lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 222222222222222222 1111111 11111111111111111111 1111 11111111111 222222222 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 2 2 2 22 6 22 22 33 00000000 55 22 222222222222222222 77 4 333 2 55 333 77777 6666666 2 8888888 77777 33 99999999999999999999 33 6666 2 00000000000 2 777777777 4 8 4444 2 33 2 2 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 55555555 2 333
lowQualScore : . . . . .. . .. .. .. ........ .. .. .................. .. . ... . .. ... ..... ....... . ....... ..... .. .................... .. .... . ........... . ......... . . .... . .. . . . .......................................................................................................... . ........ . ...
lowQualScore : 7 5 2 2 99 4 99 99 77 88888888 55 88 222222222222222222 55 0 555 0 55 555 00000 5555555 1 3333333 88888 11 22222222222222222222 11 3333 2 66666666666 2 111111111 4 4 7777 2 11 2 2 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 66666666 0 555
consensus : CGGATC-CAGGG-CC-G--GCGCA--CCGGGCG--C-GCGC-----C--C--C--C------------------GT--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGNGT----CTG-----TTTTT--G----------------TN--AA--TTT---TGA-CTG-----------CATAAT-AC-----G-C-ATATACT-TT-A----ATT-GTA--GTC-AAC-A-TGCAATGTTTA-CAANATNNNNNNNNNNNNCNNCNCNCNCNNCNNNNNCNNNNGGNNNGNGNNNNCGNGCNNCNNNCCNNNNCCCNGNCCCCNNGNNNNNNCCG---ACCC-----CCCCCCCC-CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
Reference ( gi|7 ) : CGGACC-CAGGG-CC-G--GCACA--CCGGGCG--C-ACGC-----C--C--C--C------------------GT--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGTGT----CTG-----TTTTT--G----------------TT--AA--TTA---TGA-CTG-----------CATAAT-AC-----T-A-ATATACT-TTAA----ATT-GTA--GTC-AAC-A-TGCAATGTTTG-CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCA---ACCC-----CCCCCCCC-CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|14 : CAGATC-CAGGG-CC-G--ACGCA--CCGGGCG--C-GTGC-----G--C--C--C------------------GTGTTT-AA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGTGT----CTG-----TTTTT--G----------------TT--AT--TTT---TTA-CTG-----------CTTAAT-AC-----T-C-ATATACT-TT-A----ATT-GTA--GTC-AAC-A-TGCGATGTTT-----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-----NNNNNCCC-CG-------GTTCTGAAATTC-TTGGAT---
gi|21 : CGGATC-CAGGA-CC-G--GCGCA--CCGAGCG--C-CCCCATT--C--C--C--T------------------GT--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GG-GT----CTG-----TTTTT--G----------------TA--AA--TTT---TGG-CTG-----------CATAAG-AC-----TCATATATACT-T--A----ATT-GTA--TTC-AAC-A-TGCAATGTTT
gi|1 : aggCGGATC---AGG-CC-G--ACGCA--CTCAGTG--CGACGC-----C--C--C--CCT----------------GT--TT-GAGAAA-AT--C---T-----TT-------GAAGGTGT-----TG-----TTTTT--G----------------TTAGAA--TTT---TAG-CTGCAATGCAATGCCACAAT-AT-----C-A-ATA-ACT-TT-A----ATT------GTT-AACAA-TGCAATGATTA-CAa
gi|24 : tcaaaggCAGATA-CAGGG-CC-A--GC---------GCA--C-ACCC-----CACC--C--C------------------GT--TT-GA---A-AT--T---TG----TT-------GG-GGT------CTG-----TTTAT--G----------------TC--AA--TTT---TGA-CAG-----------CATAAT-Agtatgtatttttaatcttccttatctccacacaaactttaggtttgtgttcataatcggcatacaaacacacatttcccggtaccacaagaattttataaccgcgcccccggttctgaaattctggattccccgcc
gi|20 : CGGATC-CGGGG-CCCG--GCGCA--CCGGGCG--C-GCGC-----CCTC--C--C------------------GT--TT-GA---A-TTTGT---T-----TT-------GG-G
gi|9 : aaggCGGATC-CAGCG-CC-G--ACGCG--CTGGGCG--C-ACGCCCCCTC--C--C--C------------------GT--TT-G------GT--T---T-----TT-------Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtttatttgaagtcaacgtgcaatgttta
gi|8 : agaGGACC-CAGGG-CC-G--GCACA--CCGGGCG--C-ACGC-----C--C--C--C------------------GT--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGTGT----CTG-----TTTTT--G----------------TT--AA--TTA---TGA-CTG-----------CATAAT-AC-----T-A-ATATACT-TT-A----ATT-GTA--GTC-AAC-A-TGCAATGTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCA---ACCC-----CCCCCCCC-CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCttgttgaaattttgcttgtaaaacaagcatttgattaaacaaagttcttgtttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccacccccaagccttttaccgtgcccccgttctgaaattcctggatccgccactgg
gi|16 : GGATC-CAGGG-CC-A--GC-----------G--C-AAGC-----C--C--C--C------------------GTGTTT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GGGGT----CTG-----TTTTT--G----------------AA--AA--TTC---CGA-CTG-----------CGTAAT-AC---------ACAAA----TAA----ATT-ATA--GTC-AAC-A-TGCAATGTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNAT-----CC----CC-CG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCAC
gi|2 : GGATC-CAAGG-CC-G--GCGCA--CCGGGGG--C-GCGT-----C--C--C--CT-----------------GT--TTTGA---A-AT--T---T--------------GG-GGTGT----CTGGGGTTTTTTT--GGGGTTTTTTTTTTTTTTT--GG--TTATTTTGACCTG-----------TAATAT-AC-----T-C-ATATACT-TTAA----TTT-GTA--GTCAAAT-A-TGCAATGTT---------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NCCT-----CCCC--------------GGTCTGAGATCCTCTGGAT---CCGCCAC
gi|3 : GGATC-CAGGG-CC-G--GCGCA--CTGCCCC--C-CCCC-----C--C--C--CCTCCCCCCCCCCCCTGTAGT--TTTGA---A-AT--TCCCT-----TT-------AG-GGTGTTC--CTGG----TTTTT--G----------------TT--AATTTTT---TGA-CTG-----------C-TAAA-ACTGCCAT-A-ATG-ACTATTTA----ATTAGTA--GTC-AAC-AGTGCAAtggggcggaatca
gi|26 : GGATCTCAGAGACC-G--GCACA--CCGGGCGTGC-ACCC-----T--C--C--C------------------GT--TT-AA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GGGGT----Caatgtatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctggttttaaaattcctggatccgccac
gi|11 : agtGATC-CAGGG-CC-G--GCGCG--TCGGGCG--C-ACGC-----C--C--CTTT------------------GT--TT-G----A-AT--T---G-----GG-------GG-GGGGG----TTG-----TTTTT--G----------------TA--AA--TTT---CGA-CTG-----------CATAAG-AC-----G-C-ATATACT-GT-A----ATT-GTT--GTC-AGC-A-TACAATGTT---CA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-----CCCCCCCC-CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|6 : C-CAGTG-CC-GATGCACC--CCCCACC--C--CAC-----C--C--C--C------------------GT--TT-GA---A-AT--T---T-----TG-------GG-GG-GC----CTG-----TTTTT--G----------------TA--GA--TTT---TGA-CTG-----------CATAAT-AT-----G-C-ATATACA-TT-A----ATT-GTA--CCC-AAC-A-TGCAATGTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTG---CCCC-----CCCCCCCC-CCCCCTCTGGTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|10 : aC-CAGTG-CC-G--ATGCA--CCC--CC--C-ACCCA----C--C--C--C------------------GT--T--GA---A-AT--T---T-----T--------GG-GG-GC----CTG-----TTTTT--G----------------TA--GA--TTT---TGA-CTG-----------CATAAT-AT-----G-C-ATATACA-TTTA----ATT-GTA--CCC-AAC-A-TGCAATGTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNC-----CCCCCCCC-CCCTCTG--GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|15 : C-CAGGG-TC-G--GCGCA--CCGGGCG--C-GCGC-----CCTC--C--T------------------GT--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GG-GC----CTA-----GTTTT--G-----------------T--A------------------------------AAT-AC-----G-T-ATATAGT-TTTA----ATT-GTA--GTC-AAC-A-TGCAATATTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNGGAACCACGCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTAGAT---CCGCCAC
gi|13 : -CGGGG-CC-G--GCGCA--CCGGGCG--C-ACGC-----C--CCTC--C------------------GT--GT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GG-AT----CTG-----TTTTT--G----------------TA--AA--TTT---TGA-CTG-----------TATGATAAG-----T-ATATATACT-TT-A----ACT-GTA--GTC-AAC---TNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGACCA--------------CGCCCC-CT-------GTTCTGAAAGTC-CTGTAT---CCCCCt
gi|5 : GG-CC-G--G-GC---CCAGGCG--C-GCGC-----C--CTCC--C------------------GT--TT-GA---A---------------TG-------GG-GGGGG----CGG-----TCTTTCTG----------------TA--AG--TTT---TGA-CTG-----------CATAAT-AC-----G-C-ATATATTATTAACACTATT-GTACGATG-AAC-A-TGCAATTCTTA-Cgtt
gi|12 : -CC-G--GCGCA--CCGGGCG--C-GCGC-----C--C--C--CCT----------------GT--TT-GA---A-ATCTT---T-----TT-------GG-GGT------CTG-----TTTTT--G----------------TA--AA--TTA---TGA-CTG-----------CATAAT-AT-----G-C-ATATACT-TT-A----ATT-GTA--GTC-AAC-A-TGCAATGTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACAG-----CGCTCC-C-CG-------GTTTTGAAATTG-CTGGAT---CCGCCACcatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataccaccccggttctgaaattcctggagcc
gi|4 : --GCACGGGCCGGGGG--T-GCGC-----C--C--T--C------------------CTG-TT-GA---ATAT--T---T-----TTTTTGGGGGG-GGGGG----CTG-----TCTTT--G----------------TA--AA--TGT---TGA-CTG------------ATAAT-CC-----G-C-ATATAAT-TTAA----GTA-G-A--GTC-AAC-G-TGCAATGTTTt
gi|18 : ggcCAC-----C--C--C--C------------------GA--TT-GC---A-TT--T---TGTTTATT-------GG-GGGGGGGGGCTG-----TATTT--G----------------TA--AA--TTT---TGA-T-------------------------------ATATACT-TTAA-----TT-GTA--GTC-AAT-A-TGCAATGTTTA-CAATATGTATTTTATTTTCTACTCTCACTACATAAACATAAGGAATGTGTAAACGAGCATCAAACCAATACCCAGACCCCAAGAATTATACA-----CC-----CCCACCCC-CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacgaacctggtaccacgccccgggtttctgaataattacatggagcgccac
gi|19 : acac-----TTTTT--G----------------TT--AA--ATT---TTA-CTT-----------CATAAT-AC-----T-C-ATATACT-TT-A----ATT-G-A--G-C-AA-----GCAATGTTTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN-----NNCCCTCC-CCG------GTTTCGAAA-TC-CTGGAT---TCGCCACtg
gi|20 : ttgtTATAGT-TTAT-----TT-GAA--GTC-AAC-G-TGCAATGTTT
gi|17 : aaggcggatccggggcccggcgcaccgggcgcgcgccctcccgtttgaatttgttttgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----CCCCCCCC-CC-------GTTATGGAATTT-CTGGAC---CCACCAa
gi|5 : ctctcccaatgtttcaatattttgttttgaaattttgtttgtacagcaagcatttgttaagaaaataatacctcttgtatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtaCCACCC-CG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAG---CCttgaa
gi|28 : ggccgggcccaggcgcgcgccctcccgtttgaatggggggggcggtctttctgtaagttttgactgcataatacgcatatattattaacactattgtacgatgaacatgcaattcttaccatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataCCCCTT-CC-------ATTATGAAATTC-CTGGAT---CCGCCA
gi|1 : CCCC-CG-------GTTCTGAAATT--CTGGATTCCCCGCC
gi|3 : tcaaaggcggatcaggccgacgcactcagtgcgacgcccccctgtttgagaaaatctttgaaggtgttgtttttgttagaattttagctgcaatgcaatgccacaatatcaataactttaattgttaacaatgcaatgattacagtatgtatttttaatcttccttatctccacacaaactttaggtttgtgttcataatcggcatacaaacacacatttcccggtaccacaagaattttataaccgcgCCC-TG-------GTTTTAAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|9 : ggatccagggccggcgcactgcccccccccccccctcccccccccccctgtagttttgaaattccctttagggtgttcctggtttttgttaattttttgactgctaaaactgccataatgactatttaattagtagtcaacagtgcaaaatgtatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCC-CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|29 : agacggatccagcgccgacgcgctgggcgcacgccccctccccgtttggtttttgttgttgaaattttgcttgtaaaacaagcatttgattaaacaaagttcttgtttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacccacccccaagccttttaccgtgCCC-CG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACtgg
gi|27 : CC-CG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---TCGCCACt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAAGGTGGAGCGGATCCCGAGTCTGCCCCCCCCCCCCTCTTCCCCGTTTGATTTTTTGTTTTTGCTATGAAATTTGTTTGTAGAAAAAACATTAAATAAAAAAAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTGTATATATCTTATTTATTTTATATGAGTCTAGTACATGTAACAATGGCGGATCCAGGGCCGGTGCACAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|25 ): CACAGGTGGATCCAGGACCGGCGAACTGGGAGCCCCCTCCCCATTTGTGTTTTAAAAGTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222222222 222222222222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111
lowQualScore : 2 2 1 4444 33 1 1 22222222 22 000000000000000000 1 66 1 333 1 22 333 66666 66666666 1 8888888 444444444444444444444444 333 22 2 333 2 5555 4 55555 55555 777 2 2 55555 77777 2 22 2 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 55555555 1 333
lowQualScore : . . . .... .. . . ........ .. .................. . .. . ... . .. ... ..... ........ . ....... ........................ ... .. . ... . .... . ..... ..... ... . . ..... ..... . .. . . . ................................................................................................................. . ........ . ...
