66 44 6 0 0 8 8 8 00000 0 3 7 33 555 0 888 44444 4 000 4 0 00000 0 0 11111111 66 11111111111 11 11 11 666666666 4 1 11 4 6666 11 000 4 99 0 99 2 0 0000 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 888 7 9 4 4 4 333 999999999 4 4 888888888888888888 4 4 4 9 66 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 666666 4 888 8888888888888 4 9 999 777 55 8 66 55 0 55 8 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 0 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 000 000 55 333333333 0 0 333 0 000 0 555 3 55 00 66 00 22222 66 444 0 77 7777777777777777777 999999999999 4 888 11 0 0 99 6666 888888 0 11 4 4444 66 4 9 4444444 777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 66 4 4 11111 9 0000000000 1111111111111 1 4 9 4 4 000000 555555 0 555555 55 000 888 4 333 4 77
consensus : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGA-A------TG--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CCCGCC---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCCCC-AA------G--CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGA-A------TG--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CCCGCC---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCCCC-AA------G--CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA--CT-AAAAC-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAA-T--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTAT-TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAA---GAAGA------TA--TTTT-T-C-AAAATGG-T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-AC------AA-GT---TTATG--G-------C-CCCGCCTC-CTGGGGAT-AA--GAAC-ACC--TCCACC---G--GGGATCACCAAAT-T------TT-A--CAA-TTT---TG-GT-AA----------GC-TTT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---TCTTC--AGA--C-ATCG-TG-C-G-GT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCCTC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGT-TCTTTT---T-G-CC-C-ACCCCC-AA------GAGCCGCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGAC-AA----TTT--A---CCAAATTTATGTGCC--C-TTGA----TCCC--AAAGA-TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-AC-GG--CG-----AAAC------CAAT-T------G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgAAT-TGCAA---A----TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A--CACAAAACTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CA-AGAAA-TCTTTTCATATTTT-CATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCC-ATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA----GA-T------TG--TTTT-TTC-AAA-TA--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-TA--TG--T-AC--CCGAAG-GG---TT--G------------TCCGCC---CTGGGGT--CA--GAA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAAT-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-ATTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC--TC--AGG--CCAT-GATG-T-A-GT---T-GGATTGAA--AAG--AAGAT--TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAGT-T----T---TTG-CC-ACGCTCCC--------------CAA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGC-TGCT-TCA------TAT-C-AAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|1 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCTG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAAC
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcataA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A--CC-AAAAC-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TG-AGAAA-T--TTACA-GTTAT-AATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---AAA-AAAAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-TG--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G---------------ATT---CTGGTG-T-CA--GAA--
gi|11 : T-CA--GAA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C--TC--TTGTAC-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAGAGA--------ATA-TT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tgAGAG--AAGAT--TT--TT---GAAAAATTA-GT---CAATTC-TT-GGCA-------------------CTGCCCCC-AA------GG-CCCCA-G---GG--G-GCAGG-AGTCC-TGA--AA----TTT--T---C-AATTTAA---GCCCAC-CTTG----TCCA--AAAGA-TGTT-
gi|13 : atACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGC-GG-ACGAA---AGACA-----CAGT-T------G--CA---ATA---GGT--ACCTGAG-TGACTCAGG-TGA--CTAAAacacgc
gi|14 : -AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACG----------G--TG---GAC-G-AC-GC-AC-GA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : -A-AA-------A----AA--T--G-GTAGCA----AT--TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : cgcttcac--CGCACGAC-G-AT-GG-ACG-A---ACAC------CTAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A--CT-AAAAC-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CA-TGtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCTG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A--C--AAAAC-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACA-C-AAA-T--T--CC-ATTA--AATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-C-AT-TTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---AG--A------TG--TTTT-T-C-AAA-TAGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-TA--TG--T--C--T---AA-GT---TT-----G-------C-CCCCCCACGCTGGGGTC-TATTG-A--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACAT-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-TTT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CG-TT--AGG--CAAT-G-TG-CAG-GT---T-G---TAAACGAAG--AAGAT--TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAGTGG----G---T-A-TC-TTGTCCCC-AG----------CCCA-GAGCGG--GTGCAAG-AGA-C-TGA--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--C--C-CTTGGTATTCCCA-AAAGACTGCTATCAAATCACCAT-C-AAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCACG----------------ACGAT-GAAC-GA-ACGGAACGAAAC------C-AT-T------G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAATTCCT-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAAAACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAAT--GTTTGACCCTAACA----ACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAGAAGAAGATTTTT-GA-ACATTGGTCATTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCACCCCCAAGCCCAAGGATTGCAAGAGACTT--CAAATTTACAATTTTATGTGCCCCTTTACCAAAAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATTTGAAA-GAATTG-----GACTTGGTGG-TTA-TTAAGAAGAAGT-TAAAA---A----TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A--CT-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CA-TGAAA-T--TTGCA-ATT-T-GATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTC-AT-T-AG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGT-AGTTAT-TGC-TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AAAGT---TT--G--G-------C-CCCACC---CTGGGGTTTCA--GAA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT-C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C--TC--AGG--C-AT-G-TA-C-G-CT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCTCC-AA------G--CCCCA-G---GC--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCC--C-CTTG----TTCC--CAAGA-TGCT-TCA------TAC-A-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-AC-GGAACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aa-----CAGGGGGTGCAAGAGAACCGTGAAATTTACATGTTT-TGTGCCCCTTGTCCAAA---ATG-CTTCTATATCAAATTTTGAAAAG-ATTGAAATTGAACAGGTAA-TTA-TC---AAGAATT-TAGAA---A----AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A--CA-AAAAC-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C--CAAAA-T--TT-CA-ATTAT-TATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCC-AT-TTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA---------------GC-TTTT-T-C-AAA-TT--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTTA--TGGCTAAC--T---AA-GCTAATT--GCCGCCCCCACC-CCCCCC---CGGGGGTT-CA--GAA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAATAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C--TC--AGG--A-AT-G-TGAC-A-GT---T-GTC-TAACG-AAG--AAGAT--TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAGTAT----T---T-A------GTCCCC--T------G--CCCCAGG---GG--GGGCAAGAAGACC-TGA--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCC--CGCTTG----T-CC--AACGA-TGCT-TCA------TAC-C-AAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----C-GT-AGCGA---AGAC------CGAT-T------G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTAC-AT-TTAG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGAGA--------TG--TTTTAT-C-AAAATG--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-TA--AG--T-GC-------A-GT---GT--G--G-------C-CC-GCC---CTGGGGT--CA--GAATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAAT-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-CTT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TCTCAGGA-T-AT-GGTG-C-G-GTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAGAT--TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAGT-T----T---TTGTCC-CCACCCCC-AG------G--CCGCA-G---GG--GTGCAAG-TGGAC-TGA--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTGCC--C-TTGG----TCCCTTAAAGA-TGCT-TCA------TAA-C-AAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGG-ACGAA---GAAC------AAAT-T------G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : ------CAAT-T------GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaAG-TTACTCAGG--TGACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgTATATGCCCCTTGAGCTAAA-GATT-CTTC-AAACCGTATTT-GCAAATAATTG-----GAAT-GGTAG-TTA-TTAAGAAGA----TAAAAAAGA----TGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T--------------AC-CCCT--AT-----------G-A-T-CA-TGAAA-T--TTACA-AGTCT-GATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTT-AT-TTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA-----G-A------TG--TTTT-T-T-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-TA--CG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CACTCC---CTACGG-T-CA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAAT-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-CTT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C--TCTTGGA--C-AT-A-TG-A-G-TT---T-G---TACAG-AAG--AAG-----------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAGT-T----T---T-------TGCCCTA-AATATAAGG--CGCCA-G---GG--GTGAAA
gi|7 : tttaGTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AACCA-AAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CA--GAAACT--TTATA-ATTAT-AATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAAT-TTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---GGA-A------TGGATTTT-T-CAAAA-TG--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-TA--TG--T-ACAGC---AA-GT---TA--GA-G-------CGCCCGTC---TAGGGGTA-CA--G-A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAAT-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTCTT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C--TC--AGG--CAAT-G-TG-T-GTGC---T-T---TGA--AAAG--AAGAT--TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAGT-TA---TTTAT-G-CCACCGCtacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAAT-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG---TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C--TC-------C-TT-G-TA-T-G-CC---C-CC--TGAGTAAAG--GAGAT--TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAGT-T----T---T-GACCACCATTCCCTAA------G--TTC-A-G---AGCCGTGCAGT-GGCCCATGA--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCC--C-CTTA----TCCA--AACAA-TGCC-TTGT-----TAT-G-AAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TT
gi|9 : agGTGCC--C-CTTG----TCCT--AAAGA-TGCT-TTG------TAC-C-AAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-AC-GG-AC-GA---AGACCCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAG-TGAATCAGG-TGA-TCTAAAAttat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11 222 1 2222 44444444 2222 1 1 22222 11 22222 1 11 111 22222 222 11111 11111111 22222222222 111111111 1111 11 1111 111111111111 11 111 111111111 555555555555555555 11 111111 2222222222222 111 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 111 111111111 111 11 22222 3333333333333333333 222222222222 11 1111 111111 1 11 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 1111111111 3333333333333 111111 111111 111111 1 111 1
lowQualScore : 88 6 6 6 0 7 333 7 7 3 8888 7 6 6 6 44444444 2222 7 3 7 3 7 7 6 7 7 7 7 7 55555 666 11 8 1 11 66 0 8 8 0 0 0 00000 6 3 6 66 000 1 888 44444 4 000 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 222222222 4 1 66 4 0000 66 666 4 00 5 66 5 5 1111 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 777 3 8 4 4 4 666 888888888 4 4 444444444444444444 4 4 4 8 00 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 888888 4 777 7777777777777 4 1 333 333 55 0 88 55 4 55 0 4 666666666 55 8 111 4 4 4 3333333 4 99 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 999 777 99 777777777 4 8 555 4 777 4 666 0 00 55 88 55 11111 55 666 4 99 7777777777777777777 777777777777 4 777 66 5 5 11 0000 111111 0 66 4 9999 00 4 8 1111111 555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 2222222222222 1 4 8 4 4 000000 555555 4 111111 55 777 777 1 333 1 77
lowQualScore : .. . . . . . ... . . . .... . . . . ........ .... . . . . . . . . . . . . ..... ... .. . . .. .. . . . . . . ..... . . . .. ... . ... ..... . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ......... . . .. . .... .. ... . .. . .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. ... . . . . . ... ......... . . .................. . . . . .. . . . .. . . . . . .. .. . ...... . ... ............. . . ... ... .. . .. .. . .. . . ......... .. . ... . . . ....... . .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ... ... .. ......... . . ... . ... . ... . .. .. .. .. ..... .. ... . .. ................... ............ . ... .. . . .. .... ...... . .. . .... .. . . ....... ... . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ............. . . . . . ...... ...... . ...... .. ... ... . ... . ..
lowQualScore : 33 7 7 7 7 3 333 3 3 3 3333 3 7 7 7 00000000 7777 3 3 3 3 3 3 7 3 3 3 3 3 00000 888 55 8 4 66 44 6 0 0 8 8 8 00000 0 3 7 33 555 0 888 44444 4 000 4 0 00000 0 0 11111111 66 11111111111 11 11 11 666666666 4 1 11 4 6666 11 000 4 99 0 99 2 0 0000 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 888 7 9 4 4 4 333 999999999 4 4 888888888888888888 4 4 4 9 66 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 666666 4 888 8888888888888 4 9 999 777 55 8 66 55 0 55 8 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 0 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 000 000 55 333333333 0 0 333 0 000 0 555 3 55 00 66 00 22222 66 444 0 77 7777777777777777777 999999999999 4 888 11 0 0 99 6666 888888 0 11 4 4444 66 4 9 4444444 777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 66 4 4 11111 9 0000000000 1111111111111 1 4 9 4 4 000000 555555 0 555555 55 000 888 4 333 4 77
consensus : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGA-A------TG--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CCCGCC---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCCCC-AA------G--CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGA-A------TG--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CCCGCC---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCCCC-AA------G--CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA--CT-AAAAC-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAA-T--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTAT-TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAA---GAAGA------TA--TTTT-T-C-AAAATGG-T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-AC------AA-GT---TTATG--G-------C-CCCGCCTC-CTGGGGAT-AA--GAAC-ACC--TCCACC---G--GGGATCACCAAAT-T------TT-A--CAA-TTT---TG-GT-AA----------GC-TTT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---TCTTC--AGA--C-ATCG-TG-C-G-GT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCCTC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGT-TCTTTT---T-G-CC-C-ACCCCC-AA------GAGCCGCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGAC-AA----TTT--A---CCAAATTTATGTGCC--C-TTGA----TCCC--AAAGA-TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-AC-GG--CG-----AAAC------CAAT-T------G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgAAT-TGCAA---A----TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A--CACAAAACTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CA-AGAAA-TCTTTTCATATTTT-CATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCC-ATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA----GA-T------TG--TTTT-TTC-AAA-TA--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-TA--TG--T-AC--CCGAAG-GG---TT--G------------TCCGCC---CTGGGGT--CA--GAA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAAT-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-ATTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC--TC--AGG--CCAT-GATG-T-A-GT---T-GGATTGAA--AAG--AAGAT--TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAGT-T----T---TTG-CC-ACGCTCCC--------------CAA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGC-TGCT-TCA------TAT-C-AAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|1 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCTG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAAC
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcataA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A--CC-AAAAC-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TG-AGAAA-T--TTACA-GTTAT-AATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---AAA-AAAAAGTTT--TTTT-T-T-AAA-TG--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G---------------ATT---CTGGTG-T-CA--GAA--
gi|11 : T-CA--GAA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C--TC--TTGTAC-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAGAGA--------ATA-TT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tgAGAG--AAGAT--TT--TT---GAAAAATTA-GT---CAATTC-TT-GGCA-------------------CTGCCCCC-AA------GG-CCCCA-G---GG--G-GCAGG-AGTCC-TGA--AA----TTT--T---C-AATTTAA---GCCCAC-CTTG----TCCA--AAAGA-TGTT-
gi|13 : atACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGC-GG-ACGAA---AGACA-----CAGT-T------G--CA---ATA---GGT--ACCTGAG-TGACTCAGG-TGA--CTAAAacacgc
gi|14 : -AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACG----------G--TG---GAC-G-AC-GC-AC-GA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : -A-AA-------A----AA--T--G-GTAGCA----AT--TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : cgcttcac--CGCACGAC-G-AT-GG-ACG-A---ACAC------CTAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A--CT-AAAAC-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CA-TGtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCCC-AAAGCTG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A--C--AAAAC-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACA-C-AAA-T--T--CC-ATTA--AATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-C-AT-TTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---AG--A------TG--TTTT-T-C-AAA-TAGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-TA--TG--T--C--T---AA-GT---TT-----G-------C-CCCCCCACGCTGGGGTC-TATTG-A--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACAT-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-TTT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CG-TT--AGG--CAAT-G-TG-CAG-GT---T-G---TAAACGAAG--AAGAT--TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAGTGG----G---T-A-TC-TTGTCCCC-AG----------CCCA-GAGCGG--GTGCAAG-AGA-C-TGA--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--C--C-CTTGGTATTCCCA-AAAGACTGCTATCAAATCACCAT-C-AAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCACG----------------ACGAT-GAAC-GA-ACGGAACGAAAC------C-AT-T------G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAATTCCT-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAAAACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAAT--GTTTGACCCTAACA----ACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAGAAGAAGATTTTT-GA-ACATTGGTCATTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCACCCCCAAGCCCAAGGATTGCAAGAGACTT--CAAATTTACAATTTTATGTGCCCCTTTACCAAAAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATTTGAAA-GAATTG-----GACTTGGTGG-TTA-TTAAGAAGAAGT-TAAAA---A----TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A--CT-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CA-TGAAA-T--TTGCA-ATT-T-GATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTC-AT-T-AG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGT-AGTTAT-TGC-TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AAAGT---TT--G--G-------C-CCCACC---CTGGGGTTTCA--GAA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT-C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C--TC--AGG--C-AT-G-TA-C-G-CT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCTCC-AA------G--CCCCA-G---GC--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCC--C-CTTG----TTCC--CAAGA-TGCT-TCA------TAC-A-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-AC-GGAACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aa-----CAGGGGGTGCAAGAGAACCGTGAAATTTACATGTTT-TGTGCCCCTTGTCCAAA---ATG-CTTCTATATCAAATTTTGAAAAG-ATTGAAATTGAACAGGTAA-TTA-TC---AAGAATT-TAGAA---A----AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A--CA-AAAAC-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C--CAAAA-T--TT-CA-ATTAT-TATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCC-AT-TTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA---------------GC-TTTT-T-C-AAA-TT--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTTA--TGGCTAAC--T---AA-GCTAATT--GCCGCCCCCACC-CCCCCC---CGGGGGTT-CA--GAA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAATAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C--TC--AGG--A-AT-G-TGAC-A-GT---T-GTC-TAACG-AAG--AAGAT--TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAGTAT----T---T-A------GTCCCC--T------G--CCCCAGG---GG--GGGCAAGAAGACC-TGA--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCC--CGCTTG----T-CC--AACGA-TGCT-TCA------TAC-C-AAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----C-GT-AGCGA---AGAC------CGAT-T------G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTAC-AT-TTAG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGAGA--------TG--TTTTAT-C-AAAATG--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-TA--AG--T-GC-------A-GT---GT--G--G-------C-CC-GCC---CTGGGGT--CA--GAATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAAT-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-CTT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TCTCAGGA-T-AT-GGTG-C-G-GTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAGAT--TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAGT-T----T---TTGTCC-CCACCCCC-AG------G--CCGCA-G---GG--GTGCAAG-TGGAC-TGA--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTGCC--C-TTGG----TCCCTTAAAGA-TGCT-TCA------TAA-C-AAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGG-ACGAA---GAAC------AAAT-T------G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : ------CAAT-T------GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaAG-TTACTCAGG--TGACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgTATATGCCCCTTGAGCTAAA-GATT-CTTC-AAACCGTATTT-GCAAATAATTG-----GAAT-GGTAG-TTA-TTAAGAAGA----TAAAAAAGA----TGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T--------------AC-CCCT--AT-----------G-A-T-CA-TGAAA-T--TTACA-AGTCT-GATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTT-AT-TTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA-----G-A------TG--TTTT-T-T-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-TA--CG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CACTCC---CTACGG-T-CA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAAT-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-CTT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C--TCTTGGA--C-AT-A-TG-A-G-TT---T-G---TACAG-AAG--AAG-----------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAGT-T----T---T-------TGCCCTA-AATATAAGG--CGCCA-G---GG--GTGAAA
gi|7 : tttaGTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AACCA-AAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CA--GAAACT--TTATA-ATTAT-AATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAAT-TTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---GGA-A------TGGATTTT-T-CAAAA-TG--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-TA--TG--T-ACAGC---AA-GT---TA--GA-G-------CGCCCGTC---TAGGGGTA-CA--G-A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAAT-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTCTT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C--TC--AGG--CAAT-G-TG-T-GTGC---T-T---TGA--AAAG--AAGAT--TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAGT-TA---TTTAT-G-CCACCGCtacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAAT-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG---TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C--TC-------C-TT-G-TA-T-G-CC---C-CC--TGAGTAAAG--GAGAT--TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAGT-T----T---T-GACCACCATTCCCTAA------G--TTC-A-G---AGCCGTGCAGT-GGCCCATGA--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCC--C-CTTA----TCCA--AACAA-TGCC-TTGT-----TAT-G-AAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TT
