lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 222222 1 44444444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000 22 33333 222 99999 111111 7777777777777777777777777777777777 111111 6666666666666666666 2222222222 1111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111111111111 11 22222222 11 222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2222222 55555555555555555555555 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1
lowQualScore : 44 6 0 0 0 0 0 555555 2 0 0 11111111111111111 1 6 888888888888888888888888888888888888888888888 8 99 8 11111 222 55555 888888 5 5 88 0000000000000000000000000000000000 5 444444 0 1 77 33 88 4444444444444444444 4 4 99 1111111111 66 5555 5 5 5 999 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 99999999999999 11 6 4 99 44444444 11 2 000 7 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 777 1 9999999 0 1 99999999999999999999999 9999 33333 3 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444 99 3
lowQualScore : .. . . . . . . ...... . . . ................. . . ............................................. . .. . ..... ... ..... ...... . . .. .................................. . ...... . . .. .. .. ................... . . .. .......... .. .... . . . ... . ..................................................................................... .. .............. .. . . .. ........ .. . ... . . ..................................................................... . ... . ....... . . ....................... .... ..... . . ............................................................... .... .. .
lowQualScore : 00 5 0 2 0 2 2 222222 2 0 8 88888888888888888 0 7 555555555555555555555555555555555555555555555 0 22 0 00000 000 22222 111111 7 0 44 4444444444444444444444444444444444 0 111111 4 7 99 11 44 0000000000000000000 4 4 33 9999999999 99 6666 0 7 4 000 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 88888888888888 88 7 2 22 44444444 00 5 222 3 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 000 1 8888888 3 4 33333333333333333333333 4444 22222 2 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 22 5
consensus : ATN-GAGGGCGAAGCCC-TCCCG-CGGCCCGAAGGGCC-G----CGAGAGCGAA-GCTCTCCCTA-T---------------AGGTA-ACA--CGTA--TATACATGT--------ATAT-----AAG--------GAA-AATATAGAAAACTAANGA-AAAAATTA----AAACC---ATAC-----CTATG-----GA-ACTTGAAAA-TTTTGGTCAA---------A---------A----TT-----CG-AATGCA----ANCGCGTGGACA--TGTATTTC-NCC-ATTTTGAAT-CCCG--TCTACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC-----------CA-------------A------AAA----ACA-AATG-TAA-TCCATG-----T--TT-TGTTTTTTC--AAT--TTT-AT-A----ATC-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TCAAGTCTGTACATTTTC-AAGCAGTGNNGNGNGNANNANGNCGCNACGNNNCGCCGCNNNCATCNTNNGCGNAACGNTTCCCACGTTCAATGAATA---GGCGGATCAAATGGCTAAA-----NTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATA----CTA-----------A----------------T-G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( gi|3 ) : ATT-GAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-G----TGAGAACGAA-GCTCTCCCTA-T---------------AGGTA-ACA--CTTA--TGTACATGT--------ATAT-----AAG--------GAA-AATATAGAAAACTAAC-A-AAAAATT-----AAACC---ATACAGGGTCTATA-----GA-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AA---------A---------A----TT-----CG-AATACA----ACCGCGTGAACA--TGTATTTC-TCA-ATTTTGAAT-TTAT--TCTACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCC-----------CA-------------A------AAA----ACA-AATG-TAA-TCCATG-C--ATGGTTTTGTTTTTTC--AAT--TTT-AT-A----ATC-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TCAAGTCTGTACAATTTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGAATA---GGCGAATCAAATGGCTAAC-----CTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATA----TTA-----------A----------------T-G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATATTAT
gi|2 : ATA-GAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-G----TGAGAGCGAAAGCTCTCCTTAAT---------------AGGTA-ACA----------TGCATGT---------T-T-----AAG--------GAA-AATATAGAAAACTAA--A-GAAAATC-----AAGCCC--ATAC-----CTATG-----GA-ACTTGAAAAATTTTGGTCAA---------A---------A----TGG----CG-TA-ACATTGGAATGCAT-AACA--T----TTC-TCC-ATTTTGAAA-CTCG--TCTACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCC-----------CA-------------ATAAACAAAA----ACA-AATG-TAA-TC-ATG-TTTATGTTTGTGTTTTCCCCCAAT--------------AT--AC-TCCTC-GT--TGCTT--CAT-C-TTTCACACACG--TCAAGTCTGTACATTTTCAAAGCAGTGATGAATGAAATATGATGTCACAATGCACCGTTTACATCATTAGCGTAACATTTCCCACGTTCAATGAATA---GGCGGA-CAAATGGCTAAA-----CTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATA----CCG-----------A----------------T-A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATA
gi|19 : aATTAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-G----CAAGAGCGAA-GATCTCTCTA-T---------------AAGTA-ACA--CGTA--
gi|7 : ATA-GAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAACCCC-CCCCCCCCTA-CTGGTCCACATGTAAAAGGTATATA--TATA--TATATATGTTGAAAAAAATATTTTGAAAG--------GAA-TGTATTAAAAACTAAT-AGAAAAATC-----AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAA---------A---------AAGGCTTAGGTAGG-AATGCA----GGCGTCTGGACA--TGTATTCG-CCATATCTT-AATATCGT--CTTA-TCA-AGC-TCA-c
gi|1 : tT-GAGG-CGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCA----TGAGAGTGAA-GCGCTCCCTA-T---------------AG-TA-ACA--CATAATTATACATGT--------GTAC-----AAGTATAAAATGAA-AATATAGAAAACTAACGA-AAAAATTAC---AAACC---ATAC-----CTA-G-----GA-ACTCGGAAA-C-TTGGT-AA---------A---------A----TT-----TGAAATACA----ACCACGTGAACA--TG-ATTTC-TCC-ATT-----C-TCGT--GTTACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCC-----------CAGAAGTGAAAAACCA------AAA----ACA-AAT--TAA-TCC-TGTT--TTTGTTTTGTTTTTTC--AAT--TTTAAT-A----ATC-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TTAAGTCTG-ACAATTCA-AAACAATACGATGAATATGAAGTCACAATGCACTGTTACAATTATTTTGCGTTAAACGATTCCCACGTTCTACGAA-A---AGC-AATCAAAT-GCAAAA-----TGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATA----TCA-----------A----------------g
gi|5 : aaCTTA-T---------------AAATA-ACA--CAAA--TGTATAATT--------AT-TGA---AAT--------GAACAATATAGAAAACTAAGGA-AAAAATT-----AAACC---ATACA-----CATG-----AA-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAA---------AATAGCATAGA----TT-----CA-AATGCA----A--GCGTGAGGAATTGTATTTCACCA-A-TTTGAATATCATCGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC-----------------------------------AG----GC--AGT--TAA-ACCA-------------TATTTTCTT--AATGATTG-ATCATCATATC-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTTAGGTCTacaaaacaaagcaatactttctgcttcacccacaaacatgtaaaacaataaatatatgt
gi|16 : CCTA-T---------------AGGTA-CCAACCGTA--TA-ACAT-------------------------------AA-AATATAGAAACCTAAG-A-AAAATTTAAAAAAAACCAAAATAC-----CTATG-----GATACTAGAAAA-CTTTGGT-AA---------A---------AT---TT-----CG-AAccta
gi|13 : TG-----GA-ACTTGAAAA-TTTTGGT-TACATGACACCG---------A----TT-----CA-AATGCA----ATCGCAAAGACA--TATATTTC-ACC-AT---------------CTACCCA-AGT-TCT-CATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT-----------CA-------------A------TAATGCCACA-GTTG-TA
gi|12 : TG-----GA-ACTTGAAAA-TTTTGGT-TACATGACACCG---------A----TT-----CA-AATGCA----ATCGCAAAGACA--TATATTTC-ACC-AT---------------CTACCCA-AGT-TCT-CATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT-----------CA-------------A------TAATGCCACA-GTTG-TA
gi|11 : ---------A---------A----TT-----CG-AATACA----ACCACGTGAACA--TGTAAGTT-TCC-ATGTTGAAT-CTCG--TCTACCCA-AGT-TCA-CGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCC-----------CAAAAAAC-------A------AAA----ACA-AATG-TAA-TCCATA------------ATTTTTTC--AAT--CTT-AT-A----ATC-AC-TCCTCGGT--
gi|4 : TTGGAT-CTCG--TCTACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT---AAAAAA---------CGCCCCGCAAAGATACA-------------A------AAG----ACAGAATATTAATTCCAT-----AT-------TCTTTTCG-AAT--CTT-AT-A----TTTGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GA
gi|24 : catattatcta--TCTACCCA-AGT-TCA-TGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-gagcatccactcataaccctagtgctattggtcaataacaatggactggtgactaatgacgtcacaggatgcactgtttacattaagttagggtaatattttcccggcgttcaagtgagaatgaattccgaatggctaaaggcctaaaactaattgt
gi|6 : tcaAA----AAA-AATG-TAA-TCCATG--------TTTTTTAATTTC--AAT--TTT-AT-A----ATA-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TCAAGTCTGTACATTTTC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---GGCGGATCAAATGGCTAAA-----CTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-----------C----------------T-G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATAT
gi|9 : TCAATGAATA---GGCAAATCAAATGGCTAAA-----CTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATA----CTA-----------ATACATGCAATACTTTCT-G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAGA
gi|15 : ttacattaatttgcataatctttcccgcatTCAATGAATA---GGTGAATCAGATGTTTAAA-----GTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTG
gi|14 : gacatcacgatgcactgtttacatcaattgtgtcatacttactgtgtTCAATGAATA---GGTGAATCAGATGTTTAAA-----GTCG--TGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGtctgttta
gi|21 : tatgtgaacatcacgatgcactgtttacatcaattgtgtcatacttactgtgtTCAATGAATA---GGCGGATCAAATtctgtata