lowQualScore : 2 0 9 0000 55 8 8 55555555 55 999999999999999999 8 88 8 333 9 66 333 77777 55555555 9 8888888 000000000000000000000000 888 88 0 555 0 9999 2 00000 00000 111 0 0 00000 00000 0 88 0 0 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 55555555 9 333
consensus : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--CC--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGGGT----CTG------------------------TTTTTGT--AAATTTT--GA-CTGCA---TAATA-C-G--C-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNCTN-TCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
Reference ( family-451 ) : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--CC--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGNGT----CTG------------------------TTTTTGT--NAATTTT--GA-CTGCA---TAATA-C-G--C-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCAATGTTT-ACAANATNNNNNNNNNNNNCNNCNC-NCNCNNCNNNNNCNNNNGGNNNGNGNNNNCGNGCNNCNNNC-------CNNNNCCCNG-NCCCCNNGNNNNNNCC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|1 : CGGATC---AGG-CC-GACGCAC----TCAGTGCGAC-G-C-----C--CC--CCT----------------G-T--TT-GAGAAA-AT--C---T-----TT-------GAAGGTGT-----TG------------------------TTTTTGTTAGAATTTT--AG-CTGCAATGCAATGCC-A--CAATA-----TCAATAA-C-T-TT-A-----A-----TT------GTT-AACAATGCAATGATT-ACAGTATGTATTTTTAATCTTCCTTATCTCCACACAAACTTTAGGTTTGTGTTCATAATCGGCATACAAACACACATTTCCCGGTACCACAAGAATTTTAT---AA--------CCGCGCCCCCG-------GTTCTGAAATT--CTGGATTCCCCGCC
gi|10 : tcaaaggC-CAGTG-CC-GATGCAC----CC--CCCA-C-C-CA----C--CC--C------------------G-T--T--GA---A-AT--T---T-----T---------G-GGGGC----CTG------------------------TTTTTGT--AGATTTT--GA-CTGCA---TAATA-T-G--C-ATA-----T-----A-CAT-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AAC-ATGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCCCCCCCCCCCTCTG--GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|11 : GATC-CAGGG-CC-GGCGCGT----CGGGCGCA-C-G-C-----C--CC--TTT----------------G-T--TT-GA---A--T--T---G-----GG-------GG-GGGGG----TTG------------------------TTTTTGT--AAATTTC--GA-CTGCA---TAAGA-C-G--C-ATA-----T-----A-C-T-GT-A-----A-----TT-GTT--GTC-AGC-ATACAATGTTC-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|12 : -CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--CC--CCT----------------G-T--TT-GA---A-AT--C---T-----TT-------TT-GGGGT----CTG------------------------TTTTTGT--AAATTAT--GA-CTGCA---TAATA-T-G--C-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACA------GCGCTC-CCCG-------GTTTTGAAATTG-CTGGAT---CCGCCAC
gi|13 : -CGGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--CCTCC------------------G-T--GT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GGA-T----CTG------------------------TTTTTGT--AAATTTT--GA-CTGTA---TGATA-A-GTAT-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----CT-GTA--GTC-AAC--TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNGGGACC----ACG------CC-----CCCT-------GTTCTGAAAGTC-CTGTAT---CCCCCt
gi|14 : CAGATC-CAGGG-CC-GACGCAC----CGGGCGCG-T-G-C-----G--CC--C------------------G-TGTTT-AA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGTGT----CTG------------------------TTTTTGT--TATTTTT--TA-CTGCT---TAATA-C-T--C-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCGATGTTT-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCCG-------GTTCTGAAATTC-TTGGAT---gtt
gi|15 : C-CAGGG-TC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTCC--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GG-GC----CTA------------------------GTTTTGT--A--------------------AATA-C-G--T-ATA-----T-----AGT-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCAATATTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNGGAACCACGCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTAGAT---CCGCCAC
gi|16 : GGATC-CAGGG-CC-AGCGCAA---------------G-C-----C--CC--C------------------G-TGTTT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GGGGT----CTG------------------------TTTTTGA--AAATTCC--GA-CTGCG---TAATA-C-A--C-AAA-----T-----A--------A-----A-----TT-ATA--GTC-AAC-ATGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNA------TC----CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACt
gi|17 : CCCCCCCCCC-------GTTATGGAATTT-CTGGAC---CCACCA
gi|18 : ctctcccaatgtttcaatattttgttttgaaattttgtttgtacagcaagcatttgttaagaaaataatacctcttgtatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgta-C-A-C-----C--CC--C------------------G-A--TT-GC---A-TT--T---TGTTTATT-------GG-GGGGGGGGGCTG------------------------TATTTGT--AAATTTT--GA-T--------------------ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAT-ATGCAATGTTT-ACAATATGTATTTTATTTTCTACTC-TCACTACATAAACATAAGGAATGTGTAAACGAGCATCAAAC-------CAATACCCAG-ACCCCAAGAATTATAC---A--C------CCCCACCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACttgaa
gi|19 : acac------------------------TTTTTGT--TAAATTT--TA-CTTCA---TAATA-C-T--C-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-G-A--G-C-AA----GCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNCCCTCCCCG------GTTTCGAAA-TC-CTGGAT---TCGCCACtg
gi|2 : ttgtGGATC-CAAGG-CC-GGCGCAC----CGGGGGCG-C-GTC-----C--CC--T------------------GTT--TT-GA---A-A-------T-----TT-------GG-GGTGT----CTGGGGTTTTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTTGG--TTATTTT--GACCTGTA---ATATA-C-T--C-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----AT----TT-GTA--GTCAAAT-ATGCAATGT---------TANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNCC------TCCCC-------------GGTCTGAGATCCTCTGGAT---CCGCCAC
gi|20 : CGGATC-CGGGG-CCCGGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTCC--C------------------G-T--TT-GA---A-TTTGT---T-----TT-------GG-Gtggggcggaatca
gi|20 : aaggTA-----T-----A-G-T-TT-A-----T-----TT-GAA--GTC-AAC-GTGCAATGTTT-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtttatttgaagtcaacgtgcaatgttta
gi|21 : aaggcggatccggggcccggcgcaccgggcgcgcgccctcccgtttgaatttgttttgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGGATC-CAGGA-CC-GGCGCAC----CGAGCGCC-C-C-CATT--C--CC--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GG-GT----CTG------------------------TTTTTGT--AAATTTT--GG-CTGCA---TAAGA-C-T--C-ATA-----T-----A-TAC-TT-A-----A-----TT-GTA--TTC-AAC-ATGCAATGTTT-A
gi|24 : aggCAGATA-CAGGG-CC-AGCGCAC---------ACC-C-C-A-----C--CC--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---TG----TT-------GG-GG--T----CTG------------------------TTTATGT--CAATTTT--GA-CAGCA---TAATA-
gi|25 : GGATC-CAGGA-CC-GGCGAAC----TGGGAGCC-C-C-CT----C--CC--C------------------A-T--TT-G
gi|26 : cacaggtGGATCTCAGAGACC-GGCACAC----CGGGCGTG-C-A-C-----CCTCC--C------------------G-T--TT-AA---A-AT--T---T-----TT-------TG-GGGGT----Ctgttttaaaagtttgt
gi|27 : agtCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---TCGCCAC
gi|28 : CCCCTTCC-------ATTATGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAtgtat
gi|29 : CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCAC
gi|3 : GGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----TGCCCCCC-C-C-C-----C--CC--CCTCCCCCCCCCCCCTGTAG-T--TTTGA---A-AT--TCCCT-----TT-------AG-GGTGTTC--CTGG-----------------------TTTTTGT--TAATTTTTTGA-CTGC----TAAAA-CTG--CCATAATGACT-----A---T-TT-A-----A-----TTAGTA--GTC-AAC-A------GT---GCAAAATGTATATTACANNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNCCCTG--------GTTTTAAAATTC-CTGGAT---CCGCCACt
gi|4 : -GGCGCACGGGCCGGGGGTG-C-G-C-----C--CT--C------------------C-TG-TT-GA---ATAT--T---T-----TTTTTGGGGGG-GGGGG----CTG------------------------TCTTTGT--AAATGTT--GA-CTG-A---TAATC-C-G--C-ATA-----T-----A-A-T-TT-A-----A-----GT-AGA--GTC-AAC-GTGCAATGTTT-A
gi|5 : GG-CC-GG-GC-C----CAGGCGCG-C-G-C-----CCTCC--C------------------G-T--TT-GA---A---------------TG-------GG-GGGGG----CGGTC----------------------TTTCTGT--AAGTTTT--GA-CTGCA---TAATA-C-G--C-ATA-----T-----A-T-TATT-AACACTA-----TT-GTACGATG-AAC-ATGCAATTCTT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacgaacctggtaccacgccccgggtttctgaataattacatggagcgccac
gi|5 : CCACCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAG---CCcatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataccaccccggttctgaaattcctggagcc
gi|6 : ggccgggcccaggcgcgcgccctcccgtttgaatggggggggcggtctttctgtaagttttgactgcataatacgcatatattattaacactattgtacgatgaacatgcaattcttaccatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataC-CAGTG-CC-GATGCAC----CCCCCACC-CCA-C-----C--CC--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----T--------GG-GGGGC----CTG------------------------TTTTTGT--AGATTTT--GA-CTGCA---TAATA-T-G--C-ATA-----T-----A-C-A-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AAC-ATGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT---GCCC------CCCCCCCCCCCCCCTCTGGTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|7 : aCGGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--CC--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGTGT----CTG------------------------TTTTTGT--TAATTAT--GA-CTGCA---TAATA-C-T--A-ATA-----T-----A-C-T-TTAA-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCAATGTTT-GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|8 : GGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--CC--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GG-GGTGT----CTG------------------------TTTTTGT--TAATTAT--GA-CTGCA---TAATA-C-T--A-ATA-----T-----A-C-T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AAC-ATGCAATGTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCC
gi|9 : CGGATC-CAGCG-CC-GACGCGC----TGGGCGCA-C-G-CCCCCTC--CC--C------------------G-T--TT-G------GT--T---T-----T---------------------TG------------------------TTGTTG---AAATTTT--GC-TTGTA---AAACA-A-G--C-ATT-----T-----G-A-T-TA-A-----ACAAAGTT-CTT--GTT-TGT-ANNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNACCCA--CCCCCAAGCCTTTT------ACC------GTGCCC---CC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAAGGTGGAGCGGATCCCGAGTCTGCCCCCCCCCCCCTCTTCCCCGTTTGATTTTTTGTTTTTGCTATGAAATTTGTTTGTAGAAAAAACATTAAATAAAAAAAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTGTATATATCTTATTTATTTTATATGAGTCTAGTACATGTAACAATGGCGGATCCAGGGCCGGTGCACAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222222 11111111111111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111
lowQualScore : 2 2 1 4444 33 1 1 11111 77 22 22 000000000000000000 1 66 1 333 1 22 333 66666 666666666 55 7777 99999 44444444444444444 44 22 22 2 333 0000 2 2 77777 7777 2 2 55555 77777 2 22 2 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 33333333 1 333
lowQualScore : . . . .... .. . . ..... .. .. .. .................. . .. . ... . .. ... ..... ......... .. .... ..... ................. .. .. .. . ... .... . . ..... .... . . ..... ..... . .. . . . ................................................................................................................. . ........ . ...
lowQualScore : 2 0 9 0000 55 8 8 44444 55 55 55 999999999999999999 8 88 8 333 9 66 333 77777 888888888 33 0000 88888 00000000000000000 88 88 88 0 555 1111 0 0 00000 4444 0 0 00000 00000 0 88 0 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 11111111 9 333
consensus : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
Reference ( family-451 ) : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|1 : CGGATC---AGG-CC-GACGCAC----TCAGTGCGAC-G-C-----C--C--C--CCT----------------G-T--TT-GAGAAA-AT--C---T-----TT-------GAAGGTGT-----TG-----TTTTTG-----------------TTAGA--A--TTTTAG-CTGCAATGCAATGCCA--CAAT-ATCAATAA-C--T-TT-A-----A-----TT-GT-----T-AACAATGCAATGATT-ACAGTATGTATTTTTAATCTTCCTTATCTCCACACAAACTTTAGGTTTGTGTTCATAATCGGCATACAAACACACATTTCCCGGTACCACAAGAATTTTAT---AA--------CCGCGCCCCCG-------GTTCTGAAATT--CTGGATTCCCCGCC
gi|10 : tcaaaggC-CAGTG-CC-GATGCAC----CC--CCCA-C-C-CA----C--C--C--C------------------G-T--T--GA---A-AT--T---T-----T---------GGGG-GC----CTG-----TTTTTG-----------------T--AG--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-CA-T-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCCCCCCCCCCCTCTG--GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|11 : GATC-CAGGG-CC-GGCGCGT----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--TTT----------------G-T--TT-GA---A--T--T---G-----GG-------GGGGG-GG----TTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTCGA-CTGCA---TAAGAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-GT-A-----A-----TT-GTT--GTC-AGCA-TACAATGTTC-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|12 : -CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--CCT----------------G-T--TT-GA---A-AT--C---T-----TT-------TTGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACA------GCGCTC-CCCG-------GTTTTGAAATTG-CTGGAT---CCGCCAC
gi|13 : -CGGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--CTCC------------------G-T--GT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGA--T----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGTA---TGATAA-GTATA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----CT-GTA--GTC-AACt
gi|13 : CCCCCT-------GTTCTGAAAGTC-CTGTAT---CCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaccacgccccctgttctgaaagtcctgtatcccccgtt
gi|14 : cggggccggcgcaccgggcgcacgcccctccgtgtgaaattttttgggatctgtttttgtaaattttgactgtatgataagtatatatactttaactgtagtcaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaccacgCAGATC-CAGGG-CC-GACGCAC----CGGGCGCG-T-G-C-----G--C--C--C------------------G-TGTTT-AA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--T--TTTTTA-CTGCT---TAATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCGATGTTT-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCCG-------GTTCTGAAATTC-TTGGAT---gtt
