lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 1 777777777777777777777777777777 11 444444444 11 33333 11111 1111111111 1 555555555555555555555555555555 111 1 111111 22222222222222 222 22222 444444444 11 2222 1111 111 333333333 2 4444444444444444444 33333 11 11111 5555555555555555555555 111 11111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555555555555555555555 11 1 1 333333333 1111 11 111 55555555555555555555555555555 1111 22222 11 11111 22222222222222222222222222 11 11111 33333333
lowQualScore : 6 6 6 5 66 3 5 9 99 6 88 0 33 444444 8 0 7 3 0 999999999999999999999999999999 5 8 88 88 1 5 8 8 99 11 000000000 8 11 00000 5 44444 7777777777 5 6 0 5 77 444444444444444444444444444444 66 5 888 0 5 555555 0 77 5 44444444444444 666 4 4 4 9999 4 4 4 6 99 6 6 6 6 11111 999999999 3 11 2 6666 6 99 99 6 8888 111 555555555 0 5 1111111111111111111 22 3 8 999999999 00000 77 5 22222 6 9999999999999999999999 5 333 0 55 66666666 22222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 5 9 5 444444444444444444444444444444 00 5 4 5 5 5 5 5 999999999 0000 11 5 1 5 5 5 555 33333333333333333333333333333 5 66 3 66 0 5555 11111 4 66 777 00 11111 8 77 11111111111111111111111111 3 3 6 77 3 44 3 00 66 888888888 11111 33333333 777 66
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . .. . .. ...... . . . . . .............................. . . .. .. . . . . .. .. ......... . .. ..... . ..... .......... . . . . .. .............................. .. . ... . . ...... . .. . .............. ... . . . .... . . . . .. . . . . ..... ......... . .. . .... . .. .. . .... ... ......... . . ................... .. . . ......... ..... .. . ..... . ...................... . ... . .. ........ ..... .............................................................................................................................. . . . . .............................. .. . . . . . . . ......... .... .. . . . . . ... ............................. . .. . .. . .... ..... . .. ... .. ..... . .. .......................... . . . .. . .. . .. .. ......... ..... ........ ... ..
lowQualScore : 7 7 7 0 99 2 0 4 22 7 00 8 88 444444 0 8 0 2 8 666666666666666666666666666666 0 0 88 88 0 0 0 0 44 88 888888888 0 00 66666 0 33333 4444444444 7 0 3 7 99 555555555555555555555555555555 99 0 888 0 0 999999 4 99 7 11111111111111 888 4 4 4 4444 4 4 4 7 22 7 7 7 7 00000 000000000 5 55 5 0000 7 22 22 7 3333 777 222222222 0 6 0000000000000000000 66 0 0 000000000 00000 00 0 88888 7 0000000000000000000000 0 999 9 11 11111111 55555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 4 0 444444444444444444444444444444 99 7 1 7 7 3 7 7 000000000 1111 99 7 7 7 7 7 777 88888888888888888888888888888 0 99 2 99 8 6666 66666 4 11 888 44 11111 9 33 22222222222222222222222222 1 1 2 33 1 22 1 66 11 333333333 11111 33333333 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-GTG-T-CGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAA-AAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAG---ANNGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TAAAATNCAANTNAA-TGGC--GG--CCATGTGGCC-CATAAAA-TTT-CAAAACNATGC-AAAACA-CG-GCG-AAGCAA--------TGA-AA--CGGAAATCGGAAGAACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG--AAAAGAAAC-----------------CGC--CTGN---T--T-CA---GG-GGCC-T-TG---AAAATTGGG--AG-AC------CGTGACT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A--AAT---NA----ATAAATA-TCGGATAN---TGAC-A--GAC--A-AG---AG---GAAGATC---G----AGAGAGAAGTTTAG-G-TGAGAGAGCTAAGCNCAGGTNGA-GAAGGAANTNGGGGGGNCGAGAGAGAAGTTTAGATGA-GAGAG--AAG--NTNAGANTG------AG-AGA---GAAGT-TGAGAG--------GAAGA-----GAN-AGGA----------TGTAG---AGANA-------G-----AA------GTGGAG------------G----A-A-----GAG---------G-GTG-----TTT---TNN-A-------T----AGT-GA-AAATNAGGA-CTTC-GGGTGCNAACA--AGATG-G-AAA---GAGAATG-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAN-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAA-AA---TATTT-------------A------A--------A-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----TTTTTTCC----GGA-C--T---GAC-AAAAT-----TTT-GTTTGGGCT--GACAC------T-AT--T-----T-C--T--A-ATAGT-G-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--C-T-T--CCAA-----AAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( gi|1 ) : AGTTCTTGAAAA-GTG-T-CGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAA-AAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAG---GACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCAGG-TAAAATGCAAGTAAAATGGC--GG--CCATGTGGCC-CATGAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--------TGA-AA--CGGAGGTAAGAAGAACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAG--AAAAGAAAA-----------------TGC--CTGA---T--T-CA---GG-GGCC-T-TG---AAAATTGGG--AG-AT------TGTGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A--AAT---TC----ATAAATG-TCCGATAT---TGAC-A--GAC--A-AG---AG---GAAGAT----G----AGATAGAAATTTAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGA-GANNNNNNNNNGGAAGATGAGATAGAAGTTTAGGTGA-GAGAGCTAAG--CTCAGGTTG------AG-AGA---GAAGT-TGAGAG--------GGAGA-----GAC-AGGA----------TGTAG---AGACA-------G-----AA------ATGGAG------------G----A-A-----GAG---------G-GTG-----TTT---TTC-A-------T----AGT-GA-AAATAAGGA-CTCC-GAGTGTCAACA--AGATGTG-AAA---GAGAATA-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGATGA-AAT-GGA----GA--TTGAAT---ACAA-TTAGT-TTATTGTG-A-ATAA-AA---TATTT-------------A------A--------A-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----TTTTTTCC----AGA-C--T---GAT-AAAAT-----TTT-GTTTGGGCT--GACAC------T-AT--T-----T-C--T--A-ATAGT-G-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--C-T-T--CCAA-----AACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|5 : AGTTCTTGAAAA-GTG-T-CGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGA-AAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAG---ATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACC--------ATCCAAAT----TGGC--GG--CCATGTGGCC-CATAAAA-TTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--------TGA-AA--CGGAGATCGGAACAACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAG--AAAAGAAAC-----------------TGC--CTGT---T--T-CA---GG-GGAT-T-TG---AAAATTGTG--AG-AT------TTTGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-GA----TAATCCAA-CA-TTAC-ACAT-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A--AAT---TCATAAATAAATA-TCCGATAT---TGAC-A--GAC--A-AG---AG---GAAGAT----G----AGAGAGAAGTTTAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGA-GAGAGAATTTGAGAGGGAGAGACAGGA-TGTA---AA-GACAG--AAG--TGGAGGATG------AG-AGA---GAAGT-GGAGAT--------GGAGA-----GAG-AGAA----------T----------------------------------TTGAG------------G----A-A-----GAG---------G-GTA-----TTT---TAC-A-------TATCAAGT-GA-AAATAAGCA-CCCA-GAGTGTCAACA--AGACGAG-AAA---GAGA
gi|7 : AGTTCTTGAAAACGTGGT-CGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAA-AAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATG-TCGATAAAG---AATGGGTATCG-AGTTCA-TTTATACCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-G-G-TGCGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AA-AAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAG----ATCGG-ATCGAAGTTCATTT--------------ATACAACTAAA--GGC--G---CCATGTGGCC-CATGAAA-TT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---------GATAA--CGGAAATCGGAAGAACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG--AAAAGAAA------------------CGCG-CTGC---T--T-CATTAGG-GGCC-TGTA---GAAATTGGG--AG-AC------CG----------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-T-AT-ATAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--G--AGT---AA----ATAA-CA-TCGGATAA---TGAC-A--GAC--A-AT---AG---GAAAAC----AGAGCAGAGAGAAATTTAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNAAGGGGGA--AGGGAGAAGTTGAGAGGA-GAGAG---AG--ACAAGATTT------AG-AGACA-GAAGT-GGGGGG--------CAAGA-----GAA-AAG-------------TGG---AGATAAGGA---G-----AA------AAAGAA------------G----A-AC----GAGCTAT-----A-GTGGGAATTTTAGATTT-A-------CTAA-AGT-GA-AAATGAGGA-CT-------------A--AGA-GTGCAAA---GAAAATG-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGCTGA-AAT-GGA----TA--TTGAAT---ACAA-TTAGT-TTATTGTG-A-ATAA-AA---TATTC-------------A------A--------A-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----ATTTTTCC----GGA-C--T---GAC-AAAAT-----TTT-GTTTGGGCT--GACAC------T-AT--T-----T-C--T--A-ATAGT-G-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--C-T-T--CCAA-----AAGA------A---T--TTCAAGAACttaccccccaccccccacccccactttaaatggctcggccatgtggccataaaaatttgcaaaactatgctcaaacacggcaaagcaaagtgaaacggaaatcgaagaacatatagtaaatgaactacgaggagaaaaaagaaaaatcccaaaaaaaaaccgcgcgcgcttcacgggacctgtagaattttggctagtaccgtgactgtcagtttgactcggaacaagacatttttagtcgtgataatctgacactatacaatggttgcagcatggaaggaaaataaataaatattgggaatgagtgacaacaaaggc
gi|6 : TCTTGAAAA-GTG-T-CGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AA-AAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGAGGA-ATCAAAtct
gi|4 : TTGAAAA-GTG-T-CGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAA-AAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAG---ATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC-TAAAATG---GTCA-----T--GG--CCATGT-GCC-CATAAAA-TTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--------TGC-AA--CAGAAATCTTAAGAACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAG--AAAAGAAAC-----------------CGC--CTGT---T--T-CAG--GG-GGCC-T-GG---AAAATTGGG--AG-AC------TGTGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-GA----TAATCCGA-CA-TCAT-ACAA-TTG--TTGC-A-G-A-GGAAG--G--AATAAAT-----ATAAATA-TCGGATAGA--TGAG-A--GAG--A-AGTTTAGATTGTCAAT----G----AGAGAGAAGTTGAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGA-GACAGAAGTGGGGGTGTTAAGAGGGAGTTTTAGATAATGAAAA-TGAGGACTCAGAGTG------CGAAGA---GAA---TGAAAG--------aacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|5 : A-ATG-T---GTAA-TGTTGGATTAT--CCGATAATAAAGAGT---TTTCCGAGTC--AAACT-Aaatatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|4 : agttcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatctgatgaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcagtcctgatgtccgataaagatcgggattgaagttcgttttataccatccaaattggcggccatgtggcccataaaattttaacacgatgcaaaacacagcaggcaatgaaacggagatcggaacaacctctattaaagaactattaggagaaaagaaactgcctgtttcaggggatttgaaaattgtgagattttgtcttTGA-TGTCGGATTAT--CCAATAA-AAATAGT---TTTCCGAggttgcagaggaagaaattcataaataaatatccgatattgacagacaagaggaagatgagagagaagtttagattgagagagctaagtttaggttgagagagaatttgagagggagagacaggatgtaaagacagaagtggaggatgagagagaagtggagatggagagagagaatttgaggaagagggtattttacatatcaagtgaaaataagcacccagagtgtcaacaagacgagaaagaga
gi|2 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgacA-TGTCGGATTAT--CCGATAA-AAATAGT---TCTCCGGTtacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggatagatgagagagaagtttagattgtcaatgagagagaagttgagagggagagaaagcacatagagacagaagtgggggtgttaagagggagttttagataatgaaaatgaggactcagagtgcgaagagaatgaaagaatatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|6 : gttcttgaaaaggtgcggtaaatgtgattatccgaaaaaatagtaaatgtccgatacagttactatattgcggtcccgatgtcctaaagatcggatcgaagttcatttatacaactaaaggcgccatgtggcccatgaaattcaaaactatgcaaaacagcgcgcaaagcaagataacggaaatcggaagaacctgtagtaaagaactacgaggagaaaagaaacgcgctgcttcattaggggcctgtagaaattgggagTATACCAGGCTAAAAT-----TGATGTGCC--GGGCCCATGTTGCCTCCTGAT--TTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAAGATACCGATTA-AATTCGGA--TAAGCA--ACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAG--AAAG--AAA-----------------TCCGACTGA---TGCTACA---AG-GGCTGT-TT---AAA-----G--AA-AT------TCGGA----------GAGCCGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-GA----TAATCCAATCAGTTAT-CCAA-TCA---TGC-ATG-A-GGAGG--AATAAT---T------TAAATT-ATCGATAG---TCACTA--GACCTATAG---AG---GAAGATCTGAG----AGA-AGAAATTTAG-G-Tatataatggttgcagaggaaggagtaaataacatcggataatgacagacaataggaaaacagagcagagagaaatttaggttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagggggaagggagaagttgagaggagagagagacaagatttagagacagaagtggggggcaagagaaaagtggagataaggagaaaaagaagaacgagctatagtgggaattttagatttactaaagtgaaaatgaggactaagagtgcaaagaaaatgaaaggagaatttatgaacctgtagctgaaatggatattgaatacaattagtttattgtgaataaaatattcaaaaccttaaaagtaatgtaatttttccggactgacaaaattttgtttgggctgacactatttctaatagtgtcagtccaaatgtccgacacttccaaaagaatttcaagaactct
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctaAAATGGCTCGG--CCATGTGGCC--ATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAG------TGA-AA--CGGAAAT-CGAAGAACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAACCGCGC--GCGC---T--T-CAC--GG-GACC-TGTA---GAATTTTGGCTAGTAC------CGTGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTGA----TAATCTGA-CA-CTAT-ACAA-TGG--TTGC-A-GCATGGAAGGAA--AAT---AA----ATAAATA-TTGGGAATGAGTGAC-A---AC--A-A----AG---Gttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|14 : agttcttgaaaacgtggtcggtacgtcggattatgatcgataaaaatataaatgtccgatacccaagttcactgtgttgtcggtcccgatgtcgataaagaatgggtatcgagttcatttataccattaccccccaccccccacccccacttt-----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAG--AAAAGAAAC-----------------CG---CTGGCATT--T-CA---GACTGCC-T-GG---AAAACTGGT---G-AC------CGTGGCT-TCAc
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG---AAAGAAAC-----------------CGC--TGGAT--T--T-CA---GACTGCC-T-GG---AAAACTGG
gi|3 : -----------------TGC--CGGC---T--T-CA---AG-GGAC-C-TGTATAGAATTGTT--AG-ATAGACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAATC-AA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-G-AAG--AG-AAT---AA----ATAATTGATCCGGTGA---TGAC-ACAGAC--A-AT---AG---GAAGATC---G----AGAGAGAAGTT----G-T---------------AGATTGAAGAAGGAATTATAG--GTTGAGAGAGAAGTTGAAGAGG-GAGAGACAAG--AT----TTT------AG-AGACACGAAGAACGTGGG--------GGTGA-----GA--AGAA----------TGGAA---AGATA-------GGAGAAAA------GTGAAA------------G----A-ACG---GAGCTTATTATTA-GTGGGAA-TAT---TTAGA-------T----AGTTGACAAATGAGGA-CTACAGAGTG-CAAAAGAAGAGGAG-AAAATTGATAAGC-AGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGA-AAAAGGA----GAAATTGAATCTTACAAATTAGTATTATTTTGGA-ATAA-AAA--TATTTGCA----------A------A--------A-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC----GGAAC--T---GAC-AAAAA-----TTTAGTTTGGGCT--GACAC------TAAT--T-----T-C--TGCA-ATGTT-G-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CTT-T--CCAA-----AA-A------ATTTT--TTCAAGAACtgacctggcttca
