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Reference ( gi|1 )            : TATGTAAGTTGACAGTTCATTGCAA-------C---CA---AT-----GAAA-TCTTTG----A-AATGCGG--CGT-GTATC-TTG-TAT--GATC-CTC-TTAAA-T----TTACG---CCA---AA-------ATA----A--------C--A---------AT--C--------C--CAT------CCTC---A--ATGACCGT-G-TAGTGC----GTG-A-CA-GC--A-TGGCG--AG---AATTC-TATCGTT-AT-CT-AAAGCAA-G-TT-------------T--TT-TGACTTGCC-------T--------A----G------TCAA----GCG--GTT--GT-GCGCGCTGGT-C--AC-ATGCTGCTAAGAGATTTGA--TT------CCTGCAGGTAGCGAGTTCAAGCCC----G---G-GC-----CG--CT--TGGGTATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|9                          :              AGTTCATTGCAA-------T--------ATTTGTGAAAA-TATTTC----A-AATGCAG--TGT-GTATC-TTG-TAT--TATC-CTC-TTAAA-T----TCAGG---TCA---AA-------TTATTGGATCT-----C--A---------TT--T--------C--CAT------TCTC---A--ATGACCTT-G-TAGCGT----GTG-A-CA-GC--G-CGGGG--AA---AGTTC-CATCGTT-AT-CG-AAAGTAA-G-TT-------------T--TG-TGAC-TGCC-------T--------A----
gi|8                          :     ttattgaagAGTTCATTGCAATATTGTAC---TATACAT-----AAAA-TATTTC----A-AATGCAG--TGT-GTATC-TTG-TCA--GATC-CTC-TTAAA-T----TTACAT--CCA---AA-------CTG----ATTGTATCCC--A---------TT--T--------C--CAC------TCTC---A--ATGACCGT-G-AAGCAT----GTG-A-CA-GT--G-TGACG--AG---AATTC-CATTGCC-AT-TG-ACAGCAA-G-AT-------------T--TT-TGACATGCC-------T--------A----G------aatggtctg
gi|2                          :           aaaAGTTCATTGCAT-------T---CT---TT-----G-----CTTTATACAA-GATGCAG--TGT-GTATC-TTG-TGT--GATC-CTT-TAGGA-T----TTATT---TCA---AG--------TA----A--------C--T---------GT---------------AT------C-TC---A---TGATCGTTG-TTGCGA----GTG-A-CA-GC--G-TGGCGCTAG---AATTC-CACCCCG-AC-CG-AAAGC-----CT-------------TGCTT-CAACTTGTC-------T--------A----GATGG--TCGA----GCA--ATC--TA-GTACGCTGGT-C--AC-ATGTTACTAGGAGATTTGG--TT------Catggtcga
gi|3                          :          gaagAGTTCATTGCAA-------TATTTG---GT-----GAAAATATTTC----A-A-TGCAG--TGTTGTATC-TTG-TAT--TATCTCTCCTTAAA-T----TCA-G---TCA---AA-------ATT----A--------T--GTTGTTTCGGAT--CTCATATATC--CAT------TCTC---AGAATGACCTT-GGTAG-GT----GTG-A-CA-GC-----GGCG--GGGCAAGTTC-CATCGTTTAT-C--GAAGTAA-G-TT-------------T--TG-TGAC-TGCC-------T--------A----
gi|6                          :                      tatgttttattgaaaag---AT-----AAAA-TATTTG----A-AATGCAG--TGT-GTATC-TTG-TAT--GATC-CTC-CTAAA-TACTGTTTC-----------------------------------C--A---------TT--T--------C--CAT------CCTC---A--ATGACTGT-G-TAGTGT----GTG-A-CA-GC--G-TCGCG--AG---AATGC-CATCGTT-AT-CG-AAAGCAA-G-TT-------------T--TT-TGACTTGCCTTGA---T--------A----G------CCGA----GCG--Gaatggctgt
gi|12                         :         tatttattggaatacgtatttgtgctattt---AT-----GAAA-TATTCC----A-AATGCAGTACAT-GTATA-TTG-TAT--GAAC-CTA-TTAAA-T----TTACA---TCA---AACGACT--ATAC---G--------C--A---------CT--T--------C--CGT------ACGC---A--ATGACCGT-T-TAGCGT----GTG-A-CA-GC--G-TGTCG--A----AATTC-CATCGCC-AT-CG-AAAGcctagcacgc
gi|4                          :            gagagtgcaatgcaatctttgtgtttt---AT-----AAAC-TATTTT----A-AATACAG--TGT-GTATC-TTG-TAT--GAT--CTC-TTGTA-T----TTACG---CCA---AATAACTGTATC----A--------C--A---------TT--T--------C--CAT------TCTA---A--ATAAC--T-G-TA------------A-CA-GC--GTTTGTT--AG---AATTC-CATTACC-AT-TG-AAAGCAA-G-TTTGGTTTTTTTTTAT--TT-TGACTTGTC-------T--------
gi|13                         :                aaataatttgttggaatctctgtgtttt-----GAAA-TGT--G----ACAACGCGG--TAT-GT-TC-TGG-TATTTGATC-TTC-TTTCA-T----TTAC---------------------A----A--------C--A---------ATGAC--------CTGCAT--------TC---A--A--AC-GTCG-TAG--C----ATG---CA-AC--A---------G---AATTC-CATTATC-AT-AG-AAAGCAA-G-TT-------------T--AA-TGACTTGCC-------T--------A----tgaaggttgagtgg
gi|24                         :                                                       aTTTC----A-AATGTA---TGC-GTATG-TTA-TGT--GATC-CTC-TAAGA-T----TTACcattgtatatagtcgagtggtatagc
gi|7                          :               tttaagagttccatgcatcttctgtacttttatgatatactagta----A-AATGCAG--TGT-GAATCCTTGATAT--GG-C-CTC-TTCAA-T----TTATGGTTCCA---A---------TA----AT-------C--GT--------GT--C--------C--CATTTGTCACCTCTCAA--ATGACCGT-G-TTGCGT----GTG-A-TA-TC--G-TGTCG--AG---AATTCACATCGCC-AT-CTGAAAGCAA-G--------------------A-TGA----------------------------------TCAA---------GTT--------TGCTGGT-C--AC-ATGCTGGCAGGAGATTTGG--TT------atctaatg
gi|25                         :                                                                               tcATC-TTG-CAT--GGTC-CTC-TTAACCT----TTA-G---TCA---AA--------TA------------------------------C--------C--TGT------CTTC---C--ATGACCGT-G-TAGTGT----GTG-A-GA-TC--G-TGGCA--AG---TATTC-AATCGTtagcagttcgtgata
gi|22                         :                                                                                      TA-TAT--GATC-CTC-CTAAA-T----TTACG---TC----AA-------ATA----A--------CTGT---------AT--C--------C--CAT------TTCC---A--
gi|21                         :                                                                                               ATC-CTC-CGATA-A----TTACA---TCATATAA-------ATATC--G--------C--A---------TT--C--------T--CTT------TCTC---A--ATGACCAT-A-AAAGGT----GTG-A-AA-GC--A-TGGCA--AG---AATTT-CATCATC-Attctcaagaaatacatgtaaagtgaaaaaaagattacctgcttttggtttgttttttgtttt
gi|30                         :                                                                                                                       tcagatatagaatgaatcttctgcaa--------C--A---------AT--TT-------C--CAC------TTTC---A--ATAACCTT-G-TAGTGT----GTG-A-CA-G
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                     aactgtatcCGT-G-TAGCGT----GCC-A-CA-GC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTGTC-GT-C---AAATA----TT-------------G--TT-GGACTTGGT-------TATATAGACA----G------TTGA----GCG--GTC--TA-GCACGCTGAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTAG--TT------TA-GCAGGTCGTGAggtg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                              CGT-G-TAG--C----GTG-C-CACGC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTGTC-GT-C---AAATA----TT-------------G--TT-GGACTTGTTATATAGAC--------A----G------TTGA----GCG--GTC--TA-GCACGC-GAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTAG--TT------TA-GCAGGTCGTGAt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                              CAT-G-TAGCAT----GTGGA-CA-GT--A---GTG--AG---ACTTC-CACTGT---------AAGTGACA-TT-------------T--TTCTAACTTGCC-------T--------G----GATGGTATC-A----GCGAAGTC--TA-GCATGCTGGTAT--AC-ACACTGCT-AGAAATTTGAGGTTCAAAGGCCATCAGTT--CAACTTCAAGCAA----G---GTGC-----AGA-AG--TGGGTATCCATGCATAACA---AATTta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                           cagaGT-G-TAGCGTTAATGTG-AACA-GCCCG-TGGCG--AG---AATTC-CATCGCC-ATGCA-AAAACAA-G--G-------------T--TT-TAACTTGCCAAGA---T--------G----G------TCTA---------GTT-------GCGCTGGT-CAGACAACGCTGCTAGGGGAtttcttgtgctt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                             aaGCG--AG---AATAC-CATCGTC-AT--G-AAAGCAG-G--T-------------T--TT-TGACTTGaattcagtccaacaacagggccaatcactccatccaagaagcacacaag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                            tgcaatgtgatttatgatttactgttttatattgatttgtcgacattgtccattttcgaagactattgaTCGTC-AT-GG-AAAGCAA-GTTT-------------T--TT-TTATTTGCT-------T--------A----G------