gi|15 : C-CAGGG-TC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT--------TGGG-GC----CTA-----GTTTTG-----------------T--A----------------------AATAC-G--TA-T-AT-----AGT--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATATTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNGGAACCACGCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTAGAT---CCGCCAC
gi|16 : GGATC-CAGGG-CC-AGCGCAA---------------G-C-----C--C--C--C------------------G-TGTTT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------A--AA--A--TTCCGA-CTGCG---TAATAC-A--CA-A-AT-----A---------A-----A-----TT-ATA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNA------TC----CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACt
gi|17 : CCCCCCCCCC-------GTTATGGAATTT-CTGGAC---CCACCA
gi|18 : ctctcccaatgtttcaatattttgttttgaaattttgtttgtacagcaagcatttgttaagaaaataatacctcttgtatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgta-C-A-C-----C--C--C--C------------------G-A--TT-GC---A-TT--T---TGTTTATT-------GGGGG-GGGGGGCTG-----TATTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-T------------------A-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AATA-TGCAATGTTT-ACAATATGTATTTTATTTTCTAC-TCTCACTACATAAACATAAGGAATGTGTAAACGAGCATCAAAC-------CAATACCCAG-ACCCCAAGAATTATAC---A--C------CCCCACCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACttgaa
gi|19 : acac-----TTTTTG-----------------TT-AA--A--TTTT-A-CTTCA---TAATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-G-A--G-C-AA----GCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNCCCTCCCCG------GTTTCGAAA-TC-CTGGAT---TCGCCACtg
gi|2 : ttgtGGATC-CAAGG-CC-GGCGCAC----CGGGGGCG-C-GTC-----C--C--C--T------------------GTT--TT-GA---A-A-------T-----TT-------GGGGT-GT----CTGGGGTTTTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTT--GGTTA--TTTTGACCTGTA---ATATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----AT----TT-GTA--GTCAAATA-TGCAATGT-----------TANNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCTCCC----C-------GGTCTGAGATCCTCTGGAT---CCGCCAC
gi|20 : CGGATC-CGGGG-CCCGGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--C------------------G-T--TT-GA---A-TTTGT---T-----TT-------GGGtggggcggaatca
gi|20 : aagg-T-AT-----A-G--T-TT-A-----T-----TT-GAA--GTC-AACG-TGCAATGTTT-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtttatttgaagtcaacgtgcaatgttta
gi|21 : aaggcggatccggggcccggcgcaccgggcgcgcgccctcccgtttgaatttgttttgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGGATC-CAGGA-CC-GGCGCAC----CGAGCGCC-C-C-CATT--C--C--C--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGG--GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGG-CTGCA---TAAGAC-T--CA-T-AT-----A-TA-C-TT-A-----A-----TT-GTA--TTC-AACA-TGCAATGTTT-A
gi|24 : aggCAGATA-CAGGG-CC-AGCGCAC---------ACC-C-C-A-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---TG----TT-------GGGG---T----CTG-----TTTATG-----------------T--CA--A--TTTTGA-CAGCA---TAATA
gi|25 : GGATC-CAGGA-CC-GGCGAAC----TGGGAGCC-C-C-CT----C--C--C--C------------------A-T--TT-G
gi|26 : cacaggtGGATCTCAGAGACC-GGCACAC----CGGGCGTG-C-A-C-----C--CTCC--C------------------G-T--TT-AA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGG-GT----Ctgttttaaaagtttgt
gi|27 : agtCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---TCGCCAC
gi|28 : CCCCTTCC-------ATTATGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAtgtat
gi|29 : CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCAC
gi|3 : GGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----TGCCCCCC-C-C-C-----C--C--C--CCTCCCCCCCCCCCCTGTAG-T--TTTGA---A-AT--TCCCT-----TT-------AGGGT-GTTC--CTGG----TTTTTG-----------------T--TA--ATTTTTTGA-CTGC----TAAAACTGC-CA-TAATG----A-CTAT-TT-A-----A-----TTAGTA--GTC-AACA--G-------T-GCAAAATGTATATTACA-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCTG-------GTTTTAAAATTC-CTGGAT---CCGCCACt
gi|4 : -GGCGCACGGGCCGGGGGTG-C-G-C-----C--C--T--C------------------C-TG-TT-GA---ATAT--T---T-----TTTTTGGGGGGGGG-GG----CTG-----TCTTTG-----------------T--AA--A--TGTTGA-CTG-A---TAATCC-G--CA-T-AT-----A-A--T-TT-A-----A-----GT-AGA--GTC-AACG-TGCAATGTTT-A
gi|5 : GG-CC-GG-GC-C----CAGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--C------------------G-T--TT-GA---A---------------TG-------GGGGG-GG----CGGTC---TTTCTG-----------------T--AA--G--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-T--TATT-AACACTA-----TT-GTACGATG-AACA-TGCAATTCTT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacgaacctggtaccacgccccgggtttctgaataattacatggagcgccac
gi|5 : CCACCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAG---CCcatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataccaccccggttctgaaattcctggagcc
gi|6 : ggccgggcccaggcgcgcgccctcccgtttgaatggggggggcggtctttctgtaagttttgactgcataatacgcatatattattaacactattgtacgatgaacatgcaattcttaccatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataC-CAGTG-CC-GATGCAC----CCCCCACC-CCA-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----T--------GGGGG-GC----CTG-----TTTTTG-----------------T--AG--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-C--A-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT---GCCC------CCCCCCCCCCCCCCTCTGGTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|7 : aCGGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAC-T--AA-T-AT-----A-C--T-TTAA-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|8 : GGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAC-T--AA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCC
gi|9 : CGGATC-CAGCG-CC-GACGCGC----TGGGCGCA-C-G-CCCCCTC--C--C--C------------------G-T--TT-G------GT--T---T-----T---------------------TG-----TTGTTG--------------------AA--A--TTTTGC-TTGTA---AAACAA-G--CA-T-TT-----G-A--T-TA-A-----ACAAAGTT-CTT--GTT-TGTA-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNACCC-A-CCCCCAAGCCTTTTA---------------CCGTGCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAAGGTGGAGCGGATCCCGAGTCTGCCCCCCCCCCCCTCTTCCCCGTTTGATTTTTTGTTTTTGCTATGAAATTTGTTTGTAGAAAAAACATTAAATAAAAAAAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTGTATATATCTTATTTATTTTATATGAGTCTAGTACATGTAACAATGGCGGATCCAGGGCCGGTGCACAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222222 11111111111111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111
lowQualScore : 2 2 1 4444 33 1 1 11111 77 22 22 000000000000000000 1 66 1 333 1 22 333 66666 666666666 55 7777 99999 44444444444444444 44 22 22 2 333 0000 2 2 77777 7777 2 2 55555 77777 2 22 2 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 33333333 1 333
lowQualScore : . . . .... .. . . ..... .. .. .. .................. . .. . ... . .. ... ..... ......... .. .... ..... ................. .. .. .. . ... .... . . ..... .... . . ..... ..... . .. . . . ................................................................................................................. . ........ . ...