gi|10 : tactttttaatcaattgcgttatatttcctgtATGAATA---GGCGGATCAAATGGCTAAA-----ATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTA----CTATTGAATACAACA----------------T-GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTatcgaaatcgcg
gi|8 : cattaatttgcgtaatatttcatgcgtttaATGAATA---GGCGGATCAAATGTCTGAA-----GTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----A
gi|18 : atttcccgcgtttgATGAATATTAGGCGGATCAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|8 : cgtcacactgcactgtgtagatcaactgatcaaaatttcccgcgttaaA----TTA-----------C----------------TAG----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACA
gi|22 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttaca----------------T-G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AATGACAGCTGCCCTCACACGTACGGATAACTGCGGATTTTTATTTATGCTGTTCAGGATAAAAATACTAATACATTCTGCTTCGCCCTCAAACACTAACGC
Unaligned ( gi|20 ): GTGTATGGACTAAGATATGATGTCACAATACACTGTTTGCATCAACTTGTTGTATTTTCTGCATTAAATG
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222222 555555555555555555555555 222222222222222222 222222222 111 11111 6666666666666666666666666666666 2222222222 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666 1111 11111 11111111111 222222 111 111 2222222 1111 111111 111111 111 44444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 8 00 8 8 999999999999 5 77 1 77 3 000000000000000000000000 6 999999999999999999 88 000000000 111 66666 888 66 5 99 9 5555555555555555555555555555555 4 5 1 0 44 0 0 1 7777777777 0 4 777 4 4 77 9999999999 66 3333 4 5 88 22 777777777777777777777777777777777777777 0 8888 4 77 5 44444 88888888888 77 5 5 222222 1 5 5 6 77 6 000 99 2 222 1111111 6 0 8 1 8 4444 0 0 111111 1 2222 1 1 22 77 333 2 2 5555 000000 11 777 000 3 555 44 0 88888 4 0 0 66666666666666666666666 7777 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 0 2
lowQualScore : . . .. . . ............ . .. . .. . ........................ . .................. .. ......... ... ..... ... .. . .. . ............................... . . . . .. . . . .......... . . ... . . .. .......... .. .... . . .. .. ....................................... . .... . .. . ..... ........... .. . . ...... . . . . .. . ... .. . ... ....... . . . . . .... . . ...... . .... . . .. .. ... . . .... ...... .. ... ... . ... .. . ..... . . . ....................... .... .. . ................................................................... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 88 0 0 333333333333 7 99 7 99 2 777777777777777777777777 7 333333333333333333 55 222222222 777 77777 888 99 0 11 6 9999999999999999999999999999999 4 0 0 2 00 1 4 0 9999999999 7 0 000 0 0 55 4444444444 11 9999 4 0 22 44 666666666666666666666666666666666666666 5 9999 4 33 7 33333 11111111111 99 7 7 111111 7 7 7 3 99 7 222 22 5 888 7777777 7 8 0 4 0 0000 8 8 222222 0 8888 0 0 77 99 000 3 3 3333 777777 44 111 111 3 888 66 4 33333 5 4 4 99999999999999999999999 7777 88 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 11 1 5
consensus : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT----A-AA-CC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC-----------CA--A----------AAAA----ACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--TTTTC-AATC-TT------ATAATC-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTC-A--AACAAT-GACGNGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTACATC--GTTTGCGTAATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAATA---GGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( family-409 ) : ATNGAGGGCGAAGCCC-TCCCG-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT----A-AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGTGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCCCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC-----------CA-------------AAAA----ACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--TTTTC-AATT-TT------ATAATC-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTC-A--AGCAGT-GNNGNGNGNANNANGNCGCNAC--GNNNCGCCGCNNNCATC--NTNNGCGNAACGNTTCCC--ACGTTCAA-TGAATA---GGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|1 : GGCGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCATGAGAGTGAA-GCGCTCCCT------------A-TAG-TAACA--CATAATTATACATGTGT--ACA-----AGTATAAAATGAA-AATAT------AG----------AAAACTAACGAAAAAATT----ACAAACC---ATAC-----CTA----GG--A-ACTCGGAAA--CTTGGT-AAA---------A----T----------T-----TGAAATACA-ACCACGTGAACATG-ATTTCTCCAT-------TCTCGTGT---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCC-----------CAGAAGTGAAAAACCAAAA----ACA-AAT--TAA-TCCTGTTTTTG-----TTT-TGTT--TTTTC-AATT-TTA-----ATAATC-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TT-------AAGTCT-G-AC-AAT-TCA-A--AACAAT-ACGATGAATATGAAGTCACAAT--GCACTGTTACAATTATT--TTGCGTTAAACGATTCCC--ACGTTCTA-CGAA-A---AGC-AAT--CAAAT-GCA-----AAATGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATATCA-----------AACAAAACAAAGCAATACTTTCT-------G----------------C--------TTC----ACCC--ACAAACAT-GTAAAACAATAA-ATATAT
gi|10 : aatgaTTTGCGTAATATTTCAT--GCGTTTAA-TGAATA---GGCGGAT--CAAATGGCT-----AAAATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTACTATTGAATACAACA---------------------T-------GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTgt
gi|11 : cattaaA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCACGTGAACATGTAAGTTTCCAT-GTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCC-----------CAAAAAAC-------AAAA----ACA-AATG-TAA-TCC-----ATA----------ATT--TTTTC-AATC-TT------ATAATC-AC-TCCTCGGT--
gi|12 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT-----------CA-------------ATAATGCCACA-GTTG-TA
gi|13 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT-----------CA-------------ATAATGCCACA-GTTG-TA
gi|14 : AC--GATGCACTGTTTACATC--AATTGTGTCATACTTACT--GTGTTCAA-TGAATA---GGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGT--CGTGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGTCTG-TATA
gi|15 : tatgtgaacatcGACATCAC--GATGCACTGTTTACATC--AATTGTGTCATACTTACT--GTGTTCAA-TGAATA---GGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTGTCTG-
gi|16 : CCT------------A-TAGGTACCAACCGTA--TA-ACAT-------------------------AA-AATAT------AG----------AAACCTAA-GAAAAATTTAAAAA-AAACCAAAATAC-----CTAT---GG--ATACTAGAAAA-CTTTGGTAAAA---------T----T----------T-----CG-AAttta
gi|17 : ----------------A------ATG----ACAGCTGCCCT-CACACGTACG
gi|17 : -AAATACTA-----------A---------------------TACATTCTG----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACgataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaaaatactaatacattctgcttcgccctcaaacactaacgc
gi|18 : aatgacagctgccctcacacgtacggataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaTTCCC--GCGTTAAA-TGAATATTAGGCGGAT--CAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taacgc
gi|19 : cgtcacactgcactgtgtagatcaactgatcaaaatTAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-GCAAGAGCGAA-GATCTCTCT------------A-TAAGTAACA--CGTA--
gi|2 : atATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-GTGAGAGCGAAAGCTCTCCTT------------AATAGGTAACA--TG--------CATGT-T---TA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAAGAAAA--TC----A-AGCCC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAAATTTTGGTCAAA---------A----TGGCGTAACATT-----GG-AATGCATAAC------------ATTTCTCCAT-TTTGAAACTCGT-C---TACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCC-----------CAATAAAC-------AAAA----ACA-AATG-TAA-T-C-----ATG-----TTTATGTT--TGT----GTT-TTCCCCCAATA--T-AC-TCCTC-GT--TGC-TT-CAT-C-TTTCACACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCAA--AGCAGT-GATGAATGAAATATGATGTCAC--AATGCACCGTTTACATC--ATTAGCGTAACATTTCCC--ACGTTCAA-TGAATA---GGCGGA---CAAATGGCT-----AAACTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATACCG-----------A---------------------T-------A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATAc
gi|21 : aATC--AATTGCGTTATATTTCCT----GTTCAA-TGAATA---GGCGGAT--CAAATATCG-----AAA-TCGCG
gi|22 : tacttttta---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
gi|24 : tgacaacaaacaatactttcCAT-C---TACCCA-AGT-TC-ATGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-
gi|3 : tATTGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-GTGAGAACGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CTTA--TGTACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAC-AAAAAATT----A-AA-CC---ATACAGGGTCTAT---AG--A-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AAA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCGCGTGAACATGTATTTCTCAAT-TTTGAATTTATT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCC-----------CA-------------AAAA----ACA-AATG-TAA-TCC-----ATGCATGGTTT-TGTT--TTTTC-AATT-TT------ATAATC-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-AAT-TTC-N--NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNTCTA-TGAATA---GGCGAAT--CAAATGGCT-----AACCTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATATTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|4 : TTGGATCTCGT-C---TACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT-AAA--AAA---------CGCCCCGCAAAGATACA-------------AAAG----ACAGAATATTAATTCC-----ATA-----T-----TC--TTTTCGAATC-TT------ATATTTGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GAGAGCA--TCCACTCATAACCCTAGTGCTATTGGTC-AATAACAATGGACTGGTGACTAATGACGTCACAGGATGCACTGTTTACATTAAGTTAGGGTAATATTTTCCCGGCGTTCAAGTGAGAA-----TGAATTCCGAATGGCT-----AAAtat