gi|5 : cACTATTT-TCA-TCA-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : agttcttgaaaagtgtcgACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-aaatgtccgatacaagttactaaattgtcagtcctgatgtccgataaagatcgggattgaagttcgttttataccatccaaattggcggccatgtggcccataaaattttaacacgatgcaaaacacagcaggcaatgaaacggagatcggaacaacctctattaaagaactattaggagaaaagaaactgcctgtttcaggggatttgaaaattgtgagattttgtctttagtttgactcggaaaactctttattatcggataatccaacattacacattggttgcagaggaagaaattcataaataaatatccgatattgacagacaagaggaagatgagagagaagtttagattgagagagctaagtttaggttgagagagaatttgagagggagagacaggatgtaaagacagaagtggaggatgagagagaagtggagatggagagagagaatttgaggaagagggtattttacatatcaagtgaaaataagcacccagagtgtcaacaagacgagaaagaga
gi|6 : ttgaaaagtgtcgACTATTT-TT--TTG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-aaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggatagatgagagagaagtttagattgtcaatgagagagaagttgagagggagagaaagcacatagagacagaagtgggggtgttaagagggagttttagataatgaaaatgaggactcagagtgcgaagagaatgaaagaatatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|8 : tcttgaaaagtgtcgGGTGGA-GAAGTTGGGCAGGG-GACGGG---GAAGTT---GTGA-GTG-GT---G--CTCGGGG-G------GG-GGA---GAAGT-GGAGAATATTAAGCGAAGA-----AAC---------------TGAAG---AAACAAGCTATTG-----TA------GTGGAG------------G----A-ATTTTTAAG---------ATATG-----TTT---TCC-A-------T-----GT---------AGGA---------TATCAATG--AG-TGTG-A------ACAATA-AAAGGAGA-A-CTAT-AA-CCTGT-AGCTGAGAAT-GGG----GA---TGAAT-----------GA-TAATTGTG-ATATAA-AA---TATTC-------------A------A--------AGA--CCTTAAAA--GTAATGTAAATCTTTGTTCCGAGAAGA-C--TGAGGAC-AAAAT-----TTT-GTTTGGGCTCACACAC------T-AT--T-----T-T--C--T-ATAGA-GTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--C-TGTCACCAA-----AATA------A---TACTTCAAGAACaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|4 : gTAGATGA-GAGAG--AAG--TTTAGATTGTCAATGAG-AGA---GAAGT-TGAGAG--------GGAGA-----GAA-AGCA----------CATAG---AGACA-------G-----AA------GTGGGG------------GTGTTA-A-----GAG---------G-GAG-----TTT---TAG-A-------T----AAT-GA-AAATGAGGA-CTCA-GAGTGC---------------GAA---GAGAATG-AAAGAATATATGT-TGAA-CCTGT-A--TTA-AAT---------A--C---AT---GCAG-TTAGT-TTATTGTG-A-ATGA-AA---TATTT-------------C------A--------A-A--CCTTAAAA--GTAATGTG----TTTTTTCT----GGA-C--T---GAC-AAAAT-----TTT-GTTTGGGGT--GACAC--------------------------------------------------------TC--TGACA--G-T-G--CCAA-----AAAA------A---T--TTCAAGAtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
gi|9 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcgga------AG-AGA---GAAAT-TGAGAG--------GAAGA-----GAT-ATGA----------TGTAG---AGAAA-------G-----AAGTAAAGATGGAGAGAGAAGTGGAAG----A-A-----AAG---------G-GTG-----TTT---TAT-A-------T----AGT-GA-AAATTGGGA-CTTC-GGGTGCAAACA--AGAT----------GAGAATG-AAAGGAGA-ATTTGTGAA-CTTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAT-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAA-AA---TACTTTAAGGTTTATTTAA------A--------A-A--CCTT-AAA--GTAAAGTA----TTTTTTCC----GGA-C--T---GAC-AAAAT-----TTT-GTTTGGGCT--GACACTATTAGT-AT--T-----T-C--T--A-ATAGT-G-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--C-T-T--CCAA-----AAAAAATT--A---T--TTCAAGAACcctctg
gi|10 : ------AG-AGA---GAAAT-TGAGAG--------GAAAATGAATGATTAGGAAAGAAGTAAATGGAG---AGAGA-------G-----AA------GTGGAA------------G----A-A-----AAG---------G--------------------------------AGT-GA-AAATTGGAA-CTTC-GGGTGCAAACAG-AGATG----------AGAATGGAAAGGAGA-ATTT-TGAA-CTTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAG-TTAGT-T-ATCGTG-A-ATAA-AACAATACTT-------------ATAATAAA--------A-A--CCT-AAAA--GTAAAGTA----TTTTTTCC----GGA-C--T---GACCAAAAT-----TTT-GTTTGGGCC--GACAC------T-AT--T-----T-C--T--A-ATAGT-G-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--C-T-T--CAAA-----AAAATT----A---T--TTCAtttgcaatggtcagactgaataaacatgtattacaatatttaaatattacatttattaaccctaat
gi|11 : GA---GAAAT-TGAGAG--------GAA-A-----GAG-ATGA----------TGTAGGAAAGA-A-------GT----AA------ATGGAG------------G----AGA-----GAG---------AAGTG-----G---------AAGAAAAGG----AGT-GA-AAATTGGGAACTTC-GGGTGCAAACA--AGATG----------AGAATG-AAAGGAGA-ATTT-TGAA-CTTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAT-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAAGAA---TACTT-------------A------ATTATTAAAA-A--CCT-AAAA--GTAAAGTA----TTTTT-CC----GGA-C--T---GAC-AAAAT-----TTTTGTTTGGGCC--GACAC------T-ATTAT-----T-C--T--A-ATAGT-G-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--C-T-T---CAA-----AAAA------A---T--tt
gi|12 : ATTC-------------A------A--------A-AAGCTGTAACA--GTAATGTAA---TCCTTTCC----GGA-CATT---GAC-AAA-TGAAGATTT-GTTTGGGCT--GACACAAG---T-A---T-----T-C--T--ACATCCT-GATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGC-C-T--CCAGAGAATAACA------A---T--TTattttca
gi|13 : gataactaaatttaacaagtggaatttcatcctccaatataaattttcagTTTTTCCTTC-GGA-C--T---GAC-AAGTT-----TCT-GTCCGAACT--GACGA--------AG--T-----T-G--T--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA-----------CCAA-----AAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtctagactgtc
gi|2 : TTTGGACT--GACAC------T-AT--T-----A-G--A--A-ATAGT-G-T--C-AGCC--C-AAAtctgcaat
gi|9 : gttcttgaaaaggtgcggtaaatgtgattatccgaaaaaatagtaaatgtccgatacagttactatattgcggtcccgatgtcctaaagatcggatcgaagttcatttatacaactaaaggcgccatgtggcccatgaaattcaaaactatgcaaaacagcgcgcaaagcaagataacggaaatcggaagaacctgtagtaaagaactacgaggagaaaagaaacgcgctgcttcattaggggcctgtagaaattgggagaccggagaactatttttatcggataatccgacatatataatggttgcagaggaaggagtaaataacatcggataatgacagacaataggaaaacagagcagagagaaatttaggttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagggggaagggagaagttgagaggagagagagacaagatttagagacagaagtggggggcaagagaaaagtggagataaggagaaaaagaagaacgagctatagtgggaattttagatttactaaagtgaaaatgaggactaagagtgcaaagaaaatgaaaggagaatttatgaacctgtagctgaaatggatattgaatacaattagtttattgtgaataaaatattcaaaaccttaaaagtaatgtaatttttccggactgacaaaattttgTTTGGACT--GACAC------T-AT--TAGAAATAC--T--A-ATAGT-G-T--C-AGCC--C-AAAtgtccgacacttccaaaagaatttcaagaactct
gi|10 : agagagaaattgagaggaagagatatgatgtagagaaagaagtaaagatggagagagaagtggaagaaaagggtgttttatatagtgaaaattgggacttcgggtgcaaacaagatgagaatgaaaggagaatttgtgaacttgtagctgaaatggatcttgactgaatacatttagtttatcgtgaataaaatactttaaggtttatttaaaaaccttaaagtaaagtattttttccggactgacaaaattttgTTTGGATT--GACAC------T-AT--T-----A-G--A--A-ATAGT-G-T--C-GGCC--C-AAAtgtctgacacttccaaaaaaaattatttcaagaactttgcaatggtcagactgaataaacatgtattacaatatttaaatattacatttattaaccctaat
gi|11 : agagagaaattgagaggaaaatgaatgattaggaaagaagtaaatggagagagagaagtggaagaaaaggagtgaaaattggaacttcgggtgcaaacagagatgagaatggaaaggagaattttgaacttgtagctgaaatggatcttgactgaatacagttagttatcgtgaataaaacaatacttataataaaaacctaaaagtaaagtattttttccggactgaccaaaattttgTTTGGACTT-GACAC------T-AT--T-----A-GAAT--A-ATAGT-G-T--C-GGCC--C-AAAtgtctgacacttcaaaaaaattatttcatt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTGGTAAGAACTAGAGAAGAAAGAAACGCCTGGATTTCAGACTGCCTGGAAAACTGGTGACCTGGCTTCA
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888 11 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 1111 111 1 111111 111 111 111 1111 11111 1111 2222 111 111 11 111 111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 11111 444444444444 1 3333 111 111 55555555555555555555 1111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 1 22 6 66 999999999999999999999999999999999999999 99 2 77 6 1 6 6 6 55 666 6 111 6 5 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 3 4 66 4 9999 55 4 555 2 55 000000 55 777 555 4 333 2 4 444 5 5 5 2222 5 5 0 77 5 77 5 5 5 5 8888 22222 1 77 77 77 5 7 77 5 66 5 77 77 5 4444 9999 111 6 6 888 22 0 666 22 1 444 1 1 77 0 77 44 111 1 999 555 1 66 66 2 66 1 44 111111 4 55 3 3 4 777 666666666666666666666666666666666666666666666666 777 4444444 1 0000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 2 4 00000 4 2 4 4 555555555555 5 5 1 5 5 5 5 3333 999 333 66 5 0 1 5 5 5 333 44444444444444444444 4 66 66 3333 777 8888 4 55 777 8 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . .. . .. ....................................... .. . .. . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . . .. . .... .. . ... . .. ...... .. ... ... . ... . . ... . . . .... . . . .. . .. . . . . .... ..... . .. .. .. . . .. . .. . .. .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . ... . . .. . .. .. ... . ... ... . .. .. . .. . .. ...... . .. . . . ... ................................................ ... ....... . .............................................. . . . . ..... . . . . ............ . . . . . . . .... ... ... .. . . . . . . ... .................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 0 00 7 88 555555555555555555555555555555555555555 22 5 00 7 0 7 7 7 77 555 7 777 7 2 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 6 0 55 0 0000 55 0 000 0 55 444444 55 000 222 0 000 9 0 333 7 7 7 1111 7 7 1 11 7 99 7 7 7 7 9999 33333 0 99 99 44 7 9 99 7 77 7 99 99 7 3333 2222 777 7 7 777 88 2 000 33 0 111 0 0 99 4 22 22 777 4 000 777 4 99 99 2 00 0 22 555555 0 55 2 1 0 000 444444444444444444444444444444444444444444444444 111 4444444 9 8888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 6 4 44444 4 6 4 4 666666666666 0 0 2 0 0 0 0 1111 111 888 00 0 1 1 0 0 0 888 88888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCAA--NTAAA-TGG--CGG--CCATGTGGCCCAT-AAAATTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-C-TG---TT--T-CA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAT-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A-A----ATAA--A--TAAA-T-ATCGG--AT-A-NTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTNGAGAGAGAAGTNGG--GGGGA-GAGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGGGTG------AG-AGA--GAAGTTGAGAGG-A---AGA-----------GAAAGGA-----TGGAG-A------------------GAG--A-------GAAGTGGAGG-----A--A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AGT-GA-AAATNAGGA-CTCC---GG-GTGCGAAC-A-AGA-TG--AAA---GAGAATG-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAA-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAA-AA---TATTT-------------A------AA-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGANNGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCAA--NTNAA-TGG--CGG--CCATGTGGCCCAT-AAAATTT-CAAAACNATGC-AAAACA-CG-GCG-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-C-TG---NT--T-CA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGACT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A-A----ATNA--A--TAAA-T-ATCGG--AT-A-NTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCNCAGGTNGAGAAGGAANTNGG--GGGGNCGAGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-NTNAGANTG------AG-AGA--GAAGTTGAGAGG-A---AGA-----------GANAGGA-----TGTAG-A------------------GAN--A-------GAAGTGGAGG-----A--A-----GAG----G-GTG----T-TTTNNAT-------AGT-GA-AAATNAGGA-CTTC---GG-GTGCNAAC-A-AGA-TG-GAAA---GAGAATG-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAN-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAA-AA---TATTT-------------A------AA-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCAGG-TA------A------AATGCAA--GTAAAATGG--CGG--CCATGTGGCCCAT-GAAATTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAG-----------------AAAAGAAAA-TGC-C-TG---AT--T-CA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ATTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A-A----ATTC--A--TAAA-T-GTCCG--AT-A-TTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNNG--GAAGATGAGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGGTTG------AG-AGA--GAAGTTGAGAGG-G---AGA-----------GACAGGA-----TGTAG-A------------------GAC--A-------GAAATGGAGG-----A--A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AGT-GA-AAATAAGGA-CTCC---GA-GTGTCAAC-A-AGA-TGTGAAA---GAGAATA-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGATGA-AAT-GGA----GA--TTGAAT---ACAA-TTAGT-TTATTGTG-A-ATAA-AA---TATTT-------------A------AA-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : ------AG-AGA--GAAATTGAGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAAGAAGTAAATGGAG-A------------------GAG--A-------GAAGTGGAAG-----A--A-----AAG----G------------------------AGT-GA-AAATTGGAA-CTTC---GG-GTGCAAAC-AGAGA-TG---------AGAATGGAAAGGAGA-ATTT-TGAA-CTTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAG-TTAGT-T-ATCGTG-A-ATAA-AACAATACTT-------------ATAATAAAA-A--CCT-AAAA--GTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---CCAAA-----A-TTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGAG-G------AA-AGA--GATGATGTAGGA-A---AGA-----------AGTAA-A-----TGGAGGA------------------GAG--A-------GAAGTGGAAG-----A--A-----AAG----G------------------------AGT-GA-AAATTGGGAACTTC---GG-GTGCAAAC-A-AGA-TG---------AGAATG-AAAGGAGA-ATTT-TGAA-CTTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAT-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAAGAA---TACTTAATTATTA-----A------AA-A--CC-TAAAA--GTAAAGTA-----TTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : ATTC-------------A------AA-AAGCTGTAACA--GTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGA-TTT-GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : gataactaaatttaacaagtggaatttcatcctccaatataaattttcagTTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----T-TTCTGTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAG-----------------AAAAGAAAC-CG--C-TGGCATT--T-CA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG-----------------AAA-GAAAC-CG--C-TGGA-TT--T-CA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAG-----------------AAA-GAAA--CGC-C-TGGA-TT--T-CA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT--------------------------ATACAA--CTAAA--GG--CG---CCATGTGGCCCAT-GAAATT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAACGCGC---TG---CT--T-CATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-ACCG------------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-T-AT-ATAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--G-A----GTAA--A--TAA--C-ATCGG--AT-A-ATGAC-A--GAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAG--GGGGA--AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--A-G-ACAAGATTT------AG-AGACAGAAGTGGGGGGC-A---AGA-----------GAAAAG------TGGAG-A------------------TAAGGA-------GAAAAAGAAG-----A--AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAGT-GA-AAATGAGGA-CT-----------------A-AGAGTG-CAAA---GAAAATG-AAAGGAGA-ATTTATGAA-CCTGT-AGCTGA-AAT-GGAT----A--TTGAAT---ACAA-TTAGT-TTATTGTG-A-ATAA-AA---TATTC-------------A------AA-A--CCTTAAAA--GTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---CT--T-CA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-ACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAATC-AA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-G-AAG--AGA----ATAA--A--TAAT-TGATCCG--GT-G-ATGAC-ACAGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTGA--AGAGG-GAGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGGGTG------AG-A-A--GAA-TGGAAAGATA---GGA-----------GAAA-----------AG-T------------------GAA--A-------GAA-CGGAGCTTATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTTGACAAATGAGGA-CTAC---AGAGTGCAAAAGA-AGA-GGAGAAAATTGATAAGC-AGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGA-AAAAGGA----GAAATTGAATCTTACAAATTAGTATTATTTTGGA-ATAA-AAA--TATTTGCA----------A------AA-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----A-TTTAGTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC-TA------A------AATG-----GTCA-------TGG--CCATGT-GCCCAT-AAAATTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-C-TG---TT--T-CAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-ACTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-GA----TAATCCGA-CA-TCAT-ACAA-TTG--TTGC-A-G-A-GGAAG--G-A----ATAAATA--TAAA-T-ATCGG--AT-AGATGAG-A--GAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGTGGG--GGTGTTAAGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGAGTG------CGAAGA--GAA--TGAAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAATGAG-AGA--GAAGTTGAGAGG-G---AGA-----------GAAAGCA-----CATAG-A------------------GAC--A-------GAAGTGGGGGTGTT-A--A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AAT-GA-AAATGAGGA-CTCA---GA-GTGCG---------------AA---GAGAATG-AAAGAATATATGT-TGAA-CCTGT-A--TTA-AAT---------A--C---AT---GCAG-TTAGT-TTATTGTG-A-ATGA-AA---TATTT-------------C------AA-A--CCTTAAAA--GTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACC--------------------ATCCAA--AT----TGG--CGG--CCATGTGGCCCAT-AAAATTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-TGC-C-TG---TT--T-CA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-ATTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-GA----TAATCCAA-CA-TTAC-ACAT-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAG--A-AATTCATAA--A--TAAA-T-ATCCG--AT-A-TTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGA--GAGGGAGAGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGGATG------AG-AGA--GAAGT-----GG-A----------------------GA-----TGGAG-A------------------GAG--A-------GAATTTGAGG-----A--A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AGT-GA-AAATAAGCA-CCCA---GA-GTGTCAAC-A-AGA-CGAGAAA---GAGAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGG
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCAGGCTA------A------AATTGA----TG---TGC--CGGGCCCATGTTGCCTCC-TGATTTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAG-----------------AAAGAAATC-CGA-C-TG---ATGCTACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-AGC--------------------CGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-GA----TAATCCAATCAGTTAT-CCAA-TCA---TGC-ATG-A-GGAGG--A-A------TA--ATTTAAATT-ATC-G--AT-A-GTCACTA--GACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTAT--GGAGaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGT-CGATAAAGAATGGGTATCG-AGTTCA-TTTATACCAT--TACCCCCCACCCCCCACCCCCACTTTAAA-TGGCTCGG--CCATGTGG-CCATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-C-GA--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---CT--T-CAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTACCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTGA----TAATCTGA-CA-CTAT-ACAA-TGG--TTGC-A-GCATGGAAGGAA-A----ATAA--A--TAAA-T-ATTGGGAATGA-GTGAC-A---AC--A-A----AGGagg
gi|8 : GGTGGAGAAG---TTGGGCAGGGGACGGG---GAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGGG-G------GG-GGA--GAAGTGGAGAAT-ATTAAGC-----------GA-AGAAAC---TGAAG-A------------------AAC--AAGCTATTGTAGTGGAGG-----A--ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------GT---------AGGA-TATCAATGA-GTGTGAAC-A-A------------------TA-AAAGGAGA-ACT-AT-AA-CCTGT-AGCTGAGAAT-GGG----GA---TGAATG--ATAA-TT---------GTG-ATATAA-AA---TATTC-------------A------AAGA--CCTTAAAA--GTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : g------AG-AGA--GAAATTGAGAGG-A---AGA-----------GATATGA-----TGTAG-AGAAAGAAGTAAAGATGGAGAG--A-------GAAGTGGAAG-----A--A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AGT-GA-AAATTGGGA-CTTC---GG-GTGCAAAC-A-AGA-TG---------AGAATG-AAAGGAGA-ATTTGTGAA-CTTGT-AGCTGA-AAT-GGATCTTGA--CTGAAT---ACAT-TTAGT-TTATCGTG-A-ATAA-AA---TACTTTAAGGTTTATTTAA------AA-A--CCTT-AAA--GTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 222 111 1 111111 111 111 111 1111 111111111 11 1111 2222 111 111 11111 111 111 22222222222 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333 3333333333333333 111111 1 3333333 111 111111 55555555555555555555 1111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 6 3 7 7777777777777777777777777777777777 99 99 2 1 0 6 6 2 6 6 6 88 666 6 111 6 2 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 4 66 4 555 555 2 55 000000 55 777 555 4 000 1 4 444 5 5 5 2222 5 5 0 5 5 77 5 5 5 5 444444444 33 77 5 7 77 5 66 77 5 77 5 4444 9999 111 6 6 888 11 0 666 22 0 11 1 5 5 0 33333 111 1 999 333 0 66 66 6666 33333333333 4 333 4 4 555555555555555555555555555555 0 4 666 4444444 1 66 8888888888888888 33333333333333333333333333333 4 4 4 1 0 4 888 0 8 1 7777777777777777 5 999999 5 1 5 5 5 5 4444444 0 777 222 4 0 777 4 0 4 4 4 4 4 4 777 222222 44444444444444444444 4 66 66 3333 777 8888 4 55 777 8 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . . . .................................. .. .. . . . . . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . .. . ... ... . .. ...... .. ... ... . ... . . ... . . . .... . . . . . .. . . . . ......... .. .. . . .. . .. .. . .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . .. . . . . ..... ... . ... ... . .. .. .... ........... . ... . . .............................. . . ... ....... . .. ................ ............................. . . . . . . ... . . . ................ . ...... . . . . . . ....... . ... ... . . ... . . . . . . . . ... ...... .................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 7 7 3 5555555555555555555555555555555555 22 22 5 0 3 7 7 5 7 7 7 33 555 7 777 7 5 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 0 55 0 000 000 0 55 444444 55 000 222 0 555 4 0 333 7 7 7 1111 7 7 1 7 7 99 7 7 7 7 111111111 66 44 7 9 99 7 77 99 7 99 7 3333 2222 777 7 7 777 33 2 000 77 2 88 0 7 7 4 11111 777 4 000 888 1 11 11 0000 22222222222 0 333 0 0 222222222222222222222222222222 1 4 222 4444444 9 11 1111111111111111 33333333333333333333333333333 4 4 4 0 1 4 222 7 2 1 2222222222222222 0 444444 0 2 0 0 0 0 9999999 9 888 222 4 1 888 4 8 4 4 4 4 4 4 888 888888 88888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCAA-T--AAA-TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---CTTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAG--G-A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGG--A-GAGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGCGAACA-AGA--T--GA--AGAGAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCAANT--AAA-TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---TTTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAG--A-A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTNGAGAGAGAAGTNG-GG-GGG--A-GAGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CCGGGTGCGAACA-AGA--T--GA-AAGAGAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCAGG-TA------A------AATGCAAGT--AAAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATGAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAGAAAAGA-----------------AAA-TGC-C-TG---ATTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ATTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-CAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAG--A-A----ATTC--ATAAA-T-GTCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNN-GG-AAG--ATGAGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGG------TT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GACA-GGA-----TGTAG-AGA--CA-------GAAATGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AG-T-GA-AAATAAGGA-CT-CCGAGTGTCAACA-AGATGT--GA-AAGAGAA-TA------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGATG-A-AATGGA----G--ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : AG-AGAGAAATTG-AGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAA-GAAGTAAATGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGAA-CT-TCGGGTGCAAACAGAGA--T--GA-----GAA-TGG-----AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AGTTAG---T-T-ATCGT-G-A-AT-A-A-AACAAT------ACTT-------------ATAATAAAA-A--CCT---AAAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---CCAAA-----A-TTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGA------G----GAA-AGAGATGATG--TAGG-A---A-A-----------GAAGTAAA-----TGGAGGAGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGGAACT-TCGGGTGCAAACA-AGA--T--GA-----GAA-TG------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-AGAA---T------ACTTAATTATTA-----A------AA-A--CC-T--AAAAGTAAAGTA-----TTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : TA--ACTAAA---TTTAAC-AAGTGGAATT-TCATCCT-CCA-AT-ATA-AA---TTTTCAGATTC-------------A------AA-AAGCTGT--AACAGTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGA-TTT-GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : gaTTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----T-TTCTGTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAGAAAAGA-----------------AAC-CG--C-TGGCATTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG-AAAGA-----------------AAC-CG--C-TGGA-TTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAGAAA-GA-----------------AA--CGC-C-TGGA-TTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT--------------------------ATACAACT--AAA--GGC--G---CCATGTGGCCCATGAAA-TT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AACGCGC---TG---CTTCATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-ACCG------------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-T-A-TAT-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAG--G-A----GTAA--ATAA--C-ATCGG--AT-A-ATG--AC-AGAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GG-GGG--A--AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--AGA-C--AAG------ATTTAGAG-ACAGAAGTGG-GGGGC-A---AGA-----------GAAA-AG------TGGAG-ATAAGGA-------GAAAAAGAA--G----A-----AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAG-T-GA-AAATGAGGA-CT-AAGAGTGC---------------A-AAGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGAT------ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---CTTCA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-ACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAAT-CAA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A--GAAG--AGA----ATAA--ATAAT-TGATCCG--GT-G-ATGACAC-AGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTG-AA-GAG--G-GAGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGG------GT---GAG-A-AGAA-TGG-AAAGATA---GGA-----------GAAA------------AG-TGA--AA-------GAA-CGGAGCTT----ATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTT-GACAAATGAGGA-CTACAGAGTGCAA--A-AGA--A--GAGGAGAAAATTGATAAGCAGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGAA-AAAGGA----GAAATTGAATCTT---ACAAATTAG---TATTATTTTGG-A-ATAA-A-AA---T------ATTTGCA----------A------AA-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----A-TTTAGTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC-TA------A------AATG---------G-TCAT--GG--CCATGT-GCCCATAAAA-TTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---TTTCAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-ACTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-G----ATAATCCGA-CA-TCA-TAC-AATTG--TTG-CA-G-A-GGAAG--G-A----ATAAATATAAA-T-ATCGG--AT-AGATG--AG-AGAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGTGG-GG-GTGTTA--AGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGA------GT---GCGAAGAGAA--TG-AAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAAT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GAAA-GCA-----CATAG-AGA--CA-------GAAGTGGGG--GTGTTA-----A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AA-T-GA-AAATGAGGA-CT-CAGAGTGCGAA----------------GAGAA-TG------AAAGAATATATGT-TG-AACCTGT-A--TT-A-AAT----------AC---A---T---GC-AGTTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-G-A-AA---T------ATTT-------------C------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACC--------------------ATCCAAAT------TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-TGC-C-TG---TTTCA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-ATTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-G----ATAATCCAA-CA-TTA-CAC-ATTGG--TTG-CA-G-A-GGAAG--A-AATTCATAA--ATAAA-T-ATCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGAGA-GGG--A-GAGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGG------AT---GAG-AGAGAAGT------GG-A-----------------------GA-----TGGAG-AGA--GA-------GAATTTGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AG-T-GA-AAATAAGCA-CC-CAGAGTGTCAACA-AGA--CGAGA-AAGAGAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGG
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCAGGCTA------A------AATTGA--T--G---TGCC--GGGCCCATGTTGCCTCCTGAT-TTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAGAAAGAA-----------------ATC-CGA-C-TGATGCTACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-A-------GC-------------CGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-G----ATAATCCAATCAGTTA-TCC-AATCA---TG-CATG-A-GG-AG--G-A----ATAAT-TTAAATT-ATC-G--AT-A-GTC--ACTAGACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTA-TG-GAG--A-Gaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGTC-GATAAAGAATGGGTATCGA-GTTCATTT-ATACCAT--TACCCCCCACCCCCCACCCCCACTTTAAA-TGGCTCGG--CCATGTGGCC-ATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-CG-A--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---CTTCAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTACCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTG----ATAATCTGA-CA-CTA-TAC-AATGG--TTG-CA-GCATGGAAGGAA-A----ATAA--ATAAA-T-ATTGGGAATGA-GTG--AC-A-AC--A-A----AGGg