lowQualScore : 2 0 9 0000 55 8 8 44444 55 55 55 999999999999999999 8 88 8 333 9 66 333 77777 888888888 33 0000 88888 00000000000000000 88 88 88 0 555 1111 0 0 00000 4444 0 0 00000 00000 0 88 0 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 11111111 9 333
consensus : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
Reference ( family-451 ) : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|1 : CGGATC---AGG-CC-GACGCAC----TCAGTGCGAC-G-C-----C--C--C--CCT----------------G-T--TT-GAGAAA-AT--C---T-----TT-------GAAGGTGT-----TG-----TTTTTG-----------------TTAGA--A--TTTTAG-CTGCAATGCAATGCCA--CAAT-ATCAATAA-C--T-TT-A-----A-----TT-GT-----T-AACAATGCAATGATT-ACAGTATGTATTTTTAATCTTCCTTATCTCCACACAAACTTTAGGTTTGTGTTCATAATCGGCATACAAACACACATTTCCCGGTACCACAAGAATTTTAT---AA--------CCGCGCCCCCG-------GTTCTGAAATT--CTGGATTCCCCGCC
gi|10 : tcaaaggC-CAGTG-CC-GATGCAC----CC--CCCA-C-C-CA----C--C--C--C------------------G-T--T--GA---A-AT--T---T-----T---------GGGG-GC----CTG-----TTTTTG-----------------T--AG--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-CA-T-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCCCCCCCCCCCTCTG--GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|11 : GATC-CAGGG-CC-GGCGCGT----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--TTT----------------G-T--TT-GA---A--T--T---G-----GG-------GGGGG-GG----TTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTCGA-CTGCA---TAAGAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-GT-A-----A-----TT-GTT--GTC-AGCA-TACAATGTTC-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|12 : -CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--CCT----------------G-T--TT-GA---A-AT--C---T-----TT-------TTGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACA------GCGCTC-CCCG-------GTTTTGAAATTG-CTGGAT---CCGCCAC
gi|13 : -CGGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--CTCC------------------G-T--GT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGA--T----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGTA---TGATAA-GTATA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----CT-GTA--GTC-AACt
gi|13 : CCCCCT-------GTTCTGAAAGTC-CTGTAT---CCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaccacgccccctgttctgaaagtcctgtatcccccgtt
gi|14 : cggggccggcgcaccgggcgcacgcccctccgtgtgaaattttttgggatctgtttttgtaaattttgactgtatgataagtatatatactttaactgtagtcaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaccacgCAGATC-CAGGG-CC-GACGCAC----CGGGCGCG-T-G-C-----G--C--C--C------------------G-TGTTT-AA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--T--TTTTTA-CTGCT---TAATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCGATGTTT-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCCG-------GTTCTGAAATTC-TTGGAT---gtt
gi|15 : C-CAGGG-TC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT--------TGGG-GC----CTA-----GTTTTG-----------------T--A----------------------AATAC-G--TA-T-AT-----AGT--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATATTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNGGAACCACGCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTAGAT---CCGCCAC
gi|16 : GGATC-CAGGG-CC-AGCGCAA---------------G-C-----C--C--C--C------------------G-TGTTT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------A--AA--A--TTCCGA-CTGCG---TAATAC-A--CA-A-AT-----A---------A-----A-----TT-ATA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNA------TC----CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACt
gi|17 : CCCCCCCCCC-------GTTATGGAATTT-CTGGAC---CCACCA
gi|18 : ctctcccaatgtttcaatattttgttttgaaattttgtttgtacagcaagcatttgttaagaaaataatacctcttgtatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgta-C-A-C-----C--C--C--C------------------G-A--TT-GC---A-TT--T---TGTTTATT-------GGGGG-GGGGGGCTG-----TATTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-T------------------A-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AATA-TGCAATGTTT-ACAATATGTATTTTATTTTCTAC-TCTCACTACATAAACATAAGGAATGTGTAAACGAGCATCAAAC-------CAATACCCAG-ACCCCAAGAATTATAC---A--C------CCCCACCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACttgaa
gi|19 : acac-----TTTTTG-----------------TT-AA--A--TTTT-A-CTTCA---TAATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-G-A--G-C-AA----GCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNCCCTCCCCG------GTTTCGAAA-TC-CTGGAT---TCGCCACtg
gi|2 : ttgtGGATC-CAAGG-CC-GGCGCAC----CGGGGGCG-C-GTC-----C--C--C--T------------------GTT--TT-GA---A-A-------T-----TT-------GGGGT-GT----CTGGGGTTTTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTT--GGTTA--TTTTGACCTGTA---ATATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----AT----TT-GTA--GTCAAATA-TGCAATGT-----------TANNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCTCCC----C-------GGTCTGAGATCCTCTGGAT---CCGCCAC
gi|20 : CGGATC-CGGGG-CCCGGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--C------------------G-T--TT-GA---A-TTTGT---T-----TT-------GGGtggggcggaatca
gi|20 : aagg-T-AT-----A-G--T-TT-A-----T-----TT-GAA--GTC-AACG-TGCAATGTTT-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtttatttgaagtcaacgtgcaatgttta
gi|21 : aaggcggatccggggcccggcgcaccgggcgcgcgccctcccgtttgaatttgttttgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGGATC-CAGGA-CC-GGCGCAC----CGAGCGCC-C-C-CATT--C--C--C--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGG--GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGG-CTGCA---TAAGAC-T--CA-T-AT-----A-TA-C-TT-A-----A-----TT-GTA--TTC-AACA-TGCAATGTTT-A
gi|24 : aggCAGATA-CAGGG-CC-AGCGCAC---------ACC-C-C-A-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---TG----TT-------GGGG---T----CTG-----TTTATG-----------------T--CA--A--TTTTGA-CAGCA---TAATA
gi|25 : GGATC-CAGGA-CC-GGCGAAC----TGGGAGCC-C-C-CT----C--C--C--C------------------A-T--TT-G
gi|26 : cacaggtGGATCTCAGAGACC-GGCACAC----CGGGCGTG-C-A-C-----C--CTCC--C------------------G-T--TT-AA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGG-GT----Ctgttttaaaagtttgt
gi|27 : agtCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---TCGCCAC
gi|28 : CCCCTTCC-------ATTATGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAtgtat
gi|29 : CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCAC
gi|3 : GGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----TGCCCCCC-C-C-C-----C--C--C--CCTCCCCCCCCCCCCTGTAG-T--TTTGA---A-AT--TCCCT-----TT-------AGGGT-GTTC--CTGG----TTTTTG-----------------T--TA--ATTTTTTGA-CTGC----TAAAACTGC-CA-TAATG----A-CTAT-TT-A-----A-----TTAGTA--GTC-AACA--G-------T-GCAAAATGTATATTACA-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCTG-------GTTTTAAAATTC-CTGGAT---CCGCCACt
gi|4 : -GGCGCACGGGCCGGGGGTG-C-G-C-----C--C--T--C------------------C-TG-TT-GA---ATAT--T---T-----TTTTTGGGGGGGGG-GG----CTG-----TCTTTG-----------------T--AA--A--TGTTGA-CTG-A---TAATCC-G--CA-T-AT-----A-A--T-TT-A-----A-----GT-AGA--GTC-AACG-TGCAATGTTT-A
gi|5 : GG-CC-GG-GC-C----CAGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--C------------------G-T--TT-GA---A---------------TG-------GGGGG-GG----CGGTC---TTTCTG-----------------T--AA--G--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-T--TATT-AACACTA-----TT-GTACGATG-AACA-TGCAATTCTT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacgaacctggtaccacgccccgggtttctgaataattacatggagcgccac
gi|5 : CCACCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAG---CCcatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataccaccccggttctgaaattcctggagcc
gi|6 : ggccgggcccaggcgcgcgccctcccgtttgaatggggggggcggtctttctgtaagttttgactgcataatacgcatatattattaacactattgtacgatgaacatgcaattcttaccatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataC-CAGTG-CC-GATGCAC----CCCCCACC-CCA-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----T--------GGGGG-GC----CTG-----TTTTTG-----------------T--AG--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-C--A-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT---GCCC------CCCCCCCCCCCCCCTCTGGTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|7 : aCGGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAC-T--AA-T-AT-----A-C--T-TTAA-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|8 : GGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAC-T--AA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCC
gi|9 : CGGATC-CAGCG-CC-GACGCGC----TGGGCGCA-C-G-CCCCCTC--C--C--C------------------G-T--TT-G------GT--T---T-----T---------------------TG-----TTGTTG--------------------AA--A--TTTTGC-TTGTA---AAACAA-G--CA-T-TT-----G-A--T-TA-A-----ACAAAGTT-CTT--GTT-TGTA-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNACCC-A-CCCCCAAGCCTTTTA---------------CCGTGCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
blockSeqs : T A C GGGC A C T CCCCT CT TC TC CTCCCCCCCCCCCCTGTA T GT T . T TG CCC GTTTA TTTTGGGGG G GGGG GGGTT GGGTTTTTTTTTTTTTT T TT TT C . GTA . A G CTA A A ACACT CAAAG A CG A . G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAA CCCCTCTG T .
