lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 11111 222222222222222222 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 66 4 22222 55 444444444444444444 4 222 8 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8
lowQualScore : . .. . ..... .. .................. . ... . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .
lowQualScore : 0 11 4 33333 55 666666666666666666 0 555 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0
consensus : ATTAT-A--T-ATAAG---AT--AT----T--ATA----T-A-ATAT-AT---TATA-TANAA--T---C-AT-TCATATC-AT----A-TCAT-TGATAT-CA--AT-ACAT---A--N-AT---ATGAT-T---TATGT-AA-TATT-AT--ATT--AT------ATCAT--A-AT-------CG----T---A---TA-AT--T-----C-AT-AT--T--ATACC------TAT----TA--T---CG-TAT-TATATC--ATA--TCA-AACA-TATN----G-ATCG--TTAC-T---CATA---C--C-ATA-TCA------AA--A--ATA----TC---GTAT----CAT-ACCA--TATNN---------TATC----ATACCATATCGT--CA----ATAT--TG-G-T---A----TCAT------A----ACCA-N---AT-C-------------GT-A--AT-A---A-T--AT---TG---A-TC--AT--ACC-A--TA---T--G-----T----A---A-T-A--C-A----T-A--TCGT-----A-T-C-AT--AT-C---A--N-AC---C--AT-T---AT--TC-A-TA-TC-----G-------ATA----------------A-T---------TGTAT-----CA--TA-T-C-AA----------AC--C-ATT-----T------------TAT---C-A-T-A--T-A--A-T---A-TCG--T-A--TA-A-A-A----CCAT--------AT--C--G-TA--TA----C-AT--A-T----------C-ATA----------T---TA----A--T-A--------T---------T----CGTA-T-------C--A-A-CC---A--T-ATC----AT--A----A-----AT-CAT----T-T-GTA----T--C-ATA----ACCATA-T----CGT--A-TN-ATA-TC-------G----T-AT----A-TA---CCG-AT-------T----A-T-C---GTAT-CA--TA-C-AT--AT-CA----A---T-A--T-A-----ATAT--C-G-----------TAT-CA-TA-NCATANNNNNTNNTNNNNNNCATANNATNNTNNNTNNNNNNTANNTNNNTNNNATNNNATNNNATNNNANANNNNTNTNANA--T-TA-CC--A-TA-TTGT--T---CA-T-A-CCAT--A-T-C-G-TA------T-A--A------TATCG-TAT--CA------ATAC--------CA-T-AT----CGTA--T--A------AT--A-CC----AT----A-----TC-G-------T--A--T------A-------A-----TA-T---G-----C---A--T-AC--C-AT-A---T--T--AT--AT--AAT----T-ATCGC------------GT---AT---C----AT--------ACC----CATA----T-C---ATA-----A-------TCGT------A--AT--A---A-N---AT-----CG-A-------T---AT-A----C--ATAC-C-----TA-----AT-C-----A--A-TA-TC--------AT-A-C-A--T---A-AT-CG---T--AT--AN---TA--T-A------A--T-AT---CG--C-CATTA--C----------TA--C-A-----T-AT----C-G--T-------AT-A-----A-TAT-----CGT-AT-CAT---A------T---C---C----A----ATA-----------TCG-----T---AT---C-AT---T----C-A----T-----AT-----T----AT----A-C-C--AT---TATCGT----TC-AT-----A---ATA-----T-CG----A-T-A--T-CA--T------A--C-A-AT-NT---T---A---C---TA---T-A-TCG---AT-------C-ATAC-CAT-A----A---TC-------------G-T-AT-A-ATA-TCA------A-T-C--A-TA-TC-A-TA-----T---C--A-------A---------------T--A----TC--GTA----T--A------AT---A-TC-------AT-----AT-C--AT-A-----C---CCAT-ATC-G--TA-----T---A-A-T--A----T---CG--T-C-A-TANCATA-TC----A------A-A----TA----A-T----A-AT-A---T-CGTATC-AT---AA----------ACA-AT----TAT--CGTA-TATAA-ATC-----T--ATC-A-TAC---C---A----TA-CA-T--CG-----T-AT--C--A-TA-C-ATA---AT-TG--T--AT----C--A---T---A----A---AAT---ATA----TC---AT-CAT---AC-NAT-T--CN-T---ATCA-TA-C-CAT--ATC-G------T-A-TA--ATA-----C--GTA-ACGTA---T----C------T-A-----ACCA-TATC-----G-GTA-TAT----TATCGA--TATC-ATAT-A-A-ATCATA-AC-----CATATCA-ATA----TA-TA-GT-AT--CGTAT---C---ATA-C-AT--ATCA-TA-----T-GT----A-ATAT-A-----GTATC-ATACCA-TTCAT-AC---CATAC-C--TAT-TCGT--AATATACG--CN-----ATA-TTG----T---CA--T---CAT--ATC---CA-----TA-C-GTATCG---TATC--NCA-TATATCAGTTTACNATATTNNNTANTATANANNNTATTCTNTCGNTNANTACCATATTTNNTCGNAANCGNNTNNNTATATANCGTTACGTATCNTATATTNACTATTNAATTATCCA-TATAAT-AT----TCGTA---TCATA-T-ANAACCATA-T-CGTATA--ATAC--CCATATCATA--TA-A---TA-TC-----AT--A-T-----A-AA----T-----------CA--T-ATCAT---A-----TCCA-ATC--A-----TA----T--CA---ATAC---CAT----AT-CG-TAT--AG-TACTA--A-A-A---AT-CG-TAT-----C-A-AT--CC--AT-T-A-A--T-C-G-T-A----TCAT-ACC-A---ATAT--CG-GTATA-A------T-AT---C----AT--A--CA---TA-C---CAT--A-A------T-CG-T-AT-A-A-----T---------A---T-C-A-T-AC-C-A-TA--TCG-T---A--T----A-TATC-AT-----AT-A-----T----AA-----TA-T--CA-T--A-CA------ATATCGT--A----T--C-AT--A-TA--T---CG-T-AT-CG-T--ATAN-A--A-T---G---TATCATA---C-ATATCATATA-ATAT-TG-TATCA--TACCA----A--T--ATCGT-A---T--A---T-C-N---TAT-CA---ATA----CCA--TATC-G------T--A-T------CA-TA-----T-----C---AT--A----AT-TG-T-A------ATCAT--A----A--TA-T-------A---T-C-T-----ATATCA-A-----TA--GT-----T--TG--T----CA-T-A-C---CATA-----AT----------------T---------CGT-TAA----TAT---C--G--TA---N-CA-----T--A-TCA--N--AC----CA--T----A-T------G---T----A--TA--AT-A--T---A--NA----A--T-------AT-CG-T-AT-A----A-T----------A-TCA-TAC---CA----T-------A-T--C-T---AT-----A--A-TA-----T--------G----T-AT-A--T---ACC---------A-----ATAT-C------A----A----TAT----T-CG-A-TTA----ATA----N---GT---AT-CAT-------AT--C--A--T-CG-TATCCAT-----A--CCAT-A-TC--A------T---A-A-TA-------T---CA---------------GTA--TC--A-T--A----C-----------A-T----AT-T-G-T-----A-T----T--A--C----TA--AT-C---AT--A-----ATC----N--T-AC-CA-T----AT-AT---C------TGTA-TCA-TA-C-C--A--T-TC-G-TAT---AA---AA----A--TCG-TA-TCA-T---AC---C-ATA--------------TCG--T---N----ATA----A-----T---A----TCATA-----C-C-------A--T----------CAT----T---A---C--T------ACT--------A---A--TAT----CGT-T---C---ATACCA-TATCG-T-ATC-G--N-AT--A-A-T----ATA----------------CGTA--T-CA--TA-C------C----------A-T--A--------TCGTA-TC-A-T-AC--CAT-A-TC-CA---AATATC---TG--T--CNTA-TA-A-CCA-TA-C---TCGTA-T-A-G----AT--ATC-T--NCCATA-T---C--AT--CAC------T-T-TA-AT----TATC---TG-----CGTAT-CATAC--------TCAATA---CA----------TA----ATCGTATNAA-T--ACCG---TAT-C--G----T--TA-----AT--------A--TCAT--AT--AT--ACCA----A-N----ATCATN-T--CATATCGGGT---ATA--G---T-A-------T-A--A--T-A---TC----------GC--AT-C-A---A----TACC---ATATT-TGT-A-T--------------A-----AT--AT--CG-T-AT-C--AT-ACC-A------------T--ATCG-TATA----A----ATATC----C--A-T-A-------C--------A-T-AC------CATA-T-C-GT-A-AT-A---ATATC--AT----TAN---CAT-------A-----T-C-A-AT-TA-CC--G-AT-TC-GTA----AATA-AT-TCGTATCA-TA---T-A-A-G-TCA--T---AAC-ATTA---CA-A---------A-T-C---ATAA--TA------T-CATATC-A-T--ACA--CCACC-CATA-TCGT-AT--GA-TATA--AT-AT-C-A-TCATGGA
Reference ( gi|1 ) : ATTAT-A--T-ATAGG---AT--AT----T--ATA----T-A-ATAT-AT---TATA-TACAA--T---C-AC-TCACATT-AT----ACTCAT-TGATAT-TA--AT-ACAT---A--GGAT---ATGAT-T---TGTGT-AA-TATT-AT--ATT--AT------ATCAT--A-AT-------CG----T---A---TA-AT--T-----C-AT-AT--T--ATACC------TAT----TA--T---CG-TAT-TATACCG-ATA-GTCA-AACA-TATG----G-GTCGC-TCAC-T---CATA--GC--C-ATAATCA------AACCA--ATA----TT---GTAT----CAT-ACCA--TATGT---------TATC----ATACCATATCGT--CA----ATAT--TG-G-T---A----GCAT------A----ACCA-A---AT-T-------------GT-A--AT-A---A-T--AT---TG---A-TC--AC--ACC-A--TA---T--G-----T----A---A-T-A--C-A----T-A--TTGT-----A-T-C-AT--AT-C---A--A-AC---C--AT-T---AT--TC-A-TA-TC---C-G-------ATA----GGG---------GGT---------TGTAT-----CA--TA-T-C-AA----------AC--C-ATT-----T------------TAT---C-A-T-A--T-A--A-T---A-TCA--T-A--TA-A-A-A----CCAT--------AT--C--G-TA--TA----C-AT--A-T----------C-ATA----------T---TA----A--T-A--------T---------T----CGTA-T-------C--A-A-CC---A--C-ATC----AT--A----A-----AT-CAT----T-TCGTA----T--C-ATA----ACCATA-T----CGT--C-TG-ATA-TT-------G----T-AT----A-TA---CCGGGT-------T----A-T-TG--GTAT-CA--TA-C-AT--AT-CA----A---T-A--T-A-----ATATG-C-G-----------CAT-CA-TA-GCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-T-TAGCC--A-TA-TTGT--T---CA-T-A-CCAT--A-T-C-A-TA------T-A--A------TATCG-TAT--CA------ACAC--------C--T-AT----CATA--T--A------AT--A-CC----AT----AC----TC-G-------T--G--T------A-------A-----TA-T---G-----C---A--T-AC--C-AT-A---T--T--AT--AT--AAT----T-ATCGC------------GT---AT---C----AT--------ACC----CATA----T-C---ATA-----A-------TCGT------A--AT--A---A-G---AT-----CGGG-------TG--AT-G----C--ATAC-C-T---TA-----AT-C-----A--A-TA-TC--------AT-A-C-A--T---A-GT-CG---T--AT--AG---TA--T-A------A--T-AT---TG--C-CATCA--C----------TA--C-A-----T-AT----T-G--T-------AT-A-----A-TAT-----TGT-AT-CAT---AC-----T---C---C----A----GTA---C-------TCG-----T---AT---C-AC---T----C-A----T-----AT-----T----AT----A-C-C--AT---TATCGC----TC-AT-----A---ATA-----T-CG----A-T-A--T-CA--T------A--C-A-AT-CT---TC-CA---C---TA---T-A-TCA---AT-------C-ATGC-CAT-A----A---TC-------------G-T-AT-A-ATA-TCA------A-T-C--A-TG-TC-A-TA-----T---C--A-------A---------------T--A----TC--ATA----T--A------AC---A-TC-------AT-----AT-C--AT-A-----C---CCAA-ATC-G--TA-----T---A-A-T--A----T---TG--T-C-A-TAACATA-TC----A------A-A----TA----A-T----A-AT-A---T-TGTATC-AT---AA----------ACA-AT----CAT--CATA-TATAA-ATC-T---T--ATC-A-TAC---C---A----TA-CA-T--CG-----T-AT--C--A-TA-C-ATA---AT-TG--T--AT----C--A---T---A----A---AAT---ATA----TC---AT-CAT---AC-GGT-T--CT-T---ATCA-TA-C-CAT--ATT-G------T-ACTA--ATA-----C--GTA-ACGTA---T----C------T-A-----ACCA-TATC-C---G-GTACTAT----TACCGAG-TATC-ATGT-A-A-ATCATA-AC-----TATATTA-ATA----TA-TA-GC-AT--CGTAT---C---ATA-C-AT--ATCA-TA-----T-GT-C-TA-ATAT-A-----GTATC-ATACCA-TTCAT-AC---CATCC-CCTTAT-TCGCTCAATATACG--CG-----ATA-TTG----T---CA--T---CAT--ACC---CA-----TA-CTGTATCA---TACC--CCA-TATATCAGTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCA-TATAATCAT----TCGTA---TCATA-T-ACAACCATCCT-CGTATA--ATAC--CCATATCATA--TA-A---TA-TC-----AT--A-CC----AAAA----T-----------CA--T-ATCATG-GA-----TCCA-ATC--A-----TA----T--CA---ATACCCGCAT----AT-CG-TAT--AG-TACTA--A-A-A---AT-CG-CAT-----CCA-ATGGCC--AT-T-A-A--T-C-G-T-A----TCAT-ACC-A---ATAT--TG-GTATA-A------T-AT---C----AT--A--CA---TA-C---CAT--A-AG-----T-CG-T-AT-A-A-----T---------A---T-C-A-T-AC-C-A-TA--TCG-T---A--T----A-TATC-AT-----AT-A-----T----AA-----TG-T--CA-T--A-CA------ATATCAT--A----T--C-AT--A-TA--T---CG-T-AT-CG-T--ATAG-A--A-T---G---TGCCATA---C-ATATCATATA-ATAT-TG-TATTC--TACCA----A--T--ATCAT-A---T--A---T-C-T---TAT-CA---ATAG-GCCCA--TATC-G------T--A-T------CA-TA-----T-----C---AT--A----AT-TG-T-AA-----ATCAT--A----A--TA-T-------A---T-C-T-----ATACCA-A-----TA-GGT----CT--TG--T----CA-T-A-C---CATA-----AT-----C----------T---------CGT-TAA----TAT---C--G--TA---A-CA-----T--A-TCA--A--AC----CA--T----A-T------G---T----A--TA--AT-A--C---A--GA----A--T-------AT-CG-T-AT-A----A-T----------A-TCA-TAC---CA----T-------A-T--C-T---AT-----A--A-TA-----T--------G----T-AT-A--T---ACC---------A-----ATAT-C------A----A----TAT----T-CG-A-TTA----ATA----A---GT---AT-CAT----C--AT--C--A--T-CG-TATCCAT----TA--CCAT-A-TC--A------T---A-A-TA-----C-TC--CA---------------GTA--TC--A-T--A----C-----------A-T----AT-T-G-T-----A-C----T--A--C----TA--AT-C---AT--A-----ATC----C--T-AC-CA-T----AT-AT---CC-----TGTA-TCA-TA-C-C--A--T-TC-G-TAT---AA---AA----G--TCG-TA-TCA-T---AC---C-ATA-A----C-------TCG--T---G----GTA----A-----T---A--G-TCATA-----C-C-------A--T----------CAT----T---A---C--T------ACT--------A---A--TATGGGGCGT-T---C---ATACCA-TATCA-T-ATC-G--A-AT--A-A-T----ATA-G----------G---GGTA--T-CA--TAGC------C----------A-T--A--------TCGTA-TC-A-T-AC--CAT-A-TC-CA---AATACC---CG--CCCCTTA-CA-ACCCACTACCCC-TCGTA-T-A-G----AT--ATC-T--CCCATA-T---C--AT--CAC------T-T-TA-AC----TATC---TG-----CGTAT-CATAC--------TCAAGA---CAG----G----TA--G-GTCGTATGGA-T--ACCA---TAT-C--A---AT--TA-----AT--------A--TCAT--AT--AT--ACCA----A-A----ATCATC-T--CATATCGGGT---ATA--G---T-G-------T-A--A--T-A---TC----------GC--AT-C-A---A----TACC--GATATT-TGT-A-T--------------A-----AT--AT--CG-T-AT-C--AT-ACG-A------------T--ATCG-TATA----A----ATATC----C--A-T-A-------C--------A-T-AC------CATA-T-C-GT-A-AT-A---ATATC--AT----TAG---CAT-------A----GT-C-A-AT-TA-CC--G-AT-TC-GTA----AATA-AT-TCATATCA-TA---T-A-A-G-TCA--T---AAC-ATTA---CA-A---------A-T-C---ATAA--TA-----GT-CATATC-A-T--ACAGGCCACC-CATA-TCGT-ATACGACTATA--AT-AT-T-A-TCATGGAGAACCCCACGGATCGCATA
gi|2 : ATCAT-A--TCATATT---GT--AT----C--ATA----T-ACATAT-AT---CGTA-TAAGA--TATAC-ATGTCGTAT--AT----AC-CAT-GAACATATC--AT-ACAT---A-----T----TGAT-TC--TGTATTAA-TATTGATGCATT--AC--------CAT--A--T-------CG----TG--A---TA-AT--TATCTGC-AT-ATA-TGGATA---------AT----TG------CG-TAT------CA-ATA-G--A-ATTA-TATT----GTATTAC-ACAT-TGATCATA--CC--T-ATTGTTA---------TA--ATA----TT---GTAT----C-T-AC-A--TATGTATCATCCAGTATT----GTATCATATCAC--TAT---ATAT--CG-G-T--------TTATT-----C----ACCC-ATT-AT-C-------------GC-T--AT-A---A-TC-AT---T----A-TC--AT--ATA-A--TT---C--G-----T----AT--A-T-A--CCA----T-A--TTCT-----A-T-T-GT--AT-A---A--T-AC---C--AC-----ATA-TC-G-TA-TC-------------ATA----CGC---------GTA---------TGTAT------A--TA-T-T-G-------------------T-----T------------CAC---C-A-T-A--T-G--A-T---A-TTGACT-A--TT-G-A-ATTATCCATGATCATTAATAAC--G-TA--CA----C-AT--A-TTCAATATACCC-ATA----------TATATA----A--T-AGGATATCCT---------T----TATA-T-------C--T-A-CC---A----ATC----AT--ATTACAT----AT-CGT----A-TAGTA----T--A-GTA----ATCGCA-T----CATAAC-TA-AT---T-------G----TGAT------TA----------------T----A-T-TG--ATAT-C---TA-CCAT--AT-GT----A---T-A--T-A-----TCAT------------------T-CA-AA-TCATAAATATACCATTTATTCAATTAATTTCATATAATATGTATCATTATCAGTATAACATCATATCAGACCCATTATGTAT-----------A-TA-TCGT--TGT-CA-T-A-CCAT------C-A-TA------T-A---------T-TCG-TAT--CA------G-AC--------CA-T-AT----CATAACT--ATCTTTCAT--A-CC----AT----A----------------T--G--T------AC------A-----TA-----A-----T---A--T-AT--C-AT-A---C--T--ATTGAT--AATA---T-ATC-C------------GT---AA---C----ATTAATCAAAACA----AATA----T-CGTTATAT----A-------CCAT------AT-AT--A---A-T---ATATTTCCAAGATATACTTG---T-T----C--ATAC-C-A---TAGGT--AT-T-----GTTA-TA-TC--------AT-A-CCA--T---A-AT-T----T--AT--CA---TA--C-C------A--T-AT---TG--T--ATC--------------T---C-A-----T-AT----G-G--T-------AT-A-------TAT------GT-AT-CATCCAAT-----T---C---T----ATATAATA---A-------TTG-----T---CT---T-AC---T----C-AAACAT-----ATCGACTT----AT----A-C-C--AT---T---------CC-AT-----A---TGA--------G----A-T-A--T-TA--T------G--C-A-A--------C-CA--------------A-TCT---AT-------A-ATAC----------A---TT-------------G-TTAT-AGATA-TAA------A-T-C--G-----C-T-TA-----T---CC-G-------A---------------T--G----TTTAATA----T--A-------------TT-------GT-----AT-C--AT-A-----C---C-AT-ATC-G--TA-----T-------T--A----T---TA--T-C-A-TAATATA-TC----ACCATTCG-A----TC----T-T----A-AT-A---T-GGTATCTGT---AA----------T---GT----CA---CATA-TCTAA---------T--ATC-A-T-----C---A----CG-CA-C--TA-----T-GT-----A-TA-----A---AT-TA--T--AT----C--A---T---A----
gi|7 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctattatactataggtataatatggatataatatttatataaatccatatatatagattcatgatatataaatattgatattagtattaataatttataataattatatcgtatatcatactattaccatagtgtattataccatacgttgatatcaacaatatgtatcatccatattgtatcataatagtatttgtagcaatacatctggtataataccagtatcgtaatataagtgtgaatgtacaaccatatcgtataccatatcgATTATGA--T-ATAGG---AT--AT-------ATA----TGA-ATAT-AT---TATA-TAAAA--T---C-AT-TATTATTGAT----A-TAATATGATAT-TA--ATTATATTTTA--TAAT---ATGATAT---TATGT-AACTATTGAT--AT---AT------ATGATTAATAT-------CC----T---A---TA-AT--------C-ATTAT--T--ATACCATATCGTATGAA-TA--T---TG-TAT-CATACC--ATA--TCA-AACAATATT----GTATCAT-TTAC-----CATATTGTT-C-ATAAT---------------ATA----TC---GTAT----CATTACCA--TTTTG---------TATC----A-ACCATATCATA-CA----ATAT--TG---T---A----TTAT------A-----CCA-A---AT-T-------------GT-A---T-A---A-T--AT---TGT--A-TTCAAT--ACC-A--TA---TC-G-----T----A---A-TCA--T-ACCATT-A--TTGT-----AGT-C-AT---T----------AC---C--AT-----AT--TC-G-TA-T------A-------ATA----TG----------------------TGTAT-----CA--TA-T-C-AA----------AC--C-A-------G------------TAT---C-G-T-A--T-AAGA-T---A-TCG--T-A--TA------------AT--------AT--C--G-TA---G----C-AT--A-ccagacatctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|4 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctATTAT-AATT-ATAAG---AG--AT---------A----T-A-ATAG-AT----ATACTATAA--T---T-AT-ATAAATC-AT----ATGTAT-TGATG---------ATAT---A-----T---ATTAT-T------GT-AA-TATT-AT--ATT--ATTTTAAGATAAT--A-TT-------CGAG--T---A---TA-AT--C-----A-AT-AT--T--ATACCA-----TATCGTTTA--T---TGGTATATATACC--ATA--TCA-AACAATATCT---G-ATCGG-ATAC-----CATA--GTATT-ATAAT---------------ATA----TTC--GTCT----C-T-AAC-----TAT---------TATC----TTAATA-ATCGT--CA----ATAT--TG---T---A----TCAT------A------CA-A---AT-T-------------GA-T--AT-A---AGT--AT---TGT--A-TA--AT--ACC-A--TT---C--G-----T----AT--A-T-A--CCA----TCA--TTGT-----A-T-C------T----------AC---C--AT-T---CT-----A-TA--------A-------ATA------------------T---------TGTAT-----CA--TA-T-C-AA----------AT--C-ATA-----T------------TAT---T-A-T-A--T-A-----------------A--TA-A-A-A----CC-T--------AT--C-----A--TA----A-ATTAA-T----------C-GTA----------T---TA----A--T-A--------TATCGAAATAT----CGTA-T-------C--ATA-CC---A--T-A------AT--A----A-----AT-AAA----T---GTA----T--C-AT-----ATAATA------CGT--A-TT-AT--TT-------G----T-ATC---A-TA---CCA----------T----A-T-----GTAT-CA--TC-C-AT------A----A---T-A--T-A-----
gi|4 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatATCAC-A--T-ATAAA---AA--AT----G--GTA----T-C-ATATTAG---TACA-TA-AA--T---A-A----ACATC-GT----AATTAT---ATAT-TATAAT-ACAT---A--C-ATTTAATGAT-T---C------A-TATT-AT--A------------ATTAT--A-AG-------AGA---T---A---TA-AT--A-----G-AT-ATACT--ATAAT------TATA---TAAAT---CA-TAT--GTATTG-ATG-AT----ATA-TATT----A--TTG--TAATAT---TATA---T--T-ATT-TTA------AGATA--ATA----TTCGAGTAT----AAT---CA---ATAT---------TAT-------ACCATATCGT--T------TAT--TG-G-T---A-----TAT------AT---ACCA-T---AT-C-------------A--A--AC-A---A-T--ATC--TG---A-TCGGAT--ACC-A--TA------G-----T----A---T-T-A---------T-A--ATAT-----A-TTC-GT--CT-C---T--A-AC---T--AT-T---ATCTTA-A-TAATCGT-C-A-------ATA------------------T---------TGTAT-----CA--TA---C-AA----------A-------------T------------TG------A-T-A--T-A--AGT---A-TTG--T-A--TA-A-T-A----CCAT---------T--C--G-TA--TA-------T--A-C----------C-AT------------------------C-A--------T---------T-----GTA-T-------C--T-A-CC---A--T-TCT----AT--A----A-----AT--AT----T---GTA----T--C-ATA-----TCAAA-T----CAT--A-T---TA-TT-------A----T-AT----AATAAAACC-------------------------TAT-CA--TA-A-ATTAAT-CG--------T-A--TTA-----ATAT-----------------AT-CG-AA-ATATCGTATCATACCATAATAAATAAATGTATCATATAATACGTATTATTTGTATCATACCATATGTATCATCCATAATATACAT-T--CC--A-TA-TTGT--T------T-A-CCAT--A-TTC-A-TA------G-A--A------TATCG-CAT--CT------AC-C--------A--T-AT----CGTA--T--AT-----AT--A-TCA---AT----ACATGATC-A-------T--T--T------A-------A-----TA-T---G-----TTTAA--T-ACAAC-AT-A---T--T--GT--AT--cattccatattgtttaccatattcatagaatatcgcatctaccatatcgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|9 : acggatttcatccatcacatttatcattTTAA-A--T-AT-GG---AT---T----A--ATAGTGTT-A-ATAT-ATAG-TATA-TAAAT--T---C-AT-TATTATT-AT----ATGCAT-TGATAT-TAT-AT-AAAT---A--G------ATGA--C---TATGT-AA-TATA-AT--ATT--
gi|3 : caggattctctcatgtcctgatgttataacactttatcataccacacaatactaaaattatcataatgtacaataattttaactagtataattataaacataattgattatctTAT-G--T-ATAA----AT--AT----C--GTA----T------C-AT---TACA-TAC----T---CTAC--CACAT--ATGAGCATCCAT-CGATAT-CA------TAT---C--GTATC--ACAAT-A---TCTAT-AA-TTAC-AT--ATTCAAT------ATCGC--T-AT-------AG----T---A---TA-ATAAT-----C-GC-AT--A--ATACC------TAT----TG--T----A-TAT-TGTATCC-ATA-TATATAACA-T-------------C-T-AT-T---CATA---C--C-ATA-TCG---------TT--ATA----TC---GT-T----CAT-ACCA--TATCA---------TATGGGTAATACCATATCAT--TA----AT-T--TC-G-TTCAA----GCCT------A----ATCA-T---AT-TTATATACATTATCGT-T--AT-A---C-T--AT---GT---A-TC--AT--A---A--TA---T--A-----T----A-----T-A--C-A----A-A--TCGT-----A-T-T-AC--AT-C---GT-A-AA---T--AT-C---AA--AC-A-TA-TC----------------------G---------AAT---------TGTAT------A--TAAT-C-GT----------AC--C-AT--------------------AT---C-AAT-A--T-A--A-T---A-GTAG-T-A--TA-TTA-A----TC-T--------AT--T--G-TA--TA----CTAT--AAT----------C-ATA----------C---CA-------T-A--------T--------------CGTA-T-------C--T-A-CT---A--C-AT-----AT--A-------------CAT----C-T-GTA----T--C-ATA-----CCAT--------------TT-ATA-TTC------A----T-AT----C-TA---CCG----------T----A-T-CG--TTCTGC------C-AT--AT-TT----G---T-A--T-CTTTCCATTTA-C-G-----------TAT-AA-TA-TCGTATCTATCCATGCATATAATAGTTGTATCGATATCAAGCCATTACGTTGATACCATCATATTTATATTACCATCATA----T-TAGTT--AATA-TTGC--A---TA-T-A-CCCT--A-T-T---TG------T-A--A------TATCG-TAT--CT------ACA------------T-AT------TA--T--A------AT----------AT----AC----------------------------A-------A-----TA-T---------C---A--T-AC--C-AT-A------T--AT--GT----T----T-A----------------AT---AT---C----AT----------T----CATA----T------TG-----A-------TCTA------A--AT--A---t
gi|6 : ccca-A--T-ATAAC---ATCTAT----T--AT-----T-C-ATAT-AT---TATAATACA------------------T-AT----AATTAC-TGATAT-CT--AT--TAT---A--ATAT---AGGAA-T---T-----AA-TAT------ATT--AT------ATAA---A-AT-------CGATTAT---G---TACAT--T-----G-AT-AT--T--ATA--------TAA----TA--T---GA-TAT-TATGT---ATA----A-AAT--TAT----------------------------------ATAAT---------ATAA--ATA----TC---GTATAA--TAT-ATTA--TATGCA--------TATC----GTATTATACCTA--CATATGATAT--TG-GGT---A----TCATCATATCA----AACA-A---ATCT-------------GT-ATCAT-AC--A-T--AT---TG--------------------TA---T--A-----T----A---A-T-A---------T-A--TCGT-----A-T-C-AT--A--C---A--T-AC---T--GT-TC--AT--AC-ACTA-TC---G-T-------ATA------T---------AAT---------TGTAT-----GA--TA-T-C-AACATATCGTATAC--C-ATTA----TG-----------TAT---C-A-T-A--T----A-T---A-TAA--T-ATTTA-ATA-AT---CCAT--------AT--C--A-TA--TA------AT--A-T----------T-GTA----------T---CAT---A--C-A--------TA--------T----CATA-TATTC---C--T-A-CC---A--T-ATC----AT-----------------AT----T-TAATA----T----GTA----ATCATA-G----AAT-------ATATTT-------G----T-ATA---A-TA---CCA----------T----A-T-C---GTAT-CA--TA-C--C--AT-AA----ATTGT-A--T-A-----ATAT--T-G-----------T-T-CA-TA-CCATctcaaattacattttaagatcacaa
gi|8 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcata-A--T-ATAGG---AT--ATAATGTGAATA----T-G-ATAT-AT---TATA-TA-AA--T---C-ATATTATATG-AT----A-TCAT-TGATAT-TA---T-AAAT---A--TGAT---AT--------TATGT-AA-TATT-AT--ATT--AT------A--AT--A-ATTTAATATCG----T---A---TA-TC--T-----C-----T--T--ATACC-------AT-----A--T---CG-TAT-TATTTCC-ATA--TCG-TATA-GATA-------TTGT---A--T---CATA---C--C-ATA-TCA------AAC-A--ATA----TT---GTGT----CTT-ACCA--TATTG---------TATC----ATAATAAATCGTATCA----ATACCATA-T-T---A----TCAT------A-----CCATA---AT-C-------------GT-A--A--A---T-T--AT---TGTTTA-TC--AT--ACC-A--AA---TTTG-----T----A-----T-A----A----T-A--TTGT-----A-T-C-AT--AC-C---A--T-AT---CGTAT-C---ATA-CC-A-TA-TT---TAG-------AT-------T---------ATT---------TGTAT-----CA--TA-T-C-AA----------AG--C-ATG-------------------AT---C-A-T-AAAT-A--G-TTGTA-TCA--T-A--TT-A-A-A--------------------------A--TA----C-AT--A-T----------C-GTA----------T---atcgtatatacctattgtatctatcatataactatcatatcacactatactgta
gi|5 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaactatcgtaatgtacataatataaatctatatcatatattattaatacacacattatgattatttattaaaga--T-ATAAGTATAT--AT----T--A-A----T-A-CCAT-AT---CG-A-TATAA--T------------ATC-AT----A-TCAT-AAATAT-CA--AA-CCAT---ATCGGAT---ATAAT-ACCATATGT-A--TA---AT--ATC--GT------ACCAT--A-TT-------CA----T---A---TA-ATA-T-----CGAT-AT--C--AGACCA-----TATCA--TA--T---CG-TAT-AATATAG--TA-TTCA-TACG-CATA-------TC----CGA-T---CATT--AC--C-ATA-TCA---------CT--ATAACACTT---GTAT----CAT-ACCA--TATTG---------TATA----ATATCATAT--T--C-----ATAC--TGTT-T---A----TCAT------T----ACCA-T---AT-T-------------GT-ATCAT-AACCA-T--AT---CG---A-T---AT--A-------A---T--A-----T----C---G-T-A--C-A----T-A--CCCT-----A-T-C-AT--AT-C---ATCA-AC---C--AT-T---AT--CA-G-TA-T------A-------ATA----TG----------------------TGT-T-----CA--TA-T-CAAA----------AC--C-ATA-----TCGTATAATACCATAT---C-A-TAA--T-A--A-TA--A-TCA--T-A--CC-A-A-A----TCAT--------AT--C--A-TA--C-----C-AT--A-T----------C-ATA--------------CA----A--T-A------------------T----CGTA-TAGTATAAT--A-A-TC---G--C-ATC----AT--ACGC-AT----AT-TGT----A-TAATA----T--C-GTA----ATCATA-C----C---------ATA-TC-------G----T-ATGA--A-TA---TC--AT-------T----A-C-CA--ATAT-CA--TACC-AT--AT-CA----A---TAA--T-A-----AT
gi|3 : ttatcgtatagtaaagtatcgcatcaaccattatgtaacatgtatgcattaccattaatcgT--AT----T--GTA----T-A-TTGT-ATCCATATA-TATAACAT---CTAT-TCATACC-AT----A-TCGT-T-ATAT-CG--TT--CAT---A--CCAT---ATCAT-A---TGGGT-AA-TACC-AT--ATC--AT----------T--A-ATTT-----CG----TTCAAGCCTA-AT--------C-AT-AT--TT-ATATA------CAT----TA--T---CG-T---TATACTATGTA--TCATAATA-TATATACAA-ATCGTATTACAT---CGTA--A-----ATA-TCA------AAC----ATA----TC---GAAT----TGT-AT-A--TA-------------ATC----GTACCATATC-----A----ATATAATA-G-T---A----GTAT------A-----TTA-ATCTAT-T-------------GT-A---T-A---C-T--AT----A---A-TC--AT--ACC-A--TA---TC-G-----T----ATCTACT-A--C-A----T-A--T-AC-----A-T-CTGT--AT-C---A--T-AC---C--AT-TTATAT--TC-A-TA-TCTACC-GT------ATC----G-------------T---------TCTGC-----CA--TA-T-T-TGT---------AT--C-TTT-----C------------CATTTAC-G-T-A--T-A--A-T---A-TCG--T-A--T-----------C--T--------AT--C----CA--TG----C-AT--A-T----------A-ATA----------G---TT----G--T-A--------T---------C----GATA-T-------C--A-AGCCATTA--C-GTTG---AT--AC---C-----AT-CATA---T-TTATA----T--T-ACC----ATCATA-T----TAG--T-TA-ATA-TT-------G----C-AT----A-TA---CCCTAT-------TTGTAA-TATC--GTAT-C---TA-C-AT--AT-----------T-A--T-A-----ATATA-CAA-----------TAT-CA-TA-CCATcatatcagatataatatcatattcattaccatatctattaatatcatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|6 : cccatatgtataaatatcgtatcattacatactctaccacatatgagcatccatcgatatcatatcgtatcacaatatctataattacatattcaatatcgctatagtataataatcgcataataccT------ATCAT--A-AT--------G----TC--A---TA-AT----------AT-A------ACATC------TAT----TA--TTCATA-TAT-TATA----AT--------ACA-TATA----A-------TTAC-T---GATA--TC--T-ATTATAATATAGGAATTAATATA----TT---ATAT----AAA-ATCGATTATGTA--------CATTG---ATATTATAT------A----ATA---TG-A-T---ATTATGTAT------A-------A-A---AT-T-------------AT----AT-A---A-T--ATAAAT----A-TC--GT--ATA-A--TA---T--A-----T----T---A-T-ATGC-A----T-A--TCGT-----A-T-T-AT--AC-C-------------------T---A----C-A-TA-T------G-------ATA----TTG---------GGT---------ATCAT-----CA--TA-T-C-AA----------ACA-A-ATC-----TG-----------TAT---C-A-T-A--C----A-T---A-TTG--T-A--TA-T-A-A-----TAT--------AT--C--G-TA--T-----C-AT--A------------C-ATA----------C------------T-G--------T---------T----CATA-----------------C---A--CTATC----GT--A----T-----AT-AAT----T---GTA----T--G-ATATC--AACATA-T----CG-----------------------------T----A-TA---CC--AT-------T----A-T-----GTAT-CA--TA-T-AT--AT--A----A---T-ATTT-A-----ATA------------------ATCCA-TA-TCATATAATATTGTATCATACATATCATATATTCCTACCATATCATATTTAATATGTAATCATAGAATATATTTGTATAATA-------CC--A-TA-TCGTA-T---CA-T-A-CCATAAA-T-T-G-TA------T-A--A------TATTG-T-T--C-------ATAC--------CA-T-AT----CGTA--T---------AT--A-CC------------------------------------------------------TA-T---------T---G--T-AT--C--T-A---T--C--AT--AT--AAC----T-AT--C------------AT---AT---C----AC--------ACatatgtttaatatcattcatattgatctaaatactcaaattacattttaagatcacaa
gi|12 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaat-------CG----T---A---TA-A---------------------ATACC------T------TA--T---CA-TATCTATTACA-ATATGTCA-TAGG-TATT----ATATCG----AG-T---CATG--AC--CGATATGTA------TAT----ATA----TC---GTAT----CAT-ACCA--TA--T---------CATT----ATA--AT----T--CA----ATAT--TG-A-T---A----AC-------------ACCA-T---AT-C-------------GTGA--ATAA---A-T--AT---tatactgta
gi|17 : -T---TATA---C--C-ATA-TCGT-----AA--A--ATA----TT---GCAT----CAT-ACCA--TATCT---------TATA----ATACCca
gi|7 : ttgtaA--ATA----CA---ATAT----TAT-ACAA--TTTGG---------TATA----ATACAATATTGTA-TG----ATAT---G-G-T---T----G-AT------A-----CAA-A---AT-G-------------GT-A--AT-G---A-T--ACGA-TAT--A-TT--ATGAACA-A--TA---T--GGTAAAT----G---A-T-A--C-AA---T-A--TTGTTTGATA-T-G-GT--AT-G---A--T-AC---A--AT-----AT--TC-A-TA------C-G-------ATA----TGGTATAATAATGAT---------TATAG-----GA--TA-T-T-AA-----------T--C-AT--------------------AT-----A-T-A--TCA--A-T---AGTTA--C-A--TA-A-T-A----TCAT--------AT--T--A-TA---A----A-AT--A-T------------A-A----------T---TA----A--T-A--------T--------------CATA-T-------T--ATA-TC---A----ATA----AT--A----A------T-GAT----T-TTATA----TAAT-ATA----TTCATA-TA---TAT--C-CT-ATA-TC-------A----T-A-----A-TA-----GAAT-------A----A-T-C-----AT-CA--TG-T-ATGTAT-TATAATA---T-A--T-A-----ATAT
gi|11 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctA--ATA----TC---GTAT----CATAACCA--TATCG---------TATA----ATA--------T--CA----ATAC--AA-A-T---A-----TAT------A----CTCA-T---AT-C-------------GT-AT-AT-A---A-TCAAT---TG-----TC--AT--ACA-AATCA---T--A-----T----A---A-T-T--C-A----T-A---CAT-----A-C-C-AT--AT-CGTTA--T-AA---T--AT-C---AT--TC-A-TA--C---C-G-------caataccatatcgtaatcataccattattgtagtcattaccatattcgtataatatgtgtatcatatcaaaccagtatcgtataagatatcgtataatatcgtagcata
gi|8 : gtat--ATA----TT---ATATAAATCAT-ATTA--TATGA---------TATC----AT-TGATATTAT--AA----ATAT---G-A-T---A----TTAT------GTAATATTA-T---AT-T-------------AT-A--AT-A---A-T---T---TA---A-T-------ATC-G--TA---T--A-----T---------------C------T-C--TTAT-----A-C-C-AT--AT-C---G--T-AT---T--AT-T----T--CC-A-TA-TC---G-T-------ATA----GAT---------A-T---------TGTATCATACCA--TA-T-C-AA----------ACAAT-ATTGTGTCT------------TAC---C-A-T-A--T-T--G-T---A-TCA--TAA--TA-A--------------------AT--C--G-TA--TC----A-AT--A-C----------C-ATA----------T---TA----------------------------T----CATA-C-------C--A----T---A----ATC----GT--A----A-----AT-TAT----T-GTTTA----T--C-AT-----ACCAAATT----TGT--A-TA-ATA-TT-------G----T-ATC---A-TA---CCA----------T----A-T-C---GTAT-CA--TACC-AT--AT-T---------T-A--G-A-----TTATT-T-G-----------TAT-CA-TA-TCAcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|12 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaactatcgtaatgtacataatataaatctatatcatatattattaatacacacattatgattatttattaaagaatataggatataatgtgaatatgatA--TACCT---------TATC----ATATC-TATTA---CA----ATAT-----G-T---------CAT------A----G-------------------------GT-A--TT-A-----T--AT---CG---AGTC--ATG-ACCGA--TA---T--G-----T----A-----T-A--T-A----T-A--TCGT-----A-T-C-AT--AC-C---A--T-AT---C--AT-TATAAT--TCAA-TA-T----T-G-------ATA----aagcatgatcataaatagttgtatcatattaaaatacatatcgtat
gi|17 : cgtataa----ACCA-T---AT-C-------------GT-A--A--A---A-T--AT---TGC--A-TC--AT--ACC-A--TATCTT--A-----T----A---A-T-A--C-acaccatatcgtgaataaatatca
gi|6 : ttgtattatA-A---AT-T-------------AT-C--AT-A---A-T--GTCA-TA---A-T---AT--AAC-A--TC---T--A-----T----T---A-T-T--C-A----T-A--TATT-----A-T-A-AT--A--C---A--T-AT---A--AT-T---AC--TG-A-TA-TC---T-ATTATAATATA----GGA---------ATTAA-------TATAT-----TA--TA-T-A-AA----------AT--CGATT-----A------------TGTA--C-A-T----T-G--A-T---A-TTA--T-A--TA-A-T-A----TGAT--------AT--TATG-TA--TAAAATT-AT--A-T----------A-ATA----------T---AA----A--T-A--------T--------------CGTA-T----------A-A-T----A--T-ATT----AT--A-----------TGCAT----A-TCGTA----T--T-ATA----CCTA--------CAT--A-TG-ATA-TT-------GGG--T-ATCATCA-TA---TCAAAC-------A----AAT-CT--GTAT-CA--TA-C-AT--AT-TGT---A---T-A--T-A-----ATAT-----------------AT-CG-TA-TCATACATACTGTTCATACACTATCGTATATAATTGTATGATATCAACATATCGTATACCATTATGTATCATATATATAATAT-T-TA-----A-TA------------A-T---CCAT--A-T-C-A-TA------T-A--A------TATTG-TAT--C-------ATAC--------A--T-AT----CATA--T--ATTC---CT--A-CC----AT----A-----TC-A-------T--ATTT------A-------A-----TA-T---GTAAT-C---A--T-AG--A-AT-ATATT--T--GT--AT--AATACCAT-AT--C------------GT---AT---C----AT--------A-C----CATA------------A-----A-------TTGT---------AT--A---A-T---AT-----TG--------------T-T----C--ATAC-C------------------------A-TA-TC--------GT-A-T-A--T---A----CC---T--AT--TG---TA--T--------C--T-AT---CA----TATAA--C----------TAT-C-A-----T-AT----C-A--C-------AC-T-----A-TAC-----TGT-Ac
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaa-T-------------GT-A--AT-A---A-T--AT------------------AAC-A--TC---T--A-----T----A---T-T-A--T-A----T-A--TTAT-----A-A-T-AC--ATAC---AT-G-AT---G--AT-T---AT--TC---TA-TTA--T-G-------ATA----TAG---------GATATATATGAATATAT-----TA--TA-T-A-AA----------AT--C-ATTA----T------------TAT---TGA-T-A--T-A--A-T---A-TGA--T-A--T--T-A-A----TTAT--------AT--T--T-TA--TA------AT--A-T----------G-ATA----------T---TATGT-AACT-A--------T---------TGATATATA-T-------G--A-T-TA---A--T-ATC----CT--AT---A-----AT-CAT---------TA----T--T-AT-----ACCATA-T----CGT--A-TGAATA-TT-------G----T-ATC---A-TA---CCATATCAAACAAT----A-T-T---GTAT-CATTTACC-AT--AT-TG----T---TCA--T-A-----ATATATC-G-----------TAT-CATTA-CCATTTTGTATCAACCATATCATACAATATTGTATTATACCAAATTGTATAATATTGTATTCAATACCATATCGTAATCATA-------CC--ATTA-TTGTAGT---CATT-A-CCAT--ATT-C-G-TA------T-A--ATATGTGTATCA-TAT--CA------A-AC--------CAGT-AT----CGTA--T--A------A------G----AT----A-----TC-G-------T--A--T------A-------A-----TA-T---------C---G--T-AG--C-AT-A---
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataa-T-------------GT-AC-AT-A---A-T--AT---AA---A-TCT-AT--ATC-A--TA---T--A-----TTATTA---A-T-A--C-A----C-ACATTATG----A-T-T-ATTTAT-T---A--A-AG---A--AT------------A-TA-G------G-------ATATAATGTG---------AATATGA-----TATAT-----TA--TA-T---AA----------AT--C-AT--------------------AT---T-A-T-A--T-G--A-T---A-TCA--T----TG-A-----------T--------AT-------TA--TA----A-AT--A-T----------G-ATA----------T---TATGTAA--T-A--------T---------T-----------------------------A--T-ATT----AT--A----A------T-AAT----T-TAATA----T--C-GTA--------TA-T----C-T--C-TT-ATA-CC-------A----T-AT------------CGTAT-------T----A-T-T------T-C------C-AT--AT-CG--------T-A--T-AG----ATAT--T-G-----------TAT-CA-TA-CCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCATATTGTATCATAATAAATCGTATCAATACCATATTATCATACCATAATCGTAAAT-T-----------A-TTGT--TTATCA-T-A-CCAA--A-T-TTG-TA------T-A--A------TATTG-TAT--C-------ATAC--------CA-T-AT----CGTA--T--C------AT--A-CC----AT----AT----TT-AGATTATTT--G--T------ATC-----A-----TA-T---------C---A--A-AG--C-ATGA---T--C--ATAAAT--AGT----T------------------GT---AT---C----AT--------ATT----AAAA----TAC---AT------A-------TCGT------A--
gi|11 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaactatcgtaa--AT-A---A-T--AT---CGT--A-TC--A------------------------T----A---A-C----C-A----T-A--TCGT-----A-T-A-AT--AT-C---A--ATACAAAT--ATAT---AC--TC-A-TA-TC---G-T-------ATA----------------------------TA-AT-----CAATTG-T-C-AT----------AC--A-A---------------------AT---C-A-T-A--T-A--A-T-----TCA--T-A--C--A-T-A----CCAT--------AT--C--GTTA--TA------AT--A-T----------C---A----------T---TC----A--T-A------------------C----CGCA-T-------CTAA-A-CC---A----ATC--------A----A-----ATACAT----T-TAG-A----T--C-ACA----At
gi|5 : gtGT-----A-T-C-GC--AT-C---A--A--C---C--AT-T---AT-----G-TA----------------ACA----------------------------TGTATG----CA--T--T---------------AC--C-ATT-----A-------------AT---C-G-T-A--T-A--AGT---A-T-A--T-A--TT-A-ATA----CCAT--------AT--C--GATA--TA------AT--A-T----------C-ATA----------TCA-TA----A-----------------------------ATA-T-------C--A-AACC---A--T-ATCGGATAT--A----AT----AC-CAT----A-T-GTA----T--A-ATATCGTACCATA-TT---CAT--A-TA-ATA-TC-------G------------A-TA---TCAGAC-------C----A-T-------AT-CA--TATC-GT--AT--A----A---T-A--T-A-----GTAT------------------T-CA-TACGCATATCCGATCATTACCATATCACTATAACACTTGTATCATACCATATTGTATAATATCATATTCATACTGTTTATCA-----T-TA-CC--A-TA-TTGTA-T---CA-T-AACCAT--A-T-CGA-TA------T-A--A------TATCG-TA---CAT-----AC-C--------C--T-AT----CATA--T--C------ATCAA-CC----AT----TA----TCAG-------T--A--T------A-------A-----TA-T---G-----T---G--T--T--C-AT-A---T--C--A---A---AAC----C-ATATC------------GT---AT---A----AT--------ACC-----ATA----T-C---ATA-----A-------TAAT------A--AT--C---A-T---AC-----CAAA-------TC--AT-AT---C--ATAC-C------------------------A-TA-TC--------AT-A-C-AA-T---A--T-CG---T--AT--AG---TA--T-A------A--TAAT---CG----CATCA-------------TACGC-A-----T-AT----T-G--T-------AT-A-----A-TAT-----CGTAAT-CAT---A----------C---C----A-----TA-----------TCG-----T---AT---G-A----------------------------------AT----A-T-C--AT---TACC----------------A---ATA-----T-C-----A-T-A--C-CA--T------A---------------T-CA--------A---T-A-ATA---AT-------C-ATAT-CAG-A-------------------------T-AT-A-ATA-TCAT-----ATT-C--ATTA-CC-A-TA-----T---C--------------------------T--A----T----------T--A------AT---A-TC-------AT-----AT-C--AT-A-----C---Cgacaaccattcttaatcgaa
gi|4 : ttatcgtatagtaaaTAT-----CA--CA-TAT-AA----------AA--A-ATG-----G------------TAT---C-A-T-A--TTA--G-T---A--CA--T-A--AATA-A-A----C-----------AT--C--G-TAATTA----T-AT--A-T----------T-ATAATACATACATT---TA----A--TGA--------T---------T----CATA-T-------T--A----T---A----ATT----AT--A----AGAGATAT-AATAGA-T---ATA----C--T-ATA----ATTATA-TAAATCAT--A-TG--TA-TT-------GATGAT-AT----A-TA--------T-------T----A-T-TGTAATAT-TA--TA-TTAT--TT-TA----A---G-A--T-A-----ATATT-C-GAGTATAATCAATAT-TA-TA-CCATATCGTTTATTGGTATATATACCATATCAAACAATATCTGATCGGATACCATAGTATTATAATATATTCGTCTCTAACTA-T-TATCTTAA-TAATCGT--C---AA-T-A-TTGT--A-T-C-A-TA------C-A--A-------ATTGATAT--AA------G--------------T-AT----TGTA--T--A------AT--A-CC----AT----------TC-G-------T--A--T------ATACCATCA-----T--T---G-----T---ATCT-AC--C----A---T--T--CT--AT--AAA----T-AT--T------------GT---AT---C----AT--------ATCAAATCATA----T-T---ATT-----A-------T-AT------A--AT--A---A-A---AC-----C----------T---AT------C--ATAA-A-T---TA-----AT-C--------G-TA-TT--------A--A-T-A--T---A--T-CGAAAT--AT--CG---TA--T-C------A--T-A--------C-CAT-A--A----------TA--A-A-----T-A---------------------A-----A---------TGT-AT-CAT---A--------------T----A----ATA------------CG-----T---AT---T-AT---T----T-G----T-----AT-----C----AT----A-C-C--ATATGTATCAT----CC-AT-----A---ATATACATT-CC----A-T-A--T-TGTTT------A--C-C-AT-AT---TCATA---G---AA---T-A-TCGC--AT-------C--TAC-CAT------A---TC-------------G-T-AT-ATATA-TCA------A-TAC--A-TGATC-A-T------T---T--A-------A---------------T--ATGTTTA--ATA----C--A------AC---A-Tagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|11 : acggatttcatccatcacatttatcat-T-A--T-A--A-T---A-TCG--T-A--TC-ATA-A----CCAT--------AT--C--G-TA--TA------AT--A-T----------CAATA----------C---AA----A--T-A--------TATACTCATAT----CGTA-TA------T--A-A-TC---AATT-GTC----ATACA----A-----AT-CATATAAT-TCATA-------C-AT-----ACCATA-T----CGT--TATA-ATA-TC-------A----T-TC----A-TA---CCGattgtat
gi|3 : g----CCAT--------AT-----G-TA--TA----A-AT--A-T----------C-GTA----------T---CA----T--T-A-----------------------CATACT-------C--T-A-CC---A--C-AT-----AT--G----A-----G--CAT----C-C---A----T--CGATA-----TCATA-T----CGT--A-TC-ACA-AT-------A----T-CT----A-TA-------------------------------AT-----TA-C-AT--ATTCA----A---T-A--T-------------C-G-----------C---TA-TA-GTATAATAATCGCATAATACCTATTGTATATTGTATCCATATATATAACATCTATTCATACCATATCGTTATATCGTTCATAC-CATA-TC--A-TA-TGGG--T---AA-T-A-CCAT--A-T-C-A-T-------T-A--A------TTTCG-T-T--CA------A-GC--------C--TAAT----CATATTT--AT-----AT--A--C----AT----TA----TC-GT------T--A--T------A-------C-----TA-T---G-----T---A--TCAT--A-AT-A---TA-T--AT--AC--AA-------ATCGT------------ATTACAT---CGTAAAT--------ATCAAA-CATA----T-C---G-A-----A-------TTGT------AT-AT--A---------AT-----CG-------------------------TAC-C-A---T------AT-C-----A--A-TA-T---------A------A--T---A-GT-AG---T--AT--A----T---T-A------ATCT-AT---TG----TAT-A--C----------TA--T-A-------AT----C-A--T-------AC-C-----A-TAT-----CGT-AT-C-T---AC-----T---A---C----AT---ATA---CATCTGTATCA-----T---AC---C-AT---T----T-A----T-----AT-----TC---AT----ATC-T--ACCG-TATCGT----TCTGC-----C---ATA-----T-TT----G-T-A--T-CT--T------T--C-C-AT-TTACGTA-TA---A---TATCGT-A-TCT---ATC------C-ATGCATAT-A----ATAGTT-------------G-T-ATCG-ATA-TCAAGCC--A-T-T--A-CG-TTGA-TA-----C---C-----------------------------A----TC--ATA----T----------------TT-------AT-----AT-----T-A-----C---C----ATC-A--TATTAGTT---A-A-T--A----T---TG--CAT-A-TACCCTA-T-------------------TT----G-T----A-AT-A---T-CGTATC--T---------------ACATAT----TAT--AATA-TACAA---------T--ATC-A-TAC---C---A----TA-TA-T---GTTTAAT-AT--C--A-TT-C-AT----AT-TG-----AT----C------T---A----A---Acatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|6 : c--------T---------T----CATA-T-------T--A---CC---A----ATCCA--AA--A----A-----AT-TAT----CATAATG----T--C-ATA----AT-ATA-A----CAT--C-TA-TTA-TT------------C-AT----A-TA---T--------------------------TAT-AA--TA-C-AT--AT-AA----T---T-AC-T-G-----ATAT--C-------------TAT-TA-TA-ATATAGGAATTAATATATTATATAAAATCGATTATGTACATTGATATTATATAATATGATATTATGTATAAAATTATATAATA-T-AA-----A-TA-TCGT-------A-T-A-ATAT--A-T-T-A-TA------T-GC-A------TATCG-TAT--TA-------TAC--------C--T-A-----CATA--T--G------AT--A-TTGGGTAT----CA----TC-A-------T--A--TCAAACAA-------A-----TC-T---GTAT--C---A--T-AC----AT-A---T--TGTAT--AT--AATA---T-ATCG--------------T---AT---C----AT--------AC------ATACTGTT-C---ATACACT-A-------TCGT------AT-AT--A---A------T-----TGTA-------TG--AT-ATCAAC--ATAT-C-G---TA-------------------TA-CC--------ATTA-T-G--T---A--T-CA---T--AT--A----TA--T-A------A--T-AT---T-----TAATA--A----------TC--C-A-----T-AT----C-A--T-------AT-A-----A-TAT-----TGT-AT-CAT---ACATA--T---C---A----T----ATA---T-------TCC-----T---AC---C-ATA--T----C-A----T-----AT-----T-----T----A-A-T--ATG--TA---A----TC-ATAG---A---ATA-----T-------A-T----T-TG--T------A--T-A-AT----------A---C---CA---T-A-TCGT--AT-------C-ATAC-CATAA----A---TT-------------G-T-AT-A-ATA-TTG------T-T-C--A-TA-CC-A-TA-----T---C--GT------ATATACCTATTGTATCT--A----TC--ATA----T--A------ACT--A-TC-------AT-----AT-C--AC-A-----C---tactcaaattacattttaagatcacaa
gi|17 : aggattttcatcattacactt---------T----TGTA-T-------T--ATA-CC---A--T-ATC----GT--A----A-----AA-TAT----T---GCA----T--C-ATA-----CCATA-T----CTT--A-TA-ATA-tatactgta
gi|13 : C---A--C-AAC----AT--A----A-----AC-AAT----TATCATAATGCT--C-AT------CTATA-T----CAT--A-TG-ATA-CTA------G----T-AT----A-T-------GAT-------T----A-T-T----TAT-T---TA---AT--A--CA----A---T-A--T-A-----ATA-----------------CAT-CA-TA-cc
gi|8 : acaggattttcatctgttacactttatcacatta----AT--A----A-----AT-CAT----------A----T--T-ATA-----TGATA-T----CAT----TG-ATA-TT-------A----T-AA----A-TA---TGATAT-------T----A-T-----GTA---A--TA-TTAT--AT-----------T-A--T-A-----ATA------------------AT-T--TA-ATATCGTATATCTCTTATACCATATCGTATTATTTCCATATCGTATAGATATTGTATCATACCATATCAAACAATATTGTGTC-T-TA-CC--A-TA-TTG----------T-A-TCAT--A--------A------T-A--A-------ATCG-TAT--CA------ATAC--------CA-T-AT------TA--T--C------AT--A-CC----AT----AA----TC-G-------T--A--A------A-------T-----TATT---GTTTATC---A--T-AC--C-AA-AT--T--T--GT--AT--AA-----T-AT--T------------GT---AT---C----AT--------A-C----CATA----T-C---GT------A-------TCAT------ACCAT--ATTTA-G---AT-----TATT-------TGT-AT------C--ATAT-C-----AA-----AG-C-----A--T-GA-TC--------AT-A-A-A--T---A-GT-TG---T--AT--CA---TAT-T-A------A-------------------A--A----------TA--C-A-----T-AT----C-G--T-------AT-ttctataaa