gi|8 : GAGAAGTTG-GGCAGG--G-GACGGGGAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGG------G----GGG-GGAGAAGTGG-AGAAT-ATTAAGC-----------GAAG-AAAC----TGAAG-AAA--CAAGCTATTGTAGTGGAG--G----A-----ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------G-TAGG-ATATCAA-------TGAGTGTGAACA-A------------------TA------AAAGGAGA-ACT-AT--AACCTGT-AGCTG-AGAATGGG----G--A-TGAA---TG--AT-AATT------------GT-G-ATAT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AAGA--CCTT--AAAAGTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : gggtgA---GAGA--G--AAA-TTGAGA------GG---AAG-AGATATGATGTAGAGA-A---AGAA----------GTAA-AGA-----TGGAG-AGA--GA---------AGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AG-T-GA-AAATTGGGA-CT-TCGGGTGCAAACA-AGA--T--GA-----GAA-TG------AAAGGAGA-ATTTGTG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ACTTTAAGGTTTATTTAA------AA-A--CCTT---AAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 222222 111 1 111111 111 111 111 1111 1111 11 1111 2222 111 111 11111 111 111 22222222222 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333 222222222222222222 111111 1 3333333 111 111111 55555555555555555555 1111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 6 3 7 333333333333333333333333333333333 99 99 2 1 0 6 6 2 6 6 6 88 666 6 111 6 2 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 4 444 222222 555 2 55 000000 55 777 555 4 000 1 4 444 5 5 5 2222 5 5 0 5 5 77 5 5 5 5 77 2222 33 77 5 7 77 5 66 77 5 77 5 4444 9999 111 6 6 888 11 0 666 22 0 22 888 5 22222 111 1 999 333 0 66 66 6666 33333333333 4 333 4 4 555555555555555555555555555555 0 4 666 4444444 1 66 8888888888888888 33333333333333333333333333333 4 4 4 1 0 4 666 999999999999999999 888 999999 5 1 5 5 5 5 4444444 0 777 222 4 0 777 4 0 4 4 4 4 4 4 777 222222 44444444444444444444 4 66 66 3333 777 8888 4 55 777 8 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . . . ................................. .. .. . . . . . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . ... ...... ... . .. ...... .. ... ... . ... . . ... . . . .... . . . . . .. . . . . .. .... .. .. . . .. . .. .. . .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . .. ... . ..... ... . ... ... . .. .. .... ........... . ... . . .............................. . . ... ....... . .. ................ ............................. . . . . . . ... .................. ... ...... . . . . . . ....... . ... ... . . ... . . . . . . . . ... ...... .................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 7 7 3 333333333333333333333333333333333 22 22 5 0 3 7 7 5 7 7 7 33 555 7 777 7 5 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 0 666 444444 000 0 55 444444 55 000 222 0 555 4 0 333 7 7 7 1111 7 7 1 7 7 99 7 7 7 7 99 1111 66 44 7 9 99 7 77 99 7 99 7 3333 2222 777 7 7 777 33 2 000 77 2 22 666 7 99999 777 4 000 888 1 11 11 0000 22222222222 0 333 0 0 222222222222222222222222222222 1 4 222 4444444 9 11 1111111111111111 33333333333333333333333333333 4 4 4 0 1 4 333 222222222222222222 888 444444 0 2 0 0 0 0 9999999 9 888 222 4 1 888 4 8 4 4 4 4 4 4 888 888888 88888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCGA---TAA--TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGCGAACA-AGATG---A-GAGAA---TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCAA---TAAA-TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGCGAACA-AGATG---AAGAGAA---TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCAGG-TA------A------AATGCAAG--TAAAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATGAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAGAAAAGA-----------------AAA-TGC-C-TG---A--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ATTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-CAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--A----ATTC--ATAAA-T-GTCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNN-GG-AAGATG---AGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGG------TT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GACA-GGA-----TGTAG-AGA--CA-------GAAATGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AG-T-GA-AAATAAGGA-CT-CCGAGTGTCAACA-AGATGTGAAAGAGAA---TA------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGATG-A-AATGGA----G--ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : AG-AGAGAAATTG-AGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAA-GAAGTAAATGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGAA-CT-TCGGGTGCAAACAGAGATG---A---GAA---TGG-----AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AGTTAG---T-T-ATCGT-G-A-AT-A-A-AACAAT------ACTT-------------ATAATAAAA-A--CCT---AAAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---CCAAA-----A-TTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGA------G----GAA-AGAGATGATG--TAGG-A---A-A-----------GAAGTAAA-----TGGAGGAGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGGAACT-TCGGGTGCAAACA-AGATG---A---GAA---TG------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-AGAA---T------ACTTAATTATTA-----A------AA-A--CC-T--AAAAGTAAAGTA-----TTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : TA--ACTAAA---TTTAAC-AAGTGGAATT-TCATCCT-CCA-AT-ATA-AA---TTTTCAGATTC-------------A------AA-AAGCTGT--AACAGTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGA-TTT-GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : gaTTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----T-TTCTGTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-T-GG---CATTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG-AAAGA-----------------AAC-CG--C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAGAAA-GA-----------------AA--CGC-C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT-ATACAAC--TA------A------A---------------GGC--G---CCATGTGGCCCATGAAA-TT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AACGCGC---TG---C--TTCATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-ACCG------------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-T-A-TAT-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----GTAA--ATAA--C-ATCGG--AT-A-ATG--AC-AGAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GG-GGGA-----AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--AGA-C--AAG------ATTTAGAG-ACAGAAGTGG-GGGGC-A---AGA-----------GAAA-AG------TGGAG-ATAAGGA-------GAAAAAGAA--G----A-----AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAG-T-GA-AAATGAGGA-CT-AAGAGTGCAAA-------------GAAAA---TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGAT------ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---C--TTCA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-ACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAAT-CAA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-GAAGAG--A----ATAA--ATAAT-TGATCCG--GT-G-ATGACAC-AGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTG-AA-GAGG-G---AGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGG------GT---GAG-A-AGAA-TGG-AAAGATA---GGA-----------GAAA------------AG-TGA--AA-------GAA-CGGAGCTT----ATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTT-GACAAATGAGGA-CTACAGAGTGCAA--A-AGAAG---AGGAGAAAATTGATAAGCAGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGAA-AAAGGA----GAAATTGAATCTT---ACAAATTAG---TATTATTTTGG-A-ATAA-A-AA---T------ATTTGCA----------A------AA-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----A-TTTAGTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC-TA------A------AATG---------G-TCAT--GG--CCATGT-GCCCATAAAA-TTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---T--TTCAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-ACTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-G----ATAATCCGA-CA-TCA-TAC-AATTG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAAATATAAA-T-ATCGG--AT-AGATG--AG-AGAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGT---GG-GGGT-GTTAAGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGA------GT---GCGAAGAGAA--TG-AAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAAT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GAAA-GCA-----CATAG-AGA--CA-------GAAGTGGGG--GTGTTA-----A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AA-T-GA-AAATGAGGA-CT-CAGAGTGC----------G---AAGAGAA---TG------AAAGAATATATGT-TG-AACCTGT-A--TT-A-AAT----------AC---A---T---GC-AGTTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-G-A-AA---T------ATTT-------------C------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACC--------------------ATCCA-----AAT-TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-TGC-C-TG---T--TTCA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-ATTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-G----ATAATCCAA-CA-TTA-CAC-ATTGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--AATTCATAA--ATAAA-T-ATCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGAGA-GGGA-G---AGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGG------AT---GAG-AGAGAAGT------GG-A-----------------------GA-----TGGAG-AGA--GA-------GAATTTGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AG-T-GA-AAATAAGCA-CC-CAGAGTGTCAACA-AGACGAGAAAGAGAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGG
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCAGGCTA------A------AATT-GA---TG---TGCC--GGGCCCATGTTGCCTCCTGAT-TTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAGAAAGAA-----------------ATC-CGA-C-TGATGC--TACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-A-------GC-------------CGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-G----ATAATCCAATCAGTTA-TCC-AATCA---TG-CATG-A-GG-AGG--A----ATAAT-TTAAATT-ATC-G--AT-A-GTC--ACTAGACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTA-TG-GAGA-G---aggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGTC-GATAAAGAATGGGTATCGA-GTTCATTT-ATACCAT--TACCCCCCACCCCCCACCCCCACTTTAAA-TGGCTCGG--CCATGTGGCC-ATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-CG-A--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---C--TTCAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTACCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTG----ATAATCTGA-CA-CTA-TAC-AATGG--TTG-CA-GCATGGAAGGAAA----ATAA--ATAAA-T-ATTGGGAATGA-GTG--AC-A-AC--A-A----AGGg
gi|8 : GAGAAGTTG-GGCAGGG-G---ACGGGGAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGG------G----GGG-GGAGAAGTGG-AGAAT-ATTAAGC-----------GAAG-AAAC----TGAAG-AAA--CAAGCTATTGTAGTGGAG--G----A-----ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------G-TAGG-ATATCAA-------TGAGTGTGAACA-A-----------------TA------AAAGGAGA-ACT-AT--AACCTGT-AGCTG-AGAATGGG----G--A-TGAA---TG--AT-AATT------------GT-G-ATAT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AAGA--CCTT--AAAAGTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : gggtgA---GAGA--G--AAA-TTGAGA------GG---AAG-AGATATGATGTAGAGA-A---AGAA----------GTAA-AGA-----TGGAG-AGA--GA---------AGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AG-T-GA-AAATTGGGA-CT-TCGGGTGCAAACA-AGATG---A---GAA---TG------AAAGGAGA-ATTTGTG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ACTTTAAGGTTTATTTAA------AA-A--CCTT---AAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 222222 111 1 111111 111 111 111 1111 1111 11 1111 2222 111 111 11111 111 111 22222222222 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333 1111111111 111111111111 1 3333333 111 111111 55555555555555555555 1111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 6 3 7 22222222222222222222222222222222222 99 99 2 1 0 6 6 2 6 6 6 88 666 6 111 6 2 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 4 444 222222 555 2 55 000000 55 777 555 4 000 1 4 444 5 5 5 2222 5 5 0 5 5 77 5 5 5 5 77 2222 33 77 5 7 77 5 66 77 5 77 5 4444 9999 111 6 6 888 11 0 666 22 0 22 888 5 22222 111 1 999 333 0 66 66 6666 33333333333 4 333 4 4 555555555555555555555555555555 0 4 666 4444444 1 66 8888888888888888 33333333333333333333333333333 4 4 4 1 0 4 666 88 1 2222222222 999999999999 5 1 5 5 5 5 4444444 0 777 222 4 0 777 4 0 4 4 4 4 4 4 777 222222 44444444444444444444 4 66 66 3333 777 8888 4 55 777 8 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . . . ................................... .. .. . . . . . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . ... ...... ... . .. ...... .. ... ... . ... . . ... . . . .... . . . . . .. . . . . .. .... .. .. . . .. . .. .. . .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . .. ... . ..... ... . ... ... . .. .. .... ........... . ... . . .............................. . . ... ....... . .. ................ ............................. . . . . . . ... .. . .......... ............ . . . . . . ....... . ... ... . . ... . . . . . . . . ... ...... .................