gi|5 : catattatctaCTT------------A-TAAATAACA--CAAA--TGTATAATTATTGA-A-----AT--------GAACAATAT------AG----------AAAACTAAGGAAAAAATT----A-AA-CC---ATAC-----ACAT---GA--A-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAAAATAGCATAGA----T----------T-----CA-AATGCA-AGCGTGAGGAATTGTATTTCACCAA-TTTGAATATCAT-CGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC-----------------------------AG----GC--AGT--TAA-ACC-----ATA-----TTT-TCTTAATGATT-GATCATC------AT-ATC-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTT-------AGGTCT-ggcctaaaactaattgt
gi|6 : AA----AAA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TTTA--ATTTC-AATT-TT------ATAATA-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTC-N--NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNNNA---GGCGGAT--CAAATGGCT-----AAACTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-------C---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATATccta
gi|7 : ATAGAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAA-CCCCCCCCCCCCTACTGGTCCA-CATGTAAAA--GGTA--TATATATATAT--ATATGTTGAA--------AAA-AATATTTTGAAAGGAATGTATTAAAAACTAATAGAAAAATC------AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAAA---------AAGGCT----------TAGGTAGG-AATGCA-GGCGTCTGGACATGTA-TTCGCCATATCTTAATATCGT-C---TTATCA-AGC-TC-A
gi|8 : tTTCCC--GCGTTTGA-TGAATA---GGCGGAT--CAAATGTCT-----GAAGTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----Ag
gi|8 : at-AATTACTA-----------------------------------------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACAtaaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|9 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacTTTGCATAATCTTTCCC--GCATTCAA-TGAATA---GGCAAAT--CAAATGGCT-----AAACTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------ATACATGCAATACTTTC-----T-------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTGTATGGACTAAGATATGATGTCACAATACACTGTTTGCATCAACTTGTTGTATTTTCTGCATTAAATG
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 555555555555555555555555 222222222222222222 22222 111 11111 6666666666666666666666666666666 111111111 1111111111 1111 222222222 5555555555555 2222222222 11111 1111111111111111111 11 111 111 2222222 1111 1111111 11111 44444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 8 8 8 8 999999999999 5 77 1 77 3 000000000000000000000000 6 999999999999999999 88 55555 888 66666 888 66 5 3 99 9 5555555555555555555555555555555 4 5 1 0 33 0 0 1 999999999 0 4 777 4 4 77 9999999999 66 3333 4 5 88 5 000000000 0 888 1111111111111 0 7777777777 5 44444 8888888888888888888 5 5 5 999 5 77 22 000 99 2 222 1111111 6 0 8 1 8 4444 3333333 99 66 55 99999 0 555 44 3 555 44 0 88888 4 0 0 66666666666666666666666 7777 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 0 2
lowQualScore : . . . . ............ . .. . .. . ........................ . .................. .. ..... ... ..... ... .. . . .. . ............................... . . . . .. . . . ......... . . ... . . .. .......... .. .... . . .. . ......... . ... ............. . .......... . ..... ................... . . . ... . .. .. ... .. . ... ....... . . . . . .... ....... .. .. .. ..... . ... .. . ... .. . ..... . . . ....................... .... .. . ................................................................... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 333333333333 7 99 7 99 2 777777777777777777777777 7 333333333333333333 55 88888 333 77777 888 99 0 1 11 6 9999999999999999999999999999999 4 0 0 2 00 1 4 0 999999999 7 0 000 0 0 55 4444444444 11 9999 4 0 22 4 000000000 2 888 1111111111111 1 1111111111 7 33333 6666666666666666666 7 7 7 666 7 99 33 222 22 5 888 7777777 7 8 0 4 0 0000 0000000 00 11 00 00000 8 666 22 1 888 66 4 33333 5 4 4 99999999999999999999999 7777 88 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 11 1 5
consensus : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCCC---AA-A----------AAAAACAAATG---------TAAT-CC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATTT-TCAA--A-CAATG-ACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTACA--TC--A-NTTGCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( family-409 ) : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCCC---AA------------AAAAACAAATG---------TAAT-CC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATTT-TCAA--A-CAATG-ACGNGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTACA--TC--G-TTTGCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|1 : GGCGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCATGAGAGTGAA-GCGCTCCCT------------A-TAG-TAACA--CATAATTATACATGTGT--ACA-----AGTATAAAATGAA-AATAT------AG----------AAAACTAACGAAAAAATTAC---AAACC---ATAC-----CTA----GG--A-ACTCGGAAA--CTTGGT-AAA---------A----T----------T-----TGAAATACA-ACCACGTGAACATG-ATTTCTCCAT-------TCTCGTGT---TACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCCC---AGAAGTGAAAAACCAAAAACAAAT----------TAAT-CCTGTTTTTG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TTAATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TT-------AAGTCT-G-AC-AATT-CAAA--A-CAAT--ACGA-TGAAT-ATGAAGTCAC--AATGCACTG-TTACAATTA--T-TTTGCGTTAAACGATTCCC--ACGTTCTA-CGAA----AAGC-AAT--CAAAT-GCA-----AAATGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATATCA-----------AACAAAACAAAGCAATACTTTCT-------G----------------C--------TTC----ACCC--ACAAACAT-GTAAAACAATAA-ATATAT
gi|10 : aatga-TTTGCGT--AATATTTCAT--GCGTTTAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAAATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTACTATTGAATACAACA---------------------T-------GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTgt
gi|11 : cattaaA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCACGTGAACATGTAAGTTTCCAT-GTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TCA-CGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCCC---AAAAAAC-------AAAAACAAATG---------TAAT-CC-----ATA----------ATT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--
gi|12 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TCT-CATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCTC---AA------------TAA
gi|13 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TCT-CATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCTC---AA------------TAAtgccacagttgta
gi|14 : ACATCAC--GATGCACTGTTTACA--TC--A-ATTGTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGT--CGTGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGTCTG-TATAtgccacagttgta
gi|15 : tatgtgaGACATCAC--GATGCACTGTTTACA--TC--A-ATTGTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTGTCTG-
gi|16 : CCT------------A-TAGGTACCAACCGTA--TA-ACAT-------------------------AA-AATAT------AG----------AAACCTAA-GAAAAATTTAAAAAAAACCAAAATAC-----CTAT---GG--ATACTAGAAAA-CTTTGGTAAAA---------T----T----------T-----CG-AAttta
gi|17 : ----------------A------ATG----ACAGCTGCCCT-CACACGTACG
gi|17 : -AAATACTA-----------A---------------------TACATTCTG----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACgataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaaaatactaatacattctgcttcgccctcaaacactaacgc
gi|18 : aatgacagctgccctcacacgtacggataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaCGTCAC--ACTGCACTGTGTAGA--TC--A-ACTGATC--AAAATTTCCC--GCGTTAAA-TGAATATTAGGCGGAT--CAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taacgc
gi|19 : TAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-GCAAGAGCGAA-GATCTCTCT------------A-TAAGTAACA--CGTA--
gi|2 : atATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-GTGAGAGCGAAAGCTCTCCTT------------AATAGGTAACA--TG--------CATGT-T---TA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAAGAAAA--TC-----AAGCCC--ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAAATTTTGGTCAAA---------A----TGGCGTAACATT-----GG-AATGCATAAC------------ATTTCTCCAT-TTTGAAACTCGT-C---TACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCCC---AATAAAC-------AAAAACAAATG---------TAAT-C------ATG-----TTTATGTT--TGTGTTT----TC-CC-CCAATAT-AC-TCCTCG-T--TGCTT--CAT-C-TTTCACACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATTT-TCAA--AGCAGTG-ATGAATGAAATATGATGTCAC--AATGCACCGTTTACA--TC--A-TTAGCGT--AACATTTCCC--ACGTTCAA-TGAA---TAGGCGGA---CAAATGGCT-----AAACTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATACCG-----------A---------------------T-------A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATAc
gi|20 : aATGATGTCAC--AATACACTGTTTGCA--TCA-A-CTT--GT--TGTATTTTCT--GCATTAAA-TG
gi|21 : gtgtatggactaagatACTTTTTA-A--TC--A-ATTGCGT--TATATTTCCT--G--TTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATATCG-----AAA-TCGCG
gi|22 : t---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
gi|24 : tgacaacaaacaatactttcTCAT-C---TACCCA-AGT-TCA-TGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-