gi|11 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaactatcgtaatgtacataatataaatctatatcatatattattaatacacacattatgattatttattaaagaatataggatataatgtgaatatgatatattat-----AT-AAT----A-TCGTA----T--C-ATA----ACCATA-T----CGT--A-TA-ATA-TCAATACAAA----T-AT----A-TA---C----T-------C----A--------TAT-CG--TA-T-ATA-AT-CA----A---T----T-G-----TCATA-C-A-----------AAT-CA-TA-
gi|17 : gt-TTGTA----T--T-ATA-----CCATA-T----CGT--A-AA-ATA-TT-------G----C-ATC---A-TA---CCtaattcatacataccatatcgttataatatcattcataccgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|8 : --A-TA-TTATG-T---AA-T-A-TTAT--A-T-T-A-TAATAATTT-A--A------TATCG-TAT---ATCTCTTATAC--------CA-T-AT----CGTA--T--T------AT--TTCC----AT----A-----TC-G-------T--A--T------AG------A-----TA-TT--GTAT--C---A--T-AC--C-AT-A---T--C--AA--AC--AAT------ATTGT------------GT---CT---T----A-----------C----CATA----T-T---GTA-------------TCAT------A--AT--A---A-----AT-----CGTA-------TC--A----------ATAC-C-A---TA------T------------TA-TC--------AT-A-CCA--T---A-AT-CG---T--AA--AT---TA--T-T------G--T--T---TA--T-CAT-A--C----------CA--A-A-----T--T----T-G--T-------AT-A-----A-TAT-----TGT-AT-CAT---A----------C---C----A-----TA-----------TCG-----T---AT---C-ATA--C----C-A----T-----AT-----T-----T----A---G--AT---TATTTG----T--AT-----C---ATA-----T-CAAAGCA-TGA--T-CA--T------A----A-ATAGT---TG-TA---T---CA---T-A-TTA---A--------A-ATA--CAT------A---TC-------------G-T-AT-atatcttataatacc
gi|4 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaactatcgtaatgtacataatataaatctatatcatatattattaatacacacattatgattatttattaaagaatataggatataatgtgaatatgatatattatataaatcatattatatgatatcattgatattataaatatg--A-TA-TTGTA-T---CA-T-A-TCAA--A-T-C-A-TA------T-----------TATTA-TATAATA------AAAC--------C--T-AT----CATA-----A------AT-----------T----AA----TC-G-------T--A--T-------------------------------------------------T-A---A--T--AT--ATCGAAA----T-AT--C------------GT---AT---C----AT--------A-C----CATA----------ATA-----------------------A--AT--A---A-ATGTAT-----CATA-------TA--AT-A----C--GTA----T---TATTTGTAT-C--------A-TA-CC--------AT-A-T-G--T---A--T-CA---TCCAT--AA---TA--T-ACATTCCA--T-AT---TG--T---TTA--C--------------C-A-----T-AT----TCA--T-------AG-A-----A-TAT-----CGC-AT-C-T---A----------C---C----A-----TA-----------TCG-----T---AT-----A---------T-A----T-----AT-----CA---AT----A---C--AT---GATCAT----T---T-----A---ATA-----T-------G-T-T--T-AA--T------A--C-A-A
gi|12 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatattataattataagagatataatagatatactataattatataaatcatatgtattgatgatatatattattgtaatattatattattttaagataatattcgagtataatcaatattataccatatcgtttattggtatatataccatatcaaacaatatctgatcggataccatagtattataatatattcgtctctaactattatcttaataatcgtcaatattgtatcatacaaattgatataagtattgtataataccattcgtatataccatcattgtatctaccattctataa--A-TA-TCGTA-T---CA-T-A-CCAT--A-T-C-ATTA------T-A--A------T-------T--CA------A--------------T-AT----TG-A--T--A------AC--A-CC----AT----A-----TC-G-------T--G---------A-------A-----TA-catattgtat
gi|7 : cgtataaataccttatcatatctattacaatatgtcataggtattatatcgagtcatgaccgatatgtatatA-TTAT--T----A-T-A-CCAT--A-T-C-G-TA------TGA--A------TATTG-TAT--CA-------TAC--------CA-T-AT----CAAA--C--A------AT--A-TT----GT----A-----TC-A-------T--T--T------ACC-----A-----TA-TT--GTT---C---A--T-AA--T-AT-A---T--C--GT--AT--CAT----T-ACCATTTT---------GT---AT---C----A---------ACC-----ATA----T-C---ATACAAT-A-------TTGT------ATTAT--ACC-A-A---AT-----TGTA-------TA--AT-----------AT-T-G---TA-----TT-C-----A--A-TA-CC--------AT-ATC-G--T---A-AT-C-------AT--AC---CA--T-----------T-AT---TG--T-AGTCA--T----------TA--CCA-----T-AT----TCG--T-------AT-A-----A-TATG----TGT-AT-CAT---A------T---C---A----A------A---C-------CAG-----T---AT---C-G-----------------------------T----AT----A-A-G--AT----ATCGT-------AT-----A---ATA-----T-CG------T-A--G-CA--T------A--aatatca
gi|7 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctattatgatataggatatatatgaatatattatataaaatcattattattgatataatatgatattaattatattttataatatgatattatgtaactattgatatatatgattaatatcctataatcA-TTAT--T---C--T-A-T--T--A-T-G-A-TA------T-AGGA------TAT-A-TAT--GA------ATA------------T-AT----TATA--T--A------AA--A-TC----ATTATTAT----TG-A-------T--A--T------A-------A-----TA-T---G---------A--T-AT--T-A--A---T--T--AT--AT----T----T-------------------T---AT---A----AT--------A-T----GATA----T-T---AT----------------GT------A--AC--------T---AT----------------TG--AT-A----T--ATA--------TG-----AT-T-----A--A-TA-TC--------CT-----A--T---A-AT-CA---T---T--AT---TA--T-A--------------------C-C-----------------------A-----T-AT----C-G--T-------ATGA-----A-TAT-----TGT-AT-CAT---ACCATA-T---CAAAC----A----ATA-----------TTG-----T---AT---C-AT---T------------------------------T----A-C-C--A----TATTGT----TC-AT-----AAT-ATA-----T-CG------T-A--T-CAT-T------A--C-C-AT-TT---------------TG---T-A-TCA---AC-------C-ATAT-CAT-ACAATA---TT-------------G-T-AT-T-ATA-CCA------A---------A-TT-G-TA-----T------A-------A---------------T--A----TT--GTA----TTCA------AT---A-CC-------AT-----AT-C--GT-A-----A---TCAT-ACC-A--T------T---A-T-T--G----T---AG--T-C-ATTACCATATTC-------------G----T-----A-T----A-AT-A---TGTGTATC-ATATCAA----------ACC-AG----TAT--CGTA-TA-AG-A-------T--ATC-G-TAT---A---A----T---A-T--CG-----T-AG--C--A-TA-
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgA-TT-T--T---CA-TCA-TTAC--A-C-T-T-TA------T-A--A------TATTA-CA---CA------ATACTAAAAAAAC--T-AT----CGTA------------AT--G--------T----AC------------------A--T------A-------A-----TA-T---A-----A---A--T--C--T-AT-A---T--C--AT--AT--A-T----T-AT----------------T---A---------AT--------ACA----CACA----T-T---ATG-----A-------TTATTTATTAA--AG--A---A-T---AT-----AGGA-------TATAAT-G----TGAATA--------TG-----AT----------A-TA-TT--------AT-A-T-A------A-AT-CA---T--AT--TA---TA--T-G------A--T-ATCATTG--A-TATTA--TAAA-------TA--TGA-----T-AT----T-A--T-------GT-A-----A-TAT-----TAT-AT-TAT---AA-----TAATT---T----A----ATA-----------TCG-----T---ATAT-C-TC---T----T-A----T-----AC-----C----AT----A-T-CGTAT---TATTTCCATATC-GT-----ATAGATA-----T-TG------T-A--T-CA--T------A--C-C-AT-AT---CA-AA---C---AA---T-A-TTGT--GT-------C-TTAC-CAT-A--------TT-------------G-T-AT-C-ATAATAA------A-T-C--G-TA-TC-AATA-----C---C--ATATTATCA---------------T--A----CC--ATAATCGT--A------A----A-TT-------ATTGTTTAT-C--AT-A-----C---CAAA-TTT-G--TA-----T---A-A-T--A----T---TG--T---A-T--CATA-CC---------------------------------AT-A---T-CGTATC-AT--------------------------AC--CATA-TTTAG-ATTATTTGT--ATC-A-TAT---C---A----AAGCA-T---G-------AT--C--A-TA-A-ATA---GT-TG--T--AT----C--ATATT---A----A---AAT---ACA----T----AT-CGT---A
gi|17 : acagg-TTGTA-T---TA-T-A-CCAT--A-T-C-G-TA------A-A--A------TATTG-CAT--C-------ATAC--------CA-T-AT----CTTA--T--A------AT--A-CC----t
gi|7 : TAT--T---CA-T-A-CGAT--A-T-G-G-TA------T-A--A------TAATG--AT--TATAGG--ATAT--------T--A-AT----CATA--T---------AT--A-TCA---AT----AG----TT-A-------C--A--T------A-------A-----TA-T---------C---A--T-AT--T-AT-A---A--A--AT--AT--AAT----T-A----------------AT---AT---C----AT--------A-T----TATA----T-C---A-----------------AT------A--AT--A---ATG---AT---------------------T-T----T--ATA--------TA-----AT----------A-TATTC--------AT-A-T-A--T---A--T-CC---T--AT--AT---CA--T-A------A--T-AG---AA--T-AATCA--T----------CA--T-G-----T-A-----T-G--T-------AT-T-----A-TAA-----TAT-AT-AAT---A
gi|5 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatcta-T-A-TCGT--A-T-A-G-TA------A-A--G------TATCG-CAT--CA------ACCA--------T--T-ATGTAACATG--T--ATGC---ATT-A-CC----ATT---AA----TC-G-------T--A--T------A-------AGTATATA-T---T-----A---A--T-AC--C-AT-A---T--CG-AT--AT--AAT------ATCA--------------T---AT---C----AT--------AA------ATA----T-C---A-A-----A-------CCAT------A-----------------T-----CGGA-------T---AT-A-------ATAC-C-A---TATGT--AT-------A--A-TA-TC--------GT-A-CCA--T---A-TT-CA---T--AT--AA---TA--TCG------A--T-AT---CAGAC-CAT-A--T--------------C-A-----T-AT----C-G--T-------AT-A-----A-TAT-----AGT-ATTCAT---ACGCATAT---C---CGATCA----TTA---C--------CA-----T---AT---C-AC---TATAAC-ACTTGT-----AT-----C----AT----A-C-C--AT----ATTGT-------AT-----A---ATA-----T-C-----A-T-A--TTCA--T------A--C----T-GT---T----------------T-A-TCA----T-------T-A--C-CAT-A--------TT-------------G-T-AT-C-ATA----------A-C-C--A-TA-TCGA-TA-----T------A-------A---------------T--A----TC--GTA----C--AT-----ACCCTA-TC-------AT-----AT-C--ATCA-----A---CCATTATCAG--TA-----T---A-A-T--A----TG--TG--T-T------CATA-TC----A------A-AACCATATCGTA-T----A-AT-A---C-CATATC-AT---AA-----------TA-AT----AAT--CATA-C-CAA-ATC-A---T--ATC-A-TAC---C---A----T-----------------AT--C--A-TA-C-A---------A--T--AT----C--G---T---A----T---AGT---ATA---------AT-AAT----C-G---------C---ATCA-TA-CGCAT--ATT-G------T-A-TA--ATAT----C--GTA-AT-CA---T-------------------ACCA-TATC-------GTATGAA----TATC-AT-TACC-A----A-T-ATCATA--C-----CATATCA-ATA-----A-TA----AT--CATAT---C---A-----------------------------G-ATAT-A-----ATATC-ATA----TTCATTAC---CATttgtatcataccatatcaaacaatattgtatcatttaccatattgttcataatatatcgtatcattaccattttgtatcaaccatatcatacaatattgtattataccaaattgtataatattgtattcaataccatatcgtaatcataccattattgtagtcattaccatattcgtataatatgtgtatcatatcaaaccagtatcgtataagatatcgtataatatcgtagcata
gi|5 : t-TA------C-G--A------TATTA-TAT--CG------ATATGG------T--T-AT----GATA--C--A------AT--A-TG----GT----AA----TG-A-------T--AAAC------A-------G-----TA-T---G-----A---A--T-AT--G-AT-A---T--T--AT--AC--AA-----T-AT-G-------------GT---AT---G----AT--------ACA----AGTG----T-T---ATAGTGATA-------TGGT------A--AT--------G---AT-----CGGA-------T---AT-G----C--GTA----T---GA-----ATAC-----T--A-TA-TT--------AT-A-CGA--T---A--T-GA---T--AT--GG---TC--T-G------A--T-AT---CG--A-TATTA--TATGAATATGGTA--CGA-----T-AT----T-A--T-------AC-------A-TAT-----GGT-AT-TAT---A------T---C---C----G----ATATGGT-------TTGA----T---AT---T-TA---T----G-A----T-----AT-----G----AT----A-T-T--A----TATCGA----T--AT-----G---GTA-----T-TA----A-T-A--T--A--T------A--C-atctattaatatcatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|11 : ttatcgtatagtaaagtatcgcatcaaccattatgtaacatgtatgcattaccattaatcgtataa-TA------T-A--A------TATCG-TAT--CA------TAAC--------CA-T-AT----CGTA--T--A------AT--A-TCA---AT----AC---------------------A------A-------A-----TA-T-------------A--T-ACT-C-AT-A---TCGT--AT--AT--AAT----CAATTG-------------------T---C----AT--------A------CAAA----T-C---ATA----------------T------A--AT-------------T-----C--------------AT-A----C--ATAC-C-A---T------AT-CGTTATA--A-TA-TC--------AT-T-C-A--T---A--C-CG---C--AT--cataccctatcatatcatcaaccattatcagtataatatgtgttcatatcaaaaccatatcgtataataccatatcataataataatcataccaaatcatatcataccatatcatacaatatcgtatagtataataatcgcatcatacgcatattgtataatatcgtaatcataccatatcgtatgaatatcattaccaatatcataccatatcaataataatcatatcagatataatatcatattcattaccatatctattaatatcatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|12 : gCG-TAT--AA------ATAC--------C--TTAT----CATA--TCTA------TT--A-CA----AT----ATG---TC-A-------TAGG--T------ATT-----A-----TA-TCGAGT----C---A--TGAC--CGAT-A---TG-T--AT--AT--A------T-ATCG--------------T---AT---C----AT--------A-C----CATA----T-C---ATT-----A----------T------A--ATTCA---A-T---AT----------------TG--AT-AACACC--ATAT-CGT---GA-----AT-A-----A--A-TA-TC--------Actaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|7 : ------AT--A-CG----AT----AC----TG-G-------T--T--T------G-------A-----TA-T---G---------A--T-ACA-C-AT-A---T--T--AT--AC--GAA----T-AT-G-------------GT---A---------AT--------GAC----TACA----------ATA-----A-------TGGT------ATGATT-A---C-G---AT-----ATGG-------TA--TT-G----A--ATAC-----------------------A--A-TA-TT--------AT-A-C-A------A-TT-TGG--T--AT--AA---TA--C-A------A--T-AT---TG-------TA--T----------GA--T-A-----TGGT----T-GA-T-------AC-A-----A-AAT-----GGT-A---AT---GA-----T---A---C----G----ATA-----------TAT-----T---ATGAAC-AA---T------A----TGGTAAAT-----G----AT----A-C-A--A----TATTGT----T---T-----G---ATA-----T--G----G-T-A--T-GA--T------A--C-A-AT-AT---TCATA---C---GA---T-A-TGGT--AT-------A-ATA---AT-G----A---TT-------------A-T-AG-G-ATA-TTA------A-T-C--A-TA-T--A-TA-----T---C--A-------A---------------T--AG---TT--ACA----T--A------AT---A-TC-------AT-----AT-T--AT-A-----------AA-A------TA-----T---A-ATT--A----A---TA--T-C-A-TATTATA-TC-----------A-A----TA----A-T----A-ATGA---T-TTTAT--AT---AAT---------ATA-TT----CAT---ATA-TAT----CC-TA--T--ATC-A-TA--------A----TA-GA-----A-----TAAT--C--A-T--C-ATG---TA-TG--T--AT----T--A---T---A----A---TAT---ATA-------------AT---AT-AGA-T--GT-T---ATAT-TA-T-TAC--ATT-A------T-GATA--AT
gi|3 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaa-CC----AT----AT-------G-------T--A--T------A-------AA----TA-T---------C---G--T-AT--C-AT--------T--AC--AT--ACTC---T-ACCAC------------AT---ATGAGC----ATCC------ATC----GATA----T-C---ATA-------------TCGT------ATCAC--A---A-T---AT-----CTA--------TA--ATTA----C--ATAT---------------T-C-----A--A-TA-TCGCTATAGTAT-A---A--T---A-AT-CG---C--AT--AA---TACCT-ATTGT--A--T-AT---TG--T--ATC------------------C-A-----T-AT------A--T-------AT-A-----A-CAT-----C-T-ATTCAT---AC-------------C----A-----TA-----------TCG-----TTATAT---C-GT---T----C-A----T-----AC-----C----AT----A-T-C--AT----ATGG--------GT-----A---ATA-----C-C-----A-T-A--T-CA--T---------T-A-AT-TTCG-TT-CAAGCC---TA-----A-TCAT--AT-------TTATATACAT-T----A---TC-------------G-TTAT-A-CTA-TGT------A-T-C--A-TA-AT-A-TA-----TATAC--A-------A------------------A----TC--GTA----T--T------AC---A-TCGTAA---AT-----AT-C--AA-A-----CATATCGA-ATT-G--TA-----T---A---T--A---------A--T-C-G-TACCATA-TC----A------ATA----TA----A-T----A-GT-A---G-TATAT---T---AA----------TCT-AT----TGT---ATACTATAA-------------TC-A-TAC---C---A----TA----T--CG-----T-AT--CT-ACTA-C-ATATACATCTG--T--AT----C--A---T---A----C---CAT----------------T-TAT---A----T-T--CA-T---ATC--TA-C-CGT--ATC-G------T-TCTGCCATA-----T--TT----GTA---T----C------T-T-----TCCA-TTTA-C---GTATAATATCG--TATC----TATCCATGC-A-T-ATAATA-GT-----TGTATCG-ATA----TC-AA-GCCATTACGT-T---G---ATA-C--C--ATCA-TA-----T-TT------ATATTA-----CCATC-ATATTAGTTAAT-ATTG-CATATACCCTAT-TTGT--AATAT-CG--TATCTACATA-TTA----T---AA--T---------------A-----TA-CAATATCA---TA----CCA-TATAT--GTTTAaagatatcgtataatatcgtagcata
gi|4 : c-AT--C-AC-A---T--T---T--AT--CAT----T-ATCACATATAAAAAATGGT---AT---C----AT--------ATT----AGTA------C---ATA-----AATAAACATCGT------A--AT--T---A-T---AT-----ATTA-------TA--AT-A----C--ATACAT-T---TA-----AT-------G--A-T--TC--------AT-A-TTA--T---A-AT-TA---T--A---AGAGATA--T-A------A--T-A-----G--A-TAT-A--C----------TA--T-A-------AT----T-A--T-------AT-A-----A-------------AT-CAT---AT---------------------------------------G-----T---AT---T-GA---T----G-A----T-----AT----------AT----A-------T---TATTG---------T-----A---ATA-----T-T-----A-T-A--T-TA--TTTTAAGA--T-A-AT-AT---TC-GA---G---TA---T-AATCA---ATAT-----T-ATAC-CAT-A--------TC-------------G-T--T----TA-TTG------G-T----A-TA-T--A-TA-----C---C--A-----------------------T--A----TC--AAA----C--A------AT---A-TC-------TG-----AT-CGGAT-A-----C---CATA-GTA-T--TA-----T---A-A-T--A----TATTCG--T-CTC-TAAC-TA-TT----ATCTT--A-A----TA----A-TCGTCA-AT-A---T-TGTATC-AT---A------------CA-A------AT--TG-A-TATAA-GTA-T---TGTATA-A-TAC---C---A----T-----T--CG-----T-AT-----A-TA-CCATC---AT-TG--T--ATCTACC--A---TTCTAT---A---AAT---ATT----GT---AT-CAT---A------T--CA-A---ATCA-TA-T---T--ATT-A------T-A-TA--ATA-----A----A-ACCTA---T----CATAAATT-A-----ATCG-TAT---------TAATAT-----ATCGAAATATC-GT-------ATCATA--C-----CATAATA-A-A----TA-AATGT-AT--CATAT---A---ATA-C-GT--ATTA-TT-----T-GT-------------------ATC-ATACCA-TATGT-AT---CATCC-----AT-------AATATACATTCC-----ATA-TTGT---T---TA--C---CAT--ATT---CA-----TA-GAATATCG---CATCTACCA-TATatatcattcatattgatctaaatactcaaattacattttaagatcacaa
gi|11 : acggatttcatccT--AT--AAT------ATCG--------------T---AT---C----AT--------AAC----CATA----T-CGT-ATA-----A-------TATC------A--AT--AC--A-A---AT--------A-------TAT-AC-T----C--ATAT-CGTATATA-----AT-C-----A--ATTG-TC--------AT-A-C-A------A-AT-CA---T--AT--AA---T---T-C------A--T-A----------CAT-A--C--------------C-A-----T-AT----C-GT-T-------AT-A-----A-TAT-----CAT--T-CAT---AC-----cgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|6 : gT---AT---C----AT--------A-------ATG----T-C---ATA-----A-------T------------AT--A---A-C---AT-----CTAT-------T---AT-T----C--ATAT-A-T---TA--------T-----A--A-TA--C--------AT-A-T-AATT---A-CT-GA---T--ATCTAT---TA--T-A------A--T-AT---AG--G-AATTA--------------A--T-A-----T-AT----T-A--T-------AT-A-----A-AAT-----CG--AT-TATGT-AC-----A---T---T----G----ATA---T-------T-A-----T---AT---A-ATA--T----G-A----T-----AT-----T----ATGTATA-A-A--AT---TAT----------AT-----A---ATA-----T-AA----A-T-A--T-CG--T------A--T-A-AT-------------------A---T-A-TTA------------T-ATGC--AT-A--------TC-------------G-T-AT-T-ATA-CCT------A------------C-A-TA-----T------G-------A---------------T--A----TT--GGG----T--A------TC---A-TC-------AT-----AT-C--AA-A-----C-----AA-ATCTG--TA-----TCATACA-T--A----T---TG--TAT-A-TAATATA-TC----G------T-A----TC----A-T----ACAT-A---C-TGT-TC-AT---AC----------AC--------TAT--CGTA-TATAA--TT-G---T--ATG-A-TAT---C---AA---CA-TA-T--CG-----T-ATACC--A-T-----TA------TG--T--AT----C--A---T---A----------T---ATA----TA---AT--ATTTAAT-AAT-C--CA-T---ATCA-TA-T-AAT--ATT-G------T-A-TC--ATA-----C--ATA-TCATA---TATTCC------T-A------CCA-TATC---------A-TAT----T-------TAAT-ATGT-A-A--TCATAGAA-----TATATT---TG----TA-TA-AT-AC--CATAT---C---GTATC-AT--ACCA-TA-------------A-AT-T-------GTATA-ATATTG-TTCAT-AC---CA-------TA--TCGT---ATATAC---C-------TA-TTG----TATCTA--T---CAT--A-----TA------A-C--TATCA---TATC--ACACTATAcgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaatTA----T-C---ATA-----A-------T-GT------A--AT--A---A-T---AT--------------------A----------ACAT-C-T---AT-----AT-T-----AT-A-TA-TT--------AT-A---A--T---A----CA---T--AC--AT---GA--T-G------A--TTAT---T---C-TATTA--T----------GA--T-A-----T-AGGA--T-A--T-------AT-ATGAATA-TAT-----TAT-AT-AA----AA-----T---CAT-T----A----TTA---T-------TGA-----T---AT---A-ATA--T----G-A----T-----AT-----T----A------------AT---TATATT----TT-AT-----A---ATA-----T--G----A-T-A--T-TA--T------G--T-A-AC-TA---TT-GA---TATATA---TGA-TTA---AT---------ATCC-TAT-A----A---TC-------------A-T--T-A-TTA-T--------A-C-C--A-TA-TC-G-TA-----T---G--A-------A---------------T--A----TT--GTA----T--C------AT---A-CC-------AT-----AT-C--AA-A----------CAATATT-G--TA-----T---C-A-T-------T---TA--C-C-A-TATTGT--TC-------------A----TA----A-T------AT-A---T-CGTATC-AT-----------------T-AC----CAT--TTTG-TATCA-ACC-A---T--ATC-A-TAC---A---A----T---A-T--TG-----T-AT--T--A-TA-C-CAA---AT-TG--T--AT----A--A---T---ATTGTATTCAATACCATA----TCGTAAT-CAT---AC-CAT-T--AT-TGTAGTCATTA-C-CAT--ATTCG------T-A-TA--ATATG---T--GTA-TCATA---T----C------A-A-----ACCAGTATC-------GTA-TA----------AGATATC-GTAT-A-ATATCGTA-GC------ATActgta
gi|12 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaat--ATAC-C-T---TA------T-C-----A----TA-TCT-------ATTA-C-AA-T---ATGT-CA---T--A---GG---TA--T-T------A--T-AT---CGAGT-CATGA--C----------CG----A-----T-AT------G--T-------AT-AT----A-TAT-----CGT-AT-CAT---A----------C---C----A-----TA-----------TCAT----T---AT---A-AT---T----CAA----T-----AT-----TGATAAC----A-C-C--A----TATCGT----GA-ATA----A---ATA-----T-C
gi|2 : cgtataa-----A--A-TA-TT--------AT-A-T-A--TTATA-ATACA---T--AT--AT---TA--T-G------A--T-GT---AT--C-TATTATAC----------TA--T-AGG---T-ATAATAT-GGAT-------AT-A-----A-TAT-----T-T-AT--AT---AAA----T---C---C----A-----TA---T---------A-----T---AT---AGAT---T----C-A----T-----GA-----T----AT----A-T-A--AA---TATTGA----TA-TT-----A---GTA-----T-TA----A-T-A--A-TT--T------A--T-A-AT-A--------A---T---TA---T-A-TCGTATAT-------C-ATAC-TAT-T----A---CC-----------------AT-A-GTG-T--------A-T-T--A-TA-CC-A-TACG---T---T--G-------A---------------T--A----TC--A-A----C--A------AT---A-T--------GT-----AT-C--AT-----------CCAT-ATT-G--TA-----TCATA-A-T--AGTATT---TG--T-A-G-CAATACA-TCTGGTAT-----A-A----TA----C-C----A-GT-A---T-CGTAAT-AT---AAGTGTGAATGTACA-AC----CATATCGTA-TACCATATC-G------ATC-A-TAT---C---A----TA----T--TG-----T-AT--C--A-TA-T-ACA------TA--T--AT----CGTA---T---A----A---GAT---ATACATGTC---GTATAT---AC-CAT-GAACA-T---ATCA-TA-C--AT--ATT-GATTCTGT-ATTA--ATA-----T---TG-ATGCA---T----T--------------ACCA-TATCGT---G-ATA--AT----TATCT-G-CAT--ATAT-G-G-ATAATT-GC------GTATCA-ATAGAATTA-TA-----T--TGTAT---T---ACA-C-ATTGATCA-TACCTATT-GT-TATA-ATAT-T-----GTATC--TAC-A-TATGT-AT---CAT-C-CAGTAT-TGTATCA-TAT-CA--CT-----ATA-T-A----T---CGGTT---TATTCACC---CA-----T-----TATCG---------CTA-TA-ATCA--TTA-TCATATAATTCGTATATACCATATTCTATTGTATAATACCACATATCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGATATTGACTATTGAATTATCCA-TG--ATCAT----TAATA-----ACG-T-ACA--CATATT-CA-ATA---TAC--CCATAT-ATA--TA-A---TA-GG-----AT--ATCC----T-------T-----------TA--T-ATC-TA---------CCA-ATC--A-----TA----T--TA----------CAT----AT-CG-TAT--AG-TA-TA--G-T-A---AT-CG-CAT-----C---ATAAC------T-A-A--T-T-G-TGA----TTAT-ATT-G---ATAT--C---TACC-A------T-AT--------GT--A--TA---TA-T---CATTCA-AA-----T-CA-T-A--A-A-----T---------A---T-------AC-C-A-T-------T------T----A-T-TC-A------AT-------T----AA-----TT-T--CA-T--A-TA------ATAT-GT--A----T--C-AT----TA--T---CA-------G-T--ATAA-C--A-TC--A---TATCAGA---C-CCATTATGTATATAT-CG-TTGTCA-TACCA-----------TCAT-A---T--A---TTC-G---TAT-CA--------GACCA--TATC-A------T--A-A------C--TA-----T-----C-------------T-T------------TCAT--A----C--CA-T-------A---T-G-T-----ACAT-A-A-----TA------------TA--T----CA-T-A-C---TAT----------------------------------TGA-TAA----TATATCC--G--TA---A-CA-----TTAA-TCA--A--A------------------------------------------A--C---A---A----A--T-------AT-CG-T-----------T----------A-T-A-TAC---CA----T-------A-T--------AT-----A--A-TA-----T--------A----T-TT---------CC---------A-----AGAT-------------A----TAC----T-TG-T-TCATACCATA----G---GT---AT-TGT----T--AT-------------------------A--TCAT-A-CC--A------T---A-A-T--------T---------------------TA--TC--A-T--A----CC----------A-T----AT-T-G-T-----A-T----C---------------T-C---AT--A---------------T-GG-TA-T----AT-AT-----------GTA-TCA-TC-C-A--A--T-TCTA-TAT---AAT--AATT--G--TCT-TACTCA-----AA---C-ATA--------------TCG----------------------------A--C-TTATA-----C-C-------A--T----------------------------T------CC-------------A--TATGAGATAT-TATGC---A-ACCA--ATC--T-AT-----A-AT--ACA-TTGTTATA-G----------A---TATAAAT-CGCTTATC------CGATGTTTAATA-T--A--------TTGTA-TC-A-T-AC--CAT-A-TC-a
gi|8 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagct---TA--T-A------A--T-AT---TA--CACAATA--C----------TA--A-AAAAACT-AT----C-G--TAATGTACAT-A-----A-TATAAATCTAT-AT-CAT---A-------------------------TA---T-------TAT-----T---AA---T-AC---A----C-A----C-----AT-----T----AT----G------AT---TAT-------TT-ATTAAAGA---ATA-----TAGG----A-T-A--T-AA--T------G--TGA-AT-ATGA-TA-TA---T---TA---T-A-TAA---AT-------C-ATAT-TAT-ATGATA---TCATTGATATTATAAA-T-AT-G-ATA-TTATGTAATA-T-T--A-TA-TT-A-TAATAATT---T--A-------A---------------T--A----TC--GTA----T--ATCTCTTAT---A-CC-------AT-----AT-C--GT-ATTATTT---CCAT-ATC-G--TA-----T---AGA-T--A----T---TGTAT-C-A-TACCATA-TC----A--------------A----A-C----A-AT-A---T-TGTGTC-TT---------------ACC-ATATTGTAT--CATA--ATAA-ATC-G---T--ATCAA-TAC---C---A----TA-T------------T-AT--C--A-TACC-ATA---AT-CG--TAAAT----T--A---T--------------T---GT-----TT---AT-CAT---AC-CAA-A--TT-T---GT-A-TA----AT--ATT-G------T-A-TC--ATAC----C--ATA-TCGTA---T----C------A-T-----ACCA-TATT-T---A-G-ATTAT----T----TG-TATC-ATATCA-A-AGCATG-AT-----CATA--A-ATA-----G-TT-GT-AT--CATAT---TAAAATA-C-AT--ATCG-TA-----T-gtattattatcataatatatcaccattcgatcttaatatggtatctgtaatgtcacatatctaatatcatcacgcactatgtataaattatatcataccagacatctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|3 : acaggattttcatcattacactt--C-A-----T-AT------G--T-------AT-A-----AATAT-----CGT-AT-CAT----------T---A---C----A-----TA---C-------TC------T---AC---C-ACATATGAG-C-A----TCC---AT-----CG---AT----A-T-C--AT----ATCGTA---TC-AC-----A---ATA-----T-CT----A-T-AATTACA--T------ATTC-A-AT-AT------CG---C---TA---T-A------------------GTAT-AAT-A----A---TC-------------G-C-AT-A-ATA-CCT------A-T-TGTA-TA-TT-G-TA-----T---C--C-------A---------------T--A----T---ATA----T--A------AC---A-TC--------T-----ATTC--AT-A-----C---C-AT-ATC-G--T------T---A---T--A----T---CG--TTC-A-TACCATA-TC----A------T-A----TG----GGT----A-AT-A---C-CATATC-AT----------------TA-AT----T-T--CGT--T-CAA-GCC-T---A--ATC-A-TAT---TTATA----TA-CA-T---------T-AT--C--G-T--T-ATA---CTATG--T--AT----C--A---T---A----A-----T---ATA----T--------AT---AC-AA------------ATCG-TA-T-TAC--ATC-G------T-A--A--ATA-----T--CAA-ACATA---T----C------G-A-----ATTG-TAT-------------AT----AATCG---TACC-ATAT-C-A-AT-ATA-ATAGTAGTATATTA-ATC----TA-TT-GT-AT--ACTATAATC---ATA-CCAT--ATCG-TA-----T-CTAC-TACATAT-ACATCTGTATC-ATACCA-TTTAT-ATTCATATCTACCGTA--TCGTTC------TG--CC-----ATATTTG----T----A--T---C-T--TTC---CATT---TA-C-GTATAA---TATC--GTA-TCTATC
gi|11 : cc-G--T-------AT-A-----A-TAT-----CGT-AT-CAT---AA---------C---C----A-----TA-----------TCGTATAAT---AT---C-AA---TA---C-A----A-----ATA----T----AT----A-CTC--A----TATCGT----AT-AT-----A-----A-----T-CA----ATT-G--T-CA--T------A--C-A-A-----------A---T---CA---T-A-T-A---ATTCATA--C-ATAC-CAT------A---TC-------------GTT-AT-A-ATA-TCA------T-T-C--A-TA-CC-G-CA-----T---CTAA-------A---------------CCAA----TC--AAA----T---------AC---ATTT-------AG-----AT-C--AC-A-----catgcatataatagttgtatcgatatcaagccattacgttgataccatcatatttatattaccatcatattagttaatattgcatataccctatttgtaatatcgtatctacatattataatatacaatatcataccatatatgtttaatatcattcatattgatctaaatactcaaattacattttaagatcacaa
gi|11 : -AT-----A---ATA-----T-CG------T-A--T-CA--T------AACC-ATAT-CG---TA-TA--------A---T-A-TCA---ATACAAATAT-ATACTCAT------A---TC-------------G-T-AT-A-TAA-TCA------A-T------TG-TC-A-TA---------C--A-------A------------------A----TC--ATA----T--A------AT-----TC-------AT-----A--C--AT-A---------CCAT-ATC-GT-TA-----T---A-A-T--A----T---CAT-T-C-A-TACCGCA-TCT---A------A-AC---CA----A-TCA--A-AT-ACATT-TAGATC-AC---AAG---------ACA-AC----CAT--agacaaccattcttaatcgaa
gi|11 : gt-------------G-T-AT-A-AT-----------A-T-C--G-TA-TC-A-TA-----A---C--C-------A---------------T--A----TC--GTA----T--A------AT---A-TCAATACAAAT-----AT----AT-A-----C---TCAT-ATC-GTATA-----T---A-A-TCAA----T---TG--T-C-A-T-ACAAA-TC----A------T-A----TA----A-T-------------T-CATA-C-AT---------------ACC-AT-----AT--CGT--TATAATATC-A---T---TC-A-TAC---C---GCATCTA-AA-C--CA-------AT--CAAA-TA-C-AT-----T-TA--G--AT----C--A---C---A----A---GAC---A-A----CC---AT-tcttaatcgaa
gi|11 : TA----T--A------AT---A-TC-------GT-----AT-C--AT-A-----A---CCAT-ATC-G--TA-----T---A-A-T--A----T---CA--A-T-A-CAA-ATA-T--------------A----TA----C-T----C-AT-A---T-CGTAT--AT---AA----------TCA-AT----TGT--C--A-TACAA-ATC-A---T--ATA-A-T-T---C---A----TA-CA-TACCA-----T-AT--C--G-T--T-ATA---A------T--AT----C--A---T---tcttaatcgaa
gi|11 : g----A-T----A-AT-A---T-CGTATC-AT---AA----------CCA-------TAT--CGTA-TA----AT---------ATC-AATACAAAT---A----TA-TACT--CA-----T-AT--C--G-TA-T-ATA---AT-CAATT--GT----C--A---T---A----C---AA----------------AT-CAT---AT-AAT-T--CA-T---A-CA-TA-C-CAT--ATC-G------T-TATA--ATATCATTC--ATA-CCGCA---T----C------TAA-----ACCA--ATC-A---A-ATAC-AT----Ttcataccgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|6 : gt---AA----------AAA-AT----TAT--CATA-------AT---------GTC-A-TAA---T---A----TAACA-T--C------T-AT--T--A-TT-C-ATA----------T--AT----T--A---T---A----A---TAC---ATA----TA---AT---T---ACTGAT-A--TC-T---ATTA-TA-A-TAT--AG--G------A-ATTA--ATA-----T--ATT-ATATAAAAT----C--------G-----ATTA-TGTA-CATTG-ATATTATATAATAT-GA--TATT-ATGT-ATA-A----A-AT-----TATAT-A-ATA----TA--A-AT-AT--CGTAT---A---ATA----T--ATTA-TA-----T-GC------ATAT-C-----GTATT-ATACC------T-AC-----------------------ATAT------G-----ATA-TTGGGTAT---CA--T---CAT--ATCAAACA-----AATCTGTATCA---TAC--------ATATT-GTATATAATATATCGTATCATACATACTGTTCATACACTATCGTATATAATTGTATGATATCAACATATCGTATACCATTATGTATCATATATATAATATTTAATAATCCA-TATCAT-ATAATATTGTA---TCATA-C-ATA-------T-CATATA--TTCCTACCATATCATATTTA-A---TA-T------GT------------AA----T-----------CA--T-A----G-AA-----TATA-TTT--G-----TA----T---A---ATAC---CAT----AT-CG-TAT--CA-TACCA--T-A-A---AT-TG-TAT-------A-AT-------------A--T-T-G-T------TCAT-ACC-----ATAT--CGTATATACC------T-AT---T----GT--A--TC---TA-T---CAT--A-TA-----A-C--T-AT-C-A-----T---------A---T-C-A-C-AC-T-A-TA--CTG-T---A--tagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatcc-T--TG-----T-AT--T--A-TA-C----------CA--T--AT----C--G---T---A----A---AAT---ATT----GC---AT-CAT---AC-CATAT--CT-T---ATAA-TA-C-C
gi|5 : ---AT-CG--T--AT----A--G---T---A----A---AGT---ATC----GC---AT-CA----AC-CAT-T--ATGT---AACA-TG-T--ATGCATT-A------CCATTA--AT------C--GTATAAGTA---T----A------T-ATTAATACCA-TATC-----G-ATA-TAA----TATCA---TATC-ATAA-A-T-ATCA-A-AC-----CATATCGGATA----TAATA-CC-ATA-TGTAT---A---ATATC-GT--ACCA-TA-----T--T-C----ATAT-A-----ATATCGATA-----TCAG-AC---CATAT-C---ATATCGTATAATATA-----------GTA-TT---------CA--TACGCAT--ATC---CGATCATTA-CCATATCACTATAAC--ACT-TGTATCA---TACCATATTGTATAATATCATATTCATACTGTTTATCATTACCATATTGTATCATAACCATATCGATATAATATCGTACATACCCTATCATATCATCAACCATTATCAGTATAAT-AT----GTGT----TCATA-TCAAAACCATA-T-CGTATA--ATAC--C-ATATCATAA-TA-A---TAATC-----AT--A-CC----AAA-----T-----------CA--T-ATCAT--------------ACC--A-----TA----T--CA----TACA---AT----AT-CG-TAT--AG-TA-TA--A------------------------------------T-A-A--T-C-G-C-A----TCAT-ACG-C---ATAT--TG--TATA-A------T-AT---C----GT--AATCA---TA-C---CAT--A--------T-CG-T-ATGA-A-----T---------A---T-C-A-TTAC-C-AATA--TCA-T---A--CC---A-TATC-A---------A-----T----AA-----TAAT--CA-T--ATCAG-----ATATAAT--A----T--C-AT--A-T---T---CA-TTAC-CA-T--AT------------------CTATT---A-ATATCATATC-ATA
gi|11 : tt-T--CG-T---ATCA-TAAC-CAT--ATC-G------T-A-TA--ATA-----TCAATACAAATA---T----A------T-A-----CTCA-TATC-------GTA-TAT----AATCAAT-TGTC-ATAC-A-A-ATCATA-------------TA-AT----------------------T---C---ATA-C-AT--ACCA-TA-----TCGT-------TAT-A-----ATATC-AT------TCAT-AC---Cccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|12 : gtataata--CT-T---ATCA-TA-T-C-T--AT---------T-AC-A--ATA-----T--GT--------------------------------CA-TA-------G-GTATTA-----TATCGAG---TC-ATG-----------A-CC-----GATAT---GTA----TA-TA--T-AT--CGTAT---C---ATACC-AT--ATCATTA-----TAAT-T-CA-ATAT-T-----G-ATA-ACACCA-Tgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|11 : cgtataaatacA-TATC-------GTATCAT----AACCA---TATC-GTAT-A-ATATCA-----------ATACAA-ATA----TA-TA--C--T--CATAT---C---GTA-T-ATA-ATCA-AT-----T-GT-C----ATAC-A-----A-ATC-ATATAA-TTCAT-A----CATAC-C-------------ATAT-CG--TT-----ATA-ATA----T---CAT-T---CAT--ACCG--CA-----Tatcgtgaataaatatca
gi|6 : gtataATCCA-AAAAATTAT-----CATAATGTCATAAT-ATAAC-ATC-----TAT----TAT--TCATATATTA--TA-A---TA--C-----AT--A-T-------AA----T-----------TA--C--TGAT---A-----TCTA--TT--A-----TA------------ATATAGGAAT-----T-AA-TAT--AT-TA-TAT-A-A-A---AT-CG--AT-----T---ATGTAC--AT-T-G-A--T-------A----TTAT-A-------------TA-ATATG-A------T-AT---T----AT--G--TA---TA----------A-AA-----T-TA-T-AT-A-A-----T---------A---T-A-A--------A-TA--TCG-T---A--T----A------AT-----AT-A-----T----TA-----T------A-T--G-CA-------TATCGT--A----T--T-AT--A-CC--TA--CA-T-AT-GA-T--ATTG-G--------G---TATCAT----C-ATATCAAACA-A-ATCTG-TATCA--TAC------A--T--ATTGT-A---T--A---T------------A---ATA---------TATC-G------T--A-T------CA-TA-----------C---AT--A-----C-TG-T---------TCAT--A----C--AC-T-------A---T-CGT-----ATAT-A-A-----TT-G----------TA--T----GA-T-A-T---CAAC-----AT-----A----------T---------CGT---A----TAC---C--A--TT---A-TG-----T--A-TCA---------------T----A-T------A---T----A--TA--AT-A--TTTAA--TA----A--TCCAT---AT-CA-T-AT-A----A-T----------A-TTG-TAT---CA----T-------A-C--A-T---AT-----C--A-TA-----T--------A----T-TC-C--T---ACC---------------ATAT-C-----------A----TAT-----------TTA----ATA----T---GT---A------------AT--C--A--T-AG-AATATAT----T------T-G-T---A------T---A-A-TA-----C-CA--TATC-------------GTA--TC--A-T--AC---C-----------A-TAA--AT-T-G-T-----A-TAA--T--A--T----TG--TT-C---AT--A-------C----CA-T-AT-CG-T----AT-ATA--CCTAT--TGTA-TC--TA-----------TC-A-TAT---AA---CT----A--TCA-TA-TCA-C---AC---T-ATA-ctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|6 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaTTA-TGTA--CAT----TGATA---TTATA-T-AATATGATATTATGTATA--A-AA--TTATATAATA--TA-AA--TA-TC-----GT--A-T-------AA----T------------A--T-ATTAT---A-----TGCATATC--G-----TA----T--TA----TACCTACAT----AT-GA-TATTGGG-TATCA-----------T-CA-TAT-----CAA-A----C--A----A-A--T-CTG-T-A----TCAT-AC------ATAT--TGTATATA-A------T-AT--------AT-----CG---TA-T---CAT--A----------CA-T-AC-T-G-----T-------------T-C-A-T-AC-A-C-TA--TCG-T---A--T----A-TA---ATT----GT-A-----T----GA-----TA-T--CA----A-CA-------TATCGT--A----TACC-AT----TA--T----G-T-AT-CA-T--ATAT-ATAA-T---A---TTTAATAATCC-ATATCATATA-ATAT-TG-TATCA--TAC------A--T--ATCAT-A---T--A---T-T--------------------CC----TACC-A------T--A-T------CA-TA-----T-----T----T--A----ATATG-T--A-----ATCATAGA----A--TA-T-------A---T-T-TGTATAATACC--A-----TA---T----CG--TA--T----CA-T-A-C---CATA-----A------A----------T---------TGTATAA----TAT---T--G--T------------------TCA--T--AC----CA--T----A-TC-----G---T----A--T---AT-A--CCT-ATTGT----ATCT-------AT-CA-T-AT-A----ACT----------A-TCA-TAT---CA----C-------A----C-T---AT-----A--ctgta
gi|3 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatctattataatataggaattaatatattatataaaatcga-TATAATAAT-----CGCA---TAATA-C-----CTATT----GTATATTGTAT--CCATAT-ATA--TA-A---CA-TC------T--A-T-------------T-----------CA--T-ACCAT---A-----TC---GTT--A-----TA----T--CGTTCATACC---AT----AT-CA-TAT--GGGTAATA------------------------CCATAT---C--AT-T-A-ATTT-C-G-T------TCAA-GCCTAATCATAT--TT-ATATACAT-----T-AT---C----GT-----TA---TA-C---TAT--G-TA-----T-C----AT-A-A-----T---------A---TAT-A-T-AC-A-A--A--TCG-T---AT-T----A-CATC-GT-----A-----------------------------------A------ATATCA---A---------AC--A-TA--T---CG-A-AT-TG-T--ATAT-A--A-TC--G---TACCATAT--C-A----ATATA-ATA---G-TAGTA--TATTA----ATCT--ATTGT-A---T--AC--T-A-T---AAT-C----ATA----CCA--TATC-G------T--A-TCTACTACA-TA-----TA----C---AT--------C-TG-T--------ATCAT--ACC--ATTTA-T-------A---T-T-C-----ATATC--------TACCGT----AT--CG--T----TC-T-G-C---CATATTTGTAT-----C----------TTTCCATTTACGTATAA----TAT---C--G--TA---T-C------T--A-T--------C----CA--T----G-C------A---T----A--TA--AT-A--------------------------GT-TG-T-ATCG----A-T----------A-TCA-AGC---CA----T------------------------------TA-----C--------G----T-TG-A--T---ACC---------ATC---ATAT-T------T----A----TAT----TACC-A-TCAT---ATT----A---GT----T-AAT--------------A--T-TG-CAT--A-----TA--CCCT-ATTT--G------T---A-A-TA-------TC-------------------GTA--TC----T--A----C-----------A-T----AT-T-A-T-----A-A----T--A--TA---CA--AT---------------ATC----A--T-AC-CA-T----AT-A-----------TGTT-TAA-TA-T-C--A--T-TC-A-TAT---ctgta
gi|11 : cccatatgtataaatatcgtatcattacatactctaccacatatgagcatccatcgatatcatatcgtatcacaatatctataattacatattcaatatcgctatag-TATAAT-AT-----CGTA---TCAT------AACCAT-AT-CGTATA--ATAT--CAATA-CAAA--TATA---TACTC-----AT--A-TCGTATATAA----T-----------CAATT-GTCATA---------CAA-ATC--A-----TATAATT--CATACATAC---CAT----AT-CGTTAT--AA-TATCATTC-A-T---AC-CG-CAT-----CTA-Atgatctaaatactcaaattacattttaagatcacaa
gi|11 : gT-CGTATC--ATAA--CCATATCGTA--TA-A---TA-TC-----A--------------------------------A--T-A---------------CA-A----A-----TA----T-------ATACT--CAT----AT-CG-TAT--A-----TA--ATC-A---AT-TGTCAT-----ACA-A--ATC--ATAT-A-AT-T-C-A-T-A-----CAT-ACC-----ATAT--CG-TTATA-A------T-AT---C----AT--T--CA---TA-C---Caccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|4 : gtataataGTATA--AT----CAATATTATA--CC-A---TA-TC-----GTTTA-TT----GGTA----TA----------TA--T-ACCAT---A-----TCAA-ACA--A-----TA----T--C-----TGATCGGAT----AC-C---AT--AG-TATTA--T-A-ATATATTCG-TCT-----CTA-A---CT--AT-T-A----T-C-T-T-AATAATCGT---C-A---ATAT--TG--------------T-AT---C----AT--A--CAAATTG-A---TAT--A-AG-----T------AT-T-G-----T---------A---T-A-A-T-AC-C-A-T---TCG-T---A--T----A-TACC-AT------C-A-----T----TG-----TA-T--C--T--A-CC------AT-TC-T--A----T--A-A---A-TA--T---TG-T-AT-CA-T--ATCA-A--A-T----------CATA---T--TATTATATA-ATAA-----A------ACC--------T--ATCAT-AAATT--AA--T-C-G---TAT-TA---ATAT-ATCGAAATATC-G------T--A-T------CA-TA-----C-----C---AT--A----A-----T-AA-----AT-A---A----A--TG-T-------A---T-C-------ATA-TA-A-----TA-CGTATTATT--TGTAT----CA-T-A-C---CATATGT--AT-----CA---------T---------CCA-TAA----TATA--C--A--TT---C-CA-----T--A-TTGTTT--AC----CA--T----A-T------T---C----A--T-------------A--GA----A--T-------AT-CG-------------C----------A-TC--TAC---CA----T-------A-T--C------------------G-----T--------A----T-AT-A--T---ATC---------A-----ATAC-------------A----TGA----T-CA-T-TTA----ATA----T---GTTTAATACAA----C--AT-----A--T-TG-TATgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|7 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatattataattataagagatataatagatatactataattatataaatcatatgtattgatgatatatattattgtaatattatattattttaagataatattcgaATAT-ATA--TG-AATATA-TT-----AT--A-T-----AAAA----T-----------CA--TTATTATT-GA-----TATA-ATATGA-----TA----T--TA---AT-----TAT----AT-TT-TAT--AA-TA-TG--A-T-A---TT-----AT-----GTA-A---CT--AT-T-G-A--T---A-T-A----T-ATGATT-A---ATAT--CC--TATA-A------TCAT---T----AT-----TA---TA-C---CAT--A--------T-CG-T-ATGA-A-----T---------A---T-T-G-T-AT-C-A-TA--CCA-T---A--T----C-AAAC-A------AT-A-----T----TG-----TA-T--CA-TTTA-CC------ATATTGTTCA----T--A-AT--A-TA--T---CG-T-AT-CA-T---TAC-C--A-TTTTG---TATCAAC---C-ATATCATACA-ATAT-TG-TATTA--TACCA----A-----ATTGT-A---T--AATAT-T-G---TATTCA---ATA----CCA--TATC-G------T--A------------A-----T-----C---AT--A--------------------CCAT-------------T-------A---T---T-----GTA-------------------------G--T----CA-TTA-C---CATA------------T----------T---------CGTATAA----TATG--T--G--TA---T-CA-----T--A-TCA--A--AC----CA----------------G---T----A--TC--GT-A--T---A--AG----A--T-------AT-CG-T-AT-A----A-T----------A-TCG-TAG---CA----T-------A-
gi|7 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctattatgatataggATATTATA--CG-A---TA-TCTT---AT--A-CG----ATAC----T-----------GG--T-TTGATATGA-----TACA---C--A-----TA----T--TA----TAC--GAAT----AT-GG-TA---AT-GACTAC-A-ATA---AT-GG-TATGATTACGATATGGT---AT-TGA-A--TAC-AAT-A----TTAT-AC--A---AT-T--TG-GTATA-A------T-AC---A----AT--AT-TG---TA-T---GAT--ATGG-----T-TGAT-AC-A-A-----A---------A---T-G-G-TAAT-G-A-TA---CG-----A--T----A-TATT-ATGAACAAT-A-----TGGTAAA-----TG-----A-T--A-CA------ATATTGT--T----T--G-AT--A-TG-------G-T-AT--G----ATAC-A--A-T---A---T-TCATA---CGATATGGTATA-ATAA-TG--ATTA--TAGGAT---A--TTAATCAT-A---T--A-----------TAT-CA---ATAG-TTACA--TA---A------T--A-T------CA-TA-----T-----T---ATA-A----AA-TA-T-AATTAATATCAT--A----T--TA-T-------A---T-C-A-----ATAATA-A-----T--GAT----TT--TA--TATAATA-T-ATT---CATAT----AT-----A----------T---------CCT---A----TAT---C--A--TA---A-TA-----G--A-ATA--ATCAT----CATGT----A-T------GTATT----A--TA--AT-A--T---A--TA----A--T-------AT-AGAT-GT-T----A-T----------A-TTA-TTA---CA----T--------------T---AT-----G--A-TA-----
gi|5 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaatATA--TG-A---TA-TT-----AT--A-C-----AATA----T-----------GG--T-ATGATA-CAAGTGTTATA-GTG--A-----TA----TGGTA---ATGATCGGAT----ATGCG-TATG-AA-TACTA--T-A-TT--ATACGATAT-----GAT-ATGGTCTGAT-----A--T-C-GAT-A----TTAT-ATG-A---ATAT---G-GTACG-A------T-AT---T----AT--A--CA---TA-------------------T-GG-T-AT-T-A-----T---------A---T-C------C-G-A-TA--TGG-TTTGA--T----A-T-TT-ATG----AT-A-----T----GA-----TA-T--TA-T--ATCG------ATATGGT--A----T--TAAT--A-TA--TA--CT-T-ATACGATTAATGGTA--A-T---G------CATA---C-ATGTTACATA-ATcgtagcata
gi|8 : ttatcgtatagtaaagtatcgcatcaaccTA--TA-A---TA-TTACACAAT--A-CT----AAAAAAACTATCGTAATGTACA--T-AATATA-AA-----TCTATATC--ATATATTA----T--TA---ATACACACATTATGAT-TA-TTT--AT-TAAAG--A-A-T---AT-AG-GAT-----ATA-ATGTGA--ATAT-G-A--T---A-T-A----TTAT-ATA-AATCATAT--T--ATATG-A------T-AT---C----AT--T--GA---TA-T---TAT--A-A---------A-T-AT-G-A-----T---------A---T-T-A-T-GT-A-A-TA--TTA-T---A--T------TATA-ATA----AT-T-----T----AA-----TA-T--CG-T--A-TATCTCTTATACCAT--A----T--C-GT--ATTA--TTTCCA-T-AT-CG-T--ATAG-AT-ATT---G---TATCATAC--C-ATATCAAACA-ATAT-TG-TGTCT--TACCATATTG--T--ATCATAA---TAAA---T-C-G---TAT-CA---ATA----CCA--TAT---------T--A-T------CA-TA-----C-----C---AT--A----AT-CG-T-AA-----ATTAT--T----G--TT-T-------A---T-C-------ATACCA-AATTTGTATAAT----AT--TGTAT----CA-T-A-C---CATA-----------------------T---------CG---------TAT---C--A--TA---C-CA-----T--ATTTA--G--AT----TA--T----T-T------G---T----A--TC--AT-AT-C---A--AAGC--A--TG------AT-CA-T-A--A----A-T----------AGTTG-TAT---CA----T-------A-T----T---AA-----A--A-TA-----C--------A----T-AT-tcatactgtttatcattaccatattgtatcataaccatatcgatataatatcgtacataccctatcatatcatcaaccattatcagtataatatgtgttcatatcaaaaccatatcgtataataccatatcataataataatcataccaaatcatatcataccatatcatacaatatcgtatagtataataatcgcatcatacgcatattgtataatatcgtaatcataccatatcgtatgaatatcattaccaatatcataccatatcaataataatcatatcagatataatatcatattcattaccatatctattaatatcatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|11 : acaggattttcatcattacacttTA--TA-A---TA-TC-----GT--A-TC----ATAA----C-----------CA--T-ATCGT--------------ATA--A-----TA----T--CA---ATAC----AA----AT-----AT--A--TACTC--A-T-A----T-CG-TAT---------ATA-----AT-C-A-A--T-T-G-T-------CAT-ACA-A---ATC------ATATA-A------T--T---C----AT--A--CA---TA-C---CAT--A--------T-CGTT-AT-A-A-----T---------A---T-C-A-T--T-C-A-TA--CCG-C---A--T----C-TAcgtat