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 7 7 3 55555555555555555555555555555555555 22 22 5 0 3 7 7 5 7 7 7 33 555 7 777 7 5 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 0 666 444444 000 0 55 444444 55 000 222 0 555 4 0 333 7 7 7 1111 7 7 1 7 7 99 7 7 7 7 99 1111 66 44 7 9 99 7 77 99 7 99 7 3333 2222 777 7 7 777 33 2 000 77 2 22 666 7 99999 777 4 000 888 1 11 11 0000 22222222222 0 333 0 0 222222222222222222222222222222 1 4 222 4444444 9 11 1111111111111111 33333333333333333333333333333 4 4 4 0 1 4 333 99 1 0000000000 888888888888 0 2 0 0 0 0 9999999 9 888 222 4 1 888 4 8 4 4 4 4 4 4 888 888888 88888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAN--TA------A------AAT--GA-T----AA--TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAG--TA------A------AATNCGA-T----AA--TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAGAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCAGG-TA------A------AATGCAAGT----AAAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATGAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAGAAAAGA-----------------AAA-TGC-C-TG---A--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ATTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-CAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--A----ATTC--ATAAA-T-GTCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNN-GG-AAGATG---AGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGG------TT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GACA-GGA-----TGTAG-AGA--CA-------GAAATGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AG-T-GA-AAATAAGGA-CT-CCGAGTGT-CAACA-AGATGTGAAAGAGAA-TA------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGATG-A-AATGGA----G--ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : AG-AGAGAAATTG-AGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAA-GAAGTAAATGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGAA-CT-TCGGGTGC-AAACAGAGATG----AGA--A-TGG-----AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AGTTAG---T-T-ATCGT-G-A-AT-A-A-AACAAT------ACTT-------------ATAATAAAA-A--CCT---AAAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---CCAAA-----A-TTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGA------G----GAA-AGAGATGATG--TAGG-A---A-A-----------GAAGTAAA-----TGGAGGAGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGGAACT-TCGGGTGC-AAACA-AGATG----AGA--A-TG------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-AGAA---T------ACTTAATTATTA-----A------AA-A--CC-T--AAAAGTAAAGTA-----TTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : TA--ACTAAA---TTTAAC-AAGTGGAATT-TCATCCT-CCA-AT-ATA-AA---TTTTCAGATTC-------------A------AA-AAGCTGT--AACAGTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGA-TTT-GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : gaTTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----T-TTCTGTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-T-GG---CATTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG-AAAGA-----------------AAC-CG--C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAGAAA-GA-----------------AA--CGC-C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT-ATACAAC--TA------A------A-----------------GGC--G---CCATGTGGCCCATGAAA-TT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AACGCGC---TG---C--TTCATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-ACCG------------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-T-A-TAT-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----GTAA--ATAA--C-ATCGG--AT-A-ATG--AC-AGAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GG-GGGA-----AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--AGA-C--AAG------ATTTAGAG-ACAGAAGTGG-GGGGC-A---AGA-----------GAAA-AG------TGGAG-ATAAGGA-------GAAAAAGAA--G----A-----AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAG-T-GA-AAATGAGGA-CT-AAGAGTGC-AAA-------------GAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGAT------ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---C--TTCA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-ACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAAT-CAA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-GAAGAG--A----ATAA--ATAAT-TGATCCG--GT-G-ATGACAC-AGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTG-AA-GAGG-G---AGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGG------GT---GAG-A-AGAA-TGG-AAAGATA---GGA-----------GAAA------------AG-TGA--AA-------GAA-CGGAGCTT----ATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTT-GACAAATGAGGA-CTACAGAGTGCAAAAGA-AGAGG----AGAAAATTGATAAGCAGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGAA-AAAGGA----GAAATTGAATCTT---ACAAATTAG---TATTATTTTGG-A-ATAA-A-AA---T------ATTTGCA----------A------AA-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----A-TTTAGTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC-TA------A------AAT--GG-T----CA--T-----GG--CCATGT-GCCCATAAAA-TTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---T--TTCAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-ACTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-G----ATAATCCGA-CA-TCA-TAC-AATTG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAAATATAAA-T-ATCGG--AT-AGATG--AG-AGAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGT---GG-GGGT-GTTAAGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGA------GT---GCGAAGAGAA--TG-AAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAAT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GAAA-GCA-----CATAG-AGA--CA-------GAAGTGGGG--GTGTTA-----A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AA-T-GA-AAATGAGGA-CT-CAGAGTGC-GA-------------AGAGAA-TG------AAAGAATATATGT-TG-AACCTGT-A--TT-A-AAT----------AC---A---T---GC-AGTTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-G-A-AA---T------ATTT-------------C------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACCAT--CC------A------AAT--------------TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-TGC-C-TG---T--TTCA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-ATTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-G----ATAATCCAA-CA-TTA-CAC-ATTGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--AATTCATAA--ATAAA-T-ATCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGAGA-GGGA-G---AGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGG------AT---GAG-AGAGAAGT------GG-A-----------------------GA-----TGGAG-AGA--GA-------GAATTTGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AG-T-GA-AAATAAGCA-CC-CAGAGTGT-CAACA-AGACG----AGAAAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGgaga
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCAGGCTA------A------AATT-GA-T----G---TGCC--GGGCCCATGTTGCCTCCTGAT-TTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAGAAAGAA-----------------ATC-CGA-C-TGATGC--TACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-A-------GC-------------CGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-G----ATAATCCAATCAGTTA-TCC-AATCA---TG-CATG-A-GG-AGG--A----ATAAT-TTAAATT-ATC-G--AT-A-GTC--ACTAGACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTA-TG-GAGA-G---aggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGTC-GATAAAGAATGGGTATCGA-GTTCATTT-ATACCAT--TACCCCCCACCCCCCACCCCCA-CTTTAAA--TGGCTCGG--CCATGTGGCC-ATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-CG-A--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---C--TTCAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTACCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTG----ATAATCTGA-CA-CTA-TAC-AATGG--TTG-CA-GCATGGAAGGAAA----ATAA--ATAAA-T-ATTGGGAATGA-GTG--AC-A-AC--A-A----AGGg
gi|8 : GAGAAGTTG-GGCAGGG-G---ACGGGGAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGG------G----GGG-GGAGAAGTGG-AGAAT-ATTAAGC-----------GAAG-AAAC----TGAAG-AAA--CAAGCTATTGTAGTGGAG--G----A-----ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------G-TAGG-ATATCAA-------TGAGTGT-GAACA-A---------------TA------AAAGGAGA-ACT-AT--AACCTGT-AGCTG-AGAATGGG----G--A-TGAA---TG--AT-AATT------------GT-G-ATAT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AAGA--CCTT--AAAAGTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : gggtgA---GAGA--G--AAA-TTGAGA------GG---AAG-AGATATGATGTAGAGA-A---AGAA----------GTAA-AGA-----TGGAG-AGA--GA---------AGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AG-T-GA-AAATTGGGA-CT-TCGGGTGC-AAACA-AGATG----AGA--A-TG------AAAGGAGA-ATTTGTG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ACTTTAAGGTTTATTTAA------AA-A--CCTT---AAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 2222 55555555555 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 222222 111 1 111111 111 111 111 1111 1111 11 1111 2222 111 111 11111 111 111 22222222222 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333 1111111111 22222222222 1 3333333 111 111111 55555555555555555555 1111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 1 6 66 3333 0 55555555555 99 99 2 1 0 6 6 2 6 6 6 88 666 6 111 6 2 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 4 444 222222 555 2 55 000000 55 777 555 4 000 1 4 444 5 5 5 2222 5 5 0 5 5 77 5 5 5 5 77 2222 33 77 5 7 77 5 66 77 5 77 5 4444 9999 111 6 6 888 11 0 666 22 0 22 888 5 22222 111 1 999 333 0 66 66 6666 33333333333 4 333 4 4 555555555555555555555555555555 0 4 666 4444444 1 66 8888888888888888 33333333333333333333333333333 4 4 4 1 0 4 666 88 1 2222222222 22222222222 5 1 5 5 5 5 4444444 0 777 222 4 0 777 4 0 4 4 4 4 4 4 777 222222 44444444444444444444 4 66 66 3333 777 8888 4 55 777 8 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . . .. .... . ........... .. .. . . . . . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . ... ...... ... . .. ...... .. ... ... . ... . . ... . . . .... . . . . . .. . . . . .. .... .. .. . . .. . .. .. . .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . .. ... . ..... ... . ... ... . .. .. .... ........... . ... . . .............................. . . ... ....... . .. ................ ............................. . . . . . . ... .. . .......... ........... . . . . . . ....... . ... ... . . ... . . . . . . . . ... ...... .................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 0 7 88 5555 8 11111111111 22 22 5 0 3 7 7 5 7 7 7 33 555 7 777 7 5 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 0 666 444444 000 0 55 444444 55 000 222 0 555 4 0 333 7 7 7 1111 7 7 1 7 7 99 7 7 7 7 99 1111 66 44 7 9 99 7 77 99 7 99 7 3333 2222 777 7 7 777 33 2 000 77 2 22 666 7 99999 777 4 000 888 1 11 11 0000 22222222222 0 333 0 0 222222222222222222222222222222 1 4 222 4444444 9 11 1111111111111111 33333333333333333333333333333 4 4 4 0 1 4 333 99 1 0000000000 44444444444 0 2 0 0 0 0 9999999 9 888 222 4 1 888 4 8 4 4 4 4 4 4 888 888888 88888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA-N--TAAAAT-G-----ATAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA-N--TAAAAT-G-----ATAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCA-GG-TAAAAT-GCAAGTAAAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATGAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAGAAAAGA-----------------AAA-TGC-C-TG---A--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ATTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-CAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--A----ATTC--ATAAA-T-GTCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNN-GG-AAGATG---AGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGG------TT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GACA-GGA-----TGTAG-AGA--CA-------GAAATGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AG-T-GA-AAATAAGGA-CT-CCGAGTGT-CAACA-AGATGTGAAAGAGAA-TA------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGATG-A-AATGGA----G--ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : AG-AGAGAAATTG-AGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAA-GAAGTAAATGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGAA-CT-TCGGGTGC-AAACAGAGATG----AGAA---TGG-----AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AGTTAG---T-T-ATCGT-G-A-AT-A-A-AACAAT------ACTT-------------ATAATAAAA-A--CCT---AAAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---CCAAA-----A-TTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGA------G----GAA-AGAGATGATG--TAGG-A---A-A-----------GAAGTAAA-----TGGAGGAGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGGAACT-TCGGGTGC-AAACA-AGATG----AGAA---TG------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-AGAA---T------ACTTAATTATTA-----A------AA-A--CC-T--AAAAGTAAAGTA-----TTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : TA--ACTAAA---TTTAAC-AAGTGGAATT-TCATCCT-CCA-AT-ATA-AA---TTTTCAGATTC-------------A------AA-AAGCTGT--AACAGTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGA-TTT-GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : gaTTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----T-TTCTGTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-T-GG---CATTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG-AAAGA-----------------AAC-CG--C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAGAAA-GA-----------------AA--CGC-C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT-ATACAA-C--TAAA--------------GGC--G---CCATGTGGCCCATGAAA-TT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AACGCGC---TG---C--TTCATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-ACCG------------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-T-A-TAT-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----GTAA--ATAA--C-ATCGG--AT-A-ATG--AC-AGAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GG-GGGA-----AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--AGA-C--AAG------ATTTAGAG-ACAGAAGTGG-GGGGC-A---AGA-----------GAAA-AG------TGGAG-ATAAGGA-------GAAAAAGAA--G----A-----AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAG-T-GA-AAATGAGGA-CT-AAGAGTGC-AAA-------------GAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGAT------ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---C--TTCA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-ACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAAT-CAA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-GAAGAG--A----ATAA--ATAAT-TGATCCG--GT-G-ATGACAC-AGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTG-AA-GAGG-G---AGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGG------GT---GAG-A-AGAA-TGG-AAAGATA---GGA-----------GAAA------------AG-TGA--AA-------GAA-CGGAGCTT----ATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTT-GACAAATGAGGA-CTACAGAGTGCAAAAGA-AGAGG----AGAAAATTGATAAGCAGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGAA-AAAGGA----GAAATTGAATCTT---ACAAATTAG---TATTATTTTGG-A-ATAA-A-AA---T------ATTTGCA----------A------AA-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----A-TTTAGTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC--TAAAAT-G-----GTCAT-----GG--CCATGT-GCCCATAAAA-TTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---T--TTCAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-ACTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-G----ATAATCCGA-CA-TCA-TAC-AATTG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAAATATAAA-T-ATCGG--AT-AGATG--AG-AGAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGT---GG-GGGT-GTTAAGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGA------GT---GCGAAGAGAA--TG-AAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAAT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GAAA-GCA-----CATAG-AGA--CA-------GAAGTGGGG--GTGTTA-----A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AA-T-GA-AAATGAGGA-CT-CAGAGTGC-GA-------------AGAGAA-TG------AAAGAATATATGT-TG-AACCTGT-A--TT-A-AAT----------AC---A---T---GC-AGTTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-G-A-AA---T------ATTT-------------C------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACCA-T--CCAAAT-----------TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-TGC-C-TG---T--TTCA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-ATTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-G----ATAATCCAA-CA-TTA-CAC-ATTGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--AATTCATAA--ATAAA-T-ATCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGAGA-GGGA-G---AGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGG------AT---GAG-AGAGAAGT------GG-A-----------------------GA-----TGGAG-AGA--GA-------GAATTTGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AG-T-GA-AAATAAGCA-CC-CAGAGTGT-CAACA-AGACG----AGAAAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGgaga
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCA-GGCTAAAATTG-----ATG-TGCC--GGGCCCATGTTGCCTCCTGAT-TTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAGAAAGAA-----------------ATC-CGA-C-TGATGC--TACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-A-------GC-------------CGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-G----ATAATCCAATCAGTTA-TCC-AATCA---TG-CATG-A-GG-AGG--A----ATAAT-TTAAATT-ATC-G--AT-A-GTC--ACTAGACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTA-TG-GAGA-G---aggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGT-CGATAAAGAATGGGTATCG-AGTTCA-TTTATACCA-T--TAg
gi|7 : AATGGCTCGG--CCATGTGGCC-ATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-CG-A--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---C--TTCAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTACCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTG----ATAATCTGA-CA-CTA-TAC-AATGG--TTG-CA-GCATGGAAGGAAA----ATAA--ATAAA-T-ATTGGGAATGA-GTG--AC-A-AC--A-A----AGGccccccaccccccacccccactttaaatggctcggccatgtggccataaaaatttgcaaaactatgctcaaacacggcaaagcaaagtgaaacggaaatcgaagaacatatagtaaatgaactacgaggagaaaaaagaaaaatcccaaaaaaaaaccgcgcgcgcttcacgggacctgtagaattttggctagtaccgtgactgtcagtttgactcggaacaagacatttttagtcgtgataatctgacactatacaatggttgcagcatggaaggaaaataaataaatattgggaatgagtgacaacaaaggc
gi|8 : agttcttgaaaacgtggtcggtacgtcggattatgatcgataaaaatataaatgtccgatacccaagttcactgtgttgtcggtcccgatgtcgataaagaatgggtatcgagttcatttataccattaccccccaccccccacccccactttaGAGAAGTTG-GGCAGGG-G---ACGGGGAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGG------G----GGG-GGAGAAGTGG-AGAAT-ATTAAGC-----------GAAG-AAAC----TGAAG-AAA--CAAGCTATTGTAGTGGAG--G----A-----ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------G-TAGG-ATATCAA-------TGAGTGT-GAACA-A---------------TA------AAAGGAGA-ACT-AT--AACCTGT-AGCTG-AGAATGGG----G--A-TGAA---TG--AT-AATT------------GT-G-ATAT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AAGA--CCTT--AAAAGTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : gggtgA---GAGA--G--AAA-TTGAGA------GG---AAG-AGATATGATGTAGAGA-A---AGAA----------GTAA-AGA-----TGGAG-AGA--GA---------AGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AG-T-GA-AAATTGGGA-CT-TCGGGTGC-AAACA-AGATG----AGAA---TG------AAAGGAGA-ATTTGTG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ACTTTAAGGTTTATTTAA------AA-A--CCTT---AAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 2222 55555555555 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 222222 111 1 111111 111 111 111 1111 1111 11 1111 2222 111 111 11111 111 111 22222222222 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333 1111111111 22222222222 1 3333333 111 111111 55555555555555555555 1111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 1 6 66 3333 0 55555555555 99 99 2 1 0 6 6 2 6 6 6 88 666 6 111 6 2 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 4 444 222222 555 2 55 000000 55 777 555 4 000 1 4 444 5 5 5 2222 5 5 0 5 5 77 5 5 5 5 77 2222 33 77 5 7 77 5 66 77 5 77 5 4444 9999 111 6 6 888 11 0 666 22 0 22 888 5 22222 111 1 999 333 0 66 66 6666 33333333333 4 333 4 4 555555555555555555555555555555 0 4 666 4444444 1 66 8888888888888888 33333333333333333333333333333 4 4 4 1 0 4 666 88 1 2222222222 22222222222 5 1 5 5 5 5 4444444 0 777 222 4 0 777 4 0 4 4 4 4 4 4 777 222222 44444444444444444444 4 66 66 3333 777 8888 4 55 777 8 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . . .. .... . ........... .. .. . . . . . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . ... ...... ... . .. ...... .. ... ... . ... . . ... . . . .... . . . . . .. . . . . .. .... .. .. . . .. . .. .. . .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . .. ... . ..... ... . ... ... . .. .. .... ........... . ... . . .............................. . . ... ....... . .. ................ ............................. . . . . . . ... .. . .......... ........... . . . . . . ....... . ... ... . . ... . . . . . . . . ... ...... .................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 0 7 88 5555 8 11111111111 22 22 5 0 3 7 7 5 7 7 7 33 555 7 777 7 5 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 0 666 444444 000 0 55 444444 55 000 222 0 555 4 0 333 7 7 7 1111 7 7 1 7 7 99 7 7 7 7 99 1111 66 44 7 9 99 7 77 99 7 99 7 3333 2222 777 7 7 777 33 2 000 77 2 22 666 7 99999 777 4 000 888 1 11 11 0000 22222222222 0 333 0 0 222222222222222222222222222222 1 4 222 4444444 9 11 1111111111111111 33333333333333333333333333333 4 4 4 0 1 4 333 99 1 0000000000 44444444444 0 2 0 0 0 0 9999999 9 888 222 4 1 888 4 8 4 4 4 4 4 4 888 888888 88888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA-N--TAAAAT-G-----ATAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA-N--TAAAAT-G-----ATAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCA-GG-TAAAAT-GCAAGTAAAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATGAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAGAAAAGA-----------------AAA-TGC-C-TG---A--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ATTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-CAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--A----ATTC--ATAAA-T-GTCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNN-GG-AAGATG---AGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGG------TT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GACA-GGA-----TGTAG-AGA--CA-------GAAATGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AG-T-GA-AAATAAGGA-CT-CCGAGTGT-CAACA-AGATGTGAAAGAGAA-TA------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGATG-A-AATGGA----G--ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : AG-AGAGAAATTG-AGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAA-GAAGTAAATGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGAA-CT-TCGGGTGC-AAACAGAGATG----AGAA---TGG-----AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AGTTAG---T-T-ATCGT-G-A-AT-A-A-AACAAT------ACTT-------------ATAATAAAA-A--CCT---AAAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---CCAAA-----A-TTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGA------G----GAA-AGAGATGATG--TAGG-A---A-A-----------GAAGTAAA-----TGGAGGAGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGGAACT-TCGGGTGC-AAACA-AGATG----AGAA---TG------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-AGAA---T------ACTTAATTATTA-----A------AA-A--CC-T--AAAAGTAAAGTA-----TTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : TA--ACTAAA---TTTAAC-AAGTGGAATT-TCATCCT-CCA-AT-ATA-AA---TTTTCAGATTC-------------A------AA-AAGCTGT--AACAGTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGA-TTT-GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : gaTTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----T-TTCTGTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-T-GG---CATTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG-AAAGA-----------------AAC-CG--C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAGAAA-GA-----------------AA--CGC-C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-ACC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT-ATACAA-C--TAAA--------------GGC--G---CCATGTGGCCCATGAAA-TT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AACGCGC---TG---C--TTCATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-ACCG------------------------GAGAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-T-A-TAT-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----GTAA--ATAA--C-ATCGG--AT-A-ATG--AC-AGAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GG-GGGA-----AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--AGA-C--AAG------ATTTAGAG-ACAGAAGTGG-GGGGC-A---AGA-----------GAAA-AG------TGGAG-ATAAGGA-------GAAAAAGAA--G----A-----AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAG-T-GA-AAATGAGGA-CT-AAGAGTGC-AAA-------------GAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGAT------ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---C--TTCA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-ACCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGGGGAAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAAT-CAA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-GAAGAG--A----ATAA--ATAAT-TGATCCG--GT-G-ATGACAC-AGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTG-AA-GAGG-G---AGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGG------GT---GAG-A-AGAA-TGG-AAAGATA---GGA-----------GAAA------------AG-TGA--AA-------GAA-CGGAGCTT----ATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTT-GACAAATGAGGA-CTACAGAGTGCAAAAGA-AGAGG----AGAAAATTGATAAGCAGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGAA-AAAGGA----GAAATTGAATCTT---ACAAATTAG---TATTATTTTGG-A-ATAA-A-AA---T------ATTTGCA----------A------AA-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----A-TTTAGTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAGC--TAAAAT-G-----GTCAT-----GG--CCATGT-GCCCATAAAA-TTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---T--TTCAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-ACTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GGAAAACTATTT-TTA-TTG-G----ATAATCCGA-CA-TCA-TAC-AATTG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAAATATAAA-T-ATCGG--AT-AGATG--AG-AGAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGT---GG-GGGT-GTTAAGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGA------GT---GCGAAGAGAA--TG-AAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAAT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GAAA-GCA-----CATAG-AGA--CA-------GAAGTGGGG--GTGTTA-----A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AA-T-GA-AAATGAGGA-CT-CAGAGTGC-GA-------------AGAGAA-TG------AAAGAATATATGT-TG-AACCTGT-A--TT-A-AAT----------AC---A---T---GC-AGTTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-G-A-AA---T------ATTT-------------C------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACCA-T--CCAAAT-----------TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-TGC-C-TG---T--TTCA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-ATTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GGAAAACTCTTTATTA-TCG-G----ATAATCCAA-CA-TTA-CAC-ATTGG--TTG-CA-G-A-GGAAGA--AATTCATAA--ATAAA-T-ATCCG--AT-A-TTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGAGA-GGGA-G---AGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGG------AT---GAG-AGAGAAGT------GG-A-----------------------GA-----TGGAG-AGA--GA-------GAATTTGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AG-T-GA-AAATAAGCA-CC-CAGAGTGT-CAACA-AGACG----AGAAAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGgaga
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCA-GGCTAAAATTG-----ATG-TGCC--GGGCCCATGTTGCCTCCTGAT-TTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAGAAAGAA-----------------ATC-CGA-C-TGATGC--TACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-A-------GC-------------CGGAAGAAAGCTATTT-ATA-TCA-G----ATAATCCAATCAGTTA-TCC-AATCA---TG-CATG-A-GG-AGG--A----ATAAT-TTAAATT-ATC-G--AT-A-GTC--ACTAGACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTA-TG-GAGA-G---aggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGT-CGATAAAGAATGGGTATCG-AGTTCA-TTTATACCA-T--TAg
gi|7 : AATGGCTCGG--CCATGTGGCC-ATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-CG-A--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---C--TTCAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTACCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGGAACAAGAC-ATTT-TTAGTCGTG----ATAATCTGA-CA-CTA-TAC-AATGG--TTG-CA-GCATGGAAGGAAA----ATAA--ATAAA-T-ATTGGGAATGA-GTG--AC-A-AC--A-A----AGGccccccaccccccacccccactttaaatggctcggccatgtggccataaaaatttgcaaaactatgctcaaacacggcaaagcaaagtgaaacggaaatcgaagaacatatagtaaatgaactacgaggagaaaaaagaaaaatcccaaaaaaaaaccgcgcgcgcttcacgggacctgtagaattttggctagtaccgtgactgtcagtttgactcggaacaagacatttttagtcgtgataatctgacactatacaatggttgcagcatggaaggaaaataaataaatattgggaatgagtgacaacaaaggc
gi|8 : agttcttgaaaacgtggtcggtacgtcggattatgatcgataaaaatataaatgtccgatacccaagttcactgtgttgtcggtcccgatgtcgataaagaatgggtatcgagttcatttataccattaccccccaccccccacccccactttaGAGAAGTTG-GGCAGGG-G---ACGGGGAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGG------G----GGG-GGAGAAGTGG-AGAAT-ATTAAGC-----------GAAG-AAAC----TGAAG-AAA--CAAGCTATTGTAGTGGAG--G----A-----ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------G-TAGG-ATATCAA-------TGAGTGT-GAACA-A---------------TA------AAAGGAGA-ACT-AT--AACCTGT-AGCTG-AGAATGGG----G--A-TGAA---TG--AT-AATT------------GT-G-ATAT-A-A-AA---T------ATTC-------------A------AAGA--CCTT--AAAAGTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : gggtgA---GAGA--G--AAA-TTGAGA------GG---AAG-AGATATGATGTAGAGA-A---AGAA----------GTAA-AGA-----TGGAG-AGA--GA---------AGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AG-T-GA-AAATTGGGA-CT-TCGGGTGC-AAACA-AGATG----AGAA---TG------AAAGGAGA-ATTTGTG-AACTTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ACTTTAAGGTTTATTTAA------AA-A--CCTT---AAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
blockSeqs : C G G A GA T CC C C T AT GGC GGTCA TC GC G C A G T T G C GC AGT T TTA T G TA C ATGTA AGAGATA A T GAAAAATCCCAAAAAAA G GCG ATGC TTA C GT TGTAT GA TTA CTA T GCG G G GGG A G T AGAA T G T A AT C T C T AA ATTC AT AT G G GA G GA AC T CT T GTTT CAAT CAG A G AG TG NNN NN NN TGA C GTTA GAT G GAG CAC AT . ACTC TTGTCAAT A ATT T T AAATGAATGATTAGGAAAGAAGTAAA G AGG AGCTATT G CT ATTATTA CTATAGTGGGAATTTTAGATTTACTAA T A C T A ACA AA C GAGATG AATTGATAAGC T A A C A G TCTTG TCT TTA A AAT A G C T A T G CAA TTTCAG TAAGGTTTATTTAA G AG AA AATC TTC AGAA A AT GGA C TGAAG T CA G TATTAGT TTA GCA T ATCA A CA A TG TT CG G CA AAAAAG TTT AC
blockSeqs : . . . . . T . . C . GT GC TGATG . . G C . . G . . . A T . . . T . . . ATCGAA C . . . T CAT G C . GTA . . TA . G G . GGA . . . . . . . . . . . . . . . T T . C . . A . . . . T CT . . . AT TG AGG AT TT AA . G G T GAT T . . TTG ATTTA . GAT . . TTAAGCGAAGAAAC . G . G . AATTTTT GGTATTTTACATATCA . . . T . TC A C AGATG AATG . A . . . . TCTTG . G . . . . . . . . . . . AATTATTAA . . . A . . . . . A . . . . AAGT T AC . TC . . . G . . . . AATT . .