gi|9 : agGTGCC--C-CTTG----TCCT--AAAGA-TGCT-TTG------TAC-C-AAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-AC-GG-AC-GA---AGACCCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAG-TGAATCAGG-TGA-TCTAAAAttat
blockSeqs : GG G G G T GAA T A G CCTA T C G G CCCCCCCG CACC A T A C T A C T T T A T AAGCC GAT GA C T AA AA G T AAATT A T C AG ATC C AAG AAATC T ATA C T CTATA T C TTTCGAA GA TGGTTGG TC CA AT AAACCA T C AC A CC . CG A A C CT T T TTC AGATGA . . CA AT TC C AC GGT C A G G A GTT GTTTACT A C AAAAAAAAGTTT A T A A GC G T T TA C T T T T . GC A CCGA A TAA GCCGCCCCCAC G G ACG TTT TT TT GG G CC A CATTAGT AA A TTG T G C AGTAAAG T TC T TATCT . C G AGT TAA ACT ATTTA A ACA TCA G TCAGGAT . A CA T ATT . GAT GA TT A AA ATGAA GA TCA A AA TATTTATGCCACC AATATAAGG G AGC CC A A TA CTCC ACAC A CA G GTAT TT C A AAATCAC C T TTTGAAAAGCATTGGAATGGTGTGCCATAACTATGGTTTAAAAT T ATAA TA A T . A TAGGAATCG ACACGACAAG C A C A A GGAACG CCATAA A GTCATA AA TTT AGC A TTT A TC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . GTG AT A A AA AA . . . T . . GG ATC T . AAATC . G . . . . . GG T ATGGT . . . AACAC . C . . CC . GG . A . . A . ATA ACTTAG . . . . . C A . C . . . . A ACA . . AGTAGTTATTGC . . . . . . . . . . . . . . . . . AGC . . GAG . A . TC . . . . . . TCC . A G . . . . . T . TGT . . . . G . . T A . . TTGTAC . G AC . . . TC CG . . . TGAT G . . T TTTTGTCCCC AAGG . . . . . . . CAG . . . . A . . GT C . TTGCAAAAGCTAAAATTCGCGACTGGTGGTTTCATA . G C . . . C CGC AAGGACGT C . A . . GAA A . . . . . A TTT T C
blockSeqs : . C TG A T TA A . . . A . . AG AT T . T . . . . . . . GA T TCTTG . . . TACC . C . . C . A . T . . G . ATT TAGGGA . . . . . A C . T . . . . C CA . . CCGAGATG . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . GG . C . TT . . . . . . T . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . C . . TTGGAC . . T . . . C GA . . . TGAA G . . G TTTGACCACC TAAG . . . . . . . A . . . . . . . A A . TTTGAAAAGAATTGAGACAGGTAGTTTATCA . A . . . . . CGG AACGGACG C . . . . GGA . . . . . . . TAA . C
blockSeqs : . A C . . . . . . . . GT A . T . . . . . . . G A TT . . . AACT . C . . A . G . C . . A . CTG AGA . . . . . A A . C . . . . T T . . GGAATGGA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GG . A . TA . . . . . . T . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . G . . AGGCC . . C . . . . AG . . . TGAG A . . G TTTTGCCAC AAG . . . . . . . T . . . . . . . A C . GTGAAAAGAATTGGACTGGTAGAGTTATCAA . A . . . . . CGC AAGCACG C . . . . CGA . . . . . . . TT . C
blockSeqs : . . . TT G . A . . . . . . . A A T . . . TACT . C . . C . G . T . . A . ATA AAA . . . . . A A . A . . . . C A . . GATTG . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . GG . C . T . . . . . . T . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . AGGCA . . C . . . . TA . . . ATG A . . G GGGTATCTT AGG . . . . . . . A . . . . . . . A C . TGCAAAGAATTGGACCCTGTGTTCTCAAG . C . . . . . CGG AACGACA C . . . . GAA . . . . . . . TA . T
blockSeqs : CC C . T . . . . . . . T A T . . . TACA . C . . C . A . C . . . . AA AAA . . . . . A A . T . . . . A A . . AGATG . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . G . G . T . . . . . . T . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . AGGCA . . C . . . . G . . . TG G . . G TTTGCCCC AG . . . . . . . A . . . . . . . A G . TGAAAGAATGGACTGGTGGTTTATTCCAA . A . . . . . AGC CA C . . . . GA . . . . . . . TG .
blockSeqs : . A . T . . . . . . . G T T . . . CAC . C . . C . G . T . . . . TG CAG . . . . . C . . C . . . . . A . . GATG . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G . T . T . . . . . . T . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . AGGC . . A . . . . G . . . GA G . . T ATTTA TG . . . . . . . A . . . . . . . G C . TGAAAGAATTGGAGTAGGAGTTATC . . . . . . . . G . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G A T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . T . . . . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . AGGA . . T . . . . A . . . AA T . . A TTTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . C G . . . CT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : AA AG *** N* NACC***** C*** ** N* ATN* ** ** GGATG************* ** ** C***** GG*********** *** T** ** T******** ** AGGC***** ** G* TTTTGCCC*********** AAG********* ** C** ***** CGC******* GGA*** TTN C*
originalCons : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCNAAAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A--CN-AAAAC-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CA-CGAAA-T--TTACA-ATTAT-GATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---AGA-A------TG--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--G-------C-CCCGCC---CTGGGGTT-CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAAT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAGT-T----T---T-G-CC-CCGCCCCC-AA------G--CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
finalCons : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCAAAAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCAN-TT----T------GGC--CCC--ACCC--TAANACC-----AAAAC-CCCT--AC-CC---TAG--G-G-T-CAN-GAAA-T--TTACA-ATTATN-ATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAAGGATG-------------TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-ACC-----AA-GT---TTGG-----------C-CCCGCC---CTGGGGT--CA--GAA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAAT-TT--------A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C--TCAGGC-----AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAGAT--TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAGTTTTTGCCC-----------GCCCCCAAG---------CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TACC--AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAACGC-------ACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGAC-CTAAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11 222 1 2222 44444444 2222 1 1 22222 2222 22222 1 11 111 22222 222 11111 11111111 22222222222 11111111 1111 111111111111 11 111 111111111 4444444444444444444444444 11 111111 222222222222 111 111111111 111 1111111 111111 111 11111 2222222 111111111 111 11 22222 111111111 22222222 2222222222222 11 1111 111111 11 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 11 11111 1111111111 3333333333333 111111 111111 111111 1 111 1
lowQualScore : 88 6 6 6 0 7 333 7 7 3 8888 7 6 6 6 44444444 2222 7 3 7 3 7 7 6 7 7 7 7 7 55555 666 11 8 6 5555 0 0 8 8 0 0 0 00000 6 3 6 66 000 1 888 44444 4 000 4 4 00000 4 4 99999999 99 77777777777 66 66 66 00000000 4 4 1 66 4 0000 66 666 4 55 66 5 5 9999 666666666666 5 66 66 00 66 4 88 777 3 8 4 4 4 666 888888888 4 4 8888888888888888888888888 4 4 4 8 00 4 4 4 66 4 4 4 4 4 66 66 4 888888 4 777 555555555555 4 1 333 55 99 55 55 55 4 55 0 4 4 222222222 55 8 111 4 4 4 3333333 4 99 4 000000 4 4 4 777 111 777 00000 8 2222222 4 777777777 4 8 555 4 777 4 666 0 00 55 55 3 55 11111 55 666 4 99 000000000 4 22222222 9999 5555555555555 4 777 66 5 5 11 0000 666666 5 66 4 9999 00 4 8 1111111 555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 00 4 4 11111 8 5555555555 2222222222222 1 4 8 4 4 000000 555555 4 111111 55 777 777 1 333 1 77
lowQualScore : .. . . . . . ... . . . .... . . . . ........ .... . . . . . . . . . . . . ..... ... .. . . .... . . . . . . . ..... . . . .. ... . ... ..... . ... . . ..... . . ........ .. ........... .. .. .. ........ . . . .. . .... .. ... . .. .. . . .... ............ . .. .. .. .. . .. ... . . . . . ... ......... . . ......................... . . . . .. . . . .. . . . . . .. .. . ...... . ... ............ . . ... .. .. .. .. .. . .. . . . ......... .. . ... . . . ....... . .. . ...... . . . ... ... ... ..... . ....... . ......... . . ... . ... . ... . .. .. .. . .. ..... .. ... . .. ......... . ........ .... ............. . ... .. . . .. .... ...... . .. . .... .. . . ....... ... . ....................................................................... . .... .. . . ..... . .......... ............. . . . . . ...... ...... . ...... .. ... ... . ... . ..