gi|12 : gC--G-----TA----T--AA---ATACCT---T----AT-CA-TAT--C--TATTA--C-A-AT--AT-----GT-----C---ATAGGT--AT-T-ATA--T-C-G-A-G----TCATGACC-G---ATAT-----GTATATA------T-AT---C----GT--AT-CA---TA-C---CAT--A--------T-CA-TTAT-A-A-----TTCAATATTGA---T-A-A-C-AC-C-A-TA--TCG-TGA-A--TAA--A-TATC-Aaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|5 : T----AT-CG-TAT--AG-TA--A--A-G-T---AT-CG-CAT-----C-A-A---CC--AT-T-A------T-G-T-A----ACAT------------------GTATG---------------C----AT----------TA-C---CAT--T-AA-----T-CG-T-AT-A-AGTATAT---------A---T-T-AAT-AC-C-A-TA--TCGAT---A--T----AATATC-AT-----ATCA-----T----AAA----TA-T--CA-A--A-CC------ATATCGG--A----T----AT--AATA--C---CA-T-AT--G-T--ATAA-T--A-TC--G---TACCATA---T----TCATATA-ATAT-CGATATCA--GACC-----A--T--ATC---A---T--A---T-C-G---TAT-AAT--ATAGTATTCA--TA-C-G------------------CA-TA-----T-----CCG-AT--C----AT-T-----------ACCAT--A----T--CA---------------C-T-----ATAACA-----------------CT--TGTAT----CA-T-A-C---CATA-----------------------T---------TGTATAA----TAT---C--A--TATTCA-TACTGTTT--A-TCAT-T--AC----CA--T----ATT------G---T----A--TC--AT-A------A--CC----A--T-------AT-CGAT-AT-A----A-T----------A-TCG-TA----CA----T-------ACC--C-T---AT-----C--A-TA-----T-------------C-AT-C--A---ACC---------A-----TTAT-C------A----G----TA-------------TA----ATA----T---GT---GT---T----C--AT-----A--T-CA-AA----------A--CCAT-A-TCGTA------T---A-A-TA--------C--CA----------------TA--TC--A-T--A----------------A-TAATAAT-C-A-T-----A-C----C--A--------A--AT-C---AT--------ATC----A--T-AC-CA-T----ATCAT---AC-----AATA-TCG-TA-----------TA-G-TAT---AA---TA----A--TCG-CA-TCA-T---ACG--C-ATA--------------TTG--T--------ATA----ATATCGT---A--A-TCATA-----C-C-------A--TATCGTATGAATAT----C---A---T--T------ACC--------A---A--TA---------T---C---ATACCA-TATCA---AT-----A-AT--A-A-TC---ATATC----------A---GATA--T-AA--TA-T------C----------A-T--A--------T-----TC-ATT-AC--CAT-A-TC-TATT-AATATC---
gi|2 : t-A--T-C---T-A----TTAT-AC-------TAT--AG-GTATA-A------T-ATGGAT----AT--A---A---TA-TTTATAT--A-AA-----TCCA-T-AT-ATA-----T---------AGATT-C-A-T-G----A-TA--T-A-T---A--A----A-TATTGAT-----AT-------T----AG-----TA-T--TA----A-TA------AT-TTAT--A---------AT--A--A--T---TA-T-AT-CG-T--ATA-----------------TCATA---C--TAT--TACC-ATAG-TG-TATT------------A--T--ACCAT-A---C--G---T---TGA-TAT-CA---ACA------A--TAT--G------T--A-T------CA-T------C-----C---AT-------AT-TG-T--------ATCAT--A----A--TAGT-------A---T-T-T-----GTAGCA-A-----TA-CAT----CTGGTA--T----AA-T-A-C---C--A-----GT-----A----------T---------CG--TAA----TATAAGT--G--TG---A--A-----T--G-TAC--A--AC----CA--T----A-TC-----G---T----A--TACCAT-A--T---C--GATC--A--T-------AT-CA-T-AT-T----G-T----------A-TCA-TATACATA----T-------A-T--CGT---AT-----AAGA-TA-----TACATGTC-G----T-AT-A--T---ACC---------ATGAACATAT-C------ATAC-A----TAT----T--G-A-TT-----CT---------GT---AT-TA--------AT-----A--T-TG--ATGCAT----TA--CCAT-A-TC--G------T---G-A-TAATTATC-TG--CATATATGGATAATTGCGTA--TCA-A-T--AGAATT-----------A-T----AT-T-G-T-----A-T----T--A--CACATTG--AT-C---AT--A-------C----C--T-AT-TG-TTATAAT-AT----------TGTA-TC--TA---C--A--T-AT-G-TAT---CATC-CA----GTATTG-TA-TCA-TATCAC---T-ATA-T----A-------TCG------G----TT-----------T---A--T-TCAC------C-C-------A--T----------TAT----C---G---C--TATAATCATT--------ATC-A--TATAATTCGT-A---T---ATACCA-TATTC-T-ATT-G--T-AT--A-A---------------------------TA--C-CA------------C----------A-T--A--------TCGTA-TC-A-T-ACG-CGT-A-TG-TA---TATA-T---TGTTCACCATA-TG-A--TATTGACTA-TTGAA-T---------T--AT------CCATG--------AT--CA---------T-TA-A-----TA------A-----CGTACACATAT--------TCAATA---TAC----C----CA--T-AT-ATAT-AA-T--AGGA---TAT-C------CT--TT-----AT--------A--TC---------T--ACC-------A----ATCATA-TTACATATC--GT---ATA--G---T-A-------T-A--G--TAA---TC----------GC--AT-C-----A----TAAC----TAAT-TGTGA-T--------------T-----AT--AT--TGAT-AT-C---T-ACC-A------------T--AT-G-TAT----------ATAT-----C--A-T-T-------C--------A-A-AT------CATA--------A-AT-----ATACC--AT----T-------T-------A----TT-C-A-AT-TA-AT-----T-TC-AT------ATA-AT-ATGTATCATTA---T-C-A-G-T-A--T---AAC-ATCATATCA-G---------ACC-C---ATTA--T------GTATATATC-G-TTGTCATACCATCATATATTCGT-ATCAGACCATATCATAAC-T-A-TCatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|17 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgt--T-T-G-T-A----TTAT-ACC-A----TAT--CG--TAAA-A------T-ATTG-C----AT-----CA---TA-C---CAT--A--------T-CT-T-AT-A-A-----T---------A---C-C-tttcataccatatgtacataatatatcatactattgataatatatccgtaacattaatcaaaacaaatatcgttatataccatatataatatatttccaagatatacttgttcataccataggtattgttatatcataccataatttatcataccatattgtatctcatatggtatatatgtatcatccaattctatataataattgtcttactcaaacatatcgacttataccattccatatgagatattatgcaaccaatctataatacattgttatagatataaatcgcttatccgatgtttaatatattgtatcataccatatcgtattattatcataatatatcaccattcgatcttaatatggtatctgtaatgtcacatatctaatatcatcacgcactatgtataaattatatcataccagacatctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|6 : -T-A----TCAT-A-------ATGTCATA-ATATA-A------C-AT---CTATTATTCA--TA---TA-T---TAT--A-AT-----A-CA-T-AT-A-A-----T-------------------T-AC-TGA-TA--TC--T---A--T------TATA-AT-----AT-AGGAATT----AA-----TA-TATTA-T--A-TA------AAATCG---A----T--T-AT--G-TACAT---TGAT-AT----T--ATAT-A--A-T---A---TG--ATA---T--TAT-GTATA-AAAT-TA-TATAA--TATAA----A--T--ATCGT-A---T--A---A-T-A---TAT-TA----TAT-GC--A--TATC-G------T--A-T------TA-TA-----C-----CTACAT--ATGATAT-TG-G-GT-----ATCAT--C----A--TA-TCAAACAAA---T-C-T-----GTATCA-------TA-CAT----AT--TG--T-----A-T-A-------TA-----AT--------------------------------A----TAT---C--G--TA---T-CA-----T--A--CA--T--ACTGTTCA--T----A-C------AC--T----A--TC--GT-A--T---A--TA----A--T----------TG-T-AT-G----A-T----------A-TCA--AC----A----T-------A-T--CGT---AT-----A--C-CA-----T-------------T-AT-G--T---ATC---------AT----ATATAT------A----A----TAT----T-------TA----ATA----ATCCAT---AT-CAT-------ATAAT--A--T-TG-TATC-AT-----A--C-AT-A-TC--A------T---A---TA-----T-TC--C-----------------TA--CC--A-T--AT---C-----------A-T----AT-T---T-----A-A----T--A--TG---TA--AT-C---AT--A-----G-----------A---A-T----AT-AT---T------TGTA-TAA-TA-C-C--A--T-----------------------A--TCG-TA-TCA-T---AC---C-ATA-A----A-------TTG--T--------ATA----A-----T---ATTGTTCATA-----C-CAT-----A--T----------CGTA---T---A------T------ACC--------T---A--T-TGTATCTA-T---C---ATATAACTATCA-T-ATC------AC--A-C-T----ATA-
gi|6 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaatAT-ATC-AT--ATGT--AG-GTATA-A------T-AC---G----AT--ATGCA---TA-T---AAT--A--------------------------T---------A---T-T-A-T-AC-G-A-TA--TT---------T----A-TAT---T-----AT-A-----T----AA-----TT-T--TA-T--A-CATA----ATATCAT--A----T--T-AT--A-TA-------A-T-AT-C----------A--A-T---G---TA-CATAAT-CGATTTTATATA-ATA-----TATT-------A----A--T---TCCT-A---T--A-------T---TAT--A---ATAG-----A--TATCAG------T--A------------A-----T-----T---AT--A-------TG-T--------ATTAT--A----A--TA-T-------A---T-G-A-----AT---A-A-----TA-GA---------TG--T----TA-T-A-T---TATG-----Actgta
gi|3 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgCC-C---ATAT-----GTATA-AATATCGT-AT---C----ATT-A--CA---TA-C---TCT--A-CC-----A-CA-T-AT-G-AGCATCC---------A---T-CGA-T-AT-C-A-TA--TCG-T---A--TCACAA-TATC---------T-A-----T----AA-----T--------T--A-CA-------TAT----------T--C-A---A-TA--T---CGCT-AT-AG-T--ATAATA--A-TC--G---CATAATA---C-CTATTGTATA----T-TG-TATCC-----------A--T--AT-AT-A---T--AACAT-C-T----AT-TC---ATA----CCA--TATC-G------T-----------TA-TA-----T-----C---GT-----------------------TCAT--A----C--CA-T-------A---T-C-------ATAT------------GG----------G--T----AA-T-A-C---CATA-----------------------T---------CAT-TAA----TTT---C--G--TT-----CA-----A--G-CCT--A--AT----CA--T----A-T------T---T----A--TA---T-A--C---A--T--------T-------AT-CG-TTAT-ACTATG-T----------A-TCA-TAA---TA----T-------A-T--A-T---AC-----A--A--A-----TC-------G----T-ATTA--C---ATCGTA------A-----ATAT-C------A----AA---CATA---T-CG-AATT----------------GT---AT-----------AT--A--A--T-CG-TA-CCAT-----A--TCA--A-T---A------T---A-A-TA-----G-T----A---------------GTA--T---A-TTAA----T-----------C-T----AT-T-G-T-----A------T--A--C----TATAAT-C---AT--ACCAT-ATCGTATC--T-AC-TA-C----AT-ATACATC-----TGTA-TCA-TA-C-C--A--T-TT-A-TAT-----------------TCA-TA-TC--T---AC---C-GTA--------------TCG--TTC-T----GCC----A-----T---A--T-TTGTATCTTTC-C-------A--T------------T----T---A---CG-T------A-T--------A---A--TAT----CGTAT---CT--AT-CCA-TG-CA-T-AT-----A-AT--A-GTT----GTA-T----------C---GATA--T-CA---AGC------C----------A-T--T--------ACGT--TG-A-T-AC--CAT------CA---TAT--------------TTA-------TATTA-CCA-TCATATT-A-GTTA-AT--ATT-G--CATATA-C---C--CT---AT------T-TGTA-ATATCGTATC---TA-----CATAT-TATAA--------T--ATA---CA-----A----TA-----TC------A-T--ACCA---TATAT--G---TT--TA-----AT--------A--TCATTCAT--ATTGATCT----A-A----AT-A-C-T--CAAAT----T---ACA--T---T-T-------T-A--A--G-A---TC----------AC--Atgggtatcatcatatcaaacaaatctgtatcatacatattgtatataatatatcgtatcatacatactgttcatacactatcgtatataattgtatgatatcaacatatcgtataccattatgtatcatatatataatatttaataatccatatcatataatattgtatcatacatatcatatattcctaccatatcatatttaatatgtaatcatagaatatatttgtataataccatatcgtatcataccataaattgtataatattgttcataccatatcgtatatacctattgtatctatcatataactatcatatcacactatactgta
gi|11 : -GTATA-A------T-AT---C----GT--AT-CA---TAAC---CAT--A--------T-CG-T-AT-A-A-----T---------A---T-CAA-T-ACAA-A-TA--T-A-T---ACTC----A-TATC-GT-----AT-A-----T----AATCAATTG-T--CA-T--A-CA------A-ATCAT--ATAATT--C-ATACA-TA--C---CA-T-AT-CG-T---TAT-A--A-T---A---T--CATT---C-ATACCGCATa
gi|8 : TATA-A------T-AT---T----AC--A--CAA--TA-C---TAA--A-AAAACTAT-CG-T-A----A-----T---------G---TAC-A-T-AA-T-A-TAAATC---------T----A-TATC-AT-----AT-A-----T----TA-----T--T--AA-T--A-CAC-----ACATTATG-A----T--T-AT--T-TA--T--------------T--AAAG-A--A-T-------------------ATAGGATATA-ATGT--G------------A----A--T--ATGAT-A---T--A---T-T-A---TAT-AA---AT------CA--TATT-A------T--A-T------GA-TA-----T-----C---ATTGAT---AT-TA-T-AA-----AT-AT--G----A--TA-T---------------T-----ATGT-A-A-----TA---T----TA--TA--T----TA-T-A------ATA-----AT----------------------------T-TAA----TAT---C--G--TA------------T--A-TC----------------------------------T----C--TT--AT-A--C---C--------A--T-------AT-CG-T-AT--------T----------A-T---TTC---CA----T-------A-T--CGT---AT-----AG-A-TA-----TT-------G----T-ATCA--T---ACC---------A------TAT-C------A----A-------------------------ACA----A----T---AT-TGT--------------G--T-CT-TA-CCAT-----A--TTGT-A-TC--A------T---A-A-TA-----AATC-------------------GTA--TC--AAT--A----CC----------A-T----AT-T-A-T-----C-A----T--A--C-----------C---AT--A-----ATC----G--T-AA--A-T-----T-AT---TG-----TTTA-TCA-TA-C-C--AAAT-TT-G-TAT---AA---TA-------TTG-TA-TCA-T---AC---C-ATA--------------TCG--T---A--------------------------TCATA-----C-C-------A--T-----------AT----TTAGA---T--T------ATT--------T---G--TAT------------C---ATATCA-AAGCA-TGATC------AT--A-A------ATA-G----------T---TGTA--T-CA--TATTAAAATAC----------A-T--A--------TCGTA-Tctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|12 : acaggattttcatcattacactt-CG-T-AT-A-A-----------------------A-T-AC-C-T-TA--TCA-T---A--T----C-TATT-AC-----A--A-----T----A------TG-T--CA-T--A--G------GTAT----------------T--A-TA--T---CG-A-GT-CA-T-----G-A--------------CCG-A---T-ATGT-ATATA--TAT-CG-TATCA--TACCA-------T--ATCATTA---T--A---A-T-TCAATAT-TG---ATAA-CACCA--TATC-G------TGAA-TA-----AA-TA-----T-----C---A
gi|11 : G-T-AT-A-A-----T---------A---T-C-G-T-AT-C-A-TA--AC---------C----A-TATC-GT-----AT-A-----------A-----TA-T--CAAT--A-CA------A----AT--A----T----AT--A-C---T---CA-T-AT-CG-T--ATAT-A--A-T---CAATTGTCATA---C-AAATCATATA-AT-T-CA-TA--CA-TACC-----A--T--ATCGT-----T--A---T-A-A---TAT-CA---TT------CA--TACC-G------C--A-T------C--TA-------------------A----AC-C-----A-----ATCA---A----A--TA-C-------A---T-T-T-----AGATCA-
gi|7 : -AT-A-A-----T---------G---T-A-A-T-AA-T-A-TA--ACA-T---C--T----A-TATT-AT-----AT-A-----T-----------TA-T--AA-T--A-CAT-----ACATGATG-A----T--T-ATT-C-TA--T------T-AT-GA-T--ATAG-G--A-T---A---T-----------ATATGA-ATA--TAT-TA-TAT--------A----A--A--ATCAT-----T--A---T-------TAT-TG---ATA---------TA---A------T--A-T------GA-TA-----T----------T--A----AT-TA-T-AT-----TTTAT--A----A--TA-T-------G-------------ATATTATG-----TA-ACT----AT--TG--A----TA-T-A-T----ATG-----AT------------------------------TAA----TAT---CCTA--TA---ATCA-----TT-A-TTA--T--AC----CA--T----A-TC-----G---T----A--T----------------GA----A--T-------AT-TG-T-AT----------------------CA-TAC---CA----T-------A-T--CAA---AC-----A--A-TAT----T--------G----T-ATCATTT---ACC---------------ATAT------------------TGT----T-CA----TA----ATAT---ATC-GT---AT-CAT----T--AC--C--ATTT-TG-TAT-CA------A--CCAT-A-TC--A------TAC-A-A-TA-----T-T--------------------GTA--TT--A-T--A----CCAAATTGTATAA-T----AT-T-G-T-----A-TTCAAT--A--C----CAT-AT-C---GT--A-----ATC----A--T-AC-CA-T-----T-AT----------TGTAGTCATTA-C-CATA--T-TC-G-TAT---AAT--AT----G--T-G-TA-TCA-T---AT---C-A-A-A----C-------caagacaaccattcttaatcgaa
gi|4 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatc-A-----T---------T---T-C-A-T--C-C-A-T----CA-C---A--T----T-TATC-AT------T-A-----T----CA-----CA-T---A-T--A-AA------AAATGGT--A----T--C-AT--A-T----------T-A---G-T--ACAT-A--A-------------ATA---A-ACATCGTA-----AT-TA-TATAT--TAT-A----A--T--A-CAT-A---C--A---T-T-T--------A---AT-G-ATTCA--TATT-A------T--AAT------TA-TAAGAGAT---------AT--A----AT-AGAT-AT-----ACTAT--A----A--T--T-------A---T-A-T-----AAATCA-------TA-TGT----AT--TGA-T----GA-T-A-T----ATA-----TT-----A----------T---------TGT--AA----TAT---T--A--TA---T-TA-----T--T-TTA--A--G--------------------------------A--TA--AT-ATTC------GA----G--T-------AT-AA-T--C-A----A-T----------A-TTA-TAC---CA----T-------A-T--CGT---TT-----A--T-TGG----T--------A----T-AT-A--T---ACC---------A------TAT-C------A----AACAATAT----C-TG-A-TCGG---ATACCATA---GT---AT-TAT----A--ATA-T--A--TTCG-TCTCTA------A--CTATTA-TC--T------T---A-A-TA-----A-TCGTCAATATT----------GTA--TC--A-T--A----C-----------A-A----AT-T-GAT-----A-T----A--A--G----TA--TTGT---AT--A-----ATA----C--C-ATTCG-T----AT-ATA--CCATCATTGTA-TC--TA-C-C--A--T-TC---TAT---AA---AT----A--TTG-TA-TCA-T---AT---C-A-A-A------------TCA--T---A----TTATTATA-----T---A--A-TAAAA-----C-CT------A--T----------CATAAATT---AAT-CG-T------ATT--------A---A--TATA-------T---CGAAATATCG-TATCA-T-ACC-AT-A-AT--A-A------ATA-A----------A---TGTA--T-CA--TA-T------A----------A-T--ACGTATTATTTGTA-TC-A-T-AC--CAT-A-Tcagtatcgtataagatatcgtataatatcgtagcata
gi|5 : acgg-TA--T---CG-T-AT-AG-T--AAAG-T--A-TC--G---CATCA-A---C--CATTATGTA-ACA--TG-TATGCATTACCA----T--TA-ATCGT-A---T--AAG-T-A-TA--TAT-TA---ATA----CCA--TATC-GATATAAT--A-T------CA-TA-----T-----C---AT--A----AA-TA-TCAA-----ACCAT--ATCGGA--TA-T-------A-------------ATACC--A-----TA-TGT----ATAATA--T----CG-T-A-C---CATA------------T----------T---------CATATAA----TAT---C--G----------A-----T--A-TCA--G--AC----CA--T----A-TCATATCG---T----A--TA--AT-A--T---A--GT----A--TTC-----ATACG-C-AT------A-TCCG-------A-TCATTAC---CA----T-------A-TCAC-T---AT-----A--A-CACT---T--------G----T-ATCA--T---ACCATATTGTATA-----ATAT-C-----------A----TAT----T-CA----TA----CTG----T---TT---AT-CAT----T--AC--CATA--T-TG-TAT-CAT----AA--CCAT-A-TC-------------G-A-TA-----------TA---------------ATA--TC--G-T--A----C-----------A-T----AC-C-----------C----T--A--T----CAT-AT-C---AT--C-----A-----------AC-CA-T-----T-AT---CA------GTA-TAA-TA-TGT--G--T-TC-A-TATC--AA---AACCATA--TCG-TA-TAA-T---AC---C-ATA--------------TCA--T---A----ATA----A-----T---A--A-TCATA-----C-CAA-----A--T----------CATA---T---C---A--T------ACC------------A--TA---------T---C---ATACAA-TATCG-T-ATA-G--T-AT--A--------ATA-A----------T---CGCA--T-CA--TACG------C----------A-T--A--------TTGTA-TA-A-T-AT--CGTAA-TC-------ATACC-------------A-TA--------------TCGTA-T-G-A----AT--ATCATTACCAATA-T---C--ATACCAT------A-T-CA-AT----AATA-------------AT-CATA---------TC-AGA---TA----------TA--ATATCATATTCATT--ACCA---TAT-C--T---AT--TA-----AT--------A--TCAT--ATC-AT--ACCA----G-C----ATCgtatcatccataatatacattccatattgtttaccatattcatagaatatcgcatctaccatatcgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|4 : tCAT-T---T--A---T-CAT---TAT-CACATATAA-A---A--AATG-G------T--A-T------CA-TA-----TTAGTAC---AT--A----AA-TA-A-AC-----ATCGT--A----AT-TA-T-------A---TAT-T-----ATAATACA-----TA-CAT----TTAATGATT----CA-T-A-T---TATA-----AT-----TATAAGAGATAT---------AAT-AGA----TATAC-T--A--TA---ATTA-----T--A-T-A--A--AT----CA--T----A-T------G---TATTGA--TG--AT-A--T---A--TA----T--T-------AT-TG----T-A----A-T----------A-TTA-TAT---TA----T---------T--T-TAAGAT-----A--A-TA-----TTCGA----G----T-AT-A------ATC---------A-----ATAT-T------ATACCA----TA-----T-CG---TTT----ATT----G---GT---AT--AT-------AT-----A--C-CA-TATCAA------A--CAAT-A-TCTGA------TCG-G-A-TA-----C-CA--TA---------------GTA--TT--A-TA-A----T-----------A-T----AT-TCG-TCTCTAA-C----T--A--T----T---AT-CTTAAT--A-----ATC----G--T----CA------AT-AT----------TGTA-TCA-TA-CAA--A--T-TG-A-TAT---AA---GT----A--TTG-TA-TAA-T---AC---C-AT---------------TCG--T---------------A-----T----------ATA-----C-C-------A--T----------CAT----T---GTATC--T------ACCATTCTATAA---A--TAT----TGTAT---C---ATATCA-AATCA-T-ATT-ATTATAT--A-A-T----A-A-A----------A---CCTA--T-CA--TAA------------------A-TTAA--------TCGTA-T----T-AA--TAT-A-TC-GA---AATA-T---CG--TATCATA------CCA-TA---------A-T-A-A----ATAAATG-T--ATCATA-T---A--AT---AC------G-T----AT----TATT---T-------GTAT-CATAC-------------------------------------CATATG---T--ATCA---T-C-C--A-------TA-----AT-------------AT--AC--AT--TCC-----A-T----ATTGTT-TACCATATT---C---ATA--G---------------A--A--T-A---TC----------GC--AT-C----------TACC---ATA-T-CGT-A-T--------------AT----AT--AT--CA---------AT-AC--A------------TG-ATCA-TTTA----AT---ATGTT----T--A---A-------T--------A-C-AA------CATA-T-T-GT-A-taaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|3 : acggatttcatccatcaCCCA--TAT--G------T--A-T------AAATA-----T-----C---GT--A--------------------TCAT--T----A--CA-T-------A-----C-T-----CTACCA------------------------------CA-T-A-T---GAGC-----AT-----C--------------------CAT-CGA----TAT---C--A--TA---T-CG-----T--A-TCA------C----AA--T----A-T------C---T----A--TA--ATTA--C---A--TATTCAA--T-------AT-CGCT-AT-A----G-T----------A-TAA-TA------------------A-T--CGC---AT-----A--A-TACCTATT--------G----T-AT-A--TTGTATC---------C-----ATAT-------------A----TATAACAT-CT-A-TTC----ATA----CC--AT---AT-CGT----T--AT-----A--T-CG-T--TCAT-----A--CCAT-A-TC--ATATGGGT---A-A-TA--------C--CA----------------TA--TC--A-T--T----A-----------A-T----TT-C-G-T-----T-C----A--AGCC----TA--AT-C---AT--ATTTATATA----CATT-AT-CGTT----AT-AC---TA-----TGTA-TCA-TA-A-T--A--T----A-TAT---AC---AA----A--TCG-TA-TTA-C---AT---C-GTA-AATATCAAACATATCGAAT---T----GTAT---A-----T---A--A-TCGTA-----C-C-------A--T-----------AT----C---A---A--T------A-T--------A---A--TA---GTAGT---------ATATTA--ATC--T-ATT-G--T-AT--A-C-T----ATA-------------------A--T-CA--TA-C------C----------A-T--A--------TCGTA-TC---T-ACTACAT-A-TA-CATC-TGTATCA--TA--CCATTTA-T--ATTCA-TATCTA-CCGTA-T-C-G-----T---TC-T--GCCATA-TTTGT--AT----C------T-T-T---C----CATT---TA-----CGTAT-AATATCGTATCTATCCATG---CAT----A----TAATA-GTTGTATCGA-T--ATCAAGCCAT-T--AC--GT--TG-----AT--------A--CCAT---C--AT--ATTT----A-T----ATTACCAT--CATAT---------TA--G---T---------T-A--A--T-A---TT----------GC--AT-------A----TACC---CTATT-TG----T--------------A-----AT--AT--CG-T-AT-C---T-AC--A------------T--AT---TATA----AT---ATA-C----A--A-T-AT------C--------A-T-AC------CATA-TAT-GT---TT-A---ATATC--AT----T-----CAT-------------------AT-T------G-AT-C---TA----AAT--AC-TCAAATTA-CATTTT-A-A-GATCA--C---AAt
gi|7 : -TA-----T-----C---AT--A----AT--G-T-AA---------T--A----A--TA-T-------AACAT-C-T-----ATATTATA-----TA---------T--TA--T----AA-T-A-CATACATG-----AT-----GA---------T---------TAT-TC-----TAT---T--A--TG---A-TA-----T--A-GGA--T--AT-----A--T----A-T------GAA-T----A--TATTAT-A--T---A--AA----A--TCATTATTAT-TGAT-AT-A----A-T----------A-TGA-TAT---TAATTAT-------A-T--T-TT--AT-----A--A-TA-----T--------GATATT-AT-G--T---AAC----------------TAT-T------G----A----TATA---TATG-A-TTA----ATAT---C---CT---AT-AAT----C--AT--T--A--T----TAT---------A--CCAT-A-TC--G------TATGA-A-TA-----T-T--------------------GTA--TC--A-T--A----CCATATCAAACAA-T----AT-T-G-T-----A-T----C--A--T----TT--AC-C---AT--A-----TTG----T--TCAT-AA-T----AT-AT---C-------GTA-TCATTA-C-C--AT-T-TT-G-TAT---CA---A--------CCA-TA-TCA-T---AC---A-ATA-------------------T---T----GTA-------------------TTATA-----C-C-------A-------------AAT----T---G------T------A-T--------A---A--TAT--TGTAT-T---CA--ATACCA-TATCG-T-A-------------------------------------------A--T-CA--TA-C------C----------ATT--A--------TTGTAGTC-ATT-AC--CAT-A-TT-CGTATAATATG---TG--TATCATATCA-AACCAGTA-----TCGTA-TAA-G----AT--ATC-
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaat-TA-----T-----C---GT--A----AT--G-T-A--------CAT--A----A--TA-T-------AAA-T-C-T-----ATATCATA-----TA---------T--TA--T----TAAT-A-CACACATT-----ATGATTAT----------T---------TAT-TAAAGAATAT---A--GGATA---T-AA-----T--G-TGA--A--------TA--TG---A-T------A---T----A--TT--AT-A--T---A--AATC--A--T-------AT-TA-T-AT-G----A-T----------A-TCA-T-T---GA----T-------A-T----T---AT-----A--AATA-----T--------G------AT-A--T----------------------TATGT------A----A----TAT----T-AT-A-TTATA--ATA----A---TT----T-AAT-------AT--C--G--T--A-TATCTCT----TATACCAT-A-TC--G------T---A-T-TA-----T-TT--CC---------------ATA--TCGTA-T--A----G-----------A-T----AT-T-G-T-----A-T----C--A--T--------AC-C---AT--A------TC----A--A-AC-AA-T----AT-------------TGTG-TCT-TA-C-C--A--TATT-G-TATCATAAT--AA----A--TCG-TA-TCAAT---AC---C-ATA-----------------------------T-----------T---A----TCATA-----C-C-------A--T----------AAT----C---G---------------T--------A---AATTAT----TGT-T---T---AT--CA-TACCA-A-ATTTG--T-AT--A-A-T----AT-----------------TGTA--T-CA--TA-C------C----------A-T--A--------TCGTA-TC-A-T-AC--CAT-A-TT-TA---GATgtataatatcgtagcata
gi|8 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaacA--A--AC----TA--TCGTAA-T------G---T----ACATA--AT-A--T---A--AATCT-A--T-------AT-CA-T-AT-A----T-T----------A-TTAATACACACA----TTATGATTA-T--T-T---ATTAAAGA--A-TA-----TA-------G----G-AT-A--T---A-----------------ATGT-G------A----A----TATGA--T-AT-A-TTAT---ATA----A--------AT-CAT-------AT--T--A--TATGATATC-AT----TG----AT-A-TT--A------T---A-AATA-----T------G---------------ATA--TT--A-T--G----T-----------AAT----AT-T-A-T-----A-T----T--A-------TA--AT-A---ATTTA-----AT----------AT-CG-T----AT-AT---C--------TC-TTA-TA-C-C--A--TATC-G-TAT---------------------TA-T---T---TC---C-ATA--------------TCG--TATAG----ATATT--G-----T---A----TCATA-----C-C-------A--T-----------AT----C---A-------------AAC--------A---A--TATTGTG----T---C---TTACCA-TATTG-T-ATC------AT--A-A-T----A-A-A----------T---CGTA--T-CAA-TA-C------C----------A-T--A--------T--TA-TC-A-T-AC--CAT-AATCGTA---AATTAT---TG--T---TTATCATACCAAAT------TTGTA-T-A-ATATTGT--ATCAT--ACCATA-T---CGTAT--CATACCATAT-T-TAGAT----TATT---TG-------TAT-CATA---------TCAAAG---CAT----GATCATA--A-ATAGT-TG---T--ATCA---TAT-T--A---A----A-----AT--------A---CAT--AT--tatttgtatcatatcaaagcatgatcataaatagttgtatcatattaaaatacatatcgtat
gi|6 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaa--AT----CA--T----AAT------G---TC---A--TA--AT-A--T---A--------A--C-------AT-C--T-AT-T----A-T------------TCA-TA----------T-------A-T----T---AT-----A--A-TA-----C--------A----T-AT-AATT---ACT---------G-----ATAT-CTATTATA----A----TAT----A-GGAA-TTA----ATA---------T---AT-TATATAAA--AT--CG-A--T-TA-TGTACAT----TG----AT-A-TT--A------T-----A-TA-----A-TA--TG---------------ATA--TT--A-T--G----T-----------A-TAAA-AT-T-A-T-----A-----------------TA--AT-----AT--A-----A----------------------AT-AT---CG-----TATA-ATA-TA-T-T--A--T-AT-G-CAT---A-------------TCG-TA-TTA-T---AC---C--T--A----C-------ATA--T---G----ATA----T-----T---G--G---GTA-----T-C-------A--T----------CA-----T---A---T--CAA----ACA--------A---A--TCTGTA-----T---C---ATA-CA-TATTG-T-AT-------AT--A-A-T----ATA------------T---CGTA--T-CA--TA--------C----------A-T--A--------CTGT--TC-A-T-AC--ACT-A-TC-------GTA--------------TA-TA-A------------TTGTA-T---G----AT--ATC----AACATA-T---C--GTA-TAC------CAT-TA-TG----TATCA--TA-----TATAT-AATAT--------TTAATAATCCA----------TA-----TCATAT-AA-T--ATTG---TAT-C--A-------TAC----AT--------A--TCAT--AT--AT--TCC-------T----ACCATA-T--CATATTTAAT---A--------T-G-------T-A--A--T------------------C--ATAG-A---A----T------ATATT-TGT-A-T--------------AATACCAT--AT--CG-T-AT-C--AT-ACC-A------------TAAATTG-TAT-----A----ATAT-----T--G-T-T-------C--------A-T-AC------CATA-T-C-GT-ATAT-A---cgtat
gi|11 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattA----A--T-------AT-CG-T-AT-C----A-T----------A------AC---CA----T-------A-T--CGT---AT-----A--A-TA-----TCAATACAAA----T-AT-A--T---ACT---------C-----ATAT-C------GT---A----TAT-------A-A-TCA----AT----------T---GT-CATA---CAAAT--C--A--T-AT-AATTCATACA-TA--CCAT-A-TC--G------T---T-A-T-------------A---------------ATA--TC--A-T--T----C-----------A-T----AC-C-G-C-----ATC----TAAA--C----CA--AT-C---A---A-----ATcctattgtatctatcatataactatcatatcacactatactgta
gi|5 : gtat--T-------AT-CG-T-AT-A----G-TAAAGTATCGCA-TCA--AC---CA----T---------T--A-T---GT-----A--A-CA-----T--------G----T-AT-G--------C---------A-----TTAC-C------A----T----TAA----T-CG---T------ATA----A---GT---ATATAT----T--AA--T--A--C-CA-TATCGATATAATA--TCAT-A-TC--A------T---A-----------------A---------------ATA--TC--A-A--AC---C-----------A-T----AT-C-G--------------------------G--AT-----AT--A-----A---------T-AC-CA-T----AT-GT---AT-----AATA-TCG-TA-C-CATA--T-TC-A-TAT---AA---TA-------TCGATA-TCA-G---AC---C-ATA-T----CATA----TCG--T---ATAATATA----G-----T---A--T-TCATA-----CGCATATCCGA--T----------CAT----T---A---CCAT------ATC--------A---C--TAT--AACAC-T---T---GTATCA-TACCA-T-ATT-G--T-AT--A-A-T----ATC-ATATTCATACTG---TTTA--T-CA--TTAC------C----------A-T--A--------TTGTA-TC-A-TAAC--CAT-A-TC-GATATAATA-T---CG-------TA-CA-------TACCCTATCATA-T---------C--ATC-A--ACC--A-T---T--AT--CAG------T-A-TA-A-----TA-----TG-----TGT-T-CATA---------TCAAAA---C-----------CA--T-ATCGTAT-AA-T--ACCA---TAT-CATA---ATAATA-----ATCATACCAAA--TCAT--ATC-AT--ACC-----A-T----ATCATA-C--AATATC--GT---ATA--G---T-A-------T-A--A--TAA---TC----------GC--AT-C-----A----TACG--CATA-T-TGT-A-T--------------A-----AT--AT--CG-TAAT-C--AT-ACC-A------------T--ATCG-TATG----A----ATATCATTACCAA-T-AT------C--------A-T-AC------CATA-T-CAAT-A-AT-AATCATATCAGATATAATAT---CAT-------A----TT-C---AT-TA-CC--ATAT-CT-ATT----AATA----TCATATCA-TA---C-C-A-G--CA--TCTAAAC-TACA---CA-A---------A-TAC---ATacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|12 : t-CG-T-AT-A----AAT----------A-CCT-TAT---CA----T-------A-T--C-T---ATTAC--A--A-TA-----T--------G----TCAT-AGGT---ATT---------A------TAT-C------G----AGT--CAT-------G-A-CCG----ATA----T---GT---AT--AT-------AT-----A--T-CG-TATC-AT-----A--CCAT-A-TC--A------T---T-A-TA-----A-TT--CA---------------ATA--TTG-A-T--AACACC-----------A-T----AT-C-G-T-----ttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|11 : --A--T-CG-TATC-AT----AA--CCAT-A-TC--G------T---A----------------TA---------------ATA--TCA-A-T--A----C-----------A-A----ATAT-A-T-----A-C--------------------T-C---AT--------ATC----G--T-A--TA-T----A--AT---CA-----ATTG-TCA-TA-C-A--A--A-TC-A-TAT--------AA----T--TCA-TA--CA-T---AC---C-ATA--------------TCG--T---T----ATA----A-----TATCA--T-TCATA-----C-C-------gaataaatatca
gi|12 : gtataat-CG-TATAAAT-----A--CCTT-A-TC--A------T---ATC-TA-----T-TA--CA---------------ATATGTC--A-T--A----G-----------G-T----AT-T-A-T-----A-T----------C----GA--GT-C---AT--G-----A-C----CGAT-ATGTA-T----AT-AT---AT-----CGTA-TCA-TA-C-C--A--TATC-ATTAT---AATTCAAT---A--TTG--A-TAA-C---AC---C-ATA--------------TCG--T---G------A----A-----T---A--A---ATA-----T-C-------A--gcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|11 : ----AT-AT---C-------GTA-TCA-TAAC-C--A--TATC-G-TAT---AA----------------TA-TCAAT---ACAAAT-ATATA----C-------TCA--T---ATC--GTAT---A-----T---A--A-TCA-A-----T-T-------G--T----------CAT--------A---C--A------AAT--------C---A--TATAATTCAT-A---C---ATACCA-TATCG-T------------------T----ATA-----------------ATA--T-CA--T--T------C----------A-T--A--------CCGCA-TCTA-A-AC--CA--A-T--CA---AATAC
gi|17 : gtata-----TGTA-TTA-TA-C-C--A--TATC-G-TA----AA---AT----A--TTG-CA-TCA-T---AC---C-ATA-T----C-------TTA--T---A----ATA----atttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|12 : tC-G-TAT---AA---AT----A--CCT-TA-TCA-T---AT---CTATT-A----CAATATG-TCA--TA--G----GTA-------------------TTATA-----T-C-------GAGT----------CAT----G---A---C--C------GAT--------ATGTA--TATATATCGTAT---C---ATACCA-TATCATT-AT-----A-ATTCA-A-T----AT-------------T---GATA--A-CA-----C------C----------A-T--A--------TCGTcc
gi|12 : ATA-----C-CTT-----A--T----------CATATC-T---A---T--T------AC---------A---A--TATG-------T---C---ATAG-G-TATTA-T-ATC-G--A-GT--C-A-T----G-A-C----------C---GATA--TGTA--TA--------T----------A-T--A--------TCGTA-TC-A-T-AC--CAT-A-TC-gaataaatatca
gi|8 : cgtataa-T---C---ATATTA-TATGA-T-ATC-ATTG-AT--A-T-T----ATA-A----------ATATGATA--T-TA--T-GT------A----------A-T--A--------TTATA-TT-A-T-A----AT-A-AT-TT---AATATCGTATA--TCTCTTA-TA---CCA-TA-----TCGTA-T---------T--ATT-T--CC-ATA-T---C--GT---A-----------TA-GA----TATT-----------GTAT-CATACCATA----TCAA-A---CAATATTG----T-----GTCTTACC-A-T--ATTG---TAT-C--A-------TA-----AT--------AAATCGT--ATCAAT--ACCA----T-A-----TTATC-----ATACC-------ATA--A---TCG-------T-A--AATT-A---TT----------GTTTAT-C-A--------TACC--AA-ATT-TGT-A-T--------------A-----AT--AT--TG-T-AT-C--AT-ACC-A------------T--ATCG-TAT----------------------------------C--------A-T-AC------CATA-T-T--T-AGAT------TATT--TG----TAT---CAT-------A-----T-C-A-A---A-GCATG-A--TC-ATA----AATA-GT-T-GTATCA-TA---T------------T---AAA-A-TA---CA-T---------A-T-C---GTAattataattcaatattgataacaccatatcgtgaataaatatca
gi|17 : acaggattttcatcattacactttataatattacacaatactaaaaaaactatcgtaatgtacataatataaatctatatcatatattattaatacacacattatgattatttattaaagaatataggatataatgtgaatatgatatattatataaaTATTA-TACCA-T-ATC-G--T-AA--A-A-T----AT-----------------TGCA--T-CA--TA-C------C----------A-T--A--------TCTTA-TA-A-T-AC--Ct
gi|7 : ttgTA-T-ATG----ATTAATA-T--CCTATAAT---C--AT--TAT------T-A-TA-CCA---TATCGTATGAATATTGTAT-CATACCATA----TCAA-A---CAA---------TA-----TTGTATC-A-TTTACCA---TAT-T--G----T--TC-----AT--------A--ATAT--ATC-GT--ATCA----T-T----ACCATT-T--TGTATCAACC---ATATCA---T-A-------C-A--A--T-A---TT----------GT--AT-T-A--------TACC--AA-ATT--GT-A-T--------------A-----AT--AT--TG-T-AT-TCAAT-ACC-A------------T--ATCG-TAAT----C----ATA-C----C--ATT-ATTGTAGTC--------ATT-AC------CATATT-C-GT---AT-A---ATATG--TG----TAT---CAT-------A-----T-C-A-A---A-CC--A-GTATC-GT------ATA-A---GATATCG-TA---T-A-ATA-TCG--T---AGC-AT
gi|7 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctattatgatataggatatatatgaatatattatataaaatcattattattgatataatatgatattaattatattttataatatgatattatgtaactattgataTCGTATGAA-T--ATTG---TAT-C-----------------AT--------A--CCAT--AT--CA--AACA----ATATTGTATCATT-TACCATATTGTTC---ATA--A---T--------------A--T-A---TC----------GT--AT-C-A---T----TACC---AT-TT-TGT-A-TCAACCATATCATACA-----AT--AT--TG-T-AT-T--AT-ACC-A------------A--ATTG-TATA----ATATTGTATT----C--A--------------------A-T-AC------CATA-T-C-GT-A-AT-C---ATACC--AT----TAT---TGT-------A----GT-C---AT-TA-CC--ATAT-TC-GTAT---AAT--AT-GTGTATCA-TA---TCA-A-A-CCAG-T---ATC-G-TA---TA-AGAT------A-T-CGT-ATAA--TA------T-CGTAGC-A-T--Aa
gi|12 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctattatgatataggatatatatgaatatattatataaaatcattattattgatataatatgatattaattatattttataatatgatattatgtaactattgatatatatgattaatatcctataatcattattataccataCGTATAAA-T--ACCT---TAT-C--A---------------T--------A--TC-T--AT---T--AC--------A----AT-ATG-T--CATA---GGT---AT-----------------T-A-----T-A---TC----------GA--GT-C-A---T----GACC--GATAT---GT-A-T--------------AT----AT--AT--CG-T-AT-C--AT-ACC-A------------T--ATCATTATAATTCA----ATATT----G--A-T-A----------------A-C-AC------CATA-T-C-GTGA-ATAA---ATATC--A
gi|6 : TATAAA-T--ATCG---TAT-A--ATATAT--TATATGCAT--------A--TCGT--ATT-AT--ACCT----A--------CATA-T--GATATTGGGT---AT-------C-A-------T-C--A--T-A---TCAAACAAATCTGT--AT-C-A--------TAC----ATATTGTAT-A-T--------------A-----AT--ATATCG-T-AT-C--AT-ACATACTGTTCATACACT--ATCG-TATAT---A----AT-TG----T--A-TGA-------T--------A-TCAA------CATA-T-C-GT---AT-A---CCATT--ATG---TAT---CAT-------AT---ATAT-A-AT----------AT-TT--------AATA-AT-CCATATCA-T--------------A--T---AAT-ATTG---T------------A-T-C---ATA-------------CATATC-A-T--ATATTCCTAC-CATA-TCAT-AT-----T-TA--AT-ATGTAA-TCATAGA
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatctattataatataggaattaatatattatataaaatcgattatgtacattgatattatataatatgatattatgtataaaattatataaGA-T--ACAA---TAT-T--G---TT--TG-----AT--------A--TGGT--ATG-AT--ACAA----T-A----TTCATA-C--GATAT--GGT---ATA--A---T-AATGATTAT-AGGA--T-A---TT----------A---AT-C-ATATA----TATC--AATAGT-TAC-A-T--------------A-----AT--AT--CA-T-AT-T--AT-AAA-A------------T--ATA---ATT----A----ATAT-----C--A-T-AT------T--------A-T-AT------CA-A-T-A-AT-A-AT-G---ATTTT--ATA---TAA---TAT-------A----TT-C-ATATATATCC--T-ATATC-ATAATAGAATA-AT----CATCA-TG---T-A-T-G-T------------ATTA---TA-AT--------A-T-----ATAA--TATAGATGT-TATATT-ATT--ACAatatatttgtataataccatatcgtatcataccataaattgtataatattgttcataccatatcgtatatacctattgtatctatcatataactatcatatcacactatactgta
gi|4 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataaA-T--ACCA---TAT-C--G---TT--TA-----TT--------G--GTAT--AT--AT--ACCATATCA-A----ACAATA-T--CTGATCGGATACCATA--GTATT-A-------T-A--A--T-ATATTC----------GT--CT-CTA---ACTATTATCTTAATAAT-CGT---C--------------A-----AT--AT--TG-T-AT-C--AT-ACA-A---------------ATTGATATA----A----GTATTG---T--A-T-A----------------A-T-AC------CAT--T-C-GT-ATAT-A---CCATC--AT----T-G---TAT--------------------C-TA-CC----AT-TCTATA----AATA----TTGTATCA-TA---TCA-A-A-TCA--T---ATT-ATTA---TATAATAAAACCTA-T-C---ATAAATTA-----AT-CGTATTAA-T--ATA-TCGA---AATA-TCGT-ATCATACCATA--AT-Aatttaccatattgttcataatatatcgtatcattaccattttgtatcaaccatatcatacaatattgtattataccaaattgtataatattgtattcaataccatatcgtaatcataccattattgtagtcattaccatattcgtataatatgtgtatcatatcaaaccagtatcgtataagatatcgtataatatcgtagcata
gi|11 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatattataattataagagatataatagatatactataattatataaatcatatgtattgatgatatatattattgtaatattatattattttaagataatattcgagtataatcaatatt--TA-----AT--------A--TCGT--AT--------CA----T-A----ACCAT--------ATCG--T---ATA--A---T-A-------TCA--A--T-A----C----------AA--AT-A-T---A----TACT--CATATCGTAT-A-T--------------A-----ATCAAT--TG-T----C--AT-ACA-A---------------ATCA-TATA----A-------TT----C--A-T-A-------C--------A-T-AC------CATA-T-C-GT-T-AT-A---ATATC--AT----T-----CAT-------ACCGCAT-CTA-A---A-CC--A-AT-----CA----AATACAT-TTAGATCA-CA---aataaatgtatcatataatacgtattatttgtatcataccatatgtatcatccataatatacattccatattgtttaccatattcatagaatatcgcatctaccatatcgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|13 : gtaTATAGAAT---ATG--A---T-G-------T-ATTA--T-A---TT----------GT--AT-T-A---A-----ATA--AATAAT-CAT-A-T--------------A-----CT--A----G-T-AT-C--AT-ATG-A------------T--ATagacaaccattcttaatcgaa
gi|12 : acaggattttcatctgttacactttatcacattacacaacataaacaattatcataatgctcatctGAT---ATG--G---T-G-------T--------------------------T--AT-C-A---A----TATT--GA-ATT--AT-AAT--------------G-----AT--AT--GG-T-AT-G--AT-ACG-A------------T--AT-A-TATA----C----ATATCGGT-C--A-TGA-------CTCGATATAA-T-ACCTATGACATA-T-T-GT-A-AT-AG--ATATG--AT----AAG---aa
gi|17 : cgtataaatac---A----TACC---ATATC--GT-A-A--------------A-----AT--AT--TG-C-AT-C--AT-ACC-A------------T--ATCT-TATA----A----gtgaataaatatca
gi|7 : ttgtatt--GATATG--GT-A-T--------------G-----AT--AC--AA-T-ATTC--AT-ACG-A------------T--ATGG-TATAAT--A----ATGAT----T--A-T-AG------G--------A-T-AT------TA-A-T-C-AT---AT-----ATATC--AA----TAGTTACAT-------AAT--AT-C-ATAT-TA-TA--A-AA-T--ATA----ATTA-ATATCATATTA-TA---T-C-A-A-TAA--T---AATGATTT---TA-T---------A-T-A---AT-A--TA-----TT-CATAT--A-T--AT------CC-TATA-TCATAATA-GA--ATA-----AT-C-A-TCATGtacc
gi|11 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacataGT-A-T--------------A-----AT--AT--CG-T-AT-C--ATAACC-A------------T--ATCG-TAT-----A----ATATC----A--A-T-A-------C--------A---A--------ATA-T---AT-A-CT-C---ATATC--GT------A---TAT-------A----AT-C-A-AT-TG----------TC-ATA-------------CAAATCA-TA---T-A-A-T-TCA--T----AC-ATAC---CA-T---------A-T-CGTTATAA--TA------T-CAT-TC-A-T--ACaaacaatattgtatcatttaccatattgttcataatatatcgtatcattaccattttgtatcaaccatatcatacaatattgtattataccaaattgtataatattgtattcaataccatatcgtaatcataccattattgtagtcattaccatattcgtataatatgtgtatcatatcaaaccagtatcgtataagatatcgtataatatcgtagcata
gi|17 : T--TG-T-AT-T--AT-ACC-A------------T--ATCG-TA-A----A----ATATTG---C--A-T---------C--------A-T-AC------CATA-T-C-TT---AT-A---ATACC--cgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|11 : T-ATA-A------------T--ATCG-TAT-------------------C--A-T-A--------------------AC------CATA-T-C-GT-A--T-A---ATATC--A------------AT-------A-------C-A-A-----------AT------------ATATAC-TCATATCG-TA---T-ATA-A-TCAATT---GTC-AT-A---CA-A---------A-T-C---ATA---TA-----AT-----TC-A-T--ACA---TACC--ATA-TCGT--------TATA--AT-AT-C-ATTCAT
gi|12 : gCG-TATA----A----ATA-C----C--T-T-AT------C--------A-T-AT------C-TA-T-T-AC-A-AT-A----TGTC--AT----AGG---TATTATATCGA----GT-C-A--T-GA-CC--G-AT-AT-GTA----TATA-TA-TCGTATCA-TA-----------CCA--T---ATC-ATTA---TA-A---------T-T-C-----AA--TA-----TT-GATA--------ACA------C-CATA-TCGT-----GAATA-A--AT-AT-C-A-accgcatctaaaccaatcaaatacatttagatcacaagacaaccattcttaatcgaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 4444444444444444444 1 2222222222 11 11 444444444444444444 2222222 222222222 1111 1111111 22222 4444444444444444444444444444 1 777777777777777777777777777777777777 1111 2222222222222222222222 11111 1111 11 2222222222222222 33333333333333 1111 22222222 2222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 22222222 2222222222222 4444444444444444444 2222 111 33333333333 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444444444444444444 22222222222222 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 111 22 2222222 11 3333333 11 1111 444 3333333 1 333 2 22222 666666666 2 11 333 22 2 22222 555555 22 44444 1 2 11 11 1 11 555555 222 1 22 1111 1 11 1 3333 222 1 111 1 4444444444 11 2222222 1 22 1 333333333 11 333333333333333333 11 1 1 2222 11 11 333333333333333333333 111 777777777777777777777 11 222 2222222222 3333 1 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 11 4444444444444444444444444 4444444444 1111111 4444444444444 222 33333333333 5555555555 1 1 1 111 33333 1 222 333333333 22 1 1 1 33333333 1 111 2 44444444 3333 2222 6666666666666666666 3333333 11 222 555555555555555 1 1 1 1 2 222222 111 1 4444444444 1 333333 22 22222 1 11 11 1 2 2 22 11 2 11 2222 4444 9999999999999999999999 1 2222 777777777777777777777777 1 333 555555555555555 2 6666666666666 1 1 3333 222 22 1111 1 111 1111 4 11 2 2 4444 1 2 2 4 4 55 77777
lowQualScore : 5 99 1 2222222222222222222 5 0 0 5 0 4444444444 00 5 44 55 222222222222222222 5 7777777 5 66 5 888 5 5 66 333333333 1111 6666666 66 22222 2222222222222222222222222222 5 5 5 5 444444444444444444444444444444444444 999 5 0000 7777777777777777777777 2 88 5 33 55555 99 0000 66 88 888 4444444444444444 1 66666666666666 0 5 88 0000 77777777 1 9999999999999999999999999 0 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 0000000 00 66 66 5 55555555 5 2222222222222 5 0 9999999999999999999 0000 1 111 88 33333333333 6 888 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 1 6 6 7777777777777777777777777777777 44 99999999999999 6 99 6 44 55555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 777 8 8 8 2 4 0 1 55 0 4444444 8 11 8 8888888 11 0 7777 111 2222222 5 55 555 0 66666 000000000 0 88 555 2 3 1 33 4 0 99999 777777 44 33333 2 5 0 88 88 5 77 4 777777 444 5 77 7 8888 77 3 44 6 6 3 1111 6 7 333 3 5 1 888 7 7 3 7 2222222222 99 7777777 3 55 2 666666666 88 8 777777777777777777 3 88 3 3 8888 55 11 0 555555555555555555555 1 999 333333333333333333333 44 666 4 0 0 4444444444 7 0000 3 2222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 88 6666666666666666666666666 0000000000 3 888 8888888 2222222222222 7 7 333 44444444444 0 2222222222 8 3 0 3 3 444 88888 3 666 0 000000000 1 22 4 3 7 3 2 7 3 0 1 00000000 1 3 7 000 3 7 88888888 1 0000 6 7 77 0 0000 3 66 3 4444444444444444444 0 7 4444444 11 1 6 1 0 777 888888888888888 3 0 7 6 3 7 3 7 3 3 0 7 7 666666 555 3 6666666666 5 4 444444 77 00000 5 88 66 3 5 0 66 0 4 77 66 0 88 4444 2222 2 7777777777777777777777 4 5 9999 555555555555555555555555 5 555 1 2 111111111111111 0 5555555555555 3 1 9 3 7777 111 00 8888 6 3 1 777 6666 7 3 77 0 88 0 2 0 2222 2 5 0 0 1 0 6 0 55 66666 6
lowQualScore : . .. . ................... . . . . . .......... .. . .. .. .................. . ....... . .. . ... . . .. ......... .... ....... .. ..... ............................ . . . . .................................... ... . .... ...................... . .. . .. ..... .. .... .. .. ... ................ . .............. . . .. .... ........ . ......................... . . ...................................................... . . ....... .. .. .. . ........ . ............. . . ................... .... . ... .. ........... . ... . ............................................................. . . . . ............................... .. .............. . .. . .. ..... ................................................................................. . . ... . . . . . . . .. . ....... . .. . ....... .. . .... ... ....... . .. ... . ..... ......... . .. ... . . . .. . . ..... ...... .. ..... . . . .. .. . .. . ...... ... . .. . .... .. . .. . . . .... . . ... . . . ... . . . . .......... .. ....... . .. . ......... .. . .................. . .. . . .... .. .. . ..................... . ... ..................... .. ... . . . .......... . .... . ....... ................................................................................................................................................................................................... . . .. ......................... .......... . ... ....... ............. . . ... ........... . .......... . . . . . ... ..... . ... . ......... . .. . . . . . . . . . ........ . . . ... . . ........ . .... . . .. . .... . .. . ................... . . ....... .. . . . . ... ............... . . . . . . . . . . . . . ...... ... . .......... . . ...... .. ..... . .. .. . . . .. . . .. .. . .. .... .... . ...................... . . .... ........................ . ... . . ............... . ............. . . . . .... ... .. .... . . . ... .... . . .. . .. . . . .... . . . . . . . . .. ..... .