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                     taaatgcatatacccacttccacccctgcatggggttgaactcgcgacctatggaaccaaatcTT-AT-CG-AAGGCAA-G-GT-------------T--TT-TGACTTGCT-------T--------AGATGG------TCGA----GCG--GTCTAGT-GCGCgtggccgagaggtctaacatat
gi|16                         :                                                                                                                                                  ttataaagcatatttgtaatgtatgaagatagctgtatcacatttccatctctgaatactgcagtgtgtgagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AT-CG-AAGGCAA-G-GT-------------T--TT-TGACTTGCT-------T--------A----GATGG--TCGA----GCG--GTC--TA-GTGCGCTTGT-C--AC-ACGCTGCTAG------CGG--TT------CC-GCAGGTAGTGAATTCAA--CC----GAATG-AA-----AG------TGGATATCCAA--AT--TAGTGATTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            -AAAGCAA-GTTT-------------T--TT-TTATTTGCT-------T--------AGGTGG------CCGA----GAG--GTC--TA-ACATATTGGT-C--AC-ACACTGCT-GGAGATTTGG--TT-------CTATTGGTCATGAGTTTAACCCCGGGAG---G-GG-----CGGAGG--TGGATATTCAC--ATAATAATGAATttttg
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAGATTTGG--TT------CC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCC----
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): TTATGCTTTATATATAACACATTAAATATTCCAATATGCAGGGTATATATTTCCAGTAT
Unaligned ( gi|29 ): ATGTTTGTTCAAGAGCTCATTGCAATTTTTGTGCTTTATAAATATTTCAAA
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Reference ( family-392 )      :                                                   NNNNNNNNNNNNNAGTTCATTGCAA---T---------TN-ATG-A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-CT-CTTAAA-T-TTACG--TCA---AA-------A-TA----A--------CAN-T-----------------CC--CATT--------CTC--A-A-TGACCG-T-GTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-TCAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCC-----------T----A--------G------TCGA----GCG--GTCTAG-CGCGCTGGT-C--AC-ACGCTGCTAGGAGATTTG--GTTCC-GCAGGTCGCGAGTTCAACCCC-----GGGNNG-------G--------NTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|1                          :                                                                AGTTCATTGCAA---C---------CA-ATG-A------AA-TCTTTGAAATGCGGCG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-CT-CTTAAA-T-TTACG--CCA---AA-------A-TA----A--------CAA-T-----------------CC--CATC--------CTC--A-A-TGACCG-T-GTA--GTGC----GTG-A-CAGC--A-TGGCG--AG---AATTC-TATCG-TTAT-C-TAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCC-----------T----A--------G------TCAA----GCG--GTTGTG-CGCGCTGGT-C--AC-ATGCTGCTAAGAGATTTG--ATTCCTGCAGGTAGCGAGTTCAAGCCC-----GGGCCG-------C--------TTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatgtaagttgac-TTAT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTGCT-----------T----AGATG----G------TCGA----GCG--GTCTAG-TGCGC
gi|11                         :                                                                                                                                      ttataaagcatatttgtaatgtatgaagatagctgtatcacatttccatctctgaatactgcagtgtgtgagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-T-GTA--GCGTTAATGTG-AACAGCCCG-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-CCATGC-AAAA-ACAAG--G-------------T--TT-TA-ACTTGCC-----------A----A--------G--------------ATG--GTCTAGTTGCGCTGGT-CAGACAACGCTGCTAGGGGA
gi|12                         :                                                                 aaTCTTTGTGT---T---------TT-ATG-A------AA-TATTCCAAATGCAGTACATGTATA-TT--G-TAT--GAAC-CT-ATTAAA-T-TTACA--TCA---AACGACT--A-TAC---G--------CAC-T-----------------TC--CGTA--------CGC--A-A-TGACCG-T-TTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-TGTCG--A----AATTC-CATCG-CCAT-C-GAAA-Gaattcagtccaacaacagggccaatcactccatccaagaagcacacaag
gi|13                         :                                                                               gagagtgcaatgcaaG-A------AA-TGTGACAA-CGCGGTA--TGT-TC-TG--G-TATTTGATC-TT-CTTTCA-T-TTAC---------------------A----A--------CAA-TGA---------------CCTGCATT--------C---------AAACG-TCGTA--GCAT----GCA-A-CAG-----------------AATTC-CATTA-TCAT-A-GAAA-GCAAG-TT-------------T--AA-TG-ACTTGCCTACATTGTATAT----A--------G------TCGA----GTG--GTATAG-C
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aCAT-G-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TTTATTTGCT-----------T----A--------GGTGG--CCGA----GAG--GTCTAA-CATATTGGT-C--AC-ACACTGCT-GGAGATTTG--GTTCT-ATTGGTCATGAGTTTAACCCC-----GGGAGGGGCGGA-G--------GTGGA--TATTCAC--ATAATAATGAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                         CG-T-GTA--GCGT----GCC-A-CAGC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGGT-----------T----ATATAGACAG------TTGA----GCG--GTCTAG-CACGCTGAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAgcct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTGCT-----------T----A--------GATGG--TCGA----GCG--GTCTAG-TGCGCTTGT-C--AC-ACGCTGCTAG------CG--GTTCC-GCAGGTAGTGAATTCAACC--------GAATGAA-----A--------GTGGA--TATCCAA--AT--TAGTGATTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                         CG-T-GTA--GCGT----GCC-A-C-GC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGTTATATAGA----C----A--------G------TTGA----GCG--GTCTAG-CACGC-GAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAttttg
gi|18                         :                                                                                                                                                         AGA-T-TTGCG--TTA---AA---------TA----ATCGCCTCTCAT-T-----------------TC--CATT--------CTC--AGA-TG-CTA-TAATAATACAT----GTG-A-CGGA--G-TAGCG--TT---AATTT-CATTG-TCGT-C-AAAACTCAAA-AG-------------T--CT-TA-ACTTGC---------------------------------TCG-----GTG--GTCta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAGATTTG--GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGGGTG-------GAA------GTGGG--TATa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaatgcatTCG-TCAT-G-GAAA-GCAAGTTT-------------T--TT-TT-ATTTGCT-----------T----AGGTG----G------CCGA----GAG--GTCTAA-Cgtcatggaaagcaagttttttttatttgcttaggtggccgagaggtctaacatat
gi|2                          : taaatgcatatacccacttccacccctgcatggggttgaactcgcgacctatggaaccaaatcAGTTCATTGCAT---T---------CT-TTG-C------TT-TATACAAGATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TGT--GATC-CT-TTAGGA-T-TTATT--TC----AA-------G-TA----A--------CTG-T----------------------A-T--------CTC----A-TGATCGTT-GTT--GCGA----GTG-A-CAGC--G-TGGCGCTAG---AATTC-CACCC-CGAC-C-GAAA-GC----CT-------------TGCTT-CA-ACTTGTC-----------T----AGATG----G------TCGA----GCA--ATCTAG-TACGCTGGT-C--AC-ATGTTACTAGGAGATTTG--GTTCatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gaag-----------T----A--------G------TCAATAGCGCA--GTGTAG-CACGCTGGT-C--TC-ACGTTGATAGATGATTTG--GTTCC-GCAAGTTGAGAGTTCAACACC-----GAGCAGAAGCGGTA--------GTGAG--AATAAAT---TGATAGTGAAT
gi|21                         :                                                                                                             aTCAGATATAGAA--TGAATC-TTCTG-CA---AATC-CT-CCGATA-A-TTACA--TCATATAA-------A-TATC--G--------CAT-T-----------------CT--CTTT--------CTC--A-A-TGACCA-T-AAA--AGGT----GTG-A-AAGC--A-TGGCA--AG---AATTT-CATCA-TCAct
gi|22                         :                                                                                                                                    T--A-TAT--GATC-CT-CCTAAA-T-TTACG--TC----AA-------A-TA----ACTGTATCCCAT-T-----------------TC--CATT--------CTC--A-A-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCG--AG---AATAC-CATCG-TCAT---GAAA-GCAGG--T-------------T--TT-TG-ACTTGgaaatacatgtaaagtgaaaaaaagattacctgcttttggtttgttttttgtttt
gi|24                         :       tgcaatgtgatttatgatttactgttttatattgatttgtcgacattgtccattttcgaagactattga---T---------TT-ATG-ATATACTAG-TATTTCAAATGTA-TG--CGTATG-TT--A-TGT--GATC-CT-CTAAGA-T-TTACA--TCT---AA-------
gi|25                         :                                                                                                   tttaagagttccatgcatcttctgtactATC-TT--G-CAT--GGTC-CT-CTTAACCT-TTA-G--TCA---AA---------TA-----------------------------------CC--TGTC--------TTC--C-A-TGACCG-T-GTA--GTGT----GTG-A-GATC--G-TGGCA--AG---TATTC-AATCG-Ttg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGGGTG-------GAA------GTGGGTATATGCAT--TTAATTTTGAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GCTGGT-C--AC-GTTCTGATATAAGGTTCG--AATCC-TTAAGTAGTGAGTTCAACCCA-----GG
gi|3                          :                                                                AGTTCATTGCAATATT---------TG-GTGAA------AA-TATTTC-AATGCAGTGT-TGTATC-TT--G-TAT--TATCTCTCCTTAAA-T-TCA-G--TCA---AA-------A-TT----A--------TGT-TGTTTCGGATCTCATATATC--CATT--------CTCAGA-A-TGACCT-TGGTA--G-GT----GTG-A-CAGC-----GGCG--GGGCAAGTTC-CATCGTTTAT-C-G-AA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TGCC-----------T----A--------tcttgag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                      tatgttttattgaaaagAT-T-----------------TC--CACT--------TTC--A-A-TAACCT-T-GTA--GTGT----GTG-A-CAGG--G-TGaatggctgt
gi|4                          :                                                                 aactgtatcca---T---------TT-ATA-A------AC-TATTTTAAATACAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GAT--CT-CTTGTA-T-TTACG--CCA---AATAACTGTA-TC----A--------CAT-T-----------------TC--CATT--------CTA--A-A-TAAC-------------T----GTA-A-CAGC--GTTTGTT--AG---AATTC-CATTA-CCAT-T-GAAA-GCAAG-TTTGGTTTTTTTTTAT--TT-TG-ACTTGTC-----------TTGAAG--------G------TTGA----GTG--G
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                aaataatttgttggaatctctgtgtCA-T-GTA--GCAT----GTGGA-CAG-----TAGTG--AG---ACTTC-CACTG-TAAG-T-GA----CA---TT-------------T--TTCTA-ACTTGCC-----------T----G--------GATGGTATC-A----GCGAAGTCTAG-CATGCTGGTAT--AC-ACACTGCTAGAA-ATTTGAGGTTCA-A-AGGCCATCAGTTCAACTTC-----AAGCAA-------GGTGCAGAAGTGGG--TATCCATGCATAACA---AATT
gi|6                          :                                                                   cagaTGCTA---T---------TT-ATA-A------AA-TATTTGAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-CT-CCTAAA-TACTGTT--TC------------------------------CAT-T-----------------TC--CATC--------CTC--A-A-TGACTG-T-GTA--GTGT----GTG-A-CAGC--G-TCGCG--AG---AATGC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCCTTGA-------T----A--------G------CCGA----GCG--GCCTAG-CACGCtttcttgtgctt
gi|7                          :                                                                                        tatttattggaatacgtatttgTCAAATGCAGTG--TGAATCCTT--GATAT--GG-C-CT-CTTCAA-T-TTATGGTTCC---AA---------TA----AT-------CGTGT-----------------CC--CATTTGTCACCTCTC--A-AATGACCG-T-GTT--GCGT----GTG-A-TATC--G-TGTCG--AG---AATTCACATCG-CCAT-CTGAAA-GCAAG--------------------A-TG-A--------------------------------------TCAA---------GTTT------GCTGGT-C--AC-ATGCTGGCAGGAGATTTG--GTTTA-GCAGTTCGTGA
gi|8                          :                                                                AGTTCATTGCAA---TATTGTACTATACATA-A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TCA--GATC-CT-CTTAAA-T-TTACA--TCC---AA-------ACTG----ATTGTATCCCAT-T-----------------TC--CACT--------CTC--A-A-TGACCG-T-GAA--GCAT----GTG-A-CAGT--G-TGACG--AG---AATTC-CATTG-CCAT-T-GACA-GCAAG-AT-------------T--TT-TG-ACATGCC-----------T----A--------G------ta
gi|9                          :                                                             aaaAGTTCATTGCAA---TAT-------TT-GTG-A------AAATATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--TATC-CT-CTTAAA-T-TCAGG--TCA---AA-------T-TATTGGATCT-----CAT-T-----------------TC--CATT--------CTC--A-A-TGACCT-T-GTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-CGGGG--AA---AGTTC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TGCC-----------T----A------------------A----ATG--GTCTatggtcga
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|29 ): ATGTTTGTTCAAGAGCTCATTGCAATTTTTGTGCTTTATAAATATTTCAAA
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Unaligned ( gi|32 ): TGATTGTATCCCATTTCCAATCTCAATGACTGT






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Reference ( family-392 )      :                                                   NNNNNNNNNNNNNAGTTCATTGCAAT--TT---------ATG----A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-C----T-CTTAAA-T-TTAC--G--TCA---AA-------A-TA----A--------CAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--A-A-TGACCG-T-GTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-TCAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCC-----------T----A--------G------TCGA----GCG--GTCTAG-CGCGCTGGT-C--AC-ACGCTGCTAGGAGATTTG--GTTCC-GCAGGTCGCGAGTTCAACCCC-----GGGNNG-------G--------GTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|1                          :                                                                AGTTCATTGCAAC--CA---------ATG----A------AA-TCTTTGAAATGCGGCG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-C----T-CTTAAA-T-TTAC--G--CCA---AA-------A-TA----A--------CAA-T-----------------CCCAT-C--------CTC--A-A-TGACCG-T-GTA--GTGC----GTG-A-CAGC--A-TGGCG--AG---AATTC-TATCG-TTAT-C-TAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCC-----------T----A--------G------TCAA----GCG--GTTGTG-CGCGCTGGT-C--AC-ATGCTGCTAAGAGATTTG--ATTCCTGCAGGTAGCGAGTTCAAGCCC-----GGGCCG-------C--------TTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|10                         :                                                                                                                                                                        tatgtaagttgac-------A-TC----A--------CAT-T-----------------TCCATCT--------CTG--A-A-T-AC---T-GCA--GTGT----GTG-A-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttataaagcatatttgtaatgtatgaagatagctgt-TTAT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTGCT-----------T----AGATG----G------TCGA----GCG--GTCTAG-TGCGCgaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcgaaggcaaggtttttgacttgcttagatggtcgagcggtctagtgcgc
gi|11                         :                                                                                                                                            ttataaagcatatttgtaatgtatgaagatagctgtatcacatttccatctctgaatactgcagtgtgtgagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-T-GTA--GCGTTAATGTG-AACAGCCCG-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-CCATGC-AAAA-ACAAG--G-------------T--TT-TA-ACTTGCC-----------A----A--------G--------------ATG--GTCTAGTTGCGCTGGT-CAGACAACGCTGCTAGGGGA
gi|12                         :                                                                 aaTCTTTGTGTT--TT---------ATG----A------AA-TATTCCAAATGCAGTACATGTATA-TT--G-TAT--GAAC-C----T-ATTAAA-T-TTAC--A--TCA---AACGACT--A-TAC---G--------CAC-T-----------------TCCGT-A--------CGC--A-A-TGACCG-T-TTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-TGTCG--A----AATTC-CATCG-CCAT-C-GAAA-Gaattcagtccaacaacagggccaatcactccatccaagaagcacacaag
gi|13                         :                                                                             gagagtgcaatgcaaG----A------AA-TGTGACAA-CGCGGTA--TGT-TC-TG--G-TATTTGATC-T----T-CTTTCA-T-TTAC--A----A---CA-------A-TG----A--------C---C-----------------TGCAT-T--------C---------AAACG-TCGTA--GCAT----GCA-A-CAG-----------------AATTC-CATTA-TCAT-A-GAAA-GCAAG-TT-------------T--AA-TG-ACTTGCCTACATTGTATAT----A--------G------TCGA----GTG--GTATAG-C
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aCAT-G-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TTTATTTGCT-----------T----A--------GGTGG--CCGA----GAG--GTCTAA-CATATTGGT-C--AC-ACACTGCT-GGAGATTTG--GTTCT-ATTGGTCATGAGTTTAACCCC-----GGGAGGGGCGGA-G--------GTGGA--TATTCAC--ATAATAATGAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                               CG-T-GTA--GCGT----GCC-A-CAGC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGGT-----------T----ATATAGACAG------TTGA----GCG--GTCTAG-CACGCTGAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAgcct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTGCT-----------T----A--------GATGG--TCGA----GCG--GTCTAG-TGCGCTTGT-C--AC-ACGCTGCTAG------CG--GTTCC-GCAGGTAGTGAATTCAACC--------GAATGAA-----A--------GTGGA--TATCCAA--AT--TAGTGATTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                               CG-T-GTA--GCGT----GCC-A-C-GC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGTTATATAGA----C----A--------G------TTGA----GCG--GTCTAG-CACGC-GAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAttttg
gi|18                         :                                                                                                                                                              AGA-T-TTGC--G--TTA---AA---------TA----ATCGCCTCTCAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--AGA-TG-CTA-TAATAATACAT----GTG-A-CGGA--G-TAGCG--TT---AATTT-CATTG-TCGT-C-AAAACTCAAA-AG-------------T--CT-TA-ACTTGC---------------------------------TCG-----GTG--GTCta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAGATTTG--GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGGGTG-------GAA------GTGGG--TATa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taaatgcatTCG-TCAT-G-GAAA-GCAAGTTT-------------T--TT-TT-ATTTGCT-----------T----AGGTG----G------CCGA----GAG--GTCTAA-Cgtcatggaaagcaagttttttttatttgcttaggtggccgagaggtctaacatat
gi|2                          : taaatgcatatacccacttccacccctgcatggggttgaactcgcgacctatggaaccaaatcAGTTCATTGCATT--CT---------TTG----C------TT-TATACAAGATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TGT--GATC-C----T-TTAGGA-T-TTAT--T--TC----AA-------G-TA----A--------C---------------------TGTA--T--------CTC----A-TGATCGTT-GTT--GCGA----GTG-A-CAGC--G-TGGCGCTAG---AATTC-CACCC-CGAC-C-GAAA-GC----CT-------------TGCTT-CA-ACTTGTC-----------T----AGATG----G------TCGA----GCA--ATCTAG-TACGCTGGT-C--AC-ATGTTACTAGGAGATTTG--GTTCatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaag-----------T----A--------G------TCAATAGCGCA--GTGTAG-CACGCTGGT-C--TC-ACGTTGATAGATGATTTG--GTTCC-GCAAGTTGAGAGTTCAACACC-----GAGCAGAAGCGGTA--------GTGAG--AATAAAT---TGATAGTGAAT
gi|21                         :                                                                                                              aTCAGATATAGAA--TGAATC-TTCTG-CA---AATC-C----T-CCGATA-A-TTAC--A--TCATATAA-------A-TATC--G--------CAT-T-----------------CTCTT-T--------CTC--A-A-TGACCA-T-AAA--AGGT----GTG-A-AAGC--A-TGGCA--AG---AATTT-CATCA-TCAct
gi|22                         :                                                                                                                                     T--A-TAT--GATC-C----T-CCTAAA-T-TTAC--G--TC----AA-------A-TA----ACTGTATCCCAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--A-A-
gi|23                         :                                                                                                                    TGCAATG--TG-ATT-T------AT--GATT-TACTGT-TTTATA-T-TGATTTG--TCG---A-------------------------CAT-TG----------------TCCAT-T--------TTC--G-A-AGACTA-T---------------TG-A-----------GCG--AG---AATAC-CATCG-TCAT---GAAA-GCAGG--T-------------T--TT-TG-ACTTGgaaatacatgtaaagtgaaaaaaagattacctgcttttggtttgttttttgtttt
gi|24                         :                                                                            T--TT---------ATG----ATATACTAG-TATTTCAAATGTA-TG--CGTATG-TT--A-TGT--GATC-C----T-CTAAGA-T-TTAC--A--TCT---AA-------
gi|25                         :                                                                                                    tttaagagttccatgcatcttctgtactATC-TT--G-CAT--GGTC-C----T-CTTAACCT-TTA---G--TCA---AA---------TA-----------------------------------CCTGT-C--------TTC--C-A-TGACCG-T-GTA--GTGT----GTG-A-GATC--G-TGGCA--AG---TATTC-AATCG-Ttg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGGGTG-------GAA------GTGGGTATATGCAT--TTAATTTTGAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GCTGGT-C--AC-GTTCTGATATAAGGTTCG--AATCC-TTAAGTAGTGAGTTCAACCCA-----GG
gi|3                          :                                                                AGTTCATTGCAAT--AT---------TTGGTGAA------AA-TATTTC-AATGCAGTGT-TGTATC-TT--G-TAT--TATCTC----TCCTTAAA-T-TCA---G--TCA---AA-------A-TT----A--------TGT-TGTTTCGGATCTCATATATCCAT-T--------CTCAGA-A-TGACCT-TGGTA--G-GT----GTG-A-CAGC-----GGCG--GGGCAAGTTC-CATCGTTTAT-C-G-AA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TGCC-----------T----A--------tcttgag
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gi|32                         :                                                                                                                                                                                          aactgtatcca--------CAT-T-----------------TCCAA-T--------CTC--A-A-TGACTG-T-
gi|4                          :                                                                 tgattgtatccT--TT---------ATA----A------AC-TATTTTAAATACAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GAT--C----T-CTTGTA-T-TTAC--G--CCA---AATAACTGTA-TC----A--------CAT-T-----------------TCCAT-T--------CTA--A-A-TAAC-------------T----GTA-A-CAGC--GTTTGTT--AG---AATTC-CATTA-CCAT-T-GAAA-GCAAG-TTTGGTTTTTTTTTAT--TT-TG-ACTTGTC-----------TTGAAG--------G------TTGA----GTG--G
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gi|6                          :                                                                   cagaTGCTAT--TT---------ATA----A------AA-TATTTGAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-C----T-CCTAAA-TACTGT--T--TC------------------------------CAT-T-----------------TCCAT-C--------CTC--A-A-TGACTG-T-GTA--GTGT----GTG-A-CAGC--G-TCGCG--AG---AATGC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCCTTGA-------T----A--------G------CCGA----GCG--GCCTAG-CACGCtttcttgtgctt
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gi|8                          :                                                                AGTTCATTGCAATA-TTGTACTATACATA----A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TCA--GATC-C----T-CTTAAA-T-TTAC--A--TCC---AA-------ACTG----ATTGTATCCCAT-T-----------------TCCAC-T--------CTC--A-A-TGACCG-T-GAA--GCAT----GTG-A-CAGT--G-TGACG--AG---AATTC-CATTG-CCAT-T-GACA-GCAAG-AT-------------T--TT-TG-ACATGCC-----------T----A--------G------ta
gi|9                          :                                                             aaaAGTTCATTGCAATATTT---------GTG----A------AAATATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--TATC-C----T-CTTAAA-T-TCAG--G--TCA---AA-------T-TATTGGATCT-----CAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--A-A-TGACCT-T-GTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-CGGGG--AA---AGTTC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TGCC-----------T----A------------------A----ATG--GTCTatggtcga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-392 )      :                                                   NNNNNNNNNNNNNAGTTCATTGCAAT--TT---------ATG----A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-C----T-CTTAAA-T-TTAC--G--TCA---AA-------A-TA----A--------CAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--A-A-TGACCG-T-GTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-TCAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCC-----------T----A--------G------TCGA----GCG--GTCTAG-CGCGCTGGT-C--AC-ACGCTGCTAGGAGATTTG--GTTCC-GCAGGTCGCGAGTTCAACCCC-----GGGNNG-------G--------GTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|1                          :                                                                AGTTCATTGCAAC--CA---------ATG----A------AA-TCTTTGAAATGCGGCG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-C----T-CTTAAA-T-TTAC--G--CCA---AA-------A-TA----A--------CAA-T-----------------CCCAT-C--------CTC--A-A-TGACCG-T-GTA--GTGC----GTG-A-CAGC--A-TGGCG--AG---AATTC-TATCG-TTAT-C-TAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCC-----------T----A--------G------TCAA----GCG--GTTGTG-CGCGCTGGT-C--AC-ATGCTGCTAAGAGATTTG--ATTCCTGCAGGTAGCGAGTTCAAGCCC-----GGGCCG-------C--------TTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttataaagcatatttgtaatgtatgaagatagctgt-TTAT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTGCT-----------T----AGATG----G------TCGA----GCG--GTCTAG-TGCGCgaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatcgaaggcaaggtttttgacttgcttagatggtcgagcggtctagtgcgc
gi|11                         :                                                                                                                                            ttataaagcatatttgtaatgtatgaagatagctgtatcacatttccatctctgaatactgcagtgtgtgagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-T-GTA--GCGTTAATGTG-AACAGCCCG-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-CCATGC-AAAA-ACAAG--G-------------T--TT-TA-ACTTGCC-----------A----A--------G--------------ATG--GTCTAGTTGCGCTGGT-CAGACAACGCTGCTAGGGGA
gi|12                         :                                                                 aaTCTTTGTGTT--TT---------ATG----A------AA-TATTCCAAATGCAGTACATGTATA-TT--G-TAT--GAAC-C----T-ATTAAA-T-TTAC--A--TCA---AACGACT--A-TAC---G--------CAC-T-----------------TCCGT-A--------CGC--A-A-TGACCG-T-TTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-TGTCG--A----AATTC-CATCG-CCAT-C-GAAA-Gaattcagtccaacaacagggccaatcactccatccaagaagcacacaag
gi|13                         :                                                                             gagagtgcaatgcaaG----A------AA-TGTGACAA-CGCGGTA--TGT-TC-TG--G-TATTTGATC-T----T-CTTTCA-T-TTAC--A----A---CA-------A-TG----A--------C---C-----------------TGCAT-T--------C---------AAACG-TCGTA--GCAT----GCA-A-CAG-----------------AATTC-CATTA-TCAT-A-GAAA-GCAAG-TT-------------T--AA-TG-ACTTGCCTACATTGTATAT----A--------G------TCGA----GTG--GTATAG-C
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aCAT-G-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TTTATTTGCT-----------T----A--------GGTGG--CCGA----GAG--GTCTAA-CATATTGGT-C--AC-ACACTGCT-GGAGATTTG--GTTCT-ATTGGTCATGAGTTTAACCCC-----GGGAGGGGCGGA-G--------GTGGA--TATTCAC--ATAATAATGAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                               CG-T-GTA--GCGT----GCC-A-CAGC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGGT-----------T----ATATAGACAG------TTGA----GCG--GTCTAG-CACGCTGAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAgcct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTGCT-----------T----A--------GATGG--TCGA----GCG--GTCTAG-TGCGCTTGT-C--AC-ACGCTGCTAG------CG--GTTCC-GCAGGTAGTGAATTCAACC--------GAATGAA-----A--------GTGGA--TATCCAA--AT--TAGTGATTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                               CG-T-GTA--GCGT----GCC-A-C-GC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGTTATATAGA----C----A--------G------TTGA----GCG--GTCTAG-CACGC-GAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAttttg
gi|18                         :                                                                                                                                                              AGA-T-TTGC--G--TTA---AA---------TA----ATCGCCTCTCAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--AGA-TG-CTA-TAATAATACAT----GTG-A-CGGA--G-TAGCG--TT---AATTT-CATTG-TCGT-C-AAAACTCAAA-AG-------------T--CT-TA-ACTTGC---------------------------------TCG-----GTG--GTCta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAGATTTG--GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGGGTG-------GAA------GTGGG--TATa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taaatgcatTCG-TCAT-G-GAAA-GCAAGTTT-------------T--TT-TT-ATTTGCT-----------T----AGGTG----G------CCGA----GAG--GTCTAA-Cgtcatggaaagcaagttttttttatttgcttaggtggccgagaggtctaacatat
gi|2                          : taaatgcatatacccacttccacccctgcatggggttgaactcgcgacctatggaaccaaatcAGTTCATTGCATT--CT---------TTG----C------TT-TATACAAGATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TGT--GATC-C----T-TTAGGA-T-TTAT--T--TC----AA-------G-TA----A--------C---------------------TGTA--T--------CTC----A-TGATCGTT-GTT--GCGA----GTG-A-CAGC--G-TGGCGCTAG---AATTC-CACCC-CGAC-C-GAAA-GC----CT-------------TGCTT-CA-ACTTGTC-----------T----AGATG----G------TCGA----GCA--ATCTAG-TACGCTGGT-C--AC-ATGTTACTAGGAGATTTG--GTTCatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaag-----------T----A--------G------TCAATAGCGCA--GTGTAG-CACGCTGGT-C--TC-ACGTTGATAGATGATTTG--GTTCC-GCAAGTTGAGAGTTCAACACC-----GAGCAGAAGCGGTA--------GTGAG--AATAAAT---TGATAGTGAAT
gi|21                         :                                                                                                              aTCAGATATAGAA--TGAATC-TTCTG-CA---AATC-C----T-CCGATA-A-TTAC--A--TCATATAA-------A-TATC--G--------CAT-T-----------------CTCTT-T--------CTC--A-A-TGACCA-T-AAA--AGGT----GTG-A-AAGC--A-TGGCA--AG---AATTT-CATCA-TCAct
gi|22                         :                                                                                                                                     T--A-TAT--GATC-C----T-CCTAAA-T-TTAC--G--TC----AA-------A-TA----ACTGTATCCCAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--A-A-
gi|23                         :                                                                                                                    TGCAATG--TG-ATT-T------AT--GATT-TACTGT-TTTATA-T-TGATTTG--TCG---A-------------------------CAT-TG----------------TCCAT-T--------TTC--G-A-AGACTA-T---------------TG-A-----------GCG--AG---AATAC-CATCG-TCAT---GAAA-GCAGG--T-------------T--TT-TG-ACTTGgaaatacatgtaaagtgaaaaaaagattacctgcttttggtttgttttttgtttt
gi|24                         :                                                                            T--TT---------ATG----ATATACTAG-TATTTCAAATGTA-TG--CGTATG-TT--A-TGT--GATC-C----T-CTAAGA-T-TTAC--A--TCT---AA-------
gi|25                         :                                                                                                    tttaagagttccatgcatcttctgtactATC-TT--G-CAT--GGTC-C----T-CTTAACCT-TTA---G--TCA---AA---------TA-----------------------------------CCTGT-C--------TTC--C-A-TGACCG-T-GTA--GTGT----GTG-A-GATC--G-TGGCA--AG---TATTC-AATCG-Ttg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGGGTG-------GAA------GTGGGTATATGCAT--TTAATTTTGAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GCTGGT-C--AC-GTTCTGATATAAGGTTCG--AATCC-TTAAGTAGTGAGTTCAACCCA-----GG
gi|3                          :                                                                AGTTCATTGCAAT--AT---------TTGGTGAA------AA-TATTTC-AATGCAGTGT-TGTATC-TT--G-TAT--TATCTC----TCCTTAAA-T-TCA---G--TCA---AA-------A-TT----A--------TGT-TGTTTCGGATCTCATATATCCAT-T--------CTCAGA-A-TGACCT-TGGTA--G-GT----GTG-A-CAGC-----GGCG--GGGCAAGTTC-CATCGTTTAT-C-G-AA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TGCC-----------T----A--------tcttgag
gi|30                         :                                                                                                                                                                                             tatgttttattgaaaagAT-T-----------------TCCAC-T--------TTC--A-A-TAACCT-T-GTA--GTGT----GTG-A-CAGG--G-TGaatggctgt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                          aactgtatcca--------CAT-T-----------------TCCAA-T--------CTC--A-A-TGACTG-T-
gi|4                          :                                                                 tgattgtatccT--TT---------ATA----A------AC-TATTTTAAATACAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GAT--C----T-CTTGTA-T-TTAC--G--CCA---AATAACTGTA-TC----A--------CAT-T-----------------TCCAT-T--------CTA--A-A-TAAC-------------T----GTA-A-CAGC--GTTTGTT--AG---AATTC-CATTA-CCAT-T-GAAA-GCAAG-TTTGGTTTTTTTTTAT--TT-TG-ACTTGTC-----------TTGAAG--------G------TTGA----GTG--G
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                      aaataatttgttggaatctctgtgtCA-T-GTA--GCAT----GTGGA-CAG-----TAGTG--AG---ACTTC-CACTG-TAAG-T-GA----CA---TT-------------T--TTCTA-ACTTGCC-----------T----G--------GATGGTATC-A----GCGAAGTCTAG-CATGCTGGTAT--AC-ACACTGCTAGAA-ATTTGAGGTTCA-A-AGGCCATCAGTTCAACTTC-----AAGCAA-------GGTGCAGAAGTGGG--TATCCATGCATAACA---AATT
gi|6                          :                                                                   cagaTGCTAT--TT---------ATA----A------AA-TATTTGAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--GATC-C----T-CCTAAA-TACTGT--T--TC------------------------------CAT-T-----------------TCCAT-C--------CTC--A-A-TGACTG-T-GTA--GTGT----GTG-A-CAGC--G-TCGCG--AG---AATGC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTGCCTTGA-------T----A--------G------CCGA----GCG--GCCTAG-CACGCtttcttgtgctt
gi|7                          :                                                                                         tatttattggaatacgtatttgTCAAATGCAGTG--TGAATCCTT--GATAT--GG-C-C----T-CTTCAA-T-TTAT--GGTTCC---AA---------TA----AT-------CGTGT-----------------CCCAT-TTGTCACCTCTC--A-AATGACCG-T-GTT--GCGT----GTG-A-TATC--G-TGTCG--AG---AATTCACATCG-CCAT-CTGAAA-GCAAG--------------------A-TG-A--------------------------------------TCAA---------GTTT------GCTGGT-C--AC-ATGCTGGCAGGAGATTTG--GTTTA-GCAGTTCGTGA
gi|8                          :                                                                AGTTCATTGCAATA-TTGTACTATACATA----A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TCA--GATC-C----T-CTTAAA-T-TTAC--A--TCC---AA-------ACTG----ATTGTATCCCAT-T-----------------TCCAC-T--------CTC--A-A-TGACCG-T-GAA--GCAT----GTG-A-CAGT--G-TGACG--AG---AATTC-CATTG-CCAT-T-GACA-GCAAG-AT-------------T--TT-TG-ACATGCC-----------T----A--------G------ta
gi|9                          :                                                             aaaAGTTCATTGCAATATTT---------GTG----A------AAATATTTCAAATGCAGTG--TGTATC-TT--G-TAT--TATC-C----T-CTTAAA-T-TCAG--G--TCA---AA-------T-TATTGGATCT-----CAT-T-----------------TCCAT-T--------CTC--A-A-TGACCT-T-GTA--GCGT----GTG-A-CAGC--G-CGGGG--AA---AGTTC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TGCC-----------T----A------------------A----ATG--GTCTatggtcga


blockSeqs                     :                                                                             ATTGTACTATAC    ATATACT      A                CA      C  CT A   TT    T ACTG C      C A   TTTG    ATAT  ATTATGTTGTTTCGGATCTCATATA                          C TGTCACCT   AG G A      T C   AT    TAAT   G A   CCCG      CT  GCA     A     T    GC     C     TTTGGTTTTTTTTTA  GC  C  T       TACATTGTATATAG                      TAGC   AA      T G       A AG  A                  AG    T         T            AAGCAAGGTGCAGAA                 TA   T   GCA A   A
blockSeqs                     :                                                                             ATTT            GTGAA        .                T       .  .  .   .     . .    .      . .   TGGT    A     ACTGATTGTATCCCATT                                  . .          .  . .      . A   .     .      . .   CGT       .   .       .     .    CT     .     TTT              .   .  .       TATATAGACAG                         .      .       . G       . .   .                  .     A         T            ATGCAGGGGTGGAA                  .    C   A   G   G
blockSeqs                     :                                                                             TT              A            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   CA      A     ATAACTGTATCCCATT                                   . .          .  . .      . G   .     .      . .   CG        .   .       .     .    C      .     GT               .   .  .       ATATAGACAG                          .      .       . A       . .   .                  .     C         T            GAGCAGAAGCGGTA                  .    A   A   A   G
blockSeqs                     :                                                                             CT              A            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   CA      A     TAATCGCCTCTCATT                                    . .          .  . .      . .   .     .      . .   CG        .   .       .     .    C      .     TT               .   .  .       TGGATGGTA                           .      .       . A       . .   .                  .     A         T            ATGCAGGGGTGGAA                  .    G   T   A   T
blockSeqs                     :                                                                             TT              C            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   CG      G     TAACTGTATCACATT                                    . .          .  . .      . .   .     .      . .   CG        .   .       .     .    A      .     TT               .   .  .       TAGATGG                             .      .       . G       . .   .                  .     C         C            GGGAGGGGCGGAG                   .    C   .   .   .
blockSeqs                     :                                                                             AT              A            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   TT      T     TTATTGGATCTCATT                                    . .          .  . .      . .   .     .      . .   AG        .   .       .     .    G      .     TT               .   .  .       TAGGTGG                             .      .       . A       . .   .                  .     C         A            GAATGAAA                        .                 
blockSeqs                     :                                                                             TT              A            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   CA      A     CGACTATACGCACT                                     . .          .  . .      . .   .     .      . .   CG        .   .       .     .    C      .     GT               .   .  .       TAGATGG                             .      .       . A       . .   .                  .     C         C                                                              
blockSeqs                     :                                                                             TT              A            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   CG      A     ATATCGCATT                                         . .          .  . .      . .   .     .      . .   CA        .   .       .     .    C      .     TT               .   .  .       TAGGTGG                             .      .       . A       . .   .                  .     C         T                                                              
blockSeqs                     :                                                                                             A            .                .       .  .  .   .     . .    .      . .   CA      A     TAATCGTGT                                          . .          .  . .      . .   .     .      . .   CG        .   .       .     .    C      .     AG               .   .  .       TAGATGG                             .      .       . A       . .   .                  .     A         T                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                           .       .  .  .   .     . .    .      . .   CG      C     ATCACATT                                           . .          .  . .      . .   .     .      . .   GG        .   .       .     .    C      .     CT               .   .  .       TTGAAGG                             .      .       . A       . .   .                  .     A         T                                                              
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blockSeqs                     :                                                                                                                           .       .  .  .   .     . .    .      . .   CA      A     GTAAC                                              . .          .  . .      . .   .     .      . .   CG        .   .       .     .    C      .     TT               .   .  .       AAG                                 .      .       .                                                                                                                 
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|29 ): ATGTTTGTTCAAGAGCTCATTGCAATTTTTGTGCTTTATAAATATTTCAAA
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Reference ( family-392 )      :                                                   NNNNNNNNNNNNNAGTTCATTGCAAT--TT---------ATG----A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--T-GTATC-TT--G-TAT--GATC-CTC-T-TAA-ATTTACG--TC-AAA--TA-ATTGT-----ATCN-CAT-T-T-CCAT-TCTCA--A-TG--ACCG-T-G-T---A--G---------------CGT----GTG-A-CAGC--G-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-TCAT-C-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTG----CC---TA----G---ATGGT--CGA----GCG--GTCTAG-CGCGCTGGT-C--AC-ACGCTGCTAGGAGATTTG--GTTCC-GCAGGTCGCGAGTTCAACCCCGAGCAGGG-GCGGAAGTGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|1                          :                                                                AGTTCATTGCAAC--CA---------ATG----A------AA-TCTTTGAAATGCGGCG--T-GTATC-TT--G-TAT--GATC-CTC-T-TAA-ATTTACG--CC-AAA---------------ATAA-CAA-T-C-CCAT-CCTCA--A-TG--ACCG-T-G-T---A--G---------------TGC----GTG-A-CAGC--A-TGGCG--AG---AATTC-TATCG-TTAT-C-TAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TG-ACTTG----CC---TA----G-------T--CAA----GCG--GTTGTG-CGCGCTGGT-C--AC-ATGCTGCTAAGAGATTTG--ATTCCTGCAGGTAGCGAGTTCAAGCCCGGGCCG----CT----TGGG--TATCCAT--ATAATAGTGAATT
gi|10                         :                                                                                                                                                             tatgtaagttgac-AGA--TA-GCTGT-----ATCA-CAT-T-T-CCATCTCTGA--A-TACTGCAG-T-G-TGTGA--GAAATTNNNNNNNNNNNNN----NNN-N-NNNN--N-NNNNN--NN---NNNNN-NNNNN-TTAT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTG----CT---TA----G---ATGGT--CGA----GCG--GTCTAG-TGCGC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                     ttataaagcatatttgtaatgtatgaG-T-G-T---A--G---------------CGTTAATGTG-AACAGCCCG-TGGCG--AG---AATTC-CATCG-CCATGC-AAAA-ACAAG--G-------------T--TT-TA-ACTTG----CC---AA----G---AT--------------G--GTCTAGTTGCGCTGGT-CAGACAACGCTGCTAGGGGA
gi|12                         :                                                                 aaTCTTTGTGTT--TT---------ATG----A------AA-TATTCCAAATGCAGTACAT-GTATA-TT--G-TAT--GAAC-CTA-T-TAA-ATTTACA--TC-AAA--CG-ACTAT-----A-CG-CAC-T-T-CCGT-ACGCA--A-TG--ACCG-T-T-T---A--G---------------CGT----GTG-A-CAGC--G-TGTCG--A----AATTC-CATCG-CCAT-C-GAAA-Gaattcagtccaacaacagggccaatcactccatccaagaagcacacaag
gi|13                         :                                                                             gagagtgcaatgcaaG----A------AA-TGTGACAA-CGCGGTA--T-GT-TC-TG--G-TATTTGATC-TTC-T-TTC-ATTTAC-------AA--CA-AT-G------------AC-C-T-GCAT-TC--------A--AACG-TCG-T---A--G---------------CAT----GCA-A-CAG-----------------AATTC-CATTA-TCAT-A-GAAA-GCAAG-TT-------------T--AA-TG-ACTTG----CC---TACATTGTATATAGT--CGA----GTG--GTATAG-C