blockSeqs : . . . . A . . ATT CT . . TT . GT . . . . . G GG G TC TC . . . . . . TGC . . . CA . . . T . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACA CCTCTG . .
blockSeqs : . . . . G . . A CT . . CT . G . . . . . . TT G . G . . . . . . G . . . GT . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CG . .
blockSeqs : . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . TT A . . . . . . . . G . . . TA . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA C . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TG T . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT G . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCC T . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TG G . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAACC G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TG G . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAACC C . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG T . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . CAAAATGTATATTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG G . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . CAATATGTATTTTATTTTCTACTCTCACTACATAAACATAAGGAATGTGTAAACGAGCATCAAACCAATACCCAGACCCCAAGAATTATACAC C . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG T . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT G . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TA G . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCACCCCCAAGCCTTTTA G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . GG G . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TG T . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG T . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G* ****************** *** G* ** *** G*** ***** ***
originalCons : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
finalCons : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATACG---CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAAGGTGGAGCGGATCCCGAGTCTGCCCCCCCCCCCCTCTTCCCCGTTTGATTTTTTGTTTTTGCTATGAAATTTGTTTGTAGAAAAAACATTAAATAAAAAAAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTGTATATATCTTATTTATTTTATATGAGTCTAGTACATGTAACAATGGCGGATCCAGGGCCGGTGCACAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222222 11111111111111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111
lowQualScore : 2 2 1 4444 33 1 1 11111 77 22 22 000000000000000000 1 66 1 333 1 22 333 66666 666666666 55 7777 99999 44444444444444444 44 22 22 2 333 0000 2 2 77777 7777 2 2 55555 77777 2 22 2 2 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 33333333 1 333
lowQualScore : . . . .... .. . . ..... .. .. .. .................. . .. . ... . .. ... ..... ......... .. .... ..... ................. .. .. .. . ... .... . . ..... .... . . ..... ..... . .. . . . ................................................................................................................. . ........ . ...
lowQualScore : 2 0 9 0000 55 8 8 44444 55 55 55 999999999999999999 8 88 8 333 9 66 333 77777 888888888 33 0000 88888 00000000000000000 88 88 88 0 555 1111 0 0 00000 4444 0 0 00000 00000 0 88 0 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 11111111 9 333
consensus : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
Reference ( family-451 ) : CGGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ACAANATGTATNTTNNNTNNTNC-TNTCNCNACANAAACNTNAGGNNTGTGTNNANNANCGNCANAC-------CANTNCCCGG-NCCNCAAGNNTTNNNC---GACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|1 : CGGATC---AGG-CC-GACGCAC----TCAGTGCGAC-G-C-----C--C--C--CCT----------------G-T--TT-GAGAAA-AT--C---T-----TT-------GAAGGTGT-----TG-----TTTTTG-----------------TTAGA--A--TTTTAG-CTGCAATGCAATGCCA--CAAT-ATCAATAA-C--T-TT-A-----A-----TT-GT-----T-AACAATGCAATGATT-ACAGTATGTATTTTTAATCTTCCTTATCTCCACACAAACTTTAGGTTTGTGTTCATAATCGGCATACAAACACACATTTCCCGGTACCACAAGAATTTTAT---AA--------CCGCGCCCCCG-------GTTCTGAAATT--CTGGATTCCCCGCC
gi|10 : tcaaaggC-CAGTG-CC-GATGCAC----CC--CCCA-C-C-CA----C--C--C--C------------------G-T--T--GA---A-AT--T---T-----T---------GGGG-GC----CTG-----TTTTTG-----------------T--AG--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-CA-T-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCCCCCCCCCCCTCTG--GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|11 : GATC-CAGGG-CC-GGCGCGT----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--TTT----------------G-T--TT-GA---A--T--T---G-----GG-------GGGGG-GG----TTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTCGA-CTGCA---TAAGAC-G--CA-T-AT-----A-C--T-GT-A-----A-----TT-GTT--GTC-AGCA-TACAATGTTC-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|12 : -CC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----C--C--C--CCT----------------G-T--TT-GA---A-AT--C---T-----TT-------TTGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNAGGACA------GCGCTC-CCCG-------GTTTTGAAATTG-CTGGAT---CCGCCAC
gi|13 : -CGGGG-CC-GGCGCAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--CTCC------------------G-T--GT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGA--T----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-CTGTA---TGATAA-GTATA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----CT-GTA--GTC-AACt
gi|13 : CCCCCT-------GTTCTGAAAGTC-CTGTAT---CCCCCtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaccacgccccctgttctgaaagtcctgtatcccccgtt
gi|14 : cggggccggcgcaccgggcgcacgcccctccgtgtgaaattttttgggatctgtttttgtaaattttgactgtatgataagtatatatactttaactgtagtcaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaccacgCAGATC-CAGGG-CC-GACGCAC----CGGGCGCG-T-G-C-----G--C--C--C------------------G-TGTTT-AA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--T--TTTTTA-CTGCT---TAATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCGATGTTT-A----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCCG-------GTTCTGAAATTC-TTGGAT---gtt
gi|15 : C-CAGGG-TC-GGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT--------TGGG-GC----CTA-----GTTTTG-----------------T--A----------------------AATAC-G--TA-T-AT-----AGT--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATATTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNGGAACCACGCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTAGAT---CCGCCAC