lowQualScore : 7 33 7 9999999999999999999 0 1 9 0 8 6666666666 44 0 55 11 666666666666666666 0 9999999 6 99 0 888 0 0 88 555555555 1111 2222222 99 00000 1111111111111111111111111111 0 0 0 0 111111111111111111111111111111111111 666 0 6666 5555555555555555555555 0 22 0 88 11111 00 6666 99 88 888 6666666666666666 4 44444444444444 4 0 44 9999 00000000 4 9999999999999999999999999 2 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 4444444 44 99 99 0 55555555 0 4444444444444 0 2 5555555555555555555 0000 7 777 55 55555555555 7 333 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 7 7 0000000000000000000000000000000 22 77777777777777 7 22 7 22 00000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 444 0 0 0 8 0 8 8 22 8 4444444 0 00 0 2222222 22 8 8888 222 5555555 5 00 000 0 55555 555555555 0 00 000 5 0 0 00 0 0 55555 555555 00 55555 5 0 0 55 00 5 55 0 000000 000 0 55 3 3333 77 3 00 0 7 3 3333 7 3 333 7 0 0 777 3 3 3 3 7777777777 00 3333333 3 33 3 333333333 33 3 333333333333333333 7 33 3 3 3333 77 00 7 333333333333333333333 0 333 777777777777777777777 77 777 7 7 7 3333333333 3 0000 3 0000000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00 8888888888888888888888888 0000000000 5 222 2222222 0000000000000 3 3 333 77777777777 7 0000000000 3 3 7 3 3 333 77777 3 555 7 333333333 0 77 0 3 3 7 0 3 3 7 0 33333333 0 3 3 333 7 3 33333333 0 7777 7 3 22 8 2222 2 55 5 4444444444444444444 7 3 0000000 00 0 7 0 7 333 777777777777777 3 7 7 7 3 3 3 3 3 7 7 3 3 000000 000 3 0000000000 0 0 555555 55 55555 0 00 00 0 5 0 55 0 0 55 55 0 00 0000 5555 5 0000000000000000000000 0 5 0000 000000000000000000000000 0 000 0 5 555555555555555 0 5555555555555 3 0 0 3 7777 000 77 7777 7 3 0 777 7777 3 7 00 0 55 0 5 0 5555 5 0 0 0 0 0 0 0 00 00000 0
consensus : ATTAT-A--TATAGG------AT-AT----T--ATAT-AATATATTATA-TANAATCAT-TCAT----ATC-ATA-T-CAT-TGATATTA--ATATATAN------ATAT-GATA-T---TATGTA--A-TAT---T-A-TATTAT------ATAAT--A-AT-------CG--TATAATTCAT-ATTATACC------TAT------TAT------CG-TAT-TAT-ACC-ATA-TCAAAC-A-TATN-G-ATCG----------T-T-AT--TCATA-CCATA-T----CA----AA--A-ATA----T-C--GTATCAT-ACCAT-ATCGTATC----ATACCATA----TCG--TA-CA---ATAT---TGGT---------ATCATA-------ACCA-N-ATCGTA-ATAA-TA--T-TGT--ATC--ATACCA----TA----T-GTA-ATA------CATATCGT-AT--CGTA-TCGT-ACCATTA--TT---CATA----TC-GA--------TA-----TTGTATCATAT-CAA-ATCAT-N-TATCA--T--AT-A---A-T--ATCGTA-TA----AA----AC-CAT-ATCGTAT-----------A-------CAT----ATCATA---TT-AATAT---------TCGTA-TCA---ACCATATC---ATAA-ATC------AT-TT-GTATCAT----AACCATA----------------T-CGT-ATNAT-ATC-GTA-----T-AT-ACCGA-TT-ATCG-TATCATACATATCAATATA------A-T---AT-CG--TATC-ATA-CCATAGNNNAT-CGCNNNTACCATANNATTNTATNTACGTAT-TATN--TNAGTNNTGTAATATNGCATNATCCATNNNTNTAACA-TT-A-CC-AT-ATCGT-TCATA-CCAT-A-TCATANAATATCGCATC-ATACCATAT-C-----GTATA-ATAC--C-AT-----A-TCGTA-TAATATGC---ATACG--CATATT-------ATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAATCGTAATAAGATCGGGTGACGCATACCCTAATCAATACCCATATACATAGTNGNATANCNTTNATATCTGCCAATCACACTACATATCGTATAGTATAGTAATCGCATCATACNCCAGTACTCGTGTNACTCATATTGATACCATTACCGCTCATAGTATCGATATCATNCAATCTTCCACCATATCAATCATGCCATTTAATCGTATAATATCA-AT-ATATCGTATCAAT-ATC-GTATAACATCGTAT-CATACCCA-T--ATCGTATAA---TATCGT-ATANCATATCGAATAATAATA-TCGTATCATAAA---CAA----TATCG-ATATAA--ATCT-ATCATAC-CATA-CATCGTACCATACATA-ATCGTATCAT--ATAATATATC--CGTACGAT-TC--ATCATANC--ATATCG-TA-TA----ATACGTAACGTATTTA-AC-CATATC-GGTA-T-A-TTACC-A-TATCA-TA--------TAA-------ATCATAACCATAT-AATNTATAATATCGTAT-CATACA---TATCATATGN--NATATA-GTATCATAC-ATTC-ATACCATA-----CC--TACTCG---AATATAC-CGATATCGT-ACCATACCCATAC-G---TATCATATCG-----CAT-TATCAGTCTATAATATGCGTTNNTATCGANACNAT---ATCGCNTAATNCNATGTC-TAATAANNATCGTACCNATA-C-ATATCG--TNNCATATCAT-ATAT-TCANCATCGGATCATT-ATATAAT-ATT-CGCATCATA-TACAA-CA-TA-TCGTA-------TAATAT----CCGT-ATCATACANTATCGTAT--AAATCATATCAT--A-CCAATCA--TATCAATACC---ATATCG--TATAGTA-TAAAAATCGTATC-A-AT---CATAA-ATCGTA-TCA-TACCGATATC-GTA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCAT-ATCGT-T-ATATCGTATAT-ATNTCA-TACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-A-TG---TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACC-ATATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATATCATAATCGT-AATCATAATATATTTA-ATCAA-AG--T----TTATCATACCGTAAT-TCGT-TAATATCGTAACATATCATATCGTAT-A-TATAATA--CAGA-A-------TA-TCGTATNATATCATAGCAT-ATCTAT-AATAT-GT-TATATCAATATCAATATT--ATTAATA-AATATCGT-ATCATCGTATCCATTACCATNTCATAATACTCGAGTATCATGCAACTATTGATACATACTGATCATAATCNTNCCATATATCCNNTATCATACCATATCGTATGAANGTCGTATCATACCATAACTCGTGGCAATAGTCGTACCATCATTACCACTAATATGGGGCGTTCATANCATATCGTATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATNTCGTATCATACCATATCACACAATACCCGCCCNTTACAACCCACTACCCNTCGTATAGATATCGTATCCNATACCATCACTTTAACTATCTGCGTAATCATACTCAAGACAGGTNGGTCGTA-TNAATACCATA-TC-GT-TAATAT-CGTAT-ATACCAAAATCA-TNTCGTAT-GGGTAT-GTGTAATATCGNATCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTAT-A--TATAAG------AT-AT----T--ATAT-AATATATTATA-TANAATCAT-TCAT----ATC-ATA-T-CAT-TGATATCA--ATACATAN------ATAT-GAT--T---TATGTA--A-TAT---T-A-TATTAT------ATCAT--A-AT-------CG--TATAATTCAT-ATTATACC------TAT------TAT------CG-TAT-TAT-ATC-ATA-TCAAAC-A-TATN-G-ATCG----------T-T-AC--TCATA-CCATA-T----CA----AA--A-ATA----T-C--GTATCAT-ACCAT-ATNNTATC----ATACCATA----TCG--T--CA---ATAT---TGGT---------ATCATA-------ACCA-N-ATCGTA-ATAA-TA--T-TG---ATC--ATACCA----TA----T-GTA-ATA------CATATCGT-AT--CATA-TCAN-ACCATTA--TT---CATA----TC-GA--------TAA----TTGTATCATAT-CAA-ACCATTT-TATCA--T--AT-A---A-T--ATCGTA-TA----AA----AC-CAT-ATCGTAT-----------A-------CAT----ATCATA---TT-AATAT---------TCGTA-TCA---ACCATATC---ATAA-ATC------AT-TT-GTATCAT----AACCATA----------------T-CGT-ATNAT-ATC-GTA-----T-AT-ACCGA-TT-ATCG-TATCATACATATCAATATA------A-T---AT-CG--TATC-ATA-NCATANNNNNT-NNTNNNNNNCATANNATNNTNNNTNNNNNN-TANN--TNNNTNNNATNNNATNNNATNNNANANNNNTNTNANA-TT-A-CC-AT-ATTGT-TCATA-CCAT-A-TCGTATAATATCGTATCAATACCATAT-C-----GTATA-ATAC--C-AT-----A-TCGTA-TAATATGC---ATAC---CATATT-------ATATAATTATCGCGTATCA---TACCCAT-ATCATAATCGTAATAANATCGA-T-ATACATACCT-AATCAATATC---ATACATAATCGTATANTA-TAATATC-GCC-AT--TACTACATATCGTATAAT------ATCGTATCATA-TCCAATA-TCGTATCATTCATATT-ATACCATTATCGTTCATAATATCGATATCATACAATNTT--ACTATATCGATCATACCA--TAATCGTATAATATCA-ATCATATCATATCAAT-ATC-GTATAATATCATAT-CATACCCA-T--ATCGTATAA---TATCGTCATANCATATCAAATAATAATA-TCGTATCATAAA---CAAT---TATCGTATATAA--ATCT-ATCATAC-CATA-CATCGTATCATACATA-ATTGTATCAT--AAAATATATCATCATACNAT-TCNTATCATACC--ATATCG-TA-TA----ATACGTAACGTATCTA-AC-CATATC-GGTA-T-A-TTATCGA-TATCA-TA--------TAA-------ATCATAACCATATCAATATATAGTATCGTAT-CATACA---TATCATATGT--AATATA-GTATCATACCATTC-ATACCATA-----CC--TATTCGT--AATATACGCNATATTGTCATCATATCCATAC-G---TATCGTATCN-----CATATATCAGTTTACNATATTNNNTANTATANANNNTATTCTNTCGNTNANTACCATATT-TNNTCGNAANCGNNTNNNTA-T-ATANCG--TTACGTATCNT-ATAT-TNACTATTNAATTATCCATATAAT-ATT-CGTATCATA-TANAACCA-TA-TCGTA-------TAATAC----CCAT-ATCATATAATATCATAT--AAATCATATCAT--ATCCAATCA--TATCAATACC---ATATCG--TATAGTACTAAAAATCGTATC-A-AT--CCATTA-ATCGTA-TCA-TACCAATATCGGTA-TAATATCATA-CATACCATAA-TCGTATAATATCATACCAT-ATCGTAT-ATATCATATATAATATCA-TACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATANA-A-TG---TATCATA-CATATCATATAATATTGTATCATACCAATATCGTAT--------ATCNTATCAATA---CCATATCGTATCATATCATAATTGT-AATCATAATATATCTATATCAATAG--T----TTGTCATACCATAAT-TCGT-TAATATCGTANCATATCANACCATAT-G-TATAATA--TANA-A-------TA-TCGTATAATATCATACCAT-ATCTAT-AATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATA-NGTATCAT-ATCATCGTATCCA-TACCATATCATAATA--TCAGTATCATACA--TATTG-TAT-TACTAATCATAATCNTACCATATAT-CTGTATCATACCAT-TCGTATAAAAATCGTATCATACCATA--TCGTNATAATA-TCATACCATCATTACTACTAATAT----CGTTCATACCATATCGTATCGNATAATATA--CGTATCATA-CCATATCGTATCATACCATATC-CA-AATATCTG--TCNTATAA-CCA-TA---CTCGTATAGATATC---TNCCATATCATCACTTTAATTATCTGCGT-ATCATACTCAATACA--TA-ATCGTA-TNAATACCGTA-TC-GT-TAATAT-CATAT-ATACCAANATCA-TNTCATATCGGGTATAGTATAATATCGCATCAATACC-ATATTTGTATA-ATATCGTATCATACCATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTANCATA-TCAATTACCGATTCGTAAATAATTCGTATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATA-TCATATCATACA--CCACCCATATCGTAT--GA-TATAATATCATCATGGA
gi|1 : ATTAT-A--TATAGG------AT-AT----T--ATAT-AATATATTATA-TACAATCAC-TCAC----ATT-ATACT-CAT-TGATATTA--ATACATAGG-----ATAT-GAT--T---TGTGTA--A-TAT---T-A-TATTAT------ATCAT--A-AT-------CG--TATAATTCAT-ATTATACC------TAT------TAT------CG-TAT-TAT-ACCGATAGTCAAAC-A-TATG-G-GTCG----------C-TCAC--TCATAGCCATAAT----CA----AACCA-ATA----T-T--GTATCAT-ACCAT-ATGTTATC----ATACCATA----TCG--T--CA---ATAT---TGGT---------AGCATA-------ACCA-A-ATTGTA-ATAA-TA--T-TG---ATC--ACACCA----TA----T-GTA-ATA------CATATTGT-AT--CATA-TCAA-ACCATTA--TT---CATA----TCCGA--------TAGGGGGTTGTATCATAT-CAA-ACCATTT-TATCA--T--AT-A---A-T--ATCATA-TA----AA----AC-CAT-ATCGTAT-----------A-------CAT----ATCATA---TT-AATAT---------TCGTA-TCA---ACCACATC---ATAA-ATC------AT-TTCGTATCAT----AACCATA----------------T-CGT-CTGAT-ATT-GTA-----T-AT-ACCGGGTT-ATTGGTATCATACATATCAATATA------A-T---ATGCG--CATC-ATA-GCATNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT-AGCC-AT-ATTGT-TCATA-CCAT-A-TCATATAATATCGTATCAACACC-TAT-C-----ATATA-ATAC--C-AT-----ACTCGTG-TAATATGC---ATAC---CATATT-------ATATAATTATCGCGTATCA---TACCCAT-ATCATAATCGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---ATACATAGTCGTATAGTA-TAATATT-GCC-AT--CACTACATATTGTATAAT------ATTGTATCATACTCCAGTACTCGTATCACTCATATT-ATACCATTATCGCTCATAATATCGATATCATACAATCTTCCACTATATCAATCATGCCA--TAATCGTATAATATCA-ATCATGTCATATCAAT-ATC-ATATAACATCATAT-CATACCCA-A--ATCGTATAA---TATTGTCATAACATATCAAATAATAATA-TTGTATCATAAA---CAAT---CATCATATATAA--ATCTTATCATAC-CATA-CATCGTATCATACATA-ATTGTATCAT--AAAATATATCATCATACGGT-TCTTATCATACC--ATATTG-TACTA----ATACGTAACGTATCTA-AC-CATATCCGGTACT-A-TTACCGAGTATCA-TG--------TAA-------ATCATAACTATATTAATATATAGCATCGTAT-CATACA---TATCATATGTCTAATATA-GTATCATACCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATACGCGATATTGTCATCATACCCATACTG---TATCATACCC-----CATATATCAGTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNATTCATATAATCATT-CGTATCATA-TACAACCA-TCCTCGTA-------TAATAC----CCAT-ATCATATAATATCATACCAAAATCATATCATGGATCCAATCA--TATCAATACCCGCATATCG--TATAGTACTAAAAATCGCATCCA-ATGGCCATTA-ATCGTA-TCA-TACCAATATTGGTA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCATACCAT-ATCGTAT-ATATCATATATAATGTCA-TACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-A-TG---TGCCATA-CATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTC----TTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-G-TATAATA--CAGA-A-------TA-TCGTATAATATCATACCAT-ATCTAT-AATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATA-AGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACA--TATTG-TAC-TACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCAT-TCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATC-CA-AATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATC---TCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGT-ATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTA-TGGATACCATA-TCAAT-TAATAT-CATAT-ATACCAAAATCA-TCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAATACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCAT-AAC---C-ATATCGTATA--ATATCAATACAA------AT-ATATACTCATATCGTATATA-A-TCAATTGTCATA-CAAATCATATAAT-TCATA-CATACC-ATATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AAC--C-AATCA-AATACATTTAGATCAgaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTA-TAAATACCTTA-TC------ATAT-C-TAT--TAC---AAT-A-TGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCATGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAcaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTGTATTATA-CCAT-A-TCGTAAAATATTGCATC-ATACCATAT-C-----TTATA-ATAC--C-
gi|2 : ATTAT-AC-TATAGGTATA--AT-AT----GG-ATAT-AATAT-TTATA-TA-AATC----CAT----AT--ATA-T--A---GAT-TCATGATATATAA------ATATTGAT-------AT-TA--G-TAT---T-AATAATTT------ATAAT--A-AT-------TA--TATCGT--AT-ATCATAC-------TAT------TAC------CA-TAG-TGT-ATT-ATA-CCA------TA-------CG----------T-T-G-----------ATA-T----CA----AC--A-ATA----T----GTATCAT--CCAT-ATTGTATC----ATA--ATAGTATTTG--TAGCA---ATACATCTGGT---------ATAATA--------CCA-GTATCGTA-ATA--TAAGTGTG---A---------A----TG----T-ACA-AC-------CATATCGT-ATACCATA-TCGA-----------T---CATA----TC--A--------TA-----TTGTATCATATACAT-AT-ATCG-TATAAGAT--AT-AC--A-T--GTCGTA-TA----TA-----C-CATGAACATAT-------------------CAT----A-CATA---TT-GAT-T---------CTGTA-TTA---A---TAT-----TGA--------------T-G---CAT----TACCATA----------------T-CGTGATAATTATCTGCA-----T-AT-ATGGA-TA-ATTG--------CGTATCAATAGA------A-TTATAT-TG--TATT-ACA--CATTGATCAT-ACCTATTGTTATAATATTGTATCTACATATGTATCATCCAGTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTT---A-TTCA-CCCATTATCGC-T-ATAATCATTA-TCATATAAT-TCGTAT--ATACCATAT-TCTATTGTATA-ATACCAC-AT-----A-TCGTA-TCATACGC---GTATGTATATATTGTTCACCATATGA-TATTGACTATTGAATTATCCATGATCAT-----TAATAA---CG--T-ACACATATTC-AAT--ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCAATCATATTACATATCGTATAGTATAGTAATCGCATCATA-ACTAAT-----TGTGATT-ATATTGATATC--TACCAT--AT-GTAT--ATATCATTCAA------ATCATA--AAT-ATACCATTTATTCAATTAATTTCATATAATAT-GTATCATT-ATCAGTATAACATCATAT-CAGACCCATT--AT-GTAT-A---TATCGT--TGTCATACC--ATCAT-ATATTCGTATCA-GAC---CA-----TATC----ATAACTATCT-TTCATAC-CATA----TGTA-CATA-ATATATCATACTATTGATAATATATC--CGTAACAT-TA--ATCAAAACAAATATCGTTA-TATACCATATATAATATATTT---C-CA-A---GATA-T-ACTTGTTCA-TACCA-TAGGTATTGTTAT-------ATCAT-ACCAT---AATTTATCATACCATAT---TGTA---TCTCATATGG--TATATATGTATCATCCAATTCTATATAATAATTGTCT--TACTCA---AACATAT-CGAC-TTAT-ACCAT-TCCATAT-GAGATAT--TAT-G-----CA---ACCAATCTATAATA--CATTGTTATAGATATAA----ATCGCTTA-TCCGATGTT-TAAT--ATATTGTAT-CATACC-ATATCGTATTAT-TATCATAATATATCACCATTCGATC-TTAATATGGT-ATC-TGTA--ATG-T-CA--CA-TA-TC----------TAATAT----C----ATCACGCACTAT-GTAT--AAATTATATCAT--A-CCAGACA--T
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctTAT-G--TATAAATATCGTATCAT----T--ACAT-ACTCTACCACA-TATGAGCAT-CCATCGATATC-ATA-T-CGT-----ATCA---CA-ATAT------CTAT-AAT--TACATATTCA--A-TATCGCT-A-TAGTAT------A--AT--A-AT-------CG--CATAAT----------ACC------TAT------TGT-------A-TAT-TGT-ATCCATA-T------A-TATA-ACATC-------------T-AT--TCATA-CCATA-T----CG----TT--A--TA----T-C--GT-TCAT-ACCAT-ATCATATGGGTAATACCATA----TCA--T--TA---AT-T---TCGTTCAAGCCTAATCATATTTATATACAT-T-ATCGTT-ATAC-TA--T-GT---ATC--ATA--A----TA----T-ATA--TA------CAAATCGT-AT--TACA-TCGT-A--AATA--TCAAACATA----TC-GAATTGTATATAA----TCGTACCATAT-CAATATAATAG-TAGTA--T--ATTA---A-TCTATTGTA-TACTATAATCATAC-CAT-ATCGTATCTACTACATATA-------CATCTGTATCATACCATT-TATAT---------TCATA-TCT---ACCGTATC---GT----TCTGCCATAT-TT-GTATC-T----TTCCATT----------------TACGT-ATAAT-ATC-GTA-----T----------CT-ATC-----CATGCATAT-AATA--------------GT-TG--TATCGATA-TCA-AGCCATTACGTTGATACCATCATAT-TTATATTACCAT-CATA--TTAGT----TAATATTGCATATACCCTATTTGTAATA-T-----C-GT-ATC-T-ACATA-TTAT-A-ATATACAATATC------ATACCATATAT-----GTTTA-ATAT--C-AT-------TCATATTGATCTAA---ATACT--CAAATT-------ACATctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|4 : ccca------AC-AT----T---TAT-CAT-TATCACA-TATAAAAAA-TGGT----ATC-AT-----AT-TAGTAC----ATAAATAA------ACAT-CGTAAT---TAT-----A-TAT---T-A-TA--AT------A-CAT--ACAT-------TT--AATGATTCAT-ATTATAAT------TATAAGAGATATAATAGATA-TAC-TATAATT-ATA-TAAATC-A-TATG-T-ATTGATGATATATAT-T-ATTGTAATA-TTATA-T----TATTTTAA--G-ATAATATT-CGAGTATAAT---CA-----ATATT----ATACCATA----TCG--T--T-----TAT---TGGT---------AT-ATAT------ACCA-T-ATCA-A-ACAA-TA--TCTG---ATCGGATACCA----TAGTATT-ATA-ATA------TAT-TCGT-CT--C-TA------ACTATTATCTT---AATAATCGTC-AA--------T-A----TTGTATCATA--CAA-A-----T-TG--A--T--AT-A---AGT--ATTGTA-TA----AT----AC-CAT--TCGTAT--------------------AT----ACCAT---------CAT---------T-GTA-TCT---ACCATTCT---ATAA-AT-------A--TT-GTATCATATCAAATCATA----------------T---T-ATTAT-ATA-ATAAAACCT-ATCATAAA-TTAATCG-TATTA-ATATATCGA---A------A-T---AT-CG--TATC-ATA-CCATAATAAAT-AA-ATGTATCATATAA-------TACGTAT-TATT--TGTATCATACCATAT-GTATCATCCA-TAATAT-ACA-TT---CC-AT-ATTGT-T--TA-CCAT-ATTCATAGAATATCGCATC--TACCATAT-C-----GTATATATAT--CAATACATGA-TCATT-TAATATGTTTAATACAA-CATATT-------GTATtttaagatcacaa
gi|4 : acggatttcatccatcATTAT-AATTATAAG------AG-AT---------AT-AATAGAT-ATACTATAATTAT-ATAA----ATC-ATA-TGTAT-TGATG---------ATAT------ATAT-TAT--T------GTA--A-TAT---T-A-TATTATTTTAAGATAAT--A-TT-------CGAGTATAATCAAT-ATTATACCA-----TATCGTT--TAT------TGGTATATAT-ACC-ATA-TCAAAC-AATATCTG-ATCG----------GAT-AC---CATA---GTA-T----TA----TA--ATATA----TTC--GTCTCTA-ACTATTATCTTA------ATA----A----TCG--T--CA---ATAT---TG-T---------ATCATA---------CA-A-ATTGAT-ATAAGTA--T-TGT--ATA--ATACCA----TT----C-GTATATA------C-CATC---AT--TGTA-TC-T-ACCATT--------C-TA----TA-AA--------TA-----TTGTATCATAT-CAA-ATCATAT-TATTA--T--AT-A-------------A-TA----AA----AC-C-T-ATC--AT-----------A-------AATTA--ATCGTA---TT-AATATATCGAAATATCGTA-TCAT--ACCATA-----ATAA-ATA------A--AT-GTATCAT-----ATAATA------------------CGT-ATTAT--TT-GTA-----TCAT-ACCA---T-AT-G-TATCATCCAT---AATATACATTCCA-T---AT-TGTTTACC-ATATTCATAGAATAT-CGCATCTACCATATCGT
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatATCGTATAGTA--A-A--GTATCGCATCAACCATT-ATGTAACAT-GTATGCATTACCA-TTAATCGTATAAGTATATATTAATACCATATCGA-TA-TAATA-TCATATCATAAATATCAAACCATATCGGATATAA-----T-ACCATATGTATAATATCGTACCATAT----------TCAT--ATAATAT---------CGATATCAGACCATATC--ATATCG-TA-TA----ATA--TA--GTATTCATACGCATATC-CG-A-TCA-TTACC-A-TATCACTA--------TAACACTTGTATCATA-CCATAT---TGTATAATATCATATTCATACTGTTTATCAT-TAC--CATATT-GTATCATA---------ACCATA------------TCG----ATATA----ATATCGT-A-CATACCC---------TATCATATCATCAACCAT-TATCAGT--ATAATATGTGTTCATATCAAAACCAT---ATCGTATAATACCATATCATAATAATAATCATACCAA-A-TCATATCA--TACCATATCAT-A-----CAATATCG---TATA-GTATAAT-AAT-CGCATCATA-CG----CA-TA-TTGTA-------TAATA-----TCGTAATCATACCATATCGTAT--GA---ATATCAT--TACCA---A--TATC-ATACC---ATATC---------AATAATAATCATATC-AGAT----ATAATATCATATTCATTACC-ATATC--TATTAATATCATATCATACCAatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|6 : ttATTAT-AA-TATAGG------A-----------AT-T-AATATATTATA-TAAAATCG----------ATT-ATG-TACAT-TGATAT-----TATATA-------ATAT-GATA-T---TATGTATAA-AAT---T-A-TATAAT------ATAAA--T-AT-------CG--TATAAT--AT-ATTATATG------CAT-------AT------CG-TAT-TAT-ACC--TA--CATATGA-TATT-G----G----------G-T-A---TCAT---CATA-T----CA----AA--C-AAA----T-CT-GTATCAT-AC-AT-ATTGTAT-----ATAATATA----TCG--TATCATACATAC---TG-T----------TCATAC------AC---T-ATCGTATATAA-T-----TGT--ATG--ATATCA------------------A------CATATCGT-AT------------ACCATTA--T-----GTA----TC--A--------TA------TATATAATAT-TTA-ATAATCCATATCA--T--AT-A---A-T--ATTGTA-TC----AT----AC--AT-ATCATAT-----------ATTCCTACCAT----ATCATA---TTTAATAT-----------GTAATCATAGAATATATTTGTATAATACC------ATATC-GTATCAT----A-CCATAAATTGTATAATATTGTT-CAT-ACCAT-ATC-GTA-----T-AT-ACC----T-ATTG-TATC-----TATC-ATATA------ACT---AT-CA--TATC-ACA-CTATAgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatctATTACACTTG---ATCATAATTTACACA-ATAAAAAA--TAAAATTATCATAATGTAA-------TAATA---TAACATCT-ATATTATAT-ATTATAATA--CATACATGATGATTA-TTCTATTATGATATAGGAT-ATATATGAATAT-AT-TATATAAA-ATCATTATT--ATTGATATAATATGAT-ATTA----AT----TA-TATTTTATAATA--TGA-TATTATGTAACTATTGATATATA-TGAT--TAAT-ATCCTATA-AT-CATTATTATACCATATCGTATGAATATTGTATCATACCATA--TCA-AACAATA-TTGTATCAT--TTACC----ATAT----TGTTCATAATATATCGTATC--AT---------------TA-CCATTTTGTATCA-ACCATATCATACAATAT-TG--TATTAT-A-CCA--A---ATTGTATA-ATATTGTATTCAATACCAT-------AT------CGTAATCATAC------CA--TT-ATTGTAGTCATTACCATATTC-GTATAATATGTGTATCATATCAA-ACCAGTATCGTATAAGATATCGTATAATATCGTAGCActgta
gi|7 : acaggatttttcatttgtccATTATGA--TATAGG------AT-AT-------ATATGAATATATTATA-TAAAATCAT-TATT----ATTGATA-T-AATATGATATTA--AT-TATATTTTATAATAT-GATA-T---TATGTA--ACTAT---TGA-TAT-AT------ATGATTAATAT-------CC--TATAAT-CATTATTATACCATATCGTATGAA---TAT------TG-TAT-CAT-ACC-ATA-TCAAAC-AATATT-GTATCA----------T-T--------TA-CCATA-TTGTTCA----TA--ATATA----T-C--GTATCATTACCAT-TTTGTATC----A-ACCATA----TCA--TA-CA---ATAT---TG-T---------ATTATA--------CCA-A-ATTGTA--TAA-TA--T-TGT--ATTCAATACCA----TA----TCGTA-AT-------CATACCATTAT--TGTAGTCATTACCAT-A--TT---CGTA----T--AA--------TAT----GTGTATCATAT-CAA-ACCA--G-TATCG--T--AT-AAG-A-T--ATCGTA-TA--------------AT-ATCGTA------------G-------CAT----Ata
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctTATAAT-ATTACACA--ATACTAAAAAAACTA-TCGTAATGTACATAATATAAATCTAT-ATCATATATTATTA-AT--ACA-CACATTAT------GATTATTTATTAA-AGA---ATATAGGATATAATG-TGAATATGATAT--A-TT--ATATAA-ATCATA-TTA-TA-TGATATC-AT--TGATATTATA-AATATGAT-A-TTATGTAATATTATATTATAATAATTTAATATCGTATAT-CTCTTA-TACCATATCGTATTAT-TT-CCATATCGTATAGATATTG---TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACC-ATATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-AA--AT----TATT----------G--T----TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCA-TACCATATTTAGA-T-------TATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-AT-AA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATA-CATATCGT-AT
gi|8 : acaggattttcatcattacactt-A--TATAGG------AT-ATAATGTGAATAT-GATATATTATA-TA-AATCATATTAT----ATG-ATA-T-CAT-TGATATTA-------TAA------ATAT-GATA-T---TATGTA--A-TAT---T-A-TATTAT------A--AT--A-ATTTAATATCG--TATATCTC----TTATACC-------AT-------AT------CG-TAT-TAT-TTCCATA-TCG------TATA-G-AT-A----------T-T-GTA-TCATA-CCATA-T----CA----AAC-A-ATA----T-T--GTGTCTT-ACCAT-ATTGTATC----ATAATAAA----TCGTAT--CA---ATACCA-TATT---------ATCAT--------ACCATA-ATCGTA-A-AT-TA--T-TGTTTATC--ATACCAAATTTG----T-ATA-ATATTGTATCATACCAT-AT--CGTA-TCAT-ACCA-TA--TT---TAGA----T------------TAT----TTGTATCATAT-CAA-AGCA--T-GATCA--TAAAT-AGTTG-T--ATCATATTA----AA----ATACAT-ATCGTAT-----------
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGGATTCTCTCATGTCCTGATGTTATAACACTTTATCATACCACACAATACTAAAATTATCATAATGTACAATAATTTTAACTAGTATAATTATAAACATAATTGATTATCTTTAAATATGGATTAATAGTGTTAATATATAGTATATAAATTCATTATTATTATATGCATTGATATTATATAAATAGATGACTATGTAATATAATATTT
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1111 33333333 1 44444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222 11111 5555555555555 11111 777777777777777777777777777777777 3333 2222 111 11 1 11 1111 22 111 222222 22222222 11 11 111 444444444444444444444 11 22222 1111111111 3333333333333 22222 2222 11111 22222222 11 1 6666666666666666666666666666666666666666666666 2 11 1 11111 1 3333333333333333333333333333333 333333333333 11111 111 1 333333333333333333333333333 11 99999999999 2 1 1 1 1 333333 22222 1 888888888 1 222 1 22222 222222222 1 11 222 11 1 1 22 1 11 555555555 3333333333 22 11 222222222 11 11 333333333 2 22 444444444 1 111 11 2 2222 22222 3333 2222222 1 999999999999999999999999999999999 2222222 111 1 22 1 3333333 11 7777777777777777777777777777777 11 2 1 2222 222222 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 222 11 11111111 22222 11 00000000000000000000000000000000000000000000 1 3333333333333 3333333333333 1 1 111111 222 11 222222222 1 11 1111 1111111 11111 222222222 4444444444 333333333333333333333333333333333333 3333333 333333333333333333333 222222 11 66666666666666666666666 4444444444444444 1 1 11 33333 1 11 555555555 111 1 111111 22 1 333 1 1 44444444 3333 1 222222 666666666666666 22 2 2 2 22 2 2 1 1 2222 1 666666666 2 1 666666666666 4 6666 777 4 55555 2 1 222 1 333 4444 1 11 1 1 2222 1 1 1
lowQualScore : 6 22 2222 1 22222222 5 5 2 99999999999999999999999999999999999999999999 66 11 5 8888 7777777777777777777777777777777777777777 77 99999 4444444444444 66666 6 6 6 6 999999999999999999999999999999999 2222 6 1111 777 00 2 3 33 3 4444 77 111 333333 33333333 00 88 99 444 1 111111111111111111111 1 33 55555 6666666666 5555555555555 6 6 6 22222 99 9999 6 77777 6 3 99999999 11 3 0 3 3333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 33 3 0 1 66666 0 8888888888888888888888888888888 888888888888 55555 666 333 44 333 22 3 1 444444444444444444444444444 2 3 88 1 11 333 1 66666666666 0 2 3 3 1 7 0 6 3 7 777777 99999 3 5 000000000 5 22 111 5 66666 444444444 5 88 111 1 1 1 1 66 5 5 66 2 44 7 111111111 77 0000000000 0 1 22 88 6 0 777777777 44 33 7 1 222222222 7 3 0 99 1 222222222 6 0 888 33 0 2 1111 2 3 44444 0 7777 1 6666666 3 0 3 666666666666666666666666666666666 3333333 777 0 00 2 5555555 00 33 4444444444444444444444444444444 1 33 0 0 1111 333333 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 3 333 1 44444 0 22 99999999 3 22222 99 22222222222222222222222222222222222222222222 3 0 0 2 6666666666666 0 3333333333333 0 0 888888 666 11 1 11 444444444 0 1 99 7777 0 0 6666666 0 55555 666666666 1 4444444444 8 8 666666666666666666666666666666666666 7777777 8 11 111111111111111111111 8 0 999999 1 0 11 33 3 99999999999999999999999 0 3333333333333333 0 3 3 88 77777 3 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 00 0 3 666 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 6 444444 999999999999999 11 0 0 4 4 0 3 77 4 0 1 4 2 0 5 5 1111 5 111111111 3 0 1 5 6 111111111111 6 1 1 22 0 6 1 6 6 6 1 6 1 1111 1 1 000 1 6 0 1 1 4 22222 3 5 111 5 1 6 888 0000 5 1 22 88 5 1 5 4444 2 5 5 5
lowQualScore : . .. .... . ........ . . . ............................................ .. .. . .... ........................................ .. ..... ............. ..... . . . . ................................. .... . .... ... .. . . .. . .... .. ... ...... ........ .. .. .. ... . ..................... . .. ..... .......... ............. . . . ..... .. .... . ..... . . ........ .. . . . .............................................. . . .. . . . ..... . ............................... ............ ..... ... ... .. ... .. . . ........................... . . .. . .. ... . ........... . . . . . . . . . . ...... ..... . . ......... . .. ... . ..... ......... . .. ... . . . . .. . . .. . .. . ......... .. .......... . . .. .. . . ......... .. .. . . ......... . . . .. . ......... . . ... .. . . .... . . ..... . .... . ....... . . . ................................. ....... ... . .. . ....... .. .. ............................... . .. . . .... ...... . ............................................................... ... . ... . ..... . .. ........ . ..... .. ............................................ . . . . ............. . ............. . . ...... ... .. . .. ......... . . .. .... . . ....... . ..... ......... . .......... . . .................................... ....... . .. ..................... . . ...... . . .. .. . ....................... . ................ . . . .. ..... . .. . ......... ... . . . ...... .. . . ... . . . . . . . ........ . .... . . . . ...... ............... .. . . . . . . .. . . . . . . . . .... . ......... . . . . . ............ . . . .. . . . . . . . . . .... . . ... . . . . . . ..... . . ... . . . ... .... . . .. .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 7 55 1111 4 00000000 7 7 1 99999999999999999999999999999999999999999999 44 66 7 3333 0000000000000000000000000000000000000000 99 88888 2222222222222 77777 7 7 7 7 888888888888888888888888888888888 5555 7 8888 000 22 5 2 00 5 2222 33 777 777777 22222222 22 33 22 333 7 333333333333333333333 7 00 55555 5555555555 8888888888888 7 7 7 77777 22 2222 7 88888 7 7 88888888 00 2 0 2 8888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 88 2 0 0 22222 0 5555555555555555555555555555555 222222222222 88888 888 000 00 000 00 3 0 777777777777777777777777777 0 0 33 0 55 000 0 00000000000 0 0 3 3 0 3 7 7 3 3 000000 55555 0 0 000000000 5 00 555 0 55555 555555555 5 00 000 0 0 0 0 55 0 5 00 0 00 7 000000000 77 7777777777 7 0 33 33 7 7 333333333 00 33 3 0 000000000 3 3 7 33 2 555555555 5 0 555 00 0 5 2222 5 2 00000 2 0000 0 0000000 2 0 2 888888888888888888888888888888888 8888888 555 0 55 8 2222222 55 88 0000000000000000000000000000000 0 88 0 0 2222 222222 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 2 222 0 88888 8 55 22222222 2 22222 88 88888888888888888888888888888888888888888888 2 2 0 5 0000000000000 2 8888888888888 0 0 222222 222 88 0 88 222222222 8 0 22 0000 8 8 8888888 8 55555 444444444 0 0000000000 0 0 000000000000000000000000000000000000 8888888 0 66 444444444444444444444 0 8 000000 0 8 00 55 2 44444444444444444444444 7 0000000000000000 7 3 3 77 00000 3 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 77 7 3 777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 3 7 777777 000000000000000 55 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 5 0 5 5 0000 5 000000000 0 0 0 0 0 000000000000 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 0 000 0 0 0 0 0 0 00000 0 5 000 0 0 0 000 5555 5 0 00 55 5 0 5 0000 5 0 0 5
consensus : ATTAT-A--TATAGG----ATAT----T--ATAT-AATATATTATA-TAAAATCAT-TNATAT--ATA-T--AT-TGATATTAATATATA------N-ATAT-GATATTATGTAA-TAT--T-AT----------AT-TAT------A------TAA-TA-----ATCG--TATAATTCA-TATTATACC-TAT--------TATC-----G-TAT-TA-TACC-ATA-TCAAAC-A-TATN-G-ATCGTT-G--TCATA-CCATA----TCA-AA--A-ATAT-C-GTATCA-TACCATATTGTATCATAATATA----TCGTA-CA---ATAC---TGGTATCATAACCA-A-ATCGTA-ATAA-TATTG--TATN--ATACCA----TAT-GTA-ATA------CATACCG-TATCGTA-TCA-TACCATTAT---TCGTATC-AATA-----T-TGTATCATAT-CA-A-ATCAT--NT-ATCAT--ATA---ATATCGTA-TAAAAC-CAT-ATCGTATA-------CAT--ATCATA-TTAATAT---------TCGT-ATCAT--ACCATAT---CATAA-ATCAT-TT-GTATCAT-ACCAT--ATCGT-ATAAT-ATT-GTAT-ATACCGG-TTATCG-TATCATACGTATCA--------ATATA------A-T---AT-CG--TATCACA-CCATAGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT-CATC--CNANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCAC-CTTAGCCATTATCGCTCATA-CCAT-ATCGTATAATATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCACATACTCGTGTNATACGCGTACGCATATATTGTTCACCATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAATCGTAATAAGATCGGGTGACGCATACCCTAATCAATACCCATATACATAGTNGNATANCNTTNATATCTGCCAATCACATTACATATCGTATAA-TATCGTA-TC--AT--CATACTCCAGTACC-CGTATGA-TCAT--ATTGATATCATTATCGC-TCATA-ATATC-ATATCATTCAAT-TTC-ACCATATCAAT-ATACCAT--TAATCGTATAATATCA-ATN--ATATCGTATCAAT-ATC-ATATAACATCGTAT-CATACCCA-T--ATCGTATAA---TATCGTC-A-TACCATATCGAATAA-TAATA-TCGTATCATAAA-------CA-------A---------T-ATCG-ATATAA--ATCT-ATC---ATAC-CATA-TATCGTANCATATATAC--ATCGTATCAT--ATAATA--TATCA--CGTA-CGAT-TC-T-----A--TCATACC--ATATCG-TA-TA----ATACGTAACGTAT-TTA-AC-CATATC-GGTA-T-A-TTAT-------CCA--TATCA-TA--------TAN-------ATCATAACCATAT-A-ATNTATAATATCGTAT-CATA-CA---TATCATATGTC--ATATA-GTATCATA-C-GTTC-ATACCATA-----CT--TACTCG---AATATAC-CGATATCGT-ACCATACCCATAC-G---TATCATATCG-----CAT-TAT-CA-GTNTA---TAATATGCGTTCGTATCGATATCATATCGCNTAATNCNACGTC-TAATAACNATCGTATCNATA-CATATCGTACCA-TATCAT-ATAT-TCANCATTG---CATT-ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TGCAAC-A--TA-TCGTA-------TAATATA---C-ATA-TCATACAATAT-CGTAT--AA-AT--------CA-TATCATA---CCGATCAT--ATCAATAC----ATAT-G--TATAGTG-TGAAAATCGTATC-AAT---TATA--A-ATCGTA-TCA-TACCGATATCG-TA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATC--GTGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCATAATATATTTA-ACCA-A--GGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACA--TATTG-TAC-TACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCAT-TCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATC-CA-AATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATC---TCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTA-TCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTAT-A--TATAGG----ATAT----T--ATAT-AATATATTATA-TANAATCAT-TCATATC-ATA-TC-AT-TGATATTAATATATA------N-ATAT-GATATTATGTAA-TAT--T-AT----------AT-TAT------A------TAA-TA-----ATCG--TATAATTCA-TATTATACC-TAT--------TATC-----G-TAT-TA-TACC-ATA-TCAAAC-A-TATN-G-ATCGTT-AT-TCATA-CCATA----TCA-AA--A-ATAT-C-GTATCA-TACCATATCGTATCATACCATA----TCGTA-CA---ATAT---TGGTATCATAACCA-N-ATCGTA-ATAA-TATTG--TATC--ATACCA----TAT-GTA-ATA------CATATCG-TATCGTA-TCG-TACCATTAT---TCATATC-GATA-----T-TGTATCATAT-CA-A-ATCAT--NT-ATCAT--ATA---ATATCGTA-TAAAAC-CAT-ATCGTATA-------CAT--ATCATA-TTAATAT---------TCGT-ATCA---ACCATAT---CATAA-ATCAT-TT-GTATCATAACCAT--ATCGT-ATNAT-ATC-GTAT-ATACCGA-TTATCG-TATCATACATATCA--------ATATA------A-T---AT-CG--TATCATA-CCATAGNNNATCGCNNNTACCATANNAT-TNTAT----NTACGT-AT-TATN--TNAGTNNTGTAATATNGCATNATCCATNNNTNTA---ACA-TTA-CCAT-ATCGTTCATA-CCAT-ATCATANAATATCGCATCA-TACCATATC-----GTATAATACCA--TA-TCGTATAATATGCATACGCATAT---------TATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAATCGTAATAAGATCGGGTGACGCATACCCTAATCAATACCCATATACATAGTNGNATANCNTTNATATCTGCCAATCACACTACATATCGTATAG-TATAGTAATCGCAT--CATACNCCAGTACT-CGTGTNACTCAT--ATTGATACCATTACCGC-TCATA-GTATCGATATCATNCAATCTTCCACCATATCAATCATGCCATT-TAATCGTATAATATCA-AT---ATATCGTATCAAT-ATC-GTATAACATCGTAT-CATACCCA-T--ATCGTATAA---TATCGT--A-TANCATATCGAATAA-TAATA-TCGTATCATAAA-------CA-------A---------T-ATCG-ATATAA--ATCT-ATC---ATAC-CATA-CATCGTACCATACATA---ATCGTATCAT--ATAATA--TATC---CGTA-CGAT-TC-------A--TCATANC--ATATCG-TA-TA----ATACGTAACGTAT-TTA-AC-CATATC-GGTA-T-A-TTA--------CCA--TATCA-TA--------TAA-------ATCATAACCATAT-A-ATNTATAATATCGTAT-CATA-CA---TATCATATGNN--ATATA-GTATCATA-C-ATTC-ATACCATA-----CC--TACTCG---AATATAC-CGATATCGT-ACCATACCCATAC-G---TATCATATCG-----CAT-TAT-CA-GTCTA---TAATATGCGTTNNTATCGANACNATATCGCNTAATNCNATGTC-TAATAANNATCGTACCNATA-CATATCGTNNCA-TATCAT-ATAT-TCANCATCGGATCATT-ATATAAT-ATT-CG---CATCATA-TACAAC-A--TA-TCGTA-------TAATAT----CCGTA-TCATACANTAT-CGTAT--AA-AT--------CA-TATCATA---CCAATCAT--ATCAATACC---ATATCG--TATAGTA-TAAAAATCGTATC-AAT---CATA--A-ATCGTA-TCA-TACCGATATCG-TA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT---GTGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATATCATAATCGTAA-TCATAATATATTTA-ATCA-A--AGT-TTATCATACCGTAAT-TCGT-TAATATCGTAACATATCATATCGTAT-ATATAATA--CAGAATA-TCGTATNATATCATAGCAT-ATCTATAATAT-GT-TATATCAATATCAATATT--ATTAATAAATATCGT-ATCATCGTATCCATTACCATNTCATAATACTCGAGTATCATGCAACTATTGATACATACTGATCATAATCNTNCCATATATCCNNTATCATACCATATCGTATGAANGTCGTATCATACCATAACTCGTGGCAATAGTCGTACCATCATTACCACTAATATGGGGCGTTCATANCATATCGTATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATNTCGTATCATACCATATCACACAATACCCGCCCNTTACAACCCACTACCCNTCGTATAGATATCGTATCCNATACCATCACTTTAACTATCTGCGTAATCATACTCAAGACAGGTNGGTCGTATNAATACCATATCG-TTAATATCGTATATACCAAAATCATNTCGTAT-GGGTAT-GTGTAATATCGNATCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTAT-A--TATAGG----ATAT----T--ATAT-AATATATTATA-TACAATCAC-TCACATT-ATACTC-AT-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT-TTGTGTAA-TAT--T-AT----------AT-TAT------A------TCA-TA-----ATCG--TATAATTCA-TATTATACC-TAT--------TATC-----G-TAT-TA-TACCGATAGTCAAAC-A-TATG-G-GTCGCTCAC-TCATAGCCATAA---TCA-AACCA-ATAT-T-GTATCA-TACCATATGTTATCATACCATA----TCGT--CA---ATAT---TGGTAGCATAACCA-A-ATTGTA-ATAA-TATTG---ATC--ACACCA----TAT-GTA-ATA------CATATTG-TATCATA-TCA-AACCATTAT---TCATATCCGATAGGGGGT-TGTATCATAT-CA-A-ACCAT--TTTATCAT--ATA---ATATCATA-TAAAAC-CAT-ATCGTATA-------CAT--ATCATA-TTAATAT---------TCGT-ATCA---ACCACAT---CATAA-ATCAT-TTCGTATCATAACCAT--ATCGT-CTGAT-ATT-GTAT-ATACCGGGTTATTGGTATCATACATATCA--------ATATA------A-T---ATGCG--CATCATA-GCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNN-NN-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNCTTAGCCAT-ATTGTTCATA-CCAT-ATCATATAATATCGTATCAACACC-TATC-----ATATAATACCA--TACTCGTGTAATATGCATAC-CATAT---------TATATAATTATCGCGTATCA---TACCCAT-ATCATAATCGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---ATACATAGTCGTATAGTAT-AATAT-TGCCA-TCAC--TACATATTGTATAA-TATTGTA------T--CATACTCCAGTACT-CGTATCACTCAT--ATT-ATACCATTATCGC-TCATA-ATATCGATATCATACAATCTTCCACTATATCAATCATGCCAT---AATCGTATAATATCA-ATC--ATGTCATATCAAT-ATC-ATATAACATCATAT-CATACCCA-A--ATCGTATAA---TATTGTC-A-TAACATATCAAATAA-TAATA-TTGTATCATAAA-------CA-------A---------TCATCATATATAA--ATCTTATC---ATAC-CATA-CATCGTATCATACATA---ATTGTATCAT--AAAATA--TATCAT-CATA-CGGT-TCTT-----A--TCATACC--ATATTG-TACTA----ATACGTAACGTAT-CTA-AC-CATATCCGGTACT-A-TTA--------CCGAGTATCA-TG--------TAA-------ATCATAACTATATTA-ATATATAGCATCGTAT-CATA-CA---TATCATATGTCTAATATA-GTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATACGCGATATTGTCATCATACCCATACTG---TATCATACCC-----CATATAT-CA-GTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNATTCATATAATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA--TCCTCGTA-------TAATAC----CCATA-TCATATAATAT-CATACCAAA-AT--------CA-TATCATGGATCCAATCAT--ATCAATACCCGCATATCG--TATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATT--A-ATCGTA-TCA-TACCAATATTGGTA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT---GTGCCATAC-ATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCA-ATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATA-TCGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACA--TATTG-TAC-TACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCAT-TCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATC-CA-AATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATC---TCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTA-TCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAATACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCGT-ATAA----ATATCCATACATACCATATCGT-AATAA-TATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATAC-AAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTAGATCACA--AGgaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATC-----ATATC-TAT-TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCATGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTATA-CCAT-ATCGTAAAATATTGCATCA-TACCATATC-----TTATAATACC
gi|2 : ttgtaTATG----ATAT----T--TTAC-AA-ATACTAAA--AAAATTAT-CAATA---ATG-T-------ACAT-AATATAAA------G-CTA---ATATTATATAT-TAT--A-AT----------ACATAT------A------TTA-TG-----AT-G--TAT
gi|2 : acaggattttcatccattagacacttATTAT-AC-TATAGGTATAATAT----GG-ATAT-AATAT-TTATA-TA-AATC----CATAT--ATA-TAGAT-TCATG---ATATATA------A-ATATTGATATTA-GTAT-TAA--T-A-----------AT-T-T------A------TAA-TA-----ATTA--TATCGT--A-TATCATAC--TAT--------TACCATAGTG-TAT-TA-TACC-ATA-------------------CGTT-G----------ATA----TCA-AC--A-ATAT---GTATCA-T-CCATATTGTATCATA--ATAGTATTTGTAGCA---ATACATCTGGTATAATA-CCA-GTATCGTA-ATA--TAA-G--TGTG--A----------AT-GTA----------CA-ACCA-TATCGTA-T----ACCAT-ATCGATCATATC--ATA-----T-TGTATCATATACATATATCGT--AT-AAGAT--ATAC--ATGTCGTA-TATA-C-CATGAACATAT--------CAT--A-CATA-TTGAT-T---------CTGT-ATTA---A---TAT-----TGA--------T-G---CATTACCAT--ATCGTGATAATTATCTGCAT-ATATGGA-TAATTG--------CGTATCA--------ATAGA------A-TTATAT-TG--TATTACA-C-ATTGATCATACCTATTGTTATAATAT-TGTAT----CTACAT-ATGTATCATCCAGTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTATTCAC------CCATTATCGCT-ATAATCATTATCATATAAT-TCGTAT-A-TACCATATTCTATTGTATAATACCACATA-TCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGAT-ATTGACTATTGAATTATCCATGATCAT-----TAATAA---CG--T-ACACATATTC-AAT--ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCAATCATATTACATATCGTATAG-TATAGTAATCGCAT--CATA-ACTAAT------TGTGA-TTAT--ATTGATATC--TAC-----CATATGTAT--ATATCATTCAA------ATCATA--AAT-ATACCATT-TATTCAATTAATTTCATATA--ATAT-GTATCATT-ATCAGTATAACATCATAT-CAGACCCATT--AT-GTAT-A---TATCGT----TGTCATACC--ATCA-T-ATATTCGTATC--AGA-------CC-------A---------T-ATC----ATAACTATCT-TTC---ATAC-CATA----TGTA-CATA-ATAT--ATCATACTATTGATAATA--TATC---CGTA-ACAT-TA-------A--TCAAAACAAATATCGTTA-TATACCATATATAATATAT-TT---C-CA-A---GATA-T-ACTTGT-------TCA--TACCA-TAGGTATTGTTAT-------ATCAT-ACC--AT-A-ATTTATCATACCATAT---TG-TA---TCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTCT--TACTCA---AACATAT-CGAC-TTAT-ACCAT-TCCATAT-GAGATATTAT---G-----CA---AC-CA-ATCTA---TAATA--CATTGTTATAGATATAA-ATCGCTT-ATCCGATGTT-TAATA--TATTGTATC-ATACCATATCGTATTATTATCATAATATATCACCATTCGATCTTA-ATATGGT-ATC-TG---TA----A-TGTCAC-A--TA-TC----------TAATAT----C---A-TCACGCACTAT--GTAT--AA-AT--------TA-TATCATA---CCAGACAT--ctattatactataggtataatatggatataatatttatataaatccatatatatagattcatgatatataaatattgatattagtattaataatttataataattatatcgtatatcatactattaccatagtgtattataccatacgttgatatcaacaatatgtatcatccatattgtatcataatagtatttgtagcaatacatctggtataataccagtatcgtaatataagtgtgaatgtacaaccatatcgtataccatatcgatcatatcatattgtatcatatacatatatcgtataagatatacatgtcgtatataccatgaacatatcatacatattgattctgtattaatattgatgcattaccatatcgtgataattatctgcatatatggataattgcgtatcaatagaattatattgtattacacattgatcatacctattgttataatattgtatctacatatgtatcatccagtattgtatcatatcactatatatcggtttattcacccattatcgctataatcattatcatataattcgtatataccatattctattgtataataccacatatcgtatcatacgcgtatgtatatattgttcaccatatgatattgactattgaattatccatgatcattaataacgtacacatattcaatatacccatatatataataggatatcctttatatctaccaatcatattacatatcgtatagtatagtaatcgcatcataactaattgtgattatattgatatctaccatatgtatatatcattcaaatcataaatataccatttattcaattaatttcatataatatgtatcattatcagtataacatcatatcagacccattatgtatatatcgttgtcataccatcatatattcgtatcagaccatatcataactatctttcataccatatgtacataatatatcatactattgataatatatccgtaacattaatcaaaacaaatatcgttatataccatatataatatatttccaagatatacttgttcataccataggtattgttatatcataccataatttatcataccatattgtatctcatatggtatatatgtatcatccaattctatataataattgtcttactcaaacatatcgacttataccattccatatgagatattatgcaaccaatctataatacattgttatagatataaatcgcttatccgatgtttaatatattgtatcataccatatcgtattattatcataatatatcaccattcgatcttaatatggtatctgtaatgtcacatatctaatatcatcacgcactatgtataaattatatcataccagacatctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GTATAAATATCGTA-TC--ATTACATACTC---TACCACATATGAG-CATCCATCGATATCAT-ATCGTATCACA-ATATCTATA--ATTACATATTC-A--ATATCGCT-ATAGTATAATAATCGCATAATACCT-ATTGTATATTGTATCCAT-AT--ATATAACATC-TATTCATACC-A-T--ATCGT-TA----TATCGTTCA-TACCATATCATATGGGTAATA-CCATATCATTAATTTCGTTCA-------AGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT-T-ATCGTTATAC-TATG-TATCATAATATATATACAAATCGTATTAC--ATCGTAAATATCAAACATATCGAA-TTGTATATAA--TCGTACC--ATATCAATA-TA----ATA-GTA--GTATATTA-AT-C-TATT-G-TA-T-A-CTATAATCATACCA--TATCG-TA--------TCT-------ACTA----CATAT-ACATCT--------GTAT-CATACCA---T-TTATAT-TC--ATAT--CTACCGTATC-GTTC--TGCCATA-----TT--T------------------GTATCTT-TCCAT----TTAC-G---TATAATATCG-----TATCTATCCATGCATA---TAATA---GTT-GTATCGATATCA-A--GCC--AT--TACGT--TGAT-ACCATCATATTTATA-T-TACCAT--CA-TAT-----TAG-TTAATATTG---CA-T-ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-T-CTAC-A--TA-T--TA-------TAATATA---CAATA-TCATACCATATATGTTT--AATAT--------CA-T-TCATA---TTGATC-T--A--AATACctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|4 : ccATTAT-AATTATAAG----AGAT---------AT-AATAGAT-ATACTATAATTAT-ATAAATC-ATA-T-------GTATTGATG-ATA------T-ATAT---TATT--GTAA-TAT--T-AT----------AT-TATTTTAAGA------TAA-TA-----TTCGAGTATAATCAA-TATTATACCATATCGTT----TATT-----GGTATATA-TACC-ATA-TCAAAC-AATATCTG-ATCGG-------ATA-CCATAGTA-TTA-TA--ATATATTC-GTCTC--TAAC-TAT--TATCTTAATA-A----TCGT--CA---ATAT---TG-TATCATA--CA-A-ATTGAT-ATAAGTATTG--TATA--ATACCA----TTC-GTATATA------C-CATC---ATTGTA-TC--TACCATT------C-TATA-AATA-----T-TGTATCATAT-CA-A-ATCATA-TT-ATTAT--ATA----------A-TAAAAC-C-T-ATC--ATA-------AATTAATCGTA-TTAATATATCGAAATATCGT-ATCAT--ACCATA-----ATAA-ATAA--AT-GTATCAT-ATAAT--A-CGT-ATTAT--TT-GTATCATACCA---TAT-G-TATCATCCAT---A--------ATATACATTCCA-T---AT-TGTTTACCATATTCATAGAATATCGCATCTACCATATCGTATATATATCAATACATGAT-CATT--TAATATGTTTAATACAACATtcaaattacattttaagatcacaa
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatATCGTATAGTA--A-A----GTATCGCATCAACCATT-ATGTAACAT-GTATGCATTACCA-TTAATCGTATAAGTATATATT--AATACCATATCGA-TA--TAATA-TCATATCATAAA-------TATCAAACCA---------T-ATCGGATATAA-----T-ACC---ATATGTATAATATCGTACCATAT------------TCAT--ATAATA--T-----------CGATATC-------AGACCATATC--ATATCG-TA-TA----ATA--TA--GTAT-TCATACGCATATC-CG-A-TCA-TTA--------CCA--TATCACTA--------TAACACTTGTATCATA-CCATAT----TGTATAATATCATATTCATA-CTGTTTATCAT-TACC--ATATT-GTATCATA----------ACCATA------------TCG---A-TATA----ATATCGT-AC-ATACCC---------TATCATATCATCAACCAT-TAT-CA-GT--A---TAATATGTGTTCATATCAAAACCATATCGTATAATACCATATCATAATAATAATCATACCAAAT-CATATCATACCA-TATCAT-A-----CAATATCG---TATA-GTATAAT-AAT-CG---CATCATA-CGCA------TA-TTGTA-------TAATAT----C-GTAATCATACCATAT-CGTAT--GA-ATATCATTACCAATATCATA---C----CAT--ATCAATA-----AT------------------AATCATATC-AGA---TATA--ATATCATATTCATTACC-ATATC--TATTAATATCATATCATACCAattgtat
gi|6 : ttATTAT-AA-TATAGG----A----------AT-T-AATATATTATA-TAAAATC----------------------GAT-----TATGTA------C-AT-T-GATATTATATAA-TATGAT-ATTATGTATAAAAT-TAT------A------TAA-TATAAATATCG--TATAAT--A-TATTATATG-CA---------TATC-----G-TAT-TA-TACC--TA--CATATGA-TATT-G----GGT-A--TCAT---CATA----TCA-AA--C-AAAT-CTGTATCA-TA-CATATTGTAT-ATAATATA----TCGTATCATACATAC---T-GT-TCATA--CACT-ATCGTATATA---ATTG--TATG--ATATCA--------------A------CATATCG-TA----------TACCATTAT-----GTATC--ATA-------TATATAATAT-TT-A-ATAATCCAT-ATCAT--ATA---ATATTGTA-TCATA--CAT-ATCATATATTCCTACCAT--ATCATATTTAATAT-----------GTAATCATAGAATATATTTGTATAATACCATATC-GTATCAT-ACCATAAATTGT-ATAAT-ATT-GTTC-ATACCA---TATCG-TAT-ATACCTATTGTATCTATCATATA------ACT---AT-CA--TATCACA-CTATAgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatctATTATGA--TATAGG----ATA-----T--ATATGAATATATTATA-TAAAATCAT-TATTATTGATA-TA-ATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GATATTATGTAACTAT--TGAT----------A--TAT------A------TGATTAAT---ATCC--TATAA-TCATTATTATACCATATCGTATGAATATT-----G-TAT-CA-TACC-ATA-TCAAACAA-TATT-GTATCATT-------TA-CCATATTGTTCATAA--T-ATAT-C-GTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCATA----TCATA-CA---ATAT---T-GTATTAT-ACCA-A-ATTGT--ATAA-TATTG--TATTCAATACCA----TATCGTA-AT-------CATACCATTATTGTAGTCATTACCA-TAT---TCGTAT--AATA-----TGTGTATCATAT-CA-A-ACCA---GT-ATCGT--ATAAG-ATATCGTA-TA------AT-ATCGTA-G-------CAT--Actgta
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattct-ATTT-TCATCATTA---CACT-TTATAAT-ATTACA---CA--ATACTAAAAA-AACTA-TCGTAATGTACATAATATAAATCTATA-TCATATATTAT-TA-AT--AC-A---------CA-CATTATG------ATTATTTATTAA-AGA---ATATAGGATATAATG-TGAATATGATAT---AT---TATATAA-ATCATA-TTA-TAT-GATATCA-T--TGATATTATA-AATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTATTT--CCATATCGTATAGATATT--GTATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGTAA---AT----TATT------------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT-AT
gi|8 : acagg-A--TATAGG----ATATAATGTGAATAT-GATATATTATA-TA-AATCATATTATATG-ATA-TC-AT-TGATATTA-----TA------A-ATAT-GATATTATGTAA-TAT--T-AT----------AT-TAT------AATAATTTAA-T------ATCG--TATATCTC----TTATACC--A---------TATC-----G-TAT-TATTTCC-ATA-T----C-G-TATA-G-AT-ATT-GTATCATA-CCATA----TCA-AAC-A-ATAT-T-GTGTCT-TACCATATTGTATCATAATAAA----TCGTATCA---ATACCA-TATTATCAT-ACCATA-ATCGTA-A-AT-TATTGTTTATC--ATACCAAATTTGT-ATA-ATATTGTATCATACCA-TATCGTA-TCA-TACCA-TAT---TTAGATT--AT------T-TGTATCATAT-CA-A-AGCAT--G--ATCATAAATAGTTGTATCATATTAAAATACAT-ATCGTAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGGATTCTCTCATGTCCTGATGTTATAACACTTTATCATACCACACAATACTAAAATTATCATAATGTACAATAATTTTAACTAGTATAATTATAAACATAATTGATTATCTTTAAATATGGATTAATAGTGTTAATATATAGTATATAAATTCATTATTATTATATGCATTGATATTATATAAATAGATGACTATGTAATATAATATTT
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 33333333333333333 1 11 44444444444444 1 2222222 33333333 11 11 1 1 222222 1 11 111 11111 22 55555555 22222 1 1 1 11 99999999999999999999999999999999999999999999 11 11 11 1 22 1111 11 1 11 111 111 111 1111 222222 2222222 1 11 2222222 1 11111 333333333 2222 11 555555555555 5555555555 33333333 1 1 2222 1 3333333333333333 444444444444444444 222 1 33333333333333333 1 1 33333333 1 1 1 1 1 333333 11 1 1 333333333 1 1 33333333 77777777777777777777 22222222 11 2 111 1 111 1 11 5555555555555555555 11 11 11 111 11 22222222 1 222 555555555555 11 1 111 2222222222 1 22 1111 222222 111 1111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 222222 11 333333333 22222 2222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555 2222222222 111111 222222 22222 111111 111 22222 11 222222 111 111111 4444444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 3333333333 22222 1 2 11 555555555 111 1 111111 22 1 2222 1 1 44444444 3333 1 33333 66666666666 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 22222 1 1 222 1 222 2222 1 11 1 1 2222 1 1 1
lowQualScore : 4444 66666666666666666 0 33 9 66666666666666 0 5555555 99999999 22 3 66 0 0 3 3 3 888888 0 0 33 444 33333 22 77777777 55555 0 0 0 33 00000000000000000000000000000000000000000000 66 33 3 3 8 3 3 33 0 55 9999 55 0 88 0 2 9 33 3 3 444 7 000 333 3 3333 666666 4444444 0 88 3 6666666 2 0 55555 222222222 4444 3 2 3 8 33 7 888888888888 7 6 9999999999 55555555 6 3 7 3 4 5555 3 5555555555555555 0 7 888888888888888888 0 333 3 1 22 22 1 3 00000000000000000 4 4444 1 1 1 0 44444444 5 2 3 3 0 7 6 3 7 777777 88 5 1 5 888888888 5 22 5 6 00000000 11111111111111111111 22222222 7 0 0 1 1 1 1 33 3 0 7 555 99 0 111 4 0 33 1111111111111111111 33 33 66 777 22 66666666 0 222 0 0 000000000000 22 0 2 777 0 8 8 3333333333 3 3 8 3 8 8 11 8 8 5 5555 0 333333 1 8 666 8888888888888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 99 888 6 4444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777 222222 22 6 6 77 666666666 3 33333 5555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 8 4444444444444 0 11111111111111111111111111111111111111111111 7 1111111111111111111111111111111 1 99 4444444444 222222 6 888888 1 1 00000 999999 6 6 111 9 88888 6 99 6 44 333333 1 111 333333 0000000000000000 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 6 0 8888888888 44444 0 0 0 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 00 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 6 33333 7 33333333333 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 1 77777 5 5 111 5 1 000 3333 5 2 22 88 5 1 5 4444 2 5 5 5
lowQualScore : .... ................. . .. . .............. . ....... ........ .. . .. . . . . . ...... . . .. ... ..... .. ........ ..... . . . .. ............................................ .. .. . . . . . .. . .. .... .. . .. . . . .. . . ... . ... ... . .... ...... ....... . .. . ....... . . ..... ......... .... . . . . .. . ............ . . .......... ........ . . . . . .... . ................ . . .................. . ... . . .. .. . . ................. . .... . . . . ........ . . . . . . . . . ...... .. . . . ......... . .. . . ........ .................... ........ . . . . . . . .. . . . ... .. . ... . . .. ................... .. .. .. ... .. ........ . ... . . ............ .. . . ... . . . .......... . . . . . . .. . . . .... . ...... . . ... ............. ................................................................................................................................................. . .. ... . .... ......................................................................... ..... ...... .. . . .. ......... . ..... .... ........................................................ . . ............. . ............................................ . ............................... . .. .......... ...... . ...... . . ..... ...... . . ... . ..... . .. . .. ...... . ... ...... ................ . ..................................................................................... . . . .......... ..... . . . .. . ......... ... . . . ...... .. . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . . ..... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ..... . . ... . . ... .... . . .. .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 8888 88888888888888888 0 22 8 88888888888888 0 5555555 88888888 55 2 22 0 0 2 2 2 888888 8 0 88 000 88888 55 55555555 00000 0 0 0 22 22222222222222222222222222222222222222222222 55 22 2 2 8 2 0 22 0 55 5555 00 2 88 0 0 8 22 2 2 888 0 222 222 2 0000 222222 2222222 5 88 2 0000000 5 8 22222 222222222 0000 2 5 2 8 88 3 777777777777 3 7 3333333333 77777777 7 3 3 3 7 0000 3 3333333333333333 7 3 000000000000000000 7 777 0 0 00 00 0 3 77777777777777777 0 0000 0 0 0 3 55555555 5 0 3 3 7 3 7 3 3 000000 00 0 0 0 000000000 5 00 5 7 77777777 33333333333333333333 00000000 3 7 7 0 0 0 0 33 3 7 3 777 88 0 000 2 0 88 0000000000000000000 55 88 55 555 55 55555555 0 000 2 2 888888888888 00 0 5 000 8 0 0 8888888888 2 8 0 2 0 0 44 0 0 0 2222 8 666666 4 0 000 8888888888888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 22 777 7 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555 888888 33 7 7 77 222222222 2 88888 8888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 0 6666666666666 8 66666666666666666666666666666666666666666666 2 0000000000000000000000000000000 8 22 6666666666 666666 7 777777 0 3 33333 222222 7 7 777 8 88888 7 22 7 55 222222 0 777 000000 0000000000000000 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5 0 8888888888 88888 0 0 2 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 77 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 7 33333 3 77777777777 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 0 55555 5 5 000 0 0 555 5555 5 5 00 55 5 0 5 0000 5 0 0 5
consensus : ATTAT-A--TATAGG----A--TAT--T-A--TAT-AATATA-TTATATAAAATCATT-ATATT-ATAT--AT-TGATGTTAATATATA------A-ATAT-GATATTATGTAA-TATT-ATATTAT------ATAA-TA--ATCG--TATAATTCA-TATTATACCATATCGT-----TATC-----G-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TATC-G-ATCGTTG----ATA-CCATANTG-TCA-AA--A-ATAT-CGTATCA-TACCATATTGTATCATANCA-TATC-GTA-CAATAT---TGGTATCATAACCAA-ATTGTAATAA-TATTGTAT--AATACCATAT-GTAATACATACCG-T-ATCGTA-TCA-TACCATTAT---TCGTATC-AATA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCGTATAAAACCATATCGTATACAT--ATCGTATTAATAT---------TCGTATCATACCATATC--------ATAAAT-ATT--T-GTATCATA-CCATATCGT-ATNAT-AT-TGTAT-ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCATA-NCATNGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT----CATCCAANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCACCTTAGCCATTATCGCTCATA-CCAT-ATCGTATAATATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCACATACTCGTGTNATACGCGTACGCATATATTGTTCACCATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAAGA-CG--T-ACGCATANCC-AATCAATACCCATATATATAATAGTATANCATCTATAT-TACCAATCATA-TACATATCGT-ATAA-T-ATCGT-AT--CAT--CATACTCCAGTACN-CGTATGA-NCAT--ATTG-ATA---TCATTATCGT-T--CATA-ATATC-ATATCATTCA-AT-TT--CACCATATCAAT-ATGNCAT--TAATCGTA-TAA-TATCA-AT--N-ATATCGTATCAAT-ATCA-TATAA-CATCGTA-T-CATACCCA-T--ATCGTAT-AA---TATCG-T--CATACCATATCAAAT-AATAATA-TCGTATCATAAA-------CA---------AT-ATCG--ATATAA--ATCT-ATC---ATAC-CATA-TATCGTAN--CATATA--TAC----ATC--GTATCAT--A----------TAAT--ATATC--A-CATA----CG-AT--TN-T-----AT-CATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATG-TA--ATGTAT-TTA--AC-CATATC--GTA-T-A-TTAT-CCA-TATCG-TA--------TA--------ATCATAACCATAT-AAT-ATATA-ATAT-C-GTAT-CATA-CA------TATCATATGNC--ATAT--N-GTATCATA-C-AT-TC-A----------TACCATA-----C--TTATTCG---AATATA--CGATATCGT-ACCATACCCATACTG---TATCATATCG-----CAT-TAT-CA-GTNTA------TAATA--CGTTCGTATCGATATCA---TATCGCNTAATACTATGTC-TAATAACNATCGTATCTATA-CATATC--GTA--CCA-TATCAT-A-TAT-TCAATATTGCATT---ATATA------AT-ATT-CG---TATCATA-TGC-AC-A--TA-TCGTATAATATAC-AT-ATCATACA---ATA---T-CGTAT--A-----A-AT---CATATCA-TA---CCG-ATC---AT--A-TCAA--TA-C----A-TAT-N---T----ATAATG-TGAAAATCGTATC-A-AT---CATA--A-ATCGTA-TCA-TACCGA-------TATCG-TA-TAA-TATCATATCATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTAT-A--TATAGG----A--TAT--T-A--TAT-AATATA-TTATATAAAATCATTNATAT--ATAT--AT-TGATATTAATATATA------N-ATAT-GATATTATGTAA-TATT-ATATTAT------ATAA-TA--ATCG--TATAATTCA-TATTATACC-TAT--------TATC-----G-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TATN-G-ATCGTTG--TCATA-CCATA----TCA-AA--A-ATAT-CGTATCA-TACCATATTGTATCATAATA-TATC-GTA-CAATAC---TGGTATCATAACCAA-ATCGTAATAA-TATTGTAT--NATACCATAT-GTAATACATACCG-T-ATCGTA-TCA-TACCATTAT---TCGTATC-AATA-----T-TGTATCATATCAAATCAT-NT-ATCATATA--ATATCGTATAAAACCATATCGTATACAT--ATCATATTAATAT---------TCGTATCATACCATATC--------ATAAATCATT--T-GTATCATA-CCATATCGT-ATAAT-AT-TGTAT-ATACCGG-TTATCG-TATCATACGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCACA-CCATAGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT----CATCCNANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCACCTTAGCCATTATCGCTCATA-CCAT-ATCGTATAATATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCACATACTCGTGTNATACGCGTACGCATATATTGTTCACCATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAAGATCGGGTGACGCATACCCTAATCAATACCCATATACATAGTNGNATANCNTTNATATCTGCCAATCACATTACATATCGT-ATAA-T-ATCGT-AT--CAT--CATACTCCAGTACC-CGTATGA-TCAT--ATTG-ATA---TCATTATCGC-T--CATA-ATATC-ATATCATTCA-AT-TT--CACCATATCAAT-ATACCAT--TAATCGTA-TAA-TATCA-AT--N-ATATCGTATCAAT-ATCA-TATAA-CATCGTA-T-CATACCCA-T--ATCGTAT-AA---TATCG-T--CATACCATATCGAAT-AATAATA-TCGTATCATAAA-------CA---------AT-ATCG--ATATAA--ATCT-ATC---ATAC-CATA-TATCGTAN--CATATA--TAC----ATC--GTATCAT--A----------TAAT--ATATC--A-CGTA----CG-AT--TC-T-----AT-CATACC--ATATC-G-TA-TA----ATACG-TA--ACGTAT-TTA--AC-CATATC-GGTA-T-A-TTAT-CCA-TATCA-TA--------TAN-------ATCATAACCATAT-AAT-NTATA-ATAT-C-GTAT-CATA-CA------TATCATATGTC--ATAT--A-GTATCATA-C-GT-TC-A----------TACCATA-----C--TTACTCG---AATATAC-CGATATCGT-ACCATACCCATAC-G---TATCATATCG-----CAT-TAT-CA-GTNTA------TAATATGCGTTCGTATCGATATCA---TATCGCNTAATNCNACGTC-TAATAACNATCGTATCNATA-CATATC--GTA--CCA-TATCAT-A-TAT-TCANCATTGCATT---ATATA------AT-ATT-CG---TATCATA-TGCAAC-A--TA-TCGTATAATATAC-AT-ATCATACA---ATA---T-CGTAT--A-----A-AT---CATATCA-TA---CCG-ATC---AT--A-TCAA--TA-C----A-TAT-G---T----ATAGTG-TGAAAATCGTATC-A-AT---TATA--A-ATCGTA-TCA-TACCGA-------TATCG-TA-TAA-TATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCATAATATATTTA-ACCAA--GGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTAT-A--TATAGG----A--TAT--T-A--TAT-AATATA-TTATATACAATCACTCACATT-ATACTCAT-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT-TTGTGTAA-TATT-ATATTAT------ATCA-TA--ATCG--TATAATTCA-TATTATACC-TAT--------TATC-----G-TAT-TATACCGATAGTCAAAC-A-TATG-G-GTCGCTCACTCATAGCCATAA---TCA-AACCA-ATAT-TGTATCA-TACCATATGTTATCATACCA-TATC-GT--CAATAT---TGGTAGCATAACCAA-ATTGTAATAA-TATTG-AT--CACACCATAT-GTAATACATATTG-T-ATCATA-TCA-AACCATTAT---TCATATCCGATAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTATCATATA--ATATCATATAAAACCATATCGTATACAT--ATCATATTAATAT---------TCGTATCA-ACCACATC--------ATAAATCATT--TCGTATCATAACCATATCGT-CTGAT-AT-TGTAT-ATACCGGGTTATTGGTATCATACATATCAATATA------AT---ATGCG--CATCATA-GCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTAGCCAT-ATTGTTCATA-CCAT-ATCATATAATATCGTATCAACACC-TATC-----ATATAATACCA--TACTCGTGTAATATGCATAC-CATAT---------TATATAATTATCGCGTATCA---TACCCAT-ATCATAAT---CGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---ATACATAGTCGTATAGTAT-AATAT-TGCCA-TCAC--TACATATTGT-ATAA-T-ATTGT-AT--CAT-----ACTCCAGTACT-CGTATCACTCAT--ATT--ATA---CCATTATCGC-T--CATA-ATATCGATATCATACA-AT-CTTCCACTATATCAATCATGCCAT---AATCGTA-TAA-TATCA-AT--C-ATGTCATATCAAT-ATCA-TATAA-CATCATA-T-CATACCCA-A--ATCGTAT-AA---TATTG-T--CATAACATATCAAAT-AATAATA-TTGTATCATAAA-------CA---------ATCATCAT-ATATAA--ATCTTATC---ATAC-CATA-CATCGTAT--CATACA--TA-----ATT--GTATCAT--A----------AAAT--ATATC--ATCATA----CG-GT--TC-TT----AT-CATACC--ATATT-G-TACTA----ATACG-TA--ACGTAT-CTA--AC-CATATCCGGTACT-A-TTAC-CGAGTATCA-TG--------TAA-------ATCATAACTATATTAAT-ATATA-GCAT-C-GTAT-CATA-CA------TATCATATGTCTAATAT--A-GTATCATA-CCAT-TC-A----------TACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATACGCGATATTGTCATCATACCCATACTG---TATCATACCC-----CATATAT-CA-GTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--NNN--NNN-NNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNNATTC--ATATA------ATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA--TCCTCGTATAATACCC-AT-ATCATATA---ATA---T-CATACCAA-----A-AT---CATATCA-TGGATCCA-ATC---AT--A-TCAA--TA-CCCGCA-TATCG---T----ATAGTACTAAAAATCGCATCCA-ATGGCCATT--A-ATCGTA-TCA-TACCAA-------TATTGGTA-TAA-TATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATAC-ATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAATACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATAC-AAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATCA-----TATC-TAT-TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCATGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTATA-CCAT-ATCGTAAAATATTGCATCA-TACCATATC-----TTATAATACC
gi|2 : ttgtaATTAT-AC-TATAGGTATAA--TAT--GGA--TAT-AATAT--TTATATAAATCCAT--ATAT--ATAG--AT-TCATG---ATATATA------A-ATATTGATATTA-GTAT-TAAT-A-ATT-T------ATAA-TA--ATTA--TATCGT--A-TATCATAC--TAT--------TACCATAGTG-TAT-TATACC-ATA-------------------CGTTG----------ATA----TCA-AC--A-ATAT--GTATCA-T-CCATATTGTATCATAATAGTATTTGTAGCAATACATCTGGTATAATA-CCAGTATCGTAATA--TAA-GTGT--GA------AT-GTA---CA-ACCA-T-ATCGTA-T----ACCAT-ATCGATCATATC-A-TA-----T-TGTATCATAT---A-CAT-AT-ATCGTATA--AGAT---ATA----CATGTCGTATA--T--ACCATG--AA-------------CATATCATAC-ATATTGATTCTGTATTAAT-ATTGAT-GCAT--TA-CCATATCGTGATAATTATCTGCAT-ATATGGA-TAATTG--------CGTATCAATAGA------ATTATAT-TG--TATTACA-C-ATTGATCATACCTATTGTTATAATAT-TGTAT----CTACAT-ATGTATCATCC-AGTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTATTCACC-----CATTATCGCT-ATAATCATTATCATATAAT-TCGTAT-A-TACCATATTCTATTGTATAATACCACATA-TCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGAT-ATTGACTATTGAATTATCCATGATCAT--------TAATAA---CG--T-ACACATATTC-AAT--ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCAATCATATTACATATCGT-ATAG-T-ATAGTAATCGCAT--CATAA-CTAAT------TGTGA-TTAT--ATTG-ATA---TC--TA-----C--CATATGTAT--ATATCATTCA-A-------ATCATA--AAT-ATACCAT--TTATTCAATTAA-TTTCATAT--A-ATAT-GTATCATT-ATCAGTATAA-CATCATA-T-CAGACCCATT--AT-GTAT--A---TATCG-T----TGTCATACC--AT-CAT-ATATTCGTATC--AGA-------CC---------AT-ATC-----ATAACTATCT-TTC---ATAC-CATA-T---GTA---CATA-A--TAT----ATC--ATACTATTGA----------TAAT--ATATC----CGTA----AC-AT--TA-------AT-CAAAACAAATATC-GTTA-TATACCATATA-TA--ATATAT-TT----C-CA-A---GATA-T-ACTTGT-TCA-TACCA-TAGGTATTGTTAT-------ATCAT-ACC--AT-AAT-TTATC-ATAC-C-ATAT---TG-TA------TCTCATATGGT--ATAT--ATGTATCATC-CAAT-TCTA----------TATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATAT-CGAC-TTAT-ACCAT-TCCATAT-GAGATATTAT---G-----CA---AC-CA-ATCTA------TAATA--CATTGTTATAGATATAA----ATCGCTT-ATCCGATGTT-TAATA--TATTGTATC-ATACCATATC--GTA--TTATTATCATAA-TATATCACCATTCGATCTTAATATG------GT-ATC-TG---TA----A-TGTCAC-A--TA-TC---TAATAT----C-ATCACGCA---CTA---T--GTAT--A-----A-AT---TATATCA-TA---CCA-G-----AC--A-TC----TA-C----GTTAT-T---TTCAAATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-ATAAAT-ATCGT-AT--CATTACATACTC---TACCACATATGA-GCATCCATCG-ATA---TCA-TATCGTAT--CACA-ATATC--TATAATTAC-ATATT--CA--ATATCGCT-ATAGTATAATAATCGCA-TAA-TACCT-ATTGT-ATATTGTATCCAT-AT-A-TATAA-CATC-TATT-CATA-CCA-T--ATCGT-T--A---TATCGTT--CATACCATATCATATGGGTAATA-CCATATCATTAATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT--ATATAC--AT-T-ATCGTTATAC-TATG-TATCATAA--TATATA--TACAA--ATC--GTATTAC--A----------TCGTAAATATCAAA-CATAT---CGAAT--TG-TATATAAT-CGTACC--ATATCAA-TA-TA----ATA-G-TA----GTATATTA--AT-C-TATT--GTA-T-A-CTAT---A--ATCA-TAC-------CAT-------ATCGTATC--TAC-TAC-ATAT--ACAT-CTGTAT-CATACCA------T-TTATAT-TC--ATAT----CTACCGTATC-GT-TC------------TGCCATA-----T--TT------------------GTATCTT-TCCAT----TTAC-G---TATAATATCG-----TATCTATCCATGCATA------TAATA---GTT-GTATCGATATCA----A--GCC--AT--TACGT--TGAT-ACCATCATATTTATA-T--------TA--CC---ATCAT-ATTAG-TTAATATTGCA-T---ATACC------CT-ATT-TGTAATATCGTA-T-CTAC-A--TA-T--TATAATATACAAT-ATCATACC---ATA---TATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCA-TA---TTG-ATCTAAAT--ACTCAAATTA-C----A-Ttc
gi|4 : ccATTAT-AATTATAAG----AGATATAAT-AGATAT-ACTATAATTATATAAA-TCAT--------ATGT--AT-TGATG-------ATA------T-ATAT---TATT--GTAA-TATT-ATATTATTTTAAGATAA-TA--TTCGAGTATAATCAA-TATTATACCATATCGTT----TATT-----GGTATATATACC-ATA-TCAAAC-AATATCTG-ATCG--G----ATA-CCATAGTA-TTA-TA--ATATATTCGTCTC--TAAC-TATT--ATCTTAATA--ATC-GT--CAATAT---TG-TATCATA--CAA-ATTGATATAAGTATTGTAT--AATACCAT----TCGTATATACCA-TCATTGTA-TC--TACCATT------C-TATA-AATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-ATTATATA---------ATAAAACC-TATC--ATAAATTAATCGTATTAATATATCGAAATATCGTATCATACCATA----------ATAAATAA-A--T-GTATCATA-TAATA-CGT-ATTAT--T-TGTATCATACCA---TAT-G-TATCATCCAT---AATATACATTCCAT---AT-TGTTTACCATATTCATAGAATATCGCATCTACCATATCGTATATATATCAATACATGAT----CATTTAATATGTTTAATACAACA-TATtttaagatcacaa
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatATCGTA-TAG-TA--A-A-----GTATCGCATCAACCATTA-TGTAA-CAT-GTA-TGCATTACCA-TTAATCGTAT-AAGTATATAT-T--AATACCATATCGA-T-A-TAATA-TCATATCATAAA-------TATCAAACC--AT-ATCGG-ATATAA-----T-ACC---ATATGTATAATATCGTAC--CATAT------------------TCAT--A----------TAAT--AT---------------CG-ATA-TCAG-----AC-CATATC--ATATC-G-TA-TA----ATA---TA----GTAT-TCAT-ACGCATATC-CG-A-TCA-TTA--CCA-TATCACTA--------TAACACTTGTATCATA-CCATAT---T-GTATA-ATAT-C-ATATTCATA-CTGTT---TATCAT-TACC--ATAT--T-GTATCATA---------------------ACCATA------------TCG---A-TATA----ATATCGT-AC-ATACCC---------TATCATATCATCAACCAT-TAT-CA-GT--A------TAATATGTGTTCATATCAAAACCA---TATCGTATAATACCATATCATAATAATAATCATACCAAAT-CATATC--ATA--CCA-TATCAT-A------CAATATCGTATA---GTATA------AT-AAT-CG---CATCATA-CG---C-A--TA-TTGTATAATAT-C-GTAATCATACC---ATA---T-CGTAT--G-----A-------ATATCATTA---CCA-------AT--A-TC-A--TACC----A-TAT-C---A----ATAAT------AATCATATC-A-GA---TATA--ATATCATATTCATTACC-A-------TATC--TATTAA-TATCATATCATACCAtgtat
gi|6 : ttTACCA-ATCCAA--AA-AAT-----TATCATAA--------------------T-GTCATAATATAAC-ATCT-ATT---AT-T-CATA-TATTATAATACATATAATTACTGATATC---TATTAT--AATATAGGAATTAAT--ATATT--A-TATAAAATCG-AT--TA-T-----GTACAT-TG--ATATT-A-TA-TA----ATATGATATTATGTAT-AAA--AT-TATATA----A-T-A-TAA----A-TATCG-TA--------TA-----------------ATAT-ATT-ATATGCATAT-C-GTAT-TATA-CC------TA-CATATG----ATATTGG-GTATCAT--C-ATATC-AAACAAATCTGTATCATA-----C--ATATT-G---TATATAA-T-ATATCGT-ATCATAC--ATACTG---T-TCATA--------CAC-TAT-C--GTATA------TAAT-------TGTAT-GATATCAACATATCGTATACCATTATGT----------ATCATATATATA--ATATTTAATAATCCA-TATCAT-A-T-----AATATTGTATC---ATACATATCATAT-ATT-CC---TACCATA-T----C-A--TA-TT---TAATATGT-A--ATCATAGA---ATATATT-TGTAT--A-------------ATACCA-TA---TCGTATC---AT--A-CC-A--TA-A----A-T-T-G---T----ATAAT-------ATTGT-TC-ATAC---CAT-----ATCGTA-T-A-TACCTATTGTATCTATCA-TA-TAACTATCATATCACACTATAgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatatATTACACTTGATCATAATTTACACAATAAAA-------A---ATAA---AATTA----TCATA-ATGTAATAATATAACATCTATAT-TATATATTATAATACATA-CATGATGA-TTATTCT-AT--TAT--GATAT---AGGATA-TATATGA-ATAT--ATTATATAAAATCATTATTAT-TGATATA-ATATG-ATATTAATTATAT-TT-------TAT-AAT-ATGATAT--TA----TG-TAACTATTG-AT--ATATAT-G-ATTAAT-ATCC-TATAATCAT--TA-T-TATACC-A-T--ATCGTATGAA---TATTG-TATCATACCATATCAAAC-AATA----TTGTATCATTTA-------CC---------AT-ATTG-------------T--TC---ATA---ATA-TATCGTAT--CAT-TA--C-C----ATTTTGTATCA---------------ACC--ATATC--A---TA----CA-ATATTG-T-----AT-TATACC--AAATT-G-TA-TA----ATAT-------TGTAT-TCAATAC-CATATC--GTA---A-TCATACCATTATTG-TA------------------GTCATTACCATAT---TCGTATA-ATATGT-GTAT-CATATCAAACCAGTATCGTATAAG--ATAT--C-GTATAATA------TC-G----------TAGCATA-----ctgta
gi|7 : acaggatttttcatttgtccATTATGA--TATAGG----A--TA---T-A--TATGAATATA-TTATATAAAATCATTATTATTGATATA-ATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GATATTATGTAACTATTGATA-TAT------ATGATTAATATCC--TATAA-TCATTATTATACCATATCGTATGAATATT-----G-TAT-CATACC-ATA-TCAAACAA-TATT-GTATCATT------TA-CCATATTGTTCATAA--T-ATAT-CGTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCA-TATC-ATA-CAATAT---T-GTATTAT-ACCAA-ATTGT-ATAA-TATTGTATTCAATACCATATCGTAAT-CATACCATT-ATTGTAGTCATTACCA-TAT---TCGTAT--AATA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-ATCGTATAAGATATCGTATA-----ATATCGTA-GCAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattct-A-TTT-TCATCATTACACT---TTATA------AT-ATTACA---CA--ATACTAAAAA-AACTA-TCGTA--ATGTAC-AT-AATATAAATCTATA---T-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTA-T------G-ATT---ATTTA-TTAA--AG-A----A-TAT-AGGAT----ATAATG-TGAATATGATAT----AT---TATATAA-ATCATA-TTA-TAT-GA-------TATCA-T--TGA-TATTATA-AATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTATTT--CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGTAA------AT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AATTT-GTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGGATTCTCTCATGTCCTGATGTTATAACACTTTATCATACCACACAATACTAAAATTATCATAATGTACAATAATTTTAACTAGTATAATTATAAACATAATTGATTATCTTTAAATATGGATTAATAGTGTTAATATATAGTATATAAATTCATTATTATTATATGCATTGATATTATATAAATAGATGACTATGTAATATAATATTT
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 44444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777 11 222222 2222222222222 2222 66666666666666666666666666 22222 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11 2222 11 111111 22 11 11111111 222222 22222222 1 3333333333333 11111 333333333333 111 11 1 4444444444444444444444 3333333333 33333333333 11 1 111 1 1111 111 333333333333333333 444444444444444444 22 1 33333333333333333 11111 1 33333333 1 1 1 1 1 333333 11 1 1 333333333 1 1 33333333 555555555555555555555 22222222 11 1 222 1 4444444444444444444444444444444 11 11 11 111 11 22222 222 33333333333 11111111 222222222 1 11 1 1 1111 111111 2222222 222222 9999999999999999999999999999999999999999 111 111 33333333333 111 11 5555555555555555555555 11 1111 22222 111 11 111 222 1 66666666666666666666666 111111111 11 1 22222222 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 11 222222222 11 1111 111111111111 11 2222222 22222 111 1 2222222 111 111111 1111 11 333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666 11 4444444444444444 1 1 11 33333 2 11 555555555 111 1 111111 22 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 22222 1 1 222 1 222 2222 1 11 1 1 2222 1 1 1
lowQualScore : 8 77 22222222222222222 0 8 88 6 8 000000000000000000000000000000000000000000000000 11 0 88 8 8 88 0 3 333333 8 8888888888888 2222 8 8 00000000000000000000000000 1 8 8 8 00000 88 1 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11 88 6666 5 0 1 2222 8 88 666666 11 8 66 88 0 6 11 99 0 99999999 0 8 8 333333 00000000 1 3333333333333 44 00000 8 8 000000000000 777 0 999 11 0 2222222222222222222222 2 3 3 2 9999999999 22222222222 11 0 777 2 0 1 4444 111 0 333333333333333333 6 888888888888888888 77 1 1 22 22 1 3 00000000000000000 44444 1 1 1 0 44444444 5 2 3 3 0 7 6 3 7 777777 88 5 1 5 888888888 5 22 5 6 00000000 666666666666666666666 22222222 7 1 11 3 7 333 3 0 0 6666666666666666666666666666666 11 33 66 777 22 77777 3 222 0 0 8 55555555555 55 8 8 1 99999999 1 6 6 444444444 9 1 6 1 6 99 3 44 3 6 9 1111 6 666666 9999999 0 888888 0 0 1 6666666666666666666666666666666666666666 444 222 8 0 8 55555555555 1 444 1 11 0 4444444444444444444444 11 999 8 7777 00000 0 999 8 0 0 11 666 8 222 6 99999999999999999999999 555555555 44 5 8 8 55555555 5 0 66666 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 1 9 44 444444444 3 99 5555 0 888888888888 55 5555555 3 00 55555 8 8 444 0 8888888 444 8 88 0 999999 4444 11 444444444444444 0 8 88888888888888888888888888888888888888888888888 66 0 0 3333333333333333 0 3 3 88 77777 3 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 00 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 1 77777 5 5 111 5 1 000 3333 5 2 22 88 5 1 5 4444 2 5 5 5
lowQualScore : . .. ................. . . .. . . ................................................ .. . .. . . .. . . ...... . ............. .... . . .......................... . . . . ..... .. . ... ................................................. .. .. .... . . . .... . .. ...... .. . .. .. . . .. .. . ........ . . . ...... ........ . ............. .. ..... . . ............ ... . ... .. . ...................... . . . . .......... ........... .. . ... . . . .... ... . .................. . .................. .. . . .. .. . . ................. ..... . . . . ........ . . . . . . . . . ...... .. . . . ......... . .. . . ........ ..................... ........ . . .. . . ... . . . ............................... .. .. .. ... .. ..... . ... . . . ........... .. . . . ........ . . . ......... . . . . . .. . .. . . . .... . ...... ....... . ...... . . . ........................................ ... ... . . . ........... . ... . .. . ...................... .. ... . .... ..... . ... . . . .. ... . ... . ....................... ......... .. . . . ........ . . ..... .. ................................................................................................... . . . . .. ......... . .. .... . ............ .. ....... . .. ..... . . ... . ....... ... . .. . ...... .... .. ............... . . ............................................... .. . . ................ . . . .. ..... . .. . ......... ... . . . ...... .. . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ..... . . ... . . ... .... . . .. .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 0 00 88888888888888888 8 0 88 0 0 222222222222222222222222222222222222222222222222 22 8 88 0 0 88 8 8 000000 0 6666666666666 4444 0 0 44444444444444444444444444 4 0 0 0 00000 88 0 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888 22 88 4444 0 8 0 8888 0 66 222222 22 0 88 88 8 0 00 44 8 22222222 8 0 0 444444 22222222 4 0000000000000 22 88888 0 0 000000000000 000 8 666 00 5 2222222222222222222222 5 2 2 5 8888888888 00000000000 88 0 000 5 0 0 2222 000 2 777777777777777777 7 000000000000000000 33 0 0 00 00 0 3 77777777777777777 77777 0 0 0 3 55555555 5 0 3 3 7 3 7 3 3 000000 00 0 0 0 000000000 5 00 5 7 77777777 000000000000000000000 00000000 3 0 00 3 3 222 2 0 8 5555555555555555555555555555555 00 88 55 555 55 22222 2 000 2 2 0 44444444444 88 0 0 0 55555555 0 7 7 777777777 3 7 7 0 7 22 3 55 3 7 2 2222 7 777777 5555555 8 222222 8 8 4 8888888888888888888888888888888888888888 000 666 0 8 8 88888888888 4 888 0 00 8 4444444444444444444444 00 222 0 0000 00000 8 888 0 8 8 00 888 0 888 0 44444444444444444444444 444444444 00 4 0 0 44444444 6 8 66666 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 0 2 55 222222222 2 22 5555 8 888888888888 88 4444444 0 88 00000 0 0 000 6 4444444 000 0 22 8 222222 6666 22 666666666666666 8 0 22222222222222222222222222222222222222222222222 55 2 7 0000000000000000 7 3 3 77 00000 7 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 77 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 0 55555 5 5 000 0 0 555 5555 5 5 00 55 5 0 5 0000 5 0 0 5
consensus : ATTAT-AA-TATAGG----A--TAT--T-A--TAT-AATATA-TTATATAAAATC-ATT-A-TATT-ATAC--AT-TGATATTA-ATA-TATA------A------ATAT-GATATTAT-GTAA-TATT-A-TATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATA-AT-TCA-TATTAT-ACC--------ATATCG----T-----T-ATCG-TAT-TATACC-A-----TA-TCAAAC-A-TATC-GT---------ATCGT-TNA----TA-CCATANTG-T-CATAA--A-ATAT-CGTATCA-TACCATATTGTATCATANCA---TATC-GTA-CAATAT---TG-GTATCATAACCAA-ATTGTAATAA-TATTGTAT--AATACCATATCGTAATACATACCG-T-ATCGTA-TCA-TACCAT-TAT---TCGTATC-AATA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-A-TCGTATA--ATAT---CGTATAAAACCATATCGTATACAT--ACCGTA-----T-TAATAT---------TCGTATCATACCATATC--------ATAAAT-AT---T--T-GTATCATA-CCATAT--CGT-ATNAT-AT-CGCA-T-ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCATA--CATNGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT----CATCCAANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCACCTTAGCCATTATCGCTCATA-CCAT-ATCGTATAATATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCACATACTCGTGTNATACGCGTACGCATATATTGTTCACCATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAAGAC---GT-ACGCATANCC-AATCAATACCCATATATATAATAGTATANCATNTATAT-TACCAATCAT-A-TACATATCGT-ATAA-TATTGT-AT--CATCATACTCTAGTACACGTATGAN-CAT--ATTG-AT---ATCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATCATTCA-AT-TT--CATCATATCA-AT-ATANCAT--TA--ATCGTA-TAA-TATCA-AT--NATATCGTATCAAT-ATCA-TA--TAA-CATCGTA-T-CATA-CCA-T--ATCGTAT-AA---TATC---G--TCATACCATATCANAT-AATAATATCGTATCATAAA-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATCT-ATC---ATAC-CATA-TATCGTATCATATATAC--A--TCGTATCAT--ATAAT--ATATC--A-CATA-NN-ATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGTAATGTATTTA--AC-CATATC--GTA-T-A-TTATA-CCA-TATC----G-T----ATNA--------TCATANCCAT---AT-AATATATAATATC-GTAT-CATA-C--A---TATCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTC-GTACCATA-----C--TTACTCG---AATATA-CG--ATATCGT-ACCATACCCATACTG---TATCATATCG-----CA---------T-TAC-CA-GTATATAATACGTTCGTATCGATATCATATCGCNTAATACNACGTC-TAATAACNATCGTATCNATA-CATATCGTACCA-TATCAT-A-TAT-TCANCATTGCATT---ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-AT-ATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCA-TA---CCGATC---AT--A-TCAA--TA-C----A-TATCG--T----ATAATG-TGAAAATCGTATC-AAT---TATA--A-ATCGTA-TCA-TACCGATATCG-TA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTAT-A--TATAGG----A--TAT--T-A--TAT-AATATA-TTATATAAAATC-ATT-A-TATT-ATAT--AT-TGATGTTA-ATA-TATA------A------ATAT-GATATTAT-GTAA-TATT-A-TATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATA-AT-TCA-TATTAT-ACC--------ATATCG----T-----T-ATCG-TAT-TATACC-A-----TA-TCAAAC-A-TATC-G----------ATCGT-TGA----TA-CCATANTG-T-CA-AA--A-ATAT-CGTATCA-TACCATATTGTATCATANCA---TATC-GTA-CAATAT---TG-GTATCATAACCAA-ATTGTAATAA-TATTGTAT--AATACCATAT-GTAATACATACCG-T-ATCGTA-TCA-TACCAT-TAT---TCGTATC-AATA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-A-TCGTATA--ATAT---CGTATAAAACCATATCGTATACAT--ATCGTA-----T-TAATAT---------TCGTATCATACCATATC--------ATAAAT-AT---T--T-GTATCATA-CCATAT--CGT-ATNAT-AT-TGTA-T-ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCATA-NCATNGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT----CATCCAANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCACCTTAGCCATTATCGCTCATA-CCAT-ATCGTATAATATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCACATACTCGTGTNATACGCGTACGCATATATTGTTCACCATATGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAAGAC---GT-ACGCATANCC-AATCAATACCCATATATATAATAGTATANCATCTATAT-TACCAATCAT-A-TACATATCGT-ATAA-TATCGT-AT--CATCATACTCCAGTACNCGTATGAN-CAT--ATTG-AT---ATCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATCATTCA-AT-TT--CACCATATCA-AT-ATGNCAT--TA--ATCGTA-TAA-TATCA-AT--NATATCGTATCAAT-ATCA-TA--TAA-CATCGTA-T-CATACCCA-T--ATCGTAT-AA---TATC---G--TCATACCATATCAAAT-AATAATATCGTATCATAAA-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATCT-ATC---ATAC-CATA-TATCGTANCATATATAC--A--TCGTATCAT--ATAAT--ATATC--A-CATA-CG-ATTNT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGTAATGTATTTA--AC-CATATC--GTA-T-A-TTAT--CCA-TATC----G-T----ATAA--------TCATAACCAT---AT-AATATATAATATC-GTAT-CATA-C--A---TATCATATGNC--ATAT-NGTATCATA-C-ATTC-ATACCATA-----C--TTATTCG---AATATA-CG--ATATCGT-ACCATACCCATACTG---TATCATATCG-----CA---------T-TAT-CA-GTNTATAATACGTTCGTATCGATATCATATCGCNTAATACTATGTC-TAATAACNATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCAT-A-TAT-TCAATATTGCATT---ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TGCA--CA---TA-TCGTATAATATAC-AT-ATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCA-TA---CCGATC---AT--A-TCAA--TA-C----A-TATN---T----ATAATG-TGAAAATCGTATC-AAT---CATA--A-ATCGTA-TCA-TACCGATATCG-TA-TAATATCATATCATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCANNACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTAT-A--TATAGG----A--TAT--T-A--TAT-AATATA-TTATATACAATC-ACTCA-CATT-ATACTCAT-TGATATTA-ATA-CATA------GG-----ATAT-GAT-TTGT-GTAA-TATT-A-TATTAT------ATCA-TA--AT-----CG--TATA-AT-TCA-TATTAT-ACC---------TAT------------T-ATCG-TAT-TATACCGA-----TAGTCAAAC-A-TATG-G----------GTCGC-TCACTCATAGCCATAAT----CA-AACCA-ATAT-TGTATCA-TACCATATGTTATCATACCA---TATC-GT--CAATAT---TG-GTAGCATAACCAA-ATTGTAATAA-TATTG-AT--CACACCATAT-GTAATACATATTG-T-ATCATA-TCA-AACCAT-TAT---TCATATCCGATAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTA-TCATATA--ATAT---CATATAAAACCATATCGTATACAT--ATCATA-----T-TAATAT---------TCGTATCA-ACCACATC--------ATAAATCAT---T--TCGTATCATAACCATAT--CGT-CTGAT-AT-TGTA-T-ATACCGGGTTATTGGTATCATACATATCAATATA------AT---ATGCG--CATCATA-GCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTAGCCAT-ATTGTTCATA-CCAT-ATCATATAATATCGTATCAACACC-TATC-----ATATAATACCA--TACTCGTGTAATATGCATAC-CATAT---------TATATAATTATCGCGTATCA---TACCCAT-ATCATAAT---CGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---ATACATAGTCGTATAGTATA-ATAT-TGCCA-TCAC---TACATATTGT-ATAA-TATTGT-AT--CAT---ACTCCAGTACTCGTATCACTCAT--ATT--AT---ACCATTATCGC-T--CATAATATCGATATCATACA-AT-CTTCCACTATATCA-ATCATGCCAT---A--ATCGTA-TAA-TATCA-AT--CATGTCATATCAAT-ATCA-TA--TAA-CATCATA-T-CATACCCA-A--ATCGTAT-AA---TATT---G--TCATAACATATCAAAT-AATAATATTGTATCATAAA-------CA---------ATCATCATATATAA--ATCTTATC---ATAC-CATA-CATCGTATCATACATA---A--TTGTATCAT--AAAAT--ATATC--ATCATA-CG-GTTCTT----ATCATACC--ATATT-G-TACTA----ATACGTAACGTATCTA--AC-CATATCCGGTACT-A-TTAC--CGAGTATC----A-T----GTAAA-------TCATAACTAT---ATTAATATATAGCATC-GTAT-CATA-C--A---TATCATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATA-CGCGATATTGTCATCATACCCATACTG---TATCATACCC-----CATATATCAGTT-TAC-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNNATTC--ATATAATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCC-AT-ATCATATA---ATAT-CATACCAA-----A-AT---CATATCA-TGGATCCAATC---AT--A-TCAA--TA-CCCGCA-TATCG--T----ATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATT--A-ATCGTA-TCA-TACCAATATTGGTA-TAATATCATA-CATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATAC-ATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAATACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATAC-AAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATCA-----TATC-TAT-TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCATGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTATA-CCAT-ATCGTAAAATATTGCATCA-TACCATATC-----TTATAATACC
gi|2 : ttgtaATTAT-AC-TATAGGTATAA--TAT--GGA--TAT-AATAT--TTATATAAATCC-AT--A-TAT--ATAG--AT-TCATG----ATA-TATA------A------ATATTGATATTA--GTAT-TAAT-A--ATT-T------ATAA-TA--ATTATATCG--TATA----TCA-TACTATTACC--------ATA--G----T----------G-TAT-TATACC-A-----TA----------------------------CGT-TGA----TA----------T-CA-AC--A-ATAT--GTATCA-T-CCATATTGTATCATAATAG--TATTTGTAGCAATACATCTG-GTATAATA-CCAGTATCGTAATA--TAA-GTGT--GA------AT-GTA---CA-ACCA-T-ATCGTA-T----ACCAT--ATCGATCATATC-A-TA-----T-TGTATCATAT---AC-AT-AT-A-TCGTATA--AGAT------ATA----CATGTCGTATA--T--ACC--A-----T-GAA-------------CATATCATAC-ATATTGATTCTGTATTAAT-AT---TGAT-GCAT--TA-CCATAT--CGTGATAATTATCTGCA-T-ATATGGA-TAATTG--------CGTATCAATAGA------ATTATAT-TG--TATTACA--CATTGATCATACCTATTGTTATAATAT-TGTAT----CTACAT-ATGTATCATCCA-GTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTATTCACC-----CATTATCGCT-ATAATCATTATCATATAAT-TCGTAT-A-TACCATATTCTATTGTATAATACCACATA-TCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGA-TATTGACTATTGAATTATCCATGATCAT--------TAATA--AC---GT-ACACATATTC-AAT--ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCAATCAT-ATTACATATCGT-ATAG-TATAGTAATCGCATCATAA-CTAAT-----TGTGAT-TAT--ATTG-AT---ATC--TACCAT-----AT-GTAT--ATATCATTCA-A-------ATCATA--A-AT-ATACCAT--TT--ATTCAATTAA-TTTCATAT--AATAT-GTATCATT-ATCAGTA--TAA-CATCATA-T-CAGACCCATT--AT-GTAT--A---TATCGTTG--TCATACC--ATCATAT--AT----TCGTATC--AGA-------CC---------AT-ATC----ATAACTATCT-TTC---ATAC-CATA-T---GTA-CATA-ATAT--A--TCATACTATTGATAAT--ATATC----CGTA-AC-ATTA------ATCAAAACAAATATC-GTTA-TATACCATATATAATATATTT----C-CAAG----ATA-T-ACTTGT--TCA-TACCATAGG-T----ATTG--------TTAT-ATCATACCAT-AATTTATCATACC-ATAT---TG-T--A---TCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATATCG--AC-TTAT-ACCAT-TCCATA-TGAGATATTAT---G-----CA------------AC-CA-ATCTATAATACATTGTTATAGATATAA-ATCGCTT-ATCCGATGTT-TAATA--TATTGTATC-ATACCATATCGTATTATTATCATAA-TATATCACCATTCGATCTTAATATGGT-ATC-TG---TA--ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT----C-ATCACGCA---CTAT--GTAT--A-----A-AT---TATATCA-TA---CCAG-----AC--A-TC----TA-C----GTTATT---TTCAAATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctT-A-TAAATATCGT-ATCA-T----T-A------CATACTCTA--CCACATATGAG-CATCCATCG-AT---ATCA-TATCGTAT--CACAATATC--TATAATTAC-ATATT--CA--ATATCG-CT-ATAGTATAATA--ATCGCA-TAA-TACCT-ATTGTATATTGTATCCAT-AT-A-TA--TAA-CATC-TATT-CATA-CCA-T--ATCGT-T--A---TATC---GT-TCATACCATATCATATGGGTAATACCATATCATTAATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT-T-ATCGTTATAC-TATG-TATCATAATATATATACAAA--TCGTATTAC--ATCGTAAATATCAAA-CATATCGAATTGTATATAATCGTACC--ATATCAA-TA-TA----ATA-GTAGTATA-TTA--AT-C-TATT--GTA-T-A-CTATAATCA-TACC----A-T-------A--------TCGTATC--T---AC-TACATAT-ACATCTGTAT-CATACC--A---T-TTATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTC--TGCCATA-----T--TT-------------------GTATCTT-TCCAT----TTAC-G---TATAATATCG-----TA---------TCTATCCATGCATATAATA-GTT-GTATCGATATCA-A--GCC----ATTACGT--TGAT-ACCATCATATTTATA-T------TACC---ATCAT-ATTAG-TTAATATTGCA-T---ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACAAT-ATCATACC---ATATATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCA-TA---TTGATCTAAAT--ACTCAAATTA-C----A-T-TT---T----Atc
gi|4 : cccatatg-AT-TT--CATC-CATCACAT-TTATCAT--TATCA-CATA-TAA-AA--A-AT--GGTATCATATTAGT-A-CA-TAAATAAACATCGTAAT-TATA-----T--AT--TAT-AA---TA---------CATACagatcacaa
gi|4 : acggATTAT-AATTATAAG----AGATATAAT-AGATAT-ACTATAATTATATAAA-TC-AT---------ATGT--AT-TGATG-------------------------ATAT--ATATTATTGTAA-TATT-A-TATTATTTTAAGATAA-TA--TT-----CGAGTATA-AT-CAA-TATTAT-ACC--------ATATCG----T-----TTATTGGTATATATACC-A-----TA-TCAAAC-AATATCTG----------ATCG---GA----TA-CCATAGTA-T-TA-TA--ATATATTCGTCTC--TAAC-TATT--ATCTTAATA----ATC-GT--CAATAT---TG--TATCATA--CAA-ATTGATATAAGTATTGTAT--AATACCAT----TCGTATATACCA-TCATTGTA-TC--TACCAT-T------C-TATA-AATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-A-TTATATA------------ATAAAACC-TATC--ATAAATTAATCGTA-----T-TAATATATCGAAATATCGTATCATACCATA----------ATAAAT-AA---A--T-GTATCATA-TAATA---CGT-ATTAT--T-TGTA-TCATACCA---TA-TG-TATCAT-C-CAT-AATATACATTCCAT---AT-TGTTTACCATATTCATAGAATATCGCATCTACCATATCGTATATATATCAATACATGAT----CATTTAATATGTTTAATACAACA-TATatttaatgattcatattataattataagagatataatagatatactataattatataaatcatatgtattgatgatatatattattgtaatattatattattttaagataatattcgagtataatcaatattataccatatcgtttattggtatatataccatatcaaacaatatctgatcggataccatagtattataatatattcgtctctaactattatcttaataatcgtcaatattgtatcatacaaattgatataagtattgtataataccattcgtatataccatcattgtatctaccattctataaatattgtatcatatcaaatcatattattatataataaaacctatcataaattaatcgtattaatatatcgaaatatcgtatcataccataataaataaatgtatcatataatacgtattatttgtatcataccatatgtatcatccataatatacattccatattgtttaccatattcatagaatatcgcatctaccatatcgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcat--ATCGTA-TAG-TA--A-A----GTATCGCATCAACCATTA-TG--TAA-CAT-GTA-TGCATTACCA-TTAATCGTAT-AAGTATATA---T--TAATACCATATCGA-T-A-TAATATCATATCATAAA-------TATCAAACC--AT-ATCGGATATAA-----T-ACC---ATATGTATAATATCGTACCATAT--------------TCAT--ATAAT--AT--C--G--ATA-----TCAG-----ACCATATC--ATATC-G-TA-TA----ATATA----GTATTCAT-ACGCATATC--CGA-TCA-TTA---CCA-TATC----ACT----ATAACACTTGTATCATA-CCAT---AT---TGTATAATATC-ATATTCATA-C--TGTTTATCAT-TACC--ATAT-TGTATCATA----------ACCATA------------TCG---A-TATA-----ATATCGT-AC-ATACCC---------TATCATATCATCAACCA---------T-TAT-CA-GTATAATATGTGTTCATATCAAAACCATATCGTATAATACCATATCATAATAATAATCATACCAAAT-CATATCATACCA-TATCAT-A------CAATATCGTATA---GTATAAT-AAT-CG---CATCATA---CG--CA---TA-TTGTATAATAT-C-GTAATCATACC---ATAT-CGTAT--G-----A-------ATATCATTA---CCA------AT--A-TC-A--TACC----A-TATC---A----ATAAT------AATCATATC-AGA---TATA--ATATCATATTCATTACC-ATATC--TATTAATATCATATCATACCAtgtat
gi|6 : ttATTAT-AA-TATAGG----A---------A--T-T-AATATA-TTATATAAAATCGATT-A-TGT----AC--AT-TGATATTATATAATATG------ATATTATGTAT-AAAATTAT-ATAA-TATA-AATATCGT------ATAA-TAT-AT-----TA--TATGCATATCG-TATTAT-ACCTACATATGATATTGGGTAT-----C-ATCA-TAT-CAAACA-AATCTGTA-TCATAC-A-TATT-GTATATAATATATCGTATCA----TA-C-ATACTG-TTCATAC--A-CTAT-CGTAT-A-TA----ATTGTATGATATCAACATATC-GTA-TACCAT---TATGTATCATA--------TATA-TAA-TATTTAAT--AAT-CCATATCATA-TA-ATATTG-T-ATCATA--CA-TATCATATAT---TCCTACC-A------------TATCATATTTAAT-AT-GT-AATCATAGA--ATATATTTGTATAATACCATATCGTAT-CAT--ACCATAAATTGTATAATAT---------T-GT-TCATACCATATC--------GTATAT-ACCTAT--T-GTATC-TA-TCATATAAC-T-ATCAT-AT-CACACT-ATACTGgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatctATTACACTTGATCATAATTTACACAATAAAA-------A---ATAA---AATTA----TCATA-ATGTAATAATATAACATCTATAT-TATATATTATAA-TACATA-CATGATGATTATTCT-AT--TATGATA---TAGGATATATATGAA-TAT--ATTATATAAAATCATTATTAT-TGATATAATATG-ATATTAATTATAT-TT-------TAT-A-AT-ATGATAT--TA------TG-TAACTATTG-ATA-TATAT-G-ATTAAT-ATCC-TA--TAATCAT--TA-T-TATA-CCA-T--ATCGTATGAA---TATT---GTATCATACCATATCA----AACAATATTGTATCATTTA-------CC---------AT-ATTG--T------------TC---ATA---ATA-TATCGTATCAT-TAC-C--ATTTTGTATCA-----ACC--ATATC--A-TACA-AT-ATTGT-----ATTATACC--AAATT-G-TA-TA----ATAT----TGTATTCAATAC-CATATC--GTA---A-TCATA-CCATTATT----G-TAGTCATTA--------CCATATTCGT---AT-AATATGT-GTATC-ATAT-CAAA-CCAG---TATCGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----ta
gi|7 : acaggatttttcatttgtccATTATGA--TATAGG----A--TA---T-A--TATGAATATA-TTATATAAAATC-ATT-ATTATTGATATA-ATATGATATTA-AT--TATATTTTATA------ATAT-GATATTAT-GTAACTATTGA-TA-TAT------ATGATTAATAT-----CC--TATA-A--TCATTATTAT-ACC--------ATATCG----TATGAAT-ATTG-TAT-CATACC-A-----TA-TCAAACAA-TATT-GT---------ATCAT-T------TA-CCATATTGTT-CATAA--T-ATAT-CGTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCA---TATC-ATA-CAATAT---T--GTATTAT-ACCAA-ATTGT-ATAA-TATTGTATTCAATACCATATCGTAAT-CATACCATT-ATTGTAGTCATTACCA--TAT---TCGTAT--AATA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-A-TCGTATAAGATAT---CGTATA-----ATATCGTA-GCAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattct-A-TTT-TCATCATTACACT---TTATAAT-ATTACA---CA--ATACTAAA--AAAACTA-TCGTA--ATGTAC-AT-AATATAAATCTATAT-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTA-T------GATT---ATTTA-TTAA--AG-A----A-TATAGGAT----ATAATG-TGAATATGATAT---AT---TATATAA-ATCATA-TTA-TAT-GATATCA-T--TGATATTATA-AATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTATTT--CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGGATTCTCTCATGTCCTGATGTTATAACACTTTATCATACCACACAATACTAAAATTATCATAATGTACAATAATTTTAACTAGTATAATTATAAACATAATTGATTATCTTTAAATATGGATTAATAGTGTTAATATATAGTATATAAATTCATTATTATTATATGCATTGATATTATATAAATAGATGACTATGTAATATAATATTT
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222 1111 111 2222222 11 33333 11 22222222 222222 1 222222222 11 11 1 1 44444444444 1 1 1 11 555555555555555555555555555555555555555555 11 11 11 1 22 111 11 1 22222 111 11 3333 1111 1 11 55555555555555555555555 11111 333333333 2222 11 1 555555555555 5555555555 22222222 1 1 22222 1 333333333333333333 444444444444444444 33 1 33333333333333333 11111 1 33333333 111 333333333333 33333333 44444444444444444 22 5555555555 11 1111 1 77777777777777777777777777777 33333333333333333333 1 333 222222222 1111 111 44444444444444 11 11 111 11 2222 1111 1111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222 1111111111 111 1 11 11 22222222 111111 88888888888888888888888888888888888888888888 111 444444444444444 22222222222 2222222222222222222222 111 1111 22222 222 111 33333333333 11 222222222 222222222222 1 1 1111 22222 111 3333 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 1 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 22222 1 2222222222222222222222222222222 111 111 11 3333333333 111 666666666666666666666666666666666666666666666 1 88888888 1 222 11 4444444444 111 1 111111 1 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 1 333 22 1 2 2 2 2222 222 111 222222 6666666666666 2222222 11 2 1 333333 1111 2222222 1 22 11 22 666666666666 222 66666666 2 22 2 33333333 22 11
lowQualScore : 0 5 8 0 4444444444 7777 8 0 111 8 1 1 3333333 11 88888 8 0 0 0 22 99999999 88 88 88 8 8 0 0 3 888888 0 0 777777777 33 22 0 0 3 33333333333 4 0 0 0 33 111111111111111111111111111111111111111111 66 33 3 3 8 3 1 33 0 55 777 55 0 88 0 9 22222 777 3 33 7 3 2 4444 3333 3 0 33 88888888888888888888888 2 2 55555 222222222 4444 3 2 3 8 33 0 2 888888888888 7 6 9999999999 66666666 6 3 7 3 1 55555 0 3 333333333333333333 6 888888888888888888 11 1 1 22 22 1 3 00000000000000000 44444 1 1 1 0 44444444 7 555 8 8 0 8 0 3 3 444444444444 0 44444444 00000000000000000 2 2 1 88 11 6666666666 3 66 6 11 6666 66 3 44444444444444444444444444444 6 33333333333333333333 3 0 1 999 333 333333333 88 6 3333 99 6 99 111 6 00000000000000 1 44 99 44 111 44 6666 3333 4444444 66666 99 222222222222222222222222222222222222222222222222 1 88888888 5 5 7777777777 666 5 5 5 77 1 7 5 5 00 555 4 77 33333333 7777 333333 11 1 1 5 33333333333333333333333333333333333333333333 111 7 3 222222222222222 6 44444444444 8888888888888888888888 99 000 6 4444 11111 555 111 33333333333 6 88 55 4 000000000 222222222222 8 3 5 0 2 7777 9 11111 222 6666 00 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 0 00 2 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666 1 3 99999 11 0 4444444444444444444444444444444 3 555 0 777 66 0000000000 777 3 000000000000000000000000000000000000000000000 3 4 2 22222222 4 5 666 2 2 88 0 1111111111 999 1 3 7 111111 7 3 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 5 555 2 2 77 5 3 0 2 0 0 2 8888 000 44 1 999 7 444444 6 1 7 1111111111111 7 1111111 6 11 3 3 1 666666 7777 77 6 6 2222222 2 5 77 4 77 33 000000000000 111 88888888 3 0 77 0 33333333 77 88 3
lowQualScore : . . . . .......... .... . . ... . . . ....... .. ..... . . . . .. ........ .. .. .. . . . . . ...... . . ......... .. .. . . . ........... . . . . .. .......................................... .. .. . . . . . .. . .. ... .. . .. . . ..... ... . .. . . . .... .... . . .. ....................... . . ..... ......... .... . . . . .. . . ............ . . .......... ........ . . . . . ..... . . .................. . .................. .. . . .. .. . . ................. ..... . . . . ........ . ... . . . . . . . ............ . ........ ................. . . . .. .. .......... . .. . .. .... .. . ............................. . .................... . . . ... ... ......... .. . .... .. . .. ... . .............. . .. .. .. ... .. .... .... ....... ..... .. ................................................ . ........ . . .......... ... . . . .. . . . . .. ... . .. ........ .... ...... .. . . . ............................................ ... . . ............... . ........... ...................... .. ... . .... ..... ... ... ........... . .. .. . ......... ............ . . . . . .... . ..... ... .... .. . ................................................................................ .... . .. . . ...................................................... ....... . . ..... .. . ............................... . ... . ... .. .......... ... . ............................................. . . . ........ . . ... . . .. . .......... ... . . . ...... . . . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ... . . .. . . . . . . . .... ... .. . ... . ...... . . . ............. . ....... . .. . . . ...... .... .. . . ....... . . .. . .. .. ............ ... ........ . . .. . ........ .. .. .