lowQualScore : 33 7 7 7 7 3 333 3 3 3 3333 3 7 7 7 00000000 7777 3 3 3 3 3 3 7 3 3 3 3 3 00000 888 55 8 0 2222 8 6 0 0 8 8 8 00000 0 3 7 33 555 0 888 44444 4 000 4 0 00000 0 0 11111111 88 11111111111 11 11 11 44444444 4 4 1 11 4 6666 11 000 4 44 99 2 0 8888 000000000000 0 99 99 66 11 4 99 888 7 9 4 4 4 333 999999999 4 4 2222222222222222222222222 4 4 4 9 66 4 4 4 11 4 4 4 4 4 11 11 4 666666 4 888 111111111111 4 9 999 55 55 55 00 55 0 55 8 0 0 999999999 55 0 000 0 0 0 0000000 0 55 0 777777 0 0 0 000 000 000 00000 0 5555555 0 333333333 0 0 333 0 000 0 555 3 55 00 00 6 00 22222 66 444 0 77 444444444 0 00000000 4444 1111111111111 4 888 11 0 0 99 6666 888888 0 11 4 4444 66 4 9 4444444 777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 66 4 4 11111 9 0000000000 1111111111111 1 4 9 4 4 000000 555555 0 555555 55 000 888 4 333 4 77
consensus : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCAN--AAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A-C-CAAAA-C-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CAC-GAAAT--TTACA-ATTATN-ATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---G--G-----A-------T-G--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--------GC-CCCGCC---CTGGGG--T--CAG--AA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG---T-----T-TTTG--CC-CGCC----CCCA--A-------G-CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
Reference ( family-471 ) : NNTATGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTCGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCC-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTNTGTGCCCCTTGTCCAA--AAAGATG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----GAACAGGTAG-TTA-TCAAGAAGAANT-TANAA---A----CGTTCAATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-NTT----T------GGC--CCC--ACCC--TAAN--A-C-CAAAA-C-CCCT--AC-C--C-TAG--G-G-T-CAN-GAAAT--TTACA-ATTATN-ATA---A---A---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TCAAA-ACA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---G--G-----A-------T-G--TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--------GC-CCCGCC---CTGGGG--T--CAG--AA--ACC--CCTACC-CCG--GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TC--AGG--C-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTG-GT---CACTTT-TG-GGCAG---T-----T-TTTG--CC-CGCC----CCCA--A-------G-CCCCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTATGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGA-TGCT-TCG------TAC-C-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATT-CA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------CGCACGA-A-GGAC--G--CGCACGAC-G-AC-GG-ACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ACCTGAGTTNACTCAGG-TGA-CCTAAAA
gi|1 : ACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------T-AGCA--TT----T------GGC--CCC--ACCC--AAACTTA-C-TAAAA-C-C--T--AC-CACC-TAAATG-A-T-CATCGAAAT--TTACA-ATTTTTGATC---A---A---AACGCTCCCTATG--ATGAG-T--TCAAC-ATA---TTTTAT-TTAG-TTTC-A--CATT--A------A-TCTCAAT-ACGATTAAA---GAAG-----A-------T-A--TTTT-T-C-AAAATGG-T-TTT-A-CAT--A-TA-A-A-CAC-TAAATA--T-AC------AA-GT---TTATG--------GC-CCCGCCTC-CTGGGG--A--TAA--GA--ACA--CCTCCA-CCG--GGGATCACCAAATT-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT----A-------AGC-TTT--A-TCGCT---C-TATC-AT-CA---TT---ATGCA---TT-----TG-GTT---TTC-T-TC--AGA--C-ATCG-TG-C-G-GT---TCG---TCAAAAAAA--CAGCCCC-TC--TT-TGAAAATAT---------ATATT-TT-GGCAGTTCT-----T-TTTG--CC-CACC----CCCAAGA-------G-CCGCA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGAC-AA----TTT--AC--C-AAATTTATGTGCC--C-TTGA----TCCC--AAAGA-TGCTATCA------TACACAAAA-TA---T---G-ACAA-------A----AAATT--G-G---------ACATTGG-------TTA-T-CA-A--TAAGA-AGTTT---AAAAA----AT-CGA-TTCCTAT-GTTAA-------CG-ATG--A-GGCC--GATCGGACGCC-G-AC-GG--CG-----AAAC------CAAT-T------G--CA---A