blockSeqs : . . . . . T . . C . GT C . . . T C . . G . . . A T . . . G . . . AAT C . . . C GAT C C . GTA . . A . G G . GGA . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . A . . . . T A . . . G GA GCT AC TA TG . G T T GAT . . . GTG GT . GTG . . AGAAGTAAAGA . G . A . TGTTAA GGAATATTTAGAT . . . G . TC A G AGAGG AATG . A . . . . TCTTG . . . . . . . . . . . . . ATAATAA . . . . . . . . . . . . . . TA G A . TT . . . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . A T . . . G T . . C . . . A . . . . G . . . AA T . . . C GAT . . . GG . . A . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . T . . . . G C . . . A GA G TT TT TA . G G T GA . . . TTT GT . GTT . . AAGAAGTAAA . A . G . AAC ATATGTTTTCCAT . . . G . AA A C AGACG TGG . G . . . . GAA . . . . . . . . . . . . . GCAA . . . . . . . . . . . . . . T T A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AA C . . . C C . . . GG . . A . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . G . . . . G . . . . G TT . AG A TG . G . T . . . . TGG AT . GTG . . AGAGAAAGCA . C . T . AA GGAGTTTTAGAT . . . G . CA G C AGATG TG . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T T G . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA C . . . C C . . . GG . . A . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . CTC GG . GAT . . AGAGAAAAG . G . G . AA GGTGTTTTATAT . . . A . CA C C A TA . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T T A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA . . . . C T . . . GG . . . . . G . . . . TTG G . TG . . GGAGAAA . C . G . AA G . . . C . TC G . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T T T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . C T . . . TG . . . . . A . . . C G . GT . . GA . G . . . AA G . . . T . T A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . TA . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T*** GCG******** GG* C*** G**** ** AGAG****** AATG******* TG*****
originalCons : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA-N--TAAAAT-G-----ATAATGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGGAGGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACA-AGATG----AGAAAA-TG------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATCTTG--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
finalCons : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCAT---TAAAATGCG--------TGGC--GG--CCATGTGGCCCATAAAA-TTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAGAAAAGA-----------------AAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-ACCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGG-GGAAAACTATTT-TTA-TCG-G----ATAATCCGA-CA-TTA-TAC-AATGG--TTG-CA-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTG--AC-AGAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGAG----AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACAAGAG------AGAAAATG-------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTG-A-AATGGATG-----ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A-AA---T------ATTT-------------A------AA-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----A-TTTTGTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 111 11111 111111111111 33333333333333333 222222 111 1 111111 111 111 1111 1111 11 1111 2222 111 111 11111 111 111 22222222222 333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111 33333333333333333333333333333 3333333333333 111111 1 3333333333 111 11111 111 111111 44444444444444444444444 1111 111 11111 22222222 1111 222222
lowQualScore : 6 6 6 6 99 7 99 6 1 6 66 8888888888888888888888888888888888888888888888 33 99 2 77 6 2 6 6 6 88 666 6 111 6 5 99 6 11111 222222222222 7 4 11111111111111111 4 444 222222 555 2 55 000000 55 777 555 4 4 8888 3 4 888 5 5 5 5 5 2222 5 5 0 5 5 77 5 5 5 5 77 2222 33 77 5 7 77 5 66 5 77 77 5 4444 9999 111 6 6 888 11 0 666 22 0 22 888 5 22222 111 1 999 333 0 66 66 6666 33333333333 4 333 4 4 555555555555555555555555555555 0 4 666 4444444 1 66 8888888888888888 33333333333333333333333333333 4 4 4 1 0 4 666 88 4444444444444 999 5 444444 5 1 5 5 5 7777777777 0 777 222 4 0 11111 4 4 4 4 4 222 222222 55555555555555555555555 4 66 66 3333 777 8888 4 55 111 4 00000 4 55 4 00000000 666 7777 4 0000 4 55 4 99 55 55 4 55 555555 777 66
lowQualScore : . . . . .. . .. . . . .. .............................................. .. .. . .. . . . . . .. ... . ... . . .. . ..... ............ . . ................. . ... ...... ... . .. ...... .. ... ... . . .... . . ... . . . . . .... . . . . . .. . . . . .. .... .. .. . . .. . .. . .. .. . .... .... ... . . ... .. . ... .. . .. ... . ..... ... . ... ... . .. .. .... ........... . ... . . .............................. . . ... ....... . .. ................ ............................. . . . . . . ... .. ............. ... . ...... . . . . . .......... . ... ... . . ..... . . . . . ... ...... ....................... . .. .. .... ... .... . .. ... . ..... . .. . ........ ... .... . .... . .. . .. .. .. . .. ...... ... ..
lowQualScore : 7 7 7 7 22 3 22 7 0 7 88 5555555555555555555555555555555555555555555555 55 22 5 00 7 5 7 7 7 33 555 7 777 7 2 22 7 11111 444444444444 4 4 11111111111111111 0 666 444444 000 0 55 444444 55 000 222 0 0 8888 9 0 999 7 7 7 7 7 1111 7 7 1 7 7 99 7 7 7 7 99 1111 66 44 7 9 99 7 77 7 99 99 7 3333 2222 777 7 7 777 33 2 000 77 2 22 666 7 99999 777 4 000 888 1 11 11 0000 22222222222 0 333 0 0 222222222222222222222222222222 1 4 222 4444444 9 11 1111111111111111 33333333333333333333333333333 4 4 4 0 1 4 333 99 6666666666666 666 0 444444 0 2 0 0 0 0000000000 9 888 222 4 1 33333 4 4 4 4 4 222 888888 88888888888888888888888 4 11 11 9999 000 5555 0 55 000 0 00000 0 55 0 88888888 222 0000 0 9999 0 55 0 55 55 55 0 55 555555 888 11
consensus : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA--C-TA------------------------AAAT--G-G-------TGGCGG--CCATGTGGCCCAT-AAAATTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-A-CCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGG-GG-AAAA-CTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAT-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACAAGA-----GA-GAAAA-T-G------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTGA-AATGGA---T---G--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A---AAT------ATTT-------------AA--------A-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
Reference ( family-454 ) : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATCGAAGTTCGTTTTATACCA--T-TA------------------------AAAT--GCG-------TGGCGG--CCATGTGGCCCAT-AAAATTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-C-TG---C--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-A-CCG--TGGCT-TCAGTTTGACTCGG-GG-AAAA-CTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAT-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAGG--A----ATAA--ATAAA-T-ATCGG--AT-A-NTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTT-TAG-G-TNAGAGAGCTAAGTACAGGTTGAGAGAGAAGTTG-GG-GGGA-G---AGAGAGAAG--TTTAGATGA---GAGA--G--AAG-CTNAGG------GT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-A---AGA-----------GAAA-GGA-----TGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTANAT-------AG-T-GA-AAATNAGGA-CT-CNGAGTGC-GAACAAGA-----GA-GAAAA-T-G------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTGA-AATGGA---T---G--ACTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A---AAT------ATTT-------------AA--------A-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAAC
gi|1 : AGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTTAATTGTCGGTCCTGATGTTCGATAAAGGACGGG-ATCGAAGTACGTTTTATACCA--GGTA------------------------AAAT--GCAAGTAAAATGGCGG--CCATGTGGCCCAT-GAAATTT-CAAAACGATGC-AAAACA-CG-GCA-AAGCAA--TGA-AACGGA---GGT-AAGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAGCTATG-AGGAG-----------------AAAAGAAAA-TGC-C-TG---A--TTCA---GG-GGCC--T-TG---AA--AATTG---GG--AG-A-TTG--TGATT-TCAGTTTGACTCAGAGG-AAAA-CTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-TTAC-ACAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAGA--A----ATTC--ATAAA-T-GTCCG--AT-A-TTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AT-AGAAATT-TAG-G-TGAGAGAGCTAAGCTCAGGTTGAGANNNNNNNNN-GG-AAGATG---AGATAGAAG--TTTAGGTGA---GAGA--GCTAAG-CTCAGG------TT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GACA-GGA-----TGTAG-AGA--CA-------GAAATGGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTG----T-TTTTCAT-------AG-T-GA-AAATAAGGA-CT-CCGAGTGT-CAACAAGATGTGAAA-GAGAA-T-A------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGATGA-AATGGA-------G--ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A---AAT------ATTT-------------AA--------A-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----TTTTTTCC---A----G-AC--TGA---T-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAACA------A---T--TTCAAGAAC
gi|10 : AG-AGAGAAATTG-AGAGG-A---AAATGAATGATTAGGAAA-GAAGTAAATGGAG-AGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGAA-CT-TCGGGTGC-AAAC-AGA-----GATGAGAA-TGG------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTGA-AATGGATCTT---G--ACTGAA---T---AC-AGTTAG-----TTATCGT-G-A-AT-A-AAACAAT------ACTTATAATA-------AA--------A-A--CC-T--AAAAGTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGAC--C-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCC--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AATC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CAAAAAAATT----A---T--TTCA