lowQualScore : 8 6 0 8 2222222222 0000 0 8 888 0 0 4 0000000 88 22222 0 8 8 8 44 88888888 88 88 88 0 0 8 8 2 888888 8 0 222222222 88 55 0 0 2 55555555555 2 0 0 0 22 555555555555555555555555555555555555555555 55 22 2 2 8 2 0 22 0 55 555 00 2 88 0 8 22222 555 2 88 0 2 5 0000 0000 2 0 22 55555555555555555555555 5 5 22222 222222222 0000 2 5 2 8 88 7 0 777777777777 3 7 3333333333 33333333 7 3 3 3 0 77777 7 3 777777777777777777 7 000000000000000000 77 0 0 00 00 0 3 77777777777777777 77777 0 0 0 3 55555555 3 888 0 0 8 0 8 2 2 888888888888 8 22222222 55555555555555555 5 0 0 55 55 8888888888 2 55 5 88 4444 44 2 66666666666666666666666666666 4 22222222222222222222 8 4 0 888 000 888888888 33 7 5555 22 7 22 777 7 88888888888888 0 33 22 33 777 00 0000 3333 3333333 77777 22 111111111111111111111111111111111111111111111111 0 77777777 7 7 0000000000 777 7 7 7 99 4 6 7 7 00 999 3 77 99999999 6666 999999 66 4 7 7 66666666666666666666666666666666666666666666 777 3 5 333333333333333 7 22222222222 5555555555555555555555 22 222 7 2222 55555 777 777 88888888888 7 33 88 2 444444444 444444444444 0 8 4 0 5 8888 2 55555 888 8888 55 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000 3 77 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555 0 0 22222 55 0 0000000000000000000000000000000 2 555 2 555 55 8888888888 555 2 444444444444444444444444444444444444444444444 3 0 5 55555555 0 0 555 5 5 00 7 0000000000 777 0 3 3 000000 3 3 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 5 000 5 5 55 0 0 0 5 0 0 5 5555 555 33 0 777 3 333333 7 0 3 7777777777777 3 7777777 7 33 7 3 0 333333 7777 33 7 7 0000000 5 0 55 0 55 00 555555555555 000 55555555 0 0 55 0 00000000 55 00 0
consensus : ATTATAAT-ATAGG----ATATN-ATA----T-AATATAT--TATA-TAAAATCAT-T-A-T-ATT-ATA--C--AT-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-GTAA-TATT-ATATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-ACCATATCGT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TAT----CGNATCGTTGATA-CCATANTG-TCATAA--NATAT-CGTATCA-TACCATATTGTATCATANCA-TATC-GTA-CAATAT---TGGTATCATAACCAA-ATTGTAATA---A-TAT---TGTAT--AATACCATATCGTAAT-CATACCG-T-ATCGTA-TCA-TACCATTATTCGTAT--AATA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCGTATAAAACCATATCGTATACAT--ATCGTATTAATAT---------TCGTATCATACCATATC--------ATAAAT-ATT--T-GTATCATA-CCATATCGT-ATNAT-ATC-GTAT-ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCATA--CATNGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT----CATCCAANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCACCTTAGCCATTATCGCTNATA-CCAT-ATCG-TATAATATCGTATCA-TA---------CCATATC-----G--TATAATAC-------CAC--ATA-CTCGTATAATATGCGTAC-CATATATTGT-CANCATATGATTATCGNNTATCGA-ATTACCCATGATCATAAT---CGTA----ATAA-A--C---GT-ACGCATANCC-AATCA-ATACCCATATATATAATCGTATAACATNT-ATATC--TACCATATCAT-A-TACATATCGT-AT-AA-TATTG--T-AT--CAT--CAT-ACTCTANTACAC--GTATGAN-CAT--ATTG-AT---ATCAT-TATCGT-T--CATA-A--TA----TC-ATA-----TC--ATN--CA-AT-T-T--CA-------------TCATATCA-A-------T-ATACCAT--TA--ATCGTA-TAA-TATCA-AT-N--ATATC--GTA-TCAATA-TCA-TA--TAA-CATCGTA-T-CATA-CC-A-TATCGTAT-AATATC---G--TCATACCATATCATAT-AATAATATCGT-ATCATAN--A-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--A--TCGTACC-AT--ATAAT---ATATC--A-CATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGTA-CGTATTTA--ACC---ATAT---C--GT-A-TATC-AT-ACCA--TATCGT----ATTA-TCAT---ATCCAT---AT-AATATATAGCATC-GTATCATA-C--ATATCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTC-GTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-CCCATACTG---TATNATACCGCAT---------TA-CCA-GCNTATAATACGTTGNTATNGATATNA-ATCGCCT-ATNCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCAT-A-TAT-TCANCATTNCATTC--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TATCG--T---ATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCAT-ATCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATAAAGTNTCNCATCAACCATCACTNTAACATGTNTGCGTTACCATTANTCAAGTACAGGTAGGTCGTATNAATACCATATCGAT-TAATATCATAT-ATAC-AAAATCATNTCATATCGGGTATA---------GTGTAATATCG-GTCA-TACCGATATTCGTATA-ATATCG-TATCATACCATATCGT----TATAAT-CAATATTCATACACACCATATCGTGAAT-AATATCATTANCATAGTCACTATNACCGACTCGTATNATACCATATTNTATAATATCATATAAGTCATACTGTTTATCATTACNATATCGTATCATAGCCATATCGATACAGGCCACCCATATCGTACATACGNCTATNATATCATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTATAAT-ATAGG----ATATT-ATA----T-AATATAT--TATA-TAAAATCAT-T-A-T-ATT-ATA--C--AT-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-GTAA-TATT-ATATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-ACCATATCGT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TAT----CGTATCGTTNATA-CCATANTG-TCATAA--AATAT-CGTATCA-TACCATATTGTATCATANCA-TATC-GTA-CAATAT---TGGTATCATAACCAA-ATTGTAATA---A-TAT---TGTAT--AATACCATATCGTAATACATACCG-T-ATCGTA-TCA-TACCATTATTCGTATC-AATA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCGTATAAAACCATATCGTATACAT--ACCGTATTAATAT---------TCGTATCATACCATATC--------ATAAAT-ATT--T-GTATCATA-CCATATCGT-ATNAT-ATC-GCAT-ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCATA--CATNGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTACAT-AT----CATCCAANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTATTCACCTTAGCCATTATCGCTCATA-CCAT-ATCG-TATAATATCGTATCA-TA---------CCATATC-----G--TATAATAC-------CAC--ATA-CTCGTGTNATACGCGTACGCATATATTGTTCACCATATGATTATCGNNTATCGA-ATTACCCATGATCATAAT---CGTA----ATAAGA--C---GT-ACGCATANCC-AATCA-ATACCCATATATATAATAGTATANCATNT-ATAT---TACCA-ATCAT-A-TACATATCGT-AT-AA-TATTG--T-AT--CAT--CAT-ACTCTAGTACAC--GTATGAN-CAT--ATTG-AT---ATCAT-TATCGT-T--CATA-A--TA----TC-ATA-----TC--ATT--CA-AT-T-T--CA-------------TCATATCA-A-------T-ATANCAT--TA--ATCGTA-TAA-TATCA-AT-N--ATATC--GTA-TCAATA-TCA-TA--TAA-CATCGTA-T-CATA-CC-A-TATCGTAT-AATATC---G--TCATACCATATCANAT-AATAATATCGT-ATCATAA--A-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--A--TCGTATC-AT--ATAAT---ATATC--A-CATA--NNATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGTAATGTATTTA--ACC---ATAT---C--GT-A-TATT-AT-ACCA--TATCGT----ATNA-TCAT---ANCCAT---AT-AATATATAATATC-GTATCATA-C--ATATCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTC-GTACCATA-----C--TTACTCG---AATATA-CG--ATATCGT-ACCATACCCATACTG---TATCATATCGCAT---------TA-CCA-GTATATAATACGTTCGTATCGATATCATATCGCNTAATACNACGTCTAATAACNATCGTATCNATA-CATATCGTACCA-TATCAT-A-TAT-TCANCATTGCATT---ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TATCG--T---ATAATG-TGAAAATCGTATC-AAT---TATAAATCGTATCATACCGATATCG-TATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCGTATCAT-ATCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATA---TCTCCCAT--ATCATCACTTTAAC-TATCTGCGT-ATCAT-ACTCAAG-ACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAAT-TAATATCATAT-ATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATA---------GTGTAATATCGCGTCANNACCGATATTTGTATATATATCG-TATCATACNATATCGT----TATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCA--ATTACCGATTCGTA-AATA----ATTC----ATATCATATAAGTCATA------A-CATTACAA-ATCATA--ATAGTCATATC-ATACAGGCCACCCATATCGT--ATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTATA-T-ATAGG----ATATT-ATA----T-AATATAT--TATA-TACAATCAC-TCA-C-ATT-ATA--CTCAT-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT--TTGT-GTAA-TATT-ATATTAT------ATCA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-ACC-TAT--------T-ATCG-TAT-TATACCGATAGTCAAAC-A-TATGGGTCGC-TCACTCATAGCCATAAT---CA-AACCAATAT-TGTATCA-TACCATATGTTATCATACCA-TATC-GT--CAATAT---TGGTAGCATAACCAA-ATTGTAATA---A-TAT---TG-AT--CACACCATAT-GTAATACATATTG-T-ATCATA-TCA-AACCATTATTCATATCCGATAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTATCATATA--ATATCATATAAAACCATATCGTATACAT--ATCATATTAATAT---------TCGTATCA-ACCACATC--------ATAAATCATT--TCGTATCATAACCATATCGT-CTGAT-ATT-GTAT-ATACCGGGTTATTGGTATCATACATATCAATATA------AT---ATGCG--CATCATAG-CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CTTAGCCAT-ATTGTTCATA-CCAT-ATCA-TATAATATCGTATCAACA---------CC-TATC-----A--TATAATAC-------CA----TA-CTCGTGTAATATGCATAC-CATAT---------TATATAATTATCGCGTATCA----TACCCAT-ATCATAAT---CGTA----ATAAGA--TCGGGTGATGCATACCTTAATCA-ATATC---ATACATAGTCGTATAGTATA--ATAT---TGCCA--TCAC---TACATATTGT-AT-AA-TATTG--T-AT--CAT------ACTCCAGTACTC--GTATCACTCAT--ATT--AT---ACCAT-TATCGC-T--CATA-A--TA----TCGATA-----TC--ATA--CA-AT-C-TTCCA-------------CTATATCA-A-------TCATGCCAT---A--ATCGTA-TAA-TATCA-AT-C--ATGTC--ATA-TCAATA-TCA-TA--TAA-CATCATA-T-CATA-CCCA-AATCGTAT-AATATT---G--TCATAACATATCAAAT-AATAATATTGT-ATCATAA--A-------CA---------ATCATCATATATAA--ATC-TTATC---ATACCATACATCGTATCATACATA---A--TTGTATC-AT--AAAAT---ATATC--ATCATA--CGGTTCTT----ATCATACC--ATATT-G-TACTA----ATACGTAACGTATCTA--ACC---ATAT---CCGGT-ACTATT-A---CCGAGTATCAT----GTAAATCAT---AACTAT---ATTAATATATAGCATC-GTATCATA-C--ATATCATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATA-CGCGATATTGTCATCATACCCATACTG---TATCATACCCCATATATCAGTTTA-CNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNNATTC--ATATAATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCC-ATATCATATA---ATAT-CATACCAA-----A-AT---CATATCATGGATCCAATC---AT--A-TCAA--TACCCGCA-TATCG--T---ATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATTAATCGTATCATACCAATATTGGTATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCATACCAT-ATCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATA-CATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATA---TCTCCCAT--ATCATCACTTTAAC-TATCTGCGT-ATCAT-ACTCAAG-ACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAAT-TAATATCATAT-ATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATA---------GTGTAATATCGCATCAATACCGATATTTGTATA-ATATCG-TATCATACGATATCG-----TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCA--ATTACCGATTCGTA-AATA----ATTC----ATATCATATAAGTCATA------A-CATTACAA-ATCATA--ATAGTCATATC-ATACAGGCCACCCATATCGT--ATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCAT-AAC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATA-CAAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATCA------TATC-TAT--TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT-------------TA-TATCGAGTCATGACCGATAT--GTATATATATCG-TATCATACCATATCAT----TATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTATA-CCAT-ATCG-TAAAATATTGCATCA-TA---------CCATATC-----T--TATAATAC-------C
gi|2 : ttgtaATTATACT-ATAGGTATAATATGGATA----T-AATAT-T--TATA-TAAATCCAT---A-T-AT--ATA--G--AT-TCATG---ATATATA------A-ATATTGAT-ATTA--GTAT-TAAT-A-ATT-T------ATAA-TA--ATTATATCG--TATA--TCA-TACTATTACCATA--GT----------G-TAT-TATACC-ATA----------------------CGTTGATA-TCA----------AC--AATAT--GTATCA-T-CCATATTGTATCATAATAGTATTTGTAGCAATACATCTGGTATAATA-CCAGTATCGTAATATAAG-TGTGAATGTAC--AA--CCATATCGTA-----TACCA-T-ATCG-A-TCA-TATCAT--------------A-----T-TGTATCATAT---AC-AT-AT-ATCGTATA--AGAT---ATA----CATGTCGTATA--T--ACC--ATGAA-------------CATATCATAC-ATATTGATTCTGTATTAAT-ATTGAT-GCAT--TA-CCATATCGTGATAATTATCTGCAT-ATATGGA-TAATTG--------CGTATCAATAGA------ATTATAT-TG--TATTACA--CATTGATCATACCTATTGTTATAATAT-TGTAT----CTACAT-ATGTATCATCCA-GTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTATTCACC-----CATTATCGCT-ATAATCATTATCA-TATAAT-TCGTAT-A-TA---------CCATATTCTATTG--TATAATAC-------CAC--ATA--TCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGA-TATTGACTATTGA-ATTATCCATGATCAT--------TA----ATA--A--C---GT-ACACATATTC-AAT---ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTT-ATATC--TACCA-ATCAT-ATTACATATCGT-AT-AG-TATAG--TAATCGCAT--CAT-AA-CTAAT-------TGTGAT-TAT--ATTG-AT---ATC---TACCAT-----AT--G--TA----T--ATA-----TC--ATT--CA-A--------A-------------TCATA--A-A-------T-ATACCAT--TT--ATTCAATTAA-TTTCATAT-A--ATAT---GTA-TCATTA-TCAGTA--TAA-CATCATA-T-CAGACCC-ATTAT-GTAT--ATATCGTTG--TCATACC--ATCATAT--AT----TCGT-ATC--AG--A-------CC---------AT-ATC----ATAACTATC-T-TTC---ATACCATAT---GTA-CATA-ATAT--A--TCATACT-ATTGATAAT---ATATC----CGTA--ACATTA------ATCAAAACAAATATC-GTTA-TATACCATATATAATATATTT----CCAAGATATA--C--TT-G-T-TC-AT-ACCA--TA-GGT----ATTG-TTAT---AT-CATACCAT-AATTTATCATACC-ATAT--TG-T--ATCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATATCG--AC-TTAT-ACCAT-TCCATA-TGAGATATTAT---GCA-----------A-CCA-ATCTATAATACATTGTTATAGATATAA-ATCGCTT-ATCCGATGTTTAATA--TATTGTATC-ATACCATATCGTATTATTATCATAA-TATATCACCATTCGATCTTAATATGGT-ATC-TG---TA--ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT----CATCACGCA---CTAT--GTAT--A-----A-AT---TATATCATA---CCAG-----AC--A-TC----TAC----GTTATTT--TCAAATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-AT-AAATATCG--T-AT--CATTACAT-ACTCTAC--CAC--ATATGAG-CATCCATCG-AT---ATCAT--ATCGTAT--CACA-A--TA----TC--TA-----TA--ATT--AC-ATAT-T--CA---------------ATATCG-C-------T-ATAGTATAATA--ATCGCA-TAA-TACCT-AT-TGTATATT--GTA-TCCATA-T-A-TA--TAA-CATC-TA-TTCATA-CC-A-TATCGT-T--ATATC---GT-TCATACCATATCATATGGGTAATACCAT-ATCATTA--ATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT--T-ATCGTTATACTATGTATCATAATATATATACAAA--TCGTATT-AC--ATCGTAA-ATATCAAA-CATATCGAATTGTATATAATCGTACC--ATATCAA-TA-TA----ATA-GTAGTATA-TTA--ATC----TAT---T--GT-A-TACT-ATAATCA--TACCAT-------A-TCGT---ATC--T---AC-TACATAT-ACATCTGTATCATACC--AT-TTATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTC--TGCCATA-----T--TT-------------------GTATCTT-TCCAT----TTAC-G---TATAATATCGTATC--------TATCCATGCATATAATA-GTT-GTATCGATATCA-A--GCC----ATTACGT-TGAT-ACCATCATATTTATA-T------TACC---ATCAT-ATTAG-TTAATATTGCA-T---ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACAATATCATACC---ATATATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCATA---TTGATCTAAAT--ACTCAAATTAC----A-Ttc
gi|4 : cc-AT-T-T--CA-------------TC-CATCACA-------T-TTATCAT--TATCA-CATA-TAA-AA--A-AT-G--GTATC--ATA-TTAGTA--CA-TAAATAAACATCGTAAT-TATA------TAT--TAT-AATA---------CATAC---ATT---T-AATGAT-TCAT-ATTATAATTA-------TA---------AG-A--G-ATATAA--tttaagatcacaa
gi|4 : acggATTATAATTATAAG----AGAT----A----T-AATAGAT---ATACTATAATTATAT-A-A-ATC-ATA--------TG-TATTGATG------------ATAT--AT-ATTATTGTAA-TATT-ATATTATTTTAAGATAA-TA--TT-----CGAGTATAATCAA-TATTAT-ACCATATCGT-----TTATTGGTATATATACC-ATA-TCAAAC-AATAT----CTGATCG--GATA-CCATAGTA-TTATAA--TATATTCGTCTC--TAAC-TATT--ATCTTAATA--ATC-GT--CAATAT---TG-TATCATA--CAA-ATTGATATA---AGTAT---TGTAT--AATACCAT-TCGTA---TATACCA-TCATTGTA-TC--TACCATT---C-TATA-AATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-ATTATATA---------ATAAAACC-TATC--ATAAATTAATCGTATTAATATATCGAAATATCGTATCATACCATA----------ATAAAT-AAA--T-GTATCATA-TAATA-CGT-ATTAT--TT-GTATCATACCA---TA-TG-TATCAT-C-CAT-AATATACATTCCAT---AT-TGTTTACCATATTCATAGAATATCGCATCTACCATATCGTATATATATCAATACATGAT----CATTTAATATGTTTAATACAACA-TATtagatatactataattatataaatcatatgtattgatgatatatattattgtaatattatattattttaagataatattcgagtataatcaatattataccatatcgtttattggtatatataccatatcaaacaatatctgatcggataccatagtattataatatattcgtctctaactattatcttaataatcgtcaatattgtatcatacaaattgatataagtattgtataataccattcgtatataccatcattgtatctaccattctataaatattgtatcatatcaaatcatattattatataataaaacctatcataaattaatcgtattaatatatcgaaatatcgtatcataccataataaataaatgtatcatataatacgtattatttgtatcataccatatgtatcatccataatatacattccatattgtttaccatattcatagaatatcgcatctaccatatcgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatTCGTATAG-TAAAGTATCGCATCAACCATTA-TGTAACATGTATGCATTACCATTAATC--GTATAAGTA---TATATTAATACCATATCGATATAATATCATATCATA--AATATCAAACCATATCGGATATAATACCATATGTATAATATCG------TACC-ATATTCATATA-ATATCGATATCAGACCATATCATATCGTATAATATAGTATTCATACGCA---TATC-CGA-------TCATTACCATA-TCACTATAAC--ACTTGTATCATACCATATTGTATAATATCATAT---TCATACTGTTTATCATTACCATATTGTATCATAACCATATCGATATA--------ATATCGTACATAC-CCTATCATATCATCAtgtat
gi|5 : ttaATA-CCAT-ATCGATATAATATCATATCA-TAAATATCAAACCATATC-----GGATATAATAC-------CAT--AT-----GTATAATAT-CGTAC-CATAT--------TCATATAAT-ATCGA-TATCAG-A----CCAT-ATCATA-T---CGTATAATATAGTATTC---AT-ACGCATATCC-GATCA-TTACC-----ATATCAC--TATAACACTT-GTATCA-TACCATATTGT-A-TA-ATATCAT-ATTCA-TACTG--T--T--TAT--CATTACCATATTGTAT---CATAAC-CAT--ATCG-AT---ATAAT--ATCGT-A--CATA-CCCTA----TC-ATA-----TC--ATCAACC-AT-TAT--CAGTATAATATGTGTTCATATCA-A---------A-ACCAT------ATCGTA-TAA-TACCA--------TATC--ATA-ATAATAATCA-TA--CCA-AATCATA-T-CATA-CC-A-TATCATAC-AATATC---G--T-ATA-------GTAT-AATA--ATCGC-ATCATAC--G-------C----------AT-ATTG--TATAAT-ATCGTAATC---ATACC--ATATCGTATGA-ATAT-C--A--T--TACCAAT--ATCATACCATATC--A--ATA--ATA---------ATCATATC--AGA-----TA-TA----ATAT----CATATTCATTACC---ATAT---C-------TATTAAT-ATCA--TATCAT----ACCA-GCATCTAAACTAC---AC-AA-ATACAaccattatcagtataatatgtgttcatatcaaaaccatatcgtataataccatatcataataataatcataccaaatcatatcataccatatcatacaatatcgtatagtataataatcgcatcatacgcatattgtataatatcgtaatcataccatatcgtatgaatatcattaccaatatcataccatatcaataataatcatatcagatataatatcatattcattaccatatctattaatatcatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|6 : ttatcgtatagtaaagtatcgcatcaaccattatgtaacatgtatgcattaccattaatcgtataagtatatattaATTATCA-TAATG-TCAT-A--A-TATAACATC-TATTA-T----------TCATATA-----T--TATAATACATATAATTACTGATATCTATTATAATATAGGAATTAATATATTATATAAAAT-CGATTAT-GTACATTGATATTAT--ATAAT-ATGAT-----------AT-----------T-ATGTATAA---AATTATATA---ATATAAATA-TCGTATAATATATTATATGCATATCGTAT--T-A-TACCTA-CAT-AT-GA-TATTGGGT-AT--CAT--CAT-A-TCAAACAAATCTGTATCATACAT--ATTGTAT---ATAATATATCGTAT--CATACA--TACTGTTC-ATACACTATCGTATA--TA-AT-T-G--TA-------------TGATATCA-ACATATCGT-ATACCAT--TA----TGTA-TCA-TATAT-AT-A--ATATTTAATAATCCATA-TCA-TA--TAA-TATTGTA-T-CATA--C-A-TATCATAT--AT---------TCCTACCATATCATAT--TTAATAT-GTAATCATAG--A--------------------------ATATAT--TTG-T-ATA---ATACC--ATATCGTATCA---------------TACC-AT--A-AAT----TGT------ATA--ATATTGT------TCATACC--ATATC-G-TA-T-----ATACCTATTGTATCT---ATC---ATATAACT--ATCA-TATC-AC-ACTA--TACTGT----Atttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaa-ATTACACTTGATCATAATTTACACA----ATAAAA---------A---ATAA---AATTA-----TCATA-ATGTAATAATATAACATCT-ATAT---TATAT-ATTATAA-TACATA-CATGAT-GATTATTC--T-AT--TAT--GAT-A---TAGGATAT--ATATGAA-TAT--ATTATATAAAATCAT-TATTAT-TGATATA-A--TA----TG-ATA-----TT--AAT--TATAT-T-T--TA-------------T------A-A-------T-ATGATAT--TA------TG-TAACTATTG-ATAT--ATAT---G-A-TTAATA-TCC-TA--TAATCAT--TA-T-TATA-CC-A-TATCGTATGAATATT---GTATCATACCATATCA----AACAATATTGT-ATCATTT--A-------CC---------AT-ATTG--T-------------TC---ATA--ATATATCGTATCAT-TAC-C--ATTTTGTATC-A-----ACC---ATATC--A-TACA--ATATTGT-----ATTATACC--AAATT-G-TA-TA----ATAT----TGTATTCAATACC---ATAT---C--GT-A--ATC-AT-ACCAT-TATTGTAGTCATTA-CCAT---ATTCGT---AT-AATATGT-GTATC-ATATCAAA-CCAGTATCGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----
gi|7 : acaggatttttcatttgtccATTATGAT-ATAGG----ATA-T-ATA----TGAATATAT--TATA-TAAAATCAT-T-ATT-ATTGATA--TA-ATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GAT-ATTAT-GTAACTATTGATA-TAT------ATGATTAATAT-----CC--TATAA-TCATTATTAT-ACCATATCGTATGAAT-ATTG-TAT-CATACC-ATA-TCAAACAA-TAT----TGTATCATT--TA-CCATATTGTTCATAA--TATAT-CGTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCA-TATC-ATA-CAATAT---T-GTATTAT-ACCAA-ATTGT-ATA---A-TAT---TGTATTCAATACCATATCGTAAT-CATACCATT-ATTGTAGTCATTACCA-TATTCGTAT--AATA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-ATCGTATAAGATATCGTATA-----ATATCGTA-GCAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattct-A-TTT-TCATCATTACACT---TTATAAT-ATTACA---CA--ATACTAAA--AAAACTA-TCGTA--ATGTAC-ATAATATAAATCTATAT-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTAT------GATT---ATTTA-TTAA--AGA----A-TATAGGAT---ATAATG-TGAATATGATAT---ATTA-TATAAATCATATTATA-TGATATCA-T-TGATATTATAAATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTAT-TT-CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
gi|9 : acaggTTA-AAT-AT-GG----AT-TA-ATAGTGTT-AATATATAGTATA-TAAATTCAT-T-A-TTATT-ATATGC--AT-TGATATTA---TATA------A-ATA--GATGACTAT-GTAA-TATA-ATATTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11 222222 11 2222222 11 33333 11 22222222 222222 1 222222222 11 11 1 1 44444444444 1 1 1 11 33333333333333333 1 22222222 22222222 1111 22222222 1111 11 11111 22 22222 111 11 333333 11 111 4444444444444444444444 222222222222 2222222222 111 22222 1 11 555555555555555555555 11 444444444444 1 1 1111 1 1 11 1 22 555555555555555555555555555555555555555 11111 222 1111111 1 33333333333333333333333 1111111111111 11 4444444444 2 1111 1 1 2222 333333333 1 222222 1 2 11 4444444444444444 222 1 1 1 66666666666666666666666666 3333 222222222222222 111 222 1111 11111 1 11 333333333333333333 11 1111111 22222 222 111111 111 22222 1111 3333333 2 11 11111 2 1 1 222222 111111 7777777777777777777777777777777777777777777 111 22 11111111111111 333 11 111 22222 1111 1 1111 3333333 2222222222222 1111 555555555555555 11 1111 1111 333333333333333333333 1 11 11 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111111 55555555555555555555555555555555555555555555 1 44444444 2222222222222222 111111 2222222222222222222222222222 2222 1111 11 2222222222 111 44444444444444444444444444444444444444444444444 1 222 1 1 1111 11 4444444444 111 1 111111 1 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 1 222 11 1 1 1 1 2222 222 2222 222222 1 6666666666666 55555555 11 1 1 33333 3333 2222222 1 11 11 11 2222 22222 222 33333333 1 11 1 33333333 11 11
lowQualScore : 0 5 8 0 9999999 0 66 555555 0 11 0 0 1 3333333 11 88888 8 0 0 0 22 99999999 88 88 88 8 8 0 0 3 888888 0 0 777777777 33 22 0 0 3 33333333333 4 0 0 0 33 11111111111111111 0 88888888 77777777 0 8 0000 0 8 33333333 8 88 1 9999 8 88 0 44444 8 11 8 6 77777 444 88 11 3 0 333333 00 8 111 8 88 4444444444444444444444 8 777777777777 0000000000 444 0 00000 0 5 11 6 555555555555555555555 3 33 2 000000000000 0 0 1 4444 2 0 3 0 1 33 0 33 0 777777777777777777777777777777777777777 55555 666 4 1 22 7777777 222 0 66666666666666666666666 3333333333333 1 9 22 7777777777 3 2222 0 0 2 1111 999999999 2 0 3 999999 2 3 4 44 9999999999999999 333 0 2 4444 6 99 5 00000000000000000000000000 0000 666666666666666 222 1 88 111 2 66 3 4444 11111 6 2 8 11 000000000000000000 99 11 7777777 0 3 77777 3 222 8 44 999999 55 666 0 8 0 33333 3 2222 8 7777777 3 0 11 77777 8 1 8 0 6 8 5 0 8 0 22 888888 0 888888 3 3 0 9999999999999999999999999999999999999999999 444 66 0 44 0 99 44 44 22 8 2 66666666666666 000 11 1 000 00000 4444 6 8 7777 9999999 4444444444444 2222 111111111111111 99 3333 7777 9999 0 777777777777777777777 6 99 5 11 99999 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444 66 1 111111 44444444444444444444444444444444444444444444 0 5 8 00000000 0 1 9999999999999999 8 999999 9999999999999999999999999999 0000 0 4444 11 6666666666 444 0 0 77777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 1 2 000 1 5 1 5 9999 1 2 88 0 1111111111 999 1 3 7 111111 7 3 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 5 111 1 1 88 5 1 5 1 5 5 1 4444 000 1 3333 7 222222 6 1 7 1111111111111 7 22222222 6 11 3 3 0 55555 7777 6 6 0000000 1 5 88 1 77 66 3333 55555 111 66666666 1 5 88 5 33333333 88 66 1
lowQualScore : . . . . ....... . .. ...... . .. . . . ....... .. ..... . . . . .. ........ .. .. .. . . . . . ...... . . ......... .. .. . . . ........... . . . . .. ................. . ........ ........ . . .... . . ........ . .. . .... . .. . ..... . .. . . ..... ... .. .. . . ...... .. . ... . .. ...................... . ............ .......... ... . ..... . . .. . ..................... . .. . ............ . . . .... . . . . . .. . .. . ....................................... ..... ... . . .. ....... ... . ....................... ............. . . .. .......... . .... . . . .... ......... . . . ...... . . . .. ................ ... . . .... . .. . .......................... .... ............... ... . .. ... . .. . .... ..... . . . .. .................. .. .. ....... . . ..... . ... . .. ...... .. ... . . . ..... . .... . ....... . . .. ..... . . . . . . . . . . .. ...... . ...... . . . ........................................... ... .. . .. . .. .. .. .. . . .............. ... .. . ... ..... .... . . .... ....... ............. .... ............... .. .... .... .... . ..................... . .. . .. ..... . .......................................................................................................... ....... .. . ...... ............................................ . . . ........ . . ................ . ...... ............................ .... . .... .. .......... ... . . ............................................... . . . . ... . . . . .... . . .. . .......... ... . . . ...... . . . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ... . . .. . . . . . . . .... ... . .... . ...... . . . ............. . ........ . .. . . . ..... .... . . ....... . . .. . .. .. .... ..... ... ........ . . .. . ........ .. .. .
lowQualScore : 8 6 0 8 0000000 8 88 888888 8 00 8 6 4 0000000 88 22222 0 8 8 8 44 88888888 88 88 88 0 0 8 8 2 888888 8 0 222222222 88 55 0 0 2 55555555555 2 0 0 0 22 55555555555555555 0 88888888 00000000 8 0 4444 8 0 88888888 0 88 0 8888 0 66 8 88888 2 22 0 0 00000 000 88 00 8 8 222222 88 0 888 0 88 0000000000000000000000 0 222222222222 8888888888 888 8 00000 8 0 00 5 000000000000000000000 2 22 5 888888888888 0 0 2 8888 5 0 2 0 0 22 0 88 2 555555555555555555555555555555555555555 88888 222 5 0 00 5555555 555 0 00000000000000000000000 8888888888888 0 2 33 0000000000 7 4444 0 0 0 2222 555555555 5 0 2 222222 0 3 7 00 7777777777777777 333 7 3 0000 0 00 0 55555555555555555555555555 2222 000000000000000 222 2 00 555 5 55 2 2222 00000 0 2 0 00 222222222222222222 00 00 0000000 8 2 22222 2 000 8 88 666666 22 444 6 0 8 44444 2 6666 0 0000000 2 8 00 88888 0 4 0 8 0 0 0 8 0 6 22 888888 8 000000 8 2 8 2222222222222222222222222222222222222222222 000 44 8 66 8 22 66 00 00 0 8 22222222222222 888 00 0 222 00000 0000 0 0 0000 0000000 6666666666666 2222 666666666666666 00 2222 0000 2222 8 000000000000000000000 0 00 6 00 88888 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555555 22 0 555555 88888888888888888888888888888888888888888888 0 8 0 00000000 4 0 4444444444444444 0 000000 8888888888888888888888888888 4444 8 6666 22 2222222222 000 8 8 99999999999999999999999999999999999999999999999 8 0 0 5 555 0 0 0 0 5555 0 5 00 7 0000000000 777 0 3 3 000000 3 3 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 5 000 0 0 00 0 0 5 0 5 5 0 0000 555 0 3333 3 777777 0 0 3 7777777777777 3 77777777 7 00 3 3 7 77777 7777 7 7 0000000 0 0 00 0 55 55 5555 55555 000 00000000 0 5 00 0 00000000 00 00 0
consensus : ATTATAAT-ATAGG----A--TATA-ATA----T-AATATAT--TATATAAAATCAT-T-A-T-ATT-ATA--C--AT-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-GTAA-TATT-ATATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-ACCATATCGT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TATCGGATCGTTGATAC-CATA-TG-TCATAAT-------ATAT-CGTATCA-TACCAT-AT------TGTAT-CAT-ACCA-T--ATC-GTA-CAATAT---TGGTATCATAACCAA-ATTGTAATA---A-TAT---TG-TAT--AATACCATATCGTAA---T-CATACCA-T-ATCG--TA-TCA-TACCATTATTCGTAT--AA-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCG-TATAAAACCATATC-----GTATACAT--ATCGTATT---A---ATAT---------TCGTATCAT-ACCATATC--------A-TA-AAT-ATT--T-GTATCATA-CCATATCGT-ATAAT-ATC-GTATC-ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-TG--TATCATA--CATNGANCATANCGATTGCCATAATAT-CGTAT----ATAC------AT-AT----CATCCAANNATTNTANCACANCACTATATGTCGGTTCAT-TCA-C--AGCCAT-ATCGT-TNATA-CCAT-ATCATA----TAAT--------ATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCGCATA-TCGTATAATACGCGTAT-CAT----ATATTGT--ACNATA---TAATCATCGCGTATCG-ATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAAN--CG--T-ACGCATATCC-AATCAATANCCATAT---ATATAATAGTATAACATTTATAT-TACCATATCAT-AT-ACATATCGT-ATAA-TATCGTA-TC--AT--CATACTCTANTACACGTATGAN-TAT--ATTG-AT---ATCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATCATTCAAT-TT--CATCATATCAAT-ATACTAT--TAATCGTAT-AA-TATCG-AT----N--ATAT-GTATC--AATATC---A-TATAA-CATCATAT-CATACCCAT-ATCGTAT-AATATCG--TT--CATACCATATCATATAA-TAATATCGTATCATNAA-------CAA---------T-ATCG-ATATAA--ATCT-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATACA--TCG-TATTAT--ATAAT---A--TATCAT-CATA--ANATTGT-AT-----CATAC-C--ATATCG-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TTA--ACC---ATAT-C--GTA-TA------T-----CATACCA--TATC--GT----AT-TA-TCATATCCAT---AT-AATATAT-GCATCTGTATCATACC-ATAT--CATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-ATTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AATATA-C--GAT------ATCGTACC-ATNC-----CATACCG---TAT-ATATCGTAT-TA-CCAT-ACGTATAATACGT-TGNTATNGATATNAATCGCNTATCCGACGTTTGATAACTATCGTATCTATA-CATATCG--------TACCA-TATCAT-ATT--ATA--TCANCAT----TAC--A--TTTATATAAT-AT----T-CGTA---TCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATACG-TATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---A--TA-TCAA--TA-C----A-TATCG-A-T---ATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCAT-ATCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATAAAGTNTCNCATCAACCATCACTNTAACATGTNTGCGTTACCATTANTCAAGTACAGGTAGGTCGTATNAATACCATATCGAT-TAATATCATAT-ATAC-AA-ATCATNTCATATCGGGTATA---------GTGTAATATCG-GTCA-T-ACCGATATTCGTATA-ATATCG-TATCATACCATATCGT----TATAA-T-CAATATTCATACACACCATATCGTGAAT-AATATCATTANCATAGTCACTATNACCGACTCGTATNATACCATATTNTATAATATCATATAAGTCATACTGTTTATCATTACNATATCGTATCATAGCCATATCGATACAGGCCACCCATATCGTACATACGNCTATNATATCATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTATAAT-ATAGG----A--TATN-ATA----T-AATATAT--TATATAAAATCAT-T-A-T-ATT-ATA--C--AT-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-GTAA-TATT-ATATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-ACCATATCGT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TATCGNATCGTTGATAC-CATANTG-TCATAAN-------ATAT-CGTATCA-TACCAT-AT------TGTAT-CAT-ANCA-T--ATC-GTA-CAATAT---TGGTATCATAACCAA-ATTGTAATA---A-TAT---TG-TAT--AATACCATATCGTAA---T-CATACCG-T-ATCG--TA-TCA-TACCATTATTCGTAT--AA-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCG-TATAAAACCATATC-----GTATACAT--ATCGTATT---A---ATAT---------TCGTATCAT-ACCATATC--------A-TA-AAT-ATT--T-GTATCATA-CCATATCGT-ATNAT-ATC-GTAT--ATACCGG-TTATTG-TATCAT-CGTATCAATATA------AT---AT-CG--TATCATA--CATNGANCATNNCNNCTGCCATANCGT-TGTAT----NTAC------AT-AT----CATCCAANNNNTNTANCACANCACTATATATCGGTTTAT-TCACCTTAGCCATTATCGC-TNATA-CCAT-ATCGTA----TAAT--------ATCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCACATACTCGTATAATATGCGTAC-CAT----ATATTGT-CANCATA---TGATTATCGNNTATCGAATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAAA--CG--T-ACGCATANCC-AATCAATACCCATAT---ATATAATCGTATAACATNTATATCTACCATATCAT-AT-ACATATCGT-ATAA-TATTGTA-TC--AT--CATACTCTANTACACGTATGAN-CAT--ATTG-AT---ATCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATCATNCAAT-TT--CATCATATCAAT-ATACCAT--TAATCGTAT-AA-TATCA-AT----N--ATATCGTATC--AATATC---A-TATAA-CATCGTAT-CATACC-AT-ATCGTAT-AATATCG--T---CATACCATATCATATAA-TAATATCGTATCATANA-------CAA---------T-ATCG-ATATAA--ATCT-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATACA--TCG-TACCAT--ATAAT---A--TATCA--CATA--ANATTGT-AT-----CATAC-C--ATATCG-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TTA--ACC---ATAT-C--GTA-TA------T-----CATACCA--TATC--GT----AT-TA-TCATATCCAT---AT-AATATATAGCATC-GTATCATAC--ATAT--CATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTC-GTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-C--GAT------ATTNTACC-ATCC-----CATACTG---TATNATACCGCAT-TA-CCA--GCNTATAATACGT-TGNTATNGATATNAATCGCCTATNCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCG--------TACCA-TATCAT-AT---AT---TCANCAT----TNC--A--TTCATATAAT-AT----T-CGTA---TCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATACA-TATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---A--TA-TCAA--TA-C----A-TATCG---T---ATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCAT-ATCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATAAAGTNTCNCATCAACCATCACTNTAACATGTNTGCGTTACCATTANTCAAGTACAGGTAGGTCGTATNAATACCATATCGAT-TAATATCATAT-ATAC-AAAATCATNTCATATCGGGTATA---------GTGTAATATCG-GTCA-T-ACCGATATTCGTATA-ATATCG-TATCATACCATATCGT----TATAA-T-CAATATTCATACACACCATATCGTGAAT-AATATCATTANCATAGTCACTATNACCGACTCGTATNATACCATATTNTATAATATCATATAAGTCATACTGTTTATCATTACNATATCGTATCATAGCCATATCGATACAGGCCACCCATATCGTACATACGNCTATNATATCATCATGGA
gi|1 : ATTATA-T-ATAGG----A--TATT-ATA----T-AATATAT--TATATACAATCAC-TCA-C-ATT-ATA--CTCAT-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT--TTGT-GTAA-TATT-ATATTAT------ATCA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-ACC-TAT--------T-ATCG-TAT-TATACCGATAGTCAAAC-A-TAT-GGGTCGCT--CACTCATA--G-CCATAATCAAACCAATAT-TGTATCA-TACCAT-AT------GTTAT-CAT-ACCA-T--ATC-GT--CAATAT---TGGTAGCATAACCAA-ATTGTAATA---A-TAT---TG--AT--CACACCATAT-GTAA---TACATATTG-T-ATCA--TA-TCA-AACCATTATTCATATCCGA-TAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTATCATATA--ATATCA-TATAAAACCATATC-----GTATACAT--ATCATATT---A---ATAT---------TCGTATCA--ACCACATC--------A-TA-AATCATT--TCGTATCATAACCATATCGT-CTGAT-ATT-GTAT--ATACCGGGTTATTGGTATCATACATATCAATATA------AT---ATGCG--CATCATAG-CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNN------NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--CTTAGCCAT-ATTGT-TCATA-CCAT-ATCATA----TAAT--------ATCGTATCAACACC-TATC-----ATATAATACCA--TACTCGTGTAATATGCATAC-CAT----AT---------TATA---TAATTATCGCGTATCA---TACCCAT-ATCATAAT---CGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---AT---ACATAGTCGTATAGTATA-ATAT-TGCCAT--CAC--T-ACATATTGT-ATAA-TATTGTA-TC--AT-----ACTCCAGTACTCGTATCACTCAT--ATT--AT---ACCATTATCGC-T--CATAATATCGATATCATACAAT-CTTCCACTATATCAATCATGCCAT---AATCGTAT-AA-TATCA-AT----C--ATGTCATATC--AATATC---A-TATAA-CATCATAT-CATACCCAA-ATCGTAT-AATATTG--T---CATAACATATCAAATAA-TAATATTGTATCATAAA-------CAA---------TCATCATATATAA--ATCTTATC---ATACCATACATCGTATCATACATA-A--TTG-TATCAT--AAAAT---A--TATCAT-CATA--CGGTTCTTAT-----CATAC-C--ATATTG-TACTA----ATACGT-AACGTAT-CTA--ACC---ATAT-CCGGTACTA------T-------TACCGAGTATC--AT----GT-AAATCATAACTAT---ATTAATATATAGCATC-GTATCATAC--ATAT--CATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATA-CGCGATATTGTCATCATACCCATACTGTATCATACCC---CAT-ATATCAGTT-TA-CNN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--------NNNNN-NNNNNN-NN---NN---NNNNNNN----NNNNNA--TTCATATAATCAT----T-CGTA---TCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCCA-TATCATATA---ATAT-CATACCAA-----A-AT---CATATCATGGATCCAATC---A--TA-TCAA--TA-CCCGCA-TATCG---T---ATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATTAATCGTATCATACCAATATTGGTATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCATACCAT-ATCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATA-CATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATA---TCTCCCAT--ATCATCACTTTAAC-TATCTGCGT-ATCAT-ACTCAAG-ACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAAT-TAATATCATAT-ATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATA---------GTGTAATATCGCATCAAT-ACCGATATTTGTATA-ATATCG-TATCATACGATATCGT-----ATAA-----ATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCA--ATTACCGATTCGTA-AATA----ATTC----ATATCATATAAGTCATA------A-CATTACAA-ATCATA--ATAGTCATATC-ATACAGGCCACCCATATCGT--ATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCAT-AAC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATA-CAAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATC------ATATC-TAT--TAC-AA---TATGTCATA---GGTAT-------------TA-TATCGAGTCA-TGACCGATAT--GTATATATATCG-TATCATACCATATCAT----TATAATT-CAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : -TTATA-CCAT-ATCGTA----AAAT--------ATTGCATCA-TACCATATC-----TTATAATACC
gi|2 : ttgtaATTATACT-ATAGGTATAA--TATGGATA----T-AATAT-T--TATATAAATCCAT---A-T-AT--ATA--G--AT-TCATG---ATATATA------A-ATATTGAT-ATTA--GTAT-TAAT-A-ATT-T------ATAA-TA--ATTATATCG--TATA--TCA-TACTATTACCATA--GT----------G-TAT-TATACC-ATA------------------CGTTGATAT-CA--------ACAAT-------AT----GTATCA-T-CCAT-AT------TGTAT-CAT-AATAGT--ATTTGTAGCAATACATCTGGTATAATA-CCAGTATCGTAATATAAG-TGTGAATG-TAC--AA--CCATATCGTA--------TACCA-T-ATCG---A-TCA-TATCAT---------------A-----T-TGTATCATAT---AC-AT-AT-ATCGTATA--AGAT----ATA----CATGTC-----GTATA--T--ACC--ATG---A---A-------------CATATCAT-AC-ATATTGATTCTGTA-TT-AAT-ATTGAT-GCAT--TA-CCATATCGTGATAATTATCTGCAT--ATATGGA-TAATTG--------CGTATCAATAGA------ATTATAT-TG--TATTACA--CATTGATCATACCTATTGTTATAATAT-TGTAT----CTAC------AT-ATGTATCATCCA-GTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTAT-TCACC-----CATTATCGC-T-ATAATCATTATCATA----TAAT---------TCGTAT-A-TACCATATTCTATTGTATAATACCACATA-TCGTATCATACGCGTATGTAT----ATATTGTTCACCATA---TGAT-ATTGACTATTGAATTATCCATGATCAT--------TAATAA---CG--T-ACACATATTC-AAT--ATACCCATAT---ATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCA-ATCAT-ATTACATATCGT-ATAG-TATAGTAATCGCAT--CATAA-CTAAT-----TGTGAT-TAT--ATTG-AT---ATC--TACCAT-----ATG-TAT--ATATCATTCAA-------ATCATA--AAT-ATACCAT--TTATTCAATTAA-TTTCATAT----A--ATAT-GTATC--ATTATC---AGTATAA-CATCATAT-CAGACCCATTAT-GTAT-A-TATCG--TTGTCATACCAT--CATAT-A-T----TCGTATC--AGA-------CCA---------T-ATC----ATAACTATCT-TTC---ATACCATAT---GTA-CATA-ATATA--TCA-TACTATTGATAAT---A--TATC---CGTA--ACATTA--AT-----CAAAA-CAAATATCGTTA-TATACCATATATAA-TATAT-TT----CCAAGATATAC--TTG-T-------T-----CATACCA--TA-G--GT----AT-TG-TTATAT-CATACCAT-AATTTATCATACC-ATAT--TGT--ATCT--CATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATATC--GAC-------TTATACC-ATTC-----CATA-TGAGATATTAT---GCA---A-CCA--ATCTATAATACAT-TGTTATAGATATAAATCGCTTATCCGATGTTTAATA--TATTGTATC-ATACCATATCG--------TATTATTATCATAAT---ATA--TCACCAT----TCG--ATCTTAATATGGT-AT----C-TGTA-----ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT----CATCACGCA---CTAT--GTAT--A-----A-AT---TATATCATA---CCAG-----A--CA-TC----TA-C----GTTATTT---TCAAATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-ATAAATATCGTA-TC--ATTACATACTCTAC--CACATATGAG-CATCCATCG-AT---ATCAT-ATCGTAT--CACAATATC--TATAATTACATATT--CA--ATATCGCT-ATAGTATAATAATCGCAT-AA-TACCT-AT----TGTATATTGTATC--CATAT----A-TATAA-CATC-TATTCATACC-AT-ATCGT-T-A-TATCG--TT--CATACCATATCATATGGGTAATACCATATCATTAATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT-T-ATCGTTATACTATGTATCATAATATATATACAAATCG-TATTAC--ATCGT---AAATATCAAACATATCGAATTGT-ATATAATCGTAC-C--ATATCAATA-TA----ATA-GT-A--GTATATTA--ATC----TAT-T--GTA-TACTATAAT-----CATACCA--TATC--GT----ATCTA-CTA----CAT---AT-A--------CATCTGTATCATACC-AT-T--TATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTC--TGCCATA-----T--TTG-------------------T------ATCTTTCC-ATT--------TAC-G---TATAATATCGTATCTATCCAT-GCATATAATA-GT-TG-TATCGATATCAA--GCC-ATT--ACGTT-GATA-CCATCATATTTATA-T--------------TACCA-T--CAT-ATT--AG---TTAATAT----TGC--A--T--ATACCCT-AT----T-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACAATATCATACC---ATATATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCATA---TTGATCTAAA--TACTCAAATTA-C----A-Ttc
gi|4 : ccATTATAATTATAAG----AGATATA-ATA------GATATAC--TATA----ATTATAT-A-A-ATC-ATA--------TG-TATTGATG------------ATAT--AT-ATTATTGTAA-TATT-ATATTATTTTAAGATAA-TA--TT-----CGAGTATAATCAA-TATTAT-ACCATATCGT-----TTATTGGTATATATACC-ATA-TCAAAC-AATATCTGATCG--GATAC-CATAGTA-TTATAAT-------ATATTCGTCTC--TAAC-T-AT------T--AT-CTT-AATA----ATC-GT--CAATAT---TG-TATCATA--CAA-ATTGATATA---AGTAT---TG-TAT--AATACCAT-TCGTA------TATACCA-TCATTG--TA-TC--TACCATT---C-TAT--AAATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-ATTATATA----------ATAAAACC-TATC-------ATAAATTAATCGTATT---A---ATATATCGAAATATCGTATCAT-ACCATA----------A-TA-AAT-AAA--T-GTATCATA-TAATA-CGT-ATTAT--TT-GTATC-ATACCA---TA-TG-TATCAT-C-CAT-AATATACATTCCAT---AT-TGTTTACCATATTCATAGAATATCGCATCTACCATATCGTATATATATCAATAC------ATGAT----CATTTAATATGTTTAATACAACA-TATtttaagatcacaa
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatTCGTATAG-TAAAGTATCGCATCAACCATTA-TGTAACATGTATGCATTACCATTAATC--GTATAAGTA---TATATTAATACCATATCGATATAATATCATATCATA--AATATCAAACCATATCGGATATAATACCATATGTATAATATCG------T-ACC-ATATTCATATA-ATATCGATATCAGACCATATCATATCGTATAA-TATAGTATTCATACGCA---TATC-CGA-------TCATTACCATA-TCACTATAAC--ACTTGTATCATACCATATTGTATAATATCATAT---TCATACTGTTTATCATTACCATATTGTATCATAACCATATCGATATA--------ATATCGTACATAC-CCTATCATATCATCAtgtat
gi|5 : ttaTAAA-------GTAT-CGCATCA--ACCATTATGTAACATGTATGCATTACCA-TTAATC-GTA-TAA--------GTAT-ATA--------T-TAATACC-A-TAT---CGATAT--AATATCATATCATAAATAT-CAAACCA-T-ATCGGATA-TAA-TACCAT-AT--GTAT--AA-TA-----T-CGTACCATAT-------------TCATATA--ATATCGATATCAGACCATATCATATCGTATA-AT--ATAGTATTCATACGCATAT---------CCG-ATCATTACCATATC--------ACTATAAC-ACT--T-GTATCATA-CCATATTGT-ATAAT-ATC-ATATTCATACTG-----TT--TATCAT---TACCA------------T---AT-TG--TATCATA-------ACCATATCGAT----ATAATAT-CGTAC----ATACCCTATCAT-AT----CATC-AACCATTAT----CAGTATAATATGT--GTTCATATCAA---AACCAT-ATCGTATAATA-CCAT-ATCATAATAATAATCATACCAAATCATATCA-TACCATATC-----ATACAATATCGTATA---GTATAATAATCGCAT-CATACGCATATTGT--ATAATATCGTAATCATACCATATCGTATGA---AT-ATCATTAC---C--AAT-AT--CA--T-AC-CATAT-C-AAT-AATAATCATATCAGATATAA---TATCATATTCAT---TACCATATC-T-AT-TAATATC------A-TATCATA-CC--AG--CAT-CTAAACTACAC----AAA-TAC--ATTT-AG---ATCAaccattatcagtataatatgtgttcatatcaaaaccatatcgtataataccatatcataataataatcataccaaatcatatcataccatatcatacaatatcgtatagtataataatcgcatcatacgcatattgtataatatcgtaatcataccatatcgtatgaatatcattaccaatatcataccatatcaataataatcatatcagatataatatcatattcattaccatatctattaatatcatatcataccagcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|6 : ttatcgtatagT-TT--CATCAT-----T-ACACT-T--T--TCATAT----TACCA-ATCCAAA--AAAT--TATCATAATGTCATAA-TATAA-CATC-TAT-TAT-TC-AT-ATATTAT-AATA--------------CATATAAT-TAC-TGATATC-TATTAT-----------AA---------T-ATAG-GAATTA--ATAT-ATT---ATATAA-A-ATCG-AT--TATGTACA--TTGATATTAT--ATAATATGA--TATTATGTATA--AAATTAT-AT-----AATATAA--ATATCG-TA-TA----ATATAT-----TAT-ATG----C---ATAT-C--GTATTA------TACCTACATATGA--TATTGGGT----AT-CA-TCATATCAA----AC-AA--------ATCTGTATCATAC--ATATTGTATATAAT--ATAT-CGTATCATA-C-ATACTGT-TCATA-----CA-CTA-TCG---TATATA-------------ATTGTATG-ATAT-----CA-AC---------ATATCGTA--TA-CCATTATGTATCATATATATAATATT--TAATAATC-CATAT----CAT---ATAA-TATTGTATC-ATA-CATATCATATATTCCTACCA-TATCAT-ATTTAATATGTAATCATAGAATAT--A--TTTGTATAAT-ACCATAT-CGTA---TCATA-C-CA--TA---AA-TTGTATAATAT-TG-T-TCATACC---ATAT-CGTAT--A-----T-AC---C-TATTGTA---TCTATC---A--TA-TAAC--TATC----A-TATCACACT---ATACTG-Tccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggatATTACACTTGATCATAATTTACACAATAAA----------AAATAA---AATTA----TCATA----ATGTAATAATATAACATCTATAT-TA-TATATTATAAT-ACATA-CATGATGATTATTCTA-TT--AT--GATA---TAGGATATATATGAA-TAT--ATTATATAAAATCATTATTAT-TGATATAATATG-ATAT----TAAT-TA--TATTTTAT-AAT-ATGATAT--TA----TGT-AACTATTG-ATA---T--ATAT-G-ATT--AATATC---C-TATAATCAT--TAT-TATACC-AT-ATCGTATGAATATTGTAT---CATACCATATCA---AA-CAATATTGTATCATTTA-------CCA---------T-ATTG--T------------TC---ATA--ATATATCGTATCAT-TAC-CATTTTG-TATCA-----ACC---A--TATCA--TACA--ATATTGT-AT-----TATAC-C--AAATTG-TA-TA----ATAT-----TGTAT-TCAATACC---ATAT-C--GTA--A------T-----CATACCAT-TATT--GTAGTCAT-TA-CCATATTCGT---AT-AATATGT-GTATC-ATATCAAACCAGTAT--CGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----a
gi|7 : acaggatttttcatttgtccATTATGAT-ATAGG----A--TAT--ATA----TGAATATAT--TATATAAAATCAT-T-ATT-ATTGATA--TA-ATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GAT-ATTAT-GTAACTATTGATA-TAT------ATGATTAATAT-----CC--TATAA-TCATTATTAT-ACCATATCGTATGAAT-ATTG-TAT-CATACC-ATA-TCAAACAA-TATTGTATCATT--TAC-CATATTGTTCATAAT-------ATAT-CGTATCATTACCAT-TT------TGTAT-CA--ACCA-T--ATC-ATA-CAATAT---T-GTATTAT-ACCAA-ATTGT-ATA---A-TAT---TG-TATTCAATACCATATCGTAA---T-CATACCATT-ATTG--TAGTCATTACCA-TATTCGTAT--AA-TA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-ATCGTATAAGATATCG-TATA-----ATATC-----GTA-GCAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattct-AT---TT---TCATCAT----TAC--A--CTT-TATAAT-AT----TACACA-----ATACTAAA--AAAACTA-TCG--TAATGTACA-TAATATAAATCTATAT-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTAT------GATT---ATTTA-TTAA--AG-A----A-TATAGGA-T---ATAATG-TGAATATGATAT---ATTA-TATAAATCATATTATA-TGATATC-AT-TGATATTATAAATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTAT-TT-CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
gi|9 : acaggTTA-AAT-AT-GG----A--T-TA-ATAGTGTT-AATATATAGTATATAAATTCAT-T-A-TTATT-ATATGC--AT-TGATATTA---TATA------A-ATA--GATGACTAT-GTAA-TATA-ATATTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 11111111
lowQualScore : 222222222222222222222 1111111 22222222 33333333333333333 11111 111111 2222222222222222 4444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333 2222222 111 1111 11 111 222222222222222 11 111 11 111 666666666666666666 1 3333333333 11 22222 222 22222222 2222 333333333 11 1 1 4444444444 1 6666666666666666666666666666 1 11 1 1 11 1 44444444444444444444444444444444444444444444 11111 22 11 222222222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 1 1 1 1 1 44444444444444444 111 33 1 11 8888888888 2 11 33333 1 33333333333333 6666666666 111 11 1 22 22 11 3333333333333333333 11 11 111 1 2222 11 111 33333333333 22222222222222222222222 333 1 2222 2222 222 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888 111 11 111 11111 2222222222 444444444444444444444 11 2222 1111 4444444 222 1111 6666666666666666666666 11 333333333333333333 11 111111 22 3333333333 22222 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333333 1 1 11 11 11 1 222 1 444444444444444 1 3333333333333 1 2222222222222222222222222222222 2222 111 11 3333333333 111 777777777777777777777777777777777777777777777 1 222 1 1 222 11 555555555 111 1 111111 1 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 7777777777777 4 4444444 4 33333 1 1 222222 222 2222 1 44444444 22 2 1 4444 1 1 2 55 55555555555555555 44444444 4 55 4 55
lowQualScore : 3 6 999999999999999999999 99 5 9999999 55 66666666 0 3 55555555555555555 22222 5 5 77 5 5 5 999999 7777777777777777 99 6 4444444444444444444 6 6 6 8888888888888888888888888888888888888 3 6666666 0 444 88 55 0 5 0 2222 88 444 555555555555555 44 666 0 11 444 8 0 555555555555555555 0 6 8 6 88 88 3333333333 11 8 00000 8 0 0 5 11 222 8 00000000 7777 0 3 000000000 11 0 0 3 9999999999 0 3 8 9999999999999999999999999999 2 0 33 3 0 1 0 3 22 3 5 77777777777777777777777777777777777777777777 66666 33 1 66 1 444444444444 0 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 0 0 0 0 3 2 0 88888888888888888 444 55 3 6 77 44 1111111111 8 88 22222 0 5 00000000000000 5555555555 00 666 22 0 2 8888 0 0 1 44 33 2 66 33 44 8 8888 8 4 88 11 5555555555555555555 1 8 11 11 444 0 0 5555 0 11 333 6 6 22222222222 3 6 6 5 99999999999999999999999 77 111 3 1 6 99 3 99 0000 0000 6 99 777 0 6 2222 0 8 9999999999999999999999999999999999999999999999 444 11 6 000 55555 8 4444444444 111111111111111111111 11 1 0000 8 7777 0000000 8 222 4444 2222222222222222222222 99 33 444444444444444444 33 111111 88 2 6666666666 11111 222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 77777777777 7 0 4 1 1 22 11 22 0 333 0 777777777777777 3 0 1 4444444444444 11 0 4444444444444444444444444444444 3 3333 0 777 66 0000000000 777 3 000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 2 000 1 5 1 5 111 1 2 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 7 3 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 1111111111111 6 1 0 6 1 9999999 1 0 1 4 55555 5 5 888888 1 000 3333 5 11111111 66 0 2 5 1111 2 5 5 0 1 55 1 6 88888888888888888 66666666 1 0 6 55 6 0 55 1 1 6
lowQualScore : . . ..................... .. . ....... .. ........ . . ................. ..... . . .. . . . ...... ................ .. . ................... . . . ..................................... . ....... . ... .. .. . . . .... .. ... ............... .. ... . .. ... . . .................. . . . . .. .. .......... .. . ..... . . . . .. ... . ........ .... . . ......... .. . . . .......... . . . ............................ . . .. . . . . . .. . . ............................................ ..... .. . .. . ............ . . ....................................................................... . . . . . . . . . ................. ... .. . . .. .. .......... . .. ..... . . .............. .......... .. ... .. . . .... . . . .. .. . .. .. .. . .... . . .. .. ................... . . .. .. ... . . .... . .. ... . . ........... . . . . ....................... .. ... . . . .. . .. .... .... . .. ... . . .... . . .............................................. ... .. . ... ..... . .......... ..................... .. . .... . .... ....... . ... .... ...................... .. .. .................. .. ...... .. . .......... ..... ... ........................................................................ . ........... . . . . . .. .. .. . ... . ............... . . . ............. .. . ............................... . .... . ... .. .......... ... . ............................................. . . . ... . . . . ... . . .. . ......... ... . . . ...... . . . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . ............. . . . . . ....... . . . . ..... . . ...... . ... .... . ........ .. . . . .... . . . . . .. . . ................. ........ . . . .. . . .. . . .
lowQualScore : 2 7 555555555555555555555 22 7 1111111 99 00000000 1 6 11111111111111111 33333 7 7 99 7 7 7 222222 3333333333333333 22 7 0000000000000000000 7 7 7 5555555555555555555555555555555555555 8 0000000 8 222 88 88 8 0 8 8888 66 000 888888888888888 00 888 8 00 000 0 8 000000000000000000 8 0 0 4 88 88 8888888888 00 0 00000 0 8 8 0 88 444 0 22222222 0000 8 2 666666666 00 5 0 2 2222222222 0 2 8 2222222222222222222222222222 5 0 88 2 0 2 0 2 00 2 0 88888888888888888888888888888888888888888888 22222 88 0 00 0 000000000000 0 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 8 0 0 0 2 5 0 22222222222222222 000 33 3 7 33 33 3333333333 7 77 88888 2 0 55555555555555 5555555555 55 888 00 8 5 0000 8 2 2 55 88 5 55 22 00 0 8888 0 6 88 00 6666666666666666666 0 0 00 22 000 8 6 0000 8 00 888 0 7 33333333333 2 7 7 2 77777777777777777777777 77 777 7 7 7 22 3 22 8888 2222 7 88 888 8 0 8888 8 0 4444444444444444444444444444444444444444444444 000 22 0 222 88888 0 8888888888 888888888888888888888 00 0 6666 0 0000 6666666 0 888 8888 0000000000000000000000 00 55 555555555555555555 55 555555 00 5 8888888888 55555 888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 77777777777 3 3 0 0 0 77 77 33 7 333 7 000000000000000 0 7 0 0000000000000 55 0 0000000000000000000000000000000 2 8888 2 555 55 8888888888 555 2 777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 5 555 0 0 0 0 555 0 5 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 3 3 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 0000000000000 0 0 0 0 0 0000000 0 0 0 0 00000 5 5 000000 0 555 5555 5 00000000 00 0 5 5 0000 5 0 0 0 0 00 0 0 00000000000000000 00000000 0 0 0 00 0 0 00 0 0 0
consensus : ATTATAAT-ATAGG----A--TAT--ATA----T-AATATAT--TATATAAAATC-AT-T-A-T-ATT-ATA--C--AT-TGATATTAATA----TATA------A-ATA-T-G-AT-ATTAT-G--TAA-TATT-A-TATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-AC-CATAT-GT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TAT-GGATCGTTGATAC-CAT-A-TG-TCATAAT-------ATAT-C-GTATCA-TACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATA--------------CATACCATT-ATCGTA-TCA-TACCATTAT---TCGTAT--AA-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCGTATAAAACCATATCGTATA-------CAT--ATCGTA-TTAATAT---------TCGT-ATCATACCATAT---T----TATAA----AT-ATT--T-GTATCATA-CCAT--ATCGT-ATAA-TATT-GTATCATACCGG-TTATTG-TAT-----CAT-CGTATC-A--ATATA--T---A-TAT-CG--TATCACA--CATNGATCATACCN-AT-TGCCATAATATCGTATA-TANA----T---------ATC--ATCCAANTAT-TNTATNACANCACTATATGTCGGTT--CATTA----CATAGCCA-TATCGTTNAT-ACCA-TATC-ATATAATATCGTATCA-TA---------CCA-----TATCG--TATAATACC--ATA-TCGTATAATATGCGTAC-CATAT--------CCATATAAT-ATCG-NTATC-G-ATTACCCATGATCATAAT---CGTA----ATAANAT-CG--T-ACGCATATCC-AATCAATANCCATATATATAATAGTATAACATTTATATC-TACCATATCATA-TACATATCGT-AT-AA-T-ATTGT-AT--CAT--CAT-ACTCTANTACACGTATGANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAA--TATC-ATATCATTCA-AT-TT--CATCATATCA-AT-ATANCAT--TA--ATCGTA-TAA-TATCA-ATN-ATATC--GTATCAATATCA-TA--TAA-CATC-ATA----TCATACC-A-TATCGTAT-AATATCGTA-TCATACCATATCATAT-A--ATAATA-TCGTATCATNNA-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATC-T-A-TC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--ATCGT-ATTAT--AT-AAT--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TTA-TACC---ATAT-C-------GT-A-T------ATCATACCA--TATCGT----ATCG-TCATATCCGTAC-NATATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA-------TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCATTCC-ATA-CGTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATA---TCTCCCAT--ATCATCACTTTAAC-TATCTGCG-TATCA-TACTCAAG-ACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCA--ATTACCGATTCGTA-AATA----ATTC----ATATCATATAAGTCATA------A-CATTACAA-ATCATA--ATAGTCATATC-ATACAGGCCACCCATATCGT--ATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTATAAT-ATAGG----A--TATA-ATA----T-AATATAT--TATATAAAATC-AT-T-A-T-ATT-ATA--C--AT-TGATATTAATA----TATA------A-ATA-T-G-AT-ATTAT-G--TAA-TATT-A-TATTAT------ATAA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-AC-CATATCGT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAAC-A-TATCGGATCGTTGATAC-CAT-A-TG-TCATAAT-------ATAT-C-GTATCA-TACCATATTGTATCATACCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAAT---------------CATACCA-T-ATCGTA-TCA-TACCATTAT---TCGTAT--AA-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA--ATATCGTATAAAACCATATCGTATA-------CAT--ATCGTA-TTAATAT---------TCGT-ATCATACCATAT--------CATAA----AT-ATT--T-GTATCATA-CCAT--ATCGT-ATAA-TATC-GTATCATACCGG-TTATTG-TAT-----CAT-CGTATC-A--ATATA------A-TAT-TG--TATCATA--CATNGANCATANCG-AT-TGCCATAATATCGTATA-TACA----T---------ATC--ATCCAANNAT-TNTANCACANCACTATATGTCGGTT--CATT-----CACAGCCA-TATCGTTNAT-ACCA-TATC-ATATAATATCGTATCA-TA---------CCA-----TATCG--TATAATACCGCATA-TCGTATAATACGCGTAT-CATATATTGT--ACNATATAATCATCGCGTATC-G-ATTACCCATGATCATAAT---CGTA----ATAAN---CG--T-ACGCATATCC-AATCAATANCCATATATATAATAGTATAACATTTATAT--TACCATATCATA-TACATATCGT-AT-AA-T-ATCGT-AT--CAT--CAT-ACTCTANTACACGTATGANT-AT--ATTG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAA--TATC-ATATCATTCA-AT-TT--CATCATATCA-AT-ATACTAT--TA--ATCGTA-TAA-TATCG-ATN-ATAT---GTATCAATATCA-TA--TAA-CATC-ATA----TCATACCCA-TATCGTAT-AATATCGT--TCATACCATATCATAT-A--ATAATA-TCGTATCATNAA-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATC-T-A-TC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--ATCGT-ATTAT--AT-AAT--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TTA--ACC---ATAT-C-------GT-A-T------ATCATACCA--TATCGT----ATTA-TCATATCCATAT-AATATAT-GCATCTGTATCATACCA-TA-------TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-ATTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AATATA-CG--ATATCGT-ACCATNCC-ATACCGTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACGTATAATACGTTGNTATNGATATNAATCGCNTATCCGACGTTTGATAACTATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATATTATATCANCATTAC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-GTATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATA-CATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATAAAGTNTCNCATCAACCATCACTNTAACATGTNTGCGTTACCATTANTCAAGTACAGGTAGGTCGTATNAATACCATATCGATTAATATCATATATAC--AAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCG-GTC-AT-ACCGATATTCGTATA-ATATCGTATCATACCATATCGTTATAA-TCAATATTCATACACACCATATCGTGAAT-AATATCATTANCATAGTCACTATNACCGACTCGTATNATACCATATTNTATAATATCATATAAGTCATACTGTTTATCATTACNATATCGTATCATAGCCATATCGATACAGGCCACCCATATCGTACATACGNCTATNATATCATCATGGA
gi|1 : ATTATA-T-ATAGG----A--TATT-ATA----T-AATATAT--TATATACAATC-AC-TCA-C-ATT-ATA--CTCAT-TGATATTAATA----CATA------GGATA-T-G-AT--TTGT-G--TAA-TATT-A-TATTAT------ATCA-TA--AT-----CG--TATAATTCA-TATTAT-AC-C-TAT--------T-ATCG-TAT-TATACCGATAGTCAAAC-A-TAT-GGGTCGCT--CACTCAT-A--G-CCATAATCAAACCAATAT-T-GTATCA-TACCATATGTTATCATACCATATCGT--CA---ATATTGGTAGCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTG-AT--CACAC---CA-TAT-GTAATA--------------CATATTG-T-ATCATA-TCA-AACCATTAT---TCATATCCGA-TAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTATCATATA--ATATCATATAAAACCATATCGTATA-------CAT--ATCATA-TTAATAT---------TCGT-ATCA-ACCACAT--------CATAA----ATCATT--TCGTATCATAACCAT--ATCGT-CTGA-TATT-GTAT-ATACCGGGTTATTGGTAT-----CATACATATC-A--ATATA------A-TATGCG--CATCATAG-CATNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN----N---------NNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNN----CTTAGCCA-TATTGTTCAT-ACCA-TATC-ATATAATATCGTATCAACA---------CC------TATCA--TATAATACC--ATACTCGTGTAATATGCATAC-CATAT---------TATATAATTATCGCGTATC-A---TACCCAT-ATCATAAT---CGTA----ATAAGAT-CGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---ATACATAGTCGTATAGTATA-ATAT--TGCCAT--CAC--TACATATTGT-AT-AA-T-ATTGT-AT--CAT------ACTCCAGTACTCGTATCACTCAT--ATT--ATA---CCATTATCGC-T--CATAA--TATCGATATCATACA-AT-CTTCCACTATATCA-ATCATGCCAT---A--ATCGTA-TAA-TATCA-ATC-ATGTC--ATATCAATATCA-TA--TAA-CATC-ATA----TCATACCCA-AATCGTAT-AATATTGT---CATAACATATCAAAT-A--ATAATA-TTGTATCATAAA-------CA---------ATCATCATATATAA--ATC-TTA-TC---ATACCATACATCGTATCATACATA---ATTGT-ATCAT--AA-AAT--ATATC-ATCATA--CGGTTCTT----ATCATACC--ATATT-G-TACTA----ATACGT-AACGTAT-CTA--ACC---ATAT-CCG-----GT-ACT------AT--TACCGAGTATCAT----GTAAATCATAACTATATTAATATATAGCATC-GTATCATAC-A-TA-------TCATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATA-CGCGATATTGTCATCATACCCATACTGTATCATACCCCATATA-TCAGTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTC--ATATAATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCC-ATATCATATA---ATAT-CATACCAA-----A-AT---CATATCATGGATCCAATC---AT--A-TCAA--TACCCGCA-TA---TCG--TATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATTAATCGTATCATACCAATATTGGTATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATA-CATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATA---TCTCCCAT--ATCATCACTTTAAC-TATCTGCG-TATCA-TACTCAAG-ACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAAT-ACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCA--ATTACCGATTCGTA-AATA----ATTC----ATATCATATAAGTCATA------A-CATTACAA-ATCATA--ATAGTCATATC-ATACAGGCCACCCATATCGT--ATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATA-CAAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATC-----ATATC-TAT-TAC--AA--TATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTC-ATGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTAT-ACCA-TATC-GTAAAATATTGCATCA-TA---------CCA-----TATCT--TATAATACC
gi|2 : ttgtaTT-AT-G-A-T-ATT-TTA--C--A---AATACTAAAAAAATTATC------A-ATAAT-GTAC-ATAAT-A--TAA-AGCT-AATATTAT------ATA-------T---------TATAATACA-TAT-AT------TATGATG----T-ATC--TAT-TATACT-ATA-
gi|2 : acaggattttcatccattagacactATTATACT-ATAGGTATAA--TATGGATA----T-AATAT-T--TATATAAATCC-AT---A-T-AT--ATA--G--AT-TCATG---ATA----TATA------A-ATA-TTG-AT-ATTA--G--TAT-TAAT-A--ATT-T------ATAA-TA--ATTATATCG--TATA--TCA-TACTATTAC-CATA--GT----------G-TAT-TATACC-ATA------------------CGTTGATAT-CA---------ACAAT-------AT-----GTATCA-T-CCATATTGTATCATA---------A-TA---GTATTTGTA--------------GCA-ATACA-TCTGGTAT--AATAC---CAGTATCGTAATATAAGTGTGAATGTACA-ACCA-T-ATCGT----A-TACCA-TATCGATCATAT--CA-TA-----T-TGTATCATAT-A---CAT-AT-ATCGTATA--AGA---TATA----CATGTCGTAT---------AT--ACC--A-TGAA-------------CAT-ATCATA-CATATTGATTCTGTATTA----AT-ATTGAT-GCAT--TA-CCAT--ATCGTGATAATTATCTGCAT-ATATGGA-TAATTG-------------CGTATC-A--ATAGAATT---A-TAT-TG--TATTACA--CATTGATCATACCT-AT-TGTTATAATATTGTATC-TACATATGT---------ATC--ATCC-AGTAT-TGTATCATATCACTATATATCGGTT--TATT-----CAC--CCATTATCGCT-ATAATCATTATC-ATATAAT-TCGTAT-A-TA---------CCATATTCTATTG--TATAATACCACATA-TCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGAT-ATTGACTATT-GAATTATCCATGATCAT--------TA----ATAA----CG--T-ACACATATTC-AAT--ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATC-TACCA-ATCATATTACATATCGT-AT-AG-T-ATAGTAATCGCAT--CAT-AA-CTAAT-----TGTGATT-AT--ATTG-ATA---TC--TACCAT-----AT-G--TAT--ATATCATTCA-A-------ATCATA--A-AT-ATACCAT--TT--ATTCAATTAA-TTTCATATA-ATAT---GTATCATTATCAGTA--TAA-CATC-ATA----TCAGACCCATTAT-GTAT--ATATCGTTGTCATACC--ATCATAT----AT-----TCGTATCA--GA-------CC---------AT-ATC----ATAACTATC-T-T-TC---ATACCATAT---GTA-CATA-ATAT--ATCAT-ACTATTGAT-AAT--ATATC---CGTA--ACATTA------ATCAAAACAAATATC-GTTA-TATACCATATATAA-TATAT-TT----CCAAGATATAC-------TT-G-T-------TCATACCA--TA-GGT----ATTG-TTATAT-CATAC-CATA------ATT--TATCATACCA-TATTGTATCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATATCG--AC-TTAT-ACCATTCC-ATA-TG-AG-ATATTATGC-AA-CCA----ATCTATAATACATTGTTATAGATATAAATCGCTTATCCGATGTTTAATA--TATTGTATC-ATACCATATCGTATTATTATCATAATATATCACCATTCG----ATCTTAATATGGT-ATC-TG---TA--ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT----CATCACGCA---CTAT--GTAT--A-----A-AT---TATATCATA---CCAG-----AC--A-TC----TAC----GTTATTTTCA-A-ATAATG-TGAggtataatatggatataatatttatataaatccatatatatagattcatgatatataaatattgatattagtattaataatttataataattatatcgtatatcatactattaccatagtgtattataccatacgttgatatcaacaatatgtatcatccatattgtatcataatagtatttgtagcaatacatctggtataataccagtatcgtaatataagtgtgaatgtacaaccatatcgtataccatatcgatcatatcatattgtatcatatacatatatcgtataagatatacatgtcgtatataccatgaacatatcatacatattgattctgtattaatattgatgcattaccatatcgtgataattatctgcatatatggataattgcgtatcaatagaattatattgtattacacattgatcatacctattgttataatattgtatctacatatgtatcatccagtattgtatcatatcactatatatcggtttattcacccattatcgctataatcattatcatataattcgtatataccatattctattgtataataccacatatcgtatcatacgcgtatgtatatattgttcaccatatgatattgactattgaattatccatgatcattaataacgtacacatattcaatatacccatatatataataggatatcctttatatctaccaatcatattacatatcgtatagtatagtaatcgcatcataactaattgtgattatattgatatctaccatatgtatatatcattcaaatcataaatataccatttattcaattaatttcatataatatgtatcattatcagtataacatcatatcagacccattatgtatatatcgttgtcataccatcatatattcgtatcagaccatatcataactatctttcataccatatgtacataatatatcatactattgataatatatccgtaacattaatcaaaacaaatatcgttatataccatatataatatatttccaagatatacttgttcataccataggtattgttatatcataccataatttatcataccatattgtatctcatatggtatatatgtatcatccaattctatataataattgtcttactcaaacatatcgacttataccattccatatgagatattatgcaaccaatctataatacattgttatagatataaatcgcttatccgatgtttaatatattgtatcataccatatcgtattattatcataatatatcaccattcgatcttaatatggtatctgtaatgtcacatatctaatatcatcacgcactatgtataaattatatcataccagacatctacgttattttcaaataatgtgatc
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-AT-AAAT-ATCGT-AT--CATTACAT-ACTCTAC--CACATATGAGC-ATCCATCG-ATA---TCAT-ATCGTAT--CACAA--TATC--TATAATTAC-ATATT--CA--ATATCG-CT-ATAGTATAATA--ATCGCA-TAA-TACCT-ATT-GTATATTGTATCCATAT-A-TA--TAA-CATCTAT-----TCATACC-A-TATCGT-T-A-TATCGT--TCATACCATATCATATGG--GTAATA-CCATATCATTAATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT--T-A-TCGTTATACTATGTATCATAATATATATACAAATCGT-ATTAC--AT-CGTAAATATCAAACATATCGAATTGTATATAATCGTACC--ATATCAA-TA-TA----ATA-GT-A--GTATATTA--ATC----TAT-T-------GT-A-TACTATAATCATACCA--TATCGT----ATC-----------TAC-TACATAT-ACATCTGTATCATACCA-T--------TTATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTCTG--CCATA-----T--TT-------------------GTATCTT-TCCATT----TA-CGTATAATATCGTATCTATCCA---TGCATATAATA-GTTG-TATCGATATCAA--GCC-ATT--ACG-TTGAT-ACCATCATATTTATA-T------TACC---ATCATATTA-GTTAATATTGC----A--T--ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACAATATCATACC---ATATATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCATA---TTGATCTAAAT--ACTCAAATTAC----A-Ttc
gi|4 : cc-AT-TT--CATC-CATCACAT-TTATCAT--TATCA-CATA-TAA-AA--A-ATG-GTATC--ATATTAGTA-CA-TAAATAAACATC-GTAA---TTATA-----TAT--TAT-AATAtttaagatcacaa
gi|4 : acggATTATAATTATAAG----AGATATA-ATA------GATATAC--TATA----ATT-ATAT-A-A-ATC-ATA--------TG-TATTGATG----------------ATA-T---AT-ATTATTG--TAA-TATT-A-TATTATTTTAAGATAA-TA--TT-----CGAGTATAATCAA-TATTAT-AC-CATATCGT-----TTATTGGTATATATACC-ATA-TCAAAC-AATATCTGATCG--GATAC-CAT-AGTA-TTATAAT-------ATATTC-GTCTC--TAAC-TATT--ATCTTAATA-ATCGT--CA---ATATTG-TATCATA---CAAATTGAT-ATA-AGTATTGTAT--AATAC---CA-T-TCGTA-----------------TATACCA-TCATTGTA-TC--TACCATT------C-TAT--AAATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-ATTATATA---------ATAAAACC-TATC--ATA-------AATTAATCGTA-TTAATATATCGAAATATCGT-ATCATACCATA----------ATAA----AT-AAA--T-GTATCATA-TAAT--A-CGT-ATTA-T-TT-GTATCATACCA---TA-TG-TAT-----CAT-C-CAT--A--ATATACATTCCA-TAT-TGTTTACCATATTCATAGA--ATATCGCATCTACC---ATATCGTATA-TATA----TCAATACATGATC--ATTTAA-TATGTTTAATACAACA-TAT-TGTcatacatttaatgattcatattataattataagagatataatagatatactataattatataaatcatatgtattgatgatatatattattgtaatattatattattttaagataatattcgagtataatcaatattataccatatcgtttattggtatatataccatatcaaacaatatctgatcggataccatagtattataatatattcgtctctaactattatcttaataatcgtcaatattgtatcatacaaattgatataagtattgtataataccattcgtatataccatcattgtatctaccattctataaatattgtatcatatcaaatcatattattatataataaaacctatcataaattaatcgtattaatatatcgaaatatcgtatcataccataataaataaatgtatcatataatacgtattatttgtatcataccatatgtatcatccataatatacattccatattgtttaccatattcatagaatatcgcatctaccatatcgtatatatatcaatacatgatcatttaatatgtttaatacaacatattgtat
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatTATCGTATAGTAAAG---T---------ATCGCATC-AACCAT-TATGTAACA----TGTATGC--ATTACCATTAATCGTATAAGTA-TAT-ATTAAT-ACCA-TATCGATATAATATCATATCA-TAAATATCAAACCA-----TATCGGATATAATACC--ATA-T-GTATAATAT-CGTAC-CATAT--------TCATATAAT-ATCG-ATATCAG-A----CCAT-ATCATA-T---CGTATAATATAGTATTCA--T-ACGCATATCC-GATCATTA-CCATAT------CACTATAACACTTGTATCATACCATATTGTA-TA-ATATCAT-ATTCA-T-ACTGT--T--TAT--CATTACCATATTGTAT-CATAACC-AT--ATCG-ATA---TAAT-ATCGT-A--CATACCCTATC-ATATCAT-CA-AC-----CAT--TATCA-GT-ATAATATG-TG--TTCATA-TCA-AA----ACC-ATATC--GTAT-AATACCA-TA--T---CATA-ATAATAATCATACCAA--ATCATAT-CATACCATA-TCATACAATATCGTAT-AGTATAATAATCGCATCATACG-------CA----------T-ATTG--TATAAT-ATCGT-AATC---ATACCATAT--CGTATGA-ATAT-C--ATTACCAATATC-AT-ACC--ATATC-A--ATA--ATA---------ATCATATC--AGAT-----A-TA----ATAT-----CATAT-TCATTACC---ATAT-CTATTAATATCA-T------ATCATACCA--at
gi|6 : tATTATAAT-ATAGG----A---AT---------T-AATATAT--TATATAAAATCGAT-T-A-----T-GTA--C--AT-TGATATT-ATA----T---------A-ATA-T-G-AT-ATTAT-GTATAA-AATT-A-TATAAT------ATAA-AT--AT-----CG--TATAAT--A-TATTAT-ATGCA-----------T-ATCG-TAT-TATACC--T------AC-A-TAT--GATATTGGGTAT-CATCA-TA-TCA-AAC-------AAAT-CTGTATCA-TA-CATATTGTAT-ATAATATATCGTATCATACATACT-GT-TCATACACT--ATCGTATATA----ATTGTAT--GATATCAACA-TATCGT-------------------ATACCATT-AT-GTA-TCA-TA----TA-------TAT--AA-TA-----T-T-TA--AT---AATCCA---T-ATCATATA--ATATTGTATCATA-CATATCATATATTCCTACCAT--ATCATATTTAATAT-----------GTAATCATAGAATATATTTG---TATAATACCAT-A-T--C-GTATCATA-CCATAAATTGT-ATAA-TATT-GT-TCATACCA---TATCG-TATATACCTAT-TGTATCTATCATATA------ACTAT-CA--TATCACA--Cgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatctTGTC-C-ATTACACTTGATCATAATTTACACA----ATAAA-------------AAAT---AA--AATTATCATA-ATGTAATAATATAACATCTATAT--TAT-ATATTATAATACATA-CATGAT-GA-TTATTCT-AT--TAT--GAT-A---TAGGATATATATGAAT-AT--ATTATATAAAATCATTATTAT-TGATATAA--TATG-ATATTAATTATAT-TT--TAT------A-AT-ATGATAT--TA------TG-TAACTATTG-ATATATAT---G-ATTAATATCC-TA--TAATCAT---TA----TTATACC-A-TATCGTATGAATATTGTA-TCATACCATATCA----A--ACAATA-TTGTATCATTTA-------CC---------AT-ATTG-------------T---TC---ATA--ATATATCGTATCAT---TAC----CAT-TTTGT--ATCAACC-ATATC-AT-ACA--ATATTGT-----ATTATACC--AAATT-G-TA-TA----ATAT-----TGTAT-TCAATACC---ATAT-C-------GT-A--------ATCATACCAT-TATTGTAGTCATTA-CCATATTCGTAT-AATATGT-GTATC-ATATCAAACCAGTA-------TCGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----tatactgta
gi|7 : acaggatttttcattATTATGAT-ATAGG----A--TAT--ATA----TGAATATAT--TATATAAAATC-AT-T-ATT-ATTGATA--TA-ATATGATATTAAT-----TATATTTTATA-ATA-T-G-AT-ATTAT-G--TAACTATTGA-TA-TAT------ATGATTAATAT-----CC--TATAA-TCATTATTAT-AC-CATATCGTATGAAT-ATTG-TAT-CATACC-ATA-TCAAACAA-TATTGTATCATT--TAC-CAT-ATTGTTCATAAT-------ATAT-C-GTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCATATCATA-CA---ATATT-GTATTAT--ACCAAATTGT--ATA-A-TATTGTATTCAATAC---CA-TATCGTAAT---------------CATACCATT-ATTGTAGTCATTACCA-TAT---TCGTAT--AA-TA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-ATCGTATAAGATATCGTATA-----ATATCGTA-G-------CAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctTCATCATTAC----ACTT---TATAAT-ATTACA---CA--ATACTAAA--AAAACTA-TCGTA--ATGTAC-ATAATATAAATCTATAT-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTAT------GATT---ATTTA-TTAA--AGA----A-TA---TAGGATATAATG-TGAATATGATAT---ATTAT-ATAAATCATATTATAT-GATATCA-T-TGATATTATAAATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTAT-TT-CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
gi|9 : acaggatttTTA-AAT-AT-GG----A--T-TA-ATAGTGTT-AATATATAGTATATAAATTC-AT-T-A-TTATT-ATATGC--AT-TGATATTA-------TATA------A-ATA---G-ATGACTAT-G--TAA-TATA-A-TATTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 1111 222222222 222222 222222222 3333333333333 222222222 22222 11 1 44444444444 4444444444444444444444444444444444444444 2222222 111 111 1111 11 111 11 222222 111 11 111 11111 111 333333 11111 22222 222 2222 222222 2222222 11 111 666666666666 1 111 55555555555555555555555555555 1 11 1 1 1 1 44444444444444444444444 1 555555555 11111 22 11 222222222222 555555555555555555555 11 1111 1 2222 2222 111111 1 1 1 1 1 1 1 44444444444444444 111 11 1 1 5555555555 1 222 33333 1 33333333333333 4444444444 111 11 1 22 22 11 3333333333333333333 11 11 111 1 2222 11 111 777777777777777777777777777777 22222 222222 1 11 1 11 88888888888888888888888888888888888888888 111 111 11111 22222222222 444444444444444444444 11 11111 1111 4444444 2222 4444444444444444 11 33333333333333333 1 11 1 1111111 22222 111 888888888888888888888888888888888888888888888 1 111 222222 33333333333 1 1 11 1 11 1 222 1 444444444444444 1 33333333333 1 2222222222222222222222222222222 111 111 11 3333333333 111 777777777777777777777777777777777777777777777 1 222 1 1 222 11 555555555 111 1 111111 22 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 22222 1 1 222 1 222 2222 1 222 11 1 1 2222 1 1 1
lowQualScore : 3 6 4444 3 555555555 6 6 99 6 222222 88 666666666 5 1111111111111 6 6 6 99 6 6 6 0 888888888 6 00000 11 0 3 8 0 8 0 00000000000 1 8 8 88 6666666666666666666666666666666666666666 3 6666666 0 444 0 333 0 5 0 1111 88 444 55 66 777777 88 666 0 11 444 8 0 88888 0 8 9 88 444 000000 66666 8 00000 8 0 0 0 222 8 2 5555 111111 8 0 6666666 11 111 333333333333 0 777 8 11111111111111111111111111111 2 0 33 3 0 1 0 3 0 3 5 55555555555555555555555 2 0 000000000 55555 33 1 22 333333333333 333333333333333333333 33 9999 0 1 1 0000 5 1111 2 7 777777 3 2 0 0 0 0 3 2 0 88888888888888888 444 33 3 6 6 3 5555555555 3 444 22222 0 5 00000000000000 4444444444 00 3 666 22 0 2 8888 0 0 1 44 55 2 66 33 44 8 8888 8 88 11 5555555555555555555 1 8 11 11 444 0 0 5555 0 11 333 666666666666666666666666666666 5 88 0 1 33333 8 8 777777 3 0 8 8 8 8 0 8 8 8 0 88 8 3 0 66 6 11 777 555 66666666666666666666666666666666666666666 444 0 0 6 000 55555 8 44444444444 111111111111111111111 11 1 66666 8 7777 0000000 8 5555 0 4444444444444444 5 99 0 99999999999999999 1 0 3 00 0 9999999 11111 222 777777777777777777777777777777777777777777777 7 1 3 666 777777 3 77777777777 1 0 0 1 1 22 0 22 0 333 0 777777777777777 1 0 1 1 11111111111 11 0 4444444444444444444444444444444 3 555 0 777 66 0000000000 777 3 000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 2 000 1 5 1 5 111 1 2 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 00 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 1 77777 5 5 111 5 1 000 3333 5 2 111 88 5 1 5 4444 2 5 5 5
lowQualScore : . . .... . ......... . . .. . ...... .. ......... . ............. . . . .. . . . . ......... . ..... .. . . . . . . ........... . . . .. ........................................ . ....... . ... . ... . . . .... .. ... .. .. ...... .. ... . .. ... . . ..... . . . .. ... ...... ..... . ..... . . . . ... . . .... ...... . . ....... .. ... ............ . ... . ............................. . . .. . . . . . . . . ....................... . . ......... ..... .. . .. ............ ..................... .. .... . . . .... . .... . . ...... . . . . . . . . . ................. ... .. . . . . .......... . ... ..... . . .............. .......... .. . ... .. . . .... . . . .. .. . .. .. .. . .... . .. .. ................... . . .. .. ... . . .... . .. ... .............................. . .. . . ..... . . ...... . . . . . . . . . . . .. . . . .. . .. ... ... ......................................... ... . . . ... ..... . ........... ..................... .. . ..... . .... ....... . .... . ................ . .. . ................. . . . .. . ....... ..... ... ............................................. . . . ... ...... . ........... . . . . . .. . .. . ... . ............... . . . . ........... .. . ............................... . ... . ... .. .......... ... . ............................................. . . . ... . . . . ... . . .. . ......... ... . . . ...... .. . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ..... . . ... . . ... .... . . ... .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 2 7 2222 2 888888888 7 7 22 7 888888 33 888888888 7 8888888888888 7 7 7 22 7 7 7 8 000000000 0 00000 00 8 6 0 8 0 8 88888888888 4 0 0 88 4444444444444444444444444444444444444444 8 0000000 8 222 8 888 8 0 8 6666 66 000 00 44 888888 88 888 8 00 000 0 8 88888 8 6 6 88 888 666666 00000 0 00000 0 8 8 8 444 0 8 8888 222222 2 8 0000000 00 000 000000000000 0 000 8 55555555555555555555555555555 5 0 88 2 0 2 0 2 0 2 0 55555555555555555555555 5 0 555555555 88888 88 0 77 000000000000 555555555555555555555 88 2222 0 0 0 8888 8 2222 0 3 777777 3 0 8 0 0 0 2 5 0 22222222222222222 000 88 3 7 7 3 7777777777 3 333 88888 2 0 55555555555555 2222222222 55 2 888 00 8 5 0000 8 2 2 55 00 5 55 22 00 0 8888 0 88 00 6666666666666666666 0 0 00 22 000 8 6 0000 8 00 888 444444444444444444444444444444 6 88 8 0 44444 0 0 444444 2 8 0 0 0 0 8 0 0 0 8 66 0 6 8 22 0 88 000 666 88888888888888888888888888888888888888888 000 8 8 0 222 88888 0 88888888888 888888888888888888888 00 0 44444 0 0000 6666666 0 4444 8 6666666666666666 0 00 8 99999999999999999 0 0 2 22 0 2222222 55555 888 000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 3 000 333333 7 77777777777 0 3 7 0 0 77 7 33 7 333 7 000000000000000 0 7 0 0 88888888888 55 0 0000000000000000000000000000000 2 555 2 555 55 8888888888 555 2 888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 5 555 0 0 0 0 555 0 5 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 77 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 0 55555 5 5 000 0 0 555 5555 5 5 555 55 5 0 5 0000 5 0 0 5
consensus : ATTATAAT-ATAGG----ATAT--ATA----T-A-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-AT-ATT-ATA--C--A-T-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TAATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACCATATCGTA----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAACAATATN-GTATCGTTGATAC-CAT-A-T-GT-CATAAT-------ATAT-C-GTATCAT-ACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCAT-ACCATTATTCGTAT--A--A-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCATATA---ATATCGTATAAAACCATATCGTATA-------CAT--ATCGTA-T-TAATAT---------T--CGT-ATCAT--ACCATATT-------TATA-AAT-AT----T--T-GTATCATA-CCAT--ATCGT-ATAA-TAT-TGTATCATACCGG-TTATTG-TAT-----CAT-CGTATCAAT-ATA-----TA--TAT-CG--TATCACA--CATNGATCATACC-CAT-TGCCATAATATCGTAT----A-TATA-T---------ATC--ATCCAANTAT-TNTATNACANCACTATATGT----CCGTTNATCGCATAGCCA-TATCGTTNAT-ACCA-TATC-ATATAATATCGTATCA-TA---------CCA-----TATCG--TATAATAC--CATA-TCGTATAATATGCGTAC-CATAT--------TCATATAAT-ATCG-C-TATC-G-ATTACCCATGATCATAAT---CGTA----ATAANAT-CG--T-ACGCATATCC-AATCAATANCCATATATATAATAGTATAACATTTATATC-TACCATATCATA-TACATATCGT-AT-AA-T-ATTGT-AT--CAT--CAT-ACTCTANTACACGTATGANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAA--TATC-ATATCATT--CA-AT-T-T--CA-------------TCATATCAAT-ATACCAT--TAATCGTA-TAA-TATCG-ATN--ATATCGTATCAATA-TCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CC-A-TATCGTAT-AATATCG-TATCATACCATATCATAT-AATAATATCGTATCATNNA-------CN---------AT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--ATCG-TATTAT--AT-AA-T--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TT-A-TACCATAT-C--GTA-T------ATCATACCA--TATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTATAAT-ATAGG----ATAT--ATA----T-A-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-AT-ATT-ATA--C--A-T-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TAATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACCATAT-GT-----T-ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAACA-TATG-G-ATCGTTGATAC-CAT-A-T-GT-CATAAT-------ATAT-C-GTATCAT-ACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCATTATCGTA-TCAT-ACCATTATTCGTAT--A--A-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCGTATA---ATATCGTATAAAACCATATCGTATA-------CAT--ATCGTA-T-TAATAT---------T--CGT-ATCAT--ACCATATT-------TATA-AAT-AT----T--T-GTATCATA-CCAT--ATCGT-ATAA-TAT-TGTATCATACCGG-TTATTG-TAT-----CAT-CGTATCAAT-ATA-----TA--TAT-CG--TATCACA--CATNGATCATACC-NAT-TGCCATAATATCGTAT----A-TANA-T---------ATC--ATCCAANTAT-TNTATNACANCACTATATGT----CGGTTCATTACATAGCCA-TATCGTTNAT-ACCA-TATC-ATATAATATCGTATCA-TA---------CCA-----TATCG--TATAATAC--CATA-TCGTATAATATGCGTAC-CATAT--------CCATATAAT-ATCG-N-TATC-G-ATTACCCATGATCATAAT---CGTA----ATAANAT-CG--T-ACGCATATCC-AATCAATANCCATATATATAATAGTATAACATTTATATC-TACCATATCATA-TACATATCGT-AT-AA-T-ATTGT-AT--CAT--CAT-ACTCTANTACACGTATGANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAA--TATC-ATATCATT--CA-AT-T-T--CA-------------TCATATCAAT-ATANCAT--TAATCGTA-TAA-TATCA-ATN--ATATCGTATCAATA-TCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CC-A-TATCGTAT-AATATCG-TATCATACCATATCATAT-AATAATATCGTATCATNNA-------CA---------AT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--ATCG-TATTAT--AT-AA-T--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TT-A-TACCATAT-C--GTA-T------ATCATACCA--TATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACNA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTATA-T-ATAGG----ATATT-ATA----T-A-ATATAT--TATATACAATC-AC-TCAC-ATT-ATA--CTCA-T-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT--TTGT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TCATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACC---T-AT-----T-ATCG-TAT-TATACCGATAGTCAAACA-TATG-G-GTCGCT--CACTCAT-A---GC-CATAATCAAACCAATAT-T-GTATCAT-ACCATATGTTATCATACCATATCGT--CA---ATATTGGTAGCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTG-AT--CACAC---CA-TAT-GTAATACATATTGT-ATCATA-TCAA-ACCATTATTCATATCCG--A-TAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTATCATATA---ATATCATATAAAACCATATCGTATA-------CAT--ATCATA-T-TAATAT---------T--CGT-ATCA---ACCACATC--------ATA-AATCAT----T--TCGTATCATAACCAT--ATCGT-CTGA-TAT-TGTAT-ATACCGGGTTATTGGTAT-----CATACATATCAAT-ATA------A--TATGCG--CATCATAG-CATNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----N-NNNN-N---------NNN--NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNCTTAGCCA-TATTGTTCAT-ACCA-TATC-ATATAATATCGTATCAACA---------CC------TATCA--TATAATAC--CATACTCGTGTAATATGCATAC-CATAT--------T-ATATAATTATCG-CGTATC-A---TACCCAT-ATCATAAT---CGTA----ATAAGAT-CGGGTGATGCATACCTTAATCAATATC---ATACATAGTCGTATAGTATA-ATAT--TGCCAT--CAC--TACATATTGT-AT-AA-T-ATTGT-AT--CAT------ACTCCAGTACTCGTATCACTCAT--ATT--ATA---CCATTATCGC-T--CATAA--TATCGATATCATA--CA-AT-C-TTCCA-------------CTATATCAATCATGCCAT---AATCGTA-TAA-TATCA-ATC--ATGTCATATCAATA-TCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CCCA-AATCGTAT-AATATTG-T--CATAACATATCAAAT-AATAATATTGTATCATAAA-------CA---------ATCATCATATATAA--ATC-TTATC---ATACCATACATCGTATCATACATA---ATTG-TATCAT--AA-AA-T--ATATC-ATCATA--CGGTTCTT----ATCATACC--ATATT-G-TACTA----ATACGT-AACGTAT-CT-A--ACCATAT-CCGGTACT------AT--TACCGAGTATCATG-TAAAT---CATAACTATATTAATATATAGCATC-GTATCATAC-A-TA--TCATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATA-CGCGATATTGTCATCATACCCATACTGTATCATACCCCATATA-TCAGTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTC--ATATAATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCC-ATATCATATA---ATAT-CATACCAA-----A-AT---CATATCATGGATCCAATC---AT--A-TCAA--TACCCGCA-TA---TCG--TATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATTAATCGTATCATACCAATATTGGTATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATAC-ATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAAT-ACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATAC-AAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATCA-----TATC-TAT-TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCA-TGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTAT-ACCA-TATC-GTAAAATATTGCATCA-TA---------CCA-----TATCT--TATAATAC--C
gi|2 : ttgtaATTATACT-ATAGGTATAATATGGATA----T-A-ATAT-T--TATATAAATCC-AT---AT-AT--ATA--G--A-T-TCATG---ATATATA------A-ATATTGAT-ATTA--G--TAT-TAAT-A-AT-T-T------A--TAATAATTATATCG--TATA--TCAT-ACTATTACCATA--GT----------G-TAT-TATACC-ATA------------------CGTTGATAT-CA----------ACAAT-------AT-----GTATCAT--CCATATTGTATCATA---------A-TA---GTATTTGTA--------------GCA-ATACA-TCTGGTAT--AATAC---CAGTATCGTAATATA-AGTGTGAATGTA--CA--ACCAT-AT-CGTAT--ACCA-TA-----T-CG-ATCATATCATAT--T-GT-ATCATATACATATATCGTATAAGA--------TATA-------CAT--GTCGTA-TATACCAT---------GAACAT-ATCAT--A-CATATTGATTCTGTATT-AAT-AT----TGAT-GCAT--TA-CCAT--ATCGTGATAATTATCTGCAT-ATATGGA-TAATTG-------------CGTATCAAT-AGAAT---TA--TAT-TG--TATTACA--CATTGATCATACC-TAT-TGTTATAATATTGTATCTACA-TATG-T---------ATC--ATCC-AGTAT-TGTATCATATCACTATATAT----CGGTTTATT-CAC--CCATTATCGCT-ATAATCATTATC-ATATAAT-TCGTAT-A-TA---------CCATATTCTATTG--TATAATACCACATA-TCGTATCATACGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGAT-ATTGAC-TATT-GAATTATCCATGATCAT--------TA----ATAA----CG--T-ACACATATTC-AAT--ATACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATC-TACCA-ATCATATTACATATCGT-AT-AG-T-ATAGTAATCGCAT--CAT-AA-CTAAT-----TGTGATT-AT--ATTG-ATA---TC--TACCAT-----AT-G--TAT--ATATCATT--CA-A--------A-------------TCATA--AAT-ATACCAT--TTATTCAATTAA-TTTCATATA--ATAT-GTATCATTA-TCAGTATAA-CATC-ATATCAGACCC-ATTAT-GTAT--ATATCGTTGTCATACC--ATCATAT--AT----TCGTATCA--GA-------CC---------AT-ATC----ATAACTATC-T-TTC---ATACCATAT---GTA-CATA-ATAT--ATCA-TACTATTGAT-AA-T--ATATC---CGTA--ACATTA------ATCAAAACAAATATC-GTTA-TATACCATATATAA-TATAT-TT-C-CAAGATATAC--TTG-T-------TCATACCA--TA-GGTA-TTG-T---TATAT-CATACCA-TA-AT-TTATC-ATACCATATTG-TATCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATATCG--AC-TTAT-ACCAT-TCCATAT-G-AG-ATATTATGC-AA-CCA----ATCTATAATACATTGTTATAGATATAAATCGCTTATCCGATGTTTAATA--TATTGTATC-ATACCATATCGTATTATTATCATAATATATCACCATTCG----ATCTTAATATGGT-ATC-TG---TA--ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT----CATCACGCA---CTAT--GTAT--A-----A-AT---TATATCATA---CCAG-----AC--A-TC----TAC----GTTATTTTCA-A-ATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-AT-AAAT-ATCGT-AT--CATTACAT-ACTCTAC--CACATATGAGC-ATCCATCG-ATA---TCAT-ATCGTAT--CACAA--TATC--TATAATT--AC-ATAT-T--CA---------------ATATCGCT-ATAGTATAATAATCGCA-TAA-TACCT-ATTGTATATTGTATCCATA-T-A-TATAA-CATCTAT-TCATA-CC-A-TATCGT-T--ATATCG-T-TCATACCATATCATATGGGTAATACCATATCATTAATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT--T-ATCGTTATACTATGTATCATAATATATATACAAATCG-TATTAC--AT-CG-TAAATATCAAACATATCGAATTGTATATAATCGTACC--ATATCAA-TA-TA----ATA-GT-A--GTATATT-A--ATC-TAT-T--GTA-TACTATAATCATACCA--TATCGTA-TC--------------TACTA-CATAT-ACATCTGTATCATACCA-T---TTATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTCTG--CCATA-----T--TT-------------------GTATCTT-TCCAT-T---TAC-GTATAATATCGTATCTATCCA---TGCATATAATA-GTTG-TATCGATATCAA--GCC-ATT--ACG-TTGAT-ACCATCATATTTATA-T------TACC---ATCATATTA-GTTAATATTGC----A--T--ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACAATATCATACC---ATATATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCATA---TTGATCTAAAT--ACTCAAATTAC----A-Ttc
gi|4 : ccATTATAATTATAAG----AGAT--ATAA---T-AGATATAC--TATA----ATT-ATAT-AA-ATC-ATA---------TG-TATTGATG------------ATAT--AT-ATTATTG--TAA-TATT-ATAT-TATTTTAAGA--TAATATT-----CGAGTATAATCAAT-ATTAT-ACCATATCGT-----TTATTGGTATATATACC-ATA-TCAAACAATATCTG-ATCG--GATAC-CAT-AGT-AT-TATAAT-------ATATTC-GTCTC-T-AAC-TATT--ATCTTAATA-ATCGT--CA---ATATTG-TATCATA---CAAATTGAT-ATA-AGTATTGTAT--AATAC---CA-T-TCGTA---TATACCATCATTGTA-TC-T-ACCATT---C-TAT--A--AATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-ATTATATA----------ATAAAACC-TATC--ATA-------AATTAATCGTA-T-TAATATATCGAAATAT--CGT-ATCAT--ACCATA----------ATA-AAT-AA----A--T-GTATCATA-TAAT--A-CGT-ATTA-T-T-TGTATCATACCA---TA-TG-TAT-----CAT-C-CAT-AAT-ATACATTCCA--TAT-TGTTTACCATATTCATAGA--ATATCGCATCTACC---ATATCGTAT----A-TATA-TCAATACATGATC--ATTTAA-TATGTTTAATACAACA-TAT-TGT----tttaagatcacaa
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatTATCGTAT----AGTAAAGT---------ATCGCATC-AACCAT-TATGTAACA----TGTATGCATTACCATTAATCGTATAAGTA-TAT-ATTAAT-ACCA-TATCGATATAATATCATATCA-TAAATATCAAACCA-----TATCGGATATAATAC--CATA-T-GTATAATAT-CGTAC-CATAT--------TCATATAAT-ATCG-A-TATCAG-A----CCAT-ATCATA-T---CGTATAATATAGTATTCA--T-ACGCATATCC-GATCATTA-CCATAT------CACTATAACACTTGTATCATACCATATTGTA-TA-ATATCAT-ATTCA-T-ACTGT--T--TAT--CATTACCATATTGTAT-CATAACC-AT--ATCG-ATA---TAAT-ATCGT-A--CATACCCTATC-ATATCATCAACC-AT-TAT--CAGTATAATATGTGTTCATATCAA--A-ACCAT----ATCGTA-TAA-TACCA-------TATCATAATAATAATCA-TACCA-AATC-ATATCATA-CC-A-TATCATAC-AATATCG-TAT-A---------GTAT-AATA--ATCGCATCATACG-------C----------AT-ATTG--TATAAT-ATCGTAATC---ATACC--ATATCGTATGA-ATAT-C--ATTACCAATATC-AT-AC-C--ATATC-A--ATA--ATA---------ATCATATC--AGA-----TA-TA----ATAT-----CATAT-TC-ATTACCATAT-C---TA-T-------TAATATCA--TATCATA-CCA-G---CATat
gi|6 : tATTATAAT-ATAGG----A-AT---------T-A-ATATAT--TATATAAAATCGAT-T-A----T-GTA--C--A-T-TGATATT-ATAT---------A-ATAT-GAT-ATTAT-GTATAA-AATT-ATAT-AAT------A--TAAATAT-----CG--TATAAT--AT-ATT------ATAT-GCA----T-ATCG-TAT-TATACC--T------ACA-TATG-ATATTG--GGTAT-CATCA-T-AT-CA-AAC-------AAAT-CTGTATCAT-A-CATATTGTAT-ATAATATATCGTATCATACATACT-GT-TCATACACT--ATCGTATATA----ATTGTAT--GATATCAACA-TATCGT-----ATACCATTAT-GTA-TCAT-A----TA----TAT--A--A-TA-----T-T-TA--AT---AATCCA---T-ATCATATA---ATATTGTATCATA-CATATCATATATTCCTACCAT--ATCATATT-TAATAT-------------GTAATCATAGAATATATT-------TGTATAAT-ACCATAT--C-GTATCATA-CCATAAATTGT-ATAA-TAT-TGT-TCATACCA---TATCG-TATATACCTAT-TGTATCTATCATA-----TAACTAT-CA--TATCACA--Cctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatct-TGTC-C-ATTACACTTGATCATAATTTACACA----ATAAAA------------A-AT---AA--AATTATCATA-ATGTAATAATATAACATCTATAT--TAT-ATATTATAATACATA-CATGAT-GA-TTATTCT-AT--TAT--GAT-A---TAGGATATATATGAAT-AT--ATTATATAAAATCATTATTAT-TGATATAA--TATG-ATATTAAT--TATAT-T-T--TA-------------T------AAT-ATGATAT--TA----TG-TAACTATTG-ATAT-ATAT-G-ATTAATA-TCC-TATAATCAT---TATTATA-CC-A-TATCGTATGAATATTG-TATCATACCATATCA----AACAATATTGTATCATTTA-------CC---------AT-ATTG--T-------------TC---ATA--ATATATCGTATCAT---TAC----CA-TTTTGT--ATCAACC--ATATC-AT-ACA--ATATTGT-----ATTATACC--AAATT-G-TA-TA----ATAT-----TGTAT-TCAA-TACCATAT-C--GTA--------ATCATACCAT-TATTGTAGTCA-TTACCATATTCGTATAA-TATGT-GTATC-ATATCAAACCAGTA--TCGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----tatactgta
gi|7 : acaggatttttcattATTATGAT-ATAGG----ATAT--ATA----TGA-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-ATTATTGATA--T--AATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAACTATTGATATATAT------GATTAATA-T-----CC--TATAAT-CATTATTAT-ACCATATCGTATGAAT-ATTG-TAT-CATACC-ATA-TCAAACAATATT-GTATCATT--TAC-CAT-A-TTGTTCATAAT-------ATAT-C-GTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCATATCATA-CA---ATATTG-TATTATA--CCAAATTGTA--TA-A-TATTGTATTCAATAC---CA-TATCGTAAT-CATACCATTATTGTAGTCATTACCAT-ATTCGTAT--A--A-TA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-ATCGTATAAG-ATATCGTATA-----ATATCGTA-G-------CAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctTCATCATTAC----ACTT---TATAAT-ATTACA---CA--ATACTAAA--AAAACTA-TCGTA--ATGTAC-ATAATATAAATCTATAT-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTAT------GATT---ATTTA-TTAA--AGA----A-TA---TAGGATATAATG-TGAATATGATAT---ATTAT-ATAAATCATATTATAT-GATATCA-T-TGATATTATAAATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTATTT--CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
gi|9 : acaggatttTTA-AAT-AT-GG----ATTA--ATAGTGTT-A-ATATATAGTATATAAATTC-AT-T-ATTATT-ATATGC--A-T-TGATATTA---TATA------A-ATA--GATGACTAT-G--TAA-TATA-ATAT-Tat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 222222222 222222 222222222 3333333333333 222222222 22222 11 1 3333333333 444444444444444444444444444444444444 2222222 111 1111 11 111 222222222222222 11 111 11 111 11111 111 22222 1111111 1111111 22222 222 22222222222 2222222 666666666666 111 44444444444444444444444444444 11 11 22 4444444444444444444444444 444444444 11 2222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 22 2222 1 1 11 1 222222 11 1 1 66666666666666666 1 33333333333 222222 66666666666666666666666666666 1 11 11 222 222 11 444444444444444444 11 11 22 111 1 33333 111 3333333333333333333 22222 4444444444444 1 111 11 2222 111111 777777777777777777777777777777777777777777777 111 11 2222 11 1 22 1111 1111 3333333 11 111 1 2222 3333333 1 222 1111 444444444 22 44444444444444444 1 11 1 1111111 22222 111 888888888888888888888888888888888888888888888 1 111 222222 33333333333 1 1 11 1 11 1 222 1 444444444444444 1 33333333333 1 2222222222222222222222222222222 111 111 11 3333333333 111 777777777777777777777777777777777777777777777 1 222 1 1 222 11 555555555 111 1 111111 22 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 22222 1 1 222 1 222 2222 1 222 11 1 1 2222 1 1 1
lowQualScore : 3 6 4444 3 555555555 6 6 99 6 222222 88 666666666 5 1111111111111 6 6 6 99 6 6 6 0 888888888 6 00000 11 0 3 8 8 5 1111111111 1 8 8 88 444444444444444444444444444444444444 3 6666666 0 444 88 55 0 5 0 1111 88 444 555555555555555 44 666 0 11 444 8 0 88888 0 8 9 88 444 00000 5 2222222 8888888 3 33333 000 5 55555555555 5 1111111 99 8 8 555555555555 8 8 111 8 55555555555555555555555555555 8 11 0 11 8 8 0 8 0 11 5555555555555555555555555 44 8 666666666 8 99 1111 4 9 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 00 4444 0 0 33 2 0 888888 0 33 3 8888 7 3 3 00000000000000000 4 3 0 55555555555 22 6 777777 11 22222222222222222222222222222 0 1 2 22 44 1 00 111 0 2 66 444 44 8 8 8 2 8 11 777777777777777777 11 1 8 11 11 444 0 0 22222 0 666 3 22 8 7777777777777777777 8 33333 1 8 8 0000000000000 3 0 8 0 8 333 0 8 8 8 11 88 22 2222 0 888888 0 8 333333333333333333333333333333333333333333333 444 3 9 66 3333 33 0 33 9999 5555 8888888 33 444 0 1111 8888888 0 666 0 3 7777 555555555 2 33 33 88888888888888888 1 0 3 00 0 9999999 11111 222 777777777777777777777777777777777777777777777 7 1 3 666 777777 3 77777777777 1 0 0 1 1 22 0 22 0 333 0 777777777777777 1 0 1 1 11111111111 11 0 4444444444444444444444444444444 3 555 0 777 66 0000000000 777 3 000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 2 000 1 5 1 5 111 1 2 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 00 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 1 77777 5 5 111 5 1 000 3333 5 2 111 88 5 1 5 4444 2 5 5 5
lowQualScore : . . .... . ......... . . .. . ...... .. ......... . ............. . . . .. . . . . ......... . ..... .. . . . . . .......... . . . .. .................................... . ....... . ... .. .. . . . .... .. ... ............... .. ... . .. ... . . ..... . . . .. ... ..... . ....... ....... . ..... ... . ........... . ....... .. . . ............ . . ... . ............................. . .. . .. . . . . . .. ......................... .. . ......... . .. .... . . . .................................................................................... .. .. .... . . .. . . ...... . .. . .... . . . ................. . . . ........... .. . ...... .. ............................. . . . .. .. . .. ... . . .. ... .. . . . . . .. .................. .. . . .. .. ... . . ..... . ... . .. . ................... . ..... . . . ............. . . . . . ... . . . . .. .. .. .... . ...... . . ............................................. ... . . .. .... .. . .. .... .... ....... .. ... . .... ....... . ... . . .... ......... . .. .. ................. . . . .. . ....... ..... ... ............................................. . . . ... ...... . ........... . . . . . .. . .. . ... . ............... . . . . ........... .. . ............................... . ... . ... .. .......... ... . ............................................. . . . ... . . . . ... . . .. . ......... ... . . . ...... .. . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ..... . . ... . . ... .... . . ... .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 2 7 2222 2 888888888 7 7 22 7 888888 33 888888888 7 8888888888888 7 7 7 22 7 7 7 8 000000000 0 00000 00 8 6 0 0 6 2222222222 4 0 0 88 444444444444444444444444444444444444 8 0000000 8 222 88 88 8 0 8 6666 66 000 888888888888888 00 888 8 00 000 0 8 88888 8 6 6 88 888 00000 2 0000000 7777777 5 22222 888 2 77777777777 2 7777777 22 0 0 666666666666 0 0 888 2 22222222222222222222222222222 0 00 8 00 0 0 8 0 8 22 6666666666666666666666666 22 0 666666666 0 00 2222 5 5 8 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 77 5555 0 0 22 5 0 222222 2 88 3 0000 0 3 7 00000000000000000 0 3 7 88888888888 88 5 000000 55 00000000000000000000000000000 0 0 5 55 00 2 55 555 8 5 55 555 00 0 0 0 2 0 00 888888888888888888 00 0 0 00 22 000 8 6 88888 8 888 2 88 0 6666666666666666666 0 44444 4 0 0 4444444444444 2 8 0 8 0 888 8 0 0 0 66 66 22 8888 8 000000 8 0 888888888888888888888888888888888888888888888 000 2 8 22 5555 88 0 88 2222 5555 5555555 88 000 0 2222 0000000 0 222 2 2 8888 222222222 5 88 55 22222222222222222 2 0 2 22 0 2222222 55555 888 000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 3 000 333333 7 77777777777 0 3 7 0 0 77 7 33 7 333 7 000000000000000 0 7 0 0 88888888888 55 0 0000000000000000000000000000000 2 555 2 555 55 8888888888 555 2 777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 5 555 0 0 0 0 555 0 5 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 77 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 0 55555 5 5 000 0 0 555 5555 5 5 555 55 5 0 5 0000 5 0 0 5
consensus : ATTATAAT-ATAGG----ATAT--ATA----T-A-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-AT-ATT-ATA--C--A-T-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TAATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACCATATCGTAT----ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAACAATATNGTATCGTTGATAC-CAT-A-TG-TCATAAT-------ATAT-C-GTATCA-TACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCA-TACCATTAT-CGTAT--A--A-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-TT-ATCATATA---ATATCGTATAAA--ACCAT--ATCGTATA-------CAT--ATCGTA-T-TAATAT---------T--CG-T-ATCAT--ACCATATC-------TATA-AAT-AT----T--T-GTATCATA-CCAT--ATCG--T-ATAA-TAT-TGTAT-CATACCG--TTATCG-TAT-----CAT-CGTATCAAT-ATA-----TA--TAT-CG--TATCACA--CATNGACCATATC-CAT-TGCCATAATATCGTAT----ATATAT---------ATCATCCAAGTAT-TNTANCACANCACTATATGTCGGTTTATCGCATA-CCG-TATCGTTCAT-ACCA-TATCA-TATAATA-TCGTATCA-TACCA-----TATCGTATAATAC--CATA-TCGTGTCATA-CGCGTAT---CATATT-------ATATNAT-ATCG-C-TATCG-ATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAANATCG--T-ACGCATACCC-AATCA----AT-ANCCATATATATAATAGTATAACATNTATAT-TACCATATCATA-TACATATCGT-ATAA-T-ATCGT-AT--CAT--NATANTCTAGTACACATAT--GANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATNATTCA-AT-TT--CATCATATCAAT-ATAC-CAT--TAATCGTA-TAA-TATCGT------ATN--ATATCGTATCAATATCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CC-A-TATCGTAT-AATATCG-T-TCATACCATATCANAT-AATAATATCGTAT-CAT----------------TAACCAT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATACATAC--ATCGTATTAT--AT-AAT--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TT-ACACCATAT-C--GTA-T------ATCATACCA--TATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTATAAT-ATAGG----ATAT--ATA----T-A-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-AT-ATT-ATA--C--A-T-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TAATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACCATATCGTAT----ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAACAATATNGTATCGTTGATAC-CAT-A-TG-TCATAAT-------ATAT-C-GTATCA-TACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCA-TACCATTATTCGTAT--A--A-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-NT-ATCATATA---ATATCGTATAAA--ACCAT--ATCGTATA-------CAT--ATCGTA-T-TAATAT---------T--CG-T-ATCAT--ACCATATT-------TATA-AAT-AT----T--T-GTATCATA-CCAT--ATCG--T-ATAA-TAT-TGTAT-CATACCGG-TTATTG-TAT-----CAT-CGTATCAAT-ATA-----TA--TAT-CG--TATCACA--CATNGATCATACC-CAT-TGCCATAATATCGTAT----ATATAT---------ATCATCCAANTAT-TNTATNACANCACTATATGTCCGTTNATCGCATAGCCA-TATCGTTNAT-ACCA-TATCA-TATAATA-TCGTATCA-TACCA-----TATCGTATAATAC--CATA-TCGTATAATA-TGCGTAC---CATATT------CATATAAT-ATCG-C-TATCG-ATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAANATCG--T-ACGCATATCC-AATCA----AT-ANCCATATATATAATAGTATAACATTTATATCTACCATATCATA-TACATATCGT-ATAA-T-ATTGT-AT--CAT--CATACTCTANTACACGTAT--GANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATCATTCA-AT-TT--CATCATATCAAT-ATAC-CAT--TAATCGTA-TAA-TATCG-------ATN--ATATCGTATCAATATCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CC-A-TATCGTAT-AATATCG-TATCATACCATATCATAT-AATAATATCGTAT-CAT----------------NNACNAT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATATATAC--ATCGTATTAT--AT-AAT--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TT-ATACCATAT-C--GTA-T------ATCATACCA--TATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTATA-T-ATAGG----ATATT-ATA----T-A-ATATAT--TATATACAATC-AC-TCAC-ATT-ATA--CTCA-T-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT--TTGT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TCATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACC-TAT----T----ATCG-TAT-TATACCGATAGTCAAACA-TATGG-GTCGCT--CACTCAT-A--G-CCATAATCAAACCAATAT-T-GTATCA-TACCATATGTTATCATACCATATCGT--CA---ATATTGGTAGCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTG-AT--CACAC---CA-TAT-GTAATACATATTGT-ATCATA-TCA-AACCATTATTCATATCCG--A-TAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCAT-TTTATCATATA---ATATCATATAAA--ACCAT--ATCGTATA-------CAT--ATCATA-T-TAATAT---------T--CG-T-ATCA---ACCACATC--------ATA-AATCAT----T--TCGTATCATAACCAT--ATCG--T-CTGA-TAT-TGTAT--ATACCGGGTTATTGGTAT-----CATACATATCAAT-ATA------A--TATGCG--CATCATAG-CATNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTAGCCA-TATTGTTCAT-ACCA-TATCA-TATAATA-TCGTATCAACACC------TATCATATAATAC--CATACTCGTGTAATA-TGCATAC---CATATT-------ATATAATTATCG-CGTATCA---TACCCAT-ATCATAAT---CGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCA----AT-ATC---ATACATAGTCGTATAGTATA-ATAT-TGCCAT--CAC--TACATATTGT-ATAA-T-ATTGT-AT--CAT-----ACTCCAGTACTCGTAT--CACTCAT--ATT--ATA---CCATTATCGC-T--CATAATATCGATATCATACA-AT-CTTCCACTATATCAATCATGC-CAT---AATCGTA-TAA-TATCA-------ATC--ATGTCATATCAATATCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CCCA-AATCGTAT-AATATTG-T--CATAACATATCAAAT-AATAATATTGTAT-CAT----------------AAACAATCATCATATATAA--ATC-TTATC---ATACCATACATCGTATCATACATA---ATTGTATCAT--AA-AAT--ATATC-ATCATA--CGGTTCTT----ATCATACC--ATATT-G-TACTA----ATACGT-AACGTAT-CT-A-ACCATAT-CCGGTACT------AT--TACCGAGTATCATG-TAAAT---CATAACTATATTAATATATAGCATC-GTATCATAC-A-TA--TCATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTCAATATA-CGCGATATTGTCATCATACCCATACTGTATCATACCCCATATA-TCAGTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTC--ATATAATCATT-CG---TATCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCC-ATATCATATA---ATAT-CATACCAA-----A-AT---CATATCATGGATCCAATC---AT--A-TCAA--TACCCGCA-TA---TCG--TATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATTAATCGTATCATACCAATATTGGTATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATAC-ATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAAT-ACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATAC-AAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATCA-----TATC-TAT-TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCA-TGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTAT-ACCA-TATCG-TAAAATA-TTGCATCA-TACCA-----TATCTTATAATAC--C
gi|2 : ttgtaATTATACT-ATAGGTATAATATGGATA----T-A-ATAT-T--TATATAAATCC-AT---AT-AT--ATA--G--A-T-TCATG---ATATATA------A-ATATTGAT-ATTA--G--TAT-TAAT-A-AT-T-T------A--TAATAATTATATCG--TATA--TCAT-ACTATTACCATA--GT---------G-TAT-TATACC-ATA-----------------CGTTGATAT-CA---------ACAAT-------AT-----GTATCA-T-CCATATTGTATCATA---------A-TA---GTATTTGTA--------------GCA-ATACA-TCTGGTAT--AATAC---CAGTATCGTAATATA-AGTGTGAATGTA--CA--ACCAT-AT-CGTAT--ACCA-TA-----T-CG-ATCATATCATAT--T-GT-ATCATATACATATATCGTATAAG--A----------TATA-------CAT--GTCGTA-TATACCAT---------GAACA-T-ATCAT--A-CATATTGATTCTGTATT-AAT-AT----TGAT-GCAT--TA-CCAT--ATCG--TGATAATTATCTGCAT--ATATGGA-TAATTG-------------CGTATCAAT-AGAAT---TA--TAT-TG--TATTACA--CATTGATCATACC-TAT-TGTTATAATATTGTATCTACATATGT---------ATCATCC-AGTAT-TGTATCATATCACTATATATCGGTTTATT-CAC--CCATTATCGCT-ATAATCATTATCA-TATAAT--TCGTAT-A-TACCATATTCTATTGTATAATACCACATA-TCGTATCATA-CGCGTATGTATATATTGTTCACCATATGAT-ATTGAC-TATTGAATTATCCATGATCAT--------TAATAA---CG--T-ACACATATTC-AAT------AT-ACCCATATATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCA-ATCATATTACATATCGT-ATAG-T-ATAGTAATCGCAT--CATAA-CTAAT-----TGT--GATT-AT--ATTG-ATA---TC--TACCAT-----AT-GTAT--ATATCATTCA-A-------ATCATA--AAT-ATAC-CAT--TTATTCAATTAA-TTTCAT------ATA--ATAT-GTATCATTATCAGTATAA-CATC-ATATCAGACCC-ATTAT-GTAT--ATATCGTTGTCATACC--ATCATAT--AT----TCGTAT-CA------------------GACCAT-ATC----ATAACTATC-T-TTC---ATACCATAT---GTA-CATA-ATAT--ATCATACTATTGAT-AAT--ATATC---CGTA--ACATTA------ATCAAAACAAATATC-GTTA-TATACCATATATAA-TATAT-TT-CCAAGATATAC--TTG-T-------TCATACCA--TA-GGTA-TTG-T---TATAT-CATACCA-TA-AT-TTATC-ATACCATATTG-TATCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA---AACATATCG--AC-TTAT-ACCAT-TCCATAT-G-AG-ATATTATGC-AA-CCA----ATCTATAATACATTGTTATAGATATAAATCGCTTATCCGATGTTTAATA--TATTGTATC-ATACCATATCGTATTATTATCATAATATATCACCATTCG----ATCTTAATATGGT-ATC-TG---TA--ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT----CATCACGCA---CTAT--GTAT--A-----A-AT---TATATCATA---CCAG-----AC--A-TC----TAC----GTTATTTTCA-A-ATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-ATAAAT-ATCGT-AT--CATTACATACTCTAC--CACATAT--GAGC-ATCCATCG-ATA---TCAT-ATCGTAT--CACAATATC--TATAATTAC-ATATT--CA--ATATCGCT-ATAG-TATAATAATCGCA-TAA-TACCT-------ATTGTATATTGTATCCATAT-A-TATAA-CATCTAT-TCATA-CC-A-TATCGT-T--ATATCG-T-TCATACCATATCATATGGGTAATACCATAT-CATTAATTTCGTTCAAGCCTAATCAT-ATTT-ATATAC--AT--T-ATCGTTATACTATGTATCATAATATATATACAAATCGTATTAC--AT-CGTAAATATCAAACATATCGAATTGTATATAATCGTACC--ATATCAA-TA-TA----ATA-GT-A--GTATATT-A-ATC-TAT-T--GTA-TACTATAATCATACCA--TATCGTA-TC--------------TACTA-CATAT-ACATCTGTATCATACCA-T---TTATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTCTG--CCATA-----T--TT-------------------GTATCTT-TCCAT-T---TAC-GTATAATATCGTATCTATCCA---TGCATATAATA-GTTG-TATCGATATCAA--GCC-ATT--ACG-TTGAT-ACCATCATATTTATA-T------TACC---ATCATATTA-GTTAATATTGC----A--T--ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACAATATCATACC---ATATATGTTT--A-----ATAT---CAT-TCATA---TTGATCTAAAT--ACTCAAATTAC----A-Ttc
gi|4 : ccATTATAATTATAAG----AGAT--ATAA---T-AGATATAC--TATA----ATT-ATAT-AA-ATC-ATA---------TG-TATTGATG------------ATAT--AT-ATTATTG--TAA-TATT-ATAT-TATTTTAAGA--TAATATT-----CGAGTATAATCAAT-ATTAT-ACCATATCGTTT----ATTGGTATATATACC-ATA-TCAAACAATATCTGATCG--GATAC-CAT-AGTA-TTATAAT-------ATATTC-GTCTC--TAAC-TATT--ATCTTAATA-ATCGT--CA---ATATTG-TATCATA---CAAATTGAT-ATA-AGTATTGTAT--AATAC---CA-T-TCGTA---TATACCATCATTGTA-TC--TACCATT---C-TAT--A--AATA-----T-TGTATCATATCAAATCATATT-ATTATATA----------ATAAA--ACC-T--ATC--ATA-------AATTAATCGTA-T-TAATATATCGAAATAT--CG-T-ATCAT--ACCATA----------ATA-AAT-AA----A--T-GTATCATA-TAAT--A-CG--T-ATTA-T-T-TGTAT-CATACCA---TA-TG-TAT-----CAT-C-CAT-AAT-ATACATTCCA--TAT-TGTTTACCATATTCATAGA--ATATCGCATCTACC---ATATCGTAT----ATATATCAATACATGATCATTTAA-TATGTTTAATACAACA-TAT-TGTtttaagatcacaa
gi|5 : acggatttcatccatcacatttatcattatcacatataaaaaatggtatcatattagtacataaataaacatcgtaattatatattataatacatacatttaatgattcatTTAT-CGTAT--A--G-TA-----A-AGTATCGCATCAA-CCAT-T-----ATGTA---ACAT-GTATGCATTACCATTAATCGTATA-------AGT--AT-ATA-T-TAATACCATA-----T--CGAT-ATAAT--ATCATATC--------ATA-AAT-AT-------------CAAA-CCAT--ATCGGAT-ATAA-TAC-CATATGTATAA-----TATCG-TAC-----CAT----ATTCAT-ATA------A--TAT-CGA-TATCA--------GACCATATC------------ATATCGTAT----A---AT---------AT------AGTAT-TC------------ATA-----------CGCATATCCG--ATCATT----ACCA-TATCACTATAACACTTGTATCA-TACCA-----TATTGTATAATAT--CATA-T----TCATACTGTTTAT---CAT-----------TACCAT-ATTG---TATC---------ATAACCATA-T---CGATATAATATCG--T-AC--ATACCC-TATCATATCATCAACCAT---TAT--CAGTATAATATGTGT-----TCATATCAAA-ACCATATCGT-ATAA-T-ACCAT-AT--CAT--AATAAT--AAT---CATACCAAATC-AT--ATC--ATA---CCAT-ATCAT-----ACAATATC-GTATAGTATA-AT-----AATCGCATCA----TACGCAT----ATTGTA-TAA-TATCGTAATCATACC--ATATCGTATGAATATCA-T-TAC-CA---ATATCATA-CC-A-TATCA-AT-AATA----------ATCATATCAGAT-A-TAATATCATATTCAT----------------T-ACCAT-ATCT-AT-TAAT-ATCAT-ATC---ATACCAat
gi|6 : ATTATAAT-ATAGG----A-AT---------T-A-ATATAT--TATATAAAATCGAT-T-A----T-GTA--C--A-T-TGATATT-ATAT---------A-ATAT-GAT-ATTAT-GTATAA-AATT-ATAT-AAT------A--TAAATAT-----CG--TATAAT--AT-ATTAT-A------TGCAT----ATCG-TAT-TATACC--TA-C------ATATGATATTG--GGTAT-CATCA-TA-TCA-AAC-------AAAT-CTGTATCA-TA-CATATTGTAT-ATAATATATCGTATCATACATACT-GT-TCATACACT--ATCGTATATA----ATTGTAT--GATATCAACA-TATCGT-----ATACCATTAT-GTA-TCA-TA----TA----TAT--A--A-TA-----T-T-TA--AT---AATCCA---T-ATCATATA---ATATTGTATCAT--A-CAT--ATCATATATTCCTACCAT--ATCATATT-TAATAT-------------G-TAATCATAGAATATATT-------TGTATAAT-ACCATAT--C-GTATCATA-CCATAAATTG--T-ATAA-TAT-TGT-T-CATACCA---TATCG-TATATACCTAT-TGTATCTATCATA-----TAACTAT-CA--TATCACA--Cgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatct-TGTCC-ATTACACTTGATCATAATTTACACAATAAAA-----------A-AT---AA--A----AT-TATCATA-ATGTAATAATATAACATCTATAT-TAT-ATATTATAATACATA-CATGATGA-TTATTCT-AT--TAT--GATA---TAGGATATATAT--GAAT-AT--ATTATATAAAATCATTATTAT-TGATATAATATG-ATATTAATTATAT-TT--TAT------AAT-ATGA-TAT--TA----TG-TAACTATTG-------ATAT-ATAT-G-ATTAATATCC-TATAATCAT---TATTATA-CC-A-TATCGTATGAATATTG-TATCATACCATATCA----AACAATATTGTAT-CAT----------------TTACCAT-ATTG-------------T--TC---ATA--ATATATCGTATCAT---TAC----CATTTTGT--ATCAACC-ATATC-AT-ACA--ATATTGT-----ATTATACC--AAATT-G-TA-TA----ATAT-----TGTAT-TCAATACCATAT-C--GTA--------ATCATACCAT-TATTGTAGTCA-TTACCATATTCGTATAA-TATGT-GTATC-ATATCAAACCAGTA--TCGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----tatactgta
gi|7 : acaggatttttcattATTATGAT-ATAGG----ATAT--ATA----TGA-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-ATTATTGATA--T--AATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAACTATTGATATATAT------GATTAATA-T-----CC--TATAAT-CATTATTAT-ACCATATCGTATGAATATTG-TAT-CATACC-ATA-TCAAACAATATTGTATCATT--TAC-CAT-ATTGTTCATAAT-------ATAT-C-GTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCATATCATA-CA---ATATT-GTATTAT--ACCAAATTGT--ATA-A-TATTGTATTCAATAC---CA-TATCGTAAT-CATACCATTATTGTAGTCATTACCA-TATTCGTAT--A--A-TA-----TGTGTATCATATCAAACCA--GT-ATCGTATAAG-ATATCGTATA-------AT--ATCGTA-G-------CAT--A
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctTCATCATTAC----ACTT---TATAAT-ATTACA---CA--ATACTAAA--AAAACTA-TCGTA--ATGTAC-ATAATATAAATCTATAT-CATAT--ATTATTA-ATACACACATTAT------GATT---ATTTA-TTAA--AGA----A-TA---TAGGATATAATG-TGAATATGATAT---ATTAT-ATAAATCATATTATAT-GATATCA-T-TGATATTATAAATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTATTT--CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
gi|9 : acaggatttTTA-AAT-AT-GG----ATTA--ATAGTGTT-A-ATATATAGTATATAAATTC-AT-T-ATTATT-ATATGC--A-T-TGATATTA---TATA------A-ATA--GATGACTAT-G--TAA-TATA-ATAT-Tat
blockSeqs : C T TATA T ATAGTGT G G AG G ATAA TG TAATA G TATATTTTATA T G T TA C G A TTTAAGA A TATAT AG T T T A TCGTATGAAT T G A A TCAAACAATATTGTATCATTTACCATATTGT C . TC AT AA G ATAT AT TAC GTATTATACCAA AT CA TC CAA G AATAT G T GT ATT TTAT G ACCA TG A TATT CAT C CATTACCATTA G TTCCTAC TA T A ATCGAAATAT A A TAG C TTGATTCTGTATTAATATTGAT . AA GA G T C GT CATATCGTATATACCTATTG CA C CATTCCA . TT TATT T T TATTGTTATAATATTGTATCTACATATGTATCATCCAGTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTATT AT TT TAT T C AC C . ATATTC CA . CGTA C C G TGTATATATTGTTCACC G . ACTATTGAAT TC G AATTTA GA TATCGTACATACCCTATCATATC C C C AT AA T TT ATC C TA TAT TC G A T A A CG TACATACTCTACCACA CA T . CC AT AAA T TGAT CG C TC T TATTCAATATCGCT G AATAA T T C GTAATCATACC T G T TCT C . T TA GA TC TTGT TATGGG T TTAATTTCGTTCAAGCCTAATCATATTTATATACATTA GTT A A AT CAAA TG C AA AAAC TCGA GTATATA AA GT . TACC TATAAT A AAT A AC TACTATAA C T TC GTCATTACCATATTCG C . T T T TGTATC GGT ATG CAATTCTATATAATAATTGTCTTACTCAAACATATCG A A . TC GTATA A CTATCCAT C C T A A TC T CG T AC T CCATATCGTATTATT A T C C ATCTTAA GG . ACACAATACTAAAAAAACTATCG T ACA TCT AT ATTATTA ACA A GATTATTTATTAAAGAATATAGGAT . T G . T . A . T A G . ATAATTTA TC A A T CGTATT AC T CAAT C A T A . A CATAATAA A A C A C AATCA A . . . . A T T C C TT T T C A G G . . A . . . C T . . . . . G . . . A TG . T C T ATTC G . G A
blockSeqs : A . . G GGATA . . . . TATT C TGCAT A ATATAA . . . . . . . GAT T . . C . . A TCGTTT C . . A TCAAACAATATCTGATCGGATACCATAGTA T . CT A AC G CCAT A . GTATCATACAA A AG . . . AATC C T T AT TATT G AAA T A TGT AG T AAACCT A . . . . CATAT . . T T TTTGTATAATACCATATC . . . . . . C CATATGTATCATC TC . ATTA . A CA A C ATATCGTATAATATAGTATTCATACG . . ATA . . A C . A . . . C . T TCAT C . TATC CA A AT AC CGTACACATATTCAAT . A C A AA A GT AT C TA TAA TC . . . C . . GATATAGGATATA . G . . G . T ATC GA A TA . TAATCGCATCA . TTA C . . TATTGT C . . TC . . . TA A TC TAT TATA . TTACCATATCTATTAATATCATA . A T A TA . . C AT AC GT . AA . . GTA . CC A T T C . TT TTGTTATATCA T . T A . CAGTA AAG CG TCGTTCTGCCATATTT . T . T GAG G AACCA A . . C C . . . . A . TTACC T . A G ACTT CC . TGTAATATCGTATCTACATAT T AC . C AAT . A ACCAGACATCTACGTTATTTTCAA . ACC A C . . . . . TG . . . T . . . G . . . . GTA .