gi|1 : gttactcaggtgAAT-TGCAA---A----TGTTCAATTG-T---TAGCA-CA-TT-----T-AT-CA-AT------G-ACCA-TTT----TT-----GGC--CCCCAGCCC--TAAA--A-CACAAAA-CTCCCT--AC-C--CCTAG--GCG-T-CAA-GAAATCTTTTCATATTTTC-ATA---G---ATGAAA-ACTCC-T--G--CTCA--T--TCCA---CA---TCC-ATGTTAGGTTTT-G--AATT--GTTTACTA-TATCA-T-AGCATTAAA---G--A-----T-------T-G--TTTT-TTC-AAA-TA--TGTTT-A-CAC--A-TT-ATA-CAC-TA--TG--T-AC--CCGAAG-GG---TT--G-----------TCCGCC---CTGGGG--T--CAG--AA--ACT--TCTACC-CCT--GGGAT-A--GAA-T-T------T--AAACAAATTT---TG-GA-AC-A-------GCC-ATTTCC-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCAACTTT-----TC-GTT---TTCAC-TC--AGG--CCAT-GATG-T-A-GT---T-GGATTGAA--AAG--AAG--AT-TT--TT-TGATAAA-TTG-GT---CACTTT-TAAGGCAG---T-----T-TTTG--CCACGCT----CCC---------------CAA-G---GG--GTGCAAG-AGACC-TGATAAA----TTT--A---C-AGATTTCTGTGCC--C-CTTG----TCCC--AAAGC-TGCT-TCA------TAT-C-AAA-T----TTTGA-A-AA-------G----AA--TTGA-G---------AC--AGGT-A-GT-TTA-T-CA-----AAGA-AATCTATAAAAAATC-GTT-CAA-T-----T-GTTAA-------Catgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcatagatgaaaactcctgctcattccacatccatgttaggttttgaattgtttactatatcatagcattaaagattgttttttcaaatatgtttacacattatacactatgtacccgaagggttgtccgccctggggtcagaaacttctacccctgggatagaatttaaacaaattttggaacagccatttccctgctctacatcactatgcaacttttcgttttcactcaggccatgatgtagttggattgaaaagaagattttttgataaattggtcacttttaaggcagtttttgccacgctccccaaggggtgcaagagacctgataaatttacagatttctgtgccccttgtcccaaagctgcttcatatcaaattttgaaaagaattgagacaggtagtttatcaaagaaatctataaaaaatcgttcaattgttaac
gi|1 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccGATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCC-C--AAAGCTG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAAC
gi|10 : gttactcaggtgacctacaaatgttcaattgtatataaatcatttcatcaattagcatttggccccacccaaacttactaaaacctaccacctaaatgatcatcgaaatttacaatttttgatcaaaacgctccctatgatgagttcaacatattttatttagtttcacattaatctcaatacgattaaagaagatatttttcaaaatggttttacatataaacactaaatatacaagtttatggccccgcctcctggggataagaacacctccaccggggatcaccaaattttacaattttggtaagctttatcgctctatcatcattatgcatttggttttcttcagacatcgtgcggttcgtcaaaaaaacagcccctctttgaaaatatatattttggcagttctttttgcccacccccaagagccgcaggggtgcaagagacctgacaatttaccaaatttatgtgcccttgatcccaaagatgctatcatacacaaaatatgacaaaaaattggacattggttatcaataagaagtttaaaaaatcgattcctatgttaacgatgaggccgatcggacgccgacggcgaaaccaattgcaaatgttcaattgttagcacatttatcaatgaccatttttggcccccagccctaaaacacaaaactccctacccctaggcgtcaagaaatcttttcatattttcataA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------A-ACCA-TTT----T------GGC--CCA--ACAT--TAAT--A-C-CAAAA-C-CCCT--AC-C--CCTAG--G-A-T-TGA-GAAAT--TTACA-GTTATA-ATA---G---A---AA-ACTGCCT--G--CTCA--T--TCCAA-ATA---TCC-AT-TTAG-TTTT-A---ATTC-A------A-TATCAAC-AGCATTAAA---A--A-----AAAAAAGTT-T--TTTT-T-T-AAA-TG--T-GTA-C-CAT--A-TA-A-A-TGC-TA--TG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--------------ATT---CTGGTG--T--CAG--AA--
gi|11 : G--T--CAG--AA---CCGGCCTACC-CCG--GAGATCCCCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---AT---ATGTA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--TTGTAC-AT-G-TG-C-G-GT---T-G---TAGAGA----------ATATT--TT-TG--AAAATTG-GT---
gi|12 : tAGAG--AAG--AT-TT--TT---GAAAAATTA-GT---CAATTC-TT-GGCA-------------------C-TGCC----CCCA--A-------GGCCCCA-G---GG--G-GCAGG-AGTCC-TGA--AA----TTT--T---C-AATTTAA---GCCCAC-CTTG----TCCA--AAAGA-TGTT-
gi|13 : atACGACA-CGACAAG--CACACGAC-GCGC-GG-ACGAA---AGACA-----CAGT-T------G--CA---ATA---GGT--ACCTGAGT-GACTCAGG-TGA--CTAAAacacgc
gi|14 : -AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--TT-G-G---------AG--TAGG-A-GT-T-ATC--------AAAA-AATT-----AAAAT--GTT-TAT-T-----T-CTTAT-------CGCACG----------G--TG---GAC-G-AC-GC-AC-GA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ACA---AGTtaaaaaaatcgtgaaatcctttaataaa
gi|15 : -A-AA-------A----AA--T--G-GTAGCA----AT--TGGC-C-ATATTTTT-CA-A--GAAG-----TT---GAAAAT--GTA-AGA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GCAC--G--
gi|16 : cgcttcac--CGCACGAC-G-AT-GG-ACG-A---ACAC------CTAT-T------G--CA---ATA---GGTC-ATCTGAGTTTACTCAGG-TGA-CCTAA
gi|17 : ttaa-TT-----TCAT-TGCAT------T-AC---ATG----T------GGC--CCC--ACCC--TGAA--A-C-TAAAA-C-CCTTACAC-C--C-TGG--G-G-T-CAT-Gtaat
gi|2 : GATGAAAA--CTCCTGCTCATTCCACATCCATGTTAGGTTTTGAATTGTTTACTATATCATAGCATT---AAAGATTGTTTTTTCAAATATGTTT-AC----ACATTATACACTATGTACCCGAAGGGTTGTCCGCCCTGGGGTCAGAAACTTCTACCCCT-------GGGAT-A--GAATTTAAACAAATTTT-GGAACAGCCATTTCCCTGCTCTACATC-ACTATGCAACTTTTCGTTTTCACTCAGGCCATGATGTAGTTGGATTGAAAAGAAGATTTTTTGATAAATTGGTCACTTTTAAGGCAGTTTTTGCCACGCTCCC-----CAAGGGGTGCAAGAGACCTGATAAATTTACAGATTTCTGTGCCCCTTGTCC-C--AAAGCTG-CTTC-ATATCAAATTTTGAAAAGAATTG-----AGACAGGTAGTTTA-TCA--AAGAAATCTATAA---AAAATCGTTCAATTG-T---TAACA--A--T-----TCAT-CA-ATG-----G-ACCA-ATT----TGGTTGGGGC--CCC--ACCCATTATC--A---CAAAA-C-C-----AC-C--A-TAG--A-G-TACAC--AAAT--T--CC-ATTA-A-ATACTTA---G---AA-ACTCCCT--GCACTCA--TTCTCAAC-ACA---T-C-AT-TTAG-TTTT-A---ATT--T------C-TATCAAT-AGCATTAAA---A--G-----A-------T-G--TTTT-T-C-AAA-TAGCT-TTT-A-CAA--A-T----A-CAT-TA--TG--T--C--T---AA-GT---TT-----------GC-CCCCCCACGCTGGGG--T--CTATTGA--ACC--CCTAAC-CCGCCGAAATCACCACA-T-T------T--A--CAA-TTTTTGTG-GT-AGCA-------GGC-TTT--C-CTGCT---C--A---GT-CA---CTTAAATGCA---TCATTTATGAGTTACAT---CGTT--AGG--CAAT-G-TG-CAG-GT---T-G---TAAACGAAG--AAG--AT-TTAATTATGAAAAA--TGAGTTCACACTTTATG-AGCAG---TGGGTAT-CTT-------GTC----CCCA--G----------CCCA-GAGCGG--GTGCAAG-AGA-C-TGA--AT----TTT--ACACC-AATTCTATGT--C--C-CTTGGTATTCCCA-AAAGACTGCTATCAAATCACCAT-C-AAATT----T---GCA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--C-CT-GTGT-T--CT-CA-AG-GAAGA-AATTT---AAAAAT--GTT-CAATT-----T-GTTAA-------CGCACG----------------ACGAT-GAAC-GA-ACGGAACGAAAC------C-AT-T------G--CA---ATA---TGTCAACCTGAGTTTACTCAGGATGATCCTAAAA
gi|3 : taTATGATAAAAAGGCCCCT-CTCATTCCAAATTCCT-TTAC-TTCCACATTA------ATATCAAAACATTGAAAAAGAATGCTTTT-CAAAT--GTTTGACCCTAACA----ACACTATGTACC--AAG---TGTCC--TCTGGGGTCAGAACCCCCTACCCCCCCCCCCGGGGATCACCAAATTTA--CAAATTTTTGGTAAAGGC---TTCCTGCTCTACATCCAC-ATGCA---TTTTGGTTTCTCTCAAAC-ATGATGCGTTTGTAC-AAGAAGAAGATTTTT-GA-ACATTGGTCATTTTTT-GGCAGTTTT-GCCCCACCCCCAAGCCCAAGGATTGCAAGAGACTT--CAAATTTACAATTTTATGTGCCCCTTTACCAA--AAAAATGGCTTC-ATGCCAAGATTTGAAA-GAATTG-----GACTTGGTGG-TTA-TTAAGAAGAAGT-TAAAA---A----TGTTCCATTG-T---TAACA-CA-TT-----TCAT-CA-AT------G-ACCA-ATT----T------GGC--TCC--ACCC--TAAT--A-C-TAAAA-C-CCCT--AC-C--C-TAG--G-A-T-CAT-GAAAT--TTGCA-ATT-TG-ATA---A---A---AG-GCTCCCA--A--ATTA--T--TCAAA-AAA---TTC-AT-T-AG-TTTC-A--CATT--A------A-TATCAAT-AGCATTAAA---A--GTAGTTA-------TTGC-TTTT-T-C-AAA-TG--T-TTT-A-TAT--A-TA-A-A-CAC-TA--TG--T-AC--C---AAAGT---TT--G--------GC-CCCACC---CTGGGG--TTTCAG--AA--ACC--CCTACC-C----GGGATCACCAAA-T-T------T--A--CAA-TTT---TT-GT-AG-A-------AGC-CTTT-C-CTGCT---C-TA-C-AT-CA---CT---ATGCA---TT-----TG-GTTA--T---C-TC--AGG--C-AT-G-TA-C-G-CT---T-G---TAAAGAAAG--AAG--AT-TT--TT-TGAAAAAATTA-GT---CACTTT-TG-GGCAG---T-----T-TTGC--CC-CGCC----TCCA--A-------G-CCCCA-G---GC--GTGCAAG-AGACC-TGA--AA----TTT--A---C-AATTTTTTGTGCC--C-CTTG----TTCC--CAAGA-TGCT-TCA------TAC-A-AAA-T----T---G-A-AA-------G----AA--T--G-G---------AC--TGGT-G-GT-TTATTCCA-A--GAAGA-AGTTT---AAAAAT--GTT-TAA-T-----T-GTTAA-------CGGACGA-A-GGAC--GT-CGCACGAC-G-AC-GGAACGGA---AGAC------CAAT-T------G--CA---ATA---GATC-ACATGA-TAAACTCAGGTTGA-CCTAAAAtat
gi|4 : aa-----CAGGGGGTGCAAGAGAACCGTGAAATTTACATGTTT-TGTGCCCCTTGTCCAA--A---ATG-CTTCTATATCAAATTTTGAAAAG-ATTGAAATTGAACAGGTAA-TTA-TC---AAGAATT-TAGAA---A----AGTTCAATTGTT---TAACACCATTT-----TCAG-CA-AT------GAACCAGATTATGGT------GGC--CCC---CCC--TAAT--A-C-AAAAA-C-CCCT--ACAC--C-TAG--A-G-T-C-C-AAAAT--TT-CA-ATTATT-ATT---AGGGA---AA-ACTCCCT--G--CTCAATT--CCAAACACA---TCC-AT-TTAG-TTTTAA--TATTACA------A-TATCAATCAGCATTAAA---G------------------C--TTTT-T-C-AAA-TT--T-TTT-ATCAC--A-TA-A-GTTACTTA--TGGCTAAC--T---AA-GCTAATT--GCCGCCCCCAC-CCCCCC---CCGGGGGTT--CAG--AA--CCT--CCTACCGCCG--GGGATC-CCAAA-TAT------T--A--CAA-TTTG--TGTGTGAG-A-------GGC-CTT--C-CTGCT---T-AG-C-AG-CA---CT---ATGC----TT-----TGTATTC--T---C-TC--AGG--A-AT-G-TGAC-A-GT---T-GTC-TAACG-AAG--AAG--AT-TT--TT-TGAGAAAATTG-GT---CAC-TT-TG-AGCAG---T-----A-TTTA------GTC----CCC---T-------G-CCCCAGG---GG--GGGCAAGAAGACC-TGA--CA----TTT--A---CAAATTTTATGTGCC--CGCTTG----T-CC--AACGA-TGCT-TCA------TAC-C-AAA-TG---T---GAA-AA-------G----AAT-T--G-G---------AC--TGGTAG-AG-TTA-T-CA-A--GAAGA-AGTAT----AAAAT--GTT-CAA-T-----TAGTTAA-------AGCACGA-ACGGAC--G--AGC-CGCC----C-GT-AGCGA---AGAC------CGAT-T------G--CA---ATA---AG
gi|5 : CA--T--TTAAA-ATAGGTTAC-AT-TTAG-TTGT-A--CATT--A------AATAT--AT-AGCATTAAACCGA--G-----A-------T-G--TTTTAT-C-AAAATG--T-TTTTA-CATTAA-TA-A-A-CTA-TA--AG--T-GC-------A-GT---GT--G--------GC-CC-GCC---CTGGGG--T--CAG--AATTACC--CT--CC-CCG--GGG-TCAACTAA-T-T---------A--CA---TT---TA-AT-AG-AAGTAAAGGGG-CTT--CTCTGCTTATC-TA-CCAT-CA---CT---TAGCA---TT-----TG-GTT---T---C-TCTCAGGA-T-AT-GGTG-C-G-GTATTT-G---TCAAAGAAGTTAAG--AT-TT--TG-C----AAATTG-GT---CACTTT--G-GGCAG---T-----T-TTTGTCCC-CACC----CCCA--G-------G-CCGCA-G---GG--GTGCAAG-TGGAC-TGA--AACTCCTTTCAG---C-AATTTCATGTGCC--C-TTGG----TCCCTTAAAGA-TGCT-TCA------TAA-C-AAA-T----TTGCA-A-AA-------GCTAAAA--TTCGCG---------AC--TGGT-G-GT----TT-CATA--GAAGA-AGTGT---CCAAATTAATTACAA-T-----TCGTGAATAGGAATCG-ACGA-A-CGAC--A--CGCACGACAG-ACAGG-ACGAA---GAAC------AAAT-T------G--CA---ATAAGCGATCAACCTGAGTT-ACTCAGG-TGA-CCTACAAc
gi|5 : ------CAAT-T------GAACATTTGTA---GGTC-ACCTGAG-TAACTCAGG-Tatgttcaattgtatataaatcatttcatcaat
gi|5 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaAG-TTACTCAGG--TGACC-TACAA---A----TGTTCAATTG-TATATAAAT-CA-TT-----TCAT-CA-AT------tatataaatcatttcatcaat
gi|6 : catttaaaataggttacatttagttgtacattaaatatatagcattaaaccgagatgttttatcaaaatgtttttacattaataaactataagtgcagtgtggcccgccctggggtcagaattaccctccccggggtcaactaattacatttaatagaagtaaaggggcttctctgcttatctaccatcacttagcatttggtttctctcaggatatggtgcggtatttgtcaaagaagttaagattttgcaaattggtcactttgggcagtttttgtccccacccccaggccgcaggggtgcaagtggactgaaactcctttcagcaatttcatgtgcccttggtcccttaaagatgcttcataacaaatttgcaaaagctaaaattcgcgactggtggtttcatagaagaagtgtccaaattaattacaattcgtgaataggaatcgacgaacgacacgcacgacagacaggacgaagaacaaattgcaataagcgatcaacctgTATATGCCCCTTG---AGCTAAAGATT-CTTC-AAACCGTATTT-GCAAATAATTG-----GAAT-GGTAG-TTA-TTAAGAAGA----TAAAAAAGA----TGTTCAATAG-T---TAACA-CG-TT-----TCAT-CA-CT------G-ACCA-TTT----T------TGT--CCC--ACCC--T-------------A-C-CCCT--AT-----------G-A-T-CAT-GAAAT--TTACA-AGTCTG-ATA---A---A---AG-GCTCGCA--G--TGCA--T--TCCAA-ATA---CTT-AT-TTAC-TTTT-A--AATC--A------A-TACTAAT-AGCATTAAA------G-----A-------T-G--TTTT-T-T-AAA-TG--T-TTT-A-CAT--T-TA-A-A-CAC-TA--CG--T-AC--C---AA-GT---TT--G--------GC-CACTCC---CTACGG--T--CA---AT--ACC--CCTACC-CCG--AGAATCACCAAA-T-T------T--A--CTA-TTT---TG-GT-AG-A-------GGT-CTT--C-CTGCT---T-CA-C-AT-CA---CT---AGATA---TT-----AA-GTT---T---C-TCTTGGA--C-AT-A-TG-A-G-TT---T-G---TACAG-AAG--AAG------------------AATGT-AT---CACTTT-TT-ATCAG---T-----T-TTTG--------C----CCTA--AATATAAGG-CGCCA-G---GG--GTGAAA
gi|7 : tttaGTTCAATTG-TG--TAGCA-CA-GTCTATATCATTCA-ATTTTCGAA-ACCA-ATT----TCTTG--AGCTCCCC--ACCC--TAAA--AAC-CAAAAAC-TCCT--AC-C--C-TAG--G-GGT-CAG-AAACT--TTATA-ATTATA-ATC---A---G---AA-ACTCCCT--G--CTCA--T--TC----CCA---TCCAAT-TTAG-TTTT-GGTTACT--A------A--ATCAAT-AGCATTAAA---G--GA----A-------T-GGATTTT-T-CAAAA-TG--T-TTT-A-CAC--ACTATA-A-CAC-TA--TG--T-ACAGC---AA-GT---TA--GA-------GCGCCCGTC---TAGGGG--TA-CAG---A--ACC--TCTCCC-CTG--GGAATCACGAAA-T-TCATTAGT--A--CAA-TTT---TG-GA-AC-A-------GGCTCTT--C-CTGCT---C--A-C-AT-CA---CTG--ATGCA---TT-----TA-GTT---T---C-TC--AGG--CAAT-G-TG-T-GTGC---T-T---TGA--AAAG--AAG--AT-TT--TTATG--AAAATT--GT---CACTTT-TA-GGCAG---T-----TATTTtacaagtccgtcttgtaaatgtaaatttcagtttttctggcccagtggttttttgagaagatt
gi|8 : aaaatatttgA--ACC--TCTGGA-CCA--AGG-CCAGGAAA-T-C------TCCA--CAAATTT---TA-GT-AG-A-------AG---TT--C-TCGCT---TGTT-C-ATGCAAGTCT---ATACA---CA-----TG-TCTG--T---C-TC-------C-TT-G-TA-T-G-CC---C-CC--TGAGTAAAG--GAG--AT-TG--TT---AAAAAA--G-AT---CCTTTT-T----CAG---T-----T-TT-G--AC-CACCATTCCCTA--A-------G-TTC-A-G---AGCCGTGCAGT-GGCCCATGA--AA----TTC--A---C-AATCTTACTTTCC--C-CTTA----TCCA--AACAA-TGCC-TTGT-----TAT-G-AAA-TATGAT---G-A-AA-------C----AA--T--GTG--------------GGT-T-GT-TTatgccaccgc
gi|9 : agGTGCC--C-CTTG----TCCT--AAAGA-TGCT-TTG------TAC-C-AAA-T----TTT-G-A-AAAGCATTGG----AA--T--G-GTGTGCCATAAC--TA-T-G-GT-TTA----A-AATGAAGATCGTTT---AAAA-T--GTT-CCA-T-----T-GTT----------------------C--A--CGCACGAC-G-AC-GG-AC-GA---AGACCCATAACAATATGTCATAG--CA---ATA---TGTC-ACCCAAG-TGAATCAGG-TGA-TCTAAAAttat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATCCAGACGAATGTCTAGAATTTTATTAAATAGTTTTCCTATAG
Unaligned ( gi|19 ): CCCCCCTCCCCAACTTTGTTGAAGGGGGTTA