gi|11 : GA--G--AAA-TTGAGA------G----GAA-AGAGATGATG--TAGG-A---A-A-----------GAAGTAAA-----TGGAGGAGA--GA-------GAAGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G------------------------AG-T-GA-AAATTGGGAACT-TCGGGTGC-AAACAAGAT----GA-GAA---T-G------AAAGGAGA-ATTT-TG-AACTTGT-AGCTGA-AATGGA---TCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-AG--AAT------ACTT-------------AATTATTAAAA-A--CCT---AAAAGTAAAGTA----TTTTT-CC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTTTGTTTGGGCC--GAC-AC------T-ATTATTCT--A-ATAG-TG-T--CAAGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T---CAAAAAA------A---T--tt
gi|12 : GA---T---A--ACTAAA---TTTAAC-AAGTGGAATT-TCATCCT-CCA-AT-ATA---AATTTTCAGATTC-------------AA--------A-AAGCTGT--AACAGTAATGTAA---TCCTTTCC---G----G-ACATTGA---C-AAATGAAGATTT--GTTTGGGCT--GAC-ACAAG---T-A---TTCT--ACATCC-TGATCAC-AGTTCAC-AAATTGGTCTTTGACACGCC-T--CCAGAGAA------attttca
gi|13 : TTTTTCCTTCG----G-AC--TGA---C-AAG-----TTTCT-GTCCGAACT--GACGA---------AG--TTGT--G-TTGGTTG-T--C-AGTC--C-GAAT--GAT--TGA----------CCAAAAAAAAAAAGA---T--TTCAAGAACtaacaattttctagactgtc
gi|14 : -----TGTGGTG----A-----A-GAACTAAG-AGAAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-T-GG---CATTTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-A-CCG--TGGCT-TCAtctgcaat
gi|15 : -----TGTGGTA----A-----A-GAACTA-G-AGAAG------------------AAAGAAAC-CG--C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-A-CC---TGGCT-TCA
gi|16 : -----TGTGGTA----A-------GAACTA-G-AGAAG-----------------AAA-GAAA--CGC-C-TGGA-T--TTCA---GACTGCC--T-GG---AA--AACTG---GT---G-A-CC---TGGCT-TCA
gi|2 : GTTCTTGAAAA-GGTG--CGGTAAATGT--GATTAT--CCGA-AAAAATAGTAAATGTCCGATAC--A-GTT-ACTATATTG-CGGTCCCGATGTCC--TAAAGATCGG--ATCGAAGTTCATTT-ATACAA--C-TA------------------------AA---------------GGCG---CCATGTGGCCCAT-GAAATT--CAAAACTATGC-AAAACAGCGCGCA-AAGCAA---GATAACGGA---AAT-CGGA--AG-AACC-----TGTAGTA----A-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAACGCGC---TG---C--TTCATTAGG-GGCC--TGTA---GA--AATTG---GG--AG-A-CCG------------------------G-AGAA-CTATTT-TTA-TCG-GA----TAATCCGA-CA-T-AT-ATAA-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAGG--A----GTAA--ATAA--C-ATCGG--AT-A-ATGAC-A--GAC--A-AT---AGGAAAACA---GAGCAGAG-AGAAATT-TAG-G-TTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-GG-GGGA-----AGGGAGAAG--TTGAGAGGA---GAGA--G--AGA-C--AAG------ATTTAGAG-ACAGAAGTGG-GGGGC-A---AGA-----------GAAA-AG------TGGAG-ATAAGGA-------GAAAAAGAA--G----A-----AC----GAGCTATA-GTGGGAAT-TTTAGATTTACTAAAG-T-GA-AAATGAGGA-CT-AAGAGTGC-AAA-------------GAAAA-T-G------AAAGGAGA-ATTTATG-AACCTGT-AGCTGA-AATGGA---T------ATTGAA---T---AC-AATTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-A-A---AAT------ATTC-------------AA--------A-A--CCTT--AAAAGTAATGTA----ATTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCT--GAC-AC------T-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--CGACA--CT-T--CCAAAAGA------A---T--TTCAAGAAC
gi|3 : C-TGC-C-GG---C--TTCA---AG-GGAC--C-TGTATAG--AATTGTTAGAT-AG-A-CCGCGTGACT-TCAGTTTGACTCGG-GG-AAAAACTATTT-TTA-TCG-GAGAAATAATC-AA-CA-TTATTACAAATGGATTTGCCA-G-A-GAAGAG--A----ATAA--ATAAT-TGATCCG--GT-G-ATGAC-ACAGAC--A-AT---AGGAAGATC---GAG---AG-AGAAGTTGTAG-A-TTGAAGAAGGAATTATAGGTTGAGAGAGAAGTTG-AA-GAGG-G---AGAGACAAGATTTTAGA-GACACGA-A--G--AAC-GTGGGG------GT---GAG-A-AGAA-TGG-AAAGATA---GGA-----------GAAA------------AG-TGA--AA-------GAA-CGGAGCTT----ATTATTA-----GTG----G-GAA----TATTTAGAT-------AGTT-GACAAATGAGGA-CTACAGAGTGCAAAAGAAGAG----GA-GAAAATT-GATAAGCAGAGAAGA-ATTTATGAAACCTGTCAGTTGA-AAAAGG---A---GAAATTGAATCTT---ACAAATTAG---TATTATTTTGG-A-ATAA-A---AAT------ATTTGCA----------AA--------A-A--CTTTAAAAAAGTAATGT-----TTTTTTCC---G----GAAC--TGA---CAAAA-----ATTTA-GTTTGGGCT--GAC-AC------TAAT--TTCTGCA-ATGT-TG-TC-C-AGTC--C-AAATG-GTC--TGACA--CT-T--TCCAAAAA------ATTTT--TTCAAGAACtct
gi|4 : TTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCGATAAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCGGTCCTGATGTCCGATAAAGATAGGG-ATTGAAGTTTGTTTTATACCAG-C-TA------------------------AAAT--G-G-------TCATGG--CCATGT-GCCCAT-AAAATTT-CAAATCGATGC-AAAACA-CT-GCA-AAGCAA--TGC-AACAGA---AAT-CTTA--AG-AACC-----TGTAGTAATCGA-----A-GAACTACG-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-CGC-C-TG---T--TTCAG--GG-GGCC--T-GG---AA--AATTG---GG--AG-A-CTG--TGACT-TCAGTTTGACTC---GG-AAAA-CTATTT-TTA-TTG-GA----TAATCCGA-CA-TCAT-ACAA-TTG--TTGC-A-G-A-GGAAGG--A----ATAAATATAAA-T-ATCGG--AT-AGATGAG-A--GAG--A-AGTTTA-GATTGTCAATGAG---AG-AGAAGTT-GAGAG-GGAGAGA---AAGCACA--TAGAGACAGAAGT---GG-GGGT-GTTAAGAGGGAGT--TTTAGATAAT--GAAAATG--AGGACTCAGA------GT---GCGAAGAGAA--TG-AAAGA-A---gtcttgactggcaattatctgtagaaattaaatcttgtgcatttgaaattaacattaatta
gi|4 : TAGATGA---GAGA--G--AAG-TTTAGATTGTCAAT---GAG-AGAGAAGTTG-AGAGG-G---AGA-----------GAAA-GCA-----CATAG-AGA--CA-------GAAGTGGGG--GTGTTA-----A-----GAG----G-GAG----T-TTTAGAT-------AA-T-GA-AAATGAGGA-CT-CAGAGTGC-GAA-------------GAGAA-T-G------AAAGAATATATGT-TG-AACCTGT-A--TTA-AAT-------------AC---A---T---GC-AGTTAG---T-TTATTGT-G-A-AT-G-A---AAT------ATTT-------------CA--------A-A--CCTT--AAAAGTAATGTG----TTTTTTCT---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTT-GTTTGGGGT--GAC-AC------------------------------------------------TC--TGACA--GT-G--CCAAAAAA------A---T--TTCAAGAtatatgttgaacctgtattaaatacatgcagttagtttattgtgaatgaaatatttcaaaccttaaaagtaatgtgttttttctggactgacaaaattttgtttggggtgacactctgacagtgccaaaaaaatttcaagacctctg
gi|5 : ttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccgataaaaatagtaaatgtccgatacaagttactaaattgtcggtcctgatgtccgataaagatagggattgaagtttgttttataccagctaaaatggtcatggccatgtgcccataaaatttcaaatcgatgcaaaacactgcaaagcaatgcaacagaaatcttaagaacctgtagtaatcgaagaactacgaggagaaaagaaaccgcctgtttcagggggcctggaaaattgggagactgtgacttcagtttgactcggaaaactatttttattggataatccgacatcatacaattgttgcagaggaaggaataaatataaatatcggaAGTTCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CTGATGAAAATAGTAAATGTCCGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCTGATGTCCGATAAAGATCGGG-ATTGAAGTTCGTTTTATACCA--T-CC------------------------AAAT------------TGGCGG--CCATGTGGCCCAT-AAAATTT-TAACACGATGC-AAAACA-CA-GC--AGGCAA--TGA-AACGGA---GAT-CGGA--AC-AACC-----TCTATTA----A-----A-GAACTATT-AGGAG-----------------AAAAGAAAC-TGC-C-TG---T--TTCA---GG-GGAT--T-TG---AA--AATTG---TG--AG-A-TTT--TGTCT-TTAGTTTGACTC---GG-AAAA-CTCTTTATTA-TCG-GA----TAATCCAA-CA-TTAC-ACAT-TGG--TTGC-A-G-A-GGAAGA--AATTCATAA--ATAAA-T-ATCCG--AT-A-TTGAC-A--GAC--A-AG---AGGAAGAT----GAG---AG-AGAAGTT-TAG-ATTGAGAGAGCTAAGTTTAGGTTGAGAGAGAATTTGAGA-GGGA-G---AGACAGGA---TGTA---AA---GACA--G--AAG-TGGAGG------AT---GAG-AGAGAAGT------GG-A-----------------------GA-----TGGAG-AGA--GA-------GAATTTGAG--G----A-----A-----GAG----G-GTA----T-TTTACATATCA---AG-T-GA-AAATAAGCA-CC-CAGAGTGT-CAACAAGAC----GA-GAAAcctctg
gi|6 : TCTTGAAAA-G-TG-TCGGTAA-TGTCGGATTAT--CCAA-AAAAATAGTAAATGTCAGATAC--AAGTT-ACTAAATTGTCAGTCCCGATGTCCGATAAAGATCGGgaga
gi|6 : G-ATTCAAGTTC--TATATACCAGGC-TA------------------------AAATTGATG-------TGCCGGGCCCATGTTGCCTCC-TGATTTT-CAAACTCAAGC-AAAAAA-CA-GTGCAAGCAA---GA-TACCGATTAAATTCGGATAAGCAACTATGTATATAGTT----AGAGATA-GAACTACGTAGGAG-----------------AAAGAAATC-CGA-C-TGATGC--TACA---AG-GGCTGTT-TA---AAGAAATTC---GG--AG-AGCCG--------------------GA-AG-AAAG-CTATTT-ATA-TCA-GA----TAATCCAATCAGTTAT-CCAA-TCA---TGC-ATG-A-GG-AGG--A----ATAAT-TTAAATT-ATC-G--AT-A-GTCACTA--GACCTATAG---AGGAAGATCT--GAG---AGAAGAAATT-TAG-G-TTTGA-AG--AAGTAGAGA-AGAGAAAGAAGTTA-TG-GAGA-G---aggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttgattcaagttctatataccaggctaaaattgatgtgccgggcccatgttgcctcctgattttcaaactcaagcaaaaaacagtgcaagcaagataccgattaaattcggataagcaactatgtatatagttagagatagaactacgtaggagaaagaaatccgactgatgctacaagggctgtttaaagaaattcggagagccggaagaaagctatttatatcagataatccaatcagttatccaatcatgcatgaggaggaataatttaaattatcgatagtcactagacctatagaggaagatctgagagaagaaatttaggtttgaagaagtagagaagagaaagaagttatggagagg
gi|7 : tcttgaaaagtgtcggtaatgtcggattatccaaaaaaatagtaaatgtcagatacaagttactaaattgtcagtcccgatgtccgataaagatcggaggaatcaaaaacaaaataagagaagttctaatcatatcttAGTTCTTGAAAACG-TGGTCGGTA--CGTCGGATTATGATCGATAAAAATA-TAAATGTCCGATACCCAAGTTCACTGTGTTGTCGGTCCCGATGT-CGATAAAGAATGGGTATCG-AGTTCA-TTTATACCA--T-TACCCCCCACCCCCCACCCCCACTTTAAAT--GGC-------T--CGG--CCATGTGG-CCATAAAAATTTGCAAAACTATGCTCAAACA-CG-GCA-AAGCAAAGTGA-AACGGA---AAT-C-GA--AG-AACA-----TATAGTA----A-----ATGAACTACG-AGGAGAAAAAAGAAAAATCCCAAAAAAAAAC-CGCGCGCG---C--TTCAC--GG-GACC--TGTA---GA--ATTTT---GGCTAGTA-CCG--TGACTGTCAGTTTGACTCGG-AACAAGA-C-ATTT-TTAGTCGTGA----TAATCTGA-CA-CTAT-ACAA-TGG--TTGC-A-GCATGGAAGGAAA----ATAA--ATAAA-T-ATTGGGAATGA-GTGAC-A---AC--A-A----AGGg
gi|8 : GAGAAGTTG-GGCAGGG-G---ACGGGGAAG--TT-----GT---GAGT--G--GTG-CTCGGG------G----GGG-GGAGAAGTGG-AGAAT-ATTAAGC-----------GAAG-AAAC----TGAAG-AAA--CAAGCTATTGTAGTGGAG--G----A-----ATTTTTAAG----ATATG----T-TTTCCAT--------G-TAGG-ATATCAA-------TGAGTGT-GAACAA----------------T-A------AAAGGAGA-ACT-AT--AACCTGT-AGCTGAGAATGGG-------G--A-TGAA---TG--AT-AATT------------GT-G-ATAT-A-A---AAT------ATTC-------------AA--------AGA--CCTT--AAAAGTAATGTAAATCTTTGTTCC---GAGAAG-AC--TGAGGAC-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCTCACAC-AC------T-AT--TTTC--T-ATAG-AGTT--C-AGTC--CAAAAT--GTC--TGAGA--CTGTCACCAAAATA------A---TACTTCAAGAACc
gi|9 : gggtgA---GAGA--G--AAA-TTGAGA------GG---AAG-AGATATGATGTAGAGA-A---AGAA----------GTAA-AGA-----TGGAG-AGA--GA---------AGTGGAA--G----A-----A-----AAG----G-GTG----T-TTTATAT-------AG-T-GA-AAATTGGGA-CT-TCGGGTGC-AAACAAGAT----GA-GAA---T-G------AAAGGAGA-ATTTGTG-AACTTGT-AGCTGA-AATGGA---TCTTG--ACTGAA---T---AC-ATTTAG---T-TTATCGT-G-A-AT-A-A---AAT------ACTTTAAGGTTTATTTAAA--------A-A--CCTT--AAA-GTAAAGTA----TTTTTTCC---G----G-AC--TGA---C-AAA-----ATTTT-GTTTGGGCT--GAC-ACTATTAGT-AT--TTCT--A-ATAG-TG-T--C-AGTC--C-AAAT--GTC--TGACA--CT-T--CCAAAAAAAATT--A---T--TTCAAGAACtctgaagaggacatagtccgattgatctaaaattaaaataagtaccctttaagttaaagttaaattaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACTTTGCAATGGTCAGACCTGGGAATGAACATGTTAACAATATTTAAATATTACATTTATTA