blockSeqs : A . . T ATAA . . . . TATT T GAT A TATAA . . . . . . . A A . . . . . A TGCAT T . . A CATATGATATTGGGTATCATCATA T . C A C G ATA A . GTTCATACACT T A . . . AT T T T A TAT G AG T T TT . C ATACAT G . . . . GAA . . T A ATAAATAAAT . . . . . . C GGATAATTGCG CT . TAAC . . CA . . . . . . . . A . . G . T AAAATAAA . A C . . A CT . . A AA T . . . C . . AATAATAATCA . T . . G . . . A A AT . ATCATAAAT . TA T . . ATATA . . . T . . . T . TT TT GATA . GACCATATCATAACTATCTT . . . . C . . . C AT A . G . . TT . A . C A C . G TC A . . G . CAT TC C T A ATA AA . TGTAATGTCACATATC . . . . AA . .
blockSeqs : A . . T ATA . . . . AT T CAT . ATA . . . . . . . A . . . . . . . GT . . . . CGTTGATATCA . . . . A . . . . TGTA . . . . . . T . . T TT . AA A A GT . . AGA . . . . . . . . T . TCATAAATAT . . . . . . . TATCGTACCAT A . A . . . C . . . T . . CATAACTAAT . A . . . . . . C T TT . TTTTATAAT . A . . . GATAT . . . . . . . A . . . AA . TTTACCATATTGT .
blockSeqs : A . . . . . . . . TA . . . G . . . . . . . TA . AA T . T . . AT . . .
blockSeqCons : ATA****** NAT****** TATAA******** TGCT****** A* CCAACGATATTGGTATCGCATA************** ******* C** A* GTGTCATACAA**** A** AT* TAT** AA***** T****** TGT** ANACT****** AA********** T** TTGTATAAATAT***************** C* NATACGTATTAC************* TA******* CA** G* ***** N** TTCCATAAT********** TA*** ATAT********* T** G* TT** ATA*** TTACCGTATCATTATCT****************************
originalCons : ATTATAAT-ATAGG----ATAT--ATA----T-A-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-AT-ATT-ATA--C--A-T-TGATATTAATATATA------A-ATAT-GAT-ATTAT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TAATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACCATATCGTAT----ATCG-TAT-TATACC-ATA-TCAAACAATATNGTATCGTTGATAC-CAT-A-TG-TCATAAT-------ATAT-C-GTATCA-TACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGGTATCATA-ACCAAATTGTA-ATA-A-TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCA-TACCATTAT-CGTAT--A--A-TA-----T-TGTATCATATCAAACCAT-TT-ATCATATA---ATATCGTATAAA--ACCAT--ATCGTATA-------CAT--ATCGTA-T-TAATAT---------T--CG-T-ATCAT--ACCATATC-------TATA-AAT-AT----T--T-GTATCATA-CCAT--ATCG--T-ATAA-TAT-TGTAT-CATACCG--TTATCG-TAT-----CAT-CGTATCAAT-ATA-----TA--TAT-CG--TATCACA--CATNGACCATATC-CAT-TGCCATAATATCGTAT----ATATAT---------ATCATCCAAGTAT-TNTANCACANCACTATATGTCGGTTTATCGCATA-CCG-TATCGTTCAT-ACCA-TATCA-TATAATA-TCGTATCA-TACCA-----TATCGTATAATAC--CATA-TCGTGTCATA-CGCGTAT---CATATT-------ATATNAT-ATCG-C-TATCG-ATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAANATCG--T-ACGCATACCC-AATCA----AT-ANCCATATATATAATAGTATAACATNTATAT-TACCATATCATA-TACATATCGT-ATAA-T-ATCGT-AT--CAT--NATANTCTAGTACACATAT--GANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-T--CATAATATC-ATATNATTCA-AT-TT--CATCATATCAAT-ATAC-CAT--TAATCGTA-TAA-TATCGT------ATN--ATATCGTATCAATATCA-TATAA-CATC-ATATCATA-CC-A-TATCGTAT-AATATCG-T-TCATACCATATCANAT-AATAATATCGTAT-CAT----------------TAACCAT-ATCG-ATATAA--ATC-T-ATC---ATACCATATATCGTATCATACATAC--ATCGTATTAT--AT-AAT--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TT-ACACCATAT-C--GTA-T------ATCATACCA--TATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
finalCons : ATTATAAT-ATAGG----ATATATA------T-A-ATATAT--TATATAAAATC-AT-T-AT-ATT-ATANAT------TGATATTAATTATAA--------ATAT-GAT-ATTAT-G--TAA-TATT-ATAT-TAT------A--TAATAAT-----CG--TATAATTCAT-ATTAT-ACCATATGCT------ATCG-TAT-TATACCA-TACCAACGATATTGGTATCGCATA--------------TCATAAT-------ATATC--GTATCA-TACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGTGTCATACAA----ATTGTA-ATAA--TATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCAT-ACCATAT--CGTATAA-----TAT------TGTATCATATCAAACCATGT--ATCATATA---ATATCGTATAANACT------ATCGTATA-------CAT--ATCGTA-T-TAATATAA----------CG-T-ATCAT--ACCATATTGTATAAATAT-----------------GTATCATA-CCAT--ATCG--T-ATAA-TAT-TGTATC-ATACNATACGTATTAC-------------TATCAAT-ATATA-------TAT-CG--TATCACA--CATNGACCATATC-CAT-TGCCATAATATCGTAT----ATATAT---------ATCATCCAAGTAT-TNTANCACANCACTATATGTCGGTTTATCGCATA-CCG-TATCGTTCAT-ACCA-TATCA-TATAATA-TCGTATCA-TACCA-----TATCGTATAATAC--CATA-TCGTGTCATA-CGCGTAT---CATATT-------ATATNAT-ATCG-C-TATCG-ATTACCCATGATCATAAT---CGTAATAANATCG--T-ACGCATACCC-AATCA----AT-ANCCATATATATAATAGTATAACATNTATAT-TACCATATCATA-TACATATCGT-ATAA-T-ATCGT-AT--CAT--NATANTCTAGTACACATAT--GANT-AT--ATCG-ATA---TCATTATCGT-----ATAATATN--TATNATTCA-ATTCCATAAT----------ATAC-CATTA---TCGTA-TAA-TATCATAT---------ATATCGTATCAATATCA-TATAA-CAT--ATATCATA-CC-A-TATCGTATG-ATATCGTT--CATACCATATCAATA---TAATATCGTAT-CATTACCGTATCATTATCT----------------------------TC---ATACCATATATCGTATCATACATAC--ATCGTATTAT--AT-AAT--ATATC-ATCATA--ANATTGT-----ATCATACC--ATATC-G-TA-TA----ATATGT-A-CGTAT-TT-ACACCATAT-C--GTA-T------ATCATACCA--TATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG---AACATA-CG--ATATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-ATATCGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNAATCGCCTATCCGACGTTTGATAACCATCGTATCTATA-CATATCGTACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----ATTT--ATATAAT-ATT-CG---TATCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATAC-ATATCATACA---ATAT-CGTAT--A-----A-AT---CATATCATA---CCGATC---AT--A-TCAA--TAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222 11 2222222 22222 333333333333333 11 11 22222 111 1 111 5555555555 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 11 2222222 5555555555555555 11 11 111 111 1 1 11 222 2222 22222 2222222222 1111 333 33333333 333333333 1 111 444444444444444444444444444444444444 2222 1 2222 1 11111 11 111 1 1 1 0000000000000000000000000000 11 1 333333 1 1 2 1 2222 55555555555 11 22 1 11111 55555555555555 1 1 1 1 11 1 222222 11 1 1 4444444444444444 1 33333333333 222222 44444444444444444444444444444 1111111 22222 1111 555555555555555555 3333333333333 1111 111 222 6666666666666666666666666666 11 11 11 3333333333333333 1 111 111111 1 222 1 222 2222 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 555555555555 1 111 111111111 22222 11 2 1111 444444444444444444 1111 333333333333 11 55555555555555 111 11111 33333 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 3333333333333 111 22222 1111111 111 222222222222222 4444444444444444 666666666666666666666666666666666666666 1 222 1 1 222 11 555555555 111 1 111111 22 1 2222 1 1 44444444 3333 1 222222222 44444444444 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 333333333 22222 1 1 222 1 222 2222 1 222 11 1 1 2222 1 1 1
lowQualScore : 0 5 0 99999999999999999 8 0 11 1 8 88 0000000 33333 8 8 555555555555555 88 88 0 11 8 8 0 8 3 33 3 55555 555 0 000 3 8888888888 0 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 555 2 3 11 3 8888888 2222222222222222 0 33 33 3 444 777 0 2 3 99 3 0 9 0 33 333 4444 0 22222 6666666666 3 3 2 9999 111 55555555 000000000 0 0 111 9 555555555555555555555555555555555555 1111 0 7777 0 22222 33 111 0 0 3 5 6666666666666666666666666666 11 0 444444 0 0 0 1 3 7777 33333333333 55 99 1 1 4 33 0 66666 44444444444444 9 0 0 0 33 2 0 3 555555 88 3 7777 3 3 9999999999999999 1 3 0 55555555555 22 6 777777 11 66666666666666666666666666666 8 1 8 66 0 44 555 0000000 777 22222 1 6 6 6 7 6 99 1111 666666666666666666 6 99 1 6 2222222222222 6 9999 9999 111 333 1 6 2222222222222222222222222222 6 11 44 6 44 3333333333333333 2 111 5 666666 3 333 6 3 6 99 555 7 7777 4444444 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 333333 0 999999999999 3 6 8 111 777777777 1 88 00000 11 6 4 8 7777 8 555555555555555555 0 0 2222 444444444444 99 8 22 8 66666666666666 8 6 777 8 3 66666 11111 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 5 5 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 5 0 66 5 1 1 0000000000000 8 333 99999 7777777 444 8 88 0 999999999999999 44 0000000000000000 6 000000000000000000000000000000000000000 3 1 2 000 1 5 1 5 111 1 2 88 0 000000000 999 1 3 7 111111 00 0 3 5555 3 7 0 7 1 3 7 88888888 3 0000 6 7 2 777777777 7 22222222222 5 5 5 5 1 1 5 1 88 1 5 1 1 1 5 5 5 5 5 5 888888888 2 1 77777 5 5 111 5 1 000 3333 5 2 111 88 5 1 5 4444 2 5 5 5
lowQualScore : . . . ................. . . .. . . .. ....... ..... . . ............... .. .. . .. . . . . . .. . ..... ... . ... . .......... . .. ........................................................ .... ... . . .. . ....... ................ . .. .. . ... ... . . . .. . . . . .. ... .... . ..... .......... . . . .... ... ........ ......... . . ... . .................................... .... . .... . ..... .. ... . . . . ............................ .. . ...... . . . . . .... ........... .. .. . . . .. . ..... .............. . . . . .. . . . ...... .. . .... . . ................ . . . ........... .. . ...... .. ............................. . . . .. . .. ... ....... ... ..... . . . . . . .. .... .................. . .. . . ............. . .... .... ... ... . . ............................ . .. .. . .. ................ . ... . ...... . ... . . . .. ... . .... ....... . ............................................................... . . ...... . ............ . . . ... ......... . .. ..... .. . . . .... . .................. . . .... ............ .. . .. . .............. . . ... . . ..... ..... ... .................................................................................................... . . . . . . .................................................................... . . . .. . . . ............. . ... ..... ....... ... . .. . ............... .. ................ . ....................................... . . . ... . . . . ... . . .. . ......... ... . . . ...... .. . . .... . . . . . . . ........ . .... . . . ......... . ........... . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ......... . . ..... . . ... . . ... .... . . ... .. . . . .... . . . .
lowQualScore : 8 6 8 66666666666666666 0 8 00 4 0 88 2222222 00000 0 0 666666666666666 88 88 8 00 0 0 8 0 2 88 2 00000 888 0 222 2 2222222222 2 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 888 5 2 00 2 0000000 0000000000000000 8 22 22 2 555 555 0 5 2 55 2 2 2 5 22 000 2222 2 22222 5555555555 2 2 5 0000 222 66666666 666666666 8 5 000 2 000000000000000000000000000000000000 2222 0 8888 0 00000 88 000 0 0 2 0 0000000000000000000000000000 22 0 000000 0 0 0 0 3 3333 00000000000 77 00 0 0 3 00 3 33333 77777777777777 0 0 0 0 22 5 0 2 222222 33 3 7777 3 7 3333333333333333 0 3 7 88888888888 88 5 000000 55 11111111111111111111111111111 0 0 0 44 8 88 666 4444444 222 00000 0 7 7 7 8 7 22 7777 222222222222222222 7 22 0 7 5555555555555 7 0000 3333 777 555 0 7 5555555555555555555555555555 7 88 55 3 00 8888888888888888 0 777 2 888888 3 888 7 3 7 22 333 8 2222 3333333 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 8 000000 8 000000000000 8 0 0 888 444444444 0 88 00000 00 0 0 0 0000 0 888888888888888888 8 8 2222 222222222222 00 0 22 0 22222222222222 0 0 666 0 2 00000 22222 666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 8 8 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8 8 55 4 0 0 4444444444444 0 222 66666 8888888 000 0 22 8 888888888888888 55 0000000000000000 5 000000000000000000000000000000000000000 3 0 5 555 0 0 0 0 555 0 5 00 7 000000000 777 0 3 3 000000 77 7 3 7777 3 3 7 3 0 3 3 33333333 7 7777 7 3 0 000000000 3 22222222222 0 5 0 5 0 0 0 0 55 0 5 0 0 0 0 5 5 5 5 5 555555555 5 0 55555 5 5 000 0 0 555 5555 5 5 555 55 5 0 5 0000 5 0 0 5
consensus : ATTATAATATAGG----ATAT--ATA----T-AATATAT--TATATAAAATC-ATT-A-T-ATT-ATA--C--A-T-TGATATTAAT-TATA------A-ATAT-GAT-ATTATG--TAA-TATT-ATAT-TATA--TAATAAT-----CGTATAATTCAT-ATTAT-ACCATAT-GTA----TATCGTATTATACC-ATA--CAAA-CGATATT-GGTATCAT----C------ATA-T----CATAAT-------ATATC-GTATCAT-ACCATATTGTATCATACCATATCGTA-CA---ATATTGTAT--CATA--C-AA-ATCGTA-ATA-ATATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCAT-ACCAT-ATTCGTAT--A--ATA-----T-TGTATCATATCAAACCATGT-ATCATATA-G-ATATCGTATA--AAAC--TATCGTATA-------CATATCGTA-T-TAATAT-AAC--GT-AT-CAT-ACCAT--A---TCG------TATAA----AT-ATC--GTAT-CA-T-A-CCAT--ATCG-T-ATAAT-AT-CGTATCATACN-A---TATC--GTAT--TACG-----TATCG-AT-ATA--TA--TAT-CGTAT-CACAGCATCG-ACCATACCCATTGTTATAATATCGTAT----ATATGTATCAN-CCA-GTATCGTATCGTATNACTATATGTCGGTTCAT---CNCATA-CCGTATCGTTCATA-CCAT-ATCA-TATAATA-TCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCA--TA-TCGTGTCATAC-GCGTAT---CATATT-------ATATNAT-ATCG-C-TATCGA-TTACCCATGATCATAAT---CGTAATAANATCG--T-ACGCATACCC-AATCA----AT-ANC-CATATATATAATAGTATAACATNTATAT-TACCATATCATA-T-ACATATCGT-ATAA-T-ATCGTA-TC--ATNA--TAC-----TCTAATA---CACAT-AT--GANT-AT--A-TCG------AT-ATCAT---TATCG-T--AT---AATATCG-TATNATT-CATAT---TC-NAT------A-----A-T-A-TAC-CATT-ATCGTAT-AATATC-AT-A-------T-A-TATCGTA---TCAATATC---A-TATAA-CAT-ATAT-CATACC-AT-ATCGT--AT-G-ATATCGT-T--CATACCATATCA-A-TA--TAATATCGTAT-CA-T-TA-----------------CCATAT-------C-AT---TA---T--------C-T-T--CATACCATATAT------CGTATCATACATACA--TCGTATTATAT-AA-TA--TATCAT-CATA--ANATTGT-AT-----CATACC--ATATCGATA-TA----A-TAT-GT-A-CGTAT-TT-ATACCATAT-C--GTA-TA------TCATACCA--T-ATCGTA-TCG-T---CATATCCATACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-ATTCTATACCATA-----C--TTANTCGC-C-AATATATCG--A--TATCGT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-A-TAT---CGTAT-TA-CCA---TACATATAATACGTTGTTATCGATATCA-ACCGCNT-----ATCCG------ACGTTCNATA------ACCATCGTATTCATA-NA-TATCG----TACCA-TATCGTANTATATCANCATTAC----AT--TC--ATATAAT-ATT-CGTA---TCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATACATATCATANA---ATATCATAT--A-----AAT---CATATCATG---CCGATNAT--ATCAATAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
Reference ( family-458 ) : ATTATAATATAGG----ATAT--ATA----T-AATATAT--TATATAAAATC-ATT-A-T-ATT-ATA--N--A-T-TGATATTAAT-TATA------A-ATAT-GAT-ATTATG--TAA-TATT-ATAT-TATA--TAATAAT-----CGTATAATTCAT-ATTAT-ACCATAT-GC-----TATCGTATTATACC-ATA--CCAA-CGATATT-GGTATCG-----C------ATA-T----CATAAT-------ATATC-GTATCAT-ACCATATTGTATCATANCATATCGTA-CA---ATATTGTGT--CATA--C-AA-ATTGTA-ATA-ATATTGTAT--AATAC---CA-TATCGTAATACATACCGTTATCGTA-TCAT-ACCAT-AT-CGTAT--A--ATA-----T-TGTATCATATCAAACCATGT-ATCATATA---ATATCGTATA--ANAC--TATCGTATA-------CATATCGTA-T-TAATAT-AAC--GT-AT-CAT-ACCAT--A---TTG------TATAA----AT-AT---GTAT-CA-T-A-CCAT--ATCG-T-ATAAT-AT-TGTATCATACN-A---TA-C--GTAT--TAC------TATCA-AT-ATA--TA--TAT-CGTAT-CACA-CATNG-ACCATATCCATTGCCATAATATCGTAT----ATATATATCAT-CCAAGTATTNTANCACANCACTATATGTCGGTTTAT---CGCATA-CCGTATCGTTCATA-CCAT-ATCA-TATAATA-TCGTATCA-TACCATATC-----GTATAATACCA--TA-TCGTGTCATAC-GCGTAT---CATATT-------ATATNAT-ATCG-C-TATCGA-TTACCCATGATCATAAT---CGTAATAANATCG--T-ACGCATACCC-AATCA----AT-ANC-CATATATATAATAGTATAACATNTATAT-TACCATATCATA-T-ACATATCGT-ATAA-T-ATCGTA-TC--ATNA--TAN-----TCTAGTA---CACAT-AT--GANT-AT--A-TCG------AT-ATCAT---TATCG-T--AT---AATATN--TATNATT-CA-AT---TC-CAT------A-----A-T-A-TAC-CATT-ATCGTAT-AATATC-AT-A-------T-A-TATCGTA---TCAATATC---A-TATAA-CAT-ATAT-CATACC-AT-ATCGT--AT-G-ATATCGT-T--CATACCATATCA-A-TA--TAATATCGTAT-CA-T-TA-----------------CCGTAT-------C-AT---TA---T--------C-T-T--CATACCATATAT------CGTATCATACATACA--TCGTATTATAT-AA-TA--TATCAT-CATA--ANATTGT-AT-----CATACC--ATATCG-TA-TA----A-TAT-GT-A-CGTAT-TT-ACACCATAT-C--GTA-TA------TCATACCA--T-ATCGTA-TCG-T---CATATCCGTACTA-TATAT-GCATC-GTATCATACCA-TA--TCATATGNC--ATAT-CGTATCATA-C-GTTCTGTACCATA-----C--TTACTCG----AACATA-CG--A--TATTNT-ACCAT-TCCATAC-GTAT-A-TAT---CGTAT-TA-CCA---TACNTATAATACGTTGTTATNGATATNA-ATCGCCT-----ATCCG------ACGTTTGATA------ACCATCGTATCTATA-CA-TATCG----TACCA-TATCATANTATGTCANCATTNC----AT--TT--ATATAAT-ATT-CGTA---TCATA-TACA--CA---TA-TCGTATAATATACATATCATACA---ATATCGTAT--A-----AAT---CATATCATA---CCGATCAT--ATCAATAC----A-TA---TCG-ATATAATG-TGAANATCGCATCCAATNGCCATNAATCGTATCATACCGATATCGGTATGATATCATANATACGATAAGTCGTATAATATCGTATCATA-TCGT-T--ATATCGTATATA-TNTC-ATACAATATCGTATCATATA-TCGTATCGTATAGA-ATCG--TGTCATAC-ATATCATATAATATCGTATCNTACCA-TATCGTAT--------ATCGTATCAATA---CCATATCGTATCATACCATAATCGTAA-TCA-AATATATTTA-ACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGTATAATATCGTANCATACCANACCGTATCGTACNATATTCAGANTATTCGTATNATATCANANCATGATCTATAATATAGTATGTACCAATATCAATATTCGATTAATACGTATCGTCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCNTATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATNTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCGTCAATGACCGATATTTGTATATATATCGTATCATACNATATCGTTATAATTCAATATCGATACACACCATATCGTGAATAAATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|1 : ATTATA-TATAGG----ATATT-ATA----T-AATATAT--TATATACAATC-ACTCA-C-ATT-ATA--CTCA-T-TGATATTAATACATA------GGATAT-GAT--TTGTG--TAA-TATT-ATAT-TATA--TCATAAT-----CGTATAATTCAT-ATTAT-ACC-TAT--------TATCGTATTATACCGATAGTCAAA-C-ATATG-GGT--CG-----CTCACTCATAGC----CATAATCAAACCAATATT-GTATCAT-ACCATATGTTATCATACCATATCGT--CA---ATATTG-GTAGCATAACC-AA-ATTGTA-ATA-ATATTG-AT--CACAC---CA-TAT-GTAATACATATTGT-ATCATA-TCAA-ACCATTATTCATATCCG--ATAGGGGGT-TGTATCATATCAAACCATTTTATCATATA---ATATCATATA--AAACCATATCGTATA-------CATATCATA-T-TAATAT-T-C--GT-AT-CA--ACCAC--A---TC--------ATAA----ATCATTTCGTAT-CA-T-AACCAT--ATCG-T-CTGAT-AT-TGTAT-ATACC-GGGTTA-TTGGTATCATACA-----TATCA-AT-ATA---A--TATGCGCAT-CATAGCATNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNCTTAGCCATATTGTTCATA-CCAT-ATCA-TATAATA-TCGTATCAACACC-TATC-----ATATAATACCA--TACTCGTGTAATAT-GCATAC---CATATT-------ATATAATTATCG-CGTATCA---TACCCAT-ATCATAAT---CGTAATAAGATCGGGTGATGCATACCTTAATCA----AT-ATC----ATACATAGTCGTATAGTATA-ATAT-TGCCAT--CAC--T-ACATATTGT-ATAA-T-ATTGTA-TC--AT-----AC-----TCCAGTA---CTCGT-AT--CACTCAT--A-TT-------AT-ACCAT---TATCG-CTCAT---AATATCGATATCATA-CA-ATCT-TC-CACTATATCA-----A-TCA-TGC-CATA-ATCGTAT-AATATC-A--A-------TCA-TGTCATA---TCAATATC---A-TATAA-CATCATAT-CATACCCAA-ATCGT--AT-A-ATATTGT----CATAACATATCA-AATAA-TAATATTGTAT-CA-T-AA-----------------ACA-AT-------C-AT---CA---TATATAAATC-T-TATCATACCATACAT------CGTATCATACATA-A--TTGTATCATAA-AA-TA--TATCAT-CATA--CGGTTCTTAT-----CATACC--ATATTG-TACTA----A-TAC-GT-AACGTAT-CT-A-ACCATAT-CCGGTACTA------T--TACCGAGT-ATCATG-TAAAT---CATAACTATATTAATATATAGCATC-GTATCATAC-A-TA--TCATATGTCTAATAT-AGTATCATA-CCATTC-ATACCATC-----CCCTTATTCGCTC-AATATA-CGCGA--TATTGTCATCATACCCATACTGTATCA-TAC---CCCATATA-TCAGTTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNN------NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--TC--ATATAATCATT-CGTA---TCATA-TACAACCA---TCCTCGTATAATACCCATATCATATA---ATATCATACCAA-----AAT---CATATCATGGATCCAATCAT--ATCAATACCCGCA-TA---TCG--TATAGTACTAAAAATCGCATCCAATGGCCATTAATCGTATCATACCAATATTGGTATAATATCATACATACCATAAGTCGTATAATATCATACCATA-TCGTAT--ATATCATATATAATGTC-ATACAATATCATATCATATA-TCGTATCGTATAGA-AT-G--TGCCATAC-ATATCATATAATATTGTATTCTACCAATATCATAT--------ATCTTATCAATAGGCCCATATCGTATCATATCATAATTGTAAATCATAATATATCTATACCAATAGGTCTTGTCATACCATAATCTCGT-TAATATCGTAACATATCAAACCATAT-GTATAATA--CAGAATAT-CGTATAATATCATACCAT-ATCTATAATAT-GTATATACCAATATCAATATTCGATTAATAAGTATCATCATCATCGTATCCATTACCATATCATAATACTCCAGTATCATACATATTGTACTACTAATCATAATCCTACCATATATCCTGTATCATACCATTCGTATAAAAGTCGTATCATACCATAACTCGTGGTAATAGTCATACCATCATTACTACTAATATGGGGCGTTCATACCATATCATATCGAATAATATAGGGGTATCATAGCCATATCGTATCATACCATATCCAAATACCCGCCCCTTACAACCCACTACCCCTCGTATAGATATCTCCCATATCATCACTTTAACTATCTGCGTATCATACTCAAGACAGGTAGGTCGTATGGATACCATATCAATTAATATCATATATACCAAAATCATCTCATATCGGGTATAGTGTAATATCGCATCAAT-ACCGATATTTGTATA-ATATCGTATCATACGATATCG-TATA----AATATCCATACATACCATATCGT-AAT-AATATCATTAGCATAGTCAATTACCGATTCGTAAATAATTCATATCATATAAGTCATAACATTACAAATCATAATAGTCATATCATACAGGCCACCCATATCGTATACGACTATAATATTATCATGGA
gi|11 : GTATAATATCGTATCATA-AC---C--ATATCGTATA-A-TATCAATACAA-AT------ATATACTCATATCGTATATA-ATCAATTGTCATAC-AAATCATATAAT-TCATA-CATACCA-TATCGT-T--------ATAATATCATT-----CATACCGCATC-TA----AACC--AA-TCA-AATACATTTA-gaaccccacggatcgcata
gi|12 : CGTATAAATACCTTATCA-----TATC-TAT-TAC---AAT-ATGTCATA---GGTAT----TA-TATCGAGTCA-TGACCGATAT--GTATATATATCGTATCATACCATATCATTATAATTCAATATTGATA-ACACCATATCGTGAATAAATATCAgatcacaagacaaccattcttaatcgaa
gi|17 : TTATA-CCAT-ATCG-TAAAATA-TTGCATCA-TACCATATC-----TTATAATACC
gi|2 : ttgtaATTATACTATAGGTATAATATGGATA----T-AATAT-T--TATATAAATCC-AT--A-T-AT--ATA--G--A-T-TCATGATA---TATA------A-ATATTGAT-ATTA-G--TAT-TAAT-A-AT-T-TA--TAATAATTATATCGTATA--TCAT-ACTATTACCATA--GT---------GTATTATACC-ATA--C--------GTT-GATATCA----------------------ACAAT-------AT----GTATCAT--CCATATTGTATCATA--ATA--GTA-T-------TTGTA-----------------GCA-ATACATCTGGTAT--AATAC---CAGTATCGTAATATA-AGTGTGAATGTA--CA--ACCAT-AT-CGTAT--ACCATA-----T-CG-ATCATATCATAT--TGT-ATCATATACATATATCGTATA--AGA--------TATA-------CATGTCGTA-TATACCATGAAC--AT-AT-CAT-AC-AT--A---TTGATTCTGTATTA----AT-AT---TGATGCA-TTA-CCAT--ATCG-TGATAATTATCTGCAT-ATATGGA---TA------AT--TGCG-----TATCA-AT-AGAATTA--TAT-TGTAT-TACA-CATTG-ATCATACCTATTGTTATAATATTGTATCTACATATGTATCAT-CCA-GTATTGTATCATATCACTATATATCGGTTTATTCACCCAT-----TATCGCT-ATAATCATTATCA-TATAAT--TCGTAT-A-TACCATATTCTATTGTATAATACCACATA-TCGTATCATAC-GCGTATGTATATATTGTTCACCATATGAT-ATTGAC-TATTGAATTATCCATGATCAT--------TAATAA---CG--T-ACACATATTC-AAT------AT-ACC-CATATATATAATAGGATATCCTTTATATCTACCA-ATCATA-TTACATATCGT-ATAG-T-ATAGTAATCGCATCA--TAA------CTAAT--------T-GT--GATT-AT--A-TTG------AT-ATC-----TACCA-T--AT---G-TATA--TATCATT-CA-AA---TC--AT------A-----AAT-A-TAC-CATTTATTCAATTAATTTC-AT-A-------T-AATAT-GTA---TCATTATC---AGTATAA-CATCATAT-CAGACCCATTAT-GT--AT---ATATCGT-TGTCATACCAT--CATA-TA--T----TCGTAT-CA-G--A-----------------CCATAT-------C-ATAACTA---T--------C-T-TT-CATACCATATGTACATAATATATCATAC----------TATTG-AT-AA-TA--TATC---CGTA--ACATTA--AT-----CAAAACAAATATCGTTA-TATACCA-TAT-ATAA-TATAT-TT-CCAAGATATAC--TTG-T-------TCATACCA--T-A-GGTA-TTG-T---TATAT-CATACCA-TA-AT-TTATC-ATACCATATTG-TATCTCATATGGT--ATATATGTATCATC-CAATTCTATATAATAATTGTC--TTACTCA----AACATATCG--A--C-TTAT-ACCAT-TCCATAT-G-AG-A-TAT---TATGC-AA-CCA----ATCTATAATACATTGTTATAGATATAA-ATCGCTT-----ATCCG------ATGTTTAATA--------TATTGTATC-ATACCA-TATCG----TATTATTATCATAATATATCACCATTCG----AT--CTTAATATGGT-ATC-TGTA-----ATG-T-CA--CA---TA-TC---TAATAT---CATCACGCA---CTAT-GTAT--A-----AAT---TATATCATA---CCAG--AC--ATC--TAC----GTTATTTTCA-A-ATAATG-TGA
gi|3 : acaggattttcatccattagacactttatgatattttacaaatactaaaaaaattatcaataatgtacataatataaagctaatattatatattataatacatatattatgatgtatctCATAT-GT-ATAAAT-ATCGTA-TC--ATTACATAC-----TCTAC-----CACAT-AT--GAGC-ATCCA-TCG------AT-ATCAT----ATCG-T--ATCACAATATC--TATAATTACATAT---TC-AAT------ATCGCTA-T-AGTAT-AATA-ATCGCAT-AATACCTATTG-------T-A-TATTGTA---TCCATAT----A-TATAA-CAT-CTATTCATACC-AT-ATCGT---T---ATATCGT-T--CATACCATATCATA-TGGGTAATACCATAT-CA-T-TAATTTCGTTCAAGCCTAATCATATTTATATAC-AT---TA---T--------C-G-T--TATACTATGTAT------CATAATATATATACAAATCGTATTACAT-CG-TAAATATCAAACATATCGAATTGT-ATATAATCGTACC--ATATCAATA-TA----A-TA--GT-A--GTATATT-A-ATC-TAT-T--GTA-TACTATAATCATACCA--T-ATCGTA-TC--------------TACTA-CATAT-ACATCTGTATCATACCA-T---TTATAT-TC--ATAT-C-TACCGTATC-GTTCTG--CCATA-----T--TTG----------------------TATCTT-TCCAT-T---TAC-GTAT-AATAT---CGTATCTATCCA---TGCATATAATA-GTTGT-ATCGATATCA-A--GCC------ATT--------ACGTT-GATA-------CCATCATATTTATA-T-----------TACCA-T--CATATTA-GTTAATATTGC----AT------ATACCCT-ATT-TGTAATATCGTA-TCTA--CA---TA-T--TATAATATACA------------ATATCAT-----------AC---CATAT-ATG---TT--TAAT--ATC-ATTC----A-TA---TTG-ATCTAAtc
gi|4 : ccATCA----TT-ATCACATATAAAAAATGGTAT--CATAT-TAG-TAC-ATA--A-A-T-AAACATCGT-A-AT-T-AT-ATA-TT--ATAA--TACATACATTTAATGATTCATATTAT--AATT-AT--AAGAG------AT-ATAATAGATATAC-T--AT---AAT-TA--TATAAAT-CATATGTATT-GAT------G-----A-T-A-TAT--ATT-ATTGTA---ATATT-AT-A-------T---TATTTTAAGAT-AATATTCGAG-TATAATCA--ATAT-TATACC-AT-ATCGTTTATTG-GTAT-AT-----ATACCATATCA-A--A--CAATATCTGAT-CG-GATA-----------------CCATAG-------T-AT---TA---T------------------AATATAT-T------CGTCTC-TA---AC------TATTATCTTAA-TA---ATCGT-CA----ATATTGT-AT-----CATACA--A-ATTGATA-TA----AGTATTGT-A---TA-----ATACCAT-T-C--GTA-TA------T---ACCA--TCATTGTA-TC--------TA-CCATTCTA-TAAAT---ATT-GTATCATATCA-AA--TCATAT------TAT-TATATAATA-A-AACCTAT--CATA-----AA-TTAATCGTATTAATATATCG--AAATATCGT-ATCAT-ACCATA----AT-A-AATAAATGTAT------------CATATAATACGT-ATTATTTGTATCATACCATATGTATCATCCATAATATACATTCCATATTGTTTACCAT---ATTCATA-GAATATCGCATCTACCA-TATCGTA-TATAT-ATCAATAC----ATGATC--ATTTAAT-AT---GTT---TAATA-CA-A--CA---TA-TTGTATatactcaaattacattttaagatcacaa
gi|5 : acggatttcatccatcacatttTATCGTATAGTAAAG--TATCGCAT--------CA-ACC--A-T-TA-TGT-AACATGT-ATGCATTACCATTAA---TCG------TATAA----GT-AT---ATAT-TAAT-A-CCAT--ATCGAT-ATAAT-AT-CATATCATA-A-A---TATC--AAAC--CA-------TATCGGAT-ATA---A--TAC-CATATGTATAATATCGTACCATATTCAT----ATAATATCG-----------ATATCAGACCA--TATCATATCGTATAA-TATA-GT--ATTCATA--CGCATATCCG-ATCATT---A-CCAT-ATCACTATAACACTTGTATCA-TACCATATT-----GTATAATATCA--TA-T----TCATACTGTTTAT---CAT-----------TACCAT-ATTG---TATC---------ATAACCATA-T---CGATATAATATCG--T-AC--ATACCC-TATCATATCATCAAC-CAT---TAT--CAGTATAATATGTGT-----TCATATCAAA-A-CCATATCGT-ATAA-T-ACCATA-TC--ATAA--TAA-----T--AAT------CAT-ACCAAATC-AT--A-TC-------AT-ACCAT----ATCA-T--AC---AATATCG-TATAGTA-TA-ATAA-TCGCAT--------------C-A-TACGCAT--ATTGTAT-AATATC-GT-AATCATACC-A-TATCGTA---TGAATATC---A-T-TAC-CA--ATAT-CATACC-AT-ATCA---AT-A-ATA-----------ATCATATCAGA-TA--TAATATCATATTCA-T-TA-----------------CCATAT-------CTAT---TAATAT--------CATAT--CATACCA
gi|6 : tATTATAATATAGG----A-AT---------T-AATATAT--TATATAAAATCGATT-A-----T-GTA--C--A-T-TGATATTA---TAT-------A-ATAT-GAT-ATTATGTATAA-AATT-ATAT-AATA--TAAATAT-----CGTATAAT--AT-ATT------ATAT-GCA----TATCGTATTATACC--TA--CATA-TGATATTGGGTATCAT----C------ATA-T----CA-AAC-------AAATCTGTATCAT-A-CATATTGTAT-ATAATATATCGTATCATACATACTGT-T--CATA--C-ACTATCGTATATA---ATTGTAT--GATATCAACA-TATCGT-----ATACCATTAT-GTA-TCAT----AT-A----TAT--A--ATA-----T-T-TA--AT---AATCCA--T-ATCATATA---ATATTGTATC--ATACA-TATCATATATTCCTACCATATCATATT-TAATAT------GTAAT-CAT-AGAAT--ATATTTG------TATAATACCAT-ATC--GTAT-CA-T-A-CCATAAATTG-T-ATAAT-AT-TGT-TCATACC-A---TATC--GTATA-TACCTATTGTATCT-ATCATA--TAACTAT-CATAT-CACA-Cgcatctaaactacacaaatacatttagatcaccaaagacgcattcattaatctagttt
gi|7 : aggattttcatcattacacttttcatattaccaatccaaaaaattatcataatgtcataatataacatctattattcatatattataatacatataattactgatatct-TGTCCA-TTACACTTGATCATAATTTACACAATAAAA-------A---ATA-----A--A----AT-TAT-CATA-ATGTAATAATATAACATCTATAT-TAT-ATATTATAAT-ACATA-CATGATGA-TTATTCTA-TT--ATGA--TA--------TAGGA---TATAT-AT--GAAT-AT--A-TTATATAAAATCATTAT---TATTGAT--AT---AATATGA-TATTAAT-TATAT---TT-TAT------A-----A-T-A-TGA-TATT-AT-GTA--ACTATTGAT-A-------T-A-TAT-G-A---TTAATATC---C-TATAATCAT--TAT-TATACC-AT-ATCGT--AT-GAATATTGTAT--CATACCATATCA-A--A--CAATATTGTAT-CATT-TA-----------------CCATAT-------------------T--------G-T-T--CATA--ATATAT------CGTATCAT---TAC----CATTTTGTATCAACCA--TATCAT--ACA--ATATTGT-AT-----TATACC--AAATTG-TA-TA----A-TAT------TGTAT-TCAATACCATAT-C--GTA--A------TCATACCAT-T-ATTGTAGTCA-TTACCATATTCGTATAA-TATGT-GTATC-ATATCAAACCAGTA--TCGTATAAG--ATAT-CGTATAATA-----TC-GTAGCATA-----tatactgta
gi|7 : acaggatttttcattATTATGATATAGG----ATAT--ATA----TGAATATAT--TATATAAAATC-ATT-A-TTATTGATA--T--AATATGATATTAAT-TATATTTTATA-ATAT-GAT-ATTATG--TAACTATTGATATATATGATTAATA-T-----CCTATAAT-CATTATTAT-ACCATATCGTATGAATATTGTATCATACC-ATA--TCAAACAATATT-G-TATCATTTACC------ATA-TTGTTCATAAT-------ATATC-GTATCATTACCATTTTGTATCA-ACCATATCATA-CA---ATATTGTAT--TATA--CCAA-ATTGTA--TA-ATATTGTATTCAATAC---CA-TATCGTAAT-CATACCATTATTGTAGTCATTACCAT-ATTCGTAT--A--ATA-----TGTGTATCATATCAAACCA-GT-ATCGTATAAG-ATATCGTATA--A-----TATCGTA-G-------CATA
gi|8 : acaggatttttcatttgtccattacacttgatcataatttacacaataaaaaataaaattatcataatgtaataatataacatctatattatatattataatacatacatgatgattattctTCATCATTAC----AC--TT---TATAAT-ATTACACA-----ATACTAAA--AAAACTA-TCGTA--ATGTACATAATATAAATCTATATCATAT--ATTATTAATACACACATTAT------GATTATTTATTAAAGA----A-TA---TAGGATATAATG-TGAATATGATAT---ATTAT-ATAAATCATATTATAT-GATATCA-T-TGATATTATAAATATGATA--TTATGTAATATTATATTATAATAAT-TTAATATCGTATATC-TCTT-ATACCATATCGTATTATTT--CCATATCGTATAGATATTG--TATCATACCATATCAAACAATATTGTGTCTTACCA-TATTGTATCATAATAAATCGTATCAATA---CCATAT--TATCATACCATAATCGT-----A-AAT-TATT-----------GT-TTATCATACCA-AAT-TTGTATAATATTGTATCATACCATATCGTATCATACCATATTTAGATTATTTGTATCATATCAAAGCATGATC-ATAA-ATAGT-TGTATC-ATATTAA---------AATACATATCGT
gi|9 : acaggatttTTA-AATAT-GG----ATTA--ATAGTGTT-AATATATAGTATATAAATTC-ATT-ATT-ATT-ATATGC--A-T-TGATATTA---TATA------A-ATA--GATGACTATG--TAA-TATA-ATAT-Tat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGATTTTTATCCATTACACCTTTATCATTTAACAGCAACACTAAAAAATTATCATAATGTACATAATATAACCATCTTATATCTATACTATTAATTTTTATACATACATCTATGGTATATCTATTTGGGGATAATATAGGATAATAATATGATTATAATAAAATCATATTACTATATATCAATTGATATTAAATAA
Unaligned ( gi|13 ): ACAGGATTTTCATCTGTTACACTTTATCACATTACACAACATAAACAATTATCATAATGCTCATCTATATCATATGATACTAGTATATGATTATTTATTTAATACAATATAATACATCATATTCTATAAA
Unaligned ( gi|14 ): CAGGATTTTCATCTTTTACACTTTATTTATCATATTACACAACATTTAAAAAATTATTGTACATAATACAGTATCTATATTATATTATGAATATATTATAAATAATAAATATGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAGGATTTTCATCCATTACACTTTATCATACAAAATACTAAAAAAGTTATCATAATGTACATAATATAACATCTATATTACATATTATGA
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCACATACCAGCAATCTAAACTGCTCAAATTACATTTAAGATCACAAGACAGCTATCTTAATCTA