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aCAT-G-GAAA-GCAAG-TT-------------T--TT-TTTATTTG----CT---TA----G---GTGGC--CGA----GAG--GTCTAA-CATATTGGT-C--AC-ACACTGCT-GGAGATTTG--GTTCT-ATTGGTCATGAGTTTAACCCCGGG-AGGG-GCGGAGGTGGA--TATTCAC--ATAATAATGAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                              CG-T-G-T---A--G---------------CGT----GCC-A-CAGC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C---AA-ATA---TT-------------G--TT-GG-ACTTGGTTATA---TA----G---ACAGT--TGA----GCG--GTCTAG-CACGCTGAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAgcct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AT-C-GAAG-GCAAG-GT-------------T--TT-TG-ACTTG----CT---TA----G---ATGGT--CGA----GCG--GTCTAG-TGCGCTTGT-C--AC-ACGCTGCTAG------CG--GTTCC-GCAGGTAGTGAATTCAACC--------GA-ATGAAAGTGGA--TATCCAA--AT--TAGTGATTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                              CG-T-G-T---A--G---------------CGT----GCC-A-C-GC--G-TGGCG--AA---AATTC-CACTG-TCGT-C-AAA---TA---TT-------------G--TT-GG-ACTTG----TTATATA----G---ACAGT--TGA----GCG--GTCTAG-CACGC-GAT-C--GC-ATGGTGTCAGGAGATTTA--GTTTA-GCAGGTCGTGAttttg
gi|18                         :                                                                                                                                                            AG-ATTTGCG--TT-AAA--TA-ATCGC-----CTCT-CAT-T-T-CCAT-TCTCAG-A-TG---CTA-TAA-T---AATA---------------CAT----GTG-A-CGGA--G-TAGCG--TT---AATTT-CATTG-TCGT-C-AAAACTCAAA-AG-------------T--CT-TA-ACTTG-----C---TC----G---GTGGT--Cta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAGATTTG--GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGG-GTGGAAGTGGG--TATa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            taaatgcatTCG-TCAT-G-GAAA-GCAAGTTT-------------T--TT-TT-ATTTG----CT---TA----G---GTGGC--CGA----GAG--GTCTAA-Cgtcatggaaagcaagttttttttatttgcttaggtggccgagaggtctaacatat
gi|2                          : taaatgcatatacccacttccacccctgcatggggttgaactcgcgacctatggaaccaaatcAGTTCATTGCATT--CT---------TTG----C------TT-TATACAAGATGCAGTG--T-GTATC-TT--G-TGT--GATC-CTT-T-AGG-ATTTATT--TC-AAG--TA-ACTGT-----ATCT-C-------------------A-TG--ATCGTT-G-T---T--G---------------CGA----GTG-A-CAGC--G-TGGCGCTAG---AATTC-CACCC-CGAC-C-GAAA-GC----CT-------------TGCTT-CA-ACTTG----TC---TA----G---ATGGT--CGA----GCA--ATCTAG-TACGCTGGT-C--AC-ATGTTACTAGGAGATTTG--GTTCatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaag---ATAGT--CAATAGCGCA--GTGTAG-CACGCTGGT-C--TC-ACGTTGATAGATGATTTG--GTTCC-GCAAGTTGAGAGTTCAACACCGAGCAGAA-GCGGTAGTGAG--AATAAAT---TGATAGTGAAT
gi|21                         :                                                                                                               TCAGATATAGAA--T-GAATC-TTCTG-CA---AATC-CTC-C-GAT-AATTACA--TC-ATA--TA-A--AT-----ATCG-CAT-T-C-TCTT-TCTCA--A-TG--ACCA-T-A-A---A--A---------------GGT----GTG-A-AAGC--A-TGGCA--AG---AATTT-CATCA-TCAct
gi|22                         :                                                                                                                                      T--A-TAT--GATC-CTC-C-TAA-ATTTACG--TC-AAA--TA-ACTGT-----ATCC-CAT-T-T-CCAT-TCTCA--A-
gi|23                         :                                                                                                                    TGCAATG--T-G-ATT-T------AT--GATT-TAC-TGT----TTTATA--T-------TG-ATT-T-----GTCGACAT-TGT-CCAT-TTTCG--A-AG--ACTA-T----------------------------------TG-A-----------GCG--AG---AATAC-CATCG-TCAT---GAAA-GCAGG--T-------------T--TT-TG-ACTTG----gaaatacatgtaaagtgaaaaaaagattacctgcttttggtttgttttttgtttt
gi|24                         :                                                                            T--TT---------ATG----ATATACTAG-TATTTCAAATGTA-TG--C-GTATG-TT--A-TGT--GATC-CTC-T-AAG-ATTTACA--TC-TAA--T
gi|25                         :                                                                                                     tttaagagttccatgcatcttctgtactATC-TT--G-CAT--GGTC-CTC-T-TAACCTTTA-G--TC-AAA--TA-CCTGT------------C-T-T-CC----------A-TG--ACCG-T-G-T---A--G---------------TGT----GTG-A-GATC--G-TGGCA--AG---TATTC-AATCG-Tg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GTTCC-ATAGGTCGCGAGTTCAACCCCATGCAGGG-GTGGAAGTGGGTATATGCAT--TTAATTTTGAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GCTGGT-C--AC-GTTCTGATATAAGGTTCG--AATCC-TTAAGTAGTGAGTTCAACCC
gi|3                          :                                                                AGTTCATTGCAAT--AT---------TTGGTGAA------AA-TATTTCAA-TGCAGTG--TTGTATC-TT--G-TAT--TATCTCTCCT-TAA-ATTCA-G--TC-AAAATTATGTTGTTTCGGATCT-CATATAT-CCAT-TCTCAGAA-TG--ACCT-T-GGT---A--G----------------GT----GTG-A-CAGC--G---GCG--GGGCAAGTTC-CATCGTTTAT-C-G-AA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TG----CC---TA----A---ATGGaggtcttgag
gi|30                         :                                                                                                                                                                tatgttttattgaaaagA-ACTGT-----ATCC-AAT-T-T-CCAC-TTTCA--A-TA--ACCT-T-G-T---A--G---------------TGT----GTG-A-CAGG--G-TGctgt
gi|32                         :                                                                                                                                                                              --TG-ATTGT-----ATCC-CAT-T-T-CCAA-TCTCA--A-TG--ACTG-T-
gi|4                          :                                                                            T--TT---------ATA----A------AC-TATTTTAAATACAGTG--T-GTATC-TT--G-TAT--GATC--TC-T-TGT-ATTTACG--CC-AAA--TA-ACTGT-----ATCA-CAT-T-T-CCAT-TCTAA--A-TA--AC--------------------------------T----GTA-A-CAGC--GTTTGTT--AG---AATTC-CATTA-CCAT-T-GAAA-GCAAG-TTTGGTTTTTTTTTAT--TT-TG-ACTTG----TC---TT----G---AAGGT--TGA----GTG--G
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                     aaataatttgttggaatctctgtgtCA-T-G-T---A--G---------------CAT----GTGGA-CAG-----TAGTG--AG---ACTTC-CACTG-TAAG-T-GA----CA---TT-------------T--TTCTA-ACTTG----CC---TG----G---ATGGTATC-A----GCGAAGTCTAG-CATGCTGGTAT--AC-ACACTGCTAGAA-ATTTGAGGTTCA-A-AGGCCATCAGTTCAACTTCAAGCAAGGTGCAGAAGTGGG--TATCCATGCATAACA---AATT
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gi|8                          :                                                                AGTTCATTGCAATA-TTGTACTATACATA----A------AA-TATTTCAAATGCAGTG--T-GTATC-TT--G-TCA--GATC-CTC-T-TAA-ATTTACA--TCCAAAC-TG-ATTGT-----ATCC-CAT-T-T-CCAC-TCTCA--A-TG--ACCG-T-G-A---A--G---------------CAT----GTG-A-CAGT--G-TGACG--AG---AATTC-CATTG-CCAT-T-GACA-GCAAG-AT-------------T--TT-TG-ACATG----CC---TA----G---ATGGT--CGA----ta
gi|9                          :                                                             aaaAGTTCATTGCAATATTT---------GTG----A------AAATATTTCAAATGCAGTG--T-GTATC-TT--G-TAT--TATC-CTC-T-TAA-ATTCAGG--TC-AAA--TT-ATTGG-----ATCT-CAT-T-T-CCAT-TCTCA--A-TG--ACCT-T-G-T---A--G---------------CGT----GTG-A-CAGC--G-CGGGG--AA---AGTTC-CATCG-TTAT-C-GAAA-GTAAG-TT-------------T--TG-TG-AC-TG----CC---TA----A---ATGGT--C
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Unaligned ( gi|28 ): TTATGCTTTATATATAACACATTAAATATTCCAATATGCAGGGTATATATTTCCAGTAT
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Unaligned ( gi|31 ): AGTTCATTGTAATATTGTTGCATGTATAAACTATTTGAAA