gi|3 : ATTGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-GTGAGAACGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CTTA--TGTACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAC-AAAAAATT-----AAACC---ATACAGGGTCTAT---AG--A-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AAA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCGCGTGAACATGTATTTCTCAAT-TTTGAATTTATT-C---TACCCA-AGT-TCA-CGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCCC---AA------------AAAA-CAAATG---------TAAT-CC-----ATGCATGGTTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-AATT-TCNN--N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN--NN--N-NNNNNNN--NNNNNNNNNN--NNNNTCTA-TGAA---TAGGCGAAT--CAAATGGCT-----AACCTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATATTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|4 : TTGGATCTCGT-C---TACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT-AAAA--AA---------CGCCCCGCAA------------AGATACAAAAGACAGAATATTAATTCC-----ATA-----TTC-T---------TTTCGAATC-TT-ATATT-TGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GAGAGCA--TCCACTCATAACCCTAGTGCTATTGGTCAATAA-CAATGGACTGGTGACTAATGACGTCACAGGATGCACTGTTTACA--TTAAG-TTAGGGT--AATATTTTCCCGGCGTTCAAGTGAG---AA--TGAATTCCGAATGGCT-----AAAtat
gi|5 : catattatctaCTT------------A-TAAATAACA--CAAA--TGTATAATTATTGA-A-----AT--------GAACAATAT------AG----------AAAACTAAGGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----ACAT---GA--A-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAAAATAGCATAGA----T----------T-----CA-AATGCA-AGCGTGAGGAATTGTATTTCACCAA-TTTGAATATCAT-CGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC---------------------AGGC-AGT----------TAAA-CC-----ATA-----TTT-TCTTAAT---GATT-GATCATC-AT-AT-C-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTT-------AGGTCT-ggcctaaaactaattgt
gi|6 : AAAAAAATG---------TAAT-CC-----ATG-----TTT-TTTA--A---TTTC-AATT-TT-ATAAT-A-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATTT-TCNN--N-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN--NN--N-NNNNNNN--NNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNN---NAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAACTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-------C---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATATccta
gi|7 : ATAGAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAA-CCCCCCCCCCCCTACTGGTCCA-CATGTAAAA--GGTA--TATATATATAT--ATATGTTGAA--------AAA-AATATTTTGAAAGGAATGTATTAAAAACTAATAGAAAAATC-----AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAAA---------AAGGCT----------TAGGTAGG-AATGCA-GGCGTCTGGACATGTA-TTCGCCATATCTTAATATCGT-C---TTATCA-AGC-TCA-
gi|8 : tATTTCCC--GCGTTTGA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGTCT-----GAAGTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----Ag
gi|8 : -AATTACTA-----------------------------------------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACAtaaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|9 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacTTACA--TT--AATTTGCAT--AATCTTTCCC--GCATTCAA-TGAA---TAGGCAAAT--CAAATGGCT-----AAACTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------ATACATGCAATACTTTC-----T-------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 555555555555555555555555 222222222222222222 22222 111 11111 6666666666666666666666666666666 111111111 1111111111 1111 222222222 666666666666666666 11 11111 1111111111111111111 111 111 2222222 11 11 44444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 8 8 8 8 999999999999 5 77 1 77 3 000000000000000000000000 6 999999999999999999 88 55555 888 66666 888 66 5 3 99 9 5555555555555555555555555555555 4 5 1 0 33 0 0 1 999999999 0 4 777 4 4 77 9999999999 66 3333 4 5 88 22 000000000 9999 333333333333333333 2 5 22 5 44444 8888888888888888888 5 5 5 999 5 6 77 6 000 99 2 222 1111111 6 0 8 1 8 11 8 22 7 99 66 3 3 44 6 555 44 3 555 44 0 88888 4 0 0 66666666666666666666666 7777 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 0 2
lowQualScore : . . . . ............ . .. . .. . ........................ . .................. .. ..... ... ..... ... .. . . .. . ............................... . . . . .. . . . ......... . . ... . . .. .......... .. .... . . .. .. ......... .... .................. . . .. . ..... ................... . . . ... . . .. . ... .. . ... ....... . . . . . .. . .. . .. .. . . .. . ... .. . ... .. . ..... . . . ....................... .... .. . ................................................................... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 333333333333 7 99 7 99 2 777777777777777777777777 7 333333333333333333 55 88888 333 77777 888 99 0 1 11 6 9999999999999999999999999999999 4 0 0 2 00 1 4 0 999999999 7 0 000 0 0 55 4444444444 11 9999 4 0 22 44 000000000 0000 000000000000000000 3 7 33 7 33333 6666666666666666666 7 7 7 666 7 3 99 7 222 22 5 888 7777777 7 8 0 4 0 00 0 44 6 00 11 6 3 33 7 666 22 1 888 66 4 33333 5 4 4 99999999999999999999999 7777 88 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 11 1 5
consensus : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA------AA----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATC-A-ATT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( family-409 ) : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA------A-----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATC-A-NTT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|1 : GGCGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCATGAGAGTGAA-GCGCTCCCT------------A-TAG-TAACA--CATAATTATACATGTGT--ACA-----AGTATAAAATGAA-AATAT------AG----------AAAACTAACGAAAAAATTAC---AAACC---ATAC-----CTA----GG--A-ACTCGGAAA--CTTGGT-AAA---------A----T----------T-----TGAAATACA-ACCACGTGAACATG-ATTTCTCCAT-------TCTCGTGT---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCC---CAG------AAGTGAAAAACCAAAAACA-AAT--TAA-TCCTGTTTTTG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TTAATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TT-------AAGTCT-G-AC-AAT-TCAA--AA-CAAT--ACGA-TGAAT-ATGAAGTCAC--AATGCACTG-TTACAATT-ATTTT-GCGTTAAACGATTCCC--ACGTTCTA-CGAA----AAGC-AAT--CAAAT-GCA-----AAATGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATATCA-----------AACAAAACAAAGCAATACTTTCT-------G----------------C--------TTC----ACCC--ACAAACAT-GTAAAACAATAA-ATATAT
gi|10 : aatga-A-TTT-GCGT--AATATTTCAT--GCGTTTAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAAATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTACTATTGAATACAACA---------------------T-------GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTgt
gi|11 : cattaA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCACGTGAACATGTAAGTTTCCAT-GTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCC---CAA------AAAAC-------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATA----------ATT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--
gi|12 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CAA------T-----------AA
gi|13 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CAA------T-----------AAtgccacagttgta
gi|14 : ACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATC-A-ATT-GTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGT--CGTGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGTCTG-TATAtgccacagttgta
gi|15 : tatgtgaGACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATC-A-ATT-GTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTGTCTG-
gi|16 : CCT------------A-TAGGTACCAACCGTA--TA-ACAT-------------------------AA-AATAT------AG----------AAACCTAA-GAAAAATTTAAAAAAAACCAAAATAC-----CTAT---GG--ATACTAGAAAA-CTTTGGTAAAA---------T----T----------T-----CG-AAttta
gi|17 : ----------------A------ATG----ACAGCTGCCCT-CACACGTACG
gi|17 : -AAATACTA-----------A---------------------TACATTCTG----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACgataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaaaatactaatacattctgcttcgccctcaaacactaacgc
gi|18 : aatgacagctgccctcacacgtacggataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaCGTCAC--ACTGCACTGTGTAG-ATC-A-ACT-GATC--AAAATTTCCC--GCGTTAAA-TGAATATTAGGCGGAT--CAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taacgc
gi|19 : TAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-GCAAGAGCGAA-GATCTCTCT------------A-TAAGTAACA--CGTA--
gi|2 : atATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-GTGAGAGCGAAAGCTCTCCTT------------AATAGGTAACA--TG--------CATGT-T---TA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAAGAAAA--TC-----AAGCCC--ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAAATTTTGGTCAAA---------A----TGGCGTAACATT-----GG-AATGCATAAC------------ATTTCTCCAT-TTTGAAACTCGT-C---TACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCC---CAAT-----AAAC--------AAAAACA-AATG-TAA-T-C-----ATG-----TTTATGTT--TGTGTTT----TC-CC-CCAATAT-AC-TCCTC-GT--TGC-TT-CAT-C-TTTCACACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AAGCAGT-GATGAATGAAATATGATGTCAC--AATGCACCGTTTAC-ATC-A-TTA-GCGT--AACATTTCCC--ACGTTCAA-TGAA---TAGGCGGA---CAAATGGCT-----AAACTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATACCG-----------A---------------------T-------A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATAc
gi|20 : aATGATGTCAC--AATACACTGTTTGC-ATC-A-ACT--TGT--TGTATTTTCT--GCATTAAA-TG
gi|21 : gtgtatggactaagatACTTTTTA--ATC-A-ATT-GCGT--TATATTTCCT--G--TTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATATCG-----AAA-TCGCG
gi|22 : t---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
gi|24 : tgacaacaaacaatactttcTCAT-C---TACCCA-AGT-TC-ATGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-
gi|3 : ATTGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-GTGAGAACGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CTTA--TGTACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAC-AAAAAATT-----AAACC---ATACAGGGTCTAT---AG--A-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AAA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCGCGTGAACATGTATTTCTCAAT-TTTGAATTTATT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCC---CAA------A-----------AAA--CA-AATG-TAA-TCC-----ATGCATGGTTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-AAT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNN-NNNN--NNNNNNNNNN--NNNNTCTA-TGAA---TAGGCGAAT--CAAATGGCT-----AACCTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATATTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|4 : TTGGATCTCGT-C---TACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT-AAA--AAA---------CGCCCCGCAAAGATACA-----------AAAGACAGAATATTAATTCC-----ATA-----T-----TC--T---TTTCGAATC-TT-ATATT-TGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GAGAGCA--TCCACTCATAACCCTAGTGCTATTGGTCAATAA-CAATGGACTGGTGACTAATGACGTCACAGGATGCACTGTTTAC-ATTAA-GTTAGGGT--AATATTTTCCCGGCGTTCAAGTGAG---AA--TGAATTCCGAATGGCT-----AAAtat
gi|5 : catattatctaCTT------------A-TAAATAACA--CAAA--TGTATAATTATTGA-A-----AT--------GAACAATAT------AG----------AAAACTAAGGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----ACAT---GA--A-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAAAATAGCATAGA----T----------T-----CA-AATGCA-AGCGTGAGGAATTGTATTTCACCAA-TTTGAATATCAT-CGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC---------------------------AGGC--AGT--TAA-ACC-----ATA-----TTT-TCTTAAT---GATT-GATCATC-AT-AT-C-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTT-------AGGTCT-ggcctaaaactaattgt
gi|6 : AAAAA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TTTA--A---TTTC-AATT-TT-ATAAT-A-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNN-NNNN--NNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNN---NAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAACTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-------C---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATATccta
gi|7 : ATAGAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAA-CCCCCCCCCCCCTACTGGTCCA-CATGTAAAA--GGTA--TATATATATAT--ATATGTTGAA--------AAA-AATATTTTGAAAGGAATGTATTAAAAACTAATAGAAAAATC-----AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAAA---------AAGGCT----------TAGGTAGG-AATGCA-GGCGTCTGGACATGTA-TTCGCCATATCTTAATATCGT-C---TTATCA-AGC-TC-A
gi|8 : tATTTCCC--GCGTTTGA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGTCT-----GAAGTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----Ag
gi|8 : -AATTACTA-----------------------------------------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACAtaaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|9 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacTTAC-ATT-A-ATTTGCAT--AATCTTTCCC--GCATTCAA-TGAA---TAGGCAAAT--CAAATGGCT-----AAACTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------ATACATGCAATACTTTC-----T-------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 555555555555555555555555 222222222222222222 22222 111 11111 6666666666666666666666666666666 111111111 1111111111 1111 222222222 444444444444444444 11 11111 1111111111111111111 111 111 2222222 11 11 1 44444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 8 8 8 8 999999999999 5 77 1 77 3 000000000000000000000000 6 999999999999999999 88 55555 888 66666 888 66 5 3 99 9 5555555555555555555555555555555 4 5 1 0 33 0 0 1 999999999 0 4 777 4 4 77 9999999999 66 3333 4 5 88 22 000000000 9999 999999999999999999 5 22 5 44444 8888888888888888888 5 5 5 999 5 6 77 6 000 99 2 222 1111111 6 0 8 1 8 11 8 22 7 99 66 3 333 0 555 44 3 555 44 0 88888 4 0 0 66666666666666666666666 7777 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 0 2
lowQualScore : . . . . ............ . .. . .. . ........................ . .................. .. ..... ... ..... ... .. . . .. . ............................... . . . . .. . . . ......... . . ... . . .. .......... .. .... . . .. .. ......... .... .................. . .. . ..... ................... . . . ... . . .. . ... .. . ... ....... . . . . . .. . .. . .. .. . ... . ... .. . ... .. . ..... . . . ....................... .... .. . ................................................................... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 333333333333 7 99 7 99 2 777777777777777777777777 7 333333333333333333 55 88888 333 77777 888 99 0 1 11 6 9999999999999999999999999999999 4 0 0 2 00 1 4 0 999999999 7 0 000 0 0 55 4444444444 11 9999 4 0 22 44 000000000 0000 555555555555555555 7 33 7 33333 6666666666666666666 7 7 7 666 7 3 99 7 222 22 5 888 7777777 7 8 0 4 0 00 0 44 6 00 11 3 777 0 666 22 1 888 66 4 33333 5 4 4 99999999999999999999999 7777 88 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 11 1 5
consensus : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( family-409 ) : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|1 : GGCGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCATGAGAGTGAA-GCGCTCCCT------------A-TAG-TAACA--CATAATTATACATGTGT--ACA-----AGTATAAAATGAA-AATAT------AG----------AAAACTAACGAAAAAATTAC---AAACC---ATAC-----CTA----GG--A-ACTCGGAAA--CTTGGT-AAA---------A----T----------T-----TGAAATACA-ACCACGTGAACATG-ATTTCTCCAT-------TCTCGTGT---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCC---CAG-A-----AGTGAAAAACCAAAAACA-AAT--TAA-TCCTGTTTTTG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TTAATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TT-------AAGTCT-G-AC-AAT-TCAA--AA-CAAT--ACGA-TGAAT-ATGAAGTCAC--AATGCACTG-TTACAATTATT-TT-GCGTTAAACGATTCCC--ACGTTCTA-CGAA----AAGC-AAT--CAAAT-GCA-----AAATGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATATCA-----------AACAAAACAAAGCAATACTTTCT-------G----------------C--------TTC----ACCC--ACAAACAT-GTAAAACAATAA-ATATAT
gi|10 : aatgaC-ATTA-A-TTTGCGT--AATATTTCAT--GCGTTTAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAAATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTACTATTGAATACAACA---------------------T-------GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTgt
gi|11 : A---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCACGTGAACATGTAAGTTTCCAT-GTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCC---CAA-A-----AAAC-------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATA----------ATT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--
gi|12 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CAA-T-----A----------A
gi|13 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CAA-T-----A----------Atgccacagttgta
gi|14 : ACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGT--CGTGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGTCTG-TATAtgccacagttgta
gi|15 : tatgtgaGACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTGTCTG-
gi|16 : CCT------------A-TAGGTACCAACCGTA--TA-ACAT-------------------------AA-AATAT------AG----------AAACCTAA-GAAAAATTTAAAAAAAACCAAAATAC-----CTAT---GG--ATACTAGAAAA-CTTTGGTAAAA---------T----T----------T-----CG-AAttta
gi|17 : ----------------A------ATG----ACAGCTGCCCT-CACACGTACG
gi|17 : -AAATACTA-----------A---------------------TACATTCTG----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACgataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaaaatactaatacattctgcttcgccctcaaacactaacgc
gi|18 : aatgacagctgccctcacacgtacggataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaCGTCAC--ACTGCACTGTGTAG-ATCA-A-CT-GATC--AAAATTTCCC--GCGTTAAA-TGAATATTAGGCGGAT--CAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taacgc
gi|19 : TAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-GCAAGAGCGAA-GATCTCTCT------------A-TAAGTAACA--CGTA--
gi|2 : atATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-GTGAGAGCGAAAGCTCTCCTT------------AATAGGTAACA--TG--------CATGT-T---TA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAAGAAAA--TC-----AAGCCC--ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAAATTTTGGTCAAA---------A----TGGCGTAACATT-----GG-AATGCATAAC------------ATTTCTCCAT-TTTGAAACTCGT-C---TACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCC---CAATA-----AAC--------AAAAACA-AATG-TAA-T-C-----ATG-----TTTATGTT--TGTGTTT----TC-CC-CCAATAT-AC-TCCTC-GT--TGC-TT-CAT-C-TTTCACACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AAGCAGT-GATGAATGAAATATGATGTCAC--AATGCACCGTTTAC-ATCA-T-TA-GCGT--AACATTTCCC--ACGTTCAA-TGAA---TAGGCGGA---CAAATGGCT-----AAACTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATACCG-----------A---------------------T-------A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATAc
gi|20 : aATGATGTCAC--AATACACTGTTTGC-ATCA-A-CT--TGT--TGTATTTTCT--GCATTAAA-TG
gi|21 : gtgtatggactaagatACTTTTTA--ATCA-A-TT-GCGT--TATATTTCCT--G--TTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATATCG-----AAA-TCGCG
gi|22 : t---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
gi|24 : tgacaacaaacaatactttcTCAT-C---TACCCA-AGT-TC-ATGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-
gi|3 : ATTGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-GTGAGAACGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CTTA--TGTACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAC-AAAAAATT-----AAACC---ATACAGGGTCTAT---AG--A-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AAA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCGCGTGAACATGTATTTCTCAAT-TTTGAATTTATT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AA---CA-AATG-TAA-TCC-----ATGCATGGTTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-AAT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NN-NNNN--NNNNNNNNNN--NNNNTCTA-TGAA---TAGGCGAAT--CAAATGGCT-----AACCTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATATTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|4 : TTGGATCTCGT-C---TACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT-AAA--AAA---------CGCCCCGCAA-AGATACA----------AAAGACAGAATATTAATTCC-----ATA-----T-----TC--T---TTTCGAATC-TT-ATATT-TGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GAGAGCA--TCCACTCATAACCCTAGTGCTATTGGTCAATAA-CAATGGACTGGTGACTAATGACGTCACAGGATGCACTGTTTAC-ATTA-AGTTAGGGT--AATATTTTCCCGGCGTTCAAGTGAG---AA--TGAATTCCGAATGGCT-----AAAtat
gi|5 : catattatctaCTT------------A-TAAATAACA--CAAA--TGTATAATTATTGA-A-----AT--------GAACAATAT------AG----------AAAACTAAGGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----ACAT---GA--A-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAAAATAGCATAGA----T----------T-----CA-AATGCA-AGCGTGAGGAATTGTATTTCACCAA-TTTGAATATCAT-CGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC---------------------------AGGC--AGT--TAA-ACC-----ATA-----TTT-TCTTAAT---GATT-GATCATC-AT-AT-C-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTT-------AGGTCT-ggcctaaaactaattgt
gi|6 : AAAAA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TTTA--A---TTTC-AATT-TT-ATAAT-A-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NN-NNNN--NNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNN---NAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAACTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-------C---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATATccta
gi|7 : ATAGAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAA-CCCCCCCCCCCCTACTGGTCCA-CATGTAAAA--GGTA--TATATATATAT--ATATGTTGAA--------AAA-AATATTTTGAAAGGAATGTATTAAAAACTAATAGAAAAATC-----AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAAA---------AAGGCT----------TAGGTAGG-AATGCA-GGCGTCTGGACATGTA-TTCGCCATATCTTAATATCGT-C---TTATCA-AGC-TC-A
gi|8 : tATTTCCC--GCGTTTGA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGTCT-----GAAGTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----Ag
gi|8 : -AATTACTA-----------------------------------------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACAtaaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|9 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacTTAC-ATTA-A-TTTGCAT--AATCTTTCCC--GCATTCAA-TGAA---TAGGCAAAT--CAAATGGCT-----AAACTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------ATACATGCAATACTTTC-----T-------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 555555555555555555555555 222222222222222222 22222 111 11111 6666666666666666666666666666666 111111111 1111111111 1111 222222222 444444444444444444 11 11111 1111111111111111111 111 111 2222222 11 11 1 44444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 8 8 8 8 999999999999 5 77 1 77 3 000000000000000000000000 6 999999999999999999 88 55555 888 66666 888 66 5 3 99 9 5555555555555555555555555555555 4 5 1 0 33 0 0 1 999999999 0 4 777 4 4 77 9999999999 66 3333 4 5 88 22 000000000 9999 999999999999999999 5 22 5 44444 8888888888888888888 5 5 5 999 5 6 77 6 000 99 2 222 1111111 6 0 8 1 8 11 8 22 7 99 66 3 333 0 555 44 3 555 44 0 88888 4 0 0 66666666666666666666666 7777 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 0 2
lowQualScore : . . . . ............ . .. . .. . ........................ . .................. .. ..... ... ..... ... .. . . .. . ............................... . . . . .. . . . ......... . . ... . . .. .......... .. .... . . .. .. ......... .... .................. . .. . ..... ................... . . . ... . . .. . ... .. . ... ....... . . . . . .. . .. . .. .. . ... . ... .. . ... .. . ..... . . . ....................... .... .. . ................................................................... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 333333333333 7 99 7 99 2 777777777777777777777777 7 333333333333333333 55 88888 333 77777 888 99 0 1 11 6 9999999999999999999999999999999 4 0 0 2 00 1 4 0 999999999 7 0 000 0 0 55 4444444444 11 9999 4 0 22 44 000000000 0000 555555555555555555 7 33 7 33333 6666666666666666666 7 7 7 666 7 3 99 7 222 22 5 888 7777777 7 8 0 4 0 00 0 44 6 00 11 3 777 0 666 22 1 888 66 4 33333 5 4 4 99999999999999999999999 7777 88 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 11 1 5
consensus : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( family-409 ) : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|1 : GGCGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCATGAGAGTGAA-GCGCTCCCT------------A-TAG-TAACA--CATAATTATACATGTGT--ACA-----AGTATAAAATGAA-AATAT------AG----------AAAACTAACGAAAAAATTAC---AAACC---ATAC-----CTA----GG--A-ACTCGGAAA--CTTGGT-AAA---------A----T----------T-----TGAAATACA-ACCACGTGAACATG-ATTTCTCCAT-------TCTCGTGT---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCC---CAG-A-----AGTGAAAAACCAAAAACA-AAT--TAA-TCCTGTTTTTG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TTAATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TT-------AAGTCT-G-AC-AAT-TCAA--AA-CAAT--ACGA-TGAAT-ATGAAGTCAC--AATGCACTG-TTACAATTATT-TT-GCGTTAAACGATTCCC--ACGTTCTA-CGAA----AAGC-AAT--CAAAT-GCA-----AAATGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATATCA-----------AACAAAACAAAGCAATACTTTCT-------G----------------C--------TTC----ACCC--ACAAACAT-GTAAAACAATAA-ATATAT
gi|10 : aatgaC-ATTA-A-TTTGCGT--AATATTTCAT--GCGTTTAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAAATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTACTATTGAATACAACA---------------------T-------GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTgt
gi|11 : A---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCACGTGAACATGTAAGTTTCCAT-GTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCC---CAA-A-----AAAC-------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATA----------ATT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--
gi|12 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CAA-T-----A----------A
gi|13 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CAA-T-----A----------Atgccacagttgta
gi|14 : ACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGT--CGTGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGTCTG-TATAtgccacagttgta
gi|15 : tatgtgaGACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GTGT--CATACTTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTGTCTG-
gi|16 : CCT------------A-TAGGTACCAACCGTA--TA-ACAT-------------------------AA-AATAT------AG----------AAACCTAA-GAAAAATTTAAAAAAAACCAAAATAC-----CTAT---GG--ATACTAGAAAA-CTTTGGTAAAA---------T----T----------T-----CG-AAttta
gi|17 : ----------------A------ATG----ACAGCTGCCCT-CACACGTACG
gi|17 : -AAATACTA-----------A---------------------TACATTCTG----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACgataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaaaatactaatacattctgcttcgccctcaaacactaacgc
gi|18 : aatgacagctgccctcacacgtacggataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaCGTCAC--ACTGCACTGTGTAG-ATCA-A-CT-GATC--AAAATTTCCC--GCGTTAAA-TGAATATTAGGCGGAT--CAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taacgc
gi|19 : TAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-GCAAGAGCGAA-GATCTCTCT------------A-TAAGTAACA--CGTA--
gi|2 : atATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-GTGAGAGCGAAAGCTCTCCTT------------AATAGGTAACA--TG--------CATGT-T---TA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAAGAAAA--TC-----AAGCCC--ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAAATTTTGGTCAAA---------A----TGGCGTAACATT-----GG-AATGCATAAC------------ATTTCTCCAT-TTTGAAACTCGT-C---TACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCC---CAATA-----AAC--------AAAAACA-AATG-TAA-T-C-----ATG-----TTTATGTT--TGTGTTT----TC-CC-CCAATAT-AC-TCCTC-GT--TGC-TT-CAT-C-TTTCACACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AAGCAGT-GATGAATGAAATATGATGTCAC--AATGCACCGTTTAC-ATCA-T-TA-GCGT--AACATTTCCC--ACGTTCAA-TGAA---TAGGCGGA---CAAATGGCT-----AAACTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATACCG-----------A---------------------T-------A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATAc
gi|20 : aATGATGTCAC--AATACACTGTTTGC-ATCA-A-CT--TGT--TGTATTTTCT--GCATTAAA-TG
gi|21 : gtgtatggactaagatACTTTTTA--ATCA-A-TT-GCGT--TATATTTCCT--G--TTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATATCG-----AAA-TCGCG
gi|22 : t---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
gi|24 : tgacaacaaacaatactttcTCAT-C---TACCCA-AGT-TC-ATGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-
gi|3 : ATTGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-GTGAGAACGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CTTA--TGTACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAC-AAAAAATT-----AAACC---ATACAGGGTCTAT---AG--A-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AAA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCGCGTGAACATGTATTTCTCAAT-TTTGAATTTATT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AA---CA-AATG-TAA-TCC-----ATGCATGGTTT-TGTT--T---TTTC-AATT-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-AAT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NN-NNNN--NNNNNNNNNN--NNNNTCTA-TGAA---TAGGCGAAT--CAAATGGCT-----AACCTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATATTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|4 : TTGGATCTCGT-C---TACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT-AAA--AAA---------CGCCCCGCAA-AGATACA----------AAAGACAGAATATTAATTCC-----ATA-----T-----TC--T---TTTCGAATC-TT-ATATT-TGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GAGAGCA--TCCACTCATAACCCTAGTGCTATTGGTCAATAA-CAATGGACTGGTGACTAATGACGTCACAGGATGCACTGTTTAC-ATTA-AGTTAGGGT--AATATTTTCCCGGCGTTCAAGTGAG---AA--TGAATTCCGAATGGCT-----AAAtat
gi|5 : catattatctaCTT------------A-TAAATAACA--CAAA--TGTATAATTATTGA-A-----AT--------GAACAATAT------AG----------AAAACTAAGGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----ACAT---GA--A-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAAAATAGCATAGA----T----------T-----CA-AATGCA-AGCGTGAGGAATTGTATTTCACCAA-TTTGAATATCAT-CGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC---------------------------AGGC--AGT--TAA-ACC-----ATA-----TTT-TCTTAAT---GATT-GATCATC-AT-AT-C-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTT-------AGGTCT-ggcctaaaactaattgt
gi|6 : AAAAA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TTTA--A---TTTC-AATT-TT-ATAAT-A-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NN-NNNN--NNNNNNNNNN--NNNNNNNN-NNNN---NAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAACTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-------C---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATATccta
gi|7 : ATAGAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAA-CCCCCCCCCCCCTACTGGTCCA-CATGTAAAA--GGTA--TATATATATAT--ATATGTTGAA--------AAA-AATATTTTGAAAGGAATGTATTAAAAACTAATAGAAAAATC-----AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAAA---------AAGGCT----------TAGGTAGG-AATGCA-GGCGTCTGGACATGTA-TTCGCCATATCTTAATATCGT-C---TTATCA-AGC-TC-A
gi|8 : tATTTCCC--GCGTTTGA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGTCT-----GAAGTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----Ag
gi|8 : -AATTACTA-----------------------------------------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACAtaaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|9 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacTTAC-ATTA-A-TTTGCAT--AATCTTTCCC--GCATTCAA-TGAA---TAGGCAAAT--CAAATGGCT-----AAACTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------ATACATGCAATACTTTC-----T-------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAG
blockSeqs : . . . A CCCTACTGGTCC A AC T . T ATATATATGTTGAA C TTTGAAAGGAATGTATTA AG AAAAA AAA AGGGT AAA CA T T AT T ATGGCGTAACATT . T C GT T ATCTTAATA . GTA C G AA TTTCCTTGAG . T T . A AG AAAAAAAGC CCCG AGATACA G AT T . CATGGTTTTGTTT G A . AT A G TA A GC TC C ACT CACTCAT A T T G AT G GG A AT AG . AG T A CG G TAT TC AATTC A GATATTCAGATGCTATA ATTT AA G TTGAATACAACATGCATGCAATACGTTCTGC TGCT AG G
blockSeqs : . . . . . . . T . T TTATTGAAAT . AG GG . C . . . . T T T ATAGCATAGATT . . T AA A GTTGAATC . . . . A . . . . . A AG . C AAAAC . G . . TTTATGTTTGTG . . . TG . A . . TG . C G . . . A . . . G N NN . . A A C . . . . . G ACGAACT . C . ATACATGCAATACTTTCTGC . . G
blockSeqs : . . . . . . . T . T GTATATAAG . AG TA . . . . . . A T A AAGGCTTAGGTA . . T AA A TTTGAAAC . . . . T . . . . . A AG . T TAAAC . G . . TTTTCTTAAT . . . C . A . . C . A G . . . T . . . N G TA . . A T C . . . . . G GATA . T . ATACCAAATACT . . T
blockSeqs : . . . . . . . A . . GTTTAAG . AG G . . . . . . T C C TGACACCGATT . . A GT T TTTGAATT . . . . T . . . . . A AA . T TA . G . . TTTTTTAA . . . C . A . . C . C A . . . T . . . N N NN . . A . A . . . . . T ACT . C . ATACATTCTGC . . G
blockSeqs : . . . T . . . . AG C . . . . . . C C C TGACACCGATT . . C GA T TTTGAATA . . . . A . . . . . A AA . C TA . G . . ATTT . . . C . G . . C . C G . . . . A . A . . . . . C AG . C . TTTTCTGC . . G
blockSeqs : . . . . . . . . T A C ATT . . G CT A . . . . . A . . . . . . . . C AA . . . . TTCT . . . A . . . . . T . T . . . . . C A . C . ATGC . .
blockSeqs : . . . T T . TTT . . G . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . C A . . . GC . .
blockSeqs : ATT . . . . . . . . . . . . A . N . . . . . G A . . .
blockSeqs : . . . . . . N . A . . . . . C G .
blockSeqs : . N . N . . . . . . A .
blockSeqs : . A . A . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** NTATTAAN**************** ***** T* TTTGAATC* ** **** A* NA**************** G* ***** TTTTTT************* G** G* NN A** N** A**********************
originalCons : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTAT--ATA-----AG--------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CAA-A-----A----------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATG-----TTT-TGTT--T---TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAATNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGT--AATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
finalCons : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCCCT------------A-TAGGTAACA--CGTA--TATACATNTATTAAN----------------GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAAT-TTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCATTTTGAATC-TCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGTA-AAAGAAA---------CGCC---CAANA----------------AAAAACA-AATG-TAA-TCC-----ATGTTTTTT-------------TTTC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAATG-ACGAGTGAANNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCAA--TT-GCGTN--ATATTTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAAA----------------------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222 5555555555555555555555555 222222222222222222 22222 111 11111 6666666666666666666666666666666 111111111 1111111111 1111 222222222 555555555555555555 11 55555555555555555 111 111 111 2222222 11 11 1 44444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 8 8 8 8 999999999999 5 77 1 77 3 9999999999999999999999999 6 999999999999999999 88 55555 888 66666 888 66 5 3 99 9 5555555555555555555555555555555 4 5 1 0 33 0 0 1 999999999 0 4 777 4 4 77 9999999999 66 3333 4 5 88 22 000000000 9999 222222222222222222 5 22 5 00000000000000000 777 77 77 5 5 5 999 5 6 77 6 000 99 2 222 1111111 6 0 8 1 8 11 8 22 8 999 66 3 333 0 1 44 44 3 555 44 0 88888 4 0 0 66666666666666666666666 7777 55 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 0 2
lowQualScore : . . . . ............ . .. . .. . ......................... . .................. .. ..... ... ..... ... .. . . .. . ............................... . . . . .. . . . ......... . . ... . . .. .......... .. .... . . .. .. ......... .... .................. . .. . ................. ... .. .. . . . ... . . .. . ... .. . ... ....... . . . . . .. . .. . ... .. . ... . . .. .. . ... .. . ..... . . . ....................... .... .. . ................................................................... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0 0 333333333333 7 99 7 99 2 8888888888888888888888888 7 333333333333333333 55 88888 333 77777 888 99 0 1 11 6 9999999999999999999999999999999 4 0 0 2 00 1 4 0 999999999 7 0 000 0 0 55 4444444444 11 9999 4 0 22 44 000000000 0000 444444444444444444 7 33 7 44444444444444444 999 99 99 7 7 7 666 7 3 99 7 222 22 5 888 7777777 7 8 0 4 0 00 0 44 8 333 11 3 777 0 0 22 22 1 888 66 4 33333 5 4 4 99999999999999999999999 7777 88 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 11 1 5
consensus : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCC------------CTA-TAGGTAACA--CGTA--TATACATGTA------T-------T--AAG--GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CA-----ANA----------AAAAACA-AATG-TAA-TCCATG------TTT--------TTT---T--T--TC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGANTGAAATATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGTNATAT--TTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
Reference ( family-409 ) : ATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCGAAGGGCC-GCGAGAGCGAA-GCTCTCC------------CTA-TAGGTAACA--CGTA--TATACATNTA------T-------T--AAN--GAA-AATAT------AG----------AAAACTAANGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----CTAT---GG--A-ACTCGAAAA-TTTTGGTCAAA---------A----T----------T-----CG-AATGCA-ANCGCGNGGACATGTATTTCNCCAT-TTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGAAA---------CGCC---CA-----ANA----------AAAAACA-AATG-TAA-TCCATG------TTT--------TTT---T--T--TC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AA-CAAT-GACGAGTGAANNATGACGTCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GCGTNATAT--TTCCC--GCGTTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAANTCGCGTGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|1 : GGCGAAACCCCTCTCAACAGCCCGAAGTGCCCATGAGAGTGAA-GCGCTCC------------CTA-TAG-TAACA--CATAATTATACATGTG------TACAAGTAT--AAAATGAA-AATAT------AG----------AAAACTAACGAAAAAATTAC---AAACC---ATAC-----CTA----GG--A-ACTCGGAAA--CTTGGT-AAA---------A----T----------T-----TGAAATACA-ACCACGTGAACATG-ATTTCTCCAT-------TCTCGTGT---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GAGCTGAGATTT-ACATAAAAATCCATAAAAAAAAA---------AGCC---CA-----GAAGTGAAAAACCAAAAACA-AAT--TAA-TCC-TG------TTTTTGTTTTGTTT---T--T--TC-AATT-TTAATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-TG--G-TT--GAA-AC---TT-------AAGTCT-G-AC-AAT-TCAA--AA-CAAT--ACGA-TGAA-TATGAAGTCAC--AATGCACTG-TTACAATTATT-TT-GCGTTAAACGATTCCC--ACGTTCTA-CGAA----AAGC-AAT--CAAAT-GCA-----AAATGCGCATGATAAAT--------------A------ATG----AAA-CTCCACA-CACACATCCGT-AAATATCA-----------AACAAAACAAAGCAATACTTTCT-------G----------------C--------TTC----ACCC--ACAAACAT-GTAAAACAATAA-ATATAT
gi|10 : aatgaC-ATTA-A-TTTGCGTAATAT--TTCAT--GCGTTTAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAAATTGCATGATAAGAT-------------A------ATG----AAAGCTGCCCG-CACACGTCCGT-AAGTACTATTGAATACAACA---------------------T-------GCATGCAATACGTTCTGC--------TTC----GCCC--TCAAACACGGTAACACCGTgt
gi|11 : A---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCACGTGAACATGTAAGTTTCCAT-GTTGAATCTCGT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTATCCCGA----------GA--TG----TT-ACGT-AAAATCCGT---AAGACA---------CGCC---CA-----AAAAAC-------AAAAACA-AATG-TAA-TCCATA--------A--------TTT---T--T--TC-AATC-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCGGT--
gi|12 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TGT---TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CA-----ATA----------A
gi|13 : T---GG--A-ACTTGAAAA-TTTTGGTTACATGACACCG-A----T----------T-----CA-AATGCA-ATCGCAAAGACATATATTTCACCAT--------------C---TACCCA-AGT-TC-TCATCGTTCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCGT-AAAAGCAT---------TGCT---CA-----ATA----------Atgccacagttgta
gi|14 : ACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GTGTCATAC--TTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGT--CGTGA-AA----------------ACGAACTATG----ACAGCTGTCTG-TATAtgccacagttgta
gi|15 : tatgtgaGACATCAC--GATGCACTGTTTAC-ATCA-A-TT-GTGTCATAC--TTACT--GTGTTCAA-TGAA---TAGGTGAAT--CAGATGTTT-----AAAGTCGTGAAACAA----------------ACT----ATG----ACAGCTGTCTG-
gi|16 : C------------CTA-TAGGTACCAACCGTA--TA-ACAT--------------------------AA-AATAT------AG----------AAACCTAA-GAAAAATTTAAAAAAAACCAAAATAC-----CTAT---GG--ATACTAGAAAA-CTTTGGTAAAA---------T----T----------T-----CG-AAttta
gi|17 : ----------------A------ATG----ACAGCTGCCCT-CACACGTACG
gi|17 : -AAATACTA-----------A---------------------TACATTCTG----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACgataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaaaatactaatacattctgcttcgccctcaaacactaacgc
gi|18 : aatgacagctgccctcacacgtacggataactgcggatttttatttatgctgttcaggataaCGTCAC--ACTGCACTGTGTAG-ATCA-A-CT-GATCAAAAT--TTCCC--GCGTTAAA-TGAATATTAGGCGGAT--CAAATGTCTAATTCAAATTCGCGTAACAG----------------A------ATG----taacgc
gi|19 : TAGAGGGCGAAGCCA-TACCA-TGACCCGAAAGGCC-GCAAGAGCGAA-GATCTCT------------CTA-TAAGTAACA--CGTA--
gi|2 : atATAGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGTCC-GTGAGAGCGAAAGCTCTCC------------TTAATAGGTAACA--TG--------CATGT-------T-------T--AAG--GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAAGAAAA--TC-----AAGCCC--ATAC-----CTAT---GG--A-ACTTGAAAAATTTTGGTCAAA---------A----TGGCGTAACATT-----GG-AATGCATAAC------------ATTTCTCCAT-TTTGAAACTCGT-C---TACCCA-AGT-TCAACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCTGT-AAAAAAAAAAAAAAAGCCCCC---CA-----ATAAAC-------AAAAACA-AATG-TAA-T-CATG------TTTATG-----TTTGTGT--T--T----TC-CC-CCAATAT-AC-TCCTC-GT--TGC-TT-CAT-C-TTTCACACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCA--AAGCAGT-GATGAATGAAATATGATGTCAC--AATGCACCGTTTAC-ATCA-T-TA-GCGTAACAT--TTCCC--ACGTTCAA-TGAA---TAGGCGGA---CAAATGGCT-----AAACTCGCATGATAA----------------AG-----ATG----AAAGCTGCCCGAAACACGTCCGTGAAATACCG-----------A---------------------T-------A----------------CCAAATACTTTCTGCTGCCCAGTCAAA-AAGGTCACACCGTAAGACATAc
gi|20 : aGACTAAGATATGATGTCAC--AATACACTGTTTGC-ATCA-A-CT--TGTTGTAT--TTTCT--GCATTAAA-TG
gi|21 : gtgtatgACTTTTTA--ATCA-A-TT-GCGTTATAT--TTCCT--G--TTCAA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATATCG-----AAA-TCGCG
gi|22 : t---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAACACGGT
gi|24 : tgacaacaaacaatactttcTCAT-C---TACCCA-AGT-TC-ATGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-
gi|3 : ATTGAGGGCGAAGCCC-TCTCA-CGGCCCAAAGGGCC-GTGAGAACGAA-GCTCTCC------------CTA-TAGGTAACA--CTTA--TGTACATGTA------TA------T--AAG--GAA-AATAT------AG----------AAAACTAAC-AAAAAATT-----AAACC---ATACAGGGTCTAT---AG--A-ACTCGAAAA-CTTTGGT-AAA---------A----T----------T-----CG-AATACA-ACCGCGTGAACATGTATTTCTCAAT-TTTGAATTTATT-C---TACCCA-AGT-TC-ACGGTGTCCTGA----------GA--TG----TT-ACAT-AAAATCCAT-AAAAAAAA---------CGCC---CA-----A-------------AAAACA-AATG-TAA-TCCATGCATGGTTTTG-------TTT---T--T--TC-AATT-TT-ATAAT-C-AC-TCCTCAGT--TGCTTT-CGT-C-TT--GAACACG--TC-------AAGTCT-GTAC-AAT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNN--NNNNN--NNNNTCTA-TGAA---TAGGCGAAT--CAAATGGCT-----AACCTCGCATGATAA----------------A------ATG----AAAGCTGCACG-CACACGTCCGT-AAATATTA-----------A---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--TCAAATACGGTCACACCGTAAGACATAT
gi|4 : TTGGATCTCGT-C---TACCCACAGTGTC--TGGTGTCTTGGTTTCCTTGAGGA--TG----TTTGCAT-AAAATCCGT-AAA--AAA---------CGCCCCGCAAAGATACA----------AAAGACAGAATATTAATTCCATA--------T--------TCT---T--T--TCGAATC-TT-ATATT-TGACATCCACAAT--TGCTTCATGTGC-TT--GAGAGCA--TCCACTCATAACCCTAGTGCTATTGGTCAATAA-CAATGGACTGGTGACTAATGACGTCACAGGATGCACTGTTTAC-ATTA-AGTTAGGGTAATAT--TTTCCCGGCGTTCAAGTGAG---AA--TGAATTCCGAATGGCT-----AAAtat
gi|5 : catattatctaC------------TTA-TAAATAACA--CAAA--TGTATAATTA------T-------TGAAAT--GAACAATAT------AG----------AAAACTAAGGAAAAAATT-----AAACC---ATAC-----ACAT---GA--A-ACTTGAAAA-ATTTTGTCAAAATAGCATAGA----T----------T-----CA-AATGCA-AGCGTGAGGAATTGTATTTCACCAA-TTTGAATATCAT-CGTATACTCA-AGT--------TATTTTGA----------GA--TG----TT-GCTT-AAAATCTTT------AAA---------CGC--------------------------AGGC--AGT--TAA-ACCATA------TTT--------TCT---TAATGATT-GATCATC-AT-AT-C-AC-TCCTCAGTTATGTTTG-CAT-TGTT--GAACACACTTT-------AGGTCT-ggcctaaaactaattgt
gi|6 : AAAAA-AATG-TAA-TCCATG------TTT--------TTTAA-T--T--TC-AATT-TT-ATAAT-A-AC-TTGTCGGT--TGTTTT-CGT-C-TT--AAACATG--TC-------AAGTCT-GTAC-ATT-TTCN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NN-NNNNNNNNN--NNNNN--NNNNNNNN-NNNN---NAGGCGGAT--CAAATGGCT-----AAACTTACGTGATAA----------------G------ATAATTTAAAG-TGCCTG--ACAC--TAAT-AAATAATATTTT-------C---------------------T-------G----------------C--------TTC----GCCC--ACAAGCACGGTTACACCGTAATACATATccta
gi|7 : ATAGAGGAGGAAGCCC-TTCTG-CGGCCCAAATGATA-GCAACTGTGAA-CCCCCCCCCCCCTACTGGTCCA-CATGTAAAA--GGTA--TATATATATATATATGT-------T--GAA--AAA-AATATTTTGAAAGGAATGTATTAAAAACTAATAGAAAAATC-----AATCC---ATAC-----CTATAAAGGCAA-AGTTGAGAA-TTTTGATCAAA---------AAGGCT----------TAGGTAGG-AATGCA-GGCGTCTGGACATGTA-TTCGCCATATCTTAATATCGT-C---TTATCA-AGC-TC-A
gi|8 : tAT--TTCCC--GCGTTTGA-TGAA---TAGGCGGAT--CAAATGTCT-----GAAGTTGTGTAGCAA----------------A------ATG----Ag
gi|8 : -AATTACTA-----------------------------------------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAAAACGGTCACACCGTAAGACAtaaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacaattactagcttcaccctcaaaaacggtcacaccgtaagaca
gi|9 : atttcccgcgtttgatgaataggcggatcaaatgtctgaagttgtgtagcaaaatgataaaatatgttttgatagctgtccgggtaacttgctttctttaattatgcagtttttttgttattaattctgtttacTTAC-ATTA-A-TTTGCATAATCT--TTCCC--GCATTCAA-TGAA---TAGGCAAAT--CAAATGGCT-----AAACTTGCATGATAAGATATTCAGATGCTATA------ATG----AATGCTGCTTG-CACACGTCCGT-AAATACTA-----------ATACATGCAATACTTTC-----T-------G----------------C--------TTC----ACCC--TCAAACACAGTCGCGCCGTAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CACATACCATAATGACATTATGACATCGTATCCGATACTT