gi|16 : GGATC-CAGGG-CC-AGCGCAA---------------G-C-----C--C--C--C------------------G-TGTTT-GA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGG-GT----CTG-----TTTTTG-----------------A--AA--A--TTCCGA-CTGCG---TAATAC-A--CA-A-AT-----A---------A-----A-----TT-ATA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNA------TC----CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACt
gi|17 : CCCCCCCCCC-------GTTATGGAATTT-CTGGAC---CCACCA
gi|18 : ctctcccaatgtttcaatattttgttttgaaattttgtttgtacagcaagcatttgttaagaaaataatacctcttgtatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgta-C-A-C-----C--C--C--C------------------G-A--TT-GC---A-TT--T---TGTTTATT-------GGGGG-GGGGGGCTG-----TATTTG-----------------T--AA--A--TTTTGA-T------------------A-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AATA-TGCAATGTTT-ACAATATGTATTTTATTTTCTAC-TCTCACTACATAAACATAAGGAATGTGTAAACGAGCATCAAAC-------CAATACCCAG-ACCCCAAGAATTATAC---A--C------CCCCACCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCACttgaa
gi|19 : acac-----TTTTTG-----------------TT-AA--A--TTTT-A-CTTCA---TAATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-G-A--G-C-AA----GCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNCCCTCCCCG------GTTTCGAAA-TC-CTGGAT---TCGCCACtg
gi|2 : ttgtGGATC-CAAGG-CC-GGCGCAC----CGGGGGCG-C-GTC-----C--C--C--T------------------GTT--TT-GA---A-A-------T-----TT-------GGGGT-GT----CTGGGGTTTTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTT--GGTTA--TTTTGACCTGTA---ATATAC-T--CA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----AT----TT-GTA--GTCAAATA-TGCAATGT-----------TANNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------CCTCCC----C-------GGTCTGAGATCCTCTGGAT---CCGCCAC
gi|20 : CGGATC-CGGGG-CCCGGCGCAC----CGGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--C------------------G-T--TT-GA---A-TTTGT---T-----TT-------GGGtggggcggaatca
gi|20 : aagg-T-AT-----A-G--T-TT-A-----T-----TT-GAA--GTC-AACG-TGCAATGTTT-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtttatttgaagtcaacgtgcaatgttta
gi|21 : aaggcggatccggggcccggcgcaccgggcgcgcgccctcccgtttgaatttgttttgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGGATC-CAGGA-CC-GGCGCAC----CGAGCGCC-C-C-CATT--C--C--C--T------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGG--GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--AA--A--TTTTGG-CTGCA---TAAGAC-T--CA-T-AT-----A-TA-C-TT-A-----A-----TT-GTA--TTC-AACA-TGCAATGTTT-A
gi|24 : aggCAGATA-CAGGG-CC-AGCGCAC---------ACC-C-C-A-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---TG----TT-------GGGG---T----CTG-----TTTATG-----------------T--CA--A--TTTTGA-CAGCA---TAATA
gi|25 : GGATC-CAGGA-CC-GGCGAAC----TGGGAGCC-C-C-CT----C--C--C--C------------------A-T--TT-G
gi|26 : cacaggtGGATCTCAGAGACC-GGCACAC----CGGGCGTG-C-A-C-----C--CTCC--C------------------G-T--TT-AA---A-AT--T---T-----TT-------TGGGG-GT----Ctgttttaaaagtttgt
gi|27 : agtCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---TCGCCAC
gi|28 : CCCCTTCC-------ATTATGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAtgtat
gi|29 : CCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CTGCCAC
gi|3 : GGATC-CAGGG-CC-GGCGCAC----TGCCCCCC-C-C-C-----C--C--C--CCTCCCCCCCCCCCCTGTAG-T--TTTGA---A-AT--TCCCT-----TT-------AGGGT-GTTC--CTGG----TTTTTG-----------------T--TA--ATTTTTTGA-CTGC----TAAAACTGC-CA-TAATG----A-CTAT-TT-A-----A-----TTAGTA--GTC-AACA--G-------T-GCAAAATGTATATTACA-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNNNCCCTG-------GTTTTAAAATTC-CTGGAT---CCGCCACt
gi|4 : -GGCGCACGGGCCGGGGGTG-C-G-C-----C--C--T--C------------------C-TG-TT-GA---ATAT--T---T-----TTTTTGGGGGGGGG-GG----CTG-----TCTTTG-----------------T--AA--A--TGTTGA-CTG-A---TAATCC-G--CA-T-AT-----A-A--T-TT-A-----A-----GT-AGA--GTC-AACG-TGCAATGTTT-A
gi|5 : GG-CC-GG-GC-C----CAGGCGCG-C-G-C-----CCTC--C--C------------------G-T--TT-GA---A---------------TG-------GGGGG-GG----CGGTC---TTTCTG-----------------T--AA--G--TTTTGA-CTGCA---TAATAC-G--CA-T-AT-----A-T--TATT-AACACTA-----TT-GTACGATG-AACA-TGCAATTCTT-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacgaacctggtaccacgccccgggtttctgaataattacatggagcgccac
gi|5 : CCACCCCG-------GTTCTGAAATTC-CTGGAG---CCcatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataccaccccggttctgaaattcctggagcc
gi|6 : ggccgggcccaggcgcgcgccctcccgtttgaatggggggggcggtctttctgtaagttttgactgcataatacgcatatattattaacactattgtacgatgaacatgcaattcttaccatttttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggacataC-CAGTG-CC-GATGCAC----CCCCCACC-CCA-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----T--------GGGGG-GC----CTG-----TTTTTG-----------------T--AG--A--TTTTGA-CTGCA---TAATAT-G--CA-T-AT-----A-C--A-TT-A-----A-----TT-GTA--CCC-AACA-TGCAATGTTT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT---GCCC------CCCCCCCCCCCCCCTCTGGTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCACCAC
gi|7 : aCGGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAC-T--AA-T-AT-----A-C--T-TTAA-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTT-GCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
gi|8 : GGACC-CAGGG-CC-GGCACAC----CGGGCGCA-C-G-C-----C--C--C--C------------------G-T--TT-GA---A-AT--T---T-----TT-------GGGGT-GT----CTG-----TTTTTG-----------------T--TA--A--TTATGA-CTGCA---TAATAC-T--AA-T-AT-----A-C--T-TT-A-----A-----TT-GTA--GTC-AACA-TGCAATGTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNACC---AACC------CCCCCCCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCC
gi|9 : CGGATC-CAGCG-CC-GACGCGC----TGGGCGCA-C-G-CCCCCTC--C--C--C------------------G-T--TT-G------GT--T---T-----T---------------------TG-----TTGTTG--------------------AA--A--TTTTGC-TTGTA---AAACAA-G--CA-T-TT-----G-A--T-TA-A-----ACAAAGTT-CTT--GTT-TGTA-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNACCC-A-CCCCCAAGCCTTTTA---------------CCGTGCCCCC-------GTTCTGAAATTC-CTGGAT---CCGCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACAAAGGTGGAGCGGATCCCGAGTCTGCCCCCCCCCCCCTCTTCCCCGTTTGATTTTTTGTTTTTGCTATGAAATTTGTTTGTAGAAAAAACATTAAATAAAAAAAA
Unaligned ( gi|23 ): ATTGTATATATCTTATTTATTTTATATGAGTCTAGTACATGTAACAATGGCGGATCCAGGGCCGGTGCACAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC